Vertebrata	DUPLICATION
Vertebrata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A #25
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	1515																ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00390000015701 #26
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	97												ENSGT00940000158353	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00940000153936.b	ENSGT00940000175321	ENSGT00940000159817	ENSGT00940000157424	ENSGT00510000047611	ENSGT00940000168882	ENSGT00390000012961	ENSGT00940000161147	ENSGT00940000156576	ENSGT00950000183144.A	ENSGT00390000000938	ENSGT00940000161220	ENSGT00940000156432.b
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000174692	ENSGT00940000159817	ENSGT00940000175321	ENSGT00940000153936.b	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT01100000263522.A	ENSGT01100000263522.B.a	ENSGT01100000263522.B.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00930000151482	ENSGT00390000012905	ENSGT00550000074980	ENSGT00940000159028	ENSGT00940000166463	ENSGT00390000010734	ENSGT00940000155053	ENSGT00390000007133	ENSGT00390000004601	ENSGT00940000160633	ENSGT00550000074891	ENSGT00940000156040	ENSGT01030000234646.B.a.b	ENSGT00940000163831
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT01100000263522.A	ENSGT01100000263522.B.a	ENSGT01100000263522.B.b	ENSGT00940000167612	ENSGT01030000234640.a.a	ENSGT00950000183023.A #12	ENSGT00950000183023.B #16	ENSGT00940000158353	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000173470	ENSGT00940000160131	ENSGT00930000151482	ENSGT00390000012905	ENSGT00550000074980	ENSGT00940000159028	ENSGT00940000166463	ENSGT00390000010734	ENSGT00390000004986	ENSGT00940000155053	ENSGT00390000007133	ENSGT00390000004601	ENSGT00940000160633	ENSGT00550000074891
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	219	ENSGT01100000263522.B.a	ENSGT01100000263522.B.b	ENSGT00940000167612	ENSGT01030000234640.b	ENSGT00950000183048.b.a.c	ENSGT00950000183023.A #12	ENSGT00950000183023.B #16	ENSGT00940000158353	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00960000187097	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00940000160131
Clupeocephala	DUPLICATION
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	513													ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00390000015701 #26
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	308	ENSGT00940000160599	ENSGT00940000156028.t	ENSGT00390000007237.s	ENSGT00940000163093.a.a	ENSGT00940000161428	ENSGT00940000160457.a	ENSGT00940000168097	ENSGT00940000167612.a	ENSGT01030000234640.b	ENSGT00950000183048.b.a.c	ENSGT00950000183023.A.h #12	ENSGT00990000204702 #17	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00390000015701 #26
Otophysi	DUPLICATION
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000156028.t	ENSGT00390000007237.s	ENSGT00940000161428	ENSGT00940000160457.a	ENSGT00940000168097	ENSGT01030000234640.b	ENSGT00950000183048.b.a.c	ENSGT00950000183023.A.h #12	ENSGT00950000183023.B.m.a #13	ENSGT00950000183023.B.m.b #16	ENSGT00990000204702 #17	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.b #21	ENSGT00950000182944.A.a.a #25	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000155677.b #28	ENSGT00940000159782.b #29	ENSGT00390000015655.a.m.b #30	ENSGT00940000156648.f #31	ENSGT00940000156536.e.a.j #32	ENSGT00390000009497.a #33	ENSGT00940000155350.h #34	ENSGT00940000156251.b #35	ENSGT00390000006320 #36	ENSGT00390000007918 #37	ENSGT00970000193642	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000163088.b	ENSGT00940000168885.c
Cyprinoidei	DUPLICATION
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT00940000156028.t	ENSGT00390000007237.s	ENSGT00940000163093.a.a.a.a	ENSGT00940000163093.a.a.a.b.a	ENSGT00940000163093.a.a.a.b.b	ENSGT00940000161428	ENSGT00940000160457.a	ENSGT00510000046499.y	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.b #11	ENSGT00950000183023.B.m.b #16	ENSGT00990000204702 #17	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.b #21	ENSGT00950000182944.A.a.a.a #25	ENSGT00950000182944.A.a.a.b #24	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000155677.b #28	ENSGT00940000159782.b #29	ENSGT00390000015655.a.m.b #30	ENSGT00940000156648.f #31	ENSGT00940000156536.e.a.j #32	ENSGT00390000009497.a #33	ENSGT00940000155350.h #34	ENSGT00940000156251.b #35	ENSGT00390000006320 #36	ENSGT00390000007918 #37	ENSGT00390000018651.a	ENSGT00940000156466	ENSGT00990000204705
Zebrafish	DUPLICATION
Zebrafish	MODERN SPECIES	13	or62b1 (ENSDARG00000092577) #7	or62b4 (ENSDARG00000105729) #8	or62b3 (ENSDARG00000095417) #9	or62b5 (ENSDARG00000105706) #10	or62a1 (ENSDARG00000094714) #11	or62a3 (ENSDARG00000093856) #12	or61a1 (ENSDARG00000092558) #13	or61c2 (ENSDARG00000092707) #14	or61c1 (ENSDARG00000094326) #15	ENSDARG00000096264 #16	defbl1 (ENSDARG00000075161) #17	pold3 (ENSDARG00000076169) #18	chrdl2 (ENSDARG00000078916) #19	ENSDARG00000089578 #20	neu3.1 (ENSDARG00000096382) #21	neu3.2 (ENSDARG00000010047) #22	neu3.3 (ENSDARG00000058327) #23	neu3.4 (ENSDARG00000096381) #24	neu3.5 (ENSDARG00000096368) #25	wdr73 (ENSDARG00000023152) #26	defbl2 (ENSDARG00000096380) #27	gria4b (ENSDARG00000059368) #28	elmod1 (ENSDARG00000062056) #29	slc35f2 (ENSDARG00000069745) #30	CUL5 (ENSDARG00000004260) #31	CAPN5 (ENSDARG00000069748) #32	ompb (ENSDARG00000032380) #33	MYO7A (ENSDARG00000044632) #34	ENSDARG00000079293 #35	nadk2 (ENSDARG00000007181) #36	skp2 (ENSDARG00000004937) #37
Zebrafish	MODERN SPECIES	13	or62b5 (ENSDARG00000105706) #10	or62a1 (ENSDARG00000094714) #11	or62a3 (ENSDARG00000093856) #12	or61a1 (ENSDARG00000092558) #13	or61c2 (ENSDARG00000092707) #14	or61c1 (ENSDARG00000094326) #15	ENSDARG00000096264 #16	defbl1 (ENSDARG00000075161) #17	pold3 (ENSDARG00000076169) #18	chrdl2 (ENSDARG00000078916) #19	ENSDARG00000089578 #20	neu3.1 (ENSDARG00000096382) #21	neu3.2 (ENSDARG00000010047) #22	neu3.3 (ENSDARG00000058327) #23	neu3.4 (ENSDARG00000096381) #24	neu3.5 (ENSDARG00000096368) #25	wdr73 (ENSDARG00000023152) #26	defbl2 (ENSDARG00000096380) #27	gria4b (ENSDARG00000059368) #28	elmod1 (ENSDARG00000062056) #29	slc35f2 (ENSDARG00000069745) #30	CUL5 (ENSDARG00000004260) #31	CAPN5 (ENSDARG00000069748) #32	ompb (ENSDARG00000032380) #33	MYO7A (ENSDARG00000044632) #34	ENSDARG00000079293 #35	nadk2 (ENSDARG00000007181) #36	skp2 (ENSDARG00000004937) #37	ENSDARG00000093126	lmbrd2b (ENSDARG00000017312)	capslb (ENSDARG00000003414)
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	144	ENSGT00390000007237.s.a	ENSGT00940000163093.a.a.a.a	ENSGT00940000163093.a.a.a.b.a	ENSGT00940000163093.a.a.a.b.b	ENSGT00940000161428.e	ENSGT00940000160457.a.b	ENSGT00950000183048.b.a.d.i	ENSGT00950000183023.A.h.c.a.a ##16	ENSGT00950000183023.A.h.c.b.a.a.a #8	ENSGT00950000183023.A.h.c.b.b #9	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.a.b #12	ENSGT00950000183023.B.m.b.b #16	ENSGT00990000204702.b #17	ENSGT00940000163239.e #18	ENSGT00940000166571.a #19	ENSGT00950000182944.A.a.a.a.a.a #25	ENSGT00950000182944.A.a.a.b.d #24
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	89	ENSGT00940000163093.a.a.a.b.a	ENSGT00940000163093.a.a.a.b.b	ENSGT00940000161428.e	ENSGT00940000160457.a.b	ENSGT00950000183048.b.a.d.i	ENSGT00950000183023.A.h.c.a.a ##16	ENSGT00950000183023.A.h.c.b.a.a.a #8	ENSGT00950000183023.A.h.c.b.a.b #10	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.a.b #12	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.b.a.a.a.b #11	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.b.b #11	ENSGT00950000183023.B.m.b.b #16	ENSGT00990000204702.b #17	ENSGT00940000163239.e #18	ENSGT00940000166571.a #19	ENSGT00950000182944.A.a.a.a.a.a #25	ENSGT00950000182944.A.a.a.b.d #24	ENSGT00950000182944.A.a.a.a.b #25	ENSGT00390000015701.g #26	ENSGT00940000155677.b.l #28	ENSGT00940000159782.b.j #29	ENSGT00390000015655.a.m.b.f #30	ENSGT00940000156648.f.a #31	ENSGT00940000156536.e.a.j.b #32	ENSGT00390000009497.a.e #33	ENSGT00940000155350.h.f #34	ENSGT00940000156251.b #35	ENSGT00390000006320.t #36	ENSGT00390000007918.b #37	ENSGT00390000018651.a.g	ENSGT00990000204705.a
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	2002												defbl1 (ENSSGRG00000019000) #17	pold3 (ENSSGRG00000019002) #18	chrdl2 (ENSSGRG00000019008) #19	ENSSGRG00000019009 #20	NEU3 (ENSSGRG00000019012) #25
Common carp reference	MODERN SPECIES	38	ENSCCRG00000008906	ENSCCRG00000080655	ENSCCRG00000065299	or62b4 (ENSCCRG00000055223) #8	or62b5 (ENSCCRG00000080334) #10	or62a3 (ENSCCRG00000060080) #12	or62a1 (ENSCCRG00000011710) #11	or62a1 (ENSCCRG00000024126) #11	or62a1 (ENSCCRG00000028160) #11	ENSCCRG00000024121 #16	defbl1 (ENSCCRG00000031763) #17	defbl1 (ENSCCRG00000016744) #17	pold3 (ENSCCRG00000041029) #18	ENSCCRG00000067418	chrdl2 (ENSCCRG00000076415) #19	ENSCCRG00000003660 #25	neu3.4 (ENSCCRG00000067519) #24	ENSCCRG00000080549 #25	wdr73 (ENSCCRG00000003680) #26	gria4b (ENSCCRG00000067130) #28	elmod1 (ENSCCRG00000023504) #29	slc35f2 (ENSCCRG00000007018) #30	ENSCCRG00000046721 #31	CAPN5 (ENSCCRG00000017389) #32	MYO7A (ENSCCRG00000050029) #34	GDPD4 (ENSCCRG00000050622) #35	nadk2 (ENSCCRG00000011371) #36	skp2 (ENSCCRG00000069379) #37	lmbrd2b (ENSCCRG00000050645)	il7r (ENSCCRG00000063390)	myo5b (ENSCCRG00000050749)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	207	ENSGT01080000257533.a	ENSGT00610000087474.c	ENSGT00940000166868.a.a	ENSGT00940000164695.b.b	ENSGT00940000160599.q	ENSGT00940000156028.t.b	ENSGT00390000007237.s.b	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.a.a.a #12	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.a.a.b #12	ENSGT00950000183023.B.m.b.a #16	ENSGT00990000204702.a #17	ENSGT00940000163239.f #18	ENSGT00940000166571.b #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.b.a #21	ENSGT00950000182944.A.a.a.a.a.b #25	ENSGT00950000182944.A.a.a.b.c.b #24	ENSGT00390000015701.h #26	ENSGT00650000094922.p #27	ENSGT00940000155677.b.k #28	ENSGT00940000159782.b.i #29	ENSGT00390000015655.a.m.b.e #30	ENSGT00940000156648.f.b #31	ENSGT00940000156536.e.a.j.a #32	ENSGT00390000009497.a.f #33	ENSGT00940000155350.h.e #34	ENSGT00390000006320.s #36	ENSGT00390000007918.a #37	ENSGT00390000018651.a.h	ENSGT00940000156466.eb	ENSGT00990000204705.b
Goldfish	MODERN SPECIES	13	rnf180b (ENSCARG00000004098)	b9d2 (ENSCARG00000004078)	ENSCARG00000004050	cbr1l (ENSCARG00000004022)	ENSCARG00000004010	ENSCARG00000004001	ENSCARG00000003996	or62a2 (ENSCARG00000003975) ##16	or62a2 (ENSCARG00000003968) ##16	or62a3 (ENSCARG00000003948) #12	or62a3 (ENSCARG00000003931) #12	defbl1 (ENSCARG00000003914) #17	pold3 (ENSCARG00000003881) #18	chrdl2 (ENSCARG00000003838) #19	neu3.1 (ENSCARG00000003806) #21	NEU3 (ENSCARG00000070462) #25	defbl2 (ENSCARG00000070461) #27	gria4b (ENSCARG00000070450) #28	elmod1 (ENSCARG00000070445) #29	slc35f2 (ENSCARG00000070444) #30	CUL5 (ENSCARG00000070443) #31	ompb (ENSCARG00000070442) #33	CAPN5 (ENSCARG00000070441) #32	MYO7A (ENSCARG00000070438) #34	nadk2 (ENSCARG00000070436) #36	skp2 (ENSCARG00000070435) #37	lmbrd2b (ENSCARG00000070420)	capslb (ENSCARG00000070418)	il7r (ENSCARG00000070416)	myo5b (ENSCARG00000070339)	chek1 (ENSCARG00000070315)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000156028.t.b	ENSGT00390000007237.s.b	ENSGT00940000163093.a.a.b	ENSGT00940000161428.f	ENSGT00940000160457.a.a	ENSGT00940000168097	ENSGT00950000183048.b.a.d.j	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.a.a.a #12	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.a.a.b #12	ENSGT00950000183023.B.m.b.a #16	ENSGT00990000204702.a #17	ENSGT00940000163239.f #18	ENSGT00940000166571.b #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.b.a #21	ENSGT00950000182944.A.a.a.a.a.b #25	ENSGT00950000182944.A.a.a.b.c.b #24	ENSGT00390000015701.h #26	ENSGT00650000094922.p #27	ENSGT00940000155677.b.k #28	ENSGT00940000159782.b.i #29	ENSGT00390000015655.a.m.b.e #30	ENSGT00940000156648.f.b #31	ENSGT00940000156536.e.a.j.a #32	ENSGT00390000009497.a.f #33	ENSGT00940000155350.h.e #34	ENSGT00390000006320.s #36	ENSGT00390000007918.a #37	ENSGT00390000018651.a.h	ENSGT00940000156466.eb	ENSGT00990000204705.b
Common carp reference	MODERN SPECIES	45	b9d2 (ENSCCRG00000063478)	ENSCCRG00000008975	cbr1l (ENSCCRG00000056610)	ENSCCRG00000034010	or62a3 (ENSCCRG00000053349) #12	or62a3 (ENSCCRG00000009341) #12	or62a3 (ENSCCRG00000063021) #12	ENSCCRG00000062614	or62a3 (ENSCCRG00000069479) #12	ENSCCRG00000037328 #16	defbl1 (ENSCCRG00000037329) #17	pold3 (ENSCCRG00000037335) #18	chrdl2 (ENSCCRG00000063343) #19	ENSCCRG00000037448 #20	neu3.1 (ENSCCRG00000054230) #21	ENSCCRG00000037233 #25	defbl2 (ENSCCRG00000062722) #27	gria4b (ENSCCRG00000064152) #28	elmod1 (ENSCCRG00000060203) #29	slc35f2 (ENSCCRG00000025636) #30	ENSCCRG00000071860 #31	ENSCCRG00000049995 #32	ompb (ENSCCRG00000077840) #33	ENSCCRG00000017754 #34	nadk2 (ENSCCRG00000050625) #36	skp2 (ENSCCRG00000059949) #37	lmbrd2b (ENSCCRG00000011451)	capslb (ENSCCRG00000061757)	il7r (ENSCCRG00000056341)	ENSCCRG00000055703	myo5b (ENSCCRG00000012479)
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	343													or62a2 (ENSSGRG00000044819) ##16	pold3 (ENSSGRG00000044820) #18	chrdl2 (ENSSGRG00000044822) #19	NEU3 (ENSSGRG00000044824) #25	ENSSGRG00000044825 #24	wdr73 (ENSSGRG00000044827) #26	defbl2 (ENSSGRG00000044829) #27	gria4b (ENSSGRG00000044952) #28	elmod1 (ENSSGRG00000048337) #29	slc35f2 (ENSSGRG00000048338) #30	CUL5 (ENSSGRG00000048342) #31	CAPN5 (ENSSGRG00000048363) #32	ompb (ENSSGRG00000048373) #33	MYO7A (ENSSGRG00000048382) #34	nadk2 (ENSSGRG00000048405) #36	skp2 (ENSSGRG00000048412) #37	lmbrd2b (ENSSGRG00000048422)	capslb (ENSSGRG00000048599)	il7r (ENSSGRG00000048600)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	201																ENSGT00950000182944.A.a.a.a.b #25	ENSGT00390000015701.g #26	ENSGT00940000155677.b.l #28	ENSGT00940000159782.b.j #29	ENSGT00390000015655.a.m.b.f #30	ENSGT00940000156648.f.a #31	ENSGT00940000156536.e.a.j.b #32	ENSGT00390000009497.a.e #33	ENSGT00940000155350.h.f #34	ENSGT00940000156251.b #35	ENSGT00390000006320.t #36	ENSGT00390000007918.b #37	ENSGT00390000018651.a.g	ENSGT00990000204705.a	ENSGT00940000155402.a.b.e.b	ENSGT00970000193642
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	89	ENSGT00940000161428.e	ENSGT00940000160457.a.b	ENSGT00950000183048.b.a.d.i	ENSGT00950000183023.A.h.c.a.a ##16	ENSGT00950000183023.A.h.c.b.a.a.a #8	ENSGT00950000183023.A.h.c.b.a.b #10	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.a.b #12	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.b.a.a.a.b #11	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.b.b #11	ENSGT00950000183023.B.m.b.b #16	ENSGT00990000204702.b #17	ENSGT00940000163239.e #18	ENSGT00940000166571.a #19	ENSGT00950000182944.A.a.a.a.a.a #25	ENSGT00950000182944.A.a.a.b.d #24	ENSGT00950000182944.A.a.a.a.b #25	ENSGT00390000015701.g #26	ENSGT00940000155677.b.l #28	ENSGT00940000159782.b.j #29	ENSGT00390000015655.a.m.b.f #30	ENSGT00940000156648.f.a #31	ENSGT00940000156536.e.a.j.b #32	ENSGT00390000009497.a.e #33	ENSGT00940000155350.h.f #34	ENSGT00940000156251.b #35	ENSGT00390000006320.t #36	ENSGT00390000007918.b #37	ENSGT00390000018651.a.g	ENSGT00990000204705.a	ENSGT00940000155402.a.b.e.b
Common carp reference	MODERN SPECIES	38	ENSCCRG00000065299	or62b4 (ENSCCRG00000055223) #8	or62b5 (ENSCCRG00000080334) #10	or62a3 (ENSCCRG00000060080) #12	or62a1 (ENSCCRG00000011710) #11	or62a1 (ENSCCRG00000024126) #11	or62a1 (ENSCCRG00000028160) #11	ENSCCRG00000024121 #16	defbl1 (ENSCCRG00000031763) #17	defbl1 (ENSCCRG00000016744) #17	pold3 (ENSCCRG00000041029) #18	ENSCCRG00000067418	chrdl2 (ENSCCRG00000076415) #19	ENSCCRG00000003660 #25	neu3.4 (ENSCCRG00000067519) #24	ENSCCRG00000080549 #25	wdr73 (ENSCCRG00000003680) #26	gria4b (ENSCCRG00000067130) #28	elmod1 (ENSCCRG00000023504) #29	slc35f2 (ENSCCRG00000007018) #30	ENSCCRG00000046721 #31	CAPN5 (ENSCCRG00000017389) #32	MYO7A (ENSCCRG00000050029) #34	GDPD4 (ENSCCRG00000050622) #35	nadk2 (ENSCCRG00000011371) #36	skp2 (ENSCCRG00000069379) #37	lmbrd2b (ENSCCRG00000050645)	il7r (ENSCCRG00000063390)	myo5b (ENSCCRG00000050749)	ENSCCRG00000070030	nectin1a (ENSCCRG00000022764)
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	2489																NEU3 (ENSSGRG00000013128) #25	wdr73 (ENSSGRG00000013129) #26
Goldfish	MODERN SPECIES	40	ENSCARG00000037383 #8	or62b3 (ENSCARG00000037401) #9	or62a1 (ENSCARG00000037435) #11	or62a1 (ENSCARG00000037468) #11	or62a1 (ENSCARG00000037484) #11	or62a1 (ENSCARG00000037505) #11	or62a1 (ENSCARG00000037515) #11	ENSCARG00000037556 #16	ENSCARG00000037594 #16	defbl1 (ENSCARG00000037610) #17	pold3 (ENSCARG00000037652) #18	chrdl2 (ENSCARG00000037905) #19	ENSCARG00000037976 #20	neu3.1 (ENSCARG00000038003) #21	NEU3 (ENSCARG00000038008) #24	NEU3 (ENSCARG00000038028) #25	NEU3 (ENSCARG00000038041) #24	wdr73 (ENSCARG00000038059) #26	gria4b (ENSCARG00000038091) #28	elmod1 (ENSCARG00000038454) #29	slc35f2 (ENSCARG00000038502) #30	CUL5 (ENSCARG00000038536) #31	CAPN5 (ENSCARG00000024584) #32	ompb (ENSCARG00000025699) #33	MYO7A (ENSCARG00000025821) #34	ENSCARG00000029274 #35	nadk2 (ENSCARG00000029310) #36	skp2 (ENSCARG00000029482) #37	lmbrd2b (ENSCARG00000029545)	il7r (ENSCARG00000029729)	myo5b (ENSCARG00000029808)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT00390000007237.s	ENSGT00940000163093.a.a.a.a	ENSGT00940000163093.a.a.a.b.a	ENSGT00940000163093.a.a.a.b.b	ENSGT00940000161428	ENSGT00940000160457.a	ENSGT00510000046499.y	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.b #11	ENSGT00950000183023.B.m.b #16	ENSGT00990000204702 #17	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.b #21	ENSGT00950000182944.A.a.a.a #25	ENSGT00950000182944.A.a.a.b #24	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000155677.b #28	ENSGT00940000159782.b #29	ENSGT00390000015655.a.m.b #30	ENSGT00940000156648.f #31	ENSGT00940000156536.e.a.j #32	ENSGT00390000009497.a #33	ENSGT00940000155350.h #34	ENSGT00940000156251.b #35	ENSGT00390000006320 #36	ENSGT00390000007918 #37	ENSGT00390000018651.a	ENSGT00940000156466	ENSGT00990000204705	ENSGT00940000155402.a.b.e
Zebrafish	DUPLICATION
Zebrafish	MODERN SPECIES	13	or62b4 (ENSDARG00000105729) #8	or62b3 (ENSDARG00000095417) #9	or62b5 (ENSDARG00000105706) #10	or62a1 (ENSDARG00000094714) #11	or62a3 (ENSDARG00000093856) #12	or61a1 (ENSDARG00000092558) #13	or61c2 (ENSDARG00000092707) #14	or61c1 (ENSDARG00000094326) #15	ENSDARG00000096264 #16	defbl1 (ENSDARG00000075161) #17	pold3 (ENSDARG00000076169) #18	chrdl2 (ENSDARG00000078916) #19	ENSDARG00000089578 #20	neu3.1 (ENSDARG00000096382) #21	neu3.2 (ENSDARG00000010047) #22	neu3.3 (ENSDARG00000058327) #23	neu3.4 (ENSDARG00000096381) #24	neu3.5 (ENSDARG00000096368) #25	wdr73 (ENSDARG00000023152) #26	defbl2 (ENSDARG00000096380) #27	gria4b (ENSDARG00000059368) #28	elmod1 (ENSDARG00000062056) #29	slc35f2 (ENSDARG00000069745) #30	CUL5 (ENSDARG00000004260) #31	CAPN5 (ENSDARG00000069748) #32	ompb (ENSDARG00000032380) #33	MYO7A (ENSDARG00000044632) #34	ENSDARG00000079293 #35	nadk2 (ENSDARG00000007181) #36	skp2 (ENSDARG00000004937) #37	ENSDARG00000093126
Zebrafish	MODERN SPECIES	13	or62b3 (ENSDARG00000095417) #9	or62b5 (ENSDARG00000105706) #10	or62a1 (ENSDARG00000094714) #11	or62a3 (ENSDARG00000093856) #12	or61a1 (ENSDARG00000092558) #13	or61c2 (ENSDARG00000092707) #14	or61c1 (ENSDARG00000094326) #15	ENSDARG00000096264 #16	defbl1 (ENSDARG00000075161) #17	pold3 (ENSDARG00000076169) #18	chrdl2 (ENSDARG00000078916) #19	ENSDARG00000089578 #20	neu3.1 (ENSDARG00000096382) #21	neu3.2 (ENSDARG00000010047) #22	neu3.3 (ENSDARG00000058327) #23	neu3.4 (ENSDARG00000096381) #24	neu3.5 (ENSDARG00000096368) #25	wdr73 (ENSDARG00000023152) #26	defbl2 (ENSDARG00000096380) #27	gria4b (ENSDARG00000059368) #28	elmod1 (ENSDARG00000062056) #29	slc35f2 (ENSDARG00000069745) #30	CUL5 (ENSDARG00000004260) #31	CAPN5 (ENSDARG00000069748) #32	ompb (ENSDARG00000032380) #33	MYO7A (ENSDARG00000044632) #34	ENSDARG00000079293 #35	nadk2 (ENSDARG00000007181) #36	skp2 (ENSDARG00000004937) #37	ENSDARG00000093126	lmbrd2b (ENSDARG00000017312)
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	1892															ENSGT00950000182944.A.a.b.b #21	ENSGT00950000182944.A.a.a.b.c.a #24
Goldfish	MODERN SPECIES	40	ENSCARG00000037363 #8	ENSCARG00000037383 #8	or62b3 (ENSCARG00000037401) #9	or62a1 (ENSCARG00000037435) #11	or62a1 (ENSCARG00000037468) #11	or62a1 (ENSCARG00000037484) #11	or62a1 (ENSCARG00000037505) #11	or62a1 (ENSCARG00000037515) #11	ENSCARG00000037556 #16	ENSCARG00000037594 #16	defbl1 (ENSCARG00000037610) #17	pold3 (ENSCARG00000037652) #18	chrdl2 (ENSCARG00000037905) #19	ENSCARG00000037976 #20	neu3.1 (ENSCARG00000038003) #21	NEU3 (ENSCARG00000038008) #24	NEU3 (ENSCARG00000038028) #25	NEU3 (ENSCARG00000038041) #24	wdr73 (ENSCARG00000038059) #26	gria4b (ENSCARG00000038091) #28	elmod1 (ENSCARG00000038454) #29	slc35f2 (ENSCARG00000038502) #30	CUL5 (ENSCARG00000038536) #31	CAPN5 (ENSCARG00000024584) #32	ompb (ENSCARG00000025699) #33	MYO7A (ENSCARG00000025821) #34	ENSCARG00000029274 #35	nadk2 (ENSCARG00000029310) #36	skp2 (ENSCARG00000029482) #37	lmbrd2b (ENSCARG00000029545)	il7r (ENSCARG00000029729)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.a.a.b.c.a #24
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	4373																ENSSGRG00000001961 #24
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	207	ENSGT00610000087474.c	ENSGT00940000166868.a.a	ENSGT00940000164695.b.b	ENSGT00940000160599.q	ENSGT00940000156028.t.b	ENSGT00390000007237.s.b	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.a.a.a #12	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.a.a.b #12	ENSGT00950000183023.B.m.b.a #16	ENSGT00990000204702.a #17	ENSGT00940000163239.f #18	ENSGT00940000166571.b #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.b.a #21	ENSGT00950000182944.A.a.a.a.a.b #25	ENSGT00950000182944.A.a.a.b.c.b #24	ENSGT00390000015701.h #26	ENSGT00650000094922.p #27	ENSGT00940000155677.b.k #28	ENSGT00940000159782.b.i #29	ENSGT00390000015655.a.m.b.e #30	ENSGT00940000156648.f.b #31	ENSGT00940000156536.e.a.j.a #32	ENSGT00390000009497.a.f #33	ENSGT00940000155350.h.e #34	ENSGT00390000006320.s #36	ENSGT00390000007918.a #37	ENSGT00390000018651.a.h	ENSGT00940000156466.eb	ENSGT00990000204705.b	ENSGT00940000155402.a.b.e.a
Goldfish	MODERN SPECIES	40	or62b3 (ENSCARG00000037401) #9	or62a1 (ENSCARG00000037435) #11	or62a1 (ENSCARG00000037468) #11	or62a1 (ENSCARG00000037484) #11	or62a1 (ENSCARG00000037505) #11	or62a1 (ENSCARG00000037515) #11	ENSCARG00000037556 #16	ENSCARG00000037594 #16	defbl1 (ENSCARG00000037610) #17	pold3 (ENSCARG00000037652) #18	chrdl2 (ENSCARG00000037905) #19	ENSCARG00000037976 #20	neu3.1 (ENSCARG00000038003) #21	NEU3 (ENSCARG00000038008) #24	NEU3 (ENSCARG00000038028) #25	NEU3 (ENSCARG00000038041) #24	wdr73 (ENSCARG00000038059) #26	gria4b (ENSCARG00000038091) #28	elmod1 (ENSCARG00000038454) #29	slc35f2 (ENSCARG00000038502) #30	CUL5 (ENSCARG00000038536) #31	CAPN5 (ENSCARG00000024584) #32	ompb (ENSCARG00000025699) #33	MYO7A (ENSCARG00000025821) #34	ENSCARG00000029274 #35	nadk2 (ENSCARG00000029310) #36	skp2 (ENSCARG00000029482) #37	lmbrd2b (ENSCARG00000029545)	il7r (ENSCARG00000029729)	myo5b (ENSCARG00000029808)	cfap53 (ENSCARG00000032666)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00390000007237.s.b	ENSGT00940000163093.a.a.b	ENSGT00940000161428.f	ENSGT00940000160457.a.a	ENSGT00940000168097	ENSGT00950000183048.b.a.d.j	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.a.a.a #12	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.a.a.b #12	ENSGT00950000183023.B.m.b.a #16	ENSGT00990000204702.a #17	ENSGT00940000163239.f #18	ENSGT00940000166571.b #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.b.a #21	ENSGT00950000182944.A.a.a.a.a.b #25	ENSGT00950000182944.A.a.a.b.c.b #24	ENSGT00390000015701.h #26	ENSGT00650000094922.p #27	ENSGT00940000155677.b.k #28	ENSGT00940000159782.b.i #29	ENSGT00390000015655.a.m.b.e #30	ENSGT00940000156648.f.b #31	ENSGT00940000156536.e.a.j.a #32	ENSGT00390000009497.a.f #33	ENSGT00940000155350.h.e #34	ENSGT00390000006320.s #36	ENSGT00390000007918.a #37	ENSGT00390000018651.a.h	ENSGT00940000156466.eb	ENSGT00990000204705.b	ENSGT00940000155402.a.b.e.a
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	343												or62a2 (ENSSGRG00000044819) ##16	pold3 (ENSSGRG00000044820) #18	chrdl2 (ENSSGRG00000044822) #19	NEU3 (ENSSGRG00000044824) #25	ENSSGRG00000044825 #24	wdr73 (ENSSGRG00000044827) #26	defbl2 (ENSSGRG00000044829) #27	gria4b (ENSSGRG00000044952) #28	elmod1 (ENSSGRG00000048337) #29	slc35f2 (ENSSGRG00000048338) #30	CUL5 (ENSSGRG00000048342) #31	CAPN5 (ENSSGRG00000048363) #32	ompb (ENSSGRG00000048373) #33	MYO7A (ENSSGRG00000048382) #34	nadk2 (ENSSGRG00000048405) #36	skp2 (ENSSGRG00000048412) #37	lmbrd2b (ENSSGRG00000048422)	capslb (ENSSGRG00000048599)	il7r (ENSSGRG00000048600)	myo5b (ENSSGRG00000048632)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	144	ENSGT00940000163093.a.a.a.a	ENSGT00940000163093.a.a.a.b.a	ENSGT00940000163093.a.a.a.b.b	ENSGT00940000161428.e	ENSGT00940000160457.a.b	ENSGT00950000183048.b.a.d.i	ENSGT00950000183023.A.h.c.a.a ##16	ENSGT00950000183023.A.h.c.b.a.a.a #8	ENSGT00950000183023.A.h.c.b.b #9	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.a.b #12	ENSGT00950000183023.B.m.b.b #16	ENSGT00990000204702.b #17	ENSGT00940000163239.e #18	ENSGT00940000166571.a #19	ENSGT00950000182944.A.a.a.a.a.a #25	ENSGT00950000182944.A.a.a.b.d #24
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	89	ENSGT00940000163093.a.a.a.b.b	ENSGT00940000161428.e	ENSGT00940000160457.a.b	ENSGT00950000183048.b.a.d.i	ENSGT00950000183023.A.h.c.a.a ##16	ENSGT00950000183023.A.h.c.b.a.a.a #8	ENSGT00950000183023.A.h.c.b.a.b #10	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.a.b #12	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.b.a.a.a.b #11	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.b.b #11	ENSGT00950000183023.B.m.b.b #16	ENSGT00990000204702.b #17	ENSGT00940000163239.e #18	ENSGT00940000166571.a #19	ENSGT00950000182944.A.a.a.a.a.a #25	ENSGT00950000182944.A.a.a.b.d #24	ENSGT00950000182944.A.a.a.a.b #25	ENSGT00390000015701.g #26	ENSGT00940000155677.b.l #28	ENSGT00940000159782.b.j #29	ENSGT00390000015655.a.m.b.f #30	ENSGT00940000156648.f.a #31	ENSGT00940000156536.e.a.j.b #32	ENSGT00390000009497.a.e #33	ENSGT00940000155350.h.f #34	ENSGT00940000156251.b #35	ENSGT00390000006320.t #36	ENSGT00390000007918.b #37	ENSGT00390000018651.a.g	ENSGT00990000204705.a	ENSGT00940000155402.a.b.e.b
Common carp reference	MODERN SPECIES	38	ENSCCRG00000080655	ENSCCRG00000065299	or62b4 (ENSCCRG00000055223) #8	or62b5 (ENSCCRG00000080334) #10	or62a3 (ENSCCRG00000060080) #12	or62a1 (ENSCCRG00000011710) #11	or62a1 (ENSCCRG00000024126) #11	or62a1 (ENSCCRG00000028160) #11	ENSCCRG00000024121 #16	defbl1 (ENSCCRG00000031763) #17	defbl1 (ENSCCRG00000016744) #17	pold3 (ENSCCRG00000041029) #18	ENSCCRG00000067418	chrdl2 (ENSCCRG00000076415) #19	ENSCCRG00000003660 #25	neu3.4 (ENSCCRG00000067519) #24	ENSCCRG00000080549 #25	wdr73 (ENSCCRG00000003680) #26	gria4b (ENSCCRG00000067130) #28	elmod1 (ENSCCRG00000023504) #29	slc35f2 (ENSCCRG00000007018) #30	ENSCCRG00000046721 #31	CAPN5 (ENSCCRG00000017389) #32	MYO7A (ENSCCRG00000050029) #34	GDPD4 (ENSCCRG00000050622) #35	nadk2 (ENSCCRG00000011371) #36	skp2 (ENSCCRG00000069379) #37	lmbrd2b (ENSCCRG00000050645)	il7r (ENSCCRG00000063390)	myo5b (ENSCCRG00000050749)	ENSCCRG00000070030
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00510000046499	ENSGT01100000263522.B.b.l	ENSGT00940000167612.b	ENSGT00950000183048.b.b.c	ENSGT00950000183023.A.g.b ##16	ENSGT01030000234640.b	ENSGT00950000183048.b.a.c	ENSGT00950000183023.A.h #12	ENSGT00950000183023.B.m.a #13	ENSGT00950000183023.B.m.b #16	ENSGT00990000204702 #17	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.b #21	ENSGT00950000182944.A.a.a #25	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000155677.b #28	ENSGT00940000159782.b #29	ENSGT00390000015655.a.m.b #30	ENSGT00940000156536.e.a.j #32	ENSGT00940000155350.h #34	ENSGT00940000156251.b #35	ENSGT00390000006320 #36	ENSGT00390000007918 #37	ENSGT00390000018651.a	ENSGT00990000204705	ENSGT00940000155402.a.b	ENSGT00970000193642	ENSGT00940000159682	ENSGT01100000263551.b.b.a.e.a
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000167612.b	ENSGT00950000183048.b.b.c	ENSGT01030000234640.a.a.e	ENSGT00950000183023.A.g.b ##16	ENSGT01030000234640.b	ENSGT00950000183048.b.a.c	ENSGT00950000183023.A.h.a.b #12	ENSGT00950000183023.B.m.a #13	ENSGT00950000183023.A.h.a.a #12	ENSGT00950000183023.B.m.b #16	ENSGT00990000204702 #17	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00940000178035	ENSGT00950000182944.A.a.b #21	ENSGT00950000182944.A.a.a #25	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000155677.b #28	ENSGT00940000159782.b #29	ENSGT00390000015655.a.m.b #30	ENSGT00940000156536.e.a.j #32	ENSGT00940000155350.h #34	ENSGT00940000156251.b #35	ENSGT00390000006320 #36	ENSGT00390000007918 #37	ENSGT00390000018651.a	ENSGT00990000204705	ENSGT00940000155402.a.b	ENSGT00970000193642	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000163088.b
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	128	ENSGT00950000183048.b.b.c	ENSGT01030000234640.a.a.e	ENSGT00950000183023.A.g.b ##16	ENSGT00950000183023.A.g.a.b ##16	ENSGT01030000234640.b	ENSGT00950000183048.b.a.c	ENSGT00950000183023.A.h.a.b #12	ENSGT00950000183023.B.m.a #13	ENSGT00950000183023.A.h.a.a #12	ENSGT00950000183023.B.m.b #16	ENSGT00990000204702 #17	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00940000178035	ENSGT00950000182944.A.a.b #21	ENSGT00950000182944.A.a.a #25	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000155677.b #28	ENSGT00940000159782.b #29	ENSGT00390000015655.a.m.b #30	ENSGT00940000156536.e.a.j #32	ENSGT00940000155350.h #34	ENSGT00940000156251.b #35	ENSGT00390000006320 #36	ENSGT00390000007918 #37	ENSGT00390000018651.a	ENSGT00990000204705	ENSGT00940000155402.a.b	ENSGT00970000193642	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000163088.b
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	343				ENSPNAG00000017396	ENSPNAG00000017385	ENSPNAG00000017373 #12	ENSPNAG00000017343 #12	or61a1 (ENSPNAG00000017297) #13	or61c1 (ENSPNAG00000017281) #16	defbl1 (ENSPNAG00000017275) #17	chrdl2 (ENSPNAG00000017261) #19	ENSPNAG00000017212	ENSPNAG00000017139	neu3.1 (ENSPNAG00000017133) #21	ENSPNAG00000017118	neu3.5 (ENSPNAG00000017066) #25	wdr73 (ENSPNAG00000017053) #26	defbl2 (ENSPNAG00000017019) #27	ENSPNAG00000017011	gria4b (ENSPNAG00000003456) #28	elmod1 (ENSPNAG00000016782) #29	CAPN5 (ENSPNAG00000016661) #32	slc35f2 (ENSPNAG00000016587) #30	ENSPNAG00000016576	MYO7A (ENSPNAG00000016536) #34	ENSPNAG00000016308 #35	capslb (ENSPNAG00000016284)	il7r (ENSPNAG00000016278)	myo5b (ENSPNAG00000016264)	cfap53 (ENSPNAG00000016196)	chek1 (ENSPNAG00000016155)
Channel catfish	MODERN SPECIES	11	prf1.9 (ENSIPUG00000008640)	prf1.1 (ENSIPUG00000008551)	COX6A (ENSIPUG00000008523)	ENSIPUG00000008095	ENSIPUG00000008051	ENSIPUG00000008038	elob (ENSIPUG00000008023)	Arl6ip1 (ENSIPUG00000007976)	Smg1 (ENSIPUG00000007769)	clec19a (ENSIPUG00000007735)	SYT17 (ENSIPUG00000007642)	thoc6 (ENSIPUG00000007615)	srrm2 (ENSIPUG00000007551)	ENSIPUG00000007492	tspan4b (ENSIPUG00000007479)	neu3.5 (ENSIPUG00000007468) #25	ENSIPUG00000007452	hsd3b7 (ENSIPUG00000007436)	setd1a (ENSIPUG00000007413)	ENSIPUG00000007342	KAT8 (ENSIPUG00000007291)	rnf25 (ENSIPUG00000007223)	ENSIPUG00000007202	ENSIPUG00000007192	pax10 (ENSIPUG00000007187)	rcn3 (ENSIPUG00000007133)	nosip (ENSIPUG00000007055)	ENSIPUG00000007036	trpm4a (ENSIPUG00000006995)	scaf1 (ENSIPUG00000006965)	ENSIPUG00000006849
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000160599	ENSGT00940000156028.t	ENSGT00390000007237.s	ENSGT00940000161428	ENSGT00940000160457.a	ENSGT00940000168097	ENSGT01030000234640.b	ENSGT00950000183048.b.a.c	ENSGT00950000183023.A.h #12	ENSGT00950000183023.B.m.a #13	ENSGT00950000183023.B.m.b #16	ENSGT00990000204702 #17	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.b #21	ENSGT00950000182944.A.a.a #25	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000155677.b #28	ENSGT00940000159782.b #29	ENSGT00390000015655.a.m.b #30	ENSGT00940000156648.f #31	ENSGT00940000156536.e.a.j #32	ENSGT00390000009497.a #33	ENSGT00940000155350.h #34	ENSGT00940000156251.b #35	ENSGT00390000006320 #36	ENSGT00390000007918 #37	ENSGT00970000193642	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000163088.b
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000160457.a	ENSGT00510000046499	ENSGT01100000263522.B.b.l	ENSGT00940000167612.b	ENSGT00950000183048.b.b.c	ENSGT00950000183023.A.g.b ##16	ENSGT01030000234640.b	ENSGT00950000183048.b.a.c	ENSGT00950000183023.A.h #12	ENSGT00950000183023.B.m.a #13	ENSGT00950000183023.B.m.b #16	ENSGT00990000204702 #17	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.b #21	ENSGT00950000182944.A.a.a #25	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000155677.b #28	ENSGT00940000159782.b #29	ENSGT00390000015655.a.m.b #30	ENSGT00940000156536.e.a.j #32	ENSGT00940000155350.h #34	ENSGT00940000156251.b #35	ENSGT00390000006320 #36	ENSGT00390000007918 #37	ENSGT00390000018651.a	ENSGT00990000204705	ENSGT00940000155402.a.b	ENSGT00970000193642	ENSGT00940000159682
Channel catfish	MODERN SPECIES	9	ARSB (ENSIPUG00000002667)	kif20a (ENSIPUG00000002633)	cdc23 (ENSIPUG00000002615)	CAMLG (ENSIPUG00000002605)	ddx46 (ENSIPUG00000002564)	ENSIPUG00000002537	b9d2 (ENSIPUG00000002529)	tgfb1 (ENSIPUG00000002511)	ENSIPUG00000002481	cbr1l (ENSIPUG00000002463)	defbl1 (ENSIPUG00000002456) #17	ENSIPUG00000002438	pold3 (ENSIPUG00000002408) #18	chrdl2 (ENSIPUG00000002365) #19	xrra1 (ENSIPUG00000002351) #20	neu3 (ENSIPUG00000002341) #21	wdr73 (ENSIPUG00000002280) #26	ENSIPUG00000002182	ENSIPUG00000002158	defbl2 (ENSIPUG00000002102) #27	ENSIPUG00000002077	gria4b (ENSIPUG00000002027) #28	elmod1 (ENSIPUG00000001979) #29	slc35f2 (ENSIPUG00000001958) #30	CAPN5 (ENSIPUG00000001939) #32	MYO7A (ENSIPUG00000001886) #34	nadk2 (ENSIPUG00000001868) #36	skp2 (ENSIPUG00000001858) #37	lmbrd2b (ENSIPUG00000001814)	capslb (ENSIPUG00000001802)	il7r (ENSIPUG00000001777)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT01100000263522.B.b.l	ENSGT00940000167612.b	ENSGT00950000183048.b.b.c	ENSGT01030000234640.a.a.e	ENSGT00950000183023.A.g.b ##16	ENSGT01030000234640.b	ENSGT00950000183048.b.a.c	ENSGT00950000183023.A.h.a.b #12	ENSGT00950000183023.B.m.a #13	ENSGT00950000183023.A.h.a.a #12	ENSGT00950000183023.B.m.b #16	ENSGT00990000204702 #17	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00940000178035	ENSGT00950000182944.A.a.b #21	ENSGT00950000182944.A.a.a #25	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000155677.b #28	ENSGT00940000159782.b #29	ENSGT00390000015655.a.m.b #30	ENSGT00940000156536.e.a.j #32	ENSGT00940000155350.h #34	ENSGT00940000156251.b #35	ENSGT00390000006320 #36	ENSGT00390000007918 #37	ENSGT00390000018651.a	ENSGT00990000204705	ENSGT00940000155402.a.b	ENSGT00970000193642	ENSGT00940000159682
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	128	ENSGT00940000167612.b	ENSGT00950000183048.b.b.c	ENSGT01030000234640.a.a.e	ENSGT00950000183023.A.g.b ##16	ENSGT00950000183023.A.g.a.b ##16	ENSGT01030000234640.b	ENSGT00950000183048.b.a.c	ENSGT00950000183023.A.h.a.b #12	ENSGT00950000183023.B.m.a #13	ENSGT00950000183023.A.h.a.a #12	ENSGT00950000183023.B.m.b #16	ENSGT00990000204702 #17	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00940000178035	ENSGT00950000182944.A.a.b #21	ENSGT00950000182944.A.a.a #25	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000155677.b #28	ENSGT00940000159782.b #29	ENSGT00390000015655.a.m.b #30	ENSGT00940000156536.e.a.j #32	ENSGT00940000155350.h #34	ENSGT00940000156251.b #35	ENSGT00390000006320 #36	ENSGT00390000007918 #37	ENSGT00390000018651.a	ENSGT00990000204705	ENSGT00940000155402.a.b	ENSGT00970000193642	ENSGT00940000159682
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	343						ENSPNAG00000017396	ENSPNAG00000017385	ENSPNAG00000017373 #12	ENSPNAG00000017343 #12	or61a1 (ENSPNAG00000017297) #13	or61c1 (ENSPNAG00000017281) #16	defbl1 (ENSPNAG00000017275) #17	chrdl2 (ENSPNAG00000017261) #19	ENSPNAG00000017212	ENSPNAG00000017139	neu3.1 (ENSPNAG00000017133) #21	ENSPNAG00000017118	neu3.5 (ENSPNAG00000017066) #25	wdr73 (ENSPNAG00000017053) #26	defbl2 (ENSPNAG00000017019) #27	ENSPNAG00000017011	gria4b (ENSPNAG00000003456) #28	elmod1 (ENSPNAG00000016782) #29	CAPN5 (ENSPNAG00000016661) #32	slc35f2 (ENSPNAG00000016587) #30	ENSPNAG00000016576	MYO7A (ENSPNAG00000016536) #34	ENSPNAG00000016308 #35	capslb (ENSPNAG00000016284)	il7r (ENSPNAG00000016278)	myo5b (ENSPNAG00000016264)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	5	nectin3b (ENSAMXG00000002520)	diablob (ENSAMXG00000041613)	b9d2 (ENSAMXG00000038790)	ENSAMXG00000002558	ENSAMXG00000002607	cbr1l (ENSAMXG00000033906)	ENSAMXG00000033580	ENSAMXG00000002637	ENSAMXG00000041922 #12	ENSAMXG00000041289 #12	or61c1 (ENSAMXG00000032768) #16	defbl1 (ENSAMXG00000002657) #17	pold3 (ENSAMXG00000002663) #18	chrdl2 (ENSAMXG00000002716) #19	ENSAMXG00000030537	neu3.1 (ENSAMXG00000030778) #21	wdr73 (ENSAMXG00000041077) #26	defbl2 (ENSAMXG00000002849) #27	gria4b (ENSAMXG00000002917) #28	elmod1 (ENSAMXG00000037229) #29	slc35f2 (ENSAMXG00000030030) #30	CAPN5 (ENSAMXG00000003190) #32	MYO7A (ENSAMXG00000003253) #34	nadk2 (ENSAMXG00000003366) #36	skp2 (ENSAMXG00000003385) #37	lmbrd2b (ENSAMXG00000032666)	capslb (ENSAMXG00000003433)	il7r (ENSAMXG00000038525)	ENSAMXG00000040957	ENSAMXG00000039113	cfap53 (ENSAMXG00000003914)
Electric eel	MODERN SPECIES	6	ENSEEEG00000003049	ppm1nb (ENSEEEG00000003052)	rtn2b (ENSEEEG00000003053)	nectin3b (ENSEEEG00000003054)	diablob (ENSEEEG00000003056)	b9d2 (ENSEEEG00000003058)	ENSEEEG00000003059	ENSEEEG00000003060	ENSEEEG00000003062	ENSEEEG00000003064 #12	ENSEEEG00000003067 #12	ENSEEEG00000003069 #12	defbl1 (ENSEEEG00000003074) #17	pold3 (ENSEEEG00000003079) #18	chrdl2 (ENSEEEG00000003081) #19	neu3.1 (ENSEEEG00000003083) #21	wdr73 (ENSEEEG00000003084) #26	gria4b (ENSEEEG00000003092) #28	elmod1 (ENSEEEG00000003127) #29	slc35f2 (ENSEEEG00000003134) #30	ENSEEEG00000003137	ENSEEEG00000003138 #30	CAPN5 (ENSEEEG00000003139) #32	MYO7A (ENSEEEG00000003150) #34	nadk2 (ENSEEEG00000003171) #36	skp2 (ENSEEEG00000003175) #37	lmbrd2b (ENSEEEG00000003181)	capslb (ENSEEEG00000003186)	il7r (ENSEEEG00000003189)	myo5b (ENSEEEG00000003234)	cfap53 (ENSEEEG00000004124)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT00940000160599	ENSGT00940000156028.t	ENSGT00390000007237.s	ENSGT00940000163093.a.a.a.a	ENSGT00940000163093.a.a.a.b.a	ENSGT00940000163093.a.a.a.b.b	ENSGT00940000161428	ENSGT00940000160457.a	ENSGT00510000046499.y	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.b #11	ENSGT00950000183023.B.m.b #16	ENSGT00990000204702 #17	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.b #21	ENSGT00950000182944.A.a.a.a #25	ENSGT00950000182944.A.a.a.b #24	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000155677.b #28	ENSGT00940000159782.b #29	ENSGT00390000015655.a.m.b #30	ENSGT00940000156648.f #31	ENSGT00940000156536.e.a.j #32	ENSGT00390000009497.a #33	ENSGT00940000155350.h #34	ENSGT00940000156251.b #35	ENSGT00390000006320 #36	ENSGT00390000007918 #37	ENSGT00390000018651.a	ENSGT00940000156466
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	207	ENSGT00390000003107.b.i.c	ENSGT01080000257533.a	ENSGT00610000087474.c	ENSGT00940000166868.a.a	ENSGT00940000164695.b.b	ENSGT00940000160599.q	ENSGT00940000156028.t.b	ENSGT00390000007237.s.b	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.a.a.a #12	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.a.a.b #12	ENSGT00950000183023.B.m.b.a #16	ENSGT00990000204702.a #17	ENSGT00940000163239.f #18	ENSGT00940000166571.b #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.b.a #21	ENSGT00950000182944.A.a.a.a.a.b #25	ENSGT00950000182944.A.a.a.b.c.b #24	ENSGT00390000015701.h #26	ENSGT00650000094922.p #27	ENSGT00940000155677.b.k #28	ENSGT00940000159782.b.i #29	ENSGT00390000015655.a.m.b.e #30	ENSGT00940000156648.f.b #31	ENSGT00940000156536.e.a.j.a #32	ENSGT00390000009497.a.f #33	ENSGT00940000155350.h.e #34	ENSGT00390000006320.s #36	ENSGT00390000007918.a #37	ENSGT00390000018651.a.h	ENSGT00940000156466.eb
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000160599.q	ENSGT00940000156028.t.b	ENSGT00390000007237.s.b	ENSGT00940000163093.a.a.b	ENSGT00940000161428.f	ENSGT00940000160457.a.a	ENSGT00940000168097	ENSGT00950000183048.b.a.d.j	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.a.a.a #12	ENSGT00950000183023.A.h.d.b.a.a.b #12	ENSGT00950000183023.B.m.b.a #16	ENSGT00990000204702.a #17	ENSGT00940000163239.f #18	ENSGT00940000166571.b #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.b.a #21	ENSGT00950000182944.A.a.a.a.a.b #25	ENSGT00950000182944.A.a.a.b.c.b #24	ENSGT00390000015701.h #26	ENSGT00650000094922.p #27	ENSGT00940000155677.b.k #28	ENSGT00940000159782.b.i #29	ENSGT00390000015655.a.m.b.e #30	ENSGT00940000156648.f.b #31	ENSGT00940000156536.e.a.j.a #32	ENSGT00390000009497.a.f #33	ENSGT00940000155350.h.e #34	ENSGT00390000006320.s #36	ENSGT00390000007918.a #37	ENSGT00390000018651.a.h	ENSGT00940000156466.eb
Common carp reference	MODERN SPECIES	45	ENSCCRG00000056766	b9d2 (ENSCCRG00000063478)	ENSCCRG00000008975	cbr1l (ENSCCRG00000056610)	ENSCCRG00000034010	or62a3 (ENSCCRG00000053349) #12	or62a3 (ENSCCRG00000009341) #12	or62a3 (ENSCCRG00000063021) #12	ENSCCRG00000062614	or62a3 (ENSCCRG00000069479) #12	ENSCCRG00000037328 #16	defbl1 (ENSCCRG00000037329) #17	pold3 (ENSCCRG00000037335) #18	chrdl2 (ENSCCRG00000063343) #19	ENSCCRG00000037448 #20	neu3.1 (ENSCCRG00000054230) #21	ENSCCRG00000037233 #25	defbl2 (ENSCCRG00000062722) #27	gria4b (ENSCCRG00000064152) #28	elmod1 (ENSCCRG00000060203) #29	slc35f2 (ENSCCRG00000025636) #30	ENSCCRG00000071860 #31	ENSCCRG00000049995 #32	ompb (ENSCCRG00000077840) #33	ENSCCRG00000017754 #34	nadk2 (ENSCCRG00000050625) #36	skp2 (ENSCCRG00000059949) #37	lmbrd2b (ENSCCRG00000011451)	capslb (ENSCCRG00000061757)	il7r (ENSCCRG00000056341)	ENSCCRG00000055703
Goldfish	MODERN SPECIES	13	C6 (ENSCARG00000004176)	rnf180b (ENSCARG00000004098)	b9d2 (ENSCARG00000004078)	ENSCARG00000004050	cbr1l (ENSCARG00000004022)	ENSCARG00000004010	ENSCARG00000004001	ENSCARG00000003996	or62a2 (ENSCARG00000003975) ##16	or62a2 (ENSCARG00000003968) ##16	or62a3 (ENSCARG00000003948) #12	or62a3 (ENSCARG00000003931) #12	defbl1 (ENSCARG00000003914) #17	pold3 (ENSCARG00000003881) #18	chrdl2 (ENSCARG00000003838) #19	neu3.1 (ENSCARG00000003806) #21	NEU3 (ENSCARG00000070462) #25	defbl2 (ENSCARG00000070461) #27	gria4b (ENSCARG00000070450) #28	elmod1 (ENSCARG00000070445) #29	slc35f2 (ENSCARG00000070444) #30	CUL5 (ENSCARG00000070443) #31	ompb (ENSCARG00000070442) #33	CAPN5 (ENSCARG00000070441) #32	MYO7A (ENSCARG00000070438) #34	nadk2 (ENSCARG00000070436) #36	skp2 (ENSCARG00000070435) #37	lmbrd2b (ENSCARG00000070420)	capslb (ENSCARG00000070418)	il7r (ENSCARG00000070416)	myo5b (ENSCARG00000070339)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	1892																ENSGT00950000182944.A.a.b.b #21	ENSGT00950000182944.A.a.a.b.c.a #24
Goldfish	MODERN SPECIES	40	ENSCARG00000037351 ##16	ENSCARG00000037363 #8	ENSCARG00000037383 #8	or62b3 (ENSCARG00000037401) #9	or62a1 (ENSCARG00000037435) #11	or62a1 (ENSCARG00000037468) #11	or62a1 (ENSCARG00000037484) #11	or62a1 (ENSCARG00000037505) #11	or62a1 (ENSCARG00000037515) #11	ENSCARG00000037556 #16	ENSCARG00000037594 #16	defbl1 (ENSCARG00000037610) #17	pold3 (ENSCARG00000037652) #18	chrdl2 (ENSCARG00000037905) #19	ENSCARG00000037976 #20	neu3.1 (ENSCARG00000038003) #21	NEU3 (ENSCARG00000038008) #24	NEU3 (ENSCARG00000038028) #25	NEU3 (ENSCARG00000038041) #24	wdr73 (ENSCARG00000038059) #26	gria4b (ENSCARG00000038091) #28	elmod1 (ENSCARG00000038454) #29	slc35f2 (ENSCARG00000038502) #30	CUL5 (ENSCARG00000038536) #31	CAPN5 (ENSCARG00000024584) #32	ompb (ENSCARG00000025699) #33	MYO7A (ENSCARG00000025821) #34	ENSCARG00000029274 #35	nadk2 (ENSCARG00000029310) #36	skp2 (ENSCARG00000029482) #37	lmbrd2b (ENSCARG00000029545)
Zebrafish	MODERN SPECIES	13	or62b2 (ENSDARG00000093183) ##16	or62b1 (ENSDARG00000092577) #7	or62b4 (ENSDARG00000105729) #8	or62b3 (ENSDARG00000095417) #9	or62b5 (ENSDARG00000105706) #10	or62a1 (ENSDARG00000094714) #11	or62a3 (ENSDARG00000093856) #12	or61a1 (ENSDARG00000092558) #13	or61c2 (ENSDARG00000092707) #14	or61c1 (ENSDARG00000094326) #15	ENSDARG00000096264 #16	defbl1 (ENSDARG00000075161) #17	pold3 (ENSDARG00000076169) #18	chrdl2 (ENSDARG00000078916) #19	ENSDARG00000089578 #20	neu3.1 (ENSDARG00000096382) #21	neu3.2 (ENSDARG00000010047) #22	neu3.3 (ENSDARG00000058327) #23	neu3.4 (ENSDARG00000096381) #24	neu3.5 (ENSDARG00000096368) #25	wdr73 (ENSDARG00000023152) #26	defbl2 (ENSDARG00000096380) #27	gria4b (ENSDARG00000059368) #28	elmod1 (ENSDARG00000062056) #29	slc35f2 (ENSDARG00000069745) #30	CUL5 (ENSDARG00000004260) #31	CAPN5 (ENSDARG00000069748) #32	ompb (ENSDARG00000032380) #33	MYO7A (ENSDARG00000044632) #34	ENSDARG00000079293 #35	nadk2 (ENSDARG00000007181) #36
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	644													ENSGT00990000204702 #17	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00950000182944.A.a #25
Atlantic herring	MODERN SPECIES	24	fabp6 (ENSCHAG00000012886)	slc23a1 (ENSCHAG00000012939)	pfdn1 (ENSCHAG00000015113)	ENSCHAG00000015132	hnrnph1l (ENSCHAG00000015173)	slc9a6b (ENSCHAG00000015324)	fhl1b (ENSCHAG00000016125)	ENSCHAG00000016137	ENSCHAG00000016221	htatsf1 (ENSCHAG00000016240)	ENSCHAG00000016271	tmtops3b (ENSCHAG00000016296)	fgf13b (ENSCHAG00000016452)	f9b (ENSCHAG00000016496)	MCF2 (ENSCHAG00000016562)	neu3.1 (ENSCHAG00000016580) #25	rbm41 (ENSCHAG00000016591)	trim47 (ENSCHAG00000016599)	trim3b (ENSCHAG00000016622)	ENSCHAG00000016851	ENSCHAG00000016860	cfap298 (ENSCHAG00000016864)	synj1 (ENSCHAG00000016950)	SLC46A3 (ENSCHAG00000017815)	ENSCHAG00000017829	sod1 (ENSCHAG00000017872)	TIAM1 (ENSCHAG00000018070)	GRIK1 (ENSCHAG00000018442)	bach1b (ENSCHAG00000020662)	ENSCHAG00000020667	cct8 (ENSCHAG00000020688)
Denticle herring	MODERN SPECIES	16	rb1 (ENSDCDG00000013751)	ccdc61 (ENSDCDG00000013740)	ENSDCDG00000013736	si:ch211-191j22.3 (ENSDCDG00000013734)	ENSDCDG00000013718	ppm1nb (ENSDCDG00000013717)	rtn2b (ENSDCDG00000013715)	nectin3b (ENSDCDG00000013713)	ENSDCDG00000013712	b9d2 (ENSDCDG00000013709)	cbr1l (ENSDCDG00000013706)	defbl1 (ENSDCDG00000013700) #17	ENSDCDG00000013698	pold3 (ENSDCDG00000013696) #18	chrdl2 (ENSDCDG00000013690) #19	neu3.5 (ENSDCDG00000013686) #25	pals1b (ENSDCDG00000013681)	ENSDCDG00000013671	pals1b (ENSDCDG00000012372)	atp6v1d (ENSDCDG00000012010)	rbm25b (ENSDCDG00000011916)	hsp90ab1 (ENSDCDG00000008304)	elp3 (ENSDCDG00000007728)	ENSDCDG00000007706	gphnb (ENSDCDG00000005811)	msi2a (ENSDCDG00000005614)	ENSDCDG00000005607	ENSDCDG00000005600	dlat (ENSDCDG00000005590)	chek1 (ENSDCDG00000005581)	ENSDCDG00000005578
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	113				ENSGT00940000165793	ENSGT00940000175321	ENSGT00940000153936.b	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT01100000263522.B.a	ENSGT01100000263522.B.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00390000006450	ENSGT00960000187097	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00440000038181	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00940000160131	ENSGT00940000156921	ENSGT00940000158551	ENSGT00940000153680.a	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT01060000248592.C	ENSGT01060000248589.A	ENSGT01060000248589.B	ENSGT00850000132319.a.a.a	ENSGT00940000162644	ENSGT00390000003912	ENSGT00730000111053	ENSGT00940000161729.n
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00700000104815	ENSGT00730000111282.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00940000157956.p	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157536.a.b	ENSGT00940000159295	ENSGT00940000155114	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00940000164481.b.b	ENSGT00390000016213	ENSGT00940000157181	ENSGT01100000263497.D	ENSGT00390000014835	ENSGT00940000175063	ENSGT00940000159256.o
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	107						ENSGT00730000111282.b.c	ENSGT00940000153993.A.j.h	ENSGT00940000157956.o.b.e.a	ENSGT00940000166305.B.h	ENSGT00970000198205	ENSGT00940000155114.o.a	ENSGT00940000159306.b.a.d	ENSGT00390000001520.d	ENSGT00940000166571.d #19	ENSGT00940000163239.g #18	ENSGT00950000182944.A.a.c #25	ENSGT00390000015701.b #26	ENSGT00650000094922.c.a #27	ENSGT00390000016213.j	ENSGT00940000157181.c	ENSGT01100000263497.D.h	ENSGT00990000211386	ENSGT00940000160330	ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a.c.b.a	ENSGT00390000005826.a.a.u.a	ENSGT00500000044869.a.b.m	ENSGT00940000155312.b.e	ENSGT00940000155288.b.pd.a.a	ENSGT00940000160232.k.a	ENSGT00940000161428.a	ENSGT00940000160457.a.d
Huchen	MODERN SPECIES	263			PAK3 (ENSHHUG00000047475)	her1 (ENSHHUG00000047498)	mepcea (ENSHHUG00000047501)	ENSHHUG00000047507	ENSHHUG00000047517	ENSHHUG00000047526	ephb4a (ENSHHUG00000047570)	ENSHHUG00000047681	PSMB6 (ENSHHUG00000047684)	KCNAB3 (ENSHHUG00000047692)	spag7 (ENSHHUG00000047837)	chrdl2 (ENSHHUG00000047853) #19	pold3 (ENSHHUG00000047869) #18	NEU3 (ENSHHUG00000047887) #25	wdr73 (ENSHHUG00000047891) #26	defbl2 (ENSHHUG00000047905) #27	nfrkb (ENSHHUG00000047910)	tmem45b (ENSHHUG00000047932)	gng8 (ENSHHUG00000047939)	ENSHHUG00000047943	ENSHHUG00000047947	ENSHHUG00000047949	napaa (ENSHHUG00000047952)	RSPH6A (ENSHHUG00000047974)	ENSHHUG00000047979	ENSHHUG00000048013	ENSHHUG00000048017	ENSHHUG00000048022	ENSHHUG00000048031
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00530000063484.b.a.g.b	ENSGT00940000154895.a.b.h	ENSGT00940000156128.b.i	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.b	ENSGT00730000111282.b.c	ENSGT00940000153993.A.j.h	ENSGT00940000157956.o.b.e.a	ENSGT00940000166305.B.h	ENSGT00970000198205	ENSGT00940000155114.o.a	ENSGT00940000159306.b.a.c.b.a	ENSGT00940000159306.b.a.d	ENSGT00390000001520.d	ENSGT00940000166571.d #19	ENSGT00940000163239.g #18	ENSGT00950000182944.A.a.c #25	ENSGT00390000015701.b #26	ENSGT00650000094922.c.a #27	ENSGT00390000016213.j	ENSGT00940000157181.c	ENSGT01100000263497.D.h	ENSGT00990000211386	ENSGT00940000160330	ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a.c.b.a	ENSGT00390000005826.a.a.u.a	ENSGT00500000044869.a.b.m	ENSGT00940000155312.b.e	ENSGT00940000155288.b.pd.a.a	ENSGT00940000160232.k.a	ENSGT00940000161428.a	ENSGT00940000160457.a.d
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000159971.k	ENSGT00530000063484.b.a.g.b	ENSGT00940000154895.a.b.h	ENSGT00940000156128.b.i	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.b	ENSGT00730000111282.b.c	ENSGT00940000153993.A.j.h	ENSGT00940000157956.o.b.e.a	ENSGT00940000166305.B.h	ENSGT00970000198205	ENSGT00940000155114.o.a	ENSGT00940000159306.b.a.d	ENSGT00390000001520.d	ENSGT00940000166571.d #19	ENSGT00940000163239.g #18	ENSGT00950000182944.A.a.c #25	ENSGT00390000015701.b #26	ENSGT00650000094922.c.a #27	ENSGT00390000016213.j	ENSGT00940000157181.c	ENSGT01100000263497.D.h	ENSGT00990000211386	ENSGT00940000156646.c.e	ENSGT00940000160330	ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a.c.b.a	ENSGT00390000005826.a.a.u.a	ENSGT00500000044869.a.b.m	ENSGT00940000155312.b.e	ENSGT00940000155288.b.pd.a.a	ENSGT00940000160232.k.a	ENSGT00940000161428.a
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	23	il13ra2 (ENSSSAG00000051928)	ENSSSAG00000051908	ENSSSAG00000051877	ENSSSAG00000051310	ENSSSAG00000068125	her1 (ENSSSAG00000045929)	mepcea (ENSSSAG00000045920)	ENSSSAG00000006558	ephb4a (ENSSSAG00000111074)	ENSSSAG00000083386	ENSSSAG00000103571	ENSSSAG00000119780	ENSSSAG00000088026	chrdl2 (ENSSSAG00000005351) #19	ENSSSAG00000005314 #18	ENSSSAG00000088831 #25	defbl2 (ENSSSAG00000087880) #27	ENSSSAG00000106743 #26	nfrkb (ENSSSAG00000005134)	ENSSSAG00000005260	gbg8 (ENSSSAG00000005246)	ENSSSAG00000005239	ENSSSAG00000117353	ENSSSAG00000005094	snaa (ENSSSAG00000005060)	ENSSSAG00000005042	ENSSSAG00000003910	ENSSSAG00000003824	ENSSSAG00000003110	ENSSSAG00000002603	ENSSSAG00000113183
River trout	MODERN SPECIES	10	ENSSTUG00000030922	ENSSTUG00000030941	ENSSTUG00000030954	PAK3 (ENSSTUG00000031007)	ENSSTUG00000031049	her1 (ENSSTUG00000031054)	mepcea (ENSSTUG00000031059)	DLG4 (ENSSTUG00000031075)	ephb4a (ENSSTUG00000031657)	ENSSTUG00000031681	PSMB6 (ENSSTUG00000031722)	KCNAB3 (ENSSTUG00000031742)	spag7 (ENSSTUG00000031758)	chrdl2 (ENSSTUG00000031772) #19	pold3 (ENSSTUG00000031790) #18	NEU3 (ENSSTUG00000031846) #25	wdr73 (ENSSTUG00000031854) #26	defbl2 (ENSSTUG00000031875) #27	nfrkb (ENSSTUG00000031893)	tmem45b (ENSSTUG00000032001)	gng8 (ENSSTUG00000032025)	ENSSTUG00000032031	ENSSTUG00000032050	ENSSTUG00000032163	napaa (ENSSTUG00000032173)	ENSSTUG00000032207	ENSSTUG00000032255	zgc:153345 (ENSSTUG00000033399)	RYR1 (ENSSTUG00000033866)	ENSSTUG00000002413	b9d2 (ENSSTUG00000003188)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159971.k	ENSGT00530000063484.b.a.g.b	ENSGT00940000154895.a.b.h	ENSGT00940000156128.b.i	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.b	ENSGT00730000111282.b.c	ENSGT00940000153993.A.j.h	ENSGT00940000157956.o.b.e.a	ENSGT00940000166305.B.h	ENSGT00970000198205	ENSGT00940000155114.o.a	ENSGT00940000159306.b.a.c.b.a	ENSGT00390000001520.d	ENSGT00940000166571.d #19	ENSGT00940000163239.g #18	ENSGT00950000182944.A.a.c #25	ENSGT00390000015701.b #26	ENSGT00650000094922.c.a #27	ENSGT00390000016213.j	ENSGT00940000157181.c	ENSGT01100000263497.D.h	ENSGT00990000211386	ENSGT00940000160330	ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a.c.b.a	ENSGT00390000005826.a.a.u.a	ENSGT00500000044869.a.b.m	ENSGT00940000155312.b.e	ENSGT00940000155288.b.pd.a.a	ENSGT00940000160232.k.a	ENSGT00940000161428.a	ENSGT00940000160457.a.d
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159971.k	ENSGT00530000063484.b.a.g.b	ENSGT00940000154895.a.b.h	ENSGT00940000156128.b.i	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.b	ENSGT00730000111282.b.c	ENSGT00940000153993.A.j.h	ENSGT00940000157956.o.b.e.a	ENSGT00940000166305.B.h	ENSGT00970000198205	ENSGT00940000155114.o.a	ENSGT00940000159306.b.a.c.b.a	ENSGT00390000001520.d	ENSGT00940000166571.d #19	ENSGT00940000163239.g #18	ENSGT00950000182944.A.a.c #25	ENSGT00390000015701.b #26	ENSGT00650000094922.c.a #27	ENSGT00390000016213.j	ENSGT00940000157181.c	ENSGT01100000263497.D.h	ENSGT00940000160330	ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a.c.b.a	ENSGT00390000005826.a.a.u.a	ENSGT00500000044869.a.b.m	ENSGT00940000155312.b.e	ENSGT00940000155288.b.pd.a.a	ENSGT00940000160232.k.a	ENSGT00940000161428.a	ENSGT00940000160457.a.d	ENSGT00870000136506.qc.a
Coho salmon	MODERN SPECIES	20	ENSOKIG00005026866	ENSOKIG00005026847	ENSOKIG00005026824	ENSOKIG00005026768	PAK3 (ENSOKIG00005026637)	her1 (ENSOKIG00005026613)	mepcea (ENSOKIG00005026605)	DLG4 (ENSOKIG00005024368)	ephb4a (ENSOKIG00005023648)	ENSOKIG00005023602	PSMB6 (ENSOKIG00005049816)	KCNAB3 (ENSOKIG00005049729)	SPAG7 (ENSOKIG00005049707)	ENSOKIG00005049700 #19	ENSOKIG00005049692 #18	NEU3 (ENSOKIG00005049685) #25	wdr73 (ENSOKIG00005049673) #26	defbl2 (ENSOKIG00005049667) #27	nfrkb (ENSOKIG00005049659)	TMEM45B (ENSOKIG00005049652)	gng8 (ENSOKIG00005049649)	ENSOKIG00005049641	ENSOKIG00005049639	napaa (ENSOKIG00005049637)	ENSOKIG00005049634	ENSOKIG00005049516	zgc:153345 (ENSOKIG00005049449)	RYR1 (ENSOKIG00005049017)	B9D2 (ENSOKIG00005048916)	ENSOKIG00005048784	ENSOKIG00005048756
Chinook salmon	MODERN SPECIES	23	ENSOTSG00005034390	prox3 (ENSOTSG00005034392)	ENSOTSG00005034393	ENSOTSG00005034394	PAK3 (ENSOTSG00005034401)	her1 (ENSOTSG00005034700)	mepcea (ENSOTSG00005034701)	DLG4 (ENSOTSG00005034702)	ephb4a (ENSOTSG00005034706)	ENSOTSG00005034722	psmb6 (ENSOTSG00005034723)	KCNAB3 (ENSOTSG00005034741)	spag7 (ENSOTSG00005038450)	chrdl2 (ENSOTSG00005038452) #19	pold3 (ENSOTSG00005038455) #18	NEU3 (ENSOTSG00005038457) #25	wdr73 (ENSOTSG00005038458) #26	defbl2 (ENSOTSG00005038459) #27	nfrkb (ENSOTSG00005038461)	tmem45b (ENSOTSG00005038462)	gng8 (ENSOTSG00005038463)	ENSOTSG00005038465	ENSOTSG00005002972	napaa (ENSOTSG00005003023)	ENSOTSG00005004278	ENSOTSG00005004305	zgc:153345 (ENSOTSG00005004393)	RYR1 (ENSOTSG00005004432)	ENSOTSG00005008040	b9d2 (ENSOTSG00005008445)	ENSOTSG00005008446
Rainbow trout	MODERN SPECIES	1	il13ra2 (ENSOMYG00000013157)	ENSOMYG00000013173	ENSOMYG00000013182	ENSOMYG00000013229	ENSOMYG00000013393	her1 (ENSOMYG00000013570)	mepcea (ENSOMYG00000013577)	ENSOMYG00000059691	ephb4a (ENSOMYG00000013611)	ENSOMYG00000013657	ENSOMYG00000013660	ENSOMYG00000013670	ENSOMYG00000013690	ENSOMYG00000013699 #19	ENSOMYG00000013708 #18	ENSOMYG00000013715 #25	ENSOMYG00000013725 #26	DEFB5 (ENSOMYG00000067813) #27	nfrkb (ENSOMYG00000013751)	ENSOMYG00000013775	gng8 (ENSOMYG00000071502)	ENSOMYG00000013800	ENSOMYG00000013834	ENSOMYG00000013849	napaa (ENSOMYG00000013860)	ENSOMYG00000013916	ENSOMYG00000014000	ENSOMYG00000014739	ENSOMYG00000016714	ENSOMYG00000045937	ENSOMYG00000045945
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	198				ENSGT00700000104815.k	ENSGT00730000111282.b.d	ENSGT00940000153993.A.j.g	ENSGT00940000157956.o.b.e.b	ENSGT00940000166305.B.g	ENSGT00940000157536.a.b	ENSGT00940000155114.o.b	ENSGT00940000159306.b.a.c.a	ENSGT00390000001520.c	ENSGT00940000166571.c #19	ENSGT00940000163239.h #18	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.d #25	ENSGT00390000015701.a #26	ENSGT00650000094922.c.b #27	ENSGT00940000164481.b.b	ENSGT00390000016213.i	ENSGT00940000157181.d	ENSGT01100000263497.D.g	ENSGT00390000014835	ENSGT00940000175063	ENSGT00940000159256.o	ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a.c.b.b	ENSGT00390000005826.a.a.u.b	ENSGT00500000044869.a.b.n	ENSGT00390000017045	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00940000155312.b.f
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000161570	ENSGT00940000156128.b.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.a	ENSGT00700000104815.k	ENSGT00730000111282.b.d	ENSGT00940000153993.A.j.g	ENSGT00940000157956.o.b.e.b	ENSGT00940000166305.B.g	ENSGT00940000157536.a.b	ENSGT00940000155114.o.b	ENSGT00940000159306.b.a.c.a	ENSGT00390000001520.c	ENSGT00940000166571.c #19	ENSGT00940000163239.h #18	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.d #25	ENSGT00390000015701.a #26	ENSGT00650000094922.c.b #27	ENSGT00940000164481.b.b	ENSGT00390000016213.i	ENSGT00940000157181.d	ENSGT01100000263497.D.g	ENSGT00390000014835	ENSGT00940000175063	ENSGT00940000159256.o	ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a.c.b.b	ENSGT00390000005826.a.a.u.b	ENSGT00500000044869.a.b.n	ENSGT00390000017045	ENSGT00940000156546.ab	ENSGT00440000037341.b.b
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063484.b.a.g.a	ENSGT00940000154895.a.b.g	ENSGT00940000156128.b.j	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.a	ENSGT00700000104815.k	ENSGT00730000111282.b.d	ENSGT00940000153993.A.j.g	ENSGT00940000157956.o.b.e.b	ENSGT00940000166305.B.g	ENSGT00940000157536.a.b	ENSGT00940000155114.o.b	ENSGT00940000159306.b.a.c.a	ENSGT00390000001520.c	ENSGT00940000166571.c #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.d #25	ENSGT00390000015701.a #26	ENSGT00650000094922.c.b #27	ENSGT00940000164481.b.b	ENSGT00390000016213.i	ENSGT00940000157181.d	ENSGT01100000263497.D.g	ENSGT00390000014835	ENSGT00940000175063	ENSGT00940000159256.o	ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a.c.b.b	ENSGT00390000005826.a.a.u.b	ENSGT00500000044869.a.b.n	ENSGT00390000017045	ENSGT00940000156546.ab	ENSGT00440000037341.b.b
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	2	ENSSSAG00000067736	ENSSSAG00000090084	her7 (ENSSSAG00000072854)	her1 (ENSSSAG00000072857)	mepcea (ENSSSAG00000072859)	ENSSSAG00000072878	ENSSSAG00000106983	ephb4a (ENSSSAG00000083235)	ENSSSAG00000100433	tnfsf13 (ENSSSAG00000073630)	ENSSSAG00000073637	ENSSSAG00000090984	ENSSSAG00000095379 #19	ENSSSAG00000107002	ENSSSAG00000094050 #20	neu3 (ENSSSAG00000073782) #25	wdr73 (ENSSSAG00000108080) #26	nfrkb (ENSSSAG00000073822)	tmem45b (ENSSSAG00000115863)	gng8 (ENSSSAG00000115132)	sycn.2 (ENSSSAG00000112117)	ENSSSAG00000074230	napaa (ENSSSAG00000074237)	sympk (ENSSSAG00000074347)	hnrnpul1l (ENSSSAG00000075871)	ENSSSAG00000076644	ENSSSAG00000076708	ENSSSAG00000077487	ENSSSAG00000077813	b9d2 (ENSSSAG00000077816)	ENSSSAG00000077821
River trout	MODERN SPECIES	3	ENSSTUG00000045510	CAPN6 (ENSSTUG00000045551)	PAK3 (ENSSTUG00000045621)	her7 (ENSSTUG00000045638)	her7 (ENSSTUG00000045656)	her7 (ENSSTUG00000045668)	her1 (ENSSTUG00000045676)	mepcea (ENSSTUG00000045682)	ENSSTUG00000045690	tnfsf13 (ENSSTUG00000045695)	PSMB6 (ENSSTUG00000045711)	KCNAB3 (ENSSTUG00000045729)	spag7 (ENSSTUG00000046016)	chrdl2 (ENSSTUG00000046025) #19	ENSSTUG00000046036 #20	NEU3 (ENSSTUG00000046047) #25	wdr73 (ENSSTUG00000046055) #26	defbl2 (ENSSTUG00000046120) #27	st14b (ENSSTUG00000046135)	nfrkb (ENSSTUG00000031824)	tmem45b (ENSSTUG00000032000)	gng8 (ENSSTUG00000032015)	sycn.2 (ENSSTUG00000032019)	ENSSTUG00000032020	ENSSTUG00000032033	ENSSTUG00000032058	napaa (ENSSTUG00000032065)	ENSSTUG00000032183	SYMPK (ENSSTUG00000032251)	ENSSTUG00000032958	im:7138535 (ENSSTUG00000034887)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.a.a	ENSGT00700000104815.l	ENSGT00700000104815.k.b	ENSGT00700000104815.k.a	ENSGT00730000111282.b.d	ENSGT00940000153993.A.j.g	ENSGT00940000157956.o.b.e.b	ENSGT00940000166305.B.g	ENSGT00940000157536.a.b	ENSGT00940000155114.o.b	ENSGT00940000159306.b.a.c.a	ENSGT00390000001520.c	ENSGT00940000166571.c #19	ENSGT00940000163239.h #18	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.d #25	ENSGT00650000094922.c.b #27	ENSGT00940000164481.b.b	ENSGT00390000016213.i	ENSGT00940000157181.d	ENSGT01100000263497.D.g	ENSGT00390000014835	ENSGT00940000175063	ENSGT00940000159256.o	ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a.c.b.b	ENSGT00390000005826.a.a.u.b	ENSGT00500000044869.a.b.n	ENSGT00390000017045	ENSGT00940000156546.ab	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00940000155312.b.f
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00950000182988.a.b.b.b.q.a.a	ENSGT00700000104815.l	ENSGT00700000104815.k.b	ENSGT00700000104815.k.a	ENSGT00730000111282.b.d	ENSGT00940000153993.A.j.g	ENSGT00940000157956.o.b.e.b	ENSGT00940000166305.B.g	ENSGT00940000157536.a.b	ENSGT00940000155114.o.b	ENSGT00940000159306.b.a.c.a	ENSGT00390000001520.c	ENSGT00940000166571.c #19	ENSGT00940000163239.h #18	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a.d #25	ENSGT00650000094922.c.b #27	ENSGT00940000164481.b.b	ENSGT00390000016213.i	ENSGT00940000157181.d	ENSGT01100000263497.D.g	ENSGT00390000014835	ENSGT00940000175063	ENSGT00940000159256.o	ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a.c.b.b	ENSGT00390000005826.a.a.u.b	ENSGT00500000044869.a.b.n	ENSGT00390000017045	ENSGT00940000156546.ab	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00940000155312.b.f
Chinook salmon	MODERN SPECIES	26	DCX (ENSOTSG00005005075)	CAPN6 (ENSOTSG00005005067)	PAK3 (ENSOTSG00005005040)	her7 (ENSOTSG00005005038)	her1 (ENSOTSG00005005037)	mepcea (ENSOTSG00005005035)	DLG4 (ENSOTSG00005004347)	ephb4a (ENSOTSG00005004343)	tnfsf13 (ENSOTSG00005004339)	psmb6 (ENSOTSG00005004337)	KCNAB3 (ENSOTSG00005003179)	spag7 (ENSOTSG00005003159)	chrdl2 (ENSOTSG00005003155) #19	pold3 (ENSOTSG00005003151) #18	ENSOTSG00005003148 #20	NEU3 (ENSOTSG00005003141) #25	ENSOTSG00005003135	defbl2 (ENSOTSG00005003131) #27	st14b (ENSOTSG00005003120)	nfrkb (ENSOTSG00005003031)	tmem45b (ENSOTSG00005002929)	gng8 (ENSOTSG00005047214)	sycn.2 (ENSOTSG00005047213)	ENSOTSG00005047211	ENSOTSG00005047209	ENSOTSG00005047207	napaa (ENSOTSG00005047203)	RSPH6A (ENSOTSG00005047200)	SYMPK (ENSOTSG00005047198)	ENSOTSG00005047177	im:7138535 (ENSOTSG00005047176)
Coho salmon	MODERN SPECIES	21	PAK3 (ENSOKIG00005049992)	her7 (ENSOKIG00005049976)	her7 (ENSOKIG00005049971)	her7 (ENSOKIG00005049967)	her7 (ENSOKIG00005049964)	her1 (ENSOKIG00005049962)	mepcea (ENSOKIG00005049960)	DLG4 (ENSOKIG00005049897)	ephb4a (ENSOKIG00005049858)	tnfsf13 (ENSOKIG00005049851)	PSMB6 (ENSOKIG00005049848)	KCNAB3 (ENSOKIG00005049838)	spag7 (ENSOKIG00005049823)	chrdl2 (ENSOKIG00005049818) #19	ENSOKIG00005049811 #20	NEU3 (ENSOKIG00005049809) #25	defbl2 (ENSOKIG00005049807) #27	st14b (ENSOKIG00005049804)	nfrkb (ENSOKIG00005049797)	tmem45b (ENSOKIG00005049790)	gng8 (ENSOKIG00005049786)	sycn.2 (ENSOKIG00005049782)	ENSOKIG00005049780	ENSOKIG00005049772	ENSOKIG00005049767	napaa (ENSOKIG00005049734)	RSPH6A (ENSOKIG00005049717)	SYMPK (ENSOKIG00005049688)	ENSOKIG00005049610	im:7138535 (ENSOKIG00005049601)	ENSOKIG00005049597
Rainbow trout	MODERN SPECIES	364	her7 (ENSOMYG00000075219)	her1 (ENSOMYG00000036410)	mepcea (ENSOMYG00000036417)	ENSOMYG00000036450	ephb4a (ENSOMYG00000055315)	ENSOMYG00000074215	ENSOMYG00000055695	tnfsf13 (ENSOMYG00000036508)	ENSOMYG00000036493	ENSOMYG00000036765	ENSOMYG00000039211	ENSOMYG00000039221 #19	ENSOMYG00000058486	ENSOMYG00000062975 #18	ENSOMYG00000039235 #20	ENSOMYG00000039262 #25	ENSOMYG00000064410	st14b (ENSOMYG00000039274)	nfrkb (ENSOMYG00000039365)	tmem45b (ENSOMYG00000039451)	ENSOMYG00000052403	gng8 (ENSOMYG00000060005)	sycn.2 (ENSOMYG00000039942)	ENSOMYG00000065741	ENSOMYG00000073264	ENSOMYG00000039952	ENSOMYG00000039955	napaa (ENSOMYG00000039684)	ENSOMYG00000040039	ENSOMYG00000040287	ENSOMYG00000040902
Huchen	MODERN SPECIES	401							ENSHHUG00000003279	ENSHHUG00000003272	tnfsf13 (ENSHHUG00000003246)	PSMB6 (ENSHHUG00000003220)	KCNAB3 (ENSHHUG00000003168)	spag7 (ENSHHUG00000003139)	chrdl2 (ENSHHUG00000003096) #19	pold3 (ENSHHUG00000003082) #18	ENSHHUG00000003069	NEU3 (ENSHHUG00000003065) #25	wdr73 (ENSHHUG00000003058) #26	defbl2 (ENSHHUG00000003016) #27	st14b (ENSHHUG00000003010)	nfrkb (ENSHHUG00000003000)	tmem45b (ENSHHUG00000002985)	gng8 (ENSHHUG00000002971)	sycn.2 (ENSHHUG00000002961)	ENSHHUG00000002955	ENSHHUG00000002945	napaa (ENSHHUG00000002555)	ENSHHUG00000002465	SYMPK (ENSHHUG00000002239)	ENSHHUG00000002053	im:7138535 (ENSHHUG00000002029)	zgc:153345 (ENSHHUG00000002015)
Northern pike	MODERN SPECIES	6	PAK3 (ENSELUG00000001587)	her7 (ENSELUG00000025242)	her7 (ENSELUG00000018519)	her1 (ENSELUG00000033502)	mepcea (ENSELUG00000018561)	DLG4 (ENSELUG00000018741)	ephb4a (ENSELUG00000018814)	ENSELUG00000029460	tnfsf13 (ENSELUG00000018833)	psmb6 (ENSELUG00000018917)	KCNAB3 (ENSELUG00000018953)	spag7 (ENSELUG00000018959)	chrdl2 (ENSELUG00000019011) #19	pold3 (ENSELUG00000019068) #18	ENSELUG00000030086 #20	neu3.5 (ENSELUG00000031402) #25	wdr73 (ENSELUG00000019094) #26	defbl2 (ENSELUG00000019103) #27	st14b (ENSELUG00000000812)	nfrkb (ENSELUG00000019186)	tmem45b (ENSELUG00000019210)	gng8 (ENSELUG00000025754)	sycn.2 (ENSELUG00000019231)	ENSELUG00000019250	EHD2 (ENSELUG00000019299)	ENSELUG00000019352	ENSELUG00000019308	napaa (ENSELUG00000019393)	RSPH6A (ENSELUG00000019472)	SYMPK (ENSELUG00000000850)	HNRNPUL1 (ENSELUG00000019520)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	194	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000161570	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000161570	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000178850	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000178850	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	214	ENSHCOG00000001884	klhl13 (ENSHCOG00000001866)	WDR44 (ENSHCOG00000001853)	zgc:163098 (ENSHCOG00000001838)	ENSHCOG00000001828	ENSHCOG00000001819	il13ra2 (ENSHCOG00000001808)	ENSHCOG00000001782	ENSHCOG00000001775	CAPN6 (ENSHCOG00000001768)	PAK3 (ENSHCOG00000001751)	mepcea (ENSHCOG00000001737)	defbl2 (ENSHCOG00000001728) #27	spag7 (ENSHCOG00000001721)	chrdl2 (ENSHCOG00000001717) #19	neu3.1 (ENSHCOG00000001706) #25	KCNAB3 (ENSHCOG00000000057)	ephb4a (ENSHCOG00000001430)	DLG4 (ENSHCOG00000001414)	zbtb20 (ENSHCOG00000001402)	slc25a5 (ENSHCOG00000001394)	ENSHCOG00000001386	cdc23 (ENSHCOG00000001380)	zgc:175280 (ENSHCOG00000001352)	CASR (ENSHCOG00000001307)	CASR (ENSHCOG00000001304)	b4galt4 (ENSHCOG00000001297)	ENSHCOG00000001294	ENSHCOG00000021019	gsx1 (ENSHCOG00000021013)	ENSHCOG00000020973
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00950000182962.a.a.c
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000170012.b	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b.j	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000162696.c.b	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b.j	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000178850	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00950000182962.a.a.c
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	165	ENSKMAG00000009578	ENSKMAG00000009593	klhl13 (ENSKMAG00000009629)	WDR44 (ENSKMAG00000009668)	zgc:163098 (ENSKMAG00000009727)	LRCH2 (ENSKMAG00000009841)	il13ra2 (ENSKMAG00000009902)	ENSKMAG00000009921	ENSKMAG00000009938	ENSKMAG00000009963	ENSKMAG00000010018	mepcea (ENSKMAG00000010102)	ENSKMAG00000010125 #27	spag7 (ENSKMAG00000010156)	chrdl2 (ENSKMAG00000010174) #19	neu3.1 (ENSKMAG00000010198) #25	KCNAB3 (ENSKMAG00000010218)
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1620	WDR44 (ENSNFUG00015006676)	zgc:163098 (ENSNFUG00015006653)	ENSNFUG00015006635	LRCH2 (ENSNFUG00015006622)	il13ra2 (ENSNFUG00015006619)	ENSNFUG00015006615	DCX (ENSNFUG00015006611)	CAPN6 (ENSNFUG00015006456)	PAK3 (ENSNFUG00015006197)	ENSNFUG00015006116	MEPCE (ENSNFUG00015006107)	ENSNFUG00015006100 #27	SPAG7 (ENSNFUG00015006089)	CHRDL2 (ENSNFUG00015006064) #19	ENSNFUG00015006047 #20	NEU3 (ENSNFUG00015006042) #25	KCNAB3 (ENSNFUG00015005992)	ephb4a (ENSNFUG00015005893)	DLG4 (ENSNFUG00015005156)	zbtb20 (ENSNFUG00015004957)	SLC25A6 (ENSNFUG00015004935)	GFRA3 (ENSNFUG00015004922)	KIF20A (ENSNFUG00015004800)	CASR (ENSNFUG00015004766)	ENSNFUG00015004755	B4GALT4 (ENSNFUG00015004747)	ENSNFUG00015004741	ENSNFUG00015004730	GSX1 (ENSNFUG00015023772)	ATP6V1A (ENSNFUG00015023769)	ZDHHC23A (ENSNFUG00015023765)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000170012.b	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b.j	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b.j	ENSGT00940000156128.b.e	ENSGT00940000156128.b.f	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b.j	ENSGT00940000156128.b.e	ENSGT00940000156128.b.f.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b.j	ENSGT00940000156128.b.e.b	ENSGT00940000156128.b.e.a	ENSGT00940000156128.b.f.b	ENSGT00940000156128.b.f.a	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349	ENSGT00950000182962.a.a.c
Amazon molly	MODERN SPECIES	255								ENSPFOG00000019448	ENSPFOG00000023813	PAK3 (ENSPFOG00000019435)	mepcea (ENSPFOG00000019428)	defbl2 (ENSPFOG00000019427) #27	spag7 (ENSPFOG00000019424)	chrdl2 (ENSPFOG00000019419) #19	ENSPFOG00000022329 #20	neu3.1 (ENSPFOG00000019416) #25	KCNAB3 (ENSPFOG00000019413)	ephb4a (ENSPFOG00000019399)	DLG4 (ENSPFOG00000019381)	zbtb20 (ENSPFOG00000019375)	slc25a5 (ENSPFOG00000019373)	ENSPFOG00000019369	cdc23 (ENSPFOG00000019353)	kif20a (ENSPFOG00000019347)	zgc:175280 (ENSPFOG00000019339)	CASR (ENSPFOG00000019334)	b4galt4 (ENSPFOG00000019331)	ENSPFOG00000019327	gsx1 (ENSPFOG00000019324)	ENSPFOG00000019323	ENSPFOG00000019318
Sailfin molly	MODERN SPECIES	1222											mepcea (ENSPLAG00000014396)	defbl2 (ENSPLAG00000014405) #27	spag7 (ENSPLAG00000014413)	chrdl2 (ENSPLAG00000014451) #19	ENSPLAG00000014464 #20	neu3.1 (ENSPLAG00000014471) #25	KCNAB3 (ENSPLAG00000014495)	ephb4a (ENSPLAG00000014544)
Guppy	MODERN SPECIES	444	ENSPREG00000023048	klhl13 (ENSPREG00000023051)	WDR44 (ENSPREG00000023057)	zgc:163098 (ENSPREG00000023067)	ENSPREG00000023074	il13ra2 (ENSPREG00000023076)	ENSPREG00000023078	ENSPREG00000023081	ENSPREG00000023084	CAPN6 (ENSPREG00000023091)	PAK3 (ENSPREG00000023104)	mepcea (ENSPREG00000023111)	defbl2 (ENSPREG00000023112) #27	spag7 (ENSPREG00000023114)	chrdl2 (ENSPREG00000023118) #19	neu3.1 (ENSPREG00000023121) #25	KCNAB3 (ENSPREG00000023124)	ephb4a (ENSPREG00000023130)	DLG4 (ENSPREG00000023140)	zbtb20 (ENSPREG00000023147)	slc25a5 (ENSPREG00000023150)	ENSPREG00000023153	cdc23 (ENSPREG00000023155)	kif20a (ENSPREG00000023160)	zgc:175280 (ENSPREG00000023164)	aifm1 (ENSPREG00000023168)	glra4b (ENSPREG00000000615)	ENSPREG00000000825	msi2a (ENSPREG00000000881)	ENSPREG00000000950	ENSPREG00000000960
