Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000011034 #9	ENSGT00950000182836.b.b.b.b #10	ENSGT01030000234985	ENSGT00880000138034 #11	ENSGT00940000155208 #12	ENSGT00940000160810 #13	ENSGT00940000155089 #14	ENSGT00940000162065	ENSGT00390000013943 #15	ENSGT01030000234639.A.a #16	ENSGT00940000153167.A.a #17	ENSGT00390000006394 #18	ENSGT00550000074878 #19	ENSGT01030000234626.B #20	ENSGT00390000013931.a.b.b #21	ENSGT00390000011877 #22	ENSGT00530000063558.B	ENSGT00940000157993	ENSGT00390000004172	ENSGT01090000260082.d.b	ENSGT00940000160610	ENSGT00940000154531	ENSGT00390000007183	ENSGT00940000155913	ENSGT00390000004028	ENSGT00390000003560	ENSGT00940000160715	ENSGT00940000156557	ENSGT00940000156483	ENSGT00390000008642	ENSGT00940000163242
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00390000011034 #9	ENSGT00950000182836.b.b.b.b #10	ENSGT00880000138034 #11	ENSGT00940000155208 #12	ENSGT00940000160810 #13	ENSGT00940000155089 #14	ENSGT00940000162065	ENSGT00390000013943 #15	ENSGT01030000234639.A.a #16	ENSGT00940000153167.A.a #17	ENSGT00390000006394 #18	ENSGT00550000074878 #19	ENSGT00940000161879	ENSGT01030000234626.B #20	ENSGT00390000013931.a.b.b #21	ENSGT00390000011877 #22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00390000011034 #9	ENSGT00950000182836.b.b.b.b #10	ENSGT00880000138034 #11	ENSGT00940000155208 #12	ENSGT00940000160810 #13	ENSGT00940000155089 #14	ENSGT00940000162065	ENSGT00390000013943 #15	ENSGT01030000234639.A.a #16	ENSGT00940000153167.A.a #17	ENSGT00390000006394 #18	ENSGT00550000074878 #19	ENSGT00940000161879	ENSGT01030000234626.B #20	ENSGT00390000013931.a.b.b #21	ENSGT00390000011877 #22
Guinea pig	MODERN SPECIES	60	QKI (ENSCPOG00000003424) #7	PACRG (ENSCPOG00000013410) #8	PRKN (ENSCPOG00000006136) #9	AGPAT4 (ENSCPOG00000006135) #10	MAP3K4 (ENSCPOG00000013392) #11	ENSCPOG00000011605 #12	SLC22A3 (ENSCPOG00000010127) #13	SLC22A2 (ENSCPOG00000001527) #14	IGF2R (ENSCPOG00000013207) #15	MAS1 (ENSCPOG00000000027) #16	PNLDC1 (ENSCPOG00000019565) #17	MRPL18 (ENSCPOG00000040103) #18	TCP1 (ENSCPOG00000001676) #19	ACAT2 (ENSCPOG00000001672) #20	WTAP (ENSCPOG00000001669) #21	SOD2 (ENSCPOG00000036439) #22	ENSCPOG00000040324 #23
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00390000011034 #9	ENSGT00950000182836.b.b.b.b #10	ENSGT00880000138034 #11	ENSGT00940000155208 #12	ENSGT00940000160810 #13	ENSGT00940000155089 #14	ENSGT00940000162065	ENSGT00390000013943 #15	ENSGT01030000234639.A.a #16	ENSGT00940000153167.A.a #17	ENSGT00390000006394 #18	ENSGT00550000074878 #19	ENSGT00940000161879	ENSGT01030000234626.B #20	ENSGT00390000013931.a.b.b #21	ENSGT00390000011877 #22
