Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000153062.B #8	ENSGT00940000159197 #9	ENSGT00510000048847 #10	ENSGT00670000099483 #11	ENSGT01020000230389.a.a.a #12	ENSGT01030000234556.b.b.c #13	ENSGT01030000234556.b.a #14	ENSGT00440000034341 #15	ENSGT01030000234556.a.a.b #16	ENSGT01030000234556.a.a.a #17	ENSGT00940000153312.B #18	ENSGT00940000153312.A.a.a #19	ENSGT00940000153312.A.a.b ##18	ENSGT00390000009300.b #20	ENSGT00390000009724.l #21	ENSGT00940000160099 #22	ENSGT00390000007968 #23	ENSGT01080000257333.B #24	ENSGT00390000005544 #25	ENSGT00390000017207.d #26	ENSGT00940000155231.b #27	ENSGT00390000006949 #28	ENSGT00900000141067 #29	ENSGT01050000244848.B.a.a #30	ENSGT00730000110915.a #31	ENSGT00900000143762 #32	ENSGT00390000006115 #33	ENSGT00940000162579 #34	ENSGT00390000007799 #35	ENSGT00390000004856.w.a.a.b.a.b ##36	ENSGT00940000153761.B #37
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000153062.B #8	ENSGT00940000159197 #9	ENSGT00510000048847 #10	ENSGT00670000099483 #11	ENSGT01020000230389.a.a.a #12	ENSGT01030000234556.b.b.c #13	ENSGT01030000234556.b.a #14	ENSGT00440000034341 #15	ENSGT01030000234556.a.a.b #16	ENSGT01030000234556.a.a.a #17	ENSGT00940000153312.B #18	ENSGT00940000153312.A.a.a #19	ENSGT00940000153312.A.a.b ##18	ENSGT00390000009300.b #20	ENSGT00390000009724.l #21	ENSGT00940000160099 #22	ENSGT00390000007968 #23	ENSGT01080000257333.B #24	ENSGT00390000005544 #25	ENSGT00390000017207.d #26	ENSGT00940000155231.b.w #27	ENSGT00390000006949 #28	ENSGT00900000141067 #29	ENSGT01050000244848.B.a.a #30	ENSGT00730000110915.a #31	ENSGT00900000143762 #32	ENSGT00390000006115 #33	ENSGT00940000162579 #34	ENSGT00390000007799 #35	ENSGT00390000004856.w.a.a.b.a.b ##36	ENSGT00940000153761.B #37
Alpin marmot	MODERN SPECIES	25	FXYD2 (ENSMMMG00000022796) #7	FXYD6 (ENSMMMG00000022790) #8	TMPRSS13 (ENSMMMG00000022786) #9	IL10RA (ENSMMMG00000022779) #10	SMIM35 (ENSMMMG00000022777) #11	TMPRSS4 (ENSMMMG00000022771) #12	SCN4B (ENSMMMG00000022769) #13	SCN2B (ENSMMMG00000022768) #14	ENSMMMG00000022766 #15	MPZL3 (ENSMMMG00000022765) #16	MPZL2 (ENSMMMG00000022759) #17	CD3E (ENSMMMG00000022757) #18	CD3D (ENSMMMG00000022754) #19	UBE4A (ENSMMMG00000022744) #20	ENSMMMG00000022738 #21	KMT2A (ENSMMMG00000022724) #22	TTC36 (ENSMMMG00000022722) #23	TMEM25 (ENSMMMG00000022718) #24	IFT46 (ENSMMMG00000022714) #25	ARCN1 (ENSMMMG00000022711) #26	PHLDB1 (ENSMMMG00000022601) #27	TREH (ENSMMMG00000022593) #28	DDX6 (ENSMMMG00000022580) #29	CXCR5 (ENSMMMG00000022572) #30	BCL9L (ENSMMMG00000022559) #31	ENSMMMG00000022558 #32	UPK2 (ENSMMMG00000022555) #33	FOXR1 (ENSMMMG00000022553) #34	CENATAC (ENSMMMG00000022547) #35	ENSMMMG00000022541 #36	ENSMMMG00000022537 #37
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000153062.B #8	ENSGT00940000159197 #9	ENSGT00510000048847 #10	ENSGT00670000099483 #11	ENSGT01020000230389.a.a.a #12	ENSGT01030000234556.b.b.c #13	ENSGT01030000234556.b.a #14	ENSGT00440000034341 #15	ENSGT01030000234556.a.a.b #16	ENSGT01030000234556.a.a.a #17	ENSGT00940000153312.B #18	ENSGT00940000153312.A.a.a #19	ENSGT00940000153312.A.a.b ##18	ENSGT00390000009300.b #20	ENSGT00390000009724.l #21	ENSGT00940000160099 #22	ENSGT00390000007968 #23	ENSGT01080000257333.B #24	ENSGT00390000005544 #25	ENSGT00390000017207.d #26	ENSGT00940000155231.b.w #27	ENSGT00390000006949 #28	ENSGT00900000141067 #29	ENSGT01050000244848.B.a.a #30	ENSGT00730000110915.a #31	ENSGT00390000006115 #33	ENSGT00940000162579 #34	ENSGT00390000007799 #35	ENSGT00390000004856.w.a.a.b.a.b ##36	ENSGT00940000153761.B #37	ENSGT00730000111086
