Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00390000001101	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154474.A #7	ENSGT00940000157874 #9	ENSGT00940000157849 #10	ENSGT00940000157872 #12	ENSGT00390000018090 #13	ENSGT00940000162479 #14	ENSGT00940000155360.B #15	ENSGT00940000156564 #16	ENSGT00940000155401.g ##17	ENSGT00390000006347.b #18	ENSGT00390000000917 #19	ENSGT00940000161024 #20	ENSGT00940000157234 #21	ENSGT00940000157678 #22	ENSGT00940000161407 #23	ENSGT00940000158920 #24	ENSGT00940000157536.b #25	ENSGT00950000186184	ENSGT00940000158114	ENSGT00860000133881 #27	ENSGT00940000155696 #28	ENSGT00730000111249 #29	ENSGT00940000155868 #30	ENSGT00910000148742 #31	ENSGT00950000182808.a.a.a.a.a #33	ENSGT00940000159229 #34	ENSGT00510000048601.b ##37	ENSGT00510000048601.a #37	ENSGT00940000158318
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	13	F7 (ENSSVLG00005001724) #7	ENSSVLG00005001682 #8	MCF2L (ENSSVLG00005001241) #9	ATP11A (ENSSVLG00005000814) #10	ENSSVLG00005000771 #11	ENSSVLG00005000688 #12	ENSSVLG00005000637 #13	SOX1 (ENSSVLG00005000621) #14	ARHGEF7 (ENSSVLG00005000486) #15	ENSSVLG00005000341 #16	ING1 (ENSSVLG00005000309) #17	CARS2 (ENSSVLG00005000283) #18	NAXD (ENSSVLG00005004547) #19	RAB20 (ENSSVLG00005004525) #20	COL4A2 (ENSSVLG00005004495) #21	COL4A1 (ENSSVLG00005004419) #22	IRS2 (ENSSVLG00005004379) #23	ENSSVLG00005004320 #24	TNFSF13B (ENSSVLG00005004264) #25	ENSSVLG00005004241 #26	LIG4 (ENSSVLG00005004231) #27	NALF1 (ENSSVLG00005004223) #28	ARGLU1 (ENSSVLG00005004186) #29	EFNB2 (ENSSVLG00005004169) #30	ENSSVLG00005004156 #31	ENSSVLG00005004144 #32	SLC10A2 (ENSSVLG00005004129) #33	METTL21EP (ENSSVLG00005004116) #34	ENSSVLG00005004102 #35	ENSSVLG00005004093 #36	BIVM (ENSSVLG00005004067) #37
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00950000182899.B.a	ENSGT00940000156905	ENSGT00390000001101	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154474.A #7	ENSGT00940000157874 #9	ENSGT00940000157849 #10	ENSGT00940000157872 #12	ENSGT00940000155360.B #15	ENSGT00940000156564 #16	ENSGT00940000155401.g ##17	ENSGT00390000006347.b #18	ENSGT00390000000917 #19	ENSGT00940000161024 #20	ENSGT00940000157234 #21	ENSGT00940000157678 #22	ENSGT00940000161407 #23	ENSGT00940000158920 #24	ENSGT00940000157536.b #25	ENSGT00950000186184	ENSGT00940000158114	ENSGT00860000133881 #27	ENSGT00940000155696 #28	ENSGT00730000111249 #29	ENSGT00940000155868 #30	ENSGT00950000182808.a.a.a.a.a #33	ENSGT00940000159229 #34	ENSGT00510000048601.b ##37	ENSGT00510000048601.a #37	ENSGT00940000158318	ENSGT00940000162655
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00950000182899.B.a	ENSGT00940000156905	ENSGT00390000001101	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154474.A #7	ENSGT00940000157874 #9	ENSGT00940000157849 #10	ENSGT00940000157872 #12	ENSGT00940000155360.B #15	ENSGT00940000156564 #16	ENSGT00940000155401.g ##17	ENSGT00390000006347.b #18	ENSGT00390000000917 #19	ENSGT00940000161024 #20	ENSGT00940000157234 #21	ENSGT00940000157678 #22	ENSGT00940000161407 #23	ENSGT00940000158920 #24	ENSGT00940000157536.b #25	ENSGT00950000186184	ENSGT00940000158114	ENSGT00860000133881 #27	ENSGT00940000155696 #28	ENSGT00730000111249 #29	ENSGT00940000155868 #30	ENSGT00950000182808.a.a.a.a.a #33	ENSGT00940000159229 #34	ENSGT00510000048601.b ##37	ENSGT00510000048601.a #37	ENSGT00940000158318	ENSGT00940000162655
