Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000007879	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b	ENSGT00940000159314	ENSGT00940000155194 #8	ENSGT00390000013174 #9	ENSGT00940000156585 #10	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #11	ENSGT00950000183172.B #12	ENSGT00390000004191 #13	ENSGT00390000015719.c #14	ENSGT00940000155361 #15	ENSGT00390000016565 #16	ENSGT00390000017418 #17	ENSGT00940000160747 #18	ENSGT00940000156338 #20	ENSGT00950000182900.B #22	ENSGT00390000007371 #24	ENSGT00940000160932 #25	ENSGT00940000159398 #26	ENSGT00940000163188 #27	ENSGT00530000063929.a.b #28	ENSGT01060000248564.b.a.a.a #29	ENSGT00950000182962.b.a #30	ENSGT00390000018883 #31	ENSGT00940000157554 #32	ENSGT00940000160073 #33	ENSGT01000000214440.A.a.b.a	ENSGT00940000156115 #34	ENSGT00530000063770.c.a #35	ENSGT00390000010045 #36	ENSGT00950000183182.a.a #37
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	26	ENSHGLG00000033713 #7	ARID1A (ENSHGLG00000010530) #8	PIGV (ENSHGLG00000019195) #9	ZDHHC18 (ENSHGLG00000018702) #10	SFN (ENSHGLG00000033145) #11	GPN2 (ENSHGLG00000012257) #12	GPATCH3 (ENSHGLG00000012492) #13	NR0B2 (ENSHGLG00000032117) #14	NUDC (ENSHGLG00000011404) #15	KDF1 (ENSHGLG00000012217) #16	TRNP1 (ENSHGLG00000041801) #17	TENT5B (ENSHGLG00000034048) #18	ENSHGLG00000047714 #19	SLC9A1 (ENSHGLG00000036829) #20	ENSHGLG00000044722 #21	WDTC1 (ENSHGLG00000013846) #22	ENSHGLG00000007610 #23	TMEM222 (ENSHGLG00000011121) #24	SYTL1 (ENSHGLG00000011880) #25	MAP3K6 (ENSHGLG00000012888) #26	FCN3 (ENSHGLG00000012337) #27	ENSHGLG00000013863 #28	GPR3 (ENSHGLG00000046961) #29	WASF2 (ENSHGLG00000048286) #30	AHDC1 (ENSHGLG00000014470) #31	FGR (ENSHGLG00000018738) #32	FAM76A (ENSHGLG00000009747) #33	ENSHGLG00000014326 #34	THEMIS2 (ENSHGLG00000019146) #35	RPA2 (ENSHGLG00000018528) #36	SMPDL3B (ENSHGLG00000012112) #37
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000007879	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b	ENSGT00940000159314	ENSGT00940000155194 #8	ENSGT00390000013174 #9	ENSGT00940000156585 #10	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #11	ENSGT00950000183172.B #12	ENSGT00390000004191 #13	ENSGT00390000015719.c #14	ENSGT00940000155361 #15	ENSGT00390000016565 #16	ENSGT00390000017418 #17	ENSGT00940000160747 #18	ENSGT00940000156338 #20	ENSGT00950000182900.B #22	ENSGT00390000007371 #24	ENSGT00940000160932 #25	ENSGT00940000159398 #26	ENSGT00530000063929.a.b #28	ENSGT01060000248564.b.a.a.a #29	ENSGT00950000182962.b.a #30	ENSGT00390000018883 #31	ENSGT00940000157554 #32	ENSGT00940000160073 #33	ENSGT01000000214440.A.a.b.a	ENSGT00940000156115 #34	ENSGT00530000063770.c.a #35	ENSGT00390000010045 #36	ENSGT00950000183182.a.a #37	ENSGT01090000260093.b
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000007879	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b	ENSGT00940000159314	ENSGT00940000155194 #8	ENSGT00390000013174 #9	ENSGT00940000156585 #10	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #11	ENSGT00950000183172.B #12	ENSGT00390000004191 #13	ENSGT00390000015719.c #14	ENSGT00940000155361 #15	ENSGT00390000016565 #16	ENSGT00390000017418 #17	ENSGT00940000160747 #18	ENSGT00940000156338 #20	ENSGT00950000182900.B #22	ENSGT00390000007371 #24	ENSGT00940000160932 #25	ENSGT00940000159398 #26	ENSGT00940000163188 #27	ENSGT00530000063929.a.b #28	ENSGT01060000248564.b.a.a.a #29	ENSGT00950000182962.b.a #30	ENSGT00390000018883 #31	ENSGT00940000157554 #32	ENSGT00940000160073 #33	ENSGT01000000214440.A.a.b.a	ENSGT00940000156115 #34	ENSGT00530000063770.c.a #35	ENSGT00390000010045 #36	ENSGT00950000183182.a.a #37
