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Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000155857	ENSGT00940000159824	ENSGT00390000000483.a.a #7	ENSGT00940000154998.a.a #8	ENSGT00940000154979 #9	ENSGT00390000005989.a #12	ENSGT00940000158996 #13	ENSGT00390000014412 #14	ENSGT00390000007125.b #15	ENSGT00940000156866 #16	ENSGT00390000014165.c.b	ENSGT00530000063113.C #17	ENSGT00940000159044 #18	ENSGT00940000157079.a #19	ENSGT00940000158396 #21	ENSGT00940000156641 #22	ENSGT00390000007501 #23	ENSGT00940000156818 #24	ENSGT00940000155898 #25	ENSGT00390000017300 #26	ENSGT00940000159553	ENSGT00940000153052.c.b.a.b	ENSGT00940000160629	ENSGT00940000153139.B.b	ENSGT00940000160813	ENSGT00940000158048	ENSGT00950000183039.B.b.b	ENSGT00940000156835	ENSGT00940000161316	ENSGT00530000063787.A	ENSGT00940000154903
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000155857	ENSGT00940000159824	ENSGT00390000000483.a.a #7	ENSGT00940000154998.a.a #8	ENSGT00940000154979 #9	ENSGT00390000005989.a #12	ENSGT00940000158996 #13	ENSGT00390000014412 #14	ENSGT00390000007125.b #15	ENSGT00940000156866 #16	ENSGT00390000014165.c.b	ENSGT00530000063113.C #17	ENSGT00940000159044 #18	ENSGT00940000157079.a #19	ENSGT00940000158396 #21	ENSGT00940000156641 #22	ENSGT00390000007501 #23	ENSGT00940000156818 #24	ENSGT00940000155898 #25	ENSGT00390000017300 #26	ENSGT00940000159553	ENSGT00940000153052.c.b.a.b	ENSGT00940000160629	ENSGT00940000153139.B.b	ENSGT00940000160813	ENSGT00940000158048	ENSGT00950000183039.B.b.b	ENSGT00940000156835	ENSGT00940000161316	ENSGT00530000063787.A	ENSGT00940000154903
Degu	MODERN SPECIES	253	NSG2 (ENSODEG00000001862) #7	CPEB4 (ENSODEG00000001934) #8	ENSODEG00000001973 #9	ENSODEG00000002042 #10	ENSODEG00000018739 #11	STC2 (ENSODEG00000002102) #12	NKX2-5 (ENSODEG00000002184) #13	BNIP1 (ENSODEG00000002196) #14	CREBRF (ENSODEG00000002364) #15	ATP6V0E1 (ENSODEG00000001083) #16	ERGIC1 (ENSODEG00000001101) #17	DUSP1 (ENSODEG00000001126) #18	NEURL1B (ENSODEG00000001134) #19	ENSODEG00000001166 #20	SH3PXD2B (ENSODEG00000001294) #21	UBTD2 (ENSODEG00000001390) #22	EFCAB9 (ENSODEG00000001416) #23	STK10 (ENSODEG00000001477) #24	FBXW11 (ENSODEG00000001754) #25	SMIM23 (ENSODEG00000001818) #26
