Otophysi ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000157223 #8 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 #9 ENSGT00390000013048 #10 ENSGT00950000182913.A.b.b #11 ENSGT00950000182913.A.b.a #12 ENSGT00940000164905 #13 ENSGT00940000154666 #14 ENSGT00940000156956 #15 ENSGT00940000153678.a.b #16 ENSGT00390000006485.d #17 ENSGT00940000166567 #18 ENSGT00940000154285.b.a.b #19 ENSGT00940000156939.e #20 ENSGT00390000000417.a.b #21 ENSGT00390000010152 #22 ENSGT00940000159763 #23 ENSGT00940000157816.a.b #24 ENSGT00940000166897 #25 ENSGT00940000160601 #26 ENSGT00940000158825.c #27 ENSGT00940000161128 #28 ENSGT01090000260003.a.a #29 ENSGT00940000157182.g.b #30 ENSGT00390000002105 #31 ENSGT00950000182973.b.a #32 ENSGT00940000156476.g.i ENSGT00940000154905.i.a ENSGT00390000014038 ENSGT00940000159572.a.a #37 ENSGT00390000008748.b.g.b Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00940000157223 #8 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 #9 ENSGT00390000013048 #10 ENSGT00950000182913.A.b.b #11 ENSGT00950000182913.A.b.a #12 ENSGT00940000164905.e.a #13 ENSGT00940000154666 #14 ENSGT00940000156956 #15 ENSGT00940000153678.a.b #16 ENSGT00390000006485.d #17 ENSGT00940000166567 #18 ENSGT00940000154285.b.a.b.c #19 ENSGT00940000156939.e #20 ENSGT00390000000417.a.b #21 ENSGT00390000010152 #22 ENSGT00940000159763 #23 ENSGT00940000157816.a.b #24 ENSGT00940000166897 #25 ENSGT00940000160601 #26 ENSGT00940000158825.c #27 ENSGT00940000161128 #28 ENSGT01090000260003.a.a #29 ENSGT00940000157182.g.b #30 ENSGT00390000002105 #31 ENSGT00950000182973.b.a #32 ENSGT00940000155628 #33 ENSGT00390000006548.a.a #34 ENSGT00940000156684.t #35 ENSGT00940000154617.B.c #36 ENSGT00940000159572.a.a #37 Cyprininae DUPLICATION Cyprininae DUPLICATION Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 110 ENSGT00390000000221.A.c.b #7 ENSGT00940000157223.a #8 ENSGT00940000159184.d #9 ENSGT00390000013048.u.a #10 ENSGT00950000182913.A.b.b.a #11 ENSGT00950000182913.A.b.a.f #12 ENSGT00940000164905.e.a #13 ENSGT00940000154666.u #14 ENSGT00940000156956.k.b #15 ENSGT00940000153678.a.b.d #16 ENSGT00390000006485.d.i #17 ENSGT00940000166567.l #18 ENSGT00940000154285.b.a.b.c.a #19 ENSGT00940000156939.e.b #20 ENSGT00390000000417.a.b.i #21 ENSGT00390000010152.g.b #22 ENSGT00940000159763.c #23 ENSGT00940000157816.a.b.j #24 ENSGT00940000166897.b #25 ENSGT00940000160601.m #26 ENSGT00940000158825.c.g #27 ENSGT00940000161128.j #28 ENSGT01090000260003.a.a.e #29 ENSGT00940000157182.g.b.s #30 ENSGT00390000002105.a #31 ENSGT00950000182973.b.a.e #32 ENSGT00940000155628.q #33 ENSGT00390000006548.a.a #34 ENSGT00940000156684.t.b #35 ENSGT00940000154617.B.c.a #36 ENSGT00940000159572.a.a.b #37 Common carp reference MODERN SPECIES 6 MICAL2 (ENSCCRG00000064288) dkk3a (ENSCCRG00000014225) #7 usp47 (ENSCCRG00000014365) ##8 vat1l (ENSCCRG00000027568) #9 bola3 (ENSCCRG00000002888) #10 bco1 (ENSCCRG00000027496) #11 bco1l (ENSCCRG00000013748) #12 ENSCCRG00000013741 #13 ipo7 (ENSCCRG00000013081) #14 tmem41b (ENSCCRG00000071144) #15 DENND5A (ENSCCRG00000043145) #16 sinhcafl (ENSCCRG00000062499) #17 ENSCCRG00000057903 #19 ENSCCRG00000043061 #20 dhcr7 (ENSCCRG00000057526) #21 nadsyn1 (ENSCCRG00000002307) #22 tpcn2 (ENSCCRG00000045490) #23 ccnd1 (ENSCCRG00000007012) #24 lto1 (ENSCCRG00000065219) #25 fgf19 (ENSCCRG00000004531) #26 fgf4 (ENSCCRG00000067051) #27 fgf3 (ENSCCRG00000004557) #28 zgc:153993 (ENSCCRG00000046765) #29 ano1a (ENSCCRG00000020360) #30 FADD (ENSCCRG00000072094) #31 pacsin3 (ENSCCRG00000021727) #32 csnk1g1 (ENSCCRG00000033888) #33 ENSCCRG00000012636 rps17 (ENSCCRG00000074570) #34 neo1a (ENSCCRG00000028503) #35 chrna7a (ENSCCRG00000016316) #36 Golden-line barbel MODERN SPECIES 61 