Chordata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941 #22
Vertebrata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941 #22
Gnathostomata	DUPLICATION
Gnathostomata	DUPLICATION
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.b.a #22
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000156341	ENSGT00530000063174.a	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00590000083134.b	ENSGT00390000015476 #37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000004360.a.b.a.a.a	ENSGT00390000013938	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476 #37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000013938	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000015476 #37	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000013938	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000013938	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000013938	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Theria	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000013938	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000154665 #34	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT01030000234902 #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01090000260123	ENSGT00940000173468	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT01030000234902 #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01090000260123	ENSGT00940000173468	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT01030000234902.a #31	ENSGT00940000164063	ENSGT01090000260123	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000154665.g.b ##34	ENSGT00940000154665.g.a #34	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32
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Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.a ##16	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT01030000234902.a #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT01090000260123	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT01030000234902.b ##31	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32	ENSGT00940000154665.g.a #34	ENSGT00940000154665.g.b ##34	ENSGT00940000160108 #29
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.a ##16	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT01030000234902.a #31	ENSGT01090000260123	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32	ENSGT00940000154665.g.a #34	ENSGT00940000154665.g.b.a ##34	ENSGT00940000154665.g.b.b ##34
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00530000064050.j #7	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT01030000234902.a #31	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000154665.g.b.b ##34	ENSGT00940000154665.g.a #34	ENSGT00390000014547.d.a.a.d ##32	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00990000206080	ENSGT00390000015476.d.a #37
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00530000064050.j #7	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT01030000234902.a #31	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00990000206080.a	ENSGT00940000154665.g.b.b ##34	ENSGT00940000154665.g.a #34	ENSGT00390000014547.d.a.a.d ##32	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00530000064050.j #7	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902.k #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT01030000234902.a #31	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00990000206080.a	ENSGT00940000154665.g.b.b ##34	ENSGT00940000154665.g.a #34	ENSGT00390000014547.d.a.a.d ##32	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000004226	ENSGT00530000064050.j #7	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902.k #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT01030000234902.a.b ##31	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01030000234902.a.a #31	ENSGT01090000260123	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00990000206080.a	ENSGT00940000154665.g.b.b ##34	ENSGT00940000154665.g.a #34
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000004226	ENSGT00530000064050.j #7	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902.k #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT01030000234902.a.b ##31	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01030000234902.a.a #31	ENSGT01090000260123	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00990000206080.a	ENSGT00940000154665.g.b.b ##34	ENSGT00940000154665.g.a #34	ENSGT00390000014547.d.a.a.d ##32
Beluga whale	MODERN SPECIES		ENSDLEG00000001046 #7	MCF2 (ENSDLEG00000001070) #8	F9 (ENSDLEG00000001177) #9	ENSDLEG00000001192 #10	FGF13 (ENSDLEG00000001212) #11	ENSDLEG00000001240 #12	ZIC3 (ENSDLEG00000001271) #13	GPR101 (ENSDLEG00000001280) #14	GPR101 (ENSDLEG00000001283) #15	RBMX (ENSDLEG00000001291) #16	ARHGEF6 (ENSDLEG00000001336) #17	CD40LG (ENSDLEG00000001439) #18	VGLL1 (ENSDLEG00000001448) #19	HTATSF1 (ENSDLEG00000001466) #20	BRS3 (ENSDLEG00000001472) #21	MAP7D3 (ENSDLEG00000001486) #22	FHL1 (ENSDLEG00000001531) #23	ENSDLEG00000001544 #24	ENSDLEG00000001558 #25	MMGT1 (ENSDLEG00000001581) #26	INTS6L (ENSDLEG00000001597) #27	ENSDLEG00000001648 #28	ZNF449 (ENSDLEG00000001659) #29	ZNF75D (ENSDLEG00000001678) #30	ENSDLEG00000001683 #31	ENSDLEG00000001694 #32	ENSDLEG00000001699 #33	ENSDLEG00000001710 #34	ENSDLEG00000001717 #35	MOSPD1 (ENSDLEG00000001730) #36	FAM122C (ENSDLEG00000001737) #37
Narwhal	MODERN SPECIES	309	MCF2 (ENSMMNG00015016750) #8	F9 (ENSMMNG00015016457) #9	ENSMMNG00015016406 #10	ENSMMNG00015016313	ENSMMNG00015016202 #12	ZIC3 (ENSMMNG00015016087) #13	GPR101 (ENSMMNG00015016060) #15	ENSMMNG00015016034	RBMX (ENSMMNG00015015962) #16	ARHGEF6 (ENSMMNG00015015921) #17	ENSMMNG00015015892	CD40LG (ENSMMNG00015015860) #18	VGLL1 (ENSMMNG00015015815) #19	ENSMMNG00015015775 #20	BRS3 (ENSMMNG00015015749) #21	MAP7D3 (ENSMMNG00015015678) #22	FHL1 (ENSMMNG00015015594) #23	SLC9A6 (ENSMMNG00015015456) #25	MMGT1 (ENSMMNG00015015429) #26	INTS6L (ENSMMNG00015015361) #27	ENSMMNG00015015335 #32	ENSMMNG00015015324 ##31	ZNF449 (ENSMMNG00015015310) #29	ZNF75D (ENSMMNG00015015291) #30	ENSMMNG00015015278	ENSMMNG00015015262 #32	ENSMMNG00015015251 #31	ENSMMNG00015015240	ENSMMNG00015015228 #33	ENSMMNG00015015220 ##34	ENSMMNG00015015166 #34
Vaquita	MODERN SPECIES	34	MCF2 (ENSPSNG00000013789) #8	F9 (ENSPSNG00000013234) #9	ENSPSNG00000013159 #10	ENSPSNG00000012941	ZIC3 (ENSPSNG00000012830) #13	GPR101 (ENSPSNG00000012806) #15	ENSPSNG00000012761	ENSPSNG00000012678	ENSPSNG00000012576	RBMX (ENSPSNG00000012445) #16	ARHGEF6 (ENSPSNG00000012148) #17	CD40LG (ENSPSNG00000011995) #18	VGLL1 (ENSPSNG00000011937) #19	HTATSF1 (ENSPSNG00000011905) #20	BRS3 (ENSPSNG00000011861) #21	MAP7D3 (ENSPSNG00000011821) #22	FHL1 (ENSPSNG00000011550) #23	SLC9A6 (ENSPSNG00000011373) #25	MMGT1 (ENSPSNG00000011315) #26	ENSPSNG00000011261 ##27	INTS6L (ENSPSNG00000011190) #27	ENSPSNG00000011124 ##31	ZNF449 (ENSPSNG00000011065) #29	ZNF75D (ENSPSNG00000010970) #30	ENSPSNG00000010953 #32	ENSPSNG00000010884 #31	ENSPSNG00000010864	ENSPSNG00000010844 #33	ENSPSNG00000010824 #34	ENSPSNG00000010794 #34	SMIM10 (ENSPSNG00000010745) ##32
Dolphin	MODERN SPECIES	3447															ADGRG4 (ENSTTRG00000007107)	ENSTTRG00000007092 #22	FHL1 (ENSTTRG00000007075) #23
Sperm whale	MODERN SPECIES	13	ENSPCTG00005021096	ENSPCTG00005021091	FGF13 (ENSPCTG00005021010)	ENSPCTG00005020982 #12	ZIC3 (ENSPCTG00005020946) #13	ENSPCTG00005020935	GPR101 (ENSPCTG00005020924) #15	ENSPCTG00005020876	ENSPCTG00005020826	RBMX (ENSPCTG00005020781) #16	ARHGEF6 (ENSPCTG00005020697) #17	CD40LG (ENSPCTG00005020626) #18	VGLL1 (ENSPCTG00005020593) #19	ENSPCTG00005020535 #20	BRS3 (ENSPCTG00005020510) #21	MAP7D3 (ENSPCTG00005020479) #22	FHL1 (ENSPCTG00005020370) #23	SLC9A6 (ENSPCTG00005020082) #25	MMGT1 (ENSPCTG00005020042) #26	ENSPCTG00005019962 ##27	INTS6L (ENSPCTG00005019849) #27	ENSPCTG00005019814	ENSPCTG00005019797 ##32	ZNF449 (ENSPCTG00005019769) #29	ZNF75D (ENSPCTG00005019710) #30	ENSPCTG00005019692 #32	ENSPCTG00005019647	ENSPCTG00005019633 #34	ENSPCTG00005019626 #34	ENSPCTG00005019602 #34	ENSPCTG00005019593 #34
Blue whale	MODERN SPECIES	40	MCF2 (ENSBMSG00010018394) #8	F9 (ENSBMSG00010018174) #9	ENSBMSG00010017882	ENSBMSG00010017842	ENSBMSG00010017800 #12	ZIC3 (ENSBMSG00010017747) #13	GPR101 (ENSBMSG00010017730) #15	ENSBMSG00010017688	RBMX (ENSBMSG00010017628) #16	ARHGEF6 (ENSBMSG00010017493) #17	CD40LG (ENSBMSG00010017421) #18	VGLL1 (ENSBMSG00010017395) #19	HTATSF1 (ENSBMSG00010017339) #20	BRS3 (ENSBMSG00010017293) #21	ENSBMSG00010017260	MAP7D3 (ENSBMSG00010017148) #22	FHL1 (ENSBMSG00010017004) #23	SLC9A6 (ENSBMSG00010020835) #25	MMGT1 (ENSBMSG00010020791) #26	INTS6L (ENSBMSG00010020725) #27	ENSBMSG00010020699 #31	ZNF449 (ENSBMSG00010020691) #29	ZNF75D (ENSBMSG00010020667) #30	ENSBMSG00010020656 #31	ENSBMSG00010020646 ##32	ENSBMSG00010020638 #34	ENSBMSG00010020624 #34	SMIM10 (ENSBMSG00010020614) ##32	ENSBMSG00010020603	MOSPD1 (ENSBMSG00010020590) #36	ENSBMSG00010020570
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.a ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000154665.g.b.b ##34	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00390000014547.d.a.a.b.b ##32	ENSGT00940000164063	ENSGT01090000260123	ENSGT00940000154665.g.b.a ##34	ENSGT00940000154665.g.a #34	ENSGT00390000014547.d.a.a.a ##32	ENSGT00940000155266 #36
Yarkand deer	MODERN SPECIES	1323	ENSCHYG00000017604	ENSCHYG00000017529	ENSCHYG00000017503 #12	ENSCHYG00000017472	ZIC3 (ENSCHYG00000017359) #13	GPR101 (ENSCHYG00000017332) #15	ENSCHYG00000017094	RBMXL1 (ENSCHYG00000016953) ##16	ENSCHYG00000016921	ARHGEF6 (ENSCHYG00000016161) #17	CD40LG (ENSCHYG00000015943) #18	ENSCHYG00000015839	VGLL1 (ENSCHYG00000015785) #19	ENSCHYG00000015671 #20	BRS3 (ENSCHYG00000015609) #21	ENSCHYG00000014900 #22	FHL1 (ENSCHYG00000014474) #23	ENSCHYG00000014422	SLC9A6 (ENSCHYG00000014237) #25	MMGT1 (ENSCHYG00000014172) #26	INTS6L (ENSCHYG00000013628) #27	ENSCHYG00000013575 ##32	ZNF75D (ENSCHYG00000013464) #30	ZNF449 (ENSCHYG00000013416) #29	ENSCHYG00000013394	ENSCHYG00000013373 ##32	ENSCHYG00000013302	ENSCHYG00000013260	ENSCHYG00000013233 #34	ENSCHYG00000013198 #34	ENSCHYG00000013094 #36
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.a ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902.p #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000154665.g.b.b ##34	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000164063	ENSGT01090000260123	ENSGT00940000173468	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C	ENSGT00940000155028.q.b	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000160971	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.a ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902.p #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104.pb.b #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000157318.h.b.a.b	ENSGT00940000154665.g.b.b ##34	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00390000014547.d.a.a.b.b ##32	ENSGT00940000164063	ENSGT01090000260123	ENSGT00940000154665.g.a.l #34	ENSGT00940000154665.g.b.a ##34	ENSGT00940000154665.g.a.k.a.a #34
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000160971	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.a ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902.p #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104.pb.b #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000157318.h.b.a.b
Bos	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00390000010165.i.b.a.b	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.a ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902.p #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT01100000263480.a.a.a.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153460.c.b.j #25	ENSGT00510000047104.pb.b #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000157318.h.b.a.b
Bos_b	DUPLICATION
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	150																ENSGT00950000182941.b.a.a #22	ENSGT00940000153460.c.b.i #25
Cow	MODERN SPECIES	177	ENSBTAG00000049311	ENSBTAG00000052701	ENSBTAG00000036144	ENSBTAG00000047819	ENSBTAG00000047089	ENSBTAG00000051471	ATP11C (ENSBTAG00000016484)	MCF2 (ENSBTAG00000004007) #8	ENSBTAG00000019221	ENSBTAG00000051480	GPR101 (ENSBTAG00000039388) #15	ARHGEF6 (ENSBTAG00000017850) #17	CD40LG (ENSBTAG00000017843) #18	ENSBTAG00000054942 #20	BRS3 (ENSBTAG00000005616) #21	MAP7D3 (ENSBTAG00000014170) #22	ENSBTAG00000054899 #25	ENSBTAG00000052733 #26	ENSBTAG00000045569	ENSBTAG00000049183	ZNF75D (ENSBTAG00000047939) #30	ENSBTAG00000050385 #30	ZNF449 (ENSBTAG00000018090) #29	ENSBTAG00000048653 #33	ZNF75D (ENSBTAG00000047954) #30	ENSBTAG00000019546	ENSBTAG00000049298	ENSBTAG00000052285 #33	ENSBTAG00000039890 #34	ENSBTAG00000054025	SMIM10 (ENSBTAG00000048173) ##32
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	315	ATP11C (ENSBIXG00005026660)	F9 (ENSBIXG00005004413) #9	ENSBIXG00005025791	ENSBIXG00005006530	ENSBIXG00005025744 #12	ZIC3 (ENSBIXG00005025705) #13	GPR101 (ENSBIXG00005004378) #15	ENSBIXG00005004367	RBMXL1 (ENSBIXG00005025602) ##16	ARHGEF6 (ENSBIXG00005025485) #17	CD40LG (ENSBIXG00005025295) #18	VGLL1 (ENSBIXG00005004296) #19	ENSBIXG00005025237 #20	BRS3 (ENSBIXG00005025192) #21	ENSBIXG00005025166 #22	ENSBIXG00005025140 #22	FHL1 (ENSBIXG00005025100) #23	ENSBIXG00005024891	SLC9A6 (ENSBIXG00005024885) #25	ENSBIXG00005024820 #26	ENSBIXG00005024777	INTS6L (ENSBIXG00005024755) #27	ENSBIXG00005024681	ENSBIXG00005024668 #30	ENSBIXG00005024630 ##32	ZNF449 (ENSBIXG00005024616) #29	ENSBIXG00005024564 #30	ENSBIXG00005024448 ##32	ENSBIXG00005024425	ENSBIXG00005024383	ENSBIXG00005024359 #34
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00390000004226.a.b.a	ENSGT00940000160625.k.b	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00390000010165.i.b.a.b	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902.p #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00950000182941.b.a.b #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT01100000263480.a.a.a.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153460.c.b.j #25	ENSGT00510000047104.pb.b #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000157318.h.b.a.b
Cow	MODERN SPECIES	174	ENSBTAG00000050922	ENSBTAG00000054134	ENSBTAG00000049774 #8	F9 (ENSBTAG00000004003) #9	ENSBTAG00000052373	FGF13 (ENSBTAG00000020194) #11	MAGEA11 (ENSBTAG00000018323) #12	ZIC3 (ENSBTAG00000021413) #13	TM9SF5 (ENSBTAG00000054951)	RBMX (ENSBTAG00000013308) ##16	ENSBTAG00000054684 #17	CD40LG (ENSBTAG00000051078) #18	VGLL1 (ENSBTAG00000001880) #19	HTATSF1 (ENSBTAG00000055212) #20	ENSBTAG00000054559 #21	ENSBTAG00000051318 #22	FHL1 (ENSBTAG00000018513) #23	SLC9A6 (ENSBTAG00000009523) #25	MMGT1 (ENSBTAG00000025297) #26	INTS6L (ENSBTAG00000008993) #27
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	315	ENSBIXG00005026769	ATP11C (ENSBIXG00005026660)	F9 (ENSBIXG00005004413) #9	ENSBIXG00005025791	ENSBIXG00005006530	ENSBIXG00005025744 #12	ZIC3 (ENSBIXG00005025705) #13	GPR101 (ENSBIXG00005004378) #15	ENSBIXG00005004367	RBMXL1 (ENSBIXG00005025602) ##16	ARHGEF6 (ENSBIXG00005025485) #17	CD40LG (ENSBIXG00005025295) #18	VGLL1 (ENSBIXG00005004296) #19	ENSBIXG00005025237 #20	BRS3 (ENSBIXG00005025192) #21	ENSBIXG00005025166 #22	ENSBIXG00005025140 #22	FHL1 (ENSBIXG00005025100) #23	ENSBIXG00005024891	SLC9A6 (ENSBIXG00005024885) #25	ENSBIXG00005024820 #26	ENSBIXG00005024777	INTS6L (ENSBIXG00005024755) #27	ENSBIXG00005024681	ENSBIXG00005024668 #30	ENSBIXG00005024630 ##32	ZNF449 (ENSBIXG00005024616) #29	ENSBIXG00005024564 #30	ENSBIXG00005024448 ##32	ENSBIXG00005024425	ENSBIXG00005024383
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	91	ENSGT00390000004226.a.a	ENSGT00390000004226.b.b	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00950000182909.b.a.a.r.b.a	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.a ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902.p #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT01100000263480.a.a.a.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153460.c.b.j #25	ENSGT00510000047104.pb.b #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000157318.h.b.a.b
Domestic yak	MODERN SPECIES	69	F9 (ENSBGRG00000017397) #9	FGF13 (ENSBGRG00000017651) #11	ENSBGRG00000017892	ENSBGRG00000017943	ENSBGRG00000017990 #12	ENSBGRG00000018033	ZIC3 (ENSBGRG00000018094) #13	ENSBGRG00000018234	GPR101 (ENSBGRG00000018481) #15	RBMXL1 (ENSBGRG00000018516) ##16	ARHGEF6 (ENSBGRG00000018751) #17	CD40LG (ENSBGRG00000019129) #18	ENSBGRG00000019321 #19	HTATSF1 (ENSBGRG00000019364) #20	BRS3 (ENSBGRG00000019515) #21	ENSBGRG00000019586 #22	ENSBGRG00000020148 #23	ENSBGRG00000020495	SLC9A6 (ENSBGRG00000020532) #25	ENSBGRG00000020734 #26	INTS6L (ENSBGRG00000020816) #27	ENSBGRG00000021257	ENSBGRG00000021316	ENSBGRG00000021324	ENSBGRG00000021353	ZNF185 (ENSBGRG00000021489)	NSDHL (ENSBGRG00000023021)	CETN2 (ENSBGRG00000023119)	GABRQ (ENSBGRG00000023196)	ENSBGRG00000023269	GABRA3 (ENSBGRG00000023286)
Wild yak	MODERN SPECIES	2154																ENSBMUG00000004042 #22	FHL1 (ENSBMUG00000004151) #23	ENSBMUG00000004189
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00390000005569.x.a.a.a.a.b.h	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.a ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00940000154268.e.b.b.a.a	ENSGT00390000009902.o #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104.pb.b #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000157318.h.b.a.b	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00390000014547.d.a.a.b.b ##32	ENSGT01090000260123	ENSGT00940000154665.g.a.k.a.b #34	ENSGT00940000154665.g.a.l #34	ENSGT00960000188264.A	ENSGT00960000188264.B	ENSGT00390000014547.d.a.a.a ##32	ENSGT00940000155266 #36
Goat	MODERN SPECIES	30	MCF2 (ENSCHIG00000009737) #8	F9 (ENSCHIG00000013903) #9	FGF13 (ENSCHIG00000016286) #11	ENSCHIG00000018935	ZIC3 (ENSCHIG00000021756) #13	ENSCHIG00000007648	ENSCHIG00000009593	ENSCHIG00000000060	ENSCHIG00000000095	ARHGEF6 (ENSCHIG00000000132) #17	CD40LG (ENSCHIG00000000168) #18	ENSCHIG00000018808	ENSCHIG00000000243 #19	BRS3 (ENSCHIG00000000280) #21	HTATSF1 (ENSCHIG00000000312) #20	ENSCHIG00000000348 #22	ENSCHIG00000000379	MOSPD1 (ENSCHIG00000000414) #36	ENSCHIG00000000449	PABIR2 (ENSCHIG00000009443) ##37	PLAC1 (ENSCHIG00000019311)	PHF6 (ENSCHIG00000012946)	HPRT1 (ENSCHIG00000015745)	GPC3 (ENSCHIG00000018483)	GPC4 (ENSCHIG00000020871)	ENSCHIG00000008922	ENSCHIG00000020224	MBNL3 (ENSCHIG00000015570)	ENSCHIG00000018598	RAP2C (ENSCHIG00000021486)	FRMD7 (ENSCHIG00000025596)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	205	F9 (ENSOARG00020018941) #9	ENSOARG00020019170 ##16	FGF13 (ENSOARG00020019237)	ENSOARG00020019758 #12	ZIC3 (ENSOARG00020019828) #13	ENSOARG00020019925	GPR101 (ENSOARG00020019945) #15	ENSOARG00020015520	RBMXL1 (ENSOARG00020015834) ##16	ARHGEF6 (ENSOARG00020016000) #17	CD40LG (ENSOARG00020016701) #18	ENSOARG00020016841	HTATSF1 (ENSOARG00020016901) #20	BRS3 (ENSOARG00020016958) #21	ENSOARG00020017051	ENSOARG00020017126 #22	FHL1 (ENSOARG00020017576) #23	SLC9A6 (ENSOARG00020017982) #25	ENSOARG00020018230 #26	INTS6L (ENSOARG00020018368) #27	ENSOARG00020018948	ENSOARG00020018980 ##32	ZNF449 (ENSOARG00020019024) #29	ZNF75D (ENSOARG00020019077) #30	ENSOARG00020019157 ##32	ENSOARG00020019182	ENSOARG00020019199 #34	ENSOARG00020019222 #34	ENSOARG00020019248	ENSOARG00020019265	ENSOARG00020019311
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	274	ENSMMSG00000006744	ENSMMSG00000006653	ENSMMSG00000006602 #12	ENSMMSG00000006570	ZIC3 (ENSMMSG00000006532) #13	GPR101 (ENSMMSG00000006511) #15	ENSMMSG00000006428	ENSMMSG00000006412	ENSMMSG00000006382	ENSMMSG00000006274 ##16	ARHGEF6 (ENSMMSG00000006085) #17	CD40LG (ENSMMSG00000006022) #18	ENSMMSG00000005986 #19	ENSMMSG00000005969 #20	BRS3 (ENSMMSG00000005942) #21	ENSMMSG00000005868 #22	FHL1 (ENSMMSG00000005690) #23	SLC9A6 (ENSMMSG00000005602) #25	MMGT1 (ENSMMSG00000005541) #26	INTS6L (ENSMMSG00000005323) #27	ENSMMSG00000005283	STK26 (ENSMMSG00000004998)	FRMD7 (ENSMMSG00000004936)	RAP2C (ENSMMSG00000004872)	ENSMMSG00000004840	MBNL3 (ENSMMSG00000004749)	HS6ST2 (ENSMMSG00000004658)	ENSMMSG00000004618	GPC4 (ENSMMSG00000004555)	GPC3 (ENSMMSG00000004471)	CCDC160 (ENSMMSG00000004428)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	51	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT01090000260123	ENSGT00940000154665.g.a #34	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32	ENSGT01030000234902.b ##31	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37
Arabian camel	MODERN SPECIES	204	ENSCDRG00005014959	ATP11C (ENSCDRG00005013683)	MCF2 (ENSCDRG00005012278) #8	F9 (ENSCDRG00005012097) #9	ENSCDRG00005011767	ZIC3 (ENSCDRG00005011602) #13	GPR101 (ENSCDRG00005011581) #15	ENSCDRG00005011435	RBMX (ENSCDRG00005011282) #16	ARHGEF6 (ENSCDRG00005010870) #17	CD40LG (ENSCDRG00005010767) #18	VGLL1 (ENSCDRG00005010711) #19	HTATSF1 (ENSCDRG00005010612) #20	BRS3 (ENSCDRG00005010564) #21	ADGRG4 (ENSCDRG00005010020)	ENSCDRG00005009766 #22	FHL1 (ENSCDRG00005009138) #23	SLC9A6 (ENSCDRG00005015524) #25	MMGT1 (ENSCDRG00005015491) #26	ENSCDRG00005015478	INTS6L (ENSCDRG00005015354) #27	ZNF449 (ENSCDRG00005015299) #29	ZNF75D (ENSCDRG00005015246) #30	ENSCDRG00005015225 #32	ENSCDRG00005015204	ENSCDRG00005015161 #34	SMIM10 (ENSCDRG00005015146) ##32	ENSCDRG00005015116 ##31	MOSPD1 (ENSCDRG00005015035) #36	ENSCDRG00005015009	ENSCDRG00005014967
Alpaca	MODERN SPECIES	1862													ENSVPAG00000004570	HTATSF1 (ENSVPAG00000004569) #20	BRS3 (ENSVPAG00000004568) #21	ENSVPAG00000004567 #22	SLC9A6 (ENSVPAG00000004566) #25	MMGT1 (ENSVPAG00000004564) #26
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT01030000234902.a #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000164063	ENSGT01090000260123	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000154665.g.a #34	ENSGT00940000154665.g.b ##34	ENSGT01030000234902.b ##31
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT01030000234902.a #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01090000260123	ENSGT00940000164063	ENSGT00940000154665.g.b ##34	ENSGT00940000154665.g.a #34	ENSGT00940000155266 #36
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000002517.a.b.b.d	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT01030000234902.a #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01030000234902.b ##31	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	52	ENSGT00390000002517.a.b.b.d	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT01030000234902.a #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30
Tiger	MODERN SPECIES	587	LDOC1 (ENSPTIG00000002231)	ENSPTIG00000022093	ATP11C (ENSPTIG00000017162)	MCF2 (ENSPTIG00000015330) #8	F9 (ENSPTIG00000013754) #9	ENSPTIG00000013037	ENSPTIG00000001144 #12	ENSPTIG00000000023	RBMXL1 (ENSPTIG00000021543) ##16	ARHGEF6 (ENSPTIG00000020386) #17	CD40LG (ENSPTIG00000018836) #18	ENSPTIG00000018632	HTATSF1 (ENSPTIG00000016887) #20	BRS3 (ENSPTIG00000016297) #21	ADGRG4 (ENSPTIG00000008512)	MAP7D3 (ENSPTIG00000019671) #22	SLC9A6 (ENSPTIG00000021884) #25	MMGT1 (ENSPTIG00000021802) #26
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	61	ENSGT00390000002517.a.b.b.d	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT01030000234902.a.i #31	ENSGT00390000014547.d.a.b.d #32	ENSGT00940000160108 #29
leopard	MODERN SPECIES	86	ENSPPRG00000010039	MCF2 (ENSPPRG00000010524) #8	F9 (ENSPPRG00000010589) #9	ENSPPRG00000010600	ENSPPRG00000010784	ENSPPRG00000011946 #12	ZIC3 (ENSPPRG00000010839) #13	ENSPPRG00000011960	ENSPPRG00000011349	RBMX (ENSPPRG00000013981) #16	ARHGEF6 (ENSPPRG00000014100) #17	CD40LG (ENSPPRG00000014146) #18	HTATSF1 (ENSPPRG00000014209) #20	BRS3 (ENSPPRG00000014225) #21	ADGRG4 (ENSPPRG00000014556)	ENSPPRG00000015160 #22	FHL1 (ENSPPRG00000015517) #23	SLC9A6 (ENSPPRG00000015850) #25	MMGT1 (ENSPPRG00000015945) #26
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Cat	MODERN SPECIES	252	ATP11C (ENSFCAG00000012377)	ENSFCAG00000006072	MCF2 (ENSFCAG00000007214) #8	F9 (ENSFCAG00000007298) #9	FGF13 (ENSFCAG00000022557)	ZIC3 (ENSFCAG00000025684) #13	GPR101 (ENSFCAG00000043264) #15	TM9SF5 (ENSFCAG00000024179)	RBMX (ENSFCAG00000004779) #16	ARHGEF6 (ENSFCAG00000004169) #17	CD40LG (ENSFCAG00000039949) #18	VGLL1 (ENSFCAG00000029679) #19	HTATSF1 (ENSFCAG00000031924) #20	BRS3 (ENSFCAG00000031538) #21	ADGRG4 (ENSFCAG00000027861)	MAP7D3 (ENSFCAG00000003455) #22	FHL1 (ENSFCAG00000027761) #23	SLC9A6 (ENSFCAG00000013259) #25	MMGT1 (ENSFCAG00000024723) #26	INTS6L (ENSFCAG00000000001) #27	ENSFCAG00000043926 #31	ENSFCAG00000008336 #32	ENSFCAG00000046638 #29	ZNF75D (ENSFCAG00000024904) #30	ENSFCAG00000036212 #31	SMIM10 (ENSFCAG00000045754) ##32	ENSFCAG00000048692	MOSPD1 (ENSFCAG00000004580) #36	ENSFCAG00000050285	ENSFCAG00000046462 #37	ENSFCAG00000048026
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT01030000234902.a #31	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260337.a #33	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000154665.g.b ##34	ENSGT00940000154665.g.a #34	ENSGT01030000234902.b ##31	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00940000168213	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.n ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT01030000234902.a #31	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260337.a #33	ENSGT00940000162817 #30
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00390000005102.a.a	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163139	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT01080000257620	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.m.b ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.n ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT01030000234902.a.h #31	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260337.a #33	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32	ENSGT01030000234902.b ##31	ENSGT00940000154665.g.a #34	ENSGT00940000154665.g.b ##34
Dingo	MODERN SPECIES	383	FGF13 (ENSCAFG00020024504) #11	ENSCAFG00020024507 #12	ENSCAFG00020024509	ZIC3 (ENSCAFG00020024510) #13	ENSCAFG00020024513	GPR101 (ENSCAFG00020024514) #15	ENSCAFG00020024518	RBMX (ENSCAFG00020024552) #16	ARHGEF6 (ENSCAFG00020024572) #17	CD40LG (ENSCAFG00020024627) #18	ENSCAFG00020024629	VGLL1 (ENSCAFG00020024634) #19	HTATSF1 (ENSCAFG00020024635) #20	BRS3 (ENSCAFG00020024639) #21	ADGRG4 (ENSCAFG00020024646)	ENSCAFG00020024654 #22	FHL1 (ENSCAFG00020024659) #23	SLC9A6 (ENSCAFG00020024674) #25	MMGT1 (ENSCAFG00020024723) #26	ENSCAFG00020024726 ##27
Dog	MODERN SPECIES	144	ENSCAFG00845029688	FGF13 (ENSCAFG00845029595)	ENSCAFG00845029526 #12	ATP5ME (ENSCAFG00845029517)	ZIC3 (ENSCAFG00845029495) #13	ENSCAFG00845029466	GPR101 (ENSCAFG00845029453) #15	RBMX (ENSCAFG00845029404) #16	ARHGEF6 (ENSCAFG00845029339) #17	CD40LG (ENSCAFG00845029290) #18	ENSCAFG00845029269	VGLL1 (ENSCAFG00845029257) #19	HTATSF1 (ENSCAFG00845029208) #20	BRS3 (ENSCAFG00845029186) #21	ADGRG4 (ENSCAFG00845029120)	ENSCAFG00845027763 #22	FHL1 (ENSCAFG00845027079) #23	SLC9A6 (ENSCAFG00845026808) #25	ENSCAFG00845026740	ENSCAFG00845026666 ##27	ENSCAFG00845026636 ##27	INTS6L (ENSCAFG00845026203) #27	ENSCAFG00845026127 #32	ENSCAFG00845026096 #31	ZNF449 (ENSCAFG00845026047) #29	ENSCAFG00845025934 #30	ENSCAFG00845025882 ##32	ENSCAFG00845025861 ##31	ENSCAFG00845025834 #34	ENSCAFG00845025805 ##34	ENSCAFG00845025775 ##34
Red fox	MODERN SPECIES	258							GPR101 (ENSVVUG00000024748) #15	ENSVVUG00000024750	RBMX (ENSVVUG00000024753) #16	ARHGEF6 (ENSVVUG00000024759) #17	CD40LG (ENSVVUG00000024783) #18	ENSVVUG00000024800 #19	HTATSF1 (ENSVVUG00000024802) #20	BRS3 (ENSVVUG00000024805) #21	ADGRG4 (ENSVVUG00000024809)	ENSVVUG00000024817 #22	ENSVVUG00000024829 #23	SLC9A6 (ENSVVUG00000024836) #25	ENSVVUG00000025366
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788.a #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01090000260123	ENSGT00940000164063	ENSGT00940000154665.g.a #34	ENSGT01030000234902.b ##31	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	148	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788.a #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26
American mink	MODERN SPECIES	83	MCF2 (ENSNVIG00000000331) #8	FA9 (ENSNVIG00000000999) #9	FGF13 (ENSNVIG00000001046) #11	ENSNVIG00000001107 #12	ENSNVIG00000001135	ZIC3 (ENSNVIG00000001184) #13	GPR101 (ENSNVIG00000001200) #15	ENSNVIG00000001206	RBMX (ENSNVIG00000001236) #16	ARHGEF6 (ENSNVIG00000001293) #17	CD40LG (ENSNVIG00000001334) #18	ENSNVIG00000001366 #19	HTATSF1 (ENSNVIG00000001372) #20	BRS3 (ENSNVIG00000001386) #21	ADGRG4 (ENSNVIG00000001403)	ENSNVIG00000001467 #22	FHL1 (ENSNVIG00000001503) #23	SLC9A6 (ENSNVIG00000001615) #25	MMGT1 (ENSNVIG00000001915) #26
Ferret	MODERN SPECIES	347	ENSMPUG00000001781	ENSMPUG00000001783	ENSMPUG00000018744 #12	ZIC3 (ENSMPUG00000001786) #13	ENSMPUG00000001789	ENSMPUG00000001791	GPR101 (ENSMPUG00000018746) #15	ENSMPUG00000001794	RBMX (ENSMPUG00000001855) #16	ARHGEF6 (ENSMPUG00000001884) #17	CD40LG (ENSMPUG00000001893) #18	ENSMPUG00000001896 #19	HTATSF1 (ENSMPUG00000001901) #20	BRS3 (ENSMPUG00000001904) #21	ADGRG4 (ENSMPUG00000001918)	ENSMPUG00000001938 #22	FHL1 (ENSMPUG00000001979) #23	SLC9A6 (ENSMPUG00000001981) #25	MMGT1 (ENSMPUG00000002067) #26	ENSMPUG00000002082
Ursidae	DUPLICATION
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.b.a.c #22
Giant Panda	MODERN SPECIES	1701																ENSAMEG00000026100 #22
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788.a #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744.b	ENSGT00950000182941.b.a.d #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01090000260123	ENSGT00940000154665.g.a.w #34
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	188	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744.b	ENSGT00950000182941.b.a.d #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26
Polar bear	MODERN SPECIES	235	ENSUMAG00000010879	ENSUMAG00000010873	ENSUMAG00000010870	ATP11C (ENSUMAG00000010810)	F9 (ENSUMAG00000010786) #9	ENSUMAG00000010775	ENSUMAG00000010764 #12	ENSUMAG00000010687	RBMXL1 (ENSUMAG00000010650) ##16	ARHGEF6 (ENSUMAG00000010471) #17	CD40LG (ENSUMAG00000010414) #18	VGLL1 (ENSUMAG00000010405) #19	HTATSF1 (ENSUMAG00000010393) #20	BRS3 (ENSUMAG00000010382) #21	ADGRG4 (ENSUMAG00000010362)	ENSUMAG00000010335 #22	FHL1 (ENSUMAG00000010325) #23	SLC9A6 (ENSUMAG00000009867) #25	MMGT1 (ENSUMAG00000009772) #26
American black bear	MODERN SPECIES	245															ENSUAMG00000002291	MAP7D3 (ENSUAMG00000002310) #22	FHL1 (ENSUAMG00000002341) #23	SLC9A6 (ENSUAMG00000002368) #25	MMGT1 (ENSUAMG00000003024) #26
Giant Panda	MODERN SPECIES	2288	ENSAMEG00000016219 #8	ENSAMEG00000016189 #9	ENSAMEG00000029471	ENSAMEG00000019776 #12	ENSAMEG00000024163	ENSAMEG00000027193 #13	GPR101 (ENSAMEG00000019169) #15	ENSAMEG00000002699	RBMX (ENSAMEG00000002739) #16	ARHGEF6 (ENSAMEG00000002774) #17	CD40LG (ENSAMEG00000002885) #18	ENSAMEG00000002907 #19	HTATSF1 (ENSAMEG00000002921) #20	BRS3 (ENSAMEG00000002937) #21	ADGRG4 (ENSAMEG00000002948)	ENSAMEG00000002956 #22	FHL1 (ENSAMEG00000002973) #23	SLC9A6 (ENSAMEG00000002984) #25	MMGT1 (ENSAMEG00000024034) #26	ENSAMEG00000015815 #27	ZNF449 (ENSAMEG00000026907) #29	ENSAMEG00000010627 #30	ENSAMEG00000024307	ENSAMEG00000011275	RTL8C (ENSAMEG00000019257) #34	SMIM10 (ENSAMEG00000029770) ##32	MOSPD1 (ENSAMEG00000001304) #36	ENSAMEG00000001307 #37	PABIR2 (ENSAMEG00000001311) ##37	ENSAMEG00000001339	PHF6 (ENSAMEG00000001372)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.e.a #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT01030000234902.a #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000164063	ENSGT01030000234902.b ##31	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37
Equus	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.b #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.e.a #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104.nb #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT01030000234902.a #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000164063	ENSGT00940000167140	ENSGT00940000154665.g.a #34	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37
Horse	DUPLICATION
Horse	MODERN SPECIES	480	MCF2 (ENSECAG00000007277) #8	F9 (ENSECAG00000021141) #9	ENSECAG00000032702	ENSECAG00000018006 #12	ZIC3 (ENSECAG00000013318) #13	GPR101 (ENSECAG00000006499) #15	TM9SF5 (ENSECAG00000007282)	RBMX (ENSECAG00000021380) #16	ARHGEF6 (ENSECAG00000011914) #17	CD40LG (ENSECAG00000011392) #18	VGLL1 (ENSECAG00000009965) #19	HTATSF1 (ENSECAG00000009156) #20	BRS3 (ENSECAG00000008806) #21	ADGRG4 (ENSECAG00000040231)	ENSECAG00000045765 #22	MAP7D3 (ENSECAG00000000644) #22	FHL1 (ENSECAG00000025020) #23	SLC9A6 (ENSECAG00000018757) #25	ENSECAG00000036257 #26	ENSECAG00000051803 ##27	INTS6L (ENSECAG00000007365) #27	ENSECAG00000053348 #31	ZNF449 (ENSECAG00000003581) #29	ENSECAG00000006425	ENSECAG00000043841 #29	ENSECAG00000000619 #30	ENSECAG00000035658 #30	ENSECAG00000030028	ENSECAG00000055895 #31	ENSECAG00000023653	ENSECAG00000030973 #34
Horse	MODERN SPECIES	480	ATP11C (ENSECAG00000005393)	MCF2 (ENSECAG00000007277) #8	F9 (ENSECAG00000021141) #9	ENSECAG00000032702	ENSECAG00000018006 #12	ZIC3 (ENSECAG00000013318) #13	GPR101 (ENSECAG00000006499) #15	TM9SF5 (ENSECAG00000007282)	RBMX (ENSECAG00000021380) #16	ARHGEF6 (ENSECAG00000011914) #17	CD40LG (ENSECAG00000011392) #18	VGLL1 (ENSECAG00000009965) #19	HTATSF1 (ENSECAG00000009156) #20	BRS3 (ENSECAG00000008806) #21	ADGRG4 (ENSECAG00000040231)	ENSECAG00000045765 #22	MAP7D3 (ENSECAG00000000644) #22	FHL1 (ENSECAG00000025020) #23	SLC9A6 (ENSECAG00000018757) #25	ENSECAG00000036257 #26	ENSECAG00000051803 ##27	INTS6L (ENSECAG00000007365) #27	ENSECAG00000053348 #31	ZNF449 (ENSECAG00000003581) #29	ENSECAG00000006425	ENSECAG00000043841 #29	ENSECAG00000000619 #30	ENSECAG00000035658 #30	ENSECAG00000030028	ENSECAG00000055895 #31	ENSECAG00000023653
Donkey	MODERN SPECIES	36	ENSEASG00005014182	ATP11C (ENSEASG00005016114)	MCF2 (ENSEASG00005015991) #8	F9 (ENSEASG00005015984) #9	ENSEASG00005015982	ENSEASG00005015973 #12	ZIC3 (ENSEASG00005009171) #13	GPR101 (ENSEASG00005009177) #15	ENSEASG00005036354	RBMX (ENSEASG00005003390) #16	ARHGEF6 (ENSEASG00005003412) #17	CD40LG (ENSEASG00005003425) #18	VGLL1 (ENSEASG00005003434) #19	HTATSF1 (ENSEASG00005003440) #20	BRS3 (ENSEASG00005003446) #21	ENSEASG00005006850 #22	FHL1 (ENSEASG00005006861) #23	SLC9A6 (ENSEASG00005006889) #25	ENSEASG00005007006 #26	ENSEASG00005025454 ##27	INTS6L (ENSEASG00005007007) #27	ENSEASG00005007010 #31	ENSEASG00005007012 #32	ENSEASG00005034724 #29	ENSEASG00005023876 #29	ENSEASG00005035738 #30	ENSEASG00005027061	ENSEASG00005027173	ENSEASG00005027128 ##34	ENSEASG00005025729	ENSEASG00005030726 #34
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.a ##12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.f #23	ENSGT00940000154833.e.a #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT01030000234902.a #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01030000234902.b ##31	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C
Megabat	MODERN SPECIES	6808																MAP7D3 (ENSPVAG00000005654) #22	FHL1 (ENSPVAG00000005652) #23
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864.a ##12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.e.a #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT01030000234902.a #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01030000234902.b ##31	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00960000192719	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C	ENSGT00940000155028.q.a
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES		ENSRFEG00010001177	ZIC3 (ENSRFEG00010001203) #13	ENSRFEG00010001257	GPR101 (ENSRFEG00010001272) #15	ENSRFEG00010001291	ENSRFEG00010001316	RBMX (ENSRFEG00010001354) #16	ARHGEF6 (ENSRFEG00010001444) #17	CD40LG (ENSRFEG00010001594) #18	VGLL1 (ENSRFEG00010001625) #19	ENSRFEG00010001638	ENSRFEG00010001656 #20	BRS3 (ENSRFEG00010001677) #21	ADGRG4 (ENSRFEG00010001732)	ENSRFEG00010001812	ENSRFEG00010001908 #22	ENSRFEG00010002206 #23	ENSRFEG00010002244	SLC9A6 (ENSRFEG00010002264) #25	MMGT1 (ENSRFEG00010002294) #26	INTS6L (ENSRFEG00010002324) #27	ENSRFEG00010002368 #31	ENSRFEG00010002382 #32	ZNF449 (ENSRFEG00010002392) #29	ENSRFEG00010002419 #34	ENSRFEG00010002443 ##31	SMIM10 (ENSRFEG00010002449) ##32	MOSPD1 (ENSRFEG00010002471) #36	ENSRFEG00010002489	PABIR2 (ENSRFEG00010002506) ##37	ENSRFEG00010002534
Microbat	MODERN SPECIES	939	F9 (ENSMLUG00000011202) #9	ENSMLUG00000027963	FGF13 (ENSMLUG00000005625) #11	ENSMLUG00000005622 #12	ZIC3 (ENSMLUG00000011691) #13	ENSMLUG00000025989	GPR101 (ENSMLUG00000010221) #15	ENSMLUG00000029450	ENSMLUG00000013209 #16	ENSMLUG00000007996	ARHGEF6 (ENSMLUG00000007783) #17	CD40LG (ENSMLUG00000007777) #18	ENSMLUG00000009256 #19	ENSMLUG00000009234 #20	BRS3 (ENSMLUG00000010461) #21	ENSMLUG00000014341 #22	FHL1 (ENSMLUG00000014336) #23	SLC9A6 (ENSMLUG00000014329) #25	INTS6L (ENSMLUG00000004981) #27	ENSMLUG00000029835 #29	ENSMLUG00000023267 #30	ENSMLUG00000026241 #29	ENSMLUG00000011856 #29	ENSMLUG00000024639 #32	ENSMLUG00000026614 #34	ENSMLUG00000027245 #34	ENSMLUG00000022841 #34	MOSPD1 (ENSMLUG00000008032) #36	PABIR2 (ENSMLUG00000007988) ##37	PLAC1 (ENSMLUG00000017245)	HPRT1 (ENSMLUG00000003591)
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.b.a #22
Hedgehog	MODERN SPECIES	2719																ENSEEUG00000009061 #22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00940000163821	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01090000260123	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000154665.h ##34	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37
Primates	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.b ##16	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000163821	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01090000260123	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000154665.h ##34	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.b ##16	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000154665.h ##34	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000163821	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01090000260123
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.b ##16	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00940000153476.b.m.b	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00910000147399	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260123	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000163821	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000153500.a.a.k.a.b	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.b ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00940000153476.b.m.b	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00910000147399	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000166004	ENSGT00940000165473	ENSGT00940000154665.h.b ##34	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000153500.a.a.k.a.b.c	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000165003	ENSGT01000000214719	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00940000153476.b.m.b	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00910000147399	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000153500.a.a.k.a.b.c	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00940000153476.b.m.b	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00910000147399	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.g.a ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.h ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b.q #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260123.a	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000163821.a	ENSGT01090000260123.b	ENSGT00390000014547.d.a.b.r #32
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000153500.a.a.k.a.b.c	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000165003	ENSGT01000000214719	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00940000153476.b.m.b	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00910000147399	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.g.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.h ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b.q #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260123.a	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000163821.a	ENSGT01090000260123.b.a	ENSGT00940000154665.h.b.j.a ##34
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000153500.a.a.k.a.b.c	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000165003	ENSGT01000000214719	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00940000153476.b.m.b	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00910000147399	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.g.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.h ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b.q #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260123.a	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000163821.a	ENSGT01090000260123.b.a	ENSGT00940000154665.h.b.j.a ##34
Pan	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000153500.a.a.k.a.b.c	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000165733	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000165003	ENSGT01000000214719	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00940000153476.b.m.b	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00910000147399	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.g.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.h ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b.q #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260123.a	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01090000260123.b.a	ENSGT00940000163821.a.b	ENSGT00940000163821.a.a
Chimpanzee	MODERN SPECIES	972	ENSPTRG00000016737	FGF13 (ENSPTRG00000022328)	ZIC3 (ENSPTRG00000043849) #13	GPR101 (ENSPTRG00000022324) #15	ENSPTRG00000049892	RBMX (ENSPTRG00000052587) #16	ENSPTRG00000043068	ENSPTRG00000046522	ARHGEF6 (ENSPTRG00000022320) #17	CD40LG (ENSPTRG00000022318) #18	VGLL1 (ENSPTRG00000022317) #19	HTATSF1 (ENSPTRG00000044591) #20	BRS3 (ENSPTRG00000022314) #21	ADGRG4 (ENSPTRG00000049070)	ENSPTRG00000050522	MAP7D3 (ENSPTRG00000043576) #22	ENSPTRG00000043363 #23	ENSPTRG00000044555	SLC9A6 (ENSPTRG00000022308) #25	MMGT1 (ENSPTRG00000022307) #26	SAGE1 (ENSPTRG00000022306) ##27	ENSPTRG00000047355 ##27	ENSPTRG00000028196 ##27	CT45A10 (ENSPTRG00000047577) ##27	INTS6L (ENSPTRG00000022301) #27	SMIM10L2A (ENSPTRG00000046750) #32	ZNF449 (ENSPTRG00000022299) #29	ETDC (ENSPTRG00000051692)	ZNF75D (ENSPTRG00000022298) #30	ETDA (ENSPTRG00000043426)	CT55 (ENSPTRG00000022296)
Bonobo	MODERN SPECIES	369	FGF13 (ENSPPAG00000035766) #11	ZIC3 (ENSPPAG00000030013) #13	ENSPPAG00000037272	GPR101 (ENSPPAG00000016837) #15	ENSPPAG00000036722	RBMX (ENSPPAG00000028409) #16	ENSPPAG00000022910	ENSPPAG00000034899	ARHGEF6 (ENSPPAG00000028700) #17	CD40LG (ENSPPAG00000042603) #18	VGLL1 (ENSPPAG00000035917) #19	HTATSF1 (ENSPPAG00000024268) #20	BRS3 (ENSPPAG00000031235) #21	ADGRG4 (ENSPPAG00000040242)	ENSPPAG00000025451	MAP7D3 (ENSPPAG00000033016) #22	ENSPPAG00000034865 #23	ENSPPAG00000011049	SLC9A6 (ENSPPAG00000037445) #25	MMGT1 (ENSPPAG00000033466) #26	INTS6L (ENSPPAG00000034698) #27	ZNF449 (ENSPPAG00000029362) #29	ETDC (ENSPPAG00000008053)	ZNF75D (ENSPPAG00000036875) #30	ETDA (ENSPPAG00000023782)	RTL8A (ENSPPAG00000041241) ##34	ENSPPAG00000025858	RTL8B (ENSPPAG00000019779) ##34	SMIM10 (ENSPPAG00000013880) ##32	MOSPD1 (ENSPPAG00000031500) #36	ENSPPAG00000031383 #37
Human	MODERN SPECIES	1827	ENSG00000230707	CXorf66 (ENSG00000203933)	ATP11C (ENSG00000101974)	MCF2 (ENSG00000101977) #8	F9 (ENSG00000101981) #9	FGF13 (ENSG00000129682) #11	ZIC3 (ENSG00000156925) #13	GPR101 (ENSG00000165370) #15	RBMX (ENSG00000147274) #16	ARHGEF6 (ENSG00000129675) #17	CD40LG (ENSG00000102245) #18	VGLL1 (ENSG00000102243) #19	HTATSF1 (ENSG00000102241) #20	BRS3 (ENSG00000102239) #21	ADGRG4 (ENSG00000156920)	MAP7D3 (ENSG00000129680) #22	FHL1 (ENSG00000022267) #23	SLC9A6 (ENSG00000198689) #25	MMGT1 (ENSG00000169446) #26	SAGE1 (ENSG00000181433) ##27	CT45A10 (ENSG00000269586) ##27	CT45A9 (ENSG00000270946) ##27	CT45A8 (ENSG00000278085) ##27	CT45A7 (ENSG00000273696) ##27	CT45A2 (ENSG00000271449) ##27	CT45A6 (ENSG00000278289) ##27	CT45A5 (ENSG00000228836) ##27	CT45A3 (ENSG00000269096) ##27	CT45A1 (ENSG00000268940) ##27	INTS6L (ENSG00000165359) #27	SMIM10L2A (ENSG00000178947) #32
Gorilla	MODERN SPECIES	523	ENSGGOG00000009891	ZIC3 (ENSGGOG00000011914) #13	ENSGGOG00000026094	GPR101 (ENSGGOG00000005255) #15	ENSGGOG00000040799	ENSGGOG00000027619 ##16	ENSGGOG00000027459	ENSGGOG00000037784	ARHGEF6 (ENSGGOG00000013983) #17	CD40LG (ENSGGOG00000010483) #18	VGLL1 (ENSGGOG00000006552) #19	HTATSF1 (ENSGGOG00000026072) #20	BRS3 (ENSGGOG00000003297) #21	ADGRG4 (ENSGGOG00000025527)	ENSGGOG00000041317	MAP7D3 (ENSGGOG00000003029) #22	ENSGGOG00000010054 #23	SLC9A6 (ENSGGOG00000006724) #25	MMGT1 (ENSGGOG00000013054) #26	SAGE1 (ENSGGOG00000027338) ##27	ENSGGOG00000004261 ##27	INTS6L (ENSGGOG00000014357) #27	ZNF449 (ENSGGOG00000000032) #29	ZNF75D (ENSGGOG00000008977) #30	ENSGGOG00000028404	ETDB (ENSGGOG00000039996)	SMIM10L2B (ENSGGOG00000043804) #32	ENSGGOG00000040982 ##34	RTL8B (ENSGGOG00000040828) ##34	SMIM10 (ENSGGOG00000011556) ##32	ENSGGOG00000025769
Orangutan	MODERN SPECIES	242	SOX3 (ENSPPYG00000020784)	CXorf66 (ENSPPYG00000020782)	ATP11C (ENSPPYG00000020781)	MCF2 (ENSPPYG00000020780) #8	F9 (ENSPPYG00000020779) #9	FGF13 (ENSPPYG00000020777)	ZIC3 (ENSPPYG00000020775) #13	GPR101 (ENSPPYG00000020773) #15	RBMX (ENSPPYG00000020771) #16	ARHGEF6 (ENSPPYG00000020769) #17	CD40LG (ENSPPYG00000020768) #18	VGLL1 (ENSPPYG00000020766) #19	HTATSF1 (ENSPPYG00000020765) #20	BRS3 (ENSPPYG00000020764) #21	ADGRG4 (ENSPPYG00000020763)	MAP7D3 (ENSPPYG00000020762) #22	FHL1 (ENSPPYG00000020761) #23	SLC9A6 (ENSPPYG00000020759) #25	MMGT1 (ENSPPYG00000020757) #26	SAGE1 (ENSPPYG00000020756) ##27	ENSPPYG00000020755 ##27	ENSPPYG00000020753 ##27	INTS6L (ENSPPYG00000020752) #27	ZNF449 (ENSPPYG00000034966) #29	ENSPPYG00000020748	ETDC (ENSPPYG00000040592)	ZNF75D (ENSPPYG00000007041) #30	CT55 (ENSPPYG00000020744)	ENSPPYG00000031472	SMIM10L2B (ENSPPYG00000020750) #32	ENSPPYG00000031300 ##34
Gibbon	MODERN SPECIES	449	ENSNLEG00000032994	ENSNLEG00000003011	ENSNLEG00000003005 #13	ENSNLEG00000032935	GPR101 (ENSNLEG00000018828) #15	ENSNLEG00000031294	RBMX (ENSNLEG00000002964) #16	ENSNLEG00000035535	ARHGEF6 (ENSNLEG00000002838) #17	CD40LG (ENSNLEG00000002818) #18	VGLL1 (ENSNLEG00000002785) #19	HTATSF1 (ENSNLEG00000002746) #20	BRS3 (ENSNLEG00000002740) #21	ADGRG4 (ENSNLEG00000002681)	ENSNLEG00000035956	MAP7D3 (ENSNLEG00000002667) #22	ENSNLEG00000002560 #23	SLC9A6 (ENSNLEG00000002336) #25	MMGT1 (ENSNLEG00000002320) #26	ENSNLEG00000002303 ##27	SAGE1 (ENSNLEG00000002235) ##27	INTS6L (ENSNLEG00000002194) #27	ENSNLEG00000029646	ZNF449 (ENSNLEG00000035002) #29	ZNF75D (ENSNLEG00000002170) #30	CT55 (ENSNLEG00000029349)	ENSNLEG00000034115	ENSNLEG00000034369	ENSNLEG00000018826 ##34	SMIM10 (ENSNLEG00000002159) ##32	MOSPD1 (ENSNLEG00000002118) #36
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000153500.a.a.k.a.b	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.b ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.s.a #23	ENSGT00910000147399	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000163821.a	ENSGT00940000163821.b	ENSGT01090000260123.b	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000154665.h.b.h.a ##34	ENSGT00940000166004
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000153500.a.a.k.a.b	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.b ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.s.a #23	ENSGT00910000147399	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.d.b ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.d.a ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000163821.a	ENSGT00940000163821.b	ENSGT01090000260123.b	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000154665.h.b.h.a ##34
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00390000009320	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000155476.h	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000153500.a.a.k.a.b	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.b ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.s.a #23	ENSGT00910000147399	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.d.b ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.d.a ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000163821.a.c	ENSGT00940000163821.b	ENSGT01090000260123.b	ENSGT00390000014547.d.a.b.t #32	ENSGT00940000154665.h.b.h.a.a.b ##34
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00390000009320	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000155476.h	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000153500.a.a.k.a.b	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.b ##16	ENSGT01000000214719.a	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.s.a #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.d.b ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.d.a ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000163821.b	ENSGT00940000154665.h.b.h.a.a.b ##34	ENSGT00940000166004	ENSGT00940000165473	ENSGT00940000154665.h.b.h.a.a.a ##34
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	128	ENSGT00390000009320	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000155476.h	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000153500.a.a.k.a.b	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00730000111080.b.l	ENSGT00940000153425.b ##16	ENSGT01000000214719.a	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.s.a #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.d.b ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.d.a ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000163821.b	ENSGT00390000014547.d.a.b.t #32	ENSGT00940000154665.h.b.h.a.a.b ##34	ENSGT00940000166004	ENSGT00940000165473	ENSGT00940000154665.h.b.h.a.a.a ##34
Drill	MODERN SPECIES	1142		ENSMLEG00000035106	ZIC3 (ENSMLEG00000004378) #13	ENSMLEG00000031538	GPR101 (ENSMLEG00000026912) #15	ENSMLEG00000032221	ENSMLEG00000028215	ENSMLEG00000021095 ##16	ENSMLEG00000020799	ARHGEF6 (ENSMLEG00000026561) #17	CD40LG (ENSMLEG00000042928) #18	VGLL1 (ENSMLEG00000040123) #19	HTATSF1 (ENSMLEG00000035511) #20	BRS3 (ENSMLEG00000034212) #21	ADGRG4 (ENSMLEG00000029336)	MAP7D3 (ENSMLEG00000028761) #22	ENSMLEG00000006125 #23
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	191	ENSCATG00000022228	ENSCATG00000044658	ENSCATG00000040102	ZIC3 (ENSCATG00000036569) #13	GPR101 (ENSCATG00000021853) #15	ENSCATG00000037524	ENSCATG00000045019	RBMX (ENSCATG00000034355) #16	ENSCATG00000040831	ARHGEF6 (ENSCATG00000026357) #17	CD40LG (ENSCATG00000036087) #18	VGLL1 (ENSCATG00000029711) #19	HTATSF1 (ENSCATG00000029963) #20	BRS3 (ENSCATG00000033877) #21	ADGRG4 (ENSCATG00000042569)	MAP7D3 (ENSCATG00000036480) #22	ENSCATG00000035367 #23	SLC9A6 (ENSCATG00000030282) #25	MMGT1 (ENSCATG00000040138) #26	ENSCATG00000026275 ##27	SAGE1 (ENSCATG00000008610) ##27	INTS6L (ENSCATG00000023489) #27	ZNF449 (ENSCATG00000010617) #29	ZNF75D (ENSCATG00000001056) #30	ENSCATG00000032930	ENSCATG00000021009 #32	ENSCATG00000020529 ##34	ENSCATG00000037747	ENSCATG00000022289	ENSCATG00000022206 ##34	ENSCATG00000031392
Olive baboon	MODERN SPECIES	792	ENSPANG00000049950	ENSPANG00000042359	ENSPANG00000050978	ZIC3 (ENSPANG00000011357) #13	ENSPANG00000038345	GPR101 (ENSPANG00000010358) #15	ENSPANG00000039817	ENSPANG00000018448 ##16	ENSPANG00000032009	ARHGEF6 (ENSPANG00000019659) #17	CD40LG (ENSPANG00000033140) #18	VGLL1 (ENSPANG00000012099) #19	HTATSF1 (ENSPANG00000010946) #20	BRS3 (ENSPANG00000010372) #21	ADGRG4 (ENSPANG00000014919)	MAP7D3 (ENSPANG00000020111) #22	ENSPANG00000017966 #23	SLC9A6 (ENSPANG00000025401) #25	MMGT1 (ENSPANG00000010947) #26	ENSPANG00000023647 ##27	ENSPANG00000014397 ##27	ENSPANG00000017255 ##27	INTS6L (ENSPANG00000018141) #27	ENSPANG00000012503	ENSPANG00000039595	ZNF75D (ENSPANG00000020112) #30	ZNF449 (ENSPANG00000012789) #29	ENSPANG00000046231	ENSPANG00000031916	ENSPANG00000050936 #32	ENSPANG00000042239
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000164524	ENSGT00940000158222	ENSGT00390000009320	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000155476.h	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000153425.b ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.s.a #23	ENSGT00910000147399	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.d.b ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.d.a ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000163821.a.c	ENSGT00940000163821.b	ENSGT00390000014547.d.a.b.t #32	ENSGT00940000154665.h.b.h.a.a.a ##34	ENSGT00940000167140
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	572	ENSMNEG00000021138	ENSMNEG00000036539	ENSMNEG00000042369	ZIC3 (ENSMNEG00000040682) #13	ENSMNEG00000041262	ENSMNEG00000035645	GPR101 (ENSMNEG00000019061) #15	ENSMNEG00000033588 ##16	ENSMNEG00000039712	ARHGEF6 (ENSMNEG00000016073) #17	CD40LG (ENSMNEG00000039285) #18	VGLL1 (ENSMNEG00000035420) #19	HTATSF1 (ENSMNEG00000024084) #20	BRS3 (ENSMNEG00000031855) #21	ADGRG4 (ENSMNEG00000029288)	MAP7D3 (ENSMNEG00000029479) #22	ENSMNEG00000040336 #23	ENSMNEG00000038262	SLC9A6 (ENSMNEG00000043541) #25	MMGT1 (ENSMNEG00000033481) #26	ENSMNEG00000028699 ##27	ENSMNEG00000040510 ##27	ENSMNEG00000041463 ##27	INTS6L (ENSMNEG00000036499) #27	ENSMNEG00000038403	ENSMNEG00000006346 #32	ZNF449 (ENSMNEG00000044510) #29	ZNF75D (ENSMNEG00000029945) #30	ENSMNEG00000037841	ENSMNEG00000007743 #32	ENSMNEG00000012581 ##34
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000162359	ENSGT00390000004226	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000153425.b ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.s.a #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.d.b ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.d.a ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000163821.a.c	ENSGT00940000163821.b	ENSGT00940000165473.d	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32	ENSGT00940000153299.c.b.a.b.b	ENSGT00940000155266.mb #36
Rhesus	MODERN SPECIES	327	FGF13 (ENSMMUG00000012484)	ENSMMUG00000061110	ZIC3 (ENSMMUG00000002023) #13	ENSMMUG00000053743	GPR101 (ENSMMUG00000005605) #15	ENSMMUG00000050317	ENSMMUG00000040370 ##16	ARHGEF6 (ENSMMUG00000013768) #17	CD40LG (ENSMMUG00000013773) #18	VGLL1 (ENSMMUG00000047144) #19	HTATSF1 (ENSMMUG00000006450) #20	BRS3 (ENSMMUG00000052892) #21	ENSMMUG00000064067	ENSMMUG00000049889	ADGRG4 (ENSMMUG00000044975)	MAP7D3 (ENSMMUG00000000297) #22	ENSMMUG00000057419	FHL1 (ENSMMUG00000007922) #23	SLC9A6 (ENSMMUG00000011271) #25	MMGT1 (ENSMMUG00000059846) #26	ENSMMUG00000021984 ##27	ENSMMUG00000017883 ##27	INTS6L (ENSMMUG00000017881) #27	ZNF449 (ENSMMUG00000008108) #29	ZNF75D (ENSMMUG00000018717) #30	CXHXorf48 (ENSMMUG00000053857)	ENSMMUG00000018715	FAM127C (ENSMMUG00000053147)	FAM127A (ENSMMUG00000063742)	ENSMMUG00000022140	ENSMMUG00000032338 ##32
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	175	ATP11C (ENSMFAG00000043019)	ENSMFAG00000048013	MCF2 (ENSMFAG00000003056) #8	F9 (ENSMFAG00000045107) #9	ENSMFAG00000030544	ENSMFAG00000061514	ZIC3 (ENSMFAG00000027018) #13	GPR101 (ENSMFAG00000030844) #15	ENSMFAG00000032479 ##16	ARHGEF6 (ENSMFAG00000040848) #17	CD40LG (ENSMFAG00000041794) #18	VGLL1 (ENSMFAG00000035875) #19	HTATSF1 (ENSMFAG00000044705) #20	BRS3 (ENSMFAG00000000136) #21	ADGRG4 (ENSMFAG00000041488)	MAP7D3 (ENSMFAG00000000334) #22	FHL1 (ENSMFAG00000036971) #23	SLC9A6 (ENSMFAG00000041408) #25	MMGT1 (ENSMFAG00000000269) #26	ENSMFAG00000035558 ##27	ENSMFAG00000043241 ##27	INTS6L (ENSMFAG00000031012) #27	ZNF449 (ENSMFAG00000033980) #29	ZNF75D (ENSMFAG00000000746) #30	ENSMFAG00000031424	ENSMFAG00000057213	ENSMFAG00000052677	ENSMFAG00000048705	ENSMFAG00000051979	ENSMFAG00000030344	ENSMFAG00000030287 ##32
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	203	SOX3 (ENSCSAG00000000291)	CXorf66 (ENSCSAG00000007334)	ATP11C (ENSCSAG00000007354)	MCF2 (ENSCSAG00000007411) #8	F9 (ENSCSAG00000007436) #9	ENSCSAG00000007441	ZIC3 (ENSCSAG00000007453) #13	ENSCSAG00000007461	GPR101 (ENSCSAG00000000292) #15	ARHGEF6 (ENSCSAG00000007469) #17	CD40LG (ENSCSAG00000007485) #18	VGLL1 (ENSCSAG00000007498) #19	HTATSF1 (ENSCSAG00000007505) #20	BRS3 (ENSCSAG00000007512) #21	ADGRG4 (ENSCSAG00000007537)	MAP7D3 (ENSCSAG00000007557) #22	FHL1 (ENSCSAG00000007563) #23	ENSCSAG00000000293	SLC9A6 (ENSCSAG00000007621) #25	ENSCSAG00000007631	ENSCSAG00000007640 ##27	SAGE1 (ENSCSAG00000007665) ##27	ENSCSAG00000007682	INTS6L (ENSCSAG00000007686) #27	ZNF449 (ENSCSAG00000007689) #29	ZNF75D (ENSCSAG00000007702) #30	ENSCSAG00000007710	ENSCSAG00000007720	ENSCSAG00000000294 ##34	RTL8C (ENSCSAG00000000295) ##34	ENSCSAG00000007729
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	454										ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.s.a #23	ENSGT00910000147399	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2717										ARHGEF6 (ENSRROG00000023138) #17	CD40LG (ENSRROG00000041437) #18	VGLL1 (ENSRROG00000013820) #19	HTATSF1 (ENSRROG00000021939) #20	BRS3 (ENSRROG00000028978) #21	ADGRG4 (ENSRROG00000029199)	MAP7D3 (ENSRROG00000032285) #22	ENSRROG00000037753 #23	ENSRROG00000039218	SLC9A6 (ENSRROG00000032504) #25	MMGT1 (ENSRROG00000043616) #26
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00390000004226	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000153425.a.a.b.a.u ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00940000153476.b.m.b	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00910000147399	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260123	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000163821	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000154665.h.b ##34	ENSGT00940000166004
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000004226	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000153425.a.a.b.a.u ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00940000153476.b.m.b	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00910000147399	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260123	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000163821	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000154665.h.b ##34	ENSGT00940000166004.b	ENSGT00940000155266 #36
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	111	ENSGT00390000002886.b.b	ENSGT00390000004226	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000153425.a.a.b.a.u ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902.bb #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00940000153476.b.m.b	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00910000147399	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000163821
Capuchin	MODERN SPECIES	516					ENSCCAG00000027303	ENSCCAG00000031758	ENSCCAG00000036263 ##16	ENSCCAG00000026495	ARHGEF6 (ENSCCAG00000028539) #17	CD40LG (ENSCCAG00000022354) #18	VGLL1 (ENSCCAG00000021104) #19	ENSCCAG00000022701 #20	BRS3 (ENSCCAG00000020466) #21	ADGRG4 (ENSCCAG00000033597)	ENSCCAG00000020000	MAP7D3 (ENSCCAG00000036385) #22	ENSCCAG00000035867	FHL1 (ENSCCAG00000009438) #23	SLC9A6 (ENSCCAG00000035798) #25	MMGT1 (ENSCCAG00000019684) #26	ENSCCAG00000026116 ##27
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	175	CXorf66 (ENSSBOG00000029110)	ATP11C (ENSSBOG00000032443)	MCF2 (ENSSBOG00000023164) #8	F9 (ENSSBOG00000033789) #9	ENSSBOG00000027409	ENSSBOG00000036330	ZIC3 (ENSSBOG00000024684) #13	ENSSBOG00000022443	ENSSBOG00000026063 ##16	ARHGEF6 (ENSSBOG00000031501) #17	CD40LG (ENSSBOG00000009654) #18	VGLL1 (ENSSBOG00000023214) #19	ENSSBOG00000027186 #20	BRS3 (ENSSBOG00000035258) #21	ADGRG4 (ENSSBOG00000020823)	MAP7D3 (ENSSBOG00000018191) #22	FHL1 (ENSSBOG00000026170) #23	SLC9A6 (ENSSBOG00000021784) #25	MMGT1 (ENSSBOG00000021097) #26	ENSSBOG00000024560 ##27	INTS6L (ENSSBOG00000013829) #27	ZNF449 (ENSSBOG00000017006) #29	ZNF75D (ENSSBOG00000030951) #30
Marmoset	MODERN SPECIES	78	ENSCJAG00000081483	ENSCJAG00000010301	ENSCJAG00000077067	ZIC3 (ENSCJAG00000013792) #13	GPR101 (ENSCJAG00000022249) #15	ENSCJAG00000074875	ENSCJAG00000077850	ENSCJAG00000040528 #16	ENSCJAG00000084694	ARHGEF6 (ENSCJAG00000003630) #17	CD40LG (ENSCJAG00000003696) #18	VGLL1 (ENSCJAG00000003722) #19	HTATSF1 (ENSCJAG00000003676) #20	BRS3 (ENSCJAG00000003727) #21	ADGRG4 (ENSCJAG00000042801)	MAP7D3 (ENSCJAG00000003766) #22	FHL1 (ENSCJAG00000039343) #23	ENSCJAG00000070727	SLC9A6 (ENSCJAG00000004043) #25	MMGT1 (ENSCJAG00000067970) #26	ENSCJAG00000082942 ##27	SAGE1 (ENSCJAG00000056884) ##27	ENSCJAG00000085154 ##27	ENSCJAG00000054917 ##27	ENSCJAG00000072895 ##27	INTS6L (ENSCJAG00000014469) #27	ENSCJAG00000069591	ENSCJAG00000083349 #32	ZNF449 (ENSCJAG00000066594) #29	ENSCJAG00000074187	ZNF75D (ENSCJAG00000014531) #30
Tarsier	MODERN SPECIES	6574						ENSTSYG00000026206	ENSTSYG00000034869	RBMX (ENSTSYG00000009555) ##16	ARHGEF6 (ENSTSYG00000013105) #17	TNLG8B (ENSTSYG00000010623) #18	VGLL1 (ENSTSYG00000005070) #19	HTATSF1 (ENSTSYG00000028876) #20	BRS3 (ENSTSYG00000003032) #21	ENSTSYG00000033716	ADGRG4 (ENSTSYG00000036196)	MAP7D3 (ENSTSYG00000011953) #22	FHL1 (ENSTSYG00000000860) #23	ENSTSYG00000030938	SLC9A6 (ENSTSYG00000010724) #25	MMGT1 (ENSTSYG00000000021) #26
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00390000004226	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.b ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000013938	ENSGT01050000244955.a.b
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00940000164798	ENSGT00390000004226	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000153425.a.b ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000163821	ENSGT00390000006837.c.b.a	ENSGT00390000014547.d.a.a ##32	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	205								ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000153425.a.b ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	631						ZIC3 (ENSPCOG00000021557) #13	ENSPCOG00000025008	ENSPCOG00000014726	ENSPCOG00000013607 ##16	ARHGEF6 (ENSPCOG00000000172) #17	CD40LG (ENSPCOG00000016058) #18	VGLL1 (ENSPCOG00000023358) #19	HTATSF1 (ENSPCOG00000021823) #20	BRS3 (ENSPCOG00000024015) #21	ADGRG4 (ENSPCOG00000022888)	MAP7D3 (ENSPCOG00000013618) #22	FHL1 (ENSPCOG00000028508) #23	SLC9A6 (ENSPCOG00000007195) #25	MMGT1 (ENSPCOG00000014953) #26	INTS6L (ENSPCOG00000013958) #27	ENSPCOG00000003131 #32
Mouse lemur	MODERN SPECIES	169	ENSMICG00000045027	ENSMICG00000033654	ENSMICG00000047230	ENSMICG00000032768	ENSMICG00000045504	IDS (ENSMICG00000002745)	ENSMICG00000037019	ENSMICG00000030676	ENSMICG00000036932	AFF2 (ENSMICG00000011580)	ENSMICG00000004052	ENSMICG00000032523	ENSMICG00000045581	FMR1 (ENSMICG00000000838)	ADGRG4 (ENSMICG00000035091)	MAP7D3 (ENSMICG00000037426) #22	ENSMICG00000009342 #23	SLC9A6 (ENSMICG00000011746) #25	ENSMICG00000047091 #26	INTS6L (ENSMICG00000014196) #27	ENSMICG00000031214	ENSMICG00000043469 #32	ZNF449 (ENSMICG00000003164) #29	CT55 (ENSMICG00000047795)	ENSMICG00000035619	ENSMICG00000031062	ZNF75D (ENSMICG00000005209) #30	ENSMICG00000034505	ENSMICG00000048125 #32	ENSMICG00000036912	ENSMICG00000033942
Bushbaby	MODERN SPECIES	367								RBMXL1 (ENSOGAG00000007839) ##16	ARHGEF6 (ENSOGAG00000004738) #17	CD40LG (ENSOGAG00000005572) #18	VGLL1 (ENSOGAG00000005571) #19	HTATSF1 (ENSOGAG00000005565) #20	BRS3 (ENSOGAG00000005561) #21	ADGRG4 (ENSOGAG00000033881)	ENSOGAG00000029993	MAP7D3 (ENSOGAG00000009956) #22	FHL1 (ENSOGAG00000028911) #23	ENSOGAG00000029465	SLC9A6 (ENSOGAG00000003464) #25	ENSOGAG00000003462	INTS6L (ENSOGAG00000016870) #27	ENSOGAG00000029369	ENSOGAG00000033559 #32	ZNF449 (ENSOGAG00000003684) #29	ENSOGAG00000033991	CT55 (ENSOGAG00000007138)	ZNF75D (ENSOGAG00000032383) #30
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00940000163821.d	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000164063	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT01030000234902 #31	ENSGT00940000154665.h ##34	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37
Tree shrew	MODERN SPECIES	468																ENSTBEG00000011308 #22	FHL1 (ENSTBEG00000011259) #23
Glires	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000163821.c	ENSGT01030000234902 #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00940000163821.d	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000164063	ENSGT00940000154665.h ##34	ENSGT00940000155266 #36
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	51							ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000163821.c	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000163821.d	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000164063	ENSGT00940000154665.h ##34	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37
Rabbit	MODERN SPECIES	1401						GPR101 (ENSOCUG00000027130) #15	ENSOCUG00000029751	ENSOCUG00000007220 #16	ENSOCUG00000038909	ARHGEF6 (ENSOCUG00000000255) #17	CD40LG (ENSOCUG00000003911) #18	ENSOCUG00000028060 #19	HTATSF1 (ENSOCUG00000012570) #20	BRS3 (ENSOCUG00000022548) #21	ADGRG4 (ENSOCUG00000006037)	ENSOCUG00000006534 #22	FHL1 (ENSOCUG00000006034) #23	SLC9A6 (ENSOCUG00000013167) #25	ENSOCUG00000029505 #26	ENSOCUG00000027335 ##27	INTS6L (ENSOCUG00000014143) #27	ENSOCUG00000022129	ENSOCUG00000023801 #32	ZNF449 (ENSOCUG00000014649) #29	ENSOCUG00000014361	ENSOCUG00000029178	ENSOCUG00000026439 #30	ENSOCUG00000029294	ENSOCUG00000031891	ENSOCUG00000029561	ENSOCUG00000026799
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000163821.c	ENSGT01030000234902 #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000154665.h ##34	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000154665.h ##34	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C	ENSGT00940000155028
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000154665.h ##34	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C	ENSGT00940000155028
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000164063	ENSGT00940000154665.h ##34	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.j ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.i ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01050000245553	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000183733	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.j ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.i ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000164063	ENSGT00940000154665.h ##34	ENSGT01050000245553	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000154917	ENSGT00940000160180	ENSGT00940000159167	ENSGT00950000183042.a.b	ENSGT00390000000376	ENSGT00940000158018	ENSGT00390000002524	ENSGT00940000158319	ENSGT00610000087444	ENSGT00940000157255	ENSGT00390000015968	ENSGT00940000157835	ENSGT00950000183132.A	ENSGT01050000244879.b.a.b.a	ENSGT00390000014700.a	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00390000013899.a.a	ENSGT00530000063817.b	ENSGT00940000155455	ENSGT00940000156419	ENSGT00390000017324	ENSGT00940000156443	ENSGT00940000162902	ENSGT00940000155911	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00390000006670	ENSGT00940000155415	ENSGT00940000159601
Golden Hamster	MODERN SPECIES	788			Fgf13 (ENSMAUG00000008666) #11	Magea13 (ENSMAUG00000019340) #12	Zic3 (ENSMAUG00000009402) #13	Gpr101 (ENSMAUG00000000743) #15	Tm9sf5 (ENSMAUG00000018307)	Rbmx (ENSMAUG00000019654) #16	ENSMAUG00000008083 #17	Cd40lg (ENSMAUG00000019910) #18	Vgll1 (ENSMAUG00000019769) #19	Htatsf1 (ENSMAUG00000007235) #20	Brs3 (ENSMAUG00000019309) #21	ENSMAUG00000011586	ENSMAUG00000000915	Map7d3 (ENSMAUG00000000471) #22	Fhl1 (ENSMAUG00000014161) #23	ENSMAUG00000019556	ENSMAUG00000017424 #25	ENSMAUG00000016024 #26	ENSMAUG00000012472	Ints6l (ENSMAUG00000011393) #27	ENSMAUG00000009462	Zfp449 (ENSMAUG00000018623) #29
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000183733	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.j ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.i ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000167581	ENSGT01030000234902 #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01050000245553	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	475	Atp11c (ENSPEMG00000023535)	Mcf2 (ENSPEMG00000001372) #8	F9 (ENSPEMG00000010184) #9	Fgf13 (ENSPEMG00000015509) #11	Magea13 (ENSPEMG00000023742) #12	Zic3 (ENSPEMG00000022168) #13	Gpr101 (ENSPEMG00000025689) #15	Tm9sf5 (ENSPEMG00000022942)	Rbmx (ENSPEMG00000029371) #16	Arhgef6 (ENSPEMG00000021523) #17	Cd40lg (ENSPEMG00000023170) #18	Vgll1 (ENSPEMG00000022343) #19	Htatsf1 (ENSPEMG00000022397) #20	Brs3 (ENSPEMG00000022868) #21	ENSPEMG00000022946	Map7d3 (ENSPEMG00000021400) #22	Fhl1 (ENSPEMG00000022628) #23	Slc9a6 (ENSPEMG00000023480) #25	Mmgt1 (ENSPEMG00000029255) #26	ENSPEMG00000025376 ##27	ENSPEMG00000007135 ##27	Ints6l (ENSPEMG00000000804) #27	ENSPEMG00000027836	ENSPEMG00000029658 #31	ENSPEMG00000031407 #32	Zfp449 (ENSPEMG00000027225) #29	Etd (ENSPEMG00000028089)	Mospd1 (ENSPEMG00000020761) #36	Fam122c (ENSPEMG00000021850) #37	Fam122b (ENSPEMG00000021284) ##37	Plac1 (ENSPEMG00000022795)
Prairie vole	MODERN SPECIES	360	Mcf2 (ENSMOCG00000007145) #8	F9 (ENSMOCG00000010515) #9	Fgf13 (ENSMOCG00000000865) #11	Magea13 (ENSMOCG00000006923) #12	ENSMOCG00000002300	Zic3 (ENSMOCG00000020544) #13	Gpr101 (ENSMOCG00000019682) #15	Rbmx (ENSMOCG00000018048) #16	ENSMOCG00000012399 #17	Cd40lg (ENSMOCG00000007638) #18	ENSMOCG00000021293	ENSMOCG00000023007 #20	Brs3 (ENSMOCG00000021756) #21	ENSMOCG00000020722	ENSMOCG00000013515	Map7d3 (ENSMOCG00000010703) #22	Fhl1 (ENSMOCG00000019051) #23	Slc9a6 (ENSMOCG00000017739) #25	Mmgt1 (ENSMOCG00000006713) #26	Gm648 (ENSMOCG00000022308) ##27	ENSMOCG00000001487	Ints6l (ENSMOCG00000011413) #27	Smim10l2a (ENSMOCG00000004382) #32	Zfp449 (ENSMOCG00000021000) #29	ENSMOCG00000016141	Ct55 (ENSMOCG00000006595)	ENSMOCG00000021534	ENSMOCG00000014841 ##34	ENSMOCG00000003477	ENSMOCG00000000159	Mospd1 (ENSMOCG00000005632) #36
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.j ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.i ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT01090000260337 #33	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT01050000245553	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C
Mus	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.j ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.i ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00390000000062.x.a.a.a.a	ENSGT00940000155076.b.b	ENSGT00390000000062.x.a.a.a.b	ENSGT00940000164063	ENSGT00940000154665.h.`b.a ##34	ENSGT00940000154665.h.ab ##34	ENSGT00940000167581
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.j ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.i ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00390000000062.x.a.a.a.a	ENSGT00940000155076.b.b	ENSGT00390000000062.x.a.a.a.b	ENSGT00940000164063	ENSGT00940000154665.h.`b.a ##34	ENSGT00940000154665.h.ab ##34	ENSGT00940000167581
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.j ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.i ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00390000000062.x.a.a.a.a	ENSGT00940000155076.b.b	ENSGT00390000000062.x.a.a.a.b	ENSGT00940000164063	ENSGT00940000154665.h.`b.a ##34	ENSGT00940000154665.h.ab ##34	ENSGT00940000167581
Mouse	MODERN SPECIES	37	Atp11c (ENSMUSG00000062949)	Mcf2 (ENSMUSG00000031139) #8	F9 (ENSMUSG00000031138) #9	Fgf13 (ENSMUSG00000031137) #11	Magea13 (ENSMUSG00000046180) #12	Zic3 (ENSMUSG00000067860) #13	Gpr101 (ENSMUSG00000036357) #15	Tm9sf5 (ENSMUSG00000079584)	Rbmx (ENSMUSG00000031134) #16	Arhgef6 (ENSMUSG00000031133) #17	Cd40lg (ENSMUSG00000031132) #18	Vgll1 (ENSMUSG00000031131) #19	Htatsf1 (ENSMUSG00000067873) #20	Brs3 (ENSMUSG00000031130) #21	Adgrg4 (ENSMUSG00000053852)	Map7d3 (ENSMUSG00000067878) #22	Fhl1 (ENSMUSG00000023092) #23	Slc9a6 (ENSMUSG00000060681) #25	Mmgt1 (ENSMUSG00000061273) #26	Gm648 (ENSMUSG00000064016) ##27	Ints6l (ENSMUSG00000035967) #27	Gm2174 (ENSMUSG00000058932)	Smim10l2a (ENSMUSG00000054850) #32	Zfp449 (ENSMUSG00000073176) #29	Gm773 (ENSMUSG00000073177)	3830403N18Rik (ENSMUSG00000031125)	Slxl1 (ENSMUSG00000067909)	Gm16430 (ENSMUSG00000094714)	Gm16405 (ENSMUSG00000096468)	Xlr (ENSMUSG00000054626)	Zfp36l3 (ENSMUSG00000059334)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.j ##27	ENSGT00390000016655.a.a.a.b.i ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00390000000062.x.a.a.a.a	ENSGT00940000155076.b.b	ENSGT00390000000062.x.a.a.a.b	ENSGT00940000164063	ENSGT01050000245553	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37
spretus	MODERN SPECIES	19	Atp11c (MGP_SPRETEiJ_G0034261)	Mcf2 (MGP_SPRETEiJ_G0034260) #8	F9 (MGP_SPRETEiJ_G0034259) #9	Fgf13 (MGP_SPRETEiJ_G0034258) #11	Magea13 (MGP_SPRETEiJ_G0034257) #12	Zic3 (MGP_SPRETEiJ_G0034256) #13	Gpr101 (MGP_SPRETEiJ_G0034255) #15	Tm9sf5 (MGP_SPRETEiJ_G0034254)	Rbmx (MGP_SPRETEiJ_G0034253) #16	Arhgef6 (MGP_SPRETEiJ_G0034252) #17	Cd40lg (MGP_SPRETEiJ_G0034251) #18	Vgll1 (MGP_SPRETEiJ_G0034250) #19	Htatsf1 (MGP_SPRETEiJ_G0034249) #20	Brs3 (MGP_SPRETEiJ_G0034248) #21	Adgrg4 (MGP_SPRETEiJ_G0034247)	Map7d3 (MGP_SPRETEiJ_G0034246) #22	Fhl1 (MGP_SPRETEiJ_G0034245) #23	Slc9a6 (MGP_SPRETEiJ_G0034244) #25	Mmgt1 (MGP_SPRETEiJ_G0034243) #26	Gm648 (MGP_SPRETEiJ_G0034242) ##27	MGP_SPRETEiJ_G0034241 ##27	Ints6l (MGP_SPRETEiJ_G0034240) #27	Zfp449 (MGP_SPRETEiJ_G0034239) #29	MGP_SPRETEiJ_G0034238	Zfp36l3 (MGP_SPRETEiJ_G0034237)	1700013H16Rik (MGP_SPRETEiJ_G0034236)	Ct55 (MGP_SPRETEiJ_G0034235)	MGP_SPRETEiJ_G0034234	MGP_SPRETEiJ_G0034233 ##34	Etd (MGP_SPRETEiJ_G0034232)	Mospd1 (MGP_SPRETEiJ_G0034231) #36
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	19	Mcf2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033106) #8	F9 (MGP_CAROLIEiJ_G0033105) #9	Fgf13 (MGP_CAROLIEiJ_G0033104) #11	Magea13 (MGP_CAROLIEiJ_G0033103) #12	MGP_CAROLIEiJ_G0033102	Zic3 (MGP_CAROLIEiJ_G0033101) #13	Gpr101 (MGP_CAROLIEiJ_G0033100) #15	Tm9sf5 (MGP_CAROLIEiJ_G0033099)	Rbmx (MGP_CAROLIEiJ_G0033098) #16	Arhgef6 (MGP_CAROLIEiJ_G0033097) #17	Cd40lg (MGP_CAROLIEiJ_G0033096) #18	MGP_CAROLIEiJ_G0033095 #19	Htatsf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033094) #20	Brs3 (MGP_CAROLIEiJ_G0033093) #21	Adgrg4 (MGP_CAROLIEiJ_G0033092)	Map7d3 (MGP_CAROLIEiJ_G0033091) #22	Fhl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033090) #23	Slc9a6 (MGP_CAROLIEiJ_G0033089) #25	Mmgt1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033088) #26	Gm648 (MGP_CAROLIEiJ_G0033087) ##27	MGP_CAROLIEiJ_G0033086	Ints6l (MGP_CAROLIEiJ_G0033085) #27	Smim10l2a (MGP_CAROLIEiJ_G0033084) #32	Zfp449 (MGP_CAROLIEiJ_G0033083) #29	MGP_CAROLIEiJ_G0033082	Zfp36l3 (MGP_CAROLIEiJ_G0033081)	1700013H16Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0033080)	Ct55 (MGP_CAROLIEiJ_G0033079)	MGP_CAROLIEiJ_G0033078 ##34	MGP_CAROLIEiJ_G0033077 ##34	MGP_CAROLIEiJ_G0033076 ##34
Shrew mouse	MODERN SPECIES	23	MGP_PahariEiJ_G0031648 #8	F9 (MGP_PahariEiJ_G0031647) #9	Fgf13 (MGP_PahariEiJ_G0031646) #11	Magea13 (MGP_PahariEiJ_G0031645) #12	Zic3 (MGP_PahariEiJ_G0031644) #13	Gpr101 (MGP_PahariEiJ_G0031643) #15	MGP_PahariEiJ_G0031642	Rbmx (MGP_PahariEiJ_G0031641) #16	Arhgef6 (MGP_PahariEiJ_G0031640) #17	Cd40lg (MGP_PahariEiJ_G0031639) #18	Zfx (MGP_PahariEiJ_G0031638)	Vgll1 (MGP_PahariEiJ_G0031637) #19	MGP_PahariEiJ_G0031636 #20	Brs3 (MGP_PahariEiJ_G0031635) #21	Adgrg4 (MGP_PahariEiJ_G0031634)	Map7d3 (MGP_PahariEiJ_G0031633) #22	Fhl1 (MGP_PahariEiJ_G0031632) #23	Slc9a6 (MGP_PahariEiJ_G0031631) #25	Mmgt1 (MGP_PahariEiJ_G0031630) #26	Gm648 (MGP_PahariEiJ_G0031629) ##27	MGP_PahariEiJ_G0031628 ##27	Ints6l (MGP_PahariEiJ_G0031627) #27	Smim10l2a (MGP_PahariEiJ_G0031626) #32	Zfp449 (MGP_PahariEiJ_G0031625) #29	Gm773 (MGP_PahariEiJ_G0031624)	Zfp36l3 (MGP_PahariEiJ_G0031623)	MGP_PahariEiJ_G0031622 ##34	MGP_PahariEiJ_G0031621 ##34	MGP_PahariEiJ_G0031620 ##34	Etd (MGP_PahariEiJ_G0031619)	Mospd1 (MGP_PahariEiJ_G0031618) #36
Rat	MODERN SPECIES	46	Fgf13 (ENSRNOG00000042753)	Magea13 (ENSRNOG00000003532) #12	LOC688702 (ENSRNOG00000063423)	RGD1565430 (ENSRNOG00000067936)	ENSRNOG00000067113	Zic3 (ENSRNOG00000000861) #13	ENSRNOG00000069556	RGD1566008 (ENSRNOG00000063525)	Gpr101 (ENSRNOG00000027658) #15	Rbmx (ENSRNOG00000000866) ##16	Arhgef6 (ENSRNOG00000000869) #17	Cd40lg (ENSRNOG00000000871) #18	Htatsf1 (ENSRNOG00000027761) #20	Brs3 (ENSRNOG00000000873) #21	Adgrg4 (ENSRNOG00000054401)	Map7d3 (ENSRNOG00000027831) #22	Fhl1 (ENSRNOG00000000875) #23	Slc9a6 (ENSRNOG00000000879) #25	Mmgt1 (ENSRNOG00000065883) #26	Ct45a9 (ENSRNOG00000048059) ##27	ENSRNOG00000063647 ##27	Ints6l (ENSRNOG00000046662) #27	RGD1561558 (ENSRNOG00000066544)	ENSRNOG00000065027 #31	Zfp449 (ENSRNOG00000050562) #29	ENSRNOG00000064868 #33	LOC684932 (ENSRNOG00000068658) #30	LOC685790 (ENSRNOG00000071186)	ENSRNOG00000068015	RGD1563270 (ENSRNOG00000051360)	LOC120099287 (ENSRNOG00000070753)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1115									Tm9sf5 (ENSNGAG00000009293)	Rbmx (ENSNGAG00000004403) #16	ENSNGAG00000020718 #17	Cd40lg (ENSNGAG00000015987) #18	Htatsf1 (ENSNGAG00000017831) #20	Brs3 (ENSNGAG00000015275) #21	Adgrg4 (ENSNGAG00000018273)	Map7d3 (ENSNGAG00000020212) #22	Fhl1 (ENSNGAG00000000891) #23	Slc9a6 (ENSNGAG00000011263) #25	ENSNGAG00000015880 #26	ENSNGAG00000014769	ENSNGAG00000009832	Ints6l (ENSNGAG00000008157) #27	Zfp449 (ENSNGAG00000018421) #29	ENSNGAG00000016078
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000004226	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864.c #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000163821.c	ENSGT01030000234902 #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000154665.h ##34	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C
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Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	72	ENSGT00390000004226	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864.c #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000163821.c	ENSGT01030000234902 #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000160108 #29
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	104	ENSGT00700000106222	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864.c #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000163821.c	ENSGT01030000234902 #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000164063	ENSGT01050000245509	ENSGT00390000017673.b.g.b	ENSGT00390000015930.e.a	ENSGT00940000154665.h ##34	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37
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Squirrel	MODERN SPECIES	113	LDOC1 (ENSSTOG00000019751)	ATP11C (ENSSTOG00000010827)	MCF2 (ENSSTOG00000029050) #8	F9 (ENSSTOG00000010803) #9	FGF13 (ENSSTOG00000013920) #11	ZIC3 (ENSSTOG00000024153) #13	GPR101 (ENSSTOG00000002026) #15	RBMX (ENSSTOG00000006211) #16	ARHGEF6 (ENSSTOG00000006178) #17	ENSSTOG00000033794	CD40LG (ENSSTOG00000006163) #18	VGLL1 (ENSSTOG00000012521) #19	HTATSF1 (ENSSTOG00000012505) #20	BRS3 (ENSSTOG00000012492) #21	ADGRG4 (ENSSTOG00000023630)	ENSSTOG00000008415 #22	FHL1 (ENSSTOG00000025661) #23	SLC9A6 (ENSSTOG00000025666) #25	MMGT1 (ENSSTOG00000004796) #26	INTS6L (ENSSTOG00000027054) #27	ZNF449 (ENSSTOG00000024213) #29
Alpin marmot	MODERN SPECIES	50	ENSMMMG00000012587	ATP11C (ENSMMMG00000012599)	ENSMMMG00000012728 #8	F9 (ENSMMMG00000012745) #9	FGF13 (ENSMMMG00000012768) #11	ENSMMMG00000012790 #12	ZIC3 (ENSMMMG00000012845) #13	GPR101 (ENSMMMG00000012861) #15	RBMX (ENSMMMG00000012892) #16	ARHGEF6 (ENSMMMG00000012910) #17	CD40LG (ENSMMMG00000012969) #18	VGLL1 (ENSMMMG00000013009) #19	HTATSF1 (ENSMMMG00000013019) #20	BRS3 (ENSMMMG00000013039) #21	ADGRG4 (ENSMMMG00000013042)	ENSMMMG00000013066 #22	FHL1 (ENSMMMG00000013081) #23	SLC9A6 (ENSMMMG00000013232) #25	MMGT1 (ENSMMMG00000013293) #26	ENSMMMG00000013303 ##27	INTS6L (ENSMMMG00000013322) #27	CT55 (ENSMMMG00000013404)	ENSMMMG00000013412 #31	ENSMMMG00000013423 #32	ZNF75D (ENSMMMG00000013437) #30	ZNF449 (ENSMMMG00000013446) #29	ENSMMMG00000013454 #29
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864.c #12	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000153425.a.a.b.a ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104.gb.a #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000163821.d	ENSGT01030000234902 #31	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000154665.h ##34	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	31	ENSHGLG00000007629 #11	ENSHGLG00000040882 #12	ENSHGLG00000046515	ENSHGLG00000010972	ENSHGLG00000041497 #13	ENSHGLG00000033794	GPR101 (ENSHGLG00000044397) #15	ENSHGLG00000011055 ##16	ARHGEF6 (ENSHGLG00000004195) #17	ENSHGLG00000045770	CD40LG (ENSHGLG00000046347) #18	VGLL1 (ENSHGLG00000037465) #19	HTATSF1 (ENSHGLG00000005328) #20	BRS3 (ENSHGLG00000018193) #21	ADGRG4 (ENSHGLG00000018882)	ENSHGLG00000007640 #22	FHL1 (ENSHGLG00000018952) #23	SLC9A6 (ENSHGLG00000018809) #25	ENSHGLG00000042796	ENSHGLG00000013914 #26	ENSHGLG00000036652	ENSHGLG00000002941 #27	ENSHGLG00000031585	ENSHGLG00000050325	ENSHGLG00000033326 #31	ENSHGLG00000020116 #32	ENSHGLG00000019617	ENSHGLG00000034853 #29	ENSHGLG00000033833	ENSHGLG00000036857 #29	FAM127C (ENSHGLG00000000056) ##34
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	80	ENSGT00390000004226	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000153425.a.a.b.a ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104.gb.a #26	ENSGT00390000016655.a.a.a.b ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27
Guinea pig	MODERN SPECIES	79	SOX3 (ENSCPOG00000032472)	ATP11C (ENSCPOG00000000872)	MCF2 (ENSCPOG00000003607) #8	F9 (ENSCPOG00000025563) #9	ENSCPOG00000037522	ENSCPOG00000039374	ZIC3 (ENSCPOG00000002374) #13	GPR101 (ENSCPOG00000010216) #15	RBMXL1 (ENSCPOG00000012164) ##16	ENSCPOG00000032192	ARHGEF6 (ENSCPOG00000010511) #17	CD40LG (ENSCPOG00000038114) #18	ENSCPOG00000010493 #20	BRS3 (ENSCPOG00000014354) #21	ENSCPOG00000023011	ENSCPOG00000003028 #22	FHL1 (ENSCPOG00000003025) #23	SLC9A6 (ENSCPOG00000013481) #25	ENSCPOG00000031995 #26	ENSCPOG00000040298 ##27	INTS6L (ENSCPOG00000014008) #27	ENSCPOG00000037689 #32	ZNF449 (ENSCPOG00000031888) #29	ENSCPOG00000034612 #32	ENSCPOG00000025868 ##34	ENSCPOG00000019913 ##34
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	87	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000166884	ENSGT00940000160971	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000162864 #12	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000161248	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000153425.a.a.b.b #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.a.a ##27	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00390000014547.d.a.b #32	ENSGT00940000164063	ENSGT00940000162817 #30	ENSGT00940000160108 #29	ENSGT00940000154665 #34	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d.a #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00530000064049.C	ENSGT00940000155028
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	1270																ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26
Sloth	MODERN SPECIES	2340																ENSCHOG00000012063 #22
Armadillo	MODERN SPECIES	1375																ENSDNOG00000011768 #22	FHL1 (ENSDNOG00000035547) #23	SLC9A6 (ENSDNOG00000038816) #25	MMGT1 (ENSDNOG00000032943) #26
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000165216	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.b.a.a ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902.g #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000167502	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104.g #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266.w #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028.c	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b.g	ENSGT00950000183009.cb	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000165216	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425.b.a.a ##16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902.g #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00390000010165.i.b.b.a	ENSGT00940000167502	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00940000155268.r	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266.w #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028.c	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b.g	ENSGT00390000013938	ENSGT00940000154706.j	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	70																ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00940000155268.r	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266.w #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028.c	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b.g	ENSGT00950000183009.cb	ENSGT00390000013938	ENSGT00940000154706.j	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	66																ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00940000155268.r	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266.w #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028.c	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b.g	ENSGT00950000183009.cb	ENSGT00390000013938	ENSGT00940000154706.j	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b
Common wonbat	MODERN SPECIES	243																ENSVURG00010002978 #22	FHL1 (ENSVURG00010002994) #23	SLC9A6 (ENSVURG00010003079) #25	ENSVURG00010003133	ENSVURG00010003145 #27	ENSVURG00010003197 #36	ENSVURG00010003216 #37	PABIR2 (ENSVURG00010003250) ##37	ENSVURG00010003283	ENSVURG00010003309	ENSVURG00010003357	ENSVURG00010003373	ENSVURG00010003378	ENSVURG00010003417	GPC3 (ENSVURG00010003432)	GPC4 (ENSVURG00010003449)
koala	MODERN SPECIES	445																ENSPCIG00000031880 #22
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	21	MCF2 (ENSSHAG00000009413) #8	F9 (ENSSHAG00000008930) #9	ENSSHAG00000023320	ENSSHAG00000031918	ZIC3 (ENSSHAG00000029408) #13	ENSSHAG00000011122	ENSSHAG00000025401 #15	ENSSHAG00000009891	ENSSHAG00000009439 ##16	ARHGEF6 (ENSSHAG00000008171) #17	CD40LG (ENSSHAG00000021218) #18	ENSSHAG00000006440 #20	BRS3 (ENSSHAG00000006032) #21	ENSSHAG00000026023	ENSSHAG00000004616	ENSSHAG00000013899 #22	FHL1 (ENSSHAG00000028414) #23	ENSSHAG00000021953	SLC9A6 (ENSSHAG00000003943) #25	ENSSHAG00000023961	ENSSHAG00000025258 #27	ENSSHAG00000011544 #36	ENSSHAG00000011094 #37	PABIR2 (ENSSHAG00000010813) ##37	ENSSHAG00000007965	PHF6 (ENSSHAG00000029171)	ENSSHAG00000021422	ENSSHAG00000028074	GPC3 (ENSSHAG00000001009)	ENSSHAG00000022306	GPC4 (ENSSHAG00000028138)
Opossum	MODERN SPECIES	363																ENSMODG00000028900 #22	FHL1 (ENSMODG00000010867) #23
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Sauria	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000167502	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000013938	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000167502	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000013938	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000161284	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000167502	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000013938	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Aves	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000161284	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000167502	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000161284	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000167502	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000161284	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000167502	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000161284	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	4	ENSABRG00000011872	ENSABRG00000011876	ATP11C (ENSABRG00000011910)	MCF2 (ENSABRG00000011945) #8	F9 (ENSABRG00000011990) #9	ENSABRG00000012011	ZIC3 (ENSABRG00000012050) #13	ENSABRG00000012063	ENSABRG00000012071 #16	ARHGEF6 (ENSABRG00000012096) #17	CD40LG (ENSABRG00000012144) #18	VGLL1 (ENSABRG00000012161) #19	HTATSF1 (ENSABRG00000012167) #20	BRS3 (ENSABRG00000012177) #21	ENSABRG00000012196	ENSABRG00000012219 #22	FHL1 (ENSABRG00000012268) #23	SLC9A6 (ENSABRG00000012289) #25	MMGT1 (ENSABRG00000012305) #26	INTS6L (ENSABRG00000012319) #27	MOSPD1 (ENSABRG00000012362) #36	ENSABRG00000012373 #37	PABIR2 (ENSABRG00000012382) ##37	HPRT1 (ENSABRG00000012404)	PHF6 (ENSABRG00000012409)	GPC3 (ENSABRG00000012427)	GPC4 (ENSABRG00000012433)	HS6ST2 (ENSABRG00000012441)	MBNL3 (ENSABRG00000012450)	RAP2C (ENSABRG00000012463)	FRMD7 (ENSABRG00000012474)
Duck	MODERN SPECIES	1	ENSAPLG00000006318	ARL13A (ENSAPLG00000031098)	ATP11C (ENSAPLG00000005048)	MCF2 (ENSAPLG00000004315) #8	F9 (ENSAPLG00000010425) #9	FGF13 (ENSAPLG00000010508) #11	ZIC3 (ENSAPLG00000028802) #13	ENSAPLG00000010658	ENSAPLG00000029262 #16	ARHGEF6 (ENSAPLG00000011391) #17	CD40LG (ENSAPLG00000012271) #18	VGLL1 (ENSAPLG00000012400) #19	HTATSF1 (ENSAPLG00000012401) #20	ENSAPLG00000012590	ENSAPLG00000022516	ENSAPLG00000012655 #22	FHL1 (ENSAPLG00000031131) #23	SLC9A6 (ENSAPLG00000012890) #25	MMGT1 (ENSAPLG00000018112) #26	INTS6L (ENSAPLG00000013725) #27	MOSPD1 (ENSAPLG00000013746) #36	ENSAPLG00000029052 #37	PABIR2 (ENSAPLG00000014109) ##37	HPRT1 (ENSAPLG00000021425)	PHF6 (ENSAPLG00000014748)	GPC3 (ENSAPLG00000014901)	GPC4 (ENSAPLG00000027678)	HS6ST2 (ENSAPLG00000023782)	MBNL3 (ENSAPLG00000020011)	RAP2C (ENSAPLG00000004026)	FRMD7 (ENSAPLG00000019564)
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000161284	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000167502	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972
Japanese quail	MODERN SPECIES	22	ENSCJPG00005016392	ATP11C (ENSCJPG00005016391)	MCF2 (ENSCJPG00005016390) #8	F9 (ENSCJPG00005016389) #9	FGF13 (ENSCJPG00005016386) #11	ZIC3 (ENSCJPG00005016381) #13	ENSCJPG00005016378	ENSCJPG00005016376 #16	ARHGEF6 (ENSCJPG00005016375) #17	CD40LG (ENSCJPG00005016374) #18	VGLL1 (ENSCJPG00005016373) #19	HTATSF1 (ENSCJPG00005016372) #20	BRS3 (ENSCJPG00005016371) #21	ENSCJPG00005016370	ENSCJPG00005016369	ENSCJPG00005016368 #22	FHL1 (ENSCJPG00005016338) #23	SLC9A6 (ENSCJPG00005016337) #25	MMGT1 (ENSCJPG00005016334) #26	INTS6L (ENSCJPG00005016333) #27	MOSPD1 (ENSCJPG00005016332) #36	ENSCJPG00005016331 #37	PABIR2 (ENSCJPG00005016329) ##37	HPRT1 (ENSCJPG00005016326)	PHF6 (ENSCJPG00005016325)	GPC3 (ENSCJPG00005016319)	GPC4 (ENSCJPG00005016318)	HS6ST2 (ENSCJPG00005016317)	MBNL3 (ENSCJPG00005016316)	RAP2C (ENSCJPG00005016315)	FRMD7 (ENSCJPG00005016314)
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972
Chicken	MODERN SPECIES	33	NOX1 (ENSGALG00010016678)	ENSGALG00010016651	ENSGALG00010017548	ATP11C (ENSGALG00010017534)	MCF2 (ENSGALG00010017477) #8	F9 (ENSGALG00010017445) #9	FGF13 (ENSGALG00010017434) #11	ZIC3 (ENSGALG00010017413) #13	TM9SF2L (ENSGALG00010015911)	RBMXL1 (ENSGALG00010015895) #16	ARHGEF6 (ENSGALG00010015866) #17	CD40LG (ENSGALG00010016205) #18	VGLL1 (ENSGALG00010014555) #19	HTATSF1 (ENSGALG00010019961) #20	BRS3 (ENSGALG00010014519) #21	MAP7D3 (ENSGALG00010015018) #22	FHL1 (ENSGALG00010014929) #23	SLC9A6 (ENSGALG00010014893) #25	MMGT1 (ENSGALG00010014856) #26	INTS6L (ENSGALG00010016260) #27	MOSPD1 (ENSGALG00010016224) #36	PABIR3 (ENSGALG00010015778) #37	FAM122B (ENSGALG00010014691) ##37	HPRT1 (ENSGALG00010015742)	PHF6 (ENSGALG00010015731)	GPC3 (ENSGALG00010017409)	GPC4 (ENSGALG00010017400)	ENSGALG00010017394	HS6ST2 (ENSGALG00010017387)	MBNL3 (ENSGALG00010017338)	RAP2C (ENSGALG00010017228)
Turkey	MODERN SPECIES	29	NOX1 (ENSMGAG00000004075)	ENSMGAG00000004062	ARL13A (ENSMGAG00000004193)	ATP11C (ENSMGAG00000003966)	MCF2 (ENSMGAG00000003860) #8	F9 (ENSMGAG00000003817) #9	FGF13 (ENSMGAG00000003791) #11	ENSMGAG00000003625	ENSMGAG00000003594 #16	ARHGEF6 (ENSMGAG00000003749) #17	CD40LG (ENSMGAG00000019571) #18	VGLL1 (ENSMGAG00000003609) #19	HTATSF1 (ENSMGAG00000003558) #20	BRS3 (ENSMGAG00000003548) #21	ENSMGAG00000019911	MAP7D3 (ENSMGAG00000003518) #22	FHL1 (ENSMGAG00000003498) #23	SLC9A6 (ENSMGAG00000003437) #25	MMGT1 (ENSMGAG00000021585) #26	INTS6L (ENSMGAG00000003369) #27	MOSPD1 (ENSMGAG00000003340) #36	ENSMGAG00000003324 #37	PABIR2 (ENSMGAG00000003286) ##37	HPRT1 (ENSMGAG00000003246)	PHF6 (ENSMGAG00000003212)	GPC4 (ENSMGAG00000003133)	HS6ST2 (ENSMGAG00000003117)	MBNL3 (ENSMGAG00000003064)	RAP2C (ENSMGAG00000018293)	FRMD7 (ENSMGAG00000003034)	STK26 (ENSMGAG00000002987)
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000161284	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000161284	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972
Golden eagle	MODERN SPECIES	13	NOX1 (ENSACCG00020016552)	ENSACCG00020016553	ATP11C (ENSACCG00020016561)	MCF2 (ENSACCG00020016574) #8	F9 (ENSACCG00020016586) #9	FGF13 (ENSACCG00020016589) #11	ZIC3 (ENSACCG00020016591) #13	ENSACCG00020016593	ENSACCG00020016595	ENSACCG00020016601 #16	ARHGEF6 (ENSACCG00020016606) #17	CD40LG (ENSACCG00020016610) #18	VGLL1 (ENSACCG00020016612) #19	HTATSF1 (ENSACCG00020016615) #20	BRS3 (ENSACCG00020016618) #21	ENSACCG00020016623 #22	FHL1 (ENSACCG00020016633) #23	SLC9A6 (ENSACCG00020016671) #25	MMGT1 (ENSACCG00020016729) #26	INTS6L (ENSACCG00020016733) #27	MOSPD1 (ENSACCG00020016741) #36	ENSACCG00020016747 #37	PABIR2 (ENSACCG00020016753) ##37	HPRT1 (ENSACCG00020016761)	PHF6 (ENSACCG00020016765)	GPC3 (ENSACCG00020016779)	GPC4 (ENSACCG00020016787)	HS6ST2 (ENSACCG00020016789)	MBNL3 (ENSACCG00020016797)	RAP2C (ENSACCG00020016803)	FRMD7 (ENSACCG00020016808)
Kakapo	MODERN SPECIES	1	ENSSHBG00005020481	ENSSHBG00005020484	ATP11C (ENSSHBG00005020556)	MCF2 (ENSSHBG00005020654) #8	F9 (ENSSHBG00005020662) #9	ENSSHBG00005020674	ZIC3 (ENSSHBG00005020688) #13	ENSSHBG00005020693	ENSSHBG00005020701 #16	ARHGEF6 (ENSSHBG00005020752) #17	CD40LG (ENSSHBG00005020897) #18	VGLL1 (ENSSHBG00005020908) #19	HTATSF1 (ENSSHBG00005020912) #20	BRS3 (ENSSHBG00005020919) #21	ENSSHBG00005020923	ENSSHBG00005020930 #22	FHL1 (ENSSHBG00005020936) #23	SLC9A6 (ENSSHBG00005020950) #25	MMGT1 (ENSSHBG00005020962) #26	INTS6L (ENSSHBG00005020972) #27	MOSPD1 (ENSSHBG00005020979) #36	ENSSHBG00005020982 #37	PABIR2 (ENSSHBG00005020986) ##37	HPRT1 (ENSSHBG00005020998)	PHF6 (ENSSHBG00005021004)	GPC3 (ENSSHBG00005021009)	GPC4 (ENSSHBG00005021013)	HS6ST2 (ENSSHBG00005021017)	MBNL3 (ENSSHBG00005021018)	RAP2C (ENSSHBG00005021021)	FRMD7 (ENSSHBG00005021023)
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000160128	ENSGT00950000183061.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153168.A	ENSGT00940000160157	ENSGT00940000155516	ENSGT00940000153259.a.a.a	ENSGT00940000174919	ENSGT00940000158517.ib	ENSGT00940000163549	ENSGT00390000001432	ENSGT00940000166142	ENSGT01090000260082.d.a.a.b	ENSGT00390000014785	ENSGT00940000159316	ENSGT00390000018389	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000160128	ENSGT00950000183061.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153168.A	ENSGT00940000160157	ENSGT00940000155516	ENSGT00940000153259.a.a.a	ENSGT00940000174919	ENSGT00940000158517.ib	ENSGT00940000163549	ENSGT00390000001432	ENSGT00940000166142	ENSGT01090000260082.d.a.a.b	ENSGT00390000014785	ENSGT00940000159316	ENSGT00390000018389	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b.f #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000160128	ENSGT00950000183061.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153168.A	ENSGT00940000160157	ENSGT00940000155516	ENSGT00940000153259.a.a.a	ENSGT00940000174919	ENSGT00940000158517.ib	ENSGT00940000163549	ENSGT00390000001432	ENSGT00940000166142	ENSGT01090000260082.d.a.a.b	ENSGT00390000014785	ENSGT00940000159316	ENSGT00390000018389	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b.f #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000161362	ENSGT00940000160128	ENSGT00950000183061.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153168.A	ENSGT00940000160157	ENSGT00940000155516	ENSGT00940000153259.a.a.a	ENSGT00940000158517.ib	ENSGT00940000163549	ENSGT00390000001432	ENSGT00940000166142	ENSGT01090000260082.d.a.a.b	ENSGT00390000014785	ENSGT00940000159316	ENSGT00390000018389	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b.f #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972
Zebra finch	MODERN SPECIES	26	OPHN1 (ENSTGUG00000002739)	AR (ENSTGUG00000002760)	EDA2R (ENSTGUG00000027444)	ENSTGUG00000002791	ENSTGUG00000021575	HEPH (ENSTGUG00000002793)	ENSTGUG00000002805	ENSTGUG00000002816	ENSTGUG00000002814	ENSTGUG00000002818	ENSTGUG00000022987	ENSTGUG00000002826	LAS1L (ENSTGUG00000002844)	ZC3H12B (ENSTGUG00000002846)	ZC4H2 (ENSTGUG00000029285)	MAP7D3 (ENSTGUG00000002861) #22	FHL1 (ENSTGUG00000002863) #23	SLC9A6 (ENSTGUG00000002865) #25	MMGT1 (ENSTGUG00000022719) #26	INTS6L (ENSTGUG00000002901) #27	MOSPD1 (ENSTGUG00000002920) #36	ENSTGUG00000002926 #37	PABIR2 (ENSTGUG00000002933) ##37	HPRT1 (ENSTGUG00000002952)	PHF6 (ENSTGUG00000002962)	GPC3 (ENSTGUG00000002973)	GPC4 (ENSTGUG00000002981)	HS6ST2 (ENSTGUG00000024870)	MBNL3 (ENSTGUG00000002999)	RAP2C (ENSTGUG00000003016)	FRMD7 (ENSTGUG00000003017)
Common canary	MODERN SPECIES	106																ENSSCAG00000010254 #22	FHL1 (ENSSCAG00000010250) #23	SLC9A6 (ENSSCAG00000010184) #25	MMGT1 (ENSSCAG00000010163) #26	INTS6L (ENSSCAG00000010154) #27	MOSPD1 (ENSSCAG00000010151) #36	ENSSCAG00000010149 #37	PABIR2 (ENSSCAG00000010137) ##37	HPRT1 (ENSSCAG00000010126)	PHF6 (ENSSCAG00000010122)
Medium ground finch	MODERN SPECIES	159	EFNB1 (ENSGFOG00000008847)	STARD8 (ENSGFOG00000008862)	YIPF6 (ENSGFOG00000009206)	OPHN1 (ENSGFOG00000009211)	EDA2R (ENSGFOG00000009238)	ENSGFOG00000009246	ENSGFOG00000009254	ENSGFOG00000009265	ENSGFOG00000009283	ENSGFOG00000009296	ENSGFOG00000009301	ENSGFOG00000009305	LAS1L (ENSGFOG00000009316)	ZC3H12B (ENSGFOG00000009331)	ZC4H2 (ENSGFOG00000009339)	MAP7D3 (ENSGFOG00000009350) #22	FHL1 (ENSGFOG00000009401) #23	SLC9A6 (ENSGFOG00000009451) #25	MMGT1 (ENSGFOG00000009735) #26	INTS6L (ENSGFOG00000002461) #27	MOSPD1 (ENSGFOG00000002480) #36	ENSGFOG00000002489 #37	PABIR2 (ENSGFOG00000002546) ##37	HPRT1 (ENSGFOG00000002682)	PHF6 (ENSGFOG00000002739)
Flycatcher	MODERN SPECIES	23	YIPF6 (ENSFALG00000024972)	OPHN1 (ENSFALG00000004217)	AR (ENSFALG00000004225)	EDA2R (ENSFALG00000004231)	ENSFALG00000004238	ENSFALG00000004244	HEPH (ENSFALG00000004249)	ENSFALG00000004260	ENSFALG00000026191	ENSFALG00000004280	ENSFALG00000025002	ENSFALG00000004282	LAS1L (ENSFALG00000004287)	ZC3H12B (ENSFALG00000004293)	ZC4H2 (ENSFALG00000023165)	ENSFALG00000004301 #22	FHL1 (ENSFALG00000004308) #23	ENSFALG00000004309 #25	ENSFALG00000023823 #25	MMGT1 (ENSFALG00000004311) #26	INTS6L (ENSFALG00000004314) #27	MOSPD1 (ENSFALG00000024887) #36	ENSFALG00000026585 #37	PABIR2 (ENSFALG00000024418) ##37	HPRT1 (ENSFALG00000026489)	GPC3 (ENSFALG00000001841)	GPC4 (ENSFALG00000001836)	HS6ST2 (ENSFALG00000001833)	MBNL3 (ENSFALG00000001826)	RAP2C (ENSFALG00000024182)	FRMD7 (ENSFALG00000001819)
Great tit	MODERN SPECIES	24	YIPF6 (ENSPMJG00000007941)	OPHN1 (ENSPMJG00000007942)	AR (ENSPMJG00000007948)	EDA2R (ENSPMJG00000007977)	ENSPMJG00000007979	ENSPMJG00000007983	ENSPMJG00000007985	ENSPMJG00000007990	ENSPMJG00000007993	ENSPMJG00000008003	ENSPMJG00000008014	ENSPMJG00000008017	LAS1L (ENSPMJG00000008024)	ZC3H12B (ENSPMJG00000008029)	ZC4H2 (ENSPMJG00000008032)	MAP7D3 (ENSPMJG00000008039) #22	FHL1 (ENSPMJG00000008059) #23	SLC9A6 (ENSPMJG00000008070) #25	MMGT1 (ENSPMJG00000009082) #26	INTS6L (ENSPMJG00000009083) #27	MOSPD1 (ENSPMJG00000009084) #36	ENSPMJG00000009086 #37	PABIR2 (ENSPMJG00000009087) ##37	HPRT1 (ENSPMJG00000009093)	PHF6 (ENSPMJG00000009094)	GPC3 (ENSPMJG00000009108)	GPC4 (ENSPMJG00000009113)	HS6ST2 (ENSPMJG00000009127)	MBNL3 (ENSPMJG00000009132)	RAP2C (ENSPMJG00000009136)	FRMD7 (ENSPMJG00000009137)
African ostrich	MODERN SPECIES	970	CSTF2 (ENSSCUG00000016292)	NOX1 (ENSSCUG00000016304)	ENSSCUG00000016312	ATP11C (ENSSCUG00000016320)	MCF2 (ENSSCUG00000016334) #8	F9 (ENSSCUG00000016341) #9	FGF13 (ENSSCUG00000016350) #11	ENSSCUG00000016381	ENSSCUG00000016406 #16	ARHGEF6 (ENSSCUG00000016414) #17	CD40LG (ENSSCUG00000016424) #18	VGLL1 (ENSSCUG00000016430) #19	HTATSF1 (ENSSCUG00000016438) #20	BRS3 (ENSSCUG00000016448) #21	ENSSCUG00000016455	ENSSCUG00000016464 #22	FHL1 (ENSSCUG00000016469) #23	SLC9A6 (ENSSCUG00000016474) #25	MMGT1 (ENSSCUG00000016496) #26	INTS6L (ENSSCUG00000016503) #27	MOSPD1 (ENSSCUG00000016514) #36	ENSSCUG00000016520 #37	PABIR2 (ENSSCUG00000016521) ##37	HPRT1 (ENSSCUG00000016532)	PHF6 (ENSSCUG00000016536)	GPC3 (ENSSCUG00000016547)	GPC4 (ENSSCUG00000016556)	HS6ST2 (ENSSCUG00000016560)	MBNL3 (ENSSCUG00000016564)	RAP2C (ENSSCUG00000016566)	STK26 (ENSSCUG00000016569)
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	36	ENSCPRG00005009668	ATP11C (ENSCPRG00005009442)	MCF2 (ENSCPRG00005009303) #8	F9 (ENSCPRG00005009264) #9	ENSCPRG00005009257	ENSCPRG00005009252	ENSCPRG00005008679	ENSCPRG00005008607 #16	ARHGEF6 (ENSCPRG00005008595) #17	CD40LG (ENSCPRG00005008580) #18	VGLL1 (ENSCPRG00005008577) #19	HTATSF1 (ENSCPRG00005008573) #20	BRS3 (ENSCPRG00005008569) #21	ENSCPRG00005008564	ENSCPRG00005008560	ENSCPRG00005008556 #22	FHL1 (ENSCPRG00005008548) #23	SLC9A6 (ENSCPRG00005008100) #25	MMGT1 (ENSCPRG00005008043) #26	INTS6L (ENSCPRG00005008028) #27	MOSPD1 (ENSCPRG00005008023) #36	ENSCPRG00005007997 #37	PABIR2 (ENSCPRG00005007986) ##37	HPRT1 (ENSCPRG00005007972)	PHF6 (ENSCPRG00005007967)	CCDC160 (ENSCPRG00005007964)	GPC3 (ENSCPRG00005007952)	GPC4 (ENSCPRG00005007938)	HS6ST2 (ENSCPRG00005007928)	MBNL3 (ENSCPRG00005007921)	RAP2C (ENSCPRG00005007906)
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000162359	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000013938	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000165216	ENSGT00940000163390.a	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000013938	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000160971	ENSGT00940000162359	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000165216	ENSGT00940000163390.a	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000013938	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	23	SOX3 (ENSGEVG00005012862)	ATP11C (ENSGEVG00005013525)	MCF2 (ENSGEVG00005016390) #8	F9 (ENSGEVG00005016537) #9	FGF13 (ENSGEVG00005016687) #11	ZIC3 (ENSGEVG00005016724) #13	ENSGEVG00005016761	ENSGEVG00005016815	ENSGEVG00005016877	ENSGEVG00005016908 #16	ARHGEF6 (ENSGEVG00005016956) #17	CD40LG (ENSGEVG00005017037) #18	VGLL1 (ENSGEVG00005017059) #19	HTATSF1 (ENSGEVG00005017089) #20	BRS3 (ENSGEVG00005017120) #21	MAP7D3 (ENSGEVG00005017266) #22	FHL1 (ENSGEVG00005017477) #23	SLC9A6 (ENSGEVG00005017582) #25	MMGT1 (ENSGEVG00005017911) #26	INTS6L (ENSGEVG00005017945) #27	MOSPD1 (ENSGEVG00005017991) #36	ENSGEVG00005018008 #37	PABIR2 (ENSGEVG00005018036) ##37	HPRT1 (ENSGEVG00005018153)	PHF6 (ENSGEVG00005018207)	CCDC160 (ENSGEVG00005018234)	GPC3 (ENSGEVG00005018305)	GPC4 (ENSGEVG00005018441)	ENSGEVG00005018519	ENSGEVG00005018540	ENSGEVG00005004093
