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Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	33									ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152 #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	94									ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152 #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	21									ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152 #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00940000172404	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Theria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00940000172404	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159720	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00950000185410
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00950000185410
Primates	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00950000185410
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Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.u.a #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843.v ##14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.u.a #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843.v ##14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000165611 #21	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
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Olive baboon	MODERN SPECIES	8	ABI3 (ENSPANG00000042285) #8	GNGT2 (ENSPANG00000022835) #9	B4GALNT2 (ENSPANG00000022834) #10	ENSPANG00000038197	ENSPANG00000049141	IGF2BP1 (ENSPANG00000022833) #11	GIP (ENSPANG00000022832) #13	SNF8 (ENSPANG00000022831) ##14	UBE2Z (ENSPANG00000022830) #15	ATP5MC1 (ENSPANG00000022880) #16	CALCOCO2 (ENSPANG00000022881) #17	ENSPANG00000049214 #18	TTLL6 (ENSPANG00000022885) #19	HOXB13 (ENSPANG00000048407) #20	PRAC1 (ENSPANG00000034268) #21	HOXB9 (ENSPANG00000022896) #22	HOXB8 (ENSPANG00000022895) #23	HOXB7 (ENSPANG00000041701) #24	HOXB6 (ENSPANG00000022891) #25	HOXB5 (ENSPANG00000022889) #26	HOXB4 (ENSPANG00000022888) #28	ENSPANG00000045928	HOXB2 (ENSPANG00000034765) #29	HOXB1 (ENSPANG00000022886) #30	SKAP1 (ENSPANG00000022897) #31	ENSPANG00000026200 #32	SNX11 (ENSPANG00000022898) #33	CBX1 (ENSPANG00000022906) ##34	NFE2L1 (ENSPANG00000022904) #35	COPZ2 (ENSPANG00000022903) #36	CDK5RAP3 (ENSPANG00000022902) #37
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000007741.a.k #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.u.a #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b.e #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00950000183198.c.a.a.b #18	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000165611 #21	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a.k #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.u.a #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b.e #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00950000183198.c.a.a.b #18	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000165611 #21	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	7	B4GALNT2 (ENSMFAG00000003631) #10	IGF2BP1 (ENSMFAG00000001613) #11	ENSMFAG00000059536	GIP (ENSMFAG00000045846) #13	SNF8 (ENSMFAG00000000584) #14	UBE2Z (ENSMFAG00000045564) #15	ENSMFAG00000037178 #16	ENSMFAG00000055147	CALCOCO2 (ENSMFAG00000000840) #17	ENSMFAG00000030534 #18	ENSMFAG00000059251	TTLL6 (ENSMFAG00000035518) #19	HOXB13 (ENSMFAG00000039799) #20	PRAC1 (ENSMFAG00000039547) #21	ENSMFAG00000047612	HOXB9 (ENSMFAG00000062545) #22	HOXB8 (ENSMFAG00000033418) #23	HOXB7 (ENSMFAG00000039298) #24	HOXB6 (ENSMFAG00000002294) #25	HOXB5 (ENSMFAG00000042418) #26	HOXB4 (ENSMFAG00000041000) #28	ENSMFAG00000062776	HOXB2 (ENSMFAG00000034146) #29	HOXB1 (ENSMFAG00000052359) #30	SKAP1 (ENSMFAG00000038763) #31	ENSMFAG00000048147	ENSMFAG00000047205	SNX11 (ENSMFAG00000001845) #33	CBX1 (ENSMFAG00000036790) ##34	NFE2L1 (ENSMFAG00000035583) #35	COPZ2 (ENSMFAG00000045896) #36
Rhesus	MODERN SPECIES	7	ZNF652 (ENSMMUG00000003453)	PHOSPHO1 (ENSMMUG00000002436) #7	ABI3 (ENSMMUG00000002437) #8	B4GALNT2 (ENSMMUG00000015845) #10	ENSMMUG00000057553	CALCOCO2 (ENSMMUG00000012178) #17	IGF2BP1 (ENSMMUG00000011533) #11	GIP (ENSMMUG00000049405) #13	SNF8 (ENSMMUG00000021087) #14	UBE2Z (ENSMMUG00000057164) #15	ATP5MC1 (ENSMMUG00000013395) #16	ENSMMUG00000016305 #18	TTLL6 (ENSMMUG00000003436) #19	HOXB13 (ENSMMUG00000060879) #20	PRAC1 (ENSMMUG00000053394) #21	HOXB9 (ENSMMUG00000052505) #22	HOXB8 (ENSMMUG00000020868) #23	HOXB7 (ENSMMUG00000055324) #24	HOXB6 (ENSMMUG00000062283) #25	HOXB5 (ENSMMUG00000051420) #26	ENSMMUG00000045203	HOXB4 (ENSMMUG00000052130) #28	HOXB2 (ENSMMUG00000057001) #29	HOXB1 (ENSMMUG00000022212) #30	SKAP1 (ENSMMUG00000050742) #31	SNX11 (ENSMMUG00000020658) #33	CBX1 (ENSMMUG00000019882) ##34	NFE2L1 (ENSMMUG00000021935) #35	COPZ2 (ENSMMUG00000021934) #36	CDK5RAP3 (ENSMMUG00000004760) #37	PRR15L (ENSMMUG00000050551)
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	494	PHOSPHO1 (ENSMNEG00000028521) #7	ABI3 (ENSMNEG00000036355) #8	GNGT2 (ENSMNEG00000029921) #9	B4GALNT2 (ENSMNEG00000044329) #10	IGF2BP1 (ENSMNEG00000033825) #11	GIP (ENSMNEG00000042307) #13	SNF8 (ENSMNEG00000032473) #14	UBE2Z (ENSMNEG00000040572) #15	ENSMNEG00000011359 #16	ENSMNEG00000027016 #18	CALCOCO2 (ENSMNEG00000041410) #17	TTLL6 (ENSMNEG00000035034) #19	HOXB13 (ENSMNEG00000036275) #20	PRAC2 (ENSMNEG00000038796)	PRAC1 (ENSMNEG00000045191) #21	HOXB9 (ENSMNEG00000045476) #22	HOXB8 (ENSMNEG00000034944) #23	HOXB7 (ENSMNEG00000040001) #24	HOXB6 (ENSMNEG00000042554) #25	HOXB5 (ENSMNEG00000039003) #26	HOXB4 (ENSMNEG00000032435) #28	HOXB3 (ENSMNEG00000032425) #27	HOXB2 (ENSMNEG00000043416) #29	HOXB1 (ENSMNEG00000036848) #30	ENSMNEG00000033446 #32	SKAP1 (ENSMNEG00000015541) #31	SNX11 (ENSMNEG00000034920) #33	CBX1 (ENSMNEG00000039720) ##34	NFE2L1 (ENSMNEG00000037921) #35	COPZ2 (ENSMNEG00000038720) #36	CDK5RAP3 (ENSMNEG00000029039) #37
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	7	NGFR (ENSCSAG00000002443)	ENSCSAG00000002455	ZNF652 (ENSCSAG00000002462)	PHOSPHO1 (ENSCSAG00000002465) #7	ABI3 (ENSCSAG00000002473) #8	GNGT2 (ENSCSAG00000002475) #9	B4GALNT2 (ENSCSAG00000002479) #10	IGF2BP1 (ENSCSAG00000002487) #11	GIP (ENSCSAG00000002491) #13	SNF8 (ENSCSAG00000002494) #14	UBE2Z (ENSCSAG00000002496) #15	ATP5MC1 (ENSCSAG00000002502) #16	CALCOCO2 (ENSCSAG00000002506) #17	TTLL6 (ENSCSAG00000002511) #19	HOXB13 (ENSCSAG00000002517) #20	HOXB9 (ENSCSAG00000002521) #22	HOXB8 (ENSCSAG00000002523) #23	HOXB7 (ENSCSAG00000002524) #24	HOXB6 (ENSCSAG00000002526) #25	HOXB5 (ENSCSAG00000002529) #26	HOXB4 (ENSCSAG00000002530) #28	HOXB3 (ENSCSAG00000002533) #27	HOXB2 (ENSCSAG00000002536) #29	HOXB1 (ENSCSAG00000002538) #30	ENSCSAG00000019043 #32	SKAP1 (ENSCSAG00000002542) #31	SNX11 (ENSCSAG00000002545) #33	CBX1 (ENSCSAG00000002547) ##34	NFE2L1 (ENSCSAG00000002550) #35	COPZ2 (ENSCSAG00000002558) #36	CDK5RAP3 (ENSCSAG00000002562) #37
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a.k #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.u.a #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000165611 #21	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1661	ZNF652 (ENSRBIG00000044859)	PHOSPHO1 (ENSRBIG00000041603) #7	ABI3 (ENSRBIG00000020770) #8	GNGT2 (ENSRBIG00000042345) #9	B4GALNT2 (ENSRBIG00000035256) #10	IGF2BP1 (ENSRBIG00000035739) #11	GIP (ENSRBIG00000039886) #13	SNF8 (ENSRBIG00000038039) #14	UBE2Z (ENSRBIG00000038578) #15	ATP5MC1 (ENSRBIG00000026711) #16	CALCOCO2 (ENSRBIG00000035235) #17	TTLL6 (ENSRBIG00000035925) #19	HOXB13 (ENSRBIG00000035598) #20	PRAC2 (ENSRBIG00000032698)	PRAC1 (ENSRBIG00000041996) #21	HOXB9 (ENSRBIG00000035654) #22	HOXB8 (ENSRBIG00000043329) #23	HOXB7 (ENSRBIG00000039896) #24	HOXB6 (ENSRBIG00000029050) #25	HOXB5 (ENSRBIG00000015821) #26	HOXB4 (ENSRBIG00000036141) #28	HOXB3 (ENSRBIG00000036705) #27	HOXB2 (ENSRBIG00000029105) #29	HOXB1 (ENSRBIG00000041849) #30	SKAP1 (ENSRBIG00000042563) #31	SNX11 (ENSRBIG00000030129) #33	ENSRBIG00000027048 ##34	NFE2L1 (ENSRBIG00000034817) #35	COPZ2 (ENSRBIG00000038810) #36	CDK5RAP3 (ENSRBIG00000039441) #37	PRR15L (ENSRBIG00000030176)
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	585	PHOSPHO1 (ENSRROG00000036306) #7	ABI3 (ENSRROG00000038650) #8	GNGT2 (ENSRROG00000021991) #9	B4GALNT2 (ENSRROG00000001500) #10	ENSRROG00000030406	IGF2BP1 (ENSRROG00000039581) #11	GIP (ENSRROG00000029793) #13	SNF8 (ENSRROG00000041052) #14	UBE2Z (ENSRROG00000038314) #15	ATP5MC1 (ENSRROG00000031127) #16	CALCOCO2 (ENSRROG00000042598) #17	TTLL6 (ENSRROG00000044208) #19	HOXB13 (ENSRROG00000042147) #20	PRAC2 (ENSRROG00000033208)	PRAC1 (ENSRROG00000039006) #21	HOXB9 (ENSRROG00000044654) #22	HOXB8 (ENSRROG00000045349) #23	HOXB7 (ENSRROG00000035066) #24	HOXB6 (ENSRROG00000028093) #25	HOXB5 (ENSRROG00000030674) #26	HOXB3 (ENSRROG00000037630) #27	HOXB2 (ENSRROG00000044849) #29	HOXB1 (ENSRROG00000042747) #30	SKAP1 (ENSRROG00000031517) #31	SNX11 (ENSRROG00000029464) #33	CBX1 (ENSRROG00000041227) ##34	NFE2L1 (ENSRROG00000044774) #35	COPZ2 (ENSRROG00000030969) #36	CDK5RAP3 (ENSRROG00000044651) #37	PRR15L (ENSRROG00000009484)	PNPO (ENSRROG00000044027)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000007741.a.k #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.u.a #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000165611 #21	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713.h.b #37	ENSGT00940000154534.a
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000007741.a.k #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.u.a #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000165611 #21	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713.h.a #37	ENSGT00940000154534.a
Orangutan	MODERN SPECIES	8	ZNF652 (ENSPPYG00000008919)	PHOSPHO1 (ENSPPYG00000008917) #7	ABI3 (ENSPPYG00000008916) #8	ENSPPYG00000008915 #9	B4GALNT2 (ENSPPYG00000008914) #10	IGF2BP1 (ENSPPYG00000008913) #11	GIP (ENSPPYG00000008912) #13	ENSPPYG00000008911 #14	UBE2Z (ENSPPYG00000032681) #15	ATP5MC1 (ENSPPYG00000008909) #16	CALCOCO2 (ENSPPYG00000008907) #17	TTLL6 (ENSPPYG00000008906) #19	HOXB13 (ENSPPYG00000008904) #20	ENSPPYG00000036609	PRAC1 (ENSPPYG00000008903) #21	HOXB9 (ENSPPYG00000008902) #22	HOXB8 (ENSPPYG00000038542) #23	HOXB7 (ENSPPYG00000008901) #24	HOXB6 (ENSPPYG00000008899) #25	HOXB5 (ENSPPYG00000008898) #26	HOXB4 (ENSPPYG00000008897) #28	HOXB3 (ENSPPYG00000008896) #27	HOXB2 (ENSPPYG00000008895) #29	HOXB1 (ENSPPYG00000008894) #30	SKAP1 (ENSPPYG00000008893) #31	SNX11 (ENSPPYG00000008892) #33	ENSPPYG00000008891 #34	NFE2L1 (ENSPPYG00000036998) #35	ENSPPYG00000008889 #36	CDK5RAP3 (ENSPPYG00000008888) #37	PRR15L (ENSPPYG00000008887)
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Gorilla	MODERN SPECIES	18	ABI3 (ENSGGOG00000001954) #8	ENSGGOG00000001953 #9	B4GALNT2 (ENSGGOG00000008204) #10	IGF2BP1 (ENSGGOG00000008872) #11	GIP (ENSGGOG00000013847) #13	SNF8 (ENSGGOG00000025290) #14	ENSGGOG00000041818 #15	ENSGGOG00000041027	ATP5MC1 (ENSGGOG00000001626) #16	ENSGGOG00000040493	CALCOCO2 (ENSGGOG00000005537) #17	TTLL6 (ENSGGOG00000001947) #19	HOXB13 (ENSGGOG00000001945) #20	ENSGGOG00000042122	PRAC1 (ENSGGOG00000027105) #21	ENSGGOG00000036688 #22	HOXB8 (ENSGGOG00000039810) #23	HOXB7 (ENSGGOG00000002637) #24	HOXB6 (ENSGGOG00000002634) #25	HOXB5 (ENSGGOG00000023582) #26	HOXB3 (ENSGGOG00000012838) #27	HOXB2 (ENSGGOG00000009910) #29	HOXB1 (ENSGGOG00000009904) #30	SKAP1 (ENSGGOG00000012624) #31	ENSGGOG00000025896	CBX1 (ENSGGOG00000024063) ##34	NFE2L1 (ENSGGOG00000002268) #35	COPZ2 (ENSGGOG00000002264) #36	ENSGGOG00000022994 #37	PRR15L (ENSGGOG00000037816)	PNPO (ENSGGOG00000003786)
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000007741.a.k #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.u.a #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000165611 #21	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713.h.a.a.b #37	ENSGT00940000154534.a
Pan	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000007741.a.k #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.u.a #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000165611 #21	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713.h.a.a.b #37	ENSGT00940000154534.a
Chimpanzee	MODERN SPECIES	8	PHOSPHO1 (ENSPTRG00000009372) #7	ABI3 (ENSPTRG00000009371) #8	GNGT2 (ENSPTRG00000009370) #9	B4GALNT2 (ENSPTRG00000009369) #10	IGF2BP1 (ENSPTRG00000009368) #11	GIP (ENSPTRG00000009367) #13	SNF8 (ENSPTRG00000051067) #14	UBE2Z (ENSPTRG00000009365) #15	ENSPTRG00000051053	ATP5MC1 (ENSPTRG00000009364) #16	CALCOCO2 (ENSPTRG00000009363) #17	TTLL6 (ENSPTRG00000009361) #19	HOXB13 (ENSPTRG00000009360) #20	PRAC2 (ENSPTRG00000048455)	PRAC1 (ENSPTRG00000009359) #21	HOXB9 (ENSPTRG00000009358) #22	HOXB8 (ENSPTRG00000048497) #23	HOXB7 (ENSPTRG00000009357) #24	HOXB6 (ENSPTRG00000009356) #25	HOXB5 (ENSPTRG00000009355) #26	HOXB4 (ENSPTRG00000009354) #28	HOXB3 (ENSPTRG00000052423) #27	HOXB2 (ENSPTRG00000009352) #29	HOXB1 (ENSPTRG00000009351) #30	SKAP1 (ENSPTRG00000009350) #31	SNX11 (ENSPTRG00000009349) #33	CBX1 (ENSPTRG00000052115) ##34	NFE2L1 (ENSPTRG00000022631) #35	COPZ2 (ENSPTRG00000009346) #36	CDK5RAP3 (ENSPTRG00000009345) #37	PRR15L (ENSPTRG00000047216)
Bonobo	MODERN SPECIES	8	ZNF652 (ENSPPAG00000024727)	PHOSPHO1 (ENSPPAG00000042612) #7	ABI3 (ENSPPAG00000025669) #8	ENSPPAG00000028035 #9	B4GALNT2 (ENSPPAG00000033188) #10	IGF2BP1 (ENSPPAG00000040224) #11	ENSPPAG00000029732	SNF8 (ENSPPAG00000030822) #14	ENSPPAG00000029824	ENSPPAG00000001213 #15	ATP5MC1 (ENSPPAG00000039996) #16	CALCOCO2 (ENSPPAG00000037813) #17	TTLL6 (ENSPPAG00000036197) #19	HOXB13 (ENSPPAG00000027794) #20	PRAC1 (ENSPPAG00000014004) #21	HOXB9 (ENSPPAG00000028486) #22	HOXB8 (ENSPPAG00000034804) #23	HOXB7 (ENSPPAG00000010963) #24	HOXB6 (ENSPPAG00000032229) #25	HOXB5 (ENSPPAG00000039181) #26	HOXB4 (ENSPPAG00000040659) #28	HOXB3 (ENSPPAG00000032630) #27	HOXB2 (ENSPPAG00000027417) #29	HOXB1 (ENSPPAG00000039129) #30	SKAP1 (ENSPPAG00000039277) #31	SNX11 (ENSPPAG00000033185) #33	ENSPPAG00000030413 ##34	NFE2L1 (ENSPPAG00000031737) #35	COPZ2 (ENSPPAG00000043351) #36	ENSPPAG00000029145 #37	PRR15L (ENSPPAG00000003316)
Human	MODERN SPECIES	8	ZNF652 (ENSG00000198740)	PHOSPHO1 (ENSG00000173868) #7	ABI3 (ENSG00000108798) #8	GNGT2 (ENSG00000167083) #9	B4GALNT2 (ENSG00000167080) #10	IGF2BP1 (ENSG00000159217) #11	GIP (ENSG00000159224) #13	SNF8 (ENSG00000159210) #14	UBE2Z (ENSG00000159202) #15	ATP5MC1 (ENSG00000159199) #16	CALCOCO2 (ENSG00000136436) #17	TTLL6 (ENSG00000170703) #19	HOXB13 (ENSG00000159184) #20	PRAC2 (ENSG00000229637)	PRAC1 (ENSG00000159182) #21	HOXB9 (ENSG00000170689) #22	HOXB8 (ENSG00000120068) #23	HOXB7 (ENSG00000260027) #24	HOXB6 (ENSG00000108511) #25	HOXB5 (ENSG00000120075) #26	HOXB4 (ENSG00000182742) #28	HOXB3 (ENSG00000120093) #27	HOXB2 (ENSG00000173917) #29	HOXB1 (ENSG00000120094) #30	SKAP1 (ENSG00000141293) #31	SNX11 (ENSG00000002919) #33	CBX1 (ENSG00000108468) ##34	NFE2L1 (ENSG00000082641) #35	COPZ2 (ENSG00000005243) #36	CDK5RAP3 (ENSG00000108465) #37	PRR15L (ENSG00000167183)
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Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a.m #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.u.a #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00940000154172.gb.b.b.b	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Marmoset	MODERN SPECIES	17	PHB1 (ENSCJAG00000007174)	ZNF652 (ENSCJAG00000007206)	PHOSPHO1 (ENSCJAG00000047817) #7	ABI3 (ENSCJAG00000007219) #8	GNGT2 (ENSCJAG00000041153) #9	B4GALNT2 (ENSCJAG00000007247) #10	ENSCJAG00000079002	IGF2BP1 (ENSCJAG00000007258) #11	GIP (ENSCJAG00000007300) #13	SNF8 (ENSCJAG00000007322) #14	UBE2Z (ENSCJAG00000007326) #15	ATP5MC1 (ENSCJAG00000075375) #16	CALCOCO2 (ENSCJAG00000007375) #17	TTLL6 (ENSCJAG00000007395) #19	HOXB13 (ENSCJAG00000007437) #20	HOXB9 (ENSCJAG00000007442) #22	HOXB8 (ENSCJAG00000045730) #23	HOXB7 (ENSCJAG00000007457) #24	HOXB6 (ENSCJAG00000007467) #25	HOXB5 (ENSCJAG00000007472) #26	HOXB4 (ENSCJAG00000007480) #28	HOXB3 (ENSCJAG00000007487) #27	HOXB2 (ENSCJAG00000007494) #29	HOXB1 (ENSCJAG00000007496) #30	ENSCJAG00000038853	SKAP1 (ENSCJAG00000007504) #31	SNX11 (ENSCJAG00000039549) #33	CBX1 (ENSCJAG00000042052) ##34	NFE2L1 (ENSCJAG00000007542) #35	ENSCJAG00000058197	COPZ2 (ENSCJAG00000007567) #36
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000007741.a.m #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.u.a #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a.t.b #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00860000135909	ENSGT01050000247531	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00940000154172.gb.b.b.b	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Capuchin	MODERN SPECIES	228												HOXB13 (ENSCCAG00000036871) #20	ENSCCAG00000036164	ENSCCAG00000019672	HOXB7 (ENSCCAG00000023947) #24	HOXB9 (ENSCCAG00000035938) #22	HOXB8 (ENSCCAG00000026051) #23	HOXB6 (ENSCCAG00000022842) #25	HOXB5 (ENSCCAG00000036867) #26	HOXB4 (ENSCCAG00000020311) #28	HOXB3 (ENSCCAG00000013598) #27	HOXB2 (ENSCCAG00000024035) #29	HOXB1 (ENSCCAG00000027667) #30	ENSCCAG00000019181	SKAP1 (ENSCCAG00000035663) #31	SNX11 (ENSCCAG00000030167) #33	CBX1 (ENSCCAG00000025085) ##34	NFE2L1 (ENSCCAG00000029090) #35	COPZ2 (ENSCCAG00000021292) #36	CDK5RAP3 (ENSCCAG00000038053) #37	PNPO (ENSCCAG00000029175)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	86	PHOSPHO1 (ENSSBOG00000031500) #7	ABI3 (ENSSBOG00000013949) #8	GNGT2 (ENSSBOG00000030712) #9	B4GALNT2 (ENSSBOG00000026556) #10	IGF2BP1 (ENSSBOG00000020973) #11	GIP (ENSSBOG00000020793) #13	SNF8 (ENSSBOG00000026186) #14	ENSSBOG00000028176	UBE2Z (ENSSBOG00000036224) #15	ENSSBOG00000028794	CALCOCO2 (ENSSBOG00000035276) #17	TTLL6 (ENSSBOG00000028908) #19	HOXB13 (ENSSBOG00000029964) #20	PRAC2 (ENSSBOG00000032603)	ENSSBOG00000030794	HOXB9 (ENSSBOG00000030218) #22	HOXB8 (ENSSBOG00000034884) #23	HOXB7 (ENSSBOG00000020028) #24	HOXB6 (ENSSBOG00000031900) #25	HOXB5 (ENSSBOG00000018198) #26	HOXB4 (ENSSBOG00000024432) #28	HOXB3 (ENSSBOG00000030844) #27	HOXB2 (ENSSBOG00000025070) #29	HOXB1 (ENSSBOG00000034875) #30	ENSSBOG00000019520	SKAP1 (ENSSBOG00000029434) #31	SNX11 (ENSSBOG00000026967) #33	ENSSBOG00000031880 #34	NFE2L1 (ENSSBOG00000023867) #35	COPZ2 (ENSSBOG00000033633) #36	CDK5RAP3 (ENSSBOG00000033272) #37
Mas night monkey	MODERN SPECIES	481	ZNF652 (ENSANAG00000031074)	ENSANAG00000032587 #7	ABI3 (ENSANAG00000029869) #8	GNGT2 (ENSANAG00000020682) #9	B4GALNT2 (ENSANAG00000023170) #10	IGF2BP1 (ENSANAG00000022606) #11	GIP (ENSANAG00000030188) #13	SNF8 (ENSANAG00000032764) #14	UBE2Z (ENSANAG00000029636) #15	ATP5MC1 (ENSANAG00000024881) #16	ENSANAG00000020581 #17	TTLL6 (ENSANAG00000031133) #19	PRAC2 (ENSANAG00000025557)	HOXB13 (ENSANAG00000023991) #20	ENSANAG00000030331	HOXB9 (ENSANAG00000035156) #22	HOXB8 (ENSANAG00000028346) #23	HOXB7 (ENSANAG00000025513) #24	HOXB6 (ENSANAG00000023964) #25	HOXB5 (ENSANAG00000024299) #26	HOXB4 (ENSANAG00000024005) #28	HOXB3 (ENSANAG00000032072) #27	HOXB2 (ENSANAG00000023626) #29	HOXB1 (ENSANAG00000032306) #30	ENSANAG00000023400	SKAP1 (ENSANAG00000026853) #31	SNX11 (ENSANAG00000022588) #33	ENSANAG00000036853 ##34	NFE2L1 (ENSANAG00000027606) #35	COPZ2 (ENSANAG00000023309) #36	CDK5RAP3 (ENSANAG00000021880) #37
Tarsier	MODERN SPECIES	5167									SNF8 (ENSTSYG00000004576) #14	UBE2Z (ENSTSYG00000036628) #15	ATP5G1 (ENSTSYG00000028465) #16	CALCOCO2 (ENSTSYG00000013102) #17	TTLL6 (ENSTSYG00000013796) #19	HOXB13 (ENSTSYG00000037206) #20	ENSTSYG00000033639	HOXB9 (ENSTSYG00000027064) #22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000000713 #37
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Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000000713 #37
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	168								IGF2BP1 (ENSPSMG00000020445) #11	GIP (ENSPSMG00000020432) #13	SNF8 (ENSPSMG00000020426) #14	UBE2Z (ENSPSMG00000020387) #15	ENSPSMG00000020369	CALCOCO2 (ENSPSMG00000020308) #17	ENSPSMG00000020243 #19	HOXB13 (ENSPSMG00000020237) #20	HOXB9 (ENSPSMG00000020232) #22	HOXB8 (ENSPSMG00000020227) #23	HOXB7 (ENSPSMG00000020218) #24	HOXB6 (ENSPSMG00000020209) #25	HOXB5 (ENSPSMG00000020200) #26	HOXB4 (ENSPSMG00000020187) #28	HOXB3 (ENSPSMG00000020182) #27	HOXB2 (ENSPSMG00000020176) #29	HOXB1 (ENSPSMG00000020167) #30	SKAP1 (ENSPSMG00000020161) #31	SNX11 (ENSPSMG00000020139) #33	CBX1 (ENSPSMG00000020119) ##34
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	120	ENSPCOG00000004228	ZNF652 (ENSPCOG00000026434)	PHOSPHO1 (ENSPCOG00000025336) #7	ABI3 (ENSPCOG00000022568) #8	GNGT2 (ENSPCOG00000012867) #9	B4GALNT2 (ENSPCOG00000013984) #10	ENSPCOG00000018672	IGF2BP1 (ENSPCOG00000006475) #11	GIP (ENSPCOG00000024832) #13	SNF8 (ENSPCOG00000026895) #14	UBE2Z (ENSPCOG00000014816) #15	ENSPCOG00000008741	CALCOCO2 (ENSPCOG00000021998) #17	TTLL6 (ENSPCOG00000021391) #19	HOXB13 (ENSPCOG00000018182) #20	HOXB9 (ENSPCOG00000027130) #22	HOXB8 (ENSPCOG00000024853) #23	HOXB7 (ENSPCOG00000028248) #24	HOXB6 (ENSPCOG00000019931) #25	HOXB5 (ENSPCOG00000015692) #26	HOXB4 (ENSPCOG00000022963) #28	HOXB3 (ENSPCOG00000020113) #27	HOXB2 (ENSPCOG00000017380) #29	HOXB1 (ENSPCOG00000025930) #30	SKAP1 (ENSPCOG00000022221) #31	SNX11 (ENSPCOG00000011015) #33	ENSPCOG00000010902 ##34	NFE2L1 (ENSPCOG00000021740) #35	COPZ2 (ENSPCOG00000018359) #36	CDK5RAP3 (ENSPCOG00000016598) #37	PNPO (ENSPCOG00000017906)
Mouse lemur	MODERN SPECIES	7	ENSMICG00000043778	ZNF652 (ENSMICG00000006959)	PHOSPHO1 (ENSMICG00000032861) #7	ABI3 (ENSMICG00000008618) #8	GNGT2 (ENSMICG00000045728) #9	B4GALNT2 (ENSMICG00000008596) #10	ENSMICG00000037104	ENSMICG00000013324 #11	GIP (ENSMICG00000013317) #13	SNF8 (ENSMICG00000013305) #14	UBE2Z (ENSMICG00000046102) #15	ENSMICG00000003414	CALCOCO2 (ENSMICG00000015330) #17	TTLL6 (ENSMICG00000007549) #19	HOXB13 (ENSMICG00000007546) #20	HOXB9 (ENSMICG00000038413) #22	HOXB8 (ENSMICG00000045961) #23	HOXB7 (ENSMICG00000007539) #24	HOXB6 (ENSMICG00000042216) #25	HOXB5 (ENSMICG00000047139) #26	HOXB4 (ENSMICG00000043173) #28	HOXB3 (ENSMICG00000007522) #27	HOXB2 (ENSMICG00000038222) #29	HOXB1 (ENSMICG00000048152) #30	SKAP1 (ENSMICG00000047158) #31	ENSMICG00000029923	SNX11 (ENSMICG00000014741) #33	NFE2L1 (ENSMICG00000014716) #35	ENSMICG00000009510 ##34	COPZ2 (ENSMICG00000014097) #36	CDK5RAP3 (ENSMICG00000014077) #37
