Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 63 ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000165557 ENSGT00940000155520 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182960.a.a.b ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00550000074913 ENSGT00940000163734 ENSGT00940000156614.b ENSGT01070000253744.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000162164 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 76 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300 ENSGT00390000018509.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a ENSGT00940000160705.C.b ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00550000074913 ENSGT00940000163734 ENSGT00940000156614.b ENSGT01070000253744.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000162164 ENSGT00940000158717 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 75 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300 ENSGT00390000018509.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a ENSGT00940000160705.C.b ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000163679 ENSGT00950000183060.a.a ENSGT00940000158717 ENSGT00940000162164 ENSGT01070000253744.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000156614.b Amniota ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000014300 ENSGT00390000018509.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a ENSGT00940000160705.C.b ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00940000157017.a.b.a ENSGT01090000260051.b.a.b ENSGT00390000013965 ENSGT01030000234534.C ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00950000182958.a.b.b ENSGT00950000182958.a.b.a ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT01000000214817 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT00940000166332 Theria ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT00940000166332 Eutheria ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00390000014547.c ENSGT00960000187139 ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.A ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00950000182958.a.b.b ENSGT00950000182958.a.b.a ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Primates ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00910000147524 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 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ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00910000147524 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169.a #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b.`b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00390000008572 #25 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00910000147524 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 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ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b.`b #22 ENSGT00910000147003 #23 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00390000008572 #25 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00910000147047 Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2916 P4HB (ENSRROG00000027663) #7 PPP1R27 (ENSRROG00000038895) #8 MCRIP1 (ENSRROG00000044595) #9 GCGR (ENSRROG00000041144) #10 SLC25A10 (ENSRROG00000034947) #11 MRPL12 (ENSRROG00000010180) #12 HGS (ENSRROG00000041145) #13 ARL16 (ENSRROG00000029050) #14 CCDC137 (ENSRROG00000034730) #15 OXLD1 (ENSRROG00000031044) #16 ENSRROG00000041249 #17 TSPAN10 (ENSRROG00000032742) #18 NPLOC4 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ENSGT00390000008572 #25 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00940000176115 ENSGT00940000168473 Macaca ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169.a #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b.`b #22 ENSGT00910000147003 #23 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00390000008572 #25 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 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#21 ACTG1 (ENSMFAG00000030086) #22 ENSMFAG00000047631 #23 SLC38A10 (ENSMFAG00000040675) #26 NDUFAF8 (ENSMFAG00000045199) #27 TEPSIN (ENSMFAG00000045078) #28 ENSMFAG00000031225 CEP131 (ENSMFAG00000041952) #29 PVALEF (ENSMFAG00000030454) #30 ENSMFAG00000057012 BAIAP2 (ENSMFAG00000043088) #32 ENSMFAG00000003684 #33 RPTOR (ENSMFAG00000000138) #35 NPTX1 (ENSMFAG00000040743) #36 ENSMFAG00000060641 ENDOV (ENSMFAG00000044601) #37 ENSMFAG00000062798 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169.a #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b.`b #22 ENSGT00910000147003 #23 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00390000008572 #25 ENSGT00940000159369 #26 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#30 AATK (ENSNLEG00000015904) #31 BAIAP2 (ENSNLEG00000015872) #32 ENSNLEG00000015870 ENSNLEG00000015868 #33 RPTOR (ENSNLEG00000015777) #35 NPTX1 (ENSNLEG00000015771) #36 ENSNLEG00000027453 ENDOV (ENSNLEG00000015754) #37 Platyrrhini DUPLICATION Platyrrhini DUPLICATION Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.`b.a.a #22 Mas night monkey DUPLICATION Mas night monkey MODERN SPECIES 287 NXF3 (ENSANAG00000027929) ENSANAG00000031389 ENSANAG00000023872 TCEAL7 (ENSANAG00000031024) BEX3 (ENSANAG00000020665) ENSANAG00000020471 #22 RAB40A (ENSANAG00000019831) ENSANAG00000029717 TCEAL1 (ENSANAG00000030936) ENSANAG00000031384 TMEM31 (ENSANAG00000026176) ENSANAG00000024801 PLP1 (ENSANAG00000023695) RAB9B (ENSANAG00000031345) Mas night monkey MODERN SPECIES 658 ENSANAG00000027437 PCGF6 (ENSANAG00000028199) TAF5 (ENSANAG00000033631) ATP5MK (ENSANAG00000033958) PDCD11 (ENSANAG00000034576) CALHM2 (ENSANAG00000027035) CALHM1 (ENSANAG00000032120) CALHM3 (ENSANAG00000032187) NEURL1 (ENSANAG00000037067) SH3PXD2A (ENSANAG00000037670) STN1 (ENSANAG00000038147) ENSANAG00000038444 SLK (ENSANAG00000020590) ENSANAG00000026163 COL17A1 (ENSANAG00000027237) ENSANAG00000030939 #22 SFR1 (ENSANAG00000031275) CFAP43 (ENSANAG00000032094) GSTO1 (ENSANAG00000033006) GSTO2 (ENSANAG00000034517) ITPRIP (ENSANAG00000034870) ENSANAG00000035279 CFAP58 (ENSANAG00000028104) Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.`b.a.a #22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.`b.a.a #22 Capuchin MODERN SPECIES 98 AKAP9 (ENSCCAG00000022030) MTERF1 (ENSCCAG00000026587) CDK14 (ENSCCAG00000028845) CLDN12 (ENSCCAG00000018810) GTPBP10 (ENSCCAG00000025362) CFAP69 (ENSCCAG00000018686) STEAP2 (ENSCCAG00000025217) ENSCCAG00000033073 ZNF804B (ENSCCAG00000019667) STEAP4 (ENSCCAG00000026373) SRI (ENSCCAG00000026477) ADAM22 (ENSCCAG00000026545) ENSCCAG00000037793 SLC25A40 (ENSCCAG00000036682) RUNDC3B (ENSCCAG00000036650) ENSCCAG00000014316 #22 ABCB1 (ENSCCAG00000035513) ABCB4 (ENSCCAG00000021743) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.`b.a.b #22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.`b.a.b #22 Marmoset DUPLICATION Marmoset MODERN SPECIES 6 FLNB (ENSCJAG00000019764) DNASE1L3 (ENSCJAG00000019760) PXK (ENSCJAG00000019744) ENSCJAG00000019739 KCTD6 (ENSCJAG00000077075) ACOX2 (ENSCJAG00000019727) FAM107A (ENSCJAG00000019725) FAM3D (ENSCJAG00000019719) CFAP20DC (ENSCJAG00000019711) FHIT (ENSCJAG00000019708) PTPRG (ENSCJAG00000019680) FEZF2 (ENSCJAG00000079813) C3orf14 (ENSCJAG00000068672) ENSCJAG00000019620 ENSCJAG00000077198 ENSCJAG00000086397 #22 SYNPR (ENSCJAG00000019605) SNTN (ENSCJAG00000041591) C3orf49 (ENSCJAG00000019599) THOC7 (ENSCJAG00000034899) ENSCJAG00000081411 ATXN7 (ENSCJAG00000019570) PSMD6 (ENSCJAG00000019540) ENSCJAG00000071158 PRICKLE2 (ENSCJAG00000019532) ADAMTS9 (ENSCJAG00000019487) ENSCJAG00000066923 MAGI1 (ENSCJAG00000019439) ENSCJAG00000079349 ENSCJAG00000072067 SLC25A26 (ENSCJAG00000013660) Marmoset MODERN SPECIES 5 TMEM17 (ENSCJAG00000045778) ENSCJAG00000077815 EHBP1 (ENSCJAG00000008586) OTX1 (ENSCJAG00000083222) ENSCJAG00000075756 WDPCP (ENSCJAG00000007061) ENSCJAG00000007018 UGP2 (ENSCJAG00000006960) VPS54 (ENSCJAG00000006914) PELI1 (ENSCJAG00000006889) ENSCJAG00000070703 ENSCJAG00000006878 ENSCJAG00000046867 AFTPH (ENSCJAG00000006819) SERTAD2 (ENSCJAG00000006818) ENSCJAG00000074553 #22 ENSCJAG00000074052 SLC1A4 (ENSCJAG00000006795) CEP68 (ENSCJAG00000006788) ENSCJAG00000072263 ENSCJAG00000074307 ENSCJAG00000046275 ACTR2 (ENSCJAG00000006722) SPRED2 (ENSCJAG00000006693) ENSCJAG00000080598 ENSCJAG00000079193 ENSCJAG00000067866 ENSCJAG00000073899 MEIS1 (ENSCJAG00000006613) ETAA1 (ENSCJAG00000006604) ENSCJAG00000083243 Mas night monkey MODERN SPECIES 416 ZNF207 (ENSANAG00000033773) PSMD11 (ENSANAG00000021703) CDK5R1 (ENSANAG00000012728) MYO1D (ENSANAG00000036261) ENSANAG00000037868 TMEM98 (ENSANAG00000038126) SPACA3 (ENSANAG00000035068) ASIC2 (ENSANAG00000001281) CCL2 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ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C Cebidae ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190.b #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b.`b.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00390000008572 #25 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b Marmoset DUPLICATION Marmoset MODERN SPECIES 78 ENSCJAG00000070166 BMP15 (ENSCJAG00000073925) SHROOM4 (ENSCJAG00000008300) DGKK 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TNMD (ENSSBOG00000025329) TSPAN6 (ENSSBOG00000035182) SRPX2 (ENSSBOG00000027490) SYTL4 (ENSSBOG00000001847) ENSSBOG00000027919 #22 CSTF2 (ENSSBOG00000021649) NOX1 (ENSSBOG00000026785) XKRX (ENSSBOG00000022190) ARL13A (ENSSBOG00000024611) TRMT2B (ENSSBOG00000020336) TMEM35A (ENSSBOG00000022548) CENPI (ENSSBOG00000010675) DRP2 (ENSSBOG00000023966) TAF7L (ENSSBOG00000023870) ENSSBOG00000029851 BTK (ENSSBOG00000028229) ENSSBOG00000018776 ENSSBOG00000033998 GLA (ENSSBOG00000035213) ARMCX4 (ENSSBOG00000033782) Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 44 CDK14 (ENSSBOG00000033241) ENSSBOG00000018560 GTPBP10 (ENSSBOG00000034053) CFAP69 (ENSSBOG00000028540) STEAP2 (ENSSBOG00000031505) ENSSBOG00000030075 ZNF804B (ENSSBOG00000018086) ENSSBOG00000006326 STEAP4 (ENSSBOG00000034157) SRI (ENSSBOG00000012640) ENSSBOG00000010968 ENSSBOG00000033141 ADAM22 (ENSSBOG00000034841) ENSSBOG00000033659 SLC25A40 (ENSSBOG00000033766) ENSSBOG00000021846 #22 RUNDC3B (ENSSBOG00000019448) ENSSBOG00000029172 ABCB4 (ENSSBOG00000004485) CROT (ENSSBOG00000031669) TMEM243 (ENSSBOG00000024652) DMTF1 (ENSSBOG00000033329) ELAPOR2 (ENSSBOG00000021701) GRM3 (ENSSBOG00000030858) ENSSBOG00000029504 ENSSBOG00000026350 SEMA3D (ENSSBOG00000030636) SEMA3A (ENSSBOG00000031691) SEMA3E (ENSSBOG00000000413) ENSSBOG00000032952 ENSSBOG00000035675 Mas night monkey DUPLICATION Mas night monkey MODERN SPECIES 776 CDK14 (ENSANAG00000034381) CLDN12 (ENSANAG00000019188) GTPBP10 (ENSANAG00000020267) CFAP69 (ENSANAG00000026248) STEAP2 (ENSANAG00000029220) ENSANAG00000022768 ENSANAG00000023207 ENSANAG00000019602 ZNF804B (ENSANAG00000035191) STEAP4 (ENSANAG00000037956) ENSANAG00000022466 ADAM22 (ENSANAG00000034950) ENSANAG00000035490 SLC25A40 (ENSANAG00000033214) RUNDC3B (ENSANAG00000026218) ENSANAG00000028505 #22 ABCB4 (ENSANAG00000022051) CROT (ENSANAG00000028065) Mas night monkey MODERN SPECIES 219 ENSANAG00000031548 #22 Mas night monkey MODERN SPECIES 1059 ENSANAG00000029411 #7 PPP1R27 (ENSANAG00000037087) #8 MCRIP1 (ENSANAG00000023764) #9 GCGR (ENSANAG00000034898) #10 SLC25A10 (ENSANAG00000021908) #11 ENSANAG00000037237 #12 HGS (ENSANAG00000021392) #13 ARL16 (ENSANAG00000029434) #14 CCDC137 (ENSANAG00000028812) #15 OXLD1 (ENSANAG00000031803) #16 PDE6G (ENSANAG00000031926) #17 TSPAN10 (ENSANAG00000022946) #18 NPLOC4 (ENSANAG00000035556) #19 FAAP100 (ENSANAG00000038098) #20 FSCN2 (ENSANAG00000024711) #21 ENSANAG00000027813 #22 BAHCC1 (ENSANAG00000035276) #24 SLC38A10 (ENSANAG00000032488) #26 NDUFAF8 (ENSANAG00000038177) #27 TEPSIN (ENSANAG00000034844) #28 CEP131 (ENSANAG00000032982) #29 PVALEF (ENSANAG00000031955) #30 AATK (ENSANAG00000033263) #31 BAIAP2 (ENSANAG00000033877) #32 CHMP6 (ENSANAG00000026709) #33 RPTOR (ENSANAG00000029459) #35 NPTX1 (ENSANAG00000001615) #36 ENSANAG00000019606 ENDOV (ENSANAG00000029466) #37 RNF213 (ENSANAG00000034538) SLC26A11 (ENSANAG00000036151) Simiiformes DUPLICATION Simiiformes DUPLICATION Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.z.a.a ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.z.a.a ##22 Mas night monkey MODERN SPECIES 1029 LYZ (ENSANAG00000019339) CPSF6 (ENSANAG00000019240) CPM (ENSANAG00000038366) ENSANAG00000038209 ZNF641 (ENSANAG00000036405) C12orf54 (ENSANAG00000035791) LALBA (ENSANAG00000027355) KANSL2 (ENSANAG00000029846) CCNT1 (ENSANAG00000019549) TEX49 (ENSANAG00000024703) ADCY6 (ENSANAG00000030000) CACNB3 (ENSANAG00000023621) DDX23 (ENSANAG00000018663) RND1 (ENSANAG00000032196) CCDC65 (ENSANAG00000025259) ENSANAG00000036811 ##22 FKBP11 (ENSANAG00000032791) ENSANAG00000030850 ARF3 (ENSANAG00000025111) ENSANAG00000020636 WNT10B (ENSANAG00000031838) WNT1 (ENSANAG00000026167) DDN (ENSANAG00000027078) PRKAG1 (ENSANAG00000029035) KMT2D (ENSANAG00000024519) RHEBL1 (ENSANAG00000025035) DHH (ENSANAG00000023041) LMBR1L (ENSANAG00000038013) ENSANAG00000028464 TUBA1A (ENSANAG00000034955) TUBA1C (ENSANAG00000031279) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.z.a.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.z.a.a ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.z.a.a ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.z.a.a ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.z.a.a ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.z.a.a ##22 Sooty mangabey MODERN SPECIES 103 DESI1 (ENSCATG00000000926) PMM1 (ENSCATG00000041928) CSDC2 (ENSCATG00000035356) POLR3H (ENSCATG00000018316) ACO2 (ENSCATG00000030437) PHF5A (ENSCATG00000012251) TOB2 (ENSCATG00000021391) ENSCATG00000022368 TEF (ENSCATG00000034168) ZC3H7B (ENSCATG00000037774) RANGAP1 (ENSCATG00000001985) CHADL (ENSCATG00000040617) L3MBTL2 (ENSCATG00000037314) EP300 (ENSCATG00000043641) ENSCATG00000044606 ENSCATG00000033630 ##22 RBX1 (ENSCATG00000036288) XPNPEP3 (ENSCATG00000035961) ENSCATG00000041540 ENSCATG00000013183 ENSCATG00000043953 MCHR1 (ENSCATG00000025929) MRTFA (ENSCATG00000044298) SGSM3 (ENSCATG00000037436) ADSL (ENSCATG00000039632) TNRC6B (ENSCATG00000029291) FAM83F (ENSCATG00000035519) GRAP2 (ENSCATG00000030826) ENTHD1 (ENSCATG00000037159) CACNA1I (ENSCATG00000044010) RPS19BP1 (ENSCATG00000029854) Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.z.a.b ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.z.a.b ##22 Mas night monkey MODERN SPECIES 472 ENSANAG00000029424 DYRK1B (ENSANAG00000027313) ENSANAG00000021806 ##22 LEUTX (ENSANAG00000021681) ENSANAG00000019359 ENSANAG00000033366 ENSANAG00000030788 CLC (ENSANAG00000030743) ENSANAG00000035743 ENSANAG00000035165 EID2 (ENSANAG00000020213) SELENOV (ENSANAG00000024587) PSMC4 (ENSANAG00000032302) ENSANAG00000027258 ZNF546 (ENSANAG00000020598) ZNF780B (ENSANAG00000036094) ZNF780A (ENSANAG00000026313) MAP3K10 (ENSANAG00000038142) Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.z.a.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.z.a.b ##22 Capuchin MODERN SPECIES 8 WNT5A (ENSCCAG00000026473) LRTM1 (ENSCCAG00000023708) CACNA2D3 (ENSCCAG00000031035) ENSCCAG00000021665 LHX5 (ENSCCAG00000020560) SDSL (ENSCCAG00000031519) ENSCCAG00000023459 ##22 SDS (ENSCCAG00000027682) PLBD2 (ENSCCAG00000019538) SLC8B1 (ENSCCAG00000025451) TPCN1 (ENSCCAG00000018033) IQCD (ENSCCAG00000031044) RITA1 (ENSCCAG00000035806) DDX54 (ENSCCAG00000022625) CFAP73 (ENSCCAG00000012732) RASAL1 (ENSCCAG00000037050) DTX1 (ENSCCAG00000018591) OAS2 (ENSCCAG00000023534) ENSCCAG00000018803 OAS1 (ENSCCAG00000018223) RPH3A (ENSCCAG00000033364) ENSCCAG00000034238 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.z.b ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.z.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.z.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.z.b ##22 Capuchin MODERN SPECIES 166 ENSCCAG00000023172 ZNF326 (ENSCCAG00000029464) ENSCCAG00000027777 BARHL2 (ENSCCAG00000032703) ZNF644 (ENSCCAG00000028733) HFM1 (ENSCCAG00000033206) CDC7 (ENSCCAG00000035924) ENSCCAG00000023085 TGFBR3 (ENSCCAG00000029516) ENSCCAG00000022756 ##22 BRDT (ENSCCAG00000031906) ENSCCAG00000025258 EPHX4 (ENSCCAG00000029678) ENSCCAG00000038015 ENSCCAG00000027791 ENSCCAG00000033925 ENSCCAG00000036616 ENSCCAG00000029619 BTBD8 (ENSCCAG00000031364) C1orf146 (ENSCCAG00000032973) GLMN (ENSCCAG00000038123) RPAP2 (ENSCCAG00000024859) GFI1 (ENSCCAG00000036072) EVI5 (ENSCCAG00000034070) ENSCCAG00000021472 Tarsier DUPLICATION Tarsier MODERN SPECIES 7134 ENSTSYG00000037017 MIS18BP1 (ENSTSYG00000012488) ENSTSYG00000036497 ENSTSYG00000033140 #22 Tarsier MODERN SPECIES 3168 ENSTSYG00000014006 #22 Tarsier MODERN SPECIES 3887 ENSTSYG00000025520 #22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b Bushbaby MODERN SPECIES 133 P4HB (ENSOGAG00000002373) #7 PPP1R27 (ENSOGAG00000002372) #8 MCRIP1 (ENSOGAG00000025695) #9 GCGR (ENSOGAG00000031238) #10 SLC25A10 (ENSOGAG00000003671) #11 MRPL12 (ENSOGAG00000005297) #12 HGS (ENSOGAG00000005291) #13 ARL16 (ENSOGAG00000025368) #14 CCDC137 (ENSOGAG00000011125) #15 OXLD1 (ENSOGAG00000011121) #16 PDE6G (ENSOGAG00000011117) #17 TSPAN10 (ENSOGAG00000028807) #18 NPLOC4 (ENSOGAG00000015173) #19 FAAP100 (ENSOGAG00000007492) #20 FSCN2 (ENSOGAG00000028396) #21 ACTG1 (ENSOGAG00000008040) #22 BAHCC1 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(ENSMICG00000027120) #31 CHMP6 (ENSMICG00000011074) #33 RPTOR (ENSMICG00000011051) #35 NPTX1 (ENSMICG00000035956) #36 ENSMICG00000038041 ENDOV (ENSMICG00000037907) #37 ENGASE (ENSMICG00000014875) RBFOX3 (ENSMICG00000014898) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b Coquerels sifaka MODERN SPECIES 656 P4HB (ENSPCOG00000018728) #7 PPP1R27 (ENSPCOG00000024253) #8 MCRIP1 (ENSPCOG00000021144) #9 GCGR (ENSPCOG00000028818) #10 SLC25A10 (ENSPCOG00000020713) #11 MRPL12 (ENSPCOG00000016998) #12 HGS (ENSPCOG00000016292) #13 ARL16 (ENSPCOG00000015012) #14 CCDC137 (ENSPCOG00000028431) #15 OXLD1 (ENSPCOG00000028305) #16 PDE6G (ENSPCOG00000008591) #17 TSPAN10 (ENSPCOG00000027460) #18 NPLOC4 (ENSPCOG00000014788) #19 FAAP100 (ENSPCOG00000028605) #20 FSCN2 (ENSPCOG00000027028) #21 ACTG1 (ENSPCOG00000023063) #22 BAHCC1 (ENSPCOG00000013232) #24 Greater bamboo lemur DUPLICATION Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 703 ENSPSMG00000006097 ENSPSMG00000006084 #22 ENSPSMG00000006078 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 596 ACTG1 (ENSPSMG00000004138) #22 BAHCC1 (ENSPSMG00000004169) #24 SLC38A10 (ENSPSMG00000004181) #26 NDUFAF8 (ENSPSMG00000004208) #27 TEPSIN (ENSPSMG00000004239) #28 CEP131 (ENSPSMG00000004314) #29 AATK (ENSPSMG00000004343) #31 BAIAP2 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ENSPSMG00000015697 CES5A (ENSPSMG00000015669) ENSPSMG00000015652 KCNG4 (ENSPSMG00000015596) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Glires ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000164307 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000163679 Rodentia DUPLICATION Rodentia DUPLICATION Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.db.a #22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.db.a #22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b.db.a #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541.j #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b Marmotini ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b.db.a #22 ENSGT00940000160116 #24 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#33 ENSGT00640000091541.j #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C.r ENSGT01070000253775.b ENSGT00390000013080 Squirrel MODERN SPECIES 194 ARHGDIA (ENSSTOG00000015756) P4HB (ENSSTOG00000026026) #7 PPP1R27 (ENSSTOG00000028022) #8 MCRIP1 (ENSSTOG00000025718) #9 GCGR (ENSSTOG00000027046) #10 SLC25A10 (ENSSTOG00000029677) #11 MRPL12 (ENSSTOG00000031761) #12 HGS (ENSSTOG00000000091) #13 ARL16 (ENSSTOG00000025354) #14 CCDC137 (ENSSTOG00000000089) #15 PDE6G (ENSSTOG00000000085) #17 TSPAN10 (ENSSTOG00000000083) #18 NPLOC4 (ENSSTOG00000000080) #19 FAAP100 (ENSSTOG00000000078) #20 FSCN2 (ENSSTOG00000028223) #21 ENSSTOG00000006868 #22 BAHCC1 (ENSSTOG00000021534) #24 ENSSTOG00000001364 #26 NDUFAF8 (ENSSTOG00000024124) #27 TEPSIN (ENSSTOG00000001357) #28 CEP131 (ENSSTOG00000004884) #29 AATK (ENSSTOG00000021093) #31 ENSSTOG00000032682 BAIAP2 (ENSSTOG00000005731) #32 CHMP6 (ENSSTOG00000020405) #33 RPTOR (ENSSTOG00000002905) #35 NPTX1 (ENSSTOG00000025715) #36 ENDOV (ENSSTOG00000027436) #37 RNF213 (ENSSTOG00000020237) SLC26A11 (ENSSTOG00000014833) SGSH (ENSSTOG00000005466) Alpin marmot MODERN SPECIES 90 ANAPC11 (ENSMMMG00000005453) ARHGDIA (ENSMMMG00000005480) P4HB (ENSMMMG00000005494) #7 MCRIP1 (ENSMMMG00000005529) #9 SLC25A10 (ENSMMMG00000005551) #11 MRPL12 (ENSMMMG00000005577) #12 HGS (ENSMMMG00000005586) #13 ARL16 (ENSMMMG00000005609) #14 CCDC137 (ENSMMMG00000005620) #15 ENSMMMG00000005731 #16 TSPAN10 (ENSMMMG00000005734) #18 PDE6G (ENSMMMG00000005769) #17 NPLOC4 (ENSMMMG00000005787) #19 FAAP100 (ENSMMMG00000005853) #20 FSCN2 (ENSMMMG00000006216) #21 ACTG1 (ENSMMMG00000006224) #22 SLC38A10 (ENSMMMG00000006531) #26 TEPSIN (ENSMMMG00000006619) #28 PVALEF (ENSMMMG00000006668) #30 AATK (ENSMMMG00000006676) #31 BAIAP2 (ENSMMMG00000006754) #32 CHMP6 (ENSMMMG00000007088) #33 RPTOR (ENSMMMG00000007095) #35 ENSMMMG00000007165 NPTX1 (ENSMMMG00000007172) #36 ENSMMMG00000007185 #37 ENSMMMG00000007189 SLC26A11 (ENSMMMG00000007226) SGSH (ENSMMMG00000007250) CARD14 (ENSMMMG00000007269) ENSMMMG00000007309 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 12 ARHGDIA (ENSSVLG00005018349) P4HB (ENSSVLG00005018406) #7 PPP1R27 (ENSSVLG00005018481) #8 MCRIP1 (ENSSVLG00005018541) #9 GCGR (ENSSVLG00005018678) #10 SLC25A10 (ENSSVLG00005018780) #11 MRPL12 (ENSSVLG00005018826) #12 ARL16 (ENSSVLG00005018922) #14 CCDC137 (ENSSVLG00005019032) #15 OXLD1 (ENSSVLG00005019115) #16 PDE6G (ENSSVLG00005019138) #17 TSPAN10 (ENSSVLG00005019196) #18 NPLOC4 (ENSSVLG00005019392) #19 FAAP100 (ENSSVLG00005019478) #20 FSCN2 (ENSSVLG00005019552) #21 ENSSVLG00005019596 #22 BAHCC1 (ENSSVLG00005019700) #24 ENSSVLG00005019763 NDUFAF8 (ENSSVLG00005010765) #27 TEPSIN (ENSSVLG00005010808) #28 CEP131 (ENSSVLG00005010888) #29 PVALEF (ENSSVLG00005011634) #30 AATK (ENSSVLG00005011785) #31 BAIAP2 (ENSSVLG00005012471) #32 ENSSVLG00005012656 #33 ENSSVLG00005012709 #35 NPTX1 (ENSSVLG00005012817) #36 ENSSVLG00005012888 ENDOV (ENSSVLG00005012915) #37 RNF213 (ENSSVLG00005014189) SLC26A11 (ENSSVLG00005016606) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.db.a #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.db.a #22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.db.a #22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 392 Arhgdia (ENSNGAG00000001460) ENSNGAG00000022248 #7 Ppp1r27 (ENSNGAG00000024333) #8 Mcrip1 (ENSNGAG00000009636) #9 Gcgr (ENSNGAG00000022508) #10 Slc25a10 (ENSNGAG00000024310) #11 Mrpl12 (ENSNGAG00000010189) #12 Hgs (ENSNGAG00000018310) #13 Arl16 (ENSNGAG00000010707) #14 Ccdc137 (ENSNGAG00000021904) #15 ENSNGAG00000022974 #16 Pde6g (ENSNGAG00000024140) #17 Tspan10 (ENSNGAG00000010462) #18 Nploc4 (ENSNGAG00000013406) #19 Faap100 (ENSNGAG00000016742) #20 ENSNGAG00000012084 #22 Bahcc1 (ENSNGAG00000014344) #24 Slc38a10 (ENSNGAG00000011784) #26 Ndufaf8 (ENSNGAG00000020112) #27 Tepsin (ENSNGAG00000023521) #28 Cep131 (ENSNGAG00000017280) #29 Aatk (ENSNGAG00000022847) #31 Baiap2 (ENSNGAG00000001272) #32 Chmp6 (ENSNGAG00000021679) #33 Rptor (ENSNGAG00000012846) #35 Nptx1 (ENSNGAG00000021863) #36 ENSNGAG00000021532 #37 ENSNGAG00000001026 Slc26a11 (ENSNGAG00000024050) Sgsh (ENSNGAG00000023587) Card14 (ENSNGAG00000021431) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.db.b #22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.db.b #22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.db.b #22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 4 ENSSVLG00005008531 ENSSVLG00005008588 ENSSVLG00005008604 ENSSVLG00005008627 ENSSVLG00005008638 ENSSVLG00005008672 ENSSVLG00005008687 ENSSVLG00005008707 ENSSVLG00005008729 ENSSVLG00005008840 ENSSVLG00005008967 FAM240B (ENSSVLG00005009079) ENSSVLG00005009296 ZNF658 (ENSSVLG00005010264) ZNF484 (ENSSVLG00005010330) ENSSVLG00005010501 #22 MFSD14B (ENSSVLG00005010541) ENSSVLG00005010596 IARS1 (ENSSVLG00005010679) NOL8 (ENSSVLG00005010795) CENPP (ENSSVLG00005010886) OGN (ENSSVLG00005011020) OMD (ENSSVLG00005011068) ASPN (ENSSVLG00005011113) ECM2 (ENSSVLG00005011184) IPPK (ENSSVLG00005011238) BICD2 (ENSSVLG00005011289) FGD3 (ENSSVLG00005011363) SUSD3 (ENSSVLG00005011771) CARD19 (ENSSVLG00005011962) NINJ1 (ENSSVLG00005011989) Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.db.b #22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.db.b #22 Squirrel MODERN SPECIES 419 ENSSTOG00000026134 ENSSTOG00000019559 ENSSTOG00000025630 ENSSTOG00000033408 ENSSTOG00000020423 ENSSTOG00000030343 NBDY (ENSSTOG00000033489) ENSSTOG00000024953 UBQLN2 (ENSSTOG00000014053) KLF8 (ENSSTOG00000012012) ENSSTOG00000031660 #22 RRAGB (ENSSTOG00000004660) ENSSTOG00000019963 FOXR2 (ENSSTOG00000014071) ENSSTOG00000028849 USP51 (ENSSTOG00000016321) ENSSTOG00000030531 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.db.b #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.db.b #22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.db.b #22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 485 Fbxw17 (ENSNGAG00000010163) Slc12a1 (ENSNGAG00000019829) Ctxn2 (ENSNGAG00000017667) ENSNGAG00000010756 Slc24a5 (ENSNGAG00000000925) Sema6d (ENSNGAG00000008187) Sqor (ENSNGAG00000016277) Bloc1s6 (ENSNGAG00000000881) Slc30a4 (ENSNGAG00000019503) AA467197 (ENSNGAG00000019050) ENSNGAG00000018215 Gatm (ENSNGAG00000020438) ENSNGAG00000019081 ENSNGAG00000016110 #22 Shf (ENSNGAG00000014190) Duox1 (ENSNGAG00000020793) Duoxa1 (ENSNGAG00000001141) Duoxa2 (ENSNGAG00000010918) Duox2 (ENSNGAG00000014762) Sord (ENSNGAG00000011504) Terb2 (ENSNGAG00000000628) Trim69 (ENSNGAG00000017042) ENSNGAG00000013079 B2m (ENSNGAG00000011440) Patl2 (ENSNGAG00000020368) Spg11 (ENSNGAG00000006405) ENSNGAG00000017917 Ctdspl2 (ENSNGAG00000011548) Rodentia ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b.eb #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b.eb #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 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ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b ENSGT00390000013080 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 12 P4HB (ENSHGLG00000006261) #7 PPP1R27 (ENSHGLG00000005910) #8 ENSHGLG00000005222 #9 GCGR (ENSHGLG00000004371) #10 SLC25A10 (ENSHGLG00000010287) #11 MRPL12 (ENSHGLG00000009470) #12 HGS (ENSHGLG00000008394) #13 ARL16 (ENSHGLG00000033015) #14 CCDC137 (ENSHGLG00000044667) #15 OXLD1 (ENSHGLG00000040014) #16 PDE6G (ENSHGLG00000008357) #17 TSPAN10 (ENSHGLG00000013685) #18 ENSHGLG00000015156 #19 FAAP100 (ENSHGLG00000012377) #20 FSCN2 (ENSHGLG00000012271) #21 ACTG1 (ENSHGLG00000009170) #22 BAHCC1 (ENSHGLG00000006440) #24 SLC38A10 (ENSHGLG00000004919) #26 NDUFAF8 (ENSHGLG00000009200) #27 TEPSIN (ENSHGLG00000008179) #28 CEP131 (ENSHGLG00000005455) #29 AATK (ENSHGLG00000004598) #31 BAIAP2 (ENSHGLG00000004417) #32 CHMP6 (ENSHGLG00000009561) #33 ENSHGLG00000008858 RPTOR (ENSHGLG00000006474) #35 NPTX1 (ENSHGLG00000048442) #36 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ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b ENSGT00390000013080 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b.eb #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b ENSGT00390000013080 Murinae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 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#27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b ENSGT00390000013080 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 21 Ppp1r27 (ENSPEMG00000009995) #8 Mcrip1 (ENSPEMG00000030186) #9 Gcgr (ENSPEMG00000018876) #10 Slc25a10 (ENSPEMG00000013208) #11 Mrpl12 (ENSPEMG00000005848) #12 Hgs (ENSPEMG00000017135) #13 Arl16 (ENSPEMG00000030750) #14 Ccdc137 (ENSPEMG00000019141) #15 Oxld1 (ENSPEMG00000012364) #16 Pde6g (ENSPEMG00000030931) #17 Tspan10 (ENSPEMG00000013391) #18 ENSPEMG00000027189 Nploc4 (ENSPEMG00000018717) #19 Faap100 (ENSPEMG00000017629) #20 Fscn2 (ENSPEMG00000028380) #21 Actg1 (ENSPEMG00000014871) #22 Bahcc1 (ENSPEMG00000010228) #24 Slc38a10 (ENSPEMG00000008379) #26 Ndufaf8 (ENSPEMG00000019251) #27 Tepsin (ENSPEMG00000017939) #28 Cep131 (ENSPEMG00000017173) #29 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ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927.f.a #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b Chacoan peccary MODERN SPECIES 824 SLC25A10 (ENSCWAG00000019418) #11 MRPL12 (ENSCWAG00000019479) #12 HGS (ENSCWAG00000019513) #13 ARL16 (ENSCWAG00000019551) #14 CCDC137 (ENSCWAG00000019573) #15 OXLD1 (ENSCWAG00000019586) #16 PDE6G (ENSCWAG00000019599) #17 TSPAN10 (ENSCWAG00000019614) #18 NPLOC4 (ENSCWAG00000019639) #19 FAAP100 (ENSCWAG00000019681) #20 FSCN2 (ENSCWAG00000019701) #21 ACTG1 (ENSCWAG00000019722) #22 BAHCC1 (ENSCWAG00000019765) #24 Pig MODERN SPECIES 3 P4HB (ENSSSCG00000039148) #7 PPP1R27 (ENSSSCG00000037039) #8 MCRIP1 (ENSSSCG00000039424) #9 GCGR 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Alpaca MODERN SPECIES 4448 ENSVPAG00000002951 #22 Arabian camel MODERN SPECIES 2 C10orf120 (ENSCDRG00005008312) ENSCDRG00005008358 ENSCDRG00005008386 ENSCDRG00005008442 ENSCDRG00005008546 ENSCDRG00005008578 HTRA1 (ENSCDRG00005008605) ENSCDRG00005008651 PLEKHA1 (ENSCDRG00005008676) BTBD16 (ENSCDRG00005008822) TACC2 (ENSCDRG00005009143) NSMCE4A (ENSCDRG00005013236) ENSCDRG00005013283 ATE1 (ENSCDRG00005013374) FGFR2 (ENSCDRG00005014046) ENSCDRG00005014853 #22 WDR11 (ENSCDRG00005014918) PLPP4 (ENSCDRG00005015079) SEC23IP (ENSCDRG00005015175) MCMBP (ENSCDRG00005015289) INPP5F (ENSCDRG00005015415) ENSCDRG00005015966 BAG3 (ENSCDRG00005016010) TIAL1 (ENSCDRG00005016058) RGS10 (ENSCDRG00005016243) GRK5 (ENSCDRG00005016297) PRDX3 (ENSCDRG00005016447) SFXN4 (ENSCDRG00005016498) DENND10 (ENSCDRG00005016616) EIF3A (ENSCDRG00005016694) CACUL1 (ENSCDRG00005016843) Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 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ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927.f.a #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b ENSGT00390000013080 Blue whale MODERN SPECIES 12 P4HB (ENSBMSG00010017152) #7 PPP1R27 (ENSBMSG00010017128) #8 ENSBMSG00010017059 #9 GCGR (ENSBMSG00010016997) #10 SLC25A10 (ENSBMSG00010016936) #11 MRPL12 (ENSBMSG00010016896) #12 HGS (ENSBMSG00010016791) #13 ARL16 (ENSBMSG00010016743) #14 CCDC137 (ENSBMSG00010016685) #15 ENSBMSG00010016649 #16 PDE6G (ENSBMSG00010016623) #17 TSPAN10 (ENSBMSG00010016370) #18 NPLOC4 (ENSBMSG00010016260) #19 FAAP100 (ENSBMSG00010016216) #20 FSCN2 (ENSBMSG00010016184) #21 ACTG1 (ENSBMSG00010016154) #22 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#24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927.f.a #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b ENSGT00390000013080 Dolphin MODERN SPECIES 2322 NPLOC4 (ENSTTRG00000006439) #19 FAAP100 (ENSTTRG00000006437) #20 FSCN2 (ENSTTRG00000006435) #21 ACTG1 (ENSTTRG00000006433) #22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000154268.e.a.w.b ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327.a #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 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(ENSPSNG00000017256) #30 AATK (ENSPSNG00000017380) #31 BAIAP2 (ENSPSNG00000017998) #32 ENSPSNG00000018244 CHMP6 (ENSPSNG00000018270) #33 RPTOR (ENSPSNG00000018324) #35 NPTX1 (ENSPSNG00000018520) #36 ENSPSNG00000018602 #37 RNF213 (ENSPSNG00000018940) SLC26A11 (ENSPSNG00000020026) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000154268.e.a.w.b ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327.a #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927.f.a #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00390000011880.c #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b ENSGT00390000013080 Beluga whale MODERN SPECIES 26 PPP1R27 (ENSDLEG00000003347) #8 ENSDLEG00000003358 #9 GCGR (ENSDLEG00000003371) #10 ENSDLEG00000003375 SLC25A10 (ENSDLEG00000003389) #11 MRPL12 (ENSDLEG00000003392) #12 HGS (ENSDLEG00000003399) #13 ARL16 (ENSDLEG00000003423) #14 CCDC137 (ENSDLEG00000003427) #15 ENSDLEG00000003430 #16 PDE6G (ENSDLEG00000003433) #17 TSPAN10 (ENSDLEG00000003436) #18 NPLOC4 (ENSDLEG00000003440) #19 FAAP100 (ENSDLEG00000003454) #20 FSCN2 (ENSDLEG00000003461) #21 ACTG1 (ENSDLEG00000003467) #22 BAHCC1 (ENSDLEG00000003483) #24 SLC38A10 (ENSDLEG00000003527) #26 NDUFAF8 (ENSDLEG00000003551) #27 TEPSIN (ENSDLEG00000003559) #28 CEP131 (ENSDLEG00000003577) #29 PVALEF (ENSDLEG00000003600) #30 AATK (ENSDLEG00000003613) #31 BAIAP2 (ENSDLEG00000003640) #32 CHMP6 (ENSDLEG00000003668) #33 RPTOR (ENSDLEG00000003717) #35 NPTX1 (ENSDLEG00000004039) #36 ENDOV (ENSDLEG00000004046) #37 RNF213 (ENSDLEG00000004275) SLC26A11 (ENSDLEG00000005532) SGSH (ENSDLEG00000005709) Narwhal MODERN SPECIES 316 PPP1R27 (ENSMMNG00015019423) #8 ENSMMNG00015019450 #9 GCGR (ENSMMNG00015019507) #10 ENSMMNG00015019554 SLC25A10 (ENSMMNG00015019574) #11 MRPL12 (ENSMMNG00015019602) #12 HGS (ENSMMNG00015019629) #13 ENSMMNG00015019647 #14 CCDC137 (ENSMMNG00015019664) #15 ENSMMNG00015019695 #16 PDE6G (ENSMMNG00015019707) #17 ENSMMNG00015019722 #18 NPLOC4 (ENSMMNG00015019752) #19 FAAP100 (ENSMMNG00015019858) #20 FSCN2 (ENSMMNG00015019897) #21 ACTG1 (ENSMMNG00015019925) #22 BAHCC1 (ENSMMNG00015019961) #24 SLC38A10 (ENSMMNG00015020036) #26 NDUFAF8 (ENSMMNG00015020093) #27 TEPSIN (ENSMMNG00015020123) #28 CEP131 (ENSMMNG00015020216) #29 PVALEF (ENSMMNG00015020281) #30 AATK (ENSMMNG00015020344) #31 BAIAP2 (ENSMMNG00015020576) #32 CHMP6 (ENSMMNG00015020662) #33 RPTOR (ENSMMNG00015020731) #35 NPTX1 (ENSMMNG00015020920) #36 ENDOV (ENSMMNG00015020948) #37 RNF213 (ENSMMNG00015021344) SLC26A11 (ENSMMNG00015021882) SGSH (ENSMMNG00015021892) Pecora ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927.e #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00910000147524 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C Yarkand deer MODERN SPECIES 28 MCRIP1 (ENSCHYG00000024250) #9 GCGR (ENSCHYG00000024352) #10 SLC25A10 (ENSCHYG00000024415) #11 MRPL12 (ENSCHYG00000024470) #12 HGS (ENSCHYG00000024504) 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ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b Donkey MODERN SPECIES 4 P4HB (ENSEASG00005005814) #7 PPP1R27 (ENSEASG00005005812) #8 ENSEASG00005029020 #9 GCGR (ENSEASG00005005791) #10 SLC25A10 (ENSEASG00005005784) #11 MRPL12 (ENSEASG00005005780) #12 HGS (ENSEASG00005005773) #13 ARL16 (ENSEASG00005033082) #14 CCDC137 (ENSEASG00005033605) #15 OXLD1 (ENSEASG00005032509) #16 PDE6G (ENSEASG00005035748) #17 ENSEASG00005005762 #18 NPLOC4 (ENSEASG00005005741) #19 FAAP100 (ENSEASG00005005738) #20 FSCN2 (ENSEASG00005005735) #21 ACTG1 (ENSEASG00005005734) #22 BAHCC1 (ENSEASG00005005710) #24 SLC38A10 (ENSEASG00005005687) #26 NDUFAF8 (ENSEASG00005033068) #27 TEPSIN (ENSEASG00005005682) #28 CEP131 (ENSEASG00005005660) #29 PVALEF (ENSEASG00005038627) #30 ENSEASG00005037082 AATK (ENSEASG00005005630) #31 BAIAP2 (ENSEASG00005005614) #32 CHMP6 (ENSEASG00005036678) #33 RPTOR (ENSEASG00005005534) #35 NPTX1 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(ENSECAG00000016217) SLC26A11 (ENSECAG00000010099) SGSH (ENSECAG00000004844) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000006233.c.b ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b ENSGT00390000013080 Megabat MODERN SPECIES 2264 FSCN2 (ENSPVAG00000013158) #21 ACTG1 (ENSPVAG00000013155) #22 ENSPVAG00000013152 #24 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000006233.c.b ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b ENSGT00390000013080 Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat MODERN SPECIES EFNB1 (ENSRFEG00010000075) PJA1 (ENSRFEG00010000073) NALF2 (ENSRFEG00010000072) EDA (ENSRFEG00010000071) AWAT2 (ENSRFEG00010000070) OTUD6A 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ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.A ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 110 ENSDNOG00000030680 #22 Armadillo MODERN SPECIES 811 ITGA11 (ENSDNOG00000012822) ENSDNOG00000045706 CORO2B (ENSDNOG00000035953) ENSDNOG00000037960 ENSDNOG00000045325 NOX5 (ENSDNOG00000005365) GLCE (ENSDNOG00000042897) PAQR5 (ENSDNOG00000044935) KIF23 (ENSDNOG00000014185) ENSDNOG00000030825 TLE3 (ENSDNOG00000019320) UACA (ENSDNOG00000017227) LARP6 (ENSDNOG00000042993) LRRC49 (ENSDNOG00000010610) ENSDNOG00000031020 ENSDNOG00000011894 #22 THSD4 (ENSDNOG00000002153) NR2E3 (ENSDNOG00000045485) MYO9A (ENSDNOG00000004799) ENSDNOG00000039118 ENSDNOG00000044600 ENSDNOG00000036130 PCNX2 (ENSDNOG00000001976) ENSDNOG00000036436 MAP3K21 (ENSDNOG00000040670) KCNK1 (ENSDNOG00000010152) ENSDNOG00000031013 Armadillo MODERN SPECIES 1964 ENSDNOG00000047901 #22 ENSDNOG00000041042 Sloth DUPLICATION Sloth MODERN SPECIES 12315 ENSCHOG00000005050 #22 Sloth MODERN SPECIES 11545 ENSCHOG00000010621 #22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000154596.b ENSGT00950000184989 ENSGT00940000155825 ENSGT00390000014156 ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.A ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015109 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b ENSGT00390000013080 Tenrec DUPLICATION Tenrec MODERN SPECIES 13452 ENSETEG00000020346 #22 Tenrec DUPLICATION Tenrec DUPLICATION Tenrec MODERN SPECIES 18770 ENSETEG00000015607 #22 Tenrec MODERN SPECIES 10121 ENSETEG00000002210 #22 Tenrec MODERN SPECIES 14955 ENSETEG00000019494 #22 ENSETEG00000019496 ENSETEG00000019498 Tenrec MODERN SPECIES 13445 ENSETEG00000018370 #22 Tenrec DUPLICATION Tenrec MODERN SPECIES 5899 WBP1L (ENSETEG00000008940) ENSETEG00000008942 #22 Tenrec MODERN SPECIES 8997 ENSETEG00000019805 PLXNC1 (ENSETEG00000019798) ENSETEG00000019795 #22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b ENSGT00390000013080 ENSGT00940000160777 Elephant DUPLICATION Elephant MODERN SPECIES 424 PPP1R27 (ENSLAFG00000020936) #8 MCRIP1 (ENSLAFG00000027566) #9 GCGR (ENSLAFG00000029773) #10 SLC25A10 (ENSLAFG00000028721) #11 MRPL12 (ENSLAFG00000004594) #12 HGS (ENSLAFG00000004589) #13 ENSLAFG00000020767 #14 OXLD1 (ENSLAFG00000030315) #16 CCDC137 (ENSLAFG00000015867) #15 ENSLAFG00000032568 #14 PDE6G (ENSLAFG00000030364) #17 ENSLAFG00000013545 #18 NPLOC4 (ENSLAFG00000015865) #19 FAAP100 (ENSLAFG00000032189) #20 ENSLAFG00000029816 #21 ENSLAFG00000009167 #22 ENSLAFG00000005800 #24 SLC38A10 (ENSLAFG00000021889) #26 NDUFAF8 (ENSLAFG00000032321) #27 TEPSIN (ENSLAFG00000001546) #28 CEP131 (ENSLAFG00000017080) #29 AATK (ENSLAFG00000004746) #31 BAIAP2 (ENSLAFG00000028916) #32 CHMP6 (ENSLAFG00000001720) #33 ENSLAFG00000030633 #35 ENSLAFG00000014929 #35 NPTX1 (ENSLAFG00000025581) #36 ENDOV (ENSLAFG00000026661) #37 ENSLAFG00000011835 ENSLAFG00000028616 ENSLAFG00000011828 Elephant MODERN SPECIES 403 USP42 (ENSLAFG00000013305) ENSLAFG00000028040 CYTH3 (ENSLAFG00000010832) ENSLAFG00000003150 RAC1 (ENSLAFG00000012844) ENSLAFG00000004986 KDELR2 (ENSLAFG00000004992) GRID2IP (ENSLAFG00000020636) ZDHHC4 (ENSLAFG00000010790) INTS15 (ENSLAFG00000010793) ZNF316 (ENSLAFG00000016201) RBAK (ENSLAFG00000008833) ENSLAFG00000030133 RNF216 (ENSLAFG00000017088) FSCN1 (ENSLAFG00000031431) ##21 ENSLAFG00000001268 #22 FBXL18 (ENSLAFG00000001983) ENSLAFG00000004819 SLC29A4 (ENSLAFG00000014371) WIPI2 (ENSLAFG00000001086) MMD2 (ENSLAFG00000006633) RADIL (ENSLAFG00000006627) AP5Z1 (ENSLAFG00000026556) FOXK1 (ENSLAFG00000003036) ENSLAFG00000025597 ENSLAFG00000032479 ENSLAFG00000029731 ENSLAFG00000028866 ENSLAFG00000026973 SDK1 (ENSLAFG00000001272) CARD11 (ENSLAFG00000004647) Hyrax DUPLICATION Hyrax MODERN SPECIES 8686 ENSPCAG00000002190 #22 Hyrax MODERN SPECIES 5472 FAAP100 (ENSPCAG00000000917) #20 FSCN2 (ENSPCAG00000000879) #21 ACTG1 (ENSPCAG00000000854) #22 ENSPCAG00000000759 #24 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000157351.i #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000157351.i #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil MODERN SPECIES 2 GPR82 (ENSSHAG00000006459) GPR34 (ENSSHAG00000025728) NYX (ENSSHAG00000024777) ENSSHAG00000007623 ENSSHAG00000008762 MED14 (ENSSHAG00000003470) ENSSHAG00000031563 ATP6AP2 (ENSSHAG00000005689) ENSSHAG00000028827 BCOR (ENSSHAG00000010865) ENSSHAG00000022083 MID1IP1 (ENSSHAG00000031170) TSPAN7 (ENSSHAG00000012655) OTC (ENSSHAG00000013760) ENSSHAG00000026580 ENSSHAG00000000010 #22 SRPX (ENSSHAG00000001996) SYTL5 (ENSSHAG00000005032) DYNLT3 (ENSSHAG00000024546) CYBB (ENSSHAG00000008469) XK (ENSSHAG00000028050) LANCL3 (ENSSHAG00000024649) PRRG1 (ENSSHAG00000021020) ENSSHAG00000012460 ENSSHAG00000021064 TMEM47 (ENSSHAG00000026216) DMD (ENSSHAG00000012110) TAB3 (ENSSHAG00000017602) ENSSHAG00000017813 ENSSHAG00000006470 TASL (ENSSHAG00000021619) Tasmanian devil MODERN SPECIES 3 ARHGDIA (ENSSHAG00000027581) ENSSHAG00000031066 #7 PPP1R27 (ENSSHAG00000011363) #8 GCGR (ENSSHAG00000011733) #10 SLC25A10 (ENSSHAG00000024906) #11 ENSSHAG00000012486 #11 HGS 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ENSGT00630000089884.C ENSGT00940000166332 ENSGT01070000253775.b Common wall lizard MODERN SPECIES 10 RPL38 (ENSPMRG00000001563) TTYH2 (ENSPMRG00000001593) ENSPMRG00000001633 KIF19 (ENSPMRG00000001657) BTBD17 (ENSPMRG00000001687) GPR142 (ENSPMRG00000001702) GPRC5C (ENSPMRG00000001711) CCDC137 (ENSPMRG00000001720) #15 OXLD1 (ENSPMRG00000001733) #16 PDE6G (ENSPMRG00000001738) #17 TSPAN10 (ENSPMRG00000001748) #18 NPLOC4 (ENSPMRG00000001757) #19 ENSPMRG00000001770 FAAP100 (ENSPMRG00000001774) #20 FSCN2 (ENSPMRG00000001780) #21 ACTG1 (ENSPMRG00000001793) #22 ENSPMRG00000001804 BAHCC1 (ENSPMRG00000001809) #24 SLC38A10 (ENSPMRG00000001828) #26 NDUFAF8 (ENSPMRG00000001833) #27 TEPSIN (ENSPMRG00000001835) #28 CEP131 (ENSPMRG00000001857) #29 ENSPMRG00000001909 AATK (ENSPMRG00000001916) #31 ENSPMRG00000001929 BAIAP2 (ENSPMRG00000001940) #32 ENSPMRG00000001985 #33 ENSPMRG00000002009 #35 ENSPMRG00000002016 ENSPMRG00000002022 ENSPMRG00000002026 Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 40 RPL38 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Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 1500 ACTG1 (ENSLLTG00000001326) #22 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000003718 ENSGT00950000183060.a.b.a ENSGT00940000163996 ENSGT00940000160989 ENSGT00950000182983.A.a.a ENSGT00940000160948 ENSGT00950000182961.a.a.a ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00410000026495.C ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT01000000214817 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a.d #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00940000173590 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b Eastern brown snake MODERN SPECIES 17 SDK2 (ENSPTXG00000005262) RPL38 (ENSPTXG00000005267) TTYH2 (ENSPTXG00000005269) ENSPTXG00000005272 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(ENSNSUG00000009892) GPRC5C (ENSNSUG00000009891) CCDC137 (ENSNSUG00000009890) #15 OXLD1 (ENSNSUG00000009889) #16 PDE6G (ENSNSUG00000009888) #17 TSPAN10 (ENSNSUG00000009887) #18 NPLOC4 (ENSNSUG00000009751) #19 FAAP100 (ENSNSUG00000009749) #20 FSCN2 (ENSNSUG00000009748) #21 ACTG1 (ENSNSUG00000009747) #22 BAHCC1 (ENSNSUG00000009745) #24 SLC38A10 (ENSNSUG00000009606) #26 NDUFAF8 (ENSNSUG00000009605) #27 TEPSIN (ENSNSUG00000009555) #28 CEP131 (ENSNSUG00000009547) #29 ENSNSUG00000009544 AATK (ENSNSUG00000009461) #31 ENSNSUG00000009457 #32 ENSNSUG00000009456 #32 Anura ANCESTRAL SPECIES 73 ENSGT00390000003718 ENSGT00950000183060.a.b.a ENSGT00940000163996 ENSGT00940000160989 ENSGT00950000182983.A.a.a ENSGT00940000160948 ENSGT00950000182961.a.a.b.b ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00410000026495.C ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00940000164863 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b ENSGT00390000013080 Leishan spiny toad MODERN SPECIES 3 TTYH2 (ENSLLEG00000030260) ENSLLEG00000030307 KIF19 (ENSLLEG00000030339) BTBD17 (ENSLLEG00000030376) GPR142 (ENSLLEG00000030384) ENSLLEG00000030390 ENSLLEG00000030395 CCDC137 (ENSLLEG00000030398) #15 ENSLLEG00000030405 PDE6G (ENSLLEG00000030413) #17 TSPAN10 (ENSLLEG00000030419) #18 NPLOC4 (ENSLLEG00000030428) #19 ENSLLEG00000030442 FAAP100 (ENSLLEG00000030450) #20 FSCN2 (ENSLLEG00000030457) #21 ACTG1 (ENSLLEG00000030465) #22 ENSLLEG00000030473 ENSLLEG00000030477 ENSLLEG00000030482 BAHCC1 (ENSLLEG00000030501) #24 ENSLLEG00000030542 SLC38A10 (ENSLLEG00000030549) #26 ENSLLEG00000030565 TEPSIN (ENSLLEG00000030595) #28 CEP131 (ENSLLEG00000030646) #29 ENSLLEG00000030662 AATK (ENSLLEG00000030671) #31 BAIAP2 (ENSLLEG00000030688) #32 ENSLLEG00000030711 TBC1D16 (ENSLLEG00000030725) ENSLLEG00000030736 Coelacanth MODERN SPECIES 257 SGSH (ENSLACG00000017726) CARD14 (ENSLACG00000017738) GAA (ENSLACG00000017791) CCDC40 (ENSLACG00000017837) TBC1D16 (ENSLACG00000017883) CBX4 (ENSLACG00000017972) CBX8 (ENSLACG00000018000) CBX2 (ENSLACG00000018020) ENPP7 (ENSLACG00000018032) RBFOX3 (ENSLACG00000018409) ENGASE (ENSLACG00000018454) NPLOC4 (ENSLACG00000018468) #19 si:dkey-282h22.5 (ENSLACG00000018490) FAAP100 (ENSLACG00000018494) #20 FSCN2 (ENSLACG00000018521) #21 ACTG1 (ENSLACG00000018533) #22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 138 ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT00940000165400 ENSGT01030000234534.C ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182960.a.a.b ##22 ENSGT00390000015109 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ENSGT00940000156643 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 186 ENSGT00940000158690 ENSGT01030000234534.C ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182960.a.a.b ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000165557 ENSGT00940000155520 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300 ENSGT00390000018509.a ENSGT00390000002762.a.b ENSGT00400000022459 ENSGT00390000010052.a ENSGT00940000156701 ENSGT00390000013127.b ENSGT00940000156643 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 122 ENSGT00940000157636 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157747 ENSGT00950000182958.b.a.b ENSGT00940000159507 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000157972.c ENSGT00940000155537 ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a ENSGT00940000158690 ENSGT01030000234534.C ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.b ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000153974.A ENSGT00400000022459 ENSGT00390000010052.b ENSGT00390000013127.b ENSGT00390000009298 ENSGT00930000151032.A ENSGT00940000167865 ENSGT00950000182935.B.b.d.b ENSGT00940000156666 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 307 ENSGT00530000064157.a ENSGT00550000075029 ENSGT00940000167465 ENSGT00940000165262 ENSGT00940000157752 ENSGT00390000014423 ENSGT00390000002127.b ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00950000182898.a.b.p ENSGT00940000153974.A ENSGT00400000022459 ENSGT00390000010052.b ENSGT00390000013127.b ENSGT00390000009298 ENSGT00930000151032.A.e ENSGT00940000167865 ENSGT00950000182935.B.b.d.b ENSGT00940000156666 ENSGT00940000159416 ENSGT00940000156254.o.a ENSGT00940000157932.m.b ENSGT00940000158025.a.b Otophysi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000156614.b.g ENSGT00550000074913.i.c ENSGT00940000157636.c.d ENSGT00940000158573.l ENSGT00940000157747.y.b ENSGT00950000182958.b.a.b.c.b.a ENSGT00940000159507.d ENSGT00390000017592.i ENSGT00940000157972.c.b ENSGT00940000155537.g ENSGT00950000183183.b.b.c ENSGT00940000158690.e.a ENSGT01030000234534.C ENSGT00510000048032.k ENSGT00950000183157.a.a.b.o.b.a ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000157099.t ENSGT00950000182898.a.b.o.b ENSGT00940000165557.i ENSGT00940000155520.wb ENSGT00390000014300.m ENSGT00390000018509.a.r ENSGT00390000002762.a.b.m ENSGT00390000010052.a.a ENSGT00940000156701.a ENSGT00940000156643.a ENSGT00390000014178.a ENSGT00950000182935.B.b.d.a.a ENSGT00390000001979.e.a ENSGT00940000153340.A.l ENSGT00940000155335.t.a Golden-line barbel MODERN SPECIES 36 eif3ba (ENSSGRG00000021723) gna12a (ENSSGRG00000021746) CARD11 (ENSSGRG00000021748) SDK1 (ENSSGRG00000022161) cyp3c4 (ENSSGRG00000022236) foxk1 (ENSSGRG00000022494) ap5z1 (ENSSGRG00000022504) mmd2a (ENSSGRG00000022508) wipi2 (ENSSGRG00000022548) arpc1b (ENSSGRG00000023235) arpc1b (ENSSGRG00000023237) arpc1a (ENSSGRG00000023238) smurf1 (ENSSGRG00000023320) ENSSGRG00000024121 fscn1a (ENSSGRG00000024122) ##21 ENSSGRG00000024123 #22 TNRC18 (ENSSGRG00000024124) slc29a4a (ENSSGRG00000024125) bud31 (ENSSGRG00000024126) shmt1 (ENSSGRG00000024138) smcr8a (ENSSGRG00000024304) TOP3A (ENSSGRG00000024311) flii (ENSSGRG00000024630) znf598 (ENSSGRG00000025187) syngr3a (ENSSGRG00000025188) gfer (ENSSGRG00000025189) drg2 (ENSSGRG00000025197) MYO15A (ENSSGRG00000025371) llgl1 (ENSSGRG00000025389) ENSSGRG00000026192 ENSSGRG00000026194 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Channel catfish MODERN SPECIES 6 ENSIPUG00000004351 camta2 (ENSIPUG00000004357) zgc:85858 (ENSIPUG00000004408) ENSIPUG00000004417 eno3 (ENSIPUG00000004425) pfn1 (ENSIPUG00000004437) Trappc1 (ENSIPUG00000004447) ENSIPUG00000004472 KIF1C (ENSIPUG00000004488) actl6b (ENSIPUG00000004516) ATP1B2 (ENSIPUG00000004548) ENSIPUG00000004585 plod3 (ENSIPUG00000004617) ENSIPUG00000004698 ENSIPUG00000004716 ENSIPUG00000004735 #22 ENSIPUG00000004740 spo11 (ENSIPUG00000004757) ENSIPUG00000004790 baz2a (ENSIPUG00000004817) edem2 (ENSIPUG00000004869) prpf6 (ENSIPUG00000004912) ENSIPUG00000004965 uckl1 (ENSIPUG00000004997) zbtb46 (ENSIPUG00000005116) ENSIPUG00000005139 lmod3 (ENSIPUG00000005162) naa10 (ENSIPUG00000005190) DDX23 (ENSIPUG00000005247) birc7 (ENSIPUG00000005286) ENSIPUG00000005321 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Denticle herring MODERN SPECIES 13 ENSDCDG00000001561 ENSDCDG00000001559 SLC5A10 (ENSDCDG00000001521) syngr3b (ENSDCDG00000001509) ENSDCDG00000001502 