Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000156876.p	ENSGT00730000111328	ENSGT00940000161941	ENSGT00940000161161.b	ENSGT00940000161945	ENSGT00940000161796	ENSGT00940000162140	ENSGT00940000162751	ENSGT00940000162719 #7	ENSGT00940000164437 #8	ENSGT00940000161987 #9	ENSGT00940000154685.a ##12	ENSGT00940000155319 #10	ENSGT00940000163004	ENSGT00940000154685.b #12	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000163775 #23	ENSGT00940000163609	ENSGT00940000154904.b	ENSGT00940000164557	ENSGT00940000156296	ENSGT00390000002109	ENSGT00940000156612	ENSGT00390000014577.a	ENSGT00390000017736.a	ENSGT00940000158731	ENSGT00940000161190	ENSGT00940000162534	ENSGT00800000124303	ENSGT00670000098076	ENSGT00940000160313
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000156876.p	ENSGT00730000111328	ENSGT00940000161941	ENSGT00940000161161.b	ENSGT00940000161945	ENSGT00940000161796	ENSGT00940000162140	ENSGT00940000162751	ENSGT00940000162719 #7	ENSGT00940000164437 #8	ENSGT00940000161987 #9	ENSGT00940000163004	ENSGT00940000154685.a ##12	ENSGT00940000155319 #10	ENSGT00940000154685.b #12	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000163775 #23
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000156876.p	ENSGT00730000111328	ENSGT00940000161941	ENSGT00940000161161.b	ENSGT00940000161945	ENSGT00940000161796	ENSGT00940000162140	ENSGT00940000162751	ENSGT00940000162719 #7	ENSGT00940000164437 #8	ENSGT00940000161987 #9	ENSGT00940000154685.a ##12	ENSGT00940000155319 #10	ENSGT00940000163004	ENSGT00940000154685.b #12	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000163775 #23	ENSGT00940000157200 #24	ENSGT00390000005378 #25	ENSGT00950000182999.b.a.a #26	ENSGT00390000006066 #28	ENSGT00940000158804 #29	ENSGT00390000003219 #30	ENSGT00940000158155 #31	ENSGT00950000182956.b.b.a.b #32	ENSGT00940000158225 #33	ENSGT00940000161249 #34	ENSGT00940000155867 #35	ENSGT00440000033504.B #36	ENSGT00940000156857 #37	ENSGT00940000155180.b
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000156876.p	ENSGT00730000111328	ENSGT00940000161941	ENSGT00940000161161.b	ENSGT00940000161945	ENSGT00940000161796	ENSGT00940000162140	ENSGT00940000162751	ENSGT00940000162719 #7	ENSGT00940000164437 #8	ENSGT00940000161987 #9	ENSGT00940000163004	ENSGT00940000154685.b.g #12	ENSGT00940000155319 #10	ENSGT00940000154685.b.h #16	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000163775 #23	ENSGT00940000157200 #24	ENSGT00390000005378 #25	ENSGT00950000182999.b.a.a #26	ENSGT00390000006066 #28	ENSGT00940000158804 #29	ENSGT00390000003219 #30	ENSGT00940000158155 #31	ENSGT00950000182956.b.b.a.b #32	ENSGT00940000154951.v	ENSGT00940000158225 #33	ENSGT00940000161249 #34	ENSGT00940000155867 #35	ENSGT00440000033504.B #36	ENSGT00940000156857 #37
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000161941	ENSGT00940000161161.b	ENSGT00940000161945	ENSGT00940000161796	ENSGT00940000162140	ENSGT00940000162751	ENSGT00940000162719 #7	ENSGT00940000164437 #8	ENSGT00940000161987 #9	ENSGT00940000154685.a ##12	ENSGT00940000155319.b.b #10	ENSGT00940000163004.g.b	ENSGT00940000154685.b.g #12	ENSGT00940000155319.b.a #11	ENSGT00940000154685.b.h #16	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000163775 #23	ENSGT00940000157200 #24	ENSGT00390000005378 #25	ENSGT00950000182999.b.a.a #26	ENSGT00390000006066 #28	ENSGT00940000158804 #29	ENSGT00390000003219 #30	ENSGT00940000158155 #31	ENSGT00950000182956.b.b.a.b #32	ENSGT00940000154951.v	ENSGT00940000158225 #33	ENSGT00940000161249 #34	ENSGT00940000155867 #35	ENSGT00440000033504.B #36	ENSGT00940000156857 #37
