Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B #22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B #22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B #22 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B #22 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B #22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B #22 Acanthomorphata DUPLICATION Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Midas cichlid MODERN SPECIES 603 ENSACIG00000012954 #22 ADGRB1 (ENSACIG00000012975) ENSACIG00000013012 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Haplochromini_B DUPLICATION Haplochromini_B DUPLICATION Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h.c.a #22 Zebra mbuna MODERN SPECIES 1108 CIT (ENSMZEG00005026898) MYL2 (ENSMZEG00005026901) ENSMZEG00005026902 ENSMZEG00005026904 rplp0 (ENSMZEG00005026905) golga7 (ENSMZEG00005026911) ENSMZEG00005026912 loxl2a (ENSMZEG00005026914) ENSMZEG00005026917 aggf1 (ENSMZEG00005026920) NSG1 (ENSMZEG00005026922) stx18 (ENSMZEG00005026924) msx1a (ENSMZEG00005026925) CYTL1 (ENSMZEG00005026927) EVC2 (ENSMZEG00005026928) ENSMZEG00005026934 #22 ENSMZEG00005026935 ENSMZEG00005026941 ENSMZEG00005026943 PLXNA1 (ENSMZEG00005026946) chchd6b (ENSMZEG00005026951) tpra1 (ENSMZEG00005026953) ENSMZEG00005026955 LPIN3 (ENSMZEG00005026956) ENSMZEG00005026958 ENSMZEG00005026959 ENSMZEG00005026960 DLGAP4 (ENSMZEG00005026962) quo (ENSMZEG00005026963) tgm2b (ENSMZEG00005026966) VSTM2L (ENSMZEG00005026968) Eastern happy MODERN SPECIES 4 ENSACLG00000000880 ENSACLG00000000874 ENSACLG00000000849 pdxkb (ENSACLG00000000813) ENSACLG00000000793 ENSACLG00000000625 ITSN1 (ENSACLG00000000144) cryzl1 (ENSACLG00000000127) setd4 (ENSACLG00000000121) cbr1 (ENSACLG00000000103) cbr1 (ENSACLG00000000042) cbr1 (ENSACLG00000000032) cbr1 (ENSACLG00000027796) ENSACLG00000027790 ENSACLG00000027780 ENSACLG00000027777 #22 ENSACLG00000027776 ENSACLG00000027774 ENSACLG00000027773 si:ch1073-126c3.2 (ENSACLG00000027771) ENSACLG00000027768 GFRA1 (ENSACLG00000027753) ENSACLG00000027711 PRKCE (ENSACLG00000027703) epas1b (ENSACLG00000027698) ENSACLG00000027697 ENSACLG00000027696 ENSACLG00000027695 ENSACLG00000027694 lhb (ENSACLG00000027434) KLHL10 (ENSACLG00000027412) Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h.c.b #22 Zebra mbuna MODERN SPECIES 1099 atxn10 (ENSMZEG00005012204) ENSMZEG00005012232 ENSMZEG00005012279 ENSMZEG00005012907 ENSMZEG00005012927 KDM5A (ENSMZEG00005013002) SLC6A13 (ENSMZEG00005013090) USP15 (ENSMZEG00005015324) ENSMZEG00005015387 ENSMZEG00005015415 pim3 (ENSMZEG00005015428) creld2 (ENSMZEG00005015450) alg12 (ENSMZEG00005015460) zbed4 (ENSMZEG00005015468) BRD1 (ENSMZEG00005015483) ENSMZEG00005015499 #22 ENSMZEG00005015509 tafa5a (ENSMZEG00005015542) tbc1d22a (ENSMZEG00005015551) cerk (ENSMZEG00005015578) GRAMD4 (ENSMZEG00005015613) ENSMZEG00005015715 trmu (ENSMZEG00005015797) ENSMZEG00005015804 tprkb (ENSMZEG00005015816) alg10 (ENSMZEG00005015825) CPNE8 (ENSMZEG00005015833) ENSMZEG00005015858 ABCD2 (ENSMZEG00005015888) SLC2A13 (ENSMZEG00005015910) ENSMZEG00005015966 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h.d #22 Zebra mbuna MODERN SPECIES 1092 vps26bl (ENSMZEG00005023702) jam3b (ENSMZEG00005023705) IGSF9B (ENSMZEG00005023711) ENSMZEG00005023716 fez1 (ENSMZEG00005023717) esama (ENSMZEG00005023721) esama (ENSMZEG00005023722) MSANTD2 (ENSMZEG00005023731) robo3 (ENSMZEG00005023734) ENSMZEG00005023739 tmem218 (ENSMZEG00005023743) pknox2 (ENSMZEG00005023746) PANX3 (ENSMZEG00005023749) ENSMZEG00005023751 opcml (ENSMZEG00005023755) ENSMZEG00005023757 #22 ENSMZEG00005023759 ENSMZEG00005023762 ENSMZEG00005023763 hspb1 (ENSMZEG00005023765) YWHAG (ENSMZEG00005023766) ENSMZEG00005023768 ENSMZEG00005023770 ENSMZEG00005023775 supt4h1 (ENSMZEG00005023783) ENSMZEG00005023785 RNF43 (ENSMZEG00005023788) hpda (ENSMZEG00005023791) MTMR4 (ENSMZEG00005023795) ca4a (ENSMZEG00005023800) GUSB (ENSMZEG00005023801) Eastern happy DUPLICATION Eastern happy MODERN SPECIES 5 p2rx8 (ENSACLG00000024226) ENSACLG00000024223 DHX40 (ENSACLG00000024213) akt2 (ENSACLG00000024211) ccnp (ENSACLG00000024209) ENSACLG00000024208 si:ch211-132b12.2 (ENSACLG00000024204) ENSACLG00000024200 ENSACLG00000024194 ENSACLG00000024012 ENSACLG00000023986 ENSACLG00000023984 ENSACLG00000023890 ENSACLG00000023858 kif2c (ENSACLG00000023755) ENSACLG00000023741 #22 ENSACLG00000023725 naalad2 (ENSACLG00000023683) ENSACLG00000023653 tyr (ENSACLG00000023639) ENSACLG00000023633 grm5b (ENSACLG00000023565) ctsc (ENSACLG00000023538) RAB38 (ENSACLG00000023535) fzd4 (ENSACLG00000023472) ENSACLG00000023462 ENSACLG00000023448 DYNC2H1 (ENSACLG00000023242) ENSACLG00000023072 ENSACLG00000023063 ENSACLG00000023056 Eastern happy MODERN SPECIES 16 tspan4b (ENSACLG00000002482) ENSACLG00000002505 nosip (ENSACLG00000002526) rcn3 (ENSACLG00000002546) abat (ENSACLG00000002554) pdxdc1 (ENSACLG00000002655) slc25a23b (ENSACLG00000002671) gps1 (ENSACLG00000002752) ENSACLG00000002801 ENSACLG00000002843 ENSACLG00000003070 ENSACLG00000003089 ENSACLG00000003164 ENSACLG00000003361 eve1 (ENSACLG00000003367) ENSACLG00000003399 #22 hoxb13a (ENSACLG00000003412) hoxb9a (ENSACLG00000003422) hoxb8a (ENSACLG00000003429) hoxb7a (ENSACLG00000003441) ENSACLG00000003444 HOXB5 (ENSACLG00000003462) hoxb4a (ENSACLG00000003470) hoxb3a (ENSACLG00000003477) hoxb2a (ENSACLG00000003504) hoxb1a (ENSACLG00000003508) ENSACLG00000003517 CBX1 (ENSACLG00000003536) nfe2l1a (ENSACLG00000003558) praf2 (ENSACLG00000003574) copz2 (ENSACLG00000003587) Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Spiny chromis MODERN SPECIES 816 tgfbr1b (ENSAPOG00000021903) lancl2 (ENSAPOG00000021872) ENSAPOG00000021840 ENSAPOG00000021823 #22 VOPP1 (ENSAPOG00000021803) Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Oryzias ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 16 ENSORLG00000025528 fezf1 (ENSORLG00000019987) AIG1 (ENSORLG00000018719) ENSORLG00000024692 adat2 (ENSORLG00000020141) pex3 (ENSORLG00000021852) atf3 (ENSORLG00000019980) ENSORLG00000026179 nsl1 (ENSORLG00000028145) ENSORLG00000023022 #22 flvcr1 (ENSORLG00000020505) ENSORLG00000020536 ENSORLG00000020535 RRM2 (ENSORLG00000030298) tmem242 (ENSORLG00000024573) ENSORLG00000022927 tmem251 (ENSORLG00000018200) ubr7 (ENSORLG00000018193) ENSORLG00000018186 PPP4R4 (ENSORLG00000018184) serpina10a (ENSORLG00000018182) xrcc3 (ENSORLG00000018178) ENSORLG00000018175 ENSORLG00000018171 btbd6b (ENSORLG00000018172) Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 NAME_4 ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Mummichog MODERN SPECIES 535 ENSFHEG00000007774 ENSFHEG00000007784 ##22 ENSFHEG00000007794 #22 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Poecilia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Guppy MODERN SPECIES 448 drap1 (ENSPREG00000021987) zgc:63470 (ENSPREG00000021977) rela (ENSPREG00000021967) PPP1CB (ENSPREG00000021947) SLC29A2 (ENSPREG00000021932) ENSPREG00000021925 ENSPREG00000021921 S100P (ENSPREG00000021912) kiaa0232 (ENSPREG00000021904) TBC1D14 (ENSPREG00000021882) ENSPREG00000021864 ENSPREG00000021859 ENSPREG00000021854 ENSPREG00000021842 ENSPREG00000021829 ENSPREG00000021823 #22 PAQR9 (ENSPREG00000021816) ACO1 (ENSPREG00000021791) AFAP1 (ENSPREG00000021768) ENSPREG00000021757 ABLIM2 (ENSPREG00000021724) zcchc4 (ENSPREG00000021704) ENSPREG00000021696 pde5ab (ENSPREG00000021683) mad2l1 (ENSPREG00000021671) ARSJ (ENSPREG00000021666) camk2d1 (ENSPREG00000021625) ENSPREG00000021607 ENSPREG00000021603 ENSPREG00000021590 ENSPREG00000021584 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Fugu MODERN SPECIES 15 taf13 (ENSTRUG00000029448) ENSTRUG00000004255 dpm1 (ENSTRUG00000023748) adnpb (ENSTRUG00000024563) PARD6B (ENSTRUG00000029210) ENSTRUG00000032204 ARFGEF2 (ENSTRUG00000005014) bcl2l1 (ENSTRUG00000030575) ENSTRUG00000033463 ENSTRUG00000028128 ENSTRUG00000031810 ENSTRUG00000033304 tnnc2.2 (ENSTRUG00000004150) ENSTRUG00000026585 ENSTRUG00000022515 ENSTRUG00000031259 #22 ENSTRUG00000030546 ENSTRUG00000003111 ENSTRUG00000030204 ENSTRUG00000001372 ENSTRUG00000028687 ENSTRUG00000025189 ENSTRUG00000027500 ENSTRUG00000021765 ENSTRUG00000026256 ENSTRUG00000026008 ENSTRUG00000022139 ENSTRUG00000033209 ppdpfb (ENSTRUG00000030735) ENSTRUG00000027642 tpd52l2 (ENSTRUG00000026587) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Ballan wrasse DUPLICATION Ballan wrasse MODERN SPECIES 4439 ENSLBEG00000028737 #22 ENSLBEG00000028741 Ballan wrasse MODERN SPECIES 2734 ENSLBEG00000012926 ENSLBEG00000012909 ENSLBEG00000012891 #22 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Gilthead seabream MODERN SPECIES 10 klhl40b (ENSSAUG00010015271) ZBTB47 (ENSSAUG00010015270) NKTR (ENSSAUG00010015262) SEC22C (ENSSAUG00010015252) vipr1b (ENSSAUG00010014777) ENSSAUG00010014755 ENSSAUG00010014749 NANOS2 (ENSSAUG00010014747) KPNA1 (ENSSAUG00010014617) fam162a (ENSSAUG00010014594) mix23 (ENSSAUG00010014592) ENSSAUG00010014590 ENSSAUG00010014586 ENSSAUG00010014585 ENSSAUG00010014583 ENSSAUG00010014582 #22 ENSSAUG00010014579 CSTA (ENSSAUG00010014574) cst14a.1 (ENSSAUG00010014569) ENSSAUG00010014565 drd3 (ENSSAUG00010014562) qtrt2 (ENSSAUG00010014560) ccdc191 (ENSSAUG00010014556) zdhhc23b (ENSSAUG00010014555) GRAMD1C (ENSSAUG00010014554) ATP6V1A (ENSSAUG00010014547) naa50 (ENSSAUG00010014538) USF3 (ENSSAUG00010014534) boc (ENSSAUG00010014528) spice1 (ENSSAUG00010014521) SHISA2 (ENSSAUG00010014518) Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 European seabass MODERN SPECIES 18 ENSDLAG00005032993 ENSDLAG00005010546 ENSDLAG00005019720 ENSDLAG00005019828 ENSDLAG00005019858 ENSDLAG00005028917 ENSDLAG00005030736 ENSDLAG00005033347 ENSDLAG00005020221 ENSDLAG00005020231 ENSDLAG00005005856 ENSDLAG00005026641 ENSDLAG00005031005 ENSDLAG00005020248 ENSDLAG00005030908 ENSDLAG00005029872 #22 fgf3 (ENSDLAG00005020264) ENSDLAG00005020271 fgf19 (ENSDLAG00005034144) ENSDLAG00005020284 ENSDLAG00005033490 ENSDLAG00005003097 ENSDLAG00005020443 ENSDLAG00005020302 ENSDLAG00005034986 ENSDLAG00005009183 ENSDLAG00005020465 ENSDLAG00005034006 ENSDLAG00005030971 ENSDLAG00005020478 ENSDLAG00005030331 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Anabantaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Siamese fighting fish MODERN SPECIES 10 APP (ENSBSLG00000001758) cyyr1 (ENSBSLG00000001324) ADAMTS1 (ENSBSLG00000001319) ADAMTS5 (ENSBSLG00000001313) ENSBSLG00000001255 ENSBSLG00000001214 ENSBSLG00000001194 ENSBSLG00000000989 ENSBSLG00000000799 FUNDC1 (ENSBSLG00000000632) cenpl (ENSBSLG00000000592) ENSBSLG00000000581 ENSBSLG00000000429 il1rapl1b (ENSBSLG00000000351) ENSBSLG00000000325 ENSBSLG00000000315 #22 ENSBSLG00000000295 ENSBSLG00000000259 MSL3 (ENSBSLG00000000198) ARHGAP6 (ENSBSLG00000000135) MID1 (ENSBSLG00000025089) SLITRK5 (ENSBSLG00000024997) slitrk6 (ENSBSLG00000024980) spry2 (ENSBSLG00000024912) ndfip2 (ENSBSLG00000024810) GABRB3 (ENSBSLG00000024665) ENSBSLG00000024345 GABRG3 (ENSBSLG00000024200) ENSBSLG00000024111 ENSBSLG00000023884 ENSBSLG00000023766 Carangaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Seriola ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.h #22 Greater amberjack MODERN SPECIES 174 ttc27 (ENSSDUG00000021996) ENSSDUG00000021989 BIRC6 (ENSSDUG00000021948) yipf4 (ENSSDUG00000021935) exo1 (ENSSDUG00000021926) ENSSDUG00000021922 ENSSDUG00000021917 ENSSDUG00000021914 PDZD8 (ENSSDUG00000021903) slc18a2 (ENSSDUG00000021891) kcnk18 (ENSSDUG00000021888) vax1 (ENSSDUG00000021885) atp6v1ba (ENSSDUG00000021875) shtn1 (ENSSDUG00000021818) eno4 (ENSSDUG00000021802) ENSSDUG00000021800 #22 ENSSDUG00000021791 hspa12a (ENSSDUG00000021769) ENSSDUG00000021759 PNLIPRP2 (ENSSDUG00000021751) pitx3 (ENSSDUG00000021736) GBF1 (ENSSDUG00000021709) macroh2a2 (ENSSDUG00000021693) ENSSDUG00000021679 ENSSDUG00000021671 ENSSDUG00000021665 ENSSDUG00000021659 vps8 (ENSSDUG00000021424) ENSSDUG00000021386 pcca (ENSSDUG00000021326) tm9sf2 (ENSSDUG00000021270) Acanthomorphata DUPLICATION Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Poecilia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 NAME_6 ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Sailfin molly MODERN SPECIES 1533 rwdd1 (ENSPLAG00000014798) calhm6 (ENSPLAG00000014805) calhm5.1 (ENSPLAG00000014831) cnot10 (ENSPLAG00000014935) TCAIM (ENSPLAG00000014949) ENSPLAG00000014958 ##22 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Nile tilapia MODERN SPECIES 2 ENSONIG00000007984 ENSONIG00000040555 ADGRB1 (ENSONIG00000007968) ENSONIG00000040294 ENSONIG00000033533 ENSONIG00000031830 ENSONIG00000029131 ENSONIG00000032180 ENSONIG00000033041 ENSONIG00000007086 ENSONIG00000031212 ENSONIG00000040201 ENSONIG00000033874 tgfb2 (ENSONIG00000028956) ansn (ENSONIG00000007962) ENSONIG00000028503 ##22 ABHD5 (ENSONIG00000007961) ano10a (ENSONIG00000007959) snrka (ENSONIG00000007956) pomgnt2 (ENSONIG00000020792) GASK1A (ENSONIG00000032544) ENSONIG00000036044 ENSONIG00000040676 ENSONIG00000028784 tgfbr2b (ENSONIG00000013839) ENSONIG00000013836 ENSONIG00000013824 GADL1 (ENSONIG00000013817) stt3b (ENSONIG00000013814) zgc:77056 (ENSONIG00000013813) tmem42a (ENSONIG00000030250) Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Perciformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.a ##22 Pike perch DUPLICATION Pike perch MODERN SPECIES 117 ENSSLUG00000005389 ENSSLUG00000006403 ENSSLUG00000006406 ##22 ENSSLUG00000006411 ENSSLUG00000006414 ENSSLUG00000006418 ##22 rwdd (ENSSLUG00000006424) ENSSLUG00000006430 ing2 (ENSSLUG00000006438) ENSSLUG00000006450 ENSSLUG00000006455 slx1b (ENSSLUG00000006460) zgc:112271 (ENSSLUG00000006463) ENSSLUG00000006469 pygmb (ENSSLUG00000006537) sf1 (ENSSLUG00000006826) rbm4.1 (ENSSLUG00000006909) rbm4.2 (ENSSLUG00000006915) Pike perch MODERN SPECIES 8 ENSSLUG00000000789 ENSSLUG00000000794 ENSSLUG00000000801 ENSSLUG00000000805 ears2 (ENSSLUG00000000809) ENSSLUG00000000818 ENSSLUG00000000854 cdc37 (ENSSLUG00000000907) ENSSLUG00000000923 ENSSLUG00000000934 AXIN1 (ENSSLUG00000000939) thumpd1 (ENSSLUG00000000944) ENSSLUG00000000946 ENSSLUG00000000950 parn (ENSSLUG00000000962) ENSSLUG00000000980 ##22 ELFN1 (ENSSLUG00000000982) mad1l1 (ENSSLUG00000000988) ENSSLUG00000000998 ttyh3b (ENSSLUG00000001009) ENSSLUG00000001019 ENSSLUG00000001024 rasd3 (ENSSLUG00000001029) PLK1 (ENSSLUG00000001032) rdh8b (ENSSLUG00000001043) col5a3b (ENSSLUG00000001076) olfm2b (ENSSLUG00000001121) ENSSLUG00000001126 ENSSLUG00000001129 TRIP10 (ENSSLUG00000001155) ENSSLUG00000001190 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.b ##22 Cod MODERN SPECIES 17 ENSGMOG00000029101 dzip1 (ENSGMOG00000017199) ENSGMOG00000017247 ENSGMOG00000026603 ENSGMOG00000002030 abcc4 (ENSGMOG00000029209) ENSGMOG00000009773 ENSGMOG00000030719 ENSGMOG00000024450 ENSGMOG00000030864 ENSGMOG00000008707 ENSGMOG00000003595 ENSGMOG00000026278 ENSGMOG00000032613 ENSGMOG00000027507 ENSGMOG00000024247 ##22 ENSGMOG00000026483 ENSGMOG00000029181 ENSGMOG00000030552 ORC4 (ENSGMOG00000010433) ENSGMOG00000031121 KIF5C (ENSGMOG00000010363) ENSGMOG00000030866 ENSGMOG00000010334 ENSGMOG00000023932 fhl2b (ENSGMOG00000000153) dph3 (ENSGMOG00000000148) ENSGMOG00000027660 ENSGMOG00000031654 ENSGMOG00000026324 ENSGMOG00000035616 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.b ##22 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.b ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.b ##22 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.b ##22 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.b ##22 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.b ##22 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.b ##22 Perciformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.b ##22 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B.g.b ##22 Pike perch MODERN SPECIES 117 rtn3 (ENSSLUG00000010162) men1 (ENSSLUG00000010151) map4k2 (ENSSLUG00000007141) rbm4.2 (ENSSLUG00000006915) rbm4.1 (ENSSLUG00000006909) sf1 (ENSSLUG00000006826) pygmb (ENSSLUG00000006537) ENSSLUG00000006469 zgc:112271 (ENSSLUG00000006463) slx1b (ENSSLUG00000006460) ENSSLUG00000006455 ENSSLUG00000006450 ing2 (ENSSLUG00000006438) ENSSLUG00000006430 rwdd (ENSSLUG00000006424) ENSSLUG00000006418 ##22 ENSSLUG00000006414 ENSSLUG00000006411 ENSSLUG00000006406 ##22 ENSSLUG00000006403 ENSSLUG00000005389 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B #22 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B #22 Huchen DUPLICATION Huchen DUPLICATION Huchen MODERN SPECIES 322 ENSHHUG00000045402 ENSHHUG00000045406 ENSHHUG00000045412 AXIN2 (ENSHHUG00000045420) ENSHHUG00000045444 TEX2 (ENSHHUG00000045451) ccdc40 (ENSHHUG00000045477) ENSHHUG00000045482 ENSHHUG00000045491 ENSHHUG00000045494 ENSHHUG00000045519 #22 CBX4 (ENSHHUG00000045521) cbx8b (ENSHHUG00000045522) si:dkey-31g6.6 (ENSHHUG00000045531) dgke (ENSHHUG00000045536) trim25 (ENSHHUG00000045542) ENSHHUG00000045556 ENSHHUG00000045601 ENSHHUG00000045606 TRAPPC5 (ENSHHUG00000045611) mcoln1a (ENSHHUG00000045689) ENSHHUG00000045713 ENSHHUG00000045716 ENSHHUG00000045718 ENSHHUG00000045719 ENSHHUG00000045779 Huchen MODERN SPECIES 1806 jpt1b (ENSHHUG00000011387) sumo2b (ENSHHUG00000010949) NUP85 (ENSHHUG00000010854) GGA3 (ENSHHUG00000010790) mrps7 (ENSHHUG00000010735) ENSHHUG00000010731 MIF4GD (ENSHHUG00000010712) slc25a19 (ENSHHUG00000010705) ENSHHUG00000010694 ENSHHUG00000010688 RPL3L (ENSHHUG00000010642) ndufb10 (ENSHHUG00000010618) rps2 (ENSHHUG00000010561) tbl3 (ENSHHUG00000010497) noxo1a (ENSHHUG00000010487) ENSHHUG00000010483 #22 GID4 (ENSHHUG00000010473) drc3 (ENSHHUG00000010465) Huchen MODERN SPECIES 119 slc35b3 (ENSHHUG00000029797) ENSHHUG00000029785 EEF1E1 (ENSHHUG00000029784) bloc1s5 (ENSHHUG00000029782) txndc5 (ENSHHUG00000029711) bmp6 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ENSSTUG00000001931 dynlrb2 (ENSSTUG00000001919) ENSSTUG00000001913 ENSSTUG00000001910 #22 ENSSTUG00000001904 PSMD7 (ENSSTUG00000001891) hprt1l (ENSSTUG00000001813) ENSSTUG00000001801 ENSSTUG00000001792 nfat5a (ENSSTUG00000001751) ENSSTUG00000001740 ENSSTUG00000001723 wwox (ENSSTUG00000001699) ENSSTUG00000001578 ENSSTUG00000001563 MAF (ENSSTUG00000001559) ENSSTUG00000001555 ENSSTUG00000001552 ENSSTUG00000001536 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B #22 Otophysi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B #22 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B #22 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B #22 Characoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B #22 Red-bellied piranha DUPLICATION Red-bellied piranha MODERN SPECIES 445 PCDH20 (ENSPNAG00000000596) ENSPNAG00000000594 #22 EML6 (ENSPNAG00000008011) SPTBN1 (ENSPNAG00000007975) ENSPNAG00000007929 ACYP2 (ENSPNAG00000007925) foxg1b (ENSPNAG00000007915) sult6b1 (ENSPNAG00000007907) vipb (ENSPNAG00000007899) SLC29A1 (ENSPNAG00000000534) TMEM63B (ENSPNAG00000000525) Red-bellied piranha MODERN SPECIES 2194 ENSPNAG00000016867 #22 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B #22 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B #22 Goldfish MODERN SPECIES 5 ENSCARG00000011017 ENSCARG00000011009 lyar (ENSCARG00000010994) zbtb49 (ENSCARG00000010984) msx1a (ENSCARG00000010978) CYTL1 (ENSCARG00000010974) STK32B (ENSCARG00000010950) nudt6 (ENSCARG00000010944) fgf2 (ENSCARG00000010941) ENSCARG00000010936 ENSCARG00000010920 ube2ka (ENSCARG00000010907) ENSCARG00000010892 tlr1 (ENSCARG00000012148) ints10 (ENSCARG00000011966) ENSCARG00000011934 #22 ENSCARG00000011927 ssrp1a (ENSCARG00000011821) CLCF1 (ENSCARG00000011797) slc43a1a (ENSCARG00000011774) med19a (ENSCARG00000011760) si:dkey-6i22.5 (ENSCARG00000011751) gatad1 (ENSCARG00000011741) ccng1 (ENSCARG00000011734) gabra6a (ENSCARG00000011719) gabrb2a (ENSCARG00000011153) atp7a (ENSCARG00000009632) gdf9 (ENSCARG00000009496) nudt22 (ENSCARG00000009482) ENSCARG00000009467 ENSCARG00000009459 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B #22 Common carp reference MODERN SPECIES 31 zgc:91968 (ENSCCRG00000066561) stard3 (ENSCCRG00000046973) ppp1r1b (ENSCCRG00000038461) CDK12 (ENSCCRG00000021984) ENSCCRG00000055694 ST3GAL1 (ENSCCRG00000077098) ST3GAL1 (ENSCCRG00000060275) ENSCCRG00000014824 ENSCCRG00000068801 KHDRBS3 (ENSCCRG00000039121) FAM135B (ENSCCRG00000032935) ENSCCRG00000075899 ENSCCRG00000070761 kcnk9 (ENSCCRG00000006675) TRAPPC9 (ENSCCRG00000039699) ENSCCRG00000066644 #22 rragcb (ENSCCRG00000024063) fhl3b (ENSCCRG00000047959) meaf6 (ENSCCRG00000031916) stpg1 (ENSCCRG00000031912) map7d1b (ENSCCRG00000045480) thrap3b (ENSCCRG00000039036) oscp1a (ENSCCRG00000000431) ENSCCRG00000000453 zc3h12ab (ENSCCRG00000043038) ENSCCRG00000073888 smim13 (ENSCCRG00000039594) nedd9 (ENSCCRG00000043022) TMEM170B (ENSCCRG00000056870) HIVEP1 (ENSCCRG00000064435) edn1 (ENSCCRG00000072509) Golden-line barbel DUPLICATION Golden-line barbel MODERN SPECIES 1294 ENSSGRG00000007958 ENSSGRG00000007956 #22 Golden-line barbel MODERN SPECIES 1854 PEAK1 (ENSSGRG00000036615) prc1a (ENSSGRG00000036617) syt12 (ENSSGRG00000036716) cat (ENSSGRG00000036718) ENSSGRG00000037081 ptdss2 (ENSSGRG00000037082) FCSK (ENSSGRG00000037085) ENSSGRG00000037086 ENSSGRG00000037087 ENSSGRG00000037088 #22 ENSSGRG00000037089 Reedfish DUPLICATION Reedfish MODERN SPECIES ENSECRG00000000537 ENSECRG00000000526 ENSECRG00000000509 ENSECRG00000000499 ENSECRG00000000494 ENSECRG00000000488 ENSECRG00000000476 ENSECRG00000000470 ENSECRG00000000463 ENSECRG00000000456 ENSECRG00000000451 ENSECRG00000000444 ENSECRG00000000438 ENSECRG00000000427 ENSECRG00000000422 ENSECRG00000000417 #22 ENSECRG00000000413 ENSECRG00000000406 ENSECRG00000002855 ENSECRG00000002849 ENSECRG00000002840 ENSECRG00000002833 ENSECRG00000002827 ENSECRG00000002823 ENSECRG00000002815 ENSECRG00000002809 ENSECRG00000002801 ENSECRG00000002783 ENSECRG00000002774 ENSECRG00000002763 ENSECRG00000002756 Reedfish MODERN SPECIES 16 ENSECRG00000007620 ENSECRG00000007652 ENSECRG00000007738 ENSECRG00000007825 ENSECRG00000007905 ENSECRG00000007991 ENSECRG00000008010 ENSECRG00000008031 ENSECRG00000008044 ENSECRG00000008054 ENSECRG00000008068 ENSECRG00000008090 ENSECRG00000008103 sestd1 (ENSECRG00000008136) znf385b (ENSECRG00000008182) ENSECRG00000008197 #22 ENSECRG00000008211 ube2e3 (ENSECRG00000008244) ITGA4 (ENSECRG00000008261) ENSECRG00000008278 ITPRID2 (ENSECRG00000008304) ppp1r1c (ENSECRG00000006752) PDE1A (ENSECRG00000006764) ENSECRG00000006782 dnajc10 (ENSECRG00000006818) FRZB (ENSECRG00000006860) nckap1 (ENSECRG00000006892) dusp19a (ENSECRG00000006923) nup35 (ENSECRG00000006932) ZNF804A (ENSECRG00000006941) zc3h15 (ENSECRG00000006952) Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.B #22 Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth MODERN SPECIES 2459 ENSLACG00000003970 #22 ENSLACG00000006016 ENSLACG00000006918 Coelacanth MODERN SPECIES 1795 ENSLACG00000010407 ENSLACG00000009912 #22 ENSLACG00000008643 ALKBH4 (ENSLACG00000007646) ENSLACG00000006681 lig3 (ENSLACG00000001951) Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth MODERN SPECIES 547 tmem264 (ENSLACG00000005722) ENSLACG00000006367 #22 ENSLACG00000007638 GNMT (ENSLACG00000008668) ENSLACG00000009062 ENSLACG00000009078 ENSLACG00000009776 ENSLACG00000010556 DNPH1 (ENSLACG00000011134) klc4 (ENSLACG00000011258) ENSLACG00000012573 soul4 (ENSLACG00000012585) PTK7 (ENSLACG00000013663) SRF (ENSLACG00000014404) ENSLACG00000014943 MRPL2 (ENSLACG00000015398) ENSLACG00000015674 Coelacanth MODERN SPECIES 785 SLC35F1 (ENSLACG00000003459) CEP85L (ENSLACG00000008954) mcm9 (ENSLACG00000012218) FAM184A (ENSLACG00000013107) ENSLACG00000013855 #22 ENSLACG00000014357 Coelacanth MODERN SPECIES 419 rln3b (ENSLACG00000003121) ILF3 (ENSLACG00000003810) SLC44A2 (ENSLACG00000005761) ENSLACG00000010459 ENSLACG00000010478 #22 ENSLACG00000011962 NANOS3 (ENSLACG00000013286) ENSLACG00000013365 CC2D1A (ENSLACG00000013556) PODNL1 (ENSLACG00000014115) DCAF15 (ENSLACG00000014304) RFX1 (ENSLACG00000022433) ENSLACG00000022668 RAD23A (ENSLACG00000014966) zgc:158403 (ENSLACG00000015276) GADD45GIP1 (ENSLACG00000015380) ENSLACG00000015475 ENSLACG00000016266 NFIX (ENSLACG00000016773) ENSLACG00000017036 Coelacanth DUPLICATION Coelacanth MODERN SPECIES 830 ENSLACG00000002579 RIMS2 (ENSLACG00000008846) ENSLACG00000011382 #22 DCAF13 (ENSLACG00000013358) SLC25A32 (ENSLACG00000013681) CTHRC1 (ENSLACG00000014065) FZD6 (ENSLACG00000014254) Coelacanth MODERN SPECIES 4145 ENSLACG00000000815 #22 Coelacanth MODERN SPECIES 1500 ENSLACG00000011738 ENSLACG00000011444 ENSLACG00000011424 #22 ENSLACG00000010452 ENSLACG00000009144 ENSLACG00000002496 Coelacanth DUPLICATION Coelacanth MODERN SPECIES 2632 ENSLACG00000001658 #22 RSPH3 (ENSLACG00000002811) TAGAP (ENSLACG00000005602) Coelacanth MODERN SPECIES 1921 ENSLACG00000004681 #22 ENSLACG00000004837 ENSLACG00000007849 Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth MODERN SPECIES 3071 ENSLACG00000005942 #22 Coelacanth MODERN SPECIES 650 ENSLACG00000005993 ENSLACG00000007079 ENSLACG00000010026 #22 ENSLACG00000011211 STX11 (ENSLACG00000014184) ENSLACG00000014342 TCP1 (ENSLACG00000014807) ACAT2 (ENSLACG00000014979) ENSLACG00000015202 WTAP (ENSLACG00000015331) SOD2 (ENSLACG00000015527) Coelacanth MODERN SPECIES 1136 ENSLACG00000009787 #22 GUF1 (ENSLACG00000007692) GNPDA2 (ENSLACG00000007276) ENSLACG00000006802 kctd8 (ENSLACG00000006050) ENSLACG00000005368 ENSLACG00000001776 Coelacanth MODERN SPECIES 3209 ENSLACG00000005475 #22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C ##22 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C ##22 Clupeocephala DUPLICATION Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Protacanthopterygii DUPLICATION Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a.a ##22 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a.a ##22 Huchen MODERN SPECIES 2095 fam83d (ENSHHUG00000019163) MAFB (ENSHHUG00000019154) ENSHHUG00000019149 ENSHHUG00000019136 adnpa (ENSHHUG00000019123) BCL2L1 (ENSHHUG00000019112) gata1a (ENSHHUG00000019104) HCFC1 (ENSHHUG00000019091) ENSHHUG00000019084 ENSHHUG00000018987 tfe3b (ENSHHUG00000018985) cxxc1b (ENSHHUG00000018861) mbd1b (ENSHHUG00000018835) ccdc120b (ENSHHUG00000018833) ENSHHUG00000018832 ##22 SRPK3 (ENSHHUG00000018790) comtb (ENSHHUG00000018775) grm6b (ENSHHUG00000018125) traip (ENSHHUG00000018113) mon1a (ENSHHUG00000018109) ENSHHUG00000018068 Northern pike MODERN SPECIES 9 ENSELUG00000009276 ##22 nfatc1 (ENSELUG00000010995) ENSELUG00000030121 slc52a2 (ENSELUG00000018594) ENSELUG00000018587 ENSELUG00000018576 ENSELUG00000032688 pleca (ENSELUG00000018494) TMEM74 (ENSELUG00000010832) ENSELUG00000010814 trhrb (ENSELUG00000010802) nudcd1 (ENSELUG00000010779) eny2 (ENSELUG00000010747) gdf6b (ENSELUG00000010711) lrp12 (ENSELUG00000010699) ENSELUG00000031189 ##22 DPY19L4 (ENSELUG00000008483) ENSELUG00000034134 ENSELUG00000008394 ENSELUG00000008373 ints8 (ENSELUG00000008666) ENSELUG00000025297 ENSELUG00000008533 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a.b ##22 Northern pike MODERN SPECIES 9 ENSELUG00000031189 ##22 lrp12 (ENSELUG00000010699) gdf6b (ENSELUG00000010711) eny2 (ENSELUG00000010747) nudcd1 (ENSELUG00000010779) trhrb (ENSELUG00000010802) ENSELUG00000010814 TMEM74 (ENSELUG00000010832) pleca (ENSELUG00000018494) ENSELUG00000032688 ENSELUG00000018576 ENSELUG00000018587 slc52a2 (ENSELUG00000018594) ENSELUG00000030121 nfatc1 (ENSELUG00000010995) ENSELUG00000009276 ##22 ENSELUG00000009297 atp9b (ENSELUG00000009471) sall3b (ENSELUG00000009541) ENSELUG00000022133 si:dkey-211g8.7 (ENSELUG00000022113) si:dkey-211g8.6 (ENSELUG00000026170) usf2 (ENSELUG00000031688) LMNA (ENSELUG00000022009) ENSELUG00000028642 naxe (ENSELUG00000022569) scn1bb (ENSELUG00000022489) ENSELUG00000001349 ENSELUG00000033772 ENSELUG00000031183 tekt2 (ENSELUG00000001777) Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Perciformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Lumpfish MODERN SPECIES 18 dusp22a (ENSCLMG00005000939) irf8 (ENSCLMG00005000936) foxf1 (ENSCLMG00005000934) mthfsd (ENSCLMG00005000933) DBNDD1 (ENSCLMG00005000931) ENSCLMG00005000268 def8 (ENSCLMG00005000142) mc1r (ENSCLMG00005000107) tcf25 (ENSCLMG00005000073) tcf25 (ENSCLMG00005000046) cyba (ENSCLMG00005000039) mvda (ENSCLMG00005000036) pdcd5 (ENSCLMG00005000026) uraha (ENSCLMG00005000019) ENSCLMG00005000016 ENSCLMG00005000013 ##22 ENSCLMG00005000003 ENSCLMG00005022727 ENSCLMG00005022726 kif7 (ENSCLMG00005022711) rhcga (ENSCLMG00005022707) fes (ENSCLMG00005022697) furina (ENSCLMG00005022490) ENSCLMG00005022483 GAS8 (ENSCLMG00005022479) ENSCLMG00005022476 si:ch211-122f10.4 (ENSCLMG00005022475) slc38a7 (ENSCLMG00005022474) ENSCLMG00005022473 got2b (ENSCLMG00005022384) calb2b (ENSCLMG00005022372) Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 European seabass MODERN SPECIES 22 ENSDLAG00005032569 ENSDLAG00005029654 ENSDLAG00005034736 ENSDLAG00005005275 ENSDLAG00005032947 ENSDLAG00005021364 ##22 ENSDLAG00005033542 ENSDLAG00005002519 ENSDLAG00005026777 ENSDLAG00005033173 ENSDLAG00005002312 ENSDLAG00005027345 ENSDLAG00005004621 ENSDLAG00005030318 ENSDLAG00005027360 ENSDLAG00005020131 ENSDLAG00005003380 ENSDLAG00005013847 ENSDLAG00005028554 ENSDLAG00005027948 ENSDLAG00005034206 Gilthead seabream MODERN SPECIES 3 ENSSAUG00010002060 ENSSAUG00010002050 nrg1 (ENSSAUG00010002033) slc38a9 (ENSSAUG00010001400) ENSSAUG00010001322 PURG (ENSSAUG00010001307) ENSSAUG00010025164 tpm2 (ENSSAUG00010025085) tln1 (ENSSAUG00010023766) hmgcs1 (ENSSAUG00010023691) chd1 (ENSSAUG00010023512) syk (ENSSAUG00010023490) reep5 (ENSSAUG00010023486) auh (ENSSAUG00010023485) nfil3 (ENSSAUG00010023484) ENSSAUG00010023483 ##22 ENSSAUG00010023481 ROR2 (ENSSAUG00010023480) sptlc1 (ENSSAUG00010023466) Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Orange clownfish MODERN SPECIES 10 ENSAPEG00000016279 ENSAPEG00000016353 ENSAPEG00000016385 ENSAPEG00000016408 ENSAPEG00000016428 ENSAPEG00000016506 ENSAPEG00000016542 bsk146 (ENSAPEG00000016664) ENSAPEG00000016716 ENSAPEG00000016735 dhrs7cb (ENSAPEG00000016878) hs3st3l (ENSAPEG00000016913) ENSAPEG00000016942 ENSAPEG00000016966 ENSAPEG00000016974 ENSAPEG00000016981 ##22 ENSAPEG00000017003 ENSAPEG00000017016 PTS (ENSAPEG00000017053) ENSAPEG00000017065 ENSAPEG00000017123 ENSAPEG00000017173 RSPH1 (ENSAPEG00000017287) adprm (ENSAPEG00000017345) map2k4b (ENSAPEG00000017373) MYOCD (ENSAPEG00000017512) ENSAPEG00000017584 SHISA6 (ENSAPEG00000017831) TMEM238L (ENSAPEG00000017853) ENSAPEG00000017861 foxk2a (ENSAPEG00000017882) Cichlidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 P. nyererei MODERN SPECIES 1103 ENSPNYG00000002207 ##22 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Eastern happy MODERN SPECIES 21 ENSACLG00000004415 ENSACLG00000004148 KCNH2 (ENSACLG00000004021) ENSACLG00000003891 ENSACLG00000003332 ENSACLG00000003310 ENSACLG00000003289 ENSACLG00000003277 ENSACLG00000003250 ENSACLG00000003229 ENSACLG00000003219 ENSACLG00000003181 plppr5b (ENSACLG00000003142) ENSACLG00000003130 snx7 (ENSACLG00000003121) ENSACLG00000003105 ##22 ENSACLG00000003095 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Oryzias ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 20 ENSORLG00000027452 ENSORLG00000025467 ENSORLG00000023418 OSBPL5 (ENSORLG00000015578) ENSORLG00000026646 phlda2 (ENSORLG00000018983) nap1l4b (ENSORLG00000018973) ENSORLG00000022094 th (ENSORLG00000018964) igf2b (ENSORLG00000026863) ENSORLG00000029075 ENSORLG00000028415 ENSORLG00000024914 ENSORLG00000024400 ENSORLG00000022958 ENSORLG00000028425 ##22 mrpl23 (ENSORLG00000025383) ENSORLG00000029604 CPT1A (ENSORLG00000030183) ENSORLG00000023820 ENSORLG00000026474 spty2d1 (ENSORLG00000028319) tmem86a (ENSORLG00000018399) ENSORLG00000026399 B4GALNT4 (ENSORLG00000029452) ENSORLG00000027403 ldha (ENSORLG00000003767) tsg101a (ENSORLG00000030185) zgc:123278 (ENSORLG00000023170) hrasb (ENSORLG00000018912) ENSORLG00000024757 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 170 ENSKMAG00000015264 gps1 (ENSKMAG00000015409) slc5a9 (ENSKMAG00000015453) ENSKMAG00000015478 ENSKMAG00000015486 ENSKMAG00000015493 ube2z (ENSKMAG00000015515) kcnc3a (ENSKMAG00000015557) aoc2 (ENSKMAG00000015623) pyya (ENSKMAG00000015638) mpp2a (ENSKMAG00000015668) yipf2 (ENSKMAG00000015752) timm29 (ENSKMAG00000015770) ENSKMAG00000015784 rpl23 (ENSKMAG00000015811) ENSKMAG00000015870 ##22 ENSKMAG00000015896 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Poecilia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 NAME_6 ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.a ##22 Amazon molly MODERN SPECIES 240 ENSPFOG00000023846 ##22 Platyfish MODERN SPECIES 16 PRKX (ENSXMAG00000018900) MXRA5 (ENSXMAG00000003206) gyg2 (ENSXMAG00000018872) cd99 (ENSXMAG00000018870) dhrsx (ENSXMAG00000025222) sowahcb (ENSXMAG00000018855) cep70 (ENSXMAG00000018852) adarb1a (ENSXMAG00000018829) slx9 (ENSXMAG00000023964) ENSXMAG00000018801 ENSXMAG00000004373 ENSXMAG00000028175 runx1 (ENSXMAG00000004396) DONSON (ENSXMAG00000004408) gtf3c3 (ENSXMAG00000004413) ENSXMAG00000021098 ##22 HECW2 (ENSXMAG00000015751) Clupeocephala DUPLICATION Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Gilthead seabream MODERN SPECIES 6 ENSSAUG00010017225 ENSSAUG00010017221 ENSSAUG00010017216 khdrbs2 (ENSSAUG00010017215) prim2 (ENSSAUG00010017213) rab23 (ENSSAUG00010017209) bag2 (ENSSAUG00010017208) ENSSAUG00010017205 DST (ENSSAUG00010013274) ENSSAUG00010013238 ENSSAUG00010013237 bmp5 (ENSSAUG00010013229) hmgcll1 (ENSSAUG00010013204) hcrtr2 (ENSSAUG00010013201) FAM83B (ENSSAUG00010026012) ENSSAUG00010026010 ##22 ENSSAUG00010026007 lrrc1 (ENSSAUG00010026003) ENSSAUG00010026000 klhl31 (ENSSAUG00010025998) gclc (ENSSAUG00010025986) elovl5 (ENSSAUG00010025976) fbxo9 (ENSSAUG00010025973) CILK1 (ENSSAUG00010025969) ENSSAUG00010025967 GST3 (ENSSAUG00010025964) tmem14a (ENSSAUG00010025963) agpat5 (ENSSAUG00010025962) angpt2a (ENSSAUG00010025960) mcph1 (ENSSAUG00010025958) npy4r (ENSSAUG00010025954) Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Poecilia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 NAME_6 ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Sailfin molly MODERN SPECIES 3591 lancl2 (ENSPLAG00000019973) ENSPLAG00000019722 ##22 Platyfish MODERN SPECIES 14 dntt (ENSXMAG00000007601) blnk (ENSXMAG00000025725) CCNJ (ENSXMAG00000007625) ENSXMAG00000025492 cpeb3 (ENSXMAG00000007652) marchf5 (ENSXMAG00000007675) ENSXMAG00000009019 ENSXMAG00000009048 EML4 (ENSXMAG00000009050) tspan14 (ENSXMAG00000009071) ENSXMAG00000009082 apmap (ENSXMAG00000009084) dnph1 (ENSXMAG00000025860) ENSXMAG00000028806 yipf3 (ENSXMAG00000022186) ENSXMAG00000023212 ##22 ncoa4 (ENSXMAG00000002456) ENSXMAG00000024034 ENSXMAG00000025345 ENSXMAG00000027850 ENSXMAG00000028741 ENSXMAG00000028431 prkn (ENSXMAG00000003878) ENSXMAG00000021413 UBR2 (ENSXMAG00000016386) ENSXMAG00000029313 prph2b (ENSXMAG00000016497) ENSXMAG00000023176 