Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156392.a	ENSGT00940000158516 #7	ENSGT00910000146751 #9	ENSGT00730000111265 #8	ENSGT00940000158617 #10	ENSGT00390000012671 #11	ENSGT00940000159661 #12	ENSGT00530000063679.A #13	ENSGT00940000154110.b #14	ENSGT00940000156558 #15	ENSGT00940000158013 #16	ENSGT00550000074787 #17	ENSGT00390000009110 #18	ENSGT00390000015759 #19	ENSGT00390000010091.d #21	ENSGT00390000006207 #22	ENSGT00950000185083 #23	ENSGT00940000161555 #24	ENSGT00960000186749 #25	ENSGT00940000158810 #26	ENSGT00390000007644 #27	ENSGT00390000001083 #28	ENSGT00390000014496.u #30	ENSGT00940000161699 #32	ENSGT00950000182827.A #33	ENSGT00390000010308.jb #34	ENSGT00390000017390 #35	ENSGT00530000063970.d #36	ENSGT00940000163897 #37	ENSGT00940000162055	ENSGT00940000158134.B
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158516 #7	ENSGT00910000146751 #9	ENSGT00730000111265 #8	ENSGT00940000158617 #10	ENSGT00390000012671 #11	ENSGT00940000159661 #12	ENSGT00530000063679.A #13	ENSGT00940000154110.b #14	ENSGT00940000156558 #15	ENSGT00940000158013 #16	ENSGT00550000074787 #17	ENSGT00390000009110 #18	ENSGT00390000015759 #19	ENSGT00390000007084.d.f.a.b #20	ENSGT00390000010091.d #21	ENSGT00390000006207 #22	ENSGT00950000185083 #23	ENSGT00940000161555 #24	ENSGT00960000186749 #25	ENSGT00940000158810 #26	ENSGT00390000007644 #27	ENSGT00390000001083 #28	ENSGT00390000014496.u.a #29	ENSGT00390000014496.u.b #30	ENSGT00940000161699 #32	ENSGT00950000182827.A #33	ENSGT00390000010308.jb #34	ENSGT00390000017390 #35	ENSGT00530000063970.d #36	ENSGT00940000163897 #37	ENSGT00940000162055
Alpin marmot	MODERN SPECIES	4	LSAMP (ENSMMMG00000010593) #7	GAP43 (ENSMMMG00000010611) #8	ENSMMMG00000010624 #9	ZBTB20 (ENSMMMG00000010643) #10	TIGIT (ENSMMMG00000010655) #11	DRD3 (ENSMMMG00000010664) #12	QTRT2 (ENSMMMG00000010718) #13	CCDC191 (ENSMMMG00000010739) #14	ZDHHC23 (ENSMMMG00000010791) #15	GRAMD1C (ENSMMMG00000010807) #16	ATP6V1A (ENSMMMG00000010871) #17	NAA50 (ENSMMMG00000010913) #18	USF3 (ENSMMMG00000010963) #19	ENSMMMG00000010979 #20	SIDT1 (ENSMMMG00000011002) #21	SPICE1 (ENSMMMG00000011122) #22	ENSMMMG00000011145 #23	ENSMMMG00000011154 #24	ENSMMMG00000011170 #25	BOC (ENSMMMG00000011181) #26	NEPRO (ENSMMMG00000011239) #27	GTPBP8 (ENSMMMG00000011255) #28	ENSMMMG00000011270 #29	ENSMMMG00000011274 #30	ENSMMMG00000011306 #31	CCDC80 (ENSMMMG00000011327) #32	SLC35A5 (ENSMMMG00000011343) #33	ATG3 (ENSMMMG00000011358) #34	BTLA (ENSMMMG00000011384) #35	CD200 (ENSMMMG00000011497) #36	ENSMMMG00000011501 #37
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000158516 #7	ENSGT00910000146751 #9	ENSGT00730000111265 #8	ENSGT00940000158617 #10	ENSGT00390000012671 #11	ENSGT00940000159661 #12	ENSGT00530000063679.A #13	ENSGT00940000154110.b #14	ENSGT00940000156558 #15	ENSGT00940000158013 #16	ENSGT00550000074787 #17	ENSGT00390000009110 #18	ENSGT00390000015759 #19	ENSGT00390000007084.d.f.a.b #20	ENSGT00390000010091.d #21	ENSGT00390000006207 #22	ENSGT00950000185083 #23	ENSGT00940000161555 #24	ENSGT00960000186749 #25	ENSGT00940000158810 #26	ENSGT00390000007644 #27	ENSGT00390000001083 #28	ENSGT00390000014496.u.a #29	ENSGT00390000014496.u.b #30	ENSGT00940000161699 #32	ENSGT00950000182827.A #33	ENSGT00390000010308.jb #34	ENSGT00390000017390 #35	ENSGT00530000063970.d #36	ENSGT00940000162055	ENSGT00940000158134.B
