Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	74									ENSGT00530000063497.a.b #16	ENSGT00390000000224 #17	ENSGT00940000177481	ENSGT00940000153181 #18	ENSGT00440000038585.c #19	ENSGT00530000063156.a.a.b #20	ENSGT00940000156340.a.c #21	ENSGT00940000163205.c #22	ENSGT01100000263581 #23	ENSGT01020000230351.D.a.a.b #24	ENSGT01020000230351.D.a.a.a #25	ENSGT00940000163205.d ##22	ENSGT00940000166931	ENSGT00940000161345	ENSGT00940000156340.a.d ##21	ENSGT00610000086153 #26	ENSGT00390000000571	ENSGT00390000004906.b ##27	ENSGT00390000006784	ENSGT00940000156208.i.f	ENSGT00940000161685.A.a.c	ENSGT00940000157734	ENSGT00730000113357
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000165543 #8	ENSGT00940000160343	ENSGT00950000182964.a.b.a.a.a #9	ENSGT00390000016543.c #10	ENSGT00940000165688 #12	ENSGT00390000003282.A #13	ENSGT00390000014879.c.a.a.b #14	ENSGT00940000154966 #15	ENSGT00530000063497.a.b #16	ENSGT00390000000224 #17	ENSGT00940000177481	ENSGT00940000153181 #18	ENSGT00440000038585.c #19	ENSGT00530000063156.a.a.b #20	ENSGT00940000156340.a.c #21	ENSGT00940000163205.c #22	ENSGT01100000263581 #23	ENSGT01020000230351.D.a.a.b #24	ENSGT01020000230351.D.a.a.a.f #25	ENSGT00990000213389	ENSGT00610000086153 #26	ENSGT00390000000571	ENSGT00390000004906.a.a ##27	ENSGT01030000234555.a.a.a.c.b.b #28	ENSGT00940000153592.B.b.a.a #29	ENSGT00940000153491.b.a.l #30	ENSGT00940000158126.c #31	ENSGT00940000157140.a #32	ENSGT00940000174884	ENSGT00640000091523 #33	ENSGT00940000155876 #34
Cyprininae	DUPLICATION
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Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	322	ENSGT00940000154668.d #7	ENSGT00940000165543.j ##8	ENSGT00950000182964.a.b.a.a.a.e #9	ENSGT00390000016543.c.b #10	ENSGT00530000064359.c.b.h.f #11	ENSGT00390000003282.A.c #13	ENSGT00940000165688.g #12	ENSGT00390000014879.c.a.a.b.c #14	ENSGT00940000154966.y #15	ENSGT00530000063497.a.b.a #16	ENSGT00390000000224.a #17	ENSGT00940000153181.c.b #18	ENSGT00440000038585.c.h.b.a #19	ENSGT00530000063156.a.a.b.h #20	ENSGT00940000156340.a.c.d #21	ENSGT00940000163205.c.i #22	ENSGT01100000263581.g #23	ENSGT01020000230351.D.a.a.b.e #24	ENSGT01020000230351.D.a.a.a.f.b #25
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	335	znf131 (ENSSGRG00000049406) #7	ENSSGRG00000049403 #8	gadd45ga (ENSSGRG00000049401) #9	AJM1 (ENSSGRG00000049399) #10	ENSSGRG00000049397 #11	syn1 (ENSSGRG00000049380) #12	vgll4l (ENSSGRG00000049379) #13	slc20a1a (ENSSGRG00000049170) #14	snrnp200 (ENSSGRG00000048029) #15	odf2b (ENSSGRG00000048013) #16	ptgesl (ENSSGRG00000048004) #17	ralgds (ENSSGRG00000048002) #18	smarcb1a (ENSSGRG00000047963) #19	derl3 (ENSSGRG00000047952) #20	MMP11 (ENSSGRG00000047951) #21	gstt1a (ENSSGRG00000047950) #22	tas2r200.2 (ENSSGRG00000047949) #23	p2rx7 (ENSSGRG00000047948) #24	p2rx4b (ENSSGRG00000047867) #25	snrpd3 (ENSSGRG00000047853) #26	upb1 (ENSSGRG00000047850) #27	adora2aa (ENSSGRG00000047847) #28	specc1la (ENSSGRG00000047844) #29	si:dkey-91m11.5 (ENSSGRG00000047592) #30	pgm5 (ENSSGRG00000047582) #31	foxd5 (ENSSGRG00000047581) #32	cbwd (ENSSGRG00000047580) #33	DOCK8 (ENSSGRG00000045930) #34	AOPEP (ENSSGRG00000045865) #35	fancc (ENSSGRG00000045863) #36	PTCH1 (ENSSGRG00000045326) #37
