Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00530000063558.B #8	ENSGT00940000155086.C ##9	ENSGT00940000155086.B #9	ENSGT00940000153804.A #10	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00940000178331 #16	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b #32	ENSGT00940000158133 #33	ENSGT00530000064023 #34	ENSGT00940000158401 #35	ENSGT00730000111244.a.b #36	ENSGT00940000157477 #37
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000011877 #7	ENSGT00530000063558.B #8	ENSGT00940000155086.B #9	ENSGT00940000153804.A #10	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00940000178331 #16	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b #32	ENSGT00940000158133 #33	ENSGT00530000064023 #34	ENSGT00940000158401 #35	ENSGT00730000111244.a.b #36	ENSGT00940000157477 #37
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000011877 #7	ENSGT00530000063558.B #8	ENSGT00940000155086.B #9	ENSGT00940000153804.A #10	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00940000178331 #16	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b #32	ENSGT00940000158133 #33	ENSGT00530000064023 #34	ENSGT00940000158401 #35	ENSGT00730000111244.a.b #36	ENSGT00940000157477 #37
Midas cichlid	DUPLICATION
Midas cichlid	MODERN SPECIES	271	wtap (ENSACIG00000009155)	sod2 (ENSACIG00000009132) #7	FNDC1 (ENSACIG00000008997) #8	otofa (ENSACIG00000008893) #9	ENSACIG00000008830	OSTM1 (ENSACIG00000008805) #11	nr2e1 (ENSACIG00000008784) #12	snx3 (ENSACIG00000008723) #13	afg1lb (ENSACIG00000008668) #14	foxo3b (ENSACIG00000008588) #15	ARMC2 (ENSACIG00000008500) #17	sesn1 (ENSACIG00000008468) #18	cep57l1 (ENSACIG00000008438) #19	cd164 (ENSACIG00000008424) #20	ppil6 (ENSACIG00000008390) #21	ENSACIG00000008370 #22	ENSACIG00000008354 #22	msgn1 (ENSACIG00000008345) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSACIG00000008332) #24	mrps10 (ENSACIG00000008304) #25	tulp4a (ENSACIG00000008262) #26	tmem181 (ENSACIG00000008217) #27	DYNLT1 (ENSACIG00000008203) #28	gtf2h5 (ENSACIG00000008156) #29	serac1 (ENSACIG00000008115) #30	myct1a (ENSACIG00000008099) #31	ENSACIG00000008028 #32	ENSACIG00000008010	ENSACIG00000007966	ENSACIG00000007857 #32	esr1 (ENSACIG00000007819) #33
Midas cichlid	MODERN SPECIES	271	sod2 (ENSACIG00000009132) #7	FNDC1 (ENSACIG00000008997) #8	otofa (ENSACIG00000008893) #9	ENSACIG00000008830	OSTM1 (ENSACIG00000008805) #11	nr2e1 (ENSACIG00000008784) #12	snx3 (ENSACIG00000008723) #13	afg1lb (ENSACIG00000008668) #14	foxo3b (ENSACIG00000008588) #15	ARMC2 (ENSACIG00000008500) #17	sesn1 (ENSACIG00000008468) #18	cep57l1 (ENSACIG00000008438) #19	cd164 (ENSACIG00000008424) #20	ppil6 (ENSACIG00000008390) #21	ENSACIG00000008370 #22	ENSACIG00000008354 #22	msgn1 (ENSACIG00000008345) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSACIG00000008332) #24	mrps10 (ENSACIG00000008304) #25	tulp4a (ENSACIG00000008262) #26	tmem181 (ENSACIG00000008217) #27	DYNLT1 (ENSACIG00000008203) #28	gtf2h5 (ENSACIG00000008156) #29	serac1 (ENSACIG00000008115) #30	myct1a (ENSACIG00000008099) #31	ENSACIG00000008028 #32	ENSACIG00000008010	ENSACIG00000007966	ENSACIG00000007857 #32	esr1 (ENSACIG00000007819) #33	armt1 (ENSACIG00000007786) #34
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000011877 #7	ENSGT00530000063558.B #8	ENSGT00940000155086.B #9	ENSGT00940000153804.A #10	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00940000178331 #16	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b.`b #32	ENSGT00940000176900.b	ENSGT01030000234944.A	ENSGT00940000174968	ENSGT00940000154481.a.b.ab #32	ENSGT00940000158133 #33
Nile tilapia	MODERN SPECIES	6	sod2 (ENSONIG00000013263) #7	FNDC1 (ENSONIG00000013266) #8	otofa (ENSONIG00000013269) #9	ENSONIG00000013276 #10	OSTM1 (ENSONIG00000013278) #11	nr2e1 (ENSONIG00000013281) #12	snx3 (ENSONIG00000013287) #13	afg1lb (ENSONIG00000013289) #14	foxo3b (ENSONIG00000013292) #15	ARMC2 (ENSONIG00000013293) #17	sesn1 (ENSONIG00000013301) #18	cep57l1 (ENSONIG00000013303) #19	cd164 (ENSONIG00000028394) #20	ENSONIG00000035914	ppil6 (ENSONIG00000013308) #21	ENSONIG00000013310 #22	msgn1 (ENSONIG00000013311) #23	mrps10 (ENSONIG00000030627) #25	SLC48A1 (ENSONIG00000034831)	ENSONIG00000014666	tmem181 (ENSONIG00000013318) #27	DYNLT1 (ENSONIG00000013325) #28	gtf2h5 (ENSONIG00000029253) #29	serac1 (ENSONIG00000013328) #30	myct1a (ENSONIG00000037910) #31	SYNE1 (ENSONIG00000013332) #32	esr1 (ENSONIG00000013354) #33	armt1 (ENSONIG00000013368) #34	zbtb2b (ENSONIG00000038083) #35	akap12b (ENSONIG00000013372) #36	mthfd1l (ENSONIG00000013373) #37
