Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000062962.b.a #22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 196 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000165890 ENSGT00390000010331 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000017392 ENSGT00390000008092.b ENSGT00940000161629 ENSGT00940000160167 ENSGT00510000052431 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000018225.A ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 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#21 HACD3 (ENSRBIG00000040553) #22 INTS14 (ENSRBIG00000037004) #23 SLC24A1 (ENSRBIG00000029938) #24 DENND4A (ENSRBIG00000043812) #25 RAB11A (ENSRBIG00000035649) #26 MEGF11 (ENSRBIG00000032238) #27 DIS3L (ENSRBIG00000029360) TIPIN (ENSRBIG00000035207) MAP2K1 (ENSRBIG00000031516) SNAPC5 (ENSRBIG00000033556) ENSRBIG00000043139 ZWILCH (ENSRBIG00000043121) ENSRBIG00000038789 LCTL (ENSRBIG00000034724) ENSRBIG00000044058 SMAD6 (ENSRBIG00000039005) Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00910000148680 ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625.c ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764.g.a ENSGT00940000153487.b.b.i.a ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145.cb.a.a.a ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00910000147041 ENSGT00940000158146 ENSGT01030000234570.d.b.a.a.a.b.a.b.a.c.b Vervet Monkey MODERN SPECIES 18 PLEKHO2 (ENSCSAG00000012623) ANKDD1A (ENSCSAG00000012637) SPG21 (ENSCSAG00000012649) MTFMT (ENSCSAG00000012690) SLC51B (ENSCSAG00000012708) RASL12 (ENSCSAG00000012718) KBTBD13 (ENSCSAG00000019737) UBAP1L (ENSCSAG00000012725) PDCD7 (ENSCSAG00000012751) CLPX (ENSCSAG00000012812) CILP (ENSCSAG00000012835) PARP16 (ENSCSAG00000012842) #18 IGDCC3 (ENSCSAG00000012887) #19 IGDCC4 (ENSCSAG00000012938) #20 DPP8 (ENSCSAG00000012960) #21 HACD3 (ENSCSAG00000012971) #22 INTS14 (ENSCSAG00000012981) #23 SLC24A1 (ENSCSAG00000013003) #24 DENND4A (ENSCSAG00000013032) #25 RAB11A (ENSCSAG00000013038) #26 MEGF11 (ENSCSAG00000013112) #27 DIS3L (ENSCSAG00000013140) TIPIN (ENSCSAG00000013176) MAP2K1 (ENSCSAG00000013191) SNAPC5 (ENSCSAG00000013199) 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(ENSMNEG00000031330) PARP16 (ENSMNEG00000028481) #18 IGDCC3 (ENSMNEG00000043800) #19 IGDCC4 (ENSMNEG00000039603) #20 DPP8 (ENSMNEG00000033598) #21 HACD3 (ENSMNEG00000037877) #22 INTS14 (ENSMNEG00000039516) #23 SLC24A1 (ENSMNEG00000041188) #24 DENND4A (ENSMNEG00000031159) #25 RAB11A (ENSMNEG00000043040) #26 MEGF11 (ENSMNEG00000028540) #27 DIS3L (ENSMNEG00000035066) TIPIN (ENSMNEG00000031947) MAP2K1 (ENSMNEG00000027299) SNAPC5 (ENSMNEG00000032504) ENSMNEG00000027886 ZWILCH (ENSMNEG00000034955) LCTL (ENSMNEG00000002923) ENSMNEG00000031888 SMAD6 (ENSMNEG00000034598) ENSMNEG00000032567 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01100000263539.b.b.a.a.a.b.b.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625.c ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764.g.a ENSGT00940000153487.b.b.i.a ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145.cb.a.a.a ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00910000147041 ENSGT00940000158146 ENSGT01030000234570.d.b.a.a.a.b.a.b.a.c.b Rhesus MODERN SPECIES 17 ANKDD1A (ENSMMUG00000010948) ENSMMUG00000051023 ENSMMUG00000049680 SPG21 (ENSMMUG00000010949) MTFMT (ENSMMUG00000061537) SLC51B (ENSMMUG00000049468) RASL12 (ENSMMUG00000004029) KBTBD13 (ENSMMUG00000004028) PDCD7 (ENSMMUG00000006297) CLPX (ENSMMUG00000006714) CILP (ENSMMUG00000009659) PARP16 (ENSMMUG00000005749) #18 IGDCC3 (ENSMMUG00000021783) #19 IGDCC4 (ENSMMUG00000021788) #20 DPP8 (ENSMMUG00000015447) #21 HACD3 (ENSMMUG00000015450) #22 INTS14 (ENSMMUG00000008095) #23 SLC24A1 (ENSMMUG00000022059) #24 DENND4A (ENSMMUG00000022056) #25 RAB11A (ENSMMUG00000008006) #26 MEGF11 (ENSMMUG00000008007) #27 DIS3L (ENSMMUG00000003693) TIPIN (ENSMMUG00000003695) MAP2K1 (ENSMMUG00000016840) SNAPC5 (ENSMMUG00000060148) RPL4 (ENSMMUG00000016844) ZWILCH (ENSMMUG00000029588) LCTL (ENSMMUG00000017447) ENSMMUG00000063378 SMAD6 (ENSMMUG00000019018) ENSMMUG00000057696 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 17 SPG21 (ENSMFAG00000034518) MTFMT (ENSMFAG00000000627) SLC51B (ENSMFAG00000003137) RASL12 (ENSMFAG00000040074) UBAP1L (ENSMFAG00000042428) PDCD7 (ENSMFAG00000031997) CLPX (ENSMFAG00000032196) ENSMFAG00000047489 CILP (ENSMFAG00000039594) PARP16 (ENSMFAG00000051640) #18 ENSMFAG00000036137 ENSMFAG00000061482 IGDCC3 (ENSMFAG00000041666) #19 IGDCC4 (ENSMFAG00000031165) #20 DPP8 (ENSMFAG00000043661) #21 HACD3 (ENSMFAG00000032102) #22 INTS14 (ENSMFAG00000031689) #23 SLC24A1 (ENSMFAG00000000105) #24 DENND4A (ENSMFAG00000030601) #25 ENSMFAG00000047947 ENSMFAG00000060677 ENSMFAG00000055472 RAB11A (ENSMFAG00000000699) #26 MEGF11 (ENSMFAG00000038247) #27 DIS3L (ENSMFAG00000035628) TIPIN (ENSMFAG00000031924) MAP2K1 (ENSMFAG00000036522) ENSMFAG00000063036 SNAPC5 (ENSMFAG00000046383) RPL4 (ENSMFAG00000036412) ZWILCH (ENSMFAG00000036529) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00910000148680 ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625.c ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764.g.a ENSGT00940000153487.b.b.i.a ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145.cb.a.a.a ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00910000147041 ENSGT00940000158146 ENSGT01030000234570.d.b.a.a.a.b.a.b.a.c.b Olive baboon MODERN SPECIES 17 ENSPANG00000034589 ANKDD1A (ENSPANG00000016757) SPG21 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ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625.c ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00910000147481 ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764.g.a ENSGT00940000153487.b.b.i.a ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145.cb.a.a.a ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00910000147041 ENSGT00940000158146 ENSGT01030000234570.d.b.a.a.a.b.a.b.a.c.b Sooty mangabey MODERN SPECIES 336 ANKDD1A (ENSCATG00000035001) SPG21 (ENSCATG00000043599) MTFMT (ENSCATG00000024224) SLC51B (ENSCATG00000043736) RASL12 (ENSCATG00000042289) KBTBD13 (ENSCATG00000021610) UBAP1L (ENSCATG00000035325) PDCD7 (ENSCATG00000032985) ENSCATG00000041300 CILP (ENSCATG00000007240) ENSCATG00000031421 PARP16 (ENSCATG00000029968) #18 IGDCC3 (ENSCATG00000041269) #19 IGDCC4 (ENSCATG00000041870) 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ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00860000136046 ENSGT00940000153499.b.b Gibbon MODERN SPECIES 21 ENSNLEG00000031983 ANKDD1A (ENSNLEG00000012524) SPG21 (ENSNLEG00000012567) MTFMT (ENSNLEG00000034733) SLC51B (ENSNLEG00000012610) RASL12 (ENSNLEG00000012613) UBAP1L (ENSNLEG00000012621) PDCD7 (ENSNLEG00000012628) CLPX (ENSNLEG00000012633) CILP (ENSNLEG00000012638) ENSNLEG00000034448 ENSNLEG00000012643 #18 IGDCC3 (ENSNLEG00000012651) #19 IGDCC4 (ENSNLEG00000012668) #20 DPP8 (ENSNLEG00000012689) #21 HACD3 (ENSNLEG00000012725) #22 INTS14 (ENSNLEG00000012745) #23 ENSNLEG00000012767 #24 DENND4A (ENSNLEG00000012772) #25 RAB11A (ENSNLEG00000012853) #26 MEGF11 (ENSNLEG00000012863) #27 DIS3L (ENSNLEG00000012891) TIPIN (ENSNLEG00000012909) MAP2K1 (ENSNLEG00000012913) SNAPC5 (ENSNLEG00000033124) ENSNLEG00000012938 ZWILCH (ENSNLEG00000012950) LCTL (ENSNLEG00000012956) SMAD6 (ENSNLEG00000032864) ENSNLEG00000028836 SMAD3 (ENSNLEG00000012983) Hominidae ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764.g.a ENSGT00940000153487.b.b.i.a ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145.cb.a.b ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00860000136046 ENSGT00940000153499.b.b Orangutan MODERN SPECIES 6 PLEKHO2 (ENSPPYG00000006555) ANKDD1A (ENSPPYG00000006556) SPG21 (ENSPPYG00000006557) MTFMT (ENSPPYG00000006558) SLC51B (ENSPPYG00000037628) RASL12 (ENSPPYG00000006560) KBTBD13 (ENSPPYG00000006561) UBAP1L (ENSPPYG00000030696) PDCD7 (ENSPPYG00000006562) CLPX (ENSPPYG00000006563) CILP (ENSPPYG00000006564) PARP16 (ENSPPYG00000006565) #18 IGDCC3 (ENSPPYG00000006566) #19 IGDCC4 (ENSPPYG00000006567) #20 DPP8 (ENSPPYG00000006568) #21 HACD3 (ENSPPYG00000006569) #22 INTS14 (ENSPPYG00000006570) #23 SLC24A1 (ENSPPYG00000006571) #24 DENND4A (ENSPPYG00000006572) #25 RAB11A (ENSPPYG00000006573) #26 MEGF11 (ENSPPYG00000039385) #27 DIS3L (ENSPPYG00000006575) TIPIN (ENSPPYG00000031745) MAP2K1 (ENSPPYG00000006576) ENSPPYG00000032290 SNAPC5 (ENSPPYG00000040277) RPL4 (ENSPPYG00000006578) ZWILCH (ENSPPYG00000006579) LCTL (ENSPPYG00000006580) ENSPPYG00000006581 ENSPPYG00000006582 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 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ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145.cb.a.a.a ENSGT00390000013696 ENSGT00910000147890 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b Cebidae ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000170330 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145.cb.a.a.a ENSGT00390000013696 ENSGT00910000147890 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b Marmoset MODERN SPECIES 1 ENSCJAG00000075564 ANKDD1A (ENSCJAG00000031989) ENSCJAG00000005282 MTFMT (ENSCJAG00000006848) SLC51B (ENSCJAG00000006852) RASL12 (ENSCJAG00000080082) KBTBD13 (ENSCJAG00000023428) UBAP1L (ENSCJAG00000035221) PDCD7 (ENSCJAG00000045698) CLPX (ENSCJAG00000006870) CILP (ENSCJAG00000047691) PARP16 (ENSCJAG00000006929) #18 IGDCC3 (ENSCJAG00000006940) #19 IGDCC4 (ENSCJAG00000006951) #20 DPP8 (ENSCJAG00000006987) #21 HACD3 (ENSCJAG00000007084) #22 INTS14 (ENSCJAG00000007118) #23 SLC24A1 (ENSCJAG00000007180) #24 DENND4A (ENSCJAG00000007209) #25 RAB11A (ENSCJAG00000042037) #26 ENSCJAG00000083582 MEGF11 (ENSCJAG00000007353) #27 DIS3L (ENSCJAG00000007411) ENSCJAG00000085355 MAP2K1 (ENSCJAG00000007460) SNAPC5 (ENSCJAG00000070895) ENSCJAG00000007491 ZWILCH (ENSCJAG00000007524) LCTL (ENSCJAG00000007558) SMAD6 (ENSCJAG00000044644) SMAD3 (ENSCJAG00000002088) Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00530000063561 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145.cb.a.a.a ENSGT00390000013696 ENSGT00910000147890 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Capuchin MODERN SPECIES 485 MTFMT (ENSCCAG00000018534) SLC51B (ENSCCAG00000031349) RASL12 (ENSCCAG00000037599) ENSCCAG00000019927 UBAP1L (ENSCCAG00000037075) PDCD7 (ENSCCAG00000026810) ENSCCAG00000028918 CILP (ENSCCAG00000021521) PARP16 (ENSCCAG00000032095) #18 IGDCC3 (ENSCCAG00000029122) #19 IGDCC4 (ENSCCAG00000034061) #20 DPP8 (ENSCCAG00000023015) #21 HACD3 (ENSCCAG00000037841) #22 INTS14 (ENSCCAG00000030079) #23 SLC24A1 (ENSCCAG00000024899) #24 DENND4A (ENSCCAG00000036137) #25 ENSCCAG00000032078 RAB11A (ENSCCAG00000021286) #26 MEGF11 (ENSCCAG00000029113) #27 DIS3L (ENSCCAG00000037964) ENSCCAG00000018227 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 179 ENSSBOG00000023129 ANKDD1A (ENSSBOG00000006335) SPG21 (ENSSBOG00000021959) MTFMT (ENSSBOG00000024674) SLC51B (ENSSBOG00000023480) RASL12 (ENSSBOG00000032264) UBAP1L (ENSSBOG00000026917) PDCD7 (ENSSBOG00000020378) CLPX (ENSSBOG00000023525) CILP (ENSSBOG00000034310) PARP16 (ENSSBOG00000032698) #18 IGDCC3 (ENSSBOG00000030768) #19 IGDCC4 (ENSSBOG00000027481) #20 ENSSBOG00000019694 DPP8 (ENSSBOG00000031844) #21 HACD3 (ENSSBOG00000025352) #22 INTS14 (ENSSBOG00000033678) #23 SLC24A1 (ENSSBOG00000035560) #24 DENND4A (ENSSBOG00000021504) #25 RAB11A (ENSSBOG00000017326) #26 MEGF11 (ENSSBOG00000026335) #27 Mas night monkey DUPLICATION Mas night monkey MODERN SPECIES 599 MTFMT (ENSANAG00000030327) SLC51B (ENSANAG00000025993) RASL12 (ENSANAG00000027475) UBAP1L (ENSANAG00000029321) PDCD7 (ENSANAG00000020593) CLPX (ENSANAG00000023812) CILP (ENSANAG00000022242) PARP16 (ENSANAG00000026820) #18 IGDCC3 (ENSANAG00000021787) #19 IGDCC4 (ENSANAG00000026571) #20 DPP8 (ENSANAG00000038141) #21 ENSANAG00000026926 #22 INTS14 (ENSANAG00000038417) #23 SLC24A1 (ENSANAG00000016940) #24 DENND4A (ENSANAG00000037563) #25 RAB11A (ENSANAG00000008429) #26 MEGF11 (ENSANAG00000031211) #27 DIS3L (ENSANAG00000024523) ENSANAG00000030739 MAP2K1 (ENSANAG00000023179) ENSANAG00000023149 ENSANAG00000029866 ZWILCH (ENSANAG00000037776) LCTL (ENSANAG00000029715) ENSANAG00000038383 IL33 (ENSANAG00000019780) ENSANAG00000033312 Mas night monkey MODERN SPECIES 185 ENSANAG00000007809 #22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Tree shrew MODERN SPECIES 4089 ENSTBEG00000000605 #21 HACD3 (ENSTBEG00000000884) #22 INTS14 (ENSTBEG00000001112) #23 Glires ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00950000183167.a.b.a ENSGT00940000153499.b.b Rabbit MODERN SPECIES 8 ANKDD1A (ENSOCUG00000005353) ENSOCUG00000016136 MTFMT (ENSOCUG00000016147) SLC51B (ENSOCUG00000010723) RASL12 (ENSOCUG00000010729) KBTBD13 (ENSOCUG00000022127) UBAP1L (ENSOCUG00000029183) ENSOCUG00000032347 PDCD7 (ENSOCUG00000007292) CLPX (ENSOCUG00000007293) CILP (ENSOCUG00000007302) PARP16 (ENSOCUG00000007306) #18 IGDCC3 (ENSOCUG00000000310) #19 IGDCC4 (ENSOCUG00000000312) #20 DPP8 (ENSOCUG00000011751) #21 HACD3 (ENSOCUG00000007513) #22 INTS14 (ENSOCUG00000007520) #23 ENSOCUG00000027844 #24 DENND4A (ENSOCUG00000007953) #25 RAB11A (ENSOCUG00000014755) #26 MEGF11 (ENSOCUG00000014760) #27 DIS3L (ENSOCUG00000002206) TIPIN (ENSOCUG00000002212) ENSOCUG00000023060 MAP2K1 (ENSOCUG00000008782) SNAPC5 (ENSOCUG00000039231) ENSOCUG00000008794 ZWILCH (ENSOCUG00000008800) LCTL (ENSOCUG00000021771) ENSOCUG00000006134 ENSOCUG00000014186 Pika MODERN SPECIES 3550 IGDCC3 (ENSOPRG00000000533) #19 IGDCC4 (ENSOPRG00000000551) #20 DPP8 (ENSOPRG00000000578) #21 HACD3 (ENSOPRG00000000598) #22 INTS14 (ENSOPRG00000000613) #23 SLC24A1 (ENSOPRG00000000623) #24 ENSOPRG00000000630 #25 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00950000183014.f.b.a.b ENSGT00530000064244.a ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b 