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	5	ENSUPAG00010019867 #9	GAP43 (ENSUPAG00010019863) #8	ZBTB20 (ENSUPAG00010019847) #10	TIGIT (ENSUPAG00010019839) #11	DRD3 (ENSUPAG00010019802) #12	QTRT2 (ENSUPAG00010019771) #13	CCDC191 (ENSUPAG00010019745) #14	ZDHHC23 (ENSUPAG00010019733) #15	GRAMD1C (ENSUPAG00010019710) #16	ENSUPAG00010019680	ATP6V1A (ENSUPAG00010019667) #17	NAA50 (ENSUPAG00010019654) #18	USF3 (ENSUPAG00010019645) #19	ENSUPAG00010019640 #20	SIDT1 (ENSUPAG00010019572) #21	SPICE1 (ENSUPAG00010019559) #22	ENSUPAG00010019557 #23	ENSUPAG00010019554 #24	ENSUPAG00010019552 #25	BOC (ENSUPAG00010019511) #26	NEPRO (ENSUPAG00010019488) #27	GTPBP8 (ENSUPAG00010019482) #28	ENSUPAG00010019459 #30	CCDC80 (ENSUPAG00010019448) #32	ENSUPAG00010019440 #33	ATG3 (ENSUPAG00010019432) #34	BTLA (ENSUPAG00010019423) #35	CD200 (ENSUPAG00010019409) #36	SLC9C1 (ENSUPAG00010019390)	GCSAM (ENSUPAG00010019367)	C3orf52 (ENSUPAG00010019351)
Squirrel	MODERN SPECIES	136	ENSSTOG00000024146 #8	ENSSTOG00000031138	ENSSTOG00000029510	ZBTB20 (ENSSTOG00000001832) #10	TIGIT (ENSSTOG00000027403) #11	DRD3 (ENSSTOG00000000307) #12	QTRT2 (ENSSTOG00000000303) #13	CCDC191 (ENSSTOG00000000301) #14	ZDHHC23 (ENSSTOG00000025086) #15	GRAMD1C (ENSSTOG00000000297) #16	ATP6V1A (ENSSTOG00000009445) #17	NAA50 (ENSSTOG00000009438) #18	USF3 (ENSSTOG00000029223) #19	ENSSTOG00000033214 #20	SIDT1 (ENSSTOG00000006494) #21	SPICE1 (ENSSTOG00000000683) #22	ENSSTOG00000031274 #25	BOC (ENSSTOG00000003962) #26	NEPRO (ENSSTOG00000002150) #27	GTPBP8 (ENSSTOG00000002134) #28	ENSSTOG00000025758 #29	CCDC80 (ENSSTOG00000022016) #32	ENSSTOG00000028478 #33	ATG3 (ENSSTOG00000013772) #34	BTLA (ENSSTOG00000005587) #35	CD200 (ENSSTOG00000007668) #36
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	1	LSAMP (ENSSVLG00005011052) #7	ENSSVLG00005011017 #9	GAP43 (ENSSVLG00005010972) #8	ZBTB20 (ENSSVLG00005010921) #10	TIGIT (ENSSVLG00005010835) #11	ENSSVLG00005010781 #12	ENSSVLG00005010645 #12	QTRT2 (ENSSVLG00005010587) #13	CCDC191 (ENSSVLG00005010230) #14	GRAMD1C (ENSSVLG00005009677) #16	ENSSVLG00005009635	ATP6V1A (ENSSVLG00005009593) #17	ENSSVLG00005009440 #18	USF3 (ENSSVLG00005009384) #19	SIDT1 (ENSSVLG00005009092) #21	SPICE1 (ENSSVLG00005009027) #22	CFAP44 (ENSSVLG00005008721) #24	BOC (ENSSVLG00005008640) #26	NEPRO (ENSSVLG00005008535) #27	GTPBP8 (ENSSVLG00005008410) #28	ENSSVLG00005008338 #30	ENSSVLG00005008258	ENSSVLG00005008185 #30	CCDC80 (ENSSVLG00005007984) #32	ENSSVLG00005007953 #33	ENSSVLG00005007928 #33	ATG3 (ENSSVLG00005007847) #34	BTLA (ENSSVLG00005007735) #35	CD200 (ENSSVLG00005007672) #36	SLC9C1 (ENSSVLG00005007531)	GCSAM (ENSSVLG00005007443)