Platyfish	MODERN SPECIES	2	ENSXMAG00000023119	klhl13 (ENSXMAG00000012602)	WDR44 (ENSXMAG00000012621)	zgc:163098 (ENSXMAG00000012662)	LRCH2 (ENSXMAG00000012688)	il13ra2 (ENSXMAG00000012711)	ENSXMAG00000027031	ENSXMAG00000012721	ENSXMAG00000012735	PAK3 (ENSXMAG00000012751)	mepcea (ENSXMAG00000027456)	defbl2 (ENSXMAG00000023191) #27	spag7 (ENSXMAG00000024624)	chrdl2 (ENSXMAG00000029664) #19	ENSXMAG00000021167 #20	neu3.1 (ENSXMAG00000012775) #25	KCNAB3 (ENSXMAG00000027861)	ephb4a (ENSXMAG00000012812)	DLG4 (ENSXMAG00000012882)	zbtb20 (ENSXMAG00000012908)	slc25a5 (ENSXMAG00000020938)	ENSXMAG00000012915	cdc23 (ENSXMAG00000028922)	kif20a (ENSXMAG00000012940)	zgc:175280 (ENSXMAG00000012958)	CASR (ENSXMAG00000012971)	b4galt4 (ENSXMAG00000012973)	ENSXMAG00000012978	ENSXMAG00000012980	ENSXMAG00000011611	ATP6V1A (ENSXMAG00000012982)
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000154359.o	ENSGT00940000154359.p	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b.j	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349	ENSGT00950000182962.a.a.c
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	540							sox9a (ENSCVAG00000023444)	ENSCVAG00000023445	ENSCVAG00000023446	ENSCVAG00000023447	PAK3 (ENSCVAG00000023448)	mepcea (ENSCVAG00000023449)	defbl2 (ENSCVAG00000023450) #27	spag7 (ENSCVAG00000023451)	chrdl2 (ENSCVAG00000023452) #19	neu3.1 (ENSCVAG00000023453) #25	KCNAB3 (ENSCVAG00000023454)	ephb4a (ENSCVAG00000023455)	DLG4 (ENSCVAG00000023456)
Mummichog	MODERN SPECIES	693		ENSFHEG00000014136	WDR44 (ENSFHEG00000014153)	zgc:163098 (ENSFHEG00000014263)	LRCH2 (ENSFHEG00000014312)	il13ra2 (ENSFHEG00000014321)	ENSFHEG00000014355	ENSFHEG00000014383	ENSFHEG00000014401	PAK3 (ENSFHEG00000014416)	mepcea (ENSFHEG00000014422)	defbl2 (ENSFHEG00000014431) #27	spag7 (ENSFHEG00000014441)	chrdl2 (ENSFHEG00000014449) #19	ENSFHEG00000014455 #20	neu3.1 (ENSFHEG00000014463) #25	KCNAB3 (ENSFHEG00000000705)	ephb4a (ENSFHEG00000014581)	DLG4 (ENSFHEG00000014627)	zbtb20 (ENSFHEG00000014650)	slc25a5 (ENSFHEG00000014680)	ENSFHEG00000014699	cdc23 (ENSFHEG00000014759)	kif20a (ENSFHEG00000014776)	zgc:175280 (ENSFHEG00000014818)	CASR (ENSFHEG00000015075)	ENSFHEG00000015094	ENSFHEG00000015102	gsx1 (ENSFHEG00000015114)	ENSFHEG00000015125	ENSFHEG00000015150
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b.h	ENSGT01030000235286	ENSGT00940000156128.b.g	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT01030000235286	ENSGT00940000156128.b.g	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571.e #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	5	klhl13 (ENSORLG00000007208)	WDR44 (ENSORLG00000007184)	zgc:163098 (ENSORLG00000007141)	LRCH2 (ENSORLG00000007113)	il13ra2 (ENSORLG00000007069)	ENSORLG00000007061	ENSORLG00000028908	ENSORLG00000022730	ENSORLG00000007043	PAK3 (ENSORLG00000007006)	mepcea (ENSORLG00000027617)	defbl2 (ENSORLG00000029256) #27	spag7 (ENSORLG00000029507)	chrdl2 (ENSORLG00000006973) #19	ENSORLG00000006960 #20	neu3.1 (ENSORLG00000028485) #25	KCNAB3 (ENSORLG00000006941)	ENSORLG00000030463	ephb4a (ENSORLG00000006909)	DLG4 (ENSORLG00000006845)	zbtb20 (ENSORLG00000025378)	ENSORLG00000006789	ENSORLG00000006782	cdc23 (ENSORLG00000006778)	kif20a (ENSORLG00000006748)	zgc:175280 (ENSORLG00000006716)	CASR (ENSORLG00000006682)	b4galt4 (ENSORLG00000006677)	ENSORLG00000022920	ENSORLG00000006672	gsx1 (ENSORLG00000006664)
Chinese medaka	MODERN SPECIES	717	zgc:163098 (ENSOSIG00000024015)	ENSOSIG00000024016	ENSOSIG00000024017	ENSOSIG00000024018	il13ra2 (ENSOSIG00000003790)	ENSOSIG00000003797	ENSOSIG00000003805	ENSOSIG00000003840	ENSOSIG00000003925	PAK3 (ENSOSIG00000003993)	mepcea (ENSOSIG00000006021)	ENSOSIG00000006022 #27	spag7 (ENSOSIG00000006024)	ENSOSIG00000006025 #19	ENSOSIG00000006029 #20	neu3.1 (ENSOSIG00000006030) #25	KCNAB3 (ENSOSIG00000006034)	ephb4a (ENSOSIG00000006070)	DLG4 (ENSOSIG00000006106)	zbtb20 (ENSOSIG00000010299)	slc25a5 (ENSOSIG00000010301)	ENSOSIG00000010304	cdc23 (ENSOSIG00000010313)	kif20a (ENSOSIG00000010768)	zgc:175280 (ENSOSIG00000010818)	CASR (ENSOSIG00000010849)	b4galt4 (ENSOSIG00000010850)	ENSOSIG00000010851	gsx1 (ENSOSIG00000010852)	ENSOSIG00000010853	ATP6V1A (ENSOSIG00000010886)
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT01030000235286	ENSGT00940000156128.b.g	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349	ENSGT00950000182962.a.a.c
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	5	klhl13 (ENSOJAG00000007961)	WDR44 (ENSOJAG00000008216)	LRCH2 (ENSOJAG00000009038)	il13ra2 (ENSOJAG00000009055)	ENSOJAG00000009074	ENSOJAG00000009094	ENSOJAG00000009126	ENSOJAG00000009214	ENSOJAG00000009280	PAK3 (ENSOJAG00000009632)	mepcea (ENSOJAG00000010230)	ENSOJAG00000010239 #27	spag7 (ENSOJAG00000010259)	chrdl2 (ENSOJAG00000010282) #19	ENSOJAG00000010292 #20	neu3.1 (ENSOJAG00000010304) #25	KCNAB3 (ENSOJAG00000010444)	ephb4a (ENSOJAG00000011767)	DLG4 (ENSOJAG00000012147)	zbtb20 (ENSOJAG00000014619)	slc25a5 (ENSOJAG00000014638)	ENSOJAG00000014688	cdc23 (ENSOJAG00000014709)	kif20a (ENSOJAG00000014973)	zgc:175280 (ENSOJAG00000015419)	CASR (ENSOJAG00000015518)	b4galt4 (ENSOJAG00000015548)	ENSOJAG00000015560	gsx1 (ENSOJAG00000015778)	ENSOJAG00000015794	ENSOJAG00000015829
Indian medaka	MODERN SPECIES	4	ENSOMEG00000002113	ENSOMEG00000002106	ENSOMEG00000002099	ENSOMEG00000002096	ENSOMEG00000000890	ENSOMEG00000002090	ENSOMEG00000000647	ENSOMEG00000002083	CAPN6 (ENSOMEG00000002072)	PAK3 (ENSOMEG00000000022)	mepcea (ENSOMEG00000002027)	ENSOMEG00000002020 #27	spag7 (ENSOMEG00000002015)	chrdl2 (ENSOMEG00000002002) #19	ENSOMEG00000001984 #20	neu3.1 (ENSOMEG00000001975) #25	KCNAB3 (ENSOMEG00000001963)	ephb4a (ENSOMEG00000001930)	DLG4 (ENSOMEG00000001894)	zbtb20 (ENSOMEG00000022583)	slc25a5 (ENSOMEG00000022568)	ENSOMEG00000022535	ENSOMEG00000022513	cdc23 (ENSOMEG00000022499)	kif20a (ENSOMEG00000022448)	zgc:175280 (ENSOMEG00000000588)	CASR (ENSOMEG00000022274)	b4galt4 (ENSOMEG00000022251)	ENSOMEG00000022228	ENSOMEG00000022186	gsx1 (ENSOMEG00000022169)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349	ENSGT00950000182962.a.a.c
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00940000178035	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349	ENSGT00950000182962.a.a.c
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000170012.b	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00940000178035	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349	ENSGT00950000182962.a.a.c
Orange clownfish	MODERN SPECIES	6	klhl13 (ENSAPEG00000001532)	WDR44 (ENSAPEG00000001435)	zgc:163098 (ENSAPEG00000001348)	LRCH2 (ENSAPEG00000001259)	il13ra2 (ENSAPEG00000001250)	ENSAPEG00000001230	ENSAPEG00000001202	ENSAPEG00000001181	CAPN6 (ENSAPEG00000001173)	PAK3 (ENSAPEG00000001106)	mepcea (ENSAPEG00000001077)	defbl2 (ENSAPEG00000001050) #27	spag7 (ENSAPEG00000001023)	chrdl2 (ENSAPEG00000000959) #19	ENSAPEG00000000948	neu3.1 (ENSAPEG00000000939) #25	KCNAB3 (ENSAPEG00000000865)	ephb4a (ENSAPEG00000000843)	ENSAPEG00000000823	DLG4 (ENSAPEG00000000772)	zbtb20 (ENSAPEG00000000755)	slc25a5 (ENSAPEG00000000725)	ENSAPEG00000000633	cdc23 (ENSAPEG00000000605)	kif20a (ENSAPEG00000000528)	zgc:175280 (ENSAPEG00000000390)	CASR (ENSAPEG00000000343)	b4galt4 (ENSAPEG00000000316)	ENSAPEG00000024542	ENSAPEG00000024539	gsx1 (ENSAPEG00000024536)
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	3194														chrdl2 (ENSAOCG00000023759) #19	ENSAOCG00000001736	neu3.1 (ENSAOCG00000023732) #25	KCNAB3 (ENSAOCG00000023721)	ephb4a (ENSAOCG00000023692)	DLG4 (ENSAOCG00000001698)	zbtb20 (ENSAOCG00000001687)	slc25a5 (ENSAOCG00000023538)	ENSAOCG00000023517	cdc23 (ENSAOCG00000023487)	kif20a (ENSAOCG00000023445)	zgc:175280 (ENSAOCG00000023389)	CASR (ENSAOCG00000002065)	b4galt4 (ENSAOCG00000023124)	ENSAOCG00000023116	gsx1 (ENSAOCG00000023111)	ENSAOCG00000023098	ENSAOCG00000023080
Spiny chromis	MODERN SPECIES	87								klhl4 (ENSAPOG00000005078)	ENSAPOG00000005148	ENSAPOG00000005192	mepcea (ENSAPOG00000005209)	defbl2 (ENSAPOG00000005234) #27	spag7 (ENSAPOG00000005268)	chrdl2 (ENSAPOG00000005282) #19	ENSAPOG00000005302	neu3.1 (ENSAPOG00000005320) #25	KCNAB3 (ENSAPOG00000005907)	ephb4a (ENSAPOG00000006005)	DLG4 (ENSAPOG00000006156)	zbtb20 (ENSAPOG00000006197)	slc25a5 (ENSAPOG00000006216)	ENSAPOG00000006231	cdc23 (ENSAPOG00000006290)	kif20a (ENSAPOG00000006379)	zgc:175280 (ENSAPOG00000006459)	CASR (ENSAPOG00000006738)	b4galt4 (ENSAPOG00000006778)	ENSAPOG00000006796	ARHGAP31 (ENSAPOG00000006810)	gsx1 (ENSAPOG00000006823)	ENSAPOG00000006857
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	303	ENSSPAG00000000827	klhl13 (ENSSPAG00000000834)	WDR44 (ENSSPAG00000000856)	zgc:163098 (ENSSPAG00000000916)	LRCH2 (ENSSPAG00000000932)	il13ra2 (ENSSPAG00000001044)	ENSSPAG00000001052	ENSSPAG00000001066	CAPN6 (ENSSPAG00000001103)	PAK3 (ENSSPAG00000001121)	mepcea (ENSSPAG00000001215)	defbl2 (ENSSPAG00000001220) #27	spag7 (ENSSPAG00000001236)	chrdl2 (ENSSPAG00000001249) #19	ENSSPAG00000001279 #20	neu3.1 (ENSSPAG00000001287) #25	KCNAB3 (ENSSPAG00000001367)	ephb4a (ENSSPAG00000002280)	DLG4 (ENSSPAG00000002389)	zbtb20 (ENSSPAG00000002466)	slc25a5 (ENSSPAG00000002476)	ENSSPAG00000002519	cdc23 (ENSSPAG00000002552)	kif20a (ENSSPAG00000002610)	zgc:175280 (ENSSPAG00000002654)	CASR (ENSSPAG00000002702)	b4galt4 (ENSSPAG00000002731)	ENSSPAG00000002737	gsx1 (ENSSPAG00000002754)	ENSSPAG00000002775	ATP6V1A (ENSSPAG00000002871)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000170012.b	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	316	ENSHBUG00000022865	klhl13 (ENSHBUG00000022852)	WDR44 (ENSHBUG00000022792)	zgc:163098 (ENSHBUG00000022716)	LRCH2 (ENSHBUG00000022582)	il13ra2 (ENSHBUG00000022573)	ENSHBUG00000022549	ENSHBUG00000022513	ENSHBUG00000022468	PAK3 (ENSHBUG00000022441)	mepcea (ENSHBUG00000022377)	ENSHBUG00000022371 #27	spag7 (ENSHBUG00000022355)	chrdl2 (ENSHBUG00000022343) #19	ENSHBUG00000022335 #20	neu3.1 (ENSHBUG00000022320) #25	KCNAB3 (ENSHBUG00000022306)	ephb4a (ENSHBUG00000022249)	DLG4 (ENSHBUG00000021892)	zbtb20 (ENSHBUG00000021810)	slc25a5 (ENSHBUG00000021794)	ENSHBUG00000021756	cdc23 (ENSHBUG00000021740)	kif20a (ENSHBUG00000021672)	zgc:175280 (ENSHBUG00000021656)	CASR (ENSHBUG00000021647)	b4galt4 (ENSHBUG00000021627)	ENSHBUG00000021621	ENSHBUG00000021606	gsx1 (ENSHBUG00000021594)	ENSHBUG00000021585
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000170012.b	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000176877.a.a.b	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000170012.b	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000176877.a.a.b	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1092	ENSMZEG00005016764	ENSMZEG00005016767	klhl13 (ENSMZEG00005016775)	WDR44 (ENSMZEG00005016787)	zgc:163098 (ENSMZEG00005016805)	LRCH2 (ENSMZEG00005016833)	il13ra2 (ENSMZEG00005016847)	ENSMZEG00005016855	ENSMZEG00005016861	ENSMZEG00005016867	PAK3 (ENSMZEG00005016881)	mepcea (ENSMZEG00005016927)	defbl2 (ENSMZEG00005016935) #27	spag7 (ENSMZEG00005016948)	chrdl2 (ENSMZEG00005016967) #19	neu3.1 (ENSMZEG00005016972) #25	KCNAB3 (ENSMZEG00005016976)	ephb4a (ENSMZEG00005017020)	DLG4 (ENSMZEG00005017060)	zbtb20 (ENSMZEG00005017078)	slc25a5 (ENSMZEG00005017085)	ENSMZEG00005017094	cdc23 (ENSMZEG00005017099)	kif20a (ENSMZEG00005017113)	zgc:175280 (ENSMZEG00005017124)	CASR (ENSMZEG00005017168)	b4galt4 (ENSMZEG00005018344)	ENSMZEG00005018346	gsx1 (ENSMZEG00005018350)	ENSMZEG00005018353	ATP6V1A (ENSMZEG00005018360)
Eastern happy	MODERN SPECIES	1	ENSACLG00000016521	klhl13 (ENSACLG00000016535)	WDR44 (ENSACLG00000016595)	zgc:163098 (ENSACLG00000016647)	LRCH2 (ENSACLG00000016781)	il13ra2 (ENSACLG00000016811)	ENSACLG00000016835	ENSACLG00000016853	ENSACLG00000016898	PAK3 (ENSACLG00000016946)	mepcea (ENSACLG00000017089)	ENSACLG00000017111 #27	spag7 (ENSACLG00000017150)	chrdl2 (ENSACLG00000017255) #19	ENSACLG00000017285 #20	neu3.1 (ENSACLG00000017325) #25	KCNAB3 (ENSACLG00000017346)	ephb4a (ENSACLG00000017429)	DLG4 (ENSACLG00000017536)	zbtb20 (ENSACLG00000017873)	slc25a5 (ENSACLG00000017899)	ENSACLG00000017944	cdc23 (ENSACLG00000017972)	kif20a (ENSACLG00000018065)	ENSACLG00000018119	zgc:175280 (ENSACLG00000018154)	CASR (ENSACLG00000018246)	b4galt4 (ENSACLG00000018259)	ENSACLG00000018269	ENSACLG00000018286	gsx1 (ENSACLG00000018323)
P. nyererei	MODERN SPECIES	359	ENSPNYG00000016644	ENSPNYG00000016626	klhl13 (ENSPNYG00000016602)	WDR44 (ENSPNYG00000016554)	zgc:163098 (ENSPNYG00000016481)	LRCH2 (ENSPNYG00000016401)	il13ra2 (ENSPNYG00000016382)	ENSPNYG00000016317	ENSPNYG00000016293	ENSPNYG00000016119	PAK3 (ENSPNYG00000015725)	mepcea (ENSPNYG00000015597)	defbl2 (ENSPNYG00000015587) #27	spag7 (ENSPNYG00000015519)	chrdl2 (ENSPNYG00000015500) #19	neu3.1 (ENSPNYG00000015488) #25	KCNAB3 (ENSPNYG00000015455)	ephb4a (ENSPNYG00000015420)	DLG4 (ENSPNYG00000015386)	zbtb20 (ENSPNYG00000015366)	slc25a5 (ENSPNYG00000015346)	ENSPNYG00000015313	cdc23 (ENSPNYG00000015257)	kif20a (ENSPNYG00000015214)	ENSPNYG00000015194	zgc:175280 (ENSPNYG00000015150)	CASR (ENSPNYG00000014966)	b4galt4 (ENSPNYG00000014923)	ENSPNYG00000014906	ENSPNYG00000014892	gsx1 (ENSPNYG00000014873)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	378	ENSNBRG00000021161	klhl13 (ENSNBRG00000021173)	WDR44 (ENSNBRG00000021189)	zgc:163098 (ENSNBRG00000021199)	LRCH2 (ENSNBRG00000021243)	ENSNBRG00000021271	il13ra2 (ENSNBRG00000021286)	ENSNBRG00000021302	ENSNBRG00000021317	CAPN6 (ENSNBRG00000021345)	PAK3 (ENSNBRG00000021502)	mepcea (ENSNBRG00000021532)	defbl2 (ENSNBRG00000021537) #27	spag7 (ENSNBRG00000021547)	chrdl2 (ENSNBRG00000021556) #19	neu3.1 (ENSNBRG00000021580) #25	KCNAB3 (ENSNBRG00000021597)	ephb4a (ENSNBRG00000021627)	DLG4 (ENSNBRG00000021684)	zbtb20 (ENSNBRG00000021723)	slc25a5 (ENSNBRG00000021746)	ENSNBRG00000021796	cdc23 (ENSNBRG00000021843)	kif20a (ENSNBRG00000021876)	zgc:175280 (ENSNBRG00000021916)	ENSNBRG00000021971	CASR (ENSNBRG00000022021)	b4galt4 (ENSNBRG00000022133)	ENSNBRG00000022141	ENSNBRG00000022153	gsx1 (ENSNBRG00000022162)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	1	ENSONIG00000039571	ENSONIG00000005278	klhl13 (ENSONIG00000005275)	WDR44 (ENSONIG00000005269)	zgc:163098 (ENSONIG00000005263)	LRCH2 (ENSONIG00000005258)	il13ra2 (ENSONIG00000005254)	ENSONIG00000033591	DCX (ENSONIG00000027531)	ENSONIG00000005243	PAK3 (ENSONIG00000005232)	mepcea (ENSONIG00000033327)	ENSONIG00000023994 #27	spag7 (ENSONIG00000005227)	chrdl2 (ENSONIG00000005224) #19	neu3a (ENSONIG00000005223) #25	KCNAB3 (ENSONIG00000005215)	ephb4a (ENSONIG00000005204)	DLG4 (ENSONIG00000005194)	zbtb20 (ENSONIG00000005193)	slc25a5 (ENSONIG00000002822)	ENSONIG00000005188	cdc23 (ENSONIG00000005184)	ENSONIG00000037585	kif20a (ENSONIG00000005177)	zgc:175280 (ENSONIG00000005172)	CASR (ENSONIG00000005168)	b4galt4 (ENSONIG00000005167)	ENSONIG00000005164	gsx1 (ENSONIG00000005163)	ENSONIG00000005160
Midas cichlid	MODERN SPECIES	888													defbl2 (ENSACIG00000000700) #27	spag7 (ENSACIG00000000715)	chrdl2 (ENSACIG00000000746) #19	neu3.1 (ENSACIG00000000776) #25	KCNAB3 (ENSACIG00000000796)	ephb4a (ENSACIG00000000842)	DLG4 (ENSACIG00000000887)	ENSACIG00000000936	zbtb20 (ENSACIG00000000946)	slc25a5 (ENSACIG00000000952)	ENSACIG00000000971	cdc23 (ENSACIG00000000994)	kif20a (ENSACIG00000001045)	zgc:175280 (ENSACIG00000001095)	CASR (ENSACIG00000001191)	b4galt4 (ENSACIG00000001214)	ENSACIG00000001232	gsx1 (ENSACIG00000001245)	ENSACIG00000001273
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00950000182962.a.a.c
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00950000182962.a.a.c
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000179312	ENSGT00940000170012	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000161570	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154622.a.b.m	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b	ENSGT00940000156558.a.b
Fugu	MODERN SPECIES	6	ENSTRUG00000024988	ENSTRUG00000020929	klhl13 (ENSTRUG00000016735)	WDR44 (ENSTRUG00000016743)	LRCH2 (ENSTRUG00000016753)	ENSTRUG00000016772	ENSTRUG00000031958	DCX (ENSTRUG00000016775)	ENSTRUG00000016780	PAK3 (ENSTRUG00000016790)	mepcea (ENSTRUG00000023614)	ENSTRUG00000022488 #27	spag7 (ENSTRUG00000016806)	chrdl2 (ENSTRUG00000016808) #19	ENSTRUG00000027911 #20	neu3.1 (ENSTRUG00000022280) #25	KCNAB3 (ENSTRUG00000016817)	ephb4a (ENSTRUG00000016825)	DLG4 (ENSTRUG00000016826)	zbtb20 (ENSTRUG00000016839)	ants6 (ENSTRUG00000016841)	ENSTRUG00000016846	cdc23 (ENSTRUG00000016848)	kif20a (ENSTRUG00000016852)	zgc:175280 (ENSTRUG00000016862)	CASR (ENSTRUG00000016870)	b4galt4 (ENSTRUG00000016879)	ENSTRUG00000032078	ENSTRUG00000016892	ENSTRUG00000016893	ATP6V1A (ENSTRUG00000016898)
Tetraodon	MODERN SPECIES	22	dpf2 (ENSTNIG00000010057)	SPTBN2 (ENSTNIG00000010056)	LTBP3 (ENSTNIG00000010055)	ENSTNIG00000010054	klhl13 (ENSTNIG00000010053)	WDR44 (ENSTNIG00000010052)	LRCH2 (ENSTNIG00000010051)	il13ra2 (ENSTNIG00000001799)	ENSTNIG00000010050	DCX (ENSTNIG00000010049)	ENSTNIG00000010048	PAK3 (ENSTNIG00000010047)	mepcea (ENSTNIG00000010046)	spag7 (ENSTNIG00000010045)	chrdl2 (ENSTNIG00000010044) #19	neu3.1 (ENSTNIG00000010043) #25	KCNAB3 (ENSTNIG00000010042)	ENSTNIG00000010041	ephb4a (ENSTNIG00000010040)	DLG4 (ENSTNIG00000010039)	zbtb20 (ENSTNIG00000010038)	ENSTNIG00000010037	ENSTNIG00000010036	cdc23 (ENSTNIG00000010035)	kif20a (ENSTNIG00000010034)	zgc:175280 (ENSTNIG00000010033)	CASR (ENSTNIG00000010032)	b4galt4 (ENSTNIG00000010031)	ENSTNIG00000010030	ENSTNIG00000010029	ENSTNIG00000000759
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00950000182962.a.a.c
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	56	rps14 (ENSLBEG00000002421)	WDR44 (ENSLBEG00000002455)	zgc:163098 (ENSLBEG00000002498)	LRCH2 (ENSLBEG00000002683)	il13ra2 (ENSLBEG00000002719)	ENSLBEG00000002745	ENSLBEG00000002765	ENSLBEG00000002796	ENSLBEG00000002820	PAK3 (ENSLBEG00000002856)	mepcea (ENSLBEG00000002932)	defbl2 (ENSLBEG00000002947) #27	spag7 (ENSLBEG00000002961)	chrdl2 (ENSLBEG00000002978) #19	ENSLBEG00000002995 #20	neu3.1 (ENSLBEG00000003026) #25	KCNAB3 (ENSLBEG00000003037)	ephb4a (ENSLBEG00000003073)	DLG4 (ENSLBEG00000003177)	zbtb20 (ENSLBEG00000003299)	slc25a5 (ENSLBEG00000003333)	ENSLBEG00000003363	cdc23 (ENSLBEG00000003397)	kif20a (ENSLBEG00000003479)	zgc:175280 (ENSLBEG00000003521)	CASR (ENSLBEG00000003570)	b4galt4 (ENSLBEG00000003593)	ENSLBEG00000003615	gsx1 (ENSLBEG00000003628)	ENSLBEG00000003642	ATP6V1A (ENSLBEG00000003686)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000170012	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b	ENSGT00940000156558.a.b	ENSGT01050000244868.c.b
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	4	ENSSAUG00010025595	klhl13 (ENSSAUG00010025596)	WDR44 (ENSSAUG00010025602)	zgc:163098 (ENSSAUG00010025815)	LRCH2 (ENSSAUG00010025830)	il13ra2 (ENSSAUG00010025832)	ENSSAUG00010025833	ENSSAUG00010025834	CAPN6 (ENSSAUG00010025836)	PAK3 (ENSSAUG00010025886)	mepcea (ENSSAUG00010026538)	defbl2 (ENSSAUG00010026539) #27	spag7 (ENSSAUG00010026541)	chrdl2 (ENSSAUG00010026542) #19	ENSSAUG00010026544 #20	neu3.1 (ENSSAUG00010026547) #25	KCNAB3 (ENSSAUG00010026552)	ephb4a (ENSSAUG00010026574)	DLG4 (ENSSAUG00010026607)	zbtb20 (ENSSAUG00010026646)	SLC25A5 (ENSSAUG00010026647)	ENSSAUG00010026649	cdc23 (ENSSAUG00010026651)	kif20a (ENSSAUG00010001529)	zgc:175280 (ENSSAUG00010001799)	CASR (ENSSAUG00010001814)	b4galt4 (ENSSAUG00010001823)	ENSSAUG00010001831	ENSSAUG00010001837	ENSSAUG00010001841	ATP6V1A (ENSSAUG00010001843)
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000170012	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b	ENSGT00940000156558.a.b	ENSGT01050000244868.c.b
European seabass	MODERN SPECIES	4	ENSDLAG00005001102	klhl13 (ENSDLAG00005001115)	ENSDLAG00005001188	zgc:163098 (ENSDLAG00005001664)	ENSDLAG00005028992	ENSDLAG00005001750	il13ra2 (ENSDLAG00005001759)	ENSDLAG00005031440	ENSDLAG00005001774	ENSDLAG00005001788	ENSDLAG00005001894	ENSDLAG00005001988	ENSDLAG00005001996 #27	ENSDLAG00005029222 #19	ENSDLAG00005002022 #20	ENSDLAG00005035044 #25	ENSDLAG00005002038	ENSDLAG00005002221	ENSDLAG00005003615	ENSDLAG00005004710	ENSDLAG00005004684	ENSDLAG00005004720	ENSDLAG00005004746	KIF20A (ENSDLAG00005004911)	zgc:175280 (ENSDLAG00005004934)	ENSDLAG00005005018	b4galt4 (ENSDLAG00005005129)	ENSDLAG00005005146	ENSDLAG00005005170	ENSDLAG00005005190	ENSDLAG00005005203
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	493	SPTBN2 (ENSLCRG00005013723)	LRCH2 (ENSLCRG00005013718)	ENSLCRG00005013717	ENSLCRG00005013715	ENSLCRG00005013714	ENSLCRG00005013706	ENSLCRG00005013705	ENSLCRG00005013703	CAPN6 (ENSLCRG00005013681)	PAK3 (ENSLCRG00005013626)	mepcea (ENSLCRG00005013612)	defbl2 (ENSLCRG00005013610) #27	spag7 (ENSLCRG00005013605)	chrdl2 (ENSLCRG00005013603) #19	ENSLCRG00005013602 #20	neu3.1 (ENSLCRG00005013601) #25	KCNAB3 (ENSLCRG00005013534)	ephb4a (ENSLCRG00005013471)	ENSLCRG00005013461	DLG4 (ENSLCRG00005007873)	zbtb20 (ENSLCRG00005007820)	slc25a5 (ENSLCRG00005007719)	ENSLCRG00005007716	cdc23 (ENSLCRG00005007446)	kif20a (ENSLCRG00005007414)	zgc:175280 (ENSLCRG00005007409)	CASR (ENSLCRG00005007402)	b4galt4 (ENSLCRG00005007397)	ENSLCRG00005007389	ENSLCRG00005007385	prdx4 (ENSLCRG00005007311)
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000170012	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b
Pike perch	MODERN SPECIES	37	klhl13 (ENSSLUG00000017118)	WDR44 (ENSSLUG00000017175)	zgc:163098 (ENSSLUG00000017713)	LRCH2 (ENSSLUG00000017720)	il13ra2 (ENSSLUG00000017730)	ENSSLUG00000017733	ENSSLUG00000017735	CAPN6 (ENSSLUG00000017746)	ENSSLUG00000017760	PAK3 (ENSSLUG00000017797)	mepcea (ENSSLUG00000018178)	defbl2 (ENSSLUG00000018186) #27	spag7 (ENSSLUG00000018196)	chrdl2 (ENSSLUG00000018204) #19	ENSSLUG00000018214 #20	neu3.1 (ENSSLUG00000018222) #25	KCNAB3 (ENSSLUG00000018267)	ephb4a (ENSSLUG00000019372)	DLG4 (ENSSLUG00000019553)	zbtb20 (ENSSLUG00000022441)	slc25a5 (ENSSLUG00000022443)	ENSSLUG00000022451	cdc23 (ENSSLUG00000022463)	kif20a (ENSSLUG00000022502)	zgc:175280 (ENSSLUG00000022542)	CASR (ENSSLUG00000022588)	b4galt4 (ENSSLUG00000022606)	ENSSLUG00000022613	ENSSLUG00000022622	ENSSLUG00000022628	ATP6V1A (ENSSLUG00000022635)
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	5	ENSCGOG00000020298	ENSCGOG00000020300	klhl13 (ENSCGOG00000020313)	WDR44 (ENSCGOG00000020380)	zgc:163098 (ENSCGOG00000020627)	LRCH2 (ENSCGOG00000020662)	il13ra2 (ENSCGOG00000020670)	ENSCGOG00000020672	ENSCGOG00000020674	CAPN6 (ENSCGOG00000020693)	PAK3 (ENSCGOG00000021210)	mepcea (ENSCGOG00000022358)	defbl2 (ENSCGOG00000022360) #27	spag7 (ENSCGOG00000022363)	chrdl2 (ENSCGOG00000022365) #19	neu3.1 (ENSCGOG00000022370) #25	KCNAB3 (ENSCGOG00000022404)	ephb4a (ENSCGOG00000022924)	DLG4 (ENSCGOG00000023411)	zbtb20 (ENSCGOG00000023770)	slc25a6 (ENSCGOG00000023776)	ENSCGOG00000023810	cdc23 (ENSCGOG00000023850)	kif20a (ENSCGOG00000023879)	zgc:175280 (ENSCGOG00000023892)	CASR (ENSCGOG00000023900)	b4galt4 (ENSCGOG00000023906)	ENSCGOG00000023908	ENSCGOG00000023909	ENSCGOG00000023910	ENSCGOG00000001603
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000170012	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT01040000240539.a	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154622.a.b.m	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b	ENSGT00940000156558.a.b
Lumpfish	MODERN SPECIES	5	ENSCLMG00005012294	klhl13 (ENSCLMG00005012299)	WDR44 (ENSCLMG00005012565)	zgc:163098 (ENSCLMG00005013287)	ENSCLMG00005013288	ENSCLMG00005013290	il13ra2 (ENSCLMG00005013291)	ENSCLMG00005013292	ENSCLMG00005013293	CAPN6 (ENSCLMG00005013295)	PAK3 (ENSCLMG00005013311)	mepcea (ENSCLMG00005013448)	defbl2 (ENSCLMG00005013450) #27	spag7 (ENSCLMG00005013454)	chrdl2 (ENSCLMG00005013457) #19	neu3.1 (ENSCLMG00005013459) #25	KCNAB3 (ENSCLMG00005013462)	ephb4a (ENSCLMG00005013552)	DLG4 (ENSCLMG00005014402)	zbtb20 (ENSCLMG00005014405)	slc25a6 (ENSCLMG00005014408)	ENSCLMG00005014411	ENSCLMG00005014414	cdc23 (ENSCLMG00005014416)	kif20a (ENSCLMG00005014562)	zgc:175280 (ENSCLMG00005014696)	CASR (ENSCLMG00005014698)	b4galt4 (ENSCLMG00005014701)	ENSCLMG00005014702	ENSCLMG00005014705	ENSCLMG00005014707
Stickleback	MODERN SPECIES	7	ENSGACG00000020712	klhl13 (ENSGACG00000020711)	WDR44 (ENSGACG00000020710)	zgc:163098 (ENSGACG00000020709)	LRCH2 (ENSGACG00000020708)	il13ra2 (ENSGACG00000020707)	ENSGACG00000020706	ENSGACG00000020705	ENSGACG00000020704	PAK3 (ENSGACG00000020703)	ENSGACG00000020702	mepcea (ENSGACG00000020701)	defbl2 (ENSGACG00000020700) #27	spag7 (ENSGACG00000020699)	chrdl2 (ENSGACG00000020698) #19	neu3.1 (ENSGACG00000020697) #25	KCNAB3 (ENSGACG00000020696)	ephb4a (ENSGACG00000020695)	DLG4 (ENSGACG00000020694)	zbtb20 (ENSGACG00000020693)	ENSGACG00000020692	ENSGACG00000020691	cdc23 (ENSGACG00000020690)	kif20a (ENSGACG00000020689)	zgc:175280 (ENSGACG00000020688)	CASR (ENSGACG00000020687)	b4galt4 (ENSGACG00000020686)	ENSGACG00000020685	ENSGACG00000020684	ENSGACG00000020683	ATP6V1A (ENSGACG00000020682)
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000170012	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00950000182962.a.a.c
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000170012	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00950000182962.a.a.c
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000170012	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154622.a.b.m	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00950000182962.a.a.c
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000170012	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00940000178035	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154622.a.b.m	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b
Greater amberjack	MODERN SPECIES	139	ENSSDUG00000010067	klhl13 (ENSSDUG00000010032)	WDR44 (ENSSDUG00000009993)	zgc:163098 (ENSSDUG00000009881)	LRCH2 (ENSSDUG00000009829)	il13ra2 (ENSSDUG00000009799)	ENSSDUG00000009783	ENSSDUG00000009748	CAPN6 (ENSSDUG00000009382)	PAK3 (ENSSDUG00000008331)	mepcea (ENSSDUG00000008253)	defbl2 (ENSSDUG00000008238) #27	spag7 (ENSSDUG00000008225)	chrdl2 (ENSSDUG00000008183) #19	ENSSDUG00000008172	neu3.1 (ENSSDUG00000008169) #25	KCNAB3 (ENSSDUG00000007354)	ephb4a (ENSSDUG00000007249)	DLG4 (ENSSDUG00000007205)	zbtb20 (ENSSDUG00000007188)	ENSSDUG00000007174	ENSSDUG00000007156	cdc23 (ENSSDUG00000007107)	kif20a (ENSSDUG00000007080)	zgc:175280 (ENSSDUG00000007014)	CASR (ENSSDUG00000006989)	b4galt4 (ENSSDUG00000006975)	ENSSDUG00000006959	ENSSDUG00000006944	ENSSDUG00000006920	ATP6V1A (ENSSDUG00000006881)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3035	ENSSLDG00000020530	klhl13 (ENSSLDG00000020504)	WDR44 (ENSSLDG00000020444)	zgc:163098 (ENSSLDG00000020364)	LRCH2 (ENSSLDG00000020331)	il13ra2 (ENSSLDG00000020312)	ENSSLDG00000020293	ENSSLDG00000020280	CAPN6 (ENSSLDG00000020262)	PAK3 (ENSSLDG00000020143)	mepcea (ENSSLDG00000020120)	defbl2 (ENSSLDG00000020114) #27	spag7 (ENSSLDG00000020103)	chrdl2 (ENSSLDG00000020064) #19	ENSSLDG00000020051	neu3.1 (ENSSLDG00000020043) #25	KCNAB3 (ENSSLDG00000020006)	ephb4a (ENSSLDG00000019946)	DLG4 (ENSSLDG00000019840)	zbtb20 (ENSSLDG00000019822)	ENSSLDG00000019804	ENSSLDG00000019788	cdc23 (ENSSLDG00000019752)	kif20a (ENSSLDG00000019720)	zgc:175280 (ENSSLDG00000019714)	CASR (ENSSLDG00000019692)	b4galt4 (ENSSLDG00000019681)	ENSSLDG00000019672	gsx1 (ENSSLDG00000019661)	ENSSLDG00000019626	ATP6V1A (ENSSLDG00000019592)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	94	ENSLCAG00010005694	klhl13 (ENSLCAG00010005705)	WDR44 (ENSLCAG00010005762)	zgc:163098 (ENSLCAG00010006045)	LRCH2 (ENSLCAG00010006112)	il13ra2 (ENSLCAG00010006126)	ENSLCAG00010006130	ENSLCAG00010006136	CAPN6 (ENSLCAG00010006146)	PAK3 (ENSLCAG00010006195)	mepcea (ENSLCAG00010006223)	defbl2 (ENSLCAG00010006231) #27	spag7 (ENSLCAG00010006239)	chrdl2 (ENSLCAG00010006252) #19	ENSLCAG00010006262 #20	ENSLCAG00010006274 #25	KCNAB3 (ENSLCAG00010006338)	ephb4a (ENSLCAG00010006501)	DLG4 (ENSLCAG00010006576)	zbtb20 (ENSLCAG00010006640)	ENSLCAG00010006647	ENSLCAG00010006663	cdc23 (ENSLCAG00010006697)	kif20a (ENSLCAG00010006765)	zgc:175280 (ENSLCAG00010006873)	CASR (ENSLCAG00010007265)	b4galt4 (ENSLCAG00010007287)	ENSLCAG00010007289	ENSLCAG00010007293	gsx1 (ENSLCAG00010007297)	ENSLCAG00010007307
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000170012	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00950000182962.a.a.c
Turbot	MODERN SPECIES	16	klhl13 (ENSSMAG00000013595)	ENSSMAG00000013573	zgc:163098 (ENSSMAG00000013442)	ENSSMAG00000013376	il13ra2 (ENSSMAG00000013307)	ENSSMAG00000023137	ENSSMAG00000013241	ENSSMAG00000013231	ENSSMAG00000013188	ENSSMAG00000013182	ENSSMAG00000023875 #27	ENSSMAG00000013168	ENSSMAG00000013155 #19	ENSSMAG00000013136 #20	ENSSMAG00000013080	ENSSMAG00000013071 #25	ENSSMAG00000013005	ENSSMAG00000012907	ENSSMAG00000012883	ENSSMAG00000012861	ENSSMAG00000012828	ENSSMAG00000012742	KIF20A (ENSSMAG00000012711)	zgc:175280 (ENSSMAG00000012677)	ENSSMAG00000012665	b4galt4 (ENSSMAG00000012659)	ENSSMAG00000012641	ENSSMAG00000012630	ENSSMAG00000012555	ENSSMAG00000012526	ENSSMAG00000012496
Tongue sole	MODERN SPECIES	10	ENSCSEG00000020107	KLHL9 (ENSCSEG00000020109)	WDR44 (ENSCSEG00000020110)	zgc:163098 (ENSCSEG00000020119)	LRCH2 (ENSCSEG00000020135)	il13ra2 (ENSCSEG00000020143)	ENSCSEG00000020159	ENSCSEG00000020162	ENSCSEG00000020168	ENSCSEG00000020171	PAK3 (ENSCSEG00000020210)	mepcea (ENSCSEG00000020220)	ENSCSEG00000020221 #27	spag7 (ENSCSEG00000020223)	chrdl2 (ENSCSEG00000020231) #19	neu3.1 (ENSCSEG00000020236) #25	ENSCSEG00000020240	KCNAB3 (ENSCSEG00000020245)	ephb4a (ENSCSEG00000020306)	DLG4 (ENSCSEG00000020314)	zbtb20 (ENSCSEG00000020320)	slc25a5 (ENSCSEG00000020323)	ENSCSEG00000020329	cdc23 (ENSCSEG00000020338)	kif20a (ENSCSEG00000020345)	zgc:175280 (ENSCSEG00000020365)	CASR (ENSCSEG00000020372)	b4galt4 (ENSCSEG00000020375)	ENSCSEG00000020377	ENSCSEG00000020379	gsx1 (ENSCSEG00000020381)
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000170012	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00950000182962.a.a.c
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	5	ENSMAMG00000016936	klhl13 (ENSMAMG00000016944)	ENSMAMG00000024463	ENSMAMG00000016965	zgc:163098 (ENSMAMG00000016977)	ENSMAMG00000017030	il13ra2 (ENSMAMG00000017034)	ENSMAMG00000027396	ENSMAMG00000017075	ENSMAMG00000017101	ENSMAMG00000017123	ENSMAMG00000017139	ENSMAMG00000017157 #27	ENSMAMG00000017173	ENSMAMG00000017181 #19	ENSMAMG00000017200 #25	ENSMAMG00000017208	ENSMAMG00000017219	ENSMAMG00000017275	ENSMAMG00000017438	ENSMAMG00000017456	ENSMAMG00000017476	ENSMAMG00000026984	ENSMAMG00000017506	KIF20A (ENSMAMG00000017548)	zgc:175280 (ENSMAMG00000017561)	ENSMAMG00000017580	b4galt4 (ENSMAMG00000017595)	ENSMAMG00000026946	ENSMAMG00000017611	ENSMAMG00000017618
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000170012	ENSGT00940000154359	ENSGT00940000157557	ENSGT00390000010687.a.b	ENSGT00940000160039	ENSGT00940000159971	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000154895.a.b	ENSGT00940000156128.b	ENSGT00950000182988.a.b.b.b	ENSGT00940000153993.A.j	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00390000001520	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00950000182944.A.a #25	ENSGT00940000159306.b.a	ENSGT00940000166305.B	ENSGT00940000157956.o.b	ENSGT00940000158617	ENSGT00940000154400	ENSGT00940000165282.b	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00950000182962.a.a.c
Climbing perch	MODERN SPECIES	5	ENSATEG00000016493	klhl13 (ENSATEG00000016505)	ENSATEG00000016545	zgc:163098 (ENSATEG00000016576)	ENSATEG00000016650	il13ra2 (ENSATEG00000016707)	ENSATEG00000016722	ENSATEG00000016743	ENSATEG00000016768	ENSATEG00000016796	ENSATEG00000016877	ENSATEG00000016886 #27	ENSATEG00000016903	ENSATEG00000016913 #19	ENSATEG00000029368 #20	ENSATEG00000016928 #25	ENSATEG00000016942	ENSATEG00000017001	ENSATEG00000017065	ENSATEG00000017117	ENSATEG00000017131	ENSATEG00000017157	ENSATEG00000017213	KIF20A (ENSATEG00000017266)	zgc:175280 (ENSATEG00000017297)	ENSATEG00000017377	b4galt4 (ENSATEG00000017523)	ENSATEG00000028248	ENSATEG00000017572	ENSATEG00000017583	ENSATEG00000017610
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	5	klhl13 (ENSBSLG00000018997)	WDR44 (ENSBSLG00000019566)	zgc:163098 (ENSBSLG00000020380)	LRCH2 (ENSBSLG00000020402)	il13ra2 (ENSBSLG00000020439)	ENSBSLG00000020460	ENSBSLG00000021119	ENSBSLG00000021355	PAK3 (ENSBSLG00000021794)	mepcea (ENSBSLG00000022460)	defbl2 (ENSBSLG00000022509) #27	spag7 (ENSBSLG00000022541)	chrdl2 (ENSBSLG00000022617) #19	slc25a5 (ENSBSLG00000022720)	ENSBSLG00000022755 #20	neu3.1 (ENSBSLG00000022779) #25	KCNAB3 (ENSBSLG00000023395)	ephb4a (ENSBSLG00000024621)	DLG4 (ENSBSLG00000025854)	zbtb20 (ENSBSLG00000025927)	ENSBSLG00000025928	cdc23 (ENSBSLG00000025929)	kif20a (ENSBSLG00000025932)	zgc:175280 (ENSBSLG00000025933)	CASR (ENSBSLG00000025934)	b4galt4 (ENSBSLG00000025935)	ENSBSLG00000025936	ENSBSLG00000025937	gsx1 (ENSBSLG00000025990)	ENSBSLG00000026037	atp6v1aa (ENSBSLG00000026089)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	5	ENSMMDG00005002293	klhl13 (ENSMMDG00005002303)	WDR44 (ENSMMDG00005002331)	zgc:163098 (ENSMMDG00005003708)	LRCH2 (ENSMMDG00005003715)	ENSMMDG00005003723	il13ra2 (ENSMMDG00005003758)	DCX (ENSMMDG00005004283)	CAPN6 (ENSMMDG00005004303)	PAK3 (ENSMMDG00005004368)	mepcea (ENSMMDG00005004442)	defbl2 (ENSMMDG00005004448) #27	spag7 (ENSMMDG00005004457)	chrdl2 (ENSMMDG00005004470) #19	ENSMMDG00005004482 #20	neu3.1 (ENSMMDG00005004494) #25	KCNAB3 (ENSMMDG00005004545)	ephb4a (ENSMMDG00005006049)	DLG4 (ENSMMDG00005007458)	zbtb20 (ENSMMDG00005007464)	slc25a5 (ENSMMDG00005007466)	ENSMMDG00005007468	cdc23 (ENSMMDG00005007473)	kif20a (ENSMMDG00005007483)	zgc:175280 (ENSMMDG00005007489)	CASR (ENSMMDG00005007564)	b4galt4 (ENSMMDG00005007567)	ENSMMDG00005007570	ENSMMDG00005007573	ENSMMDG00005007578	ATP6V1A (ENSMMDG00005007605)
Cod	DUPLICATION
Cod	MODERN SPECIES	20	ppp3ca (ENSGMOG00000013465)	ENSGMOG00000028674	ENSGMOG00000019297	gng8 (ENSGMOG00000025665)	ENSGMOG00000019311	nfrkb (ENSGMOG00000019315)	ENSGMOG00000019332	ENSGMOG00000034278	DCX (ENSGMOG00000034349)	ENSGMOG00000003178	PAK3 (ENSGMOG00000003145)	ENSGMOG00000027027	ENSGMOG00000032958 #27	ENSGMOG00000003072	ENSGMOG00000003045 #19	ENSGMOG00000026696 #25	ENSGMOG00000002987	ENSGMOG00000027559 #25	ENSGMOG00000002905	ENSGMOG00000036964	ENSGMOG00000024094	ENSGMOG00000002813	ENSGMOG00000002777	KIF20A (ENSGMOG00000002724)	zgc:175280 (ENSGMOG00000002684)	ENSGMOG00000002672	b4galt4 (ENSGMOG00000002654)	ENSGMOG00000033627	ENSGMOG00000023452	ENSGMOG00000002508	ENSGMOG00000002483
Cod	MODERN SPECIES	20	zgc:153704 (ENSGMOG00000002433)	ENSGMOG00000002452	ENSGMOG00000002483	ENSGMOG00000002508	ENSGMOG00000023452	ENSGMOG00000033627	b4galt4 (ENSGMOG00000002654)	ENSGMOG00000002672	zgc:175280 (ENSGMOG00000002684)	KIF20A (ENSGMOG00000002724)	ENSGMOG00000002777	ENSGMOG00000002813	ENSGMOG00000024094	ENSGMOG00000036964	ENSGMOG00000002905	ENSGMOG00000027559 #25	ENSGMOG00000002987	ENSGMOG00000026696 #25	ENSGMOG00000003045 #19	ENSGMOG00000003072	ENSGMOG00000032958 #27	ENSGMOG00000027027	PAK3 (ENSGMOG00000003145)	ENSGMOG00000003178	DCX (ENSGMOG00000034349)	ENSGMOG00000034278	ENSGMOG00000019332	nfrkb (ENSGMOG00000019315)	ENSGMOG00000019311	gng8 (ENSGMOG00000025665)	ENSGMOG00000019297
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b ##25
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b ##25
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b ##25
Atlantic herring	DUPLICATION
Atlantic herring	DUPLICATION
Atlantic herring	DUPLICATION
Atlantic herring	DUPLICATION
Atlantic herring	DUPLICATION
Atlantic herring	DUPLICATION
Atlantic herring	MODERN SPECIES	20	stk35 (ENSCHAG00000008009)	ENSCHAG00000007996	ENSCHAG00000007985	ENSCHAG00000007477	ENSCHAG00000007454	scube3 (ENSCHAG00000001573)	ENSCHAG00000000955	kcnd3 (ENSCHAG00000000783)	ENSCHAG00000007961	ENSCHAG00000007954	cttnbp2nlb (ENSCHAG00000007944)	capza1b (ENSCHAG00000007166)	NEU3 (ENSCHAG00000007073) ##25	NEU3 (ENSCHAG00000007041) ##25	NEU3 (ENSCHAG00000006992) ##25	ENSCHAG00000006866 ##25	NEU3 (ENSCHAG00000006769) ##25	ENSCHAG00000006783 ##25	ENSCHAG00000006746	NEU3 (ENSCHAG00000006736) ##25	wnt2bb (ENSCHAG00000006681)	mov10b.1 (ENSCHAG00000005748)	ENSCHAG00000005660	ENSCHAG00000005641	TAFA3 (ENSCHAG00000005632)	ENSCHAG00000005621	ENSCHAG00000005615	ENSCHAG00000005602	ENSCHAG00000005596	ENSCHAG00000005566	slc16a1b (ENSCHAG00000005537)
Atlantic herring	MODERN SPECIES	20	rimkla (ENSCHAG00000005458)	zmynd12 (ENSCHAG00000005512)	slc16a1b (ENSCHAG00000005537)	ENSCHAG00000005566	ENSCHAG00000005596	ENSCHAG00000005602	ENSCHAG00000005615	ENSCHAG00000005621	TAFA3 (ENSCHAG00000005632)	ENSCHAG00000005641	ENSCHAG00000005660	mov10b.1 (ENSCHAG00000005748)	wnt2bb (ENSCHAG00000006681)	NEU3 (ENSCHAG00000006736) ##25	ENSCHAG00000006746	ENSCHAG00000006783 ##25	NEU3 (ENSCHAG00000006769) ##25	ENSCHAG00000006866 ##25	NEU3 (ENSCHAG00000006992) ##25	NEU3 (ENSCHAG00000007041) ##25	NEU3 (ENSCHAG00000007073) ##25	capza1b (ENSCHAG00000007166)	cttnbp2nlb (ENSCHAG00000007944)	ENSCHAG00000007954	ENSCHAG00000007961	kcnd3 (ENSCHAG00000000783)	ENSCHAG00000000955	scube3 (ENSCHAG00000001573)	ENSCHAG00000007454	ENSCHAG00000007477	ENSCHAG00000007985
Atlantic herring	MODERN SPECIES	20	ENSCHAG00000005602	ENSCHAG00000005615	ENSCHAG00000005621	TAFA3 (ENSCHAG00000005632)	ENSCHAG00000005641	ENSCHAG00000005660	mov10b.1 (ENSCHAG00000005748)	wnt2bb (ENSCHAG00000006681)	NEU3 (ENSCHAG00000006736) ##25	ENSCHAG00000006746	ENSCHAG00000006783 ##25	NEU3 (ENSCHAG00000006769) ##25	ENSCHAG00000006866 ##25	NEU3 (ENSCHAG00000006992) ##25	NEU3 (ENSCHAG00000007041) ##25	NEU3 (ENSCHAG00000007073) ##25	capza1b (ENSCHAG00000007166)	cttnbp2nlb (ENSCHAG00000007944)	ENSCHAG00000007954	ENSCHAG00000007961	kcnd3 (ENSCHAG00000000783)	ENSCHAG00000000955	scube3 (ENSCHAG00000001573)	ENSCHAG00000007454	ENSCHAG00000007477	ENSCHAG00000007985	ENSCHAG00000007996	stk35 (ENSCHAG00000008009)	pdyn (ENSCHAG00000008018)	GMEB2 (ENSCHAG00000008027)	RTEL1 (ENSCHAG00000008151)
Atlantic herring	DUPLICATION
Atlantic herring	MODERN SPECIES	20	zmynd12 (ENSCHAG00000005512)	slc16a1b (ENSCHAG00000005537)	ENSCHAG00000005566	ENSCHAG00000005596	ENSCHAG00000005602	ENSCHAG00000005615	ENSCHAG00000005621	TAFA3 (ENSCHAG00000005632)	ENSCHAG00000005641	ENSCHAG00000005660	mov10b.1 (ENSCHAG00000005748)	wnt2bb (ENSCHAG00000006681)	NEU3 (ENSCHAG00000006736) ##25	ENSCHAG00000006746	ENSCHAG00000006783 ##25	NEU3 (ENSCHAG00000006769) ##25	ENSCHAG00000006866 ##25	NEU3 (ENSCHAG00000006992) ##25	NEU3 (ENSCHAG00000007041) ##25	NEU3 (ENSCHAG00000007073) ##25	capza1b (ENSCHAG00000007166)	cttnbp2nlb (ENSCHAG00000007944)	ENSCHAG00000007954	ENSCHAG00000007961	kcnd3 (ENSCHAG00000000783)	ENSCHAG00000000955	scube3 (ENSCHAG00000001573)	ENSCHAG00000007454	ENSCHAG00000007477	ENSCHAG00000007985	ENSCHAG00000007996
Atlantic herring	MODERN SPECIES	20	PRDM2 (ENSCHAG00000005397)	FOXJ3 (ENSCHAG00000005424)	rimkla (ENSCHAG00000005458)	zmynd12 (ENSCHAG00000005512)	slc16a1b (ENSCHAG00000005537)	ENSCHAG00000005566	ENSCHAG00000005596	ENSCHAG00000005602	ENSCHAG00000005615	ENSCHAG00000005621	TAFA3 (ENSCHAG00000005632)	ENSCHAG00000005641	ENSCHAG00000005660	mov10b.1 (ENSCHAG00000005748)	wnt2bb (ENSCHAG00000006681)	NEU3 (ENSCHAG00000006736) ##25	ENSCHAG00000006746	ENSCHAG00000006783 ##25	NEU3 (ENSCHAG00000006769) ##25	ENSCHAG00000006866 ##25	NEU3 (ENSCHAG00000006992) ##25	NEU3 (ENSCHAG00000007041) ##25	NEU3 (ENSCHAG00000007073) ##25	capza1b (ENSCHAG00000007166)	cttnbp2nlb (ENSCHAG00000007944)	ENSCHAG00000007954	ENSCHAG00000007961	kcnd3 (ENSCHAG00000000783)	ENSCHAG00000000955	scube3 (ENSCHAG00000001573)	ENSCHAG00000007454
Atlantic herring	DUPLICATION
Atlantic herring	MODERN SPECIES	20	pdyn (ENSCHAG00000008018)	stk35 (ENSCHAG00000008009)	ENSCHAG00000007996	ENSCHAG00000007985	ENSCHAG00000007477	ENSCHAG00000007454	scube3 (ENSCHAG00000001573)	ENSCHAG00000000955	kcnd3 (ENSCHAG00000000783)	ENSCHAG00000007961	ENSCHAG00000007954	cttnbp2nlb (ENSCHAG00000007944)	capza1b (ENSCHAG00000007166)	NEU3 (ENSCHAG00000007073) ##25	NEU3 (ENSCHAG00000007041) ##25	NEU3 (ENSCHAG00000006992) ##25	ENSCHAG00000006866 ##25	NEU3 (ENSCHAG00000006769) ##25	ENSCHAG00000006783 ##25	ENSCHAG00000006746	NEU3 (ENSCHAG00000006736) ##25	wnt2bb (ENSCHAG00000006681)	mov10b.1 (ENSCHAG00000005748)	ENSCHAG00000005660	ENSCHAG00000005641	TAFA3 (ENSCHAG00000005632)	ENSCHAG00000005621	ENSCHAG00000005615	ENSCHAG00000005602	ENSCHAG00000005596	ENSCHAG00000005566
Atlantic herring	MODERN SPECIES	4	atp6v1ba (ENSCHAG00000023063)	shtn1 (ENSCHAG00000023623)	eno4 (ENSCHAG00000023646)	ENSCHAG00000023653	hspa12a (ENSCHAG00000023660)	PNLIPRP2 (ENSCHAG00000023673)	pitx3 (ENSCHAG00000023844)	GBF1 (ENSCHAG00000023858)	ENSCHAG00000024052	macroh2a2 (ENSCHAG00000024058)	ENSCHAG00000024065	hells (ENSCHAG00000024099)	atl2 (ENSCHAG00000024497)	galm (ENSCHAG00000024799)	DHX57 (ENSCHAG00000024807)	NEU3 (ENSCHAG00000024887) ##25	ENSCHAG00000024889	ENSCHAG00000024894	ENSCHAG00000024901	fgfr2 (ENSCHAG00000001587)	ATE1 (ENSCHAG00000008664)	lrrfip2 (ENSCHAG00000008980)	mlh1 (ENSCHAG00000009405)	ENSCHAG00000009520	ENSCHAG00000009536	HERC4 (ENSCHAG00000009628)	cox5b2 (ENSCHAG00000009837)	dnajc12 (ENSCHAG00000009852)	eif3s6ip (ENSCHAG00000009927)	cdh23 (ENSCHAG00000010209)	vsir (ENSCHAG00000013637)
Atlantic herring	MODERN SPECIES	20	GMEB2 (ENSCHAG00000008027)	pdyn (ENSCHAG00000008018)	stk35 (ENSCHAG00000008009)	ENSCHAG00000007996	ENSCHAG00000007985	ENSCHAG00000007477	ENSCHAG00000007454	scube3 (ENSCHAG00000001573)	ENSCHAG00000000955	kcnd3 (ENSCHAG00000000783)	ENSCHAG00000007961	ENSCHAG00000007954	cttnbp2nlb (ENSCHAG00000007944)	capza1b (ENSCHAG00000007166)	NEU3 (ENSCHAG00000007073) ##25	NEU3 (ENSCHAG00000007041) ##25	NEU3 (ENSCHAG00000006992) ##25	ENSCHAG00000006866 ##25	NEU3 (ENSCHAG00000006769) ##25	ENSCHAG00000006783 ##25	ENSCHAG00000006746	NEU3 (ENSCHAG00000006736) ##25	wnt2bb (ENSCHAG00000006681)	mov10b.1 (ENSCHAG00000005748)	ENSCHAG00000005660	ENSCHAG00000005641	TAFA3 (ENSCHAG00000005632)	ENSCHAG00000005621	ENSCHAG00000005615	ENSCHAG00000005602	ENSCHAG00000005596
Atlantic herring	MODERN SPECIES	4	DLK2 (ENSCHAG00000008913)	dnph1 (ENSCHAG00000009007)	mea1 (ENSCHAG00000009013)	ppp2r5d (ENSCHAG00000009027)	ENSCHAG00000009156	PPP2R5D (ENSCHAG00000009221)	ENSCHAG00000009343	CUL7 (ENSCHAG00000009408)	SYNDIG1 (ENSCHAG00000011053)	ENSCHAG00000011088	apmap (ENSCHAG00000011098)	ENSCHAG00000011129	TMEM26 (ENSCHAG00000011144)	ENSCHAG00000011149	ENSCHAG00000011222	NEU3 (ENSCHAG00000011227) ##25	ENSCHAG00000011234	ENSCHAG00000011264	ENSCHAG00000011300	ENSCHAG00000011317	ENSCHAG00000011338	ENSCHAG00000011356	ENSCHAG00000011366	ide (ENSCHAG00000011376)	marchf5 (ENSCHAG00000011612)	cpeb3 (ENSCHAG00000011779)	ENSCHAG00000011703	BTAF1 (ENSCHAG00000011990)	BTAF1 (ENSCHAG00000016105)	CCNJ (ENSCHAG00000016690)	ENSCHAG00000016699
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b ##25
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b ##25
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b ##25
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b ##25
Percomorphaceae_B	DUPLICATION
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c ##25
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c ##25
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c ##25
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00390000009016	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00390000012436.h	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.c ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b
Ballan wrasse	DUPLICATION
Ballan wrasse	DUPLICATION
Ballan wrasse	DUPLICATION
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	2727																NEU3 (ENSLBEG00000011833) ##25	NEU3 (ENSLBEG00000011852) ##25	ENSLBEG00000011868
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	287									NFIX (ENSLBEG00000021105)	rnf11a (ENSLBEG00000021032)	HMOX1 (ENSLBEG00000021015)	ENSLBEG00000020993	ENSLBEG00000020977	NEU3 (ENSLBEG00000020961) ##25	NEU3 (ENSLBEG00000020949) ##25	NEU3 (ENSLBEG00000020937) ##25	NEU3 (ENSLBEG00000020919) ##25	ENSLBEG00000020905	ENSLBEG00000020889	fdx2 (ENSLBEG00000020878)	s1pr5b (ENSLBEG00000020859)	keap1b (ENSLBEG00000020837)	ENSLBEG00000020827	CDKN2D (ENSLBEG00000020818)	ap1m2 (ENSLBEG00000020783)	ENSLBEG00000020752	SMARCA4 (ENSLBEG00000020655)	atg4da (ENSLBEG00000020609)	MAST1 (ENSLBEG00000020537)	rnaseh2a (ENSLBEG00000020494)	ENSLBEG00000020466
Ballan wrasse	DUPLICATION
Ballan wrasse	DUPLICATION
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	2727															NEU3 (ENSLBEG00000011833) ##25	NEU3 (ENSLBEG00000011852) ##25	ENSLBEG00000011868
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	287								NFIX (ENSLBEG00000021105)	rnf11a (ENSLBEG00000021032)	HMOX1 (ENSLBEG00000021015)	ENSLBEG00000020993	ENSLBEG00000020977	NEU3 (ENSLBEG00000020961) ##25	NEU3 (ENSLBEG00000020949) ##25	NEU3 (ENSLBEG00000020937) ##25	NEU3 (ENSLBEG00000020919) ##25	ENSLBEG00000020905	ENSLBEG00000020889	fdx2 (ENSLBEG00000020878)	s1pr5b (ENSLBEG00000020859)	keap1b (ENSLBEG00000020837)	ENSLBEG00000020827	CDKN2D (ENSLBEG00000020818)	ap1m2 (ENSLBEG00000020783)	ENSLBEG00000020752	SMARCA4 (ENSLBEG00000020655)	atg4da (ENSLBEG00000020609)	MAST1 (ENSLBEG00000020537)	rnaseh2a (ENSLBEG00000020494)	ENSLBEG00000020466	ENSLBEG00000020228
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	287											NFIX (ENSLBEG00000021105)	rnf11a (ENSLBEG00000021032)	HMOX1 (ENSLBEG00000021015)	ENSLBEG00000020993	ENSLBEG00000020977	NEU3 (ENSLBEG00000020961) ##25	NEU3 (ENSLBEG00000020949) ##25	NEU3 (ENSLBEG00000020937) ##25	NEU3 (ENSLBEG00000020919) ##25	ENSLBEG00000020905	ENSLBEG00000020889	fdx2 (ENSLBEG00000020878)	s1pr5b (ENSLBEG00000020859)	keap1b (ENSLBEG00000020837)	ENSLBEG00000020827	CDKN2D (ENSLBEG00000020818)	ap1m2 (ENSLBEG00000020783)	ENSLBEG00000020752	SMARCA4 (ENSLBEG00000020655)	atg4da (ENSLBEG00000020609)	MAST1 (ENSLBEG00000020537)
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	287										NFIX (ENSLBEG00000021105)	rnf11a (ENSLBEG00000021032)	HMOX1 (ENSLBEG00000021015)	ENSLBEG00000020993	ENSLBEG00000020977	NEU3 (ENSLBEG00000020961) ##25	NEU3 (ENSLBEG00000020949) ##25	NEU3 (ENSLBEG00000020937) ##25	NEU3 (ENSLBEG00000020919) ##25	ENSLBEG00000020905	ENSLBEG00000020889	fdx2 (ENSLBEG00000020878)	s1pr5b (ENSLBEG00000020859)	keap1b (ENSLBEG00000020837)	ENSLBEG00000020827	CDKN2D (ENSLBEG00000020818)	ap1m2 (ENSLBEG00000020783)	ENSLBEG00000020752	SMARCA4 (ENSLBEG00000020655)	atg4da (ENSLBEG00000020609)	MAST1 (ENSLBEG00000020537)	rnaseh2a (ENSLBEG00000020494)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00390000009016	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00390000012436.h	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.c ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.b	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00390000009016	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00390000012436.h	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.c ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000166223.b.b.a.b.b	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00390000009016	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00390000012436.h	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.c ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Channel bull blenny	MODERN SPECIES		ENSCGOG00000021740	ENSCGOG00000021738	ENSCGOG00000021737	ENSCGOG00000021735	elof1 (ENSCGOG00000021727)	pld6 (ENSCGOG00000021726)	ENSCGOG00000021724	tspan34 (ENSCGOG00000021722)	dand5 (ENSCGOG00000021720)	NFIX (ENSCGOG00000021693)	rnf11a (ENSCGOG00000021688)	HMOX1 (ENSCGOG00000021690)	ENSCGOG00000021685	ENSCGOG00000021681	ENSCGOG00000021679	NEU3 (ENSCGOG00000021678) ##25	ENSCGOG00000021677	ENSCGOG00000021676	fdx2 (ENSCGOG00000021674)	s1pr5b (ENSCGOG00000021673)	keap1b (ENSCGOG00000021671)	ENSCGOG00000021669	CDKN2D (ENSCGOG00000021666)	ap1m2 (ENSCGOG00000021610)	ENSCGOG00000021526	SMARCA4 (ENSCGOG00000020723)	atg4da (ENSCGOG00000020669)	MAST1 (ENSCGOG00000020651)	rnaseh2a (ENSCGOG00000020614)	SOX10 (ENSCGOG00000020612)	ENSCGOG00000020610
Pike perch	MODERN SPECIES	69	ENSSLUG00000024805	ENSSLUG00000024802	ENSSLUG00000024800	ENSSLUG00000024798	PLPPR2 (ENSSLUG00000024794)	elof1 (ENSSLUG00000024791)	pld6 (ENSSLUG00000024790)	RAB3D (ENSSLUG00000024787)	tspan34 (ENSSLUG00000024786)	dand5 (ENSSLUG00000024784)	NFIX (ENSSLUG00000024749)	rnf11a (ENSSLUG00000024737)	HMOX1 (ENSSLUG00000024735)	ENSSLUG00000024733	ENSSLUG00000024731	NEU3 (ENSSLUG00000024708) ##25	ENSSLUG00000024698	ENSSLUG00000024697	fdx2 (ENSSLUG00000024696)	s1pr5b (ENSSLUG00000024694)	keap1b (ENSSLUG00000024692)	ENSSLUG00000024687	CDKN2D (ENSSLUG00000024686)	ap1m2 (ENSSLUG00000024580)	ENSSLUG00000023970	SMARCA4 (ENSSLUG00000016006)	atg4da (ENSSLUG00000015299)	MAST1 (ENSSLUG00000015278)	ENSSLUG00000015266	rnaseh2a (ENSSLUG00000015229)	SOX10 (ENSSLUG00000015215)
Eupecaria_C	DUPLICATION
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c.c ##25
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c.c ##25
Large yellow croaker	DUPLICATION
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	481	ENSLCRG00005002391	elof1 (ENSLCRG00005002398)	ENSLCRG00005002427	ENSLCRG00005002433	ENSLCRG00005002436	tspan34 (ENSLCRG00005002441)	dand5 (ENSLCRG00005002448)	NFIX (ENSLCRG00005002487)	rnf11a (ENSLCRG00005002528)	HMOX1 (ENSLCRG00005002532)	ENSLCRG00005002538	ENSLCRG00005002542	ENSLCRG00005002548	NEU3 (ENSLCRG00005002553) ##25	ENSLCRG00005002559 ##25	NEU3 (ENSLCRG00005002612) ##25	ENSLCRG00005002614	ENSLCRG00005002617	fdx2 (ENSLCRG00005002620)	s1pr5b (ENSLCRG00005002624)	keap1 (ENSLCRG00005002628)	ENSLCRG00005002636	CDKN2D (ENSLCRG00005002639)	ap1m2 (ENSLCRG00005002656)	ENSLCRG00005002982	SMARCA4 (ENSLCRG00005007894)	atg4da (ENSLCRG00005008780)	MAST1 (ENSLCRG00005008792)	rnaseh2a (ENSLCRG00005009186)	SOX10 (ENSLCRG00005009213)	KCNJ4 (ENSLCRG00005009214)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	481	ENSLCRG00005002380	ENSLCRG00005002391	elof1 (ENSLCRG00005002398)	ENSLCRG00005002427	ENSLCRG00005002433	ENSLCRG00005002436	tspan34 (ENSLCRG00005002441)	dand5 (ENSLCRG00005002448)	NFIX (ENSLCRG00005002487)	rnf11a (ENSLCRG00005002528)	HMOX1 (ENSLCRG00005002532)	ENSLCRG00005002538	ENSLCRG00005002542	ENSLCRG00005002548	NEU3 (ENSLCRG00005002553) ##25	ENSLCRG00005002559 ##25	NEU3 (ENSLCRG00005002612) ##25	ENSLCRG00005002614	ENSLCRG00005002617	fdx2 (ENSLCRG00005002620)	s1pr5b (ENSLCRG00005002624)	keap1 (ENSLCRG00005002628)	ENSLCRG00005002636	CDKN2D (ENSLCRG00005002639)	ap1m2 (ENSLCRG00005002656)	ENSLCRG00005002982	SMARCA4 (ENSLCRG00005007894)	atg4da (ENSLCRG00005008780)	MAST1 (ENSLCRG00005008792)	rnaseh2a (ENSLCRG00005009186)	SOX10 (ENSLCRG00005009213)
European seabass	MODERN SPECIES	13	kcnv2b (ENSDLAG00005010981)	atp5meb (ENSDLAG00005030491)	ENSDLAG00005010968	ENSDLAG00005010869	tnksb (ENSDLAG00005009305)	ENSDLAG00005009263	ENSDLAG00005033234	ENSDLAG00005031209	ENSDLAG00005021307	ENSDLAG00005004913	ENSDLAG00005002465	ENSDLAG00005020194	ENSDLAG00005011240	ENSDLAG00005012613	ENSDLAG00005006453	ENSDLAG00005026736 ##25	ENSDLAG00005034226	ENSDLAG00005031726	ENSDLAG00005026786	ENSDLAG00005031494	ENSDLAG00005030020	ENSDLAG00005015725	ENSDLAG00005031691	ENSDLAG00005035060	ENSDLAG00005031343	ENSDLAG00005031016	ALKBH2 (ENSDLAG00005030401)	UNG (ENSDLAG00005033372)	USP30 (ENSDLAG00005033342)	SVOP (ENSDLAG00005034860)	DAO (ENSDLAG00005034828)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00390000009016	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00390000012436.h	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.c.d ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.b	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00390000012436.h	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.c.d ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b
European seabass	MODERN SPECIES	20	ENSDLAG00005035100	ENSDLAG00005034675	ENSDLAG00005007949	ENSDLAG00005007954	ENSDLAG00005033110	ENSDLAG00005029455	ENSDLAG00005007991	ENSDLAG00005008025	ENSDLAG00005021936	ENSDLAG00005008056	ENSDLAG00005030170	ENSDLAG00005008075	ENSDLAG00005031386	ENSDLAG00005008204	ENSDLAG00005032780	ENSDLAG00005008225 ##25	ENSDLAG00005008231 ##25	ENSDLAG00005008241	ENSDLAG00005029476	s1pr5b (ENSDLAG00005035010)	keap1b (ENSDLAG00005008271)	ENSDLAG00005008311	ap1m2 (ENSDLAG00005008335)	ENSDLAG00005008870	ENSDLAG00005009156	ENSDLAG00005009447	ENSDLAG00005009485	ENSDLAG00005010262	ENSDLAG00005010273	ENSDLAG00005010276	ENSDLAG00005010277
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	481	ENSLCRG00005016988	ENSLCRG00005002380	ENSLCRG00005002391	elof1 (ENSLCRG00005002398)	ENSLCRG00005002427	ENSLCRG00005002433	ENSLCRG00005002436	tspan34 (ENSLCRG00005002441)	dand5 (ENSLCRG00005002448)	NFIX (ENSLCRG00005002487)	rnf11a (ENSLCRG00005002528)	HMOX1 (ENSLCRG00005002532)	ENSLCRG00005002538	ENSLCRG00005002542	ENSLCRG00005002548	NEU3 (ENSLCRG00005002553) ##25	ENSLCRG00005002559 ##25	NEU3 (ENSLCRG00005002612) ##25	ENSLCRG00005002614	ENSLCRG00005002617	fdx2 (ENSLCRG00005002620)	s1pr5b (ENSLCRG00005002624)	keap1 (ENSLCRG00005002628)	ENSLCRG00005002636	CDKN2D (ENSLCRG00005002639)	ap1m2 (ENSLCRG00005002656)	ENSLCRG00005002982	SMARCA4 (ENSLCRG00005007894)	atg4da (ENSLCRG00005008780)	MAST1 (ENSLCRG00005008792)	rnaseh2a (ENSLCRG00005009186)
Gilthead seabream	MODERN SPECIES		ENSSAUG00010003888	ENSSAUG00010003885	ENSSAUG00010003882	palm3 (ENSSAUG00010003874)	ENSSAUG00010003869	elof1 (ENSSAUG00010003841)	pld6 (ENSSAUG00010003834)	ENSSAUG00010003832	tspan34 (ENSSAUG00010003831)	dand5 (ENSSAUG00010003827)	NFIX (ENSSAUG00010003122)	rnf11a (ENSSAUG00010003075)	HMOX1 (ENSSAUG00010003067)	ENSSAUG00010003063	ENSSAUG00010003057	NEU3 (ENSSAUG00010003053) ##25	ENSSAUG00010003043	fdx2 (ENSSAUG00010003033)	s1pr5b (ENSSAUG00010003030)	keap1b (ENSSAUG00010003018)	ENSSAUG00010003007	CDKN2D (ENSSAUG00010002999)	ap1m2 (ENSSAUG00010025874)	ENSSAUG00010025464	SMARCA4 (ENSSAUG00010025426)	atg4da (ENSSAUG00010025418)	MAST1 (ENSSAUG00010025373)	rnaseh2a (ENSSAUG00010025366)	SOX10 (ENSSAUG00010025364)	KCNJ4 (ENSSAUG00010025363)	ENSSAUG00010025362
Ovalentaria	DUPLICATION
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00550000074946	ENSGT00940000158107.a.a	ENSGT00940000165717	ENSGT01030000234539.b.b.a.i	ENSGT00390000003652.d	ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158973.a.b	ENSGT00940000158444	ENSGT00390000011179	ENSGT00940000165439	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000167350	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000170783	ENSGT00940000161102	ENSGT00950000182944.A.b.c.e ##25	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000180156	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00940000180245	ENSGT00940000165322	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00390000012355.A.a.a.b	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT01030000235069	ENSGT00550000074856.c.a
Atherinomorphae	DUPLICATION
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00550000074946	ENSGT00940000158107.a.a	ENSGT00940000165717	ENSGT01030000234539.b.b.a.i	ENSGT00390000003652.d	ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158973.a.b	ENSGT00940000158444	ENSGT00390000011179	ENSGT00940000165439	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000167350	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000170783	ENSGT00940000161102	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a ##25	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00940000180245	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00390000012355.A.a.a.b	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT01030000235069	ENSGT00550000074856.c.a	ENSGT00950000182869.e.b.g.b	ENSGT00950000182888.b
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00550000074946	ENSGT00940000158107.a.a	ENSGT00940000165717	ENSGT01030000234539.b.b.a.i	ENSGT00390000003652.d	ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158973.a.b	ENSGT00940000158444	ENSGT00390000011179	ENSGT00940000165439	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000167350	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000170783	ENSGT00940000161102	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a ##25	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00390000012355.A.a.a.b	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT00550000074856.c.a	ENSGT00950000182869.e.b.g.b	ENSGT00950000182888.b	ENSGT00500000044909	ENSGT00950000183174.A
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00550000074946	ENSGT00940000158107.a.a	ENSGT00940000165717	ENSGT01030000234539.b.b.a.i	ENSGT00390000003652.d	ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158973.a.b	ENSGT00940000158444	ENSGT00390000011179	ENSGT00940000165439	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000167350	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000170783	ENSGT00940000161102	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a ##25	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000155679.d
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00550000074946	ENSGT00940000158107.a.a	ENSGT00940000165894.a	ENSGT01030000234539.b.b.a.i	ENSGT00390000003652.d	ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158973.a.b	ENSGT00940000158444	ENSGT00390000011179	ENSGT00940000165439	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000167350	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000170783	ENSGT00940000161102	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a ##25	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00550000074856.c.a	ENSGT01030000235069	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00390000012355.A.a.a.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.g	ENSGT00950000182888.b	ENSGT00500000044909
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00550000074946	ENSGT00940000158107.a.a	ENSGT00940000165894.a	ENSGT01030000234539.b.b.a.i	ENSGT00390000003652.d	ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158973.a.b	ENSGT00940000158444	ENSGT00390000011179	ENSGT00940000165439	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000167350	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000170783	ENSGT00940000161102	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a ##25	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a.d ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a.c.a ##25	ENSGT00550000074856.c.a	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00390000012355.A.a.a.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.g	ENSGT00950000182888.b
NAME_6	DUPLICATION
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	108	ENSGT00550000074946	ENSGT00940000158107.a.a	ENSGT00940000165894.a	ENSGT01030000234539.b.b.a.i	ENSGT00390000003652.d	ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158973.a.b	ENSGT00940000158444	ENSGT00390000011179	ENSGT00940000165439	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000167350	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000170783	ENSGT00940000161102	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a.a ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a.b ##25	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a.d ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a.c.a ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.b ##25	ENSGT00950000183116.b.a.a.b.a.b.n.a.a.b	ENSGT00550000074856.c.a	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00730000110989.c.a
Amazon molly	MODERN SPECIES	541	ppiaa (ENSPFOG00000018678)	ZMIZ2 (ENSPFOG00000024097)	ZMIZ2 (ENSPFOG00000018681)	ENSPFOG00000018694	OGDH (ENSPFOG00000018716)	CAMK2B (ENSPFOG00000018758)	nudcd3 (ENSPFOG00000018763)	mrps24 (ENSPFOG00000018768)	ENSPFOG00000023688	gnsb (ENSPFOG00000018781)	polm (ENSPFOG00000018795)	ved (ENSPFOG00000024366)	PURB (ENSPFOG00000018825)	ENSPFOG00000018826	ENSPFOG00000018829	ENSPFOG00000018845 ##25	ENSPFOG00000018848 ##25	CNNM4 (ENSPFOG00000018852)	ENSPFOG00000018869	ENSPFOG00000024166	UBE2L5 (ENSPFOG00000018894)	ckmt2a (ENSPFOG00000018900)	RASGRF2 (ENSPFOG00000023910)
Sailfin molly	MODERN SPECIES	273	ddx56 (ENSPLAG00000019208)	DUSP26 (ENSPLAG00000019165)	ppiaa (ENSPLAG00000019152)	ZMIZ2 (ENSPLAG00000019121)	ENSPLAG00000018937	OGDH (ENSPLAG00000018929)	CAMK2B (ENSPLAG00000018826)	nudcd3 (ENSPLAG00000016981)	mrps24 (ENSPLAG00000016975)	gnsb (ENSPLAG00000000789)	polm (ENSPLAG00000016963)	ved (ENSPLAG00000016631)	PURB (ENSPLAG00000016620)	ENSPLAG00000016613	ENSPLAG00000016599	ENSPLAG00000016542 ##25
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	108	ENSGT00940000158107.a.a	ENSGT00940000165894.a	ENSGT01030000234539.b.b.a.i	ENSGT00390000003652.d	ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158973.a.b	ENSGT00940000158444	ENSGT00390000011179	ENSGT00940000165439	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000167350	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000170783	ENSGT00940000161102	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a.a ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a.b ##25	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a.d ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a.c.a ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.b ##25	ENSGT00950000183116.b.a.a.b.a.b.n.a.a.b	ENSGT00550000074856.c.a	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00390000012355.A.a.a.b
Amazon molly	MODERN SPECIES	541	ZMIZ2 (ENSPFOG00000024097)	ZMIZ2 (ENSPFOG00000018681)	ENSPFOG00000018694	OGDH (ENSPFOG00000018716)	CAMK2B (ENSPFOG00000018758)	nudcd3 (ENSPFOG00000018763)	mrps24 (ENSPFOG00000018768)	ENSPFOG00000023688	gnsb (ENSPFOG00000018781)	polm (ENSPFOG00000018795)	ved (ENSPFOG00000024366)	PURB (ENSPFOG00000018825)	ENSPFOG00000018826	ENSPFOG00000018829	ENSPFOG00000018845 ##25	ENSPFOG00000018848 ##25	CNNM4 (ENSPFOG00000018852)	ENSPFOG00000018869	ENSPFOG00000024166	UBE2L5 (ENSPFOG00000018894)	ckmt2a (ENSPFOG00000018900)	RASGRF2 (ENSPFOG00000023910)
Sailfin molly	MODERN SPECIES	1929																ENSPLAG00000011782 ##25	CNNM4 (ENSPLAG00000011761)	ENSPLAG00000011618	ENSPLAG00000011591	UBE2L5 (ENSPLAG00000011582)	ckmt2a (ENSPLAG00000011572)	RASGRF2 (ENSPLAG00000011541)
Guppy	MODERN SPECIES	442	ddx56 (ENSPREG00000015142)	DUSP26 (ENSPREG00000015207)	ppiaa (ENSPREG00000015219)	ZMIZ2 (ENSPREG00000015239)	ENSPREG00000015269	OGDH (ENSPREG00000015295)	CAMK2B (ENSPREG00000015332)	nudcd3 (ENSPREG00000015381)	mrps24 (ENSPREG00000015401)	gnsb (ENSPREG00000015426)	polm (ENSPREG00000015468)	ved (ENSPREG00000015482)	PURB (ENSPREG00000015491)	ENSPREG00000015501	ENSPREG00000015517	NEU3 (ENSPREG00000015543) ##25	CNNM4 (ENSPREG00000015553)	ENSPREG00000015579	ENSPREG00000015611	UBE2L5 (ENSPREG00000015634)	ckmt2a (ENSPREG00000015649)	RASGRF2 (ENSPREG00000015734)	ENSPREG00000015971 ##25	ENSPREG00000016017 ##25	ENSPREG00000016047 ##25	SLC25A1 (ENSPREG00000016126)	pi4kaa (ENSPREG00000016173)	MARVELD2 (ENSPREG00000016287)	oclna (ENSPREG00000016314)	ENSPREG00000016333	ENSPREG00000016338
Platyfish	MODERN SPECIES	22	aebp1a (ENSXMAG00000018732)	ddx56 (ENSXMAG00000018749)	DUSP26 (ENSXMAG00000018766)	ENSXMAG00000018774	ENSXMAG00000018813	ENSXMAG00000018821	CAMK2B (ENSXMAG00000025444)	nudcd3 (ENSXMAG00000018966)	mrps24 (ENSXMAG00000018973)	gnsb (ENSXMAG00000018977)	polm (ENSXMAG00000001138)	ved (ENSXMAG00000001165)	PURB (ENSXMAG00000020285)	ENSXMAG00000001168	ENSXMAG00000001176	NEU3 (ENSXMAG00000001188) ##25	CNNM4 (ENSXMAG00000001195)	ENSXMAG00000001208	ENSXMAG00000021071	UBE2L5 (ENSXMAG00000001950)	ckmt2a (ENSXMAG00000001254)	RASGRF2 (ENSXMAG00000001285)	ENSXMAG00000026627 ##25	ENSXMAG00000029262 ##25	ENSXMAG00000022816 ##25	ENSXMAG00000023874 ##25	ENSXMAG00000021503	NEU3 (ENSXMAG00000024524) ##25	SLC25A1 (ENSXMAG00000004598)	ENSXMAG00000028527	pi4kaa (ENSXMAG00000004531)
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	238					ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158973.a.b	ENSGT00940000156481.b	ENSGT00940000158444	ENSGT00390000011179	ENSGT00940000165439	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000167350	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000170783	ENSGT00940000161102	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a ##25	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000155679.d
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	951								ENSCVAG00000004648	mrps24 (ENSCVAG00000004623)	gnsb (ENSCVAG00000004612)	ENSCVAG00000004593	ved (ENSCVAG00000004583)	PURB (ENSCVAG00000004571)	ENSCVAG00000004566	ENSCVAG00000004554	NEU3 (ENSCVAG00000004528) ##25	CNNM4 (ENSCVAG00000004523)
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	73	ENSGT00550000074946	ENSGT00940000158107.a.a	ENSGT00940000165717	ENSGT01030000234539.b.b.a.i	ENSGT00390000003652.d	ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158973.a.b	ENSGT00940000158444	ENSGT00390000011179	ENSGT00940000165439	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000167350	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000170783	ENSGT00940000161102	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a ##25	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00390000012355.A.a.a.b	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00550000074798.a.a
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	171	ddx56 (ENSKMAG00000016611)	DUSP26 (ENSKMAG00000016585)	ppiab (ENSKMAG00000016574)	ZMIZ2 (ENSKMAG00000016518)	ENSKMAG00000016483	OGDH (ENSKMAG00000016415)	CAMK2B (ENSKMAG00000016336)	nudcd3 (ENSKMAG00000016295)	mrps24 (ENSKMAG00000016276)	gnsb (ENSKMAG00000016225)	polm (ENSKMAG00000016194)	ved (ENSKMAG00000016182)	PURB (ENSKMAG00000016170)	ENSKMAG00000016156	ENSKMAG00000016143	NEU3 (ENSKMAG00000016130) ##25	CNNM4 (ENSKMAG00000016094)	ENSKMAG00000016058	ENSKMAG00000016036	ENSKMAG00000016019	ckmt2a (ENSKMAG00000015989)	RASGRF2 (ENSKMAG00000015947)
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155411.d	ENSGT00940000157492.a	ENSGT00940000157995	ENSGT00940000159267	ENSGT00390000003652.d	ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158973.a.b	ENSGT00940000158444	ENSGT00390000011179	ENSGT00940000165439	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000167350	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000170783	ENSGT00940000161102	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a ##25	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00940000180245	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00390000012355.A.a.a.b	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT01030000235069	ENSGT00550000074856.c.a	ENSGT00950000182869.e.b.g.b	ENSGT00950000182888.b
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155411.d	ENSGT00940000157492.a	ENSGT00940000157995	ENSGT00940000159267	ENSGT00390000003652.d	ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158973.a.b	ENSGT00940000158444	ENSGT00390000011179	ENSGT00940000165439	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000167350	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000170783	ENSGT00940000161102	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a ##25	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00940000180245	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00390000012355.A.a.a.b	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT01030000235069	ENSGT00550000074856.c.a	ENSGT00950000182869.e.b.g.b	ENSGT00950000182888.b
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	3	ENSORLG00000001039	ENSORLG00000025995	cetn3 (ENSORLG00000001027)	HAPLN1 (ENSORLG00000001020)	ENSORLG00000000992	ENSORLG00000000979	ENSORLG00000000900	nudcd3 (ENSORLG00000000883)	mrps24 (ENSORLG00000000867)	gnsb (ENSORLG00000000857)	polm (ENSORLG00000000840)	ved (ENSORLG00000023823)	PURB (ENSORLG00000000837)	ENSORLG00000024863	CNNM3 (ENSORLG00000000826)	neu3b (ENSORLG00000000809) ##25	ENSORLG00000000803	ENSORLG00000000795	ENSORLG00000000778	UBE2L5 (ENSORLG00000000771)	ENSORLG00000026985	ckmt2a (ENSORLG00000000769)	ENSORLG00000000753	ENSORLG00000000675	oclna (ENSORLG00000000668)	ENSORLG00000000652	ENSORLG00000023950	ENSORLG00000025597	ENSORLG00000027140	SLC25A1 (ENSORLG00000000564)	ENSORLG00000000548
Chinese medaka	MODERN SPECIES	1218								cetn3 (ENSOSIG00000016178)	HAPLN1 (ENSOSIG00000016179)	ENSOSIG00000016181	CAMK2B (ENSOSIG00000016468)	nudcd3 (ENSOSIG00000022147)	mrps24 (ENSOSIG00000022149)	ENSOSIG00000022151	CNNM3 (ENSOSIG00000022152)	NEU3 (ENSOSIG00000022153) ##25	ENSOSIG00000022155	tor4aa (ENSOSIG00000022157)	ENSOSIG00000022160	SLC25A1 (ENSOSIG00000022165)	MARVELD2 (ENSOSIG00000022193)	ANKRD34B (ENSOSIG00000022197)	RASGRF2 (ENSOSIG00000022236)	ckmt2a (ENSOSIG00000022294)	UBE2L5 (ENSOSIG00000022304)
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155411.d	ENSGT00940000157492.a	ENSGT00940000157995	ENSGT00940000159267	ENSGT00390000003652.d	ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158973.a.b	ENSGT00940000158444	ENSGT00390000011179	ENSGT00940000165439	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000167350	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000170783	ENSGT00940000161102	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a ##25	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00940000180245	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00390000012355.A.a.a.b	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT01030000235069	ENSGT00550000074856.c.a	ENSGT00950000182869.e.b.g.b	ENSGT00950000182888.b
Indian medaka	MODERN SPECIES	30	ENSOMEG00000022855	ENSOMEG00000022880	cetn3 (ENSOMEG00000022901)	HAPLN1 (ENSOMEG00000022929)	ENSOMEG00000022943	OGDH (ENSOMEG00000022964)	CAMK2B (ENSOMEG00000022992)	nudcd3 (ENSOMEG00000023012)	mrps24 (ENSOMEG00000023018)	gnsb (ENSOMEG00000023040)	polm (ENSOMEG00000000622)	ved (ENSOMEG00000023061)	PURB (ENSOMEG00000023076)	ENSOMEG00000023083	CNNM3 (ENSOMEG00000023101)	ENSOMEG00000023108 ##25	CNNM4 (ENSOMEG00000023126)	ENSOMEG00000023165	ENSOMEG00000023202	UBE2L5 (ENSOMEG00000023226)	ENSOMEG00000023229	ckmt2a (ENSOMEG00000023240)	RASGRF2 (ENSOMEG00000023256)	ENSOMEG00000000814	oclna (ENSOMEG00000023280)	MARVELD2 (ENSOMEG00000000815)	ENSOMEG00000023307	ENSOMEG00000023313	ENSOMEG00000023317	SLC25A1 (ENSOMEG00000023335)	VDAC3 (ENSOMEG00000023354)
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	3	ENSOJAG00000015538	ENSOJAG00000015981	ENSOJAG00000016196	mef2ca (ENSOJAG00000016218)	cetn3 (ENSOJAG00000016238)	HAPLN1 (ENSOJAG00000016279)	CAMK2B (ENSOJAG00000016481)	nudcd3 (ENSOJAG00000018366)	mrps24 (ENSOJAG00000018463)	gnsb (ENSOJAG00000018474)	polm (ENSOJAG00000018627)	ved (ENSOJAG00000018684)	PURB (ENSOJAG00000018690)	ENSOJAG00000018697	ENSOJAG00000001664	NEU3 (ENSOJAG00000001701) ##25	CNNM4 (ENSOJAG00000001764)	ENSOJAG00000001854	UBE2L5 (ENSOJAG00000002232)	ckmt2a (ENSOJAG00000002248)	RASGRF2 (ENSOJAG00000002297)	ENSOJAG00000002439	ENSOJAG00000002450	ENSOJAG00000002454	oclna (ENSOJAG00000002475)	ENSOJAG00000002491	MARVELD2 (ENSOJAG00000002502)	SLC25A1 (ENSOJAG00000003504)	zgc:56235 (ENSOJAG00000003581)	tor4aa (ENSOJAG00000004020)	brap (ENSOJAG00000004054)
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.b ##25
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.b ##25
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.b ##25
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.b ##25
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.b ##25
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	108	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000167350	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000170783	ENSGT00940000161102	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a.a ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a.b ##25	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a.d ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a.c.a ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.b ##25	ENSGT00950000183116.b.a.a.b.a.b.n.a.a.b	ENSGT00550000074856.c.a	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00390000012355.A.a.a.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.g	ENSGT00950000182888.b	ENSGT00500000044909	ENSGT00950000183174.A	ENSGT00940000155101.e	ENSGT00580000081898.b	ENSGT00940000165179.a	ENSGT00940000157468.b.f	ENSGT00940000153876.B
Amazon molly	DUPLICATION
Amazon molly	MODERN SPECIES	1265																NEU3 (ENSPFOG00000018812) ##25
Amazon molly	MODERN SPECIES	686														RASGRF2 (ENSPFOG00000024630)	ENSPFOG00000007196 ##25	NEU3 (ENSPFOG00000007202) ##25	ENSPFOG00000007218	SLC25A1 (ENSPFOG00000007275)	pi4kaa (ENSPFOG00000007319)	MARVELD2 (ENSPFOG00000024364)	oclna (ENSPFOG00000008118)	ENSPFOG00000008246	ENSPFOG00000008256	tor4aa (ENSPFOG00000008373)	NAA25 (ENSPFOG00000008401)	pitpnb (ENSPFOG00000008804)	ENSPFOG00000008906	ENSPFOG00000024572	pla2g3 (ENSPFOG00000009301)	ENSPFOG00000009351	ptpn11a (ENSPFOG00000009691)
