Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00440000038370	ENSGT00440000034248 #7	ENSGT00940000156758 #8	ENSGT01090000260061.c.b #10	ENSGT00820000127055.a #11	ENSGT00940000157915 #12	ENSGT00940000156538 #13	ENSGT00940000157119 #14	ENSGT00940000153576.c.b #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #17	ENSGT00390000015210 #19	ENSGT01010000222313.B.b	ENSGT00930000151039 #20	ENSGT00940000158386 #21	ENSGT00940000158112 #22	ENSGT00730000111079 #23	ENSGT00390000012403 #25	ENSGT00940000157112 #26	ENSGT00940000153694.A #27	ENSGT00390000003541 #28	ENSGT00940000161725	ENSGT00940000155300 #29	ENSGT00550000075026 #30	ENSGT00940000153195.A #31	ENSGT00940000159315 #32	ENSGT00510000048287 #33	ENSGT00390000016694 #34	ENSGT00940000155039 #35	ENSGT00390000012485.a.b #36	ENSGT00430000031027.b
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000016836.b.c	ENSGT00440000038370	ENSGT00440000034248 #7	ENSGT00940000156758 #8	ENSGT01090000260061.c.b #10	ENSGT00820000127055.a #11	ENSGT00940000157915 #12	ENSGT00940000156538 #13	ENSGT00940000157119 #14	ENSGT00940000153576.c.b #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #17	ENSGT00390000015210 #19	ENSGT00930000151039 #20	ENSGT00940000158386 #21	ENSGT00940000158112 #22	ENSGT00730000111079 #23	ENSGT00390000012403 #25	ENSGT00940000157112 #26	ENSGT00940000153694.A #27	ENSGT00390000003541 #28	ENSGT00940000161725	ENSGT00940000155300 #29	ENSGT00550000075026 #30	ENSGT00940000153195.A #31	ENSGT00940000159315 #32	ENSGT00510000048287 #33	ENSGT00390000016694 #34	ENSGT00940000155039 #35	ENSGT00390000012485.a.b #36	ENSGT00940000160935 #37
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00440000038370	ENSGT00440000034248 #7	ENSGT00940000156758 #8	ENSGT01090000260061.c.b #10	ENSGT00820000127055.a #11	ENSGT00940000157915 #12	ENSGT00940000156538 #13	ENSGT00940000157119 #14	ENSGT00940000153576.c.b #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #17	ENSGT01060000250243 #18	ENSGT00390000015210 #19	ENSGT00930000151039 #20	ENSGT00940000158386 #21	ENSGT00940000158112 #22	ENSGT00730000111079 #23	ENSGT00390000012403 #25	ENSGT00940000157112 #26	ENSGT00940000153694.A #27	ENSGT00390000003541 #28	ENSGT00940000161725	ENSGT00940000155300 #29	ENSGT00550000075026 #30	ENSGT00940000153195.A #31	ENSGT00940000159315 #32	ENSGT00510000048287 #33	ENSGT00390000016694 #34	ENSGT00940000155039 #35	ENSGT00390000012485.a.b #36	ENSGT00940000160935 #37
