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Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158861.A	ENSGT00940000157097	ENSGT00390000007925	ENSGT00940000162080	ENSGT00390000002669 #9	ENSGT00940000154189.B #10	ENSGT00390000014323 #11	ENSGT00940000159839 #13	ENSGT00390000010968 #14	ENSGT00940000168034	ENSGT00940000156976 #15	ENSGT00940000159840 #18	ENSGT00940000160682.b	ENSGT00940000165505	ENSGT00940000157236 #20	ENSGT00940000161365 #22	ENSGT00950000183090.B #23	ENSGT00940000160071 #24	ENSGT00940000153394.c.b	ENSGT00940000162605 #26	ENSGT00940000162265 #28	ENSGT00390000015442 #29	ENSGT00940000160150 #30	ENSGT00940000153972.C #31	ENSGT00390000009067 #33	ENSGT00940000164836 #34	ENSGT00390000005508.a #36	ENSGT00940000157810 #35	ENSGT00940000160061 #37	ENSGT00930000152681	ENSGT00940000156189
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000158861.A	ENSGT00940000157097	ENSGT00390000007925	ENSGT00940000162080	ENSGT00390000002669 #9	ENSGT00940000154189.B #10	ENSGT00390000014323 #11	ENSGT00940000159839 #13	ENSGT00390000010968 #14	ENSGT00940000168034	ENSGT00940000156976 #15	ENSGT00940000159840 #18	ENSGT00940000160682.b	ENSGT00940000165505	ENSGT00940000157236 #20	ENSGT00940000161365 #22	ENSGT00950000183090.B #23	ENSGT00940000160071 #24	ENSGT00940000153394.c.b	ENSGT00940000162605 #26	ENSGT00940000162265 #28	ENSGT00390000015442 #29	ENSGT00940000160150 #30	ENSGT00940000153972.C #31	ENSGT00390000009067 #33	ENSGT00940000164836 #34	ENSGT00390000005508.a #36	ENSGT00940000157810 #35	ENSGT00940000160061 #37	ENSGT00940000156189	ENSGT00940000160790
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000158861.A	ENSGT00940000157097	ENSGT00390000007925	ENSGT00940000162080	ENSGT00390000002669 #9	ENSGT00940000154189.B #10	ENSGT00390000014323 #11	ENSGT00940000159839 #13	ENSGT00390000010968 #14	ENSGT00940000168034	ENSGT00940000156976 #15	ENSGT00940000159840 #18	ENSGT00940000160682.b	ENSGT00940000165505	ENSGT00940000157236 #20	ENSGT00940000161365 #22	ENSGT00950000183090.B #23	ENSGT00940000160071 #24	ENSGT00940000162605 #26	ENSGT00940000162265 #28	ENSGT00390000015442 #29	ENSGT00940000160150 #30	ENSGT00940000153972.C #31	ENSGT00390000009067 #33	ENSGT00940000164836 #34	ENSGT00390000005508.a #36	ENSGT00940000157810 #35	ENSGT00940000160061 #37	ENSGT00940000156189	ENSGT00940000160790	ENSGT01020000230394.e.a.a.a
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	115							ENSGT00390000002669 #9	ENSGT00940000154189.B #10	ENSGT00390000014323 #11	ENSGT00940000159839 #13	ENSGT00390000010968 #14	ENSGT00940000156976 #15	ENSGT00940000159840 #18	ENSGT00940000160682.b	ENSGT00940000157236 #20	ENSGT00940000161365 #22	ENSGT00950000183090.B #23	ENSGT00940000160071 #24	ENSGT00940000162605 #26	ENSGT00940000162265 #28	ENSGT00390000015442 #29	ENSGT00940000160150 #30	ENSGT00940000153972.C #31	ENSGT00390000009067 #33	ENSGT00940000164836 #34	ENSGT00390000005508.a #36	ENSGT00940000157810 #35	ENSGT00940000160061 #37	ENSGT00940000156189	ENSGT00940000160790	ENSGT01020000230394.e.a.a.a
