Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000162648	ENSGT00940000160804	ENSGT00940000161919 #8	ENSGT00940000159107 #9	ENSGT00940000160166 #10	ENSGT00940000158417.b #13	ENSGT00940000157243 #12	ENSGT00950000182904.a.a.a #14	ENSGT00390000014801 #15	ENSGT00940000162147 #16	ENSGT00530000063948.a #17	ENSGT00950000182870.a.a.b #18	ENSGT00950000182971.B.b.c.a.b #19	ENSGT00390000007266 #20	ENSGT00390000002996 #21	ENSGT00940000160219 #22	ENSGT00940000153269.a.a #23	ENSGT00940000153269.a.b #24	ENSGT00940000159822 #25	ENSGT00940000162071 #26	ENSGT00940000161355 #27	ENSGT00940000159919 #28	ENSGT00390000007801 #29	ENSGT00390000008892 #30	ENSGT00390000003552 #31	ENSGT00940000158021 #32	ENSGT00710000106874 #33	ENSGT00940000159283.d #34	ENSGT00950000182919.B.a	ENSGT00390000009464 #36	ENSGT00530000063335.B.a.a #37
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000162648	ENSGT00940000160804	ENSGT00940000161919 #8	ENSGT00940000159107 #9	ENSGT00940000160166 #10	ENSGT00940000158417.b #13	ENSGT00940000157243 #12	ENSGT00950000182904.a.a.a #14	ENSGT00390000014801 #15	ENSGT00940000162147 #16	ENSGT00530000063948.a #17	ENSGT00950000182870.a.a.b #18	ENSGT00950000182971.B.b.c.a.b #19	ENSGT00390000007266 #20	ENSGT00390000002996 #21	ENSGT00940000160219 #22	ENSGT00940000153269.a.a #23	ENSGT00940000153269.a.b #24	ENSGT00940000159822 #25	ENSGT00940000162071 #26	ENSGT00940000161355 #27	ENSGT00940000159919 #28	ENSGT00390000007801 #29	ENSGT00390000008892 #30	ENSGT00390000003552 #31	ENSGT00940000158021 #32	ENSGT00710000106874 #33	ENSGT00940000159283.d #34	ENSGT00950000182919.B.a	ENSGT00390000009464 #36	ENSGT00530000063335.B.a.a #37
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT00940000162648	ENSGT00940000160804	ENSGT00940000161919 #8	ENSGT00940000159107 #9	ENSGT00940000160166 #10	ENSGT00940000158417.b #13	ENSGT00940000157243 #12	ENSGT00950000182904.a.a.a #14	ENSGT00390000014801 #15	ENSGT00940000162147 #16	ENSGT00530000063948.a #17	ENSGT00950000182870.a.a.b #18	ENSGT00950000182971.B.b.c.a.b #19	ENSGT00390000007266 #20	ENSGT00390000002996 #21	ENSGT00940000160219 #22	ENSGT00940000153269.a.a #23	ENSGT00940000153269.a.b #24	ENSGT00940000159822 #25	ENSGT00940000162071 #26	ENSGT00940000161355 #27	ENSGT00940000159919 #28	ENSGT00390000007801 #29	ENSGT00390000008892 #30	ENSGT00390000003552 #31	ENSGT00940000158021 #32	ENSGT00710000106874 #33	ENSGT00940000159283.d #34	ENSGT00960000188642 #35	ENSGT00390000009464 #36	ENSGT00530000063335.B.a.a #37
