Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT01090000260093.a #8	ENSGT00950000182978.A.a.b.a #9	ENSGT00940000160438 #10	ENSGT00940000156118 #11	ENSGT00940000161902.a.a #12	ENSGT00940000155268 #13	ENSGT00390000008325.b.b #14	ENSGT00700000106212 #15	ENSGT00950000182878.b.a.c.a.b.o.a #16	ENSGT00940000157063 #17	ENSGT00860000135817 #18	ENSGT00940000154977 #19	ENSGT00900000143784	ENSGT00940000156908 #20	ENSGT00390000011717 #21	ENSGT00390000018710 #22	ENSGT00390000000742 #23	ENSGT00940000156130.b #24	ENSGT00940000159124 #25	ENSGT00940000158635 #26	ENSGT00940000156473 #27	ENSGT00940000158224 #29	ENSGT00940000159542 #31	ENSGT00860000136016 #32	ENSGT00390000001846 #33	ENSGT00530000064276 #34	ENSGT00940000159419 #35	ENSGT00390000004451 #36	ENSGT01030000234597.a.b.b.e.a.a #37	ENSGT00940000157068	ENSGT00390000001057
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000001710 #7	ENSGT01090000260093.a #8	ENSGT00950000182978.A.a.b.a #9	ENSGT00940000160438 #10	ENSGT00940000156118 #11	ENSGT00940000161902.a.a #12	ENSGT00940000155268.m #13	ENSGT00390000008325.b.b #14	ENSGT00700000106212 #15	ENSGT00950000182878.b.a.c.a.b.o.a #16	ENSGT00940000157063 #17	ENSGT00860000135817 #18	ENSGT00940000154977 #19	ENSGT00940000156908 #20	ENSGT00390000011717 #21	ENSGT00390000018710 #22	ENSGT00390000000742 #23	ENSGT00940000156130.b #24	ENSGT00940000159124 #25	ENSGT00940000158635 #26	ENSGT00940000156473 #27	ENSGT00390000014682.n #28	ENSGT00940000158224 #29	ENSGT00940000159542 #31	ENSGT00860000136016 #32	ENSGT00390000001846 #33	ENSGT00530000064276 #34	ENSGT00940000159419 #35	ENSGT00390000004451 #36	ENSGT01030000234597.a.b.b.e.a.a #37	ENSGT00940000157068
Alpin marmot	MODERN SPECIES	16	LACTB2 (ENSMMMG00000004742) #7	XKR9 (ENSMMMG00000004758) #8	EYA1 (ENSMMMG00000004783) #9	MSC (ENSMMMG00000004901) #10	TRPA1 (ENSMMMG00000004948) #11	KCNB2 (ENSMMMG00000005040) #12	ENSMMMG00000005060 #13	SBSPON (ENSMMMG00000005085) #14	C8orf89 (ENSMMMG00000005106) #15	RPL7 (ENSMMMG00000005128) #16	RDH10 (ENSMMMG00000005136) #17	ENSMMMG00000005173 #18	STAU2 (ENSMMMG00000005198) #19	ENSMMMG00000005257 #20	ENSMMMG00000005290 #21	TMEM70 (ENSMMMG00000005317) #22	LY96 (ENSMMMG00000005320) #23	JPH1 (ENSMMMG00000005340) #24	GDAP1 (ENSMMMG00000005361) #25	PI15 (ENSMMMG00000005399) #26	CRISPLD1 (ENSMMMG00000005425) #27	ENSMMMG00000005479 #28	HNF4G (ENSMMMG00000005503) #29	ENSMMMG00000005554 #30	ZFHX4 (ENSMMMG00000005581) #31	ENSMMMG00000005619 #32	PEX2 (ENSMMMG00000005624) #33	PKIA (ENSMMMG00000005670) #34	ZC2HC1A (ENSMMMG00000005695) #35	IL7 (ENSMMMG00000005732) #36	STMN2 (ENSMMMG00000005764) #37