Ferret	MODERN SPECIES	374			TTC38 (ENSMPUG00000002534) #9	GTSE1 (ENSMPUG00000002529) #10	TRMU (ENSMPUG00000002523) #11	ENSMPUG00000018770 #12	CELSR1 (ENSMPUG00000002518) #13	GRAMD4 (ENSMPUG00000002513) #14	CERK (ENSMPUG00000002508) #15	ENSMPUG00000002506 #16	ENSMPUG00000002503 #17	TBC1D22A (ENSMPUG00000002499) #18	ENSMPUG00000002494 #19	BRD1 (ENSMPUG00000002491) #20	ENSMPUG00000002489 #21	ZBED4 (ENSMPUG00000018768) #22	ALG12 (ENSMPUG00000002482) #23	CRELD2 (ENSMPUG00000002445) #24	ENSMPUG00000018766 #25	IL17REL (ENSMPUG00000002439) #26	ENSMPUG00000002434 #27	TTLL8 (ENSMPUG00000002426) #28	MLC1 (ENSMPUG00000002422) #29	MOV10L1 (ENSMPUG00000002418) #30	PANX2 (ENSMPUG00000002416) #31	ENSMPUG00000018765 #32	TRABD (ENSMPUG00000002395) #33	ENSMPUG00000002388 #34	TUBGCP6 (ENSMPUG00000002380) #35	SELENOO (ENSMPUG00000002327) #36	HDAC10 (ENSMPUG00000002331) #37
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158861.A	ENSGT00940000157097	ENSGT00390000007925	ENSGT00940000162080	ENSGT00390000002669 #9	ENSGT00940000154189.B #10	ENSGT00390000014323 #11	ENSGT00940000159839 #13	ENSGT00390000010968 #14	ENSGT00940000168034	ENSGT00940000156976 #15	ENSGT00940000159840 #18	ENSGT00940000160682.b	ENSGT00940000165505	ENSGT00940000157236 #20	ENSGT00940000161365 #22	ENSGT00950000183090.B #23	ENSGT00940000160071 #24	ENSGT00940000162605 #26	ENSGT00940000162265 #28	ENSGT00390000015442 #29	ENSGT00940000160150 #30	ENSGT00940000153972.C #31	ENSGT00390000009067 #33	ENSGT00940000164836 #34	ENSGT00390000005508.a #36	ENSGT00940000157810 #35	ENSGT00940000160061 #37	ENSGT00940000156189	ENSGT00940000160790	ENSGT01020000230394.e.a.a.a
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	158															ENSGT00940000157236 #20	ENSGT00940000161365 #22	ENSGT00950000183090.B #23	ENSGT00940000160071 #24	ENSGT00940000162605 #26	ENSGT00940000162265 #28	ENSGT00390000015442 #29	ENSGT00940000160150 #30	ENSGT00940000153972.C #31	ENSGT00390000009067 #33	ENSGT00940000164836 #34	ENSGT00390000005508.a #36	ENSGT00940000157810 #35	ENSGT00940000160061 #37	ENSGT00940000156189	ENSGT01020000230394.e.a.a.a	ENSGT00390000005529.b
American black bear	MODERN SPECIES	2543															BRD1 (ENSUAMG00000015658) #20	ZBED4 (ENSUAMG00000015656) #22	ALG12 (ENSUAMG00000015654) #23	CRELD2 (ENSUAMG00000015628) #24