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ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00950000183014.f.b.a.b ENSGT00530000064244.a ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145.vb ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 157 ENSCLAG00000010665 GP9 (ENSCLAG00000012298) SPG21 (ENSCLAG00000011678) MTFMT (ENSCLAG00000014170) SLC51B (ENSCLAG00000011594) RASL12 (ENSCLAG00000011152) KBTBD13 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PARP16 (ENSODEG00000016601) #18 IGDCC3 (ENSODEG00000016285) #19 IGDCC4 (ENSODEG00000016455) #20 DPP8 (ENSODEG00000016356) #21 HACD3 (ENSODEG00000016975) #22 INTS14 (ENSODEG00000017006) #23 SLC24A1 (ENSODEG00000016047) #24 ENSODEG00000016544 #25 ENSODEG00000016435 ENSODEG00000016878 #26 MEGF11 (ENSODEG00000015967) #27 DIS3L (ENSODEG00000015811) MAP2K1 (ENSODEG00000016739) ENSODEG00000016495 ZWILCH (ENSODEG00000016374) LCTL (ENSODEG00000016271) ENSODEG00000020317 SMAD6 (ENSODEG00000016272) SMAD3 (ENSODEG00000015739) ENSODEG00000015886 Guinea pig MODERN SPECIES 101 BNIP2 (ENSCPOG00000004962) GTF2A2 (ENSCPOG00000035441) GCNT3 (ENSCPOG00000022353) FAM81A (ENSCPOG00000015628) MYO1E (ENSCPOG00000002570) CCNB2 (ENSCPOG00000026977) RNF111 (ENSCPOG00000010550) SLTM (ENSCPOG00000026109) MINDY2 (ENSCPOG00000002287) CLPX (ENSCPOG00000003391) CILP (ENSCPOG00000036223) PARP16 (ENSCPOG00000025232) #18 IGDCC3 (ENSCPOG00000006751) #19 IGDCC4 (ENSCPOG00000004519) #20 DPP8 (ENSCPOG00000014124) #21 HACD3 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SMAD3 (ENSSTOG00000010286) AAGAB (ENSSTOG00000010291) Alpin marmot MODERN SPECIES 7 PIF1 (ENSMMMG00000007343) PLEKHO2 (ENSMMMG00000007337) ANKDD1A (ENSMMMG00000007304) SPG21 (ENSMMMG00000007291) ENSMMMG00000007284 ENSMMMG00000007278 RASL12 (ENSMMMG00000007263) KBTBD13 (ENSMMMG00000007256) UBAP1L (ENSMMMG00000007244) CLPX (ENSMMMG00000007193) CILP (ENSMMMG00000007122) PARP16 (ENSMMMG00000007101) #18 IGDCC3 (ENSMMMG00000007025) #19 IGDCC4 (ENSMMMG00000006948) #20 DPP8 (ENSMMMG00000006899) #21 HACD3 (ENSMMMG00000006884) #22 INTS14 (ENSMMMG00000006868) #23 SLC24A1 (ENSMMMG00000006817) #24 DENND4A (ENSMMMG00000006769) #25 ENSMMMG00000006762 RAB11A (ENSMMMG00000006747) #26 MEGF11 (ENSMMMG00000006311) #27 DIS3L (ENSMMMG00000006220) TIPIN (ENSMMMG00000006196) MAP2K1 (ENSMMMG00000006173) SNAPC5 (ENSMMMG00000006163) RPL4 (ENSMMMG00000006109) ENSMMMG00000006104 ZWILCH (ENSMMMG00000006077) LCTL (ENSMMMG00000006061) SMAD6 (ENSMMMG00000006032) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 11 SPG21 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ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 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ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 284 Plekho2 (ENSCGRG00001003734) Ankdd1a (ENSCGRG00001014311) Spg21 (ENSCGRG00001022317) Mtfmt (ENSCGRG00001010938) Slc51b (ENSCGRG00001013856) Rasl12 (ENSCGRG00001015470) Kbtbd13 (ENSCGRG00001012125) Ubap1l (ENSCGRG00001023243) Pdcd7 (ENSCGRG00001011256) Clpx (ENSCGRG00001020872) Cilp (ENSCGRG00001023319) Parp16 (ENSCGRG00001011381) #18 Igdcc3 (ENSCGRG00001015803) #19 Igdcc4 (ENSCGRG00001004819) #20 Dpp8 (ENSCGRG00001024771) #21 Hacd3 (ENSCGRG00001019214) #22 Ints14 (ENSCGRG00001022061) #23 Slc24a1 (ENSCGRG00001023812) #24 Dennd4a (ENSCGRG00001019979) #25 Rab11a (ENSCGRG00001023313) #26 Megf11 (ENSCGRG00001019210) #27 Dis3l (ENSCGRG00001017825) Tipin (ENSCGRG00001018146) Snapc5 (ENSCGRG00001013968) Zwilch (ENSCGRG00001018206) Lctl (ENSCGRG00001017716) Smad6 (ENSCGRG00001002733) Smad3 (ENSCGRG00001013999) Aagab (ENSCGRG00001020082) Iqch (ENSCGRG00001006084) ENSCGRG00001000811 Golden Hamster MODERN SPECIES 672 Ankdd1a (ENSMAUG00000009278) Spg21 (ENSMAUG00000011488) Mtfmt (ENSMAUG00000019476) Slc51b (ENSMAUG00000016209) Rasl12 (ENSMAUG00000021367) Kbtbd13 (ENSMAUG00000007549) Ubap1l (ENSMAUG00000019477) Pdcd7 (ENSMAUG00000010175) Clpx (ENSMAUG00000018798) ENSMAUG00000009833 Cilp (ENSMAUG00000019346) Parp16 (ENSMAUG00000014432) #18 Igdcc3 (ENSMAUG00000019761) #19 Igdcc4 (ENSMAUG00000021589) #20 Dpp8 (ENSMAUG00000020059) #21 Hacd3 (ENSMAUG00000004278) #22 Ints14 (ENSMAUG00000020937) #23 Slc24a1 (ENSMAUG00000012813) #24 Dennd4a (ENSMAUG00000018527) #25 Rab11a (ENSMAUG00000018551) #26 Megf11 (ENSMAUG00000003129) #27 Dis3l (ENSMAUG00000008265) Tipin (ENSMAUG00000012421) Map2k1 (ENSMAUG00000011379) Snapc5 (ENSMAUG00000008645) Rpl4 (ENSMAUG00000018867) Zwilch (ENSMAUG00000021210) Lctl (ENSMAUG00000009957) Smad6 (ENSMAUG00000009859) Smad3 (ENSMAUG00000022258) Aagab (ENSMAUG00000005383) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B 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mouse MODERN SPECIES 18 Plekho2 (MGP_CAROLIEiJ_G0032365) Ankdd1a (MGP_CAROLIEiJ_G0032364) Spg21 (MGP_CAROLIEiJ_G0032363) Mtfmt (MGP_CAROLIEiJ_G0032362) Slc51b (MGP_CAROLIEiJ_G0032361) Rasl12 (MGP_CAROLIEiJ_G0032360) Kbtbd13 (MGP_CAROLIEiJ_G0032359) Ubap1l (MGP_CAROLIEiJ_G0032358) Pdcd7 (MGP_CAROLIEiJ_G0032357) Clpx (MGP_CAROLIEiJ_G0032356) MGP_CAROLIEiJ_G0032355 Parp16 (MGP_CAROLIEiJ_G0032354) #18 Igdcc3 (MGP_CAROLIEiJ_G0032353) #19 Igdcc4 (MGP_CAROLIEiJ_G0032352) #20 Dpp8 (MGP_CAROLIEiJ_G0032351) #21 Hacd3 (MGP_CAROLIEiJ_G0032350) #22 Ints14 (MGP_CAROLIEiJ_G0032349) #23 Slc24a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0032348) #24 Dennd4a (MGP_CAROLIEiJ_G0032347) #25 Rab11a (MGP_CAROLIEiJ_G0032346) #26 Megf11 (MGP_CAROLIEiJ_G0032345) #27 Dis3l (MGP_CAROLIEiJ_G0032344) Tipin (MGP_CAROLIEiJ_G0032343) MGP_CAROLIEiJ_G0032342 Map2k1 (MGP_CAROLIEiJ_G0032341) Snapc5 (MGP_CAROLIEiJ_G0032340) Rpl4 (MGP_CAROLIEiJ_G0032339) Zwilch (MGP_CAROLIEiJ_G0032338) Lctl (MGP_CAROLIEiJ_G0032337) Smad6 (MGP_CAROLIEiJ_G0032336) Smad3 (MGP_CAROLIEiJ_G0032335) Shrew mouse MODERN SPECIES 1 Plekho2 (MGP_PahariEiJ_G0015230) Ankdd1a (MGP_PahariEiJ_G0015229) Spg21 (MGP_PahariEiJ_G0015228) Mtfmt (MGP_PahariEiJ_G0015227) Slc51b (MGP_PahariEiJ_G0015226) Rasl12 (MGP_PahariEiJ_G0015225) Kbtbd13 (MGP_PahariEiJ_G0015224) Ubap1l (MGP_PahariEiJ_G0015223) Pdcd7 (MGP_PahariEiJ_G0015222) Clpx (MGP_PahariEiJ_G0015221) MGP_PahariEiJ_G0015220 Parp16 (MGP_PahariEiJ_G0015219) #18 MGP_PahariEiJ_G0015218 #19 Igdcc4 (MGP_PahariEiJ_G0015217) #20 Dpp8 (MGP_PahariEiJ_G0015216) #21 Hacd3 (MGP_PahariEiJ_G0015215) #22 Ints14 (MGP_PahariEiJ_G0015214) #23 Slc24a1 (MGP_PahariEiJ_G0015213) #24 Dennd4a (MGP_PahariEiJ_G0015212) #25 Rab11a (MGP_PahariEiJ_G0015211) #26 Megf11 (MGP_PahariEiJ_G0015210) #27 Dis3l (MGP_PahariEiJ_G0015209) Tipin (MGP_PahariEiJ_G0015208) Map2k1 (MGP_PahariEiJ_G0015207) Snapc5 (MGP_PahariEiJ_G0015206) Rpl4 (MGP_PahariEiJ_G0015205) Zwilch (MGP_PahariEiJ_G0015204) Smad6 (MGP_PahariEiJ_G0015202) Smad3 (MGP_PahariEiJ_G0015201) Aagab (MGP_PahariEiJ_G0015200) Iqch (MGP_PahariEiJ_G0015199) Rat MODERN SPECIES 18 Ankdd1a (ENSRNOG00000015554) Spg21 (ENSRNOG00000015019) Mtfmt (ENSRNOG00000014602) Slc51b (ENSRNOG00000028889) Rasl12 (ENSRNOG00000032339) AABR07070456.1 (ENSRNOG00000014383) Ubap1l (ENSRNOG00000050979) Pdcd7 (ENSRNOG00000014340) Clpx (ENSRNOG00000030225) Cilp (ENSRNOG00000029911) Parp16 (ENSRNOG00000029127) #18 ENSRNOG00000063066 Igdcc3 (ENSRNOG00000030800) #19 Igdcc4 (ENSRNOG00000033496) #20 Dpp8 (ENSRNOG00000019105) #21 Hacd3 (ENSRNOG00000030232) #22 Ints14 (ENSRNOG00000012469) #23 Slc24a1 (ENSRNOG00000052051) #24 Dennd4a (ENSRNOG00000011739) #25 LOC120094392 (ENSRNOG00000071140) Rab11a (ENSRNOG00000011302) #26 Megf11 (ENSRNOG00000010634) #27 Dis3l (ENSRNOG00000010537) Tipin (ENSRNOG00000043068) Map2k1 (ENSRNOG00000010176) Rpl4 (ENSRNOG00000009378) Zwilch (ENSRNOG00000009303) Lctl (ENSRNOG00000009193) Smad6 (ENSRNOG00000009173) Smad3 (ENSRNOG00000008620) Aagab (ENSRNOG00000008424) Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 955 ENSNGAG00000003639 Ankdd1a (ENSNGAG00000009321) ENSNGAG00000021527 Mtfmt (ENSNGAG00000023307) Slc51b (ENSNGAG00000016122) Rasl12 (ENSNGAG00000019976) ENSNGAG00000011880 Ubap1l (ENSNGAG00000022357) Pdcd7 (ENSNGAG00000018415) Clpx (ENSNGAG00000001488) Cilp (ENSNGAG00000019472) Parp16 (ENSNGAG00000004884) #18 Igdcc3 (ENSNGAG00000012915) #19 Igdcc4 (ENSNGAG00000022064) #20 Dpp8 (ENSNGAG00000019579) #21 Hacd3 (ENSNGAG00000016924) #22 Ints14 (ENSNGAG00000007105) #23 Slc24a1 (ENSNGAG00000010674) #24 ENSNGAG00000022619 #25 Rab11a (ENSNGAG00000013726) #26 Megf11 (ENSNGAG00000011352) #27 Dis3l (ENSNGAG00000017008) Tipin (ENSNGAG00000018237) Map2k1 (ENSNGAG00000006894) Snapc5 (ENSNGAG00000006133) ENSNGAG00000006653 Zwilch (ENSNGAG00000016626) Lctl (ENSNGAG00000012911) Smad6 (ENSNGAG00000021223) ENSNGAG00000022756 Smad3 (ENSNGAG00000023535) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 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ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00910000147890 ENSGT00910000147041 ENSGT00940000158146 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 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ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Pig MODERN SPECIES MALT1 (ENSSSCG00000004917) ALPK2 (ENSSSCG00000004918) NEDD4L (ENSSSCG00000004919) ATP8B1 (ENSSSCG00000004921) SLC51B (ENSSSCG00000004923) RASL12 (ENSSSCG00000038071) KBTBD13 (ENSSSCG00000035667) UBAP1L (ENSSSCG00000035506) PDCD7 (ENSSSCG00000004926) CLPX (ENSSSCG00000004927) CILP (ENSSSCG00000004928) PARP16 (ENSSSCG00000004929) #18 IGDCC3 (ENSSSCG00000054127) #19 IGDCC4 (ENSSSCG00000004931) #20 DPP8 (ENSSSCG00000004934) #21 HACD3 (ENSSSCG00000004935) #22 INTS14 (ENSSSCG00000004936) #23 SLC24A1 (ENSSSCG00000004937) #24 DENND4A (ENSSSCG00000004938) #25 RAB11A (ENSSSCG00000032312) #26 MEGF11 (ENSSSCG00000004939) #27 DIS3L (ENSSSCG00000004941) TIPIN (ENSSSCG00000004942) MAP2K1 (ENSSSCG00000004943) SNAPC5 (ENSSSCG00000038941) RPL4 (ENSSSCG00000004945) ZWILCH (ENSSSCG00000004946) ENSSSCG00000051767 LCTL (ENSSSCG00000004947) SMAD6 (ENSSSCG00000004948) SMAD3 (ENSSSCG00000004952) Chacoan peccary MODERN SPECIES 786 MALT1 (ENSCWAG00000006556) ALPK2 (ENSCWAG00000006468) NEDD4L (ENSCWAG00000003914) ATP8B1 (ENSCWAG00000003691) SLC51B (ENSCWAG00000019198) RASL12 (ENSCWAG00000019157) KBTBD13 (ENSCWAG00000019145) UBAP1L (ENSCWAG00000019106) PDCD7 (ENSCWAG00000019076) CLPX (ENSCWAG00000019024) CILP (ENSCWAG00000019001) PARP16 (ENSCWAG00000018965) #18 IGDCC3 (ENSCWAG00000018736) #19 IGDCC4 (ENSCWAG00000018683) #20 DPP8 (ENSCWAG00000018161) #21 HACD3 (ENSCWAG00000017975) #22 INTS14 (ENSCWAG00000017595) #23 SLC24A1 (ENSCWAG00000017106) #24 DENND4A (ENSCWAG00000016363) #25 RAB11A (ENSCWAG00000016259) #26 MEGF11 (ENSCWAG00000015726) #27 DIS3L (ENSCWAG00000015597) TIPIN (ENSCWAG00000015560) MAP2K1 (ENSCWAG00000015519) SNAPC5 (ENSCWAG00000015485) RPL4 (ENSCWAG00000015376) ZWILCH (ENSCWAG00000015266) LCTL (ENSCWAG00000015109) SMAD6 (ENSCWAG00000015079) SMAD3 (ENSCWAG00000015026) AAGAB (ENSCWAG00000014993) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00910000147890 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 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IGDCC3 (ENSCHYG00000007443) #19 IGDCC4 (ENSCHYG00000007622) #20 DPP8 (ENSCHYG00000007762) #21 HACD3 (ENSCHYG00000008236) #22 INTS14 (ENSCHYG00000008447) #23 SLC24A1 (ENSCHYG00000008613) #24 DENND4A (ENSCHYG00000008838) #25 ENSCHYG00000009117 ENSCHYG00000009145 #26 MEGF11 (ENSCHYG00000009296) #27 DIS3L (ENSCHYG00000010099) TIPIN (ENSCHYG00000010297) MAP2K1 (ENSCHYG00000010364) ENSCHYG00000010432 SNAPC5 (ENSCHYG00000010450) ENSCHYG00000010506 ZWILCH (ENSCHYG00000010774) LCTL (ENSCHYG00000011283) ENSCHYG00000011323 Percora_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000006080 ENSGT01050000244902.b.c.a ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145.xc ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00910000147890 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b Bovidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000006080 ENSGT01050000244902.b.c.a ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145.xc ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00910000147890 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b Bovinae ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00390000006080 ENSGT01050000244902.b.c.a ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914.ib #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145.xc ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00910000147890 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b Bos ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00390000006080 ENSGT01050000244902.b.c.a ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914.ib #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145.xc.e.a ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00910000147890 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b Bos_b ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00390000006080 ENSGT01050000244902.b.c.a ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914.ib #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145.xc.e.a ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00910000147890 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 1 TXNDC16 (ENSBIXG00005008420) PTGER2 (ENSBIXG00005008392) SPG21 (ENSBIXG00005008355) MTFMT (ENSBIXG00005008282) SLC51B (ENSBIXG00005008262) RASL12 (ENSBIXG00005008245) KBTBD13 (ENSBIXG00005008220) UBAP1L (ENSBIXG00005008208) PDCD7 (ENSBIXG00005008169) CILP (ENSBIXG00005008107) PARP16 (ENSBIXG00005008021) #18 IGDCC3 (ENSBIXG00005007974) #19 IGDCC4 (ENSBIXG00005007962) #20 DPP8 (ENSBIXG00005007925) #21 DENND4A (ENSBIXG00005007862) #25 HACD3 (ENSBIXG00005029324) #22 INTS14 (ENSBIXG00005029402) #23 SLC24A1 (ENSBIXG00005029443) #24 ENSBIXG00005029457 RAB11A (ENSBIXG00005029469) #26 MEGF11 (ENSBIXG00005029582) #27 DIS3L (ENSBIXG00005029839) TIPIN (ENSBIXG00005029852) ENSBIXG00005029869 SNAPC5 (ENSBIXG00005029881) ENSBIXG00005029889 ZWILCH (ENSBIXG00005029921) LCTL (ENSBIXG00005029961) SMAD6 (ENSBIXG00005030012) SMAD3 (ENSBIXG00005030065) AAGAB (ENSBIXG00005030085) Cow MODERN SPECIES 1 GPR137C (ENSBTAG00000000821) TXNDC16 (ENSBTAG00000010399) PTGER2 (ENSBTAG00000002163) SPG21 (ENSBTAG00000011540) MTFMT (ENSBTAG00000021630) SLC51B (ENSBTAG00000003737) RASL12 (ENSBTAG00000000062) KBTBD13 (ENSBTAG00000017471) UBAP1L (ENSBTAG00000051351) PDCD7 (ENSBTAG00000039658) CLPX (ENSBTAG00000008386) PARP16 (ENSBTAG00000012352) #18 IGDCC3 (ENSBTAG00000008828) #19 IGDCC4 (ENSBTAG00000006440) #20 DPP8 (ENSBTAG00000014807) #21 HACD3 (ENSBTAG00000015155) #22 INTS14 (ENSBTAG00000015158) #23 SLC24A1 (ENSBTAG00000025826) #24 DENND4A (ENSBTAG00000017095) #25 RAB11A (ENSBTAG00000018959) #26 MEGF11 (ENSBTAG00000034140) #27 DIS3L (ENSBTAG00000000371) TIPIN (ENSBTAG00000000372) MAP2K1 (ENSBTAG00000033983) SNAPC5 (ENSBTAG00000005210) RPL4 (ENSBTAG00000005211) ZWILCH (ENSBTAG00000005213) LCTL (ENSBTAG00000005214) ENSBTAG00000050356 SMAD6 (ENSBTAG00000000625) SMAD3 (ENSBTAG00000012599) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00390000006080 ENSGT01050000244902.b.c.a ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914.ib #26 ENSGT00940000154914.hb #26 ENSGT00940000165165 ENSGT00940000162492.x ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.b.a.a.a.b ENSGT00940000158538 ENSGT00940000163515 ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.b.a.b ENSGT00530000063186.a ENSGT00390000003231.b ENSGT00940000160244 ENSGT00940000155009.i Domestic yak MODERN SPECIES 2 PTGER2 (ENSBGRG00000004014) SPG21 (ENSBGRG00000003878) MTFMT (ENSBGRG00000003791) SLC51B (ENSBGRG00000003756) RASL12 (ENSBGRG00000003705) KBTBD13 (ENSBGRG00000003675) ENSBGRG00000003640 UBAP1L (ENSBGRG00000003616) PDCD7 (ENSBGRG00000025646) CLPX (ENSBGRG00000025615) CILP (ENSBGRG00000025584) PARP16 (ENSBGRG00000025545) #18 IGDCC3 (ENSBGRG00000025511) #19 IGDCC4 (ENSBGRG00000025454) #20 DPP8 (ENSBGRG00000025360) #21 HACD3 (ENSBGRG00000025307) #22 INTS14 (ENSBGRG00000025180) #23 SLC24A1 (ENSBGRG00000025095) #24 ENSBGRG00000025078 DENND4A (ENSBGRG00000024953) #25 ENSBGRG00000024884 #26 MEGF11 (ENSBGRG00000024819) #27 DIS3L (ENSBGRG00000024760) TIPIN (ENSBGRG00000024730) MAP2K1 (ENSBGRG00000024678) SNAPC5 (ENSBGRG00000024649) ENSBGRG00000024489 ZWILCH (ENSBGRG00000024356) LCTL (ENSBGRG00000024229) SMAD6 (ENSBGRG00000024050) SMAD3 (ENSBGRG00000023965) Wild yak MODERN SPECIES 1147 ENSBMUG00000004055 TXNDC16 (ENSBMUG00000004085) PTGER2 (ENSBMUG00000004113) SPG21 (ENSBMUG00000004643) MTFMT (ENSBMUG00000004677) SLC51B (ENSBMUG00000004707) RASL12 (ENSBMUG00000004727) ENSBMUG00000004737 ENSBMUG00000004770 ENSBMUG00000004785 CILP (ENSBMUG00000004840) PARP16 (ENSBMUG00000004892) #18 IGDCC3 (ENSBMUG00000004930) #19 IGDCC4 (ENSBMUG00000004971) #20 DPP8 (ENSBMUG00000005098) #21 HACD3 (ENSBMUG00000005161) #22 INTS14 (ENSBMUG00000005195) #23 SLC24A1 (ENSBMUG00000005281) #24 DENND4A (ENSBMUG00000005355) #25 RAB11A (ENSBMUG00000005380) #26 MEGF11 (ENSBMUG00000005468) #27 American bison MODERN SPECIES 2972 GPR137C (ENSBBBG00000006657) TXNDC16 (ENSBBBG00000025167) PTGER2 (ENSBBBG00000025180) SPG21 (ENSBBBG00000007770) MTFMT (ENSBBBG00000025276) SLC51B (ENSBBBG00000025287) RASL12 (ENSBBBG00000007855) ENSBBBG00000006712 PDCD7 (ENSBBBG00000007861) CLPX (ENSBBBG00000025450) CILP (ENSBBBG00000025485) PARP16 (ENSBBBG00000009370) #18 IGDCC3 (ENSBBBG00000001479) #19 IGDCC4 (ENSBBBG00000009376) #20 DPP8 (ENSBBBG00000001480) #21 HACD3 (ENSBBBG00000009384) #22 INTS14 (ENSBBBG00000001482) #23 SLC24A1 (ENSBBBG00000009385) #24 DENND4A (ENSBBBG00000009388) #25 ENSBBBG00000001484 #26 MEGF11 (ENSBBBG00000009393) #27 DIS3L (ENSBBBG00000001485) ENSBBBG00000009401 MAP2K1 (ENSBBBG00000009402) SNAPC5 (ENSBBBG00000009405) RPL4 (ENSBBBG00000009410) ZWILCH (ENSBBBG00000007486) LCTL (ENSBBBG00000009415) SMAD6 (ENSBBBG00000001493) SMAD3 (ENSBBBG00000009419) AAGAB (ENSBBBG00000009422) Caprinae ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00390000006080 ENSGT01050000244902.b.c.a ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764.o ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145.xc ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 23 PTGER2 (ENSOARG00020005033) SPG21 (ENSOARG00020005066) MTFMT (ENSOARG00020005121) SLC51B (ENSOARG00020005165) RASL12 (ENSOARG00020005185) KBTBD13 (ENSOARG00020005214) UBAP1L (ENSOARG00020005231) PDCD7 (ENSOARG00020005266) ENSOARG00020005294 CLPX (ENSOARG00020005303) CILP (ENSOARG00020005386) PARP16 (ENSOARG00020005448) #18 IGDCC3 (ENSOARG00020005562) #19 IGDCC4 (ENSOARG00020005613) #20 DPP8 (ENSOARG00020005690) #21 HACD3 (ENSOARG00020005830) #22 INTS14 (ENSOARG00020006021) #23 SLC24A1 (ENSOARG00020006188) #24 DENND4A (ENSOARG00020006221) #25 ENSOARG00020006812 #26 MEGF11 (ENSOARG00020006928) #27 DIS3L (ENSOARG00020007756) TIPIN (ENSOARG00020007825) MAP2K1 (ENSOARG00020007890) SNAPC5 (ENSOARG00020007973) RPL4 (ENSOARG00020008040) ZWILCH (ENSOARG00020008203) LCTL (ENSOARG00020008384) SMAD6 (ENSOARG00020008552) SMAD3 (ENSOARG00020008589) ENSOARG00020008703 Goat MODERN SPECIES 1 TXNDC16 (ENSCHIG00000016034) PTGER2 (ENSCHIG00000026600) SPG21 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(ENSMMSG00000019405) PDCD7 (ENSMMSG00000019450) CLPX (ENSMMSG00000019476) CILP (ENSMMSG00000019540) PARP16 (ENSMMSG00000019586) #18 IGDCC3 (ENSMMSG00000000099) #19 IGDCC4 (ENSMMSG00000000147) #20 DPP8 (ENSMMSG00000000258) #21 ENSMMSG00000000445 HACD3 (ENSMMSG00000000485) #22 INTS14 (ENSMMSG00000000581) #23 SLC24A1 (ENSMMSG00000000735) #24 ENSMMSG00000000783 DENND4A (ENSMMSG00000000845) #25 ENSMMSG00000000971 #26 MEGF11 (ENSMMSG00000001023) #27 DIS3L (ENSMMSG00000001148) TIPIN (ENSMMSG00000001178) MAP2K1 (ENSMMSG00000001210) SNAPC5 (ENSMMSG00000001249) ENSMMSG00000001277 ZWILCH (ENSMMSG00000001358) LCTL (ENSMMSG00000001442) SMAD6 (ENSMMSG00000001473) SMAD3 (ENSMMSG00000001493) Camelidae ANCESTRAL SPECIES 83 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 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(ENSCDRG00005002443) #26 MEGF11 (ENSCDRG00005002479) #27 DIS3L (ENSCDRG00005002526) TIPIN (ENSCDRG00005002562) MAP2K1 (ENSCDRG00005002580) SNAPC5 (ENSCDRG00005002604) ENSCDRG00005002627 ZWILCH (ENSCDRG00005002673) LCTL (ENSCDRG00005002712) ENSCDRG00005002745 ENSCDRG00005002755 SMAD3 (ENSCDRG00005002780) Alpaca MODERN SPECIES 2210 DPP8 (ENSVPAG00000004541) #21 HACD3 (ENSVPAG00000004546) #22 INTS14 (ENSVPAG00000004548) #23 ENSVPAG00000004549 #24 DENND4A (ENSVPAG00000004550) #25 RAB11A (ENSVPAG00000004556) #26 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00910000147041 ENSGT00940000158146 ENSGT00860000136046 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00860000136046 ENSGT00940000153499.b.b Caniformia ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 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(ENSPVAG00000004914) #27 DIS3L (ENSPVAG00000004927) TIPIN (ENSPVAG00000004933) Equus ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914.eb #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Horse MODERN SPECIES PLEKHO2 (ENSECAG00000022172) ANKDD1A (ENSECAG00000017284) SPG21 (ENSECAG00000012886) MTFMT (ENSECAG00000012255) SLC51B (ENSECAG00000012241) RASL12 (ENSECAG00000009263) KBTBD13 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(ENSEASG00005006483) CILP (ENSEASG00005006479) PARP16 (ENSEASG00005030198) #18 IGDCC3 (ENSEASG00005006470) #19 IGDCC4 (ENSEASG00005006466) #20 DPP8 (ENSEASG00005006459) #21 HACD3 (ENSEASG00005006456) #22 INTS14 (ENSEASG00005006454) #23 SLC24A1 (ENSEASG00005006448) #24 DENND4A (ENSEASG00005006437) #25 RAB11A (ENSEASG00005006431) #26 MEGF11 (ENSEASG00005006429) #27 DIS3L (ENSEASG00005006407) TIPIN (ENSEASG00005006396) MAP2K1 (ENSEASG00005006387) SNAPC5 (ENSEASG00005006384) RPL4 (ENSEASG00005006373) ZWILCH (ENSEASG00005006339) LCTL (ENSEASG00005006319) ENSEASG00005025450 SMAD3 (ENSEASG00005006315) AAGAB (ENSEASG00005006311) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 230 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 Armadillo MODERN SPECIES 984 IGDCC4 (ENSDNOG00000015741) #20 DPP8 (ENSDNOG00000001444) #21 HACD3 (ENSDNOG00000001687) #22 INTS14 (ENSDNOG00000001690) #23 SLC24A1 (ENSDNOG00000000816) #24 DENND4A (ENSDNOG00000019872) #25 ENSDNOG00000038479 #26 MEGF11 (ENSDNOG00000016951) #27 DIS3L (ENSDNOG00000016967) TIPIN (ENSDNOG00000003177) MAP2K1 (ENSDNOG00000016563) ENSDNOG00000006689 ENSDNOG00000006693 ZWILCH (ENSDNOG00000006711) LCTL (ENSDNOG00000006740) SMAD6 (ENSDNOG00000008227) Sloth MODERN SPECIES 6971 HACD3 (ENSCHOG00000009948) #22 INTS14 (ENSCHOG00000009962) #23 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT00530000063561 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 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INTS14 (ENSPCAG00000003481) #23 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000007209.l ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000007209.l ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000010409 ENSGT00940000160167 ENSGT00940000161629 ENSGT00390000008092.b ENSGT00390000017392 ENSGT00390000017625 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MODERN SPECIES 7781 HACD3 (ENSLLTG00000016593) #22 INTS14 (ENSLLTG00000016595) #23 ENSLLTG00000016601 #25 Indian cobra MODERN SPECIES 14 RASL12 (ENSNNAG00000003818) MTFMT (ENSNNAG00000003854) CILP (ENSNNAG00000004153) PARP16 (ENSNNAG00000004225) #18 IGDCC3 (ENSNNAG00000004271) #19 IGDCC4 (ENSNNAG00000004504) #20 MCTP2 (ENSNNAG00000004568) NR2F2 (ENSNNAG00000004668) ENSNNAG00000004739 ENSNNAG00000004760 ARRDC4 (ENSNNAG00000004766) ENSNNAG00000004785 IGF1R (ENSNNAG00000004949) SYNM (ENSNNAG00000007433) DPP8 (ENSNNAG00000007591) #21 HACD3 (ENSNNAG00000009979) #22 INTS14 (ENSNNAG00000010021) #23 DENND4A (ENSNNAG00000010330) #25 RAB11A (ENSNNAG00000010435) #26 MEGF11 (ENSNNAG00000010468) #27 DIS3L (ENSNNAG00000010799) TIPIN (ENSNNAG00000010924) MAP2K1 (ENSNNAG00000010963) SNAPC5 (ENSNNAG00000011012) RPL4 (ENSNNAG00000011026) ZWILCH (ENSNNAG00000011099) SMAD6 (ENSNNAG00000011230) SMAD3 (ENSNNAG00000011272) AAGAB (ENSNNAG00000011287) ENSNNAG00000011356 IQCH (ENSNNAG00000011412) Lizard MODERN SPECIES 1115 ENSACAG00000041474 ENSACAG00000043295 #19 IGDCC4 (ENSACAG00000004850) #20 DPP8 (ENSACAG00000004752) #21 HACD3 (ENSACAG00000004719) #22 INTS14 (ENSACAG00000004673) #23 DENND4A (ENSACAG00000004531) #25 ENSACAG00000034809 ENSACAG00000041175 ENSACAG00000045369 RAB11A (ENSACAG00000004479) #26 MEGF11 (ENSACAG00000004442) #27 tuatara MODERN SPECIES 1605 PCSK6 (ENSSPUG00000010521) PLEKHO2 (ENSSPUG00000010218) ANKDD1A (ENSSPUG00000010169) SPG21 (ENSSPUG00000010154) CLPX (ENSSPUG00000010113) PDCD7 (ENSSPUG00000010062) UBAP1L (ENSSPUG00000010040) RASL12 (ENSSPUG00000009991) ENSSPUG00000009869 GNRHR (ENSSPUG00000009801) PARP16 (ENSSPUG00000009787) #18 ENSSPUG00000009766 IGDCC3 (ENSSPUG00000009723) #19 IGDCC4 (ENSSPUG00000009684) #20 DPP8 (ENSSPUG00000009654) #21 HACD3 (ENSSPUG00000009636) #22 INTS14 (ENSSPUG00000009616) #23 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000017392 ENSGT00390000008092.b ENSGT00940000161629 ENSGT00940000160167 ENSGT00510000052431 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT01050000244841.A.a.a ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00950000182960.b.f ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000017392 ENSGT00390000008092.b ENSGT00940000161629 ENSGT00940000160167 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT01050000244841.A.a.a ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00950000182960.b.f ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Aves ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000017392 ENSGT00390000008092.b ENSGT00940000161629 ENSGT00940000160167 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT01050000244841.A.a.a ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000017392 ENSGT00390000008092.b ENSGT00940000161629 ENSGT00940000160167 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT01050000244841.A.a.a ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000017392 ENSGT00390000008092.b ENSGT00940000161629 ENSGT00940000160167 ENSGT00390000017828 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ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Pink-footed goose MODERN SPECIES 52 ANKDD1A (ENSABRG00000009479) SPG21 (ENSABRG00000009446) CLPX (ENSABRG00000009416) ENSABRG00000009376 UBAP1L (ENSABRG00000009337) KBTBD13 (ENSABRG00000009312) RASL12 (ENSABRG00000009304) MTFMT (ENSABRG00000009286) CILP (ENSABRG00000009276) GNRHR (ENSABRG00000009256) PARP16 (ENSABRG00000009242) #18 IGDCC3 (ENSABRG00000009234) #19 IGDCC4 (ENSABRG00000009006) #20 DPP8 (ENSABRG00000008939) #21 ENSABRG00000008924 HACD3 (ENSABRG00000008901) #22 INTS14 (ENSABRG00000008861) #23 SLC24A1 (ENSABRG00000008827) #24 DENND4A (ENSABRG00000008768) #25 RAB11A (ENSABRG00000008748) #26 MEGF11 (ENSABRG00000008723) #27 DIS3L (ENSABRG00000008682) TIPIN (ENSABRG00000008669) ENSABRG00000008668 MAP2K1 (ENSABRG00000008635) SNAPC5 (ENSABRG00000008617) RPL4 (ENSABRG00000008586) ZWILCH (ENSABRG00000008567) LCTL (ENSABRG00000008534) SMAD6 (ENSABRG00000008516) SMAD3 (ENSABRG00000008486) Duck MODERN SPECIES 2 PLEKHO2 (ENSAPLG00000027780) ANKDD1A (ENSAPLG00000014397) SPG21 (ENSAPLG00000014668) CLPX (ENSAPLG00000014863) UBAP1L (ENSAPLG00000023567) KBTBD13 (ENSAPLG00000015571) RASL12 (ENSAPLG00000015628) PARP16 (ENSAPLG00000015958) #18 ENSAPLG00000022299 MTFMT (ENSAPLG00000015719) CILP (ENSAPLG00000026330) GNRHR (ENSAPLG00000024770) IGDCC3 (ENSAPLG00000016111) #19 IGDCC4 (ENSAPLG00000013127) #20 DPP8 (ENSAPLG00000013345) #21 HACD3 (ENSAPLG00000013863) #22 INTS14 (ENSAPLG00000014064) #23 SLC24A1 (ENSAPLG00000014168) #24 DENND4A (ENSAPLG00000014243) #25 RAB11A (ENSAPLG00000014962) #26 MEGF11 (ENSAPLG00000015095) #27 