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000011877 #7	ENSGT00530000063558.B #8	ENSGT00940000155086.B #9	ENSGT00940000153804.A #10	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00940000178331 #16	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b.`b #32	ENSGT00940000176900.b	ENSGT01030000234944.A	ENSGT00940000174968	ENSGT00940000154481.a.b.ab #32	ENSGT00940000158133 #33
Lyretail cichlid	DUPLICATION
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	314	ENSNBRG00000019648	ENSNBRG00000019637 #8	otofa (ENSNBRG00000019524) #9	ENSNBRG00000019483 #10	OSTM1 (ENSNBRG00000019471) #11	nr2e1 (ENSNBRG00000019443) #12	snx3 (ENSNBRG00000019406) #13	afg1lb (ENSNBRG00000019375) #14	foxo3b (ENSNBRG00000019364) #15	ARMC2 (ENSNBRG00000019334) #17	sesn1 (ENSNBRG00000019292) #18	cep57l1 (ENSNBRG00000019258) #19	cd164 (ENSNBRG00000019247) #20	ppil6 (ENSNBRG00000019209) #21	ENSNBRG00000019181 #22	ENSNBRG00000019151 #22	msgn1 (ENSNBRG00000019141) #23	ENSNBRG00000019116	mrps10 (ENSNBRG00000019093) #25	tulp4a (ENSNBRG00000019009) #26	tmem181 (ENSNBRG00000018942) #27	DYNLT1 (ENSNBRG00000018906) #28	gtf2h5 (ENSNBRG00000018868) #29	serac1 (ENSNBRG00000018822) #30	myct1a (ENSNBRG00000018802) #31	ENSNBRG00000018769 #32	ENSNBRG00000018583 #32	ENSNBRG00000018542	ENSNBRG00000018534	ENSNBRG00000018512	ENSNBRG00000018439 #32
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	314	ENSNBRG00000019660 #8	ENSNBRG00000019648	ENSNBRG00000019637 #8	otofa (ENSNBRG00000019524) #9	ENSNBRG00000019483 #10	OSTM1 (ENSNBRG00000019471) #11	nr2e1 (ENSNBRG00000019443) #12	snx3 (ENSNBRG00000019406) #13	afg1lb (ENSNBRG00000019375) #14	foxo3b (ENSNBRG00000019364) #15	ARMC2 (ENSNBRG00000019334) #17	sesn1 (ENSNBRG00000019292) #18	cep57l1 (ENSNBRG00000019258) #19	cd164 (ENSNBRG00000019247) #20	ppil6 (ENSNBRG00000019209) #21	ENSNBRG00000019181 #22	ENSNBRG00000019151 #22	msgn1 (ENSNBRG00000019141) #23	ENSNBRG00000019116	mrps10 (ENSNBRG00000019093) #25	tulp4a (ENSNBRG00000019009) #26	tmem181 (ENSNBRG00000018942) #27	DYNLT1 (ENSNBRG00000018906) #28	gtf2h5 (ENSNBRG00000018868) #29	serac1 (ENSNBRG00000018822) #30	myct1a (ENSNBRG00000018802) #31	ENSNBRG00000018769 #32	ENSNBRG00000018583 #32	ENSNBRG00000018542	ENSNBRG00000018534	ENSNBRG00000018512
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000011877 #7	ENSGT00530000063558.B #8	ENSGT00940000155086.B #9	ENSGT00940000153804.A #10	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00940000178331 #16	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b.`b #32	ENSGT00940000176900.b	ENSGT01030000234944.A	ENSGT00940000174968	ENSGT00940000154481.a.b.ab #32	ENSGT00940000158133 #33
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	1200													cep57l1 (ENSHBUG00000014336) #19	ENSHBUG00000014323 #20	ppil6 (ENSHBUG00000014313) #21	ENSHBUG00000000416 #22	si:ch211-51e12.7 (ENSHBUG00000014294) #24	mrps10 (ENSHBUG00000014271) #25	tulp4a (ENSHBUG00000014241) #26	tmem181 (ENSHBUG00000014177) #27	DYNLT1 (ENSHBUG00000014134) #28
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000011877 #7	ENSGT00530000063558.B #8	ENSGT00940000155086.B #9	ENSGT00940000153804.A #10	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00940000178331 #16	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b.`b #32	ENSGT00940000176900.b	ENSGT01030000234944.A	ENSGT00940000174968	ENSGT00940000154481.a.b.ab #32	ENSGT00940000158133 #33
P. nyererei	DUPLICATION
P. nyererei	MODERN SPECIES	336	ENSPNYG00000022331	otofa (ENSPNYG00000022307) #9	drc1 (ENSPNYG00000022285) #10	OSTM1 (ENSPNYG00000022269) #11	nr2e1 (ENSPNYG00000022258) #12	snx3 (ENSPNYG00000022249) #13	afg1lb (ENSPNYG00000022230) #14	foxo3b (ENSPNYG00000022219) #15	ENSPNYG00000022211 #16	ARMC2 (ENSPNYG00000022190) #17	sesn1 (ENSPNYG00000022168) #18	cep57l1 (ENSPNYG00000022144) #19	cd164 (ENSPNYG00000022135) #20	ppil6 (ENSPNYG00000022116) #21	ENSPNYG00000022108 #22	ENSPNYG00000022097 #22	msgn1 (ENSPNYG00000022089) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSPNYG00000022076) #24	mrps10 (ENSPNYG00000022061) #25	tulp4a (ENSPNYG00000022033) #26	tmem181 (ENSPNYG00000022002) #27	DYNLT1 (ENSPNYG00000021981) #28
P. nyererei	MODERN SPECIES	336	ENSPNYG00000022334 #8	ENSPNYG00000022331	otofa (ENSPNYG00000022307) #9	drc1 (ENSPNYG00000022285) #10	OSTM1 (ENSPNYG00000022269) #11	nr2e1 (ENSPNYG00000022258) #12	snx3 (ENSPNYG00000022249) #13	afg1lb (ENSPNYG00000022230) #14	foxo3b (ENSPNYG00000022219) #15	ENSPNYG00000022211 #16	ARMC2 (ENSPNYG00000022190) #17	sesn1 (ENSPNYG00000022168) #18	cep57l1 (ENSPNYG00000022144) #19	cd164 (ENSPNYG00000022135) #20	ppil6 (ENSPNYG00000022116) #21	ENSPNYG00000022108 #22	ENSPNYG00000022097 #22	msgn1 (ENSPNYG00000022089) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSPNYG00000022076) #24	mrps10 (ENSPNYG00000022061) #25	tulp4a (ENSPNYG00000022033) #26	tmem181 (ENSPNYG00000022002) #27	DYNLT1 (ENSPNYG00000021981) #28