Sailfin molly	DUPLICATION
Sailfin molly	MODERN SPECIES	241														ENSPLAG00000021644 ##25	NEU3 (ENSPLAG00000021637) ##25	NEU3 (ENSPLAG00000021631) ##25	NEU3 (ENSPLAG00000021617) ##25	ENSPLAG00000021603	SLC25A1 (ENSPLAG00000021594)	pi4kaa (ENSPLAG00000021572)	MARVELD2 (ENSPLAG00000021488)	oclna (ENSPLAG00000021455)	ENSPLAG00000021443	ENSPLAG00000021433	tor4aa (ENSPLAG00000021408)	brap (ENSPLAG00000021393)	NAA25 (ENSPLAG00000021358)	pitpnb (ENSPLAG00000021281)	ENSPLAG00000021251	pla2g3 (ENSPLAG00000021236)	ENSPLAG00000021204
Sailfin molly	MODERN SPECIES	241													ENSPLAG00000021644 ##25	NEU3 (ENSPLAG00000021637) ##25	NEU3 (ENSPLAG00000021631) ##25	NEU3 (ENSPLAG00000021617) ##25	ENSPLAG00000021603	SLC25A1 (ENSPLAG00000021594)	pi4kaa (ENSPLAG00000021572)	MARVELD2 (ENSPLAG00000021488)	oclna (ENSPLAG00000021455)	ENSPLAG00000021443	ENSPLAG00000021433	tor4aa (ENSPLAG00000021408)	brap (ENSPLAG00000021393)	NAA25 (ENSPLAG00000021358)	pitpnb (ENSPLAG00000021281)	ENSPLAG00000021251	pla2g3 (ENSPLAG00000021236)	ENSPLAG00000021204	ptpn11a (ENSPLAG00000021184)
Platyfish	MODERN SPECIES	22	PURB (ENSXMAG00000020285)	ENSXMAG00000001168	ENSXMAG00000001176	NEU3 (ENSXMAG00000001188) ##25	CNNM4 (ENSXMAG00000001195)	ENSXMAG00000001208	ENSXMAG00000021071	UBE2L5 (ENSXMAG00000001950)	ckmt2a (ENSXMAG00000001254)	RASGRF2 (ENSXMAG00000001285)	ENSXMAG00000026627 ##25	ENSXMAG00000029262 ##25	ENSXMAG00000022816 ##25	ENSXMAG00000023874 ##25	ENSXMAG00000021503	NEU3 (ENSXMAG00000024524) ##25	SLC25A1 (ENSXMAG00000004598)	ENSXMAG00000028527	pi4kaa (ENSXMAG00000004531)	MARVELD2 (ENSXMAG00000004516)	oclna (ENSXMAG00000004510)	ANKRD34B (ENSXMAG00000019595)	VDAC3 (ENSXMAG00000004494)	tor4aa (ENSXMAG00000004491)	brap (ENSXMAG00000005915)	NAA25 (ENSXMAG00000005930)	pitpnb (ENSXMAG00000030067)	ENSXMAG00000004477	pla2g3 (ENSXMAG00000004476)	ENSXMAG00000029628	ENSXMAG00000025197
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.b ##25
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	1893														oclna (ENSCVAG00000007578)	ENSCVAG00000000206	NEU3 (ENSCVAG00000007505) ##25	ENSCVAG00000007493
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.b ##25
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1611	NUDCD3 (ENSNFUG00015012047)	MRPS24 (ENSNFUG00015012040)	gnsb (ENSNFUG00015011217)	polm (ENSNFUG00015011030)	ved (ENSNFUG00015010913)	PURB (ENSNFUG00015010894)	ENSNFUG00015010889	ENSNFUG00015010886	CNNM4 (ENSNFUG00015010649)	ENSNFUG00015010493	ENSNFUG00015010366	ENSNFUG00015010340	UBE2L5 (ENSNFUG00015010265)	CKMT2 (ENSNFUG00015010050)	RASGRF2 (ENSNFUG00015008227)	ENSNFUG00015008116 ##25	ENSNFUG00015008111	oclna (ENSNFUG00015008106)	MARVELD2 (ENSNFUG00015008100)	aebp1a (ENSNFUG00015008027)	pnx (ENSNFUG00015008020)	ash2l (ENSNFUG00015007737)	grk5 (ENSNFUG00015007368)	ENSNFUG00015007331	SCARB1 (ENSNFUG00015007316)	ENSNFUG00015007303	ENSNFUG00015007297	tacr1b (ENSNFUG00015007292)	SLC4A5 (ENSNFUG00015004910)	SEZ6L (ENSNFUG00015004382)	ATP6V1B2 (ENSNFUG00015003929)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00550000074946	ENSGT00940000158107.a.a	ENSGT00940000165717	ENSGT01030000234539.b.b.a.i	ENSGT00390000003652.d	ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158973.a.b	ENSGT00940000158444	ENSGT00390000011179	ENSGT00940000165439	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000167350	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000170783	ENSGT00940000161102	ENSGT00950000182944.A.b.c.e ##25	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000180156	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00390000012355.A.a.a.b	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT01030000235069	ENSGT00550000074856.c.a	ENSGT00950000182869.e.b.g.b	ENSGT00950000182888.b
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00550000074946	ENSGT00940000158107.a.a	ENSGT00940000165717	ENSGT01030000234539.b.b.a.i	ENSGT00390000003652.d	ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158973.a.b	ENSGT00940000158444	ENSGT00390000011179	ENSGT00940000165439	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000167350	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000170783	ENSGT00940000161102	ENSGT00950000182944.A.b.c.e ##25	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00390000012355.A.a.a.b	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT01030000235069	ENSGT00550000074856.c.a	ENSGT00950000182869.e.b.g.b	ENSGT00950000182888.b	ENSGT00500000044909
Midas cichlid	MODERN SPECIES	1083	ddx56 (ENSACIG00000013747)	DUSP26 (ENSACIG00000013729)	ENSACIG00000013717	ENSACIG00000013674	ENSACIG00000013616	ENSACIG00000013573	CAMK2B (ENSACIG00000013545)	nudcd3 (ENSACIG00000013527)	mrps24 (ENSACIG00000013492)	gnsb (ENSACIG00000013336)	polm (ENSACIG00000013229)	ved (ENSACIG00000013202)	PURB (ENSACIG00000013197)	ENSACIG00000013181	ENSACIG00000013138	NEU3 (ENSACIG00000013098) ##25	CNNM4 (ENSACIG00000013069)
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES																ENSGT00940000161102	ENSGT00950000182944.A.b.c.e ##25	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00390000012355.A.a.a.b	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT01030000235069	ENSGT00550000074856.c.a	ENSGT00950000182869.e.b.g.b	ENSGT00950000182888.b	ENSGT00500000044909
Nile tilapia	MODERN SPECIES	19	crata (ENSONIG00000011577)	crata (ENSONIG00000011580)	ENSONIG00000011584	tln1 (ENSONIG00000011589)	hmgcs1 (ENSONIG00000011599)	YTHDC2 (ENSONIG00000011601)	dcp2 (ENSONIG00000033239)	ENSONIG00000031888	psmb10 (ENSONIG00000011604)	ENSONIG00000011605	PURG (ENSONIG00000041233)	slc38a9 (ENSONIG00000011618)	nrg1 (ENSONIG00000011622)	il1b (ENSONIG00000011230)	ENSONIG00000011231	NEU3 (ENSONIG00000011232) ##25	CNNM4 (ENSONIG00000011234)	ENSONIG00000011236	ENSONIG00000011238	ENSONIG00000011239	ckmt2a (ENSONIG00000011242)	RASGRF2 (ENSONIG00000011247)	ANKRD34B (ENSONIG00000041287)	oclna (ENSONIG00000011260)	MARVELD2 (ENSONIG00000011263)	pi4kaa (ENSONIG00000011267)	SLC25A1 (ENSONIG00000011285)	ENSONIG00000031339	VDAC3 (ENSONIG00000031190)	tor4aa (ENSONIG00000011290)	brap (ENSONIG00000011292)
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c.f ##25
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c.f ##25
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c.f ##25
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c.f ##25
Poeciliinae	DUPLICATION
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a ##25
Platyfish	DUPLICATION
Platyfish	DUPLICATION
Platyfish	MODERN SPECIES	22	pitpnb (ENSXMAG00000030067)	NAA25 (ENSXMAG00000005930)	brap (ENSXMAG00000005915)	tor4aa (ENSXMAG00000004491)	VDAC3 (ENSXMAG00000004494)	ANKRD34B (ENSXMAG00000019595)	oclna (ENSXMAG00000004510)	MARVELD2 (ENSXMAG00000004516)	pi4kaa (ENSXMAG00000004531)	ENSXMAG00000028527	SLC25A1 (ENSXMAG00000004598)	NEU3 (ENSXMAG00000024524) ##25	ENSXMAG00000021503	ENSXMAG00000023874 ##25	ENSXMAG00000022816 ##25	ENSXMAG00000029262 ##25	ENSXMAG00000026627 ##25	RASGRF2 (ENSXMAG00000001285)	ckmt2a (ENSXMAG00000001254)	UBE2L5 (ENSXMAG00000001950)	ENSXMAG00000021071	ENSXMAG00000001208	CNNM4 (ENSXMAG00000001195)	NEU3 (ENSXMAG00000001188) ##25	ENSXMAG00000001176	ENSXMAG00000001168	PURB (ENSXMAG00000020285)	ved (ENSXMAG00000001165)	polm (ENSXMAG00000001138)	gnsb (ENSXMAG00000018977)	mrps24 (ENSXMAG00000018973)
Platyfish	MODERN SPECIES	22	pla2g3 (ENSXMAG00000004476)	ENSXMAG00000004477	pitpnb (ENSXMAG00000030067)	NAA25 (ENSXMAG00000005930)	brap (ENSXMAG00000005915)	tor4aa (ENSXMAG00000004491)	VDAC3 (ENSXMAG00000004494)	ANKRD34B (ENSXMAG00000019595)	oclna (ENSXMAG00000004510)	MARVELD2 (ENSXMAG00000004516)	pi4kaa (ENSXMAG00000004531)	ENSXMAG00000028527	SLC25A1 (ENSXMAG00000004598)	NEU3 (ENSXMAG00000024524) ##25	ENSXMAG00000021503	ENSXMAG00000023874 ##25	ENSXMAG00000022816 ##25	ENSXMAG00000029262 ##25	ENSXMAG00000026627 ##25	RASGRF2 (ENSXMAG00000001285)	ckmt2a (ENSXMAG00000001254)	UBE2L5 (ENSXMAG00000001950)	ENSXMAG00000021071	ENSXMAG00000001208	CNNM4 (ENSXMAG00000001195)	NEU3 (ENSXMAG00000001188) ##25	ENSXMAG00000001176	ENSXMAG00000001168	PURB (ENSXMAG00000020285)	ved (ENSXMAG00000001165)	polm (ENSXMAG00000001138)
Platyfish	MODERN SPECIES	22	ENSXMAG00000004477	pitpnb (ENSXMAG00000030067)	NAA25 (ENSXMAG00000005930)	brap (ENSXMAG00000005915)	tor4aa (ENSXMAG00000004491)	VDAC3 (ENSXMAG00000004494)	ANKRD34B (ENSXMAG00000019595)	oclna (ENSXMAG00000004510)	MARVELD2 (ENSXMAG00000004516)	pi4kaa (ENSXMAG00000004531)	ENSXMAG00000028527	SLC25A1 (ENSXMAG00000004598)	NEU3 (ENSXMAG00000024524) ##25	ENSXMAG00000021503	ENSXMAG00000023874 ##25	ENSXMAG00000022816 ##25	ENSXMAG00000029262 ##25	ENSXMAG00000026627 ##25	RASGRF2 (ENSXMAG00000001285)	ckmt2a (ENSXMAG00000001254)	UBE2L5 (ENSXMAG00000001950)	ENSXMAG00000021071	ENSXMAG00000001208	CNNM4 (ENSXMAG00000001195)	NEU3 (ENSXMAG00000001188) ##25	ENSXMAG00000001176	ENSXMAG00000001168	PURB (ENSXMAG00000020285)	ved (ENSXMAG00000001165)	polm (ENSXMAG00000001138)	gnsb (ENSXMAG00000018977)
Poecilia	DUPLICATION
Poecilia	DUPLICATION
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155143	ENSGT00940000153876.B	ENSGT00940000157468.b.f	ENSGT00940000165179.a	ENSGT00580000081898.b	ENSGT00940000155101.e	ENSGT00950000183174.A	ENSGT00500000044909	ENSGT00950000182888.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.g	ENSGT00390000012355.A.a.a.b	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT00550000074856.c.a	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a.c.a ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a.d ##25	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a ##25	ENSGT00940000161102	ENSGT00940000170783	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000167350	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000165439	ENSGT00390000011179
Guppy	MODERN SPECIES	442	tmed2 (ENSPREG00000016617)	ptpn11a (ENSPREG00000016594)	ENSPREG00000016571	pla2g3 (ENSPREG00000016556)	ENSPREG00000016532	pitpnb (ENSPREG00000016510)	NAA25 (ENSPREG00000016454)	brap (ENSPREG00000016387)	tor4aa (ENSPREG00000016363)	ENSPREG00000016338	ENSPREG00000016333	oclna (ENSPREG00000016314)	MARVELD2 (ENSPREG00000016287)	pi4kaa (ENSPREG00000016173)	SLC25A1 (ENSPREG00000016126)	ENSPREG00000016047 ##25	ENSPREG00000016017 ##25	ENSPREG00000015971 ##25	RASGRF2 (ENSPREG00000015734)	ckmt2a (ENSPREG00000015649)	UBE2L5 (ENSPREG00000015634)	ENSPREG00000015611	ENSPREG00000015579	CNNM4 (ENSPREG00000015553)	NEU3 (ENSPREG00000015543) ##25	ENSPREG00000015517	ENSPREG00000015501	PURB (ENSPREG00000015491)	ved (ENSPREG00000015482)	polm (ENSPREG00000015468)	gnsb (ENSPREG00000015426)
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	108	ENSGT00940000157468.b.f	ENSGT00940000165179.a	ENSGT00580000081898.b	ENSGT00940000155101.e	ENSGT00950000183174.A	ENSGT00500000044909	ENSGT00950000182888.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.g	ENSGT00390000012355.A.a.a.b	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT00550000074856.c.a	ENSGT00950000183116.b.a.a.b.a.b.n.a.a.b	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.b ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a.c.a ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a.d ##25	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a.b ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a.a ##25	ENSGT00940000161102	ENSGT00940000170783	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000167350	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000165439
Sailfin molly	MODERN SPECIES	241	pla2g3 (ENSPLAG00000021236)	ENSPLAG00000021251	pitpnb (ENSPLAG00000021281)	NAA25 (ENSPLAG00000021358)	brap (ENSPLAG00000021393)	tor4aa (ENSPLAG00000021408)	ENSPLAG00000021433	ENSPLAG00000021443	oclna (ENSPLAG00000021455)	MARVELD2 (ENSPLAG00000021488)	pi4kaa (ENSPLAG00000021572)	SLC25A1 (ENSPLAG00000021594)	ENSPLAG00000021603	NEU3 (ENSPLAG00000021617) ##25	NEU3 (ENSPLAG00000021631) ##25	NEU3 (ENSPLAG00000021637) ##25	ENSPLAG00000021644 ##25
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a.c.b ##25
Guppy	MODERN SPECIES	442	ENSPREG00000016571	pla2g3 (ENSPREG00000016556)	ENSPREG00000016532	pitpnb (ENSPREG00000016510)	NAA25 (ENSPREG00000016454)	brap (ENSPREG00000016387)	tor4aa (ENSPREG00000016363)	ENSPREG00000016338	ENSPREG00000016333	oclna (ENSPREG00000016314)	MARVELD2 (ENSPREG00000016287)	pi4kaa (ENSPREG00000016173)	SLC25A1 (ENSPREG00000016126)	ENSPREG00000016047 ##25	ENSPREG00000016017 ##25	ENSPREG00000015971 ##25	RASGRF2 (ENSPREG00000015734)	ckmt2a (ENSPREG00000015649)	UBE2L5 (ENSPREG00000015634)	ENSPREG00000015611	ENSPREG00000015579	CNNM4 (ENSPREG00000015553)	NEU3 (ENSPREG00000015543) ##25	ENSPREG00000015517	ENSPREG00000015501	PURB (ENSPREG00000015491)	ved (ENSPREG00000015482)	polm (ENSPREG00000015468)	gnsb (ENSPREG00000015426)	mrps24 (ENSPREG00000015401)	nudcd3 (ENSPREG00000015381)
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000153876.B	ENSGT00940000157468.b.f	ENSGT00940000165179.a	ENSGT00580000081898.b	ENSGT00940000155101.e	ENSGT00950000183174.A	ENSGT00500000044909	ENSGT00950000182888.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.g	ENSGT00390000012355.A.a.a.b	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT00550000074856.c.a	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a.c.a ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a.d ##25	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a ##25	ENSGT00940000161102	ENSGT00940000170783	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000167350	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000165439	ENSGT00390000011179	ENSGT00940000158444
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	108	ENSGT00940000165179.a	ENSGT00580000081898.b	ENSGT00940000155101.e	ENSGT00950000183174.A	ENSGT00500000044909	ENSGT00950000182888.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.g	ENSGT00390000012355.A.a.a.b	ENSGT00730000110989.c.a	ENSGT00940000155771.c	ENSGT00550000074798.a.a	ENSGT00550000074856.c.a	ENSGT00950000183116.b.a.a.b.a.b.n.a.a.b	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.b ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a.c.a ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.a.d ##25	ENSGT00940000155679.d	ENSGT00950000182772.B.a.a.g	ENSGT00940000153654.ve.b	ENSGT00940000154290.b	ENSGT00940000167011	ENSGT00940000156317.w.a	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a.b ##25	ENSGT00950000182944.A.b.c.e.a.a ##25	ENSGT00940000161102	ENSGT00940000170783	ENSGT00950000183162.a.b.i.b	ENSGT00940000167350	ENSGT00940000158490	ENSGT00940000165439	ENSGT00390000011179
Amazon molly	MODERN SPECIES	686	ENSPFOG00000009351	pla2g3 (ENSPFOG00000009301)	ENSPFOG00000024572	ENSPFOG00000008906	pitpnb (ENSPFOG00000008804)	NAA25 (ENSPFOG00000008401)	tor4aa (ENSPFOG00000008373)	ENSPFOG00000008256	ENSPFOG00000008246	oclna (ENSPFOG00000008118)	MARVELD2 (ENSPFOG00000024364)	pi4kaa (ENSPFOG00000007319)	SLC25A1 (ENSPFOG00000007275)	ENSPFOG00000007218	NEU3 (ENSPFOG00000007202) ##25	ENSPFOG00000007196 ##25	RASGRF2 (ENSPFOG00000024630)
Sailfin molly	MODERN SPECIES	241	ENSPLAG00000021251	pitpnb (ENSPLAG00000021281)	NAA25 (ENSPLAG00000021358)	brap (ENSPLAG00000021393)	tor4aa (ENSPLAG00000021408)	ENSPLAG00000021433	ENSPLAG00000021443	oclna (ENSPLAG00000021455)	MARVELD2 (ENSPLAG00000021488)	pi4kaa (ENSPLAG00000021572)	SLC25A1 (ENSPLAG00000021594)	ENSPLAG00000021603	NEU3 (ENSPLAG00000021617) ##25	NEU3 (ENSPLAG00000021631) ##25	NEU3 (ENSPLAG00000021637) ##25	ENSPLAG00000021644 ##25
Guppy	MODERN SPECIES	442	ptpn11a (ENSPREG00000016594)	ENSPREG00000016571	pla2g3 (ENSPREG00000016556)	ENSPREG00000016532	pitpnb (ENSPREG00000016510)	NAA25 (ENSPREG00000016454)	brap (ENSPREG00000016387)	tor4aa (ENSPREG00000016363)	ENSPREG00000016338	ENSPREG00000016333	oclna (ENSPREG00000016314)	MARVELD2 (ENSPREG00000016287)	pi4kaa (ENSPREG00000016173)	SLC25A1 (ENSPREG00000016126)	ENSPREG00000016047 ##25	ENSPREG00000016017 ##25	ENSPREG00000015971 ##25	RASGRF2 (ENSPREG00000015734)	ckmt2a (ENSPREG00000015649)	UBE2L5 (ENSPREG00000015634)	ENSPREG00000015611	ENSPREG00000015579	CNNM4 (ENSPREG00000015553)	NEU3 (ENSPREG00000015543) ##25	ENSPREG00000015517	ENSPREG00000015501	PURB (ENSPREG00000015491)	ved (ENSPREG00000015482)	polm (ENSPREG00000015468)	gnsb (ENSPREG00000015426)	mrps24 (ENSPREG00000015401)
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c.f.b ##25
Platyfish	MODERN SPECIES	22	NAA25 (ENSXMAG00000005930)	brap (ENSXMAG00000005915)	tor4aa (ENSXMAG00000004491)	VDAC3 (ENSXMAG00000004494)	ANKRD34B (ENSXMAG00000019595)	oclna (ENSXMAG00000004510)	MARVELD2 (ENSXMAG00000004516)	pi4kaa (ENSXMAG00000004531)	ENSXMAG00000028527	SLC25A1 (ENSXMAG00000004598)	NEU3 (ENSXMAG00000024524) ##25	ENSXMAG00000021503	ENSXMAG00000023874 ##25	ENSXMAG00000022816 ##25	ENSXMAG00000029262 ##25	ENSXMAG00000026627 ##25	RASGRF2 (ENSXMAG00000001285)	ckmt2a (ENSXMAG00000001254)	UBE2L5 (ENSXMAG00000001950)	ENSXMAG00000021071	ENSXMAG00000001208	CNNM4 (ENSXMAG00000001195)	NEU3 (ENSXMAG00000001188) ##25	ENSXMAG00000001176	ENSXMAG00000001168	PURB (ENSXMAG00000020285)	ved (ENSXMAG00000001165)	polm (ENSXMAG00000001138)	gnsb (ENSXMAG00000018977)	mrps24 (ENSXMAG00000018973)	nudcd3 (ENSXMAG00000018966)
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.c.f ##25
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	1246																ENSCVAG00000014728 ##25	ENSCVAG00000014762	ENSCVAG00000014771	RASGRF2 (ENSCVAG00000014837)	ckmt2a (ENSCVAG00000014862)	ENSCVAG00000014876
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00390000012436.h	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000177737	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.c.a	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00390000012436.h	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00390000012436.h	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.b	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00390000012436.h	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000166223.b.b.a.a	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.b	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Turquoise killifish	DUPLICATION
Turquoise killifish	DUPLICATION
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1611	ENSNFUG00015019316	ENSNFUG00015019102	ENSNFUG00015018738	stoml2 (ENSNFUG00015018719)	PIGO (ENSNFUG00015018703)	ENSNFUG00015018698	PHF24 (ENSNFUG00015018695)	prkab1a (ENSNFUG00015018692)	PLA2G1B (ENSNFUG00015018689)	ENSNFUG00015018683	ENSNFUG00015018682	ENSNFUG00015018680	ENSNFUG00015018678	ENSNFUG00015018675	LRRTM4 (ENSNFUG00015018670)	ENSNFUG00015018666 ##25	ENSNFUG00015018665	rxraa (ENSNFUG00015018214)	WDR5 (ENSNFUG00015018190)	ENSNFUG00015018173	VAV2 (ENSNFUG00015013680)	LRRTM4 (ENSNFUG00015013474)	ENSNFUG00015013470	ENSNFUG00015013437	ADRA1AB (ENSNFUG00015013428)	DPYSL2B (ENSNFUG00015009496)	BNIP3LB (ENSNFUG00015009284)	PPP2R2A (ENSNFUG00015007904)	ENSNFUG00015007824	ENSNFUG00015007820	gsna (ENSNFUG00015006648)
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1625	btbd7 (ENSNFUG00015019749)	UBR7 (ENSNFUG00015019729)	ITPK1 (ENSNFUG00015019694)	ENSNFUG00015019679	ENSNFUG00015019648	HSPA4L (ENSNFUG00015019206)	chmp3 (ENSNFUG00015019191)	ENSNFUG00015019183	mrpl35 (ENSNFUG00015019177)	ENSNFUG00015019159	ZFYVE28 (ENSNFUG00015019072)	FGFRL1 (ENSNFUG00015019058)	ENSNFUG00015019052	KIF15 (ENSNFUG00015018987)	ENSNFUG00015018980	ENSNFUG00015018979 ##25	RTN1 (ENSNFUG00015018823)	LRRC9 (ENSNFUG00015018811)	PCNXL4 (ENSNFUG00015018756)	dhrs7 (ENSNFUG00015018749)	PPM1A (ENSNFUG00015018747)	six6a (ENSNFUG00015018745)	SIX1 (ENSNFUG00015018742)	SIX4B (ENSNFUG00015018740)	MNAT1 (ENSNFUG00015018737)	TRMT5 (ENSNFUG00015018735)	slc38a6 (ENSNFUG00015018566)	prkcha (ENSNFUG00015017549)	hif1ab (ENSNFUG00015016961)	HTRA2 (ENSNFUG00015016892)	MIS18BP1 (ENSNFUG00015016877)
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1610	SEMA3AA (ENSNFUG00015002856)	ENSNFUG00015003399	ENSNFUG00015003423	cacna2d1a (ENSNFUG00015003476)	hgfa (ENSNFUG00015003689)	pax4 (ENSNFUG00015003700)	snd1 (ENSNFUG00015003758)	LRRC4.1 (ENSNFUG00015004107)	ENSNFUG00015004109	Nfu_g_1_012058 (ENSNFUG00015004110)	PRRT4 (ENSNFUG00015004112)	impdh1b (ENSNFUG00015004128)	ENSNFUG00015004209	FAM3C (ENSNFUG00015004219)	ENSNFUG00015004223	ENSNFUG00015004227 ##25	BTG1 (ENSNFUG00015004230)	ENSNFUG00015004237	DCN (ENSNFUG00015004249)	lum (ENSNFUG00015004253)	kera (ENSNFUG00015004256)	epyc (ENSNFUG00015004258)	ENSNFUG00015004268	si:ch211-244b2.4 (ENSNFUG00015004277)	ENSNFUG00015004284	scyl2 (ENSNFUG00015004308)	DEPDC4 (ENSNFUG00015004366)	tcp11l2 (ENSNFUG00015004375)	ENSNFUG00015004386	anks1b (ENSNFUG00015004405)	ENSNFUG00015004435
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	138	ENSKMAG00000018814	ENSKMAG00000018867	ENSKMAG00000018880	ENSKMAG00000018893	ENSKMAG00000018914	elof1 (ENSKMAG00000018948)	pld6 (ENSKMAG00000018960)	ENSKMAG00000018973	tspan34 (ENSKMAG00000018993)	dand5 (ENSKMAG00000019010)	NFIX (ENSKMAG00000019092)	rnf11a (ENSKMAG00000019233)	ENSKMAG00000019249	ENSKMAG00000019262	ENSKMAG00000019283	ENSKMAG00000019305 ##25	ENSKMAG00000019315	ENSKMAG00000019325	fdx2 (ENSKMAG00000019336)	s1pr5b (ENSKMAG00000019347)	keap1b (ENSKMAG00000019360)	ENSKMAG00000019395	CDKN2D (ENSKMAG00000019404)	ap1m2 (ENSKMAG00000019421)	ENSKMAG00000019458	SMARCA4 (ENSKMAG00000019518)	atg4da (ENSKMAG00000019629)	MAST1 (ENSKMAG00000019681)	rnaseh2a (ENSKMAG00000019829)	SOX10 (ENSKMAG00000019870)	KCNJ4 (ENSKMAG00000019890)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.b	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00390000012436.h	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.b	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00390000012436.h	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.b	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.d	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.b	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.d	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Sailfin molly	MODERN SPECIES	4	ENSPLAG00000017891	ENSPLAG00000017898	ENSPLAG00000017904	ENSPLAG00000017957	PLPPR2 (ENSPLAG00000018007)	elof1 (ENSPLAG00000018024)	pld6 (ENSPLAG00000018026)	RAB3D (ENSPLAG00000018052)	tspan34 (ENSPLAG00000018292)	dand5 (ENSPLAG00000018314)	NFIX (ENSPLAG00000018337)	rnf11a (ENSPLAG00000018356)	HMOX1 (ENSPLAG00000018364)	ENSPLAG00000018376	ENSPLAG00000018384	ENSPLAG00000018392 ##25	ENSPLAG00000018396	ENSPLAG00000018403	fdx2 (ENSPLAG00000018407)	s1pr5b (ENSPLAG00000018413)	keap1b (ENSPLAG00000018426)	ENSPLAG00000018432	CDKN2D (ENSPLAG00000018442)	ap1m2 (ENSPLAG00000018476)	ENSPLAG00000018526	SMARCA4 (ENSPLAG00000018616)	atg4da (ENSPLAG00000018657)	MAST1 (ENSPLAG00000018711)	rnaseh2a (ENSPLAG00000018723)
Amazon molly	MODERN SPECIES	295	ENSPFOG00000023940	ENSPFOG00000020143	ENSPFOG00000013777	PLPPR2 (ENSPFOG00000013696)	elof1 (ENSPFOG00000023035)	pld6 (ENSPFOG00000013689)	RAB3D (ENSPFOG00000013657)	tspan34 (ENSPFOG00000013561)	dand5 (ENSPFOG00000013550)	NFIX (ENSPFOG00000013453)	rnf11a (ENSPFOG00000013436)	HMOX1 (ENSPFOG00000013418)	ENSPFOG00000022531	ENSPFOG00000013403	ENSPFOG00000013394	ENSPFOG00000013392 ##25	ENSPFOG00000023655	fdx2 (ENSPFOG00000013381)	s1pr5b (ENSPFOG00000020141)	keap1b (ENSPFOG00000013318)	ENSPFOG00000013303	CDKN2D (ENSPFOG00000013301)	ap1m2 (ENSPFOG00000023907)	ENSPFOG00000013091	SMARCA4 (ENSPFOG00000012930)	atg4da (ENSPFOG00000012852)	MAST1 (ENSPFOG00000012690)	rnaseh2a (ENSPFOG00000012627)	ENSPFOG00000012609	ENSPFOG00000012599	ENSPFOG00000021920
Guppy	MODERN SPECIES	439	ENSPREG00000013201	ENSPREG00000013211	ENSPREG00000013226	ENSPREG00000013236	PLPPR2 (ENSPREG00000013258)	elof1 (ENSPREG00000013288)	pld6 (ENSPREG00000013297)	RAB3D (ENSPREG00000013308)	tspan34 (ENSPREG00000013321)	dand5 (ENSPREG00000013337)	NFIX (ENSPREG00000013386)	rnf11a (ENSPREG00000013482)	HMOX1 (ENSPREG00000013545)	ENSPREG00000013750	ENSPREG00000013765	ENSPREG00000013771 ##25	ENSPREG00000013775	ENSPREG00000013782	fdx2 (ENSPREG00000013790)	s1pr5b (ENSPREG00000013844)	keap1b (ENSPREG00000013858)	ENSPREG00000013872	CDKN2D (ENSPREG00000013882)	ap1m2 (ENSPREG00000013898)	ENSPREG00000014073	SMARCA4 (ENSPREG00000014823)	atg4da (ENSPREG00000014939)	MAST1 (ENSPREG00000014975)	rnaseh2a (ENSPREG00000015015)	ENSPREG00000015036	ENSPREG00000015145
Platyfish	MODERN SPECIES	19	ENSXMAG00000029813	ENSXMAG00000024114	ENSXMAG00000021764	PLPPR2 (ENSXMAG00000017379)	elof1 (ENSXMAG00000023395)	pld6 (ENSXMAG00000017375)	ENSXMAG00000017368	tspan34 (ENSXMAG00000024059)	dand5 (ENSXMAG00000017343)	NFIX (ENSXMAG00000007238)	rnf11a (ENSXMAG00000022184)	HMOX1 (ENSXMAG00000007220)	ENSXMAG00000025662	ENSXMAG00000025089	ENSXMAG00000027376	ENSXMAG00000026103 ##25	ENSXMAG00000019816	ENSXMAG00000020994	fdx2 (ENSXMAG00000005511)	s1pr5b (ENSXMAG00000019815)	keap1b (ENSXMAG00000021448)	ENSXMAG00000007179	CDKN2D (ENSXMAG00000022409)	ap1m2 (ENSXMAG00000007151)	ENSXMAG00000007105	SMARCA4 (ENSXMAG00000007030)	atg4da (ENSXMAG00000007016)	MAST1 (ENSXMAG00000006970)	ENSXMAG00000027436	rnaseh2a (ENSXMAG00000006953)	ENSXMAG00000021473
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	73	ENSGT00940000170963	ENSGT00940000166223.b.a	ENSGT00940000166223.b.b.a.a	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.b	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a.d	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.d	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	674					ENSCVAG00000003694	ENSCVAG00000003702	RAB3D (ENSCVAG00000003713)	tspan34 (ENSCVAG00000003720)	dand5 (ENSCVAG00000003728)	NFIX (ENSCVAG00000003802)	rnf11a (ENSCVAG00000003814)	HMOX1 (ENSCVAG00000003821)	ENSCVAG00000003832	ENSCVAG00000003825	ENSCVAG00000003838	ENSCVAG00000003846 ##25	ENSCVAG00000003854	zglp1 (ENSCVAG00000003889)	fdx2 (ENSCVAG00000003897)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.d	ENSGT00940000181262	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.b	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.c.a	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.c.b	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b
Midas cichlid	DUPLICATION
Midas cichlid	DUPLICATION
Midas cichlid	MODERN SPECIES	1199	ENSACIG00000003991	ENSACIG00000003925	elof1 (ENSACIG00000003834)	pld6 (ENSACIG00000003802)	RAB3D (ENSACIG00000003781)	tspan34 (ENSACIG00000003708)	dand5 (ENSACIG00000003692)	NFIX (ENSACIG00000003674)	rnf11a (ENSACIG00000003661)	HMOX1 (ENSACIG00000003536)	ENSACIG00000003529	ENSACIG00000003519	NEU3 (ENSACIG00000003494) ##25	NEU3 (ENSACIG00000003415) ##25	ENSACIG00000003395 ##25	NEU3 (ENSACIG00000003385) ##25	ENSACIG00000003377	zglp1 (ENSACIG00000003353)	fdx2 (ENSACIG00000003335)	s1pr5b (ENSACIG00000003324)	keap1b (ENSACIG00000003284)	ENSACIG00000003274	CDKN2D (ENSACIG00000003266)	ap1m2 (ENSACIG00000003239)	ENSACIG00000003155	ENSACIG00000003107	SMARCA4 (ENSACIG00000003035)	atg4da (ENSACIG00000003005)	MAST1 (ENSACIG00000002693)	rnaseh2a (ENSACIG00000002658)	ENSACIG00000002643
Midas cichlid	MODERN SPECIES	1199	ENSACIG00000004027	ENSACIG00000004010	ENSACIG00000003991	ENSACIG00000003925	elof1 (ENSACIG00000003834)	pld6 (ENSACIG00000003802)	RAB3D (ENSACIG00000003781)	tspan34 (ENSACIG00000003708)	dand5 (ENSACIG00000003692)	NFIX (ENSACIG00000003674)	rnf11a (ENSACIG00000003661)	HMOX1 (ENSACIG00000003536)	ENSACIG00000003529	ENSACIG00000003519	NEU3 (ENSACIG00000003494) ##25	NEU3 (ENSACIG00000003415) ##25	ENSACIG00000003395 ##25	NEU3 (ENSACIG00000003385) ##25	ENSACIG00000003377	zglp1 (ENSACIG00000003353)	fdx2 (ENSACIG00000003335)	s1pr5b (ENSACIG00000003324)	keap1b (ENSACIG00000003284)	ENSACIG00000003274	CDKN2D (ENSACIG00000003266)	ap1m2 (ENSACIG00000003239)	ENSACIG00000003155	ENSACIG00000003107	SMARCA4 (ENSACIG00000003035)	atg4da (ENSACIG00000003005)	MAST1 (ENSACIG00000002693)
Midas cichlid	DUPLICATION
Midas cichlid	MODERN SPECIES	1199	ENSACIG00000004010	ENSACIG00000003991	ENSACIG00000003925	elof1 (ENSACIG00000003834)	pld6 (ENSACIG00000003802)	RAB3D (ENSACIG00000003781)	tspan34 (ENSACIG00000003708)	dand5 (ENSACIG00000003692)	NFIX (ENSACIG00000003674)	rnf11a (ENSACIG00000003661)	HMOX1 (ENSACIG00000003536)	ENSACIG00000003529	ENSACIG00000003519	NEU3 (ENSACIG00000003494) ##25	NEU3 (ENSACIG00000003415) ##25	ENSACIG00000003395 ##25	NEU3 (ENSACIG00000003385) ##25	ENSACIG00000003377	zglp1 (ENSACIG00000003353)	fdx2 (ENSACIG00000003335)	s1pr5b (ENSACIG00000003324)	keap1b (ENSACIG00000003284)	ENSACIG00000003274	CDKN2D (ENSACIG00000003266)	ap1m2 (ENSACIG00000003239)	ENSACIG00000003155	ENSACIG00000003107	SMARCA4 (ENSACIG00000003035)	atg4da (ENSACIG00000003005)	MAST1 (ENSACIG00000002693)	rnaseh2a (ENSACIG00000002658)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	1199	ENSACIG00000004043	ENSACIG00000004027	ENSACIG00000004010	ENSACIG00000003991	ENSACIG00000003925	elof1 (ENSACIG00000003834)	pld6 (ENSACIG00000003802)	RAB3D (ENSACIG00000003781)	tspan34 (ENSACIG00000003708)	dand5 (ENSACIG00000003692)	NFIX (ENSACIG00000003674)	rnf11a (ENSACIG00000003661)	HMOX1 (ENSACIG00000003536)	ENSACIG00000003529	ENSACIG00000003519	NEU3 (ENSACIG00000003494) ##25	NEU3 (ENSACIG00000003415) ##25	ENSACIG00000003395 ##25	NEU3 (ENSACIG00000003385) ##25	ENSACIG00000003377	zglp1 (ENSACIG00000003353)	fdx2 (ENSACIG00000003335)	s1pr5b (ENSACIG00000003324)	keap1b (ENSACIG00000003284)	ENSACIG00000003274	CDKN2D (ENSACIG00000003266)	ap1m2 (ENSACIG00000003239)	ENSACIG00000003155	ENSACIG00000003107	SMARCA4 (ENSACIG00000003035)	atg4da (ENSACIG00000003005)
Pseudocrenilabrinae	DUPLICATION
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.d.e ##25
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.d.e ##25
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.d.e ##25
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.d.e ##25
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.b ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d.e ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.a ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.c.a.a	ENSGT00940000177737	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.c.a.b	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1109	ENSMZEG00005023891	ENSMZEG00005023890	ENSMZEG00005023889	ENSMZEG00005023888	ENSMZEG00005023887	ENSMZEG00005023886	PLPPR2 (ENSMZEG00005023885)	elof1 (ENSMZEG00005023883)	pld6 (ENSMZEG00005023882)	RAB3D (ENSMZEG00005023881)	tspan34 (ENSMZEG00005023880)	dand5 (ENSMZEG00005023879)	NFIX (ENSMZEG00005023878)	ENSMZEG00005023877	NEU3 (ENSMZEG00005023876) ##25	NEU3 (ENSMZEG00005023875) ##25	ENSMZEG00005023874 ##25	ENSMZEG00005023873	ENSMZEG00005023872	fdx2 (ENSMZEG00005023871)	s1pr5b (ENSMZEG00005023870)	keap1b (ENSMZEG00005023869)	ENSMZEG00005023868	CDKN2D (ENSMZEG00005023867)	ap1m2 (ENSMZEG00005023866)	ENSMZEG00005023865	ENSMZEG00005023864	ENSMZEG00005023863	ENSMZEG00005023862	SMARCA4 (ENSMZEG00005023861)	atg4da (ENSMZEG00005023860)
Eastern happy	MODERN SPECIES	18	ENSACLG00000007210	ENSACLG00000007213	ENSACLG00000007220	ENSACLG00000007225	PLPPR2 (ENSACLG00000007519)	elof1 (ENSACLG00000007539)	pld6 (ENSACLG00000007544)	RAB3D (ENSACLG00000007553)	tspan34 (ENSACLG00000007580)	dand5 (ENSACLG00000007596)	NFIX (ENSACLG00000007600)	rnf11a (ENSACLG00000007714)	HMOX1 (ENSACLG00000007729)	ENSACLG00000007737	ENSACLG00000007748	NEU3 (ENSACLG00000007753) ##25	NEU3 (ENSACLG00000007762) ##25	ENSACLG00000007765 ##25	ENSACLG00000007772	ENSACLG00000007782	fdx2 (ENSACLG00000007805)	s1pr5b (ENSACLG00000007818)	keap1b (ENSACLG00000007822)	ENSACLG00000007845	CDKN2D (ENSACLG00000007877)	ap1m2 (ENSACLG00000007855)	ENSACLG00000007886	ENSACLG00000007950	ENSACLG00000008000	SMARCA4 (ENSACLG00000008638)	atg4da (ENSACLG00000008714)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	18	ENSONIG00000021228	ENSONIG00000031268	ENSONIG00000032487	PLPPR2 (ENSONIG00000018084)	elof1 (ENSONIG00000028218)	pld6 (ENSONIG00000018083)	RAB3D (ENSONIG00000037772)	tspan34 (ENSONIG00000018079)	dand5 (ENSONIG00000018078)	NFIX (ENSONIG00000018077)	rnf11a (ENSONIG00000037073)	HMOX1 (ENSONIG00000018076)	ENSONIG00000018073	ENSONIG00000018071	ENSONIG00000028184	NEU3 (ENSONIG00000018069) ##25	neu3e (ENSONIG00000018070) ##25	ENSONIG00000018068	ENSONIG00000033442	fdx2 (ENSONIG00000018067)	s1pr5b (ENSONIG00000021227)	keap1b (ENSONIG00000018066)	ENSONIG00000018063	CDKN2D (ENSONIG00000032001)	ap1m2 (ENSONIG00000018060)	ENSONIG00000018056	SMARCA4 (ENSONIG00000018040)	atg4da (ENSONIG00000031738)	MAST1 (ENSONIG00000018034)	rnaseh2a (ENSONIG00000018033)	ENSONIG00000018032
Pseudocrenilabrinae	DUPLICATION
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.b	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.a ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.c.a.a	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.c.b	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b
Nile tilapia	MODERN SPECIES	18	ENSONIG00000031268	ENSONIG00000032487	PLPPR2 (ENSONIG00000018084)	elof1 (ENSONIG00000028218)	pld6 (ENSONIG00000018083)	RAB3D (ENSONIG00000037772)	tspan34 (ENSONIG00000018079)	dand5 (ENSONIG00000018078)	NFIX (ENSONIG00000018077)	rnf11a (ENSONIG00000037073)	HMOX1 (ENSONIG00000018076)	ENSONIG00000018073	ENSONIG00000018071	ENSONIG00000028184	NEU3 (ENSONIG00000018069) ##25	neu3e (ENSONIG00000018070) ##25	ENSONIG00000018068	ENSONIG00000033442	fdx2 (ENSONIG00000018067)	s1pr5b (ENSONIG00000021227)	keap1b (ENSONIG00000018066)	ENSONIG00000018063	CDKN2D (ENSONIG00000032001)	ap1m2 (ENSONIG00000018060)	ENSONIG00000018056	SMARCA4 (ENSONIG00000018040)	atg4da (ENSONIG00000031738)	MAST1 (ENSONIG00000018034)	rnaseh2a (ENSONIG00000018033)	ENSONIG00000018032	KCNJ4 (ENSONIG00000018031)
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.b	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.a ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.c.a.a	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.c.b	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.b ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.a ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.c.a.a	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.b ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.a ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.c.a.a	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.b ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d.e ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.a ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.c.a.a	ENSGT00940000177737	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.c.a.b	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768
Eastern happy	MODERN SPECIES	18	ENSACLG00000007220	ENSACLG00000007225	PLPPR2 (ENSACLG00000007519)	elof1 (ENSACLG00000007539)	pld6 (ENSACLG00000007544)	RAB3D (ENSACLG00000007553)	tspan34 (ENSACLG00000007580)	dand5 (ENSACLG00000007596)	NFIX (ENSACLG00000007600)	rnf11a (ENSACLG00000007714)	HMOX1 (ENSACLG00000007729)	ENSACLG00000007737	ENSACLG00000007748	NEU3 (ENSACLG00000007753) ##25	NEU3 (ENSACLG00000007762) ##25	ENSACLG00000007765 ##25	ENSACLG00000007772	ENSACLG00000007782	fdx2 (ENSACLG00000007805)	s1pr5b (ENSACLG00000007818)	keap1b (ENSACLG00000007822)	ENSACLG00000007845	CDKN2D (ENSACLG00000007877)	ap1m2 (ENSACLG00000007855)	ENSACLG00000007886	ENSACLG00000007950	ENSACLG00000008000	SMARCA4 (ENSACLG00000008638)	atg4da (ENSACLG00000008714)	MAST1 (ENSACLG00000009080)	ENSACLG00000009128
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1109	ENSMZEG00005023890	ENSMZEG00005023889	ENSMZEG00005023888	ENSMZEG00005023887	ENSMZEG00005023886	PLPPR2 (ENSMZEG00005023885)	elof1 (ENSMZEG00005023883)	pld6 (ENSMZEG00005023882)	RAB3D (ENSMZEG00005023881)	tspan34 (ENSMZEG00005023880)	dand5 (ENSMZEG00005023879)	NFIX (ENSMZEG00005023878)	ENSMZEG00005023877	NEU3 (ENSMZEG00005023876) ##25	NEU3 (ENSMZEG00005023875) ##25	ENSMZEG00005023874 ##25	ENSMZEG00005023873	ENSMZEG00005023872	fdx2 (ENSMZEG00005023871)	s1pr5b (ENSMZEG00005023870)	keap1b (ENSMZEG00005023869)	ENSMZEG00005023868	CDKN2D (ENSMZEG00005023867)	ap1m2 (ENSMZEG00005023866)	ENSMZEG00005023865	ENSMZEG00005023864	ENSMZEG00005023863	ENSMZEG00005023862	SMARCA4 (ENSMZEG00005023861)	atg4da (ENSMZEG00005023860)	ENSMZEG00005023859
P. nyererei	MODERN SPECIES	643															ENSPNYG00000024017	ENSPNYG00000024016 ##25	zglp1 (ENSPNYG00000024014)	fdx2 (ENSPNYG00000024013)	s1pr5b (ENSPNYG00000024012)	keap1b (ENSPNYG00000024008)	ENSPNYG00000024006	CDKN2D (ENSPNYG00000024004)	ap1m2 (ENSPNYG00000024003)	ENSPNYG00000024002	ENSPNYG00000024000	SMARCA4 (ENSPNYG00000023995)	atg4da (ENSPNYG00000023991)	MAST1 (ENSPNYG00000023989)	ENSPNYG00000023988	ENSPNYG00000023987	rnaseh2a (ENSPNYG00000023986)
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	734																ENSHBUG00000007502 ##25	ENSHBUG00000007027	ENSHBUG00000007015	fdx2 (ENSHBUG00000007004)	s1pr5b (ENSHBUG00000006993)	keap1b (ENSHBUG00000006989)	ENSHBUG00000006982	CDKN2D (ENSHBUG00000006917)	ap1m2 (ENSHBUG00000006969)	ENSHBUG00000006790	ENSHBUG00000005484	ENSHBUG00000005468	SMARCA4 (ENSHBUG00000005447)	atg4da (ENSHBUG00000005336)	MAST1 (ENSHBUG00000005318)	ENSHBUG00000005303
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	301	ENSNBRG00000019558	ENSNBRG00000019549	ENSNBRG00000019539	ENSNBRG00000019525	ENSNBRG00000019508	elof1 (ENSNBRG00000019489)	pld6 (ENSNBRG00000019473)	RAB3D (ENSNBRG00000019454)	tspan34 (ENSNBRG00000019428)	dand5 (ENSNBRG00000019412)	NFIX (ENSNBRG00000019307)	rnf11a (ENSNBRG00000019250)	HMOX1 (ENSNBRG00000019244)	ENSNBRG00000019223	ENSNBRG00000019216	NEU3 (ENSNBRG00000019205) ##25	ENSNBRG00000019197	zglp1 (ENSNBRG00000019171)	fdx2 (ENSNBRG00000019149)	s1pr5b (ENSNBRG00000019138)	keap1b (ENSNBRG00000019129)	ENSNBRG00000019117	CDKN2D (ENSNBRG00000019096)	ap1m2 (ENSNBRG00000019060)	ENSNBRG00000018963	ENSNBRG00000018933	SMARCA4 (ENSNBRG00000018865)	atg4da (ENSNBRG00000018815)	MAST1 (ENSNBRG00000018757)	rnaseh2a (ENSNBRG00000018731)	ENSNBRG00000018705
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.b ##25
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.b ##25
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.b	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.b ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.a ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.c.a.a	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.b	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.b ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.a ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.c.a.a	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.b ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d.e ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d.f.a ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.c.a.a	ENSGT00940000177737	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.c.a.b	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j
Eastern happy	MODERN SPECIES	18	ENSACLG00000007213	ENSACLG00000007220	ENSACLG00000007225	PLPPR2 (ENSACLG00000007519)	elof1 (ENSACLG00000007539)	pld6 (ENSACLG00000007544)	RAB3D (ENSACLG00000007553)	tspan34 (ENSACLG00000007580)	dand5 (ENSACLG00000007596)	NFIX (ENSACLG00000007600)	rnf11a (ENSACLG00000007714)	HMOX1 (ENSACLG00000007729)	ENSACLG00000007737	ENSACLG00000007748	NEU3 (ENSACLG00000007753) ##25	NEU3 (ENSACLG00000007762) ##25	ENSACLG00000007765 ##25	ENSACLG00000007772	ENSACLG00000007782	fdx2 (ENSACLG00000007805)	s1pr5b (ENSACLG00000007818)	keap1b (ENSACLG00000007822)	ENSACLG00000007845	CDKN2D (ENSACLG00000007877)	ap1m2 (ENSACLG00000007855)	ENSACLG00000007886	ENSACLG00000007950	ENSACLG00000008000	SMARCA4 (ENSACLG00000008638)	atg4da (ENSACLG00000008714)	MAST1 (ENSACLG00000009080)
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1109	rab11fip4b (ENSMZEG00005023892)	ENSMZEG00005023891	ENSMZEG00005023890	ENSMZEG00005023889	ENSMZEG00005023888	ENSMZEG00005023887	ENSMZEG00005023886	PLPPR2 (ENSMZEG00005023885)	elof1 (ENSMZEG00005023883)	pld6 (ENSMZEG00005023882)	RAB3D (ENSMZEG00005023881)	tspan34 (ENSMZEG00005023880)	dand5 (ENSMZEG00005023879)	NFIX (ENSMZEG00005023878)	ENSMZEG00005023877	NEU3 (ENSMZEG00005023876) ##25	NEU3 (ENSMZEG00005023875) ##25	ENSMZEG00005023874 ##25	ENSMZEG00005023873	ENSMZEG00005023872	fdx2 (ENSMZEG00005023871)	s1pr5b (ENSMZEG00005023870)	keap1b (ENSMZEG00005023869)	ENSMZEG00005023868	CDKN2D (ENSMZEG00005023867)	ap1m2 (ENSMZEG00005023866)	ENSMZEG00005023865	ENSMZEG00005023864	ENSMZEG00005023863	ENSMZEG00005023862	SMARCA4 (ENSMZEG00005023861)
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000166223.b.b.a.a	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.b	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000181262	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000173081	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00390000009016	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000181262	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00390000009016	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000181262	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT01090000261423	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	2551											ENSAOCG00000017107	rnf11a (ENSAOCG00000001185)	HMOX1 (ENSAOCG00000017130)	ENSAOCG00000017146	ENSAOCG00000017161	NEU3 (ENSAOCG00000017168) ##25
Orange clownfish	MODERN SPECIES	17	ENSAPEG00000023513	ENSAPEG00000023510	ENSAPEG00000023499	PLPPR2 (ENSAPEG00000023488)	elof1 (ENSAPEG00000023438)	pld6 (ENSAPEG00000023430)	RAB3D (ENSAPEG00000023416)	tspan34 (ENSAPEG00000023403)	dand5 (ENSAPEG00000023394)	NFIX (ENSAPEG00000023351)	rnf11a (ENSAPEG00000023334)	HMOX1 (ENSAPEG00000023325)	ENSAPEG00000023313	ENSAPEG00000023300	ENSAPEG00000023267	NEU3 (ENSAPEG00000023257) ##25	ENSAPEG00000023251	ENSAPEG00000023241	fdx2 (ENSAPEG00000023232)	s1pr5b (ENSAPEG00000023229)	keap1b (ENSAPEG00000023223)	ENSAPEG00000023218	CDKN2D (ENSAPEG00000023215)	ap1m2 (ENSAPEG00000023204)	ENSAPEG00000023188	SMARCA4 (ENSAPEG00000023108)	atg4da (ENSAPEG00000023035)	ENSAPEG00000023018	MAST1 (ENSAPEG00000022973)	ENSAPEG00000022961	rnaseh2a (ENSAPEG00000022937)
Spiny chromis	DUPLICATION
Spiny chromis	MODERN SPECIES	3701																NEU3 (ENSAPOG00000021328) ##25
Spiny chromis	MODERN SPECIES	88									ENSAPOG00000005041	dand5 (ENSAPOG00000004996)	NFIX (ENSAPOG00000004937)	rnf11a (ENSAPOG00000004817)	HMOX1 (ENSAPOG00000004803)	ENSAPOG00000004786	ENSAPOG00000004766	ENSAPOG00000004745 ##25	ENSAPOG00000004728	zglp1 (ENSAPOG00000004713)	fdx2 (ENSAPOG00000004692)	s1pr5b (ENSAPOG00000004684)	keap1b (ENSAPOG00000004671)	ENSAPOG00000000116	CDKN2D (ENSAPOG00000004642)	ap1m2 (ENSAPOG00000004630)	ENSAPOG00000004583	SMARCA4 (ENSAPOG00000004542)	atg4da (ENSAPOG00000004393)	atg4da (ENSAPOG00000004347)	MAST1 (ENSAPOG00000004190)	rnaseh2a (ENSAPOG00000004101)	SOX10 (ENSAPOG00000004067)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	239	ENSSPAG00000012010	ENSSPAG00000012018	ENSSPAG00000012021	ENSSPAG00000012037	PLPPR2 (ENSSPAG00000012085)	elof1 (ENSSPAG00000012103)	pld6 (ENSSPAG00000012116)	ENSSPAG00000012133	tspan34 (ENSSPAG00000012150)	dand5 (ENSSPAG00000012165)	NFIX (ENSSPAG00000012179)	rnf11a (ENSSPAG00000012240)	HMOX1 (ENSSPAG00000012255)	ENSSPAG00000012292	ENSSPAG00000012330	NEU3 (ENSSPAG00000012338) ##25	ENSSPAG00000012346	ENSSPAG00000012355	ENSSPAG00000012365	zglp1 (ENSSPAG00000012373)	fdx2 (ENSSPAG00000012392)	s1pr5b (ENSSPAG00000012405)	keap1b (ENSSPAG00000012410)	ENSSPAG00000012424	CDKN2D (ENSSPAG00000012438)	ap1m2 (ENSSPAG00000012447)	ENSSPAG00000012489	SMARCA4 (ENSSPAG00000012533)	atg4da (ENSSPAG00000012672)	MAST1 (ENSSPAG00000012704)	ENSSPAG00000012759
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000009016	ENSGT00940000178623	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00390000012436.h	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000177737	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00390000009016	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00390000012436.h	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.c ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00390000009016	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00390000012436.h	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.c ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000166223.b.b.b	ENSGT00390000009016	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00390000012436.h	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.c.d ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00390000012436.h	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.c.d ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
European seabass	MODERN SPECIES	20	ENSDLAG00005034675	ENSDLAG00005007949	ENSDLAG00005007954	ENSDLAG00005033110	ENSDLAG00005029455	ENSDLAG00005007991	ENSDLAG00005008025	ENSDLAG00005021936	ENSDLAG00005008056	ENSDLAG00005030170	ENSDLAG00005008075	ENSDLAG00005031386	ENSDLAG00005008204	ENSDLAG00005032780	ENSDLAG00005008225 ##25	ENSDLAG00005008231 ##25	ENSDLAG00005008241	ENSDLAG00005029476	s1pr5b (ENSDLAG00005035010)	keap1b (ENSDLAG00005008271)	ENSDLAG00005008311	ap1m2 (ENSDLAG00005008335)	ENSDLAG00005008870	ENSDLAG00005009156	ENSDLAG00005009447	ENSDLAG00005009485	ENSDLAG00005010262	ENSDLAG00005010273	ENSDLAG00005010276	ENSDLAG00005010277	ENSDLAG00005010287
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000178623	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.d	ENSGT00940000181262	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000177737	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000166223.b.b.b.a	ENSGT00390000009016	ENSGT00940000166223.b.b.b.b	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b.f	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000166223.b.b.a.b.a	ENSGT00940000166223.b.b.b.a	ENSGT00940000166223.b.b.b.b	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b.f	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Seriola	DUPLICATION
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00390000009016	ENSGT00940000178623	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d.j ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d.i ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b.f	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b	ENSGT01030000234586.A.b.a
Greater amberjack	MODERN SPECIES	214	ENSSDUG00000000196	ENSSDUG00000000165	ENSSDUG00000023343	PLPPR2 (ENSSDUG00000023337)	elof1 (ENSSDUG00000023329)	pld6 (ENSSDUG00000023326)	RAB3D (ENSSDUG00000023322)	tspan34 (ENSSDUG00000023318)	dand5 (ENSSDUG00000023316)	NFIX (ENSSDUG00000023300)	rnf11a (ENSSDUG00000023294)	HMOX1 (ENSSDUG00000023292)	ENSSDUG00000023284	ENSSDUG00000023281	NEU3 (ENSSDUG00000023279) ##25	NEU3 (ENSSDUG00000023278) ##25	ENSSDUG00000023275	ENSSDUG00000023273	fdx2 (ENSSDUG00000023270)	s1pr5b (ENSSDUG00000023268)	keap1b (ENSSDUG00000023265)	ENSSDUG00000023263	CDKN2D (ENSSDUG00000023261)	ap1m2 (ENSSDUG00000023256)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2982										NFIX (ENSSLDG00000023509)	rnf11a (ENSSLDG00000023520)	HMOX1 (ENSSLDG00000023531)	ENSSLDG00000023542	ENSSLDG00000023552	NEU3 (ENSSLDG00000023560) ##25	NEU3 (ENSSLDG00000023565) ##25	ENSSLDG00000023572	ENSSLDG00000023581	fdx2 (ENSSLDG00000023600)	s1pr5b (ENSSLDG00000023617)	keap1b (ENSSLDG00000023620)	ENSSLDG00000023625	CDKN2D (ENSSLDG00000023627)	ap1m2 (ENSSLDG00000023631)	ENSSLDG00000023644	SMARCA4 (ENSSLDG00000023663)	atg4da (ENSSLDG00000023718)	MAST1 (ENSSLDG00000023742)	rnaseh2a (ENSSLDG00000023766)	SOX10 (ENSSLDG00000023781)	ENSSLDG00000023789
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000166223.b.b.b.b	ENSGT00390000009016	ENSGT00940000178623	ENSGT00940000173081	ENSGT00940000158145.a	ENSGT00390000000053.a	ENSGT00390000004368	ENSGT00940000157552.s.a	ENSGT00940000164506.b.a	ENSGT00530000063926.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163721	ENSGT00390000017673.b.k	ENSGT00940000165343.c.a	ENSGT00940000166140	ENSGT00950000182944.A.b.d.j ##25	ENSGT00950000182944.A.b.d.i ##25	ENSGT00940000157140.b.b.a	ENSGT00470000042444	ENSGT00940000161143	ENSGT01050000244887.A.a.a.a.i	ENSGT00940000159543	ENSGT00940000165948	ENSGT00940000159801.B	ENSGT00940000159089	ENSGT00940000154819.a.b.c.b.d	ENSGT00940000156887.b.f	ENSGT00530000063000.a.a.b.j	ENSGT00940000157700.c	ENSGT00390000010768	ENSGT00940000158046.a.b
Greater amberjack	MODERN SPECIES	214	ENSSDUG00000000216	ENSSDUG00000000196	ENSSDUG00000000165	ENSSDUG00000023343	PLPPR2 (ENSSDUG00000023337)	elof1 (ENSSDUG00000023329)	pld6 (ENSSDUG00000023326)	RAB3D (ENSSDUG00000023322)	tspan34 (ENSSDUG00000023318)	dand5 (ENSSDUG00000023316)	NFIX (ENSSDUG00000023300)	rnf11a (ENSSDUG00000023294)	HMOX1 (ENSSDUG00000023292)	ENSSDUG00000023284	ENSSDUG00000023281	NEU3 (ENSSDUG00000023279) ##25	NEU3 (ENSSDUG00000023278) ##25	ENSSDUG00000023275	ENSSDUG00000023273	fdx2 (ENSSDUG00000023270)	s1pr5b (ENSSDUG00000023268)	keap1b (ENSSDUG00000023265)	ENSSDUG00000023263	CDKN2D (ENSSDUG00000023261)	ap1m2 (ENSSDUG00000023256)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2982											NFIX (ENSSLDG00000023509)	rnf11a (ENSSLDG00000023520)	HMOX1 (ENSSLDG00000023531)	ENSSLDG00000023542	ENSSLDG00000023552	NEU3 (ENSSLDG00000023560) ##25	NEU3 (ENSSLDG00000023565) ##25	ENSSLDG00000023572	ENSSLDG00000023581	fdx2 (ENSSLDG00000023600)	s1pr5b (ENSSLDG00000023617)	keap1b (ENSSLDG00000023620)	ENSSLDG00000023625	CDKN2D (ENSSLDG00000023627)	ap1m2 (ENSSLDG00000023631)	ENSSLDG00000023644	SMARCA4 (ENSSLDG00000023663)	atg4da (ENSSLDG00000023718)	MAST1 (ENSSLDG00000023742)	rnaseh2a (ENSSLDG00000023766)	SOX10 (ENSSLDG00000023781)
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	MODERN SPECIES	113	ENSLCAG00010025188	ENSLCAG00010025191	PLPPR2 (ENSLCAG00010025196)	elof1 (ENSLCAG00010025204)	pld6 (ENSLCAG00010025218)	RAB3D (ENSLCAG00010025222)	tspan34 (ENSLCAG00010025227)	dand5 (ENSLCAG00010025230)	NFIX (ENSLCAG00010025252)	rnf11a (ENSLCAG00010025300)	HMOX1 (ENSLCAG00010025306)	ENSLCAG00010025315	ENSLCAG00010025320	ENSLCAG00010025324 ##25	ENSLCAG00010025325 ##25	ENSLCAG00010025327 ##25	ENSLCAG00010025331 ##25	ENSLCAG00010025333	ENSLCAG00010025336	ENSLCAG00010025338	fdx2 (ENSLCAG00010025344)	s1pr5b (ENSLCAG00010025347)	keap1b (ENSLCAG00010025348)	ENSLCAG00010025351	CDKN2D (ENSLCAG00010025359)	ap1m2 (ENSLCAG00010025411)	ENSLCAG00010025594	SMARCA4 (ENSLCAG00010025736)	atg4da (ENSLCAG00010025792)	MAST1 (ENSLCAG00010025816)	rnaseh2a (ENSLCAG00010025845)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	1158																ENSLCAG00010008874 ##25	ENSLCAG00010008880 ##25	ENSLCAG00010008886 ##25
Barramundi perch	MODERN SPECIES	113	ENSLCAG00010025183	ENSLCAG00010025186	ENSLCAG00010025188	ENSLCAG00010025191	PLPPR2 (ENSLCAG00010025196)	elof1 (ENSLCAG00010025204)	pld6 (ENSLCAG00010025218)	RAB3D (ENSLCAG00010025222)	tspan34 (ENSLCAG00010025227)	dand5 (ENSLCAG00010025230)	NFIX (ENSLCAG00010025252)	rnf11a (ENSLCAG00010025300)	HMOX1 (ENSLCAG00010025306)	ENSLCAG00010025315	ENSLCAG00010025320	ENSLCAG00010025324 ##25	ENSLCAG00010025325 ##25	ENSLCAG00010025327 ##25	ENSLCAG00010025331 ##25	ENSLCAG00010025333	ENSLCAG00010025336	ENSLCAG00010025338	fdx2 (ENSLCAG00010025344)	s1pr5b (ENSLCAG00010025347)	keap1b (ENSLCAG00010025348)	ENSLCAG00010025351	CDKN2D (ENSLCAG00010025359)	ap1m2 (ENSLCAG00010025411)	ENSLCAG00010025594	SMARCA4 (ENSLCAG00010025736)	atg4da (ENSLCAG00010025792)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	1663																ENSLCAG00010003453 ##25
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	MODERN SPECIES	113	ENSLCAG00010025191	PLPPR2 (ENSLCAG00010025196)	elof1 (ENSLCAG00010025204)	pld6 (ENSLCAG00010025218)	RAB3D (ENSLCAG00010025222)	tspan34 (ENSLCAG00010025227)	dand5 (ENSLCAG00010025230)	NFIX (ENSLCAG00010025252)	rnf11a (ENSLCAG00010025300)	HMOX1 (ENSLCAG00010025306)	ENSLCAG00010025315	ENSLCAG00010025320	ENSLCAG00010025324 ##25	ENSLCAG00010025325 ##25	ENSLCAG00010025327 ##25	ENSLCAG00010025331 ##25	ENSLCAG00010025333	ENSLCAG00010025336	ENSLCAG00010025338	fdx2 (ENSLCAG00010025344)	s1pr5b (ENSLCAG00010025347)	keap1b (ENSLCAG00010025348)	ENSLCAG00010025351	CDKN2D (ENSLCAG00010025359)	ap1m2 (ENSLCAG00010025411)	ENSLCAG00010025594	SMARCA4 (ENSLCAG00010025736)	atg4da (ENSLCAG00010025792)	MAST1 (ENSLCAG00010025816)	rnaseh2a (ENSLCAG00010025845)	SOX10 (ENSLCAG00010025851)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	1158															ENSLCAG00010008874 ##25	ENSLCAG00010008880 ##25	ENSLCAG00010008886 ##25
Barramundi perch	MODERN SPECIES	1158														ENSLCAG00010008874 ##25	ENSLCAG00010008880 ##25	ENSLCAG00010008886 ##25
Barramundi perch	MODERN SPECIES	113	ENSLCAG00010025186	ENSLCAG00010025188	ENSLCAG00010025191	PLPPR2 (ENSLCAG00010025196)	elof1 (ENSLCAG00010025204)	pld6 (ENSLCAG00010025218)	RAB3D (ENSLCAG00010025222)	tspan34 (ENSLCAG00010025227)	dand5 (ENSLCAG00010025230)	NFIX (ENSLCAG00010025252)	rnf11a (ENSLCAG00010025300)	HMOX1 (ENSLCAG00010025306)	ENSLCAG00010025315	ENSLCAG00010025320	ENSLCAG00010025324 ##25	ENSLCAG00010025325 ##25	ENSLCAG00010025327 ##25	ENSLCAG00010025331 ##25	ENSLCAG00010025333	ENSLCAG00010025336	ENSLCAG00010025338	fdx2 (ENSLCAG00010025344)	s1pr5b (ENSLCAG00010025347)	keap1b (ENSLCAG00010025348)	ENSLCAG00010025351	CDKN2D (ENSLCAG00010025359)	ap1m2 (ENSLCAG00010025411)	ENSLCAG00010025594	SMARCA4 (ENSLCAG00010025736)	atg4da (ENSLCAG00010025792)	MAST1 (ENSLCAG00010025816)
Osteoglossiformes	DUPLICATION
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	174	ENSGT00940000168097	ENSGT00940000158785	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT01100000263522.B.a	ENSGT01100000263522.B.b	ENSGT00950000183048.b.a.c.a	ENSGT00950000183023.A #12	ENSGT00950000183023.B.n.b #16	ENSGT00950000183023.B.o #16	ENSGT00940000158353	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000166571 #19	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A.c #25	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00650000094922 #27	ENSGT00940000160131.g	ENSGT00550000074980	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00930000151482	ENSGT00390000017457	ENSGT00940000155414	ENSGT00550000075050	ENSGT00390000012719.a.a.b	ENSGT00940000158514	ENSGT00940000161226.b	ENSGT00940000156831.b	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000002172.A.a
Asian bonytongue	DUPLICATION
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	18	AXL (ENSSFOG00015007363)	ENSSFOG00015007375	b9d2 (ENSSFOG00015007392)	TGFB1 (ENSSFOG00015032951)	ENSSFOG00015026743	ppp5c (ENSSFOG00015007455)	arrb1 (ENSSFOG00015007507)	ENSSFOG00015028328	ENSSFOG00015030026	pgm2l1 (ENSSFOG00015007645)	lipt2 (ENSSFOG00015027760)	pold3 (ENSSFOG00015007720) #18	chrdl2 (ENSSFOG00015007816) #19	XRRA1 (ENSSFOG00015028864) #20	NEU3 (ENSSFOG00015007899) #25	ENSSFOG00015031770 #25	wdr73 (ENSSFOG00015007923) #26	defbl2 (ENSSFOG00015007932) #27	abcg1 (ENSSFOG00015007941)	DDX10 (ENSSFOG00015007982)	ENSSFOG00015025464	si:dkey-183i3.5 (ENSSFOG00015008012)	mybbp1a (ENSSFOG00015008056)	eif4h (ENSSFOG00015008101)	rfc2 (ENSSFOG00015008136)	zgc:171740 (ENSSFOG00015027109)	fkbp6 (ENSSFOG00015008196)	FZD9 (ENSSFOG00015031095)	mks1 (ENSSFOG00015008232)	bcl7bb (ENSSFOG00015008252)	tbl2 (ENSSFOG00015004684)
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	18	ENSSFOG00015007116	AXL (ENSSFOG00015007363)	ENSSFOG00015007375	b9d2 (ENSSFOG00015007392)	TGFB1 (ENSSFOG00015032951)	ENSSFOG00015026743	ppp5c (ENSSFOG00015007455)	arrb1 (ENSSFOG00015007507)	ENSSFOG00015028328	ENSSFOG00015030026	pgm2l1 (ENSSFOG00015007645)	lipt2 (ENSSFOG00015027760)	pold3 (ENSSFOG00015007720) #18	chrdl2 (ENSSFOG00015007816) #19	XRRA1 (ENSSFOG00015028864) #20	NEU3 (ENSSFOG00015007899) #25	ENSSFOG00015031770 #25	wdr73 (ENSSFOG00015007923) #26	defbl2 (ENSSFOG00015007932) #27	abcg1 (ENSSFOG00015007941)	DDX10 (ENSSFOG00015007982)	ENSSFOG00015025464	si:dkey-183i3.5 (ENSSFOG00015008012)	mybbp1a (ENSSFOG00015008056)	eif4h (ENSSFOG00015008101)	rfc2 (ENSSFOG00015008136)	zgc:171740 (ENSSFOG00015027109)	fkbp6 (ENSSFOG00015008196)	FZD9 (ENSSFOG00015031095)	mks1 (ENSSFOG00015008232)	bcl7bb (ENSSFOG00015008252)
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	63	ENSPKIG00000017829	cbr1l (ENSPKIG00000017867)	ppp5c (ENSPKIG00000017925)	ENSPKIG00000018068	arrb1 (ENSPKIG00000018240)	or64f1 (ENSPKIG00000018289)	ENSPKIG00000018314	ENSPKIG00000018327 #16	ENSPKIG00000018354 #16	pgm2l1 (ENSPKIG00000018415)	lipt2 (ENSPKIG00000018486)	pold3 (ENSPKIG00000018505) #18	chrdl2 (ENSPKIG00000018535) #19	XRRA1 (ENSPKIG00000018577) #20	spcs2 (ENSPKIG00000018609)	NEU3 (ENSPKIG00000018624) #25	wdr73 (ENSPKIG00000018640) #26
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.d #25
P. kingsleyae	DUPLICATION
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	18	ENSPKIG00000013199	PGS1 (ENSPKIG00000013232)	socs3b (ENSPKIG00000013300)	TMEM235 (ENSPKIG00000013342)	birc5a (ENSPKIG00000013378)	FAAP100 (ENSPKIG00000013401)	fscn2b (ENSPKIG00000013426)	BAHCC1 (ENSPKIG00000013487)	SLC38A10 (ENSPKIG00000013606)	ndufaf8 (ENSPKIG00000013710)	TEPSIN (ENSPKIG00000013741)	si:dkey-21c1.1 (ENSPKIG00000013789)	ENSPKIG00000013855	HID1 (ENSPKIG00000013909)	ENSPKIG00000014005	NEU3 (ENSPKIG00000014067) #25	ENSPKIG00000014094	NEU3 (ENSPKIG00000014131) #25	USH1G (ENSPKIG00000014218)	FADS6 (ENSPKIG00000014246)	ENSPKIG00000014273	zgc:112148 (ENSPKIG00000014299)	ENSPKIG00000014313	exoc7 (ENSPKIG00000014329)	galr2a (ENSPKIG00000014369)	KCNJ16 (ENSPKIG00000014415)	kcnj2a (ENSPKIG00000014425)	map2k6 (ENSPKIG00000014459)	ldb1a (ENSPKIG00000014537)	HPS6 (ENSPKIG00000014625)	armh3 (ENSPKIG00000014676)
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	18	socs3b (ENSPKIG00000013300)	TMEM235 (ENSPKIG00000013342)	birc5a (ENSPKIG00000013378)	FAAP100 (ENSPKIG00000013401)	fscn2b (ENSPKIG00000013426)	BAHCC1 (ENSPKIG00000013487)	SLC38A10 (ENSPKIG00000013606)	ndufaf8 (ENSPKIG00000013710)	TEPSIN (ENSPKIG00000013741)	si:dkey-21c1.1 (ENSPKIG00000013789)	ENSPKIG00000013855	HID1 (ENSPKIG00000013909)	ENSPKIG00000014005	NEU3 (ENSPKIG00000014067) #25	ENSPKIG00000014094	NEU3 (ENSPKIG00000014131) #25	USH1G (ENSPKIG00000014218)	FADS6 (ENSPKIG00000014246)	ENSPKIG00000014273	zgc:112148 (ENSPKIG00000014299)	ENSPKIG00000014313	exoc7 (ENSPKIG00000014329)	galr2a (ENSPKIG00000014369)	KCNJ16 (ENSPKIG00000014415)	kcnj2a (ENSPKIG00000014425)	map2k6 (ENSPKIG00000014459)	ldb1a (ENSPKIG00000014537)	HPS6 (ENSPKIG00000014625)	armh3 (ENSPKIG00000014676)	KCNIP2 (ENSPKIG00000014808)	ENSPKIG00000014871
Spotted gar	MODERN SPECIES	669	ENSLOCG00000017449 #16	ENSLOCG00000002371 #16	ENSLOCG00000017448 #16	ENSLOCG00000017447 #16	ENSLOCG00000017446 #16	ENSLOCG00000017445 #16	ENSLOCG00000002352 #16	ENSLOCG00000017444 #16	pgm2l1 (ENSLOCG00000002326)	lipt2 (ENSLOCG00000002316)	pold3 (ENSLOCG00000002298) #18	chrdl2 (ENSLOCG00000002265) #19	rnf169 (ENSLOCG00000002250)	XRRA1 (ENSLOCG00000002223) #20	spcs2 (ENSLOCG00000002208)	neu3.1 (ENSLOCG00000002179) #25	wdr73 (ENSLOCG00000002160) #26	ENSLOCG00000002146	abcg1 (ENSLOCG00000002133)	si:dkey-183i3.5 (ENSLOCG00000002112)	DDX10 (ENSLOCG00000002074)	ENSLOCG00000002056	poglut3 (ENSLOCG00000002033)	ENSLOCG00000002020	pomp (ENSLOCG00000001993)	ccdc82 (ENSLOCG00000001946)	SPAG16 (ENSLOCG00000017443)	hgd (ENSLOCG00000001925)	arxa (ENSLOCG00000001912)	pola1 (ENSLOCG00000001836)	pcyt1bb (ENSLOCG00000001818)
Reedfish	DUPLICATION
Reedfish	MODERN SPECIES	12	ENSECRG00000005294	ENSECRG00000005298	ENSECRG00000005303	ENSECRG00000005311	ENSECRG00000005314	ENSECRG00000005318	ENSECRG00000005322	pgm2l1 (ENSECRG00000005330)	ENSECRG00000005345	lipt2 (ENSECRG00000005355)	ENSECRG00000005360	pold3 (ENSECRG00000005371) #18	chrdl2 (ENSECRG00000005388) #19	rnf169 (ENSECRG00000005405)	spcs2 (ENSECRG00000005421)	NEU3 (ENSECRG00000005456) #25	ENSECRG00000005465	NEU3 (ENSECRG00000005476) #25	wdr73 (ENSECRG00000005488) #26	ENSECRG00000005497	si:dkey-183i3.5 (ENSECRG00000005506)	C11orf87 (ENSECRG00000005520)	DDX10 (ENSECRG00000005531)	poglut3 (ENSECRG00000005548)	ENSECRG00000005559	pomp (ENSECRG00000005575)	ENSECRG00000005759	ENSECRG00000005765	ndufb4 (ENSECRG00000005773)	hgd (ENSECRG00000005792)	arxa (ENSECRG00000005823)
Reedfish	MODERN SPECIES	12	ENSECRG00000005303	ENSECRG00000005311	ENSECRG00000005314	ENSECRG00000005318	ENSECRG00000005322	pgm2l1 (ENSECRG00000005330)	ENSECRG00000005345	lipt2 (ENSECRG00000005355)	ENSECRG00000005360	pold3 (ENSECRG00000005371) #18	chrdl2 (ENSECRG00000005388) #19	rnf169 (ENSECRG00000005405)	spcs2 (ENSECRG00000005421)	NEU3 (ENSECRG00000005456) #25	ENSECRG00000005465	NEU3 (ENSECRG00000005476) #25	wdr73 (ENSECRG00000005488) #26	ENSECRG00000005497	si:dkey-183i3.5 (ENSECRG00000005506)	C11orf87 (ENSECRG00000005520)	DDX10 (ENSECRG00000005531)	poglut3 (ENSECRG00000005548)	ENSECRG00000005559	pomp (ENSECRG00000005575)	ENSECRG00000005759	ENSECRG00000005765	ndufb4 (ENSECRG00000005773)	hgd (ENSECRG00000005792)	arxa (ENSECRG00000005823)	pola1 (ENSECRG00000005843)	pcyt1bb (ENSECRG00000005877)
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	374											ENSGT00940000158353	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00940000175321	ENSGT00940000153936.b	ENSGT00950000182887.C.a.b
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	179										ENSGT00940000161241	ENSGT00940000158353	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00940000153936.b	ENSGT00940000175321
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	102								ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00940000153936.b	ENSGT00940000175321
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	2					ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00960000190186	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00960000189590	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00960000190186	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00960000189590	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b
Aves	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00960000190186	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00960000189590	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT01030000234621.C.a.a.b
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00960000190186	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00960000189590	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT01030000234621.C.a.a.b
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000161067.y.b	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00960000189590	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT01030000234621.C.a.a.b
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	56	ENSGT00510000047299	ENSGT00550000074799	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000161067.y.b	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00960000189590	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT01030000234621.C.a.a.b
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	299										ENSABRG00000018560 #18	CHRDL2 (ENSABRG00000018553)	RNF169 (ENSABRG00000018549)	ENSABRG00000018547 #20	ENSABRG00000018544	SPCS2 (ENSABRG00000018542)	NEU3 (ENSABRG00000018541) #25	P4HA3 (ENSABRG00000018537)	PPME1 (ENSABRG00000018466)	C2CD3 (ENSABRG00000018434)	UCP3 (ENSABRG00000018389)	DNAJB13 (ENSABRG00000018385)	PAAF1 (ENSABRG00000018378)	COA4 (ENSABRG00000018367)	MRPL48 (ENSABRG00000018363)	RAB6A (ENSABRG00000018342)	PLEKHB1 (ENSABRG00000018330)	FAM168A (ENSABRG00000018321)	P2RY6 (ENSABRG00000018302)	P2RY2 (ENSABRG00000018299)
Duck	MODERN SPECIES	807																NEU3 (ENSAPLG00000018510) #25
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000000938	ENSGT00960000190186	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000161067.y.b	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT01030000234621.C.a.a.b
Japanese quail	MODERN SPECIES		ENSCJPG00005006503	ENSCJPG00005006498	SLCO2B1 (ENSCJPG00005006494)	ENSCJPG00005006493	ENSCJPG00005006490	ENSCJPG00005006488	PGM2L1 (ENSCJPG00005006480)	KCNE3 (ENSCJPG00005006478)	LIPT2 (ENSCJPG00005006477)	ENSCJPG00005006475 #18	CHRDL2 (ENSCJPG00005006470)	RNF169 (ENSCJPG00005006467)	XRRA1 (ENSCJPG00005006465) #20	ENSCJPG00005006460	SPCS2 (ENSCJPG00005006459)	NEU3 (ENSCJPG00005006454) #25	P4HA3 (ENSCJPG00005006443)	PPME1 (ENSCJPG00005006442)	C2CD3 (ENSCJPG00005006424)	UCP3 (ENSCJPG00005006418)	PAAF1 (ENSCJPG00005006417)	COA4 (ENSCJPG00005006416)	MRPL48 (ENSCJPG00005006415)	RAB6A (ENSCJPG00005006414)	PLEKHB1 (ENSCJPG00005006365)	FAM168A (ENSCJPG00005006354)	RELT (ENSCJPG00005006338)	ARHGEF17 (ENSCJPG00005006203)	P2RY6 (ENSCJPG00005006202)	P2RY2 (ENSCJPG00005006201)	FCHSD2 (ENSCJPG00005005914)
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000000938	ENSGT00960000190186	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000161067.y.b	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A
Chicken	MODERN SPECIES		ENSGALG00010001744	ENSGALG00010001746	ENSGALG00010001748	ARRB1 (ENSGALG00010001752)	ENSGALG00010001771 #26	ENSGALG00010001774	SLCO2B1 (ENSGALG00010001796)	ENSGALG00010003512	PGM2L1 (ENSGALG00010001820)	KCNE3 (ENSGALG00010001822)	LIPT2 (ENSGALG00010001825)	POLD3 (ENSGALG00010001829) #18	CHRDL2 (ENSGALG00010001854)	RNF169 (ENSGALG00010001860)	XRRA1 (ENSGALG00010001862) #20	NEU3 (ENSGALG00010001886) #25	P4HA3 (ENSGALG00010001895)	PPME1 (ENSGALG00010002478)	C2CD3 (ENSGALG00010002507)	DNAJB13 (ENSGALG00010002523)	UCP3 (ENSGALG00010002543)	PAAF1 (ENSGALG00010002561)	COA4 (ENSGALG00010002567)	MRPL48 (ENSGALG00010002577)	RAB6A (ENSGALG00010002619)	FAM168A (ENSGALG00010002647)	PLEKHB1 (ENSGALG00010002681)	RELT (ENSGALG00010002707)	ENSGALG00010002719	P2RY6 (ENSGALG00010002807)	P2RY2 (ENSGALG00010002878)
Turkey	MODERN SPECIES		ENSMGAG00000021767	ENSMGAG00000020325	ENSMGAG00000017362	ENSMGAG00000016655	ENSMGAG00000018965	ENSMGAG00000003945	ENSMGAG00000015298	MRPL48 (ENSMGAG00000015300)	ENSMGAG00000015302	COA4 (ENSMGAG00000015301)	ENSMGAG00000015304	DNAJB13 (ENSMGAG00000015303)	P4HA3 (ENSMGAG00000015311)	ENSMGAG00000015310	ENSMGAG00000015306	ENSMGAG00000020616 #25	ENSMGAG00000020834	ENSMGAG00000015293	SERPINH1 (ENSMGAG00000015291)	ENSMGAG00000021654	ENSMGAG00000015290	KLHL35 (ENSMGAG00000015289)	ENSMGAG00000015287	ENSMGAG00000015288	ENSMGAG00000021525	ENSMGAG00000019864	ENSMGAG00000021954	NUP98 (ENSMGAG00000015286)	PGAP2 (ENSMGAG00000004172)	RHOG (ENSMGAG00000016029)	STIM1 (ENSMGAG00000022860)
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159817	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00960000189590	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT01030000234621.C.a.a.b
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000161070	ENSGT00530000063946.a	ENSGT00940000155551	ENSGT00940000156294	ENSGT00940000159077.b	ENSGT00940000156253	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000157964	ENSGT00390000006278	ENSGT00940000163305.a.a	ENSGT00390000014210	ENSGT00650000093475	ENSGT00940000154267.B
Great tit	MODERN SPECIES		DNAJB13 (ENSPMJG00000001531)	HUNK (ENSPMJG00000001540)	ENSPMJG00000001545	SOD1 (ENSPMJG00000001552)	TIAM1 (ENSPMJG00000001605)	CLDN8 (ENSPMJG00000001672)	GRIK1 (ENSPMJG00000001690)	ENSPMJG00000001713	SLCO2B1 (ENSPMJG00000001715)	PGM2L1 (ENSPMJG00000001729)	KCNE3 (ENSPMJG00000001739)	ENSPMJG00000001741 #18	CHRDL2 (ENSPMJG00000001802)	RNF169 (ENSPMJG00000002090)	SPCS2 (ENSPMJG00000002098)	NEU3 (ENSPMJG00000002108) #25	P4HA3 (ENSPMJG00000002118)	PPME1 (ENSPMJG00000002781)	C2CD3 (ENSPMJG00000002786)	UCP3 (ENSPMJG00000002802)	SYNJ1 (ENSPMJG00000002830)	CFAP298 (ENSPMJG00000002842)	ENSPMJG00000002844	URB1 (ENSPMJG00000002918)	MRAP (ENSPMJG00000002941)	ENSPMJG00000002945
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000161070	ENSGT00530000063946.a	ENSGT00940000155551	ENSGT00940000156294	ENSGT00940000159077.b	ENSGT00940000156253	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000157964	ENSGT00390000006278	ENSGT00940000163305.a.a	ENSGT00940000162103	ENSGT00390000014210	ENSGT00650000093475	ENSGT00940000154267.B
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000161070	ENSGT00530000063946.a	ENSGT00940000155551	ENSGT00940000156294	ENSGT00940000159077.b	ENSGT00940000156253	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000157964	ENSGT00390000006278	ENSGT00940000163305.a.a	ENSGT00390000014210	ENSGT00940000154267.B
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000161070	ENSGT01010000222551	ENSGT00940000155551	ENSGT00940000156294	ENSGT00940000159077.b	ENSGT00940000156253	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000157964	ENSGT00390000006278	ENSGT00940000163305.a.a	ENSGT00390000014210	ENSGT00940000154267.B
Zebra finch	MODERN SPECIES		SOD1 (ENSTGUG00000013463)	TIAM1 (ENSTGUG00000013461)	CLDN8 (ENSTGUG00000013460)	GRIK1 (ENSTGUG00000013459)	SLCO2B1 (ENSTGUG00000013458)	ENSTGUG00000013457	PGM2L1 (ENSTGUG00000013456)	KCNE3 (ENSTGUG00000013455)	ENSTGUG00000024283	LIPT2 (ENSTGUG00000013454)	ENSTGUG00000013453 #18	CHRDL2 (ENSTGUG00000013452)	ENSTGUG00000024778	RNF169 (ENSTGUG00000013451)	SPCS2 (ENSTGUG00000026426)	NEU3 (ENSTGUG00000021465) #25	P4HA3 (ENSTGUG00000013449)	PPME1 (ENSTGUG00000013448)	C2CD3 (ENSTGUG00000019971)	UCP3 (ENSTGUG00000023183)	SYNJ1 (ENSTGUG00000013445)	CFAP298 (ENSTGUG00000013444)	ENSTGUG00000013443	URB1 (ENSTGUG00000013442)	COL8A1 (ENSTGUG00000013441)	ST3GAL6 (ENSTGUG00000013440)	CPOX (ENSTGUG00000013439)	ENSTGUG00000013438	GPR161 (ENSTGUG00000013437)	TIPRL (ENSTGUG00000026810)	SFT2D2 (ENSTGUG00000020039)
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000159817	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00960000189590	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT01030000234621.C.a.a.b
Golden eagle	MODERN SPECIES	10	PDE2A (ENSACCG00020009991)	ARRB1 (ENSACCG00020009965)	WDR73 (ENSACCG00020009949) #26	ENSACCG00020009942	SLCO2B1 (ENSACCG00020009937)	ENSACCG00020009918	PGM2L1 (ENSACCG00020009896)	KCNE3 (ENSACCG00020009883)	LIPT2 (ENSACCG00020009876)	ENSACCG00020009858 #18	CHRDL2 (ENSACCG00020009830)	RNF169 (ENSACCG00020009811)	ENSACCG00020009800 #20	ENSACCG00020009788	SPCS2 (ENSACCG00020009775)	NEU3 (ENSACCG00020009754) #25	P4HA3 (ENSACCG00020009743)	PPME1 (ENSACCG00020009726)	ENSACCG00020009709	C2CD3 (ENSACCG00020009627)	UCP3 (ENSACCG00020009478)	DNAJB13 (ENSACCG00020009453)	PAAF1 (ENSACCG00020009437)	ENSACCG00020009427	MRPL48 (ENSACCG00020009413)	RAB6A (ENSACCG00020009400)	PLEKHB1 (ENSACCG00020010723)	FAM168A (ENSACCG00020010712)	RELT (ENSACCG00020010700)	ARHGEF17 (ENSACCG00020010601)	P2RY6 (ENSACCG00020010516)
Kakapo	MODERN SPECIES	11	PDE2A (ENSSHBG00005007700)	ENSSHBG00005007683	ARRB1 (ENSSHBG00005007666)	ENSSHBG00005007652 #26	ENSSHBG00005007648	SLCO2B1 (ENSSHBG00005007635)	ENSSHBG00005007625	PGM2L1 (ENSSHBG00005007613)	KCNE3 (ENSSHBG00005007603)	LIPT2 (ENSSHBG00005007598)	ENSSHBG00005007583 #18	CHRDL2 (ENSSHBG00005007569)	RNF169 (ENSSHBG00005007557)	ENSSHBG00005007539 #20	SPCS2 (ENSSHBG00005000666)	NEU3 (ENSSHBG00005019831) #25	P4HA3 (ENSSHBG00005019829)	PPME1 (ENSSHBG00005019821)	C2CD3 (ENSSHBG00005019807)	UCP3 (ENSSHBG00005019797)	DNAJB13 (ENSSHBG00005019793)	PAAF1 (ENSSHBG00005019789)	COA4 (ENSSHBG00005019785)	MRPL48 (ENSSHBG00005019782)	RAB6A (ENSSHBG00005019775)	PLEKHB1 (ENSSHBG00005019765)	FAM168A (ENSSHBG00005019759)	RELT (ENSSHBG00005019752)	ARHGEF17 (ENSSHBG00005019686)	P2RY6 (ENSSHBG00005019665)	P2RY2 (ENSSHBG00005019661)
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	27							PGM2L1 (ENSCPRG00005017656)	KCNE3 (ENSCPRG00005017651)	LIPT2 (ENSCPRG00005017650)	ENSCPRG00005017646	ENSCPRG00005017637 #18	CHRDL2 (ENSCPRG00005017634)	RNF169 (ENSCPRG00005017629)	XRRA1 (ENSCPRG00005017620) #20	SPCS2 (ENSCPRG00005017617)	NEU3 (ENSCPRG00005017614) #25	ENSCPRG00005017610	PPME1 (ENSCPRG00005017607)	C2CD3 (ENSCPRG00005017597)	UCP3 (ENSCPRG00005017577)	UCP2 (ENSCPRG00005017576)	DNAJB13 (ENSCPRG00005017575)	PAAF1 (ENSCPRG00005017560)	COA4 (ENSCPRG00005017556)	MRPL48 (ENSCPRG00005017547)	RAB6A (ENSCPRG00005017541)	PLEKHB1 (ENSCPRG00005017535)	FAM168A (ENSCPRG00005017532)	RELT (ENSCPRG00005017525)	ARHGEF17 (ENSCPRG00005017464)	P2RY6 (ENSCPRG00005017444)
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00960000189590	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000162049.b	ENSGT00940000162049.a	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353.a	ENSGT00940000155001.B.c	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00960000189590	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b
Emydidae	DUPLICATION
Emydidae	DUPLICATION
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	84				ENSGT00940000162049.b	ENSGT00940000162049.a	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353.a	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A.g.a #25	ENSGT00950000182944.A.g.b #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a
