Gnathostomata	DUPLICATION
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.a #22
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	335									ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	247						ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000161093
Amniota	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Theria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00940000169601	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00940000169601	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413
Glires	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00940000169601	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00980000198692	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000156163.g.b
Pika	MODERN SPECIES	2115																PAK1 (ENSOPRG00000004353) #22
Rabbit	MODERN SPECIES		NARS2 (ENSOCUG00000017469)	GAB2 (ENSOCUG00000017463)	USP35 (ENSOCUG00000021262)	ENSOCUG00000005752	KCTD21 (ENSOCUG00000027266)	ALG8 (ENSOCUG00000011266)	THRSP (ENSOCUG00000000957)	KCTD14 (ENSOCUG00000005742)	INTS4 (ENSOCUG00000010638)	AAMDC (ENSOCUG00000025658)	RSF1 (ENSOCUG00000011923)	AQP11 (ENSOCUG00000003238)	ENSOCUG00000020951	CLNS1A (ENSOCUG00000024393)	ENSOCUG00000009905	PAK1 (ENSOCUG00000010538) #22	ENSOCUG00000007181	ENSOCUG00000030870	ENSOCUG00000029270	MYO7A (ENSOCUG00000023355)	CAPN5 (ENSOCUG00000025830)	B3GNT6 (ENSOCUG00000013809)	ACER3 (ENSOCUG00000021559)	TSKU (ENSOCUG00000021411)	LRRC32 (ENSOCUG00000015394)	EMSY (ENSOCUG00000017880)	ENSOCUG00000035359	THAP12 (ENSOCUG00000009178)	WNT11 (ENSOCUG00000001726)	UVRAG (ENSOCUG00000014223)	ENSOCUG00000033370
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	341	ENSDORG00000010504	ENSDORG00000009384	ENSDORG00000003131	Fam181b (ENSDORG00000010022)	Tenm4 (ENSDORG00000005982)	ENSDORG00000027485	Nars2 (ENSDORG00000014688)	Gab2 (ENSDORG00000009924)	Usp35 (ENSDORG00000009922)	Kctd21 (ENSDORG00000009921)	Alg8 (ENSDORG00000015672)	Ints4 (ENSDORG00000013202)	Aamdc (ENSDORG00000002703)	Rsf1 (ENSDORG00000015222)	ENSDORG00000011662	Pak1 (ENSDORG00000015484) #22	Myo7a (ENSDORG00000014955)	Capn5 (ENSDORG00000014952)	Tsku (ENSDORG00000005661)	ENSDORG00000028416	Lrrc32 (ENSDORG00000027997)	Emsy (ENSDORG00000008129)	ENSDORG00000030214	Wnt11 (ENSDORG00000005892)	Uvrag (ENSDORG00000015912)	Dgat2 (ENSDORG00000015911)	ENSDORG00000025798	ENSDORG00000002978	ENSDORG00000002976	Klhl35 (ENSDORG00000002975)	Rps3 (ENSDORG00000002974)
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Lesser Egyptian jerboa	DUPLICATION
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	59	ENSJJAG00000022231	Fzd1 (ENSJJAG00000012179)	Tenm4 (ENSJJAG00000011108)	Nars2 (ENSJJAG00000015019)	ENSJJAG00000011765	Gab2 (ENSJJAG00000020223)	Usp35 (ENSJJAG00000013300)	Alg8 (ENSJJAG00000018486)	Ndufc2 (ENSJJAG00000014939)	Kctd14 (ENSJJAG00000022138)	Ints4 (ENSJJAG00000018661)	ENSJJAG00000011302	Rsf1 (ENSJJAG00000016956)	ENSJJAG00000006333	Aqp11 (ENSJJAG00000023969)	ENSJJAG00000013179 #22	Gdpd4 (ENSJJAG00000018120)	Myo7a (ENSJJAG00000013078)	Capn5 (ENSJJAG00000021999)	Acer3 (ENSJJAG00000016119)	Tsku (ENSJJAG00000012703)	ENSJJAG00000022648	Lrrc32 (ENSJJAG00000000443)	Emsy (ENSJJAG00000022026)	ENSJJAG00000013737	Wnt11 (ENSJJAG00000014979)	Uvrag (ENSJJAG00000004695)	Dgat2 (ENSJJAG00000019379)	Mogat2 (ENSJJAG00000023310)	Map6 (ENSJJAG00000014715)	Serpinh1 (ENSJJAG00000023536)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	89	Gkn1 (ENSJJAG00000021899)	Antxr1 (ENSJJAG00000011767)	Gfpt1 (ENSJJAG00000022727)	ENSJJAG00000012483	Nfu1 (ENSJJAG00000022262)	Aak1 (ENSJJAG00000011646)	ENSJJAG00000004937	Cpne8 (ENSJJAG00000015994)	Kif21a (ENSJJAG00000001646)	Abcd2 (ENSJJAG00000006865)	ENSJJAG00000000818	Slc2a13 (ENSJJAG00000021456)	Lrrk2 (ENSJJAG00000013233)	Cntn1 (ENSJJAG00000021782)	ENSJJAG00000015792	ENSJJAG00000013828 #22	Pdzrn4 (ENSJJAG00000000770)	ENSJJAG00000023385	ENSJJAG00000020445	Gxylt1 (ENSJJAG00000010228)	Yaf2 (ENSJJAG00000000324)	ENSJJAG00000023606	ENSJJAG00000021636	ENSJJAG00000014487	Prickle1 (ENSJJAG00000011701)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1254	Tenm4 (ENSNGAG00000018298)	Nars2 (ENSNGAG00000000914)	Gab2 (ENSNGAG00000001090)	Usp35 (ENSNGAG00000012907)	Kctd21 (ENSNGAG00000018996)	ENSNGAG00000019156	Alg8 (ENSNGAG00000020942)	Ndufc2 (ENSNGAG00000011240)	Thrsp (ENSNGAG00000012385)	Kctd14 (ENSNGAG00000014816)	Ints4 (ENSNGAG00000010580)	Aamdc (ENSNGAG00000005085)	Rsf1 (ENSNGAG00000019337)	ENSNGAG00000019313	Aqp11 (ENSNGAG00000000912)	Pak1 (ENSNGAG00000011050) #22	Gdpd4 (ENSNGAG00000008449)	Myo7a (ENSNGAG00000006076)	Capn5 (ENSNGAG00000015774)	Omp (ENSNGAG00000013730)	B3gnt6 (ENSNGAG00000014322)	Acer3 (ENSNGAG00000018623)	Tsku (ENSNGAG00000015490)	Gucy2d (ENSNGAG00000020383)	Lrrc32 (ENSNGAG00000010300)	Emsy (ENSNGAG00000013674)	ENSNGAG00000013016	Wnt11 (ENSNGAG00000013425)	Uvrag (ENSNGAG00000018199)	Dgat2 (ENSNGAG00000012414)	Mogat2 (ENSNGAG00000015554)
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958.b	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877.d	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958.b	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00940000165195	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877.d	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES		ENSPEMG00000018108	Usp35 (ENSPEMG00000016188)	ENSPEMG00000024646	Kctd21 (ENSPEMG00000024492)	Alg8 (ENSPEMG00000020484)	Ndufc2 (ENSPEMG00000020962)	Thrsp (ENSPEMG00000020398)	Kctd14 (ENSPEMG00000020478)	Aamdc (ENSPEMG00000014432)	ENSPEMG00000024853	Rsf1 (ENSPEMG00000014926)	Clns1a (ENSPEMG00000009380)	ENSPEMG00000030074	Aqp11 (ENSPEMG00000000856)	ENSPEMG00000026666	Pak1 (ENSPEMG00000008661) #22	Gdpd4 (ENSPEMG00000017863)	Myo7a (ENSPEMG00000015770)	Capn5 (ENSPEMG00000008442)	B3gnt6 (ENSPEMG00000016161)	ENSPEMG00000028950	Acer3 (ENSPEMG00000020360)	Tsku (ENSPEMG00000028771)	ENSPEMG00000024681	ENSPEMG00000028876	ENSPEMG00000026314	Lrrc32 (ENSPEMG00000024699)	Emsy (ENSPEMG00000023648)	Thap12 (ENSPEMG00000013204)	Wnt11 (ENSPEMG00000021569)	Uvrag (ENSPEMG00000028043)
Prairie vole	MODERN SPECIES	9	Prss23 (ENSMOCG00000022033)	ENSMOCG00000007773	Tenm4 (ENSMOCG00000007967)	Nars2 (ENSMOCG00000004938)	Gab2 (ENSMOCG00000016973)	Usp35 (ENSMOCG00000015178)	Kctd21 (ENSMOCG00000009332)	Alg8 (ENSMOCG00000018035)	Ndufc2 (ENSMOCG00000014768)	Thrsp (ENSMOCG00000014398)	Ints4 (ENSMOCG00000015641)	Aamdc (ENSMOCG00000013242)	Rsf1 (ENSMOCG00000018606)	ENSMOCG00000015937	Aqp11 (ENSMOCG00000015165)	Pak1 (ENSMOCG00000012909) #22	Gdpd4 (ENSMOCG00000019089)	Myo7a (ENSMOCG00000009126)	Capn5 (ENSMOCG00000015250)	B3gnt6 (ENSMOCG00000010357)	Acer3 (ENSMOCG00000014380)	Tsku (ENSMOCG00000007489)	Gucy2d (ENSMOCG00000003117)	Lrrc32 (ENSMOCG00000017378)	Emsy (ENSMOCG00000008098)	Thap12 (ENSMOCG00000021908)	Wnt11 (ENSMOCG00000021029)	Uvrag (ENSMOCG00000016758)	Dgat2 (ENSMOCG00000012378)	Mogat2 (ENSMOCG00000007716)	Map6 (ENSMOCG00000021641)
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958.b	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877.d	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	101	ENSCGRG00001010169	Nars2 (ENSCGRG00001014939)	Gab2 (ENSCGRG00001012091)	Usp35 (ENSCGRG00001015950)	Kctd21 (ENSCGRG00001007277)	Alg8 (ENSCGRG00001012346)	Ndufc2 (ENSCGRG00001017125)	Thrsp (ENSCGRG00001006063)	ENSCGRG00001018658	Ints4 (ENSCGRG00001017981)	ENSCGRG00001012029	Aamdc (ENSCGRG00001016432)	Rsf1 (ENSCGRG00001008301)	Clns1a (ENSCGRG00001015805)	Aqp11 (ENSCGRG00001017793)	Pak1 (ENSCGRG00001022975) #22	Myo7a (ENSCGRG00001014824)	Capn5 (ENSCGRG00001021666)	B3gnt6 (ENSCGRG00001000647)	Acer3 (ENSCGRG00001013571)	ENSCGRG00001024060	Tsku (ENSCGRG00001012773)	Gucy2d (ENSCGRG00001012034)	Lrrc32 (ENSCGRG00001007026)	ENSCGRG00001019331	Thap12 (ENSCGRG00001021774)	Wnt11 (ENSCGRG00001022788)	Uvrag (ENSCGRG00001006874)	Dgat2 (ENSCGRG00001020895)	Mogat2 (ENSCGRG00001004764)	Map6 (ENSCGRG00001012636)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	660	ENSMAUG00000020090	ENSMAUG00000019787	Tenm4 (ENSMAUG00000019277)	Nars2 (ENSMAUG00000002138)	ENSMAUG00000008257	Usp35 (ENSMAUG00000003032)	Alg8 (ENSMAUG00000012899)	Ndufc2 (ENSMAUG00000009562)	Thrsp (ENSMAUG00000013848)	Kctd14 (ENSMAUG00000015696)	Ints4 (ENSMAUG00000007877)	Aamdc (ENSMAUG00000001048)	Rsf1 (ENSMAUG00000009412)	Clns1a (ENSMAUG00000019637)	Aqp11 (ENSMAUG00000010913)	Pak1 (ENSMAUG00000010646) #22	Gdpd4 (ENSMAUG00000014553)	Myo7a (ENSMAUG00000002971)	Capn5 (ENSMAUG00000017431)	Omp (ENSMAUG00000017325)	B3gnt6 (ENSMAUG00000016711)	Acer3 (ENSMAUG00000021627)	Tsku (ENSMAUG00000014311)	Gucy2d (ENSMAUG00000010563)	ENSMAUG00000017794	Emsy (ENSMAUG00000017757)	ENSMAUG00000013228	Thap12 (ENSMAUG00000000897)	Wnt11 (ENSMAUG00000008427)	Uvrag (ENSMAUG00000022039)	Dgat2 (ENSMAUG00000009895)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Mus	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Mouse	MODERN SPECIES	16	Fam181b (ENSMUSG00000051515)	Tenm4 (ENSMUSG00000048078)	Nars2 (ENSMUSG00000018995)	Gab2 (ENSMUSG00000004508)	Usp35 (ENSMUSG00000035713)	Kctd21 (ENSMUSG00000044952)	Alg8 (ENSMUSG00000035704)	Ndufc2 (ENSMUSG00000030647)	Thrsp (ENSMUSG00000035686)	Kctd14 (ENSMUSG00000051727)	Ints4 (ENSMUSG00000025133)	Aamdc (ENSMUSG00000035642)	Rsf1 (ENSMUSG00000035623)	Clns1a (ENSMUSG00000025439)	Aqp11 (ENSMUSG00000042797)	Pak1 (ENSMUSG00000030774) #22	Gdpd4 (ENSMUSG00000035582)	Myo7a (ENSMUSG00000030761)	Capn5 (ENSMUSG00000035547)	Omp (ENSMUSG00000074006)	B3gnt6 (ENSMUSG00000074004)	Acer3 (ENSMUSG00000030760)	Tsku (ENSMUSG00000049580)	Gucy2d (ENSMUSG00000074003)	Lrrc32 (ENSMUSG00000090958)	Emsy (ENSMUSG00000035401)	Thap12 (ENSMUSG00000030753)	Wnt11 (ENSMUSG00000015957)	Uvrag (ENSMUSG00000035354)	Dgat2 (ENSMUSG00000030747)	Mogat2 (ENSMUSG00000052396)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00900000143755	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3349								Kctd14 (ENSMSIG00000025623)	Ints4 (ENSMSIG00000025677)	Aamdc (ENSMSIG00000025743)	Rsf1 (ENSMSIG00000025856)	ENSMSIG00000025898	ENSMSIG00000025904	Clns1a (ENSMSIG00000025912)	Aqp11 (ENSMSIG00000025922)	Pak1 (ENSMSIG00000025929) #22	ENSMSIG00000025967	ENSMSIG00000026060	Myo7a (ENSMSIG00000026065)	Capn5 (ENSMSIG00000026611)	B3gnt6 (ENSMSIG00000026629)	Acer3 (ENSMSIG00000026641)	Tsku (ENSMSIG00000026651)	ENSMSIG00000026660	Gucy2d (ENSMSIG00000026666)	Lrrc32 (ENSMSIG00000026734)	ENSMSIG00000026793	Emsy (ENSMSIG00000026804)	Thap12 (ENSMSIG00000027087)	Wnt11 (ENSMSIG00000027102)	Uvrag (ENSMSIG00000027125)
spretus	MODERN SPECIES	16	Prcp (MGP_SPRETEiJ_G0031104)	Tenm4 (MGP_SPRETEiJ_G0031105)	Nars2 (MGP_SPRETEiJ_G0031106)	Gab2 (MGP_SPRETEiJ_G0031107)	Usp35 (MGP_SPRETEiJ_G0031108)	Kctd21 (MGP_SPRETEiJ_G0031109)	Alg8 (MGP_SPRETEiJ_G0031110)	Ndufc2 (MGP_SPRETEiJ_G0031111)	Thrsp (MGP_SPRETEiJ_G0031112)	MGP_SPRETEiJ_G0031113	Ints4 (MGP_SPRETEiJ_G0031114)	Aamdc (MGP_SPRETEiJ_G0031115)	Rsf1 (MGP_SPRETEiJ_G0031116)	Clns1a (MGP_SPRETEiJ_G0031117)	Aqp11 (MGP_SPRETEiJ_G0031118)	Pak1 (MGP_SPRETEiJ_G0031119) #22	Gdpd4 (MGP_SPRETEiJ_G0031120)	Myo7a (MGP_SPRETEiJ_G0031121)	Capn5 (MGP_SPRETEiJ_G0031122)	Omp (MGP_SPRETEiJ_G0031123)	B3gnt6 (MGP_SPRETEiJ_G0031124)	Acer3 (MGP_SPRETEiJ_G0031125)	Tsku (MGP_SPRETEiJ_G0031126)	Gucy2d (MGP_SPRETEiJ_G0031127)	Lrrc32 (MGP_SPRETEiJ_G0031128)	Emsy (MGP_SPRETEiJ_G0031129)	MGP_SPRETEiJ_G0031130	Wnt11 (MGP_SPRETEiJ_G0031131)	Uvrag (MGP_SPRETEiJ_G0031132)	Dgat2 (MGP_SPRETEiJ_G0031133)	Mogat2 (MGP_SPRETEiJ_G0031134)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	16	Prcp (MGP_CAROLIEiJ_G0029994)	Tenm4 (MGP_CAROLIEiJ_G0029995)	Nars2 (MGP_CAROLIEiJ_G0029996)	Gab2 (MGP_CAROLIEiJ_G0029997)	Usp35 (MGP_CAROLIEiJ_G0029998)	Kctd21 (MGP_CAROLIEiJ_G0029999)	Alg8 (MGP_CAROLIEiJ_G0030000)	Ndufc2 (MGP_CAROLIEiJ_G0030001)	Thrsp (MGP_CAROLIEiJ_G0030002)	MGP_CAROLIEiJ_G0030003	Ints4 (MGP_CAROLIEiJ_G0030004)	Aamdc (MGP_CAROLIEiJ_G0030005)	Rsf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0030006)	Clns1a (MGP_CAROLIEiJ_G0030007)	Aqp11 (MGP_CAROLIEiJ_G0030008)	Pak1 (MGP_CAROLIEiJ_G0030009) #22	Gdpd4 (MGP_CAROLIEiJ_G0030010)	Myo7a (MGP_CAROLIEiJ_G0030011)	Capn5 (MGP_CAROLIEiJ_G0030012)	Omp (MGP_CAROLIEiJ_G0030013)	B3gnt6 (MGP_CAROLIEiJ_G0030014)	Acer3 (MGP_CAROLIEiJ_G0030015)	Tsku (MGP_CAROLIEiJ_G0030016)	Gucy2d (MGP_CAROLIEiJ_G0030017)	Lrrc32 (MGP_CAROLIEiJ_G0030018)	Emsy (MGP_CAROLIEiJ_G0030019)	Thap12 (MGP_CAROLIEiJ_G0030020)	Wnt11 (MGP_CAROLIEiJ_G0030021)	Uvrag (MGP_CAROLIEiJ_G0030022)	MGP_CAROLIEiJ_G0030023	Mogat2 (MGP_CAROLIEiJ_G0030024)
Shrew mouse	MODERN SPECIES		Tenm4 (MGP_PahariEiJ_G0013215)	MGP_PahariEiJ_G0013216	Nars2 (MGP_PahariEiJ_G0013217)	Gab2 (MGP_PahariEiJ_G0013218)	Usp35 (MGP_PahariEiJ_G0013219)	Kctd21 (MGP_PahariEiJ_G0013220)	Alg8 (MGP_PahariEiJ_G0013221)	Ndufc2 (MGP_PahariEiJ_G0013222)	Thrsp (MGP_PahariEiJ_G0013223)	MGP_PahariEiJ_G0013224	Ints4 (MGP_PahariEiJ_G0013225)	Aamdc (MGP_PahariEiJ_G0013226)	Rsf1 (MGP_PahariEiJ_G0013227)	Clns1a (MGP_PahariEiJ_G0013228)	Aqp11 (MGP_PahariEiJ_G0013229)	Pak1 (MGP_PahariEiJ_G0013230) #22	Gdpd4 (MGP_PahariEiJ_G0013231)	Myo7a (MGP_PahariEiJ_G0013232)	Capn5 (MGP_PahariEiJ_G0013233)	Omp (MGP_PahariEiJ_G0013234)	B3gnt6 (MGP_PahariEiJ_G0013235)	Acer3 (MGP_PahariEiJ_G0013236)	Tsku (MGP_PahariEiJ_G0013237)	Gucy2d (MGP_PahariEiJ_G0013238)	Lrrc32 (MGP_PahariEiJ_G0013239)	Emsy (MGP_PahariEiJ_G0013240)	Thap12 (MGP_PahariEiJ_G0013241)	Wnt11 (MGP_PahariEiJ_G0013242)	Uvrag (MGP_PahariEiJ_G0013243)	Dgat2 (MGP_PahariEiJ_G0013244)	Mogat2 (MGP_PahariEiJ_G0013245)
Rat	DUPLICATION
Rat	MODERN SPECIES		Bloc1s2 (ENSRNOG00000012684)	Cwf19l1 (ENSRNOG00000012763)	Chuk (ENSRNOG00000022485)	Erlin1 (ENSRNOG00000012911)	Cyp2c23 (ENSRNOG00000013291)	Cpn1 (ENSRNOG00000013439)	Dnmbp (ENSRNOG00000050742)	Abcc2 (ENSRNOG00000046727)	Cutc (ENSRNOG00000017298)	Cox15 (ENSRNOG00000017230)	Entpd7 (ENSRNOG00000016883)	Slc25a28 (ENSRNOG00000016751)	Nkx2-3 (ENSRNOG00000016656)	Got1 (ENSRNOG00000016356)	Cnnm1 (ENSRNOG00000016302)	ENSRNOG00000065211 #22	Hpse2 (ENSRNOG00000064037)	Hps1 (ENSRNOG00000045838)	Pyroxd2 (ENSRNOG00000015807)	Loxl4 (ENSRNOG00000015727)	R3hcc1l (ENSRNOG00000051256)	Crtac1 (ENSRNOG00000015220)	Golga7b (ENSRNOG00000015051)	AABR07006871.1 (ENSRNOG00000053536)	Sfrp5 (ENSRNOG00000014940)	Zfyve27 (ENSRNOG00000014903)	Marveld1 (ENSRNOG00000042620)	Avpi1 (ENSRNOG00000014828)	Pi4k2a (ENSRNOG00000014675)	Morn4 (ENSRNOG00000027156)	MGC93861 (ENSRNOG00000069762)
Rat	MODERN SPECIES		Tenm4 (ENSRNOG00000011151)	Nars2 (ENSRNOG00000011476)	Gab2 (ENSRNOG00000011882)	Usp35 (ENSRNOG00000024961)	Kctd21 (ENSRNOG00000024793)	ENSRNOG00000071147	Alg8 (ENSRNOG00000012292)	Ndufc2 (ENSRNOG00000012383)	Thrsp (ENSRNOG00000012404)	Kctd14 (ENSRNOG00000012494)	Ints4 (ENSRNOG00000012552)	Aamdc (ENSRNOG00000012584)	Rsf1 (ENSRNOG00000024194)	Clns1a (ENSRNOG00000012788)	Aqp11 (ENSRNOG00000013358)	Pak1 (ENSRNOG00000029784) #22	Gdpd4 (ENSRNOG00000028470)	ENSRNOG00000064082	Myo7a (ENSRNOG00000013641)	Capn5 (ENSRNOG00000014251)	Omp (ENSRNOG00000068492)	B3gnt6 (ENSRNOG00000014471)	Acer3 (ENSRNOG00000036866)	ENSRNOG00000065313	Tsku (ENSRNOG00000027784)	Gucy2e (ENSRNOG00000015058)	Lrrc32 (ENSRNOG00000015310)	Emsy (ENSRNOG00000015560)	Thap12 (ENSRNOG00000053923)	Wnt11 (ENSRNOG00000015982)	RGD1561870 (ENSRNOG00000042782)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.ab	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.ab.a	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	48	FAM181B (ENSUPAG00010011665)	TENM4 (ENSUPAG00010011689)	NARS2 (ENSUPAG00010011853)	GAB2 (ENSUPAG00010011896)	USP35 (ENSUPAG00010011912)	KCTD21 (ENSUPAG00010011947)	ALG8 (ENSUPAG00010011952)	NDUFC2 (ENSUPAG00010011983)	THRSP (ENSUPAG00010011995)	KCTD14 (ENSUPAG00010012000)	INTS4 (ENSUPAG00010012011)	AAMDC (ENSUPAG00010012036)	RSF1 (ENSUPAG00010012048)	ENSUPAG00010012077	AQP11 (ENSUPAG00010012087)	PAK1 (ENSUPAG00010012099) #22	GDPD4 (ENSUPAG00010012115)	MYO7A (ENSUPAG00010012134)	CAPN5 (ENSUPAG00010012806)	ACER3 (ENSUPAG00010012835)	B3GNT6 (ENSUPAG00010012889)	TSKU (ENSUPAG00010012903)	ENSUPAG00010012917	LRRC32 (ENSUPAG00010012993)	ENSUPAG00010013002	EMSY (ENSUPAG00010013019)	GVQW3 (ENSUPAG00010013303)	ENSUPAG00010013311	THAP12 (ENSUPAG00010013320)	WNT11 (ENSUPAG00010013326)	UVRAG (ENSUPAG00010013333)
Squirrel	MODERN SPECIES	98	TENM4 (ENSSTOG00000020637)	NARS2 (ENSSTOG00000019758)	GAB2 (ENSSTOG00000003173)	USP35 (ENSSTOG00000019692)	KCTD21 (ENSSTOG00000022775)	ALG8 (ENSSTOG00000008108)	NDUFC2 (ENSSTOG00000008104)	THRSP (ENSSTOG00000023796)	KCTD14 (ENSSTOG00000031614)	INTS4 (ENSSTOG00000023096)	AAMDC (ENSSTOG00000012329)	RSF1 (ENSSTOG00000004021)	ENSSTOG00000009982	ENSSTOG00000027980	ENSSTOG00000004006	PAK1 (ENSSTOG00000012786) #22	ENSSTOG00000034844	GDPD4 (ENSSTOG00000002750)	MYO7A (ENSSTOG00000002703)	CAPN5 (ENSSTOG00000022877)	B3GNT6 (ENSSTOG00000027714)	ACER3 (ENSSTOG00000002656)	TSKU (ENSSTOG00000021957)	ENSSTOG00000023620	LRRC32 (ENSSTOG00000007128)	ENSSTOG00000027244	EMSY (ENSSTOG00000001193)	WNT11 (ENSSTOG00000029064)	UVRAG (ENSSTOG00000016316)	DGAT2 (ENSSTOG00000012018)	MOGAT2 (ENSSTOG00000012010)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	3	TENM4 (ENSMMMG00000006609)	NARS2 (ENSMMMG00000006830)	ENSMMMG00000006848	GAB2 (ENSMMMG00000006851)	ENSMMMG00000006859	KCTD21 (ENSMMMG00000006872)	ALG8 (ENSMMMG00000006888)	NDUFC2 (ENSMMMG00000006915)	THRSP (ENSMMMG00000006924)	KCTD14 (ENSMMMG00000006927)	INTS4 (ENSMMMG00000006934)	ENSMMMG00000006961	RSF1 (ENSMMMG00000006970)	CLNS1A (ENSMMMG00000007023)	AQP11 (ENSMMMG00000007031)	PAK1 (ENSMMMG00000007056) #22	ENSMMMG00000008545	GDPD4 (ENSMMMG00000008571)	MYO7A (ENSMMMG00000008595)	CAPN5 (ENSMMMG00000009202)	B3GNT6 (ENSMMMG00000009247)	ACER3 (ENSMMMG00000009260)	TSKU (ENSMMMG00000009316)	ENSMMMG00000009326	LRRC32 (ENSMMMG00000009408)	EMSY (ENSMMMG00000009455)	GVQW3 (ENSMMMG00000009582)	WNT11 (ENSMMMG00000009631)	UVRAG (ENSMMMG00000009669)	DGAT2 (ENSMMMG00000009694)	MOGAT2 (ENSMMMG00000009708)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	2	ENSSVLG00005015001	NARS2 (ENSSVLG00005014874)	GAB2 (ENSSVLG00005014816)	USP35 (ENSSVLG00005014736)	KCTD21 (ENSSVLG00005014693)	ALG8 (ENSSVLG00005014631)	NDUFC2 (ENSSVLG00005014553)	THRSP (ENSSVLG00005014533)	ENSSVLG00005014498	ENSSVLG00005014481	INTS4 (ENSSVLG00005014058)	AAMDC (ENSSVLG00005013937)	RSF1 (ENSSVLG00005013858)	CLNS1A (ENSSVLG00005013729)	AQP11 (ENSSVLG00005013502)	PAK1 (ENSSVLG00005013431) #22	ENSSVLG00005013294	GDPD4 (ENSSVLG00005013184)	MYO7A (ENSSVLG00005012423)	CAPN5 (ENSSVLG00005012247)	B3GNT6 (ENSSVLG00005012209)	ACER3 (ENSSVLG00005023904)	TSKU (ENSSVLG00005023871)	ENSSVLG00005023846	ENSSVLG00005023498	LRRC32 (ENSSVLG00005023371)	EMSY (ENSSVLG00005023093)	GVQW3 (ENSSVLG00005022970)	THAP12 (ENSSVLG00005022917)	WNT11 (ENSSVLG00005022863)	UVRAG (ENSSVLG00005022785)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	24	ENSHGLG00000003188	GAB2 (ENSHGLG00000002641)	USP35 (ENSHGLG00000019526)	KCTD21 (ENSHGLG00000032398)	ALG8 (ENSHGLG00000019304)	NDUFC2 (ENSHGLG00000042879)	THRSP (ENSHGLG00000013110)	ENSHGLG00000018875	ENSHGLG00000041450	ENSHGLG00000019142	ENSHGLG00000005234	AAMDC (ENSHGLG00000003585)	RSF1 (ENSHGLG00000002695)	ENSHGLG00000002326	AQP11 (ENSHGLG00000003550)	PAK1 (ENSHGLG00000046220) #22	ENSHGLG00000019999	GDPD4 (ENSHGLG00000003760)	MYO7A (ENSHGLG00000011345)	CAPN5 (ENSHGLG00000002816)	OMP (ENSHGLG00000046318)	ENSHGLG00000037392	ACER3 (ENSHGLG00000010087)	ENSHGLG00000017959	ENSHGLG00000007972	ENSHGLG00000043666	ENSHGLG00000046387	ENSHGLG00000040669	ENSHGLG00000046732	ENSHGLG00000019448	ENSHGLG00000019386
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Guinea pig	MODERN SPECIES	40	PRCP (ENSCPOG00000030619)	TENM4 (ENSCPOG00000002931)	NARS2 (ENSCPOG00000002639)	GAB2 (ENSCPOG00000012380)	USP35 (ENSCPOG00000021879)	KCTD21 (ENSCPOG00000000382)	ALG8 (ENSCPOG00000012398)	NDUFC2 (ENSCPOG00000012395)	THRSP (ENSCPOG00000012393)	KCTD14 (ENSCPOG00000037873)	INTS4 (ENSCPOG00000012466)	AAMDC (ENSCPOG00000004417)	RSF1 (ENSCPOG00000005261)	CLNS1A (ENSCPOG00000005260)	AQP11 (ENSCPOG00000005258)	PAK1 (ENSCPOG00000000164) #22	GDPD4 (ENSCPOG00000008503)	MYO7A (ENSCPOG00000026904)	CAPN5 (ENSCPOG00000004296)	B3GNT6 (ENSCPOG00000040405)	ACER3 (ENSCPOG00000036907)	TSKU (ENSCPOG00000036466)	ENSCPOG00000000712	LRRC32 (ENSCPOG00000004677)	EMSY (ENSCPOG00000010198)	THAP12 (ENSCPOG00000013167)	WNT11 (ENSCPOG00000009182)	UVRAG (ENSCPOG00000010164)	DGAT2 (ENSCPOG00000004409)	MOGAT2 (ENSCPOG00000037142)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	121	ENSCLAG00000015167	TENM4 (ENSCLAG00000013721)	NARS2 (ENSCLAG00000012233)	ENSCLAG00000013569	GAB2 (ENSCLAG00000015175)	USP35 (ENSCLAG00000015220)	KCTD21 (ENSCLAG00000015125)	ENSCLAG00000013655	ALG8 (ENSCLAG00000014914)	NDUFC2 (ENSCLAG00000016641)	INTS4 (ENSCLAG00000015884)	AAMDC (ENSCLAG00000013898)	RSF1 (ENSCLAG00000014769)	CLNS1A (ENSCLAG00000014638)	AQP11 (ENSCLAG00000016580)	PAK1 (ENSCLAG00000013320) #22	GDPD4 (ENSCLAG00000016359)	MYO7A (ENSCLAG00000013818)	CAPN5 (ENSCLAG00000016170)	B3GNT6 (ENSCLAG00000018076)	ACER3 (ENSCLAG00000014899)	ENSCLAG00000015013	TSKU (ENSCLAG00000016143)	ENSCLAG00000014932	LRRC32 (ENSCLAG00000016535)	EMSY (ENSCLAG00000015699)	THAP12 (ENSCLAG00000014847)	WNT11 (ENSCLAG00000014333)	UVRAG (ENSCLAG00000016075)	DGAT2 (ENSCLAG00000015138)	ENSCLAG00000015204
Degu	MODERN SPECIES	90	ENSODEG00000019138	TENM4 (ENSODEG00000004981)	NARS2 (ENSODEG00000004856)	ENSODEG00000019084	GAB2 (ENSODEG00000004754)	USP35 (ENSODEG00000004671)	KCTD21 (ENSODEG00000004645)	ALG8 (ENSODEG00000004601)	NDUFC2 (ENSODEG00000004580)	ENSODEG00000004566	INTS4 (ENSODEG00000004555)	AAMDC (ENSODEG00000004504)	RSF1 (ENSODEG00000004471)	ENSODEG00000004427	AQP11 (ENSODEG00000004417)	PAK1 (ENSODEG00000004405) #22	ENSODEG00000004389	GDPD4 (ENSODEG00000004342)	MYO7A (ENSODEG00000004096)	CAPN5 (ENSODEG00000005118)	B3GNT6 (ENSODEG00000005108)	ENSODEG00000005077	ENSODEG00000005063	ACER3 (ENSODEG00000005051)	PGM2L1 (ENSODEG00000004995)	KCNE3 (ENSODEG00000019113)	LIPT2 (ENSODEG00000004972)	ENSODEG00000019096	ENSODEG00000004965	POLD3 (ENSODEG00000004735)	CHRDL2 (ENSODEG00000004877)
Tree shrew	MODERN SPECIES	5395																PAK1 (ENSTBEG00000003418) #22	ENSTBEG00000002904
Primates	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Mouse lemur	MODERN SPECIES	27	GAB2 (ENSMICG00000015054)	NARS2 (ENSMICG00000015093)	TENM4 (ENSMICG00000015118)	PRCP (ENSMICG00000011983)	DDIAS (ENSMICG00000033865)	RAB30 (ENSMICG00000012002)	PCF11 (ENSMICG00000008986)	ANKRD42 (ENSMICG00000009004)	CCDC90B (ENSMICG00000038111)	ENSMICG00000027095	RSF1 (ENSMICG00000014613)	CLNS1A (ENSMICG00000047894)	AQP11 (ENSMICG00000043193)	ENSMICG00000037612	ENSMICG00000046772	PAK1 (ENSMICG00000015365) #22	GDPD4 (ENSMICG00000046391)	MYO7A (ENSMICG00000013944)	CAPN5 (ENSMICG00000013928)	ACER3 (ENSMICG00000013908)	LRRC32 (ENSMICG00000026468)	EMSY (ENSMICG00000006143)	THAP12 (ENSMICG00000006139)	WNT11 (ENSMICG00000015306)	UVRAG (ENSMICG00000015281)	DGAT2 (ENSMICG00000015277)	MOGAT2 (ENSMICG00000015272)	MAP6 (ENSMICG00000015256)	SERPINH1 (ENSMICG00000015249)	GDPD5 (ENSMICG00000011193)	KLHL35 (ENSMICG00000045018)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	338															ENSPCOG00000024182	PAK1 (ENSPCOG00000015010) #22	GDPD4 (ENSPCOG00000026020)	MYO7A (ENSPCOG00000001371)	CAPN5 (ENSPCOG00000021800)	ACER3 (ENSPCOG00000013273)	LRRC32 (ENSPCOG00000028697)	EMSY (ENSPCOG00000020972)	ENSPCOG00000027615	WNT11 (ENSPCOG00000014058)	UVRAG (ENSPCOG00000020635)	DGAT2 (ENSPCOG00000019069)	MOGAT2 (ENSPCOG00000017739)	MAP6 (ENSPCOG00000028415)	SERPINH1 (ENSPCOG00000016388)	GDPD5 (ENSPCOG00000023523)	KLHL35 (ENSPCOG00000012453)
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	970	NARS2 (ENSPSMG00000013898)	GAB2 (ENSPSMG00000013794)	USP35 (ENSPSMG00000013781)	ENSPSMG00000013755	KCTD21 (ENSPSMG00000013751)	ALG8 (ENSPSMG00000013689)	NDUFC2 (ENSPSMG00000013598)	THRSP (ENSPSMG00000013585)	KCTD14 (ENSPSMG00000013579)	ENSPSMG00000013577	INTS4 (ENSPSMG00000013557)	AAMDC (ENSPSMG00000013511)	RSF1 (ENSPSMG00000013477)	CLNS1A (ENSPSMG00000013404)	AQP11 (ENSPSMG00000013331)	PAK1 (ENSPSMG00000013092) #22	ENSPSMG00000012895	GDPD4 (ENSPSMG00000012887)	MYO7A (ENSPSMG00000012875)	CAPN5 (ENSPSMG00000012780)	B3GNT6 (ENSPSMG00000012738)	ACER3 (ENSPSMG00000012733)	ENSPSMG00000012716
Bushbaby	MODERN SPECIES	116	TENM4 (ENSOGAG00000011916)	ENSOGAG00000031293	NARS2 (ENSOGAG00000011914)	GAB2 (ENSOGAG00000013101)	USP35 (ENSOGAG00000013098)	KCTD21 (ENSOGAG00000005206)	ALG8 (ENSOGAG00000030703)	ENSOGAG00000005017	THRSP (ENSOGAG00000000005)	KCTD14 (ENSOGAG00000004626)	INTS4 (ENSOGAG00000008618)	AAMDC (ENSOGAG00000008615)	RSF1 (ENSOGAG00000002473)	CLNS1A (ENSOGAG00000009170)	AQP11 (ENSOGAG00000009169)	PAK1 (ENSOGAG00000008289) #22	GDPD4 (ENSOGAG00000016874)	MYO7A (ENSOGAG00000016862)	CAPN5 (ENSOGAG00000016859)	B3GNT6 (ENSOGAG00000027236)	ACER3 (ENSOGAG00000016854)	TSKU (ENSOGAG00000016850)	ENSOGAG00000029463	LRRC32 (ENSOGAG00000010967)	EMSY (ENSOGAG00000011434)	GVQW3 (ENSOGAG00000027877)	ENSOGAG00000001569	WNT11 (ENSOGAG00000001568)	UVRAG (ENSOGAG00000025371)	DGAT2 (ENSOGAG00000000330)	MOGAT2 (ENSOGAG00000000329)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162817	ENSGT01090000260123.a	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a	ENSGT00940000158413
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a	ENSGT00940000158413
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	63		ENSGT00390000013354.d.a.b.a.a.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.q.a	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00390000011249	ENSGT00940000158149	ENSGT00940000153498.A	ENSGT00530000063405.a	ENSGT00940000156562	ENSGT01100000263497.A	ENSGT00940000153201.j.k.a.a.a.b.b.b.a	ENSGT00940000156359	ENSGT00940000156318	ENSGT00940000153986.b.a	ENSGT00390000007753.a	ENSGT00390000001136	ENSGT00950000182805.a.a.a.b.i.b.b.b	ENSGT00940000155727
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1148		ENSRBIG00000043707	NARS2 (ENSRBIG00000040493)	GAB2 (ENSRBIG00000031806)	USP35 (ENSRBIG00000040631)	KCTD21 (ENSRBIG00000025743)	ALG8 (ENSRBIG00000035473)	NDUFC2 (ENSRBIG00000009625)	THRSP (ENSRBIG00000024986)	KCTD14 (ENSRBIG00000042721)	INTS4 (ENSRBIG00000042236)	AAMDC (ENSRBIG00000044663)	RSF1 (ENSRBIG00000043374)	ENSRBIG00000035450	AQP11 (ENSRBIG00000013902)	PAK1 (ENSRBIG00000034335) #22	ENSRBIG00000036379	GDPD4 (ENSRBIG00000037924)	MYO7A (ENSRBIG00000036813)	CAPN5 (ENSRBIG00000041321)	B3GNT6 (ENSRBIG00000039681)	ENSRBIG00000036893	ENSRBIG00000018440	ACER3 (ENSRBIG00000037201)	TSKU (ENSRBIG00000019981)
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1247	NARS2 (ENSRROG00000044898)	ENSRROG00000029807	GAB2 (ENSRROG00000037838)	USP35 (ENSRROG00000015796)	KCTD21 (ENSRROG00000015553)	ALG8 (ENSRROG00000037352)	NDUFC2 (ENSRROG00000028423)	THRSP (ENSRROG00000011313)	ENSRROG00000003031	KCTD14 (ENSRROG00000030587)	INTS4 (ENSRROG00000033522)	AAMDC (ENSRROG00000038727)	RSF1 (ENSRROG00000041658)	ENSRROG00000044618	AQP11 (ENSRROG00000044105)	PAK1 (ENSRROG00000045159) #22	ENSRROG00000036425	GDPD4 (ENSRROG00000023992)
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a	ENSGT00940000158413
Vervet Monkey	MODERN SPECIES		FAM181B (ENSCSAG00000000614)	TENM4 (ENSCSAG00000003773)	NARS2 (ENSCSAG00000003793)	GAB2 (ENSCSAG00000003797)	USP35 (ENSCSAG00000003800)	KCTD21 (ENSCSAG00000000615)	ALG8 (ENSCSAG00000003802)	NDUFC2 (ENSCSAG00000003804)	THRSP (ENSCSAG00000000616)	KCTD14 (ENSCSAG00000003806)	INTS4 (ENSCSAG00000003811)	AAMDC (ENSCSAG00000003812)	RSF1 (ENSCSAG00000003816)	CLNS1A (ENSCSAG00000003818)	AQP11 (ENSCSAG00000003819)	PAK1 (ENSCSAG00000003823) #22	GDPD4 (ENSCSAG00000003828)	MYO7A (ENSCSAG00000003861)	CAPN5 (ENSCSAG00000003875)	B3GNT6 (ENSCSAG00000000617)	ACER3 (ENSCSAG00000003878)	TSKU (ENSCSAG00000000618)	LRRC32 (ENSCSAG00000003880)	EMSY (ENSCSAG00000003885)	THAP12 (ENSCSAG00000003894)	WNT11 (ENSCSAG00000003899)	UVRAG (ENSCSAG00000003902)	DGAT2 (ENSCSAG00000003904)	MOGAT2 (ENSCSAG00000003906)	MAP6 (ENSCSAG00000003908)	SERPINH1 (ENSCSAG00000003909)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000013354.d.a.b.a.a.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.d	ENSGT00940000158413
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000013354.d.a.b.a.a.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.d	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT00390000013354.d.a.b.a.a.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.d	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Drill	MODERN SPECIES	1018	TENM4 (ENSMLEG00000034676)	ENSMLEG00000037365	NARS2 (ENSMLEG00000029559)	GAB2 (ENSMLEG00000038890)	USP35 (ENSMLEG00000038344)	KCTD21 (ENSMLEG00000019386)	ENSMLEG00000026673	ALG8 (ENSMLEG00000025271)	NDUFC2 (ENSMLEG00000039299)	KCTD14 (ENSMLEG00000030473)	INTS4 (ENSMLEG00000040512)	AAMDC (ENSMLEG00000040894)	RSF1 (ENSMLEG00000038363)	CLNS1A (ENSMLEG00000040581)	AQP11 (ENSMLEG00000028777)	PAK1 (ENSMLEG00000033376) #22	ENSMLEG00000039171	GDPD4 (ENSMLEG00000044208)	MYO7A (ENSMLEG00000000314)	CAPN5 (ENSMLEG00000043868)	ACER3 (ENSMLEG00000027480)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	545	ENSCATG00000045182	TENM4 (ENSCATG00000045269)	ENSCATG00000044075	NARS2 (ENSCATG00000031854)	GAB2 (ENSCATG00000034189)	USP35 (ENSCATG00000034027)	KCTD21 (ENSCATG00000007922)	ALG8 (ENSCATG00000044265)	NDUFC2 (ENSCATG00000039655)	KCTD14 (ENSCATG00000007749)	INTS4 (ENSCATG00000039621)	AAMDC (ENSCATG00000032345)	RSF1 (ENSCATG00000041020)	CLNS1A (ENSCATG00000043634)	AQP11 (ENSCATG00000012294)	PAK1 (ENSCATG00000032259) #22	ENSCATG00000032730	GDPD4 (ENSCATG00000038800)	MYO7A (ENSCATG00000037969)	CAPN5 (ENSCATG00000044156)	B3GNT6 (ENSCATG00000031669)	ACER3 (ENSCATG00000024996)	TSKU (ENSCATG00000018628)	LRRC32 (ENSCATG00000039757)	EMSY (ENSCATG00000033145)	ENSCATG00000006180	GVQW3 (ENSCATG00000035253)	THAP12 (ENSCATG00000024587)	WNT11 (ENSCATG00000035881)	UVRAG (ENSCATG00000039451)	DGAT2 (ENSCATG00000001407)
Olive baboon	MODERN SPECIES	3	ENSPANG00000011885	NARS2 (ENSPANG00000025887)	GAB2 (ENSPANG00000014350)	USP35 (ENSPANG00000006477)	KCTD21 (ENSPANG00000043382)	ENSPANG00000012861	ALG8 (ENSPANG00000014351)	NDUFC2 (ENSPANG00000004040)	THRSP (ENSPANG00000039953)	KCTD14 (ENSPANG00000032429)	INTS4 (ENSPANG00000016287)	AAMDC (ENSPANG00000016126)	RSF1 (ENSPANG00000017793)	CLNS1A (ENSPANG00000019127)	AQP11 (ENSPANG00000014352)	PAK1 (ENSPANG00000018291) #22	GDPD4 (ENSPANG00000011944)	MYO7A (ENSPANG00000008342)	CAPN5 (ENSPANG00000010115)	ENSPANG00000050104	B3GNT6 (ENSPANG00000006331)	ACER3 (ENSPANG00000024908)	ENSPANG00000046867	TSKU (ENSPANG00000018404)	ENSPANG00000049669	LRRC32 (ENSPANG00000015382)	EMSY (ENSPANG00000007638)	ENSPANG00000007883	ENSPANG00000003101	WNT11 (ENSPANG00000014353)	UVRAG (ENSPANG00000012471)
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000013354.d.a.b.a.a.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.d	ENSGT00940000158413
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	423	FAM181B (ENSMNEG00000003392)	TENM4 (ENSMNEG00000042610)	ENSMNEG00000033890	NARS2 (ENSMNEG00000036144)	GAB2 (ENSMNEG00000040872)	USP35 (ENSMNEG00000040956)	KCTD21 (ENSMNEG00000009764)	ALG8 (ENSMNEG00000033047)	NDUFC2 (ENSMNEG00000027120)	KCTD14 (ENSMNEG00000042231)	INTS4 (ENSMNEG00000044252)	AAMDC (ENSMNEG00000029653)	RSF1 (ENSMNEG00000043815)	CLNS1A (ENSMNEG00000036050)	AQP11 (ENSMNEG00000044078)	PAK1 (ENSMNEG00000044840) #22	ENSMNEG00000028157	GDPD4 (ENSMNEG00000038159)	MYO7A (ENSMNEG00000030597)	CAPN5 (ENSMNEG00000037879)	B3GNT6 (ENSMNEG00000035934)	ACER3 (ENSMNEG00000030819)	TSKU (ENSMNEG00000013194)	LRRC32 (ENSMNEG00000041843)	EMSY (ENSMNEG00000041511)	ENSMNEG00000025096	GVQW3 (ENSMNEG00000035110)	ENSMNEG00000014529	WNT11 (ENSMNEG00000042384)	UVRAG (ENSMNEG00000036116)	DGAT2 (ENSMNEG00000045455)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.d	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877
Rhesus	MODERN SPECIES	5	NARS2 (ENSMMUG00000004649)	GAB2 (ENSMMUG00000017477)	USP35 (ENSMMUG00000017476)	ENSMMUG00000051695	KCTD21 (ENSMMUG00000017473)	ALG8 (ENSMMUG00000017472)	THRSP (ENSMMUG00000017470)	NDUFC2 (ENSMMUG00000050672)	KCTD14 (ENSMMUG00000017471)	ENSMMUG00000063047	INTS4 (ENSMMUG00000010120)	AAMDC (ENSMMUG00000010119)	RSF1 (ENSMMUG00000017355)	CLNS1A (ENSMMUG00000018945)	AQP11 (ENSMMUG00000018944)	PAK1 (ENSMMUG00000001387) #22	GDPD4 (ENSMMUG00000018188)	MYO7A (ENSMMUG00000018178)	OMP (ENSMMUG00000055575)	CAPN5 (ENSMMUG00000018174)	B3GNT6 (ENSMMUG00000050318)	ENSMMUG00000050497	ACER3 (ENSMMUG00000018168)	TSKU (ENSMMUG00000058889)	LRRC32 (ENSMMUG00000022403)	EMSY (ENSMMUG00000022401)	GVQW3 (ENSMMUG00000059619)	THAP12 (ENSMMUG00000048604)	WNT11 (ENSMMUG00000051614)	UVRAG (ENSMMUG00000000187)	DGAT2 (ENSMMUG00000000185)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162817	ENSGT01090000260123.a	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.n	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877
Gibbon	MODERN SPECIES	5	NARS2 (ENSNLEG00000016643)	ENSNLEG00000030860	GAB2 (ENSNLEG00000016667)	USP35 (ENSNLEG00000028871)	KCTD21 (ENSNLEG00000030708)	ENSNLEG00000030722	ALG8 (ENSNLEG00000027080)	ENSNLEG00000032308	THRSP (ENSNLEG00000036237)	KCTD14 (ENSNLEG00000026663)	INTS4 (ENSNLEG00000026995)	ENSNLEG00000033096	RSF1 (ENSNLEG00000016681)	CLNS1A (ENSNLEG00000016699)	AQP11 (ENSNLEG00000016709)	PAK1 (ENSNLEG00000016711) #22	ENSNLEG00000030724	GDPD4 (ENSNLEG00000016736)	MYO7A (ENSNLEG00000016747)	CAPN5 (ENSNLEG00000016775)	OMP (ENSNLEG00000016787)	B3GNT6 (ENSNLEG00000016789)	ACER3 (ENSNLEG00000034984)	TSKU (ENSNLEG00000033845)	LRRC32 (ENSNLEG00000016810)	EMSY (ENSNLEG00000016812)	ENSNLEG00000028651	ENSNLEG00000033823	ENSNLEG00000032732	WNT11 (ENSNLEG00000016841)	UVRAG (ENSNLEG00000027301)
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.n	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877
Orangutan	MODERN SPECIES	2	NARS2 (ENSPPYG00000003725)	GAB2 (ENSPPYG00000003723)	USP35 (ENSPPYG00000003722)	ENSPPYG00000003721	KCTD21 (ENSPPYG00000003720)	ALG8 (ENSPPYG00000003719)	NDUFC2 (ENSPPYG00000036421)	THRSP (ENSPPYG00000003717)	KCTD14 (ENSPPYG00000003716)	INTS4 (ENSPPYG00000003715)	ENSPPYG00000003714	RSF1 (ENSPPYG00000003713)	CLNS1A (ENSPPYG00000003712)	AQP11 (ENSPPYG00000003711)	ENSPPYG00000003709	PAK1 (ENSPPYG00000003708) #22	ENSPPYG00000035320	ENSPPYG00000003707	MYO7A (ENSPPYG00000003706)	CAPN5 (ENSPPYG00000003705)	B3GNT6 (ENSPPYG00000003704)	ACER3 (ENSPPYG00000003703)	TSKU (ENSPPYG00000003702)	LRRC32 (ENSPPYG00000003700)	EMSY (ENSPPYG00000003699)	ENSPPYG00000003698	THAP12 (ENSPPYG00000003697)	ENSPPYG00000040892	WNT11 (ENSPPYG00000003696)	UVRAG (ENSPPYG00000003695)	DGAT2 (ENSPPYG00000003694)
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.n	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554.p	ENSGT00910000147490	ENSGT00390000009554.o	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.a	ENSGT00940000158413
Gorilla	MODERN SPECIES	2	GAB2 (ENSGGOG00000010086)	USP35 (ENSGGOG00000010079)	ENSGGOG00000037208	KCTD21 (ENSGGOG00000010076)	ALG8 (ENSGGOG00000011611)	THRSP (ENSGGOG00000003652)	NDUFC2 (ENSGGOG00000041901)	KCTD14 (ENSGGOG00000013554)	ENSGGOG00000043528	ENSGGOG00000001515	ENSGGOG00000013088	ENSGGOG00000023151	RSF1 (ENSGGOG00000001833)	CLNS1A (ENSGGOG00000003091)	AQP11 (ENSGGOG00000011985)	PAK1 (ENSGGOG00000003150) #22	ENSGGOG00000043330	ENSGGOG00000008102	MYO7A (ENSGGOG00000008082)	CAPN5 (ENSGGOG00000008071)	B3GNT6 (ENSGGOG00000000016)	ACER3 (ENSGGOG00000003818)	TSKU (ENSGGOG00000008670)	LRRC32 (ENSGGOG00000001727)	EMSY (ENSGGOG00000012926)	GVQW3 (ENSGGOG00000027994)	THAP12 (ENSGGOG00000006152)	WNT11 (ENSGGOG00000015024)	UVRAG (ENSGGOG00000002911)	DGAT2 (ENSGGOG00000002910)	MAP6 (ENSGGOG00000005400)
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.n	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554.p	ENSGT00910000147490	ENSGT00390000009554.o	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.a	ENSGT00940000158413
Human	MODERN SPECIES	2	TENM4 (ENSG00000149256)	NARS2 (ENSG00000137513)	GAB2 (ENSG00000033327)	USP35 (ENSG00000118369)	KCTD21 (ENSG00000188997)	ALG8 (ENSG00000159063)	NDUFC2 (ENSG00000151366)	THRSP (ENSG00000151365)	NDUFC2-KCTD14 (ENSG00000259112)	KCTD14 (ENSG00000151364)	INTS4 (ENSG00000149262)	AAMDC (ENSG00000087884)	RSF1 (ENSG00000048649)	AQP11 (ENSG00000178301)	CLNS1A (ENSG00000074201)	PAK1 (ENSG00000149269) #22	GDPD4 (ENSG00000178795)	MYO7A (ENSG00000137474)	OMP (ENSG00000254550)	CAPN5 (ENSG00000149260)	B3GNT6 (ENSG00000198488)	ACER3 (ENSG00000078124)	TSKU (ENSG00000182704)	LRRC32 (ENSG00000137507)	EMSY (ENSG00000158636)	GVQW3 (ENSG00000179240)	THAP12 (ENSG00000137492)	WNT11 (ENSG00000085741)	UVRAG (ENSG00000198382)	DGAT2 (ENSG00000062282)	MOGAT2 (ENSG00000166391)
Pan	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.n	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554.p	ENSGT00910000147490	ENSGT00390000009554.o	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877
Bonobo	MODERN SPECIES	2	GAB2 (ENSPPAG00000029980)	USP35 (ENSPPAG00000038381)	ENSPPAG00000002837	KCTD21 (ENSPPAG00000000521)	ALG8 (ENSPPAG00000029627)	THRSP (ENSPPAG00000023087)	NDUFC2 (ENSPPAG00000039205)	KCTD14 (ENSPPAG00000042258)	ENSPPAG00000035381	ENSPPAG00000026625	ENSPPAG00000022805	ENSPPAG00000043844	RSF1 (ENSPPAG00000020888)	CLNS1A (ENSPPAG00000035940)	AQP11 (ENSPPAG00000030812)	PAK1 (ENSPPAG00000042768) #22	ENSPPAG00000033073	GDPD4 (ENSPPAG00000033740)	MYO7A (ENSPPAG00000035116)	CAPN5 (ENSPPAG00000034162)	B3GNT6 (ENSPPAG00000004892)	ACER3 (ENSPPAG00000015516)	TSKU (ENSPPAG00000025259)	LRRC32 (ENSPPAG00000028327)	ENSPPAG00000027471	THAP12 (ENSPPAG00000005479)	ENSPPAG00000028053	ENSPPAG00000038460	ENSPPAG00000030327	WNT11 (ENSPPAG00000010959)	UVRAG (ENSPPAG00000027735)
Chimpanzee	MODERN SPECIES	2	TENM4 (ENSPTRG00000004118)	NARS2 (ENSPTRG00000004117)	GAB2 (ENSPTRG00000004115)	USP35 (ENSPTRG00000051443)	ENSPTRG00000046421	KCTD21 (ENSPTRG00000044559)	ALG8 (ENSPTRG00000004112)	THRSP (ENSPTRG00000004110)	NDUFC2 (ENSPTRG00000047123)	KCTD14 (ENSPTRG00000004109)	INTS4 (ENSPTRG00000004108)	AAMDC (ENSPTRG00000004106)	RSF1 (ENSPTRG00000004105)	CLNS1A (ENSPTRG00000048842)	AQP11 (ENSPTRG00000004103)	PAK1 (ENSPTRG00000004101) #22	ENSPTRG00000048327	GDPD4 (ENSPTRG00000004100)	MYO7A (ENSPTRG00000004098)	CAPN5 (ENSPTRG00000049993)	B3GNT6 (ENSPTRG00000023606)	ACER3 (ENSPTRG00000004096)	TSKU (ENSPTRG00000028468)	LRRC32 (ENSPTRG00000004094)	EMSY (ENSPTRG00000004093)	ENSPTRG00000049644	ENSPTRG00000028470	THAP12 (ENSPTRG00000004091)	WNT11 (ENSPTRG00000004090)	UVRAG (ENSPTRG00000004088)	DGAT2 (ENSPTRG00000004087)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000008403.ab	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00940000155959.n	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Mas night monkey	MODERN SPECIES	575	GAB2 (ENSANAG00000033147)	USP35 (ENSANAG00000023780)	KCTD21 (ENSANAG00000008887)	ALG8 (ENSANAG00000028151)	ENSANAG00000035549	NDUFC2 (ENSANAG00000032706)	KCTD14 (ENSANAG00000032585)	ENSANAG00000037311	INTS4 (ENSANAG00000005253)	AAMDC (ENSANAG00000031884)	RSF1 (ENSANAG00000024984)	ENSANAG00000010001	AQP11 (ENSANAG00000032006)	ENSANAG00000031650	ENSANAG00000029802	PAK1 (ENSANAG00000019562) #22	GDPD4 (ENSANAG00000030211)	MYO7A (ENSANAG00000023144)	CAPN5 (ENSANAG00000032657)	ACER3 (ENSANAG00000031758)	TSKU (ENSANAG00000028760)	LRRC32 (ENSANAG00000036098)	EMSY (ENSANAG00000037605)	GVQW3 (ENSANAG00000033324)	THAP12 (ENSANAG00000034553)	WNT11 (ENSANAG00000023221)	UVRAG (ENSANAG00000037389)	DGAT2 (ENSANAG00000033159)	MOGAT2 (ENSANAG00000030684)	ENSANAG00000025561	ENSANAG00000028881
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000008403.ab	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00940000155959.n	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Marmoset	MODERN SPECIES	2	KCTD21 (ENSCJAG00000043935)	ALG8 (ENSCJAG00000014792)	NDUFC2 (ENSCJAG00000066176)	ENSCJAG00000014820	THRSP (ENSCJAG00000022085)	ENSCJAG00000021760	KCTD14 (ENSCJAG00000014824)	INTS4 (ENSCJAG00000014825)	ENSCJAG00000077936	ENSCJAG00000014890	RSF1 (ENSCJAG00000014899)	CLNS1A (ENSCJAG00000014927)	AQP11 (ENSCJAG00000014939)	ENSCJAG00000073608	ENSCJAG00000070241	PAK1 (ENSCJAG00000014954) #22	GDPD4 (ENSCJAG00000015002)	ENSCJAG00000077361	MYO7A (ENSCJAG00000015009)	ENSCJAG00000081839	CAPN5 (ENSCJAG00000015126)	B3GNT6 (ENSCJAG00000048141)	ACER3 (ENSCJAG00000015179)	TSKU (ENSCJAG00000015198)	LRRC32 (ENSCJAG00000041496)	EMSY (ENSCJAG00000015204)	GVQW3 (ENSCJAG00000015286)	THAP12 (ENSCJAG00000012300)	WNT11 (ENSCJAG00000015296)	UVRAG (ENSCJAG00000015319)	DGAT2 (ENSCJAG00000015337)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	10																ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	212														ENSSBOG00000025989	ENSSBOG00000022878	PAK1 (ENSSBOG00000035209) #22	GDPD4 (ENSSBOG00000030967)	MYO7A (ENSSBOG00000022003)	CAPN5 (ENSSBOG00000025919)	B3GNT6 (ENSSBOG00000023913)	ACER3 (ENSSBOG00000024052)	TSKU (ENSSBOG00000028360)	SPATA19 (ENSSBOG00000026868)	IGSF9B (ENSSBOG00000025414)	JAM3 (ENSSBOG00000020318)	NCAPD3 (ENSSBOG00000031207)	VPS26B (ENSSBOG00000029454)	THYN1 (ENSSBOG00000027498)	ACAD8 (ENSSBOG00000029736)	GLB1L3 (ENSSBOG00000023285)	GLB1L2 (ENSSBOG00000020582)
Capuchin	MODERN SPECIES	79						ANGPTL5 (ENSCCAG00000026522)	CEP126 (ENSCCAG00000033127)	CFAP300 (ENSCCAG00000033252)	YAP1 (ENSCCAG00000035003)	BIRC3 (ENSCCAG00000026847)	ENSCCAG00000036738	ENSCCAG00000034552	ENSCCAG00000037949	ENSCCAG00000037522	ENSCCAG00000008865	PAK1 (ENSCCAG00000027918) #22	GDPD4 (ENSCCAG00000025757)	MYO7A (ENSCCAG00000035696)	CAPN5 (ENSCCAG00000032879)	ACER3 (ENSCCAG00000022320)	LRRC32 (ENSCCAG00000036797)	EMSY (ENSCCAG00000033043)	GVQW3 (ENSCCAG00000017675)	THAP12 (ENSCCAG00000030247)	WNT11 (ENSCCAG00000006507)	UVRAG (ENSCCAG00000004406)	DGAT2 (ENSCCAG00000025871)	MOGAT2 (ENSCCAG00000033399)	ENSCCAG00000019602	MAP6 (ENSCCAG00000038045)	SERPINH1 (ENSCCAG00000036630)
Tarsier	MODERN SPECIES	5561																PAK1 (ENSTSYG00000005124) #22	ENSTSYG00000032878	GDPD4 (ENSTSYG00000014245)	MYO7A (ENSTSYG00000026178)	CAPN5 (ENSTSYG00000028898)	ENSTSYG00000010273	ACER3 (ENSTSYG00000012393)
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.a #22
Hedgehog	MODERN SPECIES	4536																PAK1 (ENSEEUG00000006111) #22
Common shrew	MODERN SPECIES	3484																PAK1 (ENSSARG00000003580) #22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Suina	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128.n	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	32	ENSCWAG00000000452	NARS2 (ENSCWAG00000000469)	GAB2 (ENSCWAG00000000513)	USP35 (ENSCWAG00000000554)	KCTD21 (ENSCWAG00000000591)	ENSCWAG00000000598	ALG8 (ENSCWAG00000000606)	NDUFC2 (ENSCWAG00000000628)	THRSP (ENSCWAG00000000643)	KCTD14 (ENSCWAG00000000654)	INTS4 (ENSCWAG00000000693)	AAMDC (ENSCWAG00000000780)	RSF1 (ENSCWAG00000000803)	CLNS1A (ENSCWAG00000000875)	AQP11 (ENSCWAG00000000925)	PAK1 (ENSCWAG00000000943) #22	ENSCWAG00000000976	ENSCWAG00000001004	MYO7A (ENSCWAG00000001099)	CAPN5 (ENSCWAG00000001339)	B3GNT6 (ENSCWAG00000001354)	ACER3 (ENSCWAG00000001370)	TSKU (ENSCWAG00000001407)	ENSCWAG00000001431	LRRC32 (ENSCWAG00000001490)	EMSY (ENSCWAG00000001547)	GVQW3 (ENSCWAG00000001671)	THAP12 (ENSCWAG00000001677)	WNT11 (ENSCWAG00000001687)	UVRAG (ENSCWAG00000001705)	DGAT2 (ENSCWAG00000001740)
Pig	MODERN SPECIES	17	NARS2 (ENSSSCG00000014893)	ENSSSCG00000048333	GAB2 (ENSSSCG00000014891)	USP35 (ENSSSCG00000014892)	ENSSSCG00000042960	KCTD21 (ENSSSCG00000033506)	ALG8 (ENSSSCG00000014887)	NDUFC2 (ENSSSCG00000039494)	THRSP (ENSSSCG00000033822)	ENSSSCG00000031979	ENSSSCG00000014884	ENSSSCG00000037251	RSF1 (ENSSSCG00000014882)	CLNS1A (ENSSSCG00000014881)	AQP11 (ENSSSCG00000014880)	PAK1 (ENSSSCG00000014878) #22	ENSSSCG00000055558	ENSSSCG00000058608	ENSSSCG00000053774	ENSSSCG00000014877	MYO7A (ENSSSCG00000014876)	CAPN5 (ENSSSCG00000014875)	B3GNT6 (ENSSSCG00000014874)	ENSSSCG00000053515	ACER3 (ENSSSCG00000032723)	ENSSSCG00000014872	TSKU (ENSSSCG00000014871)	ENSSSCG00000055915	LRRC32 (ENSSSCG00000014869)	EMSY (ENSSSCG00000014868)	GVQW3 (ENSSSCG00000062483)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f.f	ENSGT00940000156251.f.e.a	ENSGT00390000013180	ENSGT00660000097475	ENSGT00390000007067.c	ENSGT00940000155755	ENSGT00390000005623	ENSGT00940000155891	ENSGT00940000155692	ENSGT00950000182989.D.a.a.g.b	ENSGT00810000125439.A	ENSGT00940000154963	ENSGT00940000156825	ENSGT00390000008184
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f.f	ENSGT00940000156251.f.e.a	ENSGT00390000013180	ENSGT00660000097475	ENSGT00390000007067.c	ENSGT00940000155755	ENSGT00390000005623	ENSGT00940000155891	ENSGT00940000155692	ENSGT00950000182989.D.a.a.g.b	ENSGT00810000125439.A	ENSGT00940000154963	ENSGT00940000156825	ENSGT00390000008184
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00540000070023.c.b.a.a.a.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00390000016904.a.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f.f	ENSGT00940000156251.f.e.a	ENSGT00390000013180	ENSGT00660000097475	ENSGT00390000007067.c	ENSGT00940000155755	ENSGT00390000005623	ENSGT00940000155891	ENSGT00940000155692	ENSGT00810000125439.A.rc	ENSGT00810000125439.A.qc.a	ENSGT00940000154963	ENSGT00940000156825	ENSGT00390000008184
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00540000070023.c.b.a.a.a.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00390000016904.a.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f.f	ENSGT00940000156251.f.e.a	ENSGT00390000013180	ENSGT00660000097475	ENSGT00390000007067.c	ENSGT00940000155755	ENSGT00390000005623	ENSGT00940000155891	ENSGT00940000155692	ENSGT00810000125439.A.qc.a	ENSGT00940000154963	ENSGT00940000156825	ENSGT00390000008184	ENSGT00390000016292.i.b
