Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000156431 #8 ENSGT00950000182939.a.b.b #9 ENSGT00950000182881.a.b.a.b #10 ENSGT00390000003049 #11 ENSGT00940000162915 #12 ENSGT00530000063359.B #13 ENSGT00940000155904.e.b #14 ENSGT00390000001189.b #15 ENSGT00940000154816.a.a #16 ENSGT00940000162775 #17 ENSGT00940000162875 #18 ENSGT01100000264273 ENSGT00390000010641 #19 ENSGT00940000162460 #20 ENSGT00940000159796 #21 ENSGT00940000160334 #22 ENSGT00940000161522 #23 ENSGT00390000001289.a #24 ENSGT00390000011766 #25 ENSGT00940000161468 #26 ENSGT01030000234639.B #27 ENSGT00940000159031 #28 ENSGT00390000017041 #30 ENSGT00940000155062.a #29 ENSGT00390000018717.a #31 ENSGT00940000161287 #32 ENSGT00940000153472.a.b #33 ENSGT00390000005767.a #34 ENSGT00510000048856.C #35 ENSGT00390000005096 #36 ENSGT00940000160322 #37 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000156431 #8 ENSGT00950000182939.a.b.b #9 ENSGT00950000182881.a.b.a.b #10 ENSGT00390000003049 #11 ENSGT00940000162915 #12 ENSGT00530000063359.B #13 ENSGT00940000155904.e.b #14 ENSGT00390000001189.b #15 ENSGT00940000154816.a.a #16 ENSGT00940000162775 #17 ENSGT00940000162875 #18 ENSGT01100000264273 ENSGT00390000010641 #19 ENSGT00940000162460 #20 ENSGT00940000159796 #21 ENSGT00940000160334 #22 ENSGT00940000161522 #23 ENSGT00390000001289.a #24 ENSGT00390000011766 #25 ENSGT00940000161468 #26 ENSGT01030000234639.B #27 ENSGT00940000159031 #28 ENSGT00390000017041 #30 ENSGT00940000155062.a #29 ENSGT00390000018717.a #31 ENSGT00940000161287 #32 ENSGT00940000153472.a.b #33 ENSGT00390000005767.a #34 ENSGT00510000048856.C #35 ENSGT00390000005096 #36 ENSGT00940000160322 #37 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000153377.B #7 ENSGT00940000156431 #8 ENSGT00950000182939.a.b.b #9 ENSGT00950000182881.a.b.a.b #10 ENSGT00390000003049 #11 ENSGT00940000162915 #12 ENSGT00530000063359.B #13 ENSGT00940000155904.e.b #14 ENSGT00390000001189.b #15 ENSGT00940000154816.a.a #16 ENSGT00940000162775 #17 ENSGT00940000162875 #18 ENSGT00390000010641 #19 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ENSGT01030000234639.B #27 ENSGT00940000159031 #28 ENSGT00390000017041 #30 ENSGT00940000155062.a #29 ENSGT00390000018717.a #31 ENSGT00940000161287 #32 ENSGT00940000153472.a.b #33 ENSGT00390000005767.a #34 ENSGT00510000048856.C #35 ENSGT00390000005096 #36 ENSGT00940000160322 #37 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 129 ENSCLAG00000017122 #7 KMT5B (ENSCLAG00000016628) #8 CHKA (ENSCLAG00000014223) #9 TCIRG1 (ENSCLAG00000014792) #10 NDUFS8 (ENSCLAG00000017156) #11 ALDH3B1 (ENSCLAG00000016029) #12 UNC93B1 (ENSCLAG00000016729) #13 ALDH3B2 (ENSCLAG00000017296) #14 ACY3 (ENSCLAG00000016314) #15 TBX10 (ENSCLAG00000015667) #16 ENSCLAG00000016240 #17 ENSCLAG00000016785 #18 NDUFV1 (ENSCLAG00000016746) #19 GSTP1 (ENSCLAG00000015548) #20 CABP2 (ENSCLAG00000015734) #21 CDK2AP2 (ENSCLAG00000014787) #22 ENSCLAG00000015015 #23 AIP (ENSCLAG00000016600) #24 TMEM134 (ENSCLAG00000016841) #25 CABP4 (ENSCLAG00000016497) #26 GPR152 (ENSCLAG00000016443) #27 CORO1B (ENSCLAG00000015993) #28 RPS6KB2 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DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 2 ENSSVLG00005024959 CHKA (ENSSVLG00005025020) #9 ENSSVLG00005025068 #10 ENSSVLG00005025100 #10 NDUFS8 (ENSSVLG00005025114) #11 ALDH3B1 (ENSSVLG00005025147) #12 UNC93B1 (ENSSVLG00005025215) #13 ALDH3B2 (ENSSVLG00005025242) #14 ACY3 (ENSSVLG00005025257) #15 TBX10 (ENSSVLG00005025280) #16 ENSSVLG00005025291 #17 ENSSVLG00005025305 #18 NDUFV1 (ENSSVLG00005025325) #19 GSTP1 (ENSSVLG00005025366) #20 CABP2 (ENSSVLG00005025399) #21 ENSSVLG00005004797 #22 PITPNM1 (ENSSVLG00005004838) #23 AIP (ENSSVLG00005004870) #24 TMEM134 (ENSSVLG00005004915) #25 CABP4 (ENSSVLG00005004965) #26 CORO1B (ENSSVLG00005004995) #28 PTPRCAP (ENSSVLG00005005019) #30 RPS6KB2 (ENSSVLG00005005042) #29 CARNS1 (ENSSVLG00005005060) #31 TBC1D10C (ENSSVLG00005005134) #32 PPP1CA (ENSSVLG00005005219) #33 RAD9A (ENSSVLG00005005281) #34 CLCF1 (ENSSVLG00005005308) #35 POLD4 (ENSSVLG00005005332) #36 ENSSVLG00005005401 SSH3 (ENSSVLG00005005420) #37 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 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