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Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000163511 #8	ENSGT00940000154808.a.b #9	ENSGT00940000157891 #7	ENSGT00940000158371 #10	ENSGT01060000248588.a.c.a #11	ENSGT01030000235204 #12	ENSGT00940000155437 #13	ENSGT00530000063860.a #14	ENSGT00390000015484.d ##15	ENSGT00390000015484.c #15	ENSGT00940000159491 #16	ENSGT00390000015384 #17	ENSGT00940000159354 #18	ENSGT00390000000618 #20	ENSGT00940000162170 #21	ENSGT00940000159541 #22	ENSGT00940000154518.a	ENSGT00940000161455	ENSGT00390000007221.a.a #24	ENSGT00390000002845 #25	ENSGT00390000014889 #26	ENSGT00940000157753 #27	ENSGT00390000015996 #28	ENSGT00950000182924.B.a.b #29	ENSGT00940000160154 #30	ENSGT00940000158570 #31	ENSGT00940000156580 #33	ENSGT00550000074618.a.a #34	ENSGT00390000012652.ab.b #35	ENSGT00940000159831 #36	ENSGT00950000182869.e.a.b
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000163511 #8	ENSGT00940000154808.a.b #9	ENSGT00940000157891 #7	ENSGT00940000158371 #10	ENSGT01060000248588.a.c.a #11	ENSGT01030000235204 #12	ENSGT00940000155437 #13	ENSGT00530000063860.a #14	ENSGT00390000015484.d ##15	ENSGT00390000015484.c #15	ENSGT00940000159491 #16	ENSGT00390000015384 #17	ENSGT00940000159354 #18	ENSGT00390000000618 #20	ENSGT00940000162170 #21	ENSGT00940000159541 #22	ENSGT00940000165985	ENSGT00390000007221.a.a #24	ENSGT00390000002845 #25	ENSGT00390000014889 #26	ENSGT00940000157753 #27	ENSGT00390000015996 #28	ENSGT00950000182924.B.a.b #29	ENSGT00940000160154 #30	ENSGT00940000158570 #31	ENSGT00940000156580 #33	ENSGT00550000074618.a.a #34	ENSGT00390000012652.ab.b #35	ENSGT00940000159831 #36	ENSGT00950000182869.e.a.b	ENSGT00440000037499
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000159795.a	ENSGT00940000163511 #8	ENSGT00940000154808.a.b #9	ENSGT00940000157891 #7	ENSGT00940000158371 #10	ENSGT01060000248588.a.c.a #11	ENSGT01030000235204 #12	ENSGT00940000155437 #13	ENSGT00530000063860.a #14	ENSGT00390000015484.c #15	ENSGT00940000159491 #16	ENSGT00390000015384 #17	ENSGT00940000159354 #18	ENSGT00390000000618 #20	ENSGT00940000162170 #21	ENSGT00940000159541 #22	ENSGT01070000257270 #23	ENSGT00390000007221.a.a #24	ENSGT00390000002845 #25	ENSGT00390000014889 #26	ENSGT00940000157753 #27	ENSGT00390000015996 #28	ENSGT00950000182924.B.a.b #29	ENSGT00940000160154 #30	ENSGT00940000158570 #31	ENSGT00940000156580 #33	ENSGT00550000074618.a.a #34	ENSGT00390000012652.ab.b #35	ENSGT00940000159831 #36	ENSGT00950000182869.e.a.b	ENSGT00440000037499.v
