Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158069	ENSGT00940000166185	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.a.a.a.c.b	ENSGT00940000157702	ENSGT00950000183052.b.c.b.b.b.a.b.a	ENSGT00940000164867.a	ENSGT00390000014380.h.b.b.i.a.f.b ##30	ENSGT00500000044904.a.a.b.a.a.a.b ##31	ENSGT00390000014380.h.b.b.i.a.g #30	ENSGT00950000183307	ENSGT00950000183070.a.a.mb.a	ENSGT00390000015159.b.b	ENSGT01100000263507.E.a.b.a.a.b.b #23	ENSGT00940000155285.b.i	ENSGT00940000155060.C.b.kb.e	ENSGT00390000002854 #22	ENSGT01100000263507.E.a.a.a.b.a.b ##23	ENSGT00940000161528 #24	ENSGT00940000154474.C	ENSGT00940000155435.B.b #26	ENSGT00950000182887.C.b.a.m.a #27	ENSGT00940000166956 #28	ENSGT00940000165457.a.b	ENSGT00500000044904.a.a.b.a.b #31	ENSGT00940000166734.`b.a.c.b.a	ENSGT00500000044904.a.a.a ##31	ENSGT00940000156387 #32	ENSGT00940000156056.B.c.a #33	ENSGT00950000182910.a.b.a #34	ENSGT00990000204560.f	ENSGT00390000006307 #35
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000166185	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.a.a.a.c.b	ENSGT00940000157702	ENSGT00950000183052.b.c.b.b.b.a.b.a	ENSGT00940000164867.a	ENSGT00940000159409	ENSGT00390000014380.h.b.b.i.a.f.b ##30	ENSGT00500000044904.a.a.b.a.a.a.b ##31	ENSGT00390000014380.h.b.b.i.a.g #30	ENSGT00950000183307	ENSGT00950000183070.a.a.mb.a	ENSGT00390000015159.b.b	ENSGT01100000263507.E.a.b.a.a.b.b #23	ENSGT00940000155285.b.i	ENSGT00940000155060.C.b.kb.e	ENSGT00390000002854 #22	ENSGT00940000153582.a.m.a.b.f.a.b.a.a	ENSGT00940000161528 #24	ENSGT00940000154474.C	ENSGT00940000155435.B.b #26	ENSGT00950000182887.C.b.a.m.a #27	ENSGT00940000166956 #28	ENSGT00940000176074 #29	ENSGT00940000165457.a.b	ENSGT00500000044904.a.a.b.a.b #31	ENSGT00940000166734.`b.a.c.b.a	ENSGT00500000044904.a.a.a ##31	ENSGT00940000156387 #32	ENSGT00940000156056.B.c.a #33	ENSGT00950000182910.a.b.a #34	ENSGT00990000204560.f
P. nyererei	MODERN SPECIES	472																VCPIP1 (ENSPNYG00000017219) #22	ENSPNYG00000017141 #23	DUSP28 (ENSPNYG00000017116) #24	ENSPNYG00000017097 #25	ENSPNYG00000017078 #26	saga (ENSPNYG00000017036) #27	cldn15la (ENSPNYG00000017014) #28	ENSPNYG00000016986 #29	ENSPNYG00000016704 #30	ENSPNYG00000016575 #31	slc39a6 (ENSPNYG00000016529) #32	ENSPNYG00000016504 #33	cavin4a (ENSPNYG00000016495) #34	ift57 (ENSPNYG00000016464) #35	tmem71 (ENSPNYG00000016416) #36	ENSPNYG00000016409 #37
