Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000017400	ENSGT00520000055667 #7	ENSGT00940000153769.F #8	ENSGT00390000001515 #10	ENSGT00390000003305 #11	ENSGT00950000182863.A.b #12	ENSGT00940000155788 #13	ENSGT00940000158862 #14	ENSGT00390000013305.a.b #16	ENSGT00940000156357 #17	ENSGT00440000038909 #18	ENSGT00940000159405 #19	ENSGT00950000182995.e.b	ENSGT00390000004263.a #21	ENSGT00390000013853	ENSGT00940000158485 #22	ENSGT00390000018094 #23	ENSGT00920000149145 #24	ENSGT00390000005711 #25	ENSGT00940000155236 #29	ENSGT00940000153269.b.b #30	ENSGT01030000234527.A.a.a.a #31	ENSGT00940000158307 #32	ENSGT00530000063823.b.b #34	ENSGT00940000155187.B #36	ENSGT00390000015984 #37	ENSGT00940000158117	ENSGT00940000159194	ENSGT00390000002661.b.w	ENSGT00390000011922	ENSGT00530000063880.b
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000017400	ENSGT00520000055667 #7	ENSGT00940000153769.F #8	ENSGT00390000001515 #10	ENSGT00390000003305 #11	ENSGT00950000182863.A.b #12	ENSGT00940000155788 #13	ENSGT00940000158862 #14	ENSGT00390000013305.a.b #16	ENSGT00940000156357 #17	ENSGT00440000038909 #18	ENSGT00940000159405 #19	ENSGT00950000182995.e.b	ENSGT00390000004263.a #21	ENSGT00390000013853	ENSGT00940000158485 #22	ENSGT00390000018094 #23	ENSGT00920000149145 #24	ENSGT00390000005711 #25	ENSGT00940000155236 #29	ENSGT00940000153269.b.b #30	ENSGT01030000234527.A.a.a.a #31	ENSGT00940000158307 #32	ENSGT00530000063823.b.b #34	ENSGT00940000155187.B #36	ENSGT00390000015984 #37	ENSGT00940000158117	ENSGT00940000159194	ENSGT00390000002661.b.w	ENSGT00390000011922	ENSGT00530000063880.b
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000000420.d	ENSGT00390000017400	ENSGT00520000055667 #7	ENSGT00940000153769.F #8	ENSGT00390000001515 #10	ENSGT00390000003305 #11	ENSGT00950000182863.A.b #12	ENSGT00940000155788 #13	ENSGT00940000158862 #14	ENSGT00390000013305.a.b #16	ENSGT00940000156357 #17	ENSGT00440000038909 #18	ENSGT00940000159405 #19	ENSGT00950000182995.e.b	ENSGT00390000004263.a #21	ENSGT00940000158485 #22	ENSGT00390000018094 #23	ENSGT00920000149145 #24	ENSGT00390000005711 #25	ENSGT00940000155236 #29	ENSGT00940000153269.b.b #30	ENSGT01030000234527.A.a.a.a #31	ENSGT00940000158307 #32	ENSGT00530000063823.b.b #34	ENSGT00940000155187.B #36	ENSGT00390000015984 #37	ENSGT00940000158117	ENSGT00940000159194	ENSGT00390000002661.b.w	ENSGT00390000011922
Degu	MODERN SPECIES	189	DEPTOR (ENSODEG00000001135) #7	COL14A1 (ENSODEG00000000812) #8	ENSODEG00000001980 #9	MRPL13 (ENSODEG00000001950) #10	MTBP (ENSODEG00000001856) #11	SNTB1 (ENSODEG00000001798) #12	GRHL2 (ENSODEG00000001720) #13	NCALD (ENSODEG00000001634) #14	ENSODEG00000001601 #15	ENSODEG00000001583 #16	UBR5 (ENSODEG00000001200) #17	ODF1 (ENSODEG00000001029) #18	KLF10 (ENSODEG00000001013) #19	Azin1 (ENSODEG00000000999) #20	ENSODEG00000000974 #21	FZD6 (ENSODEG00000000950) #22	ENSODEG00000000941 #23	SLC25A32 (ENSODEG00000000912) #24	DCAF13 (ENSODEG00000000870) #25	ENSODEG00000000845 #26	ENSODEG00000018633 #27	ENSODEG00000000823 #28	RIMS2 (ENSODEG00000001405) #29	