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Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156689	ENSGT00940000155853.d.a	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00950000183047.d.e	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00940000160015	ENSGT00950000182888.a.a.a.e #17	ENSGT00950000182888.a.a.a.f #18	ENSGT00390000018706 #19	ENSGT00550000074890.f #20	ENSGT00390000008107.c.a #21	ENSGT00950000182983.B.a.b.e #22	ENSGT00940000155831.cb #24	ENSGT00940000157156	ENSGT00940000153288.b	ENSGT00940000157140.b.a.b.b	ENSGT00390000004161	ENSGT00940000157105	ENSGT00940000155389	ENSGT01050000244898.b.b	ENSGT00940000157321	ENSGT00940000156290.b	ENSGT01070000253744.b.b.f	ENSGT00940000154821.a.a	ENSGT00940000154886.a.b	ENSGT00390000015513.a.b.b	ENSGT00390000001195.a.b
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Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156689	ENSGT00940000155853.d.a	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00950000183047.d.e	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00940000160015	ENSGT00950000182888.a.a.a.e #17	ENSGT00950000182888.a.a.a.f #18	ENSGT00390000018706 #19	ENSGT00550000074890.f #20	ENSGT00390000008107.c.a #21	ENSGT00950000182983.B.a.b.e #22	ENSGT00940000155831.cb #24	ENSGT00940000157156	ENSGT00940000153288.a.b.b.b	ENSGT00940000157140.b.a.b.b	ENSGT00390000004161	ENSGT00940000157105	ENSGT00940000155389	ENSGT01050000244898.b.b	ENSGT00940000157321	ENSGT00940000156290.b	ENSGT01070000253744.b.b.f	ENSGT00940000163467.a.a.b.f.a.b.b	ENSGT00940000154821.a.a	ENSGT00940000154886.a.b	ENSGT00390000015513.a.b.b
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Guppy	MODERN SPECIES	442	ENSPREG00000021648	ttll11 (ENSPREG00000021639)	dab2ipb (ENSPREG00000021572)	mrps2 (ENSPREG00000021519)	ENSPREG00000021513	olfm1a (ENSPREG00000021493)	COL5A1 (ENSPREG00000021379)	FNBP1 (ENSPREG00000021213)	agpat2 (ENSPREG00000021142)	egfl7 (ENSPREG00000021100)	tor1 (ENSPREG00000021086) #17	tor1 (ENSPREG00000021079) #18	nsa2 (ENSPREG00000021068) #19	gfm2 (ENSPREG00000021026) #20	hexb (ENSPREG00000020991) #21	ENC1 (ENSPREG00000020971) #22	ENSPREG00000020933 #24	ENSPREG00000020919 #24	ankra2 (ENSPREG00000020906)	btf3 (ENSPREG00000020894)	foxd1 (ENSPREG00000020886)	TMEM174 (ENSPREG00000020871)	fcho2 (ENSPREG00000020776)	TNPO1 (ENSPREG00000020705)	mob1bb (ENSPREG00000020689)	dck (ENSPREG00000020678)	SLC4A4 (ENSPREG00000020602)	NPFFR2 (ENSPREG00000020572)	ENSPREG00000020568	ENSPREG00000020562	ENSPREG00000020548
Platyfish	MODERN SPECIES	22	mrps2 (ENSXMAG00000018132)	ENSXMAG00000018131	ENSXMAG00000026107	olfm1a (ENSXMAG00000022464)	COL5A1 (ENSXMAG00000017898)	ENSXMAG00000027308	ENSXMAG00000023352	FNBP1 (ENSXMAG00000017879)	agpat2 (ENSXMAG00000021933)	egfl7 (ENSXMAG00000005711)	tor1 (ENSXMAG00000028893) #17	tor1 (ENSXMAG00000023565) #18	nsa2 (ENSXMAG00000000762) #19	gfm2 (ENSXMAG00000000772) #20	hexb (ENSXMAG00000000795) #21	ENC1 (ENSXMAG00000023069) #22	ARHGEF28 (ENSXMAG00000014765) #24	ankra2 (ENSXMAG00000009076)	btf3 (ENSXMAG00000009089)	foxd1 (ENSXMAG00000009102)	TMEM174 (ENSXMAG00000024151)	fcho2 (ENSXMAG00000005481)	TNPO1 (ENSXMAG00000005440)	mob1bb (ENSXMAG00000005427)	dck (ENSXMAG00000005412)	SLC4A4 (ENSXMAG00000005345)	NPFFR2 (ENSXMAG00000026051)	ENSXMAG00000025366	ENSXMAG00000005324	fbp1b (ENSXMAG00000005310)	gas1b (ENSXMAG00000020027)