Guinea pig	MODERN SPECIES	10	ENSCPOG00000037176 #7	IL6R (ENSCPOG00000033327) #8	SHE (ENSCPOG00000001163) #9	UBE2Q1 (ENSCPOG00000001472) #10	ENSCPOG00000013155 #11	ADAR (ENSCPOG00000005463) #12	ENSCPOG00000020156 #13	KCNN3 (ENSCPOG00000015718) #14	PMVK (ENSCPOG00000006036) #15	PBXIP1 (ENSCPOG00000005112) #16	PYGO2 (ENSCPOG00000038298) #17	SHC1 (ENSCPOG00000024934) #18	CKS1B (ENSCPOG00000038831) #19	FLAD1 (ENSCPOG00000036462) #20	LENEP (ENSCPOG00000005114) #21	ZBTB7B (ENSCPOG00000019491) #22	DCST2 (ENSCPOG00000023952) #23	DCST1 (ENSCPOG00000001145) #24	ADAM15 (ENSCPOG00000001148) #25	EFNA4 (ENSCPOG00000036812) #26	EFNA3 (ENSCPOG00000001152) #27	EFNA1 (ENSCPOG00000039989) #28	SLC50A1 (ENSCPOG00000037766) #29	DPM3 (ENSCPOG00000019638) #30	KRTCAP2 (ENSCPOG00000030898) #31	TRIM46 (ENSCPOG00000022179) #32	ENSCPOG00000034833 #33	THBS3 (ENSCPOG00000003165) #34	ENSCPOG00000024733 #35	GBA1 (ENSCPOG00000003173) #36	ENTREP3 (ENSCPOG00000003175) #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	61	ENSGT00940000162648	ENSGT00940000160804	ENSGT00940000161919 #8	ENSGT00940000159107 #9	ENSGT00940000160166 #10	ENSGT00940000158417.b #13	ENSGT00940000157243 #12	ENSGT00950000182904.a.a.a #14	ENSGT00390000014801 #15	ENSGT00940000162147 #16	ENSGT00530000063948.a #17	ENSGT00950000182870.a.a.b #18	ENSGT00950000182971.B.b.c.a.b #19	ENSGT00390000007266 #20	ENSGT00390000002996 #21	ENSGT00940000160219 #22	ENSGT00940000153269.a.a #23	ENSGT00940000153269.a.b #24	ENSGT00940000159822 #25	ENSGT00940000162071 #26	ENSGT00940000161355 #27	ENSGT00940000159919 #28	ENSGT00390000007801 #29	ENSGT00390000008892 #30	ENSGT00390000003552 #31	ENSGT00940000158021 #32	ENSGT00710000106874 #33	ENSGT00940000159283.d #34	ENSGT00960000188642 #35	ENSGT00390000009464 #36	ENSGT00530000063335.B.a.a #37
Degu	MODERN SPECIES	73	ATP8B2 (ENSODEG00000010646)	SHE (ENSODEG00000010544) #9	UBE2Q1 (ENSODEG00000012607) #10	ENSODEG00000020162	CHRNB2 (ENSODEG00000011916) #13	ADAR (ENSODEG00000011111) #12	KCNN3 (ENSODEG00000011444) #14	PMVK (ENSODEG00000011395) #15	PBXIP1 (ENSODEG00000011532) #16	PYGO2 (ENSODEG00000012415) #17	SHC1 (ENSODEG00000011945) #18	CKS1B (ENSODEG00000011374) #19	ENSODEG00000011816	FLAD1 (ENSODEG00000012292) #20	LENEP (ENSODEG00000020151) #21	ENSODEG00000011355 #22	DCST2 (ENSODEG00000010995) #23	DCST1 (ENSODEG00000013821) #24	ADAM15 (ENSODEG00000010841) #25	EFNA4 (ENSODEG00000011663) #26	EFNA3 (ENSODEG00000010457) #27	EFNA1 (ENSODEG00000010045) #28	SLC50A1 (ENSODEG00000009906) #29	DPM3 (ENSODEG00000019810) #30	ENSODEG00000010582 #31	TRIM46 (ENSODEG00000010418) #32	ENSODEG00000009984 #33	THBS3 (ENSODEG00000009938) #34	ENSODEG00000011167 #35	GBA1 (ENSODEG00000010430) #36	ENTREP3 (ENSODEG00000010722) #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	252	AQP10 (ENSCLAG00000004886)	ATP8B2 (ENSCLAG00000003593)	IL6R (ENSCLAG00000004093) #8	ENSCLAG00000004750	SHE (ENSCLAG00000004987) #9	UBE2Q1 (ENSCLAG00000005048) #10	CHRNB2 (ENSCLAG00000005132) #13	ADAR (ENSCLAG00000005402) #12	KCNN3 (ENSCLAG00000004330) #14	PMVK (ENSCLAG00000004787) #15	PBXIP1 (ENSCLAG00000004914) #16	PYGO2 (ENSCLAG00000004985) #17	SHC1 (ENSCLAG00000005022) #18	CKS1B (ENSCLAG00000005125) #19	FLAD1 (ENSCLAG00000005583) #20	ZBTB7B (ENSCLAG00000005645) #22	DCST2 (ENSCLAG00000006131) #23	DCST1 (ENSCLAG00000006280) #24	ADAM15 (ENSCLAG00000002903) #25	EFNA4 (ENSCLAG00000003250) #26	EFNA3 (ENSCLAG00000003364) #27	EFNA1 (ENSCLAG00000003890) #28	SLC50A1 (ENSCLAG00000004084) #29	DPM3 (ENSCLAG00000004033) #30	ENSCLAG00000004535 #31	TRIM46 (ENSCLAG00000003999) #32	ENSCLAG00000004137 #33	THBS3 (ENSCLAG00000004613) #34	ENSCLAG00000005120 #35	GBA1 (ENSCLAG00000005452) #36	ENTREP3 (ENSCLAG00000003287) #37
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	10	AQP10 (ENSHGLG00000018126)	ATP8B2 (ENSHGLG00000018554)	IL6R (ENSHGLG00000032250) #8	ENSHGLG00000035218 #9	ENSHGLG00000007304 #10	CHRNB2 (ENSHGLG00000007150) #13	ADAR (ENSHGLG00000017910) #12	ENSHGLG00000021095	KCNN3 (ENSHGLG00000015775) #14	PMVK (ENSHGLG00000009156) #15	PBXIP1 (ENSHGLG00000008141) #16	PYGO2 (ENSHGLG00000007163) #17	ENSHGLG00000006430 #18	CKS1B (ENSHGLG00000005768) #19	FLAD1 (ENSHGLG00000005598) #20	ZBTB7B (ENSHGLG00000009408) #22	DCST2 (ENSHGLG00000007067) #23	DCST1 (ENSHGLG00000005842) #24	ADAM15 (ENSHGLG00000018549) #25	EFNA4 (ENSHGLG00000018504) #26	EFNA3 (ENSHGLG00000014477) #27	EFNA1 (ENSHGLG00000014389) #28	SLC50A1 (ENSHGLG00000011187) #29	DPM3 (ENSHGLG00000010719) #30	KRTCAP2 (ENSHGLG00000008900) #31	TRIM46 (ENSHGLG00000007900) #32	ENSHGLG00000031941 #33	THBS3 (ENSHGLG00000019451) #34	MTX1 (ENSHGLG00000017998)	GBA1 (ENSHGLG00000017983) #36	ENTREP3 (ENSHGLG00000016425) #37
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000162648	ENSGT00940000160804	ENSGT00940000161919 #8	ENSGT00940000159107 #9	ENSGT00940000160166 #10	ENSGT00940000158417.b #13	ENSGT00940000157243 #12	ENSGT00950000182904.a.a.a #14	ENSGT00390000014801 #15	ENSGT00940000162147 #16	ENSGT00530000063948.a #17	ENSGT00950000182870.a.a.b #18	ENSGT00950000182971.B.b.d ##19	ENSGT00390000007266 #20	ENSGT00390000002996 #21	ENSGT00940000160219 #22	ENSGT00940000153269.a.a #23	ENSGT00940000153269.a.b #24	ENSGT00940000159822 #25	ENSGT00940000162071 #26	ENSGT00940000161355 #27	ENSGT00940000159919 #28	ENSGT00390000007801 #29	ENSGT00390000008892 #30	ENSGT00390000003552 #31	ENSGT00940000158021 #32	ENSGT00710000106874 #33	ENSGT00940000159283.d #34	ENSGT00950000182919.B.a	ENSGT00390000009464 #36	ENSGT00530000063335.B.a.a #37