Polar bear	MODERN SPECIES	248	ENSUMAG00000019456	ENSUMAG00000019454	ENSUMAG00000019449	ENSUMAG00000019441	TTC38 (ENSUMAG00000019131) #9	GTSE1 (ENSUMAG00000019092) #10	TRMU (ENSUMAG00000019079) #11	GRAMD4 (ENSUMAG00000018992) #14	CERK (ENSUMAG00000018962) #15	TBC1D22A (ENSUMAG00000018911) #18	ENSUMAG00000018901	ENSUMAG00000018899	ENSUMAG00000018898	ENSUMAG00000018894	BRD1 (ENSUMAG00000018837) #20	ZBED4 (ENSUMAG00000018822) #22	ALG12 (ENSUMAG00000018809) #23	CRELD2 (ENSUMAG00000018802) #24	ENSUMAG00000018793 #26	TTLL8 (ENSUMAG00000018756) #28	MLC1 (ENSUMAG00000018731) #29	MOV10L1 (ENSUMAG00000018693) #30	TRABD (ENSUMAG00000018679) #33	SELENOO (ENSUMAG00000018671) #36	TUBGCP6 (ENSUMAG00000018600) #35	ENSUMAG00000018571 #37	MAPK12 (ENSUMAG00000018557)	PLXNB2 (ENSUMAG00000018205)	DENND6B (ENSUMAG00000018078)	PPP6R2 (ENSUMAG00000018036)	SBF1 (ENSUMAG00000017459)
Giant Panda	MODERN SPECIES	6	WNT7B (ENSAMEG00000027585)	ENSAMEG00000031301	PPARA (ENSAMEG00000003383)	CDPF1 (ENSAMEG00000028270)	PKDREJ (ENSAMEG00000018836)	TTC38 (ENSAMEG00000003351) #9	GTSE1 (ENSAMEG00000003329) #10	TRMU (ENSAMEG00000003319) #11	CELSR1 (ENSAMEG00000003213) #13	GRAMD4 (ENSAMEG00000003189) #14	CERK (ENSAMEG00000003152) #15	TBC1D22A (ENSAMEG00000003149) #18	TAFA5 (ENSAMEG00000030402)	ENSAMEG00000002159	BRD1 (ENSAMEG00000002161) #20	ZBED4 (ENSAMEG00000002207) #22	ALG12 (ENSAMEG00000002208) #23	CRELD2 (ENSAMEG00000002224) #24	ENSAMEG00000002259 #26	TTLL8 (ENSAMEG00000002263) #28	MLC1 (ENSAMEG00000002283) #29	MOV10L1 (ENSAMEG00000002296) #30	PANX2 (ENSAMEG00000002335) #31	ENSAMEG00000002346 #33	SELENOO (ENSAMEG00000002359) #36	TUBGCP6 (ENSAMEG00000002382) #35	HDAC10 (ENSAMEG00000002414) #37	MAPK12 (ENSAMEG00000002456)	MAPK11 (ENSAMEG00000002468)	PLXNB2 (ENSAMEG00000002506)	DENND6B (ENSAMEG00000002617)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157097	ENSGT00390000007925	ENSGT00950000185328	ENSGT00940000162080	ENSGT00390000002669 #9	ENSGT00940000154189.B #10	ENSGT00390000014323 #11	ENSGT00940000159839 #13	ENSGT00390000010968 #14	ENSGT00940000156976 #15	ENSGT00940000159840 #18	ENSGT00950000185222	ENSGT00940000160682.b	ENSGT00940000165505	ENSGT00940000157236 #20	ENSGT00940000161365 #22	ENSGT00950000183090.B #23	ENSGT00940000160071 #24	ENSGT00940000153394.c.b	ENSGT00940000162605 #26	ENSGT00940000162265 #28	ENSGT00390000015442 #29	ENSGT00940000160150 #30	ENSGT00940000153972.C #31	ENSGT00390000009067 #33	ENSGT00940000164836 #34	ENSGT00390000005508.a #36	ENSGT00940000157810 #35	ENSGT00940000160061 #37	ENSGT00940000156189	ENSGT00940000160790
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Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000010377	ENSGT00940000158861.A	ENSGT00940000157097	ENSGT00390000007925	ENSGT00940000162080	ENSGT00390000002669 #9	ENSGT00940000154189.B #10	ENSGT00390000014323 #11	ENSGT00940000159839 #13	ENSGT00390000010968 #14	ENSGT00940000156976 #15	ENSGT00940000159840 #18	ENSGT00940000160682.b	ENSGT00940000165505	ENSGT00940000157236 #20	ENSGT00940000161365 #22	ENSGT00950000183090.B #23	ENSGT00940000160071 #24	ENSGT00940000153394.c.b	ENSGT00940000162605 #26	ENSGT00940000162265 #28	ENSGT00390000015442 #29	ENSGT00940000160150 #30	ENSGT00940000153972.C #31	ENSGT00390000009067 #33	ENSGT00390000005508.a #36	ENSGT00940000157810 #35	ENSGT00940000160061 #37	ENSGT00940000156189	ENSGT00940000160790	ENSGT01020000230394.e.a.a.a
