Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00440000038370 #7	ENSGT00440000034248 #8	ENSGT00940000156758 #9	ENSGT01090000260061.c.b #10	ENSGT00820000127055.a #11	ENSGT00940000157915 #12	ENSGT00940000156538 #13	ENSGT00940000157119 #14	ENSGT00940000153576.c.b #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #17	ENSGT00390000015210 #18	ENSGT01010000222313.B.b #19	ENSGT00930000151039 #20	ENSGT00940000158386 #21	ENSGT00940000158112 #22	ENSGT00730000111079 #23	ENSGT00390000012403 #24	ENSGT00940000157112 #25	ENSGT00940000153694.A #26	ENSGT00390000003541	ENSGT00940000161725 #27	ENSGT00940000155300 #28	ENSGT00550000075026 #29	ENSGT00940000153195.A #30	ENSGT00940000159315 #31	ENSGT00510000048287 #32	ENSGT00390000016694 #33	ENSGT00940000155039 #34	ENSGT00390000012485.a.b #35	ENSGT00430000031027.b #36
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00440000038370 #7	ENSGT00440000034248 #8	ENSGT00940000156758 #9	ENSGT01090000260061.c.b #10	ENSGT00820000127055.a #11	ENSGT00940000157915 #12	ENSGT00940000156538 #13	ENSGT00940000157119 #14	ENSGT00940000153576.c.b #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #17	ENSGT00390000015210 #18	ENSGT01010000222313.B.b #19	ENSGT00930000151039 #20	ENSGT00940000158386 #21	ENSGT00940000158112 #22	ENSGT00730000111079 #23	ENSGT00390000012403 #24	ENSGT00940000157112 #25	ENSGT00940000153694.A #26	ENSGT00390000003541	ENSGT00940000161725 #27	ENSGT00940000155300 #28	ENSGT00550000075026 #29	ENSGT00940000153195.A #30	ENSGT00940000159315 #31	ENSGT00510000048287 #32	ENSGT00390000016694 #33	ENSGT00940000155039 #34	ENSGT00390000012485.a.b #35	ENSGT00430000031027.b #36
Guinea pig	MODERN SPECIES	32	ENSCPOG00000036703 #7	RPH3AL (ENSCPOG00000001101) #8	DOC2B (ENSCPOG00000024219) #9	YWHAE (ENSCPOG00000034635) #10	CRK (ENSCPOG00000006877) #11	MYO1C (ENSCPOG00000019415) #12	INPP5K (ENSCPOG00000006879) #13	PITPNA (ENSCPOG00000036950) #14	SLC43A2 (ENSCPOG00000010361) #15	SCARF1 (ENSCPOG00000010362) #16	RILP (ENSCPOG00000010367) #17	PRPF8 (ENSCPOG00000010379) #18	TLCD2 (ENSCPOG00000034754) #19	WDR81 (ENSCPOG00000012041) #20	SERPINF2 (ENSCPOG00000033575) #21	SERPINF1 (ENSCPOG00000010415) #22	SMYD4 (ENSCPOG00000006737) #23	RPA1 (ENSCPOG00000000035) #24	RTN4RL1 (ENSCPOG00000032205) #25	DPH1 (ENSCPOG00000027259) #26	HIC1 (ENSCPOG00000020382) #27	SMG6 (ENSCPOG00000014878) #28	SRR (ENSCPOG00000014830) #29	TSR1 (ENSCPOG00000014833) #30	SGSM2 (ENSCPOG00000014836) #31	MNT (ENSCPOG00000038090) #32	METTL16 (ENSCPOG00000014842) #33	PAFAH1B1 (ENSCPOG00000014648) #34	CLUH (ENSCPOG00000006203) #35	CCDC92B (ENSCPOG00000036100) #36	RAP1GAP2 (ENSCPOG00000000079) #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00440000038370 #7	ENSGT00440000034248 #8	ENSGT00940000156758 #9	ENSGT01090000260061.c.b #10	ENSGT00820000127055.a #11	ENSGT00940000157915 #12	ENSGT00940000156538 #13	ENSGT00940000157119 #14	ENSGT00940000153576.c.b #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #17	ENSGT00390000015210 #18	ENSGT01010000222313.B.b #19	ENSGT00930000151039 #20	ENSGT00940000158386 #21	ENSGT00940000158112 #22	ENSGT00730000111079 #23	ENSGT00390000012403 #24	ENSGT00940000157112 #25	ENSGT00940000153694.A #26	ENSGT00390000003541	ENSGT00940000161725 #27	ENSGT00940000155300 #28	ENSGT00550000075026 #29	ENSGT00940000153195.A #30	ENSGT00940000159315 #31	ENSGT00510000048287 #32	ENSGT00390000016694 #33	ENSGT00940000155039 #34	ENSGT00390000012485.a.b #35	ENSGT00430000031027.b #36