Goat	MODERN SPECIES	21	USP35 (ENSCHIG00000022000)	KCTD21 (ENSCHIG00000010283)	ENSCHIG00000012136	ALG8 (ENSCHIG00000015388)	NDUFC2 (ENSCHIG00000024981)	THRSP (ENSCHIG00000010391)	KCTD14 (ENSCHIG00000010510)	INTS4 (ENSCHIG00000016677)	AAMDC (ENSCHIG00000016553)	RSF1 (ENSCHIG00000024983)	ENSCHIG00000014742	CLNS1A (ENSCHIG00000022408)	AQP11 (ENSCHIG00000013621)	ENSCHIG00000008822	ENSCHIG00000020809	PAK1 (ENSCHIG00000003071) #22	ENSCHIG00000012938	ENSCHIG00000012289	ENSCHIG00000011542	ENSCHIG00000018981	ENSCHIG00000026019	ENSCHIG00000012126	SVIP (ENSCHIG00000018647)	GAS2 (ENSCHIG00000024172)	FANCF (ENSCHIG00000007412)	SLC17A6 (ENSCHIG00000018728)	ANO5 (ENSCHIG00000009295)	NELL1 (ENSCHIG00000022956)	SLC6A5 (ENSCHIG00000012442)	PRMT3 (ENSCHIG00000016465)	HTATIP2 (ENSCHIG00000024838)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	13	USP35 (ENSOARG00020025158)	KCTD21 (ENSOARG00020025178)	ENSOARG00020025186	ENSOARG00020025198	ALG8 (ENSOARG00020025204)	NDUFC2 (ENSOARG00020025217)	THRSP (ENSOARG00020025234)	KCTD14 (ENSOARG00020025241)	INTS4 (ENSOARG00020025265)	AAMDC (ENSOARG00020025329)	RSF1 (ENSOARG00020025337)	ENSOARG00020025348	CLNS1A (ENSOARG00020025356)	AQP11 (ENSOARG00020025375)	ENSOARG00020025384	PAK1 (ENSOARG00020025388) #22	ENSOARG00020025417	ENSOARG00020025490	ENSOARG00020025509	LUZP2 (ENSOARG00020025537)	ENSOARG00020025562	ENSOARG00020025569	NELL1 (ENSOARG00020025588)	SLC6A5 (ENSOARG00020025638)	PRMT3 (ENSOARG00020025645)	HTATIP2 (ENSOARG00020025666)	ENSOARG00020025672	ENSOARG00020025676	ENSOARG00020025682	DBX1 (ENSOARG00020025685)	NAV2 (ENSOARG00020025736)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000002918.a.a.j.c.a	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00540000070023.c.b.a.a.a.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00390000016904.a.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f.f	ENSGT00390000013180	ENSGT00660000097475	ENSGT00390000007067.c	ENSGT00940000155755	ENSGT00390000005623	ENSGT00940000155891	ENSGT00940000155692	ENSGT00810000125439.A.rc	ENSGT00810000125439.A.qc.a	ENSGT00940000154963	ENSGT00940000156825	ENSGT00390000008184	ENSGT00390000016292.i.b
Bos	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000002918.a.a.j.c.a.a.a	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00390000016904.a.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f.f	ENSGT00390000007015.q.b	ENSGT00390000013180	ENSGT00660000097475	ENSGT00390000007067.c	ENSGT00940000155755.f	ENSGT00940000155755.e.a	ENSGT00390000005623	ENSGT00940000155891	ENSGT00940000155692	ENSGT00810000125439.A.rc	ENSGT00810000125439.A.qc.a	ENSGT00940000154963	ENSGT00940000156825
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000002918.a.a.j.c.a.a.a	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00390000016904.a.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f.f	ENSGT00390000007015.q.b	ENSGT00390000013180	ENSGT00970000198347	ENSGT00660000097475	ENSGT00390000007067.c	ENSGT00940000155755.f	ENSGT00390000005623	ENSGT00940000155891	ENSGT00940000155692	ENSGT00810000125439.A.rc	ENSGT00810000125439.A.qc.a	ENSGT00940000154963	ENSGT00940000156825
Cow	MODERN SPECIES	21	ENSBTAG00000051637	KCTD21 (ENSBTAG00000054429)	ENSBTAG00000045601	ALG8 (ENSBTAG00000018192)	NDUFC2 (ENSBTAG00000018188)	THRSP (ENSBTAG00000011666)	KCTD14 (ENSBTAG00000011668)	INTS4 (ENSBTAG00000010505)	AAMDC (ENSBTAG00000017298)	RSF1 (ENSBTAG00000020268)	ENSBTAG00000049245	ENSBTAG00000051290	CLNS1A (ENSBTAG00000019930)	AQP11 (ENSBTAG00000019928)	ENSBTAG00000009268	PAK1 (ENSBTAG00000010191) #22	ENSBTAG00000000886	ENSBTAG00000034536	LUZP2 (ENSBTAG00000001043)	ENSBTAG00000053211	ENSBTAG00000054222	GAS2 (ENSBTAG00000021654)	FANCF (ENSBTAG00000007230)	SLC17A6 (ENSBTAG00000038347)	ANO5 (ENSBTAG00000019394)	ENSBTAG00000050228	ENSBTAG00000048576	SLC6A5 (ENSBTAG00000014300)	PRMT3 (ENSBTAG00000013421)	HTATIP2 (ENSBTAG00000013419)	ENSBTAG00000008684
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	21	ENSBIXG00005003394	KCTD21 (ENSBIXG00005007835)	ENSBIXG00005007674	ALG8 (ENSBIXG00005020344)	THRSP (ENSBIXG00005020366)	ENSBIXG00005020379	KCTD14 (ENSBIXG00005020393)	INTS4 (ENSBIXG00005020611)	AAMDC (ENSBIXG00005020691)	ENSBIXG00005007728	ENSBIXG00005020733	RSF1 (ENSBIXG00005003521)	CLNS1A (ENSBIXG00005020933)	AQP11 (ENSBIXG00005020997)	ENSBIXG00005021010	PAK1 (ENSBIXG00005021064) #22	ENSBIXG00005021277	ENSBIXG00005021308	ENSBIXG00005021330	LUZP2 (ENSBIXG00005003622)	ENSBIXG00005006604	CCDC179 (ENSBIXG00005021565)	ENSBIXG00005000008	GAS2 (ENSBIXG00005021605)	FANCF (ENSBIXG00005021632)	SLC17A6 (ENSBIXG00005021666)	ANO5 (ENSBIXG00005021754)	NELL1 (ENSBIXG00005021911)	SLC6A5 (ENSBIXG00005006663)	PRMT3 (ENSBIXG00005022211)	ENSBIXG00005022254
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00540000070023.c.b.a.a.a.a	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00390000016904.a.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f.f	ENSGT00390000007015.q.b
Domestic yak	MODERN SPECIES	21	GAB2 (ENSBGRG00000020464)	ENSBGRG00000020442	USP35 (ENSBGRG00000020391)	KCTD21 (ENSBGRG00000020357)	ALG8 (ENSBGRG00000020232)	NDUFC2 (ENSBGRG00000020103)	THRSP (ENSBGRG00000020064)	KCTD14 (ENSBGRG00000020044)	INTS4 (ENSBGRG00000019630)	AAMDC (ENSBGRG00000019457)	ENSBGRG00000019411	RSF1 (ENSBGRG00000019124)	CLNS1A (ENSBGRG00000018759)	AQP11 (ENSBGRG00000018686)	ENSBGRG00000018633	PAK1 (ENSBGRG00000018531) #22	ENSBGRG00000018068	ENSBGRG00000017769	ENSBGRG00000017741	ENSBGRG00000017635	ENSBGRG00000017480	ENSBGRG00000017317	ENSBGRG00000017300	ENSBGRG00000017237	OR8D4 (ENSBGRG00000017223)	ENSBGRG00000024380	ENSBGRG00000024364	OR10S1 (ENSBGRG00000024345)	OR10G6 (ENSBGRG00000024329)	ENSBGRG00000024323	ENSBGRG00000024294
Wild yak	MODERN SPECIES	2457															ENSBMUG00000023575	PAK1 (ENSBMUG00000023592) #22
American bison	MODERN SPECIES	3238	USP35 (ENSBBBG00000019234)	ENSBBBG00000019225	KCTD21 (ENSBBBG00000008170)	ENSBBBG00000004952	ALG8 (ENSBBBG00000007272)	NDUFC2 (ENSBBBG00000019182)	KCTD14 (ENSBBBG00000019169)	INTS4 (ENSBBBG00000019159)	ENSBBBG00000004915	AAMDC (ENSBBBG00000004908)	RSF1 (ENSBBBG00000004893)	ENSBBBG00000019059	CLNS1A (ENSBBBG00000019050)	AQP11 (ENSBBBG00000018990)	ENSBBBG00000018987	PAK1 (ENSBBBG00000018980) #22	ENSBBBG00000018951	ENSBBBG00000018916	ENSBBBG00000007625
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	113	GAB2 (ENSMMSG00000004659)	USP35 (ENSMMSG00000004718)	KCTD21 (ENSMMSG00000004784)	ENSMMSG00000004807	ALG8 (ENSMMSG00000004825)	NDUFC2 (ENSMMSG00000004904)	THRSP (ENSMMSG00000004930)	KCTD14 (ENSMMSG00000004944)	INTS4 (ENSMMSG00000004977)	AAMDC (ENSMMSG00000005194)	RSF1 (ENSMMSG00000005280)	ENSMMSG00000005371	AQP11 (ENSMMSG00000005614)	ENSMMSG00000005636	ENSMMSG00000005665	PAK1 (ENSMMSG00000005702) #22	GDPD4 (ENSMMSG00000005765)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	11	ENSCHYG00000003661	GAB2 (ENSCHYG00000003673)	USP35 (ENSCHYG00000003699)	KCTD21 (ENSCHYG00000003720)	ENSCHYG00000003733	ALG8 (ENSCHYG00000003751)	NDUFC2 (ENSCHYG00000003780)	THRSP (ENSCHYG00000003785)	KCTD14 (ENSCHYG00000003792)	INTS4 (ENSCHYG00000003807)	ENSCHYG00000003859	ENSCHYG00000003886	RSF1 (ENSCHYG00000003899)	CLNS1A (ENSCHYG00000003949)	AQP11 (ENSCHYG00000003991)	PAK1 (ENSCHYG00000004009) #22	ENSCHYG00000004057	ENSCHYG00000008843	ENSCHYG00000009058	ENSCHYG00000009185	ENSCHYG00000009321	ENSCHYG00000009355	CCDC179 (ENSCHYG00000009380)	ENSCHYG00000009425	GAS2 (ENSCHYG00000009479)	FANCF (ENSCHYG00000009636)	SLC17A6 (ENSCHYG00000009689)	ANO5 (ENSCHYG00000009862)	ENSCHYG00000010427	NELL1 (ENSCHYG00000010475)	SLC6A5 (ENSCHYG00000010711)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00980000198692	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Blue whale	MODERN SPECIES	19	FAM181B (ENSBMSG00010005075)	ENSBMSG00010005082	TENM4 (ENSBMSG00010005114)	NARS2 (ENSBMSG00010005167)	GAB2 (ENSBMSG00010005186)	USP35 (ENSBMSG00010005214)	KCTD21 (ENSBMSG00010005236)	ALG8 (ENSBMSG00010005254)	NDUFC2 (ENSBMSG00010005272)	KCTD14 (ENSBMSG00010005287)	INTS4 (ENSBMSG00010005324)	ENSBMSG00010005359	RSF1 (ENSBMSG00010005407)	CLNS1A (ENSBMSG00010005431)	AQP11 (ENSBMSG00010005455)	PAK1 (ENSBMSG00010005469) #22	GDPD4 (ENSBMSG00010005481)	MYO7A (ENSBMSG00010005524)	CAPN5 (ENSBMSG00010005617)	ACER3 (ENSBMSG00010005659)	TSKU (ENSBMSG00010005685)	ENSBMSG00010005705	LRRC32 (ENSBMSG00010005727)	EMSY (ENSBMSG00010005898)	GVQW3 (ENSBMSG00010006350)	THAP12 (ENSBMSG00010006359)	WNT11 (ENSBMSG00010006371)	UVRAG (ENSBMSG00010006403)	DGAT2 (ENSBMSG00010006424)	MOGAT2 (ENSBMSG00010006441)	MAP6 (ENSBMSG00010006468)
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00980000198692	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT00610000086173.a.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Sperm whale	DUPLICATION
Sperm whale	MODERN SPECIES	7	TENM4 (ENSPCTG00005010687)	NARS2 (ENSPCTG00005010794)	GAB2 (ENSPCTG00005010907)	USP35 (ENSPCTG00005010965)	KCTD21 (ENSPCTG00005011096)	ALG8 (ENSPCTG00005011136)	NDUFC2 (ENSPCTG00005011217)	KCTD14 (ENSPCTG00005011283)	INTS4 (ENSPCTG00005011313)	ENSPCTG00005011813	ENSPCTG00005011852	ENSPCTG00005011994	RSF1 (ENSPCTG00005012040)	CLNS1A (ENSPCTG00005012102)	AQP11 (ENSPCTG00005012243)	PAK1 (ENSPCTG00005008855) #22	GDPD4 (ENSPCTG00005008885)	MYO7A (ENSPCTG00005009160)	CAPN5 (ENSPCTG00005010782)	ACER3 (ENSPCTG00005010914)	TSKU (ENSPCTG00005011078)	LRRC32 (ENSPCTG00005011094)	EMSY (ENSPCTG00005011180)	GVQW3 (ENSPCTG00005011668)	ENSPCTG00005011685	WNT11 (ENSPCTG00005011701)	UVRAG (ENSPCTG00005011757)	ENSPCTG00005011854	DGAT2 (ENSPCTG00005011874)	MOGAT2 (ENSPCTG00005012047)	ENSPCTG00005012145
Sperm whale	MODERN SPECIES	10	C22orf31 (ENSPCTG00005006661)	KREMEN1 (ENSPCTG00005006568)	EMID1 (ENSPCTG00005006308)	RHBDD3 (ENSPCTG00005006213)	NEFH (ENSPCTG00005006128)	THOC5 (ENSPCTG00005005997)	NIPSNAP1 (ENSPCTG00005005945)	NF2 (ENSPCTG00005005917)	CABP7 (ENSPCTG00005005877)	ZMAT5 (ENSPCTG00005005853)	ENSPCTG00005005837	ASCC2 (ENSPCTG00005005539)	ENSPCTG00005005453	ENSPCTG00005005436	ENSPCTG00005005414	ENSPCTG00005005391 #22	LIF (ENSPCTG00005005366)	OSM (ENSPCTG00005005339)	CASTOR1 (ENSPCTG00005005294)	TBC1D10A (ENSPCTG00005005227)	SF3A1 (ENSPCTG00005005169)	ENSPCTG00005005142	MTFP1 (ENSPCTG00005005096)	ENSPCTG00005005062	GAL3ST1 (ENSPCTG00005005038)	PES1 (ENSPCTG00005004967)	TCN2 (ENSPCTG00005004928)	SLC35E4 (ENSPCTG00005004906)	DUSP18 (ENSPCTG00005004889)	ENSPCTG00005004857	OSBP2 (ENSPCTG00005004791)
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00980000198692	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352.q	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958.i.a	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT00610000086173.a.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01010000227694
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01010000228968	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352.q	ENSGT00940000160762	ENSGT00950000183087.A.b.b.j	ENSGT00940000168561	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958.i.a	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT00610000086173.a.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01010000227694
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01010000228968	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352.q	ENSGT00940000160762	ENSGT00950000183087.A.b.b.j	ENSGT00390000003860.cb.b	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958.i.a	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT00610000086173.a.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01010000227694
Beluga whale	MODERN SPECIES	2	ENSDLEG00000004540	TENM4 (ENSDLEG00000004417)	NARS2 (ENSDLEG00000004391)	GAB2 (ENSDLEG00000004384)	USP35 (ENSDLEG00000004381)	KCTD21 (ENSDLEG00000004374)	ALG8 (ENSDLEG00000004365)	ENSDLEG00000004361	KCTD14 (ENSDLEG00000004354)	ENSDLEG00000004342	INTS4 (ENSDLEG00000004326)	AAMDC (ENSDLEG00000004318)	RSF1 (ENSDLEG00000004307)	CLNS1A (ENSDLEG00000004301)	AQP11 (ENSDLEG00000004294)	PAK1 (ENSDLEG00000004277) #22	MYO7A (ENSDLEG00000003449)	CAPN5 (ENSDLEG00000003342)	ACER3 (ENSDLEG00000003334)	TSKU (ENSDLEG00000003327)	ENSDLEG00000003321	ENSDLEG00000003313	LRRC32 (ENSDLEG00000003305)	EMSY (ENSDLEG00000003214)	GVQW3 (ENSDLEG00000003193)	THAP12 (ENSDLEG00000003173)	WNT11 (ENSDLEG00000003165)	LSM4 (ENSDLEG00000003159)	DGAT2 (ENSDLEG00000003119)	MOGAT2 (ENSDLEG00000003103)	ENSDLEG00000003098
Narwhal	MODERN SPECIES	314	ENSMMNG00015017594	NARS2 (ENSMMNG00015017636)	GAB2 (ENSMMNG00015017697)	USP35 (ENSMMNG00015017738)	KCTD21 (ENSMMNG00015017806)	ALG8 (ENSMMNG00015017839)	ENSMMNG00015017877	KCTD14 (ENSMMNG00015017911)	INTS4 (ENSMMNG00015018001)	ENSMMNG00015018307	ENSMMNG00015018333	ENSMMNG00015018363	RSF1 (ENSMMNG00015018385)	CLNS1A (ENSMMNG00015018424)	AQP11 (ENSMMNG00015018453)	PAK1 (ENSMMNG00015018474) #22	MYO7A (ENSMMNG00015018569)	CAPN5 (ENSMMNG00015018893)	ACER3 (ENSMMNG00015018948)	TSKU (ENSMMNG00015018998)	ENSMMNG00015019014	LRRC32 (ENSMMNG00015019035)	EMSY (ENSMMNG00015019155)	GVQW3 (ENSMMNG00015019432)	ENSMMNG00015019441	WNT11 (ENSMMNG00015019462)	UVRAG (ENSMMNG00015019516)	LSM4 (ENSMMNG00015019548)	DGAT2 (ENSMMNG00015019561)	MOGAT2 (ENSMMNG00015019582)	ENSMMNG00015019612
Vaquita	MODERN SPECIES	19	ENSPSNG00000004054	NARS2 (ENSPSNG00000004074)	GAB2 (ENSPSNG00000004098)	USP35 (ENSPSNG00000004108)	KCTD21 (ENSPSNG00000004126)	ALG8 (ENSPSNG00000004160)	ENSPSNG00000004194	KCTD14 (ENSPSNG00000004214)	INTS4 (ENSPSNG00000004296)	ENSPSNG00000004436	ENSPSNG00000004460	ENSPSNG00000004492	RSF1 (ENSPSNG00000004527)	CLNS1A (ENSPSNG00000004596)	AQP11 (ENSPSNG00000004655)	PAK1 (ENSPSNG00000004688) #22	MYO7A (ENSPSNG00000004811)	CAPN5 (ENSPSNG00000005069)	ACER3 (ENSPSNG00000005102)	TSKU (ENSPSNG00000005155)	ENSPSNG00000005176	ENSPSNG00000005198	LRRC32 (ENSPSNG00000005215)	EMSY (ENSPSNG00000005336)	GVQW3 (ENSPSNG00000005560)	ENSPSNG00000005572	WNT11 (ENSPSNG00000005604)	UVRAG (ENSPSNG00000005649)	LSM4 (ENSPSNG00000005672)	DGAT2 (ENSPSNG00000005697)	MOGAT2 (ENSPSNG00000005741)
Dolphin	MODERN SPECIES	998																PAK1 (ENSTTRG00000008763) #22
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000158099	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.f	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00970000197259
Arabian camel	MODERN SPECIES	1	PRCP (ENSCDRG00005000165)	TENM4 (ENSCDRG00005005968)	NARS2 (ENSCDRG00005005899)	GAB2 (ENSCDRG00005005876)	USP35 (ENSCDRG00005005740)	KCTD21 (ENSCDRG00005005709)	ALG8 (ENSCDRG00005005652)	NDUFC2 (ENSCDRG00005005626)	THRSP (ENSCDRG00005005606)	KCTD14 (ENSCDRG00005005593)	INTS4 (ENSCDRG00005005479)	AAMDC (ENSCDRG00005005416)	RSF1 (ENSCDRG00005005378)	CLNS1A (ENSCDRG00005005266)	AQP11 (ENSCDRG00005005237)	PAK1 (ENSCDRG00005005198) #22	GDPD4 (ENSCDRG00005005146)	MYO7A (ENSCDRG00005005065)	CAPN5 (ENSCDRG00005005010)	B3GNT6 (ENSCDRG00005004982)	ACER3 (ENSCDRG00005004836)	TSKU (ENSCDRG00005004808)	ENSCDRG00005004792	ENSCDRG00005004762	LRRC32 (ENSCDRG00005004741)	EMSY (ENSCDRG00005004068)	GVQW3 (ENSCDRG00005003950)	THAP12 (ENSCDRG00005003929)	WNT11 (ENSCDRG00005003887)	UVRAG (ENSCDRG00005003820)	DGAT2 (ENSCDRG00005003787)
Alpaca	MODERN SPECIES	2232											INTS4 (ENSVPAG00000010395)	AAMDC (ENSVPAG00000010394)	RSF1 (ENSVPAG00000010392)	CLNS1A (ENSVPAG00000010391)	AQP11 (ENSVPAG00000010390)	PAK1 (ENSVPAG00000010389) #22	ENSVPAG00000010388
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Equus	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Donkey	MODERN SPECIES	12	TENM4 (ENSEASG00005012922)	NARS2 (ENSEASG00005013867)	GAB2 (ENSEASG00005013868)	USP35 (ENSEASG00005013870)	KCTD21 (ENSEASG00005026196)	ENSEASG00005013872	ALG8 (ENSEASG00005013874)	NDUFC2 (ENSEASG00005013875)	THRSP (ENSEASG00005035411)	KCTD14 (ENSEASG00005026841)	INTS4 (ENSEASG00005013878)	AAMDC (ENSEASG00005013879)	RSF1 (ENSEASG00005013881)	CLNS1A (ENSEASG00005013883)	AQP11 (ENSEASG00005013884)	PAK1 (ENSEASG00005013886) #22	ENSEASG00005013887	MYO7A (ENSEASG00005013920)	CAPN5 (ENSEASG00005014205)	B3GNT6 (ENSEASG00005038371)	ENSEASG00005014209	ENSEASG00005037031	TSKU (ENSEASG00005028507)	ENSEASG00005014216	LRRC32 (ENSEASG00005014217)	EMSY (ENSEASG00005014219)	GVQW3 (ENSEASG00005026325)	THAP12 (ENSEASG00005014222)	WNT11 (ENSEASG00005014224)	UVRAG (ENSEASG00005014226)	ENSEASG00005014228
Horse	MODERN SPECIES	28	TENM4 (ENSECAG00000008038)	GAB2 (ENSECAG00000020164)	USP35 (ENSECAG00000021733)	KCTD21 (ENSECAG00000038949)	KCTD21 (ENSECAG00000005835)	ALG8 (ENSECAG00000022682)	NDUFC2 (ENSECAG00000039611)	THRSP (ENSECAG00000055545)	INTS4 (ENSECAG00000002281)	AAMDC (ENSECAG00000010625)	ENSECAG00000050740	RSF1 (ENSECAG00000010685)	ENSECAG00000045122	CLNS1A (ENSECAG00000015043)	AQP11 (ENSECAG00000017607)	PAK1 (ENSECAG00000017840) #22	GDPD4 (ENSECAG00000023157)	ENSECAG00000047740	MYO7A (ENSECAG00000024143)	CAPN5 (ENSECAG00000015125)	OMP (ENSECAG00000057103)	B3GNT6 (ENSECAG00000019463)	ACER3 (ENSECAG00000026842)	TSKU (ENSECAG00000005924)	ENSECAG00000038312	LRRC32 (ENSECAG00000019895)	EMSY (ENSECAG00000020064)	GVQW3 (ENSECAG00000046273)	THAP12 (ENSECAG00000021982)	WNT11 (ENSECAG00000022188)	UVRAG (ENSECAG00000023818)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Microbat	MODERN SPECIES	1023	NARS2 (ENSMLUG00000030064)	GAB2 (ENSMLUG00000015964)	USP35 (ENSMLUG00000015951)	KCTD21 (ENSMLUG00000014632)	ALG8 (ENSMLUG00000014622)	ENSMLUG00000014617	THRSP (ENSMLUG00000014613)	KCTD14 (ENSMLUG00000014611)	INTS4 (ENSMLUG00000005683)	ENSMLUG00000025569	AAMDC (ENSMLUG00000005674)	ENSMLUG00000029974	RSF1 (ENSMLUG00000005657)	CLNS1A (ENSMLUG00000024623)	AQP11 (ENSMLUG00000009739)	PAK1 (ENSMLUG00000013311) #22	GDPD4 (ENSMLUG00000016657)	MYO7A (ENSMLUG00000016621)	CAPN5 (ENSMLUG00000001183)	TSKU (ENSMLUG00000001174)	ENSMLUG00000001171	LRRC32 (ENSMLUG00000010094)	EMSY (ENSMLUG00000012303)	ENSMLUG00000000564	WNT11 (ENSMLUG00000016319)
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	2	ENSRFEG00010021143	NARS2 (ENSRFEG00010021106)	GAB2 (ENSRFEG00010021071)	USP35 (ENSRFEG00010021047)	ENSRFEG00010021031	ENSRFEG00010021023	ALG8 (ENSRFEG00010020987)	NDUFC2 (ENSRFEG00010020959)	THRSP (ENSRFEG00010020945)	KCTD14 (ENSRFEG00010020932)	INTS4 (ENSRFEG00010020849)	AAMDC (ENSRFEG00010020818)	RSF1 (ENSRFEG00010020771)	ENSRFEG00010020718	AQP11 (ENSRFEG00010020682)	PAK1 (ENSRFEG00010020635) #22	GDPD4 (ENSRFEG00010020561)	MYO7A (ENSRFEG00010019800)	CAPN5 (ENSRFEG00010019733)	ACER3 (ENSRFEG00010019610)	TSKU (ENSRFEG00010019575)	LRRC32 (ENSRFEG00010019506)	EMSY (ENSRFEG00010019268)	GVQW3 (ENSRFEG00010019199)	THAP12 (ENSRFEG00010019170)	WNT11 (ENSRFEG00010019130)	ENSRFEG00010019083	ENSRFEG00010019042	UVRAG (ENSRFEG00010018929)	DGAT2 (ENSRFEG00010018775)	MOGAT2 (ENSRFEG00010018707)
Megabat	MODERN SPECIES	3242																PAK1 (ENSPVAG00000001150) #22	GDPD4 (ENSPVAG00000001149)	MYO7A (ENSPVAG00000001148)	CAPN5 (ENSPVAG00000001147)	ACER3 (ENSPVAG00000001146)
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.c.b	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00940000166485.a	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.c.b	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00940000166485.a	ENSGT00530000064411	ENSGT00940000165195	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00940000166485.a	ENSGT00530000064411	ENSGT00940000165195	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
American black bear	MODERN SPECIES	1478																PAK1 (ENSUAMG00000006166) #22	GDPD4 (ENSUAMG00000006164)
Polar bear	MODERN SPECIES	302	NARS2 (ENSUMAG00000011459)	GAB2 (ENSUMAG00000011445)	ENSUMAG00000011439	KCTD21 (ENSUMAG00000011431)	ENSUMAG00000011427	ENSUMAG00000011419	ENSUMAG00000011409	THRSP (ENSUMAG00000011404)	KCTD14 (ENSUMAG00000011398)	INTS4 (ENSUMAG00000011388)	AAMDC (ENSUMAG00000011384)	ENSUMAG00000011381	RSF1 (ENSUMAG00000011375)	ENSUMAG00000011366	AQP11 (ENSUMAG00000011361)	PAK1 (ENSUMAG00000011349) #22	GDPD4 (ENSUMAG00000011316)	MYO7A (ENSUMAG00000011108)	CAPN5 (ENSUMAG00000011009)	ACER3 (ENSUMAG00000010990)	ENSUMAG00000010978	ENSUMAG00000010965	ENSUMAG00000010963	EMSY (ENSUMAG00000010950)	GVQW3 (ENSUMAG00000010946)	ENSUMAG00000010943	UVRAG (ENSUMAG00000010891)	DGAT2 (ENSUMAG00000010859)	MOGAT2 (ENSUMAG00000010842)	SERPINH1 (ENSUMAG00000010838)	GDPD5 (ENSUMAG00000010823)
Giant Panda	MODERN SPECIES	18	TENM4 (ENSAMEG00000002255)	GAB2 (ENSAMEG00000028338)	USP35 (ENSAMEG00000002210)	KCTD21 (ENSAMEG00000019900)	ENSAMEG00000029890	ALG8 (ENSAMEG00000002183)	NDUFC2 (ENSAMEG00000025302)	THRSP (ENSAMEG00000019892)	KCTD14 (ENSAMEG00000019889)	INTS4 (ENSAMEG00000002133)	AAMDC (ENSAMEG00000002128)	RSF1 (ENSAMEG00000002111)	ENSAMEG00000029619	ENSAMEG00000002097	AQP11 (ENSAMEG00000005651)	PAK1 (ENSAMEG00000005584) #22	GDPD4 (ENSAMEG00000005563)	MYO7A (ENSAMEG00000009185)	CAPN5 (ENSAMEG00000009127)	B3GNT6 (ENSAMEG00000018928)	ACER3 (ENSAMEG00000009111)	TSKU (ENSAMEG00000020283)	ENSAMEG00000016872	LRRC32 (ENSAMEG00000016910)	EMSY (ENSAMEG00000016911)	GVQW3 (ENSAMEG00000020284)	THAP12 (ENSAMEG00000016926)	WNT11 (ENSAMEG00000016932)	UVRAG (ENSAMEG00000016944)	DGAT2 (ENSAMEG00000016958)	MOGAT2 (ENSAMEG00000016976)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000166485.a	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.c.b	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.h.a	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
American mink	MODERN SPECIES	6	SYNM (ENSNVIG00000001138)	GAB2 (ENSNVIG00000001084)	USP35 (ENSNVIG00000001044)	ENSNVIG00000001038	KCD21 (ENSNVIG00000001036)	ALG8 (ENSNVIG00000001004)	NDUFC2 (ENSNVIG00000000977)	THRSP (ENSNVIG00000000973)	KCTD14 (ENSNVIG00000000969)	INTS4 (ENSNVIG00000000934)	ENSNVIG00000000917	ENSNVIG00000000909	RSF1 (ENSNVIG00000000888)	ENSNVIG00000000865	AQP11 (ENSNVIG00000000855)	PAK1 (ENSNVIG00000000824) #22	ENSNVIG00000000803	MYO7A (ENSNVIG00000000684)	CAPN5 (ENSNVIG00000000641)	ENSNVIG00000000632	ACER3 (ENSNVIG00000000606)	TSKU (ENSNVIG00000000600)	ENSNVIG00000000591	ENSNVIG00000000562	ENSNVIG00000000546	LRRC32 (ENSNVIG00000000538)	EMSY (ENSNVIG00000000431)	GVQW3 (ENSNVIG00000000425)	ENSNVIG00000000416	WNT11 (ENSNVIG00000000391)	UVRAG (ENSNVIG00000000349)
Ferret	MODERN SPECIES	537											INTS4 (ENSMPUG00000015931)	AAMDC (ENSMPUG00000015932)	RSF1 (ENSMPUG00000015940)	CLNS1A (ENSMPUG00000015944)	AQP11 (ENSMPUG00000015947)	PAK1 (ENSMPUG00000015949) #22	ENSMPUG00000015954
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128.o	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.c.b	ENSGT00390000010063.c.a	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00550000074832.ab	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000003682.v	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128.o	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.c.a	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00550000074832.ab	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Dog	MODERN SPECIES	13	ENSCAFG00845006195	TENM4 (ENSCAFG00845006537)	NARS2 (ENSCAFG00845007387)	GAB2 (ENSCAFG00845007967)	USP35 (ENSCAFG00845008133)	KCTD21 (ENSCAFG00845008208)	ENSCAFG00845008222	ALG8 (ENSCAFG00845008295)	ENSCAFG00845008468	NDUFC2 (ENSCAFG00845008528)	THRSP (ENSCAFG00845008564)	ENSCAFG00845008643	AAMDC (ENSCAFG00845008924)	CLNS1A (ENSCAFG00845009011)	AQP11 (ENSCAFG00845009094)	PAK1 (ENSCAFG00845009162) #22	ENSCAFG00845009261	GDPD4 (ENSCAFG00845009487)	MYO7A (ENSCAFG00845009933)	CAPN5 (ENSCAFG00845010073)	B3GNT6 (ENSCAFG00845010131)	ACER3 (ENSCAFG00845010185)	ENSCAFG00845010388	TSKU (ENSCAFG00845010425)	ENSCAFG00845010554	ENSCAFG00845010588	ENSCAFG00845010608	LRRC32 (ENSCAFG00845010636)	GVQW3 (ENSCAFG00845010675)	THAP12 (ENSCAFG00845010711)	WNT11 (ENSCAFG00845010773)
Dingo	MODERN SPECIES	245	GAB2 (ENSCAFG00020000415)	USP35 (ENSCAFG00020000434)	KCTD21 (ENSCAFG00020000509)	ENSCAFG00020000514	ALG8 (ENSCAFG00020000527)	ENSCAFG00020000537	NDUFC2 (ENSCAFG00020000561)	THRSP (ENSCAFG00020000573)	KCTD14 (ENSCAFG00020000578)	ENSCAFG00020000588	AAMDC (ENSCAFG00020000697)	RSF1 (ENSCAFG00020000720)	ENSCAFG00020000978	AQP11 (ENSCAFG00020001010)	ENSCAFG00020001015	PAK1 (ENSCAFG00020001022) #22	GDPD4 (ENSCAFG00020001036)	MYO7A (ENSCAFG00020001093)	CAPN5 (ENSCAFG00020001423)	B3GNT6 (ENSCAFG00020001446)	ACER3 (ENSCAFG00020001459)	ENSCAFG00020001463	TSKU (ENSCAFG00020001488)	ENSCAFG00020001492	ENSCAFG00020001515	LRRC32 (ENSCAFG00020001532)	EMSY (ENSCAFG00020001634)	GVQW3 (ENSCAFG00020001914)	THAP12 (ENSCAFG00020001916)	WNT11 (ENSCAFG00020001959)	UVRAG (ENSCAFG00020001967)
Red fox	MODERN SPECIES	81	NARS2 (ENSVVUG00000022842)	GAB2 (ENSVVUG00000022852)	USP35 (ENSVVUG00000022858)	KCTD21 (ENSVVUG00000022861)	ENSVVUG00000022864	ALG8 (ENSVVUG00000022867)	ENSVVUG00000022871	NDUFC2 (ENSVVUG00000022872)	THRSP (ENSVVUG00000022874)	KCTD14 (ENSVVUG00000022877)	ENSVVUG00000022914	AAMDC (ENSVVUG00000023530)	RSF1 (ENSVVUG00000023532)	CLNS1A (ENSVVUG00000023537)	AQP11 (ENSVVUG00000023552)	PAK1 (ENSVVUG00000023555) #22	GDPD4 (ENSVVUG00000023559)	MYO7A (ENSVVUG00000023681)	CAPN5 (ENSVVUG00000024255)	ENSVVUG00000024257	ACER3 (ENSVVUG00000024261)	ENSVVUG00000024265	TSKU (ENSVVUG00000024274)	ENSVVUG00000024288	ENSVVUG00000024295	LRRC32 (ENSVVUG00000024297)	ENSVVUG00000024300	EMSY (ENSVVUG00000024307)	GVQW3 (ENSVVUG00000024331)	THAP12 (ENSVVUG00000024332)	WNT11 (ENSVVUG00000024336)
Felidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Cat	MODERN SPECIES	241	TENM4 (ENSFCAG00000004322)	NARS2 (ENSFCAG00000007984)	GAB2 (ENSFCAG00000007459)	USP35 (ENSFCAG00000007458)	KCTD21 (ENSFCAG00000042697)	ENSFCAG00000034388	ALG8 (ENSFCAG00000025308)	ENSFCAG00000029444	THRSP (ENSFCAG00000039734)	KCTD14 (ENSFCAG00000043035)	INTS4 (ENSFCAG00000022698)	AAMDC (ENSFCAG00000007450)	RSF1 (ENSFCAG00000007449)	CLNS1A (ENSFCAG00000026321)	AQP11 (ENSFCAG00000007447)	PAK1 (ENSFCAG00000004158) #22	GDPD4 (ENSFCAG00000004157)	MYO7A (ENSFCAG00000014446)	CAPN5 (ENSFCAG00000014444)	B3GNT6 (ENSFCAG00000014442)	ACER3 (ENSFCAG00000031003)	TSKU (ENSFCAG00000041968)	ENSFCAG00000025549	LRRC32 (ENSFCAG00000012007)	EMSY (ENSFCAG00000012003)	GVQW3 (ENSFCAG00000025300)	THAP12 (ENSFCAG00000006764)	WNT11 (ENSFCAG00000025418)	UVRAG (ENSFCAG00000022180)	DGAT2 (ENSFCAG00000040215)	MOGAT2 (ENSFCAG00000004632)
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
lion	MODERN SPECIES	10	TENM4 (ENSPLOG00000021056)	NARS2 (ENSPLOG00000021176)	GAB2 (ENSPLOG00000021206)	USP35 (ENSPLOG00000021253)	ENSPLOG00000021291	ENSPLOG00000021312	ALG8 (ENSPLOG00000021363)	ENSPLOG00000021443	THRSP (ENSPLOG00000021468)	KCTD14 (ENSPLOG00000021478)	INTS4 (ENSPLOG00000021499)	AAMDC (ENSPLOG00000021529)	RSF1 (ENSPLOG00000021573)	CLNS1A (ENSPLOG00000004913)	AQP11 (ENSPLOG00000004938)	PAK1 (ENSPLOG00000004964) #22	MYO7A (ENSPLOG00000005121)	CAPN5 (ENSPLOG00000005252)	B3GNT6 (ENSPLOG00000005267)	ACER3 (ENSPLOG00000005289)	TSKU (ENSPLOG00000005323)	ENSPLOG00000005339	ENSPLOG00000005358	ENSPLOG00000005376	LRRC32 (ENSPLOG00000005396)	EMSY (ENSPLOG00000005554)	GVQW3 (ENSPLOG00000005758)	THAP12 (ENSPLOG00000005843)	WNT11 (ENSPLOG00000005866)	UVRAG (ENSPLOG00000005912)	DGAT2 (ENSPLOG00000005990)
leopard	MODERN SPECIES	17	NARS2 (ENSPPRG00000001838)	ENSPPRG00000003277	GAB2 (ENSPPRG00000004004)	USP35 (ENSPPRG00000004495)	ENSPPRG00000017162	KCTD21 (ENSPPRG00000017214)	ALG8 (ENSPPRG00000005691)	ENSPPRG00000007066	THRSP (ENSPPRG00000017258)	KCTD14 (ENSPPRG00000017268)	INTS4 (ENSPPRG00000008445)	AAMDC (ENSPPRG00000008947)	RSF1 (ENSPPRG00000009730)	CLNS1A (ENSPPRG00000012218)	AQP11 (ENSPPRG00000012766)	PAK1 (ENSPPRG00000017647) #22	GDPD4 (ENSPPRG00000023602)	MYO7A (ENSPPRG00000008347)	CAPN5 (ENSPPRG00000009255)	B3GNT6 (ENSPPRG00000017917)	ACER3 (ENSPPRG00000011781)	TSKU (ENSPPRG00000017969)	ENSPPRG00000012568	ENSPPRG00000013613	LRRC32 (ENSPPRG00000014260)	EMSY (ENSPPRG00000004765)	GVQW3 (ENSPPRG00000018362)	THAP12 (ENSPPRG00000005378)	WNT11 (ENSPPRG00000006331)	UVRAG (ENSPPRG00000007658)	DGAT2 (ENSPPRG00000009451)
Tiger	MODERN SPECIES	123	ENSPTIG00000009402	NARS2 (ENSPTIG00000008940)	GAB2 (ENSPTIG00000008792)	USP35 (ENSPTIG00000008738)	ENSPTIG00000009874	KCTD21 (ENSPTIG00000009866)	ALG8 (ENSPTIG00000008488)	ENSPTIG00000008425	THRSP (ENSPTIG00000009858)	KCTD14 (ENSPTIG00000009850)	INTS4 (ENSPTIG00000008116)	AAMDC (ENSPTIG00000007970)	RSF1 (ENSPTIG00000007738)	CLNS1A (ENSPTIG00000007611)	AQP11 (ENSPTIG00000007423)	PAK1 (ENSPTIG00000006531) #22	GDPD4 (ENSPTIG00000005676)	MYO7A (ENSPTIG00000000193)	CAPN5 (ENSPTIG00000019765)	ACER3 (ENSPTIG00000019527)	TSKU (ENSPTIG00000009783)	ENSPTIG00000019438	LRRC32 (ENSPTIG00000019326)	EMSY (ENSPTIG00000018392)	GVQW3 (ENSPTIG00000009766)	THAP12 (ENSPTIG00000018125)	WNT11 (ENSPTIG00000018045)	ENSPTIG00000018040
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000158099	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000156163
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000158099	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.a	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Tenrec	MODERN SPECIES	7080																PAK1 (ENSETEG00000005004) #22	ENSETEG00000004996
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	120	ENSGT00940000158099	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22
Elephant	MODERN SPECIES	486	ENSLAFG00000026823	TENM4 (ENSLAFG00000007840)	NARS2 (ENSLAFG00000008484)	GAB2 (ENSLAFG00000015015)	USP35 (ENSLAFG00000015007)	KCTD21 (ENSLAFG00000030533)	ALG8 (ENSLAFG00000018266)	NDUFC2 (ENSLAFG00000001271)	THRSP (ENSLAFG00000022714)	KCTD14 (ENSLAFG00000017412)	INTS4 (ENSLAFG00000017400)	AAMDC (ENSLAFG00000000518)	RSF1 (ENSLAFG00000003194)	CLNS1A (ENSLAFG00000003193)	AQP11 (ENSLAFG00000003192)	PAK1 (ENSLAFG00000017795) #22
Hyrax	MODERN SPECIES	3664																PAK1 (ENSPCAG00000003673) #22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	746												ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350
Armadillo	MODERN SPECIES	2306										INTS4 (ENSDNOG00000016949)	ENSDNOG00000035292	AAMDC (ENSDNOG00000001246)	CLNS1A (ENSDNOG00000040279)	AQP11 (ENSDNOG00000009191)	RSF1 (ENSDNOG00000040916)	PAK1 (ENSDNOG00000012400) #22	GDPD4 (ENSDNOG00000010411)	MYO7A (ENSDNOG00000025971)
Sloth	MODERN SPECIES	4005																PAK1 (ENSCHOG00000003777) #22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01100000263754
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01100000263754
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.e.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01100000263754
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.e.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01100000263754
koala	DUPLICATION
koala	MODERN SPECIES	35			KCTD21 (ENSPCIG00000009181)	ENSPCIG00000009182	ALG8 (ENSPCIG00000016750)	NDUFC2 (ENSPCIG00000034850)	ENSPCIG00000035362	THRSP (ENSPCIG00000016747)	INTS4 (ENSPCIG00000016702)	AAMDC (ENSPCIG00000016695)	RSF1 (ENSPCIG00000032364)	ENSPCIG00000036516	CLNS1A (ENSPCIG00000012722)	AQP11 (ENSPCIG00000012721)	ENSPCIG00000031577 #22	ENSPCIG00000033835 #22	ENSPCIG00000012712	MYO7A (ENSPCIG00000011525)	CAPN5 (ENSPCIG00000011406)	ACER3 (ENSPCIG00000011402)	TSKU (ENSPCIG00000011401)	ENSPCIG00000011400	LRRC32 (ENSPCIG00000011397)	EMSY (ENSPCIG00000011389)	ENSPCIG00000011376	ENSPCIG00000011379	WNT11 (ENSPCIG00000011373)	UVRAG (ENSPCIG00000009778)	DGAT2 (ENSPCIG00000009770)	MOGAT2 (ENSPCIG00000009767)	ENSPCIG00000009766
koala	MODERN SPECIES	35				KCTD21 (ENSPCIG00000009181)	ENSPCIG00000009182	ALG8 (ENSPCIG00000016750)	NDUFC2 (ENSPCIG00000034850)	ENSPCIG00000035362	THRSP (ENSPCIG00000016747)	INTS4 (ENSPCIG00000016702)	AAMDC (ENSPCIG00000016695)	RSF1 (ENSPCIG00000032364)	ENSPCIG00000036516	CLNS1A (ENSPCIG00000012722)	AQP11 (ENSPCIG00000012721)	ENSPCIG00000031577 #22	ENSPCIG00000033835 #22	ENSPCIG00000012712	MYO7A (ENSPCIG00000011525)	CAPN5 (ENSPCIG00000011406)	ACER3 (ENSPCIG00000011402)	TSKU (ENSPCIG00000011401)	ENSPCIG00000011400	LRRC32 (ENSPCIG00000011397)	EMSY (ENSPCIG00000011389)	ENSPCIG00000011376	ENSPCIG00000011379	WNT11 (ENSPCIG00000011373)	UVRAG (ENSPCIG00000009778)	DGAT2 (ENSPCIG00000009770)	MOGAT2 (ENSPCIG00000009767)
Common wonbat	MODERN SPECIES	342	ENSVURG00010016515	NARS2 (ENSVURG00010016527)	GAB2 (ENSVURG00010016550)	USP35 (ENSVURG00010016572)	KCTD21 (ENSVURG00010016589)	ALG8 (ENSVURG00010016605)	NDUFC2 (ENSVURG00010016626)	THRSP (ENSVURG00010016632)	KCTD14 (ENSVURG00010016638)	INTS4 (ENSVURG00010016654)	AAMDC (ENSVURG00010016675)	ENSVURG00010016678	RSF1 (ENSVURG00010016689)	CLNS1A (ENSVURG00010016703)	AQP11 (ENSVURG00010016710)	PAK1 (ENSVURG00010016719) #22	ENSVURG00010016729	MYO7A (ENSVURG00010016744)	CAPN5 (ENSVURG00010016832)	ACER3 (ENSVURG00010016843)	TSKU (ENSVURG00010016852)	ENSVURG00010016858	ENSVURG00010016875	LRRC32 (ENSVURG00010016917)	EMSY (ENSVURG00010016923)	ENSVURG00010016926	ENSVURG00010016929	WNT11 (ENSVURG00010016934)	UVRAG (ENSVURG00010016946)	DGAT2 (ENSVURG00010016956)	MOGAT2 (ENSVURG00010016965)
Wallaby	MODERN SPECIES	5596																PAK1 (ENSMEUG00000002092) #22
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	2	APOA5 (ENSSHAG00000029383)	ENSSHAG00000026300	ENSSHAG00000013306	ENSSHAG00000013226	SIK3 (ENSSHAG00000012560)	ENSSHAG00000022660	SIDT2 (ENSSHAG00000011203)	TAGLN (ENSSHAG00000011128)	PCSK7 (ENSSHAG00000010944)	RNF214 (ENSSHAG00000010827)	BACE1 (ENSSHAG00000010636)	ENSSHAG00000010066	DSCAML1 (ENSSHAG00000008967)	ENSSHAG00000004432	ENSSHAG00000025068	ENSSHAG00000006255 #22	ENSSHAG00000031069	ENSSHAG00000007754	MYO7A (ENSSHAG00000008693)	CAPN5 (ENSSHAG00000010007)	ACER3 (ENSSHAG00000028417)	TSKU (ENSSHAG00000022495)	ENSSHAG00000021264	ENSSHAG00000025079	LRRC32 (ENSSHAG00000007473)	ENSSHAG00000009255	ENSSHAG00000031959	THAP12 (ENSSHAG00000027613)	WNT11 (ENSSHAG00000010411)	UVRAG (ENSSHAG00000029637)	DGAT2 (ENSSHAG00000031450)
Opossum	MODERN SPECIES	3	ENSMODG00000039785	ENSMODG00000049406	GAB2 (ENSMODG00000004729)	USP35 (ENSMODG00000004750)	KCTD21 (ENSMODG00000024059)	ALG8 (ENSMODG00000004770)	NDUFC2 (ENSMODG00000039255)	THRSP (ENSMODG00000024057)	KCTD14 (ENSMODG00000049333)	INTS4 (ENSMODG00000004889)	AAMDC (ENSMODG00000004901)	ENSMODG00000048703	RSF1 (ENSMODG00000004917)	ENSMODG00000005025	ENSMODG00000005033	PAK1 (ENSMODG00000005078) #22	ENSMODG00000005090	ENSMODG00000043534	ENSMODG00000005168	CAPN5 (ENSMODG00000005198)	ACER3 (ENSMODG00000005216)	ENSMODG00000005223	TSKU (ENSMODG00000024044)	ENSMODG00000005266	LRRC32 (ENSMODG00000005278)	EMSY (ENSMODG00000005305)	ENSMODG00000027530	THAP12 (ENSMODG00000005315)	ENSMODG00000037256	WNT11 (ENSMODG00000005538)	FOLH1 (ENSMODG00000002667)
Platypus	MODERN SPECIES	12	PCF11 (ENSOANG00000006552)	RAB30 (ENSOANG00000014498)	PRCP (ENSOANG00000011106)	ENSOANG00000036733	TENM4 (ENSOANG00000050564)	NARS2 (ENSOANG00000001381)	GAB2 (ENSOANG00000045791)	ENSOANG00000038394	ENSOANG00000045583	ENSOANG00000047225	INTS4 (ENSOANG00000041934)	ENSOANG00000038615	RSF1 (ENSOANG00000050976)	ENSOANG00000009523	ENSOANG00000009868	PAK1 (ENSOANG00000009867) #22	ENSOANG00000009866	MYO7A (ENSOANG00000030202)	CAPN5 (ENSOANG00000041577)	B3GNT6 (ENSOANG00000044430)	ACER3 (ENSOANG00000001122)	ENSOANG00000040240	ENSOANG00000001116	LRRC32 (ENSOANG00000047117)	EMSY (ENSOANG00000013569)	THAP12 (ENSOANG00000000831)	WNT11 (ENSOANG00000049556)	UVRAG (ENSOANG00000014556)	DGAT2 (ENSOANG00000014557)	MOGAT2 (ENSOANG00000009381)	ENSOANG00000045504
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000159306	ENSGT00940000153761.A	ENSGT00610000086191	ENSGT00940000161326	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000156796.l	ENSGT00940000162032	ENSGT00940000163623
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183127.b.h.a.b	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000159306	ENSGT00940000153761.A	ENSGT00610000086191	ENSGT00940000161326	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT00950000183127.b.h.a.b	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000161093
Chinese turtle	MODERN SPECIES	1765	TENM4 (ENSPSIG00000003653)	ENSPSIG00000003812	NARS2 (ENSPSIG00000003892)	GAB2 (ENSPSIG00000003979)	USP35 (ENSPSIG00000004110)	KCTD21 (ENSPSIG00000001339)	ALG8 (ENSPSIG00000004217)	NDUFC2 (ENSPSIG00000004249)	THRSP (ENSPSIG00000001362)	KCTD14 (ENSPSIG00000001388)	INTS4 (ENSPSIG00000004261)	AAMDC (ENSPSIG00000004604)	RSF1 (ENSPSIG00000004628)	CLNS1A (ENSPSIG00000004706)	AQP11 (ENSPSIG00000004713)	PAK1 (ENSPSIG00000004781) #22	ENSPSIG00000001404	GDPD4 (ENSPSIG00000005088)
Testudinoidea	DUPLICATION
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT00950000183127.b.h.a.b	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a.u #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000161093
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT00950000183127.b.h.a.b	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a.u #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT01100000263559.A.f	ENSGT00940000153092.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.k	ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b	ENSGT01060000248528.b.kh	ENSGT01100000263559.B	ENSGT01100000263474.a.b.b.j.a.b.a.a
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2829																ENSCABG00000015865 #22	GDPD4 (ENSCABG00000015836)	MYO7A (ENSCABG00000015804)	OMP (ENSCABG00000015791)	CAPN5 (ENSCABG00000015783)	ACER3 (ENSCABG00000015777)	ENSCABG00000015773	TSKU (ENSCABG00000015772)
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES		TENM4 (ENSGEVG00005001737)	ENSGEVG00005001716	NARS2 (ENSGEVG00005001682)	GAB2 (ENSGEVG00005001656)	USP35 (ENSGEVG00005001635)	KCTD21 (ENSGEVG00005001618)	ENSGEVG00005001605	ALG8 (ENSGEVG00005001411)	NDUFC2 (ENSGEVG00005001319)	THRSP (ENSGEVG00005001313)	KCTD14 (ENSGEVG00005001299)	INTS4 (ENSGEVG00005001269)	AAMDC (ENSGEVG00005001244)	RSF1 (ENSGEVG00005001189)	AQP11 (ENSGEVG00005001145)	PAK1 (ENSGEVG00005001045) #22	ENSGEVG00005000949	MYO7A (ENSGEVG00005000901)	CAPN5 (ENSGEVG00005000863)	ENSGEVG00005000839	ENSGEVG00005000823	ENSGEVG00005000810	TSKU (ENSGEVG00005000802)	ENSGEVG00005000789	ENSGEVG00005000778	EMSY (ENSGEVG00005000727)	THAP12 (ENSGEVG00005000657)	WNT11 (ENSGEVG00005000625)	UVRAG (ENSGEVG00005000579)	DGAT2 (ENSGEVG00005000559)	MOGAT2 (ENSGEVG00005000505)
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT00950000183127.b.h.a.b	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a.u #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690
painted turtle	MODERN SPECIES	792				GAB2 (ENSCPBG00000027803)	USP35 (ENSCPBG00000027802)	KCTD21 (ENSCPBG00000027801)	ALG8 (ENSCPBG00000027799)	NDUFC2 (ENSCPBG00000027798)	THRSP (ENSCPBG00000027797)	KCTD14 (ENSCPBG00000027796)	INTS4 (ENSCPBG00000027794)	AAMDC (ENSCPBG00000027793)	RSF1 (ENSCPBG00000027792)	CLNS1A (ENSCPBG00000027791)	AQP11 (ENSCPBG00000027790)	PAK1 (ENSCPBG00000027789) #22	GDPD4 (ENSCPBG00000027787)	MYO7A (ENSCPBG00000027740)	CAPN5 (ENSCPBG00000027729)	ENSCPBG00000027727	ACER3 (ENSCPBG00000027726)	TSKU (ENSCPBG00000027723)	ENSCPBG00000027719	EMSY (ENSCPBG00000027714)	THAP12 (ENSCPBG00000027710)	WNT11 (ENSCPBG00000027708)	UVRAG (ENSCPBG00000027703)	DGAT2 (ENSCPBG00000027699)	MOGAT2 (ENSCPBG00000027691)	MAP6 (ENSCPBG00000027688)	KLHL35 (ENSCPBG00000027686)
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	41	ENSTMTG00000016180	ENSTMTG00000016175	TENM4 (ENSTMTG00000015955)	ENSTMTG00000014577	ENSTMTG00000014460	GAB2 (ENSTMTG00000014446)	USP35 (ENSTMTG00000014409)	KCTD21 (ENSTMTG00000014391)	ALG8 (ENSTMTG00000014366)	ENSTMTG00000014350	KCTD14 (ENSTMTG00000014344)	INTS4 (ENSTMTG00000014327)	AAMDC (ENSTMTG00000014308)	RSF1 (ENSTMTG00000002477)	CLNS1A (ENSTMTG00000002472)	PAK1 (ENSTMTG00000002411) #22	GDPD4 (ENSTMTG00000002370)	ENSTMTG00000002352	MYO7A (ENSTMTG00000002331)	CAPN5 (ENSTMTG00000002326)	ENSTMTG00000002321	TSKU (ENSTMTG00000002316)	ENSTMTG00000002314	EMSY (ENSTMTG00000002301)	THAP12 (ENSTMTG00000002293)	WNT11 (ENSTMTG00000002286)	UVRAG (ENSTMTG00000002107)	DGAT2 (ENSTMTG00000002074)	MOGAT2 (ENSTMTG00000002054)	MAP6 (ENSTMTG00000002044)	ENSTMTG00000002033
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.a.v #22
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.a.v #22
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2786						KCTD21 (ENSCABG00000000667)	ALG8 (ENSCABG00000000675)	NDUFC2 (ENSCABG00000000818)	THRSP (ENSCABG00000000819)	KCTD14 (ENSCABG00000000823)	INTS4 (ENSCABG00000000838)	AAMDC (ENSCABG00000001198)	RSF1 (ENSCABG00000001219)	CLNS1A (ENSCABG00000001639)	AQP11 (ENSCABG00000001641)	ENSCABG00000001647 #22	ENSCABG00000001651	SLC30A1 (ENSCABG00000001652)
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183127.b.h.a.b	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000161326	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	27	TENM4 (ENSCPRG00005016289)	ENSCPRG00005016320	NARS2 (ENSCPRG00005016483)	GAB2 (ENSCPRG00005016506)	USP35 (ENSCPRG00005016511)	KCTD21 (ENSCPRG00005016523)	ALG8 (ENSCPRG00005016526)	NDUFC2 (ENSCPRG00005016533)	THRSP (ENSCPRG00005016537)	KCTD14 (ENSCPRG00005016541)	INTS4 (ENSCPRG00005016547)	AAMDC (ENSCPRG00005016554)	RSF1 (ENSCPRG00005016559)	CLNS1A (ENSCPRG00005016564)	AQP11 (ENSCPRG00005016566)	PAK1 (ENSCPRG00005016581) #22	MYO7A (ENSCPRG00005016611)	CAPN5 (ENSCPRG00005016650)	OMP (ENSCPRG00005016654)	ACER3 (ENSCPRG00005016661)	TSKU (ENSCPRG00005016664)	ENSCPRG00005016671	ENSCPRG00005016675	ENSCPRG00005016678	ENSCPRG00005016690	EMSY (ENSCPRG00005016708)	THAP12 (ENSCPRG00005016723)	WNT11 (ENSCPRG00005016733)	UVRAG (ENSCPRG00005016749)	ENSCPRG00005016765	XNDC1N (ENSCPRG00005016770)
Aves	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00950000183127.b.h.a.b	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
African ostrich	MODERN SPECIES	1067										KCTD14 (ENSSCUG00000017439)	INTS4 (ENSSCUG00000017442)	AAMDC (ENSSCUG00000017468)	RSF1 (ENSSCUG00000017470)	ENSSCUG00000017474	AQP11 (ENSSCUG00000017480)	PAK1 (ENSSCUG00000017487) #22	GDPD4 (ENSSCUG00000017489)	MYO7A (ENSSCUG00000017496)	CAPN5 (ENSSCUG00000017512)	ACER3 (ENSSCUG00000017514)	ENSSCUG00000017515	TSKU (ENSSCUG00000017517)	ENSSCUG00000017518	ENSSCUG00000017520	ENSSCUG00000017521	ENSSCUG00000017524	EMSY (ENSSCUG00000017525)	THAP12 (ENSSCUG00000017528)	WNT11 (ENSSCUG00000017530)	UVRAG (ENSSCUG00000017535)	DGAT2 (ENSSCUG00000017540)
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.e	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.e	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.e	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000161093
Golden eagle	MODERN SPECIES	10	NARS2 (ENSACCG00020009489)	GAB2 (ENSACCG00020009521)	USP35 (ENSACCG00020009536)	KCTD21 (ENSACCG00020009555)	ALG8 (ENSACCG00020009570)	NDUFC2 (ENSACCG00020009583)	ENSACCG00020009591	ENSACCG00020009607	ENSACCG00020009616	KCTD14 (ENSACCG00020009629)	INTS4 (ENSACCG00020009671)	AAMDC (ENSACCG00020009724)	RSF1 (ENSACCG00020009744)	CLNS1A (ENSACCG00020009776)	AQP11 (ENSACCG00020009797)	PAK1 (ENSACCG00020009813) #22	GDPD4 (ENSACCG00020009848)	MYO7A (ENSACCG00020009902)	CAPN5 (ENSACCG00020009954)	ACER3 (ENSACCG00020009979)	TSKU (ENSACCG00020009994)	ENSACCG00020010011	ENSACCG00020010023	ENSACCG00020010032	EMSY (ENSACCG00020010145)	THAP12 (ENSACCG00020010205)	WNT11 (ENSACCG00020010218)	UVRAG (ENSACCG00020010234)	DGAT2 (ENSACCG00020010246)	MOGAT2 (ENSACCG00020010260)	MAP6 (ENSACCG00020010276)
Kakapo	MODERN SPECIES	11	TENM4 (ENSSHBG00005016336)	NARS2 (ENSSHBG00005019116)	GAB2 (ENSSHBG00005019121)	USP35 (ENSSHBG00005019128)	KCTD21 (ENSSHBG00005019132)	ALG8 (ENSSHBG00005019138)	NDUFC2 (ENSSHBG00005019140)	ENSSHBG00005019141	ENSSHBG00005019143	KCTD14 (ENSSHBG00005019145)	ENSSHBG00005019147	AAMDC (ENSSHBG00005019150)	RSF1 (ENSSHBG00005019153)	CLNS1A (ENSSHBG00005019157)	AQP11 (ENSSHBG00005019160)	PAK1 (ENSSHBG00005019173) #22	GDPD4 (ENSSHBG00005019210)	MYO7A (ENSSHBG00005019272)	CAPN5 (ENSSHBG00005019543)	ACER3 (ENSSHBG00005019550)	TSKU (ENSSHBG00005019555)	ENSSHBG00005019559	ENSSHBG00005019561	ENSSHBG00005019563	ENSSHBG00005019566	EMSY (ENSSHBG00005019574)	THAP12 (ENSSHBG00005019587)	WNT11 (ENSSHBG00005019592)	UVRAG (ENSSHBG00005019598)	DGAT2 (ENSSHBG00005019605)	MOGAT2 (ENSSHBG00005019607)
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.e	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623.f	ENSGT00940000158779	ENSGT00940000154904.b.n.b.a	ENSGT00940000154904.b.n.b.b	ENSGT00940000156296	ENSGT00390000002109	ENSGT00940000156612	ENSGT00940000163990.b.b
Great tit	MODERN SPECIES		ENSPMJG00000001878	TENM4 (ENSPMJG00000002222)	NARS2 (ENSPMJG00000002370)	GAB2 (ENSPMJG00000002591)	USP35 (ENSPMJG00000002606)	KCTD21 (ENSPMJG00000002622)	ALG8 (ENSPMJG00000002636)	NDUFC2 (ENSPMJG00000002647)	ENSPMJG00000002650	KCTD14 (ENSPMJG00000002652)	INTS4 (ENSPMJG00000002654)	AAMDC (ENSPMJG00000002671)	RSF1 (ENSPMJG00000002677)	CLNS1A (ENSPMJG00000002686)	AQP11 (ENSPMJG00000002710)	PAK1 (ENSPMJG00000002892) #22	GDPD4 (ENSPMJG00000002946)	MYO7A (ENSPMJG00000002956)	ENSPMJG00000003036	CAPN5 (ENSPMJG00000003043)	ACER3 (ENSPMJG00000003270)	TSKU (ENSPMJG00000003272)	ENSPMJG00000003275	ENSPMJG00000003300	ENSPMJG00000003305	ENSPMJG00000003369	ENSPMJG00000003383	ENSPMJG00000003387	ENSPMJG00000003393	KLRG1 (ENSPMJG00000003406)	M6PR (ENSPMJG00000003415)
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.e	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623.f	ENSGT00940000158779	ENSGT00940000154904.b.n.b.a.a	ENSGT00940000154904.b.n.b.b	ENSGT00940000156296	ENSGT00390000002109	ENSGT00940000156612	ENSGT00940000163990.b.b
Flycatcher	MODERN SPECIES		TENM4 (ENSFALG00000007664)	NARS2 (ENSFALG00000026154)	GAB2 (ENSFALG00000007657)	USP35 (ENSFALG00000007648)	KCTD21 (ENSFALG00000015047)	ALG8 (ENSFALG00000007638)	ENSFALG00000015022	ENSFALG00000015008	ENSFALG00000022877	KCTD14 (ENSFALG00000024292)	INTS4 (ENSFALG00000007624)	AAMDC (ENSFALG00000027164)	RSF1 (ENSFALG00000007612)	CLNS1A (ENSFALG00000024366)	AQP11 (ENSFALG00000007604)	PAK1 (ENSFALG00000007597) #22	GDPD4 (ENSFALG00000007587)	MYO7A (ENSFALG00000007572)	CAPN5 (ENSFALG00000007567)	ENSFALG00000025819	ACER3 (ENSFALG00000007565)	TSKU (ENSFALG00000014969)	ENSFALG00000007535	ENSFALG00000026315	ENSFALG00000007514	ENSFALG00000007470	ENSFALG00000007399	ENSFALG00000007366	KLRG1 (ENSFALG00000007361)	M6PR (ENSFALG00000027874)	PHC1 (ENSFALG00000007352)
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Common canary	DUPLICATION
Common canary	MODERN SPECIES	4	HIKESHI (ENSSCAG00000001551)	TENM4 (ENSSCAG00000001503)	NARS2 (ENSSCAG00000001306)	GAB2 (ENSSCAG00000001264)	USP35 (ENSSCAG00000001248)	ENSSCAG00000001238	KCTD21 (ENSSCAG00000001228)	ALG8 (ENSSCAG00000001149)	NDUFC2 (ENSSCAG00000001114)	KCTD14 (ENSSCAG00000001102)	INTS4 (ENSSCAG00000001084)	AAMDC (ENSSCAG00000001075)	RSF1 (ENSSCAG00000001065)	ENSSCAG00000001060	AQP11 (ENSSCAG00000001051)	ENSSCAG00000001042 #22	ENSSCAG00000001027 #22	ENSSCAG00000001012	MYO7A (ENSSCAG00000000597)	OMP (ENSSCAG00000000545)	CAPN5 (ENSSCAG00000000537)	ACER3 (ENSSCAG00000000529)	TSKU (ENSSCAG00000000516)	ENSSCAG00000000480	ENSSCAG00000000463	ENSSCAG00000000438	ENSSCAG00000000358	ENSSCAG00000000331	ENSSCAG00000000092	KLRG1 (ENSSCAG00000000062)	M6PR (ENSSCAG00000000059)
