Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01000000214413.b.a.b.a #7 ENSGT00940000159164 #8 ENSGT00390000017213.A #9 ENSGT00390000001745 #10 ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #11 ENSGT01030000234816 #12 ENSGT00390000005023.a #13 ENSGT00940000159873 #15 ENSGT00510000049460 #16 ENSGT00940000156904 #17 ENSGT01100000267007 ENSGT00940000159033 #18 ENSGT00390000000826 #19 ENSGT00950000183136.b.b #20 ENSGT00940000155088 #21 ENSGT00940000161554 #22 ENSGT00510000046803.b.b #23 ENSGT00940000153298.n ##24 ENSGT00940000153566.a #25 ENSGT00390000018821 #26 ENSGT00940000161390 #27 ENSGT00940000160453 #28 ENSGT00510000049297 #29 ENSGT00940000162178 #30 ENSGT00940000160952 #31 ENSGT00940000159540 #32 ENSGT00940000161250 #33 ENSGT00940000155083.b #34 ENSGT00940000155810 #35 ENSGT00940000155840.C #36 ENSGT00390000007725.A.a #37 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000017343 ENSGT01000000214413.b.a.b.a #7 ENSGT00940000159164 #8 ENSGT00390000017213.A #9 ENSGT00390000001745 #10 ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #11 ENSGT01030000234816 #12 ENSGT00390000005023.a #13 ENSGT00940000159873 #15 ENSGT00510000049460 #16 ENSGT00940000156904 #17 ENSGT00940000159033 #18 ENSGT00390000000826 #19 ENSGT00950000183136.b.b #20 ENSGT00940000155088 #21 ENSGT00940000161554 #22 ENSGT00510000046803.b.b #23 ENSGT00940000153298.n ##24 ENSGT00940000153566.a #25 ENSGT00390000018821 #26 ENSGT00940000161390 #27 ENSGT00940000160453 #28 ENSGT00510000049297 #29 ENSGT00940000162178 #30 ENSGT00940000160952 #31 ENSGT00940000159540 #32 ENSGT00940000161250 #33 ENSGT00940000155083.b #34 ENSGT00940000155810 #35 ENSGT00940000155840.C #36 ENSGT00390000007725.A.a #37 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00390000017343 ENSGT01000000214413.b.a.b.a #7 ENSGT00940000159164 #8 ENSGT00390000017213.A #9 ENSGT00390000001745 #10 ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #11 ENSGT01030000234816 #12 ENSGT00390000005023.a #13 ENSGT00940000159873 #15 ENSGT00510000049460 #16 ENSGT00940000156904 #17 ENSGT00940000159033 #18 ENSGT00390000000826 #19 ENSGT00950000183136.b.b #20 ENSGT00940000155088 #21 ENSGT00940000161554 #22 ENSGT00510000046803.b.b #23 ENSGT00940000153298.n ##24 ENSGT00940000153566.a #25 ENSGT00390000018821 #26 ENSGT00940000161390 #27 ENSGT00940000160453 #28 ENSGT00510000049297 #29 ENSGT00940000162178 #30 ENSGT00940000160952 #31 ENSGT00940000159540 #32 ENSGT00940000161250 #33 ENSGT00940000155083.b.k #34 ENSGT00940000155810 #35 ENSGT00940000155840.C #36 ENSGT00390000007725.A.a #37 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 111 ENSGT00390000017343 ENSGT01000000214413.b.a.b.a #7 ENSGT00940000159164 #8 ENSGT00390000017213.A #9 ENSGT00390000001745 #10 ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #11 ENSGT01030000234816 #12 ENSGT00390000005023.a #13 ENSGT00940000159873 #15 ENSGT00510000049460 #16 ENSGT00940000156904 #17 ENSGT00940000159033 #18 