Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158601 #22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 611 ENSGT00940000159551 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.b ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b ENSGT01010000222336.a.a.a Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 190 ENSGT00390000004927 ENSGT00390000013207 ENSGT00390000013762.b.b ENSGT00390000007594 ENSGT00940000164602 ENSGT00940000166410 ENSGT00940000158100 ENSGT00390000003967.a ENSGT00940000162008 ENSGT00390000003967.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00390000014780 ENSGT00950000183032.B.b.a ENSGT00420000029802 ENSGT00940000159551 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b ENSGT01010000222336.a.a.a Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00970000193712 ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834.a ENSGT00940000164834.b ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000163836.b ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 #36 ENSGT00390000002751 #37 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.b ENSGT00940000167604 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00950000182865.b.a.a #21 ENSGT00550000074845 #20 ENSGT00940000159386 ENSGT00950000183095.a.a ##19 ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00940000156572 #17 ENSGT00390000006205.b ENSGT00940000153431.a ENSGT00950000183193.B ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00810000125473.B ENSGT00940000158051 #7 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 #36 ENSGT00390000002751 #37 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.b ENSGT00940000167604 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00950000182865.b.a.a #21 ENSGT00550000074845 #20 ENSGT01100000263524.G.e ENSGT00940000159386 ENSGT00950000183095.a.b.a.a #19 ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00940000156572 #17 ENSGT00390000006205.b ENSGT00940000153431.a ENSGT00950000183193.B ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00810000125473.B Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00390000015784 #36 ENSGT00390000002751 #37 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000155654 ENSGT00940000163836.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT00940000160678.a #12 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00950000182865.b.a.a #21 ENSGT00550000074845 #20 ENSGT01100000263524.G.e ENSGT00940000159386 ENSGT00950000183095.a.b.a.a #19 ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00940000156572 #17 ENSGT00390000006205.b ENSGT00940000153431.a.v.b ENSGT00940000153431.a.v.a ENSGT00950000183193.B ENSGT00940000154553.a.b Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 110 ENSGT00390000015784 #36 ENSGT00390000002751 #37 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000155654 ENSGT00940000163836.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT00940000160678.a #12 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00950000182865.b.a.a #21 ENSGT00550000074845 #20 ENSGT01100000263524.G.e ENSGT00940000159386 ENSGT00950000183095.a.b.a.a #19 ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00940000156572 #17 ENSGT00390000006205.b ENSGT00940000153431.a.v.a ENSGT00950000183193.B ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00810000125473.B Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 117 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT00940000160678.a #12 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00390000001332 #10 ENSGT00390000002766.b.b #9 ENSGT00940000158745 #8 ENSGT00940000158051 #7 ENSGT00810000125473.B ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00950000183193.B ENSGT00940000153431.a.v.a ENSGT00940000153431.a.v.b ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00940000159386 ENSGT00550000074845 #20 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 52 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT00940000160678.a #12 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00390000001332 #10 ENSGT00390000002766.b.b #9 ENSGT00940000158745 #8 ENSGT00940000158051 #7 ENSGT00810000125473.B ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00950000183193.B ENSGT00940000153431.a.v.a ENSGT00940000153431.a.v.b ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00940000159386 ENSGT00550000074845 #20 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT00940000158135 #25 ENSGT00950000183000.c.b #26 ENSGT00940000154940 #27 ENSGT00550000074912 #28 ENSGT00940000156159 #29 ENSGT00940000160102 #30 ENSGT00940000162596 #32 ENSGT00940000165313 ENSGT00390000012397 #31 ENSGT00950000183181.B.a #33 ENSGT00940000165169.b.a #15 ENSGT00530000064222.b #14 ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000159561.m ENSGT00390000011854 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT00940000160678.a #12 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00390000001332 #10 ENSGT00390000002766.b.b #9 ENSGT00940000158745 #8 ENSGT00940000158051 #7 ENSGT00810000125473.B ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00950000183193.B ENSGT00940000153431.a.v.a ENSGT00940000153431.a.v.b ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00940000159386 