Alpin marmot	MODERN SPECIES	71	RPH3AL (ENSMMMG00000024134) #7	ENSMMMG00000024133 #8	ENSMMMG00000024132 #9	ENSMMMG00000024131 #10	CRK (ENSMMMG00000024130) #11	MYO1C (ENSMMMG00000024129) #12	INPP5K (ENSMMMG00000024128) #13	PITPNA (ENSMMMG00000024127) #14	SLC43A2 (ENSMMMG00000024126) #15	SCARF1 (ENSMMMG00000024125) #16	RILP (ENSMMMG00000024124) #17	ENSMMMG00000024123 #18	PRPF8 (ENSMMMG00000024122) #19	WDR81 (ENSMMMG00000024120) #20	SERPINF2 (ENSMMMG00000024119) #21	SERPINF1 (ENSMMMG00000024117) #22	SMYD4 (ENSMMMG00000024116) #23	ENSMMMG00000024115 #24	RPA1 (ENSMMMG00000024114) #25	RTN4RL1 (ENSMMMG00000024113) #26	DPH1 (ENSMMMG00000024112) #27	OVCA2 (ENSMMMG00000024111) #28	SMG6 (ENSMMMG00000024106) #29	SRR (ENSMMMG00000024105) #30	TSR1 (ENSMMMG00000024102) #31	SGSM2 (ENSMMMG00000024101) #32	MNT (ENSMMMG00000024100) #33	METTL16 (ENSMMMG00000024098) #34	PAFAH1B1 (ENSMMMG00000024097) #35	CLUH (ENSMMMG00000024096) #36	RAP1GAP2 (ENSMMMG00000024095) #37
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00440000038370	ENSGT00440000034248 #7	ENSGT00940000156758 #8	ENSGT01090000260061.c.b #10	ENSGT00820000127055.a #11	ENSGT00940000157915 #12	ENSGT00940000156538 #13	ENSGT00940000157119 #14	ENSGT00940000153576.c.b #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #17	ENSGT01060000250243 #18	ENSGT00390000015210 #19	ENSGT00930000151039 #20	ENSGT00940000158386 #21	ENSGT00940000158112 #22	ENSGT00730000111079 #23	ENSGT00390000012403 #25	ENSGT00940000157112 #26	ENSGT00940000153694.A #27	ENSGT00390000003541 #28	ENSGT00940000161725	ENSGT00940000155300 #29	ENSGT00550000075026 #30	ENSGT00940000153195.A #31	ENSGT00940000159315 #32	ENSGT00510000048287 #33	ENSGT00390000016694 #34	ENSGT00940000155039 #35	ENSGT00390000012485.a.b #36	ENSGT00940000160935 #37
Squirrel	MODERN SPECIES	138	ENSSTOG00000028488	ENSSTOG00000016417	RPH3AL (ENSSTOG00000009699) #7	DOC2B (ENSSTOG00000022315) #8	YWHAE (ENSSTOG00000005084) #10	CRK (ENSSTOG00000005107) #11	MYO1C (ENSSTOG00000005117) #12	INPP5K (ENSSTOG00000005020) #13	PITPNA (ENSSTOG00000005039) #14	SLC43A2 (ENSSTOG00000005056) #15	SCARF1 (ENSSTOG00000005074) #16	RILP (ENSSTOG00000033473) #17	PRPF8 (ENSSTOG00000005128) #19	WDR81 (ENSSTOG00000027982) #20	SERPINF2 (ENSSTOG00000005240) #21	SERPINF1 (ENSSTOG00000022726) #22	SMYD4 (ENSSTOG00000003588) #23	RPA1 (ENSSTOG00000022475) #25	RTN4RL1 (ENSSTOG00000003608) #26	DPH1 (ENSSTOG00000027477) #27	OVCA2 (ENSSTOG00000022267) #28	HIC1 (ENSSTOG00000011792)	SMG6 (ENSSTOG00000028127) #29	ENSSTOG00000011814 #30	TSR1 (ENSSTOG00000011819) #31	SGSM2 (ENSSTOG00000011842) #32	MNT (ENSSTOG00000026802) #33	METTL16 (ENSSTOG00000011876) #34	ENSSTOG00000033813	PAFAH1B1 (ENSSTOG00000002516) #35	CLUH (ENSSTOG00000011149) #36
