Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000154873.g.b ENSGT00940000154873.g.a ENSGT00940000153500.a.b ENSGT00940000154003.B ENSGT00390000002725 ENSGT00940000156853 ENSGT00390000015892 ENSGT00950000182933.A.a.a ENSGT00950000183044.a.a.a.d ENSGT00940000160070 #20 ENSGT00910000148243 ENSGT00940000159703 ENSGT00550000075065 #21 ENSGT00940000158204.a ENSGT00550000075186 ENSGT00410000025615 #22 ENSGT00390000006233.c.b ENSGT00940000157351 ENSGT00940000159603 ENSGT00940000161850 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000156783 ENSGT00390000000190 ENSGT00940000158297 ENSGT00730000111327 ENSGT00390000004169 ENSGT00390000003596 ENSGT00390000013260.B ENSGT00940000160874 ENSGT00390000018731 ENSGT00390000016682 Tree shrew MODERN SPECIES 4458 MAFG (ENSTBEG00000006205) #20 PCYT2 (ENSTBEG00000005942) #21 ALYREF (ENSTBEG00000005834) #22 Glires ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154873.g.b ENSGT00940000154873.g.a ENSGT00940000153500.a.b ENSGT00940000154003.B ENSGT00390000002725 ENSGT00940000156853 ENSGT00390000015892 ENSGT00950000182933.A.a.a ENSGT00950000183044.a.a.a.d ENSGT00940000160070 #20 ENSGT00910000148243 ENSGT00940000159703 ENSGT00550000075065 #21 ENSGT00940000158204.a ENSGT00550000075186 ENSGT00410000025615 #22 ENSGT00390000006233.c.b ENSGT00940000157351 ENSGT00940000159603 ENSGT00940000161850 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000156783 ENSGT00390000000190 ENSGT00940000158297 ENSGT00730000111327 ENSGT00390000004169 ENSGT00390000003596 ENSGT00390000013260.B ENSGT00940000160874 ENSGT00390000018731 ENSGT00390000016682 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00410000025615 #22 Pika MODERN SPECIES 3964 ENSOPRG00000005551 #22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000154873.g.a ENSGT00940000153500.a.b ENSGT00940000154003.B ENSGT00390000002725 ENSGT00940000156853 ENSGT00390000015892 ENSGT00950000182933.A.a.a ENSGT00950000183044.a.a.a.d ENSGT00940000160070 #20 ENSGT00910000148243 ENSGT00940000159703 ENSGT00550000075065 #21 ENSGT00940000158204.a ENSGT00550000075186 ENSGT00950000184814 ENSGT00410000025615 #22 ENSGT00390000006233.c.b ENSGT00940000157351 ENSGT00940000159603 ENSGT00940000161850 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000156783 ENSGT00390000000190 ENSGT00940000158297 ENSGT00730000111327 ENSGT00390000004169 ENSGT00390000003596 ENSGT00390000013260.B ENSGT00940000160874 ENSGT00390000018731 ENSGT00390000016682 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154873.g.a ENSGT00940000153500.a.b ENSGT00940000154003.B ENSGT00390000002725 ENSGT00940000156853 ENSGT00390000015892 ENSGT00950000182933.A.a.a ENSGT00950000183044.a.a.a.d ENSGT00940000160070 #20 ENSGT00910000148243 ENSGT00940000159703 ENSGT00550000075065 #21 ENSGT00940000158204.a