painted turtle	MODERN SPECIES		ACSS3 (ENSCPBG00000000071)	LIN7A (ENSCPBG00000000070)	MYF5 (ENSCPBG00000000069)	MYF6 (ENSCPBG00000000068)	PTPRQ (ENSCPBG00000000067)	ENSCPBG00000000065	OTOGL (ENSCPBG00000000063)	RPS16 (ENSCPBG00000000062)	PPP1R12A (ENSCPBG00000000060)	PAWR (ENSCPBG00000000059)	ENSCPBG00000000058	SYT1 (ENSCPBG00000000057)	RNF169 (ENSCPBG00000000056)	XRRA1 (ENSCPBG00000000055) #20	SPCS2 (ENSCPBG00000000054)	ENSCPBG00000000053 #25	ENSCPBG00000000052 #25	P4HA3 (ENSCPBG00000000051)	PPME1 (ENSCPBG00000000050)	C2CD3 (ENSCPBG00000000049)	UCP3 (ENSCPBG00000000048)	UCP2 (ENSCPBG00000000047)	DNAJB13 (ENSCPBG00000000046)	PAAF1 (ENSCPBG00000000045)	COA4 (ENSCPBG00000000044)	MRPL48 (ENSCPBG00000000043)	RAB6A (ENSCPBG00000000041)	PLEKHB1 (ENSCPBG00000000040)
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	1963																NEU3 (ENSTMTG00000018953) #25
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	84			ENSGT00940000162049.b	ENSGT00940000162049.a	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353.a	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A.g.a #25	ENSGT00950000182944.A.g.b #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a
painted turtle	MODERN SPECIES		LIN7A (ENSCPBG00000000070)	MYF5 (ENSCPBG00000000069)	MYF6 (ENSCPBG00000000068)	PTPRQ (ENSCPBG00000000067)	ENSCPBG00000000065	OTOGL (ENSCPBG00000000063)	RPS16 (ENSCPBG00000000062)	PPP1R12A (ENSCPBG00000000060)	PAWR (ENSCPBG00000000059)	ENSCPBG00000000058	SYT1 (ENSCPBG00000000057)	RNF169 (ENSCPBG00000000056)	XRRA1 (ENSCPBG00000000055) #20	SPCS2 (ENSCPBG00000000054)	ENSCPBG00000000053 #25	ENSCPBG00000000052 #25	P4HA3 (ENSCPBG00000000051)	PPME1 (ENSCPBG00000000050)	C2CD3 (ENSCPBG00000000049)	UCP3 (ENSCPBG00000000048)	UCP2 (ENSCPBG00000000047)	DNAJB13 (ENSCPBG00000000046)	PAAF1 (ENSCPBG00000000045)	COA4 (ENSCPBG00000000044)	MRPL48 (ENSCPBG00000000043)	RAB6A (ENSCPBG00000000041)	PLEKHB1 (ENSCPBG00000000040)
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.h #25
painted turtle	DUPLICATION
painted turtle	MODERN SPECIES	638																ENSCPBG00000004490 #25
painted turtle	MODERN SPECIES	861			GRIA4 (ENSCPBG00000000236) #28	MSANTD4 (ENSCPBG00000000207)	KBTBD3 (ENSCPBG00000000200)	AASDHPPT (ENSCPBG00000000192)	GUCY1A2 (ENSCPBG00000000172)	ENSCPBG00000000165	ENSCPBG00000000158	ENSCPBG00000000143	CWF19L2 (ENSCPBG00000018618)	ENSCPBG00000018615	ALKBH8 (ENSCPBG00000018611)	ELMOD1 (ENSCPBG00000018597) #29	SLC35F2 (ENSCPBG00000018586) #30	ENSCPBG00000018584 #25	RAB39A (ENSCPBG00000018580)	CUL5 (ENSCPBG00000018575) #31	ACAT1 (ENSCPBG00000018563)	NPAT (ENSCPBG00000018558)
Testudinidae	DUPLICATION
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000162049.b	ENSGT00940000162049.a	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353.a	ENSGT00940000155001.B.c	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00960000189590	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A.j #25	ENSGT00950000182944.A.i #25	ENSGT00940000158967.a	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b
Goode s thornscrub tortoise	DUPLICATION
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES		WDR73 (ENSGEVG00005002815) #26	ENSGEVG00005002824	ENSGEVG00005002835	SLCO2B1 (ENSGEVG00005002871)	ENSGEVG00005003019	PGM2L1 (ENSGEVG00005003082)	KCNE3 (ENSGEVG00005003093)	LIPT2 (ENSGEVG00005003105)	ENSGEVG00005003114 #18	CHRDL2 (ENSGEVG00005003144)	RNF169 (ENSGEVG00005003164)	XRRA1 (ENSGEVG00005003181) #20	SPCS2 (ENSGEVG00005003194)	ENSGEVG00005003212 #25	ENSGEVG00005003243 #25	ENSGEVG00005003260 #25	P4HA3 (ENSGEVG00005003275)	PPME1 (ENSGEVG00005003302)	C2CD3 (ENSGEVG00005003360)	UCP3 (ENSGEVG00005003456)	UCP2 (ENSGEVG00005003468)	DNAJB13 (ENSGEVG00005003477)	PAAF1 (ENSGEVG00005003484)	COA4 (ENSGEVG00005003493)	MRPL48 (ENSGEVG00005003500)	RAB6A (ENSGEVG00005000003)	PLEKHB1 (ENSGEVG00005000004)	FAM168A (ENSGEVG00005000014)	RELT (ENSGEVG00005000041)	ARHGEF17 (ENSGEVG00005000102)	P2RY6 (ENSGEVG00005000134)
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES		ARRB1 (ENSGEVG00005002777)	WDR73 (ENSGEVG00005002815) #26	ENSGEVG00005002824	ENSGEVG00005002835	SLCO2B1 (ENSGEVG00005002871)	ENSGEVG00005003019	PGM2L1 (ENSGEVG00005003082)	KCNE3 (ENSGEVG00005003093)	LIPT2 (ENSGEVG00005003105)	ENSGEVG00005003114 #18	CHRDL2 (ENSGEVG00005003144)	RNF169 (ENSGEVG00005003164)	XRRA1 (ENSGEVG00005003181) #20	SPCS2 (ENSGEVG00005003194)	ENSGEVG00005003212 #25	ENSGEVG00005003243 #25	ENSGEVG00005003260 #25	P4HA3 (ENSGEVG00005003275)	PPME1 (ENSGEVG00005003302)	C2CD3 (ENSGEVG00005003360)	UCP3 (ENSGEVG00005003456)	UCP2 (ENSGEVG00005003468)	DNAJB13 (ENSGEVG00005003477)	PAAF1 (ENSGEVG00005003484)	COA4 (ENSGEVG00005003493)	MRPL48 (ENSGEVG00005003500)	RAB6A (ENSGEVG00005000003)	PLEKHB1 (ENSGEVG00005000004)	FAM168A (ENSGEVG00005000014)	RELT (ENSGEVG00005000041)	ARHGEF17 (ENSGEVG00005000102)
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	780										RNF169 (ENSCABG00000006633)	ENSCABG00000006631 #20	ENSCABG00000006630	SPCS2 (ENSCABG00000006629)	ENSCABG00000006628 #25	ENSCABG00000006626 #25	ENSCABG00000006625 #25	ENSCABG00000006624	ENSCABG00000006623	PPME1 (ENSCABG00000006621)	C2CD3 (ENSCABG00000006584)	UCP3 (ENSCABG00000006579)	UCP2 (ENSCABG00000006576)	DNAJB13 (ENSCABG00000006574)	PAAF1 (ENSCABG00000006572)	COA4 (ENSCABG00000006569)	MRPL48 (ENSCABG00000006557)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00940000162049.b	ENSGT00940000162049.a	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353.a	ENSGT00940000155001.B.c	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00960000189590	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A.j #25	ENSGT00950000182944.A.i #25	ENSGT00940000158967.a	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B
Abingdon island giant tortoise	DUPLICATION
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	780												RNF169 (ENSCABG00000006633)	ENSCABG00000006631 #20	ENSCABG00000006630	SPCS2 (ENSCABG00000006629)	ENSCABG00000006628 #25	ENSCABG00000006626 #25	ENSCABG00000006625 #25	ENSCABG00000006624	ENSCABG00000006623	PPME1 (ENSCABG00000006621)	C2CD3 (ENSCABG00000006584)	UCP3 (ENSCABG00000006579)	UCP2 (ENSCABG00000006576)	DNAJB13 (ENSCABG00000006574)	PAAF1 (ENSCABG00000006572)	COA4 (ENSCABG00000006569)	MRPL48 (ENSCABG00000006557)
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	780											RNF169 (ENSCABG00000006633)	ENSCABG00000006631 #20	ENSCABG00000006630	SPCS2 (ENSCABG00000006629)	ENSCABG00000006628 #25	ENSCABG00000006626 #25	ENSCABG00000006625 #25	ENSCABG00000006624	ENSCABG00000006623	PPME1 (ENSCABG00000006621)	C2CD3 (ENSCABG00000006584)	UCP3 (ENSCABG00000006579)	UCP2 (ENSCABG00000006576)	DNAJB13 (ENSCABG00000006574)	PAAF1 (ENSCABG00000006572)	COA4 (ENSCABG00000006569)	MRPL48 (ENSCABG00000006557)
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES		ATG16L2 (ENSGEVG00005002742)	ARRB1 (ENSGEVG00005002777)	WDR73 (ENSGEVG00005002815) #26	ENSGEVG00005002824	ENSGEVG00005002835	SLCO2B1 (ENSGEVG00005002871)	ENSGEVG00005003019	PGM2L1 (ENSGEVG00005003082)	KCNE3 (ENSGEVG00005003093)	LIPT2 (ENSGEVG00005003105)	ENSGEVG00005003114 #18	CHRDL2 (ENSGEVG00005003144)	RNF169 (ENSGEVG00005003164)	XRRA1 (ENSGEVG00005003181) #20	SPCS2 (ENSGEVG00005003194)	ENSGEVG00005003212 #25	ENSGEVG00005003243 #25	ENSGEVG00005003260 #25	P4HA3 (ENSGEVG00005003275)	PPME1 (ENSGEVG00005003302)	C2CD3 (ENSGEVG00005003360)	UCP3 (ENSGEVG00005003456)	UCP2 (ENSGEVG00005003468)	DNAJB13 (ENSGEVG00005003477)	PAAF1 (ENSGEVG00005003484)	COA4 (ENSGEVG00005003493)	MRPL48 (ENSGEVG00005003500)	RAB6A (ENSGEVG00005000003)	PLEKHB1 (ENSGEVG00005000004)	FAM168A (ENSGEVG00005000014)	RELT (ENSGEVG00005000041)
Chinese turtle	MODERN SPECIES	1382	PDE2A (ENSPSIG00000010756)	ATG16L2 (ENSPSIG00000014104)	ENSPSIG00000014844	WDR73 (ENSPSIG00000015889) #26	ENSPSIG00000001951	SLCO2B1 (ENSPSIG00000016068)	ENSPSIG00000001953	PGM2L1 (ENSPSIG00000006425)	CHRDL2 (ENSPSIG00000007442)	ENSPSIG00000001954	ENSPSIG00000007762 #18	KCNE3 (ENSPSIG00000007921)	RNF169 (ENSPSIG00000007937)	XRRA1 (ENSPSIG00000008020) #20	SPCS2 (ENSPSIG00000008941)	NEU3 (ENSPSIG00000009163) #25	P4HA3 (ENSPSIG00000009301)	PPME1 (ENSPSIG00000010276)	C2CD3 (ENSPSIG00000010958)	UCP3 (ENSPSIG00000011422)	UCP2 (ENSPSIG00000012163)	DNAJB13 (ENSPSIG00000013400)	PAAF1 (ENSPSIG00000013943)	COA4 (ENSPSIG00000001956)	MRPL48 (ENSPSIG00000014248)	RAB6A (ENSPSIG00000014408)	PLEKHB1 (ENSPSIG00000014430)
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	17					ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b
Episquamata	DUPLICATION
Episquamata	DUPLICATION
Episquamata	DUPLICATION
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159817	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00940000153936.b	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A.k.a.a #25	ENSGT00950000182944.A.k.a.b #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	50									ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A.k.a.a #25	ENSGT00950000182944.A.k.a.b #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350
Lizard	DUPLICATION
Lizard	MODERN SPECIES	1101						ENSACAG00000014267 #18	ENSACAG00000014221	ENSACAG00000034703	RNF169 (ENSACAG00000014446)	ENSACAG00000007411	ENSACAG00000017449	ENSACAG00000027725 #20	ENSACAG00000039218	SPCS2 (ENSACAG00000003877)	ENSACAG00000023263 #25	ENSACAG00000025561 #25	ENSACAG00000037556 #25	ENSACAG00000014367	ENSACAG00000014334
Lizard	MODERN SPECIES	1101							ENSACAG00000014267 #18	ENSACAG00000014221	ENSACAG00000034703	RNF169 (ENSACAG00000014446)	ENSACAG00000007411	ENSACAG00000017449	ENSACAG00000027725 #20	ENSACAG00000039218	SPCS2 (ENSACAG00000003877)	ENSACAG00000023263 #25	ENSACAG00000025561 #25	ENSACAG00000037556 #25	ENSACAG00000014367	ENSACAG00000014334
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000012961	ENSGT00940000159817	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00940000153936.b	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A.k.a.a #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b
Common wall lizard	MODERN SPECIES	12	ENSPMRG00000001585	ENSPMRG00000001606	ENSPMRG00000001614	ENSPMRG00000001620	ENSPMRG00000001626	ENSPMRG00000001631	PGM2L1 (ENSPMRG00000001634)	LIPT2 (ENSPMRG00000001645)	ENSPMRG00000001655 #18	ENSPMRG00000001671 #18	CHRDL2 (ENSPMRG00000001688)	RNF169 (ENSPMRG00000001729)	ENSPMRG00000001750 #20	SPCS2 (ENSPMRG00000001767)	ENSPMRG00000001776 #25	ENSPMRG00000001783 #25	P4HA3 (ENSPMRG00000001795)	ENSPMRG00000001803	PPME1 (ENSPMRG00000001814)	C2CD3 (ENSPMRG00000001853)	UCP3 (ENSPMRG00000001986)	UCP2 (ENSPMRG00000001994)	DNAJB13 (ENSPMRG00000002007)	PAAF1 (ENSPMRG00000002025)	COA4 (ENSPMRG00000002043)	MRPL48 (ENSPMRG00000002053)	RAB6A (ENSPMRG00000002071)	PLEKHB1 (ENSPMRG00000002089)	FAM168A (ENSPMRG00000002098)	RELT (ENSPMRG00000002112)	ENSPMRG00000002116
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	24	PDE2A (ENSSMRG00000000432)	WDR73 (ENSSMRG00000006202) #26	ENSSMRG00000006224	ATG16L2 (ENSSMRG00000006260)	ENSSMRG00000006291	ENSSMRG00000006451	PGM2L1 (ENSSMRG00000006461)	ENSSMRG00000006475	KCNE3 (ENSSMRG00000006477)	LIPT2 (ENSSMRG00000006478)	ENSSMRG00000006481 #18	CHRDL2 (ENSSMRG00000006488)	RNF169 (ENSSMRG00000006509)	ENSSMRG00000006511 #20	SPCS2 (ENSSMRG00000006523)	ENSSMRG00000006532 #25	ENSSMRG00000006537 #25	ENSSMRG00000006541	P4HA3 (ENSSMRG00000006543)	PPME1 (ENSSMRG00000006548)	C2CD3 (ENSSMRG00000006557)	UCP3 (ENSSMRG00000006611)	UCP2 (ENSSMRG00000006716)	DNAJB13 (ENSSMRG00000006727)	PAAF1 (ENSSMRG00000006730)	COA4 (ENSSMRG00000006735)	MRPL48 (ENSSMRG00000006743)	RAB6A (ENSSMRG00000006746)	PLEKHB1 (ENSSMRG00000006749)	FAM168A (ENSSMRG00000006776)	RELT (ENSSMRG00000006804)
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000015701 #26	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00940000153936.b	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A.k.a.a #25	ENSGT00950000182944.A.k.a.b #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	50								ENSGT00940000154868.b	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A.k.a.a #25	ENSGT00950000182944.A.k.a.b #25	ENSGT00940000158967	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	52												ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000153936.b	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00950000182944.A.k.a.b #25	ENSGT00950000182944.A.l.a #25	ENSGT00940000158967.f	ENSGT00940000158967.e	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000159524.k.b	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955.k.a	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350
Indian cobra	MODERN SPECIES	4	INPPL1 (ENSNNAG00000010722)	PHOX2A (ENSNNAG00000010655)	CLPB (ENSNNAG00000009815)	STARD10 (ENSNNAG00000009731)	ENSNNAG00000009679	ENSNNAG00000009619	SPCS2 (ENSNNAG00000009593)	RNF169 (ENSNNAG00000009533)	ENSNNAG00000009517 #18	LIPT2 (ENSNNAG00000009503)	KCNE3 (ENSNNAG00000009495)	ENSNNAG00000009314	ENSNNAG00000009293	ENSNNAG00000009282	ARRB1 (ENSNNAG00000009211)	ENSNNAG00000009172 #25	ENSNNAG00000009147 #25	ENSNNAG00000009133	ENSNNAG00000009108	PPME1 (ENSNNAG00000009058)	UCP3 (ENSNNAG00000008795)	UCP2 (ENSNNAG00000008758)	DNAJB13 (ENSNNAG00000008717)	PAAF1 (ENSNNAG00000008661)	COA4 (ENSNNAG00000008652)	MRPL48 (ENSNNAG00000008628)	RAB6A (ENSNNAG00000008615)	PLEKHB1 (ENSNNAG00000008532)	FAM168A (ENSNNAG00000008512)	RELT (ENSNNAG00000008426)	ARHGEF17 (ENSNNAG00000008336)
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	138													ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000153936.b	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00950000182944.A.k.a.b #25	ENSGT00940000158967.f	ENSGT00940000158967.e	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000159524.k.b	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955.k.a	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	126													ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000153936.b	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00950000182944.A.k.a.b #25	ENSGT00940000158967.f	ENSGT00940000158967.e	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000159524.k.b	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955.k.a	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	1358																ENSNSUG00000011561 #25
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	237													ENSPTXG00000018732	ATG16L2 (ENSPTXG00000018734)	ENSPTXG00000018736	NEU3 (ENSPTXG00000018768) #25	ENSPTXG00000018769	PPME1 (ENSPTXG00000018770)	ENSPTXG00000018771
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	3815																ENSLLTG00000008154 #25	ENSLLTG00000008195 #25
Lizard	MODERN SPECIES	1101					ENSACAG00000014267 #18	ENSACAG00000014221	ENSACAG00000034703	RNF169 (ENSACAG00000014446)	ENSACAG00000007411	ENSACAG00000017449	ENSACAG00000027725 #20	ENSACAG00000039218	SPCS2 (ENSACAG00000003877)	ENSACAG00000023263 #25	ENSACAG00000025561 #25	ENSACAG00000037556 #25	ENSACAG00000014367	ENSACAG00000014334
Laterata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.k.a.b #25
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	24	WDR73 (ENSSMRG00000006202) #26	ENSSMRG00000006224	ATG16L2 (ENSSMRG00000006260)	ENSSMRG00000006291	ENSSMRG00000006451	PGM2L1 (ENSSMRG00000006461)	ENSSMRG00000006475	KCNE3 (ENSSMRG00000006477)	LIPT2 (ENSSMRG00000006478)	ENSSMRG00000006481 #18	CHRDL2 (ENSSMRG00000006488)	RNF169 (ENSSMRG00000006509)	ENSSMRG00000006511 #20	SPCS2 (ENSSMRG00000006523)	ENSSMRG00000006532 #25	ENSSMRG00000006537 #25	ENSSMRG00000006541	P4HA3 (ENSSMRG00000006543)	PPME1 (ENSSMRG00000006548)	C2CD3 (ENSSMRG00000006557)	UCP3 (ENSSMRG00000006611)	UCP2 (ENSSMRG00000006716)	DNAJB13 (ENSSMRG00000006727)	PAAF1 (ENSSMRG00000006730)	COA4 (ENSSMRG00000006735)	MRPL48 (ENSSMRG00000006743)	RAB6A (ENSSMRG00000006746)	PLEKHB1 (ENSSMRG00000006749)	FAM168A (ENSSMRG00000006776)	RELT (ENSSMRG00000006804)	ARHGEF17 (ENSSMRG00000006829)
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.k.b #25
Laterata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.k.b #25
Common wall lizard	DUPLICATION
Common wall lizard	MODERN SPECIES	12	ATG16L2 (ENSPMRG00000001532)	ENSPMRG00000001585	ENSPMRG00000001606	ENSPMRG00000001614	ENSPMRG00000001620	ENSPMRG00000001626	ENSPMRG00000001631	PGM2L1 (ENSPMRG00000001634)	LIPT2 (ENSPMRG00000001645)	ENSPMRG00000001655 #18	ENSPMRG00000001671 #18	CHRDL2 (ENSPMRG00000001688)	RNF169 (ENSPMRG00000001729)	ENSPMRG00000001750 #20	SPCS2 (ENSPMRG00000001767)	ENSPMRG00000001776 #25	ENSPMRG00000001783 #25	P4HA3 (ENSPMRG00000001795)	ENSPMRG00000001803	PPME1 (ENSPMRG00000001814)	C2CD3 (ENSPMRG00000001853)	UCP3 (ENSPMRG00000001986)	UCP2 (ENSPMRG00000001994)	DNAJB13 (ENSPMRG00000002007)	PAAF1 (ENSPMRG00000002025)	COA4 (ENSPMRG00000002043)	MRPL48 (ENSPMRG00000002053)	RAB6A (ENSPMRG00000002071)	PLEKHB1 (ENSPMRG00000002089)	FAM168A (ENSPMRG00000002098)	RELT (ENSPMRG00000002112)
Common wall lizard	MODERN SPECIES	10	CCNJL (ENSPMRG00000010868)	C1QTNF2 (ENSPMRG00000010872)	SLU7 (ENSPMRG00000010877)	ENSPMRG00000010883	ATP10B (ENSPMRG00000010905)	GABRB2 (ENSPMRG00000011033)	GABRA6 (ENSPMRG00000011045)	GABRA1 (ENSPMRG00000011054)	GABRG2 (ENSPMRG00000011060)	ENSPMRG00000011068	CCNG1 (ENSPMRG00000011071)	ENSPMRG00000011075	HMMR (ENSPMRG00000011083)	MAT2B (ENSPMRG00000011087)	ENSPMRG00000011090	ENSPMRG00000011093 #25	ENSPMRG00000011099	TENM2 (ENSPMRG00000011366)	WWC1 (ENSPMRG00000013365)	RARS1 (ENSPMRG00000013382)	ENSPMRG00000013393	SLIT3 (ENSPMRG00000013418)	ENSPMRG00000013439	SPDL1 (ENSPMRG00000013445)	DOCK2 (ENSPMRG00000013635)	INSYN2B (ENSPMRG00000014634)	FOXI1 (ENSPMRG00000014639)	ENSPMRG00000014643	ENSPMRG00000014648	KCNMB1 (ENSPMRG00000014652)	KCNIP1 (ENSPMRG00000014664)
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.l #25
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.l #25
Elapidae	DUPLICATION
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	52											ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000153936.b	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00950000182944.A.k.a.b #25	ENSGT00950000182944.A.l.a #25	ENSGT00940000158967.f	ENSGT00940000158967.e	ENSGT00390000004396	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000159524.k.b	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000005948	ENSGT00390000008503	ENSGT00390000012955.k.a	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.b.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.l.a #25
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.l.a #25
Mainland tiger snake	DUPLICATION
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	2080																ENSNSUG00000001745 #25
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	2796																ENSNSUG00000004257 #25
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	3815															ENSLLTG00000008154 #25	ENSLLTG00000008195 #25
Indian cobra	MODERN SPECIES	4	PHOX2A (ENSNNAG00000010655)	CLPB (ENSNNAG00000009815)	STARD10 (ENSNNAG00000009731)	ENSNNAG00000009679	ENSNNAG00000009619	SPCS2 (ENSNNAG00000009593)	RNF169 (ENSNNAG00000009533)	ENSNNAG00000009517 #18	LIPT2 (ENSNNAG00000009503)	KCNE3 (ENSNNAG00000009495)	ENSNNAG00000009314	ENSNNAG00000009293	ENSNNAG00000009282	ARRB1 (ENSNNAG00000009211)	ENSNNAG00000009172 #25	ENSNNAG00000009147 #25	ENSNNAG00000009133	ENSNNAG00000009108	PPME1 (ENSNNAG00000009058)	UCP3 (ENSNNAG00000008795)	UCP2 (ENSNNAG00000008758)	DNAJB13 (ENSNNAG00000008717)	PAAF1 (ENSNNAG00000008661)	COA4 (ENSNNAG00000008652)	MRPL48 (ENSNNAG00000008628)	RAB6A (ENSNNAG00000008615)	PLEKHB1 (ENSNNAG00000008532)	FAM168A (ENSNNAG00000008512)	RELT (ENSNNAG00000008426)	ARHGEF17 (ENSNNAG00000008336)	P2RY6 (ENSNNAG00000008304)
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.l.b #25
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.l.b #25
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.A.l.b #25
Mainland tiger snake	DUPLICATION
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	2325																ENSNSUG00000004628 #25
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	2306																ENSNSUG00000004549 #25
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	10915																ENSLLTG00000006568 #25	P4HA3 (ENSLLTG00000006459)
tuatara	MODERN SPECIES	417													RNF169 (ENSSPUG00000014623)	ENSSPUG00000014632	SPCS2 (ENSSPUG00000014638)	NEU3 (ENSSPUG00000014640) #25	P4HA3 (ENSSPUG00000014679)	PPME1 (ENSSPUG00000014940)	C2CD3 (ENSSPUG00000015051)	UCP3 (ENSSPUG00000015436)
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	128								ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00960000190186
Theria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00390000009554
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.yb	ENSGT00940000162049.xb	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT01100000263754	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.yb	ENSGT00940000162049.xb	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT01100000263754	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.yb	ENSGT00940000162049.xb	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT01100000263754	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524.n	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.yb	ENSGT00940000162049.xb.c	ENSGT00940000162049.xb.d	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT01100000263754	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877
koala	MODERN SPECIES	35	PAAF1 (ENSPCIG00000021816)	ENSPCIG00000033407	DNAJB13 (ENSPCIG00000021818)	ENSPCIG00000021820	UCP3 (ENSPCIG00000021821)	C2CD3 (ENSPCIG00000021823)	PPME1 (ENSPCIG00000021824)	P4HA3 (ENSPCIG00000021825)	PGM2L1 (ENSPCIG00000021827)	KCNE3 (ENSPCIG00000021830)	LIPT2 (ENSPCIG00000021831)	ENSPCIG00000021832 #18	CHRDL2 (ENSPCIG00000021833)	ENSPCIG00000021835 #20	SPCS2 (ENSPCIG00000021840)	NEU3 (ENSPCIG00000021841) #25	ENSPCIG00000021843	ENSPCIG00000024126	ENSPCIG00000024125	SLCO2B1 (ENSPCIG00000024128)	ENSPCIG00000024142	ARRB1 (ENSPCIG00000024137)	ENSPCIG00000024144	KLHL35 (ENSPCIG00000024150)	ENSPCIG00000024154	ENSPCIG00000031819	SERPINH1 (ENSPCIG00000031151)	ENSPCIG00000009765	ENSPCIG00000009766	MOGAT2 (ENSPCIG00000009767)	DGAT2 (ENSPCIG00000009770)
Common wonbat	MODERN SPECIES	342	COA4 (ENSVURG00010017934)	PAAF1 (ENSVURG00010017927)	DNAJB13 (ENSVURG00010017923)	ENSVURG00010017918	UCP3 (ENSVURG00010017912)	C2CD3 (ENSVURG00010017401)	PPME1 (ENSVURG00010017299)	P4HA3 (ENSVURG00010017249)	PGM2L1 (ENSVURG00010017230)	KCNE3 (ENSVURG00010017220)	LIPT2 (ENSVURG00010017202)	ENSVURG00010017183	CHRDL2 (ENSVURG00010017166)	ENSVURG00010017157	XRRA1 (ENSVURG00010017136) #20	NEU3 (ENSVURG00010017132) #25	ENSVURG00010017126	ENSVURG00010017123	ENSVURG00010017115	SLCO2B1 (ENSVURG00010017093)	TPBGL (ENSVURG00010017080)	ARRB1 (ENSVURG00010017049)	ENSVURG00010017023	ENSVURG00010017014	GDPD5 (ENSVURG00010017005)	SERPINH1 (ENSVURG00010016989)	ENSVURG00010016983	ENSVURG00010016973	MOGAT2 (ENSVURG00010016965)	DGAT2 (ENSVURG00010016956)	UVRAG (ENSVURG00010016946)
Wallaby	MODERN SPECIES	11798																ENSMEUG00000015447 #25
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	2	PAAF1 (ENSSHAG00000013811)	DNAJB13 (ENSSHAG00000013715)	UCP2 (ENSSHAG00000028458)	UCP3 (ENSSHAG00000013494)	ENSSHAG00000012678	PPME1 (ENSSHAG00000012353)	P4HA3 (ENSSHAG00000012092)	PGM2L1 (ENSSHAG00000011567)	KCNE3 (ENSSHAG00000023197)	LIPT2 (ENSSHAG00000026717)	ENSSHAG00000010021 #18	CHRDL2 (ENSSHAG00000008806)	RNF169 (ENSSHAG00000032266)	XRRA1 (ENSSHAG00000006643) #20	SPCS2 (ENSSHAG00000005389)	ENSSHAG00000021653 #25	ENSSHAG00000003923	ENSSHAG00000001456	SLCO2B1 (ENSSHAG00000003701)	ENSSHAG00000012502	ARRB1 (ENSSHAG00000012018)	ENSSHAG00000011198	ENSSHAG00000010962	GDPD5 (ENSSHAG00000009805)	SERPINH1 (ENSSHAG00000009364)	ENSSHAG00000024198	ENSSHAG00000021367	MOGAT2 (ENSSHAG00000001147)	DGAT2 (ENSSHAG00000031450)	UVRAG (ENSSHAG00000029637)	WNT11 (ENSSHAG00000010411)
Opossum	MODERN SPECIES	3	PAAF1 (ENSMODG00000007569)	DNAJB13 (ENSMODG00000007547)	UCP2 (ENSMODG00000007498)	UCP3 (ENSMODG00000007461)	C2CD3 (ENSMODG00000007448)	PPME1 (ENSMODG00000007418)	P4HA3 (ENSMODG00000007397)	PGM2L1 (ENSMODG00000007336)	KCNE3 (ENSMODG00000007209)	LIPT2 (ENSMODG00000007202)	ENSMODG00000007196	CHRDL2 (ENSMODG00000007176)	RNF169 (ENSMODG00000007163)	XRRA1 (ENSMODG00000007151) #20	SPCS2 (ENSMODG00000042403)	NEU3 (ENSMODG00000039572) #25	ENSMODG00000036612	ENSMODG00000007071	ENSMODG00000049054	ENSMODG00000029536	ENSMODG00000024027	ENSMODG00000007063	SLCO2B1 (ENSMODG00000007051)	ENSMODG00000007031	ARRB1 (ENSMODG00000007021)	ENSMODG00000024030	RPS3 (ENSMODG00000006945)	KLHL35 (ENSMODG00000006983)	ENSMODG00000006862	ENSMODG00000045071	SERPINH1 (ENSMODG00000006814)
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.d
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	71	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.d
Elephant	MODERN SPECIES	563	PAAF1 (ENSLAFG00000003807)	DNAJB13 (ENSLAFG00000032032)	UCP2 (ENSLAFG00000015866)	UCP3 (ENSLAFG00000005399)	ENSLAFG00000005407	PPME1 (ENSLAFG00000005421)	P4HA3 (ENSLAFG00000022200)	PGM2L1 (ENSLAFG00000002883)	KCNE3 (ENSLAFG00000022215)	LIPT2 (ENSLAFG00000012749)	ENSLAFG00000004098 #18	CHRDL2 (ENSLAFG00000009783)	RNF169 (ENSLAFG00000005991)	XRRA1 (ENSLAFG00000005994) #20	SPCS2 (ENSLAFG00000005996)	NEU3 (ENSLAFG00000016015) #25	ENSLAFG00000031826	OR2AT4 (ENSLAFG00000022125)	ENSLAFG00000026465	ENSLAFG00000029633	ENSLAFG00000026542	SLCO2B1 (ENSLAFG00000018182)	TPBGL (ENSLAFG00000026034)	ARRB1 (ENSLAFG00000022589)	RPS3 (ENSLAFG00000004297)	KLHL35 (ENSLAFG00000021869)	GDPD5 (ENSLAFG00000001164)	SERPINH1 (ENSLAFG00000003780)	MAP6 (ENSLAFG00000003783)	MOGAT2 (ENSLAFG00000011173)	DGAT2 (ENSLAFG00000003799)
Hyrax	MODERN SPECIES	8582																NEU3 (ENSPCAG00000013559) #25
Tenrec	MODERN SPECIES	5917																NEU3 (ENSETEG00000012991) #25
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	289					ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000155001.B.f	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049
Armadillo	MODERN SPECIES	4480					UCP3 (ENSDNOG00000024593)	C2CD3 (ENSDNOG00000016716)	ENSDNOG00000008960	P4HA3 (ENSDNOG00000008987)	KCNE3 (ENSDNOG00000016060)	LIPT2 (ENSDNOG00000008392)	POLD3 (ENSDNOG00000010554)	CHRDL2 (ENSDNOG00000004316)	RNF169 (ENSDNOG00000003895)	XRRA1 (ENSDNOG00000018998) #20	SPCS2 (ENSDNOG00000017406)	NEU3 (ENSDNOG00000039722) #25	OR2AT4 (ENSDNOG00000005086)	ENSDNOG00000034071	ENSDNOG00000042687
Sloth	MODERN SPECIES	4816																NEU3 (ENSCHOG00000002567) #25
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Tree shrew	MODERN SPECIES	3417													RNF169 (ENSTBEG00000003685)	XRRA1 (ENSTBEG00000003860) #20	SPCS2 (ENSTBEG00000003943)	ENSTBEG00000004107 #25
Glires	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Guinea pig	MODERN SPECIES	103	PAAF1 (ENSCPOG00000013297)	DNAJB13 (ENSCPOG00000010693)	UCP2 (ENSCPOG00000010696)	UCP3 (ENSCPOG00000005180)	C2CD3 (ENSCPOG00000010703)	PPME1 (ENSCPOG00000003599)	P4HA3 (ENSCPOG00000003601)	PGM2L1 (ENSCPOG00000014068)	KCNE3 (ENSCPOG00000033408)	LIPT2 (ENSCPOG00000025073)	ENSCPOG00000007066	CHRDL2 (ENSCPOG00000007071)	RNF169 (ENSCPOG00000025687)	XRRA1 (ENSCPOG00000007269) #20	SPCS2 (ENSCPOG00000033774)	NEU3 (ENSCPOG00000006422) #25	OR2AT4 (ENSCPOG00000012056)	SLCO2B1 (ENSCPOG00000015052)	TPBGL (ENSCPOG00000015056)	ARRB1 (ENSCPOG00000000209)	RPS3 (ENSCPOG00000004665)	KLHL35 (ENSCPOG00000010232)	GDPD5 (ENSCPOG00000010246)	SERPINH1 (ENSCPOG00000022994)	ENSCPOG00000031687
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Degu	MODERN SPECIES	90	CAPN5 (ENSODEG00000005118) #32	B3GNT6 (ENSODEG00000005108)	ENSODEG00000005077	ENSODEG00000005063	ACER3 (ENSODEG00000005051)	PGM2L1 (ENSODEG00000004995)	KCNE3 (ENSODEG00000019113)	LIPT2 (ENSODEG00000004972)	ENSODEG00000019096	ENSODEG00000004965	POLD3 (ENSODEG00000004735)	CHRDL2 (ENSODEG00000004877)	RNF169 (ENSODEG00000004854)	XRRA1 (ENSODEG00000004727) #20	SPCS2 (ENSODEG00000004684)	NEU3 (ENSODEG00000004614) #25	ENSODEG00000019165	ENSODEG00000004518	OR2AT4 (ENSODEG00000004509)	SLCO2B1 (ENSODEG00000004779)	TPBGL (ENSODEG00000004759)	ARRB1 (ENSODEG00000004633)	ENSODEG00000004564	KLHL35 (ENSODEG00000004522)	ENSODEG00000004513	SERPINH1 (ENSODEG00000004317)	ENSODEG00000004327	MOGAT2 (ENSODEG00000004302)	DGAT2 (ENSODEG00000004293)	UVRAG (ENSODEG00000004147)	WNT11 (ENSODEG00000003887)
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	121	PAAF1 (ENSCLAG00000013956)	DNAJB13 (ENSCLAG00000015889)	UCP2 (ENSCLAG00000014473)	UCP3 (ENSCLAG00000016512)	C2CD3 (ENSCLAG00000015900)	PPME1 (ENSCLAG00000016482)	P4HA3 (ENSCLAG00000016260)	PGM2L1 (ENSCLAG00000015758)	KCNE3 (ENSCLAG00000016222)	LIPT2 (ENSCLAG00000016419)	ENSCLAG00000014255 #18	CHRDL2 (ENSCLAG00000016930)	RNF169 (ENSCLAG00000015974)	XRRA1 (ENSCLAG00000014397) #20	SPCS2 (ENSCLAG00000016410)	NEU3 (ENSCLAG00000015476) #25	SLCO2B1 (ENSCLAG00000013902)	TPBGL (ENSCLAG00000016335)	ARRB1 (ENSCLAG00000014486)	RPS3 (ENSCLAG00000013819)	KLHL35 (ENSCLAG00000015297)	GDPD5 (ENSCLAG00000015415)	SERPINH1 (ENSCLAG00000013718)	ENSCLAG00000015204	DGAT2 (ENSCLAG00000015138)	UVRAG (ENSCLAG00000016075)	WNT11 (ENSCLAG00000014333)	THAP12 (ENSCLAG00000014847)	EMSY (ENSCLAG00000015699)	LRRC32 (ENSCLAG00000016535)	ENSCLAG00000014932
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	24	UCP3 (ENSHGLG00000003428)	C2CD3 (ENSHGLG00000011779)	PPME1 (ENSHGLG00000003747)	P4HA3 (ENSHGLG00000003386)	PGM2L1 (ENSHGLG00000010209)	KCNE3 (ENSHGLG00000037843)	LIPT2 (ENSHGLG00000008316)	POLD3 (ENSHGLG00000012230)	ENSHGLG00000021193	CHRDL2 (ENSHGLG00000013117)	RNF169 (ENSHGLG00000047439)	ENSHGLG00000038136 #20	ENSHGLG00000004932 #20	SPCS2 (ENSHGLG00000044953)	ENSHGLG00000042609	NEU3 (ENSHGLG00000018397) #25	ENSHGLG00000032512	ENSHGLG00000039039	ENSHGLG00000033098	OR2AT4 (ENSHGLG00000049134)	SLCO2B1 (ENSHGLG00000015264)	TPBGL (ENSHGLG00000021318)	ARRB1 (ENSHGLG00000015558)	RPS3 (ENSHGLG00000019339)	KLHL35 (ENSHGLG00000004947)	GDPD5 (ENSHGLG00000009912)	SERPINH1 (ENSHGLG00000007288)	MAP6 (ENSHGLG00000005485)	ENSHGLG00000043050	MOGAT2 (ENSHGLG00000005337)	DGAT2 (ENSHGLG00000003971)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00390000009895.i.b.a	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Alpin marmot	MODERN SPECIES	3	DNAJB13 (ENSMMMG00000010540)	UCP2 (ENSMMMG00000010534)	UCP3 (ENSMMMG00000010518)	C2CD3 (ENSMMMG00000010449)	PPME1 (ENSMMMG00000010421)	P4HA3 (ENSMMMG00000010398)	ENSMMMG00000010391	PGM2L1 (ENSMMMG00000010377)	KCNE3 (ENSMMMG00000010356)	ENSMMMG00000010334 #18	CHRDL2 (ENSMMMG00000010297)	ENSMMMG00000010292	RNF169 (ENSMMMG00000010273)	XRRA1 (ENSMMMG00000010212) #20	SPCS2 (ENSMMMG00000010185)	NEU3 (ENSMMMG00000010144) #25	SLCO2B1 (ENSMMMG00000010020)	ARRB1 (ENSMMMG00000009891)	RPS3 (ENSMMMG00000009823)	GDPD5 (ENSMMMG00000009761)	SERPINH1 (ENSMMMG00000009745)	MAP6 (ENSMMMG00000009732)	MOGAT2 (ENSMMMG00000009708)	DGAT2 (ENSMMMG00000009694)	UVRAG (ENSMMMG00000009669)	WNT11 (ENSMMMG00000009631)	GVQW3 (ENSMMMG00000009582)	EMSY (ENSMMMG00000009455)	LRRC32 (ENSMMMG00000009408)	ENSMMMG00000009326	TSKU (ENSMMMG00000009316)
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00390000009895.i.b.a	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Squirrel	MODERN SPECIES	98	DNAJB13 (ENSSTOG00000010709)	UCP2 (ENSSTOG00000010715)	UCP3 (ENSSTOG00000004880)	C2CD3 (ENSSTOG00000004903)	PPME1 (ENSSTOG00000007881)	P4HA3 (ENSSTOG00000007908)	PGM2L1 (ENSSTOG00000012379)	KCNE3 (ENSSTOG00000012391)	LIPT2 (ENSSTOG00000026720)	POLD3 (ENSSTOG00000000455)	CHRDL2 (ENSSTOG00000000457)	RNF169 (ENSSTOG00000000462)	ENSSTOG00000034261	XRRA1 (ENSSTOG00000000466) #20	SPCS2 (ENSSTOG00000012647)	NEU3 (ENSSTOG00000012649) #25	ENSSTOG00000020894	OR2AT4 (ENSSTOG00000030885)	SLCO2B1 (ENSSTOG00000012655)	TPBGL (ENSSTOG00000027127)	ARRB1 (ENSSTOG00000004545)	ENSSTOG00000028813	KLHL35 (ENSSTOG00000027931)	GDPD5 (ENSSTOG00000004596)	SERPINH1 (ENSSTOG00000027738)	ENSSTOG00000015949	ENSSTOG00000024696	MOGAT2 (ENSSTOG00000012010)	DGAT2 (ENSSTOG00000012018)	UVRAG (ENSSTOG00000016316)	WNT11 (ENSSTOG00000029064)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01070000253969	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01070000253969	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000008503	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01070000253969	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000008503	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01070000253969	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877.d	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000008503	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01070000253969	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.g	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877.d	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Golden Hamster	MODERN SPECIES	660	Coa4 (ENSMAUG00000018585)	Dnajb13 (ENSMAUG00000007369)	Ucp2 (ENSMAUG00000020681)	Ucp3 (ENSMAUG00000006845)	C2cd3 (ENSMAUG00000002400)	Ppme1 (ENSMAUG00000010412)	P4ha3 (ENSMAUG00000018103)	Pgm2l1 (ENSMAUG00000017167)	Kcne3 (ENSMAUG00000011451)	Lipt2 (ENSMAUG00000019457)	ENSMAUG00000014499	Chrdl2 (ENSMAUG00000017187)	Rnf169 (ENSMAUG00000014501)	Xrra1 (ENSMAUG00000021020) #20	Spcs2 (ENSMAUG00000011785)	Neu3 (ENSMAUG00000021349) #25	Or2at1 (ENSMAUG00000001599)	ENSMAUG00000017960	Tpbgl (ENSMAUG00000008440)	Arrb1 (ENSMAUG00000021854)	ENSMAUG00000012031	Klhl35 (ENSMAUG00000021872)	ENSMAUG00000015100	Serpinh1 (ENSMAUG00000019515)	Map6 (ENSMAUG00000011744)	Mogat2 (ENSMAUG00000012718)	Dgat2 (ENSMAUG00000009895)	Uvrag (ENSMAUG00000022039)	Wnt11 (ENSMAUG00000008427)	Thap12 (ENSMAUG00000000897)	ENSMAUG00000013228
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	101	ENSCGRG00001005081	Coa4 (ENSCGRG00001011670)	Dnajb13 (ENSCGRG00001023569)	Ucp2 (ENSCGRG00001005610)	Ucp3 (ENSCGRG00001021497)	C2cd3 (ENSCGRG00001023764)	Ppme1 (ENSCGRG00001006185)	P4ha3 (ENSCGRG00001020549)	Pgm2l1 (ENSCGRG00001022200)	Kcne3 (ENSCGRG00001006190)	Lipt2 (ENSCGRG00001003966)	Pold3 (ENSCGRG00001024887)	Chrdl2 (ENSCGRG00001017085)	Xrra1 (ENSCGRG00001021284) #20	ENSCGRG00001018251	Neu3 (ENSCGRG00001022920) #25	ENSCGRG00001009618	ENSCGRG00001008790	Or2at4 (ENSCGRG00001009746)	Slco2b1 (ENSCGRG00001015456)	Tpbgl (ENSCGRG00001007068)	Arrb1 (ENSCGRG00001007148)	ENSCGRG00001013667	Klhl35 (ENSCGRG00001005839)	Gdpd5 (ENSCGRG00001018824)	Serpinh1 (ENSCGRG00001024167)	Map6 (ENSCGRG00001012636)	Mogat2 (ENSCGRG00001004764)	Dgat2 (ENSCGRG00001020895)	Uvrag (ENSCGRG00001006874)	Wnt11 (ENSCGRG00001022788)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000008503	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01070000253969	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877.d	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Prairie vole	MODERN SPECIES	9	Coa4 (ENSMOCG00000017462)	Dnajb13 (ENSMOCG00000017952)	Ucp2 (ENSMOCG00000018146)	Ucp3 (ENSMOCG00000020776)	C2cd3 (ENSMOCG00000019104)	Ppme1 (ENSMOCG00000008664)	P4ha3 (ENSMOCG00000019829)	Pgm2l1 (ENSMOCG00000003706)	Kcne3 (ENSMOCG00000003845)	Lipt2 (ENSMOCG00000017385)	Pold3 (ENSMOCG00000018619)	Chrdl2 (ENSMOCG00000010273)	Rnf169 (ENSMOCG00000005688)	Xrra1 (ENSMOCG00000008479) #20	Spcs2 (ENSMOCG00000013765)	Neu3 (ENSMOCG00000015363) #25	Or2at1 (ENSMOCG00000008347)	Or2at4 (ENSMOCG00000007737)	Slco2b1 (ENSMOCG00000022164)	Tpbgl (ENSMOCG00000009503)	Arrb1 (ENSMOCG00000013364)	Rps3 (ENSMOCG00000007699)	Klhl35 (ENSMOCG00000012414)	ENSMOCG00000014147	Serpinh1 (ENSMOCG00000015514)	Map6 (ENSMOCG00000021641)	Mogat2 (ENSMOCG00000007716)	Dgat2 (ENSMOCG00000012378)	Uvrag (ENSMOCG00000016758)	Wnt11 (ENSMOCG00000021029)	Thap12 (ENSMOCG00000021908)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES		Dnajb13 (ENSPEMG00000011854)	Ucp2 (ENSPEMG00000022828)	Ucp3 (ENSPEMG00000023921)	C2cd3 (ENSPEMG00000020833)	Ppme1 (ENSPEMG00000022717)	P4ha3 (ENSPEMG00000023743)	ENSPEMG00000021679	Pgm2l1 (ENSPEMG00000021465)	Kcne3 (ENSPEMG00000024743)	Lipt2 (ENSPEMG00000009699)	Pold3 (ENSPEMG00000016686)	Chrdl2 (ENSPEMG00000000436)	Rnf169 (ENSPEMG00000009722)	Xrra1 (ENSPEMG00000022936) #20	Spcs2 (ENSPEMG00000021621)	Neu3 (ENSPEMG00000022579) #25	Or2at1 (ENSPEMG00000001658)	Or2at4 (ENSPEMG00000023224)	Slco2b1 (ENSPEMG00000022027)	Arrb1 (ENSPEMG00000024170)	ENSPEMG00000027335	Rps3 (ENSPEMG00000021741)	Klhl35 (ENSPEMG00000022958)	Gdpd5 (ENSPEMG00000021717)	Serpinh1 (ENSPEMG00000022342)	Map6 (ENSPEMG00000007984)	Mogat2 (ENSPEMG00000023232)	Dgat2 (ENSPEMG00000021889)	Uvrag (ENSPEMG00000028043)	Wnt11 (ENSPEMG00000021569)	Thap12 (ENSPEMG00000013204)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000008503	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01070000253969	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Mus	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000008503	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01070000253969	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000008503	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01070000253969	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000008503	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01070000253969	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000008503	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01070000253969	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3349	Ucp2 (ENSMSIG00000027973)	Ucp3 (ENSMSIG00000027961)	C2cd3 (ENSMSIG00000027851)	Ppme1 (ENSMSIG00000027833)	P4ha3 (ENSMSIG00000027826)	ENSMSIG00000027824	Pgm2l1 (ENSMSIG00000027814)	Kcne3 (ENSMSIG00000027746)	Lipt2 (ENSMSIG00000027742)	Pold3 (ENSMSIG00000027730)	ENSMSIG00000027727	Chrdl2 (ENSMSIG00000027712)	Rnf169 (ENSMSIG00000027708)	Xrra1 (ENSMSIG00000027684) #20	Spcs2 (ENSMSIG00000027625)	Neu3 (ENSMSIG00000027608) #25	ENSMSIG00000027598	ENSMSIG00000027596	Or2at1 (ENSMSIG00000027584)	Or2at4 (ENSMSIG00000027555)	Slco2b1 (ENSMSIG00000027516)	Tpbgl (ENSMSIG00000027507)	ENSMSIG00000027402	Rps3 (ENSMSIG00000027343)	Klhl35 (ENSMSIG00000027326)	Gdpd5 (ENSMSIG00000027274)	Serpinh1 (ENSMSIG00000027236)	Map6 (ENSMSIG00000027203)	ENSMSIG00000027198	Mogat2 (ENSMSIG00000027187)	Dgat2 (ENSMSIG00000027153)
spretus	MODERN SPECIES	16	Coa4 (MGP_SPRETEiJ_G0031160)	Dnajb13 (MGP_SPRETEiJ_G0031159)	Ucp2 (MGP_SPRETEiJ_G0031158)	Ucp3 (MGP_SPRETEiJ_G0031157)	C2cd3 (MGP_SPRETEiJ_G0031156)	Ppme1 (MGP_SPRETEiJ_G0031155)	P4ha3 (MGP_SPRETEiJ_G0031154)	Pgm2l1 (MGP_SPRETEiJ_G0031153)	Kcne3 (MGP_SPRETEiJ_G0031152)	Lipt2 (MGP_SPRETEiJ_G0031151)	Pold3 (MGP_SPRETEiJ_G0031150)	Chrdl2 (MGP_SPRETEiJ_G0031149)	Rnf169 (MGP_SPRETEiJ_G0031148)	Xrra1 (MGP_SPRETEiJ_G0031147) #20	Spcs2 (MGP_SPRETEiJ_G0031146)	Neu3 (MGP_SPRETEiJ_G0031145) #25	MGP_SPRETEiJ_G0031144	MGP_SPRETEiJ_G0031143	Slco2b1 (MGP_SPRETEiJ_G0031142)	Tpbgl (MGP_SPRETEiJ_G0031141)	Arrb1 (MGP_SPRETEiJ_G0031140)	Rps3 (MGP_SPRETEiJ_G0031139)	Klhl35 (MGP_SPRETEiJ_G0031138)	Gdpd5 (MGP_SPRETEiJ_G0031137)	Serpinh1 (MGP_SPRETEiJ_G0031136)	Map6 (MGP_SPRETEiJ_G0031135)	Mogat2 (MGP_SPRETEiJ_G0031134)	Dgat2 (MGP_SPRETEiJ_G0031133)	Uvrag (MGP_SPRETEiJ_G0031132)	Wnt11 (MGP_SPRETEiJ_G0031131)	MGP_SPRETEiJ_G0031130
Mouse	MODERN SPECIES	16	Coa4 (ENSMUSG00000044881)	Dnajb13 (ENSMUSG00000030708)	Ucp2 (ENSMUSG00000033685)	Ucp3 (ENSMUSG00000032942)	C2cd3 (ENSMUSG00000047248)	Ppme1 (ENSMUSG00000030718)	P4ha3 (ENSMUSG00000051048)	Pgm2l1 (ENSMUSG00000030729)	Kcne3 (ENSMUSG00000035165)	Lipt2 (ENSMUSG00000030725)	Pold3 (ENSMUSG00000030726)	Chrdl2 (ENSMUSG00000030732)	Rnf169 (ENSMUSG00000058761)	Xrra1 (ENSMUSG00000035211) #20	Spcs2 (ENSMUSG00000035227)	Neu3 (ENSMUSG00000035239) #25	Or2at1 (ENSMUSG00000073997)	Or2at4 (ENSMUSG00000073998)	Slco2b1 (ENSMUSG00000030737)	Tpbgl (ENSMUSG00000096606)	Arrb1 (ENSMUSG00000018909)	Rps3 (ENSMUSG00000030744)	Klhl35 (ENSMUSG00000035298)	Gdpd5 (ENSMUSG00000035314)	Serpinh1 (ENSMUSG00000070436)	Map6 (ENSMUSG00000055407)	Mogat2 (ENSMUSG00000052396)	Dgat2 (ENSMUSG00000030747)	Uvrag (ENSMUSG00000035354)	Wnt11 (ENSMUSG00000015957)	Thap12 (ENSMUSG00000030753)
Shrew mouse	MODERN SPECIES		Coa4 (MGP_PahariEiJ_G0013271)	Dnajb13 (MGP_PahariEiJ_G0013270)	Ucp2 (MGP_PahariEiJ_G0013269)	Ucp3 (MGP_PahariEiJ_G0013268)	C2cd3 (MGP_PahariEiJ_G0013267)	Ppme1 (MGP_PahariEiJ_G0013266)	P4ha3 (MGP_PahariEiJ_G0013265)	Pgm2l1 (MGP_PahariEiJ_G0013264)	Kcne3 (MGP_PahariEiJ_G0013263)	Lipt2 (MGP_PahariEiJ_G0013262)	Pold3 (MGP_PahariEiJ_G0013261)	Chrdl2 (MGP_PahariEiJ_G0013260)	Rnf169 (MGP_PahariEiJ_G0013259)	Xrra1 (MGP_PahariEiJ_G0013258) #20	Spcs2 (MGP_PahariEiJ_G0013257)	Neu3 (MGP_PahariEiJ_G0013256) #25	MGP_PahariEiJ_G0013255	Or2at4 (MGP_PahariEiJ_G0013254)	Slco2b1 (MGP_PahariEiJ_G0013253)	Tpbgl (MGP_PahariEiJ_G0013252)	Arrb1 (MGP_PahariEiJ_G0013251)	Rps3 (MGP_PahariEiJ_G0013250)	Klhl35 (MGP_PahariEiJ_G0013249)	Gdpd5 (MGP_PahariEiJ_G0013248)	Serpinh1 (MGP_PahariEiJ_G0013247)	Map6 (MGP_PahariEiJ_G0013246)	Mogat2 (MGP_PahariEiJ_G0013245)	Dgat2 (MGP_PahariEiJ_G0013244)	Uvrag (MGP_PahariEiJ_G0013243)	Wnt11 (MGP_PahariEiJ_G0013242)	Thap12 (MGP_PahariEiJ_G0013241)
Rat	MODERN SPECIES		Dnajb13 (ENSRNOG00000017975)	Ucp2 (ENSRNOG00000017854)	Ucp3 (ENSRNOG00000017716)	C2cd3 (ENSRNOG00000017608)	Ppme1 (ENSRNOG00000017227)	P4ha3 (ENSRNOG00000017118)	Pgm2l1 (ENSRNOG00000017079)	Lipt2 (ENSRNOG00000016906)	Pold3 (ENSRNOG00000018411)	Chrdl2 (ENSRNOG00000018394)	Rnf169 (ENSRNOG00000026408)	Xrra1 (ENSRNOG00000026503) #20	Spcs2 (ENSRNOG00000018164)	AABR07004876.1 (ENSRNOG00000018083)	Or2at1 (ENSRNOG00000018078)	Neu3 (ENSRNOG00000018106) #25	Olr36 (ENSRNOG00000068594)	Olr35 (ENSRNOG00000030788)	Slco2b1 (ENSRNOG00000017976)	Tpbgl (ENSRNOG00000017922)	Arrb1 (ENSRNOG00000030404)	Rps3 (ENSRNOG00000017418)	Klhl35 (ENSRNOG00000017365)	Gdpd5 (ENSRNOG00000036859)	Serpinh1 (ENSRNOG00000016831)	Map6 (ENSRNOG00000027204)	Mogat2 (ENSRNOG00000027228)	Dgat2 (ENSRNOG00000016573)	Uvrag (ENSRNOG00000016206)	RGD1561870 (ENSRNOG00000042782)	Wnt11 (ENSRNOG00000015982)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1254											ENSNGAG00000013165	Chrdl2 (ENSNGAG00000000179)	Rnf169 (ENSNGAG00000019560)	Xrra1 (ENSNGAG00000012048) #20	Spcs2 (ENSNGAG00000013220)	Neu3 (ENSNGAG00000011806) #25	ENSNGAG00000016993	ENSNGAG00000016422	Slco2b1 (ENSNGAG00000001998)	Tpbgl (ENSNGAG00000000289)	Arrb1 (ENSNGAG00000010423)	Rps3 (ENSNGAG00000015514)	Klhl35 (ENSNGAG00000009818)	ENSNGAG00000013714	Serpinh1 (ENSNGAG00000015539)	Map6 (ENSNGAG00000013077)	Mogat2 (ENSNGAG00000015554)	Dgat2 (ENSNGAG00000012414)	Uvrag (ENSNGAG00000018199)	Wnt11 (ENSNGAG00000013425)	ENSNGAG00000013016
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	59	Dnajb13 (ENSJJAG00000002723)	Ucp2 (ENSJJAG00000019788)	Ucp3 (ENSJJAG00000015536)	C2cd3 (ENSJJAG00000015746)	Ppme1 (ENSJJAG00000007410)	P4ha3 (ENSJJAG00000020207)	Pgm2l1 (ENSJJAG00000022120)	Kcne3 (ENSJJAG00000020890)	ENSJJAG00000023707	Lipt2 (ENSJJAG00000017301)	Pold3 (ENSJJAG00000017773)	Chrdl2 (ENSJJAG00000016161)	Rnf169 (ENSJJAG00000011953)	Xrra1 (ENSJJAG00000008569) #20	Spcs2 (ENSJJAG00000021065)	Neu3 (ENSJJAG00000017819) #25	ENSJJAG00000021660	Tpbgl (ENSJJAG00000010465)	Arrb1 (ENSJJAG00000004361)	Rps3 (ENSJJAG00000018981)	Klhl35 (ENSJJAG00000013370)	ENSJJAG00000007355	Serpinh1 (ENSJJAG00000023536)	Map6 (ENSJJAG00000014715)	Mogat2 (ENSJJAG00000023310)	Dgat2 (ENSJJAG00000019379)	Uvrag (ENSJJAG00000004695)	Wnt11 (ENSJJAG00000014979)	ENSJJAG00000013737	Emsy (ENSJJAG00000022026)	Lrrc32 (ENSJJAG00000000443)
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	341	ENSDORG00000000645	Dnajb13 (ENSDORG00000010103)	Ucp2 (ENSDORG00000010105)	Ucp3 (ENSDORG00000003664)	C2cd3 (ENSDORG00000011059)	Ppme1 (ENSDORG00000011061)	P4ha3 (ENSDORG00000011067)	Pgm2l1 (ENSDORG00000001675)	Kcne3 (ENSDORG00000028654)	Lipt2 (ENSDORG00000015519)	ENSDORG00000008335 #18	Chrdl2 (ENSDORG00000005504)	Rnf169 (ENSDORG00000009674)	Xrra1 (ENSDORG00000009675) #20	Spcs2 (ENSDORG00000009679)	Neu3 (ENSDORG00000023952) #25	Or2at1 (ENSDORG00000002748)	Or2at4 (ENSDORG00000023720)	ENSDORG00000006523	Arrb1 (ENSDORG00000004398)	Rps3 (ENSDORG00000002974)	Klhl35 (ENSDORG00000002975)	ENSDORG00000002976	ENSDORG00000002978	ENSDORG00000025798	Dgat2 (ENSDORG00000015911)	Uvrag (ENSDORG00000015912)	Wnt11 (ENSDORG00000005892)	ENSDORG00000030214	Emsy (ENSDORG00000008129)	Lrrc32 (ENSDORG00000027997)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163.h	ENSGT00940000156163.g.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Pika	MODERN SPECIES	1257												ENSOPRG00000013871	RNF169 (ENSOPRG00000013894)	XRRA1 (ENSOPRG00000013915) #20	SPCS2 (ENSOPRG00000013938)	ENSOPRG00000013950 #25
Rabbit	MODERN SPECIES		DNAJB13 (ENSOCUG00000012583)	UCP2 (ENSOCUG00000012591)	UCP3 (ENSOCUG00000034991)	ENSOCUG00000034963	C2CD3 (ENSOCUG00000004011)	ENSOCUG00000026735	P4HA3 (ENSOCUG00000010111)	PGM2L1 (ENSOCUG00000005709)	ENSOCUG00000016447	POLD3 (ENSOCUG00000002523)	CHRDL2 (ENSOCUG00000022782)	RNF169 (ENSOCUG00000001789)	ENSOCUG00000026028	XRRA1 (ENSOCUG00000012514) #20	ENSOCUG00000038071	NEU3 (ENSOCUG00000012531) #25	ENSOCUG00000036432	OR2AT4 (ENSOCUG00000027488)	SLCO2B1 (ENSOCUG00000014225)	TPBGL (ENSOCUG00000014231)	ARRB1 (ENSOCUG00000026291)	RPS3 (ENSOCUG00000022412)	KLHL35 (ENSOCUG00000012395)	GDPD5 (ENSOCUG00000026378)	ENSOCUG00000032044	ENSOCUG00000026029	ENSOCUG00000003302	MOGAT2 (ENSOCUG00000014215)	ENSOCUG00000033370	UVRAG (ENSOCUG00000014223)	WNT11 (ENSOCUG00000001726)
Primates	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.m	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049.n	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.m	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049.n	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.m	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049.n	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	276		DNAJB13 (ENSPSMG00000003602)	UCP2 (ENSPSMG00000003586)	UCP3 (ENSPSMG00000003575)	C2CD3 (ENSPSMG00000003561)	PPME1 (ENSPSMG00000003532)	P4HA3 (ENSPSMG00000003508)	PGM2L1 (ENSPSMG00000003486)	KCNE3 (ENSPSMG00000003468)	LIPT2 (ENSPSMG00000003465)	POLD3 (ENSPSMG00000003441)	CHRDL2 (ENSPSMG00000003418)	RNF169 (ENSPSMG00000003387)	XRRA1 (ENSPSMG00000003365) #20	SPCS2 (ENSPSMG00000003324)	NEU3 (ENSPSMG00000003293) #25	ENSPSMG00000003281	OR2AT4 (ENSPSMG00000003274)	ENSPSMG00000003266	SLCO2B1 (ENSPSMG00000003254)	TPBGL (ENSPSMG00000003242)	ARRB1 (ENSPSMG00000003120)	ENSPSMG00000002960	KLHL35 (ENSPSMG00000002917)	GDPD5 (ENSPSMG00000002722)	SERPINH1 (ENSPSMG00000002607)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	338	PAAF1 (ENSPCOG00000017138)	DNAJB13 (ENSPCOG00000025099)	UCP2 (ENSPCOG00000027332)	UCP3 (ENSPCOG00000018463)	C2CD3 (ENSPCOG00000017962)	PPME1 (ENSPCOG00000012571)	P4HA3 (ENSPCOG00000010138)	PGM2L1 (ENSPCOG00000026248)	LIPT2 (ENSPCOG00000018043)	POLD3 (ENSPCOG00000024555)	ENSPCOG00000020966	CHRDL2 (ENSPCOG00000012970)	RNF169 (ENSPCOG00000016721)	XRRA1 (ENSPCOG00000020432) #20	ENSPCOG00000017986	NEU3 (ENSPCOG00000014477) #25	ENSPCOG00000026765	ENSPCOG00000004225	ENSPCOG00000026342	SLCO2B1 (ENSPCOG00000026296)	ARRB1 (ENSPCOG00000020960)	RPS3 (ENSPCOG00000028750)	KLHL35 (ENSPCOG00000012453)	GDPD5 (ENSPCOG00000023523)	SERPINH1 (ENSPCOG00000016388)	MAP6 (ENSPCOG00000028415)	MOGAT2 (ENSPCOG00000017739)	DGAT2 (ENSPCOG00000019069)	UVRAG (ENSPCOG00000020635)	WNT11 (ENSPCOG00000014058)	ENSPCOG00000027615
Mouse lemur	MODERN SPECIES	27	UCP2 (ENSMICG00000012689)	ENSMICG00000037420	UCP3 (ENSMICG00000012710)	C2CD3 (ENSMICG00000012725)	ENSMICG00000006164	ENSMICG00000031367	PPME1 (ENSMICG00000002244)	P4HA3 (ENSMICG00000002249)	ENSMICG00000002256	LIPT2 (ENSMICG00000045741)	POLD3 (ENSMICG00000011102)	CHRDL2 (ENSMICG00000011134)	RNF169 (ENSMICG00000046917)	XRRA1 (ENSMICG00000027081) #20	ENSMICG00000011153	NEU3 (ENSMICG00000046723) #25	ENSMICG00000029787	ENSMICG00000035272	ENSMICG00000032041	ENSMICG00000038601	SLCO2B1 (ENSMICG00000011163)	ARRB1 (ENSMICG00000011177)	RPS3 (ENSMICG00000030910)	KLHL35 (ENSMICG00000045018)	GDPD5 (ENSMICG00000011193)	SERPINH1 (ENSMICG00000015249)	MAP6 (ENSMICG00000015256)	MOGAT2 (ENSMICG00000015272)	DGAT2 (ENSMICG00000015277)	UVRAG (ENSMICG00000015281)	WNT11 (ENSMICG00000015306)
Bushbaby	MODERN SPECIES	116	PAAF1 (ENSOGAG00000004775)	DNAJB13 (ENSOGAG00000024128)	UCP2 (ENSOGAG00000001700)	UCP3 (ENSOGAG00000002906)	C2CD3 (ENSOGAG00000001704)	PPME1 (ENSOGAG00000001708)	P4HA3 (ENSOGAG00000001712)	PGM2L1 (ENSOGAG00000008333)	KCNE3 (ENSOGAG00000032594)	LIPT2 (ENSOGAG00000015602)	POLD3 (ENSOGAG00000015605)	CHRDL2 (ENSOGAG00000015608)	RNF169 (ENSOGAG00000015611)	XRRA1 (ENSOGAG00000015617) #20	SPCS2 (ENSOGAG00000015621)	NEU3 (ENSOGAG00000015623) #25	ENSOGAG00000026432	OR2AT4 (ENSOGAG00000024992)	ENSOGAG00000034601	ENSOGAG00000030028	ENSOGAG00000002927	SLCO2B1 (ENSOGAG00000011545)	ARRB1 (ENSOGAG00000011549)	RPS3 (ENSOGAG00000005318)	KLHL35 (ENSOGAG00000005323)	GDPD5 (ENSOGAG00000027265)	SERPINH1 (ENSOGAG00000032244)	MAP6 (ENSOGAG00000005329)	MOGAT2 (ENSOGAG00000000329)	DGAT2 (ENSOGAG00000000330)	UVRAG (ENSOGAG00000025371)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00910000148220	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181.eb.a.a	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00910000148220	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163.e	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181.eb.b	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.q	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049.r	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00910000148220	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163.e	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181.eb.b	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.q	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049.r	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163.e	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181.eb.b	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.q	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049.r	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163.e	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Gorilla	MODERN SPECIES	2	ENSGGOG00000014071	DNAJB13 (ENSGGOG00000015952)	UCP2 (ENSGGOG00000003854)	UCP3 (ENSGGOG00000000344)	C2CD3 (ENSGGOG00000000345)	PPME1 (ENSGGOG00000000347)	P4HA3 (ENSGGOG00000007853)	PGM2L1 (ENSGGOG00000007865)	KCNE3 (ENSGGOG00000041355)	ENSGGOG00000005892	POLD3 (ENSGGOG00000012878)	CHRDL2 (ENSGGOG00000012629)	RNF169 (ENSGGOG00000014493)	XRRA1 (ENSGGOG00000014505) #20	SPCS2 (ENSGGOG00000014500)	NEU3 (ENSGGOG00000014507) #25	OR2AT4 (ENSGGOG00000023922)	SLCO2B1 (ENSGGOG00000007327)	ARRB1 (ENSGGOG00000009699)	RPS3 (ENSGGOG00000006519)	KLHL35 (ENSGGOG00000015839)	GDPD5 (ENSGGOG00000015848)	SERPINH1 (ENSGGOG00000005397)	MAP6 (ENSGGOG00000005400)	DGAT2 (ENSGGOG00000002910)	UVRAG (ENSGGOG00000002911)	WNT11 (ENSGGOG00000015024)	THAP12 (ENSGGOG00000006152)	GVQW3 (ENSGGOG00000027994)	EMSY (ENSGGOG00000012926)	LRRC32 (ENSGGOG00000001727)
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181.eb.b	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.q	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049.r	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163.e	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Pan	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181.eb.b	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.q	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049.r	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163.e	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Bonobo	MODERN SPECIES	2	DNAJB13 (ENSPPAG00000035553)	UCP2 (ENSPPAG00000005846)	UCP3 (ENSPPAG00000043137)	ENSPPAG00000042813	PPME1 (ENSPPAG00000036326)	P4HA3 (ENSPPAG00000041975)	PGM2L1 (ENSPPAG00000029213)	KCNE3 (ENSPPAG00000022031)	LIPT2 (ENSPPAG00000034746)	POLD3 (ENSPPAG00000042261)	CHRDL2 (ENSPPAG00000028622)	RNF169 (ENSPPAG00000020912)	XRRA1 (ENSPPAG00000041615) #20	ENSPPAG00000043856	SPCS2 (ENSPPAG00000030175)	NEU3 (ENSPPAG00000040988) #25	ENSPPAG00000042780	OR2AT4 (ENSPPAG00000043903)	ENSPPAG00000015262	SLCO2B1 (ENSPPAG00000031133)	ARRB1 (ENSPPAG00000040868)	RPS3 (ENSPPAG00000029211)	KLHL35 (ENSPPAG00000010945)	GDPD5 (ENSPPAG00000042473)	ENSPPAG00000041483	ENSPPAG00000040024	MOGAT2 (ENSPPAG00000012175)	DGAT2 (ENSPPAG00000015345)	UVRAG (ENSPPAG00000027735)	WNT11 (ENSPPAG00000010959)	ENSPPAG00000030327
Chimpanzee	MODERN SPECIES	2	ENSPTRG00000049877	DNAJB13 (ENSPTRG00000047842)	UCP2 (ENSPTRG00000004055)	UCP3 (ENSPTRG00000004056)	C2CD3 (ENSPTRG00000004058)	PPME1 (ENSPTRG00000004061)	P4HA3 (ENSPTRG00000004063)	PGM2L1 (ENSPTRG00000004064)	KCNE3 (ENSPTRG00000038909)	LIPT2 (ENSPTRG00000004066)	POLD3 (ENSPTRG00000004067)	CHRDL2 (ENSPTRG00000004069)	RNF169 (ENSPTRG00000049248)	XRRA1 (ENSPTRG00000004071) #20	SPCS2 (ENSPTRG00000004073)	NEU3 (ENSPTRG00000043132) #25	ENSPTRG00000043832	OR2AT4 (ENSPTRG00000004076)	ENSPTRG00000047698	SLCO2B1 (ENSPTRG00000004078)	TPBGL (ENSPTRG00000052868)	ARRB1 (ENSPTRG00000004079)	RPS3 (ENSPTRG00000048574)	KLHL35 (ENSPTRG00000004081)	GDPD5 (ENSPTRG00000046453)	SERPINH1 (ENSPTRG00000004083)	MAP6 (ENSPTRG00000004085)	MOGAT2 (ENSPTRG00000004086)	DGAT2 (ENSPTRG00000004087)	UVRAG (ENSPTRG00000004088)	WNT11 (ENSPTRG00000004090)
Human	MODERN SPECIES	2	PAAF1 (ENSG00000175575)	DNAJB13 (ENSG00000187726)	UCP2 (ENSG00000175567)	UCP3 (ENSG00000175564)	C2CD3 (ENSG00000168014)	PPME1 (ENSG00000214517)	P4HA3 (ENSG00000149380)	PGM2L1 (ENSG00000165434)	KCNE3 (ENSG00000175538)	LIPT2 (ENSG00000175536)	POLD3 (ENSG00000077514)	CHRDL2 (ENSG00000054938)	RNF169 (ENSG00000166439)	XRRA1 (ENSG00000166435) #20	SPCS2 (ENSG00000118363)	NEU3 (ENSG00000162139) #25	OR2AT4 (ENSG00000171561)	SLCO2B1 (ENSG00000137491)	TPBGL (ENSG00000261594)	ARRB1 (ENSG00000137486)	RPS3 (ENSG00000149273)	KLHL35 (ENSG00000149243)	GDPD5 (ENSG00000158555)	SERPINH1 (ENSG00000149257)	MAP6 (ENSG00000171533)	MOGAT2 (ENSG00000166391)	DGAT2 (ENSG00000062282)	UVRAG (ENSG00000198382)	WNT11 (ENSG00000085741)	THAP12 (ENSG00000137492)	GVQW3 (ENSG00000179240)
Orangutan	MODERN SPECIES	2	DNAJB13 (ENSPPYG00000003667)	UCP2 (ENSPPYG00000003668)	UCP3 (ENSPPYG00000003669)	C2CD3 (ENSPPYG00000003670)	PPME1 (ENSPPYG00000003671)	P4HA3 (ENSPPYG00000003673)	PGM2L1 (ENSPPYG00000003674)	KCNE3 (ENSPPYG00000003675)	LIPT2 (ENSPPYG00000003676)	POLD3 (ENSPPYG00000003677)	CHRDL2 (ENSPPYG00000003678)	RNF169 (ENSPPYG00000003680)	XRRA1 (ENSPPYG00000003681) #20	ENSPPYG00000034798	SPCS2 (ENSPPYG00000003682)	NEU3 (ENSPPYG00000033538) #25	SLCO2B1 (ENSPPYG00000003684)	TPBGL (ENSPPYG00000003686)	ARRB1 (ENSPPYG00000039190)	RPS3 (ENSPPYG00000003688)	KLHL35 (ENSPPYG00000003689)	GDPD5 (ENSPPYG00000003690)	SERPINH1 (ENSPPYG00000003691)	MAP6 (ENSPPYG00000003692)	MOGAT2 (ENSPPYG00000003693)	DGAT2 (ENSPPYG00000003694)	UVRAG (ENSPPYG00000003695)	WNT11 (ENSPPYG00000003696)	ENSPPYG00000040892	THAP12 (ENSPPYG00000003697)	ENSPPYG00000003698
Gibbon	MODERN SPECIES	5	UCP2 (ENSNLEG00000017073)	UCP3 (ENSNLEG00000017067)	C2CD3 (ENSNLEG00000017035)	ENSNLEG00000017034	PPME1 (ENSNLEG00000029165)	P4HA3 (ENSNLEG00000017017)	PGM2L1 (ENSNLEG00000017008)	KCNE3 (ENSNLEG00000028730)	LIPT2 (ENSNLEG00000017004)	POLD3 (ENSNLEG00000016988)	CHRDL2 (ENSNLEG00000016982)	RNF169 (ENSNLEG00000016979)	ENSNLEG00000035901	XRRA1 (ENSNLEG00000016958) #20	ENSNLEG00000034374	NEU3 (ENSNLEG00000016947) #25	ENSNLEG00000016946	SLCO2B1 (ENSNLEG00000033859)	TPBGL (ENSNLEG00000018145)	ARRB1 (ENSNLEG00000016918)	ENSNLEG00000036221	ENSNLEG00000016911	ENSNLEG00000016910	GDPD5 (ENSNLEG00000028251)	SERPINH1 (ENSNLEG00000016882)	MAP6 (ENSNLEG00000016878)	MOGAT2 (ENSNLEG00000028048)	DGAT2 (ENSNLEG00000016866)	UVRAG (ENSNLEG00000027301)	WNT11 (ENSNLEG00000016841)	ENSNLEG00000032732
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000148066	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181.eb.a.a	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT00390000013347.b.b	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00910000148220	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163.e	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000148066	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048.b #20	ENSGT00440000038181.eb.a.a.b	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT00390000013347.b.b	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00910000148220	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163.e	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000148066	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000166824	ENSGT00390000018145.cb.a.a.b.a	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048.b #20	ENSGT00440000038181.eb.a.a.b	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT00390000013347.b.b	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00510000046985.h.b.a.b	ENSGT00390000006485.c	ENSGT00910000146972	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000161093	ENSGT00910000148220	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163.e
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000148066	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000166824	ENSGT00390000018145.cb.a.a.b.a	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048.b #20	ENSGT00440000038181.eb.a.a.b	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113.b	ENSGT00390000013347.b.b	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163.e	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	423	C2CD3 (ENSMNEG00000043159)	PPME1 (ENSMNEG00000031477)	P4HA3 (ENSMNEG00000034504)	ENSMNEG00000003571	ENSMNEG00000025468	PGM2L1 (ENSMNEG00000030625)	KCNE3 (ENSMNEG00000026796)	LIPT2 (ENSMNEG00000029656)	ENSMNEG00000035237	ENSMNEG00000036818	ENSMNEG00000043787 #18	CHRDL2 (ENSMNEG00000033501)	RNF169 (ENSMNEG00000011250)	XRRA1 (ENSMNEG00000041388) #20	ENSMNEG00000040433	NEU3 (ENSMNEG00000036089) #25	ENSMNEG00000031819	OR2AT4 (ENSMNEG00000004250)	ENSMNEG00000043807	ENSMNEG00000030448	SLCO2B1 (ENSMNEG00000042734)	TPBGL (ENSMNEG00000021296)	ARRB1 (ENSMNEG00000040641)	ENSMNEG00000032069	KLHL35 (ENSMNEG00000038478)	GDPD5 (ENSMNEG00000040623)	SERPINH1 (ENSMNEG00000034292)	MAP6 (ENSMNEG00000028588)	MOGAT2 (ENSMNEG00000017020)	DGAT2 (ENSMNEG00000045455)	UVRAG (ENSMNEG00000036116)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000166824	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048.b #20	ENSGT00440000038181.eb.a.a.b	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113.b	ENSGT00390000013347.b.b	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163.e	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	5	DNAJB13 (ENSMFAG00000035964)	UCP2 (ENSMFAG00000003662)	UCP3 (ENSMFAG00000001176)	C2CD3 (ENSMFAG00000027579)	PPME1 (ENSMFAG00000031619)	PGM2L1 (ENSMFAG00000031326)	KCNE3 (ENSMFAG00000028410)	LIPT2 (ENSMFAG00000038446)	ENSMFAG00000049105	ENSMFAG00000003267	ENSMFAG00000001432 #18	CHRDL2 (ENSMFAG00000042027)	RNF169 (ENSMFAG00000031265)	XRRA1 (ENSMFAG00000002984) #20	ENSMFAG00000040665	NEU3 (ENSMFAG00000034589) #25	ENSMFAG00000062063	ENSMFAG00000035199	OR2AT4 (ENSMFAG00000015937)	ENSMFAG00000049841	SLCO2B1 (ENSMFAG00000042845)	ARRB1 (ENSMFAG00000042650)	ENSMFAG00000000525	KLHL35 (ENSMFAG00000031078)	GDPD5 (ENSMFAG00000043053)	SERPINH1 (ENSMFAG00000043814)	MAP6 (ENSMFAG00000064715)	MOGAT2 (ENSMFAG00000032272)	DGAT2 (ENSMFAG00000042930)	UVRAG (ENSMFAG00000001657)	WNT11 (ENSMFAG00000043196)
Rhesus	MODERN SPECIES	5	UCP2 (ENSMMUG00000002605)	UCP3 (ENSMMUG00000051795)	C2CD3 (ENSMMUG00000010321)	PPME1 (ENSMMUG00000017398)	P4HA3 (ENSMMUG00000017399)	PGM2L1 (ENSMMUG00000017402)	ENSMMUG00000056316	KCNE3 (ENSMMUG00000052952)	LIPT2 (ENSMMUG00000013094)	ENSMMUG00000013093	POLD3 (ENSMMUG00000020643) #18	CHRDL2 (ENSMMUG00000020644)	RNF169 (ENSMMUG00000052870)	XRRA1 (ENSMMUG00000021039) #20	SPCS2 (ENSMMUG00000010685)	NEU3 (ENSMMUG00000010686) #25	ENSMMUG00000064190	SLCO2B1 (ENSMMUG00000009126)	OR2AT4 (ENSMMUG00000010688)	ENSMMUG00000047594	TPBGL (ENSMMUG00000045580)	ARRB1 (ENSMMUG00000017529)	ENSMMUG00000060246	RPS3 (ENSMMUG00000009019)	KLHL35 (ENSMMUG00000063403)	GDPD5 (ENSMMUG00000009022)	SERPINH1 (ENSMMUG00000007675)	MAP6 (ENSMMUG00000007676)	MOGAT2 (ENSMMUG00000000506)	DGAT2 (ENSMMUG00000000185)	UVRAG (ENSMMUG00000000187)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000148066	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000166824	ENSGT00390000018145.cb.a.a.b.a	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048.b #20	ENSGT00440000038181.eb.a.a.b	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT00390000013347.b.b	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00390000006485.c	ENSGT00910000146972	ENSGT00940000161093	ENSGT00910000148220	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163.e	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000148066	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00390000018145.cb.a.a.b.a	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048.b #20	ENSGT00440000038181.eb.a.a.b	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT00390000013347.b.b	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00390000006485.c	ENSGT00910000146972	ENSGT00940000161093	ENSGT00910000148220	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163.e	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b
Drill	MODERN SPECIES	1404														ENSMLEG00000036513 #20	ENSMLEG00000037619	NEU3 (ENSMLEG00000036085) #25	ENSMLEG00000028250	OR2AT4 (ENSMLEG00000028367)	SLCO2B1 (ENSMLEG00000040970)	ARRB1 (ENSMLEG00000038818)	ENSMLEG00000001141	RPS3 (ENSMLEG00000027047)	ENSMLEG00000029117	GDPD5 (ENSMLEG00000038219)	SERPINH1 (ENSMLEG00000029842)	MAP6 (ENSMLEG00000003608)	MOGAT2 (ENSMLEG00000031977)	DGAT2 (ENSMLEG00000043052)	UVRAG (ENSMLEG00000043625)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	545	DNAJB13 (ENSCATG00000031572)	UCP2 (ENSCATG00000039292)	UCP3 (ENSCATG00000037582)	C2CD3 (ENSCATG00000044098)	PPME1 (ENSCATG00000033372)	P4HA3 (ENSCATG00000035672)	ENSCATG00000011991	PGM2L1 (ENSCATG00000029770)	LIPT2 (ENSCATG00000029187)	ENSCATG00000000611	ENSCATG00000043513 #18	CHRDL2 (ENSCATG00000018972)	RNF169 (ENSCATG00000043238)	XRRA1 (ENSCATG00000039406) #20	ENSCATG00000039999	NEU3 (ENSCATG00000029743) #25	ENSCATG00000019868	OR2AT4 (ENSCATG00000009927)	ENSCATG00000029708	SLCO2B1 (ENSCATG00000028037)	TPBGL (ENSCATG00000010167)	ARRB1 (ENSCATG00000039690)	RPS3 (ENSCATG00000035348)	KLHL35 (ENSCATG00000042763)	ENSCATG00000041303	GDPD5 (ENSCATG00000030069)	SERPINH1 (ENSCATG00000043530)	MAP6 (ENSCATG00000044768)	MOGAT2 (ENSCATG00000038955)	DGAT2 (ENSCATG00000001407)	UVRAG (ENSCATG00000039451)
Olive baboon	DUPLICATION
Olive baboon	MODERN SPECIES	3	ENSPANG00000037152	ENSPANG00000042947	ENSPANG00000038227	XRRA1 (ENSPANG00000017794) #20	RNF169 (ENSPANG00000005996)	CHRDL2 (ENSPANG00000011367)	ENSPANG00000034020	ENSPANG00000040935	ENSPANG00000051353	ENSPANG00000014355 #18	ENSPANG00000045204	ENSPANG00000050947	ENSPANG00000037679 #20	ENSPANG00000049173	ENSPANG00000034355	ENSPANG00000010014 #25	ENSPANG00000048808	ENSPANG00000042782	SLCO2B1 (ENSPANG00000005995)	TPBGL (ENSPANG00000050172)	ARRB1 (ENSPANG00000011945)	RPS3 (ENSPANG00000016549)	KLHL35 (ENSPANG00000033783)	ENSPANG00000042578	GDPD5 (ENSPANG00000011141)	SERPINH1 (ENSPANG00000033081)	MAP6 (ENSPANG00000048934)	MOGAT2 (ENSPANG00000008371)	DGAT2 (ENSPANG00000005994)	UVRAG (ENSPANG00000012471)	WNT11 (ENSPANG00000014353)
Olive baboon	MODERN SPECIES	100													ENSPANG00000040323 #20	ENSPANG00000046209	ENSPANG00000046333	ENSPANG00000045786 #25	ENSPANG00000046385	ENSPANG00000044001
Vervet Monkey	MODERN SPECIES		ENSCSAG00000000623	DNAJB13 (ENSCSAG00000004053)	UCP2 (ENSCSAG00000004051)	UCP3 (ENSCSAG00000004048)	C2CD3 (ENSCSAG00000004043)	PPME1 (ENSCSAG00000004025)	P4HA3 (ENSCSAG00000004019)	PGM2L1 (ENSCSAG00000004011)	KCNE3 (ENSCSAG00000000622)	LIPT2 (ENSCSAG00000004004)	ENSCSAG00000004000 #18	CHRDL2 (ENSCSAG00000003992)	RNF169 (ENSCSAG00000003988)	XRRA1 (ENSCSAG00000003983) #20	ENSCSAG00000003967	NEU3 (ENSCSAG00000003960) #25	OR2AT4 (ENSCSAG00000000621)	SLCO2B1 (ENSCSAG00000003953)	TPBGL (ENSCSAG00000000620)	ARRB1 (ENSCSAG00000003950)	RPS3 (ENSCSAG00000003937)	ENSCSAG00000000619	ENSCSAG00000003917	GDPD5 (ENSCSAG00000003915)	SERPINH1 (ENSCSAG00000003909)	MAP6 (ENSCSAG00000003908)	MOGAT2 (ENSCSAG00000003906)	DGAT2 (ENSCSAG00000003904)	UVRAG (ENSCSAG00000003902)	WNT11 (ENSCSAG00000003899)	THAP12 (ENSCSAG00000003894)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000148066	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000166824	ENSGT00390000018145.cb.a.a.b.a	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181.eb.a.a	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT00390000013347.b.b	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163.e	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	775	UCP2 (ENSRBIG00000028444)	UCP3 (ENSRBIG00000032946)	C2CD3 (ENSRBIG00000036054)	PPME1 (ENSRBIG00000032741)	P4HA3 (ENSRBIG00000034204)	ENSRBIG00000002437	PGM2L1 (ENSRBIG00000043298)	LIPT2 (ENSRBIG00000031912)	ENSRBIG00000001091	ENSRBIG00000011853	ENSRBIG00000044531 #18	CHRDL2 (ENSRBIG00000028182)	RNF169 (ENSRBIG00000035895)	XRRA1 (ENSRBIG00000036115) #20	ENSRBIG00000011964	NEU3 (ENSRBIG00000040960) #25	ENSRBIG00000043933	OR2AT4 (ENSRBIG00000036161)	ENSRBIG00000037921	SLCO2B1 (ENSRBIG00000035476)	ARRB1 (ENSRBIG00000041523)	RPS3 (ENSRBIG00000044916)	KLHL35 (ENSRBIG00000036873)	GDPD5 (ENSRBIG00000037527)	SERPINH1 (ENSRBIG00000028537)	MAP6 (ENSRBIG00000032932)
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1304	C2CD3 (ENSRROG00000036372)	PPME1 (ENSRROG00000031513)	P4HA3 (ENSRROG00000030733)	ENSRROG00000025736	PGM2L1 (ENSRROG00000035061)	KCNE3 (ENSRROG00000008117)	LIPT2 (ENSRROG00000044982)	ENSRROG00000018216	ENSRROG00000040083	ENSRROG00000031930	ENSRROG00000041045 #18	CHRDL2 (ENSRROG00000029406)	RNF169 (ENSRROG00000034271)	XRRA1 (ENSRROG00000038284) #20	ENSRROG00000009662	NEU3 (ENSRROG00000029086) #25	ENSRROG00000007318	OR2AT4 (ENSRROG00000042697)	ENSRROG00000038845	SLCO2B1 (ENSRROG00000029185)	ARRB1 (ENSRROG00000037258)	RPS3 (ENSRROG00000009870)	KLHL35 (ENSRROG00000042922)	GDPD5 (ENSRROG00000032119)	SERPINH1 (ENSRROG00000034821)	ENSRROG00000033527	MOGAT2 (ENSRROG00000018289)	DGAT2 (ENSRROG00000029306)	UVRAG (ENSRROG00000038883)	WNT11 (ENSRROG00000031068)	THAP12 (ENSRROG00000026238)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00910000148220	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00910000148220	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00630000089910.ib.b.a	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00910000148220	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00440000033232.d
Capuchin	MODERN SPECIES	79	PAAF1 (ENSCCAG00000031610)	DNAJB13 (ENSCCAG00000030909)	UCP2 (ENSCCAG00000037001)	UCP3 (ENSCCAG00000031398)	C2CD3 (ENSCCAG00000030238)	PPME1 (ENSCCAG00000026198)	P4HA3 (ENSCCAG00000020903)	PGM2L1 (ENSCCAG00000036451)	ENSCCAG00000021883	LIPT2 (ENSCCAG00000036486)	POLD3 (ENSCCAG00000020511)	CHRDL2 (ENSCCAG00000022957)	RNF169 (ENSCCAG00000033395)	XRRA1 (ENSCCAG00000028930) #20	SPCS2 (ENSCCAG00000021321)	NEU3 (ENSCCAG00000030531) #25	SLCO2B1 (ENSCCAG00000020122)	TPBGL (ENSCCAG00000020228)	ARRB1 (ENSCCAG00000022418)	RPS3 (ENSCCAG00000022155)	KLHL35 (ENSCCAG00000024110)	GDPD5 (ENSCCAG00000037483)	SERPINH1 (ENSCCAG00000036630)	MAP6 (ENSCCAG00000038045)	ENSCCAG00000019602	MOGAT2 (ENSCCAG00000033399)	DGAT2 (ENSCCAG00000025871)	UVRAG (ENSCCAG00000004406)	WNT11 (ENSCCAG00000006507)	THAP12 (ENSCCAG00000030247)	GVQW3 (ENSCCAG00000017675)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	50	UCP2 (ENSSBOG00000028197)	UCP3 (ENSSBOG00000019272)	C2CD3 (ENSSBOG00000023741)	PPME1 (ENSSBOG00000031236)	P4HA3 (ENSSBOG00000021114)	PGM2L1 (ENSSBOG00000021467)	ENSSBOG00000029238	ENSSBOG00000026074	ENSSBOG00000016069	LIPT2 (ENSSBOG00000028686)	POLD3 (ENSSBOG00000026466)	CHRDL2 (ENSSBOG00000030089)	RNF169 (ENSSBOG00000025127)	XRRA1 (ENSSBOG00000023521) #20	ENSSBOG00000018610	NEU3 (ENSSBOG00000032626) #25	SLCO2B1 (ENSSBOG00000029587)	ARRB1 (ENSSBOG00000027344)	RPS3 (ENSSBOG00000021847)	KLHL35 (ENSSBOG00000032736)	GDPD5 (ENSSBOG00000029684)	ENSSBOG00000015754	SERPINH1 (ENSSBOG00000023324)	MAP6 (ENSSBOG00000034653)	MOGAT2 (ENSSBOG00000028341)	DGAT2 (ENSSBOG00000034703)	UVRAG (ENSSBOG00000029244)	WNT11 (ENSSBOG00000020772)	GVQW3 (ENSSBOG00000031479)	EMSY (ENSSBOG00000035462)	LRRC32 (ENSSBOG00000034148)
Marmoset	MODERN SPECIES	2	ENSCJAG00000083255	C2CD3 (ENSCJAG00000015764)	PPME1 (ENSCJAG00000015734)	P4HA3 (ENSCJAG00000015710)	ENSCJAG00000073784	PGM2L1 (ENSCJAG00000015692)	KCNE3 (ENSCJAG00000042738)	LIPT2 (ENSCJAG00000038278)	ENSCJAG00000053703	POLD3 (ENSCJAG00000015657)	CHRDL2 (ENSCJAG00000015616)	RNF169 (ENSCJAG00000015610)	ENSCJAG00000083650	XRRA1 (ENSCJAG00000015587) #20	SPCS2 (ENSCJAG00000015576)	NEU3 (ENSCJAG00000015573) #25	ENSCJAG00000067324	ENSCJAG00000022088	OR2AT4 (ENSCJAG00000015558)	SLCO2B1 (ENSCJAG00000015525)	TPBGL (ENSCJAG00000022087)	ARRB1 (ENSCJAG00000015459)	ENSCJAG00000072627	RPS3 (ENSCJAG00000015424)	KLHL35 (ENSCJAG00000015421)	GDPD5 (ENSCJAG00000015399)	SERPINH1 (ENSCJAG00000015377)	MAP6 (ENSCJAG00000015365)	MOGAT2 (ENSCJAG00000015357)	DGAT2 (ENSCJAG00000015337)	UVRAG (ENSCJAG00000015319)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	575									KCNE3 (ENSANAG00000014115)	ENSANAG00000020663	POLD3 (ENSANAG00000030270)	CHRDL2 (ENSANAG00000025866)	RNF169 (ENSANAG00000025789)	XRRA1 (ENSANAG00000037118) #20	ENSANAG00000035609	NEU3 (ENSANAG00000031004) #25	ENSANAG00000033225	SLCO2B1 (ENSANAG00000027304)	TPBGL (ENSANAG00000022236)	ARRB1 (ENSANAG00000037078)	RPS3 (ENSANAG00000027669)	KLHL35 (ENSANAG00000029592)	GDPD5 (ENSANAG00000029652)	SERPINH1 (ENSANAG00000002099)	ENSANAG00000028881	ENSANAG00000025561	MOGAT2 (ENSANAG00000030684)	DGAT2 (ENSANAG00000033159)	UVRAG (ENSANAG00000037389)	WNT11 (ENSANAG00000023221)	THAP12 (ENSANAG00000034553)
Tarsier	MODERN SPECIES	5056														ENSTSYG00000002493 #20	SPCS2 (ENSTSYG00000028071)	NEU3 (ENSTSYG00000003175) #25	ENSTSYG00000012446
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES	2230															ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25
Common shrew	MODERN SPECIES	12138																NEU3 (ENSSARG00000002350) #25
Hedgehog	MODERN SPECIES	6103															SPCS2 (ENSEEUG00000013108)	NEU3 (ENSEEUG00000013264) #25
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Suina	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01100000263806	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	32	DNAJB13 (ENSCWAG00000002527)	UCP2 (ENSCWAG00000002493)	UCP3 (ENSCWAG00000002465)	C2CD3 (ENSCWAG00000002438)	ENSCWAG00000002417	PPME1 (ENSCWAG00000002394)	P4HA3 (ENSCWAG00000002379)	PGM2L1 (ENSCWAG00000002367)	KCNE3 (ENSCWAG00000002355)	LIPT2 (ENSCWAG00000002349)	ENSCWAG00000002330	CHRDL2 (ENSCWAG00000002300)	RNF169 (ENSCWAG00000002279)	XRRA1 (ENSCWAG00000002186) #20	SPCS2 (ENSCWAG00000002150)	NEU3 (ENSCWAG00000002122) #25	OR2AT4 (ENSCWAG00000002105)	SLCO2B1 (ENSCWAG00000002081)	TPBGL (ENSCWAG00000002069)	ARRB1 (ENSCWAG00000001998)	RPS3 (ENSCWAG00000001939)	KLHL35 (ENSCWAG00000001904)	GDPD5 (ENSCWAG00000001855)	SERPINH1 (ENSCWAG00000001819)	ENSCWAG00000001805	MOGAT2 (ENSCWAG00000001781)	DGAT2 (ENSCWAG00000001740)	UVRAG (ENSCWAG00000001705)	WNT11 (ENSCWAG00000001687)	THAP12 (ENSCWAG00000001677)	GVQW3 (ENSCWAG00000001671)
Pig	MODERN SPECIES	17	DNAJB13 (ENSSSCG00000014832)	UCP2 (ENSSSCG00000014833)	UCP3 (ENSSSCG00000014834)	C2CD3 (ENSSSCG00000014835)	PPME1 (ENSSSCG00000020856)	P4HA3 (ENSSSCG00000014840)	PGM2L1 (ENSSSCG00000014838)	ENSSSCG00000042110	KCNE3 (ENSSSCG00000029323)	LIPT2 (ENSSSCG00000024060)	POLD3 (ENSSSCG00000027506)	CHRDL2 (ENSSSCG00000014843)	RNF169 (ENSSSCG00000021822)	XRRA1 (ENSSSCG00000021702) #20	SPCS2 (ENSSSCG00000014850)	NEU3 (ENSSSCG00000021638) #25	OR2AT4 (ENSSSCG00000023029)	ENSSSCG00000025925	SLCO2B1 (ENSSSCG00000014851)	ARRB1 (ENSSSCG00000014852)	RPS3 (ENSSSCG00000014855)	KLHL35 (ENSSSCG00000014854)	GDPD5 (ENSSSCG00000014853)	SERPINH1 (ENSSSCG00000039468)	MAP6 (ENSSSCG00000014860)	ENSSSCG00000014861	ENSSSCG00000061550	DGAT2 (ENSSSCG00000034102)	UVRAG (ENSSSCG00000028979)	WNT11 (ENSSSCG00000022347)	THAP12 (ENSSSCG00000040639)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B.h.b.a	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.bb	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00440000033232.d