TEAD1 (ENSSGRG00000015278) parvab (ENSSGRG00000015281) MICAL2 (ENSSGRG00000015385) dkk3a (ENSSGRG00000015386) #7 usp47 (ENSSGRG00000015388) #8 CLEC3A (ENSSGRG00000015512) vat1l (ENSSGRG00000015514) ##9 bco1 (ENSSGRG00000015516) ##12 bco1l (ENSSGRG00000015524) ##12 ipo7 (ENSSGRG00000015566) ##14 tmem41b (ENSSGRG00000015657) ##15 DENND5A (ENSSGRG00000015660) ##16 sinhcafl (ENSSGRG00000015782) #17 MMP15 (ENSSGRG00000015795) ##20 dhcr7 (ENSSGRG00000016611) ##21 nadsyn1 (ENSSGRG00000016645) ##22 tpcn2 (ENSSGRG00000016652) ##23 ccnd1 (ENSSGRG00000016653) ##24 ENSSGRG00000016672 fgf19 (ENSSGRG00000016673) ##26 fgf4 (ENSSGRG00000016674) ##27 fgf3 (ENSSGRG00000016675) ##28 ENSSGRG00000016676 SLC2A13 (ENSSGRG00000016677) ENSSGRG00000016678 ENSSGRG00000016679 slco1d1 (ENSSGRG00000016692) ENSSGRG00000017122 ENSSGRG00000017127 IAPP (ENSSGRG00000017128) pyroxd1 (ENSSGRG00000017130) Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 305 ENSGT00940000158780.f.d ENSGT00390000000221.A.c #7 ENSGT00940000157223 #8 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184.c ##9 ENSGT00390000013048.u.b ##10 ENSGT00950000182913.A.b.b.b ##12 ENSGT00950000182913.A.b.a.e ##12 ENSGT00940000154666.v ##14 ENSGT00940000156956.k #15 ENSGT00940000153678.a.b.c ##16 ENSGT00390000006485.d.j ##17 ENSGT00940000166567.k.a ##18 ENSGT00940000156939.e.a ##20 ENSGT00390000000417.a.b.j ##21 ENSGT00390000010152.h ##22 ENSGT00940000159763.d ##23 ENSGT00940000157816.a.b.i ##24 ENSGT00940000166897 #25 ENSGT00940000160601.n ##26 ENSGT00940000158825.c.h ##27 ENSGT00940000161128.i ##28 ENSGT01090000260003.a.a.f ##29 ENSGT00940000157182.g.b.t ##30 ENSGT00390000002105.b ##31 ENSGT00950000182973.b.a.f ##32 ENSGT00940000155628.r ##33 ENSGT00940000156684.t.a ##35 ENSGT00940000154617.B.c.b ##36 ENSGT00940000159572.a.a.a ##37 ENSGT00390000008748.b.g.b.b Goldfish MODERN SPECIES 47 MICAL2 (ENSCARG00000062739) dkk3a (ENSCARG00000062906) #7 usp47 (ENSCARG00000063051) #8 CLEC3A (ENSCARG00000065246) vat1l (ENSCARG00000065255) ##9 bola3 (ENSCARG00000065276) ##10 bco1 (ENSCARG00000065291) ##12 bco1l (ENSCARG00000065320) ##12 ipo7 (ENSCARG00000065426) ##14 tmem41b (ENSCARG00000065632) #15 DENND5A (ENSCARG00000065853) ##16 sinhcafl (ENSCARG00000068201) ##17 ENSCARG00000068238 ##18 MMP15 (ENSCARG00000068317) ##20 dhcr7 (ENSCARG00000068365) ##21 nadsyn1 (ENSCARG00000068389) ##22 tpcn2 (ENSCARG00000068478) ##23 ccnd1 (ENSCARG00000068731) ##24 lto1 (ENSCARG00000068739) #25 fgf19 (ENSCARG00000068743) ##26 fgf4 (ENSCARG00000068748) ##27 fgf3 (ENSCARG00000068754) ##28 zgc:153993 (ENSCARG00000068761) ##29 ano1a (ENSCARG00000068786) ##30 FADD (ENSCARG00000068856) ##31 pacsin3 (ENSCARG00000068872) ##32 csnk1g1 (ENSCARG00000068939) ##33 ENSCARG00000069020 rps17 (ENSCARG00000069033) #34 neo1a (ENSCARG00000069337) ##35 chrna7a (ENSCARG00000069888) ##36 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 94 ENSGT00940000158780.f.d ENSGT00390000000221.A.c.a ##7 ENSGT00940000157223.b ##8 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184.c ##9 ENSGT00950000182913.A.b.b.b ##12 ENSGT00950000182913.A.b.a.e ##12 ENSGT00940000154666.v ##14 ENSGT00940000156956.k.a ##15 ENSGT00940000153678.a.b.c ##16 ENSGT00390000006485.d.j ##17 ENSGT00940000166567.k.a ##18 ENSGT00940000154285.b.a.b.c.b ##19 ENSGT00940000156939.e.a ##20 ENSGT00390000000417.a.b.j ##21 ENSGT00390000010152.h ##22 ENSGT00940000159763.d ##23 ENSGT00940000157816.a.b.i ##24 ENSGT00940000166897.a ##25 ENSGT00940000160601.n ##26 ENSGT00940000158825.c.h ##27 ENSGT00940000161128.i ##28 ENSGT01090000260003.a.a.f ##29 ENSGT00940000157182.g.b.t ##30 ENSGT00390000002105.b ##31 ENSGT00950000182973.b.a.f ##32 ENSGT00940000155628.r ##33 ENSGT00940000156684.t.a ##35 ENSGT00940000154617.B.c.b ##36 ENSGT00940000159572.a.a.a ##37 ENSGT00390000008748.b.g.b.b Golden-line barbel MODERN SPECIES 3743 nadsyn1 (ENSSGRG00000004884) ##22 Common carp reference MODERN SPECIES parvab (ENSCCRG00000031310) MICAL2 (ENSCCRG00000031249) dkk3a (ENSCCRG00000061308) ##7 usp47 (ENSCCRG00000020193) #8 vat1l (ENSCCRG00000080998) ##9 bco1 (ENSCCRG00000003349) ##12 bco1l (ENSCCRG00000063942) ##12 ipo7 (ENSCCRG00000011437) ##14 tmem41b (ENSCCRG00000053584) ##15 DENND5A (ENSCCRG00000043286) ##16 sinhcafl (ENSCCRG00000070183) ##17 ENSCCRG00000043085 ##18 ENSCCRG00000036225 ##19 ENSCCRG00000081502 ##20 dhcr7 (ENSCCRG00000068782) ##21 nadsyn1 (ENSCCRG00000061042) ##22 tpcn2 (ENSCCRG00000026408) ##23 CCND1 (ENSCCRG00000053902) ##24 lto1 (ENSCCRG00000056961) ##25 fgf19 (ENSCCRG00000061363) ##26 fgf4 (ENSCCRG00000030330) ##27 fgf3 (ENSCCRG00000078069) ##28 zgc:153993 (ENSCCRG00000080344) ##29 ano1a (ENSCCRG00000053149) ##30 pacsin3 (ENSCCRG00000009284) ##32 csnk1g1 (ENSCCRG00000080486) ##33 neo1a (ENSCCRG00000010056) ##35 ENSCCRG00000034969 chrna7a (ENSCCRG00000060541) ##36 ENSCCRG00000070394 ##37 trip4 (ENSCCRG00000050826) Zebrafish MODERN SPECIES 11 ENSDARG00000107511 tmem68 (ENSDARG00000086737) xkr4 (ENSDARG00000104264) ENSDARG00000090770 ENSDARG00000113057 buc (ENSDARG00000096095) RNF152 (ENSDARG00000087782) gad3 (ENSDARG00000055370) mc4r (ENSDARG00000015515) C2H5orf22 (ENSDARG00000011723) cdh6 (ENSDARG00000014522) ENSDARG00000110748 #19 ENSDARG00000114465 ##19 MMP15 (ENSDARG00000013072) #20 dhcr7 (ENSDARG00000103226) #21 nadsyn1 (ENSDARG00000101378) #22 cdh10a (ENSDARG00000055843) cdh12a (ENSDARG00000078226) cdh18a (ENSDARG00000061371) cahz (ENSDARG00000011166) dlgap1a (ENSDARG00000014280) ptf1a (ENSDARG00000014479) ENSDARG00000076896 ENSDARG00000031658 paxip1 (ENSDARG00000005606) htr5aa (ENSDARG00000038869) en2b (ENSDARG00000038868) cnpy1 (ENSDARG00000003757) ENSDARG00000094896 shhb (ENSDARG00000038867) dnajb6a (ENSDARG00000004680) Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000157223 #8 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 #9 ENSGT00390000013048 #10 ENSGT00950000182913.A.b.b #11 ENSGT00950000182913.A.b.a #12 ENSGT00940000164905.g #13 ENSGT00940000154666 #14 ENSGT00940000156956 #15 ENSGT00940000153678.a.b #16 ENSGT00390000006485.d #17 ENSGT00940000166567 #18 ENSGT00940000154285.b.a.b #19 ENSGT00940000156939.e #20 ENSGT00390000000417.a.b #21 ENSGT00390000010152 #22 ENSGT00940000159763 #23 ENSGT00940000157816.a.b #24 ENSGT00940000166897 #25 ENSGT00940000160601 #26 ENSGT00940000158825.c #27 ENSGT00940000161128 #28 ENSGT01090000260003.a.a #29 ENSGT00940000157182.g.b #30 ENSGT00390000002105 #31 ENSGT00950000182973.b.a #32 ENSGT00940000156476.g.i ENSGT00940000154905.i.a ENSGT00390000014038 ENSGT00940000159572.a.a #37 ENSGT00390000008748.b.g.b Channel catfish MODERN SPECIES 1 vat1l (ENSIPUG00000020559) #9 bola3 (ENSIPUG00000020548) #10 bco1 (ENSIPUG00000020500) #11 bco1l (ENSIPUG00000020470) #12 ENSIPUG00000020353 #13 ipo7 (ENSIPUG00000020136) #14 tmem41b (ENSIPUG00000020102) #15 dennd5a (ENSIPUG00000019992) #16 sinhcafl (ENSIPUG00000019971) #17 ENSIPUG00000019962 #18 ENSIPUG00000019949 #19 ENSIPUG00000019940 #19 ENSIPUG00000019843 #19 Mmp15 (ENSIPUG00000019812) #20 dhcr7 (ENSIPUG00000019766) #21 NADSYN1 (ENSIPUG00000019689) #22 tpcn2 (ENSIPUG00000019633) #23 ENSIPUG00000014590 ccnd1 (ENSIPUG00000014564) #24 oraov1 (ENSIPUG00000014549) #25 fgf19 (ENSIPUG00000014545) #26 fgf4 (ENSIPUG00000014536) #27 fgf3 (ENSIPUG00000014520) #28 zgc:153993 (ENSIPUG00000014498) #29 ano1a (ENSIPUG00000014429) #30 fadd (ENSIPUG00000014390) #31 pacsin3 (ENSIPUG00000014353) #32 csnk1g1 (ENSIPUG00000014243) #33 ENSIPUG00000014229 ##34 neo1a (ENSIPUG00000013896) #35 