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	63	ENSUPAG00010018334	ENSUPAG00010018332	RPH3AL (ENSUPAG00010018306) #7	DOC2B (ENSUPAG00010018288) #8	YWHAE (ENSUPAG00010018271) #10	CRK (ENSUPAG00010018266) #11	MYO1C (ENSUPAG00010018200) #12	INPP5K (ENSUPAG00010018169) #13	PITPNA (ENSUPAG00010018150) #14	SLC43A2 (ENSUPAG00010018128) #15	SCARF1 (ENSUPAG00010018115) #16	RILP (ENSUPAG00010018108) #17	ENSUPAG00010018103 #18	PRPF8 (ENSUPAG00010018046) #19	WDR81 (ENSUPAG00010018006) #20	SERPINF1 (ENSUPAG00010017988) #22	SMYD4 (ENSUPAG00010017974) #23	ENSUPAG00010017972	RPA1 (ENSUPAG00010017924) #25	RTN4RL1 (ENSUPAG00010017921) #26	OVCA2 (ENSUPAG00010017915) #28	DPH1 (ENSUPAG00010017906) #27	HIC1 (ENSUPAG00010017894)	ENSUPAG00010017881	SMG6 (ENSUPAG00010017845) #29	SRR (ENSUPAG00010017759) #30	TSR1 (ENSUPAG00010017745) #31	SGSM2 (ENSUPAG00010017702) #32	MNT (ENSUPAG00010017698) #33	ENSUPAG00010017691 #34	ENSUPAG00010017687 #34
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	VPS53 (ENSSVLG00005013330)	ENSSVLG00005013219	RPH3AL (ENSSVLG00005013122) #7	DOC2B (ENSSVLG00005012910) #8	ENSSVLG00005012733 #10	ENSSVLG00005012645 #11	MYO1C (ENSSVLG00005012175) #12	INPP5K (ENSSVLG00005012049) #13	PITPNA (ENSSVLG00005011975) #14	SLC43A2 (ENSSVLG00005011913) #15	SCARF1 (ENSSVLG00005011602) #16	RILP (ENSSVLG00005011460) #17	PRPF8 (ENSSVLG00005011009) #19	WDR81 (ENSSVLG00005010792) #20	SERPINF2 (ENSSVLG00005023173) #21	SERPINF1 (ENSSVLG00005023118) #22	SMYD4 (ENSSVLG00005023078) #23	RPA1 (ENSSVLG00005023051) #25	RTN4RL1 (ENSSVLG00005023024) #26	OVCA2 (ENSSVLG00005022996) #28	DPH1 (ENSSVLG00005022854) #27	HIC1 (ENSSVLG00005022808)	ENSSVLG00005022775 #29	ENSSVLG00005022753 #30	TSR1 (ENSSVLG00005022634) #31	SGSM2 (ENSSVLG00005022490) #32	MNT (ENSSVLG00005022422) #33	METTL16 (ENSSVLG00005022397) #34	PAFAH1B1 (ENSSVLG00005022275) #35	CLUH (ENSSVLG00005022173) #36	ENSSVLG00005022112
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00440000038370	ENSGT00440000034248 #7	ENSGT00940000156758 #8	ENSGT01090000260061.c.b #10	ENSGT00820000127055.a #11	ENSGT00940000157915 #12	ENSGT00940000156538 #13	ENSGT00940000157119 #14	ENSGT00940000153576.c.b #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #17	ENSGT00390000015210 #19	ENSGT01010000222313.B.b	ENSGT00930000151039 #20	ENSGT00940000158386 #21	ENSGT00940000158112 #22	ENSGT00730000111079 #23	ENSGT00390000012403 #25	ENSGT00940000157112 #26	ENSGT00940000153694.A #27	ENSGT00390000003541 #28	ENSGT00940000161725	ENSGT00940000155300 #29	ENSGT00550000075026 #30	ENSGT00940000153195.A #31	ENSGT00940000159315 #32	ENSGT00510000048287 #33	ENSGT00390000016694 #34	ENSGT00940000155039 #35	ENSGT00390000012485.a.b #36	ENSGT00430000031027.b