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000162648	ENSGT00940000160804	ENSGT00940000161919 #8	ENSGT00940000159107 #9	ENSGT00940000160166 #10	ENSGT00940000158417.b #13	ENSGT00940000157243 #12	ENSGT00950000182904.a.a.a #14	ENSGT00390000014801 #15	ENSGT00940000162147 #16	ENSGT00530000063948.a #17	ENSGT00950000182870.a.a.b #18	ENSGT00950000182971.B.b.d ##19	ENSGT00390000007266 #20	ENSGT00390000002996 #21	ENSGT00940000160219 #22	ENSGT00940000153269.a.a #23	ENSGT00940000153269.a.b #24	ENSGT00940000159822 #25	ENSGT00940000162071 #26	ENSGT00940000161355 #27	ENSGT00940000159919 #28	ENSGT00390000007801 #29	ENSGT00390000008892 #30	ENSGT00390000003552.bb #31	ENSGT00940000158021 #32	ENSGT00710000106874 #33	ENSGT00940000159283.d #34	ENSGT00950000182919.B.a	ENSGT00390000009464 #36	ENSGT00530000063335.B.a.a #37
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000162648	ENSGT00940000160804	ENSGT00940000161919 #8	ENSGT00940000159107 #9	ENSGT00940000160166 #10	ENSGT00940000158417.b #13	ENSGT00940000157243 #12	ENSGT00950000182904.a.a.a #14	ENSGT00390000014801 #15	ENSGT00940000162147 #16	ENSGT00530000063948.a #17	ENSGT00950000182870.a.a.b #18	ENSGT00950000182971.B.b.d ##19	ENSGT00390000007266 #20	ENSGT00390000002996 #21	ENSGT00940000160219 #22	ENSGT00940000153269.a.a #23	ENSGT00940000153269.a.b #24	ENSGT00940000159822 #25	ENSGT00940000162071 #26	ENSGT00940000161355 #27	ENSGT00940000159919 #28	ENSGT00390000007801 #29	ENSGT00390000008892 #30	ENSGT00390000003552.bb #31	ENSGT00940000158021 #32	ENSGT00710000106874 #33	ENSGT00940000159283.d #34	ENSGT00950000182919.B.a	ENSGT00390000009464 #36	ENSGT00530000063335.B.a.a #37
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	309		AQP10 (ENSUPAG00010001134)	ATP8B2 (ENSUPAG00010001155)	IL6R (ENSUPAG00010001257) #8	SHE (ENSUPAG00010001269) #9	UBE2Q1 (ENSUPAG00010001277) #10	CHRNB2 (ENSUPAG00010001320) #13	ADAR (ENSUPAG00010001332) #12	KCNN3 (ENSUPAG00010001493) #14	PMVK (ENSUPAG00010001530) #15	PBXIP1 (ENSUPAG00010001559) #16	SHC1 (ENSUPAG00010001609) #18	CKS1B (ENSUPAG00010001700) ##19	FLAD1 (ENSUPAG00010001711) #20	LENEP (ENSUPAG00010001741) #21	ZBTB7B (ENSUPAG00010001747) #22	DCST2 (ENSUPAG00010001777) #23	ENSUPAG00010001807 #24	ENSUPAG00010001826 #24	ADAM15 (ENSUPAG00010001848) #25	EFNA4 (ENSUPAG00010002055) #26	EFNA3 (ENSUPAG00010002066) #27	EFNA1 (ENSUPAG00010002094) #28	SLC50A1 (ENSUPAG00010002119) #29	DPM3 (ENSUPAG00010002136) #30	ENSUPAG00010002150 #31	TRIM46 (ENSUPAG00010002170) #32	ENSUPAG00010002228 #33	THBS3 (ENSUPAG00010002468) #34	MTX1 (ENSUPAG00010002540)	GBA1 (ENSUPAG00010002556) #36