ENSXMAG00000022911 ENSXMAG00000025290 ENSXMAG00000027816 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 360 adrm1 (ENSKMAG00000005674) lama5 (ENSKMAG00000005703) ENSKMAG00000005790 ##22 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Orange clownfish MODERN SPECIES 3 arl5a (ENSAPEG00000000995) CACNB4 (ENSAPEG00000000953) stam2 (ENSAPEG00000000880) hacd2 (ENSAPEG00000000828) adcy5 (ENSAPEG00000000760) sec22a (ENSAPEG00000000731) ENSAPEG00000000718 pdia5 (ENSAPEG00000000645) ENSAPEG00000000506 SEMA5B (ENSAPEG00000000420) ENSAPEG00000000394 slc49a4 (ENSAPEG00000000305) hspbap1 (ENSAPEG00000024246) slc15a2 (ENSAPEG00000024226) ENSAPEG00000024196 ENSAPEG00000024178 ##22 cyp27a3 (ENSAPEG00000024170) ENSAPEG00000024165 ENSAPEG00000024163 ENSAPEG00000024150 slc37a1 (ENSAPEG00000024132) ENSAPEG00000024123 PDE9A (ENSAPEG00000024113) wdr4 (ENSAPEG00000024095) ENSAPEG00000024085 ENSAPEG00000024072 pknox1.1 (ENSAPEG00000024056) ENSAPEG00000024045 TMPRSS3 (ENSAPEG00000024022) CRYGS (ENSAPEG00000024003) lcmt2 (ENSAPEG00000023989) Clown anemonefish MODERN SPECIES 343 arnt (ENSAOCG00000022040) ENSAOCG00000022022 ##22 Spiny chromis MODERN SPECIES 1746 KCNG3 (ENSAPOG00000014478) ENSAPOG00000014593 tspan14 (ENSAPOG00000014611) EML4 (ENSAPOG00000014726) ENSAPOG00000014757 ENSAPOG00000014761 ##22 ENSAPOG00000014784 ENSAPOG00000015282 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.a ##22 Zebra mbuna DUPLICATION Zebra mbuna MODERN SPECIES 1096 ENSMZEG00005019087 ENSMZEG00005019096 zgc:113279 (ENSMZEG00005019104) ENSMZEG00005019113 ENSMZEG00005019120 ENSMZEG00005019251 zbtb44 (ENSMZEG00005019257) ADAMTS8 (ENSMZEG00005019263) ENSMZEG00005019268 SNX19 (ENSMZEG00005019272) ENSMZEG00005019276 timm8b (ENSMZEG00005019279) sdhdb (ENSMZEG00005019280) bco2b (ENSMZEG00005019288) bco2b (ENSMZEG00005019291) ENSMZEG00005019298 ##22 ENSMZEG00005019319 SORL1 (ENSMZEG00005019324) CLCN2 (ENSMZEG00005019339) ENSMZEG00005019358 usf1l (ENSMZEG00005019373) gkup (ENSMZEG00005019374) ubash3bb (ENSMZEG00005019387) hmbsa (ENSMZEG00005019394) ARCN1 (ENSMZEG00005019403) ENSMZEG00005019415 ENSMZEG00005019418 tnfaip1 (ENSMZEG00005019421) ift20 (ENSMZEG00005019427) lyrm9 (ENSMZEG00005019434) abcg4b (ENSMZEG00005019441) Zebra mbuna MODERN SPECIES 1098 ENSMZEG00005018943 ENSMZEG00005018946 TBC1D8 (ENSMZEG00005018948) PDCL3 (ENSMZEG00005018953) ENSMZEG00005018959 LONRF2 (ENSMZEG00005018961) ENSMZEG00005018991 ENSMZEG00005019077 ENSMZEG00005019100 ENSMZEG00005019115 ENSMZEG00005019130 ENSMZEG00005019137 ENSMZEG00005019148 ENSMZEG00005019155 ENSMZEG00005019166 ENSMZEG00005019175 ##22 ENSMZEG00005019178 ENSMZEG00005019186 ENSMZEG00005019198 ZMYM2 (ENSMZEG00005019215) gja3 (ENSMZEG00005019238) gjb8 (ENSMZEG00005019239) gdap2 (ENSMZEG00005019243) wdr3 (ENSMZEG00005019253) ENSMZEG00005019265 tbx15 (ENSMZEG00005019267) wars2 (ENSMZEG00005019270) hao2 (ENSMZEG00005019275) ENSMZEG00005019281 hsd3b2 (ENSMZEG00005019286) pla1a (ENSMZEG00005019289) Eastern happy MODERN SPECIES 11 ENSACLG00000013472 LIMCH1 (ENSACLG00000013368) phox2bb (ENSACLG00000013362) tmem33 (ENSACLG00000013064) bbs7 (ENSACLG00000013055) ccna2 (ENSACLG00000013032) anxa5a (ENSACLG00000013020) FGFBP1 (ENSACLG00000013018) fgfbp2a (ENSACLG00000013013) prom1a (ENSACLG00000012734) TAPT1 (ENSACLG00000012655) ldb2a (ENSACLG00000012598) qdpra (ENSACLG00000012578) fstl5 (ENSACLG00000012483) ENSACLG00000012369 ENSACLG00000012354 ##22 RAPGEF2 (ENSACLG00000011994) ENSACLG00000011944 ppid (ENSACLG00000011877) etfdh (ENSACLG00000011803) rxfp1 (ENSACLG00000011704) ENSACLG00000011533 ENSACLG00000011531 tmem144b (ENSACLG00000011517) GASK1B (ENSACLG00000011514) gria2b (ENSACLG00000011481) glrbb (ENSACLG00000011452) PDGFC (ENSACLG00000011276) neil3 (ENSACLG00000011270) aga (ENSACLG00000011247) TENM3 (ENSACLG00000010776) Midas cichlid MODERN SPECIES 344 bckdk (ENSACIG00000012217) orai2 (ENSACIG00000012245) USP28 (ENSACIG00000012269) ENSACIG00000012428 HTR3A (ENSACIG00000012447) zbtb16a (ENSACIG00000012478) ncam1a (ENSACIG00000012493) ENSACIG00000012525 cadm1a (ENSACIG00000012546) sc5d (ENSACIG00000012680) plekhb1 (ENSACIG00000012697) ENSACIG00000012713 TECTA (ENSACIG00000012735) ENSACIG00000012788 ENSACIG00000012816 ENSACIG00000012844 ##22 ENSACIG00000012851 CRK (ENSACIG00000012862) ywhae2 (ENSACIG00000012875) gria4b (ENSACIG00000012893) elmod1 (ENSACIG00000012935) slc35f2 (ENSACIG00000012974) CUL5 (ENSACIG00000013036) CAPN5 (ENSACIG00000013078) ompb (ENSACIG00000013111) MYO7A (ENSACIG00000013121) ENSACIG00000013215 AQP11 (ENSACIG00000013247) ENSACIG00000013262 FCHSD2 (ENSACIG00000013308) ENSACIG00000013347 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 334 ENSGT00940000171721.a.b ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 269 ENSGT00940000171721.a.b ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 227 ENSGT00940000171721.a.b ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 228 ENSGT00940000171721.a.b ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Ballan wrasse DUPLICATION Ballan wrasse MODERN SPECIES 4427 ENSLBEG00000028657 ENSLBEG00000028658 ##22 Ballan wrasse MODERN SPECIES 226 myo6a (ENSLBEG00000004538) ENSLBEG00000003895 ENSLBEG00000003809 ENSLBEG00000003792 zgc:113279 (ENSLBEG00000003773) ENSLBEG00000003752 ##22 ENSLBEG00000003728 ENSLBEG00000003701 zbtb44 (ENSLBEG00000003673) ADAMTS8 (ENSLBEG00000003641) ENSLBEG00000003586 SNX19 (ENSLBEG00000003418) ENSLBEG00000003365 timm8b (ENSLBEG00000003344) sdhdb (ENSLBEG00000003328) ENSLBEG00000003309 bco2b (ENSLBEG00000003286) ENSLBEG00000003268 SORL1 (ENSLBEG00000003125) ENSLBEG00000003002 ENSLBEG00000002986 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Gilthead seabream MODERN SPECIES 3 syk (ENSSAUG00010023490) chd1 (ENSSAUG00010023512) hmgcs1 (ENSSAUG00010023691) tln1 (ENSSAUG00010023766) tpm2 (ENSSAUG00010025085) ENSSAUG00010025164 PURG (ENSSAUG00010001307) ENSSAUG00010001322 slc38a9 (ENSSAUG00010001400) nrg1 (ENSSAUG00010002033) ENSSAUG00010002050 ENSSAUG00010002060 ENSSAUG00010002062 dcc (ENSSAUG00010002359) ENSSAUG00010009858 ENSSAUG00010009860 ##22 ENSSAUG00010009861 ENSSAUG00010009865 LGALS1 (ENSSAUG00010009869) ENSSAUG00010009876 mbd2 (ENSSAUG00010009881) ENSSAUG00010009882 ENSSAUG00010009885 wdr91 (ENSSAUG00010009889) THAP1 (ENSSAUG00010009899) ENSSAUG00010009901 ENSSAUG00010009904 ENSSAUG00010009907 ENSSAUG00010009908 crata (ENSSAUG00010009922) ptpa (ENSSAUG00010010601) Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Carangaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Turbot MODERN SPECIES 2 ENSSMAG00000001539 ENSSMAG00000031967 ENSSMAG00000001559 ENSSMAG00000027454 ENSSMAG00000034918 ENSSMAG00000001600 ENSSMAG00000001919 ENSSMAG00000023533 ENSSMAG00000022970 ENSSMAG00000030462 ENSSMAG00000032581 ENSSMAG00000011834 ENSSMAG00000001959 ENSSMAG00000031949 ENSSMAG00000001997 ENSSMAG00000002008 ##22 ENSSMAG00000002035 ENSSMAG00000035530 ENSSMAG00000003904 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Seriola ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Greater amberjack MODERN SPECIES 1 ENSSDUG00000013852 tpcn2 (ENSSDUG00000013829) nadsyn1 (ENSSDUG00000013776) ENSSDUG00000013762 ##22 ENSSDUG00000013752 DOK4 (ENSSDUG00000013737) ENSSDUG00000013727 ENSSDUG00000013719 ccdc102a (ENSSDUG00000013690) txlng (ENSSDUG00000013678) ENSSDUG00000013675 ENSSDUG00000013639 HDGFL3 (ENSSDUG00000013618) BNC1 (ENSSDUG00000013604) ENSSDUG00000013594 sh3gl3a (ENSSDUG00000013579) gjd6 (ENSSDUG00000013565) ENSSDUG00000013555 lmnl3 (ENSSDUG00000013510) Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3281 vps37c (ENSSLDG00000020674) ENSSLDG00000020650 ENSSLDG00000020624 ENSSLDG00000020599 ENSSLDG00000020583 stx3a (ENSSLDG00000020558) ENSSLDG00000020487 kdm2aa (ENSSLDG00000020386) spcs3 (ENSSLDG00000020360) ENSSLDG00000020306 galnt7 (ENSSLDG00000020277) saraf (ENSSLDG00000020266) TMEM187 (ENSSLDG00000020258) ENSSLDG00000020239 ndufs8a (ENSSLDG00000020198) ENSSLDG00000020175 ##22 ENSSLDG00000020160 p2rx3b (ENSSLDG00000020142) ENSSLDG00000020133 ENSSLDG00000020100 slc43a1b (ENSSLDG00000020034) zdhhc5a (ENSSLDG00000020012) tmx2b (ENSSLDG00000019982) ENSSLDG00000019956 TESK1 (ENSSLDG00000019934) ADISSP (ENSSLDG00000019910) ENSSLDG00000019870 ENSSLDG00000019793 ENSSLDG00000019775 ENSSLDG00000019761 vegfc (ENSSLDG00000019755) Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 317 ENSGT00940000171721.a.b ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 305 ENSGT00940000171721.a.b ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Bicolor damselfish MODERN SPECIES 971 ENSSPAG00000021678 ENSSPAG00000021686 ##22 HACE1 (ENSSPAG00000021697) bves (ENSSPAG00000021736) ENSSPAG00000021749 popdc3 (ENSSPAG00000021754) ENSSPAG00000021762 preb (ENSSPAG00000021766) Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Spiny chromis DUPLICATION Spiny chromis MODERN SPECIES 1273 ENSAPOG00000012304 ENSAPOG00000000333 tpx2 (ENSAPOG00000012368) ENSAPOG00000012390 tpk2 (ENSAPOG00000012404) pdyn (ENSAPOG00000012411) GMEB2 (ENSAPOG00000012435) ENSAPOG00000012457 ##22 Spiny chromis MODERN SPECIES 767 ENSAPOG00000016904 ##22 ENSAPOG00000016880 ENSAPOG00000016730 olfml2a (ENSAPOG00000016710) nr6a1a (ENSAPOG00000016708) nr5a1a (ENSAPOG00000016659) ADGRD2 (ENSAPOG00000016631) lhx2b (ENSAPOG00000016623) Amphiprion ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Orange clownfish MODERN SPECIES 4 ENSAPEG00000004579 PCDH1 (ENSAPEG00000004539) ENSAPEG00000004448 ENSAPEG00000004430 ENSAPEG00000004416 ENSAPEG00000004384 tmem216 (ENSAPEG00000004355) tmed9 (ENSAPEG00000004335) b4galt7 (ENSAPEG00000004311) emx3 (ENSAPEG00000004282) ENSAPEG00000004247 ENSAPEG00000004224 LTC4S (ENSAPEG00000004210) MAML1 (ENSAPEG00000004199) canx (ENSAPEG00000004186) ENSAPEG00000004157 ##22 mgat4b (ENSAPEG00000004111) ENSAPEG00000004095 ENSAPEG00000004063 ENSAPEG00000004032 NFKB1 (ENSAPEG00000004000) ENSAPEG00000003941 ENSAPEG00000003875 ENSAPEG00000003849 ENSAPEG00000003827 ENSAPEG00000003791 ENSAPEG00000003779 neurog1 (ENSAPEG00000003773) ENSAPEG00000003740 ldhd (ENSAPEG00000003712) ENSAPEG00000003686 Clown anemonefish MODERN SPECIES 1297 ENSAOCG00000014306 RIMS4 (ENSAOCG00000014293) YWHAB (ENSAOCG00000014269) tomm34 (ENSAOCG00000014247) ENSAOCG00000014232 ##22 ENSAOCG00000014224 ENSAOCG00000014217 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 399 ENSGT00940000171721.a.b ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Nile tilapia MODERN SPECIES 15 ENSONIG00000037202 ENSONIG00000038175 ENSONIG00000037450 ENSONIG00000012459 ENSONIG00000041476 ENSONIG00000034484 ENSONIG00000042702 ENSONIG00000032880 ENSONIG00000033049 ENSONIG00000029338 cbln10 (ENSONIG00000032837) ENSONIG00000009128 ENSONIG00000007449 ENSONIG00000012450 ENSONIG00000032998 ENSONIG00000040383 ##22 ENSONIG00000041743 ENSONIG00000034398 ENSONIG00000032393 ENSONIG00000037604 ENSONIG00000009114 ENSONIG00000037778 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Lyretail cichlid MODERN SPECIES 437 ENSNBRG00000016581 ENSNBRG00000016548 ENSNBRG00000016530 ENSNBRG00000016512 ENSNBRG00000016464 ENSNBRG00000016422 armc8 (ENSNBRG00000016351) dbr1 (ENSNBRG00000016318) rab5b (ENSNBRG00000016303) lcmt2 (ENSNBRG00000016212) CRYGS (ENSNBRG00000016195) tbccd1 (ENSNBRG00000016150) dnajb11 (ENSNBRG00000016112) satb2 (ENSNBRG00000016075) ENSNBRG00000016063 ##22 PLCL1 (ENSNBRG00000016030) ENSNBRG00000016018 rftn2 (ENSNBRG00000015991) mob4 (ENSNBRG00000015960) hspe1 (ENSNBRG00000015941) hspd1 (ENSNBRG00000015906) coq10b (ENSNBRG00000015878) SF3B1 (ENSNBRG00000015816) ANKRD44 (ENSNBRG00000015786) ENSNBRG00000015765 pikfyve (ENSNBRG00000015671) ENSNBRG00000015641 ENSNBRG00000015632 ENSNBRG00000015617 crygm6 (ENSNBRG00000015608) Haplochromini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Haplochromini_B DUPLICATION Haplochromini_B DUPLICATION Haplochromini_B DUPLICATION Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b.e.a.a ##22 Eastern happy MODERN SPECIES 4 abhd12 (ENSACLG00000003503) gins1 (ENSACLG00000003544) ninl (ENSACLG00000003579) AIFM2 (ENSACLG00000003628) entpd6 (ENSACLG00000003640) vsx1 (ENSACLG00000003666) ENSACLG00000003679 acss1 (ENSACLG00000003692) apmap (ENSACLG00000004058) CST7 (ENSACLG00000004075) SYNDIG1 (ENSACLG00000004089) ENSACLG00000004108 ENSACLG00000004118 ENSACLG00000004135 ENSACLG00000004157 ENSACLG00000004195 ##22 ppp2r5d (ENSACLG00000004203) mea1 (ENSACLG00000004254) LRRC73 (ENSACLG00000004272) ENSACLG00000004297 ENSACLG00000004316 ENSACLG00000004450 dnph1 (ENSACLG00000004498) yipf3 (ENSACLG00000004518) ncoa4 (ENSACLG00000004547) ENSACLG00000004598 ENSACLG00000004624 fbxw4 (ENSACLG00000004635) fgf8a (ENSACLG00000004676) ENSACLG00000004709 slc2a15a (ENSACLG00000004729) Zebra mbuna MODERN SPECIES 1091 pex16 (ENSMZEG00005016810) cars1 (ENSMZEG00005016834) ccnb2 (ENSMZEG00005016859) crybgx (ENSMZEG00005016862) lctla (ENSMZEG00005016870) npsn (ENSMZEG00005016894) ENSMZEG00005016898 STARD5 (ENSMZEG00005016903) ENSMZEG00005016917 ENSMZEG00005016921 pole3 (ENSMZEG00005016930) kmt5b (ENSMZEG00005016943) cd82a (ENSMZEG00005016958) HERC1 (ENSMZEG00005016974) ENSMZEG00005017030 ENSMZEG00005017035 ##22 dapk2a (ENSMZEG00005017043) ENSMZEG00005017054 rab11a (ENSMZEG00005017063) ENSMZEG00005017073 ENSMZEG00005017084 dis3l (ENSMZEG00005017095) tipin (ENSMZEG00005017116) ankdd1a (ENSMZEG00005017129) ENSMZEG00005017139 ENSMZEG00005017154 mesd (ENSMZEG00005017158) CEMIP (ENSMZEG00005017171) ENSMZEG00005017192 abhd17c (ENSMZEG00005017197) zgc:153993 (ENSMZEG00005017204) Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b.e.a.b ##22 Zebra mbuna DUPLICATION Zebra mbuna MODERN SPECIES 166 ehd4 (ENSMZEG00005024022) ENSMZEG00005024015 ##22 ENSMZEG00005024003 foxg1a (ENSMZEG00005024002) ENSMZEG00005024000 Zebra mbuna MODERN SPECIES 1100 zgc:56556 (ENSMZEG00005016909) ENSMZEG00005016906 ENSMZEG00005016899 ENSMZEG00005016808 ENSMZEG00005016801 cyp7a1 (ENSMZEG00005016777) ENSMZEG00005016754 ENSMZEG00005016749 ##22 CDH12 (ENSMZEG00005016743) sdr16c5a (ENSMZEG00005016738) penka (ENSMZEG00005016732) ENSMZEG00005015853 ENSMZEG00005015832 ENSMZEG00005015826 ENSMZEG00005015800 exoc3 (ENSMZEG00005015768) ENSMZEG00005015759 ENSMZEG00005015740 ENSMZEG00005015733 ENSMZEG00005015721 xkr4 (ENSMZEG00005015704) tmem68 (ENSMZEG00005015695) ENSMZEG00005015681 Eastern happy MODERN SPECIES si:ch211-260e23.9 (ENSACLG00000000804) zgc:162297 (ENSACLG00000000821) ccne1 (ENSACLG00000000839) ZNF536 (ENSACLG00000000897) ENSACLG00000000933 ENSACLG00000000947 tshz3b (ENSACLG00000000967) slc22a18 (ENSACLG00000001048) NR2E3 (ENSACLG00000001100) ENSACLG00000001162 ENSACLG00000001233 mpped2a (ENSACLG00000001241) zdhhc13 (ENSACLG00000001297) csrp3 (ENSACLG00000001322) e2f8 (ENSACLG00000001352) ENSACLG00000001415 ##22 NAV2 (ENSACLG00000001504) dbx1a (ENSACLG00000001754) htatip2 (ENSACLG00000001778) prmt3 (ENSACLG00000001816) slc6a5 (ENSACLG00000001866) ENSACLG00000001912 NELL1 (ENSACLG00000001948) ENSACLG00000002079 lrp4 (ENSACLG00000002100) ENSACLG00000002364 ENSACLG00000002372 ENSACLG00000002418 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b.e.b ##22 Zebra mbuna MODERN SPECIES 51 ENSMZEG00005021848 ENSMZEG00005021844 vgll2a (ENSMZEG00005021843) ENSMZEG00005021840 ##22 ENSMZEG00005021837 rfx6 (ENSMZEG00005021835) tdrd15 (ENSMZEG00005021834) AFDN (ENSMZEG00005021825) unc93a (ENSMZEG00005021820) ENSMZEG00005021817 ENSMZEG00005021810 ptrhd1 (ENSMZEG00005021808) ENSMZEG00005021805 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b.f ##22 Eastern happy MODERN SPECIES 146 ENSACLG00000026722 ##22 Zebra mbuna MODERN SPECIES 1110 fancf (ENSMZEG00005002170) SLC17A6 (ENSMZEG00005002133) ENSMZEG00005002121 ANO5 (ENSMZEG00005002070) ENSMZEG00005002044 ANO9 (ENSMZEG00005002032) sigirr (ENSMZEG00005002017) pkp3a (ENSMZEG00005002007) cd81b (ENSMZEG00005001999) kcnc1b (ENSMZEG00005001976) SERGEF (ENSMZEG00005001962) tph1a (ENSMZEG00005001939) saal1 (ENSMZEG00005001920) ENSMZEG00005001831 ENSMZEG00005001763 ENSMZEG00005001749 ##22 ENSMZEG00005001662 ENSMZEG00005001611 ENSMZEG00005001577 ENSMZEG00005001538 ENSMZEG00005001526 ENSMZEG00005001521 gtf2h1 (ENSMZEG00005001464) hps5 (ENSMZEG00005001450) ENSMZEG00005001436 ENSMZEG00005001429 RAB3IL1 (ENSMZEG00005001397) BEST1 (ENSMZEG00005001366) fth1b (ENSMZEG00005001357) ENSMZEG00005001338 pgghg (ENSMZEG00005001325) Midas cichlid DUPLICATION Midas cichlid DUPLICATION Midas cichlid MODERN SPECIES 1227 trappc1 (ENSACIG00000021412) psmb6 (ENSACIG00000021396) ENSACIG00000021385 ENSACIG00000021366 ENSACIG00000021357 ##22 Midas cichlid MODERN SPECIES 618 ENSACIG00000019189 ENSACIG00000019184 ##22 ENSACIG00000019176 arnt2 (ENSACIG00000018928) Midas cichlid MODERN SPECIES 1747 ENSACIG00000008906 ##22 Midas cichlid MODERN SPECIES 1597 ENSACIG00000001574 ##22 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Oryzias ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Japanese Medaka HdrR DUPLICATION Japanese Medaka HdrR DUPLICATION Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 13 ENSORLG00000008701 ENSORLG00000022926 ENSORLG00000008693 arhgap15 (ENSORLG00000008667) ENSORLG00000008639 cox17 (ENSORLG00000008633) popdc2 (ENSORLG00000008627) pla1a (ENSORLG00000008609) hsd3b1 (ENSORLG00000008590) ENSORLG00000008567 hao2 (ENSORLG00000008512) wars2 (ENSORLG00000008482) tbx15 (ENSORLG00000008470) ENSORLG00000030593 ENSORLG00000022552 ENSORLG00000029680 ##22 ENSORLG00000029306 ENSORLG00000023748 ENSORLG00000026519 ENSORLG00000008443 ENSORLG00000008440 ENSORLG00000022399 ENSORLG00000027593 ENSORLG00000027632 ENSORLG00000030342 ENSORLG00000025998 ENSORLG00000029067 ENSORLG00000028672 ENSORLG00000024516 ENSORLG00000029228 ENSORLG00000030372 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 21 ENSORLG00000018299 kcnd1 (ENSORLG00000018330) gripap1 (ENSORLG00000018356) ptpn18 (ENSORLG00000018365) plxna3 (ENSORLG00000018412) bcap31 (ENSORLG00000018518) slc6a8 (ENSORLG00000018600) ENSORLG00000028243 slc35a2 (ENSORLG00000018649) ENSORLG00000025465 pim2 (ENSORLG00000030307) otud5a (ENSORLG00000026537) ENSORLG00000022556 stk35 (ENSORLG00000018785) ENSORLG00000022016 ENSORLG00000028189 ##22 pdyn (ENSORLG00000018801) ENSORLG00000023961 tpk2 (ENSORLG00000018825) ENSORLG00000018833 tpx2 (ENSORLG00000018848) plod1a (ENSORLG00000018904) mthfr (ENSORLG00000018951) ENSORLG00000024415 slc2a1a (ENSORLG00000019077) ENSORLG00000019206 ccdc22 (ENSORLG00000019256) tbc1d25 (ENSORLG00000023156) ndufb11 (ENSORLG00000023968) ENSORLG00000028578 ENSORLG00000022657 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 22 ENSORLG00000025927 drg2 (ENSORLG00000013116) gfer (ENSORLG00000013089) syngr3a (ENSORLG00000013084) znf598 (ENSORLG00000013053) slc25a17 (ENSORLG00000013026) rpusd1 (ENSORLG00000013009) arhgdig (ENSORLG00000026526) clcn7 (ENSORLG00000012962) SLC2A6 (ENSORLG00000012895) si:ch211-157c3.4 (ENSORLG00000026107) USP7 (ENSORLG00000012876) ENSORLG00000012830 dctn5 (ENSORLG00000012821) ndufab1b (ENSORLG00000030636) ENSORLG00000026991 ##22 TNRC6A (ENSORLG00000012798) ENSORLG00000022970 ENSORLG00000028464 ENSORLG00000023320 CACNG3 (ENSORLG00000012756) ENSORLG00000026081 PRKCB (ENSORLG00000020889) socs1a (ENSORLG00000030397) CLEC16A (ENSORLG00000020868) dexi (ENSORLG00000030082) ENSORLG00000025046 ENSORLG00000026350 nubp1 (ENSORLG00000020433) emp2 (ENSORLG00000018783) ENSORLG00000020178 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Indian medaka MODERN SPECIES 792 ENSOMEG00000005398 TULP4 (ENSOMEG00000005426) ENSOMEG00000005439 ENSOMEG00000005447 OTOF (ENSOMEG00000005490) MAPRE3 (ENSOMEG00000005548) ENSOMEG00000005573 ENSOMEG00000005627 ENSOMEG00000005660 ENSOMEG00000005688 dtnbb (ENSOMEG00000005713) dkc1 (ENSOMEG00000005786) ENSOMEG00000005806 ENSOMEG00000005826 ENSOMEG00000005839 ENSOMEG00000005845 ##22 Javanese ricefish DUPLICATION Javanese ricefish DUPLICATION Javanese ricefish DUPLICATION Javanese ricefish MODERN SPECIES 8 vmo1a (ENSOJAG00000007205) ENSOJAG00000007297 jund (ENSOJAG00000008059) RAB3A (ENSOJAG00000008082) ENSOJAG00000008132 ifi30 (ENSOJAG00000008397) ENSOJAG00000008935 MED26 (ENSOJAG00000009217) ENSOJAG00000009241 ENSOJAG00000009328 ##22 rps15 (ENSOJAG00000009370) NCSTN (ENSOJAG00000009434) copa (ENSOJAG00000009691) pex19 (ENSOJAG00000009990) MYADM (ENSOJAG00000010010) ENSOJAG00000010031 ltb4r2b (ENSOJAG00000010048) sdr39u1 (ENSOJAG00000011420) ENSOJAG00000011439 parp2 (ENSOJAG00000011518) ENSOJAG00000011842 zgc:66427 (ENSOJAG00000011872) ENSOJAG00000011884 ENSOJAG00000011900 apol1 (ENSOJAG00000011920) Javanese ricefish MODERN SPECIES 9 NRXN2 (ENSOJAG00000002233) ENSOJAG00000002261 ENSOJAG00000002311 MAP3K11 (ENSOJAG00000002323) drap1 (ENSOJAG00000002363) zgc:63470 (ENSOJAG00000002372) rela (ENSOJAG00000002383) ENSOJAG00000002441 SLC29A2 (ENSOJAG00000002534) ENSOJAG00000002560 ENSOJAG00000002571 mtmr1a (ENSOJAG00000002642) ENSOJAG00000003072 ENSOJAG00000003147 ENSOJAG00000003159 ENSOJAG00000003162 ##22 ENSOJAG00000003168 S100P (ENSOJAG00000003182) kiaa0232 (ENSOJAG00000003188) TBC1D14 (ENSOJAG00000003223) 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ENSOJAG00000018495 ENSOJAG00000018477 immt (ENSOJAG00000018422) Javanese ricefish MODERN SPECIES 18 PIK3CA (ENSOJAG00000021116) ENSOJAG00000021109 ENSOJAG00000021105 ENSOJAG00000021089 stxbp3 (ENSOJAG00000020548) FNDC7 (ENSOJAG00000020494) ENSOJAG00000020464 ENSOJAG00000020449 henmt1 (ENSOJAG00000020437) fam102bb (ENSOJAG00000020389) slc25a24 (ENSOJAG00000020182) tmem69 (ENSOJAG00000020157) tm4sf4 (ENSOJAG00000020149) TM4SF1 (ENSOJAG00000020132) cp (ENSOJAG00000017873) ENSOJAG00000017811 ##22 ENSOJAG00000017732 ncbp2 (ENSOJAG00000017672) fkbp2 (ENSOJAG00000017663) ENSOJAG00000017655 MELTF (ENSOJAG00000017343) ENSOJAG00000016528 LRRC7 (ENSOJAG00000016416) nasp (ENSOJAG00000016325) ENSOJAG00000016308 gpc1a (ENSOJAG00000016294) ENSOJAG00000015412 si:ch211-262h13.5 (ENSOJAG00000015325) ENSOJAG00000015151 MCOLN3 (ENSOJAG00000015124) DNAI3 (ENSOJAG00000015112) Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 NAME_4 ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Mummichog MODERN SPECIES 2221 ppil2 (ENSFHEG00000013256) stambpb (ENSFHEG00000013235) slc39a14 (ENSFHEG00000013212) ascc2 (ENSFHEG00000013192) ENSFHEG00000013180 sec14l8 (ENSFHEG00000013170) ENSFHEG00000013139 ENSFHEG00000013066 RUSC2 (ENSFHEG00000013047) ENSFHEG00000013018 ENSFHEG00000013013 ENSFHEG00000012989 ENSFHEG00000012980 ENSFHEG00000012953 tmem175 (ENSFHEG00000012931) ENSFHEG00000012855 ##22 rasgef1ba (ENSFHEG00000012834) prkg2 (ENSFHEG00000012735) bmp3 (ENSFHEG00000012705) cfap299 (ENSFHEG00000012685) fgf5 (ENSFHEG00000012680) prdm8b (ENSFHEG00000012656) antxr2a (ENSFHEG00000012645) paqr3a (ENSFHEG00000012622) bmp2k (ENSFHEG00000012592) anxa3a (ENSFHEG00000012543) fras1 (ENSFHEG00000012531) mrpl1 (ENSFHEG00000012375) cnot6l (ENSFHEG00000012364) ENSFHEG00000012333 ENSFHEG00000000776 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Platyfish MODERN SPECIES 22 fktn (ENSXMAG00000029172) ythdc1 (ENSXMAG00000005196) ENSXMAG00000002756 prpf4 (ENSXMAG00000002750) ENSXMAG00000029466 cdc26 (ENSXMAG00000007664) ENSXMAG00000027130 FER (ENSXMAG00000011620) ENSXMAG00000024320 RNF224 (ENSXMAG00000022194) pisd (ENSXMAG00000026799) ENSXMAG00000024791 ENSXMAG00000025708 prrc1 (ENSXMAG00000029802) ENSXMAG00000022425 ENSXMAG00000029870 ##22 ENSXMAG00000026230 megf10 (ENSXMAG00000016065) ENSXMAG00000029187 lmnb1 (ENSXMAG00000016072) sptlc1 (ENSXMAG00000016125) nfil3 (ENSXMAG00000019943) auh (ENSXMAG00000016130) ENSXMAG00000023529 syk (ENSXMAG00000027600) chd1 (ENSXMAG00000014538) ENSXMAG00000026524 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Turquoise killifish DUPLICATION Turquoise killifish MODERN SPECIES 1618 amy2al2 (ENSNFUG00015019943) VAV3B (ENSNFUG00015019982) ENSNFUG00015019986 ENSNFUG00015019988 vav3b (ENSNFUG00015020007) DCAF8 (ENSNFUG00015020237) ndc1 (ENSNFUG00015020526) zgc:113691 (ENSNFUG00015020535) yipf1 (ENSNFUG00015020538) LRRC42 (ENSNFUG00015020607) tmem59 (ENSNFUG00015020609) tceanc2 (ENSNFUG00015020622) CDCP2 (ENSNFUG00015020625) ENSNFUG00015020626 ENSNFUG00015020627 ENSNFUG00015020629 ##22 ENSNFUG00015020630 ptprfb (ENSNFUG00015020795) ENSNFUG00015024653 ENSNFUG00015024655 RANBP3 (ENSNFUG00015024656) ENSNFUG00015024663 ENSNFUG00015024665 pnhd (ENSNFUG00015024690) admp (ENSNFUG00015024691) CIB3 (ENSNFUG00015024692) ENSNFUG00015024696 sppl2 (ENSNFUG00015024709) ARHGEF18A (ENSNFUG00015024732) insra (ENSNFUG00015024774) trpm5 (ENSNFUG00015024937) Turquoise killifish MODERN SPECIES 1622 ENSNFUG00015014167 DUS2L (ENSNFUG00015014263) CDKN1C (ENSNFUG00015014777) PTDSS2 (ENSNFUG00015014799) ENSNFUG00015014994 TMEM168B (ENSNFUG00015015002) C25H7ORF60 (ENSNFUG00015015009) ENSNFUG00015015038 ENSNFUG00015015049 ENSNFUG00015015085 ENSNFUG00015015109 swap70b (ENSNFUG00015015139) wee1 (ENSNFUG00015015377) ZNF143B (ENSNFUG00015015636) ENSNFUG00015015672 ENSNFUG00015015676 ##22 ENSNFUG00015015690 RPL27A (ENSNFUG00015015712) ENSNFUG00015013801 ENSNFUG00015013811 SLC6A13 (ENSNFUG00015014004) AKR1D1 (ENSNFUG00015019732) WNT7BB (ENSNFUG00015019997) pparab (ENSNFUG00015020040) YARS2 (ENSNFUG00015020068) CDKN1B (ENSNFUG00015020077) ENSNFUG00015020093 ENSNFUG00015020106 ENSNFUG00015020118 mrps35 (ENSNFUG00015020124) ENSNFUG00015020133 Mangrove rivulus DUPLICATION Mangrove rivulus MODERN SPECIES 28 slc35c1 (ENSKMAG00000003507) slc1a2a (ENSKMAG00000003466) apip (ENSKMAG00000003435) LRRC4C (ENSKMAG00000003421) ENSKMAG00000003407 hsd17b12b (ENSKMAG00000003337) ttc17 (ENSKMAG00000003201) traf6 (ENSKMAG00000003166) trpm5 (ENSKMAG00000003109) ENSKMAG00000003094 kcnq1.1 (ENSKMAG00000003034) ENSKMAG00000003018 ENSKMAG00000002993 ENSKMAG00000002982 lingo1b (ENSKMAG00000002973) ENSKMAG00000002957 ##22 luzp2 (ENSKMAG00000002863) ENSKMAG00000002846 bbox1 (ENSKMAG00000002813) MADD (ENSKMAG00000002728) nr1h3 (ENSKMAG00000002680) arl14ep (ENSKMAG00000002666) ENSKMAG00000002597 KCNA4 (ENSKMAG00000002584) cd151l (ENSKMAG00000002541) TMEM138 (ENSKMAG00000002513) ENSKMAG00000002425 ddb1 (ENSKMAG00000002315) tspan4a (ENSKMAG00000002302) taldo1 (ENSKMAG00000002254) ENSKMAG00000002138 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 45 ENSKMAG00000000764 ENSKMAG00000000758 tmem17 (ENSKMAG00000000742) agbl2 (ENSKMAG00000000693) fnbp4 (ENSKMAG00000000682) lrrc10 (ENSKMAG00000000669) bscl2 (ENSKMAG00000000657) cnot2 (ENSKMAG00000000577) WASHC4 (ENSKMAG00000000399) ENSKMAG00000000222 etfbkmt (ENSKMAG00000000165) si:ch73-62b13.1 (ENSKMAG00000022124) mterf2 (ENSKMAG00000022121) zgc:153031 (ENSKMAG00000022120) cry1 (ENSKMAG00000022117) ENSKMAG00000022114 ##22 ABTB3 (ENSKMAG00000022111) mlc1 (ENSKMAG00000022107) panx2 (ENSKMAG00000022105) trabd (ENSKMAG00000022102) selenoo1 (ENSKMAG00000022100) mapk12a (ENSKMAG00000022096) mtss1la (ENSKMAG00000022088) ENSKMAG00000022083 ENSKMAG00000022079 ENSKMAG00000022078 uri1 (ENSKMAG00000022075) ENSKMAG00000022072 zgc:112052 (ENSKMAG00000022067) rxylt1 (ENSKMAG00000022064) SRGAP1 (ENSKMAG00000022058) Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Denticle herring DUPLICATION Denticle herring MODERN SPECIES 14 foxl2b (ENSDCDG00000030447) copb2 (ENSDCDG00000030458) rbp1.1 (ENSDCDG00000030771) NMNAT3 (ENSDCDG00000030776) clstn2a (ENSDCDG00000030858) spsb4a (ENSDCDG00000031962) slc25a36a (ENSDCDG00000031968) ENSDCDG00000031974 epha4a (ENSDCDG00000031988) ENSDCDG00000032096 ENSDCDG00000032099 ENSDCDG00000032102 epha4b (ENSDCDG00000032143) uggt1 (ENSDCDG00000032456) hs6st1a (ENSDCDG00000032718) ENSDCDG00000032722 ##22 ENSDCDG00000032723 otomp (ENSDCDG00000032724) acvr1l (ENSDCDG00000032726) d2hgdh (ENSDCDG00000032743) ZNF622 (ENSDCDG00000032748) zgc:110158 (ENSDCDG00000000248) keap1a (ENSDCDG00000000314) crlf1a (ENSDCDG00000000327) odf3l2a (ENSDCDG00000000339) ebi3 (ENSDCDG00000000353) wdr48b (ENSDCDG00000000407) blvra (ENSDCDG00000000442) ENSDCDG00000000452 VWA5B2 (ENSDCDG00000000464) alg3 (ENSDCDG00000000484) Denticle herring MODERN SPECIES 289 ENSDCDG00000026730 ##22 slc25a19 (ENSDCDG00000026726) helz (ENSDCDG00000026581) CACNG1 (ENSDCDG00000026564) cacng4b (ENSDCDG00000026563) aimp2 (ENSDCDG00000026562) pvalb8 (ENSDCDG00000026561) pvalb4 (ENSDCDG00000026558) pvalb1 (ENSDCDG00000026555) lmtk2 (ENSDCDG00000026478) amdhd2 (ENSDCDG00000026458) ENSDCDG00000026455 tufm (ENSDCDG00000026450) hspbp1 (ENSDCDG00000026448) tmem86b (ENSDCDG00000026446) aspdh (ENSDCDG00000026408) Otophysi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.C.b.b ##22 Golden-line barbel MODERN SPECIES 1840 NME2 (ENSSGRG00000029944) btr30 (ENSSGRG00000029946) ENSSGRG00000029948 ENSSGRG00000029949 kpnb1 (ENSSGRG00000029974) ENSSGRG00000030118 ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Cod MODERN SPECIES 7 PSMD2 (ENSGMOG00000009403) ENSGMOG00000009362 ENSGMOG00000036699 ENSGMOG00000009300 ENSGMOG00000036655 CLCN2 (ENSGMOG00000035217) ENSGMOG00000031053 ENSGMOG00000035009 ENSGMOG00000022616 vezf1b (ENSGMOG00000035555) ENSGMOG00000031368 ENSGMOG00000018149 ENSGMOG00000023472 ENSGMOG00000018134 ENSGMOG00000032816 ENSGMOG00000029652 ##22 ENSGMOG00000029966 ENSGMOG00000036973 ENSGMOG00000018124 ENSGMOG00000031453 ENSGMOG00000022465 ENSGMOG00000001452 ENSGMOG00000001439 ENSGMOG00000001399 ENSGMOG00000028843 ENSGMOG00000024287 ENSGMOG00000030335 ENSGMOG00000017324 ENSGMOG00000028100 ENSGMOG00000016842 ENSGMOG00000034440 Euacanthomorphacea DUPLICATION Euacanthomorphacea DUPLICATION Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.a.a ##22 Pinecone sodierfish DUPLICATION Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 4 P2RY2 (ENSMMDG00005020842) relt (ENSMMDG00005020846) ARHGEF17 (ENSMMDG00005020851) P2RY6 (ENSMMDG00005020859) ENSMMDG00005020879 KBTBD3 (ENSMMDG00005020884) ALKBH8 (ENSMMDG00005020889) cwf19l2 (ENSMMDG00005020895) GUCY1A2 (ENSMMDG00005020906) aasdhppt (ENSMMDG00005020910) MSANTD4 (ENSMMDG00005020916) gria4a (ENSMMDG00005020942) PDGFD (ENSMMDG00005021156) ENSMMDG00005021160 ENSMMDG00005021162 ENSMMDG00005021167 ##22 ENSMMDG00005021170 ENSMMDG00005021177 fzd4 (ENSMMDG00005021185) RAB38 (ENSMMDG00005021257) ctsc (ENSMMDG00005021260) grm5b (ENSMMDG00005021264) tyr (ENSMMDG00005021286) ENSMMDG00005021294 naalad2 (ENSMMDG00005021508) chordc1a (ENSMMDG00005021517) ENSMMDG00005021584 ENSMMDG00005021585 ENSMMDG00005021589 bloc1s3 (ENSMMDG00005021593) trappc6bl (ENSMMDG00005021595) Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 4 ENSMMDG00005005586 arrb1 (ENSMMDG00005005589) ENSMMDG00005005597 ENSMMDG00005005599 ENSMMDG00005005601 ENSMMDG00005005602 ENSMMDG00005005604 pgm2l1 (ENSMMDG00005005677) lipt2 (ENSMMDG00005008943) ENSMMDG00005008944 rnf169 (ENSMMDG00005008946) spcs2 (ENSMMDG00005008955) abcg1 (ENSMMDG00005009006) atp1b3b (ENSMMDG00005009304) ece2b (ENSMMDG00005009523) ENSMMDG00005015499 ##22 ANO7 (ENSMMDG00005015508) RFFL (ENSMMDG00005015528) eif4h (ENSMMDG00005015534) ENSMMDG00005015542 ENSMMDG00005015543 sst1.1 (ENSMMDG00005015545) ENSMMDG00005015547 ENSMMDG00005015549 ENSMMDG00005015550 ENSMMDG00005015552 TRIM50 (ENSMMDG00005015556) NYAP2 (ENSMMDG00005015564) Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.a.a ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.a.a ##22 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.a.a ##22 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.a.a ##22 Carangaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.a.a ##22 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.a.a ##22 Seriola ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.a.a ##22 Greater amberjack MODERN SPECIES 108 ENSSDUG00000017821 ENSSDUG00000017829 ptprfa (ENSSDUG00000017848) ENSSDUG00000017895 ENSSDUG00000017911 hyi (ENSSDUG00000017940) SZT2 (ENSSDUG00000018123) ENSSDUG00000018221 ENSSDUG00000018238 ##22 DDX10 (ENSSDUG00000018245) ENSSDUG00000018256 ENSSDUG00000018284 ENSSDUG00000018333 ENSSDUG00000018343 cdh2 (ENSSDUG00000018365) ENSSDUG00000018419 ENSSDUG00000018507 ENSSDUG00000018527 ENSSDUG00000018592 ttr (ENSSDUG00000018623) b4galt6 (ENSSDUG00000018662) crata (ENSSDUG00000018733) ENSSDUG00000018982 st3gal3a (ENSSDUG00000019075) Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.a.b ##22 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 4 ENSMMDG00005005433 ENSMMDG00005005435 ENSMMDG00005005440 ENSMMDG00005005441 rps3 (ENSMMDG00005005451) KCTD14 (ENSMMDG00005005719) ENSMMDG00005005724 INTS4 (ENSMMDG00005005732) aamdc (ENSMMDG00005005753) ENSMMDG00005005762 ech1 (ENSMMDG00005005808) ENSMMDG00005005849 med17 (ENSMMDG00005005881) ENSMMDG00005006403 ENSMMDG00005006408 ENSMMDG00005006412 ##22 ENSMMDG00005006415 ENSMMDG00005006418 hnrnpl2 (ENSMMDG00005006442) srsf7a (ENSMMDG00005006825) ENSMMDG00005006828 slc8a2b (ENSMMDG00005006830) ENSMMDG00005006833 ENSMMDG00005006837 sae1 (ENSMMDG00005006839) ccdc9 (ENSMMDG00005006852) ENSMMDG00005006854 zgc:152863 (ENSMMDG00005006856) hif1al (ENSMMDG00005006858) DMWD (ENSMMDG00005006861) ENSMMDG00005006862 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.b ##22 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.b ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 333 ENSGT00940000165023.F ENSGT00950000183016.D.b ##22 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 316 ENSGT00940000165023.F ENSGT00950000183016.D.b ##22 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 304 ENSGT00940000165023.F ENSGT00950000183016.D.b ##22 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.b ##22 Bicolor damselfish DUPLICATION Bicolor damselfish MODERN SPECIES 216 ENSSPAG00000002492 ##22 Bicolor damselfish MODERN SPECIES 591 gcnt4a (ENSSPAG00000012157) ENSSPAG00000012141 ##22 fam169aa (ENSSPAG00000012121) APBA1 (ENSSPAG00000012091) ptar1 (ENSSPAG00000012054) mamdc2a (ENSSPAG00000012012) arid3c (ENSSPAG00000011996) pias2 (ENSSPAG00000011965) ube2l3b (ENSSPAG00000011950) ydjc (ENSSPAG00000011940) zgc:86811 (ENSSPAG00000011919) rad17 (ENSSPAG00000011897) ccdc125 (ENSSPAG00000011864) Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.b ##22 Spiny chromis MODERN SPECIES 1834 ENSAPOG00000021867 ENSAPOG00000021898 ##22 ENSAPOG00000021925 ctbs (ENSAPOG00000021944) ENSAPOG00000021958 ENSAPOG00000022021 rpf1 (ENSAPOG00000022055) ENSAPOG00000022110 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.b ##22 Orange clownfish MODERN SPECIES 21 cnot10 (ENSAPEG00000005389) rwdd1 (ENSAPEG00000005458) kpna5 (ENSAPEG00000005518) CNIH4 (ENSAPEG00000005610) WDR26 (ENSAPEG00000005638) ADCY3 (ENSAPEG00000005684) preb (ENSAPEG00000005750) kxd1 (ENSAPEG00000005763) popdc3 (ENSAPEG00000005802) bves (ENSAPEG00000005821) HACE1 (ENSAPEG00000005878) GRIK2 (ENSAPEG00000006061) ENSAPEG00000006114 ENSAPEG00000006130 ASCC3 (ENSAPEG00000006181) ENSAPEG00000006304 ##22 ENSAPEG00000006313 sim1a (ENSAPEG00000006327) ENSAPEG00000006366 ENSAPEG00000006385 cyb5r4 (ENSAPEG00000006400) zgc:77056 (ENSAPEG00000006453) tmem42a (ENSAPEG00000006461) zdhhc3a (ENSAPEG00000006474) mc2r (ENSAPEG00000006499) mc5rb (ENSAPEG00000006527) ENSAPEG00000006549 fam210ab (ENSAPEG00000006559) ldlrad4b (ENSAPEG00000006574) ENSAPEG00000006607 ENSAPEG00000006621 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 398 ENSGT00940000165023.F ENSGT00950000183016.D.b ##22 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 475 ENSGT00940000165023.F ENSGT00950000183016.D.b ##22 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 466 ENSGT00940000165023.F ENSGT00950000183016.D.b ##22 Lyretail cichlid MODERN SPECIES 290 gatm (ENSNBRG00000021453) pde8a (ENSNBRG00000021356) FSD2 (ENSNBRG00000021320) WHAMM (ENSNBRG00000021300) homer2 (ENSNBRG00000021275) RAMAC (ENSNBRG00000021267) BTBD1 (ENSNBRG00000021242) TM6SF1 (ENSNBRG00000021192) ZRSR2 (ENSNBRG00000021146) ap1s2 (ENSNBRG00000021132) PHKA2 (ENSNBRG00000021078) ppef1 (ENSNBRG00000021029) ENSNBRG00000021014 cdkl5 (ENSNBRG00000020971) ENSNBRG00000020957 ENSNBRG00000020944 ##22 ENSNBRG00000020919 NHS (ENSNBRG00000020895) ace2 (ENSNBRG00000020829) ENSNBRG00000020779 zgc:113276 (ENSNBRG00000020729) pir (ENSNBRG00000020691) vegfd (ENSNBRG00000020664) GRPR (ENSNBRG00000020635) ENSNBRG00000020594 ENSNBRG00000020579 ildr1a (ENSNBRG00000020550) tmem39a (ENSNBRG00000020531) PRSS23 (ENSNBRG00000020524) ENSNBRG00000020504 ENSNBRG00000020487 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 485 ENSGT00940000165023.F.c.a.a ENSGT00950000183016.D.b ##22 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.b ##22 Haplochromini_B DUPLICATION Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000016814.b ENSGT00940000157741 ENSGT00950000182972.a.a.a.b ENSGT00940000153249.b.d.a ENSGT00940000155667.b.b ENSGT00940000155714 ENSGT00950000183097.a.b ENSGT00940000154674.q.a ENSGT00910000144305 ENSGT00950000182988.a.a.a ENSGT00940000155086.A ENSGT00950000182941.a.a.a.b ENSGT00940000167949 ENSGT00940000156509 ENSGT00940000156674.f ENSGT00950000183016.D.b.c ##22 ENSGT00940000156674.e ENSGT00940000155913.c ENSGT00390000011642.f ENSGT00940000154481.a.a.c.b ENSGT00390000012924.a ENSGT00390000013337 ENSGT00940000169194 ENSGT01050000244948.c.b.a.a.b ENSGT01050000244948.c.b.b ENSGT00950000183204.b.b.b ENSGT00940000163723.B ENSGT00730000111123 ENSGT01030000234595.A.b.a.a ENSGT00940000162477.d ENSGT00950000182906.b.a.i.a Eastern happy DUPLICATION Eastern happy MODERN SPECIES 10 msl2b (ENSACLG00000006145) pccb (ENSACLG00000006092) STAG1 (ENSACLG00000005739) ENSACLG00000005731 ENSACLG00000005717 ATR (ENSACLG00000005624) pls1 (ENSACLG00000005562) gyg1a (ENSACLG00000005555) HLTF (ENSACLG00000005486) pak2a (ENSACLG00000005452) OTOF (ENSACLG00000005391) ENSACLG00000005355 ENSACLG00000005339 ahi1 (ENSACLG00000005307) slc18b1 (ENSACLG00000005253) ENSACLG00000005243 ##22 slc18b1 (ENSACLG00000005190) TULP4 (ENSACLG00000005166) ENSACLG00000004732 ENSACLG00000004503 ENSACLG00000004151 ENSACLG00000004125 rmnd1 (ENSACLG00000004111) ENSACLG00000004104 stx11a (ENSACLG00000004097) STX11 (ENSACLG00000004072) fbxo30a (ENSACLG00000004066) ENSACLG00000004041 SHPRH (ENSACLG00000003957) GRM1 (ENSACLG00000003916) RAB32 (ENSACLG00000003898) Eastern happy MODERN SPECIES marveld3 (ENSACLG00000002170) USP10 (ENSACLG00000002132) CRISPLD2 (ENSACLG00000002026) ENSACLG00000002023 zfhx3b (ENSACLG00000001914) ENSACLG00000001897 ENSACLG00000001891 dhx38 (ENSACLG00000001837) cyb5b (ENSACLG00000001826) zgc:162592 (ENSACLG00000001818) CPNE7 (ENSACLG00000001679) rpl13 (ENSACLG00000001642) gcshb (ENSACLG00000001635) kars1 (ENSACLG00000001613) ENSACLG00000001574 ENSACLG00000001544 ##22 ENSACLG00000001463 bola3 (ENSACLG00000001355) vat1l (ENSACLG00000001321) CLEC3A (ENSACLG00000001318) usp47 (ENSACLG00000001056) dkk3a (ENSACLG00000000990) MICAL2 (ENSACLG00000000838) TEAD1 (ENSACLG00000000684) RASSF10 (ENSACLG00000000675) ENSACLG00000000632 BTBD10 (ENSACLG00000000604) ENSACLG00000000581 GALNT18 (ENSACLG00000000530) eif4g2a (ENSACLG00000000429) ctr9 (ENSACLG00000000359) Zebra mbuna MODERN SPECIES 1101 sptb (ENSMZEG00005014336) snap23.1 (ENSMZEG00005014298) efna2a (ENSMZEG00005014287) ptbp1a (ENSMZEG00005014265) palm1b (ENSMZEG00005014249) plppr3a (ENSMZEG00005014237) ENSMZEG00005014111 cldn11a (ENSMZEG00005014083) slc7a14a (ENSMZEG00005014071) ENSMZEG00005014062 slc2a2 (ENSMZEG00005014050) tnika (ENSMZEG00005014006) pld1a (ENSMZEG00005013951) ghsra (ENSMZEG00005013543) fndc3ba (ENSMZEG00005013476) ENSMZEG00005013453 ##22 slc18b1 (ENSMZEG00005013443) TULP4 (ENSMZEG00005013429) ENSMZEG00005013413 ENSMZEG00005013348 ENSMZEG00005013279 ENSMZEG00005013261 rmnd1 (ENSMZEG00005013253) ENSMZEG00005013243 STX11 (ENSMZEG00005013223) stx11a (ENSMZEG00005013214) fbxo30a (ENSMZEG00005013206) ENSMZEG00005013198 SHPRH (ENSMZEG00005013157) GRM1 (ENSMZEG00005013134) RAB32 (ENSMZEG00005013124) Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.b.d ##22 Zebra mbuna MODERN SPECIES 1098 CHRNA1 (ENSMZEG00005004898) ENSMZEG00005004874 ATF2 (ENSMZEG00005004846) ENSMZEG00005004810 lnpa (ENSMZEG00005004801) evx2 (ENSMZEG00005004784) hoxd12a (ENSMZEG00005004776) hoxd11a (ENSMZEG00005004769) hoxd10a (ENSMZEG00005004758) hoxd9a (ENSMZEG00005004755) hoxd4a (ENSMZEG00005004708) hoxd3a (ENSMZEG00005004686) hnrnpa3 (ENSMZEG00005004663) nfe2l2a (ENSMZEG00005004652) agps (ENSMZEG00005004577) ENSMZEG00005004570 ##22 ENSMZEG00005004557 ENSMZEG00005004514 cycsb (ENSMZEG00005004503) OSBPL6 (ENSMZEG00005004482) prkra (ENSMZEG00005004467) ENSMZEG00005004448 FAM237A (ENSMZEG00005004441) ADAM23 (ENSMZEG00005004388) CMKLR2 (ENSMZEG00005004364) NDUFS1 (ENSMZEG00005004312) INO80D (ENSMZEG00005004292) STK24 (ENSMZEG00005004236) SLC15A1 (ENSMZEG00005003888) DOCK9 (ENSMZEG00005003710) ENSMZEG00005003695 Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 453 zgc:175280 (ENSHBUG00000003397) vrk2 (ENSHBUG00000003448) fancl (ENSHBUG00000003476) ENSHBUG00000003500 ENSHBUG00000003568 ENSHBUG00000003593 ENSHBUG00000003599 ##22 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.b ##22 Oryzias ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.b ##22 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.b ##22 Chinese medaka MODERN SPECIES 2167 ENSOSIG00000002963 ##22 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.b ##22 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.b ##22 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 35 mettl9 (ENSKMAG00000003465) kdelr2b (ENSKMAG00000003440) ENSKMAG00000003420 ENSKMAG00000003402 wdr45b (ENSKMAG00000003349) foxk2a (ENSKMAG00000003295) ENSKMAG00000003264 SHISA6 (ENSKMAG00000003183) ENSKMAG00000002869 ENSKMAG00000002817 ##22 MYOCD (ENSKMAG00000002800) map2k4b (ENSKMAG00000002752) adprm (ENSKMAG00000002725) ENSKMAG00000002713 gas7a (ENSKMAG00000002642) ENSKMAG00000002561 sap30bp (ENSKMAG00000002510) itgb4 (ENSKMAG00000002366) zgc:194990 (ENSKMAG00000002346) ENSKMAG00000002331 H3-3B (ENSKMAG00000002314) unk (ENSKMAG00000002218) UNC13D (ENSKMAG00000002183) wbp2 (ENSKMAG00000002169) ENSKMAG00000002153 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.b ##22 NAME_4 ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.b ##22 Sheepshead minnow MODERN SPECIES 1473 ENSCVAG00000008582 ##22 Mummichog MODERN SPECIES 535 ENSFHEG00000007774 ENSFHEG00000007784 ##22 ENSFHEG00000007794 #22 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 268 ENSGT00940000165023.F ENSGT00950000183016.D.b ##22 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 226 ENSGT00940000165023.F ENSGT00950000183016.D.b ##22 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 227 ENSGT00940000165023.F ENSGT00950000183016.D.b ##22 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.b ##22 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.b ##22 Gilthead seabream DUPLICATION Gilthead seabream DUPLICATION Gilthead seabream MODERN SPECIES 11 ENSSAUG00010004613 ENSSAUG00010004615 ENSSAUG00010004618 ENSSAUG00010004633 ENSSAUG00010004635 ENSSAUG00010004637 ENSSAUG00010004639 ENSSAUG00010004641 ENSSAUG00010004645 ENSSAUG00010004651 ENSSAUG00010004653 ENSSAUG00010004654 ENSSAUG00010004655 ENSSAUG00010004657 ENSSAUG00010004659 ENSSAUG00010004661 ##22 ENSSAUG00010004663 ENSSAUG00010004666 ENSSAUG00010004673 ENSSAUG00010004812 ENSSAUG00010004816 ENSSAUG00010004840 ENSSAUG00010004841 ENSSAUG00010004844 ENSSAUG00010004850 ENSSAUG00010004926 ENSSAUG00010004929 ENSSAUG00010004934 olfcj1 (ENSSAUG00010004999) olfch1 (ENSSAUG00010005002) ENSSAUG00010005009 Gilthead seabream MODERN SPECIES 17 ENSSAUG00010000294 ENSSAUG00010000291 polr1f (ENSSAUG00010000288) ENSSAUG00010000282 fut9b.5 (ENSSAUG00010000280) ENSSAUG00010000276 ENSSAUG00010000270 ENSSAUG00010000267 ENSSAUG00010000264 ITGB8 (ENSSAUG00010000232) ENSSAUG00010000197 sp4 (ENSSAUG00010000189) CDCA7L (ENSSAUG00010000183) ENSSAUG00010000175 ENSSAUG00010000170 ENSSAUG00010000168 ##22 ENSSAUG00010000161 ENSSAUG00010000150 ENSSAUG00010015926 ENSSAUG00010015924 ENSSAUG00010015923 ENSSAUG00010015922 RAPGEF5 (ENSSAUG00010015917) il6 (ENSSAUG00010015916) TOM7 (ENSSAUG00010015913) hycc1 (ENSSAUG00010015574) klhl7 (ENSSAUG00010015569) ENSSAUG00010015567 ENSSAUG00010015352 ENSSAUG00010015351 thsd7aa (ENSSAUG00010015088) Gilthead seabream MODERN SPECIES kpna7 (ENSSAUG00010008359) ENSSAUG00010008357 XPA (ENSSAUG00010008356) slc24a2 (ENSSAUG00010008353) nansa (ENSSAUG00010008351) NANS (ENSSAUG00010008350) clta (ENSSAUG00010008347) gne (ENSSAUG00010007886) cplx2l (ENSSAUG00010007880) TMOD1 (ENSSAUG00010007814) tdrd7a (ENSSAUG00010007743) stra6l (ENSSAUG00010007716) ENSSAUG00010007712 abca1a (ENSSAUG00010007061) ENSSAUG00010007039 ENSSAUG00010007037 ##22 SGCZ (ENSSAUG00010007035) ENSSAUG00010007031 tusc3 (ENSSAUG00010006995) ENSSAUG00010006961 ENSSAUG00010006960 ENSSAUG00010006957 tppp2 (ENSSAUG00010006954) ENSSAUG00010006949 ENSSAUG00010006946 ENSSAUG00010006941 ENSSAUG00010006939 ENSSAUG00010006936 ENSSAUG00010006933 PITPNC1 (ENSSAUG00010006930) ENSSAUG00010006926 Ballan wrasse DUPLICATION Ballan wrasse MODERN SPECIES 381 crata (ENSLBEG00000024619) ENSLBEG00000024677 slbp (ENSLBEG00000024709) immt (ENSLBEG00000024735) FGF4 (ENSLBEG00000024754) STOX2 (ENSLBEG00000024784) enpp6 (ENSLBEG00000024812) ENSLBEG00000024870 ENSLBEG00000024884 ENSLBEG00000024894 ##22 ENSLBEG00000024905 pcdh10b (ENSLBEG00000024926) Ballan wrasse MODERN SPECIES 289 clint1a (ENSLBEG00000022284) LSM11 (ENSLBEG00000022318) thg1l (ENSLBEG00000022336) ADAM19 (ENSLBEG00000022368) GPR151 (ENSLBEG00000022408) ENSLBEG00000022450 rpl26 (ENSLBEG00000022531) atp6v0e1 (ENSLBEG00000022577) BNIP1 (ENSLBEG00000022716) nkx2.5 (ENSLBEG00000022772) STC2 (ENSLBEG00000022787) ENSLBEG00000022823 msx2a (ENSLBEG00000022889) DRD1 (ENSLBEG00000022904) ENSLBEG00000022922 ENSLBEG00000022942 ##22 nek12 (ENSLBEG00000022975) pin4 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spiny toad DUPLICATION Leishan spiny toad DUPLICATION Leishan spiny toad MODERN SPECIES 11 ENSLLEG00000021797 ENSLLEG00000021762 ENSLLEG00000021741 ST13 (ENSLLEG00000021447) ENSLLEG00000021369 XPNPEP3 (ENSLLEG00000021276) ENSLLEG00000021249 ENSLLEG00000021222 DDX47 (ENSLLEG00000020347) ENSLLEG00000020234 ENSLLEG00000020213 ENSLLEG00000019848 ENSLLEG00000019619 RGS21 (ENSLLEG00000025209) ENSLLEG00000025182 ENSLLEG00000025167 ##22 ENSLLEG00000025145 ENSLLEG00000025120 ENSLLEG00000025101 ENSLLEG00000025081 ENSLLEG00000025063 ENSLLEG00000025051 ##22 ENSLLEG00000025035 ENSLLEG00000025007 ENSLLEG00000024969 ENSLLEG00000024954 ENSLLEG00000024935 ENSLLEG00000024879 SGSM3 (ENSLLEG00000024740) ENSLLEG00000024727 ENSLLEG00000024541 Leishan spiny toad MODERN SPECIES 10 ENSLLEG00000021848 CLASP1 (ENSLLEG00000021991) ENSLLEG00000024496 NIFK (ENSLLEG00000024529) ENSLLEG00000024577 ENSLLEG00000024634 ENSLLEG00000024660 ENSLLEG00000024762 HSPBAP1 (ENSLLEG00000024990) ENSLLEG00000025113 SEMA5B 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spiny toad DUPLICATION Leishan spiny toad MODERN SPECIES 823 ENSLLEG00000025918 ##22 Leishan spiny toad MODERN SPECIES PRRC1 (ENSLLEG00000014483) ENSLLEG00000014386 ENSLLEG00000014338 ENSLLEG00000014263 ENSLLEG00000014220 ENSLLEG00000014161 ENSLLEG00000014128 ENSLLEG00000014093 ENSLLEG00000014037 ENSLLEG00000013889 C5orf63 (ENSLLEG00000013845) MARCHF3 (ENSLLEG00000013803) ENSLLEG00000013789 LMNB1 (ENSLLEG00000013594) TEX43 (ENSLLEG00000013503) ENSLLEG00000013476 ##22 ENSLLEG00000013456 PHAX (ENSLLEG00000013411) ALDH7A1 (ENSLLEG00000013112) GRAMD2B (ENSLLEG00000012899) ENSLLEG00000012876 ZNF608 (ENSLLEG00000012797) ENSLLEG00000012413 CEP120 (ENSLLEG00000011323) PRDM6 (ENSLLEG00000011195) PPIC (ENSLLEG00000011148) SNX24 (ENSLLEG00000010901) SNX2 (ENSLLEG00000010173) ENSLLEG00000010095 SNCAIP (ENSLLEG00000009652) ENSLLEG00000009599 Leishan spiny toad MODERN SPECIES 2 ENSLLEG00000014520 KDELR1 (ENSLLEG00000014551) TMEM143 (ENSLLEG00000014662) EMP3 (ENSLLEG00000014776) ENSLLEG00000014818 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toad DUPLICATION Leishan spiny toad DUPLICATION Leishan spiny toad DUPLICATION Leishan spiny toad DUPLICATION Leishan spiny toad MODERN SPECIES 8 ADCYAP1 (ENSLLEG00000020917) YES1 (ENSLLEG00000020600) ENOSF1 (ENSLLEG00000020156) ENSLLEG00000019921 ENSLLEG00000019880 CLUL1 (ENSLLEG00000019704) ENSLLEG00000019665 COLEC12 (ENSLLEG00000019574) THOC1 (ENSLLEG00000018959) USP14 (ENSLLEG00000018739) ROCK1 (ENSLLEG00000016369) ENSLLEG00000016219 GREB1L (ENSLLEG00000015512) ESCO1 (ENSLLEG00000015346) ENSLLEG00000015292 ENSLLEG00000015270 ##22 ENSLLEG00000015250 ABHD3 (ENSLLEG00000015118) MIB1 (ENSLLEG00000013940) GATA6 (ENSLLEG00000013735) RBBP8 (ENSLLEG00000013497) ENSLLEG00000013465 ENSLLEG00000013449 CABLES1 (ENSLLEG00000013279) TMEM241 (ENSLLEG00000013024) RIOK3 (ENSLLEG00000012921) RMC1 (ENSLLEG00000012526) NPC1 (ENSLLEG00000012319) ANKRD29 (ENSLLEG00000012187) LAMA3 (ENSLLEG00000011860) TTC39C (ENSLLEG00000011506) Leishan spiny toad MODERN SPECIES 12 ENSLLEG00000016109 DRP2 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toad DUPLICATION Leishan spiny toad DUPLICATION Leishan spiny toad DUPLICATION Leishan spiny toad DUPLICATION Leishan spiny toad MODERN SPECIES 4 FOS (ENSLLEG00000022924) TMED10 (ENSLLEG00000022836) BATF (ENSLLEG00000022782) FLVCR2 (ENSLLEG00000022444) ENSLLEG00000022366 ENSLLEG00000022318 ENSLLEG00000022147 KLHL28 (ENSLLEG00000022042) C14orf28 (ENSLLEG00000021858) PRPF39 (ENSLLEG00000021744) ENSLLEG00000021679 FKBP3 (ENSLLEG00000021542) ENSLLEG00000021492 FANCM (ENSLLEG00000021315) PTGER2 (ENSLLEG00000021267) ENSLLEG00000021257 ##22 SAMD4A (ENSLLEG00000020761) ENSLLEG00000020708 ENSLLEG00000020680 SOCS4 (ENSLLEG00000020658) WDHD1 (ENSLLEG00000019791) ENSLLEG00000019733 ENSLLEG00000019633 ABCD4 (ENSLLEG00000019459) ISCA2 (ENSLLEG00000019338) ENSLLEG00000019300 VSX2 (ENSLLEG00000019267) LIN52 (ENSLLEG00000019127) ALDH6A1 (ENSLLEG00000016549) ENTPD5 (ENSLLEG00000016244) COQ6 (ENSLLEG00000015946) Leishan spiny toad MODERN SPECIES 3 ENSLLEG00000017110 ENSLLEG00000015247 ENSLLEG00000015105 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ENSLLEG00000001822 ENSLLEG00000001821 Leishan spiny toad DUPLICATION Leishan spiny toad MODERN SPECIES 6 ENSLLEG00000019765 ENSLLEG00000019617 ENSLLEG00000019414 VEZT (ENSLLEG00000018951) FGD6 (ENSLLEG00000018746) NR2C1 (ENSLLEG00000018219) NDUFA12 (ENSLLEG00000018131) ENSLLEG00000018104 ENSLLEG00000018083 TMCC3 (ENSLLEG00000017981) CEP83 (ENSLLEG00000017531) PLXNC1 (ENSLLEG00000016700) SOCS2 (ENSLLEG00000016504) MRPL42 (ENSLLEG00000016428) ENSLLEG00000016265 ENSLLEG00000016216 ##22 ENSLLEG00000016068 ENSLLEG00000016020 EEA1 (ENSLLEG00000015422) PLEKHG7 (ENSLLEG00000015029) ENSLLEG00000014972 BTG1 (ENSLLEG00000014938) ENSLLEG00000014663 DCN (ENSLLEG00000014552) LUM (ENSLLEG00000014513) KERA (ENSLLEG00000014468) EPYC (ENSLLEG00000014406) ENSLLEG00000027539 ENSLLEG00000027527 ATP2B1 (ENSLLEG00000026857) POC1B (ENSLLEG00000026630) Leishan spiny toad MODERN SPECIES 471 ENSLLEG00000009867 ENSLLEG00000009850 ##22 SRF (ENSLLEG00000009740) Leishan spiny toad DUPLICATION Leishan spiny toad MODERN SPECIES 8 ENSLLEG00000017259 C18orf21 (ENSLLEG00000017311) ENSLLEG00000017383 RPRD1A (ENSLLEG00000017435) ENSLLEG00000017626 NDUFS6 (ENSLLEG00000017676) ENSLLEG00000017790 IRX4 (ENSLLEG00000017822) ENSLLEG00000017880 ENSLLEG00000017944 ENSLLEG00000017972 IRX2 (ENSLLEG00000018027) IRX1 (ENSLLEG00000018119) ENSLLEG00000018209 ENSLLEG00000018228 ENSLLEG00000018289 ##22 ENSLLEG00000018329 ENSLLEG00000018396 ADAMTS16 (ENSLLEG00000018466) ENSLLEG00000019170 ENSLLEG00000019189 ENSLLEG00000019214 ENSLLEG00000019264 ENSLLEG00000019756 EXOC3 (ENSLLEG00000019995) ANKS6 (ENSLLEG00000020112) PDCD6 (ENSLLEG00000020241) ENSLLEG00000020304 PIGM (ENSLLEG00000020327) ENSLLEG00000020388 CRTAP (ENSLLEG00000020422) Leishan spiny toad MODERN SPECIES ENSLLEG00000005008 ENSLLEG00000005002 ENSLLEG00000004993 ENSLLEG00000004982 ENSLLEG00000004977 ENSLLEG00000004970 ENSLLEG00000004962 PCDH10 (ENSLLEG00000004946) ENSLLEG00000004933 ENSLLEG00000004929 ENSLLEG00000004925 ENSLLEG00000004918 PCDH18 (ENSLLEG00000004913) SLC7A11 (ENSLLEG00000004896) ENSLLEG00000004864 ENSLLEG00000003610 ##22 ENSLLEG00000003606 ENSLLEG00000003601 GPRIN3 (ENSLLEG00000003595) ENSLLEG00000003590 ENSLLEG00000003583 SNCA (ENSLLEG00000003551) MMRN1 (ENSLLEG00000003525) ENSLLEG00000003516 ENSLLEG00000003507 CCSER1 (ENSLLEG00000003492) ENSLLEG00000003486 ENSLLEG00000003458 ENSLLEG00000003445 ENSLLEG00000003402 ENSLLEG00000003396 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Ferret MODERN SPECIES 187 ENSMPUG00000017292 FXYD4 (ENSMPUG00000017285) HNRNPF (ENSMPUG00000017283) RASGEF1A (ENSMPUG00000017281) CSGALNACT2 (ENSMPUG00000017278) RET (ENSMPUG00000017277) BMS1 (ENSMPUG00000017276) ENSMPUG00000017275 IFIT5 (ENSMPUG00000017274) SLC16A12 (ENSMPUG00000017273) PANK1 (ENSMPUG00000017268) KIF20B (ENSMPUG00000017262) HTR7 (ENSMPUG00000017260) RPP30 (ENSMPUG00000017258) ANKRD1 (ENSMPUG00000017242) ENSMPUG00000017240 ##22 PCGF5 (ENSMPUG00000017239) HECTD2 (ENSMPUG00000017236) PPP1R3C (ENSMPUG00000017235) TNKS2 (ENSMPUG00000017232) FGFBP3 (ENSMPUG00000020135) BTAF1 (ENSMPUG00000017228) CPEB3 (ENSMPUG00000017227) MARCHF5 (ENSMPUG00000017226) IDE (ENSMPUG00000017221) KIF11 (ENSMPUG00000017220) HHEX (ENSMPUG00000017219) ENSMPUG00000017215 EXOC6 (ENSMPUG00000017213) CYP26C1 (ENSMPUG00000017204) CYP26A1 (ENSMPUG00000017203) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 401 ENSMMSG00000018509 ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Lizard DUPLICATION Lizard DUPLICATION Lizard DUPLICATION Lizard MODERN SPECIES 5 ENSACAG00000012901 ENSACAG00000040484 ENSACAG00000044913 CDK6 (ENSACAG00000015273) ENSACAG00000015319 ENSACAG00000015360 RBM48 (ENSACAG00000015378) PEX1 (ENSACAG00000015394) ENSACAG00000036308 ENSACAG00000015461 GATAD1 (ENSACAG00000015498) ANKIB1 (ENSACAG00000015516) KRIT1 (ENSACAG00000015550) ENSACAG00000015646 CYP51A1 (ENSACAG00000015660) ENSACAG00000026456 ##22 AKAP9 (ENSACAG00000015717) MTERF1 (ENSACAG00000015777) FZD1 (ENSACAG00000015779) CDK14 (ENSACAG00000015785) CLDN12 (ENSACAG00000015849) GTPBP10 (ENSACAG00000015854) FAM237B (ENSACAG00000029622) CFAP69 (ENSACAG00000015871) STEAP2 (ENSACAG00000015895) ENSACAG00000015915 ZNF804B (ENSACAG00000015927) ENSACAG00000036076 ENSACAG00000035305 STEAP4 (ENSACAG00000015932) ADAM22 (ENSACAG00000015990) Lizard MODERN SPECIES 815 ZBTB5 (ENSACAG00000011965) GRHPR (ENSACAG00000011898) ZCCHC7 (ENSACAG00000011894) PAX5 (ENSACAG00000011646) MELK (ENSACAG00000011531) ENSACAG00000039147 RNF38 (ENSACAG00000002163) ENSACAG00000002113 ENSACAG00000002054 ENSACAG00000001991 ENSACAG00000001857 ENSACAG00000040223 ENSACAG00000036480 ENSACAG00000038722 CPLX1 (ENSACAG00000001829) ENSACAG00000025308 ##22 ENSACAG00000000236 SLC49A3 (ENSACAG00000000245) DGKQ (ENSACAG00000000256) ENSACAG00000000296 SLC26A1 (ENSACAG00000000532) ENSACAG00000001854 IDUA (ENSACAG00000000308) ENSACAG00000000576 ENSACAG00000036953 ENSACAG00000000577 ENSACAG00000040238 ENSACAG00000001274 ENSACAG00000001342 ENSACAG00000001376 ENSACAG00000039023 Lizard MODERN SPECIES 817 ENSACAG00000034985 ENSACAG00000024675 ENSACAG00000045484 ##22 ENSACAG00000034902 PLA2G4A (ENSACAG00000001864) ENSACAG00000044819 PTGS2 (ENSACAG00000001178) PDC (ENSACAG00000001373) ODR4 (ENSACAG00000001399) TPR (ENSACAG00000001452) ENSACAG00000001824 HMCN1 (ENSACAG00000002067) IVNS1ABP (ENSACAG00000002224) SWT1 (ENSACAG00000002276) TRMT1L (ENSACAG00000002342) ENSACAG00000036182 RNF2 (ENSACAG00000002433) ENSACAG00000045204 Lizard MODERN SPECIES 1 ENSACAG00000045329 ENSACAG00000042229 ENSACAG00000036952 ENSACAG00000040707 ENSACAG00000040575 CDC37 (ENSACAG00000008650) TYK2 (ENSACAG00000008421) RAVER1 (ENSACAG00000008386) ENSACAG00000039644 KLF1 (ENSACAG00000008367) ENSACAG00000008310 SYCE2 (ENSACAG00000008304) ENSACAG00000039836 CHD1 (ENSACAG00000011210) RGMB (ENSACAG00000011827) ENSACAG00000039942 ##22 ENSACAG00000037828 RIOK2 (ENSACAG00000011858) LIX1 (ENSACAG00000011917) LNPEP (ENSACAG00000012000) ERAP1 (ENSACAG00000012299) CAST (ENSACAG00000012586) PCSK1 (ENSACAG00000012731) ENSACAG00000012873 GLRX (ENSACAG00000012936) ENSACAG00000036628 RHOBTB3 (ENSACAG00000012942) ENSACAG00000012981 SPATA9 (ENSACAG00000012997) RFESD (ENSACAG00000039346) ENSACAG00000023755 Elapidae DUPLICATION Elapidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.g ##22 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.g ##22 Acanthophiinae DUPLICATION Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.g.a ##22 Eastern brown snake DUPLICATION Eastern brown snake MODERN SPECIES 18 PDE1C (ENSPTXG00000000635) LSM5 (ENSPTXG00000000810) AVL9 (ENSPTXG00000000814) KBTBD2 (ENSPTXG00000000824) ENSPTXG00000000826 ENSPTXG00000000829 FKBP9 (ENSPTXG00000000831) NT5C3A (ENSPTXG00000000837) BBS9 (ENSPTXG00000000842) ENSPTXG00000000846 BMPER (ENSPTXG00000000851) ENSPTXG00000000863 ENSPTXG00000000865 ENSPTXG00000000866 TBX20 (ENSPTXG00000000867) ENSPTXG00000000869 ##22 HERPUD2 (ENSPTXG00000000870) SEPTIN7 (ENSPTXG00000000871) EEPD1 (ENSPTXG00000000872) MATCAP2 (ENSPTXG00000000873) ANLN (ENSPTXG00000000893) ELMO1 (ENSPTXG00000000925) ENSPTXG00000001544 NME8 (ENSPTXG00000001550) SFRP4 (ENSPTXG00000001554) EPDR1 (ENSPTXG00000001562) STARD3NL (ENSPTXG00000001565) ENSPTXG00000001567 AMPH (ENSPTXG00000001568) VPS41 (ENSPTXG00000001571) ENSPTXG00000001576 Eastern brown snake MODERN SPECIES 175 ENSPTXG00000011375 ENSPTXG00000011376 ENSPTXG00000011383 ##22 ENSPTXG00000011384 ENSPTXG00000011386 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 36 PIGH (ENSNSUG00000017678) ARG2 (ENSNSUG00000017680) VTI1B (ENSNSUG00000017681) RDH11 (ENSNSUG00000017682) ENSNSUG00000017683 ENSNSUG00000017684 ENSNSUG00000017685 PLEK2 (ENSNSUG00000017686) EIF2S1 (ENSNSUG00000017687) ATP6V1D (ENSNSUG00000017689) PALS1 (ENSNSUG00000017690) ENSNSUG00000017698 ENSNSUG00000017699 GPHN (ENSNSUG00000017701) ENSNSUG00000017704 ENSNSUG00000017705 ##22 ENSNSUG00000017706 FUT8 (ENSNSUG00000017707) C1QTNF4 (ENSNSUG00000017708) ENSNSUG00000017709 NDUFS3 (ENSNSUG00000017710) KBTBD4 (ENSNSUG00000017712) PTPMT1 (ENSNSUG00000017713) CELF1 (ENSNSUG00000017714) RAPSN (ENSNSUG00000017715) PSMC3 (ENSNSUG00000017716) ENSNSUG00000017717 SLC39A13 (ENSNSUG00000017718) SPI1 (ENSNSUG00000017719) MYBPC3 (ENSNSUG00000017720) MADD (ENSNSUG00000017721) Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.g.b ##22 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 233 ENSNSUG00000020350 ##22 Elapidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.h ##22 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.h ##22 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D.h ##22 Eastern brown snake MODERN SPECIES 18 C7orf25 (ENSPTXG00000001623) PSMA2 (ENSPTXG00000001626) MRPL32 (ENSPTXG00000001630) HECW1 (ENSPTXG00000001658) STK17A (ENSPTXG00000003462) COA1 (ENSPTXG00000003464) BLVRA (ENSPTXG00000003468) VOPP1 (ENSPTXG00000003470) LANCL2 (ENSPTXG00000003471) ENSPTXG00000003473 EGFR (ENSPTXG00000003474) ENSPTXG00000003476 ENSPTXG00000003477 SEC61G 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TM9SF2 (ENSNNAG00000018523) CLYBL (ENSNNAG00000018525) ZIC5 (ENSNNAG00000018528) ZIC2 (ENSNNAG00000018531) PCCA (ENSNNAG00000018533) GGACT (ENSNNAG00000018538) TMTC4 (ENSNNAG00000018549) ENSNNAG00000018564 NALCN (ENSNNAG00000018569) ITGBL1 (ENSNNAG00000018588) FGF14 (ENSNNAG00000018593) TPP2 (ENSNNAG00000018605) Laterata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.D ##22 Common wall lizard DUPLICATION Common wall lizard DUPLICATION Common wall lizard DUPLICATION Common wall lizard DUPLICATION Common wall lizard MODERN SPECIES 15 TONSL (ENSPMRG00000011745) VPS28 (ENSPMRG00000011925) ENSPMRG00000004902 SLC39A4 (ENSPMRG00000004907) ENSPMRG00000004918 ENSPMRG00000004928 ENSPMRG00000004936 ADCK5 (ENSPMRG00000004955) ENSPMRG00000004962 RECQL4 (ENSPMRG00000004968) ENSPMRG00000004979 ENSPMRG00000004980 LRRC14 (ENSPMRG00000004985) ENSPMRG00000005013 LRRC24 (ENSPMRG00000005018) ENSPMRG00000005023 ##22 C8orf82 (ENSPMRG00000005030) ENPP4 (ENSPMRG00000005034) TRAF6 (ENSPMRG00000005038) FUT11 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SPECIES 35 UBR7 (ENSSMRG00000014211) ENSSMRG00000014212 LYSET (ENSSMRG00000014214) ITPK1 (ENSSMRG00000014215) CHGA (ENSSMRG00000014216) GOLGA5 (ENSSMRG00000014280) LGMN (ENSSMRG00000014281) RIN3 (ENSSMRG00000014282) SLC24A4 (ENSSMRG00000014285) CPSF2 (ENSSMRG00000014860) NDUFB1 (ENSSMRG00000014861) ENSSMRG00000014862 TRIP11 (ENSSMRG00000014863) FBLN5 (ENSSMRG00000014864) TC2N (ENSSMRG00000014865) ENSSMRG00000014867 ##22 ENSSMRG00000014868 PPP4R3A (ENSSMRG00000014870) CCDC88C (ENSSMRG00000014871) GPR68 (ENSSMRG00000014872) DGLUCY (ENSSMRG00000014873) RPS6KA5 (ENSSMRG00000014874) TTC7B (ENSSMRG00000014875) ENSSMRG00000014876 CALM1 (ENSSMRG00000014877) NRDE2 (ENSSMRG00000014878) PSMC1 (ENSSMRG00000014879) KCNK13 (ENSSMRG00000014880) TDP1 (ENSSMRG00000014881) EFCAB11 (ENSSMRG00000014882) FOXN3 (ENSSMRG00000014884) Argentine black and white tegu DUPLICATION Argentine black and white tegu DUPLICATION Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 423 ENSSMRG00000002026 ##22 Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 12 NIF3L1 (ENSSMRG00000020018) PPIL3 (ENSSMRG00000020020) MKS1 (ENSSMRG00000020026) ENSSMRG00000020027 CLK1 (ENSSMRG00000020029) BZW1 (ENSSMRG00000020030) ENSSMRG00000020046 ENSSMRG00000020241 KCTD18 (ENSSMRG00000020242) SPATS2L (ENSSMRG00000020243) MAIP1 (ENSSMRG00000020245) TYW5 (ENSSMRG00000020247) C2orf69 (ENSSMRG00000020249) FTCDNL1 (ENSSMRG00000020252) SATB2 (ENSSMRG00000020256) ENSSMRG00000020259 ##22 PLCL1 (ENSSMRG00000020260) ENSSMRG00000020262 ENSSMRG00000020263 RFTN2 (ENSSMRG00000020265) MOB4 (ENSSMRG00000020267) HSPE1 (ENSSMRG00000020269) HSPD1 (ENSSMRG00000020273) COQ10B (ENSSMRG00000020275) SF3B1 (ENSSMRG00000020276) ANKRD44 (ENSSMRG00000020279) PGAP1 (ENSSMRG00000020281) CFLAR (ENSSMRG00000020283) ENSSMRG00000020284 TRAK2 (ENSSMRG00000020286) MLNR (ENSSMRG00000020287) Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 8 ENSSMRG00000007710 ENSSMRG00000007706 ENSSMRG00000007621 AMIGO3 (ENSSMRG00000007614) ENSSMRG00000007549 GMPPB (ENSSMRG00000007535) NICN1 (ENSSMRG00000007528) AMT (ENSSMRG00000007525) TCTA (ENSSMRG00000007524) ENSSMRG00000007340 ENSSMRG00000007325 INKA1 (ENSSMRG00000007306) ENSSMRG00000007305 IP6K1 (ENSSMRG00000007302) DAG1 (ENSSMRG00000007299) ENSSMRG00000007284 ##22 EGR1 (ENSSMRG00000007282) REEP2 (ENSSMRG00000007277) KDM3B (ENSSMRG00000007262) ENSSMRG00000007260 FAM53C (ENSSMRG00000007259) ENSSMRG00000007258 GFRA3 (ENSSMRG00000007257) CDC23 (ENSSMRG00000007253) KIF20A (ENSSMRG00000007249) BRD8 (ENSSMRG00000007245) NHP2 (ENSSMRG00000007242) RMND5B (ENSSMRG00000007240) N4BP3 (ENSSMRG00000007237) B4GALT7 (ENSSMRG00000007236) ENSSMRG00000007235 Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth MODERN SPECIES 704 ABCC9 (ENSLACG00000001982) KCNJ8 (ENSLACG00000006799) LDHB (ENSLACG00000008558) kiss2 (ENSLACG00000008990) GYS2 (ENSLACG00000009666) GOLT1B (ENSLACG00000011135) RECQL 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(ENSLACG00000009832) STAR (ENSLACG00000009236) ASH2L (ENSLACG00000008614) spaw (ENSLACG00000008347) EIF4EBP1 (ENSLACG00000007967) ENSLACG00000006092 ADRB3 (ENSLACG00000002602) Coelacanth MODERN SPECIES 646 FBXL8 (ENSLACG00000015697) ENSLACG00000015445 ENSLACG00000015345 ##22 NUDT21 (ENSLACG00000015324) AMFR (ENSLACG00000015123) ENSLACG00000015073 ENSLACG00000014923 rpl13 (ENSLACG00000014843) B3GNT9 (ENSLACG00000014287) ENSLACG00000013760 ENSLACG00000012880 CBFB (ENSLACG00000007405) Coelacanth MODERN SPECIES 1778 CLEC19A (ENSLACG00000007437) ENSLACG00000008108 ##22 SYT17 (ENSLACG00000008382) ITPRIPL2 (ENSLACG00000010051) Coelacanth MODERN SPECIES 1949 ENSLACG00000009530 ##22 ENSLACG00000022632 THOC5 (ENSLACG00000006140) NIPSNAP1 (ENSLACG00000004896) ENSLACG00000004147 NF2 (ENSLACG00000001618) Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth MODERN SPECIES 3128 cldn23.1 (ENSLACG00000005739) ENSLACG00000005317 ENSLACG00000005223 ##22 ENSLACG00000004068 ENSLACG00000001916 MFHAS1 (ENSLACG00000000556) Coelacanth MODERN SPECIES 1375 ENSLACG00000022475 MOGAT2 (ENSLACG00000009148) ENSLACG00000009073 ##22 DGAT2 (ENSLACG00000007762) uvrag (ENSLACG00000003382) Coelacanth MODERN SPECIES 826 ENSLACG00000010273 ##22 STPG2 (ENSLACG00000022405) ENSLACG00000014267 Coelacanth MODERN SPECIES 3032 ENSLACG00000005102 ##22 Coelacanth MODERN SPECIES 2311 ENSLACG00000002092 ENSLACG00000005242 ##22 TMEM64 (ENSLACG00000006718) Coelacanth MODERN SPECIES 2942 SDHAF3 (ENSLACG00000001482) ENSLACG00000003798 ##22 Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth MODERN SPECIES 2573 ENSLACG00000002722 ENSLACG00000004751 ENSLACG00000005029 ENSLACG00000006344 ##22 ENSLACG00000006951 Coelacanth MODERN SPECIES 2051 ENSLACG00000008828 ##22 ZNF462 (ENSLACG00000003116) Coelacanth MODERN SPECIES 3246 ENSLACG00000005245 ##22 ENSLACG00000003135 Coelacanth MODERN SPECIES 867 C6orf120 (ENSLACG00000008226) PHF10 (ENSLACG00000008276) ENSLACG00000010931 ENSLACG00000012645 ENSLACG00000013136 ENSLACG00000013374 ENSLACG00000013797 ##22 Coelacanth MODERN SPECIES 1729 ENSLACG00000010212 ENSLACG00000010183 ENSLACG00000002807 ##22 Coelacanth DUPLICATION Coelacanth DUPLICATION Coelacanth MODERN SPECIES 957 FAM181B (ENSLACG00000001423) ENSLACG00000005867 RAB30 (ENSLACG00000006407) ENSLACG00000008451 ##22 PCF11 (ENSLACG00000008858) ANKRD42 (ENSLACG00000009596) CCDC90B (ENSLACG00000010086) ENSLACG00000011650 Coelacanth MODERN SPECIES 2874 ENSLACG00000004741 ENSLACG00000002877 ##22 Coelacanth MODERN SPECIES 2814 ENSLACG00000003737 ##22 ENSLACG00000004454 Coelacanth MODERN SPECIES 286 PROM1 (ENSLACG00000022277) TAPT1 (ENSLACG00000007451) LDB2 (ENSLACG00000009710) QDPR (ENSLACG00000014616) CLRN2 (ENSLACG00000014795) LAP3 (ENSLACG00000014845) ENSLACG00000015131 ##22 ENSLACG00000015186 med28 (ENSLACG00000017051) ENSLACG00000017325 FAM184B (ENSLACG00000017366) NCAPG (ENSLACG00000017517) ENSLACG00000017737 ENSLACG00000017771 Coelacanth DUPLICATION Coelacanth MODERN SPECIES 1998 ENSLACG00000009398 ##22 Coelacanth MODERN SPECIES 3694 ENSLACG00000001984 ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Anura ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Frog DUPLICATION Frog MODERN SPECIES 1 ENSXETG00000047944 engase (ENSXETG00000020214) cant1 (ENSXETG00000020212) ENSXETG00000043009 timp2 (ENSXETG00000020206) ENSXETG00000048575 ENSXETG00000044606 cntnap1 (ENSXETG00000020201) ezh1 (ENSXETG00000020191) ENSXETG00000044033 ENSXETG00000047091 RAMP2 (ENSXETG00000048585) ENSXETG00000047056 vps25 (ENSXETG00000024599) ENSXETG00000046699 ENSXETG00000045490 ##22 ENSXETG00000012615 ENSXETG00000044875 ccdc56 (ENSXETG00000024597) cntd1 (ENSXETG00000041227) ENSXETG00000047141 becn1 (ENSXETG00000012613) elac2 (ENSXETG00000012596) psme3 (ENSXETG00000040776) aoc2 (ENSXETG00000036549) g6pc1.1 (ENSXETG00000012583) g6pc1.2 (ENSXETG00000013641) g6pc1.3 (ENSXETG00000024588) aarsd1 (ENSXETG00000013644) rpl27 (ENSXETG00000013647) ptges3l (ENSXETG00000048831) Frog MODERN SPECIES 7 ENSXETG00000043714 ENSXETG00000006979 casp2 (ENSXETG00000006978) ENSXETG00000048652 a2m (ENSXETG00000024219) ENSXETG00000044283 ENSXETG00000047349 ENSXETG00000045656 ENSXETG00000041581 phc1 (ENSXETG00000024224) m6pr (ENSXETG00000024225) ENSXETG00000046973 pzp (ENSXETG00000024227) ENSXETG00000034075 ENSXETG00000039421 ENSXETG00000044654 ##22 ENSXETG00000043561 ENSXETG00000047030 ENSXETG00000042374 ENSXETG00000047661 ENSXETG00000043913 ENSXETG00000045634 ovos2 (ENSXETG00000009402) ENSXETG00000041971 ENSXETG00000037927 rimklb (ENSXETG00000030755) mfap5 (ENSXETG00000048385) aicda (ENSXETG00000023905) slc2a3 (ENSXETG00000023902) ENSXETG00000046904 ENSXETG00000047347 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Lizard MODERN SPECIES 4 ENSACAG00000037745 PLXNB2 (ENSACAG00000001572) MAPK11 (ENSACAG00000001806) MAPK12 (ENSACAG00000001919) ENSACAG00000002027 ENSACAG00000029666 HDAC10 (ENSACAG00000002041) TUBGCP6 (ENSACAG00000002182) ENSACAG00000037139 SELENOO (ENSACAG00000002256) TRABD (ENSACAG00000002304) ENSACAG00000027919 PANX2 (ENSACAG00000002347) MOV10L1 (ENSACAG00000002357) MLC1 (ENSACAG00000002373) ENSACAG00000044040 ##22 CPED1 (ENSACAG00000007000) ING3 (ENSACAG00000007047) ENSACAG00000007094 TSPAN12 (ENSACAG00000007124) KCND2 (ENSACAG00000007207) ENSACAG00000007208 ENSACAG00000041568 ENSACAG00000007246 ENSACAG00000037922 ENSACAG00000039034 ENSACAG00000007252 ENSACAG00000040576 ENSACAG00000037108 ENSACAG00000035958 ENSACAG00000037242 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Northern pike MODERN SPECIES 7 ENSELUG00000027589 sox14 (ENSELUG00000001694) ENSELUG00000031224 ENSELUG00000031581 ENSELUG00000010876 hdlbpa (ENSELUG00000010700) FARP2 (ENSELUG00000010836) ENSELUG00000020344 ENSELUG00000030844 ENSELUG00000020390 lpar3 (ENSELUG00000020400) rpp21 (ENSELUG00000012638) ENSELUG00000030996 ENSELUG00000000948 aqp12 (ENSELUG00000034091) ENSELUG00000030229 ##22 ENSELUG00000027382 aqp12 (ENSELUG00000027785) uox (ENSELUG00000001112) negr1 (ENSELUG00000034699) adgrl4 (ENSELUG00000018920) ENSELUG00000029097 ENSELUG00000027741 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Cod DUPLICATION Cod DUPLICATION Cod MODERN SPECIES 39 ENSGMOG00000030597 ENSGMOG00000033761 ##22 Cod MODERN SPECIES 22 ENSGMOG00000017830 ENSGMOG00000017848 ENSGMOG00000017879 ENSGMOG00000017899 pgghg (ENSGMOG00000017951) ENSGMOG00000017972 fth1b (ENSGMOG00000018020) ENSGMOG00000018081 RAB3IL1 (ENSGMOG00000018090) ENSGMOG00000018101 hps5 (ENSGMOG00000018122) gtf2h1 (ENSGMOG00000018183) ENSGMOG00000031576 ENSGMOG00000018210 saal1 (ENSGMOG00000018307) ENSGMOG00000031439 ##22 ENSGMOG00000036617 tph1a (ENSGMOG00000018329) SERGEF (ENSGMOG00000018347) kcnc1b (ENSGMOG00000018368) ENSGMOG00000018377 PKP3 (ENSGMOG00000018398) ENSGMOG00000018427 ANO9 (ENSGMOG00000018449) ANO5 (ENSGMOG00000018479) ENSGMOG00000019829 