DIS3L (ENSAPLG00000015294) TIPIN (ENSAPLG00000015332) MAP2K1 (ENSAPLG00000015480) SNAPC5 (ENSAPLG00000001863) RPL4 (ENSAPLG00000015853) ZWILCH (ENSAPLG00000000968) ENSAPLG00000028241 SMAD6 (ENSAPLG00000000997) SMAD3 (ENSAPLG00000007006) AAGAB (ENSAPLG00000007346) Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000017392 ENSGT00390000008092.b ENSGT00940000161629 ENSGT00940000160167 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT01050000244841.A.a.a ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 Japanese quail MODERN SPECIES 1 PCSK6 (ENSCJPG00005020709) PLEKHO2 (ENSCJPG00005020725) SPG21 (ENSCJPG00005020726) CLPX (ENSCJPG00005020729) PDCD7 (ENSCJPG00005020752) UBAP1L 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ENSGT01050000244841.A.a.a ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 Chicken MODERN SPECIES 1 PLEKHO2 (ENSGALG00010019123) ANKDD1A (ENSGALG00010019185) SPG21 (ENSGALG00010019230) CLPX (ENSGALG00010017577) PDCD7 (ENSGALG00010017616) UBAP1L (ENSGALG00010017620) KBTBD13 (ENSGALG00010017654) RASL12 (ENSGALG00010017679) MTFMT (ENSGALG00010017693) CILP (ENSGALG00010017715) GNRHR (ENSGALG00010017753) PARP16 (ENSGALG00010017761) #18 IGDCC3 (ENSGALG00010017764) #19 IGDCC4 (ENSGALG00010017782) #20 DPP8 (ENSGALG00010017805) #21 HACD3 (ENSGALG00010017811) #22 VWA9 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ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000017392 ENSGT00390000008092.b ENSGT00940000161629 ENSGT00940000160167 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT01050000244841.A.a.a ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Great tit MODERN SPECIES 1 PLEKHO2 (ENSPMJG00000009784) ANKDD1A (ENSPMJG00000009785) SPG21 (ENSPMJG00000009786) CLPX (ENSPMJG00000009789) PDCD7 (ENSPMJG00000009809) UBAP1L (ENSPMJG00000009813) 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ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 Flycatcher MODERN SPECIES 1 PLEKHO2 (ENSFALG00000027240) ENSFALG00000010172 SPG21 (ENSFALG00000023877) CLPX (ENSFALG00000010151) PDCD7 (ENSFALG00000010138) UBAP1L (ENSFALG00000010134) KBTBD13 (ENSFALG00000015316) RASL12 (ENSFALG00000010132) MTFMT (ENSFALG00000010118) CILP (ENSFALG00000010116) ENSFALG00000010114 PARP16 (ENSFALG00000010108) #18 IGDCC3 (ENSFALG00000010105) #19 IGDCC4 (ENSFALG00000010102) #20 DPP8 (ENSFALG00000010098) #21 HACD3 (ENSFALG00000010085) #22 INTS14 (ENSFALG00000010068) #23 SLC24A1 (ENSFALG00000010063) #24 DENND4A (ENSFALG00000010056) #25 RAB11A (ENSFALG00000010052) #26 MEGF11 (ENSFALG00000010040) #27 DIS3L (ENSFALG00000010033) TIPIN (ENSFALG00000010027) MAP2K1 (ENSFALG00000028438) SNAPC5 (ENSFALG00000025446) ENSFALG00000028967 ENSFALG00000009988 #12 ENSFALG00000009983 ENSFALG00000009980 ENSFALG00000009958 ENSFALG00000009937 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000017392 ENSGT00390000008092.b ENSGT00940000161629 ENSGT00940000160167 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000008152.B.b ENSGT01050000244841.A.a.a ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT01060000252718 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 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ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00960000193170 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 1 PLEKHO2 (ENSGEVG00005006925) SPG21 (ENSGEVG00005006892) CLPX (ENSGEVG00005006842) ENSGEVG00005006801 UBAP1L (ENSGEVG00005006777) KBTBD13 (ENSGEVG00005006765) ENSGEVG00005006705 ENSGEVG00005006652 MTFMT (ENSGEVG00005006568) CILP (ENSGEVG00005006481) ENSGEVG00005006396 PARP16 (ENSGEVG00005006356) #18 IGDCC3 (ENSGEVG00005006282) #19 IGDCC4 (ENSGEVG00005006195) #20 DPP8 (ENSGEVG00005006156) #21 HACD3 (ENSGEVG00005006129) #22 INTS14 (ENSGEVG00005006084) #23 SLC24A1 (ENSGEVG00005006015) #24 DENND4A (ENSGEVG00005005910) #25 RAB11A (ENSGEVG00005005859) #26 ENSGEVG00005005833 MEGF11 (ENSGEVG00005005633) #27 DIS3L (ENSGEVG00005005574) TIPIN 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ENSGT00390000007857 ENSGT00390000017625 ENSGT00390000017392.g ENSGT00390000008092.b ENSGT00940000161629 ENSGT00940000160167 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000018225.A ENSGT00390000008152.B.b ENSGT01050000244841.A.a.a ENSGT00950000183129.a #18 ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000010331 ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000158146 ENSGT00940000153499.b.b ENSGT00390000007218 Leishan spiny toad MODERN SPECIES 6 KBTBD13 (ENSLLEG00000007189) RASL12 (ENSLLEG00000007219) ENSLLEG00000007271 ENSLLEG00000007308 ENSLLEG00000007446 ENSLLEG00000007538 ENSLLEG00000007550 CILP (ENSLLEG00000007563) ENSLLEG00000007608 ENSLLEG00000007619 ENSLLEG00000007629 PARP16 (ENSLLEG00000007698) #18 IGDCC3 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ENSGT00940000156969 #19 ENSGT00940000159637 #20 ENSGT00940000160717 #21 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f #24 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000165149 ENSGT00940000166523 ENSGT00940000157244 ENSGT00940000155333.B #27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 148 ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000155744 ENSGT00940000169185 ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f #24 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.A ##27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369 ENSGT00940000153499.b.b.d ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 Clupeocephala DUPLICATION Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000062962.b.a.e #22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 261 ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00950000182959.b.a.a ENSGT00940000157490 ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.A.a ##27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000157369.b ENSGT00940000165890 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 101 ENSGT00940000160309.e.b ENSGT00940000158707.a.a ENSGT00390000001802 ENSGT00940000159464 ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00940000153901.a.b.a ENSGT01000000216979 ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00950000182959.b.a.a ENSGT00940000157490 ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000155744.t.a ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914.vb #26 ENSGT00940000155333.A.a ##27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000157369.b ENSGT00940000165890 ENSGT00940000168079 ENSGT00390000011190 ENSGT00940000157324 ENSGT00510000046704.b.b ENSGT00940000158441 ENSGT00510000047412.b ENSGT00940000156422 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000155733.a.a ENSGT00940000160892.f ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.a.b.c ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.a.e.b.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00940000153901.a.b.a ENSGT01000000216979 ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00950000182959.b.a.a ENSGT00940000157490 ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000155744.t.a ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B.j #25 ENSGT00940000154914.vb #26 ENSGT00940000155333.A.a ##27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000157369.b ENSGT00940000165890 ENSGT00940000168079 ENSGT00390000011190 ENSGT00940000157324 ENSGT00510000046704.b.b ENSGT00940000158441 ENSGT00510000047412.b ENSGT00940000156422.i Huchen MODERN SPECIES 2902 ENSHHUG00000038923 ENSHHUG00000038918 arih1l (ENSHHUG00000038911) HACD3 (ENSHHUG00000038802) #22 ENSHHUG00000038769 #24 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 85 ENSGT00940000158707.a.a ENSGT00390000001802 ENSGT00940000159464 ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b.a.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b.a.a.b ENSGT00940000153901.a.b.a ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00950000182959.b.a.a ENSGT00940000157490 ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000155744.t.a ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B.j #25 ENSGT00940000154914.vb #26 ENSGT00940000155333.A.a.i.a ##27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000157369.b ENSGT00940000165890 ENSGT00390000011190 ENSGT00940000157324.l ENSGT00510000046704.b.b.a ENSGT00940000158441 ENSGT00510000047412.b ENSGT00940000156422.i ENSGT00940000156422.j Salmo DUPLICATION Salmo ANCESTRAL SPECIES 112 ENSGT00940000163911.b.c.a.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b.a.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b.a.a.b ENSGT00940000153901.a.b.a ENSGT00940000158477.a.a.d ENSGT01000000216979.a ENSGT00940000158477.a.a.c ENSGT00950000182959.b.a.a ENSGT00940000157490 ENSGT00390000002049.c.b.l #11 ENSGT00940000160967.f.b ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d.b ENSGT00940000155744.t.a ENSGT00530000062962.b.a.e.a #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B.j.b #25 ENSGT00940000154914.vb.a #26 ENSGT00940000155333.A.a.j ##27 ENSGT00940000155836.B.j.a #25 ENSGT00940000154914.vb.b #26 ENSGT00940000155333.A.a.i.a ##27 ENSGT00530000063106.B.j ENSGT00390000005764.s ENSGT00390000005764.t ENSGT00940000157369.b ENSGT00940000165890.b ENSGT00940000168079 ENSGT00940000157324.k ENSGT00510000046704.b.b.a.c Atlantic salmon DUPLICATION Atlantic salmon MODERN SPECIES 18 tnni2b.2 (ENSSSAG00000010154) TNNI2 (ENSSSAG00000010176) TNNI2 (ENSSSAG00000084513) ENSSSAG00000095150 ENSSSAG00000103815 ENSSSAG00000108582 TNNT3 (ENSSSAG00000009998) ENSSSAG00000010004 ENSSSAG00000056579 ENSSSAG00000104869 ENSSSAG00000010246 #11 ENSSSAG00000119131 ENSSSAG00000009811 ENSSSAG00000009961 ENSSSAG00000095519 HACD3 (ENSSSAG00000095799) #22 SLC24A1 (ENSSSAG00000010183) #24 DENND4A (ENSSSAG00000082487) #25 RAB11A (ENSSSAG00000062971) #26 ENSSSAG00000092940 ##27 dis3l (ENSSSAG00000121052) tipin (ENSSSAG00000043439) lctla (ENSSSAG00000043842) crybgx (ENSSSAG00000069661) RAMAC (ENSSSAG00000069672) homer2 (ENSSSAG00000098183) WHAMM (ENSSSAG00000110696) ENSSSAG00000095380 ENSSSAG00000073264 pde8a (ENSSSAG00000094947) gatm (ENSSSAG00000055493) Atlantic salmon MODERN SPECIES 2 ENSSSAG00000096849 ENSSSAG00000102508 tnni2b.2 (ENSSSAG00000115361) TNNI2 (ENSSSAG00000009799) ENSSSAG00000108614 ENSSSAG00000084840 myod1 (ENSSSAG00000040107) TNNT3 (ENSSSAG00000010002) ENSSSAG00000096205 ENSSSAG00000113698 #11 ENSSSAG00000104282 ENSSSAG00000094543 ENSSSAG00000101082 ENSSSAG00000072984 ENSSSAG00000099816 HACD3 (ENSSSAG00000009594) #22 SLC24A1 (ENSSSAG00000009849) #24 DENND4A (ENSSSAG00000100635) #25 RAB11A (ENSSSAG00000099276) #26 ENSSSAG00000103573 ##27 tipin (ENSSSAG00000082602) ENSSSAG00000008839 crybgx (ENSSSAG00000008876) HOMER2 (ENSSSAG00000103439) ENSSSAG00000121906 ENSSSAG00000092676 FSD2 (ENSSSAG00000073255) ENSSSAG00000009779 pde8a (ENSSSAG00000097988) gatm (ENSSSAG00000069650) ENSSSAG00000108011 River trout MODERN SPECIES 21 ENSSTUG00000003710 ctsd (ENSSTUG00000003756) ENSSTUG00000004269 ENSSTUG00000004274 TNNI2 (ENSSTUG00000004289) tnni2b.1 (ENSSTUG00000004312) ENSSTUG00000004360 ENSSTUG00000004371 TNNT3 (ENSSTUG00000004390) myod1 (ENSSTUG00000004466) aph1b (ENSSTUG00000004478) #11 ENSSTUG00000004484 ENSSTUG00000004489 NR2E3 (ENSSTUG00000004529) ARIH1 (ENSSTUG00000004569) HACD3 (ENSSTUG00000004705) #22 SLC24A1 (ENSSTUG00000004931) #24 dennd4a (ENSSTUG00000004971) #25 rab11a (ENSSTUG00000005754) #26 ENSSTUG00000005780 ##27 dis3l (ENSSTUG00000005812) tipin (ENSSTUG00000005839) lctla (ENSSTUG00000005848) crybgx (ENSSTUG00000005860) ENSSTUG00000005865 HOMER2 (ENSSTUG00000005871) WHAMM (ENSSTUG00000005932) FSD2 (ENSSTUG00000005940) ENSSTUG00000005958 pde8a (ENSSTUG00000006015) ENSSTUG00000007632 Salmo ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000062962.b.a.e.b #22 River trout MODERN SPECIES 3 ctsd (ENSSTUG00000001706) ENSSTUG00000001858 ENSSTUG00000001870 ENSSTUG00000001875 TNNI2 (ENSSTUG00000001889) tnni2b.1 (ENSSTUG00000001896) ENSSTUG00000001903 ENSSTUG00000001917 myod1 (ENSSTUG00000001933) OTOG (ENSSTUG00000001950) aph1b (ENSSTUG00000002066) #11 ENSSTUG00000002075 ENSSTUG00000002080 NR2E3 (ENSSTUG00000002100) arih1l (ENSSTUG00000002114) HACD3 (ENSSTUG00000002183) #22 SLC24A1 (ENSSTUG00000002229) #24 dennd4a (ENSSTUG00000002300) #25 rab11a (ENSSTUG00000004309) #26 ENSSTUG00000004325 leo1 (ENSSTUG00000004341) tmod2 (ENSSTUG00000004523) ppfia1 (ENSSTUG00000004645) ENSSTUG00000007012 ENSSTUG00000007041 arfgap2 (ENSSTUG00000007061) pex16 (ENSSTUG00000007120) slc22a18 (ENSSTUG00000007145) cars1 (ENSSTUG00000007209) cpt1aa (ENSSTUG00000008905) lingo1b (ENSSTUG00000009375) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01010000222687.A.a ENSGT01010000223078.a ENSGT01010000223078.b ENSGT00390000004417.b ENSGT00390000004215.a.b.b.c.a.b.a.c.b ENSGT00940000160309.e.b.d ENSGT00940000158707.a.a ENSGT00390000001802 ENSGT00940000159464 ENSGT00940000157490 ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000155744.t.a ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B.j #25 ENSGT00940000154914.vb #26 ENSGT00940000155333.A.a.i.a ##27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000157369.b ENSGT00940000165890 ENSGT00390000011190 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ENSOMYG00000057374 ENSOMYG00000029082 ENSOMYG00000055514 TNNT3 (ENSOMYG00000049303) myod1 (ENSOMYG00000029242) ENSOMYG00000069614 ENSOMYG00000063706 ENSOMYG00000060149 ENSOMYG00000005082 #11 ENSOMYG00000005006 ENSOMYG00000050119 ENSOMYG00000004974 ENSOMYG00000023825 HACD3 (ENSOMYG00000059785) #22 SLC24A1 (ENSOMYG00000004858) #24 DENND4A (ENSOMYG00000076284) #25 RAB11A (ENSOMYG00000049890) #26 ENSOMYG00000062709 ##27 dis3l (ENSOMYG00000052777) tipin (ENSOMYG00000074288) lctla (ENSOMYG00000056022) crybgx (ENSOMYG00000048390) ENSOMYG00000050671 homer2 (ENSOMYG00000063764) WHAMM (ENSOMYG00000057419) FSD2 (ENSOMYG00000048469) ENSOMYG00000058373 