ENSGT00550000074845 #20 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000156646.d #23 ENSGT00940000155369.A.d.a ENSGT00940000155599.i.b ENSGT00940000155599.i.a.b ENSGT00390000004056 #16 ENSGT00390000006205.b ENSGT00940000156572 #17 ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00950000183095.a.b.a.a #19 ENSGT00940000159386 ENSGT00940000178078 ENSGT00550000074845 #20 ENSGT00950000182865.b.a.a #21 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT00940000160678.a #12 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00390000001332 #10 ENSGT00390000002766.b.b #9 ENSGT00940000158745 #8 ENSGT00940000158051 #7 ENSGT00810000125473.B ENSGT00970000193381.a.b.a.b.a.b.a.a.b.a ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00950000183193.B ENSGT00940000153431.a.v.a ENSGT00940000153431.a.v.b ENSGT00530000069038.a.b ##35 ENSGT00940000153168.A Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000166431 ENSGT00390000012799 #24 ENSGT00940000156646.d #23 ENSGT00940000155369.A.d.a ENSGT00940000155599.i.b ENSGT00940000155599.i.a.b ENSGT00390000004056 #16 ENSGT00390000006205.b ENSGT00940000156572 #17 ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00950000183095.a.b.a.a #19 ENSGT00940000159386 ENSGT00940000178078 ENSGT00550000074845 #20 ENSGT00950000182865.b.a.a #21 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT00940000160678.a #12 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00390000001332 #10 ENSGT00390000002766.b.b #9 ENSGT00940000158745 #8 ENSGT00940000158051 #7 ENSGT00810000125473.B ENSGT00970000193381.a.b.a.b.a.b.a.a.b.a ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00950000183193.B ENSGT00940000153431.a.v.a ENSGT00940000153431.a.v.b ENSGT00530000069038.a.b ##35 ENSGT00940000153168.A Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000155369.A.d.a ENSGT00390000004056 #16 ENSGT00940000156572 #17 ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00950000183095.a.b.a.a #19 ENSGT00940000159386 ENSGT00940000178078 ENSGT00550000074845 #20 ENSGT00950000182865.b.a.a #21 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000156646.d #23 ENSGT00390000012799 #24 ENSGT00940000158135 #25 ENSGT00950000183000.c.b #26 ENSGT00940000154940 #27 ENSGT00550000074912 #28 ENSGT00940000156159 #29 ENSGT00940000160102 #30 ENSGT00940000162596 #32 ENSGT00940000165313 ENSGT00390000012397 #31 ENSGT00950000183181.B.a #33 ENSGT00940000165169.b.a #15 ENSGT00530000064222.b #14 ENSGT00900000141196 #13 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT00940000155369.A.d.a ENSGT00390000004056 #16 ENSGT00940000156572 #17 ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00950000183095.a.b.a.a #19 ENSGT00940000159386 ENSGT00940000178078 ENSGT00550000074845 #20 ENSGT00950000182865.b.a.a #21 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000156646.d #23 ENSGT00390000012799 #24 ENSGT00940000158135 #25 ENSGT00950000183000.c.b #26 ENSGT00940000154940 #27 ENSGT00550000074912 #28 ENSGT00940000156159 #29 ENSGT00940000160102 #30 ENSGT00940000162596 #32 ENSGT00940000165313 ENSGT00390000012397 #31 ENSGT00950000183181.B.a #33 ENSGT00510000047092 #34 ENSGT00530000069038.a.a #35 ENSGT00390000015784 #36 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT00940000158051 #7 ENSGT00940000158745 #8 ENSGT00390000002766.b.b #9 ENSGT00390000001332 #10 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00940000160678.a #12 ENSGT00900000141196 #13 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#20 ENSGT00950000182865.b.a.a #21 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000156646.d #23 ENSGT00390000012799 #24 ENSGT00940000158135 #25 ENSGT00950000183000.c.b #26 ENSGT00940000154940 #27 ENSGT00550000074912 #28 ENSGT00940000156159 #29 ENSGT00940000160102 #30 ENSGT00940000162596 #32 ENSGT00390000012397 #31 ENSGT00950000183181.B.a #33 ENSGT00510000047092 #34 ENSGT00530000069038.a.a #35 ENSGT00390000015784 #36 ENSGT00390000002751 #37 Poecilia ANCESTRAL SPECIES 57 ENSGT00940000158051 #7 ENSGT00940000158745 #8 ENSGT00390000002766.b.b #9 ENSGT00390000001332 #10 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00940000160678.a #12 ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00530000064222.b #14 ENSGT00940000165169.b.a #15 ENSGT00390000004056 #16 ENSGT00940000156572 #17 ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00950000183095.a.b.a.a #19 ENSGT00550000074845 #20 ENSGT00950000182865.b.a.a #21 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000156646.d #23 ENSGT00390000012799 #24 ENSGT00940000158135 #25 ENSGT00950000183000.c.b #26 ENSGT00940000154940 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(ENSAPOG00000004761) scfd1 (ENSAPOG00000004890) #20 g2e3 (ENSAPOG00000004932) #21 ehd4 (ENSAPOG00000004967) #22 ENSAPOG00000005186 foxg1a (ENSAPOG00000005212) #12 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 181 ENSGT00940000159386 ENSGT00940000178078 ENSGT00550000074845 #20 ENSGT00950000182865.b.a.a #21 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00390000001332 #10 ENSGT00390000002766.b.b #9 ENSGT00940000158745.p #8 ENSGT00950000183095.a.b.a.a #19 ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00940000156572 #17 ENSGT00390000006205.b ENSGT00390000004056 #16 