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Guinea pig	MODERN SPECIES	17	DRD1 (ENSCPOG00000039492)	MSX2 (ENSCPOG00000038944)	NSG2 (ENSCPOG00000037038) #7	CPEB4 (ENSCPOG00000015530) #8	ENSCPOG00000026033 #9	STC2 (ENSCPOG00000034039) #12	NKX2-5 (ENSCPOG00000026347) #13	BNIP1 (ENSCPOG00000006752) #14	CREBRF (ENSCPOG00000014384) #15	ATP6V0E1 (ENSCPOG00000040227) #16	RPL26L1 (ENSCPOG00000012188)	ERGIC1 (ENSCPOG00000012183) #17	DUSP1 (ENSCPOG00000013344) #18	NEURL1B (ENSCPOG00000040777) #19	SH3PXD2B (ENSCPOG00000039072) #21	UBTD2 (ENSCPOG00000034425) #22	EFCAB9 (ENSCPOG00000026758) #23	STK10 (ENSCPOG00000006502) #24	FBXW11 (ENSCPOG00000009582) #25	SMIM23 (ENSCPOG00000006672) #26	FGF18 (ENSCPOG00000006088)	TLX3 (ENSCPOG00000024190)	ENSCPOG00000032195	RANBP17 (ENSCPOG00000005628)	GABRP (ENSCPOG00000039299)	KCNIP1 (ENSCPOG00000014295)	KCNMB1 (ENSCPOG00000036105)	LCP2 (ENSCPOG00000002851)	FOXI1 (ENSCPOG00000019611)	INSYN2B (ENSCPOG00000010850)	DOCK2 (ENSCPOG00000010822)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	23	ENSHGLG00000049916	C5orf47 (ENSHGLG00000040572)	CPEB4 (ENSHGLG00000008897) #8	ENSHGLG00000041881 #9	STC2 (ENSHGLG00000017592) #12	NKX2-5 (ENSHGLG00000017269) #13	BNIP1 (ENSHGLG00000018031) #14	ENSHGLG00000017817 #15	ENSHGLG00000021190	ENSHGLG00000018219 #16	ENSHGLG00000017100	ERGIC1 (ENSHGLG00000050911) #17	DUSP1 (ENSHGLG00000012633) #18	NEURL1B (ENSHGLG00000039883) #19	SH3PXD2B (ENSHGLG00000009542) #21	UBTD2 (ENSHGLG00000044520) #22	EFCAB9 (ENSHGLG00000006358) #23	STK10 (ENSHGLG00000007426) #24	ENSHGLG00000048340	FBXW11 (ENSHGLG00000010874) #25	ENSHGLG00000032517	SMIM23 (ENSHGLG00000009367) #26	ENSHGLG00000040705	FGF18 (ENSHGLG00000049396)	NPM1 (ENSHGLG00000013669)	ENSHGLG00000015459	TLX3 (ENSHGLG00000014254)	RANBP17 (ENSHGLG00000014605)	ENSHGLG00000035784	GABRP (ENSHGLG00000033733)	KCNIP1 (ENSHGLG00000013570)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000159824	ENSGT00390000000483.a.a #7	ENSGT00640000091672	ENSGT00940000154998.a.a #8	ENSGT00940000154979 #9	ENSGT00390000005989.a #12	ENSGT00940000158996 #13	ENSGT00390000014412 #14	ENSGT00390000007125.b #15	ENSGT00940000156866 #16	ENSGT00390000014165.c.b	ENSGT00530000063113.C #17	ENSGT00940000159044 #18	ENSGT00940000157079.a #19	ENSGT00940000158396 #21	ENSGT00940000156641 #22	ENSGT00390000007501 #23	ENSGT00940000156818 #24	ENSGT00940000155898 #25	ENSGT00390000017300 #26	ENSGT00940000159553	ENSGT00940000153052.c.b.b.b.b.a	ENSGT00940000160629	ENSGT00940000153139.B.b	ENSGT00940000160813	ENSGT00940000158048	ENSGT00950000183039.B.b.b	ENSGT00940000156835	ENSGT00560000078585	ENSGT00940000161316	ENSGT00530000063787.A
