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Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00390000006098	ENSGT00940000158392	ENSGT00940000160253	ENSGT01040000240451.a.b.b.d	ENSGT00940000156503	ENSGT00730000111139 #7	ENSGT00530000063564.a #9	ENSGT00800000124177 #10	ENSGT00950000182812.E #11	ENSGT00940000153370.b #12	ENSGT00940000159476 #14	ENSGT00950000183092.b.b #15	ENSGT00940000160796 #18	ENSGT01100000264025 #19	ENSGT00940000155574.C #21	ENSGT00940000156148 #22	ENSGT00940000153845.a.b #23	ENSGT00390000009163 #25	ENSGT00940000153814.a #26	ENSGT00390000010260	ENSGT00950000182942.a.a #28	ENSGT01020000230359.C.b #29	ENSGT00940000159099 #30	ENSGT00390000001827 #31	ENSGT00390000008295.b	ENSGT00940000157911	ENSGT00510000048725	ENSGT00940000160520	ENSGT00390000003114.e.b.b	ENSGT00940000157880.d	ENSGT00940000155488
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00390000006098	ENSGT00940000158392	ENSGT00940000160253	ENSGT01040000240451.a.b.b.d	ENSGT00940000156503	ENSGT00730000111139 #7	ENSGT00530000063564.a #9	ENSGT00800000124177 #10	ENSGT00950000182812.E #11	ENSGT00940000153370.b #12	ENSGT00940000159476 #14	ENSGT00950000183092.b.b #15	ENSGT00940000160796 #18	ENSGT01100000264025 #19	ENSGT00940000155574.C #21	ENSGT00940000156148 #22	ENSGT00940000153845.a.b #23	ENSGT00390000009163 #25	ENSGT00940000153814.a #26	ENSGT00390000010260	ENSGT00950000182942.a.a #28	ENSGT01020000230359.C.b #29	ENSGT00940000159099 #30	ENSGT00390000001827 #31
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00390000006098	ENSGT00940000158392	ENSGT00940000160253	ENSGT01040000240451.a.b.b.d	ENSGT00940000156503	ENSGT00730000111139 #7	ENSGT00530000063564.a #9	ENSGT00800000124177 #10	ENSGT00950000182812.E #11	ENSGT00940000153370.b #12	ENSGT00940000159476 #14	ENSGT00950000183092.b.b #15	ENSGT00940000160796 #18	ENSGT01100000264025 #19	ENSGT00940000155574.C #21	ENSGT00940000156148 #22	ENSGT00940000153845.a.b #23	ENSGT00390000009163 #25	ENSGT00940000153814.a #26	ENSGT00390000010260	ENSGT00950000182942.a.a #28	ENSGT01020000230359.C.b #29	ENSGT00940000159099 #30	ENSGT00390000001827 #31
Degu	MODERN SPECIES	112	GOLGA4 (ENSODEG00000005969) #7	ENSODEG00000019234 #8	ENSODEG00000006044 #9	MLH1 (ENSODEG00000006098) #10	EPM2AIP1 (ENSODEG00000019311) #11	TRANK1 (ENSODEG00000003882) #12	ENSODEG00000003967 #13	DCLK3 (ENSODEG00000003986) #14	STAC (ENSODEG00000004015) #15	ENSODEG00000004051 #16	ENSODEG00000004084 #17	ARPP21 (ENSODEG00000004233) #18	ENSODEG00000004411 #19	ENSODEG00000004442 #20	CLASP2 (ENSODEG00000004563) #21	UBP1 (ENSODEG00000004843) #22	ENSODEG00000004881 #23	ENSODEG00000004897 #24	SUSD5 (ENSODEG00000004909) #25	CRTAP (ENSODEG00000004936) #26	ENSODEG00000004950 #27	GLB1 (ENSODEG00000004977) #28	CCR4 (ENSODEG00000019140) #29	TRIM71 (ENSODEG00000005007) #30	ENSODEG00000003781 #31	