SLC17A6 (ENSGMOG00000018525) GAS2 (ENSGMOG00000018569) svip (ENSGMOG00000022857) ANO3 (ENSGMOG00000018586) slc5a12 (ENSGMOG00000018617) Cod MODERN SPECIES 142 ENSGMOG00000025620 ENSGMOG00000022423 ENSGMOG00000031580 ENSGMOG00000034005 ENSGMOG00000025892 ENSGMOG00000033461 ENSGMOG00000035004 ENSGMOG00000022726 ENSGMOG00000028085 ENSGMOG00000034658 ENSGMOG00000035932 ENSGMOG00000028544 ENSGMOG00000025481 ENSGMOG00000031310 ##22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 20 ENSMMDG00005014533 KLHL25 (ENSMMDG00005014637) ENSMMDG00005014648 ##22 ENSMMDG00005014650 ENSMMDG00005000117 ENSMMDG00005000133 ENSMMDG00005000146 ska1 (ENSMMDG00005000177) ENSMMDG00005000201 ENSMMDG00005000224 NTRK3 (ENSMMDG00005000233) pard6a (ENSMMDG00005000249) ENSMMDG00005000272 zgc:110339 (ENSMMDG00005000282) gal (ENSMMDG00005000292) ppp6r3 (ENSMMDG00005000395) lrp5 (ENSMMDG00005000517) ENSMMDG00005000525 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Orange clownfish MODERN SPECIES 9 ENSAPEG00000005900 ENSAPEG00000005851 ENSAPEG00000005768 ENSAPEG00000005740 ENSAPEG00000005730 ENSAPEG00000005701 ENSAPEG00000005636 ENSAPEG00000005625 ENSAPEG00000005608 ENSAPEG00000005583 ENSAPEG00000005569 ENSAPEG00000005544 ENSAPEG00000005526 GPR68 (ENSAPEG00000005481) ENSAPEG00000005320 ENSAPEG00000005300 ##22 ENSAPEG00000005202 CEL (ENSAPEG00000004760) PALS1 (ENSAPEG00000004649) ENSAPEG00000004524 dnal1 (ENSAPEG00000004463) ENSAPEG00000004447 pth2 (ENSAPEG00000004425) ENSAPEG00000004379 adi1 (ENSAPEG00000004357) trappc12 (ENSAPEG00000004266) eipr1 (ENSAPEG00000004214) MYT1L (ENSAPEG00000004104) PXDN (ENSAPEG00000003984) CCR6 (ENSAPEG00000003960) ENSAPEG00000003944 Spiny chromis MODERN SPECIES 1361 zdhhc4 (ENSAPOG00000010699) ENSAPOG00000010713 ##22 grid2ipb (ENSAPOG00000010795) arhgap17a (ENSAPOG00000010875) lcmt1 (ENSAPOG00000010934) aqp8a.1 (ENSAPOG00000010943) ENSAPOG00000010989 hbae5 (ENSAPOG00000010950) ENSAPOG00000011017 hbbe3 (ENSAPOG00000011025) hbae4 (ENSAPOG00000011038) Cichlidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Lyretail cichlid MODERN SPECIES 333 ENSNBRG00000010961 ppil4 (ENSNBRG00000010947) ginm1 (ENSNBRG00000010939) katna1 (ENSNBRG00000010919) srp9 (ENSNBRG00000010915) ENSNBRG00000010889 enah (ENSNBRG00000010871) lbr (ENSNBRG00000010831) ephx1 (ENSNBRG00000010787) ENSNBRG00000010768 slc5a6a (ENSNBRG00000010703) rpl7l1 (ENSNBRG00000010683) CNIH3 (ENSNBRG00000010643) ptchd4 (ENSNBRG00000010628) opn5 (ENSNBRG00000010573) ENSNBRG00000010546 ##22 ENSNBRG00000010514 tnfrsf21 (ENSNBRG00000010473) Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 NAME_4 ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Sheepshead minnow MODERN SPECIES 2068 ENSCVAG00000019618 ##22 Oryzias ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Javanese ricefish MODERN SPECIES 21 ENSOJAG00000010433 SULF2 (ENSOJAG00000010501) mrgbp (ENSOJAG00000010773) hm13 (ENSOJAG00000010784) dnase1l1 (ENSOJAG00000010877) snx21 (ENSOJAG00000010890) ENSOJAG00000010895 ENSOJAG00000010907 edem2 (ENSOJAG00000010924) ENSOJAG00000011123 ENSOJAG00000011159 ENSOJAG00000011182 ENSOJAG00000011190 cfap206 (ENSOJAG00000011211) tcea2 (ENSOJAG00000011231) ENSOJAG00000011241 ##22 rgs19 (ENSOJAG00000011255) FAM187A (ENSOJAG00000011268) oprl1 (ENSOJAG00000011300) NPBWR2 (ENSOJAG00000011314) ENSOJAG00000011340 RAB29 (ENSOJAG00000011387) cry3a (ENSOJAG00000011418) rps21 (ENSOJAG00000011535) ENSOJAG00000011549 CLCN6 (ENSOJAG00000011581) ENSOJAG00000011609 ENSOJAG00000011624 RNF223 (ENSOJAG00000011663) ENSOJAG00000011689 ENSOJAG00000011723 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 16 ENSORLG00000027648 ENSORLG00000018081 fkbp6 (ENSORLG00000018087) tmem244 (ENSORLG00000018088) CEP170B (ENSORLG00000018091) ENSORLG00000027051 ENSORLG00000018095 ENSORLG00000023747 ENSORLG00000018100 klf11a (ENSORLG00000018102) ENSORLG00000018105 ADAM17 (ENSORLG00000018108) ndufaf7 (ENSORLG00000018112) ENSORLG00000018118 ENSORLG00000023173 ENSORLG00000021972 ##22 ENSORLG00000029165 rps7 (ENSORLG00000018123) rnaseh1 (ENSORLG00000018127) myt1la (ENSORLG00000018130) ENSORLG00000018132 hivep2a (ENSORLG00000018133) ENSORLG00000026593 ENSORLG00000023593 cpsf3 (ENSORLG00000018854) ENSORLG00000018136 allc (ENSORLG00000018141) kidins220b (ENSORLG00000018143) ENSORLG00000018147 ENSORLG00000018150 ccr6a (ENSORLG00000026698) Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Carangaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Seriola ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3249 ENSSLDG00000005631 ENSSLDG00000005586 ENSSLDG00000005565 ##22 ENSSLDG00000005546 GABRB3 (ENSSLDG00000005462) GABRA5 (ENSSLDG00000005441) GABRG3 (ENSSLDG00000005398) ENSSLDG00000005380 ENSSLDG00000005359 SCTR (ENSSLDG00000005282) DBI (ENSSLDG00000005265) STEAP3 (ENSSLDG00000005245) C1QL2 (ENSSLDG00000005214) en1a (ENSSLDG00000005196) ENSSLDG00000005135 ENSSLDG00000005086 ENSSLDG00000005057 ENSSLDG00000005011 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Gilthead seabream MODERN SPECIES 23 sh3bp4 (ENSSAUG00010010793) ENSSAUG00010010790 ENSSAUG00010010787 ENSSAUG00010010786 ENSSAUG00010010783 ENSSAUG00010010775 ENSSAUG00010010768 ENSSAUG00010010762 DBI (ENSSAUG00010010760) ENSSAUG00010010755 mmadhcb (ENSSAUG00010010753) ENSSAUG00010010752 ENSSAUG00010010751 ENSSAUG00010010745 ENSSAUG00010010743 ENSSAUG00010010742 ##22 ENSSAUG00010010352 ENSSAUG00010010334 GPR82 (ENSSAUG00010010330) gpr34b (ENSSAUG00010010328) CASK (ENSSAUG00010003662) nyx (ENSSAUG00010003548) ddx3xa (ENSSAUG00010002403) ENSSAUG00010002377 ENSSAUG00010002375 nup35 (ENSSAUG00010002373) dnajc10 (ENSSAUG00010001251) frzb (ENSSAUG00010001215) ENSSAUG00010001212 ENSSAUG00010001205 Perciformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Channel bull blenny MODERN SPECIES 14 ENTPD5 (ENSCGOG00000016089) bbof1 (ENSCGOG00000016108) aldh6a1 (ENSCGOG00000016118) gstz1 (ENSCGOG00000016319) zgc:163014 (ENSCGOG00000016339) tmed8 (ENSCGOG00000016344) NOXRED1 (ENSCGOG00000013560) gskip (ENSCGOG00000013661) npc2.1 (ENSCGOG00000013663) isca2 (ENSCGOG00000013669) EML5 (ENSCGOG00000013694) ttc8 (ENSCGOG00000014174) ENSCGOG00000014670 ENSCGOG00000014671 ENSCGOG00000014672 ENSCGOG00000014674 ##22 ENSCGOG00000014676 NEK9 (ENSCGOG00000014695) ENSCGOG00000015174 ENSCGOG00000015177 ENSCGOG00000015179 ENSCGOG00000015182 ENSCGOG00000015200 ENSCGOG00000015204 JDP2 (ENSCGOG00000015205) FLVCR2 (ENSCGOG00000015208) ERG28 (ENSCGOG00000015304) ENSCGOG00000015308 tgfb3 (ENSCGOG00000015422) IFT43 (ENSCGOG00000015428) GPATCH2L (ENSCGOG00000015440) Pike perch DUPLICATION Pike perch MODERN SPECIES 262 ENSSLUG00000018778 SMCO4 (ENSSLUG00000018770) ENSSLUG00000018764 ENSSLUG00000018760 nlk2 (ENSSLUG00000018737) ENSSLUG00000018729 ##22 Pike perch MODERN SPECIES 251 ENSSLUG00000018934 ENSSLUG00000018931 ENSSLUG00000018920 ENSSLUG00000018844 ENSSLUG00000018821 ENSSLUG00000018805 ENSSLUG00000018780 ENSSLUG00000018765 ENSSLUG00000018758 ENSSLUG00000018747 ENSSLUG00000018732 ENSSLUG00000018722 ENSSLUG00000018671 ENSSLUG00000018658 ENSSLUG00000018649 ENSSLUG00000018643 ##22 ENSSLUG00000018638 ENSSLUG00000018633 ENSSLUG00000018629 ENSSLUG00000018625 ENSSLUG00000016600 ENSSLUG00000016434 ENSSLUG00000016373 ENSSLUG00000016358 ENSSLUG00000016354 ENSSLUG00000017643 ENSSLUG00000017641 ENSSLUG00000017636 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Atlantic herring MODERN SPECIES 6 ENSCHAG00000009799 ENSCHAG00000009869 ENSCHAG00000011980 ENSCHAG00000012089 ENSCHAG00000012205 kcnk2b (ENSCHAG00000012231) ENSCHAG00000002371 ENSCHAG00000002462 gata4 (ENSCHAG00000002508) fdft1 (ENSCHAG00000002577) ENSCHAG00000002704 ENSCHAG00000002727 ENSCHAG00000002767 ENSCHAG00000002787 ENSCHAG00000002819 ENSCHAG00000002845 ##22 ENSCHAG00000002873 ENSCHAG00000003022 ENSCHAG00000003057 ENSCHAG00000003315 ENSCHAG00000003350 ENSCHAG00000003358 gtf2h5 (ENSCHAG00000003474) serac1 (ENSCHAG00000003556) myct1a (ENSCHAG00000005087) ENSCHAG00000005105 ENSCHAG00000005117 akap12b (ENSCHAG00000005140) zbtb2b (ENSCHAG00000005154) armt1 (ENSCHAG00000005165) STX11 (ENSCHAG00000005320) Otophysi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.A ##22 Common carp reference DUPLICATION Common carp reference MODERN SPECIES 36 ENSCCRG00000067630 ENSCCRG00000057357 ENSCCRG00000042362 ENSCCRG00000059981 ENSCCRG00000053313 ENSCCRG00000081063 ENSCCRG00000062681 ENSCCRG00000028815 ENSCCRG00000068482 ENSCCRG00000075110 ENSCCRG00000080583 ENSCCRG00000067441 ENSCCRG00000082155 ENSCCRG00000059190 ENSCCRG00000065753 ENSCCRG00000060656 ##22 ENSCCRG00000080770 ENSCCRG00000067767 ENSCCRG00000061197 ENSCCRG00000068264 ENSCCRG00000075483 ENSCCRG00000035056 ENSCCRG00000073995 ENSCCRG00000057322 ENSCCRG00000055956 ENSCCRG00000060494 ENSCCRG00000064782 ENSCCRG00000056429 ENSCCRG00000059452 ENSCCRG00000016870 pacsin2 (ENSCCRG00000040570) Common carp reference MODERN SPECIES 5 ENSCCRG00000065268 ENSCCRG00000074512 ENSCCRG00000081735 ENSCCRG00000066178 ENSCCRG00000057208 ENSCCRG00000036851 ENSCCRG00000076879 ENSCCRG00000057123 ENSCCRG00000061722 ENSCCRG00000072807 ENSCCRG00000059158 ENSCCRG00000054800 ENSCCRG00000014753 ENSCCRG00000059776 ENSCCRG00000080641 ENSCCRG00000075069 ##22 ENSCCRG00000022058 ENSCCRG00000062384 ENSCCRG00000059101 ENSCCRG00000081538 ENSCCRG00000007916 ENSCCRG00000082277 ENSCCRG00000065588 ENSCCRG00000065402 ENSCCRG00000033729 ENSCCRG00000080310 ENSCCRG00000062077 ENSCCRG00000055306 ENSCCRG00000009986 ENSCCRG00000058452 ENSCCRG00000009985 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E ##22 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E ##22 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E ##22 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E ##22 Otophysi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E ##22 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E ##22 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E ##22 Characoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E ##22 Mexicana tetra MODERN SPECIES 1045 ENSAMXG00000042317 ENSAMXG00000038389 ENSAMXG00000043322 ENSAMXG00000033670 ##22 ENSAMXG00000029604 ENSAMXG00000031963 ENSAMXG00000037964 ENSAMXG00000042632 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E ##22 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E ##22 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E ##22 Huchen MODERN SPECIES 9452 ENSHHUG00000039369 ##22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E ##22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E ##22 Amniota ANCESTRAL SPECIES 316 ENSGT00950000183016.E ##22 ENSGT01100000263509 Sauria ANCESTRAL SPECIES 253 ENSGT00950000183016.E ##22 ENSGT01100000263509 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 235 ENSGT00950000183016.E ##22 ENSGT01100000263509 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 222 ENSGT00950000183016.E ##22 ENSGT01100000263509 Aves ANCESTRAL SPECIES 211 ENSGT00950000183016.E ##22 ENSGT01100000263509 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 185 ENSGT00950000183016.E ##22 ENSGT01100000263509 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 160 ENSGT00950000183016.E ##22 ENSGT01100000263509 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 191 ENSGT00950000183016.E ##22 ENSGT01100000263509 Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 193 ENSGT00950000183016.E ##22 ENSGT01100000263509 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 186 ENSGT00950000183016.E ##22 ENSGT01100000263509 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 194 ENSGT00950000183016.E ##22 ENSGT01100000263509 Common canary MODERN SPECIES 509 ENSSCAG00000001365 ##22 ENSSCAG00000001369 ENSSCAG00000001373 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 270 ENSGT00950000183016.E ##22 ENSGT01100000263509 Theria DUPLICATION Theria DUPLICATION Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.a.a ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.a.a ##22 Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 2 SETBP1 (ENSMODG00000003078) ENSMODG00000004858 ENSMODG00000029095 ENSMODG00000028967 ENSMODG00000028880 ENSMODG00000015739 ENSMODG00000050435 C5orf63 (ENSMODG00000015736) MEGF10 (ENSMODG00000015728) PRRC1 (ENSMODG00000015724) FEM1C (ENSMODG00000051374) ENSMODG00000025180 PGGT1B (ENSMODG00000015716) TRIM36 (ENSMODG00000015705) KCNN2 (ENSMODG00000015701) ENSMODG00000044024 ##22 ENSMODG00000042022 YTHDC2 (ENSMODG00000015671) ENSMODG00000025602 STARD4 (ENSMODG00000038279) ENSMODG00000004443 WDR36 (ENSMODG00000015652) SLC25A46 (ENSMODG00000015644) ISOC1 (ENSMODG00000015640) DCP2 (ENSMODG00000015636) ENSMODG00000039711 MCC (ENSMODG00000015629) ENSMODG00000043742 ENSMODG00000015623 ENSMODG00000048237 RGMB (ENSMODG00000015621) Opossum MODERN SPECIES ENSMODG00000010351 ENSMODG00000047213 ENSMODG00000047667 ENSMODG00000010323 ENSMODG00000050705 ENSMODG00000043890 ENSMODG00000042716 ENSMODG00000046946 ENSMODG00000047394 ENSMODG00000037126 ENSMODG00000048666 ENSMODG00000039706 ENSMODG00000050687 ENSMODG00000045148 ENSMODG00000038217 ENSMODG00000027971 ##22 CYP2E1 (ENSMODG00000010247) ENSMODG00000010204 ENSMODG00000025781 ENSMODG00000025274 ENSMODG00000025273 ENSMODG00000047140 ENSMODG00000010021 ENSMODG00000010011 RASSF4 (ENSMODG00000010000) ENSMODG00000010008 TMEM72 (ENSMODG00000009987) CXCL12 (ENSMODG00000009971) ENSMODG00000027416 ARIH1 (ENSMODG00000009966) BBS4 (ENSMODG00000009951) Opossum MODERN SPECIES SYNE2 (ENSMODG00000009179) SGPP1 (ENSMODG00000009061) ENSMODG00000051264 PPP2R5E (ENSMODG00000008976) GPHB5 (ENSMODG00000008956) RHOJ (ENSMODG00000008950) KCNH5 (ENSMODG00000008936) ENSMODG00000008792 SYT16 (ENSMODG00000008777) SNAPC1 (ENSMODG00000008771) ENSMODG00000023955 HIF1A (ENSMODG00000008760) ENSMODG00000043273 PRKCH (ENSMODG00000008706) TMEM30B (ENSMODG00000023959) ENSMODG00000028110 ##22 SLC38A6 (ENSMODG00000008682) TRMT5 (ENSMODG00000008664) ENSMODG00000041214 MNAT1 (ENSMODG00000008657) SIX4 (ENSMODG00000008646) SIX1 (ENSMODG00000049037) SIX6 (ENSMODG00000008633) C14orf39 (ENSMODG00000025739) PPM1A (ENSMODG00000008615) DHRS7 (ENSMODG00000008587) PCNX4 (ENSMODG00000008578) LRRC9 (ENSMODG00000008565) RTN1 (ENSMODG00000008445) ENSMODG00000025738 JKAMP (ENSMODG00000043526) Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES AKAP6 (ENSMODG00000017618) ARHGAP5 (ENSMODG00000017613) NUBPL (ENSMODG00000024100) ENSMODG00000024099 GPR33 (ENSMODG00000050260) DTD2 (ENSMODG00000045920) HEATR5A (ENSMODG00000017600) HECTD1 (ENSMODG00000017590) AP4S1 (ENSMODG00000017579) ENSMODG00000048426 STRN3 (ENSMODG00000017571) ENSMODG00000017575 COCH (ENSMODG00000017567) SCFD1 (ENSMODG00000017563) G2E3 (ENSMODG00000017557) ENSMODG00000028551 ##22 PRKD1 (ENSMODG00000017552) ENSMODG00000029330 ##22 ENSMODG00000045515 ENSMODG00000043570 FOXG1 (ENSMODG00000017542) ENSMODG00000048709 NOVA1 (ENSMODG00000049692) ENSMODG00000038001 STXBP6 (ENSMODG00000001866) 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devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil MODERN SPECIES 3 LPAR3 (ENSSHAG00000016258) SSX2IP (ENSSHAG00000017020) ENSSHAG00000017130 CTBS (ENSSHAG00000017432) SPATA1 (ENSSHAG00000017459) ENSSHAG00000024357 RPF1 (ENSSHAG00000017559) ENSSHAG00000017746 DNASE2B (ENSSHAG00000017718) ENSSHAG00000025421 SAMD13 (ENSSHAG00000023065) PRKACB (ENSSHAG00000017987) TTLL7 (ENSSHAG00000018186) ADGRL2 (ENSSHAG00000016576) ENSSHAG00000026707 ENSSHAG00000029626 ##22 ENSSHAG00000014879 ENSSHAG00000015002 ENSSHAG00000007312 ENSSHAG00000024851 ENSSHAG00000025951 ENSSHAG00000003908 ENSSHAG00000004270 FCRLB (ENSSHAG00000004693) DUSP12 (ENSSHAG00000028029) ATF6 (ENSSHAG00000005867) ENSSHAG00000023337 OLFML2B (ENSSHAG00000007992) ENSSHAG00000009619 SPATA46 (ENSSHAG00000011920) ENSSHAG00000020806 Tasmanian devil MODERN SPECIES 2 ENSSHAG00000013110 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SPECIES 216 ENSCWAG00000010352 BCAR3 (ENSCWAG00000010282) DNTTIP2 (ENSCWAG00000010220) GCLM (ENSCWAG00000010130) ABCA4 (ENSCWAG00000008954) ARHGAP29 (ENSCWAG00000008826) ABCD3 (ENSCWAG00000008698) F3 (ENSCWAG00000008610) SLC44A3 (ENSCWAG00000008028) CNN3 (ENSCWAG00000007917) ALG14 (ENSCWAG00000007862) TLCD4 (ENSCWAG00000007797) RWDD3 (ENSCWAG00000007768) ENSCWAG00000007751 PTBP2 (ENSCWAG00000007516) ENSCWAG00000007473 ##22 DPYD (ENSCWAG00000004886) SNX7 (ENSCWAG00000004827) Pig DUPLICATION Pig DUPLICATION Pig DUPLICATION Pig MODERN SPECIES 17 ENSSSCG00000015401 ENSSSCG00000042028 CACNA2D1 (ENSSSCG00000015402) HGF (ENSSSCG00000015403) ENSSSCG00000043491 SEMA3C (ENSSSCG00000023784) ENSSSCG00000050759 ENSSSCG00000052988 ENSSSCG00000054067 ENSSSCG00000061942 ENSSSCG00000062963 ENSSSCG00000015405 ENSSSCG00000061957 GNAT3 (ENSSSCG00000015406) GNAI1 (ENSSSCG00000015407) ENSSSCG00000054920 ##22 MAGI2 (ENSSSCG00000031780) ENSSSCG00000015408 ENSSSCG00000045565 PHTF2 (ENSSSCG00000015410) TMEM60 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DUPLICATION Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary MODERN SPECIES 917 ENSCWAG00000021425 ENSCWAG00000021424 ENSCWAG00000021421 ENSCWAG00000021406 TSPEAR (ENSCWAG00000021390) LRRC3 (ENSCWAG00000021387) TRPM2 (ENSCWAG00000021376) ENSCWAG00000021368 ##22 CFAP410 (ENSCWAG00000021363) PFKL (ENSCWAG00000021338) Chacoan peccary MODERN SPECIES 216 MTRF1 (ENSCWAG00000000321) KBTBD7 (ENSCWAG00000000301) KBTBD6 (ENSCWAG00000000273) WBP4 (ENSCWAG00000000246) ELF1 (ENSCWAG00000000184) SUGT1 (ENSCWAG00000000140) CNMD (ENSCWAG00000000097) PCDH8 (ENSCWAG00000000054) ENSCWAG00000019571 OLFM4 (ENSCWAG00000019527) ENSCWAG00000019495 ENSCWAG00000019477 ENSCWAG00000019461 PCDH17 (ENSCWAG00000019432) ENSCWAG00000019419 ENSCWAG00000019391 ##22 DIAPH3 (ENSCWAG00000017632) ENSCWAG00000017495 TDRD3 (ENSCWAG00000017371) PCDH20 (ENSCWAG00000017337) DNAI3 (ENSCWAG00000017052) SYDE2 (ENSCWAG00000016990) C1orf52 (ENSCWAG00000016957) BCL10 (ENSCWAG00000016929) DDAH1 (ENSCWAG00000016873) CCN1 (ENSCWAG00000016845) ZNHIT6 (ENSCWAG00000016707) COL24A1 (ENSCWAG00000016291) ODF2L (ENSCWAG00000016227) CLCA2 (ENSCWAG00000016125) CLCA1 (ENSCWAG00000016019) Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary MODERN SPECIES 297 ENSCWAG00000008010 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 439 ENSCWAG00000006385 ##22 Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary MODERN SPECIES 328 ENSCWAG00000008807 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 349 ENSCWAG00000009244 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 487 ENSCWAG00000006877 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 107 ENSCWAG00000010466 DIPK2B (ENSCWAG00000010510) KDM6A (ENSCWAG00000010666) DUSP21 (ENSCWAG00000011328) FUNDC1 (ENSCWAG00000011345) ENSCWAG00000011381 EFHC2 (ENSCWAG00000011457) ENSCWAG00000011594 ENSCWAG00000011610 NDP (ENSCWAG00000011633) MAOB (ENSCWAG00000011662) MAOA (ENSCWAG00000011762) ENSCWAG00000011834 ENSCWAG00000011901 ENSCWAG00000011927 ENSCWAG00000011966 ##22 ENSCWAG00000012006 ENSCWAG00000012037 CASK (ENSCWAG00000012127) GPR82 (ENSCWAG00000012925) GPR34 (ENSCWAG00000012940) NYX (ENSCWAG00000012958) DDX3X (ENSCWAG00000013025) ENSCWAG00000013536 USP9X (ENSCWAG00000013600) MED14 (ENSCWAG00000013978) CXorf38 (ENSCWAG00000014219) ENSCWAG00000014300 ENSCWAG00000014416 BCOR (ENSCWAG00000014765) MID1IP1 (ENSCWAG00000014895) Suina DUPLICATION Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.a.a.b.a.b.a ##22 Pig MODERN SPECIES 13 KITLG (ENSSSCG00000035495) DUSP6 (ENSSSCG00000037910) GALNT4 (ENSSSCG00000043102) POC1B (ENSSSCG00000000920) ENSSSCG00000042626 ATP2B1 (ENSSSCG00000027898) ENSSSCG00000062710 ENSSSCG00000049831 CCER1 (ENSSSCG00000039400) EPYC (ENSSSCG00000000918) KERA (ENSSSCG00000000917) LUM (ENSSSCG00000000916) DCN (ENSSSCG00000000915) ENSSSCG00000061113 ENSSSCG00000055305 ENSSSCG00000051747 ##22 BTG1 (ENSSSCG00000035790) ENSSSCG00000050856 EEA1 (ENSSSCG00000044340) ENSSSCG00000040056 ENSSSCG00000000908 ENSSSCG00000059484 ENSSSCG00000030478 SOCS2 (ENSSSCG00000053891) CRADD (ENSSSCG00000000910) ENSSSCG00000048542 PLXNC1 (ENSSSCG00000000907) CEP83 (ENSSSCG00000024563) TMCC3 (ENSSSCG00000000906) ENSSSCG00000000905 NR2C1 (ENSSSCG00000000902) Chacoan peccary MODERN SPECIES 944 LRRC34 (ENSCWAG00000010331) MYNN (ENSCWAG00000010271) ACTRT3 (ENSCWAG00000010236) MECOM (ENSCWAG00000008085) GOLIM4 (ENSCWAG00000007844) ENSCWAG00000007784 SERPINI1 (ENSCWAG00000007730) PDCD10 (ENSCWAG00000007686) WDR49 (ENSCWAG00000007531) SERPINI2 (ENSCWAG00000007477) ZBBX (ENSCWAG00000007115) BCHE (ENSCWAG00000007080) SLITRK3 (ENSCWAG00000007069) SI (ENSCWAG00000006885) ENSCWAG00000006854 ENSCWAG00000006826 ##22 OTOL1 (ENSCWAG00000006788) SPTSSB (ENSCWAG00000006778) NMD3 (ENSCWAG00000006699) B3GALNT1 (ENSCWAG00000006661) PPM1L (ENSCWAG00000006544) ARL14 (ENSCWAG00000006514) KPNA4 (ENSCWAG00000006461) TRIM59 (ENSCWAG00000006443) SMC4 (ENSCWAG00000006057) ENSCWAG00000006029 IFT80 (ENSCWAG00000005901) C3orf80 (ENSCWAG00000005889) IL12A (ENSCWAG00000005770) ENSCWAG00000005648 IQCJ (ENSCWAG00000005599) Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.a.a.b.a.b.b ##22 Pig MODERN SPECIES 1 TOPORS (ENSSSCG00000011004) RIGI (ENSSSCG00000030408) ACO1 (ENSSSCG00000023807) ENSSSCG00000046623 ENSSSCG00000051410 ENSSSCG00000047218 ENSSSCG00000049106 ENSSSCG00000040988 LINGO2 (ENSSSCG00000062233) C9orf72 (ENSSSCG00000011010) MOB3B (ENSSSCG00000038811) IFNK (ENSSSCG00000011011) ENSSSCG00000054649 ZNF658 (ENSSSCG00000036693) MFSD14B (ENSSSCG00000026552) ENSSSCG00000058760 ##22 RAB18 (ENSSSCG00000028655) MKX (ENSSSCG00000029783) ODAD2 (ENSSSCG00000011069) ENSSSCG00000033904 MPP7 (ENSSSCG00000011070) ENSSSCG00000056325 WAC (ENSSSCG00000011013) BAMBI (ENSSSCG00000011014) ENSSSCG00000039256 ENSSSCG00000035848 MAP3K8 (ENSSSCG00000020705) MTPAP (ENSSSCG00000011018) JCAD (ENSSSCG00000011020) SVIL (ENSSSCG00000011022) ZNF438 (ENSSSCG00000011023) Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.a.a.b.b ##22 Pig MODERN SPECIES 8 ENSSSCG00000007125 CST9L (ENSSSCG00000029289) CST3 (ENSSSCG00000037360) SYNDIG1 (ENSSSCG00000007130) CST7 (ENSSSCG00000007131) APMAP (ENSSSCG00000036286) ACSS1 (ENSSSCG00000007133) VSX1 (ENSSSCG00000023887) ENTPD6 (ENSSSCG00000027070) PYGB (ENSSSCG00000022815) ABHD12 (ENSSSCG00000040449) GINS1 (ENSSSCG00000034913) ENSSSCG00000007135 NANP (ENSSSCG00000053479) ENSSSCG00000035283 ENSSSCG00000063198 ##22 ADRA1D (ENSSSCG00000007139) SMOX (ENSSSCG00000007140) RNF24 (ENSSSCG00000059435) PANK2 (ENSSSCG00000007142) ENSSSCG00000007143 AP5S1 (ENSSSCG00000033297) CDC25B (ENSSSCG00000007151) CENPB (ENSSSCG00000053890) SPEF1 (ENSSSCG00000007149) ADISSP (ENSSSCG00000035666) HSPA12B (ENSSSCG00000007147) SIGLEC1 (ENSSSCG00000007146) ADAM33 (ENSSSCG00000007145) GFRA4 (ENSSSCG00000021401) ATRN (ENSSSCG00000007153) Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.a.b ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.a.b ##22 Pig MODERN SPECIES 10 EHF (ENSSSCG00000013300) APIP (ENSSSCG00000013299) ENSSSCG00000058879 PDHX (ENSSSCG00000013298) ENSSSCG00000045027 CD44 (ENSSSCG00000013297) SLC1A2 (ENSSSCG00000013296) PAMR1 (ENSSSCG00000028338) ENSSSCG00000040861 FJX1 (ENSSSCG00000025588) TRIM44 (ENSSSCG00000013295) ENSSSCG00000062228 LDLRAD3 (ENSSSCG00000013294) ENSSSCG00000046114 COMMD9 (ENSSSCG00000013293) ENSSSCG00000046177 ##22 PRR5L (ENSSSCG00000013292) TRAF6 (ENSSSCG00000038082) RAG1 (ENSSSCG00000026145) RAG2 (ENSSSCG00000034285) IFTAP (ENSSSCG00000035489) ENSSSCG00000044221 ENSSSCG00000048619 LRRC4C (ENSSSCG00000013286) ENSSSCG00000049087 API5 (ENSSSCG00000013285) TTC17 (ENSSSCG00000013284) HSD17B12 (ENSSSCG00000021739) ALKBH3 (ENSSSCG00000040937) ACCSL (ENSSSCG00000057793) ACCS (ENSSSCG00000013282) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.a.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.a.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.a.b ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 7 ATPSCKMT (ENSHGLG00000033623) CCT5 (ENSHGLG00000015664) CMBL (ENSHGLG00000044949) MARCHF6 (ENSHGLG00000003823) ENSHGLG00000004654 ANKRD33B (ENSHGLG00000036584) ENSHGLG00000015867 ENSHGLG00000007547 ENSHGLG00000032946 ENSHGLG00000034637 ENSHGLG00000017230 ENSHGLG00000034661 ENSHGLG00000004104 ENSHGLG00000004346 OTULINL (ENSHGLG00000007364) ENSHGLG00000040674 ##22 OTULIN (ENSHGLG00000008326) ANKH (ENSHGLG00000009005) ENSHGLG00000049744 FBXL7 (ENSHGLG00000039624) ENSHGLG00000005413 ENSHGLG00000047002 ENSHGLG00000042572 ZNF622 (ENSHGLG00000040123) RETREG1 (ENSHGLG00000033002) MYO10 (ENSHGLG00000006481) ENSHGLG00000041373 ENSHGLG00000040982 ENSHGLG00000000095 ENSHGLG00000011908 ENSHGLG00000003890 Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.b.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.b.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.b.a ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.b.a ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.b.a ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 667 ENSCWAG00000000842 ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.b.a ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.b.a ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.b.a ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.b.a ##22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 5 FAM110B (ENSRFEG00010007745) BPNT2 (ENSRFEG00010007765) PENK (ENSRFEG00010007792) ENSRFEG00010007826 SDR16C5 (ENSRFEG00010007843) CHCHD7 (ENSRFEG00010007883) PLAG1 (ENSRFEG00010008003) MOS (ENSRFEG00010008043) RPS20 (ENSRFEG00010008066) LYN (ENSRFEG00010008285) TGS1 (ENSRFEG00010008465) TMEM68 (ENSRFEG00010008543) ENSRFEG00010008656 XKR4 (ENSRFEG00010008664) ENSRFEG00010008703 ENSRFEG00010008837 ##22 RP1 (ENSRFEG00010008854) SOX17 (ENSRFEG00010008892) ENSRFEG00010008939 TCEA1 (ENSRFEG00010009037) RGS20 (ENSRFEG00010009394) ENSRFEG00010009490 ATP6V1H (ENSRFEG00010009527) OPRK1 (ENSRFEG00010009620) NPBWR1 (ENSRFEG00010009636) RB1CC1 (ENSRFEG00010009654) ST18 (ENSRFEG00010009724) ENSRFEG00010009897 SNTG1 (ENSRFEG00010010115) ENSRFEG00010012270 SETSIP (ENSRFEG00010012378) Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.b.a ##22 Donkey MODERN SPECIES 25 ENSEASG00005033182 ##22 ENSEASG00005038281 ENSEASG00005015111 NOC2L (ENSEASG00005015108) KLHL17 (ENSEASG00005015105) PLEKHN1 (ENSEASG00005015103) PERM1 (ENSEASG00005015101) HES4 (ENSEASG00005025937) ISG15 (ENSEASG00005015095) AGRN (ENSEASG00005015068) ENSEASG00005015049 RNF223 (ENSEASG00005025252) C1orf159 (ENSEASG00005030232) ENSEASG00005015029 TNFRSF18 (ENSEASG00005030367) ENSEASG00005015021 Horse MODERN SPECIES 21 ENSECAG00000055698 OR2T1B (ENSECAG00000030946) ENSECAG00000044780 ENSECAG00000057713 ENSECAG00000040920 ENSECAG00000046786 ENSECAG00000046065 ENSECAG00000003317 ENSECAG00000053852 ENSECAG00000055341 ENSECAG00000044215 FZD8 (ENSECAG00000005857) GJD4 (ENSECAG00000005919) CCNY (ENSECAG00000010378) ENSECAG00000049707 ENSECAG00000046479 ##22 ENSECAG00000052148 CREM (ENSECAG00000011220) CUL2 (ENSECAG00000015528) ENSECAG00000057191 PARD3 (ENSECAG00000016619) NRP1 (ENSECAG00000020753) ITGB1 (ENSECAG00000022498) ENSECAG00000060288 ENSECAG00000051850 EPC1 (ENSECAG00000024648) KIF5B (ENSECAG00000000558) ENSECAG00000058328 ARHGAP12 (ENSECAG00000014289) ZEB1 (ENSECAG00000020102) ZNF438 (ENSECAG00000020904) Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.b.b.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.b.b.a ##22 Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.b.b.a.a ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.b.b.a.a ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.b.b.a.a ##22 Equus DUPLICATION Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.b.b.a.a.a ##22 Horse DUPLICATION Horse DUPLICATION Horse DUPLICATION Horse MODERN SPECIES ENSECAG00000038907 MYO1E (ENSECAG00000024352) CCNB2 (ENSECAG00000014813) RNF111 (ENSECAG00000024602) SLTM (ENSECAG00000011267) MINDY2 (ENSECAG00000019456) ENSECAG00000059129 ENSECAG00000052250 ADAM10 (ENSECAG00000007963) LIPC (ENSECAG00000020896) AQP9 (ENSECAG00000012789) ENSECAG00000046764 ALDH1A2 (ENSECAG00000014750) CGNL1 (ENSECAG00000011325) TCF12 (ENSECAG00000011678) ENSECAG00000045013 ##22 ENSECAG00000055172 ##22 ZNF280D (ENSECAG00000008139) ENSECAG00000059798 MNS1 (ENSECAG00000020945) TEX9 (ENSECAG00000024271) ENSECAG00000045204 RFX7 (ENSECAG00000002379) NEDD4 (ENSECAG00000009456) PRTG (ENSECAG00000012671) ENSECAG00000052784 PYGO1 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DUPLICATION Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.a.b.b.a.a.b.b.b.a.a ##22 Horse DUPLICATION Horse DUPLICATION Horse DUPLICATION Horse MODERN SPECIES 29 PIEZO2 (ENSECAG00000014557) NAPG (ENSECAG00000013321) ENSECAG00000044306 APCDD1 (ENSECAG00000011774) VAPA (ENSECAG00000008769) TXNDC2 (ENSECAG00000008508) RAB31 (ENSECAG00000006886) PPP4R1 (ENSECAG00000023070) ENSECAG00000044100 RALBP1 (ENSECAG00000018789) ENSECAG00000048178 ##22 ENSECAG00000049364 ENSECAG00000054259 ENSECAG00000043310 TWSG1 (ENSECAG00000018189) ENSECAG00000046812 ##22 ANKRD12 (ENSECAG00000013901) NDUFV2 (ENSECAG00000009904) RAB12 (ENSECAG00000007384) MTCL1 (ENSECAG00000029756) ENSECAG00000033766 ENSECAG00000058510 PTPRM (ENSECAG00000022845) LRRC30 (ENSECAG00000044023) ENSECAG00000029485 LAMA1 (ENSECAG00000018061) ARHGAP28 (ENSECAG00000013547) TMEM200C (ENSECAG00000031743) EPB41L3 (ENSECAG00000014474) ENSECAG00000059945 ENSECAG00000051513 Horse MODERN SPECIES 27 FAIM2 (ENSECAG00000021544) AQP2 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C15H2orf74 (ENSECAG00000013166) ENSECAG00000005107 USP34 (ENSECAG00000022272) ENSECAG00000059157 ENSECAG00000044596 ENSECAG00000060044 ENSECAG00000059740 ##22 XPO1 (ENSECAG00000024920) FAM161A (ENSECAG00000024614) CCT4 (ENSECAG00000016982) ENSECAG00000060047 COMMD1 (ENSECAG00000016963) B3GNT2 (ENSECAG00000016959) ENSECAG00000032544 TMEM17 (ENSECAG00000015697) EHBP1 (ENSECAG00000009318) OTX1 (ENSECAG00000024462) MDH1 (ENSECAG00000010849) WDPCP (ENSECAG00000019956) UGP2 (ENSECAG00000016705) VPS54 (ENSECAG00000022920) PELI1 (ENSECAG00000021804) Horse MODERN SPECIES 18 ENSECAG00000021271 PTTG1IP (ENSECAG00000022770) ITGB2 (ENSECAG00000023061) SLX9 (ENSECAG00000016590) ADARB1 (ENSECAG00000019917) POFUT2 (ENSECAG00000004992) COL18A1 (ENSECAG00000016361) SLC19A1 (ENSECAG00000002116) PCBP3 (ENSECAG00000012413) ENSECAG00000047101 COL6A1 (ENSECAG00000022731) COL6A2 (ENSECAG00000019436) FTCD (ENSECAG00000011979) SPATC1L (ENSECAG00000006870) LSS (ENSECAG00000008899) ENSECAG00000047281 ##22 MCM3AP 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ENSSVLG00005023602 UBE2E2 (ENSSVLG00005023634) ENSSVLG00005023653 ##22 ENSSVLG00005023675 ENSSVLG00005023698 ENSSVLG00005023738 TOMM22 (ENSSVLG00005023755) ZNF385D (ENSSVLG00005023781) ENSSVLG00005023824 ENSSVLG00005023862 ENSSVLG00005023889 ENSSVLG00005023908 ENSSVLG00005023944 PP2D1 (ENSSVLG00005023998) RAB5A (ENSSVLG00005024015) EFHB (ENSSVLG00005024067) ENSSVLG00005024162 ENSSVLG00005024173 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 117 ENSGT00950000183016.E.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.a Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 164 ENSGT00950000183016.E.