ENSOMYG00000077619 ENSOMYG00000064324 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 106 ENSGT01010000222687.A.a ENSGT01010000223078.a ENSGT01010000223078.b ENSGT00390000004417.b ENSGT00390000004215.a.b.b.c.a.b.a.c.b ENSGT00940000160309.e.b.d ENSGT00940000158707.a.a ENSGT00390000001802 ENSGT00940000159464 ENSGT00940000157490 ENSGT00390000002049.c.b #11 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(ENSOKIG00005041726) #25 ENSOKIG00005041656 ENSOKIG00005041640 rab11a (ENSOKIG00005041589) #26 dis3l (ENSOKIG00005040437) ENSOKIG00005040323 lctla (ENSOKIG00005040258) crybgx (ENSOKIG00005040244) ENSOKIG00005040199 HOMER2 (ENSOKIG00005040071) WHAMM (ENSOKIG00005040049) FSD2 (ENSOKIG00005040033) ENSOKIG00005040012 Coho salmon MODERN SPECIES 207 ARIH1 (ENSOKIG00005025617) HACD3 (ENSOKIG00005025529) #22 ENSOKIG00005025517 #24 Chinook salmon MODERN SPECIES 471 ENSOTSG00005037943 ENSOTSG00005037945 ENSOTSG00005037963 ENSOTSG00005037964 kif3a (ENSOTSG00005037975) ENSOTSG00005040087 HACD3 (ENSOTSG00005040089) #22 Northern pike MODERN SPECIES 1 ENSELUG00000033770 ENSELUG00000028980 ENSELUG00000028322 tnni2b.1 (ENSELUG00000018719) ENSELUG00000018743 ENSELUG00000018803 ENSELUG00000026443 TNNT3 (ENSELUG00000018827) MYOD1 (ENSELUG00000018844) OTOG (ENSELUG00000018933) aph1b (ENSELUG00000018962) #11 ENSELUG00000018968 ENSELUG00000019041 NR2E3 (ENSELUG00000019079) arih1l (ENSELUG00000019125) HACD3 (ENSELUG00000019142) #22 SLC24A1 (ENSELUG00000019158) #24 dennd4a (ENSELUG00000000821) #25 RAB11B (ENSELUG00000019240) ENSELUG00000019353 ##27 dis3l (ENSELUG00000019420) tipin (ENSELUG00000019453) lctla (ENSELUG00000019497) crybgx (ENSELUG00000019531) homer2 (ENSELUG00000019561) ENSELUG00000019542 WHAMM (ENSELUG00000019600) ENSELUG00000019658 ENSELUG00000019621 pde8a (ENSELUG00000019742) gatm (ENSELUG00000001472) Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00810000125439.A ENSGT00940000154963 ENSGT00940000180696 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000167951 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00940000163716.c.b ENSGT00940000161051.a.a.b.a ENSGT00940000161832.a ENSGT00390000017480 ENSGT00390000014065 ENSGT00390000009453.fb.b Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT00940000158287 ENSGT00940000154963 ENSGT00940000180696 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00940000163716.c.b ENSGT00940000161832.a ENSGT00390000017480 ENSGT00390000014065 ENSGT00390000009453.fb.b ENSGT00940000156813 ENSGT00390000011608 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00810000125439.A ENSGT00940000154963 ENSGT00940000180696 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00940000153901.a.b.a Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 136 ENSHCOG00000006770 ENSHCOG00000006783 iqgap1 (ENSHCOG00000006905) ENSHCOG00000006926 CRTC3 (ENSHCOG00000006945) ENSHCOG00000006965 SERINC4 (ENSHCOG00000006989) hypk (ENSHCOG00000007002) mfap1 (ENSHCOG00000007017) hddc3 (ENSHCOG00000007034) 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ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT01030000234990 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000154963 ENSGT00940000180696 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000181004 ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00960000186692 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000158287 ENSGT00940000163467.a.b.b.a.b ENSGT00940000154963 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00940000177294 Oryzias ANCESTRAL SPECIES 79 ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00960000186692 ENSGT00940000162993 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 81 ENSGT00940000157462.C.c.a ENSGT00950000182839.B.b.a ENSGT00390000013260.A.a ENSGT00940000165480.b ENSGT00940000165480.a ENSGT01090000261483 ENSGT00730000111007.a.b ENSGT00940000153561.b.a.a.b ENSGT00940000158565 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00390000002030 ENSGT00940000166202 ENSGT00940000153875.d.b ENSGT00940000155024.a.b.d ENSGT00940000153216.a.a.c.a ENSGT00940000153216.a.a.c.b.h ENSGT00940000154258.b ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT01030000234633.A.a.a ENSGT00940000156431 ENSGT00940000155405 ENSGT00940000158481.d Indian medaka MODERN SPECIES 25 AFDN (ENSOMEG00000001895) ENSOMEG00000001833 rfx6 (ENSOMEG00000001825) pyroxd1 (ENSOMEG00000000678) ETNK1 (ENSOMEG00000001804) ENSOMEG00000001795 sox5 (ENSOMEG00000001776) ENSOMEG00000001762 ENSOMEG00000001760 lrmp (ENSOMEG00000001741) dnai7 (ENSOMEG00000001668) lyrm5a (ENSOMEG00000001658) ENSOMEG00000001652 SLC5A8 (ENSOMEG00000001611) HACD3 (ENSOMEG00000023636) #22 ENSOMEG00000023620 #24 ENSOMEG00000023603 UTP20 (ENSOMEG00000023583) arl1 (ENSOMEG00000023497) DENND11 (ENSOMEG00000023488) ENSOMEG00000023481 mapk11 (ENSOMEG00000023468) mapk12b (ENSOMEG00000023455) ENSOMEG00000023440 atp23 (ENSOMEG00000023435) lrig3 (ENSOMEG00000023429) zgc:165507 (ENSOMEG00000023409) ENSOMEG00000023392 ENSOMEG00000023376 ETV6 (ENSOMEG00000023372) Javanese ricefish MODERN SPECIES 17 BRSK2 (ENSOJAG00000004004) rassf7b (ENSOJAG00000003851) ENSOJAG00000003836 guca1g (ENSOJAG00000003824) ENSOJAG00000003695 ENSOJAG00000003645 ENSOJAG00000003557 ENSOJAG00000003509 SHANK2 (ENSOJAG00000003489) CTTN (ENSOJAG00000003344) ppfia1 (ENSOJAG00000001530) NR2E3 (ENSOJAG00000001358) ENSOJAG00000001351 slc22a18 (ENSOJAG00000001340) ENSOJAG00000001336 HACD3 (ENSOJAG00000001325) #22 SLC24A1 (ENSOJAG00000001310) #24 dennd4a (ENSOJAG00000001299) #25 gch1 (ENSOJAG00000001275) wdhd1 (ENSOJAG00000001255) socs4 (ENSOJAG00000001249) tppp3 (ENSOJAG00000001244) ENSOJAG00000001238 trpm1a (ENSOJAG00000001224) ENSOJAG00000001203 ENSOJAG00000001193 ENSOJAG00000001189 ENSOJAG00000001186 ctrb.3 (ENSOJAG00000001170) ctrb.2 (ENSOJAG00000001162) ENSOJAG00000001150 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 116 ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 17 ENSORLG00000024280 ENSORLG00000000045 ENSORLG00000024777 ENSORLG00000026014 SHANK2 (ENSORLG00000000038) CTTN (ENSORLG00000000034) ENSORLG00000027345 PPFIA1 (ENSORLG00000000029) ENSORLG00000030646 ENSORLG00000000021 ENSORLG00000000025 ENSORLG00000027474 ENSORLG00000028710 NR2E3 (ENSORLG00000000011) slc22a18 (ENSORLG00000000010) ENSORLG00000000006 #22 ENSORLG00000028788 ENSORLG00000028322 ENSORLG00000026580 ENSORLG00000026697 ENSORLG00000023506 ENSORLG00000030232 ENSORLG00000026795 ENSORLG00000022981 SLC24A1 (ENSORLG00000025324) #24 ENSORLG00000025274 #25 socs4 (ENSORLG00000023960) ENSORLG00000029540 ENSORLG00000026358 ENSORLG00000025194 ENSORLG00000029333 Chinese medaka MODERN SPECIES 4167 ENSOSIG00000013685 #22 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000158287 ENSGT00940000163467.a.b.b.a.b ENSGT00940000154963 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00940000177294 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000158287 ENSGT00940000163467.a.b.b.a.b ENSGT00940000154963 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00940000177294 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 94 NELL1 (ENSKMAG00000020064) ENSKMAG00000020107 slc6a5 (ENSKMAG00000020116) prmt3 (ENSKMAG00000020166) htatip2 (ENSKMAG00000020191) dbx1a (ENSKMAG00000020206) NAV2 (ENSKMAG00000020245) e2f8 (ENSKMAG00000020305) csrp3 (ENSKMAG00000020338) zdhhc13 (ENSKMAG00000020369) mpped2a (ENSKMAG00000020431) ENSKMAG00000020454 ENSKMAG00000020462 NR2E3 (ENSKMAG00000020481) slc22a18 (ENSKMAG00000020503) HACD3 (ENSKMAG00000020519) #22 SAMD4A (ENSKMAG00000020543) gch1 (ENSKMAG00000020574) wdhd1 (ENSKMAG00000020604) socs4 (ENSKMAG00000020674) ENSKMAG00000020680 dennd4a (ENSKMAG00000020759) #25 SLC24A1 (ENSKMAG00000020920) #24 ero1a (ENSKMAG00000020950) pacsin3 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HTATIP2 (ENSNFUG00015006232) PRMT3 (ENSNFUG00015006258) Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000163467.a.b.b.a.b ENSGT00810000125439.A ENSGT00940000154963 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00940000177294 NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 66 ENSGT00940000163467.a.b.b.a.b ENSGT00810000125439.A.ac.b ENSGT00940000154963 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 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(ENSTNIG00000018801) ero1a (ENSTNIG00000018800) pacsin3 (ENSTNIG00000018799) glg1b (ENSTNIG00000018797) tnni2b.1 (ENSTNIG00000018796) aph1b (ENSTNIG00000018795) #11 OTOG (ENSTNIG00000018794) myod1 (ENSTNIG00000018793) TNNT3 (ENSTNIG00000018792) ENSTNIG00000018791 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000163467.a.b.b.a.b ENSGT00810000125439.A ENSGT00940000154963 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00940000153901.a.b.a Ballan wrasse MODERN SPECIES 142 ENSLBEG00000024342 ENSLBEG00000024389 NR2E3 (ENSLBEG00000024468) slc22a18 (ENSLBEG00000024489) HACD3 (ENSLBEG00000024570) #22 SLC24A1 (ENSLBEG00000024638) #24 dennd4a (ENSLBEG00000024700) #25 socs4 (ENSLBEG00000024771) wdhd1 (ENSLBEG00000024847) gch1 (ENSLBEG00000024950) SAMD4A (ENSLBEG00000025062) ero1a (ENSLBEG00000025153) pacsin3 (ENSLBEG00000025230) glg1b (ENSLBEG00000025302) tnni2b.1 (ENSLBEG00000025369) aph1b (ENSLBEG00000025401) #11 ENSLBEG00000025428 ENSLBEG00000025444 ENSLBEG00000025461 myod1 (ENSLBEG00000025479) Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000163467.a.b.b.a.b ENSGT00810000125439.A ENSGT00940000154963 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00940000153901.a.b.a Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00810000125439.A ENSGT00940000163467.a.b.b.a.b ENSGT00940000154963 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00940000153901.a.b.a Gilthead seabream MODERN SPECIES 18 ENSSAUG00010010809 ENSSAUG00010010810 slc6a5 (ENSSAUG00010010819) prmt3 (ENSSAUG00010011691) htatip2 (ENSSAUG00010011716) dbx1a (ENSSAUG00010011720) NAV2 (ENSSAUG00010011732) e2f8 (ENSSAUG00010011743) csrp3 (ENSSAUG00010011751) zdhhc13 (ENSSAUG00010011756) mpped2a (ENSSAUG00010011765) ENSSAUG00010011775 ENSSAUG00010011783 NR2E3 (ENSSAUG00010011796) slc22a18 (ENSSAUG00010011801) HACD3 (ENSSAUG00010011805) #22 SLC24A1 (ENSSAUG00010011812) #24 dennd4a (ENSSAUG00010011836) #25 GFUS (ENSSAUG00010012034) socs4 (ENSSAUG00010012526) wdhd1 (ENSSAUG00010012535) gch1 (ENSSAUG00010012542) SAMD4A (ENSSAUG00010012545) ero1a (ENSSAUG00010012573) pacsin3 (ENSSAUG00010012825) glg1b (ENSSAUG00010012845) TNNI2 (ENSSAUG00010012899) aph1b (ENSSAUG00010012901) #11 myod1 (ENSSAUG00010012905) TNNT3 (ENSSAUG00010012907) ENSSAUG00010012908 Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000163467.a.b.b.a.b ENSGT00810000125439.A ENSGT00940000154963 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00940000153901.a.b.a European seabass MODERN SPECIES 18 ENSDLAG00005012301 slc6a5 (ENSDLAG00005012316) prmt3 (ENSDLAG00005012846) htatip2 (ENSDLAG00005012965) dbx1a (ENSDLAG00005012977) NAV2 (ENSDLAG00005013065) e2f8 (ENSDLAG00005015998) csrp3 (ENSDLAG00005032855) zdhhc13 (ENSDLAG00005016050) mpped2a (ENSDLAG00005017487) ENSDLAG00005026438 ENSDLAG00005031744 ENSDLAG00005017548 ENSDLAG00005017617 ENSDLAG00005030198 HACD3 (ENSDLAG00005032938) #22 SLC24A1 (ENSDLAG00005029857) #24 DENND4A (ENSDLAG00005017811) #25 socs4 (ENSDLAG00005031594) wdhd1 (ENSDLAG00005018377) gch1 (ENSDLAG00005031132) SAMD4A (ENSDLAG00005018542) ero1a (ENSDLAG00005018493) ENSDLAG00005018657 ENSDLAG00005018712 ENSDLAG00005019543 ENSDLAG00005026766 #11 ENSDLAG00005019564 ENSDLAG00005034786 ENSDLAG00005019645 ENSDLAG00005019721 Large yellow croaker MODERN SPECIES 480 zgc:194679 (ENSLCRG00005019441) zgc:194679 (ENSLCRG00005019443) ENSLCRG00005019444 htatip2 (ENSLCRG00005019446) dbx1a (ENSLCRG00005019448) NAV2 (ENSLCRG00005019450) ENSLCRG00005019452 e2f8 (ENSLCRG00005002371) zdhhc13 (ENSLCRG00005002405) csrp3 (ENSLCRG00005002604) mpped2a (ENSLCRG00005002608) ENSLCRG00005002609 ENSLCRG00005002613 NR2E3 (ENSLCRG00005002635) slc22a18 (ENSLCRG00005002671) HACD3 (ENSLCRG00005002710) #22 SLC24A1 (ENSLCRG00005002811) #24 dennd4a (ENSLCRG00005002845) #25 socs4 (ENSLCRG00005002924) gch1 (ENSLCRG00005002929) SAMD4A (ENSLCRG00005002932) ero1a (ENSLCRG00005002944) pacsin3 (ENSLCRG00005002960) glg1b (ENSLCRG00005002969) tnni2b.1 (ENSLCRG00005003007) aph1b (ENSLCRG00005003009) #11 aph1b (ENSLCRG00005003014) #11 OTOG (ENSLCRG00005003017) nqo1 (ENSLCRG00005003029) ENSLCRG00005003039 ENSLCRG00005003042 Perciformes ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000163467.a.b.b.a.b ENSGT00810000125439.A ENSGT00940000154963 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00960000186692 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000158287 ENSGT00810000125439.A ENSGT00940000154963 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00390000006548.a.a ENSGT00940000155628 ENSGT00940000155889.c ENSGT00940000156684 ENSGT00940000158166 ENSGT00940000156476.g ENSGT00940000154905.i.a ENSGT00390000014038 ENSGT00940000159572.a.a ENSGT00390000008748.b.g.b ENSGT00390000005300 ENSGT00940000154617.B.c ENSGT00400000022240 ENSGT00940000157859.a.a Lumpfish MODERN SPECIES 18 ENSCLMG00005000542 NELL1 (ENSCLMG00005000055) slc6a5 (ENSCLMG00005022683) prmt3 (ENSCLMG00005022681) htatip2 (ENSCLMG00005022680) dbx1a (ENSCLMG00005022679) NAV2 (ENSCLMG00005022639) e2f8 (ENSCLMG00005022617) csrp3 (ENSCLMG00005022611) zdhhc13 (ENSCLMG00005022516) mpped2a (ENSCLMG00005022511) ENSCLMG00005022510 ENSCLMG00005022507 NR2E3 (ENSCLMG00005022505) slc22a18 (ENSCLMG00005022504) HACD3 (ENSCLMG00005022503) #22 SLC24A1 (ENSCLMG00005022502) #24 rps17 (ENSCLMG00005022501) csnk1g1 (ENSCLMG00005022489) SNX1 (ENSCLMG00005022487) neo1a (ENSCLMG00005021604) bbs4 (ENSCLMG00005021449) scamp2l (ENSCLMG00005021422) myo9aa (ENSCLMG00005021366) senp8 (ENSCLMG00005021352) znf609b (ENSCLMG00005021349) trip4 (ENSCLMG00005021348) chrna7a (ENSCLMG00005021344) ENSCLMG00005021343 calml4a (ENSCLMG00005021342) ADAMTS7 (ENSCLMG00005021336) Stickleback MODERN SPECIES 1 A3GALT2 (ENSGACG00000017105) lrp4 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ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00960000186692 Pike perch MODERN SPECIES 42 ENSSLUG00000012834 slc6a5 (ENSSLUG00000012844) prmt3 (ENSSLUG00000012890) ENSSLUG00000013285 htatip2 (ENSSLUG00000013292) dbx1a (ENSSLUG00000013296) e2f8 (ENSSLUG00000013361) csrp3 (ENSSLUG00000013375) zdhhc13 (ENSSLUG00000013411) slc18b1 (ENSSLUG00000014147) mpped2a (ENSSLUG00000014219) ENSSLUG00000014232 ENSSLUG00000014234 NR2E3 (ENSSLUG00000014245) slc22a18 (ENSSLUG00000014266) HACD3 (ENSSLUG00000014295) #22 SLC24A1 (ENSSLUG00000014312) #24 dennd4a (ENSSLUG00000014340) #25 socs4 (ENSSLUG00000014357) wdhd1 (ENSSLUG00000014371) gch1 (ENSSLUG00000014411) SAMD4A (ENSSLUG00000014423) ero1a (ENSSLUG00000014452) pacsin3 (ENSSLUG00000014868) glg1b (ENSSLUG00000014927) tnni2b.1 (ENSSLUG00000015288) aph1b (ENSSLUG00000015292) #11 OTOG (ENSSLUG00000015304) myod1 (ENSSLUG00000015360) TNNT3 (ENSSLUG00000015377) ENSSLUG00000015385 Channel bull blenny MODERN SPECIES 17 ENSCGOG00000001259 slc6a5 (ENSCGOG00000001258) prmt3 (ENSCGOG00000001228) htatip2 (ENSCGOG00000001220) dbx1a (ENSCGOG00000001219) ENSCGOG00000001218 NAV2 (ENSCGOG00000001167) e2f8 (ENSCGOG00000001160) csrp3 (ENSCGOG00000001159) zdhhc13 (ENSCGOG00000001121) mpped2a (ENSCGOG00000001116) ENSCGOG00000001115 ENSCGOG00000001114 NR2E3 (ENSCGOG00000001111) slc22a18 (ENSCGOG00000001108) HACD3 (ENSCGOG00000001094) #22 SLC24A1 (ENSCGOG00000001085) #24 dennd4a (ENSCGOG00000000880) #25 socs4 (ENSCGOG00000000851) wdhd1 (ENSCGOG00000000697) gch1 (ENSCGOG00000000646) SAMD4A (ENSCGOG00000000470) ero1a (ENSCGOG00000000411) pacsin3 (ENSCGOG00000000368) glg1b (ENSCGOG00000000287) tnni2b.1 (ENSCGOG00000000244) aph1b (ENSCGOG00000000232) #11 OTOG (ENSCGOG00000000174) myod1 (ENSCGOG00000000126) TNNT3 (ENSCGOG00000000102) ENSCGOG00000000089 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00810000125439.A ENSGT00940000154963 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000181004 ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00960000186692 Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00810000125439.A ENSGT00940000154963 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000181004 ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00940000163723.A.f.b ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568.l ENSGT00390000017790 ENSGT00390000006347.a Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000163467.a.b.b.a.b ENSGT00810000125439.A ENSGT00940000154963 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ENSATEG00000021798 ENSATEG00000021837 ENSATEG00000021851 HACD3 (ENSATEG00000021866) #22 SLC24A1 (ENSATEG00000021887) #24 DENND4A (ENSATEG00000021908) #25 socs4 (ENSATEG00000021970) wdhd1 (ENSATEG00000021986) gch1 (ENSATEG00000022027) SAMD4A (ENSATEG00000022040) ero1a (ENSATEG00000022081) ENSATEG00000022101 ENSATEG00000022132 ENSATEG00000022204 ENSATEG00000022233 ENSATEG00000022248 ENSATEG00000022262 ENSATEG00000022291 ENSATEG00000022355 Zig-zag eel MODERN SPECIES 17 NELL1 (ENSMAMG00000015789) slc6a5 (ENSMAMG00000015848) prmt3 (ENSMAMG00000015896) htatip2 (ENSMAMG00000015926) dbx1a (ENSMAMG00000015940) ENSMAMG00000016183 NAV2 (ENSMAMG00000015959) e2f8 (ENSMAMG00000016200) csrp3 (ENSMAMG00000016232) zdhhc13 (ENSMAMG00000016250) mpped2a (ENSMAMG00000016266) ENSMAMG00000026458 ENSMAMG00000016336 ENSMAMG00000016434 ENSMAMG00000016453 HACD3 (ENSMAMG00000016477) #22 SLC24A1 (ENSMAMG00000016511) #24 DENND4A (ENSMAMG00000016577) #25 socs4 (ENSMAMG00000016740) wdhd1 (ENSMAMG00000016742) gch1 (ENSMAMG00000016761) SAMD4A (ENSMAMG00000016799) ero1a (ENSMAMG00000016859) ENSMAMG00000016868 ENSMAMG00000016896 TNNI2 (ENSMAMG00000027039) ENSMAMG00000016992 ENSMAMG00000017001 ENSMAMG00000017043 ENSMAMG00000017073 ENSMAMG00000017121 Carangaria ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000163467.a.b.b.a.b ENSGT00810000125439.A ENSGT00940000154963 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00940000153901.a.b.a Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000163467.a.b.b.a.b ENSGT00810000125439.A ENSGT00940000154963 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00960000186692 Seriola ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000158287 ENSGT00940000163467.a.b.b.a.b ENSGT00940000154963 ENSGT00940000156825 ENSGT00390000008184 ENSGT00950000183093.B.a.b ENSGT00940000155663.f.b ENSGT00940000158651 ENSGT00940000159533 ENSGT00530000063074.b.a ENSGT00390000007681.b.a.a ENSGT00940000160967.f ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00940000153901.a.b.a Greater amberjack MODERN SPECIES 3 ENSSDUG00000015986 ENSSDUG00000015990 slc6a5 (ENSSDUG00000016016) prmt3 (ENSSDUG00000016148) htatip2 (ENSSDUG00000016210) dbx1a (ENSSDUG00000016225) NAV2 (ENSSDUG00000016252) e2f8 (ENSSDUG00000016327) csrp3 (ENSSDUG00000016350) zdhhc13 (ENSSDUG00000016374) mpped2a (ENSSDUG00000016439) ENSSDUG00000016457 ENSSDUG00000016485 NR2E3 (ENSSDUG00000016573) slc22a18 (ENSSDUG00000016604) HACD3 (ENSSDUG00000016623) #22 SLC24A1 (ENSSDUG00000016668) #24 dennd4a (ENSSDUG00000016708) #25 socs4 (ENSSDUG00000016907) wdhd1 (ENSSDUG00000016996) gch1 (ENSSDUG00000017494) SAMD4A (ENSSDUG00000017510) ENSSDUG00000017549 ero1a (ENSSDUG00000017566) pacsin3 (ENSSDUG00000017630) glg1b (ENSSDUG00000017681) ENSSDUG00000017775 aph1b (ENSSDUG00000017793) #11 OTOG (ENSSDUG00000017868) myod1 (ENSSDUG00000018276) TNNT3 (ENSSDUG00000018283) Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2727 ENSSLDG00000010099 ENSSLDG00000010070 e2f8 (ENSSLDG00000010036) csrp3 (ENSSLDG00000009998) zdhhc13 (ENSSLDG00000009964) mpped2a (ENSSLDG00000009935) ENSSLDG00000009928 ENSSLDG00000009903 NR2E3 (ENSSLDG00000009890) slc22a18 (ENSSLDG00000009860) HACD3 (ENSSLDG00000009809) #22 SLC24A1 (ENSSLDG00000009764) #24 Barramundi perch MODERN SPECIES 96 NELL1 (ENSLCAG00010017942) slc6a5 (ENSLCAG00010017918) prmt3 (ENSLCAG00010017909) htatip2 (ENSLCAG00010017906) dbx1a (ENSLCAG00010017904) ENSLCAG00010017900 NAV2 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ENSGT00940000153246.a.a.a.d ENSGT00940000156926.d ENSGT00940000160333 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000166202 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000007753.b ENSGT00950000182973.b.a ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00390000002049.c.b #11 ENSGT00940000157490 ENSGT00950000182959.b.b.e.b ENSGT00940000158477.a.a ENSGT00940000153901.a.b.a Tongue sole MODERN SPECIES 20 NELL1 (ENSCSEG00000019419) slc6a5 (ENSCSEG00000019410) prmt3 (ENSCSEG00000019404) htatip2 (ENSCSEG00000019402) dbx1a (ENSCSEG00000019398) ENSCSEG00000019395 NAV2 (ENSCSEG00000019359) e2f8 (ENSCSEG00000019335) csrp3 (ENSCSEG00000019333) zdhhc13 (ENSCSEG00000019323) mpped2a (ENSCSEG00000019316) ENSCSEG00000019314 ENSCSEG00000019294 NR2E3 (ENSCSEG00000019282) slc22a18 (ENSCSEG00000019279) HACD3 (ENSCSEG00000019267) #22 SLC24A1 (ENSCSEG00000019249) #24 dennd4a (ENSCSEG00000019190) #25 socs4 (ENSCSEG00000019179) lipca (ENSCSEG00000019171) aqp9b (ENSCSEG00000019167) aldh1a2 (ENSCSEG00000019151) polr2m (ENSCSEG00000019146) ENSCSEG00000019136 CGNL1 (ENSCSEG00000019127) TCF12 (ENSCSEG00000019074) ENSCSEG00000018996 ENSCSEG00000018989 tex9 (ENSCSEG00000018980) ENSCSEG00000018971 nedd4a (ENSCSEG00000018946) Turbot MODERN SPECIES 17 NELL1 (ENSSMAG00000008339) slc6a5 (ENSSMAG00000008312) prmt3 (ENSSMAG00000008265) ENSSMAG00000008258 htatip2 (ENSSMAG00000008235) dbx1a (ENSSMAG00000023716) NAV2 (ENSSMAG00000008150) e2f8 (ENSSMAG00000008106) csrp3 (ENSSMAG00000008056) zdhhc13 (ENSSMAG00000008013) mpped2a (ENSSMAG00000033645) ENSSMAG00000007996 ENSSMAG00000007972 ENSSMAG00000007954 ENSSMAG00000007929 HACD3 (ENSSMAG00000007882) #22 SLC24A1 (ENSSMAG00000007857) #24 DENND4A (ENSSMAG00000007433) #25 wdhd1 (ENSSMAG00000007346) ENSSMAG00000034634 SAMD4A (ENSSMAG00000007254) ero1a (ENSSMAG00000007207) ENSSMAG00000007168 ENSSMAG00000006788 ENSSMAG00000006609 ENSSMAG00000006568 #11 ENSSMAG00000027873 ENSSMAG00000006529 ENSSMAG00000006392 ENSSMAG00000006376 ENSSMAG00000006344 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 17 NELL1 (ENSMMDG00005000287) slc6a5 (ENSMMDG00005000196) prmt3 (ENSMMDG00005000132) htatip2 (ENSMMDG00005000108) dbx1a (ENSMMDG00005000101) ENSMMDG00005023868 NAV2 (ENSMMDG00005023843) e2f8 (ENSMMDG00005023830) csrp3 (ENSMMDG00005023826) zdhhc13 (ENSMMDG00005023737) mpped2a (ENSMMDG00005023721) ENSMMDG00005023717 ENSMMDG00005023712 NR2E3 (ENSMMDG00005023708) slc22a18 (ENSMMDG00005023705) HACD3 (ENSMMDG00005023685) #22 SLC24A1 (ENSMMDG00005023674) #24 dennd4a (ENSMMDG00005023619) #25 socs4 (ENSMMDG00005023589) wdhd1 (ENSMMDG00005023579) gch1 (ENSMMDG00005023576) SAMD4A (ENSMMDG00005023575) ero1a (ENSMMDG00005023412) pacsin3 (ENSMMDG00005023408) ENSMMDG00005023407 c1qtnf4 (ENSMMDG00005023405) ndufs3 (ENSMMDG00005023404) ENSMMDG00005023401 ENSMMDG00005023400 ndufs3 (ENSMMDG00005023382) ptpmt1 (ENSMMDG00005023376) Cod MODERN SPECIES 5 ENSGMOG00000009277 NELL1 (ENSGMOG00000031363) slc6a5 (ENSGMOG00000002626) prmt3 (ENSGMOG00000002570) htatip2 (ENSGMOG00000002550) dbx1a (ENSGMOG00000002488) ENSGMOG00000028982 e2f8 (ENSGMOG00000019253) csrp3 (ENSGMOG00000019248) zdhhc13 (ENSGMOG00000019229) mpped2a (ENSGMOG00000027425) ENSGMOG00000032770 ENSGMOG00000019198 ENSGMOG00000019194 ENSGMOG00000019185 HACD3 (ENSGMOG00000019175) #22 SLC24A1 (ENSGMOG00000026384) #24 DENND4A (ENSGMOG00000026888) #25 ENSGMOG00000027242 socs4 (ENSGMOG00000017366) wdhd1 (ENSGMOG00000017373) gch1 (ENSGMOG00000013855) SAMD4A (ENSGMOG00000010970) ero1a (ENSGMOG00000008393) ENSGMOG00000008409 ENSGMOG00000026469 c1qtnf4 (ENSGMOG00000029444) ENSGMOG00000003400 ptpmt1 (ENSGMOG00000029620) prc1b (ENSGMOG00000003427) vps33b (ENSGMOG00000003457) Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 729 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT00940000160694.g.b ENSGT00530000063106.A.s.a.a Otophysi ANCESTRAL SPECIES 555 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT00940000160694.g.b ENSGT00530000063106.A.s.a.a Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 131 ENSGT00390000004737.b.a ENSGT00550000074828.a ENSGT00940000157180.b ENSGT00390000001149 ENSGT00730000110905.a ENSGT00390000007087 ENSGT00940000171027 ENSGT00940000161192 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT00940000160694.g.b ENSGT00940000161773 ENSGT00950000183108.b.a.a.i.a ENSGT00950000183082.a.e ENSGT00940000158136 ENSGT00390000005535 ENSGT00940000164949 ENSGT00950000182838.A.a.b ENSGT00940000156076.a.a.a.a.c ENSGT00940000163235.A.a.b ENSGT01040000240607 ENSGT00940000156076.a.a.a.a.d.b ENSGT00940000163235.A.a.a.b ENSGT00390000013104 ENSGT00390000013315 Channel catfish MODERN SPECIES 1 uchl5 (ENSIPUG00000017083) GLRX2 (ENSIPUG00000017204) B3GALT2 (ENSIPUG00000017220) cfhl1 (ENSIPUG00000017233) ENSIPUG00000017271 ENSIPUG00000017301 ENSIPUG00000017310 ENSIPUG00000017358 syt7b (ENSIPUG00000017371) sdhaf2 (ENSIPUG00000017397) CPSF7 (ENSIPUG00000017425) polr2l (ENSIPUG00000017431) ENSIPUG00000017455 DAGLA (ENSIPUG00000017462) arih1 (ENSIPUG00000017512) ENSIPUG00000017616 #22 helz2c (ENSIPUG00000017627) cmtr2 (ENSIPUG00000017648) calb2 (ENSIPUG00000017673) slc38a7 (ENSIPUG00000017796) MRPL21 (ENSIPUG00000017862) ENSIPUG00000017892 ap2a2 (ENSIPUG00000017908) ENSIPUG00000018000 ENSIPUG00000018032 ENSIPUG00000018228 ENSIPUG00000018239 ENSIPUG00000018257 tollip (ENSIPUG00000018263) slc35c1 (ENSIPUG00000018276) MAPK8IP1 (ENSIPUG00000018285) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000007252.d ENSGT00940000158143 ENSGT00940000164952 ENSGT00940000159206.b ENSGT01090000260005.a.b.b ENSGT00940000157398.i.a ENSGT00950000182841.b.a.b.a.b ENSGT00390000004737.b.a ENSGT00550000074828.a ENSGT00940000157180.b ENSGT00390000001149 ENSGT00730000110905.a ENSGT00390000007087 ENSGT00940000171027 ENSGT00940000161192 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT00940000160694.g.b ENSGT00940000161773 ENSGT00950000183108.b.a.a.i.a ENSGT00950000183082.a.e ENSGT00940000158136 ENSGT00390000005535 ENSGT00940000164949 ENSGT00950000182838.A.a.b ENSGT00940000156076.a.a.a.a.c ENSGT00940000163235.A.a.b ENSGT01040000240607 ENSGT00940000156076.a.a.a.a.d.b ENSGT00940000163235.A.a.a.b ENSGT00390000013104 ENSGT00390000013315 Electric eel MODERN SPECIES 26 si:ch211-107o10.3 (ENSEEEG00000001145) ZNF710 (ENSEEEG00000001148) serf2a (ENSEEEG00000001149) katnb1 (ENSEEEG00000001158) tmem208 (ENSEEEG00000001232) si:ch211-122f10.4 (ENSEEEG00000001234) saa (ENSEEEG00000001235) rplp2l (ENSEEEG00000001238) ENSEEEG00000001239 syt7b (ENSEEEG00000001240) sdhaf2 (ENSEEEG00000001242) CPSF7 (ENSEEEG00000001243) polr2l (ENSEEEG00000001244) DAGLA (ENSEEEG00000001245) arih1l (ENSEEEG00000001248) HACD3 (ENSEEEG00000001258) #22 ENSEEEG00000001259 ddx42 (ENSEEEG00000001260) strada (ENSEEEG00000001262) rnf113a (ENSEEEG00000001278) ENSEEEG00000001294 snrnp70 (ENSEEEG00000001295) lin7b (ENSEEEG00000001296) zgc:193811 (ENSEEEG00000001308) kcnc3a (ENSEEEG00000001309) vat1 (ENSEEEG00000001311) ENSEEEG00000001312 asb16 (ENSEEEG00000001314) tmub2 (ENSEEEG00000001315) atxn7l3a (ENSEEEG00000001319) ubtf (ENSEEEG00000001321) Characoidei ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000007252.d ENSGT00940000158143 ENSGT00940000164952 ENSGT00940000159206.b ENSGT01090000260005.a.b.b ENSGT00940000157398.i.a ENSGT00950000182841.b.a.b.a.b ENSGT00550000074828.a ENSGT00940000165631.g.a ENSGT00940000157180.b ENSGT00390000001149 ENSGT00730000110905.a ENSGT00390000007087 ENSGT00940000171027 ENSGT00940000161192 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT00940000160694.g.b ENSGT00940000161773 ENSGT00950000183108.b.a.a.i.a ENSGT00940000158136 ENSGT00390000005535 ENSGT00940000164949 