ENSODEG00000003905 #32	ENSODEG00000018979 #33	ENSODEG00000018981 #34	NET1 (ENSODEG00000003988) #35	CALML3 (ENSODEG00000019023) #36	ASB13 (ENSODEG00000004057) #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	128	CTDSPL (ENSCLAG00000004547)	ITGA9 (ENSCLAG00000004058)	GOLGA4 (ENSCLAG00000005913) #7	LRRFIP2 (ENSCLAG00000003180) #9	MLH1 (ENSCLAG00000004334) #10	EPM2AIP1 (ENSCLAG00000017557) #11	ENSCLAG00000004029	TRANK1 (ENSCLAG00000003643) #12	DCLK3 (ENSCLAG00000005385) #14	STAC (ENSCLAG00000005121) #15	ARPP21 (ENSCLAG00000007764) #18	ENSCLAG00000006281	ENSCLAG00000004325	ENSCLAG00000004047 #19	CLASP2 (ENSCLAG00000008638) #21	UBP1 (ENSCLAG00000006836) #22	ENSCLAG00000008435	FBXL2 (ENSCLAG00000007695) #23	SUSD5 (ENSCLAG00000011153) #25	CRTAP (ENSCLAG00000010951) #26	TMPPE (ENSCLAG00000010807)	GLB1 (ENSCLAG00000005577) #28	CCR4 (ENSCLAG00000004615) #29	TRIM71 (ENSCLAG00000004257) #30	CNOT10 (ENSCLAG00000005847) #31
Guinea pig	MODERN SPECIES	16	PLCD1 (ENSCPOG00000000596)	VILL (ENSCPOG00000029985)	CTDSPL (ENSCPOG00000000592)	ITGA9 (ENSCPOG00000014650)	GOLGA4 (ENSCPOG00000008525) #7	LRRFIP2 (ENSCPOG00000038703) #9	MLH1 (ENSCPOG00000003928) #10	EPM2AIP1 (ENSCPOG00000022371) #11	TRANK1 (ENSCPOG00000013754) #12	DCLK3 (ENSCPOG00000002280) #14	STAC (ENSCPOG00000031088) #15	ARPP21 (ENSCPOG00000008780) #18	ENSCPOG00000003230 #19	CLASP2 (ENSCPOG00000015184) #21	ENSCPOG00000037431	UBP1 (ENSCPOG00000009270) #22	FBXL2 (ENSCPOG00000013854) #23	SUSD5 (ENSCPOG00000009325) #25	CRTAP (ENSCPOG00000035810) #26	GLB1 (ENSCPOG00000004491) #28	TMPPE (ENSCPOG00000025403)	Ccr4 (ENSCPOG00000035503) #29	TRIM71 (ENSCPOG00000004496) #30	CNOT10 (ENSCPOG00000005938) #31
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	28	TRANK1 (ENSHGLG00000002458) #12	DCLK3 (ENSHGLG00000002384) #14	ENSHGLG00000039711	STAC (ENSHGLG00000001907) #15	ENSHGLG00000001835	ARPP21 (ENSHGLG00000001335) #18	ENSHGLG00000050645	ENSHGLG00000036492	ENSHGLG00000050797	ENSHGLG00000035031	ENSHGLG00000033661	ENSHGLG00000040644	ENSHGLG00000001187	PDCD6IP (ENSHGLG00000004033)	ENSHGLG00000003013 #21	UBP1 (ENSHGLG00000002333) #22	FBXL2 (ENSHGLG00000002144) #23	ENSHGLG00000002747	ENSHGLG00000037082 #23	SUSD5 (ENSHGLG00000040528) #25	CRTAP (ENSHGLG00000002614) #26	ENSHGLG00000037229	ENSHGLG00000002496	GLB1 (ENSHGLG00000002150) #28	ENSHGLG00000002090 #29	ENSHGLG00000001826 #30	ENSHGLG00000047516	ENSHGLG00000039776	ENSHGLG00000019891	ENSHGLG00000001731 #31	ENSHGLG00000001574