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.b Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000156461 ENSGT00940000160148 ENSGT00390000016400 ENSGT00990000204257 ENSGT00950000184667 ENSGT00390000007214 ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000156852 ENSGT00520000060326 ENSGT00940000158656 ENSGT00910000147842 ENSGT00950000182899.A ENSGT00940000156426 ENSGT00940000155428 ENSGT01050000244818.s.a 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Pig MODERN SPECIES 17 SCIN (ENSSSCG00000015353) ENSSSCG00000049585 VWDE (ENSSSCG00000022543) TMEM106B (ENSSSCG00000032740) THSD7A (ENSSSCG00000015350) PHF14 (ENSSSCG00000026722) NDUFA4 (ENSSSCG00000024313) ENSSSCG00000051543 NXPH1 (ENSSSCG00000037207) ICA1 (ENSSSCG00000015346) GLCCI1 (ENSSSCG00000015345) UMAD1 (ENSSSCG00000036169) RPA3 (ENSSSCG00000023886) MIOS (ENSSSCG00000015343) COL28A1 (ENSSSCG00000015342) ENSSSCG00000049770 ##22 ENSSSCG00000038187 ASNS (ENSSSCG00000015340) TAC1 (ENSSSCG00000023592) ENSSSCG00000057777 ENSSSCG00000023850 DLX5 (ENSSSCG00000038838) DLX6 (ENSSSCG00000033314) ENSSSCG00000047552 ENSSSCG00000015337 ENSSSCG00000061895 ENSSSCG00000047863 SLC25A13 (ENSSSCG00000015336) DYNC1I1 (ENSSSCG00000015335) PDK4 (ENSSSCG00000015334) PON2 (ENSSSCG00000015331) Pig MODERN SPECIES 6 DES (ENSSSCG00000020785) ENSSSCG00000032522 SPEGNB (ENSSSCG00000032289) ENSSSCG00000063534 GMPPA (ENSSSCG00000023935) ENSSSCG00000031491 ASIC4 (ENSSSCG00000029968) CHPF (ENSSSCG00000021610) 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(ENSSSCG00000012642) XIAP (ENSSSCG00000025028) THOC2 (ENSSSCG00000012639) GRIA3 (ENSSSCG00000012638) ENSSSCG00000042390 Pig MODERN SPECIES 14 MCOLN2 (ENSSSCG00000003755) LPAR3 (ENSSSCG00000003756) SSX2IP (ENSSSCG00000003757) ENSSSCG00000044786 CTBS (ENSSSCG00000003758) SPATA1 (ENSSSCG00000029882) GNG5 (ENSSSCG00000053185) RPF1 (ENSSSCG00000022145) DNASE2B (ENSSSCG00000026532) UOX (ENSSSCG00000022206) SAMD13 (ENSSSCG00000026005) ENSSSCG00000044862 PRKACB (ENSSSCG00000040920) ENSSSCG00000051341 TTLL7 (ENSSSCG00000003760) ENSSSCG00000046184 ##22 ADGRL2 (ENSSSCG00000003761) ENSSSCG00000051159 ENSSSCG00000027421 ENSSSCG00000043601 ADGRL4 (ENSSSCG00000003762) IFI44 (ENSSSCG00000003763) IFI44L (ENSSSCG00000027660) PTGFR (ENSSSCG00000039548) GIPC2 (ENSSSCG00000035582) ENSSSCG00000050806 DNAJB4 (ENSSSCG00000003766) FUBP1 (ENSSSCG00000003771) NEXN (ENSSSCG00000003768) MIGA1 (ENSSSCG00000003770) ENSSSCG00000035986 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.a.a.a.b ##22 Pig DUPLICATION Pig DUPLICATION Pig DUPLICATION Pig MODERN SPECIES 6 ENSSSCG00000036103 ENSSSCG00000058309 GPM6A (ENSSSCG00000023328) ENSSSCG00000049422 WDR17 (ENSSSCG00000015766) SPATA4 (ENSSSCG00000015767) ASB5 (ENSSSCG00000030395) SPCS3 (ENSSSCG00000015769) VEGFC (ENSSSCG00000015770) NEIL3 (ENSSSCG00000015771) ENSSSCG00000057042 AGA (ENSSSCG00000015772) ENSSSCG00000063491 ENSSSCG00000055184 ENSSSCG00000050308 ENSSSCG00000048815 ##22 TENM3 (ENSSSCG00000015774) DCTD (ENSSSCG00000015775) WWC2 (ENSSSCG00000021731) ENSSSCG00000033315 CLDN22 (ENSSSCG00000027901) ENSSSCG00000022456 CDKN2AIP (ENSSSCG00000015779) ING2 (ENSSSCG00000024555) RWDD4 (ENSSSCG00000015776) TRAPPC11 (ENSSSCG00000015777) STOX2 (ENSSSCG00000015780) ENPP6 (ENSSSCG00000015781) IRF2 (ENSSSCG00000015782) PRIMPOL (ENSSSCG00000015786) CASP3 (ENSSSCG00000034012) Pig MODERN SPECIES 2 ELF1 (ENSSSCG00000009440) ENSSSCG00000047512 SUGT1 (ENSSSCG00000039338) CNMD (ENSSSCG00000009442) PCDH8 (ENSSSCG00000009445) OLFM4 (ENSSSCG00000009444) 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(ENSSSCG00000010340) Chacoan peccary MODERN SPECIES 975 CHRM3 (ENSCWAG00000020121) ENSCWAG00000020104 ENSCWAG00000020098 ENSCWAG00000020095 ZP4 (ENSCWAG00000020073) ENSCWAG00000020064 ##22 RYR2 (ENSCWAG00000019790) MTR (ENSCWAG00000019533) ACTN2 (ENSCWAG00000019345) HEATR1 (ENSCWAG00000019211) LGALS8 (ENSCWAG00000019096) EDARADD (ENSCWAG00000018986) ERO1B (ENSCWAG00000018960) GPR137B (ENSCWAG00000018939) NID1 (ENSCWAG00000018873) LYST (ENSCWAG00000018583) GNG4 (ENSCWAG00000018536) B3GALNT2 (ENSCWAG00000018504) TBCE (ENSCWAG00000018356) GGPS1 (ENSCWAG00000018324) ARID4B (ENSCWAG00000018281) Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.a.a.b ##22 Pig MODERN SPECIES TIMM21 (ENSSSCG00000032494) CYB5A (ENSSSCG00000004875) C18orf63 (ENSSSCG00000004874) DIPK1C (ENSSSCG00000039486) CNDP2 (ENSSSCG00000004870) CNDP1 (ENSSSCG00000004869) ENSSSCG00000053589 PTGR3 (ENSSSCG00000032488) TSHZ1 (ENSSSCG00000004861) ENSSSCG00000060932 ENSSSCG00000057943 ZNF516 (ENSSSCG00000004859) ZNF236 (ENSSSCG00000023533) MBP (ENSSSCG00000038767) GALR1 (ENSSSCG00000036984) ENSSSCG00000054407 ##22 SALL3 (ENSSSCG00000004858) ENSSSCG00000040521 ATP9B (ENSSSCG00000004857) NFATC1 (ENSSSCG00000004856) ENSSSCG00000040252 CTDP1 (ENSSSCG00000005787) SNRPA1 (ENSSSCG00000005786) PCSK6 (ENSSSCG00000005785) TM2D3 (ENSSSCG00000005782) TARS3 (ENSSSCG00000005781) ENSSSCG00000033540 TJP1 (ENSSSCG00000004854) ENTREP2 (ENSSSCG00000004850) APBA2 (ENSSSCG00000004849) MCEE (ENSSSCG00000035696) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.a.a ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.a.a ##22 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.a.a ##22 Horse DUPLICATION Horse DUPLICATION Horse DUPLICATION Horse MODERN SPECIES 28 ENSECAG00000005142 ENSECAG00000032552 ENSECAG00000057164 ENSECAG00000029264 ENSECAG00000053886 ENSECAG00000043478 ZNF558 (ENSECAG00000012836) ENSECAG00000030953 ENSECAG00000028470 ENSECAG00000047286 ENSECAG00000037925 ENSECAG00000004646 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KCNC2 (ENSECAG00000010280) ENSECAG00000052654 ENSECAG00000053347 ENSECAG00000047922 TRHDE (ENSECAG00000009284) TPH2 (ENSECAG00000013175) TBC1D15 (ENSECAG00000006710) RAB21 (ENSECAG00000006443) ENSECAG00000054460 Horse MODERN SPECIES 26 KCNJ9 (ENSECAG00000030879) IGSF8 (ENSECAG00000022195) ATP1A2 (ENSECAG00000024827) ATP1A4 (ENSECAG00000024542) CASQ1 (ENSECAG00000019807) PEA15 (ENSECAG00000019187) DCAF8 (ENSECAG00000007978) PEX19 (ENSECAG00000053736) COPA (ENSECAG00000021818) NCSTN (ENSECAG00000009183) NHLH1 (ENSECAG00000004612) VANGL2 (ENSECAG00000021594) SLAMF6 (ENSECAG00000021098) CD84 (ENSECAG00000020491) SLAMF1 (ENSECAG00000014369) ENSECAG00000046103 ##22 CD48 (ENSECAG00000013345) SLAMF7 (ENSECAG00000012913) LY9 (ENSECAG00000005856) CD244 (ENSECAG00000022408) ENSECAG00000033757 ITLN2 (ENSECAG00000012802) OLFML2B (ENSECAG00000009623) ATF6 (ENSECAG00000022307) DUSP12 (ENSECAG00000021937) ENSECAG00000035517 FCRLB (ENSECAG00000036050) FCRLA (ENSECAG00000014914) ENSECAG00000013060 ENSECAG00000006663 HSPA6 (ENSECAG00000033016) Horse MODERN SPECIES EXOC6 (ENSECAG00000023825) HHEX (ENSECAG00000005199) KIF11 (ENSECAG00000006607) IDE (ENSECAG00000010646) MARCHF5 (ENSECAG00000000029) CPEB3 (ENSECAG00000000077) BTAF1 (ENSECAG00000007796) FGFBP3 (ENSECAG00000004296) TNKS2 (ENSECAG00000012810) PPP1R3C (ENSECAG00000013703) HECTD2 (ENSECAG00000013814) ENSECAG00000016162 ANKRD1 (ENSECAG00000016983) RPP30 (ENSECAG00000021917) HTR7 (ENSECAG00000022973) ENSECAG00000048425 ##22 KIF20B (ENSECAG00000023331) PANK1 (ENSECAG00000008032) SLC16A12 (ENSECAG00000009558) ENSECAG00000032818 ENSECAG00000047393 ENSECAG00000004433 ENSECAG00000044124 ENSECAG00000045402 ENSECAG00000033029 LIPA (ENSECAG00000010840) IFIT3 (ENSECAG00000010153) IFIT2 (ENSECAG00000010185) CH25H (ENSECAG00000004572) FAS (ENSECAG00000013724) ACTA2 (ENSECAG00000015145) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.a.a ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.a.a ##22 Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat MODERN SPECIES ENSRFEG00010001922 ENSRFEG00010001909 IL1RAPL1 (ENSRFEG00010001857) ENSRFEG00010001838 ENSRFEG00010001825 NR0B1 (ENSRFEG00010001811) ENSRFEG00010001791 TASL (ENSRFEG00010001779) ENSRFEG00010001772 ENSRFEG00010001726 TAB3 (ENSRFEG00010001676) ENSRFEG00010001645 ENSRFEG00010001628 ENSRFEG00010001610 DMD (ENSRFEG00010000768) ENSRFEG00010000447 ##22 ENSRFEG00010000430 ENSRFEG00010000417 TMEM47 (ENSRFEG00010000402) ENSRFEG00010000391 ENSRFEG00010000381 MAGEB16 (ENSRFEG00010000357) ENSRFEG00010000216 ENSRFEG00010000202 ENSRFEG00010000196 ENSRFEG00010000190 ENSRFEG00010000169 ENSRFEG00010000162 PRRG1 (ENSRFEG00010000157) ENSRFEG00010000153 ENSRFEG00010000143 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES GRIA3 (ENSRFEG00010002235) ENSRFEG00010002197 ENSRFEG00010002182 THOC2 (ENSRFEG00010002030) ENSRFEG00010001983 ##22 ENSRFEG00010001976 ENSRFEG00010001965 ##22 ENSRFEG00010001946 XIAP (ENSRFEG00010001930) STAG2 (ENSRFEG00010001764) ENSRFEG00010001715 ENSRFEG00010001706 ENSRFEG00010001678 ENSRFEG00010001663 ENSRFEG00010001654 ENSRFEG00010001623 ##22 SH2D1A (ENSRFEG00010001590) ENSRFEG00010001574 ENSRFEG00010001563 ENSRFEG00010001538 ENSRFEG00010001531 ENSRFEG00010001519 ENSRFEG00010001502 ENSRFEG00010001485 ENSRFEG00010001470 TENM1 (ENSRFEG00010001443) ENSRFEG00010001403 ENSRFEG00010001390 ENSRFEG00010001374 DCAF12L2 (ENSRFEG00010001361) ENSRFEG00010001342 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 8 SOX14 (ENSRFEG00010010174) CLDN18 (ENSRFEG00010010200) DZIP1L (ENSRFEG00010010282) A4GNT (ENSRFEG00010010631) DBR1 (ENSRFEG00010010678) ARMC8 (ENSRFEG00010010786) NME9 (ENSRFEG00010011477) MRAS (ENSRFEG00010011661) ESYT3 (ENSRFEG00010011728) CEP70 (ENSRFEG00010012184) FAIM (ENSRFEG00010012708) PIK3CB (ENSRFEG00010012826) ENSRFEG00010012943 ENSRFEG00010012951 ENSRFEG00010012973 ENSRFEG00010012997 ##22 MRPS22 (ENSRFEG00010013009) COPB2 (ENSRFEG00010013082) RBP2 (ENSRFEG00010013165) RBP1 (ENSRFEG00010013215) NMNAT3 (ENSRFEG00010013358) ENSRFEG00010013420 CLSTN2 (ENSRFEG00010013540) TRIM42 (ENSRFEG00010013822) SLC25A36 (ENSRFEG00010013926) SPSB4 (ENSRFEG00010014088) PXYLP1 (ENSRFEG00010014126) ZBTB38 (ENSRFEG00010014220) RASA2 (ENSRFEG00010014242) ENSRFEG00010014323 RNF7 (ENSRFEG00010014386) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.a.b ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.a.b ##22 Pig DUPLICATION Pig MODERN SPECIES 16 ELOVL6 (ENSSSCG00000036236) ENSSSCG00000009133 ENPEP (ENSSSCG00000009132) PITX2 (ENSSSCG00000034708) FAM241A (ENSSSCG00000055744) AP1AR (ENSSSCG00000009128) TIFA (ENSSSCG00000009129) ALPK1 (ENSSSCG00000031348) NEUROG2 (ENSSSCG00000033479) ZGRF1 (ENSSSCG00000009120) LARP7 (ENSSSCG00000009119) ENSSSCG00000055533 ENSSSCG00000063375 ENSSSCG00000009125 CAMK2D (ENSSSCG00000009123) ENSSSCG00000063552 ##22 ARSJ (ENSSSCG00000009122) ENSSSCG00000053761 ENSSSCG00000041159 ENSSSCG00000052698 UGT8 (ENSSSCG00000031904) NDST4 (ENSSSCG00000033834) TRAM1L1 (ENSSSCG00000036158) ENSSSCG00000062356 ENSSSCG00000009116 NDST3 (ENSSSCG00000009115) PRSS12 (ENSSSCG00000009114) METTL14 (ENSSSCG00000009113) SEC24D (ENSSSCG00000009112) SYNPO2 (ENSSSCG00000009111) ENSSSCG00000057074 Pig MODERN SPECIES 17 YAP1 (ENSSSCG00000031429) CFAP300 (ENSSSCG00000014980) CEP126 (ENSSSCG00000014979) ANGPTL5 (ENSSSCG00000014978) ENSSSCG00000061774 TRPC6 (ENSSSCG00000024022) PGR (ENSSSCG00000014977) ARHGAP42 (ENSSSCG00000014976) CNTN5 (ENSSSCG00000014975) ENSSSCG00000054749 ENSSSCG00000055851 JRKL (ENSSSCG00000034924) CCDC82 (ENSSSCG00000014972) ENSSSCG00000042256 MAML2 (ENSSSCG00000034879) ENSSSCG00000056982 ##22 MTMR2 (ENSSSCG00000014970) ENSSSCG00000014969 FAM76B (ENSSSCG00000014967) ENSSSCG00000041491 ##22 SESN3 (ENSSSCG00000037015) ENDOD1 (ENSSSCG00000014965) ENSSSCG00000054911 ##22 ENSSSCG00000057445 ENSSSCG00000057084 ENSSSCG00000036400 ENSSSCG00000034794 ENSSSCG00000031376 CWC15 (ENSSSCG00000014961) AMOTL1 (ENSSSCG00000014960) PIWIL4 (ENSSSCG00000014959) Chacoan peccary MODERN SPECIES 352 ENSCWAG00000009288 ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.a.b ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.a.b ##22 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.a.b ##22 Horse MODERN SPECIES 161 ENSECAG00000052114 ##22 ENSECAG00000052673 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00970000193590.b ENSGT01100000263508.A.d.f.b ENSGT00950000183016.E.b.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.b Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 72 ENSGT01100000263508.A.d.f.b ENSGT00950000183016.E.b.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.b Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 75 ENSGT01100000263508.A.d.f.b ENSGT00950000183016.E.b.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.b Artiodactyla_b DUPLICATION Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.a ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.a ##22 Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 1314 MICOS13 (ENSBMUG00000025934) HSD11B1L (ENSBMUG00000025940) LONP1 (ENSBMUG00000025950) ENSBMUG00000025956 CATSPERD (ENSBMUG00000025962) PRR22 (ENSBMUG00000025971) DUS3L (ENSBMUG00000025978) ENSBMUG00000025980 ENSBMUG00000025983 NDUFA11 (ENSBMUG00000025985) VMAC (ENSBMUG00000025986) CAPS (ENSBMUG00000025987) RANBP3 (ENSBMUG00000026003) RFX2 (ENSBMUG00000026006) ACSBG2 (ENSBMUG00000026010) ENSBMUG00000026012 ##22 MLLT1 (ENSBMUG00000026014) Wild yak MODERN SPECIES 958 GLT8D1 (ENSBMUG00000004968) GNL3 (ENSBMUG00000004999) PBRM1 (ENSBMUG00000005462) ENSBMUG00000006049 NT5DC2 (ENSBMUG00000006222) STAB1 (ENSBMUG00000007022) NISCH (ENSBMUG00000007733) TNNC1 (ENSBMUG00000007746) SEMA3G (ENSBMUG00000007755) PHF7 (ENSBMUG00000007786) BAP1 (ENSBMUG00000007813) DNAH1 (ENSBMUG00000007850) ENSBMUG00000007862 ##22 GLYCTK (ENSBMUG00000007904) WDR82 (ENSBMUG00000007918) PPM1M (ENSBMUG00000007940) TWF2 (ENSBMUG00000007964) TLR9 (ENSBMUG00000007976) ALAS1 (ENSBMUG00000008007) POC1A (ENSBMUG00000008091) RPL29 (ENSBMUG00000008110) ACY1 (ENSBMUG00000008204) ABHD14A (ENSBMUG00000008232) PCBP4 (ENSBMUG00000008310) PARP3 (ENSBMUG00000008362) RRP9 (ENSBMUG00000008389) IQCF1 (ENSBMUG00000008396) IQCF5 (ENSBMUG00000008412) Siberian musk deer MODERN SPECIES 406 ENSMMSG00000018604 ##22 Artiodactyla_b DUPLICATION Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 171 ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a ##22 ENSGT01100000263509.a.b Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a ##22 Odontoceti DUPLICATION Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.a ##22 Sperm whale MODERN SPECIES 15 TAFA3 (ENSPCTG00005002012) ENSPCTG00005002004 ENSPCTG00005001991 SLC16A1 (ENSPCTG00005001963) LRIG2 (ENSPCTG00005001890) MAGI3 (ENSPCTG00005001838) PHTF1 (ENSPCTG00005001771) RSBN1 (ENSPCTG00005001718) PTPN22 (ENSPCTG00005001654) BCL2L15 (ENSPCTG00005001602) AP4B1 (ENSPCTG00005001566) DCLRE1B (ENSPCTG00005001534) HIPK1 (ENSPCTG00005001411) OLFML3 (ENSPCTG00005001365) SYT6 (ENSPCTG00005001306) ENSPCTG00005001280 ##22 TRIM33 (ENSPCTG00005001206) BCAS2 (ENSPCTG00005001172) DENND2C (ENSPCTG00005001128) AMPD1 (ENSPCTG00005001044) ENSPCTG00005001015 ENSPCTG00005001006 CSDE1 (ENSPCTG00005000733) SIKE1 (ENSPCTG00005000661) ENSPCTG00005000647 ENSPCTG00005000637 ENSPCTG00005000620 ENSPCTG00005000610 SYCP1 (ENSPCTG00005000455) ENSPCTG00005000403 ENSPCTG00005000393 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.a ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.a ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.a ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 115 MAGEB3 (ENSDLEG00000017462) ENSDLEG00000017443 ENSDLEG00000017429 ENSDLEG00000017413 IL1RAPL1 (ENSDLEG00000017338) ENSDLEG00000017325 ENSDLEG00000017318 ##22 ENSDLEG00000017305 ENSDLEG00000017290 ENSDLEG00000017269 ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.b ##22 Odontoceti_b DUPLICATION Odontoceti_b DUPLICATION Odontoceti_b DUPLICATION Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.b.a.a.a ##22 Monodontidae DUPLICATION Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.b.a.a.a.a ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 111 B4GALT4 (ENSDLEG00000008476) ENSDLEG00000008505 ARHGAP31 (ENSDLEG00000008531) TMEM39A (ENSDLEG00000008559) POGLUT1 (ENSDLEG00000008589) TIMMDC1 (ENSDLEG00000008620) CD80 (ENSDLEG00000008659) ADPRH (ENSDLEG00000008689) ENSDLEG00000008698 POPDC2 (ENSDLEG00000008716) COX17 (ENSDLEG00000008752) MAATS1 (ENSDLEG00000008809) ENSDLEG00000009059 GSK3B (ENSDLEG00000009106) ENSDLEG00000009167 ENSDLEG00000009189 ##22 ENSDLEG00000009196 GPR156 (ENSDLEG00000009225) LRRC58 (ENSDLEG00000009270) FSTL1 (ENSDLEG00000009282) ENSDLEG00000009345 HGD (ENSDLEG00000009358) RABL3 (ENSDLEG00000009391) GTF2E1 (ENSDLEG00000009415) STXBP5L (ENSDLEG00000009518) POLQ (ENSDLEG00000009816) FBXO40 (ENSDLEG00000010124) HCLS1 (ENSDLEG00000010160) GOLGB1 (ENSDLEG00000010229) IQCB1 (ENSDLEG00000010437) EAF2 (ENSDLEG00000010464) Narwhal MODERN SPECIES 299 HRH3 (ENSMMNG00015003462) MTG2 (ENSMMNG00015003488) SS18L1 (ENSMMNG00015003519) PSMA7 (ENSMMNG00015003566) LSM14B (ENSMMNG00015003641) TAF4 (ENSMMNG00015003692) CDH4 (ENSMMNG00015003737) ENSMMNG00015003795 FAM217B (ENSMMNG00015003840) PPP1R3D (ENSMMNG00015003856) SYCP2 (ENSMMNG00015003943) PHACTR3 (ENSMMNG00015004056) ENSMMNG00015004125 ##22 EDN3 (ENSMMNG00015004148) ZNF831 (ENSMMNG00015004179) ENSMMNG00015004193 ##22 PRELID3B (ENSMMNG00015004211) ATP5F1E (ENSMMNG00015004225) TUBB1 (ENSMMNG00015004239) CTSZ (ENSMMNG00015004260) ENSMMNG00015004284 ENSMMNG00015004333 ENSMMNG00015004380 ENSMMNG00015004407 NPEPL1 (ENSMMNG00015004513) APCDD1L (ENSMMNG00015004601) VAPB (ENSMMNG00015004608) RAB22A (ENSMMNG00015004617) C20orf85 (ENSMMNG00015004638) PMEPA1 (ENSMMNG00015004645) ENSMMNG00015004653 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.b.a.a.a.b ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 40 MRM1 (ENSDLEG00000013261) LHX1 (ENSDLEG00000013274) AATF (ENSDLEG00000013289) ACACA (ENSDLEG00000013923) TADA2A (ENSDLEG00000020246) DUSP14 (ENSDLEG00000020275) SYNRG (ENSDLEG00000020290) DDX52 (ENSDLEG00000020331) HNF1B (ENSDLEG00000020341) HEATR6 (ENSDLEG00000020345) ENSDLEG00000020350 ENSDLEG00000020353 ENSDLEG00000020355 ENSDLEG00000020357 ENSDLEG00000020360 ENSDLEG00000020361 ##22 ENSDLEG00000020363 CCL14 (ENSDLEG00000020366) CCL16 (ENSDLEG00000020370) CCL5 (ENSDLEG00000020374) HEATR9 (ENSDLEG00000020382) TAF15 (ENSDLEG00000020412) MMP28 (ENSDLEG00000020422) C17orf50 (ENSDLEG00000020433) ENSDLEG00000020435 GAS2L2 (ENSDLEG00000020441) RASL10B (ENSDLEG00000020442) Narwhal MODERN SPECIES 299 MOCS3 (ENSMMNG00015001013) KCNG1 (ENSMMNG00015000992) ENSMMNG00015000978 NFATC2 (ENSMMNG00015000875) ATP9A (ENSMMNG00015000677) ENSMMNG00015000612 ZFP64 (ENSMMNG00015000539) TSHZ2 (ENSMMNG00015000487) ENSMMNG00015000468 ZNF217 (ENSMMNG00015000437) ENSMMNG00015000402 BCAS1 (ENSMMNG00015000370) CYP24A1 (ENSMMNG00015000319) PFDN4 (ENSMMNG00015000280) DOK5 (ENSMMNG00015000246) ENSMMNG00015000209 ##22 CBLN4 (ENSMMNG00015000195) MC3R (ENSMMNG00015000177) FAM210B (ENSMMNG00015000159) AURKA (ENSMMNG00015000130) CSTF1 (ENSMMNG00015000105) CASS4 (ENSMMNG00015000069) GCNT7 (ENSMMNG00015000042) RTF2 (ENSMMNG00015004751) ENSMMNG00015004746 TFAP2C (ENSMMNG00015004743) BMP7 (ENSMMNG00015004731) SPO11 (ENSMMNG00015004707) RAE1 (ENSMMNG00015004687) RBM38 (ENSMMNG00015004680) ENSMMNG00015004668 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.b.a.a.b ##22 Monodontidae DUPLICATION Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.b.a.a.b.a ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 111 TBCCD1 (ENSDLEG00000014504) CRYGS (ENSDLEG00000014518) DGKG (ENSDLEG00000014537) ETV5 (ENSDLEG00000014590) TRA2B (ENSDLEG00000008151) IGF2BP2 (ENSDLEG00000008263) ENSDLEG00000008339 ENSDLEG00000008427 POLR2K (ENSDLEG00000008442) LIPH (ENSDLEG00000008465) TMEM41A (ENSDLEG00000008499) MAP3K13 (ENSDLEG00000008528) EHHADH (ENSDLEG00000008609) CUNH3orf70 (ENSDLEG00000008639) VPS8 (ENSDLEG00000008684) ENSDLEG00000008960 ##22 ENSDLEG00000008966 EPHB3 (ENSDLEG00000008994) CHRD (ENSDLEG00000009087) THPO (ENSDLEG00000009154) POLR2H (ENSDLEG00000009198) CLCN2 (ENSDLEG00000009222) FAM131A (ENSDLEG00000009303) EIF4G1 (ENSDLEG00000009374) PSMD2 (ENSDLEG00000009795) ECE2 (ENSDLEG00000009852) CAMK2N2 (ENSDLEG00000010027) ECE2 (ENSDLEG00000010042) ALG3 (ENSDLEG00000010058) VWA5B2 (ENSDLEG00000010090) ABCF3 (ENSDLEG00000010127) Narwhal MODERN SPECIES 298 SLC25A46 (ENSMMNG00015000274) ENSMMNG00015000240 ENSMMNG00015000211 ENSMMNG00015000169 MAN2A1 (ENSMMNG00015000086) ENSMMNG00015008330 PJA2 (ENSMMNG00015008316) FER (ENSMMNG00015008249) ENSMMNG00015008217 FBXL17 (ENSMMNG00015008187) EFNA5 (ENSMMNG00015008142) ENSMMNG00015008119 ENSMMNG00015008107 ENSMMNG00015008096 ENSMMNG00015008079 ENSMMNG00015008059 ##22 ENSMMNG00015008042 NUDT12 (ENSMMNG00015008002) ENSMMNG00015007981 PPIP5K2 (ENSMMNG00015007856) GIN1 (ENSMMNG00015007787) ENSMMNG00015007750 SLCO6A1 (ENSMMNG00015007635) SLCO4C1 (ENSMMNG00015007574) ENSMMNG00015007471 ST8SIA4 (ENSMMNG00015007448) FAM174A (ENSMMNG00015007430) ENSMMNG00015007415 ENSMMNG00015007407 CHD1 (ENSMMNG00015007351) RGMB (ENSMMNG00015007302) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.b.a.a.b.b ##22 Narwhal MODERN SPECIES 298 FBN2 (ENSMMNG00015003353) SLC12A2 (ENSMMNG00015003129) CTXN3 (ENSMMNG00015003050) PRRC1 (ENSMMNG00015003018) MEGF10 (ENSMMNG00015002957) C5orf63 (ENSMMNG00015002919) MARCHF3 (ENSMMNG00015002904) LMNB1 (ENSMMNG00015002879) TEX43 (ENSMMNG00015002863) PHAX (ENSMMNG00015002845) ENSMMNG00015002838 ALDH7A1 (ENSMMNG00015002788) GRAMD2B (ENSMMNG00015002725) ENSMMNG00015002684 ZNF608 (ENSMMNG00015002658) ENSMMNG00015002643 ##22 CSNK1G3 (ENSMMNG00015002598) CEP120 (ENSMMNG00015002509) PRDM6 (ENSMMNG00015002473) PPIC (ENSMMNG00015002437) ENSMMNG00015002420 SNX24 (ENSMMNG00015002405) SNX2 (ENSMMNG00015002357) SNCAIP (ENSMMNG00015002285) ENSMMNG00015002236 ENSMMNG00015002209 LOX (ENSMMNG00015002189) SRFBP1 (ENSMMNG00015002167) FTMT (ENSMMNG00015002152) ENSMMNG00015002139 PRR16 (ENSMMNG00015002119) Vaquita DUPLICATION Vaquita MODERN SPECIES 11 BRMS1L (ENSPSNG00000008049) RALGAPA1 (ENSPSNG00000007885) INSM2 (ENSPSNG00000019636) NFKBIA (ENSPSNG00000019593) PSMA6 (ENSPSNG00000019488) PRORP (ENSPSNG00000019340) PPP2R3C (ENSPSNG00000019237) FAM177A1 (ENSPSNG00000019175) SRP54 (ENSPSNG00000018994) ENSPSNG00000018927 BAZ1A (ENSPSNG00000018849) ENSPSNG00000018765 SNX6 (ENSPSNG00000018667) ENSPSNG00000018564 ENSPSNG00000018519 ENSPSNG00000018496 ##22 SPTSSA (ENSPSNG00000018482) ENSPSNG00000018446 EGLN3 (ENSPSNG00000018355) NPAS3 (ENSPSNG00000017739) AKAP6 (ENSPSNG00000017615) ARHGAP5 (ENSPSNG00000017472) ENSPSNG00000017433 NUBPL (ENSPSNG00000017395) DTD2 (ENSPSNG00000017275) HEATR5A (ENSPSNG00000017090) HECTD1 (ENSPSNG00000016911) AP4S1 (ENSPSNG00000016811) STRN3 (ENSPSNG00000016653) COCH (ENSPSNG00000016321) ENSPSNG00000016285 Vaquita MODERN SPECIES NSL1 (ENSPSNG00000005089) BATF3 (ENSPSNG00000005108) ENSPSNG00000005121 ENSPSNG00000005129 ATF3 (ENSPSNG00000005166) NENF (ENSPSNG00000009776) PACC1 (ENSPSNG00000009896) PPP2R5A (ENSPSNG00000009955) DTL (ENSPSNG00000010167) INTS7 (ENSPSNG00000010384) LPGAT1 (ENSPSNG00000010487) NEK2 (ENSPSNG00000010537) SLC30A1 (ENSPSNG00000010578) ENSPSNG00000010611 RD3 (ENSPSNG00000010651) ENSPSNG00000010690 ##22 TRAF5 (ENSPSNG00000010718) RCOR3 (ENSPSNG00000010773) ENSPSNG00000010861 KCNH1 (ENSPSNG00000010951) HHAT (ENSPSNG00000011618) SERTAD4 (ENSPSNG00000011759) SYT14 (ENSPSNG00000011829) ENSPSNG00000012209 IRF6 (ENSPSNG00000012250) C1orf74 (ENSPSNG00000012285) TRAF3IP3 (ENSPSNG00000012331) HSD11B1 (ENSPSNG00000012538) G0S2 (ENSPSNG00000012571) LAMB3 (ENSPSNG00000012617) CAMK1G (ENSPSNG00000012701) Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.b.a.b ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.b.a.b ##22 Narwhal MODERN SPECIES 299 ENSMMNG00015003249 ADRM1 (ENSMMNG00015003347) OSBPL2 (ENSMMNG00015003407) HRH3 (ENSMMNG00015003462) MTG2 (ENSMMNG00015003488) SS18L1 (ENSMMNG00015003519) PSMA7 (ENSMMNG00015003566) LSM14B (ENSMMNG00015003641) TAF4 (ENSMMNG00015003692) CDH4 (ENSMMNG00015003737) ENSMMNG00015003795 FAM217B (ENSMMNG00015003840) PPP1R3D (ENSMMNG00015003856) SYCP2 (ENSMMNG00015003943) PHACTR3 (ENSMMNG00015004056) ENSMMNG00015004125 ##22 EDN3 (ENSMMNG00015004148) ZNF831 (ENSMMNG00015004179) ENSMMNG00015004193 ##22 PRELID3B (ENSMMNG00015004211) ATP5F1E (ENSMMNG00015004225) TUBB1 (ENSMMNG00015004239) CTSZ (ENSMMNG00015004260) ENSMMNG00015004284 ENSMMNG00015004333 ENSMMNG00015004380 ENSMMNG00015004407 NPEPL1 (ENSMMNG00015004513) APCDD1L (ENSMMNG00015004601) VAPB (ENSMMNG00015004608) RAB22A (ENSMMNG00015004617) Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.b.b ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.b.b ##22 Narwhal MODERN SPECIES 300 ENSMMNG00015001364 ZBTB10 (ENSMMNG00015001314) ZNF704 (ENSMMNG00015001281) PAG1 (ENSMMNG00015001227) FABP5 (ENSMMNG00015001191) PMP2 (ENSMMNG00015001168) FABP4 (ENSMMNG00015001141) ENSMMNG00015001096 SLC10A5 (ENSMMNG00015001062) ZFAND1 (ENSMMNG00015001032) CHMP4C (ENSMMNG00015000997) SNX16 (ENSMMNG00015000975) ENSMMNG00015000951 ENSMMNG00015000927 ENSMMNG00015000912 ENSMMNG00015000903 ##22 ENSMMNG00015000887 RALYL (ENSMMNG00015000759) ENSMMNG00015000688 LRRCC1 (ENSMMNG00015000627) ENSMMNG00015000599 ENSMMNG00015000586 ENSMMNG00015000558 CA13 (ENSMMNG00015000532) CA1 (ENSMMNG00015000513) CA3 (ENSMMNG00015000485) CA2 (ENSMMNG00015000452) ATP6V0D2 (ENSMMNG00015000423) ENSMMNG00015000379 WWP1 (ENSMMNG00015000323) ENSMMNG00015000295 Beluga whale MODERN SPECIES 115 ENSDLEG00000017269 ##22 ENSDLEG00000017290 ENSDLEG00000017305 ENSDLEG00000017318 ##22 ENSDLEG00000017325 IL1RAPL1 (ENSDLEG00000017338) ENSDLEG00000017413 ENSDLEG00000017429 ENSDLEG00000017443 MAGEB3 (ENSDLEG00000017462) Sperm whale MODERN SPECIES 7 PPP2R1B (ENSPCTG00005022187) SIK2 (ENSPCTG00005022223) ENSPCTG00005022243 LAYN (ENSPCTG00005022260) C16H11orf88 (ENSPCTG00005004210) BTG4 (ENSPCTG00005004251) ENSPCTG00005004298 POU2AF1 (ENSPCTG00005004311) POU2AF3 (ENSPCTG00005004340) POU2AF2 (ENSPCTG00005004366) ARHGAP20 (ENSPCTG00005004425) FDX1 (ENSPCTG00005004590) RDX (ENSPCTG00005004655) ZC3H12C (ENSPCTG00005004817) ENSPCTG00005004846 ENSPCTG00005004876 ##22 C16H11orf87 (ENSPCTG00005004900) ENSPCTG00005004908 DDX10 (ENSPCTG00005004923) EXPH5 (ENSPCTG00005004945) POGLUT3 (ENSPCTG00005004972) C16H11orf65 (ENSPCTG00005005016) ATM (ENSPCTG00005005102) NPAT (ENSPCTG00005005301) ACAT1 (ENSPCTG00005005385) CUL5 (ENSPCTG00005005470) ENSPCTG00005005517 RAB39A (ENSPCTG00005005532) SLC35F2 (ENSPCTG00005005561) ENSPCTG00005005666 ELMOD1 (ENSPCTG00005005706) Pecora ANCESTRAL SPECIES 210 ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a ##22 ENSGT01100000263509.a.b Percora_a DUPLICATION Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.c ##22 Bovidae DUPLICATION Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.c.a ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.c.a ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 23 SCG3 (ENSOARG00020025738) LYSMD2 (ENSOARG00020025732) TMOD2 (ENSOARG00020025714) TMOD3 (ENSOARG00020025709) LEO1 (ENSOARG00020025700) MAPK6 (ENSOARG00020025695) GNB5 (ENSOARG00020025683) MYO5C (ENSOARG00020025647) MYO5A (ENSOARG00020025016) ENSOARG00020024897 ATOSA (ENSOARG00020024761) ONECUT1 (ENSOARG00020024739) WDR72 (ENSOARG00020024704) UNC13C (ENSOARG00020024653) ENSOARG00020024632 ENSOARG00020024618 ##22 ENSOARG00020024607 RSL24D1 (ENSOARG00020024588) RAB27A (ENSOARG00020024569) PIGBOS1 (ENSOARG00020024563) PIGB (ENSOARG00020024539) CCPG1 (ENSOARG00020024398) C15orf65 (ENSOARG00020024376) ENSOARG00020024348 DNAAF4 (ENSOARG00020024256) PYGO1 (ENSOARG00020024222) PRTG (ENSOARG00020024103) NEDD4 (ENSOARG00020023422) RFX7 (ENSOARG00020023368) TEX9 (ENSOARG00020023244) ENSOARG00020023225 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.c.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.c.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.c.a ##22 Wild yak MODERN SPECIES 969 C21orf91 (ENSBMUG00000010064) ENSBMUG00000010044 BTG3 (ENSBMUG00000010033) CXADR (ENSBMUG00000010017) ENSBMUG00000009931 ENSBMUG00000009923 ##22 USP25 (ENSBMUG00000009773) Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.c.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.c.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.c.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.c.b ##22 Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 1604 SLC15A4 (ENSBMUG00000002145) TMEM132C (ENSBMUG00000002173) ENSBMUG00000002200 ##22 ALDOB (ENSBMUG00000002259) ZNF189 (ENSBMUG00000002284) MRPL50 (ENSBMUG00000002295) ENSBMUG00000002311 PLPPR1 (ENSBMUG00000002351) CAVIN4 (ENSBMUG00000002371) TMEFF1 (ENSBMUG00000002418) ENSBMUG00000002447 ENSBMUG00000002462 ENSBMUG00000002489 CDK20 (ENSBMUG00000002598) Wild yak MODERN SPECIES 516 PRICKLE2 (ENSBMUG00000013184) ATXN7 (ENSBMUG00000013154) THOC7 (ENSBMUG00000013107) C3orf49 (ENSBMUG00000013087) SNTN (ENSBMUG00000013068) SYNPR (ENSBMUG00000013046) CADPS (ENSBMUG00000012816) FEZF2 (ENSBMUG00000012516) C3orf14 (ENSBMUG00000012504) ENSBMUG00000012498 PTPRG (ENSBMUG00000012281) ENSBMUG00000011995 ENSBMUG00000011991 ##22 FHIT (ENSBMUG00000011983) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.c.b ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 19 ENSOARG00020010707 ASCL1 (ENSOARG00020010725) STAB2 (ENSOARG00020010949) NT5DC3 (ENSOARG00020012234) ENSOARG00020012446 HSP90B1 (ENSOARG00020012684) C12orf73 (ENSOARG00020012868) TDG (ENSOARG00020012922) GLT8D2 (ENSOARG00020013012) HCFC2 (ENSOARG00020013130) ENSOARG00020013531 NFYB (ENSOARG00020013573) TXNRD1 (ENSOARG00020013624) CHST11 (ENSOARG00020013819) SLC41A2 (ENSOARG00020013952) ENSOARG00020014027 ##22 NOPCHAP1 (ENSOARG00020014056) ALDH1L2 (ENSOARG00020014150) WASHC4 (ENSOARG00020014460) APPL2 (ENSOARG00020015420) C12orf75 (ENSOARG00020015885) NUAK1 (ENSOARG00020016072) CKAP4 (ENSOARG00020016133) TCP11L2 (ENSOARG00020016159) POLR3B (ENSOARG00020016280) RFX4 (ENSOARG00020016476) ENSOARG00020017066 RIC8B (ENSOARG00020017164) TMEM263 (ENSOARG00020017585) MTERF2 (ENSOARG00020017618) CRY1 (ENSOARG00020017640) Percora_a DUPLICATION Percora_a ANCESTRAL SPECIES 208 ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.d.a ##22 ENSGT01100000263509.a.b Bovidae ANCESTRAL SPECIES 199 ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.d.a ##22 ENSGT01100000263509.a.b Bovinae ANCESTRAL SPECIES 237 ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.d.a ##22 ENSGT01100000263509.a.b American bison MODERN SPECIES 3288 ENSBBBG00000001828 ZNF596 (ENSBBBG00000010482) ENSBBBG00000010471 SGO1 (ENSBBBG00000008140) KAT2B (ENSBBBG00000001812) PP2D1 (ENSBBBG00000010399) RAB5A (ENSBBBG00000010394) EFHB (ENSBBBG00000010382) ENSBBBG00000010362 ##22 ENSBBBG00000010360 ENSBBBG00000010354 ENSBBBG00000010352 KCNH8 (ENSBBBG00000010348) ENSBBBG00000010337 ENSBBBG00000010335 ENSBBBG00000010332 SATB1 (ENSBBBG00000010327) TBC1D5 (ENSBBBG00000010308) PLCL2 (ENSBBBG00000010278) ENSBBBG00000007878 ENSBBBG00000000039 ENSBBBG00000000041 OXNAD1 (ENSBBBG00000000045) DPH3 (ENSBBBG00000000067) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.d.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.d.a ##22 Wild yak MODERN SPECIES 500 ENSBMUG00000021271 ENSBMUG00000021252 ENSBMUG00000021088 ENSBMUG00000021085 ENSBMUG00000021054 ENSBMUG00000021037 ENSBMUG00000021021 ENSBMUG00000021004 ENSBMUG00000020974 ENSBMUG00000020968 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 339 UBE2U (ENSMMSG00000008852) ROR1 (ENSMMSG00000008912) PGM1 (ENSMMSG00000009049) EFCAB7 (ENSMMSG00000009202) ITGB3BP (ENSMMSG00000009277) ALG6 (ENSMMSG00000009336) FOXD3 (ENSMMSG00000009398) ATG4C (ENSMMSG00000009422) DOCK7 (ENSMMSG00000009564) ANGPTL3 (ENSMMSG00000009744) ENSMMSG00000009774 KANK4 (ENSMMSG00000009822) ENSMMSG00000009926 ENSMMSG00000009951 PATJ (ENSMMSG00000010039) ENSMMSG00000010512 ##22 TM2D1 (ENSMMSG00000010559) ENSMMSG00000010635 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.d.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.d.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.d.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.d.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.a.d.b ##22 Wild yak MODERN SPECIES 492 DPH6 (ENSBMUG00000014842) ENSBMUG00000014875 ##22 ENSBMUG00000014884 AQR (ENSBMUG00000014978) ACTC1 (ENSBMUG00000015024) GJD2 (ENSBMUG00000015031) ENSBMUG00000015058 SCG5 (ENSBMUG00000015117) GREM1 (ENSBMUG00000015148) FMN1 (ENSBMUG00000015165) ENSBMUG00000015182 RYR3 (ENSBMUG00000016013) ENSBMUG00000016303 CHRM5 (ENSBMUG00000016311) EMC7 (ENSBMUG00000016319) Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 170 ENSGT01100000263508.A.d.f.b ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b ##22 Narwhal DUPLICATION Narwhal DUPLICATION Narwhal DUPLICATION Narwhal DUPLICATION Narwhal MODERN SPECIES 297 ENSMMNG00015004956 ZBTB11 (ENSMMNG00015004965) ENSMMNG00015004979 CEP97 (ENSMMNG00015004996) NXPE3 (ENSMMNG00015005010) NFKBIZ (ENSMMNG00015005030) ENSMMNG00015005048 ZPLD1 (ENSMMNG00015005061) ENSMMNG00015005084 NAA38 (ENSMMNG00015005089) ENSMMNG00015005097 ALCAM (ENSMMNG00015005123) CBLB (ENSMMNG00015005157) ENSMMNG00015005182 ENSMMNG00015008835 ENSMMNG00015008841 ##22 CCDC54 (ENSMMNG00015008852) BBX (ENSMMNG00015008874) ENSMMNG00015008901 CD47 (ENSMMNG00015008921) IFT57 (ENSMMNG00015008942) ENSMMNG00015008964 CIP2A (ENSMMNG00015008983) DZIP3 (ENSMMNG00015009000) ENSMMNG00015009016 TRAT1 (ENSMMNG00015009026) MORC1 (ENSMMNG00015009115) C3orf85 (ENSMMNG00015009159) ENSMMNG00015009169 ENSMMNG00015009198 NECTIN3 (ENSMMNG00015009202) Narwhal MODERN SPECIES 298 ENSMMNG00015002539 ENSMMNG00015002510 ENSMMNG00015002498 PCDHGA2 (ENSMMNG00015002477) PCDHGC5 (ENSMMNG00015002376) TAF7 (ENSMMNG00015002294) SLC25A2 (ENSMMNG00015002280) ENSMMNG00015002268 PCDHB5 (ENSMMNG00015002251) ENSMMNG00015002237 ENSMMNG00015002223 ENSMMNG00015002201 ENSMMNG00015002187 ENSMMNG00015002171 ENSMMNG00015002155 ENSMMNG00015002131 ##22 ENSMMNG00015002109 ENSMMNG00015002067 ENSMMNG00015002033 PCDHA3 (ENSMMNG00015002008) ENSMMNG00015001994 PCDHAC2 (ENSMMNG00015001954) ENSMMNG00015001920 ENSMMNG00015001890 HARS2 (ENSMMNG00015001750) HARS1 (ENSMMNG00015001637) DND1 (ENSMMNG00015001560) WDR55 (ENSMMNG00015001531) IK (ENSMMNG00015001473) NDUFA2 (ENSMMNG00015001429) TMCO6 (ENSMMNG00015001390) Narwhal MODERN SPECIES 297 TTC14 (ENSMMNG00015001171) PEX5L (ENSMMNG00015001374) USP13 (ENSMMNG00015001699) ENSMMNG00015001756 MRPL47 (ENSMMNG00015001795) ACTL6A (ENSMMNG00015001826) ENSMMNG00015001853 GNB4 (ENSMMNG00015001871) MFN1 (ENSMMNG00015001899) ENSMMNG00015001936 ENSMMNG00015001952 PIK3CA (ENSMMNG00015002009) ZMAT3 (ENSMMNG00015002091) ENSMMNG00015002111 KCNMB2 (ENSMMNG00015002126) ENSMMNG00015002145 ##22 TBL1XR1 (ENSMMNG00015002265) ENSMMNG00015002332 NAALADL2 (ENSMMNG00015002350) ENSMMNG00015002378 NLGN1 (ENSMMNG00015002410) SPATA16 (ENSMMNG00015002430) ECT2 (ENSMMNG00015002489) NCEH1 (ENSMMNG00015002627) TNFSF10 (ENSMMNG00015002655) GHSR (ENSMMNG00015002677) ENSMMNG00015002696 FNDC3B (ENSMMNG00015002705) TMEM212 (ENSMMNG00015002732) PLD1 (ENSMMNG00015002765) TNIK (ENSMMNG00015002861) Narwhal MODERN SPECIES 306 ENSMMNG00015011769 EPHB6 (ENSMMNG00015011787) TRPV6 (ENSMMNG00015011843) TRPV5 (ENSMMNG00015011957) ENSMMNG00015011984 KEL (ENSMMNG00015012017) GSTK1 (ENSMMNG00015012076) TMEM139 (ENSMMNG00015012103) CASP2 (ENSMMNG00015012117) CLCN1 (ENSMMNG00015012159) FAM131B (ENSMMNG00015012216) ZYX (ENSMMNG00015012243) EPHA1 (ENSMMNG00015012275) ENSMMNG00015012316 ENSMMNG00015012344 ENSMMNG00015012366 ##22 TCAF1 (ENSMMNG00015012385) ENSMMNG00015012416 ENSMMNG00015012446 ENSMMNG00015012456 ENSMMNG00015012463 ARHGEF5 (ENSMMNG00015012479) NOBOX (ENSMMNG00015012513) TPK1 (ENSMMNG00015012529) CNTNAP2 (ENSMMNG00015012551) ENSMMNG00015012581 CUL1 (ENSMMNG00015012600) EZH2 (ENSMMNG00015012636) PDIA4 (ENSMMNG00015012681) ZNF786 (ENSMMNG00015012701) ZNF425 (ENSMMNG00015012710) Narwhal MODERN SPECIES 308 ENSMMNG00015016421 CREM (ENSMMNG00015015981) CUL2 (ENSMMNG00015015681) ENSMMNG00015015634 ENSMMNG00015015621 PARD3 (ENSMMNG00015015482) NRP1 (ENSMMNG00015015364) ITGB1 (ENSMMNG00015015280) ENSMMNG00015015193 ARL5B (ENSMMNG00015015129) MALRD1 (ENSMMNG00015015069) ENSMMNG00015015028 PLXDC2 (ENSMMNG00015015001) ENSMMNG00015014981 NEBL (ENSMMNG00015014944) ENSMMNG00015014909 ##22 SKIDA1 (ENSMMNG00015014859) MLLT10 (ENSMMNG00015014594) ENSMMNG00015014486 DNAJC1 (ENSMMNG00015014465) ENSMMNG00015014450 BMI1 (ENSMMNG00015014440) SPAG6 (ENSMMNG00015014387) PIP4K2A (ENSMMNG00015014340) ARMC3 (ENSMMNG00015014277) MSRB2 (ENSMMNG00015014254) ENSMMNG00015014244 PTF1A (ENSMMNG00015014226) ENSMMNG00015014219 OTUD1 (ENSMMNG00015014213) KIAA1217 (ENSMMNG00015014142) Vaquita MODERN SPECIES 18 MARCO (ENSPSNG00000019604) C1QL2 (ENSPSNG00000019823) STEAP3 (ENSPSNG00000019857) C2orf76 (ENSPSNG00000019896) DBI (ENSPSNG00000019962) ENSPSNG00000020099 TFCP2L1 (ENSPSNG00000020132) CLASP1 (ENSPSNG00000020303) NIFK (ENSPSNG00000020550) TSN (ENSPSNG00000020598) ENSPSNG00000020656 ENSPSNG00000020708 ENSPSNG00000020731 ENSPSNG00000020753 CNTNAP5 (ENSPSNG00000020801) ENSPSNG00000020929 ##22 ENSPSNG00000020949 ENSPSNG00000020985 BIN1 (ENSPSNG00000021177) CYP27C1 (ENSPSNG00000021361) ERCC3 (ENSPSNG00000021398) MAP3K2 (ENSPSNG00000021440) PROC (ENSPSNG00000021490) IWS1 (ENSPSNG00000021542) MYO7B (ENSPSNG00000021599) LIMS2 (ENSPSNG00000021649) GPR17 (ENSPSNG00000021676) SFT2D3 (ENSPSNG00000021692) WDR33 (ENSPSNG00000021710) POLR2D (ENSPSNG00000021774) AMMECR1L (ENSPSNG00000021806) Blue whale MODERN SPECIES 2 PLXNB1 (ENSBMSG00010009439) CCDC51 (ENSBMSG00010009473) ENSBMSG00010009487 ATRIP (ENSBMSG00010009533) TREX1 (ENSBMSG00010009562) SHISA5 (ENSBMSG00010009574) PFKFB4 (ENSBMSG00010009598) UQCRC1 (ENSBMSG00010009681) TMEM89 (ENSBMSG00010009697) SLC26A6 (ENSBMSG00010009734) CELSR3 (ENSBMSG00010009819) NCKIPSD (ENSBMSG00010009865) IP6K2 (ENSBMSG00010009894) PRKAR2A (ENSBMSG00010009907) SLC25A20 (ENSBMSG00010009954) ENSBMSG00010009972 ##22 ARIH2 (ENSBMSG00010009985) P4HTM (ENSBMSG00010010026) WDR6 (ENSBMSG00010010069) DALRD3 (ENSBMSG00010010094) NDUFAF3 (ENSBMSG00010010129) IMPDH2 (ENSBMSG00010010156) QRICH1 (ENSBMSG00010010177) QARS1 (ENSBMSG00010010201) USP19 (ENSBMSG00010010311) LAMB2 (ENSBMSG00010010468) CCDC71 (ENSBMSG00010010496) KLHDC8B (ENSBMSG00010010507) C3orf84 (ENSBMSG00010010524) IHO1 (ENSBMSG00010010547) ENSBMSG00010010572 Pecora ANCESTRAL SPECIES 209 ENSGT01100000263508.A.d.f.b ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b ##22 Percora_a DUPLICATION Percora_a ANCESTRAL SPECIES 207 ENSGT01100000263508.A.d.f.b ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.c ##22 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 409 ENSMMSG00000018642 