ENSGT00950000182838.A.a.b Red-bellied piranha MODERN SPECIES 318 lmnl3 (ENSPNAG00000015367) MARCHF3 (ENSPNAG00000015307) gjd6 (ENSPNAG00000015300) sh3gl3a (ENSPNAG00000015270) fth1b (ENSPNAG00000015208) rplp2l (ENSPNAG00000005552) ENSPNAG00000015186 syt7b (ENSPNAG00000015132) sdhaf2 (ENSPNAG00000015086) CPSF7 (ENSPNAG00000015073) polr2l (ENSPNAG00000015066) ENSPNAG00000003356 DAGLA (ENSPNAG00000015052) arih1l (ENSPNAG00000014999) HACD3 (ENSPNAG00000003323) #22 cmtr2 (ENSPNAG00000014909) ENSPNAG00000014889 calb2b (ENSPNAG00000014884) slc38a7 (ENSPNAG00000014864) mrpl21 (ENSPNAG00000003269) ENSPNAG00000014753 AP2A2 (ENSPNAG00000014739) ENSPNAG00000006463 ENSPNAG00000014669 Mexicana tetra MODERN SPECIES 20 ENSAMXG00000037407 ENSAMXG00000034021 ENSAMXG00000041219 ENSAMXG00000040339 ENSAMXG00000039930 rplp2l (ENSAMXG00000033872) ENSAMXG00000033663 ENSAMXG00000042767 syt7b (ENSAMXG00000003329) sdhaf2 (ENSAMXG00000042602) CPSF7 (ENSAMXG00000003296) polr2l (ENSAMXG00000037735) ENSAMXG00000039950 DAGLA (ENSAMXG00000003215) arih1l (ENSAMXG00000003152) ENSAMXG00000030657 #22 ENSAMXG00000040064 ENSAMXG00000031111 ENSAMXG00000043624 cmtr2 (ENSAMXG00000003128) calb2b (ENSAMXG00000036096) slc38a7 (ENSAMXG00000003059) mrpl21 (ENSAMXG00000036794) ENSAMXG00000031349 AP2A2 (ENSAMXG00000002953) abhd2a (ENSAMXG00000038834) rasl12 (ENSAMXG00000002924) KBTBD13 (ENSAMXG00000025781) UBAP1L (ENSAMXG00000042348) pdcd7 (ENSAMXG00000002916) clpxa (ENSAMXG00000002914) Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 763 ENSGT00530000062962.b.a.e #22 ENSGT00940000160694.g.b ENSGT00530000063106.A.s.a.a Atlantic herring MODERN SPECIES 22 cplx3b (ENSCHAG00000009396) CSK (ENSCHAG00000009425) ENSCHAG00000010220 ENSCHAG00000010256 ##27 ENSCHAG00000010978 ENSCHAG00000011012 #24 ENSCHAG00000011181 ENSCHAG00000011208 #25 ENSCHAG00000011724 GNPAT (ENSCHAG00000011739) ENSCHAG00000011866 zmp:0000001138 (ENSCHAG00000011868) ENSCHAG00000011874 NR2E3 (ENSCHAG00000011882) arih1l (ENSCHAG00000011895) ENSCHAG00000012061 #22 ENSCHAG00000012141 ENSCHAG00000012180 ENSCHAG00000012229 ENSCHAG00000012262 ENSCHAG00000012284 ENSCHAG00000012323 ENSCHAG00000012353 rhcgl1 (ENSCHAG00000012389) fes (ENSCHAG00000012848) furina (ENSCHAG00000013140) ENSCHAG00000013331 ENSCHAG00000013747 ENSCHAG00000013828 ENSCHAG00000013851 slc39a1 (ENSCHAG00000013858) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159282 #10 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c ENSGT00390000008107.c.b ENSGT00940000155744 ENSGT00940000169185 ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f #24 ENSGT01030000234532.B.e.b.e #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000161659 ENSGT00940000158995.a ENSGT00940000163126.a.b ENSGT00940000159258.d ENSGT00980000198641 ENSGT00940000155333.A.a ##27 ENSGT00530000063106.B ENSGT00390000005764 ENSGT00940000157369.b ENSGT00940000165890 ENSGT00940000158146.a Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159282 #10 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c ENSGT00390000008107.c.b ENSGT00940000155744 ENSGT00940000169185 ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369.a ENSGT00390000010331 ENSGT00940000158146.b ENSGT00940000153499.b.b.d.a.b ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 ENSGT00390000015942 Otophysi ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000163703.b ENSGT00940000159811 ENSGT00940000158682 ENSGT00940000154837 ENSGT00530000063553.b.b ENSGT00940000168336 ENSGT00950000183151.a.a.b.b ENSGT00940000156356 ENSGT00940000157335 ENSGT01050000244866.C ENSGT00940000156011 ENSGT00390000015052 ENSGT00940000155744 ENSGT00940000169185 ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369.a ENSGT00390000010331 ENSGT00940000158146.b ENSGT00940000153499.b.b.d.a.b.i ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 ENSGT00390000015942 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00960000187150 ENSGT00940000159811 ENSGT00940000158682 ENSGT00940000154837 ENSGT00530000063553.b.b ENSGT00940000168336 ENSGT00950000183151.a.a.b.b ENSGT00940000156356 ENSGT00940000157335 ENSGT01050000244866.C ENSGT00940000156011 ENSGT00390000015052 ENSGT00940000155744 ENSGT00940000169185 ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369.a ENSGT00390000010331 ENSGT00940000158146.b ENSGT00940000153499.b.b.d.a.b.i ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 ENSGT00390000015942 Channel catfish MODERN SPECIES 23 cbln1 (ENSIPUG00000020331) ENSIPUG00000020342 n4bp1 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ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369.a ENSGT00390000010331 ENSGT00940000158146.b ENSGT00940000153499.b.b.d.a.b.i ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 ENSGT00390000015942 Red-bellied piranha MODERN SPECIES znf423 (ENSPNAG00000015599) cbln1 (ENSPNAG00000003394) n4bp1 (ENSPNAG00000015520) siah1 (ENSPNAG00000015510) lonp2 (ENSPNAG00000015490) il34 (ENSPNAG00000015434) sf3b3 (ENSPNAG00000015419) st3gal2 (ENSPNAG00000015314) aars1 (ENSPNAG00000015269) ENSPNAG00000015237 pllp (ENSPNAG00000015182) arl2bp (ENSPNAG00000015169) arih1 (ENSPNAG00000015135) ENSPNAG00000015080 ppcdc (ENSPNAG00000015060) hacd3 (ENSPNAG00000015056) #22 ints14 (ENSPNAG00000015024) #23 SLC24A1 (ENSPNAG00000003338) #24 dennd4a (ENSPNAG00000014917) #25 rab11a (ENSPNAG00000014863) #26 ENSPNAG00000014837 ##27 map2k1 (ENSPNAG00000014728) rpl4 (ENSPNAG00000014698) zwilch (ENSPNAG00000014620) LCTL 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aagab (ENSAMXG00000034247) iqch (ENSAMXG00000002847) Electric eel MODERN SPECIES 655 ppcdc (ENSEEEG00000022669) hacd3 (ENSEEEG00000022666) #22 ints14 (ENSEEEG00000022663) #23 SLC24A1 (ENSEEEG00000022661) #24 dennd4a (ENSEEEG00000022659) #25 rab11a (ENSEEEG00000022658) #26 ENSEEEG00000022657 ENSEEEG00000022655 ##27 map2k1 (ENSEEEG00000022402) slc28a1 (ENSEEEG00000022360) ENSEEEG00000022359 ENSEEEG00000022358 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000163703.b ENSGT00940000159811 ENSGT00940000158682 ENSGT00940000154837 ENSGT00530000063553.b.b ENSGT00940000168336 ENSGT00950000183151.a.a.b.b ENSGT00940000156356 ENSGT00940000157335 ENSGT01050000244866.C ENSGT00940000156011 ENSGT00390000015052 ENSGT00940000155744 ENSGT00940000169185 ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f #24 ENSGT00940000155836.B #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 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ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369.a.d ENSGT00390000010331.m ENSGT00940000158146.b.e ENSGT00940000153499.b.b.d.a.b.i.a ENSGT00390000007218.r ENSGT00390000008908.b ENSGT00390000015942 Goldfish MODERN SPECIES 9 si:ch211-212o1.2 (ENSCARG00000011103) cbln1 (ENSCARG00000011105) n4bp1 (ENSCARG00000011117) siah1 (ENSCARG00000011126) lonp2 (ENSCARG00000011141) il34 (ENSCARG00000011515) sf3b3 (ENSCARG00000011537) st3gal2 (ENSCARG00000011584) aars1 (ENSCARG00000011630) ENSCARG00000011736 pllp (ENSCARG00000011891) arl2bp (ENSCARG00000011894) arih1 (ENSCARG00000011916) ENSCARG00000011988 ppcdc (ENSCARG00000011991) hacd3 (ENSCARG00000012002) #22 ints14 (ENSCARG00000012147) #23 SLC24A1 (ENSCARG00000012194) #24 dennd4a (ENSCARG00000012263) #25 rab11a (ENSCARG00000013410) #26 ENSCARG00000013448 ##27 map2k1 (ENSCARG00000013618) rpl4 (ENSCARG00000013743) zwilch (ENSCARG00000013771) LCTL (ENSCARG00000013798) snapc5 (ENSCARG00000013818) smad6b (ENSCARG00000013826) smad3b (ENSCARG00000013852) aagab (ENSCARG00000013875) iqch (ENSCARG00000013907) zgc:162898 (ENSCARG00000013951) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000163703.b.d ENSGT00940000159811.g ENSGT00940000158682.d ENSGT00940000154837.l ENSGT00530000063553.b.b.c ENSGT00940000168336.d ENSGT00950000183151.a.a.b.b.j ENSGT00940000156356.c ENSGT00940000157335.k ENSGT01050000244866.C.a ENSGT00940000156011.ab ENSGT00390000015052.a ENSGT00940000155744.g.b ENSGT00940000169185.b ENSGT00440000038107.p ENSGT00530000062962.b.a.f.b #22 ENSGT00390000009486.f #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f.a #24 ENSGT00940000155836.B.d #25 ENSGT00940000154914.ub #26 ENSGT00940000155333.A.b.a ##27 ENSGT00940000153487.b.b.t ENSGT00390000018145.e ENSGT00390000013696.e ENSGT00940000157369.a.d ENSGT00390000010331.m ENSGT00940000158146.b.e ENSGT00940000153499.b.b.d.a.b.i.a ENSGT00390000007218.r ENSGT00390000008908.b ENSGT00390000015942 Golden-line barbel MODERN SPECIES 224 ppcdc (ENSSGRG00000053835) hacd3 (ENSSGRG00000053825) #22 ints14 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(ENSDARG00000041182) zwilch (ENSDARG00000057100) LCTL (ENSDARG00000016337) snapc5 (ENSDARG00000062476) smad6b (ENSDARG00000031763) smad3b (ENSDARG00000010207) aagab (ENSDARG00000041170) Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159282 #10 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366.cb ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c ENSGT00390000008107.c.b ENSGT00940000155744 ENSGT00940000169185 ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f #24 ENSGT00940000155836.B.e #25 ENSGT00940000154914 #26 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369.a ENSGT00390000010331 Denticle herring MODERN SPECIES 8 MAN2C1 (ENSDCDG00000022796) neil1 (ENSDCDG00000022781) commd4 (ENSDCDG00000022776) islr2 (ENSDCDG00000022773) sema7a (ENSDCDG00000022767) islr2 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hexa (ENSCHAG00000004565) arih1 (ENSCHAG00000004536) ENSCHAG00000004518 ppcdc (ENSCHAG00000004502) hacd3 (ENSCHAG00000004038) #22 ints14 (ENSCHAG00000003814) #23 SLC24A1 (ENSCHAG00000003677) #24 dennd4a (ENSCHAG00000003270) #25 rab11a (ENSCHAG00000002433) #26 ENSCHAG00000000584 ##27 map2k1 (ENSCHAG00000000220) snapc5 (ENSCHAG00000000160) LCTL (ENSCHAG00000000142) zwilch (ENSCHAG00000000117) rpl4 (ENSCHAG00000023757) map2k1 (ENSCHAG00000023747) smad6b (ENSCHAG00000023735) ENSCHAG00000023728 smad6b (ENSCHAG00000023725) ENSCHAG00000023724 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159282 #10 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c ENSGT00390000008107.c.b ENSGT00940000155744 ENSGT00940000169185 ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f #24 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(ENSATEG00000009784) smad3b (ENSATEG00000009812) aagab (ENSATEG00000009864) iqch (ENSATEG00000009880) C15orf61 (ENSATEG00000028998) skor1b (ENSATEG00000009950) Siamese fighting fish MODERN SPECIES 17 fbxl22 (ENSBSLG00000011639) #8 usp3 (ENSBSLG00000011872) #9 si:dkeyp-73b11.8 (ENSBSLG00000012761) CA12 (ENSBSLG00000012772) #10 MAN2C1 (ENSBSLG00000012871) neil1 (ENSBSLG00000012950) sema7a (ENSBSLG00000012956) islr2 (ENSBSLG00000012959) stra6 (ENSBSLG00000012960) ENSBSLG00000012981 cyp11a1.1 (ENSBSLG00000013006) hexa (ENSBSLG00000014091) arih1 (ENSBSLG00000014624) ENSBSLG00000014828 ppcdc (ENSBSLG00000014843) hacd3 (ENSBSLG00000014925) #22 ints14 (ENSBSLG00000014980) #23 SLC24A1 (ENSBSLG00000015079) #24 ENSBSLG00000015093 ##25 ENSBSLG00000015132 ##27 map2k1 (ENSBSLG00000015609) rpl4 (ENSBSLG00000016291) zwilch (ENSBSLG00000016330) LCTL (ENSBSLG00000016343) snapc5 (ENSBSLG00000016407) smad6b (ENSBSLG00000016413) smad3b (ENSBSLG00000016420) aagab (ENSBSLG00000016446) iqch (ENSBSLG00000016456) zgc:162898 (ENSBSLG00000016466) skor1b (ENSBSLG00000016468) Zig-zag eel MODERN SPECIES 20 si:dkeyp-73b11.8 (ENSMAMG00000007254) CA12 (ENSMAMG00000007184) #10 MAN2C1 (ENSMAMG00000007061) neil1 (ENSMAMG00000007164) commd4 (ENSMAMG00000007025) sema7a (ENSMAMG00000007015) islr2 (ENSMAMG00000007007) stra6 (ENSMAMG00000006937) ENSMAMG00000006892 cyp11a1.1 (ENSMAMG00000006863) nr2e3 (ENSMAMG00000006787) hexa (ENSMAMG00000006611) arih1 (ENSMAMG00000006559) ENSMAMG00000006536 ppcdc (ENSMAMG00000006514) hacd3 (ENSMAMG00000006428) #22 ints14 (ENSMAMG00000006472) #23 SLC24A1 (ENSMAMG00000006350) #24 ENSMAMG00000006239 ##25 ENSMAMG00000006178 ##27 map2k1 (ENSMAMG00000006146) rpl4 (ENSMAMG00000006058) zwilch (ENSMAMG00000006031) LCTL (ENSMAMG00000006001) snapc5 (ENSMAMG00000005992) ENSMAMG00000024281 smad6b (ENSMAMG00000005972) smad3b (ENSMAMG00000005952) aagab (ENSMAMG00000005930) iqch (ENSMAMG00000005883) zgc:162898 (ENSMAMG00000005865) Carangaria ANCESTRAL SPECIES 6 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ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000155744 ENSGT00940000169185 ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f.c #24 ENSGT00940000155836.A ##25 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369.a ENSGT00390000010331 ENSGT00940000158146.b ENSGT00940000153499.b.b.d.a.b ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 ENSGT00390000015942 ENSGT00940000158440.g.b Turbot MODERN SPECIES 1 usp3 (ENSSMAG00000015544) #9 si:dkeyp-73b11.8 (ENSSMAG00000015518) CA12 (ENSSMAG00000015506) #10 MAN2C1 (ENSSMAG00000015304) neil1 (ENSSMAG00000015491) commd4 (ENSSMAG00000015462) sema7a (ENSSMAG00000015292) islr2 (ENSSMAG00000015283) stra6 (ENSSMAG00000015243) ENSSMAG00000015209 cyp11a1.1 (ENSSMAG00000015163) nr2e3 (ENSSMAG00000015123) arih1 (ENSSMAG00000015075) ENSSMAG00000015064 ppcdc (ENSSMAG00000015044) hacd3 (ENSSMAG00000015006) #22 ints14 (ENSSMAG00000014965) #23 SLC24A1 (ENSSMAG00000014927) #24 SLC24A1 (ENSSMAG00000014916) #24 ENSSMAG00000014740 ##25 ENSSMAG00000014692 ##27 ENSSMAG00000028102 map2k1 (ENSSMAG00000014654) rpl4 (ENSSMAG00000014547) zwilch (ENSSMAG00000014527) LCTL (ENSSMAG00000014482) snapc5 (ENSSMAG00000014452) smad6b (ENSSMAG00000014437) smad3b (ENSSMAG00000014385) aagab (ENSSMAG00000014364) iqch (ENSSMAG00000014326) Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159282 #10 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c ENSGT00390000008107.c.b ENSGT00940000155744 ENSGT00940000169185 ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f.c #24 ENSGT00940000155836.A ##25 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369.a