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B.h.b.a	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.bb	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01010000227694	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00610000086173.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B.h.b.a	ENSGT00390000006450	ENSGT01100000263806	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.bb	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01010000227694	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00610000086173.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Dolphin	MODERN SPECIES	2055										LIPT2 (ENSTTRG00000005752)	POLD3 (ENSTTRG00000005758)	CHRDL2 (ENSTTRG00000005768)	RNF169 (ENSTTRG00000005774)	XRRA1 (ENSTTRG00000005818) #20	SPCS2 (ENSTTRG00000005830)	NEU3 (ENSTTRG00000005836) #25	SLCO2B1 (ENSTTRG00000005843)	ARRB1 (ENSTTRG00000005853)	RPS3 (ENSTTRG00000005858)	KLHL35 (ENSTTRG00000005860)	GDPD5 (ENSTTRG00000005863)
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B.h.b.a	ENSGT01000000221138	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.bb	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01010000227694	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00610000086173.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B.h.b.a	ENSGT01000000221138	ENSGT00390000006450	ENSGT01100000263806	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT01010000229934	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01010000227694	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00610000086173.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Narwhal	MODERN SPECIES	314	COA4 (ENSMMNG00015020706)	PAAF1 (ENSMMNG00015020687)	DNAJB13 (ENSMMNG00015020642)	UCP2 (ENSMMNG00015020552)	UCP3 (ENSMMNG00015020523)	C2CD3 (ENSMMNG00015020457)	PPME1 (ENSMMNG00015020414)	PGM2L1 (ENSMMNG00015020391)	ENSMMNG00015020370	LIPT2 (ENSMMNG00015020361)	ENSMMNG00015020343	CHRDL2 (ENSMMNG00015020311)	RNF169 (ENSMMNG00015020277)	XRRA1 (ENSMMNG00015020206) #20	ENSMMNG00015020124	NEU3 (ENSMMNG00015020097) #25	SLCO2B1 (ENSMMNG00015019988)	TPBGL (ENSMMNG00015019934)	ARRB1 (ENSMMNG00015019886)	KLHL35 (ENSMMNG00015019832)	ENSMMNG00015019811	RPS3 (ENSMMNG00015019776)	GDPD5 (ENSMMNG00015019694)	SERPINH1 (ENSMMNG00015019659)	MAP6 (ENSMMNG00015019635)	ENSMMNG00015019612	MOGAT2 (ENSMMNG00015019582)	DGAT2 (ENSMMNG00015019561)	LSM4 (ENSMMNG00015019548)	UVRAG (ENSMMNG00015019516)	WNT11 (ENSMMNG00015019462)
Beluga whale	MODERN SPECIES	2	UCP3 (ENSDLEG00000002511)	C2CD3 (ENSDLEG00000002578)	PPME1 (ENSDLEG00000002797)	P4HA3 (ENSDLEG00000002804)	PGM2L1 (ENSDLEG00000002819)	KCNE3 (ENSDLEG00000002833)	ENSDLEG00000002840	LIPT2 (ENSDLEG00000002850)	POLD3 (ENSDLEG00000002858)	CHRDL2 (ENSDLEG00000002872)	RNF169 (ENSDLEG00000002883)	XRRA1 (ENSDLEG00000002903) #20	ENSDLEG00000002925 #20	ENSDLEG00000002932	ENSDLEG00000002942	NEU3 (ENSDLEG00000002947) #25	SLCO2B1 (ENSDLEG00000002954)	TPBGL (ENSDLEG00000002963)	ARRB1 (ENSDLEG00000002976)	RPS3 (ENSDLEG00000003018)	KLHL35 (ENSDLEG00000003032)	ENSDLEG00000003043	GDPD5 (ENSDLEG00000003060)	SERPINH1 (ENSDLEG00000003078)	MAP6 (ENSDLEG00000003085)	ENSDLEG00000003098	MOGAT2 (ENSDLEG00000003103)	DGAT2 (ENSDLEG00000003119)	LSM4 (ENSDLEG00000003159)	WNT11 (ENSDLEG00000003165)	THAP12 (ENSDLEG00000003173)
Vaquita	MODERN SPECIES	19	DNAJB13 (ENSPSNG00000007650)	UCP2 (ENSPSNG00000007594)	UCP3 (ENSPSNG00000007548)	C2CD3 (ENSPSNG00000007424)	PPME1 (ENSPSNG00000007333)	P4HA3 (ENSPSNG00000007275)	PGM2L1 (ENSPSNG00000007242)	ENSPSNG00000007219	ENSPSNG00000007198	LIPT2 (ENSPSNG00000007174)	POLD3 (ENSPSNG00000007123)	CHRDL2 (ENSPSNG00000007083)	RNF169 (ENSPSNG00000007029)	XRRA1 (ENSPSNG00000006930) #20	ENSPSNG00000006830	NEU3 (ENSPSNG00000006794) #25	ENSPSNG00000006780	ENSPSNG00000006768	SLCO2B1 (ENSPSNG00000006578)	TPBGL (ENSPSNG00000006486)	ARRB1 (ENSPSNG00000006320)	RPS3 (ENSPSNG00000006180)	KLHL35 (ENSPSNG00000006126)	GDPD5 (ENSPSNG00000005980)	SERPINH1 (ENSPSNG00000005838)	MAP6 (ENSPSNG00000005782)	MOGAT2 (ENSPSNG00000005741)	DGAT2 (ENSPSNG00000005697)	LSM4 (ENSPSNG00000005672)	UVRAG (ENSPSNG00000005649)	WNT11 (ENSPSNG00000005604)
Sperm whale	MODERN SPECIES	7	UCP2 (ENSPCTG00005015725)	UCP3 (ENSPCTG00005015578)	C2CD3 (ENSPCTG00005015258)	ENSPCTG00005015122	P4HA3 (ENSPCTG00005015054)	PGM2L1 (ENSPCTG00005014991)	KCNE3 (ENSPCTG00005014974)	ENSPCTG00005014938	LIPT2 (ENSPCTG00005014884)	POLD3 (ENSPCTG00005014767)	CHRDL2 (ENSPCTG00005014720)	ENSPCTG00005014677	RNF169 (ENSPCTG00005014594)	XRRA1 (ENSPCTG00005014504) #20	SPCS2 (ENSPCTG00005014290)	NEU3 (ENSPCTG00005014228) #25	ENSPCTG00005014215	SLCO2B1 (ENSPCTG00005013315)	TPBGL (ENSPCTG00005013251)	ARRB1 (ENSPCTG00005012837)	RPS3 (ENSPCTG00005012736)	KLHL35 (ENSPCTG00005012608)	GDPD5 (ENSPCTG00005012361)	SERPINH1 (ENSPCTG00005012284)	MAP6 (ENSPCTG00005012178)	ENSPCTG00005012145	MOGAT2 (ENSPCTG00005012047)	DGAT2 (ENSPCTG00005011874)	ENSPCTG00005011854	UVRAG (ENSPCTG00005011757)	WNT11 (ENSPCTG00005011701)
Blue whale	MODERN SPECIES	19	DNAJB13 (ENSBMSG00010014170)	UCP2 (ENSBMSG00010014121)	UCP3 (ENSBMSG00010014042)	C2CD3 (ENSBMSG00010013974)	PPME1 (ENSBMSG00010013879)	P4HA3 (ENSBMSG00010013836)	ENSBMSG00010007257	PGM2L1 (ENSBMSG00010007245)	ENSBMSG00010007235	LIPT2 (ENSBMSG00010007226)	POLD3 (ENSBMSG00010007215)	CHRDL2 (ENSBMSG00010007185)	RNF169 (ENSBMSG00010007157)	XRRA1 (ENSBMSG00010007133) #20	ENSBMSG00010007104	NEU3 (ENSBMSG00010007095) #25	ENSBMSG00010007063	ENSBMSG00010007056	SLCO2B1 (ENSBMSG00010006926)	TPBGL (ENSBMSG00010006875)	ARRB1 (ENSBMSG00010006812)	KLHL35 (ENSBMSG00010006735)	RPS3 (ENSBMSG00010006696)	GDPD5 (ENSBMSG00010006559)	SERPINH1 (ENSBMSG00010006487)	MAP6 (ENSBMSG00010006468)	MOGAT2 (ENSBMSG00010006441)	DGAT2 (ENSBMSG00010006424)	UVRAG (ENSBMSG00010006403)	WNT11 (ENSBMSG00010006371)	THAP12 (ENSBMSG00010006359)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b.h	ENSGT00970000197259	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.a.a.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877
Yarkand deer	MODERN SPECIES		ENSCHYG00000003273	DNAJB13 (ENSCHYG00000003279)	UCP2 (ENSCHYG00000003304)	ENSCHYG00000003318	UCP3 (ENSCHYG00000003329)	C2CD3 (ENSCHYG00000003384)	PPME1 (ENSCHYG00000003704)	PGM2L1 (ENSCHYG00000003778)	KCNE3 (ENSCHYG00000003907)	LIPT2 (ENSCHYG00000003910)	POLD3 (ENSCHYG00000003916)	CHRDL2 (ENSCHYG00000003936)	RNF169 (ENSCHYG00000003956)	XRRA1 (ENSCHYG00000003983) #20	ENSCHYG00000004004	NEU3 (ENSCHYG00000004022) #25	ENSCHYG00000004026	OR2AT4 (ENSCHYG00000004032)	ENSCHYG00000004041	ENSCHYG00000004045	SLCO2B1 (ENSCHYG00000004067)	TPBGL (ENSCHYG00000004162)	ARRB1 (ENSCHYG00000004204)	RPS3 (ENSCHYG00000004407)	KLHL35 (ENSCHYG00000004438)	GDPD5 (ENSCHYG00000004461)	SERPINH1 (ENSCHYG00000004527)	MAP6 (ENSCHYG00000004581)	ENSCHYG00000004593	ENSCHYG00000004657	ENSCHYG00000004681
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01100000263806	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b.h	ENSGT00970000197259	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.a.a.a.a.b	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.a.a.b	ENSGT01030000234582.e.b.g.a.a
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01100000263806	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b.h	ENSGT00970000197259	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.a.a.a.a.b	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.a.a.b	ENSGT01030000234582.e.b.g.a.a
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01100000263806	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b.h	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.b	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.a.b	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.a.a.a.a.a.a	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.a.a.b
Goat	MODERN SPECIES	6	DNAJB13 (ENSCHIG00000014945)	UCP2 (ENSCHIG00000016684)	UCP3 (ENSCHIG00000021029)	C2CD3 (ENSCHIG00000010366)	PPME1 (ENSCHIG00000013753)	P4HA3 (ENSCHIG00000021364)	PGM2L1 (ENSCHIG00000025872)	KCNE3 (ENSCHIG00000004672)	ENSCHIG00000008399	LIPT2 (ENSCHIG00000023926)	ENSCHIG00000023669	CHRDL2 (ENSCHIG00000015102)	RNF169 (ENSCHIG00000006555)	XRRA1 (ENSCHIG00000022337) #20	SPCS2 (ENSCHIG00000010577)	NEU3 (ENSCHIG00000025082) #25	ENSCHIG00000005983	OR2AT4 (ENSCHIG00000006169)	SLCO2B1 (ENSCHIG00000008646)	ARRB1 (ENSCHIG00000013620)	RPS3 (ENSCHIG00000012342)	KLHL35 (ENSCHIG00000024312)	GDPD5 (ENSCHIG00000014683)	SERPINH1 (ENSCHIG00000002757)	MAP6 (ENSCHIG00000023796)	ENSCHIG00000022165	ENSCHIG00000016754	ENSCHIG00000017465	ENSCHIG00000016227	ENSCHIG00000025677	ENSCHIG00000015313
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	6	PAAF1 (ENSOARG00020024109)	DNAJB13 (ENSOARG00020024172)	UCP2 (ENSOARG00020024218)	UCP3 (ENSOARG00020003230)	C2CD3 (ENSOARG00020003293)	PPME1 (ENSOARG00020003715)	P4HA3 (ENSOARG00020003763)	PGM2L1 (ENSOARG00020003843)	KCNE3 (ENSOARG00020003867)	LIPT2 (ENSOARG00020003884)	POLD3 (ENSOARG00020003908)	CHRDL2 (ENSOARG00020003968)	RNF169 (ENSOARG00020004047)	XRRA1 (ENSOARG00020004106) #20	SPCS2 (ENSOARG00020004400)	NEU3 (ENSOARG00020004457) #25	SLCO2B1 (ENSOARG00020004500)	ENSOARG00020004621	OR2AT4 (ENSOARG00020004633)	ENSOARG00020004648	ENSOARG00020004670	TPBGL (ENSOARG00020004687)	ARRB1 (ENSOARG00020004714)	RPS3 (ENSOARG00020004797)	KLHL35 (ENSOARG00020004876)	GDPD5 (ENSOARG00020004944)	ENSOARG00020005102	SERPINH1 (ENSOARG00020005114)	MOGAT2 (ENSOARG00020005152)	ENSOARG00020005200	ENSOARG00020005275
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01100000263806	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b.h	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.b	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.a.b	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.a.a.a.a.a.a	ENSGT00390000007473.d	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.a.a.b
Bos	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000163089.b.x.b.b.d	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01100000263806	ENSGT00940000161241	ENSGT01100000263481.n.a.b.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b.h	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.b	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.a.b	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.a.a.a.a.a.a	ENSGT00390000007473.d	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.a.a.b
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01100000263806	ENSGT00940000161241	ENSGT01100000263481.n.a.b.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b.h	ENSGT00970000197259
Domestic yak	MODERN SPECIES	4	ENSBGRG00000004527	C2CD3 (ENSBGRG00000004150)	PPME1 (ENSBGRG00000003915)	P4HA3 (ENSBGRG00000003823)	ENSBGRG00000003813	PGM2L1 (ENSBGRG00000003748)	ENSBGRG00000003710	KCNE3 (ENSBGRG00000024658)	LIPT2 (ENSBGRG00000024650)	ENSBGRG00000024546	CHRDL2 (ENSBGRG00000024469)	ENSBGRG00000024433	RNF169 (ENSBGRG00000024385)	XRRA1 (ENSBGRG00000024307) #20	SPCS2 (ENSBGRG00000024243)	NEU3 (ENSBGRG00000024225) #25	ENSBGRG00000024218	OR2AT4 (ENSBGRG00000024199)	ENSBGRG00000024185	ENSBGRG00000024166	SLCO2B1 (ENSBGRG00000023872)	TPBGL (ENSBGRG00000023837)	ARRB1 (ENSBGRG00000023441)	RPS3 (ENSBGRG00000023214)	KLHL35 (ENSBGRG00000023155)	GDPD5 (ENSBGRG00000022949)	SERPINH1 (ENSBGRG00000022881)	ENSBGRG00000022851	ENSBGRG00000022776	ENSBGRG00000022758	ENSBGRG00000022742
Wild yak	MODERN SPECIES	1503		UCP3 (ENSBMUG00000002914)	C2CD3 (ENSBMUG00000003017)	ENSBMUG00000003074	PPME1 (ENSBMUG00000003100)	P4HA3 (ENSBMUG00000003124)	ENSBMUG00000003135	PGM2L1 (ENSBMUG00000003154)	KCNE3 (ENSBMUG00000003174)	LIPT2 (ENSBMUG00000003209)	ENSBMUG00000003228	CHRDL2 (ENSBMUG00000003270)	RNF169 (ENSBMUG00000003301)	XRRA1 (ENSBMUG00000003408) #20	SPCS2 (ENSBMUG00000003427)	NEU3 (ENSBMUG00000003443) #25	ENSBMUG00000003461	OR2AT4 (ENSBMUG00000003471)	ENSBMUG00000003483	ENSBMUG00000003492	SLCO2B1 (ENSBMUG00000003583)	ARRB1 (ENSBMUG00000003695)	RPS3 (ENSBMUG00000003751)	KLHL35 (ENSBMUG00000003800)	GDPD5 (ENSBMUG00000003936)	SERPINH1 (ENSBMUG00000004021)	MAP6 (ENSBMUG00000004069)	ENSBMUG00000004128
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00940000163089.b.x.b.b.d	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01100000263806	ENSGT00940000161241	ENSGT01100000263481.n.a.b.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b.h	ENSGT00970000197259	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.b	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.a.a.a.a.b	ENSGT01030000234582.e.b.g.b.a.a.b	ENSGT01030000234582.e.b.g.a.b
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	6	UCP3 (ENSBIXG00005027973)	ENSBIXG00005028004	ENSBIXG00005028014	C2CD3 (ENSBIXG00005028267)	PPME1 (ENSBIXG00005028331)	P4HA3 (ENSBIXG00005004876)	PGM2L1 (ENSBIXG00005028456)	KCNE3 (ENSBIXG00005028481)	LIPT2 (ENSBIXG00005002463)	ENSBIXG00005004912	CHRDL2 (ENSBIXG00005028567)	ENSBIXG00005028580	RNF169 (ENSBIXG00005028615)	XRRA1 (ENSBIXG00005004977) #20	SPCS2 (ENSBIXG00005002321)	NEU3 (ENSBIXG00005028847) #25	SLCO2B1 (ENSBIXG00005028960)	TPBGL (ENSBIXG00005005103)	ARRB1 (ENSBIXG00005001993)	RPS3 (ENSBIXG00005005177)	KLHL35 (ENSBIXG00005001838)	GDPD5 (ENSBIXG00005029191)	SERPINH1 (ENSBIXG00005001605)	MAP6 (ENSBIXG00005001586)	ENSBIXG00005010753	ENSBIXG00005010772	ENSBIXG00005010874	ENSBIXG00005010894	ENSBIXG00005005811	ENSBIXG00005010939	ENSBIXG00005010950
Cow	MODERN SPECIES	6	C2CD3 (ENSBTAG00000002907)	C2CD3 (ENSBTAG00000054229)	ENSBTAG00000049655	PPME1 (ENSBTAG00000027612)	P4HA3 (ENSBTAG00000006579)	ENSBTAG00000027610	PGM2L1 (ENSBTAG00000000770)	KCNE3 (ENSBTAG00000011873)	LIPT2 (ENSBTAG00000008227)	POLD3 (ENSBTAG00000016869)	CHRDL2 (ENSBTAG00000021306)	RNF169 (ENSBTAG00000000727)	ENSBTAG00000054207	XRRA1 (ENSBTAG00000006610) #20	SPCS2 (ENSBTAG00000006644)	NEU3 (ENSBTAG00000025931) #25	OR2AT2C (ENSBTAG00000047344)	ENSBTAG00000048088	SLCO2B1 (ENSBTAG00000015596)	TPBGL (ENSBTAG00000019622)	ARRB1 (ENSBTAG00000020485)	RPS3 (ENSBTAG00000005620)	KLHL35 (ENSBTAG00000015087)	GDPD5 (ENSBTAG00000031777)	SERPINH1 (ENSBTAG00000001027)	MAP6 (ENSBTAG00000001028)	MOGAT2 (ENSBTAG00000049519)	ENSBTAG00000053794	ENSBTAG00000047111	ENSBTAG00000017443	ENSBTAG00000015091
American bison	MODERN SPECIES	3168																NEU3 (ENSBBBG00000022546) #25	ENSBBBG00000022551	OR2AT4 (ENSBBBG00000022555)	ENSBBBG00000022561	SLCO2B1 (ENSBBBG00000005968)	TPBGL (ENSBBBG00000005974)	ARRB1 (ENSBBBG00000022736)	RPS3 (ENSBBBG00000022815)	ENSBBBG00000022826	GDPD5 (ENSBBBG00000022948)	SERPINH1 (ENSBBBG00000022977)	MAP6 (ENSBBBG00000023028)	ENSBBBG00000023058	ENSBBBG00000023066	ENSBBBG00000023073	ENSBBBG00000023075
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1173	DNAJB13 (ENSMMSG00000012170)	UCP2 (ENSMMSG00000012130)	ENSMMSG00000012118	UCP3 (ENSMMSG00000012079)	C2CD3 (ENSMMSG00000011889)	PPME1 (ENSMMSG00000011768)	P4HA3 (ENSMMSG00000011730)	PGM2L1 (ENSMMSG00000011704)	KCNE3 (ENSMMSG00000011690)	LIPT2 (ENSMMSG00000011677)	ENSMMSG00000011605	CHRDL2 (ENSMMSG00000011519)	RNF169 (ENSMMSG00000011474)	XRRA1 (ENSMMSG00000011230) #20	ENSMMSG00000011190	NEU3 (ENSMMSG00000011174) #25	OR2AT4 (ENSMMSG00000011148)	ENSMMSG00000011132	SLCO2B1 (ENSMMSG00000010784)	TPBGL (ENSMMSG00000010742)	ARRB1 (ENSMMSG00000010638)	RPS3 (ENSMMSG00000010456)	KLHL35 (ENSMMSG00000010389)	GDPD5 (ENSMMSG00000010257)	ENSMMSG00000010185	ENSMMSG00000010133	ENSMMSG00000010080	ENSMMSG00000010044	ENSMMSG00000010002	ENSMMSG00000009931
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00970000197259	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Alpaca	MODERN SPECIES	1706													RNF169 (ENSVPAG00000010938)	XRRA1 (ENSVPAG00000010942) #20	SPCS2 (ENSVPAG00000010946)	NEU3 (ENSVPAG00000010949) #25
Arabian camel	MODERN SPECIES	1	PAAF1 (ENSCDRG00005002435)	DNAJB13 (ENSCDRG00005002468)	ENSCDRG00005002493	ENSCDRG00005002523	C2CD3 (ENSCDRG00005002561)	PPME1 (ENSCDRG00005002613)	P4HA3 (ENSCDRG00005002632)	PGM2L1 (ENSCDRG00005002666)	KCNE3 (ENSCDRG00005002694)	LIPT2 (ENSCDRG00005002708)	ENSCDRG00005002729 #18	CHRDL2 (ENSCDRG00005002767)	RNF169 (ENSCDRG00005002806)	XRRA1 (ENSCDRG00005002862) #20	SPCS2 (ENSCDRG00005002935)	NEU3 (ENSCDRG00005002967) #25	OR2AT4 (ENSCDRG00005002973)	ENSCDRG00005002994	SLCO2B1 (ENSCDRG00005003073)	ARRB1 (ENSCDRG00005003177)	ENSCDRG00005003279	KLHL35 (ENSCDRG00005003311)	GDPD5 (ENSCDRG00005003371)	SERPINH1 (ENSCDRG00005003481)	MAP6 (ENSCDRG00005003550)	MOGAT2 (ENSCDRG00005003678)	ENSCDRG00005003755	DGAT2 (ENSCDRG00005003787)	UVRAG (ENSCDRG00005003820)	WNT11 (ENSCDRG00005003887)	THAP12 (ENSCDRG00005003929)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000154612.m.a.g.b	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000154612.m.a.g.b	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000154612.m.a.g.b	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01100000264679	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00440000033232.d
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01100000264679	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.ab	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049.`b.a	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Polar bear	MODERN SPECIES	302	ENSUMAG00000010356	DNAJB13 (ENSUMAG00000010357)	ENSUMAG00000010361	UCP3 (ENSUMAG00000010364)	C2CD3 (ENSUMAG00000010411)	PPME1 (ENSUMAG00000010578)	ENSUMAG00000010596	P4HA3 (ENSUMAG00000010611)	PGM2L1 (ENSUMAG00000010658)	KCNE3 (ENSUMAG00000010667)	ENSUMAG00000010676	CHRDL2 (ENSUMAG00000010688)	ENSUMAG00000010704 #20	ENSUMAG00000010705 #20	SPCS2 (ENSUMAG00000010706)	NEU3 (ENSUMAG00000010711) #25	ENSUMAG00000010715	OR2AT4 (ENSUMAG00000010718)	ENSUMAG00000010723	SLCO2B1 (ENSUMAG00000010739)	ARRB1 (ENSUMAG00000010806)	ENSUMAG00000010808	ENSUMAG00000010819	GDPD5 (ENSUMAG00000010823)	SERPINH1 (ENSUMAG00000010838)	MOGAT2 (ENSUMAG00000010842)	DGAT2 (ENSUMAG00000010859)	UVRAG (ENSUMAG00000010891)	ENSUMAG00000010943	GVQW3 (ENSUMAG00000010946)	EMSY (ENSUMAG00000010950)
American black bear	MODERN SPECIES	6090											ENSUAMG00000012924	ENSUAMG00000012926 #20	ENSUAMG00000012928 #20	ENSUAMG00000012931	ENSUAMG00000012933	NEU3 (ENSUAMG00000012937) #25
Giant Panda	MODERN SPECIES	18	DNAJB13 (ENSAMEG00000017254)	UCP2 (ENSAMEG00000017239)	UCP3 (ENSAMEG00000017226)	C2CD3 (ENSAMEG00000017216)	ENSAMEG00000025260	PPME1 (ENSAMEG00000017200)	P4HA3 (ENSAMEG00000017190)	PGM2L1 (ENSAMEG00000017168)	KCNE3 (ENSAMEG00000020287)	LIPT2 (ENSAMEG00000017166)	ENSAMEG00000017155	CHRDL2 (ENSAMEG00000017149)	RNF169 (ENSAMEG00000017148)	XRRA1 (ENSAMEG00000017132) #20	SPCS2 (ENSAMEG00000017127)	NEU3 (ENSAMEG00000017126) #25	OR2AT4 (ENSAMEG00000020286)	SLCO2B1 (ENSAMEG00000017088)	ARRB1 (ENSAMEG00000017062)	RPS3 (ENSAMEG00000017051)	KLHL35 (ENSAMEG00000017048)	GDPD5 (ENSAMEG00000017024)	SERPINH1 (ENSAMEG00000017004)	MAP6 (ENSAMEG00000016992)	MOGAT2 (ENSAMEG00000016976)	DGAT2 (ENSAMEG00000016958)	UVRAG (ENSAMEG00000016944)	WNT11 (ENSAMEG00000016932)	THAP12 (ENSAMEG00000016926)	GVQW3 (ENSAMEG00000020284)	EMSY (ENSAMEG00000016911)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000005948	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00440000033232.d
American mink	MODERN SPECIES	6	ENSNVIG00000021953	DNAJB13 (ENSNVIG00000021956)	UCP2 (ENSNVIG00000021964)	UCP3 (ENSNVIG00000021995)	C2CD3 (ENSNVIG00000022016)	PPME1 (ENSNVIG00000022146)	P4HA3 (ENSNVIG00000022190)	PGM2L1 (ENSNVIG00000022233)	KCNE3 (ENSNVIG00000022255)	LIPT2 (ENSNVIG00000022257)	POLD3 (ENSNVIG00000022266)	CRDL2 (ENSNVIG00000022284)	RNF169 (ENSNVIG00000022325)	XRRA1 (ENSNVIG00000022332) #20	SPCS2 (ENSNVIG00000022377)	NEU3 (ENSNVIG00000022399) #25	OR2AT4 (ENSNVIG00000022405)	SLCO2B1 (ENSNVIG00000022418)	TPBGL (ENSNVIG00000022489)	ARRB1 (ENSNVIG00000022499)	RPS3 (ENSNVIG00000022524)	KLHL35 (ENSNVIG00000000027)	GDPD5 (ENSNVIG00000000058)	SERPINH1 (ENSNVIG00000000240)	MAP6 (ENSNVIG00000000278)	MOGAT2 (ENSNVIG00000000300)	DGAT2 (ENSNVIG00000000310)	UVRAG (ENSNVIG00000000349)	WNT11 (ENSNVIG00000000391)	ENSNVIG00000000416	GVQW3 (ENSNVIG00000000425)
Ferret	MODERN SPECIES	294	PAAF1 (ENSMPUG00000009602)	DNAJB13 (ENSMPUG00000009521)	UCP2 (ENSMPUG00000009517)	UCP3 (ENSMPUG00000009444)	C2CD3 (ENSMPUG00000009422)	PPME1 (ENSMPUG00000009348)	P4HA3 (ENSMPUG00000009330)	PGM2L1 (ENSMPUG00000009319)	KCNE3 (ENSMPUG00000019533)	LIPT2 (ENSMPUG00000009304)	POLD3 (ENSMPUG00000009299)	CHRDL2 (ENSMPUG00000009291)	RNF169 (ENSMPUG00000009279)	XRRA1 (ENSMPUG00000009266) #20	SPCS2 (ENSMPUG00000009261)	NEU3 (ENSMPUG00000009248) #25	OR2AT4 (ENSMPUG00000019531)	SLCO2B1 (ENSMPUG00000009234)	TPBGL (ENSMPUG00000019529)	ARRB1 (ENSMPUG00000009213)	RPS3 (ENSMPUG00000009197)	KLHL35 (ENSMPUG00000009085)	GDPD5 (ENSMPUG00000009066)	SERPINH1 (ENSMPUG00000009062)	MAP6 (ENSMPUG00000009054)	MOGAT2 (ENSMPUG00000009005)	DGAT2 (ENSMPUG00000008926)	UVRAG (ENSMPUG00000008808)	WNT11 (ENSMPUG00000008789)	THAP12 (ENSMPUG00000008784)	EMSY (ENSMPUG00000008766)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000154612.m.a.g.b	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000154612.m.a.g.b	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049.w	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049.x	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413
Dog	MODERN SPECIES	13	PAAF1 (ENSCAFG00845007324)	DNAJB13 (ENSCAFG00845007267)	UCP2 (ENSCAFG00845007207)	UCP3 (ENSCAFG00845007137)	C2CD3 (ENSCAFG00845006752)	PPME1 (ENSCAFG00845006643)	P4HA3 (ENSCAFG00845006494)	PGM2L1 (ENSCAFG00845006417)	KCNE3 (ENSCAFG00845006390)	LIPT2 (ENSCAFG00845006375)	ENSCAFG00845006319	CHRDL2 (ENSCAFG00845006210)	RNF169 (ENSCAFG00845006177)	XRRA1 (ENSCAFG00845006118) #20	SPCS2 (ENSCAFG00845006071)	NEU3 (ENSCAFG00845006035) #25	OR2AT2 (ENSCAFG00845012453)	OR2AT2B (ENSCAFG00845012435)	ENSCAFG00845012420	SLCO2B1 (ENSCAFG00845012322)	ENSCAFG00845012257	ARRB1 (ENSCAFG00845011997)	RPS3 (ENSCAFG00845011844)	KLHL35 (ENSCAFG00845011797)	GDPD5 (ENSCAFG00845011562)	SERPINH1 (ENSCAFG00845011365)	MAP6 (ENSCAFG00845011305)	MOGAT2 (ENSCAFG00845011232)	DGAT2 (ENSCAFG00845011120)	UVRAG (ENSCAFG00845010859)	WNT11 (ENSCAFG00845010773)
Dingo	MODERN SPECIES	231	DNAJB13 (ENSCAFG00020002188)	UCP2 (ENSCAFG00020002181)	UCP3 (ENSCAFG00020002165)	C2CD3 (ENSCAFG00020002084)	ENSCAFG00020002068	PPME1 (ENSCAFG00020002049)	P4HA3 (ENSCAFG00020001895)	PGM2L1 (ENSCAFG00020001866)	KCNE3 (ENSCAFG00020001859)	LIPT2 (ENSCAFG00020001852)	POLD3 (ENSCAFG00020001837)	CHRDL2 (ENSCAFG00020001765)	RNF169 (ENSCAFG00020001748)	XRRA1 (ENSCAFG00020001674) #20	SPCS2 (ENSCAFG00020001665)	NEU3 (ENSCAFG00020001651) #25	ENSCAFG00020001644	OR2AT4 (ENSCAFG00020001640)	ENSCAFG00020001631	SLCO2B1 (ENSCAFG00020001612)	TPBGL (ENSCAFG00020001595)	ARRB1 (ENSCAFG00020001583)
Red fox	MODERN SPECIES	81	PAAF1 (ENSVVUG00000024532)	DNAJB13 (ENSVVUG00000024528)	UCP2 (ENSVVUG00000024525)	UCP3 (ENSVVUG00000024520)	C2CD3 (ENSVVUG00000024492)	PPME1 (ENSVVUG00000024480)	P4HA3 (ENSVVUG00000024443)	PGM2L1 (ENSVVUG00000024420)	KCNE3 (ENSVVUG00000024415)	LIPT2 (ENSVVUG00000024412)	POLD3 (ENSVVUG00000024403)	CHRDL2 (ENSVVUG00000024393)	RNF169 (ENSVVUG00000024386)	XRRA1 (ENSVVUG00000024378) #20	SPCS2 (ENSVVUG00000024376)	NEU3 (ENSVVUG00000024375) #25	ENSVVUG00000024373	OR2AT4 (ENSVVUG00000024372)	ENSVVUG00000024368	SLCO2B1 (ENSVVUG00000024363)	ARRB1 (ENSVVUG00000024357)	RPS3 (ENSVVUG00000024353)	KLHL35 (ENSVVUG00000024352)	GDPD5 (ENSVVUG00000024349)	SERPINH1 (ENSVVUG00000024343)	MAP6 (ENSVVUG00000024341)	MOGAT2 (ENSVVUG00000024340)	DGAT2 (ENSVVUG00000024339)	UVRAG (ENSVVUG00000024337)	WNT11 (ENSVVUG00000024336)	THAP12 (ENSVVUG00000024332)
Felidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Tiger	MODERN SPECIES	152	PAAF1 (ENSPTIG00000014005)	DNAJB13 (ENSPTIG00000012650)	UCP2 (ENSPTIG00000011528)	UCP3 (ENSPTIG00000010500)	C2CD3 (ENSPTIG00000006117)	PPME1 (ENSPTIG00000019950)	P4HA3 (ENSPTIG00000019317)	ENSPTIG00000006901	PGM2L1 (ENSPTIG00000018629)	KCNE3 (ENSPTIG00000006865)	POLD3 (ENSPTIG00000016047)	CHRDL2 (ENSPTIG00000013187)	RNF169 (ENSPTIG00000012006)	XRRA1 (ENSPTIG00000006459) #20	SPCS2 (ENSPTIG00000002921)	NEU3 (ENSPTIG00000019876) #25	SLCO2B1 (ENSPTIG00000017944)	ARRB1 (ENSPTIG00000016095)	RPS3 (ENSPTIG00000012777)	ENSPTIG00000012295	GDPD5 (ENSPTIG00000008012)	ENSPTIG00000007424	ENSPTIG00000007135	MOGAT2 (ENSPTIG00000005726)	DGAT2 (ENSPTIG00000021220)	ENSPTIG00000020523
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00910000147753	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT00940000163113	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
lion	MODERN SPECIES	10	DNAJB13 (ENSPLOG00000008016)	UCP2 (ENSPLOG00000007959)	UCP3 (ENSPLOG00000007899)	C2CD3 (ENSPLOG00000007682)	PPME1 (ENSPLOG00000007494)	P4HA3 (ENSPLOG00000007413)	PGM2L1 (ENSPLOG00000007360)	ENSPLOG00000007335	KCNE3 (ENSPLOG00000007327)	LIPT2 (ENSPLOG00000007304)	POLD3 (ENSPLOG00000007284)	CHRDL2 (ENSPLOG00000007211)	RNF169 (ENSPLOG00000007163)	XRRA1 (ENSPLOG00000007091) #20	SPCS2 (ENSPLOG00000006952)	NEU3 (ENSPLOG00000006924) #25	ENSPLOG00000006910	OR2AT4 (ENSPLOG00000006896)	SLCO2B1 (ENSPLOG00000006678)	TPBGL (ENSPLOG00000006600)	ARRB1 (ENSPLOG00000006514)	RPS3 (ENSPLOG00000006386)	KLHL35 (ENSPLOG00000006330)	GDPD5 (ENSPLOG00000006203)	SERPINH1 (ENSPLOG00000006124)	MAP6 (ENSPLOG00000006086)	MOGAT2 (ENSPLOG00000006057)	DGAT2 (ENSPLOG00000005990)	UVRAG (ENSPLOG00000005912)	WNT11 (ENSPLOG00000005866)	THAP12 (ENSPLOG00000005843)
leopard	MODERN SPECIES	17	UCP2 (ENSPPRG00000005240)	UCP3 (ENSPPRG00000003873)	C2CD3 (ENSPPRG00000002156)	PPME1 (ENSPPRG00000019088)	P4HA3 (ENSPPRG00000016087)	ENSPPRG00000019390	PGM2L1 (ENSPPRG00000012685)	ENSPPRG00000019374	KCNE3 (ENSPPRG00000019344)	LIPT2 (ENSPPRG00000012003)	POLD3 (ENSPPRG00000011534)	CHRDL2 (ENSPPRG00000009765)	RNF169 (ENSPPRG00000008146)	XRRA1 (ENSPPRG00000007628) #20	SPCS2 (ENSPPRG00000005824)	NEU3 (ENSPPRG00000004096) #25	ENSPPRG00000018979	SLCO2B1 (ENSPPRG00000002453)	TPBGL (ENSPPRG00000001225)	ARRB1 (ENSPPRG00000000797)	RPS3 (ENSPPRG00000021200)	KLHL35 (ENSPPRG00000016187)	GDPD5 (ENSPPRG00000014276)	SERPINH1 (ENSPPRG00000010542)	ENSPPRG00000010162	MOGAT2 (ENSPPRG00000009822)	DGAT2 (ENSPPRG00000009451)	UVRAG (ENSPPRG00000007658)	WNT11 (ENSPPRG00000006331)	THAP12 (ENSPPRG00000005378)	GVQW3 (ENSPPRG00000018362)
Cat	MODERN SPECIES	241	COA4 (ENSFCAG00000028250)	PAAF1 (ENSFCAG00000026583)	UCP2 (ENSFCAG00000005031)	C2CD3 (ENSFCAG00000028884)	PPME1 (ENSFCAG00000026344)	P4HA3 (ENSFCAG00000007938)	PGM2L1 (ENSFCAG00000007942)	ENSFCAG00000025621	KCNE3 (ENSFCAG00000007946)	LIPT2 (ENSFCAG00000005135)	POLD3 (ENSFCAG00000008169)	CHRDL2 (ENSFCAG00000008172)	RNF169 (ENSFCAG00000043917)	XRRA1 (ENSFCAG00000014638) #20	SPCS2 (ENSFCAG00000022532)	NEU3 (ENSFCAG00000033977) #25	ENSFCAG00000036568	OR2AT4 (ENSFCAG00000029673)	SLCO2B1 (ENSFCAG00000011940)	ARRB1 (ENSFCAG00000011941)	RPS3 (ENSFCAG00000011942)	KLHL35 (ENSFCAG00000012545)	GDPD5 (ENSFCAG00000011943)	SERPINH1 (ENSFCAG00000011944)	MAP6 (ENSFCAG00000023444)	MOGAT2 (ENSFCAG00000004632)	DGAT2 (ENSFCAG00000040215)	UVRAG (ENSFCAG00000022180)	WNT11 (ENSFCAG00000025418)	THAP12 (ENSFCAG00000006764)	GVQW3 (ENSFCAG00000025300)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000163113	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b
Microbat	MODERN SPECIES	1250	DNAJB13 (ENSMLUG00000012101)	UCP2 (ENSMLUG00000012109)	ENSMLUG00000012118	ENSMLUG00000022897	ENSMLUG00000012130	PPME1 (ENSMLUG00000012151)	P4HA3 (ENSMLUG00000012162)	PGM2L1 (ENSMLUG00000025308)	KCNE3 (ENSMLUG00000013407)	LIPT2 (ENSMLUG00000028952)	ENSMLUG00000012843 #18	CHRDL2 (ENSMLUG00000014447)	RNF169 (ENSMLUG00000014455)	XRRA1 (ENSMLUG00000014461) #20	SPCS2 (ENSMLUG00000014468)	NEU3 (ENSMLUG00000014473) #25	SLCO2B1 (ENSMLUG00000008962)
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	2	DNAJB13 (ENSRFEG00010015817)	Ucp2 (ENSRFEG00010015998)	C2CD3 (ENSRFEG00010016160)	PPME1 (ENSRFEG00010016253)	P4HA3 (ENSRFEG00010016337)	PGM2L1 (ENSRFEG00010016411)	ENSRFEG00010016450	KCNE3 (ENSRFEG00010016472)	LIPT2 (ENSRFEG00010016489)	POLD3 (ENSRFEG00010016519)	ENSRFEG00010016605	CHRDL2 (ENSRFEG00010016638)	RNF169 (ENSRFEG00010016892)	XRRA1 (ENSRFEG00010016995) #20	SPCS2 (ENSRFEG00010017525)	NEU3 (ENSRFEG00010017632) #25	ENSRFEG00010017649	ENSRFEG00010017695	ENSRFEG00010017708	ENSRFEG00010017732	SLCO2B1 (ENSRFEG00010017798)	TPBGL (ENSRFEG00010018053)	ARRB1 (ENSRFEG00010018085)	RPS3 (ENSRFEG00010018171)	KLHL35 (ENSRFEG00010018271)	GDPD5 (ENSRFEG00010018359)	SERPINH1 (ENSRFEG00010018606)	MAP6 (ENSRFEG00010018658)	MOGAT2 (ENSRFEG00010018707)	DGAT2 (ENSRFEG00010018775)	UVRAG (ENSRFEG00010018929)
Megabat	MODERN SPECIES	2450	DNAJB13 (ENSPVAG00000006662)	UCP2 (ENSPVAG00000006666)	UCP3 (ENSPVAG00000006667)	ENSPVAG00000006668	C2CD3 (ENSPVAG00000006669)	PPME1 (ENSPVAG00000006670)	P4HA3 (ENSPVAG00000006673)	PGM2L1 (ENSPVAG00000006674)	KCNE3 (ENSPVAG00000006675)	LIPT2 (ENSPVAG00000006676)	POLD3 (ENSPVAG00000006677)	CHRDL2 (ENSPVAG00000006678)	RNF169 (ENSPVAG00000006679)	XRRA1 (ENSPVAG00000006681) #20	SPCS2 (ENSPVAG00000006682)	NEU3 (ENSPVAG00000006683) #25
Equus	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000158090	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000161030	ENSGT00510000048072	ENSGT00390000004396	ENSGT00940000158967	ENSGT00940000158353	ENSGT00940000155001.B	ENSGT00390000006450	ENSGT01060000248648	ENSGT00940000163239 #18	ENSGT00940000161241	ENSGT00940000153680.b	ENSGT00390000016048 #20	ENSGT00440000038181	ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00940000162049	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000163536	ENSGT00950000182887.C.a.b	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690	ENSGT00940000156163	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00390000012877	ENSGT00940000158413	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00440000033232.d
Horse	MODERN SPECIES	28	COA4 (ENSECAG00000022111)	UCP2 (ENSECAG00000018649)	UCP3 (ENSECAG00000017011)	DNAJB13 (ENSECAG00000018671)	C2CD3 (ENSECAG00000012038)	PPME1 (ENSECAG00000010756)	P4HA3 (ENSECAG00000006917)	PGM2L1 (ENSECAG00000018803)	KCNE3 (ENSECAG00000007379)	LIPT2 (ENSECAG00000017517)	POLD3 (ENSECAG00000012624)	CHRDL2 (ENSECAG00000011897)	RNF169 (ENSECAG00000010781)	XRRA1 (ENSECAG00000007758) #20	SPCS2 (ENSECAG00000007179)	NEU3 (ENSECAG00000006601) #25	ENSECAG00000059146	TPBGL (ENSECAG00000059109)	SLCO2B1 (ENSECAG00000024423)	ARRB1 (ENSECAG00000017459)	RPS3 (ENSECAG00000013915)	KLHL35 (ENSECAG00000013664)	GDPD5 (ENSECAG00000010098)	SERPINH1 (ENSECAG00000004871)	MAP6 (ENSECAG00000004615)	MOGAT2 (ENSECAG00000025135)	DGAT2 (ENSECAG00000024847)	ENSECAG00000058058	ENSECAG00000018259	UVRAG (ENSECAG00000023818)	WNT11 (ENSECAG00000022188)
Donkey	MODERN SPECIES	12	UCP2 (ENSEASG00005017923)	DNAJB13 (ENSEASG00005017929)	UCP3 (ENSEASG00005017916)	ENSEASG00005017897	ENSEASG00005028756	PPME1 (ENSEASG00005017891)	P4HA3 (ENSEASG00005017878)	PGM2L1 (ENSEASG00005017865)	KCNE3 (ENSEASG00005038189)	LIPT2 (ENSEASG00005017860)	ENSEASG00005017856 #18	CHRDL2 (ENSEASG00005017832)	RNF169 (ENSEASG00005038773)	XRRA1 (ENSEASG00005017820) #20	ENSEASG00005017816	NEU3 (ENSEASG00005017815) #25	ENSEASG00005017814	OR2AT4 (ENSEASG00005014267)	ENSEASG00005036702	ENSEASG00005035225	SLCO2B1 (ENSEASG00005014263)	TPBGL (ENSEASG00005025170)	ARRB1 (ENSEASG00005014253)	RPS3 (ENSEASG00005014248)	KLHL35 (ENSEASG00005014246)	GDPD5 (ENSEASG00005014243)	SERPINH1 (ENSEASG00005014240)	MAP6 (ENSEASG00005014238)	MOGAT2 (ENSEASG00005014230)	ENSEASG00005014228	UVRAG (ENSEASG00005014226)
Platypus	MODERN SPECIES	11	IPO8 (ENSOANG00000042369)	TMTC1 (ENSOANG00000046621)	ERGIC2 (ENSOANG00000010582)	FAR2 (ENSOANG00000006583)	CCDC91 (ENSOANG00000041500)	PTHLH (ENSOANG00000002270)	MRPS35 (ENSOANG00000010504)	PGM2L1 (ENSOANG00000011419)	KCNE3 (ENSOANG00000010596)	LIPT2 (ENSOANG00000046240)	ENSOANG00000046791 #18	CHRDL2 (ENSOANG00000015335)	ENSOANG00000050252	ENSOANG00000038765 #20	SPCS2 (ENSOANG00000042616)	NEU3 (ENSOANG00000039167) #25	ENSOANG00000040585	ENSOANG00000042925	ENSOANG00000038513	ENSOANG00000042170	STARD10 (ENSOANG00000038761)	ARAP1 (ENSOANG00000011819)	ENSOANG00000015978	PDE2A (ENSOANG00000009297)	ENSOANG00000015107	ENSOANG00000043749	ENSOANG00000008114	ENSOANG00000005326	ENSOANG00000003846	ENSOANG00000005516	ENSOANG00000013753
Anura	ANCESTRAL SPECIES	582																ENSGT00950000182944.A #25	ENSGT00390000015701 #26
Frog	MODERN SPECIES	2	ENSXETG00000039177	ENSXETG00000033914	ENSXETG00000037050	ENSXETG00000030197	ENSXETG00000037004	znf205 (ENSXETG00000040298)	paaf1 (ENSXETG00000037400)	ENSXETG00000039329	znf300 (ENSXETG00000020215)	ENSXETG00000033454	ENSXETG00000045166	ENSXETG00000030182	ENSXETG00000036820	ENSXETG00000047854	ENSXETG00000038808	neu3.1 (ENSXETG00000003807) #25	neu3.2 (ENSXETG00000040494) ##25	neu3.3 (ENSXETG00000033668) ##25	wdr73 (ENSXETG00000020233) #26	piwil3 (ENSXETG00000040700)	ENSXETG00000036946	ENSXETG00000034138	ENSXETG00000048772	p4ha3 (ENSXETG00000042611)	ppme1 (ENSXETG00000012561)	c2cd3 (ENSXETG00000012560)	ENSXETG00000046455	ucp3 (ENSXETG00000034740)	ucp2 (ENSXETG00000026447)	dnajb13 (ENSXETG00000012541)	znf16 (ENSXETG00000042445)
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	5	ENSLLEG00000002753	ENSLLEG00000002762	P4HA3 (ENSLLEG00000002785)	PPME1 (ENSLLEG00000002870)	ENSLLEG00000002978	RPL31 (ENSLLEG00000003035)	KCNE3 (ENSLLEG00000003056)	LIPT2 (ENSLLEG00000003081)	ENSLLEG00000003101	ENSLLEG00000003107	CHRDL2 (ENSLLEG00000003113)	ENSLLEG00000003139 #18	RNF169 (ENSLLEG00000003192)	XRRA1 (ENSLLEG00000003211) #20	ENSLLEG00000003281	NEU3 (ENSLLEG00000003294) #25	ENSLLEG00000003327	ENSLLEG00000003335 ##25	ENSLLEG00000003345 #26	ENSLLEG00000003395	RSF1 (ENSLLEG00000003406)	ENSLLEG00000003432	CLNS1A (ENSLLEG00000003456)	AQP11 (ENSLLEG00000003475)	PICALM (ENSLLEG00000003542)	ENSLLEG00000003726	EED (ENSLLEG00000003752)	ENSLLEG00000003796	MOCS3 (ENSLLEG00000003803)	CCDC81 (ENSLLEG00000003829)	ENSLLEG00000003887
Coelacanth	MODERN SPECIES	2960															spcs2 (ENSLACG00000005332)	NEU3 (ENSLACG00000004669) #25
Elephant shark	DUPLICATION
Elephant shark	MODERN SPECIES	1655	ENSCMIG00000012815	ripk4 (ENSCMIG00000012817)	zgc:112083 (ENSCMIG00000012826)	PRDM15 (ENSCMIG00000012832)	atg101 (ENSCMIG00000012851)	ZBTB21 (ENSCMIG00000012852)	ENSCMIG00000012855	ENSCMIG00000012856	ENSCMIG00000012862	ENSCMIG00000012870	cfap298 (ENSCMIG00000012875)	synj1 (ENSCMIG00000012961)	ENSCMIG00000013229	paxbp1 (ENSCMIG00000013260)	ENSCMIG00000013300	NEU3 (ENSCMIG00000013303) #25	ENSCMIG00000013307 #25	ENSCMIG00000013311 #26	ENSCMIG00000013313	nup98 (ENSCMIG00000013320)	ENSCMIG00000013323
Elephant shark	MODERN SPECIES	1655	ripk4 (ENSCMIG00000012817)	zgc:112083 (ENSCMIG00000012826)	PRDM15 (ENSCMIG00000012832)	atg101 (ENSCMIG00000012851)	ZBTB21 (ENSCMIG00000012852)	ENSCMIG00000012855	ENSCMIG00000012856	ENSCMIG00000012862	ENSCMIG00000012870	cfap298 (ENSCMIG00000012875)	synj1 (ENSCMIG00000012961)	ENSCMIG00000013229	paxbp1 (ENSCMIG00000013260)	ENSCMIG00000013300	NEU3 (ENSCMIG00000013303) #25	ENSCMIG00000013307 #25	ENSCMIG00000013311 #26	ENSCMIG00000013313	nup98 (ENSCMIG00000013320)	ENSCMIG00000013323
Vertebrata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.B ##25
Gnathostomata	DUPLICATION
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.B.a ##25
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	604														ENSGT00940000156055	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	80	ENSGT00940000159675	ENSGT00950000183179.b.b	ENSGT00950000183086.a.a.b	ENSGT00530000064220	ENSGT01080000257487	ENSGT00940000165265	ENSGT00390000004600.b.a	ENSGT00950000183071.a.a.b	ENSGT00390000013989.a	ENSGT00390000005140.b.b	ENSGT00940000160622	ENSGT00530000063529.C	ENSGT00940000166703	ENSGT00940000156055	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00940000158551	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000159035	ENSGT00460000041648	ENSGT01030000235043	ENSGT01070000256898	ENSGT00940000154345.a	ENSGT00940000156789	ENSGT00530000063947.B
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	253								ENSGT00940000157975	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00390000005140.b.b	ENSGT00940000160622	ENSGT00530000063529.C	ENSGT00940000166703	ENSGT00940000156055	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00940000158551	ENSGT00940000162473
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00390000006294.d	ENSGT00940000155439.a.a	ENSGT00940000154648.a.a	ENSGT00940000153386.B	ENSGT00940000166703	ENSGT00940000156055	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000162473	ENSGT00670000098080	ENSGT01000000214434.A	ENSGT00940000157909	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01060000248592.D	ENSGT01060000248592.A.a	ENSGT01060000248592.A.b	ENSGT01060000248592.E	ENSGT00940000158290	ENSGT00940000155975	ENSGT01030000234621.A	ENSGT00950000182897.B.a.a.d	ENSGT00950000182897.B.a.a.c	ENSGT01030000234621.B	ENSGT00940000160283	ENSGT01030000234571.a.a	ENSGT00940000156903	ENSGT00390000003715	ENSGT00940000156745.a
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000171017	ENSGT00390000005285	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT00390000006294.d	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.a	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.a	ENSGT00940000153386.B	ENSGT00940000166703	ENSGT00940000156055.fc	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01060000248592.D	ENSGT01060000248592.A.a	ENSGT01060000248592.E	ENSGT00940000158290	ENSGT00940000155975	ENSGT00950000182897.B.a.a.d	ENSGT01030000234621.B	ENSGT00940000160283	ENSGT01030000234571.a.a	ENSGT00940000156903	ENSGT00390000003715	ENSGT00940000156745.a	ENSGT01100000263565.b.a.b.b.a.a	ENSGT01100000263565.b.a.b.a	ENSGT01050000244874.a.a.b
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	1	LRCH3 (ENSSFOG00015018030)	ABCF3 (ENSSFOG00015018075)	ENSSFOG00015018158	ENSSFOG00015018169	ECEL1 (ENSSFOG00015018229)	zgc:153039 (ENSSFOG00015018287)	ENSSFOG00015032799	chrd (ENSSFOG00015018369)	CLCN2 (ENSSFOG00015018415)	fam131ab (ENSSFOG00015026074)	alp3 (ENSSFOG00015018556)	eif4g1a (ENSSFOG00015019089)	psmd2 (ENSSFOG00015019303)	srprb (ENSSFOG00015019355)	WDR53 (ENSSFOG00015031468)	neu4 (ENSSFOG00015019376) ##25	GPR87 (ENSSFOG00015031162)	ENSSFOG00015029132	p2ry12 (ENSSFOG00015019394)	IGSF10 (ENSSFOG00015019401)	AADAC (ENSSFOG00015033081)	mbnl1 (ENSSFOG00015019438)	P2RY1 (ENSSFOG00015019475)	rap2b (ENSSFOG00015031957)	ARHGEF26 (ENSSFOG00015019498)	dhx36 (ENSSFOG00015019533)	GPR149 (ENSSFOG00015033208)	MME (ENSSFOG00015019644)	olfcs2 (ENSSFOG00015024859)	olfcw1 (ENSSFOG00015019759)	ENSSFOG00015019781
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	101	LRCH3 (ENSPKIG00000014154)	ENSPKIG00000014138	ABCF3 (ENSPKIG00000014055)	ECEL1 (ENSPKIG00000013996)	zgc:153039 (ENSPKIG00000013967)	thpo (ENSPKIG00000013931)	chrd (ENSPKIG00000013883)	CLCN2 (ENSPKIG00000013719)	ENSPKIG00000013653	alp3 (ENSPKIG00000013618)	eif4g1a (ENSPKIG00000013372)	PSMD2 (ENSPKIG00000013203)	srprb (ENSPKIG00000013147)	ENSPKIG00000011173	ENSPKIG00000010346	neu4 (ENSPKIG00000010329) ##25	GPR87 (ENSPKIG00000010320)	ENSPKIG00000010310	p2ry12 (ENSPKIG00000010302)	IGSF10 (ENSPKIG00000010286)	AADAC (ENSPKIG00000010255)	mbnl1 (ENSPKIG00000010173)	P2RY1 (ENSPKIG00000010153)	rap2b (ENSPKIG00000010093)	ARHGEF26 (ENSPKIG00000010036)	dhx36 (ENSPKIG00000009943)	GPR149 (ENSPKIG00000009911)	MME (ENSPKIG00000009748)	olfcs1 (ENSPKIG00000009691)	olfcw1 (ENSPKIG00000009669)	ENSPKIG00000009656
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00990000205101	ENSGT00980000200350	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000161811	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01060000248592.D	ENSGT01060000248592.A.a	ENSGT01060000248592.A.b	ENSGT01060000248592.E	ENSGT00940000158290	ENSGT00940000155975	ENSGT01030000234621.A	ENSGT00950000182897.B.a.a.c	ENSGT00940000160283.g.a	ENSGT01030000234621.B	ENSGT00940000160283.h	ENSGT01030000234571.a.a	ENSGT00940000156903	ENSGT00390000003715	ENSGT00940000156745.a
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	122	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000161811.a	ENSGT00940000161716.kc.b	ENSGT00390000002172.A.a.e	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000161811.b	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01060000248592.D	ENSGT01060000248592.A.a	ENSGT01060000248592.A.b	ENSGT01060000248592.E	ENSGT00940000158290	ENSGT00940000155975	ENSGT01030000234621.A	ENSGT00950000182897.B.a.a.d.d
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	83	ENSGT00940000166839	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.h	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000161811.a	ENSGT00940000161716.kc.b	ENSGT00390000002172.A.a.e	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000161811.b	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01060000248592.D	ENSGT01060000248592.A.a	ENSGT01060000248592.A.b	ENSGT01060000248592.E	ENSGT00940000158290	ENSGT00940000155975	ENSGT01100000263536.B.d
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT01030000234627.a.a.c.b	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.h	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000161811.a	ENSGT00940000161716.kc.a	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000161811.b	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000155578.f	ENSGT00940000161716.kc.b	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01060000248592.D	ENSGT01060000248592.A.a	ENSGT01060000248592.A.b	ENSGT01060000248592.E	ENSGT00940000158290	ENSGT00940000155975	ENSGT01100000263536.B.d	ENSGT00950000182897.B.a.a.d.d	ENSGT00940000157676	ENSGT00940000155162.o.b	ENSGT00940000164926	ENSGT00940000158341.a	ENSGT01030000234542.b.a.a.a.a	ENSGT00940000154371.a.b.b	ENSGT01030000234606.a.b.o
Channel catfish	MODERN SPECIES	12	fam26e (ENSIPUG00000004741)	ENSIPUG00000004730	ENSIPUG00000004723	ENSIPUG00000004718	ENSIPUG00000004704	ENSIPUG00000004697	stx1a (ENSIPUG00000004648)	bud23 (ENSIPUG00000004542)	DNAJC30 (ENSIPUG00000004524)	Sh2b2 (ENSIPUG00000004497)	cux1b (ENSIPUG00000004368)	mlrb (ENSIPUG00000004250)	ENSIPUG00000004218	srprb (ENSIPUG00000004177)	WDR53 (ENSIPUG00000004169)	neu4 (ENSIPUG00000004156) ##25	GPR87 (ENSIPUG00000004149)	P2ry12 (ENSIPUG00000004136)	ENSIPUG00000004124	P2RY12 (ENSIPUG00000004114)	igsf10 (ENSIPUG00000004108)	AADAC (ENSIPUG00000004091)	ENSIPUG00000004053	MBNL1 (ENSIPUG00000003995)	pcsk7 (ENSIPUG00000003926)	tagln (ENSIPUG00000003904)	ENSIPUG00000003882	ARHGEF2 (ENSIPUG00000003850)	ENSIPUG00000003828	Tpm3 (ENSIPUG00000003781)	pmvk (ENSIPUG00000003760)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00940000160994.h	ENSGT01030000234627.a.a.c.b	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000161811.b	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000155578.f	ENSGT00940000161716.kc.b	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01060000248592.D	ENSGT01060000248592.A.a	ENSGT01060000248592.A.b	ENSGT01060000248592.E	ENSGT00940000158290	ENSGT00940000155975	ENSGT00950000182897.B.a.a.d.d	ENSGT00940000157676	ENSGT00940000155162.o.b	ENSGT00940000164926	ENSGT00940000158341.a	ENSGT01030000234542.b.a.a.a.a	ENSGT00940000154371.a.b.b	ENSGT01030000234606.a.b.o	ENSGT00940000158341.b
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00940000160994.h	ENSGT00940000177885	ENSGT01030000234627.a.a.c.b	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000161811.b	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01060000248592.D	ENSGT01060000248592.A.a	ENSGT01060000248592.A.b	ENSGT01060000248592.E	ENSGT00940000158290	ENSGT00940000155975	ENSGT00950000182897.B.a.a.d.d	ENSGT00940000157676	ENSGT00940000155162.o.b	ENSGT00940000164926	ENSGT00940000158341.b	ENSGT00940000166692	ENSGT01030000234542.b.a.a.a.b	ENSGT00390000014801	ENSGT00390000017724.a.a
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	20	casp22 (ENSPNAG00000009563)	ENSPNAG00000009580	ENSPNAG00000009620	casp22 (ENSPNAG00000009626)	ENSPNAG00000009648	STX1A (ENSPNAG00000009715)	bud23 (ENSPNAG00000001334)	ENSPNAG00000009800	SH2B2 (ENSPNAG00000009822)	ENSPNAG00000009842	cux1b (ENSPNAG00000009932)	ENSPNAG00000009950	ENSPNAG00000009970	srprb (ENSPNAG00000009983)	WDR53 (ENSPNAG00000010004)	neu4 (ENSPNAG00000010012) ##25	GPR87 (ENSPNAG00000001359)	ENSPNAG00000010027	ENSPNAG00000010037	p2ry12 (ENSPNAG00000010047)	IGSF10 (ENSPNAG00000010060)	AADAC (ENSPNAG00000010065)	ENSPNAG00000010072	MBNL1 (ENSPNAG00000005711)	pcsk7 (ENSPNAG00000010366)	tagln (ENSPNAG00000010433)	ENSPNAG00000010456	ARHGEF2 (ENSPNAG00000010500)	ENSPNAG00000010535	ENSPNAG00000010577	pmvk (ENSPNAG00000001414)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	8	ift80 (ENSAMXG00000013824)	smc4 (ENSAMXG00000013950)	ENSAMXG00000026482	kpna4 (ENSAMXG00000014246)	ENSAMXG00000033778	ENSAMXG00000041005	PPM1L (ENSAMXG00000029146)	nmd3 (ENSAMXG00000014415)	ENSAMXG00000033366	ENSAMXG00000036731	cux1b (ENSAMXG00000034600)	ENSAMXG00000004676	ENSAMXG00000038630	srprb (ENSAMXG00000044118)	WDR53 (ENSAMXG00000039069)	neu4 (ENSAMXG00000004663) ##25	GPR87 (ENSAMXG00000025977)	ENSAMXG00000029590	ENSAMXG00000025859	p2ry12 (ENSAMXG00000025976)	ENSAMXG00000034425	ENSAMXG00000034780	AADAC (ENSAMXG00000037286)	ENSAMXG00000025975	ENSAMXG00000038945	ENSAMXG00000040121	ap1m1 (ENSAMXG00000040077)	klf2b (ENSAMXG00000038341)	ENSAMXG00000039725	ENSAMXG00000015116	rx2 (ENSAMXG00000041205)
Electric eel	MODERN SPECIES	324							STX1A (ENSEEEG00000024370)	bud23 (ENSEEEG00000024366)	SH2B2 (ENSEEEG00000024365)	ENSEEEG00000024364	cux1b (ENSEEEG00000024351)	ENSEEEG00000024344	ENSEEEG00000024343	srprb (ENSEEEG00000024341)	ENSEEEG00000024340	neu4 (ENSEEEG00000024336) ##25	GPR87 (ENSEEEG00000024335)	ENSEEEG00000024334	ENSEEEG00000024332	p2ry12 (ENSEEEG00000024331)	IGSF10 (ENSEEEG00000024323)	AADAC (ENSEEEG00000024322)	ENSEEEG00000024319	MBNL1 (ENSEEEG00000024315)	pcsk7 (ENSEEEG00000024298)	tagln (ENSEEEG00000024295)	ENSEEEG00000024294
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	109	ENSGT00900000141094	ENSGT00940000165917	ENSGT01050000244891.C.c.a	ENSGT00940000157030.d	ENSGT00390000005104	ENSGT00390000002766.b.a	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT00940000166839	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737.a	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00730000111251	ENSGT00940000154287.b	ENSGT00940000157469	ENSGT00390000008135	ENSGT00940000156847.a	ENSGT00940000166275	ENSGT00940000159596	ENSGT00590000083134.a.b	ENSGT00940000155066.e.a.a	ENSGT00940000165430
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	240	ENSGT00940000165430	ENSGT00940000155066.e.a.a	ENSGT00590000083134.a.b.c	ENSGT00390000007499.b	ENSGT00590000083134.a.b.d	ENSGT00940000159596	ENSGT00940000166275.a	ENSGT00940000156847.a.b	ENSGT00390000008135	ENSGT00940000157469.db.a	ENSGT00940000157469.db.b	ENSGT00940000154287.b.a.b	ENSGT00730000111251.m	ENSGT00940000155866.f.a	ENSGT00940000153972.A.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00940000166703.b	ENSGT00390000014737.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00940000166839	ENSGT00940000155435.A.a.f	ENSGT00940000155435.A.a.e	ENSGT00390000002766.b.a	ENSGT00390000005104	ENSGT00940000157030.d.a	ENSGT01050000244891.C.c.a.i	ENSGT00940000165141.a	ENSGT00940000162775	ENSGT00940000154395.a.b	ENSGT00940000157676	ENSGT00940000155162.o.b
Goldfish	MODERN SPECIES	34	MMP28 (ENSCARG00000043631)	ENSCARG00000043651	ERMP1 (ENSCARG00000043664)	taf15 (ENSCARG00000043679)	porb (ENSCARG00000043943)	DOCK10 (ENSCARG00000047135)	ENSCARG00000052974	ENSCARG00000053057	ENSCARG00000053060	ENSCARG00000053092	ENSCARG00000053153	shox2 (ENSCARG00000053165)	ENSCARG00000053182	hephl1a (ENSCARG00000053228)	panx1a (ENSCARG00000054094)	neu4 (ENSCARG00000054127) ##25	srprb (ENSCARG00000054149)	cux1b (ENSCARG00000054316)	SH2B2 (ENSCARG00000057365)	bud23 (ENSCARG00000057427)	STX1A (ENSCARG00000058091)	rabgef1l (ENSCARG00000058228)	otol1b (ENSCARG00000058238)	sptssb (ENSCARG00000058261)	kpna4 (ENSCARG00000058342)	pcsk7 (ENSCARG00000062354)	tagln (ENSCARG00000062662)	AADAC (ENSCARG00000062680)	ENSCARG00000062695	p2ry12 (ENSCARG00000062700)	ENSCARG00000062709
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	303				ENSGT00940000155066.e.a.a.e	ENSGT00590000083134.a.b.d	ENSGT00940000159596	ENSGT00940000166275.a	ENSGT00940000156847.a.b	ENSGT00390000008135	ENSGT00940000157469.eb	ENSGT00940000154287.b.b	ENSGT00940000178578	ENSGT00730000111251.m	ENSGT00940000155866.f.a	ENSGT00940000153972.A.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00940000166703.b	ENSGT00390000014737.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00940000166839.b	ENSGT01060000252294	ENSGT00940000155435.A.a.e	ENSGT00390000002766.b.a	ENSGT00390000005104	ENSGT00940000157030.d.b	ENSGT01050000244891.C.c.a.j	ENSGT00940000165141.a	ENSGT00940000162775	ENSGT00940000154395.a.b	ENSGT00940000157676.b	ENSGT00940000155162.o.b
Common carp reference	MODERN SPECIES	39	ENSCCRG00000073291	ENSCCRG00000070315	ENSCCRG00000059286	ENSCCRG00000003708	ENSCCRG00000004807	taf15 (ENSCCRG00000004785)	porb (ENSCCRG00000004762)	ENSCCRG00000067478	sbds (ENSCCRG00000061273)	ENSCCRG00000030259	shox2 (ENSCCRG00000015931)	ENSCCRG00000080247	ENSCCRG00000077005	hephl1a (ENSCCRG00000020762)	panx1a (ENSCCRG00000044859)	ENSCCRG00000082121 ##25	srprb (ENSCCRG00000076747)	ENSCCRG00000037419	ENSCCRG00000037406	ENSCCRG00000061426	bud23 (ENSCCRG00000000572)	ENSCCRG00000048033	rabgef1l (ENSCCRG00000048037)	ENSCCRG00000073927	otol1b (ENSCCRG00000061785)	sptssb (ENSCCRG00000073789)	nmd3 (ENSCCRG00000004883)	ppm1lb (ENSCCRG00000004866)	kpna4 (ENSCCRG00000007990)	ENSCCRG00000066999	pcsk7 (ENSCCRG00000082576)
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	1845																neu4 (ENSSGRG00000034671) ##25	srprb (ENSSGRG00000034670)	cux1b (ENSSGRG00000034667)	ENSSGRG00000034666	ENSSGRG00000034665
Zebrafish	MODERN SPECIES	6	ankrd49 (ENSDARG00000023508)	ENSDARG00000019442	tgfb1a (ENSDARG00000041502)	ppp5c (ENSDARG00000034313)	ENSDARG00000079385	cldna (ENSDARG00000069888)	cldnf (ENSDARG00000043133)	cldne (ENSDARG00000043128)	cldnj (ENSDARG00000058880)	ENSDARG00000097665	dnajc30b (ENSDARG00000079415)	SH2B2 (ENSDARG00000090421)	cux1b (ENSDARG00000043134)	srprb (ENSDARG00000030949)	WDR53 (ENSDARG00000079659)	neu4 (ENSDARG00000057677) ##25	panx1a (ENSDARG00000025285)	hephl1a (ENSDARG00000059231)	rsrc1 (ENSDARG00000033987)	shox2 (ENSDARG00000075713)	ENSDARG00000074325	DOCK10 (ENSDARG00000075327)	sbds (ENSDARG00000027803)	porb (ENSDARG00000059035)	taf15 (ENSDARG00000070019)	FAM124B (ENSDARG00000087489)	MMP28 (ENSDARG00000059029)	cul3b (ENSDARG00000100108)	bud23 (ENSDARG00000063596)	STX1A (ENSDARG00000058994)	rabgef1l (ENSDARG00000015968)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	285			ENSGT00730000111482	ENSGT00390000017213.B	ENSGT00940000155229	ENSGT00940000161602.n.a	ENSGT00940000161602.m	ENSGT00940000160408	ENSGT00550000074972	ENSGT00940000155241.c	ENSGT00940000153629.a.a.a	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.d	ENSGT00940000155820.b	ENSGT00940000157898	ENSGT00390000015805.b	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00940000154468.tb.b.b	ENSGT00950000182844.a.a.b	ENSGT00940000165387.a	ENSGT00550000074865	ENSGT00940000157261.k.b	ENSGT00940000157007.i.a
Atlantic herring	MODERN SPECIES	20	SLC7A5 (ENSCHAG00000008567)	ENSCHAG00000008559	ENSCHAG00000008544	ENSCHAG00000008537	dennd2da (ENSCHAG00000008468)	DRAM2 (ENSCHAG00000008444)	ENSCHAG00000008343	stk38a (ENSCHAG00000008299)	ENSCHAG00000008286	PREX1 (ENSCHAG00000006889)	kcnq2a (ENSCHAG00000001903)	chrna4b (ENSCHAG00000001170)	ren (ENSCHAG00000000872)	csf1b (ENSCHAG00000000834)	ENSCHAG00000025454	neu4 (ENSCHAG00000025432) ##25	rbm39b (ENSCHAG00000025381)	rh50 (ENSCHAG00000025269)	ENSCHAG00000025049	eif2d (ENSCHAG00000024355)	mapkapk2b (ENSCHAG00000023946)	FMOD (ENSCHAG00000023913)	or90j1 (ENSCHAG00000023907)	ENSCHAG00000023898	ENSCHAG00000023888	itga5 (ENSCHAG00000023337)	ptges3b (ENSCHAG00000023309)	baz2a (ENSCHAG00000023256)	ENSCHAG00000023236	mipb (ENSCHAG00000023231)	rbm38 (ENSCHAG00000023223)
Denticle herring	MODERN SPECIES	1	her3 (ENSDCDG00000025135)	GPR153 (ENSDCDG00000025132)	acot7 (ENSDCDG00000025020)	hes2.2 (ENSDCDG00000025002)	espn (ENSDCDG00000024995)	qars1 (ENSDCDG00000024876)	QRICH1 (ENSDCDG00000024832)	prickle2a (ENSDCDG00000024823)	rho (ENSDCDG00000024819)	ENSDCDG00000024817	ENSDCDG00000024815	MAGI1 (ENSDCDG00000023403)	ren (ENSDCDG00000023354)	csf1b (ENSDCDG00000023348)	ENSDCDG00000023344	neu4 (ENSDCDG00000023253) ##25	rbm39b (ENSDCDG00000023139)	rh50 (ENSDCDG00000023117)	ENSDCDG00000023107	ENSDCDG00000022663	eif2d (ENSDCDG00000022643)	mapkapk2b (ENSDCDG00000022612)	FMOD (ENSDCDG00000022475)	pabpc1l (ENSDCDG00000022431)	ywhabb (ENSDCDG00000022427)	cyc1 (ENSDCDG00000022424)	eif2s2 (ENSDCDG00000022422)	ENSDCDG00000022289	racgap1 (ENSDCDG00000022276)	ENSDCDG00000022274	bin2a (ENSDCDG00000022272)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000161327	ENSGT00990000205101	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000161811	ENSGT00940000170602	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01060000248592.A.a	ENSGT01060000248592.A.b	ENSGT01060000248592.E	ENSGT00940000158290	ENSGT00940000155975	ENSGT01030000234621.A	ENSGT00950000182897.B.a.a.c	ENSGT01030000234621.B	ENSGT00940000160283.h	ENSGT01030000234571.a.a	ENSGT00940000156903	ENSGT00390000003715	ENSGT00940000156745.a	ENSGT01100000263565.b.a.b.b.a.a	ENSGT01100000263565.b.a.b.a
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000002766.b.a	ENSGT00940000177175	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000161811	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000181113	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00940000162428	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000161811	ENSGT00390000012719.a.a.b	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000181113	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000177175	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00940000162428	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000181113	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00690000103941	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000181113	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00690000103941	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000181113	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000166839	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00970000193969	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00690000103941	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00690000103941	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1615	ENSNFUG00015019975	ENSNFUG00015019989	ENSNFUG00015019992	ENSNFUG00015019994	ENSNFUG00015019999	STX1A (ENSNFUG00015020019)	WBSCR22 (ENSNFUG00015020192)	dnajc30b (ENSNFUG00015020213)	SH2B2 (ENSNFUG00015020216)	cux1b (ENSNFUG00015020220)	FUT4 (ENSNFUG00015020225)	ENSNFUG00015020228	srprb (ENSNFUG00015020242)	WDR53 (ENSNFUG00015020248)	tp53rk (ENSNFUG00015020249)	NEU4 (ENSNFUG00015020252) ##25	lxn (ENSNFUG00015020255)	GFM1 (ENSNFUG00015020297)	ITPKCB (ENSNFUG00015021216)	C18H19ORF54 (ENSNFUG00015021217)	SNRPA (ENSNFUG00015021220)	ENSNFUG00015021238	clasrp (ENSNFUG00015021243)	znf296 (ENSNFUG00015009017)	ENSNFUG00015009114	fosb (ENSNFUG00015009455)	C18H19ORF47 (ENSNFUG00015009460)	ttc9b (ENSNFUG00015009469)	MAP3K10 (ENSNFUG00015009477)	ENSNFUG00015009488	SIPA1L3 (ENSNFUG00015009516)
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	79	rabgef1l (ENSKMAG00000020514)	ENSKMAG00000020540	ENSKMAG00000020550	ENSKMAG00000020561	STX1A (ENSKMAG00000020583)	bud23 (ENSKMAG00000020608)	ENSKMAG00000020641	SH2B2 (ENSKMAG00000020645)	cux1b (ENSKMAG00000020657)	ENSKMAG00000020679	FUT4 (ENSKMAG00000020690)	COL26A1 (ENSKMAG00000020706)	srprb (ENSKMAG00000020736)	WDR53 (ENSKMAG00000020724)	gfm1 (ENSKMAG00000020768)	neu4 (ENSKMAG00000020812) ##25	lxn (ENSKMAG00000020826)	itpkcb (ENSKMAG00000020833)	zgc:153119 (ENSKMAG00000020843)	snrpa (ENSKMAG00000020852)	ENSKMAG00000020885	clasrp (ENSKMAG00000020973)	znf296 (ENSKMAG00000021016)	ENSKMAG00000021028	fosb (ENSKMAG00000021052)	si:ch211-160d20.3 (ENSKMAG00000021074)	ENSKMAG00000021089	MAP3K10 (ENSKMAG00000021097)	SIPA1L3 (ENSKMAG00000021136)	rrm1 (ENSKMAG00000021216)	qpctla (ENSKMAG00000021237)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000164898.d.a.b	ENSGT00940000162428.g.b.c	ENSGT00940000162428.g.b.d	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00690000103941	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b.c	ENSGT00940000162428.g.b.d	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Mummichog	MODERN SPECIES	2460											ENSFHEG00000000159	FUT4 (ENSFHEG00000005964)	ENSFHEG00000005979	srprb (ENSFHEG00000006004)	WDR53 (ENSFHEG00000006013)	neu4 (ENSFHEG00000006022) ##25	lxn (ENSFHEG00000006032)	gfm1 (ENSFHEG00000006091)	itpkcb (ENSFHEG00000006105)	zgc:153119 (ENSFHEG00000006124)	snrpa (ENSFHEG00000006165)	ENSFHEG00000006177	clasrp (ENSFHEG00000006269)	znf296 (ENSFHEG00000006291)	ENSFHEG00000006314	fosb (ENSFHEG00000006330)	ENSFHEG00000006350	si:ch211-160d20.3 (ENSFHEG00000006375)	ENSFHEG00000006383	SIPA1L3 (ENSFHEG00000006398)	rrm1 (ENSFHEG00000006424)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	156	ENSCVAG00000004471	ENSCVAG00000004465	ENSCVAG00000004455	ENSCVAG00000004446	ENSCVAG00000004436	STX1A (ENSCVAG00000004411)	bud23 (ENSCVAG00000004398)	dnajc30b (ENSCVAG00000004345)	SH2B2 (ENSCVAG00000004337)	cux1b (ENSCVAG00000004324)	ENSCVAG00000004250	FUT4 (ENSCVAG00000004239)	COL26A1 (ENSCVAG00000004233)	srprb (ENSCVAG00000004221)	WDR53 (ENSCVAG00000004207)	neu4 (ENSCVAG00000004202) ##25	gfm1 (ENSCVAG00000004126)	lxn (ENSCVAG00000004076)	itpkcb (ENSCVAG00000004070)	zgc:153119 (ENSCVAG00000004058)	snrpa (ENSCVAG00000004050)	ENSCVAG00000004024	clasrp (ENSCVAG00000004010)	znf296 (ENSCVAG00000003949)	ENSCVAG00000003934	fosb (ENSCVAG00000003915)	si:ch211-160d20.3 (ENSCVAG00000003882)	ttc9b (ENSCVAG00000003841)
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a.a.a	ENSGT00970000193969	ENSGT00940000162428.g.b.c	ENSGT00940000162428.g.b.d	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00690000103941	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a.a.a	ENSGT00970000193969	ENSGT00940000162428.g.b.c	ENSGT00940000162428.g.b.d	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00690000103941	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	75	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D.n	ENSGT00940000166839	ENSGT00940000162428.g.b.c	ENSGT00940000162428.g.b.d	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00690000103941	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Amazon molly	MODERN SPECIES	283	otol1b (ENSPFOG00000012074)	ENSPFOG00000012058	rabgef1l (ENSPFOG00000012012)	ENSPFOG00000023249	ENSPFOG00000011949	STX1A (ENSPFOG00000011905)	bud23 (ENSPFOG00000011843)	dnajc30b (ENSPFOG00000011836)	SH2B2 (ENSPFOG00000011778)	ENSPFOG00000024261	cux1b (ENSPFOG00000011475)	FUT4 (ENSPFOG00000011456)	ENSPFOG00000011384	srprb (ENSPFOG00000011347)	WDR53 (ENSPFOG00000011333)	neu4 (ENSPFOG00000011280) ##25	lxn (ENSPFOG00000011222)	gfm1 (ENSPFOG00000011022)	ENSPFOG00000020377	itpkcb (ENSPFOG00000010937)	zgc:153119 (ENSPFOG00000010910)	snrpa (ENSPFOG00000010881)	ENSPFOG00000010837	clasrp (ENSPFOG00000010596)	ENSPFOG00000010569	ENSPFOG00000010342	fosb (ENSPFOG00000010300)	si:ch211-160d20.3 (ENSPFOG00000010239)	ttc9b (ENSPFOG00000010209)	MAP3K10 (ENSPFOG00000009993)	SIPA1L3 (ENSPFOG00000009920)
Sailfin molly	MODERN SPECIES	604														srprb (ENSPLAG00000001156)	WDR53 (ENSPLAG00000001153)	neu4 (ENSPLAG00000001152) ##25	ENSPLAG00000001151	gpr184 (ENSPLAG00000001149)	PRKD2 (ENSPLAG00000001144)	STRN4 (ENSPLAG00000001137)	fkrp (ENSPLAG00000001134)	slc1a5 (ENSPLAG00000001133)	ENSPLAG00000001130	tmem160 (ENSPLAG00000001129)
Guppy	MODERN SPECIES	443	rabgef1l (ENSPREG00000001756)	ENSPREG00000001735	ENSPREG00000001726	ENSPREG00000001716	ENSPREG00000001683	ENSPREG00000001672	ENSPREG00000001650	bud23 (ENSPREG00000001635)	ENSPREG00000001625	SH2B2 (ENSPREG00000001609)	cux1b (ENSPREG00000001528)	FUT4 (ENSPREG00000001507)	ENSPREG00000001489	srprb (ENSPREG00000001449)	WDR53 (ENSPREG00000001436)	neu4 (ENSPREG00000001410) ##25	ENSPREG00000001399	gfm1 (ENSPREG00000001332)	itpkcb (ENSPREG00000001321)	zgc:153119 (ENSPREG00000001310)	snrpa (ENSPREG00000001279)	ENSPREG00000001265	ENSPREG00000001231	clasrp (ENSPREG00000001075)	znf296 (ENSPREG00000001061)	ENSPREG00000000933	fosb (ENSPREG00000000893)	si:ch211-160d20.3 (ENSPREG00000000803)	ttc9b (ENSPREG00000000778)	MAP3K10 (ENSPREG00000000770)	SIPA1L3 (ENSPREG00000000759)
Platyfish	MODERN SPECIES	9	ENSXMAG00000028130	ENSXMAG00000018479	ENSXMAG00000029881	ENSXMAG00000018480	ENSXMAG00000023510	STX1A (ENSXMAG00000018485)	bud23 (ENSXMAG00000018500)	ENSXMAG00000027580	SH2B2 (ENSXMAG00000028124)	ENSXMAG00000018520	cux1b (ENSXMAG00000028468)	FUT4 (ENSXMAG00000020110)	COL26A1 (ENSXMAG00000029274)	srprb (ENSXMAG00000028725)	WDR53 (ENSXMAG00000022535)	neu4 (ENSXMAG00000000259) ##25	lxn (ENSXMAG00000025522)	gfm1 (ENSXMAG00000000261)	itpkcb (ENSXMAG00000018575)	zgc:153119 (ENSXMAG00000018577)	snrpa (ENSXMAG00000018580)	ENSXMAG00000023615	ENSXMAG00000022413	clasrp (ENSXMAG00000018599)	znf296 (ENSXMAG00000026001)	ENSXMAG00000018623	fosb (ENSXMAG00000018663)	si:ch211-160d20.3 (ENSXMAG00000018670)	ttc9b (ENSXMAG00000029324)	MAP3K10 (ENSXMAG00000018686)	SIPA1L3 (ENSXMAG00000021118)
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000161542	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000002766.b.a	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT00940000169839	ENSGT00940000166839	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	4	sptssb (ENSORLG00000030349)	otol1b (ENSORLG00000024704)	ENSORLG00000006285	rabgef1l (ENSORLG00000006303)	ENSORLG00000006320	ENSORLG00000006330	bud23 (ENSORLG00000006360)	dnajc30b (ENSORLG00000006364)	SH2B2 (ENSORLG00000006387)	cux1b (ENSORLG00000006404)	CUX1 (ENSORLG00000024694)	fut4 (ENSORLG00000006411)	ENSORLG00000025498	WDR53 (ENSORLG00000027710)	srprb (ENSORLG00000006430)	neu4 (ENSORLG00000006455) ##25	lxn (ENSORLG00000006494)	gfm1 (ENSORLG00000006487)	itpkcb (ENSORLG00000006503)	zgc:153119 (ENSORLG00000006507)	snrpa (ENSORLG00000006536)	ENSORLG00000006541	ENSORLG00000006544	ENSORLG00000022804	ENSORLG00000029793	clasrp (ENSORLG00000006568)	znf296 (ENSORLG00000028962)	ENSORLG00000006650	fosb (ENSORLG00000028302)	si:ch211-160d20.3 (ENSORLG00000006678)	ttc9b (ENSORLG00000006685)
Chinese medaka	MODERN SPECIES	925								dnajc30b (ENSOSIG00000014962)	SH2B2 (ENSOSIG00000014958)	ENSOSIG00000014953	cux1b (ENSOSIG00000009684)	FUT4 (ENSOSIG00000009641)	COL26A1 (ENSOSIG00000009640)	srprb (ENSOSIG00000009635)	WDR53 (ENSOSIG00000009634)	neu4 (ENSOSIG00000009633) ##25	lxn (ENSOSIG00000009631)	gfm1 (ENSOSIG00000008912)	itpkcb (ENSOSIG00000008904)	zgc:153119 (ENSOSIG00000008903)	snrpa (ENSOSIG00000008902)	clasrp (ENSOSIG00000008900)	znf296 (ENSOSIG00000008899)	ENSOSIG00000008898	fosb (ENSOSIG00000008897)	si:ch211-160d20.3 (ENSOSIG00000008896)	ttc9b (ENSOSIG00000008895)	ENSOSIG00000008894	SIPA1L3 (ENSOSIG00000008864)	rrm1 (ENSOSIG00000008860)	qpctla (ENSOSIG00000008857)
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000177175	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000161542	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Indian medaka	MODERN SPECIES	12	ENSOMEG00000012173	otol1b (ENSOMEG00000012184)	ENSOMEG00000012216	rabgef1l (ENSOMEG00000012260)	ENSOMEG00000012301	ENSOMEG00000012426	bud23 (ENSOMEG00000012477)	ENSOMEG00000012489	SH2B2 (ENSOMEG00000012511)	ENSOMEG00000012531	cux1b (ENSOMEG00000012624)	FUT4 (ENSOMEG00000012643)	ENSOMEG00000012674	srprb (ENSOMEG00000012735)	WDR53 (ENSOMEG00000012755)	neu4 (ENSOMEG00000000324) ##25	lxn (ENSOMEG00000012803)	gfm1 (ENSOMEG00000012894)	itpkcb (ENSOMEG00000012955)	zgc:153119 (ENSOMEG00000012989)	snrpa (ENSOMEG00000013010)	ENSOMEG00000013024	ENSOMEG00000013038	clasrp (ENSOMEG00000013102)	znf296 (ENSOMEG00000013130)	ENSOMEG00000013205	fosb (ENSOMEG00000013238)	si:ch211-160d20.3 (ENSOMEG00000013265)	ttc9b (ENSOMEG00000013281)	MAP3K10 (ENSOMEG00000013309)	SIPA1L3 (ENSOMEG00000013380)
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	4	nmd3 (ENSOJAG00000006316)	sptssb (ENSOJAG00000006242)	ENSOJAG00000006222	otol1b (ENSOJAG00000006212)	ENSOJAG00000006176	rabgef1l (ENSOJAG00000006159)	ENSOJAG00000006143	STX1A (ENSOJAG00000006077)	bud23 (ENSOJAG00000006056)	dnajc30b (ENSOJAG00000006015)	SH2B2 (ENSOJAG00000005998)	CUX1 (ENSOJAG00000005265)	FUT4 (ENSOJAG00000005198)	COL26A1 (ENSOJAG00000005187)	srprb (ENSOJAG00000005150)	neu4 (ENSOJAG00000004777) ##25	lxn (ENSOJAG00000004720)	gfm1 (ENSOJAG00000004064)	itpkcb (ENSOJAG00000003968)	zgc:153119 (ENSOJAG00000003961)	snrpa (ENSOJAG00000003931)	ENSOJAG00000003912	clasrp (ENSOJAG00000003853)	znf296 (ENSOJAG00000003749)	ENSOJAG00000003703	fosb (ENSOJAG00000003654)	si:ch211-160d20.3 (ENSOJAG00000003626)	ttc9b (ENSOJAG00000003617)	MAP3K10 (ENSOJAG00000003506)	SIPA1L3 (ENSOJAG00000003375)	rrm1 (ENSOJAG00000003362)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000181113	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000005104	ENSGT00390000002766.b.a	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000181113	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000002766.b.a	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000170602	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000181113	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00390000002766.b.a	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000170602	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000181113	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Clown anemonefish	DUPLICATION
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	160														srprb (ENSAOCG00000017265)	WDR53 (ENSAOCG00000001199)	neu4 (ENSAOCG00000001197) ##25
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	2032																neu4 (ENSAOCG00000006070) ##25	gfm1 (ENSAOCG00000006023)	lxn (ENSAOCG00000005976)	itpkcb (ENSAOCG00000005950)	zgc:153119 (ENSAOCG00000005937)	snrpa (ENSAOCG00000005919)	clasrp (ENSAOCG00000005893)	znf296 (ENSAOCG00000005847)	ENSAOCG00000005832	fosb (ENSAOCG00000005778)	si:ch211-160d20.3 (ENSAOCG00000005756)	ttc9b (ENSAOCG00000005717)
Orange clownfish	MODERN SPECIES	23	sptssb (ENSAPEG00000024610)	otol1b (ENSAPEG00000024602)	ENSAPEG00000024606	rabgef1l (ENSAPEG00000024597)	caspa (ENSAPEG00000024595)	ENSAPEG00000024592	bud23 (ENSAPEG00000024574)	dnajc30b (ENSAPEG00000024571)	SH2B2 (ENSAPEG00000024566)	ENSAPEG00000024563	cux1b (ENSAPEG00000024558)	FUT4 (ENSAPEG00000024552)	COL26A1 (ENSAPEG00000024549)	srprb (ENSAPEG00000024541)	WDR53 (ENSAPEG00000024537)	neu4 (ENSAPEG00000024524) ##25	lxn (ENSAPEG00000024516)	gfm1 (ENSAPEG00000024499)	itpkcb (ENSAPEG00000024486)	zgc:153119 (ENSAPEG00000024482)	snrpa (ENSAPEG00000024469)	ENSAPEG00000024466	ENSAPEG00000024460	ENSAPEG00000024455	clasrp (ENSAPEG00000024441)	znf296 (ENSAPEG00000024436)	ENSAPEG00000024427	fosb (ENSAPEG00000024418)	si:ch211-160d20.3 (ENSAPEG00000024381)	ttc9b (ENSAPEG00000024376)	MAP3K10 (ENSAPEG00000024356)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	2949														srprb (ENSAPOG00000021219)	WDR53 (ENSAPOG00000021178)	neu4 (ENSAPOG00000021277) ##25	lxn (ENSAPOG00000021302)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	511		otol1b (ENSSPAG00000009224)	ENSSPAG00000009206	rabgef1l (ENSSPAG00000009159)	caspa (ENSSPAG00000009131)	ENSSPAG00000009114	bud23 (ENSSPAG00000009052)	ENSSPAG00000009035	SH2B2 (ENSSPAG00000009026)	ENSSPAG00000009017	cux1b (ENSSPAG00000008975)	FUT4 (ENSSPAG00000008965)	COL26A1 (ENSSPAG00000008935)	srprb (ENSSPAG00000008898)	WDR53 (ENSSPAG00000008927)	neu4 (ENSSPAG00000008879) ##25	lxn (ENSSPAG00000008864)	gfm1 (ENSSPAG00000008800)	itpkcb (ENSSPAG00000008788)	zgc:153119 (ENSSPAG00000008775)	snrpa (ENSSPAG00000008745)	ENSSPAG00000008704	clasrp (ENSSPAG00000008665)	znf296 (ENSSPAG00000008654)	ENSSPAG00000008575	fosb (ENSSPAG00000008529)	si:ch211-160d20.3 (ENSSPAG00000008516)	ttc9b (ENSSPAG00000008508)	MAP3K10 (ENSSPAG00000008488)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	19			ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000155666.d	ENSGT00390000018039	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000155666.d	ENSGT00390000018039	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000155666.d	ENSGT00390000018039	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
P. nyererei	MODERN SPECIES	412	bmp16 (ENSPNYG00000005500)	gemin7 (ENSPNYG00000005509)	ENSPNYG00000005523	ENSPNYG00000005529	ENSPNYG00000005565	STX1A (ENSPNYG00000005707)	bud23 (ENSPNYG00000005722)	dnajc30b (ENSPNYG00000005750)	SH2B2 (ENSPNYG00000005775)	ENSPNYG00000005815	CUX1 (ENSPNYG00000005855)	FUT4 (ENSPNYG00000005871)	COL26A1 (ENSPNYG00000005880)	srprb (ENSPNYG00000005911)	WDR53 (ENSPNYG00000005943)	neu4 (ENSPNYG00000005961) ##25	lxn (ENSPNYG00000006130)	gfm1 (ENSPNYG00000006037)	itpkcb (ENSPNYG00000006145)	zgc:153119 (ENSPNYG00000006165)	snrpa (ENSPNYG00000006184)	ENSPNYG00000006214	clasrp (ENSPNYG00000006221)	znf296 (ENSPNYG00000006242)	ENSPNYG00000006261	fosb (ENSPNYG00000006293)	si:ch211-160d20.3 (ENSPNYG00000006313)	ttc9b (ENSPNYG00000006355)	MAP3K10 (ENSPNYG00000006376)	SIPA1L3 (ENSPNYG00000006392)	rrm1 (ENSPNYG00000006450)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155666.d	ENSGT00390000018039	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1096	bmp16 (ENSMZEG00005016468)	ENSMZEG00005016479	ppp1r37 (ENSMZEG00005016488)	ENSMZEG00005016513	mrpl28 (ENSMZEG00005016524)	ENSMZEG00005016537	bud23 (ENSMZEG00005016548)	dnajc30b (ENSMZEG00005016565)	SH2B2 (ENSMZEG00005016571)	cux1b (ENSMZEG00005016586)	ENSMZEG00005016596	FUT4 (ENSMZEG00005016599)	COL26A1 (ENSMZEG00005016612)	srprb (ENSMZEG00005016621)	WDR53 (ENSMZEG00005016630)	neu4 (ENSMZEG00005016634) ##25	gfm1 (ENSMZEG00005016639)	lxn (ENSMZEG00005016656)	itpkcb (ENSMZEG00005016674)	zgc:153119 (ENSMZEG00005016686)	snrpa (ENSMZEG00005016689)	ENSMZEG00005016693	clasrp (ENSMZEG00005016696)	znf296 (ENSMZEG00005016704)	ENSMZEG00005016711	fosb (ENSMZEG00005016726)	si:ch211-160d20.3 (ENSMZEG00005016733)	ttc9b (ENSMZEG00005016745)	MAP3K10 (ENSMZEG00005016746)	SIPA1L3 (ENSMZEG00005016755)	rrm1 (ENSMZEG00005016763)
Eastern happy	MODERN SPECIES	5	bmp16 (ENSACLG00000017170)	gemin7 (ENSACLG00000017160)	ENSACLG00000017145	ENSACLG00000017123	ENSACLG00000017079	STX1A (ENSACLG00000017056)	bud23 (ENSACLG00000016987)	dnajc30b (ENSACLG00000016979)	SH2B2 (ENSACLG00000016927)	ENSACLG00000016889	cux1b (ENSACLG00000016849)	FUT4 (ENSACLG00000016843)	COL26A1 (ENSACLG00000016801)	srprb (ENSACLG00000016748)	WDR53 (ENSACLG00000016787)	neu4 (ENSACLG00000016721) ##25	lxn (ENSACLG00000016712)	gfm1 (ENSACLG00000016586)	itpkcb (ENSACLG00000016575)	zgc:153119 (ENSACLG00000016572)	snrpa (ENSACLG00000016447)	ENSACLG00000016441	clasrp (ENSACLG00000016357)	znf296 (ENSACLG00000016343)	ENSACLG00000016149	fosb (ENSACLG00000016103)	si:ch211-160d20.3 (ENSACLG00000016076)	ttc9b (ENSACLG00000016067)	MAP3K10 (ENSACLG00000016052)	SIPA1L3 (ENSACLG00000015945)	rrm1 (ENSACLG00000015920)