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00390000011877 #7	ENSGT01100000263664.b.b	ENSGT00530000063558.B #8	ENSGT00940000155086.B #9	ENSGT00940000153804.A #10	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00950000182996.b.b.c.b.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182996.b.b.c.b.b.b.b.a
Eastern happy	MODERN SPECIES	6	ENSACLG00000020862	ENSACLG00000020851	FNDC1 (ENSACLG00000020762) #8	otofa (ENSACLG00000020643) #9	ENSACLG00000020606 #10	OSTM1 (ENSACLG00000020598) #11	nr2e1 (ENSACLG00000020548) #12	snx3 (ENSACLG00000020523) #13	afg1lb (ENSACLG00000020466) #14	foxo3b (ENSACLG00000020458) #15	ARMC2 (ENSACLG00000020440) #17	sesn1 (ENSACLG00000020406) #18	cep57l1 (ENSACLG00000020390) #19	cd164 (ENSACLG00000020330) #20	ppil6 (ENSACLG00000020307) #21	ENSACLG00000020249 #22	ENSACLG00000020219	mrps10 (ENSACLG00000020200) #25	tulp4a (ENSACLG00000020125) #26	tmem181 (ENSACLG00000019992) #27	DYNLT1 (ENSACLG00000019955) #28	ENSACLG00000019919	ENSACLG00000019889	ENSACLG00000019831	ENSACLG00000019815	ENSACLG00000019787	ENSACLG00000019773	ENSACLG00000019767	gtf2h5 (ENSACLG00000019731) #29	serac1 (ENSACLG00000019653) #30	myct1a (ENSACLG00000019634) #31
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1097	FNDC1 (ENSMZEG00005018113) #8	otofa (ENSMZEG00005018102) #9	ENSMZEG00005018096 #10	OSTM1 (ENSMZEG00005018095) #11	nr2e1 (ENSMZEG00005018093) #12	snx3 (ENSMZEG00005018091) #13	afg1lb (ENSMZEG00005018089) #14	foxo3b (ENSMZEG00005018088) #15	ENSMZEG00005018086	ENSMZEG00005018083 #16	ARMC2 (ENSMZEG00005018080) #17	sesn1 (ENSMZEG00005018077) #18	cep57l1 (ENSMZEG00005018069) #19	cd164 (ENSMZEG00005018066) #20	ppil6 (ENSMZEG00005018062) #21	ENSMZEG00005018061 #22	si:ch211-51e12.7 (ENSMZEG00005018058) #24	mrps10 (ENSMZEG00005018054) #25	tulp4a (ENSMZEG00005018048) #26	tmem181 (ENSMZEG00005018041) #27	DYNLT1 (ENSMZEG00005018038) #28	ENSMZEG00005018032	ENSMZEG00005018028	ENSMZEG00005018024	ENSMZEG00005017951	gtf2h5 (ENSMZEG00005017929) #29	serac1 (ENSMZEG00005017920) #30	myct1a (ENSMZEG00005017915) #31	ENSMZEG00005017903 #32	ENSMZEG00005017888	ENSMZEG00005017881
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	118					ENSGT00940000153804.A #10	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b #32	ENSGT00940000176900.b	ENSGT01030000234944.A	ENSGT00940000174968	ENSGT00940000158133 #33	ENSGT00530000064023 #34
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	120					ENSGT00940000153804.A #10	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b #32	ENSGT00940000176900.b	ENSGT01030000234944.A	ENSGT00940000174968	ENSGT00940000158133 #33	ENSGT00530000064023 #34
Spiny chromis	DUPLICATION
Spiny chromis	MODERN SPECIES	1235												ARMC2 (ENSAPOG00000023789) #17	sesn1 (ENSAPOG00000023855) #18	cep57l1 (ENSAPOG00000023878) #19	cd164 (ENSAPOG00000023894) #20	ENSAPOG00000023920 #22	ppil6 (ENSAPOG00000023991) #21	ENSAPOG00000001451 #22	msgn1 (ENSAPOG00000001454) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSAPOG00000001461) #24	mrps10 (ENSAPOG00000001468) #25	tulp4a (ENSAPOG00000001488) #26
Spiny chromis	MODERN SPECIES	1235										ARMC2 (ENSAPOG00000023789) #17	sesn1 (ENSAPOG00000023855) #18	cep57l1 (ENSAPOG00000023878) #19	cd164 (ENSAPOG00000023894) #20	ENSAPOG00000023920 #22	ppil6 (ENSAPOG00000023991) #21	ENSAPOG00000001451 #22	msgn1 (ENSAPOG00000001454) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSAPOG00000001461) #24	mrps10 (ENSAPOG00000001468) #25	tulp4a (ENSAPOG00000001488) #26
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	58					ENSGT00940000153804.A #10	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b #32	ENSGT00940000176900.b	ENSGT00940000158133 #33	ENSGT00530000064023 #34	ENSGT00940000158401 #35	ENSGT00730000111244.a.b #36
Orange clownfish	DUPLICATION
Orange clownfish	MODERN SPECIES	2	ENSAPEG00000015179	COL12A1 (ENSAPEG00000015211)	COX7A2 (ENSAPEG00000015434)	drc1 (ENSAPEG00000015459) #10	OSTM1 (ENSAPEG00000015496) #11	nr2e1 (ENSAPEG00000015514) #12	snx3 (ENSAPEG00000015537) #13	afg1lb (ENSAPEG00000015567) #14	foxo3b (ENSAPEG00000015580) #15	ARMC2 (ENSAPEG00000015584) #17	sesn1 (ENSAPEG00000015622) #18	cep57l1 (ENSAPEG00000015672) #19	cd164 (ENSAPEG00000015703) #20	ppil6 (ENSAPEG00000015715) #21	ENSAPEG00000015757 #22	ENSAPEG00000015777 #22	msgn1 (ENSAPEG00000015802) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSAPEG00000015817) #24	mrps10 (ENSAPEG00000015826) #25	tulp4a (ENSAPEG00000015839) #26	tmem181 (ENSAPEG00000015920) #27	DYNLT1 (ENSAPEG00000015959) #28	gtf2h5 (ENSAPEG00000015981) #29	serac1 (ENSAPEG00000016003) #30	myct1a (ENSAPEG00000016095) #31	ENSAPEG00000016104 #32	ENSAPEG00000016154	SYNE1 (ENSAPEG00000016174) #32	esr1 (ENSAPEG00000016404) #33	armt1 (ENSAPEG00000016451) #34	zbtb2b (ENSAPEG00000016458) #35
