Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00950000182870.a.b	ENSGT00940000154796.A	ENSGT00950000182870.b	ENSGT00950000183158.D.b.f	ENSGT00390000018390 #8	ENSGT00940000158030 #9	ENSGT00940000154412.B.b #10	ENSGT00940000157397 #11	ENSGT01030000234532.A.b #12	ENSGT00940000159303 #14	ENSGT00390000019406 #17	ENSGT00510000047812 #18	ENSGT00940000157545 #19	ENSGT00390000009277 #20	ENSGT00940000160700 #21	ENSGT00390000011613 #22	ENSGT00390000016025.b.h #23	ENSGT00940000159452 #24	ENSGT00940000161792 #25	ENSGT00390000008240.m #26	ENSGT00390000008240.n #27	ENSGT00940000160291 #28	ENSGT00550000074781 #31	ENSGT00390000012336 #32	ENSGT00940000160707.b #34	ENSGT01010000222666	ENSGT00940000157224 #37	ENSGT00730000111340	ENSGT00940000161456	ENSGT00390000002030	ENSGT00390000013481.c.a
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	11	ENSHGLG00000037945 #7	DUT (ENSHGLG00000011864) #8	SLC12A1 (ENSHGLG00000014401) #9	CTXN2 (ENSHGLG00000018257) #10	MYEF2 (ENSHGLG00000018166) #11	SLC24A5 (ENSHGLG00000013142) #12	ENSHGLG00000032184 #13	SEMA6D (ENSHGLG00000009924) #14	ENSHGLG00000038651 #15	ENSHGLG00000035166 #16	SQOR (ENSHGLG00000018746) #17	BLOC1S6 (ENSHGLG00000019337) #18	SLC30A4 (ENSHGLG00000016667) #19	C15orf48 (ENSHGLG00000016670) #20	SPATA5L1 (ENSHGLG00000043333) #21	GATM (ENSHGLG00000019276) #22	SLC28A2 (ENSHGLG00000014172) #23	ENSHGLG00000012788 #24	DUOX1 (ENSHGLG00000014552) #25	ENSHGLG00000013326 #26	DUOXA2 (ENSHGLG00000019350) #27	DUOX2 (ENSHGLG00000010033) #28	ENSHGLG00000041547 #29	ENSHGLG00000050443 #30	SORD (ENSHGLG00000039417) #31	ENSHGLG00000014203 #32	ENSHGLG00000044277 #33	ENSHGLG00000046252 #34	ENSHGLG00000036163 #35	ENSHGLG00000014601 #36	LGALS3 (ENSHGLG00000019099) #37
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000154796.A	ENSGT00950000182870.a.b	ENSGT00950000182870.b	ENSGT00950000183158.D.b.f	ENSGT00390000018390 #8	ENSGT00940000158030 #9	ENSGT00940000154412.B.b #10	ENSGT00940000157397 #11	ENSGT01030000234532.A.b #12	ENSGT00940000159303 #14	ENSGT00390000019406 #17	ENSGT00510000047812 #18	ENSGT00940000157545 #19	ENSGT00390000009277 #20	ENSGT00940000160700 #21	ENSGT00390000011613 #22	ENSGT00390000016025.b.h #23	ENSGT00940000159452 #24	ENSGT00940000161792 #25	ENSGT00390000008240.m #26	ENSGT00390000008240.n #27	ENSGT00940000160291 #28	ENSGT00550000074781 #31	ENSGT00390000012336 #32	ENSGT00940000160707.b #34	ENSGT00940000158652 #36	ENSGT00940000157224 #37	ENSGT00730000111340	ENSGT00940000161456	ENSGT00390000002030	ENSGT00390000013481.c.a
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00950000182870.a.b	ENSGT00940000154796.A	ENSGT00950000182870.b	ENSGT00950000183158.D.b.f	ENSGT00390000018390 #8	ENSGT00940000158030 #9	ENSGT00940000154412.B.b #10	ENSGT00940000157397 #11	ENSGT01030000234532.A.b #12	ENSGT00940000159303 #14	ENSGT00390000019406 #17	ENSGT00510000047812 #18	ENSGT00940000157545 #19	ENSGT00390000009277 #20	ENSGT00940000160700 #21	ENSGT00390000011613 #22	ENSGT00390000016025.b.h #23	ENSGT00940000159452 #24	ENSGT00940000161792 #25	ENSGT00390000008240.m #26	ENSGT00390000008240.n #27	ENSGT00940000160291 #28	ENSGT00550000074781 #31	ENSGT00390000012336 #32	ENSGT00940000160707.b #34	ENSGT00940000158652 #36	ENSGT00940000157224 #37	ENSGT00730000111340	ENSGT00940000161456	ENSGT00390000002030	ENSGT00390000013481.c.a
