Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000013443.c #7	ENSGT00940000159788.b #8	ENSGT00940000159543 #9	ENSGT01050000244887.A.a.a.a #10	ENSGT00530000063000.a.a.b #11	ENSGT00390000005605 #12	ENSGT00940000159801.B #13	ENSGT00940000159089 #14	ENSGT00940000158178 #15	ENSGT00900000143551 #16	ENSGT00940000156719 #17	ENSGT00530000063679.B #18	ENSGT00940000155764.C #19	ENSGT00940000158445 #20	ENSGT00390000008862 #21	ENSGT00940000160377 #22	ENSGT00390000010157.b #23	ENSGT00390000018541	ENSGT00940000156887	ENSGT00940000161046 #24	ENSGT00390000005584 #25	ENSGT00940000161012 #26	ENSGT00940000159313 #27	ENSGT00440000034383 #28	ENSGT00510000049338 #29	ENSGT00940000157552 #30	ENSGT00390000016298.a #31	ENSGT00390000008201 #32	ENSGT00940000158145 #33	ENSGT00390000007170 #34	ENSGT00940000160315 #35
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	7	CDC37 (ENSSVLG00005020567) #7	PDE4A (ENSSVLG00005020638) #8	KEAP1 (ENSSVLG00005020889) #9	S1PR5 (ENSSVLG00005020921) #10	ATG4D (ENSSVLG00005020947) #11	KRI1 (ENSSVLG00005020995) #12	CDKN2D (ENSSVLG00005021167) #13	ENSSVLG00005021219 #14	SLC44A2 (ENSSVLG00005021433) #15	ENSSVLG00005021542 #16	ILF3 (ENSSVLG00005021649) #17	QTRT1 (ENSSVLG00005021743) #18	DNM2 (ENSSVLG00005021854) #19	TMED1 (ENSSVLG00005022048) #20	C19orf38 (ENSSVLG00005022088) #21	CARM1 (ENSSVLG00005022155) #22	YIPF2 (ENSSVLG00005022404) #23	LDLR (ENSSVLG00005023861) #24	SPC24 (ENSSVLG00005024002) #25	KANK2 (ENSSVLG00005024021) #26	DOCK6 (ENSSVLG00005024084) #27	ANGPTL8 (ENSSVLG00005024122) #28	TSPAN16 (ENSSVLG00005024177) #29	RAB3D (ENSSVLG00005024280) #30	TMEM205 (ENSSVLG00005024312) #31	CCDC159 (ENSSVLG00005024349) #32	PLPPR2 (ENSSVLG00005024405) #33	SWSAP1 (ENSSVLG00005024453) #34	EPOR (ENSSVLG00005024468) #35	RGL3 (ENSSVLG00005024512) #36	ODAD3 (ENSSVLG00005024648) #37
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000159869	ENSGT00390000013443.c #7	ENSGT00940000159788.b #8	ENSGT00940000159543 #9	ENSGT01050000244887.A.a.a.a #10	ENSGT00530000063000.a.a.b #11	ENSGT00390000005605 #12	ENSGT00940000159801.B #13	ENSGT00940000159089 #14	ENSGT00940000158178 #15	ENSGT00940000156719 #17	ENSGT00530000063679.B #18	ENSGT00940000155764.C #19	ENSGT00940000158445 #20	ENSGT00390000008862 #21	ENSGT00940000160377 #22	ENSGT00390000010157.b #23	ENSGT00390000018541	ENSGT00940000156887	ENSGT00940000161046 #24	ENSGT00390000005584 #25	ENSGT00940000161012 #26	ENSGT00940000159313 #27	ENSGT00440000034383 #28	ENSGT00510000049338 #29	ENSGT00940000157552 #30	ENSGT00390000016298.a #31	ENSGT00390000008201 #32	ENSGT00940000158145 #33	ENSGT00390000007170 #34	ENSGT00940000160315 #35
Alpin marmot	MODERN SPECIES	24	TYK2 (ENSMMMG00000017895)	CDC37 (ENSMMMG00000017941) #7	PDE4A (ENSMMMG00000017967) #8	KEAP1 (ENSMMMG00000018969) #9	ENSMMMG00000018981 #10	ATG4D (ENSMMMG00000018985) #11	KRI1 (ENSMMMG00000019036) #12	ENSMMMG00000019102	AP1M2 (ENSMMMG00000019106) #14	SLC44A2 (ENSMMMG00000019127) #15	ILF3 (ENSMMMG00000019155) #17	QTRT1 (ENSMMMG00000019561) #18	DNM2 (ENSMMMG00000019573) #19	TMED1 (ENSMMMG00000019775) #20	C19orf38 (ENSMMMG00000019779) #21	CARM1 (ENSMMMG00000019799) #22	YIPF2 (ENSMMMG00000019805) #23	ENSMMMG00000019820	SMARCA4 (ENSMMMG00000019826)	LDLR (ENSMMMG00000019891) #24	SPC24 (ENSMMMG00000019947) #25	KANK2 (ENSMMMG00000019957) #26	DOCK6 (ENSMMMG00000019995) #27	ANGPTL8 (ENSMMMG00000020098) #28	TSPAN16 (ENSMMMG00000020105) #29	RAB3D (ENSMMMG00000020113) #30	TMEM205 (ENSMMMG00000020116) #31	CCDC159 (ENSMMMG00000020119) #32	PLPPR2 (ENSMMMG00000020126) #33	SWSAP1 (ENSMMMG00000020143) #34	EPOR (ENSMMMG00000020144) #35