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	288	SOX3 (ENSCABG00000011008)	ATP11C (ENSCABG00000010993)	MCF2 (ENSCABG00000010523) #8	F9 (ENSCABG00000010467) #9	FGF13 (ENSCABG00000010462) #11	ZIC3 (ENSCABG00000010460) #13	ENSCABG00000010020	ENSCABG00000010005 #16	ARHGEF6 (ENSCABG00000010002) #17	CD40LG (ENSCABG00000009990) #18	ENSCABG00000009987	ENSCABG00000009986	VGLL1 (ENSCABG00000009984) #19	HTATSF1 (ENSCABG00000009981) #20	BRS3 (ENSCABG00000009980) #21	MAP7D3 (ENSCABG00000009961) #22	FHL1 (ENSCABG00000009930) #23	SLC9A6 (ENSCABG00000009572) #25	MMGT1 (ENSCABG00000009560) #26	INTS6L (ENSCABG00000008556) #27	MOSPD1 (ENSCABG00000008482) #36	ENSCABG00000008473 #37	PABIR2 (ENSCABG00000008457) ##37	HPRT1 (ENSCABG00000008447)	PHF6 (ENSCABG00000008444)	CCDC160 (ENSCABG00000008442)
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516.r #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000165216	ENSGT00940000163390.a	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.d #37	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000013938	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	61	ENSTMTG00000023206 #9	FGF13 (ENSTMTG00000023205) #11	ZIC3 (ENSTMTG00000023204) #13	ENSTMTG00000023203 #13	ENSTMTG00000023202	ENSTMTG00000023201	ENSTMTG00000023199 #16	ARHGEF6 (ENSTMTG00000023198) #17	CD40LG (ENSTMTG00000023197) #18	ENSTMTG00000023196	ENSTMTG00000023195	VGLL1 (ENSTMTG00000023194) #19	HTATSF1 (ENSTMTG00000023193) #20	BRS3 (ENSTMTG00000023192) #21	ENSTMTG00000023191	MAP7D3 (ENSTMTG00000023190) #22	FHL1 (ENSTMTG00000023189) #23	SLC9A6 (ENSTMTG00000023188) #25	MMGT1 (ENSTMTG00000023187) #26	INTS6L (ENSTMTG00000023186) #27	MOSPD1 (ENSTMTG00000023185) #36	ENSTMTG00000023183 #37	PABIR2 (ENSTMTG00000023180) ##37	HPRT1 (ENSTMTG00000023178)	PHF6 (ENSTMTG00000023177)	CCDC160 (ENSTMTG00000023176)	GPC3 (ENSTMTG00000023171)	GPC4 (ENSTMTG00000023170)	ENSTMTG00000023169	HS6ST2 (ENSTMTG00000023168)	MBNL3 (ENSTMTG00000023167)
painted turtle	MODERN SPECIES	2374					ENSCPBG00000026121	ZIC3 (ENSCPBG00000026115) #13	ENSCPBG00000026113	ENSCPBG00000026111	ENSCPBG00000026106 #16	ARHGEF6 (ENSCPBG00000026103) #17	CD40LG (ENSCPBG00000026101) #18	ENSCPBG00000026100	VGLL1 (ENSCPBG00000026099) #19	BRS3 (ENSCPBG00000026098) #21	HTATSF1 (ENSCPBG00000026092) #20	MAP7D3 (ENSCPBG00000026069) #22	FHL1 (ENSCPBG00000026051) #23	SLC9A6 (ENSCPBG00000026025) #25	MMGT1 (ENSCPBG00000026016) #26	INTS6L (ENSCPBG00000026013) #27	MOSPD1 (ENSCPBG00000026012) #36	ENSCPBG00000026011 #37	PABIR2 (ENSCPBG00000026008) ##37	HPRT1 (ENSCPBG00000026005)	PHF6 (ENSCPBG00000026003)	CCDC160 (ENSCPBG00000026002)	GPC3 (ENSCPBG00000025995)	GPC4 (ENSCPBG00000025993)	HS6ST2 (ENSCPBG00000025989)	MBNL3 (ENSCPBG00000025988)	RAP2C (ENSCPBG00000025986)
Chinese turtle	MODERN SPECIES	485	SOX3 (ENSPSIG00000000846)	ATP11C (ENSPSIG00000012581)	MCF2 (ENSPSIG00000012308) #8	F9 (ENSPSIG00000011931) #9	ENSPSIG00000000827	ENSPSIG00000011924	ZIC3 (ENSPSIG00000011896) #13	ENSPSIG00000011885	ENSPSIG00000011878	ENSPSIG00000011199 #16	ARHGEF6 (ENSPSIG00000010684) #17	CD40LG (ENSPSIG00000010618) #18	VGLL1 (ENSPSIG00000010280) #19	HTATSF1 (ENSPSIG00000010192) #20	BRS3 (ENSPSIG00000010160) #21	MAP7D3 (ENSPSIG00000010137) #22	FHL1 (ENSPSIG00000009566) #23	SLC9A6 (ENSPSIG00000009532) #25	MMGT1 (ENSPSIG00000009513) #26	INTS6L (ENSPSIG00000009392) #27	MOSPD1 (ENSPSIG00000009222) #36	ENSPSIG00000008501 #37	PABIR2 (ENSPSIG00000008222) ##37	HPRT1 (ENSPSIG00000007820)	ENSPSIG00000007811	SLC25A43 (ENSPSIG00000006740)	SLC25A5 (ENSPSIG00000006705)	STEEP1 (ENSPSIG00000006698)	UBE2A (ENSPSIG00000006695)	NKRF (ENSPSIG00000006177)	SEPTIN6 (ENSPSIG00000005925)
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000167502	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972	ENSGT00940000157904
tuatara	MODERN SPECIES	1491	ENSSPUG00000014048	IDS (ENSSPUG00000014056)	FMR1 (ENSSPUG00000014177)	ENSSPUG00000014199	SOX3 (ENSSPUG00000014219)	ATP11C (ENSSPUG00000014232)	MCF2 (ENSSPUG00000014316) #8	F9 (ENSSPUG00000014572) #9	FGF13 (ENSSPUG00000014595) #11	ENSSPUG00000014620	ENSSPUG00000014648 #16	ARHGEF6 (ENSSPUG00000014711) #17	CD40LG (ENSSPUG00000014758) #18	HTATSF1 (ENSSPUG00000014767) #20	BRS3 (ENSSPUG00000014779) #21	MAP7D3 (ENSSPUG00000014797) #22	FHL1 (ENSSPUG00000014828) #23	SLC9A6 (ENSSPUG00000014846) #25	MMGT1 (ENSSPUG00000014875) #26	INTS6L (ENSSPUG00000014885) #27	MOSPD1 (ENSSPUG00000000026) #36	PABIR2 (ENSSPUG00000000074) ##37	HPRT1 (ENSSPUG00000000093)	PHF6 (ENSSPUG00000000121)	GPC3 (ENSSPUG00000000133)	GPC4 (ENSSPUG00000000208)	ENSSPUG00000000289	MBNL3 (ENSSPUG00000000301)	RAP2C (ENSSPUG00000000304)	STK26 (ENSSPUG00000000383)	IL13RA1 (ENSSPUG00000000407)
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516.o #9	ENSGT00940000159516.p #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000167502	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972	ENSGT00940000157904
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	81															ENSGT00940000167502	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b
Common wall lizard	MODERN SPECIES	419	FRMPD3 (ENSPMRG00000021786)	ENSPMRG00000021779	ENSPMRG00000021776	PLP1 (ENSPMRG00000021768)	ENSPMRG00000021758	CLCN5 (ENSPMRG00000021753)	ENSPMRG00000021732	KLF8 (ENSPMRG00000021722)	ENSPMRG00000021715	ENSPMRG00000021712	ENSPMRG00000021709	ENSPMRG00000021703	OGT (ENSPMRG00000021511)	ENSPMRG00000021444	ENSPMRG00000021440	ENSPMRG00000021386 #22	ENSPMRG00000021370	FHL1 (ENSPMRG00000021367) #23	ENSPMRG00000021366	MOSPD1 (ENSPMRG00000021359) #36	ENSPMRG00000021356	PABIR2 (ENSPMRG00000021327) ##37	ENSPMRG00000021310	INTS6L (ENSPMRG00000021282) #27	MMGT1 (ENSPMRG00000021271) #26	SLC9A6 (ENSPMRG00000021264) #25	ENSPMRG00000021256	ENSPMRG00000021253	HPRT1 (ENSPMRG00000021248)	ENSPMRG00000021244	PHF6 (ENSPMRG00000021235)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	248															ENSSMRG00000013213	ENSSMRG00000013212 #22	FHL1 (ENSSMRG00000013211) #23	SLC9A6 (ENSSMRG00000013210) #25	MMGT1 (ENSSMRG00000013209) #26	INTS6L (ENSSMRG00000013208) #27	MOSPD1 (ENSSMRG00000013207) #36
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516.o #9	ENSGT00960000187127.c	ENSGT00940000159516.p #9	ENSGT00940000162313.g #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000167502	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972	ENSGT00940000157904
Lizard	MODERN SPECIES	1173											ENSACAG00000009641	ENSACAG00000009551 #16	ARHGEF6 (ENSACAG00000009401) #17	CD40LG (ENSACAG00000026177) #18	ENSACAG00000044729	MAP7D3 (ENSACAG00000009215) #22	FHL1 (ENSACAG00000009112) #23
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516.o #9	ENSGT00940000159516.p.a #9	ENSGT00940000162313.g #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000167502	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972	ENSGT00940000157904
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516.o #9	ENSGT00940000159516.p.a #9	ENSGT00940000162313.g #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00990000212640	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000167502	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972	ENSGT00940000157904
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	3188															ENSLLTG00000000696	MAP7D3 (ENSLLTG00000000753) #22	FHL1 (ENSLLTG00000000807) #23	SLC9A6 (ENSLLTG00000000859) #25	MMGT1 (ENSLLTG00000001045) #26	INTS6L (ENSLLTG00000001066) #27	MOSPD1 (ENSLLTG00000001108) #36	PABIR2 (ENSLLTG00000001121) ##37
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000162359	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516.o #9	ENSGT00940000159516.p.a #9	ENSGT00940000162313.g #11	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00990000212640	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000167502	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.c ##37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245	ENSGT00940000158972	ENSGT00940000157904
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	248		ATP11C (ENSNSUG00000016345)	MCF2 (ENSNSUG00000016346) #8	ENSNSUG00000016355 #9	ENSNSUG00000016356 #9	FGF13 (ENSNSUG00000016357) #11	ZIC3 (ENSNSUG00000016358) #13	ENSNSUG00000016359	ENSNSUG00000016360 #16	ARHGEF6 (ENSNSUG00000016362) #17	ENSNSUG00000016363	VGLL1 (ENSNSUG00000016364) #19	HTATSF1 (ENSNSUG00000016365) #20	BRS3 (ENSNSUG00000016366) #21	ENSNSUG00000016382	ENSNSUG00000016383 #22	FHL1 (ENSNSUG00000016385) #23	SLC9A6 (ENSNSUG00000016386) #25	INTS6L (ENSNSUG00000016488) #27	MOSPD1 (ENSNSUG00000016543) #36	PABIR2 (ENSNSUG00000016545) ##37
Anura	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000153425 #16	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT01070000253816.a.b #18	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a	ENSGT00530000063353.b #19	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000162744	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476.a #37	ENSGT00390000015476.b #37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000013938	ENSGT00940000178248	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a
Frog	MODERN SPECIES	8	ENSXETG00000041730	zic3 (ENSXETG00000024458) #13	gpr101 (ENSXETG00000048252) #15	ENSXETG00000037129	ENSXETG00000003479	rbmx (ENSXETG00000003481)	arhgef6 (ENSXETG00000017497) #17	cd40lg (ENSXETG00000044841) #18	ENSXETG00000043654	tmtops (ENSXETG00000017493)	vgll1 (ENSXETG00000019748) #19	htatsf1 (ENSXETG00000048375) #20	ENSXETG00000045229	brs3 (ENSXETG00000019750) #21	ENSXETG00000040422	MAP7D3 (ENSXETG00000019759) #22	fhl1 (ENSXETG00000019760) #23	slc9a6 (ENSXETG00000019761) #25	mmgt1 (ENSXETG00000024459) #26	ints6l (ENSXETG00000019762) #27	XB5949753 [provisional] (ENSXETG00000019764)	pabir3 (ENSXETG00000019765) #37	pabir2 (ENSXETG00000037966) #37	hprt1 (ENSXETG00000019768)	phf6 (ENSXETG00000019769)	ccdc160 (ENSXETG00000031685)	ENSXETG00000042806	gpc3 (ENSXETG00000032333)	gpc4 (ENSXETG00000005400)	hs6st2 (ENSXETG00000005408)	mbnl3 (ENSXETG00000005409)
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	12	NEU1 (ENSLLEG00000011733)	ENSLLEG00000011856	ENSLLEG00000011936	ENSLLEG00000012307	ENSLLEG00000012340	GPR101 (ENSLLEG00000012390) #15	ENSLLEG00000012485	ENSLLEG00000012854 #16	ARHGEF6 (ENSLLEG00000013180) #17	CD40LG (ENSLLEG00000013408) #18	ENSLLEG00000013485	VGLL1 (ENSLLEG00000013527) #19	HTATSF1 (ENSLLEG00000013582) #20	BRS3 (ENSLLEG00000013646) #21	ENSLLEG00000013680	MAP7D3 (ENSLLEG00000013700) #22	ENSLLEG00000013847	FHL1 (ENSLLEG00000013887) #23	ENSLLEG00000013966	SLC9A6 (ENSLLEG00000013995) #25	MMGT1 (ENSLLEG00000014197) #26	INTS6L (ENSLLEG00000014233) #27	MOSPD1 (ENSLLEG00000014368) #36	ENSLLEG00000014642 #37	ENSLLEG00000016397	ENSLLEG00000016425 #37	ENSLLEG00000016651	HPRT1 (ENSLLEG00000016699)	PHF6 (ENSLLEG00000017124)	ENSLLEG00000017272	ENSLLEG00000017293
Coelacanth	MODERN SPECIES	284		SLITRK2 (ENSLACG00000003851)	SLITRK4 (ENSLACG00000005580)	SOX3 (ENSLACG00000006644)	ATP11C (ENSLACG00000008542)	ENSLACG00000010363 #8	F9 (ENSLACG00000010737) #9	ENSLACG00000011588	ZIC3 (ENSLACG00000014597) #13	rbmx (ENSLACG00000015261)	ARHGEF6 (ENSLACG00000015353) #17	CD40LG (ENSLACG00000015706) #18	HTATSF1 (ENSLACG00000015989) #20	BRS3 (ENSLACG00000016127) #21	ENSLACG00000016230	MAP7D3 (ENSLACG00000016530) #22	FHL1 (ENSLACG00000016670) #23	SLC9A6 (ENSLACG00000016825) #25	MMGT1 (ENSLACG00000016898) #26	INTS6L (ENSLACG00000016925) #27	MOSPD1 (ENSLACG00000017097) #36	pabir2 (ENSLACG00000017124) #37	HPRT1 (ENSLACG00000017335)	PHF6 (ENSLACG00000017394)	CCDC160 (ENSLACG00000017439)	GPC3 (ENSLACG00000017587)	GPC4 (ENSLACG00000017764)	ENSLACG00000017966	HS6ST2 (ENSLACG00000018137)	MBNL3 (ENSLACG00000018172)
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000162359	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000156341	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00590000083134.b	ENSGT00390000015476 #37	ENSGT00940000155028	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000004360.a.b.a.a.a	ENSGT00940000178248	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	94	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974 #8	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313 #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT01100000263512.b.b.b #21	ENSGT00940000156341	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833 #23	ENSGT00940000153460.c.b #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476 #37	ENSGT00940000155028.s	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000004360.a.b.a.a.a	ENSGT00940000178248	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000159516 #9	ENSGT00940000162313.b #11	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00390000011545	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT00940000156341.e.a	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.a #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.b #25	ENSGT00960000189021	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476 #37	ENSGT00940000155028.s	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000004360.a.b.a.a.a	ENSGT00940000178248	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a
Osteoglossiformes	DUPLICATION
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Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	152	ENSGT01030000234621.C.a.a.a	ENSGT00940000162359.a.a	ENSGT00940000158878.n	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347.e	ENSGT00940000165969.e	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126.d	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633.e	ENSGT00990000205769	ENSGT00390000009902 #20	ENSGT00940000156341.e.a.a	ENSGT00950000182941.b.a.h #22	ENSGT00940000154833.a #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.b #25	ENSGT00510000047104.a #26	ENSGT00390000016655.a.b.b #27	ENSGT00940000155266.f.a #36	ENSGT00390000015476.e #37	ENSGT00940000155028.s	ENSGT00390000004360.a.b.a.a.a.a	ENSGT01050000244955.a.b.m	ENSGT01050000244897.a.b.a.f	ENSGT00950000182897.B.a.b.a.a	ENSGT00940000157245.p	ENSGT00950000183168.C.f
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Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01030000234621.C.a.a.a	ENSGT00940000162359	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162313.a #11	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935.c.b	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476 #37	ENSGT00940000155028.s	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000004360.a.b.a.a.a	ENSGT00940000178248	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000166245	ENSGT01030000234621.C.a.a.a	ENSGT00940000162359	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000162313.a #11	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935.c.b	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476 #37	ENSGT00940000155028.s	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000004360.a.b.a.a.a	ENSGT00940000178248	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935.c.b	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476 #37	ENSGT00940000155028.s	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000004360.a.b.a.a.a	ENSGT00940000178248	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000162313.a #11	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935.c.b	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476 #37	ENSGT00940000155028.s	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000004360.a.b.a.a.a	ENSGT00940000178248	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935.c.b	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476 #37	ENSGT00940000155028.s	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000004360.a.b.a.a.a	ENSGT00940000178248	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	125	sox3 (ENSPNAG00000019067)	ATP11C (ENSPNAG00000019325)	MCF2 (ENSPNAG00000019412) #8	f9a (ENSPNAG00000019441)	ENSPNAG00000019471	zic6 (ENSPNAG00000019495)	zic3 (ENSPNAG00000019506) #13	GPR101 (ENSPNAG00000019520) #15	ENSPNAG00000019619	rbmx (ENSPNAG00000019648)	ARHGEF6 (ENSPNAG00000019767) #17	cd40lg (ENSPNAG00000019780)	tmtops3a (ENSPNAG00000019798)	ENSPNAG00000019808	ENSPNAG00000019861	MAP7D3 (ENSPNAG00000019913) #22	fhl1a (ENSPNAG00000019930) #23	slc9a6a (ENSPNAG00000020036) #25	mmgt1 (ENSPNAG00000020062) #26	ints6l (ENSPNAG00000020080) #27	mospd1 (ENSPNAG00000020099) #36	pabir2 (ENSPNAG00000020148) #37	hprt1 (ENSPNAG00000007000)	phf6 (ENSPNAG00000020173)	cab39l1 (ENSPNAG00000020207)	ENSPNAG00000020213	gpc3 (ENSPNAG00000020237)	ENSPNAG00000020253	FOXO4 (ENSPNAG00000020261)	ENSPNAG00000020273	SLC7A3 (ENSPNAG00000020294)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	16	MCF2 (ENSAMXG00000000049) #8	f9a (ENSAMXG00000000047)	fgf13a (ENSAMXG00000000040) #11	zic6 (ENSAMXG00000012318)	zic3 (ENSAMXG00000030913) #13	GPR101 (ENSAMXG00000012340) #15	ENSAMXG00000012370	rbmx (ENSAMXG00000019990)	ARHGEF6 (ENSAMXG00000019963) #17	cd40lg (ENSAMXG00000036925)	tmtops3a (ENSAMXG00000035713)	ENSAMXG00000040979	si:dkeyp-11e3.1 (ENSAMXG00000030729)	ENSAMXG00000019901	ENSAMXG00000032429	ENSAMXG00000019885 #22	fhl1a (ENSAMXG00000019867) #23	slc9a6a (ENSAMXG00000008605) #25	mmgt1 (ENSAMXG00000043557) #26	ints6l (ENSAMXG00000008571) #27	mospd1 (ENSAMXG00000042197) #36	pabir2 (ENSAMXG00000031848) #37	hprt1 (ENSAMXG00000042284)	phf6 (ENSAMXG00000008511)	cab39l1 (ENSAMXG00000008492)	ENSAMXG00000033847	gpc3 (ENSAMXG00000008479)	gpc4 (ENSAMXG00000040217)	hs6st2 (ENSAMXG00000037037)	mbnl3 (ENSAMXG00000042491)	rap2c (ENSAMXG00000039137)
Electric eel	MODERN SPECIES	325					f9a (ENSEEEG00000024440)	fgf13a (ENSEEEG00000024434) #11	zic6 (ENSEEEG00000024432)	zic3 (ENSEEEG00000024431) #13	GPR101 (ENSEEEG00000024430) #15	ENSEEEG00000024424	rbmx (ENSEEEG00000024418)	ARHGEF6 (ENSEEEG00000024393) #17	cd40lg (ENSEEEG00000024389)	ENSEEEG00000024388	ENSEEEG00000024387	ENSEEEG00000024386 #22	fhl1a (ENSEEEG00000024384) #23	slc9a6a (ENSEEEG00000024383) #25	mmgt1 (ENSEEEG00000024382) #26	ints6l (ENSEEEG00000024379) #27	mospd1 (ENSEEEG00000024375) #36	pabir2 (ENSEEEG00000024372) #37
Channel catfish	MODERN SPECIES	27	sox3 (ENSIPUG00000022368)	ATP11C (ENSIPUG00000022333)	ENSIPUG00000022324	MCF2 (ENSIPUG00000022310) #8	f9a (ENSIPUG00000022307)	fgf13 (ENSIPUG00000022295)	zic6 (ENSIPUG00000022288)	zic3 (ENSIPUG00000022279) #13	GPR101 (ENSIPUG00000022275) #15	ENSIPUG00000022240	rbmx (ENSIPUG00000022212)	arhgef6 (ENSIPUG00000022134) #17	cd40lg (ENSIPUG00000022129)	ENSIPUG00000022127	ENSIPUG00000022103	MAP7D3 (ENSIPUG00000022078) #22	fhl1a (ENSIPUG00000022042) #23	slc9a6a (ENSIPUG00000021997) #25	mmgt1 (ENSIPUG00000021981) #26	ints6l (ENSIPUG00000021945) #27	MOSPD1 (ENSIPUG00000021913) #36	fam122b (ENSIPUG00000021883) #37	hprt1 (ENSIPUG00000021868)	Phf6 (ENSIPUG00000021847)	cab39l1 (ENSIPUG00000021833)	ENSIPUG00000021827	gpc3 (ENSIPUG00000021819)	gpc4 (ENSIPUG00000021796)	hs6st2 (ENSIPUG00000021792)	mbnl3 (ENSIPUG00000021786)	rap2c (ENSIPUG00000021782)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000157256	ENSGT00950000182887.C.b.b.b	ENSGT00940000166245	ENSGT01030000234621.C.a.a.a	ENSGT00940000162359	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000162313.a #11	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00390000011545	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00510000047104 #26	ENSGT00390000016655.a.b #27	ENSGT00940000155266 #36	ENSGT00390000015476 #37	ENSGT00940000155028.s	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000004360.a.b.a.a.a	ENSGT00940000178248	ENSGT01050000244955.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00940000157245
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000166245.a	ENSGT01030000234621.C.a.a.a.b	ENSGT00940000162359	ENSGT00940000158878.k	ENSGT00940000156974.e.a.b #8	ENSGT00940000166780.c	ENSGT00940000162313.a.c #11	ENSGT00940000165969.a	ENSGT00940000160788.k #13	ENSGT00940000162539.b #15	ENSGT00940000163390.i	ENSGT00940000165126.f	ENSGT00940000158723.f #17	ENSGT00510000051633.b	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a.b	ENSGT00950000182941.b.a.i #22	ENSGT00940000154833.b.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a.f #25	ENSGT00510000047104.f #26	ENSGT00390000016655.a.b.d #27	ENSGT00940000155266.q #36	ENSGT00390000015476.h #37	ENSGT00940000155028.s.c	ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b.d	ENSGT00390000004360.a.b.a.a.a.c	ENSGT00940000178248	ENSGT01050000244955.a.b.k	ENSGT01050000244897.a.b.a.b	ENSGT00950000183071.a.b.n	ENSGT00950000182897.B.a.b.a.c	ENSGT00940000157245.nb.a
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Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000162359.c.a	ENSGT00940000158878.j	ENSGT00940000156974.e.a.f #8	ENSGT00940000162313.a.b #11	ENSGT00940000160788.n.b #13	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969.d	ENSGT00940000162539.e #15	ENSGT00940000163390.g.b	ENSGT00940000165126.g	ENSGT00940000158723.g #17	ENSGT00510000051633.d	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a.e	ENSGT00390000011545.a	ENSGT00940000156341.e.b.b	ENSGT00950000182941.b.a.k #22	ENSGT00940000154833.b.d #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a.c #25	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b.e.b.b	ENSGT00940000165687.d.b.a	ENSGT00940000153467.a.b.f	ENSGT00940000166439.g.b	ENSGT00940000155420.a.b.d.a.b	ENSGT00390000001360.q.a.d	ENSGT00940000160802.b.c	ENSGT00550000074797.a.b.b	ENSGT00940000162258.wb.a.b	ENSGT00940000156066.p.f	ENSGT00390000006762.d.d	ENSGT00940000155932.b.b.c
Huchen	MODERN SPECIES	260		ENSHHUG00000045184	ENSHHUG00000045138 #8	ENSHHUG00000045126	ENSHHUG00000045109	zic3 (ENSHHUG00000045102) #13	zic6 (ENSHHUG00000045097)	GPR101 (ENSHHUG00000045093) #15	ENSHHUG00000044401	rbmx (ENSHHUG00000044378)	ARHGEF6 (ENSHHUG00000044367) #17	cd40lg (ENSHHUG00000044364)	tmtops3a (ENSHHUG00000044361)	si:dkeyp-11e3.1 (ENSHHUG00000044356)	ENSHHUG00000044343	MAP7D3 (ENSHHUG00000044322) #22	fhl1a (ENSHHUG00000044302) #23	slc9a6a (ENSHHUG00000044205) #25	ENSHHUG00000044178	ENSHHUG00000044174	ENSHHUG00000044171	ENSHHUG00000044167	ENSHHUG00000044162	ENSHHUG00000044156
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT01030000234621.C.a.a.a.f	ENSGT00940000162359.c.a	ENSGT00940000158878.j	ENSGT00940000156974.e.a.f #8	ENSGT00940000163347.a.a	ENSGT00940000165969.d	ENSGT00940000160788.n.b #13	ENSGT00940000162539.e #15	ENSGT00940000163390.g.b	ENSGT00940000165126.g	ENSGT00940000158723.g #17	ENSGT00510000051633.d	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a.e	ENSGT00390000011545.a	ENSGT00940000156341.e.b.b	ENSGT00950000182941.b.a.k #22	ENSGT00940000154833.b.d #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a.c #25	ENSGT00940000160861.n	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b.e.b.a.a	ENSGT00940000153467.a.b.e.b.b	ENSGT00390000013235.j	ENSGT00670000098059.c.a.a.b.b.a	ENSGT00940000154325.a.e	ENSGT00940000161284.e	ENSGT00390000003231.a.o.b	ENSGT00940000165729.d	ENSGT00940000158987.k	ENSGT00940000153737.a.k	ENSGT00500000044890.b.c
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT01030000234621.C.a.a.a.f	ENSGT00940000162359.c.a	ENSGT00940000158878.j	ENSGT00940000156974.e.a.f #8	ENSGT00940000163347.a.a	ENSGT00940000165969.d	ENSGT00940000160788.n.b #13	ENSGT00940000162539.e #15	ENSGT00940000163390.g.b	ENSGT00940000165126.g	ENSGT00940000158723.g #17	ENSGT00510000051633.d	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a.e	ENSGT00390000011545.a	ENSGT00940000156341.e.b.b	ENSGT00950000182941.b.a.k #22	ENSGT00940000154833.b.d #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a.c #25	ENSGT00940000160861.n	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b.e.b.b	ENSGT00390000013235.j	ENSGT00670000098059.c.a.a.b.b.a	ENSGT00940000154325.a.e	ENSGT00940000161284.e	ENSGT00390000003231.a.o.b	ENSGT00940000165729.d	ENSGT00940000158987.k	ENSGT00940000153737.a.k	ENSGT00500000044890.b.c	ENSGT00940000159092.o
River trout	MODERN SPECIES	22	inppl1b (ENSSTUG00000019373)	ENSSTUG00000020811	ENSSTUG00000023385 #8	ENSSTUG00000023589	ENSSTUG00000023604	zic6 (ENSSTUG00000023646)	zic3 (ENSSTUG00000023657) #13	GPR101 (ENSSTUG00000023668) #15	ENSSTUG00000023736	rbmx (ENSSTUG00000026959)	ARHGEF6 (ENSSTUG00000027037) #17	cd40lg (ENSSTUG00000027463)	tmtops3a (ENSSTUG00000027475)	si:dkeyp-11e3.1 (ENSSTUG00000027481)	ENSSTUG00000027486	MAP7D3 (ENSSTUG00000027496) #22	fhl1a (ENSSTUG00000027530) #23	slc9a6a (ENSSTUG00000027564) #25	taf7 (ENSSTUG00000028984)	ENSSTUG00000029013	drp2 (ENSSTUG00000029231)	ENSSTUG00000030793	UBE2K (ENSSTUG00000030846)	tmem35 (ENSSTUG00000030853)	arl13a (ENSSTUG00000030856)	xkrx (ENSSTUG00000030867)	nox1 (ENSSTUG00000030881)	cstf2 (ENSSTUG00000031168)	ENSSTUG00000031192	mid1ip1l (ENSSTUG00000031205)	tspan7 (ENSSTUG00000031211)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	24	sox3 (ENSSSAG00000099349)	ENSSSAG00000093564	ENSSSAG00000073564	MCF2 (ENSSSAG00000076041) #8	fgf13 (ENSSSAG00000076067)	zic6 (ENSSSAG00000076088)	zic3 (ENSSSAG00000116557) #13	ENSSSAG00000076102 #15	tm9s2 (ENSSSAG00000076120)	hnrpg (ENSSSAG00000076751)	ARHGEF6 (ENSSSAG00000076772) #17	tmtops3a (ENSSSAG00000076875)	ENSSSAG00000120207	si:dkeyp-11e3.1 (ENSSSAG00000076880)	ENSSSAG00000063355	MAP7D3 (ENSSSAG00000076884) #22	fhl1 (ENSSSAG00000076903) #23	slc9a6a (ENSSSAG00000076931) #25	taf7 (ENSSSAG00000077829)	ENSSSAG00000100090	drp2 (ENSSSAG00000077898)	ENSSSAG00000078484	ENSSSAG00000078501	tmem35 (ENSSSAG00000095235)	arl13a (ENSSSAG00000078506)	xkrx (ENSSSAG00000106290)	nox1 (ENSSSAG00000078532)	cstf2 (ENSSSAG00000078969)	ENSSSAG00000085135	M1IP1 (ENSSSAG00000078987)	tspan7 (ENSSSAG00000078989)
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Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT01030000234621.C.a.a.a.e	ENSGT00940000162359.d	ENSGT00940000158878.i	ENSGT00940000156974.e.a.e #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347.a.b	ENSGT00940000165969.c	ENSGT00940000160788.n.a #13	ENSGT00940000162539.f #15	ENSGT00940000163390.g.a	ENSGT00940000165126.h	ENSGT00940000158723.h #17	ENSGT00510000051633.c	ENSGT00390000011545.b	ENSGT00940000156341.e.b.a	ENSGT00950000182941.b.a.l #22	ENSGT00940000154833.b.c #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a.d #25	ENSGT00940000160861.m	ENSGT00940000153467.a.b.e.a	ENSGT00390000013235.i	ENSGT00940000154325.a.f	ENSGT00390000003231.a.o.a	ENSGT00940000165729.c	ENSGT00940000158987.l	ENSGT00940000153737.a.l	ENSGT00500000044890.b.d	ENSGT00940000159092.p	ENSGT00940000159149.g	ENSGT00940000159060.i	ENSGT00390000016110.i
Chinook salmon	MODERN SPECIES	32	inppl1b (ENSOTSG00005000755)	P2RY4 (ENSOTSG00005000696)	ATP11C (ENSOTSG00005012245)	ENSOTSG00005012217 #8	f9a (ENSOTSG00005012216)	ENSOTSG00005012215	zic6 (ENSOTSG00005012213)	zic3 (ENSOTSG00005012212) #13	GPR101 (ENSOTSG00005012211) #15	ENSOTSG00005008705	rbmx (ENSOTSG00005008662)	ARHGEF6 (ENSOTSG00005008629) #17	cd40lg (ENSOTSG00005008628)	si:dkeyp-11e3.1 (ENSOTSG00005008627)	ENSOTSG00005008626	ENSOTSG00005008624 #22	fhl1a (ENSOTSG00005008622) #23	slc9a6a (ENSOTSG00005008170) #25	taf7 (ENSOTSG00005008154)	drp2 (ENSOTSG00005007407)	ENSOTSG00005007394	tmem35 (ENSOTSG00005007389)	xkrx (ENSOTSG00005007388)	nox1 (ENSOTSG00005003878)	cstf2 (ENSOTSG00005003819)	ENSOTSG00005003807	mid1ip1l (ENSOTSG00005003802)	tspan7 (ENSOTSG00005003796)	SRPX2 (ENSOTSG00005003786)	sytl4 (ENSOTSG00005003776)	ENSOTSG00005003769
Coho salmon	MODERN SPECIES	6	sox3 (ENSOKIG00005017613)	ENSOKIG00005017605	ENSOKIG00005013580	MCF2 (ENSOKIG00005013308) #8	f9a (ENSOKIG00005013278)	ENSOKIG00005013237	zic6 (ENSOKIG00005013222)	zic3 (ENSOKIG00005013215) #13	GPR101 (ENSOKIG00005013207) #15	ENSOKIG00005009884	rbmx (ENSOKIG00005009657)	ARHGEF6 (ENSOKIG00005009596) #17	cd40lg (ENSOKIG00005009584)	si:dkeyp-11e3.1 (ENSOKIG00005009578)	ENSOKIG00005009575	ENSOKIG00005009566 #22	fhl1a (ENSOKIG00005009545) #23	slc9a6a (ENSOKIG00005008848) #25	TAF7 (ENSOKIG00005008723)	ENSOKIG00005008697	ENSOKIG00005008499	tmem35 (ENSOKIG00005008457)	xkrx (ENSOKIG00005008443)	nox1 (ENSOKIG00005008085)	ENSOKIG00005008051	ENSOKIG00005008017	mid1ip1l (ENSOKIG00005008000)	tspan7 (ENSOKIG00005007963)	SRPX2 (ENSOKIG00005007922)	sytl4 (ENSOKIG00005007907)	ENSOKIG00005007896
Huchen	MODERN SPECIES	4251										ANKRD34A (ENSHHUG00000044765)	polr3glb (ENSHHUG00000044768)	ENSHHUG00000044773	ENSHHUG00000044775	ENSHHUG00000044784	ENSHHUG00000044795	ENSHHUG00000044798 #22
Northern pike	MODERN SPECIES	3	P2RY4 (ENSELUG00000003128)	sox3 (ENSELUG00000003148)	ATP11C (ENSELUG00000003326)	MCF2 (ENSELUG00000001589) #8	f9a (ENSELUG00000003447)	ENSELUG00000003486	zic6 (ENSELUG00000001516)	zic3 (ENSELUG00000003512) #13	ENSELUG00000031691 #15	ENSELUG00000003570	rbmx (ENSELUG00000003600)	ARHGEF6 (ENSELUG00000003658) #17	cd40lg (ENSELUG00000003682)	si:dkeyp-11e3.1 (ENSELUG00000003688)	ENSELUG00000029774	ENSELUG00000003756 #22	fhl1 (ENSELUG00000003783) #23	slc9a6a (ENSELUG00000003823) #25	taf7 (ENSELUG00000003861)	ENSELUG00000003887	drp2 (ENSELUG00000003910)	CENPI (ENSELUG00000003973)	tmem35 (ENSELUG00000028892)	arl13a (ENSELUG00000004004)	xkrx (ENSELUG00000004012)	nox1 (ENSELUG00000004029)	ENSELUG00000004079	ENSELUG00000025071	mid1ip1l (ENSELUG00000004126)	tspan6 (ENSELUG00000004148)	SRPX2 (ENSELUG00000004167)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Cod	MODERN SPECIES	1	sox3 (ENSGMOG00000020190)	ENSGMOG00000004238	MCF2 (ENSGMOG00000004299) #8	f9a (ENSGMOG00000004361)	fgf13a (ENSGMOG00000025511) #11	zic6 (ENSGMOG00000004419)	zic3 (ENSGMOG00000004438) #13	GPR101 (ENSGMOG00000004449) #15	ENSGMOG00000004455	rbmx (ENSGMOG00000004496)	ARHGEF6 (ENSGMOG00000004513) #17	ENSGMOG00000028846	tmtops3a (ENSGMOG00000004579)	ENSGMOG00000004806	ENSGMOG00000022607	ENSGMOG00000031440 #22	fhl1a (ENSGMOG00000004892) #23	slc9a6a (ENSGMOG00000004907) #25	taf7 (ENSGMOG00000004949)	ENSGMOG00000004974	drp2 (ENSGMOG00000004989)	CENPI (ENSGMOG00000005030)	tmem35 (ENSGMOG00000036974)	arl13a (ENSGMOG00000005087)	xkrx (ENSGMOG00000005111)	nox1 (ENSGMOG00000005121)	cstf2 (ENSGMOG00000005145)	mid1ip1l (ENSGMOG00000028803)	tspan7 (ENSGMOG00000005225)	ENSGMOG00000005238	SYTL4 (ENSGMOG00000005253)
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	1	ATP11C (ENSMMDG00005007650)	MCF2 (ENSMMDG00005007571) #8	f9a (ENSMMDG00005007392)	fgf13a (ENSMMDG00005007359) #11	zic6 (ENSMMDG00005007358)	zic3 (ENSMMDG00005007357) #13	GPR101 (ENSMMDG00005007356) #15	ENSMMDG00005007264	rbmx (ENSMMDG00005007256)	ARHGEF6 (ENSMMDG00005001987) #17	ENSMMDG00005001878	tmtops3a (ENSMMDG00005001876)	ENSMMDG00005001874	ENSMMDG00005001872	ENSMMDG00005001868	ENSMMDG00005001859 #22	fhl1a (ENSMMDG00005001856) #23	slc9a6a (ENSMMDG00005001816) #25	taf7 (ENSMMDG00005001770)	ENSMMDG00005001156	drp2 (ENSMMDG00005019449)	CENPI (ENSMMDG00005019398)	tmem35 (ENSMMDG00005019387)	ENSMMDG00005019386	arl13a (ENSMMDG00005019383)	xkrx (ENSMMDG00005019381)	nox1 (ENSMMDG00005019276)	cstf2 (ENSMMDG00005019265)	ENSMMDG00005019263	mid1ip1l (ENSMMDG00005019262)	tspan7 (ENSMMDG00005019259)
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	94	sox3 (ENSHCOG00000001250)	ATP11C (ENSHCOG00000001243)	MCF2 (ENSHCOG00000001224) #8	f9a (ENSHCOG00000001190)	ENSHCOG00000001163	zic6 (ENSHCOG00000001151)	zic3 (ENSHCOG00000001148) #13	GPR101 (ENSHCOG00000001146) #15	ENSHCOG00000001135	rbmx (ENSHCOG00000001111)	ARHGEF6 (ENSHCOG00000001102) #17	ENSHCOG00000001095	tmtops3a (ENSHCOG00000001091)	ENSHCOG00000001084	ENSHCOG00000001077	ENSHCOG00000001062 #22	fhl1a (ENSHCOG00000001050) #23	slc9a6a (ENSHCOG00000000045) #25	taf7 (ENSHCOG00000001025)	ENSHCOG00000000998	drp2 (ENSHCOG00000000942)	ENSHCOG00000000930	hs6st2 (ENSHCOG00000000921)	zgc:153018 (ENSHCOG00000000570)	ENSHCOG00000021061	nudt22 (ENSHCOG00000021007)	dnajc4 (ENSHCOG00000020869)	ENSHCOG00000020847	stx5a (ENSHCOG00000020831)	zgc:162144 (ENSHCOG00000020820)	ATG2A (ENSHCOG00000020808)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h	ENSGT00940000161661	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
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Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	1	ENSBSLG00000011934	MCF2 (ENSBSLG00000014679) #8	f9a (ENSBSLG00000014807)	fgf13a (ENSBSLG00000015184) #11	zic6 (ENSBSLG00000015331)	zic3 (ENSBSLG00000015344) #13	GPR101 (ENSBSLG00000015364) #15	ENSBSLG00000015456	rbmx (ENSBSLG00000015977)	ARHGEF6 (ENSBSLG00000015998) #17	cd40lg (ENSBSLG00000016119)	tmtops3a (ENSBSLG00000016131)	ENSBSLG00000016223	ENSBSLG00000016226	ENSBSLG00000016600	MAP7D3 (ENSBSLG00000016760) #22	fhl1a (ENSBSLG00000017065) #23	slc9a6a (ENSBSLG00000017371) #25	taf7 (ENSBSLG00000019683)	ENSBSLG00000020033	drp2 (ENSBSLG00000021660)	CENPI (ENSBSLG00000022263)	tmem35 (ENSBSLG00000022310)	arl13a (ENSBSLG00000022311)	xkrx (ENSBSLG00000022350)	nox1 (ENSBSLG00000022399)	cstf2 (ENSBSLG00000022622)	ENSBSLG00000022638	mid1ip1l (ENSBSLG00000022643)	tspan7 (ENSBSLG00000022645)	SRPX2 (ENSBSLG00000022653)
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	1	ENSMAMG00000020756	ENSMAMG00000020718 #8	f9a (ENSMAMG00000020661)	ENSMAMG00000020644	zic6 (ENSMAMG00000020640)	zic3 (ENSMAMG00000020636) #13	ENSMAMG00000020616 #15	ENSMAMG00000020601	rbmx (ENSMAMG00000020591)	ARHGEF6 (ENSMAMG00000020584) #17	cd40lg (ENSMAMG00000020578)	ENSMAMG00000025085	ENSMAMG00000020572	ENSMAMG00000020569	ENSMAMG00000020565	MAP7D3 (ENSMAMG00000020555) #22	fhl1a (ENSMAMG00000020548) #23	slc9a6a (ENSMAMG00000020524) #25	taf7 (ENSMAMG00000020513)	ENSMAMG00000020426	drp2 (ENSMAMG00000020408)	CENPI (ENSMAMG00000020398)	tmem35 (ENSMAMG00000027904)	arl13a (ENSMAMG00000020385)	xkrx (ENSMAMG00000020382)	nox1 (ENSMAMG00000020378)	cstf2 (ENSMAMG00000028209)	ENSMAMG00000026905	mid1ip1l (ENSMAMG00000020348)	tspan7 (ENSMAMG00000020336)	ENSMAMG00000020328
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000162359	ENSGT00940000158878.f	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Tongue sole	MODERN SPECIES	6														ENSCSEG00000020675	ENSCSEG00000020673	ENSCSEG00000020672 #22	fhl1a (ENSCSEG00000020666) #23	slc9a6a (ENSCSEG00000020650) #25	ENSCSEG00000020648	abhd18 (ENSCSEG00000020646)	igbp1 (ENSCSEG00000020645)	ENSCSEG00000020644	STOX2 (ENSCSEG00000020642)	ENSCSEG00000020641	csnk1a1 (ENSCSEG00000020638)	FBXO38 (ENSCSEG00000020635)	tmem129 (ENSCSEG00000020634)	magt1 (ENSCSEG00000020632)	ENSCSEG00000020631	rnf103 (ENSCSEG00000020629)	nkx1.2lb (ENSCSEG00000020405)
Turbot	MODERN SPECIES	4	ENSSMAG00000015572	sox3 (ENSSMAG00000015517)	ENSSMAG00000014976	MCF2 (ENSSMAG00000014874) #8	f9a (ENSSMAG00000014862)	fgf13a (ENSSMAG00000014781) #11	zic6 (ENSSMAG00000024144)	zic3 (ENSSMAG00000014754) #13	GPR101 (ENSSMAG00000014750) #15	ENSSMAG00000014676	rbmx (ENSSMAG00000014636)	ARHGEF6 (ENSSMAG00000014544) #17	ENSSMAG00000014515	ENSSMAG00000014507	ENSSMAG00000014489	MAP7D3 (ENSSMAG00000014289) #22	slc9a6a (ENSSMAG00000014210) #25	taf7 (ENSSMAG00000014177)	fhl1a (ENSSMAG00000014260) #23	ENSSMAG00000013761	drp2 (ENSSMAG00000013635)	CENPI (ENSSMAG00000013589)	tmem35 (ENSSMAG00000028027)	arl13a (ENSSMAG00000013557)	xkrx (ENSSMAG00000013552)	nox1 (ENSSMAG00000013490)	cstf2 (ENSSMAG00000013463)	ENSSMAG00000013440	ENSSMAG00000030750	mid1ip1l (ENSSMAG00000031745)	tspan7 (ENSSMAG00000013355)
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000162313.a #11	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT01030000234935	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000161661	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060
Barramundi perch	MODERN SPECIES	122	ATP11C (ENSLCAG00010017188)	MCF2 (ENSLCAG00010016892) #8	f9a (ENSLCAG00010016828)	fgf13a (ENSLCAG00010016809) #11	zic6 (ENSLCAG00010016801)	zic3 (ENSLCAG00010016797) #13	GPR101 (ENSLCAG00010016792) #15	ENSLCAG00010016716	rbmx (ENSLCAG00010016690)	ARHGEF6 (ENSLCAG00010016630) #17	cd40lg (ENSLCAG00010016599)	tmtops3a (ENSLCAG00010016598)	ENSLCAG00010016592	ENSLCAG00010016587	ENSLCAG00010016583	MAP7D3 (ENSLCAG00010016573) #22	fhl1a (ENSLCAG00010016555) #23	slc9a6a (ENSLCAG00010016488) #25	taf7 (ENSLCAG00010016445)	ENSLCAG00010016432	drp2 (ENSLCAG00010016426)	CENPI (ENSLCAG00010016411)	tmem35 (ENSLCAG00010016405)	arl13a (ENSLCAG00010016402)	xkrx (ENSLCAG00010016399)	nox1 (ENSLCAG00010016359)	ENSLCAG00010016349	ENSLCAG00010016340	tspan7 (ENSLCAG00010016316)	SRPX2 (ENSLCAG00010016307)	sytl4 (ENSLCAG00010016299)
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000161661	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Greater amberjack	MODERN SPECIES	113	MCF2 (ENSSDUG00000019428) #8	f9a (ENSSDUG00000019533)	fgf13a (ENSSDUG00000019973) #11	zic6 (ENSSDUG00000019988)	zic3 (ENSSDUG00000019996) #13	GPR101 (ENSSDUG00000000102) #15	ENSSDUG00000000121	rbmx (ENSSDUG00000000242)	ARHGEF6 (ENSSDUG00000000303) #17	cd40lg (ENSSDUG00000000418)	tmtops3a (ENSSDUG00000000424)	ENSSDUG00000000451	ENSSDUG00000000476	ENSSDUG00000000500	ENSSDUG00000000516	MAP7D3 (ENSSDUG00000000536) #22	fhl1a (ENSSDUG00000000559) #23	slc9a6a (ENSSDUG00000000635) #25	taf7 (ENSSDUG00000000702)	ENSSDUG00000000761	drp2 (ENSSDUG00000000801)	CENPI (ENSSDUG00000000899)	tmem35 (ENSSDUG00000000919)	arl13a (ENSSDUG00000000933)	xkrx (ENSSDUG00000000960)	nox1 (ENSSDUG00000000983)	ENSSDUG00000001049	ENSSDUG00000001067	tspan7 (ENSSDUG00000001123)	SRPX2 (ENSSDUG00000001152)	ppid (ENSSDUG00000001182)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3036	ENSSLDG00000022058	MCF2 (ENSSLDG00000021980) #8	f9a (ENSSLDG00000021612)	ENSSLDG00000021539	zic6 (ENSSLDG00000021521)	zic3 (ENSSLDG00000021507) #13	GPR101 (ENSSLDG00000021501) #15	ENSSLDG00000021416	rbmx (ENSSLDG00000021381)	ARHGEF6 (ENSSLDG00000021339) #17	cd40lg (ENSSLDG00000021322)	tmtops3a (ENSSLDG00000021310)	ENSSLDG00000021296	ENSSLDG00000021287	ENSSLDG00000021240	MAP7D3 (ENSSLDG00000021106) #22	fhl1a (ENSSLDG00000021054) #23	slc9a6a (ENSSLDG00000021002) #25	taf7 (ENSSLDG00000020975)	ENSSLDG00000020963	drp2 (ENSSLDG00000020932)
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	81	ENSLBEG00000009561 #8	ENSLBEG00000009590 #8	f9a (ENSLBEG00000009620)	ENSLBEG00000009682	zic6 (ENSLBEG00000009772)	zic3 (ENSLBEG00000009791) #13	ENSLBEG00000009825 #15	ENSLBEG00000009875	rbmx (ENSLBEG00000010000)	ARHGEF6 (ENSLBEG00000010098) #17	ENSLBEG00000010265	tmtops3a (ENSLBEG00000010281)	ENSLBEG00000010309	ENSLBEG00000010350	ENSLBEG00000010380	MAP7D3 (ENSLBEG00000010510) #22	fhl1a (ENSLBEG00000010640) #23	slc9a6a (ENSLBEG00000010695) #25	taf7 (ENSLBEG00000010820)	ENSLBEG00000010899	drp2 (ENSLBEG00000010954)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000162313.a #11	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000162313.a #11	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	1	ATP11C (ENSCGOG00000021427)	MCF2 (ENSCGOG00000021402) #8	f9a (ENSCGOG00000021378)	fgf13a (ENSCGOG00000021374) #11	zic6 (ENSCGOG00000021370)	zic3 (ENSCGOG00000021368) #13	GPR101 (ENSCGOG00000021367) #15	ENSCGOG00000021252	rbmx (ENSCGOG00000021244)	ARHGEF6 (ENSCGOG00000020223) #17	cd40lg (ENSCGOG00000020162)	tmtops3a (ENSCGOG00000020032)	si:dkeyp-11e3.1 (ENSCGOG00000020024)	ENSCGOG00000020017	ENSCGOG00000020012	MAP7D3 (ENSCGOG00000019999) #22	fhl1a (ENSCGOG00000019995) #23	slc9a6a (ENSCGOG00000019328) #25	taf7 (ENSCGOG00000019067)	ENSCGOG00000019049	drp2 (ENSCGOG00000019038)	CENPI (ENSCGOG00000019029)	tmem35 (ENSCGOG00000019025)	arl13a (ENSCGOG00000019021)	xkrx (ENSCGOG00000019018)	nox1 (ENSCGOG00000018735)	cstf2 (ENSCGOG00000018720)	ENSCGOG00000018715	mid1ip1l (ENSCGOG00000018711)	tspan7 (ENSCGOG00000018672)	SRPX2 (ENSCGOG00000018631)
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092
Stickleback	MODERN SPECIES	3	sox3 (ENSGACG00000017181)	ATP11C (ENSGACG00000017183)	ENSGACG00000017189	MCF2 (ENSGACG00000017190) #8	f9a (ENSGACG00000017195)	ENSGACG00000017204	zic6 (ENSGACG00000017211)	zic3 (ENSGACG00000017212) #13	GPR101 (ENSGACG00000017216) #15	ENSGACG00000017218	rbmx (ENSGACG00000017237)	ARHGEF6 (ENSGACG00000017253) #17	ENSGACG00000017257	si:dkeyp-11e3.1 (ENSGACG00000017258)	ENSGACG00000017263	ENSGACG00000017265 #22	fhl1a (ENSGACG00000017268) #23	slc9a6a (ENSGACG00000017286) #25	taf7 (ENSGACG00000017288)	ENSGACG00000017304	drp2 (ENSGACG00000017306)	CENPI (ENSGACG00000017312)	tmem35 (ENSGACG00000017316)	arl13a (ENSGACG00000017318)	xkrx (ENSGACG00000017320)	nox1 (ENSGACG00000017324)	cstf2 (ENSGACG00000017326)	ENSGACG00000017330	mid1ip1l (ENSGACG00000017332)	tspan7 (ENSGACG00000017334)	SRPX2 (ENSGACG00000017346)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
European seabass	MODERN SPECIES	12	ENSDLAG00005013443	MCF2 (ENSDLAG00005013298) #8	f9a (ENSDLAG00005035024)	fgf13a (ENSDLAG00005001908) #11	zic6 (ENSDLAG00005013241)	zic3 (ENSDLAG00005013231) #13	ENSDLAG00005013224 #15	ENSDLAG00005011867	rbmx (ENSDLAG00005011819)	ARHGEF6 (ENSDLAG00005010806) #17	cd40lg (ENSDLAG00005031878)	tmtops3a (ENSDLAG00005034408)	ENSDLAG00005010750	ENSDLAG00005010715	ENSDLAG00005010699	ENSDLAG00005010402 #22	fhl1a (ENSDLAG00005010366) #23	slc9a6a (ENSDLAG00005009261) #25	taf7 (ENSDLAG00005009174)	ENSDLAG00005009164	drp2 (ENSDLAG00005008933)	CENPI (ENSDLAG00005008820)	tmem35 (ENSDLAG00005029191)	arl13a (ENSDLAG00005008809)	xkrx (ENSDLAG00005008794)	nox1 (ENSDLAG00005007928)	cstf2 (ENSDLAG00005007820)	ENSDLAG00005007796	ENSDLAG00005030604	mid1ip1l (ENSDLAG00005034884)	tspan7 (ENSDLAG00005007775)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES		P2RY4 (ENSLCRG00005010105)	sox3 (ENSLCRG00005010104)	ATP11C (ENSLCRG00005010058)	MCF2 (ENSLCRG00005009702) #8	f9a (ENSLCRG00005009692)	ENSLCRG00005009672	zic6 (ENSLCRG00005009669)	zic3 (ENSLCRG00005009668) #13	GPR101 (ENSLCRG00005009665) #15	ENSLCRG00005009046	rbmx (ENSLCRG00005009024)	ARHGEF6 (ENSLCRG00005008745) #17	cd40lg (ENSLCRG00005008737)	tmtops3a (ENSLCRG00005008736)	ENSLCRG00005008734	MAP7D3 (ENSLCRG00005008730) #22	fhl1a (ENSLCRG00005008727) #23	slc9a6a (ENSLCRG00005005153) #25	taf7 (ENSLCRG00005005133)	ENSLCRG00005004964	drp2 (ENSLCRG00005004806)	CENPI (ENSLCRG00005004773)	tmem35 (ENSLCRG00005004759)	arl13a (ENSLCRG00005004752)	xkrx (ENSLCRG00005004748)	nox1 (ENSLCRG00005004453)	cstf2 (ENSLCRG00005004445)	ENSLCRG00005004433	mid1ip1l (ENSLCRG00005004424)	tspan7 (ENSLCRG00005004419)	SRPX2 (ENSLCRG00005004412)
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	9	inppl1b (ENSSAUG00010007411)	P2RY4 (ENSSAUG00010007530)	ATP11C (ENSSAUG00010007548)	ENSSAUG00010007653 #8	f9a (ENSSAUG00010007900)	ENSSAUG00010007909	zic6 (ENSSAUG00010008032)	zic3 (ENSSAUG00010008033) #13	GPR101 (ENSSAUG00010008035) #15	ENSSAUG00010008039	rbmx (ENSSAUG00010008160)	ARHGEF6 (ENSSAUG00010008171) #17	cd40lg (ENSSAUG00010008522)	tmtops3a (ENSSAUG00010008524)	ENSSAUG00010008527	MAP7D3 (ENSSAUG00010008529) #22	fhl1a (ENSSAUG00010008541) #23	slc9a6a (ENSSAUG00010008601) #25	taf7 (ENSSAUG00010010510)	ENSSAUG00010010861	drp2 (ENSSAUG00010010875)	CENPI (ENSSAUG00010013699)	tmem35 (ENSSAUG00010013773)	arl13a (ENSSAUG00010013775)	xkrx (ENSSAUG00010013778)	nox1 (ENSSAUG00010013782)	cstf2 (ENSSAUG00010014095)	ENSSAUG00010014100	mid1ip1l (ENSSAUG00010014106)	tspan7 (ENSSAUG00010014108)	SRPX2 (ENSSAUG00010014113)
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Fugu	MODERN SPECIES	5	sox3 (ENSTRUG00000001773)	ATP11C (ENSTRUG00000008062)	MCF2 (ENSTRUG00000007650) #8	f9a (ENSTRUG00000021818)	ENSTRUG00000006744	zic6 (ENSTRUG00000006693)	zic3 (ENSTRUG00000006671) #13	GPR101 (ENSTRUG00000022610) #15	ENSTRUG00000006236	rbmx (ENSTRUG00000006031)	ARHGEF6 (ENSTRUG00000005093) #17	cd40lg (ENSTRUG00000021595)	tmtops3a (ENSTRUG00000004747)	ENSTRUG00000032958	ENSTRUG00000004734	MAP7D3 (ENSTRUG00000004214) #22	fhl1 (ENSTRUG00000031741) #23	slc9a6a (ENSTRUG00000003407) #25	taf7 (ENSTRUG00000003067)	ENSTRUG00000002625	drp2 (ENSTRUG00000001745)	CENPI (ENSTRUG00000012492)	tmem35 (ENSTRUG00000020726)	arl13a (ENSTRUG00000012416)	xkrx (ENSTRUG00000012373)	nox1 (ENSTRUG00000003408)	cstf2 (ENSTRUG00000004323)	ENSTRUG00000023448	mid1ip1l (ENSTRUG00000012305)	tspan7 (ENSTRUG00000011990)	SRPX2 (ENSTRUG00000011880)
Tetraodon	MODERN SPECIES		P2RY4 (ENSTNIG00000016834)	ATP11C (ENSTNIG00000016836)	MCF2 (ENSTNIG00000016837) #8	f9a (ENSTNIG00000016838)	fgf13a (ENSTNIG00000016839) #11	zic6 (ENSTNIG00000016840)	zic3 (ENSTNIG00000016841) #13	ENSTNIG00000016842 #15	ENSTNIG00000016843	rbmx (ENSTNIG00000016844)	ARHGEF6 (ENSTNIG00000016845) #17	ENSTNIG00000001027	tmtops3a (ENSTNIG00000016846)	si:dkeyp-11e3.1 (ENSTNIG00000016847)	ENSTNIG00000016848	ENSTNIG00000016849 #22	fhl1a (ENSTNIG00000016850) #23	slc9a6a (ENSTNIG00000016851) #25	taf7 (ENSTNIG00000016852)	ENSTNIG00000016853	drp2 (ENSTNIG00000016854)	CENPI (ENSTNIG00000001216)	tmem35 (ENSTNIG00000016855)	arl13a (ENSTNIG00000016856)	xkrx (ENSTNIG00000016857)	xkrx (ENSTNIG00000016858)	nox1 (ENSTNIG00000016859)	cstf2 (ENSTNIG00000016860)	ENSTNIG00000016861	mid1ip1l (ENSTNIG00000016862)	tspan7 (ENSTNIG00000016863)
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01030000234621.C.a.a.a	ENSGT00940000162359	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000162313.a #11	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
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Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	10	P2RY4 (ENSKMAG00000002353)	sox3 (ENSKMAG00000002324)	ATP11C (ENSKMAG00000002108)	MCF2 (ENSKMAG00000002047) #8	fgf13a (ENSKMAG00000001997) #11	zic6 (ENSKMAG00000001964)	zic3 (ENSKMAG00000001946) #13	GPR101 (ENSKMAG00000001937) #15	ENSKMAG00000001817	rbmx (ENSKMAG00000001754)	ARHGEF6 (ENSKMAG00000001618) #17	cd40lg (ENSKMAG00000001603)	tmtops3a (ENSKMAG00000001581)	ENSKMAG00000001573	ENSKMAG00000001551	MAP7D3 (ENSKMAG00000001506) #22	fhl1a (ENSKMAG00000001465) #23	slc9a6a (ENSKMAG00000001437) #25	taf7 (ENSKMAG00000001397)	ENSKMAG00000001384	drp2 (ENSKMAG00000001275)	CENPI (ENSKMAG00000001168)	tmem35 (ENSKMAG00000001148)	arl13a (ENSKMAG00000001139)	xkrx (ENSKMAG00000001134)	nox1 (ENSKMAG00000001081)	cstf2 (ENSKMAG00000001068)	ENSKMAG00000001031	mid1ip1l (ENSKMAG00000000988)	tspan7 (ENSKMAG00000000951)	SRPX2 (ENSKMAG00000000937)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
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Mummichog	MODERN SPECIES	2190	sox3 (ENSFHEG00000016281)	ATP11C (ENSFHEG00000016366)	MCF2 (ENSFHEG00000016538) #8	f9a (ENSFHEG00000016551)	ENSFHEG00000016613	zic6 (ENSFHEG00000016623)	zic3 (ENSFHEG00000016634) #13	GPR101 (ENSFHEG00000016641) #15	ENSFHEG00000000421	rbmx (ENSFHEG00000016764)	ARHGEF6 (ENSFHEG00000016787) #17	cd40lg (ENSFHEG00000016794)	tmtops3a (ENSFHEG00000016798)	ENSFHEG00000016805	ENSFHEG00000016821	MAP7D3 (ENSFHEG00000016847) #22	fhl1a (ENSFHEG00000016870) #23	slc9a6a (ENSFHEG00000016916) #25	taf7 (ENSFHEG00000016936)	ENSFHEG00000000428	drp2 (ENSFHEG00000016976)	tmem35 (ENSFHEG00000016984)	arl13a (ENSFHEG00000017023)	xkrx (ENSFHEG00000017033)	nox1 (ENSFHEG00000000430)	cstf2 (ENSFHEG00000017065)	ENSFHEG00000017082	ENSFHEG00000017089	ENSFHEG00000017190	SRPX2 (ENSFHEG00000017213)	sytl4 (ENSFHEG00000017322)
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Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000183053.B	ENSGT00940000155621.vc	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22
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Indian medaka	MODERN SPECIES	251								ENSOMEG00000005588	ENSOMEG00000005599	ccng1 (ENSOMEG00000005603)	ENSOMEG00000005625	ENSOMEG00000005634	ENSOMEG00000005655	ENSOMEG00000005712	ENSOMEG00000005731	ENSOMEG00000005814 #22	ENSOMEG00000005825
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000162359	ENSGT01030000234621.C.a.a.a	ENSGT00940000166245	ENSGT00950000182887.C.b.b.b	ENSGT00940000163684	ENSGT00940000165821	ENSGT00940000153222.a.b.b.b.b	ENSGT00940000159625	ENSGT00940000177072	ENSGT00940000159565	ENSGT00390000006492	ENSGT00940000164144	ENSGT00940000165070	ENSGT00390000003601.a	ENSGT00940000164372
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	1	ATP11C (ENSORLG00000001595)	ENSORLG00000001623 #8	ENSORLG00000001634	zic6 (ENSORLG00000001641)	zic3 (ENSORLG00000001654) #13	GPR101 (ENSORLG00000001659) #15	ENSORLG00000001679	ENSORLG00000024645	rbmx (ENSORLG00000001692)	ARHGEF6 (ENSORLG00000001738) #17	ENSORLG00000001744	tmtops3a (ENSORLG00000001753)	ENSORLG00000001758	ENSORLG00000001768	ENSORLG00000027627	MAP7D3 (ENSORLG00000029176) #22	sox3 (ENSORLG00000001780)	P2RY4 (ENSORLG00000001785)	inppl1b (ENSORLG00000001806)	arr3b (ENSORLG00000001830)	RAB41 (ENSORLG00000027669)	stard14 (ENSORLG00000001862)	pdzd11 (ENSORLG00000001867)	GDPD2 (ENSORLG00000001881)	ENSORLG00000030626	DLG3 (ENSORLG00000001913)	TEX11 (ENSORLG00000001933)	kdrl (ENSORLG00000001940)	cdx4 (ENSORLG00000001963)	chic1 (ENSORLG00000001966)	lnx2b (ENSORLG00000001972)
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Nile tilapia	MODERN SPECIES	11	ATP11C (ENSONIG00000002746)	MCF2 (ENSONIG00000002727) #8	f9a (ENSONIG00000002724)	ENSONIG00000002720	zic6 (ENSONIG00000002719)	zic3 (ENSONIG00000002716) #13	GPR101 (ENSONIG00000033450) #15	ENSONIG00000002705	rbmx (ENSONIG00000002700)	ARHGEF6 (ENSONIG00000002692) #17	ENSONIG00000002689	tmtops3a (ENSONIG00000002687)	ENSONIG00000037902	ENSONIG00000042493	ENSONIG00000038284	MAP7D3 (ENSONIG00000002683) #22	fhl1a (ENSONIG00000002679) #23	slc9a6a (ENSONIG00000002673) #25	taf7 (ENSONIG00000002669)	ENSONIG00000037848	ENSONIG00000039319	ENSONIG00000037213	drp2 (ENSONIG00000002655)	CENPI (ENSONIG00000002648)	tmem35 (ENSONIG00000002647)	arl13a (ENSONIG00000002645)	xkrx (ENSONIG00000002643)	nox1 (ENSONIG00000002636)	cstf2 (ENSONIG00000002631)	ENSONIG00000002629	mid1ip1l (ENSONIG00000034082)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	396	f9a (ENSACIG00000011291)	fgf13a (ENSACIG00000011490) #11	zic6 (ENSACIG00000011507)	zic3 (ENSACIG00000011517) #13	GPR101 (ENSACIG00000011530) #15	ENSACIG00000011538	rbmx (ENSACIG00000011576)	rbmx (ENSACIG00000011598)	ARHGEF6 (ENSACIG00000011648) #17	cd40lg (ENSACIG00000011701)	tmtops3a (ENSACIG00000011719)	ENSACIG00000011738	ENSACIG00000011746	ENSACIG00000011764	ENSACIG00000011770	ENSACIG00000011779 #22	fhl1a (ENSACIG00000011822) #23	slc9a6a (ENSACIG00000011840) #25	taf7 (ENSACIG00000011869)	ENSACIG00000011906	drp2 (ENSACIG00000012123)	ENSACIG00000012174	tmem35 (ENSACIG00000012215)	ENSACIG00000012227	arl13a (ENSACIG00000012235)	xkrx (ENSACIG00000012264)	nox1 (ENSACIG00000012355)	cstf2 (ENSACIG00000012852)	ENSACIG00000012876	ENSACIG00000012883	tspan7 (ENSACIG00000012906)
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000156974.e.a #8	ENSGT00940000166780	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000160788 #13	ENSGT00940000162539 #15	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000165126	ENSGT00940000158723 #17	ENSGT00510000051633	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a #22	ENSGT00940000154833.b #23	ENSGT00940000153460.c.b.c.a #25	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060
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Clown anemonefish	MODERN SPECIES	659					ENSAOCG00000021121	zic6 (ENSAOCG00000021101)	zic3 (ENSAOCG00000021090) #13	GPR101 (ENSAOCG00000021069) #15	ENSAOCG00000021045	rbmx (ENSAOCG00000020930)	ARHGEF6 (ENSAOCG00000020888) #17	ENSAOCG00000020735	tmtops3a (ENSAOCG00000020703)	ENSAOCG00000001521	ENSAOCG00000020619	MAP7D3 (ENSAOCG00000020594) #22	fhl1a (ENSAOCG00000020517) #23	slc9a6a (ENSAOCG00000020466) #25	taf7 (ENSAOCG00000020409)
Orange clownfish	MODERN SPECIES	4	ATP11C (ENSAPEG00000007629)	MCF2 (ENSAPEG00000007522) #8	f9a (ENSAPEG00000007507)	ENSAPEG00000007453	ENSAPEG00000007439	zic6 (ENSAPEG00000007425)	zic3 (ENSAPEG00000007418) #13	GPR101 (ENSAPEG00000007409) #15	ENSAPEG00000007336	rbmx (ENSAPEG00000007316)	ARHGEF6 (ENSAPEG00000007191) #17	ENSAPEG00000007155	tmtops3a (ENSAPEG00000007131)	ENSAPEG00000007115	ENSAPEG00000007109	MAP7D3 (ENSAPEG00000007042) #22	fhl1a (ENSAPEG00000007000) #23	slc9a6a (ENSAPEG00000006932) #25	taf7 (ENSAPEG00000006881)	ENSAPEG00000006869	drp2 (ENSAPEG00000006813)	CENPI (ENSAPEG00000006683)	tmem35 (ENSAPEG00000006666)	arl13a (ENSAPEG00000006626)	xkrx (ENSAPEG00000006587)	nox1 (ENSAPEG00000006556)	cstf2 (ENSAPEG00000006526)	ENSAPEG00000006504	tspan7 (ENSAPEG00000006421)	SRPX2 (ENSAPEG00000006398)	sytl4 (ENSAPEG00000006387)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	464															ENSAPOG00000006108	MAP7D3 (ENSAPOG00000006088) #22	fhl1a (ENSAPOG00000000779) #23	slc9a6a (ENSAPOG00000006035) #25	taf7 (ENSAPOG00000005952)	ENSAPOG00000005916	drp2 (ENSAPOG00000005838)	CENPI (ENSAPOG00000000879)	tmem35 (ENSAPOG00000005766)	arl13a (ENSAPOG00000005746)	xkrx (ENSAPOG00000005705)	nox1 (ENSAPOG00000005696)	cstf2 (ENSAPOG00000005630)	ENSAPOG00000000132	ENSAPOG00000005604
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	238				fgf13a (ENSSPAG00000008445) #11	zic6 (ENSSPAG00000008462)	zic3 (ENSSPAG00000008467) #13	GPR101 (ENSSPAG00000008476) #15	ENSSPAG00000008490	rbmx (ENSSPAG00000008582)	ARHGEF6 (ENSSPAG00000008617) #17	ENSSPAG00000008666	tmtops3a (ENSSPAG00000008676)	ENSSPAG00000008683	ENSSPAG00000008691	ENSSPAG00000008708	MAP7D3 (ENSSPAG00000008732) #22	fhl1a (ENSSPAG00000008849) #23	slc9a6a (ENSSPAG00000008880) #25	taf7 (ENSSPAG00000008943)	ENSSPAG00000008988	drp2 (ENSSPAG00000009008)	ENSSPAG00000009058	CENPI (ENSSPAG00000009066)	tmem35 (ENSSPAG00000009085)	arl13a (ENSSPAG00000009109)	xkrx (ENSSPAG00000009184)	nox1 (ENSSPAG00000009191)	ENSSPAG00000009247	ENSSPAG00000009268	ENSSPAG00000009303	tspan7 (ENSSPAG00000009363)
Spotted gar	MODERN SPECIES	673	MCF2 (ENSLOCG00000015164) #8	f9b (ENSLOCG00000015159) #9	ENSLOCG00000015157	zic6 (ENSLOCG00000015156)	zic3 (ENSLOCG00000015155) #13	GPR101 (ENSLOCG00000017492) #15	ENSLOCG00000015146	rbmx (ENSLOCG00000015142)	ARHGEF6 (ENSLOCG00000015127) #17	ENSLOCG00000015124 #18	tmtops3a (ENSLOCG00000015121)	si:dkeyp-11e3.1 (ENSLOCG00000015120)	htatsf1 (ENSLOCG00000015118) #20	BRS3 (ENSLOCG00000015117) #21	ENSLOCG00000015115	ENSLOCG00000015111 #22	FHL1 (ENSLOCG00000015108) #23	SLC9A6 (ENSLOCG00000015101) #25	ints6l (ENSLOCG00000015093) #27	mospd1 (ENSLOCG00000015092) #36	pabir2 (ENSLOCG00000015090) #37	hprt1 (ENSLOCG00000015083)	phf6 (ENSLOCG00000015079)	cab39l1 (ENSLOCG00000015073)	gpc3 (ENSLOCG00000015071)	gpc4 (ENSLOCG00000015069)	mbnl3 (ENSLOCG00000015065)	ENSLOCG00000015063	rap2c (ENSLOCG00000015061)	ENSLOCG00000015059	ENSLOCG00000015048
Reedfish	MODERN SPECIES	3	MCF2 (ENSECRG00000013291) #8	f9b (ENSECRG00000013263) #9	fgf13a (ENSECRG00000013245) #11	zic6 (ENSECRG00000013228)	zic3 (ENSECRG00000013215) #13	GPR101 (ENSECRG00000013184) #15	rbmx (ENSECRG00000013143)	ARHGEF6 (ENSECRG00000013058) #17	CD40LG (ENSECRG00000013030) #18	ENSECRG00000013022	ENSECRG00000013013	htatsf1 (ENSECRG00000012991) #20	BRS3 (ENSECRG00000012972) #21	ENSECRG00000012952	ENSECRG00000012928	MAP7D3 (ENSECRG00000012834) #22	fhl1b (ENSECRG00000012785) #23	slc9a6b (ENSECRG00000012652) #25	mmgt1 (ENSECRG00000012568) #26	ints6l (ENSECRG00000012532) #27	mospd1 (ENSECRG00000012515) #36	ENSECRG00000012504	pabir2 (ENSECRG00000012473) #37	hprt1 (ENSECRG00000012445)	phf6 (ENSECRG00000012420)	cab39l1 (ENSECRG00000012409)	ENSECRG00000012393	ENSECRG00000012343	gpc3 (ENSECRG00000012308)	gpc4 (ENSECRG00000012276)	hs6st2 (ENSECRG00000012263)
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	640																ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00390000008256	ENSGT00940000159370
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	130	ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a
Reedfish	MODERN SPECIES	12	klhl15 (ENSECRG00000005980)	ENSECRG00000005985	apooa (ENSECRG00000005991)	sat1a.2 (ENSECRG00000005999)	acot9.2 (ENSECRG00000006020)	prdx4 (ENSECRG00000006048)	ENSECRG00000006057	phex (ENSECRG00000006068)	sms (ENSECRG00000006084)	mbtps2 (ENSECRG00000006093)	smpx (ENSECRG00000006111)	KLHL34 (ENSECRG00000006129)	CNKSR2 (ENSECRG00000006154)	rps6ka3a (ENSECRG00000006272)	eif1axa (ENSECRG00000006607)	MAP7D2 (ENSECRG00000006666) ##22	BCLAF3 (ENSECRG00000006913)	SH3KBP1 (ENSECRG00000006955)	ENSECRG00000007088	MAP3K15 (ENSECRG00000007105)	pdha1b (ENSECRG00000007129)	ADGRG2 (ENSECRG00000007164)	gabrr3a (ENSECRG00000007203)	ENSECRG00000007247	CIP2A (ENSECRG00000007313)	ENSECRG00000007340	PLCXD2 (ENSECRG00000007358)	ENSECRG00000007373	PHLDB2 (ENSECRG00000007400)	tagln3b (ENSECRG00000007431)	ENSECRG00000007451
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	459													ENSGT01030000235848	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b
Spotted gar	MODERN SPECIES	669	cip2a (ENSLOCG00000003944)	ENSLOCG00000003906	hhla2a.1 (ENSLOCG00000003888)	gabrr3a (ENSLOCG00000003872)	ENSLOCG00000003856	ENSLOCG00000003837	PTCHD1 (ENSLOCG00000003811)	phex (ENSLOCG00000003780)	sms (ENSLOCG00000003761)	mbtps2 (ENSLOCG00000003747)	smpx (ENSLOCG00000003737)	KLHL34 (ENSLOCG00000003725)	CNKSR2 (ENSLOCG00000003669)	rps6ka3a (ENSLOCG00000003638)	eif1axa (ENSLOCG00000003622)	MAP7D2 (ENSLOCG00000003609) ##22	ENSLOCG00000003591	SH3KBP1 (ENSLOCG00000003567)	MAP3K15 (ENSLOCG00000003527)	pdha1b (ENSLOCG00000003508)	prdx4 (ENSLOCG00000003488)	acot9.2 (ENSLOCG00000003460)	sat1a.2 (ENSLOCG00000003427)	apooa (ENSLOCG00000003411)	ENSLOCG00000003394	klhl15 (ENSLOCG00000003383)	eif2s3 (ENSLOCG00000003369)	ENSLOCG00000003347	zgc:153704 (ENSLOCG00000003328)	c8g (ENSLOCG00000003306)	KPNA1 (ENSLOCG00000003272)
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.b.b.a ##22
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.b.b.a ##22
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.b.b.a ##22
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.b.b.a ##22
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.b.b.a ##22
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.b.b.a ##22
Goldfish	MODERN SPECIES	3197																ENSCARG00000060038 ##22	ENSCARG00000060055 ##22	XCR1 (ENSCARG00000060092)	XCR1 (ENSCARG00000060106)
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	387													ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b.db	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00940000156285	ENSGT00870000136493.c	ENSGT00940000164655	ENSGT00940000159028
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	680																ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00940000177567	ENSGT00410000026585
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	107	ENSGT00940000155717	ENSGT00940000164731.k	ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b.db	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.a	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l	ENSGT00940000159370.c	ENSGT00940000159370.d	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00940000177567	ENSGT00410000026585	ENSGT00390000010017	ENSGT00730000110966.a.b	ENSGT01030000234590.B.a.a.e.a	ENSGT00940000153916.A.a	ENSGT00940000165992.a.b	ENSGT00940000153783.b.a.a.b	ENSGT00940000156309.B.g	ENSGT01040000240503.B	ENSGT00940000166995	ENSGT00390000004049	ENSGT00950000183153.c.a.q	ENSGT00940000163587.a.b.b.e.a	ENSGT00940000160771
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	264			ENSGT00550000074787.c.b	ENSGT00940000156558.a.b	ENSGT00940000165845.c.b	ENSGT00940000155717	ENSGT00940000164731.k	ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b.db	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.a	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l	ENSGT00940000159370.c	ENSGT00390000008256.rd.b	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00410000026585	ENSGT00390000010017	ENSGT00730000110966.a.b	ENSGT01030000234590.B.a.a.e.a	ENSGT00940000153916.A.a	ENSGT00940000165992.a.b	ENSGT00940000153783.b.a.a.b	ENSGT00940000156309.B.g
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	16													ENSGT00530000063174.a.l	ENSGT00940000159370.c	ENSGT00390000008256.rd.b	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00940000156837	ENSGT00950000182858.A.b.b.g.b.s.a	ENSGT00950000182858.A.b.b.g.b.s.b	ENSGT00950000182858.A.b.b.g.b.t	ENSGT00940000158347.y	ENSGT00940000159451	ENSGT01050000244864.B.a.f	ENSGT01030000234513.B.a.d	ENSGT01030000235048	ENSGT00940000153669.a	ENSGT00940000163054.h	ENSGT00940000159074.f	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000157427.i	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a.f
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00940000165992.a.b.b	ENSGT00940000153916.A.a.a	ENSGT01030000234590.B.a.a.e.a.d	ENSGT00730000110966.a.b.d.b	ENSGT00390000010017.p	ENSGT00410000026585.c	ENSGT00940000159305.cb.b	ENSGT00940000163587.a.b.b.e.a.b	ENSGT00950000183153.c.a.q.b	ENSGT00390000004049.b.a.b	ENSGT00940000166995.h.b	ENSGT01040000240503.B.i.b	ENSGT00530000063174.a.l.b	ENSGT00940000159370.c.b	ENSGT00390000008256.rd.b	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00940000156837.m	ENSGT00940000158869.p	ENSGT00950000182858.A.b.b.g.b.s.a	ENSGT00950000182858.A.b.b.g.b.s.b.d	ENSGT00950000182858.A.b.b.g.b.t.a.a.b	ENSGT00950000182858.A.b.b.g.b.t.a.b.b	ENSGT00940000158347.y.b	ENSGT00940000159451.h	ENSGT01050000244864.B.a.f.d	ENSGT01030000234513.B.a.d.d	ENSGT01030000235048	ENSGT00940000153669.a.s	ENSGT00940000163054.h.b	ENSGT00940000159074.f.c	ENSGT00390000012084.c
Cyprininae_a	DUPLICATION
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000165992.a.b.b	ENSGT00940000153916.A.a.a	ENSGT01030000234590.B.a.a.e.a.d	ENSGT00730000110966.a.b.d.b	ENSGT00390000010017.p	ENSGT00410000026585.c	ENSGT00940000159305.cb.b	ENSGT00940000163587.a.b.b.e.a.b	ENSGT00950000183153.c.a.q.b	ENSGT00390000004049.b.a.b	ENSGT00940000166995.h.b	ENSGT01040000240503.B.i.b	ENSGT00530000063174.a.l.b	ENSGT00940000159370.c.b	ENSGT00390000008256.rd.b	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.a ##22	ENSGT00940000156837.m	ENSGT00940000158869.p	ENSGT00950000182858.A.b.b.g.b.s.a	ENSGT00950000182858.A.b.b.g.b.s.b.d	ENSGT00950000182858.A.b.b.g.b.t.a.a.b	ENSGT00950000182858.A.b.b.g.b.t.a.b.b	ENSGT00940000158347.y.b	ENSGT00940000159451.h	ENSGT01050000244864.B.a.f.d	ENSGT01030000234513.B.a.d.d	ENSGT00940000153669.a.s	ENSGT00940000163054.h.b	ENSGT00940000159074.f.c	ENSGT00390000012084.c	ENSGT00940000157427.i.b
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	274	sox19a (ENSSGRG00000030881)	mpdu1a (ENSSGRG00000030885)	tm4sf21a (ENSSGRG00000030894)	slc25a15b (ENSSGRG00000030895)	mrps31 (ENSSGRG00000030896)	si:ch211-114c12.2 (ENSSGRG00000030897)	capga (ENSSGRG00000030898)	ENSSGRG00000030903	tp53 (ENSSGRG00000030904)	gps2 (ENSSGRG00000030937)	gabarapa (ENSSGRG00000030939)	ctdnep1a (ENSSGRG00000031006)	pdha1a (ENSSGRG00000031040)	rps6ka3a (ENSSGRG00000031850)	ENSSGRG00000036591	map7d2a (ENSSGRG00000036802) ##22	ercc6l (ENSSGRG00000036804)	ENSSGRG00000036805	gbgt1l3 (ENSSGRG00000036806)	ENSSGRG00000036808
Common carp reference	MODERN SPECIES	15	eif4a1b (ENSCCRG00000063140)	sox19a (ENSCCRG00000055009)	mpdu1a (ENSCCRG00000001247)	slc25a15b (ENSCCRG00000061865)	tm4sf21a (ENSCCRG00000008770)	mrps31 (ENSCCRG00000034729)	si:ch211-114c12.2 (ENSCCRG00000001229)	capga (ENSCCRG00000031314)	tp53 (ENSCCRG00000031304)	gps2 (ENSCCRG00000015767)	gabarapa (ENSCCRG00000015760)	ctdnep1a (ENSCCRG00000015754)	pdha1a (ENSCCRG00000076428)	rps6ka3a (ENSCCRG00000065673)	ENSCCRG00000000112	map7d2a (ENSCCRG00000082337) ##22	ercc6l (ENSCCRG00000015774)	ENSCCRG00000021146	gbgt1l8 (ENSCCRG00000072023)	ENSCCRG00000010853	ENSCCRG00000010846	ENSCCRG00000055249	rnf128a (ENSCCRG00000010804)	tbc1d8b (ENSCCRG00000010644)	gja2 (ENSCCRG00000068861)	gjb1a (ENSCCRG00000068166)	kat5a (ENSCCRG00000008797)	mtmr2 (ENSCCRG00000007955)	fam76b (ENSCCRG00000069151)	cwc15 (ENSCCRG00000008767)	acsl4b (ENSCCRG00000060790)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153783.b.a.a.b.d	ENSGT00940000165992.a.b.a	ENSGT00940000153916.A.a.b	ENSGT01030000234590.B.a.a.e.a.c	ENSGT00730000110966.a.b.d.a	ENSGT00390000010017.o	ENSGT00410000026585.d	ENSGT00940000159305.cb.a	ENSGT00940000163587.a.b.b.e.a.a	ENSGT00950000183153.c.a.q.a	ENSGT00390000004049.b.a.a	ENSGT00940000166995.h.a	ENSGT01040000240503.B.i.a	ENSGT00530000063174.a.l.a	ENSGT00940000159370.c.a	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.b ##22	ENSGT00940000156837.n	ENSGT00950000182858.A.b.b.g.b.s.b.c	ENSGT00950000182858.A.b.b.g.b.t.a.a.a	ENSGT00950000182858.A.b.b.g.b.t.a.b.a	ENSGT00940000158347.y.a	ENSGT00940000159451.g	ENSGT01050000244864.B.a.f.c	ENSGT01030000234513.B.a.d.c	ENSGT00940000153669.a.t	ENSGT00940000163054.h.a	ENSGT00940000159074.f.d	ENSGT00390000012084.d	ENSGT00940000157427.i.a	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a.f.h	ENSGT00940000169200
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	151	sox19a (ENSSGRG00000037733)	mpdu1a (ENSSGRG00000037703)	tm4sf21a (ENSSGRG00000037696)	ENSSGRG00000037695	mrps31 (ENSSGRG00000037694)	si:ch211-114c12.2 (ENSSGRG00000037693)	capga (ENSSGRG00000037692)	ENSSGRG00000037691	tp53 (ENSSGRG00000037660)	gps2 (ENSSGRG00000037649)	gabarapa (ENSSGRG00000037617)	ctdnep1a (ENSSGRG00000037519)	pdha1a (ENSSGRG00000037501)	rps6ka3a (ENSSGRG00000032538)	ENSSGRG00000032390	map7d2a (ENSSGRG00000032389) ##22	ercc6l (ENSSGRG00000032386)	GBGT1 (ENSSGRG00000032376)	ENSSGRG00000032374	ENSSGRG00000032366	rnf128a (ENSSGRG00000032363)	tbc1d8b (ENSSGRG00000032271)	gja2 (ENSSGRG00000032269)	gjb1a (ENSSGRG00000032267)	mtmr2 (ENSSGRG00000032191)	kat5a (ENSSGRG00000032189)	fam76b (ENSSGRG00000032091)	cwc15 (ENSSGRG00000032068)	acsl4b (ENSSGRG00000032014)	stag2a (ENSSGRG00000031659)	ENSSGRG00000031655
Common carp reference	MODERN SPECIES	7	senp3a (ENSCCRG00000008757)	eif4a1b (ENSCCRG00000008761)	sox19a (ENSCCRG00000008769)	tm4sf21a (ENSCCRG00000068539)	slc25a15b (ENSCCRG00000008772)	mrps31 (ENSCCRG00000001215)	si:ch211-114c12.2 (ENSCCRG00000001213)	capga (ENSCCRG00000001210)	ENSCCRG00000074202	tp53 (ENSCCRG00000001205)	gps2 (ENSCCRG00000076263)	gabarapa (ENSCCRG00000018047)	ctdnep1a (ENSCCRG00000031327)	pdha1a (ENSCCRG00000055865)	rps6ka3a (ENSCCRG00000082011)	map7d2a (ENSCCRG00000010881) ##22	ercc6l (ENSCCRG00000080390)	ENSCCRG00000065055	ENSCCRG00000069365	tbc1d8b (ENSCCRG00000010618)	gja2 (ENSCCRG00000064982)	gjb1a (ENSCCRG00000054126)	mtmr2 (ENSCCRG00000009032)	kat5a (ENSCCRG00000008106)	fam76b (ENSCCRG00000008306)	cwc15 (ENSCCRG00000035615)	acsl4b (ENSCCRG00000035626)	stag2a (ENSCCRG00000040688)	gria3a (ENSCCRG00000037188)	nlgn3b (ENSCCRG00000080152)	plp1b (ENSCCRG00000051482)
Zebrafish	MODERN SPECIES	20	mpdu1a (ENSDARG00000035562)	tm4sf21a (ENSDARG00000057706)	slc25a15b (ENSDARG00000062271)	mrps31 (ENSDARG00000057855)	si:ch211-114c12.2 (ENSDARG00000028542)	capga (ENSDARG00000035560)	ENSDARG00000092931	tp53 (ENSDARG00000035559)	gps2 (ENSDARG00000035558)	gabarapa (ENSDARG00000035557)	ctdnep1a (ENSDARG00000016519)	pdha1a (ENSDARG00000012387)	rps6ka3a (ENSDARG00000035556)	eif1axa (ENSDARG00000029003)	ENSDARG00000112810	map7d2a (ENSDARG00000068480) ##22	ercc6l (ENSDARG00000002479)	ENSDARG00000062221	ENSDARG00000091969	gbgt1l3 (ENSDARG00000035555)	GBGT1 (ENSDARG00000091936)	ENSDARG00000093509	gbgt1l4 (ENSDARG00000068503)	gbgt1l8 (ENSDARG00000091944)	gbgt1l2 (ENSDARG00000092718)	ENSDARG00000011283	gbgt1l1 (ENSDARG00000025275)	rnf128a (ENSDARG00000016867)	tbc1d8b (ENSDARG00000062192)	gja2 (ENSDARG00000004082)	ENSDARG00000110179
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	871															ENSPNAG00000010444	map7d2a (ENSPNAG00000010491) ##22	ENSPNAG00000010503	si:ch211-114c12.2 (ENSPNAG00000010513)	mrps31 (ENSPNAG00000001402)	slc25a15b (ENSPNAG00000010546)	tm4sf21a (ENSPNAG00000010570)	zdhhc23a (ENSPNAG00000010586)	srrt (ENSPNAG00000010629)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	143	ENSGT00940000155717	ENSGT01050000244868.f	ENSGT00940000164731.k	ENSGT01090000261942	ENSGT00530000063666.b.db	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.a	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l	ENSGT00940000159370.d.a.b	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00940000177567	ENSGT00410000026585	ENSGT00390000010017	ENSGT00730000110966.a.b.b	ENSGT00930000151482	ENSGT00940000169096	ENSGT00550000074980
Denticle herring	MODERN SPECIES	16	zdhhc23a (ENSDCDG00000023818)	ENSDCDG00000023820	ENSDCDG00000023821	ENSDCDG00000023822	ENSDCDG00000023823	cst14b.1 (ENSDCDG00000023824)	ENSDCDG00000023825	ENSDCDG00000023827	apooa (ENSDCDG00000023829)	sat1a.2 (ENSDCDG00000023833)	sat1a.1 (ENSDCDG00000023836)	prdx4 (ENSDCDG00000023839)	pdha1a (ENSDCDG00000023848)	ENSDCDG00000024155	ENSDCDG00000031047	map7d2a (ENSDCDG00000031055) ##22	ENSDCDG00000031057	si:ch211-114c12.2 (ENSDCDG00000031061)	mrps31 (ENSDCDG00000031065)	slc25a15b (ENSDCDG00000031070)	si:dkey-183i3.5 (ENSDCDG00000031073)	ENSDCDG00000031076	ENSDCDG00000031106	zw10 (ENSDCDG00000031148)	USP28 (ENSDCDG00000031265)	HTR3B (ENSDCDG00000033021)	HTR3A (ENSDCDG00000033024)	aifm1 (ENSDCDG00000033068)	glra4b (ENSDCDG00000033377)	DRP2 (ENSDCDG00000033380)	ENSDCDG00000033384
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	174			ENSGT00550000074787.d.a.b	ENSGT00940000156558.a.b	ENSGT01050000244868.c.b	ENSGT00940000164731	ENSGT00940000167353	ENSGT00390000014424	ENSGT00940000155647.bb	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT01090000261942	ENSGT00530000063666.b.db	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00940000177567	ENSGT00410000026585	ENSGT00940000176119	ENSGT00940000156285	ENSGT00870000136493.c	ENSGT00940000164655	ENSGT00940000159028	ENSGT00390000004986	ENSGT00940000155053.c.b	ENSGT00940000160633.a.b	ENSGT00940000156040.f	ENSGT00940000163831.f	ENSGT00940000153716.A.l	ENSGT01100000263599	ENSGT00940000156371.c.b
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Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000178850	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b	ENSGT00940000156558.a.b	ENSGT01050000244868.c.b	ENSGT00940000164731	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l	ENSGT00940000177567	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00410000026585	ENSGT00940000176119	ENSGT00940000156285	ENSGT00940000156040.f	ENSGT00940000153716.A.l	ENSGT00940000163831.f	ENSGT01100000263599	ENSGT00940000156371.c.b	ENSGT01100000263608	ENSGT00940000163670.b.b	ENSGT00940000159906.e	ENSGT00940000164851.a	ENSGT00870000136506	ENSGT00390000016213	ENSGT00940000157181
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Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b	ENSGT00940000156558.a.b	ENSGT01050000244868.c.b	ENSGT00940000164731	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00940000177567	ENSGT00410000026585	ENSGT00940000176119	ENSGT00940000156285	ENSGT00940000156040.f	ENSGT00940000153716.A.l	ENSGT00940000163831.f	ENSGT01100000263599	ENSGT00940000156371.c.b	ENSGT01100000263608	ENSGT00940000163670.b.b	ENSGT00940000159906.e	ENSGT00940000164851.a	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000177447
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Indian medaka	MODERN SPECIES	4	kif20a (ENSOMEG00000022448)	zgc:175280 (ENSOMEG00000000588)	CASR (ENSOMEG00000022274)	b4galt4 (ENSOMEG00000022251)	ENSOMEG00000022228	ENSOMEG00000022186	gsx1 (ENSOMEG00000022169)	ENSOMEG00000022150	ENSOMEG00000022117	ATP6V1A (ENSOMEG00000022067)	zdhhc23a (ENSOMEG00000021989)	zgc:153704 (ENSOMEG00000021944)	ENSOMEG00000021970	prdx4 (ENSOMEG00000021752)	pdha1a (ENSOMEG00000021345)	ENSOMEG00000021301 ##22	ENSOMEG00000021199	lipia (ENSOMEG00000021167)	pcyt1bb (ENSOMEG00000000691)	ENSOMEG00000021080	ENSOMEG00000020942	ENSOMEG00000020928	ENSOMEG00000020919	ENSOMEG00000020905	ENSOMEG00000020856	gabrr3a (ENSOMEG00000020839)	ENSOMEG00000020789	sms (ENSOMEG00000020761)	ENSOMEG00000000550	RYR1 (ENSOMEG00000020650)	nfrkb (ENSOMEG00000020515)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b	ENSGT00940000156558.a.b	ENSGT01050000244868.c.b	ENSGT00940000164731	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00940000177567	ENSGT00410000026585	ENSGT00940000156285	ENSGT00940000156040.f	ENSGT00940000153716.A.l	ENSGT00940000163831.f	ENSGT01100000263599	ENSGT00940000156371.c.b	ENSGT00940000163670.b.b	ENSGT00940000159906.e	ENSGT00940000164851.a	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000177447	ENSGT00390000016213	ENSGT00940000157181
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Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b	ENSGT00940000156558.a.b	ENSGT01050000244868.c.b.a	ENSGT01050000244868.c.b.b.a	ENSGT00940000164731	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l.g	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00940000177567	ENSGT00410000026585	ENSGT00940000156285	ENSGT00940000156040.f	ENSGT00940000153716.A.l	ENSGT00940000163831.f	ENSGT01100000263599	ENSGT00940000156371.c.b	ENSGT00940000163670.b.b	ENSGT00940000159906.e	ENSGT00940000164851.a	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000177447	ENSGT00390000016213	ENSGT00940000157181
Nile tilapia	MODERN SPECIES	1	CASR (ENSONIG00000005168)	b4galt4 (ENSONIG00000005167)	ENSONIG00000005164	gsx1 (ENSONIG00000005163)	ENSONIG00000005160	ENSONIG00000005158	ATP6V1A (ENSONIG00000005153)	zdhhc23a (ENSONIG00000005152)	zgc:153704 (ENSONIG00000005151)	zgc:153704 (ENSONIG00000041602)	ENSONIG00000029108	ENSONIG00000043207	sat1a.2 (ENSONIG00000035625)	prdx4 (ENSONIG00000005145)	pdha1a (ENSONIG00000005140)	ENSONIG00000005138 ##22	ENSONIG00000027365	si:ch211-114c12.2 (ENSONIG00000005136)	lipia (ENSONIG00000005129)	pcyt1bb (ENSONIG00000005126)	ENSONIG00000005117	ENSONIG00000005113	ENSONIG00000036817	ENSONIG00000005110	ENSONIG00000005109	gabrr3a (ENSONIG00000005108)	ENSONIG00000005105	sms (ENSONIG00000005102)	ENSONIG00000030517	nfrkb (ENSONIG00000005012)	gng8 (ENSONIG00000005011)
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Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b	ENSGT00940000156558.a.b	ENSGT01050000244868.c.b.a.b	ENSGT01050000244868.c.b.b.a	ENSGT00940000164731	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l.g	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00410000026585	ENSGT00940000156285	ENSGT00940000156040.f	ENSGT00940000153716.A.l	ENSGT00940000163831.f	ENSGT01100000263599	ENSGT00940000156371.c.b	ENSGT00940000163670.b.b	ENSGT00940000159906.e	ENSGT00940000164851.a	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000177447	ENSGT00390000016213	ENSGT00940000157181	ENSGT01100000263497.D
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b	ENSGT00940000156558.a.b	ENSGT01050000244868.c.b.a.b	ENSGT01050000244868.c.b.b.a	ENSGT00940000164731	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l.g	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00410000026585	ENSGT00940000156285	ENSGT00940000156040.f	ENSGT00940000153716.A.l	ENSGT00940000163831.f	ENSGT01100000263599	ENSGT00940000156371.c.b	ENSGT00940000163670.b.b	ENSGT00940000159906.e	ENSGT00940000164851.a	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000177447	ENSGT00390000016213	ENSGT00940000157181	ENSGT01100000263497.D
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00940000167349	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b	ENSGT00940000156558.a.b	ENSGT01050000244868.c.b.a.b	ENSGT01050000244868.c.b.b.a	ENSGT00940000164731	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l.g	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00410000026585	ENSGT00940000156285	ENSGT00940000156040.f	ENSGT00940000153716.A.l	ENSGT00940000163831.f	ENSGT01100000263599	ENSGT00940000156371.c.b	ENSGT00940000163670.b.b	ENSGT00940000159906.e	ENSGT00940000164851.a	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000177447	ENSGT00390000016213	ENSGT00940000157181	ENSGT01100000263497.D
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1092	CASR (ENSMZEG00005017168)	b4galt4 (ENSMZEG00005018344)	ENSMZEG00005018346	gsx1 (ENSMZEG00005018350)	ENSMZEG00005018353	ATP6V1A (ENSMZEG00005018360)	ZDHHC23 (ENSMZEG00005018373)	ENSMZEG00005018377	ZDHHC23 (ENSMZEG00005018383)	zgc:153704 (ENSMZEG00005018384)	zgc:153704 (ENSMZEG00005018387)	ENSMZEG00005018392	sat1a.2 (ENSMZEG00005018402)	prdx4 (ENSMZEG00005018405)	pdha1a (ENSMZEG00005018412)	map7d2a (ENSMZEG00005018420) ##22	si:ch211-114c12.2 (ENSMZEG00005018427)	lipia (ENSMZEG00005018433)	pcyt1bb (ENSMZEG00005018447)	ENSMZEG00005018460	ENSMZEG00005018469	ENSMZEG00005018471	ENSMZEG00005018475	ENSMZEG00005018482	ENSMZEG00005018486	gabrr3a (ENSMZEG00005018491)	ENSMZEG00005018493	ENSMZEG00005018497	sms (ENSMZEG00005018510)	ENSMZEG00005018520	ENSMZEG00005018524
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Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b	ENSGT00940000156558.a.b	ENSGT01050000244868.c.b	ENSGT00940000164731	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00410000026585	ENSGT00940000176119	ENSGT00940000156285	ENSGT00940000156040.f	ENSGT00940000153716.A.l	ENSGT00940000163831.f	ENSGT01100000263599	ENSGT00940000156371.c.b	ENSGT01100000263608	ENSGT00940000163670.b.b	ENSGT00940000159906.e	ENSGT00940000164851.a	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000177447	ENSGT00390000016213
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b	ENSGT00940000156558.a.b	ENSGT01050000244868.c.b	ENSGT00940000164731	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00410000026585	ENSGT00940000156285	ENSGT00940000156040.f	ENSGT00940000153716.A.l	ENSGT00940000163831.f	ENSGT01100000263599	ENSGT00940000156371.c.b	ENSGT01100000263608	ENSGT00940000163670.b.b	ENSGT00940000159906.e	ENSGT00940000164851.a	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000177447	ENSGT00390000016213	ENSGT00940000157181
Tongue sole	MODERN SPECIES	10	ugt5d1 (ENSCSEG00000019213)	SUPT20H (ENSCSEG00000019177)	exosc8 (ENSCSEG00000019201)	slc9a6b (ENSCSEG00000019164) #25	ENSCSEG00000019156	snx12 (ENSCSEG00000019147)	slc7a3a (ENSCSEG00000019132)	ENSCSEG00000019129	ATP6V1A (ENSCSEG00000019118)	ZDHHC23 (ENSCSEG00000019112)	zgc:153704 (ENSCSEG00000019108)	ENSCSEG00000019105	sat1a.2 (ENSCSEG00000018995)	prdx4 (ENSCSEG00000018975)	pdha1a (ENSCSEG00000018951)	ENSCSEG00000018928 ##22	ENSCSEG00000018912	lipia (ENSCSEG00000018900)	pcyt1bb (ENSCSEG00000018888)	trarg1b (ENSCSEG00000018884)	cryba1b (ENSCSEG00000018863)	vtnb (ENSCSEG00000018842)	ENSCSEG00000018838	aldh3a2b (ENSCSEG00000018826)	ca4c (ENSCSEG00000018817)	crcp (ENSCSEG00000018814)	asl (ENSCSEG00000018789)	tpst1l (ENSCSEG00000018769)	ENSCSEG00000018767	ENSCSEG00000018755	TCERG1 (ENSCSEG00000018712)
Turbot	MODERN SPECIES	16	ENSSMAG00000012742	KIF20A (ENSSMAG00000012711)	zgc:175280 (ENSSMAG00000012677)	ENSSMAG00000012665	b4galt4 (ENSSMAG00000012659)	ENSSMAG00000012641	ENSSMAG00000012630	ENSSMAG00000012555	ENSSMAG00000012526	ENSSMAG00000012496	zgc:153704 (ENSSMAG00000012487)	ENSSMAG00000012476	sat1a.2 (ENSSMAG00000028221)	prdx4 (ENSSMAG00000012439)	ENSSMAG00000012399	ENSSMAG00000012353 ##22	ENSSMAG00000012336	ENSSMAG00000012308	ENSSMAG00000012292	ENSSMAG00000012238	ENSSMAG00000012208	ENSSMAG00000029591	ENSSMAG00000024630	ENSSMAG00000012194	ENSSMAG00000012186	ENSSMAG00000012168	gabrr3a (ENSSMAG00000012145)	ENSSMAG00000012121	ENSSMAG00000012095	ENSSMAG00000012089	nfrkb (ENSSMAG00000011807)
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000159458.e.a	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b	ENSGT00940000156558.a.b	ENSGT01050000244868.c.b	ENSGT00940000164731	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00410000026585	ENSGT00940000176119	ENSGT00940000156285	ENSGT00940000156040.f	ENSGT00940000153716.A.l	ENSGT00940000163831.f	ENSGT01100000263599	ENSGT00940000156371.c.b	ENSGT00940000163670.b.b	ENSGT00940000159906.e	ENSGT00940000164851.a	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000177447	ENSGT00390000016213	ENSGT00940000157181
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000182950.A	ENSGT00940000156931	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000157596	ENSGT00940000158378	ENSGT00940000159458.e.b	ENSGT00940000154361.A	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00550000074787.d.a.b	ENSGT00940000156558.a.b	ENSGT01050000244868.c.b	ENSGT00940000164731	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00410000026585	ENSGT00940000156285	ENSGT00940000156040.f	ENSGT00940000153716.A.l	ENSGT00940000163831.f	ENSGT01100000263599	ENSGT00940000156371.c.b	ENSGT00940000163670.b.b	ENSGT00940000159906.e	ENSGT00940000164851.a	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000177447	ENSGT00390000016213	ENSGT00940000157181	ENSGT01100000263497.D
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3035	cdc23 (ENSSLDG00000019752)	kif20a (ENSSLDG00000019720)	zgc:175280 (ENSSLDG00000019714)	CASR (ENSSLDG00000019692)	b4galt4 (ENSSLDG00000019681)	ENSSLDG00000019672	gsx1 (ENSSLDG00000019661)	ENSSLDG00000019626	ATP6V1A (ENSSLDG00000019592)	zdhhc23a (ENSSLDG00000019570)	zgc:153704 (ENSSLDG00000019547)	ENSSLDG00000019535	sat1a.2 (ENSSLDG00000019305)	prdx4 (ENSSLDG00000019265)	pdha1a (ENSSLDG00000019215)	map7d2a (ENSSLDG00000019166) ##22	si:ch211-114c12.2 (ENSSLDG00000019149)	lipia (ENSSLDG00000019132)	pcyt1bb (ENSSLDG00000019097)	ENSSLDG00000019065	ENSSLDG00000019018	ENSSLDG00000019003	ENSSLDG00000018995	ENSSLDG00000018986	ENSSLDG00000018972	gabrr3a (ENSSLDG00000018944)	ENSSLDG00000018877	sms (ENSSLDG00000018844)	ENSSLDG00000018831	ENSSLDG00000018814	RYR1 (ENSSLDG00000018638)
Greater amberjack	MODERN SPECIES	139	cdc23 (ENSSDUG00000007107)	kif20a (ENSSDUG00000007080)	zgc:175280 (ENSSDUG00000007014)	CASR (ENSSDUG00000006989)	b4galt4 (ENSSDUG00000006975)	ENSSDUG00000006959	ENSSDUG00000006944	ENSSDUG00000006920	ATP6V1A (ENSSDUG00000006881)	zdhhc23a (ENSSDUG00000006861)	zgc:153704 (ENSSDUG00000006853)	ENSSDUG00000006831	sat1a.2 (ENSSDUG00000006376)	prdx4 (ENSSDUG00000006312)	pdha1a (ENSSDUG00000006245)	ENSSDUG00000006220 ##22	ENSSDUG00000006197	lipia (ENSSDUG00000006175)	pcyt1bb (ENSSDUG00000006146)	ENSSDUG00000006114	ENSSDUG00000006042	ENSSDUG00000006027	ENSSDUG00000006020	ENSSDUG00000006010	ENSSDUG00000006000	gabrr3a (ENSSDUG00000005971)	ENSSDUG00000005896	sms (ENSSDUG00000005853)	ENSSDUG00000005839	RYR1 (ENSSDUG00000005595)	nfrkb (ENSSDUG00000005511)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	94	zgc:175280 (ENSLCAG00010006873)	CASR (ENSLCAG00010007265)	b4galt4 (ENSLCAG00010007287)	ENSLCAG00010007289	ENSLCAG00010007293	gsx1 (ENSLCAG00010007297)	ENSLCAG00010007307	ATP6V1A (ENSLCAG00010007340)	zdhhc23a (ENSLCAG00010007363)	ENSLCAG00010007368	zgc:153704 (ENSLCAG00010007370)	ENSLCAG00010007376	sat1a.2 (ENSLCAG00010007387)	prdx4 (ENSLCAG00010007442)	pdha1a (ENSLCAG00010007561)	ENSLCAG00010007711 ##22	si:ch211-114c12.2 (ENSLCAG00010007718)	ENSLCAG00010007722	lipia (ENSLCAG00010007724)	pcyt1bb (ENSLCAG00010007727)	ENSLCAG00010007774	ENSLCAG00010007946	ENSLCAG00010007955	ENSLCAG00010007960	ENSLCAG00010007965	ENSLCAG00010007967	gabrr3a (ENSLCAG00010007980)	ENSLCAG00010007994	sms (ENSLCAG00010008016)	nfrkb (ENSLCAG00010008508)	tmem45b (ENSLCAG00010008514)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	83	ENSGT00940000160838	ENSGT00940000164978.b.d	ENSGT00940000153322.B.d.b	ENSGT00940000159385.e.b	ENSGT01030000234788	ENSGT00390000014424	ENSGT00940000155647.bb	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT01090000261942	ENSGT00530000063666.b.db	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l	ENSGT00940000159370.f	ENSGT00390000008256.vd.a	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00410000026585	ENSGT00940000176119	ENSGT00940000156285	ENSGT00870000136493.c	ENSGT00940000164655	ENSGT00940000159028	ENSGT00390000004986	ENSGT00940000155053.c.b	ENSGT00940000160633.a.b	ENSGT00940000156040.f	ENSGT00940000163831.f	ENSGT00940000153716.A.l	ENSGT01100000263599	ENSGT00940000156371.c.b.h	ENSGT00940000163670.b.b
Northern pike	MODERN SPECIES	6	gtf3aa (ENSELUG00000021503)	ENSELUG00000021472	ENSELUG00000026117	ATP6V1A (ENSELUG00000021440)	ZDHHC23 (ENSELUG00000021421)	ENSELUG00000021414	zgc:153704 (ENSELUG00000021361)	ENSELUG00000021341	ENSELUG00000021334	apooa (ENSELUG00000028327)	sat1a.2 (ENSELUG00000021271)	prdx4 (ENSELUG00000021240)	pdha1a (ENSELUG00000021178)	RPS6KA3 (ENSELUG00000021143)	IF1AX (ENSELUG00000027786)	map7d2a (ENSELUG00000020985) ##22	si:ch211-114c12.2 (ENSELUG00000020973)	lipia (ENSELUG00000020969)	ENSELUG00000020964	ENSELUG00000020928	ENSELUG00000031481	poglut3 (ENSELUG00000020802)	ENSELUG00000020782	ccdc82 (ENSELUG00000020768)	ENSELUG00000020759	ARX (ENSELUG00000020748)	pcyt1bb (ENSELUG00000020713)	pdk3b (ENSELUG00000020653)	ENSELUG00000000909	zdhhc20a (ENSELUG00000020609)	ENSELUG00000020552
Salmoninae	DUPLICATION
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Huchen	MODERN SPECIES	263							zgc:153704 (ENSHHUG00000050524)	ENSHHUG00000050521	ENSHHUG00000050519	apooa (ENSHHUG00000050512)	sat1a.2 (ENSHHUG00000050488)	prdx4 (ENSHHUG00000050428)	pdha1a (ENSHHUG00000050295)	rps6ka3b (ENSHHUG00000049279)	ENSHHUG00000049255	ENSHHUG00000049253 ##22	ENSHHUG00000049249 ##22	ENSHHUG00000049244 ##22	si:ch211-114c12.2 (ENSHHUG00000049241)	ENSHHUG00000049231	lipia (ENSHHUG00000049229)	ENSHHUG00000049222	ENSHHUG00000049211	ccdc82 (ENSHHUG00000049203)	ENSHHUG00000049199	ARX (ENSHHUG00000049184)	pcyt1bb (ENSHHUG00000049175)	pdk3b (ENSHHUG00000049112)	ENSHHUG00000049098	ENSHHUG00000049024	ENSHHUG00000049014
Salmoninae	DUPLICATION
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Huchen	DUPLICATION
Huchen	MODERN SPECIES	263						zgc:153704 (ENSHHUG00000050524)	ENSHHUG00000050521	ENSHHUG00000050519	apooa (ENSHHUG00000050512)	sat1a.2 (ENSHHUG00000050488)	prdx4 (ENSHHUG00000050428)	pdha1a (ENSHHUG00000050295)	rps6ka3b (ENSHHUG00000049279)	ENSHHUG00000049255	ENSHHUG00000049253 ##22	ENSHHUG00000049249 ##22	ENSHHUG00000049244 ##22	si:ch211-114c12.2 (ENSHHUG00000049241)	ENSHHUG00000049231	lipia (ENSHHUG00000049229)	ENSHHUG00000049222	ENSHHUG00000049211	ccdc82 (ENSHHUG00000049203)	ENSHHUG00000049199	ARX (ENSHHUG00000049184)	pcyt1bb (ENSHHUG00000049175)	pdk3b (ENSHHUG00000049112)	ENSHHUG00000049098	ENSHHUG00000049024	ENSHHUG00000049014	ENSHHUG00000048981
Huchen	MODERN SPECIES	263					zgc:153704 (ENSHHUG00000050524)	ENSHHUG00000050521	ENSHHUG00000050519	apooa (ENSHHUG00000050512)	sat1a.2 (ENSHHUG00000050488)	prdx4 (ENSHHUG00000050428)	pdha1a (ENSHHUG00000050295)	rps6ka3b (ENSHHUG00000049279)	ENSHHUG00000049255	ENSHHUG00000049253 ##22	ENSHHUG00000049249 ##22	ENSHHUG00000049244 ##22	si:ch211-114c12.2 (ENSHHUG00000049241)	ENSHHUG00000049231	lipia (ENSHHUG00000049229)	ENSHHUG00000049222	ENSHHUG00000049211	ccdc82 (ENSHHUG00000049203)	ENSHHUG00000049199	ARX (ENSHHUG00000049184)	pcyt1bb (ENSHHUG00000049175)	pdk3b (ENSHHUG00000049112)	ENSHHUG00000049098	ENSHHUG00000049024	ENSHHUG00000049014	ENSHHUG00000048981	ENSHHUG00000048979
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156558.a.b.a	ENSGT00940000165845.c.b	ENSGT00940000154826	ENSGT00940000164430.a.b.a.f	ENSGT01010000223723	ENSGT01050000244868.c.b.d	ENSGT00940000164731.i	ENSGT00940000167353	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.db.g	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.c	ENSGT00940000153430.a.a.j.a	ENSGT00530000063174.a.l.k	ENSGT00940000159370.f.a	ENSGT00390000008256.vd.a.b	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.d.a ##22	ENSGT00410000026585.b	ENSGT00940000176119	ENSGT00940000156285.`c	ENSGT00870000136493.c	ENSGT00940000164655	ENSGT00940000159028.j	ENSGT00390000004986.f	ENSGT00940000155053.c.b.a	ENSGT00940000160633.a.b.c	ENSGT00940000156040.f.a	ENSGT00940000163831.f.a	ENSGT00940000153716.A.l.b	ENSGT00530000063529.A.f.a	ENSGT00940000156371.c.b.g	ENSGT01100000263608.b.a.a
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000157443.d.a.a	ENSGT00550000074787.d.a.b.a	ENSGT00940000156558.a.b.a	ENSGT00940000165845.c.b	ENSGT00940000155717	ENSGT01010000223723	ENSGT01050000244868.c.b.d	ENSGT00940000164731.i	ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b.db.g	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.c	ENSGT00940000153430.a.a.j.a	ENSGT00530000063174.a.l.k	ENSGT00940000159370.f.a	ENSGT00390000008256.vd.b.a.b	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.d.a ##22	ENSGT00410000026585.b	ENSGT00940000156285.`c	ENSGT00870000136493.c	ENSGT00940000164655	ENSGT00940000159028.j	ENSGT00960000187413	ENSGT00390000004986.f	ENSGT00940000155053.c.b.a	ENSGT00940000160633.a.b.c	ENSGT00940000156040.f.a	ENSGT00940000163831.f.a	ENSGT00940000153716.A.l.b	ENSGT00530000063529.A.f.a	ENSGT00940000156371.c.b.g	ENSGT01100000263608.b.a.a
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	23	ENSSSAG00000000691	ENSSSAG00000000746	ENSSSAG00000000752	cst14b.1 (ENSSSAG00000000759)	ENSSSAG00000004282	LIPO (ENSSSAG00000000779)	ENSSSAG00000089798	apooa (ENSSSAG00000000804)	ENSSSAG00000000794	sat1 (ENSSSAG00000000816)	prdx4 (ENSSSAG00000000827)	pdha1a (ENSSSAG00000000891)	ENSSSAG00000110485	RPS6KA3 (ENSSSAG00000001260)	IF1AX (ENSSSAG00000001669)	map7d2a (ENSSSAG00000001683) ##22	ENSSSAG00000001701	lipia (ENSSSAG00000001715)	ENSSSAG00000001722	ENSSSAG00000001762	poglut3 (ENSSSAG00000093555)	ENSSSAG00000095586	ccd82 (ENSSSAG00000001805)	ENSSSAG00000001806	ARX (ENSSSAG00000001808)	pcyt1bb (ENSSSAG00000001810)	pdk3 (ENSSSAG00000001825)	ENSSSAG00000091889	ENSSSAG00000001981	ENSSSAG00000106689	ENSSSAG00000002096
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00550000074787.d.a.b.a	ENSGT00940000156558.a.b.a	ENSGT00940000165845.c.b	ENSGT00940000155717	ENSGT01010000223723.b	ENSGT01050000244868.c.b.d	ENSGT00940000164731.i	ENSGT00940000167353	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.db.g	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.c	ENSGT00940000153430.a.a.j.a	ENSGT00530000063174.a.l.k	ENSGT00940000159370.f.a	ENSGT00390000008256.vd.a.b	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.d.a ##22	ENSGT00410000026585.b	ENSGT00940000176119	ENSGT00940000156285.`c	ENSGT00870000136493.c	ENSGT00940000164655	ENSGT00940000159028.j	ENSGT00390000004986.f	ENSGT00940000155053.c.b.a	ENSGT00940000160633.a.b.c	ENSGT00940000156040.f.a	ENSGT00940000163831.f.a	ENSGT00940000153716.A.l.b	ENSGT00530000063529.A.f.a	ENSGT00940000156371.c.b.g	ENSGT01100000263608.b.a.a
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00550000074787.d.a.b.a	ENSGT00940000156558.a.b.a	ENSGT00940000165845.c.b	ENSGT00940000155717	ENSGT01010000223723.b	ENSGT01050000244868.c.b.d	ENSGT00940000164731.i	ENSGT00940000167353	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.db.g	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.c	ENSGT00940000153430.a.a.j.a	ENSGT00530000063174.a.l.k	ENSGT00940000159370.f.a	ENSGT00390000008256.vd.a.b	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.d.a ##22	ENSGT00410000026585.b	ENSGT00940000156285.`c	ENSGT00870000136493.c	ENSGT00940000164655	ENSGT00940000159028.j	ENSGT00390000004986.f	ENSGT00940000155053.c.b.a	ENSGT00940000160633.a.b.c	ENSGT00940000156040.f.a	ENSGT00940000163831.f.a	ENSGT00940000153716.A.l.b	ENSGT00530000063529.A.f.a	ENSGT00940000156371.c.b.g	ENSGT01100000263608.b.a.a	ENSGT00940000159906.e.e
Coho salmon	MODERN SPECIES	20	ENSOKIG00005045427	ENSOKIG00005045430	ATP6V1A (ENSOKIG00005045458)	ZDHHC23 (ENSOKIG00005045595)	ENSOKIG00005045601	ENSOKIG00005045605	zgc:153704 (ENSOKIG00005045615)	ENSOKIG00005045632	ENSOKIG00005045637	apooa (ENSOKIG00005045648)	sat1a.2 (ENSOKIG00005045694)	prdx4 (ENSOKIG00005045718)	pdha1a (ENSOKIG00005045792)	RPS6KA3 (ENSOKIG00005045963)	eif1axa (ENSOKIG00005048152)	map7d2a (ENSOKIG00005048175) ##22	ENSOKIG00005048187	lipia (ENSOKIG00005048194)	ENSOKIG00005048247	poglut3 (ENSOKIG00005048418)	ccdc82 (ENSOKIG00005048477)	ENSOKIG00005048487	ENSOKIG00005048490	ARX (ENSOKIG00005048492)	pcyt1bb (ENSOKIG00005048497)	pdk3b (ENSOKIG00005048521)	ENSOKIG00005048634	zdhhc20a (ENSOKIG00005048640)	AMER2 (ENSOKIG00005048645)	ENSOKIG00005048655	ENSOKIG00005048691
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	156	ENSGT00940000155647.bb	ENSGT00950000182962.a.a.c.b	ENSGT00940000157443.d.a.b	ENSGT00550000074787.d.a.b.b	ENSGT00940000156558.a.b.b	ENSGT01010000225766	ENSGT01050000244868.c.b.c	ENSGT00940000164731.j	ENSGT00530000063666.b.db.h	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.d	ENSGT00940000153430.a.a.j.b	ENSGT00530000063174.a.l.l	ENSGT00940000159370.f.b	ENSGT00390000008256.vd.a.a	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.d.b.b ##22	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.d.b.a.a ##22	ENSGT00410000026585.a	ENSGT00940000156285.ac
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00990000208548	ENSGT01100000265679	ENSGT00950000182962.a.a.c.b	ENSGT00940000157443.d.a.b	ENSGT00550000074787.d.a.b.b	ENSGT00940000156558.a.b.b	ENSGT01050000244868.c.b.c	ENSGT00940000164731.j	ENSGT00530000063666.b.db.h	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.d	ENSGT00940000153430.a.a.j.b	ENSGT00530000063174.a.l.l	ENSGT00940000159370.f.b	ENSGT00390000008256.vd.a.a	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.d.b.b ##22	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.d.b.a.a ##22	ENSGT00410000026585.a	ENSGT00940000156285.ac	ENSGT00940000159028.i	ENSGT00390000004986.e	ENSGT00940000155053.c.b.b	ENSGT00940000160633.a.b.d	ENSGT00940000156040.f.b	ENSGT00940000163831.f.b	ENSGT00940000153716.A.l.a	ENSGT00530000063529.A.f.b	ENSGT00940000156371.c.a.a.a	ENSGT01100000263608.a.b	ENSGT01100000263608.a.a	ENSGT01100000263608.b.a.b	ENSGT01100000263599
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01100000265679	ENSGT00950000182962.a.a.c.b	ENSGT00940000157443.d.a.b	ENSGT00550000074787.d.a.b.b	ENSGT00940000156558.a.b.b	ENSGT01010000225766	ENSGT00990000214106	ENSGT01050000244868.c.b.c	ENSGT00940000164731.j	ENSGT00530000063666.b.db.h	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.d	ENSGT00940000153430.a.a.j.b	ENSGT00530000063174.a.l.l	ENSGT00940000159370.f.b	ENSGT00390000008256.vd.a.a	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.d.b.a.a ##22	ENSGT00410000026585.a	ENSGT00940000156285.ac	ENSGT00940000159028.i	ENSGT00390000004986.e	ENSGT00940000155053.c.b.b	ENSGT00940000160633.a.b.d	ENSGT00940000156040.f.b	ENSGT00940000163831.f.b	ENSGT00940000153716.A.l.a	ENSGT00530000063529.A.f.b	ENSGT00940000156371.c.b.h	ENSGT00940000157542.f	ENSGT01100000263608.a.b	ENSGT01100000263608.a.a	ENSGT00940000163670.b.b
River trout	MODERN SPECIES	3	ENSSTUG00000047947	ATP6V1A (ENSSTUG00000047912)	ZDHHC23 (ENSSTUG00000047902)	ENSSTUG00000047893	ENSSTUG00000047884	zgc:153704 (ENSSTUG00000047848)	ENSSTUG00000047841	ENSSTUG00000047838	apooa (ENSSTUG00000047753)	sat1a.2 (ENSSTUG00000047743)	prdx4 (ENSSTUG00000047727)	pdha1a (ENSSTUG00000047190)	RPS6KA3 (ENSSTUG00000043357)	eif1axa (ENSSTUG00000043090)	ENSSTUG00000043071	map7d2a (ENSSTUG00000043021) ##22	si:ch211-114c12.2 (ENSSTUG00000042998)	ENSSTUG00000042994	lipia (ENSSTUG00000042805)	poglut3 (ENSSTUG00000042684)	ccdc82 (ENSSTUG00000042622)	ENSSTUG00000042613	ARX (ENSSTUG00000042610)	pcyt1bb (ENSSTUG00000042576)	ENSSTUG00000042568	zdhhc20a (ENSSTUG00000042391)	ENSSTUG00000042359	ENSSTUG00000042035	ENSSTUG00000041995	ENSSTUG00000041969	ENSSTUG00000041942
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	2	mtif3 (ENSSSAG00000004479)	gtf3aa (ENSSSAG00000004473)	ENSSSAG00000004453	ENSSSAG00000004437	ENSSSAG00000004419	ENSSSAG00000004368	ENSSSAG00000004351	ENSSSAG00000004334	LIPO (ENSSSAG00000004300)	ENSSSAG00000104043	apooa (ENSSSAG00000004216)	SAT1 (ENSSSAG00000004180)	prdx4 (ENSSSAG00000079055)	ENSSSAG00000078097	ENSSSAG00000078711	ENSSSAG00000078668 ##22	ENSSSAG00000113546	ENSSSAG00000107832	liph (ENSSSAG00000078034)	ENSSSAG00000111407	ENSSSAG00000113571	ENSSSAG00000110707	ENSSSAG00000078007	ENSSSAG00000001912	zdhhc20a (ENSSSAG00000077981)	ENSSSAG00000077973	ENSSSAG00000077954	ENSSSAG00000077939	ENSSSAG00000077931	ENSSSAG00000077924	gabrr3a (ENSSSAG00000077907)
Huchen	MODERN SPECIES	1542	gtf3aa (ENSHHUG00000034069)	WASF3 (ENSHHUG00000034052)	ENSHHUG00000034051	ATP6V1A (ENSHHUG00000033987)	ZDHHC23 (ENSHHUG00000033976)	ENSHHUG00000033967	zgc:153704 (ENSHHUG00000033952)	ENSHHUG00000033915	apooa (ENSHHUG00000033890)	sat1a.2 (ENSHHUG00000033862)	prdx4 (ENSHHUG00000033768)	pdha1a (ENSHHUG00000033718)	RPS6KA3 (ENSHHUG00000032411)	eif1axa (ENSHHUG00000032245)	ENSHHUG00000032233 ##22	ENSHHUG00000032228 ##22	si:ch211-114c12.2 (ENSHHUG00000032218)	lipia (ENSHHUG00000032179)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.d.b.a.b ##22
Huchen	MODERN SPECIES	1542	mtif3 (ENSHHUG00000034079)	gtf3aa (ENSHHUG00000034069)	WASF3 (ENSHHUG00000034052)	ENSHHUG00000034051	ATP6V1A (ENSHHUG00000033987)	ZDHHC23 (ENSHHUG00000033976)	ENSHHUG00000033967	zgc:153704 (ENSHHUG00000033952)	ENSHHUG00000033915	apooa (ENSHHUG00000033890)	sat1a.2 (ENSHHUG00000033862)	prdx4 (ENSHHUG00000033768)	pdha1a (ENSHHUG00000033718)	RPS6KA3 (ENSHHUG00000032411)	eif1axa (ENSHHUG00000032245)	ENSHHUG00000032233 ##22	ENSHHUG00000032228 ##22	si:ch211-114c12.2 (ENSHHUG00000032218)	lipia (ENSHHUG00000032179)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	156	ENSGT00390000014424.j	ENSGT00940000155647.bb	ENSGT00950000182962.a.a.c.b	ENSGT00940000157443.d.a.b	ENSGT00550000074787.d.a.b.b	ENSGT00940000156558.a.b.b	ENSGT01010000225766	ENSGT01050000244868.c.b.c	ENSGT00940000164731.j	ENSGT00530000063666.b.db.h	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.d	ENSGT00940000153430.a.a.j.b	ENSGT00530000063174.a.l.l	ENSGT00940000159370.f.b	ENSGT00390000008256.vd.a.a	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.d.b.b ##22	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.d.b.a.a ##22	ENSGT00410000026585.a	ENSGT00940000156285.ac
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155647.bb	ENSGT00990000208548	ENSGT01100000265679	ENSGT00950000182962.a.a.c.b	ENSGT00940000157443.d.a.b	ENSGT00550000074787.d.a.b.b	ENSGT00940000156558.a.b.b	ENSGT01050000244868.c.b.c	ENSGT00940000164731.j	ENSGT00530000063666.b.db.h	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.d	ENSGT00940000153430.a.a.j.b	ENSGT00530000063174.a.l.l	ENSGT00940000159370.f.b	ENSGT00390000008256.vd.a.a	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.d.b.b ##22	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.d.b.a.a ##22	ENSGT00410000026585.a	ENSGT00940000156285.ac	ENSGT00940000159028.i	ENSGT00390000004986.e	ENSGT00940000155053.c.b.b	ENSGT00940000160633.a.b.d	ENSGT00940000156040.f.b	ENSGT00940000163831.f.b	ENSGT00940000153716.A.l.a	ENSGT00530000063529.A.f.b	ENSGT00940000156371.c.a.a.a	ENSGT01100000263608.a.b	ENSGT01100000263608.a.a	ENSGT01100000263608.b.a.b
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000155647.bb	ENSGT00990000208548	ENSGT01100000265679	ENSGT00950000182962.a.a.c.b	ENSGT00940000157443.d.a.b	ENSGT00550000074787.d.a.b.b	ENSGT00940000156558.a.b.b	ENSGT01050000244868.c.b.c	ENSGT00940000164731.j	ENSGT01000000220985	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.d	ENSGT00940000153430.a.a.j.b	ENSGT00530000063174.a.l.l	ENSGT00940000159370.f.b	ENSGT00390000008256.vd.a.a	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.d.b.b ##22	ENSGT00410000026585.a	ENSGT00940000156285.ac	ENSGT00940000159028.i	ENSGT00390000004986.e	ENSGT00940000155053.c.b.b	ENSGT00940000160633.a.b.d	ENSGT00940000156040.f.b	ENSGT00940000163831.f.b	ENSGT00940000153716.A.l.a	ENSGT00530000063529.A.f.b	ENSGT00940000156371.c.a.a.a	ENSGT01100000263599	ENSGT00940000156371.c.b.h	ENSGT00940000163670.b.b	ENSGT01100000263608.a.b
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000155647.bb	ENSGT00990000208548	ENSGT01100000265679	ENSGT00950000182962.a.a.c.b	ENSGT00940000157443.d.a.b	ENSGT00550000074787.d.a.b.b	ENSGT00940000156558.a.b.b	ENSGT01050000244868.c.b.c	ENSGT00940000164731.j	ENSGT01000000220985	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.d	ENSGT00940000153430.a.a.j.b	ENSGT00530000063174.a.l.l	ENSGT00940000159370.f.b	ENSGT00390000008256.vd.a.a	ENSGT00950000182941.b.b.b.a.d.b.b ##22	ENSGT00410000026585.a	ENSGT00940000156285.ac	ENSGT00940000159028.i	ENSGT00390000004986.e	ENSGT00940000155053.c.b.b	ENSGT00940000160633.a.b.d	ENSGT00940000156040.f.b	ENSGT00940000163831.f.b	ENSGT00940000153716.A.l.a	ENSGT00530000063529.A.f.b	ENSGT01100000263599	ENSGT00940000156371.c.b.h	ENSGT00940000163670.b.b	ENSGT01100000263608.a.a	ENSGT01100000263608.b.a.b
Coho salmon	MODERN SPECIES	21	ENSOKIG00005049532	ENSOKIG00005049534	ENSOKIG00005049539	ENSOKIG00005038260	ENSOKIG00005038279	ATP6V1A (ENSOKIG00005038291)	zdhhc23a (ENSOKIG00005038336)	ENSOKIG00005038347	ENSOKIG00005038372	ENSOKIG00005038382	sat1a.2 (ENSOKIG00005038406)	prdx4 (ENSOKIG00005038438)	pdha1a (ENSOKIG00005038589)	RPS6KA3 (ENSOKIG00005040075)	eif1axa (ENSOKIG00005047158)	map7d2a (ENSOKIG00005047166) ##22	si:ch211-114c12.2 (ENSOKIG00005047179)	LIPH (ENSOKIG00005047196)	poglut3 (ENSOKIG00005047223)	ccdc82 (ENSOKIG00005047248)	ENSOKIG00005047261	ARX (ENSOKIG00005047263)	pcyt1bb (ENSOKIG00005047268)	ENSOKIG00005047282	zdhhc20a (ENSOKIG00005047316)	ENSOKIG00005047563	ENSOKIG00005047582	ENSOKIG00005047604	ENSOKIG00005047615	ENSOKIG00005047624	ENSOKIG00005047638
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	67	ENSGT00940000159661	ENSGT00940000165845.c.a	ENSGT00390000011053	ENSGT00640000091497.a	ENSGT01050000244950.a.a.a	ENSGT00440000034309	ENSGT00940000164731.f	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.b	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000156709.a	ENSGT00940000162424	ENSGT00390000017542	ENSGT00510000048066	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000157313	ENSGT00940000157080	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000164851.a.g	ENSGT00940000159906	ENSGT00940000163670.a.f	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000162182.c	ENSGT00940000156371.e.a
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	323			ENSPKIG00000018532	ENSPKIG00000018545	pan3 (ENSPKIG00000018576)	ENSPKIG00000018655	mtif3 (ENSPKIG00000018672)	ENSPKIG00000018693	cst14a.1 (ENSPKIG00000018715)	ENSPKIG00000018747	ENSPKIG00000018826	sat1a.2 (ENSPKIG00000018924)	pdha1a (ENSPKIG00000018960)	RPS6KA3 (ENSPKIG00000019006)	ENSPKIG00000019062	MAP7D2 (ENSPKIG00000019101) ##22	lipia (ENSPKIG00000019149)	ENSPKIG00000019177	ENSPKIG00000019201	poglut3 (ENSPKIG00000019239)	ccdc82 (ENSPKIG00000019291)	ARX (ENSPKIG00000019352)	pcyt1bb (ENSPKIG00000019378)	slc51a (ENSPKIG00000019420)	ENSPKIG00000019456	PLCXD2 (ENSPKIG00000019482)	ENSPKIG00000019493	ENSPKIG00000019501	cip2a (ENSPKIG00000019528)	ENSPKIG00000019573	ENSPKIG00000019585
Asian bonytongue	DUPLICATION