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	382	bmp16 (ENSHBUG00000002300)	gemin7 (ENSHBUG00000002286)	ENSHBUG00000002279	ENSHBUG00000002277	ENSHBUG00000002267	STX1A (ENSHBUG00000002244)	bud23 (ENSHBUG00000002214)	dnajc30b (ENSHBUG00000002207)	SH2B2 (ENSHBUG00000002198)	cux1b (ENSHBUG00000002182)	ENSHBUG00000002162	FUT4 (ENSHBUG00000002156)	COL26A1 (ENSHBUG00000000031)	srprb (ENSHBUG00000002145)	WDR53 (ENSHBUG00000002134)	neu4 (ENSHBUG00000002130) ##25	gfm1 (ENSHBUG00000002120)	lxn (ENSHBUG00000002100)	itpkcb (ENSHBUG00000002094)	zgc:153119 (ENSHBUG00000002089)	snrpa (ENSHBUG00000002084)	ENSHBUG00000002065	clasrp (ENSHBUG00000002053)	znf296 (ENSHBUG00000002026)	ENSHBUG00000002011	fosb (ENSHBUG00000001982)	si:ch211-160d20.3 (ENSHBUG00000001967)	ttc9b (ENSHBUG00000001960)	MAP3K10 (ENSHBUG00000001947)	SIPA1L3 (ENSHBUG00000001930)	rrm1 (ENSHBUG00000001902)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	327	ppp1r37 (ENSNBRG00000005527)	ENSNBRG00000005415	bmp16 (ENSNBRG00000005399)	gemin7 (ENSNBRG00000005377)	ENSNBRG00000005366	ENSNBRG00000005360	ENSNBRG00000005247	STX1A (ENSNBRG00000005189)	bud23 (ENSNBRG00000004990)	dnajc30b (ENSNBRG00000004964)	SH2B2 (ENSNBRG00000004866)	ENSNBRG00000004847	cux1b (ENSNBRG00000004825)	FUT4 (ENSNBRG00000004813)	WDR53 (ENSNBRG00000004807)	neu4 (ENSNBRG00000004771) ##25	ENSNBRG00000004735	srprb (ENSNBRG00000004699)	lxn (ENSNBRG00000004692)	gfm1 (ENSNBRG00000004631)	itpkcb (ENSNBRG00000004601)	zgc:153119 (ENSNBRG00000004560)	snrpa (ENSNBRG00000004413)	ENSNBRG00000004392	clasrp (ENSNBRG00000004382)	znf296 (ENSNBRG00000004365)	ENSNBRG00000004303	fosb (ENSNBRG00000004286)	si:ch211-160d20.3 (ENSNBRG00000004277)	ttc9b (ENSNBRG00000004262)	MAP3K10 (ENSNBRG00000004219)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	5	ppp1r37 (ENSONIG00000005960)	ENSONIG00000030433	mrpl28 (ENSONIG00000005965)	ENSONIG00000032366	ENSONIG00000030880	ENSONIG00000003818	STX1A (ENSONIG00000003808)	bud23 (ENSONIG00000003804)	dnajc30b (ENSONIG00000041035)	SH2B2 (ENSONIG00000003802)	cux1b (ENSONIG00000003797)	FUT4 (ENSONIG00000020639)	ENSONIG00000003792	srprb (ENSONIG00000029022)	WDR53 (ENSONIG00000003789)	neu4 (ENSONIG00000003782) ##25	lxn (ENSONIG00000003780)	gfm1 (ENSONIG00000003772)	itpkcb (ENSONIG00000003768)	zgc:153119 (ENSONIG00000003767)	snrpa (ENSONIG00000003761)	clasrp (ENSONIG00000003756)	znf296 (ENSONIG00000032905)	ENSONIG00000003718	fosb (ENSONIG00000003711)	lg14h19orf47 (ENSONIG00000028370)	ttc9b (ENSONIG00000039097)	MAP3K10 (ENSONIG00000003698)	ENSONIG00000003689	ENSONIG00000032291	rrm1 (ENSONIG00000003688)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	1305	ENSACIG00000015141	ENSACIG00000015050	ENSACIG00000015037	ENSACIG00000015001	ENSACIG00000014862	STX1A (ENSACIG00000014829)	bud23 (ENSACIG00000014803)	dnajc30b (ENSACIG00000014789)	SH2B2 (ENSACIG00000014759)	ENSACIG00000014740	cux1b (ENSACIG00000014669)	FUT4 (ENSACIG00000014664)	COL26A1 (ENSACIG00000014636)	srprb (ENSACIG00000014621)	WDR53 (ENSACIG00000014613)	neu4 (ENSACIG00000014562) ##25	lxn (ENSACIG00000014496)	gfm1 (ENSACIG00000014465)	itpkcb (ENSACIG00000014436)	zgc:153119 (ENSACIG00000014410)	snrpa (ENSACIG00000014399)	ENSACIG00000014214	clasrp (ENSACIG00000014149)	ENSACIG00000014136	ENSACIG00000014088	fosb (ENSACIG00000014071)	si:ch211-160d20.3 (ENSACIG00000014000)	ttc9b (ENSACIG00000013988)	MAP3K10 (ENSACIG00000013953)	SIPA1L3 (ENSACIG00000013854)	rrm1 (ENSACIG00000013837)
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00690000103941	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	4	otol1b (ENSMAMG00000012334)	ENSMAMG00000027989	rabgef1l (ENSMAMG00000012292)	ENSMAMG00000012277	ENSMAMG00000012249	ENSMAMG00000012074	bud23 (ENSMAMG00000012040)	ENSMAMG00000012032	SH2B2 (ENSMAMG00000012016)	ENSMAMG00000011990	cux1b (ENSMAMG00000011934)	ENSMAMG00000011919	COL26A1 (ENSMAMG00000025771)	srprb (ENSMAMG00000026583)	ENSMAMG00000027574	neu4 (ENSMAMG00000011803) ##25	ENSMAMG00000024380	ENSMAMG00000011760	itpkcb (ENSMAMG00000011747)	C19orf54 (ENSMAMG00000028664)	ENSMAMG00000011725	snrpa (ENSMAMG00000011714)	ENSMAMG00000026524	ENSMAMG00000011702	clasrp (ENSMAMG00000011689)	znf296 (ENSMAMG00000011681)	ENSMAMG00000011649	fosb (ENSMAMG00000024892)	si:ch211-160d20.3 (ENSMAMG00000011610)	ttc9b (ENSMAMG00000011608)	ENSMAMG00000011570
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	4	rabgef1l (ENSBSLG00000002263)	ENSBSLG00000002302	ENSBSLG00000002338	ENSBSLG00000002365	ENSBSLG00000002393	STX1A (ENSBSLG00000002472)	bud23 (ENSBSLG00000002630)	ENSBSLG00000002777	SH2B2 (ENSBSLG00000002796)	CUX1 (ENSBSLG00000002900)	ENSBSLG00000003141	ENSBSLG00000003142	COL26A1 (ENSBSLG00000003144)	srprb (ENSBSLG00000003147)	WDR53 (ENSBSLG00000003148)	neu4 (ENSBSLG00000003150) ##25	gfm1 (ENSBSLG00000003878)	lxn (ENSBSLG00000004242)	itpkcb (ENSBSLG00000004247)	zgc:153119 (ENSBSLG00000004251)	snrpa (ENSBSLG00000004258)	clasrp (ENSBSLG00000004885)	znf296 (ENSBSLG00000005171)	ENSBSLG00000005190	fosb (ENSBSLG00000005252)	si:ch211-160d20.3 (ENSBSLG00000005276)	ttc9b (ENSBSLG00000005299)	MAP3K10 (ENSBSLG00000005369)	SIPA1L3 (ENSBSLG00000005425)	rrm1 (ENSBSLG00000005518)	qpctla (ENSBSLG00000005566)
Climbing perch	MODERN SPECIES	4	ENSATEG00000014328	rabgef1l (ENSATEG00000014288)	ENSATEG00000014270	ENSATEG00000014250	ENSATEG00000014228	ENSATEG00000014197	bud23 (ENSATEG00000014179)	ENSATEG00000014171	SH2B2 (ENSATEG00000014121)	cux1b (ENSATEG00000014052)	ENSATEG00000014108	ENSATEG00000014043	COL26A1 (ENSATEG00000014029)	srprb (ENSATEG00000026747)	ENSATEG00000029229	neu4 (ENSATEG00000013934) ##25	ENSATEG00000029169	ENSATEG00000013896	ENSATEG00000013862	ENSATEG00000013789	itpkcb (ENSATEG00000025567)	zgc:153119 (ENSATEG00000013752)	snrpa (ENSATEG00000029946)	ENSATEG00000013727	ENSATEG00000030006	clasrp (ENSATEG00000013691)	znf296 (ENSATEG00000013683)	ENSATEG00000013640	fosb (ENSATEG00000013600)	si:ch211-160d20.3 (ENSATEG00000013540)	ttc9b (ENSATEG00000029383)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000154642.d	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT00940000162428.g.b	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	111					ENSGT00990000203749.e	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Greater amberjack	MODERN SPECIES	226				ENSSDUG00000019049	caspa (ENSSDUG00000019032)	STX1A (ENSSDUG00000018997)	bud23 (ENSSDUG00000018955)	DNAJC30 (ENSSDUG00000018943)	SH2B2 (ENSSDUG00000018934)	ENSSDUG00000018922	cux1b (ENSSDUG00000018826)	FUT4 (ENSSDUG00000018788)	ENSSDUG00000018776	srprb (ENSSDUG00000018746)	WDR53 (ENSSDUG00000018741)	neu4 (ENSSDUG00000018734) ##25	lxn (ENSSDUG00000018717)	gfm1 (ENSSDUG00000018665)	itpkcb (ENSSDUG00000018639)	zgc:153119 (ENSSDUG00000018629)	snrpa (ENSSDUG00000018621)	ENSSDUG00000018611	clasrp (ENSSDUG00000018560)	ENSSDUG00000018545	ENSSDUG00000018512	fosb (ENSSDUG00000018487)	si:ch211-160d20.3 (ENSSDUG00000018469)	ttc9b (ENSSDUG00000018463)	MAP3K10 (ENSSDUG00000018439)	SIPA1L3 (ENSSDUG00000018397)	rrm1 (ENSSDUG00000018379)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2689				ENSSLDG00000020287	caspa (ENSSLDG00000020299)	STX1A (ENSSLDG00000020330)	bud23 (ENSSLDG00000020355)	ENSSLDG00000020389	SH2B2 (ENSSLDG00000020400)	cux1b (ENSSLDG00000020434)	ENSSLDG00000020514	FUT4 (ENSSLDG00000020529)	ENSSLDG00000020540	WDR53 (ENSSLDG00000020585)	srprb (ENSSLDG00000020560)	neu4 (ENSSLDG00000020592) ##25	gfm1 (ENSSLDG00000020606)	lxn (ENSSLDG00000020665)	itpkcb (ENSSLDG00000020679)	zgc:153119 (ENSSLDG00000020691)	snrpa (ENSSLDG00000020705)	ENSSLDG00000020713	clasrp (ENSSLDG00000020726)	znf296 (ENSSLDG00000020752)	ENSSLDG00000020766	fosb (ENSSLDG00000020838)	si:ch211-160d20.3 (ENSSLDG00000020872)	ttc9b (ENSSLDG00000020904)	MAP3K10 (ENSSLDG00000020921)	SIPA1L3 (ENSSLDG00000020970)	rrm1 (ENSSLDG00000020994)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	314	otol1b (ENSLCAG00010007436)	ENSLCAG00010007430	rabgef1l (ENSLCAG00010007421)	ENSLCAG00010007413	ENSLCAG00010007405	ENSLCAG00010007392	STX1A (ENSLCAG00010007342)	bud23 (ENSLCAG00010007327)	dnajc30b (ENSLCAG00010007323)	SH2B2 (ENSLCAG00010007317)	CUX1 (ENSLCAG00010007226)	FUT4 (ENSLCAG00010007144)	ENSLCAG00010007137	srprb (ENSLCAG00010007130)	WDR53 (ENSLCAG00010007113)	neu4 (ENSLCAG00010007109) ##25	lxn (ENSLCAG00010007103)	gfm1 (ENSLCAG00010006849)	itpkcb (ENSLCAG00010006787)	zgc:153119 (ENSLCAG00010006783)	snrpa (ENSLCAG00010006777)	ENSLCAG00010006771	clasrp (ENSLCAG00010006707)	znf296 (ENSLCAG00010006672)	ENSLCAG00010006654	fosb (ENSLCAG00010006641)	si:ch211-160d20.3 (ENSLCAG00010006629)	ttc9b (ENSLCAG00010006622)	MAP3K10 (ENSLCAG00010006587)	ENSLCAG00010006575	ENSLCAG00010006555
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000002766.b.a	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.h	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000176186	ENSGT00970000198420	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Tongue sole	MODERN SPECIES	14	cluha (ENSCSEG00000017668)	CCDC92B (ENSCSEG00000017663)	tlcd2 (ENSCSEG00000017657)	aifm4 (ENSCSEG00000017641)	ENSCSEG00000017622	STX1A (ENSCSEG00000017402)	bud23 (ENSCSEG00000017365)	ENSCSEG00000017357	SH2B2 (ENSCSEG00000017330)	ENSCSEG00000017320	cux1b (ENSCSEG00000017266)	FUT4 (ENSCSEG00000017250)	COL26A1 (ENSCSEG00000017240)	srprb (ENSCSEG00000017194)	WDR53 (ENSCSEG00000017189)	neu4 (ENSCSEG00000017140) ##25	lxn (ENSCSEG00000017122)	gfm1 (ENSCSEG00000017088)	qpctla (ENSCSEG00000017073)	rrm1 (ENSCSEG00000017062)	SIPA1L3 (ENSCSEG00000017030)	MAP3K10 (ENSCSEG00000017025)	ttc9b (ENSCSEG00000017019)	si:ch211-160d20.3 (ENSCSEG00000017015)	fosb (ENSCSEG00000016998)	ENSCSEG00000016961	ENSCSEG00000016942	clasrp (ENSCSEG00000016914)	ENSCSEG00000016906	ENSCSEG00000016902	snrpa (ENSCSEG00000016885)
Turbot	MODERN SPECIES	15	nmd3 (ENSSMAG00000012887)	ENSSMAG00000012957	otol1b (ENSSMAG00000012961)	ENSSMAG00000030523	rabgef1l (ENSSMAG00000012989)	ENSSMAG00000013017	ENSSMAG00000013049	bud23 (ENSSMAG00000022293)	SH2B2 (ENSSMAG00000013062)	cux1b (ENSSMAG00000013100)	ENSSMAG00000013167	ENSSMAG00000013177	COL26A1 (ENSSMAG00000013181)	srprb (ENSSMAG00000022545)	ENSSMAG00000013202	neu4 (ENSSMAG00000013215) ##25	ENSSMAG00000013268	GFM1 (ENSSMAG00000013221)	itpkcb (ENSSMAG00000013282)	zgc:153119 (ENSSMAG00000013292)	snrpa (ENSSMAG00000013304)	ENSSMAG00000013310	ENSSMAG00000021608	ENSSMAG00000013458	fosb (ENSSMAG00000022859)	si:ch211-160d20.3 (ENSSMAG00000033549)	ttc9b (ENSSMAG00000013743)	ENSSMAG00000013747	ENSSMAG00000013788	ENSSMAG00000013821	qpctla (ENSSMAG00000013839)
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00690000103941	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000002766.b.a	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT00940000169839	ENSGT00940000166839	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000161542	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Fugu	MODERN SPECIES	2	smc4 (ENSTRUG00000006919)	ift80 (ENSTRUG00000007555)	ENSTRUG00000025454	ENSTRUG00000022026	ENSTRUG00000025692	ENSTRUG00000005429	ENSTRUG00000013711	STX1A (ENSTRUG00000008053)	bud23 (ENSTRUG00000008241)	ENSTRUG00000021753	SH2B2 (ENSTRUG00000008265)	CUX1 (ENSTRUG00000008546)	fut4 (ENSTRUG00000023870)	ENSTRUG00000023329	WDR53 (ENSTRUG00000009118)	neu4 (ENSTRUG00000009148) ##25	lxn (ENSTRUG00000029612)	gfm1 (ENSTRUG00000009244)	itpkcb (ENSTRUG00000020230)	zgc:153119 (ENSTRUG00000009683)	snrpa (ENSTRUG00000009703)	ENSTRUG00000009809	ENSTRUG00000032371	clasrp (ENSTRUG00000009842)	ENSTRUG00000010051	fosb (ENSTRUG00000010593)	ttc9b (ENSTRUG00000010808)	MAP3K10 (ENSTRUG00000010858)	SIPA1L3 (ENSTRUG00000011034)	six5 (ENSTRUG00000011163)	tbcb (ENSTRUG00000011197)
Tetraodon	MODERN SPECIES	8	sptssb (ENSTNIG00000007713)	nmd3 (ENSTNIG00000007714)	otol1b (ENSTNIG00000007715)	ENSTNIG00000007716	rabgef1l (ENSTNIG00000007717)	STX1A (ENSTNIG00000007718)	bud23 (ENSTNIG00000007719)	dnajc30b (ENSTNIG00000000653)	SH2B2 (ENSTNIG00000007720)	cux1b (ENSTNIG00000007721)	CUX1 (ENSTNIG00000007722)	FUT4 (ENSTNIG00000007723)	COL26A1 (ENSTNIG00000007724)	srprb (ENSTNIG00000007725)	WDR53 (ENSTNIG00000007726)	neu4 (ENSTNIG00000007727) ##25	lxn (ENSTNIG00000007728)	gfm1 (ENSTNIG00000007729)	itpkcb (ENSTNIG00000007730)	zgc:153119 (ENSTNIG00000007731)	snrpa (ENSTNIG00000007732)	ENSTNIG00000001695	ENSTNIG00000007733	clasrp (ENSTNIG00000007734)	znf296 (ENSTNIG00000001568)	fosb (ENSTNIG00000007735)	si:ch211-160d20.3 (ENSTNIG00000007736)	ttc9b (ENSTNIG00000007737)	MAP3K10 (ENSTNIG00000007738)	SIPA1L3 (ENSTNIG00000007739)	rrm1 (ENSTNIG00000007740)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00690000103941	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Ballan wrasse	DUPLICATION
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	85	otol1b (ENSLBEG00000022132)	ENSLBEG00000022108	rabgef1l (ENSLBEG00000022054)	ENSLBEG00000022016	ENSLBEG00000021997	STX1A (ENSLBEG00000021969)	bud23 (ENSLBEG00000021841)	ENSLBEG00000021789	SH2B2 (ENSLBEG00000021769)	ENSLBEG00000021732	cux1b (ENSLBEG00000021595)	FUT4 (ENSLBEG00000021544)	ENSLBEG00000021517	WDR53 (ENSLBEG00000021474)	srprb (ENSLBEG00000021483)	neu4 (ENSLBEG00000021426) ##25	ENSLBEG00000021391	gfm1 (ENSLBEG00000021315)	itpkcb (ENSLBEG00000021268)	zgc:153119 (ENSLBEG00000021241)	snrpa (ENSLBEG00000021206)	ENSLBEG00000021184	clasrp (ENSLBEG00000021054)	znf296 (ENSLBEG00000021012)	ENSLBEG00000020968	fosb (ENSLBEG00000020922)	si:ch211-160d20.3 (ENSLBEG00000020892)	ttc9b (ENSLBEG00000020881)	MAP3K10 (ENSLBEG00000020790)	SIPA1L3 (ENSLBEG00000020711)	rrm1 (ENSLBEG00000020680)
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	4546															WDR53 (ENSLBEG00000028995)	neu4 (ENSLBEG00000028994) ##25
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00690000103941	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000161811.d	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	11	otol1b (ENSSAUG00010008467)	ENSSAUG00010008468	rabgef1l (ENSSAUG00010008473)	ENSSAUG00010008486	caspa (ENSSAUG00010008488)	STX1A (ENSSAUG00010008506)	bud23 (ENSSAUG00010008932)	dnajc30b (ENSSAUG00010008985)	SH2B2 (ENSSAUG00010008989)	cux1b (ENSSAUG00010009009)	ENSSAUG00010011166	FUT4 (ENSSAUG00010011167)	ENSSAUG00010011168	srprb (ENSSAUG00010011170)	WDR53 (ENSSAUG00010011173)	neu4 (ENSSAUG00010011177) ##25	gfm1 (ENSSAUG00010011206)	ENSSAUG00010013319	itpkcb (ENSSAUG00010013321)	zgc:153119 (ENSSAUG00010013323)	snrpa (ENSSAUG00010013326)	ENSSAUG00010013328	clasrp (ENSSAUG00010013334)	znf296 (ENSSAUG00010013335)	ENSSAUG00010013339	fosb (ENSSAUG00010013351)	si:ch211-160d20.3 (ENSSAUG00010013355)	ttc9b (ENSSAUG00010013357)	MAP3K10 (ENSSAUG00010013359)	SIPA1L3 (ENSSAUG00010013365)	rrm1 (ENSSAUG00010013384)
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000161811.d	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00940000160667	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	479	sptssb (ENSLCRG00005004241)	otol1b (ENSLCRG00005004225)	ENSLCRG00005004224	rabgef1l (ENSLCRG00005004223)	ENSLCRG00005004213	STX1A (ENSLCRG00005004159)	bud23 (ENSLCRG00005004158)	dnajc30b (ENSLCRG00005004157)	SH2B2 (ENSLCRG00005004156)	cfap45 (ENSLCRG00005004154)	CUX1 (ENSLCRG00005004078)	myl10 (ENSLCRG00005004070)	COL26A1 (ENSLCRG00005004064)	srprb (ENSLCRG00005004057)	WDR53 (ENSLCRG00005004056)	neu4 (ENSLCRG00005004054) ##25	lxn (ENSLCRG00005004053)	gfm1 (ENSLCRG00005003672)	itpkcb (ENSLCRG00005003665)	zgc:153119 (ENSLCRG00005003664)	snrpa (ENSLCRG00005003660)	ENSLCRG00005003659	clasrp (ENSLCRG00005003647)	znf296 (ENSLCRG00005003645)	ENSLCRG00005003641	fosb (ENSLCRG00005003639)	si:ch211-160d20.3 (ENSLCRG00005003638)	ttc9b (ENSLCRG00005003637)	MAP3K10 (ENSLCRG00005003626)	SIPA1L3 (ENSLCRG00005003625)	rrm1 (ENSLCRG00005003624)
European seabass	MODERN SPECIES	3	ENSDLAG00005003335	otol1b (ENSDLAG00005003314)	ENSDLAG00005003267	rabgef1l (ENSDLAG00005003258)	ENSDLAG00005003245	ENSDLAG00005003007	ENSDLAG00005026840	bud23 (ENSDLAG00005002705)	ENSDLAG00005026973	ENSDLAG00005002615	ENSDLAG00005029077	cux1b (ENSDLAG00005001943)	ENSDLAG00005033884	ENSDLAG00005030178	ENSDLAG00005001911	neu4 (ENSDLAG00005033317) ##25	ENSDLAG00005001856	ENSDLAG00005001159	itpkcb (ENSDLAG00005001116)	ENSDLAG00005035057	snrpa (ENSDLAG00005001109)	clasrp (ENSDLAG00005000998)	znf296 (ENSDLAG00005000969)	ENSDLAG00005000961	fosb (ENSDLAG00005000957)	si:ch211-160d20.3 (ENSDLAG00005000954)	ttc9b (ENSDLAG00005034348)	ENSDLAG00005000951	ENSDLAG00005000900	ENSDLAG00005000877	six9 (ENSDLAG00005000868)
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00690000103941	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00970000198420	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000177175	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00690000103941	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00970000198420	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183
Lumpfish	MODERN SPECIES	4	sptssb (ENSCLMG00005016252)	ENSCLMG00005016251	otol1b (ENSCLMG00005016248)	ENSCLMG00005016246	rabgef1l (ENSCLMG00005016244)	caspa (ENSCLMG00005016240)	STX1A (ENSCLMG00005016238)	bud23 (ENSCLMG00005016236)	dnajc30b (ENSCLMG00005016233)	SH2B2 (ENSCLMG00005016230)	cux1b (ENSCLMG00005016222)	FUT4 (ENSCLMG00005016214)	ENSCLMG00005016211	WDR53 (ENSCLMG00005016209)	srprb (ENSCLMG00005016208)	neu4 (ENSCLMG00005016205) ##25	lxn (ENSCLMG00005016203)	gfm1 (ENSCLMG00005016027)	itpkcb (ENSCLMG00005016026)	zgc:153119 (ENSCLMG00005016025)	snrpa (ENSCLMG00005016024)	ENSCLMG00005016023	ENSCLMG00005016022	clasrp (ENSCLMG00005016015)	ENSCLMG00005016012	ENSCLMG00005016007	fosb (ENSCLMG00005016005)	si:ch211-160d20.3 (ENSCLMG00005016003)	ttc9b (ENSCLMG00005016001)	MAP3K10 (ENSCLMG00005015779)	ENSCLMG00005015757
Stickleback	MODERN SPECIES		PPM1L (ENSGACG00000010092)	nmd3 (ENSGACG00000010028)	otol1b (ENSGACG00000010023)	ENSGACG00000010019	rabgef1l (ENSGACG00000009999)	caspa (ENSGACG00000009989)	STX1A (ENSGACG00000009957)	bud23 (ENSGACG00000009951)	dnajc30b (ENSGACG00000009948)	SH2B2 (ENSGACG00000009944)	cux1b (ENSGACG00000009936)	CUX1 (ENSGACG00000009915)	FUT4 (ENSGACG00000009912)	srprb (ENSGACG00000009891)	WDR53 (ENSGACG00000009884)	neu4 (ENSGACG00000009879) ##25	gfm1 (ENSGACG00000009864)	ENSGACG00000009863	itpkcb (ENSGACG00000009859)	zgc:153119 (ENSGACG00000009856)	snrpa (ENSGACG00000009838)	ENSGACG00000009835	ENSGACG00000009834	clasrp (ENSGACG00000009826)	ENSGACG00000009801	fosb (ENSGACG00000009792)	si:ch211-160d20.3 (ENSGACG00000009786)	ttc9b (ENSGACG00000009784)	MAP3K10 (ENSGACG00000009773)	SIPA1L3 (ENSGACG00000009761)	rrm1 (ENSGACG00000009741)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000177175	ENSGT00940000155435.A.a	ENSGT00940000169839	ENSGT01050000244808.D	ENSGT00940000166839	ENSGT00990000203749	ENSGT00940000162428.g.a	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00530000063813.b	ENSGT00550000074911	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00390000012368	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00940000166445	ENSGT00940000153892.A	ENSGT00970000198420	ENSGT00940000166395	ENSGT00940000160358	ENSGT00390000005773	ENSGT00940000161494	ENSGT00940000160518	ENSGT00940000159183	ENSGT00910000144246.b.c.a
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	4	sptssb (ENSCGOG00000011667)	ENSCGOG00000011665	otol1b (ENSCGOG00000011657)	ENSCGOG00000011652	rabgef1l (ENSCGOG00000011631)	caspa (ENSCGOG00000011627)	STX1A (ENSCGOG00000011471)	bud23 (ENSCGOG00000011438)	DNAJC30 (ENSCGOG00000011433)	SH2B2 (ENSCGOG00000011426)	CUX1 (ENSCGOG00000010330)	FUT4 (ENSCGOG00000010288)	COL26A1 (ENSCGOG00000010283)	srprb (ENSCGOG00000010258)	WDR53 (ENSCGOG00000010253)	neu4 (ENSCGOG00000010251) ##25	lxn (ENSCGOG00000010250)	gfm1 (ENSCGOG00000009848)	itpkcb (ENSCGOG00000009819)	zgc:153119 (ENSCGOG00000009814)	snrpa (ENSCGOG00000009785)	ENSCGOG00000009782	clasrp (ENSCGOG00000009636)	ENSCGOG00000009633	ENSCGOG00000009605	fosb (ENSCGOG00000009598)	si:ch211-160d20.3 (ENSCGOG00000009586)	ttc9b (ENSCGOG00000009584)	MAP3K10 (ENSCGOG00000009579)	SIPA1L3 (ENSCGOG00000009564)	rrm1 (ENSCGOG00000009549)
Pike perch	MODERN SPECIES	133					ENSSLUG00000008707	caspa (ENSSLUG00000008712)	STX1A (ENSSLUG00000008723)	bud23 (ENSSLUG00000008853)	dnajc30b (ENSSLUG00000008934)	SH2B2 (ENSSLUG00000008943)	CUX1 (ENSSLUG00000008986)	FUT4 (ENSSLUG00000009473)	ENSSLUG00000009476	srprb (ENSSLUG00000009483)	WDR53 (ENSSLUG00000009490)	neu4 (ENSSLUG00000009497) ##25	gfm1 (ENSSLUG00000009543)	lxn (ENSSLUG00000010832)	itpkcb (ENSSLUG00000010835)	zgc:153119 (ENSSLUG00000010839)	snrpa (ENSSLUG00000010843)	clasrp (ENSSLUG00000010852)	ENSSLUG00000010871	fosb (ENSSLUG00000010881)	si:ch211-160d20.3 (ENSSLUG00000010883)	ttc9b (ENSSLUG00000010887)	MAP3K10 (ENSSLUG00000010889)	SIPA1L3 (ENSSLUG00000010903)	rrm1 (ENSSLUG00000010952)	qpctla (ENSSLUG00000010967)	six9 (ENSSLUG00000010982)
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	357						STX1A (ENSHCOG00000007879)	bud23 (ENSHCOG00000007860)	ENSHCOG00000007834	SH2B2 (ENSHCOG00000007822)	cux1b (ENSHCOG00000007808)	ENSHCOG00000007763	FUT4 (ENSHCOG00000007754)	COL26A1 (ENSHCOG00000007745)	srprb (ENSHCOG00000007732)	WDR53 (ENSHCOG00000007717)	neu4 (ENSHCOG00000007709) ##25	ENSHCOG00000007657	gfm1 (ENSHCOG00000007638)	itpkcb (ENSHCOG00000000668)	zgc:153119 (ENSHCOG00000007578)	snrpa (ENSHCOG00000007571)	ENSHCOG00000007552	ENSHCOG00000000847	clasrp (ENSHCOG00000007529)	znf296 (ENSHCOG00000007509)	ENSHCOG00000007498	fosb (ENSHCOG00000007461)	si:ch211-160d20.3 (ENSHCOG00000000252)	ttc9b (ENSHCOG00000007422)	MAP3K10 (ENSHCOG00000007405)	SIPA1L3 (ENSHCOG00000007347)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	4	ENSMMDG00005009561	ENSMMDG00005009558	ENSMMDG00005009552	ENSMMDG00005009547	ENSMMDG00005009404	STX1A (ENSMMDG00005009388)	bud23 (ENSMMDG00005009334)	ENSMMDG00005009328	SH2B2 (ENSMMDG00005009325)	cux1b (ENSMMDG00005008523)	FUT4 (ENSMMDG00005008481)	ENSMMDG00005008475	ENSMMDG00005008467	srprb (ENSMMDG00005008462)	WDR53 (ENSMMDG00005008459)	neu4 (ENSMMDG00005008456) ##25	lxn (ENSMMDG00005008453)	gfm1 (ENSMMDG00005006954)	itpkcb (ENSMMDG00005006936)	zgc:153119 (ENSMMDG00005006935)	snrpa (ENSMMDG00005006933)	ENSMMDG00005006930	clasrp (ENSMMDG00005006909)	znf296 (ENSMMDG00005006905)	ENSMMDG00005006750	fosb (ENSMMDG00005006738)	si:ch211-160d20.3 (ENSMMDG00005006736)	ttc9b (ENSMMDG00005006734)	MAP3K10 (ENSMMDG00005006720)	rrm1 (ENSMMDG00005006713)	qpctla (ENSMMDG00005006712)
Cod	MODERN SPECIES	7	ENSGMOG00000032732	ENSGMOG00000032632	ENSGMOG00000025521	ENSGMOG00000030261	ENSGMOG00000030038	ENSGMOG00000011831	ENSGMOG00000025320	ENSGMOG00000030862	ENSGMOG00000009055	ENSGMOG00000028416	ENSGMOG00000022589	ENSGMOG00000009034	ENSGMOG00000008990	srprb (ENSGMOG00000002081)	ENSGMOG00000026754	neu4 (ENSGMOG00000002075) ##25	ENSGMOG00000010185	ENSGMOG00000010161	itpkcb (ENSGMOG00000025135)	zgc:153119 (ENSGMOG00000033186)	snrpa (ENSGMOG00000010128)	ENSGMOG00000033386	ENSGMOG00000030397	clasrp (ENSGMOG00000007125)	znf296 (ENSGMOG00000029576)	fosb (ENSGMOG00000026411)	ENSGMOG00000023238	si:ch211-160d20.3 (ENSGMOG00000024198)	ttc9b (ENSGMOG00000029823)	ENSGMOG00000022368	ENSGMOG00000008076
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	51	ENSGT00940000161327.e	ENSGT00990000205101	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000162506	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000159596.h	ENSGT00940000159751	ENSGT00940000161811	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000166703	ENSGT00390000011073	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01060000248592.A.a	ENSGT01060000248592.A.b.f	ENSGT01060000248592.E	ENSGT00940000158290	ENSGT00940000155975	ENSGT01030000234621.A	ENSGT00950000182897.B.a.a.c	ENSGT01030000234621.B	ENSGT00940000160283.g.a.a	ENSGT01030000234571.a.a	ENSGT00940000156903	ENSGT00390000003715	ENSGT00940000156745.a	ENSGT01100000263565.b.a.b.b.a.a	ENSGT01100000263565.b.a.b.a
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00390000003413	ENSGT00950000183143.d.k.a	ENSGT00940000159315.f	ENSGT00390000006030.d.a.b.c	ENSGT00940000157944.e	ENSGT01030000234582.f.b.b.a.a	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a.a	ENSGT00950000183191.a.b.j	ENSGT00940000159751.j.b.a	ENSGT00940000163742	ENSGT00940000162506.f	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000161716.hc.b	ENSGT00940000166703.d	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01060000248592.A.a.b	ENSGT01060000248592.A.b.f.b	ENSGT01060000248592.E.e	ENSGT00940000158290.a	ENSGT00940000155975.h	ENSGT01030000234621.B.h	ENSGT00940000160283.g.a.a.a	ENSGT01030000234571.a.a.d	ENSGT00390000003715.d	ENSGT00940000156745.a.e	ENSGT01100000263565.b.a.b.b.a.a.j	ENSGT01050000244874.a.a.a.b.a.a.b.ab	ENSGT01050000244874.a.a.a.a	ENSGT01050000244874.a.a.a.b.a.a.a.b	ENSGT01050000244874.a.a.a.b.a.b.g.a
Huchen	MODERN SPECIES	4053														ENSHHUG00000006138	srprb (ENSHHUG00000006156)	neu4 (ENSHHUG00000006174) ##25	ENSHHUG00000006282
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155672.g.a	ENSGT00940000155797.f.a.a	ENSGT00390000003413.ib	ENSGT00950000183143.d.k.a	ENSGT00940000159315.f	ENSGT01030000234582.f.b.b.a.a	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685.g.a.a	ENSGT00950000183191.a.b.j	ENSGT00940000159751.j.b.a	ENSGT00940000163742.f	ENSGT00940000162506.f	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000161716.hc.b	ENSGT00940000166703.d	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01060000248592.A.a.a	ENSGT01060000248592.A.b.e	ENSGT01060000248592.A.b.f.a	ENSGT01060000248592.E.f	ENSGT00940000158290.b	ENSGT00940000155975.g	ENSGT01030000234621.A	ENSGT00950000182897.B.a.a.c.c	ENSGT01030000234621.B.g	ENSGT00940000160283.g.a.a.b	ENSGT01030000234571.a.a.c	ENSGT00940000156903	ENSGT00390000003715.c	ENSGT00940000156745.a.f	ENSGT01100000263565.b.a.b.a
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	7										ENSGT00510000048685.g.a.b	ENSGT00950000183191.a.b.j.c.b	ENSGT00940000159751.j.b.a	ENSGT00940000162506.f	ENSGT00940000165137	ENSGT00940000166703.d	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01060000248592.A.a.a	ENSGT01060000248592.A.b.e	ENSGT01060000248592.A.b.f.a	ENSGT01060000248592.E.f	ENSGT00940000158290.b	ENSGT00940000155975.g	ENSGT01030000234621.A	ENSGT00950000182897.B.a.a.c.c	ENSGT01030000234621.B.g	ENSGT00940000160283.g.a.a.b	ENSGT01030000234571.a.a.c	ENSGT00940000156903	ENSGT00390000003715.c	ENSGT00940000156745.a.f	ENSGT01100000263565.b.a.b.b.a.a.i.b.b
River trout	MODERN SPECIES	18	tmem97 (ENSSTUG00000010794)	ift20 (ENSSTUG00000010765)	tnfaip1 (ENSSTUG00000010741)	tpst1 (ENSSTUG00000010717)	ENSSTUG00000010048	aldh3a2a (ENSSTUG00000009734)	ENSSTUG00000009720	mogat3b (ENSSTUG00000009710)	dnajc30b (ENSSTUG00000009672)	ENSSTUG00000009651	ENSSTUG00000009645	cux1b (ENSSTUG00000009621)	FUT4 (ENSSTUG00000009609)	ENSSTUG00000009595	srprb (ENSSTUG00000009567)	neu4 (ENSSTUG00000009552) ##25	ENSSTUG00000009544	ENSSTUG00000009532	p2ry12 (ENSSTUG00000009527)	IGSF10 (ENSSTUG00000009523)	AADAC (ENSSTUG00000009507)	SUCNR1 (ENSSTUG00000009502)	ENSSTUG00000009489	MBNL1 (ENSSTUG00000009447)	P2RY1 (ENSSTUG00000009440)	rap2b (ENSSTUG00000009438)	ARHGEF26 (ENSSTUG00000009421)	dhx36 (ENSSTUG00000008219)	GPR149 (ENSSTUG00000008159)	MME (ENSSTUG00000007264)	ENSSTUG00000007172
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	12	ENSSSAG00000097496	tnfaip1 (ENSSSAG00000057294)	ENSSSAG00000106155	tpst1 (ENSSSAG00000052835)	ENSSSAG00000042932	ENSSSAG00000069438	ENSSSAG00000047011	ENSSSAG00000085570	ENSSSAG00000110314	dnajc30b (ENSSSAG00000047018)	ENSSSAG00000047035	ENSSSAG00000047102	ENSSSAG00000052825	ENSSSAG00000088417	srprb (ENSSSAG00000068739)	neu4 (ENSSSAG00000068752) ##25	ENSSSAG00000068753	ENSSSAG00000068755	ENSSSAG00000113266	p2ry12 (ENSSSAG00000068760)	ENSSSAG00000068765	AADAC (ENSSSAG00000068780)	ENSSSAG00000068787	MBNL1 (ENSSSAG00000068809)	ENSSSAG00000090821	RAP2B (ENSSSAG00000090115)	ENSSSAG00000121585	ARHGEF26 (ENSSSAG00000041299)	DHX36 (ENSSSAG00000065146)	GPR149 (ENSSSAG00000108942)	MME (ENSSSAG00000116444)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155797.f.a.b	ENSGT00390000007149	ENSGT00390000003413.hb	ENSGT00950000183143.d.k.b	ENSGT00950000183642	ENSGT00390000006030.d.a.b.d	ENSGT00940000165264.b.b	ENSGT00940000164443.a.a.a.b	ENSGT01030000234582.f.b.b.a.b	ENSGT00510000048685.g.a.b	ENSGT00950000183191.a.b.j.a	ENSGT00940000163742.f	ENSGT00940000162506.f	ENSGT00940000161716.hc.b	ENSGT00940000166703.d	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01060000248592.A.a.a	ENSGT01060000248592.A.b.e	ENSGT01060000248592.A.b.f.a	ENSGT01060000248592.E.f	ENSGT00940000158290.b	ENSGT00940000155975.g	ENSGT01030000234621.A	ENSGT00950000182897.B.a.a.c.c	ENSGT01030000234621.B.g	ENSGT00940000160283.g.a.a.b	ENSGT01030000234571.a.a.c	ENSGT00940000156903	ENSGT00390000003715.c	ENSGT00940000156745.a.f	ENSGT01100000263565.b.a.b.b.a.a.i.b.a.a.b
Rainbow trout	MODERN SPECIES	19	ENSOMYG00000062958	tpst1 (ENSOMYG00000033553)	aldh3a2a (ENSOMYG00000033428)	ENSOMYG00000033473	ENSOMYG00000057341	ENSOMYG00000033485	ENSOMYG00000076069	ENSOMYG00000033502	ENSOMYG00000033535	ENSOMYG00000056710	cux1b (ENSOMYG00000033522)	ENSOMYG00000033546	ENSOMYG00000056133	ENSOMYG00000051882	srprb (ENSOMYG00000043071)	ENSOMYG00000053168 ##25	ENSOMYG00000043086	ENSOMYG00000043093	ENSOMYG00000065654	ENSOMYG00000043103	p2ry12 (ENSOMYG00000043107)	ENSOMYG00000033391	AADAC (ENSOMYG00000067499)	ENSOMYG00000033400	MBNL1 (ENSOMYG00000051233)	RAP2B (ENSOMYG00000033408)	ARHGEF26 (ENSOMYG00000077408)	DHX36 (ENSOMYG00000043035)	GPR149 (ENSOMYG00000043026)	MME (ENSOMYG00000042927)	ENSOMYG00000058651
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	67	ENSGT00940000155797.f.a.b	ENSGT00390000007149	ENSGT00390000003413.hb	ENSGT00950000183143.d.k.b	ENSGT00950000183642	ENSGT00390000006030.d.a.b.d	ENSGT00940000165264.b.b	ENSGT00940000164443.a.a.a.b	ENSGT01030000234582.f.b.b.a.b	ENSGT00510000048685.g.a.b	ENSGT00950000183191.a.b.j.a	ENSGT00940000163742.f	ENSGT00940000162506.f	ENSGT00940000161716.hc.b	ENSGT00940000166703.d	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01060000248592.A.a.a	ENSGT01060000248592.A.b.e	ENSGT01060000248592.A.b.f.a	ENSGT01060000248592.E.f	ENSGT00940000158290.b	ENSGT00940000155975.g	ENSGT01030000234621.A	ENSGT00950000182897.B.a.a.c.c	ENSGT01030000234621.B.g	ENSGT00940000160283.g.a.a.b	ENSGT01030000234571.a.a.c	ENSGT00940000156903	ENSGT00390000003715.c	ENSGT00940000156745.a.f	ENSGT01100000263565.b.a.b.b.a.a.i.b.a.a.a.a
Coho salmon	MODERN SPECIES	6	ENSOKIG00005041232	SGSM2 (ENSOKIG00005041161)	tpst1 (ENSOKIG00005041118)	aldh3a2a (ENSOKIG00005040427)	ENSOKIG00005040339	MOGAT3 (ENSOKIG00005040315)	ENSOKIG00005040282	ENSOKIG00005040243	SH2B2 (ENSOKIG00005040208)	ENSOKIG00005040189	ENSOKIG00005039677	ENSOKIG00005039573	ENSOKIG00005039563	ENSOKIG00005039536	srprb (ENSOKIG00005039509)	neu4 (ENSOKIG00005039501) ##25	ENSOKIG00005039479	ENSOKIG00005039468	ENSOKIG00005039457	ENSOKIG00005039445	p2ry12 (ENSOKIG00005039434)	IGSF10 (ENSOKIG00005039415)	AADAC (ENSOKIG00005039396)	SUCNR1 (ENSOKIG00005039391)	MBNL1 (ENSOKIG00005039180)	P2RY1 (ENSOKIG00005039141)	RAP2B (ENSOKIG00005039128)	ARHGEF26 (ENSOKIG00005039064)	ENSOKIG00005039053	ENSOKIG00005039038	ENSOKIG00005039023
Chinook salmon	MODERN SPECIES	4	ENSOTSG00005012368	ENSOTSG00005012369	ENSOTSG00005012370	ENSOTSG00005012425	ENSOTSG00005012428	ENSOTSG00005012516	olfch1 (ENSOTSG00005012532)	olfch1 (ENSOTSG00005012754)	ENSOTSG00005012982	MME (ENSOTSG00005013152)	ENSOTSG00005013161	dhx36 (ENSOTSG00005013162)	ENSOTSG00005013244	FUT4 (ENSOTSG00005013248)	srprb (ENSOTSG00005013250)	neu4 (ENSOTSG00005013251) ##25	ENSOTSG00005013276	ENSOTSG00005013277	p2ry12 (ENSOTSG00005013278)	IGSF10 (ENSOTSG00005013279)	AADAC (ENSOTSG00005013283)	ENSOTSG00005013286	SUCNR1 (ENSOTSG00005013288)	ENSOTSG00005013289	ENSOTSG00005013294	cux1b (ENSOTSG00005013296)	ENSOTSG00005013303	PPM1D (ENSOTSG00005013308)	appbp2 (ENSOTSG00005013312)	ENSOTSG00005013322	ENSOTSG00005013324
Northern pike	MODERN SPECIES		tnfaip1 (ENSELUG00000009327)	SGSM2 (ENSELUG00000009376)	tpst1 (ENSELUG00000009412)	aldh3a2a (ENSELUG00000009474)	mogat3b (ENSELUG00000028593)	STX1A (ENSELUG00000009519)	bud23 (ENSELUG00000009560)	dnajc30b (ENSELUG00000009576)	SH2B2 (ENSELUG00000009591)	cux1b (ENSELUG00000009668)	ENSELUG00000033107	FUT4 (ENSELUG00000009699)	ENSELUG00000009723	srprb (ENSELUG00000009740)	WDR53 (ENSELUG00000009750)	neu4 (ENSELUG00000009762) ##25	ENSELUG00000009764	ENSELUG00000026684	ENSELUG00000009788	ENSELUG00000009827	p2ry12 (ENSELUG00000009842)	ENSELUG00000009855	IGSF10 (ENSELUG00000009862)	AADAC (ENSELUG00000009917)	SUCNR1 (ENSELUG00000028181)	SUCNR1 (ENSELUG00000009945)	MBNL1 (ENSELUG00000010028)	P2RY1 (ENSELUG00000001744)	ENSELUG00000001743	rap2b (ENSELUG00000032815)	ENSELUG00000008987
Spotted gar	MODERN SPECIES	652	mffb (ENSLOCG00000009622)	mrpl44 (ENSLOCG00000009636)	TM4SF20 (ENSLOCG00000009648)	agfg1b (ENSLOCG00000009658)	SLC19A3 (ENSLOCG00000009677)	ENSLOCG00000009689	ENSLOCG00000009690	nrros (ENSLOCG00000009699)	fbxo45 (ENSLOCG00000009707)	fam168b (ENSLOCG00000009724)	ENSLOCG00000009733	ENSLOCG00000017413	srprb (ENSLOCG00000009740)	ENSLOCG00000009747	WDR53 (ENSLOCG00000009777)	neu4 (ENSLOCG00000009785) ##25	TM4SF19 (ENSLOCG00000009786)	ubxn7 (ENSLOCG00000009799)	RNF168 (ENSLOCG00000009810)	ENSLOCG00000009815	ENSLOCG00000009834	ENSLOCG00000009842	ENSLOCG00000009859	ENSLOCG00000009868	ENSLOCG00000009873	ENSLOCG00000009891	ENSLOCG00000009903	ENSLOCG00000009905	ENSLOCG00000009918	MSL3 (ENSLOCG00000009931)	FRMPD4 (ENSLOCG00000009941)
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	186	ENSGT00390000002887	ENSGT00940000153190.B.b	ENSGT00940000156577	ENSGT00940000155119	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000159656	ENSGT00940000156055	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	81	ENSGT00390000002887	ENSGT00940000153190.B.b	ENSGT00940000156577	ENSGT00940000155119	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000159656	ENSGT00940000156055	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000010564	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT00940000159656	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00990000204467	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000010564	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT00940000159656	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00990000204467	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000010564	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT00940000159656	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00990000204467	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000010564	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT00940000159656	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119
Aves	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00940000160680	ENSGT00940000156768	ENSGT00390000004977	ENSGT00950000182895.a.b	ENSGT00940000158193	ENSGT00510000047718	ENSGT00940000154360.A.b	ENSGT00940000156404	ENSGT00940000158447	ENSGT00990000204467	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT00940000159656	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119	ENSGT00940000156577
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000160680	ENSGT00940000156768	ENSGT00390000004977	ENSGT00950000182895.a.b	ENSGT00940000158193	ENSGT00510000047718	ENSGT00940000154360.A.b	ENSGT00940000156404	ENSGT00940000158447	ENSGT00990000204467	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119	ENSGT00940000156577	ENSGT00940000154951
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000160730	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000153241.B	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000157403	ENSGT00940000158597	ENSGT00940000156970	ENSGT00940000158447	ENSGT00990000204467	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119	ENSGT00940000156577	ENSGT00940000154951
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000159035	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000160730	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000153241.B	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000157403	ENSGT00940000158597	ENSGT00940000156970	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119	ENSGT00940000156577	ENSGT00940000154951
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	71	PASK (ENSABRG00000019573)	MTERF4 (ENSABRG00000019613)	SNED1 (ENSABRG00000019626)	MAB21L4 (ENSABRG00000019646)	AGXT (ENSABRG00000019657)	KIF1A (ENSABRG00000019705)	ILKAP (ENSABRG00000019991)	KLHL30 (ENSABRG00000020001)	ESPNL (ENSABRG00000020003)	THAP4 (ENSABRG00000020004)	ATG4B (ENSABRG00000020005)	DTYMK (ENSABRG00000020011)	ING5 (ENSABRG00000020014)	D2HGDH (ENSABRG00000020017)	GAL3ST2 (ENSABRG00000020035)	NEU4 (ENSABRG00000020042) ##25	TM4SF19 (ENSABRG00000020048)	UBXN7 (ENSABRG00000020056)	RNF168 (ENSABRG00000020067)	WDR53 (ENSABRG00000020072)	FBXO45 (ENSABRG00000020074)	NRROS (ENSABRG00000020077)	CEP19 (ENSABRG00000020078)	ENSABRG00000020082	PAK2 (ENSABRG00000020084)	ENSABRG00000020089	ENSABRG00000020101	LTF (ENSABRG00000020110)	ENSABRG00000020128	SLCO2A1 (ENSABRG00000020133)	RYK (ENSABRG00000020144)
Duck	MODERN SPECIES	27	HDLBP (ENSAPLG00000011984)	ANO7 (ENSAPLG00000012833)	ENSAPLG00000012987	PASK (ENSAPLG00000013106)	SNED1 (ENSAPLG00000013362)	ENSAPLG00000024920	ENSAPLG00000025841	ILKAP (ENSAPLG00000014934)	KLHL30 (ENSAPLG00000015233)	THAP4 (ENSAPLG00000015265)	ATG4B (ENSAPLG00000015334)	DTYMK (ENSAPLG00000026754)	ING5 (ENSAPLG00000013706)	D2HGDH (ENSAPLG00000014011)	GAL3ST2 (ENSAPLG00000014587)	NEU4 (ENSAPLG00000020688) ##25	TM4SF19 (ENSAPLG00000015072)	UBXN7 (ENSAPLG00000015073)	RNF168 (ENSAPLG00000015285)	WDR53 (ENSAPLG00000015360)	FBXO45 (ENSAPLG00000015407)	NRROS (ENSAPLG00000015411)	CEP19 (ENSAPLG00000015449)	PIGX (ENSAPLG00000015450)	PAK2 (ENSAPLG00000015483)	ENSAPLG00000015781	ENSAPLG00000015784	LTF (ENSAPLG00000015785)	ENSAPLG00000016555	SLCO2A1 (ENSAPLG00000016397)	RYK (ENSAPLG00000001913)
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159035	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000160730	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000153241.B	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000157403	ENSGT00940000158597	ENSGT00940000158447	ENSGT00990000204467	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119.i	ENSGT00940000156577	ENSGT00940000154951
Japanese quail	MODERN SPECIES	27	SNED1 (ENSCJPG00005002116)	MAB21L4 (ENSCJPG00005002089)	AGXT (ENSCJPG00005002074)	KIF1A (ENSCJPG00005001732)	ENSCJPG00005001707	ILKAP (ENSCJPG00005001698)	KLHL30 (ENSCJPG00005001693)	THAP4 (ENSCJPG00005001688)	ENSCJPG00005001683	ENSCJPG00005001678	ATG4B (ENSCJPG00005001671)	DTYMK (ENSCJPG00005001666)	ING5 (ENSCJPG00005001656)	D2HGDH (ENSCJPG00005001651)	GAL3ST2 (ENSCJPG00005001643)	NEU4 (ENSCJPG00005001638) ##25	TM4SF19 (ENSCJPG00005001630)	UBXN7 (ENSCJPG00005001388)	RNF168 (ENSCJPG00005001374)	WDR53 (ENSCJPG00005001369)	FBXO45 (ENSCJPG00005001364)	NRROS (ENSCJPG00005001359)	CEP19 (ENSCJPG00005001358)	ENSCJPG00005001354	ENSCJPG00005001352	ENSCJPG00005001345	ENSCJPG00005001313	ENSCJPG00005001305	LTF (ENSCJPG00005001123)	ENSCJPG00005001070	SLCO2A1 (ENSCJPG00005001018)
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000159035	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000160730	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000153241.B	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000157403	ENSGT00940000158597	ENSGT00940000158447	ENSGT00990000204467	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119.i	ENSGT00940000156577	ENSGT00940000154951
Turkey	MODERN SPECIES	2	ENSMGAG00000002948	ENSMGAG00000017878	ENSMGAG00000019451	ENSMGAG00000003010	TF (ENSMGAG00000003078)	ENSMGAG00000019705	ENSMGAG00000003154	ENSMGAG00000003166	FBXO45 (ENSMGAG00000003238)	NRROS (ENSMGAG00000003232)	CEP19 (ENSMGAG00000003224)	PIGX (ENSMGAG00000003201)	ENSMGAG00000003252	ENSMGAG00000018260	ENSMGAG00000003332	ENSMGAG00000003321 ##25	ENSMGAG00000003292	ENSMGAG00000003262	ENSMGAG00000003345	ENSMGAG00000003364	ENSMGAG00000017774	ENSMGAG00000003390	ENSMGAG00000022657	ENSMGAG00000003442	ENSMGAG00000019835	ENSMGAG00000005462	ENSMGAG00000003460	ENSMGAG00000008597	ENSMGAG00000008634	ENSMGAG00000008664	ENSMGAG00000003584
Chicken	MODERN SPECIES	38	PASK (ENSGALG00010023299)	MTERF4 (ENSGALG00010025403)	SNED1 (ENSGALG00010025389)	MAB21L4 (ENSGALG00010024962)	AGXT (ENSGALG00010024959)	KIF1A (ENSGALG00010024946)	ILKAP (ENSGALG00010024937)	KLHL30 (ENSGALG00010024935)	ENSGALG00010024929	THAP4 (ENSGALG00010024928)	ATG4B (ENSGALG00010024918)	DTYMK (ENSGALG00010024900)	ING5 (ENSGALG00010024883)	D2HGDH (ENSGALG00010024879)	GAL3ST2 (ENSGALG00010024875)	NEU4 (ENSGALG00010024860) ##25	TM4SF19 (ENSGALG00010024844)	UBXN7 (ENSGALG00010024825)	RNF168 (ENSGALG00010024813)	WDR53 (ENSGALG00010024804)	FBXO45 (ENSGALG00010024798)	NRROS (ENSGALG00010024795)	CEP19 (ENSGALG00010024781)	PIGX (ENSGALG00010024755)	PAK2 (ENSGALG00010024742)	AQP12A (ENSGALG00010024730)	ENSGALG00010024727	TF (ENSGALG00010024717)	SRPRB (ENSGALG00010024714)	SLCO2A1 (ENSGALG00010024705)	RYK (ENSGALG00010024687)
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000160680	ENSGT00940000156768	ENSGT00390000004977	ENSGT00950000182895.a.b	ENSGT00940000158193	ENSGT00510000047718	ENSGT00940000154360.A.b	ENSGT00940000156404	ENSGT00940000158447	ENSGT00990000204467	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119	ENSGT00940000156577	ENSGT00940000154951
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000160680	ENSGT00940000156768	ENSGT00390000004977	ENSGT00950000182895.a.a.a.a.b	ENSGT00940000158193	ENSGT00510000047718	ENSGT00940000154360.A.b	ENSGT00940000156404	ENSGT00940000158447	ENSGT00990000204467	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119	ENSGT00940000156577	ENSGT00940000154951
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000160680	ENSGT00940000156768	ENSGT00390000004977	ENSGT00950000182895.a.a.a.a.b	ENSGT00940000158193	ENSGT00510000047718	ENSGT00940000154360.A.b	ENSGT00940000156404	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119	ENSGT00940000156577	ENSGT00940000154951
Flycatcher	MODERN SPECIES	28	BOK (ENSFALG00000003408)	ENSFALG00000029014	ENSFALG00000003383	ENSFALG00000003364	ENSFALG00000003350	UBE2G2 (ENSFALG00000003340)	TSPEAR (ENSFALG00000003329)	LRRC3 (ENSFALG00000014513)	TRPM2 (ENSFALG00000003318)	THAP4 (ENSFALG00000003312)	ATG4B (ENSFALG00000003277)	DTYMK (ENSFALG00000003256)	ING5 (ENSFALG00000028331)	D2HGDH (ENSFALG00000003213)	GAL3ST2 (ENSFALG00000025391)	NEU4 (ENSFALG00000023218) ##25	TM4SF19 (ENSFALG00000027610)	ENSFALG00000022967	UBXN7 (ENSFALG00000023973)	RNF168 (ENSFALG00000023716)	WDR53 (ENSFALG00000003141)	FBXO45 (ENSFALG00000023748)	NRROS (ENSFALG00000003124)	CEP19 (ENSFALG00000028051)	PIGX (ENSFALG00000003105)	ENSFALG00000003098	ENSFALG00000003091	ENSFALG00000026140	ENSFALG00000003053	ENSFALG00000013289	SLCO2A1 (ENSFALG00000024047)
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000160680	ENSGT00940000156768	ENSGT00390000004977	ENSGT00950000182895.a.a.a.a.b	ENSGT00940000158193	ENSGT00510000047718	ENSGT00940000154360.A.b	ENSGT00940000156404	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119	ENSGT00940000156577	ENSGT00940000154951
Medium ground finch	MODERN SPECIES	83	STK25 (ENSGFOG00000000044)	BOK (ENSGFOG00000014160)	ETV5 (ENSGFOG00000014156)	DGKG (ENSGFOG00000014148)	ENSGFOG00000014145	ENSGFOG00000014135	UBE2G2 (ENSGFOG00000014133)	TSPEAR (ENSGFOG00000014131)	TRPM2 (ENSGFOG00000014119)	THAP4 (ENSGFOG00000014109)	ATG4B (ENSGFOG00000014102)	DTYMK (ENSGFOG00000014094)	ING5 (ENSGFOG00000014091)	D2HGDH (ENSGFOG00000014089)	GAL3ST2 (ENSGFOG00000014088)	NEU4 (ENSGFOG00000014086) ##25	TM4SF19 (ENSGFOG00000014084)	UBXN7 (ENSGFOG00000014083)	RNF168 (ENSGFOG00000014080)	WDR53 (ENSGFOG00000014079)	FBXO45 (ENSGFOG00000014077)	NRROS (ENSGFOG00000014075)	CEP19 (ENSGFOG00000014073)	PIGX (ENSGFOG00000014071)	PAK2 (ENSGFOG00000014069)	ENSGFOG00000014063	ENSGFOG00000014058	LTF (ENSGFOG00000014052)	ENSGFOG00000014048	SLCO2A1 (ENSGFOG00000013927)	RYK (ENSGFOG00000013895)
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000160680	ENSGT00940000156768	ENSGT00390000004977	ENSGT00950000182895.a.a.a.a.b	ENSGT00940000158193	ENSGT00510000047718	ENSGT00940000154360.A.b	ENSGT00940000156404	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d
Common canary	MODERN SPECIES	10	WDR33 (ENSSCAG00000008715)	ENSSCAG00000008687	ENSSCAG00000008683	ENSSCAG00000008679	UBE2G2 (ENSSCAG00000008635)	TSPEAR (ENSSCAG00000008617)	LRRC3 (ENSSCAG00000008609)	TRPM2 (ENSSCAG00000008370)	ENSSCAG00000008302	THAP4 (ENSSCAG00000008294)	ATG4B (ENSSCAG00000008031)	DTYMK (ENSSCAG00000008012)	ING5 (ENSSCAG00000008000)	D2HGDH (ENSSCAG00000007988)	GAL3ST2 (ENSSCAG00000007984)	NEU4 (ENSSCAG00000007982) ##25	TM4SF19 (ENSSCAG00000007980)	UBXN7 (ENSSCAG00000007974)	RNF168 (ENSSCAG00000007972)	WDR53 (ENSSCAG00000007968)	FBXO45 (ENSSCAG00000007967)	NRROS (ENSSCAG00000007966)	CEP19 (ENSSCAG00000007963)	PIGX (ENSSCAG00000007961)	PAK2 (ENSSCAG00000007956)	ENSSCAG00000007950	ENSSCAG00000007945	ENSSCAG00000007943	DGKG (ENSSCAG00000007938)	ETV5 (ENSSCAG00000007931)	BOK (ENSSCAG00000007927)
Zebra finch	MODERN SPECIES	31	BOK (ENSTGUG00000006098)	ETV5 (ENSTGUG00000006059)	DGKG (ENSTGUG00000006053)	ENSTGUG00000006048	ENSTGUG00000025998	UBE2G2 (ENSTGUG00000018863)	TSPEAR (ENSTGUG00000006025)	LRRC3 (ENSTGUG00000006022)	TRPM2 (ENSTGUG00000005963)	THAP4 (ENSTGUG00000005955)	ATG4B (ENSTGUG00000005940)	DTYMK (ENSTGUG00000005937)	ING5 (ENSTGUG00000005928)	D2HGDH (ENSTGUG00000005907)	GAL3ST2 (ENSTGUG00000005898)	NEU4 (ENSTGUG00000019131) ##25	TM4SF19 (ENSTGUG00000005895)	UBXN7 (ENSTGUG00000005882)	RNF168 (ENSTGUG00000005879)	WDR53 (ENSTGUG00000020679)	FBXO45 (ENSTGUG00000027628)	NRROS (ENSTGUG00000005871)	CEP19 (ENSTGUG00000022483)	ENSTGUG00000020740	ENSTGUG00000005859	PAK2 (ENSTGUG00000005832)	ENSTGUG00000005831	ENSTGUG00000005823	ENSTGUG00000023615	ENSTGUG00000025523	ENSTGUG00000022631
Great tit	MODERN SPECIES	29	COPB2 (ENSPMJG00000016515)	MRPS22 (ENSPMJG00000016516)	PIK3CB (ENSPMJG00000016518)	ENSPMJG00000016519	UBE2G2 (ENSPMJG00000016520)	TSPEAR (ENSPMJG00000016521)	LRRC3 (ENSPMJG00000016522)	TRPM2 (ENSPMJG00000016523)	THAP4 (ENSPMJG00000016524)	ENSPMJG00000016525	ATG4B (ENSPMJG00000016526)	DTYMK (ENSPMJG00000016527)	ING5 (ENSPMJG00000016528)	D2HGDH (ENSPMJG00000016529)	GAL3ST2 (ENSPMJG00000016530)	NEU4 (ENSPMJG00000016531) ##25	TM4SF19 (ENSPMJG00000016532)	UBXN7 (ENSPMJG00000016533)	RNF168 (ENSPMJG00000016534)	WDR53 (ENSPMJG00000016535)	FBXO45 (ENSPMJG00000016536)	NRROS (ENSPMJG00000016537)	CEP19 (ENSPMJG00000016538)	PIGX (ENSPMJG00000016539)	PAK2 (ENSPMJG00000016540)	ENSPMJG00000016541	ENSPMJG00000016542	LTF (ENSPMJG00000016544)	ENSPMJG00000016545	SLCO2A1 (ENSPMJG00000016546)	RYK (ENSPMJG00000016548)
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000160680	ENSGT00940000156768	ENSGT00390000004977	ENSGT00950000182895.a.b	ENSGT00940000158193	ENSGT00510000047718	ENSGT00940000154360.A.b	ENSGT00940000156404	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119	ENSGT00940000156577	ENSGT00940000154951
Kakapo	MODERN SPECIES	25	ETV5 (ENSSHBG00005019229)	DGKG (ENSSHBG00005019268)	ENSSHBG00005019709	SUMO3 (ENSSHBG00005019710)	UBE2G2 (ENSSHBG00005019713)	TSPEAR (ENSSHBG00005019721)	LRRC3 (ENSSHBG00005019730)	ENSSHBG00005019732	TRPM2 (ENSSHBG00005019743)	THAP4 (ENSSHBG00005019750)	ATG4B (ENSSHBG00005019753)	DTYMK (ENSSHBG00005019758)	ING5 (ENSSHBG00005019761)	D2HGDH (ENSSHBG00005019764)	GAL3ST2 (ENSSHBG00005019768)	NEU4 (ENSSHBG00005019771) ##25	TM4SF19 (ENSSHBG00005019776)	UBXN7 (ENSSHBG00005000533)	RNF168 (ENSSHBG00005000535)	WDR53 (ENSSHBG00005010326)	FBXO45 (ENSSHBG00005010348)	NRROS (ENSSHBG00005010360)	DNAI3 (ENSSHBG00005010404)	MCOLN3 (ENSSHBG00005010500)	MCOLN2 (ENSSHBG00005010531)	LPAR3 (ENSSHBG00005010585)	SSX2IP (ENSSHBG00005010615)	ENSSHBG00005010730	ENSSHBG00005011058	CTBS (ENSSHBG00005011197)	SPATA1 (ENSSHBG00005011245)
Golden eagle	MODERN SPECIES	1	BOK (ENSACCG00020006323)	ETV5 (ENSACCG00020006267)	DGKG (ENSACCG00020006205)	ENSACCG00020006180	SUMO3 (ENSACCG00020006165)	UBE2G2 (ENSACCG00020006144)	TSPEAR (ENSACCG00020006103)	LRRC3 (ENSACCG00020006078)	TRPM2 (ENSACCG00020006040)	THAP4 (ENSACCG00020006021)	ATG4B (ENSACCG00020005995)	DTYMK (ENSACCG00020005969)	ING5 (ENSACCG00020005952)	D2HGDH (ENSACCG00020005925)	GAL3ST2 (ENSACCG00020005907)	NEU4 (ENSACCG00020005884) ##25	TM4SF19 (ENSACCG00020005863)	UBXN7 (ENSACCG00020005823)	RNF168 (ENSACCG00020005790)	WDR53 (ENSACCG00020005777)	FBXO45 (ENSACCG00020005762)	NRROS (ENSACCG00020005756)	CEP19 (ENSACCG00020005735)	PIGX (ENSACCG00020005724)	PAK2 (ENSACCG00020005707)	ENSACCG00020005680	ENSACCG00020005650	LTF (ENSACCG00020005622)	ENSACCG00020005597	SLCO2A1 (ENSACCG00020005577)	RYK (ENSACCG00020005542)
African ostrich	MODERN SPECIES	321							ENSSCUG00000004512	THAP4 (ENSSCUG00000004514)	ENSSCUG00000004519	ATG4B (ENSSCUG00000004523)	DTYMK (ENSSCUG00000004529)	ING5 (ENSSCUG00000004549)	D2HGDH (ENSSCUG00000004551)	ENSSCUG00000004555	GAL3ST2 (ENSSCUG00000004556)	NEU4 (ENSSCUG00000004559) ##25	TM4SF19 (ENSSCUG00000004560)	UBXN7 (ENSSCUG00000004563)	RNF168 (ENSSCUG00000004567)	WDR53 (ENSSCUG00000004570)	FBXO45 (ENSSCUG00000004571)	NRROS (ENSSCUG00000004575)	CEP19 (ENSSCUG00000004579)	PIGX (ENSSCUG00000004583)	PAK2 (ENSSCUG00000004586)	ENSSCUG00000004592	ENSSCUG00000004596	LTF (ENSSCUG00000004607)	ENSSCUG00000004618	RAB6B (ENSSCUG00000004621)	SLCO2A1 (ENSSCUG00000004629)
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	48	ENSCPRG00005009690	ANO7 (ENSCPRG00005009673)	HDLBP (ENSCPRG00005009637)	SEPTIN2 (ENSCPRG00005009622)	FARP2 (ENSCPRG00005009604)	STK25 (ENSCPRG00005009602)	BOK (ENSCPRG00005009598)	ENSCPRG00005009594	ENSCPRG00005009591	ATG4B (ENSCPRG00005009583)	ENSCPRG00005009578	ENSCPRG00005009571	ING5 (ENSCPRG00005009567)	D2HGDH (ENSCPRG00005009564)	GAL3ST2 (ENSCPRG00005009561)	NEU4 (ENSCPRG00005009553) ##25	TM4SF19 (ENSCPRG00005009550)	UBXN7 (ENSCPRG00005009545)	RNF168 (ENSCPRG00005009543)	SMCO1 (ENSCPRG00005009542)	WDR53 (ENSCPRG00005009540)	FBXO45 (ENSCPRG00005009539)	NRROS (ENSCPRG00005009536)	CEP19 (ENSCPRG00005009535)	PIGX (ENSCPRG00005009530)	PAK2 (ENSCPRG00005009523)	ENSCPRG00005009514	ENSCPRG00005009505	LTF (ENSCPRG00005009494)	RAB6B (ENSCPRG00005009489)	SLCO2A1 (ENSCPRG00005009488)
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000010564	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT00940000159656	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000010564	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT00940000159656	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000010564	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT00940000159656	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119
painted turtle	MODERN SPECIES	776																NEU4 (ENSCPBG00000021359) ##25	TM4SF19 (ENSCPBG00000021361)	ENSCPBG00000021362	RNF168 (ENSCPBG00000021369)	SMCO1 (ENSCPBG00000021372)	WDR53 (ENSCPBG00000021373)	FBXO45 (ENSCPBG00000021375)	NRROS (ENSCPBG00000021377)	ENSCPBG00000021379	CEP19 (ENSCPBG00000021380)	PIGX (ENSCPBG00000021382)	PAK2 (ENSCPBG00000021385)	ENSCPBG00000021392	ENSCPBG00000021396	LTF (ENSCPBG00000021401)	ENSCPBG00000021403
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	384	MTERF4 (ENSTMTG00000011101)	PASK (ENSTMTG00000010968)	ENSTMTG00000010932	ANO7 (ENSTMTG00000010587)	HDLBP (ENSTMTG00000010501)	SEPTIN2 (ENSTMTG00000010461)	FARP2 (ENSTMTG00000010397)	STK25 (ENSTMTG00000010360)	BOK (ENSTMTG00000010344)	THAP4 (ENSTMTG00000010312)	ATG4B (ENSTMTG00000010290)	DTYMK (ENSTMTG00000010279)	ING5 (ENSTMTG00000010268)	D2HGDH (ENSTMTG00000010256)	GAL3ST2 (ENSTMTG00000010235)	NEU4 (ENSTMTG00000010165) ##25	TM4SF19 (ENSTMTG00000010116)	UBXN7 (ENSTMTG00000010094)	RNF168 (ENSTMTG00000010072)	SMCO1 (ENSTMTG00000010057)	WDR53 (ENSTMTG00000010043)	FBXO45 (ENSTMTG00000010034)	NRROS (ENSTMTG00000010021)	CEP19 (ENSTMTG00000010000)	PIGX (ENSTMTG00000009980)	ENSTMTG00000009964	PAK2 (ENSTMTG00000009932)	ENSTMTG00000009894	ENSTMTG00000009866	LTF (ENSTMTG00000009816)	ENSTMTG00000009795
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000010564	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT00940000159656	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	23	PASK (ENSGEVG00005004788)	ENSGEVG00005004738	ENSGEVG00005004686	ANO7 (ENSGEVG00005004568)	HDLBP (ENSGEVG00005004373)	SEPTIN2 (ENSGEVG00005004304)	FARP2 (ENSGEVG00005004190)	STK25 (ENSGEVG00005004130)	BOK (ENSGEVG00005004117)	THAP4 (ENSGEVG00005020267)	ATG4B (ENSGEVG00005020250)	DTYMK (ENSGEVG00005020241)	ING5 (ENSGEVG00005020237)	D2HGDH (ENSGEVG00005020232)	GAL3ST2 (ENSGEVG00005020227)	NEU4 (ENSGEVG00005020219) ##25	TM4SF19 (ENSGEVG00005020212)	UBXN7 (ENSGEVG00005020209)	RNF168 (ENSGEVG00005020205)	SMCO1 (ENSGEVG00005020202)	WDR53 (ENSGEVG00005020198)	FBXO45 (ENSGEVG00005020196)	NRROS (ENSGEVG00005020191)	CEP19 (ENSGEVG00005020190)	PIGX (ENSGEVG00005020188)	PAK2 (ENSGEVG00005020183)	ENSGEVG00005020177	ENSGEVG00005020172	LTF (ENSGEVG00005020162)	ENSGEVG00005020152	RAB6B (ENSGEVG00005020143)
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	178													ENSCABG00000017975	ENSCABG00000017974	ENSCABG00000017971	NEU4 (ENSCABG00000017968) ##25	TM4SF19 (ENSCABG00000017965)	UBXN7 (ENSCABG00000017961)	RNF168 (ENSCABG00000017960)	SMCO1 (ENSCABG00000017959)	WDR53 (ENSCABG00000017958)	FBXO45 (ENSCABG00000017957)	NRROS (ENSCABG00000017956)	CEP19 (ENSCABG00000017955)	PIGX (ENSCABG00000017954)	PAK2 (ENSCABG00000017952)	ENSCABG00000017949	ENSCABG00000017945
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00990000204467	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000010564	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT00940000159656	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00990000204467	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000010564	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT00940000159656	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119
Laterata	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00990000204467	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000010564	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT00940000159656	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119
Common wall lizard	MODERN SPECIES	13	ENSPMRG00000015155	ANO7 (ENSPMRG00000015095)	ENSPMRG00000015072	HDLBP (ENSPMRG00000015042)	FARP2 (ENSPMRG00000015029)	ENSPMRG00000015016	STK25 (ENSPMRG00000015007)	BOK (ENSPMRG00000015001)	ENSPMRG00000014998	THAP4 (ENSPMRG00000014991)	ATG4B (ENSPMRG00000014984)	ENSPMRG00000014974	ENSPMRG00000014971	ING5 (ENSPMRG00000014968)	D2HGDH (ENSPMRG00000014960)	NEU4 (ENSPMRG00000014942) ##25	TM4SF19 (ENSPMRG00000014930)	UBXN7 (ENSPMRG00000014921)	RNF168 (ENSPMRG00000014916)	SMCO1 (ENSPMRG00000014912)	WDR53 (ENSPMRG00000014908)	FBXO45 (ENSPMRG00000014905)	NRROS (ENSPMRG00000014901)	CEP19 (ENSPMRG00000014897)	PIGX (ENSPMRG00000014891)	PAK2 (ENSPMRG00000014879)	ENSPMRG00000014864	ENSPMRG00000014857	ENSPMRG00000014851	RAB6B (ENSPMRG00000014846)	SLCO2A1 (ENSPMRG00000014834)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	19	PASK (ENSSMRG00000000933)	ENSSMRG00000000907	ANO7 (ENSSMRG00000000753)	HDLBP (ENSSMRG00000000699)	SEPTIN2 (ENSSMRG00000000674)	FARP2 (ENSSMRG00000000645)	STK25 (ENSSMRG00000000539)	BOK (ENSSMRG00000000487)	ENSSMRG00000000469	THAP4 (ENSSMRG00000000460)	ATG4B (ENSSMRG00000000388)	DTYMK (ENSSMRG00000000297)	ING5 (ENSSMRG00000000278)	D2HGDH (ENSSMRG00000000238)	GAL3ST2 (ENSSMRG00000000236)	NEU4 (ENSSMRG00000000142) ##25	TM4SF19 (ENSSMRG00000000072)	UBXN7 (ENSSMRG00000000052)	ENSSMRG00000000036	SMCO1 (ENSSMRG00000022211)	WDR53 (ENSSMRG00000022210)	FBXO45 (ENSSMRG00000022209)	NRROS (ENSSMRG00000022208)	PIGX (ENSSMRG00000022207)	CEP19 (ENSSMRG00000022206)	PAK2 (ENSSMRG00000022166)	ENSSMRG00000022165	ENSSMRG00000022164	ENSSMRG00000022162	ENSSMRG00000022160	RAB6B (ENSSMRG00000022158)
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00990000204467	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000010564	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT00940000159656	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00990000204467	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000010564	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT00940000159656	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00990000204467	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000010564	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT00940000159656	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00990000204467	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000010564	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00940000156055	ENSGT00940000159656	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000155119
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES		ENSNSUG00000013668	ANO7 (ENSNSUG00000013661)	HDLBP (ENSNSUG00000013655)	SEPTIN2 (ENSNSUG00000013653)	FARP2 (ENSNSUG00000013612)	STK25 (ENSNSUG00000013608)	BOK (ENSNSUG00000013607)	ENSNSUG00000013606	THAP4 (ENSNSUG00000013604)	ATG4B (ENSNSUG00000013508)	ENSNSUG00000013507	ENSNSUG00000013506	ING5 (ENSNSUG00000013504)	D2HGDH (ENSNSUG00000013503)	GAL3ST2 (ENSNSUG00000013502)	NEU4 (ENSNSUG00000013501) ##25	TM4SF19 (ENSNSUG00000013500)	UBXN7 (ENSNSUG00000013499)	RNF168 (ENSNSUG00000013498)	SMCO1 (ENSNSUG00000013497)	WDR53 (ENSNSUG00000013496)	FBXO45 (ENSNSUG00000013495)	NRROS (ENSNSUG00000013494)	CEP19 (ENSNSUG00000013493)	ENSNSUG00000013492	PAK2 (ENSNSUG00000013491)	ENSNSUG00000013490	ENSNSUG00000013489	ENSNSUG00000013463	RAB6B (ENSNSUG00000013437)	SLCO2A1 (ENSNSUG00000013436)
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	16	ENSPTXG00000000683	ENSPTXG00000000679	ANO7 (ENSPTXG00000000608)	HDLBP (ENSPTXG00000000584)	SEPTIN2 (ENSPTXG00000000570)	FARP2 (ENSPTXG00000000551)	STK25 (ENSPTXG00000000531)	BOK (ENSPTXG00000000525)	ENSPTXG00000000519	THAP4 (ENSPTXG00000000513)	ATG4B (ENSPTXG00000000499)	DTYMK (ENSPTXG00000000491)	ING5 (ENSPTXG00000000486)	D2HGDH (ENSPTXG00000000475)	GAL3ST2 (ENSPTXG00000000466)	NEU4 (ENSPTXG00000000312) ##25	TM4SF19 (ENSPTXG00000000257)	UBXN7 (ENSPTXG00000000241)	RNF168 (ENSPTXG00000000224)	SMCO1 (ENSPTXG00000000202)	WDR53 (ENSPTXG00000000195)	FBXO45 (ENSPTXG00000000184)	NRROS (ENSPTXG00000000174)	CEP19 (ENSPTXG00000000167)	PIGX (ENSPTXG00000000151)	PAK2 (ENSPTXG00000000079)	ENSPTXG00000018859	ENSPTXG00000018858	ENSPTXG00000018857	RAB6B (ENSPTXG00000018856)	SLCO2A1 (ENSPTXG00000018855)
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	10336																NEU4 (ENSLLTG00000011578) ##25	TM4SF19 (ENSLLTG00000011618)	UBXN7 (ENSLLTG00000011637)
Indian cobra	MODERN SPECIES	3	ENSNNAG00000013125	ANO7 (ENSNNAG00000013009)	HDLBP (ENSNNAG00000012960)	SEPTIN2 (ENSNNAG00000012639)	FARP2 (ENSNNAG00000012506)	STK25 (ENSNNAG00000012467)	BOK (ENSNNAG00000012452)	ENSNNAG00000012442	THAP4 (ENSNNAG00000012429)	ATG4B (ENSNNAG00000012366)	DTYMK (ENSNNAG00000012343)	ING5 (ENSNNAG00000012325)	D2HGDH (ENSNNAG00000012317)	GAL3ST2 (ENSNNAG00000012292)	ENSNNAG00000012274	NEU4 (ENSNNAG00000012189) ##25	ENSNNAG00000012163	UBXN7 (ENSNNAG00000012127)	RNF168 (ENSNNAG00000012102)	SMCO1 (ENSNNAG00000012090)	WDR53 (ENSNNAG00000012077)	FBXO45 (ENSNNAG00000012043)	NRROS (ENSNNAG00000012031)	CEP19 (ENSNNAG00000012014)	PIGX (ENSNNAG00000011997)	PAK2 (ENSNNAG00000011945)	ENSNNAG00000011924	LTF (ENSNNAG00000011035)	ENSNNAG00000010962	RAB6B (ENSNNAG00000010945)	SLCO2A1 (ENSNNAG00000010869)
Lizard	MODERN SPECIES	2	ANO7 (ENSACAG00000001789)	HDLBP (ENSACAG00000001556)	SEPTIN2 (ENSACAG00000001408)	FARP2 (ENSACAG00000001192)	STK25 (ENSACAG00000000971)	ENSACAG00000039196	ENSACAG00000040033	BOK (ENSACAG00000000919)	THAP4 (ENSACAG00000000876)	ENSACAG00000044488	ATG4B (ENSACAG00000000776)	DTYMK (ENSACAG00000000739)	ING5 (ENSACAG00000000665)	D2HGDH (ENSACAG00000000533)	GAL3ST2 (ENSACAG00000000492)	neu4 (ENSACAG00000000446) ##25	TM4SF19 (ENSACAG00000000433)	UBXN7 (ENSACAG00000016312)	RNF168 (ENSACAG00000034899)	ENSACAG00000037121	WDR53 (ENSACAG00000016299)	FBXO45 (ENSACAG00000016292)	ENSACAG00000016291	CEP19 (ENSACAG00000016288)	PIGX (ENSACAG00000029652)	ENSACAG00000016263	ENSACAG00000016251	ENSACAG00000016246	ENSACAG00000029241	ENSACAG00000009938	ENSACAG00000041567
tuatara	MODERN SPECIES	863															D2HGDH (ENSSPUG00000001996)	ENSSPUG00000001974 ##25
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000161309	ENSGT00940000161858	ENSGT00950000183084.b.b	ENSGT00510000047914.b	ENSGT00940000156311	ENSGT00940000156022.b	ENSGT00390000001652.f.b	ENSGT00950000183153.c.b.a.a	ENSGT00940000159593	ENSGT00940000155387	ENSGT00730000111162	ENSGT00390000006126	ENSGT01090000260076.a	ENSGT00940000153270.b.b
Theria	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000161309	ENSGT00940000161858	ENSGT00950000183084.b.b	ENSGT00510000047914.b	ENSGT00940000156311	ENSGT00940000156022.b	ENSGT00390000001652.f.b	ENSGT00950000183153.c.b.a.a	ENSGT00940000159593	ENSGT00940000155387	ENSGT00730000111162	ENSGT00390000006126	ENSGT01090000260076.a	ENSGT00940000153270.b.b
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000161309	ENSGT00940000161858	ENSGT00950000183084.b.b	ENSGT00510000047914.b	ENSGT00940000156311	ENSGT00940000156022.b	ENSGT00390000001652.f.b	ENSGT00950000183153.c.b.a.a	ENSGT00940000159593	ENSGT00940000155387	ENSGT00730000111162	ENSGT00390000006126	ENSGT01090000260076.a	ENSGT00940000153270.b.b
Opossum	MODERN SPECIES	6	IL1RAP (ENSMODG00000015095)	ENSMODG00000050076	OSTN (ENSMODG00000015103)	CCDC50 (ENSMODG00000015112)	FGF12 (ENSMODG00000015116)	ENSMODG00000015119	PLAAT1 (ENSMODG00000015123)	ATP13A4 (ENSMODG00000015137)	OPA1 (ENSMODG00000015156)	ATG4B (ENSMODG00000008658)	ENSMODG00000039725	ENSMODG00000008649	ING5 (ENSMODG00000008639)	D2HGDH (ENSMODG00000008616)	GAL3ST2 (ENSMODG00000008603)	NEU4 (ENSMODG00000037347) ##25	ENSMODG00000029268	ENSMODG00000008563	RTP1 (ENSMODG00000008542)	ENSMODG00000043766	MASP1 (ENSMODG00000008535)	SST (ENSMODG00000008503)	ENSMODG00000045616	ENSMODG00000042478	ENSMODG00000016079	BOK (ENSMODG00000016075)	FARP2 (ENSMODG00000016044)	SEPTIN2 (ENSMODG00000016041)	HDLBP (ENSMODG00000016033)	ENSMODG00000016020	PPP1R7 (ENSMODG00000045245)
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000162454	ENSGT00940000161309	ENSGT00940000161858	ENSGT00950000183084.b.b	ENSGT00510000047914.b	ENSGT00940000156311	ENSGT00940000156022.b	ENSGT00390000001652.f.b	ENSGT00950000183153.c.b.a.a	ENSGT00940000159593	ENSGT00940000155387	ENSGT00730000111162	ENSGT00390000006126	ENSGT01090000260076.a
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000162454	ENSGT00940000161309	ENSGT00940000161858	ENSGT00950000183084.b.b	ENSGT00510000047914.b	ENSGT00940000156311	ENSGT00940000156022.b	ENSGT00390000001652.f.b	ENSGT00950000183153.c.b.a.a	ENSGT00940000159593	ENSGT00940000155387	ENSGT00730000111162	ENSGT00390000006126	ENSGT01090000260076.a
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000162454	ENSGT00940000161309	ENSGT00940000161858	ENSGT00950000183084.b.b	ENSGT00510000047914.b	ENSGT00940000156311	ENSGT00940000156022.b	ENSGT00390000001652.f.b	ENSGT00950000183153.c.b.a.a	ENSGT00940000159593	ENSGT00940000155387	ENSGT00730000111162	ENSGT00390000006126	ENSGT01090000260076.a
koala	MODERN SPECIES	33	SNED1 (ENSPCIG00000015443)	ENSPCIG00000015434	ENSPCIG00000015415	PPP1R7 (ENSPCIG00000015402)	HDLBP (ENSPCIG00000015375)	SEPTIN2 (ENSPCIG00000005866)	FARP2 (ENSPCIG00000005873)	STK25 (ENSPCIG00000005881)	BOK (ENSPCIG00000016583)	THAP4 (ENSPCIG00000016578)	ATG4B (ENSPCIG00000016576)	DTYMK (ENSPCIG00000016574)	ING5 (ENSPCIG00000016570)	D2HGDH (ENSPCIG00000016567)	GAL3ST2 (ENSPCIG00000032948)	ENSPCIG00000031792 ##25	ENSPCIG00000025273	ENSPCIG00000025271	MROH2A (ENSPCIG00000025265)	RTP1 (ENSPCIG00000025264)	ENSPCIG00000025263	SST (ENSPCIG00000025262)	BCL6 (ENSPCIG00000025261)	ENSPCIG00000025259	LPP (ENSPCIG00000037471)	TPRG1 (ENSPCIG00000003993)	TP63 (ENSPCIG00000025324)
Common wonbat	MODERN SPECIES	1046	PPP1R7 (ENSVURG00010021089)	HDLBP (ENSVURG00010021098)	SEPTIN2 (ENSVURG00010021113)	FARP2 (ENSVURG00010021133)	ENSVURG00010021155	ENSVURG00010021157	STK25 (ENSVURG00010021165)	BOK (ENSVURG00010021188)	THAP4 (ENSVURG00010021195)	ATG4B (ENSVURG00010021203)	DTYMK (ENSVURG00010021210)	ING5 (ENSVURG00010021216)	D2HGDH (ENSVURG00010021224)	ENSVURG00010021230	GAL3ST2 (ENSVURG00010021234)	NEU4 (ENSVURG00010021251) ##25	ENSVURG00010021355	MROH2A (ENSVURG00010021359)	RTP1 (ENSVURG00010021374)	ENSVURG00010021379
Wallaby	MODERN SPECIES	10037																ENSMEUG00000016431 ##25
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	2	SNED1 (ENSSHAG00000011201)	ENSSHAG00000011570	PPP1R7 (ENSSHAG00000011977)	ANO7 (ENSSHAG00000012152)	HDLBP (ENSSHAG00000012422)	SEPTIN2 (ENSSHAG00000012877)	FARP2 (ENSSHAG00000013204)	STK25 (ENSSHAG00000013625)	BOK (ENSSHAG00000021893)	THAP4 (ENSSHAG00000002590)	ENSSHAG00000025437	ATG4B (ENSSHAG00000025606)	ING5 (ENSSHAG00000021102)	D2HGDH (ENSSHAG00000016109)	GAL3ST2 (ENSSHAG00000015929)	ENSSHAG00000015765 ##25	ENSSHAG00000022224	ENSSHAG00000015591	ENSSHAG00000015438	ENSSHAG00000015412	MASP1 (ENSSHAG00000015135)	SST (ENSSHAG00000028585)	ENSSHAG00000029604	LPP (ENSSHAG00000022243)	TPRG1 (ENSSHAG00000011287)	TP63 (ENSSHAG00000007507)	P3H2 (ENSSHAG00000006714)	CLDN1 (ENSSHAG00000001180)	CLDN16 (ENSSHAG00000028888)	ENSSHAG00000022935	ENSSHAG00000014108
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00940000157674
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732
Glires	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098.r	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	249	MTERF4 (ENSCLAG00000002565)	PASK (ENSCLAG00000002519)	ENSCLAG00000002485	HDLBP (ENSCLAG00000002365)	ENSCLAG00000002255	FARP2 (ENSCLAG00000002135)	STK25 (ENSCLAG00000002040)	BOK (ENSCLAG00000002024)	ENSCLAG00000002013	THAP4 (ENSCLAG00000002361)	ATG4B (ENSCLAG00000002262)	DTYMK (ENSCLAG00000002150)	ING5 (ENSCLAG00000002116)	D2HGDH (ENSCLAG00000001990)	GAL3ST2 (ENSCLAG00000001967)	NEU4 (ENSCLAG00000001894) ##25	PDCD1 (ENSCLAG00000001882)
Degu	MODERN SPECIES	130	MTERF4 (ENSODEG00000010009)	PASK (ENSODEG00000011073)	ENSODEG00000011577	ENSODEG00000012313	ENSODEG00000010316	ENSODEG00000019687	FARP2 (ENSODEG00000010817)	STK25 (ENSODEG00000010648)	BOK (ENSODEG00000011482)	THAP4 (ENSODEG00000010347)	ENSODEG00000009790	DTYMK (ENSODEG00000010346)	ENSODEG00000011084	D2HGDH (ENSODEG00000010827)	GAL3ST2 (ENSODEG00000009766)	NEU4 (ENSODEG00000012075) ##25	PDCD1 (ENSODEG00000011912)
Guinea pig	MODERN SPECIES	13	PPP1R7 (ENSCPOG00000006285)	HDLBP (ENSCPOG00000006297)	ENSCPOG00000013687	ENSCPOG00000038694	FARP2 (ENSCPOG00000013335)	STK25 (ENSCPOG00000022798)	ENSCPOG00000025899	BOK (ENSCPOG00000030494)	THAP4 (ENSCPOG00000022107)	ATG4B (ENSCPOG00000000135)	DTYMK (ENSCPOG00000023727)	ING5 (ENSCPOG00000038093)	D2HGDH (ENSCPOG00000000007)	ENSCPOG00000005952	ENSCPOG00000002229	NEU4 (ENSCPOG00000007330) ##25	PDCD1 (ENSCPOG00000037292)	ENSCPOG00000038878	ENSCPOG00000034749	ENSCPOG00000024854	ENSCPOG00000001586	ENSCPOG00000011923	ENSCPOG00000025453	ENSCPOG00000013424	OR11H4 (ENSCPOG00000011891)	ENSCPOG00000007078	PARP2 (ENSCPOG00000022667)	CCNB1IP1 (ENSCPOG00000009014)	TTC5 (ENSCPOG00000009008)	ENSCPOG00000009005	TEP1 (ENSCPOG00000001064)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	30	PASK (ENSHGLG00000004004)	PPP1R7 (ENSHGLG00000004117)	HDLBP (ENSHGLG00000004910)	ENSHGLG00000005291	FARP2 (ENSHGLG00000015024)	ENSHGLG00000042172	ENSHGLG00000014130	STK25 (ENSHGLG00000015089)	BOK (ENSHGLG00000015101)	THAP4 (ENSHGLG00000015125)	ATG4B (ENSHGLG00000018630)	DTYMK (ENSHGLG00000018717)	ING5 (ENSHGLG00000037490)	D2HGDH (ENSHGLG00000003119)	GAL3ST2 (ENSHGLG00000003311)	NEU4 (ENSHGLG00000003691) ##25	PDCD1 (ENSHGLG00000032677)	ENSHGLG00000004109	ENSHGLG00000038816	ENSHGLG00000000610	ENSHGLG00000041212	TSPYL4 (ENSHGLG00000036673)	DSE (ENSHGLG00000041966)	CALHM6 (ENSHGLG00000033792)	TRAPPC3L (ENSHGLG00000002142)	CALHM5 (ENSHGLG00000035655)	CALHM4 (ENSHGLG00000002679)	ENSHGLG00000002331	ENSHGLG00000019728	ENSHGLG00000019671	ENSHGLG00000019674
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000159035	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00940000165655
Alpin marmot	MODERN SPECIES	8	MTERF4 (ENSMMMG00000007236)	ENSMMMG00000007249	ENSMMMG00000007277	ENSMMMG00000007280	HDLBP (ENSMMMG00000007299)	SEPTIN2 (ENSMMMG00000007576)	ENSMMMG00000007620	ENSMMMG00000007659	STK25 (ENSMMMG00000007681)	ENSMMMG00000007706	BOK (ENSMMMG00000007720)	THAP4 (ENSMMMG00000007741)	ATG4B (ENSMMMG00000007760)	DTYMK (ENSMMMG00000007781)	D2HGDH (ENSMMMG00000007799)	NEU4 (ENSMMMG00000007853) ##25	PDCD1 (ENSMMMG00000007868)	ENSMMMG00000007882	ENSMMMG00000007896	ENSMMMG00000007913
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000162689	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00940000165655
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	963																NEU4 (ENSUPAG00010002922) ##25	PDCD1 (ENSUPAG00010002914)	ENSUPAG00010002908	ENSUPAG00010002898
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	ENSSVLG00005010962	ENSSVLG00005011084	ENSSVLG00005011132	HDLBP (ENSSVLG00005011227)	ENSSVLG00005011546	FARP2 (ENSSVLG00005011791)	STK25 (ENSSVLG00005011880)	BOK (ENSSVLG00005012052)	THAP4 (ENSSVLG00005012097)	ENSSVLG00005012212	ATG4B (ENSSVLG00005012261)	DTYMK (ENSSVLG00005012417)	ING5 (ENSSVLG00005012450)	D2HGDH (ENSSVLG00005012513)	GAL3ST2 (ENSSVLG00005012622)	NEU4 (ENSSVLG00005012671) ##25	PDCD1 (ENSSVLG00005012721)	ENSSVLG00005012795	PRDM9 (ENSSVLG00005012896)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059.z	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00730000111385	ENSGT01030000234535.F.b	ENSGT01080000257410.D.c	ENSGT01080000257410.D.d.b	ENSGT00940000156369	ENSGT00940000160670	ENSGT00390000009048.a.b	ENSGT00390000005782	ENSGT00530000064469	ENSGT00940000157592	ENSGT00940000157299	ENSGT00940000156973	ENSGT00940000154997	ENSGT00940000154585.a
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059.z	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00730000111385	ENSGT01030000234535.F.b	ENSGT01080000257410.D.c	ENSGT01080000257410.D.d.a	ENSGT00940000156369	ENSGT00940000160670	ENSGT00390000009048.a.b	ENSGT00390000005782	ENSGT00530000064469	ENSGT00940000157592	ENSGT00940000157299	ENSGT00940000156973	ENSGT00940000154997	ENSGT00940000154585.a
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059.z	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00730000111385	ENSGT01030000234535.F.b	ENSGT01080000257410.D.c	ENSGT00940000156369	ENSGT00940000160670	ENSGT00390000009048.a.b	ENSGT00390000005782	ENSGT00530000064469	ENSGT00940000157592	ENSGT00940000157299	ENSGT00940000156973	ENSGT00940000154997	ENSGT00940000154585.a	ENSGT01030000234638.b.b.c.b
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	1	ENSCGRG00001011066	Nudt12 (ENSCGRG00001006711)	ENSCGRG00001003228	Macir (ENSCGRG00001009855)	Ppip5k2 (ENSCGRG00001002274)	Gin1 (ENSCGRG00001004458)	Pam (ENSCGRG00001011006)	ENSCGRG00001010780	Slco4c1 (ENSCGRG00001010874)	ENSCGRG00001003799	ENSCGRG00001004644	St8sia4 (ENSCGRG00001004612)	ENSCGRG00001010345	Fam174a (ENSCGRG00001002695)	Pdcd1 (ENSCGRG00001002477)	Neu4 (ENSCGRG00001009931) ##25	ENSCGRG00001000728	D2hgdh (ENSCGRG00001002513)	Ing5 (ENSCGRG00001004863)	Dtymk (ENSCGRG00001000666)	Atg4b (ENSCGRG00001001760)	ENSCGRG00001006751	Thap4 (ENSCGRG00001002632)	Bok (ENSCGRG00001024808)	Stk25 (ENSCGRG00001005671)	Farp2 (ENSCGRG00001003923)	ENSCGRG00001009996	Hdlbp (ENSCGRG00001006086)	Ano7 (ENSCGRG00001006513)	ENSCGRG00001001852	Pask (ENSCGRG00001024785)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	686	ENSMAUG00000013558	Ano7 (ENSMAUG00000013132)	Hdlbp (ENSMAUG00000017743)	ENSMAUG00000011950	Farp2 (ENSMAUG00000013770)	Stk25 (ENSMAUG00000009418)	Bok (ENSMAUG00000011149)	ENSMAUG00000009008	Atg4b (ENSMAUG00000002031)	Dtymk (ENSMAUG00000000268)	ENSMAUG00000012792	Ing5 (ENSMAUG00000010995)	D2hgdh (ENSMAUG00000008991)	ENSMAUG00000006662	ENSMAUG00000018549	Neu4 (ENSMAUG00000004468) ##25	Pdcd1 (ENSMAUG00000000914)	Fam174a (ENSMAUG00000010921)	St8sia4 (ENSMAUG00000008068)	Slco4c1 (ENSMAUG00000016086)	ENSMAUG00000016737	Pam (ENSMAUG00000013243)	Gin1 (ENSMAUG00000014864)	Macir (ENSMAUG00000013352)	ENSMAUG00000018117	Nudt12 (ENSMAUG00000010818)	Efna5 (ENSMAUG00000016198)	ENSMAUG00000012566	Fer (ENSMAUG00000016263)	Pja2 (ENSMAUG00000011890)	Man2a1 (ENSMAUG00000009799)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059.z	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00730000111385	ENSGT01030000234535.F.b	ENSGT01080000257410.D.c	ENSGT01080000257410.D.d.a	ENSGT00940000156369	ENSGT00940000160670	ENSGT00390000009048.a.b	ENSGT00390000005782	ENSGT00530000064469	ENSGT00940000157592	ENSGT00940000157299	ENSGT00940000156973	ENSGT00940000154997	ENSGT00940000154585.a
Prairie vole	MODERN SPECIES	354	Pask (ENSMOCG00000016982)	ENSMOCG00000012798	Ano7 (ENSMOCG00000000907)	Hdlbp (ENSMOCG00000006679)	ENSMOCG00000014906	Farp2 (ENSMOCG00000021782)	Stk25 (ENSMOCG00000017547)	Bok (ENSMOCG00000016270)	ENSMOCG00000014492	Atg4b (ENSMOCG00000013012)	Dtymk (ENSMOCG00000006228)	ENSMOCG00000005204	Ing5 (ENSMOCG00000014178)	D2hgdh (ENSMOCG00000020154)	ENSMOCG00000007726	Neu4 (ENSMOCG00000016739) ##25	Pdcd1 (ENSMOCG00000014895)	ENSMOCG00000003363	Fam174a (ENSMOCG00000015018)	St8sia4 (ENSMOCG00000013060)	ENSMOCG00000009291	ENSMOCG00000006288	Slco4c1 (ENSMOCG00000004368)	ENSMOCG00000018358	ENSMOCG00000006301	Pam (ENSMOCG00000012283)	Gin1 (ENSMOCG00000021884)	Ppip5k2 (ENSMOCG00000020966)	Macir (ENSMOCG00000018727)	ENSMOCG00000015936	Nudt12 (ENSMOCG00000005692)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	4	Pask (ENSPEMG00000022938)	Ppp1r7 (ENSPEMG00000001859)	Ano7 (ENSPEMG00000011761)	Hdlbp (ENSPEMG00000017704)	ENSPEMG00000022937	Farp2 (ENSPEMG00000023787)	Stk25 (ENSPEMG00000023590)	Bok (ENSPEMG00000023399)	Thap4 (ENSPEMG00000022638)	ENSPEMG00000002288	Atg4b (ENSPEMG00000023843)	Dtymk (ENSPEMG00000023813)	Ing5 (ENSPEMG00000021508)	D2hgdh (ENSPEMG00000021435)	ENSPEMG00000013727	Neu4 (ENSPEMG00000022695) ##25	Pdcd1 (ENSPEMG00000010110)	ENSPEMG00000028919	ENSPEMG00000001999	ENSPEMG00000013367	Fam174a (ENSPEMG00000023963)	St8sia4 (ENSPEMG00000025143)	Slco4c1 (ENSPEMG00000020395)	ENSPEMG00000030212	ENSPEMG00000017201	ENSPEMG00000014680	Pam (ENSPEMG00000008719)	Gin1 (ENSPEMG00000028100)	Ppip5k2 (ENSPEMG00000010567)	Macir (ENSPEMG00000027934)	Pdzph1 (ENSPEMG00000024409)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059.z	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00730000111385	ENSGT01030000234535.F.b	ENSGT01080000257410.D.c	ENSGT01080000257410.D.d.b.b	ENSGT01080000257410.D.d.b.a	ENSGT00940000156369	ENSGT00940000160670	ENSGT00390000009048.a.b	ENSGT00390000005782	ENSGT00530000064469	ENSGT00940000157592	ENSGT00940000157299	ENSGT00940000156973	ENSGT00940000154997