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00730000111328	ENSGT00940000161941	ENSGT00940000161161.b	ENSGT00940000161945	ENSGT00940000161796	ENSGT00940000162140	ENSGT00940000162751	ENSGT00940000162719 #7	ENSGT00940000164437 #8	ENSGT00940000161987 #9	ENSGT00940000155319.b.a.b #11	ENSGT00940000154685.b.g.f #12	ENSGT00940000163004.g.b	ENSGT00940000155319.b.b #10	ENSGT00940000154685.b.h #16	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000163775 #23	ENSGT00940000157200 #24	ENSGT00390000005378 #25	ENSGT00950000182999.b.a.a #26	ENSGT00390000006066 #28	ENSGT00940000158804 #29	ENSGT00390000003219 #30	ENSGT00940000158155 #31	ENSGT00950000182956.b.b.a.b #32	ENSGT00940000154951.v	ENSGT00940000158225 #33	ENSGT00940000161249 #34	ENSGT00940000155867 #35	ENSGT00440000033504.B #36	ENSGT00940000156857 #37
Mus	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000161945	ENSGT00940000161796	ENSGT00940000162140	ENSGT00940000162751	ENSGT00940000162719 #7	ENSGT00940000164437 #8	ENSGT00940000161987 #9	ENSGT00940000163004.g.b	ENSGT00940000155319.b.b #10	ENSGT00940000154685.b.h.g #16	ENSGT00940000155319.b.a.b #11	ENSGT00940000154685.b.g.f #12	ENSGT00940000154685.b.g.e #20	ENSGT00940000155319.b.a.a #21	ENSGT00940000154685.b.h.h #19	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000163775 #23	ENSGT00940000157200 #24	ENSGT00390000005378 #25	ENSGT00950000182999.b.a.a #26	ENSGT00390000006066 #28	ENSGT00940000158804 #29	ENSGT00390000003219 #30	ENSGT00940000158155 #31	ENSGT00950000182956.b.b.a.b #32	ENSGT00940000154951.v	ENSGT00940000158225 #33	ENSGT00940000161249 #34	ENSGT00940000155867 #35	ENSGT00440000033504.B #36	ENSGT00940000156857 #37
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000161161.b	ENSGT00940000161945	ENSGT00940000161796	ENSGT00940000162140	ENSGT00940000162751	ENSGT00940000162719 #7	ENSGT00940000164437 #8	ENSGT00940000161987 #9	ENSGT00940000155319.b.b #10	ENSGT00940000155319.b.a.b #11	ENSGT00940000154685.b.g.f #12	ENSGT00940000163004.g.b	ENSGT00940000154685.b.g.e #20	ENSGT00940000155319.b.a.a #21	ENSGT00940000154685.b.h.h #19	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000163775 #23	ENSGT00940000157200 #24	ENSGT00390000005378 #25	ENSGT00950000182999.b.a.a #26	ENSGT00390000006066 #28	ENSGT00940000158804 #29	ENSGT00390000003219 #30	ENSGT00940000158155 #31	ENSGT00950000182956.b.b.a.b #32	ENSGT00940000158225 #33	ENSGT00940000161249 #34	ENSGT00940000155867 #35	ENSGT00440000033504.B #36	ENSGT00940000156857 #37	ENSGT00940000155180.b
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000162751	ENSGT00940000162719 #7	ENSGT00940000164437 #8	ENSGT00940000161987 #9	ENSGT00940000155319.b.b.f #10	ENSGT00940000155319.b.a.b #11	ENSGT00940000154685.b.g.f #12	ENSGT00860000135781 #13	ENSGT00860000136096 #15	ENSGT00940000155319.b.b.e.b ##10	ENSGT00940000154685.b.h.g #16	ENSGT00940000154685.b.h.h.a #19	ENSGT00940000154685.b.g.e #20	ENSGT00940000155319.b.a.a #21	ENSGT00940000154685.b.h.h.b ##12	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000163775 #23	ENSGT00940000157200 #24	ENSGT00390000005378 #25	ENSGT00950000182999.b.a.a #26	ENSGT00390000006066 #28	ENSGT00940000158804 #29	ENSGT00390000003219 #30	ENSGT00940000158155 #31	ENSGT00950000182956.b.b.a.b #32	ENSGT00940000158225 #33	ENSGT00940000161249 #34	ENSGT00940000155867 #35	ENSGT00440000033504.B #36	ENSGT00940000156857 #37	ENSGT00940000155180.b
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	18													ENSGT00940000154685.b.g.e #20	ENSGT00940000155319.b.a.a #21	ENSGT00940000154685.b.h.h.b ##12	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000163775 #23	ENSGT00940000157200 #24	ENSGT00390000005378 #25	ENSGT00950000182999.b.a.a #26	ENSGT00390000006066 #28	ENSGT00940000158804 #29	ENSGT00390000003219 #30	ENSGT00940000158155 #31	ENSGT00950000182956.b.b.a.b #32	ENSGT00940000158225 #33	ENSGT00940000161249 #34	ENSGT00940000155867 #35	ENSGT00440000033504.B #36	ENSGT00940000156857 #37	ENSGT00940000155180.b