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000153441.b	ENSGT00940000163511 #8	ENSGT00940000154808.a.b #9	ENSGT00940000157891 #7	ENSGT00940000158371 #10	ENSGT01060000248588.a.c.a #11	ENSGT01030000235204 #12	ENSGT00940000155437 #13	ENSGT00530000063860.a #14	ENSGT00390000015484.c #15	ENSGT00940000159491 #16	ENSGT00390000015384 #17	ENSGT00940000159354 #18	ENSGT00390000000618 #20	ENSGT00940000162170 #21	ENSGT00940000159541 #22	ENSGT01070000257270 #23	ENSGT00390000007221.a.a #24	ENSGT00390000002845 #25	ENSGT00390000014889 #26	ENSGT00940000157753 #27	ENSGT00390000015996 #28	ENSGT00950000182924.B.a.b #29	ENSGT00940000160154 #30	ENSGT00940000158570 #31	ENSGT00940000156580 #33	ENSGT00550000074618.a.a #34	ENSGT00390000012652.ab.b #35	ENSGT00940000159831 #36	ENSGT00950000182869.e.a.b	ENSGT00440000037499.v
Chicken	MODERN SPECIES	4	KLHL3 (ENSGALG00010015660) #7	NPY6R (ENSGALG00010015705) #8	RBMXL3 (ENSGALG00010015709) #9	SPOCK1 (ENSGALG00010015776) #10	TRPC7 (ENSGALG00010015802) #11	ENSGALG00010016992 #12	SMAD5 (ENSGALG00010015829) #13	TGFBI (ENSGALG00010012839) #14	LECT2 (ENSGALG00010012854) #15	FBXL21 (ENSGALG00010012859) #16	IL9 (ENSGALG00010012960) #17	SLC25A48 (ENSGALG00010013042) #18	ENSGALG00010013074 #19	CXCL14 (ENSGALG00010013086) #20	NEUROG1 (ENSGALG00010013092) #21	H2AFY (ENSGALG00010016581) #22	PITX1 (ENSGALG00010012790) #23	PCBD2 (ENSGALG00010013121) #24	TXNDC15 (ENSGALG00010013133) #25	C5orf24 (ENSGALG00010013180) #26	DDX46 (ENSGALG00010013186) #27	CAMLG (ENSGALG00010013198) #28	SEC24A (ENSGALG00010013241) #29	SAR1B (ENSGALG00010013254) #30	JADE2 (ENSGALG00010013261) #31	ENSGALG00010012800 #32	UBE2B (ENSGALG00010015848) #33	PPP2CA (ENSGALG00010015861) #34	SKP1 (ENSGALG00010015876) #35	TCF7 (ENSGALG00010015893) #36	ENSGALG00010015897 #37
Japanese quail	MODERN SPECIES	4	MYOT (ENSCJPG00005005204)	ENSCJPG00005005202 #8	HNRNPA0 (ENSCJPG00005005201) #9	KLHL3 (ENSCJPG00005005200) #7	SPOCK1 (ENSCJPG00005005199) #10	TRPC7 (ENSCJPG00005005195) #11	ENSCJPG00005005193 #12	SMAD5 (ENSCJPG00005005192) #13	TGFBI (ENSCJPG00005005188) #14	ENSCJPG00005005186 #15	ENSCJPG00005005182 #16	ENSCJPG00005005181 #17	SLC25A48 (ENSCJPG00005005179) #18	CXCL14 (ENSCJPG00005005173) #20	NEUROG1 (ENSCJPG00005005172) #21	MACROH2A1 (ENSCJPG00005005171) #22	PITX1 (ENSCJPG00005005163)	PCBD2 (ENSCJPG00005005162) #24	TXNDC15 (ENSCJPG00005005159) #25	C5orf24 (ENSCJPG00005005156) #26	DDX46 (ENSCJPG00005005147) #27	CAMLG (ENSCJPG00005005143) #28	SEC24A (ENSCJPG00005005137) #29	SAR1B (ENSCJPG00005005136) #30	JADE2 (ENSCJPG00005005135) #31	UBE2B (ENSCJPG00005005133) #33	PPP2CA (ENSCJPG00005005132) #34	SKP1 (ENSCJPG00005005131) #35	TCF7 (ENSCJPG00005005130) #36	VDAC1 (ENSCJPG00005005127)	C5orf15 (ENSCJPG00005005126)