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00390000006098	ENSGT00940000158392	ENSGT00940000160253	ENSGT01040000240451.a.b.b.d	ENSGT00940000156503	ENSGT00730000111139 #7	ENSGT00530000063564.a #9	ENSGT00800000124177 #10	ENSGT00950000182812.E #11	ENSGT00940000153370.b #12	ENSGT00940000159476 #14	ENSGT00950000183092.b.b #15	ENSGT00940000160796 #18	ENSGT01100000263710	ENSGT00940000155574.C #21	ENSGT00940000156148 #22	ENSGT00940000153845.a.b #23	ENSGT00390000009163 #25	ENSGT00940000153814.a #26	ENSGT00390000010260	ENSGT00950000182942.a.a #28	ENSGT01020000230359.C.b #29	ENSGT00940000159099 #30	ENSGT00390000001827 #31	ENSGT00390000008295.b.f	ENSGT00940000157911	ENSGT00510000048725	ENSGT00940000160520	ENSGT00390000003114.e.b.b	ENSGT00940000157880	ENSGT00940000155488
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
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Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000006098	ENSGT00940000158392	ENSGT00940000160253	ENSGT01040000240451.a.b.b.d	ENSGT00940000156503	ENSGT00730000111139 #7	ENSGT00530000063564.a #9	ENSGT00800000124177 #10	ENSGT00950000182812.E #11	ENSGT00940000153370.b #12	ENSGT00940000159476 #14	ENSGT00950000183092.b.b #15	ENSGT00940000160796 #18	ENSGT01100000263710	ENSGT00940000155574.C #21	ENSGT00940000156148 #22	ENSGT00940000153845.a.b #23	ENSGT00940000154661.b.cb.a	ENSGT00390000009163 #25	ENSGT00940000153814.a #26	ENSGT00390000010260	ENSGT00950000182942.a.a #28	ENSGT01020000230359.C.b #29	ENSGT00940000159099 #30	ENSGT00390000001827 #31	ENSGT00390000008295.b.e	ENSGT00940000157911	ENSGT00510000048725	ENSGT00940000160520	ENSGT00390000003114.e.b.b	ENSGT00940000157880
Alpin marmot	DUPLICATION
Alpin marmot	MODERN SPECIES	24	ENSMMMG00000011335	ENSMMMG00000011345	GOLGA4 (ENSMMMG00000011361) #7	LRRFIP2 (ENSMMMG00000011434) #9	MLH1 (ENSMMMG00000011531) #10	EPM2AIP1 (ENSMMMG00000011565) #11	ENSMMMG00000011569	TRANK1 (ENSMMMG00000011577) #12	DCLK3 (ENSMMMG00000011687) #14	STAC (ENSMMMG00000011699) #15	ARPP21 (ENSMMMG00000011719) #18	ENSMMMG00000012340	ENSMMMG00000012359	ENSMMMG00000012382	CLASP2 (ENSMMMG00000012399) #21	ENSMMMG00000012782 #22	FBXL2 (ENSMMMG00000012899) #23	ENSMMMG00000012921	SUSD5 (ENSMMMG00000012926) #25	CRTAP (ENSMMMG00000012952) #26	TMPPE (ENSMMMG00000012974)	GLB1 (ENSMMMG00000013001) #28	CCR4 (ENSMMMG00000013862) #29	TRIM71 (ENSMMMG00000013868) #30	CNOT10 (ENSMMMG00000013884) #31	DYNC1LI1 (ENSMMMG00000013909)	CMTM7 (ENSMMMG00000013916)	CMTM8 (ENSMMMG00000013921)	ENSMMMG00000013931	OSBPL10 (ENSMMMG00000013949)	STT3B (ENSMMMG00000013968)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	7	CCNB2 (ENSMMMG00000011506)	MYO1E (ENSMMMG00000011477)	ENSMMMG00000011444	FAM81A (ENSMMMG00000011428)	GCNT3 (ENSMMMG00000011425)	GTF2A2 (ENSMMMG00000011388)	BNIP2 (ENSMMMG00000011312)	FOXB1 (ENSMMMG00000011291)	ENSMMMG00000011269	ENSMMMG00000011237	ENSMMMG00000011212	RORA (ENSMMMG00000011194)	VPS13C (ENSMMMG00000011042)	ENSMMMG00000011035	ENSMMMG00000011024	ENSMMMG00000011016 #22	TLN2 (ENSMMMG00000010746)	TPM1 (ENSMMMG00000009577)	RPS27L (ENSMMMG00000009532)	RAB8B (ENSMMMG00000009506)	APH1B (ENSMMMG00000009477)	CA12 (ENSMMMG00000009446)	USP3 (ENSMMMG00000009199)	ENSMMMG00000009191	ENSMMMG00000009185	HERC1 (ENSMMMG00000009068)	DAPK2 (ENSMMMG00000009028)	CIAO2A (ENSMMMG00000009021)	SNX1 (ENSMMMG00000009009)	SNX22 (ENSMMMG00000008995)	PPIB (ENSMMMG00000008986)