Common canary	MODERN SPECIES	4	TENM4 (ENSSCAG00000001503)	NARS2 (ENSSCAG00000001306)	GAB2 (ENSSCAG00000001264)	USP35 (ENSSCAG00000001248)	ENSSCAG00000001238	KCTD21 (ENSSCAG00000001228)	ALG8 (ENSSCAG00000001149)	NDUFC2 (ENSSCAG00000001114)	KCTD14 (ENSSCAG00000001102)	INTS4 (ENSSCAG00000001084)	AAMDC (ENSSCAG00000001075)	RSF1 (ENSSCAG00000001065)	ENSSCAG00000001060	AQP11 (ENSSCAG00000001051)	ENSSCAG00000001042 #22	ENSSCAG00000001027 #22	ENSSCAG00000001012	MYO7A (ENSSCAG00000000597)	OMP (ENSSCAG00000000545)	CAPN5 (ENSSCAG00000000537)	ACER3 (ENSSCAG00000000529)	TSKU (ENSSCAG00000000516)	ENSSCAG00000000480	ENSSCAG00000000463	ENSSCAG00000000438	ENSSCAG00000000358	ENSSCAG00000000331	ENSSCAG00000000092	KLRG1 (ENSSCAG00000000062)	M6PR (ENSSCAG00000000059)	PHC1 (ENSSCAG00000000052)
Zebra finch	MODERN SPECIES		ENSTGUG00000021851	KCTD21 (ENSTGUG00000028148)	ALG8 (ENSTGUG00000013014)	NDUFC2 (ENSTGUG00000022186)	ENSTGUG00000022842	ENSTGUG00000020689	ENSTGUG00000027862	ENSTGUG00000020386	ENSTGUG00000013017	KCTD14 (ENSTGUG00000013019)	INTS4 (ENSTGUG00000013020)	AAMDC (ENSTGUG00000013026)	RSF1 (ENSTGUG00000013027)	CLNS1A (ENSTGUG00000013030)	AQP11 (ENSTGUG00000013033)	PAK1 (ENSTGUG00000013034) #22	GDPD4 (ENSTGUG00000013039)	MYO7A (ENSTGUG00000013043)	OMP (ENSTGUG00000023275)	CAPN5 (ENSTGUG00000013052)	ACER3 (ENSTGUG00000024960)	TSKU (ENSTGUG00000029224)	ENSTGUG00000013060	ENSTGUG00000022219	ENSTGUG00000018189	ENSTGUG00000013069	ENSTGUG00000013071	ENSTGUG00000013087	KLRG1 (ENSTGUG00000020922)	M6PR (ENSTGUG00000013099)	PHC1 (ENSTGUG00000013100)
Medium ground finch	MODERN SPECIES	147									ENSGFOG00000010394	KCTD14 (ENSGFOG00000010398)	INTS4 (ENSGFOG00000010406)	AAMDC (ENSGFOG00000010415)	RSF1 (ENSGFOG00000010427)	ENSGFOG00000010436	AQP11 (ENSGFOG00000010440)	PAK1 (ENSGFOG00000010446) #22	GDPD4 (ENSGFOG00000010467)	MYO7A (ENSGFOG00000010562)	CAPN5 (ENSGFOG00000010685)	ACER3 (ENSGFOG00000010704)	TSKU (ENSGFOG00000010714)	ENSGFOG00000010720	ENSGFOG00000010750	ENSGFOG00000010760	ENSGFOG00000010799	ENSGFOG00000010833	ENSGFOG00000010844	ENSGFOG00000010860	ENSGFOG00000010866	ENSGFOG00000010872	KLRG1 (ENSGFOG00000010878)
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.e	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554.l	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT01100000263477.D.c	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554.l	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Duck	DUPLICATION
Duck	MODERN SPECIES		TENM4 (ENSAPLG00000004223)	ENSAPLG00000024442	NARS2 (ENSAPLG00000005256)	GAB2 (ENSAPLG00000005487)	USP35 (ENSAPLG00000005646)	KCTD21 (ENSAPLG00000001767)	ALG8 (ENSAPLG00000005720)	ENSAPLG00000027987	KCTD14 (ENSAPLG00000001786)	ENSAPLG00000029259	INTS4 (ENSAPLG00000006018)	AAMDC (ENSAPLG00000006327)	RSF1 (ENSAPLG00000018559)	ENSAPLG00000006540	AQP11 (ENSAPLG00000006765)	ENSAPLG00000028244 #22	ENSAPLG00000006771 #22	GDPD4 (ENSAPLG00000007426)	MYO7A (ENSAPLG00000007675)	OMP (ENSAPLG00000016937)	CAPN5 (ENSAPLG00000009147)	ACER3 (ENSAPLG00000009659)	TSKU (ENSAPLG00000001790)	ENSAPLG00000009760	ENSAPLG00000009988	EMSY (ENSAPLG00000010078)	THAP12 (ENSAPLG00000010379)	WNT11 (ENSAPLG00000010439)	UVRAG (ENSAPLG00000010570)	DGAT2 (ENSAPLG00000011172)	MOGAT2 (ENSAPLG00000011246)
Duck	MODERN SPECIES		ENSAPLG00000024442	NARS2 (ENSAPLG00000005256)	GAB2 (ENSAPLG00000005487)	USP35 (ENSAPLG00000005646)	KCTD21 (ENSAPLG00000001767)	ALG8 (ENSAPLG00000005720)	ENSAPLG00000027987	KCTD14 (ENSAPLG00000001786)	ENSAPLG00000029259	INTS4 (ENSAPLG00000006018)	AAMDC (ENSAPLG00000006327)	RSF1 (ENSAPLG00000018559)	ENSAPLG00000006540	AQP11 (ENSAPLG00000006765)	ENSAPLG00000028244 #22	ENSAPLG00000006771 #22	GDPD4 (ENSAPLG00000007426)	MYO7A (ENSAPLG00000007675)	OMP (ENSAPLG00000016937)	CAPN5 (ENSAPLG00000009147)	ACER3 (ENSAPLG00000009659)	TSKU (ENSAPLG00000001790)	ENSAPLG00000009760	ENSAPLG00000009988	EMSY (ENSAPLG00000010078)	THAP12 (ENSAPLG00000010379)	WNT11 (ENSAPLG00000010439)	UVRAG (ENSAPLG00000010570)	DGAT2 (ENSAPLG00000011172)	MOGAT2 (ENSAPLG00000011246)	MAP6 (ENSAPLG00000029565)
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	81	ENSABRG00000005009	TENM4 (ENSABRG00000004910)	ENSABRG00000004892	GAB2 (ENSABRG00000004871)	USP35 (ENSABRG00000004859)	KCTD21 (ENSABRG00000004855)	ALG8 (ENSABRG00000004842)	NDUFC2 (ENSABRG00000004836)	ENSABRG00000004830	KCTD14 (ENSABRG00000004823)	INTS4 (ENSABRG00000004795)	AAMDC (ENSABRG00000004768)	RSF1 (ENSABRG00000004729)	CLNS1A (ENSABRG00000004719)	AQP11 (ENSABRG00000004675)	PAK1 (ENSABRG00000004635) #22
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942.c	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A.c	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.e	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554.l	ENSGT00390000009554.k	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234601.c.a.a.g.b	ENSGT00960000189458	ENSGT00390000013075.a
Japanese quail	MODERN SPECIES		GAB2 (ENSCJPG00005004489)	ENSCJPG00005004490	KCTD21 (ENSCJPG00005004491)	ALG8 (ENSCJPG00005004492)	NDUFC2 (ENSCJPG00005004495)	ENSCJPG00005004497	ENSCJPG00005004498	ENSCJPG00005004500	ENSCJPG00005004501	KCTD14 (ENSCJPG00005004503)	INTS4 (ENSCJPG00005004504)	AAMDC (ENSCJPG00005004505)	RSF1 (ENSCJPG00005004525)	CLNS1A (ENSCJPG00005004527)	AQP11 (ENSCJPG00005004531)	PAK1 (ENSCJPG00005004534) #22	GDPD4 (ENSCJPG00005004539)	MYO7A (ENSCJPG00005004544)	CAPN5 (ENSCJPG00005005240)	ACER3 (ENSCJPG00005005247)	TSKU (ENSCJPG00005005251)	ENSCJPG00005005254	ENSCJPG00005005269	EMSY (ENSCJPG00005005271)	THAP12 (ENSCJPG00005005278)	WNT11 (ENSCJPG00005005289)	UVRAG (ENSCJPG00005005291)	ENSCJPG00005005295	ENSCJPG00005005298	ENSCJPG00005005300	RNF121 (ENSCJPG00005005304)
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942.c	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A.c	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.e	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554.l	ENSGT00390000009554.k	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234601.c.a.a.g.b	ENSGT01030000234601.c.a.a.g.a.b	ENSGT01030000234601.c.a.a.g.a.a
Chicken	MODERN SPECIES		NARS2 (ENSGALG00010001903)	ENSGALG00010001905	GAB2 (ENSGALG00010003818)	USP35 (ENSGALG00010001911)	KCTD21 (ENSGALG00010001928)	ALG8 (ENSGALG00010001938)	NDUFC2 (ENSGALG00010001957)	THRSPB (ENSGALG00010003522)	THRSP (ENSGALG00010001976)	KCTD14 (ENSGALG00010001987)	INTS4 (ENSGALG00010001997)	AAMDC (ENSGALG00010002039)	RSF1 (ENSGALG00010002054)	CLNS1A (ENSGALG00010002065)	AQP11 (ENSGALG00010002090)	PAK1 (ENSGALG00010002102) #22	GDPD4 (ENSGALG00010002113)	MYO7A (ENSGALG00010002138)	CAPN5 (ENSGALG00010002160)	ACER3 (ENSGALG00010002211)	TSKU (ENSGALG00010002282)	ENSGALG00010002298	ENSGALG00010002312	ENSGALG00010002315	ENSGALG00010003822	ENSGALG00010003829	ENSGALG00010002328	THAP12 (ENSGALG00010002348)	WNT11 (ENSGALG00010002356)	UVRAG (ENSGALG00010002368)	ART7B (ENSGALG00010002377)
Turkey	MODERN SPECIES		ENSMGAG00000021073	ENSMGAG00000015623	ENSMGAG00000015273	ENSMGAG00000015272	ENSMGAG00000015269	ENSMGAG00000015268	ENSMGAG00000015267	ENSMGAG00000015318	ENSMGAG00000015265	ENSMGAG00000015640	ENSMGAG00000019989	ENSMGAG00000015263	ENSMGAG00000022413	ENSMGAG00000015262	ENSMGAG00000015261	ENSMGAG00000015260 #22	ENSMGAG00000015258	ENSMGAG00000015259	ENSMGAG00000015257	ENSMGAG00000015252	KCTD14 (ENSMGAG00000015253)	ENSMGAG00000015254	AAMDC (ENSMGAG00000019319)	ENSMGAG00000021463	ENSMGAG00000015251	ENSMGAG00000015250	ENSMGAG00000015249	KCTD21 (ENSMGAG00000017260)	ENSMGAG00000018248	GAB2 (ENSMGAG00000015248)	ENSMGAG00000015247
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
tuatara	DUPLICATION
tuatara	DUPLICATION
tuatara	MODERN SPECIES	891	TENM4 (ENSSPUG00000012736)	ENSSPUG00000012680	NARS2 (ENSSPUG00000012642)	GAB2 (ENSSPUG00000012624)	USP35 (ENSSPUG00000012584)	ENSSPUG00000012557	ENSSPUG00000012542	NDUFC2 (ENSSPUG00000012526)	KCTD14 (ENSSPUG00000012507)	INTS4 (ENSSPUG00000012396)	AAMDC (ENSSPUG00000012352)	ENSSPUG00000012237	ENSSPUG00000012176	CLNS1A (ENSSPUG00000012157)	AQP11 (ENSSPUG00000012154)	ENSSPUG00000012143 #22	ENSSPUG00000012120 #22	GDPD4 (ENSSPUG00000012097)	MYO7A (ENSSPUG00000011932)	CAPN5 (ENSSPUG00000011865)
tuatara	MODERN SPECIES	891	ENSSPUG00000012680	NARS2 (ENSSPUG00000012642)	GAB2 (ENSSPUG00000012624)	USP35 (ENSSPUG00000012584)	ENSSPUG00000012557	ENSSPUG00000012542	NDUFC2 (ENSSPUG00000012526)	KCTD14 (ENSSPUG00000012507)	INTS4 (ENSSPUG00000012396)	AAMDC (ENSSPUG00000012352)	ENSSPUG00000012237	ENSSPUG00000012176	CLNS1A (ENSSPUG00000012157)	AQP11 (ENSSPUG00000012154)	ENSSPUG00000012143 #22	ENSSPUG00000012120 #22	GDPD4 (ENSSPUG00000012097)	MYO7A (ENSSPUG00000011932)	CAPN5 (ENSSPUG00000011865)
tuatara	MODERN SPECIES	1138	ENSSPUG00000015869	ENSSPUG00000015904	ENSSPUG00000016036	ENSSPUG00000016116	ENSSPUG00000016126	ENSSPUG00000016152	ENSSPUG00000016169	ENSSPUG00000016185	ENSSPUG00000016230	ENSSPUG00000016327	ENSSPUG00000016342	ENSSPUG00000016394	ENSSPUG00000016537	ENSSPUG00000016681	ENSSPUG00000016688	ENSSPUG00000016700 #22	PCDHAC2 (ENSSPUG00000016706)	ENSSPUG00000016719	ENSSPUG00000016730	ENSSPUG00000016764	ENSSPUG00000016796	ENSSPUG00000016832	ENSSPUG00000016890	ENSSPUG00000016931	ENSSPUG00000016947	ENSSPUG00000017001	ENSSPUG00000017005	ENSSPUG00000017025	ENSSPUG00000017049	ENSSPUG00000000027	ENSSPUG00000000239
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.j	ENSGT00500000044890.a.b.i	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00990000211477	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.j	ENSGT00500000044890.a.b.i	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00990000211477	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a
Lizard	MODERN SPECIES	951	KCTD21 (ENSACAG00000012466)	ALG8 (ENSACAG00000012469)	ENSACAG00000039971	ENSACAG00000012500	ENSACAG00000036288	ENSACAG00000022766	KCTD14 (ENSACAG00000007126)	INTS4 (ENSACAG00000001754)	AAMDC (ENSACAG00000001888)	RSF1 (ENSACAG00000001901)	ENSACAG00000035046	ENSACAG00000029679	ENSACAG00000001960	AQP11 (ENSACAG00000022958)	ENSACAG00000039546	PAK1 (ENSACAG00000001968) #22	ENSACAG00000040917	ENSACAG00000002220	MYO7A (ENSACAG00000002274)	ENSACAG00000002736
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.j	ENSGT00500000044890.a.b.i	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.j	ENSGT00500000044890.a.b.i	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.j	ENSGT00500000044890.a.b.i	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	33	TENM4 (ENSPTXG00000003182)	NARS2 (ENSPTXG00000003181)	GAB2 (ENSPTXG00000003179)	USP35 (ENSPTXG00000003178)	KCTD21 (ENSPTXG00000003177)	ALG8 (ENSPTXG00000003175)	ENSPTXG00000003173	ENSPTXG00000003172	KCTD14 (ENSPTXG00000003171)	INTS4 (ENSPTXG00000003170)	AAMDC (ENSPTXG00000003168)	RSF1 (ENSPTXG00000003165)	CLNS1A (ENSPTXG00000003163)	ENSPTXG00000003162	AQP11 (ENSPTXG00000003161)	PAK1 (ENSPTXG00000003159) #22	MOGAT2 (ENSPTXG00000003154)	DGAT2 (ENSPTXG00000003150)	UVRAG (ENSPTXG00000002550)	WNT11 (ENSPTXG00000002528)
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.j	ENSGT00500000044890.a.b.i	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00990000211477	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000161093.g
Common wall lizard	MODERN SPECIES	12	ENSPMRG00000001762	ENSPMRG00000001740	KCTD21 (ENSPMRG00000001728)	ALG8 (ENSPMRG00000001672)	ENSPMRG00000001658	ENSPMRG00000001650	ENSPMRG00000001647	ENSPMRG00000001644	KCTD14 (ENSPMRG00000001636)	INTS4 (ENSPMRG00000001625)	AAMDC (ENSPMRG00000001616)	RSF1 (ENSPMRG00000001603)	CLNS1A (ENSPMRG00000001591)	ENSPMRG00000001579	ENSPMRG00000001565	PAK1 (ENSPMRG00000001542) #22	GDPD4 (ENSPMRG00000001524)	MYO7A (ENSPMRG00000001422)	CAPN5 (ENSPMRG00000001335)	TSKU (ENSPMRG00000001307)	ENSPMRG00000001299	ENSPMRG00000001232	ENSPMRG00000001213	EMSY (ENSPMRG00000001139)	THAP12 (ENSPMRG00000001070)	ENSPMRG00000001065	WNT11 (ENSPMRG00000001043)	ENSPMRG00000001026	ENSPMRG00000001018	UVRAG (ENSPMRG00000000985)	DGAT2 (ENSPMRG00000000955)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	24	ENSSMRG00000007527	TENM4 (ENSSMRG00000007475)	GAB2 (ENSSMRG00000007428)	USP35 (ENSSMRG00000007396)	KCTD21 (ENSSMRG00000007395)	ALG8 (ENSSMRG00000007393)	NDUFC2 (ENSSMRG00000007385)	ENSSMRG00000007384	KCTD14 (ENSSMRG00000007360)	INTS4 (ENSSMRG00000007351)	AAMDC (ENSSMRG00000007349)	RSF1 (ENSSMRG00000007345)	CLNS1A (ENSSMRG00000007338)	AQP11 (ENSSMRG00000007336)	ENSSMRG00000007332	PAK1 (ENSSMRG00000007311) #22	GDPD4 (ENSSMRG00000007296)	MYO7A (ENSSMRG00000007279)	ENSSMRG00000007194	CAPN5 (ENSSMRG00000007186)	ACER3 (ENSSMRG00000007174)	TSKU (ENSSMRG00000007173)	ENSSMRG00000007152	ENSSMRG00000007128	ENSSMRG00000007124	EMSY (ENSSMRG00000007092)	THAP12 (ENSSMRG00000007080)	WNT11 (ENSSMRG00000007054)	ENSSMRG00000007053	UVRAG (ENSSMRG00000007022)	DGAT2 (ENSSMRG00000007010)
Anura	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000166008	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623.j	ENSGT00390000009554	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	5	ENSLLEG00000004359	ENSLLEG00000004458	ENSLLEG00000004462	ENSLLEG00000004471	ENSLLEG00000004478	PCF11 (ENSLLEG00000004483)	ANKRD42 (ENSLLEG00000004507)	CCDC90B (ENSLLEG00000004537)	ENSLLEG00000004554	ENSLLEG00000004559	ENSLLEG00000004563	ENSLLEG00000004570	TMEM126A (ENSLLEG00000004577)	CREBZF (ENSLLEG00000004586)	ENSLLEG00000004610	PAK1 (ENSLLEG00000004734) #22	GDPD4 (ENSLLEG00000004849)	ENSLLEG00000004869	MYO7A (ENSLLEG00000004986)	CAPN5 (ENSLLEG00000006241)	ENSLLEG00000006318	ENSLLEG00000006442	TSKU (ENSLLEG00000006460)	C2CD3 (ENSLLEG00000006531)	UCP2 (ENSLLEG00000007164)	ENSLLEG00000007283	ENSLLEG00000007350	ENSLLEG00000007390	ENSLLEG00000007407	ENSLLEG00000007433	P2RY6 (ENSLLEG00000007461)
Frog	MODERN SPECIES	2	pcf11 (ENSXETG00000013634)	ankrd42 (ENSXETG00000033972)	ccdc90b (ENSXETG00000013639)	dlg2 (ENSXETG00000012737)	ENSXETG00000045322	ENSXETG00000041747	ENSXETG00000038687	tmem126a (ENSXETG00000012738)	CREBZF (ENSXETG00000037796)	ENSXETG00000045431	sytl2 (ENSXETG00000012793)	CCDC83 (ENSXETG00000010700)	ENSXETG00000042352	picalm (ENSXETG00000032563)	aqp11 (ENSXETG00000030889)	pak1 (ENSXETG00000010703) #22	XB877238 [provisional:gdpd5] (ENSXETG00000046669)	myo7a (ENSXETG00000010706)	p2ry2 (ENSXETG00000039207)	ENSXETG00000010725	rps3 (ENSXETG00000010729)	ENSXETG00000010732	fchsd2 (ENSXETG00000010734)	ENSXETG00000036724	gdpd5 (ENSXETG00000015053)	ENSXETG00000044887	ENSXETG00000025318	map6 (ENSXETG00000015061)	mogat2.2 (ENSXETG00000015062)	dgat2 (ENSXETG00000025317)	uvrag (ENSXETG00000015063)
Coelacanth	MODERN SPECIES	1526												AAMDC (ENSLACG00000001389)	RSF1 (ENSLACG00000002272)	CLNS1A (ENSLACG00000005275)	AQP11 (ENSLACG00000006500)	pak1 (ENSLACG00000007848) #22
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000005140.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536.e.a	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648	ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132	ENSGT00940000165121	ENSGT00390000015655.a	ENSGT00940000159782	ENSGT00940000158415	ENSGT00940000158563	ENSGT00940000155627	ENSGT00940000157765
Reedfish	MODERN SPECIES	12	P2RY6 (ENSECRG00000001625)	P2RY2 (ENSECRG00000001636)	P2RY2 (ENSECRG00000001644)	ENSECRG00000001651	P2RY2 (ENSECRG00000001687)	FCHSD2 (ENSECRG00000001743)	ENSECRG00000001810	rps3 (ENSECRG00000001888)	KCTD14 (ENSECRG00000001975)	INTS4 (ENSECRG00000001992)	aamdc (ENSECRG00000002029)	RSF1 (ENSECRG00000002059)	clns1a (ENSECRG00000002093)	aqp11 (ENSECRG00000002116)	aqp11 (ENSECRG00000002139)	pak1 (ENSECRG00000002211) #22	GDPD4 (ENSECRG00000002290)	myo7aa (ENSECRG00000002333)	capn5a (ENSECRG00000002390)	ENSECRG00000002416	ompa (ENSECRG00000002422)	dcun1d5 (ENSECRG00000002439)	cul5a (ENSECRG00000002478)	ENSECRG00000002534	slc35f2 (ENSECRG00000002549)	elmod1 (ENSECRG00000002565)	KBTBD3 (ENSECRG00000002576)	ALKBH8 (ENSECRG00000002603)	ENSECRG00000002636	GUCY1A2 (ENSECRG00000002651)	aasdhppt (ENSECRG00000002677)
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00390000005140.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536.e.a	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648	ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132	ENSGT00940000165121	ENSGT00390000015655.a	ENSGT00940000159782	ENSGT00940000158415	ENSGT00940000158563	ENSGT00940000155627	ENSGT00940000157765
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000005140.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00530000063816.c.a	ENSGT00940000156251.b	ENSGT00940000155350.h	ENSGT00940000156536.e.a	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00940000158415	ENSGT00940000158563	ENSGT00940000155627	ENSGT00940000157765
Osteoglossiformes	DUPLICATION
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000157637.a	ENSGT00390000005140.a.s	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00940000160350	ENSGT00510000046732.A.c	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156155.m	ENSGT00940000156648.a.b	ENSGT00940000159782.b	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00940000158415	ENSGT00940000158563	ENSGT00940000155627	ENSGT00940000157765	ENSGT00440000039469	ENSGT00940000155677.b.d	ENSGT00940000159575	ENSGT00940000154620
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	46	ENSPKIG00000024183	fam168a (ENSPKIG00000024158)	P2RY6 (ENSPKIG00000024152)	ARHGEF17 (ENSPKIG00000024134)	P2RY2 (ENSPKIG00000024120)	relt (ENSPKIG00000024107)	FCHSD2 (ENSPKIG00000024091)	ENSPKIG00000024081	KCTD14 (ENSPKIG00000024063)	rps3 (ENSPKIG00000024046)	INTS4 (ENSPKIG00000024017)	aamdc (ENSPKIG00000024002)	RSF1 (ENSPKIG00000023983)	clns1a (ENSPKIG00000023965)	aqp11 (ENSPKIG00000023955)	pak1 (ENSPKIG00000023941) #22	GDPD4 (ENSPKIG00000023910)	myo7aa (ENSPKIG00000023866)	ompa (ENSPKIG00000023839)	CAPN5 (ENSPKIG00000023819)	ENSPKIG00000023806	dcun1d5 (ENSPKIG00000023773)	CUL5 (ENSPKIG00000023730)	SLC35F2 (ENSPKIG00000023710)	KBTBD3 (ENSPKIG00000023695)	ALKBH8 (ENSPKIG00000023662)	cwf19l2 (ENSPKIG00000023622)	GUCY1A2 (ENSPKIG00000023593)	ENSPKIG00000023582	ENSPKIG00000023564	PDGFD (ENSPKIG00000023533)
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	1	ENSSFOG00015002120	ENSSFOG00015002162	fam168a (ENSSFOG00015031466)	P2RY6 (ENSSFOG00015033260)	ARHGEF17 (ENSSFOG00015027586)	relt (ENSSFOG00015031194)	FCHSD2 (ENSSFOG00015002267)	ENSSFOG00015002286	rps3 (ENSSFOG00015002290)	KCTD14 (ENSSFOG00015002323)	INTS4 (ENSSFOG00015002354)	aamdc (ENSSFOG00015029619)	RSF1 (ENSSFOG00015002501)	clns1a (ENSSFOG00015002589)	aqp11 (ENSSFOG00015032092)	pak1 (ENSSFOG00015002635) #22	GDPD4 (ENSSFOG00015002682)	myo7aa (ENSSFOG00015002698)	CAPN5 (ENSSFOG00015002892)	ompa (ENSSFOG00015024542)	ENSSFOG00015002972	dcun1d5 (ENSSFOG00015002982)	ENSSFOG00015003009	elmod1 (ENSSFOG00015003065)	KBTBD3 (ENSSFOG00015003156)	ALKBH8 (ENSSFOG00015003173)	cwf19l2 (ENSSFOG00015003191)	GUCY1A2 (ENSSFOG00015030640)	MSANTD4 (ENSSFOG00015003258)
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	190							ENSGT00390000004396.g.b	ENSGT00940000165592.b	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.a.t	ENSGT00530000064411.b	ENSGT00950000182988.a.b.a.b #22	ENSGT00940000156251.b	ENSGT00940000155350.h	ENSGT00940000156536.e.a	ENSGT00940000156155.n	ENSGT00940000156648.b	ENSGT00390000015655.a.m.b	ENSGT00940000159782.a.b	ENSGT01030000234981.i	ENSGT00940000153576.c.b.w.f	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00940000165230.b	ENSGT00390000001735
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	121	rps13 (ENSPKIG00000023950)	PIK3C2A (ENSPKIG00000024007)	nucb2b (ENSPKIG00000024097)	si:dkey-10o6.2 (ENSPKIG00000024109)	ENSPKIG00000024126	ppme1 (ENSPKIG00000024142)	ucp3 (ENSPKIG00000024166)	ucp2 (ENSPKIG00000024180)	dnajb13 (ENSPKIG00000024195)	mrpl48 (ENSPKIG00000024210)	ENSPKIG00000024232	plekhb1 (ENSPKIG00000024269)	ENSPKIG00000024289	ENSPKIG00000024326	ENSPKIG00000024371	PAK1 (ENSPKIG00000024405) #22	GDPD4 (ENSPKIG00000024433)	MYO7A (ENSPKIG00000024577)	CAPN5 (ENSPKIG00000024755)	DCUN1D5 (ENSPKIG00000025639)	CUL5 (ENSPKIG00000025670)	RAB39B (ENSPKIG00000025667)	slc35f2 (ENSPKIG00000025631)	elmod1 (ENSPKIG00000025661)	ENSPKIG00000025608	SLC43A2 (ENSPKIG00000025656)	PITPNA (ENSPKIG00000025686)	INPP5K (ENSPKIG00000025592)	nle1 (ENSPKIG00000000011)	slc25a1a (ENSPKIG00000000028)	rap1gap2b (ENSPKIG00000000039)
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	19	ENSSFOG00015032081	ENSSFOG00015001641	ENSSFOG00015029911	ppme1 (ENSSFOG00015001652)	ucp3 (ENSSFOG00015001721)	ucp2 (ENSSFOG00015002031)	dnajb13 (ENSSFOG00015001981)	mrpl48 (ENSSFOG00015025747)	rab6a (ENSSFOG00015002077)	plekhb1 (ENSSFOG00015002139)	fam168a (ENSSFOG00015002173)	P2RY6 (ENSSFOG00015002205)	ENSSFOG00015002231	ENSSFOG00015002250	ENSSFOG00015002332	PAK1 (ENSSFOG00015002351) #22	GDPD4 (ENSSFOG00015026805)	MYO7A (ENSSFOG00015002460)	CAPN5 (ENSSFOG00015003501)	DCUN1D5 (ENSSFOG00015003542)	CUL5 (ENSSFOG00015003575)	RAB39B (ENSSFOG00015003628)	slc35f2 (ENSSFOG00015003641)	ELMOD1 (ENSSFOG00015003700)	ENSSFOG00015003746	SLC43A2 (ENSSFOG00015003813)	PITPNA (ENSSFOG00015003860)	INPP5K (ENSSFOG00015003905)	nle1 (ENSSFOG00015024221)	slc25a1a (ENSSFOG00015026547)	rap1gap2b (ENSSFOG00015004149)
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000005140.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00530000063816.c.a	ENSGT00940000156251.b	ENSGT00940000155350.h	ENSGT00390000009497.a	ENSGT00940000156536.e.a	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00940000158415	ENSGT00940000158563	ENSGT00940000155627
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	58	ENSGT00940000157637.a	ENSGT00390000005140.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.a.i	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00730000111053	ENSGT00940000161729.m.b	ENSGT00940000157384.b	ENSGT00940000165683	ENSGT00940000159223.c	ENSGT00950000182903.a.a.c	ENSGT00940000160400	ENSGT00940000155470.b	ENSGT00390000016972	ENSGT00730000111263
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	134	ENSGT00940000157637.a	ENSGT00390000005140.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.a.i	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000180202	ENSGT00940000156155	ENSGT00730000111053	ENSGT00940000161729.m.b.e.b	ENSGT00940000157384.b	ENSGT00940000165683	ENSGT00940000159223.c	ENSGT00950000182903.a.a.c	ENSGT00940000160400	ENSGT00940000155470.b	ENSGT00390000016972
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00940000157637.a	ENSGT00390000005140.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.a.i	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000180202	ENSGT00940000156155	ENSGT00730000111053	ENSGT00940000161729.m.b.e.b	ENSGT00940000157384.b	ENSGT00940000165683	ENSGT00940000159223.c	ENSGT00950000182903.a.a.c	ENSGT00940000160400	ENSGT00940000155470.b	ENSGT00390000016972
Channel catfish	MODERN SPECIES	23	ENSIPUG00000005416	P2RY3 (ENSIPUG00000005431)	arhgef17 (ENSIPUG00000005456)	relt (ENSIPUG00000005497)	P2RY2 (ENSIPUG00000005517)	P2RY2 (ENSIPUG00000005544)	fchsd2 (ENSIPUG00000005570)	ENSIPUG00000005660	rps3 (ENSIPUG00000005685)	KCTD14 (ENSIPUG00000005769)	ints4 (ENSIPUG00000005782)	aamdc (ENSIPUG00000005882)	RSF1 (ENSIPUG00000005914)	clns1a (ENSIPUG00000005935)	aqp11 (ENSIPUG00000005985)	pak1 (ENSIPUG00000006002) #22	ENSIPUG00000006039	tat (ENSIPUG00000006050)	zgc:56622 (ENSIPUG00000006082)	klhl36 (ENSIPUG00000006104)	COTL1 (ENSIPUG00000006136)	tldc1 (ENSIPUG00000006165)	PLCG2 (ENSIPUG00000006196)	cmip (ENSIPUG00000006302)	gan (ENSIPUG00000006434)	tmem243a (ENSIPUG00000006469)	elapor2a (ENSIPUG00000006479)	grm3 (ENSIPUG00000006501)	sema3d (ENSIPUG00000006546)	sema3ab (ENSIPUG00000006565)	sema3e (ENSIPUG00000006750)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	72	ENSGT00940000157637.a	ENSGT00390000005140.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.a.i	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000180202	ENSGT00940000156155	ENSGT00730000111053	ENSGT00940000161729.m.b.e.b	ENSGT00940000157384.b	ENSGT00940000165683	ENSGT00940000159223.c	ENSGT00950000182903.a.a.c	ENSGT00940000160400	ENSGT00940000155470.b	ENSGT00390000016972
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	76		ENSGT00940000157637.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.a.i	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000180202	ENSGT00940000156155	ENSGT00730000111053	ENSGT00940000161729.m.b.e.b	ENSGT00940000157384.b	ENSGT00940000165683	ENSGT00940000159223.c	ENSGT00950000182903.a.a.c	ENSGT00940000160400	ENSGT00940000155470.b	ENSGT00390000016972
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	98	ENSPNAG00000018960	ENSPNAG00000018929	P2RY6 (ENSPNAG00000018920)	ARHGEF17 (ENSPNAG00000018902)	relt (ENSPNAG00000018870)	P2RY2 (ENSPNAG00000018838)	FCHSD2 (ENSPNAG00000018820)	ENSPNAG00000018673	rps3 (ENSPNAG00000018641)	KCTD14 (ENSPNAG00000018601)	INTS4 (ENSPNAG00000018579)	aamdc (ENSPNAG00000018443)	RSF1 (ENSPNAG00000018419)	clns1a (ENSPNAG00000018394)	aqp11 (ENSPNAG00000018325)	pak1 (ENSPNAG00000018299) #22	GDPD4 (ENSPNAG00000018223)	ENSPNAG00000018200	myo7aa (ENSPNAG00000018151)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	115	P2RY6 (ENSAMXG00000026325)	ARHGEF17 (ENSAMXG00000013562)	relt (ENSAMXG00000033275)	P2RY2 (ENSAMXG00000040207)	FCHSD2 (ENSAMXG00000013591)	ENSAMXG00000036448	ENSAMXG00000043130	rps3 (ENSAMXG00000013642)	KCTD14 (ENSAMXG00000030590)	ENSAMXG00000043500	INTS4 (ENSAMXG00000013679)	aamdc (ENSAMXG00000013718)	RSF1 (ENSAMXG00000013740)	clns1a (ENSAMXG00000013761)	aqp11 (ENSAMXG00000031970)	pak1 (ENSAMXG00000013796) #22	GDPD4 (ENSAMXG00000013818)	ENSAMXG00000030631	capn5a (ENSAMXG00000013893)	ompa (ENSAMXG00000026326)	dcun1d5 (ENSAMXG00000013901)	eif2a (ENSAMXG00000013924)	serp1 (ENSAMXG00000042435)	pcyt1ab (ENSAMXG00000013963)	mmp23bb (ENSAMXG00000032267)	ap2m1b (ENSAMXG00000014011)	DVL3 (ENSAMXG00000014040)	ENSAMXG00000031190	rnpepl1 (ENSAMXG00000029654)	abcc5 (ENSAMXG00000014147)	ENSAMXG00000041419
Electric eel	MODERN SPECIES	134	ENSEEEG00000023456	ENSEEEG00000023458	P2RY6 (ENSEEEG00000023459)	ARHGEF17 (ENSEEEG00000023460)	relt (ENSEEEG00000023462)	P2RY2 (ENSEEEG00000023463)	FCHSD2 (ENSEEEG00000023467)	ENSEEEG00000023507	ENSEEEG00000023509	KCTD14 (ENSEEEG00000023513)	INTS4 (ENSEEEG00000023515)	aamdc (ENSEEEG00000023516)	ENSEEEG00000023518	clns1a (ENSEEEG00000023523)	aqp11 (ENSEEEG00000023526)	pak1 (ENSEEEG00000023532) #22	GDPD4 (ENSEEEG00000023572)	myo7aa (ENSEEEG00000023580)	capn5a (ENSEEEG00000023586)	dcun1d5 (ENSEEEG00000023587)	eif2a (ENSEEEG00000023596)	serp1 (ENSEEEG00000023601)	pcyt1ab (ENSEEEG00000023605)	mmp23bb (ENSEEEG00000023630)	ap2m1b (ENSEEEG00000023634)	DVL3 (ENSEEEG00000023644)	ENSEEEG00000023646
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	138	ENSGT00390000005140.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b.h	ENSGT01030000234621.C.a.a.b.g	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.a.i	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000180202	ENSGT00940000156155	ENSGT00730000111053	ENSGT00940000161729.m.b.e.b	ENSGT00940000158330
Cyprininae	DUPLICATION
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Goldfish	MODERN SPECIES	9	P2RY6 (ENSCARG00000012976)	ARHGEF17 (ENSCARG00000012944)	relt (ENSCARG00000012935)	P2RY2 (ENSCARG00000012931)	P2RY2 (ENSCARG00000012926)	FCHSD2 (ENSCARG00000011798)	ENSCARG00000011707	ENSCARG00000011615	KCTD14 (ENSCARG00000011600)	INTS4 (ENSCARG00000010795)	aamdc (ENSCARG00000010749)	RSF1 (ENSCARG00000010736)	clns1a (ENSCARG00000010708)	aqp11 (ENSCARG00000010698)	ENSCARG00000010691	pak1 (ENSCARG00000010506) #22	nptnb (ENSCARG00000010456)	ENSCARG00000010229	CHST8 (ENSCARG00000010190)	KCTD15 (ENSCARG00000010178)	ENSCARG00000010168	lsm14ab (ENSCARG00000010099)	GARRE1 (ENSCARG00000010023)	gpib (ENSCARG00000009953)	wtip (ENSCARG00000009919)	nedd4a (ENSCARG00000006092)	PRTG (ENSCARG00000005754)	dnaaf4 (ENSCARG00000005696)	ENSCARG00000005683	ENSCARG00000005667	rab27a (ENSCARG00000005637)
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Zebrafish	MODERN SPECIES	9	ENSDARG00000110183	P2RY2 (ENSDARG00000099915)	P2RY2 (ENSDARG00000104927)	P2RY2 (ENSDARG00000104425)	relt (ENSDARG00000099724)	ARHGEF17 (ENSDARG00000101644)	fam168a (ENSDARG00000098832)	ENSDARG00000111693	ENSDARG00000098597	rps3 (ENSDARG00000103007)	KCTD14 (ENSDARG00000110240)	INTS4 (ENSDARG00000102953)	aamdc (ENSDARG00000103957)	clns1a (ENSDARG00000103027)	aqp11 (ENSDARG00000100555)	pak1 (ENSDARG00000103959) #22	GDPD4 (ENSDARG00000102447)	myo7aa (ENSDARG00000099871)	capn5a (ENSDARG00000103317)	ompa (ENSDARG00000105218)	ENSDARG00000101159	dcun1d5 (ENSDARG00000100363)	eif2a (ENSDARG00000101061)	ENSDARG00000111944	serp1 (ENSDARG00000099439)	LRCH3 (ENSDARG00000100679)	ENSDARG00000069723	pdcd10a (ENSDARG00000035054)	serpini1 (ENSDARG00000034168)	ENSDARG00000111801	golim4a (ENSDARG00000113393)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	59	ENSGT00940000157637.a	ENSGT00390000005140.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.a.i	ENSGT00940000166445	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00390000012368	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00940000162662	ENSGT00820000127055.a.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00390000014591	ENSGT00920000149180.b.g	ENSGT00940000154495.a.a
Atlantic herring	MODERN SPECIES	25	SAMD4B (ENSCHAG00000016717)	zgc:172323 (ENSCHAG00000016645)	ENSCHAG00000016638	zgc:172323 (ENSCHAG00000016570)	zgc:172323 (ENSCHAG00000016487)	zgc:172323 (ENSCHAG00000016429)	GMFG (ENSCHAG00000016414)	paf1 (ENSCHAG00000015847)	rps3 (ENSCHAG00000015551)	KCTD14 (ENSCHAG00000015537)	INTS4 (ENSCHAG00000014647)	aamdc (ENSCHAG00000014623)	RSF1 (ENSCHAG00000014555)	clns1a (ENSCHAG00000014547)	aqp11 (ENSCHAG00000014540)	pak1 (ENSCHAG00000014021) #22	ENSCHAG00000013967	GDPD4 (ENSCHAG00000013956)	myo7aa (ENSCHAG00000009132)	ompa (ENSCHAG00000008985)	capn5a (ENSCHAG00000008755)	ENSCHAG00000008734	snrpa (ENSCHAG00000008709)	zgc:153119 (ENSCHAG00000008699)	itpkcb (ENSCHAG00000008682)	ENSCHAG00000008616	ENSCHAG00000008594	ENSCHAG00000008527	crk (ENSCHAG00000008508)	LRRC75A (ENSCHAG00000008495)	poldip2 (ENSCHAG00000008195)
Denticle herring	MODERN SPECIES	10	ENSDCDG00000031259	fam168a (ENSDCDG00000031256)	P2RY6 (ENSDCDG00000031254)	ARHGEF17 (ENSDCDG00000031247)	relt (ENSDCDG00000031237)	P2RY2 (ENSDCDG00000031234)	FCHSD2 (ENSDCDG00000030668)	ENSDCDG00000030648	rps3 (ENSDCDG00000030642)	KCTD14 (ENSDCDG00000030639)	aamdc (ENSDCDG00000030638)	INTS4 (ENSDCDG00000030636)	ENSDCDG00000030635	clns1a (ENSDCDG00000030632)	aqp11 (ENSDCDG00000030631)	pak1 (ENSDCDG00000029768) #22	GDPD4 (ENSDCDG00000029741)	myo7aa (ENSDCDG00000028451)	ompa (ENSDCDG00000028404)	capn5a (ENSDCDG00000027848)	ENSDCDG00000027809	snrpa (ENSDCDG00000027805)	zgc:153119 (ENSDCDG00000027799)	itpkcb (ENSDCDG00000027789)	crk (ENSDCDG00000027784)	LRRC75A (ENSDCDG00000027781)	poldip2 (ENSDCDG00000027539)	tmem199 (ENSDCDG00000027530)	smtnl (ENSDCDG00000027528)	dhrs13b.2 (ENSDCDG00000027527)	usp2a (ENSDCDG00000027462)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	235					ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000165195	ENSGT00530000064411.b	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000157247.b	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	208							ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000157247.b	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	119										ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000157247.b	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	4	polr1g (ENSMMDG00005017108)	irf2bp1 (ENSMMDG00005017105)	foxa3 (ENSMMDG00005017101)	PLD3 (ENSMMDG00005017094)	HIPK4 (ENSMMDG00005017080)	ENSMMDG00005017074	kcnk6 (ENSMMDG00005017070)	ENSMMDG00005017068	blvrb (ENSMMDG00005017067)	SPTBN4 (ENSMMDG00005001948)	ENSMMDG00005001203	ENSMMDG00005001178	clns1a (ENSMMDG00005001164)	aqp11 (ENSMMDG00005010472)	ENSMMDG00005010469	pak1 (ENSMMDG00005009696) #22	myo7aa (ENSMMDG00005009670)	ompa (ENSMMDG00005009663)	CAPN5 (ENSMMDG00005007977)	SLC35F2 (ENSMMDG00005007945)	CUL5 (ENSMMDG00005007828)	dcun1d5 (ENSMMDG00005007816)	ACTN4 (ENSMMDG00005006914)	zgc:85932 (ENSMMDG00005006890)	eif3k (ENSMMDG00005006872)	ENSMMDG00005006866	ENSMMDG00005006862	DMWD (ENSMMDG00005006861)	hif1al (ENSMMDG00005006858)	zgc:152863 (ENSMMDG00005006856)	ENSMMDG00005006854
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	111										ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	517	irf2bp1 (ENSHCOG00000019150)	foxa3 (ENSHCOG00000019157)	PLD3 (ENSHCOG00000000506)	ENSHCOG00000019201	ENSHCOG00000019213	kcnk6 (ENSHCOG00000019218)	PANX1 (ENSHCOG00000019223)	fgf12b (ENSHCOG00000019239)	ENSHCOG00000019268	PARL (ENSHCOG00000019280)	cldn15lb (ENSHCOG00000019290)	ENSHCOG00000019312	ENSHCOG00000000511	ENSHCOG00000019342	clns1a (ENSHCOG00000019360)	pak1 (ENSHCOG00000019459) #22	ENSHCOG00000019532	ENSHCOG00000019577	ompa (ENSHCOG00000019591)	CAPN5 (ENSHCOG00000019697)	SLC35F2 (ENSHCOG00000019718)	ENSHCOG00000019735	ppp1r14ab (ENSHCOG00000019746)	ENSHCOG00000019769	rhbdd1 (ENSHCOG00000019868)	GALNT17 (ENSHCOG00000019876)	GALNT17 (ENSHCOG00000019900)	CALN1 (ENSHCOG00000019919)	tyw1 (ENSHCOG00000019949)	ilkap (ENSHCOG00000019969)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000163467.a.b.b.a.a	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00990000204173	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610
Barramundi perch	MODERN SPECIES	59	si:ch73-366l1.5 (ENSLCAG00010023323)	ST6GALNAC2 (ENSLCAG00010023319)	CASKIN2 (ENSLCAG00010023315)	mvp (ENSLCAG00010023292)	meis3 (ENSLCAG00010023261)	ENSLCAG00010023250	ENSLCAG00010023246	lpar5b (ENSLCAG00010023244)	ITM2C (ENSLCAG00010023241)	ENSLCAG00010023233	INTS4 (ENSLCAG00010023228)	aamdc (ENSLCAG00010023212)	panx1a (ENSLCAG00010023208)	clns1a (ENSLCAG00010023198)	aqp11 (ENSLCAG00010023196)	pak1 (ENSLCAG00010023183) #22
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000163467.a.b.b.a.a.h.a	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000159610	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a
Greater amberjack	MODERN SPECIES	14	si:cabz01090165.1 (ENSSDUG00000004519)	ENSSDUG00000004486	ENSSDUG00000004465	zgc:171927 (ENSSDUG00000004445)	ENSSDUG00000004426	ENSSDUG00000004417	rps3 (ENSSDUG00000004327)	KCTD14 (ENSSDUG00000004288)	INTS4 (ENSSDUG00000004164)	aamdc (ENSSDUG00000004148)	panx1a (ENSSDUG00000004139)	ENSSDUG00000004129	RSF1 (ENSSDUG00000004112)	clns1a (ENSSDUG00000004087)	aqp11 (ENSSDUG00000004063)	pak1 (ENSSDUG00000003997) #22	GDPD4 (ENSSDUG00000003964)	myo7aa (ENSSDUG00000003850)	ENSSDUG00000003826	ompa (ENSSDUG00000003820)	CAPN5 (ENSSDUG00000003779)	dcun1d5 (ENSSDUG00000003755)	CUL5 (ENSSDUG00000003721)	SLC35F2 (ENSSDUG00000003696)	rhbdd1 (ENSSDUG00000003679)	flot2b (ENSSDUG00000003641)	FAM222B (ENSSDUG00000003635)	ENSSDUG00000003610	ENSSDUG00000003588	med17 (ENSSDUG00000003561)	ech1 (ENSSDUG00000003479)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2532														clns1a (ENSSLDG00000021796)	aqp11 (ENSSLDG00000021807)	pak1 (ENSSLDG00000021823) #22	GDPD4 (ENSSLDG00000021835)	ENSSLDG00000021851
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	35											ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000159610	ENSGT00940000153123.A	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a
Turbot	MODERN SPECIES	15	ENSSMAG00000020457	ENSSMAG00000020463	ENSSMAG00000020466	PTX3 (ENSSMAG00000020473)	ENSSMAG00000020476	ENSSMAG00000029670	ENSSMAG00000022648	TIPARP (ENSSMAG00000020479)	ssr3 (ENSSMAG00000023871)	kcnab1a (ENSSMAG00000020485)	ENSSMAG00000020488	gmps (ENSSMAG00000020489)	ENSSMAG00000020495	clns1a (ENSSMAG00000020496)	aqp11 (ENSSMAG00000020497)	pak1 (ENSSMAG00000020499) #22	ENSSMAG00000020537	myo7aa (ENSSMAG00000020546)	CAPN5 (ENSSMAG00000020557)	ompa (ENSSMAG00000033320)	ENSSMAG00000020563	ENSSMAG00000020589	prss16 (ENSSMAG00000020598)	serpine2 (ENSSMAG00000020601)	wdfy1 (ENSSMAG00000020603)	dhrs12la (ENSSMAG00000020608)	ENSSMAG00000020660	kcne4 (ENSSMAG00000020661)	acsl3a (ENSSMAG00000020663)	farsb (ENSSMAG00000020668)	ENSSMAG00000020677
Tongue sole	MODERN SPECIES	14	NECTIN1 (ENSCSEG00000006820)	ENSCSEG00000006815	trpc6a (ENSCSEG00000006802)	pgr (ENSCSEG00000006795)	ENSCSEG00000006789	ARHGAP42 (ENSCSEG00000006717)	cntn5 (ENSCSEG00000006697)	epha4a (ENSCSEG00000006677)	pxylp1 (ENSCSEG00000006664)	SLC25A36 (ENSCSEG00000006649)	spsb4a (ENSCSEG00000006639)	panx1a (ENSCSEG00000006624)	ENSCSEG00000006620	clns1a (ENSCSEG00000006611)	aqp11 (ENSCSEG00000006605)	pak1 (ENSCSEG00000006576) #22	GDPD4 (ENSCSEG00000006568)	myo7aa (ENSCSEG00000006533)	ompa (ENSCSEG00000006525)	CAPN5 (ENSCSEG00000006517)	dcun1d5 (ENSCSEG00000006513)	CUL5 (ENSCSEG00000006499)	SLC35F2 (ENSCSEG00000006494)	flot2b (ENSCSEG00000006488)	FAM222B (ENSCSEG00000006481)	ENSCSEG00000006476	ENSCSEG00000006465	ENSCSEG00000006458	med17 (ENSCSEG00000006452)	ech1 (ENSCSEG00000006411)	ENSCSEG00000006394
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00450000040324.a.a.b	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a
Zig-zag eel	DUPLICATION
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	4	ENSMAMG00000018290	ENSMAMG00000018275	ENSMAMG00000025327	ENSMAMG00000018262	ENSMAMG00000018253	ENSMAMG00000018182	ENSMAMG00000018154	ENSMAMG00000026761	ENSMAMG00000028396	ENSMAMG00000018117	ENSMAMG00000018111	ENSMAMG00000018108	ENSMAMG00000018095	clns1a (ENSMAMG00000018069)	aqp11 (ENSMAMG00000018089)	ENSMAMG00000018060 #22	pak1 (ENSMAMG00000018022) #22	GDPD4 (ENSMAMG00000017991)	myo7aa (ENSMAMG00000017522)	ompa (ENSMAMG00000017510)	ENSMAMG00000017488	dcun1d5 (ENSMAMG00000026934)	ENSMAMG00000017414	ENSMAMG00000017352	ENSMAMG00000017320	ENSMAMG00000017314	ENSMAMG00000028672	ENSMAMG00000017250	ENSMAMG00000017227	ENSMAMG00000017237	ENSMAMG00000017209
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	4	ENSMAMG00000018275	ENSMAMG00000025327	ENSMAMG00000018262	ENSMAMG00000018253	ENSMAMG00000018182	ENSMAMG00000018154	ENSMAMG00000026761	ENSMAMG00000028396	ENSMAMG00000018117	ENSMAMG00000018111	ENSMAMG00000018108	ENSMAMG00000018095	clns1a (ENSMAMG00000018069)	aqp11 (ENSMAMG00000018089)	ENSMAMG00000018060 #22	pak1 (ENSMAMG00000018022) #22	GDPD4 (ENSMAMG00000017991)	myo7aa (ENSMAMG00000017522)	ompa (ENSMAMG00000017510)	ENSMAMG00000017488	dcun1d5 (ENSMAMG00000026934)	ENSMAMG00000017414	ENSMAMG00000017352	ENSMAMG00000017320	ENSMAMG00000017314	ENSMAMG00000028672	ENSMAMG00000017250	ENSMAMG00000017227	ENSMAMG00000017237	ENSMAMG00000017209	ENSMAMG00000017197
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00450000040324.a.a.b	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	4															aqp11 (ENSBSLG00000017677)	pak1 (ENSBSLG00000016540) #22	ENSBSLG00000016531	GDPD4 (ENSBSLG00000016520)	ompa (ENSBSLG00000016442)	CAPN5 (ENSBSLG00000016398)	FAM222B (ENSBSLG00000016394)	flot2b (ENSBSLG00000016335)	SLC35F2 (ENSBSLG00000016327)	CUL5 (ENSBSLG00000016205)	dcun1d5 (ENSBSLG00000016189)	ENSBSLG00000016181	med17 (ENSBSLG00000016138)	ENSBSLG00000016117	ech1 (ENSBSLG00000015752)	hnrnpl2 (ENSBSLG00000015246)	srsf7a (ENSBSLG00000015113)
Climbing perch	MODERN SPECIES	4	ENSATEG00000029865	ENSATEG00000003410	ENSATEG00000003430	ENSATEG00000003462	ENSATEG00000003476	rps3 (ENSATEG00000003502)	KCTD14 (ENSATEG00000003545)	ENSATEG00000003549	ENSATEG00000003556	aamdc (ENSATEG00000003660)	ENSATEG00000003698	ENSATEG00000003736	ENSATEG00000003745	clns1a (ENSATEG00000003771)	aqp11 (ENSATEG00000030022)	pak1 (ENSATEG00000003807) #22	GDPD4 (ENSATEG00000003826)	myo7aa (ENSATEG00000003932)	CAPN5 (ENSATEG00000004124)	ompa (ENSATEG00000004196)	dcun1d5 (ENSATEG00000004210)	ENSATEG00000004237	ENSATEG00000004310	ENSATEG00000004344	ENSATEG00000004378	ENSATEG00000029022	ENSATEG00000004449	ENSATEG00000004466	ENSATEG00000004510	ENSATEG00000004576	ENSATEG00000004599
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	291																ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000182558
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Tetraodon	MODERN SPECIES	26	ARHGEF2 (ENSTNIG00000006093)	ENSTNIG00000006092	ENSTNIG00000006091	ENSTNIG00000006090	ENSTNIG00000002643	ENSTNIG00000000797	sall1a (ENSTNIG00000004257)	ENSTNIG00000004256	ENSTNIG00000004815	rnf7 (ENSTNIG00000005982)	grk7b (ENSTNIG00000019847)	baz1b (ENSTNIG00000014185)	bcl7bb (ENSTNIG00000000582)	hip1 (ENSTNIG00000014184)	ENSTNIG00000014183	pak1 (ENSTNIG00000003751) #22	NLRX1 (ENSTNIG00000006412)	efhd1 (ENSTNIG00000006411)	kcnj13 (ENSTNIG00000006410)	ENSTNIG00000018619	zgc:109889 (ENSTNIG00000018620)	htr2cl1 (ENSTNIG00000018621)	ENSTNIG00000018622	ccnb3 (ENSTNIG00000018623)	tnfsf10l3 (ENSTNIG00000005788)	CLCN5 (ENSTNIG00000005787)	ENSTNIG00000005786	bmp15 (ENSTNIG00000005785)	ENSTNIG00000005784	ENSTNIG00000005783	hdac8 (ENSTNIG00000005782)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	200	ompa (ENSLBEG00000008803)	dcun1d5 (ENSLBEG00000008824)	CUL5 (ENSLBEG00000008869)	SLC35F2 (ENSLBEG00000008933)	rhbdd1 (ENSLBEG00000008984)	flot2b (ENSLBEG00000009104)	FAM222B (ENSLBEG00000009142)	ENSLBEG00000009182	ech1 (ENSLBEG00000009395)	med17 (ENSLBEG00000009459)	ENSLBEG00000009526	panx1a (ENSLBEG00000009670)	ENSLBEG00000009701	clns1a (ENSLBEG00000009737)	aqp11 (ENSLBEG00000009767)	pak1 (ENSLBEG00000009841) #22	GDPD4 (ENSLBEG00000009985)	myo7aa (ENSLBEG00000010075)	MARK4 (ENSLBEG00000010272)	CKM (ENSLBEG00000010410)	klc3 (ENSLBEG00000010476)	ercc2 (ENSLBEG00000010573)	zgc:154093 (ENSLBEG00000010700)	ZC3H4 (ENSLBEG00000010735)	sae1 (ENSLBEG00000010775)	ccdc9 (ENSLBEG00000010829)	pak4 (ENSLBEG00000010883)	zgc:152863 (ENSLBEG00000010953)	hif1al (ENSLBEG00000010994)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560.a	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560.a	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00940000155987.b	ENSGT00450000040324.a.a.b	ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000155478.ib	ENSGT00940000156844.a	ENSGT00670000099420	ENSGT00940000174800	ENSGT01000000214804
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European seabass	MODERN SPECIES	3	ENSDLAG00005006082	ENSDLAG00005006108	rps3 (ENSDLAG00005006114)	KCTD14 (ENSDLAG00005006243)	ENSDLAG00005006256	ENSDLAG00005006285	ENSDLAG00005006323	ENSDLAG00005007136	RSF1 (ENSDLAG00005007153)	ENSDLAG00005030366	clns1a (ENSDLAG00005032077)	aqp11 (ENSDLAG00005031387)	ENSDLAG00005003383	ENSDLAG00005006820	ENSDLAG00005015787	pak1 (ENSDLAG00005007216) #22	GDPD4 (ENSDLAG00005007565)	myo7aa (ENSDLAG00005007604)	ENSDLAG00005028926	ENSDLAG00005034976	ENSDLAG00005012093	ENSDLAG00005012104	ENSDLAG00005030844	ENSDLAG00005034071	ENSDLAG00005034310	si:cabz01090165.1 (ENSDLAG00005012353)	ENSDLAG00005012380	ENSDLAG00005031305	zgc:101731 (ENSDLAG00005034013)	ENSDLAG00005026488	zgc:162698 (ENSDLAG00005012444)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	479	ENSLCRG00005002565	SLC35F2 (ENSLCRG00005002621)	CUL5 (ENSLCRG00005002641)	CAPN5 (ENSLCRG00005002764)	ompa (ENSLCRG00005003649)	dcun1d5 (ENSLCRG00005003651)	ENSLCRG00005003654	ENSLCRG00005003655	rps3 (ENSLCRG00005003658)	KCTD14 (ENSLCRG00005003749)	ENSLCRG00005003764	INTS4 (ENSLCRG00005003790)	panx1a (ENSLCRG00005004777)	clns1a (ENSLCRG00005004782)	aqp11 (ENSLCRG00005004785)	pak1 (ENSLCRG00005004795) #22	GDPD4 (ENSLCRG00005004869)	myo7aa (ENSLCRG00005004902)	ENSLCRG00005008126	zgc:171927 (ENSLCRG00005008127)	ENSLCRG00005008128	ENSLCRG00005008130	ENSLCRG00005008132	ENSLCRG00005008134	zgc:101731 (ENSLCRG00005008136)	CAPNS1 (ENSLCRG00005008137)	zgc:162698 (ENSLCRG00005008138)	ENSLCRG00005008139	ENSLCRG00005008141	dharma (ENSLCRG00005008144)	CLIP3 (ENSLCRG00005008149)
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	11	ENSSAUG00010005721	ompa (ENSSAUG00010005720)	CAPN5 (ENSSAUG00010005676)	dcun1d5 (ENSSAUG00010005671)	rps3 (ENSSAUG00010005562)	KCTD14 (ENSSAUG00010005558)	ENSSAUG00010005556	INTS4 (ENSSAUG00010005143)	aamdc (ENSSAUG00010005135)	panx1a (ENSSAUG00010005133)	RSF1 (ENSSAUG00010005129)	clns1a (ENSSAUG00010005127)	aqp11 (ENSSAUG00010005126)	ENSSAUG00010005122	rhbdd1 (ENSSAUG00010005118)	pak1 (ENSSAUG00010004958) #22	ENSSAUG00010004943	myo7aa (ENSSAUG00010003617)	ENSSAUG00010003580	ENSSAUG00010003578	ENSSAUG00010003576	ENSSAUG00010003573	ENSSAUG00010003567	zgc:171927 (ENSSAUG00010003564)	ece2b (ENSSAUG00010003155)	ANO7 (ENSSAUG00010003089)	eif4h (ENSSAUG00010003080)	RFFL (ENSSAUG00010003058)	wdr62 (ENSSAUG00010003055)	RFFL (ENSSAUG00010003047)	ENSSAUG00010003002
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Lumpfish	MODERN SPECIES	17	DMWD (ENSCLMG00005004908)	hif1al (ENSCLMG00005004934)	ech1 (ENSCLMG00005005418)	ENSCLMG00005005491	med17 (ENSCLMG00005005498)	ENSCLMG00005005517	ENSCLMG00005005526	ENSCLMG00005005528	ENSCLMG00005005530	ENSCLMG00005005532	ENSCLMG00005005535	ENSCLMG00005005561	panx1a (ENSCLMG00005005567)	clns1a (ENSCLMG00005005569)	aqp11 (ENSCLMG00005005571)	pak1 (ENSCLMG00005005574) #22	GDPD4 (ENSCLMG00005005762)	myo7aa (ENSCLMG00005005767)	ompa (ENSCLMG00005005874)	CAPN5 (ENSCLMG00005005886)	dcun1d5 (ENSCLMG00005006221)	CUL5 (ENSCLMG00005006228)	SLC35F2 (ENSCLMG00005006549)	FLOT2 (ENSCLMG00005006552)	FAM222B (ENSCLMG00005006558)	rps3 (ENSCLMG00005006563)	KCTD14 (ENSCLMG00005006747)	ENSCLMG00005006749	INTS4 (ENSCLMG00005006751)	aamdc (ENSCLMG00005006752)	ENSCLMG00005006760
Stickleback	MODERN SPECIES		aplp2 (ENSGACG00000013115)	ACTN4 (ENSGACG00000013140)	zgc:85932 (ENSGACG00000013147)	eif3k (ENSGACG00000013152)	MAP4K1 (ENSGACG00000013172)	DMWD (ENSGACG00000013178)	hif1al (ENSGACG00000013185)	ech1 (ENSGACG00000013192)	ENSGACG00000013196	ENSGACG00000013197	ENSGACG00000013200	med17 (ENSGACG00000013203)	ENSGACG00000013226	panx1a (ENSGACG00000013228)	clns1a (ENSGACG00000013233)	pak1 (ENSGACG00000013257) #22	GDPD4 (ENSGACG00000013263)	myo7aa (ENSGACG00000013269)	CAPN5 (ENSGACG00000013281)	ompa (ENSGACG00000013293)	dcun1d5 (ENSGACG00000013296)	CUL5 (ENSGACG00000013311)	SLC35F2 (ENSGACG00000013315)	flot2b (ENSGACG00000013325)	FAM222B (ENSGACG00000013360)	b3galt10.2 (ENSGACG00000013361)	ENSGACG00000013364	INTS4 (ENSGACG00000013367)	KCTD14 (ENSGACG00000013383)	rps3 (ENSGACG00000013384)	ENSGACG00000013400
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00450000040324.a.a.b	ENSGT00940000174501	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b.d	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610
Pike perch	MODERN SPECIES	19	KCTD14 (ENSSLUG00000018797)	ENSSLUG00000018790	INTS4 (ENSSLUG00000018416)	aamdc (ENSSLUG00000018397)	ENSSLUG00000018393	flot2b (ENSSLUG00000018380)	ENSSLUG00000018373	SLC35F2 (ENSSLUG00000018367)	CUL5 (ENSSLUG00000018340)	ENSSLUG00000018324	dcun1d5 (ENSSLUG00000018317)	ENSSLUG00000018314	ompa (ENSSLUG00000018310)	CAPN5 (ENSSLUG00000017823)	ENSSLUG00000017806	pak1 (ENSSLUG00000017778) #22	ENSSLUG00000017766	gjc4b (ENSSLUG00000017764)	myo7aa (ENSSLUG00000017628)	ENSSLUG00000017567	ZNF229 (ENSSLUG00000017559)	aqp11 (ENSSLUG00000017552)	clns1a (ENSSLUG00000017545)	ENSSLUG00000017534	PANX1 (ENSSLUG00000017519)	ENSSLUG00000017451	med17 (ENSSLUG00000017389)	ENSSLUG00000017363	ech1 (ENSSLUG00000016754)	hnrnpl2 (ENSSLUG00000016429)	srsf7a (ENSSLUG00000016399)
