Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT01090000260086.E.b	ENSGT00940000162666	ENSGT01060000248581.C.a.a	ENSGT01050000244828.c.b.b.a.b	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##14	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##14	ENSGT00940000158134.A	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b #15	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b	ENSGT00940000162415 #16	ENSGT00940000161967 #17	ENSGT00940000159380 #18	ENSGT00950000182843.b #19	ENSGT00940000154494.a #20	ENSGT00940000159618 #21	ENSGT00940000160510 #22	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #23	ENSGT00390000005590 #24	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #25	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a #26	ENSGT00390000006465 #27	ENSGT00940000154756.A	ENSGT00940000160371	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	100								ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##14	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b	ENSGT00940000162415 #16	ENSGT00940000161967 #17	ENSGT00940000159380 #18	ENSGT00950000182843.b #19	ENSGT00940000154494.a #20	ENSGT00940000159618 #21	ENSGT00940000160510 #22	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #23	ENSGT00390000005590 #24	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #25	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a #26	ENSGT00390000006465 #27	ENSGT00940000154756.A	ENSGT00940000160371	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	218									ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b #15	ENSGT00940000162415 #16	ENSGT00940000161967 #17	ENSGT00940000159380 #18	ENSGT00950000182843.b #19	ENSGT00940000154494.a #20	ENSGT00940000159618 #21	ENSGT00940000160510 #22	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #23	ENSGT00390000005590 #24	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #25	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a #26	ENSGT00390000006465 #27
Squirrel	MODERN SPECIES	463								ENSSTOG00000027492 #14	OR2C3 (ENSSTOG00000008172) #15	NLRP3 (ENSSTOG00000010228) #16	ZNF496 (ENSSTOG00000027824) #17	JMJD4 (ENSSTOG00000006186) #18	SNAP47 (ENSSTOG00000028391) #19	PRSS38 (ENSSTOG00000027275) #20	WNT9A (ENSSTOG00000008351) #21	WNT3A (ENSSTOG00000027360) #22	ENSSTOG00000009288 #23	C1orf35 (ENSSTOG00000009295) #24	GUK1 (ENSSTOG00000026156) #25	GJC2 (ENSSTOG00000009501) #26	IBA57 (ENSSTOG00000020525) #27
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	712							ZNF496 (ENSUPAG00010009506) #17	ENSUPAG00010009519	ENSUPAG00010009530	ENSUPAG00010009533	ENSUPAG00010009536	JMJD4 (ENSUPAG00010009540) #18	SNAP47 (ENSUPAG00010009551) #19	PRSS38 (ENSUPAG00010009560) #20	WNT9A (ENSUPAG00010009568) #21	WNT3A (ENSUPAG00010009580) #22	ENSUPAG00010009582	C1orf35 (ENSUPAG00010009587) #24	MRPL55 (ENSUPAG00010009599)	GUK1 (ENSUPAG00010009613) #25	IBA57 (ENSUPAG00010009641) #27
Alpin marmot	MODERN SPECIES	56	ENSMMMG00000017294	ENSMMMG00000017305	ENSMMMG00000017308	ENSMMMG00000017312 ##14	ENSMMMG00000017317	ENSMMMG00000017321 ##14	OR2B11 (ENSMMMG00000017357)	NLRP3 (ENSMMMG00000017362) #16	ZNF496 (ENSMMMG00000017364) #17	ENSMMMG00000017372	ENSMMMG00000017378	JMJD4 (ENSMMMG00000017399) #18	SNAP47 (ENSMMMG00000017415) #19	PRSS38 (ENSMMMG00000017421) #20	WNT9A (ENSMMMG00000017429) #21	WNT3A (ENSMMMG00000017437) #22	ENSMMMG00000017464 #23	MRPL55 (ENSMMMG00000017475)	GUK1 (ENSMMMG00000017488) #25	GJC2 (ENSMMMG00000017501) #26	IBA57 (ENSMMMG00000017504) #27	OBSCN (ENSMMMG00000017510)	TRIM11 (ENSMMMG00000017547)	TRIM17 (ENSMMMG00000017550)	H3-4 (ENSMMMG00000017555)	H2AC25 (ENSMMMG00000017567)	H2BC26 (ENSMMMG00000017570)	ENSMMMG00000017596	RNF187 (ENSMMMG00000017598)	ENSMMMG00000017603	ENSMMMG00000017616
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	15	OR1C1 (ENSSVLG00005004820)	OR6F1 (ENSSVLG00005004776)	ENSSVLG00005004766	ENSSVLG00005004759	ENSSVLG00005004740	OR14L1P (ENSSVLG00005004728)	OR2G3 (ENSSVLG00005004718) ##14	ENSSVLG00005004709 ##14	GCSAML (ENSSVLG00005004676)	OR2C3 (ENSSVLG00005004659) #15	NLRP3 (ENSSVLG00005004506) #16	JMJD4 (ENSSVLG00005004411) #18	SNAP47 (ENSSVLG00005004391) #19	PRSS38 (ENSSVLG00005004365) #20	WNT9A (ENSSVLG00005004346) #21	WNT3A (ENSSVLG00005004327) #22	ENSSVLG00005004310 #23	C1orf35 (ENSSVLG00005004286) #24	MRPL55 (ENSSVLG00005004258)	ENSSVLG00005004242	GUK1 (ENSSVLG00005004220) #25	ENSSVLG00005004192	GJC2 (ENSSVLG00005004174) #26	IBA57 (ENSSVLG00005004163) #27	OBSCN (ENSSVLG00005004022)	TRIM11 (ENSSVLG00005003920)	TRIM17 (ENSSVLG00005003894)	H3-4 (ENSSVLG00005003884)	H2AC25 (ENSSVLG00005003875)	H2BC26 (ENSSVLG00005003865)	ENSSVLG00005003856