Mus	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059.z	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00730000111385	ENSGT01030000234535.F.b	ENSGT01080000257410.D.c	ENSGT01080000257410.D.d.b.b	ENSGT00390000005782	ENSGT00390000009048.a.b	ENSGT00940000160670	ENSGT00940000156369	ENSGT01080000257410.D.d.b.a	ENSGT00940000158167	ENSGT00730000111317	ENSGT00390000017600	ENSGT00390000004385	ENSGT00940000161211
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059.z	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00730000111385	ENSGT01030000234535.F.b	ENSGT01080000257410.D.c	ENSGT01080000257410.D.d.b.b	ENSGT00390000005782	ENSGT00390000009048.a.b	ENSGT00940000160670	ENSGT00940000156369	ENSGT01080000257410.D.d.b.a	ENSGT00940000164023.c.b	ENSGT00940000158167	ENSGT00730000111317	ENSGT00390000017600	ENSGT00390000004385
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059.z	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a.bb	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00730000111385	ENSGT01030000234535.F.b	ENSGT01080000257410.D.c	ENSGT01080000257410.D.d.b.b	ENSGT00390000005782	ENSGT00390000009048.a.b	ENSGT00940000160670	ENSGT00940000156369	ENSGT01080000257410.D.d.b.a	ENSGT00940000164023.c.b	ENSGT00940000158167	ENSGT00730000111317	ENSGT00390000017600	ENSGT00390000004385
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059.z	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT01050000247607	ENSGT00950000182923.B.a.bb	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00730000111385	ENSGT01030000234535.F.b	ENSGT01080000257410.D.c	ENSGT01080000257410.D.d.b.b	ENSGT00390000005782	ENSGT00390000009048.a.b	ENSGT00940000160670	ENSGT00940000156369	ENSGT01080000257410.D.d.b.a	ENSGT00940000164023.c.b	ENSGT00940000158167	ENSGT00730000111317	ENSGT00390000017600	ENSGT00390000004385
spretus	MODERN SPECIES		Ppp1r7 (MGP_SPRETEiJ_G0015258)	Ano7 (MGP_SPRETEiJ_G0015259)	Hdlbp (MGP_SPRETEiJ_G0015260)	MGP_SPRETEiJ_G0015261	Farp2 (MGP_SPRETEiJ_G0015262)	Stk25 (MGP_SPRETEiJ_G0015263)	Bok (MGP_SPRETEiJ_G0015264)	Thap4 (MGP_SPRETEiJ_G0015265)	Atg4b (MGP_SPRETEiJ_G0015266)	Dtymk (MGP_SPRETEiJ_G0015267)	Ing5 (MGP_SPRETEiJ_G0015268)	D2hgdh (MGP_SPRETEiJ_G0015269)	MGP_SPRETEiJ_G0015270	MGP_SPRETEiJ_G0015271	MGP_SPRETEiJ_G0015272	Neu4 (MGP_SPRETEiJ_G0015273) ##25	Pdcd1 (MGP_SPRETEiJ_G0015274)	Fam174a (MGP_SPRETEiJ_G0015275)	St8sia4 (MGP_SPRETEiJ_G0015276)	Slco4c1 (MGP_SPRETEiJ_G0015277)	MGP_SPRETEiJ_G0015278	Macir (MGP_SPRETEiJ_G0015279)	Ppip5k2 (MGP_SPRETEiJ_G0015280)	Gin1 (MGP_SPRETEiJ_G0015281)	Pam (MGP_SPRETEiJ_G0015282)	MGP_SPRETEiJ_G0015283	Cntnap5b (MGP_SPRETEiJ_G0015284)	Cdh20 (MGP_SPRETEiJ_G0015285)	Rnf152 (MGP_SPRETEiJ_G0015286)	Pign (MGP_SPRETEiJ_G0015287)	Relch (MGP_SPRETEiJ_G0015288)
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3185															ENSMSIG00000019220	Neu4 (ENSMSIG00000019256) ##25	Pdcd1 (ENSMSIG00000019277)	Fam174a (ENSMSIG00000019305)	ENSMSIG00000019320	Slco4c1 (ENSMSIG00000019329)
Mouse	MODERN SPECIES		Ano7 (ENSMUSG00000034107)	Hdlbp (ENSMUSG00000034088)	Septin2 (ENSMUSG00000026276)	Septin2 (ENSMUSG00000116048)	Farp2 (ENSMUSG00000034066)	Stk25 (ENSMUSG00000026277)	Bok (ENSMUSG00000026278)	Thap4 (ENSMUSG00000026279)	Atg4b (ENSMUSG00000026280)	Dtymk (ENSMUSG00000026281)	Ing5 (ENSMUSG00000026283)	D2hgdh (ENSMUSG00000073609)	Gal3st2 (ENSMUSG00000094651)	Gal3st2b (ENSMUSG00000093805)	Gal3st2c (ENSMUSG00000073608)	Neu4 (ENSMUSG00000034000) ##25	Pdcd1 (ENSMUSG00000026285)	Fam174a (ENSMUSG00000051185)	St8sia4 (ENSMUSG00000040710)	Slco4c1 (ENSMUSG00000040693)	Slco6c1 (ENSMUSG00000026331)	Macir (ENSMUSG00000044768)	Ppip5k2 (ENSMUSG00000040648)	Gin1 (ENSMUSG00000026333)	Pam (ENSMUSG00000026335)	Slco6d1 (ENSMUSG00000026336)	Cntnap5b (ENSMUSG00000067028)	Cdh20 (ENSMUSG00000050840)	Rnf152 (ENSMUSG00000047496)	Pign (ENSMUSG00000056536)	Relch (ENSMUSG00000026319)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES		Ppp1r7 (MGP_CAROLIEiJ_G0014454)	Ano7 (MGP_CAROLIEiJ_G0014455)	Hdlbp (MGP_CAROLIEiJ_G0014456)	MGP_CAROLIEiJ_G0014457	Farp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014458)	Stk25 (MGP_CAROLIEiJ_G0014459)	Bok (MGP_CAROLIEiJ_G0014460)	Thap4 (MGP_CAROLIEiJ_G0014461)	Atg4b (MGP_CAROLIEiJ_G0014462)	Dtymk (MGP_CAROLIEiJ_G0014463)	Ing5 (MGP_CAROLIEiJ_G0014464)	D2hgdh (MGP_CAROLIEiJ_G0014465)	MGP_CAROLIEiJ_G0014466	MGP_CAROLIEiJ_G0014467	MGP_CAROLIEiJ_G0014468	Neu4 (MGP_CAROLIEiJ_G0014469) ##25	Pdcd1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014470)	Fam174a (MGP_CAROLIEiJ_G0014471)	St8sia4 (MGP_CAROLIEiJ_G0014472)	Slco4c1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014473)	Slco6c1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014474)	Macir (MGP_CAROLIEiJ_G0014475)	Ppip5k2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014476)	Gin1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014477)	Pam (MGP_CAROLIEiJ_G0014478)	MGP_CAROLIEiJ_G0014479	Cntnap5b (MGP_CAROLIEiJ_G0014480)	Cdh20 (MGP_CAROLIEiJ_G0014481)	Rnf152 (MGP_CAROLIEiJ_G0014482)	Pign (MGP_CAROLIEiJ_G0014483)	Relch (MGP_CAROLIEiJ_G0014484)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	18	Ppp1r7 (MGP_PahariEiJ_G0027690)	Ano7 (MGP_PahariEiJ_G0027691)	Hdlbp (MGP_PahariEiJ_G0027692)	MGP_PahariEiJ_G0027693	Farp2 (MGP_PahariEiJ_G0027694)	Stk25 (MGP_PahariEiJ_G0027695)	Bok (MGP_PahariEiJ_G0027696)	Thap4 (MGP_PahariEiJ_G0027697)	Atg4b (MGP_PahariEiJ_G0027698)	Dtymk (MGP_PahariEiJ_G0027699)	Ing5 (MGP_PahariEiJ_G0027700)	D2hgdh (MGP_PahariEiJ_G0027701)	MGP_PahariEiJ_G0027702	MGP_PahariEiJ_G0027703	MGP_PahariEiJ_G0027704	Neu4 (MGP_PahariEiJ_G0027705) ##25	Pdcd1 (MGP_PahariEiJ_G0027706)	Fam174a (MGP_PahariEiJ_G0027707)	St8sia4 (MGP_PahariEiJ_G0027708)	Slco4c1 (MGP_PahariEiJ_G0027709)	MGP_PahariEiJ_G0027710	Macir (MGP_PahariEiJ_G0027711)	Ppip5k2 (MGP_PahariEiJ_G0027712)	Gin1 (MGP_PahariEiJ_G0027713)	Pam (MGP_PahariEiJ_G0027714)	Cdh20 (MGP_PahariEiJ_G0027715)	Rnf152 (MGP_PahariEiJ_G0027716)	Pign (MGP_PahariEiJ_G0027717)	Relch (MGP_PahariEiJ_G0027718)	Tnfrsf11a (MGP_PahariEiJ_G0027719)	Zcchc2 (MGP_PahariEiJ_G0027720)
Rat	MODERN SPECIES	19	AABR07068351.1 (ENSRNOG00000016974)	Ano7 (ENSRNOG00000023427)	Hdlbp (ENSRNOG00000031479)	Septin2 (ENSRNOG00000017952)	LOC100362040 (ENSRNOG00000030738)	Farp2 (ENSRNOG00000018051)	Stk25 (ENSRNOG00000018181)	Bok (ENSRNOG00000018214)	Thap4 (ENSRNOG00000018351)	AC109427.1 (ENSRNOG00000056259)	Atg4b (ENSRNOG00000018403)	Dtymk (ENSRNOG00000018904)	Ing5 (ENSRNOG00000018988)	D2hgdh (ENSRNOG00000019012)	Gal3st2c (ENSRNOG00000070509)	Neu4 (ENSRNOG00000019031) ##25	Pdcd1 (ENSRNOG00000019043)	Chchd2l3 (ENSRNOG00000051180)	Fam174a (ENSRNOG00000019087)	ENSRNOG00000062997	St8sia4 (ENSRNOG00000019128)	Slco4c1 (ENSRNOG00000022711)	Slco6b1 (ENSRNOG00000019252)	AABR07068417.1 (ENSRNOG00000025797)	Slco6c1 (ENSRNOG00000013792)	Slco6d1 (ENSRNOG00000031146)	Pam (ENSRNOG00000033280)	Gin1 (ENSRNOG00000011962)	Ppip5k2 (ENSRNOG00000011613)	Macir (ENSRNOG00000032398)	Pdzph1 (ENSRNOG00000011042)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	634	Sned1 (ENSNGAG00000023743)	Mterf4 (ENSNGAG00000023724)	Pask (ENSNGAG00000007549)	ENSNGAG00000017337	Ano7 (ENSNGAG00000022445)	Hdlbp (ENSNGAG00000014873)	ENSNGAG00000022412	Farp2 (ENSNGAG00000004760)	Stk25 (ENSNGAG00000001501)	Bok (ENSNGAG00000023762)	Thap4 (ENSNGAG00000024010)	Atg4b (ENSNGAG00000018585)	Dtymk (ENSNGAG00000021440)	Ing5 (ENSNGAG00000023305)	D2hgdh (ENSNGAG00000023831)	Neu4 (ENSNGAG00000017190) ##25	Pdcd1 (ENSNGAG00000019405)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	146																Neu4 (ENSJJAG00000003148) ##25	D2hgdh (ENSJJAG00000009431)	Ing5 (ENSJJAG00000016649)	Dtymk (ENSJJAG00000016941)	ENSJJAG00000020306	ENSJJAG00000019840	Thap4 (ENSJJAG00000022829)	Bok (ENSJJAG00000022455)	Stk25 (ENSJJAG00000000845)	Farp2 (ENSJJAG00000011289)	ENSJJAG00000019868	Hdlbp (ENSJJAG00000003596)	Ppp1r7 (ENSJJAG00000018768)	Pask (ENSJJAG00000020114)	Mterf4 (ENSJJAG00000000477)	Sned1 (ENSJJAG00000012102)
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	492	Pask (ENSDORG00000004572)	Ppp1r7 (ENSDORG00000029280)	ENSDORG00000011305	ENSDORG00000028840	ENSDORG00000000106	ENSDORG00000026265	Stk25 (ENSDORG00000000110)	Bok (ENSDORG00000027572)	ENSDORG00000023457	Thap4 (ENSDORG00000027598)	ENSDORG00000027774	ENSDORG00000016601	Dtymk (ENSDORG00000016603)	Ing5 (ENSDORG00000024121)	D2hgdh (ENSDORG00000004814)	ENSDORG00000015026 ##25	Pdcd1 (ENSDORG00000029674)	ENSDORG00000004666
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	239								ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732
Rabbit	MODERN SPECIES	761								ENSOCUG00000021536	THAP4 (ENSOCUG00000011164)	ENSOCUG00000032757	ATG4B (ENSOCUG00000021604)	DTYMK (ENSOCUG00000005955)	ING5 (ENSOCUG00000024916)	D2HGDH (ENSOCUG00000022982)	GAL3ST2 (ENSOCUG00000004955)	ENSOCUG00000021920 ##25	ENSOCUG00000008079	ENSOCUG00000024447
Pika	MODERN SPECIES	4566																ENSOPRG00000007339 ##25
Primates	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000162473	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a.q	ENSGT00940000154030.a.a.r	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00510000055442
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a.r	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00510000055442
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b.a	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059.s	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a.r	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00510000055442
Capuchin	MODERN SPECIES	443	PPP1R7 (ENSCCAG00000025668)	ANO7 (ENSCCAG00000033209)	ENSCCAG00000023361	SEPTIN2 (ENSCCAG00000031252)	ENSCCAG00000034359	FARP2 (ENSCCAG00000025705)	STK25 (ENSCCAG00000021446)	BOK (ENSCCAG00000028486)	THAP4 (ENSCCAG00000026683)	ATG4B (ENSCCAG00000029373)	DTYMK (ENSCCAG00000024318)	ENSCCAG00000028409	ING5 (ENSCCAG00000028689)	D2HGDH (ENSCCAG00000027548)	GAL3ST2 (ENSCCAG00000031743)	NEU4 (ENSCCAG00000037683) ##25	PDCD1 (ENSCCAG00000031217)	FAM240C (ENSCCAG00000028555)	ENSCCAG00000030963
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	128	MTERF4 (ENSSBOG00000025209)	PASK (ENSSBOG00000029892)	ENSSBOG00000001483	ANO7 (ENSSBOG00000028401)	ENSSBOG00000029714	SEPTIN2 (ENSSBOG00000016731)	FARP2 (ENSSBOG00000034642)	STK25 (ENSSBOG00000027024)	BOK (ENSSBOG00000024648)	THAP4 (ENSSBOG00000027518)	ATG4B (ENSSBOG00000035855)	DTYMK (ENSSBOG00000029987)	ING5 (ENSSBOG00000034276)	D2HGDH (ENSSBOG00000021525)	GAL3ST2 (ENSSBOG00000034116)	NEU4 (ENSSBOG00000034595) ##25	PDCD1 (ENSSBOG00000030074)
Marmoset	MODERN SPECIES	18	MTERF4 (ENSCJAG00000006346)	PASK (ENSCJAG00000073377)	PPP1R7 (ENSCJAG00000006275)	ANO7 (ENSCJAG00000064163)	HDLBP (ENSCJAG00000006152)	ENSCJAG00000006122	FARP2 (ENSCJAG00000006087)	STK25 (ENSCJAG00000006066)	BOK (ENSCJAG00000000544)	THAP4 (ENSCJAG00000000540)	ATG4B (ENSCJAG00000011210)	DTYMK (ENSCJAG00000011203)	ING5 (ENSCJAG00000011198)	D2HGDH (ENSCJAG00000011190)	GAL3ST2 (ENSCJAG00000075909)	NEU4 (ENSCJAG00000039820) ##25	PDCD1 (ENSCJAG00000079209)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	970									BOK (ENSANAG00000029279)	THAP4 (ENSANAG00000021071)	ATG4B (ENSANAG00000021141)	ENSANAG00000026496	ING5 (ENSANAG00000016624)	D2HGDH (ENSANAG00000027855)	GAL3ST2 (ENSANAG00000026379)	NEU4 (ENSANAG00000022417) ##25	PDCD1 (ENSANAG00000032711)	FAM240C (ENSANAG00000022232)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Pan	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Chimpanzee	MODERN SPECIES	15	PASK (ENSPTRG00000013117)	PPP1R7 (ENSPTRG00000013118)	ANO7 (ENSPTRG00000013119)	HDLBP (ENSPTRG00000013121)	ENSPTRG00000048829	SEPTIN2 (ENSPTRG00000023481)	FARP2 (ENSPTRG00000013123)	STK25 (ENSPTRG00000013125)	BOK (ENSPTRG00000041947)	THAP4 (ENSPTRG00000013127)	ATG4B (ENSPTRG00000013128)	DTYMK (ENSPTRG00000013129)	ING5 (ENSPTRG00000013130)	D2HGDH (ENSPTRG00000013131)	GAL3ST2 (ENSPTRG00000028939)	NEU4 (ENSPTRG00000052792) ##25	PDCD1 (ENSPTRG00000051175)	RTP5 (ENSPTRG00000050003)	FAM240C (ENSPTRG00000048180)
Bonobo	MODERN SPECIES	212																NEU4 (ENSPPAG00000000043) ##25
Human	MODERN SPECIES	11	MTERF4 (ENSG00000122085)	PASK (ENSG00000115687)	PPP1R7 (ENSG00000115685)	ANO7 (ENSG00000146205)	HDLBP (ENSG00000115677)	SEPTIN2 (ENSG00000168385)	FARP2 (ENSG00000006607)	STK25 (ENSG00000115694)	BOK (ENSG00000176720)	THAP4 (ENSG00000176946)	ATG4B (ENSG00000168397)	DTYMK (ENSG00000168393)	ING5 (ENSG00000168395)	D2HGDH (ENSG00000180902)	GAL3ST2 (ENSG00000154252)	NEU4 (ENSG00000204099) ##25	PDCD1 (ENSG00000188389)	RTP5 (ENSG00000188011)	FAM240C (ENSG00000216921)
Gorilla	MODERN SPECIES	15	MTERF4 (ENSGGOG00000036917)	PASK (ENSGGOG00000012790)	PPP1R7 (ENSGGOG00000012805)	ANO7 (ENSGGOG00000004380)	HDLBP (ENSGGOG00000004392)	SEPTIN2 (ENSGGOG00000004597)	FARP2 (ENSGGOG00000004259)	ENSGGOG00000004267	BOK (ENSGGOG00000036914)	ENSGGOG00000015684	ATG4B (ENSGGOG00000001208)	DTYMK (ENSGGOG00000001209)	ENSGGOG00000000093	D2HGDH (ENSGGOG00000014288)	GAL3ST2 (ENSGGOG00000014294)	NEU4 (ENSGGOG00000014302) ##25	PDCD1 (ENSGGOG00000014312)	RTP5 (ENSGGOG00000016451)	FAM240C (ENSGGOG00000016303)
Orangutan	MODERN SPECIES	15	MTERF4 (ENSPPYG00000013347)	PASK (ENSPPYG00000013348)	PPP1R7 (ENSPPYG00000013349)	ANO7 (ENSPPYG00000013350)	HDLBP (ENSPPYG00000013351)	SEPTIN2 (ENSPPYG00000013353)	FARP2 (ENSPPYG00000013354)	STK25 (ENSPPYG00000025879)	BOK (ENSPPYG00000013355)	THAP4 (ENSPPYG00000013356)	ATG4B (ENSPPYG00000013357)	DTYMK (ENSPPYG00000013358)	ENSPPYG00000037269	D2HGDH (ENSPPYG00000030619)	GAL3ST2 (ENSPPYG00000013359)	NEU4 (ENSPPYG00000013369) ##25	PDCD1 (ENSPPYG00000034037)	RTP5 (ENSPPYG00000013362)	ENSPPYG00000040582	FAM240C (ENSPPYG00000039376)	ENSPPYG00000036844	ENSPPYG00000013363
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442	ENSGT00940000164262
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442	ENSGT00940000164262
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442	ENSGT00940000164262
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442	ENSGT00940000164262
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	3	MTERF4 (ENSMFAG00000026775)	PASK (ENSMFAG00000037737)	ENSMFAG00000038150	ANO7 (ENSMFAG00000001859)	HDLBP (ENSMFAG00000033641)	SEPTIN2 (ENSMFAG00000039700)	FARP2 (ENSMFAG00000044112)	STK25 (ENSMFAG00000044279)	BOK (ENSMFAG00000000539)	THAP4 (ENSMFAG00000042330)	ATG4B (ENSMFAG00000039952)	DTYMK (ENSMFAG00000040279)	ING5 (ENSMFAG00000035525)	D2HGDH (ENSMFAG00000041453)	GAL3ST2 (ENSMFAG00000049116)	NEU4 (ENSMFAG00000001183) ##25	RTP5 (ENSMFAG00000062887)	FAM240C (ENSMFAG00000030747)	ENSMFAG00000064509	ENSMFAG00000044087
Rhesus	MODERN SPECIES	3	MTERF4 (ENSMMUG00000006835)	PASK (ENSMMUG00000016207)	PPP1R7 (ENSMMUG00000016209)	ANO7 (ENSMMUG00000001721)	HDLBP (ENSMMUG00000004730)	SEPTIN2 (ENSMMUG00000004736)	FARP2 (ENSMMUG00000001313)	STK25 (ENSMMUG00000001314)	BOK (ENSMMUG00000056380)	THAP4 (ENSMMUG00000005662)	ATG4B (ENSMMUG00000008047)	DTYMK (ENSMMUG00000008049)	ING5 (ENSMMUG00000014102)	D2HGDH (ENSMMUG00000018548)	GAL3ST2 (ENSMMUG00000016941)	NEU4 (ENSMMUG00000014405) ##25	PDCD1 (ENSMMUG00000063159)	RTP5 (ENSMMUG00000042630)	FAM240C (ENSMMUG00000062013)	ENSMMUG00000064044	ENSMMUG00000050185	ENSMMUG00000051574
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	525	PASK (ENSMNEG00000030367)	ENSMNEG00000005914	ANO7 (ENSMNEG00000033411)	HDLBP (ENSMNEG00000024260)	SEPTIN2 (ENSMNEG00000004313)	ENSMNEG00000013427	FARP2 (ENSMNEG00000030159)	STK25 (ENSMNEG00000000451)	BOK (ENSMNEG00000029533)	THAP4 (ENSMNEG00000034774)	ATG4B (ENSMNEG00000038244)	DTYMK (ENSMNEG00000026091)	ING5 (ENSMNEG00000013535)	D2HGDH (ENSMNEG00000028062)	GAL3ST2 (ENSMNEG00000029038)	NEU4 (ENSMNEG00000042060) ##25	PDCD1 (ENSMNEG00000034272)	RTP5 (ENSMNEG00000020448)	ENSMNEG00000044888	ENSMNEG00000039681	ENSMNEG00000042257	ENSMNEG00000012191
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00390000018318.u.b.a.a.o	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Olive baboon	MODERN SPECIES	1	MTERF4 (ENSPANG00000014465)	PASK (ENSPANG00000021941)	ENSPANG00000009640	ENSPANG00000046499	HDLBP (ENSPANG00000011832)	SEPTIN2 (ENSPANG00000007917)	FARP2 (ENSPANG00000019972)	STK25 (ENSPANG00000010069)	BOK (ENSPANG00000034368)	THAP4 (ENSPANG00000020992)	ATG4B (ENSPANG00000009064)	DTYMK (ENSPANG00000011079)	ING5 (ENSPANG00000023377)	D2HGDH (ENSPANG00000013755)	GAL3ST2 (ENSPANG00000009063)	NEU4 (ENSPANG00000016562) ##25	PDCD1 (ENSPANG00000050115)	RTP5 (ENSPANG00000016825)	FAM240C (ENSPANG00000015971)	ENSPANG00000012766
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	158	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00390000018318.u.b.a.a.o	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Drill	MODERN SPECIES	1277															GAL3ST2 (ENSMLEG00000028891)	NEU4 (ENSMLEG00000029796) ##25	PDCD1 (ENSMLEG00000041019)	RTP5 (ENSMLEG00000027937)	FAM240C (ENSMLEG00000029883)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	107	MTERF4 (ENSCATG00000021725)	PASK (ENSCATG00000039320)	ENSCATG00000016069	ANO7 (ENSCATG00000037143)	HDLBP (ENSCATG00000039363)	SEPTIN2 (ENSCATG00000033533)	FARP2 (ENSCATG00000032346)	STK25 (ENSCATG00000044719)	BOK (ENSCATG00000028994)	THAP4 (ENSCATG00000029531)	ATG4B (ENSCATG00000032957)	DTYMK (ENSCATG00000030835)	ING5 (ENSCATG00000039625)	D2HGDH (ENSCATG00000044824)	GAL3ST2 (ENSCATG00000029685)	NEU4 (ENSCATG00000003787) ##25	PDCD1 (ENSCATG00000032569)	RTP5 (ENSCATG00000038813)	FAM240C (ENSCATG00000045039)	ENSCATG00000036282	ENSCATG00000020706
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	1	MTERF4 (ENSCSAG00000005845)	PASK (ENSCSAG00000005843)	ENSCSAG00000005841	ANO7 (ENSCSAG00000005815)	HDLBP (ENSCSAG00000005781)	SEPTIN2 (ENSCSAG00000005773)	FARP2 (ENSCSAG00000005767)	STK25 (ENSCSAG00000005762)	BOK (ENSCSAG00000005758)	THAP4 (ENSCSAG00000005755)	ATG4B (ENSCSAG00000005753)	DTYMK (ENSCSAG00000005751)	ING5 (ENSCSAG00000005749)	D2HGDH (ENSCSAG00000005748)	GAL3ST2 (ENSCSAG00000005745)	NEU4 (ENSCSAG00000005741) ##25	PDCD1 (ENSCSAG00000005736)	RTP5 (ENSCSAG00000005728)	FAM240C (ENSCSAG00000005723)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442	ENSGT00940000164262	ENSGT00940000155308.db.b
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2279															GAL3ST2 (ENSRBIG00000036297)	NEU4 (ENSRBIG00000034448) ##25	PDCD1 (ENSRBIG00000039390)	RTP5 (ENSRBIG00000029269)	FAM240C (ENSRBIG00000041208)	ENSRBIG00000034799
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2006	MTERF4 (ENSRROG00000025293)	PASK (ENSRROG00000031156)	ENSRROG00000015177	ANO7 (ENSRROG00000035904)	HDLBP (ENSRROG00000034263)	SEPTIN2 (ENSRROG00000031700)	FARP2 (ENSRROG00000030018)	STK25 (ENSRROG00000040296)	BOK (ENSRROG00000036337)	THAP4 (ENSRROG00000045112)	ATG4B (ENSRROG00000044313)	DTYMK (ENSRROG00000029206)	ING5 (ENSRROG00000031632)	D2HGDH (ENSRROG00000030612)	GAL3ST2 (ENSRROG00000037572)	NEU4 (ENSRROG00000009498) ##25	PDCD1 (ENSRROG00000038538)	RTP5 (ENSRROG00000016782)	FAM240C (ENSRROG00000045304)	ENSRROG00000035321	ENSRROG00000034706
Tarsier	MODERN SPECIES	2268	PPP1R7 (ENSTSYG00000005960)	ANO7 (ENSTSYG00000031987)	HDLBP (ENSTSYG00000002379)	SEPT2 (ENSTSYG00000003579)	ENSTSYG00000029361	ENSTSYG00000028402	FARP2 (ENSTSYG00000003599)	STK25 (ENSTSYG00000002980)	BOK (ENSTSYG00000035854)	THAP4 (ENSTSYG00000002410)	ATG4B (ENSTSYG00000011099)	ENSTSYG00000037438	ING5 (ENSTSYG00000027487)	D2HGDH (ENSTSYG00000026014)	GAL3ST2 (ENSTSYG00000033878)	NEU4 (ENSTSYG00000027639) ##25
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000159035	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000159035	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732
Mouse lemur	MODERN SPECIES	30	MTERF4 (ENSMICG00000044756)	PASK (ENSMICG00000013010)	ENSMICG00000017782	HDLBP (ENSMICG00000004569)	SEPTIN2 (ENSMICG00000000909)	FARP2 (ENSMICG00000012071)	STK25 (ENSMICG00000012111)	BOK (ENSMICG00000029950)	THAP4 (ENSMICG00000016452)	ATG4B (ENSMICG00000013114)	ENSMICG00000042660	DTYMK (ENSMICG00000013135)	ING5 (ENSMICG00000028191)	D2HGDH (ENSMICG00000016497)	GAL3ST2 (ENSMICG00000016500)	NEU4 (ENSMICG00000034826) ##25	PDCD1 (ENSMICG00000032951)	RTP5 (ENSMICG00000045438)	ENSMICG00000017470	ENSMICG00000047235	ENSMICG00000000206	ACKR3 (ENSMICG00000008095)	IQCA1 (ENSMICG00000008062)	ASB18 (ENSMICG00000042020)	GBX2 (ENSMICG00000028176)	AGAP1 (ENSMICG00000008660)	SH3BP4 (ENSMICG00000004598)	ENSMICG00000034713	ARL4C (ENSMICG00000017503)	SPP2 (ENSMICG00000028114)	TRPM8 (ENSMICG00000014693)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	80	ENSGT00940000159035	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	509									BOK (ENSPSMG00000011852)	ENSPSMG00000011840	THAP4 (ENSPSMG00000011826)	ENSPSMG00000011794	ING5 (ENSPSMG00000011787)	D2HGDH (ENSPSMG00000011774)	GAL3ST2 (ENSPSMG00000011753)	NEU4 (ENSPSMG00000011725) ##25	PDCD1 (ENSPSMG00000011707)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	879					HDLBP (ENSPCOG00000021622)	ENSPCOG00000028482	FARP2 (ENSPCOG00000016260)	STK25 (ENSPCOG00000023236)	BOK (ENSPCOG00000012929)	THAP4 (ENSPCOG00000006649)	ATG4B (ENSPCOG00000014315)	DTYMK (ENSPCOG00000023194)	ING5 (ENSPCOG00000025941)	D2HGDH (ENSPCOG00000014775)	GAL3ST2 (ENSPCOG00000026156)	NEU4 (ENSPCOG00000019644) ##25	PDCD1 (ENSPCOG00000022702)	RTP5 (ENSPCOG00000011030)
Bushbaby	MODERN SPECIES	472														ING5 (ENSOGAG00000034901)	D2HGDH (ENSOGAG00000029812)	NEU4 (ENSOGAG00000030618) ##25	PDCD1 (ENSOGAG00000006347)	ENSOGAG00000025945
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Suina	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732
Pig	MODERN SPECIES	6	MTERF4 (ENSSSCG00000055566)	PASK (ENSSSCG00000016378)	PPP1R7 (ENSSSCG00000016376)	HDLBP (ENSSSCG00000016379)	SEPTIN2 (ENSSSCG00000016370)	FARP2 (ENSSSCG00000016368)	STK25 (ENSSSCG00000016372)	BOK (ENSSSCG00000032684)	THAP4 (ENSSSCG00000016374)	ENSSSCG00000034534	ATG4B (ENSSSCG00000032919)	DTYMK (ENSSSCG00000034147)	ING5 (ENSSSCG00000032505)	D2HGDH (ENSSSCG00000034101)	GAL3ST2 (ENSSSCG00000063392)	NEU4 (ENSSSCG00000037090) ##25	PDCD1 (ENSSSCG00000037319)	ENSSSCG00000032511
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	832	ENSCWAG00000012181	PASK (ENSCWAG00000012224)	ENSCWAG00000012726	HDLBP (ENSCWAG00000013005)	SEPTIN2 (ENSCWAG00000013123)	ENSCWAG00000013218	ENSCWAG00000013251	STK25 (ENSCWAG00000013336)	BOK (ENSCWAG00000013639)	THAP4 (ENSCWAG00000013684)	ENSCWAG00000013803	ATG4B (ENSCWAG00000013856)	DTYMK (ENSCWAG00000013982)	ING5 (ENSCWAG00000014011)	D2HGDH (ENSCWAG00000014047)	NEU4 (ENSCWAG00000014312) ##25	PDCD1 (ENSCWAG00000014661)	ENSCWAG00000014695	PRRX1 (ENSCWAG00000014722)	GORAB (ENSCWAG00000014835)	ENSCWAG00000014952	NTMT2 (ENSCWAG00000014967)	KIFAP3 (ENSCWAG00000015031)	SCYL3 (ENSCWAG00000015287)	C1orf112 (ENSCWAG00000015365)	METTL18 (ENSCWAG00000015401)	ENSCWAG00000015426	SELE (ENSCWAG00000015466)	SELL (ENSCWAG00000015551)	SELP (ENSCWAG00000015691)	F5 (ENSCWAG00000015799)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	87	ENSGT00940000162689	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Arabian camel	MODERN SPECIES	31	ENSCDRG00005021764	MTERF4 (ENSCDRG00005021768)	PASK (ENSCDRG00005021771)	ENSCDRG00005021780	HDLBP (ENSCDRG00005021789)	SEPTIN2 (ENSCDRG00005021804)	ENSCDRG00005021815	ENSCDRG00005000066	STK25 (ENSCDRG00005000090)	ENSCDRG00005000190	ENSCDRG00005000232	ATG4B (ENSCDRG00005000273)	ENSCDRG00005000350	ING5 (ENSCDRG00005000394)	D2HGDH (ENSCDRG00005000420)	NEU4 (ENSCDRG00005000455) ##25	PDCD1 (ENSCDRG00005000464)	ENSCDRG00005000478	FAM240C (ENSCDRG00005000494)
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170.a	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170.a	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170.a	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170.a	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00510000055442
Goat	MODERN SPECIES	126														ENSCHIG00000006670	GAL3ST2 (ENSCHIG00000011341)	NEU4 (ENSCHIG00000016718) ##25	ENSCHIG00000010033
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES		KIF1A (ENSOARG00020000824)	AGXT (ENSOARG00020000775)	MAB21L4 (ENSOARG00020000754)	CROCC2 (ENSOARG00020000704)	SNED1 (ENSOARG00020000363)	ENSOARG00020000194	HDLBP (ENSOARG00020000111)	SEPTIN2 (ENSOARG00020000087)	STK25 (ENSOARG00020000074)	THAP4 (ENSOARG00020000069)	ATG4B (ENSOARG00020000066)	DTYMK (ENSOARG00020000065)	ING5 (ENSOARG00020000064)	D2HGDH (ENSOARG00020000060)	GAL3ST2 (ENSOARG00020000059)	NEU4 (ENSOARG00020000055) ##25	ENSOARG00020000053	FAM240C (ENSOARG00020000042)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170.a	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Bos	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442	ENSGT00940000162350.b.b
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	22	CROCC2 (ENSBIXG00005019657)	SNED1 (ENSBIXG00005019613)	PASK (ENSBIXG00005019482)	ENSBIXG00005019419	HDLBP (ENSBIXG00005019344)	SEPTIN2 (ENSBIXG00005019099)	FARP2 (ENSBIXG00005018965)	STK25 (ENSBIXG00005018864)	BOK (ENSBIXG00005018673)	THAP4 (ENSBIXG00005018636)	ATG4B (ENSBIXG00005018568)	DTYMK (ENSBIXG00005003000)	ING5 (ENSBIXG00005018529)	D2HGDH (ENSBIXG00005018508)	GAL3ST2 (ENSBIXG00005018473)	NEU4 (ENSBIXG00005018451) ##25	ENSBIXG00005018415	ENSBIXG00005018390	FAM240C (ENSBIXG00005002972)	ENSBIXG00005018344
Cow	MODERN SPECIES	22	SNED1 (ENSBTAG00000014132)	MTERF4 (ENSBTAG00000000784)	PASK (ENSBTAG00000000785)	PPP1R7 (ENSBTAG00000000789)	HDLBP (ENSBTAG00000004315)	SEPTIN2 (ENSBTAG00000002608)	FARP2 (ENSBTAG00000013110)	STK25 (ENSBTAG00000009676)	BOK (ENSBTAG00000008711)	THAP4 (ENSBTAG00000013253)	ATG4B (ENSBTAG00000015401)	DTYMK (ENSBTAG00000015408)	ING5 (ENSBTAG00000009123)	D2HGDH (ENSBTAG00000002847)	GAL3ST2 (ENSBTAG00000009093)	NEU4 (ENSBTAG00000014833) ##25	PDCD1 (ENSBTAG00000011543)	RTP5 (ENSBTAG00000040598)	ENSBTAG00000054669	ENSBTAG00000030892
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Domestic yak	MODERN SPECIES	22	MTERF4 (ENSBGRG00000000960)	PASK (ENSBGRG00000001050)	PPP1R7 (ENSBGRG00000001494)	HDLBP (ENSBGRG00000001532)	SEPTIN2 (ENSBGRG00000001628)	ENSBGRG00000001659	ENSBGRG00000001709	STK25 (ENSBGRG00000001737)	BOK (ENSBGRG00000001796)	THAP4 (ENSBGRG00000001809)	ATG4B (ENSBGRG00000001839)	DTYMK (ENSBGRG00000001869)	ING5 (ENSBGRG00000001892)	D2HGDH (ENSBGRG00000001912)	GAL3ST2 (ENSBGRG00000001946)	NEU4 (ENSBGRG00000001960) ##25	PDCD1 (ENSBGRG00000001972)	ENSBGRG00000002010	ENSBGRG00000002019	FAM240C (ENSBGRG00000002034)	ENSBGRG00000002046
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1128	ENSMMSG00000006267	PASK (ENSMMSG00000006289)	ENSMMSG00000006344	HDLBP (ENSMMSG00000006415)	ENSMMSG00000006500	FARP2 (ENSMMSG00000006577)	STK25 (ENSMMSG00000006751)	BOK (ENSMMSG00000006957)	THAP4 (ENSMMSG00000007000)	ENSMMSG00000007062	ATG4B (ENSMMSG00000007090)	DTYMK (ENSMMSG00000007140)	ING5 (ENSMMSG00000007156)	D2HGDH (ENSMMSG00000007189)	GAL3ST2 (ENSMMSG00000007246)	NEU4 (ENSMMSG00000007270) ##25	PDCD1 (ENSMMSG00000007315)	ENSMMSG00000007349
Yarkand deer	MODERN SPECIES	12	SNED1 (ENSCHYG00000024133)	PASK (ENSCHYG00000024901)	ENSCHYG00000025037	HDLBP (ENSCHYG00000025206)	ENSCHYG00000005057	FARP2 (ENSCHYG00000005254)	STK25 (ENSCHYG00000005741)	ENSCHYG00000005861	THAP4 (ENSCHYG00000005901)	ENSCHYG00000005951	ATG4B (ENSCHYG00000005974)	DTYMK (ENSCHYG00000005997)	ING5 (ENSCHYG00000006024)	D2HGDH (ENSCHYG00000006084)	GAL3ST2 (ENSCHYG00000006191)	NEU4 (ENSCHYG00000006219) ##25	PDCD1 (ENSCHYG00000006272)	ENSCHYG00000006359	ENSCHYG00000006368
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000159035	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170.a	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170.a	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00390000013662	ENSGT00510000055442	ENSGT00950000182944.B.a ##25
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000159035	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170.a	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00510000055442
Dolphin	MODERN SPECIES	2215															D2HGDH (ENSTTRG00000005745)	NEU4 (ENSTTRG00000005765) ##25
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059.b	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059.b	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732
American black bear	MODERN SPECIES	397						FARP2 (ENSUAMG00000008202)	STK25 (ENSUAMG00000008482)	BOK (ENSUAMG00000008483)	ENSUAMG00000008484	ENSUAMG00000008485	ENSUAMG00000008486	DTYMK (ENSUAMG00000008487)	ING5 (ENSUAMG00000008488)	D2HGDH (ENSUAMG00000008489)	GAL3ST2 (ENSUAMG00000008490)	NEU4 (ENSUAMG00000008492) ##25	PDCD1 (ENSUAMG00000008493)	ENSUAMG00000008494
Giant Panda	MODERN SPECIES	11	CROCC2 (ENSAMEG00000016680)	SNED1 (ENSAMEG00000016675)	MTERF4 (ENSAMEG00000016670)	PASK (ENSAMEG00000016638)	ANO7 (ENSAMEG00000016590)	HDLBP (ENSAMEG00000016552)	ENSAMEG00000028718	ENSAMEG00000023910	FARP2 (ENSAMEG00000016513)	STK25 (ENSAMEG00000016473)	ATG4B (ENSAMEG00000016425)	ENSAMEG00000016421	ING5 (ENSAMEG00000016412)	D2HGDH (ENSAMEG00000016397)	GAL3ST2 (ENSAMEG00000023677)	NEU4 (ENSAMEG00000016386) ##25	PDCD1 (ENSAMEG00000016373)	ENSAMEG00000027207	ENSAMEG00000031114
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442	ENSGT00390000015050	ENSGT00940000157541	ENSGT00530000063686.a.b	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000157201	ENSGT00390000012204	ENSGT00940000154533.b.d	ENSGT00940000154714	ENSGT00950000182837.b.b	ENSGT00940000157055	ENSGT00940000155515.a.b.b	ENSGT00930000150980.a
American mink	MODERN SPECIES	275	PASK (ENSNVIG00000017829)	ENSNVIG00000017870	ANO7 (ENSNVIG00000017977)	HDLBP (ENSNVIG00000018029)	SEPTIN2 (ENSNVIG00000018096)	FARP2 (ENSNVIG00000018158)	STK25 (ENSNVIG00000018289)	BOK (ENSNVIG00000018340)	ENSNVIG00000018353	ENSNVIG00000018363	ATG4B (ENSNVIG00000018383)	DTYMK (ENSNVIG00000018398)	ING5 (ENSNVIG00000018407)	D2HGDH (ENSNVIG00000018435)	GAL3ST2 (ENSNVIG00000018436)	NEU4 (ENSNVIG00000018459) ##25	PDCD1 (ENSNVIG00000018495)	CB085 (ENSNVIG00000018518)	FAM240C (ENSNVIG00000018529)	ENSNVIG00000018582	ENSNVIG00000020114	MMADHC (ENSNVIG00000020125)
Ferret	MODERN SPECIES	173	MTERF4 (ENSMPUG00000000155)	PASK (ENSMPUG00000000158)	ANO7 (ENSMPUG00000000160)	HDLBP (ENSMPUG00000000163)	SEPTIN2 (ENSMPUG00000000166)	FARP2 (ENSMPUG00000000175)	STK25 (ENSMPUG00000000176)	ENSMPUG00000000178	BOK (ENSMPUG00000000179)	THAP4 (ENSMPUG00000000182)	ATG4B (ENSMPUG00000000187)	DTYMK (ENSMPUG00000000189)	ING5 (ENSMPUG00000000190)	D2HGDH (ENSMPUG00000000191)	GAL3ST2 (ENSMPUG00000000193)	NEU4 (ENSMPUG00000000195) ##25	PDCD1 (ENSMPUG00000000197)	ENSMPUG00000000200	ENSMPUG00000000203	MMADHC (ENSMPUG00000000323)	ENSMPUG00000000330	RND3 (ENSMPUG00000000331)	RBM43 (ENSMPUG00000000342)	NMI (ENSMPUG00000000344)	TNFAIP6 (ENSMPUG00000000370)	RIF1 (ENSMPUG00000000371)	NEB (ENSMPUG00000000376)	ARL5A (ENSMPUG00000000396)	CACNB4 (ENSMPUG00000000400)	STAM2 (ENSMPUG00000000404)	FMNL2 (ENSMPUG00000000409)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098.ib.b	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098.ib.b	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732
Dog	MODERN SPECIES	17	ENSCAFG00845021865	ENSCAFG00845021901	PASK (ENSCAFG00845021974)	PPP1R7 (ENSCAFG00845022243)	ANO7 (ENSCAFG00845022518)	HDLBP (ENSCAFG00845022763)	SEPTIN2 (ENSCAFG00845023027)	FARP2 (ENSCAFG00845023180)	STK25 (ENSCAFG00845023492)	ENSCAFG00845023631	THAP4 (ENSCAFG00845023699)	ATG4B (ENSCAFG00845023776)	ENSCAFG00845023877	ING5 (ENSCAFG00845024016)	D2HGDH (ENSCAFG00845024104)	NEU4 (ENSCAFG00845024166) ##25	PDCD1 (ENSCAFG00845024308)	ENSCAFG00845024371
Dingo	MODERN SPECIES	304	ENSCAFG00020025033	PASK (ENSCAFG00020025046)	ENSCAFG00020025077	ANO7 (ENSCAFG00020025079)	HDLBP (ENSCAFG00020025089)	ENSCAFG00020025094	FARP2 (ENSCAFG00020025110)	STK25 (ENSCAFG00020025119)	BOK (ENSCAFG00020025122)	THAP4 (ENSCAFG00020025129)	ATG4B (ENSCAFG00020025174)	DTYMK (ENSCAFG00020025418)	ING5 (ENSCAFG00020025420)	D2HGDH (ENSCAFG00020025422)	GAL3ST2 (ENSCAFG00020025423)	NEU4 (ENSCAFG00020025425) ##25	PDCD1 (ENSCAFG00020025435)	ENSCAFG00020025437
Red fox	MODERN SPECIES	253	ENSVVUG00000022955	SNED1 (ENSVVUG00000022810)	PASK (ENSVVUG00000022805)	PPP1R7 (ENSVVUG00000022804)	HDLBP (ENSVVUG00000022797)	SEPT2 (ENSVVUG00000022793)	ENSVVUG00000022790	ENSVVUG00000022785	STK25 (ENSVVUG00000022783)	ENSVVUG00000022782	THAP4 (ENSVVUG00000022780)	ATG4B (ENSVVUG00000022778)	DTYMK (ENSVVUG00000022764)	D2HGDH (ENSVVUG00000022757)	GAL3ST2 (ENSVVUG00000022752)	ENSVVUG00000022750 ##25	ENSVVUG00000022748	RTP5 (ENSVVUG00000022746)
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Tiger	MODERN SPECIES	218	MTERF4 (ENSPTIG00000012832)	PASK (ENSPTIG00000006193)	PPP1R7 (ENSPTIG00000020796)	ANO7 (ENSPTIG00000017939)	HDLBP (ENSPTIG00000009328)	SEPTIN2 (ENSPTIG00000004202)	FARP2 (ENSPTIG00000018255)	STK25 (ENSPTIG00000017429)	BOK (ENSPTIG00000016435)	ENSPTIG00000015480	ENSPTIG00000015344	ENSPTIG00000015107	DTYMK (ENSPTIG00000014764)	ING5 (ENSPTIG00000013252)	D2HGDH (ENSPTIG00000012686)	NEU4 (ENSPTIG00000012287) ##25	ENSPTIG00000011932
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00910000148484	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00900000143170	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
leopard	MODERN SPECIES	12	SNED1 (ENSPPRG00000013999)	MTERF4 (ENSPPRG00000016102)	PASK (ENSPPRG00000001870)	PPP1R7 (ENSPPRG00000004627)	HDLBP (ENSPPRG00000010215)	SEPTIN2 (ENSPPRG00000012154)	FARP2 (ENSPPRG00000018957)	STK25 (ENSPPRG00000023379)	BOK (ENSPPRG00000023173)	THAP4 (ENSPPRG00000001382)	ATG4B (ENSPPRG00000005113)	DTYMK (ENSPPRG00000005334)	ING5 (ENSPPRG00000006207)	D2HGDH (ENSPPRG00000007202)	GAL3ST2 (ENSPPRG00000007375)	NEU4 (ENSPPRG00000008112) ##25	PDCD1 (ENSPPRG00000008342)	ENSPPRG00000008537	FAM240C (ENSPPRG00000008747)
lion	MODERN SPECIES	8	ANO7 (ENSPLOG00000012088)	HDLBP (ENSPLOG00000011820)	SEPTIN2 (ENSPLOG00000011660)	ENSPLOG00000011615	ENSPLOG00000011349	ENSPLOG00000011251	STK25 (ENSPLOG00000011112)	BOK (ENSPLOG00000011035)	ENSPLOG00000011021	THAP4 (ENSPLOG00000010941)	ATG4B (ENSPLOG00000010727)	DTYMK (ENSPLOG00000010691)	ING5 (ENSPLOG00000010655)	D2HGDH (ENSPLOG00000010624)	GAL3ST2 (ENSPLOG00000010582)	NEU4 (ENSPLOG00000010542) ##25	PDCD1 (ENSPLOG00000010510)	ENSPLOG00000010473	FAM240C (ENSPLOG00000010435)
Cat	MODERN SPECIES	239	PASK (ENSFCAG00000000959)	PPP1R7 (ENSFCAG00000010452)	ANO7 (ENSFCAG00000010453)	HDLBP (ENSFCAG00000010455)	SEPTIN2 (ENSFCAG00000002797)	FARP2 (ENSFCAG00000002801)	STK25 (ENSFCAG00000002803)	BOK (ENSFCAG00000014277)	THAP4 (ENSFCAG00000014280)	ENSFCAG00000046954	ATG4B (ENSFCAG00000014281)	DTYMK (ENSFCAG00000014282)	ING5 (ENSFCAG00000043477)	D2HGDH (ENSFCAG00000014284)	GAL3ST2 (ENSFCAG00000042426)	NEU4 (ENSFCAG00000004992) ##25	PDCD1 (ENSFCAG00000014287)	RTP5 (ENSFCAG00000048136)	FAM240C (ENSFCAG00000042944)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Equus	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059.f	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732
Horse	MODERN SPECIES	27	SNED1 (ENSECAG00000024612)	MTERF4 (ENSECAG00000011622)	PASK (ENSECAG00000011785)	PPP1R7 (ENSECAG00000017246)	HDLBP (ENSECAG00000012829)	SEPTIN2 (ENSECAG00000017553)	FARP2 (ENSECAG00000008144)	STK25 (ENSECAG00000017650)	BOK (ENSECAG00000000238)	THAP4 (ENSECAG00000000252)	ATG4B (ENSECAG00000006659)	ENSECAG00000047800	ING5 (ENSECAG00000014401)	D2HGDH (ENSECAG00000018063)	GAL3ST2 (ENSECAG00000021338)	NEU4 (ENSECAG00000021892) ##25	PDCD1 (ENSECAG00000023275)	ENSECAG00000037242	ENSECAG00000033624	ENSECAG00000058925	ENSECAG00000041546	USP18 (ENSECAG00000000284)	TUBA8 (ENSECAG00000013982)	PEX26 (ENSECAG00000014438)	MICAL3 (ENSECAG00000004993)	BID (ENSECAG00000006592)	BCL2L13 (ENSECAG00000010335)	ATP6V1E1 (ENSECAG00000016487)	SLC25A18 (ENSECAG00000008033)	CECR2 (ENSECAG00000010238)	ADA2 (ENSECAG00000046556)
Donkey	MODERN SPECIES	10	ENSEASG00005037592	ENSEASG00005008227	ENSEASG00005025357	ENSEASG00005008231	HDLBP (ENSEASG00005008249)	SEPTIN2 (ENSEASG00005008254)	FARP2 (ENSEASG00005008264)	STK25 (ENSEASG00005008279)	BOK (ENSEASG00005008290)	THAP4 (ENSEASG00005008293)	ATG4B (ENSEASG00005008298)	ENSEASG00005008301	ING5 (ENSEASG00005008302)	D2HGDH (ENSEASG00005008304)	GAL3ST2 (ENSEASG00005023877)	NEU4 (ENSEASG00005027161) ##25	PDCD1 (ENSEASG00005008310)	ENSEASG00005038563	ENSEASG00005008365	ENSEASG00005026883	ENSEASG00005034945	ENSEASG00005031656	ENSEASG00005029923
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00550000075086	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00510000055442
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	26	MTERF4 (ENSRFEG00010001122)	PASK (ENSRFEG00010001084)	ENSRFEG00010001029	ANO7 (ENSRFEG00010001001)	ENSRFEG00010000976	SEPTIN2 (ENSRFEG00010000923)	FARP2 (ENSRFEG00010000873)	STK25 (ENSRFEG00010000825)	BOK (ENSRFEG00010000801)	THAP4 (ENSRFEG00010000777)	ATG4B (ENSRFEG00010000748)	DTYMK (ENSRFEG00010000727)	ING5 (ENSRFEG00010000702)	D2HGDH (ENSRFEG00010000683)	GAL3ST2 (ENSRFEG00010000668)	NEU4 (ENSRFEG00010000653) ##25	PDCD1 (ENSRFEG00010000631)	ENSRFEG00010000618	FAM240C (ENSRFEG00010000608)
Microbat	MODERN SPECIES	942	PASK (ENSMLUG00000005589)	ENSMLUG00000005606	ANO7 (ENSMLUG00000005611)	HDLBP (ENSMLUG00000005628)	SEPTIN2 (ENSMLUG00000007108)	FARP2 (ENSMLUG00000007123)	ENSMLUG00000022825	STK25 (ENSMLUG00000007158)	BOK (ENSMLUG00000028632)	THAP4 (ENSMLUG00000007192)	ATG4B (ENSMLUG00000028269)	DTYMK (ENSMLUG00000028996)	ING5 (ENSMLUG00000029235)	D2HGDH (ENSMLUG00000027975)	GAL3ST2 (ENSMLUG00000003372)	NEU4 (ENSMLUG00000003374) ##25	PDCD1 (ENSMLUG00000009623)	ENSMLUG00000009638	NUP35 (ENSMLUG00000013154)	DUSP19 (ENSMLUG00000013149)	NCKAP1 (ENSMLUG00000011345)	ENSMLUG00000030095	ENSMLUG00000027215	DNAJC10 (ENSMLUG00000000680)	PDE1A (ENSMLUG00000009939)	ENSMLUG00000009929	ITPRID2 (ENSMLUG00000011724)	NEUROD1 (ENSMLUG00000025259)	ENSMLUG00000014227	ITGA4 (ENSMLUG00000014215)	UBE2E3 (ENSMLUG00000014945)
Megabat	MODERN SPECIES	6557																NEU4 (ENSPVAG00000010047) ##25
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	63	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00940000157674	ENSGT00940000154537	ENSGT00940000166442	ENSGT00390000005351	ENSGT01030000234618.A	ENSGT00940000157942	ENSGT00940000155010	ENSGT00390000015366	ENSGT00940000162788	ENSGT00940000159189	ENSGT00390000018141	ENSGT00950000183008.a.b	ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	74	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00940000157674	ENSGT00940000154537	ENSGT00390000005351	ENSGT01030000234618.A	ENSGT00940000157942	ENSGT00940000155010	ENSGT00390000015366	ENSGT00940000162788	ENSGT00940000159189	ENSGT00390000018141	ENSGT00950000183008.a.b	ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b	ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r
Tenrec	MODERN SPECIES	11758																NEU4 (ENSETEG00000012472) ##25
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	73	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662	ENSGT00940000163732	ENSGT00940000157674	ENSGT00940000154537	ENSGT00390000005351	ENSGT01030000234618.A	ENSGT00940000157942	ENSGT00940000155010	ENSGT00390000015366	ENSGT00940000162788	ENSGT00940000159189	ENSGT00390000018141	ENSGT00950000183008.a.b	ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b	ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r
Elephant	MODERN SPECIES	24	SNED1 (ENSLAFG00000003732)	MTERF4 (ENSLAFG00000021960)	PASK (ENSLAFG00000003737)	PPP1R7 (ENSLAFG00000003743)	ANO7 (ENSLAFG00000006955)	HDLBP (ENSLAFG00000014826)	ENSLAFG00000011964	FARP2 (ENSLAFG00000014569)	STK25 (ENSLAFG00000025786)	BOK (ENSLAFG00000026100)	THAP4 (ENSLAFG00000018001)	ATG4B (ENSLAFG00000020725)	DTYMK (ENSLAFG00000020566)	ING5 (ENSLAFG00000003745)	GAL3ST2 (ENSLAFG00000025830)	NEU4 (ENSLAFG00000026500) ##25	PDCD1 (ENSLAFG00000027822)	ENSLAFG00000028159	ENSLAFG00000027390
Hyrax	MODERN SPECIES	10871																ENSPCAG00000006039 ##25
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	647										ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000158447	ENSGT00530000063000.a.b.b	ENSGT00940000154030.a.a	ENSGT00940000158159	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT00390000013662
Armadillo	MODERN SPECIES	4492										BOK (ENSDNOG00000042314)	ENSDNOG00000034876	ATG4B (ENSDNOG00000048959)	DTYMK (ENSDNOG00000043310)	ENSDNOG00000033418	GAL3ST2 (ENSDNOG00000046122)	ENSDNOG00000038887 ##25	PDCD1 (ENSDNOG00000032057)	ENSDNOG00000042055
Platypus	MODERN SPECIES	18	ENSOANG00000015612	PPP1R7 (ENSOANG00000011761)	ANO7 (ENSOANG00000011760)	HDLBP (ENSOANG00000011759)	SEPTIN2 (ENSOANG00000011758)	FARP2 (ENSOANG00000011757)	STK25 (ENSOANG00000011756)	BOK (ENSOANG00000005633)	THAP4 (ENSOANG00000009842)	ATG4B (ENSOANG00000008758)	DTYMK (ENSOANG00000008759)	ING5 (ENSOANG00000049910)	D2HGDH (ENSOANG00000000857)	ENSOANG00000002250	ENSOANG00000000858	ENSOANG00000000861 ##25	ENSOANG00000031433	MROH2A (ENSOANG00000000863)	RTP1 (ENSOANG00000000868)	MASP1 (ENSOANG00000000869)	SST (ENSOANG00000000871)	BCL6 (ENSOANG00000000872)	LPP (ENSOANG00000013793)	TPRG1 (ENSOANG00000013794)	TP63 (ENSOANG00000013795)	P3H2 (ENSOANG00000013797)	CLDN1 (ENSOANG00000013798)	CLDN16 (ENSOANG00000004452)	ENSOANG00000047384	IL1RAP (ENSOANG00000004451)	GMNC (ENSOANG00000004450)
Anura	ANCESTRAL SPECIES	114	ENSGT00390000002887.g	ENSGT00940000153190.B.b	ENSGT00940000156577	ENSGT00940000155119	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000159656	ENSGT00940000156055	ENSGT00390000011073	ENSGT01030000234629.D	ENSGT00940000157975	ENSGT00390000016356	ENSGT00390000017679	ENSGT00950000182988.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00950000182923.B.a	ENSGT00950000182944.B.a ##25	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a
Frog	MODERN SPECIES	5	slco2a1 (ENSXETG00000011817)	rab6b (ENSXETG00000031363)	srprb (ENSXETG00000037435)	tf (ENSXETG00000011814)	ENSXETG00000041172	ENSXETG00000011813	ENSXETG00000045549	wdr53 (ENSXETG00000037635)	fbxo45 (ENSXETG00000040149)	nrros (ENSXETG00000032133)	pak2 (ENSXETG00000011808)	aqp12a (ENSXETG00000033558)	ENSXETG00000035170	ENSXETG00000032419	gal3st2 (ENSXETG00000015660)	neu4 (ENSXETG00000003122) ##25	TM4SF19 (ENSXETG00000037144)	ubxn7 (ENSXETG00000003125)	rnf168 (ENSXETG00000003128)	gk5 (ENSXETG00000023572)	tfdp2 (ENSXETG00000014750)	atp1b3 (ENSXETG00000014751)	grk7 (ENSXETG00000014752)	rnf7 (ENSXETG00000014753)	ENSXETG00000030812	rasa2 (ENSXETG00000014755)	zbtb38 (ENSXETG00000014756)	slc16a14 (ENSXETG00000033091)	ENSXETG00000035418	fbxo36 (ENSXETG00000026827)	trip12 (ENSXETG00000014757)
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	7	ENSLLEG00000009603	ENSLLEG00000009994	ENSLLEG00000010014	ENSLLEG00000010031	NRROS (ENSLLEG00000010049)	CEP19 (ENSLLEG00000010092)	PIGX (ENSLLEG00000010176)	ENSLLEG00000010318	PAK2 (ENSLLEG00000010354)	ENSLLEG00000010515	ENSLLEG00000010537	ENSLLEG00000010562	ENSLLEG00000010572	ENSLLEG00000010607	ENSLLEG00000010634	NEU4 (ENSLLEG00000010728) ##25	GK5 (ENSLLEG00000011475)	TFDP2 (ENSLLEG00000011769)	ENSLLEG00000012028	ATP1B3 (ENSLLEG00000012052)	GRK7 (ENSLLEG00000012216)	RNF7 (ENSLLEG00000012275)	ENSLLEG00000012376	RASA2 (ENSLLEG00000012570)	ZBTB38 (ENSLLEG00000012712)	ENSLLEG00000012743	ENSLLEG00000012778	ENSLLEG00000012801	PAX3 (ENSLLEG00000012827)	ENSLLEG00000013166	EPHA4 (ENSLLEG00000013216)
Coelacanth	MODERN SPECIES	3770																NEU4 (ENSLACG00000002529) ##25
Elephant shark	MODERN SPECIES	1550		FBXO10 (ENSCMIG00000008123)	POLR1E (ENSCMIG00000008120)	ZBTB5 (ENSCMIG00000008117)	ENSCMIG00000008115	ENSCMIG00000008113	grhpra (ENSCMIG00000008098)	ENSCMIG00000008091	ENSCMIG00000008089	melk (ENSCMIG00000008015)	ENSCMIG00000007991	RNF38 (ENSCMIG00000007967)	ENSCMIG00000007952	rassf6 (ENSCMIG00000007948)	FSD1L (ENSCMIG00000007879)	neu4 (ENSCMIG00000007860) ##25	XPA (ENSCMIG00000007857)	NCBP1 (ENSCMIG00000007838)	tstd2 (ENSCMIG00000007821)	TMOD1 (ENSCMIG00000007810)	tdrd7b (ENSCMIG00000007753)	ENSCMIG00000007689	SHB (ENSCMIG00000007684)	metap1 (ENSCMIG00000007665)	eif4ea (ENSCMIG00000007644)	tspan5a (ENSCMIG00000007642)	RAP1GDS1 (ENSCMIG00000007636)	ENSCMIG00000007630	slc25a51a (ENSCMIG00000007626)	ENSCMIG00000007624	kcmf1 (ENSCMIG00000007621)
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.B.b ##25
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.B.b ##25
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	251																ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000153518.d.b.a.a	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT00940000156251 #35	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000154474.C	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	73	ENSGT00940000162689	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000157403	ENSGT00940000162100	ENSGT00940000158597	ENSGT00940000156970	ENSGT00940000157773	ENSGT00940000155124	ENSGT00940000161104	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000154474.C	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	13											ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000154474.C	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	72											ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000004912	ENSGT00390000010397.b
Theria	ANCESTRAL SPECIES	88											ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Primates	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.f	ENSGT00950000183063.c.b.a.e	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.f	ENSGT00950000183063.c.b.a.e	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.f	ENSGT00950000183063.c.b.a.e	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267.k	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000157267.l	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.f	ENSGT00950000183063.c.b.a.e	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267.k	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000157267.l	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.f.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.e	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267.k	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162757.c	ENSGT00940000157267.l	ENSGT00940000162757.d	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270
Gorilla	MODERN SPECIES	15	NPPC (ENSGGOG00000026212)	DIS3L2 (ENSGGOG00000027129)	ALPP (ENSGGOG00000038451)	ALPI (ENSGGOG00000005653)	ECEL1 (ENSGGOG00000005626)	PRSS56 (ENSGGOG00000041070)	CHRND (ENSGGOG00000002098)	CHRNG (ENSGGOG00000002100)	TIGD1 (ENSGGOG00000016685)	ENSGGOG00000043810	EFHD1 (ENSGGOG00000001703)	GIGYF2 (ENSGGOG00000007811)	KCNJ13 (ENSGGOG00000008817)	SNORC (ENSGGOG00000041213)	NGEF (ENSGGOG00000007831)	NEU2 (ENSGGOG00000005494) ##25	INPP5D (ENSGGOG00000000530)	ATG16L1 (ENSGGOG00000016433)	SAG (ENSGGOG00000011713)	ENSGGOG00000011507	DGKD (ENSGGOG00000000308)	USP40 (ENSGGOG00000034943)	ENSGGOG00000043725	UGT1A5 (ENSGGOG00000002604)	ENSGGOG00000043380	MROH2A (ENSGGOG00000002606)	HJURP (ENSGGOG00000002621)	TRPM8 (ENSGGOG00000008375)	SPP2 (ENSGGOG00000006676)	ARL4C (ENSGGOG00000023462)	SH3BP4 (ENSGGOG00000013506)
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.f.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.f.b	ENSGT00950000183063.c.b.a.e	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267.k	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162757.d	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Human	MODERN SPECIES	11	DIS3L2 (ENSG00000144535)	ALPP (ENSG00000163283)	ALPG (ENSG00000163286)	ALPI (ENSG00000163295)	ECEL1 (ENSG00000171551)	PRSS56 (ENSG00000237412)	CHRND (ENSG00000135902)	CHRNG (ENSG00000196811)	TIGD1 (ENSG00000221944)	EIF4E2 (ENSG00000135930)	EFHD1 (ENSG00000115468)	GIGYF2 (ENSG00000204120)	KCNJ13 (ENSG00000115474)	SNORC (ENSG00000182600)	NGEF (ENSG00000066248)	NEU2 (ENSG00000115488) ##25	INPP5D (ENSG00000168918)	ATG16L1 (ENSG00000085978)	SAG (ENSG00000130561)	DGKD (ENSG00000077044)	USP40 (ENSG00000085982)	UGT1A8 (ENSG00000242366)	UGT1A10 (ENSG00000242515)	UGT1A9 (ENSG00000241119)	UGT1A7 (ENSG00000244122)	UGT1A6 (ENSG00000167165)	UGT1A5 (ENSG00000288705)	UGT1A4 (ENSG00000244474)	UGT1A3 (ENSG00000288702)	UGT1A1 (ENSG00000241635)	MROH2A (ENSG00000185038)
Pan	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.f.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.f.b	ENSGT00950000183063.c.b.a.e	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267.k	ENSGT00940000162757.d	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00910000147209
Chimpanzee	MODERN SPECIES	15	DIS3L2 (ENSPTRG00000013033)	ALPP (ENSPTRG00000013034)	ALPG (ENSPTRG00000013036)	ALPI (ENSPTRG00000013035)	ECEL1 (ENSPTRG00000013037)	PRSS56 (ENSPTRG00000044956)	CHRND (ENSPTRG00000013040)	CHRNG (ENSPTRG00000022726)	TIGD1 (ENSPTRG00000038833)	EIF4E2 (ENSPTRG00000013043)	EFHD1 (ENSPTRG00000045721)	GIGYF2 (ENSPTRG00000028976)	KCNJ13 (ENSPTRG00000013046)	SNORC (ENSPTRG00000050656)	NGEF (ENSPTRG00000013048)	NEU2 (ENSPTRG00000013049) ##25	INPP5D (ENSPTRG00000013050)	ATG16L1 (ENSPTRG00000013051)	SAG (ENSPTRG00000013052)	DGKD (ENSPTRG00000013053)	USP40 (ENSPTRG00000013054)	UGT1A3 (ENSPTRG00000013058)	ENSPTRG00000047621	ENSPTRG00000044952	MROH2A (ENSPTRG00000048059)	HJURP (ENSPTRG00000013062)	ENSPTRG00000048514	TRPM8 (ENSPTRG00000013063)	SPP2 (ENSPTRG00000013064)	ARL4C (ENSPTRG00000013065)	SH3BP4 (ENSPTRG00000013066)
Bonobo	MODERN SPECIES	15	ENSPPAG00000027724	NPPC (ENSPPAG00000027728)	DIS3L2 (ENSPPAG00000032052)	ALPP (ENSPPAG00000039373)	ALPI (ENSPPAG00000033223)	ECEL1 (ENSPPAG00000031343)	PRSS56 (ENSPPAG00000030404)	CHRND (ENSPPAG00000039136)	CHRNG (ENSPPAG00000043480)	TIGD1 (ENSPPAG00000025445)	EIF4E2 (ENSPPAG00000034717)	ENSPPAG00000031444	GIGYF2 (ENSPPAG00000038793)	KCNJ13 (ENSPPAG00000030260)	NGEF (ENSPPAG00000037852)	NEU2 (ENSPPAG00000037902) ##25	INPP5D (ENSPPAG00000030895)	ATG16L1 (ENSPPAG00000037037)	SAG (ENSPPAG00000016519)	DGKD (ENSPPAG00000044113)	USP40 (ENSPPAG00000044110)	UGT1A3 (ENSPPAG00000044118)	ENSPPAG00000044111	HJURP (ENSPPAG00000037468)	ENSPPAG00000036893	TRPM8 (ENSPPAG00000038881)	SPP2 (ENSPPAG00000030789)	ARL4C (ENSPPAG00000002191)	SH3BP4 (ENSPPAG00000043782)	ENSPPAG00000021065	AGAP1 (ENSPPAG00000036184)
Orangutan	MODERN SPECIES	15	NPPC (ENSPPYG00000013273)	DIS3L2 (ENSPPYG00000013274)	ENSPPYG00000013275	ENSPPYG00000013277	ALPI (ENSPPYG00000040480)	ECEL1 (ENSPPYG00000013278)	PRSS56 (ENSPPYG00000037128)	CHRND (ENSPPYG00000013279)	CHRNG (ENSPPYG00000013280)	EIF4E2 (ENSPPYG00000013282)	EFHD1 (ENSPPYG00000013283)	GIGYF2 (ENSPPYG00000013284)	KCNJ13 (ENSPPYG00000013285)	SNORC (ENSPPYG00000013286)	NGEF (ENSPPYG00000013287)	NEU2 (ENSPPYG00000035784) ##25	INPP5D (ENSPPYG00000013288)	ATG16L1 (ENSPPYG00000013289)	SAG (ENSPPYG00000013290)	DGKD (ENSPPYG00000013291)	USP40 (ENSPPYG00000013292)	UGT1A3 (ENSPPYG00000013293)	ENSPPYG00000037449	MROH2A (ENSPPYG00000013295)	HJURP (ENSPPYG00000013296)	ENSPPYG00000037075	TRPM8 (ENSPPYG00000013297)	SPP2 (ENSPPYG00000013298)	ARL4C (ENSPPYG00000036860)	SH3BP4 (ENSPPYG00000013300)	ENSPPYG00000041671
Gibbon	MODERN SPECIES	14	DIS3L2 (ENSNLEG00000014226)	ENSNLEG00000014232	ALPI (ENSNLEG00000026680)	ECEL1 (ENSNLEG00000014253)	ENSNLEG00000014297	CHRND (ENSNLEG00000014298)	CHRNG (ENSNLEG00000014319)	TIGD1 (ENSNLEG00000018314)	EIF4E2 (ENSNLEG00000014333)	ENSNLEG00000014349	ENSNLEG00000027182	GIGYF2 (ENSNLEG00000014353)	KCNJ13 (ENSNLEG00000014398)	SNORC (ENSNLEG00000014403)	NGEF (ENSNLEG00000014408)	NEU2 (ENSNLEG00000014420) ##25	INPP5D (ENSNLEG00000008201)	ATG16L1 (ENSNLEG00000008221)	SAG (ENSNLEG00000008337)	DGKD (ENSNLEG00000008355)	ENSNLEG00000008375	UGT1A4 (ENSNLEG00000008395)	ENSNLEG00000033601	ENSNLEG00000008474	HJURP (ENSNLEG00000008476)	ENSNLEG00000008495	TRPM8 (ENSNLEG00000008497)	SPP2 (ENSNLEG00000008531)	SH3BP4 (ENSNLEG00000008547)	ENSNLEG00000010626	GBX2 (ENSNLEG00000010647)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.f	ENSGT00950000183063.c.b.a.e	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000162757.e.b.b	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757.e.a	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.f	ENSGT00950000183063.c.b.a.e	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000162757.e.b.b	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757.e.a	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.f.f	ENSGT00950000183063.c.b.a.f.e	ENSGT00950000183063.c.b.a.e	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757.e.a	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00910000147209
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.f.f	ENSGT00950000183063.c.b.a.f.e	ENSGT00950000183063.c.b.a.e	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757.e.a	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00910000147209
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000160446.d	ENSGT00950000183063.c.b.a.f.f	ENSGT00950000183063.c.b.a.f.e	ENSGT00950000183063.c.b.a.e	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000166673.d.a.a.a.a.b	ENSGT00940000162757.f	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000161627.a.a.a.b.b.b.a.a.b.c.a.b	ENSGT01080000257484.C
Rhesus	MODERN SPECIES	3	ENSMMUG00000016871	ALPI (ENSMMUG00000006985)	ECEL1 (ENSMMUG00000016873)	PRSS56 (ENSMMUG00000041594)	CHRND (ENSMMUG00000022147)	CHRNG (ENSMMUG00000022149)	TIGD1 (ENSMMUG00000022150)	EIF4E2 (ENSMMUG00000022151)	EFHD1 (ENSMMUG00000050546)	GIGYF2 (ENSMMUG00000012211)	ENSMMUG00000056075	KCNJ13 (ENSMMUG00000058645)	ENSMMUG00000058577	SNORC (ENSMMUG00000061033)	NGEF (ENSMMUG00000012216)	NEU2 (ENSMMUG00000001651) ##25	INPP5D (ENSMMUG00000009772)	ATG16L1 (ENSMMUG00000023358)	SAG (ENSMMUG00000023359)	DGKD (ENSMMUG00000005646)	USP40 (ENSMMUG00000005650)	UGT1A1 (ENSMMUG00000021216)	ENSMMUG00000064188	MROH2A (ENSMMUG00000021219)	HJURP (ENSMMUG00000021221)	ENSMMUG00000060899	TRPM8 (ENSMMUG00000046155)	SPP2 (ENSMMUG00000012173)	ENSMMUG00000056429	ENSMMUG00000054595	ARL4C (ENSMMUG00000011516)
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	3	ENSMFAG00000035415	ENSMFAG00000045144	ALPI (ENSMFAG00000043456)	ECEL1 (ENSMFAG00000034405)	PRSS56 (ENSMFAG00000032418)	CHRND (ENSMFAG00000032629)	CHRNG (ENSMFAG00000039032)	EIF4E2 (ENSMFAG00000002558)	EFHD1 (ENSMFAG00000053244)	GIGYF2 (ENSMFAG00000042850)	KCNJ13 (ENSMFAG00000052661)	ENSMFAG00000056149	SNORC (ENSMFAG00000051238)	NGEF (ENSMFAG00000031690)	ENSMFAG00000055643	NEU2 (ENSMFAG00000036521) ##25	INPP5D (ENSMFAG00000032897)	ATG16L1 (ENSMFAG00000037545)	SAG (ENSMFAG00000045450)	DGKD (ENSMFAG00000002861)	USP40 (ENSMFAG00000036495)	UGT1A8 (ENSMFAG00000042349)	ENSMFAG00000056186	ENSMFAG00000039060	MROH2A (ENSMFAG00000045490)	HJURP (ENSMFAG00000000886)	ENSMFAG00000050196	TRPM8 (ENSMFAG00000043208)	SPP2 (ENSMFAG00000044433)	ENSMFAG00000062028	ENSMFAG00000049398
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	525	ENSMNEG00000032015	ENSMNEG00000030189	ALPI (ENSMNEG00000033857)	ECEL1 (ENSMNEG00000043075)	PRSS56 (ENSMNEG00000032780)	CHRND (ENSMNEG00000037306)	CHRNG (ENSMNEG00000026483)	TIGD1 (ENSMNEG00000015811)	EIF4E2 (ENSMNEG00000038383)	EFHD1 (ENSMNEG00000029930)	ENSMNEG00000042625	KCNJ13 (ENSMNEG00000042375)	GIGYF2 (ENSMNEG00000020507)	SNORC (ENSMNEG00000016058)	NGEF (ENSMNEG00000035677)	NEU2 (ENSMNEG00000028399) ##25	INPP5D (ENSMNEG00000028451)	ATG16L1 (ENSMNEG00000030017)	SAG (ENSMNEG00000041266)	DGKD (ENSMNEG00000044349)	USP40 (ENSMNEG00000005725)	ENSMNEG00000040610	UGT1A1 (ENSMNEG00000029757)	MROH2A (ENSMNEG00000007484)	HJURP (ENSMNEG00000040615)	TRPM8 (ENSMNEG00000035109)	SPP2 (ENSMNEG00000034902)	ARL4C (ENSMNEG00000031224)	SH3BP4 (ENSMNEG00000039881)	ENSMNEG00000037145	AGAP1 (ENSMNEG00000028819)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00940000160446.d	ENSGT00390000016730.a.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000162757.e.b.b	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00910000147209	ENSGT00940000154793.C.ab
Olive baboon	MODERN SPECIES	1	ENSPANG00000008391	ECEL1 (ENSPANG00000015931)	ENSPANG00000049911	ALPI (ENSPANG00000020308)	PRSS56 (ENSPANG00000019008)	CHRND (ENSPANG00000006398)	CHRNG (ENSPANG00000019942)	TIGD1 (ENSPANG00000034102)	EIF4E2 (ENSPANG00000015728)	EFHD1 (ENSPANG00000008052)	GIGYF2 (ENSPANG00000013405)	KCNJ13 (ENSPANG00000016248)	SNORC (ENSPANG00000023879)	ENSPANG00000049221	ENSPANG00000044733	NEU2 (ENSPANG00000015222) ##25	INPP5D (ENSPANG00000019973)	ATG16L1 (ENSPANG00000024161)	SAG (ENSPANG00000008753)	DGKD (ENSPANG00000017057)	ENSPANG00000025666	ENSPANG00000040648	UGT1A4 (ENSPANG00000018059)	ENSPANG00000032206	ENSPANG00000030852	MROH2A (ENSPANG00000018452)	HJURP (ENSPANG00000015124)	TRPM8 (ENSPANG00000024755)	SPP2 (ENSPANG00000019534)	ARL4C (ENSPANG00000047505)	SH3BP4 (ENSPANG00000005413)
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000016730.a.b	ENSGT00950000183063.c.b.a.f.e	ENSGT00950000183063.c.b.a.e	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00950000183014.f.a.g.b.b.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757.e.a	ENSGT00940000162757.e.b.b	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Drill	MODERN SPECIES	784	ENSMLEG00000031674	ENSMLEG00000033780	ALPI (ENSMLEG00000041490)	ECEL1 (ENSMLEG00000039300)	PRSS56 (ENSMLEG00000040333)	CHRND (ENSMLEG00000040723)	CHRNG (ENSMLEG00000030051)	TIGD1 (ENSMLEG00000027320)	EIF4E2 (ENSMLEG00000036508)	EFHD1 (ENSMLEG00000035452)	GIGYF2 (ENSMLEG00000035059)	ENSMLEG00000024239	KCNJ13 (ENSMLEG00000029388)	ENSMLEG00000013143	NGEF (ENSMLEG00000043822)	NEU2 (ENSMLEG00000008037) ##25	INPP5D (ENSMLEG00000037654)	ATG16L1 (ENSMLEG00000028574)	SAG (ENSMLEG00000037213)	DGKD (ENSMLEG00000043481)	USP40 (ENSMLEG00000033899)	UGT1A5 (ENSMLEG00000033333)	ENSMLEG00000029773	ENSMLEG00000038711	MROH2A (ENSMLEG00000043616)	HJURP (ENSMLEG00000040399)	ENSMLEG00000036363	TRPM8 (ENSMLEG00000021173)	SPP2 (ENSMLEG00000037361)	ARL4C (ENSMLEG00000027620)	SH3BP4 (ENSMLEG00000037429)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	176	ENSCATG00000042081	ENSCATG00000026734	ALPI (ENSCATG00000041556)	ECEL1 (ENSCATG00000033582)	PRSS56 (ENSCATG00000026127)	CHRND (ENSCATG00000004199)	CHRNG (ENSCATG00000040459)	TIGD1 (ENSCATG00000021481)	EIF4E2 (ENSCATG00000035393)	EFHD1 (ENSCATG00000036158)	GIGYF2 (ENSCATG00000035836)	ENSCATG00000025233	KCNJ13 (ENSCATG00000032603)	SNORC (ENSCATG00000030187)	NGEF (ENSCATG00000042633)	NEU2 (ENSCATG00000032044) ##25	INPP5D (ENSCATG00000014660)	ATG16L1 (ENSCATG00000038684)	SAG (ENSCATG00000045138)	DGKD (ENSCATG00000040893)	USP40 (ENSCATG00000041169)
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	1	DIS3L2 (ENSCSAG00000006618)	ENSCSAG00000006598	ALPI (ENSCSAG00000006570)	ECEL1 (ENSCSAG00000006548)	PRSS56 (ENSCSAG00000006532)	CHRND (ENSCSAG00000006511)	CHRNG (ENSCSAG00000006488)	TIGD1 (ENSCSAG00000006471)	EIF4E2 (ENSCSAG00000006468)	EFHD1 (ENSCSAG00000006462)	GIGYF2 (ENSCSAG00000006455)	KCNJ13 (ENSCSAG00000006446)	SNORC (ENSCSAG00000006442)	NGEF (ENSCSAG00000006432)	ENSCSAG00000006384	NEU2 (ENSCSAG00000006383) ##25	INPP5D (ENSCSAG00000006368)	ATG16L1 (ENSCSAG00000006363)	SAG (ENSCSAG00000006351)	DGKD (ENSCSAG00000006335)	USP40 (ENSCSAG00000006323)	ENSCSAG00000006311	UGT1A5 (ENSCSAG00000006310)	ENSCSAG00000006305	MROH2A (ENSCSAG00000006299)	HJURP (ENSCSAG00000006286)	ENSCSAG00000018793	TRPM8 (ENSCSAG00000006269)	SPP2 (ENSCSAG00000006237)	ARL4C (ENSCSAG00000018795)	SH3BP4 (ENSCSAG00000006235)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	134	ENSGT00390000016730.a.b	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.f	ENSGT00950000183063.c.b.a.e	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993.a	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1985												ENSRBIG00000028674	KCNJ13 (ENSRBIG00000044323)	SNORC (ENSRBIG00000041682)	NGEF (ENSRBIG00000024900)	NEU2 (ENSRBIG00000043741) ##25	INPP5D (ENSRBIG00000033999)	ATG16L1 (ENSRBIG00000043755)	SAG (ENSRBIG00000041139)	DGKD (ENSRBIG00000028481)	USP40 (ENSRBIG00000032860)
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2823																NEU2 (ENSRROG00000035865) ##25	INPP5D (ENSRROG00000030416)	ATG16L1 (ENSRROG00000026820)	SAG (ENSRROG00000009344)	DGKD (ENSRROG00000043324)	USP40 (ENSRROG00000037820)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.f	ENSGT00950000183063.c.b.a.e	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a.d	ENSGT00940000154793.C.ab
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.f	ENSGT00950000183063.c.b.a.e	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a.d	ENSGT00940000154793.C.ab
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.f	ENSGT00950000183063.c.b.a.e	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694.kb.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a.d	ENSGT00940000154793.C.ab
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	128			NPPC (ENSSBOG00000024752)	DIS3L2 (ENSSBOG00000025395)	ALPI (ENSSBOG00000030697)	ECEL1 (ENSSBOG00000021737)	PRSS56 (ENSSBOG00000030959)	CHRND (ENSSBOG00000025903)	CHRNG (ENSSBOG00000031334)	EIF4E2 (ENSSBOG00000007474)	ENSSBOG00000019397	GIGYF2 (ENSSBOG00000021833)	KCNJ13 (ENSSBOG00000021714)	SNORC (ENSSBOG00000019218)	NGEF (ENSSBOG00000030580)	NEU2 (ENSSBOG00000002380) ##25	INPP5D (ENSSBOG00000028279)	ATG16L1 (ENSSBOG00000024084)	ENSSBOG00000021489	SAG (ENSSBOG00000030092)	DGKD (ENSSBOG00000032101)	USP40 (ENSSBOG00000034189)	ENSSBOG00000030178	ENSSBOG00000031447	MROH2A (ENSSBOG00000018561)	HJURP (ENSSBOG00000019880)	ENSSBOG00000025162	TRPM8 (ENSSBOG00000027957)	SPP2 (ENSSBOG00000032899)	ARL4C (ENSSBOG00000033162)	SH3BP4 (ENSSBOG00000034258)
Capuchin	MODERN SPECIES	106													ENSCCAG00000024166	SNORC (ENSCCAG00000021251)	NGEF (ENSCCAG00000027293)	NEU2 (ENSCCAG00000032487) ##25	INPP5D (ENSCCAG00000019399)	ATG16L1 (ENSCCAG00000007793)	SAG (ENSCCAG00000019531)	DGKD (ENSCCAG00000031333)	USP40 (ENSCCAG00000026284)	ENSCCAG00000024565	ENSCCAG00000033013	MROH2A (ENSCCAG00000027970)	HJURP (ENSCCAG00000036106)	ENSCCAG00000026708	TRPM8 (ENSCCAG00000022541)	SPP2 (ENSCCAG00000024513)	ARL4C (ENSCCAG00000024558)	SH3BP4 (ENSCCAG00000020741)	AGAP1 (ENSCCAG00000036651)
Marmoset	MODERN SPECIES	18	ENSCJAG00000013693	ALPI (ENSCJAG00000013702)	ENSCJAG00000047901	ECEL1 (ENSCJAG00000013711)	PRSS56 (ENSCJAG00000047887)	CHRND (ENSCJAG00000013756)	CHRNG (ENSCJAG00000013767)	TIGD1 (ENSCJAG00000013785)	ENSCJAG00000013786	EFHD1 (ENSCJAG00000061912)	GIGYF2 (ENSCJAG00000013816)	ENSCJAG00000082603	KCNJ13 (ENSCJAG00000055490)	SNORC (ENSCJAG00000013948)	NGEF (ENSCJAG00000013953)	NEU2 (ENSCJAG00000013977) ##25	INPP5D (ENSCJAG00000013979)	ATG16L1 (ENSCJAG00000013995)	SAG (ENSCJAG00000014018)	ENSCJAG00000014047	USP40 (ENSCJAG00000014074)	UGT1A1 (ENSCJAG00000014130)	ENSCJAG00000075786	HJURP (ENSCJAG00000014161)	ENSCJAG00000063077	TRPM8 (ENSCJAG00000014167)	SPP2 (ENSCJAG00000071680)	ENSCJAG00000079474	ARL4C (ENSCJAG00000042179)	ENSCJAG00000072928	SH3BP4 (ENSCJAG00000014272)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	940	NPPC (ENSANAG00000034399)	ENSANAG00000019964	ENSANAG00000033066	DIS3L2 (ENSANAG00000020336)	ALPI (ENSANAG00000028390)	ECEL1 (ENSANAG00000034088)	PRSS56 (ENSANAG00000029530)	CHRND (ENSANAG00000021610)	CHRNG (ENSANAG00000025891)	EIF4E2 (ENSANAG00000021475)	EFHD1 (ENSANAG00000022913)	KCNJ13 (ENSANAG00000022912)	GIGYF2 (ENSANAG00000038425)	SNORC (ENSANAG00000021552)	NGEF (ENSANAG00000024538)	NEU2 (ENSANAG00000037129) ##25	INPP5D (ENSANAG00000036916)	ATG16L1 (ENSANAG00000035256)	SAG (ENSANAG00000026665)	DGKD (ENSANAG00000033065)	USP40 (ENSANAG00000036897)	ENSANAG00000035564	HJURP (ENSANAG00000026897)	ENSANAG00000026908	TRPM8 (ENSANAG00000026214)	SPP2 (ENSANAG00000037484)	ARL4C (ENSANAG00000038361)	ENSANAG00000036206	ENSANAG00000019899	AGAP1 (ENSANAG00000033262)	GBX2 (ENSANAG00000028606)
Tarsier	MODERN SPECIES	5674												EFHD1 (ENSTSYG00000037172)	KCNJ13 (ENSTSYG00000002473)	GIGYF2 (ENSTSYG00000002459)	NGEF (ENSTSYG00000009817)	NEU2 (ENSTSYG00000035762) ##25	INPP5D (ENSTSYG00000012323)	ATG16L1 (ENSTSYG00000004454)	SAG (ENSTSYG00000003614)	DGKD (ENSTSYG00000011838)	USP40 (ENSTSYG00000002002)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000155163.b	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	136	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT01020000230346.B.cb	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	766				ENSPCOG00000015412	ECEL1 (ENSPCOG00000015421)	PRSS56 (ENSPCOG00000007542)	CHRND (ENSPCOG00000021358)	CHRNG (ENSPCOG00000023325)	EIF4E2 (ENSPCOG00000017497)	EFHD1 (ENSPCOG00000001355)	GIGYF2 (ENSPCOG00000016546)	ENSPCOG00000016346	KCNJ13 (ENSPCOG00000018354)	SNORC (ENSPCOG00000025441)	NGEF (ENSPCOG00000027129)	NEU2 (ENSPCOG00000025373) ##25	INPP5D (ENSPCOG00000018356)	ATG16L1 (ENSPCOG00000017325)	SAG (ENSPCOG00000027291)	DGKD (ENSPCOG00000013926)	USP40 (ENSPCOG00000019106)
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	948		NPPC (ENSPSMG00000025943)	DIS3L2 (ENSPSMG00000025941)	ENSPSMG00000025940	ECEL1 (ENSPSMG00000025939)	PRSS56 (ENSPSMG00000025938)	CHRND (ENSPSMG00000025937)	CHRNG (ENSPSMG00000025936)	EIF4E2 (ENSPSMG00000025935)	EFHD1 (ENSPSMG00000025934)	KCNJ13 (ENSPSMG00000025933)	GIGYF2 (ENSPSMG00000025932)	SNORC (ENSPSMG00000025931)	NGEF (ENSPSMG00000025930)	ENSPSMG00000025929	NEU2 (ENSPSMG00000025928) ##25	INPP5D (ENSPSMG00000025927)	ATG16L1 (ENSPSMG00000025924)	SAG (ENSPSMG00000025923)	DGKD (ENSPSMG00000025922)	USP40 (ENSPSMG00000025921)
Mouse lemur	MODERN SPECIES	30	NPPC (ENSMICG00000012626)	ENSMICG00000031918	DIS3L2 (ENSMICG00000012086)	ENSMICG00000047057	ECEL1 (ENSMICG00000012136)	PRSS56 (ENSMICG00000034370)	CHRND (ENSMICG00000012154)	CHRNG (ENSMICG00000012165)	ENSMICG00000015082	EFHD1 (ENSMICG00000037057)	ENSMICG00000037782	KCNJ13 (ENSMICG00000042071)	GIGYF2 (ENSMICG00000006695)	SNORC (ENSMICG00000041617)	NGEF (ENSMICG00000006727)	NEU2 (ENSMICG00000037724) ##25	INPP5D (ENSMICG00000006753)	ATG16L1 (ENSMICG00000010261)	SAG (ENSMICG00000010273)	DGKD (ENSMICG00000010285)	ENSMICG00000045220	ENSMICG00000045171	ENSMICG00000042700	MROH2A (ENSMICG00000014627)	HJURP (ENSMICG00000014679)	TRPM8 (ENSMICG00000014693)	SPP2 (ENSMICG00000028114)	ARL4C (ENSMICG00000017503)	ENSMICG00000034713	SH3BP4 (ENSMICG00000004598)	AGAP1 (ENSMICG00000008660)
Bushbaby	MODERN SPECIES	128	NPPC (ENSOGAG00000033544)	ENSOGAG00000027121	DIS3L2 (ENSOGAG00000009137)	ENSOGAG00000009139	ECEL1 (ENSOGAG00000030299)	PRSS56 (ENSOGAG00000034567)	CHRND (ENSOGAG00000009151)	CHRNG (ENSOGAG00000032889)	TIGD1 (ENSOGAG00000030017)	ENSOGAG00000009155	EFHD1 (ENSOGAG00000009834)	KCNJ13 (ENSOGAG00000009842)	GIGYF2 (ENSOGAG00000009836)	SNORC (ENSOGAG00000032214)	NGEF (ENSOGAG00000009126)	NEU2 (ENSOGAG00000013358) ##25	INPP5D (ENSOGAG00000009128)	ENSOGAG00000009134	SAG (ENSOGAG00000009136)	DGKD (ENSOGAG00000009138)	USP40 (ENSOGAG00000009149)	ENSOGAG00000028447	ENSOGAG00000030185	ENSOGAG00000031765	ENSOGAG00000025280	ENSOGAG00000031938	ENSOGAG00000032495
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001
Tree shrew	MODERN SPECIES	618																NEU2 (ENSTBEG00000009855) ##25
Glires	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.h	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.h.a.b	ENSGT00950000183063.c.b.a.h.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.h.a.b	ENSGT00950000183063.c.b.a.h.a.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.h.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b
Guinea pig	MODERN SPECIES	13	COPS7B (ENSCPOG00000020577)	NPPC (ENSCPOG00000027589)	DIS3L2 (ENSCPOG00000005205)	ENSCPOG00000025911	ENSCPOG00000012222	ECEL1 (ENSCPOG00000004617)	PRSS56 (ENSCPOG00000038726)	CHRND (ENSCPOG00000005665)	CHRNG (ENSCPOG00000020372)	EIF4E2 (ENSCPOG00000005668)	EFHD1 (ENSCPOG00000026337)	Kcnj13 (ENSCPOG00000014125)	GIGYF2 (ENSCPOG00000006204)	SNORC (ENSCPOG00000023521)	NGEF (ENSCPOG00000013080)	NEU2 (ENSCPOG00000009389) ##25	INPP5D (ENSCPOG00000011364)	ATG16L1 (ENSCPOG00000011372)	SAG (ENSCPOG00000013680)	DGKD (ENSCPOG00000009544)	USP40 (ENSCPOG00000003324)	ENSCPOG00000035407	UGT1A6 (ENSCPOG00000038016)	MROH2A (ENSCPOG00000006472)	ENSCPOG00000004994	Trpm8 (ENSCPOG00000005510)	SPP2 (ENSCPOG00000014773)	ENSCPOG00000038150	SH3BP4 (ENSCPOG00000023889)	AGAP1 (ENSCPOG00000021863)	GBX2 (ENSCPOG00000020471)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.h.a.b	ENSGT00950000183063.c.b.a.h.a.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.h.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b
Degu	MODERN SPECIES	130	ENSODEG00000011365	ECEL1 (ENSODEG00000007457)	PRSS56 (ENSODEG00000007807)	CHRND (ENSODEG00000007466)	CHRNG (ENSODEG00000012691)	ENSODEG00000008170	EFHD1 (ENSODEG00000009395)	GIGYF2 (ENSODEG00000009987)	KCNJ13 (ENSODEG00000007933)	ENSODEG00000008808	SNORC (ENSODEG00000007643)	NGEF (ENSODEG00000008182)	ENSODEG00000008286	ENSODEG00000008563	ENSODEG00000019569	NEU2 (ENSODEG00000008947) ##25	INPP5D (ENSODEG00000008216)	ENSODEG00000019603	ATG16L1 (ENSODEG00000008154)	SAG (ENSODEG00000008121)	DGKD (ENSODEG00000008384)	ENSODEG00000019500	ENSODEG00000007995	ENSODEG00000008578	UGT1A6 (ENSODEG00000009095)	MROH2A (ENSODEG00000008630)	TRPM8 (ENSODEG00000012967)	SPP2 (ENSODEG00000008199)	ARL4C (ENSODEG00000019668)	SH3BP4 (ENSODEG00000008911)	AGAP1 (ENSODEG00000009204)
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	160	DIS3L2 (ENSCLAG00000010200)	ENSCLAG00000008695	ENSCLAG00000007115	ENSCLAG00000013522	ENSCLAG00000009805	ENSCLAG00000008842	PRSS56 (ENSCLAG00000007988)	CHRND (ENSCLAG00000014396)	CHRNG (ENSCLAG00000008928)	EIF4E2 (ENSCLAG00000008745)	ENSCLAG00000008295	KCNJ13 (ENSCLAG00000006955)	GIGYF2 (ENSCLAG00000009747)	SNORC (ENSCLAG00000010644)	NGEF (ENSCLAG00000016466)	NEU2 (ENSCLAG00000012674) ##25	INPP5D (ENSCLAG00000015629)	ATG16L1 (ENSCLAG00000010328)	SAG (ENSCLAG00000009439)	DGKD (ENSCLAG00000011641)	USP40 (ENSCLAG00000008763)	ENSCLAG00000011557	ENSCLAG00000014326	ENSCLAG00000011830	MROH2A (ENSCLAG00000016264)	HJURP (ENSCLAG00000012207)	TRPM8 (ENSCLAG00000013665)	SPP2 (ENSCLAG00000016002)	ARL4C (ENSCLAG00000010525)	SH3BP4 (ENSCLAG00000009544)	AGAP1 (ENSCLAG00000015901)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	17	DIS3L2 (ENSHGLG00000002429)	ENSHGLG00000020731	ENSHGLG00000002859	ENSHGLG00000003323	ENSHGLG00000003716	ECEL1 (ENSHGLG00000004027)	PRSS56 (ENSHGLG00000004901)	CHRND (ENSHGLG00000006318)	CHRNG (ENSHGLG00000002147)	ENSHGLG00000002618	EFHD1 (ENSHGLG00000002845)	GIGYF2 (ENSHGLG00000001932)	KCNJ13 (ENSHGLG00000002812)	SNORC (ENSHGLG00000002896)	NGEF (ENSHGLG00000003096)	NEU2 (ENSHGLG00000043272) ##25	INPP5D (ENSHGLG00000003850)	ATG16L1 (ENSHGLG00000019537)	SAG (ENSHGLG00000007228)	USP40 (ENSHGLG00000009619)	ENSHGLG00000047617	ENSHGLG00000047348	ENSHGLG00000047101	ENSHGLG00000039591	ENSHGLG00000002754	ENSHGLG00000003078	ENSHGLG00000050789	TRPM8 (ENSHGLG00000003296)	SPP2 (ENSHGLG00000003921)	ARL4C (ENSHGLG00000020294)	ENSHGLG00000049334
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.c	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.c	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	560						ECEL1 (ENSUPAG00010010150)	PRSS56 (ENSUPAG00010010200)	CHRND (ENSUPAG00010010221)	CHRNG (ENSUPAG00010010236)	EIF4E2 (ENSUPAG00010010248)	EFHD1 (ENSUPAG00010010287)	GIGYF2 (ENSUPAG00010010298)	KCNJ13 (ENSUPAG00010010419)	SNORC (ENSUPAG00010010426)	NGEF (ENSUPAG00010010438)	NEU2 (ENSUPAG00010010475) ##25	INPP5D (ENSUPAG00010010491)	ATG16L1 (ENSUPAG00010010555)	SAG (ENSUPAG00010010650)	DGKD (ENSUPAG00010010686)	USP40 (ENSUPAG00010010768)