Degu	MODERN SPECIES	204	RPS6KA1 (ENSODEG00000005545)	ENSODEG00000005573	ARID1A (ENSODEG00000005639) #8	PIGV (ENSODEG00000005864) #9	ZDHHC18 (ENSODEG00000003193) #10	ENSODEG00000018988 #11	GPN2 (ENSODEG00000003267) #12	GPATCH3 (ENSODEG00000003292) #13	NR0B2 (ENSODEG00000003311) #14	ENSODEG00000003339 #15	ENSODEG00000003581 #16	TRNP1 (ENSODEG00000003604) #17	TENT5B (ENSODEG00000003616) #18	SLC9A1 (ENSODEG00000003659) #20	ENSODEG00000003743	WDTC1 (ENSODEG00000003804) #22	TMEM222 (ENSODEG00000003675) #24	SYTL1 (ENSODEG00000003707) #25	MAP3K6 (ENSODEG00000004172) #26	CD164L2 (ENSODEG00000004416) #28	GPR3 (ENSODEG00000004543) #29	WASF2 (ENSODEG00000003793) #30	AHDC1 (ENSODEG00000019150) #31	FGR (ENSODEG00000004016) #32	ENSODEG00000019010	FAM76A (ENSODEG00000004142) #33	ENSODEG00000019037	STX12 (ENSODEG00000004182)	PPP1R8 (ENSODEG00000004352) #34	ENSODEG00000004373	THEMIS2 (ENSODEG00000004403) #35
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	159	LIN28A (ENSCLAG00000013508)	DHDDS (ENSCLAG00000009304)	HMGN2 (ENSCLAG00000008674)	RPS6KA1 (ENSCLAG00000012043)	ARID1A (ENSCLAG00000008499) #8	PIGV (ENSCLAG00000011353) #9	ZDHHC18 (ENSCLAG00000015099) #10	SFN (ENSCLAG00000018088) #11	GPN2 (ENSCLAG00000015368) #12	GPATCH3 (ENSCLAG00000012064) #13	NR0B2 (ENSCLAG00000012438) #14	NUDC (ENSCLAG00000008191) #15	KDF1 (ENSCLAG00000009636) #16	TENT5B (ENSCLAG00000010180) #18	SLC9A1 (ENSCLAG00000011250) #20	WDTC1 (ENSCLAG00000012710) #22	TMEM222 (ENSCLAG00000014379) #24	SYTL1 (ENSCLAG00000011750) #25	MAP3K6 (ENSCLAG00000015178) #26	FCN3 (ENSCLAG00000010084) #27	GPR3 (ENSCLAG00000012893) #29	WASF2 (ENSCLAG00000013958) #30	AHDC1 (ENSCLAG00000013754) #31	FGR (ENSCLAG00000014147) #32	FAM76A (ENSCLAG00000008844) #33	STX12 (ENSCLAG00000013795)	PPP1R8 (ENSCLAG00000011211) #34	THEMIS2 (ENSCLAG00000012140) #35	RPA2 (ENSCLAG00000010772) #36	SMPDL3B (ENSCLAG00000011768) #37	XKR8 (ENSCLAG00000011287)
Guinea pig	MODERN SPECIES	25	DHDDS (ENSCPOG00000008087)	HMGN2 (ENSCPOG00000039945)	RPS6KA1 (ENSCPOG00000003945)	ENSCPOG00000021806	ARID1A (ENSCPOG00000010387) #8	ENSCPOG00000033509 #9	ZDHHC18 (ENSCPOG00000010395) #10	SFN (ENSCPOG00000035257) #11	GPN2 (ENSCPOG00000002848) #12	GPATCH3 (ENSCPOG00000010404) #13	NR0B2 (ENSCPOG00000010409) #14	NUDC (ENSCPOG00000010413) #15	KDF1 (ENSCPOG00000022999) #16	TENT5B (ENSCPOG00000032542) #18	SLC9A1 (ENSCPOG00000035897) #20	WDTC1 (ENSCPOG00000012347) #22	TMEM222 (ENSCPOG00000020198) #24	SYTL1 (ENSCPOG00000012354) #25	MAP3K6 (ENSCPOG00000012359) #26	CD164L2 (ENSCPOG00000022092) #28	GPR3 (ENSCPOG00000027123) #29	WASF2 (ENSCPOG00000012376) #30	AHDC1 (ENSCPOG00000022607) #31	FGR (ENSCPOG00000015092) #32	ENSCPOG00000031828	FAM76A (ENSCPOG00000006186) #33	STX12 (ENSCPOG00000013160)	PPP1R8 (ENSCPOG00000036078) #34	THEMIS2 (ENSCPOG00000033796) #35	RPA2 (ENSCPOG00000008766) #36	SMPDL3B (ENSCPOG00000008773) #37