Bushbaby	MODERN SPECIES	133	NGFR (ENSOGAG00000015270)	ENSOGAG00000027015	ZNF652 (ENSOGAG00000003574)	PHOSPHO1 (ENSOGAG00000034530) #7	ABI3 (ENSOGAG00000029723) #8	B4GALNT2 (ENSOGAG00000003570) #10	IGF2BP1 (ENSOGAG00000001270) #11	GIP (ENSOGAG00000010130) #13	ENSOGAG00000001269 #14	UBE2Z (ENSOGAG00000001267) #15	ATP5MC1 (ENSOGAG00000011713) #16	CALCOCO2 (ENSOGAG00000011709) #17	TTLL6 (ENSOGAG00000011701) #19	HOXB13 (ENSOGAG00000032643) #20	ENSOGAG00000034464	HOXB9 (ENSOGAG00000008668) #22	HOXB8 (ENSOGAG00000029480) #23	HOXB7 (ENSOGAG00000008667) #24	HOXB6 (ENSOGAG00000008661) #25	HOXB5 (ENSOGAG00000032432) #26	HOXB4 (ENSOGAG00000033709) #28	HOXB3 (ENSOGAG00000032090) #27	HOXB2 (ENSOGAG00000029280) #29	HOXB1 (ENSOGAG00000031645) #30	SKAP1 (ENSOGAG00000015855) #31	SNX11 (ENSOGAG00000015854) #33	CBX1 (ENSOGAG00000005658) ##34	NFE2L1 (ENSOGAG00000025191) #35	COPZ2 (ENSOGAG00000004954) #36	CDK5RAP3 (ENSOGAG00000004951) #37	PRR15L (ENSOGAG00000006187)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Glires	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.dc ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.dc ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590
Rabbit	MODERN SPECIES	10	ENSOCUG00000007209	ZNF652 (ENSOCUG00000002965)	PHOSPHO1 (ENSOCUG00000016347) #7	ABI3 (ENSOCUG00000016339) #8	GNGT2 (ENSOCUG00000016331) #9	B4GALNT2 (ENSOCUG00000003531) #10	IGF2BP1 (ENSOCUG00000004411) #11	GIP (ENSOCUG00000004410) #13	SNF8 (ENSOCUG00000009156) #14	UBE2Z (ENSOCUG00000009159) #15	ATP5MC1 (ENSOCUG00000016225) #16	CALCOCO2 (ENSOCUG00000016209) #17	ENSOCUG00000038154	TTLL6 (ENSOCUG00000006289) #19	HOXB13 (ENSOCUG00000012816) #20	HOXB9 (ENSOCUG00000027316) #22	HOXB8 (ENSOCUG00000029186) #23	HOXB5 (ENSOCUG00000023093) #26	HOXB6 (ENSOCUG00000011560) #25	HOXB3 (ENSOCUG00000023337) #27	HOXB2 (ENSOCUG00000024951) #29	HOXB1 (ENSOCUG00000001720) #30	SKAP1 (ENSOCUG00000001717) #31	SNX11 (ENSOCUG00000002309) #33	CBX1 (ENSOCUG00000008021) ##34	NFE2L1 (ENSOCUG00000022298) #35	COPZ2 (ENSOCUG00000001802) #36	CDK5RAP3 (ENSOCUG00000012325) #37	PRR15L (ENSOCUG00000017489)	PNPO (ENSOCUG00000017484)	SP2 (ENSOCUG00000027415)
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Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	12	ENSHGLG00000011644	ZNF652 (ENSHGLG00000010452)	PHOSPHO1 (ENSHGLG00000011269) #7	ABI3 (ENSHGLG00000012283) #8	GNGT2 (ENSHGLG00000048834) #9	B4GALNT2 (ENSHGLG00000011792) #10	IGF2BP1 (ENSHGLG00000010492) #11	ENSHGLG00000010703 #13	SNF8 (ENSHGLG00000011519) #14	UBE2Z (ENSHGLG00000016280) #15	ATP5MC1 (ENSHGLG00000035460) #16	CALCOCO2 (ENSHGLG00000012114) #17	TTLL6 (ENSHGLG00000019187) #19	HOXB13 (ENSHGLG00000014634) #20	ENSHGLG00000048296	HOXB9 (ENSHGLG00000014731) #22	HOXB8 (ENSHGLG00000038380) #23	HOXB7 (ENSHGLG00000045318) #24	HOXB6 (ENSHGLG00000012400) #25	HOXB5 (ENSHGLG00000039265) #26	HOXB4 (ENSHGLG00000034075) #28	HOXB3 (ENSHGLG00000010686) #27	HOXB2 (ENSHGLG00000010090) #29	HOXB1 (ENSHGLG00000009781) #30	SKAP1 (ENSHGLG00000014563) #31	SNX11 (ENSHGLG00000016837) #33	CBX1 (ENSHGLG00000013574) ##34	NFE2L1 (ENSHGLG00000012592) #35	COPZ2 (ENSHGLG00000018543) #36	CDK5RAP3 (ENSHGLG00000019464) #37	PRR15L (ENSHGLG00000014696)
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Guinea pig	MODERN SPECIES	53	NGFR (ENSCPOG00000001114)	PHB1 (ENSCPOG00000000430)	ZNF652 (ENSCPOG00000039975)	PHOSPHO1 (ENSCPOG00000024347) #7	ENSCPOG00000020987 #8	GNGT2 (ENSCPOG00000030054) #9	B4GALNT2 (ENSCPOG00000006191) #10	IGF2BP1 (ENSCPOG00000020174) #11	GIP (ENSCPOG00000023966) #13	SNF8 (ENSCPOG00000020610) #14	UBE2Z (ENSCPOG00000024416) #15	ENSCPOG00000009017 #16	CALCOCO2 (ENSCPOG00000021273) #17	TTLL6 (ENSCPOG00000012509) #19	HOXB13 (ENSCPOG00000013509) #20	HOXB9 (ENSCPOG00000037597) #22	HOXB6 (ENSCPOG00000040707) #25	HOXB5 (ENSCPOG00000030746) #26	ENSCPOG00000010105	ENSCPOG00000010107 #27	HOXB2 (ENSCPOG00000035468) #29	HOXB1 (ENSCPOG00000022183) #30	SKAP1 (ENSCPOG00000022118) #31	SNX11 (ENSCPOG00000020234) #33	CBX1 (ENSCPOG00000034435) ##34	NFE2L1 (ENSCPOG00000030805) #35	COPZ2 (ENSCPOG00000019500) #36	CDK5RAP3 (ENSCPOG00000007275) #37	PRR15L (ENSCPOG00000035567)	PNPO (ENSCPOG00000003187)	SP2 (ENSCPOG00000014943)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Degu	MODERN SPECIES	97	ENSODEG00000017118	ENSODEG00000020479	ZNF652 (ENSODEG00000017173)	PHOSPHO1 (ENSODEG00000017221) #7	ABI3 (ENSODEG00000017358) #8	GNGT2 (ENSODEG00000017526) #9	B4GALNT2 (ENSODEG00000018456) #10	ENSODEG00000016991 #11	ENSODEG00000017109	GIP (ENSODEG00000017003) #13	ENSODEG00000017032 #14	UBE2Z (ENSODEG00000017306) #15	ATP5MC1 (ENSODEG00000017366) #16	TTLL6 (ENSODEG00000017145) #19	HOXB13 (ENSODEG00000017199) #20	HOXB9 (ENSODEG00000017293) #22	HOXB8 (ENSODEG00000017119) #23	HOXB6 (ENSODEG00000016988) #25	HOXB5 (ENSODEG00000017253) #26	HOXB4 (ENSODEG00000017038) #28	HOXB3 (ENSODEG00000017116) #27	HOXB2 (ENSODEG00000017153) #29	HOXB1 (ENSODEG00000017050) #30	SKAP1 (ENSODEG00000017533) #31	SNX11 (ENSODEG00000017458) #33	CBX1 (ENSODEG00000017272) ##34	NFE2L1 (ENSODEG00000017348) #35	ENSODEG00000020421	COPZ2 (ENSODEG00000017565) #36	ENSODEG00000017229 #37	PNPO (ENSODEG00000017424)
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	158	NGFR (ENSCLAG00000015829)	PHB1 (ENSCLAG00000013248)	ZNF652 (ENSCLAG00000013368)	PHOSPHO1 (ENSCLAG00000015042) #7	ABI3 (ENSCLAG00000015475) #8	GNGT2 (ENSCLAG00000014970) #9	B4GALNT2 (ENSCLAG00000016224) #10	IGF2BP1 (ENSCLAG00000015853) #11	ENSCLAG00000014301 #13	SNF8 (ENSCLAG00000013387) #14	UBE2Z (ENSCLAG00000016068) #15	ATP5MC1 (ENSCLAG00000015723) #16	CALCOCO2 (ENSCLAG00000015881) #17	TTLL6 (ENSCLAG00000013529) #19	HOXB13 (ENSCLAG00000014855) #20	ENSCLAG00000015198 #22	HOXB7 (ENSCLAG00000014906) #24	HOXB6 (ENSCLAG00000015524) #25	HOXB5 (ENSCLAG00000014374) #26	HOXB4 (ENSCLAG00000014725) #28	HOXB3 (ENSCLAG00000015322) #27	HOXB2 (ENSCLAG00000015271) #29	HOXB1 (ENSCLAG00000013047) #30	SKAP1 (ENSCLAG00000015423) #31	SNX11 (ENSCLAG00000015837) #33	CBX1 (ENSCLAG00000013587) ##34	NFE2L1 (ENSCLAG00000014836) #35	COPZ2 (ENSCLAG00000013544) #36	CDK5RAP3 (ENSCLAG00000012292) #37	PRR15L (ENSCLAG00000017903)	PNPO (ENSCLAG00000013871)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	326	Spop (ENSDORG00000001680)	Nxph3 (ENSDORG00000001674)	Ngfr (ENSDORG00000004457)	ENSDORG00000004455	Zfp652 (ENSDORG00000028287)	Phospho1 (ENSDORG00000002249) #7	Abi3 (ENSDORG00000002245) #8	Gngt2 (ENSDORG00000023588) #9	Igf2bp1 (ENSDORG00000014371) #11	Snf8 (ENSDORG00000009262) #14	Ube2z (ENSDORG00000009258) #15	ENSDORG00000008511 #16	ENSDORG00000028385	ENSDORG00000024585 #17	Hoxb13 (ENSDORG00000008369) #20	Hoxb9 (ENSDORG00000027423) #22	Hoxb8 (ENSDORG00000007906) #23	Hoxb7 (ENSDORG00000007905) #24	Hoxb6 (ENSDORG00000023877) #25	Hoxb5 (ENSDORG00000007900) #26	Hoxb4 (ENSDORG00000007899) #28	Hoxb3 (ENSDORG00000007898) #27	Hoxb2 (ENSDORG00000007897) #29	Hoxb1 (ENSDORG00000007896) #30	Snx11 (ENSDORG00000029078) #33	Cbx1 (ENSDORG00000026399) ##34	Nfe2l1 (ENSDORG00000000715) #35	Copz2 (ENSDORG00000013441) #36	Prr15l (ENSDORG00000027427)	Pnpo (ENSDORG00000014110)	Sp2 (ENSDORG00000014109)
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	56	ENSJJAG00000009251	ENSJJAG00000006327	Zfp652 (ENSJJAG00000010496)	Phospho1 (ENSJJAG00000010499) #7	Abi3 (ENSJJAG00000002821) #8	Gngt2 (ENSJJAG00000002044) #9	ENSJJAG00000002566	B4galnt2 (ENSJJAG00000006322) #10	Igf2bp1 (ENSJJAG00000002687) #11	Gip (ENSJJAG00000010688) #13	Snf8 (ENSJJAG00000006012) #14	ENSJJAG00000003530 #15	ENSJJAG00000010301	Ttll6 (ENSJJAG00000010253) #19	Hoxb13 (ENSJJAG00000010401) #20	Hoxb9 (ENSJJAG00000009821) #22	Hoxb8 (ENSJJAG00000002398) #23	Hoxb7 (ENSJJAG00000001284) #24	Hoxb6 (ENSJJAG00000000997) #25	Hoxb5 (ENSJJAG00000000763) #26	Hoxb4 (ENSJJAG00000002642) #28	Hoxb3 (ENSJJAG00000007804) #27	Hoxb2 (ENSJJAG00000009465) #29	Hoxb1 (ENSJJAG00000001073) #30	Skap1 (ENSJJAG00000003458) #31	ENSJJAG00000005754 #33	ENSJJAG00000007753 ##34	Nfe2l1 (ENSJJAG00000006432) #35	Copz2 (ENSJJAG00000001025) #36	ENSJJAG00000002511 #37	Prr15l (ENSJJAG00000006478)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720.`b.a.a	ENSGT00940000159720.ab	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.a.a #34	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720.`b.a.a	ENSGT00940000159720.`b.b	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	33	Phb (ENSCGRG00001008513)	Zfp652 (ENSCGRG00001018513)	Phospho1 (ENSCGRG00001009639) #7	Abi3 (ENSCGRG00001013274) #8	Gngt2 (ENSCGRG00001021265) #9	B4galnt2 (ENSCGRG00001014272) #10	ENSCGRG00001000282 #11	Gip (ENSCGRG00001021533) #13	Snf8 (ENSCGRG00001000737) #14	Ube2z (ENSCGRG00001019150) #15	ENSCGRG00001022606	ENSCGRG00001010560	ENSCGRG00001011435 #17	Ttll6 (ENSCGRG00001018398) #19	Hoxb13 (ENSCGRG00001015060) #20	Hoxb9 (ENSCGRG00001015314) #22	Hoxb8 (ENSCGRG00001020235) #23	Hoxb7 (ENSCGRG00001021590) #24	Hoxb6 (ENSCGRG00001015674) #25	Hoxb5 (ENSCGRG00001016167) #26	Hoxb4 (ENSCGRG00001022431) #28	Hoxb3 (ENSCGRG00001016667) #27	Hoxb2 (ENSCGRG00001017587) #29	Hoxb1 (ENSCGRG00001024619) #30	ENSCGRG00001023355 #31	ENSCGRG00001020759 #31	Snx11 (ENSCGRG00001022221) #33	Cbx1 (ENSCGRG00001014799) #34	Nfe2l1 (ENSCGRG00001015287) #35	Copz2 (ENSCGRG00001014767) #36	Cdk5rap3 (ENSCGRG00001006966) #37
Golden Hamster	MODERN SPECIES	674	ENSMAUG00000008827	Nxph3 (ENSMAUG00000016785)	Ngfr (ENSMAUG00000019765)	Phb (ENSMAUG00000013028)	Zfp652 (ENSMAUG00000009337)	Phospho1 (ENSMAUG00000012074) #7	Abi3 (ENSMAUG00000021085) #8	Gngt2 (ENSMAUG00000019144) #9	B4galnt2 (ENSMAUG00000007916) #10	Gip (ENSMAUG00000009238) #13	Snf8 (ENSMAUG00000001857) #14	Ube2z (ENSMAUG00000007792) #15	ENSMAUG00000021751	Ttll6 (ENSMAUG00000020973) #19	Hoxb13 (ENSMAUG00000008407) #20	Hoxb9 (ENSMAUG00000017720) #22	Hoxb8 (ENSMAUG00000012636) #23	Hoxb7 (ENSMAUG00000021297) #24	Hoxb6 (ENSMAUG00000021423) #25	Hoxb5 (ENSMAUG00000021419) #26	Hoxb4 (ENSMAUG00000009367) #28	Hoxb3 (ENSMAUG00000011251) #27	Hoxb2 (ENSMAUG00000021979) #29	Hoxb1 (ENSMAUG00000013237) #30	Skap1 (ENSMAUG00000022191) #31	Snx11 (ENSMAUG00000021528) #33	ENSMAUG00000003463 ##34	Nfe2l1 (ENSMAUG00000020456) #35	Copz2 (ENSMAUG00000010560) #36	Cdk5rap3 (ENSMAUG00000007991) #37	Pnpo (ENSMAUG00000021706)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720.`b.a.a	ENSGT00940000159720.ab	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Prairie vole	MODERN SPECIES	114									ENSMOCG00000004266	ENSMOCG00000021226 #13	Snf8 (ENSMOCG00000016684) #14	Ube2z (ENSMOCG00000018241) #15	ENSMOCG00000013163	Ttll6 (ENSMOCG00000021089) #19	Hoxb13 (ENSMOCG00000021389) #20	Hoxb9 (ENSMOCG00000020312) #22	Hoxb8 (ENSMOCG00000018435) #23	Hoxb7 (ENSMOCG00000020820) #24	Hoxb6 (ENSMOCG00000020355) #25	Hoxb5 (ENSMOCG00000014523) #26	Hoxb4 (ENSMOCG00000022964) #28	Hoxb3 (ENSMOCG00000020739) #27	Hoxb2 (ENSMOCG00000014846) #29	Hoxb1 (ENSMOCG00000002452) #30	Skap1 (ENSMOCG00000018431) #31	Snx11 (ENSMOCG00000019303) #33	Cbx1 (ENSMOCG00000001520) ##34	Nfe2l1 (ENSMOCG00000016002) #35	Copz2 (ENSMOCG00000022427) #36	Cdk5rap3 (ENSMOCG00000019534) #37	Prr15l (ENSMOCG00000006695)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	21	Phb (ENSPEMG00000021310)	Zfp652 (ENSPEMG00000020862)	Phospho1 (ENSPEMG00000026539) #7	Abi3 (ENSPEMG00000014242) #8	Gngt2 (ENSPEMG00000027491) #9	B4galnt2 (ENSPEMG00000020717) #10	Igf2bp1 (ENSPEMG00000021974) #11	Gip (ENSPEMG00000021184) #13	Snf8 (ENSPEMG00000022229) #14	Ube2z (ENSPEMG00000020953) #15	Atp5g1 (ENSPEMG00000020590)	ENSPEMG00000028729 #17	ENSPEMG00000025676 #17	Ttll6 (ENSPEMG00000021918) #19	Hoxb13 (ENSPEMG00000021511) #20	Hoxb9 (ENSPEMG00000027158) #22	Hoxb5 (ENSPEMG00000030101) #26	Hoxb4 (ENSPEMG00000029805) #28	Hoxb3 (ENSPEMG00000028692) #27	Hoxb2 (ENSPEMG00000029510) #29	Hoxb1 (ENSPEMG00000023977) #30	Skap1 (ENSPEMG00000000585) #31	ENSPEMG00000020286	Snx11 (ENSPEMG00000000381) #33	Cbx1 (ENSPEMG00000020976) #34	Nfe2l1 (ENSPEMG00000010512) #35	Copz2 (ENSPEMG00000011137) #36	Cdk5rap3 (ENSPEMG00000020712) #37	ENSPEMG00000030963	Prr15l (ENSPEMG00000024436)	Pnpo (ENSPEMG00000025094)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b.h.jb	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Mus	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183070.a.b.h.jb	ENSGT00860000136060	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ##34	ENSGT00940000153593.c.b.k	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183070.a.b.h.jb	ENSGT00860000136060	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ##34	ENSGT00940000153593.c.b.k	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183070.a.b.h.jb	ENSGT00860000136060	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ##34	ENSGT00940000153593.c.b.k	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183070.a.b.h.jb	ENSGT00860000136060	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ##34	ENSGT00940000153593.c.b.k	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
spretus	MODERN SPECIES	2	Phb (MGP_SPRETEiJ_G0017855)	Zfp652 (MGP_SPRETEiJ_G0017856)	MGP_SPRETEiJ_G0017857	Phospho1 (MGP_SPRETEiJ_G0017858) #7	MGP_SPRETEiJ_G0017859 #8	Gngt2 (MGP_SPRETEiJ_G0017860) #9	B4galnt2 (MGP_SPRETEiJ_G0017861) #10	Igf2bp1 (MGP_SPRETEiJ_G0017862) #11	Gip (MGP_SPRETEiJ_G0017863) #13	Snf8 (MGP_SPRETEiJ_G0017864) #14	Ube2z (MGP_SPRETEiJ_G0017865) #15	Atp5g1 (MGP_SPRETEiJ_G0017866)	MGP_SPRETEiJ_G0017867 #17	Ttll6 (MGP_SPRETEiJ_G0017868) #19	Hoxb13 (MGP_SPRETEiJ_G0017869) #20	Hoxb9 (MGP_SPRETEiJ_G0017870) #22	Hoxb8 (MGP_SPRETEiJ_G0017871) #23	Hoxb7 (MGP_SPRETEiJ_G0017872) #24	Hoxb6 (MGP_SPRETEiJ_G0017873) #25	Hoxb5 (MGP_SPRETEiJ_G0017874) #26	Hoxb4 (MGP_SPRETEiJ_G0017875) #28	Hoxb3 (MGP_SPRETEiJ_G0017876) #27	Hoxb2 (MGP_SPRETEiJ_G0017877) #29	Hoxb1 (MGP_SPRETEiJ_G0017878) #30	MGP_SPRETEiJ_G0017879 #31	Snx11 (MGP_SPRETEiJ_G0017880) #33	Cbx1 (MGP_SPRETEiJ_G0017881) ##34	MGP_SPRETEiJ_G0017882	Nfe2l1 (MGP_SPRETEiJ_G0017883) #35	Copz2 (MGP_SPRETEiJ_G0017884) #36	Cdk5rap3 (MGP_SPRETEiJ_G0017885) #37
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3291	ENSMSIG00000019388	ENSMSIG00000019385	Zfp652 (ENSMSIG00000019372)	Phospho1 (ENSMSIG00000019336) #7	Abi3 (ENSMSIG00000019324) #8	Gngt2 (ENSMSIG00000019268) #9	B4galnt2 (ENSMSIG00000019230) #10	Igf2bp1 (ENSMSIG00000019193) #11	Gip (ENSMSIG00000019162) #13	Snf8 (ENSMSIG00000019072) #14	Ube2z (ENSMSIG00000019038) #15	Atp5g1 (ENSMSIG00000018986)	ENSMSIG00000018956 #17	Ttll6 (ENSMSIG00000018881) #19	Hoxb13 (ENSMSIG00000018865) #20	Hoxb9 (ENSMSIG00000018823) #22	Hoxb8 (ENSMSIG00000018807) #23	Hoxb7 (ENSMSIG00000018805) #24	Hoxb6 (ENSMSIG00000018795) #25	Hoxb5 (ENSMSIG00000018787) #26	Hoxb4 (ENSMSIG00000018777) #28	ENSMSIG00000018776	Hoxb3 (ENSMSIG00000018771) #27	Hoxb2 (ENSMSIG00000018769) #29	Hoxb1 (ENSMSIG00000018752) #30	Skap1 (ENSMSIG00000018601) #31	Snx11 (ENSMSIG00000018546) #33	ENSMSIG00000018520	Cbx1 (ENSMSIG00000018447) ##34	Nfe2l1 (ENSMSIG00000018374) #35	Copz2 (ENSMSIG00000018337) #36
Mouse	MODERN SPECIES	2	Ngfr (ENSMUSG00000000120)	Phb (ENSMUSG00000038845)	Zfp652 (ENSMUSG00000075595)	Phospho1 (ENSMUSG00000050860) #7	Abi3 (ENSMUSG00000018381) #8	Gngt2 (ENSMUSG00000038811) #9	B4galnt2 (ENSMUSG00000013418) #10	Igf2bp1 (ENSMUSG00000013415) #11	Gip (ENSMUSG00000014351) #13	Snf8 (ENSMUSG00000006058) #14	Ube2z (ENSMUSG00000014349) #15	Atp5g1 (ENSMUSG00000006057)	Calcoco2 (ENSMUSG00000006056) #17	Ttll6 (ENSMUSG00000038756) #19	Hoxb13 (ENSMUSG00000049604) #20	Hoxb9 (ENSMUSG00000020875) #22	Hoxb8 (ENSMUSG00000056648) #23	Hoxb7 (ENSMUSG00000038721) #24	Hoxb6 (ENSMUSG00000000690) #25	Hoxb5 (ENSMUSG00000038700) #26	Hoxb4 (ENSMUSG00000038692) #28	Hoxb3 (ENSMUSG00000048763) #27	Hoxb2 (ENSMUSG00000075588) #29	Hoxb1 (ENSMUSG00000018973) #30	Skap1 (ENSMUSG00000057058) #31	Snx11 (ENSMUSG00000020876) #33	Cbx1 (ENSMUSG00000018666) ##34	Nfe2l1 (ENSMUSG00000038615) #35	Copz2 (ENSMUSG00000018672) #36	Cdk5rap3 (ENSMUSG00000018669) #37	Prr15l (ENSMUSG00000047040)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	2	Ngfr (MGP_CAROLIEiJ_G0017009)	MGP_CAROLIEiJ_G0017010	MGP_CAROLIEiJ_G0017011	Phospho1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017012) #7	Abi3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017013) #8	Gngt2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017014) #9	B4galnt2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017015) #10	Igf2bp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017016) #11	Gip (MGP_CAROLIEiJ_G0017017) #13	Snf8 (MGP_CAROLIEiJ_G0017018) #14	MGP_CAROLIEiJ_G0017019 #15	MGP_CAROLIEiJ_G0017020	MGP_CAROLIEiJ_G0017021 #17	Ttll6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017022) #19	Hoxb13 (MGP_CAROLIEiJ_G0017023) #20	Hoxb9 (MGP_CAROLIEiJ_G0017024) #22	Hoxb8 (MGP_CAROLIEiJ_G0017025) #23	Hoxb7 (MGP_CAROLIEiJ_G0017026) #24	Hoxb6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017027) #25	Hoxb5 (MGP_CAROLIEiJ_G0017028) #26	Hoxb4 (MGP_CAROLIEiJ_G0017029) #28	Hoxb3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017030) #27	Hoxb2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017031) #29	Hoxb1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017032) #30	Skap1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017033) #31	Snx11 (MGP_CAROLIEiJ_G0017034) #33	Cbx1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017035) ##34	MGP_CAROLIEiJ_G0017036	Nfe2l1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017037) #35	Copz2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017038) #36	Cdk5rap3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017039) #37
Shrew mouse	MODERN SPECIES	5	MGP_PahariEiJ_G0018139	Zfp652 (MGP_PahariEiJ_G0018140)	MGP_PahariEiJ_G0018141	Phospho1 (MGP_PahariEiJ_G0018142) #7	Abi3 (MGP_PahariEiJ_G0018143) #8	Gngt2 (MGP_PahariEiJ_G0018144) #9	B4galnt2 (MGP_PahariEiJ_G0018145) #10	MGP_PahariEiJ_G0018146 #11	Gip (MGP_PahariEiJ_G0018147) #13	Snf8 (MGP_PahariEiJ_G0018148) #14	Ube2z (MGP_PahariEiJ_G0018149) #15	Atp5g1 (MGP_PahariEiJ_G0018150)	MGP_PahariEiJ_G0018151 #17	Ttll6 (MGP_PahariEiJ_G0018152) #19	Hoxb13 (MGP_PahariEiJ_G0018153) #20	Hoxb9 (MGP_PahariEiJ_G0018154) #22	Hoxb8 (MGP_PahariEiJ_G0018155) #23	Hoxb7 (MGP_PahariEiJ_G0018156) #24	Hoxb6 (MGP_PahariEiJ_G0018157) #25	Hoxb5 (MGP_PahariEiJ_G0018158) #26	Hoxb4 (MGP_PahariEiJ_G0018159) #28	Hoxb3 (MGP_PahariEiJ_G0018160) #27	Hoxb2 (MGP_PahariEiJ_G0018161) #29	Hoxb1 (MGP_PahariEiJ_G0018162) #30	Skap1 (MGP_PahariEiJ_G0018163) #31	Snx11 (MGP_PahariEiJ_G0018164) #33	Cbx1 (MGP_PahariEiJ_G0018165) ##34	MGP_PahariEiJ_G0018166	Nfe2l1 (MGP_PahariEiJ_G0018167) #35	Copz2 (MGP_PahariEiJ_G0018168) #36	Cdk5rap3 (MGP_PahariEiJ_G0018169) #37
Rat	MODERN SPECIES	1	Nxph3 (ENSRNOG00000005185)	Ngfr (ENSRNOG00000005392)	Phb1 (ENSRNOG00000046799)	Zfp652 (ENSRNOG00000017001)	ENSRNOG00000068958	Phospho1 (ENSRNOG00000005569) #7	Abi3 (ENSRNOG00000005575) #8	B4galnt2 (ENSRNOG00000067203) #10	Igf2bp1 (ENSRNOG00000006122) #11	Gip (ENSRNOG00000006306) #13	Snf8 (ENSRNOG00000006500) #14	Ube2z (ENSRNOG00000006868) #15	ENSRNOG00000066153 #17	Ttll6 (ENSRNOG00000004939) #19	Hoxb13 (ENSRNOG00000007491) #20	Hoxb9 (ENSRNOG00000007573) #22	Hoxb8 (ENSRNOG00000007585) #23	Hoxb7 (ENSRNOG00000007611) #24	Hoxb6 (ENSRNOG00000007823) #25	Hoxb5 (ENSRNOG00000008010) #26	Hoxb4 (ENSRNOG00000008191) #28	Hoxb3 (ENSRNOG00000008313) #27	Hoxb2 (ENSRNOG00000008365) #29	Hoxb1 (ENSRNOG00000008506) #30	Skap1 (ENSRNOG00000023881) #31	Snx11 (ENSRNOG00000008642) #33	Cbx1 (ENSRNOG00000008689) ##34	Nfe2l1 (ENSRNOG00000008830) #35	Copz2 (ENSRNOG00000009225) #36	Cdk5rap3 (ENSRNOG00000048747) #37	Prr15l (ENSRNOG00000049162)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1028	Ngfr (ENSNGAG00000016145)	Phb (ENSNGAG00000012333)	Zfp652 (ENSNGAG00000010366)	Phospho1 (ENSNGAG00000008704) #7	Abi3 (ENSNGAG00000003386) #8	Gngt2 (ENSNGAG00000001081) #9	B4galnt2 (ENSNGAG00000016426) #10	Igf2bp1 (ENSNGAG00000015679) #11	Gip (ENSNGAG00000020354) #13	Snf8 (ENSNGAG00000001366) #14	Ube2z (ENSNGAG00000024296) #15	ENSNGAG00000024212	ENSNGAG00000023585 #17	Ttll6 (ENSNGAG00000011763) #19	Hoxb13 (ENSNGAG00000011053) #20	Hoxb9 (ENSNGAG00000010851) #22	Hoxb8 (ENSNGAG00000010647) #23	Hoxb7 (ENSNGAG00000010205) #24	Hoxb6 (ENSNGAG00000000973) #25	Hoxb5 (ENSNGAG00000023238) #26	Hoxb4 (ENSNGAG00000021768) #28	Hoxb3 (ENSNGAG00000020227) #27	Hoxb2 (ENSNGAG00000019089) #29	Hoxb1 (ENSNGAG00000018593) #30	Skap1 (ENSNGAG00000012571) #31	Snx11 (ENSNGAG00000010446) #33	Cbx1 (ENSNGAG00000006760) ##34	Nfe2l1 (ENSNGAG00000000736) #35	Copz2 (ENSNGAG00000023713) #36	ENSNGAG00000000747 #37	ENSNGAG00000022529
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00950000185410
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES	1624																ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161230 #24
Hedgehog	MODERN SPECIES	16182																HOXB9 (ENSEEUG00000014249) #22	HOXB7 (ENSEEUG00000014244) #24
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #36
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #36
Suina	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Pig	MODERN SPECIES	3	ENSSSCG00000045794 #9	ENSSSCG00000048918 #10	ENSSSCG00000038434	ENSSSCG00000040110 #9	ENSSSCG00000027677 #8	ENSSSCG00000033286 #7	ENSSSCG00000030269 #10	IGF2BP1 (ENSSSCG00000023128) #11	GIP (ENSSSCG00000026330) #13	SNF8 (ENSSSCG00000021461) #14	UBE2Z (ENSSSCG00000025638) #15	ATP5MC1 (ENSSSCG00000017544) #16	CALCOCO2 (ENSSSCG00000017543) #17	TTLL6 (ENSSSCG00000017542) #19	HOXB13 (ENSSSCG00000017541) #20	HOXB9 (ENSSSCG00000061856) #22	HOXB8 (ENSSSCG00000017537) #23	HOXB7 (ENSSSCG00000017538) #24	HOXB6 (ENSSSCG00000017539) #25	HOXB5 (ENSSSCG00000017540) #26	HOXB4 (ENSSSCG00000017535) #28	HOXB3 (ENSSSCG00000017534) #27	HOXB2 (ENSSSCG00000017533) #29	HOXB1 (ENSSSCG00000017532) #30	SKAP1 (ENSSSCG00000017527) #31	SNX11 (ENSSSCG00000017528) #33	CBX1 (ENSSSCG00000017529) ##34	NFE2L1 (ENSSSCG00000017525) #35	COPZ2 (ENSSSCG00000017526) #36	CDK5RAP3 (ENSSSCG00000017524) #37	PRR15L (ENSSSCG00000054179)
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	145	NGFR (ENSCWAG00000022030)	PHB1 (ENSCWAG00000022033)	ZNF652 (ENSCWAG00000022035)	PHOSPHO1 (ENSCWAG00000022036) #7	ABI3 (ENSCWAG00000022038) #8	GNGT2 (ENSCWAG00000022039) #9	ENSCWAG00000022041	IGF2BP1 (ENSCWAG00000022044) #11	GIP (ENSCWAG00000022046) #13	SNF8 (ENSCWAG00000022048) #14	UBE2Z (ENSCWAG00000022050) #15	ATP5MC1 (ENSCWAG00000022052) #16	CALCOCO2 (ENSCWAG00000022056) #17	TTLL6 (ENSCWAG00000022059) #19	HOXB13 (ENSCWAG00000022063) #20	HOXB9 (ENSCWAG00000022065) #22	HOXB8 (ENSCWAG00000022066) #23	HOXB7 (ENSCWAG00000022067) #24	HOXB6 (ENSCWAG00000022069) #25	HOXB5 (ENSCWAG00000022071) #26	HOXB4 (ENSCWAG00000022074) #28	HOXB3 (ENSCWAG00000022077) #27	HOXB2 (ENSCWAG00000022078) #29	HOXB1 (ENSCWAG00000022080) #30	SKAP1 (ENSCWAG00000000046) #31	SNX11 (ENSCWAG00000000070) #33	CBX1 (ENSCWAG00000000121) ##34	NFE2L1 (ENSCWAG00000000185) #35	COPZ2 (ENSCWAG00000000341) #36	CDK5RAP3 (ENSCWAG00000000377) #37	PRR15L (ENSCWAG00000000410)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #36