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	16	ENSSFOG00015016785	ENSSFOG00015016803	mix23 (ENSSFOG00015016820)	ENSSFOG00015016835	KPNA1 (ENSSFOG00015016843)	c8g (ENSSFOG00015016877)	ENSSFOG00015028584	eif2s3 (ENSSFOG00015016920)	klhl15 (ENSSFOG00015027608)	sat1b (ENSSFOG00015016956)	acot9.2 (ENSSFOG00015016982)	prdx4 (ENSSFOG00015017085)	pdha1b (ENSSFOG00015017120)	rps6ka3b (ENSSFOG00015017183)	ENSSFOG00015030262	ENSSFOG00015031597 ##22	ENSSFOG00015017260	ENSSFOG00015017263	CNKSR2 (ENSSFOG00015017278)	KLHL34 (ENSSFOG00015029024)	smpx (ENSSFOG00015017313)	mbtps2 (ENSSFOG00015017325)	sms (ENSSFOG00015017358)	phex (ENSSFOG00015017417)	PTCHD1 (ENSSFOG00015029116)	ENSSFOG00015017466	ENSSFOG00015012239	ENSSFOG00015017528	si:ch73-264p11.1 (ENSSFOG00015030690)	PLCXD2 (ENSSFOG00015017572)	PHLDB2 (ENSSFOG00015030639)
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Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	107	ENSGT00950000182962.a.a.c	ENSGT00940000156558.a.b	ENSGT00940000165845.c.b	ENSGT00940000154826	ENSGT00940000155717	ENSGT00940000164731.k	ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b.db	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.a	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l	ENSGT00940000159370.c	ENSGT00940000159370.d	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00940000177567	ENSGT00410000026585	ENSGT00390000010017	ENSGT00730000110966.a.b	ENSGT01030000234590.B.a.a.e.a	ENSGT00940000153916.A.a	ENSGT00940000165992.a.b	ENSGT00940000153783.b.a.a.b	ENSGT00940000156309.B.g	ENSGT01040000240503.B	ENSGT00940000166995
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Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000153776.a.a	ENSGT00940000157709.i	ENSGT00390000005213	ENSGT00940000154473.b.a.a	ENSGT00940000154004.a.e.b	ENSGT00940000159294	ENSGT00940000157658	ENSGT00950000183215.c.a.b	ENSGT00390000014100.k.b	ENSGT00940000162962	ENSGT00940000158777	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.d	ENSGT00980000201894	ENSGT00390000008256.sd	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00940000157145	ENSGT00940000159227	ENSGT00390000001844.a.a	ENSGT00940000166463	ENSGT00390000012054.a	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330	ENSGT00390000017765.b	ENSGT00940000159385.a.a	ENSGT00940000154936	ENSGT00970000197361
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	8	sgk3 (ENSPNAG00000003699)	MYBL1 (ENSPNAG00000021760)	rrs1 (ENSPNAG00000021707)	ENSPNAG00000021695	trim55b (ENSPNAG00000021676)	DNAJC5B (ENSPNAG00000021634)	pde7a (ENSPNAG00000021598)	mtfr1 (ENSPNAG00000021553)	armc1 (ENSPNAG00000021521)	bhlhe22 (ENSPNAG00000006245)	ythdf3 (ENSPNAG00000021457)	pdha1b (ENSPNAG00000021432)	rps6ka3b (ENSPNAG00000021313)	ENSPNAG00000021247	eif1axb (ENSPNAG00000021235)	ENSPNAG00000021193 ##22	ENSPNAG00000021173	zgc:112982 (ENSPNAG00000021161)	ENSPNAG00000021132	zgc:112408 (ENSPNAG00000021112)	ENSPNAG00000021084	lyz (ENSPNAG00000021068)	chodl (ENSPNAG00000021045)	ENSPNAG00000020982	apoob (ENSPNAG00000020954)	ATP8A2 (ENSPNAG00000020918)	SHISA2 (ENSPNAG00000020748)	spice1 (ENSPNAG00000020737)	ENSPNAG00000020724	boc (ENSPNAG00000020699)	USF3 (ENSPNAG00000020682)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	18	rrs1 (ENSAMXG00000037893)	ENSAMXG00000032945	trim55b (ENSAMXG00000013789)	DNAJC5B (ENSAMXG00000037384)	pde7a (ENSAMXG00000034112)	ENSAMXG00000029419	mtfr1 (ENSAMXG00000032269)	armc1 (ENSAMXG00000041843)	bhlhe22 (ENSAMXG00000026338)	ythdf3 (ENSAMXG00000030366)	pdha1b (ENSAMXG00000013896)	ENSAMXG00000030935	rps6ka3b (ENSAMXG00000013900)	ENSAMXG00000040423	eif1axb (ENSAMXG00000032495)	ENSAMXG00000013940 ##22	ENSAMXG00000013954	ENSAMXG00000013967	zgc:112408 (ENSAMXG00000013983)	ENSAMXG00000039498	ENSAMXG00000042503	lyz (ENSAMXG00000014017)	chodl (ENSAMXG00000014033)	ENSAMXG00000014069	si:rp71-1f1.4 (ENSAMXG00000032627)	apoob (ENSAMXG00000014089)	sat1b (ENSAMXG00000029966)	acot9.2 (ENSAMXG00000014122)	ENSAMXG00000035523	ENSAMXG00000034366	tagln3b (ENSAMXG00000030363)
Electric eel	MODERN SPECIES	78	TCF24 (ENSEEEG00000009903)	MCMDC2 (ENSEEEG00000009906)	sgk3 (ENSEEEG00000009946)	MYBL1 (ENSEEEG00000010531)	crhb (ENSEEEG00000010533)	trim55b (ENSEEEG00000010535)	DNAJC5B (ENSEEEG00000010541)	pde7a (ENSEEEG00000010552)	mtfr1 (ENSEEEG00000010649)	armc1 (ENSEEEG00000010651)	bhlhe22 (ENSEEEG00000010653)	ythdf3 (ENSEEEG00000010656)	rps6ka3b (ENSEEEG00000010781)	ENSEEEG00000013655	eif1axb (ENSEEEG00000013657)	ENSEEEG00000013658 ##22	zgc:112982 (ENSEEEG00000013662)	ENSEEEG00000013663	zgc:112408 (ENSEEEG00000013673)	ENSEEEG00000013694	chodl (ENSEEEG00000013695)	ENSEEEG00000013696	apoob (ENSEEEG00000013698)	sat1b (ENSEEEG00000013700)	acot9.2 (ENSEEEG00000013706)	tagln3b (ENSEEEG00000013779)	ENSEEEG00000013780	c1qtnf9 (ENSEEEG00000013782)	ENSEEEG00000013786	ENSEEEG00000013787	ENSEEEG00000013836
Channel catfish	MODERN SPECIES	15	MCMDC2 (ENSIPUG00000014555)	sgk3 (ENSIPUG00000014487)	mybl1 (ENSIPUG00000014428)	rrs1 (ENSIPUG00000014412)	ENSIPUG00000014385	trim55 (ENSIPUG00000014351)	DNAJC5B (ENSIPUG00000014336)	pde7a (ENSIPUG00000014264)	mtfr1 (ENSIPUG00000014219)	armc1 (ENSIPUG00000014207)	bhlhe22 (ENSIPUG00000014202)	YTHDF1 (ENSIPUG00000014157)	pdha1b (ENSIPUG00000014101)	RPS6KA3 (ENSIPUG00000013955)	ENSIPUG00000013916	map7d2 (ENSIPUG00000013874) ##22	ENSIPUG00000013837	ENSIPUG00000013799	zgc:112408 (ENSIPUG00000013770)	Chodl (ENSIPUG00000013733)	c23h11orf65 (ENSIPUG00000013713)	si:rp71-1f1.4 (ENSIPUG00000013702)	apoob (ENSIPUG00000013681)	CNTNAP2 (ENSIPUG00000013587)	ENSIPUG00000013570	ENSIPUG00000013559	sec61g (ENSIPUG00000013553)	tpk1 (ENSIPUG00000013460)	panx1 (ENSIPUG00000013433)	CNTNAP2 (ENSIPUG00000013361)	ENSIPUG00000013337
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	20			ENSGT00940000154004.a.e.b	ENSGT00940000154473.a	ENSGT00940000159294	ENSGT00940000157658	ENSGT00950000183215.c.a.b	ENSGT00390000014100.k.b	ENSGT00940000162962	ENSGT00940000158777	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.d	ENSGT00390000008256.sd.a.b	ENSGT00980000201894	ENSGT00390000008256.sd.a.a	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00940000153832	ENSGT00940000157145	ENSGT00940000159227	ENSGT00390000001844.a.a	ENSGT00940000166463	ENSGT00390000007133	ENSGT00390000004601	ENSGT00940000160633.a.a	ENSGT00550000074891	ENSGT00390000005213	ENSGT00940000157709.i	ENSGT00940000153776.a.a
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000153716.A.k.a	ENSGT00940000163831.e.a	ENSGT01030000234646.B.a.b.c.a	ENSGT00940000156040.e.d	ENSGT00940000154004.a.e.b.e	ENSGT00940000154473.a.a.b	ENSGT00940000159294.c	ENSGT00940000157658.ib	ENSGT00950000183215.c.a.b.eb	ENSGT00390000014100.k.b.d	ENSGT00940000162962.a	ENSGT00940000158777.q	ENSGT00530000063174.a.k.b	ENSGT00940000159370.d.c	ENSGT00390000008256.sd.a.b	ENSGT00950000182941.b.b.b.b.a.a ##22	ENSGT00950000183163.b.i	ENSGT00940000166938.a	ENSGT01030000234614.B.a.b.c	ENSGT00940000153832	ENSGT00390000001844.a.a.c	ENSGT00390000007133.a	ENSGT00390000004601.a	ENSGT00940000160633.a.a.a	ENSGT00550000074891.c	ENSGT00390000005213.b	ENSGT00940000157709.i.a.b	ENSGT00940000153776.a.a.h	ENSGT01090000260080.b.b.g	ENSGT00940000162447.e.b	ENSGT00940000158260.i
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	71	ENSGT00940000153716.A.k.a	ENSGT00940000163831.e.a	ENSGT01030000234646.B.a.b.c.a	ENSGT00940000156040.e.d	ENSGT00940000154004.a.e.b.e	ENSGT00940000154473.a.a.b	ENSGT00940000159294.c	ENSGT00940000157658.ib	ENSGT00950000183215.c.a.b.eb	ENSGT00390000014100.k.b.d	ENSGT00940000162962.a	ENSGT00940000158777.q	ENSGT00530000063174.a.k.b	ENSGT00940000159370.d.c	ENSGT00390000008256.sd.a.a	ENSGT00950000182941.b.b.b.b.a.a ##22	ENSGT00950000183163.b.i	ENSGT00940000166938.a	ENSGT01030000234614.B.a.b.c	ENSGT00940000153832	ENSGT00390000001844.a.a.c	ENSGT00940000166463	ENSGT00390000007133.a	ENSGT00390000004601.a	ENSGT00940000160633.a.a.a	ENSGT00550000074891.c	ENSGT00390000005213.b	ENSGT00940000157709.i.a.b	ENSGT00940000153776.a.a.h	ENSGT01090000260080.b.b.g	ENSGT00940000162447.e.b
Common carp reference	MODERN SPECIES	14	ENSCCRG00000046672	mtmr6 (ENSCCRG00000048847)	nup58 (ENSCCRG00000056775)	slc51a (ENSCCRG00000034761)	ENSCCRG00000060877	trim55b (ENSCCRG00000038445)	crhb (ENSCCRG00000066422)	DNAJC5B (ENSCCRG00000016411)	pde7a (ENSCCRG00000056545)	mtfr1 (ENSCCRG00000075207)	armc1 (ENSCCRG00000066459)	ythdf3 (ENSCCRG00000061877)	pdha1b (ENSCCRG00000061388)	rps6ka3b (ENSCCRG00000021404)	eif1axb (ENSCCRG00000008453)	MAP7D2 (ENSCCRG00000073438) ##22	zgc:112982 (ENSCCRG00000008429)	ENSCCRG00000008420	zgc:112408 (ENSCCRG00000059313)	ENSCCRG00000062456	chodl (ENSCCRG00000048479)	ndufb4 (ENSCCRG00000081842)	hgd (ENSCCRG00000048424)	arxa (ENSCCRG00000014710)	pola1 (ENSCCRG00000025848)	MYBL1 (ENSCCRG00000048895)	sgk3 (ENSCCRG00000048901)	MCMDC2 (ENSCCRG00000014581)	TCF24 (ENSCCRG00000014586)	ppp1r42 (ENSCCRG00000014587)	pign (ENSCCRG00000014674)
Goldfish	MODERN SPECIES	43	zdhhc20b (ENSCARG00000052584)	slc51a (ENSCARG00000052714)	PDK3 (ENSCARG00000052772)	pcyt1ba (ENSCARG00000052996)	crhb (ENSCARG00000053003)	trim55b (ENSCARG00000053013)	DNAJC5B (ENSCARG00000053031)	pde7a (ENSCARG00000053100)	mtfr1 (ENSCARG00000054597)	armc1 (ENSCARG00000054617)	bhlhe22 (ENSCARG00000054642)	ythdf3 (ENSCARG00000054666)	pdha1b (ENSCARG00000054700)	rps6ka3b (ENSCARG00000055266)	eif1axb (ENSCARG00000056665)	ENSCARG00000056780 ##22	zgc:112982 (ENSCARG00000056812)	ENSCARG00000056865	zgc:112408 (ENSCARG00000056892)	ENSCARG00000056923	chodl (ENSCARG00000056978)	ENSCARG00000056992	ENSCARG00000056994	ndufb4 (ENSCARG00000057018)	hgd (ENSCARG00000057042)	arxa (ENSCARG00000058049)	MYBL1 (ENSCARG00000018182)	sgk3 (ENSCARG00000018309)	MCMDC2 (ENSCARG00000019649)	TCF24 (ENSCARG00000019718)	ppp1r42 (ENSCARG00000019722)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.b.b.b.b.a.b ##22
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	1035															ENSGT00390000008256.sd.a.b	ENSGT00950000182941.b.b.b.b.a.b ##22
Common carp reference	MODERN SPECIES	40	zdhhc20b (ENSCCRG00000034420)	slc51a (ENSCCRG00000007658)	ENSCCRG00000034781	pcyt1ba (ENSCCRG00000000847)	trim55b (ENSCCRG00000052794)	crhb (ENSCCRG00000069183)	pde7a (ENSCCRG00000000324)	DNAJC5B (ENSCCRG00000063831)	mtfr1 (ENSCCRG00000038778)	armc1 (ENSCCRG00000070825)	bhlhe22 (ENSCCRG00000013499)	ythdf3 (ENSCCRG00000008411)	rps6ka3b (ENSCCRG00000008497)	ENSCCRG00000021339	EIF1AX (ENSCCRG00000021327)	MAP7D2 (ENSCCRG00000074939) ##22	zgc:112982 (ENSCCRG00000021324)	ENSCCRG00000021256	zgc:112408 (ENSCCRG00000056445)	chodl (ENSCCRG00000061131)	ENSCCRG00000009158	ndufb4 (ENSCCRG00000062732)	hgd (ENSCCRG00000006738)	arxa (ENSCCRG00000064455)	pola1 (ENSCCRG00000048686)	rrs1 (ENSCCRG00000048892)	MYBL1 (ENSCCRG00000053303)	MYBL1 (ENSCCRG00000061325)	sgk3 (ENSCCRG00000014570)	MCMDC2 (ENSCCRG00000041365)	TCF24 (ENSCCRG00000041375)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	1372															ENSGT00390000008256.sd.a.a	ENSGT00950000182941.b.b.b.b.b ##22
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	236	ENSGT01030000234646.B.a.b.c.b	ENSGT00940000156040.e.c	ENSGT00940000154473.a.b	ENSGT00940000154004.a.e.b.f	ENSGT00940000154473.a.a.a	ENSGT00940000159294.d	ENSGT00940000157658.hb	ENSGT00950000183215.c.a.b.db	ENSGT00390000014100.k.b.c	ENSGT00940000162962.b	ENSGT00940000158777.r	ENSGT00530000063174.a.k.a.a	ENSGT00940000159370.d.d	ENSGT00940000166443.d.b	ENSGT00390000008256.rd.a	ENSGT00950000182941.b.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b.j	ENSGT00940000166938.b	ENSGT01030000234614.B.a.b.d	ENSGT00940000159227	ENSGT00390000001844.a.a.d	ENSGT00390000007133.b	ENSGT00390000004601.b	ENSGT00940000160633.a.a.b	ENSGT00550000074891.d	ENSGT00390000005213.a	ENSGT00940000157709.i.a.a	ENSGT00940000153776.a.a.g	ENSGT01090000260080.b.b.h	ENSGT00940000162447.e.a	ENSGT00940000158260.j
Golden-line barbel	DUPLICATION
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	84	slc51a (ENSSGRG00000053073)	ENSSGRG00000053069	pcyt1ba (ENSSGRG00000053061)	crhb (ENSSGRG00000053058)	trim55b (ENSSGRG00000053057)	DNAJC5B (ENSSGRG00000053056)	pde7a (ENSSGRG00000053044)	mtfr1 (ENSSGRG00000053043)	armc1 (ENSSGRG00000053042)	bhlhe22 (ENSSGRG00000053041)	ythdf3 (ENSSGRG00000053039)	pdha1b (ENSSGRG00000053038)	rps6ka3b (ENSSGRG00000052513)	ENSSGRG00000052497	eif1axb (ENSSGRG00000052419)	ENSSGRG00000052417 ##22	zgc:112982 (ENSSGRG00000052415)	ENSSGRG00000052414	zgc:112408 (ENSSGRG00000052413)	lyz (ENSSGRG00000052409)	chodl (ENSSGRG00000052405)	ENSSGRG00000052403	hgd (ENSSGRG00000052378)	arxa (ENSSGRG00000052377)	pola1 (ENSSGRG00000052342)	rrs1 (ENSSGRG00000052338)	ENSSGRG00000052337	sgk3 (ENSSGRG00000051656)	MCMDC2 (ENSSGRG00000051649)	ppp1r42 (ENSSGRG00000051647)	ENSSGRG00000051645
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	125	mtmr6 (ENSSGRG00000034980)	nup58 (ENSSGRG00000034792)	zdhhc20b (ENSSGRG00000034392)	ENSSGRG00000034153	pcyt1ba (ENSSGRG00000034150)	crhb (ENSSGRG00000034149)	trim55b (ENSSGRG00000034147)	pde7a (ENSSGRG00000033676)	mtfr1 (ENSSGRG00000033664)	armc1 (ENSSGRG00000033663)	bhlhe22 (ENSSGRG00000033661)	ythdf3 (ENSSGRG00000033651)	pdha1b (ENSSGRG00000033648)	rps6ka3b (ENSSGRG00000031400)	ENSSGRG00000031338	ENSSGRG00000031336 ##22	zgc:112982 (ENSSGRG00000031335)	ENSSGRG00000031334	ENSSGRG00000031333	zgc:112408 (ENSSGRG00000031332)	lyz (ENSSGRG00000031330)	chodl (ENSSGRG00000031329)	ENSSGRG00000031327	ndufb4 (ENSSGRG00000031326)	hgd (ENSSGRG00000030715)	arxa (ENSSGRG00000030696)	pola1 (ENSSGRG00000029920)	rrs1 (ENSSGRG00000029903)	MYBL1 (ENSSGRG00000029902)	sgk3 (ENSSGRG00000028200)	MCMDC2 (ENSSGRG00000028170)
Zebrafish	MODERN SPECIES	16	slc51a (ENSDARG00000045306)	PDK3 (ENSDARG00000014527)	pcyt1ba (ENSDARG00000058162)	crhb (ENSDARG00000027657)	trim55b (ENSDARG00000058158)	DNAJC5B (ENSDARG00000058147)	pde7a (ENSDARG00000045305)	mtfr1 (ENSDARG00000045304)	armc1 (ENSDARG00000013861)	bhlhe22 (ENSDARG00000058039)	ythdf3 (ENSDARG00000057939)	pdha1b (ENSDARG00000010555)	rps6ka3b (ENSDARG00000057927)	ENSDARG00000087483	eif1axb (ENSDARG00000057912)	MAP7D2 (ENSDARG00000045316) ##22	zgc:112982 (ENSDARG00000001829)	ENSDARG00000005332	zgc:112408 (ENSDARG00000016207)	ENSDARG00000062519	lyz (ENSDARG00000057789)	chodl (ENSDARG00000034528)	ENSDARG00000090346	ndufb4 (ENSDARG00000019332)	hgd (ENSDARG00000058005)	arxa (ENSDARG00000058011)	pola1 (ENSDARG00000045308)	rrs1 (ENSDARG00000003941)	MYBL1 (ENSDARG00000030999)	sgk3 (ENSDARG00000062460)	TCF24 (ENSDARG00000086944)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	143	ENSGT00940000156558.a.b	ENSGT01010000225766	ENSGT00940000165845.c.b	ENSGT00940000154826	ENSGT00940000155717	ENSGT01050000244868.f	ENSGT00940000164731.k	ENSGT01090000261942	ENSGT00530000063666.b.db	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.x.a	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00530000063174.a.l	ENSGT00940000159370.d.a.b	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00950000182941.b.b.b.a ##22	ENSGT00940000177567	ENSGT00410000026585	ENSGT00390000010017	ENSGT00730000110966.a.b.b	ENSGT00930000151482	ENSGT00940000169096	ENSGT00550000074980
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Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	135	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT00510000046981.b.a.d	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.f	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00940000155920	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00390000016814.a	ENSGT01070000253816.b.c ##18	ENSGT00940000156699.i	ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00950000183196.B.f	ENSGT00390000003738.b.d.a	ENSGT00940000154509	ENSGT00940000155893.a
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Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	67	ENSGT00950000183196.B.f	ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00940000172693	ENSGT00940000167146	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.f	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00940000171984	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000163670.b.a	ENSGT00940000163670.a	ENSGT00940000159906.f	ENSGT00940000157755.r	ENSGT00950000182997.b	ENSGT00940000158089.b	ENSGT00940000175682	ENSGT00990000210015
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00950000183196.B.f	ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00940000172693	ENSGT00940000167146	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.f	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000162944	ENSGT01030000234893	ENSGT00940000163670.b.a	ENSGT00940000163670.a	ENSGT00940000159906.f	ENSGT00940000157755.r	ENSGT00950000182997.b	ENSGT00940000158089.b	ENSGT01100000263894
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Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00950000183196.B.f	ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00940000172693	ENSGT00940000167146	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.f	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794	ENSGT01020000230622	ENSGT01030000234893	ENSGT00940000163670.b.a	ENSGT00990000204208	ENSGT01000000215671	ENSGT00940000159906.f	ENSGT00940000157755.r	ENSGT00950000182997.b	ENSGT00940000158089.b
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22
Tetraodon	MODERN SPECIES	26	rpl22l1 (ENSTNIG00000002562)	ENSTNIG00000002563	TNIK (ENSTNIG00000002564)	PLD1 (ENSTNIG00000004569)	ENSTNIG00000004568	ENSTNIG00000004567	ENSTNIG00000004566	ENSTNIG00000004565	eif2s3 (ENSTNIG00000004564)	klhl15 (ENSTNIG00000004563)	apoob (ENSTNIG00000004562)	sat1b (ENSTNIG00000004561)	acot9.2 (ENSTNIG00000004560)	pdha1b (ENSTNIG00000004559)	eif1axb (ENSTNIG00000004558)	ENSTNIG00000005358 ##22	ENSTNIG00000005359	ENSTNIG00000005360	cip2a (ENSTNIG00000005361)	chrnd (ENSTNIG00000005362)	RAMP3 (ENSTNIG00000000529)	pck2 (ENSTNIG00000005363)	psme1 (ENSTNIG00000005364)	FITM1 (ENSTNIG00000005365)	dcaf11 (ENSTNIG00000005366)	thtpa (ENSTNIG00000005367)	ENSTNIG00000005368	pabpn1 (ENSTNIG00000005369)	ngdn (ENSTNIG00000018972)	ENSTNIG00000018971	fam168b (ENSTNIG00000018970)
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Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000003738.b.d.a	ENSGT00950000183196.B.f	ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00940000172693	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.f	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794	ENSGT01030000234893	ENSGT00940000163670.b.a	ENSGT00990000204208	ENSGT01000000215671	ENSGT00940000159906.f	ENSGT00940000157755.r	ENSGT00950000182997.b	ENSGT00940000158089.b	ENSGT01100000263894
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000154509	ENSGT00390000003738.b.d.a	ENSGT00950000183196.B.f	ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.f	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000163670.b.a	ENSGT00990000204208	ENSGT01000000215671	ENSGT00940000159906.f	ENSGT00940000157755.r	ENSGT00950000182997.b	ENSGT00940000158089.b	ENSGT01100000263894	ENSGT01030000234839
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000154509	ENSGT00390000003738.b.d.a	ENSGT00950000183196.B.f	ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.f	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000163670.b.a	ENSGT00990000204208	ENSGT00940000159906.f	ENSGT00940000157755.r	ENSGT00950000182997.b	ENSGT00940000158089.b	ENSGT01100000263894	ENSGT01030000234839	ENSGT00390000016814.a
European seabass	MODERN SPECIES	27	RPL22L1 (ENSDLAG00005032982)	ENSDLAG00005011026	TNIK (ENSDLAG00005010108)	PLD1 (ENSDLAG00005007504)	ENSDLAG00005030583	ENSDLAG00005007369	ENSDLAG00005028096	EIF2S3 (ENSDLAG00005007326)	KLHL15 (ENSDLAG00005007280)	SAT1 (ENSDLAG00005032687)	apoob (ENSDLAG00005034422)	ENSDLAG00005006633	pdha1b (ENSDLAG00005005291)	rps6ka3b (ENSDLAG00005002745)	EIF1AX (ENSDLAG00005002070)	MAP7D2 (ENSDLAG00005033599) ##22	ENSDLAG00005018441	ENSDLAG00005002036	ENSDLAG00005002029	ENSDLAG00005002032	ENSDLAG00005029940	ENSDLAG00005001957	ENSDLAG00005001891	ENSDLAG00005031056	ENSDLAG00005003733	ENSDLAG00005003517	ENSDLAG00005021572	ENSDLAG00005003728	ENSDLAG00005033455	ENSDLAG00005017499	ENSDLAG00005013829
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	10	cldn11b (ENSSAUG00010019849)	ENSSAUG00010019840	rpl22l1 (ENSSAUG00010019828)	ENSSAUG00010019827	ENSSAUG00010019826	ENSSAUG00010019824	ENSSAUG00010019822	eif2s3 (ENSSAUG00010019821)	klhl15 (ENSSAUG00010019818)	apoob (ENSSAUG00010019817)	SAT1 (ENSSAUG00010019816)	acot9.2 (ENSSAUG00010019801)	pdha1b (ENSSAUG00010018922)	rps6ka3b (ENSSAUG00010018399)	eif1axa (ENSSAUG00010018382)	ENSSAUG00010018376 ##22	ENSSAUG00010018347	ENSSAUG00010018338	ENSSAUG00010018333	ENSSAUG00010018332	zgc:112408 (ENSSAUG00010018326)	ENSSAUG00010018320	ENSSAUG00010018319	cip2a (ENSSAUG00010018314)	ENSSAUG00010018308	ENSSAUG00010018304	ENSSAUG00010018302	chrnd (ENSSAUG00010017696)	ENSSAUG00010017692	ENSSAUG00010017691	ENSSAUG00010017689
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	247	ENSLBEG00000015561	TNIK (ENSLBEG00000015697)	PLD1 (ENSLBEG00000016081)	ENSLBEG00000016367	ENSLBEG00000016408	ENSLBEG00000016465	eif2s3 (ENSLBEG00000016518)	klhl15 (ENSLBEG00000016636)	apoob (ENSLBEG00000016692)	SAT1 (ENSLBEG00000016728)	acot9.2 (ENSLBEG00000016764)	pdha1b (ENSLBEG00000016861)	ENSLBEG00000017002	rps6ka3b (ENSLBEG00000017057)	eif1axb (ENSLBEG00000017217)	MAP7D2 (ENSLBEG00000017278) ##22
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000003738.b.d.a	ENSGT00940000163015	ENSGT00950000183196.B.f	ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.f	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000162944	ENSGT01020000230622	ENSGT00940000163670.b.a	ENSGT00940000163670.a	ENSGT00940000159906.f	ENSGT00940000157755.r	ENSGT00950000182997.b	ENSGT00940000158089.b	ENSGT01100000263894
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000003738.b.d.a	ENSGT00940000163015	ENSGT00950000183196.B.f	ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.f	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000163670.b.a	ENSGT01020000230622	ENSGT00940000162944	ENSGT00940000163670.a	ENSGT00940000159906.f	ENSGT00940000157755.r	ENSGT00950000182997.b	ENSGT00940000158089.b	ENSGT01100000263894
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	80	ENSGT00940000154509	ENSGT00390000003738.b.d.a	ENSGT00950000183196.B.f	ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330.k	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.f	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	114	ENSGT00390000003738.b.d.a	ENSGT00950000183196.B.f	ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330.l	ENSGT00390000005330.k	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.f	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000163670.b.a.k.a.a	ENSGT01050000244843.c.a.a.a.a.a
Spiny chromis	MODERN SPECIES	2239															eif1axb (ENSAPOG00000005336)	MAP7D2 (ENSAPOG00000005295) ##22	ENSAPOG00000005256	ENSAPOG00000005230
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	79		ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000162716	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.f	ENSGT01070000253760.b.a.a.a.a.b.b.k.b.a.b	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000163670.b.a.n.a.b.b	ENSGT01050000244843.c.a.a.a.a.a	ENSGT00940000163670.b.a.m
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	52			ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293.c	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.f	ENSGT01070000253760.b.a.a.a.a.b.b.k.b.a.b	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000163670.b.a.n.a.b.b.a	ENSGT00950000183169.A.b.e.a.a.a.b.b	ENSGT01030000234576.D.a.b.a.b.a.a.a.a.a.e.b.b.b.a
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	67	ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00940000161266	ENSGT00730000111293.d	ENSGT00940000162716	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293.c	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.f	ENSGT01070000253760.b.a.a.a.a.b.b.k.b.a.b	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000163670.b.a.n.a.b.b.a	ENSGT00950000183169.A.b.e.a.a.a.b.b	ENSGT01030000234576.D.a.b.a.b.a.a.a.a.a.e.b.b.b.a
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	77		ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00940000172693	ENSGT00940000162716	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293.c	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.f	ENSGT01070000253760.b.a.a.a.a.b.b.k.b.a.b	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000163670.b.a.n.a.b.b.a	ENSGT00950000183169.A.b.e.a.a.a.b.b	ENSGT01030000234576.D.a.b.a.b.a.a.a.a.a.e.b.b.b.a
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	81	ENSGT01070000253760.b.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT01050000244843.c.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00940000162716	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293.c	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.f	ENSGT01070000253760.b.a.a.a.a.b.b.k.b.a.b	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000163670.b.a.n.a.b.b.a	ENSGT00950000183169.A.b.e.a.a.a.b.b	ENSGT01030000234576.D.a.b.a.b.a.a.a.a.a.e.b.b.b.a
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	90	ENSGT01070000253760.b.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT01050000244843.c.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00940000162716	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293.c	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.f	ENSGT01070000253760.b.a.a.a.a.b.b.k.b.a.b	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000163670.b.a.n.a.b.b.a	ENSGT00950000183169.A.b.e.a.a.a.b.b	ENSGT01030000234576.D.a.b.a.b.a.a.a.a.a.e.b.b.b.a
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1112	ENSMZEG00005020757	ENSMZEG00005020748	ENSMZEG00005020745	ENSMZEG00005020736	ENSMZEG00005020731	ENSMZEG00005020725	eif2s3 (ENSMZEG00005020717)	klhl15 (ENSMZEG00005020694)	apoob (ENSMZEG00005020685)	sat1b (ENSMZEG00005020683)	acot9.2 (ENSMZEG00005020672)	pdha1b (ENSMZEG00005020652)	rps6ka3b (ENSMZEG00005020643)	ENSMZEG00005020627	eif1axb (ENSMZEG00005020621)	MAP7D2 (ENSMZEG00005020617) ##22	ENSMZEG00005020613	ENSMZEG00005020610	si:ch73-264p11.1 (ENSMZEG00005020606)	cip2a (ENSMZEG00005020597)	chrnd (ENSMZEG00005020586)	ENSMZEG00005020578	ENSMZEG00005020574	ENSMZEG00005020571	ENSMZEG00005020568	ENSMZEG00005020562	ENSMZEG00005020561	ENSMZEG00005020556	ENSMZEG00005020553	ENSMZEG00005020549	ENSMZEG00005020547
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	132																ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	36								ENSGT01030000234893.b	ENSGT00940000163670.b.a.q.a.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000171984	ENSGT00940000156202.b	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00940000166938	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00390000008256	ENSGT00940000159370.f	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00390000005330	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00940000159116	ENSGT00550000074801	ENSGT00730000111293	ENSGT00940000156456	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00950000183196.B.f	ENSGT00940000163015
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	232												ENSGT00940000159794	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000166938	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00390000008256	ENSGT00940000159370.f	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00390000005330
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1617	cldn11b (ENSNFUG00015023365)	ENSNFUG00015023363	rpl22l1 (ENSNFUG00015023357)	ENSNFUG00015023353	ENSNFUG00015023094	PLD1 (ENSNFUG00015022401)	ENSNFUG00015022386	ENSNFUG00015022383	ENSNFUG00015022379	EIF2S3 (ENSNFUG00015022366)	KLHL15 (ENSNFUG00015022361)	APOO (ENSNFUG00015022353)	SATL1 (ENSNFUG00015022339)	ENSNFUG00015022335	ENSNFUG00015022327	ENSNFUG00015022320 ##22	ENSNFUG00015022301	ACOT9 (ENSNFUG00015022286)	pdha1b (ENSNFUG00015022255)	EIF1AXB (ENSNFUG00015022210)	rps6ka3b (ENSNFUG00015021708)	ENSNFUG00015021682	ENSNFUG00015021671	ENSNFUG00015021667	ENSNFUG00015021665	ENSNFUG00015020152	vipr2 (ENSNFUG00015020031)	ENSNFUG00015020026	ENSNFUG00015020021	Nfu_g_1_011390 (ENSNFUG00015020016)	MSL2 (ENSNFUG00015020008)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	48								ENSGT01030000234893.b.a.a	ENSGT00940000163670.b.a.q.a.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000171984	ENSGT00940000156202.b	ENSGT01030000234614.B.a.b	ENSGT00940000166938	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00390000008256	ENSGT00940000159370.f	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00390000005330	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00940000159116	ENSGT00550000074801	ENSGT00730000111293	ENSGT00940000156456	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00950000183196.B.f	ENSGT00940000163015
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	181																ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00390000008256	ENSGT00940000159370.f	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00390000005330	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00940000159116	ENSGT00550000074801.d	ENSGT00730000111293	ENSGT00940000156456	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000155015.g.a	ENSGT00950000183196.B.f	ENSGT00390000003738.b.d.a
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	153																ENSCVAG00000016468 ##22	ENSCVAG00000016438	eif1axa (ENSCVAG00000016422)	rps6ka3b (ENSCVAG00000016379)	pdha1b (ENSCVAG00000016266)	acot9.2 (ENSCVAG00000016180)	sat1b (ENSCVAG00000016096)	apoob (ENSCVAG00000016067)	klhl15 (ENSCVAG00000016060)	eif2s3 (ENSCVAG00000016029)	ENSCVAG00000015983	ENSCVAG00000015934	ENSCVAG00000015869	PLD1 (ENSCVAG00000015855)	TNIK (ENSCVAG00000015809)	ENSCVAG00000015500
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	70	ENSGT00510000046981.b.a.d	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b.eb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w	ENSGT00390000005330	ENSGT00530000063174.a.k	ENSGT00940000159370.e.b	ENSGT00390000008256.vd.b	ENSGT01030000235646	ENSGT00940000159370.e.a	ENSGT00390000008256.wd	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000166938	ENSGT00940000156202.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000163670.b.a.gb	ENSGT00940000163670.a	ENSGT00940000159906.f	ENSGT00940000157755.r	ENSGT00950000182997.b	ENSGT00940000158089.b	ENSGT01090000260281	ENSGT00990000206793.a.b.b	ENSGT00390000016814.a	ENSGT01070000253816.b.c ##18
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	563											ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w.e.b	ENSGT00390000005330.g	ENSGT00530000063174.a.k.c.b	ENSGT00940000159370.e.a	ENSGT00390000008256.wd.a.b	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b.n	ENSGT00940000166938.d	ENSGT00940000155920.k.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000163670.b.a.hb	ENSGT01070000255370	ENSGT00940000163670.b.a.gb.a	ENSGT00940000163670.a	ENSGT00940000159906.f.g.a	ENSGT00940000157755.r.e	ENSGT00950000182997.b.l.b.b.b
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00990000210368	ENSGT00940000175687.b	ENSGT00390000011600.h	ENSGT00510000046981.b.a.d	ENSGT00940000175687.a	ENSGT00940000161266.a.b	ENSGT00550000074801.e	ENSGT00940000159116.c	ENSGT00530000063666.b.eb.c	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w.e.a	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w.e.b	ENSGT00390000005330.g	ENSGT00530000063174.a.k.c.b	ENSGT00940000159370.e.a	ENSGT00390000008256.wd.a.b	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b.n	ENSGT00940000166938.d	ENSGT00940000155920.k.b	ENSGT00940000153251.a	ENSGT00940000163670.b.a.hb	ENSGT01090000260281.b.a	ENSGT00990000206793.a.b.a	ENSGT00390000016814.a.d	ENSGT01070000253816.b.c.b ##18	ENSGT00950000183196.B.e.e.a	ENSGT00390000003738.b.d.a.d	ENSGT00940000154509.ad.a	ENSGT00940000155893.a	ENSGT00940000162952.d.b.a.a	ENSGT00940000177048
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000175687.b	ENSGT00940000161266.b	ENSGT00940000156456	ENSGT00730000111293	ENSGT00550000074801.f	ENSGT00940000159116.d	ENSGT00530000063666.b.eb.d	ENSGT00950000183121.b.b.b.b.w.f	ENSGT00390000005330.h	ENSGT00530000063174.a.k.d	ENSGT00940000159370.e.b	ENSGT00390000008256.vd.b.b	ENSGT00530000063174.a.k.c.a.a	ENSGT00940000159370.e.a	ENSGT00390000008256.wd.a.b	ENSGT00950000182941.b.b.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b.m	ENSGT00940000166938.c	ENSGT00940000155920.k.a	ENSGT00940000159794	ENSGT00940000163670.b.a.gb.b.b	ENSGT00940000159906.f.g.a	ENSGT00940000157755.r.f	ENSGT00950000182997.b.l.a	ENSGT00940000158089.b.e	ENSGT01090000260281.a	ENSGT00990000206793.a.b.b	ENSGT00390000016814.a.c	ENSGT01070000253816.b.c.a ##18	ENSGT00940000156699.i	ENSGT00940000155015.g.a
Atlantic salmon	DUPLICATION
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	10	ENSSSAG00000108841	ENSSSAG00000080284	ENSSSAG00000080282	ENSSSAG00000080279	if2g (ENSSSAG00000080260)	ENSSSAG00000084918	KLHL15 (ENSSSAG00000080245)	ENSSSAG00000080233	SAT1 (ENSSSAG00000080231)	ACOT9 (ENSSSAG00000078036)	ENSSSAG00000076899	RPS6KA3 (ENSSSAG00000078964)	ENSSSAG00000098060	EIF1AX (ENSSSAG00000078822)	ENSSSAG00000082016	MAP7D2 (ENSSSAG00000118996) ##22	ENSSSAG00000078800	ENSSSAG00000078773	ENSSSAG00000109282	ENSSSAG00000078490	ENSSSAG00000082411	ENSSSAG00000078463	ENSSSAG00000107371	ENSSSAG00000108490	ENSSSAG00000077589	ENSSSAG00000077515	ENSSSAG00000077511	ENSSSAG00000111879	msl2 (ENSSSAG00000077499)	ENSSSAG00000077493	if3ei (ENSSSAG00000077463)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	21	apod (ENSSSAG00000077906)	ENSSSAG00000080287	ENSSSAG00000077916	ENSSSAG00000106166	ENSSSAG00000077932	KLHL15 (ENSSSAG00000077983)	ENSSSAG00000099404	apoob (ENSSSAG00000097184)	ENSSSAG00000112612	SAT1 (ENSSSAG00000078009)	ACOT9 (ENSSSAG00000109432)	sat1b (ENSSSAG00000111429)	pdha1b (ENSSSAG00000080177)	RPS6KA3 (ENSSSAG00000077150)	ENSSSAG00000076877	ENSSSAG00000099356 ##22	ENSSSAG00000078061	ENSSSAG00000088995	ENSSSAG00000078074	ENSSSAG00000078092	kiaa1524 (ENSSSAG00000078099)	ENSSSAG00000078120	ENSSSAG00000121263	ENSSSAG00000116217	ENSSSAG00000118236	ENSSSAG00000078131	ENSSSAG00000062619	ENSSSAG00000078145	ENSSSAG00000078151	ENSSSAG00000078146	ENSSSAG00000102915
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	117	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT01030000235848	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT01100000263512.b.b.a ##21	ENSGT00910000144179.b.a
Coelacanth	MODERN SPECIES	697															EIF1AX (ENSLACG00000015565)	MAP7D2 (ENSLACG00000015065) ##22	b4galt4 (ENSLACG00000014768)	BCLAF3 (ENSLACG00000014449)	SH3KBP1 (ENSLACG00000012761)	ENSLACG00000012638	MAP3K15 (ENSLACG00000011038)	pdha1b (ENSLACG00000010769)	ADGRG2 (ENSLACG00000007443)	GRPR (ENSLACG00000001274) ##21
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Anura	ANCESTRAL SPECIES	187								ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000157355.g
Frog	MODERN SPECIES	2	adgrg2 (ENSXETG00000037052)	phka1p1 (ENSXETG00000006756)	ENSXETG00000044429	ppef1 (ENSXETG00000006754)	ptchd1 (ENSXETG00000037296)	phex (ENSXETG00000038825)	sms (ENSXETG00000003857)	mbtps2 (ENSXETG00000025771)	smpx (ENSXETG00000032462)	klhl34 (ENSXETG00000003854)	ENSXETG00000043747	cnksr2 (ENSXETG00000010286)	rps6ka3 (ENSXETG00000010285)	ENSXETG00000039947	eif1ax (ENSXETG00000034472)	map7d2 (ENSXETG00000006203) ##22	bclaf3 (ENSXETG00000031425)	ENSXETG00000048959	sh3kbp1 (ENSXETG00000006205)	map3k15 (ENSXETG00000006210)	atg16l2 (ENSXETG00000006212)	klhl15 (ENSXETG00000034785)	cxorf58 (ENSXETG00000025336)	apoo (ENSXETG00000006218)	sat1 (ENSXETG00000006219)	arsd (ENSXETG00000006221)	acot9 (ENSXETG00000006223)	adamts3 (ENSXETG00000006225)	zfx (ENSXETG00000007785)	gdpd1 (ENSXETG00000007786)	mpo (ENSXETG00000007787)
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	5	PRDX4 (ENSLLEG00000029696)	PTCHD1 (ENSLLEG00000000395)	ENSLLEG00000000402	ENSLLEG00000000415	PHEX (ENSLLEG00000000437)	SMS (ENSLLEG00000000492)	ENSLLEG00000000511	SMPX (ENSLLEG00000000522)	KLHL34 (ENSLLEG00000000544)	CNKSR2 (ENSLLEG00000000621)	ENSLLEG00000000962	RPS6KA3 (ENSLLEG00000001162)	ENSLLEG00000002775	ENSLLEG00000002780	ENSLLEG00000002796	MAP7D2 (ENSLLEG00000002847) ##22	ENSLLEG00000002949	BCLAF3 (ENSLLEG00000002957)	ENSLLEG00000002975	SH3KBP1 (ENSLLEG00000002987)	ENSLLEG00000003017	MAP3K15 (ENSLLEG00000003042)	ENSLLEG00000003143	ENSLLEG00000003249	ADGRG2 (ENSLLEG00000003267)	ENSLLEG00000003325	PHKA2 (ENSLLEG00000003359)	ENSLLEG00000003593	PPEF1 (ENSLLEG00000003604)	ENSLLEG00000003634	ENSLLEG00000003641
Amniota	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159116	ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	27	ENSCPRG00005003910	APOO (ENSCPRG00005003918)	SAT1 (ENSCPRG00005003925)	ACOT9 (ENSCPRG00005003932)	PRDX4 (ENSCPRG00005003960)	ENSCPRG00005003968	ENSCPRG00005003970	PHEX (ENSCPRG00005003998)	SMS (ENSCPRG00005004044)	MBTPS2 (ENSCPRG00005004052)	SMPX (ENSCPRG00005004068)	KLHL34 (ENSCPRG00005004072)	CNKSR2 (ENSCPRG00005004095)	RPS6KA3 (ENSCPRG00005004126)	EIF1AY (ENSCPRG00005004137)	MAP7D2 (ENSCPRG00005004181) ##22	BCLAF3 (ENSCPRG00005004205)	SH3KBP1 (ENSCPRG00005004278)	MAP3K15 (ENSCPRG00005004759)	ENSCPRG00005004929	ADGRG2 (ENSCPRG00005004970)	PHKA2 (ENSCPRG00005005007)	PPEF1 (ENSCPRG00005005055)	ENSCPRG00005005070	CDKL5 (ENSCPRG00005005093)	ENSCPRG00005005124	SCML2 (ENSCPRG00005005129)	RAI2 (ENSCPRG00005005138)	ENSCPRG00005005174	NHS (ENSCPRG00005005178)	REPS2 (ENSCPRG00005005208)
Aves	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159116	ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
African ostrich	MODERN SPECIES	411														RPS6KA3 (ENSSCUG00000007740)	EIF1AY (ENSSCUG00000007738)	MAP7D2 (ENSSCUG00000007734) ##22	BCLAF3 (ENSSCUG00000007724)	SH3KBP1 (ENSSCUG00000007720)	MAP3K15 (ENSSCUG00000007712)	ENSSCUG00000007704	ADGRG2 (ENSSCUG00000007691)	PHKA2 (ENSSCUG00000007679)	PPEF1 (ENSSCUG00000007662)	ENSSCUG00000007656	CDKL5 (ENSSCUG00000007652)	SCML2 (ENSSCUG00000007645)	ENSSCUG00000007641	ENSSCUG00000007636	NHS (ENSSCUG00000007632)	REPS2 (ENSSCUG00000007629)	RBBP7 (ENSSCUG00000007625)
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	58															ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	42															EIF1AX (ENSABRG00000002642)	MAP7D2 (ENSABRG00000002715) ##22	BCLAF3 (ENSABRG00000002929)	SH3KBP1 (ENSABRG00000003049)	MAP3K15 (ENSABRG00000005057)	ENSABRG00000005131	ENSABRG00000005147	ENSABRG00000005155	ADGRG2 (ENSABRG00000005170)	PHKA2 (ENSABRG00000005409)	ENSABRG00000010075	RS1 (ENSABRG00000010078)	CDKL5 (ENSABRG00000010091)	SCML2 (ENSABRG00000010136)	ENSABRG00000010171	NHS (ENSABRG00000010185)	REPS2 (ENSABRG00000010203)
Duck	MODERN SPECIES		RSPH1 (ENSAPLG00000007969)	UBASH3A (ENSAPLG00000008138)	TMPRSS3 (ENSAPLG00000008634)	TFF2 (ENSAPLG00000020197)	ABCG1 (ENSAPLG00000008841)	ENSAPLG00000002409	ZBTB21 (ENSAPLG00000000767)	C2CD2 (ENSAPLG00000001983)	PRDM15 (ENSAPLG00000001239)	ENSAPLG00000001186	RIPK4 (ENSAPLG00000016253)	TMPRSS2 (ENSAPLG00000016160)	MX1 (ENSAPLG00000015976)	FAM3B (ENSAPLG00000015920)	EIF1AX (ENSAPLG00000029362)	MAP7D2 (ENSAPLG00000005077) ##22	BCLAF3 (ENSAPLG00000005332)	SH3KBP1 (ENSAPLG00000007164)	MAP3K15 (ENSAPLG00000007410)	ENSAPLG00000008450	ADGRG2 (ENSAPLG00000008909)	PHKA2 (ENSAPLG00000009522)	PPEF1 (ENSAPLG00000010050)	RS1 (ENSAPLG00000010522)	CDKL5 (ENSAPLG00000010656)	SCML2 (ENSAPLG00000010725)	RAI2 (ENSAPLG00000026209)	ENSAPLG00000030010	NHS (ENSAPLG00000011104)	REPS2 (ENSAPLG00000011221)	RBBP7 (ENSAPLG00000011785)
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Japanese quail	MODERN SPECIES		APOO (ENSCJPG00005017263)	SAT1 (ENSCJPG00005017262)	ACOT9 (ENSCJPG00005017261)	PRDX4 (ENSCJPG00005017260)	PTCHD1 (ENSCJPG00005017258)	PHEX (ENSCJPG00005017203)	SMS (ENSCJPG00005017200)	MBTPS2 (ENSCJPG00005017198)	SMPX (ENSCJPG00005017193)	KLHL34 (ENSCJPG00005017191)	ENSCJPG00005017190	ENSCJPG00005017188	ENSCJPG00005017187	RPS6KA3 (ENSCJPG00005017170)	EIF1AX (ENSCJPG00005017168)	ENSCJPG00005017165 ##22	IL1RAPL1 (ENSCJPG00005017161)	NR0B1 (ENSCJPG00005017158)	TASL (ENSCJPG00005017147)	ENSCJPG00005017138	TAB3 (ENSCJPG00005017133)	DMD (ENSCJPG00005017058)	TMEM47 (ENSCJPG00005016988)	ENSCJPG00005016960	PRRG1 (ENSCJPG00005016903)	LANCL3 (ENSCJPG00005016902)	XK (ENSCJPG00005016901)	CYBB (ENSCJPG00005016900)	DYNLT3 (ENSCJPG00005016899)	SYTL5 (ENSCJPG00005016856)	SRPX (ENSCJPG00005016855)
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Turkey	MODERN SPECIES		ENSMGAG00000014681	ENSMGAG00000021746	ENSMGAG00000014675	ENSMGAG00000014674	ENSMGAG00000014671	ENSMGAG00000014672	ENSMGAG00000014673	ENSMGAG00000016590	ADGRG2 (ENSMGAG00000014670)	ENSMGAG00000021924	ENSMGAG00000014669	ENSMGAG00000014668	ENSMGAG00000014667	ENSMGAG00000018972	ENSMGAG00000014666	ENSMGAG00000014665 ##22	ENSMGAG00000014664	ENSMGAG00000014663	ENSMGAG00000020398	ENSMGAG00000020891	ENSMGAG00000014662	ENSMGAG00000014661	ENSMGAG00000014659	ENSMGAG00000014657	ENSMGAG00000014656	ENSMGAG00000020081	ENSMGAG00000018512	ENSMGAG00000022195	ENSMGAG00000014655	ENSMGAG00000014653	ENSMGAG00000014654
Chicken	MODERN SPECIES		EIF2S3 (ENSGALG00010003077)	KLHL15 (ENSGALG00010003101)	APOO (ENSGALG00010003125)	SAT1 (ENSGALG00010003133)	ACOT9 (ENSGALG00010003193)	PRDX4 (ENSGALG00010003214)	ENSGALG00010003247	PHEX (ENSGALG00010003252)	SMS (ENSGALG00010003268)	MBTPS2 (ENSGALG00010003275)	SMPX (ENSGALG00010001885)	KLHL34 (ENSGALG00010001890)	CNKSR2 (ENSGALG00010001918)	RPS6KA3 (ENSGALG00010002592)	EIF1AX (ENSGALG00010002653)	MAP7D2 (ENSGALG00010002765) ##22	CXorf23 (ENSGALG00010002790)	SH3KBP1 (ENSGALG00010002809)	ENSGALG00010002869	MAP3K15 (ENSGALG00010002883)	PDHA2 (ENSGALG00010002929)	ADGRG2 (ENSGALG00010002957)	PHKA2 (ENSGALG00010003002)	PPEF1 (ENSGALG00010003030)	RS1 (ENSGALG00010003040)	CDKL5 (ENSGALG00010002161)	SCML2 (ENSGALG00010002345)	RAI2 (ENSGALG00010002365)	ENSGALG00010002370	NHS (ENSGALG00010002379)	REPS2 (ENSGALG00010002391)
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C	ENSGT00940000155463
Kakapo	MODERN SPECIES	11	KLHL15 (ENSSHBG00005018195)	ENSSHBG00005000010	APOO (ENSSHBG00005006240)	SAT1 (ENSSHBG00005006283)	ACOT9 (ENSSHBG00005006343)	PRDX4 (ENSSHBG00005006485)	PTCHD1 (ENSSHBG00005006504)	PHEX (ENSSHBG00005006528)	SMS (ENSSHBG00005006564)	MBTPS2 (ENSSHBG00005006593)	SMPX (ENSSHBG00005006614)	KLHL34 (ENSSHBG00005006628)	CNKSR2 (ENSSHBG00005006684)	RPS6KA3 (ENSSHBG00005007492)	EIF1AY (ENSSHBG00005018079)	MAP7D2 (ENSSHBG00005018085) ##22	BCLAF3 (ENSSHBG00005018091)	SH3KBP1 (ENSSHBG00005018133)	ENSSHBG00005018962	ENSSHBG00005018967	ENSSHBG00005018975	ENSSHBG00005019023	ADGRG2 (ENSSHBG00005019028)	PHKA2 (ENSSHBG00005019048)	ENSSHBG00005019074	ENSSHBG00005019076	CDKL5 (ENSSHBG00005019079)	SCML2 (ENSSHBG00005019081)	RAI2 (ENSSHBG00005019085)	ENSSHBG00005019087	NHS (ENSSHBG00005019088)
Golden eagle	MODERN SPECIES	23	APOO (ENSACCG00020003555)	SAT1 (ENSACCG00020003577)	ACOT9 (ENSACCG00020003604)	PRDX4 (ENSACCG00020003641)	ENSACCG00020003657	ENSACCG00020003664	ENSACCG00020003681	PHEX (ENSACCG00020003703)	SMS (ENSACCG00020003730)	MBTPS2 (ENSACCG00020003760)	SMPX (ENSACCG00020003772)	KLHL34 (ENSACCG00020003780)	CNKSR2 (ENSACCG00020003793)	ENSACCG00020003833	EIF1AY (ENSACCG00020003868)	MAP7D2 (ENSACCG00020003899) ##22	BCLAF3 (ENSACCG00020003922)	SH3KBP1 (ENSACCG00020004130)	MAP3K15 (ENSACCG00020004243)	ENSACCG00020004280	ADGRG2 (ENSACCG00020004309)	PHKA2 (ENSACCG00020004342)	PPEF1 (ENSACCG00020004379)	ENSACCG00020004392	CDKL5 (ENSACCG00020004398)	SCML2 (ENSACCG00020004422)	RAI2 (ENSACCG00020004428)
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Great tit	MODERN SPECIES		APOO (ENSPMJG00000011223)	SAT1 (ENSPMJG00000011225)	ACOT9 (ENSPMJG00000011230)	PRDX4 (ENSPMJG00000011231)	ENSPMJG00000011233	ENSPMJG00000011234	ENSPMJG00000011235	PHEX (ENSPMJG00000011239)	SMS (ENSPMJG00000011240)	MBTPS2 (ENSPMJG00000011282)	SMPX (ENSPMJG00000011283)	ENSPMJG00000011284	CNKSR2 (ENSPMJG00000011285)	RPS6KA3 (ENSPMJG00000011290)	EIF1AX (ENSPMJG00000011291)	MAP7D2 (ENSPMJG00000011293) ##22	BCLAF3 (ENSPMJG00000011294)	SH3KBP1 (ENSPMJG00000011295)	MAP3K15 (ENSPMJG00000011298)	ENSPMJG00000011299	ADGRG2 (ENSPMJG00000011302)	PHKA2 (ENSPMJG00000011304)	PPEF1 (ENSPMJG00000011305)	ENSPMJG00000011306	CDKL5 (ENSPMJG00000011307)	SCML2 (ENSPMJG00000011308)	RAI2 (ENSPMJG00000011309)	ENSPMJG00000011312	ENSPMJG00000011313	NHS (ENSPMJG00000011314)	REPS2 (ENSPMJG00000011320)
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C	ENSGT00940000155463
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C	ENSGT00940000155463
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C	ENSGT00940000155463
Common canary	MODERN SPECIES	11	ENSSCAG00000015684	KLHL15 (ENSSCAG00000015664)	APOO (ENSSCAG00000015659)	SAT1 (ENSSCAG00000015656)	ACOT9 (ENSSCAG00000015654)	PRDX4 (ENSSCAG00000015650)	PTCHD1 (ENSSCAG00000015647)	PHEX (ENSSCAG00000015644)	SMS (ENSSCAG00000015640)	MBTPS2 (ENSSCAG00000015638)	SMPX (ENSSCAG00000015635)	KLHL34 (ENSSCAG00000015632)	CNKSR2 (ENSSCAG00000015514)	RPS6KA3 (ENSSCAG00000014654)	ENSSCAG00000014338	MAP7D2 (ENSSCAG00000014326) ##22	BCLAF3 (ENSSCAG00000014318)	SH3KBP1 (ENSSCAG00000014257)	MAP3K15 (ENSSCAG00000013989)	ENSSCAG00000013917	ADGRG2 (ENSSCAG00000013895)	PHKA2 (ENSSCAG00000013844)	PPEF1 (ENSSCAG00000013826)	ENSSCAG00000013821	CDKL5 (ENSSCAG00000013673)	SCML2 (ENSSCAG00000013642)	ENSSCAG00000013632	NHS (ENSSCAG00000013628)	REPS2 (ENSSCAG00000013615)	RBBP7 (ENSSCAG00000013609)	TXLNG (ENSSCAG00000013606)
Zebra finch	MODERN SPECIES		KLHL15 (ENSTGUG00000021352)	APOO (ENSTGUG00000007280)	SAT1 (ENSTGUG00000007289)	ACOT9 (ENSTGUG00000007308)	PRDX4 (ENSTGUG00000007332)	PTCHD1 (ENSTGUG00000021804)	ENSTGUG00000029682	PHEX (ENSTGUG00000007352)	SMS (ENSTGUG00000007411)	MBTPS2 (ENSTGUG00000007431)	SMPX (ENSTGUG00000020200)	KLHL34 (ENSTGUG00000007449)	CNKSR2 (ENSTGUG00000007450)	RPS6KA3 (ENSTGUG00000007471)	ENSTGUG00000007524	MAP7D2 (ENSTGUG00000007527) ##22	BCLAF3 (ENSTGUG00000007538)	SH3KBP1 (ENSTGUG00000007550)	MAP3K15 (ENSTGUG00000007599)	ENSTGUG00000007653	ADGRG2 (ENSTGUG00000007677)	PHKA2 (ENSTGUG00000007695)	PPEF1 (ENSTGUG00000007736)	RS1 (ENSTGUG00000007765)	CDKL5 (ENSTGUG00000007769)	SCML2 (ENSTGUG00000007781)	ENSTGUG00000007795	NHS (ENSTGUG00000007798)	REPS2 (ENSTGUG00000007806)	RBBP7 (ENSTGUG00000007826)	TXLNG (ENSTGUG00000007846)
Medium ground finch	MODERN SPECIES	106														RPS6KA3 (ENSGFOG00000010646)	EIF1AY (ENSGFOG00000010726)	MAP7D2 (ENSGFOG00000010744) ##22	BCLAF3 (ENSGFOG00000010815)	SH3KBP1 (ENSGFOG00000010845)	MAP3K15 (ENSGFOG00000010920)	ENSGFOG00000011142	ADGRG2 (ENSGFOG00000011152)	PHKA2 (ENSGFOG00000011321)	PPEF1 (ENSGFOG00000013473)	RS1 (ENSGFOG00000013477)	CDKL5 (ENSGFOG00000013485)	SCML2 (ENSGFOG00000013508)	ENSGFOG00000013512	NHS (ENSGFOG00000013516)	REPS2 (ENSGFOG00000013518)	RBBP7 (ENSGFOG00000013519)	TXLNG (ENSGFOG00000013522)
Flycatcher	DUPLICATION
Flycatcher	MODERN SPECIES		ENSFALG00000004131	KLHL15 (ENSFALG00000023668)	APOO (ENSFALG00000028224)	SAT1 (ENSFALG00000024467)	ACOT9 (ENSFALG00000004154)	PRDX4 (ENSFALG00000026461)	PTCHD1 (ENSFALG00000004172)	PHEX (ENSFALG00000004174)	SMS (ENSFALG00000004178)	SMPX (ENSFALG00000004189)	KLHL34 (ENSFALG00000004192)	CNKSR2 (ENSFALG00000004197)	RPS6KA3 (ENSFALG00000004203)	EIF1AX (ENSFALG00000023239)	ENSFALG00000026702	ENSFALG00000026313 ##22	ENSFALG00000025070 ##22	BCLAF3 (ENSFALG00000004216)	SH3KBP1 (ENSFALG00000004232)	MAP3K15 (ENSFALG00000004253)	ENSFALG00000004262	ADGRG2 (ENSFALG00000004273)	PHKA2 (ENSFALG00000004289)	PPEF1 (ENSFALG00000004294)	ENSFALG00000004306	CDKL5 (ENSFALG00000004310)	SCML2 (ENSFALG00000004312)	ENSFALG00000026988	NHS (ENSFALG00000004320)	REPS2 (ENSFALG00000004325)	RBBP7 (ENSFALG00000004332)
Flycatcher	MODERN SPECIES		KLHL15 (ENSFALG00000023668)	APOO (ENSFALG00000028224)	SAT1 (ENSFALG00000024467)	ACOT9 (ENSFALG00000004154)	PRDX4 (ENSFALG00000026461)	PTCHD1 (ENSFALG00000004172)	PHEX (ENSFALG00000004174)	SMS (ENSFALG00000004178)	SMPX (ENSFALG00000004189)	KLHL34 (ENSFALG00000004192)	CNKSR2 (ENSFALG00000004197)	RPS6KA3 (ENSFALG00000004203)	EIF1AX (ENSFALG00000023239)	ENSFALG00000026702	ENSFALG00000026313 ##22	ENSFALG00000025070 ##22	BCLAF3 (ENSFALG00000004216)	SH3KBP1 (ENSFALG00000004232)	MAP3K15 (ENSFALG00000004253)	ENSFALG00000004262	ADGRG2 (ENSFALG00000004273)	PHKA2 (ENSFALG00000004289)	PPEF1 (ENSFALG00000004294)	ENSFALG00000004306	CDKL5 (ENSFALG00000004310)	SCML2 (ENSFALG00000004312)	ENSFALG00000026988	NHS (ENSFALG00000004320)	REPS2 (ENSFALG00000004325)	RBBP7 (ENSFALG00000004332)	TXLNG (ENSFALG00000004337)
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Chinese turtle	MODERN SPECIES	531														RPS6KA3 (ENSPSIG00000009372)	EIF1AY (ENSPSIG00000004858)	MAP7D2 (ENSPSIG00000005169) ##22	BCLAF3 (ENSPSIG00000006510)
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.a	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b.a	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.a	ENSGT01030000235848	ENSGT00390000008256.b	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b.a	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES		ENSGEVG00005003208	APOO (ENSGEVG00005003193)	SAT1 (ENSGEVG00005003187)	ACOT9 (ENSGEVG00005003156)	PRDX4 (ENSGEVG00005003135)	ENSGEVG00005003126	ENSGEVG00005003120	PHEX (ENSGEVG00005003058)	SMS (ENSGEVG00005003013)	MBTPS2 (ENSGEVG00005002992)	SMPX (ENSGEVG00005002981)	KLHL34 (ENSGEVG00005002967)	CNKSR2 (ENSGEVG00005002617)	RPS6KA3 (ENSGEVG00005002477)	EIF1AY (ENSGEVG00005002462)	MAP7D2 (ENSGEVG00005002440) ##22	BCLAF3 (ENSGEVG00005002402)	SH3KBP1 (ENSGEVG00005002292)	MAP3K15 (ENSGEVG00005002034)	ENSGEVG00005001952	ENSGEVG00005001923	ADGRG2 (ENSGEVG00005001856)	PHKA2 (ENSGEVG00005001251)	PPEF1 (ENSGEVG00005000898)	RS1 (ENSGEVG00005000877)	CDKL5 (ENSGEVG00005000847)	SCML2 (ENSGEVG00005000816)	RAI2 (ENSGEVG00005000801)	ENSGEVG00005000765	NHS (ENSGEVG00005000729)	REPS2 (ENSGEVG00005000696)
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	585													ZFPM2 (ENSCABG00000001690)	ENSCABG00000001679	EIF1AY (ENSCABG00000001672)	MAP7D2 (ENSCABG00000001649) ##22	ENSCABG00000001643	SH3KBP1 (ENSCABG00000001638)	MAP3K15 (ENSCABG00000001631)	ENSCABG00000001623
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.b	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b.a	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Three-toed box turtle	DUPLICATION
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	6	ENSTMTG00000021078	ENSTMTG00000021061	ENSTMTG00000021066	ENSTMTG00000020939	ENSTMTG00000020913	ENSTMTG00000020909	ENSTMTG00000020902	ENSTMTG00000020869	ENSTMTG00000020859	ENSTMTG00000020853	ENSTMTG00000020839	ENSTMTG00000020818	ENSTMTG00000020397	ENSTMTG00000013119	ENSTMTG00000012505	ENSTMTG00000012414 ##22	ENSTMTG00000012334	ENSTMTG00000012121	ENSTMTG00000010871	ENSTMTG00000010673	ENSTMTG00000010552	ENSTMTG00000008930	ENSTMTG00000008539	ENSTMTG00000008487	ENSTMTG00000008455	ENSTMTG00000008358	ENSTMTG00000008340	ENSTMTG00000008320	ENSTMTG00000008268	ENSTMTG00000008248	ENSTMTG00000008218
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	5	ENSTMTG00000018535	ENSTMTG00000018554	ENSTMTG00000018175	ENSTMTG00000018148	ENSTMTG00000018125	ENSTMTG00000018119	ENSTMTG00000018114	ENSTMTG00000018074	ENSTMTG00000018067	ENSTMTG00000017886	ENSTMTG00000017855	ENSTMTG00000017830	ENSTMTG00000016148	ENSTMTG00000005717	ENSTMTG00000005010	ENSTMTG00000004847 ##22	ENSTMTG00000004814	ENSTMTG00000004705	ENSTMTG00000004603	ENSTMTG00000004440	ENSTMTG00000004327	ENSTMTG00000003024	ENSTMTG00000002941	ENSTMTG00000002935	ENSTMTG00000002920	ENSTMTG00000002891	ENSTMTG00000002881	ENSTMTG00000002860	ENSTMTG00000002850	ENSTMTG00000002839	ENSTMTG00000002824
painted turtle	DUPLICATION
painted turtle	MODERN SPECIES	736														ENSCPBG00000007197	NHS (ENSCPBG00000007162)	ENSCPBG00000007124 ##22	ENSCPBG00000007121 ##22	BCLAF3 (ENSCPBG00000007103)	SH3KBP1 (ENSCPBG00000007082)	MAP3K15 (ENSCPBG00000007064)	ENSCPBG00000007047	ENSCPBG00000007039	ADGRG2 (ENSCPBG00000007007)	PHKA2 (ENSCPBG00000006946)	PPEF1 (ENSCPBG00000006896)	RS1 (ENSCPBG00000006888)	CDKL5 (ENSCPBG00000006856)	SCML2 (ENSCPBG00000006826)	ENSCPBG00000006822	ENSCPBG00000006809	ENSCPBG00000006795
painted turtle	MODERN SPECIES	736													ENSCPBG00000007197	NHS (ENSCPBG00000007162)	ENSCPBG00000007124 ##22	ENSCPBG00000007121 ##22	BCLAF3 (ENSCPBG00000007103)	SH3KBP1 (ENSCPBG00000007082)	MAP3K15 (ENSCPBG00000007064)	ENSCPBG00000007047	ENSCPBG00000007039	ADGRG2 (ENSCPBG00000007007)	PHKA2 (ENSCPBG00000006946)	PPEF1 (ENSCPBG00000006896)	RS1 (ENSCPBG00000006888)	CDKL5 (ENSCPBG00000006856)	SCML2 (ENSCPBG00000006826)	ENSCPBG00000006822	ENSCPBG00000006809	ENSCPBG00000006795	KLHL15 (ENSCPBG00000006784)
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00510000048637	ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT01040000244463	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080
tuatara	MODERN SPECIES	196	APOO (ENSSPUG00000000078)	SAT1 (ENSSPUG00000000012)	ACOT9 (ENSSPUG00000000008)	PRDX4 (ENSSPUG00000018756)	ENSSPUG00000018753	ENSSPUG00000018750	ENSSPUG00000018743	PHEX (ENSSPUG00000018709)	SMS (ENSSPUG00000018687)	MBTPS2 (ENSSPUG00000018676)	SMPX (ENSSPUG00000018668)	ENSSPUG00000018663	CNKSR2 (ENSSPUG00000018596)	RPS6KA3 (ENSSPUG00000018513)	EIF1AY (ENSSPUG00000018499)	MAP7D2 (ENSSPUG00000018461) ##22	BCLAF3 (ENSSPUG00000018428)	SH3KBP1 (ENSSPUG00000018416)	MAP3K15 (ENSSPUG00000018390)	ENSSPUG00000018366	ADGRG2 (ENSSPUG00000018353)	PHKA2 (ENSSPUG00000018218)	PPEF1 (ENSSPUG00000018122)	ENSSPUG00000018108	CDKL5 (ENSSPUG00000018011)	SCML2 (ENSSPUG00000017922)	ENSSPUG00000017869	REPS2 (ENSSPUG00000017827)	RBBP7 (ENSSPUG00000017820)	TXLNG (ENSSPUG00000017809)	SYAP1 (ENSSPUG00000017802)
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00510000048637	ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370.j	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000155463
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00510000048637	ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370.j	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000155463	ENSGT00390000007662
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00510000048637	ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370.j.b	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886.a	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000155463	ENSGT00390000007662
Indian cobra	MODERN SPECIES	5	KLHL15 (ENSNNAG00000010132)	ENSNNAG00000010149	APOO (ENSNNAG00000010195)	SAT1 (ENSNNAG00000010234)	ACOT9 (ENSNNAG00000010278)	PRDX4 (ENSNNAG00000010298)	ENSNNAG00000010387	PHEX (ENSNNAG00000010440)	SMS (ENSNNAG00000010591)	MBTPS2 (ENSNNAG00000010623)	SMPX (ENSNNAG00000010781)	ENSNNAG00000010819	CNKSR2 (ENSNNAG00000010893)	RPS6KA3 (ENSNNAG00000012085)	ENSNNAG00000013320	MAP7D2 (ENSNNAG00000013341) ##22	BCLAF3 (ENSNNAG00000013397)	SH3KBP1 (ENSNNAG00000013422)	ENSNNAG00000013538	ENSNNAG00000013560	ENSNNAG00000013584	ADGRG2 (ENSNNAG00000013659)	PHKA2 (ENSNNAG00000013955)	PPEF1 (ENSNNAG00000015798)	RS1 (ENSNNAG00000015902)	CDKL5 (ENSNNAG00000015926)	SCML2 (ENSNNAG00000016034)	RAI2 (ENSNNAG00000016127)	NHS (ENSNNAG00000016137)	REPS2 (ENSNNAG00000016184)	TXLNG (ENSNNAG00000016235)
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00510000048637	ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370.j.b	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886.a	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000155463	ENSGT00390000007662
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00510000048637	ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370.j.b	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886.a	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000155463	ENSGT00390000007662
Mainland tiger snake	DUPLICATION
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	67	ENSNSUG00000011942	APOO (ENSNSUG00000011943)	SAT1 (ENSNSUG00000011944)	ACOT9 (ENSNSUG00000011945)	PRDX4 (ENSNSUG00000011946)	ENSNSUG00000011947	ENSNSUG00000011948	PHEX (ENSNSUG00000011949)	SMS (ENSNSUG00000011950)	MBTPS2 (ENSNSUG00000011951)	SMPX (ENSNSUG00000011952)	KLHL34 (ENSNSUG00000011953)	CNKSR2 (ENSNSUG00000011963)	RPS6KA3 (ENSNSUG00000012329)	ENSNSUG00000012384	ENSNSUG00000012386 ##22	ENSNSUG00000012387 ##22	BCLAF3 (ENSNSUG00000012389)	SH3KBP1 (ENSNSUG00000012391)	MAP3K15 (ENSNSUG00000012661)	ENSNSUG00000012740	ADGRG2 (ENSNSUG00000012742)	ENSNSUG00000012744	PPEF1 (ENSNSUG00000012746)	RS1 (ENSNSUG00000012776)	CDKL5 (ENSNSUG00000012777)	SCML2 (ENSNSUG00000012778)	RAI2 (ENSNSUG00000012779)	NHS (ENSNSUG00000012782)	REPS2 (ENSNSUG00000012787)	TXLNG (ENSNSUG00000012789)
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	67	APOO (ENSNSUG00000011943)	SAT1 (ENSNSUG00000011944)	ACOT9 (ENSNSUG00000011945)	PRDX4 (ENSNSUG00000011946)	ENSNSUG00000011947	ENSNSUG00000011948	PHEX (ENSNSUG00000011949)	SMS (ENSNSUG00000011950)	MBTPS2 (ENSNSUG00000011951)	SMPX (ENSNSUG00000011952)	KLHL34 (ENSNSUG00000011953)	CNKSR2 (ENSNSUG00000011963)	RPS6KA3 (ENSNSUG00000012329)	ENSNSUG00000012384	ENSNSUG00000012386 ##22	ENSNSUG00000012387 ##22	BCLAF3 (ENSNSUG00000012389)	SH3KBP1 (ENSNSUG00000012391)	MAP3K15 (ENSNSUG00000012661)	ENSNSUG00000012740	ADGRG2 (ENSNSUG00000012742)	ENSNSUG00000012744	PPEF1 (ENSNSUG00000012746)	RS1 (ENSNSUG00000012776)	CDKL5 (ENSNSUG00000012777)	SCML2 (ENSNSUG00000012778)	RAI2 (ENSNSUG00000012779)	NHS (ENSNSUG00000012782)	REPS2 (ENSNSUG00000012787)	TXLNG (ENSNSUG00000012789)	CTPS2 (ENSNSUG00000012793)
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	68	APOO (ENSPTXG00000007082)	SAT1 (ENSPTXG00000007081)	ACOT9 (ENSPTXG00000007080)	PRDX4 (ENSPTXG00000007079)	ENSPTXG00000007078	ENSPTXG00000007077	ENSPTXG00000007076	PHEX (ENSPTXG00000007074)	SMS (ENSPTXG00000007072)	MBTPS2 (ENSPTXG00000007071)	SMPX (ENSPTXG00000007070)	KLHL34 (ENSPTXG00000007069)	CNKSR2 (ENSPTXG00000006394)	RPS6KA3 (ENSPTXG00000006391)	ENSPTXG00000006389	MAP7D2 (ENSPTXG00000006388) ##22	BCLAF3 (ENSPTXG00000006385)	SH3KBP1 (ENSPTXG00000006343)	MAP3K15 (ENSPTXG00000006040)	ENSPTXG00000006031	ADGRG2 (ENSPTXG00000006028)	PHKA2 (ENSPTXG00000005919)	PPEF1 (ENSPTXG00000005838)	RS1 (ENSPTXG00000005836)	CDKL5 (ENSPTXG00000005834)	ENSPTXG00000005833	RAI2 (ENSPTXG00000005832)	NHS (ENSPTXG00000005831)	REPS2 (ENSPTXG00000005830)	TXLNG (ENSPTXG00000005829)	SYAP1 (ENSPTXG00000005828)
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	8142																MAP7D2 (ENSLLTG00000014789) ##22
Lizard	MODERN SPECIES	2	ENSACAG00000035700	SAT1 (ENSACAG00000007429)	ACOT9 (ENSACAG00000007472)	ENSACAG00000007489	PTCHD1 (ENSACAG00000007519)	PHEX (ENSACAG00000007524)	ENSACAG00000016737	ENSACAG00000040170	MBTPS2 (ENSACAG00000016735)	SMPX (ENSACAG00000016732)	KLHL34 (ENSACAG00000016729)	CNKSR2 (ENSACAG00000025299)	ENSACAG00000035874	ENSACAG00000012681	ENSACAG00000012660	MAP7D2 (ENSACAG00000012609) ##22	BCLAF3 (ENSACAG00000012584)	ENSACAG00000042897	ENSACAG00000040558	SH3KBP1 (ENSACAG00000012504)	MAP3K15 (ENSACAG00000012298)	ENSACAG00000012190	ADGRG2 (ENSACAG00000011948)	PHKA2 (ENSACAG00000011798)	PPEF1 (ENSACAG00000011757)	ENSACAG00000011736	CDKL5 (ENSACAG00000011708)	SCML2 (ENSACAG00000011680)	ENSACAG00000011661	ENSACAG00000040842	NHS (ENSACAG00000011634)
Laterata	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000167353	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370.i.b	ENSGT00940000159370.j	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000155463
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES		KLHL15 (ENSSMRG00000022830)	ENSSMRG00000022829	APOO (ENSSMRG00000022828)	SAT1 (ENSSMRG00000022827)	ACOT9 (ENSSMRG00000022826)	PRDX4 (ENSSMRG00000022825)	PTCHD1 (ENSSMRG00000022824)	PHEX (ENSSMRG00000022822)	SMS (ENSSMRG00000022821)	MBTPS2 (ENSSMRG00000022820)	SMPX (ENSSMRG00000022819)	ENSSMRG00000022818	CNKSR2 (ENSSMRG00000022817)	ENSSMRG00000022727	EIF1AX (ENSSMRG00000022713)	MAP7D2 (ENSSMRG00000022712) ##22	BCLAF3 (ENSSMRG00000022709)	SH3KBP1 (ENSSMRG00000022685)	MAP3K15 (ENSSMRG00000022620)	ENSSMRG00000022619	ADGRG2 (ENSSMRG00000022616)	PHKA2 (ENSSMRG00000022615)	PPEF1 (ENSSMRG00000022614)	RS1 (ENSSMRG00000022613)	CDKL5 (ENSSMRG00000022612)	SCML2 (ENSSMRG00000022611)	RAI2 (ENSSMRG00000022610)	ENSSMRG00000022609	ENSSMRG00000022608	NHS (ENSSMRG00000022606)	REPS2 (ENSSMRG00000022604)
Common wall lizard	MODERN SPECIES	12	KLHL15 (ENSPMRG00000004390)	ENSPMRG00000004411	SAT1 (ENSPMRG00000004420)	ACOT9 (ENSPMRG00000004440)	PRDX4 (ENSPMRG00000004476)	PTCHD1 (ENSPMRG00000004487)	PHEX (ENSPMRG00000004498)	SMS (ENSPMRG00000004545)	MBTPS2 (ENSPMRG00000004556)	SMPX (ENSPMRG00000004564)	KLHL34 (ENSPMRG00000004569)	CNKSR2 (ENSPMRG00000004735)	ENSPMRG00000005565	RPS6KA3 (ENSPMRG00000005784)	ENSPMRG00000006905	MAP7D2 (ENSPMRG00000006925) ##22	ENSPMRG00000006968	SH3KBP1 (ENSPMRG00000007049)	MAP3K15 (ENSPMRG00000007498)	ENSPMRG00000000391	ADGRG2 (ENSPMRG00000000590)	PHKA2 (ENSPMRG00000002101)	PPEF1 (ENSPMRG00000006648)	ENSPMRG00000006751	CDKL5 (ENSPMRG00000006763)	SCML2 (ENSPMRG00000006773)	RAI2 (ENSPMRG00000006796)	ENSPMRG00000006808	NHS (ENSPMRG00000006823)	REPS2 (ENSPMRG00000006859)	TXLNG (ENSPMRG00000006878)
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Platypus	MODERN SPECIES	6	ENSOANG00000011504	KLHL15 (ENSOANG00000009137)	ENSOANG00000028526	APOO (ENSOANG00000014705)	SAT1 (ENSOANG00000011507)	ACOT9 (ENSOANG00000012276)	ENSOANG00000012275	PTCHD1 (ENSOANG00000010652)	PHEX (ENSOANG00000010653)	SMS (ENSOANG00000010654)	MBTPS2 (ENSOANG00000044594)	SMPX (ENSOANG00000038957)	CNKSR2 (ENSOANG00000010656)	RPS6KA3 (ENSOANG00000010658)	EIF1AX (ENSOANG00000048193)	MAP7D2 (ENSOANG00000004016) ##22	BCLAF3 (ENSOANG00000004022)	SH3KBP1 (ENSOANG00000039084)	MAP3K15 (ENSOANG00000004027)	ENSOANG00000004029	ADGRG2 (ENSOANG00000004030)	PHKA2 (ENSOANG00000004031)	ENSOANG00000038719	PPEF1 (ENSOANG00000004036)	RS1 (ENSOANG00000005828)	CDKL5 (ENSOANG00000004037)	ARSD (ENSOANG00000004038)	ENSOANG00000004040	ENSOANG00000004042	ARSF (ENSOANG00000004043)	ENSOANG00000004044
Theria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000163807	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000159116	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.g
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159116	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.cb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a.f	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.g	ENSGT00940000161415	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000158272	ENSGT00950000182852.A.a.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000000191	ENSGT00550000074838	ENSGT00940000157095	ENSGT00390000007797	ENSGT00940000155530
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.cb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a.f	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.g	ENSGT00940000161415	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000158272	ENSGT00950000182852.A.a.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000000191	ENSGT00550000074838	ENSGT00940000157095	ENSGT00390000007797	ENSGT00940000155530
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000159116	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.cb	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a.f	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.g	ENSGT00940000161415	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000158272	ENSGT00950000182852.A.a.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000000191	ENSGT00550000074838	ENSGT00940000157095	ENSGT00390000007797	ENSGT00940000155530
Common wonbat	MODERN SPECIES	56					ACOT9 (ENSVURG00010011656)	ENSVURG00010011668	PTCHD1 (ENSVURG00010011688)	PHEX (ENSVURG00010011707)	SMS (ENSVURG00010011730)	MBTPS2 (ENSVURG00010011746)	SMPX (ENSVURG00010011755)	ENSVURG00010011764	CNKSR2 (ENSVURG00010011791)	RPS6KA3 (ENSVURG00010011816)	EIF1AX (ENSVURG00010011856)	ENSVURG00010011864 ##22	BCLAF3 (ENSVURG00010011888)	MAP3K15 (ENSVURG00010011944)	ENSVURG00010011964	ENSVURG00010011973	ST3GAL6 (ENSVURG00010012019)	DCBLD2 (ENSVURG00010012042)	COL8A1 (ENSVURG00010012056)	FILIP1L (ENSVURG00010012064)	CMSS1 (ENSVURG00010012075)	ENSVURG00010012099	TBC1D23 (ENSVURG00010012116)	NIT2 (ENSVURG00010012148)	TOMM70 (ENSVURG00010012184)	ENSVURG00010012941	TMEM45A (ENSVURG00010012942)
koala	MODERN SPECIES	36	KLHL15 (ENSPCIG00000024016)	ENSPCIG00000024014	ENSPCIG00000024012	SAT1 (ENSPCIG00000024007)	ACOT9 (ENSPCIG00000008098)	ENSPCIG00000008170	PTCHD1 (ENSPCIG00000008175)	ENSPCIG00000011702	PHEX (ENSPCIG00000011706)	SMS (ENSPCIG00000033142)	MBTPS2 (ENSPCIG00000011718)	ENSPCIG00000011721	CNKSR2 (ENSPCIG00000011723)	RPS6KA3 (ENSPCIG00000007618)	EIF1AX (ENSPCIG00000007615)	MAP7D2 (ENSPCIG00000007534) ##22	BCLAF3 (ENSPCIG00000007517)	SH3KBP1 (ENSPCIG00000029212)	MAP3K15 (ENSPCIG00000009152)	ENSPCIG00000009157	ENSPCIG00000032452
Wallaby	MODERN SPECIES	9048																ENSMEUG00000007782 ##22
Opossum	MODERN SPECIES	3	ACOT9 (ENSMODG00000007768)	PRDX4 (ENSMODG00000007799)	PTCHD1 (ENSMODG00000007811)	ENSMODG00000037695	ENSMODG00000050590	PHEX (ENSMODG00000007861)	ENSMODG00000007897	MBTPS2 (ENSMODG00000007926)	ENSMODG00000007934	CNKSR2 (ENSMODG00000008001)	ENSMODG00000043235	ENSMODG00000051481	RPS6KA3 (ENSMODG00000008086)	ENSMODG00000027820	ENSMODG00000008113	MAP7D2 (ENSMODG00000008158) ##22	BCLAF3 (ENSMODG00000008177)	ENSMODG00000008531	ENSMODG00000009020	ENSMODG00000009055	ENSMODG00000028099	BBX (ENSMODG00000001748)	CCDC54 (ENSMODG00000025189)	ENSMODG00000041564	CBLB (ENSMODG00000001816)	ENSMODG00000043098	ALCAM (ENSMODG00000001829)	ENSMODG00000043822	ENSMODG00000039570	ENSMODG00000037530	ENSMODG00000042278
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00540000073670
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00540000073670
Primates	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00540000073670
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000159116	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164589	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00540000073670	ENSGT00940000158080
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159116	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.h	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164688	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164589	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00540000073670
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000159116	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.h.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.ob.b	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00910000148115	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000167769	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164688	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164589
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.h.b	ENSGT00940000153095.g.b.a.a.a.b.b.a.a.a.b.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.ob.b	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00910000148115	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000167769	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164688	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164589
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.h.b	ENSGT00940000153095.g.b.a.a.a.b.b.a.a.a.b.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.ob.b	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000167769	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164688	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164589	ENSGT00950000182963.b.a
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	203	APOO (ENSCSAG00000014393)	SAT1 (ENSCSAG00000014398)	ACOT9 (ENSCSAG00000014405)	PRDX4 (ENSCSAG00000014411)	PTCHD1 (ENSCSAG00000014414)	DDX53 (ENSCSAG00000019540)	ENSCSAG00000019539	PHEX (ENSCSAG00000014426)	SMS (ENSCSAG00000014438)	MBTPS2 (ENSCSAG00000014446)	SMPX (ENSCSAG00000014455)	KLHL34 (ENSCSAG00000019538)	CNKSR2 (ENSCSAG00000014511)	RPS6KA3 (ENSCSAG00000014553)	EIF1AX (ENSCSAG00000014562)	MAP7D2 (ENSCSAG00000014575) ##22	BCLAF3 (ENSCSAG00000014582)	SH3KBP1 (ENSCSAG00000014593)	MAP3K15 (ENSCSAG00000014608)	ADGRG2 (ENSCSAG00000014621)	PHKA2 (ENSCSAG00000014634)	PPEF1 (ENSCSAG00000014696)	RS1 (ENSCSAG00000014719)	CDKL5 (ENSCSAG00000014729)	SCML2 (ENSCSAG00000014738)	BEND2 (ENSCSAG00000014759)	RAI2 (ENSCSAG00000019537)	SCML1 (ENSCSAG00000014776)	NHS (ENSCSAG00000014780)	ENSCSAG00000019536	REPS2 (ENSCSAG00000014791)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.h.b	ENSGT00940000153095.g.b.a.a.a.b.b.a.a.a.b.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.ob.b	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562.e.b	ENSGT00940000159562.e.a	ENSGT00530000063174.a.i.e	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000167769	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164688	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164589
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.h.b	ENSGT00940000154326.a.a.h.e.a	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.ob.b	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562.e.b	ENSGT00530000063174.a.i.e	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000167769	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164688	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164589	ENSGT00950000182963.b.a
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000167221	ENSGT01050000244986.b.b.d.a.b	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.ob.b	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000164709.a.b.b.a.b.b.b.a.b	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562.e.b	ENSGT00530000063174.a.i.e	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000167769	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164688	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164589	ENSGT00950000182963.b.a
Rhesus	MODERN SPECIES	327	ENSMMUG00000056089	PRDX4 (ENSMMUG00000021366)	PTCHD1 (ENSMMUG00000001088)	DDX53 (ENSMMUG00000022142)	CBLL2 (ENSMMUG00000003250)	PHEX (ENSMMUG00000023589)	SMS (ENSMMUG00000020392)	ENSMMUG00000051932	YY2 (ENSMMUG00000022467)	SMPX (ENSMMUG00000057558)	KLHL34 (ENSMMUG00000007501)	CNKSR2 (ENSMMUG00000007500)	ENSMMUG00000063057	RPS6KA3 (ENSMMUG00000002134)	EIF1AX (ENSMMUG00000051148)	MAP7D2 (ENSMMUG00000000192) ##22	BCLAF3 (ENSMMUG00000004745)	ENSMMUG00000010727	SH3KBP1 (ENSMMUG00000004744)	MAP3K15 (ENSMMUG00000061236)	PDHA1 (ENSMMUG00000017336)	ADGRG2 (ENSMMUG00000020515)	PHKA2 (ENSMMUG00000020513)	PPEF1 (ENSMMUG00000005066)	RS1 (ENSMMUG00000005065)	CDKL5 (ENSMMUG00000005063)	SCML2 (ENSMMUG00000005084)	BEND2 (ENSMMUG00000019969)	RAI2 (ENSMMUG00000001433)	SCML1 (ENSMMUG00000012899)	ENSMMUG00000060776
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	175	PTCHD1 (ENSMFAG00000056214)	DDX53 (ENSMFAG00000063689)	ENSMFAG00000055175	CBLL2 (ENSMFAG00000061234)	ENSMFAG00000064976	ENSMFAG00000057337	PHEX (ENSMFAG00000045722)	SMS (ENSMFAG00000039117)	MBTPS2 (ENSMFAG00000042182)	SMPX (ENSMFAG00000040826)	CNKSR2 (ENSMFAG00000037951)	ENSMFAG00000052941	ENSMFAG00000061291	RPS6KA3 (ENSMFAG00000045085)	ENSMFAG00000060557	MAP7D2 (ENSMFAG00000055804) ##22	BCLAF3 (ENSMFAG00000003230)	ENSMFAG00000021756	SH3KBP1 (ENSMFAG00000002962)	ENSMFAG00000000869	ENSMFAG00000058383	PDHA1 (ENSMFAG00000043170)	ADGRG2 (ENSMFAG00000001073)	PHKA2 (ENSMFAG00000044106)	ENSMFAG00000034482	PPEF1 (ENSMFAG00000032152)	RS1 (ENSMFAG00000003687)	CDKL5 (ENSMFAG00000030921)	SCML2 (ENSMFAG00000042495)	BEND2 (ENSMFAG00000036840)	ENSMFAG00000065282
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	549	APOO (ENSMNEG00000021703)	ENSMNEG00000042646	SAT1 (ENSMNEG00000028507)	ACOT9 (ENSMNEG00000034251)	PRDX4 (ENSMNEG00000030258)	PTCHD1 (ENSMNEG00000031256)	PHEX (ENSMNEG00000030561)	SMS (ENSMNEG00000030826)	ENSMNEG00000036966	MBTPS2 (ENSMNEG00000018031)	SMPX (ENSMNEG00000044214)	KLHL34 (ENSMNEG00000004752)	CNKSR2 (ENSMNEG00000033243)	RPS6KA3 (ENSMNEG00000013736)	EIF1AX (ENSMNEG00000035197)	MAP7D2 (ENSMNEG00000042827) ##22	BCLAF3 (ENSMNEG00000044107)	ENSMNEG00000039258	SH3KBP1 (ENSMNEG00000037170)	MAP3K15 (ENSMNEG00000029196)	ENSMNEG00000043035	ADGRG2 (ENSMNEG00000043949)	PHKA2 (ENSMNEG00000039386)	ENSMNEG00000028824	PPEF1 (ENSMNEG00000034590)	RS1 (ENSMNEG00000043209)	CDKL5 (ENSMNEG00000004730)	SCML2 (ENSMNEG00000011431)	BEND2 (ENSMNEG00000036925)	SCML1 (ENSMNEG00000032587)	NHS (ENSMNEG00000032198)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000167221	ENSGT01050000244986.b.b.d.a.b	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.ob.b	ENSGT00510000048066	ENSGT00940000153558.b.i.b.a.a.b	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562.f	ENSGT00530000063174.a.i.e	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000167769	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164589	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080
Olive baboon	MODERN SPECIES	792	ENSPANG00000045931	ENSPANG00000037872	CBLL2 (ENSPANG00000046007)	ENSPANG00000037098	PHEX (ENSPANG00000010105)	SMS (ENSPANG00000003155)	MBTPS2 (ENSPANG00000024280)	ENSPANG00000050152	SMPX (ENSPANG00000005741)	KLHL34 (ENSPANG00000012353)	CNKSR2 (ENSPANG00000011941)	ENSPANG00000029508	ENSPANG00000006351	RPS6KA3 (ENSPANG00000016330)	EIF1AX (ENSPANG00000030224)	MAP7D2 (ENSPANG00000019661) ##22	BCLAF3 (ENSPANG00000004509)	SH3KBP1 (ENSPANG00000006736)	MAP3K15 (ENSPANG00000007384)	ENSPANG00000035301	ADGRG2 (ENSPANG00000004239)	PHKA2 (ENSPANG00000016122)	ENSPANG00000029606	PPEF1 (ENSPANG00000010228)	ENSPANG00000035243	CDKL5 (ENSPANG00000004460)	ENSPANG00000041187	SCML2 (ENSPANG00000018991)	RAI2 (ENSPANG00000015463)	SCML1 (ENSPANG00000010972)	NHS (ENSPANG00000007897)
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	51	ENSGT00530000063666.b.h.b	ENSGT00940000153095.g.b.a.a.a.b.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.ob.b	ENSGT00510000048066	ENSGT00940000153558.b.i.b.a.a.b	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562.f	ENSGT00530000063174.a.i.e	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000167769	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164589	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154152.d.a.b
Drill	MODERN SPECIES	1190														RPS6KA3 (ENSMLEG00000034063)	EIF1AX (ENSMLEG00000031392)	MAP7D2 (ENSMLEG00000018058) ##22	BCLAF3 (ENSMLEG00000016996)	SH3KBP1 (ENSMLEG00000038375)	MAP3K15 (ENSMLEG00000028673)	ENSMLEG00000033588	ADGRG2 (ENSMLEG00000030833)	PHKA2 (ENSMLEG00000029623)	ENSMLEG00000025963	PPEF1 (ENSMLEG00000035187)	RS1 (ENSMLEG00000024203)	CDKL5 (ENSMLEG00000038004)	SCML2 (ENSMLEG00000007077)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	448	SAT1 (ENSCATG00000044813)	ACOT9 (ENSCATG00000031637)	PRDX4 (ENSCATG00000040922)	PTCHD1 (ENSCATG00000018108)	CBLL2 (ENSCATG00000014814)	PHEX (ENSCATG00000031574)	SMS (ENSCATG00000032661)	MBTPS2 (ENSCATG00000031542)	ENSCATG00000037334	SMPX (ENSCATG00000043293)	KLHL34 (ENSCATG00000014878)	CNKSR2 (ENSCATG00000035326)	ENSCATG00000035316	RPS6KA3 (ENSCATG00000036143)	EIF1AX (ENSCATG00000033237)	MAP7D2 (ENSCATG00000042697) ##22	BCLAF3 (ENSCATG00000039065)	SH3KBP1 (ENSCATG00000034119)	MAP3K15 (ENSCATG00000024304)	PDHA1 (ENSCATG00000044567)	ADGRG2 (ENSCATG00000035439)	PHKA2 (ENSCATG00000044694)	ENSCATG00000037972	PPEF1 (ENSCATG00000043035)	RS1 (ENSCATG00000029796)	CDKL5 (ENSCATG00000041616)	SCML2 (ENSCATG00000038994)	BEND2 (ENSCATG00000036336)	SCML1 (ENSCATG00000006222)	NHS (ENSCATG00000033217)	REPS2 (ENSCATG00000041359)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	500														ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b.c	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00910000148115	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2178														RPS6KA3 (ENSRROG00000035569)	EIF1AX (ENSRROG00000042555)	MAP7D2 (ENSRROG00000026767) ##22	ENSRROG00000036041
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	771														ENSRBIG00000031131	EIF1AX (ENSRBIG00000028406)	MAP7D2 (ENSRBIG00000043557) ##22	ENSRBIG00000017496
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.h.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000167221	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.ob.b	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00910000148115	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000167769	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164688	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164589
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.h.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000167221	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.pb	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00910000148115	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000167769	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164688	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164589
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.h.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000167221	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.pb	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00910000148115	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000167769	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164688	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164589
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00530000063666.b.h.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000167221	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.pb	ENSGT00940000167584	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000167769	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164688	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164589	ENSGT00950000182963.b.a
Pan	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000167221	ENSGT00940000166413	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.pb	ENSGT00940000167584	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000167769	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164688	ENSGT00940000164589	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00540000073670
Chimpanzee	MODERN SPECIES	972	ENSPTRG00000049093	ACOT9 (ENSPTRG00000021740)	PRDX4 (ENSPTRG00000049325)	PTCHD1 (ENSPTRG00000021738)	DDX53 (ENSPTRG00000028313)	ENSPTRG00000047608	CBLL2 (ENSPTRG00000028314)	PHEX (ENSPTRG00000021737)	ENSPTRG00000044028	MBTPS2 (ENSPTRG00000021735)	SMPX (ENSPTRG00000047975)	KLHL34 (ENSPTRG00000021733)	CNKSR2 (ENSPTRG00000021731)	RPS6KA3 (ENSPTRG00000052293)	ENSPTRG00000021728	MAP7D2 (ENSPTRG00000021727) ##22	BCLAF3 (ENSPTRG00000021725)	SH3KBP1 (ENSPTRG00000048773)	MAP3K15 (ENSPTRG00000022605)	PDHA1 (ENSPTRG00000021717)	ADGRG2 (ENSPTRG00000021716)	PHKA2 (ENSPTRG00000021715)	ENSPTRG00000046843	PPEF1 (ENSPTRG00000021714)	RS1 (ENSPTRG00000021713)	CDKL5 (ENSPTRG00000021711)	SCML2 (ENSPTRG00000021710)	BEND2 (ENSPTRG00000021708)	SCML1 (ENSPTRG00000021706)	NHS (ENSPTRG00000021705)	ENSPTRG00000047191
Bonobo	MODERN SPECIES	369	ACOT9 (ENSPPAG00000037237)	PRDX4 (ENSPPAG00000038998)	PTCHD1 (ENSPPAG00000013963)	DDX53 (ENSPPAG00000006869)	ENSPPAG00000031560	CBLL2 (ENSPPAG00000006152)	PHEX (ENSPPAG00000012368)	ENSPPAG00000035805	YY2 (ENSPPAG00000033052)	MBTPS2 (ENSPPAG00000033207)	SMPX (ENSPPAG00000030194)	KLHL34 (ENSPPAG00000025617)	CNKSR2 (ENSPPAG00000037182)	RPS6KA3 (ENSPPAG00000029748)	EIF1AX (ENSPPAG00000033962)	MAP7D2 (ENSPPAG00000040804) ##22	BCLAF3 (ENSPPAG00000040123)	SH3KBP1 (ENSPPAG00000037769)	MAP3K15 (ENSPPAG00000039708)	PDHA1 (ENSPPAG00000032993)	ADGRG2 (ENSPPAG00000044060)	PHKA2 (ENSPPAG00000036527)	ENSPPAG00000027509	PPEF1 (ENSPPAG00000027881)	RS1 (ENSPPAG00000040996)	CDKL5 (ENSPPAG00000027668)	SCML2 (ENSPPAG00000039952)	BEND2 (ENSPPAG00000032642)	SCML1 (ENSPPAG00000031177)	NHS (ENSPPAG00000031794)	ENSPPAG00000004504
Human	MODERN SPECIES	1827	SAT1 (ENSG00000130066)	ACOT9 (ENSG00000123130)	PRDX4 (ENSG00000123131)	PTCHD1 (ENSG00000165186)	DDX53 (ENSG00000184735)	CBLL2 (ENSG00000175809)	PHEX (ENSG00000102174)	SMS (ENSG00000102172)	YY2 (ENSG00000230797)	MBTPS2 (ENSG00000012174)	SMPX (ENSG00000091482)	KLHL34 (ENSG00000185915)	CNKSR2 (ENSG00000149970)	RPS6KA3 (ENSG00000177189)	EIF1AX (ENSG00000173674)	MAP7D2 (ENSG00000184368) ##22	BCLAF3 (ENSG00000173681)	SH3KBP1 (ENSG00000147010)	MAP3K15 (ENSG00000180815)	PDHA1 (ENSG00000131828)	ADGRG2 (ENSG00000173698)	PHKA2 (ENSG00000044446)	PPEF1 (ENSG00000086717)	RS1 (ENSG00000102104)	CDKL5 (ENSG00000008086)	SCML2 (ENSG00000102098)	BEND2 (ENSG00000177324)	RAI2 (ENSG00000131831)	SCML1 (ENSG00000047634)	NHS (ENSG00000188158)	REPS2 (ENSG00000169891)
Gorilla	MODERN SPECIES	523	SAT1 (ENSGGOG00000027873)	ACOT9 (ENSGGOG00000015401)	PRDX4 (ENSGGOG00000026790)	PTCHD1 (ENSGGOG00000044059)	ENSGGOG00000036181	ENSGGOG00000026912	CBLL2 (ENSGGOG00000034821)	ENSGGOG00000003961	ENSGGOG00000003123	MBTPS2 (ENSGGOG00000012064)	SMPX (ENSGGOG00000004353)	KLHL34 (ENSGGOG00000002780)	CNKSR2 (ENSGGOG00000013768)	RPS6KA3 (ENSGGOG00000008837)	ENSGGOG00000012186	MAP7D2 (ENSGGOG00000007760) ##22	BCLAF3 (ENSGGOG00000009453)	SH3KBP1 (ENSGGOG00000008333)	MAP3K15 (ENSGGOG00000008317)	ENSGGOG00000013574	ENSGGOG00000040627	ADGRG2 (ENSGGOG00000003424)	PHKA2 (ENSGGOG00000003407)	PPEF1 (ENSGGOG00000003393)	RS1 (ENSGGOG00000023949)	CDKL5 (ENSGGOG00000010796)	SCML2 (ENSGGOG00000015959)	BEND2 (ENSGGOG00000003458)	SCML1 (ENSGGOG00000003874)	NHS (ENSGGOG00000000704)	ENSGGOG00000022186
Orangutan	MODERN SPECIES	242	SAT1 (ENSPPYG00000020190)	ACOT9 (ENSPPYG00000020189)	ENSPPYG00000020188	PTCHD1 (ENSPPYG00000020187)	DDX53 (ENSPPYG00000020185)	ENSPPYG00000036724	CBLL2 (ENSPPYG00000020184)	PHEX (ENSPPYG00000020183)	SMS (ENSPPYG00000020182)	MBTPS2 (ENSPPYG00000020181)	SMPX (ENSPPYG00000020180)	KLHL34 (ENSPPYG00000020179)	CNKSR2 (ENSPPYG00000020178)	RPS6KA3 (ENSPPYG00000020177)	EIF1AX (ENSPPYG00000038921)	MAP7D2 (ENSPPYG00000020175) ##22	BCLAF3 (ENSPPYG00000020174)	SH3KBP1 (ENSPPYG00000020173)	MAP3K15 (ENSPPYG00000020172)	PDHA1 (ENSPPYG00000020171)	ADGRG2 (ENSPPYG00000020170)	PHKA2 (ENSPPYG00000020169)	ENSPPYG00000038507	PPEF1 (ENSPPYG00000020168)	RS1 (ENSPPYG00000020167)	CDKL5 (ENSPPYG00000020166)	SCML2 (ENSPPYG00000020165)	BEND2 (ENSPPYG00000020164)	RAI2 (ENSPPYG00000020163)	SCML1 (ENSPPYG00000020162)	NHS (ENSPPYG00000020161)
Gibbon	MODERN SPECIES	449	KLHL15 (ENSNLEG00000010036)	ENSNLEG00000010026	SAT1 (ENSNLEG00000010015)	ACOT9 (ENSNLEG00000010007)	PRDX4 (ENSNLEG00000029389)	PTCHD1 (ENSNLEG00000010004)	ENSNLEG00000027485	ENSNLEG00000018743	PHEX (ENSNLEG00000009980)	SMS (ENSNLEG00000009955)	MBTPS2 (ENSNLEG00000009943)	SMPX (ENSNLEG00000009938)	CNKSR2 (ENSNLEG00000009933)	RPS6KA3 (ENSNLEG00000009925)	ENSNLEG00000009913	MAP7D2 (ENSNLEG00000009884) ##22	ENSNLEG00000009882	BCLAF3 (ENSNLEG00000009878)	SH3KBP1 (ENSNLEG00000009860)	MAP3K15 (ENSNLEG00000009849)	PDHA1 (ENSNLEG00000009805)	ADGRG2 (ENSNLEG00000009745)	PHKA2 (ENSNLEG00000009732)	ENSNLEG00000029919	PPEF1 (ENSNLEG00000009696)	RS1 (ENSNLEG00000009691)	CDKL5 (ENSNLEG00000009674)	ENSNLEG00000027405	SCML2 (ENSNLEG00000009648)	BEND2 (ENSNLEG00000009644)	SCML1 (ENSNLEG00000009621)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.h.d	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00390000003791.g.b	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886.g	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164688	ENSGT00940000164589	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154152.d.a.b.b
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.h.d.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00390000003791.g.b	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886.g	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164688	ENSGT00940000164589	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154152.d.a.b.b
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000159116	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.h.d.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00390000003791.g.b	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886.g	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164688	ENSGT00940000154174.s.a.b	ENSGT00940000164589	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080
Capuchin	MODERN SPECIES	128					ENSCCAG00000024171	PHEX (ENSCCAG00000021705)	SMS (ENSCCAG00000038102)	MBTPS2 (ENSCCAG00000030619)	ENSCCAG00000034966	SMPX (ENSCCAG00000028916)	ENSCCAG00000031773	CNKSR2 (ENSCCAG00000029076)	ENSCCAG00000026463	RPS6KA3 (ENSCCAG00000036661)	EIF1AX (ENSCCAG00000020517)	MAP7D2 (ENSCCAG00000034873) ##22	BCLAF3 (ENSCCAG00000021782)	ENSCCAG00000024335	MAP3K15 (ENSCCAG00000019733)	ENSCCAG00000020724	ENSCCAG00000025967	ENSCCAG00000033194	ADGRG2 (ENSCCAG00000021576)	PHKA2 (ENSCCAG00000037761)	PPEF1 (ENSCCAG00000018308)	RS1 (ENSCCAG00000037547)	CDKL5 (ENSCCAG00000028839)	SCML2 (ENSCCAG00000029741)	BEND2 (ENSCCAG00000028740)	ENSCCAG00000021224	SCML1 (ENSCCAG00000003357)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	51	ACOT9 (ENSSBOG00000035947)	PRDX4 (ENSSBOG00000026851)	PTCHD1 (ENSSBOG00000022861)	ENSSBOG00000017959	ENSSBOG00000022205	PHEX (ENSSBOG00000035899)	ENSSBOG00000000154	SMS (ENSSBOG00000024222)	MBTPS2 (ENSSBOG00000029363)	SMPX (ENSSBOG00000033495)	CNKSR2 (ENSSBOG00000029741)	ENSSBOG00000018382	RPS6KA3 (ENSSBOG00000034830)	ENSSBOG00000029635	ENSSBOG00000031558	MAP7D2 (ENSSBOG00000029797) ##22	BCLAF3 (ENSSBOG00000031024)	ENSSBOG00000036210	ENSSBOG00000026951	MAP3K15 (ENSSBOG00000023444)	PDHA1 (ENSSBOG00000021023)	ADGRG2 (ENSSBOG00000036029)	PHKA2 (ENSSBOG00000028848)	PPEF1 (ENSSBOG00000025564)	RS1 (ENSSBOG00000022074)	CDKL5 (ENSSBOG00000034927)	SCML2 (ENSSBOG00000023475)	BEND2 (ENSSBOG00000034571)	ENSSBOG00000032775	SCML1 (ENSSBOG00000025279)	NHS (ENSSBOG00000032082)
Marmoset	MODERN SPECIES	78	ENSCJAG00000005061	ENSCJAG00000072526	PTCHD1 (ENSCJAG00000005108)	ENSCJAG00000060367	ENSCJAG00000073282	ENSCJAG00000072524	PHEX (ENSCJAG00000005121)	SMS (ENSCJAG00000033933)	MBTPS2 (ENSCJAG00000046733)	SMPX (ENSCJAG00000005203)	KLHL34 (ENSCJAG00000041270)	CNKSR2 (ENSCJAG00000005220)	ENSCJAG00000073658	ENSCJAG00000005365	RPS6KA3 (ENSCJAG00000005239)	MAP7D2 (ENSCJAG00000005383) ##22	ENSCJAG00000079762	ENSCJAG00000022320	BCLAF3 (ENSCJAG00000045691)	ENSCJAG00000005459	ENSCJAG00000005496	ENSCJAG00000073410	ENSCJAG00000072791	ADGRG2 (ENSCJAG00000005571)	ENSCJAG00000082522	PHKA2 (ENSCJAG00000005668)	PPEF1 (ENSCJAG00000005798)	RS1 (ENSCJAG00000005829)	CDKL5 (ENSCJAG00000005834)	SCML2 (ENSCJAG00000005875)	RAI2 (ENSCJAG00000003685)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	814	CBLL2 (ENSANAG00000024818)	PHEX (ENSANAG00000021236)	ENSANAG00000030126	ENSANAG00000032026	SMS (ENSANAG00000031156)	MBTPS2 (ENSANAG00000022738)	ENSANAG00000034743	SMPX (ENSANAG00000035900)	KLHL34 (ENSANAG00000020210)	CNKSR2 (ENSANAG00000030385)	ENSANAG00000019923	ENSANAG00000000067	RPS6KA3 (ENSANAG00000026591)	ENSANAG00000025820	ENSANAG00000030856	MAP7D2 (ENSANAG00000037417) ##22	ENSANAG00000026646	ENSANAG00000034832	ENSANAG00000030233	MAP3K15 (ENSANAG00000034023)	PDHA1 (ENSANAG00000030855)	ADGRG2 (ENSANAG00000034597)	PHKA2 (ENSANAG00000038435)	PPEF1 (ENSANAG00000023404)	RS1 (ENSANAG00000029033)	CDKL5 (ENSANAG00000034696)	SCML2 (ENSANAG00000020966)	ENSANAG00000037962	ENSANAG00000019386	SCML1 (ENSANAG00000021893)	NHS (ENSANAG00000033727)
Tarsier	MODERN SPECIES	5349														RPS6KA3 (ENSTSYG00000012466)	EIF1AX (ENSTSYG00000012460)	MAP7D2 (ENSTSYG00000012457) ##22	BCLAF3 (ENSTSYG00000004803)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066.b	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT00940000159116	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066.b	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C	ENSGT00940000155463
Mouse lemur	MODERN SPECIES	169	SAT1 (ENSMICG00000028733)	ACOT9 (ENSMICG00000003532)	PRDX4 (ENSMICG00000031550)	PTCHD1 (ENSMICG00000000824)	PHEX (ENSMICG00000000193)	ENSMICG00000000192	ENSMICG00000037442	ENSMICG00000030382	MBTPS2 (ENSMICG00000008917)	ENSMICG00000044479	SMPX (ENSMICG00000008915)	KLHL34 (ENSMICG00000028251)	CNKSR2 (ENSMICG00000002912)	RPS6KA3 (ENSMICG00000004112)	EIF1AX (ENSMICG00000004110)	MAP7D2 (ENSMICG00000004105) ##22	BCLAF3 (ENSMICG00000004101)	SH3KBP1 (ENSMICG00000004092)	MAP3K15 (ENSMICG00000004080)	PDHA1 (ENSMICG00000004067)	ADGRG2 (ENSMICG00000004232)	PHKA2 (ENSMICG00000004212)	PPEF1 (ENSMICG00000004203)	RS1 (ENSMICG00000004198)	CDKL5 (ENSMICG00000004179)	SCML2 (ENSMICG00000027531)	ENSMICG00000027086	NHS (ENSMICG00000036975)	REPS2 (ENSMICG00000003790)	RBBP7 (ENSMICG00000000440)	TXLNG (ENSMICG00000000438)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	204														ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT01090000260070.A	ENSGT00940000153528.a.b.a.b	ENSGT00940000159407
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	505															ENSPCOG00000020014	MAP7D2 (ENSPCOG00000012090) ##22	BCLAF3 (ENSPCOG00000028321)	SH3KBP1 (ENSPCOG00000019893)	MAP3K15 (ENSPCOG00000005414)	ENSPCOG00000020305	ADGRG2 (ENSPCOG00000022020)	PHKA2 (ENSPCOG00000021054)	PPEF1 (ENSPCOG00000013904)	RS1 (ENSPCOG00000018582)	CDKL5 (ENSPCOG00000022705)	ENSPCOG00000024633	ENSPCOG00000006194
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	897													RPS6KA3 (ENSPSMG00000012048)	ENSPSMG00000012611	ENSPSMG00000012718	MAP7D2 (ENSPSMG00000012793) ##22	BCLAF3 (ENSPSMG00000012870)
Bushbaby	MODERN SPECIES	166	PRDX4 (ENSOGAG00000011610)	ENSOGAG00000026297	ENSOGAG00000034242	PTCHD1 (ENSOGAG00000016650)	ENSOGAG00000026282	PHEX (ENSOGAG00000010894)	ENSOGAG00000010892	MBTPS2 (ENSOGAG00000011151)	SMPX (ENSOGAG00000015469)	KLHL34 (ENSOGAG00000027270)	CNKSR2 (ENSOGAG00000015464)	ENSOGAG00000032783	RPS6KA3 (ENSOGAG00000008184)	ENSOGAG00000008182	ENSOGAG00000033040	MAP7D2 (ENSOGAG00000008176) ##22	BCLAF3 (ENSOGAG00000008168)	SH3KBP1 (ENSOGAG00000002469)	MAP3K15 (ENSOGAG00000002467)	PDHA1 (ENSOGAG00000002466)	ADGRG2 (ENSOGAG00000011733)	PHKA2 (ENSOGAG00000002436)	PPEF1 (ENSOGAG00000002431)	RS1 (ENSOGAG00000002430)	CDKL5 (ENSOGAG00000002429)	ENSOGAG00000031862	SCML2 (ENSOGAG00000012455)	ENSOGAG00000012713	RAI2 (ENSOGAG00000017095)	ENSOGAG00000017092	NHS (ENSOGAG00000017089)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080
Tree shrew	MODERN SPECIES	3935														RPS6KA3 (ENSTBEG00000017583)	EIF1AX (ENSTBEG00000017492)	MAP7D2 (ENSTBEG00000017363) ##22	BCLAF3 (ENSTBEG00000016865)
Glires	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080
Rabbit	MODERN SPECIES	1401	ACOT9 (ENSOCUG00000004779)	PRDX4 (ENSOCUG00000004786)	ENSOCUG00000037984	ENSOCUG00000022336	ENSOCUG00000032925	PTCHD1 (ENSOCUG00000014375)	ENSOCUG00000004437	PHEX (ENSOCUG00000006020)	SMS (ENSOCUG00000006016)	MBTPS2 (ENSOCUG00000016386)	SMPX (ENSOCUG00000001849)	KLHL34 (ENSOCUG00000014678)	CNKSR2 (ENSOCUG00000014660)	ENSOCUG00000027568	RPS6KA3 (ENSOCUG00000025948)	MAP7D2 (ENSOCUG00000016736) ##22	BCLAF3 (ENSOCUG00000015294)	SH3KBP1 (ENSOCUG00000006268)	MAP3K15 (ENSOCUG00000014758)	PDHA1 (ENSOCUG00000014748)	ADGRG2 (ENSOCUG00000007324)	PPEF1 (ENSOCUG00000010801)	PHKA2 (ENSOCUG00000013782)	RS1 (ENSOCUG00000010796)	CDKL5 (ENSOCUG00000010775)	SCML2 (ENSOCUG00000007351)	ENSOCUG00000013622	RAI2 (ENSOCUG00000026517)	ENSOCUG00000021853	ENSOCUG00000028121	NHS (ENSOCUG00000013436)
Pika	MODERN SPECIES	4001																ENSOPRG00000017237 ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000159116	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j.b	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159116	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j.b	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000159116	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j.b	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000005717.e.b.a	ENSGT00390000005717.e.b.b.a	ENSGT00390000005717.e.b.b.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j.b	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000005717.e.b.b.a	ENSGT00390000005717.e.b.b.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.cc.a	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j.b	ENSGT00390000008256.j.a.a	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C.p.b
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT01050000244868.a.a.a.b.a.b.a.a.b.d	ENSGT00940000159832	ENSGT00940000153421.a.a.a.a.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.cc.a	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j.b	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C.p.b
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	230	ENSCGRG00001013998	SAT1 (ENSCGRG00001022103)	ENSCGRG00001000350	Prdx4 (ENSCGRG00001009299)	Ptchd1 (ENSCGRG00001010854)	ENSCGRG00001015828	ENSCGRG00001015986	Phex (ENSCGRG00001019759)	ENSCGRG00001000646	MBTPS2 (ENSCGRG00001018020)	Smpx (ENSCGRG00001020401)	Klhl34 (ENSCGRG00001014357)	Cnksr2 (ENSCGRG00001022169)	Rps6ka3 (ENSCGRG00001007518)	ENSCGRG00001022852	Map7d2 (ENSCGRG00001005576) ##22	Bclaf3 (ENSCGRG00001017632)	Sh3kbp1 (ENSCGRG00001012962)	Map3k15 (ENSCGRG00001017037)	Pdha1 (ENSCGRG00001020742)	ENSCGRG00001020861	Adgrg2 (ENSCGRG00001022355)	Phka2 (ENSCGRG00001021729)	Ppef1 (ENSCGRG00001015088)	Rs1 (ENSCGRG00001017692)	Cdkl5 (ENSCGRG00001020755)	Scml2 (ENSCGRG00001017848)	ENSCGRG00001012613	Rai2 (ENSCGRG00001015408)	Nhs (ENSCGRG00001020344)	Reps2 (ENSCGRG00001011156)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	661			ENSMAUG00000007368	ENSMAUG00000007163	Phex (ENSMAUG00000016421)	Sms (ENSMAUG00000017854)	Yy2 (ENSMAUG00000016161)	Mbtps2 (ENSMAUG00000017121)	Smpx (ENSMAUG00000016078)	Cnksr2 (ENSMAUG00000021259)	ENSMAUG00000008169	ENSMAUG00000017351	Rps6ka3 (ENSMAUG00000015390)	ENSMAUG00000012396	ENSMAUG00000007856	Map7d2 (ENSMAUG00000016214) ##22	ENSMAUG00000009356	Sh3kbp1 (ENSMAUG00000017328)	Map3k15 (ENSMAUG00000006183)	Pdha1 (ENSMAUG00000002413)	Adgrg2 (ENSMAUG00000001544)	Phka2 (ENSMAUG00000001285)	Ppef1 (ENSMAUG00000016981)	Rs1 (ENSMAUG00000017955)	Gja6 (ENSMAUG00000016764)	Cdkl5 (ENSMAUG00000009424)	ENSMAUG00000014559	Rai2 (ENSMAUG00000010443)	Nhs (ENSMAUG00000016663)	Reps2 (ENSMAUG00000017739)	Rbbp7 (ENSMAUG00000008982)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00390000005717.e.b.a	ENSGT00390000005717.e.b.b.a	ENSGT00390000005717.e.b.b.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.cc.a	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j.a.a	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C.p.b
Prairie vole	MODERN SPECIES	360	Ptchd1 (ENSMOCG00000020483)	ENSMOCG00000017700	ENSMOCG00000012478	ENSMOCG00000006009	Phex (ENSMOCG00000021326)	Sms (ENSMOCG00000016092)	Yy2 (ENSMOCG00000013780)	Mbtps2 (ENSMOCG00000016533)	Smpx (ENSMOCG00000009712)	Cnksr2 (ENSMOCG00000000158)	ENSMOCG00000017907	ENSMOCG00000016797	Rps6ka3 (ENSMOCG00000012164)	ENSMOCG00000013551	ENSMOCG00000004138	Map7d2 (ENSMOCG00000019149) ##22	Bclaf3 (ENSMOCG00000005833)	Sh3kbp1 (ENSMOCG00000020425)	Map3k15 (ENSMOCG00000013071)	Pdha1 (ENSMOCG00000002601)	Adgrg2 (ENSMOCG00000011315)	Phka2 (ENSMOCG00000021208)	Ppef1 (ENSMOCG00000019014)	Rs1 (ENSMOCG00000012992)	Cdkl5 (ENSMOCG00000014110)	Scml2 (ENSMOCG00000004081)	Bend2 (ENSMOCG00000002447)	Rai2 (ENSMOCG00000020088)	Nhs (ENSMOCG00000016164)	ENSMOCG00000006840	ENSMOCG00000001018
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	475	ENSPEMG00000002650	ENSPEMG00000028779	ENSPEMG00000017644	Prdx4 (ENSPEMG00000015131)	Ptchd1 (ENSPEMG00000024561)	Phex (ENSPEMG00000017527)	Sms (ENSPEMG00000003756)	Mbtps2 (ENSPEMG00000012008)	ENSPEMG00000026716	Smpx (ENSPEMG00000011852)	Klhl34 (ENSPEMG00000026377)	Cnksr2 (ENSPEMG00000012770)	ENSPEMG00000026965	Rps6ka3 (ENSPEMG00000018584)	ENSPEMG00000026098	Map7d2 (ENSPEMG00000000311) ##22	Bclaf3 (ENSPEMG00000008136)	Sh3kbp1 (ENSPEMG00000007129)	Map3k15 (ENSPEMG00000012858)	Pdha1 (ENSPEMG00000008945)	ENSPEMG00000026878	Adgrg2 (ENSPEMG00000001110)	Phka2 (ENSPEMG00000004706)	Ppef1 (ENSPEMG00000012697)	Rs1 (ENSPEMG00000008058)	Cdkl5 (ENSPEMG00000002138)	ENSPEMG00000030730	Bend2 (ENSPEMG00000011757)	Rai2 (ENSPEMG00000008659)	Nhs (ENSPEMG00000017716)	Reps2 (ENSPEMG00000006508)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	32				ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j.b	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Mus	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000005717.e.b.b.a	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00860000136365	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00950000182987.c.a.a.o.b.h	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j.b	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000005717.e.b.b.a	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00860000136365	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00950000182987.c.a.a.o.b.h	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j.a.a	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000005717.e.b.b.a.f	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330.bb	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00860000136365	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00950000182987.c.a.a.o.b.h	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j.b	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Mouse	MODERN SPECIES	37	Cldn34b2 (ENSMUSG00000057402)	Sat1 (ENSMUSG00000025283)	Acot9 (ENSMUSG00000025287)	Prdx4 (ENSMUSG00000025289)	Ptchd1 (ENSMUSG00000041552)	Gm15155 (ENSMUSG00000055109)	Phex (ENSMUSG00000057457)	Sms (ENSMUSG00000071708)	Mbtps2 (ENSMUSG00000046873)	Yy2 (ENSMUSG00000091736)	Smpx (ENSMUSG00000041476)	Klhl34 (ENSMUSG00000047485)	Cnksr2 (ENSMUSG00000025658)	Rps6ka3 (ENSMUSG00000031309)	Eif1ax (ENSMUSG00000067194)	Map7d2 (ENSMUSG00000041020) ##22	Bclaf3 (ENSMUSG00000044150)	Sh3kbp1 (ENSMUSG00000040990)	Map3k15 (ENSMUSG00000031303)	Pdha1 (ENSMUSG00000031299)	Adgrg2 (ENSMUSG00000031298)	Phka2 (ENSMUSG00000031295)	Ppef1 (ENSMUSG00000062168)	Rs1 (ENSMUSG00000031293)	Cdkl5 (ENSMUSG00000031292)	Gja6 (ENSMUSG00000055691)	Scml2 (ENSMUSG00000000037)	Bend2 (ENSMUSG00000108981)	Rai2 (ENSMUSG00000043518)	Nhs (ENSMUSG00000059493)	Reps2 (ENSMUSG00000040855)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00950000182925.D.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330.bb	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00860000136365	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00950000182987.c.a.a.o.b.h	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j.a.a	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C	ENSGT00940000155463
spretus	MODERN SPECIES	19	Sat1 (MGP_SPRETEiJ_G0034687)	Acot9 (MGP_SPRETEiJ_G0034688)	Prdx4 (MGP_SPRETEiJ_G0034689)	Ptchd1 (MGP_SPRETEiJ_G0034690)	MGP_SPRETEiJ_G0034691	Phex (MGP_SPRETEiJ_G0034692)	Sms (MGP_SPRETEiJ_G0034693)	Mbtps2 (MGP_SPRETEiJ_G0034694)	Yy2 (MGP_SPRETEiJ_G0034695)	Smpx (MGP_SPRETEiJ_G0034696)	Klhl34 (MGP_SPRETEiJ_G0034697)	Cnksr2 (MGP_SPRETEiJ_G0034698)	MGP_SPRETEiJ_G0034699	Rps6ka3 (MGP_SPRETEiJ_G0034700)	MGP_SPRETEiJ_G0034701	Map7d2 (MGP_SPRETEiJ_G0034702) ##22	Bclaf3 (MGP_SPRETEiJ_G0034703)	Sh3kbp1 (MGP_SPRETEiJ_G0034704)	Map3k15 (MGP_SPRETEiJ_G0034705)	Pdha1 (MGP_SPRETEiJ_G0034706)	Adgrg2 (MGP_SPRETEiJ_G0034707)	Phka2 (MGP_SPRETEiJ_G0034708)	Ppef1 (MGP_SPRETEiJ_G0034709)	Rs1 (MGP_SPRETEiJ_G0034710)	Cdkl5 (MGP_SPRETEiJ_G0034711)	Gja6 (MGP_SPRETEiJ_G0034712)	MGP_SPRETEiJ_G0034713	Rai2 (MGP_SPRETEiJ_G0034714)	Nhs (MGP_SPRETEiJ_G0034715)	Reps2 (MGP_SPRETEiJ_G0034716)	Rbbp7 (MGP_SPRETEiJ_G0034717)
Steppe mouse	MODERN SPECIES	1933																Map7d2 (ENSMSIG00000014075) ##22
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	19	MGP_CAROLIEiJ_G0033517	MGP_CAROLIEiJ_G0033518	Prdx4 (MGP_CAROLIEiJ_G0033519)	Ptchd1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033520)	MGP_CAROLIEiJ_G0033521	Phex (MGP_CAROLIEiJ_G0033522)	Sms (MGP_CAROLIEiJ_G0033523)	Mbtps2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033524)	Yy2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033525)	Smpx (MGP_CAROLIEiJ_G0033526)	Klhl34 (MGP_CAROLIEiJ_G0033527)	Cnksr2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033528)	MGP_CAROLIEiJ_G0033529	Rps6ka3 (MGP_CAROLIEiJ_G0033530)	MGP_CAROLIEiJ_G0033531	Map7d2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033532) ##22	Bclaf3 (MGP_CAROLIEiJ_G0033533)	Sh3kbp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033534)	Map3k15 (MGP_CAROLIEiJ_G0033535)	Pdha1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033536)	Adgrg2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033537)	Phka2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033538)	Ppef1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033539)	Rs1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033540)	Cdkl5 (MGP_CAROLIEiJ_G0033541)	Gja6 (MGP_CAROLIEiJ_G0033542)	MGP_CAROLIEiJ_G0033543	Rai2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033544)	Nhs (MGP_CAROLIEiJ_G0033545)	Reps2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033546)	Rbbp7 (MGP_CAROLIEiJ_G0033547)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	23	MGP_PahariEiJ_G0032056	Sat1 (MGP_PahariEiJ_G0032057)	Prdx4 (MGP_PahariEiJ_G0032058)	Ptchd1 (MGP_PahariEiJ_G0032059)	MGP_PahariEiJ_G0032060	Phex (MGP_PahariEiJ_G0032061)	Sms (MGP_PahariEiJ_G0032062)	Mbtps2 (MGP_PahariEiJ_G0032063)	Yy2 (MGP_PahariEiJ_G0032064)	Smpx (MGP_PahariEiJ_G0032065)	Klhl34 (MGP_PahariEiJ_G0032066)	Cnksr2 (MGP_PahariEiJ_G0032067)	MGP_PahariEiJ_G0032068	Rps6ka3 (MGP_PahariEiJ_G0032069)	MGP_PahariEiJ_G0032070	Map7d2 (MGP_PahariEiJ_G0032071) ##22	Bclaf3 (MGP_PahariEiJ_G0032072)	Sh3kbp1 (MGP_PahariEiJ_G0032073)	Map3k15 (MGP_PahariEiJ_G0032074)	Pdha1 (MGP_PahariEiJ_G0032075)	Adgrg2 (MGP_PahariEiJ_G0032076)	Phka2 (MGP_PahariEiJ_G0032077)	Ppef1 (MGP_PahariEiJ_G0032078)	Rs1 (MGP_PahariEiJ_G0032079)	Cdkl5 (MGP_PahariEiJ_G0032080)	Gja6 (MGP_PahariEiJ_G0032081)	MGP_PahariEiJ_G0032082	Rai2 (MGP_PahariEiJ_G0032083)	Nhs (MGP_PahariEiJ_G0032084)	Reps2 (MGP_PahariEiJ_G0032085)	Rbbp7 (MGP_PahariEiJ_G0032086)
