Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155836.B #7	ENSGT01030000234532.B.e.b #8	ENSGT00390000009486 #9	ENSGT00530000062962.b.a #10	ENSGT00940000160717 #11	ENSGT00940000159637 #12	ENSGT00940000156969 #13	ENSGT00950000183129.a #14	ENSGT00390000008152.B.b #16	ENSGT00390000017625 #17	ENSGT00390000017392 #19	ENSGT00390000008092.b #20	ENSGT00940000161629 #21	ENSGT00940000160167 #22	ENSGT00390000010409 #23	ENSGT00390000017828 #24	ENSGT00390000007857 #25	ENSGT00940000154170.B #28	ENSGT00530000063760.a #29	ENSGT00530000063561 #30	ENSGT00940000158086 #31	ENSGT00940000157725 #32	ENSGT00860000136093	ENSGT00390000008748.b #33	ENSGT00390000005300 #34	ENSGT00510000048252 #36	ENSGT00960000190216	ENSGT00940000155628 #37	ENSGT00940000158007
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155836.B #7	ENSGT01030000234532.B.e.b #8	ENSGT00390000009486 #9	ENSGT00530000062962.b.a #10	ENSGT00940000160717 #11	ENSGT00940000159637 #12	ENSGT00940000156969 #13	ENSGT00950000183129.a #14	ENSGT00390000008152.B.b #16	ENSGT00390000017625 #17	ENSGT00390000017392 #19	ENSGT00390000008092.b #20	ENSGT00940000161629 #21	ENSGT00940000160167 #22	ENSGT00390000010409 #23	ENSGT00390000017828 #24	ENSGT00390000007857 #25	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b #26	ENSGT00940000157312.g #27	ENSGT00940000154170.B #28	ENSGT00530000063760.a #29	ENSGT00530000063561 #30	ENSGT00940000158086 #31	ENSGT00940000157725 #32	ENSGT00390000008748.b #33	ENSGT00390000005300 #34	ENSGT00510000048252 #36	ENSGT00940000155628 #37
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155836.B #7	ENSGT01030000234532.B.e.b #8	ENSGT00390000009486 #9	ENSGT00530000062962.b.a #10	ENSGT00940000160717 #11	ENSGT00940000159637 #12	ENSGT00940000156969 #13	ENSGT00950000183129.a #14	ENSGT00390000008152.B.b #16	ENSGT00390000017625 #17	ENSGT00390000017392 #19	ENSGT00390000008092.b #20	ENSGT00940000161629 #21	ENSGT00940000160167 #22	ENSGT00390000010409 #23	ENSGT00390000017828 #24	ENSGT00390000007857 #25	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b #26	ENSGT00940000157312.g #27	ENSGT00940000154170.B #28	ENSGT00530000063760.a #29	ENSGT00530000063561 #30	ENSGT00940000158086 #31	ENSGT00940000157725 #32	ENSGT00390000008748.b #33	ENSGT00390000005300 #34	ENSGT00510000048252 #36	ENSGT00940000155628 #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155836.B #7	ENSGT01030000234532.B.e.b #8	ENSGT00390000009486 #9	ENSGT00530000062962.b.a #10	ENSGT00940000160717 #11	ENSGT00940000159637 #12	ENSGT00940000156969 #13	ENSGT00950000183129.a #14	ENSGT00390000008152.B.b #16	ENSGT00390000017625 #17	ENSGT00390000017392 #19	ENSGT00390000008092.b #20	ENSGT00940000161629 #21	ENSGT00940000160167 #22	ENSGT00390000010409 #23	ENSGT00390000017828 #24	ENSGT00390000007857 #25	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b #26	ENSGT00940000157312.g #27	ENSGT00940000154170.B #28	ENSGT00530000063760.a #29	ENSGT00530000063561 #30	ENSGT00940000158086 #31	ENSGT00940000157725 #32	ENSGT00390000008748.b #33	ENSGT00390000005300 #34	ENSGT00510000048252 #36	ENSGT00940000155628 #37