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Arabian camel	MODERN SPECIES	7	ENSCDRG00005016485	ZNF652 (ENSCDRG00005016507)	PHOSPHO1 (ENSCDRG00005016526) #7	ABI3 (ENSCDRG00005016559) #8	ENSCDRG00005016619 #9	B4GALNT2 (ENSCDRG00005016644) #10	IGF2BP1 (ENSCDRG00005016778) #11	GIP (ENSCDRG00005016991) #13	ENSCDRG00005017040 #14	ENSCDRG00005017061	UBE2Z (ENSCDRG00005017075) #15	ENSCDRG00005017142	CALCOCO2 (ENSCDRG00005017213) #17	TTLL6 (ENSCDRG00005017585) #19	HOXB13 (ENSCDRG00005017741) #20	HOXB9 (ENSCDRG00005017862) #22	HOXB7 (ENSCDRG00005018007) #24	HOXB6 (ENSCDRG00005018029) #25	HOXB5 (ENSCDRG00005018055) #26	HOXB4 (ENSCDRG00005018079) #28	HOXB3 (ENSCDRG00005018104) #27	HOXB2 (ENSCDRG00005018121) #29	HOXB1 (ENSCDRG00005018147) #30	SKAP1 (ENSCDRG00005018166) #31	SNX11 (ENSCDRG00005018232) #33	CBX1 (ENSCDRG00005018330) #34	NFE2L1 (ENSCDRG00005018357) #35	ENSCDRG00005018515	COPZ2 (ENSCDRG00005018538) #36	CDK5RAP3 (ENSCDRG00005018564) #37	PRR15L (ENSCDRG00005018636)
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00950000185410
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a.c #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720.g	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a.c.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720.g	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a.c.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720.g	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a.c.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720.g	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a.c.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720.g	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Narwhal	MODERN SPECIES	316	NGFR (ENSMMNG00015022046)	PHB1 (ENSMMNG00015022047)	ZNF652 (ENSMMNG00015022048)	ENSMMNG00015022049 #7	ABI3 (ENSMMNG00015022050) #8	GNGT2 (ENSMMNG00015022051) #9	B4GALNT2 (ENSMMNG00015022052) #10	IGF2BP1 (ENSMMNG00015022053) #11	GIP (ENSMMNG00015022055) #13	ENSMMNG00015022056 #14	UBE2Z (ENSMMNG00015022057) #15	ENSMMNG00015022058	CALCOCO2 (ENSMMNG00015022060) #17	TTLL6 (ENSMMNG00015015987) #19	HOXB13 (ENSMMNG00015016080) #20	HOXB9 (ENSMMNG00015016160) #22	HOXB8 (ENSMMNG00015016175) #23	HOXB7 (ENSMMNG00015016197) #24	HOXB6 (ENSMMNG00015016215) #25	HOXB5 (ENSMMNG00015016235) #26	HOXB4 (ENSMMNG00015016252) #28	HOXB3 (ENSMMNG00015016287) #27	HOXB2 (ENSMMNG00015016324) #29	HOXB1 (ENSMMNG00015016356) #30	SKAP1 (ENSMMNG00015016386) #31	SNX11 (ENSMMNG00015016452) #33	CBX1 (ENSMMNG00015016582) ##34	NFE2L1 (ENSMMNG00015016634) #35	COPZ2 (ENSMMNG00015016743) #36	CDK5RAP3 (ENSMMNG00015016820) #37	PRR15L (ENSMMNG00015016868)
Beluga whale	MODERN SPECIES	26	NGFR (ENSDLEG00000004981)	PHB (ENSDLEG00000004975)	ZNF652 (ENSDLEG00000004967)	PHOSPHO1 (ENSDLEG00000004963) #7	ABI3 (ENSDLEG00000004950) #8	GNGT2 (ENSDLEG00000004944) #9	B4GALNT2 (ENSDLEG00000004906) #10	IGF2BP1 (ENSDLEG00000004887) #11	GIP (ENSDLEG00000004882) #13	SNF8 (ENSDLEG00000004876) #14	UBE2Z (ENSDLEG00000004871) #15	ATP5G1 (ENSDLEG00000004867)	CALCOCO2 (ENSDLEG00000004861) #17	TTLL6 (ENSDLEG00000004850) #19	HOXB13 (ENSDLEG00000004844) #20	HOXB9 (ENSDLEG00000004838) #22	HOXB8 (ENSDLEG00000004837) #23	HOXB7 (ENSDLEG00000004834) #24	HOXB6 (ENSDLEG00000004829) #25	HOXB5 (ENSDLEG00000004826) #26	HOXB4 (ENSDLEG00000004820) #28	HOXB3 (ENSDLEG00000004817) #27	HOXB2 (ENSDLEG00000004813) #29	HOXB1 (ENSDLEG00000004807) #30	SKAP1 (ENSDLEG00000004779) #31	SNX11 (ENSDLEG00000004765) #33	CBX1 (ENSDLEG00000004754) #34	NFE2L1 (ENSDLEG00000004744) #35	ENSDLEG00000004734	COPZ2 (ENSDLEG00000004721) #36	CDK5RAP3 (ENSDLEG00000004709) #37
Vaquita	MODERN SPECIES	12	PHB1 (ENSPSNG00000015363)	ZNF652 (ENSPSNG00000015435)	PHOSPHO1 (ENSPSNG00000015535) #7	ABI3 (ENSPSNG00000015585) #8	GNGT2 (ENSPSNG00000015777) #9	B4GALNT2 (ENSPSNG00000015839) #10	ENSPSNG00000016103	IGF2BP1 (ENSPSNG00000016168) #11	GIP (ENSPSNG00000016483) #13	SNF8 (ENSPSNG00000016533) #14	UBE2Z (ENSPSNG00000016576) #15	ENSPSNG00000016635	CALCOCO2 (ENSPSNG00000016749) #17	TTLL6 (ENSPSNG00000017015) #19	HOXB13 (ENSPSNG00000017233) #20	HOXB9 (ENSPSNG00000017398) #22	HOXB8 (ENSPSNG00000017436) #23	HOXB7 (ENSPSNG00000017482) #24	HOXB6 (ENSPSNG00000017525) #25	HOXB5 (ENSPSNG00000017559) #26	HOXB4 (ENSPSNG00000017604) #28	HOXB3 (ENSPSNG00000017636) #27	HOXB2 (ENSPSNG00000017708) #29	HOXB1 (ENSPSNG00000017728) #30	SKAP1 (ENSPSNG00000017760) #31	SNX11 (ENSPSNG00000017889) #33	ENSPSNG00000017984 ##34	NFE2L1 (ENSPSNG00000018052) #35	COPZ2 (ENSPSNG00000018262) #36	CDK5RAP3 (ENSPSNG00000018321) #37	PRR15L (ENSPSNG00000018399)
Dolphin	MODERN SPECIES	4465																HOXB9 (ENSTTRG00000012262) #22	HOXB8 (ENSTTRG00000012260) #23	ENSTTRG00000012257	HOXB6 (ENSTTRG00000012252) #25	HOXB5 (ENSTTRG00000012251) #26	HOXB4 (ENSTTRG00000012249) #28	HOXB3 (ENSTTRG00000012246) #27	HOXB2 (ENSTTRG00000012244) #29	HOXB1 (ENSTTRG00000012240) #30
Sperm whale	MODERN SPECIES	5	FAM117A (ENSPCTG00005004179)	SLC35B1 (ENSPCTG00005004200)	SPOP (ENSPCTG00005004228)	NXPH3 (ENSPCTG00005004256)	NGFR (ENSPCTG00005004279)	ZNF652 (ENSPCTG00005004307)	B4GALNT2 (ENSPCTG00005004337) #10	IGF2BP1 (ENSPCTG00005004404) #11	GIP (ENSPCTG00005004443) #13	ENSPCTG00005004464	SNF8 (ENSPCTG00005004481) #14	ATP5MC1 (ENSPCTG00005004516) #15	CALCOCO2 (ENSPCTG00005004611) #17	TTLL6 (ENSPCTG00005004739) #19	HOXB13 (ENSPCTG00005004788) #20	HOXB9 (ENSPCTG00005004847) #22	HOXB8 (ENSPCTG00005004864) #23	HOXB7 (ENSPCTG00005004882) #24	HOXB6 (ENSPCTG00005004887) #25	HOXB5 (ENSPCTG00005004905) #26	HOXB4 (ENSPCTG00005004920) #28	HOXB3 (ENSPCTG00005004930) #27	HOXB2 (ENSPCTG00005004951) #29	HOXB1 (ENSPCTG00005004966) #30	SKAP1 (ENSPCTG00005004985) #31	CBX1 (ENSPCTG00005005034) ##34	ENSPCTG00005005083	TBX21 (ENSPCTG00005005105)	TBKBP1 (ENSPCTG00005005144)	KPNB1 (ENSPCTG00005005195)	NPEPPS (ENSPCTG00005005245)
Blue whale	MODERN SPECIES	12	PHB1 (ENSBMSG00010016580)	ZNF652 (ENSBMSG00010016625)	ENSBMSG00010016656 #7	ABI3 (ENSBMSG00010016693) #8	GNGT2 (ENSBMSG00010016723) #9	B4GALNT2 (ENSBMSG00010016748) #10	IGF2BP1 (ENSBMSG00010016894) #11	GIP (ENSBMSG00010017026) #13	SNF8 (ENSBMSG00010017067) #14	UBE2Z (ENSBMSG00010017102) #15	ATP5MC1 (ENSBMSG00010017142) #16	ENSBMSG00010017179	CALCOCO2 (ENSBMSG00010017255) #17	TTLL6 (ENSBMSG00010017444) #19	HOXB13 (ENSBMSG00010017547) #20	HOXB9 (ENSBMSG00010017655) #22	HOXB8 (ENSBMSG00010017685) #23	HOXB7 (ENSBMSG00010017724) #24	HOXB6 (ENSBMSG00010017746) #25	HOXB5 (ENSBMSG00010017772) #26	HOXB4 (ENSBMSG00010017814) #28	HOXB3 (ENSBMSG00010017838) #27	HOXB2 (ENSBMSG00010017860) #29	HOXB1 (ENSBMSG00010017892) #30	SKAP1 (ENSBMSG00010017921) #31	SNX11 (ENSBMSG00010018006) #33	CBX1 (ENSBMSG00010018099) ##34	NFE2L1 (ENSBMSG00010018163) #35	COPZ2 (ENSBMSG00010018306) #36	CDK5RAP3 (ENSBMSG00010018481) #37	PRR15L (ENSBMSG00010018513)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00950000185410
Yarkand deer	MODERN SPECIES	28	NGFR (ENSCHYG00000004216)	PHB1 (ENSCHYG00000004248)	ZNF652 (ENSCHYG00000004272)	ENSCHYG00000004303 #7	ABI3 (ENSCHYG00000004324) #8	B4GALNT2 (ENSCHYG00000004351) #10	IGF2BP1 (ENSCHYG00000004387) #11	GIP (ENSCHYG00000004425) #13	SNF8 (ENSCHYG00000004443) #14	UBE2Z (ENSCHYG00000004456) #15	ENSCHYG00000004476	ENSCHYG00000004493	ENSCHYG00000004521 #17	TTLL6 (ENSCHYG00000004571) #19	HOXB13 (ENSCHYG00000004599) #20	HOXB9 (ENSCHYG00000004623) #22	HOXB8 (ENSCHYG00000004637) #23	HOXB7 (ENSCHYG00000004645) #24	HOXB6 (ENSCHYG00000004651) #25	HOXB5 (ENSCHYG00000004658) #26	HOXB4 (ENSCHYG00000004668) #28	HOXB3 (ENSCHYG00000004670) #27	HOXB2 (ENSCHYG00000004674) #29	HOXB1 (ENSCHYG00000004684) #30	SKAP1 (ENSCHYG00000004692) #31	ENSCHYG00000004720	SNX11 (ENSCHYG00000004737) #33	CBX1 (ENSCHYG00000004750) ##34	NFE2L1 (ENSCHYG00000004781) #35	COPZ2 (ENSCHYG00000004829) #36	ENSCHYG00000004851
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1210	ZNF652 (ENSMMSG00000024488)	PHOSPHO1 (ENSMMSG00000024489) #7	ABI3 (ENSMMSG00000024491) #8	GNGT2 (ENSMMSG00000024493) #9	ENSMMSG00000024495	B4GALNT2 (ENSMMSG00000024496) #10	ENSMMSG00000024500	IGF2BP1 (ENSMMSG00000024501) #11	GIP (ENSMMSG00000024503) #13	ENSMMSG00000024504 #14	UBE2Z (ENSMMSG00000024505) #15	ATP5MC1 (ENSMMSG00000024506) #16	CALCOCO2 (ENSMMSG00000024509) #17	TTLL6 (ENSMMSG00000024514) #19	HOXB13 (ENSMMSG00000024516) #20	HOXB9 (ENSMMSG00000024520) #22	HOXB8 (ENSMMSG00000024522) #23	HOXB7 (ENSMMSG00000024523) #24	HOXB6 (ENSMMSG00000024525) #25	HOXB5 (ENSMMSG00000024526) #26	HOXB4 (ENSMMSG00000024528) #28	ENSMMSG00000024530	HOXB3 (ENSMMSG00000024531) #27	HOXB2 (ENSMMSG00000024532) #29	HOXB1 (ENSMMSG00000024533) #30	ENSMMSG00000024535	SKAP1 (ENSMMSG00000024536) #31	SNX11 (ENSMMSG00000024538) #33	CBX1 (ENSMMSG00000024540) ##34	NFE2L1 (ENSMMSG00000024541) #35	COPZ2 (ENSMMSG00000024546) #36
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Bos	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00940000154688.b.k.a	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.i ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00940000154688.b.k.a	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.i ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Wild yak	MODERN SPECIES	319	NGFR (ENSBMUG00000000290)	PHB1 (ENSBMUG00000000329)	ZNF652 (ENSBMUG00000000351)	PHOSPHO1 (ENSBMUG00000000370) #7	ABI3 (ENSBMUG00000000408) #8	GNGT2 (ENSBMUG00000000436) #9	B4GALNT2 (ENSBMUG00000000477) #10	IGF2BP1 (ENSBMUG00000000549) #11	GIP (ENSBMUG00000000594) #13	SNF8 (ENSBMUG00000000607) #14	UBE2Z (ENSBMUG00000000624) #15	ENSBMUG00000000644	CALCOCO2 (ENSBMUG00000000720) #17	ENSBMUG00000000753 #19	HOXB13 (ENSBMUG00000000770) #20	HOXB9 (ENSBMUG00000000804) #22	HOXB8 (ENSBMUG00000000824) #23	HOXB7 (ENSBMUG00000000832) #24	HOXB6 (ENSBMUG00000000839) #25	HOXB5 (ENSBMUG00000000849) #26	HOXB4 (ENSBMUG00000000867) #28	HOXB3 (ENSBMUG00000000876) #27	HOXB2 (ENSBMUG00000000885) #29	HOXB1 (ENSBMUG00000000891) #30	ENSBMUG00000000901	SKAP1 (ENSBMUG00000000925) #31	SNX11 (ENSBMUG00000000953) #33	CBX1 (ENSBMUG00000000974) ##34	NFE2L1 (ENSBMUG00000001054) #35	COPZ2 (ENSBMUG00000001081) #36	CDK5RAP3 (ENSBMUG00000001110) #37
Domestic yak	MODERN SPECIES	10	NGFR (ENSBGRG00000023500)	PHB1 (ENSBGRG00000023342)	ENSBGRG00000023290	ZNF652 (ENSBGRG00000023208)	PHOSPHO1 (ENSBGRG00000023170) #7	ABI3 (ENSBGRG00000022961) #8	B4GALNT2 (ENSBGRG00000022672) #10	IGF2BP1 (ENSBGRG00000022442) #11	GIP (ENSBGRG00000022397) #13	SNF8 (ENSBGRG00000022296) #14	UBE2Z (ENSBGRG00000022223) #15	ENSBGRG00000022156	CALCOCO2 (ENSBGRG00000021810) #17	TTLL6 (ENSBGRG00000021744) #19	HOXB13 (ENSBGRG00000021718) #20	HOXB9 (ENSBGRG00000021683) #22	HOXB8 (ENSBGRG00000021618) #23	HOXB6 (ENSBGRG00000021579) #25	HOXB5 (ENSBGRG00000021555) #26	HOXB4 (ENSBGRG00000021501) #28	HOXB3 (ENSBGRG00000021464) #27	HOXB2 (ENSBGRG00000021425) #29	HOXB1 (ENSBGRG00000021404) #30	SKAP1 (ENSBGRG00000021202) #31	SNX11 (ENSBGRG00000021141) #33	CBX1 (ENSBGRG00000021062) ##34	NFE2L1 (ENSBGRG00000020783) #35	COPZ2 (ENSBGRG00000020574) #36	CDK5RAP3 (ENSBGRG00000020283) #37	ENSBGRG00000020194	PNPO (ENSBGRG00000019898)
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00940000154688.b.k.a	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b.i ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Cow	MODERN SPECIES	10	NGFR (ENSBTAG00000020979)	PHB1 (ENSBTAG00000017120)	ZNF652 (ENSBTAG00000001919)	PHOSPHO1 (ENSBTAG00000000033) #7	ABI3 (ENSBTAG00000000032) #8	GNGT2 (ENSBTAG00000047325) #9	B4GALNT2 (ENSBTAG00000009864) #10	IGF2BP1 (ENSBTAG00000011736) #11	GIP (ENSBTAG00000005045) #13	SNF8 (ENSBTAG00000018803) #14	UBE2Z (ENSBTAG00000018802) #15	ATP5MC1 (ENSBTAG00000018339)	CALCOCO2 (ENSBTAG00000007935) #17	TTLL6 (ENSBTAG00000009332) #19	HOXB13 (ENSBTAG00000014663) #20	HOXB9 (ENSBTAG00000054623) #22	HOXB8 (ENSBTAG00000054162) #23	HOXB7 (ENSBTAG00000005546) #24	HOXB6 (ENSBTAG00000050006) #25	HOXB5 (ENSBTAG00000045835) #26	HOXB4 (ENSBTAG00000039599) #28	HOXB3 (ENSBTAG00000021427) #27	HOXB2 (ENSBTAG00000009979) #29	HOXB1 (ENSBTAG00000007603) #30	SKAP1 (ENSBTAG00000000641) #31	SNX11 (ENSBTAG00000020321) #33	CBX1 (ENSBTAG00000002949) ##34	NFE2L1 (ENSBTAG00000013653) #35	COPZ2 (ENSBTAG00000039954) #36	CDK5RAP3 (ENSBTAG00000014202) #37	PRR15L (ENSBTAG00000012249)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	10	NXPH3 (ENSBIXG00005008120)	NGFR (ENSBIXG00005008101)	PHB1 (ENSBIXG00005008066)	ZNF652 (ENSBIXG00005008029)	PHOSPHO1 (ENSBIXG00005007996) #7	ABI3 (ENSBIXG00005007948) #8	B4GALNT2 (ENSBIXG00005007929) #10	IGF2BP1 (ENSBIXG00005007917) #11	GIP (ENSBIXG00005007892) #13	SNF8 (ENSBIXG00005007866) #14	UBE2Z (ENSBIXG00005029277) #15	ENSBIXG00005029305	CALCOCO2 (ENSBIXG00005029366) #17	ENSBIXG00005029447 #19	HOXB13 (ENSBIXG00005029474) #20	HOXB9 (ENSBIXG00005029519) #22	HOXB8 (ENSBIXG00005029530) #23	HOXB7 (ENSBIXG00005029546) #24	HOXB6 (ENSBIXG00005029554) #25	HOXB5 (ENSBIXG00005029559) #26	HOXB4 (ENSBIXG00005029577) #28	HOXB3 (ENSBIXG00005029591) #27	HOXB2 (ENSBIXG00005029607) #29	HOXB1 (ENSBIXG00005029618) #30	ENSBIXG00005029636	SKAP1 (ENSBIXG00005029657) #31	SNX11 (ENSBIXG00005029679) #33	CBX1 (ENSBIXG00005029691) ##34	NFE2L1 (ENSBIXG00005029748) #35	COPZ2 (ENSBIXG00005029862) #36	CDK5RAP3 (ENSBIXG00005029886) #37
American bison	MODERN SPECIES	3101	NGFR (ENSBBBG00000021212)	PHB1 (ENSBBBG00000021247)	ZNF652 (ENSBBBG00000007191)	PHOSPHO1 (ENSBBBG00000005686) #7	ABI3 (ENSBBBG00000021279) #8	GNGT2 (ENSBBBG00000021294) #9	B4GALNT2 (ENSBBBG00000021305) #10	IGF2BP1 (ENSBBBG00000021334) #11	GIP (ENSBBBG00000021349) #13	SNF8 (ENSBBBG00000021356) #14	UBE2Z (ENSBBBG00000021371) #15	ATP5MC1 (ENSBBBG00000021377) #16	CALCOCO2 (ENSBBBG00000005726) #17	TTLL6 (ENSBBBG00000021540) #19	HOXB13 (ENSBBBG00000021546) #20	HOXB9 (ENSBBBG00000021558) #22	HOXB7 (ENSBBBG00000021565) #24	HOXB6 (ENSBBBG00000021567) #25	HOXB5 (ENSBBBG00000021577) #26	HOXB4 (ENSBBBG00000021585) #28	HOXB3 (ENSBBBG00000005740) #27	HOXB2 (ENSBBBG00000021598) #29	HOXB1 (ENSBBBG00000021601) #30	SKAP1 (ENSBBBG00000021634) #31	SNX11 (ENSBBBG00000021652) #33	ENSBBBG00000021675 #34	NFE2L1 (ENSBBBG00000021740) #35	COPZ2 (ENSBBBG00000021782) #36	CDK5RAP3 (ENSBBBG00000021808) #37	PRR15L (ENSBBBG00000021809)	PNPO (ENSBBBG00000021862)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.g.a #14	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00940000154688.b.j	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Goat	MODERN SPECIES	10	PHB1 (ENSCHIG00000012405)	ZNF652 (ENSCHIG00000025825)	PHOSPHO1 (ENSCHIG00000020131) #7	ABI3 (ENSCHIG00000025692) #8	GNGT2 (ENSCHIG00000022700) #9	B4GALNT2 (ENSCHIG00000013924) #10	IGF2BP1 (ENSCHIG00000022316) #11	GIP (ENSCHIG00000010936) #13	SNF8 (ENSCHIG00000014794) #14	ENSCHIG00000020962	UBE2Z (ENSCHIG00000003883) #15	ENSCHIG00000016881	CALCOCO2 (ENSCHIG00000025313) #17	TTLL6 (ENSCHIG00000022654) #19	HOXB13 (ENSCHIG00000026703) #20	HOXB9 (ENSCHIG00000022791) #22	HOXB8 (ENSCHIG00000015504) #23	HOXB7 (ENSCHIG00000017532) #24	HOXB6 (ENSCHIG00000008881) #25	HOXB5 (ENSCHIG00000023147) #26	HOXB4 (ENSCHIG00000025323) #28	HOXB3 (ENSCHIG00000013978) #27	HOXB2 (ENSCHIG00000025836) #29	HOXB1 (ENSCHIG00000017872) #30	ENSCHIG00000010180	ENSCHIG00000015920 #31	ENSCHIG00000026878 #31	SNX11 (ENSCHIG00000017547) #33	CBX1 (ENSCHIG00000010985) ##34	NFE2L1 (ENSCHIG00000015427) #35	COPZ2 (ENSCHIG00000026544) #36
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	2	PHB (ENSOARG00020010257)	ZNF652 (ENSOARG00020010202)	PHOSPHO1 (ENSOARG00020010143) #7	ABI3 (ENSOARG00020010038) #8	GNGT2 (ENSOARG00020009965) #9	B4GALNT2 (ENSOARG00020022870) #10	ENSOARG00020022839	IGF2BP1 (ENSOARG00020022766) #11	GIP (ENSOARG00020022695) #13	UBE2Z (ENSOARG00020022664) #15	ATP5MC1 (ENSOARG00020022590)	CALCOCO2 (ENSOARG00020022295) #17	ENSOARG00020022258 #19	SNF8 (ENSOARG00020022227) #14	HOXB13 (ENSOARG00020022195) #20	HOXB9 (ENSOARG00020022138) #22	HOXB8 (ENSOARG00020022064) #23	HOXB7 (ENSOARG00020022042) #24	HOXB6 (ENSOARG00020022021) #25	HOXB5 (ENSOARG00020022004) #26	HOXB4 (ENSOARG00020021954) #28	HOXB3 (ENSOARG00020021943) #27	HOXB2 (ENSOARG00020021907) #29	HOXB1 (ENSOARG00020021886) #30	SKAP1 (ENSOARG00020021817) #31	SNX11 (ENSOARG00020021783) #33	CBX1 (ENSOARG00020021741) ##34	NFE2L1 (ENSOARG00020021460) #35	COPZ2 (ENSOARG00020021377) #36	CDK5RAP3 (ENSOARG00020021339) #37	PRR15L (ENSOARG00020021319)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #36
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720.c	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720.c	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Dog	MODERN SPECIES	37	NGFR (ENSCAFG00845011173)	ZNF652 (ENSCAFG00845011079)	PHB1 (ENSCAFG00845010966)	PHOSPHO1 (ENSCAFG00845010884) #7	ABI3 (ENSCAFG00845010830) #8	ENSCAFG00845010742	B4GALNT2 (ENSCAFG00845010693) #10	IGF2BP1 (ENSCAFG00845010596) #11	GIP (ENSCAFG00845010532) #13	SNF8 (ENSCAFG00845010455) #14	UBE2Z (ENSCAFG00845010395) #15	ATP5MC1 (ENSCAFG00845010336)	CALCOCO2 (ENSCAFG00845010119) #17	TTLL6 (ENSCAFG00845010017) #19	HOXB13 (ENSCAFG00845009992) #20	HOXB9 (ENSCAFG00845009956) #22	HOXB8 (ENSCAFG00845009931) #23	HOXB7 (ENSCAFG00845009899) #24	HOXB6 (ENSCAFG00845009871) #25	HOXB5 (ENSCAFG00845009832) #26	HOXB4 (ENSCAFG00845017264) #28	HOXB3 (ENSCAFG00845017188) #27	HOXB2 (ENSCAFG00845017142) #29	HOXB1 (ENSCAFG00845017096) #30	SKAP1 (ENSCAFG00845016959) #31	SNX11 (ENSCAFG00845016720) #33	CBX1 (ENSCAFG00845016596) ##34	NFE2L1 (ENSCAFG00845016388) #35	COPZ2 (ENSCAFG00845016156) #36	CDK5RAP3 (ENSCAFG00845016051) #37	ENSCAFG00845016000
Dingo	MODERN SPECIES	150	ENSCAFG00020023425	ZNF652 (ENSCAFG00020023420)	PHOSPHO1 (ENSCAFG00020023419) #7	ABI3 (ENSCAFG00020023410) #8	GNGT2 (ENSCAFG00020023405) #9	B4GALNT2 (ENSCAFG00020023386) #10	ENSCAFG00020023382	IGF2BP1 (ENSCAFG00020023369) #11	GIP (ENSCAFG00020023360) #13	SNF8 (ENSCAFG00020023354) #14	UBE2Z (ENSCAFG00020023351) #15	ENSCAFG00020023349	CALCOCO2 (ENSCAFG00020023334) #17	TTLL6 (ENSCAFG00020023324) #19	HOXB13 (ENSCAFG00020023319) #20	HOXB9 (ENSCAFG00020023312) #22	HOXB8 (ENSCAFG00020023306) #23	ENSCAFG00020023303 #24	HOXB6 (ENSCAFG00020023302) #25	HOXB5 (ENSCAFG00020023301) #26	HOXB4 (ENSCAFG00020023297) #28	HOXB3 (ENSCAFG00020023294) #27	HOXB2 (ENSCAFG00020023293) #29	HOXB1 (ENSCAFG00020023290) #30	SKAP1 (ENSCAFG00020023287) #31	SNX11 (ENSCAFG00020023282) #33	CBX1 (ENSCAFG00020023275) ##34	NFE2L1 (ENSCAFG00020023270) #35	COPZ2 (ENSCAFG00020023263) #36	CDK5RAP3 (ENSCAFG00020023258) #37	PRR15L (ENSCAFG00020023256)
Red fox	MODERN SPECIES	20	ENSVVUG00000003547	ZNF652 (ENSVVUG00000003513)	PHOSPHO1 (ENSVVUG00000003505) #7	ABI3 (ENSVVUG00000003493) #8	GNGT2 (ENSVVUG00000003489) #9	B4GALNT2 (ENSVVUG00000003458) #10	ENSVVUG00000003456	IGF2BP1 (ENSVVUG00000003451) #11	GIP (ENSVVUG00000003440) #13	SNF8 (ENSVVUG00000003434) #14	UBE2Z (ENSVVUG00000003424) #15	ATP5MC1 (ENSVVUG00000003411)	CALCOCO2 (ENSVVUG00000003399) #17	TTLL6 (ENSVVUG00000003393) #19	HOXB13 (ENSVVUG00000003382) #20	HOXB9 (ENSVVUG00000003367) #22	HOXB8 (ENSVVUG00000003366) #23	HOXB7 (ENSVVUG00000003360) #24	HOXB6 (ENSVVUG00000003359) #25	HOXB5 (ENSVVUG00000003354) #26	ENSVVUG00000003340 #28	HOXB3 (ENSVVUG00000003329) #27	HOXB2 (ENSVVUG00000003328) #29	HOXB1 (ENSVVUG00000003325) #30	SKAP1 (ENSVVUG00000003297) #31	SNX11 (ENSVVUG00000003276) #33	ENSVVUG00000003272 ##34	NFE2L1 (ENSVVUG00000003262) #35	COPZ2 (ENSVVUG00000003249) #36	CDK5RAP3 (ENSVVUG00000003227) #37	PRR15L (ENSVVUG00000003218)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a.b #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a.b #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	67	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a.b #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
American black bear	MODERN SPECIES	3149															HOXB13 (ENSUAMG00000021914) #20	HOXB9 (ENSUAMG00000021910) #22	HOXB8 (ENSUAMG00000021909) #23	HOXB7 (ENSUAMG00000021908) #24	HOXB6 (ENSUAMG00000021905) #25	HOXB5 (ENSUAMG00000021904) #26	HOXB4 (ENSUAMG00000021902) #28
Giant Panda	MODERN SPECIES	4	PHB1 (ENSAMEG00000012364)	ZNF652 (ENSAMEG00000012387)	PHOSPHO1 (ENSAMEG00000031233) #7	ABI3 (ENSAMEG00000005141) #8	GNGT2 (ENSAMEG00000005139) #9	B4GALNT2 (ENSAMEG00000005108) #10	IGF2BP1 (ENSAMEG00000005087) #11	GIP (ENSAMEG00000005081) #13	SNF8 (ENSAMEG00000005062) #14	UBE2Z (ENSAMEG00000005049) #15	ATP5MC1 (ENSAMEG00000005038)	CALCOCO2 (ENSAMEG00000005015) #17	ENSAMEG00000005000 #19	HOXB13 (ENSAMEG00000026873) #20	ENSAMEG00000026258	HOXB9 (ENSAMEG00000024921) #22	ENSAMEG00000004982 #23	HOXB7 (ENSAMEG00000004977) #24	HOXB6 (ENSAMEG00000004971) #25	HOXB5 (ENSAMEG00000004967) #26	HOXB4 (ENSAMEG00000028329) #28	HOXB3 (ENSAMEG00000027375) #27	HOXB2 (ENSAMEG00000030987) #29	HOXB1 (ENSAMEG00000004935) #30	SKAP1 (ENSAMEG00000004919) #31	SNX11 (ENSAMEG00000004898) #33	CBX1 (ENSAMEG00000004890) ##34	NFE2L1 (ENSAMEG00000004881) #35	COPZ2 (ENSAMEG00000004850) #36	ENSAMEG00000030152	CDK5RAP3 (ENSAMEG00000004818) #37
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a.b #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
American mink	MODERN SPECIES	92	PHB1 (ENSNVIG00000006553)	ZNF652 (ENSNVIG00000006521)	PHOSPHO1 (ENSNVIG00000006507) #7	ABI3 (ENSNVIG00000006479) #8	GNGT2 (ENSNVIG00000006461) #9	B4GALNT2 (ENSNVIG00000006432) #10	IGF2BP1 (ENSNVIG00000006377) #11	GIP (ENSNVIG00000006361) #13	ENSNVIG00000006352 #14	ENSNVIG00000006339	UBE2Z (ENSNVIG00000006316) #15	ENSNVIG00000006295	CALCOCO2 (ENSNVIG00000006167) #17	TTLL6 (ENSNVIG00000006132) #19	HOXB13 (ENSNVIG00000006117) #20	HOXB9 (ENSNVIG00000006082) #22	HOXB8 (ENSNVIG00000006066) #23	HOXB7 (ENSNVIG00000006060) #24	HOXB6 (ENSNVIG00000006053) #25	HOXB5 (ENSNVIG00000006049) #26	HOXB4 (ENSNVIG00000006040) #28	HOXB3 (ENSNVIG00000006032) #27	HOXB2 (ENSNVIG00000006024) #29	HOXB1 (ENSNVIG00000006017) #30	ENSNVIG00000006009	SKAP1 (ENSNVIG00000005974) #31	SNX11 (ENSNVIG00000005959) #33	CBX1 (ENSNVIG00000005946) ##34	NFE2L1 (ENSNVIG00000005857) #35	ENSNVIG00000005842	COPZ2 (ENSNVIG00000005837) #36