ENSGT00390000000826 #19 ENSGT00950000183136.b.b #20 ENSGT00940000155088 #21 ENSGT00940000161554 #22 ENSGT00510000046803.b.b #23 ENSGT00940000153298.n ##24 ENSGT00940000153566.a #25 ENSGT00390000018821 #26 ENSGT00940000161390 #27 ENSGT00940000160453 #28 ENSGT00510000049297 #29 ENSGT00940000162178 #30 ENSGT00940000160952 #31 ENSGT00940000159540 #32 ENSGT00940000161250 #33 ENSGT00940000155083.b.k #34 ENSGT00940000155810 #35 ENSGT00940000155840.C #36 ENSGT00390000007725.A.a #37 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 287 GNB3 (ENSUPAG00010012262) #7 P3H3 (ENSUPAG00010012273) #8 GPR162 (ENSUPAG00010012307) #9 CD4 (ENSUPAG00010012311) #10 LAG3 (ENSUPAG00010012322) #11 ENSUPAG00010012331 #12 MLF2 (ENSUPAG00010012341) #13 ENSUPAG00010012348 #14 COPS7A (ENSUPAG00010012353) #15 PIANP (ENSUPAG00010012361) #16 ZNF384 (ENSUPAG00010012380) #17 ING4 (ENSUPAG00010012637) #18 ACRBP (ENSUPAG00010012647) #19 LPAR5 (ENSUPAG00010012680) #20 CHD4 (ENSUPAG00010012693) #21 NOP2 (ENSUPAG00010012834) #22 IFFO1 (ENSUPAG00010012871) #23 ENSUPAG00010012916 #24 NCAPD2 (ENSUPAG00010012965) #25 MRPL51 (ENSUPAG00010013007) #26 VAMP1 (ENSUPAG00010013015) #27 TAPBPL (ENSUPAG00010013043) #28 CD27 (ENSUPAG00010013052) #29 LTBR (ENSUPAG00010013063) #30 SCNN1A (ENSUPAG00010013073) #31 TNFRSF1A (ENSUPAG00010013146) #32 PLEKHG6 (ENSUPAG00010013161) #33 CD9 (ENSUPAG00010013184) #34 VWF (ENSUPAG00010013201) #35 ANO2 (ENSUPAG00010013264) #36 NTF3 (ENSUPAG00010013302) #37 Alpin marmot MODERN SPECIES 69 CDCA3 (ENSMMMG00000016946) GNB3 (ENSMMMG00000016949) #7 P3H3 (ENSMMMG00000016960) #8 GPR162 (ENSMMMG00000016980) #9 CD4 (ENSMMMG00000016990) #10 LAG3 (ENSMMMG00000017001) #11 ENSMMMG00000017097 #12 MLF2 (ENSMMMG00000017103) #13 COPS7A (ENSMMMG00000017113) #15 PIANP (ENSMMMG00000017119) #16 ZNF384 (ENSMMMG00000017132) #17 ING4 (ENSMMMG00000017397) #18 ACRBP (ENSMMMG00000017414) #19 LPAR5 (ENSMMMG00000017458) #20 CHD4 (ENSMMMG00000017466) #21 NOP2 (ENSMMMG00000017537) #22 IFFO1 (ENSMMMG00000017549) #23 ENSMMMG00000017572 ##24 NCAPD2 (ENSMMMG00000017813) #25 MRPL51 (ENSMMMG00000017860) #26 VAMP1 (ENSMMMG00000017864) #27 TAPBPL (ENSMMMG00000017876) #28 CD27 (ENSMMMG00000017884) #29 LTBR (ENSMMMG00000017889) #30 SCNN1A (ENSMMMG00000017899) #31 TNFRSF1A (ENSMMMG00000017946) #32 PLEKHG6 (ENSMMMG00000017961) #33 CD9 (ENSMMMG00000017985) #34 VWF (ENSMMMG00000017987) #35 ANO2 (ENSMMMG00000018106) #36 NTF3 (ENSMMMG00000018129) #37 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 14 ENSSVLG00005019585 GNB3 (ENSSVLG00005019432) #7 P3H3 (ENSSVLG00005019312) #8 GPR162 (ENSSVLG00005019129) #9 CD4 (ENSSVLG00005018976) #10 LAG3 (ENSSVLG00005018831) #11 ENSSVLG00005018711 MLF2 (ENSSVLG00005018671) #13 ENSSVLG00005018640 #15 PIANP (ENSSVLG00005018592) #16 ENSSVLG00005018564 #17 ING4 (ENSSVLG00005018357) #18 ACRBP (ENSSVLG00005018087) #19 LPAR5 (ENSSVLG00005018041) #20 CHD4 (ENSSVLG00005015376) #21 NOP2 (ENSSVLG00005014954) #22 