Channel bull blenny	DUPLICATION
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Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159256.p	ENSGT00940000159112.b	ENSGT00390000005826.a.a	ENSGT00940000161895	ENSGT00530000063174.b	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978	ENSGT00390000009409
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000165053	ENSGT00950000182970.C	ENSGT00940000167306	ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.b	ENSGT00940000159555.v.a	ENSGT00950000183052.b.c.b.a.c.a.a	ENSGT00950000183052.b.c.b.a.c.b	ENSGT00940000156343.lb.a	ENSGT00390000014810.a	ENSGT00940000168703	ENSGT00940000160509	ENSGT00940000165073.a.b.b.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000160308	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000166085	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00940000156155	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00940000153972.A.a
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	14													ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a.i	ENSGT00940000158512.a.j	ENSGT00940000160308	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000166085	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00940000156155	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000175310
Indian medaka	MODERN SPECIES	12	ENSOMEG00000023331	ENSOMEG00000023348	ENSOMEG00000023361	blvrb (ENSOMEG00000023374)	ENSOMEG00000023386	kcnk6 (ENSOMEG00000023404)	ENSOMEG00000023431	ENSOMEG00000023453	ENSOMEG00000023462	ENSOMEG00000023472	ENSOMEG00000023487	ENSOMEG00000023492	SLC35F2 (ENSOMEG00000023501)	clns1a (ENSOMEG00000023661)	aqp11 (ENSOMEG00000023681)	pak1 (ENSOMEG00000023697) #22	GDPD4 (ENSOMEG00000023712)	myo7aa (ENSOMEG00000023739)	flot2b (ENSOMEG00000023743)	FAM222B (ENSOMEG00000023746)	ENSOMEG00000023757	ENSOMEG00000023766	ENSOMEG00000023804	DMWD (ENSOMEG00000023807)	hif1al (ENSOMEG00000001208)	ENSOMEG00000001213	CUL5 (ENSOMEG00000001217)	dcun1d5 (ENSOMEG00000001221)	ompa (ENSOMEG00000001224)	CAPN5 (ENSOMEG00000001227)	ENSOMEG00000001231
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	4	CKM (ENSOJAG00000014807)	MARK4 (ENSOJAG00000012712)	ENSOJAG00000012519	ENSOJAG00000012494	ENSOJAG00000012466	blvrb (ENSOJAG00000011961)	ENSOJAG00000011954	kcnk6 (ENSOJAG00000011948)	ENSOJAG00000011934	ENSOJAG00000011930	ENSOJAG00000011921	ENSOJAG00000011871	SLC35F2 (ENSOJAG00000011835)	clns1a (ENSOJAG00000011826)	aqp11 (ENSOJAG00000011818)	pak1 (ENSOJAG00000010240) #22	ENSOJAG00000010095	GDPD4 (ENSOJAG00000010079)	myo7aa (ENSOJAG00000009540)	flot2b (ENSOJAG00000008968)	FAM222B (ENSOJAG00000008924)	ENSOJAG00000008771	ENSOJAG00000008591	ENSOJAG00000008332	DMWD (ENSOJAG00000008302)	hif1al (ENSOJAG00000007882)	cul5a (ENSOJAG00000006958)	dcun1d5 (ENSOJAG00000006865)	ompa (ENSOJAG00000006859)	CAPN5 (ENSOJAG00000005778)	ENSOJAG00000005629
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000165053	ENSGT00950000182970.C	ENSGT00940000167306	ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.b	ENSGT01070000253869	ENSGT00940000159555.v.a	ENSGT00950000183052.b.c.b.a.c.a.a	ENSGT00950000183052.b.c.b.a.c.b	ENSGT00390000014810.a	ENSGT00940000168703	ENSGT00940000160509	ENSGT00940000165073.a.b.b.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000160308	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000166085	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000063174.b
Chinese medaka	MODERN SPECIES	538	sae1 (ENSOSIG00000013848)	zgc:154093 (ENSOSIG00000013850)	ercc2 (ENSOSIG00000013851)	klc3 (ENSOSIG00000013862)	CKM (ENSOSIG00000015130)	ENSOSIG00000015170	MARK4 (ENSOSIG00000015171)	ENSOSIG00000015396	blvrb (ENSOSIG00000015409)	ENSOSIG00000015412	kcnk6 (ENSOSIG00000015414)	ENSOSIG00000015421	SLC35F2 (ENSOSIG00000015424)	clns1a (ENSOSIG00000015425)	aqp11 (ENSOSIG00000015427)	pak1 (ENSOSIG00000015442) #22	GDPD4 (ENSOSIG00000015583)	myo7aa (ENSOSIG00000015631)	flot2b (ENSOSIG00000017009)	FAM222B (ENSOSIG00000017014)	ENSOSIG00000017028	ENSOSIG00000017144	DMWD (ENSOSIG00000017148)	hif1al (ENSOSIG00000017162)	cul5a (ENSOSIG00000017293)	dcun1d5 (ENSOSIG00000017311)	CAPN5 (ENSOSIG00000017328)	ompa (ENSOSIG00000017825)	ENSOSIG00000003765	panx1a (ENSOSIG00000003822)	bckdha (ENSOSIG00000003900)
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	4	klc3 (ENSORLG00000001581)	CKM (ENSORLG00000030295)	ENSORLG00000001611	ENSORLG00000001615	ENSORLG00000022704	ENSORLG00000025963	ENSORLG00000001689	ENSORLG00000025195	ENSORLG00000025193	kcnk6 (ENSORLG00000001728)	ENSORLG00000001764	ENSORLG00000028971	ENSORLG00000001787	clns1a (ENSORLG00000001811)	aqp11 (ENSORLG00000028601)	pak1 (ENSORLG00000001860) #22	GDPD4 (ENSORLG00000001876)	myo7aa (ENSORLG00000001941)	ENSORLG00000001952	ENSORLG00000001959	ENSORLG00000029342	ENSORLG00000001987	DMWD (ENSORLG00000023682)	hif1al (ENSORLG00000002004)	CUL5 (ENSORLG00000002038)	dcun1d5 (ENSORLG00000002056)	CAPN5 (ENSORLG00000002081)	ompa (ENSORLG00000029919)	ENSORLG00000002117	PANX (ENSORLG00000002140)	ENSORLG00000027744
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000159256.p	ENSGT00940000159112.b	ENSGT00390000005826.a.a	ENSGT00940000161895	ENSGT00530000063174.b	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00530000064359.c.a.n	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00940000167295	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153348.C	ENSGT00950000183147.A.b.a	ENSGT00940000160551	ENSGT00390000009795	ENSGT00940000157823
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159256.p	ENSGT00940000159112.b	ENSGT00390000005826.a.a	ENSGT00940000161895	ENSGT00530000063174.b	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00940000167295	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153348.C	ENSGT00950000183147.A.b.a	ENSGT00940000160551	ENSGT00390000009795	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	85											ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00940000167295	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153348.C	ENSGT00950000183147.A.b.a	ENSGT00940000160551	ENSGT00390000009795	ENSGT01090000261501	ENSGT00940000157823
Mummichog	MODERN SPECIES	533										ENSFHEG00000008403	dcun1d5 (ENSFHEG00000008344)	CUL5 (ENSFHEG00000008268)	ENSFHEG00000008260	clns1a (ENSFHEG00000000206)	aqp11 (ENSFHEG00000008231)	pak1 (ENSFHEG00000008225) #22	GDPD4 (ENSFHEG00000008205)	myo7aa (ENSFHEG00000008196)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	457							panx1a (ENSCVAG00000008753)	ENSCVAG00000008764	ompa (ENSCVAG00000008778)	CAPN5 (ENSCVAG00000008810)	dcun1d5 (ENSCVAG00000008851)	CUL5 (ENSCVAG00000008893)	SLC35F2 (ENSCVAG00000009002)	clns1a (ENSCVAG00000009019)	aqp11 (ENSCVAG00000009023)	pak1 (ENSCVAG00000009047) #22	GDPD4 (ENSCVAG00000009074)	myo7aa (ENSCVAG00000009198)	ENSCVAG00000009207	zgc:171927 (ENSCVAG00000009222)	rps3 (ENSCVAG00000009247)	KCTD14 (ENSCVAG00000009254)	ENSCVAG00000009262	INTS4 (ENSCVAG00000009362)	aamdc (ENSCVAG00000009374)	exosc5 (ENSCVAG00000009396)	ENSCVAG00000009406	ppp1r13l (ENSCVAG00000009418)	opa3 (ENSCVAG00000009429)	ENSCVAG00000009437	ENSCVAG00000009445
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000015063	ENSGT00940000159256.p	ENSGT00940000159112.b	ENSGT00390000005826.a.a	ENSGT00940000161895	ENSGT00530000063174.b	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00940000167295	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153348.C	ENSGT00950000183147.A.b.a	ENSGT00940000160551	ENSGT00390000009795	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883
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NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000015063	ENSGT00940000159256.p	ENSGT00940000159112.b	ENSGT00390000005826.a.a	ENSGT00940000161895	ENSGT00530000063174.b	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00940000167295	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153348.C	ENSGT00950000183147.A.b.a	ENSGT00940000160551	ENSGT00390000009795	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883
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Sailfin molly	MODERN SPECIES	1063														ENSPLAG00000020715	aqp11 (ENSPLAG00000020705)	pak1 (ENSPLAG00000020697) #22	GDPD4 (ENSPLAG00000020635)	ENSPLAG00000020585	myo7aa (ENSPLAG00000020549)	ENSPLAG00000020158
Guppy	MODERN SPECIES	443	dhx34 (ENSPREG00000016403)	ENSPREG00000016523	aplp2 (ENSPREG00000016991)	ENSPREG00000017039	prdm10 (ENSPREG00000017058)	ENSPREG00000017119	panx1a (ENSPREG00000017142)	ENSPREG00000017168	CAPN5 (ENSPREG00000017184)	ompa (ENSPREG00000017203)	dcun1d5 (ENSPREG00000017217)	CUL5 (ENSPREG00000017245)	SLC35F2 (ENSPREG00000017275)	clns1a (ENSPREG00000017305)	aqp11 (ENSPREG00000017322)	pak1 (ENSPREG00000017333) #22	GDPD4 (ENSPREG00000017372)	myo7aa (ENSPREG00000017413)	ENSPREG00000017495	zgc:171927 (ENSPREG00000017517)	rps3 (ENSPREG00000017536)	KCTD14 (ENSPREG00000017593)	ENSPREG00000017611	INTS4 (ENSPREG00000017623)	aamdc (ENSPREG00000017651)	exosc5 (ENSPREG00000017723)	TMEM91 (ENSPREG00000017731)	ppp1r13l (ENSPREG00000017741)	opa3 (ENSPREG00000017788)	HNRNPUL1 (ENSPREG00000017804)	rasgrp4 (ENSPREG00000017845)
Platyfish	MODERN SPECIES	9	atp1b3b (ENSXMAG00000013010)	ENSXMAG00000006952	FAM222B (ENSXMAG00000026087)	flot2b (ENSXMAG00000006956)	ENSXMAG00000006987	ENSXMAG00000028342	CAPN5 (ENSXMAG00000006995)	ompa (ENSXMAG00000029785)	ENSXMAG00000007014	panx1a (ENSXMAG00000004464)	dcun1d5 (ENSXMAG00000004471)	CUL5 (ENSXMAG00000004486)	SLC35F2 (ENSXMAG00000004522)	clns1a (ENSXMAG00000004537)	aqp11 (ENSXMAG00000021051)	pak1 (ENSXMAG00000004548) #22	GDPD4 (ENSXMAG00000029648)	myo7aa (ENSXMAG00000004628)	ENSXMAG00000004681	zgc:171927 (ENSXMAG00000004683)	rps3 (ENSXMAG00000004703)	KCTD14 (ENSXMAG00000027590)	ENSXMAG00000028328	INTS4 (ENSXMAG00000004746)	aamdc (ENSXMAG00000004784)	ENSXMAG00000022515	exosc5 (ENSXMAG00000004786)	ENSXMAG00000004802	ppp1r13l (ENSXMAG00000004805)	opa3 (ENSXMAG00000023043)	HNRNPUL1 (ENSXMAG00000004815)
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	84	ENSGT00940000159792.C	ENSGT00940000166340	ENSGT00940000166085	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00990000210326	ENSGT00940000160308	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a
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Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1615	ENSNFUG00015008550	ENSNFUG00015008547	pak4 (ENSNFUG00015008541)	zgc:152863 (ENSNFUG00015008538)	hif1al (ENSNFUG00015008507)	ENSNFUG00015008498	ENSNFUG00015008497	ENSNFUG00015008477	ENSNFUG00015008462	OMPA (ENSNFUG00015008458)	DCUN1D5 (ENSNFUG00015008441)	ENSNFUG00015008438	SLC35F2 (ENSNFUG00015008427)	clns1a (ENSNFUG00015008422)	AQP11 (ENSNFUG00015008418)	pak1 (ENSNFUG00015008411) #22
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978
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Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	143									ENSGT00390000004912	ENSGT00940000165563.b	ENSGT00940000171017	ENSGT00940000155604	ENSGT00940000158330	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000159610	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978	ENSGT00390000009409
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Clown anemonefish	DUPLICATION
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	2902																pak1 (ENSAOCG00000010813) #22	ENSAOCG00000010734
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	442																ENSAOCG00000022068 #22
Orange clownfish	MODERN SPECIES	23	mmp23bb (ENSAPEG00000019113)	ap2m1b (ENSAPEG00000019075)	ENSAPEG00000018966	ENSAPEG00000018951	rnpepl1 (ENSAPEG00000018895)	abcc5 (ENSAPEG00000018801)	rpl35a (ENSAPEG00000018771)	ENSAPEG00000018728	polr2d (ENSAPEG00000018714)	ENSAPEG00000018652	ENSAPEG00000018642	ABCF3 (ENSAPEG00000018567)	LRCH3 (ENSAPEG00000018498)	clns1a (ENSAPEG00000018416)	aqp11 (ENSAPEG00000018404)	pak1 (ENSAPEG00000018331) #22	GDPD4 (ENSAPEG00000018279)	myo7aa (ENSAPEG00000018128)	flot2b (ENSAPEG00000018024)	FAM222B (ENSAPEG00000018015)	ech1 (ENSAPEG00000017991)	ENSAPEG00000017954	med17 (ENSAPEG00000017905)	ENSAPEG00000017888	ENSAPEG00000017837	srsf7a (ENSAPEG00000017818)	slc8a2b (ENSAPEG00000017777)	ENSAPEG00000017671	ACTN4 (ENSAPEG00000017602)	zgc:85932 (ENSAPEG00000017447)	eif3k (ENSAPEG00000017404)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	1412												ENSAPOG00000019257	ENSAPOG00000019425	clns1a (ENSAPOG00000019476)	aqp11 (ENSAPOG00000019480)	pak1 (ENSAPOG00000019704) #22	GDPD4 (ENSAPOG00000019718)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1534	ap2m1b (ENSSPAG00000012833)	ENSSPAG00000012866	ENSSPAG00000012944	rnpepl1 (ENSSPAG00000012958)	abcc5 (ENSSPAG00000012992)	ENSSPAG00000013044	rpl35a (ENSSPAG00000013060)	LRCH3 (ENSSPAG00000013100)	ABCF3 (ENSSPAG00000013145)	ENSSPAG00000013269	ENSSPAG00000013290	polr2d (ENSSPAG00000013386)	clns1a (ENSSPAG00000013399)	aqp11 (ENSSPAG00000013426)	ENSSPAG00000013457	ENSSPAG00000013474 #22
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000166340	ENSGT00940000166085	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000160308	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000166340	ENSGT00940000166085	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000160308	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560.e.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159792.C	ENSGT00940000166340	ENSGT00940000166085	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000160308	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610.h	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000166340	ENSGT00940000166085	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000160308	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00990000204560.e.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610.h	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	824												ENSHBUG00000022662	clns1a (ENSHBUG00000022647)	aqp11 (ENSHBUG00000022625)	ENSHBUG00000022620	pak1 (ENSHBUG00000022588) #22	GDPD4 (ENSHBUG00000022514)	myo7aa (ENSHBUG00000022404)	flot2b (ENSHBUG00000020937)	FAM222B (ENSHBUG00000020899)	ENSHBUG00000020883	ENSHBUG00000020868	ENSHBUG00000020853
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00530000063950.a.b	ENSGT00940000166340	ENSGT00940000166085	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000160308	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610.g	ENSGT00940000159610.h	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000163630.A.a.a	ENSGT00980000198791.c	ENSGT00940000158344.a.a
P. nyererei	MODERN SPECIES	754																pak1 (ENSPNYG00000017957) #22	ENSPNYG00000017940	ENSPNYG00000017913	myo7aa (ENSPNYG00000017768)	flot2b (ENSPNYG00000017721)	FAM222B (ENSPNYG00000017716)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00530000063950.a.b	ENSGT00940000166340	ENSGT00940000166085	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000160308	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00990000204560.e.b.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610.g	ENSGT00940000159610.h	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00980000198791.c	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1096	ENSMZEG00005024632	srsf7a (ENSMZEG00005024627)	hnrnpl2 (ENSMZEG00005024585)	ENSMZEG00005024576	med17 (ENSMZEG00005024570)	ech1 (ENSMZEG00005024557)	ech1 (ENSMZEG00005024551)	ENSMZEG00005024549	ENSMZEG00005024541	FAM222B (ENSMZEG00005024538)	flot2b (ENSMZEG00005024534)	myo7aa (ENSMZEG00005024525)	ENSMZEG00005024519	ENSMZEG00005024514	ENSMZEG00005024512	PAK1 (ENSMZEG00005024502) #22	ENSMZEG00005024493	ENSMZEG00005024489	aqp11 (ENSMZEG00005024487)	clns1a (ENSMZEG00005024486)	ENSMZEG00005024485	rhbdd1 (ENSMZEG00005024483)	SLC35F2 (ENSMZEG00005024481)	CUL5 (ENSMZEG00005024478)	dcun1d5 (ENSMZEG00005024475)	ompa (ENSMZEG00005024473)	CAPN5 (ENSMZEG00005024470)	panx1a (ENSMZEG00005024469)	ENSMZEG00005024463	DMWD (ENSMZEG00005024462)	hif1al (ENSMZEG00005024460)
Eastern happy	MODERN SPECIES	5	DMWD (ENSACLG00000017242)	ENSACLG00000017048	panx1a (ENSACLG00000016951)	ompa (ENSACLG00000016938)	CAPN5 (ENSACLG00000016887)	dcun1d5 (ENSACLG00000016814)	CUL5 (ENSACLG00000016737)	SLC35F2 (ENSACLG00000016705)	rhbdd1 (ENSACLG00000016679)	ENSACLG00000016676	ENSACLG00000016657	clns1a (ENSACLG00000016637)	aqp11 (ENSACLG00000016622)	TUBA1B (ENSACLG00000016619)	ENSACLG00000016499	pak1 (ENSACLG00000016299) #22	ENSACLG00000016218	myo7aa (ENSACLG00000016070)	flot2b (ENSACLG00000015985)	FAM222B (ENSACLG00000015970)	ENSACLG00000015919	ENSACLG00000015899	ENSACLG00000015881	ENSACLG00000015823	ech1 (ENSACLG00000015797)	ech1 (ENSACLG00000015758)	ENSACLG00000015597	med17 (ENSACLG00000015519)	ENSACLG00000015488	hnrnpl2 (ENSACLG00000014775)	srsf7a (ENSACLG00000014716)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	590																ENSNBRG00000024148 #22	ENSNBRG00000024144	ENSNBRG00000024140	flot2b (ENSNBRG00000024136)	FAM222B (ENSNBRG00000024132)	ENSNBRG00000024108	ENSNBRG00000024094	ENSNBRG00000024092	ENSNBRG00000024091
Nile tilapia	MODERN SPECIES	5	ENSONIG00000029177	ENSONIG00000034213	ENSONIG00000036242	ENSONIG00000034510	ENSONIG00000041162	ENSONIG00000027128	ENSONIG00000036315	FAM222B (ENSONIG00000033941)	flot2b (ENSONIG00000001396)	ENSONIG00000032173	ENSONIG00000042237	clns1a (ENSONIG00000017900)	aqp11 (ENSONIG00000028778)	ENSONIG00000030723	ENSONIG00000037197	pak1 (ENSONIG00000001430) #22	GDPD4 (ENSONIG00000001422)	myo7aa (ENSONIG00000001401)	ENSONIG00000033112	ENSONIG00000031889	ENSONIG00000029211	rhbdd1 (ENSONIG00000007794)	SLC35F2 (ENSONIG00000007791)	CUL5 (ENSONIG00000007790)	dcun1d5 (ENSONIG00000007785)	ompa (ENSONIG00000027393)	CAPN5 (ENSONIG00000007780)	ENSONIG00000007777	panx1a (ENSONIG00000007775)	ENSONIG00000007769	ENSONIG00000034463
Midas cichlid	MODERN SPECIES	190					panx1a (ENSACIG00000017011)	CAPN5 (ENSACIG00000017053)	ompa (ENSACIG00000017078)	dcun1d5 (ENSACIG00000017085)	CUL5 (ENSACIG00000017101)	SLC35F2 (ENSACIG00000017127)	rhbdd1 (ENSACIG00000017141)	ENSACIG00000017154	aqp11 (ENSACIG00000017164)	clns1a (ENSACIG00000017174)	ENSACIG00000017189	pak1 (ENSACIG00000017196) #22	ENSACIG00000017217	myo7aa (ENSACIG00000017244)	flot2b (ENSACIG00000017310)	FAM222B (ENSACIG00000017328)	vps53 (ENSACIG00000017348)	rflnb (ENSACIG00000017384)	dus4l (ENSACIG00000017392)	bcap29 (ENSACIG00000017407)	slco1c1 (ENSACIG00000017469)	PDE3A (ENSACIG00000017495)	ENSACIG00000017525	AIPL1 (ENSACIG00000017554)	TRARG1 (ENSACIG00000017568)	gosr1 (ENSACIG00000017579)	CPD (ENSACIG00000017598)
Cod	MODERN SPECIES	7	ENSGMOG00000025300	ENSGMOG00000036849	or15.37 (ENSGMOG00000030706)	ENSGMOG00000026448	ENSGMOG00000023536	ENSGMOG00000026422	ENSGMOG00000020086	ENSGMOG00000035702	ENSGMOG00000020557	ENSGMOG00000032916	hmgb1b (ENSGMOG00000019231)	ENSGMOG00000030051	ENSGMOG00000010676	b3glcta (ENSGMOG00000010699)	ENSGMOG00000010718	pak1 (ENSGMOG00000012273) #22	ENSGMOG00000014303	myo7aa (ENSGMOG00000014332)	ompa (ENSGMOG00000020395)	ENSGMOG00000014423	dcun1d5 (ENSGMOG00000014465)	ENSGMOG00000014480	ENSGMOG00000014520	ENSGMOG00000014534	ENSGMOG00000002474	ENSGMOG00000036044	ENSGMOG00000037111	ENSGMOG00000030287	ENSGMOG00000027146	ENSGMOG00000032237	irf2bp1 (ENSGMOG00000019134)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	81	ENSGT00950000182985.a.b.a	ENSGT00940000164418.a.b	ENSGT00940000166947	ENSGT00450000040324.a.a.a	ENSGT00940000155478.hb.b	ENSGT00510000048626	ENSGT00940000155573.g.b	ENSGT00390000002548	ENSGT00940000164977.a	ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a	ENSGT00510000046732.A.c	ENSGT00390000008610.a.b.b.b	ENSGT00530000064411.b	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c.b	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00940000158415	ENSGT00940000171017	ENSGT00940000165563.b	ENSGT00390000004912	ENSGT00940000157403	ENSGT00950000183061.a.b.a.a	ENSGT00940000175843.b	ENSGT01050000244827.C.c.a.b
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00390000006454.l	ENSGT00940000158439.m.f	ENSGT00940000158882.c	ENSGT00950000182970.A.a.j	ENSGT00940000163671.a.a.b.d	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.a	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.c	ENSGT00940000158173.f.m	ENSGT00940000155739.yb.a.b	ENSGT00940000155313.g.b.f.b	ENSGT01060000248594.e.b.a.c	ENSGT00530000063860.b.c.d	ENSGT00530000064411.a.d	ENSGT00390000010063.ob.b	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a.k #22	ENSGT00940000156536.e.b.a	ENSGT00940000156251.a.k.b	ENSGT00940000155350.g.f	ENSGT00390000009497.b.c	ENSGT00940000156155.l	ENSGT00940000156648.c.b.a	ENSGT00390000015655.a.m.a.e	ENSGT00940000158415	ENSGT00530000063882.b.lb.b	ENSGT00940000171017.c	ENSGT00940000165563.b	ENSGT00390000004912.b
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000006454.l	ENSGT00940000158439.m.f	ENSGT00940000158882.c	ENSGT00950000182970.A.a.j	ENSGT00940000163671.a.a.b.d	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.a	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.c	ENSGT00940000158173.f.m	ENSGT00940000155739.yb.a.b	ENSGT00940000155313.g.b.f.b	ENSGT01060000248594.e.b.a.c	ENSGT00530000063860.b.c.d	ENSGT00530000064411.a.d	ENSGT00390000010063.ob.b	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a.k #22	ENSGT00940000156251.a.k.b	ENSGT00940000155350.g.f	ENSGT00390000009497.b.c	ENSGT00940000156536.e.b.a	ENSGT00940000156155.l	ENSGT00940000156648.c.b.a	ENSGT00390000015655.a.m.a.e	ENSGT00940000158415	ENSGT00530000063882.b.lb.b	ENSGT00940000171017.c	ENSGT00940000165563.b	ENSGT00940000167717	ENSGT00390000008610.a.b.a.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00950000183023.B.h.b.a
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000006454.l	ENSGT00940000158439.m.f	ENSGT00940000158882.c	ENSGT00950000182970.A.a.j	ENSGT00940000163671.a.a.b.d	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.a	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.c	ENSGT00940000158173.f.m	ENSGT00940000155739.yb.a.b	ENSGT00940000155313.g.b.f.b	ENSGT01060000248594.e.b.a.c	ENSGT00530000063860.b.c.d	ENSGT00530000064411.a.d	ENSGT00390000010063.ob.b	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a.k #22	ENSGT00940000156251.a.k.b	ENSGT00940000155350.g.f	ENSGT00390000009497.b.c	ENSGT00940000156536.e.b.a	ENSGT00940000156155.l	ENSGT00940000156648.c.b.a	ENSGT00390000015655.a.m.a.e	ENSGT00940000158415	ENSGT00530000063882.b.lb.b	ENSGT00940000171017.c	ENSGT00940000165563.b	ENSGT00390000004912.b.b	ENSGT00950000183061.a.b.a.a.c	ENSGT01050000244827.C.c.a.b.f	ENSGT00940000154934.B.gb.a
River trout	MODERN SPECIES	4	tbx4 (ENSSTUG00000046844)	brip1 (ENSSTUG00000046703)	ENSSTUG00000046507	arfip2b (ENSSTUG00000046421)	ENSSTUG00000046406	TRIM3 (ENSSTUG00000046322)	ENSSTUG00000045972	frem2b (ENSSTUG00000045470)	trpc4b (ENSSTUG00000045130)	ENSSTUG00000045098	postnb (ENSSTUG00000044797)	ENSSTUG00000044779	ENSSTUG00000044762	clns1a (ENSSTUG00000044753)	aqp11 (ENSSTUG00000044749)	pak1 (ENSSTUG00000044264) #22	myo7aa (ENSSTUG00000042836)	ompa (ENSSTUG00000042678)	CAPN5 (ENSSTUG00000042435)	dcun1d5 (ENSSTUG00000042348)	CUL5 (ENSSTUG00000042001)	SLC35F2 (ENSSTUG00000041945)	KBTBD3 (ENSSTUG00000041914)	ENSSTUG00000041905	ENSSTUG00000041888	ENSSTUG00000041871	polr2d (ENSSTUG00000041843)	ENSSTUG00000040028	mab21l1 (ENSSTUG00000039954)	NBEA (ENSSTUG00000035161)	dclk1b (ENSSTUG00000033362)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	28	prpf8 (ENSSSAG00000063849)	bcas3 (ENSSSAG00000053793)	ENSSSAG00000086327	tbx4 (ENSSSAG00000053630)	ENSSSAG00000051481	ENSSSAG00000051381	ENSSSAG00000088807	ENSSSAG00000047165	ENSSSAG00000046962	frem2b (ENSSSAG00000046296)	trpc4b (ENSSSAG00000044670)	postnb (ENSSSAG00000043962)	RSF1 (ENSSSAG00000043901)	ENSSSAG00000043850	aqp11 (ENSSSAG00000099004)	pak1 (ENSSSAG00000043512) #22	GDPD4 (ENSSSAG00000043424)	myo7aa (ENSSSAG00000041134)	ompa (ENSSSAG00000092292)	ENSSSAG00000039372	dcun1d5 (ENSSSAG00000039214)	ENSSSAG00000098691	kbtbd3 (ENSSSAG00000038039)	ENSSSAG00000116236	ENSSSAG00000075712	dus14 (ENSSSAG00000114256)	ENSSSAG00000075709	ENSSSAG00000074842	mab21l1 (ENSSSAG00000074770)	NBEA (ENSSSAG00000068625)	dclk1b (ENSSSAG00000066796)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000015210.t	ENSGT00390000006454.l	ENSGT00940000158439.m.f	ENSGT00940000158882.c	ENSGT00940000163671.a.a.b.d	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.a	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.c	ENSGT00940000158173.f.m	ENSGT00940000155739.yb.a.b	ENSGT00940000155313.g.b.f.b	ENSGT01060000248594.e.b.a.c	ENSGT00530000063860.b.c.d	ENSGT00530000064411.a.d	ENSGT00390000010063.ob.b	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a.k #22	ENSGT00940000156251.a.k.b	ENSGT00390000009497.b.c	ENSGT00940000156536.e.b.a	ENSGT00940000156155.l	ENSGT00940000156648.c.b.a	ENSGT00390000015655.a.m.a.e	ENSGT00940000158415	ENSGT00530000063882.b.lb.b	ENSGT00940000171017.c	ENSGT00940000165563.b	ENSGT00940000167717	ENSGT00390000008610.a.b.b.a.b.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00950000183023.B.h.b.a	ENSGT00950000183048.b.b.a.b.a.b.b.a
Rainbow trout	MODERN SPECIES	16	ENSOMYG00000048416	bcas3 (ENSOMYG00000021401)	ENSOMYG00000021258	tbx4 (ENSOMYG00000021245)	ENSOMYG00000021188	ENSOMYG00000021101	ENSOMYG00000021050	ENSOMYG00000020906	ENSOMYG00000060933	frem2b (ENSOMYG00000020588)	trpc4b (ENSOMYG00000020525)	postnb (ENSOMYG00000020373)	ENSOMYG00000020303	ENSOMYG00000020291	aqp11 (ENSOMYG00000020274)	pak1 (ENSOMYG00000020105) #22	GDPD4 (ENSOMYG00000048005)	ompa (ENSOMYG00000020059)	ENSOMYG00000020043	dcun1d5 (ENSOMYG00000020008)	ENSOMYG00000019949	ENSOMYG00000019922	ENSOMYG00000019911	ENSOMYG00000019903	ENSOMYG00000019900	ENSOMYG00000019895	ENSOMYG00000019890	ENSOMYG00000060110	ENSOMYG00000019793	ENSOMYG00000075222	ENSOMYG00000070965
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000006454.l	ENSGT00940000158439.m.f	ENSGT00940000158882.c	ENSGT00940000163671.a.a.b.d	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.a	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.c	ENSGT00940000158173.f.m	ENSGT00940000155739.yb.a.b	ENSGT00940000155313.g.b.f.b	ENSGT01060000248594.e.b.a.c	ENSGT00530000063860.b.c.d	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a.d	ENSGT00390000010063.ob.b	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a.k #22	ENSGT00940000156251.a.k.b	ENSGT00390000009497.b.c	ENSGT00940000156536.e.b.a	ENSGT00940000156155.l	ENSGT00940000156648.c.b.a	ENSGT00390000015655.a.m.a.e	ENSGT00940000158415	ENSGT00530000063882.b.lb.b	ENSGT00940000171017.c	ENSGT00940000165563.b	ENSGT00940000167717	ENSGT00390000008610.a.b.b.a.b.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00950000183023.B.h.b.a	ENSGT00950000183048.b.b.a.b.b.a.a
Coho salmon	MODERN SPECIES	9	TBX2 (ENSOKIG00005012824)	tbx4 (ENSOKIG00005012877)	ENSOKIG00005012955	ARFIP2 (ENSOKIG00005013577)	ENSOKIG00005013653	TRIM3 (ENSOKIG00005013768)	ENSOKIG00005014676	ENSOKIG00005014710	frem2b (ENSOKIG00005014800)	trpc4b (ENSOKIG00005015018)	postnb (ENSOKIG00005015318)	ENSOKIG00005018515	ENSOKIG00005018526	clns1a (ENSOKIG00005018540)	aqp11 (ENSOKIG00005018552)	pak1 (ENSOKIG00005018630) #22	GDPD4 (ENSOKIG00005019461)	CAPN5 (ENSOKIG00005019501)	ompa (ENSOKIG00005019750)	dcun1d5 (ENSOKIG00005019767)	CUL5 (ENSOKIG00005019842)	SLC35F2 (ENSOKIG00005020003)	KBTBD3 (ENSOKIG00005020046)	ENSOKIG00005020127	ENSOKIG00005031013	ENSOKIG00005031028	ENSOKIG00005031048	ENSOKIG00005031158	ENSOKIG00005031617	NBEA (ENSOKIG00005032089)	mab21l1 (ENSOKIG00005038234)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	5	tbx2b (ENSOTSG00005002498)	tbx4 (ENSOTSG00005002497)	ENSOTSG00005001928	ARFIP2 (ENSOTSG00005001769)	ENSOTSG00005001751	TRIM3 (ENSOTSG00005001748)	ENSOTSG00005001735	ENSOTSG00005001732	frem2b (ENSOTSG00005001728)	trpc4b (ENSOTSG00005001716)	postnb (ENSOTSG00005001703)	ENSOTSG00005001694	ENSOTSG00005001691	clns1a (ENSOTSG00005001690)	aqp11 (ENSOTSG00005001633)	pak1 (ENSOTSG00005038117) #22	GDPD4 (ENSOTSG00005038115)	ompa (ENSOTSG00005038113)	CAPN5 (ENSOTSG00005038107)	dcun1d5 (ENSOTSG00005037874)	CUL5 (ENSOTSG00005037860)	SLC35F2 (ENSOTSG00005037853)	KBTBD3 (ENSOTSG00005037852)	ENSOTSG00005037847	mab21l1 (ENSOTSG00005037844)	NBEA (ENSOTSG00005037362)	dclk1b (ENSOTSG00005035911)	spartb (ENSOTSG00005035893)	panx1a (ENSOTSG00005035890)	aamdc (ENSOTSG00005035887)	INTS4 (ENSOTSG00005035857)
Huchen	MODERN SPECIES	2616							ENSHHUG00000015569	frem2b (ENSHHUG00000015561)	ENSHHUG00000015361	postnb (ENSHHUG00000015281)	ENSHHUG00000015232	ENSHHUG00000015230	ENSHHUG00000015228	clns1a (ENSHHUG00000015169)	aqp11 (ENSHHUG00000015158)	pak1 (ENSHHUG00000015072) #22	ENSHHUG00000015051
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	323		ENSGT00390000006454.k.a	ENSGT00940000158439.m.e	ENSGT00940000158882.d	ENSGT00950000182970.A.a.i	ENSGT00940000163671.a.a.b.c	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.b	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.d	ENSGT00940000158173.f.n	ENSGT00940000155739.yb.a.a	ENSGT00940000155313.g.b.f.a	ENSGT01060000248594.e.b.a.d	ENSGT00530000063860.b.c.c	ENSGT00530000064411.a.c	ENSGT00390000010063.ob.a	ENSGT00950000182988.a.b.a.l #22	ENSGT00940000156251.a.k.a	ENSGT00940000155350.g.e	ENSGT00390000009497.b.d	ENSGT00940000156536.e.b.b	ENSGT00940000156155.k	ENSGT00940000156648.c.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.a.f	ENSGT00530000063882.b.lb.a	ENSGT00940000171017.d	ENSGT00390000004912.a.b	ENSGT00940000157403	ENSGT00950000183061.a.b.a.a.d	ENSGT00940000154934.A.db.b.a.b	ENSGT01050000244827.C.c.a.b.e	ENSGT00940000154934.B.gb.b
Huchen	MODERN SPECIES	796													ENSHHUG00000039460	RSF1 (ENSHHUG00000039443)	clns1a (ENSHHUG00000039429)	pak1 (ENSHHUG00000039374) #22	GDPD4 (ENSHHUG00000039357)	myo7aa (ENSHHUG00000038988)	ompa (ENSHHUG00000038979)	CAPN5 (ENSHHUG00000038906)	dcun1d5 (ENSHHUG00000038891)	CUL5 (ENSHHUG00000038696)	SLC35F2 (ENSHHUG00000038689)	ENSHHUG00000038683	ENSHHUG00000038667	ENSHHUG00000038662	polr2d (ENSHHUG00000038648)	ENSHHUG00000038604	ilkap (ENSHHUG00000038599)	ENSHHUG00000038404	ENSHHUG00000038403
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000006454.k.a	ENSGT00940000158439.m.e	ENSGT00940000158882.d	ENSGT00950000182970.A.a.i	ENSGT00940000163671.a.a.b.c	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.b	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.d	ENSGT00940000158173.f.n	ENSGT00940000155739.yb.a.a	ENSGT00940000155313.g.b.f.a	ENSGT01060000248594.e.b.a.d	ENSGT00530000063860.b.c.c	ENSGT00530000064411.a.c	ENSGT00390000010063.ob.a	ENSGT01010000228532	ENSGT00950000182988.a.b.a.l #22	ENSGT00940000156251.a.k.a	ENSGT00940000155350.g.e	ENSGT00390000009497.b.d	ENSGT00940000156536.e.b.b	ENSGT00940000156155.k	ENSGT00940000156648.c.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.a.f	ENSGT00530000063882.b.lb.a	ENSGT00940000171017.d	ENSGT00390000004912.b.a.a	ENSGT00940000157403	ENSGT00950000183061.a.b.a.a.d	ENSGT01050000244827.C.c.a.b.e	ENSGT00940000154934.B.gb.b	ENSGT00940000154956.sb.a.c
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000006454.k.a	ENSGT00940000158439.m.e	ENSGT00940000158882.d	ENSGT00950000182970.A.a.i	ENSGT00940000163671.a.a.b.c	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.b	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.d	ENSGT00940000158173.f.n	ENSGT00940000155739.yb.a.a	ENSGT00940000155313.g.b.f.a	ENSGT01060000248594.e.b.a.d	ENSGT00530000063860.b.c.c	ENSGT00530000064411.a.c	ENSGT00390000010063.ob.a	ENSGT01010000228532	ENSGT00950000182988.a.b.a.l #22	ENSGT00940000156251.a.k.a	ENSGT00940000155350.g.e	ENSGT00390000009497.b.d	ENSGT00940000156536.e.b.b	ENSGT00940000156155.k	ENSGT00940000156648.c.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.a.f	ENSGT00530000063882.b.lb.a	ENSGT00940000171017.d	ENSGT00390000004912.b.a.a	ENSGT00940000157403	ENSGT00950000183061.a.b.a.a.d	ENSGT01050000244827.C.c.a.b.e	ENSGT00940000154934.B.gb.b	ENSGT00940000154956.sb.a.c
River trout	MODERN SPECIES	18	bcas3 (ENSSTUG00000021635)	tbx2b (ENSSTUG00000021578)	tbx4 (ENSSTUG00000021548)	brip1 (ENSSTUG00000021508)	ENSSTUG00000021252	ARFIP2 (ENSSTUG00000021170)	ENSSTUG00000021160	TRIM3 (ENSSTUG00000020306)	ENSSTUG00000019783	frem2b (ENSSTUG00000019347)	trpc4b (ENSSTUG00000019246)	postnb (ENSSTUG00000018480)	ENSSTUG00000018427	clns1a (ENSSTUG00000018396)	ENSSTUG00000018391	pak1 (ENSSTUG00000018102) #22	GDPD4 (ENSSTUG00000018027)	myo7aa (ENSSTUG00000017100)	ompa (ENSSTUG00000017048)	CAPN5 (ENSSTUG00000016951)	dcun1d5 (ENSSTUG00000016896)	CUL5 (ENSSTUG00000016392)	SLC35F2 (ENSSTUG00000016359)	ENSSTUG00000016351	ENSSTUG00000016348	polr2d (ENSSTUG00000016330)	ilkap (ENSSTUG00000016314)	ENSSTUG00000014386	mab21l1 (ENSSTUG00000014276)	NBEA (ENSSTUG00000011067)	dclk1b (ENSSTUG00000008691)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	12	bcas3 (ENSSSAG00000051799)	tbx2b (ENSSSAG00000051709)	tbx4 (ENSSSAG00000051701)	brip1 (ENSSSAG00000051666)	ENSSSAG00000053291	ENSSSAG00000007914	ENSSSAG00000051355	ENSSSAG00000046769	ENSSSAG00000046194	ENSSSAG00000120815	frem2b (ENSSSAG00000081733)	trpc4b (ENSSSAG00000081732)	postnb (ENSSSAG00000081731)	RSF1 (ENSSSAG00000081730)	CLNS1A (ENSSSAG00000081729)	pak3 (ENSSSAG00000081727) #22	myo7aa (ENSSSAG00000081725)	ompa (ENSSSAG00000092569)	ENSSSAG00000081723	dcnl5 (ENSSSAG00000081722)	ENSSSAG00000117320	ENSSSAG00000121618	ENSSSAG00000081719	ENSSSAG00000081718	rpb4 (ENSSSAG00000081717)	ENSSSAG00000081716	ENSSSAG00000081711	mb211 (ENSSSAG00000071925)	NBEA (ENSSSAG00000081530)	dclk1b (ENSSSAG00000079468)	spartb (ENSSSAG00000078813)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000006454.k.b.b	ENSGT00940000158439.m.e	ENSGT00940000158882.d	ENSGT00950000182970.A.a.i	ENSGT00940000163671.a.a.b.c	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.b	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.d	ENSGT00940000158173.f.n	ENSGT00940000155739.yb.a.a	ENSGT00940000155313.g.b.f.a	ENSGT01060000248594.e.b.a.d	ENSGT00530000063860.b.c.c	ENSGT00530000064411.a.c	ENSGT00390000010063.ob.a	ENSGT01010000228532	ENSGT00950000182988.a.b.a.l #22	ENSGT00940000156251.a.k.a	ENSGT00940000155350.g.e	ENSGT00390000009497.b.d	ENSGT00940000156536.e.b.b	ENSGT00940000156155.k	ENSGT00940000156648.c.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.a.f	ENSGT00530000063882.b.lb.a	ENSGT00940000171017.d	ENSGT00390000004912.b.a.a	ENSGT00940000157403	ENSGT00950000183061.a.b.a.a.d	ENSGT01050000244827.C.c.a.b.e	ENSGT00940000154934.B.gb.b	ENSGT00940000154956.sb.a.c
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000006454.k.b.b	ENSGT00940000158439.m.e	ENSGT00940000158882.d	ENSGT00950000182970.A.a.i	ENSGT00940000163671.a.a.b.c	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.b	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.d	ENSGT00940000158173.f.n	ENSGT00940000155739.yb.a.a	ENSGT00940000155313.g.b.f.a	ENSGT01060000248594.e.b.a.d	ENSGT00530000063860.b.c.c	ENSGT00530000064411.a.c	ENSGT00390000010063.ob.a	ENSGT01010000228532	ENSGT00950000182988.a.b.a.l #22	ENSGT00940000156251.a.k.a	ENSGT00970000196611	ENSGT00940000156251.a.l	ENSGT00940000155350.g.e	ENSGT00390000009497.b.d	ENSGT00940000156536.e.b.b	ENSGT00940000156155.k	ENSGT00940000156648.c.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.a.f	ENSGT00530000063882.b.lb.a	ENSGT00940000171017.d	ENSGT00390000004912.b.a.a	ENSGT00940000157403	ENSGT00950000183061.a.b.a.a.d	ENSGT01050000244827.C.c.a.b.e
Coho salmon	MODERN SPECIES	6	bcas3 (ENSOKIG00005016095)	tbx2b (ENSOKIG00005016045)	tbx4 (ENSOKIG00005016004)	brip1 (ENSOKIG00005015939)	ENSOKIG00005015755	arfip2b (ENSOKIG00005015671)	ENSOKIG00005015633	TRIM3 (ENSOKIG00005015376)	ENSOKIG00005015048	frem2b (ENSOKIG00005014908)	trpc4b (ENSOKIG00005014754)	postnb (ENSOKIG00005012456)	RSF1 (ENSOKIG00005012300)	clns1a (ENSOKIG00005012237)	ENSOKIG00005012164	pak1 (ENSOKIG00005012098) #22	GDPD4 (ENSOKIG00005012044)	ENSOKIG00005011873	ompa (ENSOKIG00005011851)	CAPN5 (ENSOKIG00005011517)	dcun1d5 (ENSOKIG00005011439)	CUL5 (ENSOKIG00005011208)	SLC35F2 (ENSOKIG00005011190)	ENSOKIG00005011186	ENSOKIG00005011177	polr2d (ENSOKIG00005011158)	ilkap (ENSOKIG00005011123)	ENSOKIG00005009205	mab21l1 (ENSOKIG00005009108)	NBEA (ENSOKIG00005007425)	dclk1b (ENSOKIG00005005078)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	58	ENSOTSG00005038106	ENSOTSG00005038130	ENSOTSG00005038132	serinc2 (ENSOTSG00005038138)	ENSOTSG00005038203	edn2 (ENSOTSG00005038204)	ENSOTSG00005038205	OPRD1 (ENSOTSG00005038207)	tent5bb (ENSOTSG00005038208)	zdhhc18b (ENSOTSG00005038209)	ARID1A (ENSOTSG00005038216)	tbxta (ENSOTSG00005040796)	nudc (ENSOTSG00005040797)	NR0B2 (ENSOTSG00005040800)	ENSOTSG00005040802	ENSOTSG00005040805 #22	CAPN5 (ENSOTSG00005040808)	ompa (ENSOTSG00005040809)	dcun1d5 (ENSOTSG00005040810)	CUL5 (ENSOTSG00005040811)	SLC35F2 (ENSOTSG00005040814)	ENSOTSG00005040818	ENSOTSG00005040819	polr2d (ENSOTSG00005040820)	ilkap (ENSOTSG00005040822)	ENSOTSG00005040824	ENSOTSG00005043207
Rainbow trout	MODERN SPECIES	19	tbx2b (ENSOMYG00000043357)	tbx4 (ENSOMYG00000043351)	brip1 (ENSOMYG00000043306)	ENSOMYG00000043195	ENSOMYG00000043167	ENSOMYG00000043156	ENSOMYG00000043131	ENSOMYG00000043016	frem2b (ENSOMYG00000042935)	trpc4b (ENSOMYG00000042741)	ENSOMYG00000052940	postnb (ENSOMYG00000042724)	RSF1 (ENSOMYG00000042705)	clns1a (ENSOMYG00000042686)	ENSOMYG00000077858	pak1 (ENSOMYG00000042621) #22	ENSOMYG00000042604	GDPD4 (ENSOMYG00000042597)	myo7aa (ENSOMYG00000042547)	ompa (ENSOMYG00000042520)	ENSOMYG00000042516	dcun1d5 (ENSOMYG00000042502)	ENSOMYG00000068885	ENSOMYG00000042480	ENSOMYG00000042497	ENSOMYG00000042469	ENSOMYG00000042465	polr2d (ENSOMYG00000042459)	ENSOMYG00000042444	ENSOMYG00000042126	ENSOMYG00000077816
Northern pike	MODERN SPECIES		ENSELUG00000006918	ENSELUG00000006903	ENSELUG00000006887	ENSELUG00000033648	arfip2b (ENSELUG00000006852)	ENSELUG00000006816	TRIM3 (ENSELUG00000001183)	ENSELUG00000006742	frem2b (ENSELUG00000006617)	trpc4b (ENSELUG00000006559)	postnb (ENSELUG00000006518)	ENSELUG00000006456	ENSELUG00000006420	clns1a (ENSELUG00000006405)	aqp11 (ENSELUG00000006371)	pak1 (ENSELUG00000006340) #22	ENSELUG00000027264	GDPD4 (ENSELUG00000000200)	myo7aa (ENSELUG00000006190)	CAPN5 (ENSELUG00000006067)	ompa (ENSELUG00000006051)	dcun1d5 (ENSELUG00000006028)	CUL5 (ENSELUG00000005991)	SLC35F2 (ENSELUG00000000190)	KBTBD3 (ENSELUG00000005963)	ENSELUG00000005955	ENSELUG00000001203	ENSELUG00000000180	polr2d (ENSELUG00000034039)	ilkap (ENSELUG00000005893)	ENSELUG00000005854
Spotted gar	MODERN SPECIES	669	rab6a (ENSLOCG00000006205)	plekhb1 (ENSLOCG00000006222)	fam168a (ENSLOCG00000006237)	relt (ENSLOCG00000006269)	ARHGEF17 (ENSLOCG00000006306)	P2RY2 (ENSLOCG00000018217)	FCHSD2 (ENSLOCG00000006328)	ENSLOCG00000006376	ENSLOCG00000006405	KCTD14 (ENSLOCG00000006426)	INTS4 (ENSLOCG00000006446)	aamdc (ENSLOCG00000006465)	RSF1 (ENSLOCG00000006488)	clns1a (ENSLOCG00000006519)	aqp11 (ENSLOCG00000006538)	pak1 (ENSLOCG00000006555) #22	GDPD4 (ENSLOCG00000006596)	myo7aa (ENSLOCG00000006622)	CAPN5 (ENSLOCG00000006677)	ompa (ENSLOCG00000018219)	ENSLOCG00000006704	dcun1d5 (ENSLOCG00000006719)	cul5a (ENSLOCG00000006732)	ENSLOCG00000006748	slc35f2 (ENSLOCG00000006766)	elmod1 (ENSLOCG00000006784)	KBTBD3 (ENSLOCG00000006804)	ALKBH8 (ENSLOCG00000006833)	cwf19l2 (ENSLOCG00000006855)	ENSLOCG00000006889	aasdhppt (ENSLOCG00000006918)
Elephant shark	MODERN SPECIES	2732																ENSCMIG00000004263 #22
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	251									ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00980000201886	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820
Elephant shark	MODERN SPECIES	1487	abcb7 (ENSCMIG00000016268)	uprt (ENSCMIG00000016405)	zdhhc15b (ENSCMIG00000016410)	fgf16 (ENSCMIG00000016413)	atrx (ENSCMIG00000016470)	magt1 (ENSCMIG00000016588)	wnt11f2 (ENSCMIG00000016608)	ENSCMIG00000016612	GUCY2F (ENSCMIG00000016621)	nxt2 (ENSCMIG00000016626)	ENSCMIG00000016627	acsl4a (ENSCMIG00000016638)	TMEM164 (ENSCMIG00000016674)	ammecr1 (ENSCMIG00000016675)	CHRDL1 (ENSCMIG00000016680)	PAK3 (ENSCMIG00000016700) ##22	ENSCMIG00000016727	ENSCMIG00000016730	ENSCMIG00000016733	ENSCMIG00000016736	trpc5a (ENSCMIG00000016745)	ENSCMIG00000016758	pgk1 (ENSCMIG00000016786)	ENSCMIG00000016822	ENSCMIG00000016851	ZMYM3 (ENSCMIG00000016898)	ENSCMIG00000016994	ENSCMIG00000016995	gjb1a (ENSCMIG00000016998)	SERPINH1 (ENSCMIG00000017003)	igbp1 (ENSCMIG00000017004)
Euteleostomi	DUPLICATION
Euteleostomi	DUPLICATION
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Amniota	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Sauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Aves	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	48																ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22	ENSGT00390000001455	ENSGT00940000158463.j	ENSGT00390000018226	ENSGT00390000016654	ENSGT00970000193421.C.a	ENSGT00940000160535	ENSGT00940000160347	ENSGT00390000001500	ENSGT00940000156565	ENSGT00390000006867	ENSGT00390000000096.a	ENSGT00390000003488.a.b.b	ENSGT00940000158343	ENSGT00910000144204.a	ENSGT00390000006478
Zebra finch	DUPLICATION
Zebra finch	MODERN SPECIES	104	SNX2 (ENSTGUG00000001125)	PPIC (ENSTGUG00000001116)	SNX24 (ENSTGUG00000001121)	PRDM6 (ENSTGUG00000001115)	CEP120 (ENSTGUG00000001104)	CSNK1G3 (ENSTGUG00000001103)	ENSTGUG00000019870	ZNF608 (ENSTGUG00000001100)	RFESD (ENSTGUG00000001096)	RHOBTB3 (ENSTGUG00000001089)	ENSTGUG00000018427	ENSTGUG00000028875	PTAR1 (ENSTGUG00000026598)	APBA1 (ENSTGUG00000001066)	ENSTGUG00000021625	ENSTGUG00000001058 ##22	MCC (ENSTGUG00000001036)	DCP2 (ENSTGUG00000027852)	REEP5 (ENSTGUG00000001029)	SRP19 (ENSTGUG00000001019)	APC (ENSTGUG00000001015)	ENSTGUG00000025429	ENSTGUG00000001008	ENSTGUG00000021667	STARD4 (ENSTGUG00000001003)	CAMK4 (ENSTGUG00000000999)	WDR36 (ENSTGUG00000000989)	ENSTGUG00000029206	SLC25A46 (ENSTGUG00000024771)	MAN2A1 (ENSTGUG00000000974)	ENSTGUG00000000970
Zebra finch	MODERN SPECIES	104	SLC46A2 (ENSTGUG00000001238)	SNX30 (ENSTGUG00000001243)	ENSTGUG00000001233	ENSTGUG00000028335	ENSTGUG00000021882	ENSTGUG00000014992	RIOK2 (ENSTGUG00000001223)	ENSTGUG00000006787	CHD1 (ENSTGUG00000001185)	ENSTGUG00000022248	RGMB (ENSTGUG00000001184)	RASA1 (ENSTGUG00000001169)	CCNH (ENSTGUG00000001165)	ENSTGUG00000029541	ENSTGUG00000028878	ENSTGUG00000017537 ##22	LSM5 (ENSTGUG00000027997)	TMED7 (ENSTGUG00000023578)	CDO1 (ENSTGUG00000023603)	ATG12 (ENSTGUG00000028755)	AP3S1 (ENSTGUG00000024128)	ARL14EPL (ENSTGUG00000017544)	COMMD10 (ENSTGUG00000025033)	SEMA6A (ENSTGUG00000017547)	ENSTGUG00000023019	DTWD2 (ENSTGUG00000025374)	DMXL1 (ENSTGUG00000017551)	TNFAIP8 (ENSTGUG00000017552)	HSD17B4 (ENSTGUG00000001154)	PRR16 (ENSTGUG00000001152)	SRFBP1 (ENSTGUG00000021782)
Common canary	MODERN SPECIES	40																ENSSCAG00000005421 ##22	LSM5 (ENSSCAG00000005419)	ENSSCAG00000005417	CDO1 (ENSSCAG00000005413)	ATG12 (ENSSCAG00000005410)	AP3S1 (ENSSCAG00000005408)	LVRN (ENSSCAG00000005393)	ARL14EPL (ENSSCAG00000005386)	COMMD10 (ENSSCAG00000005381)	SEMA6A (ENSSCAG00000005315)	ENSSCAG00000005295	DTWD2 (ENSSCAG00000005293)	DMXL1 (ENSSCAG00000005285)	TNFAIP8 (ENSSCAG00000005279)	HSD17B4 (ENSSCAG00000005251)	PRR16 (ENSSCAG00000005241)
Flycatcher	MODERN SPECIES	394															ENSFALG00000027168	ENSFALG00000025674 ##22
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Midas cichlid	MODERN SPECIES	1000	pld1a (ENSACIG00000005920)	ghsra (ENSACIG00000005906)	fndc3ba (ENSACIG00000005860)	PPP2R3A (ENSACIG00000005818)	nceh1a (ENSACIG00000005710)	tnfsf10 (ENSACIG00000005683)	msl2b (ENSACIG00000005663)	pccb (ENSACIG00000005624)	STAG1 (ENSACIG00000005560)	ENSACIG00000005530	ENSACIG00000005488	ATR (ENSACIG00000005292)	pls1 (ENSACIG00000005238)	gyg1a (ENSACIG00000005221)	HLTF (ENSACIG00000005072)	ENSACIG00000005056 ##22	pak2a (ENSACIG00000005026) ##22	ENSACIG00000005019	ENSACIG00000005008
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.a ##22
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	872															HLTF (ENSKMAG00000004022)	ENSKMAG00000003997 ##22
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b ##22
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b ##22
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b ##22
Amniota	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b ##22
Sauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b ##22
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b ##22
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b ##22
Aves	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b ##22
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b ##22
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b ##22
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b ##22
Passeriformes_d	DUPLICATION
Passeriformes_d	DUPLICATION
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b.a.a ##22
Flycatcher	MODERN SPECIES	301													ENSFALG00000024996	ENSFALG00000024932	ENSFALG00000006042	ENSFALG00000006026 ##22	ENSFALG00000026280	ENSFALG00000025736	ENSFALG00000029053	ENSFALG00000023094	ENSFALG00000027560
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b.a.a ##22
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b.a.a ##22
Zebra finch	MODERN SPECIES	84														ENSTGUG00000028607	ENSTGUG00000019633	ENSTGUG00000014676 ##22	ENSTGUG00000025571
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b.a.b ##22
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b.a.b ##22
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b.a.b ##22
Zebra finch	DUPLICATION
Zebra finch	DUPLICATION
Zebra finch	MODERN SPECIES	104	HOOK3 (ENSTGUG00000000245)	KCMF1 (ENSTGUG00000000265)	FNTA (ENSTGUG00000000273)	FUT10 (ENSTGUG00000000279)	NRG1 (ENSTGUG00000000280)	LPL (ENSTGUG00000000287)	PSD3 (ENSTGUG00000027052)	ENSTGUG00000025719	ABCA1 (ENSTGUG00000000310)	SLC44A1 (ENSTGUG00000000337)	SLC27A6 (ENSTGUG00000000343)	ISOC1 (ENSTGUG00000000362)	ADAMTS19 (ENSTGUG00000000365)	MINAR2 (ENSTGUG00000018154)	CHSY3 (ENSTGUG00000000380)	ENSTGUG00000022476 ##22	ENSTGUG00000003740	ENSTGUG00000000383 ##22	ENSTGUG00000022392	ENSTGUG00000024134	ENSTGUG00000015973	ENSTGUG00000024994	ENSTGUG00000027865	ENSTGUG00000020737	TXNL1 (ENSTGUG00000017510)	WDR7 (ENSTGUG00000017505)	ST8SIA3 (ENSTGUG00000019606)	ONECUT2 (ENSTGUG00000029312)	FECH (ENSTGUG00000025498)	NARS1 (ENSTGUG00000017495)	ATP8B1 (ENSTGUG00000017491)