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Mummichog	MODERN SPECIES	306									agpat2 (ENSFHEG00000006472)	egfl7 (ENSFHEG00000006462)	tor1 (ENSFHEG00000006311) #17	tor1 (ENSFHEG00000006282) #17	nsa2 (ENSFHEG00000000905) #19	gfm2 (ENSFHEG00000006210) #20	hexb (ENSFHEG00000006138) #21	ENC1 (ENSFHEG00000006127) #22	ARHGEF28 (ENSFHEG00000006108) #24	ankra2 (ENSFHEG00000006063)	btf3 (ENSFHEG00000006034)	foxd1 (ENSFHEG00000006027)	TMEM174 (ENSFHEG00000006015)	fcho2 (ENSFHEG00000005994)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	1110									FNBP1 (ENSCVAG00000009768)	agpat2 (ENSCVAG00000009789)	egfl7 (ENSCVAG00000009969)	tor1 (ENSCVAG00000009976) #17	gfm2 (ENSCVAG00000010057) #20	nsa2 (ENSCVAG00000010074) #19	hexb (ENSCVAG00000010091) #21	ENC1 (ENSCVAG00000010099) #22
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000017030.b.a	ENSGT00940000155853.d.a	ENSGT00940000156689	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00950000183047.d.e	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00940000160015	ENSGT00950000182888.a.a.a.e #17	ENSGT00390000018706 #19	ENSGT00550000074890.f #20	ENSGT00390000008107.c.a #21	ENSGT00950000182983.B.a.b.e #22	ENSGT00940000155831.cb #24	ENSGT00940000157156.p	ENSGT00940000157156.o	ENSGT00940000153288.a.b.b.a	ENSGT00940000157140.b.a.b.b	ENSGT00390000004161	ENSGT00940000157105	ENSGT00940000155389	ENSGT01050000244898.b.b	ENSGT00940000157321	ENSGT00940000156290.b	ENSGT01070000253744.b.b.f	ENSGT00940000154821.a.a	ENSGT00940000154886.a.b	ENSGT00390000015513.a.b.b
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1611	ENSNFUG00015008765	plac8.1 (ENSNFUG00015008759)	cops4 (ENSNFUG00015008730)	LIN54 (ENSNFUG00015008673)	SEC31A (ENSNFUG00015008627)	TMEM150C (ENSNFUG00015008611)	ENOPH1 (ENSNFUG00015008609)	hnrnpd (ENSNFUG00015008606)	ENSNFUG00015008598	ENSNFUG00015008593	mat2al (ENSNFUG00015008587)	ENSNFUG00015008584	ZSWIM6 (ENSNFUG00015008475)	CABZ01117349.1 (ENSNFUG00015008278)	PITPNM2 (ENSNFUG00015008110)	ENC1 (ENSNFUG00015008026) #22	ARHGEF28 (ENSNFUG00015007985) #24	FAM73B (ENSNFUG00015007961)	ST6GALNAC4 (ENSNFUG00015007952)	ST6GALNAC6 (ENSNFUG00015007948)	spout1 (ENSNFUG00015007895)	CCBL1 (ENSNFUG00015007724)	SURF6 (ENSNFUG00015007712)	surf1 (ENSNFUG00015007701)	RPL7A (ENSNFUG00015007670)	USP20 (ENSNFUG00015006390)	ptges (ENSNFUG00015006244)	GARNL3 (ENSNFUG00015005423)	ENSNFUG00015005249	CACFD1 (ENSNFUG00015005239)	ptcd2 (ENSNFUG00015005220)
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	150	dab2ipb (ENSKMAG00000012390)	ttll11 (ENSKMAG00000012516)	dipk1b (ENSKMAG00000012539)	mrps2 (ENSKMAG00000012557)	ENSKMAG00000012579	olfm1a (ENSKMAG00000012620)	ENSKMAG00000012663	ENSKMAG00000012699	FNBP1 (ENSKMAG00000012784)	agpat2 (ENSKMAG00000013050)	egfl7 (ENSKMAG00000013148)	tor1 (ENSKMAG00000013227) #17	nsa2 (ENSKMAG00000013244) #19	gfm2 (ENSKMAG00000013277) #20	hexb (ENSKMAG00000013345) #21	ENC1 (ENSKMAG00000013378) #22