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000006098	ENSGT00940000158392	ENSGT00940000160253	ENSGT01040000240451.a.b.b.d	ENSGT00940000156503	ENSGT00730000111139 #7	ENSGT00530000063564.a #9	ENSGT00800000124177 #10	ENSGT00950000182812.E #11	ENSGT00940000153370.b #12	ENSGT00940000159476 #14	ENSGT00950000183092.b.b #15	ENSGT00940000160796 #18	ENSGT01100000263710	ENSGT00940000155574.C #21	ENSGT00940000156148 #22	ENSGT00940000153845.a.b #23	ENSGT00940000154661.b.cb.a	ENSGT00390000009163 #25	ENSGT00940000153814.a #26	ENSGT00950000182942.a.a #28	ENSGT01020000230359.C.b #29	ENSGT00940000159099 #30	ENSGT00390000001827 #31	ENSGT00390000008295.b.f	ENSGT00940000157911	ENSGT00510000048725	ENSGT00940000160520	ENSGT00390000003114.e.b.b	ENSGT00940000157880	ENSGT00940000155488
Squirrel	MODERN SPECIES	73	ENSSTOG00000001524	CTDSPL (ENSSTOG00000001517)	ENSSTOG00000029563	ITGA9 (ENSSTOG00000009402)	GOLGA4 (ENSSTOG00000019749) #7	LRRFIP2 (ENSSTOG00000023775) #9	MLH1 (ENSSTOG00000005413) #10	EPM2AIP1 (ENSSTOG00000028877) #11	ENSSTOG00000033099	TRANK1 (ENSSTOG00000027352) #12	DCLK3 (ENSSTOG00000028839) #14	STAC (ENSSTOG00000005934) #15	ARPP21 (ENSSTOG00000008350) #18	ENSSTOG00000003420	CLASP2 (ENSSTOG00000002360) #21	UBP1 (ENSSTOG00000012083) #22	FBXL2 (ENSSTOG00000012071) #23	ENSSTOG00000024871	SUSD5 (ENSSTOG00000020774) #25	CRTAP (ENSSTOG00000022421) #26	GLB1 (ENSSTOG00000010026) #28	TRIM71 (ENSSTOG00000015191) #30	CNOT10 (ENSSTOG00000015174) #31	DYNC1LI1 (ENSSTOG00000012613)	CMTM6 (ENSSTOG00000012605)	CMTM7 (ENSSTOG00000012595)	CMTM8 (ENSSTOG00000013600)	GPD1L (ENSSTOG00000032260)	OSBPL10 (ENSSTOG00000013624)	STT3B (ENSSTOG00000013598)	GADL1 (ENSSTOG00000014390)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	11	VILL (ENSUPAG00010006192)	CTDSPL (ENSUPAG00010006173)	ITGA9 (ENSUPAG00010006117)	GOLGA4 (ENSUPAG00010005954) #7	LRRFIP2 (ENSUPAG00010005307) #9	MLH1 (ENSUPAG00010005272) #10	EPM2AIP1 (ENSUPAG00010005264) #11	ENSUPAG00010005263	ENSUPAG00010005258	TRANK1 (ENSUPAG00010005066) #12	DCLK3 (ENSUPAG00010005058) #14	STAC (ENSUPAG00010005051) #15	ARPP21 (ENSUPAG00010004968) #18	ENSUPAG00010004908	CLASP2 (ENSUPAG00010002896) #21	UBP1 (ENSUPAG00010002830) #22	FBXL2 (ENSUPAG00010002805) #23	SUSD5 (ENSUPAG00010002801) #25	CRTAP (ENSUPAG00010002794) #26	GLB1 (ENSUPAG00010002756) #28	CCR4 (ENSUPAG00010002745) #29	TRIM71 (ENSUPAG00010002736) #30	CNOT10 (ENSUPAG00010002658) #31	DYNC1LI1 (ENSUPAG00010002650)	CMTM6 (ENSUPAG00010002641)	CMTM7 (ENSUPAG00010002624)	CMTM8 (ENSUPAG00010002616)	ENSUPAG00010002613	OSBPL10 (ENSUPAG00010002573)	STT3B (ENSUPAG00010002543)	GADL1 (ENSUPAG00010002514)