Rat	MODERN SPECIES	46	ENSRNOG00000067126	Ptchd1 (ENSRNOG00000069252)	ENSRNOG00000064829	LOC100361934 (ENSRNOG00000034182)	ENSRNOG00000067646	Phex (ENSRNOG00000023440)	Sms (ENSRNOG00000007688)	Yy2 (ENSRNOG00000007644)	ENSRNOG00000068938	Smpx (ENSRNOG00000007495)	Klhl34 (ENSRNOG00000024479)	Cnksr2 (ENSRNOG00000007014)	ENSRNOG00000062879	Rps6ka3 (ENSRNOG00000006632)	Eif1ax (ENSRNOG00000005736)	Map7d2 (ENSRNOG00000005176) ##22	Bclaf3 (ENSRNOG00000005135)	Sh3kbp1 (ENSRNOG00000004322)	ENSRNOG00000066262	Map3k15 (ENSRNOG00000025290)	Pdha1 (ENSRNOG00000025383)	Lamtor1 (ENSRNOG00000004319)	ENSRNOG00000069571	Rps27a-ps5 (ENSRNOG00000032132)	Adgrg2 (ENSRNOG00000032472)	AABR07037995.1 (ENSRNOG00000003949)	Ppef1 (ENSRNOG00000027331)	ENSRNOG00000065877	Rs1 (ENSRNOG00000030434)	Gja6 (ENSRNOG00000069341)	Cdkl5 (ENSRNOG00000003742)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	931													Cnksr2 (ENSNGAG00000009070)	Rps6ka3 (ENSNGAG00000019940)	Eif1ax (ENSNGAG00000018551)	Map7d2 (ENSNGAG00000016712) ##22	Bclaf3 (ENSNGAG00000015524)	Sh3kbp1 (ENSNGAG00000021155)	Map3k15 (ENSNGAG00000018804)	Pdha1 (ENSNGAG00000015013)	Adgrg2 (ENSNGAG00000011202)	ENSNGAG00000017231	Ppef1 (ENSNGAG00000014571)	Rs1 (ENSNGAG00000010391)	Cdkl5 (ENSNGAG00000010787)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	192							Smpx (ENSJJAG00000015249)	Cnksr2 (ENSJJAG00000016115)	ENSJJAG00000011807	ENSJJAG00000016309	ENSJJAG00000016365	ENSJJAG00000016502	ENSJJAG00000011798	Rps6ka3 (ENSJJAG00000016899)	Eif1ax (ENSJJAG00000016949)	Map7d2 (ENSJJAG00000017202) ##22	Tmem47 (ENSJJAG00000017721)	ENSJJAG00000018035
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	413	Apoo (ENSDORG00000015741)	Sat1 (ENSDORG00000028241)	ENSDORG00000002910	Prdx4 (ENSDORG00000002908)	Ptchd1 (ENSDORG00000004212)	Phex (ENSDORG00000010976)	ENSDORG00000025753	ENSDORG00000016069	Yy2 (ENSDORG00000011068)	Mbtps2 (ENSDORG00000011065)	Smpx (ENSDORG00000003075)	Cnksr2 (ENSDORG00000010230)	ENSDORG00000029700	Rps6ka3 (ENSDORG00000011802)	ENSDORG00000011536	Map7d2 (ENSDORG00000007990) ##22	Bclaf3 (ENSDORG00000007988)	Sh3kbp1 (ENSDORG00000005919)	Map3k15 (ENSDORG00000011849)	Pdha1 (ENSDORG00000011848)	Adgrg2 (ENSDORG00000003270)	ENSDORG00000026958	ENSDORG00000011776
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000005330	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164589	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	58	ENSGT00390000005330	ENSGT00390000018687	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000153648.a.f	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Alpin marmot	MODERN SPECIES	21	ENSMMMG00000008328	PRDX4 (ENSMMMG00000008312)	ENSMMMG00000008306	PTCHD1 (ENSMMMG00000008301)	ENSMMMG00000008274	PHEX (ENSMMMG00000008240)	SMS (ENSMMMG00000008225)	ENSMMMG00000008215	ENSMMMG00000008211	MBTPS2 (ENSMMMG00000008190)	SMPX (ENSMMMG00000008177)	KLHL34 (ENSMMMG00000008160)	CNKSR2 (ENSMMMG00000008093)	RPS6KA3 (ENSMMMG00000008009)	EIF1AX (ENSMMMG00000007975)	MAP7D2 (ENSMMMG00000007516) ##22	ENSMMMG00000007500	BCLAF3 (ENSMMMG00000007465)	ENSMMMG00000007426	SH3KBP1 (ENSMMMG00000007298)	MAP3K15 (ENSMMMG00000007247)	ENSMMMG00000007196	ADGRG2 (ENSMMMG00000006314)	PHKA2 (ENSMMMG00000006185)	PPEF1 (ENSMMMG00000006165)	RS1 (ENSMMMG00000006144)	CDKL5 (ENSMMMG00000006110)	ENSMMMG00000006089	SCML2 (ENSMMMG00000006071)	RAI2 (ENSMMMG00000006069)	ENSMMMG00000006065
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	69	ENSGT00530000063666.b.l.a	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000153648.a.f	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	319														RPS6KA3 (ENSUPAG00010016233)	ENSUPAG00010016262	MAP7D2 (ENSUPAG00010016279) ##22	ENSUPAG00010016489	BCLAF3 (ENSUPAG00010016497)	SH3KBP1 (ENSUPAG00010016531)	MAP3K15 (ENSUPAG00010016860)	PDHA1 (ENSUPAG00010016887)	ENSUPAG00010016903	ADGRG2 (ENSUPAG00010016925)	PHKA2 (ENSUPAG00010017499)
Squirrel	MODERN SPECIES	224	CXorf58 (ENSSTOG00000002201)	ENSSTOG00000026298	ENSSTOG00000002062	SAT1 (ENSSTOG00000019590)	ACOT9 (ENSSTOG00000002034)	PRDX4 (ENSSTOG00000002028)	PTCHD1 (ENSSTOG00000024846)	ENSSTOG00000027719	PHEX (ENSSTOG00000006838)	ENSSTOG00000034135	MBTPS2 (ENSSTOG00000010473)	SMPX (ENSSTOG00000002549)	CNKSR2 (ENSSTOG00000011389)	RPS6KA3 (ENSSTOG00000010494)	EIF1AX (ENSSTOG00000026117)	MAP7D2 (ENSSTOG00000013888) ##22	BCLAF3 (ENSSTOG00000020416)	ENSSTOG00000031367	SH3KBP1 (ENSSTOG00000024324)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	156	ACOT9 (ENSSVLG00005023115)	ENSSVLG00005023374	PRDX4 (ENSSVLG00005023403)	PTCHD1 (ENSSVLG00005023442)	ENSSVLG00005023477	PHEX (ENSSVLG00005023506)	SMS (ENSSVLG00005023626)	ENSSVLG00005023650	ENSSVLG00005023659	MBTPS2 (ENSSVLG00005023689)	SMPX (ENSSVLG00005023721)	KLHL34 (ENSSVLG00005023744)	CNKSR2 (ENSSVLG00005023957)	RPS6KA3 (ENSSVLG00005024949)	ENSSVLG00005024989	MAP7D2 (ENSSVLG00005025072) ##22	ENSSVLG00005025208	ENSSVLG00005025223	BCLAF3 (ENSSVLG00005025243)	SH3KBP1 (ENSSVLG00005025277)	MAP3K15 (ENSSVLG00005025353)	PDHA1 (ENSSVLG00005025396)	ENSSVLG00005025413	ADGRG2 (ENSSVLG00005025609)	PHKA2 (ENSSVLG00005025821)	PPEF1 (ENSSVLG00005025839)	RS1 (ENSSVLG00005025848)	CDKL5 (ENSSVLG00005025859)	SCML2 (ENSSVLG00005025874)	ENSSVLG00005025889	RAI2 (ENSSVLG00005025894)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C	ENSGT00940000155463
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000154763.mb	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Guinea pig	MODERN SPECIES	59	ENSCPOG00000014536	ENSCPOG00000004197	SAT1 (ENSCPOG00000037886)	ACOT9 (ENSCPOG00000004188)	PRDX4 (ENSCPOG00000004185)	PTCHD1 (ENSCPOG00000035225)	ENSCPOG00000013960	PHEX (ENSCPOG00000006183)	ENSCPOG00000006176	MBTPS2 (ENSCPOG00000006171)	SMPX (ENSCPOG00000033393)	KLHL34 (ENSCPOG00000035985)	CNKSR2 (ENSCPOG00000009806)	RPS6KA3 (ENSCPOG00000008719)	EIF1AX (ENSCPOG00000039205)	MAP7D2 (ENSCPOG00000008706) ##22	BCLAF3 (ENSCPOG00000008695)	SH3KBP1 (ENSCPOG00000006433)	MAP3K15 (ENSCPOG00000011102)	ENSCPOG00000009280	ADGRG2 (ENSCPOG00000011079)	PHKA2 (ENSCPOG00000011064)	PPEF1 (ENSCPOG00000006617)	RS1 (ENSCPOG00000007446)	CDKL5 (ENSCPOG00000007438)	RAI2 (ENSCPOG00000015535)	ENSCPOG00000038636	NHS (ENSCPOG00000020088)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	73	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000154763.mb	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256.j	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C	ENSGT00940000155463
Degu	MODERN SPECIES	51	EMX2 (ENSODEG00000017809)	PDZD8 (ENSODEG00000017906)	ENSODEG00000017723	ENSODEG00000017676	SLC18A2 (ENSODEG00000017927)	ENSODEG00000017686	VAX1 (ENSODEG00000017835)	ENSODEG00000017629	ENSODEG00000017664	ENSODEG00000017934	ENO4 (ENSODEG00000017769)	HSPA12A (ENSODEG00000017751)	C10orf82 (ENSODEG00000017640)	RPS6KA3 (ENSODEG00000017781)	ENSODEG00000017687	MAP7D2 (ENSODEG00000017740) ##22	ENSODEG00000017632	BCLAF3 (ENSODEG00000018128)	SH3KBP1 (ENSODEG00000017905)	MAP3K15 (ENSODEG00000017836)	ENSODEG00000017773
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	216	APOO (ENSCLAG00000001143)	SAT1 (ENSCLAG00000002420)	ACOT9 (ENSCLAG00000002263)	PRDX4 (ENSCLAG00000002107)	PTCHD1 (ENSCLAG00000002022)	ENSCLAG00000017424	PHEX (ENSCLAG00000000629)	SMS (ENSCLAG00000000492)	ENSCLAG00000000440	MBTPS2 (ENSCLAG00000001960)	SMPX (ENSCLAG00000000955)	KLHL34 (ENSCLAG00000017438)	CNKSR2 (ENSCLAG00000000928)	RPS6KA3 (ENSCLAG00000000667)	EIF1AX (ENSCLAG00000000709)	MAP7D2 (ENSCLAG00000001716) ##22	BCLAF3 (ENSCLAG00000001580)	SH3KBP1 (ENSCLAG00000001780)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	31	ENSHGLG00000001166	ENSHGLG00000001331	ENSHGLG00000045573	ENSHGLG00000049321	ENSHGLG00000032273	ENSHGLG00000038266	CDKL5 (ENSHGLG00000001743)	RS1 (ENSHGLG00000001057)	PPEF1 (ENSHGLG00000001185)	ENSHGLG00000001092	PHKA2 (ENSHGLG00000001760)	ENSHGLG00000015862	ENSHGLG00000001460	ENSHGLG00000001399	ENSHGLG00000034312	MAP7D2 (ENSHGLG00000001155) ##22	BCLAF3 (ENSHGLG00000001058)	ENSHGLG00000038256	ENSHGLG00000000866	ENSHGLG00000000584	ENSHGLG00000020000	ENSHGLG00000000543	ENSHGLG00000044116	ENSHGLG00000050318	ENSHGLG00000000563	ENSHGLG00000020425	ENSHGLG00000033146	ENSHGLG00000003413	PHEX (ENSHGLG00000003219)	ENSHGLG00000001773	MBTPS2 (ENSHGLG00000001714)
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00540000073670
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.b.b ##22
Hedgehog	MODERN SPECIES	7621																ENSEEUG00000009202 ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00540000073670
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00540000073670	ENSGT00940000158080
Suina	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	109														RPS6KA3 (ENSCWAG00000003548)	EIF1AX (ENSCWAG00000003625)	MAP7D2 (ENSCWAG00000003689) ##22	BCLAF3 (ENSCWAG00000003903)	SH3KBP1 (ENSCWAG00000004005)	MAP3K15 (ENSCWAG00000004160)	PDHA1 (ENSCWAG00000004308)	ENSCWAG00000004397	ADGRG2 (ENSCWAG00000004734)	PHKA2 (ENSCWAG00000011981)	PPEF1 (ENSCWAG00000012062)	RS1 (ENSCWAG00000012171)	CDKL5 (ENSCWAG00000012250)	SCML2 (ENSCWAG00000012506)	RAI2 (ENSCWAG00000012729)	NHS (ENSCWAG00000012785)	REPS2 (ENSCWAG00000013113)	RBBP7 (ENSCWAG00000013432)
Pig	MODERN SPECIES	300	SAT1 (ENSSSCG00000012173)	ACOT9 (ENSSSCG00000012172)	PRDX4 (ENSSSCG00000012171)	ENSSSCG00000045320	PTCHD1 (ENSSSCG00000032433)	ENSSSCG00000012169	PHEX (ENSSSCG00000012167)	SMS (ENSSSCG00000012166)	ENSSSCG00000012165	SMPX (ENSSSCG00000032720)	KLHL34 (ENSSSCG00000033979)	CNKSR2 (ENSSSCG00000012164)	ENSSSCG00000060065	RPS6KA3 (ENSSSCG00000012163)	EIF1AX (ENSSSCG00000032223)	MAP7D2 (ENSSSCG00000012161) ##22	BCLAF3 (ENSSSCG00000023334)	SH3KBP1 (ENSSSCG00000012160)	MAP3K15 (ENSSSCG00000020735)	PDHA1 (ENSSSCG00000023643)	ENSSSCG00000040104	ADGRG2 (ENSSSCG00000029756)	PHKA2 (ENSSSCG00000012157)	PPEF1 (ENSSSCG00000030274)	RS1 (ENSSSCG00000026932)	CDKL5 (ENSSSCG00000012156)	SCML2 (ENSSSCG00000012155)	ENSSSCG00000041054	ENSSSCG00000050671	ENSSSCG00000060254	RAI2 (ENSSSCG00000012153)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00540000073670	ENSGT00940000158080
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00540000073670	ENSGT00940000158080
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00950000183087.A.a.a.b.o.a	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330.r	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00390000009724.l.y.b	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT01010000222890.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00950000183087.A.a.a.a.b.b.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330.r	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164207	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00390000009724.l.y.b	ENSGT00390000009113.a.a.k.b	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT01010000222890.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00950000183087.A.a.a.a.b.b.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000005330.r	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00390000008610.a.b.a.a.a	ENSGT00940000164207	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00390000009724.l.y.b	ENSGT00390000009113.a.a.k.b	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT01010000222890.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00950000183087.A.a.a.a.b.b.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000159407.m	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000005330.r	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000159407.n	ENSGT00390000008610.a.b.a.a.a	ENSGT00940000164207	ENSGT00940000157313	ENSGT00940000172088	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00390000009724.l.y.b	ENSGT00390000009113.a.a.k.b	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT01010000222890.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00950000183087.A.a.a.a.b.b.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000159407.m	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000159951.e.b.b.b	ENSGT00940000159407.n	ENSGT00390000008610.a.b.a.a.a	ENSGT00940000164207	ENSGT00940000157313	ENSGT00940000172088	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00390000009724.l.y.b	ENSGT00390000009113.a.a.k.b	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00390000002034.j	ENSGT01010000222890.b	ENSGT00940000160729.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00950000183087.A.a.a.a.b.b.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000159407.m	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a
Beluga whale	MODERN SPECIES	41	PTCHD1 (ENSDLEG00000003624)	ENSDLEG00000003616	ENSDLEG00000003610	ENSDLEG00000003601	ENSDLEG00000003596	PHEX (ENSDLEG00000003589)	SMS (ENSDLEG00000021074)	MBTPS2 (ENSDLEG00000021061)	ENSDLEG00000021055	SMPX (ENSDLEG00000021052)	CNKSR2 (ENSDLEG00000021034)	ENSDLEG00000021028	ENSDLEG00000021027	RPS6KA3 (ENSDLEG00000021020)	EIF1AX (ENSDLEG00000021017)	MAP7D2 (ENSDLEG00000020985) ##22	BCLAF3 (ENSDLEG00000020974)	ENSDLEG00000020972	ENSDLEG00000020970	ENSDLEG00000020966	SH3KBP1 (ENSDLEG00000020919)	MAP3K15 (ENSDLEG00000020876)	PDHA1 (ENSDLEG00000020859)	ADGRG2 (ENSDLEG00000020709)	PHKA2 (ENSDLEG00000020633)	PPEF1 (ENSDLEG00000020612)	RS1 (ENSDLEG00000020598)	CDKL5 (ENSDLEG00000020591)	ENSDLEG00000020586	ENSDLEG00000020579	ENSDLEG00000020574
Narwhal	MODERN SPECIES	309	ENSMMNG00015013169	ENSMMNG00015013158	ENSMMNG00015013143	PHEX (ENSMMNG00015013104)	ENSMMNG00015013065	ENSMMNG00015013042	MBTPS2 (ENSMMNG00015013011)	ENSMMNG00015012997	SMPX (ENSMMNG00015012992)	KLHL34 (ENSMMNG00015012985)	CNKSR2 (ENSMMNG00015012238)	ENSMMNG00015011934	ENSMMNG00015011921	RPS6KA3 (ENSMMNG00015011742)	ENSMMNG00015011692	MAP7D2 (ENSMMNG00015011661) ##22	BCLAF3 (ENSMMNG00015011642)	ENSMMNG00015011630	ENSMMNG00015011610	ENSMMNG00015011595	ENSMMNG00015011582	SH3KBP1 (ENSMMNG00015011427)	PDHA1 (ENSMMNG00015011306)	ADGRG2 (ENSMMNG00015011189)	PHKA2 (ENSMMNG00015011017)	PPEF1 (ENSMMNG00015010972)	RS1 (ENSMMNG00015010947)	CDKL5 (ENSMMNG00015010933)	ENSMMNG00015010922	ENSMMNG00015010891	ENSMMNG00015010874
Vaquita	MODERN SPECIES	34	ENSPSNG00000022459	ENSPSNG00000022455	ENSPSNG00000022447	ENSPSNG00000022444	PHEX (ENSPSNG00000022431)	ENSPSNG00000022423	ENSPSNG00000022411	ENSPSNG00000022401	SMPX (ENSPSNG00000022398)	KLHL34 (ENSPSNG00000022394)	CNKSR2 (ENSPSNG00000022151)	ENSPSNG00000021866	ENSPSNG00000021849	RPS6KA3 (ENSPSNG00000021768)	EIF1AX (ENSPSNG00000021671)	MAP7D2 (ENSPSNG00000021591) ##22	BCLAF3 (ENSPSNG00000021539)	ENSPSNG00000021512	SH3KBP1 (ENSPSNG00000021240)	PDHA1 (ENSPSNG00000020773)	ADGRG2 (ENSPSNG00000020539)	PHKA2 (ENSPSNG00000020358)	PPEF1 (ENSPSNG00000020159)	RS1 (ENSPSNG00000020065)	ENSPSNG00000020052	CDKL5 (ENSPSNG00000020000)	ENSPSNG00000019959	ENSPSNG00000019901	RAI2 (ENSPSNG00000019870)	ENSPSNG00000019850	NHS (ENSPSNG00000019626)
Dolphin	MODERN SPECIES	930														RPS6KA3 (ENSTTRG00000002015)	EIF1AX (ENSTTRG00000002012)	MAP7D2 (ENSTTRG00000002011) ##22	BCLAF3 (ENSTTRG00000002010)	SH3KBP1 (ENSTTRG00000002009)
Sperm whale	MODERN SPECIES	13	PRDX4 (ENSPCTG00005015287)	PTCHD1 (ENSPCTG00005015207)	ENSPCTG00005015143	ENSPCTG00005014773	ENSPCTG00005014734	PHEX (ENSPCTG00005014479)	SMS (ENSPCTG00005014394)	ENSPCTG00005014208	SMPX (ENSPCTG00005014144)	KLHL34 (ENSPCTG00005014125)	CNKSR2 (ENSPCTG00005013662)	ENSPCTG00005013591	ENSPCTG00005013565	RPS6KA3 (ENSPCTG00005013127)	EIF1AX (ENSPCTG00005012927)	MAP7D2 (ENSPCTG00005012303) ##22	BCLAF3 (ENSPCTG00005012120)	SH3KBP1 (ENSPCTG00005011856)	PDHA1 (ENSPCTG00005011695)	ADGRG2 (ENSPCTG00005006920)	PHKA2 (ENSPCTG00005006139)	PPEF1 (ENSPCTG00005005905)	RS1 (ENSPCTG00005005843)	CDKL5 (ENSPCTG00005005814)	ENSPCTG00005005791	SCML2 (ENSPCTG00005005727)	ENSPCTG00005005614	ENSPCTG00005005600	SCML1 (ENSPCTG00005005559)	NHS (ENSPCTG00005005450)	ENSPCTG00005005421
Blue whale	MODERN SPECIES	40	ENSBMSG00010021262	ENSBMSG00010021259	ENSBMSG00010021247	ENSBMSG00010021244	PHEX (ENSBMSG00010021225)	ENSBMSG00010021206	ENSBMSG00010021193	SMPX (ENSBMSG00010021188)	KLHL34 (ENSBMSG00010021180)	CNKSR2 (ENSBMSG00010015971)	ENSBMSG00010015623	ENSBMSG00010015603	ENSBMSG00010015592	RPS6KA3 (ENSBMSG00010015348)	ENSBMSG00010015217	MAP7D2 (ENSBMSG00010015124) ##22	BCLAF3 (ENSBMSG00010015038)	ENSBMSG00010014991	SH3KBP1 (ENSBMSG00010014785)	MAP3K15 (ENSBMSG00010014594)	PDHA1 (ENSBMSG00010014498)	ENSBMSG00010014456	ADGRG2 (ENSBMSG00010014260)	PHKA2 (ENSBMSG00010014126)	PPEF1 (ENSBMSG00010014080)	RS1 (ENSBMSG00010014012)	ENSBMSG00010013995	ENSBMSG00010013988	CDKL5 (ENSBMSG00010013954)	ENSBMSG00010013905	ENSBMSG00010013867
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000156832.p.b	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Yarkand deer	MODERN SPECIES	1323	PTCHD1 (ENSCHYG00000022778)	DDX53 (ENSCHYG00000022828)	ENSCHYG00000022855	PHEX (ENSCHYG00000022869)	SMS (ENSCHYG00000022994)	ENSCHYG00000023111	MBTPS2 (ENSCHYG00000023135)	SMPX (ENSCHYG00000023180)	KLHL34 (ENSCHYG00000023198)	CNKSR2 (ENSCHYG00000023268)	ENSCHYG00000023829	ENSCHYG00000023852	RPS6KA3 (ENSCHYG00000023911)	EIF1AX (ENSCHYG00000024205)	ENSCHYG00000024281	MAP7D2 (ENSCHYG00000024324) ##22	BCLAF3 (ENSCHYG00000024575)	SH3KBP1 (ENSCHYG00000024812)	MAP3K15 (ENSCHYG00000025350)	ENSCHYG00000025460	ENSCHYG00000025479	ADGRG2 (ENSCHYG00000025589)	PHKA2 (ENSCHYG00000014501)	ENSCHYG00000015895	ENSCHYG00000015917	PPEF1 (ENSCHYG00000016044)	RS1 (ENSCHYG00000016355)	CDKL5 (ENSCHYG00000016442)	SCML2 (ENSCHYG00000016775)	ENSCHYG00000017066	SYAP1 (ENSCHYG00000017346)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000156832.p.b	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000160347.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000156832.p.b	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000160347.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000156832.p.b	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i.u.b	ENSGT00940000160347.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a.r	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Goat	MODERN SPECIES	29	ACOT9 (ENSCHIG00000023923)	PRDX4 (ENSCHIG00000022629)	PTCHD1 (ENSCHIG00000005349)	ENSCHIG00000020582	PHEX (ENSCHIG00000007176)	SMS (ENSCHIG00000007086)	MBTPS2 (ENSCHIG00000023780)	SMPX (ENSCHIG00000017409)	ENSCHIG00000007896	KLHL34 (ENSCHIG00000019743)	CNKSR2 (ENSCHIG00000017548)	ENSCHIG00000012004	ENSCHIG00000019442	RPS6KA3 (ENSCHIG00000022418)	ENSCHIG00000021471	MAP7D2 (ENSCHIG00000007458) ##22	BCLAF3 (ENSCHIG00000025713)	ENSCHIG00000002946	TLR8 (ENSCHIG00000016625)	TLR7 (ENSCHIG00000021012)	PRPS2 (ENSCHIG00000006680)	ENSCHIG00000019669	ENSCHIG00000016862	ADGRG2 (ENSCHIG00000012482)	ENSCHIG00000012595	PPEF1 (ENSCHIG00000017281)	RS1 (ENSCHIG00000022783)	CDKL5 (ENSCHIG00000010574)	ENSCHIG00000023671	ENSCHIG00000014610	ENSCHIG00000019919
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	205	ENSOARG00020022764	PHEX (ENSOARG00020022712)	ENSOARG00020022678	MBTPS2 (ENSOARG00020022610)	SMPX (ENSOARG00020022580)	KLHL34 (ENSOARG00020022568)	CNKSR2 (ENSOARG00020016850)	ENSOARG00020016730	ENSOARG00020016721	ENSOARG00020016703	ENSOARG00020016684	ENSOARG00020016661	ENSOARG00020016638	RPS6KA3 (ENSOARG00020016195)	EIF1AX (ENSOARG00020015967)	MAP7D2 (ENSOARG00020014919) ##22	ENSOARG00020014649	SH3KBP1 (ENSOARG00020014389)	MAP3K15 (ENSOARG00020014315)	PDHA1 (ENSOARG00020014126)	ENSOARG00020014052	ADGRG2 (ENSOARG00020013283)	PHKA2 (ENSOARG00020012486)	ENSOARG00020012454	RS1 (ENSOARG00020012237)	CDKL5 (ENSOARG00020012130)	RAI2 (ENSOARG00020011877)	NHS (ENSOARG00020011266)	REPS2 (ENSOARG00020010562)	RBBP7 (ENSOARG00020010350)	TXLNG (ENSOARG00020010154)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00950000185346	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000167584	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000156832.p.b	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000160347.a.d.a.b	ENSGT00940000160347.a.c	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a
Bos	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00950000185346	ENSGT00940000154451.l.b.b.a.a.b	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000167584	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000156832.p.b	ENSGT00390000009113.a.a.l	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000160347.a.d.a.b	ENSGT00940000160347.a.c	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	63	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00950000185346	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000167584	ENSGT00940000154451.l.b.b.a.a.b	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000156832.p.b	ENSGT00390000009113.a.a.l	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000160347.a.d.a.b
Wild yak	MODERN SPECIES	932	PTCHD1 (ENSBMUG00000018851)	ENSBMUG00000018827	ENSBMUG00000018805	ENSBMUG00000018792	PHEX (ENSBMUG00000018766)	SMS (ENSBMUG00000018739)	ENSBMUG00000018702	SMPX (ENSBMUG00000018671)	CNKSR2 (ENSBMUG00000017867)	ENSBMUG00000017291	ENSBMUG00000017283	ENSBMUG00000017276	ENSBMUG00000017267	RPS6KA3 (ENSBMUG00000017229)	EIF1AX (ENSBMUG00000017161)	MAP7D2 (ENSBMUG00000017083) ##22	BCLAF3 (ENSBMUG00000016986)	SH3KBP1 (ENSBMUG00000016923)	MAP3K15 (ENSBMUG00000016858)	PDHA1 (ENSBMUG00000016808)
Domestic yak	MODERN SPECIES	69	ENSBGRG00000008641	PHEX (ENSBGRG00000008681)	ENSBGRG00000008903	ENSBGRG00000008920	SMS (ENSBGRG00000008940)	ENSBGRG00000009009	MBTPS2 (ENSBGRG00000009064)	ENSBGRG00000009234	SMPX (ENSBGRG00000009309)	KLHL34 (ENSBGRG00000009352)	CNKSR2 (ENSBGRG00000009403)	ENSBGRG00000009908	ENSBGRG00000009948	RPS6KA3 (ENSBGRG00000010065)	ENSBGRG00000010670	MAP7D2 (ENSBGRG00000011015) ##22	BCLAF3 (ENSBGRG00000011387)	SH3KBP1 (ENSBGRG00000011750)	ENSBGRG00000012957	ENSBGRG00000013897	PDHA1 (ENSBGRG00000014128)	ENSBGRG00000014583	ENSBGRG00000014610	ENSBGRG00000014636
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00950000185346	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000167584	ENSGT00940000154451.l.b.b.a.a.b	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000156832.p.b	ENSGT00390000009113.a.a.l	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000160347.a.d.a.b	ENSGT00940000160347.a.d.a.a.a	ENSGT00940000160347.a.c	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	315	ENSBIXG00005024020	ENSBIXG00005024079	ENSBIXG00005024121	PHEX (ENSBIXG00005024241)	SMS (ENSBIXG00005024286)	ENSBIXG00005024303	MBTPS2 (ENSBIXG00005024353)	SMPX (ENSBIXG00005024419)	CNKSR2 (ENSBIXG00005024732)	ENSBIXG00005024836	ENSBIXG00005024880	ENSBIXG00005024903	ENSBIXG00005024937	RPS6KA3 (ENSBIXG00005025516)	EIF1AX (ENSBIXG00005025615)	MAP7D2 (ENSBIXG00005025740) ##22	BCLAF3 (ENSBIXG00005025827)	ENSBIXG00005025849	SH3KBP1 (ENSBIXG00005026195)	MAP3K15 (ENSBIXG00005004522)	ENSBIXG00005026498	ENSBIXG00005005571	ENSBIXG00005026535	ENSBIXG00005026541	ADGRG2 (ENSBIXG00005026817)	PHKA2 (ENSBIXG00005027106)	PPEF1 (ENSBIXG00005004677)	RS1 (ENSBIXG00005005321)	CDKL5 (ENSBIXG00005005323)	SCML2 (ENSBIXG00005005620)	RAI2 (ENSBIXG00005027505)
Cow	MODERN SPECIES	177	PRDX4 (ENSBTAG00000006165)	PTCHD1 (ENSBTAG00000020987)	ENSBTAG00000046635	ENSBTAG00000049480	PHEX (ENSBTAG00000000419)	ENSBTAG00000052700	SMS (ENSBTAG00000018382)	MBTPS2 (ENSBTAG00000008183)	SMPX (ENSBTAG00000015204)	CNKSR2 (ENSBTAG00000044202)	ENSBTAG00000013625	ENSBTAG00000050929	ENSBTAG00000047699	RPS6KA3 (ENSBTAG00000017639)	EIF1AX (ENSBTAG00000017633)	MAP7D2 (ENSBTAG00000017628) ##22	BCLAF3 (ENSBTAG00000021962)	SH3KBP1 (ENSBTAG00000003727)	MAP3K15 (ENSBTAG00000019855)	PDHA1 (ENSBTAG00000019852)	ENSBTAG00000051616	ENSBTAG00000037550	MGC134232 (ENSBTAG00000038660)	ADGRG2 (ENSBTAG00000000576)	PHKA2 (ENSBTAG00000015355)	PPEF1 (ENSBTAG00000009545)	RS1 (ENSBTAG00000031145)	CDKL5 (ENSBTAG00000007428)	SCML2 (ENSBTAG00000009420)	RAI2 (ENSBTAG00000039049)	SCML1 (ENSBTAG00000017649)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	39							SMS (ENSMMSG00000006339)	ENSMMSG00000006372	SMPX (ENSMMSG00000006404)	KLHL34 (ENSMMSG00000006431)	CNKSR2 (ENSMMSG00000006728)	ENSMMSG00000013799	ENSMMSG00000013809	RPS6KA3 (ENSMMSG00000013842)	ENSMMSG00000013961	MAP7D2 (ENSMMSG00000014040) ##22	BCLAF3 (ENSMMSG00000014667)	SH3KBP1 (ENSMMSG00000014761)	ENSMMSG00000014880	ENSMMSG00000014890	MAP3K15 (ENSMMSG00000014913)	ENSMMSG00000015007	ENSMMSG00000015019	PDHA1 (ENSMMSG00000015042)	ENSMMSG00000015071	ADGRG2 (ENSMMSG00000015124)	PHKA2 (ENSMMSG00000015473)	PPEF1 (ENSMMSG00000015507)	RS1 (ENSMMSG00000015564)	CDKL5 (ENSMMSG00000015599)	SCML2 (ENSMMSG00000015652)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	59	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00510000047522	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164589	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a
Arabian camel	MODERN SPECIES	204	SAT1 (ENSCDRG00005021657)	ACOT9 (ENSCDRG00005021651)	PRDX4 (ENSCDRG00005021642)	ENSCDRG00005021636	PTCHD1 (ENSCDRG00005021635)	ENSCDRG00005021631	PHEX (ENSCDRG00005021620)	SMS (ENSCDRG00005021617)	MBTPS2 (ENSCDRG00005021615)	ENSCDRG00005021614	SMPX (ENSCDRG00005021613)	KLHL34 (ENSCDRG00005021612)	CNKSR2 (ENSCDRG00005021599)	RPS6KA3 (ENSCDRG00005021577)	EIF1AX (ENSCDRG00005021559)	MAP7D2 (ENSCDRG00005021545) ##22	BCLAF3 (ENSCDRG00005021538)	SH3KBP1 (ENSCDRG00005021507)	PDHA1 (ENSCDRG00005021482)	ADGRG2 (ENSCDRG00005016282)	PHKA2 (ENSCDRG00005015770)	PPEF1 (ENSCDRG00005015683)	RS1 (ENSCDRG00005015612)	ENSCDRG00005015576	CDKL5 (ENSCDRG00005015479)	SCML2 (ENSCDRG00005015356)	RAI2 (ENSCDRG00005015229)	SCML1 (ENSCDRG00005015136)	NHS (ENSCDRG00005014939)	REPS2 (ENSCDRG00005014399)	RBBP7 (ENSCDRG00005014158)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00540000073670
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080
Equus	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000167584.b	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT01090000261388	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a
Donkey	MODERN SPECIES	36	APOO (ENSEASG00005004773)	SAT1 (ENSEASG00005026493)	ACOT9 (ENSEASG00005004784)	PRDX4 (ENSEASG00005004804)	PTCHD1 (ENSEASG00005032723)	ENSEASG00005034757	ENSEASG00005037356	PHEX (ENSEASG00005023744)	SMS (ENSEASG00005020046)	ENSEASG00005020041	SMPX (ENSEASG00005007668)	KLHL34 (ENSEASG00005037044)	CNKSR2 (ENSEASG00005007178)	RPS6KA3 (ENSEASG00005014705)	EIF1AX (ENSEASG00005009834)	MAP7D2 (ENSEASG00005014697) ##22	ENSEASG00005014696	ENSEASG00005034136	ENSEASG00005035168	SH3KBP1 (ENSEASG00005014314)	MAP3K15 (ENSEASG00005014304)	PDHA1 (ENSEASG00005014303)	ADGRG2 (ENSEASG00005014281)	ENSEASG00005025600	PPEF1 (ENSEASG00005022499)	RS1 (ENSEASG00005022504)	CDKL5 (ENSEASG00005022515)	SCML2 (ENSEASG00005022494)	ENSEASG00005027646	ENSEASG00005000808	ENSEASG00005000797
Horse	MODERN SPECIES	480	ACOT9 (ENSECAG00000019023)	PRDX4 (ENSECAG00000010085)	PTCHD1 (ENSECAG00000009607)	DDX53 (ENSECAG00000043882)	PHEX (ENSECAG00000011455)	SMS (ENSECAG00000017447)	MBTPS2 (ENSECAG00000000437)	SMPX (ENSECAG00000058470)	KLHL34 (ENSECAG00000018669)	ENSECAG00000044474	CNKSR2 (ENSECAG00000000149)	ENSECAG00000049869	ENSECAG00000047809 ##28	RPS6KA3 (ENSECAG00000011322)	EIF1AX (ENSECAG00000006469)	MAP7D2 (ENSECAG00000000072) ##22	BCLAF3 (ENSECAG00000024666)	SH3KBP1 (ENSECAG00000017758)	MAP3K15 (ENSECAG00000022251)	PDHA1 (ENSECAG00000001964)	ADGRG2 (ENSECAG00000023252)	PHKA2 (ENSECAG00000004868)	PPEF1 (ENSECAG00000013892)	RS1 (ENSECAG00000012117)	CDKL5 (ENSECAG00000007008)	SCML2 (ENSECAG00000022025)	ENSECAG00000033783	RAI2 (ENSECAG00000006060)	ENSECAG00000030878	ENSECAG00000017851	NHS (ENSECAG00000020766)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Megabat	MODERN SPECIES	2757														RPS6KA3 (ENSPVAG00000003522)	EIF1AX (ENSPVAG00000003521)	MAP7D2 (ENSPVAG00000003519) ##22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00540000073670
Microbat	MODERN SPECIES	986														RPS6KA3 (ENSMLUG00000012980)	ENSMLUG00000012977	MAP7D2 (ENSMLUG00000012967) ##22	BCLAF3 (ENSMLUG00000012956)	SH3KBP1 (ENSMLUG00000012949)	ENSMLUG00000025007	MAP3K15 (ENSMLUG00000012936)	PDHA1 (ENSMLUG00000012932)	ENSMLUG00000011884	ENSMLUG00000030082	ADGRG2 (ENSMLUG00000005218)	SCARB1 (ENSMLUG00000002680)	PHKA2 (ENSMLUG00000015264)	PPEF1 (ENSMLUG00000005487)	RS1 (ENSMLUG00000006836)	CDKL5 (ENSMLUG00000006808)	SCML2 (ENSMLUG00000015450)	RAI2 (ENSMLUG00000015416)
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES		PTCHD1 (ENSRFEG00010003276)	ENSRFEG00010003295	ENSRFEG00010003306	ENSRFEG00010007348	ENSRFEG00010007428	PHEX (ENSRFEG00010007442)	ENSRFEG00010007656	MBTPS2 (ENSRFEG00010007702)	ENSRFEG00010007751	SMPX (ENSRFEG00010007815)	KLHL34 (ENSRFEG00010007846)	CNKSR2 (ENSRFEG00010007889)	ENSRFEG00010008206	RPS6KA3 (ENSRFEG00010008249)	EIF1AX (ENSRFEG00010008355)	MAP7D2 (ENSRFEG00010008522) ##22	BCLAF3 (ENSRFEG00010008652)	SH3KBP1 (ENSRFEG00010008770)	MAP3K15 (ENSRFEG00010009034)	PDHA1 (ENSRFEG00010009265)	ADGRG2 (ENSRFEG00010009414)	PHKA2 (ENSRFEG00010009773)	PPEF1 (ENSRFEG00010009902)	RS1 (ENSRFEG00010010035)	CDKL5 (ENSRFEG00010010106)	SCML2 (ENSRFEG00010010166)	ENSRFEG00010010207	RAI2 (ENSRFEG00010010245)	ENSRFEG00010010269	NHS (ENSRFEG00010010332)	ENSRFEG00010010721
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00950000185751	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT01000000221142
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00390000018687	ENSGT00990000213085	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT01030000235848	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT01000000221142	ENSGT00540000073670
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	41													ENSGT01030000235848	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT01090000260070.A	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT01000000221142	ENSGT00540000073670
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	40														ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000158222.ib.b	ENSGT00390000009320.cb	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT01000000221142
lion	MODERN SPECIES	88	ATP6AP2 (ENSPLOG00000021715)	ENSPLOG00000021686	ENSPLOG00000021673	BCOR (ENSPLOG00000021643)	MID1IP1 (ENSPLOG00000021611)	TSPAN7 (ENSPLOG00000021583)	OTC (ENSPLOG00000021548)	ENSPLOG00000021386	SYTL5 (ENSPLOG00000021282)	ENSPLOG00000021262	ENSPLOG00000021250	DYNLT3 (ENSPLOG00000021233)	CYBB (ENSPLOG00000021184)	RPS6KA3 (ENSPLOG00000021031)	EIF1AX (ENSPLOG00000020933)	MAP7D2 (ENSPLOG00000020581) ##22	BCLAF3 (ENSPLOG00000020503)	SH3KBP1 (ENSPLOG00000020327)	MAP3K15 (ENSPLOG00000020043)	PDHA1 (ENSPLOG00000019955)	ENSPLOG00000019908	ENSPLOG00000019887	ADGRG2 (ENSPLOG00000017564)	PHKA2 (ENSPLOG00000016957)	PPEF1 (ENSPLOG00000016638)	RS1 (ENSPLOG00000016497)	ENSPLOG00000016465	CDKL5 (ENSPLOG00000016436)	SCML2 (ENSPLOG00000016350)	RAI2 (ENSPLOG00000016300)	NHS (ENSPLOG00000016019)
leopard	MODERN SPECIES	139													ENSPPRG00000008049	RPS6KA3 (ENSPPRG00000008105)	ENSPPRG00000008180	MAP7D2 (ENSPPRG00000008395) ##22	BCLAF3 (ENSPPRG00000008464)	SH3KBP1 (ENSPPRG00000008569)	MAP3K15 (ENSPPRG00000008639)	PDHA1 (ENSPPRG00000008782)	ENSPPRG00000008810	ADGRG2 (ENSPPRG00000010256)	PHKA2 (ENSPPRG00000010549)	PPEF1 (ENSPPRG00000010688)	RS1 (ENSPPRG00000010703)	CDKL5 (ENSPPRG00000010754)	ENSPPRG00000010762	ENSPPRG00000010766
Tiger	MODERN SPECIES	323													ENSPTIG00000015099	RPS6KA3 (ENSPTIG00000013422)	ENSPTIG00000012582	MAP7D2 (ENSPTIG00000009089) ##22	BCLAF3 (ENSPTIG00000006480)	MAP3K15 (ENSPTIG00000021189)	PDHA1 (ENSPTIG00000019524)	ADGRG2 (ENSPTIG00000007761)	PHKA2 (ENSPTIG00000004654)	PPEF1 (ENSPTIG00000020149)	RS1 (ENSPTIG00000019847)	CDKL5 (ENSPTIG00000018564)	ENSPTIG00000017604
Cat	MODERN SPECIES	252	ENSFCAG00000032644	ENSFCAG00000034636	PTCHD1 (ENSFCAG00000031503)	ENSFCAG00000049112	ENSFCAG00000038497	ENSFCAG00000051651	PHEX (ENSFCAG00000023221)	SMS (ENSFCAG00000002434)	MBTPS2 (ENSFCAG00000029861)	SMPX (ENSFCAG00000037718)	CNKSR2 (ENSFCAG00000026807)	ENSFCAG00000049761 ##28	ENSFCAG00000053775 ##28	RPS6KA3 (ENSFCAG00000010795)	EIF1AX (ENSFCAG00000035249)	MAP7D2 (ENSFCAG00000010791) ##22	BCLAF3 (ENSFCAG00000003909)	SH3KBP1 (ENSFCAG00000003908)	MAP3K15 (ENSFCAG00000012906)	PDHA1 (ENSFCAG00000012903)	ENSFCAG00000006395	ADGRG2 (ENSFCAG00000018328)	PHKA2 (ENSFCAG00000001529)	PPEF1 (ENSFCAG00000001528)	RS1 (ENSFCAG00000037717)	ENSFCAG00000026145	CDKL5 (ENSFCAG00000001075)	SCML2 (ENSFCAG00000006438)	ENSFCAG00000053338	ENSFCAG00000047052	ENSFCAG00000043428
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.s	ENSGT00940000167584.b	ENSGT00870000136506.r.b	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT01000000221142
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.z	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.r.b	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT01090000260070.A	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b.y.a.b.a	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.r.b	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT01090000260070.A	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a
Dingo	MODERN SPECIES	217	CXorf58 (ENSCAFG00020005375)	SAT1 (ENSCAFG00020005373)	ACOT9 (ENSCAFG00020005354)	PRDX4 (ENSCAFG00020005348)	PTCHD1 (ENSCAFG00020005326)	ENSCAFG00020005312	ENSCAFG00020005279	PHEX (ENSCAFG00020005217)	ENSCAFG00020005174	MBTPS2 (ENSCAFG00020005119)	SMPX (ENSCAFG00020005104)	CNKSR2 (ENSCAFG00020004670)	ENSCAFG00020004620	RPS6KA3 (ENSCAFG00020004599)	EIF1AX (ENSCAFG00020004588)	MAP7D2 (ENSCAFG00020004579) ##22	ENSCAFG00020004575	SH3KBP1 (ENSCAFG00020004559)	MAP3K15 (ENSCAFG00020004533)	PDHA1 (ENSCAFG00020004526)	ADGRG2 (ENSCAFG00020004286)	PHKA2 (ENSCAFG00020004228)	PPEF1 (ENSCAFG00020004211)	RS1 (ENSCAFG00020004187)	ENSCAFG00020004181	CDKL5 (ENSCAFG00020004060)	SCML2 (ENSCAFG00020004011)	RAI2 (ENSCAFG00020004001)	NHS (ENSCAFG00020003950)	ENSCAFG00020003937	ENSCAFG00020003924
Dog	MODERN SPECIES	144	CXorf58 (ENSCAFG00845030319)	APOO (ENSCAFG00845030303)	SAT1 (ENSCAFG00845030292)	ACOT9 (ENSCAFG00845030245)	PRDX4 (ENSCAFG00845030129)	PTCHD1 (ENSCAFG00845030096)	ENSCAFG00845030087	PHEX (ENSCAFG00845029993)	ENSCAFG00845029922	MBTPS2 (ENSCAFG00845029854)	SMPX (ENSCAFG00845029832)	KLHL34 (ENSCAFG00845029813)	CNKSR2 (ENSCAFG00845029599)	RPS6KA3 (ENSCAFG00845029219)	EIF1AX (ENSCAFG00845029014)	MAP7D2 (ENSCAFG00845028966) ##22	BCLAF3 (ENSCAFG00845028801)	SH3KBP1 (ENSCAFG00845028384)	MAP3K15 (ENSCAFG00845028166)	PDHA1 (ENSCAFG00845028035)	ENSCAFG00845028004	ADGRG2 (ENSCAFG00845027443)	PHKA2 (ENSCAFG00845026195)	PPEF1 (ENSCAFG00845025770)	RS1 (ENSCAFG00845025646)	ENSCAFG00845025606	CDKL5 (ENSCAFG00845025238)	ENSCAFG00845025153	SCML2 (ENSCAFG00845024846)	ENSCAFG00845024469	RAI2 (ENSCAFG00845030999)
Red fox	MODERN SPECIES	24	SAT1 (ENSVVUG00000012751)	ACOT9 (ENSVVUG00000012758)	PRDX4 (ENSVVUG00000012770)	PTCHD1 (ENSVVUG00000012785)	ENSVVUG00000012789	PHEX (ENSVVUG00000012831)	ENSVVUG00000012939	MBTPS2 (ENSVVUG00000012954)	SMPX (ENSVVUG00000012956)	ENSVVUG00000012959	CNKSR2 (ENSVVUG00000012970)	ENSVVUG00000012984	ENSVVUG00000012987	RPS6KA3 (ENSVVUG00000013013)	EIF1AX (ENSVVUG00000013024)	MAP7D2 (ENSVVUG00000013035) ##22	BCLAF3 (ENSVVUG00000013082)	SH3KBP1 (ENSVVUG00000013144)	ENSVVUG00000013205	ENSVVUG00000013215	MAP3K15 (ENSVVUG00000013244)	PDHA1 (ENSVVUG00000013392)	ADGRG2 (ENSVVUG00000013420)	PPEF1 (ENSVVUG00000014157)	ENSVVUG00000014199	CDKL5 (ENSVVUG00000014210)	ENSVVUG00000014243	ENSVVUG00000014245	SCML2 (ENSVVUG00000014250)	ENSVVUG00000014260	ENSVVUG00000014283
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.s	ENSGT00940000167584.b	ENSGT00870000136506.r.b	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.s	ENSGT00940000167584.b	ENSGT00870000136506.r.b	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181.f	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00940000162514	ENSGT00940000156003	ENSGT00550000074844	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b	ENSGT00510000047522	ENSGT00950000186265	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.a.k	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.s	ENSGT00870000136506.r.b	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181.f	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080	ENSGT00940000154748.C	ENSGT00940000155463
American black bear	MODERN SPECIES	5360																MAP7D2 (ENSUAMG00000021446) ##22	ENSUAMG00000021445	ENSUAMG00000021444
Polar bear	MODERN SPECIES	199	ACOT9 (ENSUMAG00000011514)	PRDX4 (ENSUMAG00000011507)	ENSUMAG00000011461	PTCHD1 (ENSUMAG00000011456)	ENSUMAG00000011448	ENSUMAG00000011422	ENSUMAG00000011412	PHEX (ENSUMAG00000011248)	SMS (ENSUMAG00000011225)	ENSUMAG00000011222	MBTPS2 (ENSUMAG00000011194)	SMPX (ENSUMAG00000011168)	CNKSR2 (ENSUMAG00000010845)	RPS6KA3 (ENSUMAG00000010772)	ENSUMAG00000010717	MAP7D2 (ENSUMAG00000010703) ##22	BCLAF3 (ENSUMAG00000010697)	SH3KBP1 (ENSUMAG00000010682)	MAP3K15 (ENSUMAG00000010492)	PDHA1 (ENSUMAG00000010424)	ADGRG2 (ENSUMAG00000010103)	PHKA2 (ENSUMAG00000009067)	PPEF1 (ENSUMAG00000008931)	RS1 (ENSUMAG00000008917)	CDKL5 (ENSUMAG00000008854)	SCML2 (ENSUMAG00000008801)	ENSUMAG00000008787	NHS (ENSUMAG00000008784)	REPS2 (ENSUMAG00000008763)	RBBP7 (ENSUMAG00000008756)	TXLNG (ENSUMAG00000008747)
Giant Panda	MODERN SPECIES	2288	ENSAMEG00000012749	ACOT9 (ENSAMEG00000012778)	PRDX4 (ENSAMEG00000012797)	ENSAMEG00000026223	PTCHD1 (ENSAMEG00000014696)	ENSAMEG00000019953	ENSAMEG00000011652	PHEX (ENSAMEG00000016398)	SMS (ENSAMEG00000016423)	ENSAMEG00000016444	SMPX (ENSAMEG00000016467)	KLHL34 (ENSAMEG00000016476)	CNKSR2 (ENSAMEG00000016482)	RPS6KA3 (ENSAMEG00000016514)	ENSAMEG00000028944	MAP7D2 (ENSAMEG00000016615) ##22	BCLAF3 (ENSAMEG00000016629)	SH3KBP1 (ENSAMEG00000016636)	MAP3K15 (ENSAMEG00000016682)	PDHA1 (ENSAMEG00000016730)	ADGRG2 (ENSAMEG00000016754)	PHKA2 (ENSAMEG00000016774)	PPEF1 (ENSAMEG00000016806)	RS1 (ENSAMEG00000016826)	CDKL5 (ENSAMEG00000016835)	SCML2 (ENSAMEG00000016850)	ENSAMEG00000029358	RAI2 (ENSAMEG00000018565)	ENSAMEG00000002958	NHS (ENSAMEG00000010138)	REPS2 (ENSAMEG00000010165)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	56	ENSGT00530000063666.b.u.a	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00950000185291	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506.s	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080
American mink	MODERN SPECIES	42																ENSNVIG00000001808 ##22	BCLAF3 (ENSNVIG00000001781)	SH3KBP1 (ENSNVIG00000001649)	MAP3K15 (ENSNVIG00000001576)	ENSNVIG00000001566	ENSNVIG00000001555	ADGRG2 (ENSNVIG00000000398)	PHKA2 (ENSNVIG00000000195)	PPEF1 (ENSNVIG00000000126)	RS1 (ENSNVIG00000000088)	ENSNVIG00000020953	CDKL5 (ENSNVIG00000020913)	SCML2 (ENSNVIG00000020875)	ENSNVIG00000020854	ENSNVIG00000020836	ENSNVIG00000020825
Ferret	MODERN SPECIES	229													ENSMPUG00000003816	RPS6KA3 (ENSMPUG00000003384)	EIF1AX (ENSMPUG00000003337)	MAP7D2 (ENSMPUG00000003325) ##22	BCLAF3 (ENSMPUG00000003312)	SH3KBP1 (ENSMPUG00000003301)	ENSMPUG00000003295	ENSMPUG00000003281	PDHA1 (ENSMPUG00000003269)	ADGRG2 (ENSMPUG00000003173)	PHKA2 (ENSMPUG00000002957)	PPEF1 (ENSMPUG00000002945)	RS1 (ENSMPUG00000002912)	CDKL5 (ENSMPUG00000002901)	ENSMPUG00000002898	ENSMPUG00000002872	SCML2 (ENSMPUG00000002862)	ENSMPUG00000002856	RAI2 (ENSMPUG00000019017)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT00940000159116	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407	ENSGT00940000163807	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000164165	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000158080
Hyrax	MODERN SPECIES	5682														RPS6KA3 (ENSPCAG00000009212)	EIF1AX (ENSPCAG00000009150)	MAP7D2 (ENSPCAG00000009074) ##22	BCLAF3 (ENSPCAG00000009021)
Elephant	MODERN SPECIES	369	APOO (ENSLAFG00000029070)	SAT1 (ENSLAFG00000003153)	ACOT9 (ENSLAFG00000003152)	PRDX4 (ENSLAFG00000002686)	PTCHD1 (ENSLAFG00000022742)	ENSLAFG00000011531	ENSLAFG00000010569	PHEX (ENSLAFG00000010566)	SMS (ENSLAFG00000003543)	MBTPS2 (ENSLAFG00000017242)	SMPX (ENSLAFG00000001873)	KLHL34 (ENSLAFG00000007404)	CNKSR2 (ENSLAFG00000007401)	RPS6KA3 (ENSLAFG00000007020)	EIF1AX (ENSLAFG00000007016)	MAP7D2 (ENSLAFG00000023306) ##22	BCLAF3 (ENSLAFG00000008518)	SH3KBP1 (ENSLAFG00000009756)	MAP3K15 (ENSLAFG00000009429)	PDHA1 (ENSLAFG00000009426)	ENSLAFG00000026076	ADGRG2 (ENSLAFG00000009428)	PHKA2 (ENSLAFG00000009425)	ENSLAFG00000009424	RS1 (ENSLAFG00000009423)	CDKL5 (ENSLAFG00000009417)	ENSLAFG00000027704	ENSLAFG00000011808	ENSLAFG00000011802	RAI2 (ENSLAFG00000014793)	ENSLAFG00000017074
Tenrec	MODERN SPECIES	7499																MAP7D2 (ENSETEG00000012462) ##22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	165								ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00390000017542	ENSGT00940000162424	ENSGT00940000156709	ENSGT00940000159370	ENSGT00390000008256	ENSGT00950000182941.b.b ##22	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000159562	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000156341	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000159830	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000159407
Armadillo	MODERN SPECIES	729	ENSDNOG00000038073	ZNF383 (ENSDNOG00000044355)	ZNF875 (ENSDNOG00000033077)	ENSDNOG00000040925	ENSDNOG00000032914	ENSDNOG00000041572	PHEX (ENSDNOG00000002993)	SMS (ENSDNOG00000006712)	MBTPS2 (ENSDNOG00000033022)	SMPX (ENSDNOG00000016757)	KLHL34 (ENSDNOG00000033922)	CNKSR2 (ENSDNOG00000000614)	ENSDNOG00000031647	RPS6KA3 (ENSDNOG00000003310)	EIF1AX (ENSDNOG00000045675)	MAP7D2 (ENSDNOG00000017855) ##22	BCLAF3 (ENSDNOG00000045492)	SH3KBP1 (ENSDNOG00000016477)	MAP3K15 (ENSDNOG00000007828)	PDHA1 (ENSDNOG00000008462)	ADGRG2 (ENSDNOG00000012455)	PHKA2 (ENSDNOG00000012404)	PPEF1 (ENSDNOG00000031966)	RS1 (ENSDNOG00000002498)	ENSDNOG00000041458	CDKL5 (ENSDNOG00000002494)	SCML2 (ENSDNOG00000002390)
Elephant shark	MODERN SPECIES	1505	ENSCMIG00000010390	ENSCMIG00000010392	NHS (ENSCMIG00000010394)	ENSCMIG00000010398	ENSCMIG00000010435	txlng (ENSCMIG00000010483)	syap1 (ENSCMIG00000010525)	ENSCMIG00000010564	ENSCMIG00000010612	GRPR (ENSCMIG00000010665) ##21	ENSCMIG00000010667	ENSCMIG00000010668	pdha1 (ENSCMIG00000010699)	ENSCMIG00000010815	ENSCMIG00000010872	ENSCMIG00000010956 ##22	ENSCMIG00000010970	ENSCMIG00000010973	SH3KBP1 (ENSCMIG00000010981)	eif1axb (ENSCMIG00000011013)	rps6ka3a (ENSCMIG00000011158)	ENSCMIG00000011304	ARHGAP6 (ENSCMIG00000011315)	MID1 (ENSCMIG00000011336)	ENSCMIG00000011374	clcn4 (ENSCMIG00000011514)	wwc3 (ENSCMIG00000011874)	cldn26 (ENSCMIG00000011920)	ENSCMIG00000011923	SHROOM2 (ENSCMIG00000011927)	ENSCMIG00000011930
Gnathostomata	DUPLICATION
Gnathostomata	DUPLICATION
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	177											ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799
Elephant shark	MODERN SPECIES	1511	tfap2b (ENSCMIG00000016103)	ENSCMIG00000016105	ENSCMIG00000016107	eif2b4 (ENSCMIG00000016132)	snx17 (ENSCMIG00000016186)	ENSCMIG00000016194	ENSCMIG00000016200	TNFAIP3 (ENSCMIG00000016215)	ENSCMIG00000016220	ENSCMIG00000016222	ENSCMIG00000016227	ENSCMIG00000016230	SLC35D3 (ENSCMIG00000016233)	pex7 (ENSCMIG00000016246)	MAP3K5 (ENSCMIG00000016309)	ENSCMIG00000016396 ##22	ENSCMIG00000016427	BCLAF1 (ENSCMIG00000016434)	armc1l (ENSCMIG00000016442)	mtfr2 (ENSCMIG00000016447)	PDE7B (ENSCMIG00000016487)	ENSCMIG00000016541	ahi1 (ENSCMIG00000016547)	hbs1l (ENSCMIG00000016586)	MYB (ENSCMIG00000016702)	ENSCMIG00000016801
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	178												ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	69		ENSGT00940000156034.a	ENSGT00940000167198	ENSGT00940000160610	ENSGT01090000260082.d.b	ENSGT00390000004172	ENSGT00940000157993	ENSGT00530000063558.B	ENSGT00390000011877	ENSGT00390000013931	ENSGT01030000234626.B	ENSGT00550000074878	ENSGT00940000157723	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	88							ENSGT00940000155086.A	ENSGT00530000063558.B	ENSGT00390000011877	ENSGT00390000013931	ENSGT01030000234626.B	ENSGT00550000074878	ENSGT00940000157723	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	183								ENSGT00530000063558.B	ENSGT00390000011877	ENSGT00390000013931	ENSGT01030000234626.B	ENSGT00550000074878	ENSGT00940000157723	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000165353	ENSGT00940000159157
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	140						ENSGT00940000155086.B	ENSGT00940000166976	ENSGT00530000063558.B	ENSGT00390000011877	ENSGT00390000013931	ENSGT01030000234626.B	ENSGT00550000074878	ENSGT00940000157723	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT01080000257573	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000171557
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	588												ENSGT00550000074878	ENSGT00940000157723.d	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22
Denticle herring	MODERN SPECIES	5	chrm5b (ENSDCDG00000023900)	emc7b (ENSDCDG00000023902)	katnbl1 (ENSDCDG00000023905)	ENSDCDG00000023915	THBS1 (ENSDCDG00000023945)	gpr176 (ENSDCDG00000024126)	acot22 (ENSDCDG00000024127)	susd6 (ENSDCDG00000024129)	srsf5b (ENSDCDG00000024131)	SLC10A1 (ENSDCDG00000024133)	max (ENSDCDG00000024135)	fntb (ENSDCDG00000024156)	rab15 (ENSDCDG00000024219)	sipa1l1 (ENSDCDG00000024277)	rgs6 (ENSDCDG00000025786)	ENSDCDG00000027698 ##22	ENSDCDG00000027703	rock2b (ENSDCDG00000027897)	ENSDCDG00000030573	ENSDCDG00000030575	ENSDCDG00000030580	ENSDCDG00000030630	ENSDCDG00000032476	ENSDCDG00000032477	MPEG1 (ENSDCDG00000032485)	ENSDCDG00000032487	ENSDCDG00000032490	ppil6 (ENSDCDG00000032494)	AK9 (ENSDCDG00000032500)	FIG4 (ENSDCDG00000032519)	GPR6 (ENSDCDG00000032549)
Atlantic herring	MODERN SPECIES	6	elovl4b (ENSCHAG00000000881)	tent5ab (ENSCHAG00000000951)	PRSS35 (ENSCHAG00000000988)	ENSCHAG00000001038	smek1 (ENSCHAG00000001226)	ENSCHAG00000001796	mycn (ENSCHAG00000001824)	DDX1 (ENSCHAG00000002054)	nbas (ENSCHAG00000002963)	ENSCHAG00000009503	ENSCHAG00000009542	ENSCHAG00000009549	sec63 (ENSCHAG00000009562)	usta (ENSCHAG00000009716)	slc22a16 (ENSCHAG00000009782)	ENSCHAG00000009810 ##22	mrap2b (ENSCHAG00000009824)	ENSCHAG00000009825	ENSCHAG00000009840	ENSCHAG00000009966	rock2b (ENSCHAG00000009986)	ENSCHAG00000010064	ENSCHAG00000010148	ENSCHAG00000011117	ENSCHAG00000011124	paplnb (ENSCHAG00000011135)	ENSCHAG00000011201	kcnf1a (ENSCHAG00000011462)	ENSCHAG00000011471	ENSCHAG00000011482	ENSCHAG00000011491
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	396														ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT01090000260052.a.b.j	ENSGT00940000154044.a.a.q.a	ENSGT00940000159858	ENSGT00940000154667.b.a
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000154417.c	ENSGT00940000176954	ENSGT00940000158938	ENSGT00390000004940.a.b	ENSGT00390000012141.b	ENSGT00940000162826	ENSGT01050000244971.B.b	ENSGT01050000244971.A.d.a.b	ENSGT00390000000911.h.a	ENSGT00390000001206	ENSGT00950000183195.a	ENSGT00940000155851.c.a	ENSGT00950000183117.b	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT01090000260052.a.b.j.d	ENSGT00950000183109.d.e.b	ENSGT00940000155588.a	ENSGT00940000165075.b	ENSGT00530000063713.b.b	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000155694.h	ENSGT00950000182936.a.a.b.b	ENSGT00940000155201.d	ENSGT01100000263512.a.a.b.a ##21	ENSGT00390000008611	ENSGT00940000169945	ENSGT00940000155473.c.a	ENSGT01100000263505.a.a	ENSGT00940000154164.d
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000154417.c	ENSGT00940000176954	ENSGT00940000158938	ENSGT00390000004940.a.b	ENSGT00390000012141.b	ENSGT00940000162826	ENSGT01050000244971.B.b	ENSGT01050000244971.A.d.a.b	ENSGT00390000000911.h.a	ENSGT00390000001206	ENSGT00950000183195.a	ENSGT00940000155851.c.a	ENSGT00950000183117.b	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT01090000260052.a.b.j.d	ENSGT00950000183109.d.e.b	ENSGT00940000155588.a	ENSGT00940000165075.b	ENSGT00530000063713.b.b	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000155694.h	ENSGT00950000182936.a.a.b.b	ENSGT00940000155201.d	ENSGT01100000263512.a.a.b.a ##21	ENSGT00390000008611	ENSGT00940000169945	ENSGT00940000155473.c.a	ENSGT01100000263505.a.a	ENSGT00940000154164.d
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000154417.c	ENSGT00940000176954	ENSGT00940000158938	ENSGT00390000004940.a.b	ENSGT00390000012141.b	ENSGT00940000162826	ENSGT01050000244971.B.b	ENSGT01050000244971.A.d.a.b	ENSGT00390000000911.h.a	ENSGT00390000001206	ENSGT00950000183195.a	ENSGT00940000155851.c.a	ENSGT00950000183117.b	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT01090000260052.a.b.j.d	ENSGT00950000183109.d.e.b	ENSGT00940000155588.a	ENSGT00940000165075.b	ENSGT00530000063713.b.b	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000155694.h	ENSGT00950000182936.a.a.b.b	ENSGT00940000155201.d	ENSGT01100000263512.a.a.b.a ##21	ENSGT00390000008611	ENSGT00940000169945	ENSGT00940000155473.c.a	ENSGT01100000263505.a.a	ENSGT00940000154164.d
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	134	ddx19a (ENSPNAG00000022254)	VWA5B1 (ENSPNAG00000022312)	CAMK2N1 (ENSPNAG00000022326)	mul1b (ENSPNAG00000022374)	fam43b (ENSPNAG00000022389)	ENSPNAG00000022398	ENSPNAG00000022405	cdaa (ENSPNAG00000022416)	cdaa (ENSPNAG00000022445)	pink1 (ENSPNAG00000022461)	agmat (ENSPNAG00000022490)	DNAJC16 (ENSPNAG00000022574)	selenoi (ENSPNAG00000022609)	iyd (ENSPNAG00000022631)	ppp1r14c (ENSPNAG00000022649)	ENSPNAG00000022732 ##22	XCR1 (ENSPNAG00000022758)	ENSPNAG00000022806
Channel catfish	MODERN SPECIES	6	ddx19a (ENSIPUG00000022795)	ENSIPUG00000022813	VWA5B1 (ENSIPUG00000022816)	camk2n2 (ENSIPUG00000022831)	mul1 (ENSIPUG00000022833)	fam43b (ENSIPUG00000022841)	ENSIPUG00000022843	ENSIPUG00000022847	cda (ENSIPUG00000022850)	pink1 (ENSIPUG00000000561)	agmat (ENSIPUG00000000576)	DNAJC16 (ENSIPUG00000000579)	EPT1 (ENSIPUG00000000603)	iyd (ENSIPUG00000000621)	Ppp1r14c (ENSIPUG00000000630)	ENSIPUG00000000639 ##22	XCR1 (ENSIPUG00000000649)	XCR1 (ENSIPUG00000000653)	XCR1 (ENSIPUG00000000658)	ENSIPUG00000000661	cyp17a2 (ENSIPUG00000000675)	egr4 (ENSIPUG00000000682)	ENSIPUG00000000694	DCLK2 (ENSIPUG00000000697)	ENSIPUG00000000719	ENSIPUG00000000749	TMEM184C (ENSIPUG00000000753)	ednrab (ENSIPUG00000000765) ##21	ttc29 (ENSIPUG00000000778)	ENSIPUG00000000786	vdr (ENSIPUG00000000797)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	166														ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT01090000260052.a.b.j	ENSGT00940000154044.a.a.q.a	ENSGT00940000159858	ENSGT00940000154667.b.a	ENSGT01050000244939.a.a.b.a.b.c.a.a.a.b	ENSGT01050000244939.a.a.b.a.b.c.a.a.a.a	ENSGT00940000157191.d	ENSGT01050000244838.D.a.b	ENSGT00950000182982.C.c.b	ENSGT00390000000358.z	ENSGT00940000159567.a.b	ENSGT00940000165797	ENSGT00940000160190.a.b.a	ENSGT00940000160862	ENSGT00940000158080
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159181.j	ENSGT00940000156230.p.b	ENSGT00940000159686.e	ENSGT00940000158250.d.b.b	ENSGT00940000159117.b	ENSGT00940000156872.c.b	ENSGT00390000005294.a.d	ENSGT00390000016392.i	ENSGT00940000160734.d.a	ENSGT00390000001400.g.a	ENSGT01010000222287.A.c.a	ENSGT00940000168345.b	ENSGT00390000018003.a.k.a	ENSGT00390000004348.a	ENSGT00950000182985.b.a.l	ENSGT00950000182941.a.a.a.a.a ##22	ENSGT01090000260052.a.b.j.e.b.a	ENSGT01090000260052.a.b.j.e.a.b	ENSGT00940000154044.a.a.q.a.a	ENSGT00940000159858.d	ENSGT00940000154667.b.a.c	ENSGT01050000244939.a.a.b.a.b.c.a.a.a.b.a.a	ENSGT01050000244939.a.a.b.a.b.c.a.a.a.a	ENSGT00940000157191.d.d	ENSGT01050000244838.D.a.b.e	ENSGT00950000182982.C.c.b.h	ENSGT00390000000358.z.c	ENSGT00940000159567.a.b.a	ENSGT00940000165797	ENSGT00940000160190.a.b.a.b	ENSGT00940000160862
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	MODERN SPECIES	15	ATP9A (ENSCARG00000004044)	NFATC2 (ENSCARG00000004333)	kcng1 (ENSCARG00000004415)	src (ENSCARG00000004450)	mical1 (ENSCARG00000004733)	camk1gb (ENSCARG00000004753)	g0s2 (ENSCARG00000004775)	otud3 (ENSCARG00000004779)	vwa1 (ENSCARG00000004791)	TMCO4 (ENSCARG00000004819)	HTR6 (ENSCARG00000005058)	ENSCARG00000005064	SIKE1 (ENSCARG00000005069)	iyd (ENSCARG00000005077)	ppp1r14c (ENSCARG00000005098)	ENSCARG00000005105 ##22	ENSCARG00000005127 ##22	XCR1 (ENSCARG00000005137)	XCR1 (ENSCARG00000005150)	FYCO1 (ENSCARG00000005171)	ENSCARG00000005231	rnf146 (ENSCARG00000005708)	gpsm2l (ENSCARG00000005743)	ENSCARG00000005861	ENSCARG00000005889	tent5ab (ENSCARG00000006001)	elovl4b (ENSCARG00000006010)	SOGA3 (ENSCARG00000006021)	ENSCARG00000006033	mdp1 (ENSCARG00000006043)	ENSCARG00000006067
Goldfish	MODERN SPECIES	15	NFATC2 (ENSCARG00000004333)	kcng1 (ENSCARG00000004415)	src (ENSCARG00000004450)	mical1 (ENSCARG00000004733)	camk1gb (ENSCARG00000004753)	g0s2 (ENSCARG00000004775)	otud3 (ENSCARG00000004779)	vwa1 (ENSCARG00000004791)	TMCO4 (ENSCARG00000004819)	HTR6 (ENSCARG00000005058)	ENSCARG00000005064	SIKE1 (ENSCARG00000005069)	iyd (ENSCARG00000005077)	ppp1r14c (ENSCARG00000005098)	ENSCARG00000005105 ##22	ENSCARG00000005127 ##22	XCR1 (ENSCARG00000005137)	XCR1 (ENSCARG00000005150)	FYCO1 (ENSCARG00000005171)	ENSCARG00000005231	rnf146 (ENSCARG00000005708)	gpsm2l (ENSCARG00000005743)	ENSCARG00000005861	ENSCARG00000005889	tent5ab (ENSCARG00000006001)	elovl4b (ENSCARG00000006010)	SOGA3 (ENSCARG00000006021)	ENSCARG00000006033	mdp1 (ENSCARG00000006043)	ENSCARG00000006067	ENSCARG00000006122
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158250.d.b.b	ENSGT00940000159117.b	ENSGT00940000156872.c.b	ENSGT00390000005294.a.c.a	ENSGT00390000016392.i	ENSGT00940000160734.d.a	ENSGT00390000001400.g.a	ENSGT00940000154484.A	ENSGT00940000168345.b	ENSGT00390000001400.h	ENSGT01010000222287.A.c.b	ENSGT00940000168345.a	ENSGT00390000018003.a.k.a	ENSGT00390000004348.a	ENSGT00950000182985.b.a.l	ENSGT00950000182941.a.a.a.a.a ##22	ENSGT01090000260052.a.b.j.e.b.a	ENSGT01090000260052.a.b.j.e.a.b	ENSGT00940000154044.a.a.q.a.a	ENSGT00940000159858.d	ENSGT00940000154667.b.a.c	ENSGT01050000244939.a.a.b.a.b.c.a.a.a.b.a.a	ENSGT01050000244939.a.a.b.a.b.c.a.a.a.b.b	ENSGT01050000244939.a.a.b.a.b.c.a.a.a.a	ENSGT00940000157191.d.d	ENSGT01050000244838.D.a.b.e	ENSGT00950000182982.C.c.b.h	ENSGT00390000000358.z.c	ENSGT00940000159567.a.b.a	ENSGT00940000165797.e	ENSGT00940000160862
Common carp reference	MODERN SPECIES	49	ENSCCRG00000014078	ATP9A (ENSCCRG00000014167)	NFATC2 (ENSCCRG00000030626)	kcng1 (ENSCCRG00000057175)	src (ENSCCRG00000051450)	mical1 (ENSCCRG00000048326)	camk1gb (ENSCCRG00000048331)	g0s2 (ENSCCRG00000057634)	otud3 (ENSCCRG00000048335)	vwa1 (ENSCCRG00000019732)	ENSCCRG00000048112	ENSCCRG00000078910	ENSCCRG00000024495	iyd (ENSCCRG00000024500)	ppp1r14c (ENSCCRG00000055575)	ENSCCRG00000055201 ##22	ENSCCRG00000080786	ENSCCRG00000071590	ENSCCRG00000002552	ENSCCRG00000041754	gpsm2l (ENSCCRG00000009614)	ENSCCRG00000076064	ENSCCRG00000016190	ENSCCRG00000016196	ENSCCRG00000016557	tent5ab (ENSCCRG00000023270)	elovl4b (ENSCCRG00000065736)	ENSCCRG00000066825	rnf146 (ENSCCRG00000054431)	ENSCCRG00000072109	mdp1 (ENSCCRG00000004603)
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	655	NFATC2 (ENSSGRG00000021546)	kcng1 (ENSSGRG00000021544)	src (ENSSGRG00000021524)	ENSSGRG00000021523	mical1 (ENSSGRG00000021390)	ENSSGRG00000021388	g0s2 (ENSSGRG00000021386)	otud3 (ENSSGRG00000021385)	vwa1 (ENSSGRG00000021384)	ENSSGRG00000021383	HTR6 (ENSSGRG00000021371)	ENSSGRG00000021369	SIKE1 (ENSSGRG00000021367)	ENSSGRG00000021365	ppp1r14c (ENSSGRG00000021360)	ENSSGRG00000021355 ##22	XCR1 (ENSSGRG00000021354)	XCR1 (ENSSGRG00000021352)	FYCO1 (ENSSGRG00000021351)	ENSSGRG00000021344	ENSSGRG00000021343	gpsm2l (ENSSGRG00000021329)	ENSSGRG00000021296	TGM1 (ENSSGRG00000021294)	TGM1 (ENSSGRG00000021286)	elovl4b (ENSSGRG00000021281)	ENSSGRG00000021280	SOGA3 (ENSSGRG00000021279)	rnf146 (ENSSGRG00000021278)	ENSSGRG00000021276	cltrn (ENSSGRG00000021275)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	427	ENSGT00940000156230.p.a	ENSGT00940000159686.f	ENSGT00940000158250.d.b.a	ENSGT00940000159117.a	ENSGT01050000244806.b.a.a.b	ENSGT00940000156872.c.a	ENSGT00390000005294.a.c.a	ENSGT00390000016392.j	ENSGT00940000160734.d.b	ENSGT00390000001400.h	ENSGT01010000222287.A.c.b	ENSGT00940000168345.a	ENSGT00390000018003.a.k.b	ENSGT00390000004348.b	ENSGT00950000182985.b.a.k	ENSGT00950000182941.a.a.a.a.b ##22	ENSGT01090000260052.a.b.j.f.a.a
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	MODERN SPECIES	42	tnfrsf9a (ENSCARG00000058025)	ENSCARG00000058047	uts2a (ENSCARG00000058102)	kcng1 (ENSCARG00000058128)	src (ENSCARG00000058166)	mical1 (ENSCARG00000058346)	ENSCARG00000058407	camk1gb (ENSCARG00000058426)	g0s2 (ENSCARG00000058676)	otud3 (ENSCARG00000058695)	vwa1 (ENSCARG00000058717)	HTR6 (ENSCARG00000058760)	ENSCARG00000058780	SIKE1 (ENSCARG00000058812)	ppp1r14c (ENSCARG00000058829)	ENSCARG00000058860 ##22	XCR1 (ENSCARG00000058913)	XCR1 (ENSCARG00000058923)	TGM1 (ENSCARG00000058946)	gpsm2l (ENSCARG00000059008)	ENSCARG00000059100	FYCO1 (ENSCARG00000060289)	XCR1 (ENSCARG00000060381)	ENSCARG00000060398	tent5ab (ENSCARG00000060445)	elovl4b (ENSCARG00000060479)	SOGA3 (ENSCARG00000060497)	rnf146 (ENSCARG00000060516)	ENSCARG00000060535	ppp1r14c (ENSCARG00000060562)	SIKE1 (ENSCARG00000060591)
Goldfish	MODERN SPECIES	3197															ENSCARG00000060038 ##22	ENSCARG00000060055 ##22	XCR1 (ENSCARG00000060092)	XCR1 (ENSCARG00000060106)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	647													ENSGT00390000018003.a.k.b	ENSGT00390000004348.b	ENSGT00950000182985.b.a.k	ENSGT00950000182941.a.a.a.a.b ##22	ENSGT01090000260052.a.b.j.f.a.a	ENSGT01090000260052.a.b.j.e.a.a	ENSGT00940000154044.a.a.q.a.b	ENSGT00940000159858.c
Common carp reference	MODERN SPECIES	11	NFATC2 (ENSCCRG00000029533)	kcng1 (ENSCCRG00000058181)	src (ENSCCRG00000019707)	mical1 (ENSCCRG00000019713)	ENSCCRG00000073601	camk1gb (ENSCCRG00000019719)	g0s2 (ENSCCRG00000019729)	otud3 (ENSCCRG00000078727)	vwa1 (ENSCCRG00000057290)	ENSCCRG00000019740	ENSCCRG00000019743	ENSCCRG00000068070	ENSCCRG00000019752	iyd (ENSCCRG00000019758)	ppp1r14c (ENSCCRG00000071204)	ENSCCRG00000082582 ##22	ENSCCRG00000020444	ENSCCRG00000080507	ENSCCRG00000020464	ENSCCRG00000020506	gpsm2l (ENSCCRG00000022665)	ENSCCRG00000067315	ENSCCRG00000058834	ENSCCRG00000062712	ENSCCRG00000081384	ENSCCRG00000074293	ENSCCRG00000017783	ENSCCRG00000067461	tent5ab (ENSCCRG00000072093)	ENSCCRG00000065482	elovl4b (ENSCCRG00000047177)
Zebrafish	MODERN SPECIES	15	ATP9A (ENSDARG00000115869)	NFATC2 (ENSDARG00000100927)	kcng1 (ENSDARG00000099038)	src (ENSDARG00000008107)	mical1 (ENSDARG00000011809)	camk1gb (ENSDARG00000008788)	g0s2 (ENSDARG00000078859)	otud3 (ENSDARG00000022648)	vwa1 (ENSDARG00000075468)	TMCO4 (ENSDARG00000078924)	HTR6 (ENSDARG00000016095)	micos10 (ENSDARG00000101619)	SIKE1 (ENSDARG00000102199)	iyd (ENSDARG00000076056)	ppp1r14c (ENSDARG00000077341)	ENSDARG00000104435 ##22	XCR1 (ENSDARG00000054847)	FYCO1 (ENSDARG00000104500)	ENSDARG00000095788	gpsm2l (ENSDARG00000102026)	ENSDARG00000101595	ENSDARG00000005913	ENSDARG00000112258	tent5ab (ENSDARG00000054641)	elovl4b (ENSDARG00000027495)	SOGA3 (ENSDARG00000075455)	rnf146 (ENSDARG00000089981)	ENSDARG00000075960	mdp1 (ENSDARG00000088040)	ENSDARG00000067808	ENSDARG00000095001
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	634															ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	97																ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT01080000257573	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000159157	ENSGT00560000077266.a
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000164632.b.b	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT01010000229923	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT01080000257573	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000163299.B.b.b.g.a	ENSGT00940000159157
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000164632.b.b	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT01010000229923	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT01080000257573	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s	ENSGT00940000166622
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	465	ENSHCOG00000000229	ENSHCOG00000007192	cpsf3 (ENSHCOG00000007251)	ADAM17 (ENSHCOG00000007264)	taf1b (ENSHCOG00000000234)	klf11a (ENSHCOG00000000673)	RRM2 (ENSHCOG00000000242)	ENSHCOG00000007346	ENSHCOG00000007365	ENSHCOG00000007373	ubr7 (ENSHCOG00000007377)	ASB2 (ENSHCOG00000007421)	sec63 (ENSHCOG00000007466)	iyd (ENSHCOG00000007479)	ppp1r14c (ENSHCOG00000007490)	ENSHCOG00000007512 ##22	armc1l (ENSHCOG00000007533)	mtfr2 (ENSHCOG00000007539)	PDE7B (ENSHCOG00000007553)	myb (ENSHCOG00000007560)	hbs1l (ENSHCOG00000007581)	aldh8a1 (ENSHCOG00000007598)	SGK1 (ENSHCOG00000007633)	CNIH3 (ENSHCOG00000007653)	ENSHCOG00000007667	ptchd4 (ENSHCOG00000007675)	opn5 (ENSHCOG00000007694)	cd2ap (ENSHCOG00000007770)	tnfrsf21 (ENSHCOG00000007783)	ENSHCOG00000007789	disp1 (ENSHCOG00000007804)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000164632.b.b	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT01010000229923	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT01080000257573	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00970000193390.c.a.a.b	ENSGT01030000234583.a.a.c.b.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00530000064185	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT01010000229923	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00970000193390.c.a.a.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s	ENSGT00940000166622
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00530000064185	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT01010000229923	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.b	ENSGT00970000193390.c.a.a.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00530000064185	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT01010000229923	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.b	ENSGT00970000193390.c.a.a.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	121						ENSLBEG00000003550	tmem63a (ENSLBEG00000003473)	mrps18a (ENSLBEG00000003391)	rsph9 (ENSLBEG00000003432)	vegfab (ENSLBEG00000003354)	naga (ENSLBEG00000003326)	ENSLBEG00000003295	wdr26b (ENSLBEG00000003265)	fez2b (ENSLBEG00000003220)	ppp1r14c (ENSLBEG00000003174)	ENSLBEG00000003050 ##22	armc1l (ENSLBEG00000002980)	mtfr2 (ENSLBEG00000002959)	PDE7B (ENSLBEG00000002915)	myb (ENSLBEG00000002889)	hbs1l (ENSLBEG00000002784)	aldh8a1 (ENSLBEG00000002728)	SGK1 (ENSLBEG00000002663)	slc2a12 (ENSLBEG00000002615)	tbpl1 (ENSLBEG00000002554)	tcf21 (ENSLBEG00000002535)	eya4 (ENSLBEG00000002488)	rps12 (ENSLBEG00000002426)	ENSLBEG00000002373	ENSLBEG00000002356	sh3bgrl2 (ENSLBEG00000002334)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00530000064185	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT01010000229923	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.b	ENSGT00970000193390.c.a.a.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00530000064185	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT01010000229923	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.b	ENSGT00970000193390.c.a.a.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000017627.a.a.a	ENSGT00940000165654	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000164632.b.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00970000193390.c.a.a.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s	ENSGT00940000172013
Lumpfish	MODERN SPECIES	16	wdr26b (ENSCLMG00005012234)	fez2b (ENSCLMG00005012791)	esrrgb (ENSCLMG00005012792)	si:ch73-21k16.4 (ENSCLMG00005012793)	LPIN1 (ENSCLMG00005012806)	ENSCLMG00005012886	ENSCLMG00005012890	DDX1 (ENSCLMG00005012911)	nbas (ENSCLMG00005013273)	lratd1 (ENSCLMG00005015535)	MTLN (ENSCLMG00005015536)	ENSCLMG00005015537	sec63 (ENSCLMG00005015538)	iyd (ENSCLMG00005015549)	ppp1r14c (ENSCLMG00005015550)	ENSCLMG00005015551 ##22	armc1l (ENSCLMG00005015552)	mtfr2 (ENSCLMG00005015553)	PDE7B (ENSCLMG00005015554)	myb (ENSCLMG00005015556)	hbs1l (ENSCLMG00005015562)	aldh8a1 (ENSCLMG00005017206)	SGK1 (ENSCLMG00005017211)	slc2a12 (ENSCLMG00005017218)	tbpl1 (ENSCLMG00005017222)	tcf21 (ENSCLMG00005017223)	ENSCLMG00005017224	ENSCLMG00005017225	eya4 (ENSCLMG00005017245)	rps12 (ENSCLMG00005017809)	ENSCLMG00005017811
Stickleback	MODERN SPECIES	18	NHSL1 (ENSGACG00000011355)	acbd3 (ENSGACG00000011352)	mixl1 (ENSGACG00000011351)	lin9 (ENSGACG00000011327)	ENSGACG00000011324	parp1 (ENSGACG00000011280)	itsn2a (ENSGACG00000011256)	DDX1 (ENSGACG00000011162)	nbas (ENSGACG00000011136)	lratd1 (ENSGACG00000011134)	MTLN (ENSGACG00000011129)	ENSGACG00000011123	sec63 (ENSGACG00000011115)	iyd (ENSGACG00000011113)	ppp1r14c (ENSGACG00000011108)	ENSGACG00000011098 ##22	armc1l (ENSGACG00000011079)	mtfr2 (ENSGACG00000011073)	PDE7B (ENSGACG00000011060)	myb (ENSGACG00000011054)	hbs1l (ENSGACG00000011035)	aldh8a1 (ENSGACG00000011008)	SGK1 (ENSGACG00000010973)	slc2a12 (ENSGACG00000010968)	tbpl1 (ENSGACG00000010959)	tcf21 (ENSGACG00000010957)	ENSGACG00000010950	eya4 (ENSGACG00000010932)	rps12 (ENSGACG00000010916)	ENSGACG00000010912	ENSGACG00000010905
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00530000064185	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT01010000229923	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.b	ENSGT00970000193390.c.a.a.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	16	esrrgb (ENSCGOG00000012028)	LPIN1 (ENSCGOG00000011860)	ENSCGOG00000011844	ENSCGOG00000011842	ENSCGOG00000011840	itsn2a (ENSCGOG00000024079)	DDX1 (ENSCGOG00000023730)	nbas (ENSCGOG00000023345)	lratd1 (ENSCGOG00000023270)	MTLN (ENSCGOG00000023269)	ENSCGOG00000023268	ENSCGOG00000023267	sec63 (ENSCGOG00000022998)	iyd (ENSCGOG00000022979)	ppp1r14c (ENSCGOG00000022978)	ENSCGOG00000022974 ##22	armc1l (ENSCGOG00000022969)	mtfr2 (ENSCGOG00000022968)	PDE7B (ENSCGOG00000022964)	myb (ENSCGOG00000022951)	hbs1l (ENSCGOG00000022448)	aldh8a1 (ENSCGOG00000022428)	SGK1 (ENSCGOG00000022132)	slc2a12 (ENSCGOG00000022108)	tbpl1 (ENSCGOG00000022106)	tcf21 (ENSCGOG00000022105)	ENSCGOG00000022104	ENSCGOG00000022103	eya4 (ENSCGOG00000021345)	rps12 (ENSCGOG00000021292)	ENSCGOG00000021288
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000017627.a.a.a	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00530000064185	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.b	ENSGT00970000193390.c.a.a.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	14	esrrgb (ENSSAUG00010017397)	si:ch73-21k16.4 (ENSSAUG00010017396)	LPIN1 (ENSSAUG00010017247)	ENSSAUG00010017227	ENSSAUG00010017319	itsn2a (ENSSAUG00010016348)	ENSSAUG00010016329	DDX1 (ENSSAUG00010015435)	nbas (ENSSAUG00010015217)	lratd1 (ENSSAUG00010015197)	MTLN (ENSSAUG00010015196)	ENSSAUG00010015194	sec63 (ENSSAUG00010015190)	ppp1r14c (ENSSAUG00010015181)	iyd (ENSSAUG00010015176)	ENSSAUG00010015171 ##22	armc1l (ENSSAUG00010015165)	mtfr2 (ENSSAUG00010015159)	PDE7B (ENSSAUG00010015069)	myb (ENSSAUG00010015047)	hbs1l (ENSSAUG00010014998)	aldh8a1 (ENSSAUG00010014983)	SGK1 (ENSSAUG00010014872)	slc2a12 (ENSSAUG00010014862)	tbpl1 (ENSSAUG00010014854)	tcf21 (ENSSAUG00010014853)	ENSSAUG00010014852	ENSSAUG00010014850	ENSSAUG00010014849	ENSSAUG00010014847	ENSSAUG00010014846
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000017627.a.a.a	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00530000064185	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.b	ENSGT00970000193390.c.a.a.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s
European seabass	MODERN SPECIES	7	ENSDLAG00005009251	ENSDLAG00005009290	wdr26b (ENSDLAG00005009919)	fez2b (ENSDLAG00005010147)	esrrgb (ENSDLAG00005010210)	si:ch73-21k16.4 (ENSDLAG00005028457)	ENSDLAG00005010265	ENSDLAG00005011948	ENSDLAG00005012045	DDX1 (ENSDLAG00005012448)	nbas (ENSDLAG00005012745)	lratd1 (ENSDLAG00005015279)	sec63 (ENSDLAG00005004405)	ENSDLAG00005029471	ENSDLAG00005005523	ENSDLAG00005005535 ##22	armc1l (ENSDLAG00005006116)	mtfr2 (ENSDLAG00005006124)	ENSDLAG00005006199	myb (ENSDLAG00005006922)	hbs1l (ENSDLAG00005005564)	aldh8a1 (ENSDLAG00005006999)	SGK1 (ENSDLAG00005034441)	slc2a12 (ENSDLAG00005007206)	tbpl1 (ENSDLAG00005007221)	tcf21 (ENSDLAG00005028532)	ENSDLAG00005032233	ENSDLAG00005007238	ENSDLAG00005031041	eya4 (ENSDLAG00005007286)	rps12 (ENSDLAG00005007952)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	482	fez2b (ENSLCRG00005011964)	esrrgb (ENSLCRG00005011854)	si:ch73-21k16.4 (ENSLCRG00005011851)	LPIN1 (ENSLCRG00005011431)	GNPAT (ENSLCRG00005010581)	ENSLCRG00005010322	itsn2a (ENSLCRG00005006996)	DDX1 (ENSLCRG00005005311)	nbas (ENSLCRG00005004449)	lratd1 (ENSLCRG00005003904)	MTLN (ENSLCRG00005003899)	ENSLCRG00005003897	sec63 (ENSLCRG00005003849)	iyd (ENSLCRG00005003806)	ppp1r14c (ENSLCRG00005003793)	ENSLCRG00005003741 ##22	armc1l (ENSLCRG00005003715)	PDE7B (ENSLCRG00005003670)	myb (ENSLCRG00005003593)	hbs1l (ENSLCRG00005003386)	aldh8a1 (ENSLCRG00005003117)	SGK1 (ENSLCRG00005003012)	slc2a12 (ENSLCRG00005002864)	tbpl1 (ENSLCRG00005002836)	tcf21 (ENSLCRG00005002802)	cbln17 (ENSLCRG00005002791)	ENSLCRG00005002760	eya4 (ENSLCRG00005002221)	rps12 (ENSLCRG00005001978)	ENSLCRG00005001858	ENSLCRG00005001472
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000156549.a.b	ENSGT00390000017627.a.a.a	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712.l	ENSGT00940000155712.k	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s	ENSGT00940000166622
Fugu	MODERN SPECIES	7	vegfa (ENSTRUG00000031283)	naga (ENSTRUG00000015290)	ENSTRUG00000015342	fez2b (ENSTRUG00000015432)	esrrgb (ENSTRUG00000015470)	si:ch73-21k16.4 (ENSTRUG00000015569)	LPIN1 (ENSTRUG00000015609)	GNPAT (ENSTRUG00000015672)	DDX1 (ENSTRUG00000015765)	nbas (ENSTRUG00000015826)	lratd1 (ENSTRUG00000015913)	MTLN (ENSTRUG00000020809)	ENSTRUG00000026635	iyd (ENSTRUG00000015968)	ppp1r14c (ENSTRUG00000020841)	ENSTRUG00000015983 ##22	armc1l (ENSTRUG00000016025)	mtfr2 (ENSTRUG00000030934)	tbpl1 (ENSTRUG00000016041)	PDE7B (ENSTRUG00000016053)	myb (ENSTRUG00000016069)	hbs1l (ENSTRUG00000016128)	aldh8a1 (ENSTRUG00000016173)	SGK1 (ENSTRUG00000002784)	slc2a12 (ENSTRUG00000003357)	tbpl1 (ENSTRUG00000003677)	tcf21 (ENSTRUG00000003919)	eya4 (ENSTRUG00000003990)	rps12 (ENSTRUG00000004877)	ENSTRUG00000019648	ENSTRUG00000005039
Tetraodon	MODERN SPECIES	5	mrps18a (ENSTNIG00000016302)	ENSTNIG00000016303	si:ch73-21k16.4 (ENSTNIG00000016304)	LPIN1 (ENSTNIG00000016305)	GNPAT (ENSTNIG00000016306)	ENSTNIG00000000786	ENSTNIG00000016307	itsn2a (ENSTNIG00000016308)	DDX1 (ENSTNIG00000016309)	nbas (ENSTNIG00000016310)	lratd1 (ENSTNIG00000001205)	ENSTNIG00000016311	sec63 (ENSTNIG00000016312)	iyd (ENSTNIG00000016313)	ppp1r14c (ENSTNIG00000016314)	ENSTNIG00000016315 ##22	armc1l (ENSTNIG00000016316)	mtfr2 (ENSTNIG00000016317)	PDE7B (ENSTNIG00000016318)	myb (ENSTNIG00000016319)	hbs1l (ENSTNIG00000016320)	aldh8a1 (ENSTNIG00000016321)	SGK1 (ENSTNIG00000016322)	slc2a12 (ENSTNIG00000016323)	tbpl1 (ENSTNIG00000016324)	tbpl1 (ENSTNIG00000016325)	tcf21 (ENSTNIG00000016326)	eya4 (ENSTNIG00000016327)	rps12 (ENSTNIG00000016328)	ENSTNIG00000016329	ENSTNIG00000016330
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT01010000229923	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00970000193390.c.a.a.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s	ENSGT00940000166622
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT01010000229923	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00970000193390.c.a.a.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s	ENSGT00940000166622
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	16	fez2b (ENSMAMG00000015639)	esrrgb (ENSMAMG00000015664)	si:ch73-21k16.4 (ENSMAMG00000015684)	ENSMAMG00000015703	ENSMAMG00000015792	ENSMAMG00000015804	ENSMAMG00000015813	DDX1 (ENSMAMG00000015916)	nbas (ENSMAMG00000016025)	lratd1 (ENSMAMG00000016158)	ENSMAMG00000016173	ENSMAMG00000016178	sec63 (ENSMAMG00000016196)	ENSMAMG00000016255	ENSMAMG00000016278	ENSMAMG00000016292 ##22	armc1l (ENSMAMG00000016330)	mtfr2 (ENSMAMG00000016358)	ENSMAMG00000016372	myb (ENSMAMG00000016430)	hbs1l (ENSMAMG00000016498)	aldh8a1 (ENSMAMG00000016570)	SGK1 (ENSMAMG00000016591)	ENSMAMG00000016608	slc2a12 (ENSMAMG00000016616)	tbpl1 (ENSMAMG00000016622)	tcf21 (ENSMAMG00000025174)	ENSMAMG00000016648	eya4 (ENSMAMG00000016684)	rps12 (ENSMAMG00000016776)	ENSMAMG00000016801
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT01010000229923	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00970000193390.c.a.a.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s	ENSGT00940000166622
Climbing perch	MODERN SPECIES	15	fez2b (ENSATEG00000003610)	esrrgb (ENSATEG00000003662)	si:ch73-21k16.4 (ENSATEG00000003701)	ENSATEG00000003757	ENSATEG00000028510	ENSATEG00000029757	DDX1 (ENSATEG00000003965)	nbas (ENSATEG00000004094)	lratd1 (ENSATEG00000004217)	ENSATEG00000004228	ENSATEG00000028701	ENSATEG00000029724	sec63 (ENSATEG00000004251)	ENSATEG00000004277	ENSATEG00000026982	ENSATEG00000004334 ##22	armc1l (ENSATEG00000004348)	mtfr2 (ENSATEG00000004387)	ENSATEG00000004395	myb (ENSATEG00000004447)	hbs1l (ENSATEG00000004459)	aldh8a1 (ENSATEG00000004552)	SGK1 (ENSATEG00000004646)	slc2a12 (ENSATEG00000004712)	tbpl1 (ENSATEG00000004722)	tcf21 (ENSATEG00000004746)	ENSATEG00000004751	eya4 (ENSATEG00000004763)	rps12 (ENSATEG00000004850)	ENSATEG00000026850	ENSATEG00000004901
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	13	ENSBSLG00000025027	rps12 (ENSBSLG00000025024)	eya4 (ENSBSLG00000024236)	tcf21 (ENSBSLG00000024175)	tbpl1 (ENSBSLG00000024172)	slc2a12 (ENSBSLG00000024164)	DDX1 (ENSBSLG00000024072)	nbas (ENSBSLG00000023241)	lratd1 (ENSBSLG00000023173)	MTLN (ENSBSLG00000023168)	ENSBSLG00000023162	ENSBSLG00000023158	sec63 (ENSBSLG00000023059)	iyd (ENSBSLG00000022978)	ppp1r14c (ENSBSLG00000022965)	ENSBSLG00000022954 ##22	armc1l (ENSBSLG00000022951)	mtfr2 (ENSBSLG00000022941)	PDE7B (ENSBSLG00000022578)	myb (ENSBSLG00000022543)	hbs1l (ENSBSLG00000022394)	aldh8a1 (ENSBSLG00000022325)	SGK1 (ENSBSLG00000021304)	itsn2a (ENSBSLG00000018378)	ENSBSLG00000018217	ENSBSLG00000018176	LPIN1 (ENSBSLG00000017617)	si:ch73-21k16.4 (ENSBSLG00000017582)	esrrgb (ENSBSLG00000017554)	fez2b (ENSBSLG00000017367)	wdr26b (ENSBSLG00000016770)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000165654	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.b	ENSGT00970000193390.c.a.a.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000165654	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.d	ENSGT00940000157260.s	ENSGT00940000166622
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00530000064185	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.d	ENSGT00940000157260.s	ENSGT00940000166622
Greater amberjack	MODERN SPECIES	10	ENSSDUG00000011977	esrrgb (ENSSDUG00000011987)	si:ch73-21k16.4 (ENSSDUG00000011998)	LPIN1 (ENSSDUG00000012032)	ENSSDUG00000012152	ENSSDUG00000012233	itsn2a (ENSSDUG00000012253)	DDX1 (ENSSDUG00000012334)	nbas (ENSSDUG00000012449)	lratd1 (ENSSDUG00000012611)	MTLN (ENSSDUG00000012621)	ENSSDUG00000012637	sec63 (ENSSDUG00000012649)	iyd (ENSSDUG00000012760)	ppp1r14c (ENSSDUG00000012796)	ENSSDUG00000012807 ##22	armc1l (ENSSDUG00000012847)	mtfr2 (ENSSDUG00000012877)	PDE7B (ENSSDUG00000012904)	myb (ENSSDUG00000012945)	hbs1l (ENSSDUG00000012974)	aldh8a1 (ENSSDUG00000013030)	SGK1 (ENSSDUG00000013062)	slc2a12 (ENSSDUG00000013138)	tbpl1 (ENSSDUG00000013171)	tcf21 (ENSSDUG00000013207)	ENSSDUG00000013218	eya4 (ENSSDUG00000013224)	rps12 (ENSSDUG00000013264)	ENSSDUG00000013332	ENSSDUG00000013348
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2386										lratd1 (ENSSLDG00000005392)	MTLN (ENSSLDG00000005385)	ENSSLDG00000005372	sec63 (ENSSLDG00000005351)	iyd (ENSSLDG00000005322)	ppp1r14c (ENSSLDG00000005286)	ENSSLDG00000005255 ##22	armc1l (ENSSLDG00000005211)	mtfr2 (ENSSLDG00000005175)	PDE7B (ENSSLDG00000005080)	myb (ENSSLDG00000005041)	hbs1l (ENSSLDG00000004960)	aldh8a1 (ENSSLDG00000004918)	SGK1 (ENSSLDG00000004835)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	116	esrrgb (ENSLCAG00010017917)	si:ch73-21k16.4 (ENSLCAG00010017915)	LPIN1 (ENSLCAG00010017908)	ENSLCAG00010017897	ENSLCAG00010017891	itsn2a (ENSLCAG00010017671)	DDX1 (ENSLCAG00010017623)	nbas (ENSLCAG00010016931)	ENSLCAG00010016759	lratd1 (ENSLCAG00010016757)	MTLN (ENSLCAG00010016756)	ENSLCAG00010016751	sec63 (ENSLCAG00010016738)	iyd (ENSLCAG00010016728)	ppp1r14c (ENSLCAG00010016726)	ENSLCAG00010016696 ##22	armc1l (ENSLCAG00010016684)	mtfr2 (ENSLCAG00010016681)	PDE7B (ENSLCAG00010016663)	myb (ENSLCAG00010016643)	hbs1l (ENSLCAG00010016550)	aldh8a1 (ENSLCAG00010016511)	SGK1 (ENSLCAG00010016501)	slc2a12 (ENSLCAG00010016495)	tbpl1 (ENSLCAG00010016492)	tcf21 (ENSLCAG00010016485)	ENSLCAG00010016477
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000153634.b.b	ENSGT00390000017627.a.a.a	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00970000193390.c.a.a.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000171557	ENSGT00940000166622
Tongue sole	MODERN SPECIES	17	tbx18 (ENSCSEG00000002523)	ENSCSEG00000002529	esrrgb (ENSCSEG00000002536)	si:ch73-21k16.4 (ENSCSEG00000002545)	LPIN1 (ENSCSEG00000002548)	ENSCSEG00000002557	itsn2a (ENSCSEG00000002594)	DDX1 (ENSCSEG00000002630)	nbas (ENSCSEG00000002658)	ENSCSEG00000002682	lratd1 (ENSCSEG00000002687)	MTLN (ENSCSEG00000002691)	sec63 (ENSCSEG00000002702)	iyd (ENSCSEG00000002719)	ppp1r14c (ENSCSEG00000002723)	ENSCSEG00000002738 ##22	armc1l (ENSCSEG00000002744)	mtfr2 (ENSCSEG00000002748)	PDE7B (ENSCSEG00000002754)	myb (ENSCSEG00000002762)	hbs1l (ENSCSEG00000002794)	aldh8a1 (ENSCSEG00000002843)	EPM2A (ENSCSEG00000002851)	ENSCSEG00000002854	fbxo30b (ENSCSEG00000002881)	GRM1 (ENSCSEG00000002884)	rab32a (ENSCSEG00000002895)	ENSCSEG00000002897	stxbp5a (ENSCSEG00000002905)	SAMD5 (ENSCSEG00000002921)	sash1a (ENSCSEG00000002925)
Turbot	MODERN SPECIES	12	wdr26b (ENSSMAG00000009471)	fez2b (ENSSMAG00000009510)	esrrgb (ENSSMAG00000009541)	si:ch73-21k16.4 (ENSSMAG00000009585)	ENSSMAG00000009604	ENSSMAG00000009893	ENSSMAG00000009911	DDX1 (ENSSMAG00000010094)	nbas (ENSSMAG00000010197)	lratd1 (ENSSMAG00000010341)	ENSSMAG00000010354	ENSSMAG00000010361	sec63 (ENSSMAG00000010393)	ENSSMAG00000010471	ENSSMAG00000037515	ENSSMAG00000010495 ##22	armc1l (ENSSMAG00000010515)	mtfr2 (ENSSMAG00000010526)	ENSSMAG00000010546	myb (ENSSMAG00000010585)	hbs1l (ENSSMAG00000010621)	aldh8a1 (ENSSMAG00000010687)	SGK1 (ENSSMAG00000010714)	slc2a12 (ENSSMAG00000010765)	tbpl1 (ENSSMAG00000010781)	tcf21 (ENSSMAG00000036326)	ENSSMAG00000025921	ENSSMAG00000010818	eya4 (ENSSMAG00000010837)	rps12 (ENSSMAG00000011021)	ENSSMAG00000011069
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000164632.b.b	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT01080000257573	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT01030000234583.a.a.c.b.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s
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Platyfish	MODERN SPECIES	6	wdr26b (ENSXMAG00000022833)	fez2b (ENSXMAG00000004732)	esrrgb (ENSXMAG00000004685)	si:ch73-21k16.4 (ENSXMAG00000004679)	ENSXMAG00000004663	GNPAT (ENSXMAG00000004653)	itsn2a (ENSXMAG00000004605)	DDX1 (ENSXMAG00000004555)	nbas (ENSXMAG00000004501)	lratd1 (ENSXMAG00000019549)	MTLN (ENSXMAG00000019548)	ENSXMAG00000004497	sec63 (ENSXMAG00000004462)	ppp1r14c (ENSXMAG00000026801)	iyd (ENSXMAG00000015122)	ENSXMAG00000009495 ##22	armc1l (ENSXMAG00000009487)	mtfr2 (ENSXMAG00000009485)	PDE7B (ENSXMAG00000004423)	myb (ENSXMAG00000004392)	hbs1l (ENSXMAG00000004359)	aldh8a1 (ENSXMAG00000004351)	SGK1 (ENSXMAG00000004339)	slc2a12 (ENSXMAG00000004337)	tbpl1 (ENSXMAG00000004323)	tcf21 (ENSXMAG00000029496)	ENSXMAG00000004321	eya4 (ENSXMAG00000004289)	rps12 (ENSXMAG00000025048)	ENSXMAG00000027762	ENSXMAG00000004285
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Mummichog	MODERN SPECIES	2255	esrrgb (ENSFHEG00000008797)	si:ch73-21k16.4 (ENSFHEG00000008699)	LPIN1 (ENSFHEG00000008634)	ENSFHEG00000008571	ENSFHEG00000008549	ENSFHEG00000008545	ENSFHEG00000008502	DDX1 (ENSFHEG00000008444)	nbas (ENSFHEG00000008247)	lratd1 (ENSFHEG00000008150)	MTLN (ENSFHEG00000008142)	ENSFHEG00000008128	sec63 (ENSFHEG00000008105)	iyd (ENSFHEG00000008007)	ppp1r14c (ENSFHEG00000007990)	ENSFHEG00000007982 ##22	armc1l (ENSFHEG00000007976)	mtfr2 (ENSFHEG00000007955)	PDE7B (ENSFHEG00000007951)	myb (ENSFHEG00000007889)	hbs1l (ENSFHEG00000006942)	aldh8a1 (ENSFHEG00000006871)	SGK1 (ENSFHEG00000006867)	slc2a12 (ENSFHEG00000006848)	tbpl1 (ENSFHEG00000006840)	tcf21 (ENSFHEG00000006821)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	800													sec63 (ENSCVAG00000001519)	iyd (ENSCVAG00000000788)	ppp1r14c (ENSCVAG00000001508)	ENSCVAG00000001501 ##22	armc1l (ENSCVAG00000001485)	mtfr2 (ENSCVAG00000001482)	PDE7B (ENSCVAG00000000679)	myb (ENSCVAG00000001471)	hbs1l (ENSCVAG00000001462)	aldh8a1 (ENSCVAG00000001455)	SGK1 (ENSCVAG00000001446)	slc2a12 (ENSCVAG00000001441)	tbpl1 (ENSCVAG00000001436)	tcf21 (ENSCVAG00000001430)
Oryzias	DUPLICATION
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Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000017627.a.a.a	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000164632.b.b	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a.c ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s	ENSGT00940000166622	ENSGT00940000159157
Indian medaka	MODERN SPECIES	22	DDX1 (ENSOMEG00000017620)	nbas (ENSOMEG00000017572)	lratd1 (ENSOMEG00000017488)	MTLN (ENSOMEG00000000654)	ENSOMEG00000017469	sec63 (ENSOMEG00000000436)	iyd (ENSOMEG00000017325)	ENSOMEG00000017313	ENSOMEG00000017297	aldh16a1 (ENSOMEG00000017260)	ENSOMEG00000017211	ENSOMEG00000017137	ENSOMEG00000017119	ENSOMEG00000017110	eci1 (ENSOMEG00000017097)	ENSOMEG00000017061 ##22	armc1l (ENSOMEG00000016864)	mtfr2 (ENSOMEG00000016843)	PDE7B (ENSOMEG00000016823)	myb (ENSOMEG00000016773)	hbs1l (ENSOMEG00000016715)	aldh8a1 (ENSOMEG00000016670)	SGK1 (ENSOMEG00000016641)	slc2a12 (ENSOMEG00000016577)	tbpl1 (ENSOMEG00000016557)	tcf21 (ENSOMEG00000000415)	eya4 (ENSOMEG00000000909)	rps12 (ENSOMEG00000016337)	ENSOMEG00000016293	ENSOMEG00000016204	sh3bgrl2 (ENSOMEG00000016156)
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	16	wdr26b (ENSOJAG00000023174)	fez2b (ENSOJAG00000023093)	esrrgb (ENSOJAG00000023069)	si:ch73-21k16.4 (ENSOJAG00000023061)	LPIN1 (ENSOJAG00000023026)	ENSOJAG00000022908	nbas (ENSOJAG00000022427)	ENSOJAG00000022418	ENSOJAG00000022417	lratd1 (ENSOJAG00000022416)	MTLN (ENSOJAG00000022413)	ENSOJAG00000022408	sec63 (ENSOJAG00000022356)	iyd (ENSOJAG00000022337)	ppp1r14c (ENSOJAG00000022335)	ENSOJAG00000022296 ##22	armc1l (ENSOJAG00000022288)	mtfr2 (ENSOJAG00000022279)	PDE7B (ENSOJAG00000022260)	myb (ENSOJAG00000022248)	hbs1l (ENSOJAG00000021520)	aldh8a1 (ENSOJAG00000021390)	SGK1 (ENSOJAG00000021158)	slc2a12 (ENSOJAG00000021133)	tbpl1 (ENSOJAG00000021124)	tcf21 (ENSOJAG00000021117)	eya4 (ENSOJAG00000020302)	rps12 (ENSOJAG00000020166)	ENSOJAG00000020151	ENSOJAG00000020141	sh3bgrl2 (ENSOJAG00000020129)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000153634.b.b	ENSGT00390000017627.a.a.a	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a.c ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000176295	ENSGT00940000166622	ENSGT00940000159157
Chinese medaka	MODERN SPECIES	796	ENSOSIG00000015744	wdr26b (ENSOSIG00000015800)	fez2b (ENSOSIG00000016042)	esrrgb (ENSOSIG00000016050)	si:ch73-21k16.4 (ENSOSIG00000016052)	ENSOSIG00000016059	ENSOSIG00000016085	ENSOSIG00000016363	nbas (ENSOSIG00000016458)	lratd1 (ENSOSIG00000017350)	MTLN (ENSOSIG00000017351)	ENSOSIG00000017353	sec63 (ENSOSIG00000017436)	iyd (ENSOSIG00000019302)	ppp1r14c (ENSOSIG00000019303)	ENSOSIG00000019309 ##22	armc1l (ENSOSIG00000019313)	mtfr2 (ENSOSIG00000000741)	PDE7B (ENSOSIG00000000802)	myb (ENSOSIG00000002639)	hbs1l (ENSOSIG00000003113)	aldh8a1 (ENSOSIG00000011221)	SGK1 (ENSOSIG00000011225)	slc2a12 (ENSOSIG00000011315)	tbpl1 (ENSOSIG00000011316)	tcf21 (ENSOSIG00000011317)	eya4 (ENSOSIG00000011318)	rps12 (ENSOSIG00000011319)	ENSOSIG00000011324	ENSOSIG00000011325	sh3bgrl2 (ENSOSIG00000011327)
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	16	wdr26b (ENSORLG00000016845)	fez2b (ENSORLG00000016834)	errg2 (ENSORLG00000016819)	si:ch73-21k16.4 (ENSORLG00000016810)	LPIN1 (ENSORLG00000016787)	ENSORLG00000016750	itsn2a (ENSORLG00000016740)	DDX1 (ENSORLG00000016709)	nbas (ENSORLG00000016677)	lratd1 (ENSORLG00000016642)	ENSORLG00000025382	sec63 (ENSORLG00000016637)	iyd (ENSORLG00000028824)	ppp1r14c (ENSORLG00000025238)	ENSORLG00000024666 ##22	ENSORLG00000016611 ##22	ENSORLG00000029692	armc1l (ENSORLG00000016600)	mtfr2 (ENSORLG00000016588)	PDE7B (ENSORLG00000016583)	myb (ENSORLG00000016573)	hbs1l (ENSORLG00000016559)	aldh8a1 (ENSORLG00000016537)	SGK1 (ENSORLG00000016520)	slc2a12 (ENSORLG00000016511)	tbpl1 (ENSORLG00000029396)	tcf21 (ENSORLG00000021964)	rps12 (ENSORLG00000016460)	eya4 (ENSORLG00000016484)	ENSORLG00000023653	ENSORLG00000016446
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.a.a.d ##22
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.a.a.d ##22
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	16	ENSORLG00000016865	wdr26b (ENSORLG00000016845)	fez2b (ENSORLG00000016834)	errg2 (ENSORLG00000016819)	si:ch73-21k16.4 (ENSORLG00000016810)	LPIN1 (ENSORLG00000016787)	ENSORLG00000016750	itsn2a (ENSORLG00000016740)	DDX1 (ENSORLG00000016709)	nbas (ENSORLG00000016677)	lratd1 (ENSORLG00000016642)	ENSORLG00000025382	sec63 (ENSORLG00000016637)	iyd (ENSORLG00000028824)	ppp1r14c (ENSORLG00000025238)	ENSORLG00000024666 ##22	ENSORLG00000016611 ##22	ENSORLG00000029692	armc1l (ENSORLG00000016600)	mtfr2 (ENSORLG00000016588)	PDE7B (ENSORLG00000016583)	myb (ENSORLG00000016573)	hbs1l (ENSORLG00000016559)	aldh8a1 (ENSORLG00000016537)	SGK1 (ENSORLG00000016520)	slc2a12 (ENSORLG00000016511)	tbpl1 (ENSORLG00000029396)	tcf21 (ENSORLG00000021964)	rps12 (ENSORLG00000016460)	eya4 (ENSORLG00000016484)	ENSORLG00000023653
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000164632.b.b	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000018525.b	ENSGT01080000257573	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT01030000234583.a.a.c.b.b	ENSGT00950000182978.A.a.a
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	82	ENSGT00390000017627.a.a.a	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000164632.b.b	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000171557
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00390000017627.a.a.a	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000164632.b.b	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000171557	ENSGT00940000156535	ENSGT00940000165962
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	79	ENSGT00390000017627.a.a.a	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000164632.b.b.e	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000016168.a	ENSGT01070000253766.C.o.a	ENSGT00940000157818	ENSGT00390000014037.c
Orange clownfish	MODERN SPECIES	2	esrrgb (ENSAPEG00000007287)	si:ch73-21k16.4 (ENSAPEG00000007324)	ENSAPEG00000007340	ENSAPEG00000007351	ENSAPEG00000007408	ENSAPEG00000007581	ENSAPEG00000007637	ENSAPEG00000007662	DDX1 (ENSAPEG00000007699)	nbas (ENSAPEG00000007860)	lratd1 (ENSAPEG00000008006)	MTLN (ENSAPEG00000008017)	sec63 (ENSAPEG00000008042)	iyd (ENSAPEG00000008105)	ppp1r14c (ENSAPEG00000008127)	ENSAPEG00000008143 ##22	armc1l (ENSAPEG00000008177)	mtfr2 (ENSAPEG00000008200)	PDE7B (ENSAPEG00000008211)	myb (ENSAPEG00000008279)	hbs1l (ENSAPEG00000008320)	aldh8a1 (ENSAPEG00000008394)	SGK1 (ENSAPEG00000008427)	slc2a12 (ENSAPEG00000008439)	tbpl1 (ENSAPEG00000008485)	ENSAPEG00000008512	ENSAPEG00000008537	tcf21 (ENSAPEG00000008558)	eya4 (ENSAPEG00000008574)	ccm2 (ENSAPEG00000008596)	ENSAPEG00000008670
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	3200													sec63 (ENSAOCG00000020948)	iyd (ENSAOCG00000020839)	ppp1r14c (ENSAOCG00000020809)	ENSAOCG00000020799 ##22
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Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000164632.b.b	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000018525.b	ENSGT01080000257573	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT01030000234583.a.a.c.b.b	ENSGT00950000182978.A.a.a
Midas cichlid	MODERN SPECIES	808	esrrgb (ENSACIG00000017646)	si:ch73-21k16.4 (ENSACIG00000017628)	LPIN1 (ENSACIG00000017600)	GNPAT (ENSACIG00000017532)	ENSACIG00000017499	ENSACIG00000017486	ENSACIG00000017465	DDX1 (ENSACIG00000017422)	nbas (ENSACIG00000017352)	lratd1 (ENSACIG00000017335)	MTLN (ENSACIG00000017329)	ENSACIG00000017322	sec63 (ENSACIG00000017297)	iyd (ENSACIG00000017286)	ppp1r14c (ENSACIG00000017276)	ENSACIG00000017270 ##22	armc1l (ENSACIG00000017255)	mtfr2 (ENSACIG00000017191)	PDE7B (ENSACIG00000017160)	myb (ENSACIG00000017117)	ENSACIG00000017111	hbs1l (ENSACIG00000017087)	aldh8a1 (ENSACIG00000017065)	SGK1 (ENSACIG00000017047)	slc2a12 (ENSACIG00000017034)	tbpl1 (ENSACIG00000017023)	tcf21 (ENSACIG00000016997)	eya4 (ENSACIG00000016949)	rps12 (ENSACIG00000016913)	ENSACIG00000016877	ENSACIG00000016795
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l.g	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000164632.b.b	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT01030000234583.a.a.c.b.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000166622.m.b	ENSGT00940000171557
Nile tilapia	MODERN SPECIES	6	fez2b (ENSONIG00000000581)	esrrgb (ENSONIG00000000573)	si:ch73-21k16.4 (ENSONIG00000000570)	LPIN1 (ENSONIG00000000554)	ENSONIG00000000551	ENSONIG00000033490	itsn2a (ENSONIG00000000536)	DDX1 (ENSONIG00000000513)	nbas (ENSONIG00000000502)	lratd1 (ENSONIG00000020744)	MTLN (ENSONIG00000020743)	ENSONIG00000029394	sec63 (ENSONIG00000000500)	iyd (ENSONIG00000000497)	ppp1r14c (ENSONIG00000000495)	ENSONIG00000000489 ##22	armc1l (ENSONIG00000027909)	mtfr2 (ENSONIG00000000482)	PDE7B (ENSONIG00000000476)	myb (ENSONIG00000000469)	hbs1l (ENSONIG00000000460)	aldh8a1 (ENSONIG00000000459)	SGK1 (ENSONIG00000000452)	slc2a12 (ENSONIG00000000450)	tbpl1 (ENSONIG00000000447)	tcf21 (ENSONIG00000029782)	ENSONIG00000000441	eya4 (ENSONIG00000000436)	ENSONIG00000033027	rps12 (ENSONIG00000000435)	ENSONIG00000000431
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l.g	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000164632.b.b	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT01030000234583.a.a.c.b.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000166622.m.b	ENSGT00940000171557
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l.g	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000164632.b.b	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274.m	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT01030000234583.a.a.c.b.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000166622.m.b	ENSGT00940000171557
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	276	esrrgb (ENSHBUG00000014418)	si:ch73-21k16.4 (ENSHBUG00000014399)	LPIN1 (ENSHBUG00000014389)	ENSHBUG00000014327	ENSHBUG00000014163	ENSHBUG00000014158	ENSHBUG00000014114	DDX1 (ENSHBUG00000014069)	nbas (ENSHBUG00000014019)	lratd1 (ENSHBUG00000013710)	MTLN (ENSHBUG00000013695)	ENSHBUG00000013675	sec63 (ENSHBUG00000013656)	iyd (ENSHBUG00000013642)	ppp1r14c (ENSHBUG00000013633)	ENSHBUG00000013625 ##22	armc1l (ENSHBUG00000013581)	mtfr2 (ENSHBUG00000013560)	PDE7B (ENSHBUG00000013545)	myb (ENSHBUG00000013437)	hbs1l (ENSHBUG00000013424)	aldh8a1 (ENSHBUG00000013404)	SGK1 (ENSHBUG00000013374)	slc2a12 (ENSHBUG00000013283)	tbpl1 (ENSHBUG00000013274)	tcf21 (ENSHBUG00000013252)	eya4 (ENSHBUG00000013228)	rps12 (ENSHBUG00000013168)	ENSHBUG00000013129	ENSHBUG00000013114	ENSHBUG00000013097
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l.g	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000164632.b.b	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274.m	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT01030000234583.a.a.c.b.b	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00940000157260.s	ENSGT00940000166622.m.a
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000153433.B.a.a	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000157219.e	ENSGT00520000055570.B.l.g	ENSGT00940000171406	ENSGT00940000164632.b.b	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000155678	ENSGT00390000012474	ENSGT00940000161165	ENSGT00390000007551	ENSGT00940000157463.b	ENSGT00390000001965	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274.m	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318	ENSGT00950000183145.A.b.a.s.b	ENSGT00940000157260.s	ENSGT00940000166622.m.a
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1097	esrrgb (ENSMZEG00005015027)	si:ch73-21k16.4 (ENSMZEG00005015040)	LPIN1 (ENSMZEG00005015060)	ENSMZEG00005015111	ENSMZEG00005015169	ENSMZEG00005015176	ENSMZEG00005015185	DDX1 (ENSMZEG00005015207)	nbas (ENSMZEG00005015265)	lratd1 (ENSMZEG00005015338)	MTLN (ENSMZEG00005015349)	ENSMZEG00005015353	sec63 (ENSMZEG00005015369)	iyd (ENSMZEG00005015400)	ppp1r14c (ENSMZEG00005015409)	ENSMZEG00005015434 ##22	armc1l (ENSMZEG00005015470)	mtfr2 (ENSMZEG00005015488)	ENSMZEG00005015495	PDE7B (ENSMZEG00005015508)	myb (ENSMZEG00005015531)	hbs1l (ENSMZEG00005015575)	aldh8a1 (ENSMZEG00005015598)	SGK1 (ENSMZEG00005015609)	slc2a12 (ENSMZEG00005015652)	tbpl1 (ENSMZEG00005015661)	ptk2bb (ENSMZEG00005015713)	CHRNA2 (ENSMZEG00005015764)	ENSMZEG00005016044	nme6 (ENSMZEG00005016052)	eif2b4 (ENSMZEG00005016074)
Eastern happy	MODERN SPECIES	6	si:ch73-21k16.4 (ENSACLG00000008706)	LPIN1 (ENSACLG00000008723)	ENSACLG00000008767	ENSACLG00000008775	ENSACLG00000008778	ENSACLG00000008784	ENSACLG00000008834	DDX1 (ENSACLG00000008850)	nbas (ENSACLG00000008921)	lratd1 (ENSACLG00000009785)	MTLN (ENSACLG00000009786)	ENSACLG00000009788	sec63 (ENSACLG00000009789)	iyd (ENSACLG00000009842)	ppp1r14c (ENSACLG00000009853)	ENSACLG00000009863 ##22	armc1l (ENSACLG00000009933)	mtfr2 (ENSACLG00000009948)	PDE7B (ENSACLG00000010402)	myb (ENSACLG00000010427)	hbs1l (ENSACLG00000010469)	aldh8a1 (ENSACLG00000010545)	ENSACLG00000010561	SGK1 (ENSACLG00000010577)	slc2a12 (ENSACLG00000010666)	tbpl1 (ENSACLG00000010680)	tcf21 (ENSACLG00000010780)	eya4 (ENSACLG00000010790)	rps12 (ENSACLG00000011016)	ENSACLG00000011113	ENSACLG00000011117
P. nyererei	MODERN SPECIES	456	fez2b (ENSPNYG00000014479)	esrrgb (ENSPNYG00000014228)	si:ch73-21k16.4 (ENSPNYG00000014144)	LPIN1 (ENSPNYG00000014077)	ENSPNYG00000014030	ENSPNYG00000013999	ENSPNYG00000013957	DDX1 (ENSPNYG00000013839)	nbas (ENSPNYG00000013714)	lratd1 (ENSPNYG00000013679)	MTLN (ENSPNYG00000013665)	ENSPNYG00000013652	sec63 (ENSPNYG00000013605)	iyd (ENSPNYG00000013579)	ppp1r14c (ENSPNYG00000013563)	ENSPNYG00000013545 ##22	armc1l (ENSPNYG00000013518)	mtfr2 (ENSPNYG00000013503)	PDE7B (ENSPNYG00000013462)	myb (ENSPNYG00000013408)	hbs1l (ENSPNYG00000013360)	aldh8a1 (ENSPNYG00000013334)	SGK1 (ENSPNYG00000013283)	slc2a12 (ENSPNYG00000013266)	tbpl1 (ENSPNYG00000013246)	tcf21 (ENSPNYG00000013233)	ENSPNYG00000013220	eya4 (ENSPNYG00000013081)	rps12 (ENSPNYG00000012958)	ENSPNYG00000012929	ENSPNYG00000012911
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	16							DDX1 (ENSMMDG00005008779)	nbas (ENSMMDG00005007487)	lratd1 (ENSMMDG00005007437)	MTLN (ENSMMDG00005007435)	ENSMMDG00005007434	ENSMMDG00005007432	sec63 (ENSMMDG00005007427)	iyd (ENSMMDG00005007418)	ppp1r14c (ENSMMDG00005007415)	ENSMMDG00005007408 ##22	armc1l (ENSMMDG00005007406)	mtfr2 (ENSMMDG00005007404)	PDE7B (ENSMMDG00005006790)	myb (ENSMMDG00005006547)	hbs1l (ENSMMDG00005006508)	aldh8a1 (ENSMMDG00005006495)	SGK1 (ENSMMDG00005006445)	slc2a12 (ENSMMDG00005006427)	tbpl1 (ENSMMDG00005006420)	tcf21 (ENSMMDG00005006416)	eya4 (ENSMMDG00005006387)	rps12 (ENSMMDG00005006376)	ENSMMDG00005006360	sh3bgrl2 (ENSMMDG00005006358)	fam167ab (ENSMMDG00005006355)
Cod	MODERN SPECIES	13	ENSGMOG00000010093	ENSGMOG00000027198	fam167ab (ENSGMOG00000036214)	ccm2 (ENSGMOG00000010055)	xkr6b (ENSGMOG00000010050)	mtmr9 (ENSGMOG00000010038)	tdh (ENSGMOG00000010028)	pinx1 (ENSGMOG00000010002)	sox7 (ENSGMOG00000022893)	ENSGMOG00000035608	ENSGMOG00000009969	ENSGMOG00000009960	ENSGMOG00000025678	ENSGMOG00000009937	znf513a (ENSGMOG00000024500)	ENSGMOG00000012208 ##22	armc1l (ENSGMOG00000012204)	mtfr2 (ENSGMOG00000019305)	ENSGMOG00000018434	myb (ENSGMOG00000011856)	hbs1l (ENSGMOG00000011843)	ENSGMOG00000011815	ENSGMOG00000036990	ENSGMOG00000006473	ENSGMOG00000006459	ehd3 (ENSGMOG00000006447)	stum (ENSGMOG00000006437)	ENSGMOG00000006422	ENSGMOG00000030148	EPB41L2 (ENSGMOG00000006351)	tmem200a (ENSGMOG00000027467)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	120	ENSGT00560000077266.a	ENSGT00940000159157	ENSGT00940000157260.t.t	ENSGT00940000171557	ENSGT00390000018318	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00940000160174	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156248.e.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00950000182985.b.a
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	995												ENSGT00940000155726.qb	ENSGT00940000156274.p	ENSGT00940000156248.e.b.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00950000182985.b.a
Huchen	MODERN SPECIES	8187																ENSHHUG00000002619 ##22
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	68	ENSGT00940000165540.d	ENSGT00390000004923.B.a	ENSGT00940000154242.a.d	ENSGT00940000161092.d	ENSGT00390000014037.c.h	ENSGT00940000157818	ENSGT01070000253766.C.o.a.g.b	ENSGT00390000016168.a	ENSGT00940000159097	ENSGT00560000077266.a	ENSGT00940000160174.f	ENSGT00940000155726.qb	ENSGT00940000156274.p	ENSGT00940000156248.e.b.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00950000182985.b.a.h	ENSGT00940000161165.i	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000166083.e.a	ENSGT01040000240523	ENSGT00950000183107.a.a	ENSGT00940000155566.w	ENSGT00950000183117.b	ENSGT00490000043329.a.b.g.b.m	ENSGT00940000155459.x.a	ENSGT00940000153739.a.b.s.g
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	52	ENSGT00940000165540.d	ENSGT00390000004923.B.a	ENSGT00940000154242.a.d	ENSGT00940000161092.d	ENSGT00390000014037.c.h	ENSGT00940000157818	ENSGT01070000253766.C.o.a.g.b	ENSGT00390000016168.a	ENSGT00940000159097	ENSGT00560000077266.a	ENSGT00940000171557	ENSGT00940000160174.f	ENSGT00940000156274.p	ENSGT00940000156248.e.b.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00950000182985.b.a.h	ENSGT00940000161165.i	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000166083.e.a	ENSGT01040000240523	ENSGT00950000183107.a.a	ENSGT00940000155566.w	ENSGT00950000183117.b	ENSGT00490000043329.a.b.g.b.m	ENSGT00940000155459.x.a	ENSGT00940000153739.a.b.s.g
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	6	ENSSSAG00000062409	ENSSSAG00000118670	ENSSSAG00000087736	XKR6 (ENSSSAG00000053569)	ENSSSAG00000048104	ENSSSAG00000094955	ENSSSAG00000084478	SH3L3 (ENSSSAG00000048914)	rps12 (ENSSSAG00000100974)	tcf21 (ENSSSAG00000096772)	SGK1 (ENSSSAG00000058955)	ENSSSAG00000089812	HBS1L (ENSSSAG00000065234)	MYB (ENSSSAG00000065168)	armc1l (ENSSSAG00000100347)	ENSSSAG00000110032 ##22	ENSSSAG00000085875	ENSSSAG00000111755	ENSSSAG00000048091	ENSSSAG00000002148	ENSSSAG00000111511	ENSSSAG00000117369	hmgn3 (ENSSSAG00000099936)	ENSSSAG00000097093	ENSSSAG00000097427	ENSSSAG00000054711	tbx18 (ENSSSAG00000107202)	selenoi (ENSSSAG00000059365)	ENSSSAG00000081879	ENSSSAG00000112119	KIF3C (ENSSSAG00000120471)
River trout	MODERN SPECIES	62															ppp1r14c (ENSSTUG00000020966)	ENSSTUG00000020972 ##22	selenoi (ENSSTUG00000020990)	ENSSTUG00000021004	ost4 (ENSSTUG00000021015)	mapre3b (ENSSTUG00000021022)	dnmt3aa (ENSSTUG00000021092)	KIF3C (ENSSTUG00000024120)	rab10 (ENSSTUG00000024138)	ENSSTUG00000024160	ENSSTUG00000024171	ENSSTUG00000024181	tfap2d (ENSSTUG00000024189)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT00940000165540.d	ENSGT00390000004923.B.a	ENSGT00940000175432	ENSGT00940000161092.d	ENSGT00390000014037.c.h	ENSGT00940000157818	ENSGT01070000253766.C.o.a.g.b	ENSGT00390000016168.a	ENSGT00940000159097	ENSGT00560000077266.a	ENSGT00940000160174.f	ENSGT00940000155726.qb	ENSGT00940000156274.p	ENSGT00940000156248.e.b.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00950000182985.b.a.h	ENSGT00940000161165.i	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000166083.e.a	ENSGT01040000240523	ENSGT00950000183107.a.a	ENSGT00940000155566.w	ENSGT00950000183117.b	ENSGT00390000016516.f.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.b.m	ENSGT00940000155459.x.a	ENSGT00940000153739.a.b.s.g	ENSGT00940000156975.n.b	ENSGT00950000182848.d.f
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	81	ENSGT00940000158687.a.a.c	ENSGT00940000165540.d	ENSGT00390000004923.B.a	ENSGT00940000175432	ENSGT00940000161092.d	ENSGT00390000014037.c.h	ENSGT00940000157818	ENSGT01070000253766.C.o.a.g.b	ENSGT00390000016168.a	ENSGT00940000159097	ENSGT00560000077266.a	ENSGT00940000160174.f	ENSGT00940000156274.p	ENSGT00940000156248.e.b.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00950000182985.b.a.h	ENSGT00940000161165.i	ENSGT00940000155936.a.b	ENSGT00940000166083.e.a	ENSGT01040000240523	ENSGT00950000183107.a.a	ENSGT00940000155566.w	ENSGT00950000183117.b	ENSGT00390000016516.e	ENSGT00490000043329.a.b.g.b.m
Coho salmon	MODERN SPECIES	3	FNDC4 (ENSOKIG00005008990)	ENSOKIG00005008980	sox7 (ENSOKIG00005008971)	tdh (ENSOKIG00005008939)	mtmr9 (ENSOKIG00005008912)	ccm2 (ENSOKIG00005008509)	fam167ab (ENSOKIG00005008442)	ENSOKIG00005008429	zgc:153284 (ENSOKIG00005008413)	rps12 (ENSOKIG00005008392)	ENSOKIG00005008385	tcf21 (ENSOKIG00005008375)	hbs1l (ENSOKIG00005008024)	ENSOKIG00005007893	armc1l (ENSOKIG00005007864)	ENSOKIG00005007821 ##22	ENSOKIG00005007810	PPP1R14C (ENSOKIG00005007794)	ENSOKIG00005007781	lratd1 (ENSOKIG00005007751)	ENSOKIG00005007745	runx2b (ENSOKIG00005007701)	ENSOKIG00005007679	PHIP (ENSOKIG00005006050)	tbx18 (ENSOKIG00005005781)	selenoi (ENSOKIG00005005717)	ost4 (ENSOKIG00005005701)	MAPRE3 (ENSOKIG00005005678)	KIF3C (ENSOKIG00005005638)	rab10 (ENSOKIG00005005622)	tfap2d (ENSOKIG00005005616)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	29	ENSOMYG00000055531	ENSOMYG00000028884	ENSOMYG00000053991	KIF3C (ENSOMYG00000025146)	ENSOMYG00000063999	ENSOMYG00000060536	DNMT3A (ENSOMYG00000008370)	ENSOMYG00000067532	ENSOMYG00000063049	ENSOMYG00000055202	ENSOMYG00000008519	ENSOMYG00000008565	ENSOMYG00000062251	ENSOMYG00000070205	ENSOMYG00000001421	ENSOMYG00000054045 ##22	ENSOMYG00000019693	ENSOMYG00000060391	ENSOMYG00000068643	ENSOMYG00000077823	ENSOMYG00000064844	ENSOMYG00000027370	ENSOMYG00000016143	ENSOMYG00000063433	ENSOMYG00000071634
Northern pike	MODERN SPECIES	17	ENSELUG00000005851	sh3bgrl2 (ENSELUG00000005914)	ENSELUG00000031944	rps12 (ENSELUG00000005935)	eya4 (ENSELUG00000006225)	tcf21 (ENSELUG00000006291)	tbpl1 (ENSELUG00000006318)	slc2a12 (ENSELUG00000006333)	SGK1 (ENSELUG00000000202)	ENSELUG00000030676	aldh8a1 (ENSELUG00000006417)	hbs1l (ENSELUG00000006444)	myb (ENSELUG00000006491)	mtfr2 (ENSELUG00000006523)	armc1l (ENSELUG00000006566)	ENSELUG00000006639 ##22	ppp1r14c (ENSELUG00000030754)	DDX1 (ENSELUG00000006743)	nbas (ENSELUG00000007088)	ENSELUG00000033088	lratd1 (ENSELUG00000025774)	sec63 (ENSELUG00000007214)	iyd (ENSELUG00000007281)	itsn2a (ENSELUG00000007309)	ENSELUG00000007344	ENSELUG00000007505	runx2b (ENSELUG00000007656)	ENSELUG00000025146	clic5b (ENSELUG00000007750)	enpp5 (ENSELUG00000007776)	ENSELUG00000033400