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000017030.b.a	ENSGT00940000155853.d.a	ENSGT00940000156689	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00950000183047.d.e	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00940000160015	ENSGT00950000182888.a.a.a.e.l #17	ENSGT00390000018706 #19	ENSGT00550000074890.f #20	ENSGT00390000008107.c.a #21	ENSGT00950000182983.B.a.b.e #22	ENSGT00940000155831.cb #24	ENSGT00940000157156.m	ENSGT00940000153288.a.b.b.b	ENSGT00940000157140.b.a.b.b	ENSGT00390000004161	ENSGT00940000157105	ENSGT00940000155389	ENSGT01050000244898.b.b	ENSGT00940000157321	ENSGT00940000156290.b	ENSGT01070000253744.b.b.f	ENSGT00940000154821.a.a	ENSGT00940000154886.a.b	ENSGT00390000015513.a.b.b	ENSGT00390000001195.a.b
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155853.d.a	ENSGT00940000156689	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00950000183047.d.e	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00940000160015	ENSGT00950000182888.a.a.a.e.l.a.b #17	ENSGT00950000182888.a.a.a.e.l.a.a #17	ENSGT00390000018706 #19	ENSGT00550000074890.f #20	ENSGT00390000008107.c.a #21	ENSGT00950000182983.B.a.b.e #22	ENSGT00940000155831.cb #24	ENSGT00940000157156.m	ENSGT00940000153288.a.b.b.b	ENSGT00940000157140.b.a.b.b	ENSGT00390000004161	ENSGT00940000157105	ENSGT00940000155389	ENSGT01050000244898.b.b	ENSGT00940000157321	ENSGT00940000156290.b	ENSGT01070000253744.b.b.f	ENSGT00940000154821.a.a	ENSGT00940000154886.a.b	ENSGT00390000015513.a.b.b	ENSGT00390000001195.a.b
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	3	zgc:63972 (ENSOJAG00000010443)	dab2ipb (ENSOJAG00000010728)	ttll11 (ENSOJAG00000012352)	dipk1b (ENSOJAG00000012407)	mrps2 (ENSOJAG00000012422)	ENSOJAG00000012439	olfm1a (ENSOJAG00000012455)	COL5A1 (ENSOJAG00000012526)	FNBP1 (ENSOJAG00000012626)	agpat2 (ENSOJAG00000012718)	egfl7 (ENSOJAG00000012729)	tor1 (ENSOJAG00000012750) #17	tor1 (ENSOJAG00000012776) #17	nsa2 (ENSOJAG00000012785) #19	ENSOJAG00000012801 #20	ENC1 (ENSOJAG00000012890) #22	ARHGEF28 (ENSOJAG00000012916) #24	ankra2 (ENSOJAG00000013011)	btf3 (ENSOJAG00000013079)	foxd1 (ENSOJAG00000013148)	TMEM174 (ENSOJAG00000013157)	fcho2 (ENSOJAG00000013199)	TNPO1 (ENSOJAG00000013577)	mob1bb (ENSOJAG00000014572)	dck (ENSOJAG00000014618)	SLC4A4 (ENSOJAG00000014859)	NPFFR2 (ENSOJAG00000017219)	ENSOJAG00000017235	ENSOJAG00000017260	fbp1b (ENSOJAG00000017269)	gas1b (ENSOJAG00000017286)
Indian medaka	MODERN SPECIES	30	ENSOMEG00000013226	olfm1a (ENSOMEG00000013275)	ENSOMEG00000013314	ENSOMEG00000013349	FNBP1 (ENSOMEG00000013391)	agpat2 (ENSOMEG00000013414)	egfl7 (ENSOMEG00000013528)	tor1 (ENSOMEG00000000734) #17	tor1 (ENSOMEG00000013592) #17	tor1 (ENSOMEG00000000697) #17	tor1 (ENSOMEG00000013630) #17	tor1 (ENSOMEG00000013661) #17	nsa2 (ENSOMEG00000013689) #19	gfm2 (ENSOMEG00000013774) #20	hexb (ENSOMEG00000013880) #21	ENC1 (ENSOMEG00000013923) #22	ARHGEF28 (ENSOMEG00000014109) #24	ankra2 (ENSOMEG00000014199)	foxd1 (ENSOMEG00000014209)	btf3 (ENSOMEG00000014241)	TMEM174 (ENSOMEG00000014273)	fcho2 (ENSOMEG00000014430)	TNPO1 (ENSOMEG00000014567)	mob1bb (ENSOMEG00000014587)	dck (ENSOMEG00000014621)	SLC4A4 (ENSOMEG00000014851)	NPFFR2 (ENSOMEG00000014930)	ENSOMEG00000014942	ENSOMEG00000014975	fbp1b (ENSOMEG00000015002)	gas1b (ENSOMEG00000015018)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000017030.b.a	ENSGT00940000155853.d.a	ENSGT00940000156689	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00950000183047.d.e	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00940000160015	ENSGT00950000182888.a.a.a.e.l #17	ENSGT00390000018706 #19	ENSGT00550000074890.f #20	ENSGT00390000008107.c.a #21	ENSGT00950000182983.B.a.b.e #22	ENSGT00940000155831.cb #24	ENSGT00940000157156.m	ENSGT00940000157140.b.a.b.b	ENSGT00390000004161	ENSGT00940000157105	ENSGT00940000155389	ENSGT01050000244898.b.b	ENSGT00940000157321	ENSGT00940000156290.b	ENSGT01070000253744.b.b.f	ENSGT00940000154821.a.a	ENSGT00940000154886.a.b	ENSGT00390000015513.a.b.b	ENSGT00390000001195.a.b	ENSGT00940000159777
