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Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000018634	ENSGT00940000155086.C	ENSGT00940000153804.A	ENSGT00950000183117.b	ENSGT00940000161541 #7	ENSGT01030000234626.A.b #8	ENSGT00940000154677 #9	ENSGT00530000063834.e.b #10	ENSGT00940000156975.u #12	ENSGT00940000153739.a.b #14	ENSGT00520000055578.a.b #15	ENSGT00940000153897.b.a.b #18	ENSGT00940000155459 #19	ENSGT00390000016811 #20	ENSGT00390000002143.b #21	ENSGT00940000157133 #22	ENSGT00940000156549.a.a #23	ENSGT00390000016702 #24	ENSGT00500000044959	ENSGT00950000183021.b	ENSGT00940000155936.b	ENSGT00530000064185.b	ENSGT00530000064185.a	ENSGT00390000017067	ENSGT00390000005908	ENSGT00940000153311.a.b.b	ENSGT00390000001660	ENSGT00390000005318.b.b.a.h.a	ENSGT00520000055567.a.b	ENSGT00550000074694.b	ENSGT00940000158824
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	23	ADGRF3 (ENSHGLG00000008001) #7	HADHB (ENSHGLG00000006268) #8	HADHA (ENSHGLG00000014003) #9	GAREM2 (ENSHGLG00000018233) #10	ENSHGLG00000044435 #11	ENSHGLG00000047199 #12	ENSHGLG00000035830 #13	ENSHGLG00000033377 #14	ASXL2 (ENSHGLG00000006048) #15	ENSHGLG00000019126 #16	ENSHGLG00000020949 #17	ENSHGLG00000033034 #18	DNMT3A (ENSHGLG00000014901) #19	POMC (ENSHGLG00000046270) #20	EFR3B (ENSHGLG00000009366) #21	DNAJC27 (ENSHGLG00000043432) #22	ENSHGLG00000010620 #23	ENSHGLG00000009240 #24	ENSHGLG00000004625 #25	ENSHGLG00000037668 #26	ENSHGLG00000036802 #27	ENSHGLG00000040642 #28	ENSHGLG00000008294 #29	ENSHGLG00000020802 #30	ENSHGLG00000043418 #31	ENSHGLG00000036362 #32	ENSHGLG00000042181 #33	ENSHGLG00000044364 #34	ENSHGLG00000040918 #35	ENSHGLG00000004550 #36	ENSHGLG00000044673 #37
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00390000018634	ENSGT00940000155086.C	ENSGT00940000153804.A	ENSGT00950000183117.b	ENSGT00940000161541 #7	ENSGT01030000234626.A.b #8	ENSGT00940000154677 #9	ENSGT00530000063834.e.b #10	ENSGT00940000156975.u #12	ENSGT00940000153739.a.b #14	ENSGT00520000055578.a.b #15	ENSGT00940000153897.b.a.b #18	ENSGT00940000155459 #19	ENSGT00390000016811 #20	ENSGT00390000002143.b #21	ENSGT00940000157133 #22	ENSGT00940000156549.a.a #23	ENSGT00390000016702 #24	ENSGT00500000044959	ENSGT00950000183021.b	ENSGT00940000155936.b	ENSGT00530000064185.b	ENSGT00530000064185.a	ENSGT00390000017067	ENSGT00390000005908	ENSGT00940000153311.a.b.b	ENSGT00390000001660	ENSGT00390000005318.b.b.a.g	ENSGT00520000055567.a.b	ENSGT00550000074694.b	ENSGT00940000158824
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000155086.C	ENSGT00940000153804.A	ENSGT00950000183117.b	ENSGT00940000161541 #7	ENSGT01030000234626.A.b #8	ENSGT00940000154677 #9	ENSGT00530000063834.e.b #10	ENSGT00940000156975.u #12	ENSGT00940000153739.a.b #14	ENSGT00520000055578.a.b #15	ENSGT01000000214622 #16	ENSGT00940000153897.b.a.b #18	ENSGT00940000155459 #19	ENSGT00390000016811 #20	ENSGT00390000002143.b #21	ENSGT00940000157133 #22	ENSGT00940000156549.a.a #23	ENSGT00390000016702 #24	ENSGT00500000044959	ENSGT00950000183021.b	ENSGT00940000155936.b	ENSGT00530000064185.b	ENSGT00530000064185.a	ENSGT00390000017067	ENSGT00390000005908	ENSGT00940000153311.a.b.b	ENSGT00390000001660	ENSGT00390000005318.b.b.a.g	ENSGT00520000055567.a.b	ENSGT00550000074694.b	ENSGT00940000158824