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000159869	ENSGT00390000013443.c #7	ENSGT00940000159788.b #8	ENSGT00940000159543 #9	ENSGT01050000244887.A.a.a.a #10	ENSGT00530000063000.a.a.b #11	ENSGT00390000005605 #12	ENSGT00940000159801.B #13	ENSGT00940000159089 #14	ENSGT00940000158178 #15	ENSGT00940000156719 #17	ENSGT00530000063679.B #18	ENSGT00940000155764.C #19	ENSGT00940000158445 #20	ENSGT00390000008862 #21	ENSGT00940000160377 #22	ENSGT00390000010157.b #23	ENSGT00390000018541	ENSGT00940000156887	ENSGT00940000161046 #24	ENSGT00390000005584 #25	ENSGT00940000161012 #26	ENSGT00940000159313 #27	ENSGT00440000034383 #28	ENSGT00510000049338 #29	ENSGT00940000157552 #30	ENSGT00390000016298.a #31	ENSGT00390000008201 #32	ENSGT00940000158145 #33	ENSGT00390000007170 #34	ENSGT00940000160315 #35
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	217	TYK2 (ENSUPAG00010001822)	CDC37 (ENSUPAG00010001857) #7	PDE4A (ENSUPAG00010001873) #8	KEAP1 (ENSUPAG00010001991) #9	ENSUPAG00010002004 #10	ATG4D (ENSUPAG00010002014) #11	KRI1 (ENSUPAG00010002031) #12	CDKN2D (ENSUPAG00010002067) #13	AP1M2 (ENSUPAG00010002081) #14	SLC44A2 (ENSUPAG00010002115) #15	ILF3 (ENSUPAG00010002202) #17	QTRT1 (ENSUPAG00010002480) #18	DNM2 (ENSUPAG00010002497) #19	TMED1 (ENSUPAG00010003125) #20	C19orf38 (ENSUPAG00010003139) #21	CARM1 (ENSUPAG00010003160) #22	YIPF2 (ENSUPAG00010003190) #23	TIMM29 (ENSUPAG00010003216)	SMARCA4 (ENSUPAG00010003222)	LDLR (ENSUPAG00010003299) #24	SPC24 (ENSUPAG00010003350) #25	KANK2 (ENSUPAG00010003372) #26	DOCK6 (ENSUPAG00010003421) #27	ANGPTL8 (ENSUPAG00010007137) #28	TSPAN16 (ENSUPAG00010007148) #29	RAB3D (ENSUPAG00010007164) #30	TMEM205 (ENSUPAG00010007186) #31	CCDC159 (ENSUPAG00010007207) #32	PLPPR2 (ENSUPAG00010007227) #33	SWSAP1 (ENSUPAG00010007321) #34	EPOR (ENSUPAG00010007323) #35
Squirrel	MODERN SPECIES	259	TYK2 (ENSSTOG00000003264)	CDC37 (ENSSTOG00000015962) #7	PDE4A (ENSSTOG00000027947) #8	KEAP1 (ENSSTOG00000010114) #9	S1PR5 (ENSSTOG00000024850) #10	ATG4D (ENSSTOG00000023750) #11	KRI1 (ENSSTOG00000007660) #12	ENSSTOG00000023338 #13	AP1M2 (ENSSTOG00000007719) #14	SLC44A2 (ENSSTOG00000007737) #15	ILF3 (ENSSTOG00000007786) #17	QTRT1 (ENSSTOG00000020466) #18	DNM2 (ENSSTOG00000007826) #19	TMED1 (ENSSTOG00000023250) #20	C19orf38 (ENSSTOG00000024893) #21	CARM1 (ENSSTOG00000007864) #22	YIPF2 (ENSSTOG00000007905) #23	TIMM29 (ENSSTOG00000026705)	SMARCA4 (ENSSTOG00000007939)	LDLR (ENSSTOG00000007999) #24	SPC24 (ENSSTOG00000008026) #25	KANK2 (ENSSTOG00000008035) #26	DOCK6 (ENSSTOG00000023652) #27	ANGPTL8 (ENSSTOG00000026191) #28	TSPAN16 (ENSSTOG00000002961) #29	RAB3D (ENSSTOG00000027509) #30	TMEM205 (ENSSTOG00000005779) #31	CCDC159 (ENSSTOG00000005786) #32	PLPPR2 (ENSSTOG00000010119) #33	SWSAP1 (ENSSTOG00000002990) #34	EPOR (ENSSTOG00000002992) #35