Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000183053.A #8	ENSGT00940000157218.C #9	ENSGT01100000264574	ENSGT00940000154436.b #10	ENSGT00940000154436.a #11	ENSGT00940000160362 #12	ENSGT00390000014577.b #13	ENSGT00390000004248 #14	ENSGT00950000182834.C #15	ENSGT00390000000654	ENSGT00390000007816 #17	ENSGT00940000154721 #18	ENSGT00940000153341.b.p.a.a.a #19	ENSGT00940000158624 #20	ENSGT00940000158725 #21	ENSGT00390000003084 #22	ENSGT00940000154169.B #23	ENSGT00390000006113 #24	ENSGT00940000160531	ENSGT00940000161958 #25	ENSGT00940000156792 #26	ENSGT00940000160928 #27	ENSGT01090000260044.A.a.b.a.a.a.a.a.a.b #28	ENSGT00390000014984 #29	ENSGT00620000088018.h #30	ENSGT00390000003015 #31	ENSGT00510000048988 #32	ENSGT00940000157693 #33	ENSGT00940000161225 #34	ENSGT00950000183104.A.a.a #35	ENSGT01050000244838.H.d #36
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157999	ENSGT00940000161401 #7	ENSGT00950000183053.A #8	ENSGT00940000157218.C #9	ENSGT00940000154436.b #10	ENSGT00940000154436.a #11	ENSGT00940000160362 #12	ENSGT00390000014577.b #13	ENSGT00390000004248 #14	ENSGT00950000182834.C #15	ENSGT00390000007816 #17	ENSGT00940000154721 #18	ENSGT00940000153341.b.p.a.a.a #19	ENSGT00940000158624 #20	ENSGT00940000158725 #21	ENSGT00390000003084 #22	ENSGT00940000154169.B #23	ENSGT00390000006113 #24	ENSGT00940000161958 #25	ENSGT00940000156792 #26	ENSGT00940000160928 #27	ENSGT01090000260044.A.a.b.a.a.a.a.a.a.b #28	ENSGT00390000014984 #29	ENSGT00620000088018.h #30	ENSGT00390000003015 #31	ENSGT00510000048988 #32	ENSGT00940000157693 #33	ENSGT00940000161225 #34	ENSGT00950000183104.A.a.a #35	ENSGT01050000244838.H.d #36	ENSGT00390000011838 #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	90	ENSGT00940000157999	ENSGT00940000161401 #7	ENSGT00950000183053.A #8	ENSGT00940000157218.C #9	ENSGT00940000154436.b #10	ENSGT00940000154436.a #11	ENSGT00940000160362 #12	ENSGT00390000014577.b #13	ENSGT00390000004248 #14	ENSGT00950000182834.C #15	ENSGT00390000007816 #17	ENSGT00940000154721 #18	ENSGT00940000153341.b.p.a.a.a #19	ENSGT00940000158624 #20	ENSGT00940000158725 #21	ENSGT00390000003084 #22	ENSGT00940000154169.B #23	ENSGT00390000006113 #24	ENSGT00940000161958 #25	ENSGT00940000156792 #26	ENSGT00940000160928 #27	ENSGT01090000260044.A.a.b.a.a.a.a.a.a.b #28	ENSGT00390000014984 #29	ENSGT00620000088018.h #30	ENSGT00390000003015 #31	ENSGT00510000048988 #32	ENSGT00940000157693 #33	ENSGT00940000161225 #34	ENSGT00950000183104.A.a.a #35	ENSGT01050000244838.H.d #36	ENSGT00390000011838 #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	244	FOXO6 (ENSCLAG00000002214) #7	EDN2 (ENSCLAG00000002304) #8	HIVEP3 (ENSCLAG00000003048) #9	GUCA2B (ENSCLAG00000003462) #10	GUCA2A (ENSCLAG00000003499) #11	FOXJ3 (ENSCLAG00000004107) #12	RIMKLA (ENSCLAG00000004183) #13	ZMYND12 (ENSCLAG00000004415) #14	PPCS (ENSCLAG00000004488) #15	ENSCLAG00000004515 #16	CCDC30 (ENSCLAG00000004571) #17	PPIH (ENSCLAG00000002063) #18	ENSCLAG00000002253 #19	CLDN19 (ENSCLAG00000002321) #20	P3H1 (ENSCLAG00000002493) #21	C1orf50 (ENSCLAG00000002818) #22	ENSCLAG00000002885 #23	SVBP (ENSCLAG00000003001) #24	ZNF691 (ENSCLAG00000002021) #25	SLC2A1 (ENSCLAG00000002106) #26	ENSCLAG00000002144 #27	ENSCLAG00000017559 #28	EBNA1BP2 (ENSCLAG00000002547) #29	CFAP57 (ENSCLAG00000002618) #30	TMEM125 (ENSCLAG00000003252) #31	C1orf210 (ENSCLAG00000003472) #32	TIE1 (ENSCLAG00000004371) #33	MPL (ENSCLAG00000005179) #34	CDC20 (ENSCLAG00000005417) #35	ELOVL1 (ENSCLAG00000005835) #36	MED8 (ENSCLAG00000006138) #37
Degu	MODERN SPECIES	286	HIVEP3 (ENSODEG00000001881) #9	ENSODEG00000018717	GUCA2B (ENSODEG00000001838) #10	GUCA2A (ENSODEG00000001820) #11	FOXJ3 (ENSODEG00000001809) #12	ENSODEG00000001782	RIMKLA (ENSODEG00000001770) #13	ZMYND12 (ENSODEG00000001753) #14	PPCS (ENSODEG00000001735) #15	ENSODEG00000001693 #17	ENSODEG00000001627 #18	ENSODEG00000001592 ##19	CLDN19 (ENSODEG00000001571) #20	P3H1 (ENSODEG00000001470) #21	ENSODEG00000018684	C1orf50 (ENSODEG00000001430) #22	ENSODEG00000001409 #23	SVBP (ENSODEG00000003888) #24	ENSODEG00000019202 #25	ENSODEG00000003864	SLC2A1 (ENSODEG00000003831) #26	ENSODEG00000003794 #27
Guinea pig	MODERN SPECIES	133	PRDX1 (ENSCPOG00000014137)	MMACHC (ENSCPOG00000014136)	TESK2 (ENSCPOG00000012459)	ENSCPOG00000033680	TOE1 (ENSCPOG00000036595)	MUTYH (ENSCPOG00000012452)	HPDL (ENSCPOG00000019649)	RIMKLA (ENSCPOG00000005184) #13	ZMYND12 (ENSCPOG00000012992) #14	PPCS (ENSCPOG00000003240) #15	ENSCPOG00000001391 #17	PPIH (ENSCPOG00000008214) #18	ENSCPOG00000010888 #19	CLDN19 (ENSCPOG00000039124) #20	P3H1 (ENSCPOG00000021271) #21	C1orf50 (ENSCPOG00000039943) #22	ENSCPOG00000027098 #23	SVBP (ENSCPOG00000033208) #24	ZNF691 (ENSCPOG00000010765) #25	SLC2A1 (ENSCPOG00000000635) #26	ENSCPOG00000035738 ##28	ENSCPOG00000008911 ##28	ENSCPOG00000026850 ##28	ENSCPOG00000033534 #28	EBNA1BP2 (ENSCPOG00000005187) #29	CFAP57 (ENSCPOG00000007489) #30	TMEM125 (ENSCPOG00000039580) #31	C1orf210 (ENSCPOG00000034493) #32	TIE1 (ENSCPOG00000006080) #33	MPL (ENSCPOG00000006086) #34	CDC20 (ENSCPOG00000006090) #35
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES		KIAA0408 (ENSHGLG00000009498)	ECHDC1 (ENSHGLG00000034426)	RNF146 (ENSHGLG00000018862)	RSPO3 (ENSHGLG00000047036)	CENPW (ENSHGLG00000045481)	TRMT11 (ENSHGLG00000014007)	HINT3 (ENSHGLG00000041327)	ENSHGLG00000016076	ENSHGLG00000016948	HEY2 (ENSHGLG00000017079)	HDDC2 (ENSHGLG00000034250)	ENSHGLG00000001350	ENSHGLG00000038009	ENSHGLG00000038906	ENSHGLG00000033903	ENSHGLG00000044736 #22	ENSHGLG00000001275	ENSHGLG00000032242	TRDN (ENSHGLG00000001423)	CLVS2 (ENSHGLG00000001622)	SMPDL3A (ENSHGLG00000001781)	FABP7 (ENSHGLG00000001824)	ENSHGLG00000036667	SERINC1 (ENSHGLG00000035221)	HSF2 (ENSHGLG00000000864)	ENSHGLG00000032930	GJA1 (ENSHGLG00000047888)	TBC1D32 (ENSHGLG00000001631)	ENSHGLG00000001744	ENSHGLG00000002141	MAN1A1 (ENSHGLG00000002233)
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