ENSDCDG00000001500 ENSDCDG00000001499 smcr8b (ENSDCDG00000001498) mief2 (ENSDCDG00000001495) alkbh5 (ENSDCDG00000001494) ybx1 (ENSDCDG00000001491) ENSDCDG00000001490 ENSDCDG00000001482 ENSDCDG00000001478 ##21 ACTG1 (ENSDCDG00000001471) #22 fbxl18 (ENSDCDG00000001465) hapstr1b (ENSDCDG00000001463) ENSDCDG00000001462 ENSDCDG00000001461 ENSDCDG00000003778 ENSDCDG00000003766 ENSDCDG00000003764 ENSDCDG00000003760 ENSDCDG00000003759 socs1b (ENSDCDG00000003757) ENSDCDG00000003753 ENSDCDG00000003749 prkcba (ENSDCDG00000002783) socs1b (ENSDCDG00000002716) ENSDCDG00000002703 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000157752 ENSGT00940000166918 ENSGT00390000014423 ENSGT00940000155412.a.a.b ENSGT00940000154535.B ENSGT00950000183249 ENSGT00940000162394 ENSGT00940000159148.b ENSGT00940000154615.i.a.b ENSGT00950000183047.c.a.b ENSGT00940000154130.a.a.a ENSGT00940000159125 ENSGT00390000001945 ENSGT00640000091578 ENSGT00990000204057 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000153974.A ENSGT00400000022459 ENSGT00390000010052.b ENSGT00390000013127.b ENSGT00390000009298 ENSGT00930000151032.A.c.a ENSGT00940000167865 ENSGT00940000156222.a.b ENSGT00390000002886.a.a.a ENSGT00940000165949 ENSGT00940000173775 ENSGT00940000177139 ENSGT00950000183183.b.a ENSGT00950000183183.b.b Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154535.B ENSGT00950000183249 ENSGT00940000162394 ENSGT00940000159148.b ENSGT00940000154615.i.a.b ENSGT00950000183047.c.a.b ENSGT00940000154130.a.a.a ENSGT00940000159125 ENSGT00390000001945 ENSGT00640000091578 ENSGT00990000204057 ENSGT00940000164100.A.c.a ENSGT01100000263483.D.d ENSGT00950000182960.a.b ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000153974.A ENSGT00400000022459 ENSGT00390000010052.b ENSGT00390000013127.b ENSGT00390000009298 ENSGT00930000151032.A.c.a ENSGT00940000167865 ENSGT00940000182552 ENSGT00940000156222.a.b ENSGT00390000002886.a.a.a ENSGT00940000165949 ENSGT00940000173775 ENSGT00940000177139 ENSGT00950000183183.b.a Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 112 ENSGT00940000154960 ENSGT00940000156081.i ENSGT00950000182925.B.a ENSGT00390000012859 ENSGT00950000182850.a.b.b.a ENSGT00500000044989 ENSGT00390000004950 ENSGT00550000074618.b ENSGT00530000065159 ENSGT00940000155553.e.b ENSGT00940000164100.A.c.a ENSGT01100000263483.D.d ENSGT00950000182960.a.b ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 262 mief1 (ENSHCOG00000006873) ENSHCOG00000006884 mpst (ENSHCOG00000006897) mpst (ENSHCOG00000006906) ENSHCOG00000006919 ENSHCOG00000006940 ENSHCOG00000000207 chst12a (ENSHCOG00000006968) CARD11 (ENSHCOG00000007033) ap5z1 (ENSHCOG00000007072) mmd2a (ENSHCOG00000007105) wipi2 (ENSHCOG00000007134) smurf1 (ENSHCOG00000007183) ENSHCOG00000007204 FSCN1 (ENSHCOG00000007218) ##21 ENSHCOG00000007233 #22 ENSHCOG00000007252 ##22 TNRC18 (ENSHCOG00000000247) Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 178 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000178300 ENSGT00950000183249 ENSGT00940000159148.b ENSGT01060000248589.A.d ENSGT00940000154615.i.a.b ENSGT00950000183047.c.a.b ENSGT00940000154130.a.a.a ENSGT00940000159125 ENSGT00390000001945 ENSGT00640000091578 ENSGT00990000204057 ENSGT00530000063725.p.f.d ENSGT01100000263598 ENSGT00950000182960.a.a.b.e.b ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182960.a.a.b.f ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000153974.A ENSGT00400000022459 ENSGT00390000010052.b ENSGT00390000013127.b ENSGT00390000009298 ENSGT00930000151032.A.c.a ENSGT00940000155335.s.a ENSGT00940000156222.a.b ENSGT00390000002886.a.a.a ENSGT00940000165949 ENSGT00940000173775 ENSGT00940000177139 ENSGT00950000183183.b.a Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 100 ENSGT00530000063725.p.f.c.b ENSGT01100000263598 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 270 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000183157.a.a.b.d ##21 ENSGT00940000163566.a.a ENSGT00940000157752 ENSGT00390000014423 ENSGT00940000155412.a.a.b ENSGT00940000154535.B 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smcr8b (ENSONIG00000003176) mief2 (ENSONIG00000003179) alkbh5 (ENSONIG00000003181) MYO15A (ENSONIG00000003182) ENSONIG00000003190 ENSONIG00000030100 hapstr1b (ENSONIG00000003202) abcg2b (ENSONIG00000003204) Pseudocrenilabrinae_A DUPLICATION Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000163566.a.a ENSGT00940000157752 ENSGT00390000014423 ENSGT00940000155412.a.a.b ENSGT00940000154535.B ENSGT00940000159148.b ENSGT00940000154615.i.a.b ENSGT00950000183047.c.a.b ENSGT00940000154130.a.a.a ENSGT00940000159125 ENSGT00390000001945 ENSGT00640000091578 ENSGT00530000063725.p.f.d.h ENSGT00530000063725.p.f.c.a ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b.c #22 ENSGT00530000063725.p.f.c.b ENSGT01100000263598 ENSGT00950000182960.a.a.b.e.b.a ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000153974.A ENSGT00400000022459 ENSGT00390000010052.b ENSGT00390000013127.b ENSGT00390000009298 ENSGT00930000151032.A.c.a ENSGT00990000204818.a ENSGT00940000155335.s.a ENSGT00940000156222.a.b 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(ENSNBRG00000009655) Haplochromini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.d.a.a #22 Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 1647 ENSHBUG00000013685 #22 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.d.a.b #22 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.d.a.b #22 Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 1392 ENSHBUG00000000402 #22 ENSHBUG00000013503 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b.d.b #22 Lyretail cichlid MODERN SPECIES 196 ENSNBRG00000001143 #22 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 NAME_4 ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Mummichog MODERN SPECIES 1537 ENSFHEG00000011177 #22 Oryzias ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Javanese ricefish MODERN SPECIES 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12679 ENSHHUG00000017419 #22 Huchen MODERN SPECIES 9365 ENSHHUG00000038731 #22 Reedfish DUPLICATION Reedfish MODERN SPECIES 13 ENSECRG00000003199 HPGDS (ENSECRG00000003206) atoh1a (ENSECRG00000003216) grid2 (ENSECRG00000003242) ENSECRG00000003274 cldne (ENSECRG00000003282) ENSECRG00000003291 ENSECRG00000003301 ENSECRG00000003313 SNCA (ENSECRG00000003319) ENSECRG00000003329 smim20 (ENSECRG00000003341) SEL1L3 (ENSECRG00000003357) ENSECRG00000003423 ENSECRG00000009537 ENSECRG00000009556 #22 ENSECRG00000009563 prdm5 (ENSECRG00000009578) ndnf (ENSECRG00000009593) QRFPR (ENSECRG00000009606) anxa5b (ENSECRG00000009620) exosc9 (ENSECRG00000009639) ccna2 (ENSECRG00000009664) ENSECRG00000009678 CLCN3 (ENSECRG00000009709) hpf1 (ENSECRG00000009760) ENSECRG00000009775 sh3rf1 (ENSECRG00000009805) cbr4 (ENSECRG00000009888) PALLD (ENSECRG00000009993) ENSECRG00000010621 Reedfish MODERN SPECIES 6 MARK1 (ENSECRG00000016901) mrpl57 (ENSECRG00000016852) ENSECRG00000016222 TRAF5 (ENSECRG00000016179) rcor3 (ENSECRG00000016101) KCNH1 (ENSECRG00000015774) hhat (ENSECRG00000015287) ENSECRG00000015128 ENSECRG00000015057 ENSECRG00000014987 slc22a7a (ENSECRG00000014814) ENSECRG00000014683 ##22 ENSECRG00000014668 atl3 (ENSECRG00000014627) ENSECRG00000014585 ENSECRG00000017550 #22 ENSECRG00000017534 ENSECRG00000017522 ENSECRG00000017502 ENSECRG00000017487 ENSECRG00000017469 cript (ENSECRG00000017433) pigf (ENSECRG00000017397) rhoq (ENSECRG00000017378) epas1b (ENSECRG00000017335) PRKCE (ENSECRG00000017293) SRBD1 (ENSECRG00000017244) six2a (ENSECRG00000017213) six3a (ENSECRG00000017189) ENSECRG00000017176 prepl (ENSECRG00000017112) Reedfish MODERN SPECIES 5 ENSECRG00000017704 ttyh2l (ENSECRG00000017658) RPL38 (ENSECRG00000017630) SDK2 (ENSECRG00000017574) CDC42EP4 (ENSECRG00000017535) ENSECRG00000017466 ENSECRG00000017416 cyth1b (ENSECRG00000016701) PGS1 (ENSECRG00000016505) socs3b (ENSECRG00000016487) tha1 (ENSECRG00000016457) TMEM235 (ENSECRG00000016413) birc5a (ENSECRG00000016393) FAAP100 (ENSECRG00000016359) #20 fscn2b (ENSECRG00000016263) #21 ENSECRG00000016211 #22 SLC38A10 (ENSECRG00000016093) #26 ndufaf8 (ENSECRG00000016031) #27 TEPSIN (ENSECRG00000015992) #28 USP36 (ENSECRG00000015940) ENSECRG00000015918 timp2b (ENSECRG00000015896) ENSECRG00000015830 FDXR (ENSECRG00000015691) ENSECRG00000015613 atp5pd (ENSECRG00000015582) ENSECRG00000015567 ENSECRG00000015551 SLC16A5 (ENSECRG00000015524) NT5C (ENSECRG00000015494) armc7 (ENSECRG00000015479) Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 63 ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000165557 ENSGT00940000155520 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182960.a.a.b ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 76 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300 ENSGT00390000018509.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a ENSGT00940000160705.C.b ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00550000074913 Tetrapoda DUPLICATION Tetrapoda DUPLICATION Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Anura ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Leishan spiny toad MODERN SPECIES 7 ENSLLEG00000010738 ENSLLEG00000010758 ENSLLEG00000010840 ENSLLEG00000010979 ENSLLEG00000011003 ENSLLEG00000011073 ENSLLEG00000011603 ENSLLEG00000011628 ENSLLEG00000011690 MSH2 (ENSLLEG00000011713) ENSLLEG00000011874 KCNK12 (ENSLLEG00000011897) CAPN14 (ENSLLEG00000011974) EHD3 (ENSLLEG00000012406) ENSLLEG00000012536 ENSLLEG00000012568 ##22 XDH (ENSLLEG00000012626) CIAO2B (ENSLLEG00000013103) CDC42BPA (ENSLLEG00000013288) COQ8A (ENSLLEG00000015209) ITPKB (ENSLLEG00000015339) STUM (ENSLLEG00000015570) PARP1 (ENSLLEG00000015662) ENSLLEG00000015804 LIN9 (ENSLLEG00000015844) ACBD3 (ENSLLEG00000016048) ENSLLEG00000016183 ENSLLEG00000016221 ENSLLEG00000016356 SDE2 (ENSLLEG00000016419) ENSLLEG00000016508 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Japanese quail MODERN SPECIES 5 MAP2K3 (ENSCJPG00005001368) ENSCJPG00005001360 ATP5MF (ENSCJPG00005001357) CPSF4 (ENSCJPG00005001353) PTCD1 (ENSCJPG00005001347) BUD31 (ENSCJPG00005001343) PDAP1 (ENSCJPG00005001340) ARPC1B (ENSCJPG00005001338) ARPC1A (ENSCJPG00005001335) KPNA7 (ENSCJPG00005001331) ENSCJPG00005001328 SMURF1 (ENSCJPG00005001326) ENSCJPG00005001323 RNF216 (ENSCJPG00005000414) FSCN1 (ENSCJPG00005000395) ##21 ACTB (ENSCJPG00005000336) ##22 FBXL18 (ENSCJPG00005000327) TNRC18 (ENSCJPG00005000297) SLC29A4 (ENSCJPG00005000281) WIPI2 (ENSCJPG00005000267) MMD2 (ENSCJPG00005000255) RADIL (ENSCJPG00005000245) AP5Z1 (ENSCJPG00005000241) FOXK1 (ENSCJPG00005000229) ENSCJPG00005000081 ENSCJPG00005000052 SDK1 (ENSCJPG00005014282) CARD11 (ENSCJPG00005014281) GNA12 (ENSCJPG00005014279) AMZ1 (ENSCJPG00005014211) BRAT1 (ENSCJPG00005014210) Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.a ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 2077 ENSAMEG00000027651 ##22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.b ##22 Anura ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.a.b ##22 Leishan spiny toad DUPLICATION Leishan spiny toad DUPLICATION Leishan spiny toad MODERN SPECIES 11 ENSLLEG00000015754 ENSLLEG00000015865 FMO3 (ENSLLEG00000015978) ENSLLEG00000016120 ENSLLEG00000016231 ENSLLEG00000016553 ENSLLEG00000016645 ENSLLEG00000016826 UAP1 (ENSLLEG00000017087) ENSLLEG00000017449 ENSLLEG00000017639 RGS4 (ENSLLEG00000017672) RGS5 (ENSLLEG00000017729) NUF2 (ENSLLEG00000017847) PBX1 (ENSLLEG00000017987) ENSLLEG00000018211 ##22 LMX1A (ENSLLEG00000018232) ENSLLEG00000018418 AGL (ENSLLEG00000018588) ENSLLEG00000021945 ENSLLEG00000022008 ENSLLEG00000022049 ENSLLEG00000022322 ENSLLEG00000022452 ENSLLEG00000022518 ENSLLEG00000022535 ENSLLEG00000022593 DAG1 (ENSLLEG00000022659) ENSLLEG00000022696 F13B (ENSLLEG00000022763) HENMT1 (ENSLLEG00000022961) Leishan spiny toad MODERN SPECIES 1 ENSLLEG00000015567 ENSLLEG00000015888 ENSLLEG00000015974 ENSLLEG00000016045 ENSLLEG00000016065 ENSLLEG00000016178 ENSLLEG00000016261 ENSLLEG00000016341 BBS2 (ENSLLEG00000016420) OGFOD1 (ENSLLEG00000016920) NUDT21 (ENSLLEG00000017159) AMFR (ENSLLEG00000017376) GNAO1 (ENSLLEG00000017781) ENSLLEG00000018028 ENSLLEG00000018054 ENSLLEG00000018075 ##22 CBFB (ENSLLEG00000018137) ENSLLEG00000018241 B3GNT9 (ENSLLEG00000018489) TRADD (ENSLLEG00000018513) ENSLLEG00000018557 ENSLLEG00000018625 ENSLLEG00000018669 HSF4 (ENSLLEG00000018756) ENSLLEG00000019111 ENSLLEG00000019205 NUP93 (ENSLLEG00000019228) SLC12A3 (ENSLLEG00000019410) HERPUD1 (ENSLLEG00000019676) CETP (ENSLLEG00000019915) NLRC5 (ENSLLEG00000020097) Leishan spiny toad MODERN SPECIES 10 ZC3H15 (ENSLLEG00000028373) ENSLLEG00000028588 SMURF1 (ENSLLEG00000028621) WIPI2 (ENSLLEG00000016159) SLC29A4 (ENSLLEG00000016445) ENSLLEG00000016640 ENSLLEG00000016662 FOXK1 (ENSLLEG00000016690) CARD11 (ENSLLEG00000016801) ITGAV (ENSLLEG00000017273) DNASE1L3 (ENSLLEG00000017824) ENSLLEG00000017910 ENSLLEG00000017934 ENSLLEG00000018302 ENSLLEG00000018003 ENSLLEG00000018629 ##22 ENSLLEG00000018904 FBXL18 (ENSLLEG00000018952) FSCN1 (ENSLLEG00000019010) ##21 RNF216 (ENSLLEG00000019172) ENSLLEG00000019386 CALCRL (ENSLLEG00000019529) ENSLLEG00000020101 GTF3C3 (ENSLLEG00000020452) ENSLLEG00000020752 ETV5 (ENSLLEG00000020770) PFKL (ENSLLEG00000021027) DNAJB11 (ENSLLEG00000021973) ENSLLEG00000022365 TBCCD1 (ENSLLEG00000022414) VPS16 (ENSLLEG00000022652) Frog MODERN SPECIES 9 mstn.2 (ENSXETG00000043668) mstn.1 (ENSXETG00000048016) ptcd1 (ENSXETG00000009891) cpsf4 (ENSXETG00000009892) kcnj12 (ENSXETG00000046715) atp5mf (ENSXETG00000043524) kpna7 (ENSXETG00000007497) ENSXETG00000034868 ENSXETG00000041441 smurf1 (ENSXETG00000007498) rnf216 (ENSXETG00000044685) fscn1 (ENSXETG00000007501) ##21 fbxl18 (ENSXETG00000007502) ENSXETG00000047797 tnrc18 (ENSXETG00000007504) actb (ENSXETG00000025116) ##22 ENSXETG00000046251 hspe1 (ENSXETG00000007510) hspd1 (ENSXETG00000007509) tra2b (ENSXETG00000007511) mob4 (ENSXETG00000025118) ENSXETG00000045791 calcrl (ENSXETG00000013895) itgav (ENSXETG00000013317) zc3h15 (ENSXETG00000013336) ENSXETG00000046487 sf3b1 (ENSXETG00000013339) ENSXETG00000042545 ENSXETG00000047626 tbccd1 (ENSXETG00000013351) gls (ENSXETG00000024709) Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 75 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ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000160875 ENSGT01030000234586.A.a.b ENSGT00940000165557 ENSGT00940000155520 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300 ENSGT00390000018509.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a ENSGT00940000160705.C.b ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT01030000234534.C ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00950000182958.a.b.b.b ENSGT00950000182958.a.b.b.a ENSGT00950000182958.a.b.a ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b Episquamata ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000160875 ENSGT01030000234586.A.a.b ENSGT00940000165557 ENSGT00940000155520 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300 ENSGT00390000018509.a 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ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00950000182958.a.b.b.b ENSGT00950000182958.a.b.b.a ENSGT00950000182958.a.b.a ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573.a ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b Elapidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000160875.a ENSGT01030000234586.A.a.b ENSGT00940000165557 ENSGT00940000155520 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300 ENSGT00390000018509.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a ENSGT00940000160705.C.b ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b.bb ##21 ENSGT00950000183157.a.a.b.cb ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00950000182958.a.b.b.b ENSGT00950000182958.a.b.b.a ENSGT00950000182958.a.b.a ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573.a ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b Indian cobra DUPLICATION Indian cobra MODERN SPECIES 15 NATD1 (ENSNNAG00000016053) MAP2K3 (ENSNNAG00000016061) ENSNNAG00000016085 CPSF4 (ENSNNAG00000016093) PTCD1 (ENSNNAG00000016099) BUD31 (ENSNNAG00000016111) PDAP1 (ENSNNAG00000016121) ARPC1B (ENSNNAG00000016131) ARPC1A (ENSNNAG00000016149) ENSNNAG00000016182 KPNA7 (ENSNNAG00000016223) SMURF1 (ENSNNAG00000016275) RNF216 (ENSNNAG00000016285) ENSNNAG00000016312 ##21 ENSNNAG00000016321 ##21 ACTB (ENSNNAG00000007940) ##22 FBXL18 (ENSNNAG00000007962) TNRC18 (ENSNNAG00000007985) SLC29A4 (ENSNNAG00000008031) WIPI2 (ENSNNAG00000008185) MMD2 (ENSNNAG00000008226) RADIL (ENSNNAG00000008297) AP5Z1 (ENSNNAG00000008991) FOXK1 (ENSNNAG00000009066) ENSNNAG00000009103 ENSNNAG00000009204 ENSNNAG00000010331 SDK1 (ENSNNAG00000010369) ENSNNAG00000010658 ENSNNAG00000010684 GNA12 (ENSNNAG00000010706) Indian cobra MODERN SPECIES 2 ENSNNAG00000006581 ENSNNAG00000006588 ENSNNAG00000007542 KCNT2 (ENSNNAG00000007787) 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ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00950000182958.a.b.b.b ENSGT00950000182958.a.b.b.a ENSGT00950000182958.a.b.a.f ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573.a ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 1327 ACTB (ENSNSUG00000011460) ##22 FBXL18 (ENSNSUG00000011440) Eastern brown snake MODERN SPECIES 24 NATD1 (ENSPTXG00000006626) ENSPTXG00000006628 ENSPTXG00000006631 ENSPTXG00000006632 CPSF4 (ENSPTXG00000006634) PTCD1 (ENSPTXG00000006635) BUD31 (ENSPTXG00000006636) ARPC1B (ENSPTXG00000006637) ARPC1A (ENSPTXG00000006639) ENSPTXG00000006641 KPNA7 (ENSPTXG00000006643) SMURF1 (ENSPTXG00000006645) ENSPTXG00000006646 ENSPTXG00000006647 ##21 ENSPTXG00000006648 ##21 ACTB (ENSPTXG00000006649) ##22 FBXL18 (ENSPTXG00000006650) ENSPTXG00000006651 ENSPTXG00000006652 SLC29A4 (ENSPTXG00000006654) RADIL (ENSPTXG00000006655) AP5Z1 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Laterata ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000160875 ENSGT01030000234586.A.a.b ENSGT00940000165557 ENSGT00940000155520 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300 ENSGT00390000018509.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a ENSGT00940000160705.C.b ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00950000182958.a.b.b.b ENSGT00950000182958.a.b.b.a ENSGT00950000182958.a.b.a ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573.a ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 103 MAP2K3 (ENSSMRG00000020114) ENSSMRG00000020115 ENSSMRG00000020116 CPSF4 (ENSSMRG00000020117) PTCD1 (ENSSMRG00000020118) BUD31 (ENSSMRG00000020120) PDAP1 (ENSSMRG00000020122) ARPC1B (ENSSMRG00000020124) ARPC1A 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KPNA7 (ENSSPUG00000003169) SMURF1 (ENSSPUG00000002982) ENSSPUG00000002956 ENSSPUG00000002931 ENSSPUG00000002901 FSCN1 (ENSSPUG00000002887) ##21 ACTB (ENSSPUG00000002859) ##22 FBXL18 (ENSSPUG00000002840) TNRC18 (ENSSPUG00000002773) SLC29A4 (ENSSPUG00000002730) WIPI2 (ENSSPUG00000002705) MMD2 (ENSSPUG00000002669) RADIL (ENSSPUG00000002651) AP5Z1 (ENSSPUG00000002637) FOXK1 (ENSSPUG00000002586) CYP3A237 (ENSSPUG00000002560) CYP3A236 (ENSSPUG00000002482) CYP3A234 (ENSSPUG00000002466) SDK1 (ENSSPUG00000002401) ENSSPUG00000002383 CARD11 (ENSSPUG00000002342) GNA12 (ENSSPUG00000002321) Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000160875 ENSGT01030000234586.A.a.b ENSGT00510000046986 ENSGT00940000155520 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300 ENSGT00390000018509.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a ENSGT00940000160705.C.b ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT01030000234534.C ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b ##22 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ENSGT00950000182958.a.b.a ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 African ostrich DUPLICATION African ostrich MODERN SPECIES 880 ENSSCUG00000016568 ENSSCUG00000016570 EDC3 (ENSSCUG00000016571) CLK3 (ENSSCUG00000016574) ENSSCUG00000016576 ENSSCUG00000016578 ARID3B (ENSSCUG00000016579) ENSSCUG00000016580 ##22 SEMA7A (ENSSCUG00000016582) CYP11A1 (ENSSCUG00000016587) ENSSCUG00000016593 African ostrich MODERN SPECIES 253 ACTB (ENSSCUG00000003754) ##22 FBXL18 (ENSSCUG00000003757) TNRC18 (ENSSCUG00000003763) SLC29A4 (ENSSCUG00000003767) WIPI2 (ENSSCUG00000003780) ENSSCUG00000003832 ENSSCUG00000003835 AP5Z1 (ENSSCUG00000003840) FOXK1 (ENSSCUG00000003850) ENSSCUG00000003856 ENSSCUG00000003857 SDK1 (ENSSCUG00000003897) CARD11 (ENSSCUG00000003938) GNA12 (ENSSCUG00000003947) AMZ1 (ENSSCUG00000003950) BRAT1 (ENSSCUG00000003951) Neognathae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000014840.a ENSGT00940000160875 ENSGT01030000234586.A.a.b 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ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00950000182958.a.b.b.b ENSGT00950000182958.a.b.a ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000014840.a ENSGT00940000160875 ENSGT01030000234586.A.a.b ENSGT00510000046986 ENSGT00940000165557 ENSGT00940000155520 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300.o ENSGT00390000018509.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00950000182958.a.b.b.b ENSGT00950000182958.a.b.a ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Great tit DUPLICATION Great tit MODERN SPECIES 1 PPCDC (ENSPMJG00000008057) SCAMP5 (ENSPMJG00000008053) RPP25 (ENSPMJG00000008051) COX5A (ENSPMJG00000008050) ENSPMJG00000008048 FAM219B (ENSPMJG00000008047) MPI (ENSPMJG00000008044) SCAMP2 (ENSPMJG00000008042) ULK3 (ENSPMJG00000008034) CPLX3 (ENSPMJG00000008030) CSK (ENSPMJG00000008026) ENSPMJG00000008022 ENSPMJG00000008019 EDC3 (ENSPMJG00000008012) CLK3 (ENSPMJG00000007705) ENSPMJG00000007704 ##22 ENSPMJG00000007703 UBL7 (ENSPMJG00000007598) SEMA7A (ENSPMJG00000007590) CYP11A1 (ENSPMJG00000007588) STRA6 (ENSPMJG00000007582) ISLR (ENSPMJG00000007581) LOXL1 (ENSPMJG00000007573) INSYN1 (ENSPMJG00000007565) CD276 (ENSPMJG00000007557) NPTN (ENSPMJG00000007548) REC114 (ENSPMJG00000007545) HCN4 (ENSPMJG00000007543) NEO1 (ENSPMJG00000007535) ADPGK (ENSPMJG00000007516) BBS4 (ENSPMJG00000007513) Great tit MODERN SPECIES 5 ENSPMJG00000017416 NATD1 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ENSGT00390000018509.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00950000182958.a.b.b.b ENSGT00950000182958.a.b.a ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Flycatcher DUPLICATION Flycatcher MODERN SPECIES 1 C15orf39 (ENSFALG00000026259) PPCDC (ENSFALG00000024156) RPP25 (ENSFALG00000015221) COX5A (ENSFALG00000010854) FAM219B (ENSFALG00000010860) MPI (ENSFALG00000010862) SCAMP2 (ENSFALG00000010876) ULK3 (ENSFALG00000010904) CPLX3 (ENSFALG00000010930) CSK (ENSFALG00000010945) ENSFALG00000010971 ENSFALG00000004526 EDC3 (ENSFALG00000004543) CLK3 (ENSFALG00000004563) ARID3B (ENSFALG00000004588) ENSFALG00000004593 ##22 UBL7 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eagle DUPLICATION Golden eagle MODERN SPECIES 21 PPCDC (ENSACCG00020000834) SCAMP5 (ENSACCG00020000806) RPP25 (ENSACCG00020000772) COX5A (ENSACCG00020000744) FAM219B (ENSACCG00020000720) MPI (ENSACCG00020000699) SCAMP2 (ENSACCG00020000682) ULK3 (ENSACCG00020000645) CPLX3 (ENSACCG00020000590) CSK (ENSACCG00020000573) ENSACCG00020000547 ENSACCG00020000531 EDC3 (ENSACCG00020000515) CLK3 (ENSACCG00020000458) ARID3B (ENSACCG00020000325) ENSACCG00020000304 ##22 UBL7 (ENSACCG00020003473) SEMA7A (ENSACCG00020003443) CYP11A1 (ENSACCG00020003410) ENSACCG00020003356 STRA6 (ENSACCG00020003200) ISLR (ENSACCG00020003096) ISLR2 (ENSACCG00020003077) ENSACCG00020003059 STOML1 (ENSACCG00020003039) ENSACCG00020003031 ENSACCG00020003021 ENSACCG00020003001 LOXL1 (ENSACCG00020002945) ENSACCG00020002905 INSYN1 (ENSACCG00020002891) Golden eagle MODERN SPECIES 17 NATD1 (ENSACCG00020012513) MAP2K3 (ENSACCG00020012553) ENSACCG00020012599 ATP5MF (ENSACCG00020012613) CPSF4 (ENSACCG00020012629) PTCD1 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ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000014840.a ENSGT00940000160875 ENSGT01030000234586.A.a.b ENSGT00510000046986 ENSGT00940000155520 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300 ENSGT00390000018509.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT01030000234534.C ENSGT00510000048032.a ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00950000182958.a.b.b.b ENSGT00950000182958.a.b.a ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Japanese quail MODERN SPECIES 1 SCAMP5 (ENSCJPG00005007532) RPP25 (ENSCJPG00005007533) COX5A (ENSCJPG00005007534) FAM219B (ENSCJPG00005007535) MPI (ENSCJPG00005007536) SCAMP2 (ENSCJPG00005007537) ULK3 (ENSCJPG00005007538) CPLX3 (ENSCJPG00005007539) CSK (ENSCJPG00005007540) ENSCJPG00005007541 ENSCJPG00005007542 ENSCJPG00005007543 EDC3 (ENSCJPG00005007544) CLK3 (ENSCJPG00005007545) ARID3B (ENSCJPG00005007746) ENSCJPG00005007748 ##22 UBL7 (ENSCJPG00005007754) SEMA7A (ENSCJPG00005007758) CYP11A1 (ENSCJPG00005007762) ENSCJPG00005007760 STRA6 (ENSCJPG00005007766) ISLR (ENSCJPG00005007774) ISLR2 (ENSCJPG00005007778) ENSCJPG00005007780 STOML1 (ENSCJPG00005007781) ENSCJPG00005007782 ENSCJPG00005007783 ENSCJPG00005007797 COMMD4 (ENSCJPG00005007798) NEIL1 (ENSCJPG00005007814) MAN2C1 (ENSCJPG00005007815) Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000014840.a ENSGT00940000160875 ENSGT01030000234586.A.a.b ENSGT00510000046986 ENSGT00940000155520 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300 ENSGT00390000018509.