ENSSVLG00005014899 #23 ENSSVLG00005014703 ##24 ENSSVLG00005014610 MRPL51 (ENSSVLG00005014541) #26 VAMP1 (ENSSVLG00005014405) #27 TAPBPL (ENSSVLG00005014372) #28 CD27 (ENSSVLG00005014318) #29 LTBR (ENSSVLG00005014074) #30 ENSSVLG00005013962 SCNN1A (ENSSVLG00005013781) #31 TNFRSF1A (ENSSVLG00005013664) #32 PLEKHG6 (ENSSVLG00005013449) #33 CD9 (ENSSVLG00005013052) #34 VWF (ENSSVLG00005012648) #35 ANO2 (ENSSVLG00005011671) #36 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01000000214413.b.a.b.a #7 ENSGT00940000159164 #8 ENSGT00390000017213.A #9 ENSGT00390000001745 #10 ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #11 ENSGT01030000234816 #12 ENSGT00390000005023.a #13 ENSGT00940000159873 #15 ENSGT00510000049460 #16 ENSGT00940000156904 #17 ENSGT01100000267007 ENSGT00940000159033 #18 ENSGT00390000000826 #19 ENSGT00950000183136.b.b #20 ENSGT00940000155088 #21 ENSGT00940000161554 #22 ENSGT00510000046803.b.b #23 ENSGT00940000153298.n ##24 ENSGT00940000153566.a #25 ENSGT00390000018821 #26 ENSGT00940000161390 #27 ENSGT00940000160453 #28 ENSGT00510000049297 #29 ENSGT00940000162178 #30 ENSGT00940000160952 #31 ENSGT00940000159540 #32 ENSGT00940000161250 #33 ENSGT00940000155083.b #34 ENSGT00940000155810 #35 ENSGT00940000155840.C #36 ENSGT00390000007725.A.a #37 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000017343 ENSGT01000000214413.b.a.b.a #7 ENSGT00940000159164 #8 ENSGT00390000017213.A #9 ENSGT00390000001745 #10 ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #11 ENSGT01030000234816 #12 ENSGT00390000005023.a #13 ENSGT00940000159873 #15 ENSGT00510000049460 #16 ENSGT00940000156904 #17 ENSGT00940000159033 #18 ENSGT00390000000826 #19 ENSGT00950000183136.b.b #20 ENSGT00940000155088 #21 ENSGT00940000161554 #22 ENSGT00510000046803.b.b #23 ENSGT00940000153298.n ##24 ENSGT00940000153566.a #25 ENSGT00390000018821 #26 ENSGT00940000161390 #27 ENSGT00940000160453 #28 ENSGT00510000049297 #29 ENSGT00940000162178 #30 ENSGT00940000160952 #31 ENSGT00940000159540 #32 ENSGT00940000161250 #33 ENSGT00940000155083.b #34 ENSGT00940000155810 #35 ENSGT00940000155840.C #36 ENSGT00390000007725.A.a #37 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000017343 ENSGT01000000214413.b.a.b.a #7 ENSGT00940000159164 #8 ENSGT00390000017213.A #9 ENSGT00390000001745 #10 ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #11 ENSGT01030000234816 #12 ENSGT00390000005023.a #13 ENSGT00940000159873 #15 ENSGT00510000049460 #16 ENSGT00940000156904 #17 ENSGT00940000159033 #18 ENSGT00390000000826 #19 ENSGT00950000183136.b.b #20 ENSGT00940000155088 #21 ENSGT00940000161554 #22 ENSGT00510000046803.b.b #23 ENSGT00940000153298.n ##24 ENSGT00940000153566.a #25 ENSGT00390000018821 #26 ENSGT00940000161390 #27 ENSGT00940000160453 #28 ENSGT00510000049297 #29 ENSGT00940000162178 #30 ENSGT00940000160952 #31 ENSGT00940000159540 #32 ENSGT00940000161250 #33 ENSGT00940000155083.b #34 ENSGT00940000155810 #35 ENSGT00940000155840.C #36 