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Guinea pig	MODERN SPECIES	214						ATG4D (ENSCPOG00000010314) #11	KRI1 (ENSCPOG00000010323) #12	CDKN2D (ENSCPOG00000035178) #13	AP1M2 (ENSCPOG00000026213) #14	SLC44A2 (ENSCPOG00000013720) #15	ILF3 (ENSCPOG00000013726) #17	QTRT1 (ENSCPOG00000025300) #18	DNM2 (ENSCPOG00000002296) #19	TMED1 (ENSCPOG00000033109) #20	C19orf38 (ENSCPOG00000025508) #21	CARM1 (ENSCPOG00000015465) #22	YIPF2 (ENSCPOG00000026134) #23	TIMM29 (ENSCPOG00000031154)	SMARCA4 (ENSCPOG00000015549)	LDLR (ENSCPOG00000006816) #24	KANK2 (ENSCPOG00000027433) #26	DOCK6 (ENSCPOG00000026620) #27	ANGPTL8 (ENSCPOG00000030760) #28	TSPAN16 (ENSCPOG00000020079) #29	RAB3D (ENSCPOG00000030555) #30	TMEM205 (ENSCPOG00000026260) #31	ENSCPOG00000005662 #32	PLPPR2 (ENSCPOG00000005664) #33	SWSAP1 (ENSCPOG00000001918) #34	EPOR (ENSCPOG00000004895) #35	RGL3 (ENSCPOG00000009865) #36
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000159869	ENSGT00390000013443.c #7	ENSGT00940000159788.b #8	ENSGT00940000159543 #9	ENSGT01050000244887.A.a.a.a #10	ENSGT00530000063000.a.a.b #11	ENSGT00390000005605 #12	ENSGT00940000159801.B #13	ENSGT00940000159089 #14	ENSGT00940000158178 #15	ENSGT00940000156719 #17	ENSGT00530000063679.B #18	ENSGT00940000155764.C #19	ENSGT00940000158445 #20	ENSGT00390000008862 #21	ENSGT00940000160377 #22	ENSGT00390000010157.b #23	ENSGT00390000018541	ENSGT00940000156887	ENSGT00940000161046 #24	ENSGT00390000005584 #25	ENSGT00940000161012 #26	ENSGT00940000159313 #27	ENSGT00440000034383 #28	ENSGT00510000049338 #29	ENSGT00940000157552 #30	ENSGT00390000016298.a #31	ENSGT00390000008201 #32	ENSGT00940000158145 #33	ENSGT00390000007170 #34	ENSGT00940000160315 #35
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	202	TYK2 (ENSCLAG00000013417)	CDC37 (ENSCLAG00000004550) #7	PDE4A (ENSCLAG00000005445) #8	KEAP1 (ENSCLAG00000011003) #9	S1PR5 (ENSCLAG00000011673) #10	ATG4D (ENSCLAG00000004668) #11	KRI1 (ENSCLAG00000006582) #12	CDKN2D (ENSCLAG00000016365) #13	AP1M2 (ENSCLAG00000015388) #14	SLC44A2 (ENSCLAG00000017339) #15	ILF3 (ENSCLAG00000011537) #17	QTRT1 (ENSCLAG00000009859) #18	DNM2 (ENSCLAG00000008156) #19	TMED1 (ENSCLAG00000008870) #20	C19orf38 (ENSCLAG00000009782) #21	CARM1 (ENSCLAG00000011012) #22	YIPF2 (ENSCLAG00000011701) #23	TIMM29 (ENSCLAG00000014951)	SMARCA4 (ENSCLAG00000011946)	LDLR (ENSCLAG00000015453) #24	DOCK6 (ENSCLAG00000015319) #27	ANGPTL8 (ENSCLAG00000007166) #28	TSPAN16 (ENSCLAG00000008629) #29	RAB3D (ENSCLAG00000007049) #30	TMEM205 (ENSCLAG00000007329) #31	ENSCLAG00000007718 #32	PLPPR2 (ENSCLAG00000008970) #33	SWSAP1 (ENSCLAG00000011027) #34	EPOR (ENSCLAG00000007667) #35	RGL3 (ENSCLAG00000008655) #36	ODAD3 (ENSCLAG00000008412) #37
Degu	MODERN SPECIES	91	TYK2 (ENSODEG00000016347)	CDC37 (ENSODEG00000016453) #7	PDE4A (ENSODEG00000016246) #8	KEAP1 (ENSODEG00000016128) #9	S1PR5 (ENSODEG00000020555) #10	ATG4D (ENSODEG00000016344) #11	KRI1 (ENSODEG00000016083) #12	CDKN2D (ENSODEG00000016627) #13	AP1M2 (ENSODEG00000016673) #14	SLC44A2 (ENSODEG00000016516) #15	ILF3 (ENSODEG00000015951) #17	QTRT1 (ENSODEG00000015894) #18	DNM2 (ENSODEG00000016299) #19	TMED1 (ENSODEG00000016351) #20	C19orf38 (ENSODEG00000015704) #21	CARM1 (ENSODEG00000015950) #22	YIPF2 (ENSODEG00000015957) #23	TIMM29 (ENSODEG00000015866)	SMARCA4 (ENSODEG00000017127)	LDLR (ENSODEG00000015446) #24	SPC24 (ENSODEG00000016091) #25	KANK2 (ENSODEG00000015842) #26	ANGPTL8 (ENSODEG00000015983) #28	DOCK6 (ENSODEG00000016301) #27	ENSODEG00000015574 #30	TMEM205 (ENSODEG00000016141) #31	ENSODEG00000015784 #32	PLPPR2 (ENSODEG00000018491) #33	SWSAP1 (ENSODEG00000015882) #34	EPOR (ENSODEG00000015732) #35	RGL3 (ENSODEG00000015605) #36