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT01030000234534.C ENSGT00510000048032.a ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00950000182958.a.b.b.b ENSGT00950000182958.a.b.a ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Chicken DUPLICATION Chicken MODERN SPECIES 1 PPCDC (ENSGALG00010023694) SCAMP5 (ENSGALG00010023720) RPP25 (ENSGALG00010023749) COX5A (ENSGALG00010023764) FAM219B (ENSGALG00010023448) MPI (ENSGALG00010023456) SCAMP2 (ENSGALG00010023476) ULK3 (ENSGALG00010023514) CPLX3 (ENSGALG00010023531) CSK (ENSGALG00010023593) CYP1A2 (ENSGALG00010021117) CYP1A1 (ENSGALG00010021122) EDC3 (ENSGALG00010021131) CLK3 (ENSGALG00010021135) ARID3B (ENSGALG00010021147) ACTG1 (ENSGALG00010021158) ##22 UBL7 (ENSGALG00010021170) SEMA7A (ENSGALG00010021187) CYP11A1 (ENSGALG00010021194) ENSGALG00010021208 STRA6 (ENSGALG00010021219) ISLR (ENSGALG00010021250) ISLR2 (ENSGALG00010021234) ENSGALG00010021256 STOML1 (ENSGALG00010021263) ENSGALG00010021272 ENSGALG00010021282 ZP3 (ENSGALG00010021314) COMMD4 (ENSGALG00010021330) NEIL1 (ENSGALG00010021345) MAN2C1 (ENSGALG00010021394) Chicken MODERN SPECIES 5 NATD1 (ENSGALG00010021573) MAP2K3 (ENSGALG00010021550) KCNJ12 (ENSGALG00010021526) ATP5J2 (ENSGALG00010021454) CPSF4 (ENSGALG00010021431) PTCD1 (ENSGALG00010021424) BUD31 (ENSGALG00010021414) PDAP1 (ENSGALG00010021401) ARPC1B (ENSGALG00010021362) ARPC1A (ENSGALG00010021325) KPNA7 (ENSGALG00010021313) SMURF1 (ENSGALG00010021301) ENSGALG00010021271 RNF216 (ENSGALG00010021251) FSCN1 (ENSGALG00010021237) ##21 ACTB (ENSGALG00010021232) ##22 FBXL18 (ENSGALG00010021214) TNRC18 (ENSGALG00010021188) SLC29A4 (ENSGALG00010021172) WIPI2 (ENSGALG00010021162) MMD2 (ENSGALG00010021159) RADIL (ENSGALG00010021155) AP5Z1 (ENSGALG00010021146) FOXK1 (ENSGALG00010021144) CYP3A5 (ENSGALG00010017603) CYP3A4 (ENSGALG00010017848) 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(ENSMGAG00000002976) ENSMGAG00000019406 ENSMGAG00000003313 CYP3A37 (ENSMGAG00000003542) FOXK1 (ENSMGAG00000003278) ENSMGAG00000003799 ENSMGAG00000003768 MMD2 (ENSMGAG00000003819) ENSMGAG00000003831 ENSMGAG00000003866 ENSMGAG00000003892 ENSMGAG00000021420 ENSMGAG00000003918 ENSMGAG00000003960 ##22 ENSMGAG00000018626 ##21 ENSMGAG00000003905 ##21 ENSMGAG00000016921 ENSMGAG00000003930 ENSMGAG00000003983 ENSMGAG00000003976 ENSMGAG00000021321 KPNA7 (ENSMGAG00000004051) PDAP1 (ENSMGAG00000004176) ENSMGAG00000004152 ENSMGAG00000004113 ENSMGAG00000004211 BUD31 (ENSMGAG00000004195) ENSMGAG00000018852 CPSF4 (ENSMGAG00000004235) Turkey MODERN SPECIES 1009 ENSMGAG00000008319 ##22 Anatidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000006617 ENSGT00390000014840.a ENSGT00940000160875 ENSGT01030000234586.A.a.b ENSGT00510000046986 ENSGT00940000155520 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300 ENSGT00390000018509.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293.c ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00950000182958.a.b.b.b ENSGT00950000182958.a.b.a ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Pink-footed goose MODERN SPECIES 59 TMEM11 (ENSABRG00000001303) NATD1 (ENSABRG00000001319) MAP2K3 (ENSABRG00000001410) ENSABRG00000001514 ATP5MF (ENSABRG00000001534) CPSF4 (ENSABRG00000001549) PTCD1 (ENSABRG00000001568) BUD31 (ENSABRG00000001589) PDAP1 (ENSABRG00000001687) ARPC1B (ENSABRG00000001702) ARPC1A (ENSABRG00000001764) KPNA7 (ENSABRG00000001828) SMURF1 (ENSABRG00000001864) RNF216 (ENSABRG00000001919) ENSABRG00000001980 ##21 ACTB (ENSABRG00000002004) ##22 FBXL18 (ENSABRG00000002032) TNRC18 (ENSABRG00000002069) SLC29A4 (ENSABRG00000002112) WIPI2 (ENSABRG00000002125) MMD2 (ENSABRG00000002148) RADIL (ENSABRG00000002193) AP5Z1 (ENSABRG00000002241) FOXK1 (ENSABRG00000002286) ENSABRG00000002324 ENSABRG00000002537 SDK1 (ENSABRG00000002854) CARD11 (ENSABRG00000005792) GNA12 (ENSABRG00000005898) AMZ1 (ENSABRG00000005913) BRAT1 (ENSABRG00000005935) Duck DUPLICATION Duck MODERN SPECIES 2 NEO1 (ENSAPLG00000015725) HCN4 (ENSAPLG00000011270) REC114 (ENSAPLG00000015657) NPTN (ENSAPLG00000015581) CD276 (ENSAPLG00000030629) ENSAPLG00000015295 ENSAPLG00000031235 C15orf39 (ENSAPLG00000017861) PPCDC (ENSAPLG00000015222) ENSAPLG00000030869 ENSAPLG00000014902 EDC3 (ENSAPLG00000008957) ENSAPLG00000009101 ENSAPLG00000029296 ARID3B (ENSAPLG00000024634) ENSAPLG00000026526 ##22 UBL7 (ENSAPLG00000009465) SEMA7A (ENSAPLG00000011197) CYP11A1 (ENSAPLG00000031075) ENSAPLG00000023976 STRA6 (ENSAPLG00000010924) ISLR (ENSAPLG00000024884) ISLR2 (ENSAPLG00000011219) ENSAPLG00000001026 ENSAPLG00000028186 STOML1 (ENSAPLG00000011367) ENSAPLG00000019404 ENSAPLG00000011746 ENSAPLG00000012142 COMMD4 (ENSAPLG00000012146) NEIL1 (ENSAPLG00000021670) Duck MODERN SPECIES 6 DHRS7B (ENSAPLG00000007599) TMEM11 (ENSAPLG00000028416) NATD1 (ENSAPLG00000007590) ENSAPLG00000026453 ENSAPLG00000027874 ATP5MF (ENSAPLG00000007021) CPSF4 (ENSAPLG00000018571) PTCD1 (ENSAPLG00000006862) BUD31 (ENSAPLG00000006748) PDAP1 (ENSAPLG00000006542) ARPC1B (ENSAPLG00000020035) ARPC1A (ENSAPLG00000011059) KPNA7 (ENSAPLG00000010767) SMURF1 (ENSAPLG00000010476) RNF216 (ENSAPLG00000010364) ACTB (ENSAPLG00000010147) ##22 FBXL18 (ENSAPLG00000010121) TNRC18 (ENSAPLG00000028315) SLC29A4 (ENSAPLG00000010012) WIPI2 (ENSAPLG00000009715) ENSAPLG00000026450 AP5Z1 (ENSAPLG00000009165) FOXK1 (ENSAPLG00000009084) ENSAPLG00000007447 ENSAPLG00000005773 SDK1 (ENSAPLG00000004608) CARD11 (ENSAPLG00000003700) GNA12 (ENSAPLG00000003620) BRAT1 (ENSAPLG00000003300) ENSAPLG00000003199 ENSAPLG00000017182 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT01000000214817 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C Platypus MODERN SPECIES 11 MAP2K3 (ENSOANG00000007732) ENSOANG00000007731 ATP5MF (ENSOANG00000007730) CPSF4 (ENSOANG00000007729) ENSOANG00000007728 BUD31 (ENSOANG00000007727) PDAP1 (ENSOANG00000007726) ARPC1B (ENSOANG00000007725) ARPC1A (ENSOANG00000007724) ENSOANG00000007722 KPNA7 (ENSOANG00000007721) SMURF1 (ENSOANG00000007719) ENSOANG00000007718 RNF216 (ENSOANG00000007717) FSCN1 (ENSOANG00000030243) ##21 ACTB (ENSOANG00000007716) ##22 FBXL18 (ENSOANG00000006566) TNRC18 (ENSOANG00000006567) SLC29A4 (ENSOANG00000006568) WIPI2 (ENSOANG00000006569) MMD2 (ENSOANG00000020170) RADIL (ENSOANG00000003311) AP5Z1 (ENSOANG00000003308) FOXK1 (ENSOANG00000003307) ENSOANG00000003306 ENSOANG00000003300 ENSOANG00000007309 ENSOANG00000010538 SDK1 (ENSOANG00000004329) CARD11 (ENSOANG00000004327) GNA12 (ENSOANG00000004326) Theria DUPLICATION Theria DUPLICATION Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000154368.k ENSGT00940000155748.b ENSGT00390000016042 ENSGT00390000017848 ENSGT00940000156914 ENSGT00940000153524.b.a.b ENSGT00390000008264 ENSGT00940000156008 ENSGT01030000234539.b.b.b ENSGT00390000000153.l.b.c.b.b ENSGT00930000151028 ENSGT00940000155303 ENSGT00940000154935 ENSGT00940000153289.a.a.a ENSGT00390000014618.a ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 ENSGT00390000004409 ENSGT00950000182869.e.a.a.f ENSGT00940000155540.b.b ENSGT00940000154628.B ENSGT00940000160190 ENSGT00940000157372 ENSGT00390000014320 ENSGT00940000158184 ENSGT01030000234543.D ENSGT01050000244971.C.d ENSGT00940000156481 ENSGT00470000042622 ENSGT00940000156237 ENSGT00940000156999 ENSGT00390000007683 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000154368.k ENSGT00940000155748.b ENSGT00390000016042 ENSGT00390000017848 ENSGT00940000156914 ENSGT00940000153524.b.a.b ENSGT00390000008264 ENSGT00940000156008 ENSGT01030000234539.b.b.b ENSGT00390000000153.l.b.c.b.b ENSGT00930000151028 ENSGT00940000155303 ENSGT00940000154935 ENSGT00940000153289.a.a.a ENSGT00390000014618.a ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 ENSGT00390000004409 ENSGT00950000182869.e.a.a.f ENSGT00940000155540.b.b ENSGT00940000154628.B ENSGT00940000160190 ENSGT00940000157372 ENSGT00390000014320 ENSGT00940000158184 ENSGT01030000234543.D ENSGT01050000244971.C.d ENSGT00940000156481 ENSGT00470000042622 ENSGT00940000156237 ENSGT00940000156999 ENSGT00390000007683 Sperm whale MODERN SPECIES 12 MBL2 (ENSPCTG00005006245) SFTPD (ENSPCTG00005006186) TMEM254 (ENSPCTG00005006162) ENSPCTG00005006115 ENSPCTG00005006100 ZMIZ1 (ENSPCTG00005006080) RPS24 (ENSPCTG00005005966) POLR3A (ENSPCTG00005005766) ENSPCTG00005005355 KCNMA1 (ENSPCTG00005004698) ENSPCTG00005004484 ENSPCTG00005004478 ENSPCTG00005004441 LRMDA (ENSPCTG00005004419) ENSPCTG00005004390 ENSPCTG00005020849 ##22 COMTD1 (ENSPCTG00005020832) VDAC2 (ENSPCTG00005020809) SAMD8 (ENSPCTG00005020782) DUSP13 (ENSPCTG00005020729) DUSP29 (ENSPCTG00005020706) KAT6B (ENSPCTG00005020615) ENSPCTG00005020588 ADK (ENSPCTG00005020477) AP3M1 (ENSPCTG00005020425) VCL (ENSPCTG00005020063) PLAU (ENSPCTG00005019863) CAMK2G (ENSPCTG00005019488) NDST2 (ENSPCTG00005019402) ZSWIM8 (ENSPCTG00005019308) CHCHD1 (ENSPCTG00005019254) Blue whale MODERN SPECIES 7 ENSBMSG00010022490 SFTPD (ENSBMSG00010022493) TMEM254 (ENSBMSG00010022495) PLAC9 (ENSBMSG00010022496) ANXA11 (ENSBMSG00010022498) ENSBMSG00010022499 ZCCHC24 (ENSBMSG00010022501) PPIF (ENSBMSG00010022502) ZMIZ1 (ENSBMSG00010022504) ENSBMSG00010022505 POLR3A (ENSBMSG00010022509) DLG5 (ENSBMSG00010022512) KCNMA1 (ENSBMSG00010022513) LRMDA (ENSBMSG00010012642) ZNF503 (ENSBMSG00010012691) ENSBMSG00010012699 ##22 COMTD1 (ENSBMSG00010012707) VDAC2 (ENSBMSG00010012729) SAMD8 (ENSBMSG00010012756) DUSP13 (ENSBMSG00010012774) DUSP29 (ENSBMSG00010012798) ENSBMSG00010012812 ADK (ENSBMSG00010012876) ENSBMSG00010012903 ENSBMSG00010012912 AP3M1 (ENSBMSG00010012921) VCL (ENSBMSG00010012946) PLAU (ENSBMSG00010012979) CAMK2G (ENSBMSG00010013090) NDST2 (ENSBMSG00010013319) ZSWIM8 (ENSBMSG00010013348) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Donkey MODERN SPECIES 22 PLAC8 (ENSEASG00005013345) ENSEASG00005038183 ENSEASG00005013341 COQ2 (ENSEASG00005013339) HPSE (ENSEASG00005013314) HELQ (ENSEASG00005013248) ENSEASG00005013234 ABRAXAS1 (ENSEASG00005030592) GPAT3 (ENSEASG00005013215) ENSEASG00005031620 NKX6-1 (ENSEASG00005031030) CDS1 (ENSEASG00005013203) WDFY3 (ENSEASG00005013124) ARHGAP24 (ENSEASG00005013101) MAPK10 (ENSEASG00005012811) ENSEASG00005034628 ##22 PTPN13 (ENSEASG00005012776) SLC10A6 (ENSEASG00005029221) C4orf36 (ENSEASG00005038157) AFF1 (ENSEASG00005012760) KLHL8 (ENSEASG00005012755) ENSEASG00005012752 HSD17B13 (ENSEASG00005012750) HSD17B11 (ENSEASG00005012747) NUDT9 (ENSEASG00005012745) SPARCL1 (ENSEASG00005012743) DSPP (ENSEASG00005012740) DMP1 (ENSEASG00005012738) IBSP (ENSEASG00005012734) MEPE (ENSEASG00005012732) SPP1 (ENSEASG00005012730) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Bonobo MODERN SPECIES 18 SV2C (ENSPPAG00000042256) F2RL2 (ENSPPAG00000036549) IQGAP2 (ENSPPAG00000029477) F2R (ENSPPAG00000034950) F2RL1 (ENSPPAG00000023823) S100Z (ENSPPAG00000038063) CRHBP (ENSPPAG00000041280) AGGF1 (ENSPPAG00000035969) ENSPPAG00000015926 ENSPPAG00000042326 PDE8B (ENSPPAG00000037153) ENSPPAG00000035224 WDR41 (ENSPPAG00000036126) OTP (ENSPPAG00000042915) TBCA (ENSPPAG00000037014) ENSPPAG00000044127 ##22 AP3B1 (ENSPPAG00000038854) SCAMP1 (ENSPPAG00000037862) LHFPL2 (ENSPPAG00000036923) ARSB (ENSPPAG00000040516) DMGDH (ENSPPAG00000022080) BHMT (ENSPPAG00000035095) JMY (ENSPPAG00000037761) ENSPPAG00000017260 HOMER1 (ENSPPAG00000032101) TENT2 (ENSPPAG00000035817) CMYA5 (ENSPPAG00000036589) MTX3 (ENSPPAG00000041435) THBS4 (ENSPPAG00000034900) SERINC5 (ENSPPAG00000039931) SPZ1 (ENSPPAG00000035315) Gorilla MODERN SPECIES 8 F2RL2 (ENSGGOG00000011789) IQGAP2 (ENSGGOG00000014696) F2R (ENSGGOG00000010442) F2RL1 (ENSGGOG00000007078) S100Z (ENSGGOG00000025895) CRHBP (ENSGGOG00000011139) AGGF1 (ENSGGOG00000010269) ZBED3 (ENSGGOG00000002896) ENSGGOG00000037102 ENSGGOG00000039702 PDE8B (ENSGGOG00000005317) WDR41 (ENSGGOG00000026798) ENSGGOG00000027406 OTP (ENSGGOG00000015687) ENSGGOG00000023547 ENSGGOG00000027597 ##22 AP3B1 (ENSGGOG00000001771) SCAMP1 (ENSGGOG00000015191) LHFPL2 (ENSGGOG00000003771) ARSB (ENSGGOG00000010450) DMGDH (ENSGGOG00000003203) BHMT2 (ENSGGOG00000003210) BHMT (ENSGGOG00000007558) JMY (ENSGGOG00000008560) ENSGGOG00000043244 HOMER1 (ENSGGOG00000000986) TENT2 (ENSGGOG00000023154) CMYA5 (ENSGGOG00000006288) MTX3 (ENSGGOG00000003916) THBS4 (ENSGGOG00000027002) SERINC5 (ENSGGOG00000016060) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Opossum MODERN SPECIES 1 ENSMODG00000044859 ENSMODG00000050611 ENSMODG00000047538 ENSMODG00000049881 BEND6 (ENSMODG00000018724) ZNF451 (ENSMODG00000018722) BAG2 (ENSMODG00000018721) RAB23 (ENSMODG00000018720) PRIM2 (ENSMODG00000018715) KHDRBS2 (ENSMODG00000018714) ENSMODG00000018706 ENSMODG00000047559 ENSMODG00000048236 ENSMODG00000018701 PHF3 (ENSMODG00000018699) ENSMODG00000018689 ##22 ENSMODG00000046810 ENSMODG00000051568 ENSMODG00000046221 ENSMODG00000036499 ENSMODG00000018608 LMBRD1 (ENSMODG00000018586) COL19A1 (ENSMODG00000018584) COL9A1 (ENSMODG00000018579) ENSMODG00000045475 ENSMODG00000018567 ENSMODG00000042039 SDHAF4 (ENSMODG00000018571) SMAP1 (ENSMODG00000018563) ENSMODG00000039035 B3GAT2 (ENSMODG00000018561) Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.a ##22 koala MODERN SPECIES 106 BAZ2B (ENSPCIG00000003070) WDSUB1 (ENSPCIG00000002545) TANC1 (ENSPCIG00000002529) DAPL1 (ENSPCIG00000037017) ENSPCIG00000036633 PKP4 (ENSPCIG00000028795) ENSPCIG00000028794 UPP2 (ENSPCIG00000028123) ACVR1 (ENSPCIG00000004031) ENSPCIG00000004022 ACVR1C (ENSPCIG00000004001) CYTIP (ENSPCIG00000003994) ERMN (ENSPCIG00000003984) GALNT5 (ENSPCIG00000003972) GPD2 (ENSPCIG00000015066) ENSPCIG00000015071 ##22 NR4A2 (ENSPCIG00000015078) ENSPCIG00000023299 ENSPCIG00000023300 ENSPCIG00000032559 KCNJ3 (ENSPCIG00000028769) ENSPCIG00000009709 GALNT13 (ENSPCIG00000019129) Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.b ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.b ##22 Equus ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000155539.a.a ENSGT00940000159163 ENSGT00390000016427 ENSGT00940000163940 ENSGT00940000157670 ENSGT00940000157705.l ENSGT00940000154616.b ENSGT00390000011708.a.k.a.a ENSGT00390000011708.a.k.b ENSGT00390000007962 ENSGT00870000136493.d ENSGT00390000009255 ENSGT00950000182866.D.c.g.c ENSGT00950000182866.D.c.h ENSGT00950000182866.D.c.g.d ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.b ##22 ENSGT00940000156093 ENSGT00940000155458.tc ENSGT00520000058142 ENSGT00390000014500 ENSGT00390000005306 ENSGT00950000182929.D ENSGT00900000143310 ENSGT00950000182929.C ENSGT00390000015395 ENSGT00950000185356 ENSGT00950000182929.A ENSGT00940000157259.d ENSGT00950000183199.a.a ENSGT00390000010091.c ENSGT00940000155162 Donkey MODERN SPECIES 12 ANKK1 (ENSEASG00005006737) DRD2 (ENSEASG00005006735) TMPRSS5 (ENSEASG00005006720) ZW10 (ENSEASG00005006707) CLDN25 (ENSEASG00005006703) USP28 (ENSEASG00005006691) HTR3A (ENSEASG00005006687) ENSEASG00005028806 ZBTB16 (ENSEASG00005006684) C11orf71 (ENSEASG00005006678) RBM7 (ENSEASG00005031719) REXO2 (ENSEASG00005006674) NXPE1 (ENSEASG00005006668) NXPE4 (ENSEASG00005006666) ENSEASG00005006664 ENSEASG00005006660 ##22 CADM1 (ENSEASG00005006655) ENSEASG00005006652 ENSEASG00005031751 BUD13 (ENSEASG00005006650) ZPR1 (ENSEASG00005006581) APOA5 (ENSEASG00005024582) ENSEASG00005006573 APOA4 (ENSEASG00005006571) APOC3 (ENSEASG00005036051) ENSEASG00005006566 APOA1 (ENSEASG00005038098) SIK3 (ENSEASG00005006529) PAFAH1B2 (ENSEASG00005029720) SIDT2 (ENSEASG00005005820) TAGLN (ENSEASG00005005736) Horse MODERN SPECIES 28 DRD2 (ENSECAG00000013567) TMPRSS5 (ENSECAG00000023128) ZW10 (ENSECAG00000011623) CLDN25 (ENSECAG00000005722) USP28 (ENSECAG00000023344) HTR3A (ENSECAG00000020191) ZBTB16 (ENSECAG00000024358) ENSECAG00000004515 NNMT (ENSECAG00000042589) C7H11orf71 (ENSECAG00000005737) RBM7 (ENSECAG00000004636) REXO2 (ENSECAG00000005988) NXPE1 (ENSECAG00000013719) NXPE4 (ENSECAG00000012359) ENSECAG00000053989 ENSECAG00000050395 ##22 CADM1 (ENSECAG00000015144) ENSECAG00000028225 BUD13 (ENSECAG00000008863) ENSECAG00000032980 ZPR1 (ENSECAG00000010981) APOA5 (ENSECAG00000000418) APOA4 (ENSECAG00000004903) APOC3 (ENSECAG00000039785) APOA1 (ENSECAG00000009752) SIK3 (ENSECAG00000010252) ENSECAG00000058875 PAFAH1B2 (ENSECAG00000034204) SIDT2 (ENSECAG00000021466) TAGLN (ENSECAG00000056905) PCSK7 (ENSECAG00000017980) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.b ##22 Tree shrew MODERN SPECIES 4300 ACTB (ENSTBEG00000012822) ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.b ##22 Opossum MODERN SPECIES 2 KCNG2 (ENSMODG00000011988) ENSMODG00000039089 CTDP1 (ENSMODG00000011995) NFATC1 (ENSMODG00000012018) ATP9B (ENSMODG00000012216) SALL3 (ENSMODG00000012231) GALR1 (ENSMODG00000012282) ENSMODG00000027479 MBP (ENSMODG00000012291) ZNF236 (ENSMODG00000012304) ENSMODG00000045385 ZNF516 (ENSMODG00000012315) ENSMODG00000046201 TSHZ1 (ENSMODG00000012317) PTGR3 (ENSMODG00000012320) ENSMODG00000000365 ##22 ZNF407 (ENSMODG00000012332) CNDP1 (ENSMODG00000012366) CNDP2 (ENSMODG00000012371) DIPK1C (ENSMODG00000012378) C18orf63 (ENSMODG00000012384) CYB5A (ENSMODG00000012386) TIMM21 (ENSMODG00000037747) FBXO15 (ENSMODG00000012399) NETO1 (ENSMODG00000012411) ENSMODG00000012418 ENSMODG00000048297 ENSMODG00000024691 ENSMODG00000036897 SOCS6 (ENSMODG00000021396) ENSMODG00000021397 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.b ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.b ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.qb.b ##22 koala MODERN SPECIES 42 ENSPCIG00000015596 ENSPCIG00000015582 TEX14 (ENSPCIG00000015559) RAD51C (ENSPCIG00000015547) PPM1E (ENSPCIG00000015544) TRIM37 (ENSPCIG00000015543) ENSPCIG00000011136 ENSPCIG00000011141 SMG8 (ENSPCIG00000011142) GDPD1 (ENSPCIG00000021871) ENSPCIG00000021872 ENSPCIG00000021873 DHX40 (ENSPCIG00000021874) CLTC (ENSPCIG00000021875) PTRH2 (ENSPCIG00000021876) ENSPCIG00000021877 ##22 VMP1 (ENSPCIG00000021878) TUBD1 (ENSPCIG00000021879) RPS6KB1 (ENSPCIG00000021880) RNFT1 (ENSPCIG00000021881) MED13 (ENSPCIG00000027082) INTS2 (ENSPCIG00000027084) BRIP1 (ENSPCIG00000013168) TBX4 (ENSPCIG00000013174) TBX2 (ENSPCIG00000013176) BCAS3 (ENSPCIG00000013178) ENSPCIG00000036036 PPM1D (ENSPCIG00000013179) APPBP2 (ENSPCIG00000013180) CHCT1 (ENSPCIG00000013181) ENSPCIG00000013182 Theria ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000157351 #7 ENSGT00940000159603 #8 ENSGT00940000161850 #9 ENSGT00940000157969 #10 ENSGT00940000156783 #11 ENSGT00390000000190 #12 ENSGT00940000158297 #13 ENSGT00730000111327 #14 ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00930000151136 #30 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00900000143604 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000160875 ENSGT01030000234586.A.a.b ENSGT00510000046986.a ENSGT00940000155520 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300 ENSGT00390000018509.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a.m ENSGT00940000160705.C.b ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00950000182958.a.b.b ENSGT00950000182958.a.b.a ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 6 DZIP1 (ENSMODG00000025001) CLDN10 (ENSMODG00000040715) ABCC4 (ENSMODG00000009315) GPR180 (ENSMODG00000009336) 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(ENSMODG00000012029) FDFT1 (ENSMODG00000012022) NEIL2 (ENSMODG00000012005) GATA4 (ENSMODG00000011997) BLK (ENSMODG00000011985) FAM167A (ENSMODG00000011953) C1H2orf50 (ENSMODG00000049403) ENSMODG00000037365 ROCK2 (ENSMODG00000011938) ENSMODG00000051265 ENSMODG00000047076 ENSMODG00000048750 Opossum MODERN SPECIES 1 RASL10B (ENSMODG00000019126) ENSMODG00000019125 ENSMODG00000046981 MMP28 (ENSMODG00000019124) TAF15 (ENSMODG00000019123) ENSMODG00000019121 ENSMODG00000028688 ENSMODG00000028122 ENSMODG00000019120 ENSMODG00000019114 ENSMODG00000025694 ENSMODG00000019113 HEATR6 (ENSMODG00000019111) HNF1B (ENSMODG00000019108) ENSMODG00000047438 ENSMODG00000023202 ##22 ENSMODG00000019101 ENSMODG00000025693 ENSMODG00000019097 ENSMODG00000019012 ENSMODG00000018966 S100A11 (ENSMODG00000018920) S100A10 (ENSMODG00000046156) ENSMODG00000018917 C2CD4D (ENSMODG00000027860) RORC (ENSMODG00000018911) TDRKH (ENSMODG00000018906) OAZ3 (ENSMODG00000018904) MRPL9 (ENSMODG00000046753) RIIAD1 (ENSMODG00000039252) 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ENSMODG00000008748 ENSMODG00000049348 CYP2W1 (ENSMODG00000008705) ADAP1 (ENSMODG00000008667) GET4 (ENSMODG00000008643) SUN1 (ENSMODG00000008621) DNAAF5 (ENSMODG00000008601) ENSMODG00000008582 ##22 PRKAR1B (ENSMODG00000008572) PDGFA (ENSMODG00000036514) FOXL3 (ENSMODG00000025014) FAM20C (ENSMODG00000008498) TRRAP (ENSMODG00000008449) ENSMODG00000028886 NPTX2 (ENSMODG00000008390) ##36 ENSMODG00000008380 BAIAP2L1 (ENSMODG00000008375) ##32 BRI3 (ENSMODG00000041144) TECPR1 (ENSMODG00000008338) BHLHA15 (ENSMODG00000025044) LMTK2 (ENSMODG00000008276) ENSMODG00000008249 ENSMODG00000008239 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000160875 ENSGT01030000234586.A.a.b ENSGT00510000046986.a ENSGT00940000155520 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300.q ENSGT00390000014300.r ENSGT00390000018509.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a.m ENSGT00940000160705.C.b ENSGT00940000158690 ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00950000182958.a.b.b ENSGT00950000182958.a.b.a ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Tasmanian devil MODERN SPECIES NATD1 (ENSSHAG00000027545) MAP2K3 (ENSSHAG00000014370) ENSSHAG00000021332 ENSSHAG00000024488 CPSF4 (ENSSHAG00000011533) PTCD1 (ENSSHAG00000011376) BUD31 (ENSSHAG00000011349) PDAP1 (ENSSHAG00000028752) ARPC1B (ENSSHAG00000030346) ENSSHAG00000010673 ENSSHAG00000009967 ENSSHAG00000008364 ENSSHAG00000027219 ENSSHAG00000005785 FSCN1 (ENSSHAG00000003565) ##21 ACTB (ENSSHAG00000029431) ##22 FBXL18 (ENSSHAG00000012245) TNRC18 (ENSSHAG00000009526) ENSSHAG00000010855 SLC29A4 (ENSSHAG00000008906) ENSSHAG00000028539 WIPI2 (ENSSHAG00000007266) MMD2 (ENSSHAG00000028375) RADIL (ENSSHAG00000004658) AP5Z1 (ENSSHAG00000004111) ENSSHAG00000022233 ENSSHAG00000008242 ENSSHAG00000021530 ENSSHAG00000028448 SDK1 (ENSSHAG00000007883) CARD11 (ENSSHAG00000013958) Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000160875 ENSGT01030000234586.A.a.b ENSGT00510000046986.a ENSGT00940000155520 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300.q ENSGT00390000018509.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a.m ENSGT00950000183183.b.a.n ENSGT00940000160705.C.b ENSGT00940000158690 ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00950000182958.a.b.b.h.b ENSGT00950000182958.a.b.a ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Wallaby MODERN SPECIES 13402 ENSMEUG00000003859 ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000160875 ENSGT01030000234586.A.a.b ENSGT00510000046986.a.c ENSGT00940000155520 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300.q ENSGT00390000018509.