Squirrel	MODERN SPECIES	180	HAX1 (ENSSTOG00000014614)	AQP10 (ENSSTOG00000014619)	ATP8B2 (ENSSTOG00000014623)	IL6R (ENSSTOG00000009285) #8	SHE (ENSSTOG00000009301) #9	UBE2Q1 (ENSSTOG00000003400) #10	CHRNB2 (ENSSTOG00000026442) #13	ADAR (ENSSTOG00000014151) #12	KCNN3 (ENSSTOG00000026978) #14	PMVK (ENSSTOG00000003639) #15	PBXIP1 (ENSSTOG00000026941) #16	PYGO2 (ENSSTOG00000000053) #17	SHC1 (ENSSTOG00000000050) #18	CKS1B (ENSSTOG00000031911) ##19	FLAD1 (ENSSTOG00000000055) #20	ZBTB7B (ENSSTOG00000020089) #22	DCST2 (ENSSTOG00000008698) #23	DCST1 (ENSSTOG00000008715) #24	ADAM15 (ENSSTOG00000008740) #25	EFNA4 (ENSSTOG00000021709) #26	EFNA3 (ENSSTOG00000008799) #27	EFNA1 (ENSSTOG00000008809) #28	SLC50A1 (ENSSTOG00000008817) #29	DPM3 (ENSSTOG00000008825) #30	KRTCAP2 (ENSSTOG00000008829) #31	TRIM46 (ENSSTOG00000008841) #32	ENSSTOG00000029509 #33	THBS3 (ENSSTOG00000008887) #34	ENSSTOG00000008910 #35	GBA1 (ENSSTOG00000008919) #36	ENTREP3 (ENSSTOG00000025508) #37
Alpin marmot	MODERN SPECIES	85	ATP8B2 (ENSMMMG00000017287)	IL6R (ENSMMMG00000017215) #8	SHE (ENSMMMG00000017208) #9	UBE2Q1 (ENSMMMG00000017197) #10	CHRNB2 (ENSMMMG00000017189) #13	ADAR (ENSMMMG00000017145) #12	ENSMMMG00000017139	KCNN3 (ENSMMMG00000017128) #14	ENSMMMG00000017115 #15	PBXIP1 (ENSMMMG00000017093) #16	PYGO2 (ENSMMMG00000017091) #17	ENSMMMG00000017079 #18	CKS1B (ENSMMMG00000017070) #19	FLAD1 (ENSMMMG00000017050) #20	LENEP (ENSMMMG00000017045) #21	ZBTB7B (ENSMMMG00000017026) #22	DCST1 (ENSMMMG00000017018) #24	ADAM15 (ENSMMMG00000015844) #25	EFNA4 (ENSMMMG00000015820) #26	EFNA3 (ENSMMMG00000015792) #27	EFNA1 (ENSMMMG00000015766) #28	SLC50A1 (ENSMMMG00000015731) #29	DPM3 (ENSMMMG00000015719) #30	ENSMMMG00000015696 #31	TRIM46 (ENSMMMG00000015651) #32	ENSMMMG00000014725 #33	THBS3 (ENSMMMG00000014667) #34	MTX1 (ENSMMMG00000014655)	GBA1 (ENSMMMG00000014631) #36	ENTREP3 (ENSMMMG00000014536) #37	SCAMP3 (ENSMMMG00000014515)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		AQP10 (ENSSVLG00005014066)	ATP8B2 (ENSSVLG00005014269)	IL6R (ENSSVLG00005014351) #8	SHE (ENSSVLG00005014400) #9	UBE2Q1 (ENSSVLG00005014507) #10	CHRNB2 (ENSSVLG00005014638) #13	ADAR (ENSSVLG00005014799) #12	KCNN3 (ENSSVLG00005015083) #14	PMVK (ENSSVLG00005015430) #15	PBXIP1 (ENSSVLG00005015475) #16	PYGO2 (ENSSVLG00005015559) #17	SHC1 (ENSSVLG00005015630) #18	CKS1B (ENSSVLG00005015746) #19	FLAD1 (ENSSVLG00005015823) #20	LENEP (ENSSVLG00005015903) #21	ZBTB7B (ENSSVLG00005015921) #22	DCST1 (ENSSVLG00005016134) #24	ADAM15 (ENSSVLG00005016482) #25	EFNA4 (ENSSVLG00005016889) #26	EFNA3 (ENSSVLG00005016936) #27	EFNA1 (ENSSVLG00005017029) #28	SLC50A1 (ENSSVLG00005017180) #29	DPM3 (ENSSVLG00005017368) #30	KRTCAP2 (ENSSVLG00005017390) #31	TRIM46 (ENSSVLG00005017476) #32	ENSSVLG00005017601 #33	THBS3 (ENSSVLG00005018184) #34	MTX1 (ENSSVLG00005018322)	GBA1 (ENSSVLG00005018563) #36	ENTREP3 (ENSSVLG00005019439) #37	SCAMP3 (ENSSVLG00005019647)