ENSGT00390000007725.A.a #37 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 120 CDCA3 (ENSCLAG00000013619) GNB3 (ENSCLAG00000014669) #7 P3H3 (ENSCLAG00000012569) #8 GPR162 (ENSCLAG00000015020) #9 CD4 (ENSCLAG00000016197) #10 LAG3 (ENSCLAG00000014680) #11 PTMS (ENSCLAG00000016337) #12 MLF2 (ENSCLAG00000013739) #13 COPS7A (ENSCLAG00000014244) #15 PIANP (ENSCLAG00000016394) #16 ZNF384 (ENSCLAG00000015550) #17 ING4 (ENSCLAG00000014519) #18 ENSCLAG00000014500 #19 LPAR5 (ENSCLAG00000014166) #20 CHD4 (ENSCLAG00000012244) #21 NOP2 (ENSCLAG00000014440) #22 IFFO1 (ENSCLAG00000014944) #23 GAPDH (ENSCLAG00000013783) ##24 NCAPD2 (ENSCLAG00000013118) #25 MRPL51 (ENSCLAG00000011881) #26 VAMP1 (ENSCLAG00000012860) #27 TAPBPL (ENSCLAG00000016184) #28 CD27 (ENSCLAG00000016154) #29 LTBR (ENSCLAG00000013106) #30 SCNN1A (ENSCLAG00000015244) #31 TNFRSF1A (ENSCLAG00000016084) #32 PLEKHG6 (ENSCLAG00000015229) #33 CD9 (ENSCLAG00000013477) #34 VWF (ENSCLAG00000014671) #35 ANO2 (ENSCLAG00000015450) #36 NTF3 (ENSCLAG00000016065) #37 Guinea pig MODERN SPECIES 107 USP5 (ENSCPOG00000012336) CDCA3 (ENSCPOG00000012334) GNB3 (ENSCPOG00000025068) #7 P3H3 (ENSCPOG00000012330) #8 GPR162 (ENSCPOG00000038691) #9 ENSCPOG00000012324 #10 LAG3 (ENSCPOG00000012321) #11 PTMS (ENSCPOG00000021676) #12 MLF2 (ENSCPOG00000035372) #13 COPS7A (ENSCPOG00000000315) #15 PIANP (ENSCPOG00000000349) #16 ZNF384 (ENSCPOG00000012313) #17 ING4 (ENSCPOG00000012311) #18 ACRBP (ENSCPOG00000012300) #19 CHD4 (ENSCPOG00000008504) #21 NOP2 (ENSCPOG00000020690) #22 IFFO1 (ENSCPOG00000001041) #23 Gapdh (ENSCPOG00000026350) ##24 NCAPD2 (ENSCPOG00000008480) #25 MRPL51 (ENSCPOG00000008478) #26 VAMP1 (ENSCPOG00000008473) #27 TAPBPL (ENSCPOG00000008460) #28 CD27 (ENSCPOG00000008449) #29 LTBR (ENSCPOG00000035613) #30 SCNN1A (ENSCPOG00000006185) #31 TNFRSF1A (ENSCPOG00000031352) #32 PLEKHG6 (ENSCPOG00000000576) #33 TEX52 (ENSCPOG00000008276) FOXM1 (ENSCPOG00000015373) RHNO1 (ENSCPOG00000035546) TULP3 (ENSCPOG00000004928) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 24 P3H3 (ENSHGLG00000004948) #8 GPR162 (ENSHGLG00000004580) #9 CD4 (ENSHGLG00000004194) #10 LAG3 (ENSHGLG00000004095) #11 PTMS (ENSHGLG00000038669) #12 MLF2 (ENSHGLG00000003883) #13 COPS7A (ENSHGLG00000032684) #15 PIANP (ENSHGLG00000003689) #16 ZNF384 (ENSHGLG00000003572) #17 ENSHGLG00000039857 Ing4 (ENSHGLG00000003447) #18 ACRBP (ENSHGLG00000003358) #19 ENSHGLG00000047116 LPAR5 (ENSHGLG00000033434) #20 CHD4 (ENSHGLG00000003093) #21 NOP2 (ENSHGLG00000042932) #22 IFFO1 (ENSHGLG00000002934) #23 GAPDH (ENSHGLG00000002856) ##24 ENSHGLG00000036344 NCAPD2 (ENSHGLG00000001934) #25 MRPL51 (ENSHGLG00000050005) #26 ENSHGLG00000001867 #27 TAPBPL (ENSHGLG00000001831) #28 CD27 (ENSHGLG00000046681) #29 LTBR (ENSHGLG00000032405) #30 SCNN1A (ENSHGLG00000001735) #31 TNFRSF1A (ENSHGLG00000001689) #32 PLEKHG6 (ENSHGLG00000001657) #33 CD9 (ENSHGLG00000001625) #34 VWF (ENSHGLG00000001451) #35 ENSHGLG00000032394