Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000000481	ENSGT00940000156175	ENSGT00390000011176	ENSGT00940000155142 #7	ENSGT00940000157852 #8	ENSGT00390000002582 #9	ENSGT00940000157866 #10	ENSGT00940000157116 #13	ENSGT00940000155925 #14	ENSGT00390000014722 #15	ENSGT00550000074870.b #16	ENSGT00390000014996 #17	ENSGT00940000158294 #19	ENSGT00940000154014.a #20	ENSGT00440000033985 #21	ENSGT00390000011072 #22	ENSGT00390000011179 #24	ENSGT00940000154390.A.j #25	ENSGT00940000160915 #27	ENSGT00940000156732 #28	ENSGT00950000182926.b.c #29	ENSGT00940000158490 #30	ENSGT00940000158323 #31	ENSGT00390000006780 #32	ENSGT00940000161682 #33	ENSGT00950000182787.E.d.e.b #34	ENSGT00390000015164 #35	ENSGT00940000158973.b #36	ENSGT00940000158444 #37	ENSGT00860000135606	ENSGT00940000159904
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000000481	ENSGT00940000156175	ENSGT00390000011176	ENSGT00940000155142 #7	ENSGT00940000157852 #8	ENSGT00390000002582 #9	ENSGT00940000157866 #10	ENSGT00940000157116 #13	ENSGT00940000155925 #14	ENSGT00390000014722 #15	ENSGT00550000074870.b #16	ENSGT00390000014996 #17	ENSGT00940000158294 #19	ENSGT00940000154014.a #20	ENSGT00440000033985 #21	ENSGT00390000011072 #22	ENSGT00390000011179 #24	ENSGT00940000154390.A.j #25	ENSGT00940000160915 #27	ENSGT00940000156732 #28	ENSGT00950000182926.b.c #29	ENSGT00940000158490 #30	ENSGT00940000158323 #31	ENSGT00390000006780 #32	ENSGT00940000161682 #33	ENSGT00950000182787.E.d.e.b #34	ENSGT00390000015164 #35	ENSGT00940000158973.b #36	ENSGT00940000158444 #37	ENSGT00860000135606	ENSGT00940000159904
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	17	RALA (ENSSVLG00005004779) #7	ENSSVLG00005004818 #8	MPLKIP (ENSSVLG00005004837) #9	SUGCT (ENSSVLG00005004898) #10	ENSSVLG00005005063 #11	ENSSVLG00005005081 #12	INHBA (ENSSVLG00005005151) #13	GLI3 (ENSSVLG00005005178) #14	C7orf25 (ENSSVLG00005005209) #15	PSMA2 (ENSSVLG00005005237) #16	MRPL32 (ENSSVLG00005005303) #17	ENSSVLG00005005320 #18	HECW1 (ENSSVLG00005005468) #19	STK17A (ENSSVLG00005005990) #20	COA1 (ENSSVLG00005006028) #21	BLVRA (ENSSVLG00005006049) #22	ENSSVLG00005006086 #23	MRPS24 (ENSSVLG00005006180) #24	URGCP (ENSSVLG00005006226) #25	ENSSVLG00005006336 #26	UBE2D4 (ENSSVLG00005006358) #27	DBNL (ENSSVLG00005006493) #28	PGAM2 (ENSSVLG00005006699) #29	POLM (ENSSVLG00005006728) #30	AEBP1 (ENSSVLG00005006770) #31	POLD2 (ENSSVLG00005006846) #32	MYL7 (ENSSVLG00005006900) #33	GCK (ENSSVLG00005006971) #34	ENSSVLG00005007143 #35	CAMK2B (ENSSVLG00005007607) #36	NUDCD3 (ENSSVLG00005008781) #37