Zebra finch	MODERN SPECIES	104	ENSTGUG00000021698	S1PR3 (ENSTGUG00000028341)	SHC3 (ENSTGUG00000000448)	CKS2 (ENSTGUG00000000446)	SECISBP2 (ENSTGUG00000000440)	SEMA4D (ENSTGUG00000000434)	GADD45G (ENSTGUG00000020252)	DIRAS2 (ENSTGUG00000028424)	SYK (ENSTGUG00000000422)	AUH (ENSTGUG00000000418)	NFIL3 (ENSTGUG00000000417)	ROR2 (ENSTGUG00000000414)	SPTLC1 (ENSTGUG00000000401)	CDC42SE2 (ENSTGUG00000023089)	LYRM7 (ENSTGUG00000000399)	ENSTGUG00000027820 ##22	ENSTGUG00000028494	LNPEP (ENSTGUG00000000082)	SHB (ENSTGUG00000025449)	RNF38 (ENSTGUG00000000096)	TRIM14 (ENSTGUG00000000103)	NANS (ENSTGUG00000000113)	ENSTGUG00000020156	ENSTGUG00000027284	CLTA (ENSTGUG00000000114)	GNE (ENSTGUG00000000120)	CPLX1 (ENSTGUG00000028850)	ENSTGUG00000019289	PCGF3 (ENSTGUG00000000132)	SLC49A3 (ENSTGUG00000000133)	ENSTGUG00000000135
Zebra finch	MODERN SPECIES	104	ENSTGUG00000020786	NEDD4L (ENSTGUG00000017490)	ATP8B1 (ENSTGUG00000017491)	NARS1 (ENSTGUG00000017495)	FECH (ENSTGUG00000025498)	ONECUT2 (ENSTGUG00000029312)	ST8SIA3 (ENSTGUG00000019606)	WDR7 (ENSTGUG00000017505)	TXNL1 (ENSTGUG00000017510)	ENSTGUG00000020737	ENSTGUG00000027865	ENSTGUG00000024994	ENSTGUG00000015973	ENSTGUG00000024134	ENSTGUG00000022392	ENSTGUG00000000383 ##22	ENSTGUG00000003740	ENSTGUG00000022476 ##22	CHSY3 (ENSTGUG00000000380)	MINAR2 (ENSTGUG00000018154)	ADAMTS19 (ENSTGUG00000000365)	ISOC1 (ENSTGUG00000000362)	SLC27A6 (ENSTGUG00000000343)	SLC44A1 (ENSTGUG00000000337)	ABCA1 (ENSTGUG00000000310)	ENSTGUG00000025719	PSD3 (ENSTGUG00000027052)	LPL (ENSTGUG00000000287)	NRG1 (ENSTGUG00000000280)	FUT10 (ENSTGUG00000000279)	FNTA (ENSTGUG00000000273)
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b.b ##22
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b.b ##22
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.a.b.b ##22
Zebra finch	DUPLICATION
Zebra finch	MODERN SPECIES	104	TOPORS (ENSTGUG00000001314)	GRAMD2B (ENSTGUG00000001316)	ALDH7A1 (ENSTGUG00000001320)	ENSTGUG00000021693	FEM1C (ENSTGUG00000025986)	CCDC112 (ENSTGUG00000001336)	PGGT1B (ENSTGUG00000029509)	TRIM36 (ENSTGUG00000001340)	KCNN2 (ENSTGUG00000001344)	ENSTGUG00000003755	ELAVL2 (ENSTGUG00000001349)	ENSTGUG00000024566	CAAP1 (ENSTGUG00000001360)	TEK (ENSTGUG00000001382)	ENSTGUG00000021792	ENSTGUG00000001397 ##22	C9orf72 (ENSTGUG00000001401)	LINGO2 (ENSTGUG00000001404)	ENSTGUG00000023448	ENSTGUG00000001408	TBC1D2 (ENSTGUG00000001416)	ELP1 (ENSTGUG00000001421)	APTX (ENSTGUG00000001441)	DNAJA1 (ENSTGUG00000001446)	SMU1 (ENSTGUG00000001458)	B4GALT1 (ENSTGUG00000023510)	SPINK4 (ENSTGUG00000001467)	XPA (ENSTGUG00000001469)	NCBP1 (ENSTGUG00000001472)	TSTD2 (ENSTGUG00000001482)	TMOD1 (ENSTGUG00000001486)
Zebra finch	MODERN SPECIES	104	NR2F1 (ENSTGUG00000027507)	ENSTGUG00000028273	ARRDC3 (ENSTGUG00000000705)	ADGRV1 (ENSTGUG00000000694)	LYSMD3 (ENSTGUG00000024098)	ENSTGUG00000024571	MBLAC2 (ENSTGUG00000021825)	CETN3 (ENSTGUG00000000683)	ENSTGUG00000027756	ENSTGUG00000025281	MEF2C (ENSTGUG00000023398)	ENSTGUG00000025596	TMEM161B (ENSTGUG00000000669)	ENSTGUG00000021942	ENSTGUG00000028249	ENSTGUG00000006415 ##22	PCSK1 (ENSTGUG00000006229)	ENSTGUG00000006246	CDC25B (ENSTGUG00000006284)	ENSTGUG00000006307	FKTN (ENSTGUG00000006322)	TAL2 (ENSTGUG00000028281)	TMEM38B (ENSTGUG00000027549)	ENSTGUG00000020764	ZNF462 (ENSTGUG00000006352)	RAD23B (ENSTGUG00000006372)	KLF4 (ENSTGUG00000006403)	ENSTGUG00000026787	PHAX (ENSTGUG00000006427)	LMNB1 (ENSTGUG00000006435)	MARCHF3 (ENSTGUG00000006489)
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	20									ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00980000201886	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00510000047493	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00730000110943.C	ENSGT00940000160658	ENSGT00390000012807	ENSGT00940000158330
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000000917	ENSGT00980000198897	ENSGT00940000161024	ENSGT00940000157234	ENSGT00940000157678	ENSGT00940000161407	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000160658	ENSGT00390000012807	ENSGT00940000158330	ENSGT00730000111263	ENSGT00390000016972	ENSGT00390000003006	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000159688	ENSGT01050000244888.b.a.c.a
Coelacanth	MODERN SPECIES	1163														TMEM164 (ENSLACG00000012703)	CHRDL1 (ENSLACG00000010263)	PAK3 (ENSLACG00000007498) ##22	CAPN6 (ENSLACG00000006651)	ENSLACG00000003025	ENSLACG00000001097
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	20			ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00390000010549	ENSGT00940000160476	ENSGT00940000158852	ENSGT00940000161799	ENSGT00940000160115	ENSGT00390000008714.b	ENSGT00940000162624
Anura	ANCESTRAL SPECIES	188								ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055
Frog	MODERN SPECIES	8	gab3 (ENSXETG00000001527)	picalml (ENSXETG00000001528)	rab39b (ENSXETG00000032443)	ENSXETG00000001531	col4a6 (ENSXETG00000001547)	col4a5 (ENSXETG00000001565)	atxn2l (ENSXETG00000001566)	gucy2f (ENSXETG00000001567)	ENSXETG00000042252	ENSXETG00000045400	acsl4 (ENSXETG00000012429)	ENSXETG00000047166	tmem164 (ENSXETG00000012428)	ammecr1 (ENSXETG00000035215)	chrdl1 (ENSXETG00000012426)	pak3 (ENSXETG00000012421) ##22	capn6 (ENSXETG00000012420)	dcx (ENSXETG00000012418)	ENSXETG00000035419	alg13 (ENSXETG00000030653)	trpc5 (ENSXETG00000012403)	lhfpl1 (ENSXETG00000038373)	amot (ENSXETG00000012859)	atg4a (ENSXETG00000012854)	psmd10 (ENSXETG00000012853)	vsig1 (ENSXETG00000012851)	apln (ENSXETG00000048353)	ocrl (ENSXETG00000038121)	tnmd (ENSXETG00000033578)	ENSXETG00000049167	ENSXETG00000042401
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	12	STARD8 (ENSLLEG00000024491)	YIPF6 (ENSLLEG00000024372)	NXT2 (ENSLLEG00000024350)	ENSLLEG00000024340	KCNE5 (ENSLLEG00000024327)	ACSL4 (ENSLLEG00000023889)	ENSLLEG00000023835	ENSLLEG00000023805	ENSLLEG00000023788	ENSLLEG00000023771	ENSLLEG00000023759	TMEM164 (ENSLLEG00000023713)	AMMECR1 (ENSLLEG00000023627)	CHRDL1 (ENSLLEG00000023476)	ENSLLEG00000023408	PAK3 (ENSLLEG00000022806) ##22	CAPN6 (ENSLLEG00000022636)	TSSK2 (ENSLLEG00000022584)	DCX (ENSLLEG00000022490)	SERTM2 (ENSLLEG00000022469)	ENSLLEG00000022401	ALG13 (ENSLLEG00000021735)	ENSLLEG00000021669	ENSLLEG00000021645	ENSLLEG00000021520	ENSLLEG00000021241	ENSLLEG00000021195	ENSLLEG00000021075	ENSLLEG00000020955	ENSLLEG00000020929	ENSLLEG00000020894
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000165066	ENSGT01100000265326	ENSGT00940000164076.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000163576	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087	ENSGT00940000158214
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000165066	ENSGT01100000265326	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087	ENSGT00940000158214	ENSGT01020000230412.D
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087	ENSGT00940000158214	ENSGT01020000230412.D
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087	ENSGT00940000158214	ENSGT01020000230412.D
Aves	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087	ENSGT00940000158214	ENSGT01020000230412.D
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087	ENSGT00940000158214	ENSGT01020000230412.D
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000158132	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000165066	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087	ENSGT00940000158214	ENSGT01020000230412.D
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000155360.B	ENSGT00940000156564	ENSGT00940000155401	ENSGT00390000006347.b	ENSGT00390000000917	ENSGT00940000161024	ENSGT00940000157234	ENSGT00940000157678	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087	ENSGT00940000158214	ENSGT01020000230412.D
Duck	MODERN SPECIES	1	LAMP2 (ENSAPLG00000009185)	ZBTB33 (ENSAPLG00000001681)	ENSAPLG00000025840	COL4A6 (ENSAPLG00000013356)	ENSAPLG00000027232	ENSAPLG00000012868	IRS4 (ENSAPLG00000001321)	NXT2 (ENSAPLG00000023390)	KCNE5 (ENSAPLG00000012393)	ACSL4 (ENSAPLG00000012394)	TMEM164 (ENSAPLG00000012154)	ENSAPLG00000027908	AMMECR1 (ENSAPLG00000011562)	ENSAPLG00000027211	CHRDL1 (ENSAPLG00000011574)	PAK3 (ENSAPLG00000010969) ##22	CAPN6 (ENSAPLG00000010358)	DCX (ENSAPLG00000010331)	ENSAPLG00000010209	ALG13 (ENSAPLG00000009945)	TRPC5 (ENSAPLG00000009198)	AMOT (ENSAPLG00000008840)	ENSAPLG00000008369	ATP7A (ENSAPLG00000007317)	ENSAPLG00000007286	MAGT1 (ENSAPLG00000007136)	ATRX (ENSAPLG00000006382)	FGF16 (ENSAPLG00000006381)	ZDHHC15 (ENSAPLG00000008698)	UPRT (ENSAPLG00000008794)	ABCB7 (ENSAPLG00000008805)
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	96	VBP1 (ENSABRG00000015050)	RAB39B (ENSABRG00000015057)	ENSABRG00000015060	ENSABRG00000015068	ATG4A (ENSABRG00000015074)	PSMD10 (ENSABRG00000015141)	COL4A6 (ENSABRG00000015160)	ENSABRG00000015232	IRS4 (ENSABRG00000015239)	NXT2 (ENSABRG00000015252)	KCNE5 (ENSABRG00000015256)	ACSL4 (ENSABRG00000015265)	TMEM164 (ENSABRG00000015382)	AMMECR1 (ENSABRG00000015387)	CHRDL1 (ENSABRG00000015452)	PAK3 (ENSABRG00000015488) ##22	CAPN6 (ENSABRG00000015536)	DCX (ENSABRG00000015645)	SERTM2 (ENSABRG00000015647)	ENSABRG00000015649	ENSABRG00000015651	TRPC5 (ENSABRG00000015656)	AMOT (ENSABRG00000015679)	ENSABRG00000015710	ATP7A (ENSABRG00000015930)	ENSABRG00000017303	MAGT1 (ENSABRG00000017311)	ATRX (ENSABRG00000017452)	FGF16 (ENSABRG00000018701)	ZDHHC15 (ENSABRG00000018723)	UPRT (ENSABRG00000018731)
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132.d	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087	ENSGT00940000158214	ENSGT01020000230412.D	ENSGT00940000156281
Japanese quail	MODERN SPECIES	22	VBP1 (ENSCJPG00005017231)	RAB39B (ENSCJPG00005017230)	ENSCJPG00005017229	VSIG1 (ENSCJPG00005017228)	PSMD10 (ENSCJPG00005017227)	ATG4A (ENSCJPG00005017226)	COL4A6 (ENSCJPG00005017225)	ENSCJPG00005017223	IRS4 (ENSCJPG00005017222)	NXT2 (ENSCJPG00005017221)	KCNE5 (ENSCJPG00005017220)	ACSL4 (ENSCJPG00005017219)	TMEM164 (ENSCJPG00005017218)	AMMECR1 (ENSCJPG00005017217)	CHRDL1 (ENSCJPG00005017216)	PAK3 (ENSCJPG00005017215) ##22	CAPN6 (ENSCJPG00005017214)	DCX (ENSCJPG00005017213)	ENSCJPG00005017212	ENSCJPG00005017211	ENSCJPG00005017210	TRPC5 (ENSCJPG00005017077)	AMOT (ENSCJPG00005017067)	ENSCJPG00005017066	ATP7A (ENSCJPG00005017063)	ENSCJPG00005017062	MAGT1 (ENSCJPG00005017059)	ATRX (ENSCJPG00005017052)	FGF16 (ENSCJPG00005017046)	ZDHHC15 (ENSCJPG00005017038)	UPRT (ENSCJPG00005017037)
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132.d	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087	ENSGT00940000158214	ENSGT01020000230412.D	ENSGT00940000156281
Chicken	MODERN SPECIES	33	ENSGALG00010015867	RAB39B (ENSGALG00010015832)	ENSGALG00010015827	VSIG1 (ENSGALG00010015815)	PSMD10 (ENSGALG00010015795)	ATG4A (ENSGALG00010015782)	COL4A6 (ENSGALG00010015733)	COL4A5 (ENSGALG00010015632)	IRS4 (ENSGALG00010015557)	NXT2 (ENSGALG00010015532)	KCNE5 (ENSGALG00010015920)	ACSL4 (ENSGALG00010015540)	TMEM164 (ENSGALG00010016466)	AMMECR1 (ENSGALG00010015507)	CHRDL1 (ENSGALG00010015494)	PAK3 (ENSGALG00010015443) ##22	CAPN6 (ENSGALG00010015416)	DCX (ENSGALG00010015393)	ENSGALG00010015356	ALG13 (ENSGALG00010015285)	TRPC5 (ENSGALG00010013917)	AMOT (ENSGALG00010013897)	PGK2 (ENSGALG00010013767)	ATP7A (ENSGALG00010013678)	COX7B (ENSGALG00010013666)	MAGT1 (ENSGALG00010013657)	ATRX (ENSGALG00010013614)	FGF16 (ENSGALG00010013552)	ZDHHC15 (ENSGALG00010013524)	UPRT (ENSGALG00010013488)	ABCB7 (ENSGALG00010013464)
Turkey	MODERN SPECIES	29	ENSMGAG00000006902	ENSMGAG00000015819	VSIG1 (ENSMGAG00000006860)	PSMD10 (ENSMGAG00000006855)	ENSMGAG00000006877	ATG4A (ENSMGAG00000006815)	ENSMGAG00000019698	COL4A6 (ENSMGAG00000006631)	ENSMGAG00000021353	IRS4 (ENSMGAG00000006610)	NXT2 (ENSMGAG00000021175)	ACSL4 (ENSMGAG00000006550)	TMEM164 (ENSMGAG00000006530)	AMMECR1 (ENSMGAG00000006524)	CHRDL1 (ENSMGAG00000006501)	PAK3 (ENSMGAG00000006412) ##22	CAPN6 (ENSMGAG00000006471)	SERTM2 (ENSMGAG00000022673)	DCX (ENSMGAG00000006394)	ENSMGAG00000019973	ENSMGAG00000006341	TRPC5 (ENSMGAG00000006272)	AMOT (ENSMGAG00000006242)	ENSMGAG00000006196	ATP7A (ENSMGAG00000006144)	ENSMGAG00000018414	MAGT1 (ENSMGAG00000006121)	ATRX (ENSMGAG00000006058)	FGF16 (ENSMGAG00000006051)	ZDHHC15 (ENSMGAG00000006029)	UPRT (ENSMGAG00000006019)
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087	ENSGT00940000158214	ENSGT01020000230412.D
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00950000183068.a.a	ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22
Great tit	MODERN SPECIES	277																PAK3 (ENSPMJG00000000865) ##22
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00950000183068.a.a	ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22
Flycatcher	MODERN SPECIES	309																ENSFALG00000001141 ##22
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a.u	ENSGT00940000153991.a.a.t	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000158347	ENSGT00940000159451	ENSGT00940000164304	ENSGT00390000017980	ENSGT00940000160515	ENSGT00940000153299.d	ENSGT00940000154344.a	ENSGT00940000153669.b	ENSGT00940000157029	ENSGT00730000111366	ENSGT00390000012182	ENSGT00940000158388	ENSGT00940000156803	ENSGT00950000182974.a.a.a.a	ENSGT00950000183189.a.b.b
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a.u	ENSGT00940000153991.a.a.t	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000158347	ENSGT00940000159451	ENSGT00940000164304	ENSGT00390000017980	ENSGT00940000160515	ENSGT00940000153299.d	ENSGT00940000154344.a	ENSGT00940000153669.b	ENSGT00940000157029	ENSGT00730000111366	ENSGT00390000012182	ENSGT00940000158388	ENSGT00940000156803	ENSGT00950000182974.a.a.a.a	ENSGT00950000183189.a.b.b
Zebra finch	MODERN SPECIES	26	GAB3 (ENSTGUG00000003950)	ENSTGUG00000003960	VBP1 (ENSTGUG00000004011)	RAB39B (ENSTGUG00000019747)	ENSTGUG00000022993	VSIG1 (ENSTGUG00000004066)	PSMD10 (ENSTGUG00000029282)	ATG4A (ENSTGUG00000004088)	COL4A6 (ENSTGUG00000004100)	COL4A5 (ENSTGUG00000004144)	IRS4 (ENSTGUG00000022416)	NXT2 (ENSTGUG00000023121)	ACSL4 (ENSTGUG00000004291)	TMEM164 (ENSTGUG00000019246)	AMMECR1 (ENSTGUG00000004360)	ENSTGUG00000004384 ##22	CHRDL1 (ENSTGUG00000004370)	RNF128 (ENSTGUG00000004446)	TBC1D8B (ENSTGUG00000004500)	ENSTGUG00000004465	GPR50 (ENSTGUG00000004565)	HMGB3 (ENSTGUG00000022829)	CD99L2 (ENSTGUG00000019800)	MTMR1 (ENSTGUG00000004586)	MTM1 (ENSTGUG00000004636)	MAMLD1 (ENSTGUG00000004663)	TMEM185A (ENSTGUG00000004667)	ENSTGUG00000004664	IDS (ENSTGUG00000004678)	AFF2 (ENSTGUG00000004690)	FMR1 (ENSTGUG00000004735)
Common canary	MODERN SPECIES	13	VBP1 (ENSSCAG00000016737)	RAB39B (ENSSCAG00000016736)	ENSSCAG00000016734	VSIG1 (ENSSCAG00000016733)	PSMD10 (ENSSCAG00000016730)	ATG4A (ENSSCAG00000016726)	ENSSCAG00000016721	COL4A6 (ENSSCAG00000016714)	ENSSCAG00000016704	ENSSCAG00000016701	NXT2 (ENSSCAG00000016697)	ACSL4 (ENSSCAG00000016689)	TMEM164 (ENSSCAG00000016680)	AMMECR1 (ENSSCAG00000016676)	CHRDL1 (ENSSCAG00000016663)	PAK3 (ENSSCAG00000016644) ##22	RNF128 (ENSSCAG00000016633)	TBC1D8B (ENSSCAG00000016629)	ENSSCAG00000016626	VMA21 (ENSSCAG00000016624)	ENSSCAG00000016620	HMGB3 (ENSSCAG00000016615)	ENSSCAG00000016612	CD99L2 (ENSSCAG00000016606)	MTMR1 (ENSSCAG00000016596)	MTM1 (ENSSCAG00000016583)	MAMLD1 (ENSSCAG00000016574)	ENSSCAG00000016569	TMEM185A (ENSSCAG00000016568)	IDS (ENSSCAG00000016567)	AFF2 (ENSSCAG00000016564)
Medium ground finch	MODERN SPECIES	17	VBP1 (ENSGFOG00000014488)	RAB39B (ENSGFOG00000014490)	ENSGFOG00000014493	VSIG1 (ENSGFOG00000014497)	ENSGFOG00000014499	ATG4A (ENSGFOG00000014504)	ENSGFOG00000014512	ENSGFOG00000014527	COL4A5 (ENSGFOG00000014530)	ENSGFOG00000014550	NXT2 (ENSGFOG00000014551)	ACSL4 (ENSGFOG00000014553)	TMEM164 (ENSGFOG00000014560)	AMMECR1 (ENSGFOG00000014563)	CHRDL1 (ENSGFOG00000014565)	PAK3 (ENSGFOG00000014570) ##22	RNF128 (ENSGFOG00000014578)	TBC1D8B (ENSGFOG00000014590)	VMA21 (ENSGFOG00000014598)	ENSGFOG00000014600	HMGB3 (ENSGFOG00000014601)	CD99L2 (ENSGFOG00000014604)	MTMR1 (ENSGFOG00000014608)	MTM1 (ENSGFOG00000014612)	MAMLD1 (ENSGFOG00000014615)	ENSGFOG00000014616	TMEM185A (ENSGFOG00000014619)	IDS (ENSGFOG00000014621)	AFF2 (ENSGFOG00000014623)	FMR1 (ENSGFOG00000014634)	TSSK1B (ENSGFOG00000014639)
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01060000249379	ENSGT00940000155401	ENSGT00390000006347.b	ENSGT00390000000917	ENSGT00940000161024	ENSGT00960000190125	ENSGT00940000157234	ENSGT00940000157678	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087	ENSGT00940000158214	ENSGT01020000230412.D	ENSGT00940000156281
Kakapo	MODERN SPECIES	1	RPS6KA6 (ENSSHBG00005000605)	HDX (ENSSHBG00005000581)	ENSSHBG00005000577	ENSSHBG00005008338	ENSSHBG00005008326	APOOL (ENSSHBG00005008299)	ENSSHBG00005008284	IRS4 (ENSSHBG00005008280)	NXT2 (ENSSHBG00005008272)	KCNE5 (ENSSHBG00005008265)	ACSL4 (ENSSHBG00005008251)	TMEM164 (ENSSHBG00005008242)	ENSSHBG00005008226	AMMECR1 (ENSSHBG00005008220)	CHRDL1 (ENSSHBG00005008206)	PAK3 (ENSSHBG00005008192) ##22	CAPN6 (ENSSHBG00005008180)	DCX (ENSSHBG00005008164)	ENSSHBG00005008154	ENSSHBG00005008138	TRPC5 (ENSSHBG00005008121)	AMOT (ENSSHBG00005008093)	ENSSHBG00005008075	ATP7A (ENSSHBG00005008054)	ENSSHBG00005008041	MAGT1 (ENSSHBG00005008029)	ENSSHBG00005008014	ATRX (ENSSHBG00005007940)	FGF16 (ENSSHBG00005007918)	ZDHHC15 (ENSSHBG00005007910)	ENSSHBG00005007881
Golden eagle	MODERN SPECIES	13	RAB39B (ENSACCG00020010745)	ENSACCG00020010756	VSIG1 (ENSACCG00020010778)	PSMD10 (ENSACCG00020010788)	ATG4A (ENSACCG00020010795)	ENSACCG00020010814	ENSACCG00020010840	ENSACCG00020010890	IRS4 (ENSACCG00020010943)	NXT2 (ENSACCG00020010962)	KCNE5 (ENSACCG00020010970)	ACSL4 (ENSACCG00020010991)	TMEM164 (ENSACCG00020011009)	AMMECR1 (ENSACCG00020011017)	CHRDL1 (ENSACCG00020011029)	PAK3 (ENSACCG00020011051) ##22	CAPN6 (ENSACCG00020011072)	DCX (ENSACCG00020011080)	ENSACCG00020011093	ENSACCG00020011100	TRPC5 (ENSACCG00020011116)	AMOT (ENSACCG00020011130)	ENSACCG00020011143	ATP7A (ENSACCG00020011159)	ENSACCG00020011168	MAGT1 (ENSACCG00020011175)	ATRX (ENSACCG00020011203)	FGF16 (ENSACCG00020011237)	ZDHHC15 (ENSACCG00020011257)	ENSACCG00020011265	ABCB7 (ENSACCG00020011289)
African ostrich	MODERN SPECIES	993	ENSSCUG00000018561	VBP1 (ENSSCUG00000018559)	RAB39B (ENSSCUG00000018558)	ENSSCUG00000018556	VSIG1 (ENSSCUG00000018555)	PSMD10 (ENSSCUG00000018553)	ATG4A (ENSSCUG00000018549)	COL4A6 (ENSSCUG00000018546)	ENSSCUG00000018542	IRS4 (ENSSCUG00000018541)	NXT2 (ENSSCUG00000018537)	ACSL4 (ENSSCUG00000018536)	TMEM164 (ENSSCUG00000018534)	AMMECR1 (ENSSCUG00000018533)	CHRDL1 (ENSSCUG00000018531)	PAK3 (ENSSCUG00000018529) ##22	CAPN6 (ENSSCUG00000018528)	DCX (ENSSCUG00000018527)	SERTM2 (ENSSCUG00000018525)	ENSSCUG00000018523	ALG13 (ENSSCUG00000018522)	TRPC5 (ENSSCUG00000018521)	AMOT (ENSSCUG00000018520)	ENSSCUG00000018517	ATP7A (ENSSCUG00000018516)	ENSSCUG00000018514	MAGT1 (ENSSCUG00000018513)	ATRX (ENSSCUG00000018505)	ZDHHC15 (ENSSCUG00000018496)	UPRT (ENSSCUG00000018494)	ABCB7 (ENSSCUG00000018489)
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	43	ENSCPRG00005008967	VBP1 (ENSCPRG00005008958)	RAB39B (ENSCPRG00005008955)	ENSCPRG00005008948	VSIG1 (ENSCPRG00005008942)	PSMD10 (ENSCPRG00005008938)	ATG4A (ENSCPRG00005008917)	COL4A6 (ENSCPRG00005008886)	COL4A5 (ENSCPRG00005008831)	IRS4 (ENSCPRG00005008825)	NXT2 (ENSCPRG00005008815)	ACSL4 (ENSCPRG00005008800)	TMEM164 (ENSCPRG00005008793)	AMMECR1 (ENSCPRG00005008755)	CHRDL1 (ENSCPRG00005008735)	PAK3 (ENSCPRG00005008732) ##22	CAPN6 (ENSCPRG00005008726)	DCX (ENSCPRG00005008722)	ALG13 (ENSCPRG00005008719)	TRPC5 (ENSCPRG00005008717)	LHFPL1 (ENSCPRG00005008711)	AMOT (ENSCPRG00005008699)	ENSCPRG00005008691	ATP7A (ENSCPRG00005008678)	ENSCPRG00005008677	MAGT1 (ENSCPRG00005008675)	ATRX (ENSCPRG00005007627)	FGF16 (ENSCPRG00005007537)	ENSCPRG00005007516	ZDHHC15 (ENSCPRG00005007506)	UPRT (ENSCPRG00005007489)
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087	ENSGT00940000158214
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087	ENSGT00940000158214	ENSGT01020000230412.D
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087	ENSGT00940000158214	ENSGT01020000230412.D
painted turtle	MODERN SPECIES	732	VBP1 (ENSCPBG00000001068)	RAB39B (ENSCPBG00000001057)	ENSCPBG00000001042	VSIG1 (ENSCPBG00000001010)	PSMD10 (ENSCPBG00000000915)	ATG4A (ENSCPBG00000000890)	COL4A6 (ENSCPBG00000000836)	ENSCPBG00000000696	IRS4 (ENSCPBG00000000674)	NXT2 (ENSCPBG00000000629)	KCNE5 (ENSCPBG00000000617)	ACSL4 (ENSCPBG00000000569)	TMEM164 (ENSCPBG00000000530)	AMMECR1 (ENSCPBG00000000476)	CHRDL1 (ENSCPBG00000000455)	PAK3 (ENSCPBG00000000377) ##22	CAPN6 (ENSCPBG00000000323)	DCX (ENSCPBG00000000272)	ENSCPBG00000017092	ALG13 (ENSCPBG00000017090)	TRPC5 (ENSCPBG00000017086)	LHFPL1 (ENSCPBG00000017083)	AMOT (ENSCPBG00000017081)	ENSCPBG00000017079	ATP7A (ENSCPBG00000017072)	ENSCPBG00000017069	MAGT1 (ENSCPBG00000017066)	ATRX (ENSCPBG00000015014)	FGF16 (ENSCPBG00000014887)	ZDHHC15 (ENSCPBG00000014884)	UPRT (ENSCPBG00000014883)
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	61	VBP1 (ENSTMTG00000013129)	RAB39B (ENSTMTG00000013145)	ENSTMTG00000013157	VSIG1 (ENSTMTG00000013187)	PSMD10 (ENSTMTG00000013208)	ATG4A (ENSTMTG00000013222)	COL4A6 (ENSTMTG00000013237)	COL4A5 (ENSTMTG00000013301)	IRS4 (ENSTMTG00000013395)	NXT2 (ENSTMTG00000013403)	KCNE5 (ENSTMTG00000013411)	ACSL4 (ENSTMTG00000013429)	TMEM164 (ENSTMTG00000013462)	AMMECR1 (ENSTMTG00000013475)	CHRDL1 (ENSTMTG00000013500)	PAK3 (ENSTMTG00000013555) ##22	CAPN6 (ENSTMTG00000013635)	DCX (ENSTMTG00000013671)	SERTM2 (ENSTMTG00000013735)	ENSTMTG00000013743	ENSTMTG00000013752	TRPC5 (ENSTMTG00000013778)	LHFPL1 (ENSTMTG00000013800)	AMOT (ENSTMTG00000013808)	ENSTMTG00000013818	ATP7A (ENSTMTG00000013834)	ENSTMTG00000013862	MAGT1 (ENSTMTG00000013866)	ATRX (ENSTMTG00000014294)	FGF16 (ENSTMTG00000019717)	ZDHHC15 (ENSTMTG00000019737)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00950000183068.a.a	ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000165066	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087	ENSGT00940000158214
Abingdon island giant tortoise	DUPLICATION
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2584															CHRDL1 (ENSCABG00000017323)	ENSCABG00000017321 ##22	ENSCABG00000017316 ##22	ENSCABG00000017313	DCX (ENSCABG00000017307)	ENSCABG00000017306	ENSCABG00000017305	ENSCABG00000017304	TRPC5 (ENSCABG00000017302)	LHFPL1 (ENSCABG00000017300)	AMOT (ENSCABG00000017299)	ENSCABG00000017297	ATP7A (ENSCABG00000017289)	ENSCABG00000017281	MAGT1 (ENSCABG00000017275)	ATRX (ENSCABG00000016367)
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2584														CHRDL1 (ENSCABG00000017323)	ENSCABG00000017321 ##22	ENSCABG00000017316 ##22	ENSCABG00000017313	DCX (ENSCABG00000017307)	ENSCABG00000017306	ENSCABG00000017305	ENSCABG00000017304	TRPC5 (ENSCABG00000017302)	LHFPL1 (ENSCABG00000017300)	AMOT (ENSCABG00000017299)	ENSCABG00000017297	ATP7A (ENSCABG00000017289)	ENSCABG00000017281	MAGT1 (ENSCABG00000017275)	ATRX (ENSCABG00000016367)
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	23	RAB39B (ENSGEVG00005015914)	ENSGEVG00005015892	VSIG1 (ENSGEVG00005015832)	PSMD10 (ENSGEVG00005015817)	ATG4A (ENSGEVG00005015796)	ENSGEVG00005015766	ENSGEVG00005015736	ENSGEVG00005015631	IRS4 (ENSGEVG00005015611)	NXT2 (ENSGEVG00005015597)	KCNE5 (ENSGEVG00005015562)	ACSL4 (ENSGEVG00005015533)	TMEM164 (ENSGEVG00005015516)	AMMECR1 (ENSGEVG00005015499)	CHRDL1 (ENSGEVG00005015396)	PAK3 (ENSGEVG00005015133) ##22	CAPN6 (ENSGEVG00005014787)	ENSGEVG00005014707	DCX (ENSGEVG00005014589)	SERTM2 (ENSGEVG00005014567)	ENSGEVG00005014550	ENSGEVG00005014462	TRPC5 (ENSGEVG00005014342)	LHFPL1 (ENSGEVG00005014305)	AMOT (ENSGEVG00005014266)	ENSGEVG00005014234	ENSGEVG00005014220	ATP7A (ENSGEVG00005014178)	ENSGEVG00005014129	MAGT1 (ENSGEVG00005014105)	ATRX (ENSGEVG00005014002)
Chinese turtle	MODERN SPECIES	2100	VBP1 (ENSPSIG00000009427)	RAB39B (ENSPSIG00000009419)	ENSPSIG00000009411	VSIG1 (ENSPSIG00000009404)	PSMD10 (ENSPSIG00000008906)	ATG4A (ENSPSIG00000008342)	COL4A6 (ENSPSIG00000015899)	COL4A5 (ENSPSIG00000007808)	IRS4 (ENSPSIG00000007801)	ENSPSIG00000007215	NXT2 (ENSPSIG00000006737)	ACSL4 (ENSPSIG00000017378)	TMEM164 (ENSPSIG00000017018)	AMMECR1 (ENSPSIG00000016725)	CHRDL1 (ENSPSIG00000015962)	PAK3 (ENSPSIG00000013160) ##22	CAPN6 (ENSPSIG00000012395)	DCX (ENSPSIG00000012148)	ALG13 (ENSPSIG00000011677)	TRPC5 (ENSPSIG00000010468)	ENSPSIG00000000355	LHFPL1 (ENSPSIG00000000351)	AMOT (ENSPSIG00000010084)	ENSPSIG00000009133	ATP7A (ENSPSIG00000008981)	ENSPSIG00000008964	MAGT1 (ENSPSIG00000008322)	ATRX (ENSPSIG00000017559)	FGF16 (ENSPSIG00000017207)	ZDHHC15 (ENSPSIG00000016634)	UPRT (ENSPSIG00000016494)
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000165718	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000165066	ENSGT01100000265326	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087	ENSGT00940000158214	ENSGT01020000230412.D
tuatara	MODERN SPECIES	803	RAB39B (ENSSPUG00000000552)	ENSSPUG00000000526	VSIG1 (ENSSPUG00000000508)	PSMD10 (ENSSPUG00000000503)	ATG4A (ENSSPUG00000000495)	COL4A6 (ENSSPUG00000000455)	ENSSPUG00000000395	IRS4 (ENSSPUG00000000389)	ENSSPUG00000000378	NXT2 (ENSSPUG00000000372)	KCNE5 (ENSSPUG00000000361)	ACSL4 (ENSSPUG00000000324)	TMEM164 (ENSSPUG00000000314)	AMMECR1 (ENSSPUG00000000206)	CHRDL1 (ENSSPUG00000000169)	PAK3 (ENSSPUG00000000100) ##22	CAPN6 (ENSSPUG00000000036)	DCX (ENSSPUG00000013786)	ENSSPUG00000013777	ALG13 (ENSSPUG00000013759)	TRPC5 (ENSSPUG00000013738)	LHFPL1 (ENSSPUG00000013708)	AMOT (ENSSPUG00000013675)	ENSSPUG00000013657	ATP7A (ENSSPUG00000013619)	ENSSPUG00000013604	MAGT1 (ENSSPUG00000013581)	ATRX (ENSSPUG00000013536)	FGF16 (ENSSPUG00000013522)	ENSSPUG00000013514	ZDHHC15 (ENSSPUG00000013496)
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000159803	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000165066	ENSGT01100000265326	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000014785	ENSGT00940000159316	ENSGT00390000018389	ENSGT00390000008508	ENSGT00940000162717	ENSGT00940000153902.b	ENSGT00530000063529.B	ENSGT00940000154103.b	ENSGT00940000166132
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000159803	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000165066	ENSGT01100000265326	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000014785	ENSGT00940000159316	ENSGT00390000018389	ENSGT00390000008508	ENSGT00940000162717	ENSGT00940000153902.b	ENSGT00530000063529.B	ENSGT00940000154103.b	ENSGT00940000166132
Common wall lizard	MODERN SPECIES	419	ENSPMRG00000019848	GAB3 (ENSPMRG00000019818)	VSIG1 (ENSPMRG00000019803)	PSMD10 (ENSPMRG00000019794)	ATG4A (ENSPMRG00000019783)	COL4A6 (ENSPMRG00000019758)	ENSPMRG00000019738	IRS4 (ENSPMRG00000019734)	ENSPMRG00000019730	NXT2 (ENSPMRG00000019716)	KCNE5 (ENSPMRG00000019710)	ACSL4 (ENSPMRG00000019697)	TMEM164 (ENSPMRG00000019678)	AMMECR1 (ENSPMRG00000019669)	CHRDL1 (ENSPMRG00000019660)	PAK3 (ENSPMRG00000019632) ##22	CAPN6 (ENSPMRG00000019608)	ENSPMRG00000019600	DCX (ENSPMRG00000019584)	ENSPMRG00000019574	SERTM2 (ENSPMRG00000019570)	ENSPMRG00000019567	ENSPMRG00000019561	ENSPMRG00000019556	TRPC5 (ENSPMRG00000019541)	ENSPMRG00000019527	ZC3H12B (ENSPMRG00000019520)	ZC4H2 (ENSPMRG00000019511)	C8orf48 (ENSPMRG00000019504)	MTMR8 (ENSPMRG00000019478)	ARHGEF9 (ENSPMRG00000019421)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	67	ENSSMRG00000012239	GAB3 (ENSSMRG00000012238)	VSIG1 (ENSSMRG00000012234)	PSMD10 (ENSSMRG00000012233)	ATG4A (ENSSMRG00000012232)	COL4A6 (ENSSMRG00000012229)	ENSSMRG00000012226	COL4A5 (ENSSMRG00000012208)	IRS4 (ENSSMRG00000012206)	NXT2 (ENSSMRG00000012201)	KCNE5 (ENSSMRG00000012200)	ACSL4 (ENSSMRG00000012199)	TMEM164 (ENSSMRG00000012197)	AMMECR1 (ENSSMRG00000012196)	CHRDL1 (ENSSMRG00000012192)	PAK3 (ENSSMRG00000012190) ##22	CAPN6 (ENSSMRG00000012185)	DCX (ENSSMRG00000012180)	ENSSMRG00000012179	ENSSMRG00000012177	TRPC5 (ENSSMRG00000012155)	LAS1L (ENSSMRG00000012154)	ZC3H12B (ENSSMRG00000012152)	ZC4H2 (ENSSMRG00000012151)	MTMR8 (ENSSMRG00000012137)	ASB12 (ENSSMRG00000012136)	AMER1 (ENSSMRG00000012135)	ARHGEF9 (ENSSMRG00000012130)	ENSSMRG00000012123	ENSSMRG00000012121	CDX4 (ENSSMRG00000012113)
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00950000183068.a.a	ENSGT00940000159803	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000165066	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000014785	ENSGT00940000159316	ENSGT00390000018389	ENSGT00940000162717	ENSGT00940000153902.b	ENSGT00530000063529.B	ENSGT00940000154103.b
Lizard	MODERN SPECIES	989														ENSACAG00000012909	CHRDL1 (ENSACAG00000012945)	PAK3 (ENSACAG00000013010) ##22	CAPN6 (ENSACAG00000013131)	ENSACAG00000042869	SERTM2 (ENSACAG00000038317)	ENSACAG00000039341	ALG13 (ENSACAG00000013358)	TRPC5 (ENSACAG00000013386)	ENSACAG00000013684	ENSACAG00000043738	LAS1L (ENSACAG00000013567)	ENSACAG00000013582	ZC4H2 (ENSACAG00000013639)	ENSACAG00000013691	ENSACAG00000013711	GABRE (ENSACAG00000013990)	GABRA3 (ENSACAG00000013798)
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000018904	ENSGT00950000183068.a.a	ENSGT00940000159803	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000165066	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000014785	ENSGT00940000159316	ENSGT00390000018389	ENSGT00940000162717	ENSGT00940000153902.b	ENSGT00530000063529.B	ENSGT00940000154103.b	ENSGT00390000005717.b.b.b	ENSGT00940000166132
Indian cobra	MODERN SPECIES	13	VBP1 (ENSNNAG00000013671)	ENSNNAG00000013624	GAB3 (ENSNNAG00000013426)	PSMD10 (ENSNNAG00000013393)	ATG4A (ENSNNAG00000013366)	COL4A6 (ENSNNAG00000013259)	ENSNNAG00000013233	ENSNNAG00000013185	IRS4 (ENSNNAG00000013126)	NXT2 (ENSNNAG00000013104)	KCNE5 (ENSNNAG00000013094)	ACSL4 (ENSNNAG00000013046)	TMEM164 (ENSNNAG00000013022)	AMMECR1 (ENSNNAG00000013007)	CHRDL1 (ENSNNAG00000012935)	PAK3 (ENSNNAG00000012562) ##22	CAPN6 (ENSNNAG00000012516)	DCX (ENSNNAG00000012439)	SERTM2 (ENSNNAG00000012426)	ENSNNAG00000012419	TRPC5 (ENSNNAG00000012362)	LAS1L (ENSNNAG00000012289)	ENSNNAG00000012281	ENSNNAG00000012246	MTMR8 (ENSNNAG00000012199)	ASB12 (ENSNNAG00000012173)	AMER1 (ENSNNAG00000011960)	ARHGEF9 (ENSNNAG00000011454)	ENSNNAG00000011416	ENSNNAG00000011389	ENSNNAG00000011309
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	73													ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000014785	ENSGT00940000159316	ENSGT00390000018389	ENSGT00940000162717	ENSGT00940000153902.b	ENSGT00530000063529.B	ENSGT00940000154103.b	ENSGT00390000005717.b.b.b	ENSGT00940000166132
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	20													ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000014785	ENSGT00940000159316	ENSGT00390000018389	ENSGT00940000162717	ENSGT00940000153902.b	ENSGT00530000063529.B	ENSGT00940000154103.b	ENSGT00390000005717.b.b.b	ENSGT00940000166132
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	104													TMEM164 (ENSNSUG00000008074)	AMMECR1 (ENSNSUG00000008073)	CHRDL1 (ENSNSUG00000008071)	PAK3 (ENSNSUG00000008069) ##22	ENSNSUG00000008068	CAPN6 (ENSNSUG00000008002)	ENSNSUG00000008001	DCX (ENSNSUG00000007995)	ENSNSUG00000007994	ENSNSUG00000007993	TRPC5 (ENSNSUG00000007991)	LAS1L (ENSNSUG00000007990)	ZC3H12B (ENSNSUG00000007988)	ZC4H2 (ENSNSUG00000007961)	ENSNSUG00000007960	MTMR8 (ENSNSUG00000007958)	ASB12 (ENSNSUG00000007957)	AMER1 (ENSNSUG00000007954)	ENSNSUG00000007909
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	20													TMEM164 (ENSPTXG00000010492)	AMMECR1 (ENSPTXG00000010432)	CHRDL1 (ENSPTXG00000010429)	PAK3 (ENSPTXG00000010335) ##22	CAPN6 (ENSPTXG00000010334)	DCX (ENSPTXG00000010333)	SERTM2 (ENSPTXG00000010332)	ENSPTXG00000010330	ENSPTXG00000010329	TRPC5 (ENSPTXG00000010328)	ENSPTXG00000010327	ZC3H12B (ENSPTXG00000010326)	ZC4H2 (ENSPTXG00000010325)	MTMR8 (ENSPTXG00000010323)	ASB12 (ENSPTXG00000010322)	AMER1 (ENSPTXG00000010321)	ARHGEF9 (ENSPTXG00000010275)	ENSPTXG00000010274	ENSPTXG00000010272
Blue-lipped sea krait	DUPLICATION
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	10162																ENSLLTG00000015132 ##22
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	10925																ENSLLTG00000008676 ##22
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	5268																PAK3 (ENSLLTG00000003215) ##22
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	10533																ENSLLTG00000016648 ##22
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000165066	ENSGT01100000265326	ENSGT00940000164076.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000008820.f	ENSGT00940000163576	ENSGT00940000159568	ENSGT00390000012178	ENSGT00390000012030.b.a	ENSGT00940000155902	ENSGT00940000160087
Platypus	MODERN SPECIES	17	ENSOANG00000001267	RAB39B (ENSOANG00000041634)	ENSOANG00000013071	PSMD10 (ENSOANG00000045915)	ATG4A (ENSOANG00000009658)	COL4A6 (ENSOANG00000001272)	ENSOANG00000038357	COL4A5 (ENSOANG00000001275)	ENSOANG00000038508	ENSOANG00000045584	NXT2 (ENSOANG00000011441)	ACSL4 (ENSOANG00000011439)	TMEM164 (ENSOANG00000050501)	AMMECR1 (ENSOANG00000031397)	CHRDL1 (ENSOANG00000002407)	ENSOANG00000002406 ##22	CAPN6 (ENSOANG00000002404)	DCX (ENSOANG00000021595)	SERTM2 (ENSOANG00000044710)	ENSOANG00000002403	ENSOANG00000002402	TRPC5 (ENSOANG00000002401)	AMOT (ENSOANG00000002399)	ENSOANG00000002398	ENSOANG00000038156	ATP7A (ENSOANG00000002396)	ENSOANG00000002391	MAGT1 (ENSOANG00000002394)	ATRX (ENSOANG00000002389)	ENSOANG00000044549	ENSOANG00000051207
Theria	ANCESTRAL SPECIES	54		ENSGT00940000159460	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a	ENSGT00940000159688	ENSGT00940000154359
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000159479	ENSGT00940000164406	ENSGT00940000160459	ENSGT00940000153313.C.a	ENSGT01070000253816.a.a.a	ENSGT00940000153763.a	ENSGT00950000183031.B.e.a	ENSGT01030000234752	ENSGT00940000164454.h	ENSGT00950000182835.c.c	ENSGT00390000004263.b.m	ENSGT00530000063540.a	ENSGT00940000159912	ENSGT00950000182890.D.c.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000154411.`b.i.e.b.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000006939.c	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a	ENSGT00940000159688
Opossum	MODERN SPECIES	627	ENSMODG00000005088	NLGN3 (ENSMODG00000004381)	GJB1 (ENSMODG00000004387)	ZMYM3 (ENSMODG00000004419)	NONO (ENSMODG00000004445)	ENSMODG00000004464	ENSMODG00000004570	OGT (ENSMODG00000004615)	ENSMODG00000050336	ENSMODG00000005348	APEX2 (ENSMODG00000005341)	ALAS2 (ENSMODG00000005320)	ENSMODG00000006295	ENSMODG00000005289	ENSMODG00000005275	PAK3 (ENSMODG00000005255) ##22	CAPN6 (ENSMODG00000005238)	ENSMODG00000037776	ENSMODG00000005175	ENSMODG00000005159	ENSMODG00000005054	LHFPL1 (ENSMODG00000005109)	AMOT (ENSMODG00000005098)	ENSMODG00000025173	ENSMODG00000005047	HTR2C (ENSMODG00000005042)	ENSMODG00000005037	LRCH2 (ENSMODG00000005026)	PLS3 (ENSMODG00000004940)	AGTR2 (ENSMODG00000004897)	ENSMODG00000042869
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000159479	ENSGT00940000164406	ENSGT00940000160459	ENSGT00940000153313.C.a	ENSGT01070000253816.a.a.a	ENSGT00940000153763.a	ENSGT00950000183031.B.e.a	ENSGT01030000234752	ENSGT00940000164454.h	ENSGT00950000182835.c.c	ENSGT00390000004263.b.m	ENSGT00530000063540.a	ENSGT00940000159912	ENSGT00950000182890.D.c.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000154411.`b.i.e.b.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00390000006939.c	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a	ENSGT00940000159688
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	21	ENSSHAG00000011278	ENSSHAG00000023480	ENSSHAG00000022980	ENSSHAG00000029005	ENSSHAG00000001266	ENSSHAG00000005386	ENSSHAG00000026031	ENSSHAG00000004607	ENSSHAG00000008608	ENSSHAG00000008380	ENSSHAG00000007846	ENSSHAG00000024234	ENSSHAG00000007652	ENSSHAG00000025238	ENSSHAG00000006296	ENSSHAG00000004617 ##22	CAPN6 (ENSSHAG00000003826)	DCX (ENSSHAG00000001659)	ENSSHAG00000028383	ENSSHAG00000015788	TRPC5 (ENSSHAG00000015578)	LHFPL1 (ENSSHAG00000030416)	ENSSHAG00000026695	ENSSHAG00000011754	HTR2C (ENSSHAG00000032229)	ENSSHAG00000006634	LRCH2 (ENSSHAG00000029119)	PLS3 (ENSSHAG00000008976)	AGTR2 (ENSSHAG00000008422)	ENSSHAG00000026017	ENSSHAG00000031553
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	111											ENSGT00390000004263.b.m	ENSGT00530000063540.a	ENSGT00940000159912	ENSGT01100000263534.b.k.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000154411.`b.i.e.b.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	105											ENSGT00390000004263.b.m	ENSGT00530000063540.a	ENSGT00940000159912	ENSGT01100000263534.b.k.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000154411.`b.i.e.b.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570
Common wonbat	MODERN SPECIES	205									ENSVURG00010020506	APEX2 (ENSVURG00010020515)	ALAS2 (ENSVURG00010020519)	ENSVURG00010020524	ENSVURG00010020528	ENSVURG00010020532	ENSVURG00010020535	PAK3 (ENSVURG00010020598) ##22	CAPN6 (ENSVURG00010021039)	DCX (ENSVURG00010021053)
koala	MODERN SPECIES	409									ENSPCIG00000020801	ENSPCIG00000033647	APEX2 (ENSPCIG00000007633)	ALAS2 (ENSPCIG00000008618)	ENSPCIG00000034224	ENSPCIG00000013044	ENSPCIG00000033336	PAK3 (ENSPCIG00000001945) ##22	CAPN6 (ENSPCIG00000001980)	DCX (ENSPCIG00000001994)
Wallaby	MODERN SPECIES	10190																ENSMEUG00000005326 ##22
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a	ENSGT00940000159688
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000204264	ENSGT00990000205098
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000204264	ENSGT00990000205098
Primates	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000204264	ENSGT00940000165469
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000161342.hb	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a.r	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000161342.hb	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a.r	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a
Mouse lemur	MODERN SPECIES	169	ENSMICG00000002059	ATG4A (ENSMICG00000002066)	COL4A6 (ENSMICG00000002071)	COL4A5 (ENSMICG00000002088)	GUCY2F (ENSMICG00000042725)	ENSMICG00000014511	ACSL4 (ENSMICG00000014516)	ENSMICG00000044171	ENSMICG00000046429	ENSMICG00000043739	TMEM164 (ENSMICG00000030308)	AMMECR1 (ENSMICG00000045068)	RTL9 (ENSMICG00000033143)	CHRDL1 (ENSMICG00000001562)	ENSMICG00000045069	PAK3 (ENSMICG00000016556) ##22	CAPN6 (ENSMICG00000016567)	DCX (ENSMICG00000016597)	ALG13 (ENSMICG00000013269)	TRPC5 (ENSMICG00000013308)	ENSMICG00000037672	LHFPL1 (ENSMICG00000001893)	AMOT (ENSMICG00000001898)	ENSMICG00000043703	HTR2C (ENSMICG00000032281)	ENSMICG00000041850	IL13RA2 (ENSMICG00000032540)	LRCH2 (ENSMICG00000047056)	ENSMICG00000032868	ENSMICG00000042645	ENSMICG00000046847
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	83	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000161342.hb	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a.r	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	65	VSIG1 (ENSPCOG00000022983)	PSMD10 (ENSPCOG00000020046)	ATG4A (ENSPCOG00000020449)	COL4A6 (ENSPCOG00000019545)	COL4A5 (ENSPCOG00000022634)	ENSPCOG00000022997	GUCY2F (ENSPCOG00000024784)	NXT2 (ENSPCOG00000024004)	ACSL4 (ENSPCOG00000024592)	ENSPCOG00000015721	ENSPCOG00000019081	TMEM164 (ENSPCOG00000008718)	AMMECR1 (ENSPCOG00000006139)	RTL9 (ENSPCOG00000019025)	CHRDL1 (ENSPCOG00000021034)	PAK3 (ENSPCOG00000023515) ##22	CAPN6 (ENSPCOG00000015453)	DCX (ENSPCOG00000022288)	ALG13 (ENSPCOG00000021725)	TRPC5 (ENSPCOG00000017350)	ENSPCOG00000012593	ENSPCOG00000013418	ENSPCOG00000011998	AMOT (ENSPCOG00000025530)	LHFPL1 (ENSPCOG00000021073)
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	946															CHRDL1 (ENSPSMG00000025786)	PAK3 (ENSPSMG00000025827) ##22	CAPN6 (ENSPSMG00000025837)	DCX (ENSPSMG00000025838)
Bushbaby	MODERN SPECIES	382														CHRDL1 (ENSOGAG00000015150)	ENSOGAG00000028811	PAK3 (ENSOGAG00000015743) ##22	CAPN6 (ENSOGAG00000004829)	DCX (ENSOGAG00000032255)	ENSOGAG00000028475
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000204264	ENSGT00940000165469	ENSGT00990000205098
Tarsier	MODERN SPECIES	6439																PAK3 (ENSTSYG00000003645) ##22	CAPN6 (ENSTSYG00000003653)	DCX (ENSTSYG00000010168)	SERTM2 (ENSTSYG00000037046)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a.m.a.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000204264	ENSGT00990000205098	ENSGT00950000183097.a.a.a
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a.m.a.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430.p	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570.a	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00940000158041.c.b	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000204264	ENSGT00940000165469	ENSGT00950000183097.a.a.a
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a.m.a.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430.p	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570.a	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00940000158041.c.b	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000204264	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a
Marmoset	MODERN SPECIES	78	VSIG1 (ENSCJAG00000007781)	PSMD10 (ENSCJAG00000047854)	ATG4A (ENSCJAG00000007676)	COL4A6 (ENSCJAG00000007564)	COL4A5 (ENSCJAG00000007434)	IRS4 (ENSCJAG00000007424)	GUCY2F (ENSCJAG00000007378)	NXT2 (ENSCJAG00000007369)	ACSL4 (ENSCJAG00000007315)	ENSCJAG00000067947	ENSCJAG00000076058	TMEM164 (ENSCJAG00000038317)	AMMECR1 (ENSCJAG00000047124)	RTL9 (ENSCJAG00000041314)	CHRDL1 (ENSCJAG00000007238)	PAK3 (ENSCJAG00000007168) ##22	CAPN6 (ENSCJAG00000007124)	DCX (ENSCJAG00000046918)	SERTM2 (ENSCJAG00000038675)	ENSCJAG00000084505	ENSCJAG00000073196	ALG13 (ENSCJAG00000007056)	TRPC5 (ENSCJAG00000007053)	TRPC5OS (ENSCJAG00000046018)	LHFPL1 (ENSCJAG00000070219)	AMOT (ENSCJAG00000007004)	ENSCJAG00000023432	ENSCJAG00000066287	ENSCJAG00000076352	HTR2C (ENSCJAG00000006967)	IL13RA2 (ENSCJAG00000006949)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	90	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a.m.a.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430.p	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570.a	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047120.f	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00940000158041.c.b	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000204264	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT00390000007552.f.w.a
Capuchin	MODERN SPECIES	292																PAK3 (ENSCCAG00000018211) ##22	CAPN6 (ENSCCAG00000036725)	DCX (ENSCCAG00000027350)	SERTM2 (ENSCCAG00000032409)	ENSCCAG00000034669	ALG13 (ENSCCAG00000021615)	TRPC5 (ENSCCAG00000022054)	LHFPL1 (ENSCCAG00000011048)	AMOT (ENSCCAG00000023251)	ENSCCAG00000004236	ENSCCAG00000036848
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	120	ENSSBOG00000019877	VSIG1 (ENSSBOG00000028135)	PSMD10 (ENSSBOG00000021096)	ATG4A (ENSSBOG00000027164)	COL4A6 (ENSSBOG00000023857)	COL4A5 (ENSSBOG00000026723)	IRS4 (ENSSBOG00000019939)	GUCY2F (ENSSBOG00000020443)	NXT2 (ENSSBOG00000029386)	ACSL4 (ENSSBOG00000025856)	ENSSBOG00000029302	TMEM164 (ENSSBOG00000004957)	AMMECR1 (ENSSBOG00000029061)	RTL9 (ENSSBOG00000002360)	CHRDL1 (ENSSBOG00000022576)	PAK3 (ENSSBOG00000021687) ##22	CAPN6 (ENSSBOG00000024880)	DCX (ENSSBOG00000020581)	SERTM2 (ENSSBOG00000014442)	ENSSBOG00000033318	ENSSBOG00000019934	TRPC5 (ENSSBOG00000024129)	LHFPL1 (ENSSBOG00000029978)	AMOT (ENSSBOG00000021622)	ENSSBOG00000020824	ENSSBOG00000027731	ENSSBOG00000022069	HTR2C (ENSSBOG00000033283)	IL13RA2 (ENSSBOG00000035486)	LRCH2 (ENSSBOG00000029270)	ENSSBOG00000025644
Mas night monkey	MODERN SPECIES	925	ENSANAG00000025530	ENSANAG00000031739	VSIG1 (ENSANAG00000025521)	PSMD10 (ENSANAG00000022097)	ATG4A (ENSANAG00000028272)	COL4A6 (ENSANAG00000032462)	COL4A5 (ENSANAG00000034668)	IRS4 (ENSANAG00000035213)	GUCY2F (ENSANAG00000019526)	NXT2 (ENSANAG00000038165)	ACSL4 (ENSANAG00000037283)	TMEM164 (ENSANAG00000021416)	AMMECR1 (ENSANAG00000025002)	RTL9 (ENSANAG00000036413)	CHRDL1 (ENSANAG00000021596)	PAK3 (ENSANAG00000037154) ##22	CAPN6 (ENSANAG00000038219)	DCX (ENSANAG00000036270)	SERTM2 (ENSANAG00000001590)	ALG13 (ENSANAG00000027292)	TRPC5 (ENSANAG00000034028)	LHFPL1 (ENSANAG00000033553)	AMOT (ENSANAG00000020413)	ENSANAG00000038242	HTR2C (ENSANAG00000029302)	IL13RA2 (ENSANAG00000038042)	LRCH2 (ENSANAG00000032964)	ENSANAG00000025092	PLS3 (ENSANAG00000035343)	ENSANAG00000023051	ENSANAG00000019875
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a.m.a.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT01100000263525.a.b.b.c.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00910000147631	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000162929.l	ENSGT00950000183340
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000153404.a.m.a.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00550000076516	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT01100000263525.a.b.b.c.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00910000147631	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00390000015797.d.m.a	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000162929.l
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000153404.a.m.a.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00550000076516	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT01100000263525.a.b.b.c.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00910000147631	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00390000015797.d.m.a	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000162929.l
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00550000076516	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT01100000263525.a.b.b.c.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000159076.u.a.b	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00910000147631	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000153336.e.a.a.a.a.f.b	ENSGT00390000015797.d.m.a	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00550000076516	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT01100000263525.a.b.b.c.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000159076.u.a.b	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00910000147631	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000153336.e.a.a.a.a.f.b	ENSGT00390000015797.d.m.a	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039
