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Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155824.C #7	ENSGT00980000198642 #8	ENSGT00940000164770	ENSGT00940000154788 #9	ENSGT00940000161351 #11	ENSGT00390000017767.b.b #12	ENSGT00940000161166 #13	ENSGT00940000158790 #14	ENSGT00940000155272 #15	ENSGT00390000009130.a.b	ENSGT00390000015214 #16	ENSGT00940000158613 #17	ENSGT00390000005318.b.b.b #18	ENSGT00390000017955.c #19	ENSGT00940000156790 #20	ENSGT00950000183034.B #22	ENSGT00390000001528 #23	ENSGT00390000002053	ENSGT00940000161290	ENSGT00940000158387	ENSGT00940000162278	ENSGT00390000015205	ENSGT00940000159332	ENSGT00940000155689	ENSGT00940000159209	ENSGT00530000063624.C	ENSGT00910000144179.b.b	ENSGT00410000025651.B	ENSGT00940000157999	ENSGT00940000161401	ENSGT00950000183053.A
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158787	ENSGT00390000002919	ENSGT00940000155824.C #7	ENSGT00980000198642 #8	ENSGT00940000154788 #9	ENSGT00940000161351 #11	ENSGT00390000017767.b.b #12	ENSGT00940000161166 #13	ENSGT00940000158790 #14	ENSGT00940000155272 #15	ENSGT00390000015214 #16	ENSGT00940000158613 #17	ENSGT00390000005318.b.b.b #18	ENSGT00390000017955.c #19	ENSGT00940000156790 #20	ENSGT00950000183034.B #22	ENSGT00390000001528 #23
Degu	MODERN SPECIES	171	ENSODEG00000006963 #7	ENSODEG00000006675 #8	ENSODEG00000006592 #9	ENSODEG00000019223 #10	HEYL (ENSODEG00000006313) #11	NT5C1A (ENSODEG00000008226) #12	HPCAL4 (ENSODEG00000007714) #13	ENSODEG00000007670 #14	ENSODEG00000007914 #15	TRIT1 (ENSODEG00000006117) #16	MYCL (ENSODEG00000007752) #17	MFSD2A (ENSODEG00000008097) #18	ENSODEG00000006778 #19	PPT1 (ENSODEG00000006483) #20	ENSODEG00000019420 #21	RLF (ENSODEG00000007661) #22	TMCO2 (ENSODEG00000008442) #23	ENSODEG00000019277 #24	ENSODEG00000007201 #25
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	159	RHBDL2 (ENSCLAG00000012649)	AKIRIN1 (ENSCLAG00000014736)	NDUFS5 (ENSCLAG00000009162)	MACF1 (ENSCLAG00000011083) #7	PABPC4 (ENSCLAG00000011899) #9	HEYL (ENSCLAG00000012566) #11	ENSCLAG00000018068	NT5C1A (ENSCLAG00000011943) #12	HPCAL4 (ENSCLAG00000009571) #13	PPIE (ENSCLAG00000010288) #14	TRIT1 (ENSCLAG00000009828) #16	MYCL (ENSCLAG00000010158) #17	MFSD2A (ENSCLAG00000011973) #18	CAP1 (ENSCLAG00000009526) #19	PPT1 (ENSCLAG00000009987) #20	RLF (ENSCLAG00000009565) #22	TMCO2 (ENSCLAG00000013078) #23
Guinea pig	MODERN SPECIES	143	NDUFS5 (ENSCPOG00000033659)	MACF1 (ENSCPOG00000010588) #7	ENSCPOG00000021540	PABPC4 (ENSCPOG00000009552) #9	HEYL (ENSCPOG00000038617) #11	NT5C1A (ENSCPOG00000039653) #12	HPCAL4 (ENSCPOG00000038678) #13	PPIE (ENSCPOG00000007365) #14	ENSCPOG00000019366 #15	OXCT2 (ENSCPOG00000024317)	TRIT1 (ENSCPOG00000012820) #16	MYCL (ENSCPOG00000036849) #17	MFSD2A (ENSCPOG00000012982) #18	ENSCPOG00000005746 #19	PPT1 (ENSCPOG00000005754) #20	RLF (ENSCPOG00000013002) #22	TMCO2 (ENSCPOG00000004615) #23	ZMPSTE24 (ENSCPOG00000011521)	SMAP2 (ENSCPOG00000011534)	ZFP69 (ENSCPOG00000039050)	EXO5 (ENSCPOG00000039403)