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00390000000481	ENSGT00940000156175	ENSGT00390000011176	ENSGT00940000155142 #7	ENSGT00940000157852 #8	ENSGT00390000002582 #9	ENSGT00940000157866 #10	ENSGT00940000157116 #13	ENSGT00940000155925 #14	ENSGT00390000014722 #15	ENSGT00550000074870.b #16	ENSGT00390000014996 #17	ENSGT00940000158294 #19	ENSGT00940000154014.a #20	ENSGT00960000189879	ENSGT00390000011072 #22	ENSGT00940000153505.a.a.c.a	ENSGT00390000011179 #24	ENSGT00940000154390.A.j #25	ENSGT00940000160915 #27	ENSGT00940000156732 #28	ENSGT00950000182926.b.c #29	ENSGT00940000158490 #30	ENSGT00940000158323 #31	ENSGT00390000006780 #32	ENSGT00940000161682 #33	ENSGT00950000182787.E.d.e.b #34	ENSGT00390000015164 #35	ENSGT00940000158973.b #36	ENSGT00940000158444 #37	ENSGT00860000135606
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000000481	ENSGT00940000156175	ENSGT00390000011176	ENSGT00940000155142 #7	ENSGT00940000157852 #8	ENSGT00390000002582 #9	ENSGT00940000157866 #10	ENSGT00940000157116 #13	ENSGT00940000155925 #14	ENSGT00390000014722 #15	ENSGT00550000074870.b #16	ENSGT00390000014996 #17	ENSGT00940000158294 #19	ENSGT00940000154014.a #20	ENSGT00960000189879	ENSGT00390000011072 #22	ENSGT00940000153505.a.a.c.a	ENSGT00390000011179 #24	ENSGT00940000154390.A.j #25	ENSGT00940000160915 #27	ENSGT00940000156732 #28	ENSGT00950000182926.b.c #29	ENSGT00940000158490 #30	ENSGT00940000158323 #31	ENSGT00390000006780 #32	ENSGT00940000161682 #33	ENSGT00950000182787.E.d.e.b #34	ENSGT00390000015164 #35	ENSGT00940000158973.b #36	ENSGT00940000158444 #37	ENSGT00860000135606
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	466										C7orf25 (ENSUPAG00010015664) #15	PSMA2 (ENSUPAG00010015674) ##16	MRPL32 (ENSUPAG00010015682) #17	HECW1 (ENSUPAG00010015687) #19	STK17A (ENSUPAG00010015724) #20	ENSUPAG00010015742	BLVRA (ENSUPAG00010015766) #22	ENSUPAG00010015783	MRPS24 (ENSUPAG00010015821) #24	URGCP (ENSUPAG00010015835) #25	UBE2D4 (ENSUPAG00010015863) #27	SLC5A1 (ENSUPAG00010015892)
Squirrel	MODERN SPECIES	78	AMPH (ENSSTOG00000012263)	VPS41 (ENSSTOG00000007343)	ENSSTOG00000023336	YAE1 (ENSSTOG00000023547)	RALA (ENSSTOG00000020292) #7	CDK13 (ENSSTOG00000022568) #8	MPLKIP (ENSSTOG00000026468) #9	SUGCT (ENSSTOG00000011998) #10	ENSSTOG00000034121 #13	GLI3 (ENSSTOG00000020844) #14	C7orf25 (ENSSTOG00000027844) #15	PSMA2 (ENSSTOG00000013334) #16	MRPL32 (ENSSTOG00000013340) #17	HECW1 (ENSSTOG00000016043) #19	STK17A (ENSSTOG00000026139) #20	BLVRA (ENSSTOG00000021499) #22	MRPS24 (ENSSTOG00000032907) #24	URGCP (ENSSTOG00000010637) #25	UBE2D4 (ENSSTOG00000002630) #27	DBNL (ENSSTOG00000002644) #28	PGAM2 (ENSSTOG00000008573) #29	POLM (ENSSTOG00000002662) #30	