Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156642	ENSGT00390000010377	ENSGT00940000158861.A	ENSGT00940000157097	ENSGT00390000007925	ENSGT00940000162080	ENSGT00390000002669	ENSGT00940000154189.B	ENSGT00390000014323	ENSGT00940000159839	ENSGT00390000010968	ENSGT00940000156976	ENSGT00940000159840.f	ENSGT00940000160682.b	ENSGT00940000157236 #21	ENSGT00940000161365 #22	ENSGT00950000183090.B #23	ENSGT00940000160071 #24	ENSGT00940000153394.c.b.d #25	ENSGT00940000162265	ENSGT00390000015442 #26	ENSGT00940000160150 #27	ENSGT00940000153972.C #28	ENSGT00390000009067 #29	ENSGT00390000005508.a #30	ENSGT00940000157810 #31	ENSGT00940000160061 #32	ENSGT00940000156189 #33	ENSGT00940000160790 #34	ENSGT01020000230394.e.a.a.a #35	ENSGT00390000005529.b #36
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000156642	ENSGT00390000010377	ENSGT00940000158861.A	ENSGT00940000157097	ENSGT00390000007925	ENSGT00940000162080	ENSGT00390000002669	ENSGT00940000154189.B	ENSGT00390000014323	ENSGT00940000159839	ENSGT00390000010968	ENSGT00940000156976	ENSGT00940000159840.f	ENSGT00940000160682.b	ENSGT00940000157236 #21	ENSGT00940000161365 #22	ENSGT00950000183090.B #23	ENSGT00940000160071 #24	ENSGT00940000153394.c.b.d #25	ENSGT00940000162265	ENSGT00390000015442 #26	ENSGT00940000160150 #27	ENSGT00940000153972.C #28	ENSGT00390000009067 #29	ENSGT00390000005508.a #30	ENSGT00940000157810 #31	ENSGT00940000160061 #32	ENSGT00940000156189 #33	ENSGT00940000160790 #34	ENSGT01020000230394.e.a.a.a #35	ENSGT00390000005529.b #36
Guinea pig	MODERN SPECIES	183															BRD1 (ENSCPOG00000005318) #21	ZBED4 (ENSCPOG00000035838) #22	ALG12 (ENSCPOG00000012227) #23	CRELD2 (ENSCPOG00000027432) #24	PIM3 (ENSCPOG00000015153) #25	MLC1 (ENSCPOG00000025472) #26	MOV10L1 (ENSCPOG00000002014) #27	PANX2 (ENSCPOG00000005860) #28	TRABD (ENSCPOG00000040468) #29	SELENOO (ENSCPOG00000014849) #30	TUBGCP6 (ENSCPOG00000014850) #31	ENSCPOG00000014856 #32	MAPK12 (ENSCPOG00000014859) #33	MAPK11 (ENSCPOG00000030297) #34	PLXNB2 (ENSCPOG00000014870) #35	DENND6B (ENSCPOG00000014874) #36	ENSCPOG00000034640 #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156642	ENSGT00390000010377	ENSGT00940000158861.A	ENSGT00940000157097	ENSGT00390000007925	ENSGT00940000162080	ENSGT00390000002669	ENSGT00940000154189.B	ENSGT00390000014323	ENSGT00940000159839	ENSGT00390000010968	ENSGT00940000156976	ENSGT00940000159840.f	ENSGT00940000160682.b	ENSGT00940000157236 #21	ENSGT00940000161365 #22	ENSGT00950000183090.B #23	ENSGT00940000160071 #24	ENSGT00940000153394.c.b.d #25	ENSGT00940000162265	ENSGT00390000015442 #26	ENSGT00940000160150 #27	ENSGT00940000153972.C #28	ENSGT00390000009067 #29	ENSGT00390000005508.a #30	ENSGT00940000157810 #31	ENSGT00940000160061 #32	ENSGT00940000156189 #33	ENSGT00940000160790 #34	ENSGT01020000230394.e.a.a.a #35	ENSGT00390000005529.b #36
