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Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000159397	ENSGT00390000013264.d #7	ENSGT00390000010172 #8	ENSGT00390000003428 #9	ENSGT00440000033811 #10	ENSGT00940000165267	ENSGT01030000238073	ENSGT00940000159453 #13	ENSGT00940000158640 #14	ENSGT00940000162193 #15	ENSGT00510000048726 #16	ENSGT00940000160654 #17	ENSGT00940000157580 #18	ENSGT00390000005261 #20	ENSGT00500000044920 #21	ENSGT00940000156710 #22	ENSGT00940000155626 #23	ENSGT00940000156021 #24	ENSGT00940000156043 #25	ENSGT00390000003601.b #26	ENSGT00940000158757 #28	ENSGT00940000162578	ENSGT00390000011192 #30	ENSGT00940000158643 #32	ENSGT00940000153284.b #34	ENSGT00390000013532.j #36	ENSGT00390000013532.i ##36	ENSGT00390000008110	ENSGT00940000156935	ENSGT00510000048509	ENSGT00530000063690.a.b.a.b
Guinea pig	MODERN SPECIES	24	ENSCPOG00000000220	SRP72 (ENSCPOG00000000218) #7	ENSCPOG00000010749 #8	PPAT (ENSCPOG00000000216) #9	AASDH (ENSCPOG00000000215) #10	ENSCPOG00000040605	ENSCPOG00000000214	CEP135 (ENSCPOG00000003212) #13	EXOC1 (ENSCPOG00000003208) #14	EXOC1L (ENSCPOG00000040720) #15	NMU (ENSCPOG00000009016) #16	PDCL2 (ENSCPOG00000036525) #17	CLOCK (ENSCPOG00000011807) #18	TMEM165 (ENSCPOG00000011803) #20	SRD5A3 (ENSCPOG00000011801) #21	KDR (ENSCPOG00000010001) #22	KIT (ENSCPOG00000011411) #23	PDGFRA (ENSCPOG00000011782) #24	GSX2 (ENSCPOG00000005837) #25	CHIC2 (ENSCPOG00000040036) #26	LNX1 (ENSCPOG00000010775) #28	ENSCPOG00000010770	SCFD2 (ENSCPOG00000039431) #30	RASL11B (ENSCPOG00000010760) #32	USP46 (ENSCPOG00000007660) #34	ENSCPOG00000011469 #36	SGCB (ENSCPOG00000030752)	DCUN1D4 (ENSCPOG00000008945)	CWH43 (ENSCPOG00000014177)	ENSCPOG00000019887	OCIAD1 (ENSCPOG00000011863)
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Degu	MODERN SPECIES	60	ENSODEG00000010449	SRP72 (ENSODEG00000012214) #7	ENSODEG00000009422 #8	PPAT (ENSODEG00000009426) #9	AASDH (ENSODEG00000011546) #10	ENSODEG00000010954	CEP135 (ENSODEG00000010808) #13	EXOC1 (ENSODEG00000010280) #14	EXOC1L (ENSODEG00000011413) #15	NMU (ENSODEG00000010066) #16	PDCL2 (ENSODEG00000009736) #17	CLOCK (ENSODEG00000009397) #18	TMEM165 (ENSODEG00000009162) #20	SRD5A3 (ENSODEG00000009796) #21	ENSODEG00000012100	KDR (ENSODEG00000009430) #22	KIT (ENSODEG00000012738) #23	ENSODEG00000011811	PDGFRA (ENSODEG00000009544) #24	GSX2 (ENSODEG00000009015) #25	CHIC2 (ENSODEG00000009727) #26	ENSODEG00000019624	ENSODEG00000009055	ENSODEG00000008952	ENSODEG00000008823	LNX1 (ENSODEG00000010836) #28	ENSODEG00000009001 #29	ENSODEG00000019669	ENSODEG00000008819	SCFD2 (ENSODEG00000010104) #30	RASL11B (ENSODEG00000010294) #32