Ferret	MODERN SPECIES	270	ENSMPUG00000015387	NGFR (ENSMPUG00000015384)	PHB1 (ENSMPUG00000015381)	ZNF652 (ENSMPUG00000015376)	PHOSPHO1 (ENSMPUG00000015375) #7	ABI3 (ENSMPUG00000015374) #8	B4GALNT2 (ENSMPUG00000015373) #10	IGF2BP1 (ENSMPUG00000015358) #11	GIP (ENSMPUG00000015357) #13	SNF8 (ENSMPUG00000015356) #14	UBE2Z (ENSMPUG00000015342) #15	ENSMPUG00000015341	CALCOCO2 (ENSMPUG00000015338) #17	TTLL6 (ENSMPUG00000015335) #19	HOXB13 (ENSMPUG00000015332) #20	HOXB9 (ENSMPUG00000015330) #22	HOXB8 (ENSMPUG00000015329) #23	HOXB7 (ENSMPUG00000015328) #24	HOXB6 (ENSMPUG00000015322) #25	HOXB5 (ENSMPUG00000015316) #26	HOXB4 (ENSMPUG00000015310) #28	HOXB2 (ENSMPUG00000015309) #29	HOXB1 (ENSMPUG00000015307) #30	SKAP1 (ENSMPUG00000015305) #31	SNX11 (ENSMPUG00000015303) #33	CBX1 (ENSMPUG00000015302) #34	NFE2L1 (ENSMPUG00000015301) #35	COPZ2 (ENSMPUG00000015292) #36	CDK5RAP3 (ENSMPUG00000015291) #37	PRR15L (ENSMPUG00000020087)	PNPO (ENSMPUG00000015290)
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720.f.a	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000013771.p	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #36
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Cat	MODERN SPECIES	245	NGFR (ENSFCAG00000046296)	PHB1 (ENSFCAG00000042904)	ZNF652 (ENSFCAG00000000115)	PHOSPHO1 (ENSFCAG00000000113) #7	ABI3 (ENSFCAG00000018571) #8	GNGT2 (ENSFCAG00000039268) #9	B4GALNT2 (ENSFCAG00000018523) #10	IGF2BP1 (ENSFCAG00000002454) #11	GIP (ENSFCAG00000008946) #13	SNF8 (ENSFCAG00000008944) #14	UBE2Z (ENSFCAG00000045462) #15	ENSFCAG00000002344	CALCOCO2 (ENSFCAG00000010622) #17	TTLL6 (ENSFCAG00000010617) #19	HOXB13 (ENSFCAG00000002120) #20	HOXB9 (ENSFCAG00000035234) #22	HOXB8 (ENSFCAG00000036979) #23	HOXB7 (ENSFCAG00000002118) #24	HOXB6 (ENSFCAG00000034768) #25	HOXB5 (ENSFCAG00000039068) #26	HOXB4 (ENSFCAG00000051422) #28	HOXB3 (ENSFCAG00000006408) #27	HOXB2 (ENSFCAG00000045039) #29	HOXB1 (ENSFCAG00000028151) #30	ENSFCAG00000034133	SKAP1 (ENSFCAG00000004784) #31	SNX11 (ENSFCAG00000009371) #33	CBX1 (ENSFCAG00000006056) #34	NFE2L1 (ENSFCAG00000009369) #35	COPZ2 (ENSFCAG00000034233) #36	CDK5RAP3 (ENSFCAG00000009367) #37
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720.b	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
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Donkey	MODERN SPECIES	4	PHOSPHO1 (ENSEASG00005036161) #7	ABI3 (ENSEASG00005000248) #8	ENSEASG00005037167 #9	B4GALNT2 (ENSEASG00005000271) #10	IGF2BP1 (ENSEASG00005000301) #11	GIP (ENSEASG00005000385) #13	SNF8 (ENSEASG00005000402) #14	ENSEASG00005030756	UBE2Z (ENSEASG00005000404) #15	ENSEASG00005032484	ENSEASG00005026420 #17	CALCOCO2 (ENSEASG00005000430) #17	ENSEASG00005037375 #19	ENSEASG00005000438 #19	HOXB13 (ENSEASG00005025083) #20	HOXB9 (ENSEASG00005000527) #22	HOXB8 (ENSEASG00005024978) #23	HOXB7 (ENSEASG00005000556) #24	HOXB5 (ENSEASG00005000563) #26	HOXB6 (ENSEASG00005000560) #25	HOXB3 (ENSEASG00005000581) #27	HOXB2 (ENSEASG00005000585) #29	HOXB1 (ENSEASG00005000594) #30	SKAP1 (ENSEASG00005000601) #31	SNX11 (ENSEASG00005000605) #33	CBX1 (ENSEASG00005000607) ##34	NFE2L1 (ENSEASG00005000634) #35	COPZ2 (ENSEASG00005000641) #36	CDK5RAP3 (ENSEASG00005000658) #37	PRR15L (ENSEASG00005000660)	PNPO (ENSEASG00005028794)
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Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720.b	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d.b ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	13	ZNF652 (ENSRFEG00010021620)	PHOSPHO1 (ENSRFEG00010021635) #7	ABI3 (ENSRFEG00010021659) #8	GNGT2 (ENSRFEG00010021682) #9	B4GALNT2 (ENSRFEG00010021694) #10	ENSRFEG00010021705	IGF2BP1 (ENSRFEG00010021720) #11	GIP (ENSRFEG00010021740) #13	SNF8 (ENSRFEG00010021745) #14	UBE2Z (ENSRFEG00010021755) #15	ENSRFEG00010021766	CALCOCO2 (ENSRFEG00010021784) #17	ENSRFEG00010021798	TTLL6 (ENSRFEG00010021801) #19	HOXB13 (ENSRFEG00010021808) #20	HOXB9 (ENSRFEG00010021814) #22	HOXB8 (ENSRFEG00010021818) #23	HOXB7 (ENSRFEG00010021823) #24	HOXB6 (ENSRFEG00010021831) #25	HOXB5 (ENSRFEG00010021836) #26	HOXB4 (ENSRFEG00010021844) #28	ENSRFEG00010021849	HOXB3 (ENSRFEG00010021853) #27	HOXB2 (ENSRFEG00010021859) #29	HOXB1 (ENSRFEG00010021864) #30	SKAP1 (ENSRFEG00010021866) #31	SNX11 (ENSRFEG00010021879) #33	CBX1 (ENSRFEG00010021893) ##34	NFE2L1 (ENSRFEG00010021900) #35	COPZ2 (ENSRFEG00010021918) #36	CDK5RAP3 (ENSRFEG00010021928) #37
Microbat	MODERN SPECIES	1191	PHB1 (ENSMLUG00000008203)	ZNF652 (ENSMLUG00000012963)	ENSMLUG00000005756 #7	ABI3 (ENSMLUG00000012953) #8	GNGT2 (ENSMLUG00000012951) #9	ENSMLUG00000024310	B4GALNT2 (ENSMLUG00000012945) #10	ENSMLUG00000016891 #11	GIP (ENSMLUG00000011785) #13	SNF8 (ENSMLUG00000011769) #14	UBE2Z (ENSMLUG00000011750) #15	ENSMLUG00000011738	CALCOCO2 (ENSMLUG00000014073) #17	TTLL6 (ENSMLUG00000014065) #19	ENSMLUG00000029480 #20	HOXB9 (ENSMLUG00000011677) #22	HOXB7 (ENSMLUG00000002609) #24	HOXB6 (ENSMLUG00000010649) #25	ENSMLUG00000014513 #26	ENSMLUG00000027291	HOXB3 (ENSMLUG00000008445) #27	HOXB1 (ENSMLUG00000008429) #30	SKAP1 (ENSMLUG00000005037) #31	SNX11 (ENSMLUG00000005033) #33	CBX1 (ENSMLUG00000005030) ##34	NFE2L1 (ENSMLUG00000005024) #35	CDK5RAP3 (ENSMLUG00000005014) #37	PRR15L (ENSMLUG00000005012)	PNPO (ENSMLUG00000005003)	SP2 (ENSMLUG00000005000)	SCRN2 (ENSMLUG00000006417)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	257		ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22
Armadillo	MODERN SPECIES	1251		NGFR (ENSDNOG00000043405)	PHB1 (ENSDNOG00000038770)	ZNF652 (ENSDNOG00000016747)	PHOSPHO1 (ENSDNOG00000018968) #7	ABI3 (ENSDNOG00000023604) #8	B4GALNT2 (ENSDNOG00000040157) #10	IGF2BP1 (ENSDNOG00000006801) #11	GIP (ENSDNOG00000006792) #13	SNF8 (ENSDNOG00000002745) #14	UBE2Z (ENSDNOG00000002744) #15	ATP5MC1 (ENSDNOG00000011376) #16	ENSDNOG00000016284 #17	TTLL6 (ENSDNOG00000013498) #19	HOXB13 (ENSDNOG00000015177) #20	HOXB9 (ENSDNOG00000024386) #22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Elephant	MODERN SPECIES	310	ZNF652 (ENSLAFG00000010084)	PHOSPHO1 (ENSLAFG00000031084) #7	ABI3 (ENSLAFG00000001493) #8	GNGT2 (ENSLAFG00000025568) #9	B4GALNT2 (ENSLAFG00000010563) #10	IGF2BP1 (ENSLAFG00000002048) #11	GIP (ENSLAFG00000004536) #13	SNF8 (ENSLAFG00000006599) #14	UBE2Z (ENSLAFG00000006606) #15	ATP5MC1 (ENSLAFG00000004537) #16	CALCOCO2 (ENSLAFG00000016693) #17	ENSLAFG00000027009	TTLL6 (ENSLAFG00000003368) #19	ENSLAFG00000026602	HOXB13 (ENSLAFG00000011262) #20	HOXB9 (ENSLAFG00000013600) #22	HOXB8 (ENSLAFG00000030682) #23	HOXB7 (ENSLAFG00000030637) #24	HOXB6 (ENSLAFG00000013593) #25	HOXB5 (ENSLAFG00000013590) #26	HOXB4 (ENSLAFG00000013588) #28	HOXB3 (ENSLAFG00000030335) #27	ENSLAFG00000030505	HOXB2 (ENSLAFG00000030161) #29	ENSLAFG00000031610 #30	SKAP1 (ENSLAFG00000018530) #31	SNX11 (ENSLAFG00000018529) #33	CBX1 (ENSLAFG00000018526) #34	NFE2L1 (ENSLAFG00000018523) #35	ENSLAFG00000015209 #36	ENSLAFG00000030284
Hyrax	MODERN SPECIES	6172																HOXB9 (ENSPCAG00000006263) #22	HOXB7 (ENSPCAG00000006250) #24	HOXB6 (ENSPCAG00000006197) #25	HOXB5 (ENSPCAG00000006172) #26	ENSPCAG00000006141
Tenrec	MODERN SPECIES	17485																HOXB9 (ENSETEG00000007854) #22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091.e #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Common wonbat	MODERN SPECIES	1037	SLC35B1 (ENSVURG00010007896)	SPOP (ENSVURG00010007867)	NXPH3 (ENSVURG00010007859)	NGFR (ENSVURG00010007851)	PHB1 (ENSVURG00010007822)	ZNF652 (ENSVURG00010007816)	PHOSPHO1 (ENSVURG00010007795) #7	ABI3 (ENSVURG00010007788) #8	GNGT2 (ENSVURG00010007781) #9	B4GALNT2 (ENSVURG00010007761) #10	IGF2BP1 (ENSVURG00010007702) #11	SNF8 (ENSVURG00010007691) #14	ENSVURG00010007663 #15	CALCOCO2 (ENSVURG00010007642) #17	HOXB13 (ENSVURG00010007629) #20	HOXB9 (ENSVURG00010007619) #22	HOXB8 (ENSVURG00010007609) #23	HOXB7 (ENSVURG00010007606) #24	HOXB6 (ENSVURG00010007602) #25	HOXB5 (ENSVURG00010007599) #26	HOXB4 (ENSVURG00010007589) #28	HOXB3 (ENSVURG00010007587) #27	HOXB2 (ENSVURG00010007579) #29	HOXB1 (ENSVURG00010007572) #30	SKAP1 (ENSVURG00010007559) #31	SNX11 (ENSVURG00010007541) #33	CBX1 (ENSVURG00010007537) #34	NFE2L1 (ENSVURG00010007465) #35	COPZ2 (ENSVURG00010007430) #36	CDK5RAP3 (ENSVURG00010007403) #37	PRR15L (ENSVURG00010007394)
koala	MODERN SPECIES	67	NGFR (ENSPCIG00000014398)	PHB1 (ENSPCIG00000013104)	ZNF652 (ENSPCIG00000013105)	ENSPCIG00000013106	PHOSPHO1 (ENSPCIG00000013107) #7	ABI3 (ENSPCIG00000013108) #8	GNGT2 (ENSPCIG00000013109) #9	B4GALNT2 (ENSPCIG00000003606) #10	IGF2BP1 (ENSPCIG00000013111) #11	SNF8 (ENSPCIG00000013302) #14	ENSPCIG00000013305 #15	ATP5MC1 (ENSPCIG00000013306) #16	CALCOCO2 (ENSPCIG00000010432) #17	TTLL6 (ENSPCIG00000030247) #19	HOXB13 (ENSPCIG00000030249) #20	HOXB9 (ENSPCIG00000030251) #22	HOXB7 (ENSPCIG00000000064) #24	HOXB6 (ENSPCIG00000000076) #25	HOXB5 (ENSPCIG00000031080) #26	HOXB4 (ENSPCIG00000000195) #28	HOXB3 (ENSPCIG00000000217) #27	HOXB2 (ENSPCIG00000000295) #29	HOXB1 (ENSPCIG00000033449) #30	SKAP1 (ENSPCIG00000000339) #31	SNX11 (ENSPCIG00000000612) #33	CBX1 (ENSPCIG00000000630) #34	NFE2L1 (ENSPCIG00000000720) #35	COPZ2 (ENSPCIG00000000757) #36	CDK5RAP3 (ENSPCIG00000000798) #37	PRR15L (ENSPCIG00000000814)	PNPO (ENSPCIG00000000828)
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	3	NXPH3 (ENSSHAG00000007677)	NGFR (ENSSHAG00000006168)	PHB1 (ENSSHAG00000025219)	PHOSPHO1 (ENSSHAG00000020969) #7	ABI3 (ENSSHAG00000023845) #8	ENSSHAG00000014937 #10	ENSSHAG00000014639 #10	IGF2BP1 (ENSSHAG00000014259) #11	ENSSHAG00000014119 #13	SNF8 (ENSSHAG00000013985) #14	UBE2Z (ENSSHAG00000020994) #15	ATP5MC1 (ENSSHAG00000013859) #16	CALCOCO2 (ENSSHAG00000022264) #17	TTLL6 (ENSSHAG00000013396) #19	HOXB13 (ENSSHAG00000013189) #20	HOXB9 (ENSSHAG00000012684) #22	HOXB8 (ENSSHAG00000023021) #23	HOXB7 (ENSSHAG00000022783) #24	HOXB5 (ENSSHAG00000024100) #26	HOXB3 (ENSSHAG00000031207) #27	HOXB2 (ENSSHAG00000012232) #29	HOXB1 (ENSSHAG00000012150) #30	ENSSHAG00000029678	SNX11 (ENSSHAG00000029423) #33	CBX1 (ENSSHAG00000023789) #34	NFE2L1 (ENSSHAG00000026195) #35	COPZ2 (ENSSHAG00000023675) #36	CDK5RAP3 (ENSSHAG00000006548) #37	PRR15L (ENSSHAG00000025985)	PNPO (ENSSHAG00000023730)	ENSSHAG00000005930
Opossum	MODERN SPECIES	1	ZNF652 (ENSMODG00000012215)	PHOSPHO1 (ENSMODG00000012217) #7	ABI3 (ENSMODG00000012233) #8	GNGT2 (ENSMODG00000048984) #9	B4GALNT2 (ENSMODG00000012242) #10	ENSMODG00000047325	IGF2BP1 (ENSMODG00000012268) #11	ENSMODG00000028269 #13	SNF8 (ENSMODG00000012276) #14	UBE2Z (ENSMODG00000046619) #15	ENSMODG00000012296	ENSMODG00000029509 #17	ENSMODG00000012306 #17	ENSMODG00000025670 #19	HOXB13 (ENSMODG00000012310) #20	HOXB9 (ENSMODG00000012329) #22	HOXB7 (ENSMODG00000044053) #24	HOXB6 (ENSMODG00000012334) #25	HOXB5 (ENSMODG00000012338) #26	HOXB4 (ENSMODG00000042083) #28	HOXB3 (ENSMODG00000012344) #27	HOXB2 (ENSMODG00000012347) #29	HOXB1 (ENSMODG00000046816) #30	SKAP1 (ENSMODG00000012360) #31	SNX11 (ENSMODG00000051179) #33	CBX1 (ENSMODG00000012368) #34	NFE2L1 (ENSMODG00000012375) #35	COPZ2 (ENSMODG00000012424) #36	CDK5RAP3 (ENSMODG00000012439) #37	PRR15L (ENSMODG00000024090)	PNPO (ENSMODG00000012446)
Platypus	MODERN SPECIES	2	ENSOANG00000043058	NGFR (ENSOANG00000000447)	PHB1 (ENSOANG00000003080)	ZNF652 (ENSOANG00000039038)	PHOSPHO1 (ENSOANG00000042855) #7	ABI3 (ENSOANG00000050932) #8	GNGT2 (ENSOANG00000037597) #9	B4GALNT2 (ENSOANG00000042946) #10	IGF2BP1 (ENSOANG00000014859) #11	SNF8 (ENSOANG00000050758) #14	UBE2Z (ENSOANG00000042370) #15	ATP5MC1 (ENSOANG00000049234) #16	ENSOANG00000021387 #17	ENSOANG00000007312 #19	HOXB13 (ENSOANG00000007689) #20	HOXB9 (ENSOANG00000005338) #22	HOXB8 (ENSOANG00000047281) #23	HOXB7 (ENSOANG00000051269) #24	HOXB6 (ENSOANG00000050952) #25	HOXB5 (ENSOANG00000051056) #26	HOXB4 (ENSOANG00000042426) #28	HOXB3 (ENSOANG00000039840) #27	HOXB2 (ENSOANG00000041050) #29	HOXB1 (ENSOANG00000010307) #30	ENSOANG00000044458	SKAP1 (ENSOANG00000010840) #31	ENSOANG00000039817 #33	CBX1 (ENSOANG00000049057) #34	NFE2L1 (ENSOANG00000043783) #35	ENSOANG00000048116 #37	PRR15L (ENSOANG00000013452)
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00730000110974	ENSGT01100000264939	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	91	NGFR (ENSTMTG00000008039)	ENSTMTG00000008034	PHB1 (ENSTMTG00000008017)	ZNF652 (ENSTMTG00000008012)	PHOSPHO1 (ENSTMTG00000008002) #7	ABI3 (ENSTMTG00000007978) #8	GNGT2 (ENSTMTG00000007963) #9	IGF2BP1 (ENSTMTG00000007859) #11	GIP (ENSTMTG00000007840) #13	SNF8 (ENSTMTG00000007821) #14	UBE2Z (ENSTMTG00000007812) #15	ATP5MC1 (ENSTMTG00000007797) #16	CALCOCO2 (ENSTMTG00000007745) #17	ENSTMTG00000007723 #19	HOXB13 (ENSTMTG00000007711) #20	HOXB9 (ENSTMTG00000007702) #22	HOXB8 (ENSTMTG00000007693) #23	HOXB7 (ENSTMTG00000007684) #24	HOXB6 (ENSTMTG00000007672) #25	HOXB5 (ENSTMTG00000007666) #26	HOXB4 (ENSTMTG00000007660) #28	HOXB3 (ENSTMTG00000007653) #27	HOXB2 (ENSTMTG00000007640) #29	HOXB1 (ENSTMTG00000007622) #30	SKAP1 (ENSTMTG00000007393) #31	SNX11 (ENSTMTG00000007347) #33	CBX1 (ENSTMTG00000007333) #34	NFE2L1 (ENSTMTG00000007320) #35	COPZ2 (ENSTMTG00000007271) #36	CDK5RAP3 (ENSTMTG00000007229) #37	PRR15L (ENSTMTG00000007217)
painted turtle	MODERN SPECIES	2394	NGFR (ENSCPBG00000027292)	ENSCPBG00000027294	PHB1 (ENSCPBG00000027296)	ZNF652 (ENSCPBG00000027302)	PHOSPHO1 (ENSCPBG00000027305) #7	ABI3 (ENSCPBG00000027308) #8	GNGT2 (ENSCPBG00000027311) #9	IGF2BP1 (ENSCPBG00000027315) #11	GIP (ENSCPBG00000027322) #13	SNF8 (ENSCPBG00000027324) #14	UBE2Z (ENSCPBG00000027326) #15	ATP5MC1 (ENSCPBG00000027327) #16	CALCOCO2 (ENSCPBG00000027328) #17	TTLL6 (ENSCPBG00000027332) #19	HOXB13 (ENSCPBG00000027335) #20	HOXB9 (ENSCPBG00000027339) #22	HOXB8 (ENSCPBG00000027340) #23	HOXB7 (ENSCPBG00000027341) #24	HOXB3 (ENSCPBG00000027344) #27	HOXB6 (ENSCPBG00000027348) #25	HOXB5 (ENSCPBG00000027349) #26	ENSCPBG00000027351	HOXB2 (ENSCPBG00000027352) #29	HOXB1 (ENSCPBG00000027354) #30	SKAP1 (ENSCPBG00000027357) #31	SNX11 (ENSCPBG00000027362) #33	CBX1 (ENSCPBG00000027366) #34	NFE2L1 (ENSCPBG00000027369) #35	COPZ2 (ENSCPBG00000027373) #36	CDK5RAP3 (ENSCPBG00000027376) #37	PRR15L (ENSCPBG00000027380)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b.i #10	ENSGT00390000006679.b.j #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	15	PHB1 (ENSGEVG00005011915)	ZNF652 (ENSGEVG00005018438)	PHOSPHO1 (ENSGEVG00005018428) #7	GNGT2 (ENSGEVG00005018400) #9	ABI3 (ENSGEVG00005018348) #8	ENSGEVG00005018310 #10	ENSGEVG00005018261 #10	IGF2BP1 (ENSGEVG00005018150) #11	ENSGEVG00005018109 #13	SNF8 (ENSGEVG00005018088) #14	UBE2Z (ENSGEVG00005018038) #15	ATP5MC1 (ENSGEVG00005018012) #16	CALCOCO2 (ENSGEVG00005017985) #17	ENSGEVG00005017952 #19	HOXB13 (ENSGEVG00005017930) #20	HOXB9 (ENSGEVG00005017896) #22	HOXB8 (ENSGEVG00005017871) #23	HOXB7 (ENSGEVG00005017847) #24	HOXB6 (ENSGEVG00005017822) #25	HOXB5 (ENSGEVG00005017800) #26	HOXB4 (ENSGEVG00005017783) #28	HOXB3 (ENSGEVG00005017763) #27	HOXB2 (ENSGEVG00005017753) #29	HOXB1 (ENSGEVG00005017735) #30	SKAP1 (ENSGEVG00005017712) #31	SNX11 (ENSGEVG00005017693) #33	CBX1 (ENSGEVG00005017682) #34	NFE2L1 (ENSGEVG00005017658) #35	COPZ2 (ENSGEVG00005017626) #36	CDK5RAP3 (ENSGEVG00005017600) #37	PRR15L (ENSGEVG00005017586)
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	1609	PHB1 (ENSCABG00000003081)	ZNF652 (ENSCABG00000003079)	PHOSPHO1 (ENSCABG00000003074) #7	ENSCABG00000003068 #8	GNGT2 (ENSCABG00000003055) #9	ENSCABG00000002867 #10	ENSCABG00000002782 #10	IGF2BP1 (ENSCABG00000002771) #11	GIP (ENSCABG00000002769) #13	SNF8 (ENSCABG00000002767) #14	UBE2Z (ENSCABG00000002765) #15	ATP5MC1 (ENSCABG00000002763) #16	CALCOCO2 (ENSCABG00000002761) #17	TTLL6 (ENSCABG00000002759) #19	HOXB13 (ENSCABG00000002758) #20	HOXB9 (ENSCABG00000002754) #22	HOXB8 (ENSCABG00000002750) #23	HOXB7 (ENSCABG00000002742) #24	HOXB6 (ENSCABG00000002738) #25	HOXB5 (ENSCABG00000002737) #26	HOXB4 (ENSCABG00000002736) #28	HOXB3 (ENSCABG00000002733) #27	HOXB2 (ENSCABG00000002731) #29	HOXB1 (ENSCABG00000002728) #30	SKAP1 (ENSCABG00000002721) #31	SNX11 (ENSCABG00000002717) #33	CBX1 (ENSCABG00000002713) #34	NFE2L1 (ENSCABG00000002708) #35	COPZ2 (ENSCABG00000002681) #36	CDK5RAP3 (ENSCABG00000002680) #37	PRR15L (ENSCABG00000002679)
Chinese turtle	MODERN SPECIES	873	NXPH3 (ENSPSIG00000001781)	NGFR (ENSPSIG00000004515)	PHB1 (ENSPSIG00000004526)	ZNF652 (ENSPSIG00000004682)	PHOSPHO1 (ENSPSIG00000004701) #7	ABI3 (ENSPSIG00000004779) #8	GNGT2 (ENSPSIG00000004780) #9	B4GALNT2 (ENSPSIG00000004798) #10	IGF2BP1 (ENSPSIG00000005175) #11	ENSPSIG00000005451 #13	SNF8 (ENSPSIG00000005459) #14	ENSPSIG00000005879	CALCOCO2 (ENSPSIG00000006041) #17	ENSPSIG00000006373 #20	TTLL6 (ENSPSIG00000006379) #19	HOXB9 (ENSPSIG00000007113) #22	HOXB8 (ENSPSIG00000007118) #23	HOXB7 (ENSPSIG00000007133) #24	HOXB6 (ENSPSIG00000007278) #25	HOXB5 (ENSPSIG00000007287) #26	HOXB4 (ENSPSIG00000007302) #28	HOXB3 (ENSPSIG00000007309) #27	HOXB1 (ENSPSIG00000007311) #30	ENSPSIG00000001784	SKAP1 (ENSPSIG00000007314) #31	SNX11 (ENSPSIG00000007556) #33	CBX1 (ENSPSIG00000007751) #34	ENSPSIG00000007945 #35	COPZ2 (ENSPSIG00000008186) #36
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	60	NGFR (ENSCPRG00005007361)	PHB1 (ENSCPRG00005007358)	ZNF652 (ENSCPRG00005007345)	PHOSPHO1 (ENSCPRG00005007340) #7	GNGT2 (ENSCPRG00005007334) #9	ABI3 (ENSCPRG00005007322) #8	IGF2BP1 (ENSCPRG00005007311) #11	GIP (ENSCPRG00005007298) #13	SNF8 (ENSCPRG00005007296) #14	UBE2Z (ENSCPRG00005007294) #15	ATP5MC1 (ENSCPRG00005007292) #16	ENSCPRG00005007273 #17	TTLL6 (ENSCPRG00005007263) #19	ENSCPRG00005007261	HOXB13 (ENSCPRG00005007259) #20	HOXB9 (ENSCPRG00005007240) #22	HOXB8 (ENSCPRG00005007236) #23	HOXB7 (ENSCPRG00005007234) #24	HOXB6 (ENSCPRG00005007226) #25	HOXB5 (ENSCPRG00005007222) #26	HOXB4 (ENSCPRG00005007218) #28	HOXB3 (ENSCPRG00005007217) #27	HOXB2 (ENSCPRG00005007216) #29	HOXB1 (ENSCPRG00005007211) #30	SKAP1 (ENSCPRG00005007201) #31	SNX11 (ENSCPRG00005007185) #33	CBX1 (ENSCPRG00005007181) #34	NFE2L1 (ENSCPRG00005007178) #35	COPZ2 (ENSCPRG00005007172) #36	CDK5RAP3 (ENSCPRG00005007163) #37	PRR15L (ENSCPRG00005007160)
Aves	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
African ostrich	MODERN SPECIES	625								PHB1 (ENSSCUG00000008422)	ZNF652 (ENSSCUG00000008426)	GNGT2 (ENSSCUG00000008427) #9	IGF2BP1 (ENSSCUG00000008429) #11	GIP (ENSSCUG00000008435) #13	SNF8 (ENSSCUG00000008438) #14	UBE2Z (ENSSCUG00000008440) #15	CALCOCO2 (ENSSCUG00000008444) #17	HOXB9 (ENSSCUG00000008450) #22	HOXB8 (ENSSCUG00000008451) #23	HOXB7 (ENSSCUG00000008454) #24	HOXB5 (ENSSCUG00000008457) #26	HOXB4 (ENSSCUG00000008461) #28	HOXB3 (ENSSCUG00000008463) #27	HOXB2 (ENSSCUG00000008465) #29	HOXB1 (ENSSCUG00000008466) #30	SKAP1 (ENSSCUG00000008467) #31	SNX11 (ENSSCUG00000008468) #33	CBX1 (ENSSCUG00000008469) #34	NFE2L1 (ENSSCUG00000008470) #35	ENSSCUG00000008471 #37	ENSSCUG00000008472 #37	PRR15L (ENSSCUG00000008473)	PNPO (ENSSCUG00000008474)
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	23				ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	70			ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	305				PHB1 (ENSABRG00000021477)	ZNF652 (ENSABRG00000021483)	PHOSPHO1 (ENSABRG00000021486) #7	ABI3 (ENSABRG00000021488) #8	GNGT2 (ENSABRG00000021492) #9	IGF2BP1 (ENSABRG00000000212) #11	GIP (ENSABRG00000000246) #13	SNF8 (ENSABRG00000000286) #14	UBE2Z (ENSABRG00000000335) #15	ATP5MC1 (ENSABRG00000000359) #16	CALCOCO2 (ENSABRG00000000383) #17	HOXB13 (ENSABRG00000000421) #20	HOXB9 (ENSABRG00000000456) #22	HOXB8 (ENSABRG00000000461) #23	HOXB7 (ENSABRG00000000473) #24	HOXB6 (ENSABRG00000000480) #25	HOXB5 (ENSABRG00000000485) #26	HOXB4 (ENSABRG00000000495) #28	HOXB3 (ENSABRG00000000506) #27	HOXB2 (ENSABRG00000000517) #29	HOXB1 (ENSABRG00000000522) #30	SKAP1 (ENSABRG00000000558) #31	SNX11 (ENSABRG00000000576) #33	CBX1 (ENSABRG00000000584) #34	NFE2L1 (ENSABRG00000000594) #35	ENSABRG00000000606 #36	CDK5RAP3 (ENSABRG00000000636) #37	PNPO (ENSABRG00000000676)
Duck	MODERN SPECIES	19	KAT7 (ENSAPLG00000006744)	FAM117A (ENSAPLG00000006920)	SLC35B1 (ENSAPLG00000020918)	SPOP (ENSAPLG00000007134)	ZNF652 (ENSAPLG00000012036)	PHOSPHO1 (ENSAPLG00000012201) #7	ENSAPLG00000021605 #8	ENSAPLG00000022532 #8	GNGT2 (ENSAPLG00000012604) #9	IGF2BP1 (ENSAPLG00000012620) #11	GIP (ENSAPLG00000013204) #13	SNF8 (ENSAPLG00000031118) #14	ENSAPLG00000013301	ENSAPLG00000013396 #17	HOXB13 (ENSAPLG00000023394) #20	HOXB9 (ENSAPLG00000013604) #22	HOXB8 (ENSAPLG00000013614) #23	HOXB7 (ENSAPLG00000013643) #24	HOXB6 (ENSAPLG00000013649) #25	HOXB5 (ENSAPLG00000013657) #26	HOXB4 (ENSAPLG00000013669) #28	HOXB3 (ENSAPLG00000018688) #27	HOXB2 (ENSAPLG00000022580) #29	HOXB1 (ENSAPLG00000018179) #30	SKAP1 (ENSAPLG00000007983) #31
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000158142	ENSGT00940000155510	ENSGT00940000172611	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000154018.a	ENSGT00940000158142	ENSGT00940000155510	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219
Chicken	MODERN SPECIES	19	MEOX1 (ENSGALG00010024300)	ETV4 (ENSGALG00010024333)	DHX8 (ENSGALG00010024362)	PHB1 (ENSGALG00010024398)	ZNF652 (ENSGALG00010024430)	PHOSPHO1 (ENSGALG00010024451) #7	ABI3 (ENSGALG00010024497) #8	GNGT2 (ENSGALG00010024500) #9	IGF2BP1 (ENSGALG00010024697) #11	GIP (ENSGALG00010026239) #13	SNF8 (ENSGALG00010026298) #14	UBE2Z (ENSGALG00010026856) #15	ATP5MC1 (ENSGALG00010026305) #16	ENSGALG00010026334 #17	HOXB13 (ENSGALG00010026052) #20	HOXB9 (ENSGALG00010026782) #22	ENSGALG00010023374 #23	HOXB8 (ENSGALG00010021446) #23	HOXB7 (ENSGALG00010023381) #24	HOXB6 (ENSGALG00010023383) #25	HOXB5 (ENSGALG00010023394) #26	HOXB4 (ENSGALG00010023415) #28	HOXB3 (ENSGALG00010023428) #27	HOXB2 (ENSGALG00010023438) #29	HOXB1 (ENSGALG00010023454) #30	SKAP1 (ENSGALG00010021479) #31	SNX11 (ENSGALG00010021554) #33	CBX1 (ENSGALG00010021565) #34	NFE2L1 (ENSGALG00010021583) #35	CDK5RAP3 (ENSGALG00010023706) #37	PRR15L (ENSGALG00010023722)
Turkey	MODERN SPECIES	350																ENSMGAG00000018851 #22