Orange clownfish	MODERN SPECIES	2	CD109 (ENSAPEG00000015110)	ENSAPEG00000015179	COL12A1 (ENSAPEG00000015211)	COX7A2 (ENSAPEG00000015434)	drc1 (ENSAPEG00000015459) #10	OSTM1 (ENSAPEG00000015496) #11	nr2e1 (ENSAPEG00000015514) #12	snx3 (ENSAPEG00000015537) #13	afg1lb (ENSAPEG00000015567) #14	foxo3b (ENSAPEG00000015580) #15	ARMC2 (ENSAPEG00000015584) #17	sesn1 (ENSAPEG00000015622) #18	cep57l1 (ENSAPEG00000015672) #19	cd164 (ENSAPEG00000015703) #20	ppil6 (ENSAPEG00000015715) #21	ENSAPEG00000015757 #22	ENSAPEG00000015777 #22	msgn1 (ENSAPEG00000015802) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSAPEG00000015817) #24	mrps10 (ENSAPEG00000015826) #25	tulp4a (ENSAPEG00000015839) #26	tmem181 (ENSAPEG00000015920) #27	DYNLT1 (ENSAPEG00000015959) #28	gtf2h5 (ENSAPEG00000015981) #29	serac1 (ENSAPEG00000016003) #30	myct1a (ENSAPEG00000016095) #31	ENSAPEG00000016104 #32	ENSAPEG00000016154	SYNE1 (ENSAPEG00000016174) #32	esr1 (ENSAPEG00000016404) #33	armt1 (ENSAPEG00000016451) #34
Clown anemonefish	DUPLICATION
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	2127										ARMC2 (ENSAOCG00000021746) #17	sesn1 (ENSAOCG00000021702) #18	cep57l1 (ENSAOCG00000002599) #19	cd164 (ENSAOCG00000021656) #20	ppil6 (ENSAOCG00000021635) #21	ENSAOCG00000021623 #22	ENSAOCG00000021598 #22	msgn1 (ENSAOCG00000021573) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSAOCG00000021555) #24	mrps10 (ENSAOCG00000021538) #25	tulp4a (ENSAOCG00000021519) #26	tmem181 (ENSAOCG00000021448) #27	DYNLT1 (ENSAOCG00000001565) #28
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	2127											ARMC2 (ENSAOCG00000021746) #17	sesn1 (ENSAOCG00000021702) #18	cep57l1 (ENSAOCG00000002599) #19	cd164 (ENSAOCG00000021656) #20	ppil6 (ENSAOCG00000021635) #21	ENSAOCG00000021623 #22	ENSAOCG00000021598 #22	msgn1 (ENSAOCG00000021573) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSAOCG00000021555) #24	mrps10 (ENSAOCG00000021538) #25	tulp4a (ENSAOCG00000021519) #26	tmem181 (ENSAOCG00000021448) #27	DYNLT1 (ENSAOCG00000001565) #28
Bicolor damselfish	DUPLICATION
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	365											sesn1 (ENSSPAG00000003360) #18	cep57l1 (ENSSPAG00000003396) #19	cd164 (ENSSPAG00000003417) #20	ppil6 (ENSSPAG00000003439) #21	ENSSPAG00000003467 #22	ENSSPAG00000003484 #22	msgn1 (ENSSPAG00000003515) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSSPAG00000003525) #24	mrps10 (ENSSPAG00000003540) #25	tulp4a (ENSSPAG00000003569) #26	tmem181 (ENSSPAG00000003649) #27	DYNLT1 (ENSSPAG00000003692) #28	gtf2h5 (ENSSPAG00000003724) #29	serac1 (ENSSPAG00000003744) #30	myct1a (ENSSPAG00000003828) #31	ENSSPAG00000003860 #32	ENSSPAG00000004022	SYNE1 (ENSSPAG00000004052) #32	esr1 (ENSSPAG00000004227) #33	armt1 (ENSSPAG00000004247) #34	zbtb2b (ENSSPAG00000004259) #35
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	365												sesn1 (ENSSPAG00000003360) #18	cep57l1 (ENSSPAG00000003396) #19	cd164 (ENSSPAG00000003417) #20	ppil6 (ENSSPAG00000003439) #21	ENSSPAG00000003467 #22	ENSSPAG00000003484 #22	msgn1 (ENSSPAG00000003515) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSSPAG00000003525) #24	mrps10 (ENSSPAG00000003540) #25	tulp4a (ENSSPAG00000003569) #26	tmem181 (ENSSPAG00000003649) #27	DYNLT1 (ENSSPAG00000003692) #28	gtf2h5 (ENSSPAG00000003724) #29	serac1 (ENSSPAG00000003744) #30	myct1a (ENSSPAG00000003828) #31	ENSSPAG00000003860 #32	ENSSPAG00000004022	SYNE1 (ENSSPAG00000004052) #32	esr1 (ENSSPAG00000004227) #33	armt1 (ENSSPAG00000004247) #34
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000155086.C ##9	ENSGT00940000155086.B #9	ENSGT00940000153804.A #10	ENSGT00940000176160	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00940000178331 #16	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b #32	ENSGT00940000158133 #33	ENSGT00530000064023 #34	ENSGT00940000158401 #35	ENSGT00730000111244.a.b #36	ENSGT00940000157477 #37