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a.m ENSGT00950000183183.b.a.n ENSGT00940000160705.C.b ENSGT00940000158690 ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537.i ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00950000182958.a.b.b.h.b ENSGT00950000182958.a.b.a ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Common wonbat MODERN SPECIES 1043 ENSVURG00010018034 MAP2K3 (ENSVURG00010018041) ENSVURG00010018055 ENSVURG00010018064 ENSVURG00010018069 PTCD1 (ENSVURG00010018118) BUD31 (ENSVURG00010018125) PDAP1 (ENSVURG00010018142) ARPC1B (ENSVURG00010018155) ARPC1A (ENSVURG00010018169) ENSVURG00010018191 SMURF1 (ENSVURG00010018224) ENSVURG00010018242 RNF216 (ENSVURG00010018252) FSCN1 (ENSVURG00010018267) ##21 ACTB (ENSVURG00010018277) ##22 FBXL18 (ENSVURG00010018291) TNRC18 (ENSVURG00010018350) SLC29A4 (ENSVURG00010018431) WIPI2 (ENSVURG00010018474) MMD2 (ENSVURG00010018492) RADIL (ENSVURG00010018523) AP5Z1 (ENSVURG00010018537) FOXK1 (ENSVURG00010018549) ENSVURG00010018557 ENSVURG00010018562 ENSVURG00010018565 ENSVURG00010018571 ENSVURG00010018585 ENSVURG00010018591 ENSVURG00010018605 koala DUPLICATION koala MODERN SPECIES 130 TMEM11 (ENSPCIG00000001231) ENSPCIG00000001219 MAP2K3 (ENSPCIG00000001188) ENSPCIG00000024773 ENSPCIG00000024775 CPSF4 (ENSPCIG00000024776) PTCD1 (ENSPCIG00000024778) ENSPCIG00000024779 PDAP1 (ENSPCIG00000024781) ARPC1B (ENSPCIG00000024786) ARPC1A (ENSPCIG00000024794) SMURF1 (ENSPCIG00000019659) ENSPCIG00000019658 RNF216 (ENSPCIG00000032734) FSCN1 (ENSPCIG00000015239) ##21 ACTB (ENSPCIG00000015244) ##22 FBXL18 (ENSPCIG00000015253) SLC29A4 (ENSPCIG00000029062) ENSPCIG00000017383 MMD2 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Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Tree shrew MODERN SPECIES 9180 ENSTBEG00000010781 ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000164307 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Rodentia DUPLICATION Rodentia DUPLICATION Rodentia DUPLICATION Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.a ##22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1152 Hibadh (ENSNGAG00000011196) Evx1 (ENSNGAG00000001633) Hoxa13 (ENSNGAG00000024186) Hoxa11 (ENSNGAG00000023780) ENSNGAG00000013764 ENSNGAG00000017228 Hoxa9 (ENSNGAG00000016754) Hoxa7 (ENSNGAG00000021697) Hoxa6 (ENSNGAG00000012897) Hoxa5 (ENSNGAG00000023140) Hoxa4 (ENSNGAG00000022510) Hoxa3 (ENSNGAG00000016765) Hoxa2 (ENSNGAG00000014874) Hoxa1 (ENSNGAG00000021363) Skap2 (ENSNGAG00000016991) ENSNGAG00000010519 ##22 Snx10 (ENSNGAG00000006392) ENSNGAG00000024194 Hnrnpa2b1 (ENSNGAG00000015156) Nfe2l3 (ENSNGAG00000023028) Npvf (ENSNGAG00000023484) 4921507P07Rik (ENSNGAG00000022528) ENSNGAG00000013657 ENSNGAG00000003815 ENSNGAG00000024141 ENSNGAG00000024064 Pals2 (ENSNGAG00000024039) Npy (ENSNGAG00000009749) ENSNGAG00000008884 Stk31 (ENSNGAG00000024195) Fam221a (ENSNGAG00000022352) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.a ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.a ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.a ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.a ##22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 352 ENSUPAG00010011008 KDELR2 (ENSUPAG00010011015) GRID2IP (ENSUPAG00010011026) ZDHHC4 (ENSUPAG00010011113) INTS15 (ENSUPAG00010011121) ZNF853 (ENSUPAG00010011127) ZNF316 (ENSUPAG00010011132) ENSUPAG00010011142 ZNF12 (ENSUPAG00010011271) ENSUPAG00010011282 RBAK (ENSUPAG00010011305) ENSUPAG00010011311 RNF216 (ENSUPAG00010011321) FSCN1 (ENSUPAG00010011357) ##21 ENSUPAG00010011369 ##22 FBXL18 (ENSUPAG00010011378) TNRC18 (ENSUPAG00010011390) SLC29A4 (ENSUPAG00010011500) WIPI2 (ENSUPAG00010011514) MMD2 (ENSUPAG00010011575) RADIL (ENSUPAG00010011588) ENSUPAG00010011624 AP5Z1 (ENSUPAG00010011633) FOXK1 (ENSUPAG00010011657) SDK1 (ENSUPAG00010011682) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.b ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.b ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.b ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.b ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.b ##22 spretus MODERN SPECIES 2 Ppp1r27 (MGP_SPRETEiJ_G0018370) #8 Mcrip1 (MGP_SPRETEiJ_G0018369) #9 Gcgr (MGP_SPRETEiJ_G0018368) #10 Slc25a10 (MGP_SPRETEiJ_G0018367) #11 Mrpl12 (MGP_SPRETEiJ_G0018366) #12 Hgs (MGP_SPRETEiJ_G0018365) #13 Arl16 (MGP_SPRETEiJ_G0018364) #14 Ccdc137 (MGP_SPRETEiJ_G0018363) #15 Oxld1 (MGP_SPRETEiJ_G0018362) #16 Pde6g (MGP_SPRETEiJ_G0018361) #17 Tspan10 (MGP_SPRETEiJ_G0018360) #18 Nploc4 (MGP_SPRETEiJ_G0018359) #19 Faap100 (MGP_SPRETEiJ_G0018358) #20 Fscn2 (MGP_SPRETEiJ_G0018357) #21 MGP_SPRETEiJ_G0018356 MGP_SPRETEiJ_G0018355 ##22 Bahcc1 (MGP_SPRETEiJ_G0018354) #24 Slc38a10 (MGP_SPRETEiJ_G0018353) #26 Ndufaf8 (MGP_SPRETEiJ_G0018352) #27 Tepsin (MGP_SPRETEiJ_G0018351) #28 Cep131 (MGP_SPRETEiJ_G0018350) #29 Aatk (MGP_SPRETEiJ_G0018349) #31 Baiap2 (MGP_SPRETEiJ_G0018348) #32 Chmp6 (MGP_SPRETEiJ_G0018347) #33 Rptor (MGP_SPRETEiJ_G0018346) #35 Nptx1 (MGP_SPRETEiJ_G0018345) #36 Endov (MGP_SPRETEiJ_G0018344) #37 Rnf213 (MGP_SPRETEiJ_G0018343) Slc26a11 (MGP_SPRETEiJ_G0018342) Sgsh (MGP_SPRETEiJ_G0018341) Card14 (MGP_SPRETEiJ_G0018340) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.b ##22 Degu MODERN SPECIES 153 PPP1R27 (ENSODEG00000010740) #8 MCRIP1 (ENSODEG00000007940) #9 GCGR (ENSODEG00000008460) #10 ENSODEG00000008220 SLC25A10 (ENSODEG00000008541) #11 MRPL12 (ENSODEG00000008765) #12 HGS (ENSODEG00000007976) #13 ARL16 (ENSODEG00000008186) #14 CCDC137 (ENSODEG00000009523) #15 OXLD1 (ENSODEG00000009077) #16 PDE6G (ENSODEG00000009291) #17 TSPAN10 (ENSODEG00000009598) #18 NPLOC4 (ENSODEG00000008315) #19 ENSODEG00000008214 #20 FSCN2 (ENSODEG00000008403) #21 ENSODEG00000008412 ##22 BAHCC1 (ENSODEG00000009968) #24 ENSODEG00000009081 #26 NDUFAF8 (ENSODEG00000009889) #27 TEPSIN (ENSODEG00000008543) #28 CEP131 (ENSODEG00000009483) #29 AATK (ENSODEG00000010178) #31 BAIAP2 (ENSODEG00000008600) #32 ENSODEG00000010293 RPTOR (ENSODEG00000010789) #35 ENSODEG00000019747 NPTX1 (ENSODEG00000008962) #36 ENDOV (ENSODEG00000009857) #37 ENSODEG00000009991 ENSODEG00000019837 SLC26A11 (ENSODEG00000009075) Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.b ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.b ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.a.b ##22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 470 ARHGDIA (ENSUPAG00010000396) P4HB (ENSUPAG00010000365) #7 PPP1R27 (ENSUPAG00010000343) #8 MCRIP1 (ENSUPAG00010000327) #9 SLC25A10 (ENSUPAG00010000161) #11 MRPL12 (ENSUPAG00010000143) #12 HGS (ENSUPAG00010000083) #13 ARL16 (ENSUPAG00010000027) #14 CCDC137 (ENSUPAG00010019712) #15 OXLD1 (ENSUPAG00010019709) #16 PDE6G (ENSUPAG00010019703) #17 TSPAN10 (ENSUPAG00010019685) #18 NPLOC4 (ENSUPAG00010019627) #19 FAAP100 (ENSUPAG00010019610) #20 FSCN2 (ENSUPAG00010019602) #21 ENSUPAG00010019594 ##22 BAHCC1 (ENSUPAG00010019471) #24 SLC38A10 (ENSUPAG00010019340) #26 NDUFAF8 (ENSUPAG00010019329) #27 TEPSIN (ENSUPAG00010019321) #28 CEP131 (ENSUPAG00010019258) #29 PVALEF (ENSUPAG00010019247) #30 AATK (ENSUPAG00010019236) #31 ENSUPAG00010019225 BAIAP2 (ENSUPAG00010019202) #32 CHMP6 (ENSUPAG00010019190) #33 RPTOR (ENSUPAG00010017210) #35 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.h.b ##22 Degu MODERN SPECIES 58 VASH2 (ENSODEG00000014165) FLVCR1 (ENSODEG00000013456) SPATA45 (ENSODEG00000014271) TATDN3 (ENSODEG00000013799) NSL1 (ENSODEG00000014696) ENSODEG00000013720 GARIN4 (ENSODEG00000013574) ATF3 (ENSODEG00000013598) NENF (ENSODEG00000016432) PACC1 (ENSODEG00000013328) PPP2R5A (ENSODEG00000014272) DTL (ENSODEG00000016385) INTS7 (ENSODEG00000013809) LPGAT1 (ENSODEG00000013429) ENSODEG00000014021 ENSODEG00000013939 ##22 SLC30A1 (ENSODEG00000014581) PSEN2 (ENSODEG00000013898) PLD5 (ENSODEG00000013817) ENSODEG00000014152 ENSODEG00000014979 ENSODEG00000013620 ENSODEG00000016144 ENSODEG00000014847 SDCCAG8 (ENSODEG00000013437) ENSODEG00000013767 AKT3 (ENSODEG00000013255) ZBTB18 (ENSODEG00000014080) C1orf100 (ENSODEG00000012902) ADSS2 (ENSODEG00000015411) ENSODEG00000013295 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.i ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000163679 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.i ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 49 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A.i.b ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.i ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 9 KDELR2 (ENSSVLG00005024008) GRID2IP (ENSSVLG00005024088) ENSSVLG00005024387 ZDHHC4 (ENSSVLG00005024406) INTS15 (ENSSVLG00005024423) ZNF853 (ENSSVLG00005024451) ENSSVLG00005024464 ENSSVLG00005024489 ENSSVLG00005024527 RBAK (ENSSVLG00005024552) ENSSVLG00005024561 ENSSVLG00005024568 ENSSVLG00005024575 ENSSVLG00005024604 FSCN1 (ENSSVLG00005024706) ##21 ACTB (ENSSVLG00005024720) ##22 FBXL18 (ENSSVLG00005024737) TNRC18 (ENSSVLG00005024777) SLC29A4 (ENSSVLG00005024899) WIPI2 (ENSSVLG00005017246) MMD2 (ENSSVLG00005017856) RADIL (ENSSVLG00005017983) ENSSVLG00005018177 AP5Z1 (ENSSVLG00005018224) FOXK1 (ENSSVLG00005018254) SDK1 (ENSSVLG00005018436) CARD11 (ENSSVLG00005019511) GNA12 (ENSSVLG00005019630) DAGLB (ENSSVLG00005019691) ENSSVLG00005019810 ENSSVLG00005019953 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 14 IL22 (ENSSVLG00005013922) IL26 (ENSSVLG00005013845) IFNG (ENSSVLG00005013763) DYRK2 (ENSSVLG00005013718) CAND1 (ENSSVLG00005013596) ENSSVLG00005013442 GRIP1 (ENSSVLG00005013349) HELB (ENSSVLG00005012893) IRAK3 (ENSSVLG00005012607) TMBIM4 (ENSSVLG00005012512) ENSSVLG00005012465 HMGA2 (ENSSVLG00005012191) MSRB3 (ENSSVLG00005012047) LEMD3 (ENSSVLG00005011973) WIF1 (ENSSVLG00005011932) ENSSVLG00005011893 ##22 TBC1D30 (ENSSVLG00005011647) ENSSVLG00005011581 GNS (ENSSVLG00005011208) RASSF3 (ENSSVLG00005011138) TBK1 (ENSSVLG00005011016) XPOT (ENSSVLG00005010925) C12orf56 (ENSSVLG00005020067) KICS2 (ENSSVLG00005019971) ENSSVLG00005019929 SRGAP1 (ENSSVLG00005019853) RXYLT1 (ENSSVLG00005019761) ENSSVLG00005019644 PPM1H (ENSSVLG00005019542) ENSSVLG00005019352 MON2 (ENSSVLG00005017702) Marmotini ANCESTRAL SPECIES 70 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A.i.b ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.i ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 176 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A.i.b ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.i ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 1349 ENSUPAG00010008642 ##22 Squirrel MODERN SPECIES 365 KDELR2 (ENSSTOG00000006820) GRID2IP (ENSSTOG00000028699) ZDHHC4 (ENSSTOG00000011605) INTS15 (ENSSTOG00000011614) ZNF853 (ENSSTOG00000019895) ZNF316 (ENSSTOG00000027773) ZNF12 (ENSSTOG00000022132) ENSSTOG00000000412 ENSSTOG00000020799 RBAK (ENSSTOG00000031749) ENSSTOG00000030067 ENSSTOG00000022953 RNF216 (ENSSTOG00000004045) FSCN1 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SDK1 (ENSMMMG00000007072) CARD11 (ENSMMMG00000007041) GNA12 (ENSMMMG00000007029) ENSMMMG00000007019 DAGLB (ENSMMMG00000006987) RAC1 (ENSMMMG00000006966) Alpin marmot MODERN SPECIES 14 ENSMMMG00000005759 ENSMMMG00000005786 HERC5 (ENSMMMG00000005800) PYURF (ENSMMMG00000006108) HERC3 (ENSMMMG00000006117) NAP1L5 (ENSMMMG00000006213) ENSMMMG00000006245 ENSMMMG00000006296 TIGD2 (ENSMMMG00000006308) GPRIN3 (ENSMMMG00000006319) SNCA (ENSMMMG00000006332) MMRN1 (ENSMMMG00000006343) CCSER1 (ENSMMMG00000006370) ENSMMMG00000006400 GRID2 (ENSMMMG00000006442) ENSMMMG00000006489 ##22 ATOH1 (ENSMMMG00000006500) SMARCAD1 (ENSMMMG00000006528) ENSMMMG00000006570 HPGDS (ENSMMMG00000006575) PDLIM5 (ENSMMMG00000006599) BMPR1B (ENSMMMG00000007282) UNC5C (ENSMMMG00000007320) ENSMMMG00000007448 STPG2 (ENSMMMG00000007520) RAP1GDS1 (ENSMMMG00000007591) TSPAN5 (ENSMMMG00000007766) EIF4E (ENSMMMG00000007798) ADH5 (ENSMMMG00000007886) ADH4 (ENSMMMG00000008175) ADH6 (ENSMMMG00000008181) Alpin marmot MODERN SPECIES 95 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ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000163679 Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES INTS1 (ENSHGLG00000015162) MAFK (ENSHGLG00000044774) TMEM184A (ENSHGLG00000018951) PSMG3 (ENSHGLG00000050465) ELFN1 (ENSHGLG00000013940) MAD1L1 (ENSHGLG00000018905) FTSJ2 (ENSHGLG00000011288) NUDT1 (ENSHGLG00000045244) ENSHGLG00000008199 ENSHGLG00000048377 ENSHGLG00000015822 RNF216 (ENSHGLG00000012663) ENSHGLG00000018972 FSCN1 (ENSHGLG00000013742) ##21 ENSHGLG00000050243 ACTB (ENSHGLG00000009651) ##22 FBXL18 (ENSHGLG00000043138) SLC29A4 (ENSHGLG00000009672) WIPI2 (ENSHGLG00000006000) RADIL (ENSHGLG00000011063) AP5Z1 (ENSHGLG00000008267) FOXK1 (ENSHGLG00000015239) ENSHGLG00000033614 SDK1 (ENSHGLG00000014065) ENSHGLG00000034557 ENSHGLG00000039944 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ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000163679 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 167 BRAT1 (ENSCLAG00000006161) ENSCLAG00000008719 AMZ1 (ENSCLAG00000011572) GNA12 (ENSCLAG00000009938) CARD11 (ENSCLAG00000006718) SDK1 (ENSCLAG00000008559) FOXK1 (ENSCLAG00000007995) AP5Z1 (ENSCLAG00000006222) RADIL (ENSCLAG00000005480) MMD2 (ENSCLAG00000004912) PAPOLB (ENSCLAG00000004689) ENSCLAG00000008578 RBAK (ENSCLAG00000010914) RNF216 (ENSCLAG00000009524) FSCN1 (ENSCLAG00000013884) ##21 ACTB (ENSCLAG00000013196) ##22 FBXL18 (ENSCLAG00000008640) TNRC18 (ENSCLAG00000014952) SLC29A4 (ENSCLAG00000012460) WIPI2 (ENSCLAG00000012307) ENSCLAG00000017774 SNX8 (ENSCLAG00000009295) NUDT1 (ENSCLAG00000011039) MAD1L1 (ENSCLAG00000010531) ELFN1 (ENSCLAG00000010408) PSMG3 (ENSCLAG00000010038) TMEM184A (ENSCLAG00000008182) MAFK (ENSCLAG00000007943) INTS1 (ENSCLAG00000005829) MICALL2 (ENSCLAG00000006245) ENSCLAG00000005753 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 121 NECTIN1 (ENSODEG00000006611) ENSODEG00000006811 THY1 (ENSODEG00000008554) ENSODEG00000008794 MFRP (ENSODEG00000007223) C1QTNF5 (ENSODEG00000006895) RNF26 (ENSODEG00000007188) MCAM (ENSODEG00000008067) ENSODEG00000007290 ENSODEG00000007893 CCDC153 (ENSODEG00000008452) NHERF4 (ENSODEG00000007000) NLRX1 (ENSODEG00000007636) ABCG4 (ENSODEG00000008192) HINFP (ENSODEG00000011292) ENSODEG00000007762 ##22 C2CD2L (ENSODEG00000008352) ENSODEG00000010500 ENSODEG00000019651 HMBS (ENSODEG00000009459) VPS11 (ENSODEG00000007999) HYOU1 (ENSODEG00000008854) SLC37A4 (ENSODEG00000008086) ENSODEG00000007434 ENSODEG00000007617 CENATAC (ENSODEG00000009222) ENSODEG00000007420 UPK2 (ENSODEG00000007788) BCL9L (ENSODEG00000008521) CXCR5 (ENSODEG00000009623) ENSODEG00000019472 Degu MODERN SPECIES 93 MALL (ENSODEG00000006386) MAL (ENSODEG00000006405) MRPS5 (ENSODEG00000006937) ZNF2 (ENSODEG00000005837) PROM2 (ENSODEG00000006749) KCNIP3 (ENSODEG00000007993) FAHD2A (ENSODEG00000006155) GPAT2 (ENSODEG00000006540) ASTL (ENSODEG00000006674) DUSP2 (ENSODEG00000006605) STARD7 (ENSODEG00000008185) TMEM127 (ENSODEG00000007316) CIAO1 (ENSODEG00000010429) SNRNP200 (ENSODEG00000008366) ENSODEG00000019261 ENSODEG00000006239 ##22 ENSODEG00000009431 #22 ITPRIPL1 (ENSODEG00000019718) NCAPH (ENSODEG00000007119) NEURL3 (ENSODEG00000006502) ARID5A (ENSODEG00000007125) KANSL3 (ENSODEG00000009383) ENSODEG00000006964 FER1L5 (ENSODEG00000007379) LMAN2L (ENSODEG00000007336) CNNM4 (ENSODEG00000008343) ENSODEG00000007080 ANKRD23 (ENSODEG00000007390) ANKRD39 (ENSODEG00000008651) SEMA4C (ENSODEG00000007356) ENSODEG00000007357 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.i ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000164307 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000163679 Kangaroo rat DUPLICATION Kangaroo rat MODERN SPECIES 387 Cyth3 (ENSDORG00000024524) ENSDORG00000028442 Rac1 (ENSDORG00000014388) Daglb (ENSDORG00000002646) Kdelr2 (ENSDORG00000012464) Grid2ip (ENSDORG00000001187) Zdhhc4 (ENSDORG00000025226) Ints15 (ENSDORG00000015054) ENSDORG00000023712 Zfp316 (ENSDORG00000023753) Zfp12 (ENSDORG00000005742) ENSDORG00000025580 Rbak (ENSDORG00000023872) Rnf216 (ENSDORG00000010835) Fscn1 (ENSDORG00000025729) ##21 Actb (ENSDORG00000010079) ##22 Fbxl18 (ENSDORG00000010081) Tnrc18 (ENSDORG00000029645) Slc29a4 (ENSDORG00000003898) Wipi2 (ENSDORG00000012212) Mmd2 (ENSDORG00000011018) Papolb (ENSDORG00000001140) Radil (ENSDORG00000011014) Ap5z1 (ENSDORG00000011010) Foxk1 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ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.i ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000164307 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000163679 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 203 Rnf216 (ENSJJAG00000018571) Fscn1 (ENSJJAG00000019494) ##21 Actb (ENSJJAG00000018929) ##22 Fbxl18 (ENSJJAG00000019235) Tnrc18 (ENSJJAG00000000131) Slc29a4 (ENSJJAG00000009846) Wipi2 (ENSJJAG00000011852) Mmd2 (ENSJJAG00000013135) Radil (ENSJJAG00000018039) Papolb (ENSJJAG00000012212) Ap5z1 (ENSJJAG00000012710) Foxk1 (ENSJJAG00000013688) Sdk1 (ENSJJAG00000018030) Card11 (ENSJJAG00000023880) Gna12 (ENSJJAG00000018748) Amz1 (ENSJJAG00000019187) Brat1 (ENSJJAG00000019651) Iqce (ENSJJAG00000000506) Muroidea ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.i ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000164307 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000163679 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A 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ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00960000191491 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Mouse MODERN SPECIES 14 Rac1 (ENSMUSG00000001847) Daglb (ENSMUSG00000039206) Kdelr2 (ENSMUSG00000079111) Grid2ip (ENSMUSG00000010825) Zdhhc4 (ENSMUSG00000001844) Ints15 (ENSMUSG00000039244) Zfp853 (ENSMUSG00000093910) Zfp316 (ENSMUSG00000046658) Zfp12 (ENSMUSG00000029587) Spdye4a (ENSMUSG00000039296) Spdye4b (ENSMUSG00000029586) Rbak (ENSMUSG00000061898) Or10ah1-ps1 (ENSMUSG00000090981) Rnf216 (ENSMUSG00000045078) Fscn1 (ENSMUSG00000029581) ##21 Actb (ENSMUSG00000029580) ##22 Fbxl18 (ENSMUSG00000066640) Tnrc18 (ENSMUSG00000039477) Slc29a4 (ENSMUSG00000050822) Wipi2 (ENSMUSG00000029578) Mmd2 (ENSMUSG00000039533) Papolb (ENSMUSG00000074817) Radil (ENSMUSG00000029576) Ap5z1 (ENSMUSG00000039623) Foxk1 (ENSMUSG00000056493) Sdk1 (ENSMUSG00000039683) Card11 (ENSMUSG00000036526) Gna12 (ENSMUSG00000000149) Amz1 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ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.i ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592.d ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B ENSGT00940000163679 Prairie vole MODERN SPECIES 110 ENSMOCG00000013507 Rac1 (ENSMOCG00000016374) Daglb (ENSMOCG00000000178) Kdelr2 (ENSMOCG00000013926) Grid2ip (ENSMOCG00000016662) Zdhhc4 (ENSMOCG00000015434) Ints15 (ENSMOCG00000007513) Zfp316 (ENSMOCG00000009050) Zfp12 (ENSMOCG00000011472) ENSMOCG00000014198 ENSMOCG00000016394 Rbak (ENSMOCG00000019516) Or10ah1-ps1 (ENSMOCG00000006986) Rnf216 (ENSMOCG00000011081) Fscn1 (ENSMOCG00000001115) ##21 Actb (ENSMOCG00000004137) ##22 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Arid4a (ENSNGAG00000015701) Timm9 (ENSNGAG00000012518) 2700049A03Rik (ENSNGAG00000018580) ENSNGAG00000008848 Dact1 (ENSNGAG00000016582) Daam1 (ENSNGAG00000011448) Gpr135 (ENSNGAG00000018914) ENSNGAG00000014758 L3hypdh (ENSNGAG00000011558) Jkamp (ENSNGAG00000011860) Ccdc175 (ENSNGAG00000017464) ENSNGAG00000007542 Lrrc9 (ENSNGAG00000000711) Primates ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00910000147936 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00510000048032 ENSGT00910000147936 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 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ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Cebidae ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000155825 ENSGT00390000014547.c ENSGT00940000153500.a.a.k.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A.a.a ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537.u ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Marmoset DUPLICATION Marmoset DUPLICATION Marmoset MODERN SPECIES 13 GABRR3 (ENSCJAG00000008491) RIOX2 (ENSCJAG00000043760) CRYBG3 (ENSCJAG00000008539) ENSCJAG00000083114 ##22 ARL6 (ENSCJAG00000074830) EPHA6 (ENSCJAG00000008553) ENSCJAG00000078682 NSUN3 (ENSCJAG00000008606) ARL13B (ENSCJAG00000008622) STX19 (ENSCJAG00000065164) PROS1 (ENSCJAG00000008648) EPHA3 (ENSCJAG00000008692) ENSCJAG00000058748 ENSCJAG00000067693 C3orf38 (ENSCJAG00000008780) ZNF654 (ENSCJAG00000045391) CGGBP1 (ENSCJAG00000046292) ENSCJAG00000075479 ENSCJAG00000022621 Marmoset MODERN SPECIES 11 USP42 (ENSCJAG00000015403) CYTH3 (ENSCJAG00000046741) ENSCJAG00000084892 RAC1 (ENSCJAG00000015455) DAGLB (ENSCJAG00000015461) KDELR2 (ENSCJAG00000015474) GRID2IP (ENSCJAG00000015493) ZDHHC4 (ENSCJAG00000015517) INTS15 (ENSCJAG00000015531) ZNF316 (ENSCJAG00000046914) ZNF12 (ENSCJAG00000015557) RBAK (ENSCJAG00000021500) ENSCJAG00000087020 RNF216 (ENSCJAG00000000082) FSCN1 (ENSCJAG00000009271) ##21 ENSCJAG00000074750 ##22 FBXL18 (ENSCJAG00000000010) TNRC18 (ENSCJAG00000000014) 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ENSCJAG00000080941 MAGEE2 (ENSCJAG00000044553) Marmoset DUPLICATION Marmoset MODERN SPECIES 4 SERPINB7 (ENSCJAG00000033719) SERPINB11 (ENSCJAG00000006731) ENSCJAG00000006825 SERPINB13 (ENSCJAG00000006802) SERPINB12 (ENSCJAG00000035996) SERPINB5 (ENSCJAG00000037297) VPS4B (ENSCJAG00000006696) KDSR (ENSCJAG00000006662) BCL2 (ENSCJAG00000042791) PHLPP1 (ENSCJAG00000003250) ZCCHC2 (ENSCJAG00000003312) ENSCJAG00000070461 TNFRSF11A (ENSCJAG00000003331) RELCH (ENSCJAG00000003333) PIGN (ENSCJAG00000003367) ENSCJAG00000077061 ##22 RNF152 (ENSCJAG00000040526) CDH20 (ENSCJAG00000003409) ENSCJAG00000087077 ENSCJAG00000085951 MC4R (ENSCJAG00000022877) ENSCJAG00000074677 ENSCJAG00000078094 PMAIP1 (ENSCJAG00000077617) ENSCJAG00000081139 CCBE1 (ENSCJAG00000003456) LMAN1 (ENSCJAG00000038558) CPLX4 (ENSCJAG00000038431) RAX (ENSCJAG00000003509) ENSCJAG00000003515 SEC11C (ENSCJAG00000003521) Marmoset MODERN SPECIES 13 ETS2 (ENSCJAG00000008102) PSMG1 (ENSCJAG00000015016) BRWD1 (ENSCJAG00000015042) 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ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B ENSGT00940000154444.A Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 109 ACTB (ENSSBOG00000033859) ##22 FBXL18 (ENSSBOG00000028437) TNRC18 (ENSSBOG00000022203) SLC29A4 (ENSSBOG00000028436) ENSSBOG00000017597 ENSSBOG00000018947 MMD2 (ENSSBOG00000034941) RADIL (ENSSBOG00000033717) AP5Z1 (ENSSBOG00000033396) FOXK1 (ENSSBOG00000030399) SDK1 (ENSSBOG00000017847) CARD11 (ENSSBOG00000029087) GNA12 (ENSSBOG00000021243) AMZ1 (ENSSBOG00000025339) BRAT1 (ENSSBOG00000036111) IQCE (ENSSBOG00000034465) Capuchin DUPLICATION Capuchin MODERN SPECIES 82 RAC1 (ENSCCAG00000018116) DAGLB (ENSCCAG00000026009) KDELR2 (ENSCCAG00000037966) GRID2IP (ENSCCAG00000037972) ZDHHC4 (ENSCCAG00000037975) C7orf26 (ENSCCAG00000015301) ZNF853 (ENSCCAG00000037168) ZNF316 (ENSCCAG00000024464) ZNF12 (ENSCCAG00000012689) ENSCCAG00000020987 ENSCCAG00000033746 RBAK (ENSCCAG00000021483) ENSCCAG00000036334 RNF216 (ENSCCAG00000022796) FSCN1 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CARD11 (ENSANAG00000032674) GNA12 (ENSANAG00000028565) ENSANAG00000026134 Mas night monkey DUPLICATION Mas night monkey MODERN SPECIES 343 ENSANAG00000030016 ENSANAG00000030780 SPATA13 (ENSANAG00000033761) ENSANAG00000019521 ENSANAG00000021371 MIPEP (ENSANAG00000027557) TNFRSF19 (ENSANAG00000032061) ENSANAG00000022043 SACS (ENSANAG00000035314) SGCG (ENSANAG00000035637) ENSANAG00000031766 ENSANAG00000034653 ZDHHC20 (ENSANAG00000029922) ENSANAG00000031404 ATP8A2 (ENSANAG00000031539) ENSANAG00000032345 ##22 SHISA2 (ENSANAG00000035019) RNF6 (ENSANAG00000029061) CDK8 (ENSANAG00000019361) WASF3 (ENSANAG00000032101) ENSANAG00000019364 GPR12 (ENSANAG00000019460) ENSANAG00000025862 ENSANAG00000031755 ENSANAG00000033775 ENSANAG00000015017 ENSANAG00000020073 ENSANAG00000022011 ENSANAG00000031654 ENSANAG00000033204 ENSANAG00000033332 Mas night monkey MODERN SPECIES 660 ENSANAG00000021626 ESRRA (ENSANAG00000033891) CATSPERZ (ENSANAG00000033403) KCNK4 (ENSANAG00000038205) GPR137 (ENSANAG00000033992) BAD (ENSANAG00000032197) PLCB3 (ENSANAG00000032258) ENSANAG00000026105 ENSANAG00000025147 VEGFB (ENSANAG00000024046) DNAJC4 (ENSANAG00000036443) NUDT22 (ENSANAG00000024100) TRPT1 (ENSANAG00000019580) FERMT3 (ENSANAG00000030526) ENSANAG00000032349 ENSANAG00000026818 ##22 FLRT1 (ENSANAG00000019976) MACROD1 (ENSANAG00000037887) OTUB1 (ENSANAG00000020656) COX8A (ENSANAG00000038341) NAA40 (ENSANAG00000032686) RCOR2 (ENSANAG00000020576) MARK2 (ENSANAG00000033532) SPINDOC (ENSANAG00000025822) ZFTA (ENSANAG00000020678) RTN3 (ENSANAG00000028798) ATL3 (ENSANAG00000023785) PLAAT3 (ENSANAG00000033413) PLAAT2 (ENSANAG00000032718) PLAAT4 (ENSANAG00000032580) LGALS12 (ENSANAG00000029421) Mas night monkey MODERN SPECIES 964 ENSANAG00000035775 TMTC4 (ENSANAG00000033527) NALCN (ENSANAG00000002054) ITGBL1 (ENSANAG00000020933) FGF14 (ENSANAG00000021289) TPP2 (ENSANAG00000001887) METTL21C (ENSANAG00000029712) TEX30 (ENSANAG00000020101) POGLUT2 (ENSANAG00000029223) ENSANAG00000020094 ENSANAG00000025711 SLC10A2 (ENSANAG00000027554) ENSANAG00000030812 EFNB2 (ENSANAG00000023792) ARGLU1 (ENSANAG00000025331) ENSANAG00000028970 ##22 NALF1 (ENSANAG00000022602) ENSANAG00000022561 LIG4 (ENSANAG00000012446) ABHD13 (ENSANAG00000031542) TNFSF13B (ENSANAG00000031847) MYO16 (ENSANAG00000030011) IRS2 (ENSANAG00000023271) Mas night monkey MODERN SPECIES 38 ENSANAG00000022227 ##22 Mas night monkey MODERN SPECIES 966 RELL2 (ENSANAG00000020895) FCHSD1 (ENSANAG00000025327) ARAP3 (ENSANAG00000023125) PCDH1 (ENSANAG00000020835) ENSANAG00000037296 DELE1 (ENSANAG00000025276) PCDH12 (ENSANAG00000026229) ENSANAG00000037813 ENSANAG00000021387 RNF14 (ENSANAG00000025736) GNPDA1 (ENSANAG00000032432) NDFIP1 (ENSANAG00000028423) ENSANAG00000024141 SPRY4 (ENSANAG00000029641) ENSANAG00000032884 ENSANAG00000037720 ##22 FGF1 (ENSANAG00000030014) ENSANAG00000029175 NR3C1 (ENSANAG00000027316) ENSANAG00000021549 ENSANAG00000020874 YIPF5 (ENSANAG00000036994) KCTD16 (ENSANAG00000026211) ENSANAG00000037716 PRELID2 (ENSANAG00000037895) GRXCR2 (ENSANAG00000029301) SH3RF2 (ENSANAG00000037988) PLAC8L1 (ENSANAG00000037249) ENSANAG00000015519 LARS1 (ENSANAG00000014375) RBM27 (ENSANAG00000034039) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00530000063996.b ENSGT00940000157636 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000159507 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000154173.A.a.c.a ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00510000048032 ENSGT00910000147936 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00940000154172.gb.a ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 Cercopithecidae DUPLICATION Cercopithecidae DUPLICATION Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.u.a ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.u.a ##22 