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	12	ENSHGLG00000013336 #10	ENSHGLG00000010404 #11	ENSHGLG00000010621	ENSHGLG00000012291 #12	INPP5K (ENSHGLG00000009859) #13	PITPNA (ENSHGLG00000018107) #14	ENSHGLG00000043589	SLC43A2 (ENSHGLG00000006362) #15	SCARF1 (ENSHGLG00000007269) #16	RILP (ENSHGLG00000009632) #17	PRPF8 (ENSHGLG00000012029) #19	ENSHGLG00000036476 #20	SERPINF2 (ENSHGLG00000006598) #21	ENSHGLG00000048635	ENSHGLG00000032927	SERPINF1 (ENSHGLG00000008614) #22	SMYD4 (ENSHGLG00000010971) #23	ENSHGLG00000007504	RPA1 (ENSHGLG00000008846) #25	RTN4RL1 (ENSHGLG00000045207) #26	DPH1 (ENSHGLG00000010101) #27	OVCA2 (ENSHGLG00000042324) #28	SMG6 (ENSHGLG00000012882) #29	ENSHGLG00000037437	SRR (ENSHGLG00000011426) #30	ENSHGLG00000012806 #31	SGSM2 (ENSHGLG00000016248) #32	MNT (ENSHGLG00000016400) #33	ENSHGLG00000016522 #34	ENSHGLG00000018640 #35	CLUH (ENSHGLG00000017925) #36
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00440000038370	ENSGT00440000034248 #7	ENSGT00940000156758 #8	ENSGT01090000260061.c.b #10	ENSGT00820000127055.a #11	ENSGT00940000157915 #12	ENSGT00940000156538 #13	ENSGT00940000157119 #14	ENSGT00940000153576.c.b #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #17	ENSGT00390000015210 #19	ENSGT01010000222313.B.b	ENSGT00930000151039 #20	ENSGT00940000158386 #21	ENSGT00940000158112 #22	ENSGT00730000111079 #23	ENSGT00390000012403 #25	ENSGT00940000157112 #26	ENSGT00940000153694.A #27	ENSGT00390000003541 #28	ENSGT00940000161725	ENSGT00940000155300 #29	ENSGT00550000075026 #30	ENSGT00940000153195.A #31	ENSGT00940000159315 #32	ENSGT00510000048287 #33	ENSGT00390000016694 #34	ENSGT00940000155039 #35	ENSGT00390000012485.a.b #36	ENSGT00430000031027.b
Guinea pig	MODERN SPECIES	32	ENSCPOG00000036703	RPH3AL (ENSCPOG00000001101) #7	DOC2B (ENSCPOG00000024219) #8	YWHAE (ENSCPOG00000034635) #10	CRK (ENSCPOG00000006877) #11	MYO1C (ENSCPOG00000019415) #12	INPP5K (ENSCPOG00000006879) #13	PITPNA (ENSCPOG00000036950) #14	SLC43A2 (ENSCPOG00000010361) #15	SCARF1 (ENSCPOG00000010362) #16	RILP (ENSCPOG00000010367) #17	PRPF8 (ENSCPOG00000010379) #19	TLCD2 (ENSCPOG00000034754)	WDR81 (ENSCPOG00000012041) #20	SERPINF2 (ENSCPOG00000033575) #21	SERPINF1 (ENSCPOG00000010415) #22	SMYD4 (ENSCPOG00000006737) #23	RPA1 (ENSCPOG00000000035) #25	RTN4RL1 (ENSCPOG00000032205) #26	DPH1 (ENSCPOG00000027259) #27	HIC1 (ENSCPOG00000020382)	SMG6 (ENSCPOG00000014878) #29	SRR (ENSCPOG00000014830) #30	TSR1 (ENSCPOG00000014833) #31	SGSM2 (ENSCPOG00000014836) #32	MNT (ENSCPOG00000038090) #33	METTL16 (ENSCPOG00000014842) #34	PAFAH1B1 (ENSCPOG00000014648) #35	CLUH (ENSCPOG00000006203) #36	CCDC92B (ENSCPOG00000036100)	RAP1GAP2 (ENSCPOG00000000079) #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00440000038370	