Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000154311.a.b ENSGT00940000154578.A.d ENSGT00940000158837 #7 ENSGT01050000244950.a.a.a #8 ENSGT00940000154143.f #9 ENSGT00640000091497.a #11 ENSGT00390000011053 #12 ENSGT00940000155717 #13 ENSGT00940000157596 #14 ENSGT00940000161500 #15 ENSGT00950000183058.A.b #16 ENSGT00940000156507 #17 ENSGT00390000017724.a.b #19 ENSGT00390000002188 #20 ENSGT00730000111007.a.a #21 ENSGT00940000158997 #22 ENSGT00950000183204.a #23 ENSGT00940000158694 #26 ENSGT00950000182906.b.b #27 ENSGT00390000016696 #28 ENSGT00390000007467 #29 ENSGT00390000004601 #30 ENSGT00390000007133 #31 ENSGT00940000157784 #32 ENSGT00940000163036 ENSGT00940000156556 #33 ENSGT00940000159755 #34 ENSGT00520000055635.c.a #36 ENSGT00940000161118 #37 ENSGT00390000003024 ENSGT00390000002329 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000154578.A.d ENSGT00940000158837 #7 ENSGT01050000244950.a.a.a #8 ENSGT00940000154143.f #9 ENSGT00640000091497.a #11 ENSGT00390000011053 #12 ENSGT00940000155717 #13 ENSGT00940000157596 #14 ENSGT00940000161500 #15 ENSGT00950000183058.A.b #16 ENSGT00940000156507 #17 ENSGT00940000164942 #18 ENSGT00390000017724.a.b #19 ENSGT00390000002188 #20 ENSGT00730000111007.a.a #21 ENSGT00940000158997 #22 ENSGT00950000183204.a #23 ENSGT00940000158694 #26 ENSGT00950000182906.b.b #27 ENSGT00390000016696 #28 ENSGT00390000007467 #29 ENSGT00390000004601 #30 ENSGT00390000007133 #31 ENSGT00940000157784 #32 ENSGT00940000156556 #33 ENSGT00940000159755 #34 ENSGT00520000055635.c.a #36 ENSGT00940000161118 #37 ENSGT00390000003024 ENSGT00390000002329 ENSGT00390000002563.b.a.b Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 1 PARP9 (ENSSVLG00005006786) #7 KPNA1 (ENSSVLG00005006713) #8 WDR5B (ENSSVLG00005006686) #9 ENSSVLG00005006652 #10 FAM162A (ENSSVLG00005006569) #11 MIX23 (ENSSVLG00005006490) #12 CSTA (ENSSVLG00005006443) #13 CASR (ENSSVLG00005006344) #14 CD86 (ENSSVLG00005006311) #15 ILDR1 (ENSSVLG00005006124) #16 SLC15A2 (ENSSVLG00005005862) #17 ENSSVLG00005005791 #18 EAF2 (ENSSVLG00005005767) #19 IQCB1 (ENSSVLG00005005618) #20 GOLGB1 (ENSSVLG00005005470) #21 HCLS1 (ENSSVLG00005005312) #22 FBXO40 (ENSSVLG00005005263) #23 ENSSVLG00005005253 #24 ENSSVLG00005005232 #25 POLQ (ENSSVLG00005005121) #26 STXBP5L (ENSSVLG00005004686) #27 ENSSVLG00005004540 #28 RABL3 (ENSSVLG00005014450) #29 HGD (ENSSVLG00005014290) #30 NDUFB4 (ENSSVLG00005014222) #31 FSTL1 (ENSSVLG00005013992) #32 LRRC58 (ENSSVLG00005013737) #33 GPR156 (ENSSVLG00005013678) #34 ENSSVLG00005013550 #35 GSK3B (ENSSVLG00005013429) #36 NR1I2 (ENSSVLG00005013118) #37 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000154578.A.d ENSGT00940000158837 #7 ENSGT01050000244950.a.a.a #8 ENSGT00940000154143.f #9 ENSGT00640000091497.a #11 ENSGT00390000011053 #12 ENSGT00940000155717 #13 ENSGT00940000157596 #14 ENSGT00940000161500 #15 ENSGT00950000183058.A.b #16 ENSGT00940000156507 #17 ENSGT00940000164942 #18 ENSGT00390000017724.a.b #19 ENSGT00390000002188 #20 ENSGT00730000111007.a.a #21 ENSGT00940000158997 #22 ENSGT00950000183204.a #23 ENSGT00940000158694 #26 ENSGT00950000182906.b.b #27 ENSGT00390000016696 #28 ENSGT00390000007467 #29 ENSGT00390000004601 #30 ENSGT00390000007133 #31 ENSGT00940000157784 #32 ENSGT00940000156556 #33 ENSGT00940000159755 #34 ENSGT00520000055635.c.a #36 ENSGT00940000161118 #37 ENSGT00390000003024 ENSGT00390000002329 ENSGT00390000002563.b.a.b Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00940000154578.A.d ENSGT00940000158837 #7 ENSGT01050000244950.a.a.a #8 ENSGT00940000154143.f #9 ENSGT00640000091497.a #11 ENSGT00390000011053 #12 ENSGT00940000155717 #13 ENSGT00940000157596 #14 ENSGT00940000161500 #15 ENSGT00950000183058.A.b #16 ENSGT00940000156507 #17 ENSGT00940000164942 #18 ENSGT00390000017724.a.b #19 ENSGT00390000002188 #20 ENSGT00730000111007.a.a #21 ENSGT00940000158997 #22 ENSGT00950000183204.a #23 ENSGT00940000158694 #26 ENSGT00950000182906.b.b #27 ENSGT00390000016696.`b #28 ENSGT00390000007467 #29 ENSGT00390000004601 #30 ENSGT00390000007133 #31 ENSGT00940000157784 #32 ENSGT00940000156556 #33 ENSGT00940000159755 #34 ENSGT00520000055635.c.a #36 ENSGT00940000161118 #37 ENSGT00390000003024 ENSGT00390000002329 ENSGT00390000002563.b.a.b Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 5 ENSUPAG00010020572 #7 ENSUPAG00010020569 #7 ENSUPAG00010020563 #8 WDR5B (ENSUPAG00010020556) #9 FAM162A (ENSUPAG00010020548) #11 MIX23 (ENSUPAG00010020528) #12 CSTA (ENSUPAG00010020512) #13 CASR (ENSUPAG00010020494) #14 ENSUPAG00010020488 #15 ILDR1 (ENSUPAG00010020459) #16 SLC15A2 (ENSUPAG00010020373) #17 ENSUPAG00010020361 #18 EAF2 (ENSUPAG00010020354) #19 IQCB1 (ENSUPAG00010020333) #20 GOLGB1 (ENSUPAG00010020323) #21 HCLS1 (ENSUPAG00010020307) #22 FBXO40 (ENSUPAG00010020299) #23 POLQ (ENSUPAG00010020281) #26 STXBP5L (ENSUPAG00010020087) #27 ENSUPAG00010020082 #28 RABL3 (ENSUPAG00010020073) #29 HGD (ENSUPAG00010020051) #30 NDUFB4 (ENSUPAG00010020045) #31 FSTL1 (ENSUPAG00010020040) #32 LRRC58 (ENSUPAG00010020027) #33 GPR156 (ENSUPAG00010020021) #34 GSK3B (ENSUPAG00010020003) #36 NR1I2 (ENSUPAG00010019993) #37 CFAP91 (ENSUPAG00010019983) POPDC2 (ENSUPAG00010019975) PLA1A (ENSUPAG00010019964) Squirrel MODERN SPECIES 136 PARP14 (ENSSTOG00000019423) DTX3L (ENSSTOG00000013445) PARP9 (ENSSTOG00000013438) #7 KPNA1 (ENSSTOG00000026751) #8 WDR5B (ENSSTOG00000027025) #9 FAM162A (ENSSTOG00000004432) #11 MIX23 (ENSSTOG00000004419) #12 CSTA (ENSSTOG00000028515) #13 CASR (ENSSTOG00000004400) #14 ENSSTOG00000002652 #15 ILDR1 (ENSSTOG00000010082) #16 SLC15A2 (ENSSTOG00000010060) #17 EAF2 (ENSSTOG00000019911) #19 IQCB1 (ENSSTOG00000010040) #20 GOLGB1 (ENSSTOG00000010027) #21 HCLS1 (ENSSTOG00000010016) #22 FBXO40 (ENSSTOG00000021524) #23 POLQ (ENSSTOG00000009954) #26 STXBP5L (ENSSTOG00000009925) #27 GTF2E1 (ENSSTOG00000015735) #28 RABL3 (ENSSTOG00000019452) #29 HGD (ENSSTOG00000015729) #30 ENSSTOG00000020092 #31 FSTL1 (ENSSTOG00000001471) #32 LRRC58 (ENSSTOG00000022670) #33 GPR156 (ENSSTOG00000026101) #34 GSK3B (ENSSTOG00000014997) #36 NR1I2 (ENSSTOG00000014988) #37 CFAP91 (ENSSTOG00000014975) COX17 (ENSSTOG00000032615) POPDC2 (ENSSTOG00000023809) Alpin marmot MODERN SPECIES 19 DTX3L (ENSMMMG00000013433) PARP9 (ENSMMMG00000013448) #7 KPNA1 (ENSMMMG00000013462) #8 WDR5B (ENSMMMG00000013487) #9 ENSMMMG00000013490 #11 MIX23 (ENSMMMG00000013503) #12 CSTA (ENSMMMG00000013578) #13 CASR (ENSMMMG00000013617) #14 CD86 (ENSMMMG00000013662) #15 ILDR1 (ENSMMMG00000013668) #16 SLC15A2 (ENSMMMG00000013727) #17 ENSMMMG00000013888 #18 ENSMMMG00000013892 IQCB1 (ENSMMMG00000013895) #20 GOLGB1 (ENSMMMG00000013920) #21 HCLS1 (ENSMMMG00000013942) #22 FBXO40 (ENSMMMG00000013972) #23 POLQ (ENSMMMG00000013983) #26 STXBP5L (ENSMMMG00000014091) #27 GTF2E1 (ENSMMMG00000014676) #28 RABL3 (ENSMMMG00000014685) #29 HGD (ENSMMMG00000014696) #30 NDUFB4 (ENSMMMG00000014710) #31 FSTL1 (ENSMMMG00000014715) #32 ENSMMMG00000014738 #33 WWTR1 (ENSMMMG00000014742) ENSMMMG00000014753 COMMD2 (ENSMMMG00000014762) ANKUB1 (ENSMMMG00000014769) ENSMMMG00000014779 ENSMMMG00000014788 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000154311.a.b ENSGT00940000154578.A.d ENSGT00940000158837 #7 ENSGT01050000244950.a.a.a #8 ENSGT00940000154143.f #9 ENSGT00640000091497.a #11 ENSGT00390000011053 #12 ENSGT00940000155717 #13 ENSGT00940000157596 #14 ENSGT00940000161500 #15 ENSGT00950000183058.A.b #16 ENSGT00940000156507 #17 ENSGT00390000017724.a.b #19 ENSGT00390000002188 #20 ENSGT00730000111007.a.a #21 ENSGT00940000158997 #22 ENSGT00950000183204.a #23 ENSGT00940000158694 #26 ENSGT00950000182906.b.b #27 ENSGT00390000016696 #28 ENSGT00390000007467 #29 ENSGT00390000004601 #30 ENSGT00390000007133 #31 ENSGT00940000157784 #32 ENSGT00940000163036 ENSGT00940000156556 #33 ENSGT00940000159755 #34 ENSGT00520000055635.c.a #36 ENSGT00940000161118 #37 ENSGT00390000003024 ENSGT00390000002329 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00940000154311.a.b ENSGT00940000154578.A.d ENSGT00940000158837 #7 ENSGT01050000244950.a.a.a #8 ENSGT00940000154143.f #9 ENSGT00640000091497.a #11 ENSGT00390000011053.l.b #12 ENSGT00940000155717 #13 ENSGT00940000157596 #14 ENSGT00940000161500 #15 ENSGT00950000183058.A.b #16 ENSGT00940000156507 #17 ENSGT00390000017724.a.b #19 ENSGT00390000002188 #20 ENSGT00730000111007.a.a #21 ENSGT00940000158997 #22 ENSGT00950000183204.a #23 ENSGT00940000158694 #26 ENSGT00950000182906.b.b #27 ENSGT00390000016696 #28 ENSGT00390000007467 #29 ENSGT00390000004601 #30 ENSGT00390000007133 #31 ENSGT00940000157784 #32 ENSGT00940000163036 ENSGT00940000156556 #33 ENSGT00940000159755 #34 ENSGT00520000055635.c.a #36 ENSGT00940000161118 #37 ENSGT00390000003024 ENSGT00390000002329 Guinea pig MODERN SPECIES 35 ENSCPOG00000026689 ENSCPOG00000033142 #13 CASR (ENSCPOG00000013000) #14 CD86 (ENSCPOG00000020973) #15 ILDR1 (ENSCPOG00000013173) #16 SLC15A2 (ENSCPOG00000006934) #17 EAF2 (ENSCPOG00000006427) #19 IQCB1 (ENSCPOG00000006419) #20 GOLGB1 (ENSCPOG00000006405) #21 HCLS1 (ENSCPOG00000006399) #22 FBXO40 (ENSCPOG00000013228) #23 ENSCPOG00000026454 STXBP5L (ENSCPOG00000008283) #27 GTF2E1 (ENSCPOG00000009651) #28 ENSCPOG00000022678 RABL3 (ENSCPOG00000009645) #29 HGD (ENSCPOG00000022275) #30 NDUFB4 (ENSCPOG00000035194) #31 FSTL1 (ENSCPOG00000033880) #32 ENSCPOG00000040381 LRRC58 (ENSCPOG00000007047) #33 GPR156 (ENSCPOG00000020772) #34 GSK3B (ENSCPOG00000014311) #36 NR1I2 (ENSCPOG00000020161) #37 CFAP91 (ENSCPOG00000015496) Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000154311.a.b ENSGT00940000154578.A.d ENSGT00940000158837 #7 ENSGT01050000244950.a.a.a #8 ENSGT00940000154143.f #9 ENSGT00640000091497.a #11 ENSGT00390000011053.l.b #12 ENSGT00940000155717 #13 ENSGT00940000157596 #14 ENSGT00940000161500 #15 ENSGT00950000183058.A.b #16 ENSGT00940000156507 #17 ENSGT00390000017724.a.b #19 ENSGT00390000002188 #20 ENSGT00730000111007.a.a #21 ENSGT00940000158997 #22 ENSGT00950000183204.a #23 ENSGT00940000158694 #26 ENSGT00950000182906.b.b #27 ENSGT00390000016696 #28 ENSGT00390000007467 #29 ENSGT00390000004601 #30 ENSGT00390000007133 #31 ENSGT00940000157784 #32 ENSGT00940000163036 ENSGT00940000156556 #33 ENSGT00940000159755 #34 