spretus	MODERN SPECIES	15	Clec12a (MGP_SPRETEiJ_G0029971) #7	Clec2m (MGP_SPRETEiJ_G0029970) #8	Cd69 (MGP_SPRETEiJ_G0029969) #9	Clec2d (MGP_SPRETEiJ_G0029968) #10	Clec2e (MGP_SPRETEiJ_G0029967) #11	Klrb1f (MGP_SPRETEiJ_G0029966) #12	MGP_SPRETEiJ_G0029965 #13	MGP_SPRETEiJ_G0029964 #14	MGP_SPRETEiJ_G0029963 #15	MGP_SPRETEiJ_G0029962 #16	MGP_SPRETEiJ_G0029961 #17	MGP_SPRETEiJ_G0029960 #18	MGP_SPRETEiJ_G0029959 #19	Klrb1 (MGP_SPRETEiJ_G0029958) #20	Clec2h (MGP_SPRETEiJ_G0029957) #21	A2ml1 (MGP_SPRETEiJ_G0029956) #22	Pzp (MGP_SPRETEiJ_G0029955) #23	Fkbp4 (MGP_SPRETEiJ_G0029954) #24	Itfg2 (MGP_SPRETEiJ_G0029953) #25	Nrip2 (MGP_SPRETEiJ_G0029952) #26	MGP_SPRETEiJ_G0029951 #27	Tex52 (MGP_SPRETEiJ_G0029950) #28	Foxm1 (MGP_SPRETEiJ_G0029949) #29	Rhno1 (MGP_SPRETEiJ_G0029948) #30	Tulp3 (MGP_SPRETEiJ_G0029947) #31	Tead4 (MGP_SPRETEiJ_G0029946) #32	MGP_SPRETEiJ_G0029945 #33	Tspan11 (MGP_SPRETEiJ_G0029944) #34	Prmt8 (MGP_SPRETEiJ_G0029943) #35	MGP_SPRETEiJ_G0029942 #36	Parp11 (MGP_SPRETEiJ_G0029941) #37
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000161161.b	ENSGT00940000161945	ENSGT00940000161796	ENSGT00940000162140	ENSGT00940000162751	ENSGT00940000162719 #7	ENSGT00940000164437 #8	ENSGT00940000161987 #9	ENSGT00940000154685.a ##12	ENSGT00940000155319.b.b #10	ENSGT00940000163004.g.b	ENSGT00940000154685.b.g.c #12	ENSGT00940000154685.b.g.d.a #12	ENSGT00940000155319.b.a #11	ENSGT00940000154685.b.h #16	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000163775 #23	ENSGT00940000157200 #24	ENSGT00390000005378 #25	ENSGT00950000182999.b.a.a #26	ENSGT00390000006066 #28	ENSGT00940000158804 #29	ENSGT00390000003219 #30	ENSGT00940000158155 #31	ENSGT00950000182956.b.b.a.b #32	ENSGT00940000154951.v	ENSGT00940000158225 #33	ENSGT00940000161249 #34	ENSGT00940000155867 #35	ENSGT00440000033504.B #36	ENSGT00940000156857 #37
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	8											ENSGT00940000163004.g.a	ENSGT00940000154685.b.g.d.b #12	ENSGT00940000155319.b.a #11	ENSGT00940000154685.b.g.d.a #12	ENSGT00940000154685.b.h #16	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000163775 #23	ENSGT00940000157200 #24	ENSGT00390000005378 #25	ENSGT00950000182999.b.a.a #26	ENSGT00390000006066 #28	ENSGT00940000158804 #29	ENSGT00390000003219 #30	ENSGT00940000158155 #31	ENSGT00950000182956.b.b.a.b #32	ENSGT00940000154951.v	ENSGT00940000158225 #33	ENSGT00940000161249 #34	ENSGT00940000155867 #35	ENSGT00440000033504.B #36	ENSGT00940000156857 #37
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000161941	ENSGT00940000161161.b	ENSGT00940000161945	ENSGT00940000161796	ENSGT00940000162140	ENSGT00940000162751	ENSGT00940000162719 #7	ENSGT00940000164437 #8	ENSGT00940000161987 #9	ENSGT00940000154685.a ##12	ENSGT00940000155319.b.b #10	ENSGT00940000163004.g.b	ENSGT00940000154685.b.g.c #12	ENSGT00940000155319.b.a.c.a #11	ENSGT00940000154685.b.h #16	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000163775 #23	ENSGT00940000157200 #24	ENSGT00390000005378 #25	ENSGT00950000182999.b.a.a #26	ENSGT00390000006066 #28	ENSGT00940000158804 #29	ENSGT00390000003219 #30	ENSGT00940000158155 #31	ENSGT00950000182956.b.b.a.b #32	ENSGT00940000158225 #33	ENSGT00940000161249 #34	ENSGT00940000155867 #35	ENSGT00440000033504.B #36	ENSGT00940000156857 #37	ENSGT00940000155180.b
