Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000156279	ENSGT00950000183015.A	ENSGT00940000154544.a	ENSGT00390000010591	ENSGT00390000012248	ENSGT00940000157885	ENSGT00390000004284	ENSGT00940000156530.c	ENSGT00390000018052	ENSGT00950000183091.A.b	ENSGT00390000015405	ENSGT00390000009597	ENSGT00940000156327	ENSGT00940000156841 #20	ENSGT00940000154556 #21	ENSGT00940000154958 #22	ENSGT00810000125473.A.f #23	ENSGT00940000157081 #24	ENSGT00530000063867.b	ENSGT00940000154186.a #25	ENSGT00390000001858	ENSGT00940000155337 #26	ENSGT00950000183050.b.b.a #27	ENSGT00390000000583 #28	ENSGT00940000153464.B #29	ENSGT00530000063410.a #30	ENSGT00390000016551 #32	ENSGT00940000161234 #33	ENSGT00940000157597 #34	ENSGT00940000153899.b.b #35	ENSGT00940000155345 #36
Guinea pig	MODERN SPECIES	48														SPRED2 (ENSCPOG00000037272) #20	ACTR2 (ENSCPOG00000025808) #21	RAB1A (ENSCPOG00000015437) #22	CEP68 (ENSCPOG00000001592) #23	SLC1A4 (ENSCPOG00000008754) #24	ENSCPOG00000033401 #25	LGALSL (ENSCPOG00000039657) #26	PELI1 (ENSCPOG00000037199) #27	VPS54 (ENSCPOG00000037738) #28	UGP2 (ENSCPOG00000008459) #29	MDH1 (ENSCPOG00000010755) #30	ENSCPOG00000036317 #31	ENSCPOG00000030520 #32	OTX1 (ENSCPOG00000004881) #33	EHBP1 (ENSCPOG00000002001) #34	TMEM17 (ENSCPOG00000035038) #35	B3GNT2 (ENSCPOG00000034379) #36	COMMD1 (ENSCPOG00000002088) #37
Hystricomorpha_b	DUPLICATION
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000156279	ENSGT00950000183015.A	ENSGT00940000154544.a	ENSGT00390000010591	ENSGT00390000012248	ENSGT00940000157885	ENSGT00390000004284	ENSGT00940000156530.c	ENSGT00390000018052	ENSGT00950000183091.A.b	ENSGT00390000015405	ENSGT00390000009597	ENSGT00940000156327	ENSGT00940000156841 #20	ENSGT00940000154556 #21	ENSGT00940000154958.y #22	ENSGT00810000125473.A.f #23	ENSGT00940000157081 #24	ENSGT00530000063867.b	ENSGT00940000154186.a #25	ENSGT00390000001858	ENSGT00940000155337 #26	ENSGT00950000183050.b.b.a #27	ENSGT00390000000583 #28	ENSGT00940000153464.B #29	ENSGT00530000063410.a #30	ENSGT00390000016551 #32	ENSGT00940000161234 #33	ENSGT00940000157597 #34	ENSGT00940000153899.b.b #35	ENSGT00940000155345 #36
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	131	BMP10 (ENSCLAG00000007285)	ARHGAP25 (ENSCLAG00000007583)	PROKR1 (ENSCLAG00000008825)	APLF (ENSCLAG00000009519)	FBXO48 (ENSCLAG00000010201)	PLEK (ENSCLAG00000010835)	CNRIP1 (ENSCLAG00000012035)	PPP3R1 (ENSCLAG00000012159)	PNO1 (ENSCLAG00000015058)	DNAAF10 (ENSCLAG00000014702)	C1D (ENSCLAG00000011883)	ETAA1 (ENSCLAG00000013575)	MEIS1 (ENSCLAG00000010420)	SPRED2 (ENSCLAG00000011449) #20	ACTR2 (ENSCLAG00000010920) #21	RAB1A (ENSCLAG00000014766) #22	CEP68 (ENSCLAG00000012193) #23	SLC1A4 (ENSCLAG00000008207) #24	SERTAD2 (ENSCLAG00000008318)	AFTPH (ENSCLAG00000012032) #25	ENSCLAG00000012344	LGALSL (ENSCLAG00000015114) #26	PELI1 (ENSCLAG00000006481) #27	VPS54 (ENSCLAG00000007366) #28	UGP2 (ENSCLAG00000010416) #29	MDH1 (ENSCLAG00000007815) #30	ENSCLAG00000008400 #32	OTX1 (ENSCLAG00000010265) #33	EHBP1 (ENSCLAG00000007561) #34	TMEM17 (ENSCLAG00000013487) #35	B3GNT2 (ENSCLAG00000013147) #36
Degu	MODERN SPECIES	119	BMP10 (ENSODEG00000010621)	ARHGAP25 (ENSODEG00000012290)	PROKR1 (ENSODEG00000011030)	FBXO48 (ENSODEG00000011400)	PLEK (ENSODEG00000011044)	CNRIP1 (ENSODEG00000011175)	PPP3R1 (ENSODEG00000012397)	PNO1 (ENSODEG00000011769)	ENSODEG00000011043	ENSODEG00000019812	ENSODEG00000011242	MEIS1 (ENSODEG00000012314)	ENSODEG00000012312	SPRED2 (ENSODEG00000012243) #20	ENSODEG00000010956 #21	ENSODEG00000011248 #22	SLC1A4 (ENSODEG00000011406) #24	SERTAD2 (ENSODEG00000011523)	ENSODEG00000011805 #25	LGALSL (ENSODEG00000011485) #26	ENSODEG00000011901	PELI1 (ENSODEG00000011189) #27	VPS54 (ENSODEG00000012541) #28	ENSODEG00000011552 #29	ENSODEG00000012736	MDH1 (ENSODEG00000011582) #30	WDPCP (ENSODEG00000011330) #32	ENSODEG00000019821	ENSODEG00000011103	ENSODEG00000011160	OTX1 (ENSODEG00000012071) #33
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154958.z #22
Degu	MODERN SPECIES	68	ENSODEG00000012690	PRSS58 (ENSODEG00000013832)	ENSODEG00000013684	ENSODEG00000012923	ENSODEG00000012554	ENSODEG00000013222	ENSODEG00000014167	ENSODEG00000012766	TRPV6 (ENSODEG00000015340)	EPHB6 (ENSODEG00000012570)	TRPV5 (ENSODEG00000014153)	ENSODEG00000014532	KEL (ENSODEG00000014311)	ENSODEG00000012786	ENSODEG00000013095	ENSODEG00000014420 #22	ENSODEG00000014142	GSTK1 (ENSODEG00000013235)	CASP2 (ENSODEG00000012945)	CLCN1 (ENSODEG00000013200)	FAM131B (ENSODEG00000013311)	ZYX (ENSODEG00000013085)	EPHA1 (ENSODEG00000013070)	ENSODEG00000012320	ENSODEG00000012803	ENSODEG00000020018	ENSODEG00000012681	ENSODEG00000012159	ENSODEG00000012316	TCAF1 (ENSODEG00000012182)	ENSODEG00000013843