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	26	NDUFS5 (ENSHGLG00000040333)	MACF1 (ENSHGLG00000012916) #7	ENSHGLG00000013430 #15	PPIE (ENSHGLG00000012598) #14	HPCAL4 (ENSHGLG00000037547) #13	NT5C1A (ENSHGLG00000040411) #12	PABPC4 (ENSHGLG00000011162) #9	ENSHGLG00000033839 #15	ENSHGLG00000010308 #16	MYCL (ENSHGLG00000035021) #17	MFSD2A (ENSHGLG00000010975) #18	ENSHGLG00000049961	ENSHGLG00000011409 #19	PPT1 (ENSHGLG00000011635) #20	ENSHGLG00000035541	RLF (ENSHGLG00000012491) #22	ENSHGLG00000017963	TMCO2 (ENSHGLG00000012956) #23	ZMPSTE24 (ENSHGLG00000047091)	COL9A2 (ENSHGLG00000014385)	SMAP2 (ENSHGLG00000044537)	EXO5 (ENSHGLG00000016741)	ZNF684 (ENSHGLG00000039044)	RIMS3 (ENSHGLG00000003243)	NFYC (ENSHGLG00000003915)	KCNQ4 (ENSHGLG00000004543)	CITED4 (ENSHGLG00000013513)	ENSHGLG00000019597	ENSHGLG00000007680	SCMH1 (ENSHGLG00000010141)	FOXO6 (ENSHGLG00000003494)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	31	ENSHGLG00000039481	FAM127C (ENSHGLG00000045226)	ENSHGLG00000048103	ENSHGLG00000039022	ENSHGLG00000032178	ENSHGLG00000043296	ENSHGLG00000009155	PABIR2 (ENSHGLG00000008469)	PLAC1 (ENSHGLG00000034652)	Hprt1 (ENSHGLG00000006805)	ENSHGLG00000020143	PHF6 (ENSHGLG00000005325)	ENSHGLG00000020853	ENSHGLG00000050037	ENSHGLG00000005130	ENSHGLG00000005212 #22	GPC4 (ENSHGLG00000050287)	ENSHGLG00000033346	ENSHGLG00000037440	ENSHGLG00000020448	ENSHGLG00000020292	ENSHGLG00000007327	MBNL3 (ENSHGLG00000006589)	ENSHGLG00000038852	FRMD7 (ENSHGLG00000004804)	ENSHGLG00000004576	ENSHGLG00000033534	ENSHGLG00000020040	ENSHGLG00000019909	ENSHGLG00000007311	ENSHGLG00000003373
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000002919	ENSGT00730000111729	ENSGT00940000155824.C #7	ENSGT00940000155272 #15	ENSGT00390000009130.a.b	ENSGT00940000154788 #9	ENSGT00940000161351 #11	ENSGT00390000017767.b.b #12	ENSGT00940000161166 #13	ENSGT00940000158790 #14	ENSGT00390000015214 #16	ENSGT00940000158613 #17	ENSGT00390000005318.b.b.b #18	ENSGT00390000017955.c #19	ENSGT00940000156790 #20	ENSGT00950000183034.B #22	ENSGT00390000001528 #23	ENSGT00390000002053	ENSGT00940000161290	ENSGT00940000158387	ENSGT00940000163434	ENSGT00940000162278	ENSGT00390000015205	ENSGT00940000163099	ENSGT00940000159332	ENSGT00940000155689	ENSGT00940000159209	ENSGT00530000063624.C	ENSGT00910000144179.b.b	ENSGT00410000025651.B	ENSGT00940000157999
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		NDUFS5 (ENSSVLG00005003321)	MACF1 (ENSSVLG00005004041) #7	ENSSVLG00005006096 #15	ENSSVLG00005006142	PABPC4 (ENSSVLG00005006197) #9	HEYL (ENSSVLG00005006277) #11	NT5C1A (ENSSVLG00005006307) #12	HPCAL4 (ENSSVLG00005006346) #13	PPIE (ENSSVLG00005006402) #14	ENSSVLG00005006472 #15	TRIT1 (ENSSVLG00005006559) #16	MYCL (ENSSVLG00005006832) #17	MFSD2A (ENSSVLG00005006874) #18	ENSSVLG00005007032 #19	PPT1 (ENSSVLG00005007110) #20	RLF (ENSSVLG00005007220) #22	TMCO2 (ENSSVLG00005007276) #23	ZMPSTE24 (ENSSVLG00005008594)	COL9A2 (ENSSVLG00005008637)	SMAP2 (ENSSVLG00005008838)	ZFP69B (ENSSVLG00005009014)	ZFP69 (ENSSVLG00005009085)	EXO5 (ENSSVLG00005009138)	ENSSVLG00005009149	ENSSVLG00005009174	RIMS3 (ENSSVLG00005009202)	NFYC (ENSSVLG00005009237)	KCNQ4 (ENSSVLG00005009333)	CITED4 (ENSSVLG00005009499)	CTPS1 (ENSSVLG00005009515)	SLFNL1 (ENSSVLG00005009581)