Degu	MODERN SPECIES	67	ENSODEG00000016544 #7	SLC24A1 (ENSODEG00000016047) #8	INTS14 (ENSODEG00000017006) #9	HACD3 (ENSODEG00000016975) #10	DPP8 (ENSODEG00000016356) #11	IGDCC4 (ENSODEG00000016455) #12	IGDCC3 (ENSODEG00000016285) #13	PARP16 (ENSODEG00000016601) #14	ENSODEG00000020368 #15	CILP (ENSODEG00000016085) #16	CLPX (ENSODEG00000016361) #17	ENSODEG00000016607 #18	PDCD7 (ENSODEG00000016758) #19	ENSODEG00000016276 #20	KBTBD13 (ENSODEG00000020550) #21	RASL12 (ENSODEG00000016297) #22	SLC51B (ENSODEG00000016552) #23	ENSODEG00000017695 #24	SPG21 (ENSODEG00000016267) #25	EFCC1 (ENSODEG00000016555) #26	ACAD9 (ENSODEG00000016388) #27	ANKDD1A (ENSODEG00000016476) #28	PLEKHO2 (ENSODEG00000016749) #29	PIF1 (ENSODEG00000016408) #30	RBPMS2 (ENSODEG00000016172) #31	Oaz2 (ENSODEG00000016846) #32	ZNF609 (ENSODEG00000016415) #33	TRIP4 (ENSODEG00000016494) #34	ENSODEG00000016410 #35	PCLAF (ENSODEG00000016992) #36	CSNK1G1 (ENSODEG00000016448) #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	157	MEGF11 (ENSCLAG00000013146)	RAB11A (ENSCLAG00000007435)	DENND4A (ENSCLAG00000007003) #7	SLC24A1 (ENSCLAG00000013073) #8	INTS14 (ENSCLAG00000009395) #9	HACD3 (ENSCLAG00000010725) #10	DPP8 (ENSCLAG00000014937) #11	IGDCC4 (ENSCLAG00000007751) #12	IGDCC3 (ENSCLAG00000010244) #13	PARP16 (ENSCLAG00000012092) #14	CILP (ENSCLAG00000014495) #16	CLPX (ENSCLAG00000016601) #17	PDCD7 (ENSCLAG00000007922) #19	UBAP1L (ENSCLAG00000010285) #20	KBTBD13 (ENSCLAG00000018082) #21	RASL12 (ENSCLAG00000011152) #22	SLC51B (ENSCLAG00000011594) #23	MTFMT (ENSCLAG00000014170) #24	SPG21 (ENSCLAG00000011678) #25	GP9 (ENSCLAG00000012298)	ENSCLAG00000010665 #27	ENSCLAG00000012065	ANKDD1A (ENSCLAG00000007792) #28	PLEKHO2 (ENSCLAG00000008540) #29	PIF1 (ENSCLAG00000011808) #30	RBPMS2 (ENSCLAG00000016082) #31	OAZ2 (ENSCLAG00000014124) #32	ZNF609 (ENSCLAG00000006038) #33	TRIP4 (ENSCLAG00000006872) #34	PCLAF (ENSCLAG00000006954) #36	CSNK1G1 (ENSCLAG00000008023) #37
Guinea pig	DUPLICATION
Guinea pig	MODERN SPECIES	316													PDCD7 (ENSCPOG00000012666) #19	UBAP1L (ENSCPOG00000035763) #20	ENSCPOG00000031559 #21	ENSCPOG00000036953 #22	SLC51B (ENSCPOG00000025056) #23	ENSCPOG00000032467
Guinea pig	MODERN SPECIES	355															ENSCPOG00000033771 #21	ENSCPOG00000039046 #22
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	19	RAB11A (ENSHGLG00000048551)	ENSHGLG00000044288	DENND4A (ENSHGLG00000009810) #7	SLC24A1 (ENSHGLG00000008872) #8	INTS14 (ENSHGLG00000010722) #9	HACD3 (ENSHGLG00000011870) #10	DPP8 (ENSHGLG00000014997) #11	IGDCC4 (ENSHGLG00000017462) #12	IGDCC3 (ENSHGLG00000006674) #13	PARP16 (ENSHGLG00000010657) #14	CILP (ENSHGLG00000011932) #16	CLPX (ENSHGLG00000008735) #17	PDCD7 (ENSHGLG00000005335) #19	UBAP1L (ENSHGLG00000005478) #20	ENSHGLG00000007567 #21	ENSHGLG00000008881 #22	SLC51B (ENSHGLG00000040758) #23	ENSHGLG00000048707 #24	SPG21 (ENSHGLG00000015251) #25	ENSHGLG00000016618	ENSHGLG00000048650	ENSHGLG00000013211	ENSHGLG00000045786	ENSHGLG00000032983	ENSHGLG00000013426 #27	ENSHGLG00000018246 #28	PLEKHO2 (ENSHGLG00000014806) #29	PIF1 (ENSHGLG00000015390) #30	RBPMS2 (ENSHGLG00000008504) #31	Oaz2 (ENSHGLG00000034510) #32	ENSHGLG00000045868
