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Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000155275.c.a	ENSGT00940000156002.a.a	ENSGT00940000159652	ENSGT00940000164772 #7	ENSGT00940000164732.C	ENSGT00390000002738.a	ENSGT00390000016776 #8	ENSGT00950000183160.B	ENSGT00940000156664.c #9	ENSGT00940000158699 #10	ENSGT00940000153892.B #11	ENSGT01100000263473.a.b.g.a.a.b.b.a.b.b	ENSGT00940000156340.a.d #19	ENSGT00940000161345 #20	ENSGT00940000166931 #21	ENSGT00940000163205.d #22	ENSGT01020000230351.D.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182989.D.a.b #23	ENSGT00940000159585 #24	ENSGT00390000015020 #25	ENSGT00940000159721.h #26	ENSGT00510000048902.a.f #28	ENSGT00940000166328 #29	ENSGT00390000014845	ENSGT00670000099470 #30	ENSGT00950000183197.b.a.b #31	ENSGT00940000165531.b.b	ENSGT00950000182815.a.a.b.g	ENSGT00940000157242.a.b	ENSGT00390000012669	ENSGT01050000245132
Cyprininae	DUPLICATION
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Zebrafish	MODERN SPECIES	13	phpt1 (ENSDARG00000045567)	noc4l (ENSDARG00000045565) #8	pus1 (ENSDARG00000045562)	ULK1 (ENSDARG00000074481) #9	MMP17 (ENSDARG00000078915) #10	sfswap (ENSDARG00000005980) #11	ENSDARG00000058023	ENSDARG00000095592	ENSDARG00000089758	ENSDARG00000092303	si:dkey-11o15.10 (ENSDARG00000094859)	smarcb1b (ENSDARG00000011594) #18	ENSDARG00000016718 #19	chchd10 (ENSDARG00000010717) #20	ddt (ENSDARG00000044751) #21	gstt1b (ENSDARG00000017388) #22	p2rx4a (ENSDARG00000044752)	idh3b (ENSDARG00000044753) #23	ptpra (ENSDARG00000001769) #24	gnrh2 (ENSDARG00000044754) #25	GCNT4 (ENSDARG00000044755) #26	GCNT4 (ENSDARG00000077550) #26	ENSDARG00000004177 #28	lhx5 (ENSDARG00000057936) #29	mzt2b (ENSDARG00000057928)	zgc:193801 (ENSDARG00000076552) #30	CYB561A3 (ENSDARG00000028257) #31	ENSDARG00000092652	tnfrsfa (ENSDARG00000004451)	unc5da (ENSDARG00000092722)	aqp3b (ENSDARG00000069518)
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Channel catfish	MODERN SPECIES	9	ENSIPUG00000007004	uck1 (ENSIPUG00000006985)	rapgef1b (ENSIPUG00000006801)	NTNG2 (ENSIPUG00000006764)	setx (ENSIPUG00000006685)	dolpp1 (ENSIPUG00000006634)	fam73b (ENSIPUG00000006553)	St6galnac3 (ENSIPUG00000006524)	st6galnac6 (ENSIPUG00000006510)	spout1 (ENSIPUG00000006486)	nsa2 (ENSIPUG00000006440)	tor1 (ENSIPUG00000006420)	Scamp1 (ENSIPUG00000006389)	CHCHD10 (ENSIPUG00000006362) #20	ddt (ENSIPUG00000006353) #21	gstt1b (ENSIPUG00000006312) #22	p2rx4a (ENSIPUG00000006157)	idh3b (ENSIPUG00000006085) #23	ptpra (ENSIPUG00000005987) #24	gnrh2 (ENSIPUG00000005968) #25	gcnt4 (ENSIPUG00000005958) #26	cdk5rap2 (ENSIPUG00000005846)	ENSIPUG00000005821	camsap1a (ENSIPUG00000005748)	notch1a (ENSIPUG00000005717)	KCNT1 (ENSIPUG00000005645)	B3GALT9 (ENSIPUG00000005634)	rnf165 (ENSIPUG00000005596)	c18h18orf25 (ENSIPUG00000005582)	haus1 (ENSIPUG00000005565)	atp5a1 (ENSIPUG00000005528)