AEBP1 (ENSSTOG00000002677) #31	POLD2 (ENSSTOG00000002713) #32	MYL7 (ENSSTOG00000002725) #33	GCK (ENSSTOG00000002740) #34	YKT6 (ENSSTOG00000000448) #35	CAMK2B (ENSSTOG00000000450) #36	NUDCD3 (ENSSTOG00000000456) #37	ENSSTOG00000031145	NPC1L1 (ENSSTOG00000020879)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	26	MPLKIP (ENSMMMG00000012038) #9	SUGCT (ENSMMMG00000012046) #10	INHBA (ENSMMMG00000012059) #13	GLI3 (ENSMMMG00000012080) #14	ENSMMMG00000012105	ENSMMMG00000012111	ENSMMMG00000012115	C7orf25 (ENSMMMG00000012127) #15	PSMA2 (ENSMMMG00000012134) #16	MRPL32 (ENSMMMG00000012145) #17	ENSMMMG00000012152	HECW1 (ENSMMMG00000012160) #19	ENSMMMG00000012200	STK17A (ENSMMMG00000012208) #20	ENSMMMG00000012217	BLVRA (ENSMMMG00000012252) #22	ENSMMMG00000012270	MRPS24 (ENSMMMG00000012279) #24	URGCP (ENSMMMG00000012282) #25	ENSMMMG00000012291 #27	DBNL (ENSMMMG00000012313) #28	PGAM2 (ENSMMMG00000012371) #29	POLM (ENSMMMG00000012375) #30	ENSMMMG00000012394 #31	POLD2 (ENSMMMG00000012436) #32	MYL7 (ENSMMMG00000012448) #33	GCK (ENSMMMG00000012459) #34	YKT6 (ENSMMMG00000012487) #35	CAMK2B (ENSMMMG00000012507) #36	NUDCD3 (ENSMMMG00000014107) #37	NPC1L1 (ENSMMMG00000014118)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000000481	ENSGT00940000156175	ENSGT00390000011176	ENSGT00940000155142 #7	ENSGT00940000157852 #8	ENSGT00390000002582 #9	ENSGT00940000157866 #10	ENSGT00940000157116 #13	ENSGT00940000155925 #14	ENSGT00390000014722 #15	ENSGT00550000074870.b #16	ENSGT00390000014996 #17	ENSGT00940000158294 #19	ENSGT00940000154014.a #20	ENSGT00440000033985 #21	ENSGT00390000011072 #22
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	30	NTAN1 (ENSHGLG00000050128)	ENSHGLG00000008152	ENSHGLG00000036454	ENSHGLG00000006862	CLEC16A (ENSHGLG00000017875)	DEXI (ENSHGLG00000017790)	CIITA (ENSHGLG00000013484)	TVP23A (ENSHGLG00000017585)	ENSHGLG00000010680	ENSHGLG00000009246	ENSHGLG00000041934 #15	ENSHGLG00000032238 #16	MRPL32 (ENSHGLG00000017398) #17	HECW1 (ENSHGLG00000015248) #19	ENSHGLG00000019148 #20	BLVRA (ENSHGLG00000011265) #22	ENSHGLG00000008905	ENSHGLG00000042581	ENSHGLG00000020753	ENSHGLG00000020559	ENSHGLG00000034789	ENSHGLG00000039088	ENSHGLG00000020225	ENSHGLG00000012824	ENSHGLG00000016331	ENSHGLG00000037044	ENSHGLG00000016542	ENSHGLG00000048104	FAM151B (ENSHGLG00000009614)	ENSHGLG00000050164	ENSHGLG00000047767
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000000481	ENSGT00940000156175	ENSGT00390000011176	ENSGT00940000155142 #7	ENSGT00940000157852 #8	ENSGT00390000002582 #9	ENSGT00940000157866 #10	ENSGT00940000157116 #13	ENSGT00940000155925 #14	ENSGT00390000014722 #15	ENSGT00550000074870.b #16	ENSGT00390000014996 #17	ENSGT00940000158294 #19	ENSGT00940000154014.a #20	ENSGT00440000033985 #21	ENSGT00390000011072 #22