ENSGT00940000155599.i.a.b.a ENSGT00940000155599.i.a.b.b ENSGT00940000155599.i.b ENSGT00940000155369.A.d.a ENSGT00940000156646.d #23 Orange clownfish MODERN SPECIES 9 ENSAPEG00000012622 dhrs13a.1 (ENSAPEG00000012638) DHRS13 (ENSAPEG00000012661) hikeshi (ENSAPEG00000012684) #16 HEATR5A (ENSAPEG00000012740) hectd1 (ENSAPEG00000012851) #17 ap4s1 (ENSAPEG00000012966) #18 strn3 (ENSAPEG00000012987) #19 sptssa (ENSAPEG00000013049) #9 ENSAPEG00000013061 eapp (ENSAPEG00000013072) #10 coch (ENSAPEG00000013099) ENSAPEG00000013135 scfd1 (ENSAPEG00000013158) #20 g2e3 (ENSAPEG00000013279) #21 ehd4 (ENSAPEG00000013326) #22 ENSAPEG00000013356 ENSAPEG00000013375 ENSAPEG00000013439 ENSAPEG00000013566 foxg1a (ENSAPEG00000013581) #12 ENSAPEG00000013604 ENSAPEG00000013621 ENSAPEG00000013638 PRKD1 (ENSAPEG00000013662) #11 ENSAPEG00000013707 ENSAPEG00000013738 eapp (ENSAPEG00000013780) #10 ENSAPEG00000013813 sptssa (ENSAPEG00000013841) #9 egln3 (ENSAPEG00000013864) #8 Clown anemonefish MODERN SPECIES 469 ehd4 (ENSAOCG00000018965) #22 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000012799 #24 ENSGT00940000156646.d #23 ENSGT00940000155369.A.d.a ENSGT00940000155599.i.b ENSGT00390000004056 #16 ENSGT00390000006205.b ENSGT00940000156572 #17 ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00950000183095.a.b.a.a #19 ENSGT00940000159386 ENSGT00550000074845 #20 ENSGT00950000182865.b.a.a #21 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT00940000160678.a #12 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00390000001332 #10 ENSGT00390000002766.b.b #9 ENSGT00940000158745 #8 ENSGT00940000158051 #7 ENSGT00810000125473.B ENSGT00970000193381.a.b.a.b.a.b.a.a.b.a ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00950000183193.B ENSGT00940000153431.a.v.a ENSGT00940000153431.a.v.b ENSGT00530000069038.a.b ##35 ENSGT00940000153168.A Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000004056 #16 ENSGT00390000006205.b ENSGT00940000156572 #17 ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00950000183095.a.b.a.a #19 ENSGT00940000159386 ENSGT00550000074845 #20 ENSGT00950000182865.b.a.a #21 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT00940000157038.a.b.u.b ENSGT00940000160678.a #12 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00390000001332 #10 ENSGT00390000002766.b.b #9 ENSGT00940000158745 #8 ENSGT00940000158051 #7 ENSGT00810000125473.B ENSGT00970000193381.a.b.a.b.a.b.a.a.b.a ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00950000183193.B 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ENSGT00940000161549.a.a ENSGT00940000157038.a.b.u.b ENSGT00940000160678.a #12 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00390000001332 #10 ENSGT00390000002766.b.b #9 ENSGT00940000158745 #8 ENSGT00940000158051 #7 ENSGT00810000125473.B ENSGT00970000193381.a.b.a.b.a.b.a.a.b.a ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00950000183193.B ENSGT00940000153431.a.v.a ENSGT00940000178522 ENSGT00940000153431.a.v.b Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 569 ENSHBUG00000016632 #17 ap4s1 (ENSHBUG00000000489) #18 strn3 (ENSHBUG00000000483) #19 coch (ENSHBUG00000016503) scfd1 (ENSHBUG00000016430) #20 g2e3 (ENSHBUG00000016168) #21 ehd4 (ENSHBUG00000016153) #22 ENSHBUG00000016091 ENSHBUG00000015705 foxg1a (ENSHBUG00000015682) #12 PRKD1 (ENSHBUG00000015648) #11 eapp (ENSHBUG00000015496) #10 sptssa (ENSHBUG00000015484) #9 egln3 (ENSHBUG00000015449) #8 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT00390000004056 #16 ENSGT00390000006205.b ENSGT00940000156572 #17 ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00950000183095.a.b.a.a #19 ENSGT00940000159386 ENSGT00550000074845 #20 ENSGT00950000182865.b.a.a #21 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT00940000160678.a #12 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00390000001332 #10 ENSGT00390000002766.b.b #9 ENSGT00940000158745 #8 ENSGT00940000158051 #7 ENSGT00810000125473.B ENSGT00970000193381.a.b.a.b.a.b.a.a.b.a ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00950000183193.B ENSGT00940000153431.a.v.a ENSGT00940000178522 ENSGT00940000153431.a.v.b ENSGT00530000069038.a.b.c ##35 P. nyererei MODERN SPECIES 324 hikeshi (ENSPNYG00000013322) #16 HEATR5A (ENSPNYG00000013359) hectd1 (ENSPNYG00000013578) #17 ap4s1 (ENSPNYG00000013670) #18 strn3 (ENSPNYG00000013710) #19 coch (ENSPNYG00000013761) scfd1 (ENSPNYG00000013788) #20 g2e3 (ENSPNYG00000013844) #21 ehd4 (ENSPNYG00000013916) #22 ENSPNYG00000013995 foxg1a (ENSPNYG00000014291) #12 PRKD1 (ENSPNYG00000014311) #11 eapp (ENSPNYG00000014361) #10 sptssa (ENSPNYG00000014367) #9 egln3 (ENSPNYG00000014374) #8 NPAS3 (ENSPNYG00000014398) #7 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perch MODERN SPECIES 1141 ehd4 (ENSLCAG00010017504) #22 Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000158135 #25 ENSGT00940000166431 ENSGT00390000012799 #24 ENSGT00940000156646.d #23 ENSGT00940000155369.A.d.a ENSGT00940000155599.i.b ENSGT00390000004056 #16 ENSGT00390000006205.b ENSGT00940000156572 #17 ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00950000183095.a.b.a.a #19 ENSGT00940000168627 ENSGT00940000159386 ENSGT00550000074845 #20 ENSGT00950000182865.b.a.a #21 