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155836.B #7	ENSGT01030000234532.B.e.b #8	ENSGT00390000009486 #9	ENSGT00530000062962.b.a #10	ENSGT00940000160717 #11	ENSGT00940000159637 #12	ENSGT00940000156969 #13	ENSGT00950000183129.a #14	ENSGT00390000008152.B.b #16	ENSGT00390000017625 #17	ENSGT00390000017392 #19	ENSGT00390000008092.b #20	ENSGT00940000161629 #21	ENSGT00940000160167 #22	ENSGT00390000010409 #23	ENSGT00390000017828 #24	ENSGT00390000007857 #25	ENSGT00940000154170.B #28	ENSGT00530000063760.a #29	ENSGT00530000063561 #30	ENSGT00940000158086 #31	ENSGT00940000157725 #32	ENSGT00860000136093	ENSGT00390000008748.b #33	ENSGT00390000005300 #34	ENSGT00510000048252 #36	ENSGT00960000190216	ENSGT00940000155628 #37	ENSGT00940000158007
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155836.B #7	ENSGT01030000234532.B.e.b #8	ENSGT00390000009486 #9	ENSGT00530000062962.b.a #10	ENSGT00940000160717 #11	ENSGT00940000159637 #12	ENSGT00940000156969 #13	ENSGT00950000183129.a #14	ENSGT00390000008152.B.b #16	ENSGT00390000017625 #17	ENSGT00390000017392 #19	ENSGT00390000008092.b #20	ENSGT00940000161629 #21	ENSGT00940000160167 #22	ENSGT00390000010409 #23	ENSGT00390000017828 #24	ENSGT00390000007857.w #25	ENSGT00940000154170.B #28	ENSGT00530000063760.a #29	ENSGT00530000063561 #30	ENSGT00940000158086.j #31	ENSGT00940000157725 #32	ENSGT00860000136093	ENSGT00390000008748.b #33	ENSGT00390000005300 #34	ENSGT00510000048252.o #36	ENSGT00960000190216	ENSGT00940000155628 #37	ENSGT00940000158007
Alpin marmot	MODERN SPECIES	7	MEGF11 (ENSMMMG00000006311)	RAB11A (ENSMMMG00000006747)	ENSMMMG00000006762	DENND4A (ENSMMMG00000006769) #7	SLC24A1 (ENSMMMG00000006817) #8	INTS14 (ENSMMMG00000006868) #9	HACD3 (ENSMMMG00000006884) #10	DPP8 (ENSMMMG00000006899) #11	IGDCC4 (ENSMMMG00000006948) #12	IGDCC3 (ENSMMMG00000007025) #13	PARP16 (ENSMMMG00000007101) #14	CILP (ENSMMMG00000007122) #16	CLPX (ENSMMMG00000007193) #17	UBAP1L (ENSMMMG00000007244) #20	KBTBD13 (ENSMMMG00000007256) #21	RASL12 (ENSMMMG00000007263) #22	ENSMMMG00000007278 #23	ENSMMMG00000007284 #24	SPG21 (ENSMMMG00000007291) #25	ANKDD1A (ENSMMMG00000007304) #28	PLEKHO2 (ENSMMMG00000007337) #29	PIF1 (ENSMMMG00000007343) #30	ENSMMMG00000007389 #31	OAZ2 (ENSMMMG00000007403) #32	ENSMMMG00000007419	ZNF609 (ENSMMMG00000007450) #33	TRIP4 (ENSMMMG00000007457) #34	ENSMMMG00000007518 #36	ENSMMMG00000007521	CSNK1G1 (ENSMMMG00000007575) #37	PPIB (ENSMMMG00000008986)
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155836.B #7	ENSGT01030000234532.B.e.b #8	ENSGT00390000009486 #9	ENSGT00530000062962.b.a #10	ENSGT00940000160717 #11	ENSGT00940000159637 #12	ENSGT00940000156969 #13	ENSGT00950000183129.a #14	ENSGT00390000008152.B.b #16	ENSGT00390000017625 #17	ENSGT00390000017392 #19	ENSGT00390000008092.b #20	ENSGT00940000161629 #21	ENSGT00940000160167 #22	ENSGT00390000010409 #23	ENSGT00390000017828 #24	ENSGT00390000007857.w #25	ENSGT00940000154170.B #28	ENSGT00530000063760.a #29	ENSGT00530000063561 #30	ENSGT00940000158086.j #31	ENSGT00940000157725 #32	ENSGT00390000008748.b #33	ENSGT00390000005300 #34	ENSGT00510000048252.o #36	ENSGT00940000155628 #37	ENSGT00940000158007	ENSGT00390000001280.a	ENSGT00940000155889