Degu	MODERN SPECIES	113	DOC2B (ENSODEG00000008870) #9	CRK (ENSODEG00000008440) #11	MYO1C (ENSODEG00000013058) #12	INPP5K (ENSODEG00000008941) #13	ENSODEG00000019549	PITPNA (ENSODEG00000008726) #14	SLC43A2 (ENSODEG00000007969) #15	ENSODEG00000011524	SCARF1 (ENSODEG00000007941) #16	RILP (ENSODEG00000007913) #17	PRPF8 (ENSODEG00000008468) #18	ENSODEG00000008070	TLCD2 (ENSODEG00000007786) #19	WDR81 (ENSODEG00000009088) #20	SERPINF2 (ENSODEG00000008213) #21	SERPINF1 (ENSODEG00000008415) #22	SMYD4 (ENSODEG00000008338) #23	RPA1 (ENSODEG00000009038) #24	RTN4RL1 (ENSODEG00000008212) #25	DPH1 (ENSODEG00000008054) #26	HIC1 (ENSODEG00000007964) #27	SMG6 (ENSODEG00000008038) #28	SRR (ENSODEG00000009767) #29	TSR1 (ENSODEG00000007910) #30	SGSM2 (ENSODEG00000009027) #31	MNT (ENSODEG00000008604) #32	ENSODEG00000007580 #33	ENSODEG00000008664	PAFAH1B1 (ENSODEG00000008518) #34	CLUH (ENSODEG00000009582) #35	CCDC92B (ENSODEG00000008587) #36
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	188	ENSCLAG00000005764 #7	RPH3AL (ENSCLAG00000004707) #8	DOC2B (ENSCLAG00000006834) #9	YWHAE (ENSCLAG00000006497) #10	CRK (ENSCLAG00000005975) #11	MYO1C (ENSCLAG00000006861) #12	INPP5K (ENSCLAG00000006255) #13	PITPNA (ENSCLAG00000005817) #14	SLC43A2 (ENSCLAG00000008904) #15	SCARF1 (ENSCLAG00000007850) #16	RILP (ENSCLAG00000005570) #17	PRPF8 (ENSCLAG00000004388) #18	TLCD2 (ENSCLAG00000006248) #19	WDR81 (ENSCLAG00000006184) #20	SERPINF2 (ENSCLAG00000005418) #21	SERPINF1 (ENSCLAG00000004364) #22	SMYD4 (ENSCLAG00000007096) #23	ENSCLAG00000005185 #24	RTN4RL1 (ENSCLAG00000009730) #25	DPH1 (ENSCLAG00000009284) #26	OVCA2 (ENSCLAG00000008500)	HIC1 (ENSCLAG00000008072) #27	SMG6 (ENSCLAG00000006748) #28	TSR1 (ENSCLAG00000005567) #30	SRR (ENSCLAG00000013435) #29	SGSM2 (ENSCLAG00000004992) #31	MNT (ENSCLAG00000006689) #32	METTL16 (ENSCLAG00000008271) #33	ENSCLAG00000006909	PAFAH1B1 (ENSCLAG00000005545) #34	CLUH (ENSCLAG00000010419) #35
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	12	ENSHGLG00000013336 #10	ENSHGLG00000010404 #11	ENSHGLG00000010621	ENSHGLG00000012291 #12	INPP5K (ENSHGLG00000009859) #13	PITPNA (ENSHGLG00000018107) #14	ENSHGLG00000043589	SLC43A2 (ENSHGLG00000006362) #15	SCARF1 (ENSHGLG00000007269) #16	RILP (ENSHGLG00000009632) #17	PRPF8 (ENSHGLG00000012029) #18	ENSHGLG00000036476 #20	SERPINF2 (ENSHGLG00000006598) #21	ENSHGLG00000048635	ENSHGLG00000032927	SERPINF1 (ENSHGLG00000008614) #22	SMYD4 (ENSHGLG00000010971) #23	ENSHGLG00000007504	RPA1 (ENSHGLG00000008846) #24	RTN4RL1 (ENSHGLG00000045207) #25	DPH1 (ENSHGLG00000010101) #26	OVCA2 (ENSHGLG00000042324)	SMG6 (ENSHGLG00000012882) #28	ENSHGLG00000037437	SRR (ENSHGLG00000011426) #29	ENSHGLG00000012806 #30	SGSM2 (ENSHGLG00000016248) #31	MNT (ENSHGLG00000016400) #32	ENSHGLG00000016522 #33	ENSHGLG00000018640 #34	CLUH (ENSHGLG00000017925) #35