Degu	MODERN SPECIES	153	SLC22A2 (ENSODEG00000007315) #14	SLC22A1 (ENSODEG00000007862)	ENSODEG00000019312	IGF2R (ENSODEG00000007106) #15	ENSODEG00000019599	MAS1 (ENSODEG00000019418) #16	ENSODEG00000019381	PNLDC1 (ENSODEG00000008047) #17	ENSODEG00000019385	ENSODEG00000007318 #18	ENSODEG00000007990 #19	ENSODEG00000008372 #19	ACAT2 (ENSODEG00000008431) #20	ENSODEG00000008023 ##21	ENSODEG00000019351	SOD2 (ENSODEG00000007052) #22	ENSODEG00000019438	METRNL (ENSODEG00000008002)	B3GNTL1 (ENSODEG00000011917)	TBCD (ENSODEG00000009094)	ZNF750 (ENSODEG00000008866)	ENSODEG00000019653	ENSODEG00000009328	FN3KRP (ENSODEG00000012467)	ENSODEG00000020021	RAB40B (ENSODEG00000007441)	WDR45B (ENSODEG00000007809)	FOXK2 (ENSODEG00000008321)	NARF (ENSODEG00000007704)	CYBC1 (ENSODEG00000008201)	HEXD (ENSODEG00000009299)
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	146	PRKN (ENSCLAG00000008284) #9	AGPAT4 (ENSCLAG00000008421) #10	MAP3K4 (ENSCLAG00000008769) #11	ENSCLAG00000002399 #12	SLC22A3 (ENSCLAG00000002492) #13	SLC22A2 (ENSCLAG00000002562) #14	SLC22A1 (ENSCLAG00000002646)	IGF2R (ENSCLAG00000002642) #15	MAS1 (ENSCLAG00000017515) #16	PNLDC1 (ENSCLAG00000003228) #17	MRPL18 (ENSCLAG00000012045) #18	ENSCLAG00000012133	ENSCLAG00000009354 #19	ACAT2 (ENSCLAG00000009441) #20	WTAP (ENSCLAG00000009722) #21	SOD2 (ENSCLAG00000010198) #22
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES		ENSHGLG00000014427	SLC22A1 (ENSHGLG00000017500)	Igf2r (ENSHGLG00000003728) #15	ENSHGLG00000039226	MAS1 (ENSHGLG00000019988) #16	ENSHGLG00000035250	PNLDC1 (ENSHGLG00000006889) #17	ENSHGLG00000007214 #18	TCP1 (ENSHGLG00000007866) #19	ENSHGLG00000003723	ENSHGLG00000004341	ENSHGLG00000034564 #19	ACAT2 (ENSHGLG00000006902) #20	ENSHGLG00000033037	WTAP (ENSHGLG00000007879) #21	ENSHGLG00000016518 #22	ENSHGLG00000048454	ENSHGLG00000007131	ENSHGLG00000043320 #23	GSTA3 (ENSHGLG00000041079) ##23	ENSHGLG00000035426	ENSHGLG00000047464	ENSHGLG00000009261	EFHC1 (ENSHGLG00000009785)	PAQR8 (ENSHGLG00000010601)	MCM3 (ENSHGLG00000016531)	IL17F (ENSHGLG00000017633)	IL17A (ENSHGLG00000014659)	ENSHGLG00000021226	PKHD1 (ENSHGLG00000018109)	ENSHGLG00000005244
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000011034 #9	ENSGT00950000182836.b.b.b.b #10	ENSGT01030000234985	ENSGT00880000138034 #11	ENSGT00940000155208 #12	ENSGT00940000160810 #13	ENSGT00940000155089 #14	ENSGT00940000162065	ENSGT00390000013943 #15	ENSGT01030000234639.A.a #16	ENSGT00940000153167.A.a #17	ENSGT00390000006394 #18	ENSGT00550000074878 #19	ENSGT01030000234626.B #20	ENSGT00390000013931.a.b.b #21	ENSGT00390000011877 #22	ENSGT00530000063558.B	ENSGT00940000157993	ENSGT00390000004172	ENSGT01090000260082.d.b	ENSGT00940000160610	ENSGT00940000154531	ENSGT00390000007183	ENSGT00940000155913	ENSGT00390000004028	ENSGT00390000003560	ENSGT00940000160715	ENSGT00940000156557	ENSGT00940000156483	ENSGT00390000008642	ENSGT00940000155634