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000159824	ENSGT00390000000483.a.a #7	ENSGT00640000091672	ENSGT00940000154998.a.a #8	ENSGT00940000154979 #9	ENSGT00390000005989.a #12	ENSGT00940000158996 #13	ENSGT00390000014412 #14	ENSGT00390000007125.b #15	ENSGT00940000156866 #16	ENSGT00390000014165.c.b	ENSGT00530000063113.C #17	ENSGT00940000159044 #18	ENSGT00940000157079.a #19	ENSGT00940000158396 #21	ENSGT00940000156641 #22	ENSGT00390000007501 #23	ENSGT00940000156818 #24	ENSGT00940000155898 #25	ENSGT00390000017300 #26	ENSGT00940000159553	ENSGT00940000153052.c.b.b.b.b.a	ENSGT00940000160629	ENSGT00940000153139.B.b	ENSGT00940000160813	ENSGT00940000158048	ENSGT00390000010491.f.b	ENSGT00950000183039.B.b.b	ENSGT00940000156835	ENSGT00560000078585	ENSGT00940000161316
Alpin marmot	MODERN SPECIES	31	SFXN1 (ENSMMMG00000009889)	DRD1 (ENSMMMG00000009915)	MSX2 (ENSMMMG00000009968)	NSG2 (ENSMMMG00000009989) #7	CPEB4 (ENSMMMG00000010044) #8	ENSMMMG00000010091 #9	STC2 (ENSMMMG00000010105) #12	NKX2-5 (ENSMMMG00000010122) #13	BNIP1 (ENSMMMG00000010131) #14	CREBRF (ENSMMMG00000010165) #15	RPL26L1 (ENSMMMG00000010196)	ERGIC1 (ENSMMMG00000010202) #17	ENSMMMG00000010217 #18	NEURL1B (ENSMMMG00000010222) #19	SH3PXD2B (ENSMMMG00000010235) #21	UBTD2 (ENSMMMG00000010264) #22	ENSMMMG00000010272 #23	STK10 (ENSMMMG00000010286) #24	FBXW11 (ENSMMMG00000010309) #25	SMIM23 (ENSMMMG00000010399) #26	ENSMMMG00000010418	ENSMMMG00000010435	TLX3 (ENSMMMG00000010459)	RANBP17 (ENSMMMG00000010468)	GABRP (ENSMMMG00000010504)	KCNIP1 (ENSMMMG00000010524)	ENSMMMG00000010588	KCNMB1 (ENSMMMG00000010599)	LCP2 (ENSMMMG00000010608)	C5orf58 (ENSMMMG00000010701)	FOXI1 (ENSMMMG00000010708)
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	127	ENSGT00940000159824	ENSGT00390000000483.a.a #7	ENSGT00640000091672	ENSGT00940000154998.a.a #8	ENSGT00940000154979 #9	ENSGT00390000005989.a #12	ENSGT00940000158996 #13	ENSGT00390000014412 #14	ENSGT00390000007125.b #15	ENSGT00940000156866 #16	ENSGT00390000014165.c.b	ENSGT00530000063113.C #17	ENSGT00940000159044 #18	ENSGT00940000157079.a #19	ENSGT00940000158396 #21	ENSGT00940000156641 #22	ENSGT00390000007501 #23	ENSGT00940000156818 #24	ENSGT00940000155898 #25	ENSGT00390000017300 #26	ENSGT00940000159553	ENSGT00940000153052.c.b.b.b.b.a	ENSGT00940000160629	ENSGT00940000153139.B.b	ENSGT00940000160813	ENSGT00940000158048	ENSGT00390000010491.f.b	ENSGT00950000183039.B.b.b	ENSGT00940000156835	ENSGT00560000078585	ENSGT00940000161316