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000164373	ENSGT00940000156876.p	ENSGT00730000111328	ENSGT00940000161941	ENSGT00940000161161.b	ENSGT00940000161945	ENSGT00940000161796	ENSGT00940000162140	ENSGT00940000162751	ENSGT00940000162719 #7	ENSGT00940000161987 #9	ENSGT00940000154685.a ##12	ENSGT00940000155319 #10	ENSGT00940000163004	ENSGT00940000154685.b #12	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000163775 #23	ENSGT00940000163609	ENSGT00940000154904.b	ENSGT00940000156296	ENSGT00390000002109	ENSGT00940000156612	ENSGT00390000014577.a	ENSGT00390000017736.a	ENSGT00940000158731	ENSGT00940000161190	ENSGT00940000162534	ENSGT00940000162491	ENSGT00940000161053	ENSGT01100000263564.b	ENSGT00390000009359.a
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158621	ENSGT00940000162495	ENSGT00940000162526	ENSGT00950000183086.a.b	ENSGT00940000156605	ENSGT00940000157963	ENSGT00940000155987.b	ENSGT00940000163606	ENSGT00940000160666	ENSGT00940000162400	ENSGT00940000162938	ENSGT00940000158835.o.a.b	ENSGT00940000158835.o.a.a	ENSGT00940000162719 #7	ENSGT00940000161987 #9	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000164557	ENSGT00940000154904.b	ENSGT00940000156296	ENSGT00390000002109	ENSGT00940000156612	ENSGT00390000014577.a	ENSGT00390000017736.a	ENSGT00940000158731	ENSGT00940000161190	ENSGT00940000162534	ENSGT00940000162867	ENSGT00670000098076	ENSGT00940000160313.l	ENSGT00940000161053	ENSGT01100000263564.b
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01030000234564.b	ENSGT00940000157473	ENSGT00940000158621	ENSGT00940000162495	ENSGT00940000162526	ENSGT00950000183086.a.b	ENSGT00940000156605	ENSGT00940000155987.b	ENSGT00940000163606	ENSGT00940000160666	ENSGT00940000162400	ENSGT00940000158835.o.a.b	ENSGT00940000158835.o.a.a	ENSGT00940000162719 #7	ENSGT00940000161987 #9	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000164557	ENSGT00940000154904.b	ENSGT00940000156296	ENSGT00390000002109	ENSGT00940000156612	ENSGT00390000014577.a	ENSGT00390000017736.a	ENSGT00940000158731	ENSGT00940000161190	ENSGT00940000162534	ENSGT00940000162867	ENSGT00670000098076	ENSGT00940000160313.l	ENSGT00940000161053	ENSGT01100000263564.b
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01030000234564.b	ENSGT00940000157473	ENSGT00940000158621	ENSGT00940000162495	ENSGT00940000162526	ENSGT00950000183086.a.b	ENSGT00940000156605	ENSGT00940000155987.b	ENSGT00940000163606	ENSGT00940000160666	ENSGT00940000162400	ENSGT00940000158835.o.a.b	ENSGT00940000158835.o.a.a	ENSGT00940000162719 #7	ENSGT00940000161987 #9	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000164557	ENSGT00940000154904.b	ENSGT00940000156296	ENSGT00390000002109	ENSGT00940000156612	ENSGT00390000014577.a	ENSGT00390000017736.a	ENSGT00940000158731	ENSGT00940000161190	ENSGT00670000098076	ENSGT00940000160313.l	ENSGT00940000161053	ENSGT01100000263564.b	ENSGT00390000009359.a	ENSGT00940000158835.n
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	83															ENSGT00940000163004	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000163775 #23
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	95	ENSGT00940000164373	ENSGT00940000156876.p	ENSGT00730000111328	ENSGT00940000161941	ENSGT00940000161161.b	ENSGT00940000161945	ENSGT00940000161796	ENSGT00940000162140	ENSGT00940000162751	ENSGT00940000162719 #7	ENSGT00940000161987 #9	ENSGT00940000154685.a ##12	ENSGT00940000155319 #10	ENSGT00940000154685.b.f #12	ENSGT00940000154685.b.e.a #12	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000163775 #23
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	331															ENSGT00940000154685.b.e.a #12	ENSGT00940000158779 #22	ENSGT00940000163775 #23