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Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	67	ENSGT00390000008220	ENSGT01020000230412.A.c.a	ENSGT00940000156235.c.a	ENSGT00940000153601.a.a.e.b.a	ENSGT00940000160918	ENSGT00390000013112	ENSGT00390000008565.a	ENSGT00940000157958	ENSGT00940000160114	ENSGT00390000016537	ENSGT00390000018706	ENSGT00950000182888.a.a.a.h	ENSGT00940000157310	ENSGT00940000161345 #20	ENSGT00940000166931 #21	ENSGT00940000163205.d #22	ENSGT01020000230351.D.a.a.a	ENSGT01020000230351.D.a.a.b	ENSGT00950000182989.D.a.b #23	ENSGT00940000159585 #24	ENSGT00390000015020 #25	ENSGT00940000159721.h #26	ENSGT00510000048902.a.f #28	ENSGT00940000166328 #29	ENSGT00390000014845	ENSGT00670000099470 #30
Mexicana tetra	DUPLICATION
Mexicana tetra	DUPLICATION
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Mexicana tetra	MODERN SPECIES	5	SETX (ENSAMXG00000014406)	dolpp1 (ENSAMXG00000032913)	miga2 (ENSAMXG00000014369)	st6galnac4 (ENSAMXG00000040179)	ST6GALNAC6 (ENSAMXG00000014345)	spout1 (ENSAMXG00000014331)	ENSAMXG00000034097	nsa2 (ENSAMXG00000033155)	tor1 (ENSAMXG00000014304)	scamp1 (ENSAMXG00000040128)	chchd10 (ENSAMXG00000014252) #20	ddt (ENSAMXG00000031381) #21	gstt1b (ENSAMXG00000033673) #22	gstt1b (ENSAMXG00000035085) #22	p2rx4a (ENSAMXG00000014206)	gstt1b (ENSAMXG00000014181) #22	idh3b (ENSAMXG00000035220) #23	ptpra (ENSAMXG00000014133) #24	gnrh2 (ENSAMXG00000014101) #25	GCNT4 (ENSAMXG00000026353) #26	ENSAMXG00000014081 #28	lhx5 (ENSAMXG00000035790) #29	mzt2b (ENSAMXG00000031932)	zgc:193801 (ENSAMXG00000042916) #30	enkur (ENSAMXG00000032801)	ENSAMXG00000036027	ENSAMXG00000037074	ptpn13 (ENSAMXG00000011424)	ENSAMXG00000032439	ENSAMXG00000019527	ENSAMXG00000034137
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	625						dolpp1 (ENSPNAG00000005741)	miga2 (ENSPNAG00000016297)	st6galnac4 (ENSPNAG00000016286)	ST6GALNAC6 (ENSPNAG00000016281)	spout1 (ENSPNAG00000016265)	nsa2 (ENSPNAG00000016263)	tor1 (ENSPNAG00000016241)	scamp1 (ENSPNAG00000016232)	chchd10 (ENSPNAG00000016214) #20	ddt (ENSPNAG00000016205) #21	gstt1b (ENSPNAG00000016186) #22	p2rx4a (ENSPNAG00000016175)	idh3b (ENSPNAG00000016090) #23	ptpra (ENSPNAG00000016040) #24	gnrh2 (ENSPNAG00000015527) #25	GCNT4 (ENSPNAG00000003390) #26