Japanese quail	MODERN SPECIES	19	ETV4 (ENSCJPG00005019343)	DHX8 (ENSCJPG00005019345)	ENSCJPG00005019346	PHB1 (ENSCJPG00005019348)	ZNF652 (ENSCJPG00005019351)	PHOSPHO1 (ENSCJPG00005019352) #7	ABI3 (ENSCJPG00005019354) #8	GNGT2 (ENSCJPG00005019355) #9	IGF2BP1 (ENSCJPG00005019356) #11	GIP (ENSCJPG00005019357) #13	SNF8 (ENSCJPG00005019359) #14	UBE2Z (ENSCJPG00005019360) #15	ENSCJPG00005019361	ENSCJPG00005019362 #17	HOXB13 (ENSCJPG00005019363) #20	HOXB9 (ENSCJPG00005019365) #22	HOXB8 (ENSCJPG00005019366) #23	HOXB7 (ENSCJPG00005019367) #24	HOXB6 (ENSCJPG00005019368) #25	HOXB5 (ENSCJPG00005019369) #26	HOXB4 (ENSCJPG00005019371) #28	HOXB3 (ENSCJPG00005019372) #27	HOXB2 (ENSCJPG00005019373) #29	HOXB1 (ENSCJPG00005019374) #30	SKAP1 (ENSCJPG00005019375) #31	SNX11 (ENSCJPG00005019376) #33	CBX1 (ENSCJPG00005019377) #34	NFE2L1 (ENSCJPG00005019378) #35	CDK5RAP3 (ENSCJPG00005019379) #37	PRR15L (ENSCJPG00005019386)	SP2 (ENSCJPG00005019387)
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Golden eagle	MODERN SPECIES	24	SPOP (ENSACCG00020006096)	NXPH3 (ENSACCG00020006088)	NGFR (ENSACCG00020006079)	PHB1 (ENSACCG00020006063)	ZNF652 (ENSACCG00020006049)	PHOSPHO1 (ENSACCG00020006039) #7	ABI3 (ENSACCG00020006027) #8	GNGT2 (ENSACCG00020006019) #9	IGF2BP1 (ENSACCG00020006001) #11	GIP (ENSACCG00020005975) #13	SNF8 (ENSACCG00020005957) #14	UBE2Z (ENSACCG00020005940) #15	ENSACCG00020005924	CALCOCO2 (ENSACCG00020005903) #17	HOXB13 (ENSACCG00020005876) #20	HOXB9 (ENSACCG00020005856) #22	HOXB8 (ENSACCG00020005840) #23	HOXB7 (ENSACCG00020005829) #24	HOXB6 (ENSACCG00020005822) #25	HOXB5 (ENSACCG00020005810) #26	HOXB4 (ENSACCG00020005789) #28	HOXB3 (ENSACCG00020005780) #27	HOXB2 (ENSACCG00020005767) #29	HOXB1 (ENSACCG00020005760) #30	ENSACCG00020005744	SKAP1 (ENSACCG00020005684) #31	SNX11 (ENSACCG00020005654) #33	CBX1 (ENSACCG00020005635) #34	NFE2L1 (ENSACCG00020005624) #35	ENSACCG00020005600	CDK5RAP3 (ENSACCG00020005558) #37
Kakapo	MODERN SPECIES	12	ENSSHBG00005014406	NXPH3 (ENSSHBG00005014412)	NGFR (ENSSHBG00005014418)	PHB1 (ENSSHBG00005014430)	ZNF652 (ENSSHBG00005014438)	PHOSPHO1 (ENSSHBG00005014444) #7	ABI3 (ENSSHBG00005014450) #8	GNGT2 (ENSSHBG00005014459) #9	IGF2BP1 (ENSSHBG00005014472) #11	GIP (ENSSHBG00005014482) #13	SNF8 (ENSSHBG00005014495) #14	UBE2Z (ENSSHBG00005014518) #15	ENSSHBG00005014527	ENSSHBG00005014537 #17	HOXB13 (ENSSHBG00005014551) #20	HOXB9 (ENSSHBG00005014566) #22	HOXB8 (ENSSHBG00005014570) #23	HOXB7 (ENSSHBG00005014576) #24	HOXB5 (ENSSHBG00005014586) #26	HOXB6 (ENSSHBG00005014592) #25	ENSSHBG00005014606	HOXB3 (ENSSHBG00005014612) #27	HOXB2 (ENSSHBG00005014624) #29	HOXB1 (ENSSHBG00005014632) #30	SKAP1 (ENSSHBG00005014653) #31	ENSSHBG00005014697 #33	CBX1 (ENSSHBG00005014707) #34	NFE2L1 (ENSSHBG00005014718) #35	COPZ2 (ENSSHBG00005014730) #36	JUP (ENSSHBG00005014758)	P3H4 (ENSSHBG00005014770)
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	29																ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000158988.a.b	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590
Great tit	MODERN SPECIES	20	DCAF7 (ENSPMJG00000017617)	MAP3K3 (ENSPMJG00000017620)	LIMD2 (ENSPMJG00000017621)	ENSPMJG00000017623	STRADA (ENSPMJG00000017624)	CCDC47 (ENSPMJG00000017669)	DDX42 (ENSPMJG00000017670)	ENSPMJG00000017671	ENSPMJG00000017672	CDC27 (ENSPMJG00000017673)	KANSL1 (ENSPMJG00000017676)	MAPT (ENSPMJG00000017677)	SLC25A39 (ENSPMJG00000017678)	SLC4A1 (ENSPMJG00000017680)	UBTF (ENSPMJG00000017681)	HOXB9 (ENSPMJG00000017682) #22	HOXB7 (ENSPMJG00000017683) #24	HOXB5 (ENSPMJG00000017684) #26	KPNB1 (ENSPMJG00000017685)	NPEPPS (ENSPMJG00000017741)	ENSPMJG00000017756	ENSPMJG00000017757	ENSPMJG00000017758	CACNB1 (ENSPMJG00000017759)	RPL19 (ENSPMJG00000017760)	ENSPMJG00000017761	FBXL20 (ENSPMJG00000017762)	MED1 (ENSPMJG00000017905)	CDK12 (ENSPMJG00000017906)	NEUROD2 (ENSPMJG00000017908)	PPP1R1B (ENSPMJG00000017909)
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	25																ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000158988.a.b	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498
Flycatcher	MODERN SPECIES	203																ENSFALG00000014109 #22
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	50																ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000158988.a.b	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498
Medium ground finch	MODERN SPECIES	355																HOXB9 (ENSGFOG00000006874) #22	HOXB8 (ENSGFOG00000006868) #23	HOXB7 (ENSGFOG00000006860) #24	HOXB5 (ENSGFOG00000006853) #26	ENSGFOG00000006845	SKAP1 (ENSGFOG00000006834) #31	CBX1 (ENSGFOG00000006831) #34	NFE2L1 (ENSGFOG00000006827) #35
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	49																ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000158988.a.b	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498
Common canary	MODERN SPECIES	419																ENSSCAG00000000149 #22
Zebra finch	MODERN SPECIES	20	ENSTGUG00000019116	KAT7 (ENSTGUG00000001873)	SLC35B1 (ENSTGUG00000001866)	SPOP (ENSTGUG00000023775)	NXPH3 (ENSTGUG00000020057)	NGFR (ENSTGUG00000021536)	PHB1 (ENSTGUG00000003470)	ZNF652 (ENSTGUG00000003462)	PHOSPHO1 (ENSTGUG00000022673) #7	ABI3 (ENSTGUG00000027023) #8	IGF2BP1 (ENSTGUG00000016237) #11	ATP5MC1 (ENSTGUG00000026753) #16	UBE2Z (ENSTGUG00000027782) #15	ENSTGUG00000027404	ENSTGUG00000026217	HOXB9 (ENSTGUG00000003448) #22	HOXB8 (ENSTGUG00000003441) #23	ENSTGUG00000020107 #24	HOXB6 (ENSTGUG00000003435) #25	HOXB5 (ENSTGUG00000003430) #26	ENSTGUG00000021689	HOXB2 (ENSTGUG00000022054) #29	HOXB1 (ENSTGUG00000025694) #30	SKAP1 (ENSTGUG00000029482) #31	ENSTGUG00000026594 #33	NFE2L1 (ENSTGUG00000014715) #35	CDK5RAP3 (ENSTGUG00000016909) #37	PNPO (ENSTGUG00000027633)	SP2 (ENSTGUG00000024446)	SP6 (ENSTGUG00000027194)	SCRN2 (ENSTGUG00000021900)
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.c.a ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
tuatara	MODERN SPECIES	1118	PHB1 (ENSSPUG00000006915)	ZNF652 (ENSSPUG00000006896)	PHOSPHO1 (ENSSPUG00000006890) #7	ENSSPUG00000006883 #8	ENSSPUG00000006866 #8	GNGT2 (ENSSPUG00000006845) #9	ENSSPUG00000006744 #10	ENSSPUG00000006590 #10	IGF2BP1 (ENSSPUG00000006526) #11	ENSSPUG00000006512 #14	ENSSPUG00000006503	UBE2Z (ENSSPUG00000006500) #15	ENSSPUG00000006493	ENSSPUG00000006484 #17	TTLL6 (ENSSPUG00000006396) #19	HOXB9 (ENSSPUG00000006346) #22	HOXB8 (ENSSPUG00000006333) #23	HOXB7 (ENSSPUG00000006323) #24	HOXB6 (ENSSPUG00000006308) #25	HOXB4 (ENSSPUG00000006280) #28	HOXB3 (ENSSPUG00000006266) #27	FLRT1 (ENSSPUG00000006188)	MACROD1 (ENSSPUG00000006177)	STIP1 (ENSSPUG00000006129)	FERMT3 (ENSSPUG00000005869)	NUDT22 (ENSSPUG00000005809)	DNAJC4 (ENSSPUG00000005787)	FKBP2 (ENSSPUG00000005764)	PPP1R14B (ENSSPUG00000005736)	PLCB3 (ENSSPUG00000005615)	ENSSPUG00000005596
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000183070.a.b.eb	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000165938	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.c.a ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000183070.a.b.eb	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000165938	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.c.a ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380.d.a #8	ENSGT00940000161380.c #8	ENSGT00940000161380.d.b #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000165938	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230.g #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.c.a ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00950000183070.a.b.eb	ENSGT00940000157416.q	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380.c #8	ENSGT00940000161380.d.b #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000165938	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230.g #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.c.a ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b.eb	ENSGT00940000157416.q	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380.c #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT01100000263641.a	ENSGT00960000191601	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529.g #23	ENSGT00940000161230.g #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.c.a ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	29	ZNF652 (ENSNSUG00000007405)	PHOSPHO1 (ENSNSUG00000007407) #7	ABI3 (ENSNSUG00000007411) #8	GNGT2 (ENSNSUG00000007414) #9	IGF2BP1 (ENSNSUG00000007416) #11	ENSNSUG00000007425 #13	SNF8 (ENSNSUG00000007427) #14	UBE2Z (ENSNSUG00000007428) #15	ATP5MC1 (ENSNSUG00000007429) #16	ENSNSUG00000007431 #17	ENSNSUG00000007433	ENSNSUG00000007436	ENSNSUG00000007438	ENSNSUG00000007439 #19	HOXB13 (ENSNSUG00000007440) #20	HOXB9 (ENSNSUG00000007441) #22	ENSNSUG00000007442 #23	ENSNSUG00000007443 #24	HOXB6 (ENSNSUG00000007444) #25	HOXB5 (ENSNSUG00000007445) #26	HOXB4 (ENSNSUG00000007447) #28	HOXB3 (ENSNSUG00000007448) #27	HOXB2 (ENSNSUG00000007449) #29	HOXB1 (ENSNSUG00000007450) #30	SKAP1 (ENSNSUG00000007452) #31	SNX11 (ENSNSUG00000007454) #33	ENSNSUG00000007455 ##34	NFE2L1 (ENSNSUG00000007456) #35	COPZ2 (ENSNSUG00000007459) #36	CDK5RAP3 (ENSNSUG00000007503) #37	PRR15L (ENSNSUG00000007504)
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	49	NXPH3 (ENSPTXG00000013865)	NGFR (ENSPTXG00000013867)	ENSPTXG00000013869	ZNF652 (ENSPTXG00000013871)	PHOSPHO1 (ENSPTXG00000013872) #7	ABI3 (ENSPTXG00000013874) #8	ENSPTXG00000013875	IGF2BP1 (ENSPTXG00000013878) #11	SNF8 (ENSPTXG00000013881) #14	UBE2Z (ENSPTXG00000013882) #15	ATP5MC1 (ENSPTXG00000013884) #16	ENSPTXG00000013886 #17	ENSPTXG00000013887	ENSPTXG00000013890	HOXB13 (ENSPTXG00000013892) #20	HOXB9 (ENSPTXG00000013894) #22	ENSPTXG00000013896 #23	ENSPTXG00000013897 #24	HOXB6 (ENSPTXG00000013898) #25	HOXB5 (ENSPTXG00000013900) #26	HOXB4 (ENSPTXG00000013902) #28	HOXB3 (ENSPTXG00000013904) #27	HOXB2 (ENSPTXG00000013905) #29	HOXB1 (ENSPTXG00000013906) #30	ENSPTXG00000013907	SKAP1 (ENSPTXG00000013908) #31	SNX11 (ENSPTXG00000013909) #33	ENSPTXG00000013911 ##34	NFE2L1 (ENSPTXG00000013912) #35	COPZ2 (ENSPTXG00000013913) #36	CDK5RAP3 (ENSPTXG00000013914) #37
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	9907																HOXB9 (ENSLLTG00000013388) #22	HOXB8 (ENSLLTG00000013376) #23	HOXB7 (ENSLLTG00000013372) #24	HOXB6 (ENSLLTG00000013367) #25	HOXB5 (ENSLLTG00000013362) #26	HOXB4 (ENSLLTG00000013356) #28	HOXB3 (ENSLLTG00000013351) #27	HOXB2 (ENSLLTG00000013346) #29	HOXB1 (ENSLLTG00000013341) #30
Indian cobra	MODERN SPECIES	337	ENSNNAG00000009883	ENSNNAG00000009859	PHOSPHO1 (ENSNNAG00000009831) #7	ENSNNAG00000009817 #8	ENSNNAG00000009796 #8	GNGT2 (ENSNNAG00000009770) #9	B4GALNT2 (ENSNNAG00000009682) #10	IGF2BP1 (ENSNNAG00000009591) #11	SNF8 (ENSNNAG00000009568) #14	UBE2Z (ENSNNAG00000009539) #15	ATP5MC1 (ENSNNAG00000009523) #16	ENSNNAG00000009498 #17	ENSNNAG00000009486	ENSNNAG00000009471	HOXB13 (ENSNNAG00000009423) #20	HOXB9 (ENSNNAG00000009384) #22	HOXB8 (ENSNNAG00000009361) #23	HOXB7 (ENSNNAG00000009344) #24	HOXB6 (ENSNNAG00000009328) #25	HOXB5 (ENSNNAG00000009308) #26	HOXB4 (ENSNNAG00000009277) #28	HOXB3 (ENSNNAG00000009256) #27	HOXB2 (ENSNNAG00000009232) #29	HOXB1 (ENSNNAG00000009145) #30	SNX11 (ENSNNAG00000009074) #33	ENSNNAG00000009045 ##34	NFE2L1 (ENSNNAG00000009022) #35	COPZ2 (ENSNNAG00000008924) #36	CDK5RAP3 (ENSNNAG00000008878) #37	PRR15L (ENSNNAG00000008859)	PNPO (ENSNNAG00000008837)
Lizard	MODERN SPECIES	5	PHOSPHO1 (ENSACAG00000006108) #7	ENSACAG00000006110 #8	GNGT2 (ENSACAG00000041539) #9	ENSACAG00000041178	ENSACAG00000034571	ENSACAG00000006165 #10	IGF2BP1 (ENSACAG00000006199) #11	ENSACAG00000006291 #13	SNF8 (ENSACAG00000036858) #14	UBE2Z (ENSACAG00000006311) #15	ENSACAG00000042101	ATP5MC1 (ENSACAG00000035288) #16	ENSACAG00000006352 #17	ENSACAG00000035828	TTLL6 (ENSACAG00000006363) #19	HOXB9 (ENSACAG00000040887) #22	HOXB8 (ENSACAG00000036553) #23	HOXB7 (ENSACAG00000041279) #24	HOXB6 (ENSACAG00000034900) #25	HOXB5 (ENSACAG00000042998) #26	HOXB4 (ENSACAG00000006499) #28	HOXB3 (ENSACAG00000006508) #27	HOXB2 (ENSACAG00000006521) #29	HOXB1 (ENSACAG00000035547) #30	ENSACAG00000041448	ENSACAG00000034966	SKAP1 (ENSACAG00000006534) #31	SNX11 (ENSACAG00000006556) #33	ENSACAG00000006594 ##34	NFE2L1 (ENSACAG00000006615) #35	COPZ2 (ENSACAG00000006651) #36
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00950000183070.a.b.eb	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a #7	ENSGT00940000161380 #8	ENSGT01100000263525.b.a #9	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000160427 #11	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843.cb #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000154298.a.b #16	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000165938.a	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152.c.a ##34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	32	PHB1 (ENSSMRG00000021805)	ZNF652 (ENSSMRG00000021807)	PHOSPHO1 (ENSSMRG00000021809) #7	ABI3 (ENSSMRG00000021810) #8	GNGT2 (ENSSMRG00000021812) #9	B4GALNT2 (ENSSMRG00000021814) #10	IGF2BP1 (ENSSMRG00000021826) #11	SNF8 (ENSSMRG00000021827) #14	UBE2Z (ENSSMRG00000021828) #15	ENSSMRG00000021829	CALCOCO2 (ENSSMRG00000021830) #17	ENSSMRG00000021831	ENSSMRG00000021832	ENSSMRG00000021833 #19	HOXB13 (ENSSMRG00000021834) #20	HOXB9 (ENSSMRG00000021835) #22	HOXB8 (ENSSMRG00000021836) #23	HOXB7 (ENSSMRG00000021837) #24	HOXB6 (ENSSMRG00000021838) #25	HOXB5 (ENSSMRG00000021839) #26	HOXB4 (ENSSMRG00000021841) #28	HOXB3 (ENSSMRG00000021842) #27	HOXB2 (ENSSMRG00000021844) #29	HOXB1 (ENSSMRG00000021845) #30	SKAP1 (ENSSMRG00000021847) #31	SNX11 (ENSSMRG00000021848) #33	CBX1 (ENSSMRG00000021849) ##34	NFE2L1 (ENSSMRG00000021850) #35	COPZ2 (ENSSMRG00000021851) #36	CDK5RAP3 (ENSSMRG00000021852) #37	PRR15L (ENSSMRG00000021853)
Common wall lizard	MODERN SPECIES	4	ZNF652 (ENSPMRG00000013044)	PHOSPHO1 (ENSPMRG00000013052) #7	ABI3 (ENSPMRG00000013058) #8	GNGT2 (ENSPMRG00000013069) #9	ENSPMRG00000013076 #10	IGF2BP1 (ENSPMRG00000013095) #11	ENSPMRG00000013106 #13	SNF8 (ENSPMRG00000013111) #14	UBE2Z (ENSPMRG00000013116) #15	ENSPMRG00000013122 #16	ENSPMRG00000013127 #17	ENSPMRG00000013134	ENSPMRG00000013136	ENSPMRG00000013141	TTLL6 (ENSPMRG00000013146) #19	HOXB9 (ENSPMRG00000013158) #22	HOXB8 (ENSPMRG00000013160) #23	HOXB7 (ENSPMRG00000013164) #24	HOXB6 (ENSPMRG00000013165) #25	HOXB5 (ENSPMRG00000013170) #26	HOXB4 (ENSPMRG00000013173) #28	HOXB3 (ENSPMRG00000013178) #27	HOXB2 (ENSPMRG00000013183) #29	HOXB1 (ENSPMRG00000013189) #30	ENSPMRG00000013192	CBX1 (ENSPMRG00000013202) ##34	SNX11 (ENSPMRG00000013221) #33	NFE2L1 (ENSPMRG00000013246) #35	ENSPMRG00000013258	COPZ2 (ENSPMRG00000013275) #36	CDK5RAP3 (ENSPMRG00000013294) #37
Anura	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000018118	ENSGT00400000024545	ENSGT00940000160455	ENSGT00940000160663	ENSGT00940000157086.b	ENSGT00940000160096	ENSGT00940000159787	ENSGT00940000157106	ENSGT01090000260040.b.a.b	ENSGT00940000158934	ENSGT00940000160902	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152 #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.a
Frog	MODERN SPECIES	1	ENSXETG00000047148	ENSXETG00000034573	sdc4 (ENSXETG00000022838)	matn4 (ENSXETG00000022834)	kcns1 (ENSXETG00000027345)	stk4 (ENSXETG00000022832)	pabpc1l (ENSXETG00000022831)	ywhab (ENSXETG00000022830)	rims4 (ENSXETG00000044345)	ENSXETG00000034484	kcnk15 (ENSXETG00000038181)	gip (ENSXETG00000031431) #13	snf8 (ENSXETG00000022819) #14	ube2z (ENSXETG00000043685) #15	calcoco2 (ENSXETG00000022806) #17	hoxb9 (ENSXETG00000043711) #22	hoxb8 (ENSXETG00000021993) #23	hoxb6 (ENSXETG00000021987) #25	hoxb5 (ENSXETG00000021978) #26	hoxb4 (ENSXETG00000021973) #28	hoxb3 (ENSXETG00000021967) #27	hoxb2 (ENSXETG00000027353) #29	hoxb1 (ENSXETG00000049208) #30	skap1 (ENSXETG00000027357) #31	snx11 (ENSXETG00000038807) #33	cbx1 (ENSXETG00000021962) #34	nfe2l1 (ENSXETG00000021958) #35	copz2 (ENSXETG00000021957) #36	prr15l (ENSXETG00000032726)	cdk5rap3 (ENSXETG00000027359) #37	XB5788060 [provisional] (ENSXETG00000027360)
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	3	ENSLLEG00000025346	GDF5 (ENSLLEG00000025320)	ENSLLEG00000025298	SDC4 (ENSLLEG00000025232)	MATN4 (ENSLLEG00000025093)	KCNS1 (ENSLLEG00000024857)	ENSLLEG00000024616	PABPC1L (ENSLLEG00000024384)	YWHAB (ENSLLEG00000024333)	RIMS4 (ENSLLEG00000024242)	KCNK15 (ENSLLEG00000024208)	ENSLLEG00000024142 #13	SNF8 (ENSLLEG00000023829) #14	UBE2Z (ENSLLEG00000023729) #15	ENSLLEG00000023455 #17	HOXB9 (ENSLLEG00000023395) #22	HOXB8 (ENSLLEG00000023318) #23	HOXB7 (ENSLLEG00000023272) #24	HOXB6 (ENSLLEG00000023245) #25	HOXB5 (ENSLLEG00000023222) #26	ENSLLEG00000023190	HOXB3 (ENSLLEG00000023143) #27	HOXB2 (ENSLLEG00000023108) #29	HOXB1 (ENSLLEG00000023048) #30	SKAP1 (ENSLLEG00000022705) #31	SNX11 (ENSLLEG00000022564) #33	CBX1 (ENSLLEG00000022470) #34	NFE2L1 (ENSLLEG00000022364) #35	COPZ2 (ENSLLEG00000022282) #36	CDK5RAP3 (ENSLLEG00000022067) #37	PRR15L (ENSLLEG00000022006)
Coelacanth	MODERN SPECIES	278	TBKBP1 (ENSLACG00000017427)	ENSLACG00000017287	TBX21 (ENSLACG00000016985)	OSBPL7 (ENSLACG00000016893)	MRPL10 (ENSLACG00000016860)	LRRC46 (ENSLACG00000022295)	igf2bp1 (ENSLACG00000016755)	SNF8 (ENSLACG00000016411) #14	UBE2Z (ENSLACG00000016325) #15	ATP5MC1 (ENSLACG00000016305) #16	ENSLACG00000016150 #17	TTLL6 (ENSLACG00000015912) #19	ENSLACG00000015759	HOXB13 (ENSLACG00000015543) #20	hoxb10a (ENSLACG00000015207)	HOXB9 (ENSLACG00000015129) #22	HOXB8 (ENSLACG00000015099) #23	HOXB7 (ENSLACG00000015078) #24	HOXB6 (ENSLACG00000014999) #25	ENSLACG00000014942	HOXB3 (ENSLACG00000014824) #27	HOXB2 (ENSLACG00000014790) #29	HOXB1 (ENSLACG00000014698) #30	SNX11 (ENSLACG00000011068) #33	CBX1 (ENSLACG00000010753) #34	NFE2L1 (ENSLACG00000009960) #35	COPZ2 (ENSLACG00000009416) #36	CDK5RAP3 (ENSLACG00000007698) #37	ENSLACG00000007611	ENSLACG00000007610	PRR15L (ENSLACG00000007448)
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000155557	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292	ENSGT00940000160548	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000177404	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000165637	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152 #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##35	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	128		ENSGT00940000159590	ENSGT00940000156314	ENSGT00940000160776	ENSGT00390000012679	ENSGT00940000155246	ENSGT00550000074898	ENSGT00940000157439	ENSGT00940000172406	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000165637	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354 #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000159503 #30	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00940000154152 #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##35	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00390000000713 #37
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000177404	ENSGT00390000005121 #13	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000165499.a	ENSGT00550000074898	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000165637	ENSGT00940000161434 #19	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354.d #26	ENSGT00940000158354.c #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000154152.a #34	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00750000118756.a	ENSGT00390000000713 #37	ENSGT00940000154534.b.b
Osteoglossiformes	DUPLICATION
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	43			ENSGT00940000156395	ENSGT00940000162183	ENSGT00530000063498.A	ENSGT00940000155557	ENSGT00940000160144.a	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.c	ENSGT00940000154957.A.a	ENSGT00940000177404	ENSGT00390000007843 #14	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00950000183025.a #17	ENSGT00940000159029.b #20	ENSGT00940000161386.a #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108.b #25	ENSGT00940000158354.c #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774.b.a #27	ENSGT00940000155029.c.b.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00390000017856.b #31	ENSGT00940000160113 #33	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00750000118756.a	ENSGT00390000000713 #37
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	140													ENSPKIG00000023082	ENSPKIG00000023104	hoxb13a (ENSPKIG00000023111) #20	hoxb9a (ENSPKIG00000023117) #22	hoxb8a (ENSPKIG00000000388) #23	hoxb7a (ENSPKIG00000000397) #24	hoxb6a (ENSPKIG00000000403) #25	hoxb5b (ENSPKIG00000000411) #26	hoxb4a (ENSPKIG00000000416) #28	hoxb3a (ENSPKIG00000000431) #27	hoxb2a (ENSPKIG00000000447) #29	hoxb1a (ENSPKIG00000000454)	skap1 (ENSPKIG00000000481) #31	NFE2L1 (ENSPKIG00000000547) ##35	copz2 (ENSPKIG00000000610) #36	ENSPKIG00000000651	cdk5rap3 (ENSPKIG00000000684) #37	prr15la (ENSPKIG00000000717)	pnpo (ENSPKIG00000000733)
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	13	ENSSFOG00015030156	ENSSFOG00015002938	eif1 (ENSSFOG00015027362)	ENSSFOG00015002821	JUP (ENSSFOG00015002774)	cdc6 (ENSSFOG00015002758)	wipf2b (ENSSFOG00015002721)	RAPGEFL1 (ENSSFOG00015002667)	casc3 (ENSSFOG00015002645)	MSL1 (ENSSFOG00015002607)	igf2bp1 (ENSSFOG00015002540)	ENSSFOG00015002491	snf8 (ENSSFOG00015002437) #14	ube2z (ENSSFOG00015002387) #15	HOXB13 (ENSSFOG00015002353) #20	hoxb9a (ENSSFOG00015002339) #22	HOXB8 (ENSSFOG00015028715) #23	hoxb7a (ENSSFOG00015002134) #24	HOXB6 (ENSSFOG00015028231) #25	hoxb5b (ENSSFOG00015002080) #26	hoxb4a (ENSSFOG00015002053) #28	hoxb3a (ENSSFOG00015033106) #27	HOXB2 (ENSSFOG00015001984) #29	ENSSFOG00015001958	hoxb1a (ENSSFOG00015001903)	skap1 (ENSSFOG00015001828) #31	snx11 (ENSSFOG00015001657) #33	NFE2L1 (ENSSFOG00015001617) ##35	COPZ2 (ENSSFOG00015001561) #36	ENSSFOG00015001531	cdk5rap3 (ENSSFOG00015001461) #37
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	721															ENSGT00940000159029.a #20	ENSGT00940000161386.b #22
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	23	ENSSFOG00015020076	kpnb1 (ENSSFOG00015020000)	rpl23 (ENSSFOG00015019980)	ENSSFOG00015031465	THRA (ENSSFOG00015005613)	nsfa (ENSSFOG00015005423)	psmd11a (ENSSFOG00015005378)	cdk5r1a (ENSSFOG00015005367)	RAPGEFL1 (ENSSFOG00015005308)	nr1d1 (ENSSFOG00015005263)	ENSSFOG00015005236	igf2bp1 (ENSSFOG00015005197)	atp5mc1 (ENSSFOG00015005177)	ENSSFOG00015005153	hoxb13a (ENSSFOG00015005110) #20	hoxb9a (ENSSFOG00015005102) #22	hoxb8a (ENSSFOG00015005069) #23	hoxb6a (ENSSFOG00015005084) #25	hoxb5a (ENSSFOG00015005053) #26	ENSSFOG00015004928 #27	hoxb2a (ENSSFOG00015030727) #29	cbx1a (ENSSFOG00015029174) #34	copz2 (ENSSFOG00015004826) #36	OSBPL7 (ENSSFOG00015004752)	ENSSFOG00015004737	RBFOX3 (ENSSFOG00015004716)	engase (ENSSFOG00015004631)	ENSSFOG00015027385	ENSSFOG00015029183	PRKAR1A (ENSSFOG00015004495)	zgc:86896 (ENSSFOG00015004463)