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000007479	ENSGT00940000154514	ENSGT00940000155369.A.d.b	ENSGT00940000154856.A.b	ENSGT00940000161931	ENSGT00390000007341.a	ENSGT00530000063085.A.a	ENSGT00940000155656	ENSGT00940000154790.a.a.b	ENSGT00940000166832	ENSGT00940000156874	ENSGT00390000016811.h	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b #32	ENSGT00940000158133 #33	ENSGT00530000064023 #34	ENSGT00940000158401 #35	ENSGT00730000111244.a.b #36	ENSGT00940000157477 #37	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.a	ENSGT01050000244948.c.b.a.b
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000005033	ENSGT00390000007479	ENSGT00940000155369.A.d.b	ENSGT00940000154856.A.b	ENSGT00940000161931	ENSGT00390000007341.a	ENSGT00530000063085.A.a	ENSGT00940000155656	ENSGT00940000154790.a.a.b	ENSGT00940000166832	ENSGT00940000156874	ENSGT00390000016811.h	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b #32	ENSGT00940000158133 #33	ENSGT00530000064023 #34	ENSGT00940000158401 #35	ENSGT00730000111244.a.b #36	ENSGT00940000157477 #37	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.a	ENSGT01050000244948.c.b.a.b
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	16	ENSORLG00000025907	ENSORLG00000029914	ENSORLG00000005660	ENSORLG00000023534	ENSORLG00000015002	mgat2 (ENSORLG00000014997)	ENSORLG00000014993	rps6kc1 (ENSORLG00000014984)	prox1 (ENSORLG00000014947)	smyd2b (ENSORLG00000014927)	PTPN14 (ENSORLG00000014908)	ENSORLG00000014880	cep57l1 (ENSORLG00000014870) #19	ENSORLG00000026587 #20	ppil6 (ENSORLG00000014836) #21	ENSORLG00000024497 #22	msgn1 (ENSORLG00000014828) #23	mrps10 (ENSORLG00000014824) #25	tulp4a (ENSORLG00000014814) #26	tmem181 (ENSORLG00000014790) #27	gtf2h5 (ENSORLG00000030407) #29	serac1 (ENSORLG00000014762) #30	myct1a (ENSORLG00000027514) #31	ENSORLG00000028886 #32	ENSORLG00000027570	ENSORLG00000023520	ENSORLG00000028741 #32	ENSORLG00000024631 #32	esr1 (ENSORLG00000014514) #33	armt1 (ENSORLG00000014496) #34	zbtb2b (ENSORLG00000014474) #35
Chinese medaka	MODERN SPECIES	1302	arf6a (ENSOSIG00000012035)	prpf39 (ENSOSIG00000011663)	faua (ENSOSIG00000011659)	ENSOSIG00000011658	MDGA2 (ENSOSIG00000011384)	ENSOSIG00000011369	mgat2 (ENSOSIG00000011367)	ENSOSIG00000011364	rps6kc1 (ENSOSIG00000011354)	prox1a (ENSOSIG00000011334)	smyd2b (ENSOSIG00000011282)	PTPN14 (ENSOSIG00000011265)	ENSOSIG00000011261	cep57l1 (ENSOSIG00000011256) #19	ppil6 (ENSOSIG00000011248) #21	ENSOSIG00000011228 #22	msgn1 (ENSOSIG00000011224) #23	mrps10 (ENSOSIG00000011222) #25	tulp4a (ENSOSIG00000023929) #26	gtf2h5 (ENSOSIG00000023925) #29	serac1 (ENSOSIG00000023923) #30	myct1a (ENSOSIG00000023899) #31	esr1 (ENSOSIG00000023858) #33	armt1 (ENSOSIG00000023848) #34	zbtb2b (ENSOSIG00000023846) #35	akap12b (ENSOSIG00000023845) #36	mthfd1l (ENSOSIG00000023761) #37	stx11b.2 (ENSOSIG00000023655)	STX11 (ENSOSIG00000023654)
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000007479	ENSGT00940000154514	ENSGT00940000155369.A.d.b	ENSGT00940000154856.A.b	ENSGT00940000154720	ENSGT00390000007341.a	ENSGT00530000063085.A.a	ENSGT00940000155656	ENSGT00940000154790.a.a.b	ENSGT00940000166832	ENSGT00940000156874	ENSGT00390000016811.h	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b #32	ENSGT00940000158133 #33	ENSGT00530000064023 #34	ENSGT00940000158401 #35	ENSGT00730000111244.a.b #36	ENSGT00940000157477 #37	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.a
Indian medaka	MODERN SPECIES	22	MDGA2 (ENSOMEG00000010974)	ENSOMEG00000010871	rps29 (ENSOMEG00000010831)	mgat2 (ENSOMEG00000010820)	ENSOMEG00000010808	rps6kc1 (ENSOMEG00000010758)	prox1a (ENSOMEG00000010697)	smyd2b (ENSOMEG00000010678)	ENSOMEG00000010615	ENSOMEG00000010608	ENSOMEG00000010599	ENSOMEG00000010586	cep57l1 (ENSOMEG00000010571) #19	ENSOMEG00000010548 #20	ppil6 (ENSOMEG00000000253) #21	ENSOMEG00000010515 #22	si:ch211-51e12.7 (ENSOMEG00000010489) #24	mrps10 (ENSOMEG00000010468) #25	tulp4a (ENSOMEG00000010431) #26	tmem181 (ENSOMEG00000010307) #27	gtf2h5 (ENSOMEG00000010204) #29	serac1 (ENSOMEG00000010191) #30	myct1a (ENSOMEG00000010178) #31	ENSOMEG00000010151 #32	ENSOMEG00000010130	ENSOMEG00000010113	ENSOMEG00000010057 #32	ENSOMEG00000010036 #32	ENSOMEG00000000242 #32	esr1 (ENSOMEG00000009991) #33	armt1 (ENSOMEG00000009948) #34
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	16	FKBP3 (ENSOJAG00000023416)	OjLCE (ENSOJAG00000023413)	MDGA2 (ENSOJAG00000023345)	rps29 (ENSOJAG00000023319)	mgat2 (ENSOJAG00000023318)	ENSOJAG00000023312	rps6kc1 (ENSOJAG00000023288)	ENSOJAG00000023278	prox1a (ENSOJAG00000023266)	smyd2b (ENSOJAG00000023140)	PTPN14 (ENSOJAG00000023097)	ENSOJAG00000023088	cep57l1 (ENSOJAG00000023083) #19	ENSOJAG00000023078 #20	ppil6 (ENSOJAG00000023065) #21	ENSOJAG00000023047 #22	msgn1 (ENSOJAG00000023041) #23	mrps10 (ENSOJAG00000023038) #25	tulp4a (ENSOJAG00000023032) #26	tmem181 (ENSOJAG00000023025) #27	gtf2h5 (ENSOJAG00000023015) #29	serac1 (ENSOJAG00000022976) #30	myct1a (ENSOJAG00000022970) #31	esr1 (ENSOJAG00000021522) #33	armt1 (ENSOJAG00000021512) #34	zbtb2b (ENSOJAG00000021508) #35	akap12b (ENSOJAG00000021498) #36	mthfd1l (ENSOJAG00000020662) #37	stx11b.2 (ENSOJAG00000020582)	STX11 (ENSOJAG00000020564)	EPM2A (ENSOJAG00000019807)