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	16						ENSGT00940000153804.A	ENSGT00940000155086.A.h	ENSGT00530000063558.B	ENSGT00390000011877	ENSGT00390000013931	ENSGT01030000234626.B	ENSGT00550000074878	ENSGT00940000157723	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156248.oc.b	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000156399.vb	ENSGT00940000164496.b	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318
Asian bonytongue	MODERN SPECIES		SLC4A11 (ENSSFOG00015018690)	EIF2AK3 (ENSSFOG00015018609)	zfyve28 (ENSSFOG00015027771)	foxi2 (ENSSFOG00015026749)	drc1 (ENSSFOG00015018560)	OTOF (ENSSFOG00015018253)	sod2 (ENSSFOG00015018195)	wtap (ENSSFOG00015032191)	acat2 (ENSSFOG00015018150)	tcp1 (ENSSFOG00015018108)	ENSSFOG00015018085	PLEKHG1 (ENSSFOG00015024237)	iyd (ENSSFOG00015018043)	ppp1r14c (ENSSFOG00015018031)	ENSSFOG00015018022	MAP7 (ENSSFOG00015017910) ##22	BCLAF1 (ENSSFOG00015017853)	armc1l (ENSSFOG00015017825)	mtfr2 (ENSSFOG00015017810)	MYB (ENSSFOG00015017613)	hbs1l (ENSSFOG00015017544)	aldh8a1 (ENSSFOG00015033318)	sgk1 (ENSSFOG00015017351)	slc2a12 (ENSSFOG00015017339)	tbpl1 (ENSSFOG00015017311)	tcf21 (ENSSFOG00015024810)	eya4 (ENSSFOG00015017200)	rps12 (ENSSFOG00015017146)	ENSSFOG00015024872	sh3bgrl2 (ENSSFOG00015030166)	LCA5 (ENSSFOG00015030512)
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	82	ENSPKIG00000022375	lft1 (ENSPKIG00000022403)	cdc42bpab (ENSPKIG00000022461)	ENSPKIG00000022561	fzd3a (ENSPKIG00000022575)	OTOF (ENSPKIG00000022619)	FNDC1 (ENSPKIG00000022686)	sod2 (ENSPKIG00000022722)	wtap (ENSPKIG00000022748)	wtap (ENSPKIG00000022767)	acat2 (ENSPKIG00000022793)	tcp1 (ENSPKIG00000022823)	PLEKHG1 (ENSPKIG00000022866)	iyd (ENSPKIG00000022903)	ppp1r14c (ENSPKIG00000022914)	MAP7 (ENSPKIG00000022970) ##22	BCLAF1 (ENSPKIG00000023059)	ENSPKIG00000023071	armc1l (ENSPKIG00000023085)	mtfr2 (ENSPKIG00000023105)	PDE7B (ENSPKIG00000023116)	MYB (ENSPKIG00000023135)	hbs1l (ENSPKIG00000023171)	aldh8a1 (ENSPKIG00000023217)	ENSPKIG00000023230	SGK1 (ENSPKIG00000023267)	laptm4a (ENSPKIG00000023354)	matn3a (ENSPKIG00000023389)	ttc32 (ENSPKIG00000023398)	zpax1 (ENSPKIG00000023416)	kcns3b (ENSPKIG00000023444)
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	817																ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	744																ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	166																ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000158401	ENSGT00730000111244.a.b	ENSGT00940000157477	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.a	ENSGT00510000047616.a.b	ENSGT00940000155141.w.a	ENSGT00940000175851	ENSGT00940000158349
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000004599	ENSGT00390000008624	ENSGT00940000158221	ENSGT00960000186719	ENSGT00940000154618	ENSGT00940000154482.b.b.b	ENSGT00940000159392	ENSGT00940000166774	ENSGT00390000004917	ENSGT00390000002211	ENSGT00940000157960.k.a	ENSGT00940000154928.c.a.a	ENSGT00940000155500.e	ENSGT00950000183149.C.a	ENSGT00940000157136.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	59	ENSGT00390000004599.m	ENSGT00390000008624	ENSGT00940000158221	ENSGT00960000186719	ENSGT00940000154618	ENSGT00940000154482.b.b.b	ENSGT00940000159392	ENSGT00940000166774	ENSGT00390000004917	ENSGT00390000002211	ENSGT00940000157960.k.a	ENSGT00940000154928.c.a.a	ENSGT00940000155500.e	ENSGT00950000183149.C.a	ENSGT00940000157136.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00530000063946.b	ENSGT00940000157012.k	ENSGT00940000161252.g	ENSGT00950000183142.a.b.a.a	ENSGT00940000155634.q.a	ENSGT00940000156483.h.a	ENSGT00940000155727.o.a	ENSGT00390000006845	ENSGT00940000156775.e	ENSGT00940000164048
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00940000155786.l	ENSGT00390000004599.m	ENSGT00390000008624	ENSGT00940000158221	ENSGT00940000154618	ENSGT00940000154482.b.b.b	ENSGT00940000159392	ENSGT00940000166774	ENSGT00390000004917	ENSGT00390000002211	ENSGT00940000157960.k.a	ENSGT00940000154928.c.a.a	ENSGT00940000155500.e	ENSGT00950000183149.C.a	ENSGT00940000157136.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00530000063946.b	ENSGT00940000157012.k	ENSGT00940000161252.g	ENSGT00950000183142.a.b.a.a	ENSGT00940000155634.q.a	ENSGT00940000156483.h.a	ENSGT00940000155727.o.a	ENSGT00390000006845	ENSGT00940000156775.e	ENSGT00940000164048	ENSGT00940000159813	ENSGT00930000151269	ENSGT00940000157697	ENSGT00940000157801	ENSGT00390000016567
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT00940000155786.l	ENSGT00390000004599.m	ENSGT00390000008624	ENSGT00940000158221	ENSGT00940000154618	ENSGT00940000154482.b.b.b	ENSGT00940000159392	ENSGT00940000166774	ENSGT00390000004917	ENSGT00390000002211	ENSGT00940000157960.k.a	ENSGT00940000154928.c.a.a	ENSGT00940000155500.e	ENSGT00950000183149.C.a	ENSGT00940000157136.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00530000063946.b	ENSGT00940000157012.k	ENSGT00940000161252.g	ENSGT00950000183142.a.b.a.a	ENSGT00940000155634.q.a	ENSGT00940000156483.h.a	ENSGT00940000155727.o.a	ENSGT00390000006845	ENSGT00940000156775.e	ENSGT00940000164048	ENSGT00940000159813	ENSGT00930000151269	ENSGT00940000157697	ENSGT00940000157801	ENSGT00390000016567
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	244				nrxn3a (ENSPNAG00000026612)	ENSPNAG00000005759	dio2 (ENSPNAG00000006772)	STON2 (ENSPNAG00000003997)	foxn3 (ENSPNAG00000026029)	efcab11 (ENSPNAG00000025991)	TDP1 (ENSPNAG00000025950)	kcnk13a (ENSPNAG00000005301)	hmbox1a (ENSPNAG00000025836)	KIF13B (ENSPNAG00000025718)	ENSPNAG00000024803	znf395a (ENSPNAG00000024794)	ENSPNAG00000005996 ##22	SCAF8 (ENSPNAG00000024740)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	24	alkbh1 (ENSAMXG00000034307)	slirp (ENSAMXG00000018693)	adck1 (ENSAMXG00000038093)	nrxn3a (ENSAMXG00000018634)	dio2 (ENSAMXG00000018617)	STON2 (ENSAMXG00000018605)	foxn3 (ENSAMXG00000018596)	efcab11 (ENSAMXG00000018586)	TDP1 (ENSAMXG00000018570)	kcnk13a (ENSAMXG00000031465)	hmbox1a (ENSAMXG00000034456)	KIF13B (ENSAMXG00000018489)	ENSAMXG00000040009	znf395a (ENSAMXG00000036651)	ENSAMXG00000041763	ENSAMXG00000018401 ##22	ENSAMXG00000043743	TIAM2 (ENSAMXG00000018341)	CLDN20 (ENSAMXG00000025088)	tfb1m (ENSAMXG00000036128)	KLHL10 (ENSAMXG00000039166)	ARID1B (ENSAMXG00000018241)	ZDHHC14 (ENSAMXG00000018223)	LGALS8 (ENSAMXG00000018216)	gnmt (ENSAMXG00000042907)	kcnk5a (ENSAMXG00000042512)	ENSAMXG00000018190	KCNK16 (ENSAMXG00000037492)	ENSAMXG00000033775	ENSAMXG00000031544	DAAM2 (ENSAMXG00000018138)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000004599	ENSGT00390000008624	ENSGT00940000158221	ENSGT00960000186719	ENSGT00940000154618	ENSGT00940000154482.b.b.b	ENSGT00940000168142	ENSGT00940000166774	ENSGT00390000004917.c	ENSGT00390000002211	ENSGT00940000157960.k.a	ENSGT00940000154928.c.a.a	ENSGT00940000155500.e	ENSGT00950000183149.C.a	ENSGT00940000157136.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000180472	ENSGT00440000039367	ENSGT00940000156864.c	ENSGT00950000183031.A.a.b.e.a	ENSGT00940000155887.a.c	ENSGT01090000260070.D.b	ENSGT00940000158228.b	ENSGT00390000016054.a	ENSGT00940000155095.i.a	ENSGT00950000183028.a.a.b	ENSGT00530000063596.A.j	ENSGT00940000154317.a.b.a	ENSGT00730000111419.b	ENSGT00940000155462.`b.a	ENSGT00940000156713.n
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	163	ENSGT00390000004599.k	ENSGT00390000008624.p	ENSGT00940000158221.a	ENSGT00960000186719	ENSGT00940000154618.lf.a	ENSGT00940000154482.b.b.b.e	ENSGT00940000168142.a	ENSGT00940000166774.c	ENSGT00390000004917.d	ENSGT00390000002211.b	ENSGT00940000157960.k.a.a	ENSGT00940000154928.c.a.a.b	ENSGT00940000155500.e.a	ENSGT00950000183149.C.a.b	ENSGT00940000157136.a.b	ENSGT00950000182941.a.a.a.b.a ##22	ENSGT00940000159056.h.b	ENSGT00440000039367.c	ENSGT00940000156864.c.d	ENSGT00950000183031.A.a.b.e.a.a.a	ENSGT00940000155887.a.c.a.a	ENSGT01090000260070.D.b.b	ENSGT00940000158228.b.c	ENSGT00390000016054.a.l	ENSGT00940000155095.i.a.a	ENSGT00950000183028.a.a.b.f	ENSGT00950000183028.a.a.b.e.a	ENSGT00530000063596.A.j	ENSGT00940000154317.a.b.a.a	ENSGT00730000111419.b.d	ENSGT00940000155462.`b.a.b
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000004599.k	ENSGT00390000008624.p	ENSGT00940000158221.a	ENSGT00960000186719	ENSGT00940000154618.lf.a	ENSGT00940000154482.b.b.b.e	ENSGT00940000168142.a	ENSGT00940000166774.c	ENSGT00390000004917.d	ENSGT00390000002211.b	ENSGT00940000157960.k.a.a	ENSGT00940000154928.c.a.a.b	ENSGT00940000155500.e.a	ENSGT00950000183149.C.a.b	ENSGT00940000157136.a.b	ENSGT00950000182941.a.a.a.b.a ##22	ENSGT00940000159056.h.b	ENSGT00440000039367.c	ENSGT00940000156864.c.d	ENSGT00950000183031.A.a.b.e.a.a.a	ENSGT00940000155887.a.c.a.a	ENSGT01090000260070.D.b.b	ENSGT00940000158228.b.c	ENSGT00390000016054.a.l	ENSGT00940000155095.i.a.a	ENSGT00950000183028.a.a.b.f	ENSGT00530000063596.A.j	ENSGT00940000154317.a.b.a.a	ENSGT00730000111419.b.d	ENSGT00940000155462.`b.a.b	ENSGT00940000156713.n.i
Common carp reference	MODERN SPECIES	30	alkbh1 (ENSCCRG00000047443)	slirp (ENSCCRG00000047440)	adck1 (ENSCCRG00000047434)	nrxn3a (ENSCCRG00000061826)	dio2 (ENSCCRG00000045908)	ston2 (ENSCCRG00000050825)	foxn3 (ENSCCRG00000050850)	EFCAB11 (ENSCCRG00000064009)	ENSCCRG00000044959	kcnk13a (ENSCCRG00000051500)	hmbox1a (ENSCCRG00000051501)	ENSCCRG00000051517	ENSCCRG00000062805	znf395a (ENSCCRG00000017072)	ENSCCRG00000079345	ENSCCRG00000056925 ##22	ENSCCRG00000040595	syne3 (ENSCCRG00000040613)	gabrr2a (ENSCCRG00000040640)	rragd (ENSCCRG00000050528)	ENSCCRG00000034803	ENSCCRG00000034808	gja10a (ENSCCRG00000034809)	ENSCCRG00000034810	manea (ENSCCRG00000046859)	fut9a (ENSCCRG00000060835)	fhl5 (ENSCCRG00000046780)	ENSCCRG00000046870	col10a1a (ENSCCRG00000079131)	fyna (ENSCCRG00000000748)	marcksb (ENSCCRG00000073846)
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	53	slirp (ENSSGRG00000037236)	adck1 (ENSSGRG00000037233)	ENSSGRG00000037231	nrxn3a (ENSSGRG00000036606)	dio2 (ENSSGRG00000036586)	dio2 (ENSSGRG00000036585)	ston2 (ENSSGRG00000036582)	foxn3 (ENSSGRG00000036577)	efcab11 (ENSSGRG00000036575)	TDP1 (ENSSGRG00000036105)	kcnk13a (ENSSGRG00000036089)	hmbox1a (ENSSGRG00000036087)	KIF13B (ENSSGRG00000035456)	ENSSGRG00000035438	znf395a (ENSSGRG00000035437)	ENSSGRG00000035435 ##22	ENSSGRG00000035430	syne3 (ENSSGRG00000035429)	gabrr2a (ENSSGRG00000035427)	RRAGD (ENSSGRG00000035403)	ENSSGRG00000035401	ENSSGRG00000035400	gja10a (ENSSGRG00000035399)	ENSSGRG00000035397	manea (ENSSGRG00000035396)	fut9a (ENSSGRG00000035394)	fhl5 (ENSSGRG00000035388)	ENSSGRG00000035385	col10a1a (ENSSGRG00000035383)	marcksb (ENSSGRG00000035381)	fyna (ENSSGRG00000031585)
Goldfish	MODERN SPECIES	436									ENSCARG00000035378	TDP1 (ENSCARG00000035391)	kcnk13a (ENSCARG00000035442)	hmbox1a (ENSCARG00000035450)	KIF13B (ENSCARG00000035950)	ENSCARG00000049024	znf395a (ENSCARG00000049042)	ENSCARG00000049067 ##22	ENSCARG00000049082
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	308	ENSGT00940000155786.l.a	ENSGT00390000004599.l	ENSGT00390000008624.o	ENSGT00940000158221.b	ENSGT00940000154618.lf.b.a.a	ENSGT00940000154482.b.b.b.f	ENSGT00940000168142.b	ENSGT00940000166774.d	ENSGT00390000004917.c	ENSGT00390000002211.a	ENSGT00940000157960.k.a.b	ENSGT00940000154928.c.a.a.a	ENSGT00940000155500.e.b	ENSGT00950000183149.C.a.a	ENSGT00940000157136.a.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.b.b ##22	ENSGT00940000159056.h.a	ENSGT00440000039367.d	ENSGT00940000156864.c.c	ENSGT00950000183031.A.a.b.e.a.a.b	ENSGT00940000155887.a.c.a.b	ENSGT01090000260070.D.b.a	ENSGT00940000158228.b.d	ENSGT00390000016054.a.k	ENSGT00940000155095.i.a.b	ENSGT00950000183028.a.a.b.e.b	ENSGT00940000154317.a.b.a.b	ENSGT00730000111419.b.c	ENSGT00940000155462.`b.a.a	ENSGT00940000156713.n.j	ENSGT01090000260070.A.pc.a
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000155786.l.a	ENSGT00390000004599.l	ENSGT00390000008624.o	ENSGT00940000158221.b	ENSGT00940000154618.lf.b.a.a	ENSGT00940000154482.b.b.b.f	ENSGT00940000168142.b	ENSGT00940000166774.d	ENSGT00390000004917.c	ENSGT00390000002211.a	ENSGT00940000157960.k.a.b	ENSGT00940000154928.c.a.a.a	ENSGT00940000155500.e.b	ENSGT00950000183149.C.a.a	ENSGT00940000157136.a.a	ENSGT00950000182941.a.a.a.b.b ##22	ENSGT00940000159056.h.a	ENSGT00440000039367.d	ENSGT00940000156864.c.c	ENSGT00950000183031.A.a.b.e.a.b	ENSGT00940000155887.a.c.a.b	ENSGT01090000260070.D.b.a	ENSGT00940000158228.b.d	ENSGT00390000016054.a.k	ENSGT00940000155095.i.a.b	ENSGT00950000183028.a.a.b.e.b
Common carp reference	MODERN SPECIES	4	sptlc2a (ENSCCRG00000008814)	slirp (ENSCCRG00000054708)	alkbh1 (ENSCCRG00000036266)	ENSCCRG00000059562	adck1 (ENSCCRG00000073351)	nrxn3a (ENSCCRG00000035889)	dio2 (ENSCCRG00000062568)	ston2 (ENSCCRG00000027709)	foxn3 (ENSCCRG00000060978)	ENSCCRG00000050899	kcnk13a (ENSCCRG00000032522)	hmbox1a (ENSCCRG00000032520)	ENSCCRG00000032041	ENSCCRG00000017076	znf395a (ENSCCRG00000006628)	ENSCCRG00000006637 ##22	ENSCCRG00000035888	syne3 (ENSCCRG00000034549)	ENSCCRG00000054114	gabrr2a (ENSCCRG00000072526)	ENSCCRG00000040762	gja10a (ENSCCRG00000040767)	ENSCCRG00000040773	manea (ENSCCRG00000046838)	fut9a (ENSCCRG00000069903)	fhl5 (ENSCCRG00000055640)	col10a1a (ENSCCRG00000082308)	marcksb (ENSCCRG00000081648)	fyna (ENSCCRG00000006855)	fabp7a (ENSCCRG00000007322)	ENSCCRG00000061875
Zebrafish	MODERN SPECIES	8	sptlc2a (ENSDARG00000018976)	alkbh1 (ENSDARG00000071164)	slirp (ENSDARG00000097753)	adck1 (ENSDARG00000062561)	nrxn3a (ENSDARG00000043746)	dio2 (ENSDARG00000094857)	ston2 (ENSDARG00000057452)	foxn3 (ENSDARG00000012833)	efcab11 (ENSDARG00000043740)	TDP1 (ENSDARG00000073866)	kcnk13a (ENSDARG00000008212)	hmbox1a (ENSDARG00000027082)	KIF13B (ENSDARG00000079731)	ENSDARG00000025024	znf395a (ENSDARG00000060113)	ENSDARG00000078241 ##22	ENSDARG00000097902	ENSDARG00000096867	syne3 (ENSDARG00000023237)	gabrr2a (ENSDARG00000052982)	rragd (ENSDARG00000006279)	ANKRD6 (ENSDARG00000057790)	gja10a (ENSDARG00000057792)	manea (ENSDARG00000001898)	fut9a (ENSDARG00000016460)	fhl5 (ENSDARG00000014805)	ENSDARG00000075905	ENSDARG00000036569	col10a1a (ENSDARG00000054753)	marcksb (ENSDARG00000008803)	fyna (ENSDARG00000011370)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	564																ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.b
Atlantic herring	MODERN SPECIES	5	XKR6 (ENSCHAG00000014777)	maco1b (ENSCHAG00000014785)	ldlrap1b (ENSCHAG00000014877)	ENSCHAG00000014909	FNDC5 (ENSCHAG00000014911)	olig4 (ENSCHAG00000014918)	bsdc1 (ENSCHAG00000014931)	ENSCHAG00000014945	marcksl1a (ENSCHAG00000014951)	ENSCHAG00000014961	ENSCHAG00000015008	ENSCHAG00000015081	ENSCHAG00000015105	ENSCHAG00000015138	ENSCHAG00000015166	ENSCHAG00000015208 ##22	ahi1 (ENSCHAG00000015240)	slc18b1 (ENSCHAG00000015554)	TULP4 (ENSCHAG00000015961)	ENSCHAG00000016009	ENSCHAG00000016116	metap1 (ENSCHAG00000019590)	btbd9 (ENSCHAG00000019713)	ENSCHAG00000019791	glo1 (ENSCHAG00000019819)	slc38a6 (ENSCHAG00000019841)	trmt5 (ENSCHAG00000020173)	mnat1 (ENSCHAG00000000350)	ppm1aa (ENSCHAG00000000622)	dhrs7 (ENSCHAG00000000718)	pcnx4 (ENSCHAG00000000811)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000164272	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00390000013931	ENSGT01030000234626.B	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT00730000111244.a.a	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00940000156484.b.e.a	ENSGT00940000166633	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00940000153804.A	ENSGT00940000155086.B	ENSGT00530000063558.B.k	ENSGT00390000011877	ENSGT00390000013931	ENSGT01030000234626.B.ub	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00550000074878	ENSGT00940000157723.q.a	ENSGT00390000012341	ENSGT00940000156693	ENSGT00940000153609.b	ENSGT00390000013227.a.b	ENSGT00940000161401	ENSGT00390000000663	ENSGT00950000183168.B.b	ENSGT00530000063695.b	ENSGT00530000063929.a.b	ENSGT00940000159634	ENSGT00740000115564	ENSGT00550000074943
Salmoninae	DUPLICATION
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Huchen	MODERN SPECIES	2007											dnmt3ab (ENSHHUG00000017176)	dpysl5a (ENSHHUG00000017142)	mapre3a (ENSHHUG00000017127)	ENSHHUG00000017119	OTOF (ENSHHUG00000017061)	ENSHHUG00000017035 ##22	ENSHHUG00000017007	ENSHHUG00000016986	slc18b1 (ENSHHUG00000016966)	TULP4 (ENSHHUG00000016958)
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159456.d	ENSGT00730000111119.d	ENSGT00940000159896.d	ENSGT00940000161610.d	ENSGT00940000161107.v	ENSGT00940000156886.D.g	ENSGT00940000156484.b.e.a	ENSGT00940000154677.b.a.f	ENSGT00940000166633.b	ENSGT00520000055578.a.b.h	ENSGT00940000153897.b.a.b.g.b	ENSGT00940000155459.x.b.f	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a.h	ENSGT00490000043329.a.b.g.a.h	ENSGT00940000155086.A.d	ENSGT00950000182941.a.a.a.b.c ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156674.b	ENSGT00940000155913.c.c	ENSGT00940000154481.a.a.b	ENSGT00390000013337.d	ENSGT00730000111244.a.a.c	ENSGT01050000244948.c.b.b.l	ENSGT00390000018635.c	ENSGT00940000156778.k.f.a	ENSGT00510000048701.b	ENSGT00950000182906.b.a.i.a.g.a	ENSGT01030000234595.A.b.a.a.c	ENSGT00950000183204.b.b.b.d	ENSGT00940000159826	ENSGT00940000157463.a.d
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000159456.d	ENSGT00730000111119.d	ENSGT00940000159896.d	ENSGT00940000161610.d	ENSGT00940000161107.v	ENSGT00940000156886.D.g	ENSGT00940000156484.b.e.a	ENSGT00940000154677.b.a.f	ENSGT00940000166633.b	ENSGT00520000055578.a.b.h	ENSGT00940000153897.b.a.b.g.b	ENSGT00940000155459.x.b.f	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a.h	ENSGT00490000043329.a.b.g.a.h	ENSGT00940000155086.A.d	ENSGT00950000182941.a.a.a.b.c ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156674.b	ENSGT00940000155913.c.c	ENSGT00940000154481.a.a.b	ENSGT00390000013337.d	ENSGT00730000111244.a.a.c	ENSGT01050000244948.c.b.b.l	ENSGT00390000018635.c.g	ENSGT00940000156778.k.f.a	ENSGT00510000048701.b	ENSGT00950000182906.b.a.i.a.g.a	ENSGT01030000234595.A.b.a.a.c	ENSGT00950000183204.b.b.b.d	ENSGT00940000159826	ENSGT00940000157463.a.d
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	28	plekhh1 (ENSSSAG00000063941)	ENSSSAG00000064377	pax9 (ENSSSAG00000117660)	ENSSSAG00000064399	nkx2.1 (ENSSSAG00000064404)	ENSSSAG00000064453	ENSSSAG00000066302	ENSSSAG00000068367	ENSSSAG00000068422	dtnbb (ENSSSAG00000093448)	ENSSSAG00000093955	dnmt3ab (ENSSSAG00000068527)	dpyl5 (ENSSSAG00000069192)	mapre3a (ENSSSAG00000009963)	ENSSSAG00000069241	ENSSSAG00000069398 ##22	ENSSSAG00000069411	slc18b1 (ENSSSAG00000113603)	ENSSSAG00000069434	ENSSSAG00000070134	rmnd1 (ENSSSAG00000071238)	ENSSSAG00000071313	stx11a (ENSSSAG00000113883)	ddo (ENSSSAG00000071341)	ENSSSAG00000109618	ENSSSAG00000108807	ENSSSAG00000071394	ENSSSAG00000073553	ENSSSAG00000073665	ENSSSAG00000073667	ENSSSAG00000073670
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	257											ENSGT00940000155459.x.b.e	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a.g	ENSGT00490000043329.a.b.g.a.g	ENSGT00940000155086.A.c	ENSGT00390000013931.n	ENSGT00950000182941.a.a.a.b.d ##22	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674.a	ENSGT00940000155913.c.d	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.a	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337.c	ENSGT00730000111244.a.a.d	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b.k	ENSGT00940000159373	ENSGT00940000156778.k.e	ENSGT00950000182906.b.a.i.a.g.b	ENSGT00440000035378.d.l	ENSGT00940000162477.d
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT00730000111119.c	ENSGT00940000159896.c	ENSGT00940000161610.c	ENSGT00940000161107.u	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D.h	ENSGT00940000154677.b.a.e	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b.g	ENSGT00940000153897.b.a.b.g.a	ENSGT00940000155459.x.b.e	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a.g	ENSGT00490000043329.a.b.g.a.g	ENSGT00940000155086.A.c	ENSGT00390000013931.n	ENSGT00950000182941.a.a.a.b.d ##22	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674.a	ENSGT00940000155913.c.d	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.a	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337.c	ENSGT00730000111244.a.a.d	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b.k	ENSGT00940000159373	ENSGT00940000156778.k.e	ENSGT00950000182906.b.a.i.a.g.b	ENSGT00440000035378.d.l	ENSGT00940000162477.d
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00730000111119.c	ENSGT00940000159896.c	ENSGT00940000161610.c	ENSGT00940000161107.u	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D.h	ENSGT00940000154677.b.a.e	ENSGT00940000166633.a	ENSGT00520000055578.a.b.g	ENSGT00940000153897.b.a.b.g.a	ENSGT00940000155459.x.b.e	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a.g	ENSGT00490000043329.a.b.g.a.g	ENSGT00940000155086.A.c	ENSGT00390000013931.n	ENSGT00950000182941.a.a.a.b.d ##22	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674.a	ENSGT00940000155913.c.d	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.a	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337.c	ENSGT00730000111244.a.a.d	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b.k	ENSGT00940000159373	ENSGT00390000018635.c.h	ENSGT00940000156778.k.e	ENSGT00950000182906.b.a.i.a.g.b	ENSGT00440000035378.d.l
Atlantic salmon	MODERN SPECIES		zfp36l1a (ENSSSAG00000109874)	plekhh1 (ENSSSAG00000076963)	slc25a21 (ENSSSAG00000077374)	pax9 (ENSSSAG00000077394)	nkx2-8 (ENSSSAG00000077395)	nkx2.1 (ENSSSAG00000120893)	mbip (ENSSSAG00000077406)	ENSSSAG00000077473	ENSSSAG00000078035	dtnbb (ENSSSAG00000117898)	dnmt3ab (ENSSSAG00000042714)	dpysl5a (ENSSSAG00000043824)	mapre3a (ENSSSAG00000103255)	ENSSSAG00000044138	ENSSSAG00000045091	ENSSSAG00000045145 ##22	ahi1 (ENSSSAG00000045210)	slc18b1 (ENSSSAG00000045425)	ENSSSAG00000045797	myct1b (ENSSSAG00000045855)	ENSSSAG00000046366	ENSSSAG00000082734	rmnd1 (ENSSSAG00000050905)	ENSSSAG00000050920	ENSSSAG00000119559	stx11a (ENSSSAG00000050924)	zbtb24 (ENSSSAG00000050932)	ENSSSAG00000091107	ENSSSAG00000050948	STXBP5 (ENSSSAG00000051056)	ENSSSAG00000051996
Huchen	MODERN SPECIES	202											dnmt3ab (ENSHHUG00000034760)	dpysl5a (ENSHHUG00000034911)	mapre3a (ENSHHUG00000034932)	OTOF (ENSHHUG00000034941)	ENSHHUG00000035018	ENSHHUG00000035062 ##22	ahi1 (ENSHHUG00000035107)	slc18b1 (ENSHHUG00000035215)	TULP4 (ENSHHUG00000035231)	ENSHHUG00000035232	ENSHHUG00000035236	ENSHHUG00000035240	ENSHHUG00000035247	ENSHHUG00000035255	ENSHHUG00000035516	rmnd1 (ENSHHUG00000035530)	STX11 (ENSHHUG00000035552)	stx11a (ENSHHUG00000035559)	zbtb24 (ENSHHUG00000035562)	ENSHHUG00000035570	ENSHHUG00000035575
Northern pike	MODERN SPECIES	14	NKX2-8 (ENSELUG00000032728)	nkx2.1 (ENSELUG00000021339)	mbip (ENSELUG00000021316)	RPS6KA5 (ENSELUG00000021270)	ENSELUG00000021187	slc30a1b (ENSELUG00000021161)	hadhab (ENSELUG00000001109)	kif3cb (ENSELUG00000021061)	ASXL2 (ENSELUG00000021024)	dtnbb (ENSELUG00000020995)	dnmt3ab (ENSELUG00000020827)	dpysl5a (ENSELUG00000020654)	mapre3a (ENSELUG00000020621)	OTOF (ENSELUG00000020563)	ENSELUG00000020480	ENSELUG00000020462 ##22	ENSELUG00000020442	ahi1 (ENSELUG00000020418)	slc18b1 (ENSELUG00000020386)	TULP4 (ENSELUG00000020361)	ENSELUG00000020284	ENSELUG00000020147	CCDC170 (ENSELUG00000000825)	rmnd1 (ENSELUG00000019358)	ENSELUG00000019325	stx11a (ENSELUG00000019317)	zbtb24 (ENSELUG00000019305)	ddo (ENSELUG00000024792)	ENSELUG00000019278	STXBP5 (ENSELUG00000019262)	GRM1 (ENSELUG00000000820)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000164272	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT00730000111244.a.a	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000164272	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT00730000111244.a.a	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000164272	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.a	ENSGT00940000176900.a	ENSGT01030000234944.B	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT00730000111244.a.a	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000164272	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b.a.a
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000164272	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.a	ENSGT00940000176900.a	ENSGT01030000234944.B	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000164272	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.a	ENSGT00940000176900.a	ENSGT01030000234944.B	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000164272	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.a	ENSGT00940000176900.a	ENSGT01030000234944.B	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000164272	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.a	ENSGT00940000176900.a	ENSGT01030000234944.B	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.a	ENSGT00940000176900.a	ENSGT01030000234944.B	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.a	ENSGT00940000176900.a	ENSGT01030000234944.B	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b
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Amazon molly	MODERN SPECIES	453	NKX2-8 (ENSPFOG00000017563)	nkx2.1 (ENSPFOG00000017570)	mbip (ENSPFOG00000017579)	RPS6KA5 (ENSPFOG00000017625)	hadhab (ENSPFOG00000017672)	kif3cb (ENSPFOG00000017737)	ENSPFOG00000017761	ENSPFOG00000017771	dtnbb (ENSPFOG00000023471)	dtnbb (ENSPFOG00000023529)	dnmt3ab (ENSPFOG00000017798)	dnmt3ab (ENSPFOG00000024640)	dpysl5a (ENSPFOG00000017924)	mapre3a (ENSPFOG00000022497)	OTOF (ENSPFOG00000017977)	ENSPFOG00000017988 ##22	ENSPFOG00000023093	ahi1 (ENSPFOG00000018010)	slc18b1 (ENSPFOG00000018065)	TULP4 (ENSPFOG00000018094)	ENSPFOG00000023334	ENSPFOG00000018166	ENSPFOG00000018414
Sailfin molly	MODERN SPECIES	1280												dnmt3ab (ENSPLAG00000020423)	dpysl5a (ENSPLAG00000020293)	mapre3a (ENSPLAG00000020238)	OTOF (ENSPLAG00000000447)	ENSPLAG00000020137 ##22	ENSPLAG00000020094	ahi1 (ENSPLAG00000020088)	slc18b1 (ENSPLAG00000020077)	TULP4 (ENSPLAG00000020046)	ENSPLAG00000019939	ENSPLAG00000019911	ENSPLAG00000019666
Guppy	MODERN SPECIES	453	plekhh1 (ENSPREG00000013512)	slc25a21 (ENSPREG00000013570)	pax9 (ENSPREG00000013601)	NKX2-8 (ENSPREG00000013623)	nkx2.1 (ENSPREG00000013637)	mbip (ENSPREG00000013664)	RPS6KA5 (ENSPREG00000013798)	hadhab (ENSPREG00000014227)	kif3cb (ENSPREG00000014256)	ENSPREG00000014267	dtnbb (ENSPREG00000014277)	dnmt3ab (ENSPREG00000014413)	dpysl5a (ENSPREG00000015127)	mapre3a (ENSPREG00000015151)	OTOF (ENSPREG00000015186)	ENSPREG00000015260 ##22	ENSPREG00000015287	ahi1 (ENSPREG00000015306)	slc18b1 (ENSPREG00000015335)	TULP4 (ENSPREG00000015376)	ENSPREG00000015419	ENSPREG00000015478	ENSPREG00000015687	ENSPREG00000015705	ENSPREG00000015739	ENSPREG00000015758	rmnd1 (ENSPREG00000015779)	ENSPREG00000015799	stx11a (ENSPREG00000015813)	fbxo30a (ENSPREG00000015829)	ENSPREG00000015842
Platyfish	MODERN SPECIES	10	pax9 (ENSXMAG00000015762)	NKX2-8 (ENSXMAG00000015760)	nkx2.1 (ENSXMAG00000029778)	mbip (ENSXMAG00000015742)	ENSXMAG00000024100	RPS6KA5 (ENSXMAG00000015712)	hadhab (ENSXMAG00000015694)	kif3cb (ENSXMAG00000015681)	ASXL2 (ENSXMAG00000015679)	dtnbb (ENSXMAG00000015641)	dnmt3ab (ENSXMAG00000021324)	ttc7b (ENSXMAG00000000604)	dpysl5a (ENSXMAG00000015602)	mapre3a (ENSXMAG00000015588)	OTOF (ENSXMAG00000015543)	ENSXMAG00000015524 ##22	ENSXMAG00000024124	ahi1 (ENSXMAG00000015504)	slc18b1 (ENSXMAG00000015487)	TULP4 (ENSXMAG00000015466)	ENSXMAG00000024565	ENSXMAG00000021462	ENSXMAG00000021294	ENSXMAG00000025037	ENSXMAG00000026171	ENSXMAG00000022706	rmnd1 (ENSXMAG00000015383)	ENSXMAG00000015381	STX11 (ENSXMAG00000028427)	stx11a (ENSXMAG00000020367)	fbxo30a (ENSXMAG00000015378)
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D.d	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000164272	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.a	ENSGT00940000176900.a	ENSGT01030000234944.B	ENSGT00940000154481.a.b.fb	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b
Mummichog	MODERN SPECIES	2289	slc25a21 (ENSFHEG00000001336)	pax9 (ENSFHEG00000001342)	NKX2-8 (ENSFHEG00000001349)	nkx2.1 (ENSFHEG00000001358)	mbip (ENSFHEG00000001365)	RPS6KA5 (ENSFHEG00000001369)	hadhab (ENSFHEG00000001377)	kif3cb (ENSFHEG00000001386)	ASXL2 (ENSFHEG00000001398)	ENSFHEG00000001402	dtnbb (ENSFHEG00000001412)	dnmt3ab (ENSFHEG00000001427)	dpysl5a (ENSFHEG00000001439)	mapre3a (ENSFHEG00000001466)	OTOF (ENSFHEG00000001485)	ENSFHEG00000001496 ##22	ENSFHEG00000001505	ahi1 (ENSFHEG00000001512)	slc18b1 (ENSFHEG00000001532)	TULP4 (ENSFHEG00000001547)	ENSFHEG00000001552	ENSFHEG00000001583	ENSFHEG00000001606	ENSFHEG00000001640	rmnd1 (ENSFHEG00000001651)	ENSFHEG00000001657	STX11 (ENSFHEG00000001664)	stx11a (ENSFHEG00000001668)	fbxo30a (ENSFHEG00000001673)	ENSFHEG00000001677	SHPRH (ENSFHEG00000001704)
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b.a.a	ENSGT00950000182906.b.a.i.a	ENSGT00940000156778.k
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1625	SAV1 (ENSNFUG00015015132)	ENSNFUG00015015149	ABHD12B (ENSNFUG00015015190)	pygl (ENSNFUG00015015397)	TRIM9 (ENSNFUG00015016904)	ENSNFUG00015016933	TMX1 (ENSNFUG00015016940)	frmd6 (ENSNFUG00015016958)	GNG2 (ENSNFUG00015017006)	DUSP23 (ENSNFUG00015017017)	ENSNFUG00015017027	txlnbb (ENSNFUG00015017057)	HIVEP2 (ENSNFUG00015017090)	fuca2 (ENSNFUG00015017128)	TATDN3 (ENSNFUG00015017133)	MAP7 (ENSNFUG00015017149) ##22	AHI1 (ENSNFUG00015017160)	slc18b1 (ENSNFUG00015017191)	CR407704.1 (ENSNFUG00015017211)	ENSNFUG00015017255	ENSNFUG00015017503	RMND1 (ENSNFUG00015019360)	ENSNFUG00015019427	STX11 (ENSNFUG00015019430)	STX11A (ENSNFUG00015019432)	fbxo30a (ENSNFUG00015019434)	SHPRH (ENSNFUG00015019440)	GRM1 (ENSNFUG00015019530)	STXBP5B (ENSNFUG00015019586)	SASH1 (ENSNFUG00015020670)	ddo (ENSNFUG00015020676)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.a	ENSGT00940000176900.a	ENSGT01030000234944.B	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.a	ENSGT00940000176900.a	ENSGT01030000234944.B	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.a	ENSGT00940000176900.a	ENSGT01030000234944.B	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	83	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f.d	ENSGT01090000260070.D.b	ENSGT00940000155887.a	ENSGT00950000183031.A.a.b	ENSGT00940000156864.c
Orange clownfish	MODERN SPECIES	9	pax9 (ENSAPEG00000010061)	NKX2-8 (ENSAPEG00000010047)	nkx2.1 (ENSAPEG00000010034)	mbip (ENSAPEG00000010022)	RPS6KA5 (ENSAPEG00000010002)	ENSAPEG00000009987	ENSAPEG00000009973	hadhab (ENSAPEG00000009876)	kif3cb (ENSAPEG00000009799)	ASXL2 (ENSAPEG00000009777)	dtnbb (ENSAPEG00000009720)	dnmt3ab (ENSAPEG00000009584)	dpysl5a (ENSAPEG00000009506)	mapre3a (ENSAPEG00000009470)	ENSAPEG00000009441	ENSAPEG00000009425 ##22	ahi1 (ENSAPEG00000009375)	slc18b1 (ENSAPEG00000009354)	TULP4 (ENSAPEG00000009289)	ENSAPEG00000009258	ENSAPEG00000009249	gja10a (ENSAPEG00000009234)	ENSAPEG00000009206	ENSAPEG00000009179	rragd (ENSAPEG00000009165)	ENSAPEG00000008970	ENSAPEG00000008945	gabrr2a (ENSAPEG00000008909)	ENSAPEG00000008899	ENSAPEG00000008859	ENSAPEG00000008846
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	668															OTOF (ENSAOCG00000013459)	ENSAOCG00000013203 ##22	ENSAOCG00000013174	ahi1 (ENSAOCG00000013157)	slc18b1 (ENSAOCG00000013136)	TULP4 (ENSAOCG00000013118)	ENSAOCG00000013096	gja10a (ENSAOCG00000013084)	rragd (ENSAOCG00000013072)	gabrr2a (ENSAOCG00000013041)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	571										ENSAPOG00000009950	ENSAPOG00000009969	ENSAPOG00000010038	fitm1l (ENSAPOG00000010045)	trnau1apb (ENSAPOG00000010086)	OTOF (ENSAPOG00000010413)	ENSAPOG00000010479 ##22	ahi1 (ENSAPOG00000010501)	slc18b1 (ENSAPOG00000010524)	TULP4 (ENSAPOG00000010588)	ENSAPOG00000010614	ENSAPOG00000011151	rmnd1 (ENSAPOG00000011181)	ENSAPOG00000011189	STX11 (ENSAPOG00000011230)	stx11a (ENSAPOG00000011315)	fbxo30a (ENSAPOG00000011346)	SHPRH (ENSAPOG00000011458)	GRM1 (ENSAPOG00000011528)	RAB32 (ENSAPOG00000011562)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	738												dnmt3ab (ENSSPAG00000014883)	dpysl5a (ENSSPAG00000014948)	mapre3a (ENSSPAG00000014976)	OTOF (ENSSPAG00000015005)	ENSSPAG00000015086 ##22	ENSSPAG00000015133	ahi1 (ENSSPAG00000015157)	slc18b1 (ENSSPAG00000015198)	TULP4 (ENSSPAG00000015235)	ENSSPAG00000015282	ENSSPAG00000015332	ENSSPAG00000015631	rmnd1 (ENSSPAG00000015686)	ENSSPAG00000015697	stx11a (ENSSPAG00000015702)	fbxo30a (ENSSPAG00000015738)	ENSSPAG00000015751	SHPRH (ENSSPAG00000015794)	GRM1 (ENSSPAG00000015933)	ENSSPAG00000016009
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b.a.a
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000157005	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00940000156699.j	ENSGT01070000253816.b.d ##18	ENSGT00390000016814.b	ENSGT00940000157741	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d.a	ENSGT00940000155667.b.b	ENSGT00940000155714	ENSGT00950000183097.a.b	ENSGT00940000154674.q.a	ENSGT00910000144305	ENSGT00950000182988.a.a.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674.f	ENSGT00940000156674.e	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157005	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00940000156699.j	ENSGT01070000253816.b.d ##18	ENSGT00390000016814.b	ENSGT00940000157741	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d.a	ENSGT00940000155667.b.b	ENSGT00940000155714	ENSGT00950000183097.a.b	ENSGT00940000154674.q.a	ENSGT00910000144305	ENSGT00950000182988.a.a.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674.f	ENSGT00940000156674.e	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000157005	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00940000156699.j	ENSGT01070000253816.b.d ##18	ENSGT00390000016814.b	ENSGT00940000157741	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d.a	ENSGT00940000155667.b.b	ENSGT00940000155714	ENSGT00950000183097.a.b	ENSGT00940000154674.q.a	ENSGT00910000144305	ENSGT00950000182988.a.a.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674.f	ENSGT00940000156674.e	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000157005	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00940000156699.j	ENSGT01070000253816.b.d ##18	ENSGT00390000016814.b	ENSGT00940000157741	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d.a	ENSGT00940000155667.b.b	ENSGT00940000155714	ENSGT00950000183097.a.b	ENSGT00940000154674.q.a	ENSGT00910000144305	ENSGT00950000182988.a.a.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674.f	ENSGT00940000156674.e	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000157005	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00940000156699.j	ENSGT01070000253816.b.d ##18	ENSGT00390000016814.b	ENSGT00940000157741	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000153249.b.d.a	ENSGT00940000155667.b.b	ENSGT00940000155714	ENSGT00950000183097.a.b	ENSGT00940000154674.q.a	ENSGT00910000144305	ENSGT00950000182988.a.a.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674.f	ENSGT00950000183016.D.b.c	ENSGT00940000156674.e	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B
Eastern happy	MODERN SPECIES	10	fndc3ba (ENSACLG00000006238)	PPP2R3A (ENSACLG00000006170)	nceh1a (ENSACLG00000006160)	tnfsf10 (ENSACLG00000006153) ##18	msl2b (ENSACLG00000006145)	pccb (ENSACLG00000006092)	STAG1 (ENSACLG00000005739)	ENSACLG00000005731	ENSACLG00000005717	ATR (ENSACLG00000005624)	pls1 (ENSACLG00000005562)	gyg1a (ENSACLG00000005555)	HLTF (ENSACLG00000005486)	pak2a (ENSACLG00000005452)	OTOF (ENSACLG00000005391)	ENSACLG00000005355 ##22	ENSACLG00000005339	ahi1 (ENSACLG00000005307)	slc18b1 (ENSACLG00000005253)	ENSACLG00000005243	slc18b1 (ENSACLG00000005190)	TULP4 (ENSACLG00000005166)	ENSACLG00000004732	ENSACLG00000004503	ENSACLG00000004151	ENSACLG00000004125	rmnd1 (ENSACLG00000004111)	ENSACLG00000004104	stx11a (ENSACLG00000004097)	STX11 (ENSACLG00000004072)	fbxo30a (ENSACLG00000004066)
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	301										ATR (ENSMZEG00005003131)	pls1 (ENSMZEG00005003068)	gyg1a (ENSMZEG00005003039)	HLTF (ENSMZEG00005003008)	pak2a (ENSMZEG00005002967)	OTOF (ENSMZEG00005002855)	ENSMZEG00005002836 ##22	ENSMZEG00005002824	ahi1 (ENSMZEG00005002805)	slc18b1 (ENSMZEG00005002800)
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	345	fndc3ba (ENSHBUG00000014984)	PPP2R3A (ENSHBUG00000014845)	nceh1a (ENSHBUG00000014795)	tnfsf10 (ENSHBUG00000001166) ##18	MSL2 (ENSHBUG00000001149)	pccb (ENSHBUG00000000432)	STAG1 (ENSHBUG00000014711)	ENSHBUG00000014550	ENSHBUG00000014542	ATR (ENSHBUG00000014512)	pls1 (ENSHBUG00000014404)	gyg1a (ENSHBUG00000014361)	HLTF (ENSHBUG00000014165)	pak2a (ENSHBUG00000014148)	OTOF (ENSHBUG00000014042)	ENSHBUG00000013938 ##22	ENSHBUG00000013925	ahi1 (ENSHBUG00000013903)	slc18b1 (ENSHBUG00000013865)	slc18b1 (ENSHBUG00000013822)	TULP4 (ENSHBUG00000013811)	ENSHBUG00000013763	ENSHBUG00000013735	ENSHBUG00000013340	rmnd1 (ENSHBUG00000013305)	ENSHBUG00000013285	STX11 (ENSHBUG00000013278)	fbxo30a (ENSHBUG00000001110)	ENSHBUG00000013220	SHPRH (ENSHBUG00000013180)	GRM1 (ENSHBUG00000013042)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	362	plekhh1 (ENSACIG00000016325)	slc25a21 (ENSACIG00000016389)	pax9 (ENSACIG00000016451)	NKX2-8 (ENSACIG00000016461)	nkx2.1 (ENSACIG00000016474)	mbip (ENSACIG00000016547)	RPS6KA5 (ENSACIG00000016608)	hadhab (ENSACIG00000016806)	kif3cb (ENSACIG00000016854)	ENSACIG00000016887	dtnbb (ENSACIG00000016910)	dnmt3ab (ENSACIG00000017005)	dpysl5a (ENSACIG00000017769)	mapre3a (ENSACIG00000017796)	OTOF (ENSACIG00000017805)	ENSACIG00000017829 ##22	ENSACIG00000017846	ahi1 (ENSACIG00000017883)	slc18b1 (ENSACIG00000017919)
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.d	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b.a.a
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.d	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b.a.a
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000177671	ENSGT00940000156509.m	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.d	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b.a.a	ENSGT00940000162477.d
Fugu	MODERN SPECIES	11	plekhh1 (ENSTRUG00000012147)	slc25a21 (ENSTRUG00000023029)	pax9 (ENSTRUG00000011965)	ENSTRUG00000030643	nkx2.9 (ENSTRUG00000011937)	nkx2.1 (ENSTRUG00000011900)	mbip (ENSTRUG00000011871)	RPS6KA5 (ENSTRUG00000011435)	hadhab (ENSTRUG00000010991)	ENSTRUG00000023146	ENSTRUG00000023287	dtnbb (ENSTRUG00000010348)	dnmt3ab (ENSTRUG00000009738)	dpysl5a (ENSTRUG00000009449)	mapre3a (ENSTRUG00000009296)	ENSTRUG00000029071 ##22	ENSTRUG00000025849	ahi1 (ENSTRUG00000008309)	slc18b1 (ENSTRUG00000001854)	TULP4 (ENSTRUG00000007983)	ENSTRUG00000025910	rmnd1 (ENSTRUG00000006625)	ENSTRUG00000029368	STX11 (ENSTRUG00000006593)	fbxo30a (ENSTRUG00000001577)	SHPRH (ENSTRUG00000001674)	RAB32 (ENSTRUG00000024158)	GRM1 (ENSTRUG00000002341)	STXBP5 (ENSTRUG00000003152)	SASH1 (ENSTRUG00000024046)	ddo (ENSTRUG00000004608)
Tetraodon	MODERN SPECIES	1	ENSTNIG00000019279	UBE4A (ENSTNIG00000019280)	kmt2a (ENSTNIG00000019281)	plekhh1 (ENSTNIG00000019282)	slc25a21 (ENSTNIG00000019283)	pax9 (ENSTNIG00000019284)	RPS6KA5 (ENSTNIG00000019285)	hadhab (ENSTNIG00000019286)	kif3cb (ENSTNIG00000019287)	ENSTNIG00000019288	dtnbb (ENSTNIG00000019289)	dnmt3ab (ENSTNIG00000019290)	dpysl5a (ENSTNIG00000019291)	mapre3a (ENSTNIG00000019292)	OTOF (ENSTNIG00000019293)	ENSTNIG00000019294 ##22	ahi1 (ENSTNIG00000019295)	slc18b1 (ENSTNIG00000019296)	TULP4 (ENSTNIG00000019297)	ENSTNIG00000019298	ENSTNIG00000019299	ENSTNIG00000019300	rmnd1 (ENSTNIG00000019301)	STX11 (ENSTNIG00000019302)	stx11a (ENSTNIG00000019303)	fbxo30a (ENSTNIG00000019304)	ENSTNIG00000019305	SHPRH (ENSTNIG00000019306)	GRM1 (ENSTNIG00000019307)	RAB32 (ENSTNIG00000019308)	STXBP5 (ENSTNIG00000019309)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.d	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b.a.a
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	19	plekhh1 (ENSLBEG00000007962)	slc25a21 (ENSLBEG00000007921)	pax9 (ENSLBEG00000007878)	NKX2-8 (ENSLBEG00000007852)	nkx2.1 (ENSLBEG00000007839)	mbip (ENSLBEG00000007778)	RPS6KA5 (ENSLBEG00000007107)	hadhab (ENSLBEG00000006817)	kif3cb (ENSLBEG00000006751)	ENSLBEG00000006710	dtnbb (ENSLBEG00000006630)	dnmt3ab (ENSLBEG00000006546)	dpysl5a (ENSLBEG00000006483)	mapre3a (ENSLBEG00000006445)	OTOF (ENSLBEG00000006321)	ENSLBEG00000006260 ##22	ENSLBEG00000006215	ahi1 (ENSLBEG00000006126)	slc18b1 (ENSLBEG00000006089)	TULP4 (ENSLBEG00000005982)	ENSLBEG00000005912	ENSLBEG00000005445	ENSLBEG00000005330	rmnd1 (ENSLBEG00000005300)	ENSLBEG00000005267	ENSLBEG00000005240	stx11a (ENSLBEG00000005213)	fbxo30a (ENSLBEG00000005183)	ENSLBEG00000005160	SHPRH (ENSLBEG00000005117)	GRM1 (ENSLBEG00000005069)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.d	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b.a.a
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000177671	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.d	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00730000111244.a.a	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b.a.a
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000177671	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00390000013337	ENSGT00730000111244.a.a	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b.a.a	ENSGT00940000162477.d	ENSGT00950000182906.b.a.i.a
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	14	plekhh1 (ENSCGOG00000023407)	slc25a21 (ENSCGOG00000023396)	pax9 (ENSCGOG00000023394)	NKX2-8 (ENSCGOG00000023392)	nkx2.1 (ENSCGOG00000023391)	mbip (ENSCGOG00000023387)	RPS6KA5 (ENSCGOG00000023253)	hadhab (ENSCGOG00000022932)	kif3cb (ENSCGOG00000022910)	ENSCGOG00000022905	dtnbb (ENSCGOG00000022062)	dnmt3ab (ENSCGOG00000021228)	dpysl5a (ENSCGOG00000021008)	mapre3a (ENSCGOG00000020998)	OTOF (ENSCGOG00000020965)	ENSCGOG00000020948 ##22	ENSCGOG00000020943	dact1 (ENSCGOG00000020934)	lgals3b (ENSCGOG00000020931)	jmjd7 (ENSCGOG00000020893)	tbpl2 (ENSCGOG00000020891)	atg14 (ENSCGOG00000020885)	ENSCGOG00000020884	ENSCGOG00000020864	ENSCGOG00000020860	ENSCGOG00000020858	tyro3 (ENSCGOG00000020834)	lrrc57 (ENSCGOG00000020832)	slc3a2b (ENSCGOG00000020793)	MDGA2 (ENSCGOG00000020243)	dhrs13a.2 (ENSCGOG00000020222)
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00940000177261	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000177671	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.d	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00730000111244.a.a	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b.a.a	ENSGT00940000162477.d	ENSGT00950000182906.b.a.i.a
Stickleback	MODERN SPECIES	15	plekhh1 (ENSGACG00000011275)	slc25a21 (ENSGACG00000011289)	pax9 (ENSGACG00000011298)	NKX2-8 (ENSGACG00000011300)	nkx2.1 (ENSGACG00000011301)	mbip (ENSGACG00000011304)	RPS6KA5 (ENSGACG00000011310)	hadhab (ENSGACG00000011314)	kif3cb (ENSGACG00000011361)	ENSGACG00000011377	dtnbb (ENSGACG00000011386)	dnmt3ab (ENSGACG00000011391)	dpysl5a (ENSGACG00000011401)	mapre3a (ENSGACG00000011419)	OTOF (ENSGACG00000011463)	ENSGACG00000011476 ##22	ahi1 (ENSGACG00000011481)	slc18b1 (ENSGACG00000011487)	TULP4 (ENSGACG00000011498)	ENSGACG00000011511	ENSGACG00000011565	rmnd1 (ENSGACG00000011566)	ENSGACG00000011575	stx11a (ENSGACG00000011576)	fbxo30a (ENSGACG00000011577)	SHPRH (ENSGACG00000011582)	GRM1 (ENSGACG00000011598)	RAB32 (ENSGACG00000011607)	STXBP5 (ENSGACG00000011612)	SAMD5 (ENSGACG00000011624)	ddo (ENSGACG00000011625)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.d	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b.a.a
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.d	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b.a.a
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	495	slc25a21 (ENSLCRG00005007494)	pax9 (ENSLCRG00005007497)	NKX2-8 (ENSLCRG00005007498)	nkx2.1 (ENSLCRG00005007500)	mbip (ENSLCRG00005007502)	RPS6KA5 (ENSLCRG00005007544)	hadhab (ENSLCRG00005009284)	kif3cb (ENSLCRG00005012391)	ENSLCRG00005012392	ENSLCRG00005012395	dtnbb (ENSLCRG00005012399)	dnmt3ab (ENSLCRG00005012433)	dpysl5a (ENSLCRG00005014646)	mapre3a (ENSLCRG00005014652)	OTOF (ENSLCRG00005014657)	ENSLCRG00005014661 ##22	ENSLCRG00005014662	ENSLCRG00005014663	ahi1 (ENSLCRG00005014664)	slc18b1 (ENSLCRG00005014670)	TULP4 (ENSLCRG00005014829)	ENSLCRG00005014854	ENSLCRG00005014947	rmnd1 (ENSLCRG00005014948)	ENSLCRG00005014957	ENSLCRG00005014962	stx11a (ENSLCRG00005014963)	fbxo30a (ENSLCRG00005014964)	SHPRH (ENSLCRG00005014966)	GRM1 (ENSLCRG00005014978)	ENSLCRG00005015378
European seabass	MODERN SPECIES	2	zfp36l1a (ENSDLAG00005013440)	plekhh1 (ENSDLAG00005013498)	slc25a21 (ENSDLAG00005014733)	pax9 (ENSDLAG00005014769)	NKX2-8 (ENSDLAG00005014816)	nkx2.1 (ENSDLAG00005030104)	mbip (ENSDLAG00005034945)	ENSDLAG00005014918	ENSDLAG00005015355	ENSDLAG00005017635	dtnbb (ENSDLAG00005017872)	dnmt3ab (ENSDLAG00005018806)	dpysl5a (ENSDLAG00005020641)	mapre3a (ENSDLAG00005020660)	ENSDLAG00005020695	ENSDLAG00005021018 ##22	ENSDLAG00005021032	ahi1 (ENSDLAG00005021046)	slc18b1 (ENSDLAG00005021061)	ENSDLAG00005021165	ENSDLAG00005021257	ENSDLAG00005021184	ENSDLAG00005023541	rmnd1 (ENSDLAG00005033321)	ENSDLAG00005023578	ENSDLAG00005023581	stx11a (ENSDLAG00005030078)	fbxo30a (ENSDLAG00005023587)	ENSDLAG00005030518	SHPRH (ENSDLAG00005023598)	GRM1 (ENSDLAG00005023791)
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00940000177261	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.a	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00940000177261	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT00730000111244.a.a	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b.a.a	ENSGT00940000162477.d
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00940000177261	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000177671	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b.a.a	ENSGT00950000182906.b.a.i.a	ENSGT00510000048701.b	ENSGT00940000156778.k
Climbing perch	MODERN SPECIES	13	plekhh1 (ENSATEG00000004373)	slc25a21 (ENSATEG00000004294)	pax9 (ENSATEG00000004252)	NKX2-8 (ENSATEG00000004236)	nkx2.1 (ENSATEG00000004137)	mbip (ENSATEG00000004129)	ENSATEG00000003636	ENSATEG00000003592	kif3cb (ENSATEG00000003388)	ENSATEG00000003374	dtnbb (ENSATEG00000003325)	dnmt3ab (ENSATEG00000003305)	dpysl5a (ENSATEG00000003213)	mapre3a (ENSATEG00000003194)	ENSATEG00000002991	ENSATEG00000029892 ##22	ENSATEG00000002965	ahi1 (ENSATEG00000002948)	slc18b1 (ENSATEG00000002932)	ENSATEG00000002836	ENSATEG00000002813	CCDC170 (ENSATEG00000002214)	rmnd1 (ENSATEG00000002208)	ENSATEG00000028434	stx11a (ENSATEG00000002167)	fbxo30a (ENSATEG00000002153)	ENSATEG00000002015	GRM1 (ENSATEG00000001983)	STXBP5 (ENSATEG00000001801)	ENSATEG00000001780	SASH1 (ENSATEG00000001769)
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	12	slc25a21 (ENSBSLG00000025690)	pax9 (ENSBSLG00000025706)	NKX2-8 (ENSBSLG00000025715)	nkx2.1 (ENSBSLG00000025719)	mbip (ENSBSLG00000025724)	RPS6KA5 (ENSBSLG00000025788)	hadhab (ENSBSLG00000026039)	kif3cb (ENSBSLG00000026213)	ENSBSLG00000026222	ASXL2 (ENSBSLG00000026228)	dtnbb (ENSBSLG00000026254)	dnmt3ab (ENSBSLG00000026316)	dpysl5a (ENSBSLG00000026409)	mapre3a (ENSBSLG00000026411)	OTOF (ENSBSLG00000026418)	ENSBSLG00000026433 ##22	ENSBSLG00000026440	ahi1 (ENSBSLG00000026441)	slc18b1 (ENSBSLG00000026452)	TULP4 (ENSBSLG00000026478)	ENSBSLG00000026480	rmnd1 (ENSBSLG00000026537)	ENSBSLG00000026539	stx11a (ENSBSLG00000026540)	fbxo30a (ENSBSLG00000026541)	SHPRH (ENSBSLG00000026543)	GRM1 (ENSBSLG00000026559)	STXBP5 (ENSBSLG00000026567)	SAMD5 (ENSBSLG00000026579)	ENSBSLG00000026580	ddo (ENSBSLG00000026583)
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	14	plekhh1 (ENSMAMG00000000272)	slc25a21 (ENSMAMG00000000271)	pax9 (ENSMAMG00000000270)	NKX2-8 (ENSMAMG00000000269)	nkx2.1 (ENSMAMG00000000268)	mbip (ENSMAMG00000000267)	ENSMAMG00000000266	ENSMAMG00000000265	kif3cb (ENSMAMG00000000264)	ENSMAMG00000000263	dtnbb (ENSMAMG00000000262)	dnmt3ab (ENSMAMG00000000261)	dpysl5a (ENSMAMG00000000260)	mapre3a (ENSMAMG00000000259)	ENSMAMG00000000258	ENSMAMG00000000257 ##22	ENSMAMG00000000256	ahi1 (ENSMAMG00000000255)	slc18b1 (ENSMAMG00000000254)	ENSMAMG00000000253	ENSMAMG00000000252	ENSMAMG00000024394	rmnd1 (ENSMAMG00000000246)	ENSMAMG00000000245	ENSMAMG00000000244	stx11a (ENSMAMG00000000243)	fbxo30a (ENSMAMG00000000242)	SHPRH (ENSMAMG00000000240)	GRM1 (ENSMAMG00000000239)	RAB32 (ENSMAMG00000000238)	STXBP5 (ENSMAMG00000000237)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00940000177261	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.a	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.a	ENSGT00940000154481.a.a.c.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123
Barramundi perch	MODERN SPECIES	367												dnmt3ab (ENSLCAG00010018846)	dpysl5a (ENSLCAG00010019496)	mapre3a (ENSLCAG00010019515)	OTOF (ENSLCAG00010019550)	ENSLCAG00010019638 ##22	ENSLCAG00010019643	ahi1 (ENSLCAG00010019649)	slc18b1 (ENSLCAG00010019665)	TULP4 (ENSLCAG00010019671)	ENSLCAG00010019674	ENSLCAG00010019681	ENSLCAG00010019717	rmnd1 (ENSLCAG00010019723)	ENSLCAG00010019738	STX11 (ENSLCAG00010019742)	stx11a (ENSLCAG00010019747)	fbxo30a (ENSLCAG00010019750)	SHPRH (ENSLCAG00010019772)	GRM1 (ENSLCAG00010019829)	RAB32 (ENSLCAG00010019831)
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159456	ENSGT00730000111119	ENSGT00940000159896	ENSGT00940000161610	ENSGT00940000161107	ENSGT00510000047831	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155086.A	ENSGT00950000182941.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156674	ENSGT00940000155913.c	ENSGT00390000011642.f	ENSGT00940000154481.a.a.c.a	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000169194	ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b	ENSGT01050000244948.c.b.b	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00940000163723.B	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b.a.a
Greater amberjack	MODERN SPECIES	62	slc25a21 (ENSSDUG00000009483)	pax9 (ENSSDUG00000009460)	NKX2-8 (ENSSDUG00000009451)	nkx2.1 (ENSSDUG00000009444)	mbip (ENSSDUG00000009420)	RPS6KA5 (ENSSDUG00000009386)	hadhab (ENSSDUG00000009305)	kif3cb (ENSSDUG00000009283)	ENSSDUG00000009262	dtnbb (ENSSDUG00000009232)	ENSSDUG00000009225	dnmt3ab (ENSSDUG00000009066)	dpysl5a (ENSSDUG00000009017)	mapre3a (ENSSDUG00000008998)	OTOF (ENSSDUG00000008908)	ENSSDUG00000008844 ##22	ENSSDUG00000008815	ahi1 (ENSSDUG00000008760)	slc18b1 (ENSSDUG00000008721)	TULP4 (ENSSDUG00000008680)	ENSSDUG00000008669	ENSSDUG00000008552	ENSSDUG00000008466	ENSSDUG00000008403	ENSSDUG00000008386	rmnd1 (ENSSDUG00000008364)	ENSSDUG00000008336	STX11 (ENSSDUG00000008320)	stx11a (ENSSDUG00000008303)	fbxo30a (ENSSDUG00000008292)	ENSSDUG00000008274
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	14	slc25a21 (ENSMMDG00005024491)	pax9 (ENSMMDG00005024490)	NKX2-8 (ENSMMDG00005024489)	nkx2.1 (ENSMMDG00005024488)	mbip (ENSMMDG00005024485)	RPS6KA5 (ENSMMDG00005024442)	hadhab (ENSMMDG00005024249)	kif3cb (ENSMMDG00005024221)	ASXL2 (ENSMMDG00005024218)	dtnbb (ENSMMDG00005024212)	dnmt3ab (ENSMMDG00005023789)	dpysl5a (ENSMMDG00005023741)	mapre3a (ENSMMDG00005023738)	OTOF (ENSMMDG00005023720)	ENSMMDG00005023707	ENSMMDG00005023698 ##22	ENSMMDG00005023695	ahi1 (ENSMMDG00005023691)	slc18b1 (ENSMMDG00005023679)	TULP4 (ENSMMDG00005023675)	ENSMMDG00005023673	ENSMMDG00005023573	ENSMMDG00005023534	rmnd1 (ENSMMDG00005023488)	ENSMMDG00005023481	ENSMMDG00005023480	STX11 (ENSMMDG00005023478)	stx11a (ENSMMDG00005023475)	fbxo30a (ENSMMDG00005023474)	SHPRH (ENSMMDG00005023450)	ENSMMDG00005023445
Spotted gar	MODERN SPECIES	647	ENSLOCG00000016161	UTRN (ENSLOCG00000016162)	agbl5 (ENSLOCG00000016175)	ost4 (ENSLOCG00000017994)	selenoi (ENSLOCG00000016178)	drc1 (ENSLOCG00000016179)	OTOF (ENSLOCG00000016183)	FNDC1 (ENSLOCG00000016185)	sod2 (ENSLOCG00000016188)	wtap (ENSLOCG00000016191)	acat2 (ENSLOCG00000016193)	tcp1 (ENSLOCG00000016197)	PLEKHG1 (ENSLOCG00000016199)	iyd (ENSLOCG00000016202)	ppp1r14c (ENSLOCG00000016203)	MAP7 (ENSLOCG00000016205) ##22	ENSLOCG00000016206	BCLAF1 (ENSLOCG00000016208)	armc1l (ENSLOCG00000016210)	mtfr2 (ENSLOCG00000016211)	PDE7B (ENSLOCG00000016213)	ahi1 (ENSLOCG00000016215)	myb (ENSLOCG00000016218)	hbs1l (ENSLOCG00000016221)	aldh8a1 (ENSLOCG00000016225)	SGK1 (ENSLOCG00000016226)	ENSLOCG00000016227	slc2a12 (ENSLOCG00000016228)	tbpl1 (ENSLOCG00000016230)	tcf21 (ENSLOCG00000016232)	eya4 (ENSLOCG00000016233)
Reedfish	MODERN SPECIES	6	PLCB1 (ENSECRG00000011416)	hao1 (ENSECRG00000011686)	enpp1 (ENSECRG00000011769)	ENSECRG00000011803	ENSECRG00000011818	ezra (ENSECRG00000011838)	rsph3 (ENSECRG00000011873)	tagapb (ENSECRG00000011888)	sod2 (ENSECRG00000011913)	wtap (ENSECRG00000011932)	acat2 (ENSECRG00000011958)	tcp1 (ENSECRG00000011980)	PLEKHG1 (ENSECRG00000012027)	iyd (ENSECRG00000012047)	ppp1r14c (ENSECRG00000012056)	MAP7 (ENSECRG00000012118) ##22	ENSECRG00000012212	BCLAF1 (ENSECRG00000012238)	armc1l (ENSECRG00000012261)	mtfr2 (ENSECRG00000012286)	PDE7B (ENSECRG00000012364)	ahi1 (ENSECRG00000012493)	myb (ENSECRG00000012557)	hbs1l (ENSECRG00000012621)	aldh8a1 (ENSECRG00000012650)	NHSL1 (ENSECRG00000012718)	ccdc28a (ENSECRG00000012795)	ECT2L (ENSECRG00000012867)	reps1 (ENSECRG00000012931)	abracl (ENSECRG00000012995)	heca (ENSECRG00000013003)
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	163											ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174
Aves	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000158749	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a.b
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158749	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a.b
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158749	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a.b
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00470000042287	ENSGT00940000158749	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a.b	ENSGT00390000018318.v
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	2	ABRACL (ENSABRG00000011264)	REPS1 (ENSABRG00000011223)	CCDC28A (ENSABRG00000011207)	NHSL1 (ENSABRG00000011189)	ARFGEF3 (ENSABRG00000011113)	ENSABRG00000011104	ENSABRG00000011099	TNFAIP3 (ENSABRG00000011093)	OLIG3 (ENSABRG00000011084)	IFNGR1 (ENSABRG00000011074)	IL22RA2 (ENSABRG00000011065)	IL20RA (ENSABRG00000011059)	SLC35D3 (ENSABRG00000011045)	PEX7 (ENSABRG00000011002)	MAP3K5 (ENSABRG00000010976)	MAP7 (ENSABRG00000010940) ##22	ENSABRG00000010926	BCLAF1 (ENSABRG00000010906)	MTFR2 (ENSABRG00000010901)	PDE7B (ENSABRG00000010894)	AHI1 (ENSABRG00000010871)	MYB (ENSABRG00000010866)	HBS1L (ENSABRG00000010857)	ALDH8A1 (ENSABRG00000010851)	ENSABRG00000010848	ENSABRG00000010824	SGK1 (ENSABRG00000010801)	SLC2A12 (ENSABRG00000010791)	TBPL1 (ENSABRG00000010783)	TCF21 (ENSABRG00000010780)	EYA4 (ENSABRG00000009530)
Duck	MODERN SPECIES	21	ABRACL (ENSAPLG00000003918)	REPS1 (ENSAPLG00000003179)	CCDC28A (ENSAPLG00000027699)	NHSL1 (ENSAPLG00000003036)	ARFGEF3 (ENSAPLG00000002724)	ENSAPLG00000030007	ENSAPLG00000002685	TNFAIP3 (ENSAPLG00000002302)	OLIG3 (ENSAPLG00000018777)	IFNGR1 (ENSAPLG00000002012)	IL22RA2 (ENSAPLG00000001211)	IL20RA (ENSAPLG00000001174)	SLC35D3 (ENSAPLG00000001170)	PEX7 (ENSAPLG00000016238)	MAP3K5 (ENSAPLG00000015796)	MAP7 (ENSAPLG00000012664) ##22	ENSAPLG00000012545	BCLAF1 (ENSAPLG00000007570)	MTFR2 (ENSAPLG00000007596)	PDE7B (ENSAPLG00000007602)	ENSAPLG00000029770	ENSAPLG00000007676	MYB (ENSAPLG00000007728)	HBS1L (ENSAPLG00000007791)	ALDH8A1 (ENSAPLG00000007873)	SGK1 (ENSAPLG00000007896)	SLC2A12 (ENSAPLG00000007989)	TBPL1 (ENSAPLG00000007996)	TCF21 (ENSAPLG00000008024)	EYA4 (ENSAPLG00000008029)	RPS12 (ENSAPLG00000008543)
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158749	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a.b	ENSGT00390000018318.v
Japanese quail	MODERN SPECIES	21	ENSCJPG00005008815	REPS1 (ENSCJPG00005008816)	ENSCJPG00005008818	NHSL1 (ENSCJPG00005008828)	ARFGEF3 (ENSCJPG00005008832)	ENSCJPG00005008847	ENSCJPG00005008850	TNFAIP3 (ENSCJPG00005008853)	OLIG3 (ENSCJPG00005008858)	IFNGR1 (ENSCJPG00005008861)	IL22RA2 (ENSCJPG00005008862)	IL20RA (ENSCJPG00005008863)	SLC35D3 (ENSCJPG00005008864)	PEX7 (ENSCJPG00005008865)	MAP3K5 (ENSCJPG00005008866)	MAP7 (ENSCJPG00005008867) ##22	ENSCJPG00005008868	BCLAF1 (ENSCJPG00005008869)	MTFR2 (ENSCJPG00005008870)	PDE7B (ENSCJPG00005008871)	AHI1 (ENSCJPG00005008874)	MYB (ENSCJPG00005008875)	ENSCJPG00005008877	HBS1L (ENSCJPG00005008878)	ALDH8A1 (ENSCJPG00005008879)	SGK1 (ENSCJPG00005008885)	SLC2A12 (ENSCJPG00005008887)	TBPL1 (ENSCJPG00005008888)	TCF21 (ENSCJPG00005008889)	EYA4 (ENSCJPG00005008894)	RPS12 (ENSCJPG00005008897)
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158749	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a.a.a	ENSGT00390000018318.v	ENSGT00940000156674
Chicken	MODERN SPECIES	22	REPS1 (ENSGALG00010004214)	CCDC28A (ENSGALG00010004217)	NHSL1 (ENSGALG00010004233)	SMIM28 (ENSGALG00010004239)	ARFGEF3 (ENSGALG00010004245)	PERPB (ENSGALG00010004108)	PERPA (ENSGALG00010006794)	TNFAIP3 (ENSGALG00010006025)	OLIG3 (ENSGALG00010006374)	IFNGR1 (ENSGALG00010005291)	IL22RA2 (ENSGALG00010005297)	IL20RA (ENSGALG00010005314)	SLC35D3 (ENSGALG00010005318)	PEX7 (ENSGALG00010005336)	MAP3K5 (ENSGALG00010005342)	MAP7 (ENSGALG00010005364) ##22	ENSGALG00010005378	MTFR2 (ENSGALG00010005412)	BCLAF1 (ENSGALG00010005401)	PDE7B (ENSGALG00010005437)	AHI1 (ENSGALG00010005462)	MYB (ENSGALG00010005884)	HBS1L (ENSGALG00010004639)	ALDH8A1 (ENSGALG00010006336)	SGK1 (ENSGALG00010006359)	SLC2A12 (ENSGALG00010005990)	TBPL1 (ENSGALG00010006173)	TCF21 (ENSGALG00010006187)	EYA4 (ENSGALG00010006239)	RPS12 (ENSGALG00010004255)	SLC18B1 (ENSGALG00010004285)
Turkey	MODERN SPECIES	11	MTRF1L (ENSMGAG00000012738)	RGS17 (ENSMGAG00000012749)	OPRM1 (ENSMGAG00000012751)	ENSMGAG00000012753	ENSMGAG00000012756	SCAF8 (ENSMGAG00000012762)	TIAM2 (ENSMGAG00000012772)	TFB1M (ENSMGAG00000012779)	CLDN20 (ENSMGAG00000015858)	NOX3 (ENSMGAG00000012787)	ENSMGAG00000020145	ENSMGAG00000013036	ENSMGAG00000013037	BCLAF1 (ENSMGAG00000013030)	ENSMGAG00000021079	ENSMGAG00000013020 ##22	ENSMGAG00000021782	ENSMGAG00000020128	ENSMGAG00000013015	ENSMGAG00000013008	ENSMGAG00000013007	ENSMGAG00000013005	ENSMGAG00000013003	ENSMGAG00000019905	ENSMGAG00000012999	ENSMGAG00000013001	ENSMGAG00000012996	NHSL1 (ENSMGAG00000012975)	ENSMGAG00000012965	ENSMGAG00000012973	ABRACL (ENSMGAG00000021963)
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158749	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a.b	ENSGT00390000018318.v
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00470000042287	ENSGT00940000158749	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00390000013215	ENSGT01050000244948.c.b	ENSGT00940000153467.a.a	ENSGT00390000010101	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b	ENSGT00940000162477	ENSGT00390000014904	ENSGT00950000182906.b.a	ENSGT00510000048701
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00470000042287	ENSGT00940000158749	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00390000013215	ENSGT01050000244948.c.b	ENSGT00940000153467.a.a	ENSGT00390000010101	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b	ENSGT00940000162477	ENSGT00390000014904	ENSGT00950000182906.b.a	ENSGT00510000048701
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00470000042287	ENSGT00940000158749	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00390000013215	ENSGT01050000244948.c.b	ENSGT00940000153467.a.a	ENSGT00390000010101	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b	ENSGT00940000162477	ENSGT00390000014904	ENSGT00950000182906.b.a	ENSGT00510000048701
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00470000042287	ENSGT00940000158749	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00390000013215	ENSGT01050000244948.c.b	ENSGT00940000153467.a.a	ENSGT00390000010101	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00730000111123	ENSGT01030000234595.A.b	ENSGT00940000162477	ENSGT00390000014904	ENSGT00950000182906.b.a	ENSGT00510000048701
Zebra finch	MODERN SPECIES	23	ABRACL (ENSTGUG00000010932)	REPS1 (ENSTGUG00000010917)	CCDC28A (ENSTGUG00000010912)	NHSL1 (ENSTGUG00000010910)	ARFGEF3 (ENSTGUG00000010902)	ENSTGUG00000028968	ENSTGUG00000025381	TNFAIP3 (ENSTGUG00000010895)	OLIG3 (ENSTGUG00000010892)	IFNGR1 (ENSTGUG00000029412)	IL22RA2 (ENSTGUG00000010883)	IL20RA (ENSTGUG00000010881)	PEX7 (ENSTGUG00000010872)	SLC35D3 (ENSTGUG00000010879)	MAP3K5 (ENSTGUG00000010854)	MAP7 (ENSTGUG00000010845) ##22	ENSTGUG00000022971	BCLAF1 (ENSTGUG00000010835)	MTFR2 (ENSTGUG00000010828)	PDE7B (ENSTGUG00000010811)	SF3B5 (ENSTGUG00000010810)	STX11 (ENSTGUG00000010809)	UTRN (ENSTGUG00000010792)	EPM2A (ENSTGUG00000010784)	FBXO30 (ENSTGUG00000010780)	ENSTGUG00000027835	SHPRH (ENSTGUG00000010769)	GRM1 (ENSTGUG00000010757)	RAB32 (ENSTGUG00000010754)	ADGB (ENSTGUG00000010743)	STXBP5 (ENSTGUG00000010707)
Common canary	MODERN SPECIES	20	ABRACL (ENSSCAG00000003188)	REPS1 (ENSSCAG00000003182)	CCDC28A (ENSSCAG00000003177)	NHSL1 (ENSSCAG00000003161)	ARFGEF3 (ENSSCAG00000003112)	ENSSCAG00000003099	ENSSCAG00000003098	TNFAIP3 (ENSSCAG00000003091)	OLIG3 (ENSSCAG00000003086)	ENSSCAG00000003075	IL22RA2 (ENSSCAG00000003070)	IL20RA (ENSSCAG00000003065)	SLC35D3 (ENSSCAG00000003062)	PEX7 (ENSSCAG00000003055)	MAP3K5 (ENSSCAG00000002961)	MAP7 (ENSSCAG00000002916) ##22	ENSSCAG00000002904	BCLAF1 (ENSSCAG00000002878)	MTFR2 (ENSSCAG00000002866)	PDE7B (ENSSCAG00000002860)	SF3B5 (ENSSCAG00000002853)	STX11 (ENSSCAG00000002848)	UTRN (ENSSCAG00000002753)	EPM2A (ENSSCAG00000002716)	FBXO30 (ENSSCAG00000002710)	SHPRH (ENSSCAG00000002701)	GRM1 (ENSSCAG00000002665)	RAB32 (ENSSCAG00000002655)	ENSSCAG00000002654	STXBP5 (ENSSCAG00000000855)
Medium ground finch	MODERN SPECIES	19	ABRACL (ENSGFOG00000000514)	REPS1 (ENSGFOG00000000287)	CCDC28A (ENSGFOG00000000244)	NHSL1 (ENSGFOG00000000232)	ARFGEF3 (ENSGFOG00000000107)	ENSGFOG00000000069	ENSGFOG00000000067	TNFAIP3 (ENSGFOG00000000065)	OLIG3 (ENSGFOG00000000063)	ENSGFOG00000000060	IL22RA2 (ENSGFOG00000000056)	IL20RA (ENSGFOG00000000052)	SLC35D3 (ENSGFOG00000000049)	PEX7 (ENSGFOG00000000046)	MAP3K5 (ENSGFOG00000010728)	MAP7 (ENSGFOG00000010697) ##22	ENSGFOG00000010691	BCLAF1 (ENSGFOG00000010684)	MTFR2 (ENSGFOG00000010676)	PDE7B (ENSGFOG00000010661)	SF3B5 (ENSGFOG00000010657)	STX11 (ENSGFOG00000010650)	UTRN (ENSGFOG00000010557)	EPM2A (ENSGFOG00000010537)	FBXO30 (ENSGFOG00000010534)	SHPRH (ENSGFOG00000010511)	GRM1 (ENSGFOG00000010494)	RAB32 (ENSGFOG00000010487)	STXBP5 (ENSGFOG00000009605)	ENSGFOG00000009544	SASH1 (ENSGFOG00000009483)
Flycatcher	MODERN SPECIES	21	ABRACL (ENSFALG00000012818)	REPS1 (ENSFALG00000012821)	CCDC28A (ENSFALG00000012829)	NHSL1 (ENSFALG00000012835)	ARFGEF3 (ENSFALG00000012840)	ENSFALG00000027131	ENSFALG00000028881	TNFAIP3 (ENSFALG00000012857)	OLIG3 (ENSFALG00000028727)	IFNGR1 (ENSFALG00000012866)	IL22RA2 (ENSFALG00000012869)	IL20RA (ENSFALG00000012875)	SLC35D3 (ENSFALG00000012882)	PEX7 (ENSFALG00000012884)	MAP3K5 (ENSFALG00000012890)	MAP7 (ENSFALG00000012907) ##22	ENSFALG00000012925	BCLAF1 (ENSFALG00000012928)	MTFR2 (ENSFALG00000012933)	PDE7B (ENSFALG00000024524)	SF3B5 (ENSFALG00000015012)	STX11 (ENSFALG00000015034)	UTRN (ENSFALG00000012991)	ENSFALG00000027687	EPM2A (ENSFALG00000013054)	FBXO30 (ENSFALG00000013057)	SHPRH (ENSFALG00000013061)	GRM1 (ENSFALG00000013082)	ENSFALG00000013096	ADGB (ENSFALG00000013099)	STXBP5 (ENSFALG00000013101)
Great tit	MODERN SPECIES	22	ABRACL (ENSPMJG00000008172)	REPS1 (ENSPMJG00000008170)	CCDC28A (ENSPMJG00000008169)	NHSL1 (ENSPMJG00000008158)	ARFGEF3 (ENSPMJG00000008023)	ENSPMJG00000007992	ENSPMJG00000007991	TNFAIP3 (ENSPMJG00000007989)	OLIG3 (ENSPMJG00000007987)	IFNGR1 (ENSPMJG00000007955)	IL22RA2 (ENSPMJG00000007952)	IL20RA (ENSPMJG00000007951)	SLC35D3 (ENSPMJG00000007950)	PEX7 (ENSPMJG00000007944)	MAP3K5 (ENSPMJG00000007880)	MAP7 (ENSPMJG00000007877) ##22	ENSPMJG00000007875	BCLAF1 (ENSPMJG00000007819)	MTFR2 (ENSPMJG00000007817)	PDE7B (ENSPMJG00000007811)	SF3B5 (ENSPMJG00000007762)	STX11 (ENSPMJG00000007760)	UTRN (ENSPMJG00000007742)	EPM2A (ENSPMJG00000007665)	FBXO30 (ENSPMJG00000007660)	SHPRH (ENSPMJG00000007567)	GRM1 (ENSPMJG00000007559)	RAB32 (ENSPMJG00000007510)	ADGB (ENSPMJG00000007507)	STXBP5 (ENSPMJG00000007452)	SAMD5 (ENSPMJG00000007450)
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158749	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a.b	ENSGT00390000018318.v	ENSGT00940000156674
Golden eagle	MODERN SPECIES	24	HECA (ENSACCG00020009362)	ABRACL (ENSACCG00020009384)	REPS1 (ENSACCG00020009423)	CCDC28A (ENSACCG00020009445)	NHSL1 (ENSACCG00020009456)	ARFGEF3 (ENSACCG00020009597)	ENSACCG00020009673	ENSACCG00020009689	TNFAIP3 (ENSACCG00020009700)	IFNGR1 (ENSACCG00020009731)	IL22RA2 (ENSACCG00020009750)	IL20RA (ENSACCG00020009766)	SLC35D3 (ENSACCG00020009782)	PEX7 (ENSACCG00020009809)	MAP3K5 (ENSACCG00020010052)	MAP7 (ENSACCG00020010236) ##22	BCLAF1 (ENSACCG00020010306)	MTFR2 (ENSACCG00020010333)	PDE7B (ENSACCG00020010364)	AHI1 (ENSACCG00020010490)	MYB (ENSACCG00020010629)	HBS1L (ENSACCG00020010711)	ALDH8A1 (ENSACCG00020010741)	ENSACCG00020010755	SGK1 (ENSACCG00020010771)	SLC2A12 (ENSACCG00020010793)	TBPL1 (ENSACCG00020010801)	TCF21 (ENSACCG00020010810)	EYA4 (ENSACCG00020010829)	RPS12 (ENSACCG00020010852)	SLC18B1 (ENSACCG00020010875)
Kakapo	MODERN SPECIES	23	CCDC28A (ENSSHBG00005000367)	NHSL1 (ENSSHBG00005008855)	SMIM28 (ENSSHBG00005008871)	ARFGEF3 (ENSSHBG00005009013)	ENSSHBG00005011534	ENSSHBG00005011558	TNFAIP3 (ENSSHBG00005011572)	OLIG3 (ENSSHBG00005011590)	IFNGR1 (ENSSHBG00005011606)	IL22RA2 (ENSSHBG00005011662)	IL20RA (ENSSHBG00005012074)	SLC35D3 (ENSSHBG00005012096)	PEX7 (ENSSHBG00005012108)	ENSSHBG00005012139	ENSSHBG00005012177	MAP7 (ENSSHBG00005012212) ##22	BCLAF1 (ENSSHBG00005012302)	MTFR2 (ENSSHBG00005012363)	PDE7B (ENSSHBG00005012395)	AHI1 (ENSSHBG00005012471)	MYB (ENSSHBG00005012616)	HBS1L (ENSSHBG00005012719)	ALDH8A1 (ENSSHBG00005012753)	ENSSHBG00005012780	SGK1 (ENSSHBG00005012816)	SLC2A12 (ENSSHBG00005012830)	TBPL1 (ENSSHBG00005012846)	TCF21 (ENSSHBG00005012861)	EYA4 (ENSSHBG00005012959)	RPS12 (ENSSHBG00005013736)	SLC18B1 (ENSSHBG00005013767)
African ostrich	MODERN SPECIES	1073	ABRACL (ENSSCUG00000014441)	REPS1 (ENSSCUG00000014439)	CCDC28A (ENSSCUG00000014438)	NHSL1 (ENSSCUG00000014431)	ARFGEF3 (ENSSCUG00000014402)	ENSSCUG00000014396	ENSSCUG00000014395	TNFAIP3 (ENSSCUG00000014392)	OLIG3 (ENSSCUG00000014391)	IFNGR1 (ENSSCUG00000014389)	IL22RA2 (ENSSCUG00000014388)	IL20RA (ENSSCUG00000014385)	SLC35D3 (ENSSCUG00000014382)	PEX7 (ENSSCUG00000014381)	MAP3K5 (ENSSCUG00000014363)	MAP7 (ENSSCUG00000014349) ##22	ENSSCUG00000014345	BCLAF1 (ENSSCUG00000014341)	MTFR2 (ENSSCUG00000014339)	PDE7B (ENSSCUG00000014336)	AHI1 (ENSSCUG00000014329)	MYB (ENSSCUG00000014318)	HBS1L (ENSSCUG00000014221)	ALDH8A1 (ENSSCUG00000014132)	SGK1 (ENSSCUG00000014126)	SLC2A12 (ENSSCUG00000014121)	TBPL1 (ENSSCUG00000014118)	TCF21 (ENSSCUG00000014112)	EYA4 (ENSSCUG00000014105)	RPS12 (ENSSCUG00000014088)	SLC18B1 (ENSSCUG00000014080)
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	60	ECT2L (ENSCPRG00005001356)	CCDC28A (ENSCPRG00005001360)	NHSL1 (ENSCPRG00005001408)	ARFGEF3 (ENSCPRG00005001438)	ENSCPRG00005001515	ENSCPRG00005001520	TNFAIP3 (ENSCPRG00005001541)	OLIG3 (ENSCPRG00005001547)	IFNGR1 (ENSCPRG00005001587)	IL22RA2 (ENSCPRG00005001608)	IL20RA (ENSCPRG00005001614)	SLC35D3 (ENSCPRG00005001621)	PEX7 (ENSCPRG00005001638)	ENSCPRG00005001642	MAP3K5 (ENSCPRG00005001647)	MAP7 (ENSCPRG00005001710) ##22	BCLAF1 (ENSCPRG00005001752)	ENSCPRG00005001856	MTFR2 (ENSCPRG00005001894)	PDE7B (ENSCPRG00005001905)	AHI1 (ENSCPRG00005001962)	MYB (ENSCPRG00005002016)	HBS1L (ENSCPRG00005002062)	ALDH8A1 (ENSCPRG00005002075)
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00960000189180	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a.b	ENSGT00390000018318.u.b.b
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a.b	ENSGT00950000182978.A.a.a.a.b	ENSGT00390000018318.u.b.b
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a.b	ENSGT00950000182978.A.a.a.a.b	ENSGT00390000018318.u.b.b
painted turtle	MODERN SPECIES	12	REPS1 (ENSCPBG00000017195)	ECT2L (ENSCPBG00000017197)	CCDC28A (ENSCPBG00000017201)	NHSL1 (ENSCPBG00000017203)	HEBP2 (ENSCPBG00000017208)	ARFGEF3 (ENSCPBG00000017225)	ENSCPBG00000017530	ENSCPBG00000017531	TNFAIP3 (ENSCPBG00000017533)	OLIG3 (ENSCPBG00000017537)	IFNGR1 (ENSCPBG00000017540)	IL22RA2 (ENSCPBG00000017544)	IL20RA (ENSCPBG00000017546)	PEX7 (ENSCPBG00000017550)	MAP3K5 (ENSCPBG00000017559)	MAP7 (ENSCPBG00000017573) ##22	BCLAF1 (ENSCPBG00000017585)	MTFR2 (ENSCPBG00000017594)	PDE7B (ENSCPBG00000017603)	AHI1 (ENSCPBG00000017619)	MYB (ENSCPBG00000017622)	HBS1L (ENSCPBG00000017635)	ALDH8A1 (ENSCPBG00000017640)	ENSCPBG00000017645	SGK1 (ENSCPBG00000017648)	SLC2A12 (ENSCPBG00000017651)	TBPL1 (ENSCPBG00000017654)	TCF21 (ENSCPBG00000017657)	EYA4 (ENSCPBG00000017662)	RPS12 (ENSCPBG00000017677)	SLC18B1 (ENSCPBG00000017686)
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	31	REPS1 (ENSTMTG00000000464)	ECT2L (ENSTMTG00000000533)	CCDC28A (ENSTMTG00000000567)	NHSL1 (ENSTMTG00000000586)	HEBP2 (ENSTMTG00000000609)	ARFGEF3 (ENSTMTG00000000760)	PERP (ENSTMTG00000001548)	TNFAIP3 (ENSTMTG00000001555)	OLIG3 (ENSTMTG00000001569)	IFNGR1 (ENSTMTG00000001577)	IL22RA2 (ENSTMTG00000001584)	IL20RA (ENSTMTG00000001589)	SLC35D3 (ENSTMTG00000001600)	PEX7 (ENSTMTG00000001605)	MAP3K5 (ENSTMTG00000001615)	MAP7 (ENSTMTG00000001650) ##22	BCLAF1 (ENSTMTG00000001674)	MTFR2 (ENSTMTG00000001701)	PDE7B (ENSTMTG00000001718)	MYB (ENSTMTG00000001755)	HBS1L (ENSTMTG00000001830)	ALDH8A1 (ENSTMTG00000001851)	ENSTMTG00000001860	SGK1 (ENSTMTG00000001868)	SLC2A12 (ENSTMTG00000001887)	TBPL1 (ENSTMTG00000001895)	TCF21 (ENSTMTG00000001901)	ENSTMTG00000001913	ENSTMTG00000001941	RPS12 (ENSTMTG00000001949)	ENSTMTG00000001969
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a.b	ENSGT00390000018318.u.b.b	ENSGT00940000156674.n
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	17	ECT2L (ENSGEVG00005008180)	CCDC28A (ENSGEVG00005008151)	NHSL1 (ENSGEVG00005007994)	ENSGEVG00005007932	ARFGEF3 (ENSGEVG00005007723)	ENSGEVG00005007670	ENSGEVG00005007635	TNFAIP3 (ENSGEVG00005007607)	OLIG3 (ENSGEVG00005007591)	ENSGEVG00005007546	IL22RA2 (ENSGEVG00005007496)	IL20RA (ENSGEVG00005007442)	SLC35D3 (ENSGEVG00005007413)	PEX7 (ENSGEVG00005007361)	MAP3K5 (ENSGEVG00005005197)	MAP7 (ENSGEVG00005004461) ##22	BCLAF1 (ENSGEVG00005004317)	MTFR2 (ENSGEVG00005004278)	PDE7B (ENSGEVG00005004167)	AHI1 (ENSGEVG00005004094)	MYB (ENSGEVG00005004048)	HBS1L (ENSGEVG00005004019)	ALDH8A1 (ENSGEVG00005004008)	ENSGEVG00005003999	SGK1 (ENSGEVG00005003985)	SLC2A12 (ENSGEVG00005003943)	TBPL1 (ENSGEVG00005003916)	TCF21 (ENSGEVG00005003908)	EYA4 (ENSGEVG00005003854)	RPS12 (ENSGEVG00005003792)	ENSGEVG00005003768
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	227	REPS1 (ENSCABG00000010453)	ECT2L (ENSCABG00000010617)	CCDC28A (ENSCABG00000010621)	HEBP2 (ENSCABG00000010625)	ARFGEF3 (ENSCABG00000010627)	ENSCABG00000010628	ENSCABG00000010629	TNFAIP3 (ENSCABG00000010638)	OLIG3 (ENSCABG00000010641)	IFNGR1 (ENSCABG00000010642)	IL22RA2 (ENSCABG00000010644)	IL20RA (ENSCABG00000010646)	SLC35D3 (ENSCABG00000010649)	PEX7 (ENSCABG00000010655)	MAP3K5 (ENSCABG00000010658)	MAP7 (ENSCABG00000010662) ##22	BCLAF1 (ENSCABG00000010663)	MTFR2 (ENSCABG00000010664)	PDE7B (ENSCABG00000010666)	NAP1L4 (ENSCABG00000010670)	PHLDA2 (ENSCABG00000010675)	SLC22A18 (ENSCABG00000010676)	CDKN1C (ENSCABG00000010678)	KCNQ1 (ENSCABG00000010679)	TRPM5 (ENSCABG00000010689)	TSSC4 (ENSCABG00000010694)	CD81 (ENSCABG00000010697)	ENSCABG00000010701	TH (ENSCABG00000010704)	ENSCABG00000010705	IGF2 (ENSCABG00000010706)
Chinese turtle	MODERN SPECIES	1157																MAP7 (ENSPSIG00000006272) ##22	ENSPSIG00000007058	BCLAF1 (ENSPSIG00000007141)	MTFR2 (ENSPSIG00000009634)	PDE7B (ENSPSIG00000010619)	AHI1 (ENSPSIG00000010898)	MYB (ENSPSIG00000011892)	HBS1L (ENSPSIG00000016467)
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v	ENSGT00940000173986
Common wall lizard	MODERN SPECIES	11	ENSPMRG00000004757	NHSL1 (ENSPMRG00000004732)	HEBP2 (ENSPMRG00000004720)	ARFGEF3 (ENSPMRG00000004701)	ENSPMRG00000004685	ENSPMRG00000004677	TNFAIP3 (ENSPMRG00000004670)	OLIG3 (ENSPMRG00000004665)	ENSPMRG00000004656	IL20RA (ENSPMRG00000004637)	SLC35D3 (ENSPMRG00000004628)	PEX7 (ENSPMRG00000004619)	MAP3K5 (ENSPMRG00000004592)	ENSPMRG00000004584	ENSPMRG00000004581	MAP7 (ENSPMRG00000004562) ##22	ENSPMRG00000004544	BCLAF1 (ENSPMRG00000004526)	MTFR2 (ENSPMRG00000004501)	ENSPMRG00000004495	PDE7B (ENSPMRG00000004470)	ENSPMRG00000004408	MYB (ENSPMRG00000004373)	HBS1L (ENSPMRG00000004367)	ALDH8A1 (ENSPMRG00000004364)	ENSPMRG00000004360	SGK1 (ENSPMRG00000004357)	SLC2A12 (ENSPMRG00000004353)	TBPL1 (ENSPMRG00000004347)	TCF21 (ENSPMRG00000004342)	EYA4 (ENSPMRG00000004306)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	2	REPS1 (ENSSMRG00000000991)	ECT2L (ENSSMRG00000001050)	CCDC28A (ENSSMRG00000001081)	NHSL1 (ENSSMRG00000001174)	HEBP2 (ENSSMRG00000001199)	ARFGEF3 (ENSSMRG00000001249)	ENSSMRG00000001276	ENSSMRG00000001281	TNFAIP3 (ENSSMRG00000001286)	OLIG3 (ENSSMRG00000001319)	ENSSMRG00000001320	IFNGR1 (ENSSMRG00000001420)	SLC35D3 (ENSSMRG00000001426)	PEX7 (ENSSMRG00000001467)	MAP3K5 (ENSSMRG00000001499)	MAP7 (ENSSMRG00000001536) ##22	BCLAF1 (ENSSMRG00000001636)	ENSSMRG00000001660	MTFR2 (ENSSMRG00000001661)	PDE7B (ENSSMRG00000001688)	AHI1 (ENSSMRG00000001768)	MYB (ENSSMRG00000001833)	HBS1L (ENSSMRG00000001904)	ALDH8A1 (ENSSMRG00000001931)	SGK1 (ENSSMRG00000001940)	SLC2A12 (ENSSMRG00000001963)	TBPL1 (ENSSMRG00000001966)	TCF21 (ENSSMRG00000001971)	EYA4 (ENSSMRG00000002159)	RPS12 (ENSSMRG00000002196)	ENSSMRG00000002204
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00500000044928	ENSGT00470000042287	ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264.a	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00470000042287	ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.m	ENSGT00530000063484.a.n	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00990000211691	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264.a	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00680000101596	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	14	CCDC28A (ENSNSUG00000009903)	NHSL1 (ENSNSUG00000009902)	HEBP2 (ENSNSUG00000009901)	ARFGEF3 (ENSNSUG00000009900)	ENSNSUG00000009899	ENSNSUG00000009896	TNFAIP3 (ENSNSUG00000009847)	OLIG3 (ENSNSUG00000009846)	ENSNSUG00000009845	ENSNSUG00000009844	SLC35D3 (ENSNSUG00000009843)	PEX7 (ENSNSUG00000009842)	ENSNSUG00000009841	ENSNSUG00000009840	ENSNSUG00000009839	MAP7 (ENSNSUG00000009838) ##22	ENSNSUG00000009837	BCLAF1 (ENSNSUG00000009836)	MTFR2 (ENSNSUG00000009835)	PDE7B (ENSNSUG00000009834)	ENSNSUG00000009833	AHI1 (ENSNSUG00000009832)	MYB (ENSNSUG00000009410)	ENSNSUG00000009409	HBS1L (ENSNSUG00000007992)	ALDH8A1 (ENSNSUG00000007986)	ENSNSUG00000007973	SGK1 (ENSNSUG00000007972)	SLC2A12 (ENSNSUG00000007970)	TBPL1 (ENSNSUG00000007969)	TCF21 (ENSNSUG00000007968)
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	28	ABRACL (ENSPTXG00000003671)	REPS1 (ENSPTXG00000003665)	ECT2L (ENSPTXG00000003660)	CCDC28A (ENSPTXG00000003658)	NHSL1 (ENSPTXG00000003654)	HEBP2 (ENSPTXG00000003652)	ARFGEF3 (ENSPTXG00000003641)	PERP (ENSPTXG00000003638)	ENSPTXG00000003637	TNFAIP3 (ENSPTXG00000003634)	OLIG3 (ENSPTXG00000003632)	ENSPTXG00000003631	SLC35D3 (ENSPTXG00000003629)	ENSPTXG00000003626	MAP3K5 (ENSPTXG00000003600)	MAP7 (ENSPTXG00000009806) ##22	ENSPTXG00000009805	BCLAF1 (ENSPTXG00000009804)	PDE7B (ENSPTXG00000009803)	AHI1 (ENSPTXG00000009802)	ENSPTXG00000009801	ENSPTXG00000009800	HBS1L (ENSPTXG00000009799)	ALDH8A1 (ENSPTXG00000009798)	ENSPTXG00000009797	SGK1 (ENSPTXG00000009796)	SLC2A12 (ENSPTXG00000009795)	TBPL1 (ENSPTXG00000009794)	TCF21 (ENSPTXG00000009793)	EYA4 (ENSPTXG00000009792)	RPS12 (ENSPTXG00000009788)
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	862															MAP3K5 (ENSLLTG00000002349)	MAP7 (ENSLLTG00000002292) ##22	ENSLLTG00000002276	BCLAF1 (ENSLLTG00000002254)	MTFR2 (ENSLLTG00000002244)	PDE7B (ENSLLTG00000002238)
Indian cobra	MODERN SPECIES		REPS1 (ENSNNAG00000001715)	ECT2L (ENSNNAG00000001757)	CCDC28A (ENSNNAG00000001770)	NHSL1 (ENSNNAG00000001792)	HEBP2 (ENSNNAG00000001818)	ARFGEF3 (ENSNNAG00000001883)	PERP (ENSNNAG00000002038)	ENSNNAG00000002044	TNFAIP3 (ENSNNAG00000002057)	OLIG3 (ENSNNAG00000002072)	ENSNNAG00000002084	IL20RA (ENSNNAG00000002098)	SLC35D3 (ENSNNAG00000002112)	PEX7 (ENSNNAG00000002125)	MAP3K5 (ENSNNAG00000002163)	MAP7 (ENSNNAG00000002218) ##22	ENSNNAG00000000006	BCLAF1 (ENSNNAG00000000012)	MTFR2 (ENSNNAG00000000015)	PDE7B (ENSNNAG00000000019)	ENSNNAG00000000023	AHI1 (ENSNNAG00000000029)	MYB (ENSNNAG00000000035)	HBS1L (ENSNNAG00000000042)	ALDH8A1 (ENSNNAG00000000044)	SGK1 (ENSNNAG00000000046)	SLC2A12 (ENSNNAG00000000051)	TBPL1 (ENSNNAG00000000054)	TCF21 (ENSNNAG00000000058)	EYA4 (ENSNNAG00000000061)	RPS12 (ENSNNAG00000000063)
Lizard	MODERN SPECIES	814	ENSACAG00000037586	NHSL1 (ENSACAG00000016804)	HEBP2 (ENSACAG00000016816)	ARFGEF3 (ENSACAG00000016819)	ENSACAG00000039582	ENSACAG00000038729	ENSACAG00000016852	ENSACAG00000044884	ENSACAG00000035269	TNFAIP3 (ENSACAG00000016855)	ENSACAG00000028387	ENSACAG00000028065	SLC35D3 (ENSACAG00000016914)	PEX7 (ENSACAG00000016918)	MAP3K5 (ENSACAG00000016923)	MAP7 (ENSACAG00000016994) ##22	BCLAF1 (ENSACAG00000017011)	ENSACAG00000034620	ENSACAG00000017033	PDE7B (ENSACAG00000017035)	ENSACAG00000035045	ENSACAG00000042528	AHI1 (ENSACAG00000009806)	MYB (ENSACAG00000009861)	ENSACAG00000040508	HBS1L (ENSACAG00000010120)	ALDH8A1 (ENSACAG00000010204)	SGK1 (ENSACAG00000010226)	SLC2A12 (ENSACAG00000010313)	TCF21 (ENSACAG00000010325)	EYA4 (ENSACAG00000010346)
tuatara	MODERN SPECIES	673								ENSSPUG00000011807	ENSSPUG00000011820	TNFAIP3 (ENSSPUG00000011879)	OLIG3 (ENSSPUG00000011903)	ENSSPUG00000011920	SLC35D3 (ENSSPUG00000011941)	ENSSPUG00000011953	MAP3K5 (ENSSPUG00000011975)	MAP7 (ENSSPUG00000012018) ##22	ENSSPUG00000012042	BCLAF1 (ENSSPUG00000012092)	PDE7B (ENSSPUG00000012259)	ENSSPUG00000012279	ENSSPUG00000012290	ENSSPUG00000012310	MYB (ENSSPUG00000012329)	HBS1L (ENSSPUG00000012389)	ALDH8A1 (ENSSPUG00000012409)
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00940000164948	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v
Theria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v	ENSGT00940000156674
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v	ENSGT00390000018318.u.b.b
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.b
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00390000018318.u.b.b	ENSGT00940000156674
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	23										ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00510000046986.b	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674
koala	MODERN SPECIES	27										ENSPCIG00000027248	ENSPCIG00000027249	IL20RA (ENSPCIG00000027252)	SLC35D3 (ENSPCIG00000027254)	PEX7 (ENSPCIG00000027255)	MAP3K5 (ENSPCIG00000028208)	MAP7 (ENSPCIG00000014046) ##22	BCLAF1 (ENSPCIG00000017609)	ENSPCIG00000026708	PDE7B (ENSPCIG00000026715)	ENSPCIG00000001356	MYB (ENSPCIG00000023931)	HBS1L (ENSPCIG00000013363)	ALDH8A1 (ENSPCIG00000013617)	ENSPCIG00000006039	SGK1 (ENSPCIG00000034420)	SLC2A12 (ENSPCIG00000008803)	TBPL1 (ENSPCIG00000008805)	TCF21 (ENSPCIG00000008807)	EYA4 (ENSPCIG00000028725)	RPS12 (ENSPCIG00000028027)	SLC18B1 (ENSPCIG00000028026)
Common wonbat	MODERN SPECIES	577	CCDC28A (ENSVURG00010003218)	NHSL1 (ENSVURG00010003237)	HEBP2 (ENSVURG00010003262)	SMIM28 (ENSVURG00010003271)	ARFGEF3 (ENSVURG00010003304)	PERP (ENSVURG00010003438)	ENSVURG00010003453	OLIG3 (ENSVURG00010003481)	ENSVURG00010003486	ENSVURG00010003490	ENSVURG00010003502	IL20RA (ENSVURG00010003508)	SLC35D3 (ENSVURG00010003517)	PEX7 (ENSVURG00010003525)	MAP3K5 (ENSVURG00010003540)	MAP7 (ENSVURG00010003588) ##22	BCLAF1 (ENSVURG00010003667)	ENSVURG00010003889	PDE7B (ENSVURG00010003925)	AHI1 (ENSVURG00010003974)	MYB (ENSVURG00010004030)	HBS1L (ENSVURG00010004148)	ALDH8A1 (ENSVURG00010004171)	ENSVURG00010004180	SGK1 (ENSVURG00010004201)	SLC2A12 (ENSVURG00010004295)	TBPL1 (ENSVURG00010004299)	TCF21 (ENSVURG00010004318)	ENSVURG00010004337	EYA4 (ENSVURG00010004394)	ENSVURG00010005354
Wallaby	MODERN SPECIES	4145																MAP7 (ENSMEUG00000003988) ##22
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	3	ECT2L (ENSSHAG00000008064)	CCDC28A (ENSSHAG00000022209)	NHSL1 (ENSSHAG00000001393)	HEBP2 (ENSSHAG00000000026)	SMIM28 (ENSSHAG00000031958)	ARFGEF3 (ENSSHAG00000012424)	PERP (ENSSHAG00000024598)	TNFAIP3 (ENSSHAG00000010469)	OLIG3 (ENSSHAG00000007183)	ENSSHAG00000023943	ENSSHAG00000024867	IL20RA (ENSSHAG00000024345)	SLC35D3 (ENSSHAG00000014435)	PEX7 (ENSSHAG00000014094)	MAP3K5 (ENSSHAG00000012760)	MAP7 (ENSSHAG00000011432) ##22	BCLAF1 (ENSSHAG00000010721)	MTFR2 (ENSSHAG00000010457)	PDE7B (ENSSHAG00000009844)	ENSSHAG00000015549	ENSSHAG00000029987	MYB (ENSSHAG00000014728)	HBS1L (ENSSHAG00000013509)	ALDH8A1 (ENSSHAG00000013316)	SGK1 (ENSSHAG00000008160)	SLC2A12 (ENSSHAG00000006070)	TBPL1 (ENSSHAG00000005937)	TCF21 (ENSSHAG00000004870)	EYA4 (ENSSHAG00000012982)	ENSSHAG00000008905	SLC18B1 (ENSSHAG00000008484)
Opossum	MODERN SPECIES	1	HEBP2 (ENSMODG00000017398)	SMIM28 (ENSMODG00000038389)	ARFGEF3 (ENSMODG00000017409)	ENSMODG00000023304	PERP (ENSMODG00000017414)	TNFAIP3 (ENSMODG00000017417)	ENSMODG00000039603	ENSMODG00000000021	ENSMODG00000017421	ENSMODG00000017426	IL20RA (ENSMODG00000017429)	SLC35D3 (ENSMODG00000017431)	PEX7 (ENSMODG00000017434)	MAP3K5 (ENSMODG00000017436)	ENSMODG00000050331	MAP7 (ENSMODG00000049358) ##22	ENSMODG00000017447	ENSMODG00000017453	PDE7B (ENSMODG00000017463)	AHI1 (ENSMODG00000017476)	MYB (ENSMODG00000017488)	ENSMODG00000038655	ENSMODG00000017499	ALDH8A1 (ENSMODG00000017504)	SGK1 (ENSMODG00000017509)	SLC2A12 (ENSMODG00000017512)	TBPL1 (ENSMODG00000017515)	TCF21 (ENSMODG00000017516)	RPS12 (ENSMODG00000017520)	SLC18B1 (ENSMODG00000017522)	ENSMODG00000023115
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v	ENSGT00940000156674
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	51	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.b.b	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.b
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	51	ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.b.b	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.b
Elephant	MODERN SPECIES	1	CCDC28A (ENSLAFG00000023017)	ENSLAFG00000032149	NHSL1 (ENSLAFG00000022496)	HEBP2 (ENSLAFG00000013501)	ARFGEF3 (ENSLAFG00000001882)	PERP (ENSLAFG00000000047)	TNFAIP3 (ENSLAFG00000011428)	OLIG3 (ENSLAFG00000005655)	IFNGR1 (ENSLAFG00000029501)	IL22RA2 (ENSLAFG00000001324)	ENSLAFG00000007603	SLC35D3 (ENSLAFG00000016308)	PEX7 (ENSLAFG00000007598)	ENSLAFG00000032335	MAP3K5 (ENSLAFG00000000588)	MAP7 (ENSLAFG00000004444) ##22	ENSLAFG00000032469	BCLAF1 (ENSLAFG00000015982)	MTFR2 (ENSLAFG00000031342)	PDE7B (ENSLAFG00000018738)	AHI1 (ENSLAFG00000017402)	MYB (ENSLAFG00000018350)	HBS1L (ENSLAFG00000007835)	ALDH8A1 (ENSLAFG00000007832)	SGK1 (ENSLAFG00000012698)	SLC2A12 (ENSLAFG00000014066)	TBPL1 (ENSLAFG00000014064)	TCF21 (ENSLAFG00000009507)	EYA4 (ENSLAFG00000012196)	RPS12 (ENSLAFG00000007933)	SLC18B1 (ENSLAFG00000001053)
Hyrax	MODERN SPECIES	2546																MAP7 (ENSPCAG00000002533) ##22
Tenrec	MODERN SPECIES	3122																MAP7 (ENSETEG00000004831) ##22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	439										ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509
Armadillo	MODERN SPECIES	2554							OLIG3 (ENSDNOG00000042405)	ENSDNOG00000033108	ENSDNOG00000047511	ENSDNOG00000049724	IL22RA2 (ENSDNOG00000035934)	IL20RA (ENSDNOG00000034429)	SLC35D3 (ENSDNOG00000036032)	PEX7 (ENSDNOG00000039698)	MAP3K5 (ENSDNOG00000019294)	MAP7 (ENSDNOG00000013217) ##22	BCLAF1 (ENSDNOG00000019473)	ENSDNOG00000032576	PDE7B (ENSDNOG00000041927)	AHI1 (ENSDNOG00000003425)
Sloth	MODERN SPECIES	2821																ENSCHOG00000005936 ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00390000018318.u.b.b
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES	1445															ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22
Hedgehog	MODERN SPECIES	3236															MAP3K5 (ENSEEUG00000012993)	MAP7 (ENSEEUG00000012762) ##22
Common shrew	MODERN SPECIES	1457															BCLAF1 (ENSSARG00000010591)	MAP7 (ENSSARG00000010516) ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a.k.b	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a
Suina	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00540000070023.c.b.a.a.b	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a.k.b	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a
Pig	MODERN SPECIES		NHSL1 (ENSSSCG00000004149)	ENSSSCG00000004150	SMIM28 (ENSSSCG00000048346)	ENSSSCG00000004151	ARFGEF3 (ENSSSCG00000022968)	PERP (ENSSSCG00000038420)	TNFAIP3 (ENSSSCG00000004154)	OLIG3 (ENSSSCG00000004155)	IFNGR1 (ENSSSCG00000004156)	IL22RA2 (ENSSSCG00000004158)	IL20RA (ENSSSCG00000004157)	SLC35D3 (ENSSSCG00000004159)	PEX7 (ENSSSCG00000004160)	MAP3K5 (ENSSSCG00000026041)	ENSSSCG00000046709	MAP7 (ENSSSCG00000039049) ##22	BCLAF1 (ENSSSCG00000004163)	MTFR2 (ENSSSCG00000004164)	PDE7B (ENSSSCG00000004165)	AHI1 (ENSSSCG00000004166)	MYB (ENSSSCG00000004167)	ENSSSCG00000060550	HBS1L (ENSSSCG00000004169)	ALDH8A1 (ENSSSCG00000028115)	ENSSSCG00000004170	SGK1 (ENSSSCG00000021443)	SLC2A12 (ENSSSCG00000004172)	TBPL1 (ENSSSCG00000022387)	TCF21 (ENSSSCG00000033258)	EYA4 (ENSSSCG00000034139)	RPS12 (ENSSSCG00000004177)
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	58	CCDC28A (ENSCWAG00000002001)	NHSL1 (ENSCWAG00000002036)	HEBP2 (ENSCWAG00000002090)	SMIM28 (ENSCWAG00000002100)	ENSCWAG00000002119	ARFGEF3 (ENSCWAG00000002143)	PERP (ENSCWAG00000002201)	TNFAIP3 (ENSCWAG00000002217)	OLIG3 (ENSCWAG00000002236)	IFNGR1 (ENSCWAG00000002246)	IL22RA2 (ENSCWAG00000002263)	IL20RA (ENSCWAG00000002295)	SLC35D3 (ENSCWAG00000002337)	PEX7 (ENSCWAG00000002350)	MAP3K5 (ENSCWAG00000002374)	MAP7 (ENSCWAG00000002498) ##22	BCLAF1 (ENSCWAG00000002874)	MTFR2 (ENSCWAG00000002979)	PDE7B (ENSCWAG00000003019)	AHI1 (ENSCWAG00000003087)	MYB (ENSCWAG00000003233)	HBS1L (ENSCWAG00000005215)	ALDH8A1 (ENSCWAG00000005408)	ENSCWAG00000005520	SGK1 (ENSCWAG00000005577)	SLC2A12 (ENSCWAG00000005808)	TBPL1 (ENSCWAG00000005859)	TCF21 (ENSCWAG00000005887)	EYA4 (ENSCWAG00000006003)	ENSCWAG00000008596	SLC18B1 (ENSCWAG00000008668)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a.k.b	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a.k.b	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v	ENSGT00940000156674
Alpaca	MODERN SPECIES	558											ENSVPAG00000003936	IL20RA (ENSVPAG00000003935)	SLC35D3 (ENSVPAG00000003934)	PEX7 (ENSVPAG00000003933)	MAP3K5 (ENSVPAG00000003929)	MAP7 (ENSVPAG00000003926) ##22	BCLAF1 (ENSVPAG00000003924)	MTFR2 (ENSVPAG00000003922)	PDE7B (ENSVPAG00000003920)	AHI1 (ENSVPAG00000003915)
Arabian camel	MODERN SPECIES	34	ECT2L (ENSCDRG00005013645)	CCDC28A (ENSCDRG00005013874)	NHSL1 (ENSCDRG00005013989)	HEBP2 (ENSCDRG00005014162)	SMIM28 (ENSCDRG00005014197)	ARFGEF3 (ENSCDRG00005014224)	PERP (ENSCDRG00005014505)	TNFAIP3 (ENSCDRG00005014565)	OLIG3 (ENSCDRG00005014653)	IFNGR1 (ENSCDRG00005014662)	IL22RA2 (ENSCDRG00005014705)	IL20RA (ENSCDRG00005014767)	SLC35D3 (ENSCDRG00005015088)	PEX7 (ENSCDRG00005015169)	MAP3K5 (ENSCDRG00005015332)	MAP7 (ENSCDRG00005015545) ##22	BCLAF1 (ENSCDRG00005017775)	MTFR2 (ENSCDRG00005018327)	PDE7B (ENSCDRG00005018377)	AHI1 (ENSCDRG00005018511)	MYB (ENSCDRG00005018759)	HBS1L (ENSCDRG00005021331)	ALDH8A1 (ENSCDRG00005021478)	ENSCDRG00005021481	SGK1 (ENSCDRG00005021488)	SLC2A12 (ENSCDRG00005021503)	TBPL1 (ENSCDRG00005021546)	TCF21 (ENSCDRG00005021553)	EYA4 (ENSCDRG00005021570)	ENSCDRG00005021622	ENSCDRG00005021625
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a.k.b	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a.k.b	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a.k.b	ENSGT00940000155726.fb.b	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a.k.b	ENSGT00940000155726.fb.b	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00950000185403	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a.k.b	ENSGT00940000155726.fb.b	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00950000185403	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a.k.b	ENSGT00940000155726.fb.b	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a
Narwhal	MODERN SPECIES	301	REPS1 (ENSMMNG00015004765)	CCDC28A (ENSMMNG00015004752)	NHSL1 (ENSMMNG00015004748)	HEBP2 (ENSMMNG00015004744)	SMIM28 (ENSMMNG00015004741)	ARFGEF3 (ENSMMNG00015004736)	PERP (ENSMMNG00015004729)	TNFAIP3 (ENSMMNG00015004725)	OLIG3 (ENSMMNG00015004722)	IFNGR1 (ENSMMNG00015004717)	IL22RA2 (ENSMMNG00015004714)	IL20RA (ENSMMNG00015004702)	SLC35D3 (ENSMMNG00015004697)	PEX7 (ENSMMNG00015004689)	MAP3K5 (ENSMMNG00015004650)	MAP7 (ENSMMNG00015004576) ##22	BCLAF1 (ENSMMNG00015004416)	MTFR2 (ENSMMNG00015004365)	PDE7B (ENSMMNG00015004337)	ENSMMNG00015004316	AHI1 (ENSMMNG00015004289)	MYB (ENSMMNG00015003868)	HBS1L (ENSMMNG00015003506)	ALDH8A1 (ENSMMNG00015003422)	ENSMMNG00015003395	SGK1 (ENSMMNG00015003296)	SLC2A12 (ENSMMNG00015003231)	TBPL1 (ENSMMNG00015003201)	TCF21 (ENSMMNG00015003187)	EYA4 (ENSMMNG00015002681)	ENSMMNG00015002434
Beluga whale	MODERN SPECIES	80	ENSDLEG00000018944	REPS1 (ENSDLEG00000018915)	CCDC28A (ENSDLEG00000018902)	NHSL1 (ENSDLEG00000018878)	HEBP2 (ENSDLEG00000018869)	ARFGEF3 (ENSDLEG00000018824)	PERP (ENSDLEG00000018815)	TNFAIP3 (ENSDLEG00000018805)	OLIG3 (ENSDLEG00000018800)	IFNGR1 (ENSDLEG00000018795)	IL22RA2 (ENSDLEG00000018776)	IL20RA (ENSDLEG00000018765)	SLC35D3 (ENSDLEG00000018760)	PEX7 (ENSDLEG00000018737)	MAP3K5 (ENSDLEG00000018645)	MAP7 (ENSDLEG00000018586) ##22	BCLAF1 (ENSDLEG00000018552)	MTFR2 (ENSDLEG00000018530)	PDE7B (ENSDLEG00000018501)	ENSDLEG00000018489	AHI1 (ENSDLEG00000018476)	MYB (ENSDLEG00000017828)	HBS1L (ENSDLEG00000017719)	ENSDLEG00000017705	ALDH8A1 (ENSDLEG00000017684)	ENSDLEG00000017675	SGK1 (ENSDLEG00000017395)	SLC2A12 (ENSDLEG00000017341)	TBPL1 (ENSDLEG00000017321)	TCF21 (ENSDLEG00000017308)	EYA4 (ENSDLEG00000017258)
Vaquita	MODERN SPECIES	3	ENSPSNG00000016870	ENSPSNG00000016891	NHSL1 (ENSPSNG00000016929)	HEBP2 (ENSPSNG00000017128)	SMIM28 (ENSPSNG00000017175)	ARFGEF3 (ENSPSNG00000017246)	PERP (ENSPSNG00000017580)	TNFAIP3 (ENSPSNG00000017627)	OLIG3 (ENSPSNG00000017695)	IFNGR1 (ENSPSNG00000017711)	IL22RA2 (ENSPSNG00000017736)	IL20RA (ENSPSNG00000017854)	SLC35D3 (ENSPSNG00000018001)	PEX7 (ENSPSNG00000018022)	MAP3K5 (ENSPSNG00000018088)	MAP7 (ENSPSNG00000018187) ##22	BCLAF1 (ENSPSNG00000018438)	MTFR2 (ENSPSNG00000018668)	PDE7B (ENSPSNG00000018778)	AHI1 (ENSPSNG00000018997)	ENSPSNG00000019108	MYB (ENSPSNG00000019358)	HBS1L (ENSPSNG00000020502)	ALDH8A1 (ENSPSNG00000020689)	ENSPSNG00000020833	SGK1 (ENSPSNG00000020913)	SLC2A12 (ENSPSNG00000021095)	TBPL1 (ENSPSNG00000021116)	TCF21 (ENSPSNG00000021150)	EYA4 (ENSPSNG00000021358)	ENSPSNG00000021786
Dolphin	MODERN SPECIES	1876												IL20RA (ENSTTRG00000002552)	SLC35D3 (ENSTTRG00000002550)	PEX7 (ENSTTRG00000002549)	MAP3K5 (ENSTTRG00000002547)	MAP7 (ENSTTRG00000002544) ##22	BCLAF1 (ENSTTRG00000002543)	MTFR2 (ENSTTRG00000002539)	PDE7B (ENSTTRG00000002534)
Sperm whale	MODERN SPECIES	1	NHSL1 (ENSPCTG00005002424)	HEBP2 (ENSPCTG00005002499)	SMIM28 (ENSPCTG00005002515)	ARFGEF3 (ENSPCTG00005002543)	PERP (ENSPCTG00005002611)	TNFAIP3 (ENSPCTG00005002628)	ENSPCTG00005002647	OLIG3 (ENSPCTG00005002654)	ENSPCTG00005002660	IFNGR1 (ENSPCTG00005002669)	IL22RA2 (ENSPCTG00005002687)	IL20RA (ENSPCTG00005002725)	SLC35D3 (ENSPCTG00005002777)	PEX7 (ENSPCTG00005002794)	MAP3K5 (ENSPCTG00005002829)	MAP7 (ENSPCTG00005002901) ##22	BCLAF1 (ENSPCTG00005003186)	MTFR2 (ENSPCTG00005003247)	PDE7B (ENSPCTG00005003278)	AHI1 (ENSPCTG00005003350)	MYB (ENSPCTG00005003582)	HBS1L (ENSPCTG00005004840)	ALDH8A1 (ENSPCTG00005005236)	ENSPCTG00005005368	SGK1 (ENSPCTG00005005434)	ENSPCTG00005005970	SLC2A12 (ENSPCTG00005005980)	TBPL1 (ENSPCTG00005006014)	TCF21 (ENSPCTG00005006049)	EYA4 (ENSPCTG00005006207)	ENSPCTG00005007873
Blue whale	MODERN SPECIES	3	CCDC28A (ENSBMSG00010011382)	NHSL1 (ENSBMSG00010011403)	HEBP2 (ENSBMSG00010011427)	SMIM28 (ENSBMSG00010011435)	ARFGEF3 (ENSBMSG00010011454)	PERP (ENSBMSG00010012999)	ENSBMSG00010013004	TNFAIP3 (ENSBMSG00010013017)	OLIG3 (ENSBMSG00010013026)	IFNGR1 (ENSBMSG00010013033)	IL22RA2 (ENSBMSG00010013041)	IL20RA (ENSBMSG00010013064)	SLC35D3 (ENSBMSG00010013086)	PEX7 (ENSBMSG00010013106)	MAP3K5 (ENSBMSG00010013140)	MAP7 (ENSBMSG00010013240) ##22	BCLAF1 (ENSBMSG00010013436)	MTFR2 (ENSBMSG00010013499)	PDE7B (ENSBMSG00010013521)	AHI1 (ENSBMSG00010013573)	MYB (ENSBMSG00010013716)	HBS1L (ENSBMSG00010015846)	ALDH8A1 (ENSBMSG00010016072)	ENSBMSG00010016201	SGK1 (ENSBMSG00010016242)	SLC2A12 (ENSBMSG00010016353)	TBPL1 (ENSBMSG00010016385)	TCF21 (ENSBMSG00010016420)	ENSBMSG00010016433	EYA4 (ENSBMSG00010016581)	RPS12 (ENSBMSG00010019087)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00960000191152	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a.k.b	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00960000191152	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a.k.b	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00960000191152	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a.k.b	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.k.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00960000191152	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a.k.b	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a
Bos	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.l	ENSGT00530000063484.a.k.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a.k.b	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.k.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a.k.b	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674
Domestic yak	MODERN SPECIES	1	NHSL1 (ENSBGRG00000013172)	HEBP2 (ENSBGRG00000013355)	SMIM28 (ENSBGRG00000013484)	ARFGEF3 (ENSBGRG00000013577)	ENSBGRG00000014011	ENSBGRG00000014065	TNFAIP3 (ENSBGRG00000014104)	OLIG3 (ENSBGRG00000014179)	ENSBGRG00000014200	IFNGR1 (ENSBGRG00000014225)	IL22RA2 (ENSBGRG00000014306)	IL20RA (ENSBGRG00000014447)	SLC35D3 (ENSBGRG00000014577)	PEX7 (ENSBGRG00000014624)	MAP3K5 (ENSBGRG00000014827)	MAP7 (ENSBGRG00000015070) ##22	BCLAF1 (ENSBGRG00000015909)	MTFR2 (ENSBGRG00000016366)	PDE7B (ENSBGRG00000016432)	ENSBGRG00000016837	ENSBGRG00000016866	AHI1 (ENSBGRG00000016896)	ENSBGRG00000017011	MYB (ENSBGRG00000017062)	HBS1L (ENSBGRG00000017504)	ALDH8A1 (ENSBGRG00000018084)	ENSBGRG00000018439	ENSBGRG00000018453	SGK1 (ENSBGRG00000018550)	SLC2A12 (ENSBGRG00000018914)	TBPL1 (ENSBGRG00000019080)
Wild yak	MODERN SPECIES	1062										IFNGR1 (ENSBMUG00000012052)	IL22RA2 (ENSBMUG00000012067)	IL20RA (ENSBMUG00000012085)	SLC35D3 (ENSBMUG00000012102)	PEX7 (ENSBMUG00000012113)	MAP3K5 (ENSBMUG00000012132)	MAP7 (ENSBMUG00000012203) ##22	BCLAF1 (ENSBMUG00000012296)	MTFR2 (ENSBMUG00000012345)	PDE7B (ENSBMUG00000012382)	AHI1 (ENSBMUG00000012435)	MYB (ENSBMUG00000012863)	HBS1L (ENSBMUG00000013294)	ALDH8A1 (ENSBMUG00000013397)	ENSBMUG00000013415
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.l	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00390000008432.l	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000185181	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v
Cow	MODERN SPECIES	28	REPS1 (ENSBTAG00000012299)	ECT2L (ENSBTAG00000027312)	CCDC28A (ENSBTAG00000015516)	NHSL1 (ENSBTAG00000000245)	HEBP2 (ENSBTAG00000000243)	ARFGEF3 (ENSBTAG00000017370)	PERP (ENSBTAG00000020097)	TNFAIP3 (ENSBTAG00000000436)	OLIG3 (ENSBTAG00000008749)	IFNGR1 (ENSBTAG00000012544)	IL22RA2 (ENSBTAG00000017000)	IL20RA (ENSBTAG00000015638)	SLC35D3 (ENSBTAG00000016793)	PEX7 (ENSBTAG00000016791)	MAP3K5 (ENSBTAG00000009065)	MAP7 (ENSBTAG00000001598) ##22	BCLAF1 (ENSBTAG00000007802)	MTFR2 (ENSBTAG00000007799)	PDE7B (ENSBTAG00000015888)	ENSBTAG00000046495	AHI1 (ENSBTAG00000017958)	MYB (ENSBTAG00000012074)	HBS1L (ENSBTAG00000020174)	ALDH8A1 (ENSBTAG00000007975)	ENSBTAG00000050964	SGK1 (ENSBTAG00000004269)	SLC2A12 (ENSBTAG00000019002)	TBPL1 (ENSBTAG00000035370)	TCF21 (ENSBTAG00000021827)	EYA4 (ENSBTAG00000021970)	RPS12 (ENSBTAG00000001360)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	28	ECT2L (ENSBIXG00005026125)	CCDC28A (ENSBIXG00005026189)	NHSL1 (ENSBIXG00005004480)	ENSBIXG00005004489	SMIM28 (ENSBIXG00005004498)	ARFGEF3 (ENSBIXG00005026451)	ENSBIXG00005026496	TNFAIP3 (ENSBIXG00005004535)	OLIG3 (ENSBIXG00005004539)	IFNGR1 (ENSBIXG00005026601)	IL22RA2 (ENSBIXG00005026622)	IL20RA (ENSBIXG00005026689)	SLC35D3 (ENSBIXG00005026714)	PEX7 (ENSBIXG00005026748)	MAP3K5 (ENSBIXG00005026792)	MAP7 (ENSBIXG00005004633) ##22	BCLAF1 (ENSBIXG00005027187)	MTFR2 (ENSBIXG00005027208)	ENSBIXG00005007583	PDE7B (ENSBIXG00005005610)	ENSBIXG00005027379	AHI1 (ENSBIXG00005027513)	MYB (ENSBIXG00005004779)	HBS1L (ENSBIXG00005028064)	ALDH8A1 (ENSBIXG00005028188)	ENSBIXG00005028211	SGK1 (ENSBIXG00005028436)	SLC2A12 (ENSBIXG00005004915)	TBPL1 (ENSBIXG00005004933)	ENSBIXG00005002400	EYA4 (ENSBIXG00005002280)
American bison	MODERN SPECIES	3117	ECT2L (ENSBBBG00000011653)	CCDC28A (ENSBBBG00000002135)	NHSL1 (ENSBBBG00000011588)	HEBP2 (ENSBBBG00000002116)	SMIM28 (ENSBBBG00000011538)	ARFGEF3 (ENSBBBG00000011534)	ENSBBBG00000011504	TNFAIP3 (ENSBBBG00000011487)	OLIG3 (ENSBBBG00000002099)	IFNGR1 (ENSBBBG00000007970)	IL22RA2 (ENSBBBG00000002090)	IL20RA (ENSBBBG00000011411)	SLC35D3 (ENSBBBG00000006758)	PEX7 (ENSBBBG00000025472)	MAP3K5 (ENSBBBG00000025426)	MAP7 (ENSBBBG00000025344) ##22	BCLAF1 (ENSBBBG00000025127)	MTFR2 (ENSBBBG00000007818)	PDE7B (ENSBBBG00000006552)	ENSBBBG00000024765	ENSBBBG00000006505	MYB (ENSBBBG00000000167)	HBS1L (ENSBBBG00000024102)	ALDH8A1 (ENSBBBG00000000303)	ENSBBBG00000023839	SGK1 (ENSBBBG00000023807)	SLC2A12 (ENSBBBG00000023678)	TBPL1 (ENSBBBG00000023665)	TCF21 (ENSBBBG00000023645)	EYA4 (ENSBBBG00000023613)	ENSBBBG00000000395
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a.k.b	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.b.a.b.a.b	ENSGT00940000156674
Goat	MODERN SPECIES	28	REPS1 (ENSCHIG00000022601)	ECT2L (ENSCHIG00000012266)	CCDC28A (ENSCHIG00000018840)	NHSL1 (ENSCHIG00000016534)	HEBP2 (ENSCHIG00000023213)	ARFGEF3 (ENSCHIG00000026696)	PERP (ENSCHIG00000015047)	TNFAIP3 (ENSCHIG00000021461)	OLIG3 (ENSCHIG00000010551)	IFNGR1 (ENSCHIG00000013778)	IL22RA2 (ENSCHIG00000026489)	IL20RA (ENSCHIG00000016224)	SLC35D3 (ENSCHIG00000008530)	PEX7 (ENSCHIG00000011508)	MAP3K5 (ENSCHIG00000024066)	MAP7 (ENSCHIG00000008356) ##22	BCLAF1 (ENSCHIG00000000525)	MTFR2 (ENSCHIG00000010590)	PDE7B (ENSCHIG00000026148)	AHI1 (ENSCHIG00000025335)	MYB (ENSCHIG00000009914)	HBS1L (ENSCHIG00000010299)	ALDH8A1 (ENSCHIG00000023305)	ENSCHIG00000003168	ENSCHIG00000007546	SGK1 (ENSCHIG00000010215)	SLC2A12 (ENSCHIG00000017082)	TBPL1 (ENSCHIG00000006206)	TCF21 (ENSCHIG00000015635)	EYA4 (ENSCHIG00000021889)	ENSCHIG00000015149
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	24	REPS1 (ENSOARG00020008541)	ECT2L (ENSOARG00020008354)	CCDC28A (ENSOARG00020008233)	NHSL1 (ENSOARG00020008019)	HEBP2 (ENSOARG00020007983)	SMIM28 (ENSOARG00020007936)	ARFGEF3 (ENSOARG00020007298)	PERP (ENSOARG00020007239)	TNFAIP3 (ENSOARG00020023915)	OLIG3 (ENSOARG00020023905)	IL22RA2 (ENSOARG00020023864)	IFNGR1 (ENSOARG00020023838)	SLC35D3 (ENSOARG00020023727)	PEX7 (ENSOARG00020023693)	MAP3K5 (ENSOARG00020023530)	MAP7 (ENSOARG00020022779) ##22	BCLAF1 (ENSOARG00020022544)	MTFR2 (ENSOARG00020022505)	PDE7B (ENSOARG00020022379)	AHI1 (ENSOARG00020022315)	MYB (ENSOARG00020021881)	ENSOARG00020021772	ENSOARG00020021719	ENSOARG00020021449	ALDH8A1 (ENSOARG00020021383)	ENSOARG00020021323	SGK1 (ENSOARG00020020794)	SLC2A12 (ENSOARG00020020681)	TBPL1 (ENSOARG00020020634)	TCF21 (ENSOARG00020020602)	EYA4 (ENSOARG00020020157)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	59	ENSMMSG00000001848	ENSMMSG00000001843	NHSL1 (ENSMMSG00000001822)	HEBP2 (ENSMMSG00000001795)	SMIM28 (ENSMMSG00000001785)	ARFGEF3 (ENSMMSG00000001733)	PERP (ENSMMSG00000001712)	TNFAIP3 (ENSMMSG00000001684)	OLIG3 (ENSMMSG00000001673)	IFNGR1 (ENSMMSG00000001659)	IL22RA2 (ENSMMSG00000001633)	IL20RA (ENSMMSG00000001560)	SLC35D3 (ENSMMSG00000001541)	PEX7 (ENSMMSG00000001524)	MAP3K5 (ENSMMSG00000001444)	MAP7 (ENSMMSG00000000545) ##22	BCLAF1 (ENSMMSG00000000221)	MTFR2 (ENSMMSG00000000176)	PDE7B (ENSMMSG00000000115)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	18	ECT2L (ENSCHYG00000026510)	CCDC28A (ENSCHYG00000026493)	ENSCHYG00000026481	NHSL1 (ENSCHYG00000026431)	ENSCHYG00000026400	ARFGEF3 (ENSCHYG00000026237)	PERP (ENSCHYG00000026194)	TNFAIP3 (ENSCHYG00000026166)	OLIG3 (ENSCHYG00000026133)	IFNGR1 (ENSCHYG00000026112)	IL22RA2 (ENSCHYG00000026095)	IL20RA (ENSCHYG00000026016)	SLC35D3 (ENSCHYG00000026002)	PEX7 (ENSCHYG00000025953)	MAP3K5 (ENSCHYG00000025879)	MAP7 (ENSCHYG00000025635) ##22	BCLAF1 (ENSCHYG00000025304)	MTFR2 (ENSCHYG00000025255)	PDE7B (ENSCHYG00000025119)	ENSCHYG00000025071	AHI1 (ENSCHYG00000025009)	MYB (ENSCHYG00000024610)	HBS1L (ENSCHYG00000024451)	ALDH8A1 (ENSCHYG00000024259)	ENSCHYG00000024232	ENSCHYG00000024196	SGK1 (ENSCHYG00000023724)	SLC2A12 (ENSCHYG00000023610)	TBPL1 (ENSCHYG00000023559)	TCF21 (ENSCHYG00000023525)	ENSCHYG00000023506 ##28
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000167705	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000167705	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000167705	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.b
leopard	MODERN SPECIES	82	CCDC28A (ENSPPRG00000011913)	NHSL1 (ENSPPRG00000011486)	HEBP2 (ENSPPRG00000011018)	SMIM28 (ENSPPRG00000010627)	ARFGEF3 (ENSPPRG00000010225)	PERP (ENSPPRG00000010138)	ENSPPRG00000010132	TNFAIP3 (ENSPPRG00000009354)	OLIG3 (ENSPPRG00000021908)	ENSPPRG00000004790	IL22RA2 (ENSPPRG00000003819)	IL20RA (ENSPPRG00000003633)	SLC35D3 (ENSPPRG00000002355)	PEX7 (ENSPPRG00000002196)	MAP3K5 (ENSPPRG00000001889)	MAP7 (ENSPPRG00000001492) ##22	BCLAF1 (ENSPPRG00000023156)	MTFR2 (ENSPPRG00000023744)	PDE7B (ENSPPRG00000024077)	AHI1 (ENSPPRG00000024365)	ENSPPRG00000014606	ENSPPRG00000014074	MYB (ENSPPRG00000012353)	HBS1L (ENSPPRG00000005285)	ALDH8A1 (ENSPPRG00000002155)	SGK1 (ENSPPRG00000000691)	SLC2A12 (ENSPPRG00000023028)	TBPL1 (ENSPPRG00000023235)	TCF21 (ENSPPRG00000023375)	EYA4 (ENSPPRG00000023698)	ENSPPRG00000006554