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	176	OTOF (ENSCLAG00000009174)	DRC1 (ENSCLAG00000016214)	SELENOI (ENSCLAG00000014310)	ENSCLAG00000011221 #7	HADHB (ENSCLAG00000010359) #8	HADHA (ENSCLAG00000009530) #9	GAREM2 (ENSCLAG00000013430) #10	RAB10 (ENSCLAG00000010979) #12	KIF3C (ENSCLAG00000015470) #14	ASXL2 (ENSCLAG00000011428) #15	ENSCLAG00000009921 #16	ENSCLAG00000008767 #18	DNMT3A (ENSCLAG00000011272) #19	POMC (ENSCLAG00000010165) #20	EFR3B (ENSCLAG00000005527) #21	DNAJC27 (ENSCLAG00000008212) #22	ADCY3 (ENSCLAG00000013780) #23	CENPO (ENSCLAG00000007716) #24	PTRHD1 (ENSCLAG00000006505)	NCOA1 (ENSCLAG00000012434)	ITSN2 (ENSCLAG00000013590)	ENSCLAG00000005849	FAM228B (ENSCLAG00000004984)	PFN4 (ENSCLAG00000004618)	SF3B6 (ENSCLAG00000014512)	FKBP1B (ENSCLAG00000011181)	WDCP (ENSCLAG00000008275)	MFSD2B (ENSCLAG00000014189)	UBXN2A (ENSCLAG00000014610)	ATAD2B (ENSCLAG00000005215)	KLHL29 (ENSCLAG00000005598)
Degu	MODERN SPECIES	60	OTOF (ENSODEG00000007924)	DRC1 (ENSODEG00000011420)	SELENOI (ENSODEG00000007845)	HADHB (ENSODEG00000008596) #8	HADHA (ENSODEG00000009366) #9	GAREM2 (ENSODEG00000008492) #10	RAB10 (ENSODEG00000008075) #12	ENSODEG00000007394	KIF3C (ENSODEG00000008275) #14	ENSODEG00000009191	ASXL2 (ENSODEG00000009627) #15	ENSODEG00000012930	ENSODEG00000009839 #18	POMC (ENSODEG00000010910) #20	EFR3B (ENSODEG00000007566) #21	DNAJC27 (ENSODEG00000007488) #22	ADCY3 (ENSODEG00000007982) #23	PTRHD1 (ENSODEG00000007805)	NCOA1 (ENSODEG00000008181)	ENSODEG00000007584	ENSODEG00000007545	PFN4 (ENSODEG00000008303)	ENSODEG00000007981	SF3B6 (ENSODEG00000009547)	ENSODEG00000010244	ENSODEG00000008882	ENSODEG00000007455	ENSODEG00000007644	ENSODEG00000008643	ENSODEG00000009834	ENSODEG00000008786
Guinea pig	MODERN SPECIES	18	OTOF (ENSCPOG00000000331)	DRC1 (ENSCPOG00000000327)	SELENOI (ENSCPOG00000033910)	ADGRF3 (ENSCPOG00000000855) #7	HADHB (ENSCPOG00000005418) #8	HADHA (ENSCPOG00000005945) #9	GAREM2 (ENSCPOG00000033262) #10	RAB10 (ENSCPOG00000038345) #12	KIF3C (ENSCPOG00000037818) #14	ENSCPOG00000031398	ASXL2 (ENSCPOG00000007343) #15	ENSCPOG00000004733 #18	DNMT3A (ENSCPOG00000020900) #19	POMC (ENSCPOG00000004474) #20	EFR3B (ENSCPOG00000013235) #21	DNAJC27 (ENSCPOG00000006843) #22	ADCY3 (ENSCPOG00000005564) #23	CENPO (ENSCPOG00000005563) #24	PTRHD1 (ENSCPOG00000005561)	NCOA1 (ENSCPOG00000001117)	ENSCPOG00000031710	ITSN2 (ENSCPOG00000013505)	FAM228B (ENSCPOG00000030306)	PFN4 (ENSCPOG00000009683)	SF3B6 (ENSCPOG00000008016)	FKBP1B (ENSCPOG00000039379)	WDCP (ENSCPOG00000019263)	MFSD2B (ENSCPOG00000022662)	UBXN2A (ENSCPOG00000038294)	ATAD2B (ENSCPOG00000014176)	KLHL29 (ENSCPOG00000014174)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000018634	