Equus	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000010377	ENSGT00940000158861.A	ENSGT00940000157097	ENSGT00950000186119	ENSGT00390000007925	ENSGT00940000162080	ENSGT00390000002669 #9	ENSGT00940000154189.B #10	ENSGT00390000014323 #11	ENSGT00940000159839 #13	ENSGT00390000010968 #14	ENSGT00940000156976 #15	ENSGT00940000159840 #18	ENSGT00940000160682.b	ENSGT00940000157236 #20	ENSGT00940000161365 #22	ENSGT00950000183090.B #23	ENSGT00940000160071 #24	ENSGT00940000153394.c.b	ENSGT00940000162605 #26	ENSGT00940000162265 #28	ENSGT00390000015442 #29	ENSGT00940000160150 #30	ENSGT00940000153972.C #31	ENSGT00390000009067 #33	ENSGT00390000005508.a #36	ENSGT00940000157810 #35	ENSGT00940000160061 #37	ENSGT00940000156189	ENSGT00940000160790	ENSGT01020000230394.e.a.a.a
Donkey	MODERN SPECIES	11	WNT7B (ENSEASG00005028117)	PPARA (ENSEASG00005021739)	ENSEASG00005021737	ENSEASG00005026156	PKDREJ (ENSEASG00005021734)	ENSEASG00005021733	TTC38 (ENSEASG00005021730) #9	GTSE1 (ENSEASG00005021728) #10	TRMU (ENSEASG00005021725) #11	CELSR1 (ENSEASG00005021563) #13	GRAMD4 (ENSEASG00005021494) #14	CERK (ENSEASG00005021490) #15	TBC1D22A (ENSEASG00005021479) #18	ENSEASG00005021470	BRD1 (ENSEASG00005021463) #20	ZBED4 (ENSEASG00005021461) #22	ALG12 (ENSEASG00005021458) #23	CRELD2 (ENSEASG00005021457) #24	PIM3 (ENSEASG00005021455)	IL17REL (ENSEASG00005021450) #26	TTLL8 (ENSEASG00005021448) #28	MLC1 (ENSEASG00005021444) #29	MOV10L1 (ENSEASG00005021379) #30	PANX2 (ENSEASG00005021345) #31	TRABD (ENSEASG00005021341) #33	SELENOO (ENSEASG00005021337) #36	TUBGCP6 (ENSEASG00005021328) #35	HDAC10 (ENSEASG00005021310) #37	MAPK12 (ENSEASG00005021298)	MAPK11 (ENSEASG00005021293)	PLXNB2 (ENSEASG00005020988)
Horse	MODERN SPECIES	20	WNT7B (ENSECAG00000013387)	PPARA (ENSECAG00000000484)	ENSECAG00000031323	CDPF1 (ENSECAG00000010835)	PKDREJ (ENSECAG00000012561)	TTC38 (ENSECAG00000013411) #9	ENSECAG00000028133	GTSE1 (ENSECAG00000023355) #10	TRMU (ENSECAG00000000467) #11	CELSR1 (ENSECAG00000010573) #13	GRAMD4 (ENSECAG00000019570) #14	CERK (ENSECAG00000004944) #15	TBC1D22A (ENSECAG00000011150) #18	ENSECAG00000038005	BRD1 (ENSECAG00000020261) #20	ZBED4 (ENSECAG00000001385) #22	ALG12 (ENSECAG00000024102) #23	CRELD2 (ENSECAG00000021209) #24	PIM3 (ENSECAG00000031204)	IL17REL (ENSECAG00000029689) #26	TTLL8 (ENSECAG00000024445) #28	MLC1 (ENSECAG00000024580) #29	MOV10L1 (ENSECAG00000011063) #30	PANX2 (ENSECAG00000021702) #31	TRABD (ENSECAG00000022213) #33	SELENOO (ENSECAG00000024898) #36	TUBGCP6 (ENSECAG00000011168) #35	HDAC10 (ENSECAG00000012732) #37	MAPK12 (ENSECAG00000017373)	MAPK11 (ENSECAG00000004780)	PLXNB2 (ENSECAG00000019242)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000010377	ENSGT00940000158861.A	ENSGT00940000157097.b	ENSGT00390000007925	ENSGT00940000162080	ENSGT00390000002669 #9	ENSGT00940000154189.B #10	ENSGT00390000014323 #11	ENSGT00940000159839 #13	ENSGT00390000010968 #14	ENSGT00940000156976 #15	ENSGT00940000159840 #18	ENSGT00940000160682.b	ENSGT00940000165505	ENSGT00940000157236 #20	ENSGT00940000161365 #22	ENSGT00950000183090.B #23	ENSGT00940000160071 #24	ENSGT00940000153394.c.b	ENSGT00940000162605 #26	ENSGT00940000162265 #28	ENSGT00390000015442 #29	ENSGT00940000160150 #30	ENSGT00940000153972.C #31	ENSGT00390000009067 #33	ENSGT00390000005508.a #36	ENSGT00940000157810 #35	ENSGT00940000160061 #37	ENSGT00940000156189	ENSGT00940000160790	ENSGT01020000230394.e.a.a.a
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000010377	ENSGT00940000158861.A	ENSGT00940000157097.b	ENSGT00390000007925	ENSGT00940000162080	ENSGT00390000002669 #9	ENSGT00940000154189.B #10	ENSGT00390000014323 #11	ENSGT00940000159839 #13	ENSGT00390000010968 #14	ENSGT00940000156976 #15	ENSGT00940000159840 #18	ENSGT00940000160682.b	ENSGT00940000165505	ENSGT00940000157236 #20	ENSGT00940000161365 #22	ENSGT00950000183090.B #23	ENSGT00940000160071 #24	ENSGT00940000153394.c.b	ENSGT00940000162605 #26	ENSGT00940000162265 #28	ENSGT00390000015442 #29	ENSGT00940000160150 #30	ENSGT00940000153972.C #31	ENSGT00390000009067 #33	ENSGT00390000005508.a #36	ENSGT00940000157810 #35	ENSGT00940000160061 #37	ENSGT00940000156189	ENSGT00940000160790	ENSGT01020000230394.e.a.a.a
Microbat	MODERN SPECIES	2229																ENSMLUG00000008744 #22	ALG12 (ENSMLUG00000002620) #23
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	1	ATXN10 (ENSRFEG00010009820)	WNT7B (ENSRFEG00010009776)	PPARA (ENSRFEG00010009746)	ENSRFEG00010009687	PKDREJ (ENSRFEG00010009648)	TTC38 (ENSRFEG00010009567) #9	GTSE1 (ENSRFEG00010009534) #10	TRMU (ENSRFEG00010009459) #11	CELSR1 (ENSRFEG00010008089) #13	GRAMD4 (ENSRFEG00010007917) #14	CERK (ENSRFEG00010007796) #15	TBC1D22A (ENSRFEG00010007621) #18	TAFA5 (ENSRFEG00010007551)	ENSRFEG00010007494	BRD1 (ENSRFEG00010007417) #20	ZBED4 (ENSRFEG00010007396) #22	ALG12 (ENSRFEG00010007351) #23	CRELD2 (ENSRFEG00010007265) #24	PIM3 (ENSRFEG00010007178)	ENSRFEG00010007126 #26	TTLL8 (ENSRFEG00010006880) #28	MLC1 (ENSRFEG00010003746) #29	ENSRFEG00010003721 #30	PANX2 (ENSRFEG00010003700) #31	TRABD (ENSRFEG00010003666) #33	SELENOO (ENSRFEG00010003639) #36	TUBGCP6 (ENSRFEG00010003539) #35	HDAC10 (ENSRFEG00010003445) #37	MAPK12 (ENSRFEG00010003363)	MAPK11 (ENSRFEG00010003325)	PLXNB2 (ENSRFEG00010003263)
Megabat	MODERN SPECIES	6069																ENSPVAG00000005134 #22