scamp2l (ENSIPUG00000013855) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000157223 #8 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 #9 ENSGT00390000013048 #10 ENSGT00950000182913.A.b.b #11 ENSGT00950000182913.A.b.a #12 ENSGT00940000164905.g #13 ENSGT00940000154666 #14 ENSGT00940000156956 #15 ENSGT00940000153678.a.b #16 ENSGT00390000006485.d #17 ENSGT00940000166567 #18 ENSGT00940000154285.b.a.b #19 ENSGT00940000156939.e #20 ENSGT00390000000417.a.b #21 ENSGT00390000010152 #22 ENSGT00940000159763 #23 ENSGT00940000157816.a.b #24 ENSGT00940000166897 #25 ENSGT00940000160601 #26 ENSGT00940000158825.c #27 ENSGT00940000161128 #28 ENSGT01090000260003.a.a #29 ENSGT00940000157182.g.b #30 ENSGT00390000002105 #31 ENSGT00950000182973.b.a #32 ENSGT00390000006548.b ##34 ENSGT00940000156476.g.i ENSGT00940000154905.i.a ENSGT00390000014038 ENSGT00940000159572.a.a #37 Electric eel MODERN SPECIES 9 dkk3a (ENSEEEG00000016323) #7 usp47 (ENSEEEG00000016329) #8 CLEC3A (ENSEEEG00000016692) vat1l (ENSEEEG00000016693) #9 bola3 (ENSEEEG00000016696) #10 bco1 (ENSEEEG00000016701) #11 bco1l (ENSEEEG00000016734) #12 ENSEEEG00000016736 #13 ipo7 (ENSEEEG00000016768) #14 tmem41b (ENSEEEG00000017445) #15 DENND5A (ENSEEEG00000017492) #16 sinhcafl (ENSEEEG00000017992) #17 ENSEEEG00000017995 #18 MMP15 (ENSEEEG00000017998) #20 dhcr7 (ENSEEEG00000017999) #21 nadsyn1 (ENSEEEG00000018007) #22 tpcn2 (ENSEEEG00000018286) #23 ccnd1 (ENSEEEG00000018287) #24 lto1 (ENSEEEG00000018288) #25 fgf19 (ENSEEEG00000018290) #26 fgf4 (ENSEEEG00000018293) #27 fgf3 (ENSEEEG00000018294) #28 zgc:153993 (ENSEEEG00000018296) #29 ano1a (ENSEEEG00000018297) #30 FADD (ENSEEEG00000018298) #31 pacsin3 (ENSEEEG00000018299) #32 csnk1g1 (ENSEEEG00000018313) #33 ENSEEEG00000018367 ##34 ENSEEEG00000018375 neo1a (ENSEEEG00000018379) #35 scamp2l (ENSEEEG00000018382) Characoidei ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000156939.e #20 ENSGT00390000000417.a.b #21 ENSGT00390000010152 #22 ENSGT00940000159763 #23 ENSGT00940000157816.a.b #24 ENSGT00940000166897 #25 ENSGT00940000160601 #26 ENSGT00940000158825.c #27 ENSGT00940000161128 #28 ENSGT01090000260003.a.a #29 ENSGT00940000157182.g.b #30 ENSGT00390000002105 #31 ENSGT00950000182973.b.a #32 ENSGT00390000006548.b ##34 ENSGT00940000156476.g.i ENSGT00940000154905.i.a ENSGT00390000014038 ENSGT00940000159572.a.a #37 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 161 ENSPNAG00000022356 #18 ENSPNAG00000022339 #18 ENSPNAG00000022293 #18 ENSPNAG00000022279 #19 ENSPNAG00000022261 ##19 MMP15 (ENSPNAG00000022228) #20 dhcr7 (ENSPNAG00000022163) #21 nadsyn1 (ENSPNAG00000022104) #22 tpcn2 (ENSPNAG00000022015) #23 ccnd1 (ENSPNAG00000006903) #24 lto1 (ENSPNAG00000021864) #25 fgf19 (ENSPNAG00000021853) #26 fgf4 (ENSPNAG00000021832) #27 fgf3 (ENSPNAG00000021821) #28 zgc:153993 (ENSPNAG00000021787) #29 ENSPNAG00000021755 #30 ENSPNAG00000021722 #30 csnk1g1 (ENSPNAG00000021696) #33 ENSPNAG00000021585 ##34 neo1a (ENSPNAG00000003684) #35 scamp2l (ENSPNAG00000021222) myo9aa (ENSPNAG00000021097) senp8 (ENSPNAG00000020966) Mexicana tetra DUPLICATION Mexicana tetra MODERN SPECIES 851 ENSAMXG00000033181 #22 tpcn2 (ENSAMXG00000009719) #23 Mexicana tetra MODERN SPECIES 1365 dhcr7 (ENSAMXG00000034790) #21 nadsyn1 (ENSAMXG00000009740) #22 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 369 ENSGT00940000156939.e #20 ENSGT00390000000417.a.b #21 ENSGT00390000010152 #22 ENSGT00940000159763 #23 ENSGT00940000157816.a.b #24 ENSGT00940000166897 #25 ENSGT00940000160601 #26 ENSGT00940000158825.c #27 ENSGT00940000161128 #28 ENSGT01090000260003.a.a #29 ENSGT00940000157182.g.b #30 ENSGT00390000002105 #31 ENSGT00950000182973.b.a #32 Atlantic herring MODERN SPECIES 22 