ENSGT00940000155086.C	ENSGT00940000153804.A	ENSGT00950000183117.b	ENSGT00940000161541 #7	ENSGT01030000234626.A.b #8	ENSGT00940000154677 #9	ENSGT00530000063834.e.b #10	ENSGT00940000156975.u #12	ENSGT00940000153739.a.b #14	ENSGT00520000055578.a.b #15	ENSGT00940000153897.b.a.b #18	ENSGT00940000155459 #19	ENSGT00390000016811 #20	ENSGT00390000002143.b #21	ENSGT00940000157133 #22	ENSGT00940000156549.a.a #23	ENSGT00390000016702 #24	ENSGT00500000044959	ENSGT00950000183021.b	ENSGT00960000189637	ENSGT00940000155936.b	ENSGT00530000064185.b	ENSGT00530000064185.a	ENSGT00390000017067	ENSGT00940000161217	ENSGT00390000005908	ENSGT00940000153311.a.b.b	ENSGT00390000001660	ENSGT00390000005318.b.b.a.g	ENSGT00520000055567.a.b
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000018634	ENSGT00940000155086.C	ENSGT00940000153804.A	ENSGT00950000183117.b	ENSGT00940000161541 #7	ENSGT01030000234626.A.b #8	ENSGT00940000154677 #9	ENSGT00530000063834.e.b #10	ENSGT00940000156975.u #12	ENSGT00940000153739.a.b #14	ENSGT00520000055578.a.b #15	ENSGT00940000153897.b.a.b #18	ENSGT00940000155459 #19	ENSGT00390000016811 #20	ENSGT00390000002143.b #21	ENSGT00940000157133 #22	ENSGT00940000156549.a.a #23	ENSGT00390000016702 #24	ENSGT00500000044959	ENSGT00950000183021.b	ENSGT00960000189637	ENSGT00940000155936.b	ENSGT00530000064185.b	ENSGT00530000064185.a	ENSGT00390000017067	ENSGT00940000161217	ENSGT00390000005908	ENSGT00940000153311.a.b.b	ENSGT00390000001660	ENSGT00390000005318.b.b.a.g	ENSGT00520000055567.a.b
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000018634	ENSGT00940000155086.C	ENSGT00940000153804.A	ENSGT00950000183117.b	ENSGT00940000161541 #7	ENSGT01030000234626.A.b #8	ENSGT00940000154677 #9	ENSGT00530000063834.e.b #10	ENSGT00940000156975.u #12	ENSGT00940000153739.a.b #14	ENSGT00520000055578.a.b #15	ENSGT00940000153897.b.a.b #18	ENSGT00940000155459 #19	ENSGT00390000016811 #20	ENSGT00390000002143.b #21	ENSGT00940000157133 #22	ENSGT00940000156549.a.a #23	ENSGT00390000016702 #24	ENSGT00500000044959	ENSGT00950000183021.b	ENSGT00960000189637	ENSGT00940000155936.b	ENSGT00530000064185.b	ENSGT00530000064185.a	ENSGT00390000017067	ENSGT00940000161217	ENSGT00390000005908	ENSGT00940000153311.a.b.b	ENSGT00390000001660	ENSGT00390000005318.b.b.a.g	ENSGT00520000055567.a.b
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES		FAM166C (ENSUPAG00010007420)	OTOF (ENSUPAG00010007436)	DRC1 (ENSUPAG00010007561)	SELENOI (ENSUPAG00010007592)	ADGRF3 (ENSUPAG00010007600) #7	HADHB (ENSUPAG00010007620) #8	ENSUPAG00010007631 #9	GAREM2 (ENSUPAG00010007652) #10	RAB10 (ENSUPAG00010007668) #12	KIF3C (ENSUPAG00010007680) #14	ASXL2 (ENSUPAG00010007692) #15	ENSUPAG00010007737 #18	DNMT3A (ENSUPAG00010008081) #19	POMC (ENSUPAG00010008168) #20	EFR3B (ENSUPAG00010008174) #21	DNAJC27 (ENSUPAG00010008208) #22	ADCY3 (ENSUPAG00010008224) #23	CENPO (ENSUPAG00010008319) #24	PTRHD1 (ENSUPAG00010008340)	NCOA1 (ENSUPAG00010008344)	ENSUPAG00010008420	ITSN2 (ENSUPAG00010008430)	ENSUPAG00010008599	PFN4 (ENSUPAG00010008634)	ENSUPAG00010008668	SF3B6 (ENSUPAG00010008671)	FKBP1B (ENSUPAG00010008674)	WDCP (ENSUPAG00010008689)	MFSD2B (ENSUPAG00010008700)	UBXN2A (ENSUPAG00010008734)	ATAD2B (ENSUPAG00010008759)