ENSGT00550000075186 ENSGT00950000184814 ENSGT00410000025615 #22 ENSGT00390000006233.c.b ENSGT00940000157351 ENSGT00940000159603 ENSGT00940000161850 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000156783 ENSGT00390000000190 ENSGT00940000158297 ENSGT00730000111327 ENSGT00390000004169 ENSGT00390000003596 ENSGT00390000013260.B ENSGT00940000160874 ENSGT00390000018731 ENSGT00390000016682 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000154873.g.a ENSGT00940000153500.a.b ENSGT00940000154003.B ENSGT00390000002725 ENSGT00940000156853.d ENSGT00390000015892 ENSGT00950000182933.A.a.a ENSGT00950000183044.a.a.a.d ENSGT00940000160070 #20 ENSGT00910000148243 ENSGT00940000159703 ENSGT00550000075065 #21 ENSGT00940000158204.a ENSGT00550000075186 ENSGT00950000184814 ENSGT00410000025615 #22 ENSGT00390000006233.c.b ENSGT00940000157351 ENSGT00940000159603 ENSGT00940000161850 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000156783 ENSGT00390000000190 ENSGT00940000158297 ENSGT00730000111327 ENSGT00390000004169 ENSGT00390000003596 ENSGT00390000013260.B ENSGT00940000160874 ENSGT00390000018731 ENSGT00390000016682 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 12 RAC3 (ENSSVLG00005016691) LRRC45 (ENSSVLG00005016731) CENPX (ENSSVLG00005016768) ENSSVLG00005016908 ENSSVLG00005016920 ENSSVLG00005016958 NOTUM (ENSSVLG00005016990) MYADML2 (ENSSVLG00005017144) PYCR1 (ENSSVLG00005017184) MAFG (ENSSVLG00005017296) #20 SIRT7 (ENSSVLG00005017343) PCYT2 (ENSSVLG00005017544) #21 NPB (ENSSVLG00005018182) ANAPC11 (ENSSVLG00005018201) ENSSVLG00005018234 ALYREF (ENSSVLG00005018278) #22 ARHGDIA (ENSSVLG00005018349) P4HB (ENSSVLG00005018406) PPP1R27 (ENSSVLG00005018481) MCRIP1 (ENSSVLG00005018541) GCGR (ENSSVLG00005018678) SLC25A10 (ENSSVLG00005018780) MRPL12 (ENSSVLG00005018826) ARL16 (ENSSVLG00005018922) CCDC137 (ENSSVLG00005019032) OXLD1 (ENSSVLG00005019115) PDE6G (ENSSVLG00005019138) TSPAN10 (ENSSVLG00005019196) NPLOC4 (ENSSVLG00005019392) FAAP100 (ENSSVLG00005019478) FSCN2 (ENSSVLG00005019552) Marmotini ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00940000154873.g.a ENSGT00940000153500.a.b ENSGT00940000154003.B ENSGT00390000002725 ENSGT00940000156853.d ENSGT00390000015892 ENSGT00950000182933.A.a.a ENSGT00950000183044.a.a.a.d ENSGT00940000160070 #20 ENSGT00910000148243 ENSGT00940000159703 ENSGT00550000075065 #21 ENSGT00940000158204.a ENSGT00550000075186 ENSGT00950000184814 ENSGT00410000025615 #22 ENSGT00390000006233.c.b ENSGT00940000157351 ENSGT00940000159603 ENSGT00940000161850 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000156783 ENSGT00390000000190 ENSGT00940000158297 ENSGT00730000111327 ENSGT00390000004169 ENSGT00390000003596 ENSGT00390000013260.B ENSGT00940000160874 ENSGT00390000018731 ENSGT00390000016682 