Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	712										ENSGT00930000150969.B.e	ENSGT00940000160577.b #16	ENSGT00920000149163.j #17	ENSGT00940000157625.a.b.e #18	ENSGT00940000156201.a.a.f #20	ENSGT00940000156372.t #21	ENSGT00940000159304.o.a #22	ENSGT00940000159304.o.b ##22	ENSGT00940000165638.a.a.d ##23	ENSGT00940000163288.a.b.b.b.a.a.a.b.b	ENSGT01000000215398.a #24	ENSGT00940000157809.j.a.e.b.l #25
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	95	ENSGT00390000009492.f	ENSGT00500000044930.e.a.d	ENSGT00940000158812.j.a.p	ENSGT00940000164352.a.g	ENSGT00940000165237.b.b.d	ENSGT00390000001723	ENSGT00940000160619.l.a.b	ENSGT00390000014795	ENSGT00930000150969.B.f	ENSGT00940000160577.a ##16	ENSGT00920000149163.i ##17	ENSGT00940000157625.a.b.f ##18	ENSGT00940000156201.a.a.e ##20	ENSGT00940000156372.s ##21	ENSGT00940000165638.b.a.a ##23	ENSGT00940000159304.o.a #22	ENSGT00940000165638.a.a.d ##23	ENSGT00940000163288.a.b.b.b.a.a.a.b.b	ENSGT00940000157809.j.a.e.b.k ##25	ENSGT01000000215398.b ##24	ENSGT00940000154590.e	ENSGT00940000164514.a.c.a ##26	ENSGT00390000008825.a.c.a.a ##27	ENSGT00940000163474	ENSGT00950000182979.a.b.b.b.b.i.b.e ##28	ENSGT00390000004394	ENSGT00940000165873.d ##29	ENSGT00940000163663.B.b.d ##30	ENSGT00730000110975.b ##31
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	23										ENSGT00940000160577.b #16	ENSGT00920000149163.j #17	ENSGT00940000157625.a.b.e #18	ENSGT01010000226408 #19	ENSGT00940000156201.a.a.f #20	ENSGT00940000156372.t.b #21	ENSGT00940000159304.o.a #22	ENSGT00940000165638.b.a.b #23	ENSGT01000000215398.a #24	ENSGT00940000157809.j.a.e.b.l #25	ENSGT00940000164514.a.c.b #26	ENSGT00390000008825.a.c.a.b #27	ENSGT00950000182979.a.b.b.b.b.i.b.f #28	ENSGT00940000165873.c #29	ENSGT00940000163663.B.b.c.a #30	ENSGT00730000110975.a #31	ENSGT00940000175733.b #32	ENSGT00440000038603 #33	ENSGT00940000155582.q.b.e #34	ENSGT00390000016475.v #35	ENSGT00940000161112.c #36	ENSGT00940000153861.b.a.h #37
Atlantic salmon	MODERN SPECIES		cq039 (ENSSSAG00000000149)	noxo1b (ENSSSAG00000102274)	ENSSSAG00000000136	ENSSSAG00000000132	ENSSSAG00000000122	meiob (ENSSSAG00000005413)	ENSSSAG00000102775	bricd5 (ENSSSAG00000005398)	ENSSSAG00000005390 #16	ENSSSAG00000005384	grid2ipb (ENSSSAG00000005353) #18	ENSSSAG00000107128	arhgap17a (ENSSSAG00000005208) #20	ENSSSAG00000095092	ENSSSAG00000117726 #21	aqp8aa1 (ENSSSAG00000005186) #22	ENSSSAG00000005171 #24	ENSSSAG00000100077 #25	rhbl4 (ENSSSAG00000004938)	foxj1b (ENSSSAG00000105536) #26	ENSSSAG00000107705 #27	ENSSSAG00000122216	ENSSSAG00000004853	ENSSSAG00000042471	ENSSSAG00000004824 #28	ENSSSAG00000105700	cpped1 (ENSSSAG00000004811) #29	shisa9a (ENSSSAG00000004804) #30	ENSSSAG00000089735	ENSSSAG00000004762 #31	ENSSSAG00000004748 #32