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000015545.v	ENSGT00950000182836.b.b.b.b #10	ENSGT01030000234985	ENSGT00880000138034 #11	ENSGT00940000155208 #12	ENSGT00940000160810 #13	ENSGT00940000155089 #14	ENSGT00940000162065	ENSGT00390000013943 #15	ENSGT01030000234639.A.a #16	ENSGT00940000153167.A.a #17	ENSGT00390000006394 #18	ENSGT00550000074878 #19	ENSGT01030000234626.B #20	ENSGT00390000013931.a.b.b #21	ENSGT00390000011877 #22	ENSGT00530000063558.B	ENSGT00940000157993	ENSGT00390000004172	ENSGT01090000260082.d.b	ENSGT00940000160610	ENSGT00940000154531.`b	ENSGT00390000007183	ENSGT00940000155913	ENSGT00390000004028	ENSGT00390000003560	ENSGT00940000160715	ENSGT00940000156557	ENSGT00940000156483	ENSGT00390000008642	ENSGT00940000155634
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	56	ENSGT00390000015545.v	ENSGT00950000182836.b.b.b.b #10	ENSGT01030000234985	ENSGT00880000138034 #11	ENSGT00940000155208 #12	ENSGT00940000160810 #13	ENSGT00940000155089 #14	ENSGT00940000162065	ENSGT00390000013943 #15	ENSGT01030000234639.A.a #16	ENSGT00940000153167.A.a #17	ENSGT00390000006394 #18	ENSGT00550000074878 #19	ENSGT01030000234626.B #20	ENSGT00390000013931.a.b.b #21	ENSGT00390000011877 #22	ENSGT00530000063558.B	ENSGT00940000157993	ENSGT00390000004172	ENSGT01090000260082.d.b	ENSGT00940000160610	ENSGT00940000154531.`b	ENSGT00390000007183	ENSGT00940000155913	ENSGT00390000004028	ENSGT00390000003560	ENSGT00940000160715	ENSGT00940000156557	ENSGT00940000156483	ENSGT00390000008642	ENSGT00940000155634
Squirrel	MODERN SPECIES	89	PRKN (ENSSTOG00000021965) #9	AGPAT4 (ENSSTOG00000002544) #10	MAP3K4 (ENSSTOG00000002821) #11	ENSSTOG00000020315 #12	SLC22A3 (ENSSTOG00000007036) #13	SLC22A2 (ENSSTOG00000010147) #14	SLC22A1 (ENSSTOG00000009024)	IGF2R (ENSSTOG00000008960) #15	MAS1 (ENSSTOG00000029761) #16	ENSSTOG00000026373 #16	PNLDC1 (ENSSTOG00000005595) #17	MRPL18 (ENSSTOG00000005583) #18	ENSSTOG00000005572 #19	ACAT2 (ENSSTOG00000005564) #20	WTAP (ENSSTOG00000026157) #21	SOD2 (ENSSTOG00000008738) #22	ENSSTOG00000033536	FNDC1 (ENSSTOG00000007105)	TAGAP (ENSSTOG00000021563)	RSPH3 (ENSSTOG00000021240)	EZR (ENSSTOG00000006325)	SYTL3 (ENSSTOG00000006284)	ENSSTOG00000006273	TMEM181 (ENSSTOG00000006218)	TULP4 (ENSSTOG00000006169)	GTF2H5 (ENSSTOG00000003476)	SERAC1 (ENSSTOG00000016478)	SYNJ2 (ENSSTOG00000016474)	SNX9 (ENSSTOG00000010620)	ZDHHC14 (ENSSTOG00000024545)	TMEM242 (ENSSTOG00000021519)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	968															ENSUPAG00010003032 ##21	SOD2 (ENSUPAG00010003043) #22	ENSUPAG00010003053