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000154873.g.a ENSGT00940000153500.a.b ENSGT00940000154003.B ENSGT00390000002725 ENSGT00940000156853.d ENSGT00390000015892 ENSGT00950000182933.A.a.a ENSGT00950000183044.a.a.a.d ENSGT00910000148243 ENSGT00940000160070 #20 ENSGT00940000159703 ENSGT00550000075065 #21 ENSGT00940000158204.a ENSGT00550000075186 ENSGT00950000184814 ENSGT00410000025615 #22 ENSGT00390000006233.c.b ENSGT00940000157351 ENSGT00940000159603 ENSGT00940000161850 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000156783 ENSGT00390000000190 ENSGT00940000158297 ENSGT00730000111327 ENSGT00390000004169 ENSGT00390000003596 ENSGT00390000013260.B ENSGT00940000160874 ENSGT00390000018731 ENSGT00390000016682 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 470 DCXR (ENSUPAG00010000786) RAC3 (ENSUPAG00010000772) LRRC45 (ENSUPAG00010000745) CENPX (ENSUPAG00010000729) ASPSCR1 (ENSUPAG00010000586) NOTUM (ENSUPAG00010000559) MYADML2 (ENSUPAG00010000551) PYCR1 (ENSUPAG00010000543) ENSUPAG00010000535 MAFG (ENSUPAG00010000525) #20 SIRT7 (ENSUPAG00010000513) NPB (ENSUPAG00010000504) PCYT2 (ENSUPAG00010000437) #21 ANAPC11 (ENSUPAG00010000424) ENSUPAG00010000411 ALYREF (ENSUPAG00010000402) #22 ARHGDIA (ENSUPAG00010000396) P4HB (ENSUPAG00010000365) PPP1R27 (ENSUPAG00010000343) MCRIP1 (ENSUPAG00010000327) SLC25A10 (ENSUPAG00010000161) MRPL12 (ENSUPAG00010000143) HGS (ENSUPAG00010000083) ARL16 (ENSUPAG00010000027) CCDC137 (ENSUPAG00010019712) OXLD1 (ENSUPAG00010019709) PDE6G (ENSUPAG00010019703) TSPAN10 (ENSUPAG00010019685) NPLOC4 (ENSUPAG00010019627) FAAP100 (ENSUPAG00010019610) FSCN2 (ENSUPAG00010019602) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000154873.g.b ENSGT00940000154873.g.a 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(ENSHGLG00000040297) ENSHGLG00000037408 ALYREF (ENSHGLG00000008293) #22 ARHGDIA (ENSHGLG00000046286) P4HB (ENSHGLG00000006261) PPP1R27 (ENSHGLG00000005910) ENSHGLG00000005222 GCGR (ENSHGLG00000004371) SLC25A10 (ENSHGLG00000010287) MRPL12 (ENSHGLG00000009470) HGS (ENSHGLG00000008394) ARL16 (ENSHGLG00000033015) CCDC137 (ENSHGLG00000044667) OXLD1 (ENSHGLG00000040014) PDE6G (ENSHGLG00000008357) TSPAN10 (ENSHGLG00000013685) ENSHGLG00000015156 FAAP100 (ENSHGLG00000012377) Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000160801 ENSGT00940000154873.g.b ENSGT00940000154873.g.a ENSGT00940000153500.a.b ENSGT00940000154003.B ENSGT00390000002725 ENSGT00940000156853 ENSGT00390000015892 ENSGT00950000182933.A.a.a ENSGT00950000183044.a.a.a.d ENSGT00940000160070 #20 ENSGT00940000159703 ENSGT00550000075065 #21 ENSGT00940000158204.a ENSGT00550000075186 ENSGT00410000025615 #22 ENSGT00390000006233.c.b ENSGT00940000157351 ENSGT00940000159603 ENSGT00940000161850 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000156783 ENSGT00390000000190 