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2226 NOL4 (ENSRROG00000036203) ASXL3 (ENSRROG00000045627) ENSRROG00000037181 ##22 CCDC178 (ENSRROG00000034508) ENSRROG00000000084 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 472 RPRD1A (ENSRBIG00000028605) ENSRBIG00000035992 ENSRBIG00000042177 GALNT1 (ENSRBIG00000040512) INO80C (ENSRBIG00000027476) ZNF396 (ENSRBIG00000043578) ZNF24 (ENSRBIG00000031313) ENSRBIG00000038714 ZSCAN30 (ENSRBIG00000005296) ZNF397 (ENSRBIG00000028427) MAPRE2 (ENSRBIG00000032237) DTNA (ENSRBIG00000041085) NOL4 (ENSRBIG00000029317) ASXL3 (ENSRBIG00000029166) CCDC178 (ENSRBIG00000044038) ENSRBIG00000040503 ##22 ENSRBIG00000022271 GAREM1 (ENSRBIG00000038312) MEP1B (ENSRBIG00000031696) RNF138 (ENSRBIG00000032879) ENSRBIG00000010762 ASPHD1 (ENSRBIG00000033286) KCTD13 (ENSRBIG00000038323) ENSRBIG00000038715 TAOK2 (ENSRBIG00000040093) HIRIP3 (ENSRBIG00000044734) INO80E (ENSRBIG00000037079) DOC2A (ENSRBIG00000043273) TLCD3B (ENSRBIG00000030256) C16orf92 (ENSRBIG00000028784) Cercopithecidae DUPLICATION Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.u.b.a ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.u.b.a ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.u.b.a ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.u.b.a ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00490000044373 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a ENSGT00940000157927 ENSGT00940000159120 ENSGT00390000013762.b.a ENSGT00940000159341 ENSGT00940000158246 ENSGT00390000006786 ENSGT00550000074922 ENSGT00390000010738 ENSGT00940000160171 ENSGT00940000156406.b ENSGT00940000158831 ENSGT00940000160562 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.u.b.a ##22 ENSGT00940000159767 ENSGT00940000153141.A ENSGT00940000160098 ENSGT00940000159049 ENSGT00390000005233.b ENSGT00610000086772 ENSGT00940000164139 ENSGT00940000154603.B ENSGT00940000161228 ENSGT00940000156212 ENSGT00940000157566 ENSGT00940000162401 ENSGT00940000161797 ENSGT01100000263524.B.a ENSGT00940000156827 Sooty mangabey MODERN SPECIES 97 SLC29A1 (ENSCATG00000025154) HSP90AB1 (ENSCATG00000035400) SLC35B2 (ENSCATG00000029059) NFKBIE (ENSCATG00000027685) TCTE1 (ENSCATG00000032513) TMEM151B (ENSCATG00000044696) AARS2 (ENSCATG00000033744) SPATS1 (ENSCATG00000035034) CDC5L (ENSCATG00000038925) SUPT3H (ENSCATG00000030142) RUNX2 (ENSCATG00000037036) CLIC5 (ENSCATG00000015665) ENSCATG00000031136 ENPP4 (ENSCATG00000043419) ENPP5 (ENSCATG00000042109) ENSCATG00000040982 ##22 RCAN2 (ENSCATG00000041034) CYP39A1 (ENSCATG00000034914) SLC25A27 (ENSCATG00000030691) TDRD6 (ENSCATG00000023914) PLA2G7 (ENSCATG00000041088) ANKRD66 (ENSCATG00000040079) MEP1A (ENSCATG00000043696) ADGRF5 (ENSCATG00000036293) ADGRF1 (ENSCATG00000022267) TNFRSF21 (ENSCATG00000044557) CD2AP (ENSCATG00000025941) ENSCATG00000024511 ADGRF4 (ENSCATG00000005832) OPN5 (ENSCATG00000024337) PTCHD4 (ENSCATG00000007495) Drill MODERN SPECIES 941 SLC29A1 (ENSMLEG00000037598) HSP90AB1 (ENSMLEG00000024522) SLC35B2 (ENSMLEG00000021766) NFKBIE (ENSMLEG00000038934) ENSMLEG00000039771 TCTE1 (ENSMLEG00000034744) AARS2 (ENSMLEG00000035617) SPATS1 (ENSMLEG00000032849) CDC5L (ENSMLEG00000030582) SUPT3H (ENSMLEG00000038549) RUNX2 (ENSMLEG00000029720) CLIC5 (ENSMLEG00000028897) ENPP4 (ENSMLEG00000035378) ENSMLEG00000043859 ENPP5 (ENSMLEG00000025172) ENSMLEG00000037782 ##22 RCAN2 (ENSMLEG00000039961) CYP39A1 (ENSMLEG00000032868) SLC25A27 (ENSMLEG00000033730) TDRD6 (ENSMLEG00000039418) PLA2G7 (ENSMLEG00000025348) ANKRD66 (ENSMLEG00000042482) MEP1A (ENSMLEG00000038732) ADGRF5 (ENSMLEG00000013060) ADGRF1 (ENSMLEG00000013388) TNFRSF21 (ENSMLEG00000026346) CD2AP (ENSMLEG00000043815) ENSMLEG00000038138 ADGRF4 (ENSMLEG00000043335) OPN5 (ENSMLEG00000035632) PTCHD4 (ENSMLEG00000033093) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000156750 ENSGT00530000063404.b ENSGT00440000037499.n ENSGT00940000155899 ENSGT00390000009609 ENSGT00940000156511 ENSGT00940000158820 ENSGT00940000159571 ENSGT00390000010568 ENSGT01050000244887.A.a.b ENSGT00940000156998 ENSGT00940000170640 ENSGT00940000154535.D ENSGT00530000063786.a.n ENSGT00940000154802 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.u.b.b ##22 ENSGT00940000153322.B.nb.a ENSGT00940000160961 ENSGT00940000153601.a.b ENSGT00940000155252 ENSGT00940000158786 ENSGT00420000029746.e.a.a.b ENSGT00940000164117 ENSGT00420000029746.e.a.a.a.b.a ENSGT00940000156132 ENSGT00390000004798 ENSGT00730000111085.B ENSGT01100000263606 ENSGT00390000004674 ENSGT00940000157607 ENSGT00940000154254.b Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.u.b.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.u.b.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.u.b.b ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.u.b.b ##22 Sooty mangabey MODERN SPECIES 152 LRRC39 (ENSCATG00000036614) DBT (ENSCATG00000032994) RTCA (ENSCATG00000019364) ENSCATG00000031516 CDC14A (ENSCATG00000031864) GPR88 (ENSCATG00000016001) VCAM1 (ENSCATG00000037830) EXTL2 (ENSCATG00000018698) SLC30A7 (ENSCATG00000036739) DPH5 (ENSCATG00000024513) S1PR1 (ENSCATG00000043445) ENSCATG00000033786 OLFM3 (ENSCATG00000000012) COL11A1 (ENSCATG00000033521) RNPC3 (ENSCATG00000002086) ENSCATG00000037279 ##22 ENSCATG00000004862 ENSCATG00000019879 ENSCATG00000036797 ENSCATG00000029451 Drill MODERN SPECIES 80 COL11A1 (ENSMLEG00000040778) RNPC3 (ENSMLEG00000033628) ENSMLEG00000031922 ENSMLEG00000031313 ##22 ENSMLEG00000041469 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 841 ENSGT00530000063786.a.n ENSGT00940000154802 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.u.b.b ##22 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1686 RNPC3 (ENSRROG00000032334) ENSRROG00000030734 ENSRROG00000027200 ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00390000017551 ENSGT00530000063996.b ENSGT00940000157636 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000159507 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000154173.A.a.c.a ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00510000048032 ENSGT00910000147936 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00940000154172.gb.a 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snub-nosed monkey MODERN SPECIES 714 ENSRBIG00000040484 ENSRBIG00000031612 ##22 ENSRBIG00000035160 Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1306 ENSRROG00000031470 FSCN1 (ENSRROG00000032418) ##21 ENSRROG00000041256 ENSRROG00000028698 ##22 TNRC18 (ENSRROG00000038945) SLC29A4 (ENSRROG00000034000) WIPI2 (ENSRROG00000038055) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 3144 PPDPFL (ENSRROG00000032424) SNAI2 (ENSRROG00000032273) CLXN (ENSRROG00000038117) ENSRROG00000031179 ##22 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 880 ZMYM4 (ENSRROG00000042249) KIAA0319L (ENSRROG00000033805) ENSRROG00000033752 ##22 NCDN (ENSRROG00000042808) TFAP2E (ENSRROG00000042239) PSMB2 (ENSRROG00000029102) C1orf216 (ENSRROG00000023698) CLSPN (ENSRROG00000030857) AGO4 (ENSRROG00000035783) AGO1 (ENSRROG00000044469) AGO3 (ENSRROG00000042180) ENSRROG00000027570 TEKT2 (ENSRROG00000039414) ADPRS (ENSRROG00000030199) COL8A2 (ENSRROG00000030627) TRAPPC3 (ENSRROG00000034420) MAP7D1 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(ENSPANG00000006616) INS (ENSPANG00000014163) ENSPANG00000037714 IGF2 (ENSPANG00000005120) AP2A2 (ENSPANG00000016067) CHID1 (ENSPANG00000018814) Olive baboon MODERN SPECIES 1 FKBP7 (ENSPANG00000019540) PLEKHA3 (ENSPANG00000013332) TTN (ENSPANG00000022292) CCDC141 (ENSPANG00000006772) SESTD1 (ENSPANG00000020529) ZNF385B (ENSPANG00000004252) CWC22 (ENSPANG00000018976) UBE2E3 (ENSPANG00000006052) ITGA4 (ENSPANG00000007919) CERKL (ENSPANG00000004250) NEUROD1 (ENSPANG00000007303) ENSPANG00000010159 ITPRID2 (ENSPANG00000018187) PPP1R1C (ENSPANG00000026406) PDE1A (ENSPANG00000011992) ENSPANG00000009747 ##22 ENSPANG00000049718 DNAJC10 (ENSPANG00000012554) FRZB (ENSPANG00000050327) NCKAP1 (ENSPANG00000003739) DUSP19 (ENSPANG00000000355) NUP35 (ENSPANG00000013686) ENSPANG00000043715 ENSPANG00000037246 ENSPANG00000000634 ZNF804A (ENSPANG00000025573) ENSPANG00000050780 ENSPANG00000045538 ENSPANG00000044408 FSIP2 (ENSPANG00000000578) ENSPANG00000044520 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 219 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ENSGT00940000154173.A.a.c.a ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.v ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00910000147820 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Pig-tailed macaque DUPLICATION Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 249 RNF216 (ENSMNEG00000027255) FSCN1 (ENSMNEG00000032699) ##21 ACTB (ENSMNEG00000033949) ##22 FBXL18 (ENSMNEG00000006983) ENSMNEG00000029295 TNRC18 (ENSMNEG00000030110) SLC29A4 (ENSMNEG00000029418) WIPI2 (ENSMNEG00000035019) Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 217 HMGB4 (ENSMNEG00000025457) C1orf94 (ENSMNEG00000015831) GJB5 (ENSMNEG00000005315) GJB4 (ENSMNEG00000006153) ENSMNEG00000010043 SMIM12 (ENSMNEG00000015964) ENSMNEG00000006704 DLGAP3 (ENSMNEG00000007661) ENSMNEG00000033692 TMEM35B 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(ENSMNEG00000038768) ENSMNEG00000037724 ##22 DNAJC10 (ENSMNEG00000042985) FRZB (ENSMNEG00000036082) NCKAP1 (ENSMNEG00000029747) ENSMNEG00000006953 DUSP19 (ENSMNEG00000031692) NUP35 (ENSMNEG00000029014) ENSMNEG00000036734 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000156486 ENSGT00940000153500.a.a.k.a.a ENSGT00390000014156.c ENSGT00940000155825 ENSGT00940000154596.b ENSGT00940000157605 ENSGT00840000130004 ENSGT00390000015826 ENSGT00940000155381 ENSGT00940000159899 ENSGT00390000004713.c.g ENSGT00940000161875 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.v ##22 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000161627.a.a.a.a.b.a.a.b.b.b ENSGT01100000263493.a.a.a.b.a.a.a.b.b.a ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Rhesus MODERN SPECIES 13 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ENSGT00940000157376 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000412 ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.B ENSGT00570000079239 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00390000003465.b.b.o.b ENSGT00390000002970.q ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.w.a ##22 ENSGT00950000183070.a.b.g.b.b.a.a ENSGT00940000153463.b ENSGT00940000154784.D.a.b ENSGT00940000160090 ENSGT00740000115684 ENSGT00940000160410 ENSGT00940000162464 ENSGT00940000157407 ENSGT00390000016736.b ENSGT00390000006681 ENSGT00390000016465 ENSGT00950000182767.a.a ENSGT00390000011405 ENSGT00940000161139 ENSGT00940000157671 Gorilla MODERN SPECIES TMEM63A (ENSGGOG00000000862) EPHX1 (ENSGGOG00000000859) SRP9 (ENSGGOG00000011555) ENSGGOG00000022660 LBR (ENSGGOG00000015250) ENSGGOG00000040109 DNAH14 (ENSGGOG00000040408) CNIH3 (ENSGGOG00000000242) WDR26 (ENSGGOG00000008231) CNIH4 (ENSGGOG00000005708) ENSGGOG00000038475 NVL (ENSGGOG00000034871) DEGS1 (ENSGGOG00000009270) ENSGGOG00000027698 FBXO28 (ENSGGOG00000010974) ENSGGOG00000036743 ##22 ENSGGOG00000036408 TP53BP2 (ENSGGOG00000003787) CAPN2 (ENSGGOG00000008027) CAPN8 (ENSGGOG00000034990) CCDC185 (ENSGGOG00000006997) SUSD4 (ENSGGOG00000003026) DISP1 (ENSGGOG00000000786) FAM177B (ENSGGOG00000017105) BROX (ENSGGOG00000000636) AIDA (ENSGGOG00000015289) ENSGGOG00000037338 MIA3 (ENSGGOG00000015271) TAF1A (ENSGGOG00000001183) HHIPL2 (ENSGGOG00000001182) ENSGGOG00000038551 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.q.b ENSGT00940000159576 ENSGT00390000002210.d ENSGT00390000018505.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000160505 ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.B ENSGT00570000079239 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00390000003465.b.b.o.b ENSGT00390000002970.q ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.w.a ##22 ENSGT00950000183070.a.b.g.b.b.a.a ENSGT00940000153463.b ENSGT00940000154784.D.a.b ENSGT00940000160090 ENSGT00740000115684 ENSGT00940000160410 ENSGT00940000162464 ENSGT00940000157407 ENSGT00390000016736.b ENSGT00390000006681 ENSGT00390000016465 ENSGT00950000182767.a.a ENSGT00390000011405 ENSGT00940000161139 ENSGT00940000157671 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.q.b ENSGT00940000159576 ENSGT00390000002210.d ENSGT00390000018505.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000160505 ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.B ENSGT00570000079239 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00390000003465.b.b.o.b ENSGT00390000002970.q ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.w.a ##22 ENSGT00950000183070.a.b.g.b.b.a.a ENSGT00940000153463.b ENSGT00940000154784.D.a.b ENSGT00940000160090 ENSGT00740000115684 ENSGT00940000160410 ENSGT00940000162464 ENSGT00940000157407 ENSGT00390000016736.b ENSGT00390000006681 ENSGT00390000016465 ENSGT00950000182767.a.a ENSGT00390000011405 ENSGT00940000161139 ENSGT00940000157671 Bonobo MODERN SPECIES PYCR2 (ENSPPAG00000029624) LEFTY1 (ENSPPAG00000031732) TMEM63A (ENSPPAG00000035003) EPHX1 (ENSPPAG00000037369) SRP9 (ENSPPAG00000042680) ENSPPAG00000027545 LBR (ENSPPAG00000029928) DNAH14 (ENSPPAG00000033548) CNIH3 (ENSPPAG00000041930) WDR26 (ENSPPAG00000030839) CNIH4 (ENSPPAG00000037258) NVL (ENSPPAG00000030596) DEGS1 (ENSPPAG00000033472) ENSPPAG00000005299 FBXO28 (ENSPPAG00000034613) ENSPPAG00000029629 ##22 ENSPPAG00000028543 TP53BP2 (ENSPPAG00000042237) CAPN2 (ENSPPAG00000035401) CAPN8 (ENSPPAG00000035387) CCDC185 (ENSPPAG00000000314) SUSD4 (ENSPPAG00000034494) TLR5 (ENSPPAG00000008829) DISP1 (ENSPPAG00000017626) FAM177B (ENSPPAG00000043057) BROX (ENSPPAG00000039244) ENSPPAG00000034152 ENSPPAG00000034603 MIA3 (ENSPPAG00000034682) TAF1A (ENSPPAG00000038647) HHIPL2 (ENSPPAG00000042275) Chimpanzee MODERN SPECIES PYCR2 (ENSPTRG00000002042) LEFTY1 (ENSPTRG00000049763) TMEM63A (ENSPTRG00000002040) EPHX1 (ENSPTRG00000002039) SRP9 (ENSPTRG00000002038) ENAH (ENSPTRG00000002037) LBR (ENSPTRG00000002036) DNAH14 (ENSPTRG00000050408) CNIH3 (ENSPTRG00000002027) WDR26 (ENSPTRG00000002026) CNIH4 (ENSPTRG00000002025) NVL (ENSPTRG00000046422) DEGS1 (ENSPTRG00000002023) ENSPTRG00000020477 FBXO28 (ENSPTRG00000002021) ENSPTRG00000051447 ##22 ENSPTRG00000050115 TP53BP2 (ENSPTRG00000002017) CAPN2 (ENSPTRG00000002016) CAPN8 (ENSPTRG00000043346) CCDC185 (ENSPTRG00000002015) SUSD4 (ENSPTRG00000002014) TLR5 (ENSPTRG00000030151) DISP1 (ENSPTRG00000002013) FAM177B (ENSPTRG00000023862) BROX (ENSPTRG00000002012) AIDA (ENSPTRG00000002010) ENSPTRG00000052614 MIA3 (ENSPTRG00000052232) TAF1A (ENSPTRG00000002007) HHIPL2 (ENSPTRG00000002006) Gibbon MODERN SPECIES 10 ENSNLEG00000028615 CD274 (ENSNLEG00000009009) PDCD1LG2 (ENSNLEG00000009028) RIC1 (ENSNLEG00000009045) ERMP1 (ENSNLEG00000009085) MLANA (ENSNLEG00000009096) KIAA2026 (ENSNLEG00000009104) ENSNLEG00000035508 IL33 (ENSNLEG00000009115) UHRF2 (ENSNLEG00000009135) GLDC (ENSNLEG00000009146) ENSNLEG00000030924 ENSNLEG00000032646 ENSNLEG00000018987 KDM4C (ENSNLEG00000017670) ENSNLEG00000027866 ##22 ENSNLEG00000028620 PTPRD (ENSNLEG00000017664) ENSNLEG00000034539 TYRP1 (ENSNLEG00000017662) LURAP1L (ENSNLEG00000017661) ENSNLEG00000032253 MPDZ (ENSNLEG00000017632) NFIB (ENSNLEG00000017626) ZDHHC21 (ENSNLEG00000017622) CER1 (ENSNLEG00000031098) FREM1 (ENSNLEG00000017613) ENSNLEG00000031209 ENSNLEG00000033891 TTC39B (ENSNLEG00000017600) SNAPC3 (ENSNLEG00000017591) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 141 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.w.b ##22 ENSGT00940000165691 Hominidae ANCESTRAL SPECIES 135 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.w.b ##22 ENSGT00940000165691 Homo/Pan/Gorilla group DUPLICATION Homo/Pan/Gorilla group DUPLICATION Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.w.b.a.a ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.w.b.a.a ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.w.b.a.a ##22 Chimpanzee MODERN SPECIES 385 ACTBL2 (ENSPTRG00000009762) ##22 Gorilla MODERN SPECIES 15 ENSGGOG00000013270 ENSGGOG00000025539 ENSGGOG00000005971 ENSGGOG00000039127 ENSGGOG00000040236 ENSGGOG00000043820 ENSGGOG00000025903 ##22 ENSGGOG00000010264 FAM168B (ENSGGOG00000000077) ENSGGOG00000010538 AMER3 (ENSGGOG00000005685) GPR148 (ENSGGOG00000005680) ENSGGOG00000014452 ENSGGOG00000003802 ENSGGOG00000007645 ENSGGOG00000025236 ##22 PTPN18 (ENSGGOG00000016535) IMP4 (ENSGGOG00000001595) ENSGGOG00000001593 TUBA3E (ENSGGOG00000010909) ENSGGOG00000038820 ENSGGOG00000027097 ENSGGOG00000013262 ENSGGOG00000043016 ENSGGOG00000040171 ENSGGOG00000043835 HS6ST1 (ENSGGOG00000037761) ENSGGOG00000007883 UGGT1 (ENSGGOG00000000551) SAP130 (ENSGGOG00000016083) AMMECR1L (ENSGGOG00000014448) Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 75 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.w.b.a.b ##22 ENSGT00940000165691 ENSGT00940000155492.b.d Gorilla MODERN SPECIES 15 ENSGGOG00000027097 ENSGGOG00000038820 TUBA3E (ENSGGOG00000010909) ENSGGOG00000001593 IMP4 (ENSGGOG00000001595) PTPN18 (ENSGGOG00000016535) ENSGGOG00000025236 ##22 ENSGGOG00000007645 ENSGGOG00000003802 ENSGGOG00000014452 GPR148 (ENSGGOG00000005680) AMER3 (ENSGGOG00000005685) ENSGGOG00000010538 FAM168B (ENSGGOG00000000077) ENSGGOG00000010264 ENSGGOG00000025903 ##22 ENSGGOG00000043820 ENSGGOG00000040236 ENSGGOG00000039127 ENSGGOG00000005971 ENSGGOG00000025539 ENSGGOG00000013270 ENSGGOG00000043859 ENSGGOG00000028069 ENSGGOG00000038330 ENSGGOG00000027564 ENSGGOG00000040727 ENSGGOG00000038488 ENSGGOG00000028572 ENSGGOG00000042657 ENSGGOG00000036491 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.w.b.b ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 79 ENSGT00390000007249.b ENSGT00940000163068.b.a.d.b.a.b ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.w.b.b ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000157028 ENSGT00940000162379 ENSGT00940000157358 ENSGT00390000002283 ENSGT00730000111087 ENSGT00530000063675.a.d ENSGT00940000160341.b ENSGT00940000154335.a.k.b ENSGT00940000155445.e.b ENSGT00390000011422.m ENSGT00950000182825.B ENSGT00390000014845.t ENSGT00390000006044.g ENSGT00390000007249.b ENSGT00940000163068.b.a.d.b.a.b ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.w.b.b ##22 Chimpanzee MODERN SPECIES 525 TUBA3E (ENSPTRG00000049222) ENSPTRG00000046252 ENSPTRG00000051286 ENSPTRG00000049856 ENSPTRG00000012454 ENSPTRG00000041237 ##22 ENSPTRG00000048169 Orangutan MODERN SPECIES 12 CXADR (ENSPPYG00000011295) USP25 (ENSPPYG00000011291) NRIP1 (ENSPPYG00000011290) ENSPPYG00000011288 HSPA13 (ENSPPYG00000037302) RBM11 (ENSPPYG00000011285) LIPI (ENSPPYG00000011284) ENSPPYG00000038704 ENSPPYG00000040469 ENSPPYG00000034386 ENSPPYG00000040558 ENSPPYG00000030317 ENSPPYG00000040022 ENSPPYG00000032793 ENSPPYG00000019944 ENSPPYG00000034660 ##22 ENSPPYG00000039904 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000153500.a.a.k.a.a ENSGT00390000014156.c ENSGT00940000153500.a.a.k.b ENSGT00390000014547.c ENSGT00940000155825 ENSGT00940000154596.b ENSGT00840000130004 ENSGT00940000157605 ENSGT00390000015826 ENSGT00940000155381 ENSGT00940000159899 ENSGT00390000004713.c ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00940000154172.gb.a ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.x ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00940000154173.A.a.c.a ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b Gibbon MODERN SPECIES 7 ENSNLEG00000015697 DAGLB (ENSNLEG00000015668) KDELR2 (ENSNLEG00000015662) GRID2IP (ENSNLEG00000015646) ZDHHC4 (ENSNLEG00000015607) INTS15 (ENSNLEG00000015599) ENSNLEG00000015596 ZNF12 (ENSNLEG00000027354) ENSNLEG00000036079 ENSNLEG00000036045 ENSNLEG00000015579 ENSNLEG00000026665 RNF216 (ENSNLEG00000015530) ENSNLEG00000028647 ##21 ENSNLEG00000027252 ACTB (ENSNLEG00000015506) ##22 ENSNLEG00000031210 ENSNLEG00000027537 WIPI2 (ENSNLEG00000015492) RBAK (ENSNLEG00000030817) ENSNLEG00000036049 MMD2 (ENSNLEG00000015480) RADIL (ENSNLEG00000015475) AP5Z1 (ENSNLEG00000015462) ENSNLEG00000015459 ENSNLEG00000015435 CARD11 (ENSNLEG00000010543) GNA12 (ENSNLEG00000033618) AMZ1 (ENSNLEG00000010620) BRAT1 (ENSNLEG00000010655) IQCE (ENSNLEG00000010709) Hominidae ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000153500.a.a.k.a.a ENSGT00390000014156.c ENSGT00940000153500.a.a.k.b ENSGT00390000014547.c ENSGT00940000155825 ENSGT00940000154596.b ENSGT00840000130004 ENSGT00940000157605 ENSGT00390000015826 ENSGT00940000155381 ENSGT00940000159899 ENSGT00390000004713.c ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00940000154172.gb.a ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.x ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Orangutan MODERN SPECIES 24 ENSPPYG00000031109 RNF216 (ENSPPYG00000017338) FSCN1 (ENSPPYG00000039199) ##21 ACTB (ENSPPYG00000017336) ##22 FBXL18 (ENSPPYG00000017335) TNRC18 (ENSPPYG00000017332) SLC29A4 (ENSPPYG00000017331) WIPI2 (ENSPPYG00000040908) ENSPPYG00000033860 RBAK (ENSPPYG00000017329) MMD2 (ENSPPYG00000029476) RADIL (ENSPPYG00000017327) ENSPPYG00000040747 AP5Z1 (ENSPPYG00000017326) FOXK1 (ENSPPYG00000017325) SDK1 (ENSPPYG00000017324) CARD11 (ENSPPYG00000017323) GNA12 (ENSPPYG00000017322) AMZ1 (ENSPPYG00000040103) Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A.a.c.a.a ENSGT00940000155381.s ENSGT00940000159899 ENSGT00390000004713.c ENSGT00940000161875.c.a ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b.x ##21 ENSGT00940000154172.gb.a ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.x ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00910000146651.a ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b Gorilla MODERN SPECIES 20 DAGLB (ENSGGOG00000003364) RAC1 (ENSGGOG00000026733) FAM220A (ENSGGOG00000003262) CYTH3 (ENSGGOG00000015376) USP42 (ENSGGOG00000015369) ANKRD61 (ENSGGOG00000016229) EIF2AK1 (ENSGGOG00000016216) AIMP2 (ENSGGOG00000007974) PMS2 (ENSGGOG00000007960) ENSGGOG00000038387 ENSGGOG00000027454 ENSGGOG00000009068 RNF216 (ENSGGOG00000042353) FSCN1 (ENSGGOG00000025593) ##21 ENSGGOG00000025778 ACTB (ENSGGOG00000001133) ##22 FBXL18 (ENSGGOG00000014037) TNRC18 (ENSGGOG00000011875) ENSGGOG00000011862 WIPI2 (ENSGGOG00000006240) RBAK (ENSGGOG00000008465) ENSGGOG00000027654 MMD2 (ENSGGOG00000012091) RADIL (ENSGGOG00000002691) AP5Z1 (ENSGGOG00000037780) ENSGGOG00000002679 SDK1 (ENSGGOG00000012912) CARD11 (ENSGGOG00000000988) GNA12 (ENSGGOG00000009488) AMZ1 (ENSGGOG00000002895) TTYH3 (ENSGGOG00000008938) Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A.a.c.a.a ENSGT00940000155381.s ENSGT00940000159899 ENSGT00390000004713.c ENSGT00940000161875.c.a ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b.x ##21 ENSGT00940000154172.gb.a ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.x ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00910000146651.a ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b Human MODERN SPECIES 19 DAGLB (ENSG00000164535) RAC1 (ENSG00000136238) SAGSIN1 (ENSG00000286075) FAM220A (ENSG00000178397) CYTH3 (ENSG00000008256) USP42 (ENSG00000106346) ANKRD61 (ENSG00000157999) EIF2AK1 (ENSG00000086232) AIMP2 (ENSG00000106305) PMS2 (ENSG00000122512) RSPH10B (ENSG00000155026) CCZ1 (ENSG00000122674) OCM (ENSG00000122543) RNF216 (ENSG00000011275) FSCN1 (ENSG00000075618) ##21 ACTB (ENSG00000075624) ##22 FBXL18 (ENSG00000155034) TNRC18 (ENSG00000182095) SLC29A4 (ENSG00000164638) WIPI2 (ENSG00000157954) RBAK (ENSG00000146587) RBAK-RBAKDN (ENSG00000272968) MMD2 (ENSG00000136297) PAPOLB (ENSG00000218823) RADIL (ENSG00000157927) AP5Z1 (ENSG00000242802) FOXK1 (ENSG00000164916) SDK1 (ENSG00000146555) CARD11 (ENSG00000198286) GNA12 (ENSG00000146535) AMZ1 (ENSG00000174945) Pan ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00940000153500.a.a.k.b ENSGT00390000014547.c ENSGT00390000014156.c ENSGT00940000155825 ENSGT00940000154596.b ENSGT00940000157605 ENSGT00840000130004 ENSGT00390000015826 ENSGT00940000155381.s.a ENSGT00940000159899 ENSGT00390000004713.c ENSGT00940000161875.c.a ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b.x ##21 ENSGT00940000154172.gb.a ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.x ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00910000146651.a ENSGT00940000157972 ENSGT00940000164307 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b Chimpanzee MODERN SPECIES 20 EIF2AK1 (ENSPTRG00000018904) USP42 (ENSPTRG00000018906) CYTH3 (ENSPTRG00000018907) ENSPTRG00000028666 RAC1 (ENSPTRG00000018910) ENSPTRG00000051819 ENSPTRG00000043578 ENSPTRG00000018919 ENSPTRG00000018920 ENSPTRG00000051187 ENSPTRG00000048336 OCM (ENSPTRG00000018896) RNF216 (ENSPTRG00000018894) FSCN1 (ENSPTRG00000018892) ##21 ENSPTRG00000052762 ACTB (ENSPTRG00000018890) ##22 FBXL18 (ENSPTRG00000018889) TNRC18 (ENSPTRG00000018886) SLC29A4 (ENSPTRG00000018884) WIPI2 (ENSPTRG00000018882) RBAK (ENSPTRG00000018880) MMD2 (ENSPTRG00000018878) PAPOLB (ENSPTRG00000045383) RADIL (ENSPTRG00000018877) AP5Z1 (ENSPTRG00000018876) FOXK1 (ENSPTRG00000018875) SDK1 (ENSPTRG00000018872) CARD11 (ENSPTRG00000018871) GNA12 (ENSPTRG00000018870) AMZ1 (ENSPTRG00000018869) TTYH3 (ENSPTRG00000018868) Bonobo DUPLICATION