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 203 ENSMMSG00000006421 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 439 ENSMMSG00000019061 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 447 ENSMMSG00000019178 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 167 SPATA46 (ENSMMSG00000000755) ENSMMSG00000000662 SH2D1B (ENSMMSG00000000630) UHMK1 (ENSMMSG00000000594) UAP1 (ENSMMSG00000000525) DDR2 (ENSMMSG00000000474) HSD17B7 (ENSMMSG00000000442) CCDC190 (ENSMMSG00000000408) RGS4 (ENSMMSG00000000380) RGS5 (ENSMMSG00000000360) ENSMMSG00000000335 NUF2 (ENSMMSG00000000308) ENSMMSG00000000290 ENSMMSG00000000280 ENSMMSG00000000264 ENSMMSG00000000243 ##22 ENSMMSG00000000231 Siberian musk deer MODERN SPECIES 109 NFIB (ENSMMSG00000000239) ZDHHC21 (ENSMMSG00000000101) CER1 (ENSMMSG00000000079) FREM1 (ENSMMSG00000000034) TTC39B (ENSMMSG00000002423) SNAPC3 (ENSMMSG00000002384) PSIP1 (ENSMMSG00000002346) CCDC171 (ENSMMSG00000002290) BNC2 (ENSMMSG00000002209) ENSMMSG00000002181 ENSMMSG00000002171 CNTLN (ENSMMSG00000002129) SH3GL2 (ENSMMSG00000002113) ENSMMSG00000002089 ENSMMSG00000002077 ENSMMSG00000002061 ##22 ADAMTSL1 (ENSMMSG00000001894) SAXO1 (ENSMMSG00000001832) RRAGA (ENSMMSG00000001818) HAUS6 (ENSMMSG00000001754) PLIN2 (ENSMMSG00000001716) DENND4C (ENSMMSG00000001593) ENSMMSG00000001558 ACER2 (ENSMMSG00000001538) ENSMMSG00000001530 ENSMMSG00000001522 SLC24A2 (ENSMMSG00000001457) MLLT3 (ENSMMSG00000001379) ENSMMSG00000001353 FOCAD (ENSMMSG00000001209) HACD4 (ENSMMSG00000001159) Bovidae ANCESTRAL SPECIES 198 ENSGT01100000263508.A.d.f.b ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.c ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 236 ENSGT01100000263508.A.d.f.b.c.a ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.c ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.c ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.c ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 28 SRSF7 (ENSBGRG00000017282) ENSBGRG00000017412 GEMIN6 (ENSBGRG00000017428) DHX57 (ENSBGRG00000017468) MORN2 (ENSBGRG00000017590) ENSBGRG00000017765 ARHGEF33 (ENSBGRG00000017779) SOS1 (ENSBGRG00000017905) CDKL4 (ENSBGRG00000018560) ENSBGRG00000018675 MAP4K3 (ENSBGRG00000018723) TMEM178A (ENSBGRG00000019370) THUMPD2 (ENSBGRG00000019450) SLC8A1 (ENSBGRG00000019498) ENSBGRG00000019587 ENSBGRG00000019594 ##22 ENSBGRG00000019608 PKDCC (ENSBGRG00000019619) EML4 (ENSBGRG00000019698) ENSBGRG00000020378 COX7A2L (ENSBGRG00000020394) KCNG3 (ENSBGRG00000020462) MTA3 (ENSBGRG00000020496) OXER1 (ENSBGRG00000020898) ENSBGRG00000020920 ZFP36L2 (ENSBGRG00000020995) ENSBGRG00000003581 PLEKHH2 (ENSBGRG00000003752) DYNC2LI1 (ENSBGRG00000004922) ABCG5 (ENSBGRG00000005248) ABCG8 (ENSBGRG00000005361) Wild yak MODERN SPECIES 457 ENSBMUG00000017474 PANX1 (ENSBMUG00000017468) HEPHL1 (ENSBMUG00000017459) ENSBMUG00000017446 ##22 VSTM5 (ENSBMUG00000017438) MED17 (ENSBMUG00000017419) C11orf54 (ENSBMUG00000017380) TAF1D (ENSBMUG00000017333) CEP295 (ENSBMUG00000017204) SMCO4 (ENSBMUG00000017105) DEUP1 (ENSBMUG00000017087) SLC36A4 (ENSBMUG00000017061) MTNR1B (ENSBMUG00000017049) ENSBMUG00000017039 FAT3 (ENSBMUG00000017018) American bison MODERN SPECIES 3238 NDUFC2 (ENSBBBG00000019182) ALG8 (ENSBBBG00000007272) ENSBBBG00000004952 KCTD21 (ENSBBBG00000008170) ENSBBBG00000019225 USP35 (ENSBBBG00000019234) GAB2 (ENSBBBG00000004971) NARS2 (ENSBBBG00000007100) ENSBBBG00000019265 TENM4 (ENSBBBG00000008768) ENSBBBG00000004998 ENSBBBG00000019298 ENSBBBG00000005009 ENSBBBG00000019311 ENSBBBG00000019319 ENSBBBG00000019325 ##22 ENSBBBG00000009174 ENSBBBG00000005049 ENSBBBG00000019340 ENSBBBG00000005059 ENSBBBG00000019346 ENSBBBG00000007231 ENSBBBG00000019359 ENSBBBG00000019366 ENSBBBG00000008172 ENSBBBG00000008360 ENSBBBG00000005107 ENSBBBG00000008607 ENSBBBG00000019383 ENSBBBG00000019394 ENSBBBG00000009184 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d ##22 Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 21 EBF1 (ENSOARG00020023107) RNF145 (ENSOARG00020023486) UBLCP1 (ENSOARG00020023552) IL12B (ENSOARG00020023587) ADRA1B (ENSOARG00020023614) TTC1 (ENSOARG00020023624) PWWP2A (ENSOARG00020023655) FABP6 (ENSOARG00020023698) CCNJL (ENSOARG00020009830) C1QTNF2 (ENSOARG00020009842) FAM200C (ENSOARG00020009899) SLU7 (ENSOARG00020009922) ENSOARG00020010052 ATP10B (ENSOARG00020010158) ENSOARG00020011112 ENSOARG00020011126 ##22 GABRB2 (ENSOARG00020011231) ENSOARG00020011452 GABRA6 (ENSOARG00020011485) ENSOARG00020011653 GABRA1 (ENSOARG00020011698) GABRG2 (ENSOARG00020011835) ENSOARG00020012340 CCNG1 (ENSOARG00020012387) NUDCD2 (ENSOARG00020012608) HMMR (ENSOARG00020012695) ENSOARG00020012972 MAT2B (ENSOARG00020013000) ENSOARG00020013170 ENSOARG00020013238 ENSOARG00020013302 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 17 ADIRF (ENSOARG00020026372) SNCG (ENSOARG00020026371) MMRN2 (ENSOARG00020026370) BMPR1A (ENSOARG00020026367) LDB3 (ENSOARG00020026361) OPN4 (ENSOARG00020026353) WAPL (ENSOARG00020026341) GRID1 (ENSOARG00020026327) CCSER2 (ENSOARG00020026314) RGR (ENSOARG00020026308) LRIT1 (ENSOARG00020026303) LRIT2 (ENSOARG00020026301) CDHR1 (ENSOARG00020026297) GPR15LG (ENSOARG00020026294) GHITM (ENSOARG00020026292) ENSOARG00020026284 ##22 NRG3 (ENSOARG00020026281) ENSOARG00020026276 ENSOARG00020026269 ENSOARG00020026267 SH2D4B (ENSOARG00020026263) TSPAN14 (ENSOARG00020026261) PRXL2A (ENSOARG00020026259) DYDC2 (ENSOARG00020026258) DYDC1 (ENSOARG00020026256) MAT1A (ENSOARG00020026255) SFTPA1 (ENSOARG00020026254) MBLA (ENSOARG00020026253) ENSOARG00020026250 ENSOARG00020026246 ENSOARG00020026243 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 22 ETNPPL (ENSOARG00020025401) OSTC (ENSOARG00020025423) ENSOARG00020025433 ENSOARG00020025438 ENSOARG00020025445 ENSOARG00020025453 ENSOARG00020025464 LEF1 (ENSOARG00020025493) HADH (ENSOARG00020025577) CYP2U1 (ENSOARG00020025587) SGMS2 (ENSOARG00020025595) PAPSS1 (ENSOARG00020025599) ENSOARG00020025608 ENSOARG00020025611 DKK2 (ENSOARG00020025615) ENSOARG00020025618 ##22 GIMD1 (ENSOARG00020025626) ENSOARG00020025630 TBCK (ENSOARG00020025643) NPNT (ENSOARG00020025758) GSTCD (ENSOARG00020025853) INTS12 (ENSOARG00020025864) ENSOARG00020025875 ENSOARG00020008686 ENSOARG00020008734 ENSOARG00020009270 TET2 (ENSOARG00020009309) CXXC4 (ENSOARG00020009502) ENSOARG00020009536 BDH2 (ENSOARG00020009969) SLC9B2 (ENSOARG00020010274) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES ENSOARG00020018454 NIT1 (ENSOARG00020018304) PFDN2 (ENSOARG00020018255) KLHDC9 (ENSOARG00020018173) NECTIN4 (ENSOARG00020018088) ENSOARG00020017787 ENSOARG00020017637 F11R (ENSOARG00020017478) ENSOARG00020017450 ITLN (ENSOARG00020017318) ENSOARG00020017225 SLAMF7 (ENSOARG00020016923) ENSOARG00020016869 ENSOARG00020016834 SLAMF1 (ENSOARG00020016678) ENSOARG00020016648 ##22 ENSOARG00020016635 ENSOARG00020016590 ENSOARG00020016265 VANGL2 (ENSOARG00020016183) NCSTN (ENSOARG00020016078) COPA (ENSOARG00020015719) PEX19 (ENSOARG00020015654) DCAF8 (ENSOARG00020015535) ENSOARG00020015426 CASQ1 (ENSOARG00020015333) ATP1A2 (ENSOARG00020012599) IGSF8 (ENSOARG00020012420) KCNJ9 (ENSOARG00020012322) ENSOARG00020012253 PIGM (ENSOARG00020012224) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d ##22 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d.c.a.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d.c.a.a ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1556 ENSBMUG00000007950 ENSBMUG00000007949 ##22 DOK6 (ENSBMUG00000007907) ENSBMUG00000007866 TMX3 (ENSBMUG00000007852) ENSBMUG00000007833 DSEL (ENSBMUG00000007830) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d.c.a.a ##22 Cow MODERN SPECIES 3 ENSBTAG00000053845 ENSBTAG00000049832 ##22 ENSBTAG00000038732 CHAMP1 (ENSBTAG00000020861) UPF3A (ENSBTAG00000020858) ENSBTAG00000051419 CDC16 (ENSBTAG00000019971) ENSBTAG00000050250 RASA3 (ENSBTAG00000019967) C12H13orf46 (ENSBTAG00000025192) GAS6 (ENSBTAG00000019964) TMEM255B (ENSBTAG00000019965) GRK1 (ENSBTAG00000019963) ATP4B (ENSBTAG00000019961) TFDP1 (ENSBTAG00000019645) TMCO3 (ENSBTAG00000015704) DCUN1D2 (ENSBTAG00000018671) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 25 CXCL11 (ENSBIXG00005023964) SCARB2 (ENSBIXG00005023859) ENSBIXG00005023711 CCDC158 (ENSBIXG00005023597) ENSBIXG00005004011 SHROOM3 (ENSBIXG00005023403) SOWAHB (ENSBIXG00005023342) SEPTIN11 (ENSBIXG00005003988) CCNI (ENSBIXG00005023180) CCNG2 (ENSBIXG00005007172) ENSBIXG00005023046 ENSBIXG00005023018 ENSBIXG00005003924 CNOT6L (ENSBIXG00005022921) ENSBIXG00005005754 ENSBIXG00005022747 ##22 FRAS1 (ENSBIXG00005022695) ANXA3 (ENSBIXG00005022397) BMP2K (ENSBIXG00005022256) ENSBIXG00005022181 PAQR3 (ENSBIXG00005022171) NAA11 (ENSBIXG00005022145) GK2 (ENSBIXG00005022137) ENSBIXG00005003758 ANTXR2 (ENSBIXG00005002605) PRDM8 (ENSBIXG00005022026) FGF5 (ENSBIXG00005003711) CFAP299 (ENSBIXG00005021935) BMP3 (ENSBIXG00005021925) PRKG2 (ENSBIXG00005021890) RASGEF1B (ENSBIXG00005021796) Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d.c.a.b.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d.c.a.b.a ##22 Wild yak MODERN SPECIES 33 ENSBMUG00000025039 ##22 ANGPT2 (ENSBMUG00000025037) MCPH1 (ENSBMUG00000025033) AGPAT5 (ENSBMUG00000025025) XKR5 (ENSBMUG00000025014) ENSBMUG00000025006 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d.c.a.b.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 25 BDH2 (ENSBIXG00005003847) CENPE (ENSBIXG00005023145) TACR3 (ENSBIXG00005003965) CXXC4 (ENSBIXG00005006473) TET2 (ENSBIXG00005023404) PPA2 (ENSBIXG00005023652) ARHGEF38 (ENSBIXG00005023707) INTS12 (ENSBIXG00005023740) GSTCD (ENSBIXG00005023858) NPNT (ENSBIXG00005004120) ENSBIXG00005024147 ENSBIXG00005024159 TBCK (ENSBIXG00005024271) AIMP1 (ENSBIXG00005024391) GIMD1 (ENSBIXG00005024421) ENSBIXG00005024432 ##22 DKK2 (ENSBIXG00005024455) ENSBIXG00005004183 PAPSS1 (ENSBIXG00005024610) SGMS2 (ENSBIXG00005024656) CYP2U1 (ENSBIXG00005024695) HADH (ENSBIXG00005024749) LEF1 (ENSBIXG00005024848) ENSBIXG00005004244 ENSBIXG00005024929 ENSBIXG00005005563 ETNPPL (ENSBIXG00005025104) COL25A1 (ENSBIXG00005025230) ENSBIXG00005007629 SEC24B (ENSBIXG00005006858) CASP6 (ENSBIXG00005007241) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d.c.a.b.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d.c.a.b.b ##22 Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 750 ENSBMUG00000005423 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1178 ENSBMUG00000010917 STK39 (ENSBMUG00000010940) ENSBMUG00000010952 B3GALT1 (ENSBMUG00000010958) ENSBMUG00000010984 ##22 XIRP2 (ENSBMUG00000011041) Wild yak MODERN SPECIES 1484 ENSBMUG00000015805 ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d.c.a.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 6 ENSBIXG00005017575 SYT13 (ENSBIXG00005017503) PRDM11 (ENSBIXG00005002842) TP53I11 (ENSBIXG00005006359) TSPAN18 (ENSBIXG00005017360) ENSBIXG00005017320 CD82 (ENSBIXG00005017303) ALX4 (ENSBIXG00005017263) EXT2 (ENSBIXG00005017227) ACCS (ENSBIXG00005002769) ACCSL (ENSBIXG00005016927) C11orf96 (ENSBIXG00005002746) ENSBIXG00005016904 ALKBH3 (ENSBIXG00005016885) HSD17B12 (ENSBIXG00005007044) ENSBIXG00005016812 ##22 ENSBIXG00005016808 TTC17 (ENSBIXG00005006754) ENSBIXG00005002693 API5 (ENSBIXG00005016658) LRRC4C (ENSBIXG00005016515) IFTAP (ENSBIXG00005016428) RAG2 (ENSBIXG00005006240) RAG1 (ENSBIXG00005016289) TRAF6 (ENSBIXG00005016273) PRR5L (ENSBIXG00005002585) ENSBIXG00005016155 LDLRAD3 (ENSBIXG00005007025) ENSBIXG00005016028 TRIM44 (ENSBIXG00005016001) FJX1 (ENSBIXG00005015936) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d.c.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d.c.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 6 GTF3A (ENSBGRG00000004973) RASL11A (ENSBGRG00000004923) ENSBGRG00000004884 USP12 (ENSBGRG00000004775) ENSBGRG00000004746 ENSBGRG00000004721 GPR12 (ENSBGRG00000004706) WASF3 (ENSBGRG00000004578) CDK8 (ENSBGRG00000004492) RNF6 (ENSBGRG00000004463) ENSBGRG00000003811 SHISA2 (ENSBGRG00000017087) ENSBGRG00000017047 ENSBGRG00000017006 ENSBGRG00000016937 ENSBGRG00000016897 ##22 ENSBGRG00000016865 ENSBGRG00000016808 ATP8A2 (ENSBGRG00000016115) NUP58 (ENSBGRG00000015980) MTMR6 (ENSBGRG00000015826) AMER2 (ENSBGRG00000015755) ENSBGRG00000015382 ENSBGRG00000015156 ENSBGRG00000015093 MIPEP (ENSBGRG00000014831) TNFRSF19 (ENSBGRG00000014716) ENSBGRG00000014659 ENSBGRG00000014596 SGCG (ENSBGRG00000014518) ENSBGRG00000014493 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d.d ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d.d ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 22 OLFML2B (ENSBGRG00000002127) ENSBGRG00000002194 SPATA46 (ENSBGRG00000002329) SH2D1B (ENSBGRG00000002346) UHMK1 (ENSBGRG00000002383) UAP1 (ENSBGRG00000002484) DDR2 (ENSBGRG00000002518) HSD17B7 (ENSBGRG00000002609) CCDC190 (ENSBGRG00000002667) RGS4 (ENSBGRG00000002689) RGS5 (ENSBGRG00000002762) NUF2 (ENSBGRG00000002820) ENSBGRG00000002836 ENSBGRG00000002853 ENSBGRG00000002867 ENSBGRG00000002877 ##22 ENSBGRG00000002888 ENSBGRG00000002902 ENSBGRG00000002909 ENSBGRG00000002921 ENSBGRG00000002940 ENSBGRG00000002948 ENSBGRG00000002956 ENSBGRG00000002961 ENSBGRG00000002974 ENSBGRG00000002996 ENSBGRG00000003026 ENSBGRG00000003036 ENSBGRG00000003069 ENSBGRG00000003072 PBX1 (ENSBGRG00000003094) Wild yak MODERN SPECIES 654 ENSBMUG00000026241 ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.b.b.d.d ##22 Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 25 OCIAD2 (ENSBIXG00005010308) OCIAD1 (ENSBIXG00005010441) ENSBIXG00005010496 FRYL (ENSBIXG00005000929) ZAR1 (ENSBIXG00005010742) SLC10A4 (ENSBIXG00005010767) SLAIN2 (ENSBIXG00005010802) TEC (ENSBIXG00005010856) TXK (ENSBIXG00005010905) NIPAL1 (ENSBIXG00005005914) CNGA1 (ENSBIXG00005000558) NFXL1 (ENSBIXG00005010994) ENSBIXG00005000993 ENSBIXG00005011024 CORIN (ENSBIXG00005011067) ENSBIXG00005011101 ##22 ENSBIXG00005011120 ATP10D (ENSBIXG00005001039) COMMD8 (ENSBIXG00005011246) GABRB1 (ENSBIXG00005001070) GABRA4 (ENSBIXG00005011330) ENSBIXG00005011349 COX7B2 (ENSBIXG00005011354) GABRA2 (ENSBIXG00005011447) GABRG1 (ENSBIXG00005011487) ENSBIXG00005001123 GUF1 (ENSBIXG00005011580) ENSBIXG00005011659 KCTD8 (ENSBIXG00005011699) GRXCR1 (ENSBIXG00005011742) ENSBIXG00005011778 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 315 BEX5 (ENSBIXG00005015823) ZMAT1 (ENSBIXG00005015846) ENSBIXG00005007150 ARMCX2 (ENSBIXG00005015955) ARMCX3 (ENSBIXG00005002532) ARMCX6 (ENSBIXG00005016004) ARMCX1 (ENSBIXG00005016076) ARMCX4 (ENSBIXG00005016112) HNRNPH2 (ENSBIXG00005016140) GLA (ENSBIXG00005016166) ENSBIXG00005006348 BTK (ENSBIXG00005016311) TIMM8A (ENSBIXG00005000081) TAF7L (ENSBIXG00005016364) DRP2 (ENSBIXG00005006573) ENSBIXG00005016489 ##22 CENPI (ENSBIXG00005002630) TMEM35A (ENSBIXG00005016534) ENSBIXG00005002664 ENSBIXG00005016580 XKRX (ENSBIXG00005016609) NOX1 (ENSBIXG00005002716) CSTF2 (ENSBIXG00005016863) SYTL4 (ENSBIXG00005016931) ENSBIXG00005016959 ENSBIXG00005016984 PWWP3B (ENSBIXG00005017191) SERPINA7 (ENSBIXG00005017243) NRK (ENSBIXG00005017315) ENSBIXG00005005651 IL1RAPL2 (ENSBIXG00005017392) Cow MODERN SPECIES 94 ENSBTAG00000051661 ##22 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 294 ENSMMSG00000005442 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 48 PCDH1 (ENSMMSG00000003563) ENSMMSG00000003546 DELE1 (ENSMMSG00000003513) PCDH12 (ENSMMSG00000003488) RNF14 (ENSMMSG00000003466) ENSMMSG00000003449 NDFIP1 (ENSMMSG00000003431) SPRY4 (ENSMMSG00000003413) ENSMMSG00000003396 ENSMMSG00000003377 ARHGAP26 (ENSMMSG00000003321) NR3C1 (ENSMMSG00000003275) ENSMMSG00000003260 ENSMMSG00000003245 KCTD16 (ENSMMSG00000003235) ENSMMSG00000003232 ##22 ENSMMSG00000003223 PRELID2 (ENSMMSG00000003206) GRXCR2 (ENSMMSG00000003194) Siberian musk deer MODERN SPECIES 298 ENSMMSG00000005519 ##22 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 440 ENSMMSG00000019081 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 157 ENSMMSG00000003996 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 436 ENSMMSG00000019013 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 64 C1QTNF2 (ENSMMSG00000005413) ENSMMSG00000005454 FAM200C (ENSMMSG00000005473) SLU7 (ENSMMSG00000005500) ENSMMSG00000005567 ATP10B (ENSMMSG00000005646) GABRB2 (ENSMMSG00000005845) GABRA6 (ENSMMSG00000006094) GABRA1 (ENSMMSG00000006140) GABRG2 (ENSMMSG00000006236) ENSMMSG00000006833 CCNG1 (ENSMMSG00000006859) NUDCD2 (ENSMMSG00000006955) HMMR (ENSMMSG00000006997) MAT2B (ENSMMSG00000007173) ENSMMSG00000007216 ##22 ENSMMSG00000007237 TENM2 (ENSMMSG00000007353) WWC1 (ENSMMSG00000007937) RARS1 (ENSMMSG00000007978) FBLL1 (ENSMMSG00000008027) ZFYVE16 (ENSMMSG00000008048) FAM151B (ENSMMSG00000008153) ANKRD34B (ENSMMSG00000008176) ENSMMSG00000008196 MSH3 (ENSMMSG00000008280) RASGRF2 (ENSMMSG00000008773) CKMT2 (ENSMMSG00000008923) ZCCHC9 (ENSMMSG00000008961) ACOT12 (ENSMMSG00000008994) ENSMMSG00000009140 Siberian musk deer MODERN SPECIES 215 ENSMMSG00000009481 ENSMMSG00000009489 ##22 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 1088 ENSCHYG00000011333 ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 417 ENSCHYG00000010653 ##22 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 5 FAM163A (ENSCHYG00000010948) TOR1AIP2 (ENSCHYG00000011025) TOR1AIP1 (ENSCHYG00000011139) CEP350 (ENSCHYG00000011715) QSOX1 (ENSCHYG00000012535) LHX4 (ENSCHYG00000012691) ACBD6 (ENSCHYG00000012769) XPR1 (ENSCHYG00000012872) KIAA1614 (ENSCHYG00000012980) STX6 (ENSCHYG00000013021) MR1 (ENSCHYG00000013091) ENSCHYG00000013208 IER5 (ENSCHYG00000013220) ENSCHYG00000013249 CACNA1E (ENSCHYG00000013402) ENSCHYG00000015906 ##22 ZNF648 (ENSCHYG00000015939) ENSCHYG00000016073 TEDDM1 (ENSCHYG00000016223) ENSCHYG00000016249 ENSCHYG00000016265 RGSL1 (ENSCHYG00000016308) RNASEL (ENSCHYG00000016523) RGS16 (ENSCHYG00000016591) RGS8 (ENSCHYG00000016656) ENSCHYG00000016746 NPL (ENSCHYG00000016787) DHX9 (ENSCHYG00000017048) SHCBP1L (ENSCHYG00000017219) LAMC1 (ENSCHYG00000017385) LAMC2 (ENSCHYG00000017745) Yarkand deer MODERN SPECIES 1073 ENSCHYG00000009857 ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 11 ENSCHYG00000003733 KCTD21 (ENSCHYG00000003720) USP35 (ENSCHYG00000003699) GAB2 (ENSCHYG00000003673) ENSCHYG00000003661 NARS2 (ENSCHYG00000003592) TENM4 (ENSCHYG00000003499) ENSCHYG00000003459 FAM181B (ENSCHYG00000003444) ENSCHYG00000003431 PRCP (ENSCHYG00000003411) DDIAS (ENSCHYG00000003391) RAB30 (ENSCHYG00000003380) PCF11 (ENSCHYG00000003359) ANKRD42 (ENSCHYG00000003347) ENSCHYG00000003340 ##22 ENSCHYG00000003307 ENSCHYG00000002869 TMEM126B (ENSCHYG00000002757) ENSCHYG00000002743 CREBZF (ENSCHYG00000002736) CCDC89 (ENSCHYG00000002726) ENSCHYG00000002641 ENSCHYG00000002613 ENSCHYG00000002584 PICALM (ENSCHYG00000001855) EED (ENSCHYG00000001672) HIKESHI (ENSCHYG00000001630) CCDC81 (ENSCHYG00000001578) ENSCHYG00000001557 ENSCHYG00000001541 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b ##22 Pig DUPLICATION Pig MODERN SPECIES 16 ENSSSCG00000057419 C4orf17 (ENSSSCG00000009181) TRMT10A (ENSSSCG00000009180) MTTP (ENSSSCG00000009179) C4orf54 (ENSSSCG00000057637) DAPP1 (ENSSSCG00000039327) LAMTOR3 (ENSSSCG00000009176) DNAJB14 (ENSSSCG00000009177) H2AZ1 (ENSSSCG00000009178) ENSSSCG00000062660 ENSSSCG00000030133 DDIT4L (ENSSSCG00000025240) ENSSSCG00000061662 EMCN (ENSSSCG00000038080) ENSSSCG00000063067 ENSSSCG00000058316 ##22 ENSSSCG00000054104 ENSSSCG00000057936 ENSSSCG00000058898 PPP3CA (ENSSSCG00000009172) BANK1 (ENSSSCG00000022361) SLC39A8 (ENSSSCG00000009169) NFKB1 (ENSSSCG00000030957) MANBA (ENSSSCG00000009166) UBE2D3 (ENSSSCG00000035622) CISD2 (ENSSSCG00000009164) SLC9B1 (ENSSSCG00000009162) SLC9B2 (ENSSSCG00000028101) BDH2 (ENSSSCG00000022282) CENPE (ENSSSCG00000023296) TACR3 (ENSSSCG00000009160) Pig MODERN SPECIES TMEM252 (ENSSSCG00000037125) PGM5 (ENSSSCG00000005243) ENSSSCG00000041279 ENSSSCG00000005241 DOCK8 (ENSSSCG00000005240) KANK1 (ENSSSCG00000005235) DMRT1 (ENSSSCG00000005236) DMRT3 (ENSSSCG00000040481) DMRT2 (ENSSSCG00000005233) ENSSSCG00000046403 ENSSSCG00000044946 ENSSSCG00000032324 ENSSSCG00000057314 ENSSSCG00000005232 ENSSSCG00000041522 ENSSSCG00000052990 ##22 ENSSSCG00000040670 VLDLR (ENSSSCG00000005229) KCNV2 (ENSSSCG00000005228) PUM3 (ENSSSCG00000005227) ENSSSCG00000039823 RFX3 (ENSSSCG00000005225) GLIS3 (ENSSSCG00000005224) SLC1A1 (ENSSSCG00000005222) PLPP6 (ENSSSCG00000005220) SPATA6L (ENSSSCG00000005221) CDC37L1 (ENSSSCG00000005219) AK3 (ENSSSCG00000023595) ENSSSCG00000058562 ENSSSCG00000005217 ENSSSCG00000052472 Pig MODERN SPECIES 16 RPS3A (ENSSSCG00000009019) ENSSSCG00000048819 LRBA (ENSSSCG00000009021) ENSSSCG00000058219 MAB21L2 (ENSSSCG00000052676) DCLK2 (ENSSSCG00000009023) IQCM (ENSSSCG00000035623) ENSSSCG00000040704 NR3C2 (ENSSSCG00000037766) ENSSSCG00000043522 ARHGAP10 (ENSSSCG00000009029) PRMT9 (ENSSSCG00000009030) TMEM184C (ENSSSCG00000030044) EDNRA (ENSSSCG00000009031) TTC29 (ENSSSCG00000040272) ENSSSCG00000062405 ##22 POU4F2 (ENSSSCG00000026015) SLC10A7 (ENSSSCG00000009035) ENSSSCG00000048545 REELD1 (ENSSSCG00000041625) LSM6 (ENSSSCG00000035973) ZNF827 (ENSSSCG00000009037) C4orf51 (ENSSSCG00000042317) MMAA (ENSSSCG00000009039) SMAD1 (ENSSSCG00000009040) OTUD4 (ENSSSCG00000009042) ABCE1 (ENSSSCG00000009043) ANAPC10 (ENSSSCG00000033871) HHIP (ENSSSCG00000009045) ENSSSCG00000009046 SMARCA5 (ENSSSCG00000009047) Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary MODERN SPECIES 976 SLITRK6 (ENSCWAG00000015756) SLITRK1 (ENSCWAG00000015735) SPRY2 (ENSCWAG00000015717) NDFIP2 (ENSCWAG00000015649) RBM26 (ENSCWAG00000015536) ENSCWAG00000015505 OBI1 (ENSCWAG00000015472) POU4F1 (ENSCWAG00000015446) EDNRB (ENSCWAG00000015335) SLAIN1 (ENSCWAG00000015194) SCEL (ENSCWAG00000014310) MYCBP2 (ENSCWAG00000012264) FBXL3 (ENSCWAG00000012121) CLN5 (ENSCWAG00000012026) KCTD12 (ENSCWAG00000011852) ENSCWAG00000011833 ##22 LMO7 (ENSCWAG00000021053) UCHL3 (ENSCWAG00000021030) COMMD6 (ENSCWAG00000021024) TBC1D4 (ENSCWAG00000020719) KLF12 (ENSCWAG00000020685) KLF5 (ENSCWAG00000020676) PIBF1 (ENSCWAG00000020656) ENSCWAG00000020646 DIS3 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ENSRFEG00010001663 ENSRFEG00010001654 ENSRFEG00010001623 ##22 SH2D1A (ENSRFEG00010001590) ENSRFEG00010001574 ENSRFEG00010001563 ENSRFEG00010001538 ENSRFEG00010001531 ENSRFEG00010001519 Carnivora ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000000924 ENSGT01100000263873 ENSGT00550000074784.a.a ENSGT00940000158156 ENSGT00940000155186.q.b ENSGT00390000017079 ENSGT00940000156102 ENSGT00940000159267 ENSGT01010000224334 ENSGT00940000158144 ENSGT00390000018086.z.j.b ENSGT00990000209137 ENSGT00390000018086.z.k ENSGT00940000155846 ENSGT00390000008634 ENSGT00950000183016.E.b.b.b ##22 ENSGT00940000153064.b.d ENSGT00390000000672.a.b ENSGT00940000157492.b ENSGT00940000157995 ENSGT00390000017819 ENSGT01090000260129 ENSGT00940000158711 ENSGT00940000154880 ENSGT00940000155411.c ENSGT00940000157876 ENSGT00940000164293 ENSGT00530000063907.c ENSGT00610000086112 ENSGT00390000006564 ENSGT00940000165983 Felidae DUPLICATION Felidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000160328 ENSGT00950000183049.A ENSGT00390000000924 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(ENSVVUG00000006998) ZNF524 (ENSVVUG00000007013) ZNF579 (ENSVVUG00000007015) SBK3 (ENSVVUG00000007018) SBK2 (ENSVVUG00000007022) SSC5D (ENSVVUG00000007024) Red fox MODERN SPECIES 139 ENSVVUG00000018247 FBXL3 (ENSVVUG00000018242) CLN5 (ENSVVUG00000018238) ACOD1 (ENSVVUG00000018225) KCTD12 (ENSVVUG00000018222) LMO7 (ENSVVUG00000018188) UCHL3 (ENSVVUG00000018178) ENSVVUG00000018177 ENSVVUG00000018175 TBC1D4 (ENSVVUG00000018161) ENSVVUG00000018154 ##22 KLF12 (ENSVVUG00000018151) PIBF1 (ENSVVUG00000018118) DIS3 (ENSVVUG00000018095) BORA (ENSVVUG00000018084) ENSVVUG00000018078 DACH1 (ENSVVUG00000017901) Red fox MODERN SPECIES 1 ADAMTS17 (ENSVVUG00000014291) CERS3 (ENSVVUG00000014395) ENSVVUG00000014447 ASB7 (ENSVVUG00000014453) ALDH1A3 (ENSVVUG00000014482) LRRK1 (ENSVVUG00000014496) CHSY1 (ENSVVUG00000014518) SELENOS (ENSVVUG00000014525) SNRPA1 (ENSVVUG00000014562) PCSK6 (ENSVVUG00000014669) TM2D3 (ENSVVUG00000014697) TARS3 (ENSVVUG00000014742) TJP1 (ENSVVUG00000019842) ENTREP2 (ENSVVUG00000019897) APBA2 (ENSVVUG00000019909) ENSVVUG00000019932 ##22 Red fox MODERN SPECIES 28 ENSVVUG00000011679 DUOX2 (ENSVVUG00000011752) DUOXA2 (ENSVVUG00000012595) DUOXA1 (ENSVVUG00000012625) DUOX1 (ENSVVUG00000012755) ENSVVUG00000014405 ENSVVUG00000014411 GATM (ENSVVUG00000014413) SPATA5L1 (ENSVVUG00000014419) ENSVVUG00000014428 SLC30A4 (ENSVVUG00000014431) ENSVVUG00000014434 ENSVVUG00000014437 BLOC1S6 (ENSVVUG00000014441) SQOR (ENSVVUG00000014449) ENSVVUG00000014466 ##22 ENSVVUG00000014487 SEMA6D (ENSVVUG00000014505) SLC24A5 (ENSVVUG00000014565) MYEF2 (ENSVVUG00000014591) CTXN2 (ENSVVUG00000014689) SLC12A1 (ENSVVUG00000014691) DUT (ENSVVUG00000014696) FBN1 (ENSVVUG00000014737) CEP152 (ENSVVUG00000016313) SHC4 (ENSVVUG00000016338) EID1 (ENSVVUG00000016342) SECISBP2L (ENSVVUG00000016354) COPS2 (ENSVVUG00000016395) GALK2 (ENSVVUG00000016538) FAM227B (ENSVVUG00000016558) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 175 ENSGT01100000263508.A.d.f.b.b.a ENSGT00950000183016.E.b.b.b ##22 Ursidae DUPLICATION Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.u ##22 Giant Panda DUPLICATION Giant Panda MODERN SPECIES 13 PRSS38 (ENSAMEG00000007189) WNT9A (ENSAMEG00000027387) WNT3A (ENSAMEG00000004256) ARF1 (ENSAMEG00000030995) C1orf35 (ENSAMEG00000016295) ENSAMEG00000016292 ENSAMEG00000016280 ENSAMEG00000016258 ENSAMEG00000023921 ENSAMEG00000023964 TRIM17 (ENSAMEG00000014312) H3-4 (ENSAMEG00000031491) H2AW (ENSAMEG00000025465) H2BC26 (ENSAMEG00000026668) ENSAMEG00000028006 ENSAMEG00000024010 ##22 ENSAMEG00000014310 Giant Panda MODERN SPECIES 14 ENSAMEG00000024164 FLNB (ENSAMEG00000011883) ENSAMEG00000028857 DNASE1L3 (ENSAMEG00000011952) ABHD6 (ENSAMEG00000011973) HTD2 (ENSAMEG00000030181) PXK (ENSAMEG00000012000) PDHB (ENSAMEG00000012042) ENSAMEG00000014747 KCTD6 (ENSAMEG00000012064) ACOX2 (ENSAMEG00000012066) FAM107A (ENSAMEG00000012112) FAM3D (ENSAMEG00000012119) CFAP20DC (ENSAMEG00000012130) ENSAMEG00000017139 ENSAMEG00000028134 ##22 PTPRG (ENSAMEG00000015376) ENSAMEG00000030770 ENSAMEG00000024667 C3orf14 (ENSAMEG00000024752) FEZF2 (ENSAMEG00000029919) CADPS (ENSAMEG00000015310) SYNPR (ENSAMEG00000024916) SNTN (ENSAMEG00000015296) C3orf49 (ENSAMEG00000015295) THOC7 (ENSAMEG00000015287) ATXN7 (ENSAMEG00000015260) PSMD6 (ENSAMEG00000015235) PRICKLE2 (ENSAMEG00000007612) ADAMTS9 (ENSAMEG00000007511) MAGI1 (ENSAMEG00000014617) Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.u ##22 American black bear MODERN SPECIES 9202 ENSUAMG00000001134 ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.v ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.b.v ##22 American black bear MODERN SPECIES 1620 ENSUAMG00000012210 ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 339 ENSGT01100000263508.A.d.f.b.b.a ENSGT00950000183016.E.b.b.b ##22 Ferret DUPLICATION Ferret MODERN SPECIES 313 ARSK (ENSMPUG00000004308) GPR150 (ENSMPUG00000018495) RFESD (ENSMPUG00000004317) SPATA9 (ENSMPUG00000004328) RHOBTB3 (ENSMPUG00000004349) GLRX (ENSMPUG00000004356) ELL2 (ENSMPUG00000004364) PCSK1 (ENSMPUG00000004370) CAST (ENSMPUG00000004377) ERAP1 (ENSMPUG00000004396) ERAP2 (ENSMPUG00000004410) LNPEP (ENSMPUG00000004420) ENSMPUG00000004429 LIX1 (ENSMPUG00000004442) RIOK2 (ENSMPUG00000004450) ENSMPUG00000018497 ##22 Ferret MODERN SPECIES 178 IAH1 (ENSMPUG00000013218) CPSF3 (ENSMPUG00000013213) ITGB1BP1 (ENSMPUG00000013210) ASAP2 (ENSMPUG00000013197) MBOAT2 (ENSMPUG00000013191) KIDINS220 (ENSMPUG00000013181) ID2 (ENSMPUG00000013178) ENSMPUG00000013173 ENSMPUG00000013172 RNF144A (ENSMPUG00000013154) RSAD2 (ENSMPUG00000013146) CMPK2 (ENSMPUG00000013134) ENSMPUG00000019479 ENSMPUG00000013127 ENSMPUG00000013122 ENSMPUG00000019478 ##22 ENSMPUG00000013120 DCDC2C (ENSMPUG00000013104) ALLC (ENSMPUG00000013055) COLEC11 (ENSMPUG00000013013) ENSMPUG00000013003 RNASEH1 (ENSMPUG00000012984) ADI1 (ENSMPUG00000012970) TRAPPC12 (ENSMPUG00000012964) EIPR1 (ENSMPUG00000012961) ENSMPUG00000012958 ENSMPUG00000019477 ENSMPUG00000012955 ENSMPUG00000019476 MYT1L (ENSMPUG00000012946) PXDN (ENSMPUG00000012936) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT01100000263509.a.b ENSGT00950000183016.E.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.a Primates ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT01100000263509.a.b ENSGT00950000183016.E.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.a Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 30 SLC16A14 (ENSMICG00000010609) FBXO36 (ENSMICG00000034045) ICA1L (ENSMICG00000002701) ENSMICG00000044580 CARF (ENSMICG00000011943) ENSMICG00000026752 NBEAL1 (ENSMICG00000003736) CYP20A1 (ENSMICG00000010806) ABI2 (ENSMICG00000048062) RAPH1 (ENSMICG00000001085) CD28 (ENSMICG00000044645) CTLA4 (ENSMICG00000032206) ICOS (ENSMICG00000037046) PARD3B (ENSMICG00000009358) NRP2 (ENSMICG00000009376) ENSMICG00000044290 ##22 INO80D (ENSMICG00000010590) NDUFS1 (ENSMICG00000010601) EEF1B2 (ENSMICG00000047922) ZDBF2 (ENSMICG00000044925) ADAM23 (ENSMICG00000009477) FAM237A (ENSMICG00000044768) DYTN (ENSMICG00000027944) MDH1B (ENSMICG00000009487) FASTKD2 (ENSMICG00000026515) CPO (ENSMICG00000015370) KLF7 (ENSMICG00000037405) CREB1 (ENSMICG00000009731) METTL21A (ENSMICG00000009739) ENSMICG00000009744 FZD5 (ENSMICG00000044967) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 80 ENSGT01100000263509.a.b ENSGT00950000183016.E.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.a Simiiformes DUPLICATION Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.c ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.c ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.c ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.c ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.c ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.c ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 4 ENSPANG00000046722 TEKT4 (ENSPANG00000024649) FBP2 (ENSPANG00000024650) AOPEP (ENSPANG00000024652) FANCC (ENSPANG00000024653) ENSPANG00000042015 ##22 PTCH1 (ENSPANG00000024654) ERCC6L2 (ENSPANG00000024647) HSD17B3 (ENSPANG00000024646) SLC35D2 (ENSPANG00000024634) ZNF367 (ENSPANG00000033224) HABP4 (ENSPANG00000024636) ENSPANG00000024637 PRXL2C (ENSPANG00000049957) ZNF782 (ENSPANG00000029757) CTSV (ENSPANG00000038323) ENSPANG00000038692 ENSPANG00000024642 ENSPANG00000042937 FAM240B (ENSPANG00000049907) ENSPANG00000024641 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.c ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.c ##22 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 7 ENSMFAG00000054364 VMP1 (ENSMFAG00000032772) PTRH2 (ENSMFAG00000036307) CLTC (ENSMFAG00000040097) DHX40 (ENSMFAG00000041526) YPEL2 (ENSMFAG00000058561) ENSMFAG00000063733 GDPD1 (ENSMFAG00000036599) SMG8 (ENSMFAG00000024874) PRR11 (ENSMFAG00000000572) SKA2 (ENSMFAG00000040585) TRIM37 (ENSMFAG00000038070) ENSMFAG00000052286 ENSMFAG00000064865 PPM1E (ENSMFAG00000034316) ENSMFAG00000048998 ##22 ENSMFAG00000060245 RAD51C (ENSMFAG00000002129) IGBP1C (ENSMFAG00000052575) TEX14 (ENSMFAG00000032431) SEPTIN4 (ENSMFAG00000038431) MTMR4 (ENSMFAG00000036523) ENSMFAG00000062335 RNF43 (ENSMFAG00000044879) SUPT4H1 (ENSMFAG00000003856) TSPOAP1 (ENSMFAG00000032128) MPO (ENSMFAG00000030407) LPO (ENSMFAG00000037685) MKS1 (ENSMFAG00000002254) EPX (ENSMFAG00000045806) OR4D2 (ENSMFAG00000052698) Rhesus MODERN SPECIES 16 MEGF10 (ENSMMUG00000018827) C6H5orf63 (ENSMMUG00000037806) MARCHF3 (ENSMMUG00000021547) LMNB1 (ENSMMUG00000000823) TEX43 (ENSMMUG00000056480) PHAX (ENSMMUG00000016683) ALDH7A1 (ENSMMUG00000016682) ENSMMUG00000046228 GRAMD2B (ENSMMUG00000007899) ZNF608 (ENSMMUG00000004409) ENSMMUG00000060057 ##22 ENSMMUG00000062842 CSNK1G3 (ENSMMUG00000006646) CEP120 (ENSMMUG00000015767) PRDM6 (ENSMMUG00000052656) ENSMMUG00000060336 ##22 PPIC (ENSMMUG00000010651) SNX2 (ENSMMUG00000023598) SNCAIP (ENSMMUG00000009997) ENSMMUG00000046428 ZNF474 (ENSMMUG00000021006) LOX (ENSMMUG00000056626) SRFBP1 (ENSMMUG00000021009) FTMT (ENSMMUG00000051455) PRR16 (ENSMMUG00000038727) ENSMMUG00000063354 ENSMMUG00000018764 ENSMMUG00000059145 HSD17B4 (ENSMMUG00000017685) DMXL1 (ENSMMUG00000018640) DTWD2 (ENSMMUG00000008302) Simiiformes DUPLICATION Simiiformes DUPLICATION Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.a.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.a.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.a.a ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.a.a ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.a.a ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.a.a ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.a.a ##22 Crab-eating macaque DUPLICATION Crab-eating macaque MODERN SPECIES 16 RNF180 (ENSMFAG00000038517) RGS7BP (ENSMFAG00000045140) SHISAL2B (ENSMFAG00000042775) ENSMFAG00000008308 SREK1IP1 (ENSMFAG00000057642) CWC27 (ENSMFAG00000027257) ADAMTS6 (ENSMFAG00000030204) CENPK (ENSMFAG00000037278) PPWD1 (ENSMFAG00000038527) TRIM23 (ENSMFAG00000000263) TRAPPC13 (ENSMFAG00000042886) SHLD3 (ENSMFAG00000050976) SGTB (ENSMFAG00000043797) NLN (ENSMFAG00000031704) ERBIN (ENSMFAG00000032301) ENSMFAG00000057605 ##22 SREK1 (ENSMFAG00000039823) ENSMFAG00000044513 MAST4 (ENSMFAG00000033959) CD180 (ENSMFAG00000044511) PIK3R1 (ENSMFAG00000045395) SLC30A5 (ENSMFAG00000036926) CCNB1 (ENSMFAG00000041544) CENPH (ENSMFAG00000003204) ENSMFAG00000034129 CDK7 (ENSMFAG00000001451) ENSMFAG00000052897 CCDC125 (ENSMFAG00000039708) TAF9 (ENSMFAG00000043011) RAD17 (ENSMFAG00000031075) MARVELD2 (ENSMFAG00000044604) Crab-eating macaque MODERN SPECIES 5 EHF (ENSMFAG00000029447) APIP (ENSMFAG00000031416) PDHX (ENSMFAG00000042807) CD44 (ENSMFAG00000043892) SLC1A2 (ENSMFAG00000043293) PAMR1 (ENSMFAG00000042856) TRIM44 (ENSMFAG00000045833) ENSMFAG00000065530 LDLRAD3 (ENSMFAG00000043269) COMMD9 (ENSMFAG00000060407) PRR5L (ENSMFAG00000059336) TRAF6 (ENSMFAG00000040017) RAG1 (ENSMFAG00000011988) RAG2 (ENSMFAG00000029426) IFTAP (ENSMFAG00000001278) ENSMFAG00000051896 ##22 ENSMFAG00000038539 LRRC4C (ENSMFAG00000030573) ENSMFAG00000063906 ENSMFAG00000050969 ENSMFAG00000065238 ENSMFAG00000052848 ENSMFAG00000059926 ENSMFAG00000052309 ENSMFAG00000063638 ENSMFAG00000045706 API5 (ENSMFAG00000037679) TTC17 (ENSMFAG00000033718) ENSMFAG00000022553 ENSMFAG00000032353 HSD17B12 (ENSMFAG00000030974) Rhesus DUPLICATION Rhesus MODERN SPECIES 6 SPTLC1 (ENSMMUG00000003006) ENSMMUG00000060533 ROR2 (ENSMMUG00000020009) ENSMMUG00000061473 NFIL3 (ENSMMUG00000023257) ENSMMUG00000047234 AUH (ENSMMUG00000015798) SYK (ENSMMUG00000001748) DIRAS2 (ENSMMUG00000007223) GADD45G (ENSMMUG00000048737) SEMA4D (ENSMMUG00000008629) SECISBP2 (ENSMMUG00000012532) CKS2 (ENSMMUG00000064761) SHC3 (ENSMMUG00000039355) S1PR3 (ENSMMUG00000043913) ENSMMUG00000049479 ##22 NXNL2 (ENSMMUG00000008414) SPIN1 (ENSMMUG00000016295) CDK20 (ENSMMUG00000010438) ENSMMUG00000013517 CTSL (ENSMMUG00000017609) DAPK1 (ENSMMUG00000017053) ENSMMUG00000060761 ENSMMUG00000059207 GAS1 (ENSMMUG00000062912) ENSMMUG00000003411 TUT7 (ENSMMUG00000003401) ISCA1 (ENSMMUG00000003399) C15H9orf153 (ENSMMUG00000058481) GOLM1 (ENSMMUG00000001900) NAA35 (ENSMMUG00000001898) Rhesus MODERN SPECIES 14 B3GAT2 (ENSMMUG00000058487) SDHAF4 (ENSMMUG00000029592) FAM135A (ENSMMUG00000009060) COL9A1 (ENSMMUG00000005577) COL19A1 (ENSMMUG00000005574) LMBRD1 (ENSMMUG00000005573) ADGRB3 (ENSMMUG00000046092) ENSMMUG00000001881 EYS (ENSMMUG00000041338) ENSMMUG00000040033 ENSMMUG00000064172 PHF3 (ENSMMUG00000017160) PTP4A1 (ENSMMUG00000002777) ENSMMUG00000063930 LGSN (ENSMMUG00000005648) ENSMMUG00000055833 ##22 KHDRBS2 (ENSMMUG00000064741) PRIM2 (ENSMMUG00000001150) ENSMMUG00000029598 RAB23 (ENSMMUG00000018003) ZNF451 (ENSMMUG00000018582) BEND6 (ENSMMUG00000000795) DST (ENSMMUG00000000777) ENSMMUG00000052162 COL21A1 (ENSMMUG00000007616) BMP5 (ENSMMUG00000011858) HMGCLL1 (ENSMMUG00000001399) ENSMMUG00000051828 GFRAL (ENSMMUG00000051331) HCRTR2 (ENSMMUG00000001395) FAM83B (ENSMMUG00000000815) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.a.a ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.a.a ##22 Marmoset MODERN SPECIES 19 USP6NL (ENSCJAG00000020673) CELF2 (ENSCJAG00000020663) ENSCJAG00000062574 ENSCJAG00000082184 ENSCJAG00000082075 ENSCJAG00000083924 ENSCJAG00000079081 GATA3 (ENSCJAG00000038283) TAF3 (ENSCJAG00000020650) ENSCJAG00000070866 ATP5F1C (ENSCJAG00000020635) KIN (ENSCJAG00000020631) ITIH2 (ENSCJAG00000020625) ITIH5 (ENSCJAG00000020618) SFMBT2 (ENSCJAG00000020608) ENSCJAG00000082849 ##22 ENSCJAG00000064812 ENSCJAG00000079129 ENSCJAG00000077686 PRKCQ (ENSCJAG00000020594) PFKFB3 (ENSCJAG00000020586) RBM17 (ENSCJAG00000020573) IL2RA (ENSCJAG00000041838) IL15RA (ENSCJAG00000020567) FBH1 (ENSCJAG00000020531) ANKRD16 (ENSCJAG00000020527) GDI2 (ENSCJAG00000020512) TASOR2 (ENSCJAG00000020506) ASB13 (ENSCJAG00000020501) CALML3 (ENSCJAG00000044574) CALML5 (ENSCJAG00000043208) Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.a.