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000010172 #8	ENSGT00940000164461	ENSGT00390000003428 #9	ENSGT00440000033811 #10	ENSGT00940000165267	ENSGT01030000238073	ENSGT00940000161471 #11	ENSGT00940000159453 #13	ENSGT00940000158640 #14	ENSGT00940000162193 #15	ENSGT00510000048726 #16	ENSGT00940000160654 #17	ENSGT00940000157580 #18	ENSGT00390000005261 #20	ENSGT00500000044920 #21	ENSGT00940000156710 #22	ENSGT00940000155626 #23	ENSGT00940000156021 #24	ENSGT00940000156043 #25	ENSGT00390000003601.b #26	ENSGT00940000158757 #28	ENSGT00940000162578	ENSGT00390000011192 #30	ENSGT00940000158643 #32	ENSGT00940000153284.b #34	ENSGT00390000013532.j #36	ENSGT00390000013532.i ##36	ENSGT00390000008110	ENSGT00390000014817	ENSGT00940000156935	ENSGT00510000048509
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000164461	ENSGT00390000003428 #9	ENSGT00440000033811 #10	ENSGT00940000161471 #11	ENSGT00940000159453.e.a #13	ENSGT00940000165267	ENSGT01030000238073	ENSGT00940000159453.f #13	ENSGT00940000158640 #14	ENSGT00940000162193 #15	ENSGT00510000048726 #16	ENSGT00940000160654 #17	ENSGT00940000157580 #18	ENSGT00390000005261 #20	ENSGT00500000044920 #21	ENSGT00940000156710 #22	ENSGT00940000155626 #23	ENSGT00940000156021 #24	ENSGT00940000156043 #25	ENSGT00390000003601.b #26	ENSGT00940000158757 #28	ENSGT00940000162578	ENSGT00390000011192 #30	ENSGT00940000158643 #32	ENSGT00940000153284.b #34	ENSGT00390000013532.j #36	ENSGT00390000013532.i ##36	ENSGT00390000008110	ENSGT00390000014817	ENSGT00940000156935	ENSGT00510000048509
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT00940000164461	ENSGT00390000003428 #9	ENSGT00440000033811 #10	ENSGT00940000161471 #11	ENSGT00940000159453.e.a #13	ENSGT00940000165267	ENSGT01030000238073	ENSGT00940000159453.f #13	ENSGT00940000158640 #14	ENSGT00940000162193 #15	ENSGT00510000048726 #16	ENSGT00940000160654 #17	ENSGT00940000157580 #18	ENSGT00390000005261 #20	ENSGT00500000044920 #21	ENSGT00940000156710 #22	ENSGT00940000155626 #23	ENSGT00940000156021 #24	ENSGT00940000156043 #25	ENSGT00390000003601.b #26	ENSGT00940000158757 #28	ENSGT01060000248700 #29	ENSGT00390000011192 #30	ENSGT00940000158643 #32	ENSGT00940000153284.b #34	ENSGT00390000013532.j #36	ENSGT00390000013532.i ##36	ENSGT00390000008110	ENSGT00390000014817	ENSGT00940000156935	ENSGT00510000048509
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	2	ENSUPAG00010021417	ENSUPAG00010021399 #8	ENSUPAG00010021395	ENSUPAG00010021392	PPAT (ENSUPAG00010021383) #9	AASDH (ENSUPAG00010021378) #10	CRACD (ENSUPAG00010021307) #11	ENSUPAG00010021057 #13	EXOC1 (ENSUPAG00010020914) #14	EXOC1L (ENSUPAG00010020900) #15	NMU (ENSUPAG00010020889) #16	PDCL2 (ENSUPAG00010020882) #17	CLOCK (ENSUPAG00010020844) #18	TMEM165 (ENSUPAG00010020837) #20	SRD5A3 (ENSUPAG00010020831) #21	KDR (ENSUPAG00010020785) #22	KIT (ENSUPAG00010020754) #23	PDGFRA (ENSUPAG00010020707) #24	GSX2 (ENSUPAG00010020700) #25	CHIC2 (ENSUPAG00010020698) #26	LNX1 (ENSUPAG00010020578) #28	ENSUPAG00010020429 #29	SCFD2 (ENSUPAG00010020412) #30	RASL11B (ENSUPAG00010020408) #32	USP46 (ENSUPAG00010020388) #34	ENSUPAG00010020376 #36	ENSUPAG00010020374 ##36	SGCB (ENSUPAG00010020369)	LRRC66 (ENSUPAG00010020366)	DCUN1D4 (ENSUPAG00010020336)	CWH43 (ENSUPAG00010020291)