Squirrel	MODERN SPECIES	209	DRD1 (ENSSTOG00000029229)	MSX2 (ENSSTOG00000000399)	NSG2 (ENSSTOG00000011148) #7	CPEB4 (ENSSTOG00000020645) #8	ENSSTOG00000030887 #9	STC2 (ENSSTOG00000004413) #12	NKX2-5 (ENSSTOG00000004407) #13	BNIP1 (ENSSTOG00000004393) #14	CREBRF (ENSSTOG00000004368) #15	ATP6V0E1 (ENSSTOG00000025255) #16	RPL26L1 (ENSSTOG00000026876)	ERGIC1 (ENSSTOG00000025246) #17	DUSP1 (ENSSTOG00000023698) #18	NEURL1B (ENSSTOG00000025420) #19	SH3PXD2B (ENSSTOG00000028124) #21	UBTD2 (ENSSTOG00000014298) #22	EFCAB9 (ENSSTOG00000020218) #23	STK10 (ENSSTOG00000026208) #24	FBXW11 (ENSSTOG00000023506) #25	SMIM23 (ENSSTOG00000024706) #26	FGF18 (ENSSTOG00000023666)	ENSSTOG00000014732	TLX3 (ENSSTOG00000026927)	RANBP17 (ENSSTOG00000014700)	ENSSTOG00000014692	KCNIP1 (ENSSTOG00000004193)	KCNMB1 (ENSSTOG00000021835)	LCP2 (ENSSTOG00000016525)	FOXI1 (ENSSTOG00000016524)	DOCK2 (ENSSTOG00000028655)	INSYN2B (ENSSTOG00000016521)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	242							STC2 (ENSUPAG00010022254) #12	NKX2-5 (ENSUPAG00010022252) #13	BNIP1 (ENSUPAG00010022250) #14	CREBRF (ENSUPAG00010022247) #15	ATP6V0E1 (ENSUPAG00010022244) #16	RPL26L1 (ENSUPAG00010022239)	ERGIC1 (ENSUPAG00010022238) #17	NEURL1B (ENSUPAG00010022219) #19	SH3PXD2B (ENSUPAG00010022216) #21	UBTD2 (ENSUPAG00010022213) #22	EFCAB9 (ENSUPAG00010022210) #23	STK10 (ENSUPAG00010022207) #24	ENSUPAG00010022184 #25	SMIM23 (ENSUPAG00010022182) #26	FGF18 (ENSUPAG00010022179)	NPM1 (ENSUPAG00010022177)	TLX3 (ENSUPAG00010022175)	RANBP17 (ENSUPAG00010022169)	GABRP (ENSUPAG00010022164)	KCNIP1 (ENSUPAG00010022160)	ENSUPAG00010022158	KCNMB1 (ENSUPAG00010022156)	LCP2 (ENSUPAG00010022148)	C5orf58 (ENSUPAG00010022147)	FOXI1 (ENSUPAG00010022146)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	15	MSX2 (ENSSVLG00005012101)	NSG2 (ENSSVLG00005012146) #7	C5orf47 (ENSSVLG00005012218)	CPEB4 (ENSSVLG00005012332) #8	ENSSVLG00005012611 #9	STC2 (ENSSVLG00005012797) #12	NKX2-5 (ENSSVLG00005012867) #13	BNIP1 (ENSSVLG00005012932) #14	CREBRF (ENSSVLG00005013005) #15	ATP6V0E1 (ENSSVLG00005013162) #16	RPL26L1 (ENSSVLG00005013228)	ERGIC1 (ENSSVLG00005013430) #17	DUSP1 (ENSSVLG00005013587) #18	NEURL1B (ENSSVLG00005013785) #19	SH3PXD2B (ENSSVLG00005013894) #21	UBTD2 (ENSSVLG00005013934) #22	EFCAB9 (ENSSVLG00005013993) #23	STK10 (ENSSVLG00005014068) #24	FBXW11 (ENSSVLG00005014207) #25	FGF18 (ENSSVLG00005014519)	ENSSVLG00005014590	TLX3 (ENSSVLG00005014955)	RANBP17 (ENSSVLG00005015018)	GABRP (ENSSVLG00005015323)	KCNIP1 (ENSSVLG00005015593)	KCNMB1 (ENSSVLG00005015902)	LCP2 (ENSSVLG00005015956)	C5orf58 (ENSSVLG00005016377)	FOXI1 (ENSSVLG00005016401)	DOCK2 (ENSSVLG00005016455)	INSYN2B (ENSSVLG00005016909)