lion	MODERN SPECIES	5	ECT2L (ENSPLOG00000015583)	CCDC28A (ENSPLOG00000015533)	NHSL1 (ENSPLOG00000015317)	HEBP2 (ENSPLOG00000015180)	SMIM28 (ENSPLOG00000015131)	ARFGEF3 (ENSPLOG00000014795)	PERP (ENSPLOG00000014727)	TNFAIP3 (ENSPLOG00000014623)	OLIG3 (ENSPLOG00000014588)	IFNGR1 (ENSPLOG00000014560)	IL22RA2 (ENSPLOG00000014459)	IL20RA (ENSPLOG00000014290)	SLC35D3 (ENSPLOG00000014233)	PEX7 (ENSPLOG00000014121)	MAP3K5 (ENSPLOG00000013624)	MAP7 (ENSPLOG00000012805) ##22	BCLAF1 (ENSPLOG00000012177)	MTFR2 (ENSPLOG00000012074)	PDE7B (ENSPLOG00000011814)	ENSPLOG00000011744	AHI1 (ENSPLOG00000011612)	MYB (ENSPLOG00000011318)	HBS1L (ENSPLOG00000011065)	ALDH8A1 (ENSPLOG00000010852)	SGK1 (ENSPLOG00000022564)	SLC2A12 (ENSPLOG00000022554)	TBPL1 (ENSPLOG00000022547)	TCF21 (ENSPLOG00000022539)	EYA4 (ENSPLOG00000022457)	RPS12 (ENSPLOG00000022370)	SLC18B1 (ENSPLOG00000022341)
Tiger	MODERN SPECIES	531	REPS1 (ENSPTIG00000008787)	ECT2L (ENSPTIG00000013828)	CCDC28A (ENSPTIG00000016053)	NHSL1 (ENSPTIG00000016469)	HEBP2 (ENSPTIG00000017165)	SMIM28 (ENSPTIG00000018314)	ARFGEF3 (ENSPTIG00000018636)	PERP (ENSPTIG00000020244)	TNFAIP3 (ENSPTIG00000020430)	ENSPTIG00000007628	IL22RA2 (ENSPTIG00000008359)	IL20RA (ENSPTIG00000008630)	SLC35D3 (ENSPTIG00000009793)	PEX7 (ENSPTIG00000009999)	MAP3K5 (ENSPTIG00000010843)	MAP7 (ENSPTIG00000013943) ##22	BCLAF1 (ENSPTIG00000019385)	MTFR2 (ENSPTIG00000020220)	PDE7B (ENSPTIG00000020531)
Cat	MODERN SPECIES	236	CCDC28A (ENSFCAG00000026753)	NHSL1 (ENSFCAG00000027100)	HEBP2 (ENSFCAG00000039511)	SMIM28 (ENSFCAG00000046377)	ARFGEF3 (ENSFCAG00000013904)	PERP (ENSFCAG00000028929)	ENSFCAG00000039174	TNFAIP3 (ENSFCAG00000008135)	OLIG3 (ENSFCAG00000030246)	IFNGR1 (ENSFCAG00000030336)	IL22RA2 (ENSFCAG00000021984)	IL20RA (ENSFCAG00000029581)	SLC35D3 (ENSFCAG00000007846)	PEX7 (ENSFCAG00000029046)	MAP3K5 (ENSFCAG00000008186)	MAP7 (ENSFCAG00000008185) ##22	BCLAF1 (ENSFCAG00000027614)	MTFR2 (ENSFCAG00000030038)	PDE7B (ENSFCAG00000029239)	ENSFCAG00000050931	ENSFCAG00000033467	AHI1 (ENSFCAG00000001813)	MYB (ENSFCAG00000001812)	HBS1L (ENSFCAG00000001810)	ALDH8A1 (ENSFCAG00000001809)	SGK1 (ENSFCAG00000013874)	SLC2A12 (ENSFCAG00000013872)	TBPL1 (ENSFCAG00000035311)	TCF21 (ENSFCAG00000031261)	EYA4 (ENSFCAG00000011142)	ENSFCAG00000034865
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.b
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712.g.a	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.b
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00940000154746.f	ENSGT00390000007084.c.b.x.a.b	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712.g.a	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.b
Dingo	MODERN SPECIES	125	HEBP2 (ENSCAFG00020022905)	ARFGEF3 (ENSCAFG00020022866)	PERP (ENSCAFG00020022860)	TNFAIP3 (ENSCAFG00020022788)	OLIG3 (ENSCAFG00020022780)	ENSCAFG00020022773	ENSCAFG00020022772	IFNGR1 (ENSCAFG00020022770)	ENSCAFG00020022769	IL22RA2 (ENSCAFG00020022749)	IL20RA (ENSCAFG00020022742)	SLC35D3 (ENSCAFG00020022738)	PEX7 (ENSCAFG00020022697)	ENSCAFG00020022693	MAP3K5 (ENSCAFG00020022645)	MAP7 (ENSCAFG00020022565) ##22	BCLAF1 (ENSCAFG00020022554)	MTFR2 (ENSCAFG00020022551)	PDE7B (ENSCAFG00020022549)	AHI1 (ENSCAFG00020022540)	MYB (ENSCAFG00020021933)	HBS1L (ENSCAFG00020021904)	ALDH8A1 (ENSCAFG00020021903)	SGK1 (ENSCAFG00020021876)	ENSCAFG00020021874	SLC2A12 (ENSCAFG00020021868)	ENSCAFG00020021865	TCF21 (ENSCAFG00020021862)	EYA4 (ENSCAFG00020021829)	ENSCAFG00020021815	RPS12 (ENSCAFG00020021808)
Dog	MODERN SPECIES		ENSCAFG00845007820	HEBP2 (ENSCAFG00845007775)	NHSL1 (ENSCAFG00845007489)	ARFGEF3 (ENSCAFG00845006884)	PERP (ENSCAFG00845006792)	TNFAIP3 (ENSCAFG00845006723)	ENSCAFG00845006691	ENSCAFG00845006623	ENSCAFG00845006600	IFNGR1 (ENSCAFG00845006567)	IL22RA2 (ENSCAFG00845006505)	IL20RA (ENSCAFG00845006434)	SLC35D3 (ENSCAFG00845006386)	PEX7 (ENSCAFG00845006309)	MAP3K5 (ENSCAFG00845006194)	MAP7 (ENSCAFG00845005916) ##22	ENSCAFG00845005728	BCLAF1 (ENSCAFG00845005654)	MTFR2 (ENSCAFG00845005614)	PDE7B (ENSCAFG00845005425)	AHI1 (ENSCAFG00845005265)	MYB (ENSCAFG00845005160)	HBS1L (ENSCAFG00845005059)	ALDH8A1 (ENSCAFG00845005024)	SGK1 (ENSCAFG00845004995)	SLC2A12 (ENSCAFG00845004951)	ENSCAFG00845004931	TBPL1 (ENSCAFG00845004926)	TCF21 (ENSCAFG00845004920)	EYA4 (ENSCAFG00845004896)	RPS12 (ENSCAFG00845004862)
Red fox	MODERN SPECIES	26	HEBP2 (ENSVVUG00000002586)	ARFGEF3 (ENSVVUG00000002408)	ENSVVUG00000002382	TNFAIP3 (ENSVVUG00000002369)	ENSVVUG00000002359	OLIG3 (ENSVVUG00000002352)	ENSVVUG00000002335	ENSVVUG00000002326	IFNGR1 (ENSVVUG00000002286)	IL22RA2 (ENSVVUG00000002229)	IL20RA (ENSVVUG00000002217)	SLC35D3 (ENSVVUG00000002202)	PEX7 (ENSVVUG00000002175)	ENSVVUG00000002154	MAP3K5 (ENSVVUG00000000760)	MAP7 (ENSVVUG00000000652) ##22	ENSVVUG00000000623	ENSVVUG00000000603	MTFR2 (ENSVVUG00000000593)	PDE7B (ENSVVUG00000000584)	ENSVVUG00000000569	AHI1 (ENSVVUG00000000451)	MYB (ENSVVUG00000000361)	HBS1L (ENSVVUG00000000295)	ALDH8A1 (ENSVVUG00000000258)	ENSVVUG00000000216	SGK1 (ENSVVUG00000000114)	SLC2A12 (ENSVVUG00000000065)	TBPL1 (ENSVVUG00000019078)	TCF21 (ENSVVUG00000019073)	EYA4 (ENSVVUG00000019046)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.b
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00960000191483	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.b.a.b.a.b	ENSGT00940000156674
Ferret	MODERN SPECIES	166	CCDC28A (ENSMPUG00000014889)	NHSL1 (ENSMPUG00000014886)	HEBP2 (ENSMPUG00000014882)	ENSMPUG00000018880	ARFGEF3 (ENSMPUG00000014874)	PERP (ENSMPUG00000014873)	TNFAIP3 (ENSMPUG00000014869)	OLIG3 (ENSMPUG00000018873)	IFNGR1 (ENSMPUG00000014867)	IL22RA2 (ENSMPUG00000014865)	ENSMPUG00000014851	ENSMPUG00000014848	SLC35D3 (ENSMPUG00000014847)	PEX7 (ENSMPUG00000014844)	MAP3K5 (ENSMPUG00000014837)	MAP7 (ENSMPUG00000014832) ##22	BCLAF1 (ENSMPUG00000014831)	ENSMPUG00000014828	PDE7B (ENSMPUG00000014824)	AHI1 (ENSMPUG00000014816)	MYB (ENSMPUG00000014814)	HBS1L (ENSMPUG00000014810)	ALDH8A1 (ENSMPUG00000014807)	SGK1 (ENSMPUG00000014805)	SLC2A12 (ENSMPUG00000014803)	TBPL1 (ENSMPUG00000014801)	TCF21 (ENSMPUG00000014798)	ENSMPUG00000014795	ENSMPUG00000014791	EYA4 (ENSMPUG00000014787)	ENSMPUG00000018871
American mink	MODERN SPECIES	74	CCDC28A (ENSNVIG00000019405)	NHSL1 (ENSNVIG00000019352)	HEBP2 (ENSNVIG00000019332)	ENSNVIG00000019309	ARFGEF3 (ENSNVIG00000019245)	PERP (ENSNVIG00000019220)	TNFAIP3 (ENSNVIG00000019197)	OLIG3 (ENSNVIG00000019187)	ENSNVIG00000019175	IFNGR1 (ENSNVIG00000019165)	IL22RA2 (ENSNVIG00000019145)	IL20RA (ENSNVIG00000019125)	SLC35D3 (ENSNVIG00000019115)	PEX7 (ENSNVIG00000019108)	MAP3K5 (ENSNVIG00000019047)	MAP7 (ENSNVIG00000019008) ##22	BCLAF1 (ENSNVIG00000018905)	ENSNVIG00000018887	PDE7B (ENSNVIG00000018838)	AHI1 (ENSNVIG00000018672)	MYB (ENSNVIG00000018282)	HBS1L (ENSNVIG00000018178)	ALDH8A1 (ENSNVIG00000018134)	SGK1 (ENSNVIG00000017967)	SLC2A12 (ENSNVIG00000017918)	TBPL1 (ENSNVIG00000017887)	TCF21 (ENSNVIG00000017869)	ENSNVIG00000017856	EYA4 (ENSNVIG00000017341)	RPS12 (ENSNVIG00000017281)	SLC18B1 (ENSNVIG00000017254)
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.b
Giant Panda	MODERN SPECIES	1	REPS1 (ENSAMEG00000011801)	ECT2L (ENSAMEG00000030520)	CCDC28A (ENSAMEG00000011847)	NHSL1 (ENSAMEG00000027320)	HEBP2 (ENSAMEG00000011854)	SMIM28 (ENSAMEG00000028841)	ENSAMEG00000026590	ARFGEF3 (ENSAMEG00000011859)	PERP (ENSAMEG00000010156)	TNFAIP3 (ENSAMEG00000010128)	ENSAMEG00000010111	IL20RA (ENSAMEG00000010092)	SLC35D3 (ENSAMEG00000010086)	PEX7 (ENSAMEG00000010081)	MAP3K5 (ENSAMEG00000010066)	MAP7 (ENSAMEG00000010023) ##22	BCLAF1 (ENSAMEG00000009989)	MTFR2 (ENSAMEG00000009980)	PDE7B (ENSAMEG00000009953)	ENSAMEG00000024593	AHI1 (ENSAMEG00000009893)	MYB (ENSAMEG00000009813)	HBS1L (ENSAMEG00000009749)	ALDH8A1 (ENSAMEG00000009730)	SGK1 (ENSAMEG00000015983)	SLC2A12 (ENSAMEG00000015979)	TBPL1 (ENSAMEG00000015958)	TCF21 (ENSAMEG00000028257)	EYA4 (ENSAMEG00000015924)	ENSAMEG00000010227	RPS12 (ENSAMEG00000008015)
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00390000008294.e.a.a.b	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v	ENSGT00940000156674
Polar bear	MODERN SPECIES	172	REPS1 (ENSUMAG00000023760)	ECT2L (ENSUMAG00000023771)	CCDC28A (ENSUMAG00000023778)	NHSL1 (ENSUMAG00000023785)	HEBP2 (ENSUMAG00000023790)	ARFGEF3 (ENSUMAG00000023799)	PERP (ENSUMAG00000023810)	TNFAIP3 (ENSUMAG00000023812)	OLIG3 (ENSUMAG00000023816)	IFNGR1 (ENSUMAG00000023819)	IL22RA2 (ENSUMAG00000023821)	IL20RA (ENSUMAG00000023823)	SLC35D3 (ENSUMAG00000023825)	PEX7 (ENSUMAG00000023831)	MAP3K5 (ENSUMAG00000023881)	MAP7 (ENSUMAG00000024005) ##22	BCLAF1 (ENSUMAG00000024012)	MTFR2 (ENSUMAG00000024015)	ENSUMAG00000024016	PDE7B (ENSUMAG00000024021)	AHI1 (ENSUMAG00000024032)	MYB (ENSUMAG00000024089)	HBS1L (ENSUMAG00000024395)	ALDH8A1 (ENSUMAG00000024399)	SGK1 (ENSUMAG00000024403)	SLC2A12 (ENSUMAG00000024404)	TBPL1 (ENSUMAG00000024406)	TCF21 (ENSUMAG00000024407)	EYA4 (ENSUMAG00000024408)	ENSUMAG00000024410	SLC18B1 (ENSUMAG00000024415)
American black bear	MODERN SPECIES	696																MAP7 (ENSUAMG00000006424) ##22
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	21	NHSL1 (ENSRFEG00010004837)	HEBP2 (ENSRFEG00010004794)	SMIM28 (ENSRFEG00010004786)	ARFGEF3 (ENSRFEG00010004768)	PERP (ENSRFEG00010004754)	TNFAIP3 (ENSRFEG00010004741)	OLIG3 (ENSRFEG00010004731)	IFNGR1 (ENSRFEG00010004717)	IL22RA2 (ENSRFEG00010004706)	IL20RA (ENSRFEG00010004692)	ENSRFEG00010004684	SLC35D3 (ENSRFEG00010004673)	PEX7 (ENSRFEG00010004663)	ENSRFEG00010004658	MAP3K5 (ENSRFEG00010004611)	MAP7 (ENSRFEG00010004535) ##22	BCLAF1 (ENSRFEG00010004398)	MTFR2 (ENSRFEG00010004336)	PDE7B (ENSRFEG00010004294)	ENSRFEG00010004274	AHI1 (ENSRFEG00010004178)	MYB (ENSRFEG00010004034)	HBS1L (ENSRFEG00010003918)	ALDH8A1 (ENSRFEG00010003820)	SGK1 (ENSRFEG00010003588)	SLC2A12 (ENSRFEG00010003467)	TBPL1 (ENSRFEG00010003438)	TCF21 (ENSRFEG00010003415)	EYA4 (ENSRFEG00010003348)	ENSRFEG00010003233	SLC18B1 (ENSRFEG00010003181)
Microbat	MODERN SPECIES	948	REPS1 (ENSMLUG00000003636)	ECT2L (ENSMLUG00000003634)	CCDC28A (ENSMLUG00000003625)	NHSL1 (ENSMLUG00000015321)	HEBP2 (ENSMLUG00000015318)	ARFGEF3 (ENSMLUG00000001476)	PERP (ENSMLUG00000001473)	TNFAIP3 (ENSMLUG00000011543)	OLIG3 (ENSMLUG00000026705)	IFNGR1 (ENSMLUG00000008601)	IL22RA2 (ENSMLUG00000011981)	IL20RA (ENSMLUG00000027725)	SLC35D3 (ENSMLUG00000007099)	PEX7 (ENSMLUG00000007080)	MAP3K5 (ENSMLUG00000007043)	MAP7 (ENSMLUG00000007011) ##22	BCLAF1 (ENSMLUG00000002343)	MTFR2 (ENSMLUG00000002331)	PDE7B (ENSMLUG00000002323)	AHI1 (ENSMLUG00000002136)	MYB (ENSMLUG00000002125)	ENSMLUG00000025301	HBS1L (ENSMLUG00000010618)	ALDH8A1 (ENSMLUG00000010607)	SGK1 (ENSMLUG00000016791)	SLC2A12 (ENSMLUG00000016784)	TBPL1 (ENSMLUG00000002050)	TCF21 (ENSMLUG00000009194)	EYA4 (ENSMLUG00000017308)	RPS12 (ENSMLUG00000001137)	SLC18B1 (ENSMLUG00000005809)
Megabat	MODERN SPECIES	2269																MAP7 (ENSPVAG00000007234) ##22	BCLAF1 (ENSPVAG00000007233)	MTFR2 (ENSPVAG00000007232)	PDE7B (ENSPVAG00000007231)
Equus	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.b.a.b.a.b	ENSGT00940000156674
Horse	MODERN SPECIES	1	ENSECAG00000049271	ENSECAG00000013025	HEBP2 (ENSECAG00000012705)	SMIM28 (ENSECAG00000042188)	ENSECAG00000052359 ##28	ARFGEF3 (ENSECAG00000011074)	PERP (ENSECAG00000010262)	TNFAIP3 (ENSECAG00000009626)	OLIG3 (ENSECAG00000009598)	IFNGR1 (ENSECAG00000009347)	IL22RA2 (ENSECAG00000008817)	IL20RA (ENSECAG00000007642)	SLC35D3 (ENSECAG00000007507)	PEX7 (ENSECAG00000007461)	MAP3K5 (ENSECAG00000024860)	MAP7 (ENSECAG00000024302) ##22	BCLAF1 (ENSECAG00000023692)	MTFR2 (ENSECAG00000038834)	PDE7B (ENSECAG00000020846)	AHI1 (ENSECAG00000019646)	MYB (ENSECAG00000009918)	HBS1L (ENSECAG00000004470)	ALDH8A1 (ENSECAG00000021674)	ENSECAG00000029781	SGK1 (ENSECAG00000020431)	SLC2A12 (ENSECAG00000020239)	TBPL1 (ENSECAG00000019486)	TCF21 (ENSECAG00000019197)	ENSECAG00000051625	ENSECAG00000058049	EYA4 (ENSECAG00000009316)
Donkey	MODERN SPECIES	13	CCDC28A (ENSEASG00005011995)	ENSEASG00005037446	ENSEASG00005028125	HEBP2 (ENSEASG00005034494)	SMIM28 (ENSEASG00005028436)	ARFGEF3 (ENSEASG00005011767)	ENSEASG00005034498	TNFAIP3 (ENSEASG00005011724)	OLIG3 (ENSEASG00005011723)	IFNGR1 (ENSEASG00005011722)	IL22RA2 (ENSEASG00005011721)	IL20RA (ENSEASG00005028860)	SLC35D3 (ENSEASG00005030411)	PEX7 (ENSEASG00005011713)	MAP3K5 (ENSEASG00005011455)	MAP7 (ENSEASG00005011215) ##22	BCLAF1 (ENSEASG00005011177)	MTFR2 (ENSEASG00005011169)	PDE7B (ENSEASG00005011165)	AHI1 (ENSEASG00005011162)	MYB (ENSEASG00005011157)	ENSEASG00005031142	HBS1L (ENSEASG00005011148)	ALDH8A1 (ENSEASG00005011139)	SGK1 (ENSEASG00005011126)	SLC2A12 (ENSEASG00005011123)	ENSEASG00005011118	TCF21 (ENSEASG00005011116)	EYA4 (ENSEASG00005011112)	RPS12 (ENSEASG00005011103)	SLC18B1 (ENSEASG00005011101)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00390000018318.u.b.b
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00390000018318.u.b.b
Tree shrew	MODERN SPECIES	1625																MAP7 (ENSTBEG00000009437) ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00390000018318.u.b.b
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00390000018318.u.b.b
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00390000018318.u.b.b
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.b.a.a	ENSGT00940000156674
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000163252.d	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.b.a.b.a.b	ENSGT00940000156674
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	59	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00990000204448	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000163252.d	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.b.a.a	ENSGT00940000156674
Squirrel	MODERN SPECIES	160	REPS1 (ENSSTOG00000000920)	ECT2L (ENSSTOG00000027129)	CCDC28A (ENSSTOG00000021039)	NHSL1 (ENSSTOG00000002362)	HEBP2 (ENSSTOG00000020811)	ARFGEF3 (ENSSTOG00000028835)	PERP (ENSSTOG00000024446)	TNFAIP3 (ENSSTOG00000007860)	OLIG3 (ENSSTOG00000020214)	IFNGR1 (ENSSTOG00000023671)	IL22RA2 (ENSSTOG00000012313)	IL20RA (ENSSTOG00000016256)	SLC35D3 (ENSSTOG00000025129)	PEX7 (ENSSTOG00000025283)	MAP3K5 (ENSSTOG00000009007)	MAP7 (ENSSTOG00000008977) ##22	BCLAF1 (ENSSTOG00000013977)	MTFR2 (ENSSTOG00000013967)	ENSSTOG00000021413	PDE7B (ENSSTOG00000020095)	AHI1 (ENSSTOG00000007607)	MYB (ENSSTOG00000007581)	HBS1L (ENSSTOG00000007551)	ALDH8A1 (ENSSTOG00000007535)	SGK1 (ENSSTOG00000028424)	SLC2A12 (ENSSTOG00000027759)	TBPL1 (ENSSTOG00000006786)	TCF21 (ENSSTOG00000023733)	EYA4 (ENSSTOG00000005069)	ENSSTOG00000031770	SLC18B1 (ENSSTOG00000009373)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	94	ECT2L (ENSUPAG00010003331)	CCDC28A (ENSUPAG00010003313)	ENSUPAG00010003303	NHSL1 (ENSUPAG00010003289)	HEBP2 (ENSUPAG00010003272)	ARFGEF3 (ENSUPAG00010003182)	PERP (ENSUPAG00010003162)	TNFAIP3 (ENSUPAG00010003126)	OLIG3 (ENSUPAG00010003123)	IFNGR1 (ENSUPAG00010003115)	IL22RA2 (ENSUPAG00010003105)	IL20RA (ENSUPAG00010003082)	SLC35D3 (ENSUPAG00010003080)	PEX7 (ENSUPAG00010003051)	MAP3K5 (ENSUPAG00010002902)	MAP7 (ENSUPAG00010002836) ##22	BCLAF1 (ENSUPAG00010002788)	MTFR2 (ENSUPAG00010002758)	ENSUPAG00010002749	PDE7B (ENSUPAG00010002707)	AHI1 (ENSUPAG00010002656)	MYB (ENSUPAG00010002637)	ENSUPAG00010002482	ENSUPAG00010002240	SLC2A12 (ENSUPAG00010002225)	TBPL1 (ENSUPAG00010002221)	ENSUPAG00010002212
Alpin marmot	MODERN SPECIES	2	ABRACL (ENSMMMG00000000595)	REPS1 (ENSMMMG00000000445)	ECT2L (ENSMMMG00000000082)	CCDC28A (ENSMMMG00000000049)	NHSL1 (ENSMMMG00000000011)	HEBP2 (ENSMMMG00000019485)	ARFGEF3 (ENSMMMG00000019413)	PERP (ENSMMMG00000019402)	TNFAIP3 (ENSMMMG00000019379)	OLIG3 (ENSMMMG00000019365)	IFNGR1 (ENSMMMG00000019328)	IL22RA2 (ENSMMMG00000019318)	IL20RA (ENSMMMG00000019314)	PEX7 (ENSMMMG00000019290)	MAP3K5 (ENSMMMG00000019235)	MAP7 (ENSMMMG00000019204) ##22	BCLAF1 (ENSMMMG00000019134)	MTFR2 (ENSMMMG00000019120)	ENSMMMG00000019117	PDE7B (ENSMMMG00000019089)	AHI1 (ENSMMMG00000019073)	MYB (ENSMMMG00000019066)	HBS1L (ENSMMMG00000019006)	ALDH8A1 (ENSMMMG00000019004)	ENSMMMG00000018939	SGK1 (ENSMMMG00000018673)	SLC2A12 (ENSMMMG00000018652)	TBPL1 (ENSMMMG00000018642)	TCF21 (ENSMMMG00000018609)	EYA4 (ENSMMMG00000018511)	ENSMMMG00000018382
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	16	NHSL1 (ENSSVLG00005019612)	HEBP2 (ENSSVLG00005019746)	SMIM28 (ENSSVLG00005019863)	ENSSVLG00005019905	ARFGEF3 (ENSSVLG00005019965)	PERP (ENSSVLG00005020408)	TNFAIP3 (ENSSVLG00005020456)	OLIG3 (ENSSVLG00005020760)	IFNGR1 (ENSSVLG00005020792)	IL22RA2 (ENSSVLG00005020977)	IL20RA (ENSSVLG00005021081)	SLC35D3 (ENSSVLG00005021290)	PEX7 (ENSSVLG00005006033)	MAP3K5 (ENSSVLG00005006091)	ENSSVLG00005006276 ##22	ENSSVLG00005006372 ##22	ENSSVLG00005006470	ENSSVLG00005006489	ENSSVLG00005006502	ENSSVLG00005006526	ENSSVLG00005006545	ENSSVLG00005006663	ENSSVLG00005006924	PDE7B (ENSSVLG00005007033)	AHI1 (ENSSVLG00005007162)	MYB (ENSSVLG00005007375)	ENSSVLG00005007995	ENSSVLG00005008038	ALDH8A1 (ENSSVLG00005008086)	ENSSVLG00005008214	SGK1 (ENSSVLG00005008322)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	16	CCDC28A (ENSSVLG00005019475)	NHSL1 (ENSSVLG00005019612)	HEBP2 (ENSSVLG00005019746)	SMIM28 (ENSSVLG00005019863)	ENSSVLG00005019905	ARFGEF3 (ENSSVLG00005019965)	PERP (ENSSVLG00005020408)	TNFAIP3 (ENSSVLG00005020456)	OLIG3 (ENSSVLG00005020760)	IFNGR1 (ENSSVLG00005020792)	IL22RA2 (ENSSVLG00005020977)	IL20RA (ENSSVLG00005021081)	SLC35D3 (ENSSVLG00005021290)	PEX7 (ENSSVLG00005006033)	MAP3K5 (ENSSVLG00005006091)	ENSSVLG00005006276 ##22	ENSSVLG00005006372 ##22	ENSSVLG00005006470	ENSSVLG00005006489	ENSSVLG00005006502	ENSSVLG00005006526	ENSSVLG00005006545	ENSSVLG00005006663	ENSSVLG00005006924	PDE7B (ENSSVLG00005007033)	AHI1 (ENSSVLG00005007162)	MYB (ENSSVLG00005007375)	ENSSVLG00005007995	ENSSVLG00005008038	ALDH8A1 (ENSSVLG00005008086)	ENSSVLG00005008214
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a.b	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES		ARFGEF3 (ENSHGLG00000015503)	ENSHGLG00000034232	PERP (ENSHGLG00000017932)	ENSHGLG00000037648	ENSHGLG00000005679	OLIG3 (ENSHGLG00000020086)	ENSHGLG00000047576	IL22RA2 (ENSHGLG00000001748)	ENSHGLG00000036039	IL20RA (ENSHGLG00000002408)	ENSHGLG00000038313	SLC35D3 (ENSHGLG00000000195)	PEX7 (ENSHGLG00000000229)	ENSHGLG00000035518	MAP3K5 (ENSHGLG00000000842)	MAP7 (ENSHGLG00000000995) ##22	BCLAF1 (ENSHGLG00000001879)	ENSHGLG00000000549	PDE7B (ENSHGLG00000048791)	ENSHGLG00000002954	AHI1 (ENSHGLG00000003261)	MYB (ENSHGLG00000000878)	HBS1L (ENSHGLG00000000516)	ALDH8A1 (ENSHGLG00000000876)	SGK1 (ENSHGLG00000000909)	ENSHGLG00000019010	SLC2A12 (ENSHGLG00000000953)	ENSHGLG00000046831	TCF21 (ENSHGLG00000035092)	ENSHGLG00000040407	ENSHGLG00000032159
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a.b	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00530000063558.B	ENSGT00940000157993	ENSGT00390000004172	ENSGT01090000260082.d.b.i
Guinea pig	MODERN SPECIES	41									OLIG3 (ENSCPOG00000007516)	IFNGR1 (ENSCPOG00000012963)	IL22RA2 (ENSCPOG00000025110)	IL20RA (ENSCPOG00000037107)	SLC35D3 (ENSCPOG00000010798)	PEX7 (ENSCPOG00000007704)	MAP3K5 (ENSCPOG00000004244)	MAP7 (ENSCPOG00000004237) ##22	BCLAF1 (ENSCPOG00000008088)	MTFR2 (ENSCPOG00000008084)	PDE7B (ENSCPOG00000035879)	ENSCPOG00000030097	MYB (ENSCPOG00000014607)	HBS1L (ENSCPOG00000007015)	ALDH8A1 (ENSCPOG00000007012)	SGK1 (ENSCPOG00000001494)	SLC2A12 (ENSCPOG00000001493)	TBPL1 (ENSCPOG00000011899)	TCF21 (ENSCPOG00000024201)	FNDC1 (ENSCPOG00000006443)	TAGAP (ENSCPOG00000006603)	RSPH3 (ENSCPOG00000014634)	EZR (ENSCPOG00000004306)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a.b	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00530000063558.B	ENSGT00940000157993	ENSGT00390000004172	ENSGT01090000260082.d.b.i
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	146												SLC35D3 (ENSCLAG00000003234)	PEX7 (ENSCLAG00000003272)	MAP3K5 (ENSCLAG00000007503)	ENSCLAG00000012716	ENSCLAG00000003926 ##22	BCLAF1 (ENSCLAG00000004401)	MTFR2 (ENSCLAG00000005292)	PDE7B (ENSCLAG00000007039)	AHI1 (ENSCLAG00000003003)	MYB (ENSCLAG00000005675)	HBS1L (ENSCLAG00000004937)	ALDH8A1 (ENSCLAG00000005380)	SGK1 (ENSCLAG00000006128)	SLC2A12 (ENSCLAG00000002848)	TBPL1 (ENSCLAG00000003071)	TCF21 (ENSCLAG00000003324)	ENSCLAG00000006768	FNDC1 (ENSCLAG00000007668)	TAGAP (ENSCLAG00000002626)	RSPH3 (ENSCLAG00000002659)
Degu	MODERN SPECIES	65	NHSL1 (ENSODEG00000008039)	HEBP2 (ENSODEG00000007586)	ENSODEG00000009708	ARFGEF3 (ENSODEG00000008382)	ENSODEG00000008459	TNFAIP3 (ENSODEG00000008925)	ENSODEG00000019565	OLIG3 (ENSODEG00000019534)	ENSODEG00000019506	ENSODEG00000008408	IL22RA2 (ENSODEG00000007775)	IL20RA (ENSODEG00000006756)	SLC35D3 (ENSODEG00000006620)	ENSODEG00000008240	ENSODEG00000008040	MAP7 (ENSODEG00000008448) ##22	ENSODEG00000006806	MTFR2 (ENSODEG00000006976)	PDE7B (ENSODEG00000007023)	ENSODEG00000007137	ENSODEG00000006953	ENSODEG00000019597	ENSODEG00000008684	HBS1L (ENSODEG00000008959)	ALDH8A1 (ENSODEG00000007514)	ENSODEG00000006585	SLC2A12 (ENSODEG00000007816)	ENSODEG00000006582	TCF21 (ENSODEG00000007820)	ENSODEG00000019436	FNDC1 (ENSODEG00000007591)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00390000018318.u.b.b
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	416	Reps1 (ENSDORG00000000649)	Ect2l (ENSDORG00000011210)	Ccdc28a (ENSDORG00000011206)	Nhsl1 (ENSDORG00000028836)	Hebp2 (ENSDORG00000008127)	Arfgef3 (ENSDORG00000000555)	Perp (ENSDORG00000026815)	ENSDORG00000002537	Olig3 (ENSDORG00000013033)	Ifngr1 (ENSDORG00000003816)	Il22ra2 (ENSDORG00000003815)	Il20ra (ENSDORG00000006038)	Slc35d3 (ENSDORG00000006037)	Pex7 (ENSDORG00000006036)	ENSDORG00000001559	Map7 (ENSDORG00000011587) ##22	ENSDORG00000026911	Bclaf1 (ENSDORG00000015144)	Mtfr2 (ENSDORG00000011726)	Pde7b (ENSDORG00000011723)	Ahi1 (ENSDORG00000005963)	Myb (ENSDORG00000005960)	Hbs1l (ENSDORG00000005958)	Aldh8a1 (ENSDORG00000012210)	Sgk1 (ENSDORG00000006576)	Slc2a12 (ENSDORG00000001098)	Tbpl1 (ENSDORG00000026809)	Tcf21 (ENSDORG00000028001)	Eya4 (ENSDORG00000009832)	ENSDORG00000016670	Slc18b1 (ENSDORG00000016669)
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00390000018318.u.b.b
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	44	Abracl (ENSJJAG00000010066)	Reps1 (ENSJJAG00000020855)	Ect2l (ENSJJAG00000016035)	ENSJJAG00000021466	Nhsl1 (ENSJJAG00000008856)	Hebp2 (ENSJJAG00000009933)	Arfgef3 (ENSJJAG00000008415)	Perp (ENSJJAG00000021130)	ENSJJAG00000020726	Olig3 (ENSJJAG00000001512)	Il22ra2 (ENSJJAG00000007140)	Il20ra (ENSJJAG00000019171)	Slc35d3 (ENSJJAG00000014674)	Pex7 (ENSJJAG00000016195)	ENSJJAG00000012639	Map7 (ENSJJAG00000023344) ##22	Bclaf1 (ENSJJAG00000011803)	Pde7b (ENSJJAG00000001518)	Ahi1 (ENSJJAG00000010372)	Myb (ENSJJAG00000023989)	ENSJJAG00000017024	Aldh8a1 (ENSJJAG00000014136)	ENSJJAG00000009072	Sgk1 (ENSJJAG00000003911)	Slc2a12 (ENSJJAG00000003595)	ENSJJAG00000007350	Tcf21 (ENSJJAG00000010513)	Eya4 (ENSJJAG00000012851)	ENSJJAG00000006059	ENSJJAG00000004347	Slc18b1 (ENSJJAG00000012667)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00390000018318.u.b.b
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1789	Ccdc28a (ENSNGAG00000011725)	Nhsl1 (ENSNGAG00000019810)	ENSNGAG00000000988	Hebp2 (ENSNGAG00000003578)	Arfgef3 (ENSNGAG00000010293)	Perp (ENSNGAG00000017566)	ENSNGAG00000018978	Olig3 (ENSNGAG00000018786)	Ifngr1 (ENSNGAG00000010028)	Il22ra2 (ENSNGAG00000000838)	ENSNGAG00000012948	Il20ra (ENSNGAG00000005056)	Slc35d3 (ENSNGAG00000015318)	Pex7 (ENSNGAG00000018527)	Map3k5 (ENSNGAG00000000561)	Map7 (ENSNGAG00000019743) ##22	Bclaf1 (ENSNGAG00000016813)	Mtfr2 (ENSNGAG00000001241)	Pde7b (ENSNGAG00000010650)	Ahi1 (ENSNGAG00000017747)	Myb (ENSNGAG00000006199)	Hbs1l (ENSNGAG00000015184)	Aldh8a1 (ENSNGAG00000009983)	Sgk1 (ENSNGAG00000017569)	Slc2a12 (ENSNGAG00000015437)	Tbpl1 (ENSNGAG00000002735)	Tcf21 (ENSNGAG00000010530)	Eya4 (ENSNGAG00000014955)	ENSNGAG00000008061	ENSNGAG00000017824	Slc18b1 (ENSNGAG00000001177)
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00940000160886.p.a.a.b	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000183442	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00940000160886.p.a.a.b	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT01050000248461	ENSGT00950000183442	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT01050000248247	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a
Mus	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00940000160886.p.a.a.b	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00900000143307	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000183442	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT01050000248247	ENSGT00940000160174
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00940000160886.p.a.a.b	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00900000143457	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00900000143307	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000183442	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT01050000248247	ENSGT00940000160174
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00940000160886.p.a.a.b	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00900000143457	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00900000143307	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000183442	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT01050000248247	ENSGT00940000160174
Mouse	MODERN SPECIES	1	Ect2l (ENSMUSG00000071392)	Ccdc28a (ENSMUSG00000059554)	Nhsl1 (ENSMUSG00000039835)	Hebp2 (ENSMUSG00000019853)	Arfgef3 (ENSMUSG00000019852)	Gm4922 (ENSMUSG00000044624)	Perp (ENSMUSG00000019851)	Tnfaip3 (ENSMUSG00000019850)	Olig3 (ENSMUSG00000045591)	Ifngr1 (ENSMUSG00000020009)	Il22ra2 (ENSMUSG00000039760)	Il20ra (ENSMUSG00000020007)	Slc35d3 (ENSMUSG00000050473)	Pex7 (ENSMUSG00000020003)	Map3k5 (ENSMUSG00000071369)	Map7 (ENSMUSG00000019996) ##22	Bclaf1 (ENSMUSG00000037608)	Mtfr2 (ENSMUSG00000019992)	Pde7b (ENSMUSG00000019990)	Ahi1 (ENSMUSG00000019986)	Myb (ENSMUSG00000019982)	Hbs1l (ENSMUSG00000019977)	Aldh8a1 (ENSMUSG00000037542)	1700020N01Rik (ENSMUSG00000050844)	Sgk1 (ENSMUSG00000019970)	Semp2l2b (ENSMUSG00000069712)	Raet1e (ENSMUSG00000053219)	H60b (ENSMUSG00000075297)	Raet1d (ENSMUSG00000078452)	Slc2a12 (ENSMUSG00000037490)	Tbpl1 (ENSMUSG00000071359)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00940000160886.p.a.a.b	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00900000143457	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00900000143307	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000183442	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a
spretus	MODERN SPECIES	1	Ccdc28a (MGP_SPRETEiJ_G0015948)	Nhsl1 (MGP_SPRETEiJ_G0015949)	Hebp2 (MGP_SPRETEiJ_G0015950)	Arfgef3 (MGP_SPRETEiJ_G0015951)	Gm4922 (MGP_SPRETEiJ_G0015952)	Perp (MGP_SPRETEiJ_G0015953)	Tnfaip3 (MGP_SPRETEiJ_G0015954)	Olig3 (MGP_SPRETEiJ_G0015955)	MGP_SPRETEiJ_G0015956	Il22ra2 (MGP_SPRETEiJ_G0015957)	MGP_SPRETEiJ_G0015958	Il20ra (MGP_SPRETEiJ_G0015959)	Slc35d3 (MGP_SPRETEiJ_G0015960)	Pex7 (MGP_SPRETEiJ_G0015961)	Map3k5 (MGP_SPRETEiJ_G0015962)	Map7 (MGP_SPRETEiJ_G0015963) ##22	MGP_SPRETEiJ_G0015964	Bclaf1 (MGP_SPRETEiJ_G0015965)	MGP_SPRETEiJ_G0015966	Pde7b (MGP_SPRETEiJ_G0015967)	MGP_SPRETEiJ_G0015968	Myb (MGP_SPRETEiJ_G0015969)	Hbs1l (MGP_SPRETEiJ_G0015970)	MGP_SPRETEiJ_G0015971	Aldh8a1 (MGP_SPRETEiJ_G0015972)	1700020N01Rik (MGP_SPRETEiJ_G0015973)	Sgk1 (MGP_SPRETEiJ_G0015974)	Slc2a12 (MGP_SPRETEiJ_G0015975)	Tbpl1 (MGP_SPRETEiJ_G0015976)	Tcf21 (MGP_SPRETEiJ_G0015977)	Eya4 (MGP_SPRETEiJ_G0015979)
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3417	Ccdc28a (ENSMSIG00000029093)	ENSMSIG00000029087	Nhsl1 (ENSMSIG00000029059)	Hebp2 (ENSMSIG00000029046)	Arfgef3 (ENSMSIG00000029021)	Gm4922 (ENSMSIG00000029018)	Perp (ENSMSIG00000029013)	Tnfaip3 (ENSMSIG00000029003)	Olig3 (ENSMSIG00000028998)	Ifngr1 (ENSMSIG00000028993)	Il22ra2 (ENSMSIG00000028990)	Il20ra (ENSMSIG00000028984)	Slc35d3 (ENSMSIG00000028978)	Pex7 (ENSMSIG00000028956)	Map3k5 (ENSMSIG00000028883)	Map7 (ENSMSIG00000028825) ##22	ENSMSIG00000028821	Bclaf1 (ENSMSIG00000028794)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	1	MGP_CAROLIEiJ_G0015140	Nhsl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015141)	Hebp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015142)	Arfgef3 (MGP_CAROLIEiJ_G0015143)	Gm4922 (MGP_CAROLIEiJ_G0015144)	Perp (MGP_CAROLIEiJ_G0015145)	Tnfaip3 (MGP_CAROLIEiJ_G0015146)	Olig3 (MGP_CAROLIEiJ_G0015147)	Ifngr1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015148)	Il22ra2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015149)	MGP_CAROLIEiJ_G0015150	Il20ra (MGP_CAROLIEiJ_G0015151)	Slc35d3 (MGP_CAROLIEiJ_G0015152)	Pex7 (MGP_CAROLIEiJ_G0015153)	Map3k5 (MGP_CAROLIEiJ_G0015154)	Map7 (MGP_CAROLIEiJ_G0015155) ##22	MGP_CAROLIEiJ_G0015156	Bclaf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015157)	Mtfr2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015158)	Pde7b (MGP_CAROLIEiJ_G0015159)	Ahi1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015160)	Myb (MGP_CAROLIEiJ_G0015161)	Hbs1l (MGP_CAROLIEiJ_G0015162)	MGP_CAROLIEiJ_G0015163	Aldh8a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015164)	1700020N01Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0015165)	Sgk1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015166)	Slc2a12 (MGP_CAROLIEiJ_G0015167)	Tbpl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015168)	Tcf21 (MGP_CAROLIEiJ_G0015169)	Eya4 (MGP_CAROLIEiJ_G0015170)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	13	Nhsl1 (MGP_PahariEiJ_G0023760)	Hebp2 (MGP_PahariEiJ_G0023761)	Arfgef3 (MGP_PahariEiJ_G0023762)	Gm4922 (MGP_PahariEiJ_G0023763)	Perp (MGP_PahariEiJ_G0023764)	Tnfaip3 (MGP_PahariEiJ_G0023765)	MGP_PahariEiJ_G0023766	Olig3 (MGP_PahariEiJ_G0023767)	Ifngr1 (MGP_PahariEiJ_G0023768)	Il22ra2 (MGP_PahariEiJ_G0023769)	MGP_PahariEiJ_G0023770	Il20ra (MGP_PahariEiJ_G0023771)	Slc35d3 (MGP_PahariEiJ_G0023772)	Pex7 (MGP_PahariEiJ_G0023773)	Map3k5 (MGP_PahariEiJ_G0023774)	Map7 (MGP_PahariEiJ_G0023775) ##22	MGP_PahariEiJ_G0023776	MGP_PahariEiJ_G0023777	Mtfr2 (MGP_PahariEiJ_G0023778)	Pde7b (MGP_PahariEiJ_G0023779)	Ahi1 (MGP_PahariEiJ_G0023780)	Myb (MGP_PahariEiJ_G0023781)	Hbs1l (MGP_PahariEiJ_G0023782)	MGP_PahariEiJ_G0023783	Aldh8a1 (MGP_PahariEiJ_G0023784)	1700020N01Rik (MGP_PahariEiJ_G0023785)	Sgk1 (MGP_PahariEiJ_G0023786)	Slc2a12 (MGP_PahariEiJ_G0023787)	Tbpl1 (MGP_PahariEiJ_G0023788)	Tcf21 (MGP_PahariEiJ_G0023789)	Eya4 (MGP_PahariEiJ_G0023790)
Rat	MODERN SPECIES		Nhsl1 (ENSRNOG00000060603)	Hebp2 (ENSRNOG00000053735)	Arfgef3 (ENSRNOG00000011460)	RGD1560303 (ENSRNOG00000025799)	Perp (ENSRNOG00000011994)	Tnfaip3 (ENSRNOG00000049517)	Olig3 (ENSRNOG00000064127)	ENSRNOG00000064148	Ifngr1 (ENSRNOG00000012074)	Il22ra2 (ENSRNOG00000012259)	Il20ra (ENSRNOG00000012286)	Slc35d3 (ENSRNOG00000012311)	Pex7 (ENSRNOG00000012322)	RGD1562402 (ENSRNOG00000040273)	Map3k5 (ENSRNOG00000031700)	Map7 (ENSRNOG00000012701) ##22	ENSRNOG00000068973	Mtfr2 (ENSRNOG00000058050)	Pde7b (ENSRNOG00000013436)	Ahi1 (ENSRNOG00000013969)	Myb (ENSRNOG00000055858)	Hbs1l (ENSRNOG00000014531)	Aldh8a1 (ENSRNOG00000014907)	Themis (ENSRNOG00000014979)	ENSRNOG00000062873	Ptprk (ENSRNOG00000047605)	ENSRNOG00000069014	Lama2 (ENSRNOG00000011134)	AABR07000583.1 (ENSRNOG00000046438)	Arhgap18 (ENSRNOG00000011245)	LOC120097699 (ENSRNOG00000063903)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00940000160886.p.a.a.b	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248.pc	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000183442	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.b.b
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00940000160886.p.a.a.b	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248.pc	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000183442	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.b.b	ENSGT00940000156674
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	1	Ect2l (ENSCGRG00001022333)	Ccdc28a (ENSCGRG00001018901)	Nhsl1 (ENSCGRG00001021948)	Hebp2 (ENSCGRG00001020023)	Arfgef3 (ENSCGRG00001019486)	Gm4922 (ENSCGRG00001006023)	Perp (ENSCGRG00001020200)	Tnfaip3 (ENSCGRG00001019749)	Olig3 (ENSCGRG00001006525)	Ifngr1 (ENSCGRG00001021869)	Il22ra2 (ENSCGRG00001020957)	Il20ra (ENSCGRG00001020064)	Slc35d3 (ENSCGRG00001006411)	PEX7 (ENSCGRG00001004544)	Map3k5 (ENSCGRG00001009680)	Map7 (ENSCGRG00001024812) ##22	ENSCGRG00001024620	Mtfr2 (ENSCGRG00001024312)	Pde7b (ENSCGRG00001021298)	Ahi1 (ENSCGRG00001019676)	Myb (ENSCGRG00001018869)	Hbs1l (ENSCGRG00001024531)	Aldh8a1 (ENSCGRG00001023246)	1700020N01Rik (ENSCGRG00001006553)	Sgk1 (ENSCGRG00001022228)	ENSCGRG00001005727	Lin28b (ENSCGRG00001024078)	Bves (ENSCGRG00001023624)	Popdc3 (ENSCGRG00001024360)	Prep (ENSCGRG00001023843)	Prdm1 (ENSCGRG00001023291)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248.pc	ENSGT00650000094590	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00950000183442	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.b.a.b.a.b
Prairie vole	MODERN SPECIES	354	Ect2l (ENSMOCG00000000813)	Ccdc28a (ENSMOCG00000015425)	Nhsl1 (ENSMOCG00000021012)	Hebp2 (ENSMOCG00000011108)	Arfgef3 (ENSMOCG00000009174)	Perp (ENSMOCG00000012264)	Tnfaip3 (ENSMOCG00000006328)	Olig3 (ENSMOCG00000001779)	ENSMOCG00000018866	Ifngr1 (ENSMOCG00000003677)	Il22ra2 (ENSMOCG00000006128)	Il20ra (ENSMOCG00000022279)	Slc35d3 (ENSMOCG00000018328)	Pex7 (ENSMOCG00000016916)	Map3k5 (ENSMOCG00000019021)	Map7 (ENSMOCG00000010774) ##22	Bclaf1 (ENSMOCG00000005885)	Mtfr2 (ENSMOCG00000004425)	ENSMOCG00000006744	Pde7b (ENSMOCG00000018081)	Ahi1 (ENSMOCG00000019913)	ENSMOCG00000016189	ENSMOCG00000014988	ENSMOCG00000020414	Hbs1l (ENSMOCG00000023038)	Aldh8a1 (ENSMOCG00000013932)	1700020N01Rik (ENSMOCG00000017055)	Sgk1 (ENSMOCG00000008011)	Slc2a12 (ENSMOCG00000001440)	Tbpl1 (ENSMOCG00000022781)	Tcf21 (ENSMOCG00000016422)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	7	Nhsl1 (ENSPEMG00000004680)	Hebp2 (ENSPEMG00000020471)	Arfgef3 (ENSPEMG00000006396)	ENSPEMG00000016223	ENSPEMG00000031383	Perp (ENSPEMG00000015920)	Tnfaip3 (ENSPEMG00000000880)	Olig3 (ENSPEMG00000008406)	ENSPEMG00000026149	Ifngr1 (ENSPEMG00000007579)	Il22ra2 (ENSPEMG00000027600)	Il20ra (ENSPEMG00000020460)	Slc35d3 (ENSPEMG00000029399)	Pex7 (ENSPEMG00000021366)	Map3k5 (ENSPEMG00000015212)	Map7 (ENSPEMG00000006441) ##22	ENSPEMG00000029424	Mtfr2 (ENSPEMG00000017505)	Pde7b (ENSPEMG00000013435)	ENSPEMG00000010391	Ahi1 (ENSPEMG00000007907)	Myb (ENSPEMG00000000233)	ENSPEMG00000024833	Hbs1l (ENSPEMG00000014369)	Aldh8a1 (ENSPEMG00000013721)	1700020N01Rik (ENSPEMG00000011791)	Sgk1 (ENSPEMG00000009727)	Slc2a12 (ENSPEMG00000006268)	Tbpl1 (ENSPEMG00000004800)	Tcf21 (ENSPEMG00000003503)	ENSPEMG00000025529
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Rabbit	MODERN SPECIES	3	ECT2L (ENSOCUG00000016837)	CCDC28A (ENSOCUG00000010302)	NHSL1 (ENSOCUG00000013429)	HEBP2 (ENSOCUG00000013425)	SMIM28 (ENSOCUG00000038063)	ARFGEF3 (ENSOCUG00000004754)	ENSOCUG00000004238	TNFAIP3 (ENSOCUG00000002310)	OLIG3 (ENSOCUG00000017289)	IFNGR1 (ENSOCUG00000013254)	IL22RA2 (ENSOCUG00000022021)	IL20RA (ENSOCUG00000015696)	SLC35D3 (ENSOCUG00000005418)	PEX7 (ENSOCUG00000005413)	MAP3K5 (ENSOCUG00000015434)	MAP7 (ENSOCUG00000025456) ##22	BCLAF1 (ENSOCUG00000016363)	MTFR2 (ENSOCUG00000023560)	PDE7B (ENSOCUG00000016632)	AHI1 (ENSOCUG00000011645)	MYB (ENSOCUG00000011633)	ENSOCUG00000011619	ALDH8A1 (ENSOCUG00000011613)	SGK1 (ENSOCUG00000014367)	SLC2A12 (ENSOCUG00000007095)	ENSOCUG00000007091	TCF21 (ENSOCUG00000017761)	ENSOCUG00000034819	EYA4 (ENSOCUG00000000635)	ENSOCUG00000001606	SLC18B1 (ENSOCUG00000001601)
Pika	MODERN SPECIES	7626																MAP7 (ENSOPRG00000009239) ##22
Primates	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.b.b	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.b.b	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Mouse lemur	MODERN SPECIES	28	CCDC28A (ENSMICG00000008963)	NHSL1 (ENSMICG00000014027)	HEBP2 (ENSMICG00000032428)	SMIM28 (ENSMICG00000046075)	ARFGEF3 (ENSMICG00000013986)	PERP (ENSMICG00000047745)	TNFAIP3 (ENSMICG00000013965)	ENSMICG00000041427	ENSMICG00000027650	ENSMICG00000044585	IL22RA2 (ENSMICG00000004960)	IL20RA (ENSMICG00000004953)	SLC35D3 (ENSMICG00000046861)	PEX7 (ENSMICG00000004938)	MAP3K5 (ENSMICG00000004915)	MAP7 (ENSMICG00000004905) ##22	BCLAF1 (ENSMICG00000004946)	MTFR2 (ENSMICG00000004940)	PDE7B (ENSMICG00000032302)	AHI1 (ENSMICG00000005541)	MYB (ENSMICG00000005531)	ENSMICG00000001533	ALDH8A1 (ENSMICG00000001527)	SGK1 (ENSMICG00000007886)	SLC2A12 (ENSMICG00000026712)	TBPL1 (ENSMICG00000015740)	TCF21 (ENSMICG00000029994)	EYA4 (ENSMICG00000007846)	RPS12 (ENSMICG00000043038)	SLC18B1 (ENSMICG00000037158)	VNN2 (ENSMICG00000005236)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	1046									OLIG3 (ENSPCOG00000005063)	IFNGR1 (ENSPCOG00000001037)	IL22RA2 (ENSPCOG00000016305)	IL20RA (ENSPCOG00000028358)	SLC35D3 (ENSPCOG00000021808)	ENSPCOG00000027911	MAP3K5 (ENSPCOG00000019678)	MAP7 (ENSPCOG00000024639) ##22	BCLAF1 (ENSPCOG00000014683)	MTFR2 (ENSPCOG00000004724)	PDE7B (ENSPCOG00000027152)	ENSPCOG00000018117	MYB (ENSPCOG00000018217)	ENSPCOG00000020390	ALDH8A1 (ENSPCOG00000028699)	ENSPCOG00000000608	ENSPCOG00000006925	SGK1 (ENSPCOG00000021583)	SLC2A12 (ENSPCOG00000024120)	TBPL1 (ENSPCOG00000015682)	TCF21 (ENSPCOG00000028439)	EYA4 (ENSPCOG00000019086)	ENSPCOG00000018473
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	1107																MAP7 (ENSPSMG00000012847) ##22	BCLAF1 (ENSPSMG00000012569)	MTFR2 (ENSPSMG00000012407)	PDE7B (ENSPSMG00000012399)	AHI1 (ENSPSMG00000012348)	MYB (ENSPSMG00000011509)	HBS1L (ENSPSMG00000010745)	ALDH8A1 (ENSPSMG00000010552)	ENSPSMG00000010526	ENSPSMG00000010518	ENSPSMG00000010511	SGK1 (ENSPSMG00000010165)	SLC2A12 (ENSPSMG00000009995)	TBPL1 (ENSPSMG00000009985)	TCF21 (ENSPSMG00000009967)	ENSPSMG00000009962
Bushbaby	MODERN SPECIES	157	CCDC28A (ENSOGAG00000014575)	NHSL1 (ENSOGAG00000026919)	HEBP2 (ENSOGAG00000005010)	ARFGEF3 (ENSOGAG00000016978)	PERP (ENSOGAG00000011669)	TNFAIP3 (ENSOGAG00000011667)	OLIG3 (ENSOGAG00000011977)	ENSOGAG00000032882	IFNGR1 (ENSOGAG00000006564)	IL22RA2 (ENSOGAG00000006556)	IL20RA (ENSOGAG00000006549)	SLC35D3 (ENSOGAG00000006548)	PEX7 (ENSOGAG00000000560)	ENSOGAG00000030613	MAP3K5 (ENSOGAG00000000556)	MAP7 (ENSOGAG00000009726) ##22	BCLAF1 (ENSOGAG00000009724)	MTFR2 (ENSOGAG00000009721)	ENSOGAG00000025397	ENSOGAG00000024127	PDE7B (ENSOGAG00000009717)	ENSOGAG00000030360	AHI1 (ENSOGAG00000011323)	MYB (ENSOGAG00000000056)	HBS1L (ENSOGAG00000012604)	ALDH8A1 (ENSOGAG00000012602)	ENSOGAG00000028801	ENSOGAG00000029912	SGK1 (ENSOGAG00000008732)	SLC2A12 (ENSOGAG00000034406)	TBPL1 (ENSOGAG00000006622)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Tarsier	MODERN SPECIES	3511															MAP3K5 (ENSTSYG00000000613)	MAP7 (ENSTSYG00000003705) ##22	BCLAF1 (ENSTSYG00000008161)	ENSTSYG00000035157	PDE7B (ENSTSYG00000004970)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00910000146884	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01000000215435	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00910000146884	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00390000005830.u	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.b.b	ENSGT00940000156674
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01000000215435	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00910000146884	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00390000005830.u	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT01000000215435	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00910000146884	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00390000005830.u	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00390000014722.d	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	91												IL20RA (ENSSBOG00000030873)	SLC35D3 (ENSSBOG00000028578)	PEX7 (ENSSBOG00000029138)	MAP3K5 (ENSSBOG00000031833)	MAP7 (ENSSBOG00000035407) ##22	ENSSBOG00000000077	BCLAF1 (ENSSBOG00000033973)	MTFR2 (ENSSBOG00000019957)	PDE7B (ENSSBOG00000027341)	AHI1 (ENSSBOG00000035373)	MYB (ENSSBOG00000028999)	ENSSBOG00000033605	ENSSBOG00000019696	ALDH8A1 (ENSSBOG00000003193)	SGK1 (ENSSBOG00000033468)	SLC2A12 (ENSSBOG00000023577)	TBPL1 (ENSSBOG00000022803)	TCF21 (ENSSBOG00000034676)	ENSSBOG00000024565	EYA4 (ENSSBOG00000029920)
Capuchin	MODERN SPECIES	65	NHSL1 (ENSCCAG00000021733)	HEBP2 (ENSCCAG00000022742)	SMIM28 (ENSCCAG00000022535)	ARFGEF3 (ENSCCAG00000022363)	PERP (ENSCCAG00000024325)	TNFAIP3 (ENSCCAG00000026453)	ENSCCAG00000022443	OLIG3 (ENSCCAG00000032329)	IFNGR1 (ENSCCAG00000028495)	IL22RA2 (ENSCCAG00000028239)	IL20RA (ENSCCAG00000028945)	ENSCCAG00000024812	SLC35D3 (ENSCCAG00000034349)	PEX7 (ENSCCAG00000037288)	MAP3K5 (ENSCCAG00000019841)	MAP7 (ENSCCAG00000021966) ##22	BCLAF1 (ENSCCAG00000032457)	MTFR2 (ENSCCAG00000027036)	PDE7B (ENSCCAG00000036216)
Marmoset	MODERN SPECIES	16	ARFGEF3 (ENSCJAG00000019028)	PERP (ENSCJAG00000045509)	TNFAIP3 (ENSCJAG00000019019)	OLIG3 (ENSCJAG00000019011)	ENSCJAG00000085578	ENSCJAG00000084731	ENSCJAG00000076925	IFNGR1 (ENSCJAG00000069510)	IL22RA2 (ENSCJAG00000018991)	IL20RA (ENSCJAG00000018982)	ENSCJAG00000078995	SLC35D3 (ENSCJAG00000008524)	PEX7 (ENSCJAG00000008514)	ENSCJAG00000078792	MAP3K5 (ENSCJAG00000008383)	MAP7 (ENSCJAG00000008294) ##22	ENSCJAG00000071860	BCLAF1 (ENSCJAG00000008200)	MTFR2 (ENSCJAG00000008189)	PDE7B (ENSCJAG00000008164)	ENSCJAG00000070725	ENSCJAG00000074971	AHI1 (ENSCJAG00000008068)	ENSCJAG00000071466	MYB (ENSCJAG00000007798)	ENSCJAG00000080967	HBS1L (ENSCJAG00000007678)	ALDH8A1 (ENSCJAG00000007652)	ENSCJAG00000082917	SGK1 (ENSCJAG00000002727)	SLC2A12 (ENSCJAG00000038249)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	506	NHSL1 (ENSANAG00000034706)	HEBP2 (ENSANAG00000030822)	SMIM28 (ENSANAG00000033494)	ARFGEF3 (ENSANAG00000034514)	ENSANAG00000019730	PERP (ENSANAG00000036824)	TNFAIP3 (ENSANAG00000029324)	ENSANAG00000000023	OLIG3 (ENSANAG00000019677)	IFNGR1 (ENSANAG00000022563)	IL22RA2 (ENSANAG00000034970)	IL20RA (ENSANAG00000032920)	SLC35D3 (ENSANAG00000021760)	PEX7 (ENSANAG00000022204)	MAP3K5 (ENSANAG00000037690)	MAP7 (ENSANAG00000022874) ##22	BCLAF1 (ENSANAG00000035003)	MTFR2 (ENSANAG00000023880)	PDE7B (ENSANAG00000033089)	AHI1 (ENSANAG00000028946)	MYB (ENSANAG00000026941)	ENSANAG00000030478	HBS1L (ENSANAG00000038076)	ALDH8A1 (ENSANAG00000026843)	SGK1 (ENSANAG00000036955)	SLC2A12 (ENSANAG00000026241)	TBPL1 (ENSANAG00000033371)	TCF21 (ENSANAG00000021568)	EYA4 (ENSANAG00000023112)	RPS12 (ENSANAG00000030986)	SLC18B1 (ENSANAG00000026852)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.c	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000153876.B.i	ENSGT00940000154296.jb.b	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00910000146884	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b.c	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.c	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000153876.B.i	ENSGT00940000154296.jb.b	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00910000146884	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b.c	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Gibbon	MODERN SPECIES	18	HEBP2 (ENSNLEG00000014957)	SMIM28 (ENSNLEG00000030167)	ARFGEF3 (ENSNLEG00000014937)	PERP (ENSNLEG00000027370)	TNFAIP3 (ENSNLEG00000014913)	ENSNLEG00000035766	ENSNLEG00000030456	OLIG3 (ENSNLEG00000019305)	IFNGR1 (ENSNLEG00000035902)	IL22RA2 (ENSNLEG00000014887)	IL20RA (ENSNLEG00000014884)	ENSNLEG00000027846	SLC35D3 (ENSNLEG00000014882)	PEX7 (ENSNLEG00000014868)	MAP3K5 (ENSNLEG00000014849)	MAP7 (ENSNLEG00000014807) ##22	BCLAF1 (ENSNLEG00000014796)	MTFR2 (ENSNLEG00000014793)	PDE7B (ENSNLEG00000014787)	AHI1 (ENSNLEG00000014767)	MYB (ENSNLEG00000014751)	HBS1L (ENSNLEG00000014721)	ALDH8A1 (ENSNLEG00000014713)	ENSNLEG00000032917	ENSNLEG00000033209	SGK1 (ENSNLEG00000014679)	SLC2A12 (ENSNLEG00000014667)	TBPL1 (ENSNLEG00000014649)	TCF21 (ENSNLEG00000031050)	EYA4 (ENSNLEG00000014613)	ENSNLEG00000014611
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.c	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000153876.B.i	ENSGT00940000154296.jb.b	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00910000146884	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b.c	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Orangutan	MODERN SPECIES	19	NHSL1 (ENSPPYG00000017276)	HEBP2 (ENSPPYG00000038470)	SMIM28 (ENSPPYG00000036885)	ENSPPYG00000033081	ENSPPYG00000017045	ARFGEF3 (ENSPPYG00000017044)	PERP (ENSPPYG00000017043)	TNFAIP3 (ENSPPYG00000017042)	OLIG3 (ENSPPYG00000017041)	IFNGR1 (ENSPPYG00000017039)	IL22RA2 (ENSPPYG00000017038)	IL20RA (ENSPPYG00000017037)	SLC35D3 (ENSPPYG00000017036)	PEX7 (ENSPPYG00000017035)	MAP3K5 (ENSPPYG00000017034)	MAP7 (ENSPPYG00000017033) ##22	BCLAF1 (ENSPPYG00000017032)	MTFR2 (ENSPPYG00000017031)	ENSPPYG00000033561	PDE7B (ENSPPYG00000017030)	AHI1 (ENSPPYG00000017029)	MYB (ENSPPYG00000017028)	HBS1L (ENSPPYG00000017027)	ALDH8A1 (ENSPPYG00000017026)	SGK1 (ENSPPYG00000017025)	SLC2A12 (ENSPPYG00000017024)	TBPL1 (ENSPPYG00000017023)	TCF21 (ENSPPYG00000017022)	EYA4 (ENSPPYG00000017021)	ENSPPYG00000017020	SLC18B1 (ENSPPYG00000017019)
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.c	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000153876.B.i	ENSGT00940000154296.jb.b	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00910000146884	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b.c	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.b.b	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Gorilla	MODERN SPECIES	19	ENSGGOG00000023464	ARFGEF3 (ENSGGOG00000002348)	PERP (ENSGGOG00000038896)	TNFAIP3 (ENSGGOG00000003334)	ENSGGOG00000022605	ENSGGOG00000024367	OLIG3 (ENSGGOG00000001516)	IFNGR1 (ENSGGOG00000008510)	IL22RA2 (ENSGGOG00000010283)	IL20RA (ENSGGOG00000000380)	ENSGGOG00000042378	SLC35D3 (ENSGGOG00000010995)	PEX7 (ENSGGOG00000002773)	MAP3K5 (ENSGGOG00000015494)	ENSGGOG00000040634	MAP7 (ENSGGOG00000000974) ##22	BCLAF1 (ENSGGOG00000001824)	MTFR2 (ENSGGOG00000009002)	PDE7B (ENSGGOG00000014471)	AHI1 (ENSGGOG00000001202)	MYB (ENSGGOG00000001379)	ENSGGOG00000034956	ALDH8A1 (ENSGGOG00000015693)	ENSGGOG00000013861	SGK1 (ENSGGOG00000001495)	SLC2A12 (ENSGGOG00000013187)	TBPL1 (ENSGGOG00000028298)	TCF21 (ENSGGOG00000005460)	EYA4 (ENSGGOG00000013499)	ENSGGOG00000012234	SLC18B1 (ENSGGOG00000007215)
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.c	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000153876.B.i	ENSGT00940000154296.jb.b	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00910000146884	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b.c	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.b.b	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Human	MODERN SPECIES	18	CCDC28A (ENSG00000024862)	NHSL1 (ENSG00000135540)	HEBP2 (ENSG00000051620)	SMIM28 (ENSG00000262543)	PBOV1 (ENSG00000254440)	ARFGEF3 (ENSG00000112379)	PERP (ENSG00000112378)	TNFAIP3 (ENSG00000118503)	OLIG3 (ENSG00000177468)	IFNGR1 (ENSG00000027697)	IL22RA2 (ENSG00000164485)	IL20RA (ENSG00000016402)	SLC35D3 (ENSG00000182747)	PEX7 (ENSG00000112357)	MAP3K5 (ENSG00000197442)	MAP7 (ENSG00000135525) ##22	BCLAF1 (ENSG00000029363)	MTFR2 (ENSG00000146410)	PDE7B (ENSG00000171408)	AHI1 (ENSG00000135541)	MYB (ENSG00000118513)	HBS1L (ENSG00000112339)	ALDH8A1 (ENSG00000118514)	SGK1 (ENSG00000118515)	SLC2A12 (ENSG00000146411)	ENSG00000288529	TBPL1 (ENSG00000028839)	TCF21 (ENSG00000118526)	EYA4 (ENSG00000112319)	RPS12 (ENSG00000112306)	SLC18B1 (ENSG00000146409)
Pan	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00740000116829	ENSGT01030000236221	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.c	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000153876.B.i	ENSGT00940000154296.jb.b	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00910000146884	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b.c	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00390000006408	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674
Chimpanzee	MODERN SPECIES	19	ENSPTRG00000051720	ARFGEF3 (ENSPTRG00000018647)	PERP (ENSPTRG00000050751)	TNFAIP3 (ENSPTRG00000018644)	ENSPTRG00000047083	ENSPTRG00000044157	OLIG3 (ENSPTRG00000018643)	IFNGR1 (ENSPTRG00000018642)	IL22RA2 (ENSPTRG00000018641)	IL20RA (ENSPTRG00000018640)	ENSPTRG00000047595	SLC35D3 (ENSPTRG00000018639)	PEX7 (ENSPTRG00000018638)	MAP3K5 (ENSPTRG00000024326)	ENSPTRG00000049539	MAP7 (ENSPTRG00000018636) ##22	BCLAF1 (ENSPTRG00000018635)	MTFR2 (ENSPTRG00000018634)	PDE7B (ENSPTRG00000018633)	AHI1 (ENSPTRG00000018632)	MYB (ENSPTRG00000018631)	HBS1L (ENSPTRG00000018630)	ALDH8A1 (ENSPTRG00000018629)	ENSPTRG00000052017	SGK1 (ENSPTRG00000018626)	SLC2A12 (ENSPTRG00000018625)	TBPL1 (ENSPTRG00000018624)	TCF21 (ENSPTRG00000018622)	EYA4 (ENSPTRG00000018619)	RPS12 (ENSPTRG00000018618)	SLC18B1 (ENSPTRG00000018616)
Bonobo	MODERN SPECIES	19	ENSPPAG00000041536	ENSPPAG00000007696	ARFGEF3 (ENSPPAG00000036773)	PERP (ENSPPAG00000039047)	TNFAIP3 (ENSPPAG00000034373)	ENSPPAG00000035158	ENSPPAG00000043546	OLIG3 (ENSPPAG00000020831)	IFNGR1 (ENSPPAG00000032456)	IL22RA2 (ENSPPAG00000042425)	IL20RA (ENSPPAG00000027630)	ENSPPAG00000025437	SLC35D3 (ENSPPAG00000030162)	PEX7 (ENSPPAG00000029707)	MAP3K5 (ENSPPAG00000040503)	ENSPPAG00000027909 ##22	BCLAF1 (ENSPPAG00000031645)	MTFR2 (ENSPPAG00000040848)	PDE7B (ENSPPAG00000036569)	AHI1 (ENSPPAG00000032074)	MYB (ENSPPAG00000031909)	HBS1L (ENSPPAG00000029900)	ALDH8A1 (ENSPPAG00000029690)	ENSPPAG00000036170	SGK1 (ENSPPAG00000042387)	SLC2A12 (ENSPPAG00000030981)	TBPL1 (ENSPPAG00000018633)	TCF21 (ENSPPAG00000043261)	EYA4 (ENSPPAG00000027539)	RPS12 (ENSPPAG00000043270)	SLC18B1 (ENSPPAG00000041802)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00740000116829	ENSGT00390000009242	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.c	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000153876.B.i	ENSGT00940000154296.jb.b	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00910000146884	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b.c	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00740000116829	ENSGT00390000009242	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.c	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000153876.B.i	ENSGT00940000154296.jb.b	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00910000146884	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b.c	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00390000002732.n.s.a	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v	ENSGT00940000156674
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00740000116829	ENSGT00390000009242	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.c	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000153876.B.i	ENSGT00940000154296.jb.b	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00910000146884	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b.c	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00390000002732.n.s.a	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.c	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000153876.B.i	ENSGT00940000154296.jb.b	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00910000146884	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b.c	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00390000002732.n.s.a	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v	ENSGT00940000156674
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	73	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.c	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000153876.B.i	ENSGT00940000154296.jb.b	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00910000146884	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b.c	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.v	ENSGT00940000156674	ENSGT00390000013823.b.c.a.b
Drill	MODERN SPECIES	733	NHSL1 (ENSMLEG00000030062)	HEBP2 (ENSMLEG00000038686)	SMIM28 (ENSMLEG00000030662)	ARFGEF3 (ENSMLEG00000030098)	PERP (ENSMLEG00000038902)	TNFAIP3 (ENSMLEG00000024974)	ENSMLEG00000038362	ENSMLEG00000032539	IFNGR1 (ENSMLEG00000029276)	IL22RA2 (ENSMLEG00000034712)	IL20RA (ENSMLEG00000036693)	ENSMLEG00000029751	SLC35D3 (ENSMLEG00000041255)	PEX7 (ENSMLEG00000030496)	MAP3K5 (ENSMLEG00000044142)	MAP7 (ENSMLEG00000041309) ##22	BCLAF1 (ENSMLEG00000029438)	MTFR2 (ENSMLEG00000025670)	PDE7B (ENSMLEG00000038045)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	324	HEBP2 (ENSCATG00000031632)	SMIM28 (ENSCATG00000044781)	ARFGEF3 (ENSCATG00000039507)	ENSCATG00000042163	TNFAIP3 (ENSCATG00000041434)	ENSCATG00000044693	ENSCATG00000041894	OLIG3 (ENSCATG00000015711)	IFNGR1 (ENSCATG00000037440)	IL22RA2 (ENSCATG00000031043)	IL20RA (ENSCATG00000037479)	ENSCATG00000043504	SLC35D3 (ENSCATG00000029391)	PEX7 (ENSCATG00000030986)	MAP3K5 (ENSCATG00000017514)	MAP7 (ENSCATG00000041354) ##22	BCLAF1 (ENSCATG00000018862)	MTFR2 (ENSCATG00000029871)	PDE7B (ENSCATG00000039515)	AHI1 (ENSCATG00000017191)	ENSCATG00000039064	MYB (ENSCATG00000029830)	HBS1L (ENSCATG00000043042)	ALDH8A1 (ENSCATG00000045306)	ENSCATG00000043694	SGK1 (ENSCATG00000044319)	SLC2A12 (ENSCATG00000010423)	TBPL1 (ENSCATG00000045200)	TCF21 (ENSCATG00000037198)	EYA4 (ENSCATG00000043182)	ENSCATG00000036985
Olive baboon	MODERN SPECIES	16	HEBP2 (ENSPANG00000023967)	SMIM28 (ENSPANG00000021828)	ENSPANG00000031978	ARFGEF3 (ENSPANG00000013002)	PERP (ENSPANG00000006095)	TNFAIP3 (ENSPANG00000007076)	OLIG3 (ENSPANG00000006465)	IFNGR1 (ENSPANG00000018173)	IL22RA2 (ENSPANG00000000356)	ENSPANG00000039384	IL20RA (ENSPANG00000017634)	ENSPANG00000033937	SLC35D3 (ENSPANG00000005133)	PEX7 (ENSPANG00000023965)	MAP3K5 (ENSPANG00000015068)	MAP7 (ENSPANG00000016952) ##22	ENSPANG00000047396	BCLAF1 (ENSPANG00000022182)	MTFR2 (ENSPANG00000014438)	PDE7B (ENSPANG00000015851)	AHI1 (ENSPANG00000008061)	ENSPANG00000033626	MYB (ENSPANG00000018932)	HBS1L (ENSPANG00000007075)	ALDH8A1 (ENSPANG00000022180)	ENSPANG00000047724	SGK1 (ENSPANG00000010260)	SLC2A12 (ENSPANG00000022519)	TBPL1 (ENSPANG00000020089)	ENSPANG00000041421	TCF21 (ENSPANG00000037480)
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00740000116829	ENSGT00390000009242	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.c	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000153876.B.i	ENSGT00940000154296.jb.b	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00910000146884	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b.c	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00390000002732.n.s.a	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00940000156674
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00500000044870.a	ENSGT01000000215435	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.c	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b.c	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00390000002732.n.s.a	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT01100000263539.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	14	PERP (ENSMFAG00000054526)	ENSMFAG00000063857	ENSMFAG00000047571	TNFAIP3 (ENSMFAG00000000326)	ENSMFAG00000039282	ENSMFAG00000051130	OLIG3 (ENSMFAG00000027435)	ENSMFAG00000054860	IFNGR1 (ENSMFAG00000003984)	IL22RA2 (ENSMFAG00000030047)	ENSMFAG00000053800	IL20RA (ENSMFAG00000030911)	SLC35D3 (ENSMFAG00000036990)	PEX7 (ENSMFAG00000036835)	MAP3K5 (ENSMFAG00000040944)	MAP7 (ENSMFAG00000042781) ##22	BCLAF1 (ENSMFAG00000039754)	MTFR2 (ENSMFAG00000038742)	PDE7B (ENSMFAG00000032923)	ENSMFAG00000065391	ENSMFAG00000007648	AHI1 (ENSMFAG00000033411)	MYB (ENSMFAG00000036535)	HBS1L (ENSMFAG00000003766)	ALDH8A1 (ENSMFAG00000037548)	ENSMFAG00000055793	SGK1 (ENSMFAG00000037310)	SLC2A12 (ENSMFAG00000002658)	TBPL1 (ENSMFAG00000040137)	TCF21 (ENSMFAG00000060473)	EYA4 (ENSMFAG00000037522)
Rhesus	MODERN SPECIES	14	ENSMMUG00000061523	NHSL1 (ENSMMUG00000000123)	HEBP2 (ENSMMUG00000000122)	SMIM28 (ENSMMUG00000059337)	ARFGEF3 (ENSMMUG00000019927)	PERP (ENSMMUG00000049387)	TNFAIP3 (ENSMMUG00000008869)	OLIG3 (ENSMMUG00000047350)	IFNGR1 (ENSMMUG00000062426)	IL22RA2 (ENSMMUG00000013562)	ENSMMUG00000062792	IL20RA (ENSMMUG00000013566)	SLC35D3 (ENSMMUG00000055984)	PEX7 (ENSMMUG00000016382)	MAP3K5 (ENSMMUG00000016376)	MAP7 (ENSMMUG00000016373) ##22	BCLAF1 (ENSMMUG00000003710)	MTFR2 (ENSMMUG00000003709)	PDE7B (ENSMMUG00000003708)	ENSMMUG00000053328	ENSMMUG00000044284	AHI1 (ENSMMUG00000009368)	MYB (ENSMMUG00000018166)	HBS1L (ENSMMUG00000004802)	ENSMMUG00000061139	ENSMMUG00000053927	SGK1 (ENSMMUG00000008140)	ENSMMUG00000061787	SLC2A12 (ENSMMUG00000022921)	TBPL1 (ENSMMUG00000022920)	TCF21 (ENSMMUG00000064455)
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	342	SMIM28 (ENSMNEG00000043460)	PBOV1 (ENSMNEG00000032976)	ARFGEF3 (ENSMNEG00000037585)	PERP (ENSMNEG00000038554)	TNFAIP3 (ENSMNEG00000036248)	ENSMNEG00000037249	ENSMNEG00000042980	OLIG3 (ENSMNEG00000019943)	IFNGR1 (ENSMNEG00000042601)	IL22RA2 (ENSMNEG00000032299)	IL20RA (ENSMNEG00000042534)	ENSMNEG00000038998	SLC35D3 (ENSMNEG00000023233)	PEX7 (ENSMNEG00000043251)	MAP3K5 (ENSMNEG00000043079)	MAP7 (ENSMNEG00000042032) ##22	BCLAF1 (ENSMNEG00000035970)	MTFR2 (ENSMNEG00000039364)	PDE7B (ENSMNEG00000040328)	AHI1 (ENSMNEG00000010215)	MYB (ENSMNEG00000042074)	HBS1L (ENSMNEG00000043942)	ALDH8A1 (ENSMNEG00000044833)	ENSMNEG00000041599	SGK1 (ENSMNEG00000031699)	SLC2A12 (ENSMNEG00000040633)	TBPL1 (ENSMNEG00000027053)	TCF21 (ENSMNEG00000008781)	EYA4 (ENSMNEG00000045456)	ENSMNEG00000040181	SLC18B1 (ENSMNEG00000034054)
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	4	CCDC28A (ENSCSAG00000017014)	NHSL1 (ENSCSAG00000017011)	HEBP2 (ENSCSAG00000017008)	SMIM28 (ENSCSAG00000017006)	ARFGEF3 (ENSCSAG00000016997)	PERP (ENSCSAG00000016948)	TNFAIP3 (ENSCSAG00000016944)	ENSCSAG00000016938	OLIG3 (ENSCSAG00000000185)	IFNGR1 (ENSCSAG00000016936)	IL22RA2 (ENSCSAG00000016931)	IL20RA (ENSCSAG00000016925)	SLC35D3 (ENSCSAG00000016900)	PEX7 (ENSCSAG00000016896)	MAP3K5 (ENSCSAG00000016892)	MAP7 (ENSCSAG00000016880) ##22	BCLAF1 (ENSCSAG00000016867)	MTFR2 (ENSCSAG00000016854)	PDE7B (ENSCSAG00000016849)	AHI1 (ENSCSAG00000016829)	ENSCSAG00000016818	MYB (ENSCSAG00000016815)	HBS1L (ENSCSAG00000016791)	ALDH8A1 (ENSCSAG00000016740)	ENSCSAG00000016735	SGK1 (ENSCSAG00000016730)	SLC2A12 (ENSCSAG00000016714)	TBPL1 (ENSCSAG00000016709)	TCF21 (ENSCSAG00000016705)	EYA4 (ENSCSAG00000016701)	ENSCSAG00000016696
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	92	ENSGT00740000116829	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a.c	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000154900.e.d.b	ENSGT00940000153876.B.i	ENSGT00940000154296.jb.b	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000161124	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00910000146884	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00950000183163.a.b.c	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318.u.a	ENSGT00390000018318.u.b.b	ENSGT00940000156674
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2152	ARFGEF3 (ENSRROG00000030285)	PERP (ENSRROG00000034877)	TNFAIP3 (ENSRROG00000041571)	ENSRROG00000041456	ENSRROG00000041568	ENSRROG00000036262	OLIG3 (ENSRROG00000019602)	IFNGR1 (ENSRROG00000035100)	IL22RA2 (ENSRROG00000002783)	IL20RA (ENSRROG00000007730)	ENSRROG00000038139	SLC35D3 (ENSRROG00000035626)	PEX7 (ENSRROG00000036829)	MAP3K5 (ENSRROG00000031252)	ENSRROG00000013913	MAP7 (ENSRROG00000017668) ##22	BCLAF1 (ENSRROG00000040259)	MTFR2 (ENSRROG00000034463)	PDE7B (ENSRROG00000044535)
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2496																ENSRBIG00000032034 ##22	BCLAF1 (ENSRBIG00000029072)	MTFR2 (ENSRBIG00000028360)
Platypus	MODERN SPECIES	11	ECT2L (ENSOANG00000014805)	CCDC28A (ENSOANG00000014803)	NHSL1 (ENSOANG00000020185)	HEBP2 (ENSOANG00000049313)	SMIM28 (ENSOANG00000036691)	ARFGEF3 (ENSOANG00000014799)	PERP (ENSOANG00000047720)	TNFAIP3 (ENSOANG00000014797)	OLIG3 (ENSOANG00000014796)	ENSOANG00000050067	ENSOANG00000005256	IL20RA (ENSOANG00000005257)	SLC35D3 (ENSOANG00000005259)	PEX7 (ENSOANG00000011627)	MAP3K5 (ENSOANG00000009449)	MAP7 (ENSOANG00000009448) ##22	BCLAF1 (ENSOANG00000009444)	ENSOANG00000009443	MTFR2 (ENSOANG00000009442)	PDE7B (ENSOANG00000009441)	AHI1 (ENSOANG00000031640)	MYB (ENSOANG00000002777)	HBS1L (ENSOANG00000002684)	ALDH8A1 (ENSOANG00000051194)	SGK1 (ENSOANG00000013095)	SLC2A12 (ENSOANG00000013096)	TBPL1 (ENSOANG00000013097)	TCF21 (ENSOANG00000013098)	EYA4 (ENSOANG00000001885)	RPS12 (ENSOANG00000001886)	SLC18B1 (ENSOANG00000022303)
Anura	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00470000042287	ENSGT00940000158749	ENSGT00940000158839	ENSGT00500000044870.a	ENSGT00950000182963.a.a	ENSGT00940000160412	ENSGT00530000064150	ENSGT00530000063484.a	ENSGT00940000158448	ENSGT00940000160850	ENSGT00510000048929	ENSGT00940000157314.A	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000159155	ENSGT00950000182941.a.a.a ##22	ENSGT00940000167949.a	ENSGT00950000183163.a.b	ENSGT00950000183215.c.a.a	ENSGT00940000159413	ENSGT00940000156509	ENSGT00940000156248	ENSGT00940000156274	ENSGT00940000156799	ENSGT00940000164496	ENSGT00940000155726	ENSGT00940000159614	ENSGT00940000155712	ENSGT00940000160174	ENSGT00950000182978.A.a.a	ENSGT00390000018318
Frog	MODERN SPECIES	5	ENSXETG00000037855	ENSXETG00000046431	map3k4 (ENSXETG00000031800)	XB5956456 [provisional] (ENSXETG00000030468)	mrps36 (ENSXETG00000027658)	ENSXETG00000049241	ENSXETG00000043848	sash1 (ENSXETG00000010717)	ENSXETG00000041422	ust (ENSXETG00000040210)	ENSXETG00000037949	ENSXETG00000048390	ENSXETG00000045567	map3k5 (ENSXETG00000002476)	ENSXETG00000042360	map7 (ENSXETG00000002479) ##22	ENSXETG00000045148	ENSXETG00000040976	ENSXETG00000037653	bclaf1 (ENSXETG00000033794)	pex7 (ENSXETG00000027656)	ENSXETG00000042216	nup43 (ENSXETG00000016373)	lats1 (ENSXETG00000012033)	ENSXETG00000047262	ppil4 (ENSXETG00000021382)	ENSXETG00000040965	tab2 (ENSXETG00000021389)	sf3b5 (ENSXETG00000044607)	exoc8 (ENSXETG00000021410)	tsnax (ENSXETG00000026152)
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	7	ENSLLEG00000025600	ENSLLEG00000025618	OLIG3 (ENSLLEG00000025632)	ENSLLEG00000025653	ENSLLEG00000025754	ENSLLEG00000025771	ENSLLEG00000025779	ENSLLEG00000025827	ENSLLEG00000026040	SLC35D3 (ENSLLEG00000026167)	ENSLLEG00000026200	PEX7 (ENSLLEG00000026217)	ENSLLEG00000026340	ENSLLEG00000026365	MAP3K5 (ENSLLEG00000026418)	MAP7 (ENSLLEG00000026922) ##22	ENSLLEG00000027316	BCLAF1 (ENSLLEG00000027482)	MTFR2 (ENSLLEG00000027567)	ENSLLEG00000027680	ENSLLEG00000027702	MYB (ENSLLEG00000027735)	ENSLLEG00000027841	ALDH8A1 (ENSLLEG00000027952)	ENSLLEG00000005050	TBPL1 (ENSLLEG00000005117)	ENSLLEG00000005130	ENSLLEG00000005139	ERO1B (ENSLLEG00000005181)	GPR137B (ENSLLEG00000005265)	ENSLLEG00000005311
Coelacanth	MODERN SPECIES	1782																MAP7 (ENSLACG00000001292) ##22	BCLAF1 (ENSLACG00000006728)	armc1l (ENSLACG00000008097)	ENSLACG00000022165	PDE7B (ENSLACG00000009480)
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	379																ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT01030000235168	ENSGT00390000001737
Elephant shark	MODERN SPECIES	1656														MAP3K6 (ENSCMIG00000013489)	ENSCMIG00000013462	ENSCMIG00000013454 ##22	THRAP3 (ENSCMIG00000013447)	ENSCMIG00000013444	eva1ba (ENSCMIG00000013443)	STK40 (ENSCMIG00000013436)	LSM10 (ENSCMIG00000013432)	oscp1a (ENSCMIG00000013431)	ENSCMIG00000013427	ENSCMIG00000013425	TINAGL1 (ENSCMIG00000013423)	fam49al (ENSCMIG00000013421)	trit1 (ENSCMIG00000013419)	ENSCMIG00000013417	ENSCMIG00000013415	meaf6 (ENSCMIG00000013414)	SNIP1 (ENSCMIG00000013413)
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	146																ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00940000161202	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00390000003465.b.a	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00940000164972	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00390000003465.b.a	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00940000164972	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00940000153981.B	ENSGT00940000160262	ENSGT00940000161202.b	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00390000015257
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000155018	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00940000164972	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00940000153981.B	ENSGT00940000160262	ENSGT00940000161202.b	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000155018	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00940000164972	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00940000161202.b	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000155018	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00940000164972	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00940000161202.b	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000165614	ENSGT00940000155018	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00390000008551
Aves	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000165614	ENSGT00940000155018	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00390000008551
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000165614	ENSGT00940000155018	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00390000008551
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000165614	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00390000008551
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000165614	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00390000008551
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00390000008551
Chicken	MODERN SPECIES	15	ZMYM4 (ENSGALG00010013880)	IFI27L2 (ENSGALG00010013837)	KIAA0319L (ENSGALG00010013772)	NCDN (ENSGALG00010013719)	TFAP2E (ENSGALG00010013698)	PSMB2 (ENSGALG00010015046)	C1orf216 (ENSGALG00010015032)	CLSPN (ENSGALG00010015027)	AGO4 (ENSGALG00010015009)	AGO1 (ENSGALG00010014990)	AGO3 (ENSGALG00010014949)	TEKT2 (ENSGALG00010014905)	ADPRHL2 (ENSGALG00010018267)	COL8A2 (ENSGALG00010014897)	TRAPPC3 (ENSGALG00010014859)	MAP7D1 (ENSGALG00010014806) ##22	THRAP3 (ENSGALG00010014795)	EVA1B (ENSGALG00010014780)	STK40 (ENSGALG00010014762)	LSM10 (ENSGALG00010014745)	OSCP1 (ENSGALG00010018258)	MRPS15 (ENSGALG00010014729)	CSF3R (ENSGALG00010014690)	GRIK3 (ENSGALG00010016578)	ZC3H12A (ENSGALG00010016458)	MEAF6 (ENSGALG00010016677)	SNIP1 (ENSGALG00010016613)	DNALI1 (ENSGALG00010016611)	GNL2 (ENSGALG00010016600)	RSPO1 (ENSGALG00010013311)	C1orf109 (ENSGALG00010013103)
Turkey	MODERN SPECIES	17	DNALI1 (ENSMGAG00000003325)	ENSMGAG00000003267	RSPO1 (ENSMGAG00000003245)	ENSMGAG00000003330	ENSMGAG00000003361	ENSMGAG00000003371	ENSMGAG00000003413	CSF3R (ENSMGAG00000003526)	ENSMGAG00000003573	ENSMGAG00000003562	ENSMGAG00000015707	ENSMGAG00000003614	ENSMGAG00000018617	ENSMGAG00000003640	ENSMGAG00000021587	ENSMGAG00000003386 ##22	ENSMGAG00000003713	ENSMGAG00000021309	ENSMGAG00000003732	TEKT2 (ENSMGAG00000003750)	AGO1 (ENSMGAG00000003822)	ENSMGAG00000019105	ENSMGAG00000003851	ENSMGAG00000018964	ENSMGAG00000003920	ENSMGAG00000003986	ENSMGAG00000004014	ENSMGAG00000004027	ENSMGAG00000004047	ZMYM4 (ENSMGAG00000004092)	ENSMGAG00000017895
Japanese quail	MODERN SPECIES	15	ENSCJPG00005017090	KIAA0319L (ENSCJPG00005017087)	NCDN (ENSCJPG00005017086)	ENSCJPG00005017085	ENSCJPG00005017083	PSMB2 (ENSCJPG00005017082)	C1orf216 (ENSCJPG00005017080)	CLSPN (ENSCJPG00005017068)	AGO4 (ENSCJPG00005017064)	AGO1 (ENSCJPG00005017061)	AGO3 (ENSCJPG00005017055)	TEKT2 (ENSCJPG00005017051)	ADPRS (ENSCJPG00005017049)	COL8A2 (ENSCJPG00005017048)	TRAPPC3 (ENSCJPG00005017040)	MAP7D1 (ENSCJPG00005017036) ##22	THRAP3 (ENSCJPG00005017025)	EVA1B (ENSCJPG00005017024)	STK40 (ENSCJPG00005017020)	LSM10 (ENSCJPG00005017018)	OSCP1 (ENSCJPG00005016941)	CSF3R (ENSCJPG00005016940)	GRIK3 (ENSCJPG00005016444)	ZC3H12A (ENSCJPG00005016443)	MEAF6 (ENSCJPG00005016442)	SNIP1 (ENSCJPG00005016441)	DNALI1 (ENSCJPG00005016440)	GNL2 (ENSCJPG00005016439)	RSPO1 (ENSCJPG00005016438)	C1orf109 (ENSCJPG00005016437)	MANEAL (ENSCJPG00005016436)
Anatidae	DUPLICATION
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.a ##22
Duck	MODERN SPECIES	980																ENSAPLG00000016464 ##22
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000159550	ENSGT01030000238234	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00390000008551	ENSGT00390000011115	ENSGT00940000164552
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	73	TMEM35B (ENSABRG00000020823)	ENSABRG00000020825	ZMYM4 (ENSABRG00000020832)	ENSABRG00000020838	KIAA0319L (ENSABRG00000020845)	NCDN (ENSABRG00000020848)	TFAP2E (ENSABRG00000020852)	PSMB2 (ENSABRG00000020856)	C1orf216 (ENSABRG00000020859)	CLSPN (ENSABRG00000020864)	AGO3 (ENSABRG00000020889)	TEKT2 (ENSABRG00000020906)	ADPRS (ENSABRG00000020915)	COL8A2 (ENSABRG00000020919)	TRAPPC3 (ENSABRG00000020920)	MAP7D1 (ENSABRG00000020951) ##22	THRAP3 (ENSABRG00000021040)	STK40 (ENSABRG00000021045)	OSCP1 (ENSABRG00000021050)	CSF3R (ENSABRG00000021053)	GRIK3 (ENSABRG00000021061)	ZC3H12A (ENSABRG00000021065)	MEAF6 (ENSABRG00000021072)	SNIP1 (ENSABRG00000021080)	DNALI1 (ENSABRG00000021085)	GNL2 (ENSABRG00000021088)	RSPO1 (ENSABRG00000021097)	C1orf109 (ENSABRG00000021103)	CDCA8 (ENSABRG00000021106)	ENSABRG00000021121	MANEAL (ENSABRG00000021131)
Duck	MODERN SPECIES	2794																ENSAPLG00000019608 ##22
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000165614	ENSGT00940000155018	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00390000008551
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000165614	ENSGT00940000155018	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00390000008551
Great tit	MODERN SPECIES	15	ENSPMJG00000006658	KIAA0319L (ENSPMJG00000006673)	NCDN (ENSPMJG00000006675)	TFAP2E (ENSPMJG00000006676)	PSMB2 (ENSPMJG00000006678)	C1orf216 (ENSPMJG00000006680)	CLSPN (ENSPMJG00000006682)	AGO4 (ENSPMJG00000006688)	ENSPMJG00000006707	ENSPMJG00000006708	AGO3 (ENSPMJG00000006709)	TEKT2 (ENSPMJG00000006712)	ADPRS (ENSPMJG00000006718)	COL8A2 (ENSPMJG00000006720)	TRAPPC3 (ENSPMJG00000006723)	MAP7D1 (ENSPMJG00000006724) ##22	THRAP3 (ENSPMJG00000006749)	EVA1B (ENSPMJG00000006755)	STK40 (ENSPMJG00000006758)	LSM10 (ENSPMJG00000006760)	OSCP1 (ENSPMJG00000006764)	MRPS15 (ENSPMJG00000006766)	CSF3R (ENSPMJG00000006768)	GRIK3 (ENSPMJG00000006831)	ZC3H12A (ENSPMJG00000006834)	MEAF6 (ENSPMJG00000006841)	SNIP1 (ENSPMJG00000006845)	DNALI1 (ENSPMJG00000006847)	ENSPMJG00000006852	RSPO1 (ENSPMJG00000006854)	ENSPMJG00000006855
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000165614	ENSGT00940000155018	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00390000008551
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000165614	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00940000164552.f.a
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000165614	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00390000008551
Zebra finch	MODERN SPECIES	16	ZMYM4 (ENSTGUG00000001709)	KIAA0319L (ENSTGUG00000001687)	NCDN (ENSTGUG00000001681)	TFAP2E (ENSTGUG00000001672)	PSMB2 (ENSTGUG00000001663)	C1orf216 (ENSTGUG00000029067)	CLSPN (ENSTGUG00000001651)	AGO4 (ENSTGUG00000024123)	ENSTGUG00000021564	AGO1 (ENSTGUG00000001631)	AGO3 (ENSTGUG00000014986)	TEKT2 (ENSTGUG00000001625)	ADPRS (ENSTGUG00000001622)	COL8A2 (ENSTGUG00000001619)	TRAPPC3 (ENSTGUG00000001616)	MAP7D1 (ENSTGUG00000020289) ##22	THRAP3 (ENSTGUG00000001606)	EVA1B (ENSTGUG00000025865)	STK40 (ENSTGUG00000001603)	LSM10 (ENSTGUG00000022736)	OSCP1 (ENSTGUG00000001590)	MRPS15 (ENSTGUG00000024895)	CSF3R (ENSTGUG00000001588)	GRIK3 (ENSTGUG00000001569)	ZC3H12A (ENSTGUG00000026131)	MEAF6 (ENSTGUG00000001560)	SNIP1 (ENSTGUG00000001544)	DNALI1 (ENSTGUG00000001557)	GNL2 (ENSTGUG00000001547)	RSPO1 (ENSTGUG00000001536)	ENSTGUG00000019470
Common canary	MODERN SPECIES	49	KIAA0319L (ENSSCAG00000015436)	NCDN (ENSSCAG00000015432)	TFAP2E (ENSSCAG00000015421)	PSMB2 (ENSSCAG00000015418)	C1orf216 (ENSSCAG00000015416)	CLSPN (ENSSCAG00000015411)	ENSSCAG00000015409	ENSSCAG00000015404	ENSSCAG00000015403	ENSSCAG00000015399	AGO3 (ENSSCAG00000015396)	TEKT2 (ENSSCAG00000015389)	ADPRS (ENSSCAG00000015386)	COL8A2 (ENSSCAG00000015381)	TRAPPC3 (ENSSCAG00000015380)	MAP7D1 (ENSSCAG00000015376) ##22	THRAP3 (ENSSCAG00000015371)	EVA1B (ENSSCAG00000015366)	STK40 (ENSSCAG00000015361)	OSCP1 (ENSSCAG00000015356)	MRPS15 (ENSSCAG00000015349)	CSF3R (ENSSCAG00000015342)	ENSSCAG00000015339	ENSSCAG00000015337	GRIK3 (ENSSCAG00000015246)	ZC3H12A (ENSSCAG00000015215)	MEAF6 (ENSSCAG00000015214)	DNALI1 (ENSSCAG00000015210)	GNL2 (ENSSCAG00000015204)	RSPO1 (ENSSCAG00000015200)	ENSSCAG00000015197
Flycatcher	MODERN SPECIES	15	SFPQ (ENSFALG00000000731)	ZMYM4 (ENSFALG00000000734)	ENSFALG00000024613	KIAA0319L (ENSFALG00000000740)	NCDN (ENSFALG00000000742)	TFAP2E (ENSFALG00000027366)	PSMB2 (ENSFALG00000024999)	C1orf216 (ENSFALG00000014273)	CLSPN (ENSFALG00000000773)	AGO1 (ENSFALG00000000790)	ADPRS (ENSFALG00000028684)	ENSFALG00000023448	TRAPPC3 (ENSFALG00000000832)	ENSFALG00000000835	ENSFALG00000000824	MAP7D1 (ENSFALG00000000837) ##22	THRAP3 (ENSFALG00000000840)	ENSFALG00000028751	STK40 (ENSFALG00000000846)	LSM10 (ENSFALG00000028374)	OSCP1 (ENSFALG00000000855)	MRPS15 (ENSFALG00000000866)	CSF3R (ENSFALG00000000875)	GRIK3 (ENSFALG00000000886)	ZC3H12A (ENSFALG00000000890)	MEAF6 (ENSFALG00000000895)	SNIP1 (ENSFALG00000000898)	DNALI1 (ENSFALG00000000901)	GNL2 (ENSFALG00000000909)	RSPO1 (ENSFALG00000029044)	ENSFALG00000023058
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT01050000245043	ENSGT01080000259115	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00390000008551
Golden eagle	MODERN SPECIES	7	ZMYM4 (ENSACCG00020007551)	ENSACCG00020007509	ENSACCG00020007498	KIAA0319L (ENSACCG00020007466)	NCDN (ENSACCG00020007449)	TFAP2E (ENSACCG00020007424)	PSMB2 (ENSACCG00020007392)	CLSPN (ENSACCG00020007318)	AGO4 (ENSACCG00020007268)	AGO1 (ENSACCG00020007246)	AGO3 (ENSACCG00020007221)	TEKT2 (ENSACCG00020007198)	ADPRS (ENSACCG00020007187)	COL8A2 (ENSACCG00020007180)	TRAPPC3 (ENSACCG00020007167)	MAP7D1 (ENSACCG00020007137) ##22	THRAP3 (ENSACCG00020007064)	EVA1B (ENSACCG00020007041)	STK40 (ENSACCG00020007023)	LSM10 (ENSACCG00020007012)	OSCP1 (ENSACCG00020016654)	MRPS15 (ENSACCG00020016648)	CSF3R (ENSACCG00020016644)	GRIK3 (ENSACCG00020016533)	ZC3H12A (ENSACCG00020016403)	MEAF6 (ENSACCG00020016352)	SNIP1 (ENSACCG00020016338)	DNALI1 (ENSACCG00020016330)	GNL2 (ENSACCG00020016319)	RSPO1 (ENSACCG00020016309)	ENSACCG00020016301
Kakapo	MODERN SPECIES	6	ENSSHBG00005010728	ENSSHBG00005010707	KIAA0319L (ENSSHBG00005005834)	NCDN (ENSSHBG00005005408)	TFAP2E (ENSSHBG00005005377)	PSMB2 (ENSSHBG00005000735)	C1orf216 (ENSSHBG00005000717)	CLSPN (ENSSHBG00005000707)	AGO4 (ENSSHBG00005019185)	AGO1 (ENSSHBG00005017278)	AGO3 (ENSSHBG00005017167)	TEKT2 (ENSSHBG00005017157)	ADPRS (ENSSHBG00005017149)	COL8A2 (ENSSHBG00005017145)	TRAPPC3 (ENSSHBG00005017143)	MAP7D1 (ENSSHBG00005017141) ##22	THRAP3 (ENSSHBG00005017133)	EVA1B (ENSSHBG00005017124)	STK40 (ENSSHBG00005017111)	LSM10 (ENSSHBG00005017106)	OSCP1 (ENSSHBG00005017104)	MRPS15 (ENSSHBG00005017100)	CSF3R (ENSSHBG00005017091)	GRIK3 (ENSSHBG00005017083)	ENSSHBG00005017076	MEAF6 (ENSSHBG00005017069)	SNIP1 (ENSSHBG00005017055)	DNALI1 (ENSSHBG00005017051)	GNL2 (ENSSHBG00005017044)	RSPO1 (ENSSHBG00005017035)	C1orf109 (ENSSHBG00005017031)
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	58															ENSCPRG00005002419	MAP7D1 (ENSCPRG00005002420) ##22	THRAP3 (ENSCPRG00005002448)	STK40 (ENSCPRG00005002499)	LSM10 (ENSCPRG00005002502)	OSCP1 (ENSCPRG00005002504)	MRPS15 (ENSCPRG00005002507)	ENSCPRG00005002521	GRIK3 (ENSCPRG00005002528)	ZC3H12A (ENSCPRG00005002535)	MEAF6 (ENSCPRG00005002540)	SNIP1 (ENSCPRG00005002543)	DNALI1 (ENSCPRG00005002547)	GNL2 (ENSCPRG00005002554)	RSPO1 (ENSCPRG00005002591)	CDCA8 (ENSCPRG00005002599)	C1orf109 (ENSCPRG00005002620)
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000155018	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00940000164972	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00940000161202.b	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000155018	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00940000164972	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00990000210150	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00940000161202.b	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000155018	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00940000164972	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00990000210150	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00940000161202.b	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
painted turtle	MODERN SPECIES	6	ENSCPBG00000018635	KIAA0319L (ENSCPBG00000018629)	NCDN (ENSCPBG00000018626)	TFAP2E (ENSCPBG00000018622)	PSMB2 (ENSCPBG00000018619)	C1orf216 (ENSCPBG00000018616)	CLSPN (ENSCPBG00000018609)	AGO4 (ENSCPBG00000018602)	AGO1 (ENSCPBG00000018594)	AGO3 (ENSCPBG00000018583)	TEKT2 (ENSCPBG00000018573)	ADPRS (ENSCPBG00000018548)	COL8A2 (ENSCPBG00000018546)	TRAPPC3 (ENSCPBG00000018543)	ENSCPBG00000018540	MAP7D1 (ENSCPBG00000018535) ##22	THRAP3 (ENSCPBG00000018530)	EVA1B (ENSCPBG00000018526)	STK40 (ENSCPBG00000018522)	OSCP1 (ENSCPBG00000018516)	ENSCPBG00000018513	MRPS15 (ENSCPBG00000018508)	ENSCPBG00000018503	GRIK3 (ENSCPBG00000018496)	ZC3H12A (ENSCPBG00000018492)	MEAF6 (ENSCPBG00000018490)	SNIP1 (ENSCPBG00000018488)	DNALI1 (ENSCPBG00000018486)	GNL2 (ENSCPBG00000018483)	RSPO1 (ENSCPBG00000018476)	C1orf109 (ENSCPBG00000018470)
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	111	KIAA0319L (ENSTMTG00000006239)	NCDN (ENSTMTG00000006282)	TFAP2E (ENSTMTG00000006307)	PSMB2 (ENSTMTG00000006329)	C1orf216 (ENSTMTG00000006346)	CLSPN (ENSTMTG00000006379)	AGO4 (ENSTMTG00000006524)	AGO1 (ENSTMTG00000006686)	AGO3 (ENSTMTG00000008722)	TEKT2 (ENSTMTG00000009035)	ADPRS (ENSTMTG00000009056)	ENSTMTG00000009071	ENSTMTG00000009081	TRAPPC3 (ENSTMTG00000009095)	ENSTMTG00000009113	MAP7D1 (ENSTMTG00000009142) ##22	THRAP3 (ENSTMTG00000009191)	ENSTMTG00000009216	EVA1B (ENSTMTG00000009227)	STK40 (ENSTMTG00000009239)	LSM10 (ENSTMTG00000009262)	OSCP1 (ENSTMTG00000009274)	ENSTMTG00000009300	MRPS15 (ENSTMTG00000009309)	ENSTMTG00000009333	GRIK3 (ENSTMTG00000009387)	ZC3H12A (ENSTMTG00000009698)	MEAF6 (ENSTMTG00000009714)	SNIP1 (ENSTMTG00000009743)	DNALI1 (ENSTMTG00000009756)	GNL2 (ENSTMTG00000009773)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155018	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00940000164972	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00940000161202.b	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2577	KIAA0319L (ENSCABG00000007240)	NCDN (ENSCABG00000007342)	TFAP2E (ENSCABG00000007343)	PSMB2 (ENSCABG00000007345)	C1orf216 (ENSCABG00000007347)	CLSPN (ENSCABG00000007352)	AGO4 (ENSCABG00000007476)	AGO1 (ENSCABG00000013412)	ENSCABG00000015096	AGO3 (ENSCABG00000015112)	TEKT2 (ENSCABG00000015179)	ADPRS (ENSCABG00000015185)	COL8A2 (ENSCABG00000015187)	TRAPPC3 (ENSCABG00000015191)	ENSCABG00000015195	MAP7D1 (ENSCABG00000015201) ##22	THRAP3 (ENSCABG00000015214)	EVA1B (ENSCABG00000015223)	STK40 (ENSCABG00000015228)	LSM10 (ENSCABG00000015234)	OSCP1 (ENSCABG00000015236)	ENSCABG00000015238	MRPS15 (ENSCABG00000015239)	CSF3R (ENSCABG00000015240)
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	12	KIAA0319L (ENSGEVG00005006206)	NCDN (ENSGEVG00005006175)	TFAP2E (ENSGEVG00005006139)	PSMB2 (ENSGEVG00005006128)	C1orf216 (ENSGEVG00005006043)	CLSPN (ENSGEVG00005005870)	AGO4 (ENSGEVG00005005791)	AGO1 (ENSGEVG00005005703)	AGO3 (ENSGEVG00005005639)	TEKT2 (ENSGEVG00005005594)	ADPRS (ENSGEVG00005005570)	ENSGEVG00005005550	ENSGEVG00005005522	TRAPPC3 (ENSGEVG00005005507)	ENSGEVG00005005474	MAP7D1 (ENSGEVG00005005319) ##22	THRAP3 (ENSGEVG00005005253)	ENSGEVG00005005227	EVA1B (ENSGEVG00005005210)	STK40 (ENSGEVG00005005164)	LSM10 (ENSGEVG00005005145)	OSCP1 (ENSGEVG00005005115)	ENSGEVG00005005085	MRPS15 (ENSGEVG00005005058)	CSF3R (ENSGEVG00005005019)	GRIK3 (ENSGEVG00005004662)	ZC3H12A (ENSGEVG00005004569)	MEAF6 (ENSGEVG00005004388)	SNIP1 (ENSGEVG00005004359)	DNALI1 (ENSGEVG00005004338)	GNL2 (ENSGEVG00005004309)
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT01050000245043	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00940000164972	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00990000210150	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012
tuatara	DUPLICATION
tuatara	MODERN SPECIES	1024												ENSSPUG00000000939	TRAPPC3 (ENSSPUG00000000968)	ENSSPUG00000000984	ENSSPUG00000001000 ##22	ENSSPUG00000001075 ##22	THRAP3 (ENSSPUG00000001120)	EVA1B (ENSSPUG00000001155)	STK40 (ENSSPUG00000001174)	OSCP1 (ENSSPUG00000001212)	ENSSPUG00000001378	MRPS15 (ENSSPUG00000001388)	ENSSPUG00000001395	ENSSPUG00000001404	ENSSPUG00000001413
tuatara	MODERN SPECIES	1024													ENSSPUG00000000939	TRAPPC3 (ENSSPUG00000000968)	ENSSPUG00000000984	ENSSPUG00000001000 ##22	ENSSPUG00000001075 ##22	THRAP3 (ENSSPUG00000001120)	EVA1B (ENSSPUG00000001155)	STK40 (ENSSPUG00000001174)	OSCP1 (ENSSPUG00000001212)	ENSSPUG00000001378	MRPS15 (ENSSPUG00000001388)	ENSSPUG00000001395	ENSSPUG00000001404	ENSSPUG00000001413
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000005318.b.b.b	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00940000164972	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT01050000245043	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000154325.b	ENSGT01100000263536.A.b	ENSGT00940000159513	ENSGT00390000009435	ENSGT01090000260070.B	ENSGT00980000199132	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT00390000017672	ENSGT00940000164318	ENSGT00940000166312.b.a
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	29															ENSGT00940000164972	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000154325.b	ENSGT01100000263536.A.b	ENSGT00940000159513	ENSGT00390000009435	ENSGT01090000260070.B	ENSGT00980000199132	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT00390000017672	ENSGT00940000164318	ENSGT00940000166312.b.a	ENSGT00940000159768
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000005318.b.b.b	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568.bb.b	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000015369	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00940000164972	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000154325.b	ENSGT01100000263536.A.b	ENSGT00940000159513.b	ENSGT00940000159513.a	ENSGT00390000009435	ENSGT01090000260070.B	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a	ENSGT01030000234911	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT00390000017672	ENSGT00940000164318	ENSGT00940000166312.b.b	ENSGT00940000155549.a.b	ENSGT00960000189425
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000005318.b.b.b	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568.bb.b	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000015369	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00940000164972	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000154325.b	ENSGT01100000263536.A.b	ENSGT00940000159513.b	ENSGT00940000159513.a	ENSGT00390000009435	ENSGT01090000260070.B	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a	ENSGT01030000234911	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT00940000159768	ENSGT00960000189425	ENSGT00940000158387	ENSGT00940000159332	ENSGT00940000155689
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	7905																MAP7D1 (ENSLLTG00000003599) ##22
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000005318.b.b.b	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568.bb.b	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000015369	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00940000164972	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000154325.b	ENSGT01100000263536.A.b	ENSGT00940000159513.b	ENSGT00940000159513.a	ENSGT00390000009435	ENSGT01090000260070.B	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a	ENSGT01030000234911	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT01030000239398
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	138	MFSD2A (ENSNSUG00000019799)	KIAA0319L (ENSNSUG00000019796)	NCDN (ENSNSUG00000019783)	TFAP2E (ENSNSUG00000019781)	PSMB2 (ENSNSUG00000019780)	C1orf216 (ENSNSUG00000019779)	CLSPN (ENSNSUG00000019773)	AGO4 (ENSNSUG00000019763)	AGO1 (ENSNSUG00000019762)	AGO3 (ENSNSUG00000019741)	TRAPPC3 (ENSNSUG00000019740)	ENSNSUG00000019738	ADPRS (ENSNSUG00000019737)	TEKT2 (ENSNSUG00000019736)	ENSNSUG00000019735	ENSNSUG00000019732 ##22	ZMYM4 (ENSNSUG00000019714)	ENSNSUG00000019713	TMEM35B (ENSNSUG00000019712)	ENSNSUG00000019711	ENSNSUG00000019710	ENSNSUG00000019709	ENSNSUG00000019708	SMIM12 (ENSNSUG00000019707)	GJB3 (ENSNSUG00000019705)	ENSNSUG00000019704	ENSNSUG00000019703	ENSNSUG00000019702
Indian cobra	MODERN SPECIES	11	NCDN (ENSNNAG00000004667)	TFAP2E (ENSNNAG00000004641)	PSMB2 (ENSNNAG00000004625)	C1orf216 (ENSNNAG00000004613)	CLSPN (ENSNNAG00000004320)	AGO4 (ENSNNAG00000004226)	ENSNNAG00000004037	ENSNNAG00000003994	AGO3 (ENSNNAG00000003944)	TRAPPC3 (ENSNNAG00000003916)	ENSNNAG00000003869	ENSNNAG00000003814	ADPRS (ENSNNAG00000003788)	TEKT2 (ENSNNAG00000003765)	ENSNNAG00000003741	MAP7D1 (ENSNNAG00000003692) ##22	ZMYM4 (ENSNNAG00000018098)	ENSNNAG00000018044	TMEM35B (ENSNNAG00000018038)	ENSNNAG00000018032	DLGAP3 (ENSNNAG00000018007)	SMIM12 (ENSNNAG00000017988)	GJA4 (ENSNNAG00000017982)	GJB3 (ENSNNAG00000017979)	ENSNNAG00000017976	GJB5 (ENSNNAG00000017972)	C1orf94 (ENSNNAG00000017969)	ENSNNAG00000017963	CSMD2 (ENSNNAG00000017865)	COL9A2 (ENSNNAG00000017827)	SMAP2 (ENSNNAG00000017818)
Lizard	MODERN SPECIES	1169															ENSACAG00000013072	ENSACAG00000013159 ##22	ENSACAG00000027692	ENSACAG00000038686	ZMYM4 (ENSACAG00000013198)	SFPQ (ENSACAG00000013307)	TMEM35B (ENSACAG00000013378)	ENSACAG00000013383	ENSACAG00000013385
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00390000005318.b.b.b	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00940000164972	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT01050000245043	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000154325.b	ENSGT01100000263536.A.b	ENSGT00940000159513	ENSGT00390000009435	ENSGT00980000199132	ENSGT01090000260070.B	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT00390000017672	ENSGT00940000159768	ENSGT00950000182933.C
Common wall lizard	MODERN SPECIES	16	ENSPMRG00000009664	NCDN (ENSPMRG00000009848)	TFAP2E (ENSPMRG00000009858)	PSMB2 (ENSPMRG00000009867)	C1orf216 (ENSPMRG00000009878)	CLSPN (ENSPMRG00000009895)	AGO4 (ENSPMRG00000009986)	AGO1 (ENSPMRG00000010343)	AGO3 (ENSPMRG00000011185)	TEKT2 (ENSPMRG00000011285)	ADPRS (ENSPMRG00000011296)	COL8A2 (ENSPMRG00000011302)	ENSPMRG00000011325	TRAPPC3 (ENSPMRG00000011329)	ENSPMRG00000011336	MAP7D1 (ENSPMRG00000011347) ##22	ZMYM4 (ENSPMRG00000011364)	ENSPMRG00000011405	ENSPMRG00000011406	DLGAP3 (ENSPMRG00000011410)	SMIM12 (ENSPMRG00000011417)	GJA4 (ENSPMRG00000011419)	GJB3 (ENSPMRG00000011422)	GJB4 (ENSPMRG00000011424)	ENSPMRG00000011426	ENSPMRG00000011429	ENSPMRG00000011431	C1orf94 (ENSPMRG00000011438)	CSMD2 (ENSPMRG00000011468)	ENSPMRG00000008198	COL9A2 (ENSPMRG00000008217)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	82															ENSSMRG00000011666	MAP7D1 (ENSSMRG00000011671) ##22	ENSSMRG00000011673	ENSSMRG00000011674	ENSSMRG00000011675	ZMYM4 (ENSSMRG00000011677)	SFPQ (ENSSMRG00000011683)	TMEM35B (ENSSMRG00000011690)	ENSSMRG00000011691	DLGAP3 (ENSSMRG00000011699)	SMIM12 (ENSSMRG00000011700)	ENSSMRG00000011701	GJA4 (ENSSMRG00000011702)	GJB3 (ENSSMRG00000011703)	ENSSMRG00000011708	GJB5 (ENSSMRG00000011709)	C1orf94 (ENSSMRG00000011719)
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000155018	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Theria	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a.i	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00390000008551
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a.i	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00390000008551
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a.i	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00390000008551
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536.a	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a.i	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00390000008551
koala	MODERN SPECIES	14	ZMYM4 (ENSPCIG00000000748)	ENSPCIG00000005735	KIAA0319L (ENSPCIG00000000705)	NCDN (ENSPCIG00000000687)	TFAP2E (ENSPCIG00000000674)	PSMB2 (ENSPCIG00000000656)	ENSPCIG00000000636	CLSPN (ENSPCIG00000000623)	AGO4 (ENSPCIG00000000092)	AGO1 (ENSPCIG00000000172)	AGO3 (ENSPCIG00000000198)	TEKT2 (ENSPCIG00000000226)	ADPRS (ENSPCIG00000000248)	COL8A2 (ENSPCIG00000000274)	TRAPPC3 (ENSPCIG00000000307)	MAP7D1 (ENSPCIG00000024807) ##22	THRAP3 (ENSPCIG00000024805)	EVA1B (ENSPCIG00000014860)	STK40 (ENSPCIG00000014864)	LSM10 (ENSPCIG00000014865)	OSCP1 (ENSPCIG00000014866)	ENSPCIG00000014874	GRIK3 (ENSPCIG00000014898)	ZC3H12A (ENSPCIG00000035700)	ENSPCIG00000036821	SNIP1 (ENSPCIG00000000204)	DNALI1 (ENSPCIG00000000162)	GNL2 (ENSPCIG00000000135)	RSPO1 (ENSPCIG00000025743)	C1orf109 (ENSPCIG00000025741)	CDCA8 (ENSPCIG00000025739)
Common wonbat	MODERN SPECIES	1014	DLGAP3 (ENSVURG00010004031)	ENSVURG00010004017	SFPQ (ENSVURG00010003967)	ZMYM4 (ENSVURG00010003887)	KIAA0319L (ENSVURG00010003844)	NCDN (ENSVURG00010003829)	TFAP2E (ENSVURG00010003800)	ENSVURG00010003776	C1orf216 (ENSVURG00010003767)	CLSPN (ENSVURG00010003394)	AGO1 (ENSVURG00010003341)	AGO4 (ENSVURG00010003234)	TEKT2 (ENSVURG00010003190)	ADPRS (ENSVURG00010003186)	COL8A2 (ENSVURG00010003181)	MAP7D1 (ENSVURG00010003157) ##22	THRAP3 (ENSVURG00010003132)	ENSVURG00010003118	STK40 (ENSVURG00010003108)	LSM10 (ENSVURG00010003089)	OSCP1 (ENSVURG00010003056)	MRPS15 (ENSVURG00010003030)	CSF3R (ENSVURG00010003017)	ENSVURG00010002992	GRIK3 (ENSVURG00010002934)	ZC3H12A (ENSVURG00010002872)	MEAF6 (ENSVURG00010002849)	SNIP1 (ENSVURG00010002829)	DNALI1 (ENSVURG00010002806)	GNL2 (ENSVURG00010002781)	RSPO1 (ENSVURG00010002763)
Wallaby	MODERN SPECIES	2583																MAP7D1 (ENSMEUG00000016239) ##22
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	2	ENSSHAG00000016107	ZMYM4 (ENSSHAG00000016398)	KIAA0319L (ENSSHAG00000016681)	NCDN (ENSSHAG00000016854)	TFAP2E (ENSSHAG00000016887)	PSMB2 (ENSSHAG00000021782)	ENSSHAG00000030808	CLSPN (ENSSHAG00000017175)	ENSSHAG00000017320	AGO1 (ENSSHAG00000017468)	AGO3 (ENSSHAG00000029487)	TEKT2 (ENSSHAG00000005473)	ADPRS (ENSSHAG00000029452)	COL8A2 (ENSSHAG00000017647)	ENSSHAG00000023429	MAP7D1 (ENSSHAG00000017810) ##22	THRAP3 (ENSSHAG00000017932)	EVA1B (ENSSHAG00000017973)	STK40 (ENSSHAG00000017985)	OSCP1 (ENSSHAG00000021302)	LSM10 (ENSSHAG00000022746)	MRPS15 (ENSSHAG00000018120)	ENSSHAG00000018138	GRIK3 (ENSSHAG00000025082)	ZC3H12A (ENSSHAG00000021632)	MEAF6 (ENSSHAG00000011910)	ENSSHAG00000012118	DNALI1 (ENSSHAG00000012158)	GNL2 (ENSSHAG00000012267)	RSPO1 (ENSSHAG00000012546)	C1orf109 (ENSSHAG00000013153)
Opossum	MODERN SPECIES	3	ENSMODG00000029270	ENSMODG00000047620	KIAA0319L (ENSMODG00000017916)	NCDN (ENSMODG00000017906)	TFAP2E (ENSMODG00000017904)	ENSMODG00000017902	ENSMODG00000017899	CLSPN (ENSMODG00000017895)	AGO4 (ENSMODG00000017888)	AGO1 (ENSMODG00000023335)	AGO3 (ENSMODG00000017869)	TEKT2 (ENSMODG00000017883)	ADPRS (ENSMODG00000017880)	COL8A2 (ENSMODG00000047645)	TRAPPC3 (ENSMODG00000017848)	ENSMODG00000048565 ##22	ENSMODG00000017834	ENSMODG00000050671	EVA1B (ENSMODG00000017827)	STK40 (ENSMODG00000017824)	LSM10 (ENSMODG00000023328)	OSCP1 (ENSMODG00000017817)	MRPS15 (ENSMODG00000017813)	CSF3R (ENSMODG00000017810)	GRIK3 (ENSMODG00000017802)	ZC3H12A (ENSMODG00000017794)	ENSMODG00000017787	SNIP1 (ENSMODG00000017778)	DNALI1 (ENSMODG00000047771)	GNL2 (ENSMODG00000017773)	RSPO1 (ENSMODG00000023326)
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000157337	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
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Hyrax	MODERN SPECIES	3122															TRAPPC3 (ENSPCAG00000002504)	MAP7D1 (ENSPCAG00000002540) ##22
Tenrec	MODERN SPECIES	1754																MAP7D1 (ENSETEG00000012550) ##22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Armadillo	MODERN SPECIES	2908	ENSDNOG00000032775	ZMYM4 (ENSDNOG00000017647)	KIAA0319L (ENSDNOG00000017653)	NCDN (ENSDNOG00000017658)	TFAP2E (ENSDNOG00000036871)	PSMB2 (ENSDNOG00000017663)	C1orf216 (ENSDNOG00000017576)	CLSPN (ENSDNOG00000015628)	AGO4 (ENSDNOG00000015674)	AGO1 (ENSDNOG00000008077)	AGO3 (ENSDNOG00000008106)	TEKT2 (ENSDNOG00000040733)	ADPRS (ENSDNOG00000025495)	COL8A2 (ENSDNOG00000043920)	TRAPPC3 (ENSDNOG00000039424)	MAP7D1 (ENSDNOG00000005516) ##22	THRAP3 (ENSDNOG00000031470)	SH3D21 (ENSDNOG00000023808)	EVA1B (ENSDNOG00000010513)	ENSDNOG00000023624	STK40 (ENSDNOG00000041875)	LSM10 (ENSDNOG00000036662)	OSCP1 (ENSDNOG00000040997)	MRPS15 (ENSDNOG00000046736)	CSF3R (ENSDNOG00000018916)	GRIK3 (ENSDNOG00000008042)	ZC3H12A (ENSDNOG00000035006)	MEAF6 (ENSDNOG00000038956)	ENSDNOG00000014381	DNALI1 (ENSDNOG00000031070)	ENSDNOG00000016466
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157613	ENSGT00940000168628	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157613	ENSGT00940000168628	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000168963	ENSGT00990000210150	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012
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Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00940000168628	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00940000168628	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00940000168628	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156221.a	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000157337	ENSGT00940000156221.a	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738.k	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Dog	MODERN SPECIES	6	ZMYM4 (ENSCAFG00845014825)	KIAA0319L (ENSCAFG00845014738)	NCDN (ENSCAFG00845014699)	TFAP2E (ENSCAFG00845014665)	PSMB2 (ENSCAFG00845014631)	C15H1orf216 (ENSCAFG00845014608)	CLSPN (ENSCAFG00845014565)	AGO1 (ENSCAFG00845030992)	AGO3 (ENSCAFG00845030956)	ADPRHL2 (ENSCAFG00845030916)	COL8A2 (ENSCAFG00845030898)	TRAPPC3 (ENSCAFG00845030892)	THRAP3 (ENSCAFG00845030875)	ENSCAFG00845030851	ENSCAFG00845030827	ENSCAFG00845030799 ##22	STK40 (ENSCAFG00845030786)	LSM10 (ENSCAFG00845030776)	OSCP1 (ENSCAFG00845030771)	ENSCAFG00845030768	CSF3R (ENSCAFG00845030757)	GRIK3 (ENSCAFG00845030735)	ZC3H12A (ENSCAFG00845030728)	MEAF6 (ENSCAFG00845030711)	SNIP1 (ENSCAFG00845030697)	DNALI1 (ENSCAFG00845030680)	GNL2 (ENSCAFG00845030665)	RSPO1 (ENSCAFG00845030653)	C15H1orf109 (ENSCAFG00845030642)	CDCA8 (ENSCAFG00845030636)	EPHA10 (ENSCAFG00845030611)
Dingo	MODERN SPECIES	344	ZMYM6 (ENSCAFG00020010705)	ENSCAFG00020010702	ZMYM4 (ENSCAFG00020009999)	KIAA0319L (ENSCAFG00020009949)	NCDN (ENSCAFG00020009945)	TFAP2E (ENSCAFG00020009931)	PSMB2 (ENSCAFG00020009927)	ENSCAFG00020009913	ENSCAFG00020009910	AGO1 (ENSCAFG00020009251)	AGO3 (ENSCAFG00020009051)	TEKT2 (ENSCAFG00020009035)	ADPRS (ENSCAFG00020009028)	COL8A2 (ENSCAFG00020009026)	TRAPPC3 (ENSCAFG00020009022)	MAP7D1 (ENSCAFG00020009006) ##22	THRAP3 (ENSCAFG00020008982)	ENSCAFG00020008975	SH3D21 (ENSCAFG00020008955)	STK40 (ENSCAFG00020008930)	LSM10 (ENSCAFG00020008920)	OSCP1 (ENSCAFG00020008914)	MRPS15 (ENSCAFG00020008912)	CSF3R (ENSCAFG00020008854)	ENSCAFG00020008853	GRIK3 (ENSCAFG00020008653)	ZC3H12A (ENSCAFG00020008620)	MEAF6 (ENSCAFG00020008613)	ENSCAFG00020008608	SNIP1 (ENSCAFG00020008599)	DNALI1 (ENSCAFG00020008587)
Red fox	MODERN SPECIES	9	ZMYM4 (ENSVVUG00000000796)	KIAA0319L (ENSVVUG00000000742)	NCDN (ENSVVUG00000000730)	PSMB2 (ENSVVUG00000000594)	CUNH1orf216 (ENSVVUG00000000576)	ENSVVUG00000000567	ENSVVUG00000000502	ENSVVUG00000000479	ENSVVUG00000000465	AGO1 (ENSVVUG00000000405)	AGO3 (ENSVVUG00000000362)	ENSVVUG00000000300	ADPRS (ENSVVUG00000000243)	COL8A2 (ENSVVUG00000000223)	TRAPPC3 (ENSVVUG00000000193)	MAP7D1 (ENSVVUG00000000164) ##22	THRAP3 (ENSVVUG00000000118)	SH3D21 (ENSVVUG00000023237)	ENSVVUG00000023229	STK40 (ENSVVUG00000023215)	LSM10 (ENSVVUG00000023209)	OSCP1 (ENSVVUG00000023202)	MRPS15 (ENSVVUG00000023194)	CSF3R (ENSVVUG00000023189)	GRIK3 (ENSVVUG00000023178)	ZC3H12A (ENSVVUG00000023171)	MEAF6 (ENSVVUG00000023163)	SNIP1 (ENSVVUG00000023160)	DNALI1 (ENSVVUG00000023159)	GNL2 (ENSVVUG00000023157)	RSPO1 (ENSVVUG00000023149)
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Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
American mink	MODERN SPECIES	99	ZMYM1 (ENSNVIG00000011646)	SFPQ (ENSNVIG00000011654)	ZMYM4 (ENSNVIG00000011677)	KIAA0319L (ENSNVIG00000011748)	NCDN (ENSNVIG00000011790)	TFAP2E (ENSNVIG00000011827)	PSMB2 (ENSNVIG00000011855)	CA216 (ENSNVIG00000011868)	CLSPN (ENSNVIG00000011881)	AGO1 (ENSNVIG00000012004)	ENSNVIG00000012133	TEKT2 (ENSNVIG00000012158)	ADPRS (ENSNVIG00000012218)	COL8A2 (ENSNVIG00000012227)	TPPC3 (ENSNVIG00000012239)	MAP7D1 (ENSNVIG00000012295) ##22	THRAP3 (ENSNVIG00000012429)	ENSNVIG00000012530	EVA1B (ENSNVIG00000012547)	STK40 (ENSNVIG00000012562)	LSM10 (ENSNVIG00000012589)	OSCP1 (ENSNVIG00000012600)	ENSNVIG00000012683	CSF3R (ENSNVIG00000012698)	GRIK3 (ENSNVIG00000012775)	ZC3H12A (ENSNVIG00000012804)	MEAF6 (ENSNVIG00000012809)	SNIP1 (ENSNVIG00000012822)	DNALI1 (ENSNVIG00000012831)	GNL2 (ENSNVIG00000012836)	RSPO1 (ENSNVIG00000012862)
Ferret	MODERN SPECIES	167	ZMYM4 (ENSMPUG00000014924)	KIAA0319L (ENSMPUG00000014917)	NCDN (ENSMPUG00000014913)	TFAP2E (ENSMPUG00000014894)	PSMB2 (ENSMPUG00000014891)	C1orf216 (ENSMPUG00000018596)	CLSPN (ENSMPUG00000014881)	AGO4 (ENSMPUG00000014876)	AGO1 (ENSMPUG00000014872)	ENSMPUG00000014871	TEKT2 (ENSMPUG00000014823)	ADPRS (ENSMPUG00000014821)	COL8A2 (ENSMPUG00000014818)	TRAPPC3 (ENSMPUG00000014815)	ENSMPUG00000018594	MAP7D1 (ENSMPUG00000014812) ##22	THRAP3 (ENSMPUG00000014809)	ENSMPUG00000014783	EVA1B (ENSMPUG00000014781)	STK40 (ENSMPUG00000014777)	LSM10 (ENSMPUG00000018593)	OSCP1 (ENSMPUG00000014774)	CSF3R (ENSMPUG00000014768)	GRIK3 (ENSMPUG00000014760)	ZC3H12A (ENSMPUG00000014758)	MEAF6 (ENSMPUG00000014722)	SNIP1 (ENSMPUG00000014718)	DNALI1 (ENSMPUG00000014714)	GNL2 (ENSMPUG00000014709)	RSPO1 (ENSMPUG00000014706)	C1orf109 (ENSMPUG00000014702)
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00940000168628	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536.f	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Ursus	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00940000168628	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536.f	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.a	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Polar bear	MODERN SPECIES	189	ENSUMAG00000007559	NCDN (ENSUMAG00000007557)	TFAP2E (ENSUMAG00000007555)	PSMB2 (ENSUMAG00000007547)	C1orf216 (ENSUMAG00000007539)	ENSUMAG00000007536	ENSUMAG00000007529	AGO4 (ENSUMAG00000006297)	AGO1 (ENSUMAG00000002480)	ENSUMAG00000002065	ENSUMAG00000002033	TEKT2 (ENSUMAG00000002004)	ADPRS (ENSUMAG00000001988)	COL8A2 (ENSUMAG00000001984)	TRAPPC3 (ENSUMAG00000001979)	MAP7D1 (ENSUMAG00000001773) ##22	THRAP3 (ENSUMAG00000001744)	ENSUMAG00000001726	STK40 (ENSUMAG00000001453)	LSM10 (ENSUMAG00000001438)	ENSUMAG00000001369	MRPS15 (ENSUMAG00000001358)	CSF3R (ENSUMAG00000001333)	GRIK3 (ENSUMAG00000001150)	ZC3H12A (ENSUMAG00000001122)	MEAF6 (ENSUMAG00000001101)	SNIP1 (ENSUMAG00000001093)	DNALI1 (ENSUMAG00000001085)	GNL2 (ENSUMAG00000000413)	RSPO1 (ENSUMAG00000000320)	C1orf109 (ENSUMAG00000000310)
American black bear	MODERN SPECIES	7064																MAP7D1 (ENSUAMG00000023752) ##22
Giant Panda	MODERN SPECIES	11	SFPQ (ENSAMEG00000000815)	ZMYM4 (ENSAMEG00000000760)	KIAA0319L (ENSAMEG00000000737)	NCDN (ENSAMEG00000000724)	TFAP2E (ENSAMEG00000028474)	PSMB2 (ENSAMEG00000000715)	C1orf216 (ENSAMEG00000018544)	CLSPN (ENSAMEG00000000679)	AGO4 (ENSAMEG00000000573)	AGO1 (ENSAMEG00000000504)	AGO3 (ENSAMEG00000000497)	TEKT2 (ENSAMEG00000000473)	ADPRS (ENSAMEG00000025564)	COL8A2 (ENSAMEG00000000461)	TRAPPC3 (ENSAMEG00000000457)	MAP7D1 (ENSAMEG00000000412) ##22	ENSAMEG00000024644	ENSAMEG00000028122	ENSAMEG00000001385	EVA1B (ENSAMEG00000031396)	STK40 (ENSAMEG00000001415)	LSM10 (ENSAMEG00000019854)	OSCP1 (ENSAMEG00000001437)	MRPS15 (ENSAMEG00000001463)	CSF3R (ENSAMEG00000001480)	GRIK3 (ENSAMEG00000001517)	ZC3H12A (ENSAMEG00000000991)	MEAF6 (ENSAMEG00000027272)	SNIP1 (ENSAMEG00000001009)	DNALI1 (ENSAMEG00000001019)	GNL2 (ENSAMEG00000001032)
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00910000144152.b.b.b	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00550000074698.k.a.b.a.a.a	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00910000144152.b.b.b	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00550000074698.k.a.b.a.a.a	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00910000144152.b.b.b	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00550000074698.k.a.b.a.a.a	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
lion	MODERN SPECIES	8	ZMYM4 (ENSPLOG00000004756)	KIAA0319L (ENSPLOG00000022058)	NCDN (ENSPLOG00000022040)	TFAP2E (ENSPLOG00000022025)	PSMB2 (ENSPLOG00000022003)	C1orf216 (ENSPLOG00000021988)	ENSPLOG00000021982	CLSPN (ENSPLOG00000021959)	AGO1 (ENSPLOG00000021894)	AGO4 (ENSPLOG00000021693)	ENSPLOG00000021615	TEKT2 (ENSPLOG00000021579)	ADPRS (ENSPLOG00000021546)	COL8A2 (ENSPLOG00000021527)	TRAPPC3 (ENSPLOG00000021495)	MAP7D1 (ENSPLOG00000021300) ##22	THRAP3 (ENSPLOG00000021215)	ENSPLOG00000021161	EVA1B (ENSPLOG00000021132)	STK40 (ENSPLOG00000021083)	ENSPLOG00000021048	OSCP1 (ENSPLOG00000020969)	MRPS15 (ENSPLOG00000020901)	CSF3R (ENSPLOG00000020805)	GRIK3 (ENSPLOG00000020707)	ZC3H12A (ENSPLOG00000020649)	MEAF6 (ENSPLOG00000020523)	SNIP1 (ENSPLOG00000020485)	DNALI1 (ENSPLOG00000020424)	GNL2 (ENSPLOG00000020381)	RSPO1 (ENSPLOG00000020291)
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Cat	MODERN SPECIES	239	ZMYM4 (ENSFCAG00000029162)	KIAA0319L (ENSFCAG00000013873)	ENSFCAG00000038220	NCDN (ENSFCAG00000013876)	TFAP2E (ENSFCAG00000013878)	PSMB2 (ENSFCAG00000030845)	CC1H1orf216 (ENSFCAG00000013881)	CLSPN (ENSFCAG00000013882)	AGO4 (ENSFCAG00000006218)	AGO1 (ENSFCAG00000000746)	AGO3 (ENSFCAG00000000747)	TEKT2 (ENSFCAG00000012461)	ADPRS (ENSFCAG00000012465)	COL8A2 (ENSFCAG00000042990)	TRAPPC3 (ENSFCAG00000043644)	MAP7D1 (ENSFCAG00000012469) ##22	THRAP3 (ENSFCAG00000014127)	SH3D21 (ENSFCAG00000051592)	EVA1B (ENSFCAG00000026800)	STK40 (ENSFCAG00000005262)	LSM10 (ENSFCAG00000047113)	OSCP1 (ENSFCAG00000005258)	MRPS15 (ENSFCAG00000005265)	CSF3R (ENSFCAG00000013269)	ENSFCAG00000029626	GRIK3 (ENSFCAG00000005150)	ZC3H12A (ENSFCAG00000008757)	MEAF6 (ENSFCAG00000038230)	SNIP1 (ENSFCAG00000008758)	DNALI1 (ENSFCAG00000008759)	GNL2 (ENSFCAG00000008760)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Equus	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT01030000238136	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000171437	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012