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	116	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354.d #26	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000157439.a
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	142	ENSGT00940000167798	ENSGT00940000162814	ENSGT00940000165499.a	ENSGT00940000165670	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354.d #26	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.b.b	ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156395.f	ENSGT00940000155557.jc.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000165065.b	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT01100000263525.b.a #9
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	703													ENSGT00940000167564.a	ENSGT00940000159029.c #20	ENSGT00940000158266.g.b	ENSGT00940000161386.c #22	ENSGT00940000161529.w.a #23	ENSGT00940000161230.d #24	ENSGT00940000161108.e.a #25	ENSGT00940000158354.d.e #26	ENSGT00940000162072.b #28	ENSGT00940000159774.c.a #27	ENSGT00940000155029.c.b.c #29	ENSGT00940000166856.l
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	77	ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.b.b	ENSGT00390000015789.h.a	ENSGT00940000156395.f.c.a	ENSGT00940000155557.jc.a.c	ENSGT00940000160144.e	ENSGT00390000006930.c	ENSGT00390000018292.d.c.a	ENSGT00940000160548.b	ENSGT00990000204190.b	ENSGT00940000154957.A.c	ENSGT00940000159091.a #15	ENSGT00940000157981.a.b.e	ENSGT00940000167564.a	ENSGT00940000159029.c #20	ENSGT00940000158266.g.b	ENSGT00940000161386.c #22	ENSGT00940000161529.w.a #23	ENSGT00940000161230.d #24	ENSGT00940000161108.e.a #25	ENSGT00940000158354.d.e #26	ENSGT00940000162072.b #28	ENSGT00940000159774.c.a #27	ENSGT00940000155029.c.b.c #29	ENSGT00940000166856.l	ENSGT00940000154152.b.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ##35	ENSGT00390000004405.b.c #36	ENSGT00940000154534.b.a.j	ENSGT00940000157439.a.c	ENSGT00940000153704.B.d.b.a.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00950000182969.B.c.b.d	ENSGT00390000015789.h.a	ENSGT00940000156395.f.c.a	ENSGT00940000155557.jc.a.c	ENSGT00940000160144.e	ENSGT00390000006930.c	ENSGT00390000018292.d.c.a	ENSGT00940000160548.b	ENSGT00990000204190.b	ENSGT00940000154957.A.c	ENSGT00940000159091.a #15	ENSGT00940000157981.a.b.e	ENSGT00940000167564.a	ENSGT00940000159029.c #20	ENSGT00940000158266.g.b	ENSGT00940000161386.c #22	ENSGT00940000161529.w.a #23	ENSGT00940000161230.d #24	ENSGT00940000161108.e.a #25	ENSGT00940000158354.d.e #26	ENSGT00940000162072.b #28	ENSGT00940000159774.c.a #27	ENSGT00940000155029.c.b.c #29	ENSGT00940000166856.l	ENSGT00940000154152.b.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ##35	ENSGT00390000004405.b.c #36	ENSGT00940000154534.b.a.j	ENSGT00940000157439.a.c	ENSGT00940000153704.B.d.b.a.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e
Rainbow trout	MODERN SPECIES	3	ENSOMYG00000071040	eif1 (ENSOMYG00000031509)	ENSOMYG00000025731	wipf2b (ENSOMYG00000024645)	RAPGEFL1 (ENSOMYG00000024592)	casc3 (ENSOMYG00000024470)	msl1a (ENSOMYG00000024449)	nr1d1 (ENSOMYG00000024434)	ENSOMYG00000024411	igf2bp1 (ENSOMYG00000021828)	ube2z (ENSOMYG00000021520) #15	atp5mc1 (ENSOMYG00000021454)	eve1 (ENSOMYG00000073254)	hoxb13a (ENSOMYG00000021419) #20	ENSOMYG00000021407	hoxb9a (ENSOMYG00000021396) #22	hoxb8a (ENSOMYG00000055816) #23	hoxb7a (ENSOMYG00000021367) #24	hoxb6a (ENSOMYG00000021357) #25	hoxb5a (ENSOMYG00000021351) #26	hoxb4a (ENSOMYG00000021348) #28	HOXB3 (ENSOMYG00000021314) #27	hoxb2a (ENSOMYG00000021339) #29	hoxb1a (ENSOMYG00000021300)	cbx1a (ENSOMYG00000021278) #34	nfe2l1a (ENSOMYG00000021257) ##35	copz2 (ENSOMYG00000021226) #36	prr15la (ENSOMYG00000021184)	ENSOMYG00000059908	ENSOMYG00000021165	ENSOMYG00000077184
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00950000182969.B.c.b.d	ENSGT00390000015789.h.a	ENSGT00940000156395.f.c.a	ENSGT00940000155557.jc.a.c	ENSGT00940000160144.e	ENSGT00390000006930.c	ENSGT00390000018292.d.d.a	ENSGT00940000160548.b	ENSGT00990000204190.b	ENSGT00940000154957.A.c	ENSGT00940000159091.a #15	ENSGT00940000157981.a.b.e	ENSGT00940000167564.a	ENSGT00940000159029.c #20	ENSGT00940000158266.g.b	ENSGT00940000161386.c #22	ENSGT00940000161529.w.a #23	ENSGT00940000161230.d #24	ENSGT00940000158354.d.e #26	ENSGT00940000162072.b #28	ENSGT00940000159774.c.a #27	ENSGT00940000155029.c.b.c #29	ENSGT00940000166856.l	ENSGT00940000154152.b.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ##35	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.b #36	ENSGT00940000154534.b.a.j	ENSGT00940000157439.a.c	ENSGT00940000153704.B.d.b.a.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e	ENSGT00390000006679.b.l #10
Coho salmon	MODERN SPECIES	26	JUP (ENSOKIG00005005489)	wipf2b (ENSOKIG00005005437)	RAPGEFL1 (ENSOKIG00005005424)	ENSOKIG00005005422	casc3 (ENSOKIG00005005416)	msl1a (ENSOKIG00005005399)	nr1d1 (ENSOKIG00005005390)	ENSOKIG00005005377	igf2bp1 (ENSOKIG00005003295)	ube2z (ENSOKIG00005003129) #15	atp5mc1 (ENSOKIG00005003106)	eve1 (ENSOKIG00005003093)	ENSOKIG00005003088	hoxb13a (ENSOKIG00005003079) #20	ENSOKIG00005003074	hoxb9a (ENSOKIG00005003066) #22	hoxb8a (ENSOKIG00005003059) #23	hoxb7a (ENSOKIG00005003049) #24	hoxb5a (ENSOKIG00005003039) #26	hoxb4a (ENSOKIG00005003033) #28	HOXB3 (ENSOKIG00005003027) #27	hoxb2a (ENSOKIG00005003020) #29	hoxb1a (ENSOKIG00005003017)	cbx1a (ENSOKIG00005002994) #34	ENSOKIG00005002979	nfe2l1a (ENSOKIG00005002972) ##35	copz2 (ENSOKIG00005002937) #36	prr15la (ENSOKIG00005002918)	ENSOKIG00005002828	pdk2b (ENSOKIG00005002702)	ENSOKIG00005002598 #10
Chinook salmon	MODERN SPECIES	33	ENSOTSG00005011950	eif1 (ENSOTSG00005011851)	JUP (ENSOTSG00005011844)	wipf2b (ENSOTSG00005011840)	RAPGEFL1 (ENSOTSG00005011836)	casc3 (ENSOTSG00005011832)	msl1a (ENSOTSG00005011828)	nr1d1 (ENSOTSG00005011824)	ENSOTSG00005011821	igf2bp1 (ENSOTSG00005011396)	ube2z (ENSOTSG00005011388) #15	atp5mc1 (ENSOTSG00005011385)	hoxb13a (ENSOTSG00005011383) #20	eve1 (ENSOTSG00005011380)	ENSOTSG00005011376	hoxb9a (ENSOTSG00005011373) #22	hoxb8a (ENSOTSG00005011370) #23	hoxb7a (ENSOTSG00005011367) #24	hoxb5a (ENSOTSG00005011366) #26	hoxb4a (ENSOTSG00005011363) #28	hoxb2a (ENSOTSG00005011362) #29	hoxb1a (ENSOTSG00005011361)	cbx1a (ENSOTSG00005011360) #34	nfe2l1a (ENSOTSG00005011359) ##35	copz2 (ENSOTSG00005011352) #36	prr15la (ENSOTSG00005011351)	OSBPL7 (ENSOTSG00005011327)	ENSOTSG00005011317	pdk2b (ENSOTSG00005011186)	ENSOTSG00005011183 #10	ENSOTSG00005011182 #9
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.b.b	ENSGT00390000015789.h.a.a	ENSGT00940000156395.f.c.a	ENSGT00940000155557.jc.a.c	ENSGT00940000160144.e	ENSGT00390000006930.c	ENSGT00390000018292.d.d.a	ENSGT00940000160548.b	ENSGT00990000204190.b	ENSGT00940000154957.A.c	ENSGT00940000159091.a #15	ENSGT00940000157981.a.b.e	ENSGT00940000167564.a	ENSGT00940000159029.c #20	ENSGT00940000158266.g.a	ENSGT00940000161386.c #22	ENSGT00940000161529.w.a #23	ENSGT00940000161230.d #24	ENSGT00940000161108.e.a #25	ENSGT00940000158354.d.e #26	ENSGT00940000162072.b #28	ENSGT00940000159774.c.a #27	ENSGT00940000155029.c.b.c #29	ENSGT00940000166856.l	ENSGT00940000154152.b.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ##35	ENSGT00390000004405.b.c #36	ENSGT00940000154534.b.a.j	ENSGT00940000157439.a.c	ENSGT00940000153704.B.d.b.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e
River trout	MODERN SPECIES	25	ENSSTUG00000019765	eif1 (ENSSTUG00000045148)	JUP (ENSSTUG00000044519)	wipf2b (ENSSTUG00000044493)	RAPGEFL1 (ENSSTUG00000044392)	casc3 (ENSSTUG00000044361)	msl1a (ENSSTUG00000044348)	nr1d1 (ENSSTUG00000044343)	ENSSTUG00000044314	igf2bp1 (ENSSTUG00000044083)	ube2z (ENSSTUG00000044068) #15	atp5mc1 (ENSSTUG00000044047)	eve1 (ENSSTUG00000044042)	hoxb13a (ENSSTUG00000044039) #20	ENSSTUG00000044034	hoxb9a (ENSSTUG00000044028) #22	hoxb8a (ENSSTUG00000044019) #23	hoxb7a (ENSSTUG00000044016) #24	hoxb6a (ENSSTUG00000044003) #25	hoxb5a (ENSSTUG00000043999) #26	hoxb4a (ENSSTUG00000043991) #28	hoxb3a (ENSSTUG00000043976) #27	hoxb2a (ENSSTUG00000043971) #29	hoxb1a (ENSSTUG00000043969)	cbx1a (ENSSTUG00000043925) #34	nfe2l1a (ENSSTUG00000043916) ##35	copz2 (ENSSTUG00000043854) #36	ENSSTUG00000043849	prr15la (ENSSTUG00000043845)	OSBPL7 (ENSSTUG00000043790)	pdk2b (ENSSTUG00000043683)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	22	ENSSSAG00000008347	eif1 (ENSSSAG00000008291)	ENSSSAG00000008164	wipf2b (ENSSSAG00000008135)	RAPGEFL1 (ENSSSAG00000003117)	casc3 (ENSSSAG00000007853)	msl1a (ENSSSAG00000007838)	nr1d1 (ENSSSAG00000007825)	ENSSSAG00000007818	igf2bp1 (ENSSSAG00000004886)	ube2z (ENSSSAG00000004597) #15	ENSSSAG00000004542	eve1 (ENSSSAG00000004524)	hoxb13aa (ENSSSAG00000004515) #20	ENSSSAG00000004507	HoxB9aa (ENSSSAG00000121194) #22	hxb7a (ENSSSAG00000004471) #23	hoxb5a (ENSSSAG00000004441) #26	hoxb3a (ENSSSAG00000004371) #27	hoxb2a (ENSSSAG00000111200) #29	hoxb1aa (ENSSSAG00000004337)	cbx1a (ENSSSAG00000091490) #34	nfe2l1a (ENSSSAG00000004277) ##35	copz2 (ENSSSAG00000096429) #36	prr15la (ENSSSAG00000109719)	ENSSSAG00000004103	ENSSSAG00000002431	ENSSSAG00000097020	ENSSSAG00000003916	ENSSSAG00000089054 #10	ENSSSAG00000085080 #9
Huchen	MODERN SPECIES	894													eve1 (ENSHHUG00000029891)	hoxb13a (ENSHHUG00000029885) #20	ENSHHUG00000029882	hoxb9a (ENSHHUG00000029874) #22	hoxb8a (ENSHHUG00000029869) #23	hoxb7a (ENSHHUG00000029868) #24	hoxb6a (ENSHHUG00000029857) #25	hoxb4a (ENSHHUG00000029850) #28	hoxb3a (ENSHHUG00000029848) #27	hoxb2a (ENSHHUG00000029798) #29	hoxb1a (ENSHHUG00000029792)	cbx1a (ENSHHUG00000029724) #34	nfe2l1a (ENSHHUG00000029715) ##35	copz2 (ENSHHUG00000029680) #36
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	250				ENSGT00940000155557.jc.a.d	ENSGT00940000160144.f	ENSGT00390000006930.d	ENSGT00390000018292.d.d.b	ENSGT00940000160548.a	ENSGT00990000204190.a	ENSGT00940000154957.A.d	ENSGT00940000159091.b #15	ENSGT00940000157981.a.b.f	ENSGT00940000167564.b	ENSGT00940000159029.d #20	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386.d #22	ENSGT00940000161529.w.b #23	ENSGT00940000161230.c #24	ENSGT00940000161108.e.b #25	ENSGT00940000158354.d.f #26	ENSGT00940000162072.a #28	ENSGT00940000159774.c.b #27	ENSGT00940000155029.c.b.d #29	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##35	ENSGT00390000004405.b.d.b.b #36	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a #36	ENSGT00940000154534.b.a.i	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT00940000153704.B.d.a
Huchen	MODERN SPECIES	297		wipf2b (ENSHHUG00000013038)	RAPGEFL1 (ENSHHUG00000013008)	ENSHHUG00000013007	casc3 (ENSHHUG00000012966)	msl1a (ENSHHUG00000012945)	nr1d1 (ENSHHUG00000012933)	ENSHHUG00000012921	igf2bp1 (ENSHHUG00000011829)	ube2z (ENSHHUG00000011784) #15	ENSHHUG00000011692 ##16	ENSHHUG00000011684 #19	eve1 (ENSHHUG00000011682)	hoxb13a (ENSHHUG00000011649) #20	hoxb10a (ENSHHUG00000011647)	hoxb9a (ENSHHUG00000011642) #22	hoxb8a (ENSHHUG00000011631) #23	hoxb7a (ENSHHUG00000011624) #24	hoxb6a (ENSHHUG00000011606) #25	hoxb5a (ENSHHUG00000011602) #26	hoxb4a (ENSHHUG00000011590) #28	hoxb3a (ENSHHUG00000011566) #27	hoxb2a (ENSHHUG00000011514) #29	hoxb1a (ENSHHUG00000011502)	cbx1a (ENSHHUG00000011492) #34	nfe2l1a (ENSHHUG00000011485) ##35	copz2 (ENSHHUG00000011449) #36	ENSHHUG00000011447	prr15la (ENSHHUG00000011422)	ENSHHUG00000011279	TBKBP1 (ENSHHUG00000011258)
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	92	ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00390000015789.g	ENSGT00940000156395.f.c.b	ENSGT00940000155557.jc.a.d	ENSGT00940000160144.f	ENSGT00390000006930.d	ENSGT00390000018292.d.d.b	ENSGT00940000160548.a	ENSGT00990000204190.a	ENSGT00940000154957.A.d	ENSGT00940000159091.b #15	ENSGT00940000157981.a.b.f	ENSGT00940000167564.b	ENSGT00940000159029.d #20	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386.d #22	ENSGT00940000161529.w.b #23	ENSGT00940000161230.c #24	ENSGT00940000161108.e.b #25	ENSGT00940000158354.d.f #26	ENSGT00940000162072.a #28	ENSGT00940000159774.c.b #27	ENSGT00940000155029.c.b.d #29	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##35	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a #36	ENSGT00940000154534.b.a.i	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT00940000153704.B.d.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT01090000260030.a.b.b.b.g.b	ENSGT00390000015789.g.b	ENSGT00940000156395.f.c.b	ENSGT00940000155557.jc.a.d	ENSGT00940000160144.f	ENSGT00390000006930.d	ENSGT00390000018292.d.d.b	ENSGT00940000160548.a	ENSGT00990000204190.a	ENSGT00940000154957.A.d	ENSGT00940000159091.b #15	ENSGT00940000157981.a.b.f	ENSGT00940000167564.b	ENSGT00940000159029.d #20	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386.d #22	ENSGT00940000161529.w.b #23	ENSGT00940000161230.c #24	ENSGT00940000161108.e.b #25	ENSGT00940000158354.d.f #26	ENSGT00940000162072.a #28	ENSGT00940000159774.c.b #27	ENSGT00940000155029.c.b.d #29	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##35	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a #36	ENSGT00940000154534.b.a.i	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f	ENSGT00390000005602
Rainbow trout	MODERN SPECIES	4	ENSOMYG00000007711	wipf2b (ENSOMYG00000006553)	ENSOMYG00000065152	RAPGEFL1 (ENSOMYG00000006325)	casc3 (ENSOMYG00000005997)	msl1a (ENSOMYG00000005976)	nr1d1 (ENSOMYG00000005936)	ENSOMYG00000005889	igf2bp1 (ENSOMYG00000004905)	ube2z (ENSOMYG00000003985) #15	atp5mc1 (ENSOMYG00000003918)	ENSOMYG00000077801	eve1 (ENSOMYG00000003885)	hoxb13a (ENSOMYG00000003865) #20	hoxb10a (ENSOMYG00000003832)	hoxb9a (ENSOMYG00000003826) #22	hoxb8a (ENSOMYG00000003809) #23	hoxb7a (ENSOMYG00000003792) #24	hoxb6a (ENSOMYG00000003769) #25	hoxb5a (ENSOMYG00000003711) #26	hoxb4a (ENSOMYG00000003730) #28	HOXB3 (ENSOMYG00000003686) #27	hoxb2a (ENSOMYG00000003669) #29	hoxb1a (ENSOMYG00000003653)	cbx1a (ENSOMYG00000003629) #34	nfe2l1a (ENSOMYG00000003587) ##35	copz2 (ENSOMYG00000003419) #36	prr15la (ENSOMYG00000041419)	ENSOMYG00000077846	ENSOMYG00000041335	ENSOMYG00000041374
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	71	ENSGT01090000260030.a.b.b.b.g.b	ENSGT00390000015789.g.b	ENSGT00940000156395.f.c.b	ENSGT00940000155557.jc.a.d	ENSGT00940000160144.f	ENSGT00390000006930.d	ENSGT00390000018292.d.d.b	ENSGT00940000160548.a	ENSGT00990000204190.a	ENSGT00940000154957.A.d	ENSGT00940000159091.b #15	ENSGT00940000157981.a.b.f	ENSGT00940000167564.b	ENSGT00940000159029.d #20	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386.d #22	ENSGT00940000161529.w.b #23	ENSGT00940000161230.c #24	ENSGT00940000161108.e.b #25	ENSGT00940000158354.d.f #26	ENSGT00940000162072.a #28	ENSGT00940000159774.c.b #27	ENSGT00940000155029.c.b.d #29	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##35	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a #36	ENSGT00940000154534.b.a.i	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f	ENSGT00390000005602
Coho salmon	MODERN SPECIES	1	si:dkeyp-113d7.1 (ENSOKIG00005009932)	eif1 (ENSOKIG00005009912)	JUP (ENSOKIG00005009875)	wipf2b (ENSOKIG00005009849)	RAPGEFL1 (ENSOKIG00005009646)	casc3 (ENSOKIG00005009626)	msl1a (ENSOKIG00005009623)	nr1d1 (ENSOKIG00005009612)	ENSOKIG00005009603	igf2bp1 (ENSOKIG00005009099)	ube2z (ENSOKIG00005009047) #15	atp5mc1 (ENSOKIG00005009030)	eve1 (ENSOKIG00005009021)	hoxb13a (ENSOKIG00005009014) #20	ENSOKIG00005009013	hoxb9a (ENSOKIG00005009004) #22	hoxb8a (ENSOKIG00005008994) #23	hoxb7a (ENSOKIG00005008982) #24	hoxb6a (ENSOKIG00005008972) #25	hoxb5a (ENSOKIG00005008959) #26	hoxb4a (ENSOKIG00005008942) #28	hoxb3a (ENSOKIG00005008933) #27	hoxb2a (ENSOKIG00005008923) #29	hoxb1a (ENSOKIG00005008918)	cbx1a (ENSOKIG00005008868) #34	nfe2l1a (ENSOKIG00005008857) ##35	copz2 (ENSOKIG00005008689) #36	prr15la (ENSOKIG00005008658)	ENSOKIG00005008464	PDK2 (ENSOKIG00005008185)	nags (ENSOKIG00005008137)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	19	si:dkeyp-113d7.1 (ENSOTSG00005017232)	eif1 (ENSOTSG00005017231)	JUP (ENSOTSG00005016355)	wipf2b (ENSOTSG00005016340)	RAPGEFL1 (ENSOTSG00005016333)	casc3 (ENSOTSG00005016332)	msl1a (ENSOTSG00005016331)	nr1d1 (ENSOTSG00005016330)	ENSOTSG00005016329	igf2bp1 (ENSOTSG00005015631)	ube2z (ENSOTSG00005015622) #15	atp5mc1 (ENSOTSG00005015620)	eve1 (ENSOTSG00005015618)	hoxb13a (ENSOTSG00005015615) #20	ENSOTSG00005015589	hoxb9a (ENSOTSG00005015587) #22	hoxb8a (ENSOTSG00005015581) #23	hoxb7a (ENSOTSG00005015578) #24	hoxb6a (ENSOTSG00005015571) #25	hoxb5a (ENSOTSG00005039828) #26	hoxb4a (ENSOTSG00005039826) #28	hoxb3a (ENSOTSG00005039825) #27	hoxb2a (ENSOTSG00005039823) #29	hoxb1a (ENSOTSG00005039822)	cbx1a (ENSOTSG00005039820) #34	nfe2l1a (ENSOTSG00005039819) ##35	copz2 (ENSOTSG00005039812) #36	prr15la (ENSOTSG00005039810)	ENSOTSG00005039805	pdk2b (ENSOTSG00005038384)	nags (ENSOTSG00005038371)
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00390000015789.g	ENSGT00940000156395.f.c.b	ENSGT00940000155557.jc.a.d	ENSGT00940000160144.f	ENSGT00390000006930.d	ENSGT00390000018292.d.d.b	ENSGT00940000160548.a	ENSGT00990000204190.a	ENSGT00940000154957.A.d	ENSGT00940000159091.b #15	ENSGT00940000157981.a.b.f	ENSGT00940000167564.b	ENSGT00940000159029.d #20	ENSGT00940000158266.g.b	ENSGT00940000161386.d #22	ENSGT00940000161529.w.b #23	ENSGT00940000161230.c #24	ENSGT00940000161108.e.b #25	ENSGT00940000162072.a #28	ENSGT00940000159774.c.b #27	ENSGT00940000155029.c.b.d #29	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##35	ENSGT00390000004405.b.d.a #36	ENSGT00940000154534.b.a.i	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT00940000153704.B.d.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f	ENSGT00390000005602
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	25	si:dkeyp-113d7.1 (ENSSSAG00000002915)	EIF1B (ENSSSAG00000002926)	ENSSSAG00000002966	wipf2b (ENSSSAG00000003100)	RAPGEFL1 (ENSSSAG00000007891)	casc3 (ENSSSAG00000003140)	msl1a (ENSSSAG00000003145)	nr1d1 (ENSSSAG00000003153)	ENSSSAG00000003161	igf2bp1 (ENSSSAG00000003448)	ube2z (ENSSSAG00000005933) #15	atp5mc1 (ENSSSAG00000005941)	eve1 (ENSSSAG00000005948)	hoxb13ab (ENSSSAG00000005954) #20	ENSSSAG00000005961	hoxb9ab (ENSSSAG00000004490) #22	hoxb8ab (ENSSSAG00000005971) #23	hoxb7ab (ENSSSAG00000005981) #24	hoxb6ab (ENSSSAG00000005990) #25	hoxb4ab (ENSSSAG00000005995) #28	hoxb3a (ENSSSAG00000090720) #27	hoxb1ab (ENSSSAG00000006062)	cbx1a (ENSSSAG00000004291) #34	nfe2l1a (ENSSSAG00000006129) ##35	copz2 (ENSSSAG00000004196) #36	prr15la (ENSSSAG00000109223)	ENSSSAG00000006340	ENSSSAG00000006408	ENSSSAG00000006444	nags (ENSSSAG00000006619)	ENSSSAG00000003876 #10
River trout	MODERN SPECIES		ENSSTUG00000001000	JUP (ENSSTUG00000000910)	wipf2b (ENSSTUG00000000882)	RAPGEFL1 (ENSSTUG00000000860)	casc3 (ENSSTUG00000000847)	msl1a (ENSSTUG00000000839)	nr1d1 (ENSSTUG00000000832)	ENSSTUG00000000829	ENSSTUG00000000822	igf2bp1 (ENSSTUG00000000765)	ube2z (ENSSTUG00000000705) #15	atp5mc1 (ENSSTUG00000000702)	eve1 (ENSSTUG00000000697)	hoxb13a (ENSSTUG00000000696) #20	ENSSTUG00000000695	hoxb9a (ENSSTUG00000000690) #22	hoxb8a (ENSSTUG00000000686) #23	hoxb7a (ENSSTUG00000000685) #24	hoxb6a (ENSSTUG00000000682) #25	hoxb4a (ENSSTUG00000000676) #28	hoxb3a (ENSSTUG00000000672) #27	hoxb2a (ENSSTUG00000000670) #29	hoxb1a (ENSSTUG00000000668)	cbx1a (ENSSTUG00000000662) #34	nfe2l1a (ENSSTUG00000000656) ##35	copz2 (ENSSTUG00000000592) #36	ENSSTUG00000000582	prr15la (ENSSTUG00000000579)	ENSSTUG00000000562	TBKBP1 (ENSSTUG00000000547)	pdk2b (ENSSTUG00000000275)
Northern pike	MODERN SPECIES	10	ENSELUG00000015383	eif1 (ENSELUG00000015327)	ENSELUG00000015298	JUP (ENSELUG00000015284)	wipf2b (ENSELUG00000015246)	RAPGEFL1 (ENSELUG00000015161)	casc3 (ENSELUG00000015093)	msl1a (ENSELUG00000015070)	nr1d1 (ENSELUG00000015028)	igf2bp1 (ENSELUG00000014974)	ube2z (ENSELUG00000014930) #15	atp5mc1 (ENSELUG00000014903)	eve1 (ENSELUG00000014847)	hoxb13a (ENSELUG00000001314) #20	ENSELUG00000014819	hoxb9a (ENSELUG00000014813) #22	hoxb8a (ENSELUG00000014798) #23	hoxb7 (ENSELUG00000014783) #24	hoxb6a (ENSELUG00000034343) #25	hoxb5a (ENSELUG00000033971) #26	hoxb4a (ENSELUG00000034353) #28	hoxb3a (ENSELUG00000014755) #27	hoxb2a (ENSELUG00000014718) #29	hoxb1a (ENSELUG00000033826)	cbx1a (ENSELUG00000014706) #34	nfe2l1a (ENSELUG00000014683) ##35	copz2 (ENSELUG00000014620) #36	prr15la (ENSELUG00000014511)	ENSELUG00000014464	TBKBP1 (ENSELUG00000014401)	pdk2b (ENSELUG00000014339)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	180								ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	98								ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	22	ENSMMDG00005000897	ENSMMDG00005000895	ENSMMDG00005000893	ENSMMDG00005000891	col1a1a (ENSMMDG00005000844)	ENSMMDG00005000825	nags (ENSMMDG00005000823)	ENSMMDG00005000818	ube2z (ENSMMDG00005000811) #15	ENSMMDG00005000806	igf2bp1 (ENSMMDG00005000735)	atp5mc1 (ENSMMDG00005000711)	eve1 (ENSMMDG00005000701)	hoxb13a (ENSMMDG00005000698) #20	ENSMMDG00005000694	hoxb9a (ENSMMDG00005000689) #22	hoxb8a (ENSMMDG00005000684) #23	hoxb7a (ENSMMDG00005000680) #24	ENSMMDG00005000676	HOXB5 (ENSMMDG00005000664) #26	hoxb4a (ENSMMDG00005000657) #28	hoxb3a (ENSMMDG00005000643) #27	hoxb2a (ENSMMDG00005000634) #29	hoxb1a (ENSMMDG00005000621)	ENSMMDG00005000614	ENSMMDG00005000609	CBX1 (ENSMMDG00005000606) #34	nfe2l1a (ENSMMDG00005000602) ##35	praf2 (ENSMMDG00005000597)	copz2 (ENSMMDG00005000593) #36	prr15la (ENSMMDG00005000591)
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00390000016335.g	ENSGT00950000183150.a.a.a.d	ENSGT00940000165190.B	ENSGT00950000183207.b	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01100000263693	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	507	wipi1 (ENSHCOG00000008633)	zgc:86896 (ENSHCOG00000008595)	prkar1aa (ENSHCOG00000008573)	ARL4D (ENSHCOG00000008536)	ENSHCOG00000008523	aoc2 (ENSHCOG00000008509)	ENSHCOG00000008504	ENSHCOG00000008498	kcnc3a (ENSHCOG00000008490)	pdk2b (ENSHCOG00000008469)	ENSHCOG00000008443	ENSHCOG00000008433	ube2z (ENSHCOG00000008393) #15	atp5mc1 (ENSHCOG00000008380)	hoxb13a (ENSHCOG00000008373) #20	hoxb9a (ENSHCOG00000008300) #22	hoxb8a (ENSHCOG00000008293) #23	ENSHCOG00000008289	HOXB5 (ENSHCOG00000008284) #26	hoxb4a (ENSHCOG00000008282) #28	hoxb3a (ENSHCOG00000008278) #27	hoxb2a (ENSHCOG00000008273) #29	hoxb1a (ENSHCOG00000008252)	ENSHCOG00000008185 #34	copz2 (ENSHCOG00000008155) #36	ENSHCOG00000008135
