Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000162810 #7	ENSGT00910000144159.A.a #8	ENSGT00390000008711 #9	ENSGT00940000159032 #10	ENSGT01100000263535.a.a #11	ENSGT00940000158971 #12	ENSGT00940000160491	ENSGT00940000157346 #14	ENSGT01100000266557	ENSGT00390000003692 #16	ENSGT00940000154894 #17	ENSGT00390000015399 #18	ENSGT00390000017193 #19	ENSGT00940000154078.b #20	ENSGT01030000234607.A.a.b.b #21	ENSGT00510000049555 #22	ENSGT00390000004511.d.a.b	ENSGT00390000004511.d.a.a	ENSGT00390000008453 #23	ENSGT00940000159585 #24	ENSGT00390000003896 #25	ENSGT00390000002231.c #26	ENSGT00390000005090 #27	ENSGT00940000165014 #28	ENSGT00940000156141.C #29	ENSGT00950000182859.A.a.a.a #30	ENSGT00950000182989.D.a.b #31	ENSGT00940000153534.B #32	ENSGT01050000244942.b.a.b #33	ENSGT00940000155052.e.a #34	ENSGT01050000244866.A.a.a.a.a #35
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000162810 #7	ENSGT00910000144159.A.a #8	ENSGT00390000008711 #9	ENSGT00940000159032 #10	ENSGT01100000263535.a.a #11	ENSGT00940000158971 #12	ENSGT00940000160491	ENSGT00940000157346 #14	ENSGT01100000266557	ENSGT00390000003692 #16	ENSGT00940000154894 #17	ENSGT00390000015399 #18	ENSGT00390000017193 #19	ENSGT00940000154078.b #20	ENSGT01030000234607.A.a.b.b #21	ENSGT00510000049555 #22	ENSGT00390000004511.d.a.b	ENSGT00390000004511.d.a.a	ENSGT00390000008453 #23	ENSGT00940000159585 #24	ENSGT00390000003896 #25	ENSGT00390000002231.c #26	ENSGT00390000005090 #27	ENSGT00940000165014 #28	ENSGT00940000156141.C #29	ENSGT00950000182859.A.a.a.a #30	ENSGT00950000182989.D.a.b #31	ENSGT00940000153534.B #32	ENSGT01050000244942.b.a.b #33	ENSGT00940000155052.e.a #34	ENSGT01050000244866.A.a.a.a.a #35
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	122	CENPB (ENSCLAG00000017935) #7	SPEF1 (ENSCLAG00000013471) #8	ADISSP (ENSCLAG00000013586) #9	HSPA12B (ENSCLAG00000011219) #10	SIGLEC1 (ENSCLAG00000013751) #11	ADAM33 (ENSCLAG00000011084) #12	ENSCLAG00000009584 #13	ATRN (ENSCLAG00000010887) #14	ENSCLAG00000012573 #15	DNAAF9 (ENSCLAG00000013491) #16	SLC4A11 (ENSCLAG00000012612) #17	ITPA (ENSCLAG00000012396) #18	DDRGK1 (ENSCLAG00000012959) #19	LZTS3 (ENSCLAG00000010167) #20	FASTKD5 (ENSCLAG00000017812) #21	UBOX5 (ENSCLAG00000012136) #22	MRPS26 (ENSCLAG00000011719) #23	PTPRA (ENSCLAG00000014599) #24	VPS16 (ENSCLAG00000010899) #25	PCED1A (ENSCLAG00000010239) #26	TMEM239 (ENSCLAG00000010005) #27	ENSCLAG00000009947 #28	CPXM1 (ENSCLAG00000010049) #29	EBF4 (ENSCLAG00000016129) #30	IDH3B (ENSCLAG00000012613) #31	NOP56 (ENSCLAG00000013816) #32	TMC2 (ENSCLAG00000013446) #33	SNRPB (ENSCLAG00000012442) #34	TGM6 (ENSCLAG00000012346) #35	TGM3 (ENSCLAG00000010817) #36	STK35 (ENSCLAG00000010739) #37
Degu	MODERN SPECIES	101	SPEF1 (ENSODEG00000005543) #8	ADISSP (ENSODEG00000006785) #9	HSPA12B (ENSODEG00000006345) #10	SIGLEC1 (ENSODEG00000005702) #11	GFRA4 (ENSODEG00000006159)	ENSODEG00000005788	ATRN (ENSODEG00000004625) #14	ENSODEG00000005518	DNAAF9 (ENSODEG00000005205) #16	SLC4A11 (ENSODEG00000006000) #17	ITPA (ENSODEG00000005202) #18	DDRGK1 (ENSODEG00000005502) #19	LZTS3 (ENSODEG00000006348) #20	ENSODEG00000019287	FASTKD5 (ENSODEG00000005773) #21	UBOX5 (ENSODEG00000006821) #22	AVP (ENSODEG00000006589)	ENSODEG00000004605	MRPS26 (ENSODEG00000004501) #23	PTPRA (ENSODEG00000005651) #24	VPS16 (ENSODEG00000004474) #25	PCED1A (ENSODEG00000005153) #26	ENSODEG00000004687 #28	CPXM1 (ENSODEG00000005511) #29	EBF4 (ENSODEG00000005079) #30	IDH3B (ENSODEG00000006040) #31	ENSODEG00000005708 #32	ENSODEG00000005500 #32	TMC2 (ENSODEG00000004874) #33	ENSODEG00000004305 #34	TGM6 (ENSODEG00000008085) #35
Guinea pig	MODERN SPECIES	8	AP5S1 (ENSCPOG00000034150)	CDC25B (ENSCPOG00000007223)	CENPB (ENSCPOG00000007221) #7	SPEF1 (ENSCPOG00000035881) #8	ADISSP (ENSCPOG00000007216) #9	HSPA12B (ENSCPOG00000007213) #10	SIGLEC1 (ENSCPOG00000007205) #11	ADAM33 (ENSCPOG00000019634) #12	GFRA4 (ENSCPOG00000034307)	ATRN (ENSCPOG00000007193) #14	DNAAF9 (ENSCPOG00000038300) #16	SLC4A11 (ENSCPOG00000001277) #17	ITPA (ENSCPOG00000039557) #18	DDRGK1 (ENSCPOG00000001272) #19	LZTS3 (ENSCPOG00000034395) #20	UBOX5 (ENSCPOG00000020493) #22	FASTKD5 (ENSCPOG00000023356) #21	AVP (ENSCPOG00000023592)	ENSCPOG00000001717	MRPS26 (ENSCPOG00000037912) #23	PTPRA (ENSCPOG00000020873) #24	VPS16 (ENSCPOG00000003602) #25	PCED1A (ENSCPOG00000025475) #26	CPXM1 (ENSCPOG00000011936) #29	EBF4 (ENSCPOG00000004862) #30	IDH3B (ENSCPOG00000015319) #31	NOP56 (ENSCPOG00000015315) #32	TMC2 (ENSCPOG00000015312) #33	SNRPB (ENSCPOG00000039408) #34	TGM6 (ENSCPOG00000015309) #35	TGM3 (ENSCPOG00000015307) #36