DCSTAMP (ENSODEG00000001297) #30	DPYS (ENSODEG00000001258) #31	LRP12 (ENSODEG00000001219) #32	ENSODEG00000001195 #33	ZFPM2 (ENSODEG00000001176) #34	ENSODEG00000001159 #35	ENSODEG00000001148 #36	ABRA (ENSODEG00000001137) #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	124	ENSCLAG00000009350	ENSCLAG00000005610	DEPTOR (ENSCLAG00000006264) #7	COL14A1 (ENSCLAG00000012798) #8	MRPL13 (ENSCLAG00000005646) #10	MTBP (ENSCLAG00000005869) #11	SNTB1 (ENSCLAG00000007591) #12	GRHL2 (ENSCLAG00000004852) #13	NCALD (ENSCLAG00000005101) #14	RRM2B (ENSCLAG00000005652) #16	UBR5 (ENSCLAG00000005604) #17	ODF1 (ENSCLAG00000009658) #18	KLF10 (ENSCLAG00000006194) #19	Azin1 (ENSCLAG00000006685)	ATP6V1C1 (ENSCLAG00000007454) #21	FZD6 (ENSCLAG00000004386) #22	ENSCLAG00000004942 #23	SLC25A32 (ENSCLAG00000005938) #24	DCAF13 (ENSCLAG00000006565) #25	RIMS2 (ENSCLAG00000011574) #29	DCSTAMP (ENSCLAG00000010026) #30	DPYS (ENSCLAG00000010295) #31	LRP12 (ENSCLAG00000005081) #32	ZFPM2 (ENSCLAG00000005797) #34	OXR1 (ENSCLAG00000006103) #36	ABRA (ENSCLAG00000006852) #37	ENSCLAG00000007287	ANGPT1 (ENSCLAG00000014625)	RSPO2 (ENSCLAG00000013840)	EIF3E (ENSCLAG00000014021)	EMC2 (ENSCLAG00000004492)
Guinea pig	MODERN SPECIES		TAF2 (ENSCPOG00000014135)	DEPTOR (ENSCPOG00000013492) #7	COL14A1 (ENSCPOG00000008500) #8	MRPL13 (ENSCPOG00000005791) #10	MTBP (ENSCPOG00000005797) #11	SNTB1 (ENSCPOG00000005807) #12	GRHL2 (ENSCPOG00000005630) #13	NCALD (ENSCPOG00000039689) #14	RRM2B (ENSCPOG00000011429) #16	UBR5 (ENSCPOG00000009637) #17	ODF1 (ENSCPOG00000012742) #18	KLF10 (ENSCPOG00000011105) #19	AZIN1 (ENSCPOG00000015536)	ATP6V1C1 (ENSCPOG00000009966) #21	BAALC (ENSCPOG00000039194)	FZD6 (ENSCPOG00000012281) #22	CTHRC1 (ENSCPOG00000012284) #23	SLC25A32 (ENSCPOG00000033503) #24	DCAF13 (ENSCPOG00000012291) #25	RIMS2 (ENSCPOG00000007288) #29	DCSTAMP (ENSCPOG00000022935) #30	DPYS (ENSCPOG00000005042) #31	LRP12 (ENSCPOG00000024738) #32	ZFPM2 (ENSCPOG00000014225) #34	OXR1 (ENSCPOG00000023091) #36	ABRA (ENSCPOG00000026994) #37	ANGPT1 (ENSCPOG00000002490)	RSPO2 (ENSCPOG00000040689)	EIF3E (ENSCPOG00000006266)	EMC2 (ENSCPOG00000011570)	TMEM74 (ENSCPOG00000040808)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	13	ENSHGLG00000005913	MRPL13 (ENSHGLG00000036413) #10	MTBP (ENSHGLG00000008315) #11	ENSHGLG00000004847 #12	ENSHGLG00000005032 #13	ENSHGLG00000006146 #14	ENSHGLG00000007536	ENSHGLG00000007855	RRM2B (ENSHGLG00000008176) #16	ODF1 (ENSHGLG00000004499) #18	KLF10 (ENSHGLG00000004544) #19	Azin1 (ENSHGLG00000004640)	ATP6V1C1 (ENSHGLG00000004692) #21	ENSHGLG00000034928	ENSHGLG00000046383	FZD6 (ENSHGLG00000006472) #22	ENSHGLG00000007218 #23	SLC25A32 (ENSHGLG00000033983) #24	DCAF13 (ENSHGLG00000008862) #25	RIMS2 (ENSHGLG00000005053) #29	DCSTAMP (ENSHGLG00000010711) #30	DPYS (ENSHGLG00000011917) #31	LRP12 (ENSHGLG00000017165) #32	ZFPM2 (ENSHGLG00000015400) #34	OXR1 (ENSHGLG00000015416) #36	ABRA (ENSHGLG00000015448) #37	ENSHGLG00000015387	ANGPT1 (ENSHGLG00000013880)	RSPO2 (ENSHGLG00000008406)	ENSHGLG00000008859	EMC2 (ENSHGLG00000010553)