Common carp reference	MODERN SPECIES	23	ghra (ENSCCRG00000037332)	znf131 (ENSCCRG00000037422) #7	ENSCCRG00000082045 ##8	ENSCCRG00000071835 #10	ENSCCRG00000001856 #11	vgll4l (ENSCCRG00000037171) #13	syn1 (ENSCCRG00000001878) #12	slc20a1a (ENSCCRG00000030186) #14	snrnp200 (ENSCCRG00000036539) #15	odf2b (ENSCCRG00000037175) #16	ralgds (ENSCCRG00000077221) #18	ptgesl (ENSCCRG00000021929) #17	smarcb1a (ENSCCRG00000030264) #19	derl3 (ENSCCRG00000030253) #20	ENSCCRG00000000164 #21	gstt1a (ENSCCRG00000006614) #22	tas2r200.2 (ENSCCRG00000000098) #23	p2rx7 (ENSCCRG00000006627) #24	p2rx4b (ENSCCRG00000064735) ##24	gucd1 (ENSCCRG00000006647)	upb1 (ENSCCRG00000006651) ##27	specc1la (ENSCCRG00000056960) #29	si:dkey-91m11.5 (ENSCCRG00000007212) #30	pgm5 (ENSCCRG00000013429) #31	foxd5 (ENSCCRG00000021978) #32	cbwd (ENSCCRG00000065512) #33	ENSCCRG00000029038 #34	AOPEP (ENSCCRG00000049666) #35	fancc (ENSCCRG00000050967) #36	PTCH1 (ENSCCRG00000050991) #37	ercc6l2 (ENSCCRG00000047138)
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	MODERN SPECIES	48	ENSCARG00000011535	LZTS1 (ENSCARG00000011538)	msi1b (ENSCARG00000011554)	ENSCARG00000000288	prkab1b (ENSCARG00000000314)	pla2g1b (ENSCARG00000000345)	ENSCARG00000000368	cox6a1 (ENSCARG00000000382)	hps4 (ENSCARG00000000402)	si:ch211-170d8.2 (ENSCARG00000000432)	hnf1a (ENSCARG00000000439)	ENSCARG00000000456	ENSCARG00000000461	ulk1a (ENSCARG00000000483)	ENSCARG00000000520	gstt1a (ENSCARG00000000531) #22	ENSCARG00000000536 #23	p2rx7 (ENSCARG00000000543) #24	p2rx4b (ENSCARG00000000553) ##24	ENSCARG00000000575 ##24	p2rx4b (ENSCARG00000000585) ##24	ENSCARG00000000608 #26	gucd1 (ENSCARG00000000612)	upb1 (ENSCARG00000000623) ##27	ENSCARG00000000633	adora2aa (ENSCARG00000000637) #28	specc1la (ENSCARG00000000680) #29	si:dkey-91m11.5 (ENSCARG00000000876) #30	pgm5 (ENSCARG00000001074) #31	foxd5 (ENSCARG00000001093) #32	cbwd (ENSCARG00000001118) #33
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Golden-line barbel	MODERN SPECIES	275	znf131 (ENSSGRG00000038040) ##7	ENSSGRG00000038041 ##8	creb3l3l (ENSSGRG00000038047)	gadd45ga (ENSSGRG00000038058) ##9	AJM1 (ENSSGRG00000038061) ##10	syn1 (ENSSGRG00000038083) ##12	vgll4l (ENSSGRG00000038572) ##13	ENSSGRG00000038573 ##14	snrnp200 (ENSSGRG00000038588) ##15	odf2b (ENSSGRG00000042084) ##16	ptgesl (ENSSGRG00000042087) ##17	ralgds (ENSSGRG00000042096) ##18	smarcb1a (ENSSGRG00000042576) ##19	derl3 (ENSSGRG00000042666) ##20	MMP11 (ENSSGRG00000042668) ##21	gstt1a (ENSSGRG00000042674) ##22	p2rx7 (ENSSGRG00000042676) ##24	p2rx4b (ENSSGRG00000042677) ##24	snrpd3 (ENSSGRG00000042682) ##26	gucd1 (ENSSGRG00000042695)	upb1 (ENSSGRG00000042697) ##27	adora2aa (ENSSGRG00000042719) ##28	specc1la (ENSSGRG00000042727) ##29	si:dkey-91m11.5 (ENSSGRG00000042794) ##30	ENSSGRG00000044923 ##30	pgm5 (ENSSGRG00000044933) ##31	foxd5 (ENSSGRG00000045052) ##32	cbwd (ENSSGRG00000045054) ##33	DOCK8 (ENSSGRG00000045203) ##34	AOPEP (ENSSGRG00000046218) ##35	tbc1d22a (ENSSGRG00000046220)
