Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000002226 #7	ENSGT00940000156555 #8	ENSGT01090000261778 #9	ENSGT00910000148790 #10	ENSGT00940000157428 #11	ENSGT00980000198588 #12	ENSGT00940000154322.A #13	ENSGT00940000156843 #14	ENSGT00940000159856 #15	ENSGT00940000163071 #16	ENSGT00390000006009.a.a.a #17	ENSGT00390000006555 #18	ENSGT00940000158604 #19	ENSGT00940000160741 #20	ENSGT00390000004832 #21	ENSGT00940000156193 #22	ENSGT00390000001360 #24	ENSGT00940000155420.b #26	ENSGT00390000014787 #27	ENSGT00390000009030 #28	ENSGT00390000006762 #29	ENSGT00940000155932 #30	ENSGT00940000155585 #31	ENSGT00390000000378.d.a #32	ENSGT00940000154503.b #33	ENSGT00940000154503.a ##33	ENSGT00940000156009.A #34	ENSGT00510000047471 #35	ENSGT00940000160488 #36	ENSGT00940000161343 #37	ENSGT00950000183203.d.g
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000160240	ENSGT00390000007512	ENSGT00390000002226 #7	ENSGT00940000156555 #8	ENSGT00940000157428 #11	ENSGT00980000198588 #12	ENSGT00940000154322.A #13	ENSGT00940000156843 #14	ENSGT00940000159856 #15	ENSGT00940000163071 #16	ENSGT00390000006009.a.a.a #17	ENSGT00390000006555 #18	ENSGT00940000158604 #19	ENSGT00940000160741 #20	ENSGT00390000004832 #21	ENSGT00940000156193 #22	ENSGT00390000001360 #24	ENSGT00940000155420.b #26	ENSGT00390000014787 #27	ENSGT00390000009030 #28	ENSGT00390000006762 #29	ENSGT00940000155932 #30	ENSGT00940000155585 #31	ENSGT00390000000378.d.a #32	ENSGT00940000154503.b #33	ENSGT00940000154503.a ##33	ENSGT00940000156009.A #34	ENSGT00510000047471 #35	ENSGT00940000160488 #36	ENSGT00940000161343 #37	ENSGT00950000183203.d.g
Alpin marmot	MODERN SPECIES	42	STXBP4 (ENSMMMG00000020922) #7	HLF (ENSMMMG00000020915) #8	ENSMMMG00000020913 #9	ENSMMMG00000020910 #10	MMD (ENSMMMG00000020888) #11	SMIM36 (ENSMMMG00000020885) #12	TMEM100 (ENSMMMG00000020880) #13	PCTP (ENSMMMG00000020875) #14	ANKFN1 (ENSMMMG00000020855) #15	ENSMMMG00000020845 #16	NOG (ENSMMMG00000020841) #17	C17orf67 (ENSMMMG00000020832) #18	DGKE (ENSMMMG00000020817) #19	TRIM25 (ENSMMMG00000020801) #20	COIL (ENSMMMG00000020795) #21	SCPEP1 (ENSMMMG00000020785) #22	ENSMMMG00000020780 #23	ENSMMMG00000020772 #24	ENSMMMG00000020763 #25	MSI2 (ENSMMMG00000020747) #26	CCDC182 (ENSMMMG00000020744) #27	MRPS23 (ENSMMMG00000020740) #28	CUEDC1 (ENSMMMG00000020733) #29	VEZF1 (ENSMMMG00000020729) #30	SRSF1 (ENSMMMG00000020693) #31	DYNLL2 (ENSMMMG00000020685) #32	OR4D1 (ENSMMMG00000020679) #33	EPX (ENSMMMG00000020642) #34	MKS1 (ENSMMMG00000020621) #35	LPO (ENSMMMG00000020607) #36	MPO (ENSMMMG00000020576) #37
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000160240	ENSGT00390000007512	ENSGT00390000002226 #7	ENSGT00940000156555 #8	ENSGT00940000157428 #11	ENSGT00980000198588 #12	ENSGT00940000154322.A #13	ENSGT00940000156843 #14	ENSGT00940000159856 #15	ENSGT00940000163071 #16	ENSGT00390000006009.a.a.a #17	ENSGT00390000006555 #18	ENSGT00940000158604 #19	ENSGT00940000160741 #20	ENSGT00390000004832 #21	ENSGT00940000156193 #22	ENSGT00390000001360 #24	ENSGT00940000155420.b #26	ENSGT00390000014787 #27	ENSGT00390000009030 #28	ENSGT00390000006762 #29	ENSGT00940000155932 #30	ENSGT00940000155585 #31	ENSGT00390000000378.d.a #32	ENSGT00940000154503.b #33	ENSGT00940000154503.a ##33	ENSGT00940000156009.A #34	ENSGT00510000047471 #35	ENSGT00940000160488 #36	ENSGT00940000161343 #37	ENSGT00950000183203.d.g
