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Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		CLK2 (ENSSVLG00005019777) #7	HCN3 (ENSSVLG00005000099) #8	PKLR (ENSSVLG00005000101) #9	FDPS (ENSSVLG00005000103) #10	RUSC1 (ENSSVLG00005000107) #11	ENSSVLG00005000118 #12	MSTO1 (ENSSVLG00005000136) #13	ENSSVLG00005000147 #14	ENSSVLG00005000171 #15	ENSSVLG00005000188 #16	KHDC4 (ENSSVLG00005000224) #17	RXFP4 (ENSSVLG00005000258) #18	ARHGEF2 (ENSSVLG00005000357) #19	SSR2 (ENSSVLG00005000552) #20	UBQLN4 (ENSSVLG00005000591) #21	LAMTOR2 (ENSSVLG00005000628) #22	RAB25 (ENSSVLG00005000653) #23	MEX3A (ENSSVLG00005000673) #24	LMNA (ENSSVLG00005000714) #25	SEMA4A (ENSSVLG00005000802) #26	SLC25A44 (ENSSVLG00005000872) #27	PMF1 (ENSSVLG00005000891) #28	BGLAP (ENSSVLG00005000913) #29	PAQR6 (ENSSVLG00005000936) #30	SMG5 (ENSSVLG00005000972) #31	ENSSVLG00005000998 #32	GLMP (ENSSVLG00005001024) #33	CCT3 (ENSSVLG00005001076) #34	TSACC (ENSSVLG00005001124) #35	RHBG (ENSSVLG00005001146) #36	MEF2D (ENSSVLG00005001227) #37
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000162023 #8	ENSGT00390000008859.b.c #9	ENSGT00900000141074 #10	ENSGT00900000141033.b.b #11	ENSGT00940000156698 #12	ENSGT00390000015248	ENSGT00530000064067 #13	ENSGT00390000016256 #14	ENSGT00940000159088 #15	ENSGT00940000160132.e #16	ENSGT00510000047412.a #17	ENSGT01030000234534.B.a.a.b #18	ENSGT00940000158341 #19	ENSGT00390000005125 #20	ENSGT00940000155620 #21	ENSGT00390000006100 #22	ENSGT00940000158230 #23	ENSGT00940000161732 #24	ENSGT00940000157244 #25	ENSGT00940000161509 #26	ENSGT00940000155399 #27	ENSGT00940000162656 #28	ENSGT00410000026290 #29	ENSGT00940000160567 #30	ENSGT00940000154566 #31	ENSGT00390000002390.b	ENSGT00390000005131 #33	ENSGT00570000079224 #34	ENSGT00390000012524 #35	ENSGT00950000182844.b.b.a #36	ENSGT00940000159463 #37
Alpin marmot	MODERN SPECIES	85	HCN3 (ENSMMMG00000014457) #8	PKLR (ENSMMMG00000014412) #9	FDPS (ENSMMMG00000014395) #10	ENSMMMG00000014387 #11	ASH1L (ENSMMMG00000014324) #12	DAP3 (ENSMMMG00000014245)	MSTO1 (ENSMMMG00000014213) #13	ENSMMMG00000014163 #14	SYT11 (ENSMMMG00000014151) #15	ENSMMMG00000014145 #16	KHDC4 (ENSMMMG00000014104) #17	RXFP4 (ENSMMMG00000014101) #18	ARHGEF2 (ENSMMMG00000013899) #19	SSR2 (ENSMMMG00000013889) #20	UBQLN4 (ENSMMMG00000013874) #21	LAMTOR2 (ENSMMMG00000013864) #22	RAB25 (ENSMMMG00000013857) #23	MEX3A (ENSMMMG00000013855) #24	LMNA (ENSMMMG00000013831) #25	SEMA4A (ENSMMMG00000013785) #26	SLC25A44 (ENSMMMG00000013773) #27	ENSMMMG00000013758	BGLAP (ENSMMMG00000013734) #29	PAQR6 (ENSMMMG00000013724) #30	SMG5 (ENSMMMG00000013706) #31	TMEM79 (ENSMMMG00000013693)	GLMP (ENSMMMG00000013644) #33	CCT3 (ENSMMMG00000013571) #34	TSACC (ENSMMMG00000013564) #35	RHBG (ENSMMMG00000013553) #36	ENSMMMG00000013541 #37