Bonobo MODERN SPECIES 20 GRID2IP (ENSPPAG00000004060) ENSPPAG00000038445 DAGLB (ENSPPAG00000031293) ENSPPAG00000032857 ENSPPAG00000042160 CYTH3 (ENSPPAG00000032310) USP42 (ENSPPAG00000029844) ANKRD61 (ENSPPAG00000042004) EIF2AK1 (ENSPPAG00000038784) AIMP2 (ENSPPAG00000035344) PMS2 (ENSPPAG00000014830) ENSPPAG00000033714 RNF216 (ENSPPAG00000032864) ENSPPAG00000041475 ##21 ENSPPAG00000033354 ACTB (ENSPPAG00000037371) ##22 FBXL18 (ENSPPAG00000027621) ENSPPAG00000040010 SLC29A4 (ENSPPAG00000038957) WIPI2 (ENSPPAG00000035034) RBAK (ENSPPAG00000012357) ENSPPAG00000028399 MMD2 (ENSPPAG00000042041) RADIL (ENSPPAG00000041551) AP5Z1 (ENSPPAG00000034107) FOXK1 (ENSPPAG00000017436) SDK1 (ENSPPAG00000033371) CARD11 (ENSPPAG00000035064) ENSPPAG00000020471 AMZ1 (ENSPPAG00000031882) TTYH3 (ENSPPAG00000036911) Bonobo MODERN SPECIES 138 ENSPPAG00000034909 ##22 Tarsier DUPLICATION Tarsier MODERN SPECIES 3925 AGR3 (ENSTSYG00000009778) ENSTSYG00000033164 ##22 AGR2 (ENSTSYG00000013523) TSPAN13 (ENSTSYG00000030041) ENSTSYG00000035064 BZW2 (ENSTSYG00000009806) ANKMY2 (ENSTSYG00000000150) LRRC72 (ENSTSYG00000008233) SOSTDC1 (ENSTSYG00000032880) ISPD (ENSTSYG00000005003) Tarsier DUPLICATION Tarsier MODERN SPECIES 2667 ENSTSYG00000026359 ##22 Tarsier MODERN SPECIES 1934 CCDC137 (ENSTSYG00000000951) #15 OXLD1 (ENSTSYG00000028341) #16 PDE6G (ENSTSYG00000031400) #17 TSPAN10 (ENSTSYG00000035506) #18 NPLOC4 (ENSTSYG00000011991) #19 FAAP100 (ENSTSYG00000036212) #20 FSCN2 (ENSTSYG00000032053) #21 ENSTSYG00000033370 ##22 Tarsier MODERN SPECIES 3943 ENSTSYG00000036183 ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00910000147936 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000164307 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 207 ENSOGAG00000025751 RAC1 (ENSOGAG00000017027) DAGLB (ENSOGAG00000017029) KDELR2 (ENSOGAG00000025999) GRID2IP (ENSOGAG00000034523) ZDHHC4 (ENSOGAG00000000437) INTS15 (ENSOGAG00000000438) ZNF316 (ENSOGAG00000028380) ENSOGAG00000025231 ZNF12 (ENSOGAG00000028373) RBAK (ENSOGAG00000006946) ENSOGAG00000027519 RNF216 (ENSOGAG00000006315) FSCN1 (ENSOGAG00000025060) ##21 ENSOGAG00000008348 ##22 FBXL18 (ENSOGAG00000008341) TNRC18 (ENSOGAG00000027824) SLC29A4 (ENSOGAG00000002865) ENSOGAG00000002862 MMD2 (ENSOGAG00000011163) PAPOLB (ENSOGAG00000031103) ENSOGAG00000016264 AP5Z1 (ENSOGAG00000016256) FOXK1 (ENSOGAG00000016251) ENSOGAG00000032866 SDK1 (ENSOGAG00000007104) CARD11 (ENSOGAG00000006863) GNA12 (ENSOGAG00000006871) AMZ1 (ENSOGAG00000030973) BRAT1 (ENSOGAG00000034382) Bushbaby MODERN SPECIES 131 UAP1 (ENSOGAG00000016117) DDR2 (ENSOGAG00000010985) HSD17B7 (ENSOGAG00000010994) CCDC190 (ENSOGAG00000010997) RGS4 (ENSOGAG00000012669) RGS5 (ENSOGAG00000012674) NUF2 (ENSOGAG00000011652) PBX1 (ENSOGAG00000000132) LMX1A (ENSOGAG00000011315) RXRG (ENSOGAG00000011318) LRRC52 (ENSOGAG00000026494) MGST3 (ENSOGAG00000006196) ENSOGAG00000006198 TMCO1 (ENSOGAG00000011784) UCK2 (ENSOGAG00000014716) ENSOGAG00000032359 ##22 FAM78B (ENSOGAG00000014719) ENSOGAG00000032561 ENSOGAG00000007611 POGK (ENSOGAG00000007615) TADA1 (ENSOGAG00000007621) ILDR2 (ENSOGAG00000007624) MAEL (ENSOGAG00000007627) GPA33 (ENSOGAG00000002120) STYXL2 (ENSOGAG00000034721) POU2F1 (ENSOGAG00000005069) CD247 (ENSOGAG00000029232) CREG1 (ENSOGAG00000005362) RCSD1 (ENSOGAG00000005364) MPZL1 (ENSOGAG00000031931) ADCY10 (ENSOGAG00000032805) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00960000187139 ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00510000048032 ENSGT00910000147936 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000164307 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Mouse lemur MODERN SPECIES 8 DAGLB (ENSMICG00000004369) KDELR2 (ENSMICG00000014334) GRID2IP (ENSMICG00000028041) ZDHHC4 (ENSMICG00000014356) INTS15 (ENSMICG00000014369) ZNF853 (ENSMICG00000034424) ZNF316 (ENSMICG00000045243) ENSMICG00000043386 ENSMICG00000029369 ENSMICG00000008171 ENSMICG00000043328 RBAK (ENSMICG00000044579) ENSMICG00000045766 RNF216 (ENSMICG00000010220) FSCN1 (ENSMICG00000010211) ##21 ACTB (ENSMICG00000002791) ##22 FBXL18 (ENSMICG00000027885) TNRC18 (ENSMICG00000028455) SLC29A4 (ENSMICG00000008173) WIPI2 (ENSMICG00000008162) MMD2 (ENSMICG00000008159) ENSMICG00000042211 RADIL (ENSMICG00000008147) AP5Z1 (ENSMICG00000008137) FOXK1 (ENSMICG00000008124) SDK1 (ENSMICG00000010289) CARD11 (ENSMICG00000000901) GNA12 (ENSMICG00000000898) AMZ1 (ENSMICG00000000895) BRAT1 (ENSMICG00000033020) IQCE (ENSMICG00000000724) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00960000187139 ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00510000048032 ENSGT00910000147936 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B ENSGT00950000183060.a.a Coquerels sifaka MODERN SPECIES 155 USP42 (ENSPCOG00000018641) CYTH3 (ENSPCOG00000024782) ENSPCOG00000024195 RAC1 (ENSPCOG00000020411) DAGLB (ENSPCOG00000001509) KDELR2 (ENSPCOG00000019889) GRID2IP (ENSPCOG00000025659) ZDHHC4 (ENSPCOG00000023144) INTS15 (ENSPCOG00000007596) ZNF853 (ENSPCOG00000000221) ZNF316 (ENSPCOG00000026860) ENSPCOG00000027965 RBAK (ENSPCOG00000028132) RNF216 (ENSPCOG00000013560) FSCN1 (ENSPCOG00000014914) ##21 ACTB (ENSPCOG00000013116) ##22 FBXL18 (ENSPCOG00000018422) TNRC18 (ENSPCOG00000023756) SLC29A4 (ENSPCOG00000010272) WIPI2 (ENSPCOG00000020471) MMD2 (ENSPCOG00000012905) RADIL (ENSPCOG00000022184) AP5Z1 (ENSPCOG00000009889) FOXK1 (ENSPCOG00000028466) ENSPCOG00000013336 SDK1 (ENSPCOG00000012864) CARD11 (ENSPCOG00000019550) GNA12 (ENSPCOG00000021327) AMZ1 (ENSPCOG00000025686) BRAT1 (ENSPCOG00000022993) IQCE (ENSPCOG00000027473) Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 887 ENSPSMG00000010954 ENSPSMG00000010949 RBAK (ENSPSMG00000010939) ENSPSMG00000010931 RNF216 (ENSPSMG00000010914) ENSPSMG00000010885 FSCN1 (ENSPSMG00000010879) ##21 ACTB (ENSPSMG00000010844) ##22 FBXL18 (ENSPSMG00000010818) ENSPSMG00000010800 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00910000146965 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00970000198294 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00970000198294 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Camelidae DUPLICATION Camelidae DUPLICATION Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.cb.a ##22 Arabian camel MODERN SPECIES 6 CYP26B1 (ENSCDRG00005018203) EXOC6B (ENSCDRG00005018306) ENSCDRG00005018472 SPR (ENSCDRG00005018514) EMX1 (ENSCDRG00005018536) SFXN5 (ENSCDRG00005003439) RAB11FIP5 (ENSCDRG00005003613) NOTO (ENSCDRG00005003672) SMYD5 (ENSCDRG00005003705) PRADC1 (ENSCDRG00005003767) CCT7 (ENSCDRG00005003801) FBXO41 (ENSCDRG00005004046) EGR4 (ENSCDRG00005004141) ALMS1 (ENSCDRG00005004228) ENSCDRG00005004616 ENSCDRG00005004644 ##22 ENSCDRG00005004675 ENSCDRG00005004682 ENSCDRG00005004694 ENSCDRG00005004727 DCTN1 (ENSCDRG00005004787) ENSCDRG00005005318 TPRKB (ENSCDRG00005005399) SLC4A5 (ENSCDRG00005005453) MTHFD2 (ENSCDRG00005005556) MOB1A (ENSCDRG00005005596) BOLA3 (ENSCDRG00005005624) TET3 (ENSCDRG00005005658) DGUOK (ENSCDRG00005005857) ACTG2 (ENSCDRG00005005885) STAMBP (ENSCDRG00005005935) Alpaca MODERN SPECIES 4057 ACTB (ENSVPAG00000010513) ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.cb.b ##22 Arabian camel MODERN SPECIES 4 FOXD3 (ENSCDRG00005003471) ALG6 (ENSCDRG00005003516) ITGB3BP (ENSCDRG00005003577) EFCAB7 (ENSCDRG00005003668) PGM1 (ENSCDRG00005003722) ROR1 (ENSCDRG00005003848) UBE2U (ENSCDRG00005003953) CACHD1 (ENSCDRG00005004143) RAVER2 (ENSCDRG00005004547) ENSCDRG00005004583 JAK1 (ENSCDRG00005004601) ENSCDRG00005004652 DNAJC6 (ENSCDRG00005004711) LEPROT (ENSCDRG00005005302) LEPR (ENSCDRG00005005388) ENSCDRG00005005483 ##22 PDE4B (ENSCDRG00005005526) SGIP1 (ENSCDRG00005005920) DYNLT5 (ENSCDRG00005006169) INSL5 (ENSCDRG00005006189) DNAI4 (ENSCDRG00005006212) MIER1 (ENSCDRG00005006406) SLC35D1 (ENSCDRG00005006715) ENSCDRG00005006792 IL23R (ENSCDRG00005006826) IL12RB2 (ENSCDRG00005006997) SERBP1 (ENSCDRG00005007209) GADD45A (ENSCDRG00005007265) GNG12 (ENSCDRG00005007385) DIRAS3 (ENSCDRG00005007399) WLS (ENSCDRG00005007433) Camelidae ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00440000038159 ENSGT00530000064242.b ENSGT00940000158139 ENSGT00940000162897 ENSGT00390000008983.b ENSGT00940000154631 ENSGT00390000003115 ENSGT00950000183018.a.d ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00530000064130 ENSGT00950000182890.A.a.b.b ENSGT00940000161752 ENSGT00940000164720 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.db ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B ENSGT00950000183060.a.a ENSGT00940000158717 Arabian camel MODERN SPECIES 9 ENSCDRG00005015699 RAC1 (ENSCDRG00005015728) DAGLB (ENSCDRG00005015756) KDELR2 (ENSCDRG00005015850) GRID2IP (ENSCDRG00005015967) ZDHHC4 (ENSCDRG00005016662) INTS15 (ENSCDRG00005016697) ENSCDRG00005017008 ENSCDRG00005017157 ZNF12 (ENSCDRG00005017904) ENSCDRG00005018000 RBAK (ENSCDRG00005018032) ENSCDRG00005018077 RNF216 (ENSCDRG00005018101) FSCN1 (ENSCDRG00005018200) ##21 ACTB (ENSCDRG00005018212) ##22 FBXL18 (ENSCDRG00005018252) SLC29A4 (ENSCDRG00005018363) WIPI2 (ENSCDRG00005018395) MMD2 (ENSCDRG00005018573) RADIL (ENSCDRG00005018617) AP5Z1 (ENSCDRG00005018641) FOXK1 (ENSCDRG00005018700) SDK1 (ENSCDRG00005018992) CARD11 (ENSCDRG00005008897) GNA12 (ENSCDRG00005009204) AMZ1 (ENSCDRG00005009306) BRAT1 (ENSCDRG00005009341) IQCE (ENSCDRG00005009376) TTYH3 (ENSCDRG00005009493) LFNG (ENSCDRG00005009682) Alpaca MODERN SPECIES 5819 ENSVPAG00000009468 ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000014547.c ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00970000198294 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Pecora ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000014547.c ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00970000198294 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 303 ENSCHYG00000009152 ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 305 ENSCHYG00000009483 ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000014547.c.k ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00970000198294 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Siberian musk deer MODERN SPECIES 1230 ENSMMSG00000016866 DAGLB (ENSMMSG00000016939) KDELR2 (ENSMMSG00000017019) GRID2IP (ENSMMSG00000017080) ENSMMSG00000017493 INTS15 (ENSMMSG00000017528) ZNF316 (ENSMMSG00000017659) ZNF12 (ENSMMSG00000017688) ENSMMSG00000017740 RBAK (ENSMMSG00000017783) ENSMMSG00000017828 ENSMMSG00000017847 RNF216 (ENSMMSG00000017884) ENSMMSG00000017948 FSCN1 (ENSMMSG00000017978) ##21 ACTB (ENSMMSG00000018023) ##22 FBXL18 (ENSMMSG00000018071) TNRC18 (ENSMMSG00000018152) SLC29A4 (ENSMMSG00000018364) WIPI2 (ENSMMSG00000018409) MMD2 (ENSMMSG00000018717) RADIL (ENSMMSG00000018796) PAPOLB (ENSMMSG00000018831) AP5Z1 (ENSMMSG00000018851) FOXK1 (ENSMMSG00000018891) SDK1 (ENSMMSG00000018981) ENSMMSG00000019177 ENSMMSG00000019200 ENSMMSG00000019215 CARD11 (ENSMMSG00000019225) GNA12 (ENSMMSG00000019243) Bovidae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000014547.c.l ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00970000198294 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 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ENSBBBG00000009839 ACTB (ENSBBBG00000009838) ##22 FBXL18 (ENSBBBG00000009835) TNRC18 (ENSBBBG00000009831) SLC29A4 (ENSBBBG00000001639) WIPI2 (ENSBBBG00000009815) ENSBBBG00000009797 ENSBBBG00000001631 SDK1 (ENSBBBG00000009770) Bos ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00940000162678.c.b ENSGT00960000191467 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00740000116898 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00970000198294 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551.y.a Bos_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00940000162678.c.b ENSGT00960000191467 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00740000116898 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00970000198294 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551.z Cow MODERN SPECIES 17 DAGLB (ENSBTAG00000009236) KDELR2 (ENSBTAG00000009237) GRID2IP (ENSBTAG00000003308) ZDHHC4 (ENSBTAG00000009547) INTS15 (ENSBTAG00000021248) ZNF853 (ENSBTAG00000053996) ZNF316 (ENSBTAG00000003953) ZNF12 (ENSBTAG00000039782) ENSBTAG00000040014 RBAK (ENSBTAG00000010291) OR10AH1 (ENSBTAG00000005600) ENSBTAG00000048231 RNF216 (ENSBTAG00000017175) FSCN1 (ENSBTAG00000003191) ##21 ENSBTAG00000047781 ACTB (ENSBTAG00000026199) ##22 FBXL18 (ENSBTAG00000010264) TNRC18 (ENSBTAG00000037400) SLC29A4 (ENSBTAG00000007772) WIPI2 (ENSBTAG00000012049) MMD2 (ENSBTAG00000021913) ENSBTAG00000051446 RADIL (ENSBTAG00000030690) PAPOLB (ENSBTAG00000052734) AP5Z1 (ENSBTAG00000012197) FOXK1 (ENSBTAG00000019310) SDK1 (ENSBTAG00000004035) CARD11 (ENSBTAG00000014698) GNA12 (ENSBTAG00000017871) AMZ1 (ENSBTAG00000026194) BRAT1 (ENSBTAG00000014502) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 17 RAC1 (ENSBIXG00005016208) DAGLB (ENSBIXG00005016269) KDELR2 (ENSBIXG00005016301) GRID2IP (ENSBIXG00005016633) ZDHHC4 (ENSBIXG00005016695) INTS15 (ENSBIXG00005016776) ZNF853 (ENSBIXG00005016791) ZNF316 (ENSBIXG00005005424) ZNF12 (ENSBIXG00005016846) ENSBIXG00005002730 RBAK (ENSBIXG00005016874) ENSBIXG00005016887 ENSBIXG00005016906 RNF216 (ENSBIXG00005016940) FSCN1 (ENSBIXG00005016968) ##21 ACTB (ENSBIXG00005017151) ##22 ENSBIXG00005017173 FBXL18 (ENSBIXG00005017190) SLC29A4 (ENSBIXG00005017203) WIPI2 (ENSBIXG00005002852) ENSBIXG00005002865 TNRC18 (ENSBIXG00005017820) RADIL (ENSBIXG00005017981) AP5Z1 (ENSBIXG00005018053) FOXK1 (ENSBIXG00005018085) SDK1 (ENSBIXG00005007808) CARD11 (ENSBIXG00005007809) GNA12 (ENSBIXG00005018233) AMZ1 (ENSBIXG00005018259) BRAT1 (ENSBIXG00005018315) IQCE (ENSBIXG00005002974) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00940000162678.c.b ENSGT00960000191467 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00740000116898 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00960000192432 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551.y.a Wild yak MODERN SPECIES 73 ENSBMUG00000021270 RNF216 (ENSBMUG00000021250) FSCN1 (ENSBMUG00000021206) ##21 ENSBMUG00000021189 ACTB (ENSBMUG00000021165) ##22 ENSBMUG00000021154 ENSBMUG00000021147 TNRC18 (ENSBMUG00000021120) SLC29A4 (ENSBMUG00000020907) WIPI2 (ENSBMUG00000020803) MMD2 (ENSBMUG00000020771) ENSBMUG00000020753 ENSBMUG00000020742 AP5Z1 (ENSBMUG00000020698) FOXK1 (ENSBMUG00000020629) SDK1 (ENSBMUG00000020412) CARD11 (ENSBMUG00000019839) GNA12 (ENSBMUG00000019819) AMZ1 (ENSBMUG00000019796) BRAT1 (ENSBMUG00000019772) Domestic yak MODERN SPECIES 18 RAC1 (ENSBGRG00000025825) DAGLB (ENSBGRG00000025849) KDELR2 (ENSBGRG00000025874) GRID2IP (ENSBGRG00000025896) INTS15 (ENSBGRG00000025912) ENSBGRG00000016685 ZNF316 (ENSBGRG00000016721) ZNF12 (ENSBGRG00000016763) ENSBGRG00000016800 RBAK (ENSBGRG00000016858) ENSBGRG00000017510 ENSBGRG00000017557 RNF216 (ENSBGRG00000017667) FSCN1 (ENSBGRG00000017874) ##21 ENSBGRG00000017951 ACTB (ENSBGRG00000017982) ##22 ENSBGRG00000018069 ENSBGRG00000018131 TNRC18 (ENSBGRG00000018231) SLC29A4 (ENSBGRG00000019655) WIPI2 (ENSBGRG00000019714) MMD2 (ENSBGRG00000020317) RADIL (ENSBGRG00000020566) ENSBGRG00000020674 AP5Z1 (ENSBGRG00000020737) FOXK1 (ENSBGRG00000021371) SDK1 (ENSBGRG00000021551) CARD11 (ENSBGRG00000022867) GNA12 (ENSBGRG00000022907) BRAT1 (ENSBGRG00000022933) ENSBGRG00000023152 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000014547.c.l ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00940000164307 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 16 ENSOARG00020024065 RAC1 (ENSOARG00020006453) DAGLB (ENSOARG00020006576) KDELR2 (ENSOARG00020006875) GRID2IP (ENSOARG00020006999) ZDHHC4 (ENSOARG00020007779) INTS15 (ENSOARG00020007817) ZNF853 (ENSOARG00020007948) ZNF316 (ENSOARG00020007995) ZNF12 (ENSOARG00020008082) ENSOARG00020008271 RBAK (ENSOARG00020008438) ENSOARG00020008480 RNF216 (ENSOARG00020008508) FSCN1 (ENSOARG00020008659) ##21 ACTB (ENSOARG00020008714) ##22 FBXL18 (ENSOARG00020008770) TNRC18 (ENSOARG00020008851) SLC29A4 (ENSOARG00020009420) WIPI2 (ENSOARG00020009492) MMD2 (ENSOARG00020009846) RADIL (ENSOARG00020010079) PAPOLB (ENSOARG00020010298) ENSOARG00020010356 FOXK1 (ENSOARG00020010449) SDK1 (ENSOARG00020010638) CARD11 (ENSOARG00020012438) GNA12 (ENSOARG00020012511) AMZ1 (ENSOARG00020012565) IQCE (ENSOARG00020012871) TTYH3 (ENSOARG00020013477) Goat MODERN SPECIES 17 ENSCHIG00000012626 RAC1 (ENSCHIG00000023897) DAGLB (ENSCHIG00000025751) KDELR2 (ENSCHIG00000016693) GRID2IP (ENSCHIG00000019697) ZDHHC4 (ENSCHIG00000011078) INTS15 (ENSCHIG00000023779) ZNF853 (ENSCHIG00000026318) ZNF316 (ENSCHIG00000024346) ZNF12 (ENSCHIG00000011026) ENSCHIG00000019239 RBAK (ENSCHIG00000026024) ENSCHIG00000009168 RNF216 (ENSCHIG00000020520) FSCN1 (ENSCHIG00000013676) ##21 ACTB (ENSCHIG00000013316) ##22 FBXL18 (ENSCHIG00000001815) TNRC18 (ENSCHIG00000015061) SLC29A4 (ENSCHIG00000013461) WIPI2 (ENSCHIG00000025379) ENSCHIG00000000713 MMD2 (ENSCHIG00000024011) RADIL (ENSCHIG00000024632) AP5Z1 (ENSCHIG00000016014) FOXK1 (ENSCHIG00000020886) SDK1 (ENSCHIG00000019963) CARD11 (ENSCHIG00000020978) GNA12 (ENSCHIG00000024235) AMZ1 (ENSCHIG00000015074) BRAT1 (ENSCHIG00000024721) IQCE (ENSCHIG00000017381) Cetacea ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00960000187139 ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a 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ENSBMSG00010017637 ##22 FBXL18 (ENSBMSG00010017696) TNRC18 (ENSBMSG00010017759) SLC29A4 (ENSBMSG00010017873) WIPI2 (ENSBMSG00010017926) MMD2 (ENSBMSG00010018042) RADIL (ENSBMSG00010018116) ENSBMSG00010018143 AP5Z1 (ENSBMSG00010018185) FOXK1 (ENSBMSG00010018237) ENSBMSG00010018280 ENSBMSG00010018316 ENSBMSG00010018352 SDK1 (ENSBMSG00010018467) CARD11 (ENSBMSG00010019073) GNA12 (ENSBMSG00010019098) Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000014547.c ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000156663.B ENSGT00940000162728 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00940000154303.C ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b.u ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B ENSGT00940000163679 Sperm whale MODERN SPECIES 5 GRIFIN (ENSPCTG00005021271) LFNG (ENSPCTG00005021209) TTYH3 (ENSPCTG00005021162) TMEM184A (ENSPCTG00005021137) MAFK (ENSPCTG00005021123) BRAT1 (ENSPCTG00005021063) AMZ1 (ENSPCTG00005020993) GNA12 (ENSPCTG00005020975) CARD11 (ENSPCTG00005020928) SDK1 (ENSPCTG00005018696) FOXK1 (ENSPCTG00005018245) AP5Z1 (ENSPCTG00005018171) RADIL (ENSPCTG00005017969) MMD2 (ENSPCTG00005017807) TNRC18 (ENSPCTG00005017434) ACTB (ENSPCTG00005017252) ##22 RNF216 (ENSPCTG00005017081) ENSPCTG00005017024 RBAK (ENSPCTG00005016990) ZDHHC4 (ENSPCTG00005016951) C14H7orf26 (ENSPCTG00005016757) ENSPCTG00005016669 ENSPCTG00005016653 ZNF316 (ENSPCTG00005016544) DAGLB (ENSPCTG00005016386) RAC1 (ENSPCTG00005016300) ENSPCTG00005016265 FAM220A (ENSPCTG00005016247) CYTH3 (ENSPCTG00005016072) USP42 (ENSPCTG00005016015) ENSPCTG00005015924 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 3 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ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00940000154303.C ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b.u ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000163679 ENSGT00950000183060.a.a Vaquita MODERN SPECIES 6 ENSPSNG00000014592 KDELR2 (ENSPSNG00000014657) GRID2IP (ENSPSNG00000014825) ZDHHC4 (ENSPSNG00000015850) INTS15 (ENSPSNG00000015900) ZNF853 (ENSPSNG00000015959) ZNF316 (ENSPSNG00000016002) ZNF12 (ENSPSNG00000016057) ENSPSNG00000016093 ENSPSNG00000016180 RBAK (ENSPSNG00000016251) ENSPSNG00000016310 ENSPSNG00000016330 RNF216 (ENSPSNG00000016427) FSCN1 (ENSPSNG00000016530) ##21 ACTB (ENSPSNG00000016578) ##22 FBXL18 (ENSPSNG00000016641) TNRC18 (ENSPSNG00000016824) SLC29A4 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##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000164307 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 American black bear MODERN SPECIES 42 KDELR2 (ENSUAMG00000023534) GRID2IP (ENSUAMG00000023537) ZDHHC4 (ENSUAMG00000023548) ENSUAMG00000023551 INTS15 (ENSUAMG00000023552) ENSUAMG00000023557 ENSUAMG00000023558 ENSUAMG00000023559 ENSUAMG00000023581 ZNF12 (ENSUAMG00000023608) ENSUAMG00000023609 RBAK (ENSUAMG00000023610) ENSUAMG00000023611 RNF216 (ENSUAMG00000023613) FSCN1 (ENSUAMG00000023614) ##21 ENSUAMG00000023615 ##22 Giant Panda DUPLICATION Giant Panda MODERN SPECIES 816 ENSAMEG00000024759 ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 2069 ENSAMEG00000030859 ##22 Giant Panda DUPLICATION Giant Panda MODERN SPECIES 2108 ENSAMEG00000019137 ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 2006 ENSAMEG00000025519 ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 2019 ENSAMEG00000028582 ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 64 ENSGT00390000014547.c ENSGT00940000153500.a.a ENSGT00940000156486 ENSGT00390000004010.a.b.a ENSGT00940000157625.b ENSGT00920000149163 ENSGT00390000011370 ENSGT00940000162728 ENSGT00940000165394 ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT01050000244815.B.a.b.b ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000164307 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B American mink MODERN SPECIES 113 ENSNVIG00000006191 ENSNVIG00000006188 RAC1 (ENSNVIG00000006036) DAGLB (ENSNVIG00000005999) KDELR2 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ENSGT00940000154303.B ENSGT00940000154173.A ENSGT00940000154303.A.b ENSGT00940000162441.d ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000155537 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000164307 ENSGT00940000159293 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000159507 ENSGT00940000157747 ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Horse DUPLICATION Horse MODERN SPECIES 4 KDELR2 (ENSECAG00000052302) GRID2IP (ENSECAG00000010225) ZDHHC4 (ENSECAG00000000176) INTS15 (ENSECAG00000011713) ZNF853 (ENSECAG00000035205) ZNF316 (ENSECAG00000039546) ENSECAG00000057783 ENSECAG00000002260 ENSECAG00000007603 RBAK (ENSECAG00000009724) ZNF12 (ENSECAG00000016420) OR10AH1B (ENSECAG00000042711) ENSECAG00000050823 RNF216 (ENSECAG00000013171) FSCN1 (ENSECAG00000008056) ##21 ACTB (ENSECAG00000015935) ##22 FBXL18 (ENSECAG00000018678) TNRC18 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ENSGT00940000158573 ENSGT00940000157636 ENSGT00530000063996.b ENSGT00390000017551 ENSGT00940000156018.B Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 1047 GFI1 (ENSMLUG00000015191) ENSMLUG00000001016 GLMN (ENSMLUG00000016988) C1orf146 (ENSMLUG00000016984) BTBD8 (ENSMLUG00000002081) ENSMLUG00000002075 ENSMLUG00000017219 EPHX4 (ENSMLUG00000028235) ENSMLUG00000006232 TGFBR3 (ENSMLUG00000010405) CDC7 (ENSMLUG00000015065) ENSMLUG00000023375 HFM1 (ENSMLUG00000010200) ZNF644 (ENSMLUG00000010460) BARHL2 (ENSMLUG00000015680) ENSMLUG00000003609 ##22 ZNF326 (ENSMLUG00000004873) LRRC8D (ENSMLUG00000004872) ENSMLUG00000022819 LRRC8C (ENSMLUG00000012629) ENSMLUG00000023648 ENSMLUG00000027061 ENSMLUG00000028619 ENSMLUG00000000313 ENSMLUG00000030747 ENSMLUG00000008729 Microbat MODERN SPECIES 2156 ENSMLUG00000011525 ##22 FBXL18 (ENSMLUG00000003317) Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 16 FAM220A (ENSRFEG00010009862) ENSRFEG00010009875 ENSRFEG00010009899 RAC1 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ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00520000061927 #27 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b ENSGT00390000013080 ENSGT00940000160777 ENSGT00940000155037 ENSGT00940000159355 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 Tenrec MODERN SPECIES 12138 ACTB (ENSETEG00000015843) ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 1916 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb ##22 ENSGT00390000015109 Armadillo DUPLICATION Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 4737 ENSDNOG00000008776 ##22 Armadillo MODERN SPECIES 3534 ENSDNOG00000046677 ##22 ENSDNOG00000044269 Armadillo MODERN SPECIES 4248 FGF16 (ENSDNOG00000036657) ENSDNOG00000043529 ##22 MAGT1 (ENSDNOG00000048406) COX7B (ENSDNOG00000044803) Armadillo MODERN SPECIES 503 ENSDNOG00000043658 ##22 ENSDNOG00000039891 ENSDNOG00000038673 Anura ANCESTRAL SPECIES 73 ENSGT00950000183060.a.b.a ENSGT00940000163996 ENSGT00940000160989 ENSGT00950000182983.A.a.a ENSGT00940000160948 ENSGT00950000182961.a.a.b.b ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000003596 #16 ENSGT00390000013260.B #17 ENSGT00940000160874 #18 ENSGT00390000018731 #19 ENSGT00410000026495.C ENSGT00390000016682 #20 ENSGT00950000183157.