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT00940000160678.a #12 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00390000001332 #10 ENSGT00390000002766.b.b #9 ENSGT00940000158745 #8 ENSGT00940000158051 #7 ENSGT00810000125473.B ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00950000183193.B ENSGT00940000153431.a.v.a ENSGT01060000248778 ENSGT00940000153168.A ENSGT00390000018691.c ENSGT00940000159673 Turbot MODERN SPECIES 8 ENSSMAG00000002190 jmjd7 (ENSSMAG00000002155) #13 fbxo34 (ENSSMAG00000002152) #14 lgals3b (ENSSMAG00000002149) #15 dact1 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ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000157393 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000155369.A.d.a ENSGT00940000156646.d #23 ENSGT00940000155599.i.b ENSGT00940000155599.i.a.b ENSGT00390000004056 #16 ENSGT00390000006205.b ENSGT00940000156572 #17 ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00950000183095.a.b.a.a #19 ENSGT00940000168627.e.b ENSGT00940000159386 ENSGT00550000074845.g #20 ENSGT00950000182865.b.a.a #21 ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000160678.a #12 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00390000001332 #10 ENSGT00390000002766.b.b #9 ENSGT00940000158745 #8 ENSGT00940000158051 #7 ENSGT00810000125473.B ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00950000183193.B ENSGT00940000153431.a.v.a ENSGT00940000153431.a.v.b ENSGT00530000069038.a.b ##35 ENSGT00940000153168.A ENSGT00390000018691.c ENSGT00940000159673 Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000155369.A.d.a ENSGT00940000156646.d #23 ENSGT00940000155599.i.b ENSGT00940000155599.i.a.b ENSGT00390000004056 #16 ENSGT00390000006205.b ENSGT00940000156572 #17 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Atlantic salmon MODERN SPECIES gemin2 (ENSSSAG00000064105) pnn (ENSSSAG00000097864) LRFN5 (ENSSSAG00000064144) ENSSSAG00000108718 jkamp (ENSSSAG00000064146) ENSSSAG00000099373 ppp1r13ba (ENSSSAG00000065785) ptp4a2a (ENSSSAG00000102587) gjb9a (ENSSSAG00000103454) ENSSSAG00000065859 ENSSSAG00000065866 #37 ENSSSAG00000065864 tecpr2 (ENSSSAG00000065872) ankrd9 (ENSSSAG00000083291) rcor1 (ENSSSAG00000112622) ehd4 (ENSSSAG00000108761) #22 ENSSSAG00000065930 ENSSSAG00000116615 PRKD1 (ENSSSAG00000066101) #11 g2e3 (ENSSSAG00000071501) #21 scfd1 (ENSSSAG00000071642) #20 opn6b (ENSSSAG00000071695) coch (ENSSSAG00000071720) strn3 (ENSSSAG00000071739) #19 ap4s1 (ENSSSAG00000094718) #18 hectd1 (ENSSSAG00000072645) #17 HEATR5A (ENSSSAG00000072849) dtd2 (ENSSSAG00000076941) NUBPL (ENSSSAG00000076831) ENSSSAG00000120473 arhgap5 (ENSSSAG00000076945) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000018097.b ENSGT00940000156452.a.b.c ENSGT00940000160713 ENSGT00940000153463.a.c.a.e ENSGT00940000154383.b.d 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g2e3 (ENSAMXG00000008189) #21 scfd1 (ENSAMXG00000038055) #20 opn6b (ENSAMXG00000031878) coch (ENSAMXG00000008138) strn3 (ENSAMXG00000008128) #19 ap4s1 (ENSAMXG00000008113) #18 hectd1 (ENSAMXG00000008101) #17 HEATR5A (ENSAMXG00000008093) ENSAMXG00000008076 #35 MDGA2 (ENSAMXG00000033842) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00950000182963.a.a ENSGT00940000155936.a.a ENSGT00390000017067 ENSGT00940000164632.b.b.b ENSGT00940000157219.f ENSGT00390000008041.A ENSGT00390000011270 ENSGT00940000153433.B.a.b ENSGT00940000158456 ENSGT00940000153881.a ENSGT00940000156570.b ENSGT00940000157283 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000155654 ENSGT00940000163836.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT00940000160678.a #12 ENSGT00950000183024.a.b.a #11 ENSGT00950000182865.b.a.a #21 ENSGT00550000074845 #20 ENSGT01100000263524.G.e ENSGT00940000159386 ENSGT00950000183095.a.b.a.a #19 ENSGT00970000193421.B #18 ENSGT00940000156572 #17 ENSGT00390000006205.b ENSGT00390000007395 ENSGT00530000069038 #35 ENSGT00940000155369.A.d.a ENSGT00940000154484.B.a.b.b.a Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 205 ENSGT00940000170735 ENSGT00940000153881.a.a.b ENSGT00940000156570.b.b ENSGT00940000157283.a ENSGT00390000018116.f ENSGT00940000155654.fb.a ENSGT00940000163836.b.a ENSGT00940000158601.m #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT00940000160678.a.x.a.a #12 ENSGT00950000183024.a.b.a.a #11 ENSGT00950000182865.b.a.a.e #21 ENSGT00550000074845.a #20 ENSGT01100000263524.G.e.a ENSGT00940000159386.l ENSGT00950000183095.a.b.a.a.b #19 ENSGT00970000193421.B.bb.a #18 ENSGT00940000156572.c #17 ENSGT00390000006205.b.s ENSGT00390000007395.c ENSGT00530000069038 #35 ENSGT00940000155369.A.d.a.j ENSGT01010000222287.B.b.a.b.a Goldfish MODERN SPECIES 8 hmgcl (ENSCARG00000045086) zbtb8a (ENSCARG00000045046) gale (ENSCARG00000044598) zgc:193593 (ENSCARG00000044568) ENSCARG00000044563 asmt2 (ENSCARG00000044537) pgrmc2 (ENSCARG00000044495) ENSCARG00000044264 esrrga (ENSCARG00000044244) KCTD3 (ENSCARG00000043801) 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ENSDNOG00000046530 INO80 (ENSDNOG00000010267) Sloth MODERN SPECIES 563 ENSCHOG00000011001 #22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164613 ENSGT00940000164484 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B ENSGT00390000003581 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164613 