Squirrel	MODERN SPECIES	93	OTOF (ENSSTOG00000020549)	DRC1 (ENSSTOG00000001637)	SELENOI (ENSSTOG00000001622)	ADGRF3 (ENSSTOG00000001610) #7	HADHB (ENSSTOG00000001601) #8	HADHA (ENSSTOG00000001593) #9	GAREM2 (ENSSTOG00000022734) #10	RAB10 (ENSSTOG00000023160) #12	KIF3C (ENSSTOG00000013740) #14	ASXL2 (ENSSTOG00000013729) #15	ENSSTOG00000034335	ENSSTOG00000015511 #18	DNMT3A (ENSSTOG00000022154) #19	POMC (ENSSTOG00000006150) #20	EFR3B (ENSSTOG00000023043) #21	DNAJC27 (ENSSTOG00000006080) #22	ADCY3 (ENSSTOG00000006049) #23	CENPO (ENSSTOG00000006039) #24	PTRHD1 (ENSSTOG00000006030)	NCOA1 (ENSSTOG00000005990)	ITSN2 (ENSSTOG00000003181)	ENSSTOG00000003159	FAM228B (ENSSTOG00000033164)	PFN4 (ENSSTOG00000003151)	TP53I3 (ENSSTOG00000003142)	SF3B6 (ENSSTOG00000027077)	FKBP1B (ENSSTOG00000034202)	WDCP (ENSSTOG00000032257)	MFSD2B (ENSSTOG00000003123)	UBXN2A (ENSSTOG00000030412)	ATAD2B (ENSSTOG00000021066)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	6	OTOF (ENSMMMG00000021193)	DRC1 (ENSMMMG00000021257)	SELENOI (ENSMMMG00000021266)	ADGRF3 (ENSMMMG00000021278) #7	HADHB (ENSMMMG00000021287) #8	HADHA (ENSMMMG00000021297) #9	GAREM2 (ENSMMMG00000021301) #10	ENSMMMG00000021304 #12	KIF3C (ENSMMMG00000021315) #14	ASXL2 (ENSMMMG00000021326) #15	ENSMMMG00000021345	ENSMMMG00000021366 #18	DNMT3A (ENSMMMG00000021507) #19	ENSMMMG00000021550 #20	EFR3B (ENSMMMG00000021552) #21	DNAJC27 (ENSMMMG00000021572) #22	ADCY3 (ENSMMMG00000021582) #23	CENPO (ENSMMMG00000021625) #24	PTRHD1 (ENSMMMG00000021628)	NCOA1 (ENSMMMG00000021650)	ENSMMMG00000021686	ITSN2 (ENSMMMG00000021696)	ENSMMMG00000021782	FAM228B (ENSMMMG00000021792)	PFN4 (ENSMMMG00000021805)	TP53I3 (ENSMMMG00000021823)	FKBP1B (ENSMMMG00000021830)	WDCP (ENSMMMG00000021855)	MFSD2B (ENSMMMG00000021873)	ENSMMMG00000021893	ATAD2B (ENSMMMG00000021898)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	5	DRC1 (ENSSVLG00005019360)	SELENOI (ENSSVLG00005019494)	ENSSVLG00005019538	ADGRF3 (ENSSVLG00005019818) #7	HADHB (ENSSVLG00005020328) #8	HADHA (ENSSVLG00005020540) #9	GAREM2 (ENSSVLG00005020605) #10	RAB10 (ENSSVLG00005020645) #12	KIF3C (ENSSVLG00005020692) #14	ENSSVLG00005020731	ASXL2 (ENSSVLG00005020772) #15	ENSSVLG00005021051 #18	DNMT3A (ENSSVLG00005021301) #19	POMC (ENSSVLG00005021550) #20	EFR3B (ENSSVLG00005021623) #21	DNAJC27 (ENSSVLG00005022027) #22	ENSSVLG00005022076	ENSSVLG00005022096	ADCY3 (ENSSVLG00005022153) #23	CENPO (ENSSVLG00005022224) #24	PTRHD1 (ENSSVLG00005022312)	NCOA1 (ENSSVLG00005022362)	ENSSVLG00005022466	ITSN2 (ENSSVLG00005022588)	ENSSVLG00005023133	FAM228B (ENSSVLG00005023199)	PFN4 (ENSSVLG00005023293)	TP53I3 (ENSSVLG00005023330)	ENSSVLG00005023387	FKBP1B (ENSSVLG00005023436)	WDCP (ENSSVLG00005023512)