ENSGT00390000010331 ENSGT00940000158146.b ENSGT00940000153499.b.b.d.a.b ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 ENSGT00390000015942 ENSGT00940000158440.g.b Seriola ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000159282 #10 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c ENSGT00390000008107.c.b ENSGT00940000155744 ENSGT00940000169185 ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f.c #24 ENSGT00940000155836.A ##25 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369.a ENSGT00390000010331 ENSGT00940000158146.b ENSGT00940000153499.b.b.d.a.b ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 ENSGT00390000015942 ENSGT00940000158440.g.b Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3044 CA12 (ENSSLDG00000024254) #10 ENSSLDG00000024186 neil1 (ENSSLDG00000024179) commd4 (ENSSLDG00000024172) sema7a (ENSSLDG00000024152) islr2 (ENSSLDG00000024147) stra6 (ENSSLDG00000024104) ENSSLDG00000024086 cyp11a1.1 (ENSSLDG00000024083) stoml1 (ENSSLDG00000024076) nr2e3 (ENSSLDG00000023960) hexa (ENSSLDG00000023910) arih1 (ENSSLDG00000023887) ENSSLDG00000023878 ppcdc (ENSSLDG00000023867) hacd3 (ENSSLDG00000023846) #22 ints14 (ENSSLDG00000023818) #23 ENSSLDG00000023813 #24 SLC24A1 (ENSSLDG00000023774) #24 ENSSLDG00000023736 ##25 ENSSLDG00000023706 ##27 map2k1 (ENSSLDG00000023678) rpl4 (ENSSLDG00000023658) zwilch (ENSSLDG00000023641) LCTL (ENSSLDG00000023587) snapc5 (ENSSLDG00000023570) smad6b (ENSSLDG00000023557) smad3b (ENSSLDG00000023534) aagab (ENSSLDG00000023521) iqch (ENSSLDG00000023494) zgc:162898 (ENSSLDG00000023483) Greater amberjack MODERN SPECIES 82 CA12 (ENSSDUG00000008779) #10 MAN2C1 (ENSSDUG00000008735) neil1 (ENSSDUG00000008709) commd4 (ENSSDUG00000008698) sema7a (ENSSDUG00000008675) islr2 (ENSSDUG00000008671) stra6 (ENSSDUG00000008630) ENSSDUG00000008592 cyp11a1.1 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ENSGT00940000158440.g.b ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b.a.b Tetraodon MODERN SPECIES 4 ENSTNIG00000008408 fbxl22 (ENSTNIG00000008409) #8 usp3 (ENSTNIG00000008410) #9 ENSTNIG00000001490 CA12 (ENSTNIG00000008411) #10 MAN2C1 (ENSTNIG00000008412) neil1 (ENSTNIG00000008413) commd4 (ENSTNIG00000008414) sema7a (ENSTNIG00000008415) islr2 (ENSTNIG00000008416) stra6 (ENSTNIG00000008417) cyp11a1.1 (ENSTNIG00000008418) stoml1 (ENSTNIG00000008419) arih1 (ENSTNIG00000008420) ppcdc (ENSTNIG00000008421) hacd3 (ENSTNIG00000008422) #22 ints14 (ENSTNIG00000008423) #23 SLC24A1 (ENSTNIG00000008424) #24 ENSTNIG00000008425 ##25 ENSTNIG00000008426 ##27 map2k1 (ENSTNIG00000008427) rpl4 (ENSTNIG00000008428) zwilch (ENSTNIG00000008429) LCTL (ENSTNIG00000008430) smad6b (ENSTNIG00000008431) smad3b (ENSTNIG00000008432) aagab (ENSTNIG00000008433) skor1b (ENSTNIG00000001504) PIAS1 (ENSTNIG00000008434) morf4l1 (ENSTNIG00000008435) TLE3 (ENSTNIG00000008436) Fugu MODERN SPECIES 21 TBC1D2B (ENSTRUG00000012809) ENSTRUG00000012994 ENSTRUG00000020001 fbxl22 (ENSTRUG00000013054) #8 usp3 (ENSTRUG00000013067) #9 ENSTRUG00000027381 CA12 (ENSTRUG00000013194) #10 commd4 (ENSTRUG00000013548) sema7a (ENSTRUG00000013566) stra6 (ENSTRUG00000019577) cyp11a1.1 (ENSTRUG00000013804) stoml1 (ENSTRUG00000019856) arih1 (ENSTRUG00000013998) ENSTRUG00000022549 ppcdc (ENSTRUG00000014075) hacd3 (ENSTRUG00000031290) #22 ints14 (ENSTRUG00000014091) #23 SLC24A1 (ENSTRUG00000014175) #24 ENSTRUG00000014237 ##25 ENSTRUG00000014394 ##27 map2k1 (ENSTRUG00000014529) rpl4 (ENSTRUG00000014667) zwilch (ENSTRUG00000021693) LCTL (ENSTRUG00000014732) snapc5 (ENSTRUG00000020463) smad6b (ENSTRUG00000021541) smad3b (ENSTRUG00000014802) aagab (ENSTRUG00000014949) zgc:162898 (ENSTRUG00000020437) skor1b (ENSTRUG00000014982) morf4l1 (ENSTRUG00000015077) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159282 #10 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e 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hacd3 (ENSLBEG00000016087) #22 ints14 (ENSLBEG00000016057) #23 SLC24A1 (ENSLBEG00000016038) #24 SLC24A1 (ENSLBEG00000016014) #24 ENSLBEG00000015940 ##25 ENSLBEG00000015733 ##27 map2k1 (ENSLBEG00000015601) rpl4 (ENSLBEG00000015490) zwilch (ENSLBEG00000015453) LCTL (ENSLBEG00000015396) snapc5 (ENSLBEG00000015381) smad6b (ENSLBEG00000015360) smad3b (ENSLBEG00000015322) aagab (ENSLBEG00000015299) iqch (ENSLBEG00000015224) zgc:162898 (ENSLBEG00000015192) Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159282 #10 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c ENSGT00390000008107.c.b ENSGT00940000155744 ENSGT00940000169185 ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f.c #24 ENSGT00940000155836.A ##25 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b 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SPECIES 4 ENSGT00940000159282 #10 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c ENSGT00390000008107.c.b ENSGT00940000155744 ENSGT00940000169185 ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f.c #24 ENSGT00940000155836.A ##25 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369.a ENSGT00390000010331 ENSGT00940000158146.b ENSGT00940000153499.b.b.d.a.b ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 ENSGT00390000015942 ENSGT00940000158440.g.b European seabass MODERN SPECIES 19 ENSDLAG00005022822 CA12 (ENSDLAG00005022828) #10 ENSDLAG00005022859 neil1 (ENSDLAG00005023089) sema7a (ENSDLAG00005023103) islr2 (ENSDLAG00005023110) stra6 (ENSDLAG00005023124) ENSDLAG00005023196 cyp11a1.1 (ENSDLAG00005001579) nr2e3 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ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f.c #24 ENSGT00940000155836.A ##25 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369.a ENSGT00390000010331 ENSGT00940000158146.b ENSGT00940000153499.b.b.d.a.b ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 ENSGT00390000015942 ENSGT00940000158440.g.b Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000159282 #10 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c ENSGT00390000008107.c.b ENSGT00940000155744 ENSGT00940000169185 ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f.c #24 ENSGT00940000155836.A ##25 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369.a ENSGT00390000010331 ENSGT00940000158146.b ENSGT00940000153499.b.b.d.a.b ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 ENSGT00390000015942 ENSGT00940000158440.g.b Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159282 #10 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c.c ENSGT00390000008107.c.b ENSGT00940000155744 ENSGT00940000169185 ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f.c #24 ENSGT00940000155836.A ##25 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369.a ENSGT00390000010331 ENSGT00940000158146.b ENSGT00940000153499.b.b.d.a.b ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 ENSGT00390000015942 ENSGT00940000158440.g.b Orange clownfish MODERN SPECIES 18 CA12 (ENSAPEG00000019875) #10 MAN2C1 (ENSAPEG00000019898) neil1 (ENSAPEG00000019963) commd4 (ENSAPEG00000019980) sema7a (ENSAPEG00000020006) islr2 (ENSAPEG00000020024) stra6 (ENSAPEG00000020048) ENSAPEG00000020184 cyp11a1.1 (ENSAPEG00000020236) stoml1 (ENSAPEG00000020245) nr2e3 (ENSAPEG00000020258) hexa (ENSAPEG00000020294) arih1 (ENSAPEG00000020341) ENSAPEG00000020412 ppcdc (ENSAPEG00000020454) hacd3 (ENSAPEG00000020472) #22 ints14 (ENSAPEG00000020521) #23 SLC24A1 (ENSAPEG00000020557) #24 SLC24A1 (ENSAPEG00000020576) #24 ENSAPEG00000020590 ##25 ENSAPEG00000020674 ##27 map2k1 (ENSAPEG00000020723) rpl4 (ENSAPEG00000020765) zwilch (ENSAPEG00000020879) LCTL (ENSAPEG00000021009) snapc5 (ENSAPEG00000021082) smad6b (ENSAPEG00000021097) smad3b (ENSAPEG00000021121) aagab (ENSAPEG00000021154) iqch (ENSAPEG00000021177) zgc:162898 (ENSAPEG00000021209) Clown anemonefish MODERN SPECIES 1514 hexa (ENSAOCG00000016836) arih1 (ENSAOCG00000001167) ENSAOCG00000016954 ppcdc (ENSAOCG00000016978) hacd3 (ENSAOCG00000017010) #22 ints14 (ENSAOCG00000017070) #23 SLC24A1 (ENSAOCG00000017229) #24 SLC24A1 (ENSAOCG00000017271) #24 ENSAOCG00000017453 ##25 Spiny chromis MODERN SPECIES 6 CA12 (ENSAPOG00000006900) #10 MAN2C1 (ENSAPOG00000006998) neil1 (ENSAPOG00000007020) commd4 (ENSAPOG00000007030) sema7a (ENSAPOG00000007069) islr2 (ENSAPOG00000007082) stra6 (ENSAPOG00000007157) ENSAPOG00000007178 cyp11a1.1 (ENSAPOG00000007214) stoml1 (ENSAPOG00000007241) nr2e3 (ENSAPOG00000007343) hexa (ENSAPOG00000007374) arih1 (ENSAPOG00000007442) ENSAPOG00000007458 ppcdc (ENSAPOG00000007489) hacd3 (ENSAPOG00000007552) #22 ints14 (ENSAPOG00000007621) #23 SLC24A1 (ENSAPOG00000007942) #24 SLC24A1 (ENSAPOG00000008141) #24 ENSAPOG00000008269 ##25 ENSAPOG00000008421 ##27 map2k1 (ENSAPOG00000008515) rpl4 (ENSAPOG00000008471) zwilch (ENSAPOG00000008541) LCTL (ENSAPOG00000008616) snapc5 (ENSAPOG00000008638) smad6b (ENSAPOG00000008675) smad3b (ENSAPOG00000008731) aagab (ENSAPOG00000008748) iqch (ENSAPOG00000008805) zgc:162898 (ENSAPOG00000008823) Bicolor damselfish MODERN SPECIES 317 ENSSPAG00000018019 ENSSPAG00000018039 neil1 (ENSSPAG00000018067) commd4 (ENSSPAG00000018089) sema7a (ENSSPAG00000018133) islr2 (ENSSPAG00000018158) stra6 (ENSSPAG00000018165) ENSSPAG00000018213 cyp11a1.1 (ENSSPAG00000018244) stoml1 (ENSSPAG00000018284) nr2e3 (ENSSPAG00000018358) hexa (ENSSPAG00000018566) arih1 (ENSSPAG00000018619) ENSSPAG00000018683 ppcdc (ENSSPAG00000018714) hacd3 (ENSSPAG00000018731) #22 ints14 (ENSSPAG00000018803) #23 SLC24A1 (ENSSPAG00000018853) #24 SLC24A1 (ENSSPAG00000018871) #24 ENSSPAG00000018896 ##25 ENSSPAG00000018936 ##27 map2k1 (ENSSPAG00000018984) rpl4 (ENSSPAG00000019006) zwilch (ENSSPAG00000019063) LCTL (ENSSPAG00000019086) snapc5 (ENSSPAG00000019113) smad6b (ENSSPAG00000019122) smad3b (ENSSPAG00000019142) aagab (ENSSPAG00000019178) iqch (ENSSPAG00000019195) zgc:162898 (ENSSPAG00000019226) Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000159282 #10 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C.b ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a 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#22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f.c #24 ENSGT00940000155836.A ##25 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369.a ENSGT00390000010331 ENSGT00940000158146.b ENSGT00940000153499.b.b.d.a.b ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 ENSGT00390000015942 ENSGT00940000158440.g.b Nile tilapia MODERN SPECIES 19 CA12 (ENSONIG00000015363) #10 MAN2C1 (ENSONIG00000015370) neil1 (ENSONIG00000015377) commd4 (ENSONIG00000015379) sema7a (ENSONIG00000015382) ENSONIG00000031360 islr2 (ENSONIG00000020970) stra6 (ENSONIG00000015383) ENSONIG00000015388 cyp11a1.1 (ENSONIG00000015391) nr2e3 (ENSONIG00000015396) hexa (ENSONIG00000015399) arih1 (ENSONIG00000015404) ENSONIG00000038771 ppcdc (ENSONIG00000015408) hacd3 (ENSONIG00000015409) #22 ints14 (ENSONIG00000015414) #23 ENSONIG00000042969 #24 SLC24A1 (ENSONIG00000015416) #24 ENSONIG00000015421 ##25 ENSONIG00000015428 ##27 ENSONIG00000034322 map2k1 (ENSONIG00000041722) rpl4 (ENSONIG00000015438) zwilch (ENSONIG00000015453) LCTL (ENSONIG00000015457) snapc5 (ENSONIG00000015460) smad6 (ENSONIG00000027979) smad3b (ENSONIG00000015464) aagab (ENSONIG00000039374) iqch (ENSONIG00000015469) Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159282 #10 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C.b ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c ENSGT00390000008107.c.b ENSGT00940000155744 ENSGT00940000169185 ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f.c #24 ENSGT00940000155836.A ##25 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369.a ENSGT00390000010331 ENSGT00940000158146.b ENSGT00940000153499.b.b.d.a.b ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 ENSGT00390000015942 ENSGT00940000158440.g.b Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 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1 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 #10 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516.q ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c ENSGT00390000008107.c.b ENSGT00940000155744 ENSGT00940000169185 ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f #22 ENSGT00390000009486 #23 ENSGT01030000234532.B.e.b.f.c #24 ENSGT01030000234532.B.e.b.f.d #24 ENSGT00940000155836.A ##25 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369.a ENSGT00390000010331 ENSGT00940000158146.b ENSGT00940000153499.b.b.d.a.b ENSGT00390000007218 ENSGT00390000015942 ENSGT00940000158440.g.b Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 20 usp3 (ENSORLG00000007352) #9 si:dkeyp-73b11.8 (ENSORLG00000023180) CA12 (ENSORLG00000007332) #10 MAN2C1 (ENSORLG00000007320) neil1 (ENSORLG00000007274) commd4 (ENSORLG00000007253) sema7a (ENSORLG00000007240) islr2 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ENSGT01030000234532.B.e.b.f.d #24 ENSGT00940000155836.A ##25 ENSGT00940000155333.A.b ##27 ENSGT00940000153487.b.b ENSGT00390000018145 ENSGT00390000013696 ENSGT00940000157369.a ENSGT00390000010331 ENSGT00940000158146.b ENSGT00940000153499.b.b.d.a.b ENSGT00390000007218 ENSGT00390000008908 ENSGT00390000015942 Indian medaka MODERN SPECIES 15 si:dkeyp-73b11.8 (ENSOMEG00000022308) CA12 (ENSOMEG00000022269) #10 MAN2C1 (ENSOMEG00000022198) neil1 (ENSOMEG00000022177) commd4 (ENSOMEG00000022164) sema7a (ENSOMEG00000022146) islr2 (ENSOMEG00000022120) stra6 (ENSOMEG00000022103) cyp11a1.1 (ENSOMEG00000022047) stoml1 (ENSOMEG00000021948) nr2e3 (ENSOMEG00000021925) hexa (ENSOMEG00000021908) arih1 (ENSOMEG00000021871) ENSOMEG00000021811 ppcdc (ENSOMEG00000021783) hacd3 (ENSOMEG00000021745) #22 ints14 (ENSOMEG00000021715) #23 ENSOMEG00000021660 #24 SLC24A1 (ENSOMEG00000021596) #24 ENSOMEG00000021522 ##25 ENSOMEG00000021299 ##27 map2k1 (ENSOMEG00000021273) rpl4 (ENSOMEG00000021252) zwilch 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