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159795.a	ENSGT00940000163511 #8	ENSGT00940000154808.a.b #9	ENSGT00940000157891 #7	ENSGT00940000158371 #10	ENSGT01060000248588.a.c.a #11	ENSGT01030000235204 #12	ENSGT00940000155437 #13	ENSGT00530000063860.a #14	ENSGT00390000015484.d ##15	ENSGT00390000015484.c #15	ENSGT00940000159491 #16	ENSGT00940000159354 #18	ENSGT00390000000618 #20	ENSGT00940000162170 #21	ENSGT00940000159541 #22	ENSGT00940000154518.a	ENSGT00940000165985	ENSGT00390000007221.a.a #24	ENSGT00390000002845 #25	ENSGT00390000014889 #26	ENSGT00940000157753 #27	ENSGT00390000015996 #28	ENSGT00950000182924.B.a.b #29	ENSGT00940000160154 #30	ENSGT00940000158570 #31	ENSGT00940000156580 #33	ENSGT00550000074618.a.a #34	ENSGT00390000012652.ab.b #35	ENSGT00940000159831 #36	ENSGT00950000182869.e.a.b
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	9	MYOT (ENSABRG00000004346)	ENSABRG00000004354 #8	HNRNPA0 (ENSABRG00000004357) #9	KLHL3 (ENSABRG00000004383) #7	ENSABRG00000004924	SPOCK1 (ENSABRG00000004940) #10	TRPC7 (ENSABRG00000004975) #11	ENSABRG00000004996 #12	SMAD5 (ENSABRG00000005002) #13	TGFBI (ENSABRG00000005025) #14	ENSABRG00000005046 ##15	ENSABRG00000005052 #15	ENSABRG00000005060 #16	SLC25A48 (ENSABRG00000005075) #18	CXCL14 (ENSABRG00000005107) #20	MACROH2A1 (ENSABRG00000005120) #22	ENSABRG00000005145	PCBD2 (ENSABRG00000005148) #24	TXNDC15 (ENSABRG00000005150) #25	C5orf24 (ENSABRG00000005158) #26	DDX46 (ENSABRG00000005167) #27	CAMLG (ENSABRG00000005194) #28	SEC24A (ENSABRG00000005396) #29	SAR1B (ENSABRG00000011759) #30	JADE2 (ENSABRG00000011766) #31	UBE2B (ENSABRG00000011776) #33	PPP2CA (ENSABRG00000011781) #34	SKP1 (ENSABRG00000011783) #35	TCF7 (ENSABRG00000011798) #36	VDAC1 (ENSABRG00000011834)	C5orf15 (ENSABRG00000011842)
Duck	MODERN SPECIES	5	PKD2L2 (ENSAPLG00000012989)	MYOT (ENSAPLG00000012838)	ENSAPLG00000011420 #8	HNRNPA0 (ENSAPLG00000017729) #9	KLHL3 (ENSAPLG00000000978) #7	SPOCK1 (ENSAPLG00000002554) #10	TRPC7 (ENSAPLG00000002677) #11	ENSAPLG00000030156 #12	SMAD5 (ENSAPLG00000003593) #13	ENSAPLG00000030584 ##15	ENSAPLG00000004923 #15	ENSAPLG00000005001 #16	SLC25A48 (ENSAPLG00000005100) #18	CXCL14 (ENSAPLG00000005214) #20	NEUROG1 (ENSAPLG00000031251) #21	MACROH2A1 (ENSAPLG00000005243) #22	PITX1 (ENSAPLG00000028077)	PCBD2 (ENSAPLG00000013164) #24	TXNDC15 (ENSAPLG00000017719) #25	C5orf24 (ENSAPLG00000001548) #26	DDX46 (ENSAPLG00000013208) #27	CAMLG (ENSAPLG00000013700) #28	ENSAPLG00000013847	SAR1B (ENSAPLG00000007369) #30	JADE2 (ENSAPLG00000014696) #31	UBE2B (ENSAPLG00000014846) #33	PPP2CA (ENSAPLG00000014864) #34	SKP1 (ENSAPLG00000015147) #35	TCF7 (ENSAPLG00000015177) #36	VDAC1 (ENSAPLG00000015267)	C5orf15 (ENSAPLG00000016800)