Zebrafish	MODERN SPECIES	23	ENSDARG00000074087 #8	creb3l3l (ENSDARG00000020926)	gadd45ga (ENSDARG00000019417) #9	ENSDARG00000115950	AJM1 (ENSDARG00000076873) #10	syn1 (ENSDARG00000060368) #12	vgll4l (ENSDARG00000068409) #13	slc20a1a (ENSDARG00000020114) #14	snrnp200 (ENSDARG00000077536) #15	odf2b (ENSDARG00000020702) #16	ptgesl (ENSDARG00000068415) #17	ralgds (ENSDARG00000042409) #18	smarcb1a (ENSDARG00000033647) #19	derl3 (ENSDARG00000033871) #20	MMP11 (ENSDARG00000026325) #21	gstt1a (ENSDARG00000042428) #22	tas2r200.1 (ENSDARG00000079880) #23	tas2r200.2 (ENSDARG00000074066) #23	p2rx7 (ENSDARG00000042440) #24	p2rx4b (ENSDARG00000042452) #25	snrpd3 (ENSDARG00000013800) #26	gucd1 (ENSDARG00000068438)	upb1 (ENSDARG00000011521) ##27	adora2aa (ENSDARG00000033706) #28	specc1la (ENSDARG00000006719) #29	BCR (ENSDARG00000042329) #30	pgm5 (ENSDARG00000060745) #31	foxd5 (ENSDARG00000042485) #32	cbwd (ENSDARG00000004318) #33	DOCK8 (ENSDARG00000055225) #34	aopep (ENSDARG00000068461)
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163205.c #22
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163205.c #22
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	114	ENSGT00940000155241.c	ENSGT00940000153629.a.a.a	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.d	ENSGT00940000155820.b	ENSGT00940000160122	ENSGT00900000141054	ENSGT01000000214413.b.a.b.b.a	ENSGT00940000155552.r	ENSGT00940000158818	ENSGT00940000154839.A	ENSGT00920000150085	ENSGT00530000063260	ENSGT01030000235284	ENSGT00390000001763	ENSGT00390000016119	ENSGT00940000163205.c #22	ENSGT01100000263502.A.b.a.a	ENSGT00940000155766.a	ENSGT00940000158933	ENSGT00940000158894.a	ENSGT00650000093320.a.b.b.b	ENSGT00940000163875.a.a	ENSGT00940000165736	ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.b.b.a
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	862											map3k12 (ENSPNAG00000011759)	pcbp2 (ENSPNAG00000001885)	ENSPNAG00000011688	kif5aa (ENSPNAG00000001872)	stac3 (ENSPNAG00000011663)	gstt1a (ENSPNAG00000001790) #22	parapinopsina (ENSPNAG00000001784)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	21	rho (ENSAMXG00000026346)	MAGI1 (ENSAMXG00000015135)	GABRD (ENSAMXG00000015087)	ENSAMXG00000015017	gnb1a (ENSAMXG00000014987)	ENSAMXG00000033276	TKT (ENSAMXG00000014979)	ENSAMXG00000029751	dcp1a (ENSAMXG00000014974)	CACNA1D (ENSAMXG00000014965)	ENSAMXG00000035781	CHDH (ENSAMXG00000014958)	ENSAMXG00000042027	actr8 (ENSAMXG00000014954)	selenok (ENSAMXG00000014949)	gstt1a (ENSAMXG00000014946) #22	parapinopsina (ENSAMXG00000014941)	ENSAMXG00000035438	CACNA2D3 (ENSAMXG00000014926)	LRTM1 (ENSAMXG00000014938)	wnt5a (ENSAMXG00000040063)	ERC2 (ENSAMXG00000014911)	ENSAMXG00000039328	tlr9 (ENSAMXG00000026345)	ENSAMXG00000014901	BSN (ENSAMXG00000037244)	ENSAMXG00000035572	CEP350 (ENSAMXG00000014686)	ENSAMXG00000031519	qsox1 (ENSAMXG00000036464)	lhx4 (ENSAMXG00000034589)