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT00390000014380.h.b.b.i.a.f.a.b ##30	ENSGT00500000044904.a.a.b.a.a.b ##31	ENSGT00390000014380.h.b.b.i.a.f.a.a.b ##30	ENSGT00500000044904.a.a.b.a.a.a.a.a ##31	ENSGT00390000014380.h.b.b.i.a.f.a.a.a ##30	ENSGT00500000044904.a.a.b.a.a.a.a.b ##31	ENSGT00500000044904.a.a.b.a.a.a.b ##31	ENSGT00390000014380.h.b.b.i.a.g #30	ENSGT00950000183307	ENSGT01070000254364	ENSGT00950000183070.a.a.mb.a	ENSGT00390000015159.b.b	ENSGT01100000263507.E.a.b.a.a.b.b #23	ENSGT00940000155285.b.i	ENSGT00940000155060.C.b.kb.e	ENSGT00390000002854 #22	ENSGT00940000153582.a.m.a.b.f.a.b.a.a	ENSGT00940000161528 #24	ENSGT00940000154474.C	ENSGT00940000155435.B.b #26	ENSGT00950000182887.C.b.a.m.a #27	ENSGT00940000166956 #28	ENSGT00940000165457.a.b	ENSGT00500000044904.a.a.b.a.b #31	ENSGT00940000166734.`b.a.c.b.a	ENSGT00500000044904.a.a.a.c ##31	ENSGT00940000166734.`b.a.c.b.b	ENSGT00940000166734.`b.a.d	ENSGT00500000044904.a.a.a.d ##31	ENSGT00940000156387 #32	ENSGT00940000156056.B.c.a #33
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1100	CDYL (ENSMZEG00005019469)	rpp40 (ENSMZEG00005019475)	riok1 (ENSMZEG00005019482)	amph (ENSMZEG00005019507)	ENSMZEG00005019668	inhbab (ENSMZEG00005019672)	ENSMZEG00005019675	ENSMZEG00005019692	dnajc1 (ENSMZEG00005019846)	zgc:55781 (ENSMZEG00005019850)	ENSMZEG00005019851	impa1 (ENSMZEG00005019864)	IMPA1 (ENSMZEG00005019878)	ENSMZEG00005019885	pcdh18a (ENSMZEG00005019896)	VCPIP1 (ENSMZEG00005019904) #22	ENSMZEG00005019918	DUSP28 (ENSMZEG00005020238) #24	ENSMZEG00005020242	ENSMZEG00005020244 #26	saga (ENSMZEG00005020254) #27	cldn15la (ENSMZEG00005020261) #28	ENSMZEG00005020266 #29	ENSMZEG00005020272 #31	ENSMZEG00005020274	ENSMZEG00005020277 ##31	ENSMZEG00005020281	ENSMZEG00005020282 ##31	slc39a6 (ENSMZEG00005020284) #32	ENSMZEG00005020300 #33	cavin4a (ENSMZEG00005020303) #34
Eastern happy	MODERN SPECIES	9	ENSACLG00000022932 ##30	ENSACLG00000022989 ##31	ENSACLG00000023018 ##30	ENSACLG00000023033 ##31	ENSACLG00000023052 ##30	ENSACLG00000023126 ##31	ENSACLG00000023138	ptmab (ENSACLG00000023150)	ENSACLG00000023169	PHB2 (ENSACLG00000023179)	fam49ba (ENSACLG00000023192)	ENSACLG00000023210 #23	ENSACLG00000023215	ENSACLG00000023260	ENSACLG00000023284	VCPIP1 (ENSACLG00000023296) #22	ENSACLG00000023305 ##23	ENSACLG00000023326	DUSP28 (ENSACLG00000023316) #24	ENSACLG00000023329	ENSACLG00000023343 #26	saga (ENSACLG00000023356) #27	cldn15la (ENSACLG00000023440) #28	ENSACLG00000023445	ENSACLG00000023468 #31	ENSACLG00000023474	ENSACLG00000023475 ##31	ENSACLG00000023481	ENSACLG00000023483 ##31	slc39a6 (ENSACLG00000023489) #32	ENSACLG00000023536 #33
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	1100																VCPIP1 (ENSHBUG00000013216) #22	ENSHBUG00000013194 ##23	ENSHBUG00000013174 ##23	DUSP28 (ENSHBUG00000013166) #24	ENSHBUG00000013161	ENSHBUG00000013147 #26	saga (ENSHBUG00000013124) #27	cldn15la (ENSHBUG00000013024) #28	ENSHBUG00000000377	ENSHBUG00000012995