Squirrel	MODERN SPECIES	71	RAB11A (ENSSTOG00000015255)	DENND4A (ENSSTOG00000026966) #7	SLC24A1 (ENSSTOG00000002228) #8	INTS14 (ENSSTOG00000002217) #9	HACD3 (ENSSTOG00000002211) #10	ENSSTOG00000025872	DPP8 (ENSSTOG00000002203) #11	IGDCC4 (ENSSTOG00000002189) #12	IGDCC3 (ENSSTOG00000023391) #13	PARP16 (ENSSTOG00000008979) #14	CILP (ENSSTOG00000026112) #16	CLPX (ENSSTOG00000003763) #17	PDCD7 (ENSSTOG00000003742) #19	UBAP1L (ENSSTOG00000019679) #20	KBTBD13 (ENSSTOG00000010131) #21	RASL12 (ENSSTOG00000024973) #22	SLC51B (ENSSTOG00000010125) #23	MTFMT (ENSSTOG00000020944) #24	ENSSTOG00000010101 #25	ANKDD1A (ENSSTOG00000010088) #28	PLEKHO2 (ENSSTOG00000020393) #29	PIF1 (ENSSTOG00000020621) #30	RBPMS2 (ENSSTOG00000010055) #31	OAZ2 (ENSSTOG00000026782) #32	ZNF609 (ENSSTOG00000028919) #33	TRIP4 (ENSSTOG00000014228) #34	ENSSTOG00000019643 #36	CSNK1G1 (ENSSTOG00000007485) #37	PPIB (ENSSTOG00000005354)	SNX22 (ENSSTOG00000026558)	SNX1 (ENSSTOG00000005324)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	33	MEGF11 (ENSUPAG00010001370)	RAB11A (ENSUPAG00010001338)	DENND4A (ENSUPAG00010001204) #7	SLC24A1 (ENSUPAG00010001132) #8	INTS14 (ENSUPAG00010001105) #9	HACD3 (ENSUPAG00010001090) #10	DPP8 (ENSUPAG00010000912) #11	IGDCC4 (ENSUPAG00010000872) #12	IGDCC3 (ENSUPAG00010000811) #13	PARP16 (ENSUPAG00010000785) #14	CILP (ENSUPAG00010000774) #16	CLPX (ENSUPAG00010000698) #17	PDCD7 (ENSUPAG00010000682) #19	UBAP1L (ENSUPAG00010000672) #20	KBTBD13 (ENSUPAG00010000664) #21	RASL12 (ENSUPAG00010000634) #22	SLC51B (ENSUPAG00010000624) #23	MTFMT (ENSUPAG00010000615) #24	SPG21 (ENSUPAG00010000593) #25	ANKDD1A (ENSUPAG00010000557) #28	ENSUPAG00010000549	PLEKHO2 (ENSUPAG00010000532) #29	PIF1 (ENSUPAG00010000479) #30	ENSUPAG00010000455 #31	OAZ2 (ENSUPAG00010000430) #32	ZNF609 (ENSUPAG00010000413) #33	TRIP4 (ENSUPAG00010000337) #34	ENSUPAG00010000325	PCLAF (ENSUPAG00010000314) #36	CSNK1G1 (ENSUPAG00010000036) #37	PPIB (ENSUPAG00010020340)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	11	DENND4A (ENSSVLG00005024160) #7	SLC24A1 (ENSSVLG00005023979) #8	INTS14 (ENSSVLG00005023820) #9	HACD3 (ENSSVLG00005023708) #10	ENSSVLG00005023642	DPP8 (ENSSVLG00005023347) #11	IGDCC4 (ENSSVLG00005023281) #12	IGDCC3 (ENSSVLG00005023208) #13	ENSSVLG00005023161	PARP16 (ENSSVLG00005023083) #14	CILP (ENSSVLG00005022969) #16	CLPX (ENSSVLG00005022929) #17	PDCD7 (ENSSVLG00005022889) #19	UBAP1L (ENSSVLG00005022843) #20	KBTBD13 (ENSSVLG00005022826) #21	RASL12 (ENSSVLG00005022769) #22	SLC51B (ENSSVLG00005022725) #23	MTFMT (ENSSVLG00005022671) #24	SPG21 (ENSSVLG00005022592) #25	ANKDD1A (ENSSVLG00005022263) #28	PLEKHO2 (ENSSVLG00005022144) #29	PIF1 (ENSSVLG00005022000) #30	RBPMS2 (ENSSVLG00005021946) #31	OAZ2 (ENSSVLG00005021896) #32	ENSSVLG00005021862	ZNF609 (ENSSVLG00005021804) #33	TRIP4 (ENSSVLG00005021760) #34	PCLAF (ENSSVLG00005021677) #36	ENSSVLG00005020987 #37	PPIB (ENSSVLG00005020844)	SNX22 (ENSSVLG00005020773)