Squirrel	MODERN SPECIES	90	CA10 (ENSSTOG00000016378)	KIF2B (ENSSTOG00000011516)	ENSSTOG00000012160	STXBP4 (ENSSTOG00000012175) #7	HLF (ENSSTOG00000029018) #8	MMD (ENSSTOG00000016227) #11	SMIM36 (ENSSTOG00000032016) #12	TMEM100 (ENSSTOG00000012336) #13	PCTP (ENSSTOG00000008053) #14	ANKFN1 (ENSSTOG00000010280) #15	ENSSTOG00000019503 #16	NOG (ENSSTOG00000024922) #17	C17orf67 (ENSSTOG00000025271) #18	TRIM25 (ENSSTOG00000009323) #20	COIL (ENSSTOG00000012512) #21	SCPEP1 (ENSSTOG00000009343) #22	AKAP1 (ENSSTOG00000022206) #24	MSI2 (ENSSTOG00000007884) #26	CCDC182 (ENSSTOG00000020529) #27	MRPS23 (ENSSTOG00000006711) #28	CUEDC1 (ENSSTOG00000002920) #29	VEZF1 (ENSSTOG00000000239) #30	SRSF1 (ENSSTOG00000000243) #31	DYNLL2 (ENSSTOG00000024818) #32	OR4D2 (ENSSTOG00000024883) ##33	EPX (ENSSTOG00000009987) #34	MKS1 (ENSSTOG00000009991) #35	LPO (ENSSTOG00000009999) #36	MPO (ENSSTOG00000010013) #37	TSPOAP1 (ENSSTOG00000023162)	SUPT4H1 (ENSSTOG00000032338)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	358														TRIM25 (ENSUPAG00010015054) #20	COIL (ENSUPAG00010015007) #21	SCPEP1 (ENSUPAG00010014431) #22	AKAP1 (ENSUPAG00010014398) #24	MSI2 (ENSUPAG00010014279) #26	CCDC182 (ENSUPAG00010014275) #27	MRPS23 (ENSUPAG00010014267) #28	CUEDC1 (ENSUPAG00010014241) #29	VEZF1 (ENSUPAG00010014233) #30	SRSF1 (ENSUPAG00010014203) #31	DYNLL2 (ENSUPAG00010014199) #32	OR4D1 (ENSUPAG00010014195) #33	OR4D2 (ENSUPAG00010014191) ##33	EPX (ENSUPAG00010014171) #34	MKS1 (ENSUPAG00010014159) #35	LPO (ENSUPAG00010014144) #36	MPO (ENSUPAG00010014120) #37	TSPOAP1 (ENSUPAG00010014026)
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	TOM1L1 (ENSSVLG00005008148)	COX11 (ENSSVLG00005008220)	STXBP4 (ENSSVLG00005008281) #7	HLF (ENSSVLG00005008325) #8	ENSSVLG00005008375 #9	MMD (ENSSVLG00005008382) #11	SMIM36 (ENSSVLG00005008407) #12	TMEM100 (ENSSVLG00005008462) #13	PCTP (ENSSVLG00005008497) #14	ANKFN1 (ENSSVLG00005008633) #15	NOG (ENSSVLG00005008960) #17	C17orf67 (ENSSVLG00005008977) #18	DGKE (ENSSVLG00005009005) #19	TRIM25 (ENSSVLG00005009042) #20	ENSSVLG00005009077 #21	ENSSVLG00005009156 #22	ENSSVLG00005009268 #22	AKAP1 (ENSSVLG00005009345) #24	MSI2 (ENSSVLG00005009431) #26	CCDC182 (ENSSVLG00005009670) #27	MRPS23 (ENSSVLG00005009697) #28	CUEDC1 (ENSSVLG00005009757) #29	VEZF1 (ENSSVLG00005009804) #30	SRSF1 (ENSSVLG00005009909) #31	DYNLL2 (ENSSVLG00005009962) #32	ENSSVLG00005009988	OR4D1 (ENSSVLG00005010018) #33	OR4D2 (ENSSVLG00005010031) ##33	EPX (ENSSVLG00005010064) #34	MKS1 (ENSSVLG00005010163) #35	LPO (ENSSVLG00005010342) #36
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	COX11 (ENSSVLG00005008220)	STXBP4 (ENSSVLG00005008281) #7	HLF (ENSSVLG00005008325) #8	ENSSVLG00005008375 #9	MMD (ENSSVLG00005008382) #11	SMIM36 (ENSSVLG00005008407) #12	TMEM100 (ENSSVLG00005008462) #13	PCTP (ENSSVLG00005008497) #14	ANKFN1 (ENSSVLG00005008633) #15	NOG (ENSSVLG00005008960) #17	C17orf67 (ENSSVLG00005008977) #18	DGKE (ENSSVLG00005009005) #19	TRIM25 (ENSSVLG00005009042) #20	ENSSVLG00005009077 #21	ENSSVLG00005009156 #22	ENSSVLG00005009268 #22	AKAP1 (ENSSVLG00005009345) #24	MSI2 (ENSSVLG00005009431) #26	CCDC182 (ENSSVLG00005009670) #27	MRPS23 (ENSSVLG00005009697) #28	CUEDC1 (ENSSVLG00005009757) #29	VEZF1 (ENSSVLG00005009804) #30	SRSF1 (ENSSVLG00005009909) #31	DYNLL2 (ENSSVLG00005009962) #32	ENSSVLG00005009988	OR4D1 (ENSSVLG00005010018) #33	OR4D2 (ENSSVLG00005010031) ##33	EPX (ENSSVLG00005010064) #34	MKS1 (ENSSVLG00005010163) #35	LPO (ENSSVLG00005010342) #36	MPO (ENSSVLG00005010554) #37