Degu	MODERN SPECIES	146	ENSODEG00000007686	SECISBP2L (ENSODEG00000007846)	ENSODEG00000007930	ENSODEG00000007307	CEP152 (ENSODEG00000008644)	FBN1 (ENSODEG00000007689)	ENSODEG00000008550 #8	SLC12A1 (ENSODEG00000009402) #9	MYEF2 (ENSODEG00000007463) #11	SLC24A5 (ENSODEG00000010497) #12	SEMA6D (ENSODEG00000007614) #14	SQOR (ENSODEG00000008455) #17	BLOC1S6 (ENSODEG00000007779) #18	SLC30A4 (ENSODEG00000007906) #19	C15orf48 (ENSODEG00000009386) #20	GATM (ENSODEG00000009765) #22	SLC28A2 (ENSODEG00000010816) #23	SHF (ENSODEG00000008606) #24	DUOX1 (ENSODEG00000008417) #25	DUOXA1 (ENSODEG00000008753) #26	DUOXA2 (ENSODEG00000009819) #27	DUOX2 (ENSODEG00000009257) #28	SORD (ENSODEG00000008350) #31	TERB2 (ENSODEG00000010250) #32	TRIM69 (ENSODEG00000010623) #34	ENSODEG00000008739	ENSODEG00000008942 #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	116	SHC4 (ENSCLAG00000014691)	EID1 (ENSCLAG00000008705)	CEP152 (ENSCLAG00000012592)	FBN1 (ENSCLAG00000014723)	DUT (ENSCLAG00000011626) #8	SLC12A1 (ENSCLAG00000008362) #9	CTXN2 (ENSCLAG00000011672) #10	MYEF2 (ENSCLAG00000008328) #11	SLC24A5 (ENSCLAG00000009536) #12	SEMA6D (ENSCLAG00000010651) #14	SQOR (ENSCLAG00000015903) #17	BLOC1S6 (ENSCLAG00000015243) #18	SLC30A4 (ENSCLAG00000010503) #19	C15orf48 (ENSCLAG00000010562) #20	ENSCLAG00000008984 #21	GATM (ENSCLAG00000012238) #22	SLC28A2 (ENSCLAG00000011544) #23	SHF (ENSCLAG00000009719) #24	DUOX1 (ENSCLAG00000011832) #25	DUOXA1 (ENSCLAG00000007621) #26	DUOXA2 (ENSCLAG00000009352) #27	DUOX2 (ENSCLAG00000009210) #28	SORD (ENSCLAG00000009127) #31	TERB2 (ENSCLAG00000012436) #32	TRIM69 (ENSCLAG00000013033) #34	DLGAP5 (ENSCLAG00000008776) #36	LGALS3 (ENSCLAG00000009650) #37	MAPK1IP1L (ENSCLAG00000009943)	SOCS4 (ENSCLAG00000010226)	ENSCLAG00000013863	GCH1 (ENSCLAG00000009462)
Guinea pig	MODERN SPECIES	23	ENSCPOG00000006525	CEP152 (ENSCPOG00000006518)	FBN1 (ENSCPOG00000004298)	DUT (ENSCPOG00000024107) #8	SLC12A1 (ENSCPOG00000005122) #9	CTXN2 (ENSCPOG00000031158) #10	MYEF2 (ENSCPOG00000010584) #11	SLC24A5 (ENSCPOG00000010579) #12	SEMA6D (ENSCPOG00000006931) #14	ENSCPOG00000025021	SQOR (ENSCPOG00000021297) #17	BLOC1S6 (ENSCPOG00000037068) #18	SLC30A4 (ENSCPOG00000040539) #19	C15orf48 (ENSCPOG00000033924) #20	SPATA5L1 (ENSCPOG00000008384) #21	GATM (ENSCPOG00000007904) #22	SLC28A2 (ENSCPOG00000005300) #23	SHF (ENSCPOG00000027041) #24	DUOX1 (ENSCPOG00000007302) #25	ENSCPOG00000030849 #26	DUOXA2 (ENSCPOG00000005034) #27	DUOX2 (ENSCPOG00000007267) #28	SORD (ENSCPOG00000002241) #31	TERB2 (ENSCPOG00000009515) #32	TRIM69 (ENSCPOG00000025547) #34	DLGAP5 (ENSCPOG00000004807) #36	LGALS3 (ENSCPOG00000038163) #37	MAPK1IP1L (ENSCPOG00000003450)	SOCS4 (ENSCPOG00000003449)	WDHD1 (ENSCPOG00000003440)	GCH1 (ENSCPOG00000003585)