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.a.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.a.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.a.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.a.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.a.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.a.b ##22 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 19 SLC18A2 (ENSMFAG00000031383) KCNK18 (ENSMFAG00000045802) VAX1 (ENSMFAG00000044674) ENSMFAG00000048457 SHTN1 (ENSMFAG00000042541) ENO4 (ENSMFAG00000038492) HSPA12A (ENSMFAG00000034502) C10orf82 (ENSMFAG00000031805) PNLIPRP2 (ENSMFAG00000000722) PNLIPRP1 (ENSMFAG00000039844) PNLIP (ENSMFAG00000002362) PNLIPRP3 (ENSMFAG00000030751) CCDC172 (ENSMFAG00000039541) GFRA1 (ENSMFAG00000001953) ENSMFAG00000036454 ENSMFAG00000048224 ##22 ATRNL1 (ENSMFAG00000003582) TRUB1 (ENSMFAG00000062394) FHIP2A (ENSMFAG00000045717) ABLIM1 (ENSMFAG00000046222) VWA2 (ENSMFAG00000022092) TDRD1 (ENSMFAG00000043487) CCDC186 (ENSMFAG00000031702) NHLRC2 (ENSMFAG00000038268) PLEKHS1 (ENSMFAG00000001676) DCLRE1A (ENSMFAG00000040983) CASP7 (ENSMFAG00000045136) NRAP (ENSMFAG00000001231) HABP2 (ENSMFAG00000037647) ENSMFAG00000061496 ENSMFAG00000019971 Simiiformes DUPLICATION Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 168 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a ##22 ENSGT01100000263509.a.a.b.b.b.b.a Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 171 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a ##22 ENSGT01100000263509.a.a.b.b.b.b.a Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 230 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a ##22 ENSGT01100000263509.a.a.b.b.b.b.a Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 232 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a ##22 ENSGT01100000263509.a.a.b.b.b.b.a Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.a.a ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.a.a ##22 Olive baboon DUPLICATION Olive baboon MODERN SPECIES LRRC53 (ENSPANG00000023960) ERICH3 (ENSPANG00000009972) CRYZ (ENSPANG00000000464) TYW3 (ENSPANG00000013397) ENSPANG00000048769 LHX8 (ENSPANG00000020401) SLC44A5 (ENSPANG00000022215) ENSPANG00000037198 ACADM (ENSPANG00000005881) RABGGTB (ENSPANG00000026215) MSH4 (ENSPANG00000020400) ENSPANG00000038501 ASB17 (ENSPANG00000022782) ENSPANG00000050680 ST6GALNAC3 (ENSPANG00000020337) ENSPANG00000045108 ##22 ENSPANG00000049325 ST6GALNAC5 (ENSPANG00000035428) ENSPANG00000032143 PIGK (ENSPANG00000010054) AK5 (ENSPANG00000017674) ENSPANG00000041316 ZZZ3 (ENSPANG00000005101) USP33 (ENSPANG00000018416) MIGA1 (ENSPANG00000022967) ENSPANG00000016164 FUBP1 (ENSPANG00000004797) DNAJB4 (ENSPANG00000014124) GIPC2 (ENSPANG00000006389) PTGFR (ENSPANG00000007569) IFI44L (ENSPANG00000009471) Olive baboon MODERN SPECIES 17 ENSPANG00000040702 TRAV34 (ENSPANG00000033429) TRAV26-2 (ENSPANG00000020465) TRAV30 (ENSPANG00000020559) TRAV29DV5 (ENSPANG00000037875) ENSPANG00000007534 ENSPANG00000034509 ENSPANG00000046265 TRDV1 (ENSPANG00000034084) ENSPANG00000043930 ENSPANG00000042560 TRAV21 (ENSPANG00000047901) TRAV20 (ENSPANG00000034259) TRAV19 (ENSPANG00000040832) ENSPANG00000043702 ENSPANG00000049015 ##22 TRAV17 (ENSPANG00000020828) TRAV16 (ENSPANG00000021103) ENSPANG00000005897 ENSPANG00000022756 ENSPANG00000049883 ENSPANG00000035221 ENSPANG00000049026 ENSPANG00000043634 ENSPANG00000047892 ENSPANG00000033337 ENSPANG00000035324 ENSPANG00000024501 ENSPANG00000047186 ENSPANG00000048988 ENSPANG00000033138 Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.a.b.a ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.a.b.a ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 4 TUT7 (ENSPANG00000024890) ISCA1 (ENSPANG00000024889) ENSPANG00000040510 GOLM1 (ENSPANG00000024888) NAA35 (ENSPANG00000024887) AGTPBP1 (ENSPANG00000024885) NTRK2 (ENSPANG00000024884) SLC28A3 (ENSPANG00000024883) RMI1 (ENSPANG00000041381) HNRNPK (ENSPANG00000024881) C9orf64 (ENSPANG00000024880) KIF27 (ENSPANG00000024879) GKAP1 (ENSPANG00000024878) UBQLN1 (ENSPANG00000024877) ENSPANG00000024897 ENSPANG00000046148 ##22 FRMD3 (ENSPANG00000024898) RASEF (ENSPANG00000024899) ENSPANG00000024906 TLE1 (ENSPANG00000024905) ENSPANG00000024904 ENSPANG00000039137 ENSPANG00000041233 TLE4 (ENSPANG00000024903) ENSPANG00000041116 ENSPANG00000024902 CEP78 (ENSPANG00000024901) GNAQ (ENSPANG00000024900) GNA14 (ENSPANG00000024922) VPS13A (ENSPANG00000024938) ENSPANG00000051369 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.a.b.a ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.a.b.a ##22 Rhesus MODERN SPECIES 13 TAS2R16 (ENSMMUG00000064934) CADPS2 (ENSMMUG00000021543) FEZF1 (ENSMMUG00000021542) AASS (ENSMMUG00000044304) PTPRZ1 (ENSMMUG00000012418) FAM3C (ENSMMUG00000002440) WNT16 (ENSMMUG00000002439) CPED1 (ENSMMUG00000002435) ING3 (ENSMMUG00000002434) TSPAN12 (ENSMMUG00000023310) KCND2 (ENSMMUG00000023308) ENSMMUG00000052979 ANKRD7 (ENSMMUG00000050524) LSM8 (ENSMMUG00000060460) CTTNBP2 (ENSMMUG00000010297) ENSMMUG00000060895 ##22 CFTR (ENSMMUG00000011269) ASZ1 (ENSMMUG00000021726) ENSMMUG00000064285 WNT2 (ENSMMUG00000055123) ST7 (ENSMMUG00000021722) ENSMMUG00000052234 CAPZA2 (ENSMMUG00000006784) MET (ENSMMUG00000006779) CAV1 (ENSMMUG00000014122) CAV2 (ENSMMUG00000061706) TES (ENSMMUG00000007097) TFEC (ENSMMUG00000038489) MDFIC (ENSMMUG00000019776) ENSMMUG00000049886 FOXP2 (ENSMMUG00000008005) Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.a.b.b.a ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.a.b.b.a ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.a.b.b.a ##22 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 9 OSBPL1A (ENSMFAG00000003468) ENSMFAG00000052772 ENSMFAG00000057815 ENSMFAG00000060888 HRH4 (ENSMFAG00000050624) ENSMFAG00000048831 ZNF521 (ENSMFAG00000044636) SS18 (ENSMFAG00000035986) PSMA8 (ENSMFAG00000011562) ENSMFAG00000050615 TAF4B (ENSMFAG00000031932) ENSMFAG00000036987 ENSMFAG00000050383 ENSMFAG00000052328 AQP4 (ENSMFAG00000041146) ENSMFAG00000056073 ##22 CHST9 (ENSMFAG00000037917) CDH2 (ENSMFAG00000004661) ENSMFAG00000033666 DSC2 (ENSMFAG00000045076) DSC1 (ENSMFAG00000035735) ENSMFAG00000059757 DSG1 (ENSMFAG00000033359) DSG4 (ENSMFAG00000031939) DSG3 (ENSMFAG00000031707) DSG2 (ENSMFAG00000014923) B4GALT6 (ENSMFAG00000033017) SLC25A52 (ENSMFAG00000020470) TTR (ENSMFAG00000039111) TRAPPC8 (ENSMFAG00000039323) RNF138 (ENSMFAG00000040383) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.a.b.b.a ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 792 ENSPANG00000048415 TEX13C (ENSPANG00000029900) TENM1 (ENSPANG00000002300) SH2D1A (ENSPANG00000001186) TEX13D (ENSPANG00000037467) ENSPANG00000045930 ENSPANG00000038162 XIAP (ENSPANG00000019077) ENSPANG00000044681 ENSPANG00000042118 STAG2 (ENSPANG00000013929) ENSPANG00000044057 ENSPANG00000050061 ENSPANG00000041096 THOC2 (ENSPANG00000004038) ENSPANG00000037614 ##22 GRIA3 (ENSPANG00000023324) ENSPANG00000043773 ENSPANG00000044422 ENSPANG00000049871 ENSPANG00000046726 ENSPANG00000050218 ENSPANG00000050037 C1GALT1C1 (ENSPANG00000023999) MCTS1 (ENSPANG00000011471) CUL4B (ENSPANG00000000965) ENSPANG00000041141 LAMP2 (ENSPANG00000000964) ATP1B4 (ENSPANG00000011672) TMEM255A (ENSPANG00000007810) ZBTB33 (ENSPANG00000015251) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.a.b.b.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.a.b.b.b ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 18 GINS4 (ENSPANG00000011023) ENSPANG00000016690 SFRP1 (ENSPANG00000014224) ENSPANG00000010363 ZMAT4 (ENSPANG00000014196) TCIM (ENSPANG00000031091) IDO2 (ENSPANG00000021632) IDO1 (ENSPANG00000012480) ADAM2 (ENSPANG00000009843) ENSPANG00000039689 ADAM18 (ENSPANG00000013368) ENSPANG00000012484 ENSPANG00000047604 ENSPANG00000042202 ENSPANG00000012877 ENSPANG00000047321 ##22 ADAM32 (ENSPANG00000009844) ADAM9 (ENSPANG00000011024) TM2D2 (ENSPANG00000034721) HTRA4 (ENSPANG00000022483) PLEKHA2 (ENSPANG00000014536) ENSPANG00000019847 ENSPANG00000048310 FGFR1 (ENSPANG00000012485) LETM2 (ENSPANG00000005869) NSD3 (ENSPANG00000009526) PLPP5 (ENSPANG00000005870) DDHD2 (ENSPANG00000019041) BAG4 (ENSPANG00000018593) LSM1 (ENSPANG00000008814) STAR (ENSPANG00000007579) Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.b.a.a ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.b.a.a ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000159287 ENSGT01090000260213.a.b.a ENSGT00940000162118 ENSGT00390000017571.k ENSGT00940000155295 ENSGT00390000000444 ENSGT00950000182917.b ENSGT00940000155638 ENSGT00940000153902.a ENSGT00940000156182 ENSGT00390000009127 ENSGT00940000157008 ENSGT00510000048348 ENSGT00400000022086.a ENSGT00530000063835.b ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000160814 ENSGT00940000156781 ENSGT00950000182902.a.c ENSGT00510000047245 ENSGT00940000157762 ENSGT00390000008041.B ENSGT01030000234517.A ENSGT00390000009615 ENSGT00390000016232 ENSGT00950000183074.A ENSGT00940000157209.jb ENSGT00530000063668.A ENSGT00390000014786 ENSGT00390000014290 ENSGT00940000154920.j Crab-eating macaque MODERN SPECIES 9 ENSMFAG00000060888 ENSMFAG00000057815 ENSMFAG00000052772 OSBPL1A (ENSMFAG00000003468) ENSMFAG00000047510 ENSMFAG00000007440 TTC39C (ENSMFAG00000023934) LAMA3 (ENSMFAG00000045256) ANKRD29 (ENSMFAG00000032971) NPC1 (ENSMFAG00000039623) RMC1 (ENSMFAG00000040371) RIOK3 (ENSMFAG00000035617) TMEM241 (ENSMFAG00000031030) ENSMFAG00000062683 RBBP8 (ENSMFAG00000032138) ENSMFAG00000055164 ##22 MIB1 (ENSMFAG00000044890) ABHD3 (ENSMFAG00000045155) ENSMFAG00000061267 SNRPD1 (ENSMFAG00000042080) ESCO1 (ENSMFAG00000037398) GREB1L (ENSMFAG00000037135) ENSMFAG00000053845 ROCK1 (ENSMFAG00000003564) USP14 (ENSMFAG00000001226) THOC1 (ENSMFAG00000041520) COLEC12 (ENSMFAG00000000357) CETN1 (ENSMFAG00000055277) CLUL1 (ENSMFAG00000038811) TYMS (ENSMFAG00000039357) ENOSF1 (ENSMFAG00000031046) Rhesus MODERN SPECIES 9 HRH4 (ENSMMUG00000015065) IMPACT (ENSMMUG00000004664) ENSMMUG00000060481 OSBPL1A (ENSMMUG00000004350) CABYR (ENSMMUG00000004346) TTC39C (ENSMMUG00000004343) LAMA3 (ENSMMUG00000004321) NPC1 (ENSMMUG00000021484) ANKRD29 (ENSMMUG00000020328) RMC1 (ENSMMUG00000021480) RIOK3 (ENSMMUG00000021478) TMEM241 (ENSMMUG00000032559) CABLES1 (ENSMMUG00000005125) ENSMMUG00000063522 RBBP8 (ENSMMUG00000012715) ENSMMUG00000051052 ##22 GATA6 (ENSMMUG00000010944) ENSMMUG00000063787 MIB1 (ENSMMUG00000055822) ABHD3 (ENSMMUG00000004382) SNRPD1 (ENSMMUG00000051922) ESCO1 (ENSMMUG00000012987) GREB1L (ENSMMUG00000003974) ROCK1 (ENSMMUG00000004656) USP14 (ENSMMUG00000004660) THOC1 (ENSMMUG00000004662) COLEC12 (ENSMMUG00000004663) CETN1 (ENSMMUG00000012130) CLUL1 (ENSMMUG00000004045) TYMS (ENSMMUG00000004046) ENOSF1 (ENSMMUG00000004051) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.b.a.a ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 15 MOCS2 (ENSPANG00000024798) ITGA2 (ENSPANG00000004376) PELO (ENSPANG00000037610) ITGA1 (ENSPANG00000009352) ENSPANG00000043099 ISL1 (ENSPANG00000012177) ENSPANG00000041227 PARP8 (ENSPANG00000012427) ENSPANG00000041809 ENSPANG00000037873 ENSPANG00000048430 ENSPANG00000048274 HCN1 (ENSPANG00000004681) MRPS30 (ENSPANG00000043307) FGF10 (ENSPANG00000040138) ENSPANG00000050238 ##22 ENSPANG00000049254 ENSPANG00000037401 ENSPANG00000037013 ENSPANG00000046980 ENSPANG00000048500 ENSPANG00000050256 ZNF131 (ENSPANG00000011134) NIM1K (ENSPANG00000023594) HMGCS1 (ENSPANG00000017935) CCL28 (ENSPANG00000021404) TMEM267 (ENSPANG00000004377) C5orf34 (ENSPANG00000008955) PAIP1 (ENSPANG00000013349) NNT (ENSPANG00000009305) GHR (ENSPANG00000012118) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.b.a.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.b.a.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.b.a.b ##22 Crab-eating macaque MODERN SPECIES ENSMFAG00000039121 ENSMFAG00000031828 ENSMFAG00000030333 B3GALT2 (ENSMFAG00000030327) CDC73 (ENSMFAG00000042168) RO60 (ENSMFAG00000016020) ENSMFAG00000058552 UCHL5 (ENSMFAG00000038349) RGS2 (ENSMFAG00000033433) RGS13 (ENSMFAG00000033037) RGS1 (ENSMFAG00000036716) RGS21 (ENSMFAG00000060899) RGS18 (ENSMFAG00000059808) SKP1 (ENSMFAG00000052365) BRINP3 (ENSMFAG00000045708) ENSMFAG00000060456 ##22 ENSMFAG00000048586 PLA2G4A (ENSMFAG00000043784) PTGS2 (ENSMFAG00000029066) PDC (ENSMFAG00000001382) ODR4 (ENSMFAG00000033358) TPR (ENSMFAG00000032525) PRG4 (ENSMFAG00000045020) HMCN1 (ENSMFAG00000037495) IVNS1ABP (ENSMFAG00000039625) SWT1 (ENSMFAG00000031793) TRMT1L (ENSMFAG00000037592) ENSMFAG00000052870 RNF2 (ENSMFAG00000036583) ENSMFAG00000048134 NIBAN1 (ENSMFAG00000035390) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.b.a.b ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 18 RRM2B (ENSPANG00000010644) UBR5 (ENSPANG00000017236) ENSPANG00000050223 ODF1 (ENSPANG00000005633) KLF10 (ENSPANG00000009227) ENSPANG00000051221 AZIN1 (ENSPANG00000002432) ATP6V1C1 (ENSPANG00000019212) BAALC (ENSPANG00000004696) FZD6 (ENSPANG00000025725) SLC25A32 (ENSPANG00000005632) CTHRC1 (ENSPANG00000009895) ENSPANG00000010643 RIMS2 (ENSPANG00000025440) ENSPANG00000049925 ENSPANG00000043571 ##22 DCSTAMP (ENSPANG00000010316) DPYS (ENSPANG00000001020) LRP12 (ENSPANG00000021263) ENSPANG00000050811 ENSPANG00000046936 ZFPM2 (ENSPANG00000017626) ENSPANG00000044818 ENSPANG00000044033 ENSPANG00000033888 OXR1 (ENSPANG00000017804) ENSPANG00000037205 ABRA (ENSPANG00000019893) ENSPANG00000047417 ANGPT1 (ENSPANG00000016683) ENSPANG00000046034 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.b.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.b.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.b.b ##22 Rhesus DUPLICATION Rhesus DUPLICATION Rhesus MODERN SPECIES 2 DERA (ENSMMUG00000013309) SLC15A5 (ENSMMUG00000002358) MGST1 (ENSMMUG00000057610) LMO3 (ENSMMUG00000040307) ENSMMUG00000041726 RERGL (ENSMMUG00000047016) PIK3C2G (ENSMMUG00000022174) PLCZ1 (ENSMMUG00000022175) CAPZA3 (ENSMMUG00000022176) ENSMMUG00000052971 PLEKHA5 (ENSMMUG00000016550) ENSMMUG00000053527 ENSMMUG00000058287 AEBP2 (ENSMMUG00000016243) ENSMMUG00000060789 ENSMMUG00000051412 ##22 PDE3A (ENSMMUG00000008269) ENSMMUG00000062439 SLCO1C1 (ENSMMUG00000008271) SLCO1B3 (ENSMMUG00000020443) SLCO1A2 (ENSMMUG00000008584) IAPP (ENSMMUG00000032087) PYROXD1 (ENSMMUG00000010854) RECQL (ENSMMUG00000010857) GOLT1B (ENSMMUG00000040133) SPX (ENSMMUG00000042352) GYS2 (ENSMMUG00000016171) LDHB (ENSMMUG00000002679) KCNJ8 (ENSMMUG00000056014) ABCC9 (ENSMMUG00000020806) CMAS (ENSMMUG00000020808) Rhesus MODERN SPECIES 3 ENSMMUG00000061400 KCNJ3 (ENSMMUG00000007096) ENSMMUG00000058984 NR4A2 (ENSMMUG00000011607) GPD2 (ENSMMUG00000004897) ENSMMUG00000017716 GALNT5 (ENSMMUG00000017717) ERMN (ENSMMUG00000038413) CYTIP (ENSMMUG00000014176) ACVR1C (ENSMMUG00000003707) ENSMMUG00000058947 ACVR1 (ENSMMUG00000018497) ENSMMUG00000058416 UPP2 (ENSMMUG00000011636) ENSMMUG00000064768 ENSMMUG00000039873 ##22 CCDC148 (ENSMMUG00000011637) PKP4 (ENSMMUG00000011638) ENSMMUG00000006443 DAPL1 (ENSMMUG00000052818) TANC1 (ENSMMUG00000006180) WDSUB1 (ENSMMUG00000006181) BAZ2B (ENSMMUG00000006182) MARCHF7 (ENSMMUG00000020719) ENSMMUG00000020721 PLA2R1 (ENSMMUG00000051450) ENSMMUG00000059808 ITGB6 (ENSMMUG00000002678) ENSMMUG00000056223 RBMS1 (ENSMMUG00000016825) TANK (ENSMMUG00000001680) Rhesus MODERN SPECIES 11 CHMP2B (ENSMMUG00000016246) VGLL3 (ENSMMUG00000000519) CADM2 (ENSMMUG00000000583) ENSMMUG00000049535 ENSMMUG00000057275 GBE1 (ENSMMUG00000015877) ENSMMUG00000049913 ENSMMUG00000064882 ROBO1 (ENSMMUG00000002327) ENSMMUG00000056687 ENSMMUG00000064687 ENSMMUG00000054570 ENSMMUG00000061240 ROBO2 (ENSMMUG00000012609) ENSMMUG00000060018 ENSMMUG00000052831 ##22 ENSMMUG00000011029 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 12 TRIM72 (ENSMFAG00000035762) PYDC1 (ENSMFAG00000030032) ITGAM (ENSMFAG00000031182) ITGAX (ENSMFAG00000032646) COX6A2 (ENSMFAG00000042019) ARMC5 (ENSMFAG00000043898) TGFB1I1 (ENSMFAG00000041546) SLC5A2 (ENSMFAG00000002366) RUSF1 (ENSMFAG00000032375) AHSP (ENSMFAG00000044875) ENSMFAG00000045574 ENSMFAG00000047326 ENSMFAG00000050567 ENSMFAG00000055709 ZNF267 (ENSMFAG00000024474) ENSMFAG00000058077 ##22 ENSMFAG00000051119 ENSMFAG00000034226 ENSMFAG00000064182 ENSMFAG00000041373 ENSMFAG00000001393 ENSMFAG00000052873 ENSMFAG00000049007 ENSMFAG00000005730 ENSMFAG00000065442 SHCBP1 (ENSMFAG00000036653) VPS35 (ENSMFAG00000049538) ORC6 (ENSMFAG00000005502) C16orf87 (ENSMFAG00000061258) GPT2 (ENSMFAG00000033087) ENSMFAG00000054512 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.a.b.b ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 5 EFEMP1 (ENSPANG00000022521) ENSPANG00000031278 ENSPANG00000038384 CFAP36 (ENSPANG00000022522) PPP4R3B (ENSPANG00000022844) CCDC88A (ENSPANG00000021274) ENSPANG00000000623 MTIF2 (ENSPANG00000014549) RPS27A (ENSPANG00000034863) CLHC1 (ENSPANG00000016915) RTN4 (ENSPANG00000005683) EML6 (ENSPANG00000004287) SPTBN1 (ENSPANG00000000683) C2orf73 (ENSPANG00000001209) TSPYL6 (ENSPANG00000038364) ENSPANG00000048389 ##22 ENSPANG00000000195 PSME4 (ENSPANG00000014551) GPR75 (ENSPANG00000049693) ERLEC1 (ENSPANG00000009778) CHAC2 (ENSPANG00000025448) ASB3 (ENSPANG00000000697) ENSPANG00000019787 ENSPANG00000050504 ENSPANG00000041553 NRXN1 (ENSPANG00000035821) ENSPANG00000050757 FSHR (ENSPANG00000020441) ENSPANG00000037254 LHCGR (ENSPANG00000025379) GTF2A1L (ENSPANG00000048288) Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.a.a ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.a.a ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.a.a ##22 Rhesus DUPLICATION Rhesus MODERN SPECIES 16 ENSMMUG00000063354 PRR16 (ENSMMUG00000038727) FTMT (ENSMMUG00000051455) SRFBP1 (ENSMMUG00000021009) LOX (ENSMMUG00000056626) ZNF474 (ENSMMUG00000021006) ENSMMUG00000046428 SNCAIP (ENSMMUG00000009997) SNX2 (ENSMMUG00000023598) PPIC (ENSMMUG00000010651) ENSMMUG00000060336 ##22 PRDM6 (ENSMMUG00000052656) CEP120 (ENSMMUG00000015767) CSNK1G3 (ENSMMUG00000006646) ENSMMUG00000062842 ENSMMUG00000060057 ##22 ZNF608 (ENSMMUG00000004409) GRAMD2B (ENSMMUG00000007899) ENSMMUG00000046228 ALDH7A1 (ENSMMUG00000016682) PHAX (ENSMMUG00000016683) TEX43 (ENSMMUG00000056480) LMNB1 (ENSMMUG00000000823) MARCHF3 (ENSMMUG00000021547) C6H5orf63 (ENSMMUG00000037806) MEGF10 (ENSMMUG00000018827) PRRC1 (ENSMMUG00000008202) CCDC192 (ENSMMUG00000038541) SLC12A2 (ENSMMUG00000011214) FBN2 (ENSMMUG00000010682) SLC27A6 (ENSMMUG00000017031) Rhesus MODERN SPECIES 327 ENSMMUG00000049709 ZC3H12B (ENSMMUG00000012261) ENSMMUG00000062918 ENSMMUG00000051079 ZC4H2 (ENSMMUG00000006916) MTMR8 (ENSMMUG00000004274) ASB12 (ENSMMUG00000065109) AMER1 (ENSMMUG00000004309) ENSMMUG00000059335 ARHGEF9 (ENSMMUG00000016233) ENSMMUG00000063913 SPIN4 (ENSMMUG00000007057) ENSMMUG00000054377 ENSMMUG00000064451 ENSMMUG00000058922 ENSMMUG00000051670 ##22 ENSMMUG00000019432 FAAH2 (ENSMMUG00000016725) ENSMMUG00000058470 ENSMMUG00000016045 SPIN3 (ENSMMUG00000063849) UBQLN2 (ENSMMUG00000042087) KLF8 (ENSMMUG00000014678) ENSMMUG00000063731 ENSMMUG00000062132 ENSMMUG00000062445 ##22 ENSMMUG00000053644 RRAGB (ENSMMUG00000017635) FOXR2 (ENSMMUG00000061763) ENSMMUG00000042926 USP51 (ENSMMUG00000052760) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.a.a ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 2 EEF1AKMT2 (ENSPANG00000020335) ABRAXAS2 (ENSPANG00000020336) ENSPANG00000037231 ZRANB1 (ENSPANG00000020320) CTBP2 (ENSPANG00000020276) ENSPANG00000040973 ENSPANG00000046387 TEX36 (ENSPANG00000020277) EDRF1 (ENSPANG00000020279) MMP21 (ENSPANG00000020288) UROS (ENSPANG00000020291) ENSPANG00000020319 DHX32 (ENSPANG00000020318) FANK1 (ENSPANG00000020263) ADAM12 (ENSPANG00000020265) ENSPANG00000043403 ##22 C10orf90 (ENSPANG00000020261) INSYN2A (ENSPANG00000020241) DOCK1 (ENSPANG00000020237) NPS (ENSPANG00000020243) FOXI2 (ENSPANG00000020235) ENSPANG00000050452 CLRN3 (ENSPANG00000020194) PTPRE (ENSPANG00000020198) MKI67 (ENSPANG00000020190) ENSPANG00000048991 ENSPANG00000045620 MGMT (ENSPANG00000020189) EBF3 (ENSPANG00000020188) C10orf143 (ENSPANG00000035954) GLRX3 (ENSPANG00000020159) Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.a.b.a ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.a.b.a ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.a.b.a ##22 Rhesus DUPLICATION Rhesus DUPLICATION Rhesus DUPLICATION Rhesus DUPLICATION Rhesus MODERN SPECIES 14 ENSMMUG00000050333 ENSMMUG00000058228 UBE3D (ENSMMUG00000015780) DOP1A (ENSMMUG00000012580) PGM3 (ENSMMUG00000012589) RWDD2A (ENSMMUG00000012590) ME1 (ENSMMUG00000012592) ENSMMUG00000029549 PRSS35 (ENSMMUG00000016702) SNAP91 (ENSMMUG00000016703) CYB5R4 (ENSMMUG00000009585) CEP162 (ENSMMUG00000021072) TBX18 (ENSMMUG00000010599) ENSMMUG00000061590 NT5E (ENSMMUG00000005442) ENSMMUG00000064804 ##22 SNX14 (ENSMMUG00000005446) SYNCRIP (ENSMMUG00000012575) ENSMMUG00000055141 ENSMMUG00000003126 ENSMMUG00000061131 HTR1E (ENSMMUG00000000223) CGA (ENSMMUG00000000222) ZNF292 (ENSMMUG00000022458) C4H6orf163 (ENSMMUG00000022466) CFAP206 (ENSMMUG00000045108) SLC35A1 (ENSMMUG00000017028) RARS2 (ENSMMUG00000017039) ORC3 (ENSMMUG00000002821) AKIRIN2 (ENSMMUG00000002824) SPACA1 (ENSMMUG00000004947) Rhesus MODERN SPECIES C1H1orf50 (ENSMMUG00000016111) P3H1 (ENSMMUG00000022381) CLDN19 (ENSMMUG00000057076) YBX1 (ENSMMUG00000013136) PPIH (ENSMMUG00000013129) CCDC30 (ENSMMUG00000013128) PPCS (ENSMMUG00000013126) ZMYND12 (ENSMMUG00000001034) ENSMMUG00000055029 RIMKLA (ENSMMUG00000051992) FOXJ3 (ENSMMUG00000014138) GUCA2A (ENSMMUG00000055703) GUCA2B (ENSMMUG00000018965) ENSMMUG00000052537 ENSMMUG00000049561 ENSMMUG00000052393 ##22 HIVEP3 (ENSMMUG00000016215) EDN2 (ENSMMUG00000016214) FOXO6 (ENSMMUG00000044175) SCMH1 (ENSMMUG00000017104) SLFNL1 (ENSMMUG00000017103) CTPS1 (ENSMMUG00000017101) ENSMMUG00000055760 CITED4 (ENSMMUG00000043675) KCNQ4 (ENSMMUG00000019536) NFYC (ENSMMUG00000014970) RIMS3 (ENSMMUG00000039139) ENSMMUG00000059358 ENSMMUG00000056255 ENSMMUG00000050602 ZNF684 (ENSMMUG00000009234) Rhesus MODERN SPECIES 8 COL4A1 (ENSMMUG00000022280) IRS2 (ENSMMUG00000021790) ENSMMUG00000062907 MYO16 (ENSMMUG00000021231) TNFSF13B (ENSMMUG00000008040) ABHD13 (ENSMMUG00000008039) LIG4 (ENSMMUG00000008874) ENSMMUG00000059803 NALF1 (ENSMMUG00000030627) ENSMMUG00000061886 ARGLU1 (ENSMMUG00000051102) EFNB2 (ENSMMUG00000009892) ENSMMUG00000049528 ENSMMUG00000060590 SLC10A2 (ENSMMUG00000007664) ENSMMUG00000053838 ##22 METTL21EP (ENSMMUG00000000353) ENSMMUG00000000350 POGLUT2 (ENSMMUG00000052642) TEX30 (ENSMMUG00000000345) CCDC168 (ENSMMUG00000045859) METTL21C (ENSMMUG00000064688) TPP2 (ENSMMUG00000007247) FGF14 (ENSMMUG00000002875) ITGBL1 (ENSMMUG00000002873) NALCN (ENSMMUG00000015856) TMTC4 (ENSMMUG00000000481) GGACT (ENSMMUG00000004494) ENSMMUG00000050578 PCCA (ENSMMUG00000004493) ZIC2 (ENSMMUG00000014822) Rhesus MODERN SPECIES 8 ENSMMUG00000049780 TPT1 (ENSMMUG00000022979) SLC25A30 (ENSMMUG00000037790) COG3 (ENSMMUG00000018409) ERICH6B (ENSMMUG00000044896) CBY2 (ENSMMUG00000011986) SIAH3 (ENSMMUG00000041756) ZC3H13 (ENSMMUG00000017025) LCP1 (ENSMMUG00000017033) LRRC63 (ENSMMUG00000009860) ENSMMUG00000060668 RUBCNL (ENSMMUG00000009862) LRCH1 (ENSMMUG00000016293) ESD (ENSMMUG00000004209) HTR2A (ENSMMUG00000004210) ENSMMUG00000065094 ##22 ENSMMUG00000059778 SUCLA2 (ENSMMUG00000007539) NUDT15 (ENSMMUG00000056464) MED4 (ENSMMUG00000017988) ITM2B (ENSMMUG00000007888) RB1 (ENSMMUG00000007891) RCBTB2 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ENSPANG00000045144 ENSPANG00000037100 DCC (ENSPANG00000006451) MEX3C (ENSPANG00000006226) SMAD4 (ENSPANG00000024703) ELAC1 (ENSPANG00000026392) ME2 (ENSPANG00000016868) MRO (ENSPANG00000011894) MAPK4 (ENSPANG00000009483) SKA1 (ENSPANG00000030336) CXXC1 (ENSPANG00000009435) MBD1 (ENSPANG00000010867) MYO5B (ENSPANG00000022089) ACAA2 (ENSPANG00000002878) LIPG (ENSPANG00000024235) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 247 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.a.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.a.b.b.b.b.a.a Macaca ANCESTRAL SPECIES 183 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.a.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.a.b.b.b.b.a.a Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 142 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.a.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.a.b.b.b.b.a.a Rhesus DUPLICATION Rhesus DUPLICATION Rhesus MODERN SPECIES 19 ENSMMUG00000043184 SFTPD (ENSMMUG00000002787) MBL1 (ENSMMUG00000002786) ENSMMUG00000040590 SFTPA1 (ENSMMUG00000047229) ENSMMUG00000057196 ZCCHC24 (ENSMMUG00000051972) PPIF (ENSMMUG00000003189) ZMIZ1 (ENSMMUG00000008790) RPS24 (ENSMMUG00000030562) POLR3A (ENSMMUG00000005514) DLG5 (ENSMMUG00000009128) KCNMA1 (ENSMMUG00000018390) ENSMMUG00000050670 LRMDA (ENSMMUG00000023415) ENSMMUG00000059732 ##22 ENSMMUG00000057557 ENSMMUG00000050956 ZNF503 (ENSMMUG00000006102) COMTD1 (ENSMMUG00000008694) VDAC2 (ENSMMUG00000008691) SAMD8 (ENSMMUG00000008690) ENSMMUG00000009286 DUSP29 (ENSMMUG00000020221) KAT6B (ENSMMUG00000023488) ENSMMUG00000054526 ENSMMUG00000053916 ADK (ENSMMUG00000022237) ENSMMUG00000060115 AP3M1 (ENSMMUG00000020825) VCL (ENSMMUG00000020823) Rhesus MODERN SPECIES 7 CACNA1G (ENSMMUG00000017256) ABCC3 (ENSMMUG00000003414) ANKRD40 (ENSMMUG00000003421) ENSMMUG00000064138 LUC7L3 (ENSMMUG00000010117) ANKRD40CL (ENSMMUG00000057364) WFIKKN2 (ENSMMUG00000022741) TOB1 (ENSMMUG00000022740) ENSMMUG00000054539 SPAG9 (ENSMMUG00000022528) NME1 (ENSMMUG00000001940) MBTD1 (ENSMMUG00000001942) UTP18 (ENSMMUG00000007858) ENSMMUG00000051004 ENSMMUG00000064982 ENSMMUG00000059340 ##22 CA10 (ENSMMUG00000013737) ENSMMUG00000063189 ENSMMUG00000060858 KIF2B (ENSMMUG00000014427) ENSMMUG00000057025 ENSMMUG00000061057 TOM1L1 (ENSMMUG00000010550) COX11 (ENSMMUG00000010548) STXBP4 (ENSMMUG00000010546) ENSMMUG00000056602 ENSMMUG00000050544 HLF (ENSMMUG00000022627) MMD (ENSMMUG00000022628) ENSMMUG00000065168 ENSMMUG00000064643 Rhesus DUPLICATION Rhesus MODERN SPECIES 4 REG3A (ENSMMUG00000062818) REG1A (ENSMMUG00000040046) REG1A (ENSMMUG00000049292) REG1B (ENSMMUG00000039038) REG3G (ENSMMUG00000061134) LRRTM4 (ENSMMUG00000000181) ENSMMUG00000056920 ENSMMUG00000052499 ENSMMUG00000061799 ENSMMUG00000056785 ENSMMUG00000064821 GCFC2 (ENSMMUG00000018512) MRPL19 (ENSMMUG00000023758) EVA1A (ENSMMUG00000048322) ENSMMUG00000049930 ENSMMUG00000051843 ##22 TACR1 (ENSMMUG00000001846) ENSMMUG00000053587 POLE4 (ENSMMUG00000001845) HK2 (ENSMMUG00000011845) SEMA4F (ENSMMUG00000005149) M1AP (ENSMMUG00000002140) ENSMMUG00000050379 DOK1 (ENSMMUG00000002139) LOXL3 (ENSMMUG00000002138) HTRA2 (ENSMMUG00000002136) AUP1 (ENSMMUG00000002131) DQX1 (ENSMMUG00000002129) TLX2 (ENSMMUG00000043505) PCGF1 (ENSMMUG00000002127) LBX2 (ENSMMUG00000002125) Rhesus MODERN SPECIES 10 ZNF428 (ENSMMUG00000053175) ZNF576 (ENSMMUG00000054126) IRGQ (ENSMMUG00000004468) PINLYP (ENSMMUG00000042645) XRCC1 (ENSMMUG00000004467) ZNF575 (ENSMMUG00000019265) ETHE1 (ENSMMUG00000019264) PHLDB3 (ENSMMUG00000044157) LYPD3 (ENSMMUG00000054323) TEX101 (ENSMMUG00000003568) CD177 (ENSMMUG00000021062) ENSMMUG00000047533 ENSMMUG00000055813 ENSMMUG00000050817 ENSMMUG00000049459 ENSMMUG00000064250 ##22 ENSMMUG00000050799 ENSMMUG00000063977 ENSMMUG00000039210 ENSMMUG00000056518 CEACAM8 (ENSMMUG00000044353) ENSMMUG00000038920 CXCL17 (ENSMMUG00000058656) LIPE (ENSMMUG00000017916) CNFN (ENSMMUG00000052163) ENSMMUG00000053094 MEGF8 (ENSMMUG00000014932) TMEM145 (ENSMMUG00000012170) PRR19 (ENSMMUG00000012171) PAFAH1B3 (ENSMMUG00000012172) CIC (ENSMMUG00000012174) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.a.b.b ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 792 ENSPANG00000041589 ENSPANG00000039865 ENSPANG00000051403 UBQLN2 (ENSPANG00000003144) ENSPANG00000006802 SPIN3 (ENSPANG00000034200) ENSPANG00000033717 ENSPANG00000043590 FAAH2 (ENSPANG00000005116) ENSPANG00000042476 SPIN4 (ENSPANG00000003298) ENSPANG00000037603 ENSPANG00000045467 ENSPANG00000013981 ENSPANG00000049119 ENSPANG00000039711 ##22 ENSPANG00000041942 ENSPANG00000010496 MTMR8 (ENSPANG00000010718) ENSPANG00000048128 ASB12 (ENSPANG00000015255) AMER1 (ENSPANG00000008040) ARHGEF9 (ENSPANG00000009684) ZC3H12B (ENSPANG00000007944) LAS1L (ENSPANG00000005318) ENSPANG00000001268 VSIG4 (ENSPANG00000017533) HEPH (ENSPANG00000018534) ENSPANG00000033128 ENSPANG00000042224 ENSPANG00000042220 Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.b.a ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.b.a ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.b.a ##22 Rhesus DUPLICATION Rhesus MODERN SPECIES 16 GPX3 (ENSMMUG00000042643) TNIP1 (ENSMMUG00000021051) ENSMMUG00000053139 ANXA6 (ENSMMUG00000021053) CCDC69 (ENSMMUG00000050884) GM2A (ENSMMUG00000022869) SLC36A3 (ENSMMUG00000022870) SLC36A2 (ENSMMUG00000005567) SLC36A1 (ENSMMUG00000003499) FAT2 (ENSMMUG00000003497) SPARC (ENSMMUG00000053367) ATOX1 (ENSMMUG00000054302) G3BP1 (ENSMMUG00000014701) GLRA1 (ENSMMUG00000014704) ENSMMUG00000029761 ENSMMUG00000061338 ##22 NMUR2 (ENSMMUG00000013880) GRIA1 (ENSMMUG00000009287) FAM114A2 (ENSMMUG00000011988) MFAP3 (ENSMMUG00000011989) GALNT10 (ENSMMUG00000010615) ENSMMUG00000063477 SAP30L (ENSMMUG00000056369) HAND1 (ENSMMUG00000010621) ENSMMUG00000057932 ENSMMUG00000045056 LARP1 (ENSMMUG00000009411) ENSMMUG00000054082 FAXDC2 (ENSMMUG00000009413) CNOT8 (ENSMMUG00000008318) GEMIN5 (ENSMMUG00000021228) Rhesus MODERN SPECIES 17 GPR65 (ENSMMUG00000017260) GALC (ENSMMUG00000017261) ENSMMUG00000053267 FLRT2 (ENSMMUG00000058999) ENSMMUG00000061233 SEL1L (ENSMMUG00000010016) STON2 (ENSMMUG00000022124) ENSMMUG00000054114 GTF2A1 (ENSMMUG00000022122) TSHR (ENSMMUG00000019713) CEP128 (ENSMMUG00000019710) DIO2 (ENSMMUG00000045646) ENSMMUG00000054045 ENSMMUG00000065073 ENSMMUG00000061220 ENSMMUG00000055719 ##22 NRXN3 (ENSMMUG00000013842) ADCK1 (ENSMMUG00000023627) ENSMMUG00000005403 SNW1 (ENSMMUG00000005402) SLIRP (ENSMMUG00000029256) ALKBH1 (ENSMMUG00000023626) SPTLC2 (ENSMMUG00000013556) ISM2 (ENSMMUG00000013555) AHSA1 (ENSMMUG00000013554) VIPAS39 (ENSMMUG00000013551) NOXRED1 (ENSMMUG00000056484) SAMD15 (ENSMMUG00000001099) TMED8 (ENSMMUG00000056541) GSTZ1 (ENSMMUG00000001097) POMT2 (ENSMMUG00000001095) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.b.a ##22 Olive baboon DUPLICATION Olive baboon DUPLICATION Olive baboon MODERN SPECIES 351 ENSPANG00000037882 ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 17 ZFAND6 (ENSPANG00000043027) ENSPANG00000047640 FAH (ENSPANG00000015690) CTXND1 (ENSPANG00000036160) ENSPANG00000050524 ENSPANG00000043381 ARNT2 (ENSPANG00000015681) ABHD17C (ENSPANG00000030575) CEMIP (ENSPANG00000015672) MESD (ENSPANG00000015642) TLNRD1 (ENSPANG00000037976) CFAP161 (ENSPANG00000015644) IL16 (ENSPANG00000015637) STARD5 (ENSPANG00000015638) TMC3 (ENSPANG00000015639) ENSPANG00000048751 ##22 MEX3B (ENSPANG00000049725) ENSPANG00000015635 ENSPANG00000048403 ENSPANG00000042835 ENSPANG00000030780 ENSPANG00000033959 ADAMTSL3 (ENSPANG00000015614) ENSPANG00000043344 SH3GL3 (ENSPANG00000015606) SEMA4B (ENSPANG00000011175) CIB1 (ENSPANG00000021466) GDPGP1 (ENSPANG00000007726) TTLL13 (ENSPANG00000024125) ENSPANG00000021055 BNC1 (ENSPANG00000015607) Olive baboon DUPLICATION Olive baboon MODERN SPECIES 16 KIAA0319 (ENSPANG00000010500) TDP2 (ENSPANG00000017590) ACOT13 (ENSPANG00000034234) C6orf62 (ENSPANG00000026312) GMNN (ENSPANG00000023191) RIPOR2 (ENSPANG00000013690) ARMH2 (ENSPANG00000021238) ENSPANG00000011719 CARMIL1 (ENSPANG00000008071) ENSPANG00000051247 SCGN (ENSPANG00000016594) H2AC1 (ENSPANG00000013665) H2BC1 (ENSPANG00000048773) ENSPANG00000045439 SLC17A3 (ENSPANG00000017412) ENSPANG00000050125 ##22 SLC17A4 (ENSPANG00000010498) SLC17A1 (ENSPANG00000009598) SLC17A2 (ENSPANG00000019372) TRIM38 (ENSPANG00000037484) H1-1 (ENSPANG00000047407) ENSPANG00000045374 ENSPANG00000046674 ENSPANG00000049391 ENSPANG00000037681 H2AC4 (ENSPANG00000041260) H2BC3 (ENSPANG00000047395) ENSPANG00000043795 H1-2 (ENSPANG00000041953) HFE (ENSPANG00000021735) ENSPANG00000044300 Olive baboon MODERN SPECIES 6 MYO16 (ENSPANG00000012679) ENSPANG00000019731 LIG4 (ENSPANG00000007562) ENSPANG00000045788 ENSPANG00000046676 NALF1 (ENSPANG00000009295) ENSPANG00000011850 ENSPANG00000044135 ENSPANG00000050745 ENSPANG00000037981 ARGLU1 (ENSPANG00000049597) EFNB2 (ENSPANG00000004281) ENSPANG00000007600 ENSPANG00000048625 ENSPANG00000041499 ENSPANG00000042101 ##22 ENSPANG00000046932 ENSPANG00000038142 SLC10A2 (ENSPANG00000049257) METTL21EP (ENSPANG00000008110) ENSPANG00000007563 POGLUT2 (ENSPANG00000018248) TEX30 (ENSPANG00000015207) METTL21C (ENSPANG00000004347) TPP2 (ENSPANG00000015881) ENSPANG00000033494 ENSPANG00000043579 FGF14 (ENSPANG00000012680) ITGBL1 (ENSPANG00000013396) ENSPANG00000050476 NALCN (ENSPANG00000004282) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.b.