Chinese medaka	MODERN SPECIES	753					ttll11 (ENSOSIG00000004764)	dipk1b (ENSOSIG00000004768)	mrps2 (ENSOSIG00000004776)	ENSOSIG00000004779	olfm1a (ENSOSIG00000004784)	ENSOSIG00000004789	FNBP1 (ENSOSIG00000004837)	agpat2 (ENSOSIG00000006447)	egfl7 (ENSOSIG00000006448)	tor1 (ENSOSIG00000006455) #17	nsa2 (ENSOSIG00000006456) #19	ENC1 (ENSOSIG00000006461) #22	ankra2 (ENSOSIG00000006464)	btf3 (ENSOSIG00000006465)	foxd1 (ENSOSIG00000006466)	TMEM174 (ENSOSIG00000006467)	fcho2 (ENSOSIG00000006476)	TNPO1 (ENSOSIG00000007249)	mob1ba (ENSOSIG00000008338)	ENSOSIG00000008374	ENSOSIG00000016533	fbp1b (ENSOSIG00000016535)	gas1b (ENSOSIG00000016536)	c9 (ENSOSIG00000016538)	dab2 (ENSOSIG00000016543)	zgc:162472 (ENSOSIG00000016546)	RTKN (ENSOSIG00000016555)
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	3	dab2ipb (ENSORLG00000003707)	ttll11 (ENSORLG00000003660)	dipk1b (ENSORLG00000003651)	mrps2 (ENSORLG00000003640)	ENSORLG00000030208	olfm1a (ENSORLG00000025343)	COL5A1 (ENSORLG00000003591)	ENSORLG00000025318	FNBP1 (ENSORLG00000003554)	agpat2 (ENSORLG00000003435)	egfl7 (ENSORLG00000003417)	tor1 (ENSORLG00000003403) #17	nsa2 (ENSORLG00000003379) #19	gfm2 (ENSORLG00000003360) #20	hexb (ENSORLG00000003323) #21	ENC1 (ENSORLG00000003288) #22	ARHGEF28 (ENSORLG00000028035) #24	ankra2 (ENSORLG00000003277)	ENSORLG00000022026	btf3 (ENSORLG00000003257)	TMEM174 (ENSORLG00000003242)	fcho2 (ENSORLG00000003234)	TNPO1 (ENSORLG00000003182)	mob1bb (ENSORLG00000003125)	dck (ENSORLG00000003108)	SLC4A4 (ENSORLG00000003072)	NPFFR2 (ENSORLG00000003050)	ENSORLG00000003038	ENSORLG00000003024	fbp1b (ENSORLG00000002997)	gas1b (ENSORLG00000002967)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT01060000248756	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A	ENSGT00940000154535.D.wb	ENSGT00940000177534	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00950000183047.d.e	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00940000160015	ENSGT00950000182888.a.a.a.e #17	ENSGT00390000018706 #19	ENSGT00550000074890.f #20	ENSGT00390000008107.c.a #21	ENSGT00950000182983.B.a.b.e #22	ENSGT00940000155831.cb #24	ENSGT00940000157156	ENSGT00940000153288.b	ENSGT00940000157140.b.a.b.b	ENSGT00390000004161	ENSGT00940000157105	ENSGT00940000155389	ENSGT01050000244898.b.b	ENSGT00940000157321	ENSGT00940000156290.b	ENSGT01070000253744.b.b.f	ENSGT00940000154821.a.a	ENSGT00940000154886.a.b	ENSGT00390000015513.a.b.b	ENSGT00390000001195.a.b
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000181622	ENSGT00940000155853.d.a	ENSGT00940000156689	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00950000183047.d.e	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00940000160015	ENSGT00950000182888.a.a.a.e #17	ENSGT00390000018706 #19	ENSGT00550000074890.f #20	ENSGT00390000008107.c.a #21	ENSGT00950000182983.B.a.b.e #22	ENSGT00940000155831.cb #24	ENSGT00940000157156	ENSGT00940000153288.b	ENSGT00940000157140.b.a.b.b	ENSGT00390000004161	ENSGT00940000157105	ENSGT00940000155389	ENSGT01050000244898.b.b	ENSGT00940000157321	ENSGT00940000156290.b	ENSGT01070000253744.b.b.f	ENSGT00940000154821.a.a	ENSGT00940000154886.a.b	ENSGT00390000015513.a.b.b	ENSGT00390000001195.a.b