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	52	ENSGT00510000046470.a.a.a.d.a	ENSGT00390000001710 #7	ENSGT01090000260093.a #8	ENSGT00950000182978.A.a.b.a #9	ENSGT00940000160438 #10	ENSGT00940000156118 #11	ENSGT00940000161902.a.a #12	ENSGT00940000155268.m #13	ENSGT00390000008325.b.b #14	ENSGT00700000106212 #15	ENSGT00950000182878.b.a.c.a.b.o.a #16	ENSGT00940000157063 #17	ENSGT00940000154977 #19	ENSGT00940000156908 #20	ENSGT00390000011717 #21	ENSGT00390000018710 #22	ENSGT00390000000742 #23	ENSGT00940000159124 #25	ENSGT00940000158635 #26	ENSGT00390000014682.n #28	ENSGT00940000158224 #29
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	183	TRAM1 (ENSUPAG00010010848)	LACTB2 (ENSUPAG00010010856) #7	XKR9 (ENSUPAG00010010873) #8	EYA1 (ENSUPAG00010010877) #9	MSC (ENSUPAG00010010953) #10	TRPA1 (ENSUPAG00010010963) #11	KCNB2 (ENSUPAG00010011054) #12	TERF1 (ENSUPAG00010011060) #13	SBSPON (ENSUPAG00010011134) #14	C8orf89 (ENSUPAG00010011139) #15	ENSUPAG00010011144 #16	RDH10 (ENSUPAG00010011147) #17	STAU2 (ENSUPAG00010011157) #19	UBE2W (ENSUPAG00010011274) #20	ELOC (ENSUPAG00010011281) #21	TMEM70 (ENSUPAG00010011291) #22	LY96 (ENSUPAG00010011295) #23
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		EYA1 (ENSSVLG00005001545) #9	MSC (ENSSVLG00005001842) #10	TRPA1 (ENSSVLG00005001874) #11	KCNB2 (ENSSVLG00005001924) #12	TERF1 (ENSSVLG00005001939) #13	SBSPON (ENSSVLG00005001957) #14	ENSSVLG00005001968	C8orf89 (ENSSVLG00005001984) #15	ENSSVLG00005001995 #16	RDH10 (ENSSVLG00005002017) #17	ENSSVLG00005002033 #18	STAU2 (ENSSVLG00005002079) #19	ENSSVLG00005002189	UBE2W (ENSSVLG00005002205) #20	ENSSVLG00005002231 #21	ENSSVLG00005002242 #22	LY96 (ENSSVLG00005002267) #23	ENSSVLG00005002291	JPH1 (ENSSVLG00005002301) #24	GDAP1 (ENSSVLG00005002320) #25	PI15 (ENSSVLG00005002347) #26	CRISPLD1 (ENSSVLG00005002386) #27	HNF4G (ENSSVLG00005002470) #29	ZFHX4 (ENSSVLG00005002527) #31	ENSSVLG00005002565 #32	PEX2 (ENSSVLG00005002571) #33	ENSSVLG00005002588	PKIA (ENSSVLG00005002593) #34	ZC2HC1A (ENSSVLG00005002603) #35	IL7 (ENSSVLG00005002623) #36	STMN2 (ENSSVLG00005002665) #37
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	2	OR52W1 (ENSSVLG00005007793)	C11orf42 (ENSSVLG00005007762)	FHIP1B (ENSSVLG00005007692)	CNGA4 (ENSSVLG00005007640)	CCKBR (ENSSVLG00005007574)	CAVIN3 (ENSSVLG00005007510)	SMPD1 (ENSSVLG00005007479)	APBB1 (ENSSVLG00005007218)	HPX (ENSSVLG00005007102)	ENSSVLG00005007076	ARFIP2 (ENSSVLG00005006992)	TIMM10B (ENSSVLG00005006936)	ENSSVLG00005006905	ENSSVLG00005006876	ENSSVLG00005006819	ENSSVLG00005006785 #22	ENSSVLG00005006757	ENSSVLG00005006676	ILK (ENSSVLG00005006591)	ENSSVLG00005006530	TPP1 (ENSSVLG00005006235)	DCHS1 (ENSSVLG00005006133)	ENSSVLG00005006101	ENSSVLG00005006080	ENSSVLG00005006064	ENSSVLG00005006043	ENSSVLG00005006008	ENSSVLG00005005978	ENSSVLG00005005953	ENSSVLG00005005924	ENSSVLG00005005882