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000166248.b	ENSGT00390000016335.g	ENSGT00950000183150.a.a.a.d	ENSGT00940000165190.B	ENSGT00950000183207.b	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000164817	ENSGT00390000001488	ENSGT00940000162720.a.b.b	ENSGT00940000155582.q.a	ENSGT00390000009628	ENSGT00940000159428.e.b	ENSGT00510000046608.A	ENSGT00940000156395.f	ENSGT00940000160685	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000165576.a.b	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000160534	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000177154	ENSGT00950000183207.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00980000198607	ENSGT00950000182818.A	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000160534	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b.f #36	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00980000198607	ENSGT00950000182818.A	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00940000157742.a.h.b.d.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000160534	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000174909	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b.c	ENSGT00390000004405.b.f #36	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832
Indian medaka	MODERN SPECIES	9	ENSOMEG00000011000	ENSOMEG00000011077	ENSOMEG00000011186	si:dkey-16p21.8 (ENSOMEG00000011207)	prl (ENSOMEG00000011227)	dusp3b (ENSOMEG00000011244)	thraa (ENSOMEG00000011291)	ENSOMEG00000011319	TANC2 (ENSOMEG00000011411)	cyb561 (ENSOMEG00000011454)	HDAC5 (ENSOMEG00000011665)	pex12 (ENSOMEG00000011719)	ENSOMEG00000011759	eve1 (ENSOMEG00000011771)	hoxb13a (ENSOMEG00000011777) #20	hoxb9a (ENSOMEG00000011785) #22	hoxb8a (ENSOMEG00000011855) #23	ENSOMEG00000011874	HOXB5 (ENSOMEG00000011882) #26	hoxb4a (ENSOMEG00000011889) #28	hoxb3a (ENSOMEG00000012003) #27	hoxb2a (ENSOMEG00000011894) #29	hoxb1a (ENSOMEG00000012109)	CBX1 (ENSOMEG00000012142) #34	ENSOMEG00000012155 ##35	praf2 (ENSOMEG00000012171)	copz2 (ENSOMEG00000000304) #36	igf2bp1 (ENSOMEG00000012285)	ENSOMEG00000012319	rab11fip4a (ENSOMEG00000012355)	ENSOMEG00000012365
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	22	dusp3b (ENSOJAG00000017234)	THRA (ENSOJAG00000016706)	ENSOJAG00000016653	ENSOJAG00000016614	TANC2 (ENSOJAG00000014610)	cyb561 (ENSOJAG00000014547)	ENSOJAG00000014535	HDAC5 (ENSOJAG00000014523)	pex12 (ENSOJAG00000014515)	ENSOJAG00000014499	kcnc3a (ENSOJAG00000007326)	ube2z (ENSOJAG00000007274) #15	atp5mc1 (ENSOJAG00000007185)	eve1 (ENSOJAG00000007159)	hoxb13a (ENSOJAG00000007146) #20	hoxb9a (ENSOJAG00000007135) #22	hoxb8a (ENSOJAG00000007082) #23	ENSOJAG00000007068	hoxb4a (ENSOJAG00000007045) #28	HOXB5 (ENSOJAG00000007030) #26	hoxb3a (ENSOJAG00000007007) #27	hoxb2a (ENSOJAG00000007019) #29	hoxb1a (ENSOJAG00000006853)	ENSOJAG00000006838 #34	praf2 (ENSOJAG00000006831)	copz2 (ENSOJAG00000006786) #36	igf2bp1 (ENSOJAG00000006407)	rab11fip4a (ENSOJAG00000006100)	coil (ENSOJAG00000006061)	scpep1 (ENSOJAG00000005692)	engase (ENSOJAG00000007636)
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NAME_4	DUPLICATION
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Mummichog	MODERN SPECIES	697																hoxb9a (ENSFHEG00000013492) #22	hoxb8a (ENSFHEG00000013496) #23	ENSFHEG00000013503	HOXB5 (ENSFHEG00000013506) #26	hoxb4a (ENSFHEG00000013512) #28	hoxb3a (ENSFHEG00000013540) #27	hoxb2a (ENSFHEG00000000790) #29	hoxb1a (ENSFHEG00000013582)
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000161386.f #22
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	54																hoxb9a (ENSCVAG00000021628) #22
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	180														ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1625	MIPOL1 (ENSNFUG00015006068)	TRAF3 (ENSNFUG00015005951)	TECPR2 (ENSNFUG00015005908)	ZNF839 (ENSNFUG00015005891)	cinp (ENSNFUG00015005869)	dkc1 (ENSNFUG00015005847)	RAB11FIP5A (ENSNFUG00015005839)	emx1 (ENSNFUG00015005836)	NOTO (ENSNFUG00015005834)	GPS1 (ENSNFUG00015005639)	ENSNFUG00015005595	ENSNFUG00015005204	AOC2 (ENSNFUG00015005121)	kcnc3a (ENSNFUG00015005093)	ENSNFUG00015023028	hoxb9a (ENSNFUG00015023026) #22	hoxb8a (ENSNFUG00015023025) #23	HOXB4A (ENSNFUG00015023022) #26	HOXB3A (ENSNFUG00015023020) #27	hoxb2a (ENSNFUG00015023015) #29	hoxb1a (ENSNFUG00015023012)	ENSNFUG00015023010	PEX12 (ENSNFUG00015023008)	HDAC5 (ENSNFUG00015022977)	CYB561 (ENSNFUG00015022964)	ENSNFUG00015022872	ENSNFUG00015022855	ENSNFUG00015022851	PRR12 (ENSNFUG00015022844)	prrg2 (ENSNFUG00015022839)	RRAS (ENSNFUG00015022830)
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	232														eve1 (ENSKMAG00000020125)	hoxb13a (ENSKMAG00000020130) #20	hoxb9a (ENSKMAG00000020136) #22	hoxb8a (ENSKMAG00000020145) #23	ENSKMAG00000020153	HOXB5 (ENSKMAG00000020163) #26	hoxb4a (ENSKMAG00000020174) #28	hoxb3a (ENSKMAG00000020193) #27	hoxb2a (ENSKMAG00000020219) #29	hoxb1a (ENSKMAG00000020236)	ENSKMAG00000020252	CBX1 (ENSKMAG00000020265) #34	nfe2l1a (ENSKMAG00000020289) ##35	praf2 (ENSKMAG00000000153)	copz2 (ENSKMAG00000000212) #36
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000164817	ENSGT00390000001488	ENSGT00940000162720.a.b.b	ENSGT00940000155582.q.a	ENSGT00390000009628	ENSGT00940000159428.e.b	ENSGT00510000046608.A	ENSGT00940000156395.f	ENSGT00940000160685	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000014700.b.a.b.b.a	ENSGT00940000165851	ENSGT00940000154318.B	ENSGT00390000015505	ENSGT01010000222360.D.a	ENSGT00550000074885	ENSGT00390000009628	ENSGT00940000159428.e.b	ENSGT00510000046608.A	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a.b	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000176920	ENSGT00940000160271	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.a	ENSGT00940000160292	ENSGT00940000153222.a.b.a	ENSGT00940000167671	ENSGT00940000154700	ENSGT00950000182838.A.a.a	ENSGT00940000167194	ENSGT00940000160972	ENSGT00940000158268.b	ENSGT00440000037417.B.a	ENSGT00390000014700.b.a.b.b.a	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a.b	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	38														ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a.b	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	56														ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a.b	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	43														ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a.b	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000164506.b.b	ENSGT00940000165851	ENSGT00940000154318.B	ENSGT00390000015505	ENSGT01010000222360.D.a	ENSGT00550000074885	ENSGT00390000009628	ENSGT00940000159428.e.b	ENSGT00510000046608.A	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564.c	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a.b	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d
Eastern happy	MODERN SPECIES	16	nosip (ENSACLG00000002526)	rcn3 (ENSACLG00000002546)	abat (ENSACLG00000002554)	pdxdc1 (ENSACLG00000002655)	slc25a23b (ENSACLG00000002671)	gps1 (ENSACLG00000002752)	ENSACLG00000002801	ENSACLG00000002843	ENSACLG00000003070	ENSACLG00000003089	ENSACLG00000003164	ENSACLG00000003361	eve1 (ENSACLG00000003367)	ENSACLG00000003399	hoxb13a (ENSACLG00000003412) #20	hoxb9a (ENSACLG00000003422) #22	hoxb8a (ENSACLG00000003429) #23	hoxb7a (ENSACLG00000003441) #24	ENSACLG00000003444	HOXB5 (ENSACLG00000003462) #26	hoxb4a (ENSACLG00000003470) #28	hoxb3a (ENSACLG00000003477) #27	hoxb2a (ENSACLG00000003504) #29	hoxb1a (ENSACLG00000003508)	ENSACLG00000003517	CBX1 (ENSACLG00000003536) #34	nfe2l1a (ENSACLG00000003558) ##35	praf2 (ENSACLG00000003574)	copz2 (ENSACLG00000003587) #36	prr15la (ENSACLG00000003630)	igf2bp1 (ENSACLG00000003652)
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1107	GADD45GIP1 (ENSMZEG00005023000)	zgc:158403 (ENSMZEG00005023001)	ENSMZEG00005023003	ENSMZEG00005023004	syt5a (ENSMZEG00005023007)	tnnt1 (ENSMZEG00005023012)	pih1d1 (ENSMZEG00005023024)	ENSMZEG00005023029	ENSMZEG00005023030	ENSMZEG00005023032	ENSMZEG00005023033	ENSMZEG00005023034	ENSMZEG00005023035	eve1 (ENSMZEG00005023036)	hoxb13a (ENSMZEG00005023039) #20	hoxb9a (ENSMZEG00005023042) #22	hoxb8a (ENSMZEG00005023045) #23	hoxb7a (ENSMZEG00005023050) #24	ENSMZEG00005023053	HOXB5 (ENSMZEG00005023055) #26	hoxb4a (ENSMZEG00005023060) #28	hoxb3a (ENSMZEG00005023064) #27	hoxb2a (ENSMZEG00005023068) #29	hoxb1a (ENSMZEG00005023072)	ENSMZEG00005023088	CBX1 (ENSMZEG00005023093) #34	nfe2l1a (ENSMZEG00005023096) ##35	praf2 (ENSMZEG00005023100)	copz2 (ENSMZEG00005023106) #36	prr15la (ENSMZEG00005023123)	igf2bp1 (ENSMZEG00005023128)
P. nyererei	MODERN SPECIES	488																hoxb9a (ENSPNYG00000022874) #22	hoxb8a (ENSPNYG00000022869) #23	ENSPNYG00000022864	ENSPNYG00000022859	HOXB5 (ENSPNYG00000022852) #26	hoxb2a (ENSPNYG00000022841) #29	hoxb3a (ENSPNYG00000022832) #27	hoxb1a (ENSPNYG00000022787)	CBX1 (ENSPNYG00000022772) #34	nfe2l1a (ENSPNYG00000022769) ##35	praf2 (ENSPNYG00000022767)	copz2 (ENSPNYG00000022748) #36	prr15la (ENSPNYG00000022742)	igf2bp1 (ENSPNYG00000022740)	ENSPNYG00000022738	rab11fip4a (ENSPNYG00000022732)
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	793													ENSHBUG00000013231	eve1 (ENSHBUG00000013255)	hoxb13a (ENSHBUG00000013265) #20	hoxb9a (ENSHBUG00000013267) #22	hoxb8a (ENSHBUG00000013281) #23	hoxb7a (ENSHBUG00000013288) #24	ENSHBUG00000013315	HOXB5 (ENSHBUG00000013321) #26	hoxb4a (ENSHBUG00000013332) #28	hoxb3a (ENSHBUG00000013355) #27	hoxb2a (ENSHBUG00000013364) #29	hoxb1a (ENSHBUG00000013373)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	445													ENSNBRG00000009977	eve1 (ENSNBRG00000009971)	hoxb13a (ENSNBRG00000009912) #20	hoxb9a (ENSNBRG00000009901) #22	hoxb8a (ENSNBRG00000009838) #23	hoxb7a (ENSNBRG00000009825) #24	ENSNBRG00000009809	HOXB5 (ENSNBRG00000009803) #26	hoxb4a (ENSNBRG00000009765) #28	hoxb3a (ENSNBRG00000009748) #27	hoxb2a (ENSNBRG00000009733) #29	hoxb1a (ENSNBRG00000009680)	CBX1 (ENSNBRG00000009504) #34	ENSNBRG00000009491 ##35	praf2 (ENSNBRG00000009480)	copz2 (ENSNBRG00000009425) #36	prr15la (ENSNBRG00000009381)	igf2bp1 (ENSNBRG00000009346)	rab11fip4a (ENSNBRG00000009282)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	16	ENSONIG00000007815	prmt1 (ENSONIG00000007808)	ENSONIG00000030317	AP2A1 (ENSONIG00000007799)	ENSONIG00000031101	rras (ENSONIG00000007797)	prrg2 (ENSONIG00000042892)	ENSONIG00000007792	ENSONIG00000036089	ENSONIG00000007789	ENSONIG00000033598	ENSONIG00000007787	ENSONIG00000030377	eve1 (ENSONIG00000006175)	hoxb13a (ENSONIG00000006178) #20	hoxb9a (ENSONIG00000006179) #22	hoxb8 (ENSONIG00000042245) #23	ENSONIG00000028701	HOXB5 (ENSONIG00000034525) #26	hoxb4a (ENSONIG00000027136) #28	hoxb3a (ENSONIG00000006188) #27	hoxb2a (ENSONIG00000036634) #29	hoxb1a (ENSONIG00000042799)	CBX1 (ENSONIG00000037054) #34	nfe2l1a (ENSONIG00000041551) ##35	praf2 (ENSONIG00000028525)	copz2 (ENSONIG00000006198) #36	ENSONIG00000043223	ENSONIG00000040502	prr15la (ENSONIG00000020473)	igf2bp1 (ENSONIG00000006205)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	955											ENSACIG00000012733	PDK2 (ENSACIG00000012780)	ube2z (ENSACIG00000012810) #15	eve1 (ENSACIG00000012824)	hoxb13a (ENSACIG00000012834) #20	hoxb9a (ENSACIG00000012882) #22	hoxb8a (ENSACIG00000012892) #23	ENSACIG00000012901	ENSACIG00000012907	HOXB5 (ENSACIG00000012950) #26	hoxb4a (ENSACIG00000012965) #28	hoxb3a (ENSACIG00000013009) #27	hoxb2a (ENSACIG00000013020) #29	hoxb1a (ENSACIG00000013039)	CBX1 (ENSACIG00000013092) #34	nfe2l1a (ENSACIG00000013108) ##35	praf2 (ENSACIG00000013143)	copz2 (ENSACIG00000013177) #36	prr15la (ENSACIG00000013193)	igf2bp1 (ENSACIG00000013204)	rab11fip4a (ENSACIG00000013240)
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	63						ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00950000183207.b	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00400000024810.f	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00950000182951.A.a.b.b	ENSGT01060000248591.a.a.a.b.a	ENSGT00940000153560.b.b.b.g	ENSGT00940000159653.g.a	ENSGT00940000156569.a.a	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00950000183207.b.bb	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00400000024810.f	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	105	ENSGT00950000182951.A.a.b.b	ENSGT01060000248591.a.a.a.b.a	ENSGT00940000153560.b.b.b.g	ENSGT00940000159653.g.a	ENSGT00940000156569.a.a	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00950000183207.b.bb	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00400000024810.f	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072.c #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d
Orange clownfish	MODERN SPECIES	5	ENSAPEG00000000859	ENSAPEG00000000806	ENSAPEG00000000799	ENSAPEG00000000777	ENSAPEG00000000770	ENSAPEG00000000750	ENSAPEG00000000746	ENSAPEG00000000721	ENSAPEG00000000707	ENSAPEG00000000688	hoxb4a (ENSAPEG00000000616) #28	atp5mc1 (ENSAPEG00000000609)	eve1 (ENSAPEG00000000596)	ENSAPEG00000000591	hoxb13a (ENSAPEG00000000571) #20	hoxb9a (ENSAPEG00000000550) #22	hoxb8a (ENSAPEG00000000511) #23	hoxb7a (ENSAPEG00000000503) #24	ENSAPEG00000000480	HOXB5 (ENSAPEG00000000469) #26	hoxb4a (ENSAPEG00000000451) #28	hoxb3a (ENSAPEG00000000442) #27	hoxb2a (ENSAPEG00000000431) #29	hoxb1a (ENSAPEG00000000334)	ENSAPEG00000021799	CBX1 (ENSAPEG00000021788) #34	nfe2l1a (ENSAPEG00000021779) ##35	praf2 (ENSAPEG00000021769)	copz2 (ENSAPEG00000021752) #36	prr15la (ENSAPEG00000021707)	ENSAPEG00000021645
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	820															hoxb13a (ENSAOCG00000013268) #20	hoxb9a (ENSAOCG00000013255) #22	hoxb8a (ENSAOCG00000013237) #23	hoxb7a (ENSAOCG00000013222) #24	ENSAOCG00000013216	HOXB5 (ENSAOCG00000013199) #26	hoxb4a (ENSAOCG00000013144) #28	hoxb3a (ENSAOCG00000013131) #27	hoxb2a (ENSAOCG00000013104) #29	hoxb1a (ENSAOCG00000013070)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	241	ENSAPOG00000001335	ENSAPOG00000001342	ENSAPOG00000001349	pvalb6 (ENSAPOG00000001355)	ENSAPOG00000001363	ENSAPOG00000001374	ENSAPOG00000001381	ENSAPOG00000001384	ENSAPOG00000001387	kcnc3a (ENSAPOG00000001394)	ube2z (ENSAPOG00000001401) #15	atp5mc1 (ENSAPOG00000001410)	eve1 (ENSAPOG00000001415)	ENSAPOG00000001423	hoxb13a (ENSAPOG00000001427) #20	hoxb9a (ENSAPOG00000001429) #22	hoxb8a (ENSAPOG00000001432) #23	hoxb7a (ENSAPOG00000001435) #24	ENSAPOG00000001438	HOXB5 (ENSAPOG00000001445) #26	hoxb4a (ENSAPOG00000001450) #28	hoxb3a (ENSAPOG00000001467) #27	hoxb2a (ENSAPOG00000001456) #29	hoxb1a (ENSAPOG00000001478)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1081											ube2z (ENSSPAG00000003477) #15	atp5mc1 (ENSSPAG00000003510)	eve1 (ENSSPAG00000003522)	ENSSPAG00000003539	hoxb13a (ENSSPAG00000003608) #20	hoxb9a (ENSSPAG00000003677) #22	hoxb8a (ENSSPAG00000003685) #23	hoxb7a (ENSSPAG00000003765) #24	ENSSPAG00000003779	HOXB5 (ENSSPAG00000003799) #26	hoxb4a (ENSSPAG00000003843) #28	hoxb3a (ENSSPAG00000003859) #27	hoxb2a (ENSSPAG00000003890) #29	hoxb1a (ENSSPAG00000003907)
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000166248.b	ENSGT00390000016335.g	ENSGT00950000183150.a.a.a.d	ENSGT00940000165190.B	ENSGT00950000183207.b	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000166248.b	ENSGT00390000016335.g	ENSGT00950000183150.a.a.a.d	ENSGT00950000183207.b	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	40					ENSGT00950000183207.b	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00440000033742.a.b.d
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00950000183150.a.a.a.d	ENSGT00390000016335.g	ENSGT00940000166248.b	ENSGT00940000161341.a.b	ENSGT00950000183207.b	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00440000033742.a.b.d
Climbing perch	MODERN SPECIES	21	ENSATEG00000010065	ENSATEG00000010051	ENSATEG00000010046	ENSATEG00000010020	ENSATEG00000010012	ENSATEG00000009990	ENSATEG00000009941	ENSATEG00000009928	ENSATEG00000028175	ENSATEG00000009789	ENSATEG00000009778	ube2z (ENSATEG00000009723) #15	atp5mc1 (ENSATEG00000030107)	eve1 (ENSATEG00000009682)	hoxb13a (ENSATEG00000009662) #20	hoxb9a (ENSATEG00000009646) #22	hoxb8a (ENSATEG00000029376) #23	hoxb7a (ENSATEG00000025199) #24	ENSATEG00000009588	HOXB5 (ENSATEG00000009580) #26	hoxb4a (ENSATEG00000009570) #28	hoxb3a (ENSATEG00000009502) #27	hoxb2a (ENSATEG00000009523) #29	hoxb1a (ENSATEG00000009452)	CBX1 (ENSATEG00000009423) #34	nfe2l1a (ENSATEG00000009395) ##35	ENSATEG00000029521	copz2 (ENSATEG00000009370) #36	prr15la (ENSATEG00000009361)	ENSATEG00000009316	rab11fip4a (ENSATEG00000009255)
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	19	ARL4D (ENSBSLG00000012747)	ENSBSLG00000012748	ENSBSLG00000012750	G6PC1 (ENSBSLG00000012754)	yipf2 (ENSBSLG00000012776)	timm29 (ENSBSLG00000012779)	ENSBSLG00000012784	ENSBSLG00000012785	rpl23 (ENSBSLG00000012789)	ENSBSLG00000012797	smarce1 (ENSBSLG00000012800)	ube2z (ENSBSLG00000012809) #15	atp5mc1 (ENSBSLG00000012820)	eve1 (ENSBSLG00000012826)	hoxb13a (ENSBSLG00000012830) #20	hoxb9a (ENSBSLG00000012831) #22	hoxb8a (ENSBSLG00000012838) #23	hoxb7a (ENSBSLG00000012850) #24	ENSBSLG00000012851	HOXB5 (ENSBSLG00000012852) #26	hoxb4a (ENSBSLG00000012854) #28	hoxb3a (ENSBSLG00000012855) #27	hoxb2a (ENSBSLG00000012861) #29	hoxb1a (ENSBSLG00000012863)	CBX1 (ENSBSLG00000012869) #34	nfe2l1a (ENSBSLG00000012874) ##35	praf2 (ENSBSLG00000012881)	copz2 (ENSBSLG00000012884) #36	prr15la (ENSBSLG00000012892)	igf2bp1 (ENSBSLG00000001854)	rab11fip4a (ENSBSLG00000002056)
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	22				ENSMAMG00000000429	ENSMAMG00000000444	ENSMAMG00000000466	ENSMAMG00000000486	ENSMAMG00000025418	ENSMAMG00000000938	ENSMAMG00000000963	ube2z (ENSMAMG00000026553) #15	ENSMAMG00000025952	atp5mc1 (ENSMAMG00000001045)	eve1 (ENSMAMG00000001056)	hoxb13a (ENSMAMG00000001067) #20	hoxb9a (ENSMAMG00000024808) #22	hoxb8a (ENSMAMG00000001168) #23	ENSMAMG00000001180	HOXB5 (ENSMAMG00000001208) #26	hoxb4a (ENSMAMG00000025071) #28	hoxb3a (ENSMAMG00000001254) #27	hoxb2a (ENSMAMG00000001273) #29	hoxb1a (ENSMAMG00000001283)	CBX1 (ENSMAMG00000024877) #34	nfe2l1a (ENSMAMG00000001353) ##35	ENSMAMG00000001365	copz2 (ENSMAMG00000001392) #36	prr15la (ENSMAMG00000001444)	ENSMAMG00000001461	rab11fip4a (ENSMAMG00000001528)	ENSMAMG00000001567
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000166248.b	ENSGT00390000016335.g	ENSGT00950000183150.a.a.a.d	ENSGT00950000183207.b	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00940000161341.a.b	ENSGT00940000166248.b	ENSGT00390000016335.g	ENSGT00950000183150.a.a.a.d	ENSGT00950000183207.b	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	15												ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d
Greater amberjack	MODERN SPECIES	76	rras (ENSSDUG00000018001)	ENSSDUG00000017987	AP2A1 (ENSSDUG00000017881)	prmt1 (ENSSDUG00000017846)	trpm4a (ENSSDUG00000017797)	ENSSDUG00000017785	ABCC1 (ENSSDUG00000017679)	ENSSDUG00000017620	snrnp70 (ENSSDUG00000017591)	lin7b (ENSSDUG00000017570)	ENSSDUG00000017552	ube2z (ENSSDUG00000017511) #15	atp5mc1 (ENSSDUG00000017504)	eve1 (ENSSDUG00000017491)	hoxb13a (ENSSDUG00000017483) #20	hoxb9a (ENSSDUG00000017464) #22	hoxb8a (ENSSDUG00000017453) #23	hoxb7a (ENSSDUG00000017450) #24	ENSSDUG00000017386	HOXB5 (ENSSDUG00000017363) #26	hoxb4a (ENSSDUG00000017342) #28	hoxb3a (ENSSDUG00000017326) #27	hoxb2a (ENSSDUG00000017308) #29	hoxb1a (ENSSDUG00000017299)	CBX1 (ENSSDUG00000017288) #34	nfe2l1a (ENSSDUG00000017272) ##35	praf2 (ENSSDUG00000017261)	copz2 (ENSSDUG00000017241) #36
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3120												ube2z (ENSSLDG00000012333) #15	atp5mc1 (ENSSLDG00000012315)	eve1 (ENSSLDG00000012289)	hoxb13a (ENSSLDG00000012270) #20	hoxb9a (ENSSLDG00000012259) #22	hoxb8a (ENSSLDG00000012246) #23	hoxb7a (ENSSLDG00000012232) #24	ENSSLDG00000012217	HOXB5 (ENSSLDG00000012209) #26	hoxb4a (ENSSLDG00000012189) #28	hoxb3a (ENSSLDG00000012163) #27	hoxb2a (ENSSLDG00000012140) #29	hoxb1a (ENSSLDG00000012098)	CBX1 (ENSSLDG00000012082) #34	nfe2l1a (ENSSLDG00000012067) ##35	praf2 (ENSSLDG00000012050)	copz2 (ENSSLDG00000011983) #36	prr15la (ENSSLDG00000011950)	igf2bp1 (ENSSLDG00000011912)	ENSSLDG00000011885
Barramundi perch	MODERN SPECIES	247						kcnc3a (ENSLCAG00010004844)	pdk2b (ENSLCAG00010004033)	ENSLCAG00010003853	ENSLCAG00010003819	ENSLCAG00010003802	ENSLCAG00010003797	ube2z (ENSLCAG00010003789) #15	atp5mc1 (ENSLCAG00010003778)	eve1 (ENSLCAG00010003771)	hoxb13a (ENSLCAG00010003768) #20	hoxb9a (ENSLCAG00010003766) #22	hoxb8a (ENSLCAG00010003765) #23	hoxb7a (ENSLCAG00010003762) #24	ENSLCAG00010003761	HOXB5 (ENSLCAG00010003760) #26	hoxb4a (ENSLCAG00010003757) #28	hoxb3a (ENSLCAG00010003753) #27	hoxb2a (ENSLCAG00010003756) #29	hoxb1a (ENSLCAG00010003751)	CBX1 (ENSLCAG00010003749) #34	nfe2l1a (ENSLCAG00010003748) ##35	praf2 (ENSLCAG00010003746)	copz2 (ENSLCAG00010003729) #36	prr15la (ENSLCAG00010003720)	igf2bp1 (ENSLCAG00010003597)	rab11fip4a (ENSLCAG00010003575)
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000153500.a.b.f	ENSGT00940000161341.a.b	ENSGT00940000166248.b	ENSGT00390000016335.g	ENSGT00940000165190.B	ENSGT00950000183207.b	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d
Turbot	MODERN SPECIES	10	ENSSMAG00000015252	ENSSMAG00000015264	fbxl16 (ENSSMAG00000015368)	ENSSMAG00000015399	ENSSMAG00000021939	rbfox1 (ENSSMAG00000015505)	ENSSMAG00000015596	ENSSMAG00000034009	ENSSMAG00000015638	ENSSMAG00000015690	ENSSMAG00000029714	ENSSMAG00000015802	ube2z (ENSSMAG00000015917) #15	eve1 (ENSSMAG00000016101)	hoxb13a (ENSSMAG00000016117) #20	hoxb9a (ENSSMAG00000033679) #22	hoxb8a (ENSSMAG00000016133) #23	ENSSMAG00000023799	HOXB5 (ENSSMAG00000028467) #26	hoxb3a (ENSSMAG00000016177) #27	hoxb4a (ENSSMAG00000016160) #28	hoxb2a (ENSSMAG00000016195) #29	hoxb1a (ENSSMAG00000025836)	CBX1 (ENSSMAG00000016205) #34	nfe2l1a (ENSSMAG00000016270) ##35	ENSSMAG00000016346	copz2 (ENSSMAG00000016368) #36	prr15la (ENSSMAG00000016414)	ENSSMAG00000016421	rab11fip4a (ENSSMAG00000016438)	coil (ENSSMAG00000016462)
Tongue sole	MODERN SPECIES	8	pyya (ENSCSEG00000013429)	ENSCSEG00000013423	col1a1a (ENSCSEG00000012919)	coa3b (ENSCSEG00000012849)	nags (ENSCSEG00000012835)	ENSCSEG00000012821	DLX3 (ENSCSEG00000012819)	PSMD11 (ENSCSEG00000012804)	rpain (ENSCSEG00000012792)	ZNF653 (ENSCSEG00000012787)	tspan35 (ENSCSEG00000012782)	zgc:158403 (ENSCSEG00000012776)	ENSCSEG00000012766	hoxb13a (ENSCSEG00000012749) #20	eve1 (ENSCSEG00000012743)	hoxb9a (ENSCSEG00000012735) #22	hoxb8a (ENSCSEG00000012733) #23	ENSCSEG00000012724	hoxb4a (ENSCSEG00000012720) #28	hoxb3a (ENSCSEG00000012710) #27	hoxb2a (ENSCSEG00000012699) #29	hoxb1a (ENSCSEG00000012675)	ENSCSEG00000012670	CBX1 (ENSCSEG00000012663) #34	nfe2l1a (ENSCSEG00000012657) ##35	praf2 (ENSCSEG00000012654)	copz2 (ENSCSEG00000012630) #36	atp5mc1 (ENSCSEG00000012587)	ube2z (ENSCSEG00000012583) #15	OSBPL7 (ENSCSEG00000012572)	ENSCSEG00000012560