ENSGT00940000164484 ENSGT00940000163117 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B ENSGT00390000003581 Elephant MODERN SPECIES 498 TTBK2 (ENSLAFG00000006729) CDAN1 (ENSLAFG00000006721) ENSLAFG00000008689 ENSLAFG00000008680 ENSLAFG00000005473 LRRC57 (ENSLAFG00000005465) SNAP23 (ENSLAFG00000005462) ZNF106 (ENSLAFG00000002215) CAPN3 (ENSLAFG00000020899) GANC (ENSLAFG00000004440) TMEM87A (ENSLAFG00000021850) VPS39 (ENSLAFG00000028270) PLA2G4F (ENSLAFG00000004184) PLA2G4D (ENSLAFG00000004181) PLA2G4E (ENSLAFG00000005086) EHD4 (ENSLAFG00000021543) #22 ENSLAFG00000013005 PLA2G4B (ENSLAFG00000012993) JMJD7 (ENSLAFG00000030203) #13 MAPKBP1 (ENSLAFG00000012984) MGA (ENSLAFG00000012978) TYRO3 (ENSLAFG00000017791) RPAP1 (ENSLAFG00000017779) LTK (ENSLAFG00000017768) ITPKA (ENSLAFG00000017766) RTF1 (ENSLAFG00000017757) NDUFAF1 (ENSLAFG00000006501) NUSAP1 (ENSLAFG00000003542) OIP5 (ENSLAFG00000003539) CHP1 (ENSLAFG00000014743) EXD1 (ENSLAFG00000014739) Hyrax MODERN SPECIES 5717 EHD4 (ENSPCAG00000014068) #22 SPTBN5 (ENSPCAG00000013611) PLA2G4B (ENSPCAG00000013465) MAPKBP1 (ENSPCAG00000013275) MGA (ENSPCAG00000013131) Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000164613 ENSGT00960000187136 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00900000143380 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a 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ENSGT00940000154629.B Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000164613 ENSGT00960000187136 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00900000143380 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00900000143672 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000164484 ENSGT00940000164613 ENSGT00960000187136 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 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ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B ENSGT00390000003581 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00950000183075.a.a.a.b ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a 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ENSGT00960000187136 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B ENSGT00390000003581 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000164484 ENSGT00940000164613 ENSGT00960000187136 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a 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ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B ENSGT00390000003581 ENSGT00900000141110 Beluga whale MODERN SPECIES 6 UBR1 (ENSDLEG00000017743) TTBK2 (ENSDLEG00000018771) CDAN1 (ENSDLEG00000018786) ENSDLEG00000018920 HAUS2 (ENSDLEG00000019496) LRRC57 (ENSDLEG00000019511) SNAP23 (ENSDLEG00000000044) ZNF106 (ENSDLEG00000000071) CAPN3 (ENSDLEG00000000473) GANC (ENSDLEG00000001818) TMEM87A (ENSDLEG00000001875) VPS39 (ENSDLEG00000002119) PLA2G4F (ENSDLEG00000002348) PLA2G4D (ENSDLEG00000002435) PLA2G4E (ENSDLEG00000002466) EHD4 (ENSDLEG00000002521) #22 PLA2G4B (ENSDLEG00000002538) JMJD7 (ENSDLEG00000002557) #13 MAPKBP1 (ENSDLEG00000002594) MGA (ENSDLEG00000002718) ENSDLEG00000002987 TYRO3 (ENSDLEG00000002997) RPAP1 (ENSDLEG00000003023) ITPKA (ENSDLEG00000003044) RTF1 (ENSDLEG00000003061) NDUFAF1 (ENSDLEG00000003075) NUSAP1 (ENSDLEG00000003090) OIP5 (ENSDLEG00000003110) CHP1 (ENSDLEG00000003123) EXD1 (ENSDLEG00000003134) INO80 (ENSDLEG00000003176) Narwhal MODERN SPECIES 308 UBR1 (ENSMMNG00015012020) TTBK2 (ENSMMNG00015012136) CDAN1 (ENSMMNG00015012177) ENSMMNG00015012311 HAUS2 (ENSMMNG00015012452) LRRC57 (ENSMMNG00015012473) SNAP23 (ENSMMNG00015012521) ZNF106 (ENSMMNG00015012583) CAPN3 (ENSMMNG00015012734) GANC (ENSMMNG00015012948) TMEM87A (ENSMMNG00015012979) VPS39 (ENSMMNG00015013030) PLA2G4F (ENSMMNG00015013068) PLA2G4D (ENSMMNG00015013098) PLA2G4E (ENSMMNG00015013137) EHD4 (ENSMMNG00015013157) #22 PLA2G4B (ENSMMNG00015013173) JMJD7 (ENSMMNG00015013191) #13 MAPKBP1 (ENSMMNG00015013286) MGA (ENSMMNG00015013364) ENSMMNG00015013406 TYRO3 (ENSMMNG00015013428) RPAP1 (ENSMMNG00015013463) ITPKA (ENSMMNG00015013500) RTF1 (ENSMMNG00015013523) NDUFAF1 (ENSMMNG00015013552) NUSAP1 (ENSMMNG00015005794) OIP5 (ENSMMNG00015005816) CHP1 (ENSMMNG00015005849) EXD1 (ENSMMNG00015005874) INO80 (ENSMMNG00015005912) Vaquita MODERN SPECIES 11 CDAN1 (ENSPSNG00000004619) ENSPSNG00000004711 ENSPSNG00000004734 ENSPSNG00000004768 HAUS2 (ENSPSNG00000000093) LRRC57 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(ENSPCTG00005019156) EXD1 (ENSPCTG00005019215) Blue whale MODERN SPECIES 11 CDAN1 (ENSBMSG00010003812) ENSBMSG00010003824 ENSBMSG00010003842 ENSBMSG00010003868 HAUS2 (ENSBMSG00010003892) LRRC57 (ENSBMSG00010003922) ENSBMSG00010003946 ZNF106 (ENSBMSG00010003987) CAPN3 (ENSBMSG00010004116) GANC (ENSBMSG00010004785) TMEM87A (ENSBMSG00010004823) VPS39 (ENSBMSG00010004855) PLA2G4F (ENSBMSG00010004869) PLA2G4D (ENSBMSG00010004891) PLA2G4E (ENSBMSG00010004908) EHD4 (ENSBMSG00010004831) #22 PLA2G4B (ENSBMSG00010004852) JMJD7 (ENSBMSG00010004872) #13 MAPKBP1 (ENSBMSG00010004924) MGA (ENSBMSG00010005039) TYRO3 (ENSBMSG00010005050) RPAP1 (ENSBMSG00010005072) ITPKA (ENSBMSG00010005101) RTF1 (ENSBMSG00010005129) NDUFAF1 (ENSBMSG00010005175) NUSAP1 (ENSBMSG00010005188) OIP5 (ENSBMSG00010005197) CHP1 (ENSBMSG00010005218) EXD1 (ENSBMSG00010005234) INO80 (ENSBMSG00010005260) ENSBMSG00010005291 Pecora ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164484 ENSGT00940000163117 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ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B ENSGT00390000003581 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164484 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B ENSGT00390000003581 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164484 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B ENSGT00390000003581 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00950000183075.a.a.a.b ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164484 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B ENSGT00390000003581 ENSGT00900000141110 Microbat MODERN SPECIES 1046 ENSMLUG00000008725 UBR1 (ENSMLUG00000010484) TTBK2 (ENSMLUG00000017446) CDAN1 (ENSMLUG00000017444) ENSMLUG00000017440 LRRC57 (ENSMLUG00000000018) SNAP23 (ENSMLUG00000008016) ZNF106 (ENSMLUG00000022691) CAPN3 (ENSMLUG00000024927) GANC (ENSMLUG00000000676) TMEM87A (ENSMLUG00000000661) VPS39 (ENSMLUG00000000645) PLA2G4F (ENSMLUG00000000636) PLA2G4D (ENSMLUG00000000617) PLA2G4E (ENSMLUG00000011703) EHD4 (ENSMLUG00000011689) #22 ENSMLUG00000029800 PLA2G4B (ENSMLUG00000015273) JMJD7 (ENSMLUG00000025154) #13 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EXD1 (ENSECAG00000021250) INO80 (ENSECAG00000023057) Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000164484 ENSGT00960000187136 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00900000143380 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B ENSGT00390000003581 Felidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164484 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B ENSGT00390000003581 Panthera ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000183075.a.a.a.b ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164484 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B ENSGT00390000003581 Tiger MODERN SPECIES 162 TMEM62 (ENSPTIG00000021422) UBR1 (ENSPTIG00000019910) TTBK2 (ENSPTIG00000018195) CDAN1 (ENSPTIG00000015494) HAUS2 (ENSPTIG00000012453) LRRC57 (ENSPTIG00000011808) SNAP23 (ENSPTIG00000010492) ZNF106 (ENSPTIG00000005458) CAPN3 (ENSPTIG00000017384) GANC (ENSPTIG00000016409) TMEM87A (ENSPTIG00000014318) VPS39 (ENSPTIG00000010971) PLA2G4F (ENSPTIG00000008643) PLA2G4D (ENSPTIG00000006216) PLA2G4E (ENSPTIG00000001674) EHD4 (ENSPTIG00000021127) #22 PLA2G4B (ENSPTIG00000010940) JMJD7 (ENSPTIG00000010099) #13 MAPKBP1 (ENSPTIG00000006205) MGA (ENSPTIG00000014189) TYRO3 (ENSPTIG00000011631) RPAP1 (ENSPTIG00000010285) ITPKA (ENSPTIG00000009096) RTF1 (ENSPTIG00000005936) NDUFAF1 (ENSPTIG00000004592) NUSAP1 (ENSPTIG00000021974) OIP5 (ENSPTIG00000021920) CHP1 (ENSPTIG00000021771) EXD1 (ENSPTIG00000020026) INO80 (ENSPTIG00000005911) CHAC1 (ENSPTIG00000001772) Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00950000183075.a.a.a.b ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164484 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B ENSGT00390000003581 lion MODERN SPECIES 6 UBR1 (ENSPLOG00000017119) TTBK2 (ENSPLOG00000017654) CDAN1 (ENSPLOG00000017901) ENSPLOG00000018134 HAUS2 (ENSPLOG00000018810) LRRC57 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11 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164290 ENSGT00960000187136 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B ENSGT00390000003581 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164290 ENSGT00960000187136 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a 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ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00950000185079 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 4 TTBK2 (ENSUPAG00010012404) CDAN1 (ENSUPAG00010012442) STARD9 (ENSUPAG00010012572) ENSUPAG00010012822 LRRC57 (ENSUPAG00010012855) SNAP23 (ENSUPAG00010012863) ZNF106 (ENSUPAG00010012901) CAPN3 (ENSUPAG00010013725) GANC (ENSUPAG00010013840) TMEM87A (ENSUPAG00010013883) VPS39 (ENSUPAG00010013957) ENSUPAG00010014021 PLA2G4F (ENSUPAG00010014025) PLA2G4D (ENSUPAG00010014049) PLA2G4E (ENSUPAG00010014068) EHD4 (ENSUPAG00010014097) #22 SPTBN5 (ENSUPAG00010014106) PLA2G4B (ENSUPAG00010014160) JMJD7 (ENSUPAG00010014173) #13 MAPKBP1 (ENSUPAG00010014192) MGA (ENSUPAG00010014299) TYRO3 (ENSUPAG00010014548) RPAP1 (ENSUPAG00010014588) LTK (ENSUPAG00010014610) ITPKA (ENSUPAG00010014627) RTF1 (ENSUPAG00010014636) ENSUPAG00010014677 NDUFAF1 (ENSUPAG00010014694) ENSUPAG00010014706 OIP5 (ENSUPAG00010014718) CHP1 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(ENSHGLG00000015103) OIP5 (ENSHGLG00000049589) CHP1 (ENSHGLG00000037513) Primates ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164290 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00900000143672 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164484 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 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lemur MODERN SPECIES 253 TMEM62 (ENSPSMG00000007867) UBR1 (ENSPSMG00000007841) TTBK2 (ENSPSMG00000007748) CDAN1 (ENSPSMG00000007659) STARD9 (ENSPSMG00000007581) ENSPSMG00000007548 LRRC57 (ENSPSMG00000007531) ENSPSMG00000007511 CAPN3 (ENSPSMG00000007369) GANC (ENSPSMG00000007158) ZNF106 (ENSPSMG00000007063) VPS39 (ENSPSMG00000006903) PLA2G4F (ENSPSMG00000006828) PLA2G4D (ENSPSMG00000006770) PLA2G4E (ENSPSMG00000006744) EHD4 (ENSPSMG00000006728) #22 PLA2G4B (ENSPSMG00000006687) JMJD7 (ENSPSMG00000006671) #13 MAPKBP1 (ENSPSMG00000006388) MGA (ENSPSMG00000006160) ENSPSMG00000006109 TYRO3 (ENSPSMG00000006095) RPAP1 (ENSPSMG00000005994) LTK (ENSPSMG00000005884) ITPKA (ENSPSMG00000005846) RTF1 (ENSPSMG00000005834) NDUFAF1 (ENSPSMG00000005816) NUSAP1 (ENSPSMG00000005803) OIP5 (ENSPSMG00000005794) CHP1 (ENSPSMG00000005769) EXD1 (ENSPSMG00000005730) Coquerels sifaka MODERN SPECIES 424 TTBK2 (ENSPCOG00000026591) CDAN1 (ENSPCOG00000021287) ENSPCOG00000027328 HAUS2 (ENSPCOG00000023029) LRRC57 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ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B Tarsier MODERN SPECIES 862 ENSTSYG00000010274 EHD4 (ENSTSYG00000028107) #22 PLA2G4B (ENSTSYG00000003273) JMJD7 (ENSTSYG00000033179) #13 MAPKBP1 (ENSTSYG00000014608) MGA (ENSTSYG00000014605) Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164290 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00900000143672 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B.db.a Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370.k ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B.db.a ENSGT00390000003581 Cebidae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370.k ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B.db.a ENSGT00390000003581 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00390000012837 ENSGT00390000006191 ENSGT00390000005665 ENSGT00390000001071 ENSGT00390000008727.a.b ENSGT00390000012816 ENSGT00910000144250 ENSGT00550000074912 #28 ENSGT00940000156159 #29 ENSGT00390000011698.c.b ENSGT00940000160102 #30 ENSGT00390000012397 #31 ENSGT00950000183181.B.a #33 ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370.k ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B.db.a ENSGT00390000003581 Capuchin MODERN SPECIES 70 AP5M1 (ENSCCAG00000035760) ENSCCAG00000021935 NAA30 (ENSCCAG00000036717) CCDC198 (ENSCCAG00000026343) SLC35F4 (ENSCCAG00000028519) ARMH4 (ENSCCAG00000021161) ACTR10 (ENSCCAG00000030875) PSMA3 (ENSCCAG00000025863) #28 ARID4A (ENSCCAG00000019639) #29 TOMM20L (ENSCCAG00000004185) TIMM9 (ENSCCAG00000028794) 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Rhesus MODERN SPECIES 17 TTBK2 (ENSMMUG00000010036) CDAN1 (ENSMMUG00000015123) STARD9 (ENSMMUG00000008093) HAUS2 (ENSMMUG00000001548) LRRC57 (ENSMMUG00000001544) SNAP23 (ENSMMUG00000014043) ZNF106 (ENSMMUG00000001547) CAPN3 (ENSMMUG00000001534) ENSMMUG00000057084 GANC (ENSMMUG00000001532) TMEM87A (ENSMMUG00000014515) VPS39 (ENSMMUG00000014511) PLA2G4F (ENSMMUG00000015449) PLA2G4D (ENSMMUG00000003848) PLA2G4E (ENSMMUG00000042934) EHD4 (ENSMMUG00000003846) #22 SPTBN5 (ENSMMUG00000003844) PLA2G4B (ENSMMUG00000003842) MAPKBP1 (ENSMMUG00000003839) MGA (ENSMMUG00000010168) TYRO3 (ENSMMUG00000013803) RPAP1 (ENSMMUG00000008175) ENSMMUG00000063682 LTK (ENSMMUG00000008170) ITPKA (ENSMMUG00000008169) RTF1 (ENSMMUG00000015482) NDUFAF1 (ENSMMUG00000044445) NUSAP1 (ENSMMUG00000012681) OIP5 (ENSMMUG00000055808) ENSMMUG00000052598 CHP1 (ENSMMUG00000040238) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00910000147743 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164290 ENSGT00940000155342.l ENSGT00390000004927 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ENSGT00910000147833 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879.a ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A Sooty mangabey MODERN SPECIES 434 ENSCATG00000042914 TTBK2 (ENSCATG00000026554) CDAN1 (ENSCATG00000033069) STARD9 (ENSCATG00000025728) HAUS2 (ENSCATG00000002054) LRRC57 (ENSCATG00000012827) SNAP23 (ENSCATG00000041251) ZNF106 (ENSCATG00000033207) CAPN3 (ENSCATG00000035654) GANC (ENSCATG00000033555) TMEM87A (ENSCATG00000042387) VPS39 (ENSCATG00000041716) PLA2G4F (ENSCATG00000036651) PLA2G4D (ENSCATG00000040519) PLA2G4E (ENSCATG00000029722) EHD4 (ENSCATG00000034221) #22 SPTBN5 (ENSCATG00000022687) PLA2G4B (ENSCATG00000032804) JMJD7 (ENSCATG00000033617) #13 ENSCATG00000038802 MAPKBP1 (ENSCATG00000022303) MGA (ENSCATG00000035444) TYRO3 (ENSCATG00000036454) RPAP1 (ENSCATG00000031218) LTK (ENSCATG00000044974) ITPKA (ENSCATG00000031415) RTF1 (ENSCATG00000032645) NDUFAF1 (ENSCATG00000041009) NUSAP1 (ENSCATG00000033853) OIP5 (ENSCATG00000040953) CHP1 (ENSCATG00000037435) Drill MODERN SPECIES 1004 ENSMLEG00000015823 CDAN1 (ENSMLEG00000035723) STARD9 (ENSMLEG00000027109) ENSMLEG00000013022 HAUS2 (ENSMLEG00000041003) LRRC57 (ENSMLEG00000035570) SNAP23 (ENSMLEG00000040454) ZNF106 (ENSMLEG00000040530) CAPN3 (ENSMLEG00000009096) GANC (ENSMLEG00000027286) TMEM87A (ENSMLEG00000040745) VPS39 (ENSMLEG00000037005) PLA2G4F (ENSMLEG00000008123) PLA2G4D (ENSMLEG00000044305) PLA2G4E (ENSMLEG00000007347) EHD4 (ENSMLEG00000036946) #22 SPTBN5 (ENSMLEG00000028288) PLA2G4B (ENSMLEG00000039469) JMJD7 (ENSMLEG00000038650) #13 MAPKBP1 (ENSMLEG00000027137) ENSMLEG00000036319 MGA (ENSMLEG00000032892) TYRO3 (ENSMLEG00000042942) RPAP1 (ENSMLEG00000042603) LTK (ENSMLEG00000031226) ITPKA (ENSMLEG00000038636) RTF1 (ENSMLEG00000012941) NDUFAF1 (ENSMLEG00000039186) ENSMLEG00000044235 OIP5 (ENSMLEG00000032542) CHP1 (ENSMLEG00000039407) Vervet Monkey MODERN SPECIES 18 TTBK2 (ENSCSAG00000008870) CDAN1 (ENSCSAG00000008857) STARD9 (ENSCSAG00000008846) ENSCSAG00000008832 HAUS2 (ENSCSAG00000008826) LRRC57 (ENSCSAG00000008819) SNAP23 (ENSCSAG00000008814) ZNF106 (ENSCSAG00000008803) CAPN3 (ENSCSAG00000008727) GANC (ENSCSAG00000008545) TMEM87A (ENSCSAG00000008523) VPS39 (ENSCSAG00000008507) PLA2G4F (ENSCSAG00000008467) PLA2G4D (ENSCSAG00000008343) PLA2G4E (ENSCSAG00000008242) EHD4 (ENSCSAG00000008190) #22 SPTBN5 (ENSCSAG00000008149) PLA2G4B (ENSCSAG00000008015) MAPKBP1 (ENSCSAG00000007847) MGA (ENSCSAG00000007832) TYRO3 (ENSCSAG00000007818) RPAP1 (ENSCSAG00000007807) LTK (ENSCSAG00000007780) ITPKA (ENSCSAG00000007744) RTF1 (ENSCSAG00000007734) NDUFAF1 (ENSCSAG00000007716) NUSAP1 (ENSCSAG00000007701) ENSCSAG00000007680 ENSCSAG00000007676 CHP1 (ENSCSAG00000007659) EXD1 (ENSCSAG00000007647) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 240 ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00940000160664 ENSGT00910000147833 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879.a ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A.c ENSGT00940000154629.B.db.a Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1226 PLA2G4D (ENSRBIG00000040444) PLA2G4E (ENSRBIG00000036617) EHD4 (ENSRBIG00000040681) #22 SPTBN5 (ENSRBIG00000038347) PLA2G4B (ENSRBIG00000003511) JMJD7 (ENSRBIG00000036288) #13 MAPKBP1 (ENSRBIG00000033176) ENSRBIG00000030300 MGA (ENSRBIG00000043317) TYRO3 (ENSRBIG00000028802) RPAP1 (ENSRBIG00000028641) LTK (ENSRBIG00000044144) ITPKA (ENSRBIG00000028959) RTF1 (ENSRBIG00000039240) NDUFAF1 (ENSRBIG00000040579) NUSAP1 (ENSRBIG00000042409) ENSRBIG00000029343 ENSRBIG00000030663 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1445 PLA2G4D (ENSRROG00000034555) PLA2G4E (ENSRROG00000036916) EHD4 (ENSRROG00000034638) #22 SPTBN5 (ENSRROG00000038856) PLA2G4B (ENSRROG00000038046) JMJD7 (ENSRROG00000030256) #13 ENSRROG00000029323 MAPKBP1 (ENSRROG00000038701) MGA (ENSRROG00000029812) TYRO3 (ENSRROG00000033779) RPAP1 (ENSRROG00000034323) LTK (ENSRROG00000032911) ITPKA (ENSRROG00000036147) RTF1 (ENSRROG00000043070) NDUFAF1 (ENSRROG00000042377) NUSAP1 (ENSRROG00000038680) OIP5 (ENSRROG00000030961) CHP1 (ENSRROG00000013206) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00900000141074.e.a.b.b.b ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164290 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 ENSGT00940000159481 ENSGT00530000063596.B ENSGT01030000234606.a.a.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.b ENSGT00940000158601 #22 ENSGT00940000161549.a.a ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.b ENSGT00900000141196 #13 ENSGT00910000147833 ENSGT00940000160664 ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879.a ENSGT00390000007594 ENSGT00940000162680 ENSGT00940000161350 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200.k ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A ENSGT00940000154629.B.db.a Gibbon MODERN SPECIES 21 ENSNLEG00000004576 CDAN1 (ENSNLEG00000004557) STARD9 (ENSNLEG00000004501) ENSNLEG00000032846 HAUS2 (ENSNLEG00000004492) LRRC57 (ENSNLEG00000004485) SNAP23 (ENSNLEG00000004464) ZNF106 (ENSNLEG00000004388) CAPN3 (ENSNLEG00000004285) GANC (ENSNLEG00000004200) TMEM87A (ENSNLEG00000004138) VPS39 (ENSNLEG00000004127) PLA2G4F (ENSNLEG00000004021) PLA2G4D (ENSNLEG00000004016) PLA2G4E (ENSNLEG00000003992) EHD4 (ENSNLEG00000026954) #22 SPTBN5 (ENSNLEG00000033797) PLA2G4B (ENSNLEG00000003854) JMJD7 (ENSNLEG00000028289) #13 MAPKBP1 (ENSNLEG00000003767) ENSNLEG00000028970 MGA (ENSNLEG00000003750) TYRO3 (ENSNLEG00000003740) ENSNLEG00000032569 LTK (ENSNLEG00000003650) ITPKA (ENSNLEG00000003635) RTF1 (ENSNLEG00000003597) NDUFAF1 (ENSNLEG00000003587) NUSAP1 (ENSNLEG00000003494) OIP5 (ENSNLEG00000030578) CHP1 (ENSNLEG00000003465) Hominidae ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00900000141074.e.a.b.b.b ENSGT00940000160367 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ENSGT00940000156269 ENSGT00940000155879 ENSGT00390000013762.b.b ENSGT00390000007594 ENSGT00940000164602 ENSGT00940000161350 ENSGT00940000165474 ENSGT00390000012493 ENSGT00390000007200 ENSGT00390000006370 ENSGT00940000154267.A Golden eagle MODERN SPECIES 11 SNAP23 (ENSACCG00020005461) ZNF106 (ENSACCG00020005529) CAPN3 (ENSACCG00020005562) GANC (ENSACCG00020005612) TMEM87A (ENSACCG00020005659) VPS39 (ENSACCG00020005752) ENSACCG00020005785 PLA2G4F (ENSACCG00020005797) ENSACCG00020005935 ENSACCG00020006056 ENSACCG00020006116 ENSACCG00020006162 ENSACCG00020006185 ENSACCG00020006322 ENSACCG00020006523 EHD4 (ENSACCG00020006541) #22 ENSACCG00020006555 ENSACCG00020006570 ENSACCG00020006577 JMJD7 (ENSACCG00020006588) #13 MAPKBP1 (ENSACCG00020006671) MGA (ENSACCG00020006752) TYRO3 (ENSACCG00020006817) ENSACCG00020006826 RPAP1 (ENSACCG00020006848) ENSACCG00020006904 ENSACCG00020006926 ITPKA (ENSACCG00020006938) ENSACCG00020006947 RTF1 (ENSACCG00020006988) NDUFAF1 (ENSACCG00020007033) Kakapo MODERN 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