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000160116 #24 ENSGT00940000159369 #26 ENSGT00390000015076 #28 ENSGT00390000001758 #29 ENSGT00940000164863 ENSGT00940000154244.A #31 ENSGT00940000153560.b.a.a #32 ENSGT00720000108863 #33 ENSGT00640000091541 #35 ENSGT01060000248591.a.a.b #36 ENSGT00390000011880 #37 ENSGT00630000089884.C ENSGT01070000253775.b ENSGT00390000013080 ENSGT00940000160777 Frog MODERN SPECIES 1 ENSXETG00000044963 sstr2 (ENSXETG00000045408) slc39a11 (ENSXETG00000009976) ENSXETG00000043229 sox9 (ENSXETG00000035507) kcnj2 (ENSXETG00000042973) kcnj16 (ENSXETG00000045680) ENSXETG00000046932 map2k6 (ENSXETG00000022954) retreg3 (ENSXETG00000014893) tubg1 (ENSXETG00000014898) ENSXETG00000041860 nploc4 (ENSXETG00000015038) #19 fscn2 (ENSXETG00000015030) #21 faap100 (ENSXETG00000015035) #20 actg1 (ENSXETG00000027641) ##22 bahcc1 (ENSXETG00000015028) #24 ENSXETG00000042421 ENSXETG00000046582 slc38a10 (ENSXETG00000015401) #26 ENSXETG00000037346 tepsin (ENSXETG00000015400) #28 cep131 (ENSXETG00000016930) #29 abo2 (ENSXETG00000015399) myadml2 (ENSXETG00000005379) pycr1 (ENSXETG00000005381) sirt7 (ENSXETG00000005388) pcyt2 (ENSXETG00000005389) npb (ENSXETG00000033774) anapc11 (ENSXETG00000035263) ENSXETG00000048030 Leishan spiny toad DUPLICATION Leishan spiny toad MODERN SPECIES 12 ENSLLEG00000028595 ENSLLEG00000028788 ENSLLEG00000028891 BARHL1 (ENSLLEG00000028903) DDX31 (ENSLLEG00000028957) GTF3C4 (ENSLLEG00000029087) ENSLLEG00000029120 SPACA9 (ENSLLEG00000029193) TSC1 (ENSLLEG00000029219) GFI1B (ENSLLEG00000029316) GTF3C5 (ENSLLEG00000029343) CEL (ENSLLEG00000029379) ENSLLEG00000029433 ENSLLEG00000029554 ENSLLEG00000029558 ENSLLEG00000029569 ##22 ENSLLEG00000029579 ENSLLEG00000029589 ENSLLEG00000029600 ENSLLEG00000029609 ENSLLEG00000029736 ENSLLEG00000029811 ENSLLEG00000029904 ENSLLEG00000029916 ENSLLEG00000029931 ENSLLEG00000029946 ENSLLEG00000029950 ENSLLEG00000029955 SURF6 (ENSLLEG00000029984) MED22 (ENSLLEG00000029997) RPL7A (ENSLLEG00000030033) Leishan spiny toad MODERN SPECIES 7 ENSLLEG00000007925 ENSLLEG00000007856 ZBTB18 (ENSLLEG00000007836) ENSLLEG00000007819 ENSLLEG00000007504 ENSLLEG00000007458 ENSLLEG00000007445 TBP (ENSLLEG00000007226) ENSLLEG00000007171 ENSLLEG00000007155 PSMB1 (ENSLLEG00000006976) ENSLLEG00000006938 ENSLLEG00000006928 FAM120B (ENSLLEG00000006784) DLL1 (ENSLLEG00000006710) ENSLLEG00000006689 ##22 ENSLLEG00000006662 ENSLLEG00000006653 ENSLLEG00000006610 GNPAT (ENSLLEG00000006280) ENSLLEG00000006089 ENSLLEG00000005891 ENSLLEG00000005860 CCR6 (ENSLLEG00000005837) ENSLLEG00000005774 ENSLLEG00000005740 ENSLLEG00000005688 ENSLLEG00000005675 ENSLLEG00000005663 NID1 (ENSLLEG00000005380) ENSLLEG00000005328 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 138 ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT00940000165400 ENSGT01030000234534.C ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182960.a.a.b ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000165557 ENSGT00940000155520 ENSGT00940000153974.A ENSGT00390000014300 ENSGT00390000018509.a ENSGT00390000002762.a.b ENSGT00390000010052.a ENSGT00940000156701 ENSGT00390000013127.b ENSGT00940000156643 Reedfish MODERN SPECIES 2 hapstr1a (ENSECRG00000019279) GRIN2A (ENSECRG00000019325) ENSECRG00000019398 emp2 (ENSECRG00000019432) mmd2a (ENSECRG00000019461) wipi2 (ENSECRG00000019499) arpc1b (ENSECRG00000019549) arpc1a (ENSECRG00000019611) ENSECRG00000019674 kpna7 (ENSECRG00000019755) smurf1 (ENSECRG00000019815) ENSECRG00000019928 ENSECRG00000019969 RNF216 (ENSECRG00000020006) FSCN1 (ENSECRG00000020051) ##21 ACTB (ENSECRG00000011262) ##22 fbxl18 (ENSECRG00000011307) ENSECRG00000011335 slc29a4a (ENSECRG00000011361) atp5mf (ENSECRG00000011385) cpsf4 (ENSECRG00000011433) PTCD1 (ENSECRG00000011515) bud31 (ENSECRG00000011536) pdap1b (ENSECRG00000011558) shmt1 (ENSECRG00000011583) smcr8a (ENSECRG00000011612) TOP3A (ENSECRG00000011633) MIEF2 (ENSECRG00000011655) flii (ENSECRG00000011687) LLGL1 (ENSECRG00000011744) alkbh5 (ENSECRG00000011782) Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000004323.b ENSGT00940000162543 ENSGT00940000157972 ENSGT00940000155537 ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00950000183183.b.a ENSGT00940000160705.C.b ENSGT00390000002752 ENSGT00940000158127 ENSGT01050000244891.B ENSGT00940000158690 ENSGT00940000165400 ENSGT01030000234534.C ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 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ENSGT00950000182960.a.b ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000160116.b #24 ENSGT00390000003070.a.a.o ENSGT00940000156691 ENSGT00390000017548.b.a ENSGT00940000161116.w.a.b ENSGT00390000007463 ENSGT01030000234586.B.a.a.b ENSGT00940000157836.a ENSGT00950000182983.A.a.a.a ENSGT00950000182961.a.a.f ENSGT00390000004169 #15 ENSGT00390000013260.C ##17 ENSGT00390000018731.f #19 Asian bonytongue MODERN SPECIES 18 ENSSFOG00015031566 SRSF1 (ENSSFOG00015026484) ENSSFOG00015010652 SYNGR2 (ENSSFOG00015028002) CANT1 (ENSSFOG00015025186) ENSSFOG00015010580 timp2a (ENSSFOG00015032547) usp36 (ENSSFOG00015010517) cyth1a (ENSSFOG00015010460) socs3b (ENSSFOG00015010403) tha1 (ENSSFOG00015025520) tha1 (ENSSFOG00015025357) ENSSFOG00015010351 FSCN2 (ENSSFOG00015010309) #21 ENSSFOG00015010279 ##22 ENSSFOG00015008310 ##22 BAHCC1 (ENSSFOG00015024385) #24 ENSSFOG00015008124 OTOP2 (ENSSFOG00015008034) USH1G (ENSSFOG00015008016) TRIM16 (ENSSFOG00015008006) ENSSFOG00015007992 ENSSFOG00015007980 KCNJ2 (ENSSFOG00015007898) MAP2K6 (ENSSFOG00015025948) BTBD17 (ENSSFOG00015030471) gprc5c (ENSSFOG00015007796) ccdc137 (ENSSFOG00015025000) #15 pde6ga (ENSSFOG00015007768) ##17 nploc4 (ENSSFOG00015007652) #19 ENSSFOG00015028293 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 71 ENSGT00940000175118 ENSGT00950000182933.A.a.a ENSGT00390000015892.b ENSGT00390000002725 ENSGT01050000244894.b.b.d.b ENSGT00950000182935.B.a.d ENSGT00390000012872.a ENSGT00950000182983.A.a.b ENSGT00940000158348.e.b ENSGT00940000157948.D ENSGT00940000157519.b.b ENSGT00940000159620.b.b ENSGT00390000011615.A.a ENSGT00950000183157.a.a.a.a #21 ENSGT00950000182960.a.b ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000165557 ENSGT00940000155520 ENSGT00940000160116.b #24 ENSGT01090000260240 ENSGT00390000003070.a.a ENSGT00940000156691 ENSGT00390000017548.b.a ENSGT00940000161116.w.a ENSGT00390000007463 ENSGT00390000004428.a.a ENSGT00920000149199 ENSGT01080000257365.a.c ENSGT01030000234586.B.a.a.b Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 120 ENSGT00940000156614.b ENSGT00940000158573 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000157972.c ENSGT00940000155537 ENSGT00940000158690 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b.c ##21 ENSGT00950000182960.a.a.b.e.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000165557 ENSGT00940000155520 ENSGT00390000014300 ENSGT00390000018509.a ENSGT00390000002762.a.b ENSGT00390000010052.a ENSGT00940000156701 ENSGT00940000156643 ENSGT00950000182906.a.a.a ENSGT00930000151032.A.c.b ENSGT00940000167865 ENSGT00940000155335.s.b ENSGT00940000153340.A Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000156614.b ENSGT00940000158573 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000157972.c ENSGT00940000155537 ENSGT00940000158690 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b.c ##21 ENSGT00950000182960.a.a.b.e.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000165557 ENSGT00940000155520 ENSGT00390000002762.a.b ENSGT00390000018509.a ENSGT00390000014300 ENSGT00390000010052.a ENSGT00940000156701 ENSGT00940000158365.f.b ENSGT00940000155497.a.a ENSGT00940000153657.A ENSGT00390000001347 ENSGT00940000155618 ENSGT00940000165277.b Cod MODERN SPECIES 120 ENSGMOG00000009683 ##22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000155412.a.a.b ENSGT00940000154535.B ENSGT00950000183249 ENSGT00940000162394 ENSGT00940000159148.b ENSGT00940000154615.i.a.b ENSGT00950000183047.c.a.b ENSGT00940000154130.a.a.a ENSGT00940000159125 ENSGT00390000001945 ENSGT00640000091578 ENSGT00990000204057 ENSGT00940000164100.A.c.a ENSGT01100000263483.D.d ENSGT00950000182960.a.b ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000153974.A ENSGT00400000022459 ENSGT00390000010052.b ENSGT00390000013127.b ENSGT00390000009298 ENSGT00930000151032.A.c.a ENSGT00940000167865 ENSGT00940000182552 ENSGT00940000156222.a.b ENSGT00390000002886.a.a.a ENSGT00940000165949 ENSGT00940000173775 ENSGT00940000177139 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 112 ENSGT00940000154960 ENSGT00940000156081.i ENSGT00950000182925.B.a ENSGT00390000012859 ENSGT00950000182850.a.b.b.a ENSGT00500000044989 ENSGT00390000004950 ENSGT00550000074618.b ENSGT00530000065159 ENSGT00940000155553.e.b ENSGT00940000164100.A.c.a ENSGT01100000263483.D.d ENSGT00950000182960.a.b ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 624 ACTB (ENSHCOG00000010311) ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 178 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154535.B ENSGT00940000178300 ENSGT00950000183249 ENSGT00940000159148.b ENSGT01060000248589.A.d ENSGT00940000154615.i.a.b ENSGT00950000183047.c.a.b ENSGT00940000154130.a.a.a ENSGT00940000159125 ENSGT00390000001945 ENSGT00640000091578 ENSGT00990000204057 ENSGT00530000063725.p.f.d ENSGT01100000263598 ENSGT00950000182960.a.a.b.e.b ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182960.a.a.b.f ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000153974.A ENSGT00400000022459 ENSGT00390000010052.b ENSGT00390000013127.b ENSGT00390000009298 ENSGT00930000151032.A.c.a ENSGT00940000155335.s.a ENSGT00940000156222.a.b ENSGT00390000002886.a.a.a ENSGT00940000165949 ENSGT00940000173775 ENSGT00940000177139 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000176961 ENSGT00940000154960 ENSGT00940000156081.i ENSGT00950000182925.B.a ENSGT00390000012859 ENSGT00950000182850.a.b.b.a ENSGT00500000044989 ENSGT00390000004950 ENSGT00550000074618.b ENSGT00530000065159 ENSGT00940000155553.e.b ENSGT00940000177061 ENSGT00940000164100.A.c.b.b.e.b ENSGT01100000263483.D.d.a.a.a.a.f.a.a ENSGT00950000182960.a.b ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT01100000263483.D.d.a.a.a.a.f.b.b ENSGT00940000166999.A ENSGT00940000169174 ENSGT00940000154842.a.a ENSGT00940000154779.a.b.b ENSGT00390000001485 ENSGT00940000159470 ENSGT00940000155798 ENSGT00940000159786 ENSGT00940000155852 ENSGT00940000164100.A.c.a.d.a.b.b ENSGT00390000009378 ENSGT00390000008748.a ENSGT00940000156980.b ENSGT00940000155742.a.b Oryzias ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155733.a.b ENSGT00390000013127.a ENSGT00740000115744 ENSGT00510000046773.a.b.c.a ENSGT00550000075088.a.b ENSGT00510000049239.a.c ENSGT00940000160396 ENSGT00940000156614.b.sb ENSGT00940000158573 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000157972.c ENSGT00940000155537 ENSGT00940000158690 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b.c ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000165557 ENSGT00940000155520 ENSGT00390000002762.a.b ENSGT00390000018509.a ENSGT00390000014300 ENSGT00390000010052.a ENSGT00940000156701 ENSGT00940000158365.f.b ENSGT00940000155497.a.a ENSGT00940000153657.A ENSGT00390000001347 ENSGT00940000155618 ENSGT00940000165277.b Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00390000013127.a ENSGT00970000196672 ENSGT00950000183045.A.b ENSGT00510000046773.a.b.c.a ENSGT00550000075088.a.b ENSGT00510000049239.a.c ENSGT00940000160396 ENSGT00940000156614.b.sb ENSGT00940000158573 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000157972.c ENSGT00940000155537 ENSGT00940000158690 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b.c ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000165557 ENSGT00940000155520 ENSGT00390000002762.a.b ENSGT00390000018509.a ENSGT00390000014300 ENSGT00390000010052.a ENSGT00940000156701 ENSGT00940000158365.f.b ENSGT00940000155497.a.a ENSGT00940000153657.A ENSGT00390000001347 ENSGT00940000155618 ENSGT00940000165277.b Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 22 ENSORLG00000027830 mpst (ENSORLG00000029872) mpst (ENSORLG00000013490) ENSORLG00000013514 il2rb (ENSORLG00000013522) C1QTNF6 (ENSORLG00000010706) ENSORLG00000029259 chst12a (ENSORLG00000013533) CARD11 (ENSORLG00000013537) ap5z1 (ENSORLG00000013568) mmd2a (ENSORLG00000027433) wipi2 (ENSORLG00000013601) 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(ENSOSIG00000008452) ENSOSIG00000008771 FSCN1 (ENSOSIG00000009275) ##21 ENSOSIG00000009285 ##22 ENSOSIG00000009378 slc29a4a (ENSOSIG00000009387) atp5mf (ENSOSIG00000009393) cpsf4 (ENSOSIG00000009394) shmt1 (ENSOSIG00000009422) pdap1b (ENSOSIG00000009568) bud31 (ENSOSIG00000009569) smcr8a (ENSOSIG00000009570) TOP3A (ENSOSIG00000009574) Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT01030000234887 ENSGT00740000115744 ENSGT00510000046773.a.b.c.a.f ENSGT00510000046773.a.b.c.a.e ENSGT00550000075088.a.b ENSGT00940000177422 ENSGT00940000160396 ENSGT00940000156614.b.sb ENSGT00940000158573 ENSGT00390000017592 ENSGT00940000157972.c ENSGT00940000155537 ENSGT00940000158690 ENSGT00510000048032 ENSGT00950000183157.a.a.b.c ##21 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157099 ENSGT00950000182898.a.b ENSGT00940000165557 ENSGT00940000155520 ENSGT00390000002762.a.b ENSGT00390000018509.a ENSGT00390000014300 ENSGT00390000010052.a ENSGT00940000156701 ENSGT00940000158365.f.b ENSGT00940000155497.a.a ENSGT00940000153657.A ENSGT00390000001347 ENSGT00940000155618 ENSGT00940000165277.b Indian medaka MODERN SPECIES 9 ENSOMEG00000004519 mpst (ENSOMEG00000004526) ENSOMEG00000004607 mpst (ENSOMEG00000004645) ENSOMEG00000004671 ENSOMEG00000004707 C1QTNF6 (ENSOMEG00000004726) chst12a (ENSOMEG00000004762) CARD11 (ENSOMEG00000004885) ap5z1 (ENSOMEG00000001000) mmd2a (ENSOMEG00000004957) wipi2 (ENSOMEG00000004986) smurf1 (ENSOMEG00000005021) RNF216 (ENSOMEG00000005042) FSCN1 (ENSOMEG00000005059) ##21 ACTB (ENSOMEG00000000111) ##22 TNRC18 (ENSOMEG00000005103) slc29a4a (ENSOMEG00000005135) atp5mf (ENSOMEG00000005152) cpsf4 (ENSOMEG00000005176) shmt1 (ENSOMEG00000005205) pdap1b (ENSOMEG00000005224) bud31 (ENSOMEG00000005234) smcr8a (ENSOMEG00000005241) TOP3A (ENSOMEG00000005276) cbx7a (ENSOMEG00000005289) EP300 (ENSOMEG00000005385) xpnpep3 (ENSOMEG00000005454) st13 (ENSOMEG00000005496) rbx1 (ENSOMEG00000005517) ENSOMEG00000005555 Javanese ricefish MODERN SPECIES 22 ENSOJAG00000015889 ENSOJAG00000015880 mpst (ENSOJAG00000015874) mpst (ENSOJAG00000015869) ENSOJAG00000015843 ENSOJAG00000015832 C1QTNF6 (ENSOJAG00000015826) chst12a (ENSOJAG00000015821) CARD11 (ENSOJAG00000015715) ap5z1 (ENSOJAG00000015666) mmd2a (ENSOJAG00000015657) wipi2 (ENSOJAG00000015249) smurf1 (ENSOJAG00000013851) RNF216 (ENSOJAG00000013681) FSCN1 (ENSOJAG00000013632) ##21 ACTB (ENSOJAG00000013436) ##22 ENSOJAG00000013405 slc29a4a (ENSOJAG00000013395) atp5mf (ENSOJAG00000013368) cpsf4 (ENSOJAG00000013354) shmt1 (ENSOJAG00000013039) pdap1b (ENSOJAG00000013025) bud31 (ENSOJAG00000012994) smcr8a (ENSOJAG00000012988) cbx7a (ENSOJAG00000012266) EP300 (ENSOJAG00000011158) xpnpep3 (ENSOJAG00000010994) st13 (ENSOJAG00000010970) rbx1 (ENSOJAG00000010942) ENSOJAG00000010896 rangap1a (ENSOJAG00000010423) Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 88 ENSGT00940000177061 ENSGT00940000164100.A.c.b.b.e.b ENSGT01100000263483.D.d.a.a.a.a.f.a.a.a ENSGT00950000182960.a.b ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT01100000263483.D.d.a.a.a.a.f.b.b ENSGT00940000166999.A ENSGT00940000169174 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 289 ENSGT00950000182960.a.b ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 189 ENSGT00950000182960.a.b.m ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 Poecilia ANCESTRAL SPECIES 250 ENSGT00950000182960.a.b.m ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 Guppy DUPLICATION Guppy MODERN SPECIES 461 ENSPREG00000017286 ENSPREG00000017274 pik3r1 (ENSPREG00000017250) ENSPREG00000017210 ENSPREG00000017145 ENSPREG00000017114 ENSPREG00000017099 ENSPREG00000017086 ENSPREG00000017071 ENSPREG00000017045 ENSPREG00000017028 ENSPREG00000017019 ENSPREG00000017000 OARD1 (ENSPREG00000016941) ENSPREG00000016913 ENSPREG00000016846 ##22 ENSPREG00000016826 ENSPREG00000016816 ENSPREG00000016801 dapk1 (ENSPREG00000016685) ctsla (ENSPREG00000016624) ENSPREG00000016197 ENSPREG00000016121 fbp2 (ENSPREG00000016101) fbp1a (ENSPREG00000016077) ENSPREG00000016036 ENSPREG00000016006 dmrt1 (ENSPREG00000014224) dmrt3a (ENSPREG00000014006) dmrt2a (ENSPREG00000013995) SMARCA2 (ENSPREG00000013800) Guppy MODERN SPECIES 442 ENSPREG00000006079 setb (ENSPREG00000006032) ENSPREG00000005998 MMP11 (ENSPREG00000005982) PPP6C (ENSPREG00000005967) SCAI (ENSPREG00000005929) ENSPREG00000005880 EFNA5 (ENSPREG00000005858) PIGO (ENSPREG00000005809) stoml2 (ENSPREG00000005792) ENSPREG00000005759 ENSPREG00000005616 ENSPREG00000005565 ENSPREG00000005524 ENSPREG00000005507 ##22 ENSPREG00000005501 ##22 ENSPREG00000005473 ENSPREG00000001901 ##22 ENSPREG00000001622 ENSPREG00000001498 gadd45gb.1 (ENSPREG00000001461) ENSPREG00000001446 ENSPREG00000001415 c7b (ENSPREG00000001330) c6 (ENSPREG00000001260) rgs7bpb (ENSPREG00000001248) ENSPREG00000001238 ENSPREG00000001200 vldlr (ENSPREG00000001142) rassf6 (ENSPREG00000001087) ENSPREG00000000908 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 100 ENSGT00530000063725.p.f.c.b ENSGT01100000263598 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 Bicolor damselfish MODERN SPECIES 2829 ENSSPAG00000007705 ##22 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 Orange clownfish MODERN SPECIES 21 dcaf13 (ENSAPEG00000021156) ENSAPEG00000021182 ENSAPEG00000021255 DCSTAMP (ENSAPEG00000021270) dpys (ENSAPEG00000021338) ENSAPEG00000021690 ENSAPEG00000021712 ENSAPEG00000021729 DCSTAMP (ENSAPEG00000021782) dpys (ENSAPEG00000021792) zfpm2a (ENSAPEG00000021820) ENSAPEG00000021844 oxr1b (ENSAPEG00000021874) sqlea (ENSAPEG00000021928) ENSAPEG00000021950 ENSAPEG00000021968 ##22 ENSAPEG00000021975 rbm12bb (ENSAPEG00000022079) ENSAPEG00000022115 upp1 (ENSAPEG00000022138) stmn2b (ENSAPEG00000022163) HEY1 (ENSAPEG00000022181) fam8a1b (ENSAPEG00000022206) ATXN1 (ENSAPEG00000022436) ITGA8 (ENSAPEG00000022470) mindy3 (ENSAPEG00000022645) ENSAPEG00000022694 ENSAPEG00000022714 steap4 (ENSAPEG00000022725) ENSAPEG00000022772 ENSAPEG00000022811 Spiny chromis MODERN SPECIES 3140 ENSAPOG00000007631 ENSAPOG00000007657 ##22 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 270 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000163679 ENSGT00950000183157.a.a.b.d ##21 ENSGT00940000163566.a.a ENSGT00940000157752 ENSGT00390000014423 ENSGT00940000155412.a.a.b ENSGT00940000154535.B ENSGT00940000159148.b ENSGT00940000154615.i.a.b ENSGT00950000183047.c.a.b ENSGT00940000154130.a.a.a ENSGT00940000159125 ENSGT00390000001945 ENSGT00640000091578 ENSGT00530000063725.p.f.d ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b #22 ENSGT00530000063725.p.f.c.b ENSGT01100000263598 ENSGT00950000182960.a.a.b.e.b ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000153974.A ENSGT00400000022459 ENSGT00390000010052.b ENSGT00390000013127.b ENSGT00390000009298 ENSGT00940000155335.s.a ENSGT00940000156222.a.b ENSGT00990000204818.a ENSGT00390000002886.a.a.a ENSGT00940000165949 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000183157.a.a.b.d ##21 ENSGT00940000163566.a.a ENSGT00940000157752 ENSGT00390000014423 ENSGT00940000155412.a.a.b ENSGT00940000154535.B ENSGT00940000159148.b ENSGT00940000154615.i.a.b ENSGT00950000183047.c.a.b ENSGT00940000154130.a.a.a ENSGT00940000159125 ENSGT00390000001945 ENSGT00640000091578 ENSGT00530000063725.p.f.d.h ENSGT00530000063725.p.f.c.a ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b.c #22 ENSGT00530000063725.p.f.c.b ENSGT01100000263598 ENSGT00950000182960.a.a.b.e.b.a ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000153974.A ENSGT00400000022459 ENSGT00390000010052.b ENSGT00390000013127.b ENSGT00390000009298 ENSGT00930000151032.A.c.a ENSGT00990000204818.a ENSGT00940000155335.s.a ENSGT00940000156222.a.b ENSGT00390000002886.a.a.a Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000183157.a.a.b.d ##21 ENSGT00940000163566.a.a ENSGT00940000157752 ENSGT00390000014423 ENSGT00940000155412.a.a.b ENSGT00940000154535.B 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ENSGT00530000063725.p.f.d.g.b ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000182960.a.a.a.b.c #22 ENSGT00530000063725.p.f.c.b ENSGT01100000263598 ENSGT00950000182960.a.a.b.e.b.a ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000153974.A ENSGT00400000022459 ENSGT00390000010052.b ENSGT00390000013127.b ENSGT00390000009298 ENSGT00930000151032.A.c.a ENSGT00990000204818.a ENSGT00940000155335.s.a ENSGT00940000156222.a.b ENSGT00390000002886.a.a.a Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 Zebra mbuna MODERN SPECIES 1109 ENSMZEG00005013242 VAV1 (ENSMZEG00005013190) UBL5 (ENSMZEG00005013172) pin1 (ENSMZEG00005013165) pin1 (ENSMZEG00005013158) ENSMZEG00005013149 ENSMZEG00005013139 ENSMZEG00005013075 ENSMZEG00005013062 ENSMZEG00005013027 KLHL10 (ENSMZEG00005013011) ENSMZEG00005012969 #22 ENSMZEG00005012869 ENSMZEG00005012824 ENSMZEG00005012791 ##22 ACTB (ENSMZEG00005012760) ##22 PTCD1 (ENSMZEG00005012722) zgc:112980 (ENSMZEG00005012703) smcr8b (ENSMZEG00005012693) mief2 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ENSONIG00000036199 ENSONIG00000034054 ENSONIG00000028403 ENSONIG00000012313 ACTB (ENSONIG00000014259) ##22 ENSONIG00000032674 ENSONIG00000034815 zgc:113274 (ENSONIG00000032281) ENSONIG00000027235 ENSONIG00000035872 ENSONIG00000042907 dapk1 (ENSONIG00000014229) ctsla (ENSONIG00000014226) fbp1a (ENSONIG00000014217) ENSONIG00000014211 ENSONIG00000036306 cfap157 (ENSONIG00000014207) dmrt1 (ENSONIG00000014201) dmrt3a (ENSONIG00000030065) dmrt2 (ENSONIG00000014197) Nile tilapia MODERN SPECIES 18 ENSONIG00000000181 rdh8b (ENSONIG00000000184) OLFM2 (ENSONIG00000000204) MFAP4 (ENSONIG00000000210) TRIP10 (ENSONIG00000000213) ENSONIG00000000220 VAV1 (ENSONIG00000000226) UBL5 (ENSONIG00000000251) pin1 (ENSONIG00000027273) ENSONIG00000000258 ENSONIG00000036434 ENSONIG00000040827 ENSONIG00000031994 ENSONIG00000033301 ENSONIG00000031015 ACTB (ENSONIG00000003148) ##22 ACTG1 (ENSONIG00000033329) #22 ENSONIG00000036066 #22 ENSONIG00000003153 ENSONIG00000025166 fbxl18 (ENSONIG00000003165) PTCD1 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ENSGT00940000156701 ENSGT00940000158365.f.b ENSGT00940000155497.a.a ENSGT00940000153657.A ENSGT00390000001347 ENSGT00940000155618 ENSGT00940000165277.b Fugu DUPLICATION Fugu MODERN SPECIES 8 ENSTRUG00000029257 ttyh3b (ENSTRUG00000014928) ENSTRUG00000014909 ENSTRUG00000014882 ##21 ENSTRUG00000029471 ENSTRUG00000032311 OLFM2 (ENSTRUG00000013986) ENSTRUG00000013979 TRIP10 (ENSTRUG00000013881) ENSTRUG00000013754 VAV1 (ENSTRUG00000013652) UBL5 (ENSTRUG00000013643) pin1 (ENSTRUG00000013606) ENSTRUG00000026524 ENSTRUG00000025485 ACTB (ENSTRUG00000020378) ##22 fbxl18 (ENSTRUG00000013524) PTCD1 (ENSTRUG00000013471) zgc:112980 (ENSTRUG00000020136) ENSTRUG00000013435 mief2 (ENSTRUG00000024936) alkbh5 (ENSTRUG00000013324) ENSTRUG00000012978 hapstr1b (ENSTRUG00000012950) abcg2b (ENSTRUG00000012715) ENSTRUG00000020587 ENSTRUG00000028683 arpc1a (ENSTRUG00000012566) radil (ENSTRUG00000012208) foxk1 (ENSTRUG00000012135) ENSTRUG00000012011 Fugu MODERN SPECIES 17 napsa (ENSTRUG00000001310) mief1 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Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 Perciformes ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000163679 ENSGT00950000183157.a.a.b.d ##21 ENSGT00940000163566.a.a ENSGT00940000157752 ENSGT00390000014423 ENSGT00940000155412.a.a.b ENSGT00940000154535.B ENSGT00940000159148.b ENSGT00940000154615.i.a.b ENSGT00950000183047.c.a.b ENSGT00940000154130.a.a.a ENSGT00940000159125 ENSGT00390000001945 ENSGT00640000091578 ENSGT01100000263598 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00990000204057 ENSGT00530000063725.p.f ENSGT00950000182960.a.a.b.e.b ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000153974.A ENSGT00400000022459 ENSGT00390000010052.b ENSGT00390000013127.b ENSGT00390000009298 ENSGT00930000151032.A.c.a ENSGT00940000156222.a.b ENSGT00390000002886.a.a.a ENSGT00940000162658.b ENSGT00940000173775 ENSGT00940000165949 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157752 ENSGT00390000014423 ENSGT00940000155412.a.a.b ENSGT00940000154535.B ENSGT00940000159148.b ENSGT00940000154615.i.a.b ENSGT00950000183047.c.a.b ENSGT00940000154130.a.a.a ENSGT00940000159125 ENSGT00390000001945 ENSGT00640000091578 ENSGT00990000204057 ENSGT00530000063725.p.f ENSGT00950000182960.a.a.b.e.b ##22 ENSGT01100000263598 ENSGT00950000182960.a.a.a.a ##22 ENSGT00390000015109 ENSGT00940000153974.A ENSGT00400000022459 ENSGT00390000010052.b ENSGT00390000013127.b ENSGT00390000009298 ENSGT00930000151032.A.c.a ENSGT00940000156222.a.b ENSGT00390000002886.a.a.a ENSGT00940000165949 ENSGT00390000002164.b ENSGT00940000155366.b.b.d.a ENSGT00950000183183.b.b ENSGT00940000157972.d ENSGT00940000159293 Channel bull blenny DUPLICATION Channel bull blenny MODERN SPECIES glb1 (ENSCGOG00000010967) ENSCGOG00000010943 ENSCGOG00000010940 ENSCGOG00000010928 ccdc86 (ENSCGOG00000010924) rnf24 (ENSCGOG00000010910) smox (ENSCGOG00000010900) FBXO41 (ENSCGOG00000010829) ENSCGOG00000010826 mogs (ENSCGOG00000010823) pdcd4a (ENSCGOG00000010788) ENSCGOG00000010786 MXD4 (ENSCGOG00000010783) ENSCGOG00000010781 ENSCGOG00000010779 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