Pan	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000153404.a.m.a.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00550000076516	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000159076.u.a.b	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00910000147631	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000153336.e.a.a.a.a.f.b	ENSGT00390000015797.d.m.a	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039
Chimpanzee	MODERN SPECIES	972	PSMD10 (ENSPTRG00000022169)	ATG4A (ENSPTRG00000022170)	COL4A6 (ENSPTRG00000022171)	COL4A5 (ENSPTRG00000022173)	IRS4 (ENSPTRG00000028223)	GUCY2F (ENSPTRG00000022174)	NXT2 (ENSPTRG00000039310)	KCNE5 (ENSPTRG00000040445)	ACSL4 (ENSPTRG00000022178)	ENSPTRG00000046751	TMEM164 (ENSPTRG00000051441)	AMMECR1 (ENSPTRG00000022182)	RTL9 (ENSPTRG00000022184)	TDGF1P3 (ENSPTRG00000047296)	CHRDL1 (ENSPTRG00000022186)	PAK3 (ENSPTRG00000022187) ##22	CAPN6 (ENSPTRG00000022188)	DCX (ENSPTRG00000023473)	ENSPTRG00000050926	SERTM2 (ENSPTRG00000049955)	ENSPTRG00000046615	ENSPTRG00000050351	ENSPTRG00000051172	ALG13 (ENSPTRG00000022191)	TRPC5 (ENSPTRG00000022192)	TRPC5OS (ENSPTRG00000045594)	ENSPTRG00000050241	RTL4 (ENSPTRG00000052718)	LHFPL1 (ENSPTRG00000022195)	AMOT (ENSPTRG00000022197)	ENSPTRG00000049885
Bonobo	MODERN SPECIES	369	PSMD10 (ENSPPAG00000035062)	ATG4A (ENSPPAG00000018771)	COL4A6 (ENSPPAG00000001322)	COL4A5 (ENSPPAG00000035646)	IRS4 (ENSPPAG00000039881)	GUCY2F (ENSPPAG00000042967)	ENSPPAG00000030159	KCNE5 (ENSPPAG00000025260)	ACSL4 (ENSPPAG00000032165)	ENSPPAG00000006579	TMEM164 (ENSPPAG00000001052)	AMMECR1 (ENSPPAG00000041320)	RTL9 (ENSPPAG00000042741)	TDGF1P3 (ENSPPAG00000024490)	CHRDL1 (ENSPPAG00000033340)	PAK3 (ENSPPAG00000026916) ##22	CAPN6 (ENSPPAG00000027790)	DCX (ENSPPAG00000035332)	ENSPPAG00000023545	SERTM2 (ENSPPAG00000018021)	ENSPPAG00000043040	ALG13 (ENSPPAG00000043832)	TRPC5 (ENSPPAG00000034841)	ENSPPAG00000033141	LHFPL1 (ENSPPAG00000034666)	AMOT (ENSPPAG00000037944)	ENSPPAG00000042106	HTR2C (ENSPPAG00000041995)	IL13RA2 (ENSPPAG00000037271)	LRCH2 (ENSPPAG00000038304)	ENSPPAG00000030663
Human	MODERN SPECIES	1827	PSMD10 (ENSG00000101843)	ATG4A (ENSG00000101844)	COL4A6 (ENSG00000197565)	COL4A5 (ENSG00000188153)	IRS4 (ENSG00000133124)	GUCY2F (ENSG00000101890)	NXT2 (ENSG00000101888)	KCNE5 (ENSG00000176076)	ACSL4 (ENSG00000068366)	TMEM164 (ENSG00000157600)	AMMECR1 (ENSG00000101935)	GNG5B (ENSG00000133136)	RTL9 (ENSG00000243978)	TDGF1P3 (ENSG00000225366)	CHRDL1 (ENSG00000101938)	PAK3 (ENSG00000077264) ##22	CAPN6 (ENSG00000077274)	DCX (ENSG00000077279)	SERTM2 (ENSG00000260802)	ALG13 (ENSG00000101901)	TRPC5 (ENSG00000072315)	TRPC5OS (ENSG00000204025)	RTL4 (ENSG00000187823)	LHFPL1 (ENSG00000182508)	AMOT (ENSG00000126016)	HTR2C (ENSG00000147246)	IL13RA2 (ENSG00000123496)	LRCH2 (ENSG00000130224)	RBMXL3 (ENSG00000175718)	LUZP4 (ENSG00000102021)	PLS3 (ENSG00000102024)
Gorilla	MODERN SPECIES	523	VSIG1 (ENSGGOG00000010576)	PSMD10 (ENSGGOG00000002969)	ATG4A (ENSGGOG00000002971)	COL4A6 (ENSGGOG00000002973)	COL4A5 (ENSGGOG00000011049)	GUCY2F (ENSGGOG00000006763)	ENSGGOG00000013593	KCNE5 (ENSGGOG00000008611)	ACSL4 (ENSGGOG00000008614)	ENSGGOG00000042837	TMEM164 (ENSGGOG00000007283)	AMMECR1 (ENSGGOG00000015174)	RTL9 (ENSGGOG00000011850)	TDGF1P3 (ENSGGOG00000009229)	CHRDL1 (ENSGGOG00000002493)	PAK3 (ENSGGOG00000014763) ##22	CAPN6 (ENSGGOG00000007851)	DCX (ENSGGOG00000038714)	SERTM2 (ENSGGOG00000036792)	ENSGGOG00000037011	ALG13 (ENSGGOG00000010402)	TRPC5 (ENSGGOG00000015892)	TRPC5OS (ENSGGOG00000040904)	LHFPL1 (ENSGGOG00000010356)	AMOT (ENSGGOG00000011142)	HTR2C (ENSGGOG00000043401)	IL13RA2 (ENSGGOG00000012153)	LRCH2 (ENSGGOG00000001918)	RBMXL3 (ENSGGOG00000027260)	ENSGGOG00000028364	PLS3 (ENSGGOG00000008810)
Orangutan	MODERN SPECIES	242	PSMD10 (ENSPPYG00000020618)	ATG4A (ENSPPYG00000020619)	COL4A6 (ENSPPYG00000020620)	COL4A5 (ENSPPYG00000020622)	IRS4 (ENSPPYG00000020623)	GUCY2F (ENSPPYG00000020624)	ENSPPYG00000020625	KCNE5 (ENSPPYG00000020626)	ACSL4 (ENSPPYG00000020627)	TMEM164 (ENSPPYG00000041697)	ENSPPYG00000040802	AMMECR1 (ENSPPYG00000020629)	GNG5B (ENSPPYG00000020630)	RTL9 (ENSPPYG00000020631)	CHRDL1 (ENSPPYG00000020633)	PAK3 (ENSPPYG00000020634) ##22	CAPN6 (ENSPPYG00000020635)	DCX (ENSPPYG00000020636)	SERTM2 (ENSPPYG00000030618)	ENSPPYG00000038744	ENSPPYG00000039225	ALG13 (ENSPPYG00000020637)	TRPC5 (ENSPPYG00000020638)	TRPC5OS (ENSPPYG00000020639)	RTL4 (ENSPPYG00000020640)	LHFPL1 (ENSPPYG00000020641)	AMOT (ENSPPYG00000020642)	HTR2C (ENSPPYG00000020644)	IL13RA2 (ENSPPYG00000020645)	LRCH2 (ENSPPYG00000020646)	LUZP4 (ENSPPYG00000020648)
Gibbon	MODERN SPECIES	449	ENSNLEG00000013986	VSIG1 (ENSNLEG00000013989)	PSMD10 (ENSNLEG00000014001)	ATG4A (ENSNLEG00000014016)	COL4A6 (ENSNLEG00000014085)	COL4A5 (ENSNLEG00000014212)	IRS4 (ENSNLEG00000018327)	GUCY2F (ENSNLEG00000014307)	ENSNLEG00000014331	ACSL4 (ENSNLEG00000014341)	ENSNLEG00000034356	TMEM164 (ENSNLEG00000014395)	ENSNLEG00000014402	RTL9 (ENSNLEG00000014411)	CHRDL1 (ENSNLEG00000014416)	PAK3 (ENSNLEG00000014436) ##22	CAPN6 (ENSNLEG00000014504)	DCX (ENSNLEG00000014527)	SERTM2 (ENSNLEG00000030840)	ENSNLEG00000028689	ALG13 (ENSNLEG00000014546)	TRPC5 (ENSNLEG00000014606)	RTL4 (ENSNLEG00000014618)	LHFPL1 (ENSNLEG00000014619)	AMOT (ENSNLEG00000014625)	ENSNLEG00000027151	HTR2C (ENSNLEG00000030638)	ENSNLEG00000033896	IL13RA2 (ENSNLEG00000014640)	LRCH2 (ENSNLEG00000014656)	ENSNLEG00000028889
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a.m.a.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT01100000263525.a.b.b.c.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00910000147631	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000162929.l	ENSGT00950000183340
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a.m.a.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT01100000263525.a.b.b.c.a.q.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00910000147631	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000017282.r.a.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000162929.l
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000153404.a.m.a.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00950000182802.A.a.a.e.b.a	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT01100000263525.a.b.b.c.a.q.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00910000147631	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000017282.r.a.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000162929.l
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000153404.a.m.a.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00950000182802.A.a.a.e.b.a	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT01100000263525.a.b.b.c.a.q.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00910000147631	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000017282.r.a.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000162929.l
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	167	PSMD10 (ENSMNEG00000043441)	ATG4A (ENSMNEG00000039693)	COL4A6 (ENSMNEG00000040233)	COL4A5 (ENSMNEG00000033014)	IRS4 (ENSMNEG00000042386)	ENSMNEG00000040505	GUCY2F (ENSMNEG00000040583)	NXT2 (ENSMNEG00000010392)	ACSL4 (ENSMNEG00000043887)	ENSMNEG00000021599	TMEM164 (ENSMNEG00000038310)	AMMECR1 (ENSMNEG00000033102)	GNG5B (ENSMNEG00000012712)	RTL9 (ENSMNEG00000035620)	CHRDL1 (ENSMNEG00000039483)	PAK3 (ENSMNEG00000039745) ##22	CAPN6 (ENSMNEG00000032499)	ENSMNEG00000011546	DCX (ENSMNEG00000030015)	SERTM2 (ENSMNEG00000007178)	ALG13 (ENSMNEG00000035215)	ENSMNEG00000037987	TRPC5 (ENSMNEG00000027667)	LHFPL1 (ENSMNEG00000045486)	AMOT (ENSMNEG00000036435)	ENSMNEG00000038831	HTR2C (ENSMNEG00000031075)	ENSMNEG00000038629	IL13RA2 (ENSMNEG00000041297)	LRCH2 (ENSMNEG00000036629)	ENSMNEG00000026102
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a.m.a.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000204264	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT00940000156297.p.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	175	TEX13B (ENSMFAG00000041861)	VSIG1 (ENSMFAG00000028316)	PSMD10 (ENSMFAG00000038788)	ATG4A (ENSMFAG00000039546)	COL4A6 (ENSMFAG00000032821)	COL4A5 (ENSMFAG00000031556)	IRS4 (ENSMFAG00000034206)	GUCY2F (ENSMFAG00000045516)	NXT2 (ENSMFAG00000004105)	ACSL4 (ENSMFAG00000036623)	ENSMFAG00000048592	TMEM164 (ENSMFAG00000031419)	AMMECR1 (ENSMFAG00000057591)	RTL9 (ENSMFAG00000042372)	CHRDL1 (ENSMFAG00000036630)	PAK3 (ENSMFAG00000036634) ##22	ENSMFAG00000053274	ENSMFAG00000059362	CAPN6 (ENSMFAG00000045171)	DCX (ENSMFAG00000003173)	ALG13 (ENSMFAG00000043742)	TRPC5 (ENSMFAG00000003102)	TRPC5OS (ENSMFAG00000047357)	ENSMFAG00000055408	RTL4 (ENSMFAG00000064863)	ENSMFAG00000047521	LHFPL1 (ENSMFAG00000003226)	AMOT (ENSMFAG00000032269)	ENSMFAG00000032031	ENSMFAG00000049831	HTR2C (ENSMFAG00000064910)
Rhesus	MODERN SPECIES	327	VSIG1 (ENSMMUG00000007189)	PSMD10 (ENSMMUG00000016981)	ATG4A (ENSMMUG00000007190)	COL4A6 (ENSMMUG00000007205)	COL4A5 (ENSMMUG00000007235)	IRS4 (ENSMMUG00000019167)	GUCY2F (ENSMMUG00000013199)	NXT2 (ENSMMUG00000063091)	KCNE5 (ENSMMUG00000050987)	ACSL4 (ENSMMUG00000004188)	ENSMMUG00000032370	TMEM164 (ENSMMUG00000022822)	AMMECR1 (ENSMMUG00000023423)	RTL9 (ENSMMUG00000001307)	CHRDL1 (ENSMMUG00000016666)	PAK3 (ENSMMUG00000018763) ##22	CAPN6 (ENSMMUG00000015308)	DCX (ENSMMUG00000015312)	ALG13 (ENSMMUG00000010421)	TRPC5 (ENSMMUG00000010424)	TRPC5OS (ENSMMUG00000064574)	RTL4 (ENSMMUG00000059768)	LHFPL1 (ENSMMUG00000000903)	AMOT (ENSMMUG00000007688)	HTR2C (ENSMMUG00000009607)	IL13RA2 (ENSMMUG00000022224)	LRCH2 (ENSMMUG00000017323)	ENSMMUG00000060939	ENSMMUG00000007515	PLS3 (ENSMMUG00000006377)	ENSMMUG00000019688
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000153404.a.m.a.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00950000182802.A.a.a.e.b.a.a	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT01100000263525.a.b.b.c.a.q.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00910000147631	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000017282.r.a.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000204264
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	89	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a.m.a.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT01100000263525.a.b.b.c.a.q.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00910000147631	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000017282.r.a.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00940000164104.b	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183340	ENSGT00950000183097.a.a.a
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	283	TFEC (ENSCATG00000035757)	MDFIC (ENSCATG00000005944)	FOXP2 (ENSCATG00000043286)	ENSCATG00000039945	IRS4 (ENSCATG00000036461)	GUCY2F (ENSCATG00000044834)	NXT2 (ENSCATG00000037402)	ENSCATG00000033722	ACSL4 (ENSCATG00000045294)	ENSCATG00000040410	TMEM164 (ENSCATG00000040993)	AMMECR1 (ENSCATG00000036662)	ENSCATG00000015948	RTL9 (ENSCATG00000041546)	CHRDL1 (ENSCATG00000043670)	PAK3 (ENSCATG00000037095) ##22	CAPN6 (ENSCATG00000004989)	ENSCATG00000016881	ENSCATG00000039884	SERTM2 (ENSCATG00000013352)	ALG13 (ENSCATG00000032824)	TRPC5 (ENSCATG00000029734)	LHFPL1 (ENSCATG00000041033)	AMOT (ENSCATG00000035828)	ENSCATG00000028931	ENSCATG00000043275	ENSCATG00000038904	HTR2C (ENSCATG00000031908)	IL13RA2 (ENSCATG00000037283)	LRCH2 (ENSCATG00000037702)	LUZP4 (ENSCATG00000012199)
Drill	MODERN SPECIES	898					ENSMLEG00000030072	GUCY2F (ENSMLEG00000038915)	NXT2 (ENSMLEG00000041108)	ENSMLEG00000008586	ACSL4 (ENSMLEG00000041473)	ENSMLEG00000008325	TMEM164 (ENSMLEG00000038988)	AMMECR1 (ENSMLEG00000013716)	ENSMLEG00000038420	RTL9 (ENSMLEG00000029326)	CHRDL1 (ENSMLEG00000029401)	PAK3 (ENSMLEG00000040445) ##22	CAPN6 (ENSMLEG00000043048)	ENSMLEG00000027841	DCX (ENSMLEG00000001990)	SERTM2 (ENSMLEG00000007164)	ENSMLEG00000035287	ALG13 (ENSMLEG00000040655)	TRPC5 (ENSMLEG00000030054)	LHFPL1 (ENSMLEG00000028400)	AMOT (ENSMLEG00000039200)	ENSMLEG00000005743
Olive baboon	MODERN SPECIES	792	ENSPANG00000044711	PLS3 (ENSPANG00000018366)	ENSPANG00000024419	LRCH2 (ENSPANG00000015253)	ENSPANG00000017967	IL13RA2 (ENSPANG00000012467)	HTR2C (ENSPANG00000010092)	ENSPANG00000051365	ENSPANG00000043135	ENSPANG00000044568	TRPC5 (ENSPANG00000012213)	TRPC5OS (ENSPANG00000049143)	RTL4 (ENSPANG00000044292)	LHFPL1 (ENSPANG00000004576)	AMOT (ENSPANG00000021026)	PAK3 (ENSPANG00000026250) ##22	ENSPANG00000048207	CAPN6 (ENSPANG00000014280)	DCX (ENSPANG00000012934)	SERTM2 (ENSPANG00000032352)	ALG13 (ENSPANG00000010269)	ENSPANG00000016742	CHRDL1 (ENSPANG00000012510)	ENSPANG00000037385	ENSPANG00000050184	RTL9 (ENSPANG00000008419)	ENSPANG00000014320	AMMECR1 (ENSPANG00000023790)	TMEM164 (ENSPANG00000004577)	ENSPANG00000042223	ENSPANG00000047516
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	203	VSIG1 (ENSCSAG00000009001)	PSMD10 (ENSCSAG00000008981)	ATG4A (ENSCSAG00000008949)	ENSCSAG00000008885	COL4A5 (ENSCSAG00000008871)	IRS4 (ENSCSAG00000000309)	GUCY2F (ENSCSAG00000008852)	NXT2 (ENSCSAG00000008842)	KCNE5 (ENSCSAG00000000308)	TMEM164 (ENSCSAG00000008838)	AMMECR1 (ENSCSAG00000008834)	GNG5B (ENSCSAG00000000307)	RTL9 (ENSCSAG00000008827)	CHRDL1 (ENSCSAG00000008818)	ENSCSAG00000000306	PAK3 (ENSCSAG00000008810) ##22	CAPN6 (ENSCSAG00000008799)	DCX (ENSCSAG00000008786)	ALG13 (ENSCSAG00000008770)	ENSCSAG00000008738	TRPC5 (ENSCSAG00000008718)	RTL4 (ENSCSAG00000000305)	LHFPL1 (ENSCSAG00000008665)	AMOT (ENSCSAG00000008660)	HTR2C (ENSCSAG00000008651)	IL13RA2 (ENSCSAG00000008610)	ENSCSAG00000008574	LRCH2 (ENSCSAG00000008554)	ENSCSAG00000008478	ENSCSAG00000008465	ACTRT1 (ENSCSAG00000000304)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	808																ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2377																PAK3 (ENSRBIG00000033040) ##22	CAPN6 (ENSRBIG00000034926)	ENSRBIG00000025905
Golden snub-nosed monkey	DUPLICATION
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1560																ENSRROG00000020205 ##22
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	3254																ENSRROG00000033933 ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00940000166730	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a
Tree shrew	MODERN SPECIES	4512																ENSTBEG00000010806 ##22	CAPN6 (ENSTBEG00000011875)	DCX (ENSTBEG00000012609)
Glires	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00940000166730	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a	ENSGT00390000018873	ENSGT00940000154359.f	ENSGT00940000157557
Rabbit	MODERN SPECIES	1401	VSIG1 (ENSOCUG00000010826)	ENSOCUG00000010837	ATG4A (ENSOCUG00000010839)	COL4A6 (ENSOCUG00000010845)	COL4A5 (ENSOCUG00000010874)	ENSOCUG00000021641	IRS4 (ENSOCUG00000010909)	GUCY2F (ENSOCUG00000009664)	NXT2 (ENSOCUG00000008261)	KCNE5 (ENSOCUG00000005007)	ACSL4 (ENSOCUG00000005010)	TMEM164 (ENSOCUG00000016955)	AMMECR1 (ENSOCUG00000016969)	RTL9 (ENSOCUG00000007104)	CHRDL1 (ENSOCUG00000006145)	PAK3 (ENSOCUG00000007033) ##22	CAPN6 (ENSOCUG00000005540)	DCX (ENSOCUG00000007042)	ENSOCUG00000034349	SERTM2 (ENSOCUG00000037981)	ENSOCUG00000027030	ENSOCUG00000009237	ENSOCUG00000000232	TRPC5 (ENSOCUG00000009245)	ENSOCUG00000036610	ENSOCUG00000024931	RTL4 (ENSOCUG00000005364)	ENSOCUG00000027921	LHFPL1 (ENSOCUG00000013710)	AMOT (ENSOCUG00000004881)	ENSOCUG00000036470
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000161342.u	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000161342.u	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00910000145143	ENSGT00950000183097.a.a.a
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000161342.u	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00910000145143	ENSGT00950000183097.a.a.a
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000161342.u	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a	ENSGT00940000159688
Golden Hamster	MODERN SPECIES	745	Psmd10 (ENSMAUG00000012581)	ENSMAUG00000014550	Col4a6 (ENSMAUG00000001918)	ENSMAUG00000011654	ENSMAUG00000011329	Irs4 (ENSMAUG00000010137)	Gucy2f (ENSMAUG00000016927)	Nxt2 (ENSMAUG00000000496)	ENSMAUG00000002244	Kcne1l (ENSMAUG00000002617)	Acsl4 (ENSMAUG00000009708)	Tmem164 (ENSMAUG00000014875)	Ammecr1 (ENSMAUG00000020095)	Rtl9 (ENSMAUG00000009482)	Chrdl1 (ENSMAUG00000018196)	Pak3 (ENSMAUG00000008848) ##22	Capn6 (ENSMAUG00000014745)	Dcx (ENSMAUG00000017484)	A730046J19Rik (ENSMAUG00000003887)	Trpc5 (ENSMAUG00000011924)	ENSMAUG00000021588	Rtl4 (ENSMAUG00000011628)	Lhfpl1 (ENSMAUG00000020989)	Amot (ENSMAUG00000001101)	ENSMAUG00000017051	Htr2c (ENSMAUG00000009530)	Il13ra2 (ENSMAUG00000014963)	ENSMAUG00000019239
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	16	ENSCGRG00001020592	Col4a6 (ENSCGRG00001011929)	ENSCGRG00001012030	Col4a5 (ENSCGRG00001019399)	Irs4 (ENSCGRG00001006116)	Gucy2f (ENSCGRG00001015149)	Nxt2 (ENSCGRG00001021749)	Kcne1l (ENSCGRG00001007989)	ENSCGRG00001015511	ENSCGRG00001017569	ENSCGRG00001012903	Tmem164 (ENSCGRG00001016700)	Ammecr1 (ENSCGRG00001019255)	Rtl9 (ENSCGRG00001015732)	Chrdl1 (ENSCGRG00001007850)	Pak3 (ENSCGRG00001007086) ##22	Capn6 (ENSCGRG00001000367)	Dcx (ENSCGRG00001011905)	A730046J19Rik (ENSCGRG00001002453)	Glt28d2 (ENSCGRG00001017525)	Trpc5os (ENSCGRG00001011623)	Trpc5 (ENSCGRG00001002419)	Rtl4 (ENSCGRG00001001788)	Lhfpl1 (ENSCGRG00001022195)	Amot (ENSCGRG00001022119)	ENSCGRG00001021667	ENSCGRG00001019270	ENSCGRG00001012570	Htr2c (ENSCGRG00001017187)	Il13ra2 (ENSCGRG00001001265)	Lrch2 (ENSCGRG00001020464)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	51	ENSGT00940000161342.u	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00910000145143	ENSGT00950000183097.a.a.a
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	475	Psmd10 (ENSPEMG00000015957)	ENSPEMG00000000703	Col4a6 (ENSPEMG00000007750)	Col4a5 (ENSPEMG00000015542)	Irs4 (ENSPEMG00000030846)	Gucy2f (ENSPEMG00000000755)	Nxt2 (ENSPEMG00000026144)	Kcne1l (ENSPEMG00000013926)	ENSPEMG00000014028	Acsl4 (ENSPEMG00000016596)	ENSPEMG00000015062	Tmem164 (ENSPEMG00000029319)	Ammecr1 (ENSPEMG00000025759)	Rtl9 (ENSPEMG00000012678)	Chrdl1 (ENSPEMG00000018110)	Pak3 (ENSPEMG00000006788) ##22	Capn6 (ENSPEMG00000002669)	Dcx (ENSPEMG00000024301)	A730046J19Rik (ENSPEMG00000013845)	Glt28d2 (ENSPEMG00000028682)	ENSPEMG00000026719	Trpc5os (ENSPEMG00000024453)	Trpc5 (ENSPEMG00000016666)	Rtl4 (ENSPEMG00000014794)	ENSPEMG00000026774	ENSPEMG00000026868	Lhfpl1 (ENSPEMG00000031060)	Amot (ENSPEMG00000009135)	ENSPEMG00000029369	ENSPEMG00000027327	ENSPEMG00000029813
Prairie vole	MODERN SPECIES	175															Chrdl1 (ENSMOCG00000011129)	Pak3 (ENSMOCG00000014589) ##22	Capn6 (ENSMOCG00000007269)	Dcx (ENSMOCG00000016253)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000161342.u	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00910000145143	ENSGT00950000183097.a.a.a
Mus	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000161342.u	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00510000049526	ENSGT00940000159912	ENSGT00530000063540.a
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a.h	ENSGT00530000063000.a.b.a.g	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00510000049526	ENSGT00940000159912	ENSGT00530000063540.a
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000161342.u	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a.g	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00510000049526	ENSGT00940000159912	ENSGT00530000063540.a
Mouse	MODERN SPECIES	37	Tex13b (ENSMUSG00000042386)	Vsig1 (ENSMUSG00000031430)	Psmd10 (ENSMUSG00000031429)	Atg4a (ENSMUSG00000079418)	Col4a6 (ENSMUSG00000031273)	Col4a5 (ENSMUSG00000031274)	Irs4 (ENSMUSG00000054667)	Gucy2f (ENSMUSG00000042282)	Nxt2 (ENSMUSG00000042271)	Kcne1l (ENSMUSG00000090122)	Acsl4 (ENSMUSG00000031278)	Tmem164 (ENSMUSG00000047045)	Ammecr1 (ENSMUSG00000042225)	Rtl9 (ENSMUSG00000085584)	Chrdl1 (ENSMUSG00000031283)	Pak3 (ENSMUSG00000031284) ##22	Capn6 (ENSMUSG00000067276)	Dcx (ENSMUSG00000031285)	A730046J19Rik (ENSMUSG00000085139)	Alg13 (ENSMUSG00000041718)	Trpc5 (ENSMUSG00000041710)	Trpc5os (ENSMUSG00000072934)	Rtl4 (ENSMUSG00000071679)	Lhfpl1 (ENSMUSG00000041700)	Amot (ENSMUSG00000041688)	Htr2c (ENSMUSG00000041380)	Il13ra2 (ENSMUSG00000031289)	Vmn1r239-ps (ENSMUSG00000067262)	Lrch2 (ENSMUSG00000031290)	Gm15128 (ENSMUSG00000095872)	Gm15080 (ENSMUSG00000072931)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000161342.u	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a.g	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00510000047493.e	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00510000049526	ENSGT00940000159912	ENSGT00530000063540.a	ENSGT00950000182835.c.c	ENSGT00940000162763
spretus	MODERN SPECIES	19	Vsig1 (MGP_SPRETEiJ_G0034625)	Psmd10 (MGP_SPRETEiJ_G0034626)	MGP_SPRETEiJ_G0034627	MGP_SPRETEiJ_G0034628	Col4a6 (MGP_SPRETEiJ_G0034629)	Col4a5 (MGP_SPRETEiJ_G0034630)	Irs4 (MGP_SPRETEiJ_G0034631)	Gucy2f (MGP_SPRETEiJ_G0034633)	Nxt2 (MGP_SPRETEiJ_G0034634)	Kcne1l (MGP_SPRETEiJ_G0034635)	Acsl4 (MGP_SPRETEiJ_G0034636)	Tmem164 (MGP_SPRETEiJ_G0034637)	Ammecr1 (MGP_SPRETEiJ_G0034638)	Rtl9 (MGP_SPRETEiJ_G0034639)	Chrdl1 (MGP_SPRETEiJ_G0034640)	Pak3 (MGP_SPRETEiJ_G0034641) ##22	Capn6 (MGP_SPRETEiJ_G0034642)	Dcx (MGP_SPRETEiJ_G0034643)	MGP_SPRETEiJ_G0034644	Trpc5 (MGP_SPRETEiJ_G0034645)	MGP_SPRETEiJ_G0034646	Rtl4 (MGP_SPRETEiJ_G0034647)	Lhfpl1 (MGP_SPRETEiJ_G0034648)	Amot (MGP_SPRETEiJ_G0034649)	Htr2c (MGP_SPRETEiJ_G0034650)	Il13ra2 (MGP_SPRETEiJ_G0034651)	Lrch2 (MGP_SPRETEiJ_G0034652)	Tmem29 (MGP_SPRETEiJ_G0034653)	Apex2 (MGP_SPRETEiJ_G0034654)	Alas2 (MGP_SPRETEiJ_G0034655)	Pfkfb1 (MGP_SPRETEiJ_G0034656)
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2602															ENSMSIG00000020969	Pak3 (ENSMSIG00000020998) ##22	Capn6 (ENSMSIG00000022869)	Dcx (ENSMSIG00000022892)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	19	Tex13b (MGP_CAROLIEiJ_G0033454)	Vsig1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033455)	Psmd10 (MGP_CAROLIEiJ_G0033456)	MGP_CAROLIEiJ_G0033457	Col4a6 (MGP_CAROLIEiJ_G0033458)	Col4a5 (MGP_CAROLIEiJ_G0033459)	Irs4 (MGP_CAROLIEiJ_G0033460)	Gucy2f (MGP_CAROLIEiJ_G0033462)	Nxt2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033463)	Kcne1l (MGP_CAROLIEiJ_G0033464)	Acsl4 (MGP_CAROLIEiJ_G0033465)	Tmem164 (MGP_CAROLIEiJ_G0033466)	Ammecr1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033467)	Rtl9 (MGP_CAROLIEiJ_G0033468)	Chrdl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033469)	Pak3 (MGP_CAROLIEiJ_G0033470) ##22	Capn6 (MGP_CAROLIEiJ_G0033471)	Dcx (MGP_CAROLIEiJ_G0033472)	MGP_CAROLIEiJ_G0033473	Trpc5 (MGP_CAROLIEiJ_G0033474)	Rtl4 (MGP_CAROLIEiJ_G0033475)	Lhfpl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033476)	Amot (MGP_CAROLIEiJ_G0033477)	MGP_CAROLIEiJ_G0033478	MGP_CAROLIEiJ_G0033479	Htr2c (MGP_CAROLIEiJ_G0033480)	Il13ra2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033481)	Lrch2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033482)	Tmem29 (MGP_CAROLIEiJ_G0033483)	Apex2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033484)	Alas2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033485)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	23	Vsig1 (MGP_PahariEiJ_G0031994)	Psmd10 (MGP_PahariEiJ_G0031995)	MGP_PahariEiJ_G0031996	MGP_PahariEiJ_G0031997	Col4a6 (MGP_PahariEiJ_G0031998)	Col4a5 (MGP_PahariEiJ_G0031999)	Irs4 (MGP_PahariEiJ_G0032000)	Gucy2f (MGP_PahariEiJ_G0032002)	Nxt2 (MGP_PahariEiJ_G0032003)	Kcne1l (MGP_PahariEiJ_G0032004)	Acsl4 (MGP_PahariEiJ_G0032005)	Tmem164 (MGP_PahariEiJ_G0032006)	Ammecr1 (MGP_PahariEiJ_G0032007)	Rtl9 (MGP_PahariEiJ_G0032008)	Chrdl1 (MGP_PahariEiJ_G0032009)	Pak3 (MGP_PahariEiJ_G0032010) ##22	Capn6 (MGP_PahariEiJ_G0032011)	Dcx (MGP_PahariEiJ_G0032012)	MGP_PahariEiJ_G0032013	MGP_PahariEiJ_G0032014	Trpc5 (MGP_PahariEiJ_G0032015)	Rtl4 (MGP_PahariEiJ_G0032016)	Lhfpl1 (MGP_PahariEiJ_G0032017)	Amot (MGP_PahariEiJ_G0032018)	Htr2c (MGP_PahariEiJ_G0032019)	Il13ra2 (MGP_PahariEiJ_G0032020)	Lrch2 (MGP_PahariEiJ_G0032021)	Tmem29 (MGP_PahariEiJ_G0032022)	Apex2 (MGP_PahariEiJ_G0032023)	Alas2 (MGP_PahariEiJ_G0032024)	Pfkfb1 (MGP_PahariEiJ_G0032025)
Rat	MODERN SPECIES	46	AABR07040855.1 (ENSRNOG00000051669)	AABR07040864.1 (ENSRNOG00000050960)	Col4a6 (ENSRNOG00000056772)	LOC103690888 (ENSRNOG00000039192)	Col4a5 (ENSRNOG00000018951)	AABR07040892.1 (ENSRNOG00000039203)	Gucy2f (ENSRNOG00000019086)	Nxt2 (ENSRNOG00000019168)	Kcne5 (ENSRNOG00000019176)	Acsl4 (ENSRNOG00000019180)	LOC103690889 (ENSRNOG00000066509)	Tmem164 (ENSRNOG00000012787)	Ammecr1 (ENSRNOG00000022166)	Rtl9 (ENSRNOG00000049853)	Chrdl1 (ENSRNOG00000004330)	Pak3 (ENSRNOG00000004676) ##22	Capn6 (ENSRNOG00000004882)	Dcx (ENSRNOG00000047712)	LOC108349189 (ENSRNOG00000067072)	AABR07040944.1 (ENSRNOG00000005430)	LOC100361756 (ENSRNOG00000051310)	LOC100361854 (ENSRNOG00000029512)	Alg13 (ENSRNOG00000065758)	LOC108349244 (ENSRNOG00000005753)	Trpc5 (ENSRNOG00000027233)	Trpc5os (ENSRNOG00000064383)	Rtl4 (ENSRNOG00000031638)	Lhfpl1 (ENSRNOG00000027601)	Amot (ENSRNOG00000007345)	ENSRNOG00000065631	ENSRNOG00000065464
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1652	Tex13b (ENSNGAG00000011981)	Vsig1 (ENSNGAG00000023073)	Psmd10 (ENSNGAG00000011520)	ENSNGAG00000024091	Col4a6 (ENSNGAG00000003319)	Col4a5 (ENSNGAG00000021360)	Irs4 (ENSNGAG00000016839)	ENSNGAG00000021552	Nxt2 (ENSNGAG00000015935)	Kcne1l (ENSNGAG00000012321)	Acsl4 (ENSNGAG00000010499)	Tmem164 (ENSNGAG00000022490)	Ammecr1 (ENSNGAG00000019675)	Rtl9 (ENSNGAG00000015749)	Chrdl1 (ENSNGAG00000019338)	Pak3 (ENSNGAG00000019274) ##22	Capn6 (ENSNGAG00000011749)	Dcx (ENSNGAG00000001515)	A730046J19Rik (ENSNGAG00000011672)	ENSNGAG00000021230
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	69	Vsig1 (ENSJJAG00000023660)	ENSJJAG00000024402	ENSJJAG00000016735	Col4a6 (ENSJJAG00000009572)	Col4a5 (ENSJJAG00000016139)	Irs4 (ENSJJAG00000019173)	Gucy2f (ENSJJAG00000013450)	ENSJJAG00000000326	Kcne1l (ENSJJAG00000010943)	Acsl4 (ENSJJAG00000019922)	ENSJJAG00000021750	Tmem164 (ENSJJAG00000000642)	Ammecr1 (ENSJJAG00000021786)	Rtl9 (ENSJJAG00000006610)	Chrdl1 (ENSJJAG00000006431)	Pak3 (ENSJJAG00000013664) ##22	Capn6 (ENSJJAG00000014765)	Dcx (ENSJJAG00000015630)	A730046J19Rik (ENSJJAG00000010844)	Glt28d2 (ENSJJAG00000013741)	Trpc5 (ENSJJAG00000024433)	Lhfpl1 (ENSJJAG00000015318)	ENSJJAG00000012278	ENSJJAG00000018212	ENSJJAG00000017574	ENSJJAG00000020933	Htr2c (ENSJJAG00000024036)	ENSJJAG00000023972	ENSJJAG00000011564	Il13ra2 (ENSJJAG00000022912)	Lrch2 (ENSJJAG00000009205)
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	407	ENSDORG00000014534	Tsc22d3 (ENSDORG00000026952)	Mid2 (ENSDORG00000011851)	Vsig1 (ENSDORG00000001339)	Psmd10 (ENSDORG00000029461)	ENSDORG00000012599	Col4a6 (ENSDORG00000012601)	Col4a5 (ENSDORG00000012606)	Irs4 (ENSDORG00000012611)	Gucy2f (ENSDORG00000002237)	Nxt2 (ENSDORG00000010714)	Acsl4 (ENSDORG00000014705)	ENSDORG00000027335	Ammecr1 (ENSDORG00000029107)	Chrdl1 (ENSDORG00000011689)	Pak3 (ENSDORG00000002009) ##22	Capn6 (ENSDORG00000002013)	Dcx (ENSDORG00000011671)	ENSDORG00000025679	Trpc5 (ENSDORG00000012318)	Lhfpl1 (ENSDORG00000030227)	ENSDORG00000002621	ENSDORG00000010579	ENSDORG00000024947	ENSDORG00000000877
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT00390000010165.i.b.b.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a	ENSGT00940000159688
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00940000161342.y.a	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT00390000010165.i.b.b.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a	ENSGT00940000159688
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	98	ENSGT00940000161342.y.a	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	197	ENSCLAG00000001208	ENSCLAG00000001160	VSIG1 (ENSCLAG00000001121)	PSMD10 (ENSCLAG00000000891)	ATG4A (ENSCLAG00000001858)	COL4A6 (ENSCLAG00000002802)	COL4A5 (ENSCLAG00000001358)	IRS4 (ENSCLAG00000001556)	GUCY2F (ENSCLAG00000001419)	NXT2 (ENSCLAG00000001175)	ACSL4 (ENSCLAG00000006635)	TMEM164 (ENSCLAG00000005930)	AMMECR1 (ENSCLAG00000005053)	RTL9 (ENSCLAG00000003840)	CHRDL1 (ENSCLAG00000003267)	PAK3 (ENSCLAG00000001085) ##22	CAPN6 (ENSCLAG00000000830)	DCX (ENSCLAG00000000751)	SERTM2 (ENSCLAG00000017461)	ALG13 (ENSCLAG00000002938)	ENSCLAG00000002699	TRPC5 (ENSCLAG00000001472)	LHFPL1 (ENSCLAG00000001375)	AMOT (ENSCLAG00000001284)	ENSCLAG00000001156	HTR2C (ENSCLAG00000000849)	IL13RA2 (ENSCLAG00000001035)	LRCH2 (ENSCLAG00000001130)	PLS3 (ENSCLAG00000001460)
Degu	MODERN SPECIES	158			GUCY2F (ENSODEG00000013232)	ENSODEG00000020053	NXT2 (ENSODEG00000012049)	ACSL4 (ENSODEG00000013319)	ENSODEG00000020116	ENSODEG00000012447	ENSODEG00000013425	TMEM164 (ENSODEG00000013344)	AMMECR1 (ENSODEG00000012719)	ENSODEG00000012624	ENSODEG00000012689	CHRDL1 (ENSODEG00000011617)	ENSODEG00000013633	PAK3 (ENSODEG00000012531) ##22	CAPN6 (ENSODEG00000012108)	ENSODEG00000013976	DCX (ENSODEG00000012450)	SERTM2 (ENSODEG00000020055)	ENSODEG00000011583	TRPC5 (ENSODEG00000015042)	LHFPL1 (ENSODEG00000012333)	AMOT (ENSODEG00000011962)	ENSODEG00000012271	ENSODEG00000011733	ENSODEG00000012804	ENSODEG00000012999	ENSODEG00000012702	ENSODEG00000011755	HTR2C (ENSODEG00000012130)
Guinea pig	MODERN SPECIES	46	MID2 (ENSCPOG00000015240)	ENSCPOG00000039495	VSIG1 (ENSCPOG00000001934)	ENSCPOG00000015068	ATG4A (ENSCPOG00000037759)	COL4A6 (ENSCPOG00000015073)	COL4A5 (ENSCPOG00000015081)	IRS4 (ENSCPOG00000007683)	GUCY2F (ENSCPOG00000006348)	NXT2 (ENSCPOG00000035559)	ACSL4 (ENSCPOG00000001545)	TMEM164 (ENSCPOG00000040500)	AMMECR1 (ENSCPOG00000039179)	ENSCPOG00000005409	CHRDL1 (ENSCPOG00000006712)	PAK3 (ENSCPOG00000000651) ##22	CAPN6 (ENSCPOG00000000652)	DCX (ENSCPOG00000000654)	SERTM2 (ENSCPOG00000032491)	ALG13 (ENSCPOG00000011983)	TRPC5 (ENSCPOG00000013454)	LHFPL1 (ENSCPOG00000001448)	AMOT (ENSCPOG00000004754)	HTR2C (ENSCPOG00000037536)	IL13RA2 (ENSCPOG00000004374)	LRCH2 (ENSCPOG00000037426)	PLS3 (ENSCPOG00000008293)	ENSCPOG00000027061	ENSCPOG00000023623	ENSCPOG00000001828	KLHL13 (ENSCPOG00000011268)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	31	ENSHGLG00000044255	ENSHGLG00000049889	ENSHGLG00000047558	ENSHGLG00000001921	ENSHGLG00000040685	KCNE5 (ENSHGLG00000043014)	ACSL4 (ENSHGLG00000001398)	TMEM164 (ENSHGLG00000038193)	AMMECR1 (ENSHGLG00000043998)	ENSHGLG00000000972	RTL9 (ENSHGLG00000005701)	ENSHGLG00000045921	ENSHGLG00000003944	ENSHGLG00000004584	MED15 (ENSHGLG00000003499)	ENSHGLG00000002988 ##22	ENSHGLG00000002897	DCX (ENSHGLG00000042575)	SERTM2 (ENSHGLG00000019847)	ENSHGLG00000037201	ALG13 (ENSHGLG00000027861)	TRPC5 (ENSHGLG00000001204)	TRPC5OS (ENSHGLG00000049837)	ENSHGLG00000035558	ENSHGLG00000001034	ENSHGLG00000019946	ENSHGLG00000046647	ENSHGLG00000048878	LHFPL1 (ENSHGLG00000013759)	ENSHGLG00000012297	ENSHGLG00000013791
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000159460	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381.n	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	156	ENSSVLG00005018767	VSIG1 (ENSSVLG00005018599)	ENSSVLG00005018463	ATG4A (ENSSVLG00005018356)	COL4A6 (ENSSVLG00005016702)	COL4A5 (ENSSVLG00005016312)	IRS4 (ENSSVLG00005016248)	ENSSVLG00005016235	ENSSVLG00005016140	KCNE5 (ENSSVLG00005016121)	ACSL4 (ENSSVLG00005016072)	TMEM164 (ENSSVLG00005015957)	AMMECR1 (ENSSVLG00005015876)	RTL9 (ENSSVLG00005015811)	CHRDL1 (ENSSVLG00005015623)	PAK3 (ENSSVLG00005015386) ##22	CAPN6 (ENSSVLG00005015179)	DCX (ENSSVLG00005015055)	SERTM2 (ENSSVLG00005015020)	ENSSVLG00005014968	ALG13 (ENSSVLG00005014257)	ENSSVLG00005014045	ENSSVLG00005013966	TRPC5OS (ENSSVLG00005013928)	TRPC5 (ENSSVLG00005013851)	RTL4 (ENSSVLG00005013764)	ENSSVLG00005013733	ENSSVLG00005013685	LHFPL1 (ENSSVLG00005013627)	AMOT (ENSSVLG00005013525)	ENSSVLG00005019330
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	69	ENSGT00940000159460	ENSGT00940000161342.cb	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a.bb	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381.n	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	93	ENSGT00940000159460	ENSGT00940000161342.cb	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a.bb	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381.n.b	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430.q	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a
Squirrel	MODERN SPECIES	99	ENSSTOG00000031858	VSIG1 (ENSSTOG00000003778)	ENSSTOG00000003783	ATG4A (ENSSTOG00000003796)	COL4A6 (ENSSTOG00000003821)	COL4A5 (ENSSTOG00000003885)	IRS4 (ENSSTOG00000021221)	NXT2 (ENSSTOG00000005243)	KCNE5 (ENSSTOG00000012417)	ACSL4 (ENSSTOG00000005275)	ENSSTOG00000024954	AMMECR1 (ENSSTOG00000022399)	RTL9 (ENSSTOG00000031130)	ENSSTOG00000030479	CHRDL1 (ENSSTOG00000005306)	PAK3 (ENSSTOG00000025028) ##22	CAPN6 (ENSSTOG00000009478)	DCX (ENSSTOG00000023293)	ENSSTOG00000022208	SERTM2 (ENSSTOG00000033966)	ALG13 (ENSSTOG00000006799)	TRPC5 (ENSSTOG00000001320)	LHFPL1 (ENSSTOG00000005325)	AMOT (ENSSTOG00000024875)	ENSSTOG00000000807	HTR2C (ENSSTOG00000028990)	IL13RA2 (ENSSTOG00000016274)	LRCH2 (ENSSTOG00000008074)	ENSSTOG00000033383	PLS3 (ENSSTOG00000006476)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	174								ENSUPAG00010013727	KCNE5 (ENSUPAG00010013743)	ACSL4 (ENSUPAG00010013746)	ENSUPAG00010013820	ENSUPAG00010013825	AMMECR1 (ENSUPAG00010013874)	RTL9 (ENSUPAG00010013891)	CHRDL1 (ENSUPAG00010013902)	PAK3 (ENSUPAG00010013922) ##22	CAPN6 (ENSUPAG00010014155)	DCX (ENSUPAG00010014168)	SERTM2 (ENSUPAG00010014201)	ENSUPAG00010014204	ALG13 (ENSUPAG00010014212)	TRPC5 (ENSUPAG00010014253)	TRPC5OS (ENSUPAG00010014274)	RTL4 (ENSUPAG00010014283)	LHFPL1 (ENSUPAG00010014290)	AMOT (ENSUPAG00010014300)
Alpin marmot	DUPLICATION
Alpin marmot	MODERN SPECIES	49	ENSMMMG00000011301	MID2 (ENSMMMG00000011280)	ENSMMMG00000011273	VSIG1 (ENSMMMG00000011259)	PSMD10 (ENSMMMG00000011243)	ATG4A (ENSMMMG00000011223)	COL4A6 (ENSMMMG00000011150)	COL4A5 (ENSMMMG00000010989)	NXT2 (ENSMMMG00000010976)	KCNE5 (ENSMMMG00000010969)	ACSL4 (ENSMMMG00000010893)	ENSMMMG00000010866	AMMECR1 (ENSMMMG00000010850)	RTL9 (ENSMMMG00000010843)	CHRDL1 (ENSMMMG00000010785)	PAK3 (ENSMMMG00000010353) ##22	CAPN6 (ENSMMMG00000010328)	DCX (ENSMMMG00000010313)	ENSMMMG00000010294	SERTM2 (ENSMMMG00000010287)	ENSMMMG00000010283	ENSMMMG00000010265	ENSMMMG00000010246	ENSMMMG00000010237	TRPC5OS (ENSMMMG00000010228)	ENSMMMG00000010219	RTL4 (ENSMMMG00000010207)	LHFPL1 (ENSMMMG00000010200)	AMOT (ENSMMMG00000010173)	HTR2C (ENSMMMG00000010115)	IL13RA2 (ENSMMMG00000010086)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	13	IPO5 (ENSMMMG00000020830)	ENSMMMG00000020863	MBNL2 (ENSMMMG00000020868)	OXGR1 (ENSMMMG00000021022)	HS6ST3 (ENSMMMG00000021030)	UGGT2 (ENSMMMG00000021056)	DNAJC3 (ENSMMMG00000021085)	DZIP1 (ENSMMMG00000021111)	CLDN10 (ENSMMMG00000021146)	ABCC4 (ENSMMMG00000021172)	GPR180 (ENSMMMG00000021231)	TGDS (ENSMMMG00000021244)	DCT (ENSMMMG00000021259)	GPC6 (ENSMMMG00000021294)	GPC5 (ENSMMMG00000021337)	ENSMMMG00000021355 ##22	SLITRK5 (ENSMMMG00000021362)	GPR12 (ENSMMMG00000021388)	ENSMMMG00000021396	ENSMMMG00000021402	RPL21 (ENSMMMG00000021415)	RASL11A (ENSMMMG00000021424)	GTF3A (ENSMMMG00000021436)	MTIF3 (ENSMMMG00000021440)	LNX2 (ENSMMMG00000021459)	POLR1D (ENSMMMG00000021469)	GSX1 (ENSMMMG00000021480)	CDX2 (ENSMMMG00000021482)	ENSMMMG00000021485	FLT3 (ENSMMMG00000021498)	PAN3 (ENSMMMG00000021592)
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000204264	ENSGT00990000205098
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES	520																ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570
Hedgehog	MODERN SPECIES	8178																ENSEEUG00000003912 ##22
Common shrew	MODERN SPECIES	6187																PAK3 (ENSSARG00000007808) ##22	CAPN6 (ENSSARG00000007834)	ENSSARG00000007855
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000205098	ENSGT00950000183097.a.a.a
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000205098	ENSGT00950000183097.a.a.a
Suina	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000205098	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	13	ENSCWAG00000011449	ENSCWAG00000011647	PSMD10 (ENSCWAG00000011712)	ATG4A (ENSCWAG00000011864)	COL4A6 (ENSCWAG00000012094)	COL4A5 (ENSCWAG00000013966)	ENSCWAG00000014951	NXT2 (ENSCWAG00000014964)	KCNE5 (ENSCWAG00000015049)	ACSL4 (ENSCWAG00000015066)	ENSCWAG00000015203	TMEM164 (ENSCWAG00000015244)	AMMECR1 (ENSCWAG00000015323)	RTL9 (ENSCWAG00000015399)	CHRDL1 (ENSCWAG00000015448)	PAK3 (ENSCWAG00000015653) ##22	CAPN6 (ENSCWAG00000015954)	DCX (ENSCWAG00000016049)	SERTM2 (ENSCWAG00000016129)	ENSCWAG00000016146	ENSCWAG00000016190	TRPC5 (ENSCWAG00000016289)	RTL4 (ENSCWAG00000016426)	LHFPL1 (ENSCWAG00000016438)	AMOT (ENSCWAG00000016473)	HTR2C (ENSCWAG00000000082)	IL13RA2 (ENSCWAG00000000117)	LRCH2 (ENSCWAG00000000257)	ENSCWAG00000000389	PLS3 (ENSCWAG00000000418)	AGTR2 (ENSCWAG00000000504)
Pig	MODERN SPECIES	300	PSMD10 (ENSSSCG00000033180)	ATG4A (ENSSSCG00000012569)	COL4A6 (ENSSSCG00000012571)	COL4A5 (ENSSSCG00000012572)	IRS4 (ENSSSCG00000031027)	ENSSSCG00000049280	ENSSSCG00000044055	NXT2 (ENSSSCG00000012581)	KCNE5 (ENSSSCG00000056007)	ACSL4 (ENSSSCG00000012583)	TMEM164 (ENSSSCG00000037670)	AMMECR1 (ENSSSCG00000037591)	RTL9 (ENSSSCG00000027981)	CHRDL1 (ENSSSCG00000012576)	ENSSSCG00000045489	PAK3 (ENSSSCG00000025306) ##22	CAPN6 (ENSSSCG00000012584)	DCX (ENSSSCG00000012585)	SERTM2 (ENSSSCG00000047465)	ENSSSCG00000059772	ALG13 (ENSSSCG00000012586)	TRPC5 (ENSSSCG00000012587)	RTL4 (ENSSSCG00000012589)	LHFPL1 (ENSSSCG00000012590)	AMOT (ENSSSCG00000012591)	HTR2C (ENSSSCG00000012593)	IL13RA2 (ENSSSCG00000012594)	LRCH2 (ENSSSCG00000012595)	ENSSSCG00000044651	PLS3 (ENSSSCG00000012597)	AGTR2 (ENSSSCG00000012600)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000205098	ENSGT00950000183097.a.a.a
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000205098	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00960000186788.d	ENSGT00530000063867.a.b.l	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000205098
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000165066	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00960000186788.d	ENSGT00940000153112.E.f.a.b	ENSGT00530000063867.a.b.l	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000162146.a	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00960000186788.d	ENSGT00940000153112.E.f.a.b	ENSGT00530000063867.a.b.l	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000162146.a	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000156770.lb.b	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00960000186788.d	ENSGT00940000153112.E.f.a.b	ENSGT00530000063867.a.b.l	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a.h	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000162146.a	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000156770.lb.b	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00960000186788.d	ENSGT00940000153112.E.f.a.b	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000205098
Beluga whale	MODERN SPECIES	68	ATG4A (ENSDLEG00000008623)	ENSDLEG00000008576	ENSDLEG00000008489	IRS4 (ENSDLEG00000008459)	ENSDLEG00000008397	ENSDLEG00000008377	ENSDLEG00000008280	NXT2 (ENSDLEG00000008243)	KCNE5 (ENSDLEG00000008224)	ACSL4 (ENSDLEG00000008163)	TMEM164 (ENSDLEG00000008120)	AMMECR1 (ENSDLEG00000008096)	RTL9 (ENSDLEG00000008077)	ENSDLEG00000008071	CHRDL1 (ENSDLEG00000008053)	PAK3 (ENSDLEG00000008019) ##22	CAPN6 (ENSDLEG00000007989)	DCX (ENSDLEG00000007975)	ENSDLEG00000007935	ENSDLEG00000007922	ALG13 (ENSDLEG00000021935)	TRPC5OS (ENSDLEG00000021934)	TRPC5 (ENSDLEG00000021932)	LHFPL1 (ENSDLEG00000021931)	AMOT (ENSDLEG00000021930)	ENSDLEG00000021929	ENSDLEG00000021927	HTR2C (ENSDLEG00000021923)	IL13RA2 (ENSDLEG00000021922)	LRCH2 (ENSDLEG00000021920)	PLS3 (ENSDLEG00000021919)
Narwhal	MODERN SPECIES	309	ENSMMNG00015017283	ENSMMNG00015017307	ENSMMNG00015017354	ATG4A (ENSMMNG00015017496)	COL4A6 (ENSMMNG00015017736)	COL4A5 (ENSMMNG00015018405)	GUCY2F (ENSMMNG00015018493)	NXT2 (ENSMMNG00015018549)	KCNE5 (ENSMMNG00015018595)	ACSL4 (ENSMMNG00015018608)	TMEM164 (ENSMMNG00015018662)	AMMECR1 (ENSMMNG00015018713)	RTL9 (ENSMMNG00015018778)	ENSMMNG00015018800	CHRDL1 (ENSMMNG00015018821)	PAK3 (ENSMMNG00015018902) ##22	CAPN6 (ENSMMNG00015019027)	DCX (ENSMMNG00015019064)	SERTM2 (ENSMMNG00015019086)	ENSMMNG00015019094	ENSMMNG00015019108	ENSMMNG00015019125	TRPC5 (ENSMMNG00015019150)	LHFPL1 (ENSMMNG00015019189)	AMOT (ENSMMNG00015019213)	ENSMMNG00015019248	ENSMMNG00015019277	ENSMMNG00015019301	ENSMMNG00015019316	ENSMMNG00015019348	HTR2C (ENSMMNG00015019368)
Vaquita	MODERN SPECIES	34	VSIG1 (ENSPSNG00000018782)	PSMD10 (ENSPSNG00000018937)	ATG4A (ENSPSNG00000019080)	COL4A6 (ENSPSNG00000019403)	COL4A5 (ENSPSNG00000020340)	ENSPSNG00000020548	GUCY2F (ENSPSNG00000020578)	NXT2 (ENSPSNG00000020665)	KCNE5 (ENSPSNG00000020725)	ACSL4 (ENSPSNG00000020752)	TMEM164 (ENSPSNG00000020818)	AMMECR1 (ENSPSNG00000020894)	RTL9 (ENSPSNG00000020951)	ENSPSNG00000020977	CHRDL1 (ENSPSNG00000021005)	PAK3 (ENSPSNG00000021091) ##22	CAPN6 (ENSPSNG00000021230)	DCX (ENSPSNG00000021278)	SERTM2 (ENSPSNG00000021326)	ENSPSNG00000021341	ENSPSNG00000021364	TRPC5 (ENSPSNG00000021455)	TRPC5OS (ENSPSNG00000021486)	LHFPL1 (ENSPSNG00000021498)	AMOT (ENSPSNG00000021532)	ENSPSNG00000021637	HTR2C (ENSPSNG00000021689)	IL13RA2 (ENSPSNG00000021706)	LRCH2 (ENSPSNG00000021742)	ENSPSNG00000021897	PLS3 (ENSPSNG00000013518)
Dolphin	MODERN SPECIES	3153															CHRDL1 (ENSTTRG00000012805)	PAK3 (ENSTTRG00000012815) ##22	CAPN6 (ENSTTRG00000012822)	DCX (ENSTTRG00000012828)
Sperm whale	MODERN SPECIES	13	ENSPCTG00005012628	ENSPCTG00005012678	VSIG1 (ENSPCTG00005012715)	PSMD10 (ENSPCTG00005012872)	ATG4A (ENSPCTG00005013070)	COL4A6 (ENSPCTG00005013387)	COL4A5 (ENSPCTG00005014781)	GUCY2F (ENSPCTG00005016351)	ENSPCTG00005016592	KCNE5 (ENSPCTG00005016659)	ACSL4 (ENSPCTG00005016686)	TMEM164 (ENSPCTG00005016931)	AMMECR1 (ENSPCTG00005017026)	RTL9 (ENSPCTG00005017135)	CHRDL1 (ENSPCTG00005017208)	PAK3 (ENSPCTG00005017376) ##22	CAPN6 (ENSPCTG00005018044)	DCX (ENSPCTG00005018154)	SERTM2 (ENSPCTG00005018296)	ENSPCTG00005018317	ENSPCTG00005018381	TRPC5 (ENSPCTG00005018418)	TRPC5OS (ENSPCTG00005018526)	LHFPL1 (ENSPCTG00005018541)	AMOT (ENSPCTG00005018591)	ENSPCTG00005018625	ENSPCTG00005018644	ENSPCTG00005018673	HTR2C (ENSPCTG00005018732)	ENSPCTG00005018780	IL13RA2 (ENSPCTG00005018796)
Blue whale	MODERN SPECIES	40	ENSBMSG00010017792	VSIG1 (ENSBMSG00010017855)	PSMD10 (ENSBMSG00010017954)	ATG4A (ENSBMSG00010018052)	COL4A6 (ENSBMSG00010018313)	COL4A5 (ENSBMSG00010018902)	IRS4 (ENSBMSG00010019051)	GUCY2F (ENSBMSG00010019081)	NXT2 (ENSBMSG00010019164)	KCNE5 (ENSBMSG00010019270)	ACSL4 (ENSBMSG00010019295)	TMEM164 (ENSBMSG00010019348)	AMMECR1 (ENSBMSG00010019457)	RTL9 (ENSBMSG00010019547)	CHRDL1 (ENSBMSG00010019621)	PAK3 (ENSBMSG00010019823) ##22	CAPN6 (ENSBMSG00010020368)	DCX (ENSBMSG00010020407)	SERTM2 (ENSBMSG00010020446)	ENSBMSG00010020458	ENSBMSG00010020518	ALG13 (ENSBMSG00010020485)	TRPC5 (ENSBMSG00010020538)	TRPC5OS (ENSBMSG00010020564)	ENSBMSG00010020574	LHFPL1 (ENSBMSG00010020583)	AMOT (ENSBMSG00010020616)	ENSBMSG00010020672	ENSBMSG00010020688	ENSBMSG00010020712	ENSBMSG00010020723
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000161342.q	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000204264	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT00390000005057.h.b
Yarkand deer	MODERN SPECIES	1323	COL4A6 (ENSCHYG00000020193)	COL4A5 (ENSCHYG00000020688)	GUCY2F (ENSCHYG00000021842)	ENSCHYG00000021974	NXT2 (ENSCHYG00000022004)	KCNE5 (ENSCHYG00000022117)	ACSL4 (ENSCHYG00000022149)	ENSCHYG00000022283	ENSCHYG00000022331	TMEM164 (ENSCHYG00000022374)	AMMECR1 (ENSCHYG00000022530)	RTL9 (ENSCHYG00000022673)	CHRDL1 (ENSCHYG00000022713)	ENSCHYG00000022889	ENSCHYG00000022917	PAK3 (ENSCHYG00000022980) ##22	CAPN6 (ENSCHYG00000023258)	DCX (ENSCHYG00000023321)	SERTM2 (ENSCHYG00000023372)	ENSCHYG00000023393	ENSCHYG00000023483	ENSCHYG00000023716	TRPC5OS (ENSCHYG00000023871)	ENSCHYG00000023881	LHFPL1 (ENSCHYG00000023922)	AMOT (ENSCHYG00000023944)	HTR2C (ENSCHYG00000024246)	IL13RA2 (ENSCHYG00000024287)	LRCH2 (ENSCHYG00000008772)	PLS3 (ENSCHYG00000008909)	ENSCHYG00000009546
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000161342.q	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000204264	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT00390000005057.h.b.a
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000165066	ENSGT00940000161604.a.j	ENSGT01100000263506.b.a.o.b	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT00940000159818	ENSGT01050000244888.b.a.c.a
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000161342.q	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039
Bos	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00950000183030.m.a.a.b.a.b	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00390000005057.h.a.b.d	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT00390000001134.b	ENSGT00950000182994.A.n.a
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00950000183030.m.a.a.b.a.b	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00390000005057.h.a.b.d.b.a	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00940000153201.j.u.i.b	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00890000139472.h.a.b	ENSGT00390000005057.h.b.b	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	315	VSIG1 (ENSBIXG00005019135)	PSMD10 (ENSBIXG00005019223)	ATG4A (ENSBIXG00005019258)	COL4A6 (ENSBIXG00005019658)	COL4A5 (ENSBIXG00005003236)	ENSBIXG00005019838	GUCY2F (ENSBIXG00005019910)	NXT2 (ENSBIXG00005002633)	KCNE5 (ENSBIXG00005019958)	ACSL4 (ENSBIXG00005003276)	TMEM164 (ENSBIXG00005020154)	AMMECR1 (ENSBIXG00005003337)	RTL9 (ENSBIXG00005003347)	CHRDL1 (ENSBIXG00005020284)	ENSBIXG00005020332	PAK3 (ENSBIXG00005020682) ##22	CAPN6 (ENSBIXG00005003509)	DCX (ENSBIXG00005003525)	SERTM2 (ENSBIXG00005020867)	ENSBIXG00005020935	ENSBIXG00005021029	TRPC5OS (ENSBIXG00005021048)	TRPC5 (ENSBIXG00005021071)	LHFPL1 (ENSBIXG00005021192)	AMOT (ENSBIXG00005021243)	ENSBIXG00005007729	HTR2C (ENSBIXG00005021329)	ENSBIXG00005007160	ENSBIXG00005005873	ENSBIXG00005021395	IL13RA2 (ENSBIXG00005007068)
Cow	MODERN SPECIES	177	ATG4A (ENSBTAG00000013724)	COL4A6 (ENSBTAG00000013760)	COL4A5 (ENSBTAG00000014575)	IRS4 (ENSBTAG00000006535)	ENSBTAG00000046820	ENSBTAG00000032696	GUCY2F (ENSBTAG00000026003)	NXT2 (ENSBTAG00000020739)	KCNE5 (ENSBTAG00000012319)	ACSL4 (ENSBTAG00000018986)	TMEM164 (ENSBTAG00000037413)	AMMECR1 (ENSBTAG00000022288)	RTL9 (ENSBTAG00000037650)	ENSBTAG00000017978	CHRDL1 (ENSBTAG00000004432)	PAK3 (ENSBTAG00000015670) ##22	CAPN6 (ENSBTAG00000000828)	DCX (ENSBTAG00000019591)	SERTM2 (ENSBTAG00000053463)	ENSBTAG00000004586	ENSBTAG00000015251	TRPC5 (ENSBTAG00000010065)	TRPC5OS (ENSBTAG00000049974)	ENSBTAG00000051180	LHFPL1 (ENSBTAG00000032485)	AMOT (ENSBTAG00000016221)	ENSBTAG00000016688	ENSBTAG00000050670	HTR2C (ENSBTAG00000054073)	ENSBTAG00000055095	ENSBTAG00000053214