ENSCHAG00000019765 ogfod1 (ENSCHAG00000019822) vrk3 (ENSCHAG00000020607) ENSCHAG00000020655 ENSCHAG00000020679 gfod2 (ENSCHAG00000020683) tmed3 (ENSCHAG00000020686) cog4 (ENSCHAG00000020705) ENSCHAG00000021363 gtf2a2 (ENSCHAG00000021562) ENSCHAG00000021663 ENSCHAG00000021671 ENSCHAG00000021683 VPS13C (ENSCHAG00000021835) dhcr7 (ENSCHAG00000026031) #21 nadsyn1 (ENSCHAG00000026058) #22 tpcn2 (ENSCHAG00000026108) #23 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000183051.b.a ENSGT00490000043434 ENSGT00530000063023.A.a ENSGT00940000164020.c ENSGT00950000183156.b ENSGT00940000160143 ENSGT00730000110960.b ENSGT00970000197355 ENSGT00940000158295 ENSGT00390000015672 ENSGT00940000166567 #18 ENSGT00940000154285.b.a.b #19 ENSGT00940000154285.b.a.a.b ##19 ENSGT00940000156939.e #20 ENSGT00390000000417.a.b #21 ENSGT00390000010152 #22 ENSGT00940000159763 #23 ENSGT00940000157816.b ##24 ENSGT00940000160601 #26 ENSGT00940000158825.c #27 ENSGT00940000161128 #28 ENSGT01090000260003.a.a #29 ENSGT00940000157182.g.b #30 ENSGT00390000002105 #31 ENSGT00940000163716.c.a.a.b ENSGT00940000154856.A.a.c.a.a ENSGT00940000154856.A.a.c.a.b.a.b ENSGT00940000161051.a.a.b.b.b.a ENSGT00390000000020.b ENSGT01020000230346.E ENSGT01050000244888.b.b.a.a Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00530000063023.A.a ENSGT00940000164020.c ENSGT00950000183156.b ENSGT00940000160143 ENSGT00730000110960.b ENSGT00940000154285.b.a.a.b ##19 ENSGT00970000198111 ENSGT00390000005651.n ENSGT00940000156113 ENSGT00940000158295 ENSGT00390000015672 ENSGT00940000166567 #18 ENSGT00940000154285.b.a.b #19 ENSGT00940000156939.e #20 ENSGT00390000000417.a.b #21 ENSGT00390000010152 #22 ENSGT00940000159763 #23 ENSGT00940000157816.b ##24 ENSGT00940000160601 #26 ENSGT00940000158825.c #27 ENSGT00940000161128 #28 ENSGT01090000260003.a.a #29 ENSGT00940000157182.g.b #30 ENSGT00390000002105 #31 ENSGT00940000163716.c.a.a.b ENSGT00940000154856.A.a.c.a.a ENSGT00940000154856.A.a.c.a.b.a.b ENSGT00940000161051.a.a.b.b.b.a ENSGT00390000000020.b ENSGT01020000230346.E ENSGT01050000244888.b.b.a.a Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 361 ENSGT00730000110960.b.a.b.b ENSGT00940000154285.b.a.a.b.e.a ##19 ENSGT00940000156113.s.a ENSGT00940000158295.m ENSGT00390000015672.c ENSGT00940000166567.g #18 ENSGT00940000154285.b.a.b.f #19 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#22 ENSGT00940000159763.p.a #23 ENSGT00940000157816.a.b.d #24 ENSGT00940000166897.c #25 ENSGT00390000017697.b.eb.a.b ENSGT00940000154848.b.c.b ENSGT00940000154511.a.g.a ENSGT00950000182909.b.b.b.q.a.a ENSGT00390000008797.d ENSGT00940000157348.t ENSGT00390000012337.f ENSGT00390000017259.bb.a ENSGT00940000157787.e ENSGT00510000047505.i ENSGT00940000161325.p.b ENSGT00950000183176.b.e.w.b.a Salmo ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00950000183051.b.a.d ENSGT00490000043434.h ENSGT00530000063023.A.a.m ENSGT00950000183156.b.i ENSGT00940000154285.b.b.c.b.b ##19 ENSGT00940000160143.d ENSGT00730000110960.b.a.b.a.a ENSGT00940000154285.b.a.a.b.e.a ##19 ENSGT00940000156113.s.a ENSGT00940000158295.m ENSGT00390000015672.c ENSGT00940000166567.g #18 ENSGT00940000154285.b.a.b.f #19 ENSGT00940000156939.e.c #20 ENSGT00390000000417.a.b.k #21 ENSGT00390000010152.a #22 ENSGT00940000159763.p.a #23 ENSGT00940000157816.a.b.d #24 ENSGT00940000166897.c #25 ENSGT00390000017697.b.eb.b.b ENSGT00940000154848.b.c.b ENSGT00940000154511.a.g.a ENSGT00950000182909.b.b.b.q.a.a ENSGT00390000008797.d ENSGT00940000157348.t ENSGT00390000012337.f ENSGT00390000017259.bb.a ENSGT00940000157787.e ENSGT00510000047505.i ENSGT00940000161325.p.b ENSGT00950000183176.b.e.w.b.a Atlantic salmon MODERN SPECIES 2 ENSSSAG00000066468 ENSSSAG00000114655 ENSSSAG00000066529 