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000181622	ENSGT00940000155853.d.a	ENSGT00940000156689	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00950000183047.d.e	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00940000160015	ENSGT00950000182888.a.a.a.e #17	ENSGT00390000018706 #19	ENSGT00550000074890.f #20	ENSGT00390000008107.c.a #21	ENSGT00950000182983.B.a.b.e #22	ENSGT00940000155831.cb #24	ENSGT00940000157156	ENSGT00940000153288.b	ENSGT00940000157140.b.a.b.b	ENSGT00390000004161	ENSGT00940000157105	ENSGT00940000155389	ENSGT01050000244898.b.b	ENSGT00940000157321	ENSGT00940000156290.b	ENSGT01070000253744.b.b.f	ENSGT00940000154821.a.a	ENSGT00940000154886.a.b	ENSGT00390000015513.a.b.b	ENSGT00390000001195.a.b
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000017030.b.a	ENSGT00940000181622	ENSGT00940000155853.d.a	ENSGT00940000156689	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00940000156959.A	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00950000183047.d.e	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00940000160015	ENSGT00950000182888.a.a.a.e #17	ENSGT00390000018706 #19	ENSGT00550000074890.f #20	ENSGT00390000008107.c.a #21	ENSGT00950000182983.B.a.b.e #22	ENSGT00940000155831.cb #24	ENSGT00940000157156	ENSGT00940000153288.b	ENSGT00940000157140.b.a.b.b	ENSGT00390000004161	ENSGT00940000157105	ENSGT00940000155389	ENSGT01050000244898.b.b	ENSGT00940000157321	ENSGT00940000156290.b	ENSGT01070000253744.b.b.f	ENSGT00940000154821.a.a	ENSGT00940000154886.a.b	ENSGT00390000015513.a.b.b	ENSGT00390000001195.a.b
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1330												tor1 (ENSAOCG00000014393) #17	nsa2 (ENSAOCG00000014373) #19	gfm2 (ENSAOCG00000014342) #20	hexb (ENSAOCG00000014256) #21	ENC1 (ENSAOCG00000014173) #22
Orange clownfish	MODERN SPECIES	7	ENSAPEG00000023140	dab2ipb (ENSAPEG00000023179)	ttll11 (ENSAPEG00000023272)	dipk1b (ENSAPEG00000023298)	mrps2 (ENSAPEG00000023312)	olfm1a (ENSAPEG00000023333)	COL5A1 (ENSAPEG00000023373)	ENSAPEG00000023518	FNBP1 (ENSAPEG00000023547)	agpat2 (ENSAPEG00000023715)	egfl7 (ENSAPEG00000023724)	tor1 (ENSAPEG00000000332) #17	nsa2 (ENSAPEG00000000376) #19	gfm2 (ENSAPEG00000000424) #20	hexb (ENSAPEG00000000545) #21	ENC1 (ENSAPEG00000000639) #22	ARHGEF28 (ENSAPEG00000000716) #24	ankra2 (ENSAPEG00000000895)	btf3 (ENSAPEG00000000915)	foxd1 (ENSAPEG00000000936)	ENSAPEG00000000952	TMEM174 (ENSAPEG00000000954)	fcho2 (ENSAPEG00000000982)	TNPO1 (ENSAPEG00000001112)	mob1bb (ENSAPEG00000001183)	dck (ENSAPEG00000001210)	SLC4A4 (ENSAPEG00000001234)	NPFFR2 (ENSAPEG00000001373)	ENSAPEG00000001459	ENSAPEG00000001466	fbp1b (ENSAPEG00000001478)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	150						ENSAPOG00000005203	COL5A1 (ENSAPOG00000005584)	ENSAPOG00000005629	FNBP1 (ENSAPOG00000000139)	agpat2 (ENSAPOG00000000141)	egfl7 (ENSAPOG00000005827)	tor1 (ENSAPOG00000005853) #17	nsa2 (ENSAPOG00000005882) #19	gfm2 (ENSAPOG00000005965) #20	hexb (ENSAPOG00000006044) #21	ENC1 (ENSAPOG00000001131) #22	ARHGEF28 (ENSAPOG00000006195) #24	ankra2 (ENSAPOG00000006251)	btf3 (ENSAPOG00000006276)	foxd1 (ENSAPOG00000006297)	TMEM174 (ENSAPOG00000006338)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1280												tor1 (ENSSPAG00000014091) #17	nsa2 (ENSSPAG00000014137) #19	gfm2 (ENSSPAG00000014163) #20	hexb (ENSSPAG00000014244) #21	ENC1 (ENSSPAG00000014329) #22	ARHGEF28 (ENSSPAG00000014338) #24