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	7									ANKRD10 (ENSUPAG00010011503) #16	ING1 (ENSUPAG00010011497) ##17	CARS2 (ENSUPAG00010011459) #18	NAXD (ENSUPAG00010011425) #19	ENSUPAG00010011414	RAB20 (ENSUPAG00010011409) #20	COL4A2 (ENSUPAG00010011379) #21	COL4A1 (ENSUPAG00010011351) #22	IRS2 (ENSUPAG00010011346) #23	ENSUPAG00010011315 #24	TNFSF13B (ENSUPAG00010011297) #25	ENSUPAG00010011292	ABHD13 (ENSUPAG00010011290)	LIG4 (ENSUPAG00010011286) #27	NALF1 (ENSUPAG00010011279) #28	ARGLU1 (ENSUPAG00010011266) #29	EFNB2 (ENSUPAG00010011257) #30	SLC10A2 (ENSUPAG00010011241) #33	METTL21EP (ENSUPAG00010011230) #34	ERCC5 (ENSUPAG00010010723) ##37	ENSUPAG00010010715	BIVM (ENSUPAG00010010689) #37	POGLUT2 (ENSUPAG00010010649)
Squirrel	MODERN SPECIES	72	LAMP1 (ENSSTOG00000003961)	CUL4A (ENSSTOG00000003940)	PCID2 (ENSSTOG00000003919)	F10 (ENSSTOG00000020166)	F7 (ENSSTOG00000025843) #7	MCF2L (ENSSTOG00000003498) #9	ATP11A (ENSSTOG00000000270) #10	TUBGCP3 (ENSSTOG00000000803) #12	ARHGEF7 (ENSSTOG00000014578) #15	ANKRD10 (ENSSTOG00000023244) #16	ENSSTOG00000026920 ##17	CARS2 (ENSSTOG00000012158) #18	NAXD (ENSSTOG00000012153) #19	RAB20 (ENSSTOG00000008251) #20	COL4A2 (ENSSTOG00000026757) #21	COL4A1 (ENSSTOG00000004254) #22	MYO16 (ENSSTOG00000005498) #24	TNFSF13B (ENSSTOG00000027182) #25	ABHD13 (ENSSTOG00000027704)	LIG4 (ENSSTOG00000024303) #27	NALF1 (ENSSTOG00000002944) #28	ARGLU1 (ENSSTOG00000028399) #29	EFNB2 (ENSSTOG00000007085) #30	SLC10A2 (ENSSTOG00000006381) #33	METTL21EP (ENSSTOG00000006370) #34	ERCC5 (ENSSTOG00000006330) ##37	BIVM (ENSSTOG00000006314) #37	POGLUT2 (ENSSTOG00000006283)	TEX30 (ENSSTOG00000006265)	METTL21C (ENSSTOG00000006231)	TPP2 (ENSSTOG00000006188)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	13	PCID2 (ENSMMMG00000019625)	F10 (ENSMMMG00000019639)	F7 (ENSMMMG00000019651) #7	MCF2L (ENSMMMG00000019681) #9	ATP11A (ENSMMMG00000019764) #10	TUBGCP3 (ENSMMMG00000019793) #12	ENSMMMG00000019809	ARHGEF7 (ENSMMMG00000019817) #15	ENSMMMG00000019872 #16	ENSMMMG00000019874 #16	ENSMMMG00000019878 ##17	CARS2 (ENSMMMG00000019885) #18	NAXD (ENSMMMG00000020065) #19	RAB20 (ENSMMMG00000020082) #20	COL4A2 (ENSMMMG00000020085) #21	COL4A1 (ENSMMMG00000020115) #22	ENSMMMG00000020163 #24	TNFSF13B (ENSMMMG00000020182) #25	ENSMMMG00000020192	ABHD13 (ENSMMMG00000020197)	LIG4 (ENSMMMG00000020199) #27	NALF1 (ENSMMMG00000020209) #28	ARGLU1 (ENSMMMG00000020228) #29	EFNB2 (ENSMMMG00000020234) #30	ENSMMMG00000020243	METTL21EP (ENSMMMG00000020269) #34	ERCC5 (ENSMMMG00000020279) ##37	BIVM (ENSMMMG00000020283) #37	POGLUT2 (ENSMMMG00000020290)	TEX30 (ENSMMMG00000020317)	METTL21C (ENSMMMG00000020360)