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00530000063558.B #8	ENSGT00940000155086.C ##9	ENSGT00940000155086.B #9	ENSGT00940000153804.A #10	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00940000178331 #16	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b #32	ENSGT00940000158133 #33	ENSGT00530000064023 #34	ENSGT00940000158401 #35	ENSGT00730000111244.a.b #36	ENSGT00940000157477 #37
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	36						ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b #32	ENSGT00940000158133 #33	ENSGT00530000064023 #34	ENSGT00940000158401 #35	ENSGT00730000111244.a.b #36	ENSGT00940000157477 #37
Mangrove rivulus	DUPLICATION
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	70						OSTM1 (ENSKMAG00000008209) #11	nr2e1 (ENSKMAG00000008265) #12	snx3 (ENSKMAG00000008325) #13	afg1lb (ENSKMAG00000008362) #14	foxo3b (ENSKMAG00000008411) #15	ARMC2 (ENSKMAG00000008442) #17	sesn1 (ENSKMAG00000008545) #18	cep57l1 (ENSKMAG00000008605) #19	cd164 (ENSKMAG00000008630) #20	ppil6 (ENSKMAG00000008650) #21	ENSKMAG00000008718 #22	ENSKMAG00000008741 #22	msgn1 (ENSKMAG00000008752) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSKMAG00000008764) #24	mrps10 (ENSKMAG00000008782) #25	tulp4a (ENSKMAG00000008810) #26	tmem181 (ENSKMAG00000008899) #27	DYNLT1 (ENSKMAG00000008943) #28	gtf2h5 (ENSKMAG00000008960) #29	serac1 (ENSKMAG00000008984) #30	myct1a (ENSKMAG00000009009) #31	ENSKMAG00000009021 #32	ENSKMAG00000009084	ENSKMAG00000009164	ENSKMAG00000009198 #32	esr1 (ENSKMAG00000009365) #33
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	70					OSTM1 (ENSKMAG00000008209) #11	nr2e1 (ENSKMAG00000008265) #12	snx3 (ENSKMAG00000008325) #13	afg1lb (ENSKMAG00000008362) #14	foxo3b (ENSKMAG00000008411) #15	ARMC2 (ENSKMAG00000008442) #17	sesn1 (ENSKMAG00000008545) #18	cep57l1 (ENSKMAG00000008605) #19	cd164 (ENSKMAG00000008630) #20	ppil6 (ENSKMAG00000008650) #21	ENSKMAG00000008718 #22	ENSKMAG00000008741 #22	msgn1 (ENSKMAG00000008752) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSKMAG00000008764) #24	mrps10 (ENSKMAG00000008782) #25	tulp4a (ENSKMAG00000008810) #26	tmem181 (ENSKMAG00000008899) #27	DYNLT1 (ENSKMAG00000008943) #28	gtf2h5 (ENSKMAG00000008960) #29	serac1 (ENSKMAG00000008984) #30	myct1a (ENSKMAG00000009009) #31	ENSKMAG00000009021 #32	ENSKMAG00000009084	ENSKMAG00000009164	ENSKMAG00000009198 #32	esr1 (ENSKMAG00000009365) #33	armt1 (ENSKMAG00000009490) #34
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1613	JDP2 (ENSNFUG00015000966)	Nfu_g_1_018863 (ENSNFUG00015000973)	FOS (ENSNFUG00015000980)	tmed10 (ENSNFUG00015000991)	EIF2B2 (ENSNFUG00015001014)	OSTM1 (ENSNFUG00015001031) #11	NR2E1 (ENSNFUG00015001037) #12	SNX3 (ENSNFUG00015001046) #13	afg1lb (ENSNFUG00015001051) #14	FOXO3B (ENSNFUG00015001055) #15	ARMC2 (ENSNFUG00015001065) #17	sesn1 (ENSNFUG00015001099) #18	CEP57L1 (ENSNFUG00015001128) #19	cd164 (ENSNFUG00015001132) #20	PPIL6 (ENSNFUG00015001133) #21	ENSNFUG00015001138 #22	msgn1 (ENSNFUG00015001144) #23	MRPS10 (ENSNFUG00015001149) #25	TULP4 (ENSNFUG00015001165) #26	tmem181 (ENSNFUG00015001187) #27	DYNLT1 (ENSNFUG00015001216) #28	ENSNFUG00015001219	gtf2h5 (ENSNFUG00015001222) #29	serac1 (ENSNFUG00015001244) #30	myct1a (ENSNFUG00015001326) #31	esr1 (ENSNFUG00015002138) #33	C20H6ORF211 (ENSNFUG00015002258) #34	ZBTB2B (ENSNFUG00015002264) #35	AKAP12B (ENSNFUG00015002267) #36	mthfd1l (ENSNFUG00015002402) #37	stx11b.2 (ENSNFUG00015002963)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000011877 #7	ENSGT00530000063558.B #8	ENSGT00940000155086.C ##9	ENSGT00940000155086.B #9	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00940000178331 #16	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b #32	ENSGT00940000158133 #33	ENSGT00530000064023 #34	ENSGT00940000158401 #35	ENSGT00730000111244.a.b #36	ENSGT00940000157477 #37
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000013931	ENSGT00390000011877 #7	ENSGT00530000063558.B #8	ENSGT00940000155086.C ##9	ENSGT00940000155086.B #9	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b.gb.b #32	ENSGT00940000176900.b	ENSGT01030000234944.A	ENSGT00940000154481.a.b.gb.a #32	ENSGT00940000158133 #33	ENSGT00530000064023 #34
Sheepshead minnow	DUPLICATION