Guinea pig	MODERN SPECIES	30	ENSCPOG00000012221	ENSCPOG00000036410	YAE1 (ENSCPOG00000039885)	RALA (ENSCPOG00000037731) #7	ENSCPOG00000009938 #8	MPLKIP (ENSCPOG00000037370) #9	SUGCT (ENSCPOG00000009948) #10	ENSCPOG00000037187 #13	GLI3 (ENSCPOG00000013233) #14	C7orf25 (ENSCPOG00000013131) #15	PSMA2 (ENSCPOG00000013134) #16	MRPL32 (ENSCPOG00000034853) #17	HECW1 (ENSCPOG00000000176) #19	STK17A (ENSCPOG00000012689) #20	ENSCPOG00000037130 #21	BLVRA (ENSCPOG00000008136) #22	ENSCPOG00000023116	ENSCPOG00000023341	BBS9 (ENSCPOG00000000935)	ENSCPOG00000021798	NT5C3A (ENSCPOG00000013661)	FKBP9 (ENSCPOG00000019418)	RP9 (ENSCPOG00000040703)	KBTBD2 (ENSCPOG00000035648)	AVL9 (ENSCPOG00000001778)	LSM5 (ENSCPOG00000036386)	ENSCPOG00000036804	ENSCPOG00000020093	NPSR1 (ENSCPOG00000005695)	DPY19L1 (ENSCPOG00000012477)	ENSCPOG00000002208
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT00950000182882.A.b.a	ENSGT00390000000481	ENSGT00940000156175	ENSGT00390000011176	ENSGT00940000155142 #7	ENSGT00940000157852 #8	ENSGT00390000002582 #9	ENSGT00940000157866 #10	ENSGT00940000157116 #13	ENSGT00940000155925 #14	ENSGT00390000014722 #15	ENSGT00550000074870.b #16	ENSGT00390000014996 #17	ENSGT00940000158294 #19	ENSGT00940000154014.a #20	ENSGT00390000011072 #22
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	167	ENSCLAG00000006744	ENSCLAG00000006621	YAE1 (ENSCLAG00000006572)	RALA (ENSCLAG00000006479) #7	ENSCLAG00000011577 #8	MPLKIP (ENSCLAG00000011526) #9	ENSCLAG00000008555	SUGCT (ENSCLAG00000007866) #10	INHBA (ENSCLAG00000007192) #13	GLI3 (ENSCLAG00000006524) #14	C7orf25 (ENSCLAG00000006458) #15	PSMA2 (ENSCLAG00000006277) #16	MRPL32 (ENSCLAG00000016308) #17	HECW1 (ENSCLAG00000011773) #19	STK17A (ENSCLAG00000010347) #20	BLVRA (ENSCLAG00000008524) #22
Degu	MODERN SPECIES	72	ENSODEG00000009633	ENSODEG00000007666	POU6F2 (ENSODEG00000009460)	YAE1 (ENSODEG00000007300)	RALA (ENSODEG00000007864) #7	ENSODEG00000008309 #8	ENSODEG00000008104 #9	SUGCT (ENSODEG00000008687) #10	INHBA (ENSODEG00000007905) #13	GLI3 (ENSODEG00000008109) #14	C7orf25 (ENSODEG00000019542) #15	ENSODEG00000008580 #16	MRPL32 (ENSODEG00000008658) #17	HECW1 (ENSODEG00000009462) #19	STK17A (ENSODEG00000007337) #20	BLVRA (ENSODEG00000007949) #22	RP9 (ENSODEG00000009275)	NT5C3A (ENSODEG00000011094)	FKBP9 (ENSODEG00000008022)	ENSODEG00000007433	ENSODEG00000007193	ENSODEG00000008901	ENSODEG00000019886	AVL9 (ENSODEG00000007683)	ENSODEG00000008258	ENSODEG00000007793