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT01060000248756	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A	ENSGT00940000154535.D.wb	ENSGT00940000177534	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00950000183047.d.e	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00940000160015	ENSGT00950000182888.a.a.a.e #17	ENSGT00390000018706 #19	ENSGT00550000074890.f #20	ENSGT00390000008107.c.a #21	ENSGT00950000182983.B.a.b.e #22	ENSGT00940000155831.cb #24	ENSGT00940000157156	ENSGT00940000153288.a.b.a.b	ENSGT00940000153288.a.b.b	ENSGT00940000157140.b.a.b.b	ENSGT00940000157105	ENSGT00940000155389	ENSGT01050000244898.b.b	ENSGT00940000157321	ENSGT00940000156290.b	ENSGT01070000253744.b.b.f	ENSGT00940000154821.a.a	ENSGT00940000154886.a.b	ENSGT00390000015513.a.b.b	ENSGT00390000001195.a.b
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000156689	ENSGT01060000248756	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A	ENSGT00940000177534	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00950000183047.d.e	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00940000160015	ENSGT00950000182888.a.a.a.e #17	ENSGT00390000018706 #19	ENSGT00550000074890.f #20	ENSGT00390000008107.c.a #21	ENSGT00950000182983.B.a.b.e #22	ENSGT00940000155831.cb #24	ENSGT00940000157156	ENSGT00940000153288.a.b.a.b	ENSGT00940000153288.a.b.b	ENSGT00940000157140.b.a.b.b	ENSGT00940000157105	ENSGT00940000155389	ENSGT01050000244898.b.b	ENSGT00940000157321	ENSGT00940000156290.b	ENSGT01070000253744.b.b.f	ENSGT00940000154821.a.a	ENSGT00940000154886.a.b	ENSGT00390000015513.a.b.b	ENSGT00390000001195.a.b
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000156689	ENSGT01060000248756	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A	ENSGT00940000177534	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00950000183047.d.e	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00940000160015	ENSGT00950000182888.a.a.a.e #17	ENSGT00390000018706 #19	ENSGT00550000074890.f #20	ENSGT00390000008107.c.a #21	ENSGT00950000182983.B.a.b.e #22	ENSGT00940000155831.cb #24	ENSGT00940000157156	ENSGT00940000153288.a.b.a.b	ENSGT00940000153288.a.b.b	ENSGT00940000157140.b.a.b.b	ENSGT00940000157105	ENSGT00940000155389	ENSGT01050000244898.b.b	ENSGT00940000157321	ENSGT00940000156290.b	ENSGT01070000253744.b.b.f	ENSGT00940000154821.a.a	ENSGT00940000154886.a.b	ENSGT00390000015513.a.b.b	ENSGT00390000001195.a.b
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000156689	ENSGT01060000248756	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A	ENSGT00940000177534	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00950000183047.d.e	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00940000160015	ENSGT00950000182888.a.a.a.e #17	ENSGT00390000018706 #19	ENSGT00550000074890.f #20	ENSGT00390000008107.c.a #21	ENSGT00950000182983.B.a.b.e #22	ENSGT00940000155831.cb #24	ENSGT00940000157156	ENSGT00940000153288.a.b.b	ENSGT00940000157140.b.a.b.b	ENSGT00940000157105	ENSGT00940000155389	ENSGT01050000244898.b.b	ENSGT00940000157321	ENSGT00940000156290.b	ENSGT01070000253744.b.b.f	ENSGT00940000154821.a.a	ENSGT00940000154886.a.b	ENSGT00390000015513.a.b.b	ENSGT00390000001195.a.b	ENSGT00940000159777