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	70	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00950000183030.m.a.a.b.a.b	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00390000005057.h.a.b.d	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00960000190139
Wild yak	MODERN SPECIES	1547																PAK3 (ENSBMUG00000001621) ##22	CAPN6 (ENSBMUG00000001639)	DCX (ENSBMUG00000001714)	SERTM2 (ENSBMUG00000001742)	ENSBMUG00000001781	ENSBMUG00000001818	TRPC5 (ENSBMUG00000001844)	TRPC5OS (ENSBMUG00000001858)	ENSBMUG00000001871
Domestic yak	MODERN SPECIES	69	ATG4A (ENSBGRG00000020889)	COL4A6 (ENSBGRG00000021026)	COL4A5 (ENSBGRG00000021853)	ENSBGRG00000022076	ENSBGRG00000022084	GUCY2F (ENSBGRG00000022105)	NXT2 (ENSBGRG00000022186)	KCNE5 (ENSBGRG00000022231)	ACSL4 (ENSBGRG00000022250)	ENSBGRG00000022376	TMEM164 (ENSBGRG00000022401)	AMMECR1 (ENSBGRG00000022551)	RTL9 (ENSBGRG00000022623)	CHRDL1 (ENSBGRG00000022668)	ENSBGRG00000022953	PAK3 (ENSBGRG00000022996) ##22	CAPN6 (ENSBGRG00000023382)	DCX (ENSBGRG00000023448)	SERTM2 (ENSBGRG00000023522)	ENSBGRG00000023530	ALG13 (ENSBGRG00000023625)	TRPC5 (ENSBGRG00000023665)	TRPC5OS (ENSBGRG00000023756)	ENSBGRG00000023774	LHFPL1 (ENSBGRG00000023789)	AMOT (ENSBGRG00000023864)	HTR2C (ENSBGRG00000024094)	IL13RA2 (ENSBGRG00000024134)	LRCH2 (ENSBGRG00000024233)	ENSBGRG00000024443	PLS3 (ENSBGRG00000024473)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000161604.a.j	ENSGT01100000263506.b.a.o.b	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000185157	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493.m	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT00940000159818	ENSGT01050000244888.b.a.c.a	ENSGT00940000159688
Goat	MODERN SPECIES	30	PSMD10 (ENSCHIG00000009397)	ATG4A (ENSCHIG00000009499)	ENSCHIG00000000450	ENSCHIG00000000415	IRS4 (ENSCHIG00000000380)	ENSCHIG00000018931	GUCY2F (ENSCHIG00000000313)	NXT2 (ENSCHIG00000000279)	SLC25A14 (ENSCHIG00000000242)	GPR119 (ENSCHIG00000018651)	ENSCHIG00000000167	KCNE5 (ENSCHIG00000018584)	ACSL4 (ENSCHIG00000000100)	RTL9 (ENSCHIG00000000061)	ENSCHIG00000011682	PAK3 (ENSCHIG00000022637) ##22	ENSCHIG00000015854	CAPN6 (ENSCHIG00000008347)	ENSCHIG00000021587	ALG13 (ENSCHIG00000016670)	ENSCHIG00000012354	ENSCHIG00000023830	ENSCHIG00000019735	ENSCHIG00000015212	LHFPL1 (ENSCHIG00000011576)	AMOT (ENSCHIG00000023997)	HTR2C (ENSCHIG00000020319)	ENSCHIG00000015832	KLHL4 (ENSCHIG00000011436)	AGTR2 (ENSCHIG00000000805)	ENSCHIG00000021152
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	205	IRS4 (ENSOARG00020016994)	ENSOARG00020016976	ENSOARG00020016956	ENSOARG00020016934	GUCY2F (ENSOARG00020016808)	ENSOARG00020016779	ENSOARG00020016725	KCNE5 (ENSOARG00020016690)	ACSL4 (ENSOARG00020016580)	ENSOARG00020016362	AMMECR1 (ENSOARG00020016240)	ENSOARG00020016206	CHRDL1 (ENSOARG00020015997)	ENSOARG00020015969	ENSOARG00020015948	PAK3 (ENSOARG00020025163) ##22	CAPN6 (ENSOARG00020025095)	DCX (ENSOARG00020025070)	SERTM2 (ENSOARG00020025058)	ENSOARG00020025041	ENSOARG00020025001	TRPC5 (ENSOARG00020024963)	LHFPL1 (ENSOARG00020024951)	AMOT (ENSOARG00020024899)	ENSOARG00020024890	ENSOARG00020024886	HTR2C (ENSOARG00020024867)	IL13RA2 (ENSOARG00020024795)	LRCH2 (ENSOARG00020024628)	PLS3 (ENSOARG00020024402)	KLHL4 (ENSOARG00020024345)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	83																PAK3 (ENSMMSG00000001382) ##22	CAPN6 (ENSMMSG00000001341)	DCX (ENSMMSG00000001309)	SERTM2 (ENSMMSG00000001297)	ENSMMSG00000001271	ENSMMSG00000001241	TRPC5OS (ENSMMSG00000001229)	TRPC5 (ENSMMSG00000001200)	ENSMMSG00000001182	LHFPL1 (ENSMMSG00000001166)	AMOT (ENSMMSG00000001093)	HTR2C (ENSMMSG00000001038)	IL13RA2 (ENSMMSG00000001006)	LRCH2 (ENSMMSG00000000863)	ENSMMSG00000000821	ENSMMSG00000000805
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	85	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00390000018829.h	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232
Arabian camel	MODERN SPECIES	204	PSMD10 (ENSCDRG00005018904)	ATG4A (ENSCDRG00005018854)	COL4A6 (ENSCDRG00005018191)	COL4A5 (ENSCDRG00005016691)	IRS4 (ENSCDRG00005016572)	ENSCDRG00005016532	ENSCDRG00005016513	GUCY2F (ENSCDRG00005016402)	NXT2 (ENSCDRG00005016338)	KCNE5 (ENSCDRG00005016316)	ACSL4 (ENSCDRG00005016247)	TMEM164 (ENSCDRG00005016137)	AMMECR1 (ENSCDRG00005015903)	RTL9 (ENSCDRG00005015853)	CHRDL1 (ENSCDRG00005015526)	PAK3 (ENSCDRG00005015076) ##22	CAPN6 (ENSCDRG00005014954)	DCX (ENSCDRG00005014911)	SERTM2 (ENSCDRG00005014892)	ENSCDRG00005014840	ENSCDRG00005014803	TCEAL8 (ENSCDRG00005014780)	ENSCDRG00005014753	ENSCDRG00005014387	ENSCDRG00005014329	BEX5 (ENSCDRG00005014289)	ENSCDRG00005014277	ENSCDRG00005014266	ZMAT1 (ENSCDRG00005014215)	ENSCDRG00005014085	ENSCDRG00005013581
Alpaca	MODERN SPECIES	2489																PAK3 (ENSVPAG00000002343) ##22	CAPN6 (ENSVPAG00000002344)	ENSVPAG00000002345
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00990000205098	ENSGT00950000183097.a.a.a
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000165469	ENSGT00950000183097.a.a.a
Equus	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000165469	ENSGT00950000183097.a.a.a
Horse	MODERN SPECIES	480	PSMD10 (ENSECAG00000020803)	COL4A6 (ENSECAG00000021274)	COL4A5 (ENSECAG00000034852)	IRS4 (ENSECAG00000011649)	ENSECAG00000054240	GUCY2F (ENSECAG00000013873)	NXT2 (ENSECAG00000015022)	KCNE5 (ENSECAG00000049706)	ACSL4 (ENSECAG00000016854)	TMEM164 (ENSECAG00000007601)	AMMECR1 (ENSECAG00000010802)	ENSECAG00000031434	ENSECAG00000056939	ENSECAG00000054710	CHRDL1 (ENSECAG00000012152)	PAK3 (ENSECAG00000015727) ##22	CAPN6 (ENSECAG00000010869)	DCX (ENSECAG00000018449)	ENSECAG00000032640	ENSECAG00000053523	ENSECAG00000039392	ENSECAG00000056183	ALG13 (ENSECAG00000022134)	TRPC5 (ENSECAG00000023439)	TRPC5OS (ENSECAG00000056999)	RTL4 (ENSECAG00000003482)	LHFPL1 (ENSECAG00000015524)	AMOT (ENSECAG00000015878)	ENSECAG00000051999	HTR2C (ENSECAG00000021540)	IL13RA2 (ENSECAG00000024016)
Donkey	MODERN SPECIES	36	ENSEASG00005019776	VSIG1 (ENSEASG00005019778)	PSMD10 (ENSEASG00005019779)	ATG4A (ENSEASG00005019799)	COL4A6 (ENSEASG00005019950)	COL4A5 (ENSEASG00005012063)	IRS4 (ENSEASG00005024354)	GUCY2F (ENSEASG00005012061)	NXT2 (ENSEASG00005034754)	KCNE5 (ENSEASG00005019564)	ACSL4 (ENSEASG00005008221)	TMEM164 (ENSEASG00005008215)	AMMECR1 (ENSEASG00005008213)	RTL9 (ENSEASG00005035891)	CHRDL1 (ENSEASG00005008211)	PAK3 (ENSEASG00005008209) ##22	CAPN6 (ENSEASG00005008193)	SERTM2 (ENSEASG00005030037)	ENSEASG00005038348	ENSEASG00005038576	TRPC5OS (ENSEASG00005032981)	TRPC5 (ENSEASG00005019621)	RTL4 (ENSEASG00005019628)	LHFPL1 (ENSEASG00005019629)	AMOT (ENSEASG00005019632)	HTR2C (ENSEASG00005020350)	IL13RA2 (ENSEASG00005020346)	LRCH2 (ENSEASG00005017932)	ENSEASG00005038083	PLS3 (ENSEASG00005012825)	AGTR2 (ENSEASG00005029442)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a	ENSGT00940000159688	ENSGT00390000018873
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000159460	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a	ENSGT00940000159688	ENSGT00390000018873	ENSGT00940000154359.f
Microbat	MODERN SPECIES	939	ATG4A (ENSMLUG00000014540)	COL4A6 (ENSMLUG00000014546)	ENSMLUG00000014571	IRS4 (ENSMLUG00000010704)	ENSMLUG00000006258	NXT2 (ENSMLUG00000000631)	KCNE5 (ENSMLUG00000006480)	ACSL4 (ENSMLUG00000006482)	ENSMLUG00000025687	TMEM164 (ENSMLUG00000014053)	ENSMLUG00000026336	ENSMLUG00000014056	RTL9 (ENSMLUG00000000250)	ENSMLUG00000001341	CHRDL1 (ENSMLUG00000003122)	PAK3 (ENSMLUG00000003929) ##22	CAPN6 (ENSMLUG00000005892)	ENSMLUG00000005902	ENSMLUG00000028647	ALG13 (ENSMLUG00000006264)	TRPC5 (ENSMLUG00000003191)	RTL4 (ENSMLUG00000016922)	LHFPL1 (ENSMLUG00000009118)	AMOT (ENSMLUG00000003647)	ENSMLUG00000028246	ENSMLUG00000030503	HTR2C (ENSMLUG00000000264)	IL13RA2 (ENSMLUG00000010477)	ENSMLUG00000025585	LRCH2 (ENSMLUG00000001866)	PLS3 (ENSMLUG00000005398)
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES		ACSL4 (ENSRFEG00010022038)	ENSRFEG00010022035	ENSRFEG00010022033	ENSRFEG00010022030	TMEM164 (ENSRFEG00010022026)	AMMECR1 (ENSRFEG00010022022)	ENSRFEG00010022015	ENSRFEG00010022013	RTL9 (ENSRFEG00010022010)	ENSRFEG00010022008	ENSRFEG00010022006	ENSRFEG00010022003	CHRDL1 (ENSRFEG00010021999)	ENSRFEG00010021996	ENSRFEG00010021993	PAK3 (ENSRFEG00010021980) ##22	CAPN6 (ENSRFEG00010021972)	DCX (ENSRFEG00010021969)	SERTM2 (ENSRFEG00010021965)	ENSRFEG00010021963	ENSRFEG00010021962	TRPC5OS (ENSRFEG00010021959)	TRPC5 (ENSRFEG00010021954)	AMOT (ENSRFEG00010021947)	ENSRFEG00010021943	IL13RA2 (ENSRFEG00010021937)	LRCH2 (ENSRFEG00010021914)	PLS3 (ENSRFEG00010021863)	ENSRFEG00010021854	ENSRFEG00010021846	CT83 (ENSRFEG00010021837)
Megabat	MODERN SPECIES	3075																PAK3 (ENSPVAG00000009498) ##22
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00960000186788	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000157540.A.k.b	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00390000013132.y.b	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00960000186788	ENSGT00440000033468.c.b	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000157540.A.k.b	ENSGT00940000159971
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00390000013132.y.b	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00960000186788	ENSGT00440000033468.c.b	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000157540.A.k.b	ENSGT00940000159971
Tiger	MODERN SPECIES	115												TMEM164 (ENSPTIG00000007988)	AMMECR1 (ENSPTIG00000008007)	RTL9 (ENSPTIG00000008014)	CHRDL1 (ENSPTIG00000008036)	PAK3 (ENSPTIG00000008142) ##22	CAPN6 (ENSPTIG00000008437)	DCX (ENSPTIG00000008450)	SERTM2 (ENSPTIG00000009215)	ALG13 (ENSPTIG00000008516)	TRPC5 (ENSPTIG00000008699)	TRPC5OS (ENSPTIG00000009220)	LHFPL1 (ENSPTIG00000008719)	AMOT (ENSPTIG00000008736)	NACA2 (ENSPTIG00000009233)
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00390000003197.i.b	ENSGT00940000159460	ENSGT00940000161342.h	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00390000013132.y.b	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00960000186788	ENSGT00440000033468.c.b	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000157540.A.k.b	ENSGT00940000159971
leopard	MODERN SPECIES	107	VSIG1 (ENSPPRG00000002007)	PSMD10 (ENSPPRG00000001813)	ATG4A (ENSPPRG00000022382)	COL4A6 (ENSPPRG00000014574)	COL4A5 (ENSPPRG00000001297)	IRS4 (ENSPPRG00000014608)	GUCY2F (ENSPPRG00000024490)	ENSPPRG00000014599	NXT2 (ENSPPRG00000024610)	KCNE5 (ENSPPRG00000014579)	ACSL4 (ENSPPRG00000021454)	TMEM164 (ENSPPRG00000018845)	AMMECR1 (ENSPPRG00000015236)	RTL9 (ENSPPRG00000014437)	CHRDL1 (ENSPPRG00000011933)	PAK3 (ENSPPRG00000009671) ##22	CAPN6 (ENSPPRG00000007646)	DCX (ENSPPRG00000007137)	SERTM2 (ENSPPRG00000014278)	ALG13 (ENSPPRG00000006304)	TRPC5 (ENSPPRG00000002642)	TRPC5OS (ENSPPRG00000022580)	RTL4 (ENSPPRG00000022559)	LHFPL1 (ENSPPRG00000002421)	AMOT (ENSPPRG00000001479)	ENSPPRG00000022472	ENSPPRG00000022460	HTR2C (ENSPPRG00000000141)	ENSPPRG00000023226	IL13RA2 (ENSPPRG00000019917)	LRCH2 (ENSPPRG00000017668)
lion	MODERN SPECIES	88	MID2 (ENSPLOG00000017851)	ENSPLOG00000017786	VSIG1 (ENSPLOG00000017528)	PSMD10 (ENSPLOG00000017284)	ATG4A (ENSPLOG00000017037)	COL4A6 (ENSPLOG00000016848)	ENSPLOG00000016704	NXT2 (ENSPLOG00000016626)	KCNE5 (ENSPLOG00000016601)	ACSL4 (ENSPLOG00000016386)	TMEM164 (ENSPLOG00000016259)	AMMECR1 (ENSPLOG00000016141)	RTL9 (ENSPLOG00000016101)	ENSPLOG00000016080	CHRDL1 (ENSPLOG00000015672)	PAK3 (ENSPLOG00000014863) ##22	CAPN6 (ENSPLOG00000014640)	DCX (ENSPLOG00000014518)	SERTM2 (ENSPLOG00000014493)	ENSPLOG00000014442	ENSPLOG00000014399	TRPC5OS (ENSPLOG00000014375)	TRPC5 (ENSPLOG00000022151)	RTL4 (ENSPLOG00000022145)	LHFPL1 (ENSPLOG00000022139)	AMOT (ENSPLOG00000022107)	ENSPLOG00000022089	ENSPLOG00000022079	ENSPLOG00000022069	HTR2C (ENSPLOG00000022042)	IL13RA2 (ENSPLOG00000022032)
Cat	MODERN SPECIES	252	PSMD10 (ENSFCAG00000024205)	ATG4A (ENSFCAG00000005188)	COL4A6 (ENSFCAG00000005189)	COL4A5 (ENSFCAG00000000758)	ENSFCAG00000033265	IRS4 (ENSFCAG00000000760)	GUCY2F (ENSFCAG00000009035)	ENSFCAG00000025966	NXT2 (ENSFCAG00000035855)	KCNE5 (ENSFCAG00000039634)	ACSL4 (ENSFCAG00000006754)	TMEM164 (ENSFCAG00000023694)	AMMECR1 (ENSFCAG00000042053)	RTL9 (ENSFCAG00000040955)	CHRDL1 (ENSFCAG00000008546)	PAK3 (ENSFCAG00000011506) ##22	CAPN6 (ENSFCAG00000011507)	DCX (ENSFCAG00000004890)	SERTM2 (ENSFCAG00000041919)	ENSFCAG00000010631	ENSFCAG00000053654	TRPC5 (ENSFCAG00000010632)	TRPC5OS (ENSFCAG00000044915)	RTL4 (ENSFCAG00000046538)	LHFPL1 (ENSFCAG00000012493)	ENSFCAG00000030473	AMOT (ENSFCAG00000012495)	ENSFCAG00000040139	ENSFCAG00000014633	ENSFCAG00000046973	HTR2C (ENSFCAG00000038903)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000161342	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00550000075035.o.b	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000157540.A.k.b	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT01030000234866.b.a.a	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00940000154259.l.q.a.b.b	ENSGT00390000007430	ENSGT00940000167717	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00550000075035.o.b	ENSGT00390000005254.i.b.j	ENSGT00950000185126	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000157540.A.k.b	ENSGT00940000159971
Red fox	MODERN SPECIES	106	ATG4A (ENSVVUG00000009993)	COL4A6 (ENSVVUG00000010023)	COL4A5 (ENSVVUG00000010414)	ENSVVUG00000010536	IRS4 (ENSVVUG00000010546)	ENSVVUG00000010560	NXT2 (ENSVVUG00000010575)	ENSVVUG00000010581	ACSL4 (ENSVVUG00000010590)	ENSVVUG00000010605	TMEM164 (ENSVVUG00000010648)	ENSVVUG00000010662	AMMECR1 (ENSVVUG00000010664)	RTL9 (ENSVVUG00000010675)	CHRDL1 (ENSVVUG00000010692)	PAK3 (ENSVVUG00000010723) ##22	CAPN6 (ENSVVUG00000010757)	DCX (ENSVVUG00000010785)	ENSVVUG00000010824	ENSVVUG00000010832	ALG13 (ENSVVUG00000010854)	TRPC5 (ENSVVUG00000010941)	TRPC5OS (ENSVVUG00000010960)
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT01030000234866.b.a.a	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000158012.c.a.a.b.a	ENSGT00940000162146	ENSGT00390000011922.e.a	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00510000047418.q.a	ENSGT00940000157427	ENSGT00940000154259.l.q.a.b.b	ENSGT00390000007430	ENSGT00940000167717	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00390000008947.i	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00510000047493	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00390000018248	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00550000075035.o.b	ENSGT00390000005254.i.b.j	ENSGT00950000185126	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000157540.A.k.b
Dingo	MODERN SPECIES	347	ENSCAFG00020005746	IRS4 (ENSCAFG00020005743)	ENSCAFG00020005739	GUCY2F (ENSCAFG00020005725)	ENSCAFG00020005722	NXT2 (ENSCAFG00020005721)	KCNE5 (ENSCAFG00020005717)	ENSCAFG00020005713	ACSL4 (ENSCAFG00020005707)	ENSCAFG00020005704	ENSCAFG00020005697	TMEM164 (ENSCAFG00020005693)	AMMECR1 (ENSCAFG00020005683)	RTL9 (ENSCAFG00020005665)	CHRDL1 (ENSCAFG00020005658)	PAK3 (ENSCAFG00020005374) ##22	CAPN6 (ENSCAFG00020005310)	DCX (ENSCAFG00020005270)	ENSCAFG00020005266	ENSCAFG00020005264	ENSCAFG00020005243	ENSCAFG00020005241	ENSCAFG00020005232	TRPC5OS (ENSCAFG00020005229)	TRPC5 (ENSCAFG00020005212)	RTL4 (ENSCAFG00020005161)	LHFPL1 (ENSCAFG00020005156)	AMOT (ENSCAFG00020005141)	ENSCAFG00020005112	ENSCAFG00020005101	ENSCAFG00020005080
Dog	DUPLICATION
Dog	MODERN SPECIES	144	IRS4 (ENSCAFG00845020997)	ENSCAFG00845021029	GUCY2F (ENSCAFG00845021090)	ENSCAFG00845021221	NXT2 (ENSCAFG00845021246)	KCNE5 (ENSCAFG00845021305)	ENSCAFG00845021332	ACSL4 (ENSCAFG00845021378)	ENSCAFG00845021460	TMEM164 (ENSCAFG00845021507)	ENSCAFG00845021594	AMMECR1 (ENSCAFG00845021642)	RTL9 (ENSCAFG00845021744)	CHRDL1 (ENSCAFG00845021871)	ENSCAFG00845022210 ##22	ENSCAFG00845022264 ##22	CAPN6 (ENSCAFG00845022341)	DCX (ENSCAFG00845022487)	ENSCAFG00845022656	ENSCAFG00845022707	SERTM2 (ENSCAFG00845022740)	ENSCAFG00845022756	ENSCAFG00845022820	ENSCAFG00845023179	TRPC5 (ENSCAFG00845023272)	TRPC5OS (ENSCAFG00845023335)	RTL4 (ENSCAFG00845023450)	LHFPL1 (ENSCAFG00845023511)	AMOT (ENSCAFG00845023646)	ENSCAFG00845023745	ENSCAFG00845015589
Dog	MODERN SPECIES	144	SNRPC (ENSCAFG00845020935)	IRS4 (ENSCAFG00845020997)	ENSCAFG00845021029	GUCY2F (ENSCAFG00845021090)	ENSCAFG00845021221	NXT2 (ENSCAFG00845021246)	KCNE5 (ENSCAFG00845021305)	ENSCAFG00845021332	ACSL4 (ENSCAFG00845021378)	ENSCAFG00845021460	TMEM164 (ENSCAFG00845021507)	ENSCAFG00845021594	AMMECR1 (ENSCAFG00845021642)	RTL9 (ENSCAFG00845021744)	CHRDL1 (ENSCAFG00845021871)	ENSCAFG00845022210 ##22	ENSCAFG00845022264 ##22	CAPN6 (ENSCAFG00845022341)	DCX (ENSCAFG00845022487)	ENSCAFG00845022656	ENSCAFG00845022707	SERTM2 (ENSCAFG00845022740)	ENSCAFG00845022756	ENSCAFG00845022820	ENSCAFG00845023179	TRPC5 (ENSCAFG00845023272)	TRPC5OS (ENSCAFG00845023335)	RTL4 (ENSCAFG00845023450)	LHFPL1 (ENSCAFG00845023511)	AMOT (ENSCAFG00845023646)	ENSCAFG00845023745
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00550000075035.o.b	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000157540.A.k.b	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00550000075035.o.b	ENSGT00940000157540.A.k.b	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	181						ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT00940000157540.A.k.b	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00950000183097.a.a.a
American black bear	MODERN SPECIES	187															ENSUAMG00000008777	PAK3 (ENSUAMG00000008790) ##22	CAPN6 (ENSUAMG00000008800)	DCX (ENSUAMG00000008805)
Polar bear	MODERN SPECIES	332								ENSUMAG00000023101	GUCY2F (ENSUMAG00000023097)	NXT2 (ENSUMAG00000023095)	ACSL4 (ENSUMAG00000023090)	TMEM164 (ENSUMAG00000023085)	ENSUMAG00000023082	ENSUMAG00000023081	CHRDL1 (ENSUMAG00000023050)	PAK3 (ENSUMAG00000023011) ##22	CAPN6 (ENSUMAG00000022979)	DCX (ENSUMAG00000022953)	ENSUMAG00000022947	ENSUMAG00000022944	TRPC5OS (ENSUMAG00000022941)	TRPC5 (ENSUMAG00000022936)	RTL4 (ENSUMAG00000022935)	LHFPL1 (ENSUMAG00000022934)	ENSUMAG00000022930	ENSUMAG00000022928	ENSUMAG00000022925	ENSUMAG00000022919	HTR2C (ENSUMAG00000022914)	ENSUMAG00000022910	IL13RA2 (ENSUMAG00000022905)
Giant Panda	MODERN SPECIES	2288	MID2 (ENSAMEG00000002815)	ENSAMEG00000002872	VSIG1 (ENSAMEG00000002874)	PSMD10 (ENSAMEG00000002882)	ATG4A (ENSAMEG00000012294)	COL4A6 (ENSAMEG00000012108)	COL4A5 (ENSAMEG00000012067)	IRS4 (ENSAMEG00000030412)	GUCY2F (ENSAMEG00000017985)	NXT2 (ENSAMEG00000025919)	ACSL4 (ENSAMEG00000018001)	TMEM164 (ENSAMEG00000018014)	AMMECR1 (ENSAMEG00000018016)	RTL9 (ENSAMEG00000012124)	CHRDL1 (ENSAMEG00000012104)	PAK3 (ENSAMEG00000012072) ##22	ENSAMEG00000024672	CAPN6 (ENSAMEG00000012031)	DCX (ENSAMEG00000012019)	SERTM2 (ENSAMEG00000026341)	ENSAMEG00000025188	ENSAMEG00000025064	TRPC5 (ENSAMEG00000011915)	TRPC5OS (ENSAMEG00000018968)	RTL4 (ENSAMEG00000019635)	LHFPL1 (ENSAMEG00000004307)	AMOT (ENSAMEG00000004286)	ENSAMEG00000004279	ENSAMEG00000027115	HTR2C (ENSAMEG00000028664)	ENSAMEG00000001146
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	117	ENSGT00940000159460	ENSGT00940000161342.d	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00950000183232	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT00390000018248	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055
American mink	MODERN SPECIES	237																PAK3 (ENSNVIG00000008551) ##22	CAPN6 (ENSNVIG00000008493)	DCX (ENSNVIG00000008438)	SERTM2 (ENSNVIG00000008429)	ENSNVIG00000008404	ENSNVIG00000008364	TRPC5OS (ENSNVIG00000008343)	TRPC5 (ENSNVIG00000008332)	ENSNVIG00000008321	RTL4 (ENSNVIG00000008313)	LHFPL1 (ENSNVIG00000008299)	AMOT (ENSNVIG00000008256)
Ferret	MODERN SPECIES	304	MID2 (ENSMPUG00000003808)	ENSMPUG00000003821	VSIG1 (ENSMPUG00000003870)	PSMD10 (ENSMPUG00000003903)	ATG4A (ENSMPUG00000003909)	COL4A6 (ENSMPUG00000003915)	COL4A5 (ENSMPUG00000003931)	IRS4 (ENSMPUG00000003964)	ENSMPUG00000003969	NXT2 (ENSMPUG00000003973)	ACSL4 (ENSMPUG00000003978)	TMEM164 (ENSMPUG00000003990)	AMMECR1 (ENSMPUG00000004001)	RTL9 (ENSMPUG00000004009)	CHRDL1 (ENSMPUG00000004014)	PAK3 (ENSMPUG00000004019) ##22	ENSMPUG00000018446	CAPN6 (ENSMPUG00000004033)	DCX (ENSMPUG00000004047)	ALG13 (ENSMPUG00000004054)	TRPC5 (ENSMPUG00000004164)	RTL4 (ENSMPUG00000018447)	LHFPL1 (ENSMPUG00000004189)	AMOT (ENSMPUG00000004196)	ENSMPUG00000004208
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	69	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000165066	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a	ENSGT00940000159688
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22
Sloth	MODERN SPECIES	7611																PAK3 (ENSCHOG00000004597) ##22
Armadillo	MODERN SPECIES	506																PAK3 (ENSDNOG00000017496) ##22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a	ENSGT00940000159688	ENSGT00390000018873
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000164181	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000153404.a	ENSGT00530000063000.a.b.a	ENSGT00940000153991.a.a	ENSGT00940000162034	ENSGT00940000160883	ENSGT00940000162146	ENSGT00940000156381	ENSGT00940000155001.A	ENSGT00940000157427	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00730000110943.A.d	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00510000047493	ENSGT00940000159922.b	ENSGT01060000248594.e.a	ENSGT00940000163925	ENSGT00990000203589.a.b.a.b	ENSGT00940000159055	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT01050000244888.b.a.c.a	ENSGT00940000159688	ENSGT00390000018873
Elephant	MODERN SPECIES	320	ENSLAFG00000025754	VSIG1 (ENSLAFG00000009175)	ENSLAFG00000012113	ATG4A (ENSLAFG00000001812)	COL4A6 (ENSLAFG00000001814)	COL4A5 (ENSLAFG00000017563)	IRS4 (ENSLAFG00000017593)	GUCY2F (ENSLAFG00000006374)	NXT2 (ENSLAFG00000007116)	ENSLAFG00000031757	ACSL4 (ENSLAFG00000022429)	TMEM164 (ENSLAFG00000007071)	AMMECR1 (ENSLAFG00000007072)	RTL9 (ENSLAFG00000027146)	CHRDL1 (ENSLAFG00000018025)	PAK3 (ENSLAFG00000005567) ##22	CAPN6 (ENSLAFG00000005575)	DCX (ENSLAFG00000005582)	ENSLAFG00000030843	ALG13 (ENSLAFG00000017925)	TRPC5 (ENSLAFG00000017932)	RTL4 (ENSLAFG00000025790)	LHFPL1 (ENSLAFG00000002339)	AMOT (ENSLAFG00000000349)	HTR2C (ENSLAFG00000003316)	IL13RA2 (ENSLAFG00000013156)	LRCH2 (ENSLAFG00000008725)	PLS3 (ENSLAFG00000017073)	AGTR2 (ENSLAFG00000004752)	ENSLAFG00000013875	CT83 (ENSLAFG00000021969)
Hyrax	MODERN SPECIES	7075																PAK3 (ENSPCAG00000014261) ##22
Tenrec	DUPLICATION
Tenrec	MODERN SPECIES	8976																ENSETEG00000016514 ##22
Tenrec	MODERN SPECIES	7522																ENSETEG00000017300 ##22	CAPN6 (ENSETEG00000017306)	ENSETEG00000017309
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	117	ENSGT00530000063582.a	ENSGT00510000047092	ENSGT00940000158744	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000164188	ENSGT00940000159444	ENSGT00940000160514	ENSGT00390000000360	ENSGT00390000012647	ENSGT00940000154783	ENSGT00940000160294	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00940000155097	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000160658	ENSGT00390000012807	ENSGT00940000158330	ENSGT00730000111263	ENSGT00950000183097.a.a.a	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000159688	ENSGT01050000244888.b.a.c.a
Reedfish	MODERN SPECIES	3	dkc1 (ENSECRG00000015571)	mpp1 (ENSECRG00000015659)	ENSECRG00000015693	ENSECRG00000015708	ENSECRG00000015735	GABRA3 (ENSECRG00000015831)	ENSECRG00000016123	ENSECRG00000016245	BRCC3 (ENSECRG00000017936)	CMC4 (ENSECRG00000017992)	fundc2 (ENSECRG00000018006)	F8 (ENSECRG00000018034)	TMEM164 (ENSECRG00000018088)	ammecr1 (ENSECRG00000018108)	kif4 (ENSECRG00000018160)	PAK3 (ENSECRG00000018293) ##22	ENSECRG00000018573	ENSECRG00000018610	cnpy3 (ENSECRG00000018640)	alg13 (ENSECRG00000018665)	trpc5a (ENSECRG00000018722)	mtm1 (ENSECRG00000018762)	ENSECRG00000018791	mtmr1b (ENSECRG00000018802)	cd99l2 (ENSECRG00000018827)	hmgb3b (ENSECRG00000018846)	tmem185 (ENSECRG00000018892)	ENSECRG00000011261	ENSECRG00000011340	ENSECRG00000011350	ENSECRG00000011367
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	130	ENSGT01050000244937.a.b.a	ENSGT00940000155097	ENSGT00530000063582.a	ENSGT00510000047092	ENSGT00940000158744	ENSGT00940000164188	ENSGT00940000159444	ENSGT00940000160514	ENSGT00390000000360	ENSGT00390000012647	ENSGT00940000154783	ENSGT00940000160294	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT01030000234518.C.a.b.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000012807	ENSGT00940000158330	ENSGT00730000111263	ENSGT00950000183097.a.a.a.e.a	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT01050000244888.b.a.c.a	ENSGT00940000159688
Spotted gar	MODERN SPECIES	673	dkc1 (ENSLOCG00000013713)	mpp1 (ENSLOCG00000013734)	ENSLOCG00000013744	ENSLOCG00000013746	ENSLOCG00000013751	ENSLOCG00000013757	GABRA3 (ENSLOCG00000013763)	MAOA (ENSLOCG00000013770)	BRCC3 (ENSLOCG00000013781)	fundc2 (ENSLOCG00000013788)	F8 (ENSLOCG00000013796)	TMEM164 (ENSLOCG00000013802)	ammecr1 (ENSLOCG00000013808)	CHRDL1 (ENSLOCG00000013813)	kif4 (ENSLOCG00000013822)	PAK3 (ENSLOCG00000013833) ##22	ENSLOCG00000013844	ENSLOCG00000013852	ENSLOCG00000013859	AMOT (ENSLOCG00000013862)	pgk1 (ENSLOCG00000013865)	atp7a (ENSLOCG00000013870)	COX7B (ENSLOCG00000013880)	ENSLOCG00000013883	pgrmc1 (ENSLOCG00000013885)	klhl4 (ENSLOCG00000013889)	ENSLOCG00000013894	ENSLOCG00000013899	ENSLOCG00000013901	ENSLOCG00000013905	PCDH11Y (ENSLOCG00000013908)
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	130				ENSGT00940000155097	ENSGT00530000063582.a	ENSGT00510000047092	ENSGT00940000158744	ENSGT00940000164188	ENSGT00940000159444	ENSGT00390000000360	ENSGT00390000012647	ENSGT00940000154783	ENSGT00390000007430	ENSGT00390000010397.a	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159450	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000161776	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT00940000155070.a.b.a
Osteoglossiformes	DUPLICATION
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159812	ENSGT00940000155097	ENSGT00530000063582.a	ENSGT00510000047092	ENSGT00940000158744	ENSGT01060000248589.C.f	ENSGT00940000160507	ENSGT00940000164188	ENSGT00940000159444	ENSGT00390000000360	ENSGT00390000012647	ENSGT00940000154783	ENSGT00390000007430.c	ENSGT00390000010397.a.a.a	ENSGT00940000158195	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.o ##22	ENSGT00940000156128.b.d	ENSGT00940000154895.a.b.c	ENSGT00940000159971.e	ENSGT00940000160039.k	ENSGT00940000178670	ENSGT00940000157557.d	ENSGT00940000154359.w	ENSGT00940000162696.d	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285.`b	ENSGT00940000158847.d.c	ENSGT00940000161776.b	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT00940000162301.a	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	19	ATRX (ENSSFOG00015003832)	fgf16 (ENSSFOG00015003812)	pls3 (ENSSFOG00015003740)	CNGA2 (ENSSFOG00015003724)	dnaaf6 (ENSSFOG00015003696)	ENSSFOG00015003683	ENSSFOG00015003653	ENSSFOG00015003602	GABRA3 (ENSSFOG00015003216)	BRCC3 (ENSSFOG00015003171)	ENSSFOG00015031281	fundc2 (ENSSFOG00015003140)	TMEM164 (ENSSFOG00015003113)	ammecr1 (ENSSFOG00015003079)	kif4 (ENSSFOG00015003059)	PAK3 (ENSSFOG00015003038) ##22	ENSSFOG00015003024	ENSSFOG00015002994	ENSSFOG00015032629	SLC16A2 (ENSSFOG00015002967)	ENSSFOG00015024436	il13ra2 (ENSSFOG00015002955)	LRCH2 (ENSSFOG00015029947)	WDR44 (ENSSFOG00015002865)	ENSSFOG00015002852	ENSSFOG00015030105	ENSSFOG00015028215	LTBP3 (ENSSFOG00015002755)	SPTBN2 (ENSSFOG00015002579)	cdc42ep2 (ENSSFOG00015002548)	dpf2 (ENSSFOG00015002492)
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	41	ENSPKIG00000008548	TMLHE (ENSPKIG00000008528)	dkc1 (ENSPKIG00000008443)	mpp1 (ENSPKIG00000008395)	ENSPKIG00000008364	ENSPKIG00000008348	ENSPKIG00000008292	GABRA3 (ENSPKIG00000008211)	BRCC3 (ENSPKIG00000008182)	ENSPKIG00000008166	fundc2 (ENSPKIG00000008147)	TMEM164 (ENSPKIG00000008118)	ENSPKIG00000008100	ammecr1 (ENSPKIG00000008084)	kif4 (ENSPKIG00000007967)	ENSPKIG00000007849 ##22	ENSPKIG00000007800	ENSPKIG00000007776	ENSPKIG00000007756	ENSPKIG00000007744	ACACA (ENSPKIG00000007701)	ENSPKIG00000007670	MRM1 (ENSPKIG00000007654)	dhrs13a.2 (ENSPKIG00000007593)	PHF12 (ENSPKIG00000007525)	SEZ6 (ENSPKIG00000007481)	ENSPKIG00000007413	ENSPKIG00000007376	vezf1b (ENSPKIG00000007331)	KSR1 (ENSPKIG00000007252)	ENSPKIG00000007212
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT00940000164725.a.a.b	ENSGT00940000163777.b.a.a	ENSGT00940000159553.b.b	ENSGT00940000155898	ENSGT00390000009004.e	ENSGT01090000260190	ENSGT00940000154903	ENSGT00940000158761	ENSGT00940000160629.d	ENSGT00940000163831.h	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000160294	ENSGT00390000007430.d	ENSGT00390000010397.a.b	ENSGT00940000160983	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.p ##22	ENSGT00940000156128.b.c	ENSGT00940000154895.a.b.d	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159450	ENSGT00940000159971.f	ENSGT00940000160039.l	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557.c	ENSGT00940000154359.x	ENSGT00940000162696.c.b	ENSGT00940000160285.ab	ENSGT00940000161394	ENSGT00390000011103.B	ENSGT00800000124176	ENSGT00550000074908
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	4	fbxw11a (ENSSFOG00015004257)	ENSSFOG00015004315	ENSSFOG00015004457	hrh2a (ENSSFOG00015004470)	DOCK2 (ENSSFOG00015004370)	ENSSFOG00015029606	ENSSFOG00015004491	ENSSFOG00015025203	TLX3 (ENSSFOG00015027906)	ENSSFOG00015004536	MAOA (ENSSFOG00015004551)	ENSSFOG00015004619	TMEM164 (ENSSFOG00015004648)	ammecr1 (ENSSFOG00015032134)	CHRDL1 (ENSSFOG00015004712)	PAK3 (ENSSFOG00015004773) ##22	CAPN6 (ENSSFOG00015031003)	ENSSFOG00015004818	ENSSFOG00015004841	SLC16A2 (ENSSFOG00015004857)	il13ra2 (ENSSFOG00015004872)	LRCH2 (ENSSFOG00015031284)	zgc:163098 (ENSSFOG00015004962)	WDR44 (ENSSFOG00015005037)	ENSSFOG00015005047	ENSSFOG00015029008	LTBP3 (ENSSFOG00015005092)	ENSSFOG00015005332	ENSSFOG00015026267	ENSSFOG00015005339	SPTBN2 (ENSSFOG00015005369)
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	39	fbxw11a (ENSPKIG00000016883)	ENSPKIG00000016950	ENSPKIG00000016989	ENSPKIG00000017011	ENSPKIG00000017047	ENSPKIG00000017081	ENSPKIG00000017110	hrh2a (ENSPKIG00000017130)	TLX3 (ENSPKIG00000017149)	ENSPKIG00000017166	MAOA (ENSPKIG00000017194)	ENSPKIG00000017243	TMEM164 (ENSPKIG00000017284)	AMMECR1 (ENSPKIG00000017331)	CHRDL1 (ENSPKIG00000017405)	PAK3 (ENSPKIG00000017573) ##22	CAPN6 (ENSPKIG00000017646)	ENSPKIG00000017693	ENSPKIG00000017731	SLC16A2 (ENSPKIG00000017749)	ENSPKIG00000017783	ENSPKIG00000017836	zgc:163098 (ENSPKIG00000017920)	WDR44 (ENSPKIG00000018027)	ENSPKIG00000018160	ENSPKIG00000018231	LTBP3 (ENSPKIG00000018275)	ENSPKIG00000018372	ENSPKIG00000018409	SPTBN2 (ENSPKIG00000018604)	ENSPKIG00000018911
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	137	ENSGT00940000153664.A.a	ENSGT00940000163061	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000158465	ENSGT00940000159306.b.b	ENSGT00940000153761.A	ENSGT00940000155114	ENSGT00940000165601	ENSGT00940000157536.a.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000157956.p	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00730000111282.b	ENSGT00700000104815	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000177976	ENSGT00940000159450	ENSGT00940000162696.c.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000162696.c.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	123						ENSGT00940000163239	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000157536.a.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000157956.p	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00730000111282.b	ENSGT00700000104815	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000177976	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000162696.c.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000161776
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	194										ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000162696.c.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	5	zgc:175280 (ENSMMDG00005007489)	kif20a (ENSMMDG00005007483)	cdc23 (ENSMMDG00005007473)	ENSMMDG00005007468	slc25a5 (ENSMMDG00005007466)	zbtb20 (ENSMMDG00005007464)	DLG4 (ENSMMDG00005007458)	ephb4a (ENSMMDG00005006049)	KCNAB3 (ENSMMDG00005004545)	neu3.1 (ENSMMDG00005004494)	ENSMMDG00005004482	chrdl2 (ENSMMDG00005004470)	spag7 (ENSMMDG00005004457)	defbl2 (ENSMMDG00005004448)	mepcea (ENSMMDG00005004442)	PAK3 (ENSMMDG00005004368) ##22	CAPN6 (ENSMMDG00005004303)	DCX (ENSMMDG00005004283)	il13ra2 (ENSMMDG00005003758)	ENSMMDG00005003723	LRCH2 (ENSMMDG00005003715)	zgc:163098 (ENSMMDG00005003708)	WDR44 (ENSMMDG00005002331)	klhl13 (ENSMMDG00005002303)	ENSMMDG00005002293	ENSMMDG00005002290	LTBP3 (ENSMMDG00005002252)	SPTBN2 (ENSMMDG00005001417)	dpf2 (ENSMMDG00005001231)	ENSMMDG00005024673	SIPA1 (ENSMMDG00005024671)
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	214	CASR (ENSHCOG00000001304)	CASR (ENSHCOG00000001307)	zgc:175280 (ENSHCOG00000001352)	cdc23 (ENSHCOG00000001380)	ENSHCOG00000001386	slc25a5 (ENSHCOG00000001394)	zbtb20 (ENSHCOG00000001402)	DLG4 (ENSHCOG00000001414)	ephb4a (ENSHCOG00000001430)	KCNAB3 (ENSHCOG00000000057)	neu3.1 (ENSHCOG00000001706)	chrdl2 (ENSHCOG00000001717)	spag7 (ENSHCOG00000001721)	defbl2 (ENSHCOG00000001728)	mepcea (ENSHCOG00000001737)	PAK3 (ENSHCOG00000001751) ##22	CAPN6 (ENSHCOG00000001768)	ENSHCOG00000001775	ENSHCOG00000001782	il13ra2 (ENSHCOG00000001808)	ENSHCOG00000001819	ENSHCOG00000001828	zgc:163098 (ENSHCOG00000001838)	WDR44 (ENSHCOG00000001853)	klhl13 (ENSHCOG00000001866)	ENSHCOG00000001884	ENSHCOG00000001892	LTBP3 (ENSHCOG00000001914)	SPTBN2 (ENSHCOG00000001995)	dpf2 (ENSHCOG00000002025)	ENSHCOG00000002044
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Midas cichlid	MODERN SPECIES	824															mepcea (ENSACIG00000012358)	ENSACIG00000012317 ##22	ENSACIG00000012150	ENSACIG00000012116	ENSACIG00000012107	il13ra2 (ENSACIG00000012090)	LRCH2 (ENSACIG00000012022)	zgc:163098 (ENSACIG00000011968)	WDR44 (ENSACIG00000011925)	klhl13 (ENSACIG00000011905)	ENSACIG00000011897	LTBP3 (ENSACIG00000011724)	SPTBN2 (ENSACIG00000010603)	dpf2 (ENSACIG00000010529)	ENSACIG00000010485	SIPA1 (ENSACIG00000010459)	kat5b (ENSACIG00000010425)
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Nile tilapia	MODERN SPECIES	1	zgc:175280 (ENSONIG00000005172)	kif20a (ENSONIG00000005177)	ENSONIG00000037585	cdc23 (ENSONIG00000005184)	ENSONIG00000005188	slc25a5 (ENSONIG00000002822)	zbtb20 (ENSONIG00000005193)	DLG4 (ENSONIG00000005194)	ephb4a (ENSONIG00000005204)	KCNAB3 (ENSONIG00000005215)	neu3a (ENSONIG00000005223)	chrdl2 (ENSONIG00000005224)	spag7 (ENSONIG00000005227)	ENSONIG00000023994	mepcea (ENSONIG00000033327)	PAK3 (ENSONIG00000005232) ##22	ENSONIG00000005243	DCX (ENSONIG00000027531)	ENSONIG00000033591	il13ra2 (ENSONIG00000005254)	LRCH2 (ENSONIG00000005258)	zgc:163098 (ENSONIG00000005263)	WDR44 (ENSONIG00000005269)	klhl13 (ENSONIG00000005275)	ENSONIG00000005278	ENSONIG00000039571	LTBP3 (ENSONIG00000005279)	SPTBN2 (ENSONIG00000005298)	dpf2 (ENSONIG00000005334)	ENSONIG00000005342	SIPA1 (ENSONIG00000005348)
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	378	ENSNBRG00000021971	zgc:175280 (ENSNBRG00000021916)	kif20a (ENSNBRG00000021876)	cdc23 (ENSNBRG00000021843)	ENSNBRG00000021796	slc25a5 (ENSNBRG00000021746)	zbtb20 (ENSNBRG00000021723)	DLG4 (ENSNBRG00000021684)	ephb4a (ENSNBRG00000021627)	KCNAB3 (ENSNBRG00000021597)	neu3.1 (ENSNBRG00000021580)	chrdl2 (ENSNBRG00000021556)	spag7 (ENSNBRG00000021547)	defbl2 (ENSNBRG00000021537)	mepcea (ENSNBRG00000021532)	PAK3 (ENSNBRG00000021502) ##22	CAPN6 (ENSNBRG00000021345)	ENSNBRG00000021317	ENSNBRG00000021302	il13ra2 (ENSNBRG00000021286)	ENSNBRG00000021271	LRCH2 (ENSNBRG00000021243)	zgc:163098 (ENSNBRG00000021199)	WDR44 (ENSNBRG00000021189)	klhl13 (ENSNBRG00000021173)	ENSNBRG00000021161	ENSNBRG00000021151	LTBP3 (ENSNBRG00000021097)	SPTBN2 (ENSNBRG00000021020)	dpf2 (ENSNBRG00000020992)	ENSNBRG00000020951
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000160644
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	316	zgc:175280 (ENSHBUG00000021656)	kif20a (ENSHBUG00000021672)	cdc23 (ENSHBUG00000021740)	ENSHBUG00000021756	slc25a5 (ENSHBUG00000021794)	zbtb20 (ENSHBUG00000021810)	DLG4 (ENSHBUG00000021892)	ephb4a (ENSHBUG00000022249)	KCNAB3 (ENSHBUG00000022306)	neu3.1 (ENSHBUG00000022320)	ENSHBUG00000022335	chrdl2 (ENSHBUG00000022343)	spag7 (ENSHBUG00000022355)	ENSHBUG00000022371	mepcea (ENSHBUG00000022377)	PAK3 (ENSHBUG00000022441) ##22	ENSHBUG00000022468	ENSHBUG00000022513	ENSHBUG00000022549	il13ra2 (ENSHBUG00000022573)	LRCH2 (ENSHBUG00000022582)	zgc:163098 (ENSHBUG00000022716)	WDR44 (ENSHBUG00000022792)	klhl13 (ENSHBUG00000022852)	ENSHBUG00000022865	ENSHBUG00000022879	LTBP3 (ENSHBUG00000022944)	SPTBN2 (ENSHBUG00000023037)	dpf2 (ENSHBUG00000023076)	ENSHBUG00000023112	SIPA1 (ENSHBUG00000023146)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000176877.a.a.b	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT00940000179043	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
P. nyererei	MODERN SPECIES	359	zgc:175280 (ENSPNYG00000015150)	ENSPNYG00000015194	kif20a (ENSPNYG00000015214)	cdc23 (ENSPNYG00000015257)	ENSPNYG00000015313	slc25a5 (ENSPNYG00000015346)	zbtb20 (ENSPNYG00000015366)	DLG4 (ENSPNYG00000015386)	ephb4a (ENSPNYG00000015420)	KCNAB3 (ENSPNYG00000015455)	neu3.1 (ENSPNYG00000015488)	chrdl2 (ENSPNYG00000015500)	spag7 (ENSPNYG00000015519)	defbl2 (ENSPNYG00000015587)	mepcea (ENSPNYG00000015597)	PAK3 (ENSPNYG00000015725) ##22	ENSPNYG00000016119	ENSPNYG00000016293	ENSPNYG00000016317	il13ra2 (ENSPNYG00000016382)	LRCH2 (ENSPNYG00000016401)	zgc:163098 (ENSPNYG00000016481)	WDR44 (ENSPNYG00000016554)	klhl13 (ENSPNYG00000016602)	ENSPNYG00000016626	ENSPNYG00000016644	ENSPNYG00000016661	LTBP3 (ENSPNYG00000016719)	SPTBN2 (ENSPNYG00000016844)	dpf2 (ENSPNYG00000016943)	ENSPNYG00000017000
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000176877.a.a.b	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT00940000179043	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Eastern happy	MODERN SPECIES	1	ENSACLG00000018119	kif20a (ENSACLG00000018065)	cdc23 (ENSACLG00000017972)	ENSACLG00000017944	slc25a5 (ENSACLG00000017899)	zbtb20 (ENSACLG00000017873)	DLG4 (ENSACLG00000017536)	ephb4a (ENSACLG00000017429)	KCNAB3 (ENSACLG00000017346)	neu3.1 (ENSACLG00000017325)	ENSACLG00000017285	chrdl2 (ENSACLG00000017255)	spag7 (ENSACLG00000017150)	ENSACLG00000017111	mepcea (ENSACLG00000017089)	PAK3 (ENSACLG00000016946) ##22	ENSACLG00000016898	ENSACLG00000016853	ENSACLG00000016835	il13ra2 (ENSACLG00000016811)	LRCH2 (ENSACLG00000016781)	zgc:163098 (ENSACLG00000016647)	WDR44 (ENSACLG00000016595)	klhl13 (ENSACLG00000016535)	ENSACLG00000016521	ENSACLG00000016508	ENSACLG00000016477	LTBP3 (ENSACLG00000016212)	SPTBN2 (ENSACLG00000015599)	dpf2 (ENSACLG00000015457)	ENSACLG00000015407
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1092	CASR (ENSMZEG00005017168)	zgc:175280 (ENSMZEG00005017124)	kif20a (ENSMZEG00005017113)	cdc23 (ENSMZEG00005017099)	ENSMZEG00005017094	slc25a5 (ENSMZEG00005017085)	zbtb20 (ENSMZEG00005017078)	DLG4 (ENSMZEG00005017060)	ephb4a (ENSMZEG00005017020)	KCNAB3 (ENSMZEG00005016976)	neu3.1 (ENSMZEG00005016972)	chrdl2 (ENSMZEG00005016967)	spag7 (ENSMZEG00005016948)	defbl2 (ENSMZEG00005016935)	mepcea (ENSMZEG00005016927)	PAK3 (ENSMZEG00005016881) ##22	ENSMZEG00005016867	ENSMZEG00005016861	ENSMZEG00005016855	il13ra2 (ENSMZEG00005016847)	LRCH2 (ENSMZEG00005016833)	zgc:163098 (ENSMZEG00005016805)	WDR44 (ENSMZEG00005016787)	klhl13 (ENSMZEG00005016775)	ENSMZEG00005016767	ENSMZEG00005016764	ENSMZEG00005016759	LTBP3 (ENSMZEG00005016727)	SPTBN2 (ENSMZEG00005016705)	dpf2 (ENSMZEG00005016695)	ENSMZEG00005016670
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	303	zgc:175280 (ENSSPAG00000002654)	kif20a (ENSSPAG00000002610)	cdc23 (ENSSPAG00000002552)	ENSSPAG00000002519	slc25a5 (ENSSPAG00000002476)	zbtb20 (ENSSPAG00000002466)	DLG4 (ENSSPAG00000002389)	ephb4a (ENSSPAG00000002280)	KCNAB3 (ENSSPAG00000001367)	neu3.1 (ENSSPAG00000001287)	ENSSPAG00000001279	chrdl2 (ENSSPAG00000001249)	spag7 (ENSSPAG00000001236)	defbl2 (ENSSPAG00000001220)	mepcea (ENSSPAG00000001215)	PAK3 (ENSSPAG00000001121) ##22	CAPN6 (ENSSPAG00000001103)	ENSSPAG00000001066	ENSSPAG00000001052	il13ra2 (ENSSPAG00000001044)	LRCH2 (ENSSPAG00000000932)	zgc:163098 (ENSSPAG00000000916)	WDR44 (ENSSPAG00000000856)	klhl13 (ENSSPAG00000000834)	ENSSPAG00000000827	ENSSPAG00000000800	LTBP3 (ENSSPAG00000000780)	SPTBN2 (ENSSPAG00000000632)	dpf2 (ENSSPAG00000000566)
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00940000178035	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000154864.b	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Spiny chromis	MODERN SPECIES	1863																PAK3 (ENSAPOG00000016796) ##22	ENSAPOG00000016736	ENSAPOG00000016725	ENSAPOG00000016688
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00940000178035	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000154864.b	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000160644
Orange clownfish	MODERN SPECIES	6	kif20a (ENSAPEG00000000528)	cdc23 (ENSAPEG00000000605)	ENSAPEG00000000633	slc25a5 (ENSAPEG00000000725)	zbtb20 (ENSAPEG00000000755)	DLG4 (ENSAPEG00000000772)	ENSAPEG00000000823	ephb4a (ENSAPEG00000000843)	KCNAB3 (ENSAPEG00000000865)	neu3.1 (ENSAPEG00000000939)	ENSAPEG00000000948	chrdl2 (ENSAPEG00000000959)	spag7 (ENSAPEG00000001023)	defbl2 (ENSAPEG00000001050)	mepcea (ENSAPEG00000001077)	PAK3 (ENSAPEG00000001106) ##22	CAPN6 (ENSAPEG00000001173)	ENSAPEG00000001181	ENSAPEG00000001202	ENSAPEG00000001230	il13ra2 (ENSAPEG00000001250)	LRCH2 (ENSAPEG00000001259)	zgc:163098 (ENSAPEG00000001348)	WDR44 (ENSAPEG00000001435)	klhl13 (ENSAPEG00000001532)	ENSAPEG00000001548	ENSAPEG00000001563	LTBP3 (ENSAPEG00000001574)	ENSAPEG00000001669	dpf2 (ENSAPEG00000001796)	ENSAPEG00000001845
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1411								pard6gb (ENSAOCG00000010376)	bloc1s4 (ENSAOCG00000010366)	ENSAOCG00000002011	rrm2b (ENSAOCG00000010351)	mtdha (ENSAOCG00000010311)	spag7 (ENSAOCG00000002139)	defbl2 (ENSAOCG00000010263)	mepcea (ENSAOCG00000010256)	PAK3 (ENSAOCG00000002191) ##22	CAPN6 (ENSAOCG00000010183)	ENSAOCG00000010161	ENSAOCG00000010136	il13ra2 (ENSAOCG00000010119)	ENSAOCG00000010106
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b.g	ENSGT01030000235286	ENSGT00940000156128.b.h	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b.g	ENSGT01030000235286	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000162696.c.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Indian medaka	MODERN SPECIES	4	kif20a (ENSOMEG00000022448)	cdc23 (ENSOMEG00000022499)	ENSOMEG00000022513	ENSOMEG00000022535	slc25a5 (ENSOMEG00000022568)	zbtb20 (ENSOMEG00000022583)	DLG4 (ENSOMEG00000001894)	ephb4a (ENSOMEG00000001930)	KCNAB3 (ENSOMEG00000001963)	neu3.1 (ENSOMEG00000001975)	ENSOMEG00000001984	chrdl2 (ENSOMEG00000002002)	spag7 (ENSOMEG00000002015)	ENSOMEG00000002020	mepcea (ENSOMEG00000002027)	PAK3 (ENSOMEG00000000022) ##22	CAPN6 (ENSOMEG00000002072)	ENSOMEG00000002083	ENSOMEG00000000647	ENSOMEG00000002090	ENSOMEG00000000890	ENSOMEG00000002096	ENSOMEG00000002099	ENSOMEG00000002106	ENSOMEG00000002113	il13ra2 (ENSOMEG00000002131)	LRCH2 (ENSOMEG00000002141)	zgc:163098 (ENSOMEG00000002172)	WDR44 (ENSOMEG00000002187)	klhl13 (ENSOMEG00000002197)	ENSOMEG00000002203
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	5	zgc:175280 (ENSOJAG00000015419)	kif20a (ENSOJAG00000014973)	cdc23 (ENSOJAG00000014709)	ENSOJAG00000014688	slc25a5 (ENSOJAG00000014638)	zbtb20 (ENSOJAG00000014619)	DLG4 (ENSOJAG00000012147)	ephb4a (ENSOJAG00000011767)	KCNAB3 (ENSOJAG00000010444)	neu3.1 (ENSOJAG00000010304)	ENSOJAG00000010292	chrdl2 (ENSOJAG00000010282)	spag7 (ENSOJAG00000010259)	ENSOJAG00000010239	mepcea (ENSOJAG00000010230)	PAK3 (ENSOJAG00000009632) ##22	ENSOJAG00000009280	ENSOJAG00000009214	ENSOJAG00000009126	ENSOJAG00000009094	ENSOJAG00000009074	il13ra2 (ENSOJAG00000009055)	LRCH2 (ENSOJAG00000009038)	WDR44 (ENSOJAG00000008216)	klhl13 (ENSOJAG00000007961)	ENSOJAG00000007913	ENSOJAG00000007890	LTBP3 (ENSOJAG00000007631)	SPTBN2 (ENSOJAG00000005402)	dpf2 (ENSOJAG00000005030)	ENSOJAG00000004599
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571.e	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b.g	ENSGT01030000235286	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b
Chinese medaka	MODERN SPECIES	717	zgc:175280 (ENSOSIG00000010818)	kif20a (ENSOSIG00000010768)	cdc23 (ENSOSIG00000010313)	ENSOSIG00000010304	slc25a5 (ENSOSIG00000010301)	zbtb20 (ENSOSIG00000010299)	DLG4 (ENSOSIG00000006106)	ephb4a (ENSOSIG00000006070)	KCNAB3 (ENSOSIG00000006034)	neu3.1 (ENSOSIG00000006030)	ENSOSIG00000006029	ENSOSIG00000006025	spag7 (ENSOSIG00000006024)	ENSOSIG00000006022	mepcea (ENSOSIG00000006021)	PAK3 (ENSOSIG00000003993) ##22	ENSOSIG00000003925	ENSOSIG00000003840	ENSOSIG00000003805	ENSOSIG00000003797	il13ra2 (ENSOSIG00000003790)	ENSOSIG00000024018	ENSOSIG00000024017	ENSOSIG00000024016	zgc:163098 (ENSOSIG00000024015)	WDR44 (ENSOSIG00000024010)	klhl13 (ENSOSIG00000024008)	ENSOSIG00000024007	ENSOSIG00000024006	LTBP3 (ENSOSIG00000024003)	SPTBN2 (ENSOSIG00000023980)
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	5	kif20a (ENSORLG00000006748)	cdc23 (ENSORLG00000006778)	ENSORLG00000006782	ENSORLG00000006789	zbtb20 (ENSORLG00000025378)	DLG4 (ENSORLG00000006845)	ephb4a (ENSORLG00000006909)	ENSORLG00000030463	KCNAB3 (ENSORLG00000006941)	neu3.1 (ENSORLG00000028485)	ENSORLG00000006960	chrdl2 (ENSORLG00000006973)	spag7 (ENSORLG00000029507)	defbl2 (ENSORLG00000029256)	mepcea (ENSORLG00000027617)	PAK3 (ENSORLG00000007006) ##22	ENSORLG00000007043	ENSORLG00000022730	ENSORLG00000028908	ENSORLG00000007061	il13ra2 (ENSORLG00000007069)	LRCH2 (ENSORLG00000007113)	zgc:163098 (ENSORLG00000007141)	WDR44 (ENSORLG00000007184)	klhl13 (ENSORLG00000007208)	ENSORLG00000028965	ENSORLG00000007212	ENSORLG00000022326	LTBP3 (ENSORLG00000007239)	ENSORLG00000007357	dpf2 (ENSORLG00000007390)
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b.j	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000160644
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b.j	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000162696.c.b	ENSGT00940000179312	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000160644