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Squirrel	MODERN SPECIES	180	HCN3 (ENSSTOG00000008989) #8	PKLR (ENSSTOG00000022480) #9	ENSSTOG00000004475 #10	RUSC1 (ENSSTOG00000004516) #11	ASH1L (ENSSTOG00000019952) #12	DAP3 (ENSSTOG00000004627)	MSTO1 (ENSSTOG00000004655) #13	ENSSTOG00000004664 #14	SYT11 (ENSSTOG00000004720) #15	RIT1 (ENSSTOG00000021028) #16	KHDC4 (ENSSTOG00000004732) #17	RXFP4 (ENSSTOG00000000616) #18	ARHGEF2 (ENSSTOG00000000620) #19	SSR2 (ENSSTOG00000028971) #20	UBQLN4 (ENSSTOG00000020043) #21	LAMTOR2 (ENSSTOG00000023389) #22	RAB25 (ENSSTOG00000000634) #23	MEX3A (ENSSTOG00000024275) #24	LMNA (ENSSTOG00000001758) #25	SEMA4A (ENSSTOG00000028050) #26	SLC25A44 (ENSSTOG00000001764) #27	PMF1 (ENSSTOG00000001768) #28	ENSSTOG00000034466	BGLAP (ENSSTOG00000027908) #29	PAQR6 (ENSSTOG00000001772) #30	SMG5 (ENSSTOG00000001780) #31	TMEM79 (ENSSTOG00000026140)	GLMP (ENSSTOG00000015763) #33	CCT3 (ENSSTOG00000001798) #34	TSACC (ENSSTOG00000001810) #35	RHBG (ENSSTOG00000028396) #36
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	309	HCN3 (ENSUPAG00010002732) #8	PKLR (ENSUPAG00010002743) #9	FDPS (ENSUPAG00010002775) #10	RUSC1 (ENSUPAG00010002787) #11	ASH1L (ENSUPAG00010002818) #12	ENSUPAG00010002886	MSTO1 (ENSUPAG00010002943) #13	ENSUPAG00010002975 #14	SYT11 (ENSUPAG00010003045) #15	ENSUPAG00010003055 #16	KHDC4 (ENSUPAG00010003067) #17	ENSUPAG00010003101	ARHGEF2 (ENSUPAG00010003114) #19	SSR2 (ENSUPAG00010003598) #20	UBQLN4 (ENSUPAG00010003613) #21	LAMTOR2 (ENSUPAG00010003634) #22	RAB25 (ENSUPAG00010003640) #23	MEX3A (ENSUPAG00010003653) #24	LMNA (ENSUPAG00010003669) #25	SEMA4A (ENSUPAG00010003712) #26	SLC25A44 (ENSUPAG00010004013) #27	PMF1 (ENSUPAG00010004034) #28	BGLAP (ENSUPAG00010004045) #29	ENSUPAG00010004061 #30	SMG5 (ENSUPAG00010004091) #31	TMEM79 (ENSUPAG00010004129)	GLMP (ENSUPAG00010004142) #33	CCT3 (ENSUPAG00010004189) #34	TSACC (ENSUPAG00010004234) #35	RHBG (ENSUPAG00010004243) #36	MEF2D (ENSUPAG00010004263) #37
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Guinea pig	MODERN SPECIES	10	HCN3 (ENSCPOG00000027026) #8	PKLR (ENSCPOG00000011202) #9	FDPS (ENSCPOG00000015363) #10	RUSC1 (ENSCPOG00000032934) #11	ASH1L (ENSCPOG00000004801) #12	DAP3 (ENSCPOG00000030924)	MSTO1 (ENSCPOG00000004857) #13	ENSCPOG00000004859 #14	SYT11 (ENSCPOG00000004866) #15	RIT1 (ENSCPOG00000004868) #16	KHDC4 (ENSCPOG00000004870) #17	ENSCPOG00000032356	ARHGEF2 (ENSCPOG00000025396) #19	SSR2 (ENSCPOG00000023729) #20	UBQLN4 (ENSCPOG00000002467) #21	LAMTOR2 (ENSCPOG00000032238) #22	RAB25 (ENSCPOG00000002472) #23	MEX3A (ENSCPOG00000020219) #24	LMNA (ENSCPOG00000023214) #25	SEMA4A (ENSCPOG00000015694) #26	SLC25A44 (ENSCPOG00000021129) #27	PMF1 (ENSCPOG00000015695) #28	BGLAP (ENSCPOG00000040505) #29	PAQR6 (ENSCPOG00000019726) #30	SMG5 (ENSCPOG00000015696) #31	TMEM79 (ENSCPOG00000033881)	GLMP (ENSCPOG00000032634) #33	CCT3 (ENSCPOG00000009131) #34	RHBG (ENSCPOG00000011135) #36	MEF2D (ENSCPOG00000036656) #37	IQGAP3 (ENSCPOG00000005361)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	61	ENSGT00940000154947 #7	ENSGT00940000162023 #8	ENSGT00390000008859.b.c #9	ENSGT00900000141074 #10	ENSGT00900000141033.b.b #11	ENSGT00940000156698 #12	ENSGT00390000015248	ENSGT00530000064067 #13	ENSGT00390000016256 #14	ENSGT00940000159088 #15	ENSGT00940000160132 #16	ENSGT00510000047412.a #17	ENSGT00940000158341 #19	ENSGT00390000005125 #20	ENSGT00940000155620 #21	ENSGT00390000006100 #22	ENSGT00940000158230 #23	ENSGT00940000161732 #24	ENSGT00940000157244 #25	ENSGT00940000161509 #26	ENSGT00940000155399 #27	ENSGT00940000162656 #28	ENSGT00410000026290 #29	ENSGT00940000160567 #30	ENSGT00940000154566 #31	ENSGT00390000002390.b	ENSGT00390000005131 #33	ENSGT00570000079224.z.a #34	ENSGT00950000182844.b.b.a #36	ENSGT00940000159463 #37	ENSGT00950000183076.a.b.b.a.b