ENSGT00440000034248 #7	ENSGT00940000156758 #8	ENSGT01090000260061.c.b #10	ENSGT00820000127055.a #11	ENSGT00940000157915 #12	ENSGT00940000156538 #13	ENSGT00940000157119 #14	ENSGT00940000153576.c.b #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #17	ENSGT00390000015210 #19	ENSGT01010000222313.B.b	ENSGT00930000151039 #20	ENSGT00940000158386 #21	ENSGT00940000158112 #22	ENSGT00730000111079 #23	ENSGT00390000012403 #25	ENSGT00940000157112 #26	ENSGT00940000153694.A #27	ENSGT00390000003541 #28	ENSGT00940000161725	ENSGT00940000155300 #29	ENSGT00550000075026 #30	ENSGT00940000153195.A #31	ENSGT00940000159315 #32	ENSGT00510000048287 #33	ENSGT00390000016694 #34	ENSGT00940000155039 #35	ENSGT00390000012485.a.b #36	ENSGT00430000031027.b
Degu	MODERN SPECIES	113	DOC2B (ENSODEG00000008870) #8	CRK (ENSODEG00000008440) #11	MYO1C (ENSODEG00000013058) #12	INPP5K (ENSODEG00000008941) #13	ENSODEG00000019549	PITPNA (ENSODEG00000008726) #14	SLC43A2 (ENSODEG00000007969) #15	ENSODEG00000011524	SCARF1 (ENSODEG00000007941) #16	RILP (ENSODEG00000007913) #17	PRPF8 (ENSODEG00000008468) #19	ENSODEG00000008070	TLCD2 (ENSODEG00000007786)	WDR81 (ENSODEG00000009088) #20	SERPINF2 (ENSODEG00000008213) #21	SERPINF1 (ENSODEG00000008415) #22	SMYD4 (ENSODEG00000008338) #23	RPA1 (ENSODEG00000009038) #25	RTN4RL1 (ENSODEG00000008212) #26	DPH1 (ENSODEG00000008054) #27	HIC1 (ENSODEG00000007964)	SMG6 (ENSODEG00000008038) #29	SRR (ENSODEG00000009767) #30	TSR1 (ENSODEG00000007910) #31	SGSM2 (ENSODEG00000009027) #32	MNT (ENSODEG00000008604) #33	ENSODEG00000007580 #34	ENSODEG00000008664	PAFAH1B1 (ENSODEG00000008518) #35	CLUH (ENSODEG00000009582) #36	CCDC92B (ENSODEG00000008587)
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	188	ENSCLAG00000005764	RPH3AL (ENSCLAG00000004707) #7	DOC2B (ENSCLAG00000006834) #8	YWHAE (ENSCLAG00000006497) #10	CRK (ENSCLAG00000005975) #11	MYO1C (ENSCLAG00000006861) #12	INPP5K (ENSCLAG00000006255) #13	PITPNA (ENSCLAG00000005817) #14	SLC43A2 (ENSCLAG00000008904) #15	SCARF1 (ENSCLAG00000007850) #16	RILP (ENSCLAG00000005570) #17	PRPF8 (ENSCLAG00000004388) #19	TLCD2 (ENSCLAG00000006248)	WDR81 (ENSCLAG00000006184) #20	SERPINF2 (ENSCLAG00000005418) #21	SERPINF1 (ENSCLAG00000004364) #22	SMYD4 (ENSCLAG00000007096) #23	ENSCLAG00000005185 #25	RTN4RL1 (ENSCLAG00000009730) #26	DPH1 (ENSCLAG00000009284) #27	OVCA2 (ENSCLAG00000008500) #28	HIC1 (ENSCLAG00000008072)	SMG6 (ENSCLAG00000006748) #29	TSR1 (ENSCLAG00000005567) #31	SRR (ENSCLAG00000013435) #30	SGSM2 (ENSCLAG00000004992) #32	MNT (ENSCLAG00000006689) #33	METTL16 (ENSCLAG00000008271) #34	ENSCLAG00000006909	PAFAH1B1 (ENSCLAG00000005545) #35	CLUH (ENSCLAG00000010419) #36