Donkey	MODERN SPECIES	25	SFPQ (ENSEASG00005012012)	ZMYM4 (ENSEASG00005012020)	KIAA0319L (ENSEASG00005012027)	NCDN (ENSEASG00005012034)	TFAP2E (ENSEASG00005012037)	PSMB2 (ENSEASG00005012040)	C1orf216 (ENSEASG00005029553)	CLSPN (ENSEASG00005012055)	AGO4 (ENSEASG00005012079)	AGO1 (ENSEASG00005012086)	AGO3 (ENSEASG00005012089)	TEKT2 (ENSEASG00005012098)	ADPRS (ENSEASG00005012163)	COL8A2 (ENSEASG00005012168)	TRAPPC3 (ENSEASG00005038259)	MAP7D1 (ENSEASG00005012176) ##22	THRAP3 (ENSEASG00005012182)	ENSEASG00005012187	EVA1B (ENSEASG00005012191)	STK40 (ENSEASG00005012192)	LSM10 (ENSEASG00005031673)	OSCP1 (ENSEASG00005012195)	MRPS15 (ENSEASG00005032042)	CSF3R (ENSEASG00005012209)	ENSEASG00005012213	GRIK3 (ENSEASG00005012214)	ENSEASG00005012219	MEAF6 (ENSEASG00005012221)	SNIP1 (ENSEASG00005012223)	DNALI1 (ENSEASG00005024722)	GNL2 (ENSEASG00005012227)
Horse	MODERN SPECIES	11	ENSECAG00000055111	ZMYM4 (ENSECAG00000008800)	NCDN (ENSECAG00000008891)	KIAA0319L (ENSECAG00000012927)	TFAP2E (ENSECAG00000003027)	PSMB2 (ENSECAG00000021615)	C2H1orf216 (ENSECAG00000005102)	CLSPN (ENSECAG00000009472)	AGO4 (ENSECAG00000023972)	AGO1 (ENSECAG00000024353)	AGO3 (ENSECAG00000051188)	TEKT2 (ENSECAG00000017670)	ADPRS (ENSECAG00000013445)	COL8A2 (ENSECAG00000012799)	TRAPPC3 (ENSECAG00000012569)	MAP7D1 (ENSECAG00000001581) ##22	THRAP3 (ENSECAG00000021207)	SH3D21 (ENSECAG00000020556)	STK40 (ENSECAG00000015678)	LSM10 (ENSECAG00000005071)	OSCP1 (ENSECAG00000008850)	MRPS15 (ENSECAG00000000933)	CSF3R (ENSECAG00000013457)	ENSECAG00000040086	GRIK3 (ENSECAG00000010275)	ENSECAG00000032155	ZC3H12A (ENSECAG00000009562)	MEAF6 (ENSECAG00000022449)	SNIP1 (ENSECAG00000021869)	DNALI1 (ENSECAG00000018337)	GNL2 (ENSECAG00000008068)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	27	SFPQ (ENSRFEG00010001256)	ZMYM4 (ENSRFEG00010001311)	KIAA0319L (ENSRFEG00010001380)	NCDN (ENSRFEG00010001441)	TFAP2E (ENSRFEG00010001481)	ENSRFEG00010001507	C1orf216 (ENSRFEG00010001522)	CLSPN (ENSRFEG00010001591)	AGO4 (ENSRFEG00010001742)	AGO1 (ENSRFEG00010001802)	AGO3 (ENSRFEG00010001891)	TEKT2 (ENSRFEG00010001943)	ADPRS (ENSRFEG00010001958)	COL8A2 (ENSRFEG00010001979)	TRAPPC3 (ENSRFEG00010002008)	MAP7D1 (ENSRFEG00010002111) ##22	THRAP3 (ENSRFEG00010002289)	ENSRFEG00010002356	EVA1B (ENSRFEG00010002372)	STK40 (ENSRFEG00010002403)	LSM10 (ENSRFEG00010002437)	OSCP1 (ENSRFEG00010002458)	MRPS15 (ENSRFEG00010002496)	CSF3R (ENSRFEG00010002521)	ENSRFEG00010002566	GRIK3 (ENSRFEG00010002581)	ZC3H12A (ENSRFEG00010002614)	MEAF6 (ENSRFEG00010002688)	SNIP1 (ENSRFEG00010002767)	DNALI1 (ENSRFEG00010002793)	GNL2 (ENSRFEG00010002826)
Microbat	MODERN SPECIES	1068	ZMYM4 (ENSMLUG00000004018)	ENSMLUG00000026401	KIAA0319L (ENSMLUG00000004024)	NCDN (ENSMLUG00000009374)	TFAP2E (ENSMLUG00000009852)	PSMB2 (ENSMLUG00000009862)	C1orf216 (ENSMLUG00000017091)	CLSPN (ENSMLUG00000017093)	AGO4 (ENSMLUG00000017102)	AGO1 (ENSMLUG00000009628)	AGO3 (ENSMLUG00000009668)	TEKT2 (ENSMLUG00000011491)	ADPRS (ENSMLUG00000027862)	COL8A2 (ENSMLUG00000011023)	TRAPPC3 (ENSMLUG00000002140)	MAP7D1 (ENSMLUG00000012362) ##22	THRAP3 (ENSMLUG00000006447)	ENSMLUG00000006453	ENSMLUG00000006458	EVA1B (ENSMLUG00000024745)	STK40 (ENSMLUG00000006463)	LSM10 (ENSMLUG00000023895)	OSCP1 (ENSMLUG00000006472)	MRPS15 (ENSMLUG00000006475)	CSF3R (ENSMLUG00000006479)
Megabat	MODERN SPECIES	650									AGO4 (ENSPVAG00000005079)	AGO1 (ENSPVAG00000005082)	AGO3 (ENSPVAG00000005086)	TEKT2 (ENSPVAG00000005089)	ADPRS (ENSPVAG00000005090)	ENSPVAG00000005091	TRAPPC3 (ENSPVAG00000005094)	MAP7D1 (ENSPVAG00000005095) ##22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Suina	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	39	KIAA0319L (ENSCWAG00000009706)	NCDN (ENSCWAG00000009618)	TFAP2E (ENSCWAG00000009465)	PSMB2 (ENSCWAG00000009415)	C1orf216 (ENSCWAG00000009403)	CLSPN (ENSCWAG00000009253)	ENSCWAG00000009201	AGO4 (ENSCWAG00000009127)	AGO1 (ENSCWAG00000009026)	ENSCWAG00000008976	ENSCWAG00000008735	TEKT2 (ENSCWAG00000008694)	ADPRS (ENSCWAG00000008618)	COL8A2 (ENSCWAG00000008567)	TRAPPC3 (ENSCWAG00000008474)	MAP7D1 (ENSCWAG00000008245) ##22	THRAP3 (ENSCWAG00000008133)	ENSCWAG00000008017	EVA1B (ENSCWAG00000007937)	STK40 (ENSCWAG00000007890)	LSM10 (ENSCWAG00000007870)	OSCP1 (ENSCWAG00000007749)	MRPS15 (ENSCWAG00000007709)	CSF3R (ENSCWAG00000007434)	GRIK3 (ENSCWAG00000007280)	ENSCWAG00000007239	MEAF6 (ENSCWAG00000007151)	SNIP1 (ENSCWAG00000007114)	DNALI1 (ENSCWAG00000007051)	GNL2 (ENSCWAG00000007009)	RSPO1 (ENSCWAG00000006919)
Pig	MODERN SPECIES	14	KIAA0319L (ENSSSCG00000037121)	ENSSSCG00000062913	NCDN (ENSSSCG00000031786)	TFAP2E (ENSSSCG00000040097)	PSMB2 (ENSSSCG00000035914)	ENSSSCG00000037699	C1orf216 (ENSSSCG00000037600)	CLSPN (ENSSSCG00000003628)	AGO3 (ENSSSCG00000003630)	ENSSSCG00000055207	ENSSSCG00000003632	TEKT2 (ENSSSCG00000003633)	ADPRS (ENSSSCG00000003634)	COL8A2 (ENSSSCG00000033641)	TRAPPC3 (ENSSSCG00000037213)	MAP7D1 (ENSSSCG00000003637) ##22	THRAP3 (ENSSSCG00000029954)	ENSSSCG00000028892	EVA1B (ENSSSCG00000033892)	STK40 (ENSSSCG00000036832)	LSM10 (ENSSSCG00000038916)	OSCP1 (ENSSSCG00000036709)	MRPS15 (ENSSSCG00000034647)	CSF3R (ENSSSCG00000025795)	GRIK3 (ENSSSCG00000003640)	ZC3H12A (ENSSSCG00000037815)	MEAF6 (ENSSSCG00000034611)	SNIP1 (ENSSSCG00000029991)	DNALI1 (ENSSSCG00000058884)	GNL2 (ENSSSCG00000031631)	RSPO1 (ENSSSCG00000032240)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Yarkand deer	MODERN SPECIES	12	KIAA0319L (ENSCHYG00000027073)	NCDN (ENSCHYG00000027067)	TFAP2E (ENSCHYG00000027065)	PSMB2 (ENSCHYG00000027060)	C1orf216 (ENSCHYG00000027059)	CLSPN (ENSCHYG00000027053)	ENSCHYG00000027052	AGO4 (ENSCHYG00000027041)	ENSCHYG00000027036	AGO3 (ENSCHYG00000027029)	ENSCHYG00000027026	TEKT2 (ENSCHYG00000027024)	ADPRS (ENSCHYG00000027021)	COL8A2 (ENSCHYG00000027017)	TRAPPC3 (ENSCHYG00000027012)	MAP7D1 (ENSCHYG00000027002) ##22	ENSCHYG00000026996	THRAP3 (ENSCHYG00000026991)	SH3D21 (ENSCHYG00000026983)	EVA1B (ENSCHYG00000026978)	STK40 (ENSCHYG00000026974)	LSM10 (ENSCHYG00000026972)	OSCP1 (ENSCHYG00000026967)	MRPS15 (ENSCHYG00000026961)	CSF3R (ENSCHYG00000026959)	GRIK3 (ENSCHYG00000026942)	ENSCHYG00000026936	ZC3H12A (ENSCHYG00000026932)	SNIP1 (ENSCHYG00000026912)	DNALI1 (ENSCHYG00000026895)	GNL2 (ENSCHYG00000026865)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	4	ZMYM4 (ENSMMSG00000009791)	KIAA0319L (ENSMMSG00000009718)	NCDN (ENSMMSG00000009667)	TFAP2E (ENSMMSG00000009625)	PSMB2 (ENSMMSG00000009599)	C1orf216 (ENSMMSG00000009587)	CLSPN (ENSMMSG00000009515)	AGO4 (ENSMMSG00000009404)	AGO1 (ENSMMSG00000009238)	AGO3 (ENSMMSG00000009092)	ENSMMSG00000009060	TEKT2 (ENSMMSG00000008997)	ADPRS (ENSMMSG00000008967)	COL8A2 (ENSMMSG00000008947)	TRAPPC3 (ENSMMSG00000008867)	MAP7D1 (ENSMMSG00000008733) ##22	THRAP3 (ENSMMSG00000008671)	SH3D21 (ENSMMSG00000008627)	EVA1B (ENSMMSG00000008604)	STK40 (ENSMMSG00000008536)	LSM10 (ENSMMSG00000008521)	OSCP1 (ENSMMSG00000008440)	MRPS15 (ENSMMSG00000008409)	CSF3R (ENSMMSG00000008372)	GRIK3 (ENSMMSG00000008231)	ZC3H12A (ENSMMSG00000008185)	MEAF6 (ENSMMSG00000008080)	ENSMMSG00000008041	DNALI1 (ENSMMSG00000007981)	GNL2 (ENSMMSG00000007948)	RSPO1 (ENSMMSG00000007885)
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737.j	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES		ENSOARG00020010396	KIAA0319L (ENSOARG00020010426)	NCDN (ENSOARG00020010602)	TFAP2E (ENSOARG00020010658)	PSMB2 (ENSOARG00020010787)	C1orf216 (ENSOARG00020010859)	CLSPN (ENSOARG00020010932)	AGO4 (ENSOARG00020012103)	AGO1 (ENSOARG00020012325)	AGO3 (ENSOARG00020012702)	ENSOARG00020012933	TEKT2 (ENSOARG00020012976)	ADPRS (ENSOARG00020013078)	COL8A2 (ENSOARG00020013134)	TRAPPC3 (ENSOARG00020013190)	MAP7D1 (ENSOARG00020013418) ##22	THRAP3 (ENSOARG00020013606)	ENSOARG00020013812	EVA1B (ENSOARG00020014434)	STK40 (ENSOARG00020014470)	LSM10 (ENSOARG00020014526)	OSCP1 (ENSOARG00020014556)	MRPS15 (ENSOARG00020014966)	CSF3R (ENSOARG00020015107)	GRIK3 (ENSOARG00020015177)	ZC3H12A (ENSOARG00020015441)	MEAF6 (ENSOARG00020015561)	SNIP1 (ENSOARG00020015736)	DNALI1 (ENSOARG00020015777)	GNL2 (ENSOARG00020015915)	RSPO1 (ENSOARG00020016022)
Goat	MODERN SPECIES	22	ENSCHIG00000026273	KIAA0319L (ENSCHIG00000020470)	ENSCHIG00000016571	NCDN (ENSCHIG00000026559)	TFAP2E (ENSCHIG00000021809)	PSMB2 (ENSCHIG00000016929)	C1orf216 (ENSCHIG00000008904)	CLSPN (ENSCHIG00000023309)	AGO4 (ENSCHIG00000026564)	ENSCHIG00000011848	AGO3 (ENSCHIG00000011536)	TEKT2 (ENSCHIG00000026732)	ADPRS (ENSCHIG00000011636)	COL8A2 (ENSCHIG00000023849)	TRAPPC3 (ENSCHIG00000015948)	MAP7D1 (ENSCHIG00000003118) ##22	THRAP3 (ENSCHIG00000022784)	ENSCHIG00000018156	EVA1B (ENSCHIG00000011422)	STK40 (ENSCHIG00000020883)	LSM10 (ENSCHIG00000009398)	OSCP1 (ENSCHIG00000012198)	ENSCHIG00000016923	CSF3R (ENSCHIG00000006768)	GRIK3 (ENSCHIG00000021730)	ZC3H12A (ENSCHIG00000021957)	MEAF6 (ENSCHIG00000002979)	SNIP1 (ENSCHIG00000013452)	DNALI1 (ENSCHIG00000007466)	GNL2 (ENSCHIG00000015731)	RSPO1 (ENSCHIG00000023675)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Bos	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00390000008551
Domestic yak	MODERN SPECIES	22	KIAA0319L (ENSBGRG00000011159)	NCDN (ENSBGRG00000010990)	TFAP2E (ENSBGRG00000010881)	PSMB2 (ENSBGRG00000010708)	C1orf216 (ENSBGRG00000010647)	CLSPN (ENSBGRG00000010482)	ENSBGRG00000010448	AGO1 (ENSBGRG00000010203)	ENSBGRG00000010165	AGO4 (ENSBGRG00000009562)	ENSBGRG00000009506	TEKT2 (ENSBGRG00000009332)	ADPRS (ENSBGRG00000009212)	COL8A2 (ENSBGRG00000009153)	TRAPPC3 (ENSBGRG00000009085)	MAP7D1 (ENSBGRG00000008399) ##22	ENSBGRG00000008330	THRAP3 (ENSBGRG00000008220)	SH3D21 (ENSBGRG00000008077)	ENSBGRG00000008041	STK40 (ENSBGRG00000007897)	LSM10 (ENSBGRG00000007878)	OSCP1 (ENSBGRG00000007695)	CSF3R (ENSBGRG00000007254)	ENSBGRG00000007155	GRIK3 (ENSBGRG00000006888)	ZC3H12A (ENSBGRG00000006725)	SNIP1 (ENSBGRG00000006583)	DNALI1 (ENSBGRG00000006531)	GNL2 (ENSBGRG00000006437)	RSPO1 (ENSBGRG00000006342)
Wild yak	MODERN SPECIES	504	NCDN (ENSBMUG00000021543)	TFAP2E (ENSBMUG00000021558)	PSMB2 (ENSBMUG00000021571)	ENSBMUG00000021576	C1orf216 (ENSBMUG00000021588)	CLSPN (ENSBMUG00000021706)	AGO4 (ENSBMUG00000021730)	AGO1 (ENSBMUG00000021749)	AGO3 (ENSBMUG00000021761)	ENSBMUG00000021797	ENSBMUG00000021805	TEKT2 (ENSBMUG00000021822)	ADPRS (ENSBMUG00000021835)	COL8A2 (ENSBMUG00000021845)	TRAPPC3 (ENSBMUG00000021877)	MAP7D1 (ENSBMUG00000021965) ##22	THRAP3 (ENSBMUG00000022036)	SH3D21 (ENSBMUG00000022061)	EVA1B (ENSBMUG00000022076)	STK40 (ENSBMUG00000022119)	LSM10 (ENSBMUG00000022140)	NPHP4 (ENSBMUG00000000118)	KCNAB2 (ENSBMUG00000000324)	CHD5 (ENSBMUG00000000423)	RPL22 (ENSBMUG00000000473)	RNF207 (ENSBMUG00000000544)	ICMT (ENSBMUG00000000568)	GPR153 (ENSBMUG00000000578)	ACOT7 (ENSBMUG00000000671)	ENSBMUG00000000699	ENSBMUG00000000714
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Cow	MODERN SPECIES	22	ZMYM4 (ENSBTAG00000021023)	KIAA0319L (ENSBTAG00000016694)	NCDN (ENSBTAG00000016696)	TFAP2E (ENSBTAG00000001959)	PSMB2 (ENSBTAG00000002377)	C3H1orf216 (ENSBTAG00000038292)	CLSPN (ENSBTAG00000002826)	AGO4 (ENSBTAG00000015220)	AGO1 (ENSBTAG00000012253)	AGO3 (ENSBTAG00000018324)	ENSBTAG00000055249	TEKT2 (ENSBTAG00000021714)	ADPRS (ENSBTAG00000021715)	COL8A2 (ENSBTAG00000010175)	TRAPPC3 (ENSBTAG00000005732)	MAP7D1 (ENSBTAG00000030301) ##22	THRAP3 (ENSBTAG00000024095)	SH3D21 (ENSBTAG00000038617)	EVA1B (ENSBTAG00000014358)	STK40 (ENSBTAG00000015969)	LSM10 (ENSBTAG00000024096)	OSCP1 (ENSBTAG00000007994)	MRPS15 (ENSBTAG00000024097)	CSF3R (ENSBTAG00000013334)	GRIK3 (ENSBTAG00000009269)	ZC3H12A (ENSBTAG00000011316)	MEAF6 (ENSBTAG00000010506)	SNIP1 (ENSBTAG00000016852)	DNALI1 (ENSBTAG00000002583)	GNL2 (ENSBTAG00000003849)	RSPO1 (ENSBTAG00000003837)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	22	NCDN (ENSBIXG00005026659)	KIAA0319L (ENSBIXG00005026746)	TFAP2E (ENSBIXG00005026820)	PSMB2 (ENSBIXG00005026844)	C1orf216 (ENSBIXG00005026857)	CLSPN (ENSBIXG00005004592)	ENSBIXG00005026903	ENSBIXG00005026911	AGO1 (ENSBIXG00005026944)	ENSBIXG00005026966	AGO3 (ENSBIXG00005027246)	ENSBIXG00005005614	TEKT2 (ENSBIXG00005027402)	COL8A2 (ENSBIXG00005027444)	TRAPPC3 (ENSBIXG00005007591)	MAP7D1 (ENSBIXG00005027608) ##22	THRAP3 (ENSBIXG00005027648)	ENSBIXG00005004754	EVA1B (ENSBIXG00005027691)	STK40 (ENSBIXG00005027735)	LSM10 (ENSBIXG00005027748)	OSCP1 (ENSBIXG00005027790)	MRPS15 (ENSBIXG00005027828)	CSF3R (ENSBIXG00005027869)	GRIK3 (ENSBIXG00005027987)	ZC3H12A (ENSBIXG00005028023)	SNIP1 (ENSBIXG00005028139)	DNALI1 (ENSBIXG00005028180)	GNL2 (ENSBIXG00005028205)	RSPO1 (ENSBIXG00005028242)	C1orf109 (ENSBIXG00005028256)
American bison	MODERN SPECIES	3081	ZMYM4 (ENSBBBG00000021494)	KIAA0319L (ENSBBBG00000008471)	NCDN (ENSBBBG00000021563)	ENSBBBG00000021575	PSMB2 (ENSBBBG00000021588)	C1orf216 (ENSBBBG00000021593)	CLSPN (ENSBBBG00000021717)	AGO4 (ENSBBBG00000021763)	AGO1 (ENSBBBG00000021806)	AGO3 (ENSBBBG00000008372)	ENSBBBG00000007681	TEKT2 (ENSBBBG00000021903)	ADPRS (ENSBBBG00000021910)	COL8A2 (ENSBBBG00000021919)	TRAPPC3 (ENSBBBG00000021943)	MAP7D1 (ENSBBBG00000022091) ##22	THRAP3 (ENSBBBG00000022137)	ENSBBBG00000022154	EVA1B (ENSBBBG00000007200)	STK40 (ENSBBBG00000022179)	LSM10 (ENSBBBG00000022186)	OSCP1 (ENSBBBG00000022249)	MRPS15 (ENSBBBG00000022276)	CSF3R (ENSBBBG00000005872)	GRIK3 (ENSBBBG00000022330)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00990000210150	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737.g	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00990000210150	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737.g	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00990000210150	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737.g	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00990000210150	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737.g	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000154717.ib	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00990000210150	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737.g	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000154717.ib	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Beluga whale	MODERN SPECIES	74	SFPQ (ENSDLEG00000020526)	ZMYM4 (ENSDLEG00000020543)	KIAA0319L (ENSDLEG00000020588)	NCDN (ENSDLEG00000020601)	TFAP2E (ENSDLEG00000020609)	PSMB2 (ENSDLEG00000020616)	CUNH1orf216 (ENSDLEG00000020623)	CLSPN (ENSDLEG00000020638)	AGO4 (ENSDLEG00000020706)	AGO1 (ENSDLEG00000020718)	AGO3 (ENSDLEG00000020726)	ENSDLEG00000020733	TEKT2 (ENSDLEG00000020737)	COL8A2 (ENSDLEG00000020743)	TRAPPC3 (ENSDLEG00000020746)	MAP7D1 (ENSDLEG00000020755) ##22	THRAP3 (ENSDLEG00000020766)	ENSDLEG00000020772	EVA1B (ENSDLEG00000020774)	STK40 (ENSDLEG00000020778)	LSM10 (ENSDLEG00000020785)	OSCP1 (ENSDLEG00000020789)	ENSDLEG00000020797	CSF3R (ENSDLEG00000020804)	GRIK3 (ENSDLEG00000020811)	ENSDLEG00000020819	ZC3H12A (ENSDLEG00000020831)	MEAF6 (ENSDLEG00000020839)	SNIP1 (ENSDLEG00000020851)	DNALI1 (ENSDLEG00000020862)	GNL2 (ENSDLEG00000007944)
Narwhal	MODERN SPECIES	304	ZMYM4 (ENSMMNG00015009519)	KIAA0319L (ENSMMNG00015009434)	NCDN (ENSMMNG00015009414)	TFAP2E (ENSMMNG00015009400)	PSMB2 (ENSMMNG00015009386)	C1orf216 (ENSMMNG00015009379)	CLSPN (ENSMMNG00015009362)	AGO1 (ENSMMNG00015009304)	AGO4 (ENSMMNG00015009235)	ENSMMNG00015009200	ENSMMNG00015009194	TEKT2 (ENSMMNG00015009187)	ADPRS (ENSMMNG00015009176)	COL8A2 (ENSMMNG00015009172)	TRAPPC3 (ENSMMNG00015009162)	MAP7D1 (ENSMMNG00015009143) ##22	THRAP3 (ENSMMNG00015009123)	ENSMMNG00015009102	EVA1B (ENSMMNG00015009093)	STK40 (ENSMMNG00015009085)	LSM10 (ENSMMNG00015009078)	OSCP1 (ENSMMNG00015009023)	MRPS15 (ENSMMNG00015009004)	CSF3R (ENSMMNG00015008991)	GRIK3 (ENSMMNG00015008981)	ZC3H12A (ENSMMNG00015008939)	MEAF6 (ENSMMNG00015008912)	SNIP1 (ENSMMNG00015008842)	DNALI1 (ENSMMNG00015008824)	GNL2 (ENSMMNG00015008807)	RSPO1 (ENSMMNG00015008781)
Vaquita	MODERN SPECIES		ZMYM4 (ENSPSNG00000014647)	KIAA0319L (ENSPSNG00000014729)	NCDN (ENSPSNG00000014884)	TFAP2E (ENSPSNG00000015021)	PSMB2 (ENSPSNG00000015130)	C1orf216 (ENSPSNG00000015213)	CLSPN (ENSPSNG00000015267)	AGO4 (ENSPSNG00000015400)	AGO1 (ENSPSNG00000015633)	AGO3 (ENSPSNG00000015767)	ENSPSNG00000015925	TEKT2 (ENSPSNG00000016008)	ADPRS (ENSPSNG00000016066)	COL8A2 (ENSPSNG00000016120)	TRAPPC3 (ENSPSNG00000016166)	MAP7D1 (ENSPSNG00000016291) ##22	THRAP3 (ENSPSNG00000016451)	ENSPSNG00000016520	EVA1B (ENSPSNG00000016616)	STK40 (ENSPSNG00000016665)	LSM10 (ENSPSNG00000016792)	OSCP1 (ENSPSNG00000016833)	ENSPSNG00000017018	CSF3R (ENSPSNG00000017067)	GRIK3 (ENSPSNG00000017499)	ENSPSNG00000017843	ZC3H12A (ENSPSNG00000017941)	MEAF6 (ENSPSNG00000018028)	SNIP1 (ENSPSNG00000018177)	DNALI1 (ENSPSNG00000018223)	GNL2 (ENSPSNG00000018313)
Dolphin	MODERN SPECIES	740								CLSPN (ENSTTRG00000015081)	AGO4 (ENSTTRG00000015086)	AGO1 (ENSTTRG00000015088)	AGO3 (ENSTTRG00000015092)	TEKT2 (ENSTTRG00000015093)	ADPRS (ENSTTRG00000015096)	COL8A2 (ENSTTRG00000015097)	TRAPPC3 (ENSTTRG00000015098)	MAP7D1 (ENSTTRG00000015100) ##22	THRAP3 (ENSTTRG00000015101)
Sperm whale	MODERN SPECIES	192															TRAPPC3 (ENSPCTG00005019743)	MAP7D1 (ENSPCTG00005019665) ##22
Blue whale	MODERN SPECIES		ZMYM4 (ENSBMSG00010000862)	KIAA0319L (ENSBMSG00010000897)	NCDN (ENSBMSG00010000921)	TFAP2E (ENSBMSG00010000953)	PSMB2 (ENSBMSG00010000988)	C1orf216 (ENSBMSG00010001008)	CLSPN (ENSBMSG00010001054)	AGO4 (ENSBMSG00010001125)	AGO1 (ENSBMSG00010001153)	AGO3 (ENSBMSG00010001203)	ENSBMSG00010001236	TEKT2 (ENSBMSG00010001253)	ADPRS (ENSBMSG00010001262)	COL8A2 (ENSBMSG00010001272)	TRAPPC3 (ENSBMSG00010001294)	MAP7D1 (ENSBMSG00010001348) ##22	THRAP3 (ENSBMSG00010001398)	EVA1B (ENSBMSG00010001412)	STK40 (ENSBMSG00010001425)	ENSBMSG00010001447	OSCP1 (ENSBMSG00010001473)	MRPS15 (ENSBMSG00010001557)	CSF3R (ENSBMSG00010001575)	GRIK3 (ENSBMSG00010001634)	ZC3H12A (ENSBMSG00010001681)	ENSBMSG00010001718	SNIP1 (ENSBMSG00010001754)	DNALI1 (ENSBMSG00010001767)	GNL2 (ENSBMSG00010001802)	RSPO1 (ENSBMSG00010001901)	C1orf109 (ENSBMSG00010001923)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157337	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Arabian camel	MODERN SPECIES	4	ZMYM1 (ENSCDRG00005021216)	SFPQ (ENSCDRG00005021228)	ZMYM4 (ENSCDRG00005021241)	KIAA0319L (ENSCDRG00005021261)	NCDN (ENSCDRG00005021273)	PSMB2 (ENSCDRG00005021286)	CLSPN (ENSCDRG00005021303)	AGO4 (ENSCDRG00005021335)	AGO1 (ENSCDRG00005006649)	AGO3 (ENSCDRG00005006758)	ENSCDRG00005006892	TEKT2 (ENSCDRG00005007020)	ADPRS (ENSCDRG00005007072)	COL8A2 (ENSCDRG00005007112)	TRAPPC3 (ENSCDRG00005007149)	MAP7D1 (ENSCDRG00005007249) ##22	THRAP3 (ENSCDRG00005008001)	ENSCDRG00005008118	EVA1B (ENSCDRG00005008175)	STK40 (ENSCDRG00005008254)	LSM10 (ENSCDRG00005008343)	OSCP1 (ENSCDRG00005008387)	MRPS15 (ENSCDRG00005008579)	CSF3R (ENSCDRG00005008687)	GRIK3 (ENSCDRG00005008818)	ZC3H12A (ENSCDRG00005008948)	MEAF6 (ENSCDRG00005009070)	SNIP1 (ENSCDRG00005009364)	DNALI1 (ENSCDRG00005009434)	GNL2 (ENSCDRG00005009550)	RSPO1 (ENSCDRG00005009641)
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES	1643															ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22
Hedgehog	MODERN SPECIES	1853																MAP7D1 (ENSEEUG00000005074) ##22
Common shrew	MODERN SPECIES	2756															TRAPPC3 (ENSSARG00000013968)	MAP7D1 (ENSSARG00000013974) ##22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157613	ENSGT00940000168628	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Primates	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257.t	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257.t	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Gibbon	MODERN SPECIES	2	ENSNLEG00000018998	ENSNLEG00000031618	KIAA0319L (ENSNLEG00000011001)	NCDN (ENSNLEG00000011043)	TFAP2E (ENSNLEG00000011088)	PSMB2 (ENSNLEG00000034792)	C1orf216 (ENSNLEG00000035826)	CLSPN (ENSNLEG00000011110)	AGO4 (ENSNLEG00000011125)	AGO1 (ENSNLEG00000011181)	AGO3 (ENSNLEG00000027092)	TEKT2 (ENSNLEG00000011235)	ADPRS (ENSNLEG00000011265)	ENSNLEG00000011300	TRAPPC3 (ENSNLEG00000031818)	ENSNLEG00000011317 ##22	THRAP3 (ENSNLEG00000011359)	SH3D21 (ENSNLEG00000011391)	EVA1B (ENSNLEG00000030121)	STK40 (ENSNLEG00000011406)	LSM10 (ENSNLEG00000033754)	OSCP1 (ENSNLEG00000011442)	MRPS15 (ENSNLEG00000030022)	CSF3R (ENSNLEG00000011482)	GRIK3 (ENSNLEG00000011524)	ZC3H12A (ENSNLEG00000011545)	MEAF6 (ENSNLEG00000011546)	SNIP1 (ENSNLEG00000011577)	DNALI1 (ENSNLEG00000011584)	GNL2 (ENSNLEG00000011599)	RSPO1 (ENSNLEG00000011628)
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257.t	ENSGT00940000156553	ENSGT00950000182891.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Orangutan	MODERN SPECIES		ZMYM4 (ENSPPYG00000001559)	KIAA0319L (ENSPPYG00000001558)	NCDN (ENSPPYG00000001557)	TFAP2E (ENSPPYG00000001556)	PSMB2 (ENSPPYG00000001555)	C1orf216 (ENSPPYG00000001554)	CLSPN (ENSPPYG00000001553)	AGO4 (ENSPPYG00000001552)	AGO1 (ENSPPYG00000001551)	AGO3 (ENSPPYG00000001550)	ENSPPYG00000040273	TEKT2 (ENSPPYG00000001549)	ADPRS (ENSPPYG00000001548)	COL8A2 (ENSPPYG00000001547)	TRAPPC3 (ENSPPYG00000001546)	MAP7D1 (ENSPPYG00000001545) ##22	THRAP3 (ENSPPYG00000001544)	SH3D21 (ENSPPYG00000001543)	EVA1B (ENSPPYG00000030005)	STK40 (ENSPPYG00000001540)	LSM10 (ENSPPYG00000001539)	OSCP1 (ENSPPYG00000001538)	MRPS15 (ENSPPYG00000001537)	CSF3R (ENSPPYG00000001536)	GRIK3 (ENSPPYG00000001535)	ZC3H12A (ENSPPYG00000001534)	MEAF6 (ENSPPYG00000034713)	SNIP1 (ENSPPYG00000001532)	ENSPPYG00000001531	DNALI1 (ENSPPYG00000001530)	GNL2 (ENSPPYG00000001529)
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257.t	ENSGT00940000156553	ENSGT00950000182891.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Gorilla	MODERN SPECIES		ENSGGOG00000023775	KIAA0319L (ENSGGOG00000012068)	NCDN (ENSGGOG00000009754)	TFAP2E (ENSGGOG00000009762)	PSMB2 (ENSGGOG00000009771)	C1orf216 (ENSGGOG00000043887)	CLSPN (ENSGGOG00000005981)	AGO4 (ENSGGOG00000036532)	AGO1 (ENSGGOG00000003316)	AGO3 (ENSGGOG00000036711)	ENSGGOG00000043836	TEKT2 (ENSGGOG00000003766)	ADPRS (ENSGGOG00000003770)	COL8A2 (ENSGGOG00000003772)	TRAPPC3 (ENSGGOG00000004752)	MAP7D1 (ENSGGOG00000003219) ##22	THRAP3 (ENSGGOG00000006917)	SH3D21 (ENSGGOG00000006931)	EVA1B (ENSGGOG00000006937)	STK40 (ENSGGOG00000011597)	LSM10 (ENSGGOG00000003556)	OSCP1 (ENSGGOG00000007041)	MRPS15 (ENSGGOG00000013565)	CSF3R (ENSGGOG00000013573)	GRIK3 (ENSGGOG00000011315)	ZC3H12A (ENSGGOG00000009268)	MEAF6 (ENSGGOG00000017191)	SNIP1 (ENSGGOG00000022697)	ENSGGOG00000042544	DNALI1 (ENSGGOG00000007698)	GNL2 (ENSGGOG00000007704)
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257.t	ENSGT00940000156553	ENSGT00950000182891.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Human	MODERN SPECIES		SFPQ (ENSG00000116560)	ZMYM4 (ENSG00000146463)	KIAA0319L (ENSG00000142687)	NCDN (ENSG00000020129)	TFAP2E (ENSG00000116819)	PSMB2 (ENSG00000126067)	C1orf216 (ENSG00000142686)	CLSPN (ENSG00000092853)	AGO4 (ENSG00000134698)	AGO1 (ENSG00000092847)	AGO3 (ENSG00000126070)	TEKT2 (ENSG00000092850)	ADPRS (ENSG00000116863)	COL8A2 (ENSG00000171812)	TRAPPC3 (ENSG00000054116)	MAP7D1 (ENSG00000116871) ##22	THRAP3 (ENSG00000054118)	SH3D21 (ENSG00000214193)	EVA1B (ENSG00000142694)	STK40 (ENSG00000196182)	LSM10 (ENSG00000181817)	OSCP1 (ENSG00000116885)	MRPS15 (ENSG00000116898)	CSF3R (ENSG00000119535)	GRIK3 (ENSG00000163873)	ZC3H12A (ENSG00000163874)	MEAF6 (ENSG00000163875)	SNIP1 (ENSG00000163877)	DNALI1 (ENSG00000163879)	GNL2 (ENSG00000134697)	RSPO1 (ENSG00000169218)
Pan	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257.t	ENSGT00940000156553	ENSGT00950000182891.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Bonobo	MODERN SPECIES		ZMYM4 (ENSPPAG00000031498)	ENSPPAG00000043691	KIAA0319L (ENSPPAG00000033357)	NCDN (ENSPPAG00000040334)	TFAP2E (ENSPPAG00000039587)	PSMB2 (ENSPPAG00000043554)	C1orf216 (ENSPPAG00000004841)	CLSPN (ENSPPAG00000029163)	AGO4 (ENSPPAG00000031752)	AGO1 (ENSPPAG00000034838)	AGO3 (ENSPPAG00000031959)	TEKT2 (ENSPPAG00000032256)	ADPRS (ENSPPAG00000041931)	COL8A2 (ENSPPAG00000031750)	TRAPPC3 (ENSPPAG00000041117)	MAP7D1 (ENSPPAG00000039211) ##22	THRAP3 (ENSPPAG00000028961)	SH3D21 (ENSPPAG00000028393)	EVA1B (ENSPPAG00000028458)	STK40 (ENSPPAG00000038002)	LSM10 (ENSPPAG00000023465)	OSCP1 (ENSPPAG00000032111)	MRPS15 (ENSPPAG00000025884)	CSF3R (ENSPPAG00000037401)	GRIK3 (ENSPPAG00000029669)	ZC3H12A (ENSPPAG00000041054)	MEAF6 (ENSPPAG00000028352)	SNIP1 (ENSPPAG00000039865)	ENSPPAG00000001093	DNALI1 (ENSPPAG00000032274)	GNL2 (ENSPPAG00000001559)
Chimpanzee	MODERN SPECIES		SFPQ (ENSPTRG00000000518)	ZMYM4 (ENSPTRG00000000519)	KIAA0319L (ENSPTRG00000000521)	NCDN (ENSPTRG00000000522)	TFAP2E (ENSPTRG00000000523)	PSMB2 (ENSPTRG00000000524)	C1H1orf216 (ENSPTRG00000052130)	CLSPN (ENSPTRG00000000526)	AGO4 (ENSPTRG00000000527)	AGO1 (ENSPTRG00000000528)	AGO3 (ENSPTRG00000000529)	TEKT2 (ENSPTRG00000024371)	ADPRS (ENSPTRG00000000531)	COL8A2 (ENSPTRG00000000532)	TRAPPC3 (ENSPTRG00000000533)	MAP7D1 (ENSPTRG00000000534) ##22	THRAP3 (ENSPTRG00000000535)	SH3D21 (ENSPTRG00000034515)	EVA1B (ENSPTRG00000000537)	STK40 (ENSPTRG00000000538)	LSM10 (ENSPTRG00000000539)	OSCP1 (ENSPTRG00000000540)	MRPS15 (ENSPTRG00000000541)	CSF3R (ENSPTRG00000000542)	GRIK3 (ENSPTRG00000000543)	ZC3H12A (ENSPTRG00000000544)	MEAF6 (ENSPTRG00000047980)	SNIP1 (ENSPTRG00000000547)	ENSPTRG00000045895	DNALI1 (ENSPTRG00000000548)	GNL2 (ENSPTRG00000000549)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257.t	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737.d	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257.t	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	12	KIAA0319L (ENSCSAG00000001084)	NCDN (ENSCSAG00000001085)	TFAP2E (ENSCSAG00000001086)	PSMB2 (ENSCSAG00000001087)	C1orf216 (ENSCSAG00000000132)	ENSCSAG00000001088	ENSCSAG00000001089	AGO4 (ENSCSAG00000001090)	AGO1 (ENSCSAG00000001091)	AGO3 (ENSCSAG00000001092)	ENSCSAG00000000133	TEKT2 (ENSCSAG00000001093)	ADPRS (ENSCSAG00000001094)	COL8A2 (ENSCSAG00000001095)	TRAPPC3 (ENSCSAG00000001096)	MAP7D1 (ENSCSAG00000001097) ##22	THRAP3 (ENSCSAG00000001098)	SH3D21 (ENSCSAG00000001100)	EVA1B (ENSCSAG00000001099)	STK40 (ENSCSAG00000001101)	LSM10 (ENSCSAG00000000134)	OSCP1 (ENSCSAG00000001102)	MRPS15 (ENSCSAG00000001103)	CSF3R (ENSCSAG00000001104)	GRIK3 (ENSCSAG00000001105)	ZC3H12A (ENSCSAG00000001106)	MEAF6 (ENSCSAG00000001107)	SNIP1 (ENSCSAG00000001108)	DNALI1 (ENSCSAG00000001109)	GNL2 (ENSCSAG00000001110)	RSPO1 (ENSCSAG00000001111)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729.d	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737.d	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257.t	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Macaca	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729.d	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737.c	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257.t	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729.c.b	ENSGT00940000158729.c.a	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737.d	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257.t	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Rhesus	MODERN SPECIES		KIAA0319L (ENSMMUG00000019806)	NCDN (ENSMMUG00000019812)	TFAP2E (ENSMMUG00000019815)	PSMB2 (ENSMMUG00000013090)	C1H1orf216 (ENSMMUG00000059270)	CLSPN (ENSMMUG00000010961)	ENSMMUG00000053265	ENSMMUG00000050423	AGO4 (ENSMMUG00000003343)	AGO1 (ENSMMUG00000006251)	AGO3 (ENSMMUG00000006252)	TEKT2 (ENSMMUG00000012028)	ADPRS (ENSMMUG00000050632)	COL8A2 (ENSMMUG00000012031)	TRAPPC3 (ENSMMUG00000022499)	MAP7D1 (ENSMMUG00000022500) ##22	THRAP3 (ENSMMUG00000014622)	SH3D21 (ENSMMUG00000011688)	EVA1B (ENSMMUG00000057604)	STK40 (ENSMMUG00000016212)	LSM10 (ENSMMUG00000017338)	OSCP1 (ENSMMUG00000020432)	MRPS15 (ENSMMUG00000020433)	CSF3R (ENSMMUG00000020434)	ENSMMUG00000053885	GRIK3 (ENSMMUG00000009679)	ZC3H12A (ENSMMUG00000010323)	MEAF6 (ENSMMUG00000010328)	SNIP1 (ENSMMUG00000059855)	DNALI1 (ENSMMUG00000008418)	GNL2 (ENSMMUG00000008419)
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	217	KIAA0319L (ENSMNEG00000034746)	ENSMNEG00000042114	NCDN (ENSMNEG00000036209)	TFAP2E (ENSMNEG00000026563)	PSMB2 (ENSMNEG00000042680)	C1orf216 (ENSMNEG00000011640)	CLSPN (ENSMNEG00000031665)	AGO4 (ENSMNEG00000037723)	AGO1 (ENSMNEG00000028881)	AGO3 (ENSMNEG00000039518)	ENSMNEG00000022567	TEKT2 (ENSMNEG00000034182)	ADPRS (ENSMNEG00000038272)	COL8A2 (ENSMNEG00000043231)	TRAPPC3 (ENSMNEG00000014589)	MAP7D1 (ENSMNEG00000035413) ##22	THRAP3 (ENSMNEG00000018987)	SH3D21 (ENSMNEG00000043158)	EVA1B (ENSMNEG00000041849)	STK40 (ENSMNEG00000038686)	LSM10 (ENSMNEG00000020023)	OSCP1 (ENSMNEG00000043487)	MRPS15 (ENSMNEG00000042543)	CSF3R (ENSMNEG00000033813)	GRIK3 (ENSMNEG00000035057)	ZC3H12A (ENSMNEG00000040453)	MEAF6 (ENSMNEG00000034129)	SNIP1 (ENSMNEG00000004331)	DNALI1 (ENSMNEG00000035462)	GNL2 (ENSMNEG00000043438)	RSPO1 (ENSMNEG00000034664)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729.d	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737.d	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257.t	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Olive baboon	MODERN SPECIES		KIAA0319L (ENSPANG00000010535)	NCDN (ENSPANG00000017888)	TFAP2E (ENSPANG00000004801)	PSMB2 (ENSPANG00000007342)	ENSPANG00000047679	C1orf216 (ENSPANG00000023261)	CLSPN (ENSPANG00000023877)	AGO4 (ENSPANG00000007232)	AGO1 (ENSPANG00000009060)	AGO3 (ENSPANG00000007682)	ENSPANG00000032150	TEKT2 (ENSPANG00000010534)	ADPRS (ENSPANG00000010533)	COL8A2 (ENSPANG00000011822)	TRAPPC3 (ENSPANG00000013869)	MAP7D1 (ENSPANG00000006397) ##22	THRAP3 (ENSPANG00000010532)	SH3D21 (ENSPANG00000019295)	EVA1B (ENSPANG00000023876)	STK40 (ENSPANG00000026394)	LSM10 (ENSPANG00000023172)	OSCP1 (ENSPANG00000009801)	ENSPANG00000009486	CSF3R (ENSPANG00000004799)	ENSPANG00000002642	GRIK3 (ENSPANG00000005822)	ZC3H12A (ENSPANG00000011821)	MEAF6 (ENSPANG00000023016)	SNIP1 (ENSPANG00000016943)	DNALI1 (ENSPANG00000025521)	GNL2 (ENSPANG00000025285)
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729.d	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737.d	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00950000185476	ENSGT00390000015257.t	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	227	ENSCATG00000042306	KIAA0319L (ENSCATG00000043672)	NCDN (ENSCATG00000043234)	TFAP2E (ENSCATG00000032602)	PSMB2 (ENSCATG00000038881)	C1orf216 (ENSCATG00000006919)	CLSPN (ENSCATG00000044080)	AGO4 (ENSCATG00000043421)	AGO1 (ENSCATG00000031521)	AGO3 (ENSCATG00000029748)	ENSCATG00000005617	TEKT2 (ENSCATG00000042764)	ADPRS (ENSCATG00000042745)	COL8A2 (ENSCATG00000032341)	TRAPPC3 (ENSCATG00000041647)	MAP7D1 (ENSCATG00000038724) ##22	THRAP3 (ENSCATG00000038343)	SH3D21 (ENSCATG00000044150)	EVA1B (ENSCATG00000039327)	STK40 (ENSCATG00000039453)	LSM10 (ENSCATG00000006589)	OSCP1 (ENSCATG00000038966)	ENSCATG00000044771	CSF3R (ENSCATG00000038990)	GRIK3 (ENSCATG00000038812)	ZC3H12A (ENSCATG00000037700)	ENSCATG00000006010	ENSCATG00000037164	SNIP1 (ENSCATG00000039335)	DNALI1 (ENSCATG00000037101)	GNL2 (ENSCATG00000026503)
Drill	MODERN SPECIES	996								AGO4 (ENSMLEG00000039490)	AGO1 (ENSMLEG00000038388)	AGO3 (ENSMLEG00000027912)	ENSMLEG00000006923	TEKT2 (ENSMLEG00000019450)	ADPRS (ENSMLEG00000040472)	COL8A2 (ENSMLEG00000044213)	TRAPPC3 (ENSMLEG00000030351)	MAP7D1 (ENSMLEG00000038403) ##22	THRAP3 (ENSMLEG00000028924)	SH3D21 (ENSMLEG00000021402)	STK40 (ENSMLEG00000029415)	LSM10 (ENSMLEG00000025150)	OSCP1 (ENSMLEG00000018880)	ENSMLEG00000040975	CSF3R (ENSMLEG00000039105)	GRIK3 (ENSMLEG00000031025)	ZC3H12A (ENSMLEG00000034570)	ENSMLEG00000021493
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00950000182960.a.a.a.a.b.rb.v	ENSGT00390000015109	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	880	KIAA0319L (ENSRROG00000033805)	ENSRROG00000033752	NCDN (ENSRROG00000042808)	TFAP2E (ENSRROG00000042239)	PSMB2 (ENSRROG00000029102)	C1orf216 (ENSRROG00000023698)	CLSPN (ENSRROG00000030857)	AGO4 (ENSRROG00000035783)	AGO1 (ENSRROG00000044469)	AGO3 (ENSRROG00000042180)	ENSRROG00000027570	TEKT2 (ENSRROG00000039414)	ADPRS (ENSRROG00000030199)	COL8A2 (ENSRROG00000030627)	TRAPPC3 (ENSRROG00000034420)	MAP7D1 (ENSRROG00000045698) ##22	THRAP3 (ENSRROG00000028592)	SH3D21 (ENSRROG00000042801)	EVA1B (ENSRROG00000034651)	STK40 (ENSRROG00000025639)	LSM10 (ENSRROG00000011414)	OSCP1 (ENSRROG00000032439)	MRPS15 (ENSRROG00000045410)	CSF3R (ENSRROG00000040755)	IQCF3 (ENSRROG00000035667)	IQCF2 (ENSRROG00000042169)	IQCF5 (ENSRROG00000011279)	IQCF1 (ENSRROG00000037019)
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	766	KIAA0319L (ENSRBIG00000040947)	ENSRBIG00000041273	NCDN (ENSRBIG00000023812)	TFAP2E (ENSRBIG00000038962)	PSMB2 (ENSRBIG00000034620)	C1orf216 (ENSRBIG00000010891)	CLSPN (ENSRBIG00000030748)	AGO4 (ENSRBIG00000040185)	AGO1 (ENSRBIG00000032611)	AGO3 (ENSRBIG00000043774)	ENSRBIG00000006280	TEKT2 (ENSRBIG00000044673)	ADPRS (ENSRBIG00000004132)	COL8A2 (ENSRBIG00000043182)	TRAPPC3 (ENSRBIG00000043692)	MAP7D1 (ENSRBIG00000032601) ##22	THRAP3 (ENSRBIG00000031284)	SH3D21 (ENSRBIG00000031442)	EVA1B (ENSRBIG00000035344)	STK40 (ENSRBIG00000036383)	LSM10 (ENSRBIG00000001561)	OSCP1 (ENSRBIG00000032588)	MRPS15 (ENSRBIG00000038467)	CSF3R (ENSRBIG00000036474)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000156221.e.a	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536.k.a	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364.i	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156221.e.a	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536.k.a	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364.i	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Marmoset	MODERN SPECIES	19	SFPQ (ENSCJAG00000001431)	ZMYM4 (ENSCJAG00000001447)	KIAA0319L (ENSCJAG00000001486)	NCDN (ENSCJAG00000001525)	TFAP2E (ENSCJAG00000001531)	PSMB2 (ENSCJAG00000038344)	C1orf216 (ENSCJAG00000044395)	CLSPN (ENSCJAG00000001559)	AGO4 (ENSCJAG00000001610)	AGO1 (ENSCJAG00000032023)	AGO3 (ENSCJAG00000031580)	TEKT2 (ENSCJAG00000001705)	ADPRS (ENSCJAG00000001719)	COL8A2 (ENSCJAG00000046041)	TRAPPC3 (ENSCJAG00000001734)	MAP7D1 (ENSCJAG00000001746) ##22	THRAP3 (ENSCJAG00000001754)	SH3D21 (ENSCJAG00000001796)	EVA1B (ENSCJAG00000001807)	STK40 (ENSCJAG00000001818)	LSM10 (ENSCJAG00000044880)	OSCP1 (ENSCJAG00000001826)	MRPS15 (ENSCJAG00000001852)	CSF3R (ENSCJAG00000001860)	GRIK3 (ENSCJAG00000001873)	ZC3H12A (ENSCJAG00000056482)	MEAF6 (ENSCJAG00000001927)	SNIP1 (ENSCJAG00000001963)	DNALI1 (ENSCJAG00000057297)	ENSCJAG00000001998	C1orf109 (ENSCJAG00000062886)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000156221.e.a	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536.k.a	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364.i	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553.r	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	135	ZMYM1 (ENSSBOG00000024618)	ENSSBOG00000024972	ZMYM4 (ENSSBOG00000033026)	KIAA0319L (ENSSBOG00000030468)	NCDN (ENSSBOG00000036150)	TFAP2E (ENSSBOG00000035566)	ENSSBOG00000035339	CLSPN (ENSSBOG00000034344)	AGO4 (ENSSBOG00000026529)	AGO1 (ENSSBOG00000020867)	AGO3 (ENSSBOG00000029981)	TEKT2 (ENSSBOG00000022674)	ADPRS (ENSSBOG00000028837)	COL8A2 (ENSSBOG00000027384)	TRAPPC3 (ENSSBOG00000033429)	MAP7D1 (ENSSBOG00000032444) ##22	THRAP3 (ENSSBOG00000029130)	SH3D21 (ENSSBOG00000032808)	EVA1B (ENSSBOG00000023166)	STK40 (ENSSBOG00000030732)	ENSSBOG00000036413	OSCP1 (ENSSBOG00000014944)	MRPS15 (ENSSBOG00000034679)	CSF3R (ENSSBOG00000029331)	ENSSBOG00000025138	ENSSBOG00000032606	GRIK3 (ENSSBOG00000034275)	ZC3H12A (ENSSBOG00000028357)	MEAF6 (ENSSBOG00000033011)
Capuchin	MODERN SPECIES	277	NCDN (ENSCCAG00000035361)	TFAP2E (ENSCCAG00000014473)	ENSCCAG00000025604	ENSCCAG00000020290	C1orf216 (ENSCCAG00000032404)	ENSCCAG00000032336	CLSPN (ENSCCAG00000020740)	ENSCCAG00000007055	AGO4 (ENSCCAG00000001397)	AGO1 (ENSCCAG00000011823)	AGO3 (ENSCCAG00000034189)	TEKT2 (ENSCCAG00000034337)	ADPRS (ENSCCAG00000029534)	COL8A2 (ENSCCAG00000034498)	TRAPPC3 (ENSCCAG00000016538)	MAP7D1 (ENSCCAG00000023770) ##22	THRAP3 (ENSCCAG00000028401)	SH3D21 (ENSCCAG00000027849)	EVA1B (ENSCCAG00000025930)	STK40 (ENSCCAG00000035718)	ENSCCAG00000037064	CEP63 (ENSCCAG00000027864)	KY (ENSCCAG00000017585)	EPHB1 (ENSCCAG00000024853)	PPP2R3A (ENSCCAG00000034294)	MSL2 (ENSCCAG00000018654)	ENSCCAG00000036817
Mas night monkey	MODERN SPECIES	957	ZMYM4 (ENSANAG00000032379)	ENSANAG00000027043	KIAA0319L (ENSANAG00000030578)	NCDN (ENSANAG00000030003)	TFAP2E (ENSANAG00000033962)	PSMB2 (ENSANAG00000034782)	C1orf216 (ENSANAG00000017316)	CLSPN (ENSANAG00000037355)	AGO4 (ENSANAG00000031428)	AGO1 (ENSANAG00000037711)	AGO3 (ENSANAG00000037735)	TEKT2 (ENSANAG00000027050)	ADPRS (ENSANAG00000027244)	COL8A2 (ENSANAG00000030537)	TRAPPC3 (ENSANAG00000029327)	MAP7D1 (ENSANAG00000015395) ##22	ENSANAG00000032677	ENSANAG00000024479	SH3D21 (ENSANAG00000028854)	EVA1B (ENSANAG00000029581)	STK40 (ENSANAG00000026859)	ENSANAG00000018759	OSCP1 (ENSANAG00000026578)	MRPS15 (ENSANAG00000024978)	CSF3R (ENSANAG00000031691)	ENSANAG00000029021	GRIK3 (ENSANAG00000037814)	ZC3H12A (ENSANAG00000009908)	ENSANAG00000028024	SNIP1 (ENSANAG00000019123)	DNALI1 (ENSANAG00000014001)
Tarsier	MODERN SPECIES	4773												TEKT2 (ENSTSYG00000000204)	ADPRHL2 (ENSTSYG00000011188)	COL8A2 (ENSTSYG00000035637)	TRAPPC3 (ENSTSYG00000000393)	MAP7D1 (ENSTSYG00000001484) ##22	THRAP3 (ENSTSYG00000012214)	SH3D21 (ENSTSYG00000035793)	STK40 (ENSTSYG00000005872)	OSCP1 (ENSTSYG00000010954)	CSF3R (ENSTSYG00000007230)	GRIK3 (ENSTSYG00000000594)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729.e	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729.e	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Mouse lemur	MODERN SPECIES	11	ZMYM4 (ENSMICG00000031294)	KIAA0319L (ENSMICG00000006428)	ENSMICG00000035693	NCDN (ENSMICG00000006440)	TFAP2E (ENSMICG00000046802)	PSMB2 (ENSMICG00000006460)	CLSPN (ENSMICG00000005691)	AGO4 (ENSMICG00000033507)	ENSMICG00000044276	AGO1 (ENSMICG00000016147)	AGO3 (ENSMICG00000016158)	TEKT2 (ENSMICG00000016171)	ADPRS (ENSMICG00000016186)	COL8A2 (ENSMICG00000033642)	TRAPPC3 (ENSMICG00000016250)	MAP7D1 (ENSMICG00000016257) ##22	THRAP3 (ENSMICG00000007920)	SH3D21 (ENSMICG00000027388)	EVA1B (ENSMICG00000044326)	STK40 (ENSMICG00000007931)	OSCP1 (ENSMICG00000007944)	MRPS15 (ENSMICG00000047526)	CSF3R (ENSMICG00000007970)	GRIK3 (ENSMICG00000016437)	ZC3H12A (ENSMICG00000004790)	MEAF6 (ENSMICG00000030115)	SNIP1 (ENSMICG00000044466)	DNALI1 (ENSMICG00000011878)	ENSMICG00000011884	RSPO1 (ENSMICG00000011909)	C1orf109 (ENSMICG00000030638)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	58	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729.e	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	257	ENSPCOG00000006560	ZMYM4 (ENSPCOG00000018590)	KIAA0319L (ENSPCOG00000025777)	NCDN (ENSPCOG00000023262)	TFAP2E (ENSPCOG00000017621)	PSMB2 (ENSPCOG00000024983)	ENSPCOG00000007974	CLSPN (ENSPCOG00000017966)	AGO4 (ENSPCOG00000015935)	AGO1 (ENSPCOG00000022061)	AGO3 (ENSPCOG00000028390)	TEKT2 (ENSPCOG00000026680)	ADPRS (ENSPCOG00000015295)	COL8A2 (ENSPCOG00000018858)	TRAPPC3 (ENSPCOG00000021901)	MAP7D1 (ENSPCOG00000024366) ##22	ENSPCOG00000028655	THRAP3 (ENSPCOG00000027521)	SH3D21 (ENSPCOG00000013355)	EVA1B (ENSPCOG00000022411)	STK40 (ENSPCOG00000024517)	OSCP1 (ENSPCOG00000021088)	MRPS15 (ENSPCOG00000014731)	CSF3R (ENSPCOG00000019162)	GRIK3 (ENSPCOG00000025879)
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	1104								AGO4 (ENSPSMG00000008413)	AGO1 (ENSPSMG00000008155)	AGO3 (ENSPSMG00000007852)	ENSPSMG00000007627	TEKT2 (ENSPSMG00000007624)	ADPRS (ENSPSMG00000007612)	COL8A2 (ENSPSMG00000007598)	TRAPPC3 (ENSPSMG00000007582)	MAP7D1 (ENSPSMG00000007504) ##22	THRAP3 (ENSPSMG00000007350)	SH3D21 (ENSPSMG00000007326)	EVA1B (ENSPSMG00000007322)	STK40 (ENSPSMG00000007309)	LSM10 (ENSPSMG00000007286)	OSCP1 (ENSPSMG00000007256)	MRPS15 (ENSPSMG00000007209)	CSF3R (ENSPSMG00000007169)	GRIK3 (ENSPSMG00000007001)
Bushbaby	MODERN SPECIES	140	ZMYM4 (ENSOGAG00000017019)	KIAA0319L (ENSOGAG00000002092)	NCDN (ENSOGAG00000034366)	TFAP2E (ENSOGAG00000029197)	PSMB2 (ENSOGAG00000002097)	C1orf216 (ENSOGAG00000004230)	CLSPN (ENSOGAG00000004231)	ENSOGAG00000032752	ENSOGAG00000004233	AGO1 (ENSOGAG00000010279)	AGO3 (ENSOGAG00000010290)	TEKT2 (ENSOGAG00000032145)	ADPRS (ENSOGAG00000026312)	COL8A2 (ENSOGAG00000034217)	TRAPPC3 (ENSOGAG00000029810)	MAP7D1 (ENSOGAG00000013476) ##22	THRAP3 (ENSOGAG00000002648)	ENSOGAG00000028592	EVA1B (ENSOGAG00000025550)	STK40 (ENSOGAG00000002651)	LSM10 (ENSOGAG00000002653)	OSCP1 (ENSOGAG00000002654)	ENSOGAG00000002656	CSF3R (ENSOGAG00000002660)	GRIK3 (ENSOGAG00000002138)	ZC3H12A (ENSOGAG00000030940)	MEAF6 (ENSOGAG00000006773)	SNIP1 (ENSOGAG00000008634)	DNALI1 (ENSOGAG00000008639)	GNL2 (ENSOGAG00000008643)	RSPO1 (ENSOGAG00000008648)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157613	ENSGT00940000168628	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Tree shrew	MODERN SPECIES	694																ENSTBEG00000009249 ##22	TRAPPC3 (ENSTBEG00000001735)
Glires	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157613	ENSGT00940000168628	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00940000168628	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	159	ENSCLAG00000009583	ZMYM4 (ENSCLAG00000009236)	KIAA0319L (ENSCLAG00000012151)	NCDN (ENSCLAG00000008627)	TFAP2E (ENSCLAG00000014043)	PSMB2 (ENSCLAG00000011404)	C1orf216 (ENSCLAG00000014133)	CLSPN (ENSCLAG00000009173)	AGO4 (ENSCLAG00000012097)	AGO1 (ENSCLAG00000011507)	AGO3 (ENSCLAG00000013184)	TEKT2 (ENSCLAG00000011534)	ADPRS (ENSCLAG00000013083)	COL8A2 (ENSCLAG00000007777)	TRAPPC3 (ENSCLAG00000007951)	MAP7D1 (ENSCLAG00000011145) ##22	THRAP3 (ENSCLAG00000013043)	ENSCLAG00000014941	EVA1B (ENSCLAG00000012665)	STK40 (ENSCLAG00000008274)	LSM10 (ENSCLAG00000008633)	OSCP1 (ENSCLAG00000008808)	MRPS15 (ENSCLAG00000015562)	CSF3R (ENSCLAG00000013775)	GRIK3 (ENSCLAG00000012617)	ZC3H12A (ENSCLAG00000008722)	MEAF6 (ENSCLAG00000011410)	SNIP1 (ENSCLAG00000014140)	DNALI1 (ENSCLAG00000014051)	GNL2 (ENSCLAG00000012504)	RSPO1 (ENSCLAG00000016364)
Degu	MODERN SPECIES	171	NCDN (ENSODEG00000006887)	TFAP2E (ENSODEG00000004925)	PSMB2 (ENSODEG00000006435)	ENSODEG00000019417	CLSPN (ENSODEG00000006133)	AGO4 (ENSODEG00000006355)	ENSODEG00000007754	AGO1 (ENSODEG00000005321)	AGO3 (ENSODEG00000005161)	ENSODEG00000019305	ENSODEG00000006322	TEKT2 (ENSODEG00000007150)	ADPRS (ENSODEG00000006213)	ENSODEG00000006340	ENSODEG00000007410	MAP7D1 (ENSODEG00000005198) ##22	ENSODEG00000006090	SH3D21 (ENSODEG00000005155)	EVA1B (ENSODEG00000006459)	STK40 (ENSODEG00000005380)	LSM10 (ENSODEG00000019161)	OSCP1 (ENSODEG00000005227)	MRPS15 (ENSODEG00000005390)	CSF3R (ENSODEG00000006285)	GRIK3 (ENSODEG00000005952)	ENSODEG00000019238	ZC3H12A (ENSODEG00000005643)	ENSODEG00000007741	SNIP1 (ENSODEG00000005648)	DNALI1 (ENSODEG00000006719)	ENSODEG00000005679
Guinea pig	MODERN SPECIES	25	ENSCPOG00000015018	ZMYM4 (ENSCPOG00000008336)	KIAA0319L (ENSCPOG00000008350)	NCDN (ENSCPOG00000023962)	TFAP2E (ENSCPOG00000024445)	PSMB2 (ENSCPOG00000036531)	C1orf216 (ENSCPOG00000031562)	ENSCPOG00000011544	AGO4 (ENSCPOG00000011557)	AGO1 (ENSCPOG00000011568)	AGO3 (ENSCPOG00000030524)	TEKT2 (ENSCPOG00000006152)	ADPRS (ENSCPOG00000031369)	COL8A2 (ENSCPOG00000039740)	TRAPPC3 (ENSCPOG00000038851)	MAP7D1 (ENSCPOG00000000559) ##22	ENSCPOG00000037255	THRAP3 (ENSCPOG00000015742)	EVA1B (ENSCPOG00000020754)	STK40 (ENSCPOG00000027226)	LSM10 (ENSCPOG00000039302)	OSCP1 (ENSCPOG00000010874)	MRPS15 (ENSCPOG00000010877)	CSF3R (ENSCPOG00000010879)	GRIK3 (ENSCPOG00000025605)	ZC3H12A (ENSCPOG00000011081)	MEAF6 (ENSCPOG00000025988)	SNIP1 (ENSCPOG00000011083)	DNALI1 (ENSCPOG00000011086)	GNL2 (ENSCPOG00000026804)	RSPO1 (ENSCPOG00000038977)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	26	ENSHGLG00000048349	KIAA0319L (ENSHGLG00000010433)	NCDN (ENSHGLG00000012088)	TFAP2E (ENSHGLG00000035632)	PSMB2 (ENSHGLG00000039477)	C1orf216 (ENSHGLG00000013004)	ENSHGLG00000039952	CLSPN (ENSHGLG00000013282)	AGO4 (ENSHGLG00000010241)	AGO1 (ENSHGLG00000011540)	AGO3 (ENSHGLG00000012538)	TEKT2 (ENSHGLG00000019203)	ADPRS (ENSHGLG00000018720)	ENSHGLG00000033231	ENSHGLG00000013854	MAP7D1 (ENSHGLG00000014101) ##22	THRAP3 (ENSHGLG00000019374)	ENSHGLG00000011928	ENSHGLG00000035766	STK40 (ENSHGLG00000010896)	ENSHGLG00000011625	OSCP1 (ENSHGLG00000011822)	ENSHGLG00000047064	ENSHGLG00000044262	CSF3R (ENSHGLG00000010743)	GRIK3 (ENSHGLG00000011776)	ENSHGLG00000046483	ZC3H12A (ENSHGLG00000012808)	MEAF6 (ENSHGLG00000013675)	SNIP1 (ENSHGLG00000045104)	DNALI1 (ENSHGLG00000012722)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.f	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000156221.i	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.f	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000156221.i	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.f	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	120	ENSUPAG00010000666	ZMYM4 (ENSUPAG00010000592)	KIAA0319L (ENSUPAG00010000550)	NCDN (ENSUPAG00010000503)	TFAP2E (ENSUPAG00010000482)	PSMB2 (ENSUPAG00010000458)	C1orf216 (ENSUPAG00010000447)	CLSPN (ENSUPAG00010000278)	AGO4 (ENSUPAG00010000240)	AGO1 (ENSUPAG00010000213)	AGO3 (ENSUPAG00010000133)	TEKT2 (ENSUPAG00010000079)	ADPRS (ENSUPAG00010000029)	COL8A2 (ENSUPAG00010017659)	TRAPPC3 (ENSUPAG00010017653)	MAP7D1 (ENSUPAG00010017568) ##22	THRAP3 (ENSUPAG00010017531)	SH3D21 (ENSUPAG00010017516)	EVA1B (ENSUPAG00010017508)	STK40 (ENSUPAG00010017491)	ENSUPAG00010017484	OSCP1 (ENSUPAG00010017454)	MRPS15 (ENSUPAG00010017437)	CSF3R (ENSUPAG00010017417)	GRIK3 (ENSUPAG00010017396)	ZC3H12A (ENSUPAG00010017379)	MEAF6 (ENSUPAG00010017344)	SNIP1 (ENSUPAG00010017338)	DNALI1 (ENSUPAG00010017332)	ENSUPAG00010017290	RSPO1 (ENSUPAG00010017283)
Squirrel	MODERN SPECIES	74	KIAA0319L (ENSSTOG00000001767)	ENSSTOG00000022215	NCDN (ENSSTOG00000025477)	TFAP2E (ENSSTOG00000001781)	PSMB2 (ENSSTOG00000001795)	ENSSTOG00000025789	C1orf216 (ENSSTOG00000000870)	CLSPN (ENSSTOG00000021294)	AGO4 (ENSSTOG00000004725)	AGO1 (ENSSTOG00000010857)	AGO3 (ENSSTOG00000025904)	TEKT2 (ENSSTOG00000010245)	ADPRS (ENSSTOG00000010251)	COL8A2 (ENSSTOG00000023344)	TRAPPC3 (ENSSTOG00000010270)	MAP7D1 (ENSSTOG00000010274) ##22	THRAP3 (ENSSTOG00000000602)	EVA1B (ENSSTOG00000023164)	STK40 (ENSSTOG00000027085)	LSM10 (ENSSTOG00000000606)	OSCP1 (ENSSTOG00000000607)	MRPS15 (ENSSTOG00000000608)	CSF3R (ENSSTOG00000000615)	GRIK3 (ENSSTOG00000010632)	ZC3H12A (ENSSTOG00000026842)	MEAF6 (ENSSTOG00000005166)	SNIP1 (ENSSTOG00000025511)	DNALI1 (ENSSTOG00000005196)	GNL2 (ENSSTOG00000005217)	RSPO1 (ENSSTOG00000005254)	C1orf109 (ENSSTOG00000000834)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	15	ENSMMMG00000008037	ZMYM4 (ENSMMMG00000007967)	KIAA0319L (ENSMMMG00000007937)	NCDN (ENSMMMG00000007929)	TFAP2E (ENSMMMG00000007915)	PSMB2 (ENSMMMG00000007906)	C1orf216 (ENSMMMG00000007900)	CLSPN (ENSMMMG00000007847)	AGO4 (ENSMMMG00000007806)	AGO1 (ENSMMMG00000007780)	AGO3 (ENSMMMG00000007745)	TEKT2 (ENSMMMG00000007715)	ADPRS (ENSMMMG00000007700)	COL8A2 (ENSMMMG00000007686)	TRAPPC3 (ENSMMMG00000007674)	MAP7D1 (ENSMMMG00000006325) ##22	THRAP3 (ENSMMMG00000006271)	SH3D21 (ENSMMMG00000006222)	EVA1B (ENSMMMG00000006211)	STK40 (ENSMMMG00000006181)	LSM10 (ENSMMMG00000006179)	ENSMMMG00000006174	MRPS15 (ENSMMMG00000006160)	CSF3R (ENSMMMG00000006145)	ENSMMMG00000006132	GRIK3 (ENSMMMG00000006114)	ZC3H12A (ENSMMMG00000006073)	SNIP1 (ENSMMMG00000006068)	DNALI1 (ENSMMMG00000006059)	GNL2 (ENSMMMG00000006031)	RSPO1 (ENSMMMG00000006021)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		ENSSVLG00005001170	ZMYM4 (ENSSVLG00005001206)	KIAA0319L (ENSSVLG00005001304)	NCDN (ENSSVLG00005001362)	TFAP2E (ENSSVLG00005001387)	PSMB2 (ENSSVLG00005001408)	C1orf216 (ENSSVLG00005001422)	CLSPN (ENSSVLG00005001487)	AGO4 (ENSSVLG00005001696)	AGO1 (ENSSVLG00005001765)	AGO3 (ENSSVLG00005001834)	TEKT2 (ENSSVLG00005001949)	ADPRS (ENSSVLG00005001975)	COL8A2 (ENSSVLG00005001986)	TRAPPC3 (ENSSVLG00005002006)	MAP7D1 (ENSSVLG00005002056) ##22	THRAP3 (ENSSVLG00005002113)	ENSSVLG00005002147	ENSSVLG00005002157	EVA1B (ENSSVLG00005002184)	STK40 (ENSSVLG00005002214)	LSM10 (ENSSVLG00005002235)	OSCP1 (ENSSVLG00005002261)	MRPS15 (ENSSVLG00005002313)	CSF3R (ENSSVLG00005002340)	GRIK3 (ENSSVLG00005002397)	ZC3H12A (ENSSVLG00005002445)	MEAF6 (ENSSVLG00005002483)	SNIP1 (ENSSVLG00005002539)	DNALI1 (ENSSVLG00005002552)	GNL2 (ENSSVLG00005002574)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00940000168628	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	144																ENSDORG00000014136 ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00940000168628	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	117	Sfpq (ENSJJAG00000015633)	Zmym4 (ENSJJAG00000011913)	AU040320 (ENSJJAG00000023709)	Ncdn (ENSJJAG00000012057)	Tfap2e (ENSJJAG00000023486)	ENSJJAG00000015159	5730409E04Rik (ENSJJAG00000009869)	Clspn (ENSJJAG00000023223)	ENSJJAG00000003401	Ago1 (ENSJJAG00000019449)	Ago3 (ENSJJAG00000017436)	Tekt2 (ENSJJAG00000012392)	Adprs (ENSJJAG00000001557)	Col8a2 (ENSJJAG00000010113)	Trappc3 (ENSJJAG00000021017)	Map7d1 (ENSJJAG00000018805) ##22	ENSJJAG00000024064	ENSJJAG00000013087	Eva1b (ENSJJAG00000000205)	Stk40 (ENSJJAG00000013773)	Oscp1 (ENSJJAG00000023834)	Mrps15 (ENSJJAG00000022198)	Csf3r (ENSJJAG00000017669)	Grik3 (ENSJJAG00000017762)	Zc3h12a (ENSJJAG00000004252)	ENSJJAG00000013630	ENSJJAG00000000604	Snip1 (ENSJJAG00000023710)	Dnali1 (ENSJJAG00000002274)	Gnl2 (ENSJJAG00000010798)	Rspo1 (ENSJJAG00000001617)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00940000168628	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	775	Zmym4 (ENSNGAG00000004986)	ENSNGAG00000013255	ENSNGAG00000019339	Ncdn (ENSNGAG00000016923)	Tfap2e (ENSNGAG00000020679)	Psmb2 (ENSNGAG00000002741)	5730409E04Rik (ENSNGAG00000004304)	Clspn (ENSNGAG00000017502)	Ago4 (ENSNGAG00000020544)	Ago1 (ENSNGAG00000017448)	Ago3 (ENSNGAG00000012607)	Tekt2 (ENSNGAG00000015353)	Adprs (ENSNGAG00000015743)	Col8a2 (ENSNGAG00000017271)	Trappc3 (ENSNGAG00000017785)	Map7d1 (ENSNGAG00000019773) ##22	Thrap3 (ENSNGAG00000010876)	Sh3d21 (ENSNGAG00000013731)	Eva1b (ENSNGAG00000021220)	Stk40 (ENSNGAG00000021449)	Lsm10 (ENSNGAG00000015011)	Oscp1 (ENSNGAG00000015958)	Mrps15 (ENSNGAG00000018718)	Csf3r (ENSNGAG00000020143)
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00940000168628	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
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Shrew mouse	MODERN SPECIES	19	Sfpq (MGP_PahariEiJ_G0028818)	Zmym4 (MGP_PahariEiJ_G0028817)	AU040320 (MGP_PahariEiJ_G0028816)	Ncdn (MGP_PahariEiJ_G0028815)	Tfap2e (MGP_PahariEiJ_G0028814)	Psmb2 (MGP_PahariEiJ_G0028813)	5730409E04Rik (MGP_PahariEiJ_G0028812)	Clspn (MGP_PahariEiJ_G0028811)	Ago4 (MGP_PahariEiJ_G0028810)	Ago1 (MGP_PahariEiJ_G0028809)	Ago3 (MGP_PahariEiJ_G0028808)	Tekt2 (MGP_PahariEiJ_G0028807)	Adprs (MGP_PahariEiJ_G0028806)	Col8a2 (MGP_PahariEiJ_G0028805)	Trappc3 (MGP_PahariEiJ_G0028804)	Map7d1 (MGP_PahariEiJ_G0028803) ##22	MGP_PahariEiJ_G0028802	MGP_PahariEiJ_G0028801	Eva1b (MGP_PahariEiJ_G0028800)	Stk40 (MGP_PahariEiJ_G0028799)	Lsm10 (MGP_PahariEiJ_G0028798)	Oscp1 (MGP_PahariEiJ_G0028797)	Mrps15 (MGP_PahariEiJ_G0028796)	Csf3r (MGP_PahariEiJ_G0028795)	Grik3 (MGP_PahariEiJ_G0028794)	Zc3h12a (MGP_PahariEiJ_G0028793)	Meaf6 (MGP_PahariEiJ_G0028792)	Snip1 (MGP_PahariEiJ_G0028791)	Dnali1 (MGP_PahariEiJ_G0028790)	Gnl2 (MGP_PahariEiJ_G0028789)	Rspo1 (MGP_PahariEiJ_G0028788)
Rat	MODERN SPECIES	15	AABR07049918.1 (ENSRNOG00000029310)	Zmym4 (ENSRNOG00000012397)	LOC100294508 (ENSRNOG00000012204)	Ncdn (ENSRNOG00000011751)	Tfap2e (ENSRNOG00000027595)	Psmb2 (ENSRNOG00000011463)	RGD1563072 (ENSRNOG00000021609)	Clspn (ENSRNOG00000011332)	Ago4 (ENSRNOG00000025596)	Ago1 (ENSRNOG00000055915)	Ago3 (ENSRNOG00000034269)	Tekt2 (ENSRNOG00000011033)	Adprs (ENSRNOG00000010849)	Col8a2 (ENSRNOG00000010841)	Trappc3 (ENSRNOG00000010550)	Map7d1 (ENSRNOG00000010237) ##22	Thrap3 (ENSRNOG00000009977)	Sh3d21 (ENSRNOG00000024566)	Eva1b (ENSRNOG00000024818)	Stk40 (ENSRNOG00000025679)	Lsm10 (ENSRNOG00000068296)	Oscp1 (ENSRNOG00000026978)	Mrps15 (ENSRNOG00000008279)	Csf3r (ENSRNOG00000008759)	ENSRNOG00000063670	Grik3 (ENSRNOG00000008992)	Zc3h12a (ENSRNOG00000009131)	Meaf6 (ENSRNOG00000009309)	Snip1 (ENSRNOG00000024889)	Dnali1 (ENSRNOG00000024957)	Gnl2 (ENSRNOG00000009430)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00940000168628	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00940000168628	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871
Prairie vole	MODERN SPECIES	1	Zmym4 (ENSMOCG00000000547)	ENSMOCG00000003001	ENSMOCG00000010938	Ncdn (ENSMOCG00000002663)	Tfap2e (ENSMOCG00000008257)	ENSMOCG00000003664	5730409E04Rik (ENSMOCG00000007468)	Clspn (ENSMOCG00000018907)	Ago4 (ENSMOCG00000005772)	Ago1 (ENSMOCG00000000537)	Ago3 (ENSMOCG00000020568)	Tekt2 (ENSMOCG00000017440)	Adprs (ENSMOCG00000019508)	Col8a2 (ENSMOCG00000012957)	Trappc3 (ENSMOCG00000013847)	Map7d1 (ENSMOCG00000019568) ##22	ENSMOCG00000005500	ENSMOCG00000015795	Eva1b (ENSMOCG00000017606)	Stk40 (ENSMOCG00000019033)	Lsm10 (ENSMOCG00000021943)	Oscp1 (ENSMOCG00000001484)	Mrps15 (ENSMOCG00000004474)	Csf3r (ENSMOCG00000015592)	Grik3 (ENSMOCG00000009075)	ENSMOCG00000009417	Zc3h12a (ENSMOCG00000001899)	Meaf6 (ENSMOCG00000019012)	Snip1 (ENSMOCG00000008716)	Dnali1 (ENSMOCG00000003328)	Gnl2 (ENSMOCG00000016365)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	11	Sfpq (ENSPEMG00000009794)	Zmym4 (ENSPEMG00000022163)	AU040320 (ENSPEMG00000004246)	Ncdn (ENSPEMG00000013918)	Tfap2e (ENSPEMG00000023893)	Psmb2 (ENSPEMG00000001295)	5730409E04Rik (ENSPEMG00000029022)	Clspn (ENSPEMG00000024140)	ENSPEMG00000022651	Ago1 (ENSPEMG00000023313)	Ago3 (ENSPEMG00000024271)	Tekt2 (ENSPEMG00000007126)	Adprs (ENSPEMG00000015344)	Col8a2 (ENSPEMG00000030728)	Trappc3 (ENSPEMG00000017774)	Map7d1 (ENSPEMG00000018714) ##22	Thrap3 (ENSPEMG00000023512)	Sh3d21 (ENSPEMG00000022518)	Eva1b (ENSPEMG00000017056)	Stk40 (ENSPEMG00000010968)	Lsm10 (ENSPEMG00000029690)	Oscp1 (ENSPEMG00000021248)	Mrps15 (ENSPEMG00000022897)	Csf3r (ENSPEMG00000021902)	Grik3 (ENSPEMG00000020816)	Zc3h12a (ENSPEMG00000024080)	Meaf6 (ENSPEMG00000023877)	Snip1 (ENSPEMG00000021090)	Dnali1 (ENSPEMG00000020987)	Gnl2 (ENSPEMG00000021234)	Rspo1 (ENSPEMG00000021279)
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b.e	ENSGT00950000182986.b.f	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Golden Hamster	MODERN SPECIES	783							5730409E04Rik (ENSMAUG00000019105)	Clspn (ENSMAUG00000016563)	Ago4 (ENSMAUG00000021743)	Ago1 (ENSMAUG00000015189)	Ago3 (ENSMAUG00000010128)	Tekt2 (ENSMAUG00000011830)	Adprs (ENSMAUG00000017195)	Col8a2 (ENSMAUG00000000665)	Trappc3 (ENSMAUG00000019950)	ENSMAUG00000016543 ##22	Thrap3 (ENSMAUG00000019723)	Sh3d21 (ENSMAUG00000014506)	Eva1b (ENSMAUG00000010494)	Stk40 (ENSMAUG00000014659)	Oscp1 (ENSMAUG00000004945)	Mrps15 (ENSMAUG00000021202)	Csf3r (ENSMAUG00000001404)	Grik3 (ENSMAUG00000018300)	Zc3h12a (ENSMAUG00000012893)	Meaf6 (ENSMAUG00000009391)	Snip1 (ENSMAUG00000015995)	Dnali1 (ENSMAUG00000008689)	Gnl2 (ENSMAUG00000018529)	Rspo1 (ENSMAUG00000017138)	9930104L06Rik (ENSMAUG00000001306)
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	111	AU040320 (ENSCGRG00001012798)	Ncdn (ENSCGRG00001016309)	Tfap2e (ENSCGRG00001004504)	Psmb2 (ENSCGRG00001009469)	ENSCGRG00001003912	5730409E04Rik (ENSCGRG00001001609)	Clspn (ENSCGRG00001014483)	Ago4 (ENSCGRG00001002701)	Ago1 (ENSCGRG00001022708)	Ago3 (ENSCGRG00001024614)	Tekt2 (ENSCGRG00001021518)	Adprs (ENSCGRG00001023363)	Col8a2 (ENSCGRG00001019144)	ENSCGRG00001020476	Trappc3 (ENSCGRG00001020776)	Map7d1 (ENSCGRG00001022850) ##22	Thrap3 (ENSCGRG00001003105)	Sh3d21 (ENSCGRG00001013521)	Eva1b (ENSCGRG00001016486)	ENSCGRG00001000587	ENSCGRG00001004317	Oscp1 (ENSCGRG00001012967)	Mrps15 (ENSCGRG00001019050)	Csf3r (ENSCGRG00001021810)	Grik3 (ENSCGRG00001012192)	Zc3h12a (ENSCGRG00001015497)	Meaf6 (ENSCGRG00001006760)	Snip1 (ENSCGRG00001010414)	Dnali1 (ENSCGRG00001012511)	Gnl2 (ENSCGRG00001016733)	Rspo1 (ENSCGRG00001017490)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00390000012030.a	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000168963	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000156553	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524
Pika	MODERN SPECIES	5162												TEKT2 (ENSOPRG00000013852)	ADPRS (ENSOPRG00000013870)	COL8A2 (ENSOPRG00000013887)	TRAPPC3 (ENSOPRG00000013890)	ENSOPRG00000013899 ##22
Rabbit	MODERN SPECIES	437	NCDN (ENSOCUG00000013183)	TFAP2E (ENSOCUG00000013190)	PSMB2 (ENSOCUG00000013198)	C1orf216 (ENSOCUG00000009123)	CLSPN (ENSOCUG00000017387)	AGO4 (ENSOCUG00000004076)	ENSOCUG00000008679	AGO1 (ENSOCUG00000023116)	AGO3 (ENSOCUG00000006255)	ENSOCUG00000035817	ENSOCUG00000027798	TEKT2 (ENSOCUG00000029722)	ADPRS (ENSOCUG00000011038)	COL8A2 (ENSOCUG00000011042)	TRAPPC3 (ENSOCUG00000011044)	MAP7D1 (ENSOCUG00000001551) ##22	THRAP3 (ENSOCUG00000005323)	ENSOCUG00000003260	ENSOCUG00000002287	STK40 (ENSOCUG00000005325)	OSCP1 (ENSOCUG00000005337)	MRPS15 (ENSOCUG00000005675)	CSF3R (ENSOCUG00000011231)	GRIK3 (ENSOCUG00000005581)	ZC3H12A (ENSOCUG00000010856)	MEAF6 (ENSOCUG00000010862)	SNIP1 (ENSOCUG00000010867)	DNALI1 (ENSOCUG00000010871)	GNL2 (ENSOCUG00000010877)	ENSOCUG00000010888	ENSOCUG00000021550
Platypus	MODERN SPECIES	7	SFPQ (ENSOANG00000047356)	ZMYM4 (ENSOANG00000010569)	ENSOANG00000049345	ENSOANG00000010567	NCDN (ENSOANG00000047629)	TFAP2E (ENSOANG00000013427)	PSMB2 (ENSOANG00000013424)	ENSOANG00000002084	AGO4 (ENSOANG00000002082)	AGO1 (ENSOANG00000002080)	AGO3 (ENSOANG00000002078)	TEKT2 (ENSOANG00000002075)	ADPRS (ENSOANG00000038562)	ENSOANG00000050098	TRAPPC3 (ENSOANG00000002072)	MAP7D1 (ENSOANG00000036062) ##22	THRAP3 (ENSOANG00000002070)	EVA1B (ENSOANG00000038945)	STK40 (ENSOANG00000002067)	ENSOANG00000042771	OSCP1 (ENSOANG00000002064)	MRPS15 (ENSOANG00000042130)	ENSOANG00000002062	GRIK3 (ENSOANG00000002061)	ZC3H12A (ENSOANG00000002060)	MEAF6 (ENSOANG00000002059)	SNIP1 (ENSOANG00000036482)	DNALI1 (ENSOANG00000002058)	GNL2 (ENSOANG00000002057)	RSPO1 (ENSOANG00000002054)	ENSOANG00000002053
Anura	ANCESTRAL SPECIES	132	ENSGT00940000159550	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000013601	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00640000091536	ENSGT00390000001867	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000158729	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00390000015369	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a	ENSGT00940000164972	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000158915	ENSGT00390000001737	ENSGT00390000004808	ENSGT00510000048364	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	5	SNIP1 (ENSLLEG00000002127)	ENSLLEG00000002120	ENSLLEG00000002106	RSPO1 (ENSLLEG00000002099)	GNL2 (ENSLLEG00000001992)	ENSLLEG00000001946	ENSLLEG00000001934	ENSLLEG00000001930	ENSLLEG00000001896	ENSLLEG00000001882	COL8A2 (ENSLLEG00000001867)	TRAPPC3 (ENSLLEG00000001844)	ENSLLEG00000001831	ENSLLEG00000001791	ENSLLEG00000001767	MAP7D1 (ENSLLEG00000001739) ##22	ENSLLEG00000001718	THRAP3 (ENSLLEG00000001669)	ENSLLEG00000001645	ENSLLEG00000001593	ENSLLEG00000001571	CSF3R (ENSLLEG00000001535)	MRPS15 (ENSLLEG00000001489)	OSCP1 (ENSLLEG00000001452)	ENSLLEG00000001440	LSM10 (ENSLLEG00000001424)	STK40 (ENSLLEG00000001376)	ENSLLEG00000001354	ENSLLEG00000001334	ENSLLEG00000001308	ENSLLEG00000001154
Frog	MODERN SPECIES	2	zmym4 (ENSXETG00000009675)	kiaa0319l (ENSXETG00000039085)	ncdn (ENSXETG00000009669)	tfap2e (ENSXETG00000027719)	c1orf216 (ENSXETG00000009667)	ago4 (ENSXETG00000009664)	clspn (ENSXETG00000009662)	psmb2 (ENSXETG00000009668)	ago1 (ENSXETG00000004364)	ago3 (ENSXETG00000042716)	tekt2 (ENSXETG00000004373)	adprs (ENSXETG00000004374)	col8a2 (ENSXETG00000004376)	trappc3 (ENSXETG00000004378)	ENSXETG00000004379	map7d1 (ENSXETG00000004382) ##22	ENSXETG00000047207	thrap3 (ENSXETG00000003925)	sh3d21 (ENSXETG00000030848)	csf3r (ENSXETG00000003916)	zbtb8b (ENSXETG00000003914)	nipal3 (ENSXETG00000003907)	stpg1 (ENSXETG00000031811)	grhl3 (ENSXETG00000003899)	cyp4f2 (ENSXETG00000027109)	ENSXETG00000037297	ifnlr1 (ENSXETG00000031947)	il22ra1 (ENSXETG00000048975)	myom3 (ENSXETG00000005275)	XB5907626 [provisional:fabp1] (ENSXETG00000005274)	srsf10 (ENSXETG00000036317)
Coelacanth	MODERN SPECIES	249	KIAA0319L (ENSLACG00000015470)	NCDN (ENSLACG00000015791)	TFAP2E (ENSLACG00000015883)	PSMB2 (ENSLACG00000016163)	C1orf216 (ENSLACG00000016550)	CLSPN (ENSLACG00000016826)	AGO4 (ENSLACG00000016888)	AGO1 (ENSLACG00000017009)	TEKT2 (ENSLACG00000017301)	ADPRS (ENSLACG00000017349)	ENSLACG00000017370	COL8A2 (ENSLACG00000017396)	TRAPPC3 (ENSLACG00000017830)	angpt2b (ENSLACG00000017925)	ENSLACG00000017969	MAP7D1 (ENSLACG00000018102) ##22	THRAP3 (ENSLACG00000018229)	ENSLACG00000018225	eva1ba (ENSLACG00000022189)	CHD1 (ENSLACG00000018415)	ENSLACG00000018455	RGMB (ENSLACG00000018463)
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	153													ENSGT00940000163282	ENSGT00940000157531	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00940000161202	ENSGT01050000244848.B.b	ENSGT01050000244848.B.a.b	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00810000125524
Reedfish	MODERN SPECIES	5	pigv (ENSECRG00000018504)	ARID1A (ENSECRG00000018433)	tbxta (ENSECRG00000018388)	gpn2 (ENSECRG00000018368)	gpatch3 (ENSECRG00000018324)	nudc (ENSECRG00000018283)	nr0b2a (ENSECRG00000018264)	ENSECRG00000018244	tpbga (ENSECRG00000018227)	tmem222a (ENSECRG00000018153)	wdtc1 (ENSECRG00000018055)	ENSECRG00000018025	ENSECRG00000017999	ENSECRG00000017973	ENSECRG00000017909	map7d1a (ENSECRG00000017823) ##22	ENSECRG00000017791	ENSECRG00000017775	THRAP3 (ENSECRG00000017732)	sh3d21 (ENSECRG00000017668)	ENSECRG00000017616	mrps15 (ENSECRG00000017586)	ENSECRG00000017570	ENSECRG00000017548	oscp1a (ENSECRG00000017499)	LSM10 (ENSECRG00000017463)	STK40 (ENSECRG00000017419)	eva1ba (ENSECRG00000017402)	GRIK3 (ENSECRG00000017341)	ENSECRG00000017297	zc3h12ab (ENSECRG00000017281)
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	56															ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808	ENSGT00940000171263	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00950000183199.a.b	ENSGT00940000163576	ENSGT00940000161202	ENSGT01050000244848.B.b	ENSGT01050000244848.B.a.b	ENSGT00940000160262	ENSGT00940000162179.e.a.b
Spotted gar	MODERN SPECIES	672	ldlrap1b (ENSLOCG00000002632)	maco1b (ENSLOCG00000002652)	rhd (ENSLOCG00000002671)	tmem50a (ENSLOCG00000002702)	mgst3b (ENSLOCG00000002714)	syf2 (ENSLOCG00000002728)	runx3 (ENSLOCG00000002744)	clic4 (ENSLOCG00000002762)	SRRM1 (ENSLOCG00000002785)	rcan3 (ENSLOCG00000002797)	nipal3 (ENSLOCG00000002817)	ENSLOCG00000002832	ENSLOCG00000002868	stpg1 (ENSLOCG00000002882)	MAP3K6 (ENSLOCG00000002899)	map7d1a (ENSLOCG00000002929) ##22	ENSLOCG00000002939	sh3d21 (ENSLOCG00000002978)	cited4b (ENSLOCG00000018276)	ENSLOCG00000002995	SCMH1 (ENSLOCG00000003009)	foxo6b (ENSLOCG00000003028)	med18 (ENSLOCG00000003042)	ppp1r8a (ENSLOCG00000003050)	THEMIS2 (ENSLOCG00000003069)	rpa2 (ENSLOCG00000003082)	eva1bb (ENSLOCG00000003102)	STK40 (ENSLOCG00000003116)	LSM10 (ENSLOCG00000018277)	oscp1a (ENSLOCG00000003127)	mrps15 (ENSLOCG00000003165)
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	4												ENSGT00940000166920	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT01030000235168	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00390000005813
Clupeocephala	DUPLICATION
Clupeocephala	DUPLICATION
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.a.a ##22
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.a.a ##22
Otophysi	DUPLICATION
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.a.a.a ##22
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.a.a.a ##22
Zebrafish	DUPLICATION
Zebrafish	MODERN SPECIES	10	ENSDARG00000103106	TRAPPC9 (ENSDARG00000099118)	rragcb (ENSDARG00000099049)	fhl3b (ENSDARG00000104315)	ENSDARG00000100909	ENSDARG00000105241	btr25 (ENSDARG00000102018)	ENSDARG00000102143	ENSDARG00000099509	meaf6 (ENSDARG00000101216)	stpg1 (ENSDARG00000103765)	ENSDARG00000113654	map7d1b (ENSDARG00000104701) ##22	ENSDARG00000101490 ##22	ENSDARG00000103395 ##22	ENSDARG00000102533 ##22	ENSDARG00000089402 ##22	thrap3b (ENSDARG00000098228)	eva1bb (ENSDARG00000100698)	LSM10 (ENSDARG00000101222)	oscp1a (ENSDARG00000104403)	zc3h12ab (ENSDARG00000101034)	ENSDARG00000100046	ENSDARG00000105283	ENSDARG00000102913	ENSDARG00000102992	ENSDARG00000100450	btr18 (ENSDARG00000103618)	ENSDARG00000100539	ENSDARG00000112881	smim13 (ENSDARG00000089204)
Zebrafish	MODERN SPECIES	10	TRAPPC9 (ENSDARG00000099118)	rragcb (ENSDARG00000099049)	fhl3b (ENSDARG00000104315)	ENSDARG00000100909	ENSDARG00000105241	btr25 (ENSDARG00000102018)	ENSDARG00000102143	ENSDARG00000099509	meaf6 (ENSDARG00000101216)	stpg1 (ENSDARG00000103765)	ENSDARG00000113654	map7d1b (ENSDARG00000104701) ##22	ENSDARG00000101490 ##22	ENSDARG00000103395 ##22	ENSDARG00000102533 ##22	ENSDARG00000089402 ##22	thrap3b (ENSDARG00000098228)	eva1bb (ENSDARG00000100698)	LSM10 (ENSDARG00000101222)	oscp1a (ENSDARG00000104403)	zc3h12ab (ENSDARG00000101034)	ENSDARG00000100046	ENSDARG00000105283	ENSDARG00000102913	ENSDARG00000102992	ENSDARG00000100450	btr18 (ENSDARG00000103618)	ENSDARG00000100539	ENSDARG00000112881	smim13 (ENSDARG00000089204)	nedd9 (ENSDARG00000089878)
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.a.a.a ##22
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.a.a.a ##22
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.a.a.a ##22
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	6	ddx19a (ENSAMXG00000015325)	ENSAMXG00000034791	VWA5B1 (ENSAMXG00000032840)	CAMK2N1 (ENSAMXG00000032815)	mul1b (ENSAMXG00000036074)	fam43b (ENSAMXG00000024828)	ENSAMXG00000008981	ENSAMXG00000042708	cdaa (ENSAMXG00000034539)	pink1 (ENSAMXG00000038123)	agmat (ENSAMXG00000030343)	DNAJC16 (ENSAMXG00000018083)	iyd (ENSAMXG00000030031)	selenoi (ENSAMXG00000042381)	ppp1r14c (ENSAMXG00000037953)	ENSAMXG00000041374 ##22	ENSAMXG00000025984	ENSAMXG00000038595	cyp17a2 (ENSAMXG00000043927)	egr4 (ENSAMXG00000030340)	ENSAMXG00000034155	DCLK2 (ENSAMXG00000040052)	ENSAMXG00000036777	FHIP1A (ENSAMXG00000004939)	ENSAMXG00000004935	ENSAMXG00000043047	cptp (ENSAMXG00000004933)	ints11 (ENSAMXG00000038758)	ENSAMXG00000041584	ACAP3 (ENSAMXG00000004927)	ube2j2 (ENSAMXG00000004921)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.a.a.b ##22
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.a.a.b ##22
Zebrafish	DUPLICATION
Zebrafish	MODERN SPECIES	10	kcnk9 (ENSDARG00000104563)	ENSDARG00000103106	TRAPPC9 (ENSDARG00000099118)	rragcb (ENSDARG00000099049)	fhl3b (ENSDARG00000104315)	ENSDARG00000100909	ENSDARG00000105241	btr25 (ENSDARG00000102018)	ENSDARG00000102143	ENSDARG00000099509	meaf6 (ENSDARG00000101216)	stpg1 (ENSDARG00000103765)	ENSDARG00000113654	map7d1b (ENSDARG00000104701) ##22	ENSDARG00000101490 ##22	ENSDARG00000103395 ##22	ENSDARG00000102533 ##22	ENSDARG00000089402 ##22	thrap3b (ENSDARG00000098228)	eva1bb (ENSDARG00000100698)	LSM10 (ENSDARG00000101222)	oscp1a (ENSDARG00000104403)	zc3h12ab (ENSDARG00000101034)	ENSDARG00000100046	ENSDARG00000105283	ENSDARG00000102913	ENSDARG00000102992	ENSDARG00000100450	btr18 (ENSDARG00000103618)	ENSDARG00000100539	ENSDARG00000112881
Zebrafish	MODERN SPECIES	10	ENSDARG00000079654	kcnk9 (ENSDARG00000104563)	ENSDARG00000103106	TRAPPC9 (ENSDARG00000099118)	rragcb (ENSDARG00000099049)	fhl3b (ENSDARG00000104315)	ENSDARG00000100909	ENSDARG00000105241	btr25 (ENSDARG00000102018)	ENSDARG00000102143	ENSDARG00000099509	meaf6 (ENSDARG00000101216)	stpg1 (ENSDARG00000103765)	ENSDARG00000113654	map7d1b (ENSDARG00000104701) ##22	ENSDARG00000101490 ##22	ENSDARG00000103395 ##22	ENSDARG00000102533 ##22	ENSDARG00000089402 ##22	thrap3b (ENSDARG00000098228)	eva1bb (ENSDARG00000100698)	LSM10 (ENSDARG00000101222)	oscp1a (ENSDARG00000104403)	zc3h12ab (ENSDARG00000101034)	ENSDARG00000100046	ENSDARG00000105283	ENSDARG00000102913	ENSDARG00000102992	ENSDARG00000100450	btr18 (ENSDARG00000103618)	ENSDARG00000100539
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.a.a ##22
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.a.a ##22
Cod	MODERN SPECIES	18	ENSGMOG00000025618	ENSGMOG00000027948	gja10a (ENSGMOG00000002098)	ENSGMOG00000029715	ENSGMOG00000030418	ENSGMOG00000036440	ENSGMOG00000001776	ENSGMOG00000031697	ENSGMOG00000029140	ENSGMOG00000028769	ENSGMOG00000030873	ENSGMOG00000019348	ENSGMOG00000027382	ENSGMOG00000029480	ENSGMOG00000019382	ENSGMOG00000029632 ##22	ENSGMOG00000033270	ahi1 (ENSGMOG00000019402)	slc18b1 (ENSGMOG00000028735)	slc18b1 (ENSGMOG00000030233)	slc18b1 (ENSGMOG00000019410)	ENSGMOG00000019415	ENSGMOG00000023735	ENSGMOG00000019433	rmnd1 (ENSGMOG00000019502)	ENSGMOG00000033787	stx11a (ENSGMOG00000034568)	fbxo30a (ENSGMOG00000025323)	ENSGMOG00000026983	ENSGMOG00000016082	ENSGMOG00000034655
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.a.b ##22
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.a.b ##22
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.a.b ##22
Cod	MODERN SPECIES	19	ENSGMOG00000025532	ENSGMOG00000022940	ENSGMOG00000033659	ENSGMOG00000029166	ENSGMOG00000028407	etfb (ENSGMOG00000009792)	ENSGMOG00000023830	ENSGMOG00000031015	iglon5 (ENSGMOG00000030867)	ENSGMOG00000024736	ENSGMOG00000023507	ENSGMOG00000019418	ago1 (ENSGMOG00000019413)	dhdds (ENSGMOG00000001113)	ENSGMOG00000025369	MAP7D1 (ENSGMOG00000024856) ##22	ENSGMOG00000035895	ENSGMOG00000006557	eva1ba (ENSGMOG00000033967)	hint3 (ENSGMOG00000006588)	ENSGMOG00000034923	trmt11 (ENSGMOG00000006618)	RNF146 (ENSGMOG00000035264)	tent5ba (ENSGMOG00000019728)	zdhhc18a (ENSGMOG00000001179)	pigv (ENSGMOG00000001161)	ARID1A (ENSGMOG00000001024)	gpn2 (ENSGMOG00000001010)	GPATCH3 (ENSGMOG00000000991)	nr0b2a (ENSGMOG00000000984)	ENSGMOG00000024982
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01030000235133	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i	ENSGT00940000153295.a.a
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	109															ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT01030000235168	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	56	ENSGT00940000157582.g	ENSGT00950000183053.A.a.b	ENSGT00940000157218.A	ENSGT01030000234623.a.a.b.a	ENSGT00990000203824	ENSGT01030000234597.b.a.b.c.b	ENSGT00940000161438	ENSGT00940000157151.c	ENSGT00940000164800	ENSGT00940000164873	ENSGT00390000002144	ENSGT00910000144179.b.b.o.a	ENSGT00530000063624.C.b	ENSGT00940000157999	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT01030000235168	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157218.A	ENSGT01030000234623.a.a.b.a	ENSGT00990000203824	ENSGT01030000234597.b.a.b.c.b	ENSGT00940000161438	ENSGT00940000157151.c	ENSGT00940000178073	ENSGT00410000025596.a.b.a	ENSGT00940000164800	ENSGT00940000164873	ENSGT00390000002144	ENSGT00910000144179.b.b.o.a	ENSGT00530000063624.C.b	ENSGT00940000157999	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT01030000235168	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157218.A	ENSGT01030000234623.a.a.b.a	ENSGT00990000203824	ENSGT01030000234597.b.a.b.c.b	ENSGT00940000161438	ENSGT00940000157151.c	ENSGT00940000178073	ENSGT00410000025596.a.b.a	ENSGT00940000164800	ENSGT00940000164873	ENSGT00390000002144	ENSGT00910000144179.b.b.o.a	ENSGT00530000063624.C.b	ENSGT00940000157999	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT01030000235168	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	7							ENSGT00940000178073	ENSGT00410000025596.a.b.a	ENSGT00940000164800	ENSGT00940000164873	ENSGT00390000002144	ENSGT00910000144179.b.b.o.a	ENSGT00530000063624.C.b	ENSGT00940000157999	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT01030000235168	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	138										rab42b (ENSPNAG00000014821)	taf12 (ENSPNAG00000003268)	ctps1b (ENSPNAG00000014866)	cited4b (ENSPNAG00000003315)	SCMH1 (ENSPNAG00000014937)	MAP3K6 (ENSPNAG00000004700)	map7d1a (ENSPNAG00000003361) ##22	THRAP3 (ENSPNAG00000015136)	sh3d21 (ENSPNAG00000015238)	eva1ba (ENSPNAG00000015261)	STK40 (ENSPNAG00000015317)	OSCP1 (ENSPNAG00000015372)	ENSPNAG00000015385	mrps15 (ENSPNAG00000015400)	csf3r (ENSPNAG00000015415)	GRIK3 (ENSPNAG00000003389)	ZC3H12A (ENSPNAG00000015494)	ENSPNAG00000015519	INPP5B (ENSPNAG00000015577)	mtf1 (ENSPNAG00000015605)	yrdc (ENSPNAG00000015625)	MANEAL (ENSPNAG00000015638)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	1	prpf31 (ENSAMXG00000012329)	ENSAMXG00000012311	leng1 (ENSAMXG00000012294)	RSPO2 (ENSAMXG00000037389)	eif3ea (ENSAMXG00000040417)	emc2 (ENSAMXG00000039406)	ENSAMXG00000040414	ENSAMXG00000032787	ENSAMXG00000001945	rab42b (ENSAMXG00000038342)	taf12 (ENSAMXG00000042121)	ctps1b (ENSAMXG00000001913)	ENSAMXG00000034018	scmh1 (ENSAMXG00000036301)	MAP3K6 (ENSAMXG00000001890)	map7d1a (ENSAMXG00000001876) ##22	THRAP3 (ENSAMXG00000001863)	sh3d21 (ENSAMXG00000001850)	eva1ba (ENSAMXG00000041799)	STK40 (ENSAMXG00000029312)	OSCP1 (ENSAMXG00000042434)	ENSAMXG00000001798	mrps15 (ENSAMXG00000001781)	csf3r (ENSAMXG00000001766)	GRIK3 (ENSAMXG00000001749)	ENSAMXG00000031100	ENSAMXG00000042004	ZC3H12A (ENSAMXG00000001736)	ENSAMXG00000034489	ENSAMXG00000037974	INPP5B (ENSAMXG00000001691)
Electric eel	MODERN SPECIES	52	HIVEP3 (ENSEEEG00000006754)	SERINC2 (ENSEEEG00000006747)	ENSEEEG00000006746	ENSEEEG00000006744	paqr7b (ENSEEEG00000006743)	ptprub (ENSEEEG00000006734)	ENSEEEG00000006731	rab42b (ENSEEEG00000006729)	taf12 (ENSEEEG00000006728)	ctps1b (ENSEEEG00000006717)	cited4b (ENSEEEG00000006711)	ENSEEEG00000006710	ENSEEEG00000006709	scmh1 (ENSEEEG00000006708)	MAP3K6 (ENSEEEG00000006701)	map7d1a (ENSEEEG00000006695) ##22	ENSEEEG00000006694	sh3d21 (ENSEEEG00000006689)	eva1ba (ENSEEEG00000006686)	nsun5 (ENSEEEG00000006685)	ripk4 (ENSEEEG00000006681)	zgc:110006 (ENSEEEG00000006680)	SUPT20H (ENSEEEG00000006261)	exosc8 (ENSEEEG00000006234)	alg5 (ENSEEEG00000006226)	ENSEEEG00000006222	rfxap (ENSEEEG00000006221)	SERTM1 (ENSEEEG00000006219)	ccna1 (ENSEEEG00000006207)	sparta (ENSEEEG00000006205)	ENSEEEG00000006204
Channel catfish	MODERN SPECIES		cyp4t8 (ENSIPUG00000014649)	Ppp1r8 (ENSIPUG00000014723)	themis2 (ENSIPUG00000014758)	Rpa2 (ENSIPUG00000014790)	smpdl3b (ENSIPUG00000014863)	mecr (ENSIPUG00000014921)	LIN28A (ENSIPUG00000014952)	ENSIPUG00000014960	MANEAL (ENSIPUG00000014973)	yrdc (ENSIPUG00000014985)	Mtf1 (ENSIPUG00000015020)	inpp5b (ENSIPUG00000015075)	ENSIPUG00000015128	Zc3h12a (ENSIPUG00000015158)	GRIK3 (ENSIPUG00000015183)	map7d1 (ENSIPUG00000015269) ##22	THRAP3 (ENSIPUG00000015339)	Cd2ap (ENSIPUG00000015399)	Eva1b (ENSIPUG00000015458)	stk40 (ENSIPUG00000015473)	Oscp1 (ENSIPUG00000015510)	pl8l1 (ENSIPUG00000015558)	mrps15 (ENSIPUG00000015599)	csf3r (ENSIPUG00000015617)	ENSIPUG00000015639	SCMH1 (ENSIPUG00000015680)	CITED3 (ENSIPUG00000015725)	ctps1b (ENSIPUG00000015748)	taf12 (ENSIPUG00000015799)	RAB39B (ENSIPUG00000015874)	ENSIPUG00000015908
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000157218.A	ENSGT01030000234623.a.a.b.a	ENSGT00990000203824	ENSGT01030000234597.b.a.b.c.a	ENSGT01030000234597.b.a.b.c.b	ENSGT00940000161438	ENSGT00940000157151.c	ENSGT00940000164800	ENSGT00940000164873.f	ENSGT00940000164873.e	ENSGT00390000002144	ENSGT00910000144179.b.b.o.a	ENSGT00530000063624.C.b	ENSGT00940000157999	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT01030000235168	ENSGT00390000001737	ENSGT00390000018500.b.b.a	ENSGT00940000155892	ENSGT00940000155619.j.a	ENSGT01030000235403	ENSGT01030000235163	ENSGT00390000016225	ENSGT00940000153801.b	ENSGT00950000183108.b.a.b
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000157218.A.b	ENSGT01030000234623.a.a.b.a.e	ENSGT00990000203824.b	ENSGT01030000234597.b.a.b.c.b	ENSGT00940000161438.c	ENSGT00940000157151.c.b	ENSGT00940000164800.c	ENSGT00940000164873.f	ENSGT00390000002144.gb	ENSGT00940000164873.e.a	ENSGT00390000002144.fb.a	ENSGT00910000144179.b.b.o.a.d	ENSGT00530000063624.C.b.h	ENSGT00940000157999.z	ENSGT00940000159398.e	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b.a ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab.b	ENSGT00940000160627.i	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b.d	ENSGT00950000182986.b.a	ENSGT00390000004808.e.d	ENSGT01030000235168.a	ENSGT00390000001737.r	ENSGT00390000018500.b.b.a.b	ENSGT00940000155892.f	ENSGT00940000155619.j.a.c	ENSGT00390000016225.l	ENSGT00940000153801.b.l	ENSGT00950000183108.b.a.b.d	ENSGT00950000182991.A.a.c.a.b.f	ENSGT00390000014242.l.a
Goldfish	MODERN SPECIES	7	akirin1 (ENSCARG00000012946)	rhbdl2 (ENSCARG00000012940)	GJA9 (ENSCARG00000012937)	rragca (ENSCARG00000012929)	pou3f1 (ENSCARG00000012924)	utp11 (ENSCARG00000012919)	FHL3 (ENSCARG00000012912)	ptprub (ENSCARG00000009039)	ENSCARG00000008863	rab42b (ENSCARG00000008855)	taf12 (ENSCARG00000008850)	ctps1b (ENSCARG00000008731)	cited4b (ENSCARG00000008702)	SCMH1 (ENSCARG00000008621)	ENSCARG00000007670	map7d1a (ENSCARG00000007511) ##22	THRAP3 (ENSCARG00000007470)	sh3d21 (ENSCARG00000007452)	eva1ba (ENSCARG00000007440)	STK40 (ENSCARG00000007427)	OSCP1 (ENSCARG00000007397)	ENSCARG00000007365	mrps15 (ENSCARG00000007353)	sh3bp5b (ENSCARG00000007340)	capn7 (ENSCARG00000007054)	ENSCARG00000006998	PIK3R4 (ENSCARG00000006883)	decr1 (ENSCARG00000006829)	CALB1 (ENSCARG00000006811)	pnp4b (ENSCARG00000006776)	TDP2 (ENSCARG00000006763)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000157218.A.b	ENSGT01030000234623.a.a.b.a.e	ENSGT00990000203824.b	ENSGT01030000234597.b.a.b.c.b	ENSGT00940000161438.c	ENSGT00940000157151.c.b	ENSGT00940000164800.c	ENSGT00940000164873.f	ENSGT00390000002144.gb	ENSGT00940000164873.e.a	ENSGT00390000002144.fb.a	ENSGT00910000144179.b.b.o.a.d	ENSGT00530000063624.C.b.h	ENSGT00940000157999.z	ENSGT00940000159398.e	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b.a ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab.b	ENSGT00940000160627.i	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b.d	ENSGT00950000182986.b.a	ENSGT00390000004808.e.d	ENSGT01030000235168.a	ENSGT00390000001737.r	ENSGT00390000018500.b.b.a.b	ENSGT00940000155892.f	ENSGT00940000155619.j.a.c	ENSGT00390000016225.l	ENSGT00940000153801.b.l	ENSGT00950000183108.b.a.b.d	ENSGT00950000182991.A.a.c.a.b.f	ENSGT00390000014242.l.a
Common carp reference	MODERN SPECIES	47	ENSCCRG00000012340	ENSCCRG00000061507	ENSCCRG00000046953	ENSCCRG00000076374	ENSCCRG00000057025	paqr7b (ENSCCRG00000081087)	ptprub (ENSCCRG00000031387)	ENSCCRG00000002646	si:dkey-34d22.2 (ENSCCRG00000046399)	taf12 (ENSCCRG00000058395)	rab42b (ENSCCRG00000073740)	ctps1b (ENSCCRG00000006972)	cited4b (ENSCCRG00000065553)	ENSCCRG00000006980	ENSCCRG00000006540	map7d1a (ENSCCRG00000065527) ##22	THRAP3 (ENSCCRG00000051496)	sh3d21 (ENSCCRG00000051498)	eva1ba (ENSCCRG00000065911)	STK40 (ENSCCRG00000015578)	OSCP1 (ENSCCRG00000073652)	mrps15 (ENSCCRG00000006421)	sh3bp5b (ENSCCRG00000006451)	capn7 (ENSCCRG00000005977)	ENSCCRG00000007312	ENSCCRG00000003522	decr1 (ENSCCRG00000078230)	ENSCCRG00000003497	pnp4b (ENSCCRG00000081736)	ENSCCRG00000033400	ENSCCRG00000002659
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	103							paqr7b (ENSSGRG00000018604)	ptprub (ENSSGRG00000014465)	ENSSGRG00000014379	rab42b (ENSSGRG00000014377)	taf12 (ENSSGRG00000014368)	ctps1b (ENSSGRG00000013262)	cited4b (ENSSGRG00000013241)	SCMH1 (ENSSGRG00000013239)	MAP3K6 (ENSSGRG00000013042)	map7d1a (ENSSGRG00000013019) ##22	THRAP3 (ENSSGRG00000013014)	ENSSGRG00000013011	sh3d21 (ENSSGRG00000013008)	eva1ba (ENSSGRG00000013005)	STK40 (ENSSGRG00000012994)	OSCP1 (ENSSGRG00000012853)	ENSSGRG00000012851	mrps15 (ENSSGRG00000012849)	sh3bp5b (ENSSGRG00000012848)	capn7 (ENSSGRG00000012741)	ENSSGRG00000012740	ENSSGRG00000012737	PIK3R4 (ENSSGRG00000011694)	decr1 (ENSSGRG00000011623)	ENSSGRG00000011622
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Goldfish	MODERN SPECIES	35	trmt11 (ENSCARG00000054211)	ENSCARG00000054317	hint3 (ENSCARG00000054332)	rbms3 (ENSCARG00000054410)	TGFBR2 (ENSCARG00000055298)	ENSCARG00000055375	ENSCARG00000055400	ENSCARG00000055444	rab42b (ENSCARG00000055462)	taf12 (ENSCARG00000055487)	ctps1b (ENSCARG00000055537)	ENSCARG00000055671	cited4b (ENSCARG00000049988)	SCMH1 (ENSCARG00000050008)	MAP3K6 (ENSCARG00000050052)	map7d1a (ENSCARG00000050150) ##22	ENSCARG00000050384	THRAP3 (ENSCARG00000050399)	sh3d21 (ENSCARG00000050454)	eva1ba (ENSCARG00000050535)	STK40 (ENSCARG00000050551)	OSCP1 (ENSCARG00000050573)	mrps15 (ENSCARG00000050614)	sh3bp5b (ENSCARG00000050652)	capn7 (ENSCARG00000050670)	ENSCARG00000050729	dpy19l1l (ENSCARG00000050759)	SLC4A7 (ENSCARG00000051769)	ANKRD34A (ENSCARG00000054557)	txnipb (ENSCARG00000054570)	ENSCARG00000054580
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	192								ENSGT00940000157151.c.a	ENSGT00940000164800.d	ENSGT00940000164873.e.b	ENSGT00390000002144.fb.b	ENSGT00910000144179.b.b.o.a.c	ENSGT00530000063624.C.b.g	ENSGT00940000157999.`b	ENSGT00940000159398.f	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab.a	ENSGT00940000160627.j	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b.c	ENSGT00950000182986.b.b	ENSGT00390000004808.e.c	ENSGT01030000235168.b	ENSGT00390000001737.q	ENSGT00390000018500.b.b.a.a	ENSGT00940000155892.e	ENSGT00940000155619.j.a.d	ENSGT01030000235403	ENSGT01030000235163	ENSGT00390000016225.k	ENSGT00940000153801.b.k.a	ENSGT00950000183108.b.a.b.c
Common carp reference	MODERN SPECIES	2	phactr4b (ENSCCRG00000012094)	ENSCCRG00000005202	ENSCCRG00000012346	ENSCCRG00000012366	ENSCCRG00000065016	stmn1b (ENSCCRG00000010471)	paqr7b (ENSCCRG00000067636)	ptprub (ENSCCRG00000011143)	ENSCCRG00000031270	rab42b (ENSCCRG00000006957)	ctps1b (ENSCCRG00000053678)	ENSCCRG00000054658	cited4b (ENSCCRG00000077681)	ENSCCRG00000080902	ENSCCRG00000007359	map7d1a (ENSCCRG00000006475) ##22	THRAP3 (ENSCCRG00000008262)	sh3d21 (ENSCCRG00000008250)	eva1ba (ENSCCRG00000080956)	STK40 (ENSCCRG00000053931)	OSCP1 (ENSCCRG00000015603)	mrps15 (ENSCCRG00000015732)	sh3bp5b (ENSCCRG00000015738)	capn7 (ENSCCRG00000015763)	ENSCCRG00000002746	ENSCCRG00000037667	decr1 (ENSCCRG00000057184)	ENSCCRG00000037627	pnp4b (ENSCCRG00000055203)	ENSCCRG00000002479	ENSCCRG00000053628
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	554														SCMH1 (ENSSGRG00000033634)	MAP3K6 (ENSSGRG00000033642)	map7d1a (ENSSGRG00000034182) ##22	THRAP3 (ENSSGRG00000034193)	sh3d21 (ENSSGRG00000034198)	eva1ba (ENSSGRG00000034201)	STK40 (ENSSGRG00000034202)	OSCP1 (ENSSGRG00000034217)	OSCP1 (ENSSGRG00000034218)	ENSSGRG00000034219	mrps15 (ENSSGRG00000034224)	sh3bp5b (ENSSGRG00000034229)	capn7 (ENSSGRG00000034342)	ENSSGRG00000034891	ENSSGRG00000034893	ENSSGRG00000034894	PIK3R4 (ENSSGRG00000034920)	decr1 (ENSSGRG00000036119)
Zebrafish	MODERN SPECIES	7	SERINC2 (ENSDARG00000053425)	ENSDARG00000095152	paqr7b (ENSDARG00000034907)	stmn1b (ENSDARG00000033655)	ptprub (ENSDARG00000101081)	ENSDARG00000103181	si:dkey-34d22.2 (ENSDARG00000100379)	ENSDARG00000101352	ENSDARG00000104865	rab42b (ENSDARG00000101170)	taf12 (ENSDARG00000104030)	ctps1b (ENSDARG00000098386)	cited4b (ENSDARG00000101009)	scmh1 (ENSDARG00000104311)	ENSDARG00000104760	map7d1a (ENSDARG00000098802) ##22	THRAP3 (ENSDARG00000101989)	sh3d21 (ENSDARG00000099448)	eva1ba (ENSDARG00000102701)	STK40 (ENSDARG00000098135)	OSCP1 (ENSDARG00000101888)	mrps15 (ENSDARG00000109289)	ENSDARG00000114387	sh3bp5b (ENSDARG00000103978)	capn7 (ENSDARG00000102987)	ENSDARG00000079752	PIK3R4 (ENSDARG00000060469)	decr1 (ENSDARG00000003869)	CALB1 (ENSDARG00000031598)	ENSDARG00000103001	pnp4b (ENSDARG00000029230)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00390000015257.c	ENSGT00390000003012	ENSGT00810000125524	ENSGT00940000158871	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i	ENSGT00940000153295.a.a
Denticle herring	MODERN SPECIES	15	ENSDCDG00000014733	cyb5r4 (ENSDCDG00000014749)	sim1a (ENSDCDG00000014778)	ASCC3 (ENSDCDG00000014836)	GRIK2 (ENSDCDG00000014913)	ENSDCDG00000016058	ENSDCDG00000016059	HACE1 (ENSDCDG00000016081)	LIN28B (ENSDCDG00000016121)	bves (ENSDCDG00000016159)	popdc3 (ENSDCDG00000016167)	ENSDCDG00000016171	ENSDCDG00000016180	SNIP1 (ENSDCDG00000016195)	MAP3K6 (ENSDCDG00000016278)	map7d1a (ENSDCDG00000016562) ##22	THRAP3 (ENSDCDG00000016601)	sh3d21 (ENSDCDG00000016619)	eva1ba (ENSDCDG00000016622)	STK40 (ENSDCDG00000016626)	OSCP1 (ENSDCDG00000016632)	mrps15 (ENSDCDG00000016644)	csf3r (ENSDCDG00000016649)	ENSDCDG00000016659	GRIK3 (ENSDCDG00000016667)	ZC3H12A (ENSDCDG00000016680)	ENSDCDG00000016681	INPP5B (ENSDCDG00000016709)	mtf1 (ENSDCDG00000017280)	yrdc (ENSDCDG00000017420)	MANEAL (ENSDCDG00000017425)
Atlantic herring	MODERN SPECIES	2	cnr2 (ENSCHAG00000016500)	akirin1 (ENSCHAG00000016529)	rhbdl2 (ENSCHAG00000016567)	pou3f1 (ENSCHAG00000016607)	utp11 (ENSCHAG00000016611)	FHL3 (ENSCHAG00000016623)	MEAF6 (ENSCHAG00000016643)	ENSCHAG00000016660	dnali1 (ENSCHAG00000016663)	gnl2 (ENSCHAG00000016691)	ENSCHAG00000016810	ENSCHAG00000016824	rspo1 (ENSCHAG00000016833)	snip1 (ENSCHAG00000016834)	MAP3K6 (ENSCHAG00000016845)	map7d1a (ENSCHAG00000017603) ##22	THRAP3 (ENSCHAG00000017660)	sh3d21 (ENSCHAG00000017676)	eva1ba (ENSCHAG00000017699)	STK40 (ENSCHAG00000017718)	OSCP1 (ENSCHAG00000017793)	mrps15 (ENSCHAG00000017903)	ENSCHAG00000017916	ENSCHAG00000017931	csf3r (ENSCHAG00000017945)	GRIK3 (ENSCHAG00000018120)	ZC3H12A (ENSCHAG00000020414)	ENSCHAG00000000349	INPP5B (ENSCHAG00000001030)	mtf1 (ENSCHAG00000002640)	yrdc (ENSCHAG00000002890)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01030000235133	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT01030000235168	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
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Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00530000068429	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00530000068429	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00600000085609	ENSGT00990000203803	ENSGT00940000156762
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00600000085609	ENSGT00990000203803	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553.f	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553.f	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553.f	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1296										FHL3 (ENSAOCG00000014316)	rspo1 (ENSAOCG00000014341)	gnl2 (ENSAOCG00000014396)	dnali1 (ENSAOCG00000014444)	SNIP1 (ENSAOCG00000014455)	MAP3K6 (ENSAOCG00000014625)	MAP7D1 (ENSAOCG00000014698) ##22	THRAP3 (ENSAOCG00000014738)	sh3d21 (ENSAOCG00000000988)	eva1ba (ENSAOCG00000014770)	STK40 (ENSAOCG00000000999)	OSCP1 (ENSAOCG00000001002)	ENSAOCG00000001009	mrps15 (ENSAOCG00000014871)	csf3r (ENSAOCG00000014880)	GRIK3 (ENSAOCG00000002707)	ZC3H12A (ENSAOCG00000014937)	ENSAOCG00000001847	ENSAOCG00000014980	INPP5B (ENSAOCG00000014998)	mtf1 (ENSAOCG00000015058)
Orange clownfish	MODERN SPECIES	21	pnrc2 (ENSAPEG00000004927)	cnr2 (ENSAPEG00000004941)	akirin1 (ENSAPEG00000005009)	rhbdl2 (ENSAPEG00000005028)	GJA9 (ENSAPEG00000005061)	MYCBP (ENSAPEG00000005073)	rragca (ENSAPEG00000005106)	pou3f1 (ENSAPEG00000005174)	utp11 (ENSAPEG00000005214)	FHL3 (ENSAPEG00000005272)	rspo1 (ENSAPEG00000005307)	gnl2 (ENSAPEG00000005375)	dnali1 (ENSAPEG00000005453)	SNIP1 (ENSAPEG00000005542)	MAP3K6 (ENSAPEG00000005570)	MAP7D1 (ENSAPEG00000005614) ##22	THRAP3 (ENSAPEG00000005696)	sh3d21 (ENSAPEG00000005738)	eva1ba (ENSAPEG00000005773)	STK40 (ENSAPEG00000005892)	OSCP1 (ENSAPEG00000005918)	ENSAPEG00000005981	mrps15 (ENSAPEG00000005965)	csf3r (ENSAPEG00000005997)	GRIK3 (ENSAPEG00000006019)	ZC3H12A (ENSAPEG00000006072)	ENSAPEG00000006078	INPP5B (ENSAPEG00000006094)	mtf1 (ENSAPEG00000006125)	yrdc (ENSAPEG00000006164)	MANEAL (ENSAPEG00000006178)
Spiny chromis	MODERN SPECIES		SRSF10 (ENSAPOG00000024544)	pnrc2 (ENSAPOG00000024543)	cnr2 (ENSAPOG00000024541)	akirin1 (ENSAPOG00000024540)	rhbdl2 (ENSAPOG00000024538)	MYCBP (ENSAPOG00000024534)	rragca (ENSAPOG00000024532)	pou3f1 (ENSAPOG00000024530)	utp11 (ENSAPOG00000024525)	FHL3 (ENSAPOG00000024520)	rspo1 (ENSAPOG00000024512)	gnl2 (ENSAPOG00000024507)	dnali1 (ENSAPOG00000024495)	SNIP1 (ENSAPOG00000024490)	MAP3K6 (ENSAPOG00000024486)	MAP7D1 (ENSAPOG00000024474) ##22	THRAP3 (ENSAPOG00000024453)	sh3d21 (ENSAPOG00000024442)	eva1ba (ENSAPOG00000024432)	STK40 (ENSAPOG00000024423)	OSCP1 (ENSAPOG00000024408)	ENSAPOG00000024397	mrps15 (ENSAPOG00000024393)	csf3r (ENSAPOG00000024384)	GRIK3 (ENSAPOG00000024373)	ZC3H12A (ENSAPOG00000024328)	ENSAPOG00000024319	INPP5B (ENSAPOG00000024312)	mtf1 (ENSAPOG00000024298)	yrdc (ENSAPOG00000024293)	MANEAL (ENSAPOG00000024286)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1002								pou3f1 (ENSSPAG00000017202)	utp11 (ENSSPAG00000017221)	FHL3 (ENSSPAG00000017252)	rspo1 (ENSSPAG00000017297)	gnl2 (ENSSPAG00000017473)	dnali1 (ENSSPAG00000017535)	SNIP1 (ENSSPAG00000017549)	MAP3K6 (ENSSPAG00000017562)	MAP7D1 (ENSSPAG00000017601) ##22	ENSSPAG00000017651	sh3d21 (ENSSPAG00000017676)	eva1ba (ENSSPAG00000017702)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00600000085609	ENSGT00940000178211	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00600000085609	ENSGT00940000178211	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00940000166920	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00940000166920	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
P. nyererei	MODERN SPECIES	362	SRSF10 (ENSPNYG00000012923)	pnrc2 (ENSPNYG00000012942)	cnr2 (ENSPNYG00000012954)	akirin1 (ENSPNYG00000012970)	rhbdl2 (ENSPNYG00000013006)	MYCBP (ENSPNYG00000013028)	rragca (ENSPNYG00000013099)	pou3f1 (ENSPNYG00000013130)	utp11 (ENSPNYG00000013140)	FHL3 (ENSPNYG00000013162)	rspo1 (ENSPNYG00000013177)	ENSPNYG00000013195	dnali1 (ENSPNYG00000013211)	SNIP1 (ENSPNYG00000013230)	ENSPNYG00000013247	MAP7D1 (ENSPNYG00000013285) ##22	THRAP3 (ENSPNYG00000013314)	sh3d21 (ENSPNYG00000013339)	eva1ba (ENSPNYG00000013357)	STK40 (ENSPNYG00000013365)	ENSPNYG00000013399	ENSPNYG00000013414	mrps15 (ENSPNYG00000013431)	csf3r (ENSPNYG00000013467)	GRIK3 (ENSPNYG00000013498)	ZC3H12A (ENSPNYG00000013534)	ENSPNYG00000013556	INPP5B (ENSPNYG00000013593)	mtf1 (ENSPNYG00000013739)	yrdc (ENSPNYG00000013956)	MANEAL (ENSPNYG00000013969)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00940000166920	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1093	ENSMZEG00005007618	ENSMZEG00005007606	xrcc1 (ENSMZEG00005007596)	drd2l (ENSMZEG00005007578)	ethe1 (ENSMZEG00005007552)	ethe1 (ENSMZEG00005007535)	ENSMZEG00005007520	ENSMZEG00005007501	irgq2 (ENSMZEG00005007489)	ENSMZEG00005007454	cox5aa (ENSMZEG00005007429)	gnl2 (ENSMZEG00005007393)	dnali1 (ENSMZEG00005007377)	SNIP1 (ENSMZEG00005007365)	ENSMZEG00005007342	MAP7D1 (ENSMZEG00005007251) ##22	THRAP3 (ENSMZEG00005007212)	sh3d21 (ENSMZEG00005007196)	eva1ba (ENSMZEG00005007187)	STK40 (ENSMZEG00005007149)	OSCP1 (ENSMZEG00005007120)	ENSMZEG00005007095	mrps15 (ENSMZEG00005007070)	csf3r (ENSMZEG00005007036)	GRIK3 (ENSMZEG00005007006)	ZC3H12A (ENSMZEG00005006997)	ENSMZEG00005006991	ENSMZEG00005006982	INPP5B (ENSMZEG00005006964)	mtf1 (ENSMZEG00005006956)	yrdc (ENSMZEG00005006948)
Eastern happy	MODERN SPECIES	2	SRSF10 (ENSACLG00000000662)	pnrc2 (ENSACLG00000000649)	cnr2 (ENSACLG00000000646)	akirin1 (ENSACLG00000000618)	rhbdl2 (ENSACLG00000000595)	MYCBP (ENSACLG00000000565)	rragca (ENSACLG00000000534)	pou3f1 (ENSACLG00000000389)	utp11 (ENSACLG00000000339)	FHL3 (ENSACLG00000000312)	rspo1 (ENSACLG00000000298)	dnali1 (ENSACLG00000000265)	ENSACLG00000000115	SNIP1 (ENSACLG00000000108)	ENSACLG00000000084	MAP7D1 (ENSACLG00000000048) ##22	ENSACLG00000027855	THRAP3 (ENSACLG00000027851)	sh3d21 (ENSACLG00000027848)	eva1ba (ENSACLG00000027847)	STK40 (ENSACLG00000027839)	OSCP1 (ENSACLG00000027829)	ENSACLG00000027824	mrps15 (ENSACLG00000027820)	csf3r (ENSACLG00000027809)	GRIK3 (ENSACLG00000027806)	ZC3H12A (ENSACLG00000027801)	ENSACLG00000027799	INPP5B (ENSACLG00000027782)	mtf1 (ENSACLG00000027779)	yrdc (ENSACLG00000027775)
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	340	SRSF10 (ENSHBUG00000010070)	pnrc2 (ENSHBUG00000010043)	cnr2 (ENSHBUG00000010030)	akirin1 (ENSHBUG00000010024)	rhbdl2 (ENSHBUG00000009992)	MYCBP (ENSHBUG00000009957)	rragca (ENSHBUG00000009931)	pou3f1 (ENSHBUG00000009911)	utp11 (ENSHBUG00000009895)	FHL3 (ENSHBUG00000009864)	rspo1 (ENSHBUG00000009811)	ENSHBUG00000000835	dnali1 (ENSHBUG00000009777)	SNIP1 (ENSHBUG00000009756)	ENSHBUG00000009741	MAP7D1 (ENSHBUG00000009652) ##22	THRAP3 (ENSHBUG00000009602)	sh3d21 (ENSHBUG00000009579)	eva1ba (ENSHBUG00000009558)	STK40 (ENSHBUG00000009547)	OSCP1 (ENSHBUG00000009513)	ENSHBUG00000009469	mrps15 (ENSHBUG00000009456)	csf3r (ENSHBUG00000009429)	GRIK3 (ENSHBUG00000009396)	ZC3H12A (ENSHBUG00000009356)	INPP5B (ENSHBUG00000009350)	mtf1 (ENSHBUG00000009314)	yrdc (ENSHBUG00000009298)	MANEAL (ENSHBUG00000009290)	LIN28A (ENSHBUG00000009265)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	311	ENSNBRG00000010616	pnrc2 (ENSNBRG00000010605)	cnr2 (ENSNBRG00000010586)	akirin1 (ENSNBRG00000010549)	rhbdl2 (ENSNBRG00000010511)	MYCBP (ENSNBRG00000010493)	rragca (ENSNBRG00000010467)	pou3f1 (ENSNBRG00000010456)	utp11 (ENSNBRG00000010435)	FHL3 (ENSNBRG00000010416)	rspo1 (ENSNBRG00000010347)	gnl2 (ENSNBRG00000010291)	dnali1 (ENSNBRG00000010268)	SNIP1 (ENSNBRG00000010257)	ENSNBRG00000010049	MAP7D1 (ENSNBRG00000010005) ##22	THRAP3 (ENSNBRG00000009991)	sh3d21 (ENSNBRG00000009956)	eva1ba (ENSNBRG00000009946)	STK40 (ENSNBRG00000009915)	OSCP1 (ENSNBRG00000009883)	ENSNBRG00000009860	mrps15 (ENSNBRG00000009851)	csf3r (ENSNBRG00000009712)	ENSNBRG00000009681	GRIK3 (ENSNBRG00000009631)	ZC3H12A (ENSNBRG00000009607)	ENSNBRG00000009581	ENSNBRG00000009571	ENSNBRG00000009559	mtf1 (ENSNBRG00000009532)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	2	ENSONIG00000028387	cnr2 (ENSONIG00000016314)	akirin1 (ENSONIG00000039753)	rhbdl2 (ENSONIG00000016311)	MYCBP (ENSONIG00000035578)	rragc (ENSONIG00000032190)	pou3f1 (ENSONIG00000021113)	utp11 (ENSONIG00000033069)	fhl3 (ENSONIG00000013661)	rspo1 (ENSONIG00000016302)	ENSONIG00000016291	dnali1 (ENSONIG00000016300)	SNIP1 (ENSONIG00000016290)	ENSONIG00000041284	ENSONIG00000016285	MAP7D1 (ENSONIG00000016283) ##22	THRAP3 (ENSONIG00000016278)	sh3d21 (ENSONIG00000016273)	eva1b (ENSONIG00000042590)	STK40 (ENSONIG00000037285)	OSCP1 (ENSONIG00000016265)	ENSONIG00000043059	mrps15 (ENSONIG00000016261)	csf3r (ENSONIG00000016254)	GRIK3 (ENSONIG00000016238)	ZC3H12A (ENSONIG00000016235)	ENSONIG00000037129	ENSONIG00000030694	INPP5B (ENSONIG00000016229)	mtf1 (ENSONIG00000016218)	yrdc (ENSONIG00000016213)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	668	pnrc2 (ENSACIG00000018693)	cnr2 (ENSACIG00000018688)	akirin1 (ENSACIG00000018678)	rhbdl2 (ENSACIG00000018661)	ENSACIG00000018646	MYCBP (ENSACIG00000018598)	rragca (ENSACIG00000018548)	pou3f1 (ENSACIG00000018538)	utp11 (ENSACIG00000018523)	FHL3 (ENSACIG00000018508)	rspo1 (ENSACIG00000018378)	gnl2 (ENSACIG00000018346)	dnali1 (ENSACIG00000018337)	SNIP1 (ENSACIG00000018325)	ENSACIG00000018194	MAP7D1 (ENSACIG00000018142) ##22	THRAP3 (ENSACIG00000018110)	ENSACIG00000018107	sh3d21 (ENSACIG00000018083)	eva1ba (ENSACIG00000018069)	STK40 (ENSACIG00000018038)	OSCP1 (ENSACIG00000018007)	ENSACIG00000017948	mrps15 (ENSACIG00000017933)	csf3r (ENSACIG00000017809)	GRIK3 (ENSACIG00000017772)	ZC3H12A (ENSACIG00000017750)	INPP5B (ENSACIG00000017714)	mtf1 (ENSACIG00000017387)	yrdc (ENSACIG00000017330)	MANEAL (ENSACIG00000017324)
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00530000068429	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00600000085609	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00530000068429	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00600000085609	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	73	fabp10a (ENSKMAG00000019147)	pnrc2 (ENSKMAG00000019136)	cnr2 (ENSKMAG00000019129)	akirin1 (ENSKMAG00000019113)	rhbdl2 (ENSKMAG00000019086)	ENSKMAG00000019064	rragca (ENSKMAG00000019035)	pou3f1 (ENSKMAG00000019017)	utp11 (ENSKMAG00000018988)	FHL3 (ENSKMAG00000018962)	rspo1 (ENSKMAG00000018927)	gnl2 (ENSKMAG00000018855)	dnali1 (ENSKMAG00000018825)	SNIP1 (ENSKMAG00000018806)	MAP3K6 (ENSKMAG00000018751)	ENSKMAG00000018674 ##22	ENSKMAG00000018581	nampt2 (ENSKMAG00000018545)	LDLRAD2 (ENSKMAG00000018524)	ENSKMAG00000018496	ENSKMAG00000018456	camk1ga (ENSKMAG00000018425)	USP48 (ENSKMAG00000018330)	ENSKMAG00000018292	cyb561d1 (ENSKMAG00000018272)	atxn7l2a (ENSKMAG00000018254)	sypl2a (ENSKMAG00000018238)	fbxo2 (ENSKMAG00000018221)	svbp (ENSKMAG00000018202)
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1614	MYOM3 (ENSNFUG00015020150)	ENSNFUG00015020175	FABP10A (ENSNFUG00015020177)	PNRC2 (ENSNFUG00015020180)	cnr2 (ENSNFUG00015020184)	ENSNFUG00015020185	ENSNFUG00015020190	POU3F1 (ENSNFUG00015020193)	utp11 (ENSNFUG00015020196)	FHL3 (ENSNFUG00015020200)	RSPO1 (ENSNFUG00015020203)	GNL2 (ENSNFUG00015020230)	DNALI1 (ENSNFUG00015020891)	SNIP1 (ENSNFUG00015020894)	MAP3K6 (ENSNFUG00015000154)	MAP7D1 (ENSNFUG00015000327) ##22	THRAP3 (ENSNFUG00015000347)	SH3D21 (ENSNFUG00015000370)	EVA1BA (ENSNFUG00015000393)	STK40 (ENSNFUG00015000432)	CNFN (ENSNFUG00015000488)	MRPS15 (ENSNFUG00015000499)	GRIK3 (ENSNFUG00015000661)	ZC3H12A (ENSNFUG00015000897)	ENSNFUG00015000899	INPP5B (ENSNFUG00015000938)	MTF1 (ENSNFUG00015001054)	YRDC (ENSNFUG00015001069)	MANEAL (ENSNFUG00015001077)	LIN28A (ENSNFUG00015001082)	MECR (ENSNFUG00015001090)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00530000068429	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00600000085609	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000171773	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Mummichog	MODERN SPECIES	2410																MAP7D1 (ENSFHEG00000000983) ##22	THRAP3 (ENSFHEG00000000989)	sh3d21 (ENSFHEG00000000996)	eva1ba (ENSFHEG00000001000)	STK40 (ENSFHEG00000001002)	OSCP1 (ENSFHEG00000001008)	ENSFHEG00000001010	mrps15 (ENSFHEG00000001013)	csf3r (ENSFHEG00000001015)	GRIK3 (ENSFHEG00000001018)	ZC3H12A (ENSFHEG00000001019)	INPP5B (ENSFHEG00000001022)	mtf1 (ENSFHEG00000001026)	yrdc (ENSFHEG00000001029)	MANEAL (ENSFHEG00000001033)	ENSFHEG00000001035
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	118	pnrc2 (ENSCVAG00000018099)	cnr2 (ENSCVAG00000018091)	akirin1 (ENSCVAG00000018071)	rhbdl2 (ENSCVAG00000018052)	GJA9 (ENSCVAG00000018024)	ENSCVAG00000018007	rragca (ENSCVAG00000017979)	pou3f1 (ENSCVAG00000017958)	utp11 (ENSCVAG00000000900)	FHL3 (ENSCVAG00000017747)	rspo1 (ENSCVAG00000000459)	gnl2 (ENSCVAG00000017712)	dnali1 (ENSCVAG00000017701)	snip1 (ENSCVAG00000017689)	MAP3K6 (ENSCVAG00000017684)	MAP7D1 (ENSCVAG00000017671) ##22	THRAP3 (ENSCVAG00000017634)	sh3d21 (ENSCVAG00000017624)	eva1ba (ENSCVAG00000017604)	STK40 (ENSCVAG00000017594)	OSCP1 (ENSCVAG00000017554)	ENSCVAG00000017521	mrps15 (ENSCVAG00000017500)	csf3r (ENSCVAG00000017491)	GRIK3 (ENSCVAG00000017478)	ZC3H12A (ENSCVAG00000017420)	ENSCVAG00000017412	INPP5B (ENSCVAG00000017401)	mtf1 (ENSCVAG00000017389)	yrdc (ENSCVAG00000017355)	MANEAL (ENSCVAG00000017347)
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000164147.a	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00530000068429	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00600000085609	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000164147.a	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00530000068429	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00600000085609	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	152												ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000171773	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00530000068429	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00600000085609	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291
Amazon molly	MODERN SPECIES	337												gnl2 (ENSPFOG00000012893)	dnali1 (ENSPFOG00000012981)	SNIP1 (ENSPFOG00000013016)	MAP3K6 (ENSPFOG00000013047)	MAP7D1 (ENSPFOG00000013255) ##22	THRAP3 (ENSPFOG00000013297)	sh3d21 (ENSPFOG00000013375)	eva1ba (ENSPFOG00000013421)	STK40 (ENSPFOG00000013431)	OSCP1 (ENSPFOG00000013493)	ENSPFOG00000013535	mrps15 (ENSPFOG00000013553)	csf3r (ENSPFOG00000013594)	ENSPFOG00000022696	GRIK3 (ENSPFOG00000013674)	ZC3H12A (ENSPFOG00000013935)	ENSPFOG00000013949	ENSPFOG00000022057	INPP5B (ENSPFOG00000013954)	mtf1 (ENSPFOG00000013962)
Sailfin molly	MODERN SPECIES	684												gnl2 (ENSPLAG00000012483)	dnali1 (ENSPLAG00000000807)	SNIP1 (ENSPLAG00000012467)	MAP3K6 (ENSPLAG00000012456)	MAP7D1 (ENSPLAG00000000527) ##22	THRAP3 (ENSPLAG00000000635)	sh3d21 (ENSPLAG00000012341)	eva1ba (ENSPLAG00000012312)	STK40 (ENSPLAG00000012294)
Guppy	MODERN SPECIES	446	fabp10a (ENSPREG00000006252)	pnrc2 (ENSPREG00000006242)	cnr2 (ENSPREG00000006231)	akirin1 (ENSPREG00000006214)	rhbdl2 (ENSPREG00000006169)	ENSPREG00000006142	rragca (ENSPREG00000006113)	pou3f1 (ENSPREG00000006101)	utp11 (ENSPREG00000006068)	FHL3 (ENSPREG00000006051)	rspo1 (ENSPREG00000006040)	gnl2 (ENSPREG00000005988)	dnali1 (ENSPREG00000005961)	snip1 (ENSPREG00000005952)	MAP3K6 (ENSPREG00000005903)	MAP7D1 (ENSPREG00000005854) ##22	THRAP3 (ENSPREG00000005816)	sh3d21 (ENSPREG00000005794)	eva1ba (ENSPREG00000005771)	STK40 (ENSPREG00000005733)	OSCP1 (ENSPREG00000005686)	ENSPREG00000005621	mrps15 (ENSPREG00000005592)	csf3r (ENSPREG00000005562)	GRIK3 (ENSPREG00000005481)	ZC3H12A (ENSPREG00000005453)	ENSPREG00000005442	INPP5B (ENSPREG00000005365)	mtf1 (ENSPREG00000005331)	yrdc (ENSPREG00000005285)	MANEAL (ENSPREG00000005276)
Platyfish	MODERN SPECIES	17	fabp10a (ENSXMAG00000025668)	pnrc2 (ENSXMAG00000019531)	cnr2 (ENSXMAG00000013232)	akirin1 (ENSXMAG00000013230)	rhbdl2 (ENSXMAG00000002343)	ENSXMAG00000013229	rragca (ENSXMAG00000026290)	pou3f1 (ENSXMAG00000019529)	utp11 (ENSXMAG00000013219)	FHL3 (ENSXMAG00000029691)	rspo1 (ENSXMAG00000028817)	gnl2 (ENSXMAG00000014898)	dnali1 (ENSXMAG00000014886)	SNIP1 (ENSXMAG00000014885)	ENSXMAG00000014853	MAP7D1 (ENSXMAG00000014815) ##22	THRAP3 (ENSXMAG00000014797)	sh3d21 (ENSXMAG00000001593)	eva1ba (ENSXMAG00000001589)	STK40 (ENSXMAG00000029028)	OSCP1 (ENSXMAG00000014752)	ENSXMAG00000024500	mrps15 (ENSXMAG00000028874)	csf3r (ENSXMAG00000014732)	GRIK3 (ENSXMAG00000014647)	ZC3H12A (ENSXMAG00000014646)	ENSXMAG00000021281	INPP5B (ENSXMAG00000014629)	mtf1 (ENSXMAG00000014614)	yrdc (ENSXMAG00000014606)	MANEAL (ENSXMAG00000014596)