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Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000163511 #8	ENSGT00940000154808.a.b #9	ENSGT00940000157891 #7	ENSGT00940000158371 #10	ENSGT01060000248588.a.c.a #11	ENSGT01030000235204 #12	ENSGT00940000155437 #13	ENSGT00530000063860.a #14	ENSGT00390000015484.d ##15	ENSGT00390000015484.c #15	ENSGT00940000159491 #16	ENSGT00390000015384 #17	ENSGT00940000159354 #18	ENSGT00390000000618 #20	ENSGT00940000162170 #21	ENSGT00940000159541 #22	ENSGT00940000154518.a	ENSGT00940000161455	ENSGT00390000007221.a.a #24	ENSGT00390000002845 #25	ENSGT00390000014889 #26	ENSGT00940000157753 #27	ENSGT00390000015996 #28	ENSGT00950000182924.B.a.b #29	ENSGT00940000160154 #30	ENSGT00940000158570 #31	ENSGT00940000156580 #33	ENSGT00550000074618.a.a #34	ENSGT00390000012652.ab.b #35	ENSGT00940000159831 #36	ENSGT00950000182869.e.a.b
Golden eagle	MODERN SPECIES	14	HNRNPA0 (ENSACCG00020015921) #9	KLHL3 (ENSACCG00020015940) #7	ENSACCG00020015968	SPOCK1 (ENSACCG00020015988) #10	TRPC7 (ENSACCG00020016017) #11	ENSACCG00020016048 #12	SMAD5 (ENSACCG00020016058) #13	TGFBI (ENSACCG00020016071) #14	ENSACCG00020016086 ##15	ENSACCG00020016097 #15	ENSACCG00020016103 #16	ENSACCG00020016112 #17	SLC25A48 (ENSACCG00020016127) #18	CXCL14 (ENSACCG00020016148) #20	NEUROG1 (ENSACCG00020016159) #21	MACROH2A1 (ENSACCG00020016171) #22	PITX1 (ENSACCG00020009463)	CATSPER3 (ENSACCG00020009481)	PCBD2 (ENSACCG00020009501) #24	TXNDC15 (ENSACCG00020009510) #25	C5orf24 (ENSACCG00020009527) #26	DDX46 (ENSACCG00020009551) #27	CAMLG (ENSACCG00020009579) #28	ENSACCG00020009593	SAR1B (ENSACCG00020009625) #30	JADE2 (ENSACCG00020009669) #31	UBE2B (ENSACCG00020009706) #33	PPP2CA (ENSACCG00020009725) #34	SKP1 (ENSACCG00020009740) #35	TCF7 (ENSACCG00020009771) #36	VDAC1 (ENSACCG00020009806)
Kakapo	MODERN SPECIES	6	ENSSHBG00005008001	FAM13B (ENSSHBG00005007860)	PKD2L2 (ENSSHBG00005007766)	MYOT (ENSSHBG00005007750)	HNRNPA0 (ENSSHBG00005007726) #9	KLHL3 (ENSSHBG00005007688) #7	SPOCK1 (ENSSHBG00005007661) #10	SMAD5 (ENSSHBG00005007633) #13	TGFBI (ENSSHBG00005007609) #14	ENSSHBG00005007597 ##15	ENSSHBG00005007584 #15	ENSSHBG00005007567 #16	ENSSHBG00005007552 #17	SLC25A48 (ENSSHBG00005007537) #18	NEUROG1 (ENSSHBG00005007501) #21	MACROH2A1 (ENSSHBG00005007476) #22	PITX1 (ENSSHBG00005007456)	PCBD2 (ENSSHBG00005007449) #24	TXNDC15 (ENSSHBG00005007436) #25	C5orf24 (ENSSHBG00005007424) #26	DDX46 (ENSSHBG00005007082) #27	CAMLG (ENSSHBG00005007012) #28	SEC24A (ENSSHBG00005006963) #29	SAR1B (ENSSHBG00005006933) #30	JADE2 (ENSSHBG00005006895) #31	UBE2B (ENSSHBG00005006853) #33	PPP2CA (ENSSHBG00005006833) #34	SKP1 (ENSSHBG00005006814) #35	TCF7 (ENSSHBG00005006790) #36	VDAC1 (ENSSHBG00005006771)	C5orf15 (ENSSHBG00005006759)
African ostrich	MODERN SPECIES	835																MACROH2A1 (ENSSCUG00000015942) #22	ENSSCUG00000015947	CATSPER3 (ENSSCUG00000015949)	PCBD2 (ENSSCUG00000015952) #24	ENSSCUG00000015955 #25	C5orf24 (ENSSCUG00000015956) #26	DDX46 (ENSSCUG00000015957) #27	CAMLG (ENSSCUG00000015962) #28	SEC24A (ENSSCUG00000016032) #29	SAR1B (ENSSCUG00000016106) #30