ENSGT00520000055635.c.a #36 ENSGT00940000161118 #37 ENSGT00390000003024 ENSGT00390000002329 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 134 KPNA1 (ENSCLAG00000010516) #8 WDR5B (ENSCLAG00000017883) #9 FAM162A (ENSCLAG00000013224) #11 MIX23 (ENSCLAG00000011614) #12 CSTA (ENSCLAG00000012262) #13 ENSCLAG00000010972 CASR (ENSCLAG00000014611) #14 CD86 (ENSCLAG00000011396) #15 ILDR1 (ENSCLAG00000010123) #16 SLC15A2 (ENSCLAG00000014172) #17 ENSCLAG00000016737 ENSCLAG00000014988 EAF2 (ENSCLAG00000014487) #19 IQCB1 (ENSCLAG00000014748) #20 GOLGB1 (ENSCLAG00000011762) #21 HCLS1 (ENSCLAG00000013865) #22 FBXO40 (ENSCLAG00000012408) #23 POLQ (ENSCLAG00000008388) #26 STXBP5L (ENSCLAG00000008959) #27 GTF2E1 (ENSCLAG00000013201) #28 RABL3 (ENSCLAG00000010855) #29 HGD (ENSCLAG00000009244) #30 NDUFB4 (ENSCLAG00000015299) #31 FSTL1 (ENSCLAG00000009617) #32 ENSCLAG00000013373 LRRC58 (ENSCLAG00000013874) #33 GPR156 (ENSCLAG00000011487) #34 GSK3B (ENSCLAG00000010847) #36 NR1I2 (ENSCLAG00000012141) #37 CFAP91 (ENSCLAG00000012737) COX17 (ENSCLAG00000009645) Degu MODERN SPECIES 188 DTX3L (ENSODEG00000008507) PARP9 (ENSODEG00000010249) #7 KPNA1 (ENSODEG00000008059) #8 ENSODEG00000019490 WDR5B (ENSODEG00000019471) #9 FAM162A (ENSODEG00000008867) #11 ENSODEG00000008197 #12 CSTA (ENSODEG00000007909) #13 CASR (ENSODEG00000009812) #14 ENSODEG00000019503 ILDR1 (ENSODEG00000007516) #16 SLC15A2 (ENSODEG00000010727) #17 EAF2 (ENSODEG00000007603) #19 IQCB1 (ENSODEG00000007907) #20 GOLGB1 (ENSODEG00000007972) #21 HCLS1 (ENSODEG00000009049) #22 ENSODEG00000008646 FBXO40 (ENSODEG00000008932) #23 POLQ (ENSODEG00000007851) #26 STXBP5L (ENSODEG00000007458) #27 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 11 ENSHGLG00000001892 DTX3L (ENSHGLG00000001868) ENSHGLG00000001733 #8 WDR5B (ENSHGLG00000047370) #9 FAM162A (ENSHGLG00000048091) #11 CCDC58 (ENSHGLG00000040686) #12 ENSHGLG00000045666 CSTA (ENSHGLG00000050326) #13 CASR (ENSHGLG00000001536) #14 CD86 (ENSHGLG00000001437) #15 ILDR1 (ENSHGLG00000001288) #16 SLC15A2 (ENSHGLG00000001129) #17 EAF2 (ENSHGLG00000019361) #19 IQCB1 (ENSHGLG00000019300) #20 GOLGB1 (ENSHGLG00000014378) #21 HCLS1 (ENSHGLG00000019092) #22 FBXO40 (ENSHGLG00000010736) #23 ENSHGLG00000012935 #26 ENSHGLG00000043147 STXBP5L (ENSHGLG00000016821) #27 ENSHGLG00000011218 ENSHGLG00000048017 ENSHGLG00000049436 GTF2E1 (ENSHGLG00000014027) #28 RABL3 (ENSHGLG00000014491) #29 HGD (ENSHGLG00000011483) #30 ENSHGLG00000021124 ENSHGLG00000039134 ENSHGLG00000046072 #31 FSTL1 (ENSHGLG00000042537) #32 ENSHGLG00000016072