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	120	FBLN1 (ENSCLAG00000016951)	ATXN10 (ENSCLAG00000016859)	WNT7B (ENSCLAG00000017076)	PPARA (ENSCLAG00000017301)	CDPF1 (ENSCLAG00000017222)	PKDREJ (ENSCLAG00000017056)	TTC38 (ENSCLAG00000017023)	GTSE1 (ENSCLAG00000017237)	TRMU (ENSCLAG00000017269)	CELSR1 (ENSCLAG00000016719)	GRAMD4 (ENSCLAG00000017096)	CERK (ENSCLAG00000016678)	TBC1D22A (ENSCLAG00000015959)	TAFA5 (ENSCLAG00000017180)	BRD1 (ENSCLAG00000017112) #21	ZBED4 (ENSCLAG00000017234) #22	ALG12 (ENSCLAG00000016932) #23	CRELD2 (ENSCLAG00000017304) #24	PIM3 (ENSCLAG00000016870) #25	TTLL8 (ENSCLAG00000015999)	MLC1 (ENSCLAG00000017013) #26	MOV10L1 (ENSCLAG00000017288) #27	PANX2 (ENSCLAG00000017242) #28	TRABD (ENSCLAG00000017256) #29	SELENOO (ENSCLAG00000016415) #30	TUBGCP6 (ENSCLAG00000016687) #31	HDAC10 (ENSCLAG00000017266) #32	MAPK12 (ENSCLAG00000017046) #33	MAPK11 (ENSCLAG00000017044) #34	PLXNB2 (ENSCLAG00000016979) #35	DENND6B (ENSCLAG00000017052) #36
Degu	MODERN SPECIES	194	FBLN1 (ENSODEG00000014780)	ATXN10 (ENSODEG00000014678)	WNT7B (ENSODEG00000016370)	PPARA (ENSODEG00000014591)	CDPF1 (ENSODEG00000016735)	PKDREJ (ENSODEG00000015429)	TTC38 (ENSODEG00000014912)	ENSODEG00000015837	TRMU (ENSODEG00000014745)	CELSR1 (ENSODEG00000015461)	GRAMD4 (ENSODEG00000014781)	CERK (ENSODEG00000016133)	TBC1D22A (ENSODEG00000015390)	TAFA5 (ENSODEG00000015536)	BRD1 (ENSODEG00000015579) #21	ZBED4 (ENSODEG00000020394) #22	ALG12 (ENSODEG00000015815) #23	CRELD2 (ENSODEG00000015949) #24	PIM3 (ENSODEG00000015238) #25	MLC1 (ENSODEG00000015862) #26	MOV10L1 (ENSODEG00000015326) #27	PANX2 (ENSODEG00000015716) #28	TRABD (ENSODEG00000015551) #29	SELENOO (ENSODEG00000016393) #30	TUBGCP6 (ENSODEG00000015845) #31	ENSODEG00000015348 #32	MAPK12 (ENSODEG00000015663) #33	MAPK11 (ENSODEG00000015754) #34	ENSODEG00000016049 #35	ENSODEG00000015385 #35	DENND6B (ENSODEG00000016328) #36
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	30	MMS19 (ENSHGLG00000019329)	UBTD1 (ENSHGLG00000006858)	ANKRD2 (ENSHGLG00000008161)	ENSHGLG00000033035	HOGA1 (ENSHGLG00000038633)	MORN4 (ENSHGLG00000018443)	PI4K2A (ENSHGLG00000013652)	AVPI1 (ENSHGLG00000010646)	MARVELD1 (ENSHGLG00000034069)	SFRP5 (ENSHGLG00000010192)	ZFYVE27 (ENSHGLG00000013301)	ENSHGLG00000038015	ENSHGLG00000011698	ENSHGLG00000012238	ENSHGLG00000017778 #21	ZBED4 (ENSHGLG00000020932) #22	ALG12 (ENSHGLG00000015414) #23	CRELD2 (ENSHGLG00000047614) #24	PIM3 (ENSHGLG00000015113) #25	ENSHGLG00000040028	MLC1 (ENSHGLG00000015098) #26	MOV10L1 (ENSHGLG00000015410) #27	PANX2 (ENSHGLG00000015536) #28	TRABD (ENSHGLG00000015283) #29	SELENOO (ENSHGLG00000018969) #30	ENSHGLG00000010839 #31	HDAC10 (ENSHGLG00000009247) #32	MAPK12 (ENSHGLG00000009098) #33	MAPK11 (ENSHGLG00000016345) #34	PLXNB2 (ENSHGLG00000007527) #35	DENND6B (ENSHGLG00000046028) #36