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00500000044930.e.a.c	ENSGT00940000158812.j.a.o	ENSGT01000000221588	ENSGT00940000164352.a.h	ENSGT00940000159689	ENSGT00510000047678.a.a.b	ENSGT00940000165237.b.b.c	ENSGT00390000014795	ENSGT00930000150969.B.f	ENSGT00940000160577.a ##16	ENSGT00920000149163.i ##17	ENSGT00940000157625.a.b.f ##18	ENSGT00940000156201.a.a.e ##20	ENSGT00940000156372.s ##21	ENSGT00940000165638.b.a.a ##23	ENSGT00940000159304.o.a #22	ENSGT00940000165638.a.a.d ##23	ENSGT00940000163288.a.b.b.b.a.a.a.b.b	ENSGT00940000157809.j.a.e.b.k ##25	ENSGT01000000215398.b ##24	ENSGT00940000154590.e	ENSGT00940000156278.r.b	ENSGT00940000164514.a.c.a ##26	ENSGT00390000008825.a.c.a.a ##27	ENSGT00940000163474	ENSGT00950000182979.a.b.b.b.b.i.b.e ##28	ENSGT00390000004394	ENSGT00940000165873.d ##29	ENSGT00940000163663.B.b.d ##30	ENSGT00730000110975.b ##31	ENSGT00940000175733 #32
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000159304.o.a #22
Coho salmon	MODERN SPECIES	2	foxl3 (ENSOKIG00005006948)	tom1l2 (ENSOKIG00005006959)	atpaf2 (ENSOKIG00005006994)	GID4 (ENSOKIG00005007022)	noxo1b (ENSOKIG00005007064)	ENSOKIG00005007116	ENSOKIG00005007133	ENSOKIG00005007181	MEIOB (ENSOKIG00005007198)	ENSOKIG00005007239	ENSOKIG00005007251	GRID2IP (ENSOKIG00005007267) #18	ENSOKIG00005007325	ENSOKIG00005007357	arhgap17a (ENSOKIG00005007461) #20	aqp8a.1 (ENSOKIG00005009284) #22	ENSOKIG00005009297 ##23	ENSOKIG00005009321 #25	ENSOKIG00005009329 #24	hbae4 (ENSOKIG00005009341)	ENSOKIG00005009450	foxj1b (ENSOKIG00005010614) #26	UBALD1 (ENSOKIG00005010620) #27	ENSOKIG00005010626 #28	cpped1 (ENSOKIG00005010640) #29	ENSOKIG00005010650	ENSOKIG00005010654	shisa9a (ENSOKIG00005010659) #30	ENSOKIG00005010668	ENSOKIG00005010671	SNX29 (ENSOKIG00005010684) #31
Huchen	MODERN SPECIES	3023								ENSHHUG00000003706	MLST8 (ENSHHUG00000003720)	bricd5 (ENSHHUG00000003771)	pgp (ENSHHUG00000003776) ##16	zdhhc4 (ENSHHUG00000003787) ##17	grid2ipb (ENSHHUG00000003812) ##18	arhgap17a (ENSHHUG00000003873) #20	lcmt1 (ENSHHUG00000003898) #21	aqp8a.1 (ENSHHUG00000003903) #22	ENSHHUG00000003914 #25
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	712									ENSGT00930000150969.B.e	ENSGT00940000160577.b #16	ENSGT00920000149163.j #17	ENSGT00940000157625.a.b.e #18	ENSGT00940000156201.a.a.f #20	ENSGT00940000156372.t #21	ENSGT00940000159304.o.a #22	ENSGT00940000159304.o.b ##22	ENSGT00940000165638.a.a.d ##23	ENSGT00940000163288.a.b.b.b.a.a.a.b.b	ENSGT01000000215398.a #24	ENSGT00940000157809.j.a.e.b.l #25
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	16										ENSGT00930000150969.B.e	ENSGT00940000160577.b #16	ENSGT00920000149163.j #17	ENSGT00940000157625.a.b.e #18	ENSGT00940000156201.a.a.f #20	ENSGT00940000156372.t #21	ENSGT00940000159304.o.b ##22	ENSGT00940000165638.b.a.b #23	ENSGT01000000215398.a #24	ENSGT00940000157809.j.a.e.b.l #25	ENSGT00940000154590.f	ENSGT00940000164514.a.c.b #26	ENSGT00390000008825.a.c.a.b #27	ENSGT00950000182979.a.b.b.b.b.i.b.f #28	ENSGT00940000165873.c #29	ENSGT00940000163663.B.b.c.a #30	ENSGT00730000110975.a #31	ENSGT00940000175733 #32	ENSGT01030000234583.a.a.c.a.b.a.b.b	ENSGT00940000162720.a.b.a	ENSGT00940000177425	ENSGT00440000038603 #33