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	150	acat2 (ENSCVAG00000001762)	wtap (ENSCVAG00000001753)	sod2 (ENSCVAG00000001748) #7	ENSCVAG00000001745 #8	otofa (ENSCVAG00000001740) #9	OSTM1 (ENSCVAG00000001719) #11	nr2e1 (ENSCVAG00000001716) #12	snx3 (ENSCVAG00000001713) #13	afg1lb (ENSCVAG00000001709) #14	foxo3b (ENSCVAG00000001690) #15	ARMC2 (ENSCVAG00000001686) #17	sesn1 (ENSCVAG00000001679) #18	cep57l1 (ENSCVAG00000001671) #19	cd164 (ENSCVAG00000001666) #20	ppil6 (ENSCVAG00000001664) #21	ENSCVAG00000001660 #22	ENSCVAG00000001658 #22	msgn1 (ENSCVAG00000001655) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSCVAG00000001653) #24	mrps10 (ENSCVAG00000001649) #25	tulp4a (ENSCVAG00000001646) #26	tmem181 (ENSCVAG00000001626) #27	DYNLT1 (ENSCVAG00000001615) #28	gtf2h5 (ENSCVAG00000001613) #29	serac1 (ENSCVAG00000001608) #30	myct1a (ENSCVAG00000001595) #31	ENSCVAG00000001593 #32	ENSCVAG00000001583	ENSCVAG00000001580	ENSCVAG00000001570 #32	esr1 (ENSCVAG00000001551) #33
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	150	wtap (ENSCVAG00000001753)	sod2 (ENSCVAG00000001748) #7	ENSCVAG00000001745 #8	otofa (ENSCVAG00000001740) #9	OSTM1 (ENSCVAG00000001719) #11	nr2e1 (ENSCVAG00000001716) #12	snx3 (ENSCVAG00000001713) #13	afg1lb (ENSCVAG00000001709) #14	foxo3b (ENSCVAG00000001690) #15	ARMC2 (ENSCVAG00000001686) #17	sesn1 (ENSCVAG00000001679) #18	cep57l1 (ENSCVAG00000001671) #19	cd164 (ENSCVAG00000001666) #20	ppil6 (ENSCVAG00000001664) #21	ENSCVAG00000001660 #22	ENSCVAG00000001658 #22	msgn1 (ENSCVAG00000001655) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSCVAG00000001653) #24	mrps10 (ENSCVAG00000001649) #25	tulp4a (ENSCVAG00000001646) #26	tmem181 (ENSCVAG00000001626) #27	DYNLT1 (ENSCVAG00000001615) #28	gtf2h5 (ENSCVAG00000001613) #29	serac1 (ENSCVAG00000001608) #30	myct1a (ENSCVAG00000001595) #31	ENSCVAG00000001593 #32	ENSCVAG00000001583	ENSCVAG00000001580	ENSCVAG00000001570 #32	esr1 (ENSCVAG00000001551) #33
Mummichog	DUPLICATION
Mummichog	MODERN SPECIES	2240	wtap (ENSFHEG00000023365)	sod2 (ENSFHEG00000023363) #7	FNDC1 (ENSFHEG00000023360) #8	ENSFHEG00000023354 ##9	ENSFHEG00000023352 #9	OSTM1 (ENSFHEG00000023349) #11	nr2e1 (ENSFHEG00000023345) #12	snx3 (ENSFHEG00000023342) #13	afg1lb (ENSFHEG00000023340) #14	foxo3b (ENSFHEG00000023338) #15	ARMC2 (ENSFHEG00000023335) #17	sesn1 (ENSFHEG00000023330) #18	cep57l1 (ENSFHEG00000023326) #19	cd164 (ENSFHEG00000023325) #20	ppil6 (ENSFHEG00000023323) #21	ENSFHEG00000023320 #22	ENSFHEG00000023319 #22	msgn1 (ENSFHEG00000023318) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSFHEG00000023316) #24	mrps10 (ENSFHEG00000023314) #25	tulp4a (ENSFHEG00000023310) #26	tmem181 (ENSFHEG00000023306) #27	DYNLT1 (ENSFHEG00000023303) #28	ENSFHEG00000023302	gtf2h5 (ENSFHEG00000023300) #29	serac1 (ENSFHEG00000023298) #30	myct1a (ENSFHEG00000023295) #31	ENSFHEG00000023287 #32	ENSFHEG00000023281	SYNE1 (ENSFHEG00000023274) #32	esr1 (ENSFHEG00000000933) #33
Mummichog	MODERN SPECIES	2240	sod2 (ENSFHEG00000023363) #7	FNDC1 (ENSFHEG00000023360) #8	ENSFHEG00000023354 ##9	ENSFHEG00000023352 #9	OSTM1 (ENSFHEG00000023349) #11	nr2e1 (ENSFHEG00000023345) #12	snx3 (ENSFHEG00000023342) #13	afg1lb (ENSFHEG00000023340) #14	foxo3b (ENSFHEG00000023338) #15	ARMC2 (ENSFHEG00000023335) #17	sesn1 (ENSFHEG00000023330) #18	cep57l1 (ENSFHEG00000023326) #19	cd164 (ENSFHEG00000023325) #20	ppil6 (ENSFHEG00000023323) #21	ENSFHEG00000023320 #22	ENSFHEG00000023319 #22	msgn1 (ENSFHEG00000023318) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSFHEG00000023316) #24	mrps10 (ENSFHEG00000023314) #25	tulp4a (ENSFHEG00000023310) #26	tmem181 (ENSFHEG00000023306) #27	DYNLT1 (ENSFHEG00000023303) #28	ENSFHEG00000023302	gtf2h5 (ENSFHEG00000023300) #29	serac1 (ENSFHEG00000023298) #30	myct1a (ENSFHEG00000023295) #31	ENSFHEG00000023287 #32	ENSFHEG00000023281	SYNE1 (ENSFHEG00000023274) #32	esr1 (ENSFHEG00000000933) #33	armt1 (ENSFHEG00000000949) #34
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000013931	ENSGT00390000011877 #7	ENSGT00530000063558.B #8	ENSGT00940000155086.B #9	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00940000178331 #16	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b.hb.a #32	ENSGT00940000176900.b	ENSGT01030000234944.A	ENSGT00940000174968	ENSGT00940000154481.a.b.hb.b #32	ENSGT00940000158133 #33