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	287	ttll11 (ENSHBUG00000010134)	ENSHBUG00000010142	dipk1b (ENSHBUG00000010155)	mrps2 (ENSHBUG00000010171)	olfm1a (ENSHBUG00000010226)	ENSHBUG00000010242	COL5A1 (ENSHBUG00000010535)	ENSHBUG00000010575	FNBP1 (ENSHBUG00000010835)	agpat2 (ENSHBUG00000010863)	egfl7 (ENSHBUG00000010873)	tor1 (ENSHBUG00000010924) #17	nsa2 (ENSHBUG00000010944) #19	gfm2 (ENSHBUG00000011021) #20	hexb (ENSHBUG00000011110) #21	ENC1 (ENSHBUG00000011125) #22
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155853.d.a	ENSGT00940000156689	ENSGT01060000248756	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00950000183047.d.e	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00940000160015	ENSGT00950000182888.a.a.a.e #17	ENSGT00390000018706 #19	ENSGT00550000074890.f #20	ENSGT00390000008107.c.a #21	ENSGT00950000182983.B.a.b.e #22	ENSGT00940000155831.cb #24	ENSGT00940000157156	ENSGT00940000153288.b	ENSGT00940000157140.b.a.b.b	ENSGT00940000157105	ENSGT00940000155389	ENSGT01050000244898.b.b	ENSGT00940000157321	ENSGT00940000156290.b	ENSGT01070000253744.b.b.f	ENSGT00940000154821.a.a	ENSGT00940000154886.a.b	ENSGT00390000015513.a.b.b	ENSGT00390000001195.a.b	ENSGT00940000159777
P. nyererei	MODERN SPECIES	297	ENSPNYG00000002651	dipk1b (ENSPNYG00000002632)	mrps2 (ENSPNYG00000002624)	ENSPNYG00000002612	olfm1a (ENSPNYG00000002567)	COL5A1 (ENSPNYG00000002267)	ENSPNYG00000002231	ENSPNYG00000002214	FNBP1 (ENSPNYG00000002152)	agpat2 (ENSPNYG00000002138)	egfl7 (ENSPNYG00000002069)	tor1 (ENSPNYG00000002052) #17	nsa2 (ENSPNYG00000002028) #19	gfm2 (ENSPNYG00000001950) #20	hexb (ENSPNYG00000001935) #21	ENC1 (ENSPNYG00000001928) #22	ENSPNYG00000001882 #24	ankra2 (ENSPNYG00000001843)	btf3 (ENSPNYG00000001828)	foxd1 (ENSPNYG00000001818)	fcho2 (ENSPNYG00000001628)	TNPO1 (ENSPNYG00000001522)	mob1bb (ENSPNYG00000001509)	dck (ENSPNYG00000001253)	SLC4A4 (ENSPNYG00000001164)	NPFFR2 (ENSPNYG00000001069)	ENSPNYG00000000984	ENSPNYG00000000952	fbp1b (ENSPNYG00000000923)	gas1b (ENSPNYG00000000902)	c9 (ENSPNYG00000000896)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155853.d.a	ENSGT00940000156689	ENSGT01060000248756	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00950000183047.d.e	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00940000160015	ENSGT00950000182888.a.a.a.e #17	ENSGT00390000018706 #19	ENSGT00550000074890.f #20	ENSGT00390000008107.c.a #21	ENSGT00950000182983.B.a.b.e #22	ENSGT00940000155831.cb #24	ENSGT00940000157156	ENSGT00940000153288.a.b.b	ENSGT00940000157140.b.a.b.b	ENSGT00940000157105	ENSGT00940000155389	ENSGT01050000244898.b.b	ENSGT00940000157321	ENSGT00940000156290.b	ENSGT01070000253744.b.b.f	ENSGT00940000154821.a.a	ENSGT00940000154886.a.b	ENSGT00390000015513.a.b.b	ENSGT00390000001195.a.b	ENSGT00940000159777