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.b.b ##22 Olive baboon DUPLICATION Olive baboon MODERN SPECIES 19 ZNF641 (ENSPANG00000014075) H1-7 (ENSPANG00000045002) CCDC184 (ENSPANG00000014422) ASB8 (ENSPANG00000047762) PFKM (ENSPANG00000019403) ENSPANG00000039475 SENP1 (ENSPANG00000010525) COL2A1 (ENSPANG00000020674) TMEM106C (ENSPANG00000044784) VDR (ENSPANG00000011327) ENSPANG00000009964 ENSPANG00000048474 SLC48A1 (ENSPANG00000015786) RAPGEF3 (ENSPANG00000038998) ENSPANG00000044017 ENSPANG00000045030 ##22 ENSPANG00000046041 PCED1B (ENSPANG00000044056) AMIGO2 (ENSPANG00000009333) ENSPANG00000037408 ENSPANG00000047410 SLC38A4 (ENSPANG00000017211) ENSPANG00000043730 SLC38A2 (ENSPANG00000009966) SLC38A1 (ENSPANG00000015831) SCAF11 (ENSPANG00000021077) ARID2 (ENSPANG00000015334) ENSPANG00000039526 ENSPANG00000014419 ANO6 (ENSPANG00000013194) DBX2 (ENSPANG00000005953) Olive baboon MODERN SPECIES 14 GATAD1 (ENSPANG00000006522) ANKIB1 (ENSPANG00000017286) KRIT1 (ENSPANG00000024548) LRRD1 (ENSPANG00000024550) CYP51A1 (ENSPANG00000010214) AKAP9 (ENSPANG00000000841) MTERF1 (ENSPANG00000007445) FZD1 (ENSPANG00000002491) CDK14 (ENSPANG00000022338) CLDN12 (ENSPANG00000011873) GTPBP10 (ENSPANG00000005830) FAM237B (ENSPANG00000021692) CFAP69 (ENSPANG00000021186) STEAP2 (ENSPANG00000024064) STEAP1 (ENSPANG00000022337) ENSPANG00000047873 ##22 TEX47 (ENSPANG00000041284) ZNF804B (ENSPANG00000017284) STEAP4 (ENSPANG00000021691) SRI (ENSPANG00000030997) ADAM22 (ENSPANG00000011718) ENSPANG00000046624 DBF4 (ENSPANG00000024063) SLC25A40 (ENSPANG00000025953) RUNDC3B (ENSPANG00000020857) ABCB4 (ENSPANG00000017765) CROT (ENSPANG00000017283) TMEM243 (ENSPANG00000046663) DMTF1 (ENSPANG00000011083) ELAPOR2 (ENSPANG00000006018) ENSPANG00000049327 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.b.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.a.b.b ##22 Rhesus MODERN SPECIES 11 MRPS22 (ENSMMUG00000003048) ENSMMUG00000054284 PRR23C (ENSMMUG00000055295) PRR23A (ENSMMUG00000050483) FOXL2NB (ENSMMUG00000049225) FOXL2 (ENSMMUG00000053063) PIK3CB (ENSMMUG00000008666) FAIM (ENSMMUG00000008664) CEP70 (ENSMMUG00000007760) ESYT3 (ENSMMUG00000007757) MRAS (ENSMMUG00000041198) NME9 (ENSMMUG00000007755) ARMC8 (ENSMMUG00000021285) DBR1 (ENSMMUG00000021284) DZIP1L (ENSMMUG00000013269) ENSMMUG00000054372 ##22 CLDN18 (ENSMMUG00000009636) IL20RB (ENSMMUG00000007390) NCK1 (ENSMMUG00000055871) SLC35G2 (ENSMMUG00000019360) STAG1 (ENSMMUG00000003263) PCCB (ENSMMUG00000003262) ENSMMUG00000064198 MSL2 (ENSMMUG00000000933) ENSMMUG00000031508 PPP2R3A (ENSMMUG00000000932) EPHB1 (ENSMMUG00000021334) KY (ENSMMUG00000010346) CEP63 (ENSMMUG00000012752) ANAPC13 (ENSMMUG00000012750) AMOTL2 (ENSMMUG00000021694) Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.b.a ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.b.a ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.b.a ##22 Rhesus DUPLICATION Rhesus MODERN SPECIES TOR1AIP2 (ENSMMUG00000031279) FAM163A (ENSMMUG00000055256) TDRD5 (ENSMMUG00000016033) NPHS2 (ENSMMUG00000003770) AXDND1 (ENSMMUG00000003769) ENSMMUG00000055309 SOAT1 (ENSMMUG00000003768) ENSMMUG00000049630 ABL2 (ENSMMUG00000006262) TOR3A (ENSMMUG00000006261) FAM20B (ENSMMUG00000006260) ANGPTL1 (ENSMMUG00000017553) RALGPS2 (ENSMMUG00000017551) TEX35 (ENSMMUG00000054486) CLEC20A (ENSMMUG00000056058) ENSMMUG00000053325 ##22 RASAL2 (ENSMMUG00000021073) SEC16B (ENSMMUG00000020320) BRINP2 (ENSMMUG00000022935) ASTN1 (ENSMMUG00000023216) PAPPA2 (ENSMMUG00000023214) ENSMMUG00000063647 COP1 (ENSMMUG00000059669) TNR (ENSMMUG00000015723) KIAA0040 (ENSMMUG00000000546) TNN (ENSMMUG00000000545) MRPS14 (ENSMMUG00000051176) CACYBP (ENSMMUG00000001571) RABGAP1L (ENSMMUG00000001565) ENSMMUG00000064770 RC3H1 (ENSMMUG00000000630) Rhesus MODERN SPECIES 13 ENSMMUG00000050435 ENSMMUG00000064056 PHTF2 (ENSMMUG00000009008) TMEM60 (ENSMMUG00000009007) RSBN1L (ENSMMUG00000009006) ENSMMUG00000061303 ENSMMUG00000063424 PTPN12 (ENSMMUG00000009004) GSAP (ENSMMUG00000006701) CCDC146 (ENSMMUG00000006696) FGL2 (ENSMMUG00000055568) ENSMMUG00000062116 FAM185A (ENSMMUG00000037761) FBXL13 (ENSMMUG00000012427) LRRC17 (ENSMMUG00000012432) ENSMMUG00000054290 ##22 ARMC10 (ENSMMUG00000012435) NAPEPLD (ENSMMUG00000004236) ENSMMUG00000051388 PMPCB (ENSMMUG00000003429) DNAJC2 (ENSMMUG00000003430) PSMC2 (ENSMMUG00000003432) SLC26A5 (ENSMMUG00000003433) RELN (ENSMMUG00000048420) ENSMMUG00000063684 ORC5 (ENSMMUG00000012066) ENSMMUG00000062666 LHFPL3 (ENSMMUG00000004436) KMT2E (ENSMMUG00000022727) SRPK2 (ENSMMUG00000022732) ENSMMUG00000055753 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.b.a ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 7 PLCB1 (ENSPANG00000004887) ENSPANG00000046866 PLCB4 (ENSPANG00000024114) LAMP5 (ENSPANG00000017561) PAK5 (ENSPANG00000017562) ANKEF1 (ENSPANG00000017563) ENSPANG00000039274 SNAP25 (ENSPANG00000003900) MKKS (ENSPANG00000004886) SLX4IP (ENSPANG00000007520) JAG1 (ENSPANG00000004885) BTBD3 (ENSPANG00000020967) ENSPANG00000041219 SPTLC3 (ENSPANG00000007161) ISM1 (ENSPANG00000004884) ENSPANG00000039162 ##22 TASP1 (ENSPANG00000003898) ESF1 (ENSPANG00000020625) NDUFAF5 (ENSPANG00000022387) ENSPANG00000048636 SEL1L2 (ENSPANG00000023196) ENSPANG00000039587 FLRT3 (ENSPANG00000011848) ENSPANG00000051084 MACROD2 (ENSPANG00000029296) ENSPANG00000019915 SNRPB2 (ENSPANG00000041132) OTOR (ENSPANG00000009616) PCSK2 (ENSPANG00000021241) BFSP1 (ENSPANG00000029429) DSTN (ENSPANG00000018433) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.b.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.a.b.b.b ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 17 FOXG1 (ENSPANG00000020365) ENSPANG00000020459 ENSPANG00000047513 PRKD1 (ENSPANG00000009943) G2E3 (ENSPANG00000015300) SCFD1 (ENSPANG00000016614) ENSPANG00000038938 COCH (ENSPANG00000011160) STRN3 (ENSPANG00000020458) ENSPANG00000017427 HECTD1 (ENSPANG00000017149) HEATR5A (ENSPANG00000000801) DTD2 (ENSPANG00000021336) GPR33 (ENSPANG00000021666) NUBPL (ENSPANG00000021781) ENSPANG00000047627 ##22 ARHGAP5 (ENSPANG00000024272) ENSPANG00000038472 ENSPANG00000038010 AKAP6 (ENSPANG00000022397) NPAS3 (ENSPANG00000021333) EGLN3 (ENSPANG00000047484) ENSPANG00000039055 SPTSSA (ENSPANG00000044993) EAPP (ENSPANG00000018424) ENSPANG00000022563 CFL2 (ENSPANG00000021779) BAZ1A (ENSPANG00000021332) SRP54 (ENSPANG00000023853) FAM177A1 (ENSPANG00000038043) PPP2R3C (ENSPANG00000024268) Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 246 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.b.a ##22 ENSGT01100000263509.a.a.b.b.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b.b.a.a.a.b.b.a.a.a Macaca ANCESTRAL SPECIES 182 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.b.a ##22 ENSGT01100000263509.a.a.b.b.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b.b.a.a.a.b.b.a.a.a Macaca_a DUPLICATION Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.b.a.a ##22 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 11 ENSMFAG00000051393 OXSM (ENSMFAG00000044675) NGLY1 (ENSMFAG00000046244) TOP2B (ENSMFAG00000043890) RARB (ENSMFAG00000046169) ENSMFAG00000063087 THRB (ENSMFAG00000008661) NR1D2 (ENSMFAG00000038893) ENSMFAG00000065062 ENSMFAG00000043886 NKIRAS1 (ENSMFAG00000002166) ENSMFAG00000046106 UBE2E2 (ENSMFAG00000039050) ENSMFAG00000051228 ENSMFAG00000048916 ENSMFAG00000054636 ##22 ENSMFAG00000050082 ENSMFAG00000060465 ENSMFAG00000063489 ZNF385D (ENSMFAG00000032213) ENSMFAG00000059783 ENSMFAG00000030000 SGO1 (ENSMFAG00000000824) KAT2B (ENSMFAG00000035980) PP2D1 (ENSMFAG00000036979) ENSMFAG00000002326 ENSMFAG00000057146 EFHB (ENSMFAG00000027825) ENSMFAG00000046373 KCNH8 (ENSMFAG00000035903) SATB1 (ENSMFAG00000042093) Rhesus MODERN SPECIES 13 ASZ1 (ENSMMUG00000021726) ENSMMUG00000064285 WNT2 (ENSMMUG00000055123) ST7 (ENSMMUG00000021722) ENSMMUG00000052234 CAPZA2 (ENSMMUG00000006784) MET (ENSMMUG00000006779) CAV1 (ENSMMUG00000014122) CAV2 (ENSMMUG00000061706) TES (ENSMMUG00000007097) TFEC (ENSMMUG00000038489) MDFIC (ENSMMUG00000019776) ENSMMUG00000049886 FOXP2 (ENSMMUG00000008005) PPP1R3A (ENSMMUG00000022642) ENSMMUG00000063722 ##22 GPR85 (ENSMMUG00000015548) BMT2 (ENSMMUG00000015547) TMEM168 (ENSMMUG00000015543) ENSMMUG00000052812 LSMEM1 (ENSMMUG00000063584) IFRD1 (ENSMMUG00000008033) ZNF277 (ENSMMUG00000015965) DOCK4 (ENSMMUG00000002894) ENSMMUG00000058817 IMMP2L (ENSMMUG00000015535) THAP5 (ENSMMUG00000011834) DNAJB9 (ENSMMUG00000063700) PNPLA8 (ENSMMUG00000011831) NRCAM (ENSMMUG00000021293) LAMB4 (ENSMMUG00000021289) Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 141 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.b.a.b ##22 ENSGT01100000263509.a.a.b.b.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b.b.a.a.a.b.b.a.a.a Rhesus DUPLICATION Rhesus MODERN SPECIES 13 SLC25A13 (ENSMMUG00000005250) DYNC1I1 (ENSMMUG00000005915) PDK4 (ENSMMUG00000021389) ASB4 (ENSMMUG00000008016) PON2 (ENSMMUG00000008014) PON3 (ENSMMUG00000008013) PON1 (ENSMMUG00000008011) PPP1R9A (ENSMMUG00000008008) ENSMMUG00000056378 ENSMMUG00000053116 ENSMMUG00000032524 SGCE (ENSMMUG00000016394) CASD1 (ENSMMUG00000016393) COL1A2 (ENSMMUG00000039654) BET1 (ENSMMUG00000000007) ENSMMUG00000060571 ##22 GNG11 (ENSMMUG00000041616) GNGT1 (ENSMMUG00000020579) TFPI2 (ENSMMUG00000020581) CALCR (ENSMMUG00000014319) VPS50 (ENSMMUG00000017311) HEPACAM2 (ENSMMUG00000004456) ENSMMUG00000053093 ##22 SAMD9L (ENSMMUG00000020803) SAMD9 (ENSMMUG00000000170) CDK6 (ENSMMUG00000008698) FAM133B (ENSMMUG00000019802) RBM48 (ENSMMUG00000015534) ENSMMUG00000060636 PEX1 (ENSMMUG00000040007) ERVW-1 (ENSMMUG00000049959) Rhesus MODERN SPECIES 327 ALAS2 (ENSMMUG00000008429) TRO (ENSMMUG00000008422) PFKFB1 (ENSMMUG00000008425) APEX2 (ENSMMUG00000008428) ENSMMUG00000045847 ENSMMUG00000053924 FAM104B (ENSMMUG00000059922) PAGE3 (ENSMMUG00000010324) ENSMMUG00000060530 MAGEH1 (ENSMMUG00000046259) USP51 (ENSMMUG00000052760) ENSMMUG00000042926 FOXR2 (ENSMMUG00000061763) RRAGB (ENSMMUG00000017635) ENSMMUG00000053644 ENSMMUG00000062445 ##22 ENSMMUG00000062132 ENSMMUG00000063731 KLF8 (ENSMMUG00000014678) UBQLN2 (ENSMMUG00000042087) SPIN3 (ENSMMUG00000063849) ENSMMUG00000016045 ENSMMUG00000058470 FAAH2 (ENSMMUG00000016725) ENSMMUG00000019432 ENSMMUG00000051670 ##22 ENSMMUG00000058922 ENSMMUG00000064451 ENSMMUG00000054377 SPIN4 (ENSMMUG00000007057) ENSMMUG00000063913 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 2 ENSMFAG00000055667 RESF1 (ENSMFAG00000041866) BICD1 (ENSMFAG00000035359) FGD4 (ENSMFAG00000032033) DNM1L (ENSMFAG00000006058) ENSMFAG00000052868 YARS2 (ENSMFAG00000032763) PKP2 (ENSMFAG00000045800) ENSMFAG00000017689 SYT10 (ENSMFAG00000034558) ENSMFAG00000056607 ENSMFAG00000054017 ENSMFAG00000058438 CPNE8 (ENSMFAG00000041185) ENSMFAG00000062284 ENSMFAG00000048417 ##22 ENSMFAG00000017477 ENSMFAG00000057256 ABCD2 (ENSMFAG00000002050) C12orf40 (ENSMFAG00000033372) SLC2A13 (ENSMFAG00000048331) ENSMFAG00000058170 LRRK2 (ENSMFAG00000035387) ENSMFAG00000052248 ENSMFAG00000054333 CNTN1 (ENSMFAG00000035494) ENSMFAG00000051360 ENSMFAG00000065440 PDZRN4 (ENSMFAG00000037115) ENSMFAG00000056781 ENSMFAG00000056968 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.b.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.b.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.b.b ##22 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 11 ROBO2 (ENSMFAG00000000082) ROBO1 (ENSMFAG00000037016) ENSMFAG00000045324 GBE1 (ENSMFAG00000042659) ENSMFAG00000052399 ENSMFAG00000050404 CADM2 (ENSMFAG00000002627) VGLL3 (ENSMFAG00000003253) CHMP2B (ENSMFAG00000033665) POU1F1 (ENSMFAG00000031190) ENSMFAG00000055407 ##22 ENSMFAG00000033818 ENSMFAG00000065497 ZNF654 (ENSMFAG00000041264) CGGBP1 (ENSMFAG00000052960) C3orf38 (ENSMFAG00000045545) ENSMFAG00000050699 CSNKA2IP (ENSMFAG00000053253) ENSMFAG00000046323 EPHA3 (ENSMFAG00000031166) PROS1 (ENSMFAG00000043290) STX19 (ENSMFAG00000007249) ARL13B (ENSMFAG00000044585) DHFR2 (ENSMFAG00000054542) ENSMFAG00000040015 NSUN3 (ENSMFAG00000037638) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.a.b.b ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 11 OXSM (ENSPANG00000012595) NGLY1 (ENSPANG00000012686) TOP2B (ENSPANG00000010236) RARB (ENSPANG00000023177) THRB (ENSPANG00000008138) NR1D2 (ENSPANG00000006662) ENSPANG00000015926 NKIRAS1 (ENSPANG00000005603) ENSPANG00000031728 ENSPANG00000051194 UBE2E2 (ENSPANG00000019092) ENSPANG00000037145 ZNF385D (ENSPANG00000009480) ENSPANG00000051355 ENSPANG00000039359 ENSPANG00000044236 ##22 ENSPANG00000045561 SGO1 (ENSPANG00000005201) KAT2B (ENSPANG00000015053) PP2D1 (ENSPANG00000017678) RAB5A (ENSPANG00000001328) EFHB (ENSPANG00000002796) KCNH8 (ENSPANG00000010237) ENSPANG00000042126 SATB1 (ENSPANG00000004656) ENSPANG00000044764 TBC1D5 (ENSPANG00000008920) PLCL2 (ENSPANG00000015928) ENSPANG00000051128 ENSPANG00000045263 DAZL (ENSPANG00000015077) Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 167 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.b.c.b Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 170 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.a.b.b.a Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 229 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.a.b.b.a Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 231 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.a.b.b.a Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 245 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.a.b.b.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.b.a.a.b Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.b ##22 Rhesus MODERN SPECIES 11 CCDC14 (ENSMMUG00000008301) ENSMMUG00000062777 KALRN (ENSMMUG00000003851) UMPS (ENSMMUG00000032009) ITGB5 (ENSMMUG00000014516) MUC13 (ENSMMUG00000014184) HEG1 (ENSMMUG00000032005) SLC12A8 (ENSMMUG00000048732) ZNF148 (ENSMMUG00000001169) SNX4 (ENSMMUG00000011106) OSBPL11 (ENSMMUG00000017125) ENSMMUG00000052136 ENSMMUG00000011613 ENSMMUG00000059653 ROPN1B (ENSMMUG00000008360) ENSMMUG00000056933 ##22 SLC41A3 (ENSMMUG00000012847) ALDH1L1 (ENSMMUG00000012488) KLF15 (ENSMMUG00000003721) CFAP100 (ENSMMUG00000004192) ZXDC (ENSMMUG00000004195) UROC1 (ENSMMUG00000004197) CHST13 (ENSMMUG00000004201) C2H3orf22 (ENSMMUG00000004203) TXNRD3 (ENSMMUG00000001714) CHCHD6 (ENSMMUG00000016719) PLXNA1 (ENSMMUG00000016720) PRR20G (ENSMMUG00000050488) ENSMMUG00000055664 TPRA1 (ENSMMUG00000000756) MCM2 (ENSMMUG00000000158) Crab-eating macaque MODERN SPECIES 3 KANSL1L (ENSMFAG00000031878) MYL1 (ENSMFAG00000031549) LANCL1 (ENSMFAG00000041765) CPS1 (ENSMFAG00000044079) ERBB4 (ENSMFAG00000042352) ENSMFAG00000047331 ENSMFAG00000059453 IKZF2 (ENSMFAG00000049387) SPAG16 (ENSMFAG00000036303) ENSMFAG00000056823 VWC2L (ENSMFAG00000004450) BARD1 (ENSMFAG00000032566) ABCA12 (ENSMFAG00000041527) ATIC (ENSMFAG00000044630) FN1 (ENSMFAG00000032168) ENSMFAG00000055847 ##22 ENSMFAG00000063886 PECR (ENSMFAG00000003448) TMEM169 (ENSMFAG00000055690) XRCC5 (ENSMFAG00000039293) MARCHF4 (ENSMFAG00000045960) SMARCAL1 (ENSMFAG00000034369) RPL37A (ENSMFAG00000043631) IGFBP2 (ENSMFAG00000040045) IGFBP5 (ENSMFAG00000040116) ENSMFAG00000042551 ENSMFAG00000060168 ENSMFAG00000064069 TNS1 (ENSMFAG00000041004) RUFY4 (ENSMFAG00000032847) CXCR2 (ENSMFAG00000054938) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 251 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.a.b.b.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.b.a.a.b Olive baboon DUPLICATION Olive baboon MODERN SPECIES 1 LANCL1 (ENSPANG00000043351) CPS1 (ENSPANG00000008478) ERBB4 (ENSPANG00000020599) ENSPANG00000048059 ENSPANG00000050738 IKZF2 (ENSPANG00000016694) SPAG16 (ENSPANG00000011416) ENSPANG00000037591 VWC2L (ENSPANG00000046744) BARD1 (ENSPANG00000019723) ABCA12 (ENSPANG00000005668) ATIC (ENSPANG00000012147) FN1 (ENSPANG00000005725) ENSPANG00000041320 PECR (ENSPANG00000009641) ENSPANG00000042211 ##22 TMEM169 (ENSPANG00000018887) XRCC5 (ENSPANG00000016342) MARCHF4 (ENSPANG00000022150) SMARCAL1 (ENSPANG00000017812) ENSPANG00000036088 IGFBP2 (ENSPANG00000024435) IGFBP5 (ENSPANG00000050266) TNP1 (ENSPANG00000037114) TNS1 (ENSPANG00000009910) RUFY4 (ENSPANG00000007099) CXCR2 (ENSPANG00000037631) CXCR1 (ENSPANG00000040779) ARPC2 (ENSPANG00000000452) GPBAR1 (ENSPANG00000004409) AAMP (ENSPANG00000004935) Olive baboon MODERN SPECIES 6 OLFM4 (ENSPANG00000024154) ENSPANG00000048590 ENSPANG00000047232 ENSPANG00000043724 ENSPANG00000047132 ENSPANG00000041871 ENSPANG00000043978 PCDH17 (ENSPANG00000004614) DIAPH3 (ENSPANG00000005861) TDRD3 (ENSPANG00000019138) ENSPANG00000049074 PCDH20 (ENSPANG00000009662) ENSPANG00000037622 ENSPANG00000002589 ENSPANG00000042731 ENSPANG00000047743 ##22 ENSPANG00000036914 PCDH9 (ENSPANG00000012913) ENSPANG00000043843 ENSPANG00000049759 ENSPANG00000035598 ENSPANG00000047922 ENSPANG00000048424 KLHL1 (ENSPANG00000034699) ENSPANG00000043385 ENSPANG00000042380 DACH1 (ENSPANG00000020947) ENSPANG00000039637 ENSPANG00000050278 MZT1 (ENSPANG00000017952) BORA (ENSPANG00000023338) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 172 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.b.c.b.d.b.b Cebidae ANCESTRAL SPECIES 163 ENSGT00950000183016.E.b.b.d.b.b ##22 ENSGT01100000263509.a.b.c.b.d.b.b Marmoset DUPLICATION Marmoset DUPLICATION Marmoset DUPLICATION Marmoset DUPLICATION Marmoset DUPLICATION Marmoset DUPLICATION Marmoset DUPLICATION Marmoset MODERN SPECIES 16 HS3ST5 (ENSCJAG00000086455) HDAC2 (ENSCJAG00000004635) MARCKS (ENSCJAG00000063272) ENSCJAG00000050876 ENSCJAG00000071609 LAMA4 (ENSCJAG00000004703) FAM229B (ENSCJAG00000086953) TUBE1 (ENSCJAG00000004829) CCN6 (ENSCJAG00000004862) FYN (ENSCJAG00000004878) TRAF3IP2 (ENSCJAG00000004951) ENSCJAG00000084581 REV3L 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(ENSOCUG00000013457) RBPJ (ENSOCUG00000013449) SMIM20 (ENSOCUG00000034394) SEL1L3 (ENSOCUG00000017195) SLC34A2 (ENSOCUG00000002944) Rabbit MODERN SPECIES 2 NNT (ENSOCUG00000001269) ENSOCUG00000002739 C5orf34 (ENSOCUG00000013715) TMEM267 (ENSOCUG00000009355) ENSOCUG00000007934 ENSOCUG00000038605 ENSOCUG00000010243 HMGCS1 (ENSOCUG00000003569) NIM1K (ENSOCUG00000017808) ZNF131 (ENSOCUG00000017804) ENSOCUG00000031479 ENSOCUG00000033003 CCDC152 (ENSOCUG00000003391) GHR (ENSOCUG00000008496) ENSOCUG00000034980 ENSOCUG00000033828 ##22 FBXO4 (ENSOCUG00000009248) RIMOC1 (ENSOCUG00000009242) OXCT1 (ENSOCUG00000009231) PLCXD3 (ENSOCUG00000002877) C6 (ENSOCUG00000001929) MROH2B (ENSOCUG00000014097) ENSOCUG00000031207 CARD6 (ENSOCUG00000005374) RPL37 (ENSOCUG00000029674) PRKAA1 (ENSOCUG00000000897) TTC33 (ENSOCUG00000000896) PTGER4 (ENSOCUG00000000895) DAB2 (ENSOCUG00000012721) C9 (ENSOCUG00000012708) FYB1 (ENSOCUG00000012699) Rodentia ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT01100000263509.a.b ENSGT00950000183016.E.b.b ##22 ENSGT00940000153064.b.d Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b ##22 Murinae DUPLICATION Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.g ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.g ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.g ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.g ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.g ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 3198 ENSMSIG00000020907 ENSMSIG00000020896 ENSMSIG00000020882 ENSMSIG00000020874 ENSMSIG00000020868 ENSMSIG00000020861 ENSMSIG00000020851 ENSMSIG00000020832 ENSMSIG00000020820 ##22 ENSMSIG00000020813 Flrt2 (ENSMSIG00000020809) ENSMSIG00000020793 Rat MODERN SPECIES 46 LOC102555852 (ENSRNOG00000051827) RGD1561151 (ENSRNOG00000034183) RGD1563104 (ENSRNOG00000031294) AABR07040251.1 (ENSRNOG00000028847) RGD1559460 (ENSRNOG00000064801) Nap1l3 (ENSRNOG00000029087) LOC685776 (ENSRNOG00000053601) Ventx (ENSRNOG00000021972) Pcdh11x (ENSRNOG00000069840) Pabpc5 (ENSRNOG00000003354) Tgif2lx2 (ENSRNOG00000029850) ENSRNOG00000063657 ENSRNOG00000064387 ENSRNOG00000070967 H2ab3 (ENSRNOG00000029736) AABR07039936.1 (ENSRNOG00000037770) ##22 M6pr-ps1 (ENSRNOG00000069568) LOC120099227 (ENSRNOG00000029497) RGD1561582 (ENSRNOG00000065209) Klhl4 (ENSRNOG00000005215) Dach2 (ENSRNOG00000004869) Chm (ENSRNOG00000000161) ENSRNOG00000064035 Pof1b (ENSRNOG00000004795) Zfp711 (ENSRNOG00000022391) RGD1561958 (ENSRNOG00000022411) Satl1 (ENSRNOG00000022476) Apool (ENSRNOG00000004512) 4933403O08Rik (ENSRNOG00000042394) Ube2d4l1 (ENSRNOG00000065297) LOC100363993 (ENSRNOG00000067650) Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.h ##22 Rat DUPLICATION Rat DUPLICATION Rat MODERN SPECIES 5 Ugt2b10 (ENSRNOG00000001990) Ugt2b10 (ENSRNOG00000062781) RGD1559459 (ENSRNOG00000042714) Ythdc1 (ENSRNOG00000001996) Tmprss11e (ENSRNOG00000022255) Tmprss11b (ENSRNOG00000002002) Tmprss11f (ENSRNOG00000002005) Tmprss11g (ENSRNOG00000029964) Tmprss11a (ENSRNOG00000046764) Tmprss11d (ENSRNOG00000055991) Tmprss11c (ENSRNOG00000033910) Gnrhr (ENSRNOG00000002011) Uba6 (ENSRNOG00000021931) Stap1 (ENSRNOG00000002014) Cenpc (ENSRNOG00000021776) ENSRNOG00000063582 ##22 ENSRNOG00000068319 AABR07014676.1 (ENSRNOG00000033207) Epha5 (ENSRNOG00000002024) Tecrl (ENSRNOG00000001912) ENSRNOG00000069801 ENSRNOG00000069695 1700031L13Rik (ENSRNOG00000062941) Adgrl3 (ENSRNOG00000030149) RGD1561589 (ENSRNOG00000024829) Igfbp7 (ENSRNOG00000002050) Polr2b (ENSRNOG00000024779) Noa1 (ENSRNOG00000002055) Rest (ENSRNOG00000002074) Spink2 (ENSRNOG00000066503) Hopx (ENSRNOG00000024689) Rat MODERN SPECIES 14 Akr1b1-ps2 (ENSRNOG00000023285) Tmem72 (ENSRNOG00000023340) Depp1 (ENSRNOG00000023465) Rassf4 (ENSRNOG00000013526) Zfp422 (ENSRNOG00000013379) Or6d15b (ENSRNOG00000065777) Or6d15 (ENSRNOG00000065257) Or6d14 (ENSRNOG00000070550) Or6d12c (ENSRNOG00000067399) Or6d13c (ENSRNOG00000066243) Or6d12b (ENSRNOG00000069229) Or6d13b (ENSRNOG00000064203) Or6d12 (ENSRNOG00000070535) Or13a1 (ENSRNOG00000068733) Alox5 (ENSRNOG00000012972) ENSRNOG00000064887 ##22 LOC680441 (ENSRNOG00000033439) Marchf8 (ENSRNOG00000012297) ENSRNOG00000066609 Zfand4 (ENSRNOG00000011791) Washc2c (ENSRNOG00000011653) LOC680385 (ENSRNOG00000011606) Tmcc1 (ENSRNOG00000011614) AABR07061825.2 (ENSRNOG00000059964) Plxnd1 (ENSRNOG00000025209) H1f8 (ENSRNOG00000025251) Rho (ENSRNOG00000011144) Ift122 (ENSRNOG00000010952) Mbd4 (ENSRNOG00000010919) Efcab12 (ENSRNOG00000026176) Rpl32 (ENSRNOG00000010746) Rat MODERN SPECIES 15 ENSRNOG00000065765 RGD1563375 (ENSRNOG00000065031) Snurf-ps2 (ENSRNOG00000022595) Ptprd (ENSRNOG00000005711) Dmac1 (ENSRNOG00000023946) Kdm4c (ENSRNOG00000006644) AABR07048770.1 (ENSRNOG00000031344) Frmd3 (ENSRNOG00000006503) LOC298139 (ENSRNOG00000045733) Rasef (ENSRNOG00000024190) Tle1 (ENSRNOG00000005882) ENSRNOG00000062502 LOC683573 (ENSRNOG00000047928) Megf9 (ENSRNOG00000005932) Cdk5rap2 (ENSRNOG00000005788) ENSRNOG00000063954 ##22 Brinp1 (ENSRNOG00000005561) RGD1561195 (ENSRNOG00000030383) ENSRNOG00000062447 Tlr4 (ENSRNOG00000010522) Trim32 (ENSRNOG00000010303) Astn2 (ENSRNOG00000060105) Pappa (ENSRNOG00000033527) Tnc (ENSRNOG00000058645) Tnfsf8 (ENSRNOG00000048321) Tnfsf15 (ENSRNOG00000008930) Tex48 (ENSRNOG00000066054) Tmem268 (ENSRNOG00000008712) Atp6v1g1 (ENSRNOG00000063197) Whrn (ENSRNOG00000001700) Akna (ENSRNOG00000008005) Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.h ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.h ##22 Mus_B DUPLICATION Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.h.c ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.h.c ##22 Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 3378 ENSMSIG00000017418 Plscr5 (ENSMSIG00000017397) Plscr1 (ENSMSIG00000017315) 1700057G04Rik (ENSMSIG00000017276) Plscr4 (ENSMSIG00000017224) Plod2 (ENSMSIG00000017143) ENSMSIG00000017134 ENSMSIG00000017124 ENSMSIG00000017118 ENSMSIG00000017099 ENSMSIG00000017093 ENSMSIG00000017067 ENSMSIG00000017062 ENSMSIG00000017056 ENSMSIG00000017021 ##22 ENSMSIG00000017017 ENSMSIG00000017003 Slc9a9 (ENSMSIG00000016991) Chst2 (ENSMSIG00000016958) U2surp (ENSMSIG00000016694) ENSMSIG00000016681 ENSMSIG00000016620 Trpc1 (ENSMSIG00000016555) Pls1 (ENSMSIG00000016487) ENSMSIG00000016478 Atr (ENSMSIG00000016256) Xrn1 (ENSMSIG00000016035) ENSMSIG00000015907 Tfdp2 (ENSMSIG00000015771) Atp1b3 (ENSMSIG00000015722) Steppe mouse MODERN SPECIES 3334 Tmem114 (ENSMSIG00000023696) ENSMSIG00000023713 Mettl22 (ENSMSIG00000023725) Abat (ENSMSIG00000023743) Tmem186 (ENSMSIG00000023910) Pmm2 (ENSMSIG00000023916) ENSMSIG00000023945 Litafd (ENSMSIG00000023958) Usp7 (ENSMSIG00000023970) ENSMSIG00000024091 ENSMSIG00000024094 Hapstr1 (ENSMSIG00000024098) ENSMSIG00000002101 ENSMSIG00000002108 ENSMSIG00000002145 ENSMSIG00000002168 ##22 ENSMSIG00000002192 ENSMSIG00000002217 ENSMSIG00000002275 Grin2a (ENSMSIG00000002310) ENSMSIG00000002441 Atf7ip2 (ENSMSIG00000002470) Steppe mouse MODERN SPECIES 3252 Sftpd (ENSMSIG00000025333) Mbl1 (ENSMSIG00000025362) Sftpa1 (ENSMSIG00000025366) Mat1a (ENSMSIG00000025378) Dydc1 (ENSMSIG00000025391) Dydc2 (ENSMSIG00000025426) Prxl2a (ENSMSIG00000025436) Tspan14 (ENSMSIG00000025446) Sh2d4b (ENSMSIG00000025469) ENSMSIG00000025550 Nrg3 (ENSMSIG00000025571) ENSMSIG00000025657 ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 1516 ENSMSIG00000021648 ##22 ENSMSIG00000021631 ENSMSIG00000021628 Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 3218 ENSMSIG00000027765 ENSMSIG00000027776 ##22 ENSMSIG00000027793 Tenm4 (ENSMSIG00000027807) Nars2 (ENSMSIG00000027934) Steppe mouse MODERN SPECIES 3164 ENSMSIG00000010588 ##22 ENSMSIG00000010609 Steppe mouse MODERN SPECIES 1525 ENSMSIG00000022054 ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.h.d ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183016.E.b.b.h.d ##22 Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 3374 Pag1 (ENSMSIG00000016195) ENSMSIG00000016239 Pmp2 (ENSMSIG00000016258) Fabp9 (ENSMSIG00000016267) ENSMSIG00000016279 Fabp12 (ENSMSIG00000016301) ENSMSIG00000016324 Slc10a5 (ENSMSIG00000016392) Zfand1 (ENSMSIG00000016403) Chmp4c (ENSMSIG00000016426) Snx16 (ENSMSIG00000016438) ENSMSIG00000016498 Eif4b (ENSMSIG00000016502) ENSMSIG00000016516 ENSMSIG00000016524 ENSMSIG00000016532 ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 115 ENSMSIG00000023410 ##22 Klf6 (ENSMSIG00000023431) Mouse MODERN SPECIES 23 ENSMUSG00000079222 ENSMUSG00000094874 ENSMUSG00000095500 ENSMUSG00000095450 ENSMUSG00000094728 Csprs (ENSMUSG00000062783) ENSMUSG00000096808 ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 78 ENSGT01100000263509.a.b ENSGT00950000183016.E.b.b ##22 ENSGT00940000153064.b.d Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 167 ENSGT01100000263509.a.b ENSGT00950000183016.E.b.b ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 217 ENSGT01050000244818.m ENSGT00950000183016.E.b.b ##22 Alpin marmot DUPLICATION Alpin marmot DUPLICATION Alpin marmot DUPLICATION Alpin marmot DUPLICATION Alpin marmot MODERN SPECIES 7 CIB2 (ENSMMMG00000001021) IDH3A (ENSMMMG00000001037) ACSBG1 (ENSMMMG00000001070) DNAJA4 (ENSMMMG00000001119) SKIC8 (ENSMMMG00000001141) CRABP1 (ENSMMMG00000001196) IREB2 (ENSMMMG00000001216) HYKK (ENSMMMG00000001270) PSMA4 (ENSMMMG00000001281) CHRNA5 (ENSMMMG00000001304) CHRNA3 (ENSMMMG00000001358) CHRNB4 (ENSMMMG00000001412) UBE2Q2 (ENSMMMG00000001430) FBXO22 (ENSMMMG00000001441) NRG4 (ENSMMMG00000001469) ENSMMMG00000001493 ##22 TMEM266 (ENSMMMG00000001507) ETFA (ENSMMMG00000001529) ISL2 (ENSMMMG00000001546) SCAPER (ENSMMMG00000001590) RCN2 (ENSMMMG00000001849) ENSMMMG00000001892 PSTPIP1 (ENSMMMG00000001897) TSPAN3 (ENSMMMG00000001932) PEAK1 (ENSMMMG00000001943) HMG20A (ENSMMMG00000001974) ENSMMMG00000002049 ENSMMMG00000002060 LINGO1 (ENSMMMG00000002077) ODF3L1 (ENSMMMG00000002092) CSPG4 (ENSMMMG00000002102) Alpin marmot MODERN SPECIES 19 TFDP2 (ENSMMMG00000017474) GK5 (ENSMMMG00000017449) ENSMMMG00000017439 XRN1 (ENSMMMG00000017320) ENSMMMG00000017314 ATR (ENSMMMG00000017237) PLS1 (ENSMMMG00000017219) TRPC1 (ENSMMMG00000017198) PCOLCE2 (ENSMMMG00000017184) PAQR9 (ENSMMMG00000017183) U2SURP (ENSMMMG00000017089) CHST2 (ENSMMMG00000017088) SLC9A9 (ENSMMMG00000017071) ENSMMMG00000017056 ENSMMMG00000017052 ENSMMMG00000017044 ##22 ENSMMMG00000017033 PLOD2 (ENSMMMG00000017004) PLSCR4 (ENSMMMG00000016989) ENSMMMG00000016973 ENSMMMG00000016964 ENSMMMG00000016886 PLSCR5 (ENSMMMG00000016875) ZIC4 (ENSMMMG00000016860) ZIC1 (ENSMMMG00000016851) AGTR1 (ENSMMMG00000016843) CPB1 (ENSMMMG00000016838) CPA3 (ENSMMMG00000016829) GYG1 (ENSMMMG00000016824) HLTF (ENSMMMG00000016808) HPS3 (ENSMMMG00000016598) Alpin marmot MODERN SPECIES 5 ZEB2 (ENSMMMG00000021492) ACVR2A (ENSMMMG00000021587) ENSMMMG00000021598 ENSMMMG00000021615 ENSMMMG00000021626 ENSMMMG00000021627 EPC2 (ENSMMMG00000021637) ENSMMMG00000021646 KIF5C (ENSMMMG00000021654) LYPD6B (ENSMMMG00000021702) LYPD6 (ENSMMMG00000021723) MMADHC (ENSMMMG00000021733) RND3 (ENSMMMG00000021746) ENSMMMG00000021752 ENSMMMG00000021771 ENSMMMG00000021776 ##22 ENSMMMG00000021801 RBM43 (ENSMMMG00000021824) NMI (ENSMMMG00000021825) ENSMMMG00000021827 TNFAIP6 (ENSMMMG00000021834) RIF1 (ENSMMMG00000021851) NEB (ENSMMMG00000021921) ENSMMMG00000022061 CACNB4 (ENSMMMG00000022074) STAM2 (ENSMMMG00000022104) ENSMMMG00000022120 FMNL2 (ENSMMMG00000022132) PRPF40A (ENSMMMG00000022291) ARL6IP6 (ENSMMMG00000022320) ENSMMMG00000022335 Alpin marmot MODERN SPECIES 59 CXCL9 (ENSMMMG00000006597) CXCL10 (ENSMMMG00000006592) CXCL11 (ENSMMMG00000006576) ART3 (ENSMMMG00000006568) NUP54 (ENSMMMG00000006548) SCARB2 (ENSMMMG00000006532) ENSMMMG00000006501 STBD1 (ENSMMMG00000006497) CCDC158 (ENSMMMG00000006444) SHROOM3 (ENSMMMG00000006413) ENSMMMG00000006397 SEPTIN11 (ENSMMMG00000006323) CCNI (ENSMMMG00000006313) CCNG2 (ENSMMMG00000006291) ENSMMMG00000006280 ENSMMMG00000006269 ##22 CNOT6L (ENSMMMG00000006238) MRPL1 (ENSMMMG00000006161) FRAS1 (ENSMMMG00000006039) ANXA3 (ENSMMMG00000006017) BMP2K (ENSMMMG00000005982) PAQR3 (ENSMMMG00000005949) ENSMMMG00000005934 ENSMMMG00000005922 ANTXR2 (ENSMMMG00000005901) PRDM8 (ENSMMMG00000005885) FGF5 (ENSMMMG00000005878) CFAP299 (ENSMMMG00000005872) BMP3 (ENSMMMG00000005861) PRKG2 (ENSMMMG00000005810) RASGEF1B (ENSMMMG00000005646) Alpin marmot DUPLICATION Alpin marmot MODERN SPECIES 17 ENSMMMG00000009769 PCM1 (ENSMMMG00000009791) ASAH1 (ENSMMMG00000009902) ENSMMMG00000009914 TRIML1 (ENSMMMG00000009987) TRIML2 (ENSMMMG00000010002) ENSMMMG00000010117 ENSMMMG00000010123 ENSMMMG00000010199 FAT1 (ENSMMMG00000010206) MTNR1A (ENSMMMG00000010545) F11 (ENSMMMG00000010552) KLKB1 (ENSMMMG00000010575) CYP4V2 (ENSMMMG00000010596) FAM149A (ENSMMMG00000010617) ENSMMMG00000010649 ##22 TLR3 (ENSMMMG00000010653) SORBS2 (ENSMMMG00000010667) PDLIM3 (ENSMMMG00000012081) CCDC110 (ENSMMMG00000012110) C4orf47 (ENSMMMG00000012122) UFSP2 (ENSMMMG00000012142) ANKRD37 (ENSMMMG00000012155) LRP2BP (ENSMMMG00000012163) SNX25 (ENSMMMG00000012181) CFAP97 (ENSMMMG00000012234) SLC25A4 (ENSMMMG00000012249) HELT (ENSMMMG00000012257) ACSL1 (ENSMMMG00000012277) ENSMMMG00000012403 ENSMMMG00000012420 Alpin marmot MODERN SPECIES 19 RRP9 (ENSMMMG00000001606) IQCF1 (ENSMMMG00000001678) IQCF5 (ENSMMMG00000001690) ENSMMMG00000001703 ENSMMMG00000001714 ENSMMMG00000001724 IQCF6 (ENSMMMG00000001734) GRM2 (ENSMMMG00000001746) TEX264 (ENSMMMG00000001783) RAD54L2 (ENSMMMG00000001811) DCAF1 (ENSMMMG00000001850) ENSMMMG00000001970 MANF (ENSMMMG00000001984) DOCK3 (ENSMMMG00000002021) ENSMMMG00000002118 ENSMMMG00000002125 ##22 ENSMMMG00000002138 ENSMMMG00000002151 MAPKAPK3 (ENSMMMG00000002159) CISH (ENSMMMG00000002192) HEMK1 (ENSMMMG00000002218) C3orf18 (ENSMMMG00000002248) CACNA2D2 (ENSMMMG00000002299) TMEM115 (ENSMMMG00000003089) 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(ENSSVLG00005002727) PANK1 (ENSSVLG00005002658) KIF20B (ENSSVLG00005002566) ENSSVLG00005002530 ENSSVLG00005002512 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES ENSSVLG00005010412 ENSSVLG00005010285 XKR4 (ENSSVLG00005010234) RP1 (ENSSVLG00005009858) SOX17 (ENSSVLG00005009789) MRPL15 (ENSSVLG00005009764) ENSSVLG00005009666 ENSSVLG00005009646 TCEA1 (ENSSVLG00005009501) RGS20 (ENSSVLG00005009394) ENSSVLG00005009360 ATP6V1H (ENSSVLG00005009299) ENSSVLG00005009270 OPRK1 (ENSSVLG00005009227) ENSSVLG00005009204 ENSSVLG00005009187 ##22 NPBWR1 (ENSSVLG00005009175) ENSSVLG00005009157 RB1CC1 (ENSSVLG00005009081) ALKAL1 (ENSSVLG00005009002) ENSSVLG00005008883 ENSSVLG00005008837 PCMTD1 (ENSSVLG00005008801) PXDNL (ENSSVLG00005008684) SNTG1 (ENSSVLG00005007613) PPDPFL (ENSSVLG00005007203) ENSSVLG00005007187 SNAI2 (ENSSVLG00005007170) ENSSVLG00005007144 CLXN (ENSSVLG00005007101) ENSSVLG00005007072 Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 156 ENSSVLG00005010791 ENSSVLG00005010745 ENSSVLG00005010704 ENSSVLG00005010665 ENSSVLG00005010631 ENSSVLG00005010602 ENSSVLG00005010583 ENSSVLG00005010539 DCAF12L2 (ENSSVLG00005010512) ENSSVLG00005010491 PRR32 (ENSSVLG00005010443) ENSSVLG00005019428 ENSSVLG00005019280 ENSSVLG00005019234 ENSSVLG00005019212 ENSSVLG00005019160 ##22 SMARCA1 (ENSSVLG00005018960) OCRL (ENSSVLG00005018821) APLN (ENSSVLG00005018777) XPNPEP2 (ENSSVLG00005018521) SASH3 (ENSSVLG00005018423) ZDHHC9 (ENSSVLG00005018368) ENSSVLG00005018331 ENSSVLG00005018028 BCORL1 (ENSSVLG00005017926) ELF4 (ENSSVLG00005017888) AIFM1 (ENSSVLG00005017618) RAB33A (ENSSVLG00005017546) ENSSVLG00005017501 ZNF280C (ENSSVLG00005017449) ENSSVLG00005017430 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 1 HTR1F (ENSSVLG00005012072) ENSSVLG00005012096 ZNF654 (ENSSVLG00005012126) ENSSVLG00005012217 ENSSVLG00005012271 EPHA3 (ENSSVLG00005012314) ENSSVLG00005012746 PROS1 (ENSSVLG00005012814) ARL13B (ENSSVLG00005012937) ENSSVLG00005013029 NSUN3 (ENSSVLG00005013136) ENSSVLG00005013214 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ENSSVLG00005019077 ENSSVLG00005019126 ENSSVLG00005019177 ENSSVLG00005019228 ENSSVLG00005019275 ENSSVLG00005019330 AMOT (ENSSVLG00005013525) LHFPL1 (ENSSVLG00005013627) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 5 SH3RF3 (ENSSVLG00005019900) EDAR (ENSSVLG00005019677) CCDC138 (ENSSVLG00005019503) RANBP2 (ENSSVLG00005018522) ENSSVLG00005018289 ENSSVLG00005018042 UXS1 (ENSSVLG00005017952) ENSSVLG00005017929 ENSSVLG00005017910 ST6GAL2 (ENSSVLG00005017851) ENSSVLG00005017814 SLC5A7 (ENSSVLG00005017705) ENSSVLG00005017658 ENSSVLG00005017620 ENSSVLG00005017536 ENSSVLG00005017486 ##22 ENSSVLG00005017437 ENSSVLG00005017192 ENSSVLG00005017114 CNOT11 (ENSSVLG00005017020) RNF149 (ENSSVLG00005016973) CREG2 (ENSSVLG00005016917) RFX8 (ENSSVLG00005016773) MAP4K4 (ENSSVLG00005016510) IL1R2 (ENSSVLG00005016305) IL1R1 (ENSSVLG00005016023) IL1RL2 (ENSSVLG00005015833) ENSSVLG00005015618 IL18R1 (ENSSVLG00005015483) IL18RAP (ENSSVLG00005015196) SLC9A4 (ENSSVLG00005015058) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 5 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