Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00530000062962.b.b	ENSGT01000000214430.a.b #11	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.b #8	ENSGT00940000154359.e #7	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.a.b ##34	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b #14	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.a.a ##34	ENSGT01000000214430.a.a.a.b ##34	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.b #17	ENSGT01000000214430.a.a.b #18	ENSGT00950000182991.B #19	ENSGT00940000163078 #20	ENSGT00940000167452	ENSGT00940000165099	ENSGT00940000162423 #21	ENSGT00940000160640 #22	ENSGT00940000156823.e #23	ENSGT00390000017601 #25	ENSGT00390000013920 #26	ENSGT00390000017010	ENSGT00550000074944 #27	ENSGT00390000007109 #28	ENSGT00940000161278 #29	ENSGT00940000158840 #31	ENSGT00940000165347	ENSGT00390000010786	ENSGT01050000244898.a.a.a.b #32	ENSGT01000000214430.b #34	ENSGT00390000005644 #35	ENSGT00940000156665 #36	ENSGT00940000157772
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00730000110920.b.a.b	ENSGT01030000234532.B.e.a	ENSGT00940000155903	ENSGT00390000004438	ENSGT00530000062962.b.b	ENSGT01000000214430.a.b #11	ENSGT01000000214430.a.a.a.b ##34	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b #14	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.b #8	ENSGT00940000154359.e #7	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.b #17	ENSGT01000000214430.a.a.b #18	ENSGT00950000182991.B #19	ENSGT00940000163078 #20	ENSGT00940000162423 #21	ENSGT00940000160640 #22	ENSGT00940000156823.e #23	ENSGT00390000017601 #25	ENSGT00390000013920 #26	ENSGT00390000017010	ENSGT00550000074944 #27	ENSGT00390000007109 #28	ENSGT00940000161278 #29	ENSGT00940000158840 #31	ENSGT00390000010786	ENSGT01050000244898.a.a.a.b #32	ENSGT01000000214430.b #34	ENSGT00390000005644 #35	ENSGT00940000156665 #36	ENSGT01100000266946	ENSGT00940000157772
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00730000110920.b.a.b	ENSGT01030000234532.B.e.a	ENSGT00940000155903	ENSGT00390000004438	ENSGT00530000062962.b.b	ENSGT01000000214430.a.b #11	ENSGT01000000214430.a.a.a.b ##34	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b #14	ENSGT00940000154359.e #7	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.b #8	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.b #17	ENSGT01000000214430.a.a.b #18	ENSGT00950000182991.B #19	ENSGT00940000163078 #20	ENSGT00940000162423 #21	ENSGT00940000160640 #22	ENSGT00940000156823.e #23	ENSGT00390000017601 #25	ENSGT00390000013920 #26	ENSGT00390000017010	ENSGT00550000074944 #27	ENSGT00390000007109 #28	ENSGT00940000161278 #29	ENSGT00940000158840 #31	ENSGT00390000010786	ENSGT01050000244898.a.a.a.b #32	ENSGT01000000214430.b #34	ENSGT00390000005644 #35	ENSGT00940000156665 #36	ENSGT00940000157772	ENSGT00940000153173.a
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00730000110920.b.a.b	ENSGT01030000234532.B.e.a	ENSGT00940000155903	ENSGT00390000004438	ENSGT00530000062962.b.b	ENSGT01000000214430.a.b #11	ENSGT01000000214430.a.a.a.b ##34	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b #14	ENSGT00940000154359.e #7	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.b #8	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.b #17	ENSGT01000000214430.a.a.b #18	ENSGT00950000182991.B #19	ENSGT00940000163078 #20	ENSGT00940000162423 #21	ENSGT00940000160640 #22	ENSGT00940000156823.e #23	ENSGT00390000017601 #25	ENSGT00390000013920 #26	ENSGT00390000017010	ENSGT00550000074944 #27	ENSGT00390000007109 #28	ENSGT00940000161278 #29	ENSGT00940000158840 #31	ENSGT00390000010786	ENSGT01050000244898.a.a.a.b #32	ENSGT01000000214430.b #34	ENSGT00390000005644 #35	ENSGT00940000156665 #36	ENSGT00950000185419	ENSGT00940000157772
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00390000004438	ENSGT00530000062962.b.b	ENSGT01000000214430.a.b #11	ENSGT01000000214430.a.a.a.b ##34	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.b.l.b.b.a.b.a ##34	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.b.h #8	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.b.l.b.b.b #13	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b #14	ENSGT00940000154359.e #7	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.b.l.b.b.a.a.a.b ##34	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.b.l.b.b.a.b.b #17	ENSGT01000000214430.a.a.b #18	ENSGT00950000182991.B #19	ENSGT00940000163078 #20	ENSGT00940000162423 #21	ENSGT00940000160640 #22	ENSGT00940000156823.e #23	ENSGT00390000017601 #25	ENSGT00390000013920 #26	ENSGT00390000017010	ENSGT00550000074944 #27	ENSGT00940000161278 #29	ENSGT00390000007109 #28	ENSGT00940000158840 #31	ENSGT00390000010786	ENSGT00940000165347	ENSGT01050000244898.a.a.a.b #32	ENSGT01000000214430.b #34	ENSGT00390000005644 #35	ENSGT00940000156665 #36	ENSGT00950000185419