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1110	dab2ipb (ENSMZEG00005003883)	ttll11 (ENSMZEG00005003989)	ENSMZEG00005004032	dipk1b (ENSMZEG00005004041)	mrps2 (ENSMZEG00005004066)	olfm1a (ENSMZEG00005004110)	COL5A1 (ENSMZEG00005004152)	ENSMZEG00005004297	FNBP1 (ENSMZEG00005004314)	agpat2 (ENSMZEG00005004407)	egfl7 (ENSMZEG00005004420)	tor1 (ENSMZEG00005004445) #17	nsa2 (ENSMZEG00005004450) #19	gfm2 (ENSMZEG00005004469) #20	hexb (ENSMZEG00005004537) #21	ENC1 (ENSMZEG00005004589) #22	ENSMZEG00005004598 #24	ankra2 (ENSMZEG00005004645)	btf3 (ENSMZEG00005004698)	foxd1 (ENSMZEG00005004712)	fcho2 (ENSMZEG00005004754)	TNPO1 (ENSMZEG00005004913)	mob1bb (ENSMZEG00005004954)	dck (ENSMZEG00005004974)	SLC4A4 (ENSMZEG00005005012)	NPFFR2 (ENSMZEG00005005088)	ENSMZEG00005005173	ENSMZEG00005005187	fbp1b (ENSMZEG00005005220)	gas1b (ENSMZEG00005005253)	c9 (ENSMZEG00005005264)
Eastern happy	MODERN SPECIES	19	ENSACLG00000027616	dipk1b (ENSACLG00000027613)	mrps2 (ENSACLG00000027610)	ENSACLG00000027608	ENSACLG00000027602	olfm1a (ENSACLG00000027600)	COL5A1 (ENSACLG00000027546)	ENSACLG00000027526	FNBP1 (ENSACLG00000027481)	agpat2 (ENSACLG00000027477)	egfl7 (ENSACLG00000027456)	tor1 (ENSACLG00000027453) #17	nsa2 (ENSACLG00000027450) #19	gfm2 (ENSACLG00000027430) #20	hexb (ENSACLG00000027420) #21	ENC1 (ENSACLG00000027402) #22	ARHGEF28 (ENSACLG00000027367) #24	ankra2 (ENSACLG00000027357)	btf3 (ENSACLG00000027347)	foxd1 (ENSACLG00000027344)	ENSACLG00000027336	fcho2 (ENSACLG00000027259)	TNPO1 (ENSACLG00000027223)	mob1bb (ENSACLG00000027216)	dck (ENSACLG00000027209)	SLC4A4 (ENSACLG00000027117)	NPFFR2 (ENSACLG00000027070)	ENSACLG00000027054	ENSACLG00000027025	fbp1b (ENSACLG00000027007)	gas1b (ENSACLG00000026998)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	336	dab2ipb (ENSNBRG00000008531)	ENSNBRG00000008604	ENSNBRG00000008612	dipk1b (ENSNBRG00000008628)	mrps2 (ENSNBRG00000008658)	olfm1a (ENSNBRG00000008693)	COL5A1 (ENSNBRG00000008750)	ENSNBRG00000009001	FNBP1 (ENSNBRG00000009051)	agpat2 (ENSNBRG00000009109)	egfl7 (ENSNBRG00000009119)	tor1 (ENSNBRG00000009136) #17	nsa2 (ENSNBRG00000009155) #19	gfm2 (ENSNBRG00000009181) #20	hexb (ENSNBRG00000009225) #21	ENC1 (ENSNBRG00000009321) #22	ARHGEF28 (ENSNBRG00000009368) #24	ankra2 (ENSNBRG00000009594)	btf3 (ENSNBRG00000009623)	foxd1 (ENSNBRG00000009642)	fcho2 (ENSNBRG00000009710)	TNPO1 (ENSNBRG00000009998)	mob1bb (ENSNBRG00000010053)	dck (ENSNBRG00000010072)	SLC4A4 (ENSNBRG00000010089)	NPFFR2 (ENSNBRG00000010141)	ENSNBRG00000010162	ENSNBRG00000010215	fbp1b (ENSNBRG00000010231)	gas1b (ENSNBRG00000010256)	c9 (ENSNBRG00000010281)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	19	dab2ipb (ENSONIG00000011245)	ttll11 (ENSONIG00000011243)	dipk1b (ENSONIG00000011241)	mrps2 (ENSONIG00000011240)	ENSONIG00000023677	olfm1a (ENSONIG00000011237)	ENSONIG00000011209	FNBP1 (ENSONIG00000011203)	agpat2 (ENSONIG00000011201)	ENSONIG00000035802	egfl7 (ENSONIG00000011197)	tor1 (ENSONIG00000011193) #17	nsa2 (ENSONIG00000011188) #19	gfm2 (ENSONIG00000011183) #20	hexb (ENSONIG00000011177) #21	ENC1 (ENSONIG00000020511) #22	ARHGEF28 (ENSONIG00000011175) #24	ankra2 (ENSONIG00000037402)	btf3 (ENSONIG00000011166)	foxd1 (ENSONIG00000020510)	ENSONIG00000040457	fcho2 (ENSONIG00000011160)	TNPO1 (ENSONIG00000011151)	mob1bb (ENSONIG00000011150)	dck (ENSONIG00000011146)	SLC4A4 (ENSONIG00000011138)	NPFFR2 (ENSONIG00000011136)	ENSONIG00000011135	ENSONIG00000011130	fbp1b (ENSONIG00000011126)	GAS1 (ENSONIG00000020508)