ENSGT00940000158297 ENSGT00730000111327 ENSGT00390000004169 ENSGT00390000003596 ENSGT00390000013260.B ENSGT00940000160874 ENSGT00390000018731 ENSGT00390000016682 Guinea pig MODERN SPECIES 76 GPS1 (ENSCPOG00000001868) RFNG (ENSCPOG00000021305) ENSCPOG00000031500 Dcxr (ENSCPOG00000026566) RAC3 (ENSCPOG00000013861) LRRC45 (ENSCPOG00000013857) CENPX (ENSCPOG00000035990) ASPSCR1 (ENSCPOG00000014896) NOTUM (ENSCPOG00000012400) MYADML2 (ENSCPOG00000002048) PYCR1 (ENSCPOG00000002045) MAFG (ENSCPOG00000039459) #20 SIRT7 (ENSCPOG00000001834) PCYT2 (ENSCPOG00000001826) #21 ANAPC11 (ENSCPOG00000013713) ALYREF (ENSCPOG00000013710) #22 ARHGDIA (ENSCPOG00000039804) P4HB (ENSCPOG00000012247) PPP1R27 (ENSCPOG00000015239) MCRIP1 (ENSCPOG00000040444) GCGR (ENSCPOG00000025298) SLC25A10 (ENSCPOG00000037669) MRPL12 (ENSCPOG00000035389) HGS (ENSCPOG00000020715) ARL16 (ENSCPOG00000034122) CCDC137 (ENSCPOG00000012535) ENSCPOG00000012543 PDE6G (ENSCPOG00000022389) TSPAN10 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ENSGT00940000161850 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000156783 ENSGT00390000000190 ENSGT00940000158297 ENSGT00730000111327 ENSGT00390000004169 ENSGT00390000003596 ENSGT00390000013260.B ENSGT00940000160874 ENSGT00390000018731 ENSGT00390000016682 Kangaroo rat MODERN SPECIES 482 Dus1l (ENSDORG00000028758) Gps1 (ENSDORG00000003331) Cbr2 (ENSDORG00000023476) Dcxr (ENSDORG00000013523) Rac3 (ENSDORG00000013521) Lrrc45 (ENSDORG00000013520) ENSDORG00000024180 ENSDORG00000026135 Notum (ENSDORG00000000307) Myadml2 (ENSDORG00000000306) Pycr1 (ENSDORG00000000301) Mafg (ENSDORG00000025339) #20 ENSDORG00000000295 Pcyt2 (ENSDORG00000000291) #21 Anapc11 (ENSDORG00000024235) ENSDORG00000025849 #22 Arhgdia (ENSDORG00000028839) P4hb (ENSDORG00000011795) Ppp1r27 (ENSDORG00000011794) Mcrip1 (ENSDORG00000026667) Gcgr (ENSDORG00000012245) Slc25a10 (ENSDORG00000008076) Mrpl12 (ENSDORG00000008074) Hgs (ENSDORG00000008072) Arl16 (ENSDORG00000008069) Ccdc137 (ENSDORG00000008068) ENSDORG00000008066 Pde6g 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ENSGT00940000160874 ENSGT00390000018731 ENSGT00390000016682 Murinae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000154873.g.b ENSGT00940000154873.g.a ENSGT00940000153500.a.b ENSGT00940000154003.B ENSGT00390000002725 ENSGT00940000156853 ENSGT00390000015892 ENSGT00950000182933.A.a.a ENSGT00950000183044.a.a.a.d ENSGT00940000160070 #20 ENSGT00940000159703 ENSGT00550000075065 #21 ENSGT00940000158204.a ENSGT00550000075186 ENSGT00950000184814 ENSGT00410000025615 #22 ENSGT00390000006233.c.b ENSGT00940000157351 ENSGT00940000159603 ENSGT00940000161850 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000156783 ENSGT00390000000190 ENSGT00940000158297 ENSGT00730000111327 ENSGT00390000004169 