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00530000062962.b.b	ENSGT01000000214430.a.b #11	ENSGT01000000214430.a.a.a.b.b ##34	ENSGT01100000263642 #12	ENSGT01000000214430.a.a.a.b.a ##34	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.b.l.b.b.a.b.a ##34	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b #14	ENSGT00940000154359.e #7	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.b.h #8	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.b.l.b.b.b #13	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.b.l.b.b.a.b.b #17	ENSGT01000000214430.a.a.b #18	ENSGT00950000182991.B #19	ENSGT00940000163078 #20	ENSGT00940000162423 #21	ENSGT00940000160640 #22	ENSGT00940000156823.e #23	ENSGT00390000017601 #25	ENSGT00390000013920 #26	ENSGT01100000266201	ENSGT00390000017010	ENSGT00550000074944 #27	ENSGT00940000161278 #29	ENSGT00390000007109 #28	ENSGT00940000158840 #31	ENSGT00390000010786	ENSGT00940000165347	ENSGT01050000244898.a.a.a.b #32	ENSGT01000000214430.b #34	ENSGT00390000005644 #35	ENSGT00940000156665 #36
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000009819.a.b.a.a.b.a	ENSGT00730000110920.b.a.b	ENSGT00990000211532	ENSGT01030000234532.B.e.a	ENSGT00940000155903	ENSGT00390000004438	ENSGT00530000062962.b.b	ENSGT01000000214430.a.b #11	ENSGT01000000214430.a.a.a.b.b ##34	ENSGT01100000263642 #12	ENSGT01000000214430.a.a.a.b.a ##34	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.b.l.b.b.a.b.a ##34	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b #14	ENSGT00940000154359.e #7	ENSGT00940000165099	ENSGT00940000160640 #22	ENSGT00940000156823.e #23	ENSGT00390000017601 #25	ENSGT00390000013920 #26	ENSGT01100000266201	ENSGT00390000017010	ENSGT00550000074944 #27	ENSGT00940000161278 #29	ENSGT00390000007109 #28	ENSGT00940000158840 #31	ENSGT00390000010786	ENSGT00940000165347	ENSGT01050000244898.a.a.a.b #32	ENSGT01000000214430.b #34	ENSGT00390000005644 #35	ENSGT00940000156665 #36
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT01100000263642.c.b.a.b ##12	ENSGT01000000214430.a.b.n.b ##34	ENSGT01000000214430.a.a.a.b.a.b ##34	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.b.l.b.b.a.b.a.b ##34	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.bb.a #9	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.b.l.b.b.b.b #10	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.bb.b.b ##34	ENSGT00940000154359.e #7	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.b.h #8	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.bb.b.a.b #14	ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.b.l.b.b.a.b.b #17	ENSGT01000000214430.a.a.b #18	ENSGT00950000182991.B #19	ENSGT00940000163078 #20	ENSGT00940000162423 #21	ENSGT00940000160640 #22	ENSGT00940000156823.e #23	ENSGT00390000017601 #25	ENSGT00390000013920 #26	ENSGT01100000266201	ENSGT00390000017010	ENSGT00550000074944 #27	ENSGT00390000007109 #28	ENSGT00940000161278 #29	ENSGT00940000158840 #31	ENSGT00390000010786	ENSGT01000000214430.b #34	ENSGT01050000244898.a.a.a.b #32	ENSGT00390000005644 #35	ENSGT00940000156665 #36	ENSGT00940000157772
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	11	KLHL9 (ENSOARG00020007161) #7	IFND (ENSOARG00020007178) #8	ENSOARG00020007193 #9	ENSOARG00020007216 #10	ENSOARG00020007263 #11	ENSOARG00020007314 #12	ENSOARG00020007372 #13	ENSOARG00020007392 #14	IFNT6 (ENSOARG00020007406) #15	TP-1P8 (ENSOARG00020007442) #16	ENSOARG00020007481 #17	IFNE (ENSOARG00020007524) #18	ENSOARG00020007545 #19	CDKN2A (ENSOARG00020007568) #20	CDKN2B (ENSOARG00020007616) #21	DMRTA1 (ENSOARG00020007643) #22	ELAVL2 (ENSOARG00020007662) #23	ENSOARG00020007723 #24	IZUMO3 (ENSOARG00020007782) #25	TUSC1 (ENSOARG00020007925) #26	PLAA (ENSOARG00020008093) #27	IFT74 (ENSOARG00020008192) #28	LRRC19 (ENSOARG00020008306) #29	ENSOARG00020008357 #30	TEK (ENSOARG00020008433) #31	MOB3B (ENSOARG00020008934) #32	ENSOARG00020008983 #33	IFNK (ENSOARG00020009030) #34	C9orf72 (ENSOARG00020009060) #35	LINGO2 (ENSOARG00020009133) #36	ENSOARG00020009145 #37