ENSSSAG00000067434 DOK4 (ENSSSAG00000088848) ccdc102a (ENSSSAG00000067556) adgrg1 (ENSSSAG00000067566) ##19 ENSSSAG00000067569 slc7a6 (ENSSSAG00000067592) slc7a6os (ENSSSAG00000068214) ENSSSAG00000068220 #20 ENSSSAG00000068215 #18 ENSSSAG00000093989 #19 ENSSSAG00000105034 dhcr7 (ENSSSAG00000090510) #21 nadsyn1 (ENSSSAG00000068295) #22 ENSSSAG00000102017 tpcn2 (ENSSSAG00000070595) #23 ENSSSAG00000108373 #24 lto1 (ENSSSAG00000071982) #25 ENSSSAG00000071996 ENSSSAG00000072016 ENSSSAG00000066114 RNF166 (ENSSSAG00000072323) ctu2 (ENSSSAG00000072330) PIEZO1 (ENSSSAG00000072401) CDT1 (ENSSSAG00000072506) aprt (ENSSSAG00000111408) galns (ENSSSAG00000072515) PABPN1L (ENSSSAG00000072555) trappc2l (ENSSSAG00000072525) River trout MODERN SPECIES 3 tshz3b (ENSSTUG00000022482) ZNF507 (ENSSTUG00000022485) DPY19L3 (ENSSTUG00000022506) ENSSTUG00000000947 ENSSTUG00000001464 ENSSTUG00000001811 ##19 DOK4 (ENSSTUG00000001853) ccdc102a (ENSSTUG00000001872) adgrg1 (ENSSTUG00000001900) ##19 ENSSTUG00000001908 slc7a6 (ENSSTUG00000001924) slc7a6os (ENSSTUG00000002070) ENSSTUG00000002082 #19 MMP15 (ENSSTUG00000002121) #20 dhcr7 (ENSSTUG00000002389) #21 nadsyn1 (ENSSTUG00000002449) #22 tpcn2 (ENSSTUG00000002487) #23 ENSSTUG00000002558 ccnd1 (ENSSTUG00000002561) #24 lto1 (ENSSTUG00000002591) #25 ciao2b (ENSSTUG00000002626) ENSSTUG00000002748 ENSSTUG00000004999 RNF166 (ENSSTUG00000005006) ctu2 (ENSSTUG00000005038) PIEZO1 (ENSSTUG00000005320) CDT1 (ENSSTUG00000006636) aprt (ENSSTUG00000006682) galns (ENSSTUG00000006687) trappc2l (ENSSTUG00000006731) PABPN1L (ENSSTUG00000006789) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00530000063023.A.a.m ENSGT00940000164020.c.d 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(ENSOMYG00000037317) ##19 ENSOMYG00000037340 slc7a6 (ENSOMYG00000037439) slc7a6os (ENSOMYG00000037648) ENSOMYG00000053770 ENSOMYG00000037718 #20 ENSOMYG00000037739 #21 nadsyn1 (ENSOMYG00000037829) #22 tpcn2 (ENSOMYG00000038011) #23 ENSOMYG00000066369 ENSOMYG00000038167 #24 lto1 (ENSOMYG00000038146) #25 ciao2b (ENSOMYG00000038177) ENSOMYG00000038855 ENSOMYG00000041324 RNF166 (ENSOMYG00000054129) ctu2 (ENSOMYG00000041336) PIEZO1 (ENSOMYG00000041383) CDT1 (ENSOMYG00000041432) aprt (ENSOMYG00000041443) galns (ENSOMYG00000041454) trappc2l (ENSOMYG00000041458) PABPN1L (ENSOMYG00000041475) Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00490000043434.h ENSGT00530000063023.A.a.n.a.a.b ENSGT00940000164020.c.d ENSGT00950000183156.b.i ENSGT00940000160143.d ENSGT00730000110960.b.a.b.b ENSGT00940000154285.b.a.a.b.e.a ##19 ENSGT00940000156113.s.a ENSGT00940000158295.m ENSGT00390000015672.c ENSGT00940000166567.g #18 ENSGT00940000154285.b.a.b.f #19 ENSGT00940000154285.b.a.a.b.f.b ##19 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ENSGT00940000154856.A.a.c.a.b.a.b.c ENSGT00940000154856.A.a.c.a.b.a.b.d ENSGT00940000154856.A.a.c.a.a.j.a ENSGT00390000000020.b ENSGT00390000006876 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a Tongue sole MODERN SPECIES 15 uqcrfs1 (ENSCSEG00000007223) ENSCSEG00000007236 KBTBD13 (ENSCSEG00000007265) ENSCSEG00000007277 spg21 (ENSCSEG00000007309) ENSCSEG00000007336 shcbp1 (ENSCSEG00000007341) ANO9 (ENSCSEG00000007359) sh3gl3a (ENSCSEG00000007417) BNC1 (ENSCSEG00000007441) HDGFL3 (ENSCSEG00000007457) rbb4l (ENSCSEG00000007481) txlng (ENSCSEG00000007505) ccdc102a (ENSCSEG00000007518) DOK4 (ENSCSEG00000007540) nadsyn1 (ENSCSEG00000007556) #22 tpcn2 (ENSCSEG00000007591) #23 CTTN (ENSCSEG00000007610) ENSCSEG00000007629 ppfia1 (ENSCSEG00000007640) ENSCSEG00000007874 ENSCSEG00000007884 arfgap2 (ENSCSEG00000007898) pex16 (ENSCSEG00000007925) cars1 (ENSCSEG00000007939) crybgx (ENSCSEG00000007996) tipin (ENSCSEG00000008013) dis3l (ENSCSEG00000008022) gjd6 (ENSCSEG00000008036) ENSCSEG00000008045 lmnl3 (ENSCSEG00000008077) Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000159159 ENSGT01050000244942.a ENSGT00940000160013 ENSGT00550000074806 ENSGT00940000158143 ENSGT00940000164952 ENSGT00940000159206.b ENSGT01090000260005.a.b.b ENSGT00940000157398.i.a ENSGT00390000005844.a.a ENSGT00940000153942.b ENSGT00940000154748.A ENSGT00940000155463 ENSGT00730000110960.b ENSGT00940000160143 ENSGT00390000010152 #22 ENSGT00940000159763 #23 ENSGT00390000010067 ENSGT00940000160728.i ENSGT00940000159506 ENSGT00390000000954 ENSGT01090000260003.a.a #29 ENSGT00940000157182.g.b #30 ENSGT00390000002105 #31 ENSGT00940000154856.A.a.c.a.b.a.b.c ENSGT00940000163716.c.a.a.b ENSGT00940000161051.a.a.b.b.b.a ENSGT00390000000020.b ENSGT00390000006876 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a Zig-zag eel MODERN SPECIES 17 STARD5 (ENSMAMG00000011283) TMC3 (ENSMAMG00000011291) mex3b (ENSMAMG00000011325) EFL1 (ENSMAMG00000011336) ENSMAMG00000011366 ENSMAMG00000011383 ENSMAMG00000011396 gjd6 (ENSMAMG00000026342) sh3gl3a (ENSMAMG00000011464) ENSMAMG00000011502 ENSMAMG00000011517 ENSMAMG00000011524 ENSMAMG00000011546 ENSMAMG00000011553 ENSMAMG00000011566 ENSMAMG00000011586 #22 ENSMAMG00000011631 #23 ENSMAMG00000011716 ENSMAMG00000011757 ENSMAMG00000011769 Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000159159 ENSGT01050000244942.a ENSGT00940000160013 ENSGT00550000074806 ENSGT00940000158143 ENSGT00940000164952 ENSGT00940000159206.b ENSGT01090000260005.a.b.b ENSGT00940000157398.i.a ENSGT00390000005844.a.a ENSGT00940000153942.b ENSGT00940000154748.A ENSGT00940000155463 ENSGT00730000110960.b ENSGT00940000160143 ENSGT00390000010152 #22 ENSGT00940000159763 #23 ENSGT00390000010067 ENSGT00940000160728.i ENSGT00940000159506 ENSGT00390000000954 ENSGT01090000260003.a.a #29 ENSGT00940000157182.g.b #30 ENSGT00390000002105 #31 ENSGT00940000154856.A.a.c.a.b.a.b.c ENSGT00940000161051.a.a.b.b.b.a ENSGT00940000163716.c.a.a.b ENSGT00390000000020.b ENSGT00390000006876 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a Climbing perch MODERN SPECIES 16 ENSATEG00000005293 ENSATEG00000027189 ENSATEG00000027538 ENSATEG00000012520 ENSATEG00000012542 gjd6 (ENSATEG00000027832) sh3gl3a (ENSATEG00000012578) ENSATEG00000012626 ENSATEG00000012647 ENSATEG00000027945 HDGFL3 (ENSATEG00000026674) ENSATEG00000012737 ENSATEG00000012802 ENSATEG00000012814 ENSATEG00000012881 ENSATEG00000012923 #22 ENSATEG00000013005 #23 ENSATEG00000013028 ENSATEG00000029217 Siamese fighting fish MODERN SPECIES 14 CIB2 (ENSBSLG00000008126) idh3a (ENSBSLG00000007611) rab8b (ENSBSLG00000007569) ctrb.2 (ENSBSLG00000007558) ENSBSLG00000007555 ENSBSLG00000007279 ENSBSLG00000007276 ENSBSLG00000007273 lmnl3 (ENSBSLG00000007264) BNC1 (ENSBSLG00000007260) HDGFL3 (ENSBSLG00000007256) rbb4l (ENSBSLG00000007158) txlng (ENSBSLG00000006717) ccdc102a (ENSBSLG00000006450) DOK4 (ENSBSLG00000006359) nadsyn1 (ENSBSLG00000005479) #22 tpcn2 (ENSBSLG00000004940) #23 pop4 (ENSBSLG00000004813) PLEKHF1 (ENSBSLG00000004790) RWDD3 (ENSBSLG00000004768) zgc:153993 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ENSGT00940000157182.g.b #30 Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 106 ENSGT00940000153942.b ENSGT00940000154748.A ENSGT00940000155463 ENSGT00730000110960.b ENSGT00390000010152 #22 ENSGT00940000159763 #23 ENSGT00390000010067 ENSGT00390000000954 ENSGT00530000063760.a ENSGT00390000006876 ENSGT00390000000020.b ENSGT00940000163716.c.a.a.b ENSGT00940000161051.a.a.b.b.b.a ENSGT00940000154856.A.a.c.a.a ENSGT00390000002105 #31 ENSGT01090000260003.a.a #29 ENSGT00940000160601 #26 Fugu DUPLICATION Fugu MODERN SPECIES 4 cplx3a (ENSTRUG00000030806) ENSTRUG00000021358 