ENSGT00390000003596 ENSGT00390000013260.B ENSGT00940000160874 ENSGT00390000018731 ENSGT00390000016682 Rat MODERN SPECIES 1 Dus1l (ENSRNOG00000047905) Gps1 (ENSRNOG00000046698) Rfng (ENSRNOG00000050298) LOC688321 (ENSRNOG00000067169) Rac3 (ENSRNOG00000069600) Lrrc45 (ENSRNOG00000045926) Cbr2 (ENSRNOG00000069492) Aspscr1 (ENSRNOG00000036678) 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#22 spretus MODERN SPECIES 1 Acss3 (MGP_SPRETEiJ_G0016605) Ppfia2 (MGP_SPRETEiJ_G0016604) Ccdc59 (MGP_SPRETEiJ_G0016603) Mettl25 (MGP_SPRETEiJ_G0016602) Tmtc2 (MGP_SPRETEiJ_G0016601) Slc6a15 (MGP_SPRETEiJ_G0016600) MGP_SPRETEiJ_G0016599 Alx1 (MGP_SPRETEiJ_G0016598) Rassf9 (MGP_SPRETEiJ_G0016597) Nts (MGP_SPRETEiJ_G0016596) Mgat4c (MGP_SPRETEiJ_G0016595) 1700017N19Rik (MGP_SPRETEiJ_G0016594) 4930430F08Rik (MGP_SPRETEiJ_G0016593) Cep290 (MGP_SPRETEiJ_G0016592) Tmtc3 (MGP_SPRETEiJ_G0016591) MGP_SPRETEiJ_G0016590 #22 Kitl (MGP_SPRETEiJ_G0016589) Csl (MGP_SPRETEiJ_G0016588) MGP_SPRETEiJ_G0016587 Dusp6 (MGP_SPRETEiJ_G0016586) MGP_SPRETEiJ_G0016585 Galnt4 (MGP_SPRETEiJ_G0016584) Poc1b (MGP_SPRETEiJ_G0016583) Atp2b1 (MGP_SPRETEiJ_G0016582) MGP_SPRETEiJ_G0016581 Ccer1 (MGP_SPRETEiJ_G0016580) MGP_SPRETEiJ_G0016579 Epyc (MGP_SPRETEiJ_G0016578) Kera (MGP_SPRETEiJ_G0016577) Lum (MGP_SPRETEiJ_G0016576) Dcn (MGP_SPRETEiJ_G0016575) Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00410000025615.g.b #22 Mouse DUPLICATION Mouse DUPLICATION Mouse MODERN SPECIES Sdhaf4 (ENSMUSG00000026154) Fam135a (ENSMUSG00000026153) Col9a1 (ENSMUSG00000026147) Col19a1 (ENSMUSG00000026141) Lmbrd1 (ENSMUSG00000073725) Adgrb3 (ENSMUSG00000033569) 4931408C20Rik (ENSMUSG00000073722) Gm597 (ENSMUSG00000048411) Phf3 (ENSMUSG00000048874) Ptp4a1 (ENSMUSG00000026064) Ptp4a1 (ENSMUSG00000117310) Gm5698 (ENSMUSG00000117091) #22 4931428L18Rik (ENSMUSG00000086727) #22 Lgsn (ENSMUSG00000050217) Dnaaf6 (ENSMUSG00000026063) Gm6489 (ENSMUSG00000094215) #22 Khdrbs2 (ENSMUSG00000026058) Semp2l1 (ENSMUSG00000091318) Prim2 (ENSMUSG00000026134) Rab23 (ENSMUSG00000004768) Bag2 (ENSMUSG00000042215) Zfp451 (ENSMUSG00000042197) Bend6 (ENSMUSG00000042182) Dst (ENSMUSG00000026131) Ccdc115 (ENSMUSG00000042111) Imp4 (ENSMUSG00000026127) Ptpn18 (ENSMUSG00000026126) Prss39 (ENSMUSG00000026125) Cfc1 (ENSMUSG00000026124) Prss40 (ENSMUSG00000037529) Amer3 (ENSMUSG00000045174) Mouse MODERN SPECIES Prss39 (ENSMUSG00000026125) Ptpn18 (ENSMUSG00000026126) Imp4 (ENSMUSG00000026127) Ccdc115 (ENSMUSG00000042111) Dst (ENSMUSG00000026131) Bend6 (ENSMUSG00000042182) Zfp451 (ENSMUSG00000042197) Bag2 (ENSMUSG00000042215) Rab23 (ENSMUSG00000004768) Prim2 (ENSMUSG00000026134) Semp2l1 (ENSMUSG00000091318) Khdrbs2 (ENSMUSG00000026058) Gm6489 (ENSMUSG00000094215) #22 Dnaaf6 (ENSMUSG00000026063) Lgsn (ENSMUSG00000050217) 4931428L18Rik (ENSMUSG00000086727) #22 Gm5698 (ENSMUSG00000117091) #22 Ptp4a1 (ENSMUSG00000117310) Ptp4a1 (ENSMUSG00000026064) Phf3 (ENSMUSG00000048874) Gm597 (ENSMUSG00000048411) 4931408C20Rik (ENSMUSG00000073722) Adgrb3 (ENSMUSG00000033569) Lmbrd1 (ENSMUSG00000073725) Col19a1 (ENSMUSG00000026141) Col9a1 (ENSMUSG00000026147) Fam135a (ENSMUSG00000026153) Sdhaf4 (ENSMUSG00000026154) Smap1 (ENSMUSG00000026155) B3gat2 (ENSMUSG00000026156) Ogfrl1 (ENSMUSG00000026158) Mouse MODERN SPECIES Ptpn18 (ENSMUSG00000026126) Imp4 (ENSMUSG00000026127) Ccdc115 (ENSMUSG00000042111) Dst (ENSMUSG00000026131) Bend6 (ENSMUSG00000042182) Zfp451 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ENSGT00940000154003.B ENSGT00960000191026 ENSGT00940000156853 ENSGT00390000015892 ENSGT00950000182933.A.a.a ENSGT00950000183044.a.a.a.d ENSGT00940000160070 #20 ENSGT00940000159703 ENSGT00550000075065 #21 ENSGT00940000158204.a ENSGT00550000075186 ENSGT00950000184814 ENSGT00410000025615.h.a #22 ENSGT00390000006233.c.b ENSGT00940000157351 ENSGT00940000159603 ENSGT00940000161850 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000156783 ENSGT00390000000190 ENSGT00940000158297 ENSGT00730000111327 ENSGT00390000004169 ENSGT00390000003596 ENSGT00390000013260.B ENSGT00940000160874 ENSGT00390000018731 ENSGT00390000016682 Mus_B ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000154873.g.b ENSGT00940000154873.g.a ENSGT00940000153500.a.b ENSGT00940000154003.B ENSGT00960000191026 ENSGT00940000156853 ENSGT00390000015892 ENSGT00950000182933.A.a.a ENSGT00950000183044.a.a.a.d ENSGT00940000160070 #20 ENSGT00940000159703 ENSGT00550000075065 #21 ENSGT00940000158204.a ENSGT00550000075186 ENSGT00950000184814 ENSGT00410000025615.h.a #22 ENSGT00390000006233.c.b ENSGT00940000157351 ENSGT00940000159603 ENSGT00940000161850 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000156783 ENSGT00390000000190 ENSGT00940000158297 ENSGT00730000111327 ENSGT00390000004169 ENSGT00390000003596 ENSGT00390000013260.B ENSGT00940000160874 ENSGT00390000018731 ENSGT00390000016682 Mouse MODERN SPECIES 2 Hmga1b (ENSMUSG00000078249) Cbr2 (ENSMUSG00000025150) Dcxr (ENSMUSG00000039450) Rac3 (ENSMUSG00000018012) Lrrc45 (ENSMUSG00000025145) Cenpx (ENSMUSG00000025144) Aspscr1 (ENSMUSG00000025142) Notum (ENSMUSG00000042988) Myadml2 (ENSMUSG00000025141) Pycr1 (ENSMUSG00000025140) Mafg (ENSMUSG00000051510) #20 Sirt7 (ENSMUSG00000025138) Pcyt2 (ENSMUSG00000025137) #21 Npb (ENSMUSG00000044034) Anapc11 (ENSMUSG00000025135) Alyref (ENSMUSG00000025134) #22 Arhgdia (ENSMUSG00000025132) P4hb (ENSMUSG00000025130) Ppp1r27 (ENSMUSG00000025129) Mcrip1 (ENSMUSG00000061111) Gcgr (ENSMUSG00000025127) Slc25a10 (ENSMUSG00000025792) Mrpl12 (ENSMUSG00000039640) Hgs (ENSMUSG00000025793) 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