Squirrel	MODERN SPECIES	82	SRP72 (ENSSTOG00000007305) #7	PAICS (ENSSTOG00000007284) #8	PPAT (ENSSTOG00000007261) #9	AASDH (ENSSTOG00000007226) #10	ENSSTOG00000028370	ENSSTOG00000032240	CEP135 (ENSSTOG00000000223) #13	EXOC1 (ENSSTOG00000023883) #14	EXOC1L (ENSSTOG00000010455) #15	ENSSTOG00000033766	NMU (ENSSTOG00000006143) #16	PDCL2 (ENSSTOG00000006124) #17	CLOCK (ENSSTOG00000016179) #18	TMEM165 (ENSSTOG00000025897) #20	SRD5A3 (ENSSTOG00000016177) #21	KDR (ENSSTOG00000016171) #22	KIT (ENSSTOG00000000752) #23	PDGFRA (ENSSTOG00000011314) #24	GSX2 (ENSSTOG00000023286) #25	CHIC2 (ENSSTOG00000023668) #26	LNX1 (ENSSTOG00000012178) #28	ENSSTOG00000012166 #29	SCFD2 (ENSSTOG00000012162) #30	RASL11B (ENSSTOG00000027610) #32	ENSSTOG00000033365	USP46 (ENSSTOG00000012149) #34	ENSSTOG00000004581 #36	ENSSTOG00000032283 ##36	SGCB (ENSSTOG00000004569)	LRRC66 (ENSSTOG00000022844)	DCUN1D4 (ENSSTOG00000013799)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	9	ARL9 (ENSMMMG00000021256)	SRP72 (ENSMMMG00000021224) #7	PAICS (ENSMMMG00000021214) #8	ENSMMMG00000021211	ENSMMMG00000021205 #9	AASDH (ENSMMMG00000021120) #10	CRACD (ENSMMMG00000020998) #11	ENSMMMG00000020762 #13	EXOC1 (ENSMMMG00000020709) #14	EXOC1L (ENSMMMG00000020698) #15	NMU (ENSMMMG00000020691) #16	PDCL2 (ENSMMMG00000020666) #17	CLOCK (ENSMMMG00000020601) #18	TMEM165 (ENSMMMG00000020591) #20	SRD5A3 (ENSMMMG00000020584) #21	KDR (ENSMMMG00000020555) #22	KIT (ENSMMMG00000020518) #23	PDGFRA (ENSMMMG00000020466) #24	GSX2 (ENSMMMG00000020460) #25	CHIC2 (ENSMMMG00000020457) #26	LNX1 (ENSMMMG00000020305) #28	ENSMMMG00000020140	SCFD2 (ENSMMMG00000020102) #30	RASL11B (ENSMMMG00000020096) #32	ENSMMMG00000020094	ENSMMMG00000020086	USP46 (ENSMMMG00000020069) #34	ENSMMMG00000020060 #36	ENSMMMG00000020059 ##36	SGCB (ENSMMMG00000020055)	LRRC66 (ENSMMMG00000020043)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	18	ARL9 (ENSSVLG00005019282)	SRP72 (ENSSVLG00005019460) #7	ENSSVLG00005019565 #8	PPAT (ENSSVLG00005019646) #9	ENSSVLG00005019738	AASDH (ENSSVLG00005019805) #10	CRACD (ENSSVLG00005020021) #11	ENSSVLG00005020514 #13	ENSSVLG00005020590 #14	EXOC1L (ENSSVLG00005020891) #15	NMU (ENSSVLG00005020969) #16	PDCL2 (ENSSVLG00005021329) #17	CLOCK (ENSSVLG00005021388) #18	TMEM165 (ENSSVLG00005021425) #20	SRD5A3 (ENSSVLG00005021472) #21	KDR (ENSSVLG00005021516) #22	KIT (ENSSVLG00005021747) #23	PDGFRA (ENSSVLG00005022004) #24	GSX2 (ENSSVLG00005022055) #25	CHIC2 (ENSSVLG00005022117) #26	ENSSVLG00005022179	LNX1 (ENSSVLG00005022254) #28	FIP1L1 (ENSSVLG00005022448)	SCFD2 (ENSSVLG00005022776) #30	RASL11B (ENSSVLG00005022855) #32	ENSSVLG00005022878	USP46 (ENSSVLG00005022950) #34	SPATA18 (ENSSVLG00005023119) #36	SGCB (ENSSVLG00005023300)	LRRC66 (ENSSVLG00005023343)	ENSSVLG00005023431