CSK (ENSTRUG00000030721) ENSTRUG00000028152 cyp1a (ENSTRUG00000032673) CYP1A1 (ENSTRUG00000000989) ENSTRUG00000032904 ccne1 (ENSTRUG00000001296) ENSTRUG00000031408 ccne1 (ENSTRUG00000001834) HDGFL3 (ENSTRUG00000029897) ENSTRUG00000000593 txlng (ENSTRUG00000002592) ENSTRUG00000026591 ccdc102a (ENSTRUG00000003308) nadsyn1 (ENSTRUG00000032771) #22 tpcn2 (ENSTRUG00000028617) #23 pop4 (ENSTRUG00000002477) ENSTRUG00000025121 ENSTRUG00000029418 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(ENSTNIG00000014196) #24 uqcrfs1 (ENSTNIG00000014195) ENSTNIG00000001091 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00550000074806 ENSGT00940000158143 ENSGT00940000164952 ENSGT00940000159206.b ENSGT01090000260005.a.b.b ENSGT00940000157398.i.a ENSGT00390000005844.a.a ENSGT01060000248726 ENSGT00940000167699 ENSGT00940000162226 ENSGT00940000153942.b ENSGT00940000154748.A ENSGT00940000155463 ENSGT00730000110960.b ENSGT00940000160143 ENSGT00390000010152 #22 ENSGT00940000159763 #23 ENSGT00390000010067 ENSGT00940000160728.i ENSGT00940000159506 ENSGT00390000000954 ENSGT00530000063760.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000006876 ENSGT00390000000020.b ENSGT00940000163716.c.a.a.b ENSGT00940000161051.a.a.b.b.b.a ENSGT00940000154856.A.a.c.a.b.a.b.d ENSGT00940000154856.A.a.c.a.b.a.b.c ENSGT00390000002105 #31 ENSGT00940000157182.g.b #30 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000166403 ENSGT00940000158143 ENSGT00940000164952 ENSGT00940000159206.b ENSGT01090000260005.a.b.b ENSGT00940000157398.i.a 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ENSGT00390000000954 ENSGT00940000159506 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 71 ENSGT00940000158143 ENSGT00940000164952 ENSGT00940000159206.b ENSGT01090000260005.a.b.b ENSGT00940000157398.i.a ENSGT00390000005844.a.a ENSGT01060000248726 ENSGT00940000162226 ENSGT00940000153942.b ENSGT00940000154748.A ENSGT00940000155463 ENSGT00730000110960.b ENSGT00940000160143 ENSGT00390000010152 #22 ENSGT00940000159763 #23 ENSGT00390000010067 ENSGT00940000160728.i ENSGT00940000159506 Pike perch MODERN SPECIES 93 ENSSLUG00000002327 ENSSLUG00000002317 ENSSLUG00000002247 lmnl3 (ENSSLUG00000002210) ENSSLUG00000002203 gjd6 (ENSSLUG00000002195) sh3gl3a (ENSSLUG00000002164) BNC1 (ENSSLUG00000002144) ENSSLUG00000002141 TSSK2 (ENSSLUG00000002131) HDGFL3 (ENSSLUG00000002126) rbb4l (ENSSLUG00000002055) txlng (ENSSLUG00000001881) ccdc102a (ENSSLUG00000001818) DOK4 (ENSSLUG00000001797) nadsyn1 (ENSSLUG00000001687) #22 tpcn2 (ENSSLUG00000025540) #23 pop4 (ENSSLUG00000025506) PLEKHF1 (ENSSLUG00000025502) PLEKHF1 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ENSCLMG00005000844 KCTD15 (ENSCLMG00005000843) CHST8 (ENSCLMG00005000840) Stickleback MODERN SPECIES 1 ulk3 (ENSGACG00000014651) ENSGACG00000014631 tm2d3 (ENSGACG00000014624) larp6a (ENSGACG00000014622) ENSGACG00000014619 THSD4 (ENSGACG00000014615) pepd (ENSGACG00000014582) KCTD15 (ENSGACG00000014575) LSM14A (ENSGACG00000014572) HDGFL3 (ENSGACG00000014568) rbb4l (ENSGACG00000014552) txlng (ENSGACG00000014550) ENSGACG00000014549 ccdc102a (ENSGACG00000014543) DOK4 (ENSGACG00000014541) nadsyn1 (ENSGACG00000014530) #22 tpcn2 (ENSGACG00000014526) #23 ENSGACG00000014524 ENSGACG00000014522 pop4 (ENSGACG00000014510) ENSGACG00000014509 PLEKHF1 (ENSGACG00000014507) ENSGACG00000014504 PCSK6 (ENSGACG00000014499) ENSGACG00000014495 ENSGACG00000014489 ankdd1a (ENSGACG00000014482) GAS8 (ENSGACG00000014479) mtch2 (ENSGACG00000014422) c6ast4 (ENSGACG00000014420) ENSGACG00000014415 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000159159 ENSGT01050000244942.a ENSGT00550000074806 ENSGT00940000158143 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