Squirrel	MODERN SPECIES	125	ENSSTOG00000022984	DIS3L2 (ENSSTOG00000005668)	ENSSTOG00000024416	ENSSTOG00000005441	ENSSTOG00000005478	ECEL1 (ENSSTOG00000005389)	PRSS56 (ENSSTOG00000021941)	CHRND (ENSSTOG00000003464)	CHRNG (ENSSTOG00000003488)	EIF4E2 (ENSSTOG00000003508)	EFHD1 (ENSSTOG00000027897)	KCNJ13 (ENSSTOG00000011265)	GIGYF2 (ENSSTOG00000011221)	SNORC (ENSSTOG00000022104)	NGEF (ENSSTOG00000025780)	NEU2 (ENSSTOG00000028510) ##25	INPP5D (ENSSTOG00000011273)	ATG16L1 (ENSSTOG00000027288)	SAG (ENSSTOG00000011295)	DGKD (ENSSTOG00000011312)	USP40 (ENSSTOG00000011333)	ENSSTOG00000020425	ENSSTOG00000031804	ENSSTOG00000031047	MROH2A (ENSSTOG00000004577)	ENSSTOG00000033781	TRPM8 (ENSSTOG00000014749)	SPP2 (ENSSTOG00000023763)	ARL4C (ENSSTOG00000023217)	SH3BP4 (ENSSTOG00000016367)	AGAP1 (ENSSTOG00000005826)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	8	NPPC (ENSMMMG00000001745)	DIS3L2 (ENSMMMG00000001761)	ENSMMMG00000001848	ENSMMMG00000001904	ENSMMMG00000001927	ENSMMMG00000002016	PRSS56 (ENSMMMG00000002024)	CHRND (ENSMMMG00000002047)	CHRNG (ENSMMMG00000002089)	EIF4E2 (ENSMMMG00000002124)	EFHD1 (ENSMMMG00000002254)	GIGYF2 (ENSMMMG00000002305)	KCNJ13 (ENSMMMG00000002428)	SNORC (ENSMMMG00000002441)	NGEF (ENSMMMG00000002453)	NEU2 (ENSMMMG00000002492) ##25	INPP5D (ENSMMMG00000002532)	ATG16L1 (ENSMMMG00000002802)	SAG (ENSMMMG00000003012)	DGKD (ENSMMMG00000003046)	USP40 (ENSMMMG00000003147)	UGT1A6 (ENSMMMG00000003279)	ENSMMMG00000003353	MROH2A (ENSMMMG00000003365)	ENSMMMG00000003423	TRPM8 (ENSMMMG00000003533)	SPP2 (ENSMMMG00000003655)	ARL4C (ENSMMMG00000003661)	SH3BP4 (ENSMMMG00000003701)	AGAP1 (ENSMMMG00000003728)	GBX2 (ENSMMMG00000003792)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	DIS3L2 (ENSSVLG00005014337)	ENSSVLG00005014581	ENSSVLG00005014716	ENSSVLG00005014847	ENSSVLG00005014965	ECEL1 (ENSSVLG00005015117)	PRSS56 (ENSSVLG00005015425)	CHRND (ENSSVLG00005015554)	CHRNG (ENSSVLG00005015809)	EIF4E2 (ENSSVLG00005016039)	EFHD1 (ENSSVLG00005016192)	GIGYF2 (ENSSVLG00005016304)	KCNJ13 (ENSSVLG00005017273)	SNORC (ENSSVLG00005017334)	NGEF (ENSSVLG00005017389)	NEU2 (ENSSVLG00005017599) ##25	INPP5D (ENSSVLG00005017670)	ATG16L1 (ENSSVLG00005018238)	SAG (ENSSVLG00005018394)	DGKD (ENSSVLG00005018560)	USP40 (ENSSVLG00005018876)	UGT1A1 (ENSSVLG00005019841)	ENSSVLG00005020320	MROH2A (ENSSVLG00005020369)	ENSSVLG00005020986	TRPM8 (ENSSVLG00005021126)	ENSSVLG00005021538	ARL4C (ENSSVLG00005021610)	SH3BP4 (ENSSVLG00005021655)	ENSSVLG00005021682	AGAP1 (ENSSVLG00005021722)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764.b	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.b	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764.b	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.b	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.b	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a.h	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764.b	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.b	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a.h	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764.b	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab
Prairie vole	MODERN SPECIES	354	ENSMOCG00000018510	ENSMOCG00000004592	Alppl2 (ENSMOCG00000022976)	Alpi (ENSMOCG00000011249)	Akp3 (ENSMOCG00000012632)	Ecel1 (ENSMOCG00000008186)	Prss56 (ENSMOCG00000011758)	Chrnd (ENSMOCG00000000799)	Chrng (ENSMOCG00000018754)	Eif4e2 (ENSMOCG00000008758)	Efhd1 (ENSMOCG00000022970)	Kcnj13 (ENSMOCG00000022855)	Gigyf2 (ENSMOCG00000013293)	Snorc (ENSMOCG00000001806)	Ngef (ENSMOCG00000019945)	Neu2 (ENSMOCG00000016430) ##25	Inpp5d (ENSMOCG00000020774)	Atg16l1 (ENSMOCG00000022107)	Sag (ENSMOCG00000010548)	Dgkd (ENSMOCG00000013358)	Usp40 (ENSMOCG00000013866)	Dnajb3 (ENSMOCG00000005295)	Ugt1a1 (ENSMOCG00000006377)	Mroh2a (ENSMOCG00000016439)	Hjurp (ENSMOCG00000013256)	Trpm8 (ENSMOCG00000011314)	Spp2 (ENSMOCG00000019546)	Arl4c (ENSMOCG00000006232)	Sh3bp4 (ENSMOCG00000008692)	Agap1 (ENSMOCG00000017793)	Gbx2 (ENSMOCG00000000815)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	418																Neu2 (ENSPEMG00000017140) ##25
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.b	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a.h	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	1	DIS3L2 (ENSCGRG00001005191)	ENSCGRG00001023489	ENSCGRG00001023274	Alpi (ENSCGRG00001024804)	Akp3 (ENSCGRG00001024150)	Ecel1 (ENSCGRG00001005468)	Prss56 (ENSCGRG00001023503)	Chrnd (ENSCGRG00001023554)	Chrng (ENSCGRG00001024089)	Eif4e2 (ENSCGRG00001003718)	Efhd1 (ENSCGRG00001024382)	Gigyf2 (ENSCGRG00001023425)	Kcnj13 (ENSCGRG00001010311)	Snorc (ENSCGRG00001000683)	Ngef (ENSCGRG00001001643)	NEU2 (ENSCGRG00001023529) ##25	Inpp5d (ENSCGRG00001023640)	Atg16l1 (ENSCGRG00001024596)	Sag (ENSCGRG00001024487)	Dgkd (ENSCGRG00001024793)	Usp40 (ENSCGRG00001007804)	ENSCGRG00001000882	Dnajb3 (ENSCGRG00001009691)	Mroh2a (ENSCGRG00001000590)	Hjurp (ENSCGRG00001024392)	Trpm8 (ENSCGRG00001024258)	Spp2 (ENSCGRG00001024730)	Arl4c (ENSCGRG00001010866)	ENSCGRG00001024628	Sh3bp4 (ENSCGRG00001009956)	ENSCGRG00001024137
Golden Hamster	MODERN SPECIES	741	Nppc (ENSMAUG00000021763)	Dis3l2 (ENSMAUG00000011690)	Alppl2 (ENSMAUG00000013838)	ENSMAUG00000011755	ENSMAUG00000021549	Ecel1 (ENSMAUG00000007933)	Prss56 (ENSMAUG00000000775)	Chrnd (ENSMAUG00000018866)	Chrng (ENSMAUG00000021801)	Eif4e2 (ENSMAUG00000002151)	Efhd1 (ENSMAUG00000014215)	Kcnj13 (ENSMAUG00000010435)	Gigyf2 (ENSMAUG00000020908)	Snorc (ENSMAUG00000019733)	ENSMAUG00000016226	Neu2 (ENSMAUG00000011638) ##25	Inpp5d (ENSMAUG00000007862)	Atg16l1 (ENSMAUG00000000887)	Sag (ENSMAUG00000009306)	ENSMAUG00000013820	ENSMAUG00000018423	Dnajb3 (ENSMAUG00000006882)	Ugt1a1 (ENSMAUG00000003905)	Mroh2a (ENSMAUG00000019179)	Hjurp (ENSMAUG00000017670)	ENSMAUG00000020036	Spp2 (ENSMAUG00000019000)	Sh3bp4 (ENSMAUG00000015955)	Agap1 (ENSMAUG00000013197)	Gbx2 (ENSMAUG00000021102)	Asb18 (ENSMAUG00000011343)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.b	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Mus	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.b	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976.g	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000162976.f	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.b	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976.g	ENSGT00940000162976.f	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.b	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976.g.b	ENSGT00940000163976.g.a	ENSGT00940000163976.h	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976.g	ENSGT00940000162976.f	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575
Mouse	MODERN SPECIES		Nppc (ENSMUSG00000026241)	Dis3l2 (ENSMUSG00000053333)	Alppl2 (ENSMUSG00000026246)	Alpi (ENSMUSG00000079440)	Akp3 (ENSMUSG00000036500)	Ecel1 (ENSMUSG00000026247)	Prss56 (ENSMUSG00000036480)	Chrnd (ENSMUSG00000026251)	Chrng (ENSMUSG00000026253)	Eif4e2 (ENSMUSG00000026254)	Efhd1 (ENSMUSG00000026255)	Gigyf2 (ENSMUSG00000048000)	Kcnj13 (ENSMUSG00000079436)	Snorc (ENSMUSG00000026258)	Ngef (ENSMUSG00000026259)	Neu2 (ENSMUSG00000079434) ##25	Inpp5d (ENSMUSG00000026288)	Atg16l1 (ENSMUSG00000026289)	Sag (ENSMUSG00000056055)	Dgkd (ENSMUSG00000070738)	Usp40 (ENSMUSG00000005501)	Ugt1a10 (ENSMUSG00000090165)	Ugt1a9 (ENSMUSG00000090175)	Ugt1a8 (ENSMUSG00000089675)	Ugt1a7c (ENSMUSG00000090124)	Ugt1a6b (ENSMUSG00000090145)	Ugt1a6a (ENSMUSG00000054545)	Ugt1a5 (ENSMUSG00000089943)	Ugt1a2 (ENSMUSG00000090171)	Dnajb3 (ENSMUSG00000081984)	Ugt1a1 (ENSMUSG00000089960)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.b	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.a.a	ENSGT00950000183063.c.b.a.g.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976.g.a	ENSGT00940000163976.h	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976.g	ENSGT00940000162976.f	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2747				ENSMSIG00000001751	Alpi (ENSMSIG00000001669)	Akp3 (ENSMSIG00000001569)	Ecel1 (ENSMSIG00000001519)	Prss56 (ENSMSIG00000001460)	Chrnd (ENSMSIG00000001398)	Chrng (ENSMSIG00000001352)	ENSMSIG00000001150	Kcnj13 (ENSMSIG00000001120)	Gigyf2 (ENSMSIG00000000905)	Snorc (ENSMSIG00000000861)	Ngef (ENSMSIG00000000748)	Neu2 (ENSMSIG00000000622) ##25	Inpp5d (ENSMSIG00000000171)	Atg16l1 (ENSMSIG00000032221)	Sag (ENSMSIG00000032220)	Dgkd (ENSMSIG00000032219)	Usp40 (ENSMSIG00000032218)	ENSMSIG00000032217
spretus	MODERN SPECIES		Nppc (MGP_SPRETEiJ_G0015170)	Dis3l2 (MGP_SPRETEiJ_G0015171)	Alppl2 (MGP_SPRETEiJ_G0015172)	Alpi (MGP_SPRETEiJ_G0015173)	Akp3 (MGP_SPRETEiJ_G0015174)	Ecel1 (MGP_SPRETEiJ_G0015175)	Prss56 (MGP_SPRETEiJ_G0015176)	Chrnd (MGP_SPRETEiJ_G0015177)	Chrng (MGP_SPRETEiJ_G0015178)	Eif4e2 (MGP_SPRETEiJ_G0015179)	Efhd1 (MGP_SPRETEiJ_G0015180)	Gigyf2 (MGP_SPRETEiJ_G0015181)	Kcnj13 (MGP_SPRETEiJ_G0015182)	Snorc (MGP_SPRETEiJ_G0015183)	Ngef (MGP_SPRETEiJ_G0015184)	Neu2 (MGP_SPRETEiJ_G0015185) ##25	Inpp5d (MGP_SPRETEiJ_G0015186)	Atg16l1 (MGP_SPRETEiJ_G0015187)	Sag (MGP_SPRETEiJ_G0015188)	Dgkd (MGP_SPRETEiJ_G0015189)	Usp40 (MGP_SPRETEiJ_G0015190)	MGP_SPRETEiJ_G0015191	Ugt1a9 (MGP_SPRETEiJ_G0015192)	Ugt1a8 (MGP_SPRETEiJ_G0015193)	MGP_SPRETEiJ_G0015194	MGP_SPRETEiJ_G0015196	MGP_SPRETEiJ_G0015195	Ugt1a5 (MGP_SPRETEiJ_G0015197)	Ugt1a2 (MGP_SPRETEiJ_G0015198)	Dnajb3 (MGP_SPRETEiJ_G0015199)	Ugt1a1 (MGP_SPRETEiJ_G0015200)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES		Nppc (MGP_CAROLIEiJ_G0014368)	Dis3l2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014369)	Alppl2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014370)	Alpi (MGP_CAROLIEiJ_G0014371)	Akp3 (MGP_CAROLIEiJ_G0014372)	Ecel1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014373)	Prss56 (MGP_CAROLIEiJ_G0014374)	Chrnd (MGP_CAROLIEiJ_G0014375)	Chrng (MGP_CAROLIEiJ_G0014376)	Eif4e2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014377)	Efhd1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014378)	Gigyf2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014379)	Kcnj13 (MGP_CAROLIEiJ_G0014380)	Snorc (MGP_CAROLIEiJ_G0014381)	Ngef (MGP_CAROLIEiJ_G0014382)	Neu2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014383) ##25	Inpp5d (MGP_CAROLIEiJ_G0014384)	Atg16l1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014385)	Sag (MGP_CAROLIEiJ_G0014386)	Dgkd (MGP_CAROLIEiJ_G0014387)	MGP_CAROLIEiJ_G0014388	MGP_CAROLIEiJ_G0014389	MGP_CAROLIEiJ_G0014391	MGP_CAROLIEiJ_G0014390	MGP_CAROLIEiJ_G0014392	Ugt1a5 (MGP_CAROLIEiJ_G0014393)	Ugt1a2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014394)	Dnajb3 (MGP_CAROLIEiJ_G0014395)	Ugt1a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014396)	MGP_CAROLIEiJ_G0014397	Hjurp (MGP_CAROLIEiJ_G0014398)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	18	Nppc (MGP_PahariEiJ_G0027605)	Dis3l2 (MGP_PahariEiJ_G0027606)	Alppl2 (MGP_PahariEiJ_G0027607)	MGP_PahariEiJ_G0027608	Akp3 (MGP_PahariEiJ_G0027609)	Ecel1 (MGP_PahariEiJ_G0027610)	Prss56 (MGP_PahariEiJ_G0027611)	Chrnd (MGP_PahariEiJ_G0027612)	Chrng (MGP_PahariEiJ_G0027613)	Eif4e2 (MGP_PahariEiJ_G0027614)	Efhd1 (MGP_PahariEiJ_G0027615)	Gigyf2 (MGP_PahariEiJ_G0027616)	Kcnj13 (MGP_PahariEiJ_G0027617)	Snorc (MGP_PahariEiJ_G0027618)	Ngef (MGP_PahariEiJ_G0027619)	Neu2 (MGP_PahariEiJ_G0027620) ##25	Inpp5d (MGP_PahariEiJ_G0027621)	Atg16l1 (MGP_PahariEiJ_G0027622)	Sag (MGP_PahariEiJ_G0027623)	Dgkd (MGP_PahariEiJ_G0027624)	Usp40 (MGP_PahariEiJ_G0027625)	MGP_PahariEiJ_G0027626	MGP_PahariEiJ_G0027627	MGP_PahariEiJ_G0027628	MGP_PahariEiJ_G0027629	Ugt1a2 (MGP_PahariEiJ_G0027630)	Dnajb3 (MGP_PahariEiJ_G0027631)	Ugt1a1 (MGP_PahariEiJ_G0027632)	Mroh2a (MGP_PahariEiJ_G0027633)	Hjurp (MGP_PahariEiJ_G0027634)	Trpm8 (MGP_PahariEiJ_G0027635)
Rat	MODERN SPECIES	19	Dis3l2 (ENSRNOG00000018931)	Alpg (ENSRNOG00000042889)	Alpp (ENSRNOG00000033672)	Alpi (ENSRNOG00000030020)	Akp3 (ENSRNOG00000058652)	Ecel1 (ENSRNOG00000019447)	Prss56 (ENSRNOG00000029865)	Chrnd (ENSRNOG00000019527)	Chrng (ENSRNOG00000019634)	Efhd1 (ENSRNOG00000015596)	Gigyf2 (ENSRNOG00000023577)	Kcnj13 (ENSRNOG00000016057)	Snorc (ENSRNOG00000016606)	Ngef (ENSRNOG00000016653)	AABR07068274.1 (ENSRNOG00000053030)	Neu2 (ENSRNOG00000016962) ##25	Inpp5d (ENSRNOG00000017020)	Atg16l1 (ENSRNOG00000017913)	Sag (ENSRNOG00000018185)	Dgkd (ENSRNOG00000023238)	Usp40 (ENSRNOG00000018395)	Ugt1a8 (ENSRNOG00000018740)	Dnajb3 (ENSRNOG00000023172)	Mroh2a (ENSRNOG00000042182)	Hjurp (ENSRNOG00000022911)	Trpm8 (ENSRNOG00000019035)	Spp2 (ENSRNOG00000053244)	Arl4c (ENSRNOG00000069663)	Sh3bp4 (ENSRNOG00000019316)	ENSRNOG00000067510	Agap1 (ENSRNOG00000019476)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1025	ENSNGAG00000012721	Alppl2 (ENSNGAG00000007677)	Alpi (ENSNGAG00000021522)	Akp3 (ENSNGAG00000024281)	Ecel1 (ENSNGAG00000022167)	Prss56 (ENSNGAG00000013299)	Chrnd (ENSNGAG00000011694)	Chrng (ENSNGAG00000024256)	Eif4e2 (ENSNGAG00000023460)	ENSNGAG00000023639	Efhd1 (ENSNGAG00000010988)	Gigyf2 (ENSNGAG00000021928)	Kcnj13 (ENSNGAG00000012902)	Snorc (ENSNGAG00000024106)	Ngef (ENSNGAG00000021896)	Neu2 (ENSNGAG00000022876) ##25	Inpp5d (ENSNGAG00000015967)	Atg16l1 (ENSNGAG00000014060)	Sag (ENSNGAG00000005059)	Dgkd (ENSNGAG00000006417)	Usp40 (ENSNGAG00000024086)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	90					ENSJJAG00000016952	ENSJJAG00000022197	Dis3l2 (ENSJJAG00000002276)	Akp3 (ENSJJAG00000013445)	Chrnd (ENSJJAG00000019938)	Chrng (ENSJJAG00000015692)	Eif4e2 (ENSJJAG00000022718)	ENSJJAG00000003092	Kcnj13 (ENSJJAG00000019026)	ENSJJAG00000022856	Ngef (ENSJJAG00000016912)	Neu2 (ENSJJAG00000019484) ##25	Inpp5d (ENSJJAG00000022473)	Atg16l1 (ENSJJAG00000015516)	Sag (ENSJJAG00000018663)	Dgkd (ENSJJAG00000017454)	Ugt1a1 (ENSJJAG00000008443)	Mroh2a (ENSJJAG00000016234)	ENSJJAG00000015930	Trpm8 (ENSJJAG00000021473)	Spp2 (ENSJJAG00000019044)	Arl4c (ENSJJAG00000010006)	ENSJJAG00000018097	Sh3bp4 (ENSJJAG00000024353)	Agap1 (ENSJJAG00000013750)	Gbx2 (ENSJJAG00000012862)	Iqca (ENSJJAG00000018469)
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	320	Dis3l2 (ENSDORG00000013139)	ENSDORG00000005130	Akp3 (ENSDORG00000002307)	Ecel1 (ENSDORG00000015517)	Prss56 (ENSDORG00000026129)	Chrnd (ENSDORG00000011348)	Chrng (ENSDORG00000011349)	Eif4e2 (ENSDORG00000011357)	Efhd1 (ENSDORG00000026146)	ENSDORG00000023267	Kcnj13 (ENSDORG00000005425)	ENSDORG00000023468	ENSDORG00000027363	ENSDORG00000029978	ENSDORG00000026631	Neu2 (ENSDORG00000025920) ##25	Inpp5d (ENSDORG00000015370)	Atg16l1 (ENSDORG00000000191)	Sag (ENSDORG00000000192)	Dgkd (ENSDORG00000013135)	ENSDORG00000026319	ENSDORG00000007480	ENSDORG00000024133	ENSDORG00000029743	Mroh2a (ENSDORG00000007483)	Trpm8 (ENSDORG00000001000)	Spp2 (ENSDORG00000025268)	Arl4c (ENSDORG00000028955)	Sh3bp4 (ENSDORG00000008492)	ENSDORG00000028590	ENSDORG00000005374
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	137					ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a
Pika	DUPLICATION
Pika	MODERN SPECIES	4998														SNORC (ENSOPRG00000009168)	NGEF (ENSOPRG00000009175)	ENSOPRG00000009208 ##25
Pika	MODERN SPECIES	411																ENSOPRG00000014289 ##25	INPP5D (ENSOPRG00000014301)	ATG16L1 (ENSOPRG00000014348)	SAG (ENSOPRG00000014374)
Rabbit	MODERN SPECIES	469				ENSOCUG00000031740	ENSOCUG00000026418	ENSOCUG00000009528	ECEL1 (ENSOCUG00000009536)	PRSS56 (ENSOCUG00000027718)	CHRND (ENSOCUG00000027279)	CHRNG (ENSOCUG00000024541)	EIF4E2 (ENSOCUG00000004535)	EFHD1 (ENSOCUG00000014497)	GIGYF2 (ENSOCUG00000001982)	KCNJ13 (ENSOCUG00000003489)	ENSOCUG00000015626	NEU2 (ENSOCUG00000014705) ##25	INPP5D (ENSOCUG00000025954)	ATG16L1 (ENSOCUG00000015285)	SAG (ENSOCUG00000015303)	DGKD (ENSOCUG00000001873)	USP40 (ENSOCUG00000001884)	ENSOCUG00000001570	ENSOCUG00000031606	ENSOCUG00000026870	MROH2A (ENSOCUG00000011162)	ENSOCUG00000011170	TRPM8 (ENSOCUG00000002047)	ENSOCUG00000002056	ARL4C (ENSOCUG00000005758)	SH3BP4 (ENSOCUG00000016982)
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT01070000254916	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01070000254916	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab
Suina	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01070000254916	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b
Pig	MODERN SPECIES	6	ENSSSCG00000043146	ENSSSCG00000057909	ENSSSCG00000053339	ENSSSCG00000016284	ECEL1 (ENSSSCG00000016285)	PRSS56 (ENSSSCG00000016286)	CHRND (ENSSSCG00000057051)	CHRNG (ENSSSCG00000053123)	EIF4E2 (ENSSSCG00000038466)	EFHD1 (ENSSSCG00000016290)	ENSSSCG00000063355	KCNJ13 (ENSSSCG00000025038)	GIGYF2 (ENSSSCG00000016291)	SNORC (ENSSSCG00000016294)	NGEF (ENSSSCG00000016295)	NEU2 (ENSSSCG00000016297) ##25	INPP5D (ENSSSCG00000016298)	ATG16L1 (ENSSSCG00000016300)	SAG (ENSSSCG00000016301)	DGKD (ENSSSCG00000009432)	USP40 (ENSSSCG00000016306)	ENSSSCG00000036274	ENSSSCG00000028217	MROH2A (ENSSSCG00000016305)	HJURP (ENSSSCG00000016313)	TRPM8 (ENSSSCG00000016314)	SPP2 (ENSSSCG00000016315)	ARL4C (ENSSSCG00000034293)	ENSSSCG00000054647	SH3BP4 (ENSSSCG00000034692)	AGAP1 (ENSSSCG00000016317)
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	810	ENSCWAG00000003989	COPS7B (ENSCWAG00000003869)	NPPC (ENSCWAG00000003830)	DIS3L2 (ENSCWAG00000003772)	ENSCWAG00000003698	ECEL1 (ENSCWAG00000021638)	PRSS56 (ENSCWAG00000021619)	CHRND (ENSCWAG00000021600)	CHRNG (ENSCWAG00000021585)	EIF4E2 (ENSCWAG00000021562)	EFHD1 (ENSCWAG00000021550)	KCNJ13 (ENSCWAG00000021545)	GIGYF2 (ENSCWAG00000021504)	SNORC (ENSCWAG00000021494)	NGEF (ENSCWAG00000021480)	NEU2 (ENSCWAG00000021469) ##25	INPP5D (ENSCWAG00000021461)	ATG16L1 (ENSCWAG00000021418)	SAG (ENSCWAG00000021393)	DGKD (ENSCWAG00000021380)	USP40 (ENSCWAG00000021340)	ENSCWAG00000021325	ENSCWAG00000021256	MROH2A (ENSCWAG00000021138)	ENSCWAG00000021072	TRPM8 (ENSCWAG00000021012)	SPP2 (ENSCWAG00000020992)	ARL4C (ENSCWAG00000020977)	SH3BP4 (ENSCWAG00000020969)	AGAP1 (ENSCWAG00000020809)	GBX2 (ENSCWAG00000020784)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	106																ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT01030000236316	ENSGT00940000154793.C.ab
Arabian camel	MODERN SPECIES	31	ENSCDRG00005006811	NPPC (ENSCDRG00005006853)	DIS3L2 (ENSCDRG00005006923)	ENSCDRG00005007357	ENSCDRG00005007443	ECEL1 (ENSCDRG00005007521)	PRSS56 (ENSCDRG00005007613)	CHRND (ENSCDRG00005007843)	CHRNG (ENSCDRG00005008046)	EIF4E2 (ENSCDRG00005008311)	EFHD1 (ENSCDRG00005008589)	GIGYF2 (ENSCDRG00005008713)	KCNJ13 (ENSCDRG00005008862)	SNORC (ENSCDRG00005008971)	NGEF (ENSCDRG00005009051)	NEU2 (ENSCDRG00005009286) ##25	INPP5D (ENSCDRG00005009359)	ATG16L1 (ENSCDRG00005009769)	SAG (ENSCDRG00005010393)	DGKD (ENSCDRG00005010577)	USP40 (ENSCDRG00005010949)	UGT1A1 (ENSCDRG00005011851)	ENSCDRG00005011972	MROH2A (ENSCDRG00005012005)	ENSCDRG00005012337	TRPM8 (ENSCDRG00005012445)	SPP2 (ENSCDRG00005013014)	ARL4C (ENSCDRG00005013071)	SH3BP4 (ENSCDRG00005013122)	ENSCDRG00005013165	AGAP1 (ENSCDRG00005013275)
Alpaca	MODERN SPECIES	3681																ENSVPAG00000001074 ##25
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000168496	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00390000005575.c.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000000263.cb	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00390000005575.c.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056
Narwhal	MODERN SPECIES	302	COPS7B (ENSMMNG00015011049)	NPPC (ENSMMNG00015011026)	DIS3L2 (ENSMMNG00015010976)	ENSMMNG00015010938	ECEL1 (ENSMMNG00015010887)	PRSS56 (ENSMMNG00015010839)	CHRND (ENSMMNG00015010774)	CHRNG (ENSMMNG00015010700)	EIF4E2 (ENSMMNG00015010637)	EFHD1 (ENSMMNG00015010596)	KCNJ13 (ENSMMNG00015010580)	GIGYF2 (ENSMMNG00015010511)	SNORC (ENSMMNG00015010488)	ENSMMNG00015010472	ENSMMNG00015010455	NEU2 (ENSMMNG00015010417) ##25	INPP5D (ENSMMNG00015010358)	ATG16L1 (ENSMMNG00015010252)	SAG (ENSMMNG00015010210)	DGKD (ENSMMNG00015010070)	ENSMMNG00015009079	USP40 (ENSMMNG00015009011)	ENSMMNG00015008978	ENSMMNG00015008941	ENSMMNG00015008890	TRPM8 (ENSMMNG00015008847)	SPP2 (ENSMMNG00015008815)	ARL4C (ENSMMNG00015008808)	SH3BP4 (ENSMMNG00015008800)	AGAP1 (ENSMMNG00015008720)	GBX2 (ENSMMNG00015008671)
Beluga whale	MODERN SPECIES	84	ENSDLEG00000009273	COPS7B (ENSDLEG00000009314)	NPPC (ENSDLEG00000009331)	DIS3L2 (ENSDLEG00000009364)	ALPI (ENSDLEG00000009521)	ECEL1 (ENSDLEG00000009547)	PRSS56 (ENSDLEG00000009645)	CHRND (ENSDLEG00000009678)	CHRNG (ENSDLEG00000009718)	EIF4E2 (ENSDLEG00000009766)	EFHD1 (ENSDLEG00000009784)	GIGYF2 (ENSDLEG00000009809)	KCNJ13 (ENSDLEG00000009956)	SNORC (ENSDLEG00000009974)	NGEF (ENSDLEG00000009998)	NEU2 (ENSDLEG00000010053) ##25	INPP5D (ENSDLEG00000010154)	ENSDLEG00000010415	ATG16L1 (ENSDLEG00000010427)	SAG (ENSDLEG00000010510)	DGKD (ENSDLEG00000010768)	USP40 (ENSDLEG00000012848)	ENSDLEG00000016375	DNAJB3 (ENSDLEG00000016461)	ENSDLEG00000016471	ENSDLEG00000016489	TRPM8 (ENSDLEG00000016562)	SPP2 (ENSDLEG00000017377)	ARL4C (ENSDLEG00000017399)	SH3BP4 (ENSDLEG00000017412)	AGAP1 (ENSDLEG00000017441)
Dolphin	MODERN SPECIES	3546																NEU2 (ENSTTRG00000016299) ##25	INPP5D (ENSTTRG00000016300)	ATG16L1 (ENSTTRG00000016301)	SAG (ENSTTRG00000016302)
Sperm whale	MODERN SPECIES	11	ASB18 (ENSPCTG00005021991)	AGAP1 (ENSPCTG00005021347)	SPP2 (ENSPCTG00005021218)	TRPM8 (ENSPCTG00005021020)	HJURP (ENSPCTG00005020990)	DNAJB3 (ENSPCTG00005020979)	ENSPCTG00005020965	ENSPCTG00005020954	UGT1A1 (ENSPCTG00005020821)	USP40 (ENSPCTG00005020441)	DGKD (ENSPCTG00005020040)	ATG16L1 (ENSPCTG00005019908)	EFHD1 (ENSPCTG00005019837)	KCNJ13 (ENSPCTG00005019789)	GIGYF2 (ENSPCTG00005019661)	NEU2 (ENSPCTG00005019547) ##25	ENSPCTG00005019529	INPP5D (ENSPCTG00005019085)	ECEL1 (ENSPCTG00005018793)	ENSPCTG00005018668	DIS3L2 (ENSPCTG00005018528)	NPPC (ENSPCTG00005018493)	COPS7B (ENSPCTG00005018356)	PDE6D (ENSPCTG00005018272)	PTMA (ENSPCTG00005018193)	NMUR1 (ENSPCTG00005018148)	NCL (ENSPCTG00005018105)	B3GNT7 (ENSPCTG00005018075)	ARMC9 (ENSPCTG00005017555)	HTR2B (ENSPCTG00005017473)	PSMD1 (ENSPCTG00005017038)
Blue whale	MODERN SPECIES	18	NPPC (ENSBMSG00010000856)	DIS3L2 (ENSBMSG00010000878)	ENSBMSG00010000896	ENSBMSG00010000934	ECEL1 (ENSBMSG00010000996)	PRSS56 (ENSBMSG00010001039)	CHRND (ENSBMSG00010001080)	CHRNG (ENSBMSG00010001142)	ENSBMSG00010001217	EFHD1 (ENSBMSG00010001263)	GIGYF2 (ENSBMSG00010001302)	KCNJ13 (ENSBMSG00010001335)	SNORC (ENSBMSG00010001351)	ENSBMSG00010001366	ENSBMSG00010001382	NEU2 (ENSBMSG00010001399) ##25	INPP5D (ENSBMSG00010001433)	ENSBMSG00010001490	ATG16L1 (ENSBMSG00010001521)	SAG (ENSBMSG00010001658)	DGKD (ENSBMSG00010001684)	USP40 (ENSBMSG00010001729)	UGT1A1 (ENSBMSG00010001772)	ENSBMSG00010001823	MROH2A (ENSBMSG00010001850)	ENSBMSG00010001894	TRPM8 (ENSBMSG00010001935)	SPP2 (ENSBMSG00010002027)	ARL4C (ENSBMSG00010002044)	SH3BP4 (ENSBMSG00010002065)	AGAP1 (ENSBMSG00010002133)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000002480	ENSGT01090000260070.B	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a	ENSGT01020000230683	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT00390000017672	ENSGT00940000162735	ENSGT00940000159768	ENSGT00940000161580	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab
Yarkand deer	MODERN SPECIES	12	GJB4 (ENSCHYG00000005507)	GJB5 (ENSCHYG00000005520)	ENSCHYG00000005532	C1orf94 (ENSCHYG00000005554)	CSMD2 (ENSCHYG00000005711)	HMGB4 (ENSCHYG00000006251)	ZSCAN20 (ENSCHYG00000006271)	ENSCHYG00000006317	GIGYF2 (ENSCHYG00000006378)	ENSCHYG00000006698	ENSCHYG00000006738	EFHD1 (ENSCHYG00000006769)	ENSCHYG00000006824	SNORC (ENSCHYG00000006839)	NGEF (ENSCHYG00000006872)	NEU2 (ENSCHYG00000007003) ##25	INPP5D (ENSCHYG00000007065)	ATG16L1 (ENSCHYG00000007339)	SAG (ENSCHYG00000007662)	DGKD (ENSCHYG00000007792)	USP40 (ENSCHYG00000008357)	ENSCHYG00000009282	ENSCHYG00000009504	MROH2A (ENSCHYG00000009621)	ENSCHYG00000010830	TRPM8 (ENSCHYG00000010936)	SPP2 (ENSCHYG00000011433)	ARL4C (ENSCHYG00000011511)	SH3BP4 (ENSCHYG00000011561)	AGAP1 (ENSCHYG00000011724)	GBX2 (ENSCHYG00000013427)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000002480	ENSGT01090000260070.B	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a	ENSGT01020000230683	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT00390000017672	ENSGT00940000162735	ENSGT00940000159768	ENSGT00940000161580	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000009435	ENSGT01090000260070.B	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a	ENSGT01020000230683	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT00390000017672	ENSGT00940000162735	ENSGT00940000159768	ENSGT00940000161580	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000009435	ENSGT01090000260070.B	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a	ENSGT01020000230683	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT00390000017672	ENSGT00940000162735	ENSGT00940000159768	ENSGT00940000161580	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108.r	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES		GJB4 (ENSOARG00020009044)	GJB5 (ENSOARG00020009024)	C1orf94 (ENSOARG00020008898)	HMGB4 (ENSOARG00020008876)	CSMD2 (ENSOARG00020006862)	ZSCAN20 (ENSOARG00020006579)	EFHD1 (ENSOARG00020006468)	KCNJ13 (ENSOARG00020011570)	GIGYF2 (ENSOARG00020011342)	SNORC (ENSOARG00020011282)	NGEF (ENSOARG00020011081)	ENSOARG00020011016 ##25	INPP5D (ENSOARG00020010848)	ATG16L1 (ENSOARG00020008250)	SAG (ENSOARG00020008029)	ENSOARG00020008004 ##25	DGKD (ENSOARG00020007641)	USP40 (ENSOARG00020007173)	ENSOARG00020007139	ENSOARG00020007114	UGT1A1 (ENSOARG00020006230)	MROH2A (ENSOARG00020005342)	HJURP (ENSOARG00020005263)	TRPM8 (ENSOARG00020005009)	SPP2 (ENSOARG00020004890)	ARL4C (ENSOARG00020004841)	SH3BP4 (ENSOARG00020004812)	ENSOARG00020004783	AGAP1 (ENSOARG00020004474)	ENSOARG00020004419	GBX2 (ENSOARG00020004399)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES		SMIM12 (ENSOARG00020009153)	GJA4 (ENSOARG00020009113)	GJB3 (ENSOARG00020009099)	ENSOARG00020009068	GJB4 (ENSOARG00020009044)	GJB5 (ENSOARG00020009024)	C1orf94 (ENSOARG00020008898)	HMGB4 (ENSOARG00020008876)	CSMD2 (ENSOARG00020006862)	ZSCAN20 (ENSOARG00020006579)	EFHD1 (ENSOARG00020006468)	KCNJ13 (ENSOARG00020011570)	GIGYF2 (ENSOARG00020011342)	SNORC (ENSOARG00020011282)	NGEF (ENSOARG00020011081)	ENSOARG00020011016 ##25	INPP5D (ENSOARG00020010848)	ATG16L1 (ENSOARG00020008250)	SAG (ENSOARG00020008029)	ENSOARG00020008004 ##25	DGKD (ENSOARG00020007641)	USP40 (ENSOARG00020007173)	ENSOARG00020007139	ENSOARG00020007114	UGT1A1 (ENSOARG00020006230)	MROH2A (ENSOARG00020005342)	HJURP (ENSOARG00020005263)	TRPM8 (ENSOARG00020005009)	SPP2 (ENSOARG00020004890)	ARL4C (ENSOARG00020004841)	SH3BP4 (ENSOARG00020004812)
Goat	MODERN SPECIES	22	DLGAP3 (ENSCHIG00000023308)	SMIM12 (ENSCHIG00000010474)	GJA4 (ENSCHIG00000005703)	GJB3 (ENSCHIG00000001248)	GJB4 (ENSCHIG00000009788)	GJB5 (ENSCHIG00000010355)	C1orf94 (ENSCHIG00000011528)	HMGB4 (ENSCHIG00000009718)	CSMD2 (ENSCHIG00000017752)	ZSCAN20 (ENSCHIG00000021597)	EFHD1 (ENSCHIG00000001109)	KCNJ13 (ENSCHIG00000018154)	ENSCHIG00000019051	SNORC (ENSCHIG00000015081)	NGEF (ENSCHIG00000008645)	NEU2 (ENSCHIG00000024666) ##25	INPP5D (ENSCHIG00000018691)	ATG16L1 (ENSCHIG00000026473)	SAG (ENSCHIG00000002782)	DGKD (ENSCHIG00000025662)	USP40 (ENSCHIG00000023695)	ENSCHIG00000012439	ENSCHIG00000022816	MROH2A (ENSCHIG00000016141)	HJURP (ENSCHIG00000020706)	TRPM8 (ENSCHIG00000026726)	SPP2 (ENSCHIG00000021100)	ARL4C (ENSCHIG00000008457)	SH3BP4 (ENSCHIG00000013947)	ENSCHIG00000002736	AGAP1 (ENSCHIG00000015729)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000009435	ENSGT01090000260070.B	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a	ENSGT01020000230683	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT00390000017672	ENSGT00940000162735	ENSGT00940000159768	ENSGT00940000161580	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b
Bos	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000009435	ENSGT01090000260070.B	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a	ENSGT01020000230683	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT00390000017672	ENSGT00940000162735	ENSGT00940000159768	ENSGT00940000161580	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159513	ENSGT00390000009435	ENSGT01090000260070.B	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT00390000017672	ENSGT00940000159768	ENSGT00940000162735	ENSGT00940000161580	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab
Cow	MODERN SPECIES	22	DLGAP3 (ENSBTAG00000013867)	SMIM12 (ENSBTAG00000014235)	GJA4 (ENSBTAG00000013881)	GJB3 (ENSBTAG00000012584)	GJB4 (ENSBTAG00000005719)	GJB5 (ENSBTAG00000005717)	C3H1orf94 (ENSBTAG00000020798)	CSMD2 (ENSBTAG00000005784)	HMGB4 (ENSBTAG00000000335)	ZSCAN20 (ENSBTAG00000019555)	EFHD1 (ENSBTAG00000014596)	GIGYF2 (ENSBTAG00000014079)	KCNJ13 (ENSBTAG00000005858)	SNORC (ENSBTAG00000018058)	NGEF (ENSBTAG00000008942)	NEU2 (ENSBTAG00000020672) ##25	INPP5D (ENSBTAG00000020173)	ATG16L1 (ENSBTAG00000003928)	ENSBTAG00000054491	SAG (ENSBTAG00000021480)	DGKD (ENSBTAG00000020616)	USP40 (ENSBTAG00000000149)	UGT1A6 (ENSBTAG00000026181)	MROH2A (ENSBTAG00000017434)	HJURP (ENSBTAG00000024726)	TRPM8 (ENSBTAG00000014652)	SPP2 (ENSBTAG00000002030)	SH3BP4 (ENSBTAG00000013869)	AGAP1 (ENSBTAG00000016504)	GBX2 (ENSBTAG00000008898)	ASB18 (ENSBTAG00000002024)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	22	DLGAP3 (ENSBIXG00005026281)	ENSBIXG00005026251	GJA4 (ENSBIXG00005026208)	GJB3 (ENSBIXG00005006016)	GJB4 (ENSBIXG00005006014)	GJB5 (ENSBIXG00005026179)	C1orf94 (ENSBIXG00005026146)	CSMD2 (ENSBIXG00005026058)	HMGB4 (ENSBIXG00005004368)	ZSCAN20 (ENSBIXG00005025637)	EFHD1 (ENSBIXG00005025596)	GIGYF2 (ENSBIXG00005025512)	KCNJ13 (ENSBIXG00005025416)	SNORC (ENSBIXG00005006009)	NGEF (ENSBIXG00005025372)	NEU2 (ENSBIXG00005025290) ##25	INPP5D (ENSBIXG00005025252)	ATG16L1 (ENSBIXG00005025125)	SAG (ENSBIXG00005004262)	DGKD (ENSBIXG00005024925)	USP40 (ENSBIXG00005006293)	ENSBIXG00005007237	ENSBIXG00005024358	MROH2A (ENSBIXG00005024302)	HJURP (ENSBIXG00005006477)	TRPM8 (ENSBIXG00005023717)	ENSBIXG00005023563	ARL4C (ENSBIXG00005023514)	SH3BP4 (ENSBIXG00005006169)	AGAP1 (ENSBIXG00005023299)	GBX2 (ENSBIXG00005022446)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000009435	ENSGT01090000260070.B	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a	ENSGT01020000230683	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT00390000017672	ENSGT00940000162735	ENSGT00940000159768	ENSGT00940000161580	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b
Domestic yak	MODERN SPECIES	22	GJA4 (ENSBGRG00000007563)	GJB3 (ENSBGRG00000007611)	ENSBGRG00000007658	GJB4 (ENSBGRG00000007692)	GJB5 (ENSBGRG00000007716)	C1orf94 (ENSBGRG00000007752)	CSMD2 (ENSBGRG00000007978)	HMGB4 (ENSBGRG00000009335)	ENSBGRG00000009359	ZSCAN20 (ENSBGRG00000009382)	EFHD1 (ENSBGRG00000009454)	GIGYF2 (ENSBGRG00000009551)	ENSBGRG00000009969	SNORC (ENSBGRG00000010001)	NGEF (ENSBGRG00000010052)	NEU2 (ENSBGRG00000010344) ##25	INPP5D (ENSBGRG00000010422)	ATG16L1 (ENSBGRG00000010889)	SAG (ENSBGRG00000011471)	DGKD (ENSBGRG00000011771)	USP40 (ENSBGRG00000012788)	ENSBGRG00000013091	ENSBGRG00000013370	MROH2A (ENSBGRG00000013396)	ENSBGRG00000013914	TRPM8 (ENSBGRG00000014019)	SPP2 (ENSBGRG00000014551)	ENSBGRG00000014768	ARL4C (ENSBGRG00000014785)	SH3BP4 (ENSBGRG00000014833)	AGAP1 (ENSBGRG00000014952)
Wild yak	MODERN SPECIES	689								C1orf94 (ENSBMUG00000000719)	HMGB4 (ENSBMUG00000000706)	CSMD2 (ENSBMUG00000000631)	ZSCAN20 (ENSBMUG00000000167)	EFHD1 (ENSBMUG00000000113)	KCNJ13 (ENSBMUG00000000084)	GIGYF2 (ENSBMUG00000025166)	NGEF (ENSBMUG00000025152)	NEU2 (ENSBMUG00000025133) ##25	INPP5D (ENSBMUG00000025128)	ATG16L1 (ENSBMUG00000025113)	SAG (ENSBMUG00000025071)	DGKD (ENSBMUG00000025063)	USP40 (ENSBMUG00000025038)	ENSBMUG00000025002	ENSBMUG00000024998	UGT1A1 (ENSBMUG00000024993)
American bison	MODERN SPECIES	3081	SMIM12 (ENSBBBG00000021387)	GJA4 (ENSBBBG00000021378)	GJB3 (ENSBBBG00000021373)	GJB4 (ENSBBBG00000021359)	GJB5 (ENSBBBG00000021348)	ENSBBBG00000021345	C1orf94 (ENSBBBG00000021343)	CSMD2 (ENSBBBG00000005690)	HMGB4 (ENSBBBG00000005574)	ZSCAN20 (ENSBBBG00000005567)	EFHD1 (ENSBBBG00000007052)	GIGYF2 (ENSBBBG00000020593)	KCNJ13 (ENSBBBG00000000538)	ENSBBBG00000000545	ENSBBBG00000000546	NEU2 (ENSBBBG00000000552) ##25	INPP5D (ENSBBBG00000000559)	ATG16L1 (ENSBBBG00000000623)	ENSBBBG00000005038	DGKD (ENSBBBG00000020287)	USP40 (ENSBBBG00000020225)	UGT1A1 (ENSBBBG00000005077)	ENSBBBG00000005430
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	4	SMIM12 (ENSMMSG00000010292)	ENSMMSG00000010305	GJA4 (ENSMMSG00000010322)	GJB3 (ENSMMSG00000010333)	GJB4 (ENSMMSG00000010342)	GJB5 (ENSMMSG00000010347)	C1orf94 (ENSMMSG00000010375)	CSMD2 (ENSMMSG00000010608)	HMGB4 (ENSMMSG00000011912)	ZSCAN20 (ENSMMSG00000011930)	EFHD1 (ENSMMSG00000011957)	GIGYF2 (ENSMMSG00000012052)	KCNJ13 (ENSMMSG00000013192)	SNORC (ENSMMSG00000013221)	NGEF (ENSMMSG00000013257)	NEU2 (ENSMMSG00000013377) ##25	INPP5D (ENSMMSG00000013402)	ATG16L1 (ENSMMSG00000013597)	SAG (ENSMMSG00000013833)	DGKD (ENSMMSG00000013909)	USP40 (ENSMMSG00000014228)	ENSMMSG00000014700	ENSMMSG00000014835	ENSMMSG00000014847
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT01070000254916	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT01070000254916	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	26	PDE6D (ENSRFEG00010012350)	COPS7B (ENSRFEG00010012063)	NPPC (ENSRFEG00010012006)	DIS3L2 (ENSRFEG00010011913)	ENSRFEG00010011782	ECEL1 (ENSRFEG00010011674)	PRSS56 (ENSRFEG00010011437)	CHRND (ENSRFEG00010011323)	CHRNG (ENSRFEG00010010963)	EIF4E2 (ENSRFEG00010010694)	EFHD1 (ENSRFEG00010010367)	KCNJ13 (ENSRFEG00010010300)	GIGYF2 (ENSRFEG00010004829)	SNORC (ENSRFEG00010004802)	NGEF (ENSRFEG00010004772)	NEU2 (ENSRFEG00010004756) ##25	INPP5D (ENSRFEG00010004737)	ATG16L1 (ENSRFEG00010004683)	SAG (ENSRFEG00010004656)	DGKD (ENSRFEG00010004564)	USP40 (ENSRFEG00010004446)	ENSRFEG00010004416	UGT1A1 (ENSRFEG00010004396)	MROH2A (ENSRFEG00010004304)	HJURP (ENSRFEG00010004265)	TRPM8 (ENSRFEG00010004176)	SPP2 (ENSRFEG00010004143)	ARL4C (ENSRFEG00010004132)	SH3BP4 (ENSRFEG00010004122)	ENSRFEG00010004106	ENSRFEG00010004098
Microbat	MODERN SPECIES	940	COPS7B (ENSMLUG00000002644)	ENSMLUG00000002651	DIS3L2 (ENSMLUG00000016921)	ENSMLUG00000023857	ENSMLUG00000022288	ENSMLUG00000007635	ECEL1 (ENSMLUG00000004520)	CHRND (ENSMLUG00000011213)	CHRNG (ENSMLUG00000011237)	ENSMLUG00000011269	EFHD1 (ENSMLUG00000011279)	GIGYF2 (ENSMLUG00000017382)	KCNJ13 (ENSMLUG00000017387)	SNORC (ENSMLUG00000017388)	NGEF (ENSMLUG00000017390)	NEU2 (ENSMLUG00000028068) ##25	INPP5D (ENSMLUG00000017391)	ATG16L1 (ENSMLUG00000017395)	SAG (ENSMLUG00000017400)	DGKD (ENSMLUG00000017404)	USP40 (ENSMLUG00000017407)	ENSMLUG00000024668	UGT1A6 (ENSMLUG00000017410)	ENSMLUG00000017411	MROH2A (ENSMLUG00000017412)	HJURP (ENSMLUG00000017421)	TRPM8 (ENSMLUG00000017423)	SPP2 (ENSMLUG00000017424)	ENSMLUG00000025370	SH3BP4 (ENSMLUG00000011869)	AGAP1 (ENSMLUG00000005147)
Megabat	MODERN SPECIES	2663														SNORC (ENSPVAG00000015040)	NGEF (ENSPVAG00000015041)	NEU2 (ENSPVAG00000015044) ##25
Equus	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a.t	ENSGT00950000183063.c.b.a.s.b	ENSGT00950000183063.c.b.a.s.a.b	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000167884	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab
Donkey	MODERN SPECIES	10	ENSEASG00005029311	ENSEASG00005026369	ENSEASG00005023783	ENSEASG00005027948	ECEL1 (ENSEASG00005019602)	PRSS56 (ENSEASG00005019610)	CHRND (ENSEASG00005019616)	CHRNG (ENSEASG00005019624)	ENSEASG00005019634	EFHD1 (ENSEASG00005019648)	ENSEASG00005036036	KCNJ13 (ENSEASG00005029795)	GIGYF2 (ENSEASG00005019692)	SNORC (ENSEASG00005019824)	NGEF (ENSEASG00005019826)	NEU2 (ENSEASG00005031190) ##25	INPP5D (ENSEASG00005019862)	ATG16L1 (ENSEASG00005019888)	SAG (ENSEASG00005019896)	DGKD (ENSEASG00005019899)	ENSEASG00005027116	ENSEASG00005031382	ENSEASG00005032202	UGT1A6 (ENSEASG00005019912)	MROH2A (ENSEASG00005019918)	HJURP (ENSEASG00005019935)	ENSEASG00005019946	ENSEASG00005019972	SPP2 (ENSEASG00005019988)	ARL4C (ENSEASG00005025684)	SH3BP4 (ENSEASG00005019991)
Horse	MODERN SPECIES	27	NPPC (ENSECAG00000000840)	DIS3L2 (ENSECAG00000023375)	ENSECAG00000015350	ENSECAG00000041300	ENSECAG00000030540	ECEL1 (ENSECAG00000013336)	PRSS56 (ENSECAG00000035068)	CHRND (ENSECAG00000015286)	CHRNG (ENSECAG00000002376)	EIF4E2 (ENSECAG00000020187)	EFHD1 (ENSECAG00000024045)	GIGYF2 (ENSECAG00000024246)	KCNJ13 (ENSECAG00000007786)	SNORC (ENSECAG00000044050)	NGEF (ENSECAG00000011222)	NEU2 (ENSECAG00000030943) ##25	INPP5D (ENSECAG00000019497)	ATG16L1 (ENSECAG00000016091)	SAG (ENSECAG00000060081)	DGKD (ENSECAG00000016916)	USP40 (ENSECAG00000013493)	ENSECAG00000023519	ENSECAG00000058487	ENSECAG00000048565	ENSECAG00000047984	ENSECAG00000030264	MROH2A (ENSECAG00000009998)	HJURP (ENSECAG00000010053)	ENSECAG00000050711	TRPM8 (ENSECAG00000011427)	SPP2 (ENSECAG00000007372)
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694.l.b.b.b	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694.l.b.b.b	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b
Dog	MODERN SPECIES	17	COPS7B (ENSCAFG00845024361)	NPPC (ENSCAFG00845024603)	DIS3L2 (ENSCAFG00845024694)	ENSCAFG00845025162	ENSCAFG00845025234	ECEL1 (ENSCAFG00845025379)	PRSS56 (ENSCAFG00845025583)	CHRND (ENSCAFG00845025743)	CHRNG (ENSCAFG00845025890)	EIF4E2 (ENSCAFG00845026100)	EFHD1 (ENSCAFG00845026327)	GIGYF2 (ENSCAFG00845026406)	KCNJ13 (ENSCAFG00845026567)	SNORC (ENSCAFG00845026604)	NGEF (ENSCAFG00845020745)	NEU2 (ENSCAFG00845020896) ##25	INPP5D (ENSCAFG00845020969)	ATG16L1 (ENSCAFG00845021359)	SAG (ENSCAFG00845021999)	DGKD (ENSCAFG00845022486)	USP40 (ENSCAFG00845023517)	UGT1A6 (ENSCAFG00845024767)	DNAJB3 (ENSCAFG00845025169)	MROH2A (ENSCAFG00845025258)	HJURP (ENSCAFG00845025475)	TRPM8 (ENSCAFG00845025630)	SPP2 (ENSCAFG00845025963)	ARL4C (ENSCAFG00845026062)	SH3BP4 (ENSCAFG00845026088)	AGAP1 (ENSCAFG00845026357)	ENSCAFG00845027356
Dingo	MODERN SPECIES	304	COPS7B (ENSCAFG00020023166)	NPPC (ENSCAFG00020023169)	DIS3L2 (ENSCAFG00020023170)	ENSCAFG00020023174	ENSCAFG00020023176	ECEL1 (ENSCAFG00020023178)	PRSS56 (ENSCAFG00020023181)	CHRND (ENSCAFG00020023192)	CHRNG (ENSCAFG00020023198)	ENSCAFG00020023208	EFHD1 (ENSCAFG00020023209)	GIGYF2 (ENSCAFG00020023244)	KCNJ13 (ENSCAFG00020023762)	SNORC (ENSCAFG00020023764)	NGEF (ENSCAFG00020023765)	NEU2 (ENSCAFG00020023768) ##25	ENSCAFG00020023771	ENSCAFG00020023772	ATG16L1 (ENSCAFG00020023778)	SAG (ENSCAFG00020023788)	DGKD (ENSCAFG00020023838)	USP40 (ENSCAFG00020024278)	ENSCAFG00020024284	UGT1A1 (ENSCAFG00020024287)	MROH2A (ENSCAFG00020024299)	ENSCAFG00020024315	TRPM8 (ENSCAFG00020024320)	SPP2 (ENSCAFG00020024397)	ARL4C (ENSCAFG00020024408)	SH3BP4 (ENSCAFG00020024420)	AGAP1 (ENSCAFG00020024428)
Red fox	MODERN SPECIES	57	PDE6D (ENSVVUG00000025560)	COPS7B (ENSVVUG00000025557)	NPPC (ENSVVUG00000025555)	DIS3L2 (ENSVVUG00000025543)	ENSVVUG00000025542	ECEL1 (ENSVVUG00000025529)	PRSS56 (ENSVVUG00000025524)	CHRND (ENSVVUG00000025521)	CHRNG (ENSVVUG00000025519)	ENSVVUG00000025506	EFHD1 (ENSVVUG00000025504)	KCNJ13 (ENSVVUG00000025503)	GIGYF2 (ENSVVUG00000025498)	ENSVVUG00000025491	NGEF (ENSVVUG00000025486)	NEU2 (ENSVVUG00000025482) ##25	INPP5D (ENSVVUG00000025476)	ATG16L1 (ENSVVUG00000025467)	SAG (ENSVVUG00000025439)	DGKD (ENSVVUG00000025429)	USP40 (ENSVVUG00000025419)	ENSVVUG00000025415	ENSVVUG00000025414	ENSVVUG00000025412	MROH2A (ENSVVUG00000025394)	HJURP (ENSVVUG00000025386)	ENSVVUG00000025381	ENSVVUG00000025342	ENSVVUG00000025315	SPP2 (ENSVVUG00000025313)	ARL4C (ENSVVUG00000025311)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000000263.gb	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00390000013399.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00950000185374	ENSGT00940000154793.C.ab
Polar bear	MODERN SPECIES	169	NMUR1 (ENSUMAG00000015783)	PDE6D (ENSUMAG00000015770)	COPS7B (ENSUMAG00000015761)	NPPC (ENSUMAG00000015759)	DIS3L2 (ENSUMAG00000015745)	ENSUMAG00000015688	ENSUMAG00000015673	CHRND (ENSUMAG00000015646)	CHRNG (ENSUMAG00000015635)	ENSUMAG00000015622	EFHD1 (ENSUMAG00000015603)	ENSUMAG00000015597	KCNJ13 (ENSUMAG00000015594)	GIGYF2 (ENSUMAG00000014793)	ENSUMAG00000014748	NEU2 (ENSUMAG00000014742) ##25	INPP5D (ENSUMAG00000014489)	ATG16L1 (ENSUMAG00000014422)	SAG (ENSUMAG00000014417)	DGKD (ENSUMAG00000013632)	USP40 (ENSUMAG00000013473)	ENSUMAG00000013463	UGT1A1 (ENSUMAG00000013403)	MROH2A (ENSUMAG00000013376)	ENSUMAG00000013374	ENSUMAG00000013341	ENSUMAG00000013318	SPP2 (ENSUMAG00000013313)	ARL4C (ENSUMAG00000013306)	SH3BP4 (ENSUMAG00000013298)	ENSUMAG00000013297
American black bear	MODERN SPECIES	3233																NEU2 (ENSUAMG00000027665) ##25
Giant Panda	MODERN SPECIES	11	ENSAMEG00000016282	COPS7B (ENSAMEG00000016261)	NPPC (ENSAMEG00000016599)	DIS3L2 (ENSAMEG00000016594)	ENSAMEG00000016557	ECEL1 (ENSAMEG00000016536)	PRSS56 (ENSAMEG00000029060)	CHRND (ENSAMEG00000016512)	CHRNG (ENSAMEG00000016472)	ENSAMEG00000016456	EFHD1 (ENSAMEG00000028322)	GIGYF2 (ENSAMEG00000016411)	KCNJ13 (ENSAMEG00000016442)	ENSAMEG00000030485	NGEF (ENSAMEG00000016403)	NEU2 (ENSAMEG00000016400) ##25	INPP5D (ENSAMEG00000016368)	ATG16L1 (ENSAMEG00000016324)	SAG (ENSAMEG00000016262)	DGKD (ENSAMEG00000016226)	ENSAMEG00000016212	ENSAMEG00000016164	ENSAMEG00000016205	MROH2A (ENSAMEG00000016117)	ENSAMEG00000016113	TRPM8 (ENSAMEG00000016067)	SPP2 (ENSAMEG00000016053)	ARL4C (ENSAMEG00000016052)	SH3BP4 (ENSAMEG00000001790)	AGAP1 (ENSAMEG00000001750)	GBX2 (ENSAMEG00000031021)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000167434	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309.f.a	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b
American mink	MODERN SPECIES	15	PDE6D (ENSNVIG00000003209)	CSN7B (ENSNVIG00000003245)	NPPC (ENSNVIG00000003281)	DIS3L2 (ENSNVIG00000003311)	ENSNVIG00000003423	ECEL1 (ENSNVIG00000003466)	PRSS56 (ENSNVIG00000003514)	CHRND (ENSNVIG00000003549)	CHRNG (ENSNVIG00000003613)	EIF4E2 (ENSNVIG00000003671)	EFHD1 (ENSNVIG00000003740)	GIGYF2 (ENSNVIG00000003800)	IRK13 (ENSNVIG00000004309)	ENSNVIG00000004323	NGEF (ENSNVIG00000004335)	NEU2 (ENSNVIG00000004399) ##25	INPP5D (ENSNVIG00000004409)	ATG16L1 (ENSNVIG00000004487)	SAG (ENSNVIG00000004830)	DGKD (ENSNVIG00000005206)	USP40 (ENSNVIG00000005270)	UGT1A1 (ENSNVIG00000005431)	ENSNVIG00000005494	MROH2A (ENSNVIG00000005505)	ENSNVIG00000005631	TRPM8 (ENSNVIG00000005660)	SPP2 (ENSNVIG00000005759)	ARL4C (ENSNVIG00000005778)	SH3B4 (ENSNVIG00000005798)	ENSNVIG00000005887	AGAP1 (ENSNVIG00000005895)
Ferret	MODERN SPECIES	344	PDE6D (ENSMPUG00000004858)	COPS7B (ENSMPUG00000004864)	NPPC (ENSMPUG00000004874)	ENSMPUG00000004883	DIS3L2 (ENSMPUG00000004893)	ENSMPUG00000004910	ECEL1 (ENSMPUG00000005049)	ENSMPUG00000005064	CHRND (ENSMPUG00000005072)	CHRNG (ENSMPUG00000005200)	ENSMPUG00000005206	EFHD1 (ENSMPUG00000005240)	GIGYF2 (ENSMPUG00000005247)	KCNJ13 (ENSMPUG00000005265)	NGEF (ENSMPUG00000005272)	NEU2 (ENSMPUG00000005283) ##25	INPP5D (ENSMPUG00000005289)	ATG16L1 (ENSMPUG00000005312)	SAG (ENSMPUG00000005325)	DGKD (ENSMPUG00000005522)	USP40 (ENSMPUG00000005554)	ENSMPUG00000018571
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694.j	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000167884	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694.i.a	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000167884	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694.j	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000167884	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b
leopard	MODERN SPECIES	12	PDE6D (ENSPPRG00000014356)	COPS7B (ENSPPRG00000017059)	NPPC (ENSPPRG00000017667)	DIS3L2 (ENSPPRG00000024826)	ENSPPRG00000024740	ECEL1 (ENSPPRG00000023502)	PRSS56 (ENSPPRG00000023088)	CHRND (ENSPPRG00000000752)	CHRNG (ENSPPRG00000001069)	ENSPPRG00000002758	EFHD1 (ENSPPRG00000003545)	KCNJ13 (ENSPPRG00000004231)	GIGYF2 (ENSPPRG00000008515)	SNORC (ENSPPRG00000009107)	NGEF (ENSPPRG00000009272)	NEU2 (ENSPPRG00000009351) ##25	INPP5D (ENSPPRG00000011130)	ATG16L1 (ENSPPRG00000013858)	SAG (ENSPPRG00000016263)	DGKD (ENSPPRG00000022746)	ENSPPRG00000001460	ENSPPRG00000016397	ENSPPRG00000002019	MROH2A (ENSPPRG00000005126)	ENSPPRG00000005246	ENSPPRG00000006139	ENSPPRG00000007515	SPP2 (ENSPPRG00000008027)	ARL4C (ENSPPRG00000016572)	SH3BP4 (ENSPPRG00000008510)	AGAP1 (ENSPPRG00000010171)
lion	MODERN SPECIES	8	COPS7B (ENSPLOG00000016434)	ENSPLOG00000016369	NPPC (ENSPLOG00000016341)	DIS3L2 (ENSPLOG00000016288)	ENSPLOG00000016107	ECEL1 (ENSPLOG00000015946)	PRSS56 (ENSPLOG00000015743)	CHRND (ENSPLOG00000015511)	CHRNG (ENSPLOG00000015277)	EIF4E2 (ENSPLOG00000014942)	EFHD1 (ENSPLOG00000014762)	KCNJ13 (ENSPLOG00000014717)	GIGYF2 (ENSPLOG00000014652)	SNORC (ENSPLOG00000014595)	NGEF (ENSPLOG00000014305)	NEU2 (ENSPLOG00000014239) ##25	INPP5D (ENSPLOG00000013746)	ATG16L1 (ENSPLOG00000013544)	SAG (ENSPLOG00000013459)	DGKD (ENSPLOG00000013163)	ENSPLOG00000013007	ENSPLOG00000012939	UGT1A1 (ENSPLOG00000012783)	MROH2A (ENSPLOG00000012113)	ENSPLOG00000012049	TRPM8 (ENSPLOG00000011686)	SPP2 (ENSPLOG00000011583)	ARL4C (ENSPLOG00000011561)	SH3BP4 (ENSPLOG00000011535)	AGAP1 (ENSPLOG00000011221)	GBX2 (ENSPLOG00000011149)
Tiger	MODERN SPECIES	177	NCL (ENSPTIG00000010393)	NMUR1 (ENSPTIG00000011158)	ENSPTIG00000011509	PDE6D (ENSPTIG00000013505)	COPS7B (ENSPTIG00000014336)	DIS3L2 (ENSPTIG00000017541)	ENSPTIG00000019295	ENSPTIG00000021502	CHRND (ENSPTIG00000021729)	CHRNG (ENSPTIG00000005533)	EIF4E2 (ENSPTIG00000007811)	EFHD1 (ENSPTIG00000010864)	GIGYF2 (ENSPTIG00000012493)	KCNJ13 (ENSPTIG00000004431)	NGEF (ENSPTIG00000006527)	NEU2 (ENSPTIG00000009226) ##25	INPP5D (ENSPTIG00000009805)	ATG16L1 (ENSPTIG00000013249)	SAG (ENSPTIG00000020434)	DGKD (ENSPTIG00000000304)	ENSPTIG00000007166	ENSPTIG00000009514	ENSPTIG00000010578	ENSPTIG00000011473	MROH2A (ENSPTIG00000012321)	ENSPTIG00000018950	TRPM8 (ENSPTIG00000005408)	ENSPTIG00000010461	ARL4C (ENSPTIG00000011404)	SH3BP4 (ENSPTIG00000012088)	ENSPTIG00000013268
Cat	MODERN SPECIES	239	PDE6D (ENSFCAG00000039954)	COPS7B (ENSFCAG00000026588)	NPPC (ENSFCAG00000012528)	DIS3L2 (ENSFCAG00000012529)	ENSFCAG00000026278	ECEL1 (ENSFCAG00000005677)	PRSS56 (ENSFCAG00000040787)	CHRND (ENSFCAG00000030943)	CHRNG (ENSFCAG00000005681)	ENSFCAG00000005684	EFHD1 (ENSFCAG00000034512)	GIGYF2 (ENSFCAG00000011318)	KCNJ13 (ENSFCAG00000002984)	SNORC (ENSFCAG00000042834)	NGEF (ENSFCAG00000032214)	NEU2 (ENSFCAG00000038619) ##25	INPP5D (ENSFCAG00000011321)	ATG16L1 (ENSFCAG00000011322)	SAG (ENSFCAG00000011323)	DGKD (ENSFCAG00000002072)	ENSFCAG00000028768	UGT1A1 (ENSFCAG00000009700)	ENSFCAG00000025084	MROH2A (ENSFCAG00000019012)	HJURP (ENSFCAG00000045340)	TRPM8 (ENSFCAG00000009701)	SPP2 (ENSFCAG00000009703)	ARL4C (ENSFCAG00000033226)	SH3BP4 (ENSFCAG00000023910)	AGAP1 (ENSFCAG00000000441)	GBX2 (ENSFCAG00000031943)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	74	ENSGT00390000009950	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794.a	ENSGT00940000159794.b	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00730000114072	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	80	ENSGT00940000157437	ENSGT00390000009950	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794.b	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00730000114072	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	79	ENSGT00940000157437	ENSGT00390000009950	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157155	ENSGT00390000015492.B	ENSGT00530000063106.A	ENSGT00950000183063.c.b.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000157183.a.b	ENSGT00940000159794.b	ENSGT00940000160041	ENSGT00940000154694	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00730000114072	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639
Elephant	MODERN SPECIES	450	PDE6D (ENSLAFG00000000190)	COPS7B (ENSLAFG00000017767)	NPPC (ENSLAFG00000017775)	ENSLAFG00000032512	ENSLAFG00000025922	ECEL1 (ENSLAFG00000001019)	ENSLAFG00000031017	CHRNG (ENSLAFG00000014188)	EIF4E2 (ENSLAFG00000011554)	ENSLAFG00000001831	EFHD1 (ENSLAFG00000030331)	KCNJ13 (ENSLAFG00000001817)	GIGYF2 (ENSLAFG00000001813)	ENSLAFG00000001819	NGEF (ENSLAFG00000023223)	NEU2 (ENSLAFG00000007853) ##25	INPP5D (ENSLAFG00000016159)	ATG16L1 (ENSLAFG00000016179)	SAG (ENSLAFG00000016187)	DGKD (ENSLAFG00000010928)	USP40 (ENSLAFG00000007360)	ENSLAFG00000027547	ENSLAFG00000029526	ENSLAFG00000031114	ENSLAFG00000030587	ENSLAFG00000026824	ENSLAFG00000028960	ENSLAFG00000031343	UGT1A1 (ENSLAFG00000031174)	ENSLAFG00000027571	ENSLAFG00000022466
Hyrax	MODERN SPECIES	10554																NEU2 (ENSPCAG00000005564) ##25
Tenrec	MODERN SPECIES	13351																NEU2 (ENSETEG00000012154) ##25
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.B.b ##25
Sloth	MODERN SPECIES	12871																NEU2 (ENSCHOG00000012136) ##25
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000153386.A	ENSGT00390000003006	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000156342	ENSGT00940000161398	ENSGT00390000004360.a.b.b	ENSGT00950000183115.a	ENSGT01040000240444.A.b.a.a	ENSGT01040000240444.A.b.a.b.s	ENSGT01040000240444.A.b.a.b.t	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000163794
Opossum	MODERN SPECIES	1	PSMD1 (ENSMODG00000010703)	ENSMODG00000023150	ENSMODG00000043012	ENSMODG00000010664	ENSMODG00000010642	CAB39 (ENSMODG00000010637)	ENSMODG00000010611	GPR55 (ENSMODG00000010598)	ENSMODG00000010583	ENSMODG00000010576	ENSMODG00000041206	KCNJ13 (ENSMODG00000010561)	GIGYF2 (ENSMODG00000010552)	SNORC (ENSMODG00000046636)	ENSMODG00000010475	NEU2 (ENSMODG00000010460) ##25	INPP5D (ENSMODG00000010448)	ATG16L1 (ENSMODG00000010423)	TRPV2 (ENSMODG00000011239)	ENSMODG00000016394	ENSMODG00000011213	PIGL (ENSMODG00000011208)	NCOR1 (ENSMODG00000011198)	ENSMODG00000011107	ZSWIM7 (ENSMODG00000041074)	ENSMODG00000023153	ENSMODG00000011081	SLC47A1 (ENSMODG00000011054)	ENSMODG00000011039	ALDH3A2 (ENSMODG00000011026)	SLC47A2 (ENSMODG00000010978)
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000003006	ENSGT01020000234503	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000156342	ENSGT00940000161398	ENSGT00390000004360.a.b.b	ENSGT00950000183115.a	ENSGT01040000240444.A.b.a.a	ENSGT01040000240444.A.b.a.b.s	ENSGT01040000240444.A.b.a.b.t	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000163794	ENSGT00950000182890.D.c.b.a.b.b.b.c.a.b.a.a.a.b.b.b	ENSGT00950000182890.D.c.b.a.b.b.b.c.a.b.a.a.a.b.a.a.b.b	ENSGT00390000011600	ENSGT00940000154650.d.g.c.a.b.a.b	ENSGT00940000154650.d.g.c.a.b.a.a.a.a.a	ENSGT01030000234576.D.a.b.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000159224	ENSGT00390000016508	ENSGT00530000063564.b
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000003006	ENSGT01020000234503	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000156342	ENSGT00940000161398	ENSGT00390000004360.a.b.b	ENSGT00950000183115.a	ENSGT01040000240444.A.b.a.a	ENSGT01040000240444.A.b.a.b.s	ENSGT01040000240444.A.b.a.b.t	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000163794	ENSGT00950000182890.D.c.b.a.b.b.b.c.a.b.a.a.a.b.b.b	ENSGT00950000182890.D.c.b.a.b.b.b.c.a.b.a.a.a.b.a.a.b.b	ENSGT00390000011600	ENSGT00940000154650.d.g.c.a.b.a.a.a.a.a	ENSGT01030000234576.D.a.b.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000159224	ENSGT00390000016508	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000003006	ENSGT01020000234503	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000156342	ENSGT00940000161398	ENSGT00390000004360.a.b.b	ENSGT00950000183115.a	ENSGT01040000240444.A.b.a.a	ENSGT01040000240444.A.b.a.b.s	ENSGT01040000240444.A.b.a.b.t	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000163794	ENSGT00950000182890.D.c.b.a.b.b.b.c.a.b.a.a.a.b.b.b	ENSGT00950000182890.D.c.b.a.b.b.b.c.a.b.a.a.a.b.a.a.b.b	ENSGT00390000011600	ENSGT00940000154650.d.g.c.a.b.a.a.a.a.a	ENSGT01030000234576.D.a.b.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000159224	ENSGT00390000016508	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839
koala	MODERN SPECIES	222	ENSPCIG00000033632	ENSPCIG00000022043	PER2 (ENSPCIG00000022055)	HES6 (ENSPCIG00000022072)	CAB39 (ENSPCIG00000022078)	ITM2C (ENSPCIG00000022080)	GPR55 (ENSPCIG00000003039)	ENSPCIG00000022081	ENSPCIG00000022082	ENSPCIG00000022083	EFHD1 (ENSPCIG00000022084)	KCNJ13 (ENSPCIG00000018819)	GIGYF2 (ENSPCIG00000018817)	SNORC (ENSPCIG00000032784)	NGEF (ENSPCIG00000018676)	NEU2 (ENSPCIG00000010551) ##25	INPP5D (ENSPCIG00000010539)	ATG16L1 (ENSPCIG00000010529)	SAG (ENSPCIG00000010524)	DGKD (ENSPCIG00000008588)	ENSPCIG00000031766	ENSPCIG00000033963	ENSPCIG00000032245	ENSPCIG00000035476	OTOS (ENSPCIG00000022051)	ENSPCIG00000001386	ENSPCIG00000022054	ENSPCIG00000033523	ENSPCIG00000012939	ENSPCIG00000012944	ENSPCIG00000033771
Common wonbat	MODERN SPECIES	1044	PSMD1 (ENSVURG00010022517)	ENSVURG00010022509	PER2 (ENSVURG00010022504)	HES6 (ENSVURG00010022502)	CAB39 (ENSVURG00010022497)	ITM2C (ENSVURG00010022494)	GPR55 (ENSVURG00010022491)	ENSVURG00010022489	ENSVURG00010022488	ENSVURG00010022487	EFHD1 (ENSVURG00010022486)	KCNJ13 (ENSVURG00010022484)	GIGYF2 (ENSVURG00010022476)	SNORC (ENSVURG00010022468)	NGEF (ENSVURG00010022455)	NEU2 (ENSVURG00010022451) ##25	INPP5D (ENSVURG00010022435)	ATG16L1 (ENSVURG00010022404)	SAG (ENSVURG00010022387)	DGKD (ENSVURG00010022376)	ENSVURG00010022371	ENSVURG00010022368	ENSVURG00010022365	ENSVURG00010022362	ENSVURG00010022361	ENSVURG00010022360	ENSVURG00010022357	ENSVURG00010022356	ENSVURG00010022351	ENSVURG00010022347	ENSVURG00010022344
Wallaby	MODERN SPECIES	9820																NEU2 (ENSMEUG00000006890) ##25	ENSMEUG00000006867
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	3	HTR2B (ENSSHAG00000005055)	ENSSHAG00000025458	ENSSHAG00000023859	ENSSHAG00000007161	ENSSHAG00000021338	ENSSHAG00000004846	ENSSHAG00000003445	ENSSHAG00000002030	ENSSHAG00000031718	ENSSHAG00000025611	ENSSHAG00000027600	ENSSHAG00000031145	ENSSHAG00000008879	KCNJ13 (ENSSHAG00000020520)	NGEF (ENSSHAG00000008245)	ENSSHAG00000007546 ##25	INPP5D (ENSSHAG00000005946)	ATG16L1 (ENSSHAG00000004639)	SAG (ENSSHAG00000003995)	ENSSHAG00000030898	ENSSHAG00000030147	ENSSHAG00000002799	ENSSHAG00000030640	ENSSHAG00000031792	ENSSHAG00000032118	ENSSHAG00000027138	ENSSHAG00000003818	ENSSHAG00000024287	ENSSHAG00000032162	ENSSHAG00000024040	ENSSHAG00000030414
Platypus	MODERN SPECIES		HTR2B (ENSOANG00000009328)	PSMD1 (ENSOANG00000000257)	ENSOANG00000048496	ENSOANG00000036068	RPL35A (ENSOANG00000011204)	IQCG (ENSOANG00000014288)	LRCH3 (ENSOANG00000014285)	FYTTD1 (ENSOANG00000014284)	RUBCN (ENSOANG00000044678)	ENSOANG00000039085	EFHD1 (ENSOANG00000036057)	KCNJ13 (ENSOANG00000007779)	GIGYF2 (ENSOANG00000021294)	SNORC (ENSOANG00000036724)	NGEF (ENSOANG00000050031)	NEU2 (ENSOANG00000007781) ##25	INPP5D (ENSOANG00000007782)	ATG16L1 (ENSOANG00000011698)	SAG (ENSOANG00000007137)	DGKD (ENSOANG00000004697)	PROC (ENSOANG00000028449)	IWS1 (ENSOANG00000006498)	MYO7B (ENSOANG00000008961)	GPR17 (ENSOANG00000036171)	LIMS2 (ENSOANG00000008959)	WDR33 (ENSOANG00000008958)	ENSOANG00000046103	AMMECR1L (ENSOANG00000042318)	SAP130 (ENSOANG00000007757)	UGGT1 (ENSOANG00000007756)	ENSOANG00000007755
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000157403	ENSGT00940000162100	ENSGT00940000158597	ENSGT00940000156970	ENSGT00940000157773	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000161104	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000154474.C	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000157403	ENSGT00940000162100	ENSGT00940000158597	ENSGT00940000157773	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000161104	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000154474.C	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00390000006618	ENSGT00390000010672	ENSGT00940000162486	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00940000157741	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000154474.C	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000004912
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000006618	ENSGT00390000010672	ENSGT00940000162486	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00940000157741	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000154474.C	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000004912
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000006618	ENSGT00390000010672	ENSGT00940000162486	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00940000157741	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000154474.C	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000004912	ENSGT00390000010397.b
painted turtle	MODERN SPECIES	942							PCCB (ENSCPBG00000024571)	STAG1 (ENSCPBG00000024413)	SLC35G2 (ENSCPBG00000024392)	ENSCPBG00000024391	EFHD1 (ENSCPBG00000024390)	KCNJ13 (ENSCPBG00000024389)	GIGYF2 (ENSCPBG00000024386)	SNORC (ENSCPBG00000024385)	NGEF (ENSCPBG00000024378)	NEU2 (ENSCPBG00000024374) ##25	INPP5D (ENSCPBG00000024343)	ATG16L1 (ENSCPBG00000024319)	ENSCPBG00000024312	ENSCPBG00000024310
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	32	ENSTMTG00000001648	ENSTMTG00000001746	ARMC8 (ENSTMTG00000001779)	DBR1 (ENSTMTG00000002009)	PPP2R3A (ENSTMTG00000002022)	MSL2 (ENSTMTG00000002031)	PCCB (ENSTMTG00000002035)	STAG1 (ENSTMTG00000002052)	SLC35G2 (ENSTMTG00000002078)	EFHD1 (ENSTMTG00000002083)	GIGYF2 (ENSTMTG00000002091)	KCNJ13 (ENSTMTG00000002124)	SNORC (ENSTMTG00000002128)	NGEF (ENSTMTG00000002134)	INPP5D (ENSTMTG00000002163)	NEU2 (ENSTMTG00000002192) ##25	ATG16L1 (ENSTMTG00000002202)	ENSTMTG00000002229	ENSTMTG00000002235	DGKD (ENSTMTG00000002245)	PROC (ENSTMTG00000002288)	ENSTMTG00000002291	IWS1 (ENSTMTG00000002302)	MYO7B (ENSTMTG00000002536)	LIMS2 (ENSTMTG00000008148)	GPR17 (ENSTMTG00000008163)	SFT2D3 (ENSTMTG00000008171)	WDR33 (ENSTMTG00000008182)	POLR2D (ENSTMTG00000008239)	AMMECR1L (ENSTMTG00000008246)	SAP130 (ENSTMTG00000008290)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000006618	ENSGT00390000010672	ENSGT00940000162486	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00940000157741	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000004912	ENSGT00390000010397.b
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2192														SNORC (ENSCABG00000018574)	NGEF (ENSCABG00000018573)	NEU2 (ENSCABG00000018571) ##25	INPP5D (ENSCABG00000018570)	ATG16L1 (ENSCABG00000018566)	SAG (ENSCABG00000018564)	DGKD (ENSCABG00000018227)	ENSCABG00000018205	PCOLCE2 (ENSCABG00000018202)	PAQR9 (ENSCABG00000018199)	U2SURP (ENSCABG00000017539)	CHST2 (ENSCABG00000017499)	SLC9A9 (ENSCABG00000017493)	DIPK2A (ENSCABG00000017491)
Chinese turtle	DUPLICATION
Chinese turtle	DUPLICATION
Chinese turtle	MODERN SPECIES	894															ENSPSIG00000004750 ##25	ENSPSIG00000004517 ##25
Chinese turtle	MODERN SPECIES	894																ENSPSIG00000004750 ##25	ENSPSIG00000004517 ##25
Chinese turtle	MODERN SPECIES	1143	ENSPSIG00000016974	ENSPSIG00000016964	ARMC8 (ENSPSIG00000015873)	DBR1 (ENSPSIG00000015486)	PPP2R3A (ENSPSIG00000014052)	MSL2 (ENSPSIG00000001477)	PCCB (ENSPSIG00000013583)	STAG1 (ENSPSIG00000011070)	ENSPSIG00000001471	SLC35G2 (ENSPSIG00000001462)	EFHD1 (ENSPSIG00000010282)	KCNJ13 (ENSPSIG00000010232)	GIGYF2 (ENSPSIG00000017447)	SNORC (ENSPSIG00000017435)	NGEF (ENSPSIG00000016340)	ENSPSIG00000016248 ##25
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00940000157741	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000157773	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000161104	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000004912
Aves	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00940000157741	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000157773	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000161104	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000004912
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00940000157741	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000157773	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000161104	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000004912
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00940000157741	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000157773	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000161104	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000004912	ENSGT00390000010397.b
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	40											ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000004912	ENSGT00390000010397.b
Duck	MODERN SPECIES	27	C3orf70 (ENSAPLG00000023510)	VPS8 (ENSAPLG00000003634)	ENSAPLG00000003629	ENSAPLG00000023171	ENSAPLG00000003230	DBR1 (ENSAPLG00000002977)	PPP2R3A (ENSAPLG00000002781)	MSL2 (ENSAPLG00000000628)	PCCB (ENSAPLG00000002451)	STAG1 (ENSAPLG00000016390)	EFHD1 (ENSAPLG00000022380)	GIGYF2 (ENSAPLG00000014162)	KCNJ13 (ENSAPLG00000014985)	SNORC (ENSAPLG00000014155)	NGEF (ENSAPLG00000013970)	NEU2 (ENSAPLG00000013917) ##25	INPP5D (ENSAPLG00000023582)	ATG16L1 (ENSAPLG00000013322)	SAG (ENSAPLG00000012828)	DGKD (ENSAPLG00000012041)	PROC (ENSAPLG00000012038)	ENSAPLG00000011737	IWS1 (ENSAPLG00000011485)	ENSAPLG00000025399	ENSAPLG00000010464	LIMS2 (ENSAPLG00000016709)	GPR17 (ENSAPLG00000000907)	WDR33 (ENSAPLG00000009868)	POLR2D (ENSAPLG00000009812)	AMMECR1L (ENSAPLG00000009785)	SAP130 (ENSAPLG00000009195)
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	102											EFHD1 (ENSABRG00000001088)	GIGYF2 (ENSABRG00000001116)	KCNJ13 (ENSABRG00000001200)	SNORC (ENSABRG00000001253)	NGEF (ENSABRG00000001277)	NEU2 (ENSABRG00000001310) ##25	INPP5D (ENSABRG00000001326)	ATG16L1 (ENSABRG00000001491)	SAG (ENSABRG00000002739)	DGKD (ENSABRG00000002845)	PROC (ENSABRG00000002876)	ENSABRG00000002906	IWS1 (ENSABRG00000002925)	MYO7B (ENSABRG00000003232)	LIMS2 (ENSABRG00000006734)	GPR17 (ENSABRG00000006748)	SFT2D3 (ENSABRG00000006757)	WDR33 (ENSABRG00000006766)	POLR2D (ENSABRG00000006794)	AMMECR1L (ENSABRG00000006808)	SAP130 (ENSABRG00000006868)
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00940000157741	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000157773	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000161104	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000004912	ENSGT00390000010397.b	ENSGT00440000037733
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00940000157741	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000157773	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000161104	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000154474.C	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000004912	ENSGT00390000010397.b
Turkey	MODERN SPECIES	2	ENSMGAG00000001230	ENSMGAG00000021358	ENSMGAG00000001252	GPR17 (ENSMGAG00000015621)	ENSMGAG00000022358	ENSMGAG00000001337	ENSMGAG00000001300	ENSMGAG00000022002	ENSMGAG00000001476	ENSMGAG00000021250	DGKD (ENSMGAG00000001549)	ENSMGAG00000001514	ENSMGAG00000001750	ENSMGAG00000001696	ENSMGAG00000001607	NEU2 (ENSMGAG00000001763) ##25	SNORC (ENSMGAG00000001767)	NGEF (ENSMGAG00000001652)	ENSMGAG00000019388	ENSMGAG00000001874	ENSMGAG00000001886	ENSMGAG00000001906	ENSMGAG00000001934	ENSMGAG00000001911	ENSMGAG00000019181	ENSMGAG00000018991	PCCB (ENSMGAG00000002062)	ENSMGAG00000001938	ENSMGAG00000002109	ENSMGAG00000002102	ENSMGAG00000021368
Chicken	MODERN SPECIES	38	ARMC8 (ENSGALG00010022644)	DBR1 (ENSGALG00010022671)	PPP2R3A (ENSGALG00010022681)	MSL2 (ENSGALG00010022719)	PCCB (ENSGALG00010022733)	STAG1 (ENSGALG00010022783)	SLC35G2 (ENSGALG00010025427)	SCLY (ENSGALG00010025435)	ENSGALG00010025477	ENSGALG00010025490	EFHD1 (ENSGALG00010022797)	GIGYF2 (ENSGALG00010022811)	KCNJ13 (ENSGALG00010022822)	SNORC (ENSGALG00010022826)	NGEF (ENSGALG00010022873)	NEU2 (ENSGALG00010022942) ##25	INPP5D (ENSGALG00010022974)	ATG16L1 (ENSGALG00010023002)	SAG (ENSGALG00010023056)	DGKD (ENSGALG00010023103)	PROC (ENSGALG00010023116)	ENSGALG00010023122	IWS1 (ENSGALG00010023128)	MYO7B (ENSGALG00010023996)	LIMS2 (ENSGALG00010024031)	GPR17 (ENSGALG00010024064)	SFT2D3 (ENSGALG00010024077)	WDR33 (ENSGALG00010024106)	POLR2D (ENSGALG00010024115)	AMMECR1L (ENSGALG00010024119)	SAP130 (ENSGALG00010024136)
Japanese quail	MODERN SPECIES	27	DBR1 (ENSCJPG00005018720)	ENSCJPG00005018719	ENSCJPG00005018717	MSL2 (ENSCJPG00005018714)	PCCB (ENSCJPG00005018695)	STAG1 (ENSCJPG00005016872)	SLC35G2 (ENSCJPG00005016865)	SCLY (ENSCJPG00005016864)	ENSCJPG00005016863	ENSCJPG00005016862	EFHD1 (ENSCJPG00005016858)	KCNJ13 (ENSCJPG00005016847)	GIGYF2 (ENSCJPG00005016641)	SNORC (ENSCJPG00005016639)	NGEF (ENSCJPG00005016539)	NEU2 (ENSCJPG00005016538) ##25	INPP5D (ENSCJPG00005016521)	ATG16L1 (ENSCJPG00005016434)	SAG (ENSCJPG00005016433)	DGKD (ENSCJPG00005016296)	PROC (ENSCJPG00005016292)	ENSCJPG00005016291	IWS1 (ENSCJPG00005016256)	MYO7B (ENSCJPG00005016023)	GPR17 (ENSCJPG00005015998)	LIMS2 (ENSCJPG00005015923)	SFT2D3 (ENSCJPG00005015922)	WDR33 (ENSCJPG00005015893)	POLR2D (ENSCJPG00005015890)	AMMECR1L (ENSCJPG00005015887)	SAP130 (ENSCJPG00005015652)
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00940000157741	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000157773	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000161104	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000004912
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00940000157741.d	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000157773	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000161104	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT00940000154369	ENSGT00390000016324	ENSGT00940000156948	ENSGT01030000235098
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00940000157741.c.a	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000157773	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000161104	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT00940000154369	ENSGT00390000016324	ENSGT00940000156948	ENSGT01030000235098
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00940000157741.d	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000157773	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000161104	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT00940000154369	ENSGT00390000016324	ENSGT00940000156948	ENSGT01030000235098
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00940000157741.d	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000157773	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000161104	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT00940000154369	ENSGT00390000016324	ENSGT00940000156948	ENSGT01030000235098
Common canary	MODERN SPECIES	10	ARMC8 (ENSSCAG00000004701)	DBR1 (ENSSCAG00000004692)	PPP2R3A (ENSSCAG00000004686)	MSL2 (ENSSCAG00000004680)	PCCB (ENSSCAG00000004256)	STAG1 (ENSSCAG00000004142)	SLC35G2 (ENSSCAG00000004127)	SCLY (ENSSCAG00000004122)	ENSSCAG00000004120	ENSSCAG00000004111	EFHD1 (ENSSCAG00000004091)	KCNJ13 (ENSSCAG00000004087)	GIGYF2 (ENSSCAG00000003335)	SNORC (ENSSCAG00000003236)	NGEF (ENSSCAG00000003231)	NEU2 (ENSSCAG00000003223) ##25	INPP5D (ENSSCAG00000003212)	ATG16L1 (ENSSCAG00000003190)	SAG (ENSSCAG00000003184)	DGKD (ENSSCAG00000003157)	PROC (ENSSCAG00000003139)	IWS1 (ENSSCAG00000003130)	MYO7B (ENSSCAG00000003107)	ENSSCAG00000003094	GPR17 (ENSSCAG00000003090)	LIMS2 (ENSSCAG00000003083)	ENSSCAG00000003079	ENSSCAG00000003069	SLC25A36 (ENSSCAG00000003059)	PXYLP1 (ENSSCAG00000003054)	EPHA4 (ENSSCAG00000003040)
Medium ground finch	MODERN SPECIES	306											ENSGFOG00000013645	KCNJ13 (ENSGFOG00000013644)	GIGYF2 (ENSGFOG00000013640)	SNORC (ENSGFOG00000013638)	NGEF (ENSGFOG00000013636)	NEU2 (ENSGFOG00000013635) ##25	INPP5D (ENSGFOG00000013631)	ATG16L1 (ENSGFOG00000013392)	SAG (ENSGFOG00000013379)	DGKD (ENSGFOG00000013376)	ENSGFOG00000013367	IWS1 (ENSGFOG00000013361)	MYO7B (ENSGFOG00000013347)	GPR17 (ENSGFOG00000013344)	LIMS2 (ENSGFOG00000013339)
Great tit	MODERN SPECIES	29	ARMC8 (ENSPMJG00000017060)	DBR1 (ENSPMJG00000017061)	PPP2R3A (ENSPMJG00000017062)	MSL2 (ENSPMJG00000017067)	ENSPMJG00000017069	STAG1 (ENSPMJG00000017079)	SLC35G2 (ENSPMJG00000017084)	SCLY (ENSPMJG00000017085)	ENSPMJG00000017086	ENSPMJG00000017087	EFHD1 (ENSPMJG00000017089)	GIGYF2 (ENSPMJG00000017090)	KCNJ13 (ENSPMJG00000017093)	SNORC (ENSPMJG00000017094)	NGEF (ENSPMJG00000017095)	NEU2 (ENSPMJG00000017096) ##25	INPP5D (ENSPMJG00000017097)	ATG16L1 (ENSPMJG00000017098)	SAG (ENSPMJG00000017101)	DGKD (ENSPMJG00000017102)	PROC (ENSPMJG00000017111)	IWS1 (ENSPMJG00000017115)	MYO7B (ENSPMJG00000017117)	LIMS2 (ENSPMJG00000017119)	GPR17 (ENSPMJG00000017121)	ENSPMJG00000017122	SLC25A36 (ENSPMJG00000017124)	PXYLP1 (ENSPMJG00000017127)	ENSPMJG00000017139	EPHA4 (ENSPMJG00000017141)	ENSPMJG00000017144
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00940000157741	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000157773	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000161104	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b ##25	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000165072	ENSGT00720000108834	ENSGT00940000157247	ENSGT00940000166878	ENSGT01100000263537.b.a.a.b.a	ENSGT00940000153518.d.a	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000004912
Kakapo	MODERN SPECIES	25	DBR1 (ENSSHBG00005013213)	PPP2R3A (ENSSHBG00005013205)	MSL2 (ENSSHBG00005013197)	PCCB (ENSSHBG00005013184)	STAG1 (ENSSHBG00005011425)	SLC35G2 (ENSSHBG00005010842)	SCLY (ENSSHBG00005010817)	ENSSHBG00005010798	ENSSHBG00005010764	ENSSHBG00005010711	EFHD1 (ENSSHBG00005010450)	KCNJ13 (ENSSHBG00005010433)	GIGYF2 (ENSSHBG00005010295)	SNORC (ENSSHBG00005015513)	NGEF (ENSSHBG00005015506)	NEU2 (ENSSHBG00005015504) ##25	INPP5D (ENSSHBG00005015482)	ATG16L1 (ENSSHBG00005015464)	ENSSHBG00005015460	SAG (ENSSHBG00005015456)	DGKD (ENSSHBG00005012409)	PROC (ENSSHBG00005012119)	ENSSHBG00005012085	IWS1 (ENSSHBG00005012013)	MYO7B (ENSSHBG00005011960)	ENSSHBG00005011920	GPR17 (ENSSHBG00005011900)	LIMS2 (ENSSHBG00005011886)	SFT2D3 (ENSSHBG00005011876)	WDR33 (ENSSHBG00005011861)	POLR2D (ENSSHBG00005011841)
Golden eagle	MODERN SPECIES	1	ARMC8 (ENSACCG00020004681)	DBR1 (ENSACCG00020004657)	PPP2R3A (ENSACCG00020004631)	MSL2 (ENSACCG00020004609)	PCCB (ENSACCG00020004587)	STAG1 (ENSACCG00020004553)	SLC35G2 (ENSACCG00020004540)	SCLY (ENSACCG00020004530)	ENSACCG00020004518	ENSACCG00020004509	EFHD1 (ENSACCG00020006984)	KCNJ13 (ENSACCG00020006978)	GIGYF2 (ENSACCG00020006944)	SNORC (ENSACCG00020006917)	NGEF (ENSACCG00020006885)	NEU2 (ENSACCG00020006814) ##25	INPP5D (ENSACCG00020006791)	ATG16L1 (ENSACCG00020006722)	ENSACCG00020006661	SAG (ENSACCG00020006640)	DGKD (ENSACCG00020006583)	ENSACCG00020006556	ENSACCG00020006531	IWS1 (ENSACCG00020006504)	MYO7B (ENSACCG00020006387)	GPR17 (ENSACCG00020006337)	LIMS2 (ENSACCG00020006324)	SFT2D3 (ENSACCG00020006316)	ENSACCG00020006306	ENSACCG00020006293	POLR2D (ENSACCG00020006286)
African ostrich	MODERN SPECIES	434	HTATIP2 (ENSSCUG00000009867)	ENSSCUG00000009865	ENSSCUG00000009864	ATF6 (ENSSCUG00000009863)	OLFML2B (ENSSCUG00000009861)	HSD17B7 (ENSSCUG00000009860)	DDR2 (ENSSCUG00000009859)	UAP1 (ENSSCUG00000009849)	UHMK1 (ENSSCUG00000009842)	ENSSCUG00000009840	TMEM121 (ENSSCUG00000009837)	ENSSCUG00000009834	KCNJ13 (ENSSCUG00000009831)	GIGYF2 (ENSSCUG00000009792)	NGEF (ENSSCUG00000009754)	NEU2 (ENSSCUG00000009751) ##25	INPP5D (ENSSCUG00000009749)	ATG16L1 (ENSSCUG00000009744)	SAG (ENSSCUG00000009735)	DGKD (ENSSCUG00000009727)	ENSSCUG00000009725	ENSSCUG00000009724	IWS1 (ENSSCUG00000009716)	ENSSCUG00000009702	MYO7B (ENSSCUG00000009636)	GPR17 (ENSSCUG00000009594)	LIMS2 (ENSSCUG00000009593)	WDR33 (ENSSCUG00000009588)	POLR2D (ENSSCUG00000009585)	AMMECR1L (ENSSCUG00000009580)	SAP130 (ENSSCUG00000009571)
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	48		ARMC8 (ENSCPRG00005008376)	DBR1 (ENSCPRG00005008431)	PPP2R3A (ENSCPRG00005008435)	MSL2 (ENSCPRG00005008442)	PCCB (ENSCPRG00005008445)	STAG1 (ENSCPRG00005008460)	SLC35G2 (ENSCPRG00005008483)	ENSCPRG00005008492	ENSCPRG00005008509	ENSCPRG00005008510	GIGYF2 (ENSCPRG00005008520)	KCNJ13 (ENSCPRG00005008553)	SNORC (ENSCPRG00005008557)	NGEF (ENSCPRG00005008565)	NEU2 (ENSCPRG00005008602) ##25	INPP5D (ENSCPRG00005008605)	ATG16L1 (ENSCPRG00005008614)	SAG (ENSCPRG00005008624)	DGKD (ENSCPRG00005008632)	PROC (ENSCPRG00005008641)	ENSCPRG00005008647	IWS1 (ENSCPRG00005008651)	MYO7B (ENSCPRG00005008663)	LIMS2 (ENSCPRG00005008681)	ENSCPRG00005008689	WDR33 (ENSCPRG00005008702)	POLR2D (ENSCPRG00005008860)	AMMECR1L (ENSCPRG00005008871)	SAP130 (ENSCPRG00005008884)	UGGT1 (ENSCPRG00005008910)
Coelacanth	MODERN SPECIES	1097							EFHD1 (ENSLACG00000003255)	ENSLACG00000004847	ENSLACG00000005824	ENSLACG00000007926	SCLY (ENSLACG00000010055)	ESPNL (ENSLACG00000010368)	KLHL30 (ENSLACG00000011421)	ERFE (ENSLACG00000011937)	ILKAP (ENSLACG00000012380)	NEU2 (ENSLACG00000012725) ##25	INPP5D (ENSLACG00000013057)
Cyclostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182944.B ##25
Lamprey	MODERN SPECIES	5579																NEU4 (ENSPMAG00000009262) ##25
Hagfish	MODERN SPECIES	28															ENSEBUG00000012655	ENSEBUG00000005984 ##25	ENSEBUG00000008194