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	7	pnrc2 (ENSOJAG00000008605)	cnr2 (ENSOJAG00000008565)	akirin1 (ENSOJAG00000008552)	rhbdl2 (ENSOJAG00000008540)	GJA9 (ENSOJAG00000008511)	MYCBP (ENSOJAG00000008501)	rragca (ENSOJAG00000008450)	pou3f1 (ENSOJAG00000008412)	utp11 (ENSOJAG00000008374)	FHL3 (ENSOJAG00000008350)	rspo1 (ENSOJAG00000008324)	gnl2 (ENSOJAG00000008221)	dnali1 (ENSOJAG00000008190)	SNIP1 (ENSOJAG00000008177)	ENSOJAG00000006023	MAP7D1 (ENSOJAG00000005723) ##22	ENSOJAG00000005706	THRAP3 (ENSOJAG00000005670)	sh3d21 (ENSOJAG00000005635)	eva1ba (ENSOJAG00000005620)	STK40 (ENSOJAG00000005584)	ENSOJAG00000005568	OSCP1 (ENSOJAG00000005328)	CSF3R (ENSOJAG00000005292)	GRIK3 (ENSOJAG00000004802)	ENSOJAG00000004702	ZC3H12A (ENSOJAG00000004692)	ENSOJAG00000004681	INPP5B (ENSOJAG00000003535)	mtf1 (ENSOJAG00000003279)	yrdc (ENSOJAG00000003259)
Indian medaka	MODERN SPECIES	5	pnrc2 (ENSOMEG00000019937)	cnr2 (ENSOMEG00000019931)	akirin1 (ENSOMEG00000019917)	rhbdl2 (ENSOMEG00000019884)	GJA9 (ENSOMEG00000019858)	ENSOMEG00000019842	MYCBP (ENSOMEG00000019821)	rragca (ENSOMEG00000000525)	FHL3 (ENSOMEG00000019712)	utp11 (ENSOMEG00000019654)	rspo1 (ENSOMEG00000019637)	gnl2 (ENSOMEG00000019611)	dnali1 (ENSOMEG00000019563)	snip1 (ENSOMEG00000019541)	MAP3K6 (ENSOMEG00000019496)	MAP7D1 (ENSOMEG00000019294) ##22	THRAP3 (ENSOMEG00000019164)	sh3d21 (ENSOMEG00000019023)	eva1ba (ENSOMEG00000018998)	STK40 (ENSOMEG00000018961)	OSCP1 (ENSOMEG00000018874)	ENSOMEG00000018849	mrps15 (ENSOMEG00000000701)	csf3r (ENSOMEG00000000488)	GRIK3 (ENSOMEG00000018771)	ZC3H12A (ENSOMEG00000000483)	ENSOMEG00000018697	INPP5B (ENSOMEG00000018665)	mtf1 (ENSOMEG00000018579)	yrdc (ENSOMEG00000018550)	MANEAL (ENSOMEG00000000478)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	7	cnr2 (ENSORLG00000014779)	akirin1 (ENSORLG00000014770)	rhbdl2 (ENSORLG00000014754)	GJA9 (ENSORLG00000022080)	MYCBP (ENSORLG00000024478)	rragca (ENSORLG00000014739)	pou3f1 (ENSORLG00000014708)	utp11 (ENSORLG00000014702)	ENSORLG00000021906	FHL3 (ENSORLG00000014671)	rspo1 (ENSORLG00000014653)	gnl2 (ENSORLG00000014645)	ENSORLG00000014620	SNIP1 (ENSORLG00000014602)	ENSORLG00000014582	MAP7D1 (ENSORLG00000014562) ##22	THRAP3 (ENSORLG00000014550)	sh3d21 (ENSORLG00000014532)	eva1ba (ENSORLG00000014522)	STK40 (ENSORLG00000014517)	OSCP1 (ENSORLG00000014500)	ENSORLG00000028871	mrps15 (ENSORLG00000014487)	CSF3R (ENSORLG00000014472)	ENSORLG00000026090	GRIK3 (ENSORLG00000014461)	ZC3H12A (ENSORLG00000014448)	INPP5B (ENSORLG00000014438)	mtf1 (ENSORLG00000014411)	yrdc (ENSORLG00000014393)	MANEAL (ENSORLG00000014388)
Chinese medaka	MODERN SPECIES	1121									utp11 (ENSOSIG00000008439)	FHL3 (ENSOSIG00000008444)	rspo1 (ENSOSIG00000008445)	gnl2 (ENSOSIG00000008451)	dnali1 (ENSOSIG00000008453)	SNIP1 (ENSOSIG00000008454)	ENSOSIG00000008457	MAP7D1 (ENSOSIG00000008559) ##22	THRAP3 (ENSOSIG00000008565)	sh3d21 (ENSOSIG00000008569)	eva1ba (ENSOSIG00000008574)	STK40 (ENSOSIG00000008577)	OSCP1 (ENSOSIG00000008586)	ENSOSIG00000008733	mrps15 (ENSOSIG00000008734)	csf3r (ENSOSIG00000008736)	GRIK3 (ENSOSIG00000008739)	ENSOSIG00000011075	ZC3H12A (ENSOSIG00000011076)	ENSOSIG00000011078	INPP5B (ENSOSIG00000011093)	mtf1 (ENSOSIG00000012847)	yrdc (ENSOSIG00000012916)
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00530000068429	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00990000203803	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915.u	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915.u	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	7	SRSF10 (ENSBSLG00000020961)	pnrc2 (ENSBSLG00000020985)	cnr2 (ENSBSLG00000021011)	akirin1 (ENSBSLG00000021034)	rhbdl2 (ENSBSLG00000021070)	GJA9 (ENSBSLG00000021090)	MYCBP (ENSBSLG00000021126)	rragca (ENSBSLG00000021174)	utp11 (ENSBSLG00000021215)	FHL3 (ENSBSLG00000021242)	rspo1 (ENSBSLG00000021269)	gnl2 (ENSBSLG00000021296)	dnali1 (ENSBSLG00000021397)	SNIP1 (ENSBSLG00000021403)	ENSBSLG00000021441	MAP7D1 (ENSBSLG00000021885) ##22	THRAP3 (ENSBSLG00000021912)	sh3d21 (ENSBSLG00000021927)	eva1ba (ENSBSLG00000021956)	STK40 (ENSBSLG00000021978)	OSCP1 (ENSBSLG00000022030)	ENSBSLG00000022016	mrps15 (ENSBSLG00000022038)	csf3r (ENSBSLG00000022045)	GRIK3 (ENSBSLG00000022127)	ENSBSLG00000022266	ZC3H12A (ENSBSLG00000022267)	ENSBSLG00000022271	INPP5B (ENSBSLG00000022431)	mtf1 (ENSBSLG00000022933)	yrdc (ENSBSLG00000022987)
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	7	ENSMAMG00000008128	ENSMAMG00000008111	pnrc2 (ENSMAMG00000008081)	cnr2 (ENSMAMG00000008073)	akirin1 (ENSMAMG00000008054)	rhbdl2 (ENSMAMG00000026530)	ENSMAMG00000008023	rragca (ENSMAMG00000007964)	pou3f1 (ENSMAMG00000007950)	utp11 (ENSMAMG00000007927)	FHL3 (ENSMAMG00000007894)	rspo1 (ENSMAMG00000007882)	gnl2 (ENSMAMG00000007823)	dnali1 (ENSMAMG00000027064)	ENSMAMG00000007781	MAP7D1 (ENSMAMG00000007741) ##22	THRAP3 (ENSMAMG00000007707)	sh3d21 (ENSMAMG00000007666)	eva1ba (ENSMAMG00000007649)	STK40 (ENSMAMG00000007611)	OSCP1 (ENSMAMG00000007603)	ENSMAMG00000007593	mrps15 (ENSMAMG00000007572)	csf3r (ENSMAMG00000007544)	GRIK3 (ENSMAMG00000007505)	ZC3H12A (ENSMAMG00000007494)	INPP5B (ENSMAMG00000007345)	mtf1 (ENSMAMG00000007324)	yrdc (ENSMAMG00000028078)	MANEAL (ENSMAMG00000007300)	ENSMAMG00000007271
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Barramundi perch	MODERN SPECIES	104	pnrc2 (ENSLCAG00010003408)	cnr2 (ENSLCAG00010003413)	akirin1 (ENSLCAG00010003420)	rhbdl2 (ENSLCAG00010003426)	GJA9 (ENSLCAG00010003430)	ENSLCAG00010003436	rragca (ENSLCAG00010003445)	pou3f1 (ENSLCAG00010003450)	utp11 (ENSLCAG00010003455)	FHL3 (ENSLCAG00010003463)	rspo1 (ENSLCAG00010003470)	gnl2 (ENSLCAG00010003490)	dnali1 (ENSLCAG00010003510)	snip1 (ENSLCAG00010003515)	ENSLCAG00010003538	MAP7D1 (ENSLCAG00010003586) ##22	THRAP3 (ENSLCAG00010003595)	sh3d21 (ENSLCAG00010003598)	eva1ba (ENSLCAG00010003602)	STK40 (ENSLCAG00010003605)	OSCP1 (ENSLCAG00010003615)	ENSLCAG00010003627	mrps15 (ENSLCAG00010003634)	CSF3R (ENSLCAG00010003642)
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Greater amberjack	MODERN SPECIES	154	pnrc2 (ENSSDUG00000010643)	cnr2 (ENSSDUG00000010638)	akirin1 (ENSSDUG00000010616)	rhbdl2 (ENSSDUG00000010587)	GJA9 (ENSSDUG00000010578)	ENSSDUG00000010570	rragca (ENSSDUG00000010543)	pou3f1 (ENSSDUG00000010532)	utp11 (ENSSDUG00000010501)	FHL3 (ENSSDUG00000010483)	rspo1 (ENSSDUG00000010472)	gnl2 (ENSSDUG00000010382)	dnali1 (ENSSDUG00000010345)	SNIP1 (ENSSDUG00000010325)	MAP3K6 (ENSSDUG00000010287)	MAP7D1 (ENSSDUG00000010208) ##22	THRAP3 (ENSSDUG00000010132)	sh3d21 (ENSSDUG00000010098)	eva1ba (ENSSDUG00000010078)	STK40 (ENSSDUG00000010024)	OSCP1 (ENSSDUG00000009984)	ENSSDUG00000009969	mrps15 (ENSSDUG00000009946)	csf3r (ENSSDUG00000009924)	GRIK3 (ENSSDUG00000009891)	ZC3H12A (ENSSDUG00000009879)	ENSSDUG00000009859	INPP5B (ENSSDUG00000009812)	mtf1 (ENSSDUG00000009784)	yrdc (ENSSDUG00000009775)	MANEAL (ENSSDUG00000009753)
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT01030000235168	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00940000178211	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Tongue sole	MODERN SPECIES	4	pnrc2 (ENSCSEG00000020261)	cnr2 (ENSCSEG00000020263)	akirin1 (ENSCSEG00000020264)	rhbdl2 (ENSCSEG00000020266)	GJA9 (ENSCSEG00000020269)	ENSCSEG00000020270	rragca (ENSCSEG00000020277)	pou3f1 (ENSCSEG00000020279)	utp11 (ENSCSEG00000020281)	FHL3 (ENSCSEG00000020285)	rspo1 (ENSCSEG00000020287)	gnl2 (ENSCSEG00000020296)	dnali1 (ENSCSEG00000020307)	snip1 (ENSCSEG00000020310)	ENSCSEG00000020313	MAP7D1 (ENSCSEG00000020319) ##22	ENSCSEG00000020325	sh3d21 (ENSCSEG00000020331)	ENSCSEG00000020336	ENSCSEG00000020343	selenbp1 (ENSCSEG00000020362)	pogzb (ENSCSEG00000020370)	ENSCSEG00000020374	plekho1b (ENSCSEG00000020399)	ENSCSEG00000020402	ENSCSEG00000020409	ENSCSEG00000020416	ENSCSEG00000020420	iqgap3 (ENSCSEG00000020426)	ANKRD34A (ENSCSEG00000020436)	gon4lb (ENSCSEG00000020441)
Turbot	MODERN SPECIES		cnr2 (ENSSMAG00000003186)	akirin1 (ENSSMAG00000003202)	rhbdl2 (ENSSMAG00000003252)	GJA9 (ENSSMAG00000003266)	ENSSMAG00000003287	rragca (ENSSMAG00000003327)	pou3f1 (ENSSMAG00000003341)	ENSSMAG00000035984	utp11 (ENSSMAG00000003346)	FHL3 (ENSSMAG00000027104)	rspo1 (ENSSMAG00000003444)	gnl2 (ENSSMAG00000003472)	dnali1 (ENSSMAG00000003563)	SNIP1 (ENSSMAG00000003570)	ENSSMAG00000003583	MAP7D1 (ENSSMAG00000003648) ##22	THRAP3 (ENSSMAG00000003703)	sh3d21 (ENSSMAG00000003747)	eva1ba (ENSSMAG00000023907)	STK40 (ENSSMAG00000003802)	OSCP1 (ENSSMAG00000003827)	ENSSMAG00000003843	mrps15 (ENSSMAG00000003899)	csf3r (ENSSMAG00000003925)	GRIK3 (ENSSMAG00000005100)	ZC3H12A (ENSSMAG00000005140)	INPP5B (ENSSMAG00000005147)	mtf1 (ENSSMAG00000005172)	yrdc (ENSSMAG00000005195)	MANEAL (ENSSMAG00000005209)	ENSSMAG00000005221
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01030000235133	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00530000068429	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012.x.a	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465
Fugu	MODERN SPECIES	19	fabp10a (ENSTRUG00000019589)	pnrc2 (ENSTRUG00000022856)	cnr2 (ENSTRUG00000008915)	akirin1 (ENSTRUG00000024601)	rhbdl2 (ENSTRUG00000009100)	GJA9 (ENSTRUG00000033096)	ENSTRUG00000020122	rragca (ENSTRUG00000009237)	pou3f1 (ENSTRUG00000009356)	utp11 (ENSTRUG00000009375)	FHL3 (ENSTRUG00000009493)	rspo1 (ENSTRUG00000009686)	gnl2 (ENSTRUG00000009789)	dnali1 (ENSTRUG00000010122)	ENSTRUG00000010218	MAP7D1 (ENSTRUG00000010556) ##22	THRAP3 (ENSTRUG00000010702)	sh3d21 (ENSTRUG00000010927)	eva1ba (ENSTRUG00000010950)	STK40 (ENSTRUG00000010973)	OSCP1 (ENSTRUG00000011056)	ENSTRUG00000021423	mrps15 (ENSTRUG00000011129)	CSF3R (ENSTRUG00000011157)	GRIK3 (ENSTRUG00000011437)	ENSTRUG00000027138	pbx2 (ENSTRUG00000011925)	dnase2 (ENSTRUG00000012127)	rgl2 (ENSTRUG00000012178)	ENSTRUG00000021243	SYNGAP1 (ENSTRUG00000012329)
Tetraodon	MODERN SPECIES	26	ENSTNIG00000014963	rad51c (ENSTNIG00000014964)	ENSTNIG00000014965	ENSTNIG00000002273	XPO1 (ENSTNIG00000003360)	cct4 (ENSTNIG00000003361)	pus10 (ENSTNIG00000003362)	ENSTNIG00000005303	ENSTNIG00000000317	ENSTNIG00000005304	ENSTNIG00000005305	ENSTNIG00000003614	abcd1 (ENSTNIG00000006189)	gnl2 (ENSTNIG00000003733)	dnali1 (ENSTNIG00000003732)	ENSTNIG00000012195 ##22	THRAP3 (ENSTNIG00000012194)	sh3d21 (ENSTNIG00000012193)	STK40 (ENSTNIG00000012192)	OSCP1 (ENSTNIG00000012191)	mrps15 (ENSTNIG00000012190)	CSF3R (ENSTNIG00000001409)	GRIK3 (ENSTNIG00000012189)	PIEZO1 (ENSTNIG00000003588)	ENSTNIG00000003589	ENSTNIG00000003590	ENSTNIG00000003591	ENSTNIG00000003592	tm9sf2 (ENSTNIG00000003593)	SYNGAP1 (ENSTNIG00000010304)	smg5 (ENSTNIG00000010303)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01030000235133	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00530000068429	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	58	akirin1 (ENSLBEG00000008199)	rhbdl2 (ENSLBEG00000008248)	ENSLBEG00000008283	GJA9 (ENSLBEG00000008301)	ENSLBEG00000008336	rragca (ENSLBEG00000008360)	pou3f1 (ENSLBEG00000008388)	utp11 (ENSLBEG00000008407)	FHL3 (ENSLBEG00000008447)	rspo1 (ENSLBEG00000008477)	gnl2 (ENSLBEG00000008518)	dnali1 (ENSLBEG00000008589)	ENSLBEG00000008632	ENSLBEG00000008644	ENSLBEG00000008678	MAP7D1 (ENSLBEG00000008723) ##22	THRAP3 (ENSLBEG00000008813)	sh3d21 (ENSLBEG00000008879)	eva1ba (ENSLBEG00000008911)	ENSLBEG00000008935	STK40 (ENSLBEG00000008958)	OSCP1 (ENSLBEG00000009007)	ENSLBEG00000009056	mrps15 (ENSLBEG00000009087)	CSF3R (ENSLBEG00000009161)	GRIK3 (ENSLBEG00000009256)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00530000068429	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	8	pnrc2 (ENSSAUG00010015052)	cnr2 (ENSSAUG00010015051)	akirin1 (ENSSAUG00010015045)	rhbdl2 (ENSSAUG00010015042)	GJA9 (ENSSAUG00010015040)	ENSSAUG00010015039	rragca (ENSSAUG00010015034)	pou3f1 (ENSSAUG00010015032)	utp11 (ENSSAUG00010015030)	FHL3 (ENSSAUG00010015024)	rspo1 (ENSSAUG00010015022)	gnl2 (ENSSAUG00010015013)	dnali1 (ENSSAUG00010015007)	snip1 (ENSSAUG00010015005)	MAP3K6 (ENSSAUG00010020734)	MAP7D1 (ENSSAUG00010020726) ##22	THRAP3 (ENSSAUG00010020723)	sh3d21 (ENSSAUG00010020721)	eva1ba (ENSSAUG00010020720)	STK40 (ENSSAUG00010020718)	OSCP1 (ENSSAUG00010020717)	ENSSAUG00010020716	mrps15 (ENSSAUG00010020715)	csf3r (ENSSAUG00010020713)	GRIK3 (ENSSAUG00010017988)	ZC3H12A (ENSSAUG00010017948)	ENSSAUG00010017943	INPP5B (ENSSAUG00010017637)	mtf1 (ENSSAUG00010017599)	yrdc (ENSSAUG00010017597)	MANEAL (ENSSAUG00010017595)
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i	ENSGT00940000153295.a.a
European seabass	MODERN SPECIES	6	pnrc2 (ENSDLAG00005027869)	ENSDLAG00005007393	SRSF10 (ENSDLAG00005029184)	cnr2 (ENSDLAG00005033223)	rhbdl2 (ENSDLAG00005007466)	GJA9 (ENSDLAG00005007475)	ENSDLAG00005029266	rragca (ENSDLAG00005007481)	pou3f1 (ENSDLAG00005029296)	utp11 (ENSDLAG00005007490)	FHL3 (ENSDLAG00005007500)	rspo1 (ENSDLAG00005007510)	gnl2 (ENSDLAG00005007540)	dnali1 (ENSDLAG00005034656)	ENSDLAG00005008475	MAP7D1 (ENSDLAG00005009499) ##22	THRAP3 (ENSDLAG00005009555)	sh3d21 (ENSDLAG00005009583)	eva1ba (ENSDLAG00005029823)	STK40 (ENSDLAG00005009633)	OSCP1 (ENSDLAG00005009654)	mrps15 (ENSDLAG00005030986)	csf3r (ENSDLAG00005009735)	GRIK3 (ENSDLAG00005009845)	ZC3H12A (ENSDLAG00005011869)	ENSDLAG00005032500	INPP5B (ENSDLAG00005011892)	mtf1 (ENSDLAG00005012917)	MANEAL (ENSDLAG00005027752)	yrdc (ENSDLAG00005013053)	ENSDLAG00005034052
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	484	scn1ba (ENSLCRG00005010222)	ENSLCRG00005010153	si:ch211-225p5.8 (ENSLCRG00005010109)	KCNE1 (ENSLCRG00005010097)	dnajc28 (ENSLCRG00005010096)	ENSLCRG00005010093	rragca (ENSLCRG00005010089)	pou3f1 (ENSLCRG00005010081)	utp11 (ENSLCRG00005010070)	FHL3 (ENSLCRG00005010057)	rspo1 (ENSLCRG00005010051)	gnl2 (ENSLCRG00005010011)	dnali1 (ENSLCRG00005009982)	snip1 (ENSLCRG00005009965)	ENSLCRG00005006336	MAP7D1 (ENSLCRG00005005931) ##22	THRAP3 (ENSLCRG00005005916)	sh3d21 (ENSLCRG00005005906)	eva1ba (ENSLCRG00005005900)	STK40 (ENSLCRG00005005869)	OSCP1 (ENSLCRG00005005741)	ENSLCRG00005005712	mrps15 (ENSLCRG00005005702)	csf3r (ENSLCRG00005005672)	GRIK3 (ENSLCRG00005005377)	ZC3H12A (ENSLCRG00005005327)	ENSLCRG00005005318	INPP5B (ENSLCRG00005003620)	mtf1 (ENSLCRG00005003083)	yrdc (ENSLCRG00005002976)	MANEAL (ENSLCRG00005012059)
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00530000068429	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b.i	ENSGT00940000153295.a.a
Pike perch	MODERN SPECIES	116													dnali1 (ENSSLUG00000005235)	snip1 (ENSSLUG00000005225)	MAP3K6 (ENSSLUG00000003332)	MAP7D1 (ENSSLUG00000002922) ##22	THRAP3 (ENSSLUG00000002906)	sh3d21 (ENSSLUG00000002896)	eva1ba (ENSSLUG00000002889)	STK40 (ENSSLUG00000002877)	OSCP1 (ENSSLUG00000002865)	ENSSLUG00000002857	mrps15 (ENSSLUG00000023350)	csf3r (ENSSLUG00000023341)	GRIK3 (ENSSLUG00000023219)	ENSSLUG00000023196	ZC3H12A (ENSSLUG00000023191)	ENSSLUG00000023188	INPP5B (ENSSLUG00000021701)	mtf1 (ENSSLUG00000021588)	yrdc (ENSSLUG00000021583)
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT00940000166129	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00530000068429	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000204035	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b
Stickleback	DUPLICATION
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Stickleback	MODERN SPECIES	19	cnr2 (ENSGACG00000013656)	akirin1 (ENSGACG00000013657)	rhbdl2 (ENSGACG00000013668)	GJA9 (ENSGACG00000013675)	ENSGACG00000013676	rragca (ENSGACG00000013678)	pou3f1 (ENSGACG00000013679)	utp11 (ENSGACG00000013680)	FHL3 (ENSGACG00000013685)	rspo1 (ENSGACG00000013691)	gnl2 (ENSGACG00000013692)	dnali1 (ENSGACG00000013717)	snip1 (ENSGACG00000013718)	MAP3K6 (ENSGACG00000013722)	ENSGACG00000013737 ##22	ENSGACG00000013740 ##22	THRAP3 (ENSGACG00000013745)	sh3d21 (ENSGACG00000013749)	eva1ba (ENSGACG00000013751)	STK40 (ENSGACG00000013752)	OSCP1 (ENSGACG00000013774)	mrps15 (ENSGACG00000013792)	csf3r (ENSGACG00000013795)	ENSGACG00000013798	GRIK3 (ENSGACG00000013802)	ZC3H12A (ENSGACG00000013859)	ENSGACG00000013863	INPP5B (ENSGACG00000013866)	mtf1 (ENSGACG00000013875)	yrdc (ENSGACG00000013878)	ENSGACG00000013885
Lumpfish	MODERN SPECIES	7	pnrc2 (ENSCLMG00005009430)	cnr2 (ENSCLMG00005009429)	akirin1 (ENSCLMG00005009427)	rhbdl2 (ENSCLMG00005009374)	GJA9 (ENSCLMG00005009373)	ENSCLMG00005009372	rragca (ENSCLMG00005009371)	pou3f1 (ENSCLMG00005009370)	utp11 (ENSCLMG00005009369)	FHL3 (ENSCLMG00005009368)	rspo1 (ENSCLMG00005009363)	gnl2 (ENSCLMG00005009359)	dnali1 (ENSCLMG00005009357)	snip1 (ENSCLMG00005009356)	MAP3K6 (ENSCLMG00005009166)	MAP7D1 (ENSCLMG00005009165) ##22	THRAP3 (ENSCLMG00005009163)	sh3d21 (ENSCLMG00005009162)	eva1ba (ENSCLMG00005009161)	STK40 (ENSCLMG00005009160)	OSCP1 (ENSCLMG00005009149)	ENSCLMG00005009147	mrps15 (ENSCLMG00005009146)	csf3r (ENSCLMG00005009144)	GRIK3 (ENSCLMG00005008787)	ZC3H12A (ENSCLMG00005008781)	INPP5B (ENSCLMG00005007032)	mtf1 (ENSCLMG00005007022)	yrdc (ENSCLMG00005007021)	MANEAL (ENSCLMG00005007019)	LIN28A (ENSCLMG00005007018)
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	319										FHL3 (ENSHCOG00000012021)	rspo1 (ENSHCOG00000012060)	gnl2 (ENSHCOG00000012109)	dnali1 (ENSHCOG00000012126)	SNIP1 (ENSHCOG00000012146)	ENSHCOG00000012157	MAP7D1 (ENSHCOG00000012178) ##22	sh3d21 (ENSHCOG00000012205)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	7	pnrc2 (ENSMMDG00005017854)	cnr2 (ENSMMDG00005017851)	akirin1 (ENSMMDG00005017848)	rhbdl2 (ENSMMDG00005017845)	GJA9 (ENSMMDG00005017842)	MYCBP (ENSMMDG00005017840)	rragca (ENSMMDG00005017838)	pou3f1 (ENSMMDG00005017837)	utp11 (ENSMMDG00005017835)	FHL3 (ENSMMDG00005017832)	rspo1 (ENSMMDG00005017827)	gnl2 (ENSMMDG00005017817)	dnali1 (ENSMMDG00005017815)	snip1 (ENSMMDG00005017814)	MAP3K6 (ENSMMDG00005015884)	MAP7D1 (ENSMMDG00005015855) ##22	THRAP3 (ENSMMDG00005015833)	sh3d21 (ENSMMDG00005015819)	eva1ba (ENSMMDG00005015816)	STK40 (ENSMMDG00005015813)	OSCP1 (ENSMMDG00005015784)	ENSMMDG00005015782	mrps15 (ENSMMDG00005015781)	csf3r (ENSMMDG00005015763)	GRIK3 (ENSMMDG00005015674)	ENSMMDG00005015659	ZC3H12A (ENSMMDG00005015627)	INPP5B (ENSMMDG00005013409)	mtf1 (ENSMMDG00005013384)	yrdc (ENSMMDG00005013382)	MANEAL (ENSMMDG00005013381)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	50								ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ##22	ENSGT01010000223313	ENSGT00940000156318.b.b	ENSGT00940000154063.C.a.a.b	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT01030000235168	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a.a	ENSGT00990000203803	ENSGT00940000156762
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	85	ENSGT00530000063881.a.b.s	ENSGT01060000248564.a.b.f	ENSGT00940000158787.g.a	ENSGT00940000159442.c	ENSGT01090000260070.C.a.d	ENSGT00390000017974.nb.c	ENSGT00950000183031.A.a.a.a.a	ENSGT00940000165372.c	ENSGT00390000005813.i	ENSGT00950000183028.a.b.a.e	ENSGT00940000158871.c	ENSGT00810000125524.c	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553.g	ENSGT00940000159398.d	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b.e ##22	ENSGT00940000154063.C.a.a.b.j.a	ENSGT00950000183163.a.a.ab.c	ENSGT00940000160627.k	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b.d	ENSGT00390000004808.e.b	ENSGT00390000001737.p	ENSGT00940000158915.ab.a	ENSGT00940000159465.c.a	ENSGT00940000155107.a.a.a.a	ENSGT00990000203803.c	ENSGT00940000156762.i	ENSGT00940000157291.j.b	ENSGT00390000015364.b.m	ENSGT00390000016054.b.i
Huchen	DUPLICATION
Huchen	MODERN SPECIES	193	cnr2 (ENSHHUG00000024447)	akirin1 (ENSHHUG00000024422)	rhbdl2 (ENSHHUG00000024388)	GJA9 (ENSHHUG00000024386)	ENSHHUG00000024370	rragca (ENSHHUG00000024334)	pou3f1 (ENSHHUG00000024330)	utp11 (ENSHHUG00000024320)	FHL3 (ENSHHUG00000024316)	rspo1 (ENSHHUG00000024308)	ENSHHUG00000024306	gnl2 (ENSHHUG00000024270)	dnali1 (ENSHHUG00000024268)	SNIP1 (ENSHHUG00000039761)	MAP3K6 (ENSHHUG00000039558)	MAP7D1 (ENSHHUG00000039548) ##22	ENSHHUG00000039543 ##22	ENSHHUG00000039517	THRAP3 (ENSHHUG00000039505)	sh3d21 (ENSHHUG00000039486)	eva1ba (ENSHHUG00000039481)	STK40 (ENSHHUG00000039465)	ENSHHUG00000039453	OSCP1 (ENSHHUG00000039437)	ENSHHUG00000039417	csf3r (ENSHHUG00000039373)	GRIK3 (ENSHHUG00000039209)	ZC3H12A (ENSHHUG00000039189)	ENSHHUG00000039165	INPP5B (ENSHHUG00000039010)	mtf1 (ENSHHUG00000038992)
Huchen	MODERN SPECIES	193	akirin1 (ENSHHUG00000024422)	rhbdl2 (ENSHHUG00000024388)	GJA9 (ENSHHUG00000024386)	ENSHHUG00000024370	rragca (ENSHHUG00000024334)	pou3f1 (ENSHHUG00000024330)	utp11 (ENSHHUG00000024320)	FHL3 (ENSHHUG00000024316)	rspo1 (ENSHHUG00000024308)	ENSHHUG00000024306	gnl2 (ENSHHUG00000024270)	dnali1 (ENSHHUG00000024268)	SNIP1 (ENSHHUG00000039761)	MAP3K6 (ENSHHUG00000039558)	MAP7D1 (ENSHHUG00000039548) ##22	ENSHHUG00000039543 ##22	ENSHHUG00000039517	THRAP3 (ENSHHUG00000039505)	sh3d21 (ENSHHUG00000039486)	eva1ba (ENSHHUG00000039481)	STK40 (ENSHHUG00000039465)	ENSHHUG00000039453	OSCP1 (ENSHHUG00000039437)	ENSHHUG00000039417	csf3r (ENSHHUG00000039373)	GRIK3 (ENSHHUG00000039209)	ZC3H12A (ENSHHUG00000039189)	ENSHHUG00000039165	INPP5B (ENSHHUG00000039010)	mtf1 (ENSHHUG00000038992)	yrdc (ENSHHUG00000038990)
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	93	ENSGT00530000063881.a.b.s	ENSGT01060000248564.a.b.f	ENSGT00940000158787.g.a	ENSGT00940000159442.c.b	ENSGT01090000260070.C.a.d	ENSGT00390000017974.nb.c	ENSGT00950000183031.A.a.a.a.a	ENSGT00940000165372.c	ENSGT00390000005813.i	ENSGT00950000183028.a.b.a.e	ENSGT00940000158871.c	ENSGT00810000125524.c	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553.g	ENSGT00940000159398.d	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b.e ##22	ENSGT00940000154063.C.a.a.b.j.a	ENSGT00950000183163.a.a.ab.c	ENSGT00940000160627.k	ENSGT00990000211290.B	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b.d	ENSGT00390000004808.e.b	ENSGT01030000235168.c.a	ENSGT00390000001737.p	ENSGT00940000158915.ab.a	ENSGT00940000159465.c.a	ENSGT00940000155107.a.a.a.a	ENSGT00990000203803.c	ENSGT00940000156762.i	ENSGT00940000157291.j.b
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00530000063881.a.b.s	ENSGT01060000248564.a.b.f	ENSGT00940000158787.g.a	ENSGT00940000159442.c.b	ENSGT01090000260070.C.a.d	ENSGT00390000017974.nb.c	ENSGT00950000183031.A.a.a.a.a	ENSGT00940000165372.c	ENSGT00390000005813.i	ENSGT00950000183028.a.b.a.e	ENSGT00940000158871.c	ENSGT00810000125524.c	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553.g	ENSGT00940000159398.d	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b.e ##22	ENSGT00940000154063.C.a.a.b.j.a	ENSGT00950000183163.a.a.ab.c	ENSGT00940000160627.k	ENSGT00990000211290.B	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b.d	ENSGT00390000004808.e.b	ENSGT01030000235168.d	ENSGT00390000001737.p	ENSGT00940000158915.ab.a	ENSGT00940000159465.c.a	ENSGT00940000155107.a.a.a.a	ENSGT00990000203803.c	ENSGT00940000156762.i	ENSGT00940000157291.j.b
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River trout	MODERN SPECIES	30	cnr2 (ENSSTUG00000043585)	akirin1 (ENSSTUG00000043595)	rhbdl2 (ENSSTUG00000043631)	GJA9 (ENSSTUG00000043643)	ENSSTUG00000043663	rragca (ENSSTUG00000043681)	pou3f1 (ENSSTUG00000043698)	utp11 (ENSSTUG00000043702)	FHL3 (ENSSTUG00000043720)	rspo1 (ENSSTUG00000043724)	ENSSTUG00000043729	gnl2 (ENSSTUG00000043753)	dnali1 (ENSSTUG00000043924)	SNIP1 (ENSSTUG00000043947)	MAP3K6 (ENSSTUG00000043972)	MAP7D1 (ENSSTUG00000044228) ##22	ENSSTUG00000044325	THRAP3 (ENSSTUG00000044338)	sh3d21 (ENSSTUG00000044407)	ENSSTUG00000044433	eva1ba (ENSSTUG00000044439)	STK40 (ENSSTUG00000044443)	OSCP1 (ENSSTUG00000044465)	ENSSTUG00000044527	mrps15 (ENSSTUG00000044540)	csf3r (ENSSTUG00000044555)	GRIK3 (ENSSTUG00000044620)	ZC3H12A (ENSSTUG00000045847)	INPP5B (ENSSTUG00000045888)	mtf1 (ENSSTUG00000046336)	yrdc (ENSSTUG00000046359)
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Rainbow trout	MODERN SPECIES	21	pnrc2 (ENSOMYG00000009031)	cnr2 (ENSOMYG00000009045)	akirin1 (ENSOMYG00000009097)	ENSOMYG00000009147	rragca (ENSOMYG00000009167)	ENSOMYG00000071645	pou3f1 (ENSOMYG00000009181)	utp11 (ENSOMYG00000009193)	FHL3 (ENSOMYG00000009234)	rspo1 (ENSOMYG00000009271)	ENSOMYG00000002892	gnl2 (ENSOMYG00000009355)	dnali1 (ENSOMYG00000009575)	SNIP1 (ENSOMYG00000009635)	ENSOMYG00000009719	MAP7D1 (ENSOMYG00000009849) ##22	ENSOMYG00000073482	ENSOMYG00000009890	THRAP3 (ENSOMYG00000009930)	sh3d21 (ENSOMYG00000009987)	ENSOMYG00000062962	ENSOMYG00000010013	eva1ba (ENSOMYG00000010031)	ENSOMYG00000069582	STK40 (ENSOMYG00000010073)	OSCP1 (ENSOMYG00000010242)	mrps15 (ENSOMYG00000010362)	csf3r (ENSOMYG00000010394)	GRIK3 (ENSOMYG00000010580)	ZC3H12A (ENSOMYG00000011243)	ENSOMYG00000011247
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00530000063881.a.b.s	ENSGT01060000248564.a.b.f	ENSGT00940000158787.g.a	ENSGT00940000159442.c.b	ENSGT01090000260070.C.a.d	ENSGT00390000017974.nb.c	ENSGT00950000183031.A.a.a.a.a	ENSGT00940000165372.c	ENSGT00390000005813.i	ENSGT00950000183028.a.b.a.e	ENSGT00940000158871.c	ENSGT00810000125524.c	ENSGT00390000003012.l.a	ENSGT00940000156553.g	ENSGT00940000159398.d	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b.e ##22	ENSGT00940000154063.C.a.a.b.j.a	ENSGT00950000183163.a.a.ab.c	ENSGT00940000160627.k	ENSGT00990000211290.B	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b.d	ENSGT00390000004808.e.b	ENSGT01030000235168.c.a	ENSGT00390000001737.p	ENSGT00940000158915.ab.a	ENSGT00940000159465.c.a	ENSGT00940000155107.a.a.a.a	ENSGT00990000203803.c	ENSGT00940000156762.i	ENSGT00940000157291.j.b
Chinook salmon	DUPLICATION
Chinook salmon	DUPLICATION
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Coho salmon	MODERN SPECIES	11	cnr2 (ENSOKIG00005017757)	akirin1 (ENSOKIG00005017768)	rhbdl2 (ENSOKIG00005017791)	GJA9 (ENSOKIG00005017806)	ENSOKIG00005017810	rragca (ENSOKIG00005017823)	ENSOKIG00005017835	pou3f1 (ENSOKIG00005017836)	utp11 (ENSOKIG00005017841)	FHL3 (ENSOKIG00005017877)	rspo1 (ENSOKIG00005017887)	gnl2 (ENSOKIG00005017905)	dnali1 (ENSOKIG00005017939)	SNIP1 (ENSOKIG00005017975)	ENSOKIG00005018009	MAP7D1 (ENSOKIG00005018595) ##22	ENSOKIG00005018600	THRAP3 (ENSOKIG00005018602)	sh3d21 (ENSOKIG00005018614)	ENSOKIG00005018636	eva1ba (ENSOKIG00005018655)	STK40 (ENSOKIG00005018666)	OSCP1 (ENSOKIG00005018695)	mrps15 (ENSOKIG00005018782)	csf3r (ENSOKIG00005018820)	GRIK3 (ENSOKIG00005018849)	ZC3H12A (ENSOKIG00005018878)	ENSOKIG00005018888	INPP5B (ENSOKIG00005018928)	mtf1 (ENSOKIG00005019448)	yrdc (ENSOKIG00005019460)
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Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00530000063881.a.b.t	ENSGT01060000248564.a.b.e	ENSGT00940000158787.g.b	ENSGT00940000159442.d	ENSGT01090000260070.C.a.c	ENSGT00390000017974.nb.d	ENSGT00950000183031.A.a.a.a.b	ENSGT00940000165372.d	ENSGT00390000005813.j	ENSGT00950000183028.a.b.a.f	ENSGT00940000158871.d	ENSGT00810000125524.d	ENSGT00940000179482	ENSGT00940000156553.h	ENSGT00940000159398.c	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b.f ##22	ENSGT00940000154063.C.a.a.b.j.b	ENSGT00950000183163.a.a.ab.d	ENSGT00940000160627.l	ENSGT00990000211290.A	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b.c	ENSGT00390000004808.e.a	ENSGT01030000235168.c.b	ENSGT00390000001737.o	ENSGT00940000158915.ab.b	ENSGT00940000159465.d	ENSGT00940000155107.a.a.a.b	ENSGT00990000203803.d	ENSGT00940000156762.j	ENSGT00940000157291.j.a
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00530000063881.a.b.t	ENSGT01060000248564.a.b.e	ENSGT00940000158787.g.b	ENSGT00940000159442.c.a	ENSGT01090000260070.C.a.c	ENSGT00390000017974.nb.d	ENSGT00950000183031.A.a.a.a.b	ENSGT00940000165372.d	ENSGT00390000005813.j	ENSGT00950000183028.a.b.a.f	ENSGT00940000158871.d	ENSGT00810000125524.d	ENSGT00940000179482	ENSGT00940000156553.h	ENSGT00940000159398.c	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b.f ##22	ENSGT00940000154063.C.a.a.b.j.b.d	ENSGT00940000154063.C.a.a.b.j.b.c	ENSGT00950000183163.a.a.ab.d	ENSGT00940000160627.l	ENSGT00990000211290.A	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b.c	ENSGT00390000004808.e.a	ENSGT01030000235168.c.b	ENSGT00390000001737.o	ENSGT00940000158915.ab.b	ENSGT00940000159465.d	ENSGT00940000155107.a.a.a.b	ENSGT00990000203803.d	ENSGT00940000156762.j
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	127								ENSGT00940000165372.d	ENSGT00390000005813.j	ENSGT00950000183028.a.b.a.f	ENSGT00940000158871.d	ENSGT00810000125524.d	ENSGT00940000179482	ENSGT00940000156553.h	ENSGT00940000159398.c	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b.f ##22	ENSGT00940000154063.C.a.a.b.j.b.d	ENSGT00940000154063.C.a.a.b.j.b.c	ENSGT00950000183163.a.a.ab.d	ENSGT00940000160627.l	ENSGT00990000211290.A	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b.c	ENSGT00390000004808.e.a	ENSGT01030000235168.c.b	ENSGT00390000001737.o	ENSGT00940000158915.ab.b	ENSGT00940000159465.d	ENSGT00940000155107.a.a.a.b	ENSGT00990000203803.d	ENSGT00940000156762.j
Chinook salmon	DUPLICATION
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Rainbow trout	MODERN SPECIES	11	cnr2 (ENSOMYG00000036009)	akirin1 (ENSOMYG00000036028)	rhbdl2 (ENSOMYG00000036043)	GJA9 (ENSOMYG00000036049)	MYCBP (ENSOMYG00000036056)	rragca (ENSOMYG00000036070)	pou3f1 (ENSOMYG00000036081)	utp11 (ENSOMYG00000036096)	FHL3 (ENSOMYG00000036105)	rspo1 (ENSOMYG00000036112)	ENSOMYG00000074317	gnl2 (ENSOMYG00000036245)	ENSOMYG00000037484	ENSOMYG00000047915	ENSOMYG00000037595	MAP7D1 (ENSOMYG00000038006) ##22	ENSOMYG00000038040	ENSOMYG00000050329	ENSOMYG00000038029	ENSOMYG00000063060	THRAP3 (ENSOMYG00000038051)	sh3d21 (ENSOMYG00000038065)	eva1ba (ENSOMYG00000055958)	STK40 (ENSOMYG00000038106)	ENSOMYG00000038134	ENSOMYG00000070784	ENSOMYG00000038157	mrps15 (ENSOMYG00000038191)	ENSOMYG00000054305	GRIK3 (ENSOMYG00000027368)	ZC3H12A (ENSOMYG00000031296)
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154450.uc.c	ENSGT00530000063881.a.b.t	ENSGT01060000248564.a.b.e	ENSGT00940000158787.g.b	ENSGT00940000159442.d	ENSGT01090000260070.C.a.c	ENSGT00980000199494.a.b	ENSGT00950000183031.A.a.a.a.b	ENSGT00940000165372.d	ENSGT00390000005813.j	ENSGT00950000183028.a.b.a.f	ENSGT00940000158871.d	ENSGT00810000125524.d	ENSGT00940000156553.h	ENSGT00940000159398.c	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b.f ##22	ENSGT00940000154063.C.a.a.b.j.b.b	ENSGT00950000183163.a.a.ab.d	ENSGT00940000160627.l	ENSGT00990000211290.A	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b.a	ENSGT00950000182986.b.c	ENSGT00390000004808.e.a	ENSGT00390000001737.o	ENSGT00940000158915.ab.b	ENSGT00940000159465.c.b.b	ENSGT00940000155107.a.a.a.b	ENSGT00990000203803.d	ENSGT00940000156762.j	ENSGT00940000157291.j.a	ENSGT00990000213494
River trout	MODERN SPECIES	22	SRSF10 (ENSSTUG00000029650)	pnrc2 (ENSSTUG00000029646)	cnr2 (ENSSTUG00000029643)	akirin1 (ENSSTUG00000029596)	rhbdl2 (ENSSTUG00000029559)	GJA9 (ENSSTUG00000029550)	ENSSTUG00000029536	rragca (ENSSTUG00000029518)	pou3f1 (ENSSTUG00000029513)	utp11 (ENSSTUG00000029502)	FHL3 (ENSSTUG00000029489)	rspo1 (ENSSTUG00000029480)	gnl2 (ENSSTUG00000029330)	SNIP1 (ENSSTUG00000029312)	ENSSTUG00000029010	MAP7D1 (ENSSTUG00000028932) ##22	ENSSTUG00000028926	fam177a1 (ENSSTUG00000028915)	fam177a1 (ENSSTUG00000028906)	ENSSTUG00000028899	ENSSTUG00000028878	THRAP3 (ENSSTUG00000028821)	sh3d21 (ENSSTUG00000028799)	eva1ba (ENSSTUG00000028783)	STK40 (ENSSTUG00000028762)	OSCP1 (ENSSTUG00000028650)	mrps15 (ENSSTUG00000028606)	ENSSTUG00000010809	GRIK3 (ENSSTUG00000008608)	ZC3H12A (ENSSTUG00000008510)	ENSSTUG00000008498
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	24	pnrc2 (ENSSSAG00000100053)	cnr2 (ENSSSAG00000027960)	ENSSSAG00000084598	ca108 (ENSSSAG00000042312)	rhbdl2 (ENSSSAG00000116091)	GJA9 (ENSSSAG00000108800)	ENSSSAG00000107037	rragca (ENSSSAG00000042174)	utp11 (ENSSSAG00000042064)	FHL3 (ENSSSAG00000042046)	rspo1 (ENSSSAG00000112303)	gnl2 (ENSSSAG00000041915)	dnali1 (ENSSSAG00000041885)	ENSSSAG00000041874	ENSSSAG00000041598	MAP7D1 (ENSSSAG00000041522) ##22	ENSSSAG00000010394	ENSSSAG00000039686	ENSSSAG00000114956	THRAP3 (ENSSSAG00000039533)	sh3d21 (ENSSSAG00000041288)	ENSSSAG00000100766	CA078 (ENSSSAG00000039398)	STK40 (ENSSSAG00000039079)	OSCP1 (ENSSSAG00000038140)	mrps15 (ENSSSAG00000037592)	csf3r (ENSSSAG00000072535)	GRIK3 (ENSSSAG00000070593)	ENSSSAG00000091521	ZC3H12A (ENSSSAG00000070519)	ENSSSAG00000121662
Huchen	MODERN SPECIES	516								pou3f1 (ENSHHUG00000023677)	utp11 (ENSHHUG00000023669)	FHL3 (ENSHHUG00000023662)	rspo1 (ENSHHUG00000023657)	gnl2 (ENSHHUG00000023471)	ENSHHUG00000023458	SNIP1 (ENSHHUG00000023456)	MAP3K6 (ENSHHUG00000023393)	MAP7D1 (ENSHHUG00000023310) ##22	ENSHHUG00000023305	THRAP3 (ENSHHUG00000023283)	sh3d21 (ENSHHUG00000023275)	eva1ba (ENSHHUG00000023251)	STK40 (ENSHHUG00000023245)	OSCP1 (ENSHHUG00000023235)	ENSHHUG00000023196	mrps15 (ENSHHUG00000023165)
Northern pike	MODERN SPECIES	19	SRSF10 (ENSELUG00000017108)	pnrc2 (ENSELUG00000017122)	cnr2 (ENSELUG00000017144)	rhbdl2 (ENSELUG00000017191)	GJA9 (ENSELUG00000017242)	ENSELUG00000025351	rragca (ENSELUG00000017293)	pou3f1 (ENSELUG00000017309)	utp11 (ENSELUG00000017361)	FHL3 (ENSELUG00000000657)	rspo1 (ENSELUG00000017421)	gnl2 (ENSELUG00000000675)	dnali1 (ENSELUG00000000681)	SNIP1 (ENSELUG00000017487)	MAP3K6 (ENSELUG00000017546)	map7d1a (ENSELUG00000017646) ##22	ENSELUG00000000703	ENSELUG00000017676	ENSELUG00000034553	THRAP3 (ENSELUG00000017733)	sh3d21 (ENSELUG00000017766)	eva1ba (ENSELUG00000017790)	STK40 (ENSELUG00000017831)	OSCP1 (ENSELUG00000017885)	PL8L1 (ENSELUG00000032488)	mrps15 (ENSELUG00000017968)	smpdl3b (ENSELUG00000017994)	mecr (ENSELUG00000018018)	LIN28A (ENSELUG00000018033)	MANEAL (ENSELUG00000018058)	yrdc (ENSELUG00000018071)
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	101	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT01030000235133	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00940000165372	ENSGT00390000005813	ENSGT00950000183028.a.b.a	ENSGT00390000015257	ENSGT00940000158871	ENSGT00810000125524	ENSGT00390000003012	ENSGT00940000156553	ENSGT00940000159398	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a ##22	ENSGT00950000183163.a.a.ab	ENSGT00940000160627	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182986.b	ENSGT00390000004808.e	ENSGT01030000235168	ENSGT00390000001737	ENSGT00940000158915	ENSGT00940000159465	ENSGT00940000155107.a.a	ENSGT00530000063402.a	ENSGT00940000156762	ENSGT00940000157291	ENSGT00390000015364.b	ENSGT00390000016054.b
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	185										meaf6 (ENSPKIG00000005531)	rspo1 (ENSPKIG00000005509)	gnl2 (ENSPKIG00000005438)	dnali1 (ENSPKIG00000005377)	SNIP1 (ENSPKIG00000005359)	ENSPKIG00000005338	map7d1a (ENSPKIG00000005222) ##22	THRAP3 (ENSPKIG00000005150)	sh3d21 (ENSPKIG00000005110)	eva1ba (ENSPKIG00000005092)	STK40 (ENSPKIG00000005059)	OSCP1 (ENSPKIG00000004997)	ENSPKIG00000004957	mrps15 (ENSPKIG00000004939)	csf3r (ENSPKIG00000004855)	GRIK3 (ENSPKIG00000004789)	zc3h12ab (ENSPKIG00000004769)	sf3a3 (ENSPKIG00000004719)	INPP5B (ENSPKIG00000004669)	mtf1 (ENSPKIG00000004616)	yrdc (ENSPKIG00000004574)	maneal (ENSPKIG00000004548)
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	9	akirin1 (ENSSFOG00015020545)	rhbdl2 (ENSSFOG00015020519)	GJA9 (ENSSFOG00015020499)	MYCBP (ENSSFOG00015020481)	rragca (ENSSFOG00015020466)	pou3f1 (ENSSFOG00015029682)	utp11 (ENSSFOG00015020388)	FHL3 (ENSSFOG00015020369)	meaf6 (ENSSFOG00015020331)	rspo1 (ENSSFOG00015020311)	gnl2 (ENSSFOG00015020300)	dnali1 (ENSSFOG00015020284)	dnali1 (ENSSFOG00015020255)	SNIP1 (ENSSFOG00015020244)	ENSSFOG00015020153	map7d1a (ENSSFOG00015020090) ##22	ENSSFOG00015020057	sh3d21 (ENSSFOG00015020035)	ENSSFOG00015020021	ENSSFOG00015020010	lim2.5 (ENSSFOG00015019992)	ENSSFOG00015032389	ENSSFOG00015019971	ENSSFOG00015019955	xrcc1 (ENSSFOG00015019923)	drd2l (ENSSFOG00015019901)	ENSSFOG00015019876	ethe1 (ENSSFOG00015019848)	ENSSFOG00015019826	si:dkey-211g8.1 (ENSSFOG00015019812)	ENSSFOG00015019774
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	119											ENSGT01090000260070.C.b	ENSGT00390000017974.ob	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT01050000246199	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B	ENSGT01090000260093.b.f	ENSGT01090000260093.b.e	ENSGT00940000156213	ENSGT00530000063698.b	ENSGT00940000157833.h.a
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000160140.a.a	ENSGT00950000183145.C	ENSGT00940000156934.k	ENSGT00390000007597	ENSGT00530000063023.A.b	ENSGT00940000157751	ENSGT00390000014274	ENSGT00940000156338.b	ENSGT00940000164147.b	ENSGT00940000154450.tc	ENSGT01090000260070.C.b	ENSGT00390000017974.ob	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000160140.a.a	ENSGT00950000183145.C	ENSGT00940000156934.k	ENSGT00390000007597	ENSGT00530000063023.A.b	ENSGT00940000157751	ENSGT00390000014274	ENSGT00940000156338.b	ENSGT00940000164147.b	ENSGT00940000154450.tc	ENSGT01090000260070.C.b	ENSGT00390000017974.ob	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.b.b.a.a.b	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	174	ENSGT00390000002843.b	ENSGT00940000154708	ENSGT00910000144740	ENSGT00510000049347.h	ENSGT00940000154725.i	ENSGT00940000154725.j.a	ENSGT00940000157280.l	ENSGT00940000156079	ENSGT00940000162238.a.a	ENSGT00940000163557.C	ENSGT00940000159791	ENSGT00390000006486	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.b.b.a.a.b	ENSGT00390000004215.a.b.b.c.b.c	ENSGT01060000248801	ENSGT00740000117011
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	91	ENSGT00940000154708	ENSGT00910000144740	ENSGT00510000049347.h	ENSGT00940000154725.i	ENSGT00940000154725.j.a	ENSGT00940000157280.l	ENSGT00940000156079	ENSGT00940000162238.a.a	ENSGT00940000163557.C	ENSGT00940000159791	ENSGT00390000006486	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00940000177439	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00940000162796	ENSGT01090000260400	ENSGT00950000183175.B.a	ENSGT01030000234543.A.b	ENSGT00940000160581	ENSGT00940000166166	ENSGT00940000155429.b	ENSGT00950000183054.a.a.b	ENSGT00390000006954
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	92	ENSGT00390000002843.b	ENSGT00940000154708	ENSGT00910000144740	ENSGT00510000049347.h	ENSGT00940000154725.i	ENSGT00940000154725.j.a	ENSGT00940000157280.l	ENSGT00940000156079	ENSGT00940000162238.a.a	ENSGT00940000163557.C	ENSGT00940000159791	ENSGT00390000006486	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00940000177439	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00970000195294	ENSGT00940000162796	ENSGT01090000260400	ENSGT00950000183175.B.a	ENSGT01030000234543.A.b	ENSGT00940000160581	ENSGT00940000166166	ENSGT00940000155429.b	ENSGT00950000183054.a.a.b
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	178	ENSGT00390000002843.b	ENSGT00940000154708	ENSGT00910000144740	ENSGT00510000049347.h	ENSGT00940000154725.i	ENSGT00940000154725.j.a	ENSGT00940000157280.l	ENSGT00940000156079	ENSGT00940000162238.a.a	ENSGT00940000163557.C	ENSGT00940000159791	ENSGT00390000006486	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00940000177439	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00970000195294	ENSGT00940000162796	ENSGT01090000260400	ENSGT00950000183175.B.a
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	65							FAM135B (ENSAMXG00000017175)	ENSAMXG00000036148	ENSAMXG00000019441	kcnk9 (ENSAMXG00000019517)	ENSAMXG00000038821	TRAPPC9 (ENSAMXG00000020787)	fhl3b (ENSAMXG00000032557)	meaf6 (ENSAMXG00000030458)	stpg1 (ENSAMXG00000020849)	map7d1b (ENSAMXG00000020859) ##22	thrap3b (ENSAMXG00000020877)	eva1bb (ENSAMXG00000041367)	LSM10 (ENSAMXG00000025301)	oscp1a (ENSAMXG00000039731)	ENSAMXG00000041581	ENSAMXG00000031811	zc3h12ab (ENSAMXG00000029641)	ENSAMXG00000041625	ENSAMXG00000030542	sncb (ENSAMXG00000043895)
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	263							ENSPNAG00000004348	ENSPNAG00000028401	ENSPNAG00000028469	ENSPNAG00000028491	kcnk9 (ENSPNAG00000028505)	TRAPPC9 (ENSPNAG00000005622)	fhl3b (ENSPNAG00000004889)	meaf6 (ENSPNAG00000028667)	stpg1 (ENSPNAG00000004405)	map7d1b (ENSPNAG00000004418) ##22	thrap3b (ENSPNAG00000028762)	eva1bb (ENSPNAG00000004796)	LSM10 (ENSPNAG00000028829)	oscp1a (ENSPNAG00000004456)	ENSPNAG00000005053	ENSPNAG00000028945
Electric eel	MODERN SPECIES	898												rragcb (ENSEEEG00000021258)	fhl3b (ENSEEEG00000021257)	meaf6 (ENSEEEG00000021256)	stpg1 (ENSEEEG00000021255)	map7d1b (ENSEEEG00000021254) ##22	thrap3b (ENSEEEG00000021253)	eva1bb (ENSEEEG00000021251)	LSM10 (ENSEEEG00000021247)	ENSEEEG00000021246
Channel catfish	MODERN SPECIES	5	ENSIPUG00000004942	ST3GAL1 (ENSIPUG00000004950)	ST3GAL1 (ENSIPUG00000004976)	khdrbs3 (ENSIPUG00000004984)	ENSIPUG00000005001	fam135b (ENSIPUG00000005028)	ENSIPUG00000005100	ENSIPUG00000005154	kcnk9 (ENSIPUG00000005285)	TRAPPC9 (ENSIPUG00000005309)	rragcb (ENSIPUG00000005440)	fhl3b (ENSIPUG00000005470)	ENSIPUG00000005538	meaf6 (ENSIPUG00000005566)	stpg1 (ENSIPUG00000005620)	map7d1b (ENSIPUG00000005646) ##22	thrap3b (ENSIPUG00000005707)	eva1bb (ENSIPUG00000005771)	ENSIPUG00000005788	LSM10 (ENSIPUG00000005808)	oscp1a (ENSIPUG00000005816)	zc3h12ab (ENSIPUG00000005852)	ENSIPUG00000005858	sncb (ENSIPUG00000005865)	LRRTM2 (ENSIPUG00000005874)	CTNNA1 (ENSIPUG00000005901)	lrrtm2 (ENSIPUG00000005981)	MCHR2 (ENSIPUG00000005988)	tspan17 (ENSIPUG00000006010)	synpo (ENSIPUG00000006100)	dctn4 (ENSIPUG00000006111)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00730000111283.a	ENSGT00940000157595	ENSGT00940000153845.a.a	ENSGT00940000154725.j.a.a.a.a.a.a	ENSGT00940000154725.j.a.a.a.a.b	ENSGT00940000154725.j.b	ENSGT00940000157280.l	ENSGT00940000156079	ENSGT00940000162238.a.a	ENSGT00940000159308	ENSGT00940000159791	ENSGT00390000006486	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT01030000234592.A.a.b.c	ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.b.b.a.a.b.a.a.b	ENSGT00390000004215.a.b.b.c.b.c	ENSGT01060000248801
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	143	ENSGT00390000006486.i.b	ENSGT00950000183031.A.a.a.sd.a	ENSGT00950000183028.a.b.b.g	ENSGT00390000015257.b.b	ENSGT00390000011598.b	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.c	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f.a	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b.a	ENSGT01040000240385.A.b.b.b.a.a.b.a.b.a.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT00390000015257.a	ENSGT00390000011598.a.a	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.a ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb.b	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.d	ENSGT00940000181189	ENSGT00390000004808.f.b	ENSGT00940000155107.a.a.b.b	ENSGT00560000078630.b	ENSGT00560000078630.a.a.a	ENSGT00950000183008.a.a.a.b.d	ENSGT00940000160424.l	ENSGT00940000158242.i	ENSGT00950000183053.D.i	ENSGT01030000234592.A.a.b.c.b	ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.b.b.a.a.b.b.c	ENSGT00390000004215.a.b.b.c.b.c.a
Goldfish	MODERN SPECIES	10	sdha (ENSCARG00000003802)	rxrba (ENSCARG00000004767)	col11a2 (ENSCARG00000005224)	ENSCARG00000005471	brd2a (ENSCARG00000005514)	tap2a (ENSCARG00000005599)	ENSCARG00000007227	zdhhc3b (ENSCARG00000007261)	ehmt2 (ENSCARG00000007556)	ENSCARG00000013613	ENSCARG00000013630	meaf6 (ENSCARG00000013724)	ENSCARG00000013777	ENSCARG00000013783	stpg1 (ENSCARG00000013790)	map7d1b (ENSCARG00000013800) ##22	thrap3b (ENSCARG00000013814)	eva1bb (ENSCARG00000013820)	LSM10 (ENSCARG00000013829)	zc3h12ab (ENSCARG00000013835)	ENSCARG00000013843	smim13 (ENSCARG00000013854)	nedd9 (ENSCARG00000013862)	TMEM170B (ENSCARG00000013871)	HIVEP1 (ENSCARG00000013876)	edn1 (ENSCARG00000013880)	ENSCARG00000013901	ENSCARG00000013905	ENSCARG00000013915	ENSCARG00000013920	zgc:86598 (ENSCARG00000013937)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000154725.j.a.a.a.a.b	ENSGT00940000154725.j.a.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000154725.j.b.b	ENSGT00940000157280.l.b.a	ENSGT00940000156079.d	ENSGT00940000162238.a.a	ENSGT00940000163557.C	ENSGT00940000159791.w	ENSGT00390000006486.i.b	ENSGT00950000183031.A.a.a.sd.a	ENSGT00950000183028.a.b.b.g	ENSGT00390000015257.b.b	ENSGT00390000011598.b	ENSGT00390000015257.a	ENSGT00390000011598.a.a	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.a ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb.b	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.d	ENSGT00940000181189	ENSGT00390000004808.f.b	ENSGT00940000155107.a.a.b.b	ENSGT00560000078630.a.a.a	ENSGT00950000183008.a.a.a.b.d	ENSGT00940000160424.l	ENSGT00940000158242.i	ENSGT00950000183053.D.i	ENSGT01030000234592.A.a.b.c.b	ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.b.b.a.a.b.b.c	ENSGT00390000004215.a.b.b.c.b.c.a	ENSGT00940000163549.d	ENSGT00940000161897.b.a.b
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	431									ENSSGRG00000044341	kcnk9 (ENSSGRG00000044345)	TRAPPC9 (ENSSGRG00000044348)	rragcb (ENSSGRG00000044382)	fhl3b (ENSSGRG00000044387)	ENSSGRG00000044389	stpg1 (ENSSGRG00000044390)	map7d1b (ENSSGRG00000044391) ##22	thrap3b (ENSSGRG00000044395)	eva1bb (ENSSGRG00000044399)	oscp1a (ENSSGRG00000044401)	ENSSGRG00000044403	zc3h12ab (ENSSGRG00000044406)	smim13 (ENSSGRG00000044408)	nedd9 (ENSSGRG00000044409)	HIVEP1 (ENSSGRG00000044413)	edn1 (ENSSGRG00000044414)	ENSSGRG00000044415	ENSSGRG00000044416
Common carp reference	MODERN SPECIES	12	ST3GAL1 (ENSCCRG00000035652)	KHDRBS3 (ENSCCRG00000071461)	FAM135B (ENSCCRG00000067822)	ENSCCRG00000066020	ENSCCRG00000064829	ENSCCRG00000034730	kcnk9 (ENSCCRG00000079282)	TRAPPC9 (ENSCCRG00000022158)	ENSCCRG00000052992	rragcb (ENSCCRG00000018138)	fhl3b (ENSCCRG00000024062)	ENSCCRG00000073470	ENSCCRG00000060628	meaf6 (ENSCCRG00000031868)	stpg1 (ENSCCRG00000031856)	map7d1b (ENSCCRG00000038821) ##22	thrap3b (ENSCCRG00000038825)	eva1bb (ENSCCRG00000038827)	oscp1a (ENSCCRG00000022844)	zc3h12ab (ENSCCRG00000081392)	smim13 (ENSCCRG00000074273)	nedd9 (ENSCCRG00000022862)	TMEM170B (ENSCCRG00000005805)	HIVEP1 (ENSCCRG00000005836)	edn1 (ENSCCRG00000005841)	ENSCCRG00000058333	ENSCCRG00000070436	ENSCCRG00000044535	si:ch211-133n4.6 (ENSCCRG00000059589)	stm (ENSCCRG00000049053)	si:ch211-80h18.1 (ENSCCRG00000003110)
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Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	80	ENSGT00940000159051.a.b	ENSGT00730000111283.a.c.b	ENSGT00940000157595.h	ENSGT00940000153845.a.a.c	ENSGT00940000154725.j.a.a.b	ENSGT00940000154725.j.a.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000154725.j.b.a.a	ENSGT00940000154725.j.a.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000157280.l.b.b	ENSGT00940000156079.c	ENSGT00940000159791.x	ENSGT00390000006486.i.a	ENSGT00950000183031.A.a.a.sd.b	ENSGT00950000183028.a.b.b.h	ENSGT00390000015257.b.a.b	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb.a	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.c	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f.a	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b.a	ENSGT01040000240385.A.b.b.b.a.a.b.a.b.a.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT00560000078630.a.b	ENSGT00950000183008.a.a.a.b.c	ENSGT00940000160424.k	ENSGT00940000158242.j	ENSGT00950000183053.D.j	ENSGT01030000234592.A.a.b.c.a.b.a.a	ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.b.b.a.a.b.a.a.b.b	ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b
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Golden-line barbel	MODERN SPECIES	693										TRAPPC9 (ENSSGRG00000005537)	ENSSGRG00000005851	rragcb (ENSSGRG00000005854)	fhl3b (ENSSGRG00000005855)	meaf6 (ENSSGRG00000005860)	stpg1 (ENSSGRG00000005863)	map7d1b (ENSSGRG00000005866) ##22	thrap3b (ENSSGRG00000005870)	eva1bb (ENSSGRG00000005877)	LSM10 (ENSSGRG00000005878)	oscp1a (ENSSGRG00000005880)	zc3h12ab (ENSSGRG00000005885)	ENSSGRG00000005887	smim13 (ENSSGRG00000005888)	nedd9 (ENSSGRG00000005890)	TMEM170B (ENSSGRG00000005891)	HIVEP1 (ENSSGRG00000005892)	edn1 (ENSSGRG00000005893)	ENSSGRG00000005896	ENSSGRG00000005938	ENSSGRG00000005986	ENSSGRG00000005991
Goldfish	DUPLICATION
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Goldfish	MODERN SPECIES	38	meaf6 (ENSCARG00000026941)	fhl3b (ENSCARG00000026986)	rragcb (ENSCARG00000026997)	TRAPPC9 (ENSCARG00000027040)	kcnk9 (ENSCARG00000027122)	ENSCARG00000027135	ENSCARG00000027155	FAM135B (ENSCARG00000027192)	zgc:86598 (ENSCARG00000027280)	ENSCARG00000027628	ENSCARG00000027653	ENSCARG00000027669	ENSCARG00000027676	meaf6 (ENSCARG00000027707)	stpg1 (ENSCARG00000027732)	map7d1b (ENSCARG00000027760) ##22	ENSCARG00000027768	eva1bb (ENSCARG00000027776)	LSM10 (ENSCARG00000027782)	oscp1a (ENSCARG00000027787)	ENSCARG00000027799	zc3h12ab (ENSCARG00000027812)	ENSCARG00000027832	smim13 (ENSCARG00000027974)	nedd9 (ENSCARG00000027982)	ENSCARG00000028022	gsk3aa (ENSCARG00000028048)	GRIK5 (ENSCARG00000028160)	ENSCARG00000029734	zgc:174904 (ENSCARG00000029741)	pdk2b (ENSCARG00000029746)
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Atlantic herring	MODERN SPECIES	10	PI4KB (ENSCHAG00000010721)	gabpb2a (ENSCHAG00000011246)	ENSCHAG00000011296	ctnnb2 (ENSCHAG00000011330)	ENSCHAG00000012419	ENSCHAG00000000551	ENSCHAG00000000596	ENSCHAG00000000655	ENSCHAG00000000674	gja9b (ENSCHAG00000000710)	mycbp (ENSCHAG00000000761)	rragca (ENSCHAG00000000775)	fhl3b (ENSCHAG00000000790)	meaf6 (ENSCHAG00000000917)	stpg1 (ENSCHAG00000001040)	map7d1b (ENSCHAG00000001085) ##22	thrap3b (ENSCHAG00000001178)	eva1bb (ENSCHAG00000001235)	LSM10 (ENSCHAG00000001270)	oscp1a (ENSCHAG00000001289)	ENSCHAG00000001342	smim13 (ENSCHAG00000001366)	nedd9 (ENSCHAG00000001391)	TMEM170B (ENSCHAG00000001423)	HIVEP1 (ENSCHAG00000001481)	edn1 (ENSCHAG00000001595)	ENSCHAG00000001663	ENSCHAG00000001909	ENSCHAG00000001932	dlgap3 (ENSCHAG00000002240)	ENSCHAG00000002422
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00950000183145.C	ENSGT00940000156934.k	ENSGT00390000007597	ENSGT00530000063023.A.b	ENSGT00940000157751	ENSGT00390000014274	ENSGT00940000156338.b	ENSGT00940000164147.b	ENSGT00940000160519.a.b	ENSGT00940000154450.tc	ENSGT01090000260070.C.b	ENSGT00390000017974.ob	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	70	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	2	ENSMMDG00005021937	ago4 (ENSMMDG00005021010)	CLSPN (ENSMMDG00005020985)	ENSMMDG00005020984	cdca5 (ENSMMDG00005020983)	psmb2 (ENSMMDG00005020981)	tfap2e (ENSMMDG00005020979)	NCDN (ENSMMDG00005020974)	KIAA0319L (ENSMMDG00005019489)	cap1 (ENSMMDG00005019452)	ppt1 (ENSMMDG00005019225)	rragcb (ENSMMDG00005019217)	fhl3b (ENSMMDG00005019214)	meaf6 (ENSMMDG00005019209)	stpg1 (ENSMMDG00005019205)	map7d1b (ENSMMDG00005019203) ##22	thrap3b (ENSMMDG00005019200)	eva1bb (ENSMMDG00005019196)	LSM10 (ENSMMDG00005019195)	oscp1a (ENSMMDG00005019191)	ENSMMDG00005019189	ENSMMDG00005019186	ENSMMDG00005019184	zc3h12ab (ENSMMDG00005019182)	smim13 (ENSMMDG00005019180)	nedd9 (ENSMMDG00005019178)	TMEM170B (ENSMMDG00005019175)	HIVEP1 (ENSMMDG00005019157)	edn1 (ENSMMDG00005019150)	ENSMMDG00005019149	myo1g (ENSMMDG00005019146)
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	328	c19h1orf109 (ENSHCOG00000003649)	cdca8 (ENSHCOG00000003685)	ago4 (ENSHCOG00000003725)	CLSPN (ENSHCOG00000003741)	ENSHCOG00000003758	ENSHCOG00000003772	psmb2 (ENSHCOG00000003803)	tfap2e (ENSHCOG00000003827)	NCDN (ENSHCOG00000003839)	KIAA0319L (ENSHCOG00000003961)	cap1 (ENSHCOG00000003977)	rragcb (ENSHCOG00000003986)	ppt1 (ENSHCOG00000004004)	fhl3b (ENSHCOG00000004026)	meaf6 (ENSHCOG00000004069)	ENSHCOG00000004092 ##22	thrap3b (ENSHCOG00000004098)	eva1bb (ENSHCOG00000004121)	oscp1a (ENSHCOG00000004224)	zc3h12ab (ENSHCOG00000004255)	smim13 (ENSHCOG00000004269)	nedd9 (ENSHCOG00000004279)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	52	ENSGT00390000011115	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00940000177439	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000011115	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00940000177439.a	ENSGT00940000177439.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00530000064067	ENSGT00940000156213.q.b	ENSGT00940000156213.q.a	ENSGT01090000260093.b.e	ENSGT01090000260093.b.f	ENSGT00950000182978.B	ENSGT00940000164496.a.a
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000011115	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000177439.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00530000064067	ENSGT00940000156213.q.b	ENSGT00940000156213.q.a	ENSGT01090000260093.b.e	ENSGT01090000260093.b.f	ENSGT00950000182978.B	ENSGT00940000164496.a.a
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	2	cdca8 (ENSORLG00000009938)	c19h1orf109 (ENSORLG00000009883)	ENSORLG00000009875	ago4 (ENSORLG00000009865)	CLSPN (ENSORLG00000009781)	ENSORLG00000027383	cdca5 (ENSORLG00000009754)	psmb2 (ENSORLG00000009748)	tfap2e (ENSORLG00000022744)	NCDN (ENSORLG00000009735)	KIAA0319L (ENSORLG00000009728)	cap1 (ENSORLG00000009709)	ppt1 (ENSORLG00000009676)	rragcb (ENSORLG00000009645)	meaf6 (ENSORLG00000021858)	map7d1b (ENSORLG00000009561) ##22	thrap3b (ENSORLG00000009543)	eva1bb (ENSORLG00000009511)	LSM10 (ENSORLG00000009504)	ENSORLG00000028326	oscp1a (ENSORLG00000009500)	ENSORLG00000028537	ENSORLG00000027497	ENSORLG00000009473	smim13 (ENSORLG00000023911)	msto1 (ENSORLG00000009462)	ENSORLG00000009430	ENSORLG00000028783	xkr8.3 (ENSORLG00000009411)	ENSORLG00000009399	eya3 (ENSORLG00000009396)
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00940000177439.a	ENSGT00940000177439.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00530000064067	ENSGT00940000156213.r	ENSGT01090000260093.b.e	ENSGT01090000260093.b.f	ENSGT00950000182978.B	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00940000158053
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	2	ENSOJAG00000014949	ENSOJAG00000015107	cdca8 (ENSOJAG00000015123)	c19h1orf109 (ENSOJAG00000015238)	ENSOJAG00000015245	EIF2C4 (ENSOJAG00000015300)	ENSOJAG00000017111	psmb2 (ENSOJAG00000017149)	tfap2e (ENSOJAG00000017207)	KIAA0319L (ENSOJAG00000017300)	cap1 (ENSOJAG00000018135)	ENSOJAG00000018375	rragcb (ENSOJAG00000018406)	fhl3b (ENSOJAG00000018420)	meaf6 (ENSOJAG00000018430)	map7d1b (ENSOJAG00000018478) ##22	thrap3b (ENSOJAG00000018559)	eva1bb (ENSOJAG00000018573)	LSM10 (ENSOJAG00000018606)	oscp1a (ENSOJAG00000018623)	ENSOJAG00000001622	ENSOJAG00000001634	zc3h12ab (ENSOJAG00000001643)	smim13 (ENSOJAG00000001654)	msto1 (ENSOJAG00000001662)	srsf4 (ENSOJAG00000001676)	ENSOJAG00000001693	xkr8.3 (ENSOJAG00000001703)	ENSOJAG00000001723	eya3 (ENSOJAG00000001877)	si:ch211-195b13.1 (ENSOJAG00000002602)
Indian medaka	MODERN SPECIES	3	ENSOMEG00000006427	ago4 (ENSOMEG00000006399)	CLSPN (ENSOMEG00000006343)	ENSOMEG00000006270	cdca5 (ENSOMEG00000006255)	psmb2 (ENSOMEG00000006246)	ENSOMEG00000006212	tfap2e (ENSOMEG00000000143)	NCDN (ENSOMEG00000006095)	KIAA0319L (ENSOMEG00000006068)	cap1 (ENSOMEG00000006049)	ppt1 (ENSOMEG00000006005)	rragcb (ENSOMEG00000000957)	fhl3b (ENSOMEG00000005944)	meaf6 (ENSOMEG00000005907)	map7d1b (ENSOMEG00000005865) ##22	thrap3b (ENSOMEG00000005716)	eva1bb (ENSOMEG00000005691)	ENSOMEG00000005680	oscp1a (ENSOMEG00000005663)	ENSOMEG00000005633	ENSOMEG00000005619	ENSOMEG00000005607	zc3h12ab (ENSOMEG00000005602)	smim13 (ENSOMEG00000000693)	msto1 (ENSOMEG00000005580)	srsf4 (ENSOMEG00000005541)	xkr8.3 (ENSOMEG00000005514)	ENSOMEG00000005502	eya3 (ENSOMEG00000005472)	si:ch211-195b13.1 (ENSOMEG00000022573)
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B	ENSGT01090000260093.b.f	ENSGT01090000260093.b.e	ENSGT00940000156213.r	ENSGT00940000156213.q.a	ENSGT00940000156213.q.b	ENSGT00530000064067
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	129	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	411												cap1 (ENSNFUG00015020221)	ppt1 (ENSNFUG00015020397)	ENSNFUG00015020420	MEAF6 (ENSNFUG00015020423)	map7d1b (ENSNFUG00015020435) ##22	thrap3b (ENSNFUG00015020457)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000166692	ENSGT00390000010887.b	ENSGT00940000163960.a	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	178	ENSGT00940000166692	ENSGT00390000010887.b	ENSGT00940000163960.a	ENSGT00940000158729.n	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Mummichog	MODERN SPECIES	1085															meaf6 (ENSFHEG00000001037)	map7d1b (ENSFHEG00000001044) ##22	thrap3b (ENSFHEG00000001051)	ENSFHEG00000001054	LSM10 (ENSFHEG00000001058)	oscp1a (ENSFHEG00000001061)	ENSFHEG00000001064
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000166692	ENSGT00390000010887.b	ENSGT00940000163960.a	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00950000182978.B	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00560000078630	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT01090000260093.b.f.o	ENSGT01090000260093.b.e	ENSGT00940000156213.r	ENSGT00940000156213.q.a	ENSGT00940000156213.q.b	ENSGT00530000064067
Platyfish	MODERN SPECIES	4	ENSXMAG00000016688	ENSXMAG00000027954	ago4 (ENSXMAG00000016657)	CLSPN (ENSXMAG00000016634)	ENSXMAG00000021351	cdca5 (ENSXMAG00000022429)	psmb2 (ENSXMAG00000016616)	tfap2e (ENSXMAG00000003446)	NCDN (ENSXMAG00000027698)	KIAA0319L (ENSXMAG00000003454)	cap1 (ENSXMAG00000028529)	ppt1 (ENSXMAG00000003488)	rragcb (ENSXMAG00000013223)	fhl3b (ENSXMAG00000003516)	meaf6 (ENSXMAG00000003525)	map7d1b (ENSXMAG00000003534) ##22	thrap3b (ENSXMAG00000017962)	eva1bb (ENSXMAG00000017970)	LSM10 (ENSXMAG00000019963)	ENSXMAG00000004775	ENSXMAG00000028561	ENSXMAG00000028082	ENSXMAG00000017971	eya3 (ENSXMAG00000017972)	si:ch211-195b13.1 (ENSXMAG00000017993)	smim13 (ENSXMAG00000019893)	zc3h12ab (ENSXMAG00000025043)	ENSXMAG00000029667	XKR8 (ENSXMAG00000021722)	xkr8.3 (ENSXMAG00000005543)	ENSXMAG00000021549
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	73	ENSGT00940000166692	ENSGT00390000010887.b	ENSGT00940000163960.a	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000170176	ENSGT00950000182978.B	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00560000078630	ENSGT01090000260093.b.f.o	ENSGT01090000260093.b.e	ENSGT00940000156213.r	ENSGT00530000064067	ENSGT00530000063023.A.b	ENSGT00390000007597
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	199	ENSGT00940000166692	ENSGT00390000010887.b	ENSGT00940000163960.a	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000170176	ENSGT00950000182978.B	ENSGT00940000164496.a.a
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Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b.j	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000178420	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT01100000263769.b	ENSGT01070000254348	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000178420	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	524	c19h1orf109 (ENSHBUG00000001509)	ago4 (ENSHBUG00000001525)	CLSPN (ENSHBUG00000001542)	ENSHBUG00000001554	cdca5 (ENSHBUG00000001559)	psmb2 (ENSHBUG00000001568)	tfap2e (ENSHBUG00000001580)	NCDN (ENSHBUG00000001587)	KIAA0319L (ENSHBUG00000001599)	cap1 (ENSHBUG00000001615)	ppt1 (ENSHBUG00000001625)	rragcb (ENSHBUG00000001632)	fhl3b (ENSHBUG00000001636)	meaf6 (ENSHBUG00000001648)	stpg1 (ENSHBUG00000001653)	map7d1b (ENSHBUG00000001680) ##22	thrap3b (ENSHBUG00000001708)	eva1bb (ENSHBUG00000001719)	LSM10 (ENSHBUG00000001722)	oscp1a (ENSHBUG00000001728)	ENSHBUG00000001735	ENSHBUG00000001743
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT01100000263769.b	ENSGT01070000254348	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000178420	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053
P. nyererei	MODERN SPECIES	388	ENSPNYG00000002046	ago4 (ENSPNYG00000002089)	CLSPN (ENSPNYG00000002159)	ENSPNYG00000002405	cdca5 (ENSPNYG00000002457)	psmb2 (ENSPNYG00000002470)	tfap2e (ENSPNYG00000002494)	NCDN (ENSPNYG00000002533)	KIAA0319L (ENSPNYG00000002650)	cap1 (ENSPNYG00000002687)	ppt1 (ENSPNYG00000002732)	rragcb (ENSPNYG00000002775)	fhl3b (ENSPNYG00000002809)	meaf6 (ENSPNYG00000002859)	stpg1 (ENSPNYG00000002988)	map7d1b (ENSPNYG00000003016) ##22	thrap3b (ENSPNYG00000003062)	eva1bb (ENSPNYG00000003106)	LSM10 (ENSPNYG00000003138)	oscp1a (ENSPNYG00000003173)	ENSPNYG00000003238	ENSPNYG00000003253	ENSPNYG00000003267	ENSPNYG00000003289	zc3h12ab (ENSPNYG00000003297)	smim13 (ENSPNYG00000003320)	nedd9 (ENSPNYG00000003335)	ENSPNYG00000003341	TMEM170B (ENSPNYG00000003350)	HIVEP1 (ENSPNYG00000003371)	edn1 (ENSPNYG00000003412)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b.j	ENSGT01090000260364.b.b.a	ENSGT00390000010118.c.a.b.i.a	ENSGT01060000249788.a	ENSGT01070000254348.a	ENSGT01070000254348.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00940000178420	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424
Eastern happy	MODERN SPECIES	13	ENSACLG00000005287	ago4 (ENSACLG00000005181)	CLSPN (ENSACLG00000005132)	ENSACLG00000005127	ENSACLG00000005115	psmb2 (ENSACLG00000005086)	tfap2e (ENSACLG00000005058)	NCDN (ENSACLG00000005026)	KIAA0319L (ENSACLG00000004999)	cap1 (ENSACLG00000004977)	ppt1 (ENSACLG00000004957)	rragcb (ENSACLG00000004938)	fhl3b (ENSACLG00000004926)	meaf6 (ENSACLG00000004907)	stpg1 (ENSACLG00000004902)	map7d1b (ENSACLG00000004864) ##22	thrap3b (ENSACLG00000004763)	eva1bb (ENSACLG00000004750)	LSM10 (ENSACLG00000004728)	oscp1a (ENSACLG00000004687)	ENSACLG00000004680	ENSACLG00000004674	ENSACLG00000004658	ENSACLG00000004641	ENSACLG00000004617	ENSACLG00000004607	ENSACLG00000004542	ENSACLG00000004517	ENSACLG00000004502	zc3h12ab (ENSACLG00000004488)	smim13 (ENSACLG00000004481)
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1104	ENSMZEG00005026347	ago4 (ENSMZEG00005026346)	CLSPN (ENSMZEG00005026344)	ENSMZEG00005026343	ENSMZEG00005026340	psmb2 (ENSMZEG00005026338)	tfap2e (ENSMZEG00005026336)	NCDN (ENSMZEG00005026335)	KIAA0319L (ENSMZEG00005026332)	cap1 (ENSMZEG00005026329)	ppt1 (ENSMZEG00005026327)	rragcb (ENSMZEG00005026324)	fhl3b (ENSMZEG00005026323)	meaf6 (ENSMZEG00005026320)	stpg1 (ENSMZEG00005026316)	map7d1b (ENSMZEG00005026312) ##22	thrap3b (ENSMZEG00005026309)	eva1bb (ENSMZEG00005026308)	LSM10 (ENSMZEG00005026307)	oscp1a (ENSMZEG00005026304)	ENSMZEG00005026303	ENSMZEG00005026301	ENSMZEG00005026299	ENSMZEG00005026298	ENSMZEG00005026296	ENSMZEG00005026294	ENSMZEG00005026293	ENSMZEG00005026291	ENSMZEG00005026289	zc3h12ab (ENSMZEG00005026287)	smim13 (ENSMZEG00005026286)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	322	ENSNBRG00000013473	ago4 (ENSNBRG00000013492)	CLSPN (ENSNBRG00000013539)	ENSNBRG00000013713	ENSNBRG00000013760	psmb2 (ENSNBRG00000013797)	tfap2e (ENSNBRG00000013819)	ENSNBRG00000013858	ENSNBRG00000013921	cap1 (ENSNBRG00000013979)	ppt1 (ENSNBRG00000014017)	rragcb (ENSNBRG00000014036)	fhl3b (ENSNBRG00000014055)	meaf6 (ENSNBRG00000014080)	stpg1 (ENSNBRG00000014134)	map7d1b (ENSNBRG00000014183) ##22	thrap3b (ENSNBRG00000014237)	eva1bb (ENSNBRG00000014294)	LSM10 (ENSNBRG00000014306)	oscp1a (ENSNBRG00000014319)	ENSNBRG00000014359	zc3h12ab (ENSNBRG00000014376)	smim13 (ENSNBRG00000014425)	nedd9 (ENSNBRG00000014432)	ENSNBRG00000014486	TMEM170B (ENSNBRG00000014493)	HIVEP1 (ENSNBRG00000014508)	edn1 (ENSNBRG00000014550)	si:dkeyp-92c9.2 (ENSNBRG00000014568)	myo1g (ENSNBRG00000014579)	si:ch211-195b13.1 (ENSNBRG00000014644)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	13	ENSONIG00000020903	ago4 (ENSONIG00000013603)	CLSPN (ENSONIG00000013618)	ENSONIG00000032443	cdca5 (ENSONIG00000013627)	psmb2 (ENSONIG00000013628)	tfap2e (ENSONIG00000013632)	NCDN (ENSONIG00000013638)	KIAA0319L (ENSONIG00000013646)	cap1 (ENSONIG00000013650)	ppt1 (ENSONIG00000013654)	rragcb (ENSONIG00000013658)	fhl3b (ENSONIG00000016304)	meaf6 (ENSONIG00000013665)	stpg1 (ENSONIG00000013668)	map7d1b (ENSONIG00000013670) ##22	thrap3b (ENSONIG00000013673)	eva1bb (ENSONIG00000013681)	LSM10 (ENSONIG00000020904)	oscp1a (ENSONIG00000013682)	ENSONIG00000032030	ENSONIG00000039124	ENSONIG00000013684	ENSONIG00000028012	ENSONIG00000032847	ENSONIG00000035261	zc3h12ab (ENSONIG00000013685)	smim13 (ENSONIG00000042839)	nedd9 (ENSONIG00000013688)	ENSONIG00000027700	tmem170b (ENSONIG00000027709)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	1145	ago4 (ENSACIG00000014548)	ENSACIG00000014590	CLSPN (ENSACIG00000014619)	ENSACIG00000014975	cdca5 (ENSACIG00000014987)	psmb2 (ENSACIG00000014995)	tfap2e (ENSACIG00000015015)	ENSACIG00000015036	KIAA0319L (ENSACIG00000015054)	cap1 (ENSACIG00000015108)	ppt1 (ENSACIG00000015133)	rragcb (ENSACIG00000015168)	fhl3b (ENSACIG00000015186)	meaf6 (ENSACIG00000015202)	stpg1 (ENSACIG00000015255)	map7d1b (ENSACIG00000015299) ##22	thrap3b (ENSACIG00000015331)	eva1bb (ENSACIG00000015385)	LSM10 (ENSACIG00000015420)	oscp1a (ENSACIG00000015426)	ENSACIG00000015456	ENSACIG00000015467	ENSACIG00000015475
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	95	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729.o	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536.u	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22
Spiny chromis	MODERN SPECIES	328																map7d1b (ENSAPOG00000002841) ##22	ncln (ENSAPOG00000002896)	s1pr4 (ENSAPOG00000002927)	MYO9B (ENSAPOG00000003038)	use1 (ENSAPOG00000003076)	ENSAPOG00000003094	insrb (ENSAPOG00000003154)	ARHGEF18 (ENSAPOG00000003252)
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	3609																map7d1b (ENSAOCG00000002968) ##22	mitd1 (ENSAOCG00000002973)	mrpl30 (ENSAOCG00000002976)	txndc9 (ENSAOCG00000002981)
Bicolor damselfish	DUPLICATION
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1878												ppt1 (ENSSPAG00000014289)	rragcb (ENSSPAG00000014315)	fhl3b (ENSSPAG00000014341)	meaf6 (ENSSPAG00000014360)	map7d1b (ENSSPAG00000014371) ##22	ENSSPAG00000014399	ENSSPAG00000014411 ##22
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1878										ppt1 (ENSSPAG00000014289)	rragcb (ENSSPAG00000014315)	fhl3b (ENSSPAG00000014341)	meaf6 (ENSSPAG00000014360)	map7d1b (ENSSPAG00000014371) ##22	ENSSPAG00000014399	ENSSPAG00000014411 ##22
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Barramundi perch	MODERN SPECIES	14	LOXL4 (ENSLCAG00010004189)	zgc:123010 (ENSLCAG00010004184)	pyroxd2 (ENSLCAG00010004145)	slc25a28 (ENSLCAG00010004135)	nkx3.3 (ENSLCAG00010004133)	nkx2.3 (ENSLCAG00010004130)	got1 (ENSLCAG00010004125)	CNNM1 (ENSLCAG00010004120)	HPSE2 (ENSLCAG00010004113)	hps1 (ENSLCAG00010004110)	st3gal7 (ENSLCAG00010004103)	ENSLCAG00010004098	morn4 (ENSLCAG00010004090)	ENSLCAG00010004086	ENSLCAG00010004083	map7d1b (ENSLCAG00010004081) ##22	ENSLCAG00010004074	LSM10 (ENSLCAG00010004071)	oscp1a (ENSLCAG00010004068)	ENSLCAG00010004066	zc3h12ab (ENSLCAG00010004058)	smim13 (ENSLCAG00010004056)
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	42														ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Greater amberjack	MODERN SPECIES	94														meaf6 (ENSSDUG00000006968)	stpg1 (ENSSDUG00000006981)	map7d1b (ENSSDUG00000007025) ##22	thrap3b (ENSSDUG00000007054)	eva1bb (ENSSDUG00000007086)	LSM10 (ENSSDUG00000007090)	oscp1a (ENSSDUG00000007103)	ENSSDUG00000007130	ENSSDUG00000007152	zc3h12ab (ENSSDUG00000007162)	smim13 (ENSSDUG00000007168)	nedd9 (ENSSDUG00000007176)	TMEM170B (ENSSDUG00000007203)	HIVEP1 (ENSSDUG00000007210)	edn1 (ENSSDUG00000007218)	si:dkeyp-92c9.2 (ENSSDUG00000007223)	myo1g (ENSSDUG00000007234)	si:ch211-195b13.1 (ENSSDUG00000007289)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2850													ENSSLDG00000009021	meaf6 (ENSSLDG00000009035)	stpg1 (ENSSLDG00000009059)	map7d1b (ENSSLDG00000009085) ##22	ENSSLDG00000009184	thrap3b (ENSSLDG00000009210)	eva1bb (ENSSLDG00000009233)	oscp1a (ENSSLDG00000009259)	ENSSLDG00000009301	zc3h12ab (ENSSLDG00000009317)	smim13 (ENSSLDG00000009331)	nedd9 (ENSSLDG00000009345)	TMEM170B (ENSSLDG00000009358)	HIVEP1 (ENSSLDG00000009376)
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00940000177439	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Tongue sole	MODERN SPECIES	9	ENSCSEG00000010728	ago4 (ENSCSEG00000010696)	CLSPN (ENSCSEG00000010681)	ENSCSEG00000010661	cdca5 (ENSCSEG00000010655)	psmb2 (ENSCSEG00000010643)	tfap2e (ENSCSEG00000010632)	NCDN (ENSCSEG00000010623)	ENSCSEG00000010571	cap1 (ENSCSEG00000010543)	ppt1 (ENSCSEG00000010527)	rragcb (ENSCSEG00000010508)	fhl3b (ENSCSEG00000010500)	meaf6 (ENSCSEG00000010482)	stpg1 (ENSCSEG00000010471)	map7d1b (ENSCSEG00000010416) ##22	thrap3b (ENSCSEG00000010392)	eva1bb (ENSCSEG00000010382)	LSM10 (ENSCSEG00000010374)	oscp1a (ENSCSEG00000010362)	zc3h12ab (ENSCSEG00000010348)	smim13 (ENSCSEG00000010342)	nedd9 (ENSCSEG00000010325)	TMEM170B (ENSCSEG00000010318)	HIVEP1 (ENSCSEG00000010301)	edn1 (ENSCSEG00000010290)	si:dkeyp-92c9.2 (ENSCSEG00000010283)	myo1g (ENSCSEG00000010242)	si:ch211-195b13.1 (ENSCSEG00000010202)	eya3 (ENSCSEG00000010177)	ENSCSEG00000010138
Turbot	MODERN SPECIES	14	ENSSMAG00000000763	ENSSMAG00000000785	ago4 (ENSSMAG00000000808)	CLSPN (ENSSMAG00000000941)	ENSSMAG00000000955	ENSSMAG00000037330	TFAP2E (ENSSMAG00000000991)	NCDN (ENSSMAG00000001017)	KIAA0319L (ENSSMAG00000001024)	ENSSMAG00000001063	ppt1 (ENSSMAG00000001080)	rragcb (ENSSMAG00000001115)	fhl3b (ENSSMAG00000001140)	meaf6 (ENSSMAG00000001163)	stpg1 (ENSSMAG00000035705)	map7d1b (ENSSMAG00000001191) ##22	thrap3b (ENSSMAG00000001259)	eva1bb (ENSSMAG00000001280)	LSM10 (ENSSMAG00000001297)	oscp1a (ENSSMAG00000001314)	ENSSMAG00000021680	zc3h12ab (ENSSMAG00000001367)	smim13 (ENSSMAG00000030110)	nedd9 (ENSSMAG00000001395)	TMEM170B (ENSSMAG00000030357)	HIVEP1 (ENSSMAG00000001439)	edn1 (ENSSMAG00000001461)	si:dkeyp-92c9.2 (ENSSMAG00000001471)	myo1g (ENSSMAG00000001483)	si:ch211-195b13.1 (ENSSMAG00000001608)	eya3 (ENSSMAG00000001662)
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	2	ENSMAMG00000003839	ago4 (ENSMAMG00000003874)	CLSPN (ENSMAMG00000003927)	ENSMAMG00000003980	ENSMAMG00000003988	psmb2 (ENSMAMG00000003992)	TFAP2E (ENSMAMG00000004022)	NCDN (ENSMAMG00000004058)	KIAA0319L (ENSMAMG00000004065)	ENSMAMG00000004094	ppt1 (ENSMAMG00000004148)	rragcb (ENSMAMG00000004171)	fhl3b (ENSMAMG00000004199)	meaf6 (ENSMAMG00000004214)	stpg1 (ENSMAMG00000004237)	map7d1b (ENSMAMG00000004292) ##22	thrap3b (ENSMAMG00000004348)	eva1bb (ENSMAMG00000025345)	ENSMAMG00000028468	oscp1a (ENSMAMG00000004443)	ENSMAMG00000027271	ENSMAMG00000004529	zc3h12ab (ENSMAMG00000004483)	smim13 (ENSMAMG00000028528)	nedd9 (ENSMAMG00000004548)	TMEM170B (ENSMAMG00000024794)	HIVEP1 (ENSMAMG00000004590)	edn1 (ENSMAMG00000004638)	si:dkeyp-92c9.2 (ENSMAMG00000027420)	myo1g (ENSMAMG00000004681)	si:ch211-195b13.1 (ENSMAMG00000004750)
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	2	ENSBSLG00000019513	ago4 (ENSBSLG00000019879)	CLSPN (ENSBSLG00000020294)	ENSBSLG00000020312	cdca5 (ENSBSLG00000020313)	psmb2 (ENSBSLG00000020317)	tfap2e (ENSBSLG00000020341)	NCDN (ENSBSLG00000020347)	KIAA0319L (ENSBSLG00000021191)	cap1 (ENSBSLG00000021643)	ppt1 (ENSBSLG00000021676)	rragcb (ENSBSLG00000021829)	fhl3b (ENSBSLG00000021855)	meaf6 (ENSBSLG00000021881)	stpg1 (ENSBSLG00000021909)	map7d1b (ENSBSLG00000021935) ##22	thrap3b (ENSBSLG00000021994)	eva1bb (ENSBSLG00000022015)	LSM10 (ENSBSLG00000022026)	oscp1a (ENSBSLG00000022029)	ENSBSLG00000022042	ENSBSLG00000022051	smim13 (ENSBSLG00000022059)	nedd9 (ENSBSLG00000022070)	TMEM170B (ENSBSLG00000022084)	HIVEP1 (ENSBSLG00000022092)	edn1 (ENSBSLG00000022107)	si:dkeyp-92c9.2 (ENSBSLG00000022111)	myo1g (ENSBSLG00000022131)	si:ch211-195b13.1 (ENSBSLG00000022497)	eya3 (ENSBSLG00000023364)
Climbing perch	MODERN SPECIES	2	ENSATEG00000006755	ago4 (ENSATEG00000006717)	CLSPN (ENSATEG00000006697)	ENSATEG00000006685	ENSATEG00000006679	psmb2 (ENSATEG00000006643)	TFAP2E (ENSATEG00000006627)	NCDN (ENSATEG00000006619)	KIAA0319L (ENSATEG00000006607)	ENSATEG00000006592	ppt1 (ENSATEG00000028900)	rragcb (ENSATEG00000006525)	fhl3b (ENSATEG00000006513)	meaf6 (ENSATEG00000006466)	stpg1 (ENSATEG00000006457)	map7d1b (ENSATEG00000006432) ##22	thrap3b (ENSATEG00000006350)	eva1bb (ENSATEG00000006328)	LSM10 (ENSATEG00000006310)	oscp1a (ENSATEG00000006263)	ENSATEG00000006247	zc3h12ab (ENSATEG00000006140)	smim13 (ENSATEG00000006130)	nedd9 (ENSATEG00000006076)	TMEM170B (ENSATEG00000028130)	HIVEP1 (ENSATEG00000005949)	edn1 (ENSATEG00000026028)	si:dkeyp-92c9.2 (ENSATEG00000005914)	myo1g (ENSATEG00000005817)	si:ch211-195b13.1 (ENSATEG00000028776)	eya3 (ENSATEG00000005730)
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00390000011115	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b.e	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B	ENSGT01090000260093.b.f
Fugu	MODERN SPECIES	3	C1orf109 (ENSTRUG00000024339)	ENSTRUG00000007934	ago4 (ENSTRUG00000008052)	CLSPN (ENSTRUG00000008616)	ENSTRUG00000019824	cdca5 (ENSTRUG00000008868)	psmb2 (ENSTRUG00000008871)	tfap2e (ENSTRUG00000008956)	NCDN (ENSTRUG00000009054)	KIAA0319L (ENSTRUG00000009252)	cap1 (ENSTRUG00000009345)	ppt1 (ENSTRUG00000009602)	rragcb (ENSTRUG00000009884)	fhl3b (ENSTRUG00000010010)	meaf6 (ENSTRUG00000010159)	map7d1b (ENSTRUG00000010226) ##22	thrap3b (ENSTRUG00000010336)	eva1bb (ENSTRUG00000010516)	LSM10 (ENSTRUG00000010531)	ENSTRUG00000025207	ENSTRUG00000010565	smim13 (ENSTRUG00000020110)	smim13 (ENSTRUG00000025620)	nedd9 (ENSTRUG00000010644)	TMEM170B (ENSTRUG00000024077)	HIVEP1 (ENSTRUG00000010871)	edn1 (ENSTRUG00000024552)	si:dkeyp-92c9.2 (ENSTRUG00000011007)	myo1g (ENSTRUG00000011023)	si:ch211-195b13.1 (ENSTRUG00000011468)	eya3 (ENSTRUG00000011700)
Tetraodon	MODERN SPECIES	16	ENSTNIG00000017737	ENSTNIG00000017736	cdca8 (ENSTNIG00000001048)	ENSTNIG00000006333	ENSTNIG00000006332	ago4 (ENSTNIG00000006331)	CLSPN (ENSTNIG00000006330)	ENSTNIG00000004591	NCDN (ENSTNIG00000004590)	KIAA0319L (ENSTNIG00000004589)	cap1 (ENSTNIG00000004588)	ppt1 (ENSTNIG00000004587)	rragcb (ENSTNIG00000004586)	fhl3b (ENSTNIG00000004585)	meaf6 (ENSTNIG00000004584)	map7d1b (ENSTNIG00000004583) ##22	thrap3b (ENSTNIG00000004582)	eva1bb (ENSTNIG00000004581)	oscp1a (ENSTNIG00000019817)	zc3h12ab (ENSTNIG00000001274)	msto1 (ENSTNIG00000005572)	srsf4 (ENSTNIG00000005573)	xkr8.3 (ENSTNIG00000005574)	eya3 (ENSTNIG00000000209)	si:ch211-195b13.1 (ENSTNIG00000005575)	ENSTNIG00000005576	srsf4 (ENSTNIG00000000115)	xkr8.3 (ENSTNIG00000003808)	eya3 (ENSTNIG00000008190)	si:ch211-195b13.1 (ENSTNIG00000002279)	myo1g (ENSTNIG00000004555)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	178										cap1 (ENSLBEG00000018203)	ppt1 (ENSLBEG00000018087)	rragcb (ENSLBEG00000018067)	fhl3b (ENSLBEG00000018044)	meaf6 (ENSLBEG00000018002)	stpg1 (ENSLBEG00000017959)	map7d1b (ENSLBEG00000017860) ##22	thrap3b (ENSLBEG00000017803)	eva1bb (ENSLBEG00000017790)	LSM10 (ENSLBEG00000017764)	ENSLBEG00000017744	oscp1a (ENSLBEG00000017707)	ENSLBEG00000017687	ENSLBEG00000017654	zc3h12ab (ENSLBEG00000017593)	smim13 (ENSLBEG00000017560)	nedd9 (ENSLBEG00000017548)	TMEM170B (ENSLBEG00000017533)	HIVEP1 (ENSLBEG00000017512)	edn1 (ENSLBEG00000017479)	si:dkeyp-92c9.2 (ENSLBEG00000017467)	myo1g (ENSLBEG00000017408)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B	ENSGT01090000260093.b.f
Lumpfish	MODERN SPECIES	2	ENSCLMG00005022728	ago4 (ENSCLMG00005022462)	CLSPN (ENSCLMG00005022434)	ENSCLMG00005022430	cdca5 (ENSCLMG00005022429)	psmb2 (ENSCLMG00005022422)	tfap2e (ENSCLMG00005022419)	NCDN (ENSCLMG00005022416)	KIAA0319L (ENSCLMG00005022250)	cap1 (ENSCLMG00005022185)	ppt1 (ENSCLMG00005022130)	rragcb (ENSCLMG00005022126)	fhl3b (ENSCLMG00005022125)	meaf6 (ENSCLMG00005022124)	stpg1 (ENSCLMG00005022122)	map7d1b (ENSCLMG00005022121) ##22	thrap3b (ENSCLMG00005022119)	eva1bb (ENSCLMG00005022118)	LSM10 (ENSCLMG00005022117)	oscp1a (ENSCLMG00005022114)	zc3h12ab (ENSCLMG00005022113)	smim13 (ENSCLMG00005022112)	nedd9 (ENSCLMG00005022110)	TMEM170B (ENSCLMG00005022109)	HIVEP1 (ENSCLMG00005022108)	ENSCLMG00005022107	ENSCLMG00005022106	edn1 (ENSCLMG00005022105)	si:dkeyp-92c9.2 (ENSCLMG00005022104)	myo1g (ENSCLMG00005021011)	si:ch211-195b13.1 (ENSCLMG00005020929)
Stickleback	MODERN SPECIES	9	c19h1orf109 (ENSGACG00000002689)	ENSGACG00000002688	ago4 (ENSGACG00000002683)	ENSGACG00000002679	ENSGACG00000002678	cdca5 (ENSGACG00000002675)	psmb2 (ENSGACG00000002674)	tfap2e (ENSGACG00000002672)	NCDN (ENSGACG00000002669)	KIAA0319L (ENSGACG00000002660)	cap1 (ENSGACG00000002653)	ppt1 (ENSGACG00000002641)	rragcb (ENSGACG00000002629)	fhl3b (ENSGACG00000002619)	meaf6 (ENSGACG00000002615)	map7d1b (ENSGACG00000002607) ##22	pkhd1l1.2 (ENSGACG00000002583)	nudcd1 (ENSGACG00000002575)	trhrb (ENSGACG00000002573)	pleca (ENSGACG00000002566)	ENSGACG00000002563	ENSGACG00000002562	slc52a2 (ENSGACG00000002556)	ENSGACG00000002548	nfatc1 (ENSGACG00000002545)	atp9b (ENSGACG00000002539)	sall3b (ENSGACG00000002533)	GALR1 (ENSGACG00000002526)	ENSGACG00000002525	ENSGACG00000002516	scn1bb (ENSGACG00000002503)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00940000169005	ENSGT00390000010028	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Pike perch	MODERN SPECIES	13	ENSSLUG00000011352	ago4 (ENSSLUG00000006092)	CLSPN (ENSSLUG00000005829)	ENSSLUG00000005827	cdca5 (ENSSLUG00000005818)	psmb2 (ENSSLUG00000005805)	tfap2e (ENSSLUG00000005788)	NCDN (ENSSLUG00000005782)	KIAA0319L (ENSSLUG00000004935)	cap1 (ENSSLUG00000004853)	ppt1 (ENSSLUG00000004585)	rragcb (ENSSLUG00000004552)	fhl3b (ENSSLUG00000004540)	meaf6 (ENSSLUG00000004526)	stpg1 (ENSSLUG00000004518)	map7d1b (ENSSLUG00000004454) ##22	thrap3b (ENSSLUG00000004422)	eva1bb (ENSSLUG00000004412)	LSM10 (ENSSLUG00000004403)	oscp1a (ENSSLUG00000004327)	ENSSLUG00000004314	ENSSLUG00000004309	ENSSLUG00000004301	zc3h12ab (ENSSLUG00000004297)	smim13 (ENSSLUG00000004292)	nedd9 (ENSSLUG00000004286)	TMEM170B (ENSSLUG00000004281)	HIVEP1 (ENSSLUG00000004271)	edn1 (ENSSLUG00000004261)	si:dkeyp-92c9.2 (ENSSLUG00000004255)	myo1g (ENSSLUG00000004127)
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	2	ENSCGOG00000005608	ago4 (ENSCGOG00000005647)	CLSPN (ENSCGOG00000008234)	ENSCGOG00000008245	cdca5 (ENSCGOG00000008246)	psmb2 (ENSCGOG00000008253)	tfap2e (ENSCGOG00000008293)	NCDN (ENSCGOG00000008308)	KIAA0319L (ENSCGOG00000008351)	cap1 (ENSCGOG00000009184)	ppt1 (ENSCGOG00000009478)	rragcb (ENSCGOG00000009623)	fhl3b (ENSCGOG00000009706)	meaf6 (ENSCGOG00000009716)	stpg1 (ENSCGOG00000009789)	map7d1b (ENSCGOG00000009797) ##22	thrap3b (ENSCGOG00000009838)	eva1bb (ENSCGOG00000009852)	LSM10 (ENSCGOG00000009858)	oscp1a (ENSCGOG00000009863)	ENSCGOG00000009889	zc3h12ab (ENSCGOG00000009896)	smim13 (ENSCGOG00000009899)	nedd9 (ENSCGOG00000009901)	TMEM170B (ENSCGOG00000009902)	ENSCGOG00000009908	ENSCGOG00000009927	ENSCGOG00000009931	ENSCGOG00000009936	ENSCGOG00000009965	ENSCGOG00000009966
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000164552	ENSGT00390000011115	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000011115	ENSGT00390000008551	ENSGT00940000163648.b	ENSGT00940000158729	ENSGT00390000012738	ENSGT00640000091536	ENSGT00950000182848.c.b.b.a	ENSGT00390000013601	ENSGT00940000157613	ENSGT00390000017955.c	ENSGT00940000156790	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
European seabass	MODERN SPECIES	22	ENSDLAG00005030850	ENSDLAG00005013457	AGO4 (ENSDLAG00005013573)	CLSPN (ENSDLAG00005016583)	beta 2 (ENSDLAG00005034806)	ENSDLAG00005016605	tfap2e (ENSDLAG00005016618)	NCDN (ENSDLAG00005016625)	KIAA0319L (ENSDLAG00005016664)	ENSDLAG00005017641	ppt1 (ENSDLAG00005032737)	rragcb (ENSDLAG00005018704)	fhl3b (ENSDLAG00005018713)	meaf6 (ENSDLAG00005018732)	stpg1 (ENSDLAG00005026697)	map7d1b (ENSDLAG00005018751) ##22	thrap3b (ENSDLAG00005018774)	eva1bb (ENSDLAG00005002280)	LSM10 (ENSDLAG00005002297)	oscp1a (ENSDLAG00005002331)	ENSDLAG00005035131	zc3h12ab (ENSDLAG00005002900)	smim13 (ENSDLAG00005002917)	nedd9 (ENSDLAG00005002936)	TMEM170B (ENSDLAG00005030210)	HIVEP1 (ENSDLAG00005002969)	edn1 (ENSDLAG00005002998)	si:dkeyp-92c9.2 (ENSDLAG00005030433)	myo1g (ENSDLAG00005003113)	si:ch211-195b13.1 (ENSDLAG00005033105)	eya3 (ENSDLAG00005005939)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	484	ago4 (ENSLCRG00005004900)	CLSPN (ENSLCRG00005004867)	ENSLCRG00005004866	cdca5 (ENSLCRG00005004865)	psmb2 (ENSLCRG00005004853)	tfap2e (ENSLCRG00005004851)	NCDN (ENSLCRG00005004849)	ENSLCRG00005004848	KIAA0319L (ENSLCRG00005002018)	cap1 (ENSLCRG00005001693)	ppt1 (ENSLCRG00005000758)	rragcb (ENSLCRG00005000695)	fhl3b (ENSLCRG00005000684)	meaf6 (ENSLCRG00005000657)	stpg1 (ENSLCRG00005000640)	map7d1b (ENSLCRG00005020478) ##22	thrap3b (ENSLCRG00005020473)	eva1bb (ENSLCRG00005020472)	LSM10 (ENSLCRG00005020471)	oscp1a (ENSLCRG00005020381)	ENSLCRG00005020362	zc3h12ab (ENSLCRG00005020357)	smim13 (ENSLCRG00005020351)	nedd9 (ENSLCRG00005020348)	pip5k1aa (ENSLCRG00005020307)	psmd4a (ENSLCRG00005020248) #7	znf687b (ENSLCRG00005020231)	aqp10b (ENSLCRG00005020225)	hax1 (ENSLCRG00005020218)	ubap2l (ENSLCRG00005020158)	C1orf43 (ENSLCRG00005020121)
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	17	ENSSAUG00010010430	c19h1orf109 (ENSSAUG00010010428)	ago4 (ENSSAUG00010008440)	CLSPN (ENSSAUG00010008404)	ENSSAUG00010008403	cdca5 (ENSSAUG00010008401)	psmb2 (ENSSAUG00010008400)	tfap2e (ENSSAUG00010008399)	NCDN (ENSSAUG00010008396)	KIAA0319L (ENSSAUG00010005044)	cap1 (ENSSAUG00010004535)	rragcb (ENSSAUG00010004527)	fhl3b (ENSSAUG00010004524)	ppt1 (ENSSAUG00010004438)	stpg1 (ENSSAUG00010004417)	map7d1b (ENSSAUG00010004404) ##22	thrap3b (ENSSAUG00010004395)	eva1bb (ENSSAUG00010004385)	LSM10 (ENSSAUG00010004379)	ENSSAUG00010004375	oscp1a (ENSSAUG00010004367)	zc3h12ab (ENSSAUG00010004363)	smim13 (ENSSAUG00010004360)	nedd9 (ENSSAUG00010004355)	TMEM170B (ENSSAUG00010004349)	HIVEP1 (ENSSAUG00010004340)	edn1 (ENSSAUG00010004330)	si:dkeyp-92c9.2 (ENSSAUG00010004322)	myo1g (ENSSAUG00010003283)	si:ch211-195b13.1 (ENSSAUG00010027518)	eya3 (ENSSAUG00010027490)
Cod	MODERN SPECIES	14	ENSGMOG00000037177	ENSGMOG00000009525	psmb2 (ENSGMOG00000028958)	TFAP2E (ENSGMOG00000009513)	NCDN (ENSGMOG00000022584)	KIAA0319L (ENSGMOG00000012803)	ENSGMOG00000029342	ENSGMOG00000024806	ENSGMOG00000035476	ENSGMOG00000015918	ENSGMOG00000015901	rragcb (ENSGMOG00000015890)	fhl3b (ENSGMOG00000033464)	meaf6 (ENSGMOG00000007357)	stpg1 (ENSGMOG00000024695)	map7d1b (ENSGMOG00000022540) ##22	ENSGMOG00000001665	thrap3b (ENSGMOG00000023763)	eva1bb (ENSGMOG00000017569)	LSM10 (ENSGMOG00000019832)	oscp1a (ENSGMOG00000017579)	ENSGMOG00000017593	ENSGMOG00000026488	zc3h12ab (ENSGMOG00000030776)	smim13 (ENSGMOG00000025692)	nedd9 (ENSGMOG00000030633)	TMEM170B (ENSGMOG00000029827)	HIVEP1 (ENSGMOG00000011398)	edn1 (ENSGMOG00000034660)	myo1g (ENSGMOG00000011448)	si:ch211-195b13.1 (ENSGMOG00000012874)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00940000158787	ENSGT00940000159442	ENSGT00390000017974.ob	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00390000017974.nb	ENSGT00950000183031.A.a.a	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000015257	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a	ENSGT00510000048364	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00940000155107.a.a.b	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053	ENSGT00940000164496.a.a	ENSGT00950000182978.B
Salmoninae	DUPLICATION
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Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000159104.d.d	ENSGT00940000158587.c.a	ENSGT00390000014274	ENSGT00940000156338.b.d	ENSGT00940000159312.d	ENSGT00940000164147.b	ENSGT00940000154450.tc.a	ENSGT00990000212118	ENSGT00940000158787.h.a	ENSGT01090000260070.C.b.d	ENSGT00390000017974.ob.f	ENSGT00950000183031.A.a.a.b	ENSGT00950000183028.a.b.b.f	ENSGT00390000015257.h	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.e ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb.c	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.b	ENSGT00940000181189	ENSGT00510000049601.j	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b.c	ENSGT00940000155107.a.a.b.d	ENSGT00560000078630.h	ENSGT00950000183008.a.a.a.b.g	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242.k	ENSGT00950000183053.D.g	ENSGT00990000212595	ENSGT00390000008812.b.a.c	ENSGT00940000158053.u
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00550000074870.y.b.b	ENSGT00910000144277.f.b.a	ENSGT00390000014274	ENSGT00940000156338.b.d	ENSGT00940000159312.d	ENSGT00940000164147.b	ENSGT00940000154450.tc.a	ENSGT00990000212118	ENSGT00940000158787.h.a	ENSGT01090000260070.C.b.d	ENSGT00390000017974.ob.f	ENSGT00950000183031.A.a.a.b	ENSGT00950000183028.a.b.b.f	ENSGT00390000015257.h	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.e ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb.c	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.b	ENSGT00940000181189	ENSGT00510000049601.j	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b.c	ENSGT00940000155107.a.a.b.d	ENSGT00560000078630.h	ENSGT00950000183008.a.a.a.b.g	ENSGT00940000160424.c	ENSGT00940000158242.k	ENSGT00950000183053.D.g	ENSGT00390000008812.b.a.c	ENSGT00940000158053.u	ENSGT00940000164496.a.a.b
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	5	PSA2 (ENSSSAG00000026601)	ENSSSAG00000020652	ccdc127 (ENSSSAG00000020001)	ENSSSAG00000018117	slc9a1b (ENSSSAG00000017046)	ENSSSAG00000009871	srsf10b (ENSSSAG00000104443)	ENSSSAG00000009809	ENSSSAG00000009802	gja9b (ENSSSAG00000009793)	mycbp (ENSSSAG00000115673)	ENSSSAG00000101880	fhl3 (ENSSSAG00000009766)	meaf6 (ENSSSAG00000009744)	stpg1 (ENSSSAG00000009729)	map7d1b (ENSSSAG00000009702) ##22	thrap3b (ENSSSAG00000009695)	CA078 (ENSSSAG00000009689)	ENSSSAG00000106209	oscp1a (ENSSSAG00000009407)	ENSSSAG00000009391	zc3h12ab (ENSSSAG00000087542)	ENSSSAG00000092580	nedd9 (ENSSSAG00000009361)	TMEM170B (ENSSSAG00000112888)	HIVEP1 (ENSSSAG00000009332)	edn1 (ENSSSAG00000119261)	ENSSSAG00000119580	si:dkeyp-92c9.2 (ENSSSAG00000103119)	myo1g (ENSSSAG00000008639)	si:ch211-195b13.1 (ENSSSAG00000008591)
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Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000008818	ENSGT00940000164635	ENSGT00390000014274	ENSGT00940000156338.b.d	ENSGT00940000159312.d	ENSGT00940000164147.b	ENSGT00940000154450.tc.a	ENSGT00990000212118	ENSGT00940000158787.h.a	ENSGT01090000260070.C.b.d	ENSGT00390000017974.ob.f	ENSGT00950000183031.A.a.a.b	ENSGT00950000183028.a.b.b.f	ENSGT00390000015257.h	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.e ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb.c	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.b	ENSGT00940000181189	ENSGT00510000049601.j	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b.c	ENSGT00940000155107.a.a.b.d	ENSGT00560000078630.h	ENSGT00950000183008.a.a.a.b.g	ENSGT00940000160424.f	ENSGT00940000158242.k	ENSGT00950000183053.D.g	ENSGT00990000212595	ENSGT00390000008812.b.a.c	ENSGT00940000158053.u
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00550000074870.y.b.a.b	ENSGT00910000144277.f.b.a	ENSGT00390000014274	ENSGT00940000156338.b.d	ENSGT00940000159312.d	ENSGT00940000164147.b	ENSGT00940000154450.tc.a	ENSGT00990000212118	ENSGT00940000158787.h.a	ENSGT01090000260070.C.b.d	ENSGT00390000017974.ob.f	ENSGT00950000183031.A.a.a.b	ENSGT00950000183028.a.b.b.f	ENSGT00390000015257.h	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.e ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb.c	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.b	ENSGT00940000181189	ENSGT00510000049601.j	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00390000010118.c.a.b.c	ENSGT00940000155107.a.a.b.d	ENSGT00560000078630.h	ENSGT00950000183008.a.a.a.b.g	ENSGT00940000160424.f	ENSGT00940000158242.k	ENSGT00950000183053.D.g	ENSGT00990000212595	ENSGT00390000008812.b.a.c	ENSGT00940000158053.u
Coho salmon	MODERN SPECIES	5	ccdc127b (ENSOKIG00005005635)	ENSOKIG00005005629	CFAP69 (ENSOKIG00005005523)	slc9a1b (ENSOKIG00005004498)	MAN1C1 (ENSOKIG00005022347)	ENSOKIG00005022330	srsf10b (ENSOKIG00005022322)	ENSOKIG00005022314	ENSOKIG00005022300	gja9b (ENSOKIG00005022289)	mycbp (ENSOKIG00005022266)	ENSOKIG00005022253	fhl3b (ENSOKIG00005022242)	meaf6 (ENSOKIG00005022194)	stpg1 (ENSOKIG00005022179)	map7d1b (ENSOKIG00005022142) ##22	thrap3b (ENSOKIG00005022125)	eva1bb (ENSOKIG00005022113)	ENSOKIG00005022105	gstr (ENSOKIG00005022094)	oscp1a (ENSOKIG00005022041)	ENSOKIG00005022035	zc3h12ab (ENSOKIG00005022030)	smim13 (ENSOKIG00005022016)	nedd9 (ENSOKIG00005022006)	TMEM170B (ENSOKIG00005021995)	HIVEP1 (ENSOKIG00005021986)	edn1 (ENSOKIG00005021979)	ENSOKIG00005021969	si:dkeyp-92c9.2 (ENSOKIG00005021966)	myo1g (ENSOKIG00005021794)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	24	sdha (ENSOTSG00005006359)	ccdc127b (ENSOTSG00005006427)	ENSOTSG00005006428	CFAP69 (ENSOTSG00005006429)	slc9a1b (ENSOTSG00005006434)	MAN1C1 (ENSOTSG00005006586)	ENSOTSG00005006591	srsf10b (ENSOTSG00005006592)	ENSOTSG00005006595	gja9b (ENSOTSG00005006597)	mycbp (ENSOTSG00005006599)	ENSOTSG00005006600	fhl3b (ENSOTSG00005006601)	meaf6 (ENSOTSG00005006603)	stpg1 (ENSOTSG00005006604)	map7d1b (ENSOTSG00005006605) ##22	thrap3b (ENSOTSG00005006607)	eva1bb (ENSOTSG00005006608)	ENSOTSG00005006609	gstr (ENSOTSG00005006610)	oscp1a (ENSOTSG00005006612)	ENSOTSG00005006617	zc3h12ab (ENSOTSG00005006618)	ENSOTSG00005006620	smim13 (ENSOTSG00005006622)	nedd9 (ENSOTSG00005006624)	TMEM170B (ENSOTSG00005006626)	HIVEP1 (ENSOTSG00005006631)	edn1 (ENSOTSG00005006634)	si:dkeyp-92c9.2 (ENSOTSG00005006642)	myo1g (ENSOTSG00005006644)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	24	ENSOMYG00000000281	ENSOMYG00000006505	ENSOMYG00000006584	slc9a1b (ENSOMYG00000007199)	ENSOMYG00000008042	ENSOMYG00000008120	srsf10b (ENSOMYG00000071968)	ENSOMYG00000008154	ENSOMYG00000008192	gja9b (ENSOMYG00000069617)	mycbp (ENSOMYG00000008266)	ENSOMYG00000008221	fhl3b (ENSOMYG00000008287)	meaf6 (ENSOMYG00000008396)	stpg1 (ENSOMYG00000008440)	map7d1b (ENSOMYG00000008563) ##22	thrap3b (ENSOMYG00000008733)	eva1bb (ENSOMYG00000008754)	ENSOMYG00000054099	ENSOMYG00000008773	ENSOMYG00000008805	oscp1a (ENSOMYG00000008917)	ENSOMYG00000008955	zc3h12ab (ENSOMYG00000058082)	smim13 (ENSOMYG00000008986)	nedd9 (ENSOMYG00000009014)	TMEM170B (ENSOMYG00000048814)	HIVEP1 (ENSOMYG00000009085)	ENSOMYG00000074796	edn1 (ENSOMYG00000077425)	si:dkeyp-92c9.2 (ENSOMYG00000009133)
Huchen	MODERN SPECIES	249	sdha (ENSHHUG00000028697)	ccdc127b (ENSHHUG00000029169)	ENSHHUG00000029171	CFAP69 (ENSHHUG00000029173)	slc9a1b (ENSHHUG00000029191)	MAN1C1 (ENSHHUG00000029227)	ENSHHUG00000029263	srsf10b (ENSHHUG00000029267)	ENSHHUG00000029272	gja9b (ENSHHUG00000029286)	mycbp (ENSHHUG00000029287)	ENSHHUG00000029301	fhl3b (ENSHHUG00000029346)	meaf6 (ENSHHUG00000029351)	stpg1 (ENSHHUG00000029428)	map7d1b (ENSHHUG00000029434) ##22	thrap3b (ENSHHUG00000029460)	eva1bb (ENSHHUG00000029470)	ENSHHUG00000029474	gstr (ENSHHUG00000029478)	oscp1a (ENSHHUG00000029498)	ENSHHUG00000029507	zc3h12ab (ENSHHUG00000029509)	ENSHHUG00000029512	nedd9 (ENSHHUG00000029518)	TMEM170B (ENSHHUG00000029522)	HIVEP1 (ENSHHUG00000029527)	edn1 (ENSHHUG00000029529)	ENSHHUG00000029540	si:dkeyp-92c9.2 (ENSHHUG00000029553)	ENSHHUG00000029556
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	513																ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.f ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb.d	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.a	ENSGT00390000010118.c.a.b.d	ENSGT00940000155107.a.a.b.c	ENSGT00950000183008.a.a.a.b.h	ENSGT00940000158242.l	ENSGT00950000183053.D.h	ENSGT00390000008812.b.a.d	ENSGT00940000158053.v	ENSGT00940000164496.a.a.a	ENSGT00950000182978.B.f	ENSGT01090000260093.b.f.u	ENSGT01090000260093.b.e	ENSGT00940000156213.q.a	ENSGT00940000156213.q.b.b
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000157893.c.b	ENSGT00390000014398	ENSGT00550000074870.y.b.a	ENSGT00910000144277.f.b.b	ENSGT00990000212686	ENSGT00940000157751	ENSGT00940000156338.b.c	ENSGT01090000260268.B	ENSGT01060000251440	ENSGT00940000154450.tc.b	ENSGT00940000158787.h.b	ENSGT01090000260070.C.b.c	ENSGT00390000017974.ob.e	ENSGT00950000183028.a.b.b.e	ENSGT00390000015257.g	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.f ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb.d	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.a	ENSGT00390000010118.c.a.b.d	ENSGT00940000155107.a.a.b.c	ENSGT00940000156772.b.d.a	ENSGT00560000078630.g	ENSGT00950000183008.a.a.a.b.h	ENSGT00940000158242.l	ENSGT00950000183053.D.h	ENSGT00390000008812.b.a.d	ENSGT00940000158053.v	ENSGT00940000164496.a.a.a	ENSGT00950000182978.B.f	ENSGT01090000260093.b.f.u	ENSGT01090000260093.b.e
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00980000199189.c	ENSGT00530000063461.A.b.a	ENSGT00940000157893.c.b	ENSGT00390000014398	ENSGT00550000074870.y.b.a	ENSGT00910000144277.f.b.b	ENSGT00990000212686	ENSGT00940000157751	ENSGT01060000251440	ENSGT00940000154450.tc.b	ENSGT00940000158787.h.b	ENSGT01090000260070.C.b.c	ENSGT00390000017974.ob.e	ENSGT00950000183028.a.b.b.e	ENSGT00390000015257.g	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.f ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb.d	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.a	ENSGT00390000010118.c.a.b.d	ENSGT00940000155107.a.a.b.c	ENSGT00940000156772.b.d.a	ENSGT00560000078630.g	ENSGT00950000183008.a.a.a.b.h	ENSGT00940000160424.e.a	ENSGT00940000158242.l	ENSGT00950000183053.D.h	ENSGT00390000008812.b.a.d	ENSGT00940000158053.v	ENSGT00940000164496.a.a.a	ENSGT00950000182978.B.f	ENSGT01090000260093.b.f.u
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000157893.c.b	ENSGT00390000014398	ENSGT00550000074870.y.b.a.a	ENSGT00910000144277.f.b.b	ENSGT00990000212686	ENSGT00940000157751	ENSGT01010000222294.c.b.b.b.c.a.a.b.b.b	ENSGT01060000251440	ENSGT00940000154450.tc.b	ENSGT00940000158787.h.b	ENSGT01090000260070.C.b.c	ENSGT00390000017974.ob.e	ENSGT00950000183028.a.b.b.e	ENSGT00390000015257.g	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.f ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb.d	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.a	ENSGT00390000010118.c.a.b.d	ENSGT00940000155107.a.a.b.c	ENSGT00940000156772.b.d.a	ENSGT00560000078630.g	ENSGT00950000183008.a.a.a.b.h	ENSGT00940000158242.l	ENSGT00950000183053.D.h	ENSGT00390000008812.b.a.d	ENSGT00940000158053.v	ENSGT00940000164496.a.a.a	ENSGT00950000182978.B.f	ENSGT01090000260093.b.f.u	ENSGT01090000260093.b.e
Coho salmon	MODERN SPECIES	8	wdyhv1 (ENSOKIG00005011861)	PSMA2 (ENSOKIG00005011832)	SDHA (ENSOKIG00005011241)	ENSOKIG00005011197	KDM1B (ENSOKIG00005008784)	ENSOKIG00005008619	ENSOKIG00005008596	srsf10b (ENSOKIG00005008586)	ENSOKIG00005008560	gja9b (ENSOKIG00005008547)	mycbp (ENSOKIG00005008503)	ENSOKIG00005008490	fhl3b (ENSOKIG00005008474)	meaf6 (ENSOKIG00005008377)	ENSOKIG00005008358	map7d1b (ENSOKIG00005008325) ##22	thrap3b (ENSOKIG00005008296)	eva1bb (ENSOKIG00005008280)	ENSOKIG00005008272	ENSOKIG00005008256	zc3h12ab (ENSOKIG00005008248)	ENSOKIG00005008239	smim13 (ENSOKIG00005008230)	nedd9 (ENSOKIG00005008220)	ENSOKIG00005008209	HIVEP1 (ENSOKIG00005008183)	edn1 (ENSOKIG00005008167)	si:dkeyp-92c9.2 (ENSOKIG00005008159)	myo1g (ENSOKIG00005008044)	si:ch211-195b13.1 (ENSOKIG00005007972)	eya3 (ENSOKIG00005007614)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	168																map7d1b (ENSOTSG00005040502) ##22	thrap3b (ENSOTSG00005040504)	eva1bb (ENSOTSG00005040505)	ENSOTSG00005040507	ENSOTSG00005040508	zc3h12ab (ENSOTSG00005040509)	ENSOTSG00005040511	smim13 (ENSOTSG00005040513)	nedd9 (ENSOTSG00005040514)	ENSOTSG00005040515
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157893.c.b	ENSGT00390000014398	ENSGT00550000074870.z	ENSGT00910000144277.f.b.b	ENSGT00990000212686	ENSGT00940000157751	ENSGT00940000156338.b.c	ENSGT01090000260268.B	ENSGT01060000251440	ENSGT00940000154450.tc.b	ENSGT00940000158787.h.b	ENSGT01090000260070.C.b.c	ENSGT00390000017974.ob.e	ENSGT00950000183028.a.b.b.e	ENSGT00390000015257.g	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.f ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb.d	ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.a	ENSGT00390000010118.c.a.b.d	ENSGT00940000155107.a.a.b.c	ENSGT00940000156772.b.d.a	ENSGT00560000078630.g	ENSGT00950000183008.a.a.a.b.h	ENSGT00940000160424.d	ENSGT00940000158242.l	ENSGT00950000183053.D.h	ENSGT00390000008812.b.a.d	ENSGT00940000158053.v	ENSGT00940000164496.a.a.a	ENSGT00950000182978.B.f	ENSGT01090000260093.b.f.u
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	19	ENSSSAG00000065020	ENSSSAG00000095756	ENSSSAG00000095425	PSA2 (ENSSSAG00000065065)	sdha (ENSSSAG00000065157)	ENSSSAG00000065391	ENSSSAG00000065417	ENSSSAG00000065537	ENSSSAG00000065544	fusip (ENSSSAG00000065557)	ENSSSAG00000065563	ENSSSAG00000065568	MYCBP (ENSSSAG00000065576)	fhl3b (ENSSSAG00000029717)	meaf6 (ENSSSAG00000065622)	map7d1b (ENSSSAG00000065668) ##22	ENSSSAG00000120157	ENSSSAG00000107737	thrap3b (ENSSSAG00000065686)	ENSSSAG00000112097	eva1bb (ENSSSAG00000065693)	ENSSSAG00000097800	ENSSSAG00000082376	zc3h12ab (ENSSSAG00000065703)	ENSSSAG00000065705	nedd9 (ENSSSAG00000065717)	TMEM170B (ENSSSAG00000113777)	HIVEP1 (ENSSSAG00000065742)	edn1 (ENSSSAG00000101758)	ENSSSAG00000115447	si:dkeyp-92c9.2 (ENSSSAG00000100702)
River trout	MODERN SPECIES	27	trps1 (ENSSTUG00000049546)	ENSSTUG00000049547	wdyhv1 (ENSSTUG00000049549)	ENSSTUG00000049554	sdha (ENSSTUG00000049562)	ENSSTUG00000049646	KDM1B (ENSSTUG00000049671)	ENSSTUG00000049820	ENSSTUG00000049824	srsf10b (ENSSTUG00000049827)	ENSSTUG00000049828	gja9b (ENSSTUG00000049829)	mycbp (ENSSTUG00000049830)	fhl3b (ENSSTUG00000049833)	meaf6 (ENSSTUG00000049837)	map7d1b (ENSSTUG00000049845) ##22	thrap3b (ENSSTUG00000049859)	eva1bb (ENSSTUG00000049862)	ENSSTUG00000049864	ENSSTUG00000049865	zc3h12ab (ENSSTUG00000049867)	ENSSTUG00000049870	ENSSTUG00000049873	smim13 (ENSSTUG00000049875)	nedd9 (ENSSTUG00000049876)	TMEM170B (ENSSTUG00000049879)	ENSSTUG00000049882	ENSSTUG00000049883	HIVEP1 (ENSSTUG00000049885)	edn1 (ENSSTUG00000049892)	ENSSTUG00000049896
Northern pike	MODERN SPECIES	9	KDM1B (ENSELUG00000008094)	CFAP69 (ENSELUG00000007995)	slc9a1b (ENSELUG00000007970)	ENSELUG00000034496	ENSELUG00000000287	ENSELUG00000007901	srsf10b (ENSELUG00000007888)	ENSELUG00000029192	akirin1 (ENSELUG00000007858)	gja9b (ENSELUG00000007830)	mycbp (ENSELUG00000031004)	ENSELUG00000007786	fhl3b (ENSELUG00000007755)	meaf6 (ENSELUG00000028481)	stpg1 (ENSELUG00000007684)	map7d1b (ENSELUG00000007639) ##22	thrap3b (ENSELUG00000007499)	eva1bb (ENSELUG00000030974)	LSM10 (ENSELUG00000007452)	oscp1a (ENSELUG00000007413)	ENSELUG00000007378	ENSELUG00000029369	zc3h12ab (ENSELUG00000007368)	smim13 (ENSELUG00000030404)	nedd9 (ENSELUG00000007314)	TMEM170B (ENSELUG00000007252)	HIVEP1 (ENSELUG00000007223)	edn1 (ENSELUG00000007183)	rbm24a (ENSELUG00000007163)	cap2 (ENSELUG00000007130)	ENSELUG00000027226
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	1										ENSGT00990000203527.b	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00940000156338.b	ENSGT00390000017974.ob	ENSGT00950000183028.a.b.b	ENSGT00390000011598	ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ##22	ENSGT00950000183163.a.a.bb	ENSGT00390000010118.c.a.b	ENSGT00390000004808.f	ENSGT00510000048364	ENSGT00560000078630	ENSGT00950000183008.a.a.a.b	ENSGT00940000160424	ENSGT00940000158242	ENSGT00950000183053.D.b	ENSGT00390000008812.b.a	ENSGT00940000158053.r	ENSGT01100000263475.f.b.b	ENSGT00940000173852	ENSGT00940000164496.a.a.i	ENSGT00950000182978.B
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	13	dtnbp1b (ENSPKIG00000002974)	mylipa (ENSPKIG00000002991)	gmpr (ENSPKIG00000003016)	atxn1a (ENSPKIG00000003054)	ENSPKIG00000003088	lim2.4 (ENSPKIG00000003113)	USF2 (ENSPKIG00000003150)	ENSPKIG00000003201	tekt2 (ENSPKIG00000003234)	slc9a1b (ENSPKIG00000003284)	srsf10b (ENSPKIG00000003304)	ENSPKIG00000003346	mycbp (ENSPKIG00000003459)	fhl3b (ENSPKIG00000003480)	stpg1 (ENSPKIG00000003521)	map7d1b (ENSPKIG00000003598) ##22	thrap3b (ENSPKIG00000003697)	LSM10 (ENSPKIG00000003728)	smim13 (ENSPKIG00000003755)	nedd9 (ENSPKIG00000003771)	TMEM170B (ENSPKIG00000003794)	HIVEP1 (ENSPKIG00000003860)	edn1 (ENSPKIG00000003920)	si:dkeyp-92c9.2 (ENSPKIG00000003949)	myo1g (ENSPKIG00000003975)	ENSPKIG00000004118	ENSPKIG00000004298
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.f ##22
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.f ##22
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.f ##22
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.f ##22
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.f ##22
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.f ##22
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.a.b.f ##22
Rainbow trout	MODERN SPECIES	25	ENSOMYG00000049293	sh3bgrl2 (ENSOMYG00000048234)	ENSOMYG00000066355	ENSOMYG00000069660	eya4 (ENSOMYG00000063960)	tcf21 (ENSOMYG00000075719)	ENSOMYG00000049685	ENSOMYG00000039735	ENSOMYG00000053078	ENSOMYG00000062827	aldh8a1 (ENSOMYG00000025589)	ENSOMYG00000065177	myb (ENSOMYG00000061659)	mtfr2 (ENSOMYG00000028410)	ENSOMYG00000063382	ENSOMYG00000062619 ##22	ENSOMYG00000065195	ENSOMYG00000058349	DDX1 (ENSOMYG00000031111)	nbas (ENSOMYG00000055190)	ENSOMYG00000049178	ENSOMYG00000065531	ENSOMYG00000053131	lratd1 (ENSOMYG00000039116)	sec63 (ENSOMYG00000068521)	ENSOMYG00000061905	ENSOMYG00000077259	ENSOMYG00000026864	ENSOMYG00000071150	ENSOMYG00000031152	ENSOMYG00000067714
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.b ##22
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.b ##22
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.b ##22
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.b ##22
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.b ##22
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.b ##22
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.b ##22
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.b ##22
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.b ##22
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.b ##22
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.b ##22
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.b ##22
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.b ##22
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.b ##22
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.b ##22
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941.a.b ##22
Orange clownfish	MODERN SPECIES	8	ENSAPEG00000022289	cdca5 (ENSAPEG00000022283)	psmb2 (ENSAPEG00000022265)	tfap2e (ENSAPEG00000022240)	NCDN (ENSAPEG00000022220)	ENSAPEG00000022212	ENSAPEG00000022202	KIAA0319L (ENSAPEG00000022186)	cap1 (ENSAPEG00000022140)	ppt1 (ENSAPEG00000022102)	rragcb (ENSAPEG00000022074)	ENSAPEG00000022058	fhl3b (ENSAPEG00000022036)	meaf6 (ENSAPEG00000022021)	stpg1 (ENSAPEG00000021982)	ENSAPEG00000021910 ##22	eva1bb (ENSAPEG00000021900)	ENSAPEG00000021890	thrap3b (ENSAPEG00000021862)	LSM10 (ENSAPEG00000021851)	LSM10 (ENSAPEG00000021845)	oscp1a (ENSAPEG00000021818)	ENSAPEG00000021810	zc3h12ab (ENSAPEG00000021795)	smim13 (ENSAPEG00000021784)	nedd9 (ENSAPEG00000021755)	TMEM170B (ENSAPEG00000021718)	HIVEP1 (ENSAPEG00000021694)	edn1 (ENSAPEG00000021668)	msto1 (ENSAPEG00000021611)	apoea (ENSAPEG00000021599)
Cyclostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182941 #22
Hagfish	DUPLICATION
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