Degu	MODERN SPECIES	73	PKLR (ENSODEG00000011272) #9	FDPS (ENSODEG00000010515) #10	ENSODEG00000010812 #11	ASH1L (ENSODEG00000009920) #12	DAP3 (ENSODEG00000010674)	MSTO1 (ENSODEG00000011191) #13	ENSODEG00000010737	ENSODEG00000011008 #14	SYT11 (ENSODEG00000010870) #15	RIT1 (ENSODEG00000010128) #16	ENSODEG00000009528 #17	ENSODEG00000019992	ARHGEF2 (ENSODEG00000011373) #19	SSR2 (ENSODEG00000010659) #20	UBQLN4 (ENSODEG00000010901) #21	LAMTOR2 (ENSODEG00000010141) #22	RAB25 (ENSODEG00000009908) #23	MEX3A (ENSODEG00000009643) #24	LMNA (ENSODEG00000009369) #25	SEMA4A (ENSODEG00000009359) #26	SLC25A44 (ENSODEG00000009774) #27	PMF1 (ENSODEG00000011902) #28	BGLAP (ENSODEG00000010926) #29	PAQR6 (ENSODEG00000010747) #30	SMG5 (ENSODEG00000012237) #31	TMEM79 (ENSODEG00000012508)	GLMP (ENSODEG00000009800) #33	ENSODEG00000009974 #34	RHBG (ENSODEG00000009136) #36	MEF2D (ENSODEG00000010190) #37	IQGAP3 (ENSODEG00000010076)
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	252	CLK2 (ENSCLAG00000003873) #7	HCN3 (ENSCLAG00000005021) #8	PKLR (ENSCLAG00000005136) #9	FDPS (ENSCLAG00000005410) #10	RUSC1 (ENSCLAG00000005579) #11	ASH1L (ENSCLAG00000004536) #12	DAP3 (ENSCLAG00000005599)	MSTO1 (ENSCLAG00000006273) #13	ENSCLAG00000006556 #14	SYT11 (ENSCLAG00000013172) #15	RIT1 (ENSCLAG00000013305) #16	KHDC4 (ENSCLAG00000010544) #17	ARHGEF2 (ENSCLAG00000013596) #19	SSR2 (ENSCLAG00000003363) #20	UBQLN4 (ENSCLAG00000003519) #21	LAMTOR2 (ENSCLAG00000003700) #22	RAB25 (ENSCLAG00000003784) #23	MEX3A (ENSCLAG00000003842) #24	LMNA (ENSCLAG00000003894) #25	SEMA4A (ENSCLAG00000005297) #26	SLC25A44 (ENSCLAG00000005587) #27	PMF1 (ENSCLAG00000003672) #28	BGLAP (ENSCLAG00000003710) #29	PAQR6 (ENSCLAG00000003899) #30	SMG5 (ENSCLAG00000003983) #31	TMEM79 (ENSCLAG00000004142)	GLMP (ENSCLAG00000004192) #33	ENSCLAG00000004359 #34	RHBG (ENSCLAG00000004625) #36	MEF2D (ENSCLAG00000004702) #37	IQGAP3 (ENSCLAG00000004927)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	10			ENSHGLG00000005618 #10	ENSHGLG00000006300 #11	ENSHGLG00000049863	ASH1L (ENSHGLG00000008090) #12	DAP3 (ENSHGLG00000013978)	MSTO1 (ENSHGLG00000018369) #13	ENSHGLG00000006556 #14	SYT11 (ENSHGLG00000032288) #15	ENSHGLG00000034706 #16	KHDC4 (ENSHGLG00000010495) #17	RXFP4 (ENSHGLG00000037004) #18	SSR2 (ENSHGLG00000035940) #20	UBQLN4 (ENSHGLG00000003684) #21	LAMTOR2 (ENSHGLG00000036352) #22	RAB25 (ENSHGLG00000005517) #23	MEX3A (ENSHGLG00000041429) #24	ENSHGLG00000036594 #25	SEMA4A (ENSHGLG00000003587) #26	SLC25A44 (ENSHGLG00000042222) #27	ENSHGLG00000007944 #29	PAQR6 (ENSHGLG00000015640) #30	SMG5 (ENSHGLG00000019152) #31	TMEM79 (ENSHGLG00000018185)	GLMP (ENSHGLG00000041332) #33	ENSHGLG00000003153 #34	RHBG (ENSHGLG00000005998) #36	MEF2D (ENSHGLG00000019055) #37	IQGAP3 (ENSHGLG00000018362)	NAXE (ENSHGLG00000007354)