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00730000111729	ENSGT00390000002919.l	ENSGT00940000155824.C #7	ENSGT00940000155272 #15	ENSGT00940000154788 #9	ENSGT00940000161351 #11	ENSGT00390000017767.b.b #12	ENSGT00940000161166 #13	ENSGT00940000158790 #14	ENSGT00390000015214 #16	ENSGT00960000186932	ENSGT00940000158613 #17	ENSGT00390000005318.b.b.b #18	ENSGT00390000017955.c #19	ENSGT00940000156790 #20	ENSGT00950000183034.B #22	ENSGT00390000001528 #23	ENSGT00390000002053	ENSGT00940000161290	ENSGT00940000158387	ENSGT00940000163434	ENSGT00940000162278	ENSGT00390000015205	ENSGT00940000163099	ENSGT00940000159332	ENSGT00940000155689	ENSGT00940000159209	ENSGT00530000063624.C	ENSGT00910000144179.b.b	ENSGT00410000025651.B	ENSGT00940000157999
Alpin marmot	MODERN SPECIES	15	ENSMMMG00000003299	ENSMMMG00000003287	ENSMMMG00000003276	MACF1 (ENSMMMG00000003103) #7	PABPC4 (ENSMMMG00000002940) #9	HEYL (ENSMMMG00000002927) #11	NT5C1A (ENSMMMG00000002912) #12	HPCAL4 (ENSMMMG00000002894) #13	PPIE (ENSMMMG00000002879) #14	TRIT1 (ENSMMMG00000002859) #16	ENSMMMG00000002850	MYCL (ENSMMMG00000002838) #17	MFSD2A (ENSMMMG00000002807) #18	CAP1 (ENSMMMG00000002734) #19	PPT1 (ENSMMMG00000002699) #20	RLF (ENSMMMG00000002678) #22	TMCO2 (ENSMMMG00000002664) #23	ENSMMMG00000002633	SMAP2 (ENSMMMG00000002536)	ZFP69B (ENSMMMG00000002528)	ZFP69 (ENSMMMG00000002478)	EXO5 (ENSMMMG00000002472)	ZNF684 (ENSMMMG00000002456)	RIMS3 (ENSMMMG00000002414)	NFYC (ENSMMMG00000002381)	KCNQ4 (ENSMMMG00000002357)	CTPS1 (ENSMMMG00000002324)	SLFNL1 (ENSMMMG00000002309)	SCMH1 (ENSMMMG00000002265)	ENSMMMG00000002251	ENSMMMG00000002239
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00730000111729	ENSGT00390000002919.l	ENSGT00940000155824.C #7	ENSGT00940000155272 #15	ENSGT00940000154788 #9	ENSGT00940000161351 #11	ENSGT00390000017767.b.b #12	ENSGT00940000161166 #13	ENSGT00940000158790 #14	ENSGT00390000015214 #16	ENSGT00960000186932	ENSGT00940000158613 #17	ENSGT00390000005318.b.b.b #18	ENSGT00390000017955.c #19	ENSGT00940000156790 #20	ENSGT00950000183034.B #22	ENSGT00390000001528 #23	ENSGT00390000002053	ENSGT00940000161290	ENSGT00940000158387	ENSGT00940000163434	ENSGT00940000162278	ENSGT00390000015205	ENSGT00940000159332	ENSGT00940000155689	ENSGT00940000159209	ENSGT00530000063624.C	ENSGT00910000144179.b.b	ENSGT00410000025651.B	ENSGT00940000157999	ENSGT00940000161401
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	120	NDUFS5 (ENSUPAG00010016787)	ENSUPAG00010016776	MACF1 (ENSUPAG00010016632) #7	ENSUPAG00010016600 #9	ENSUPAG00010016593 #9	HEYL (ENSUPAG00010016578) #11	NT5C1A (ENSUPAG00010016564) #12	HPCAL4 (ENSUPAG00010016554) #13	PPIE (ENSUPAG00010016536) #14	TRIT1 (ENSUPAG00010016523) #16	ENSUPAG00010016518	MYCL (ENSUPAG00010016508) #17	MFSD2A (ENSUPAG00010016486) #18	CAP1 (ENSUPAG00010016461) #19	ENSUPAG00010016456 #20	RLF (ENSUPAG00010016437) #22	TMCO2 (ENSUPAG00010016423) #23
Squirrel	DUPLICATION
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