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000017961.eb	ENSGT00950000182951.A.a.a.c.a.a.b	ENSGT00940000162800.f	ENSGT00940000156940.b.h	ENSGT00390000009492.f	ENSGT00500000044930.e.a.d	ENSGT00940000158812.j.a.p	ENSGT00940000164352.a.g	ENSGT00940000165237.b.b.d	ENSGT00390000001723	ENSGT00940000160619.l.a.b	ENSGT01000000222128	ENSGT00940000157625.a.b.e #18	ENSGT00940000156201.a.a.f #20	ENSGT00940000156372.t #21	ENSGT00940000159304.o.b ##22	ENSGT00940000165638.b.a.b #23	ENSGT01000000215398.a #24	ENSGT00940000157809.j.a.e.b.l #25	ENSGT00940000154590.f	ENSGT00940000156278.q	ENSGT00940000164514.a.c.b #26	ENSGT00390000008825.a.c.a.b #27	ENSGT00950000182979.a.b.b.b.b.i.b.f #28	ENSGT00940000165873.c #29	ENSGT00940000163663.B.b.c.a #30	ENSGT00730000110975.a #31	ENSGT00440000038603 #33	ENSGT00940000155582.q.b.e #34	ENSGT00760000119398.b	ENSGT00390000016475.v #35
Rainbow trout	MODERN SPECIES	12	GID4 (ENSOMYG00000072945)	noxo1b (ENSOMYG00000034981)	ENSOMYG00000034977	ENSOMYG00000034917	neurl2 (ENSOMYG00000034868)	msrb1b (ENSOMYG00000034862)	ENSOMYG00000034855	mlst8 (ENSOMYG00000034843)	bricd5 (ENSOMYG00000057221)	pgp (ENSOMYG00000034834) ##16	zdhhc4 (ENSOMYG00000034821) ##17	grid2ipb (ENSOMYG00000034778) ##18	ENSOMYG00000034750	arhgap17a (ENSOMYG00000034604) ##20	ENSOMYG00000034495 #21	aqp8a.1 (ENSOMYG00000034447) ##22	ENSOMYG00000034430 ##23	ENSOMYG00000074239	ENSOMYG00000034412 ##25	ENSOMYG00000034405 ##24	zgc:163057 (ENSOMYG00000034389)	ENSOMYG00000034369	foxj1b (ENSOMYG00000034349) ##26	ENSOMYG00000051089 ##27	MRTFB (ENSOMYG00000034323) ##28	ercc4 (ENSOMYG00000034286)	cpped1 (ENSOMYG00000034264) ##29	shisa9a (ENSOMYG00000034255) ##30	ENSOMYG00000052785	SNX29 (ENSOMYG00000034067) ##31	ENSOMYG00000034028 #32
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00500000044930.e.a.c	ENSGT00940000158812.j.a.o	ENSGT01000000221588	ENSGT00940000164352.a.h	ENSGT00940000159689	ENSGT00510000047678.a.a.b	ENSGT00940000165237.b.b.c	ENSGT00390000014795	ENSGT00930000150969.B.f	ENSGT00940000160577.a ##16	ENSGT00920000149163.i ##17	ENSGT00940000157625.a.b.f ##18	ENSGT00940000156201.a.a.e ##20	ENSGT00940000156372.s ##21	ENSGT00940000165638.b.a.a ##23	ENSGT00940000159304.o.b ##22	ENSGT00940000165638.a.a.d ##23	ENSGT00940000163288.a.b.b.b.a.a.a.b.b	ENSGT00940000157809.j.a.e.b.k ##25	ENSGT01000000215398.b ##24	ENSGT00940000154590.e	ENSGT00940000156278.r.b	ENSGT00940000164514.a.c.a ##26	ENSGT00390000008825.a.c.a.a ##27	ENSGT00940000163474	ENSGT00950000182979.a.b.b.b.b.i.b.e ##28	ENSGT00390000004394	ENSGT00940000165873.d ##29	ENSGT00940000163663.B.b.c.b ##30	ENSGT00940000163663.B.b.d ##30	ENSGT00730000110975.b ##31
Coho salmon	MODERN SPECIES	17	tom1l2 (ENSOKIG00005009452)	atpaf2 (ENSOKIG00005009428)	GID4 (ENSOKIG00005009416)	noxo1b (ENSOKIG00005009408)	ENSOKIG00005009400	neurl2 (ENSOKIG00005009384)	msrb1b (ENSOKIG00005009373)	ENSOKIG00005009367	mlst8 (ENSOKIG00005009347)	bricd5 (ENSOKIG00005009331)	pgp (ENSOKIG00005009320) ##16	zdhhc4 (ENSOKIG00005009292) ##17	grid2ipb (ENSOKIG00005009163) ##18	arhgap17a (ENSOKIG00005008532) ##20	lcmt1 (ENSOKIG00005008250) #21	aqp8a.1 (ENSOKIG00005008217) ##22	ENSOKIG00005008203 ##23	ENSOKIG00005008182	ENSOKIG00005008166 ##25	ENSOKIG00005008152 ##24	hbae4 (ENSOKIG00005008121)	ENSOKIG00005007524	foxj1b (ENSOKIG00005007486) ##26	UBALD1 (ENSOKIG00005007477) ##27	ENSOKIG00005007466	MRTFB (ENSOKIG00005007433) ##28	ercc4 (ENSOKIG00005007341)	shisa9a (ENSOKIG00005007313) ##30	SNX29 (ENSOKIG00005007189) ##31	ENSOKIG00005007143 #32	ENSOKIG00005007134