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	170	ENSUPAG00010006193 #8	TMPRSS13 (ENSUPAG00010006212) #9	IL10RA (ENSUPAG00010006230) #10	SMIM35 (ENSUPAG00010006235) #11	TMPRSS4 (ENSUPAG00010006241) #12	ENSUPAG00010006265 #13	SCN2B (ENSUPAG00010006281) #14	ENSUPAG00010006294 #15	MPZL3 (ENSUPAG00010006306) #16	MPZL2 (ENSUPAG00010006315) #17	CD3E (ENSUPAG00010006321) #18	CD3D (ENSUPAG00010006334) #19	CD3G (ENSUPAG00010006342) ##18	UBE4A (ENSUPAG00010006348) #20	ENSUPAG00010006390 #21	KMT2A (ENSUPAG00010006395) #22	TTC36 (ENSUPAG00010006459) #23	TMEM25 (ENSUPAG00010006469) #24	IFT46 (ENSUPAG00010006481) #25	ARCN1 (ENSUPAG00010006510) #26	PHLDB1 (ENSUPAG00010006520) #27	TREH (ENSUPAG00010006722) #28	DDX6 (ENSUPAG00010006792) #29	CXCR5 (ENSUPAG00010006813) #30	BCL9L (ENSUPAG00010006821) #31	UPK2 (ENSUPAG00010006857) #33	ENSUPAG00010006869	FOXR1 (ENSUPAG00010006881) #34	CENATAC (ENSUPAG00010006898) #35	RPS25 (ENSUPAG00010006950) ##36	TRAPPC4 (ENSUPAG00010006976) #37
Squirrel	MODERN SPECIES	142	RNF214 (ENSSTOG00000026444)	BACE1 (ENSSTOG00000020402)	CEP164 (ENSSTOG00000011380)	DSCAML1 (ENSSTOG00000011396)	FXYD2 (ENSSTOG00000028766) #7	FXYD6 (ENSSTOG00000023242) #8	TMPRSS13 (ENSSTOG00000007794) #9	IL10RA (ENSSTOG00000007838) #10	SMIM35 (ENSSTOG00000024897) #11	TMPRSS4 (ENSSTOG00000003485) #12	SCN4B (ENSSTOG00000028585) #13	SCN2B (ENSSTOG00000021064) #14	ENSSTOG00000015407 #15	MPZL3 (ENSSTOG00000015410) #16	MPZL2 (ENSSTOG00000014520) #17	KMT2A (ENSSTOG00000014405) #22	CD3D (ENSSTOG00000024175) #19	ENSSTOG00000014400 #21	TTC36 (ENSSTOG00000026783) #23	TMEM25 (ENSSTOG00000014432) #24	IFT46 (ENSSTOG00000014435) #25	ARCN1 (ENSSTOG00000014445) #26	ENSSTOG00000025149 #27	ENSSTOG00000014454 ##27	TREH (ENSSTOG00000014466) #28	DDX6 (ENSSTOG00000014475) #29	CXCR5 (ENSSTOG00000025389) #30	BCL9L (ENSSTOG00000021546) #31	UPK2 (ENSSTOG00000014318) #33	FOXR1 (ENSSTOG00000014321) #34	CENATAC (ENSSTOG00000014325) #35
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	2	TMPRSS13 (ENSSVLG00005023759) #9	IL10RA (ENSSVLG00005023826) #10	SMIM35 (ENSSVLG00005023865) #11	TMPRSS4 (ENSSVLG00005023934) #12	SCN4B (ENSSVLG00005024198) #13	SCN2B (ENSSVLG00005024230) #14	JAML (ENSSVLG00005024261) ##13	MPZL3 (ENSSVLG00005024358) #16	MPZL2 (ENSSVLG00005024417) #17	ENSSVLG00005024441	ENSSVLG00005024461 #18	CD3D (ENSSVLG00005024525) #19	CD3G (ENSSVLG00005024593) ##18	UBE4A (ENSSVLG00005024644) #20	ENSSVLG00005024683 #21	KMT2A (ENSSVLG00005024766) #22	TTC36 (ENSSVLG00005024881) #23	TMEM25 (ENSSVLG00005012879) #24	IFT46 (ENSSVLG00005012985) #25	ARCN1 (ENSSVLG00005013104) #26	PHLDB1 (ENSSVLG00005013481) #27	TREH (ENSSVLG00005013828) #28	DDX6 (ENSSVLG00005014076) #29	CXCR5 (ENSSVLG00005014130) #30	BCL9L (ENSSVLG00005014178) #31	UPK2 (ENSSVLG00005014262) #33	FOXR1 (ENSSVLG00005014333) #34	ENSSVLG00005014434 ##36	ENSSVLG00005014518 #37	SLC37A4 (ENSSVLG00005014603)	HYOU1 (ENSSVLG00005014785)