Electric eel	MODERN SPECIES	801						dolpp1 (ENSEEEG00000006435)	miga2 (ENSEEEG00000006437)	st6galnac4 (ENSEEEG00000006441)	ST6GALNAC6 (ENSEEEG00000006443)	spout1 (ENSEEEG00000006447)	nsa2 (ENSEEEG00000006508)	tor1 (ENSEEEG00000006509)	scamp1 (ENSEEEG00000006511)	chchd10 (ENSEEEG00000006514) #20	ddt (ENSEEEG00000006517) #21	gstt1b (ENSEEEG00000006519) #22	p2rx4a (ENSEEEG00000006523)	dolk (ENSEEEG00000006527)	NUP188 (ENSEEEG00000006530)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	99												ENSGT00940000172267	ENSGT01020000230351.D.a.a.b	ENSGT00940000156340.a.d #19	ENSGT00940000161345 #20	ENSGT00940000163205.d #22	ENSGT01020000230351.D.a.a.a	ENSGT00610000086153	ENSGT00390000000571	ENSGT00390000004906.b	ENSGT01030000234555.a.a.a.c.b.b	ENSGT00940000153592.B.b.a.a	ENSGT00940000153491.b.a.l	ENSGT00390000006784	ENSGT00940000156208.i.f	ENSGT00940000161685.A.a.c	ENSGT00940000157734	ENSGT00730000113357	ENSGT00940000165076.a	ENSGT00940000154909.b.b	ENSGT00940000154909.a.a
Atlantic herring	DUPLICATION
Atlantic herring	MODERN SPECIES	10	STT3B (ENSCHAG00000012942)	TGFBR2 (ENSCHAG00000012929)	ENSCHAG00000012075	eomesa (ENSCHAG00000011934)	SLC4A7 (ENSCHAG00000010801)	ENSCHAG00000010636	HERPUD2 (ENSCHAG00000010629)	ENSCHAG00000010618	ENSCHAG00000010580	ADGRB1 (ENSCHAG00000008603)	smap2 (ENSCHAG00000008522)	rims3 (ENSCHAG00000008510)	gstr (ENSCHAG00000008471)	gstr (ENSCHAG00000008456)	ENSCHAG00000008441	gstt1b (ENSCHAG00000008404) #22	gstr (ENSCHAG00000008392)	gstr (ENSCHAG00000007988)	ENSCHAG00000007797	ENSCHAG00000005793	ENSCHAG00000005484	slc6a18 (ENSCHAG00000002089)	tert (ENSCHAG00000001169)	nup42 (ENSCHAG00000000855)	klhl7 (ENSCHAG00000000744)	RAPGEF5 (ENSCHAG00000000509)	ENSCHAG00000022506	TOMM7 (ENSCHAG00000022494)	hycc1 (ENSCHAG00000022476)	CDCA7L (ENSCHAG00000022456)	sp4 (ENSCHAG00000022425)
Atlantic herring	MODERN SPECIES	13	ENSCHAG00000019411	ENSCHAG00000019406	lin54 (ENSCHAG00000019229)	ENSCHAG00000018492	ENSCHAG00000018243	ENSCHAG00000017871	nup155 (ENSCHAG00000017637)	NIPBL (ENSCHAG00000017290)	SLC1A3 (ENSCHAG00000017252)	RANBP3L (ENSCHAG00000017241)	nadk2 (ENSCHAG00000017218)	skp2 (ENSCHAG00000017176)	smarcb1b (ENSCHAG00000017037) #18	MMP11 (ENSCHAG00000016997) #19	chchd10 (ENSCHAG00000016962) #20	ENSCHAG00000016945 #22	p2rx4a (ENSCHAG00000016634)	SYAP1 (ENSCHAG00000016572)	txlng (ENSCHAG00000016421)	rbb4l (ENSCHAG00000015783)	ZRSR2 (ENSCHAG00000015713)	ap1s2 (ENSCHAG00000015620)	ENSCHAG00000015597	PHKA2 (ENSCHAG00000005966)	ppef1 (ENSCHAG00000005338)	RS1 (ENSCHAG00000005314)	cdkl5 (ENSCHAG00000004919)	SCML2 (ENSCHAG00000004794)	RAI2 (ENSCHAG00000004785)	NHS (ENSCHAG00000004773)	ace2 (ENSCHAG00000003545)