Alpin marmot	MODERN SPECIES	55	ENSMMMG00000009285	AGPAT4 (ENSMMMG00000009306) #10	MAP3K4 (ENSMMMG00000009318) #11	ENSMMMG00000009428 #12	SLC22A3 (ENSMMMG00000009457) #13	SLC22A2 (ENSMMMG00000009474) #14	SLC22A1 (ENSMMMG00000009498)	IGF2R (ENSMMMG00000009520) #15	MAS1 (ENSMMMG00000009593) #16	ENSMMMG00000009610 #16	PNLDC1 (ENSMMMG00000009617) #17	MRPL18 (ENSMMMG00000009635) #18	TCP1 (ENSMMMG00000009649) #19	ACAT2 (ENSMMMG00000009712) #20	WTAP (ENSMMMG00000009724) #21	SOD2 (ENSMMMG00000009744) #22	ENSMMMG00000009777	TAGAP (ENSMMMG00000009875)	RSPH3 (ENSMMMG00000009878)	EZR (ENSMMMG00000009906)	SYTL3 (ENSMMMG00000009912)	ENSMMMG00000009958	TMEM181 (ENSMMMG00000009973)	TULP4 (ENSMMMG00000010029)	ENSMMMG00000010057	GTF2H5 (ENSMMMG00000010071)	SERAC1 (ENSMMMG00000010093)	SYNJ2 (ENSMMMG00000010186)	SNX9 (ENSMMMG00000012106)	ZDHHC14 (ENSMMMG00000012169)	TMEM242 (ENSMMMG00000012183)
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	16	ENSSVLG00005013042 #12	ENSSVLG00005013165 #12	ENSSVLG00005013240 #12	SLC22A3 (ENSSVLG00005013302) #13	SLC22A2 (ENSSVLG00005013453) #14	SLC22A1 (ENSSVLG00005013724)	IGF2R (ENSSVLG00005013999) #15	ENSSVLG00005014490	MAS1 (ENSSVLG00005014545) #16	ENSSVLG00005014568 #17	MRPL18 (ENSSVLG00005014946) #18	ENSSVLG00005015024	ENSSVLG00005015119 #19	ACAT2 (ENSSVLG00005015487) #20	ENSSVLG00005015534 #21	ENSSVLG00005015666 #22	ENSSVLG00005015820	FNDC1 (ENSSVLG00005015913)	TAGAP (ENSSVLG00005016286)	RSPH3 (ENSSVLG00005016457)	EZR (ENSSVLG00005016672)	SYTL3 (ENSSVLG00005016826)	ENSSVLG00005017151	DYNLT1 (ENSSVLG00005017209)	TMEM181 (ENSSVLG00005017253)	TULP4 (ENSSVLG00005017496)	GTF2H5 (ENSSVLG00005017847)	ENSSVLG00005017883	SERAC1 (ENSSVLG00005017957)	SYNJ2 (ENSSVLG00005018380)	SNX9 (ENSSVLG00005018666)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	1	EPHB1 (ENSSVLG00005005333)	PPP2R3A (ENSSVLG00005005491)	MSL2 (ENSSVLG00005005641)	PCCB (ENSSVLG00005005737)	ENSSVLG00005005910	ENSSVLG00005005987	SLC35G2 (ENSSVLG00005006019)	NCK1 (ENSSVLG00005006047)	ENSSVLG00005006099	ENSSVLG00005006126	SOX14 (ENSSVLG00005006149)	CLDN18 (ENSSVLG00005006186)	ENSSVLG00005006263	DZIP1L (ENSSVLG00005006316)	A4GNT (ENSSVLG00005006341)	ENSSVLG00005006364 #22	DBR1 (ENSSVLG00005006413)	ARMC8 (ENSSVLG00005006598)	NME9 (ENSSVLG00005007212)	MRAS (ENSSVLG00005007241)	ESYT3 (ENSSVLG00005007298)	ENSSVLG00005007419	FAIM (ENSSVLG00005007710)	ENSSVLG00005007777	FOXL2 (ENSSVLG00005007808)	ENSSVLG00005007908	ENSSVLG00005007923	MRPS22 (ENSSVLG00005007938)	COPB2 (ENSSVLG00005008031)	RBP2 (ENSSVLG00005008067)	RBP1 (ENSSVLG00005008104)