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	165										KCNAB3 (ENSKMAG00000010218)	neu3.1 (ENSKMAG00000010198)	chrdl2 (ENSKMAG00000010174)	spag7 (ENSKMAG00000010156)	ENSKMAG00000010125	mepcea (ENSKMAG00000010102)	ENSKMAG00000010018 ##22	ENSKMAG00000009963	ENSKMAG00000009938	ENSKMAG00000009921	il13ra2 (ENSKMAG00000009902)	LRCH2 (ENSKMAG00000009841)	zgc:163098 (ENSKMAG00000009727)	WDR44 (ENSKMAG00000009668)	klhl13 (ENSKMAG00000009629)	ENSKMAG00000009593	ENSKMAG00000009578	LTBP3 (ENSKMAG00000009474)	SPTBN2 (ENSKMAG00000009223)	dpf2 (ENSKMAG00000009108)	ENSKMAG00000009070	SIPA1 (ENSKMAG00000009045)
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1620	CASR (ENSNFUG00015004766)	KIF20A (ENSNFUG00015004800)	GFRA3 (ENSNFUG00015004922)	SLC25A6 (ENSNFUG00015004935)	zbtb20 (ENSNFUG00015004957)	DLG4 (ENSNFUG00015005156)	ephb4a (ENSNFUG00015005893)	KCNAB3 (ENSNFUG00015005992)	NEU3 (ENSNFUG00015006042)	ENSNFUG00015006047	CHRDL2 (ENSNFUG00015006064)	SPAG7 (ENSNFUG00015006089)	ENSNFUG00015006100	MEPCE (ENSNFUG00015006107)	ENSNFUG00015006116	PAK3 (ENSNFUG00015006197) ##22	CAPN6 (ENSNFUG00015006456)	DCX (ENSNFUG00015006611)	ENSNFUG00015006615	il13ra2 (ENSNFUG00015006619)	LRCH2 (ENSNFUG00015006622)	ENSNFUG00015006635	zgc:163098 (ENSNFUG00015006653)	WDR44 (ENSNFUG00015006676)	KLHL9 (ENSNFUG00015006833)	ENSNFUG00015006946	ENSNFUG00015006987	LTBP3 (ENSNFUG00015006999)	SPTBN2 (ENSNFUG00015007110)	dpf2 (ENSNFUG00015007722)	CABZ01071177.1 (ENSNFUG00015007756)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b.j	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000160644
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b.j	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359.p	ENSGT00940000154359.o	ENSGT00940000162696.c.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Mummichog	MODERN SPECIES	693	zgc:175280 (ENSFHEG00000014818)	kif20a (ENSFHEG00000014776)	cdc23 (ENSFHEG00000014759)	ENSFHEG00000014699	slc25a5 (ENSFHEG00000014680)	zbtb20 (ENSFHEG00000014650)	DLG4 (ENSFHEG00000014627)	ephb4a (ENSFHEG00000014581)	KCNAB3 (ENSFHEG00000000705)	neu3.1 (ENSFHEG00000014463)	ENSFHEG00000014455	chrdl2 (ENSFHEG00000014449)	spag7 (ENSFHEG00000014441)	defbl2 (ENSFHEG00000014431)	mepcea (ENSFHEG00000014422)	PAK3 (ENSFHEG00000014416) ##22	ENSFHEG00000014401	ENSFHEG00000014383	ENSFHEG00000014355	il13ra2 (ENSFHEG00000014321)	LRCH2 (ENSFHEG00000014312)	zgc:163098 (ENSFHEG00000014263)	WDR44 (ENSFHEG00000014153)	ENSFHEG00000014136
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	540								DLG4 (ENSCVAG00000023456)	ephb4a (ENSCVAG00000023455)	KCNAB3 (ENSCVAG00000023454)	neu3.1 (ENSCVAG00000023453)	chrdl2 (ENSCVAG00000023452)	spag7 (ENSCVAG00000023451)	defbl2 (ENSCVAG00000023450)	mepcea (ENSCVAG00000023449)	PAK3 (ENSCVAG00000023448) ##22	ENSCVAG00000023447	ENSCVAG00000023446	ENSCVAG00000023445	sox9a (ENSCVAG00000023444)
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b.f	ENSGT00940000156128.b.e	ENSGT00940000154895.a.b.j	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b.f.b	ENSGT00940000156128.b.e	ENSGT00940000154895.a.b.j	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
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Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154622.a.b.m	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000161570	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT00940000179312	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000160644
Fugu	MODERN SPECIES	6	zgc:175280 (ENSTRUG00000016862)	kif20a (ENSTRUG00000016852)	cdc23 (ENSTRUG00000016848)	ENSTRUG00000016846	ants6 (ENSTRUG00000016841)	zbtb20 (ENSTRUG00000016839)	DLG4 (ENSTRUG00000016826)	ephb4a (ENSTRUG00000016825)	KCNAB3 (ENSTRUG00000016817)	neu3.1 (ENSTRUG00000022280)	ENSTRUG00000027911	chrdl2 (ENSTRUG00000016808)	spag7 (ENSTRUG00000016806)	ENSTRUG00000022488	mepcea (ENSTRUG00000023614)	PAK3 (ENSTRUG00000016790) ##22	ENSTRUG00000016780	DCX (ENSTRUG00000016775)	ENSTRUG00000031958	ENSTRUG00000016772	LRCH2 (ENSTRUG00000016753)	WDR44 (ENSTRUG00000016743)	klhl13 (ENSTRUG00000016735)	ENSTRUG00000020929	ENSTRUG00000024988	LTBP3 (ENSTRUG00000016712)	SPTBN2 (ENSTRUG00000016700)	dpf2 (ENSTRUG00000025548)	ENSTRUG00000016668	SIPA1 (ENSTRUG00000016653)	kat5b (ENSTRUG00000016643)
Tetraodon	MODERN SPECIES	22	CASR (ENSTNIG00000010032)	zgc:175280 (ENSTNIG00000010033)	kif20a (ENSTNIG00000010034)	cdc23 (ENSTNIG00000010035)	ENSTNIG00000010036	ENSTNIG00000010037	zbtb20 (ENSTNIG00000010038)	DLG4 (ENSTNIG00000010039)	ephb4a (ENSTNIG00000010040)	ENSTNIG00000010041	KCNAB3 (ENSTNIG00000010042)	neu3.1 (ENSTNIG00000010043)	chrdl2 (ENSTNIG00000010044)	spag7 (ENSTNIG00000010045)	mepcea (ENSTNIG00000010046)	PAK3 (ENSTNIG00000010047) ##22	ENSTNIG00000010048	DCX (ENSTNIG00000010049)	ENSTNIG00000010050	il13ra2 (ENSTNIG00000001799)	LRCH2 (ENSTNIG00000010051)	WDR44 (ENSTNIG00000010052)	klhl13 (ENSTNIG00000010053)	ENSTNIG00000010054	LTBP3 (ENSTNIG00000010055)	SPTBN2 (ENSTNIG00000010056)	dpf2 (ENSTNIG00000010057)	ENSTNIG00000010058	SIPA1 (ENSTNIG00000011742)	kat5b (ENSTNIG00000011743)	ABCG4 (ENSTNIG00000011744)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	56	zgc:175280 (ENSLBEG00000003521)	kif20a (ENSLBEG00000003479)	cdc23 (ENSLBEG00000003397)	ENSLBEG00000003363	slc25a5 (ENSLBEG00000003333)	zbtb20 (ENSLBEG00000003299)	DLG4 (ENSLBEG00000003177)	ephb4a (ENSLBEG00000003073)	KCNAB3 (ENSLBEG00000003037)	neu3.1 (ENSLBEG00000003026)	ENSLBEG00000002995	chrdl2 (ENSLBEG00000002978)	spag7 (ENSLBEG00000002961)	defbl2 (ENSLBEG00000002947)	mepcea (ENSLBEG00000002932)	PAK3 (ENSLBEG00000002856) ##22	ENSLBEG00000002820	ENSLBEG00000002796	ENSLBEG00000002765	ENSLBEG00000002745	il13ra2 (ENSLBEG00000002719)	LRCH2 (ENSLBEG00000002683)	zgc:163098 (ENSLBEG00000002498)	WDR44 (ENSLBEG00000002455)	rps14 (ENSLBEG00000002421)	camk2a (ENSLBEG00000002350)	ENSLBEG00000002280	APBB3 (ENSLBEG00000002232)	ENSLBEG00000002219	ADRA1B (ENSLBEG00000002191)	ENSLBEG00000002182
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154622.a.b.m	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00390000000483.a.a	ENSGT00940000164716.B	ENSGT00940000155857.f.b
Lumpfish	MODERN SPECIES	5	zgc:175280 (ENSCLMG00005014696)	kif20a (ENSCLMG00005014562)	cdc23 (ENSCLMG00005014416)	ENSCLMG00005014414	ENSCLMG00005014411	slc25a6 (ENSCLMG00005014408)	zbtb20 (ENSCLMG00005014405)	DLG4 (ENSCLMG00005014402)	ephb4a (ENSCLMG00005013552)	KCNAB3 (ENSCLMG00005013462)	neu3.1 (ENSCLMG00005013459)	chrdl2 (ENSCLMG00005013457)	spag7 (ENSCLMG00005013454)	defbl2 (ENSCLMG00005013450)	mepcea (ENSCLMG00005013448)	PAK3 (ENSCLMG00005013311) ##22	CAPN6 (ENSCLMG00005013295)	ENSCLMG00005013293	ENSCLMG00005013292	il13ra2 (ENSCLMG00005013291)	ENSCLMG00005013290	ENSCLMG00005013288	zgc:163098 (ENSCLMG00005013287)	WDR44 (ENSCLMG00005012565)	klhl13 (ENSCLMG00005012299)	ENSCLMG00005012294	ENSCLMG00005012292	LTBP3 (ENSCLMG00005012257)	nsg2 (ENSCLMG00005012254)	ENSCLMG00005012253	ENSCLMG00005012252
Stickleback	MODERN SPECIES	7	zgc:175280 (ENSGACG00000020688)	kif20a (ENSGACG00000020689)	cdc23 (ENSGACG00000020690)	ENSGACG00000020691	ENSGACG00000020692	zbtb20 (ENSGACG00000020693)	DLG4 (ENSGACG00000020694)	ephb4a (ENSGACG00000020695)	KCNAB3 (ENSGACG00000020696)	neu3.1 (ENSGACG00000020697)	chrdl2 (ENSGACG00000020698)	spag7 (ENSGACG00000020699)	defbl2 (ENSGACG00000020700)	mepcea (ENSGACG00000020701)	ENSGACG00000020702	PAK3 (ENSGACG00000020703) ##22	ENSGACG00000020704	ENSGACG00000020705	ENSGACG00000020706	il13ra2 (ENSGACG00000020707)	LRCH2 (ENSGACG00000020708)	zgc:163098 (ENSGACG00000020709)	WDR44 (ENSGACG00000020710)	klhl13 (ENSGACG00000020711)	ENSGACG00000020712	LTBP3 (ENSGACG00000020713)	nsg2 (ENSGACG00000020714)	ENSGACG00000020715	drd1b (ENSGACG00000020716)	RAD50 (ENSGACG00000020717)	pou4f3 (ENSGACG00000020718)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000160644
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	5	CASR (ENSCGOG00000023900)	zgc:175280 (ENSCGOG00000023892)	kif20a (ENSCGOG00000023879)	cdc23 (ENSCGOG00000023850)	ENSCGOG00000023810	slc25a6 (ENSCGOG00000023776)	zbtb20 (ENSCGOG00000023770)	DLG4 (ENSCGOG00000023411)	ephb4a (ENSCGOG00000022924)	KCNAB3 (ENSCGOG00000022404)	neu3.1 (ENSCGOG00000022370)	chrdl2 (ENSCGOG00000022365)	spag7 (ENSCGOG00000022363)	defbl2 (ENSCGOG00000022360)	mepcea (ENSCGOG00000022358)	PAK3 (ENSCGOG00000021210) ##22	CAPN6 (ENSCGOG00000020693)	ENSCGOG00000020674	ENSCGOG00000020672	il13ra2 (ENSCGOG00000020670)	LRCH2 (ENSCGOG00000020662)	zgc:163098 (ENSCGOG00000020627)	WDR44 (ENSCGOG00000020380)	klhl13 (ENSCGOG00000020313)	ENSCGOG00000020300	ENSCGOG00000020298	LTBP3 (ENSCGOG00000020247)	SPTBN2 (ENSCGOG00000019468)	dpf2 (ENSCGOG00000019438)	zgc:165604 (ENSCGOG00000019436)	dlat (ENSCGOG00000019362)
Pike perch	MODERN SPECIES	37	zgc:175280 (ENSSLUG00000022542)	kif20a (ENSSLUG00000022502)	cdc23 (ENSSLUG00000022463)	ENSSLUG00000022451	slc25a5 (ENSSLUG00000022443)	zbtb20 (ENSSLUG00000022441)	DLG4 (ENSSLUG00000019553)	ephb4a (ENSSLUG00000019372)	KCNAB3 (ENSSLUG00000018267)	neu3.1 (ENSSLUG00000018222)	ENSSLUG00000018214	chrdl2 (ENSSLUG00000018204)	spag7 (ENSSLUG00000018196)	defbl2 (ENSSLUG00000018186)	mepcea (ENSSLUG00000018178)	PAK3 (ENSSLUG00000017797) ##22	ENSSLUG00000017760	CAPN6 (ENSSLUG00000017746)	ENSSLUG00000017735	ENSSLUG00000017733	il13ra2 (ENSSLUG00000017730)	LRCH2 (ENSSLUG00000017720)	zgc:163098 (ENSSLUG00000017713)	WDR44 (ENSSLUG00000017175)	klhl13 (ENSSLUG00000017118)	ENSSLUG00000017102	ENSSLUG00000017098	ENSSLUG00000017089	LTBP3 (ENSSLUG00000016857)	SPTBN2 (ENSSLUG00000010069)	dpf2 (ENSSLUG00000009707)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT00940000179312	ENSGT00940000162696.c.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	4	zgc:175280 (ENSSAUG00010001799)	kif20a (ENSSAUG00010001529)	cdc23 (ENSSAUG00010026651)	ENSSAUG00010026649	SLC25A5 (ENSSAUG00010026647)	zbtb20 (ENSSAUG00010026646)	DLG4 (ENSSAUG00010026607)	ephb4a (ENSSAUG00010026574)	KCNAB3 (ENSSAUG00010026552)	neu3.1 (ENSSAUG00010026547)	ENSSAUG00010026544	chrdl2 (ENSSAUG00010026542)	spag7 (ENSSAUG00010026541)	defbl2 (ENSSAUG00010026539)	mepcea (ENSSAUG00010026538)	PAK3 (ENSSAUG00010025886) ##22	CAPN6 (ENSSAUG00010025836)	ENSSAUG00010025834	ENSSAUG00010025833	il13ra2 (ENSSAUG00010025832)	LRCH2 (ENSSAUG00010025830)	zgc:163098 (ENSSAUG00010025815)	WDR44 (ENSSAUG00010025602)	klhl13 (ENSSAUG00010025596)	ENSSAUG00010025595	ENSSAUG00010025594	LTBP3 (ENSSAUG00010025587)	ENSSAUG00010025583	SPTBN2 (ENSSAUG00010025396)	dpf2 (ENSSAUG00010025372)	ENSSAUG00010025371
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT00940000179312	ENSGT00940000162696.c.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	493	kif20a (ENSLCRG00005007414)	cdc23 (ENSLCRG00005007446)	ENSLCRG00005007716	slc25a5 (ENSLCRG00005007719)	zbtb20 (ENSLCRG00005007820)	DLG4 (ENSLCRG00005007873)	ENSLCRG00005013461	ephb4a (ENSLCRG00005013471)	KCNAB3 (ENSLCRG00005013534)	neu3.1 (ENSLCRG00005013601)	ENSLCRG00005013602	chrdl2 (ENSLCRG00005013603)	spag7 (ENSLCRG00005013605)	defbl2 (ENSLCRG00005013610)	mepcea (ENSLCRG00005013612)	PAK3 (ENSLCRG00005013626) ##22	CAPN6 (ENSLCRG00005013681)	ENSLCRG00005013703	ENSLCRG00005013705	ENSLCRG00005013706	ENSLCRG00005013714	ENSLCRG00005013715	ENSLCRG00005013717	LRCH2 (ENSLCRG00005013718)	SPTBN2 (ENSLCRG00005013723)	LTBP3 (ENSLCRG00005013973)	ENSLCRG00005013979	ENSLCRG00005013980	klhl13 (ENSLCRG00005013983)	dpf2 (ENSLCRG00005014139)	WDR44 (ENSLCRG00005014200)
European seabass	MODERN SPECIES	4	ENSDLAG00005005018	zgc:175280 (ENSDLAG00005004934)	KIF20A (ENSDLAG00005004911)	ENSDLAG00005004746	ENSDLAG00005004720	ENSDLAG00005004684	ENSDLAG00005004710	ENSDLAG00005003615	ENSDLAG00005002221	ENSDLAG00005002038	ENSDLAG00005035044	ENSDLAG00005002022	ENSDLAG00005029222	ENSDLAG00005001996	ENSDLAG00005001988	ENSDLAG00005001894 ##22	ENSDLAG00005001788	ENSDLAG00005001774	ENSDLAG00005031440	il13ra2 (ENSDLAG00005001759)	ENSDLAG00005001750	ENSDLAG00005028992	zgc:163098 (ENSDLAG00005001664)	ENSDLAG00005001188	klhl13 (ENSDLAG00005001115)	ENSDLAG00005001102	ENSDLAG00005001100	ENSDLAG00005001051	ENSDLAG00005000832	dpf2 (ENSDLAG00005000766)	ENSDLAG00005000742
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000160644
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000160644
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000160644
Climbing perch	MODERN SPECIES	5	zgc:175280 (ENSATEG00000017297)	KIF20A (ENSATEG00000017266)	ENSATEG00000017213	ENSATEG00000017157	ENSATEG00000017131	ENSATEG00000017117	ENSATEG00000017065	ENSATEG00000017001	ENSATEG00000016942	ENSATEG00000016928	ENSATEG00000029368	ENSATEG00000016913	ENSATEG00000016903	ENSATEG00000016886	ENSATEG00000016877	ENSATEG00000016796 ##22	ENSATEG00000016768	ENSATEG00000016743	ENSATEG00000016722	il13ra2 (ENSATEG00000016707)	ENSATEG00000016650	zgc:163098 (ENSATEG00000016576)	ENSATEG00000016545	klhl13 (ENSATEG00000016505)	ENSATEG00000016493	ENSATEG00000029357	ENSATEG00000016375	ENSATEG00000016248	dpf2 (ENSATEG00000016175)	ENSATEG00000016143	ENSATEG00000016097
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	5	zgc:175280 (ENSBSLG00000025933)	kif20a (ENSBSLG00000025932)	cdc23 (ENSBSLG00000025929)	ENSBSLG00000025928	zbtb20 (ENSBSLG00000025927)	DLG4 (ENSBSLG00000025854)	ephb4a (ENSBSLG00000024621)	KCNAB3 (ENSBSLG00000023395)	neu3.1 (ENSBSLG00000022779)	ENSBSLG00000022755	slc25a5 (ENSBSLG00000022720)	chrdl2 (ENSBSLG00000022617)	spag7 (ENSBSLG00000022541)	defbl2 (ENSBSLG00000022509)	mepcea (ENSBSLG00000022460)	PAK3 (ENSBSLG00000021794) ##22	ENSBSLG00000021355	ENSBSLG00000021119	ENSBSLG00000020460	il13ra2 (ENSBSLG00000020439)	LRCH2 (ENSBSLG00000020402)	zgc:163098 (ENSBSLG00000020380)	WDR44 (ENSBSLG00000019566)	klhl13 (ENSBSLG00000018997)	ENSBSLG00000018555	ENSBSLG00000018534	LTBP3 (ENSBSLG00000017606)	ENSBSLG00000015892	dpf2 (ENSBSLG00000014905)	ENSBSLG00000014851	SIPA1 (ENSBSLG00000014827)
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	5	zgc:175280 (ENSMAMG00000017561)	KIF20A (ENSMAMG00000017548)	ENSMAMG00000017506	ENSMAMG00000026984	ENSMAMG00000017476	ENSMAMG00000017456	ENSMAMG00000017438	ENSMAMG00000017275	ENSMAMG00000017219	ENSMAMG00000017208	ENSMAMG00000017200	ENSMAMG00000017181	ENSMAMG00000017173	ENSMAMG00000017157	ENSMAMG00000017139	ENSMAMG00000017123 ##22	ENSMAMG00000017101	ENSMAMG00000017075	ENSMAMG00000027396	il13ra2 (ENSMAMG00000017034)	ENSMAMG00000017030	zgc:163098 (ENSMAMG00000016977)	ENSMAMG00000016965	ENSMAMG00000024463	klhl13 (ENSMAMG00000016944)	ENSMAMG00000016936	ENSMAMG00000016912	ENSMAMG00000016887	ENSMAMG00000016813	dpf2 (ENSMAMG00000016763)	ENSMAMG00000016728
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000160644
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000160644
Tongue sole	MODERN SPECIES	10	zgc:175280 (ENSCSEG00000020365)	kif20a (ENSCSEG00000020345)	cdc23 (ENSCSEG00000020338)	ENSCSEG00000020329	slc25a5 (ENSCSEG00000020323)	zbtb20 (ENSCSEG00000020320)	DLG4 (ENSCSEG00000020314)	ephb4a (ENSCSEG00000020306)	KCNAB3 (ENSCSEG00000020245)	ENSCSEG00000020240	neu3.1 (ENSCSEG00000020236)	chrdl2 (ENSCSEG00000020231)	spag7 (ENSCSEG00000020223)	ENSCSEG00000020221	mepcea (ENSCSEG00000020220)	PAK3 (ENSCSEG00000020210) ##22	ENSCSEG00000020171	ENSCSEG00000020168	ENSCSEG00000020162	ENSCSEG00000020159	il13ra2 (ENSCSEG00000020143)	LRCH2 (ENSCSEG00000020135)	zgc:163098 (ENSCSEG00000020119)	WDR44 (ENSCSEG00000020110)	KLHL9 (ENSCSEG00000020109)	ENSCSEG00000020107	ENSCSEG00000020103	LTBP3 (ENSCSEG00000020073)	DSCAML1 (ENSCSEG00000020036)	ENSCSEG00000020025	myo1ca (ENSCSEG00000020002)
Turbot	MODERN SPECIES	16	zgc:175280 (ENSSMAG00000012677)	KIF20A (ENSSMAG00000012711)	ENSSMAG00000012742	ENSSMAG00000012828	ENSSMAG00000012861	ENSSMAG00000012883	ENSSMAG00000012907	ENSSMAG00000013005	ENSSMAG00000013071	ENSSMAG00000013080	ENSSMAG00000013136	ENSSMAG00000013155	ENSSMAG00000013168	ENSSMAG00000023875	ENSSMAG00000013182	ENSSMAG00000013188 ##22	ENSSMAG00000013231	ENSSMAG00000013241	ENSSMAG00000023137	il13ra2 (ENSSMAG00000013307)	ENSSMAG00000013376	zgc:163098 (ENSSMAG00000013442)	ENSSMAG00000013573	klhl13 (ENSSMAG00000013595)	ENSSMAG00000013664	ENSSMAG00000013681	ENSSMAG00000013776	dpf2 (ENSSMAG00000013886)	ENSSMAG00000013947	ENSSMAG00000013956	ENSSMAG00000013982
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154622.a.b.m	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000160644
Barramundi perch	MODERN SPECIES	94	zgc:175280 (ENSLCAG00010006873)	kif20a (ENSLCAG00010006765)	cdc23 (ENSLCAG00010006697)	ENSLCAG00010006663	ENSLCAG00010006647	zbtb20 (ENSLCAG00010006640)	DLG4 (ENSLCAG00010006576)	ephb4a (ENSLCAG00010006501)	KCNAB3 (ENSLCAG00010006338)	ENSLCAG00010006274	ENSLCAG00010006262	chrdl2 (ENSLCAG00010006252)	spag7 (ENSLCAG00010006239)	defbl2 (ENSLCAG00010006231)	mepcea (ENSLCAG00010006223)	PAK3 (ENSLCAG00010006195) ##22	CAPN6 (ENSLCAG00010006146)	ENSLCAG00010006136	ENSLCAG00010006130	il13ra2 (ENSLCAG00010006126)	LRCH2 (ENSLCAG00010006112)	zgc:163098 (ENSLCAG00010006045)	WDR44 (ENSLCAG00010005762)	klhl13 (ENSLCAG00010005705)	ENSLCAG00010005694	ENSLCAG00010005692	LTBP3 (ENSLCAG00010005653)	SPTBN2 (ENSLCAG00010002320)	dpf2 (ENSLCAG00010001553)	ENSLCAG00010001550	SIPA1 (ENSLCAG00010001508)
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000156931	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00940000154622.a.b.m	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00940000178035	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00650000094922	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000170012	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00390000015123	ENSGT01030000235478	ENSGT00640000091486.b	ENSGT00390000010017
Greater amberjack	MODERN SPECIES	139	zgc:175280 (ENSSDUG00000007014)	kif20a (ENSSDUG00000007080)	cdc23 (ENSSDUG00000007107)	ENSSDUG00000007156	ENSSDUG00000007174	zbtb20 (ENSSDUG00000007188)	DLG4 (ENSSDUG00000007205)	ephb4a (ENSSDUG00000007249)	KCNAB3 (ENSSDUG00000007354)	neu3.1 (ENSSDUG00000008169)	ENSSDUG00000008172	chrdl2 (ENSSDUG00000008183)	spag7 (ENSSDUG00000008225)	defbl2 (ENSSDUG00000008238)	mepcea (ENSSDUG00000008253)	PAK3 (ENSSDUG00000008331) ##22	CAPN6 (ENSSDUG00000009382)	ENSSDUG00000009748	ENSSDUG00000009783	il13ra2 (ENSSDUG00000009799)	LRCH2 (ENSSDUG00000009829)	zgc:163098 (ENSSDUG00000009881)	WDR44 (ENSSDUG00000009993)	klhl13 (ENSSDUG00000010032)	ENSSDUG00000010067	ENSSDUG00000010075	LTBP3 (ENSSDUG00000010093)	ENSSDUG00000010180	taf6 (ENSSDUG00000010194)	mrps31 (ENSSDUG00000010247)	foxo1b (ENSSDUG00000010277)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3035	zgc:175280 (ENSSLDG00000019714)	kif20a (ENSSLDG00000019720)	cdc23 (ENSSLDG00000019752)	ENSSLDG00000019788	ENSSLDG00000019804	zbtb20 (ENSSLDG00000019822)	DLG4 (ENSSLDG00000019840)	ephb4a (ENSSLDG00000019946)	KCNAB3 (ENSSLDG00000020006)	neu3.1 (ENSSLDG00000020043)	ENSSLDG00000020051	chrdl2 (ENSSLDG00000020064)	spag7 (ENSSLDG00000020103)	defbl2 (ENSSLDG00000020114)	mepcea (ENSSLDG00000020120)	PAK3 (ENSSLDG00000020143) ##22	CAPN6 (ENSSLDG00000020262)	ENSSLDG00000020280	ENSSLDG00000020293	il13ra2 (ENSSLDG00000020312)	LRCH2 (ENSSLDG00000020331)	zgc:163098 (ENSSLDG00000020364)	WDR44 (ENSSLDG00000020444)	klhl13 (ENSSLDG00000020504)	ENSSLDG00000020530	ENSSLDG00000020539	LTBP3 (ENSSLDG00000020564)	ENSSLDG00000020658	ENSSLDG00000020677	taf6 (ENSSLDG00000020683)	mrps31 (ENSSLDG00000020714)
Cod	MODERN SPECIES	20	ENSGMOG00000002672	zgc:175280 (ENSGMOG00000002684)	KIF20A (ENSGMOG00000002724)	ENSGMOG00000002777	ENSGMOG00000002813	ENSGMOG00000024094	ENSGMOG00000036964	ENSGMOG00000002905	ENSGMOG00000027559	ENSGMOG00000002987	ENSGMOG00000026696	ENSGMOG00000003045	ENSGMOG00000003072	ENSGMOG00000032958	ENSGMOG00000027027	PAK3 (ENSGMOG00000003145) ##22	ENSGMOG00000003178	DCX (ENSGMOG00000034349)	ENSGMOG00000034278	ENSGMOG00000019332	nfrkb (ENSGMOG00000019315)	ENSGMOG00000019311	gng8 (ENSGMOG00000025665)	ENSGMOG00000019297	ENSGMOG00000028674	ppp3ca (ENSGMOG00000013465)	ENSGMOG00000019280	zgc:100829 (ENSGMOG00000032118)	puraa (ENSGMOG00000019265)	nrg2a (ENSGMOG00000019254)	slc22a6l (ENSGMOG00000019242)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00950000182944.A.a	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000163239	ENSGT00940000166571	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000155114	ENSGT00940000159295	ENSGT00940000157536.a.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000157956.p	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00730000111282.b	ENSGT00700000104815	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000177976	ENSGT00940000159971	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000161776	ENSGT00940000155070.a.b.b	ENSGT00940000158450.c	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a
Northern pike	MODERN SPECIES	6	neu3.5 (ENSELUG00000031402)	ENSELUG00000030086	pold3 (ENSELUG00000019068)	chrdl2 (ENSELUG00000019011)	spag7 (ENSELUG00000018959)	KCNAB3 (ENSELUG00000018953)	psmb6 (ENSELUG00000018917)	tnfsf13 (ENSELUG00000018833)	ENSELUG00000029460	ephb4a (ENSELUG00000018814)	DLG4 (ENSELUG00000018741)	mepcea (ENSELUG00000018561)	her1 (ENSELUG00000033502)	her7 (ENSELUG00000018519)	her7 (ENSELUG00000025242)	PAK3 (ENSELUG00000001587) ##22	CAPN6 (ENSELUG00000000784)	ENSELUG00000018368	ENSELUG00000018277	ENSELUG00000018260	il13ra2 (ENSELUG00000018235)	LRCH2 (ENSELUG00000000731)	zgc:163098 (ENSELUG00000017966)	WDR44 (ENSELUG00000017880)	klhl13 (ENSELUG00000017855)	ENSELUG00000017814	ENSELUG00000027089	LTBP3 (ENSELUG00000000717)	SPTBN2 (ENSELUG00000017488)	cdc42ep2 (ENSELUG00000017173)	dpf2 (ENSELUG00000017145)
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	896															ENSGT00700000104815.l	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.a ##22	ENSGT00940000156128.b.j	ENSGT00940000161570	ENSGT00530000063484.b.a.h	ENSGT00940000154895.a.b.g	ENSGT00530000063484.b.a.g.a
Huchen	MODERN SPECIES	8212																ENSHHUG00000003986 ##22	CAPN6 (ENSHHUG00000003833)
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00650000094922.c.b	ENSGT00390000015701.a	ENSGT00950000182944.A.a.d	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000163239.h	ENSGT00940000166571.c	ENSGT00390000001520.c	ENSGT00940000159306.b.a.c.a	ENSGT00940000155114.o.b	ENSGT00940000157536.a.b	ENSGT00940000166305.B.g	ENSGT00940000157956.o.b.e.b	ENSGT00940000153993.A.j.g	ENSGT00730000111282.b.d	ENSGT00700000104815.k	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.a ##22	ENSGT00940000156128.b.j	ENSGT00940000161570	ENSGT00940000154895.a.b.g	ENSGT00530000063484.b.a.g.a	ENSGT00940000177976	ENSGT00940000159450.b	ENSGT00940000159971.l	ENSGT00940000160039.j	ENSGT00390000010687.a.b.b	ENSGT00940000157557.f	ENSGT00940000154359.m	ENSGT00940000162696.c.b.a	ENSGT01100000263520.a.a.a.b.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b.f	ENSGT00940000160285.eb
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000164481.b.b	ENSGT00650000094922.c.b	ENSGT00390000015701.a	ENSGT00950000182944.A.a.d	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000166571.c	ENSGT00390000001520.c	ENSGT00940000159306.b.a.c.a	ENSGT00940000155114.o.b	ENSGT00940000157536.a.b	ENSGT00940000166305.B.g	ENSGT00940000157956.o.b.e.b	ENSGT00940000153993.A.j.g	ENSGT00730000111282.b.d	ENSGT00700000104815.k	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.a ##22	ENSGT00940000156128.b.j	ENSGT00940000154895.a.b.g	ENSGT00530000063484.b.a.g.a	ENSGT00940000177976	ENSGT00940000159450.b	ENSGT00940000159971.l	ENSGT00940000160039.j	ENSGT00390000010687.a.b.b	ENSGT00940000169577.a	ENSGT00940000154359.m	ENSGT00940000162696.c.b.a	ENSGT01100000263520.a.a.a.b.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b.f	ENSGT00940000160285.eb	ENSGT00940000158847.d.i.b
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	2	wdr73 (ENSSSAG00000108080)	neu3 (ENSSSAG00000073782)	ENSSSAG00000094050	ENSSSAG00000107002	ENSSSAG00000095379	ENSSSAG00000090984	ENSSSAG00000073637	tnfsf13 (ENSSSAG00000073630)	ENSSSAG00000100433	ephb4a (ENSSSAG00000083235)	ENSSSAG00000106983	ENSSSAG00000072878	mepcea (ENSSSAG00000072859)	her1 (ENSSSAG00000072857)	her7 (ENSSSAG00000072854)	ENSSSAG00000090084 ##22	ENSSSAG00000067736	ENSSSAG00000067725	ENSSSAG00000093133	ENSSSAG00000087499	ENSSSAG00000067715	tmm47 (ENSSSAG00000067707)	ENSSSAG00000067702	ENSSSAG00000042320	il13ra2 (ENSSSAG00000067691)	ENSSSAG00000093821	ENSSSAG00000067561	zgc:163098 (ENSSSAG00000066961)	ENSSSAG00000065868	ENSSSAG00000096759	ENSSSAG00000065308
River trout	MODERN SPECIES	3	defbl2 (ENSSTUG00000046120)	wdr73 (ENSSTUG00000046055)	NEU3 (ENSSTUG00000046047)	ENSSTUG00000046036	chrdl2 (ENSSTUG00000046025)	spag7 (ENSSTUG00000046016)	KCNAB3 (ENSSTUG00000045729)	PSMB6 (ENSSTUG00000045711)	tnfsf13 (ENSSTUG00000045695)	ENSSTUG00000045690	mepcea (ENSSTUG00000045682)	her1 (ENSSTUG00000045676)	her7 (ENSSTUG00000045668)	her7 (ENSSTUG00000045656)	her7 (ENSSTUG00000045638)	PAK3 (ENSSTUG00000045621) ##22	CAPN6 (ENSSTUG00000045551)	ENSSTUG00000045510	ENSSTUG00000045499	ENSSTUG00000045489	SLC16A2 (ENSSTUG00000045484)	il13ra2 (ENSSTUG00000045465)	LRCH2 (ENSSTUG00000045239)	zgc:163098 (ENSSTUG00000045206)	ENSSTUG00000044036	ENSSTUG00000043927	ENSSTUG00000043922	ENSSTUG00000043919	ENSSTUG00000043918	LTBP3 (ENSSTUG00000043277)	SPTBN2 (ENSSTUG00000040111)
Oncorhynchus	DUPLICATION
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00950000182944.A.a.d	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000163239.h	ENSGT00940000166571.c	ENSGT00390000001520.c	ENSGT00940000159306.b.a.c.a	ENSGT00940000155114.o.b	ENSGT00940000157536.a.b	ENSGT00940000166305.B.g	ENSGT00940000157956.o.b.e.b	ENSGT00940000153993.A.j.g	ENSGT00730000111282.b.d	ENSGT00700000104815.k.a	ENSGT00700000104815.k.b	ENSGT00700000104815.l	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.a.a ##22	ENSGT00940000156128.b.j	ENSGT00940000161570	ENSGT00940000154895.a.b.g	ENSGT00530000063484.b.a.g.a	ENSGT00940000177976	ENSGT00940000159450.b	ENSGT00940000159971.l	ENSGT00940000160039.j	ENSGT00390000010687.a.b.b	ENSGT00940000157557.f	ENSGT00940000154359.m	ENSGT00940000162696.c.b.a	ENSGT01100000263520.a.a.a.b.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b.f	ENSGT00940000160285.eb
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00950000182944.A.a.d	ENSGT00390000016048	ENSGT00940000163239.h	ENSGT00940000166571.c	ENSGT00390000001520.c	ENSGT00940000159306.b.a.c.a	ENSGT00940000155114.o.b	ENSGT00940000157536.a.b	ENSGT00940000166305.B.g	ENSGT00940000157956.o.b.e.b	ENSGT00940000153993.A.j.g	ENSGT00730000111282.b.d	ENSGT00700000104815.k.a	ENSGT00700000104815.k.b	ENSGT00700000104815.l	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.a.a ##22	ENSGT00940000156128.b.j	ENSGT00940000161570	ENSGT00940000154895.a.b.g	ENSGT00530000063484.b.a.g.a	ENSGT00940000177976	ENSGT00940000159450.b	ENSGT00940000159971.l	ENSGT00940000160039.j	ENSGT00390000010687.a.b.b	ENSGT00940000157557.f	ENSGT00940000154359.m	ENSGT00940000162696.c.b.a	ENSGT00940000160285.eb	ENSGT00940000158847.d.i.b	ENSGT00940000161776.d
Coho salmon	MODERN SPECIES	21	NEU3 (ENSOKIG00005049809)	ENSOKIG00005049811	chrdl2 (ENSOKIG00005049818)	spag7 (ENSOKIG00005049823)	KCNAB3 (ENSOKIG00005049838)	PSMB6 (ENSOKIG00005049848)	tnfsf13 (ENSOKIG00005049851)	ephb4a (ENSOKIG00005049858)	DLG4 (ENSOKIG00005049897)	mepcea (ENSOKIG00005049960)	her1 (ENSOKIG00005049962)	her7 (ENSOKIG00005049964)	her7 (ENSOKIG00005049967)	her7 (ENSOKIG00005049971)	her7 (ENSOKIG00005049976)	PAK3 (ENSOKIG00005049992) ##22	CAPN6 (ENSOKIG00005050037)	ENSOKIG00005050079	ENSOKIG00005050085	ENSOKIG00005050086	ENSOKIG00005050090	ENSOKIG00005050092	il13ra2 (ENSOKIG00005050098)	ENSOKIG00005050104	zgc:163098 (ENSOKIG00005050130)	ENSOKIG00005050145	ENSOKIG00005050161	ENSOKIG00005050179	ENSOKIG00005050181	LTBP3 (ENSOKIG00005050207)	SPTBN2 (ENSOKIG00005050237)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	26	defbl2 (ENSOTSG00005003131)	ENSOTSG00005003135	NEU3 (ENSOTSG00005003141)	ENSOTSG00005003148	pold3 (ENSOTSG00005003151)	chrdl2 (ENSOTSG00005003155)	spag7 (ENSOTSG00005003159)	KCNAB3 (ENSOTSG00005003179)	psmb6 (ENSOTSG00005004337)	tnfsf13 (ENSOTSG00005004339)	ephb4a (ENSOTSG00005004343)	DLG4 (ENSOTSG00005004347)	mepcea (ENSOTSG00005005035)	her1 (ENSOTSG00005005037)	her7 (ENSOTSG00005005038)	PAK3 (ENSOTSG00005005040) ##22	CAPN6 (ENSOTSG00005005067)	DCX (ENSOTSG00005005075)	ENSOTSG00005005076	ENSOTSG00005005078	ENSOTSG00005005080	SLC16A2 (ENSOTSG00005005083)	il13ra2 (ENSOTSG00005005091)	ENSOTSG00005005101	zgc:163098 (ENSOTSG00005005123)	WDR44 (ENSOTSG00005005146)	ENSOTSG00005005165	ENSOTSG00005005182	ENSOTSG00005005185	ENSOTSG00005005189	LTBP3 (ENSOTSG00005005190)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	364	ENSOMYG00000039221	ENSOMYG00000039211	ENSOMYG00000036765	ENSOMYG00000036493	tnfsf13 (ENSOMYG00000036508)	ENSOMYG00000055695	ENSOMYG00000074215	ephb4a (ENSOMYG00000055315)	ENSOMYG00000036450	mepcea (ENSOMYG00000036417)	her1 (ENSOMYG00000036410)	her7 (ENSOMYG00000075219)	her7 (ENSOMYG00000048177)	her7 (ENSOMYG00000073108)	ENSOMYG00000036370	ENSOMYG00000036359 ##22	ENSOMYG00000046726	ENSOMYG00000068744	ENSOMYG00000046702	ENSOMYG00000053880	ENSOMYG00000064340	ENSOMYG00000046690	ENSOMYG00000046687	il13ra2b (ENSOMYG00000046682)	ENSOMYG00000062600	ENSOMYG00000062549	zgc:163098 (ENSOMYG00000046668)	ENSOMYG00000046655	ENSOMYG00000046606	ENSOMYG00000046642	ENSOMYG00000046641
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.a.b ##22
Rainbow trout	MODERN SPECIES	1	ENSOMYG00000013775	nfrkb (ENSOMYG00000013751)	DEFB5 (ENSOMYG00000067813)	ENSOMYG00000013725	ENSOMYG00000013715	ENSOMYG00000013708	ENSOMYG00000013699	ENSOMYG00000013690	ENSOMYG00000013670	ENSOMYG00000013660	ENSOMYG00000013657	ephb4a (ENSOMYG00000013611)	ENSOMYG00000059691	mepcea (ENSOMYG00000013577)	her1 (ENSOMYG00000013570)	ENSOMYG00000013393 ##22	ENSOMYG00000013229	ENSOMYG00000013182	ENSOMYG00000013173	il13ra2 (ENSOMYG00000013157)	ENSOMYG00000013111	zgc:163098 (ENSOMYG00000012979)	ENSOMYG00000012691	ENSOMYG00000062243	ENSOMYG00000012493	ENSOMYG00000012468	ENSOMYG00000012463	ENSOMYG00000012331	ENSOMYG00000012210	dpf2 (ENSOMYG00000012157)	ENSOMYG00000012143
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	625																ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.b ##22	ENSGT00940000156128.b.i	ENSGT00940000154895.a.b.h	ENSGT00530000063484.b.a.g.b	ENSGT00940000177976	ENSGT00940000159450.b	ENSGT00940000159971.l	ENSGT00940000160039.j	ENSGT00390000010687.a.b.b	ENSGT00940000157557.f	ENSGT00940000154359.m	ENSGT00940000162696.c.b.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b.f	ENSGT00940000160285.eb	ENSGT00940000158847.d.i.b
Huchen	MODERN SPECIES	263	defbl2 (ENSHHUG00000047905)	wdr73 (ENSHHUG00000047891)	NEU3 (ENSHHUG00000047887)	pold3 (ENSHHUG00000047869)	chrdl2 (ENSHHUG00000047853)	spag7 (ENSHHUG00000047837)	KCNAB3 (ENSHHUG00000047692)	PSMB6 (ENSHHUG00000047684)	ENSHHUG00000047681	ephb4a (ENSHHUG00000047570)	ENSHHUG00000047526	ENSHHUG00000047517	ENSHHUG00000047507	mepcea (ENSHHUG00000047501)	her1 (ENSHHUG00000047498)	PAK3 (ENSHHUG00000047475) ##22
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000016213.j	ENSGT00650000094922.c.a	ENSGT00390000015701.b	ENSGT00950000182944.A.a.c	ENSGT00940000163239.g	ENSGT00940000166571.d	ENSGT00390000001520.d	ENSGT00940000159306.b.a.d	ENSGT00940000159306.b.a.c.b.a	ENSGT00940000155114.o.a	ENSGT00970000198205	ENSGT00940000166305.B.h	ENSGT00940000157956.o.b.e.a	ENSGT00940000153993.A.j.h	ENSGT00730000111282.b.c	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.b ##22	ENSGT00940000156128.b.i	ENSGT00940000154895.a.b.h	ENSGT00530000063484.b.a.g.b	ENSGT00940000159971.k	ENSGT00940000160039.i	ENSGT00390000010687.a.b.a	ENSGT00940000157557.e	ENSGT00940000154359.n	ENSGT00940000162696.c.b.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b.e	ENSGT00940000160285.db	ENSGT00940000158847.d.i.a	ENSGT00940000161776.c	ENSGT00940000155070.a.b.b.a	ENSGT00940000158450.c
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000157181.c	ENSGT00390000016213.j	ENSGT00650000094922.c.a	ENSGT00390000015701.b	ENSGT00950000182944.A.a.c	ENSGT00940000163239.g	ENSGT00940000166571.d	ENSGT00390000001520.d	ENSGT00940000159306.b.a.d	ENSGT00940000155114.o.a	ENSGT00970000198205	ENSGT00940000166305.B.h	ENSGT00940000157956.o.b.e.a	ENSGT00940000153993.A.j.h	ENSGT00730000111282.b.c	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.b ##22	ENSGT00940000156128.b.i	ENSGT00940000154895.a.b.h	ENSGT00530000063484.b.a.g.b	ENSGT00940000159971.k	ENSGT00940000160039.i	ENSGT00390000010687.a.b.a	ENSGT00940000157557.e	ENSGT00940000154359.n	ENSGT00940000162696.c.b.b	ENSGT00940000179312	ENSGT00940000160285.db	ENSGT00940000158847.d.i.a	ENSGT00940000161776.c	ENSGT00940000155070.a.b.b.a	ENSGT00940000158450.c
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	23	ENSSSAG00000005260	nfrkb (ENSSSAG00000005134)	ENSSSAG00000106743	defbl2 (ENSSSAG00000087880)	ENSSSAG00000088831	ENSSSAG00000005314	chrdl2 (ENSSSAG00000005351)	ENSSSAG00000088026	ENSSSAG00000119780	ENSSSAG00000103571	ENSSSAG00000083386	ephb4a (ENSSSAG00000111074)	ENSSSAG00000006558	mepcea (ENSSSAG00000045920)	her1 (ENSSSAG00000045929)	ENSSSAG00000068125 ##22	ENSSSAG00000051310	ENSSSAG00000051877	ENSSSAG00000051908	il13ra2 (ENSSSAG00000051928)	ENSSSAG00000051984	zgc:163098 (ENSSSAG00000052191)	ENSSSAG00000109491	ENSSSAG00000054405	ENSSSAG00000054552	ENSSSAG00000116186	ENSSSAG00000089746	ENSSSAG00000054613	ENSSSAG00000054703	ENSSSAG00000007318	cdc42ep2 (ENSSSAG00000091486)
River trout	MODERN SPECIES	10	nfrkb (ENSSTUG00000031893)	defbl2 (ENSSTUG00000031875)	wdr73 (ENSSTUG00000031854)	NEU3 (ENSSTUG00000031846)	pold3 (ENSSTUG00000031790)	chrdl2 (ENSSTUG00000031772)	spag7 (ENSSTUG00000031758)	KCNAB3 (ENSSTUG00000031742)	PSMB6 (ENSSTUG00000031722)	ENSSTUG00000031681	ephb4a (ENSSTUG00000031657)	DLG4 (ENSSTUG00000031075)	mepcea (ENSSTUG00000031059)	her1 (ENSSTUG00000031054)	ENSSTUG00000031049	PAK3 (ENSSTUG00000031007) ##22	ENSSTUG00000030954	ENSSTUG00000030941	ENSSTUG00000030922	ENSSTUG00000030906	ENSSTUG00000030892	il13ra2 (ENSSTUG00000030874)	LRCH2 (ENSSTUG00000030805)	zgc:163098 (ENSSTUG00000030395)	WDR44 (ENSSTUG00000029365)	ENSSTUG00000029248	ENSSTUG00000029233	LTBP3 (ENSSTUG00000028325)	SPTBN2 (ENSSTUG00000027853)	ENSSTUG00000027830	dpf2 (ENSSTUG00000027711)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157181.c	ENSGT00390000016213.j	ENSGT00650000094922.c.a	ENSGT00390000015701.b	ENSGT00950000182944.A.a.c	ENSGT00940000163239.g	ENSGT00940000166571.d	ENSGT00390000001520.d	ENSGT00940000159306.b.a.c.b.a	ENSGT00940000155114.o.a	ENSGT00970000198205	ENSGT00940000166305.B.h	ENSGT00940000157956.o.b.e.a	ENSGT00940000153993.A.j.h	ENSGT00730000111282.b.c	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.b ##22	ENSGT00940000156128.b.i	ENSGT00940000154895.a.b.h	ENSGT00530000063484.b.a.g.b	ENSGT00940000159971.k	ENSGT00940000160039.i	ENSGT00390000010687.a.b.a	ENSGT00940000157557.e	ENSGT00940000154359.n	ENSGT00940000162696.c.b.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b.e	ENSGT00940000160285.db	ENSGT00940000158847.d.i.a	ENSGT00940000155070.a.b.b.a	ENSGT00940000158450.c	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a.c
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157181.c	ENSGT00390000016213.j	ENSGT00650000094922.c.a	ENSGT00390000015701.b	ENSGT00950000182944.A.a.c	ENSGT00940000163239.g	ENSGT00940000166571.d	ENSGT00390000001520.d	ENSGT00940000159306.b.a.c.b.a	ENSGT00940000155114.o.a	ENSGT00970000198205	ENSGT00940000166305.B.h	ENSGT00940000157956.o.b.e.a	ENSGT00940000153993.A.j.h	ENSGT00730000111282.b.c	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.b ##22	ENSGT00940000156128.b.i	ENSGT00940000154895.a.b.h	ENSGT00530000063484.b.a.g.b	ENSGT00940000159971.k	ENSGT00940000160039.i	ENSGT00390000010687.a.b.a	ENSGT00940000157557.e	ENSGT00940000154359.n	ENSGT00940000162696.c.b.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b.e	ENSGT00940000160285.db	ENSGT00940000158847.d.i.a	ENSGT00940000155070.a.b.b.a	ENSGT00940000158450.c	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a.c
Coho salmon	MODERN SPECIES	20	TMEM45B (ENSOKIG00005049652)	nfrkb (ENSOKIG00005049659)	defbl2 (ENSOKIG00005049667)	wdr73 (ENSOKIG00005049673)	NEU3 (ENSOKIG00005049685)	ENSOKIG00005049692	ENSOKIG00005049700	SPAG7 (ENSOKIG00005049707)	KCNAB3 (ENSOKIG00005049729)	PSMB6 (ENSOKIG00005049816)	ENSOKIG00005023602	ephb4a (ENSOKIG00005023648)	DLG4 (ENSOKIG00005024368)	mepcea (ENSOKIG00005026605)	her1 (ENSOKIG00005026613)	PAK3 (ENSOKIG00005026637) ##22	ENSOKIG00005026768	ENSOKIG00005026824	ENSOKIG00005026847	ENSOKIG00005026866	il13ra2 (ENSOKIG00005026876)	LRCH2 (ENSOKIG00005026923)	zgc:163098 (ENSOKIG00005027183)	ENSOKIG00005027335	ENSOKIG00005027885	ENSOKIG00005027942	ENSOKIG00005027956	LTBP3 (ENSOKIG00005028054)	ENSOKIG00005029512	SPTBN2 (ENSOKIG00005029683)	dpf2 (ENSOKIG00005032026)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	23	tmem45b (ENSOTSG00005038462)	nfrkb (ENSOTSG00005038461)	defbl2 (ENSOTSG00005038459)	wdr73 (ENSOTSG00005038458)	NEU3 (ENSOTSG00005038457)	pold3 (ENSOTSG00005038455)	chrdl2 (ENSOTSG00005038452)	spag7 (ENSOTSG00005038450)	KCNAB3 (ENSOTSG00005034741)	psmb6 (ENSOTSG00005034723)	ENSOTSG00005034722	ephb4a (ENSOTSG00005034706)	DLG4 (ENSOTSG00005034702)	mepcea (ENSOTSG00005034701)	her1 (ENSOTSG00005034700)	PAK3 (ENSOTSG00005034401) ##22	ENSOTSG00005034394	ENSOTSG00005034393	prox3 (ENSOTSG00005034392)	ENSOTSG00005034390	ENSOTSG00005034387	ENSOTSG00005034382	ENSOTSG00005034381	il13ra2 (ENSOTSG00005034378)	LRCH2 (ENSOTSG00005034373)	zgc:163098 (ENSOTSG00005034345)	WDR44 (ENSOTSG00005034157)	ENSOTSG00005034012	ENSOTSG00005034011	ENSOTSG00005034010	LTBP3 (ENSOTSG00005033793)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.r ##22
Huchen	MODERN SPECIES	5245																ENSHHUG00000027333 ##22
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	65		ENSGT00940000163061	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000158465	ENSGT00940000159306.b.b	ENSGT00940000153761.A	ENSGT00940000155114	ENSGT00940000165601	ENSGT00940000157536.a.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000157956.p	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00730000111282.b	ENSGT00700000104815	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000177976	ENSGT00940000159971	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000160039	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000162696.d	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000160285	ENSGT00940000158847.d	ENSGT00940000161776
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	223	ENSGT01030000234788	ENSGT00390000017765.a	ENSGT00940000156043	ENSGT00390000014424	ENSGT00940000155647.bb	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00940000163061	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000158465	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000157956.p	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00730000111282.b	ENSGT00700000104815	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	61	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00950000182805.a.a.b.b	ENSGT00940000153664.A.a	ENSGT00940000163061	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000158465	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000157536.a.b	ENSGT00940000170142	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b.a.b	ENSGT00940000157956.o.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00730000111282.b	ENSGT00700000104815	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a
Channel catfish	MODERN SPECIES	20													mepcea (ENSIPUG00000021852)	her1 (ENSIPUG00000021845)	her7 (ENSIPUG00000021840)	ENSIPUG00000021836 ##22	Itgax (ENSIPUG00000021801)	grk1b (ENSIPUG00000021787)	arhgef15 (ENSIPUG00000021773)	ENSIPUG00000021720	taf6 (ENSIPUG00000021695)	sat2 (ENSIPUG00000021670)	naa38 (ENSIPUG00000021657)	ENSIPUG00000021644	ENSIPUG00000021590	cldn15b (ENSIPUG00000021558)	ENSIPUG00000021547	rangrf (ENSIPUG00000021519)	slc25a35 (ENSIPUG00000021498)	capga (ENSIPUG00000021457)	tp53 (ENSIPUG00000021439)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	228									ENSGT00940000170142	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b.a.b	ENSGT00940000157956.o.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00730000111282.b	ENSGT00700000104815	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00530000063484.b.a
Electric eel	MODERN SPECIES	528												ENSEEEG00000013331	mepcea (ENSEEEG00000013330)	her1 (ENSEEEG00000013326)	her7 (ENSEEEG00000013325)	PAK3 (ENSEEEG00000013324) ##22	ENSEEEG00000013315	ENSEEEG00000013302	ENSEEEG00000013299	ENSEEEG00000013298	ENSEEEG00000013297
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	117	ENSGT00940000153664.A.a	ENSGT00940000163061	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000158465	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000155114	ENSGT00940000159295	ENSGT01030000235249	ENSGT00940000157536.a.b	ENSGT00940000170142	ENSGT00940000166305.B.a	ENSGT00940000157956.o.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00730000111282.b	ENSGT00700000104815	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00940000154895.a.b
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	62	ENSAMXG00000009324	ENSAMXG00000030168	ENSAMXG00000035604	ENSAMXG00000030751	KCNAB3 (ENSAMXG00000039969)	psmb6 (ENSAMXG00000002691)	KIF1C (ENSAMXG00000002713)	ENSAMXG00000039876	tnfsf13 (ENSAMXG00000032607)	ENSAMXG00000009490	ephb4a (ENSAMXG00000009941)	DLG4 (ENSAMXG00000042712)	mepcea (ENSAMXG00000029308)	ENSAMXG00000032176	her7 (ENSAMXG00000029558)	PAK3 (ENSAMXG00000037675) ##22	ENSAMXG00000038709	ENSAMXG00000017790
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	1430																ENSPNAG00000029050 ##22	ENSPNAG00000028971
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	105	ENSGT00940000155178.i.b	ENSGT00550000075100.i.b	ENSGT00940000156506.b.i.a	ENSGT00940000158066.p.h	ENSGT00390000013680.a	ENSGT01030000234567.A.b.c.h.a	ENSGT00390000004019.a	ENSGT00940000155596.r	ENSGT00950000183109.c.b.b	ENSGT00940000155737.a.a	ENSGT00940000161868.d.a	ENSGT00940000155061.b.i	ENSGT00940000154308.C	ENSGT00940000153594.c.e.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT01030000234567.B.a.b.b	ENSGT01030000234567.B.a.b.a.b.a	ENSGT00640000091486.b	ENSGT00940000165960.a.a	ENSGT00950000183121.a.c.a	ENSGT00390000018418	ENSGT00940000165100.a	ENSGT00390000000592.ab	ENSGT00940000163503.A.a.a.b	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.b.e.b.c	ENSGT00940000165258.g.a	ENSGT00390000013834	ENSGT00940000160771	ENSGT00940000153116.D	ENSGT00940000153820.b.a.d
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000155178.i.b	ENSGT00550000075100.i.b	ENSGT00940000156506.b.i.a	ENSGT00940000158066.p.h	ENSGT00390000013680.a	ENSGT01030000234567.A.b.c.h.a	ENSGT00390000004019.a	ENSGT00940000155596.r	ENSGT00950000183109.c.b.b	ENSGT00940000155737.a.a	ENSGT00940000161868.d.a	ENSGT00940000155061.b.i	ENSGT01100000263556.a.a.q.c.b.b.a	ENSGT00940000153594.c.e.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22
Common carp reference	MODERN SPECIES	7	tbx3a (ENSCCRG00000026753)	ENSCCRG00000068731	MED13L (ENSCCRG00000021719)	ENSCCRG00000025913	ENSCCRG00000004407	ENSCCRG00000069573	lman2la (ENSCCRG00000074883)	ENSCCRG00000078309	ENSCCRG00000059293	ENSCCRG00000047363	ENSCCRG00000023643	ENSCCRG00000023652	ENSCCRG00000074973	ENSCCRG00000023116	ENSCCRG00000070815	ENSCCRG00000032277 ##22	ENSCCRG00000036953	ENSCCRG00000062910	ENSCCRG00000075571	ENSCCRG00000064974	ENSCCRG00000053287	ENSCCRG00000061680	ENSCCRG00000036053	ENSCCRG00000058846	taf6 (ENSCCRG00000061007)	ENSCCRG00000052085	ENSCCRG00000076212	sat2b (ENSCCRG00000019964)	naa38 (ENSCCRG00000019966)	ENSCCRG00000063981	ENSCCRG00000019983
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	1055																PAK3 (ENSSGRG00000008689) ##22	ENSSGRG00000008634	zfpl1 (ENSSGRG00000008632)
Goldfish	MODERN SPECIES	44	tbx3a (ENSCARG00000034847)	MED13L (ENSCARG00000033392)	ENSCARG00000033225	ENSCARG00000033219	MTFP1 (ENSCARG00000033196)	lman2la (ENSCARG00000033177)	ENSCARG00000033166	ARL3 (ENSCARG00000033157)	PAX8 (ENSCARG00000033084)	ENSCARG00000033061	ENSCARG00000033043	hip1rb (ENSCARG00000032319)	ENSCARG00000032270	ENSCARG00000032261	ENSCARG00000032257	PAK3 (ENSCARG00000032035) ##22	ENSCARG00000031974	FZD9 (ENSCARG00000031965)	ENSCARG00000031952	tmem150ab (ENSCARG00000031929)	slc25a46 (ENSCARG00000031873)	wdr36 (ENSCARG00000030494)	camk4 (ENSCARG00000028810)	kcmf1 (ENSCARG00000028738)	ntrk2b (ENSCARG00000028718)	hnrpkl (ENSCARG00000028600)	gnaq (ENSCARG00000028586)	gna14 (ENSCARG00000028582)	prune2 (ENSCARG00000028570)	ENSCARG00000028517	ENSCARG00000027863
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	627														ENSGT00730000111282.b	ENSGT00700000104815	ENSGT00950000182988.a.b.b.b ##22	ENSGT00940000154895.a.b
Atlantic herring	MODERN SPECIES	24	ENSCHAG00000004034	ENSCHAG00000004055	ENSCHAG00000004059	ENSCHAG00000004333	ENSCHAG00000004362	si:ch211-271b14.1 (ENSCHAG00000004371)	zgc:175280 (ENSCHAG00000004745)	CASR (ENSCHAG00000005118)	b4galt4 (ENSCHAG00000005258)	si:dkey-251i10.3 (ENSCHAG00000005275)	zbtb20 (ENSCHAG00000005309)	ENSCHAG00000005315	ENSCHAG00000005334	ENSCHAG00000005354	ENSCHAG00000005364	ENSCHAG00000005382 ##22	ENSCHAG00000005520	ENSCHAG00000005538	abhd10a (ENSCHAG00000005547)	ENSCHAG00000005583	ENSCHAG00000005599	IGSF9B (ENSCHAG00000005631)	ENSCHAG00000005772	anapc13 (ENSCHAG00000007090)	sc5d (ENSCHAG00000007108)	zgc:123105 (ENSCHAG00000007129)	ENSCHAG00000007161	ENSCHAG00000007174	ENSCHAG00000007202	ENSCHAG00000007233	banf1 (ENSCHAG00000007256)
Denticle herring	MODERN SPECIES	16	zgc:175280 (ENSDCDG00000023718)	eif4e1b (ENSDCDG00000023699)	CASR (ENSDCDG00000023692)	b4galt4 (ENSDCDG00000023685)	ARHGAP31 (ENSDCDG00000023679)	zbtb20 (ENSDCDG00000023674)	si:dkey-251i10.3 (ENSDCDG00000022159)	si:dkey-251i10.2 (ENSDCDG00000022132)	SLC25A5 (ENSDCDG00000022130)	ENSDCDG00000022126	her1 (ENSDCDG00000022124)	her7 (ENSDCDG00000022123)	her7 (ENSDCDG00000022122)	her7 (ENSDCDG00000022120)	ENSDCDG00000022119	PAK3 (ENSDCDG00000022088) ##22	ENSDCDG00000022078	ENSDCDG00000022074	gria1b (ENSDCDG00000021440)	nipal4 (ENSDCDG00000021407)	TENM2 (ENSDCDG00000014499)	zgc:165573 (ENSDCDG00000014000)	mat2b (ENSDCDG00000013937)	ankhd1 (ENSDCDG00000033117)	zgc:110540 (ENSDCDG00000033043)	ublcp1 (ENSDCDG00000033040)	ENSDCDG00000033037	ubtd2 (ENSDCDG00000033035)	adrb2b (ENSDCDG00000033033)	ablim3 (ENSDCDG00000032880)	afap1l1b (ENSDCDG00000032866)