Platyfish	MODERN SPECIES	6	acat2 (ENSXMAG00000003334)	wtap (ENSXMAG00000003331)	sod2 (ENSXMAG00000003325) #7	FNDC1 (ENSXMAG00000003322) #8	otofa (ENSXMAG00000003300) #9	OSTM1 (ENSXMAG00000029145) #11	nr2e1 (ENSXMAG00000003283) #12	snx3 (ENSXMAG00000003281) #13	afg1lb (ENSXMAG00000003272) #14	foxo3 (ENSXMAG00000003269) #15	ARMC2 (ENSXMAG00000003268) #17	sesn1 (ENSXMAG00000028518) #18	cep57l1 (ENSXMAG00000003254) #19	cd164 (ENSXMAG00000022598) #20	ppil6 (ENSXMAG00000003243) #21	ENSXMAG00000024566 #22	si:ch211-51e12.7 (ENSXMAG00000028878) #24	mrps10 (ENSXMAG00000003237) #25	tulp4a (ENSXMAG00000003229) #26	tmem181 (ENSXMAG00000003212) #27	DYNLT1 (ENSXMAG00000003205) #28	gtf2h5 (ENSXMAG00000003202) #29	serac1 (ENSXMAG00000003190) #30	myct1a (ENSXMAG00000003189) #31	ENSXMAG00000024999 #32	ENSXMAG00000028229	ENSXMAG00000024848	ENSXMAG00000027684	ENSXMAG00000003104 #32	esr1 (ENSXMAG00000003084) #33	armt1 (ENSXMAG00000003081) #34
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000013931	ENSGT00390000011877 #7	ENSGT00530000063558.B #8	ENSGT00940000155086.B #9	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00940000178331 #16	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b.hb.b #32	ENSGT00940000158133 #33	ENSGT00530000064023 #34	ENSGT00940000158401 #35	ENSGT00730000111244.a.b #36	ENSGT00940000157477 #37
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01030000234626.B	ENSGT00390000013931	ENSGT00390000011877 #7	ENSGT00530000063558.B #8	ENSGT00940000155086.B #9	ENSGT00390000012341 #11	ENSGT00940000156693 #12	ENSGT00940000153609.b #13	ENSGT00390000013227.a.b #14	ENSGT00940000161401 #15	ENSGT00390000000663 #17	ENSGT00950000183168.B.b #18	ENSGT00530000063695.b #19	ENSGT00530000063929.a.b #20	ENSGT00940000159634 #21	ENSGT00940000159266 #22	ENSGT00530000063712.a.b #23	ENSGT01030000234809 #24	ENSGT00390000009045 #25	ENSGT00940000155913.d #26	ENSGT00390000007183 #27	ENSGT00940000154531 #28	ENSGT00390000004028 #29	ENSGT00390000003560 #30	ENSGT00390000011642.e #31	ENSGT00940000154481.a.b.hb.b #32	ENSGT00940000158133 #33	ENSGT00530000064023 #34	ENSGT00940000158401 #35	ENSGT00730000111244.a.b #36	ENSGT00940000157477 #37
Sailfin molly	MODERN SPECIES	201											ARMC2 (ENSPLAG00000023236) #17	sesn1 (ENSPLAG00000023206) #18	cep57l1 (ENSPLAG00000023169) #19	cd164 (ENSPLAG00000023162) #20	ppil6 (ENSPLAG00000023156) #21	ENSPLAG00000023090 #22	msgn1 (ENSPLAG00000023083) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSPLAG00000023066) #24	mrps10 (ENSPLAG00000023045) #25	tulp4a (ENSPLAG00000022995) #26	tmem181 (ENSPLAG00000022884) #27	DYNLT1 (ENSPLAG00000022832) #28	gtf2h5 (ENSPLAG00000022796) #29	serac1 (ENSPLAG00000022774) #30	myct1a (ENSPLAG00000022692) #31	SYNE1 (ENSPLAG00000000479) #32	esr1 (ENSPLAG00000022270) #33	armt1 (ENSPLAG00000022185) #34	zbtb2b (ENSPLAG00000022175) #35	akap12b (ENSPLAG00000022168) #36	mthfd1l (ENSPLAG00000022159) #37
Amazon molly	MODERN SPECIES	253	wtap (ENSPFOG00000019425)	sod2 (ENSPFOG00000019429) #7	FNDC1 (ENSPFOG00000019433) #8	otofa (ENSPFOG00000019457) #9	otofa (ENSPFOG00000019508) #9	OSTM1 (ENSPFOG00000019529) #11	nr2e1 (ENSPFOG00000019532) #12	snx3 (ENSPFOG00000019534) #13	afg1lb (ENSPFOG00000019535) #14	foxo3b (ENSPFOG00000019537) #15	ARMC2 (ENSPFOG00000019538) #17	sesn1 (ENSPFOG00000019540) #18	cep57l1 (ENSPFOG00000019541) #19	cd164 (ENSPFOG00000019542) #20	ppil6 (ENSPFOG00000019543) #21	GEN1 (ENSPFOG00000019545) #22	msgn1 (ENSPFOG00000020615) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSPFOG00000019546) #24	mrps10 (ENSPFOG00000019547) #25	tulp4a (ENSPFOG00000019548) #26	tmem181 (ENSPFOG00000019549) #27	DYNLT1 (ENSPFOG00000019550) #28	gtf2h5 (ENSPFOG00000019551) #29	serac1 (ENSPFOG00000019552) #30	myct1a (ENSPFOG00000019555) #31	ENSPFOG00000019557 #32	esr1 (ENSPFOG00000019595) #33	armt1 (ENSPFOG00000024726) #34	zbtb2b (ENSPFOG00000019596) #35	akap12b (ENSPFOG00000019597) #36	mthfd1l (ENSPFOG00000019598) #37
Guppy	MODERN SPECIES	452	acat2 (ENSPREG00000005675)	wtap (ENSPREG00000005555)	sod2 (ENSPREG00000005529) #7	FNDC1 (ENSPREG00000005423) #8	otofa (ENSPREG00000005299) #9	OSTM1 (ENSPREG00000005263) #11	nr2e1 (ENSPREG00000005235) #12	snx3 (ENSPREG00000005216) #13	afg1lb (ENSPREG00000005157) #14	foxo3b (ENSPREG00000005040) #15	ENSPREG00000005022 #16	ARMC2 (ENSPREG00000004984) #17	sesn1 (ENSPREG00000004835) #18	cep57l1 (ENSPREG00000004797) #19	ppil6 (ENSPREG00000004785) #21	ENSPREG00000004765 #22	msgn1 (ENSPREG00000004757) #23	si:ch211-51e12.7 (ENSPREG00000004749) #24	mrps10 (ENSPREG00000004713) #25	tulp4a (ENSPREG00000004599) #26	tmem181 (ENSPREG00000004547) #27	DYNLT1 (ENSPREG00000004502) #28	gtf2h5 (ENSPREG00000004465) #29	serac1 (ENSPREG00000004433) #30	myct1a (ENSPREG00000004420) #31	ENSPREG00000004325 #32	ENSPREG00000004301	ENSPREG00000004284	ENSPREG00000004260 #32	ENSPREG00000004212 #32	esr1 (ENSPREG00000004110) #33