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	3							ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	55										ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193
Fugu	MODERN SPECIES	17	ENSTRUG00000030440	ENSTRUG00000032596	ccdc134 (ENSTRUG00000032166)	ENSTRUG00000008033	ENSTRUG00000032837	kdelr3 (ENSTRUG00000022968)	ENSTRUG00000008188	sox10 (ENSTRUG00000008350)	polr2f (ENSTRUG00000021130)	ENSTRUG00000020745	ENSTRUG00000008690	ube2z (ENSTRUG00000032441) #15	atp5mc1 (ENSTRUG00000009147)	eve1 (ENSTRUG00000009382)	hoxb13a (ENSTRUG00000023485) #20	hoxb9a (ENSTRUG00000002255) #22	hoxb8a (ENSTRUG00000028207) #23	ENSTRUG00000033087	ENSTRUG00000001069	HOXB5 (ENSTRUG00000021471) #26	hoxb3a (ENSTRUG00000009707) #27	hoxb4a (ENSTRUG00000021234) #28	hoxb2a (ENSTRUG00000009966) #29	hoxb1a (ENSTRUG00000010036)	CBX1 (ENSTRUG00000020253) #34	nfe2l1a (ENSTRUG00000010088) ##35	praf2 (ENSTRUG00000022698)	copz2 (ENSTRUG00000023775) #36	prr15la (ENSTRUG00000001285)	igf2bp1 (ENSTRUG00000033287)	ENSTRUG00000021403
Tetraodon	MODERN SPECIES	26	ENSTNIG00000010833	dtd2 (ENSTNIG00000001708)	ENSTNIG00000010832	ENSTNIG00000010831	ENSTNIG00000001262	kdelr3 (ENSTNIG00000010830)	ENSTNIG00000010829	sox10 (ENSTNIG00000010828)	polr2f (ENSTNIG00000010827)	TBKBP1 (ENSTNIG00000010826)	ENSTNIG00000010825	ube2z (ENSTNIG00000010824) #15	atp5mc1 (ENSTNIG00000010823)	eve1 (ENSTNIG00000000716)	hoxb13a (ENSTNIG00000000761) #20	hoxb9a (ENSTNIG00000010822) #22	HOXB5 (ENSTNIG00000000158) #26	hoxb4a (ENSTNIG00000001757) #28	ENSTNIG00000001758	hoxb3a (ENSTNIG00000010821) #27	hoxb2a (ENSTNIG00000000338) #29	hoxb1a (ENSTNIG00000003341)	CBX1 (ENSTNIG00000003151) #34	nfe2l1a (ENSTNIG00000003150) ##35	praf2 (ENSTNIG00000003149)	copz2 (ENSTNIG00000019641) #36	igf2bp1 (ENSTNIG00000013986)	ENSTNIG00000013987	rab11fip4a (ENSTNIG00000013988)	coil (ENSTNIG00000013989)	scpep1 (ENSTNIG00000000412)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	5							ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	460	smarce1 (ENSLBEG00000009661)	ENSLBEG00000009707	rpl23 (ENSLBEG00000009741)	ENSLBEG00000009814	ENSLBEG00000009878	ENSLBEG00000010002	clpp (ENSLBEG00000010026)	si:ch211-286b5.5 (ENSLBEG00000010042) ##9	carm1 (ENSLBEG00000010071)	yipf2 (ENSLBEG00000010144)	timm29 (ENSLBEG00000010178)	ENSLBEG00000010208	atp5mc1 (ENSLBEG00000010267)	eve1 (ENSLBEG00000010292)	hoxb13a (ENSLBEG00000010315) #20	hoxb9a (ENSLBEG00000010328) #22	hoxb8a (ENSLBEG00000010339) #23	hoxb7a (ENSLBEG00000010375) #24	ENSLBEG00000010396	HOXB5 (ENSLBEG00000010415) #26	hoxb4a (ENSLBEG00000010477) #28
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000166248.b	ENSGT00390000016335.g	ENSGT00950000183150.a.a.a.d	ENSGT00940000165190.B	ENSGT00950000183207.b	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000166248.b	ENSGT00390000016335.g	ENSGT00950000183150.a.a.a.d	ENSGT00940000165190.B	ENSGT00950000183207.b	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	15	rpl23 (ENSSAUG00010007227)	ENSSAUG00010007253	ENSSAUG00010007259	ENSSAUG00010007603	kcnc3a (ENSSAUG00010002820)	ENSSAUG00010002879	PDK2 (ENSSAUG00010002937)	ENSSAUG00010003280	ENSSAUG00010003282	ENSSAUG00010003287	ENSSAUG00010003303	ube2z (ENSSAUG00010003377) #15	ATP5G3 (ENSSAUG00010003390)	eve1 (ENSSAUG00010003399)	hoxb13a (ENSSAUG00010003401) #20	hoxb9a (ENSSAUG00010003409) #22	ENSSAUG00010003410	hoxb8a (ENSSAUG00010003412) #23	ENSSAUG00010003413	HOXB5 (ENSSAUG00010003414) #26	hoxb4a (ENSSAUG00010003417) #28	hoxb3a (ENSSAUG00010003419) #27	hoxb2a (ENSSAUG00010003420) #29	hoxb1a (ENSSAUG00010003422)	ENSSAUG00010003433	ENSSAUG00010003436	ENSSAUG00010003437	ENSSAUG00010003441	ENSSAUG00010003443	CBX1 (ENSSAUG00010003449) #34	nfe2l1a (ENSSAUG00010003455) ##35
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000016335.g	ENSGT00950000183150.a.a.a.d	ENSGT00940000165190.B	ENSGT00950000183207.b	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	483	ENSLCRG00005009595	G6PC1 (ENSLCRG00005009554)	ENSLCRG00005009553	aoc2 (ENSLCRG00005009552)	PSME3 (ENSLCRG00005009551)	ENSLCRG00005009550	kcnc3a (ENSLCRG00005009547)	pdk2b (ENSLCRG00005009537)	ENSLCRG00005009536	ENSLCRG00005009449	ENSLCRG00005009443	ube2z (ENSLCRG00005009442) #15	atp5mc1 (ENSLCRG00005009440)	eve1 (ENSLCRG00005009438)	hoxb13a (ENSLCRG00005009437) #20	hoxb9a (ENSLCRG00005009434) #22	hoxb8a (ENSLCRG00005009416) #23	hoxb7a (ENSLCRG00005009413) #24	ENSLCRG00005009412	HOXB5 (ENSLCRG00005009410) #26	hoxb4a (ENSLCRG00005009408) #28	hoxb3a (ENSLCRG00005009406) #27	hoxb2a (ENSLCRG00005009404) #29	hoxb1a (ENSLCRG00005009402)	ENSLCRG00005009400	CBX1 (ENSLCRG00005009397) #34	nfe2l1a (ENSLCRG00005009396) ##35	praf2 (ENSLCRG00005009395)	copz2 (ENSLCRG00005009391) #36	prr15la (ENSLCRG00005009387)	ENSLCRG00005009385
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000161341.a.b	ENSGT00940000166248.b	ENSGT00390000016335.g	ENSGT00940000165190.B	ENSGT00950000183207.b	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b.b.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158181.a	ENSGT00550000075089	ENSGT00940000163009.a	ENSGT00390000003249	ENSGT00930000151040.b	ENSGT00940000155904	ENSGT00390000005830	ENSGT01100000263525.a.b.a.b ##9	ENSGT00940000160377	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b.b.a #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b
Lumpfish	MODERN SPECIES	23	engase (ENSCLMG00005005038)	CSNK1D (ENSCLMG00005005033)	SLC16A3 (ENSCLMG00005005031)	dus1l (ENSCLMG00005005025)	cln3 (ENSCLMG00005005021)	ppp4cb (ENSCLMG00005005015)	aldh3b1 (ENSCLMG00005005012)	clpp (ENSCLMG00005005010)	si:ch211-286b5.5 (ENSCLMG00005005007) ##9	carm1 (ENSCLMG00005004546)	ENSCLMG00005004333	ube2z (ENSCLMG00005004286) #15	atp5mc1 (ENSCLMG00005004257)	eve1 (ENSCLMG00005004254)	hoxb13a (ENSCLMG00005004250) #20	hoxb9a (ENSCLMG00005004249) #22	hoxb8a (ENSCLMG00005004245) #23	hoxb7a (ENSCLMG00005004242) #24	hoxb6a (ENSCLMG00005004237) #25	hoxb3a (ENSCLMG00005020439) #27	hoxb2a (ENSCLMG00005020438) #29	hoxb1a (ENSCLMG00005020435)	CBX1 (ENSCLMG00005020426) #34	nfe2l1a (ENSCLMG00005020425) ##35	praf2 (ENSCLMG00005020419)	copz2 (ENSCLMG00005020417) #36	prr15la (ENSCLMG00005020414)	ENSCLMG00005020412	ENSCLMG00005020411	pdk2b (ENSCLMG00005020254)	kcnc3a (ENSCLMG00005020226)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000161341.a.b	ENSGT00940000166248.b	ENSGT00390000016335.g	ENSGT00940000165190.B	ENSGT00950000183207.b	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b.b.b #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00440000033742.a.b.d
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	22	ARL4D (ENSCGOG00000000917)	ENSCGOG00000000915	ENSCGOG00000000912	ENSCGOG00000000907	ENSCGOG00000000904	aoc2 (ENSCGOG00000000902)	ENSCGOG00000000901	kcnc3a (ENSCGOG00000000895)	pdk2b (ENSCGOG00000000867)	ENSCGOG00000000864	ENSCGOG00000000829	ube2z (ENSCGOG00000000775) #15	atp5mc1 (ENSCGOG00000000767)	eve1 (ENSCGOG00000000762)	hoxb13a (ENSCGOG00000000761) #20	hoxb9a (ENSCGOG00000000760) #22	hoxb8a (ENSCGOG00000000757) #23	hoxb7a (ENSCGOG00000000755) #24	ENSCGOG00000000754	HOXB5 (ENSCGOG00000000752) #26	hoxb4a (ENSCGOG00000000751) #28	hoxb3a (ENSCGOG00000000749) #27	hoxb2a (ENSCGOG00000000750) #29	hoxb1a (ENSCGOG00000000745)	nfe2l1a (ENSCGOG00000000742) ##35	praf2 (ENSCGOG00000000740)	copz2 (ENSCGOG00000000733) #36	prr15la (ENSCGOG00000000732)	igf2bp1 (ENSCGOG00000000719)	rab11fip4a (ENSCGOG00000000701)	coil (ENSCGOG00000000688)
Pike perch	MODERN SPECIES	107					aoc2 (ENSSLUG00000025727)	PSME3 (ENSSLUG00000025729)	ENSSLUG00000025731	kcnc3a (ENSSLUG00000025735)	PDK2 (ENSSLUG00000025753)	ENSSLUG00000025772	ENSSLUG00000025782	ube2z (ENSSLUG00000025783) #15	atp5mc1 (ENSSLUG00000025787)	eve1 (ENSSLUG00000025790)	hoxb13a (ENSSLUG00000025791) #20	hoxb9a (ENSSLUG00000025792) #22	hoxb8a (ENSSLUG00000025797) #23	hoxb7a (ENSSLUG00000025801) #24	ENSSLUG00000025803	HOXB5 (ENSSLUG00000025807) #26	hoxb4a (ENSSLUG00000014165) #28	hoxb3a (ENSSLUG00000014170) #27	hoxb2a (ENSSLUG00000014173) #29	hoxb1a (ENSSLUG00000014182)	CBX1 (ENSSLUG00000014227) #34	nfe2l1a (ENSSLUG00000014230) ##35	praf2 (ENSSLUG00000014235)	copz2 (ENSSLUG00000014240) #36	prr15la (ENSSLUG00000014255)	ENSSLUG00000014263	igf2bp1 (ENSSLUG00000014270)
Cod	MODERN SPECIES	11	ENSGMOG00000024582	ENSGMOG00000018274	ENSGMOG00000023485	ENSGMOG00000023124	ENSGMOG00000005287	cacnb1 (ENSGMOG00000005267)	ENSGMOG00000023777	ENSGMOG00000001726 #10	ENSGMOG00000033297 #10	ube2z (ENSGMOG00000015368) #15	atp5mc1 (ENSGMOG00000015354)	ENSGMOG00000015328	eve1 (ENSGMOG00000034875)	ENSGMOG00000035317	hoxb13a (ENSGMOG00000015284) #20	hoxb9a (ENSGMOG00000033079) #22	hoxb8a (ENSGMOG00000035281) #23	hoxb7a (ENSGMOG00000024089) #24	ENSGMOG00000027090	HOXB5 (ENSGMOG00000031372) #26	hoxb4a (ENSGMOG00000009880) #28	hoxb3a (ENSGMOG00000024004) #27	hoxb2a (ENSGMOG00000024154) #29	hoxb1a (ENSGMOG00000030229)	ENSGMOG00000027442	ENSGMOG00000027289	ENSGMOG00000030519	ENSGMOG00000032198	ENSGMOG00000035523	CBX1 (ENSGMOG00000009322) #34	nfe2l1a (ENSGMOG00000027608) ##35
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT01100000263525.b.a.o #9	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354.d #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.y #10	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354.d #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b
Atlantic herring	MODERN SPECIES		HDAC5 (ENSCHAG00000012867)	nags (ENSCHAG00000012828)	ENSCHAG00000012806	RAPGEFL1 (ENSCHAG00000012776)	casc3 (ENSCHAG00000012759)	msl1a (ENSCHAG00000012702)	nr1d1 (ENSCHAG00000012664)	ENSCHAG00000012653	igf2bp1 (ENSCHAG00000012263)	ube2z (ENSCHAG00000012169) #15	atp5mc1 (ENSCHAG00000012097)	ttll6 (ENSCHAG00000012024)	eve1 (ENSCHAG00000012005)	hoxb13a (ENSCHAG00000011984) #20	ENSCHAG00000011977	hoxb9a (ENSCHAG00000011972) #22	hoxb8a (ENSCHAG00000011949) #23	hoxb7a (ENSCHAG00000011939) #24	hoxb6a (ENSCHAG00000011924) #25	hoxb5a (ENSCHAG00000011908) #26	hoxb4a (ENSCHAG00000011877) #28	hoxb3a (ENSCHAG00000011846) #27	hoxb2a (ENSCHAG00000011811) #29	hoxb1a (ENSCHAG00000011778)	cbx1a (ENSCHAG00000011737) #34	nfe2l1a (ENSCHAG00000011681) ##35	copz2 (ENSCHAG00000011583) #36	prr15la (ENSCHAG00000011558)	OSBPL7 (ENSCHAG00000011405)	TBKBP1 (ENSCHAG00000011348)	pdk2b (ENSCHAG00000011260)
Denticle herring	MODERN SPECIES	17	ENSDCDG00000030937 #10	col1a1a (ENSDCDG00000024322)	PPP1R9B (ENSDCDG00000024017)	RAPGEFL1 (ENSDCDG00000023889)	casc3 (ENSDCDG00000023882)	msl1a (ENSDCDG00000023873)	nr1d1 (ENSDCDG00000023872)	igf2bp1 (ENSDCDG00000023869)	eve1 (ENSDCDG00000023867)	hoxb13a (ENSDCDG00000023866) #20	igf2bp1 (ENSDCDG00000023853)	ube2z (ENSDCDG00000023849) #15	atp5mc1 (ENSDCDG00000023750)	eve1 (ENSDCDG00000023747)	hoxb13a (ENSDCDG00000023744) #20	hoxb9a (ENSDCDG00000023741) #22	hoxb8a (ENSDCDG00000023738) #23	hoxb7a (ENSDCDG00000023736) #24	hoxb6a (ENSDCDG00000023730) #25	hoxb5a (ENSDCDG00000023726) #26	hoxb4a (ENSDCDG00000023723) #28	hoxb3a (ENSDCDG00000023705) #27	hoxb2a (ENSDCDG00000023696) #29	hoxb1a (ENSDCDG00000023691)	cbx1a (ENSDCDG00000023683) #34	nfe2l1a (ENSDCDG00000023673) ##35	copz2 (ENSDCDG00000023665) #36	prr15la (ENSDCDG00000023656)	ENSDCDG00000023398	TBKBP1 (ENSDCDG00000023381)	pdk2b (ENSDCDG00000022777)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT01100000263525.b.a.o #9	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354.d #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00750000118756.b	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00530000063801.a.b	ENSGT00940000166816
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT01100000263525.b.a.o #9	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548.j	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354.d #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00750000118756.b	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000166816	ENSGT00940000162556.D.a
Channel catfish	MODERN SPECIES	11	snu13a (ENSIPUG00000002874)	ENSIPUG00000002858	nags (ENSIPUG00000002846)	col1a1a (ENSIPUG00000002759)	ppp1r9b (ENSIPUG00000002737)	rapgefl1 (ENSIPUG00000002700)	casc3 (ENSIPUG00000002679)	msl1l1 (ENSIPUG00000002657)	nr1d1 (ENSIPUG00000002625)	ENSIPUG00000002610	igf2bp1 (ENSIPUG00000002561)	ube2z (ENSIPUG00000002542) #15	ATP5G2 (ENSIPUG00000002509)	eve1 (ENSIPUG00000002492)	hoxb13a (ENSIPUG00000002487) #20	hoxb9 (ENSIPUG00000002484) #22	hoxb8a (ENSIPUG00000002469) #23	hoxb7-a (ENSIPUG00000002446) #24	hoxb6a (ENSIPUG00000002440) #25	hoxb5a (ENSIPUG00000002437) #26	hoxb4 (ENSIPUG00000002433) #28	hoxb3a (ENSIPUG00000002427) #27	hoxb2 (ENSIPUG00000002425) #29	hoxb1a (ENSIPUG00000002421)	cbx1a (ENSIPUG00000002405) #34	nfe2l1a (ENSIPUG00000002401) ##35	COPZ1 (ENSIPUG00000002355) #36	prr15la (ENSIPUG00000002338)	ENSIPUG00000002327	ADSL (ENSIPUG00000002270)	tmem150b (ENSIPUG00000002228)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT01100000263525.b.a.o #9	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548.j	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354.d #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00750000118756.b	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000166816	ENSGT00940000162556.D.a
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b #10	ENSGT01100000263525.b.a.o #9	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548.j	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529 #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354.d #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00750000118756.b	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000166816	ENSGT00950000183122.C
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	12	gngt2a (ENSPNAG00000016164) #9	ENSPNAG00000016142	col1a1a (ENSPNAG00000003407)	PPP1R9B (ENSPNAG00000015952)	RAPGEFL1 (ENSPNAG00000015935)	casc3 (ENSPNAG00000015928)	msl1a (ENSPNAG00000015916)	nr1d1 (ENSPNAG00000015887)	ENSPNAG00000015829	igf2bp1 (ENSPNAG00000015781)	ube2z (ENSPNAG00000015749) #15	ATP5MC1 (ENSPNAG00000015689) ##16	eve1 (ENSPNAG00000015546)	hoxb13a (ENSPNAG00000015539) #20	ENSPNAG00000015531	hoxb9a (ENSPNAG00000015522) #22	hoxb8a (ENSPNAG00000015517) #23	hoxb7a (ENSPNAG00000015508) #24	hoxb6a (ENSPNAG00000015499) #25	hoxb5a (ENSPNAG00000015488) #26	hoxb4a (ENSPNAG00000015473) #28	hoxb3a (ENSPNAG00000015463) #27	hoxb2a (ENSPNAG00000015444) #29	hoxb1a (ENSPNAG00000015431)	cbx1a (ENSPNAG00000015386) #34	nfe2l1a (ENSPNAG00000015355) ##35	copz2 (ENSPNAG00000015344) #36	ENSPNAG00000015260	prr15la (ENSPNAG00000015234)	ENSPNAG00000007053	adsl (ENSPNAG00000015193)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	143				col1a1a (ENSAMXG00000015724)	PPP1R9B (ENSAMXG00000015787)	RAPGEFL1 (ENSAMXG00000038585)	ENSAMXG00000032751	casc3 (ENSAMXG00000032452)	msl1a (ENSAMXG00000015829)	nr1d1 (ENSAMXG00000015855)	ENSAMXG00000029417	igf2bp1 (ENSAMXG00000015877)	ube2z (ENSAMXG00000040778) #15	atp5mc1 (ENSAMXG00000015927)	hoxb13a (ENSAMXG00000015950) #20	hoxb9a (ENSAMXG00000029493) #22	hoxb8a (ENSAMXG00000037495) #23	hoxb7a (ENSAMXG00000043718) #24	hoxb6a (ENSAMXG00000029976) #25	hoxb5a (ENSAMXG00000030695) #26	hoxb4a (ENSAMXG00000015999) #28	hoxb3a (ENSAMXG00000041474) #27	hoxb2a (ENSAMXG00000016026) #29	hoxb1a (ENSAMXG00000042720)	eve1 (ENSAMXG00000033002)	cbx1a (ENSAMXG00000037761) #34	nfe2l1a (ENSAMXG00000030680) ##35	copz2 (ENSAMXG00000042171) #36	prr15la (ENSAMXG00000025774)	ENSAMXG00000035669	ENSAMXG00000002620
Electric eel	MODERN SPECIES	26	ENSEEEG00000004034 #10	col1a1a (ENSEEEG00000004027)	PPP1R9B (ENSEEEG00000004018)	RAPGEFL1 (ENSEEEG00000004015)	casc3 (ENSEEEG00000004011)	msl1a (ENSEEEG00000004008)	nr1d1 (ENSEEEG00000004006)	ENSEEEG00000004005	igf2bp1 (ENSEEEG00000004002)	ube2z (ENSEEEG00000003995) #15	atp5mc1 (ENSEEEG00000003992)	ENSEEEG00000003989 #19	eve1 (ENSEEEG00000003988)	hoxb13a (ENSEEEG00000003985) #20	hoxb10a (ENSEEEG00000003982)	hoxb9a (ENSEEEG00000003980) #22	hoxb8a (ENSEEEG00000003979) #23	hoxb7a (ENSEEEG00000003976) #24	hoxb6a (ENSEEEG00000003973) #25	hoxb5a (ENSEEEG00000003969) #26	hoxb4a (ENSEEEG00000003963) #28	hoxb3a (ENSEEEG00000003961) #27	hoxb2a (ENSEEEG00000003959) #29	hoxb1a (ENSEEEG00000003958)	cbx1a (ENSEEEG00000003957) #34	nfe2l1a (ENSEEEG00000003956) ##35	copz2 (ENSEEEG00000003954) #36	prr15la (ENSEEEG00000003950)	ENSEEEG00000003947	ENSEEEG00000003946	adsl (ENSEEEG00000003851)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT01100000263525.b.a.o #9	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT01100000263475.f.a.f.b.a	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #20	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #22	ENSGT00940000161529.u.a #23	ENSGT00940000161230 #24	ENSGT00940000161108 #25	ENSGT00940000158354.d #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774 #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##35	ENSGT00390000004405.b #36	ENSGT00750000118756.b	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00530000063801.a.b	ENSGT00940000166816
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	686								ENSGT00390000006930.a	ENSGT00390000018292.d.b	ENSGT00940000160548.g	ENSGT00940000154957.A.g	ENSGT00940000159091.d #15	ENSGT00940000167564.h	ENSGT00940000159029.j #20	ENSGT00940000163268.e.b.a	ENSGT00940000161386.g #22	ENSGT00940000161529.u.a.a.b #23	ENSGT00940000161230.a #24	ENSGT00940000161108.c #25	ENSGT00940000159774.lc #27
Goldfish	MODERN SPECIES	22	lsm12a (ENSCARG00000000913)	ENSCARG00000000924	ENSCARG00000000931 #10	ENSCARG00000000938	col1a1a (ENSCARG00000001155)	PPP1R9B (ENSCARG00000002312)	casc3 (ENSCARG00000002400)	nr1d1 (ENSCARG00000002466)	ENSCARG00000002477	igf2bp1 (ENSCARG00000002510)	ube2z (ENSCARG00000002616) #15	atp5mc1 (ENSCARG00000002630)	eve1 (ENSCARG00000002639)	hoxb13a (ENSCARG00000002645) #20	hoxb10a (ENSCARG00000002649)	hoxb9a (ENSCARG00000002658) #22	hoxb8a (ENSCARG00000002663) #23	hoxb7a (ENSCARG00000002667) #24	hoxb6a (ENSCARG00000002672) #25	hoxb5a (ENSCARG00000002674) #26	ENSCARG00000002676	hoxb3a (ENSCARG00000002682) #27	hoxb2a (ENSCARG00000002688) #29	hoxb1a (ENSCARG00000002693)	copz2 (ENSCARG00000002719) #36	nfe2l1a (ENSCARG00000002796) ##35	prr15la (ENSCARG00000002805)	atf4b (ENSCARG00000002809)	ENSCARG00000002813	CASKIN1 (ENSCARG00000002904)	traf7 (ENSCARG00000003336)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	195	ENSGT00940000160534.l	ENSGT00390000006956.b.a.a	ENSGT00940000155311.A.a.f	ENSGT00390000006679.b.x #10	ENSGT00940000158833.a.a.a	ENSGT00940000160144.d	ENSGT00390000006930.a	ENSGT00390000018292.d.b	ENSGT00940000160548.g	ENSGT00940000154957.A.g	ENSGT00940000159091.d #15	ENSGT00940000157981.a.b.b	ENSGT00940000167564.h	ENSGT00940000159029.j #20	ENSGT00940000163268.e.b.a	ENSGT00940000161386.g #22	ENSGT00940000161529.u.a.a.b #23	ENSGT00940000161529.u.a.b #23	ENSGT00940000161230.a #24	ENSGT00940000161108.c #25	ENSGT00940000159774.lc #27	ENSGT00940000166856.a	ENSGT00940000154152.b.a.d #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.b ##35	ENSGT00390000004405.b.b #36	ENSGT00940000154534.b.a.c	ENSGT00530000063801.a.b.a	ENSGT00940000166816.e	ENSGT01030000234578.A.b.b.j	ENSGT00950000183122.C.k.b	ENSGT00940000157367.a.a.a
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Golden-line barbel	MODERN SPECIES	47	ENSSGRG00000048114 #10	ENSSGRG00000048116	ENSSGRG00000048141	PPP1R9B (ENSSGRG00000049480)	RAPGEFL1 (ENSSGRG00000049485)	casc3 (ENSSGRG00000049486)	msl1a (ENSSGRG00000049487)	msl1a (ENSSGRG00000049488)	nr1d1 (ENSSGRG00000049489)	igf2bp1 (ENSSGRG00000049513)	ube2z (ENSSGRG00000049690) #15	atp5mc1 (ENSSGRG00000049691)	eve1 (ENSSGRG00000049695)	hoxb13a (ENSSGRG00000049696) #20	hoxb10a (ENSSGRG00000049697)	hoxb9a (ENSSGRG00000049699) #22	hoxb8a (ENSSGRG00000049701) #23	hoxb7a (ENSSGRG00000049702) #24	hoxb6a (ENSSGRG00000049703) #25	hoxb3a (ENSSGRG00000049705) #27	hoxb2a (ENSSGRG00000049708) #29	hoxb1a (ENSSGRG00000049711)	cbx1a (ENSSGRG00000049715) #34	nfe2l1a (ENSSGRG00000049738) ##35	copz2 (ENSSGRG00000049742) #36	ENSSGRG00000049772	prr15la (ENSSGRG00000049774)	atf4b (ENSSGRG00000049777)	adsl (ENSSGRG00000049786)	ENSSGRG00000049947	ENSSGRG00000049957
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	56	ENSGT01100000263525.b.a.o #9	ENSGT00940000156584.e.b.b	ENSGT00940000158833.a.a.b	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930.b	ENSGT00390000018292.d.a	ENSGT01100000263475.f.a.f.b.a	ENSGT00940000160548.h	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A.h	ENSGT00940000159091.c #15	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564.g	ENSGT00940000159029.i #20	ENSGT00940000163268.e.b.b	ENSGT00940000161386.h #22	ENSGT00940000161529.u.a.a.a #23	ENSGT00940000161230.b #24	ENSGT00940000161108.d #25	ENSGT00940000158354.d #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774.mc #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856.b	ENSGT00940000154152.b.a #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.a ##35	ENSGT00390000004405.b.a #36	ENSGT00750000118756.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.b ##35	ENSGT00390000004405.b.b #36	ENSGT00940000154534.b.a
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01100000263525.b.a.o #9	ENSGT00940000156584.e.b.b	ENSGT00940000158833.a.a.b	ENSGT00940000160144.c	ENSGT00390000006930.b	ENSGT00390000018292.d.a	ENSGT01100000263475.f.a.f.b.a	ENSGT00940000160548.h	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A.h	ENSGT00940000159091.c #15	ENSGT00940000157981.a.b.a	ENSGT00940000167564.g	ENSGT00940000159029.i #20	ENSGT00940000163268.e.b.b	ENSGT00940000161386.h #22	ENSGT00940000161529.u.a.a.a #23	ENSGT00940000161230.b #24	ENSGT00940000161108.d #25	ENSGT00940000158354.d #26	ENSGT00940000162072 #28	ENSGT00940000159774.mc #27	ENSGT00940000155029.c.b #29	ENSGT00940000166856.b	ENSGT00940000154152.b.a.c #34	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.a ##35	ENSGT00390000004405.b.a #36	ENSGT00750000118756.b	ENSGT00940000154534.b.a.d	ENSGT00530000063801.a.b.b	ENSGT00940000166816.f
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